Desktop-Integration des Staden-Pakets in KDE unter SUSE Linux 9

Ich habe das Staden-Paket auf meinem Laptop installiert. Um andere Kollegen aus meinem Labor davon zu überzeugen, es zu nutzen, muss es sehr benutzerfreundlich sein. Im Idealfall sollten sie lediglich einige Sequenzen auswählen und darauf klicken müssen – die Vorverarbeitung und die Assemblierung sollten dann automatisch erfolgen. Um dies zu erreichen, habe ich Folgendes getan:

Ich habe neue MIME-Typen für den Dateimanager Konqueror erstellt. Konqueror benötigt diese, um zu erkennen, was mit einer Datei (oder mehreren Dateien) geschehen soll, wenn man darauf klickt. Gehen Sie zu: Startmenü -> Systemsteuerung -> KDE-Komponenten -> Dateizuordnungen. Klicken Sie auf „Hinzufügen“, wählen Sie „Alle“ aus dem Pulldown-Menü „Gruppen“ aus und geben Sie „x-staden“ ein. Füge im Abschnitt „Dateinamenmuster“ alle Dateiendungen der Formate hinzu, die von staden verarbeitet werden sollen; ich habe beispielsweise *.ab1 (ABI-Trace-Dateien) und *.ebl (EMBL-Sequenzdateien) hinzugefügt. Gib im Feld „Beschreibung“ einen beliebigen Text ein (Konqueror verwendet diese Information für die Spalte „Dateityp“); ich habe „Sequenzdatei“ eingegeben. Fügen Sie unter „Reihenfolge der Anwendungseinstellungen“ zwei Anwendungen hinzu: Zuerst „trev“ (wenn Sie sich schnell einen Trace ansehen möchten), dann das Skript, das ich zusammengestellt habe und das Sie hier herunterladen können. Ich habe dieses Skript in /home/jeltsch/bin abgelegt, aber es kann natürlich überall stehen. Du musst außerdem die Pfade zu deinen Konfigurationsdateien usw. anpassen, damit es auf deiner Installation funktioniert. Nachdem du das Skript hinzugefügt hast (einschließlich seines vollständigen Pfads, falls es nicht in deiner PATH-Variablen enthalten ist), musst du noch eine Änderung vornehmen: Unter dem Reiter „Reihenfolge der Anwendungen -> Ausführen“ siehst du den folgenden Eintrag (je nachdem, wo du das Skript abgelegt hast): '/home/jeltsch/bin/stadenlaunch'Sie müssen ihn wie folgt ändern:'/home/jeltsch/bin/stadenlaunch' %UDas %U sorgt dafür, dass Konqueror die Dateinamen (einschließlich ihres vollständigen Pfads), auf die geklickt wurde, an das Skript übergibt, und das ist notwendig (%u übergibt nur den ersten Dateinamen einschließlich vollständigem Pfad, %F übergibt alle Dateinamen, jedoch ohne Pfad, und %f nur den ersten Dateinamen ohne Pfad). Tatsächlich bewirken die Änderungen, die Sie im Kontrollzentrum vornehmen, lediglich, dass eine Datei namens „stadenlaunch.desktop“ in Ihr KDE-Konfigurationsverzeichnis (~.kde/share/applnk/.hidden/stadenlaunch.desktop) kopiert wird: Der Inhalt dieser Datei sieht wie folgt aus:[Desktop Entry] Comment= Kommentar[en_US]= Exec='/home/jeltsch/bin/stadenlaunch' %U GenericName= GenericName[en_US]= Icon= InitialPreference=2 MimeType=all/x-staden Name=stadenlaunch Name[en_US]=stadenlaunch ServiceTypes= SwallowExec= SwallowTitle= Terminal=false TerminalOptions= Type=Application X-KDE-SubstituteUID=false X-KDE-Username=Da das Skript Staden-Datenbankdateien (mit der Endung .aux) generiert, habe ich einen weiteren MIME-Typ hinzugefügt, und wenn ich auf Dateien mit der Endung .aux klicke, lädt gap4 diese Datei. Eigentlich ist mir gerade klar geworden, dass ich ein SUSE Linux 9-RPM für das Staden-Paket erstellen sollte. Dann könnte ich über den Speicherort der ausführbaren Dateien und der Konfigurationsdateien entscheiden, die Installation wäre einfacher und Endbenutzer könnten einfach durch Anklicken ihrer Sequenzdateien starten.