Alte Plasmidkarten-Dateien öffnen

Für ein neues Klonierungsprojekt benötigten wir Zugriff auf die Plasmidkarten eines alten Konstrukts von mir (pSecTagN2, ein Vorläufer von pMosaic  , auch bekannt als pSecTagI), das ich 1999 aus vielen verschiedenen Quellen zusammengestellt hatte. Im Jahr 1999 arbeitete ich als Doktorand im Labor von Kari Alitalo  . Wir befanden uns auf dem „neuesten Stand“ der Technik, da wir ein Softwareprogramm namens Gene Construction Kit  (GCK) nutzten, um den Überblick über unsere Klonierungen zu behalten. Letzten Mittwoch habe ich vier Stunden meiner Arbeitszeit damit verbracht, eine Datei zu öffnen, die 1999 mit GCK Version 2.5 erstellt worden war.

Gene Construction Kit

GCK hatte die Eigenart, dass es den Verlauf der Konstruktion nicht speicherte. Es war jedoch möglich, manuell sogenannte Illustrationsdateien (mit der Dateiendung .gci) zu erstellen, mit denen sich komplexe Klonierungsprojekte manuell dokumentieren und Abbildungen für Manuskripte oder Präsentationen erstellen ließen. Ich hatte tatsächlich eine solche .gci-Datei für die Konstruktion von pSecTagI erstellt, die eine detaillierte Beschreibung der Klonierung enthält. Und da ich nie etwas lösche, befand sich die Datei noch immer in meinem Ordner „Dokumente/Sequenzen/GCK/pSecTag/pSecTagI“. Aber wie lässt sie sich öffnen? Die eigentlichen GCK-Sequenzdateien lassen sich mit der aktuellen Software zur Kartierung und Klonierung von DNA-Konstrukten SnapGene  öffnen. Wir hatten GCK bis 2013 verwendet, als wir es durch das viel besser konzipierte und leistungsfähigere SnapGene ersetzten. Die .gci-Dateien (Abbildungen) lassen sich jedoch nicht mit SnapGene öffnen.

macOS aktualisieren und ständig auftauchende Pop-ups loswerden

Um diese Datei zu öffnen, musste ich GCK auf einem meiner Computer installieren. Ich musste mein altes MacBook aus dem Jahr 2013 verwenden, da GCK nur auf Mac und Windows läuft und alle meine PCs unter Linux laufen. Das MacBook aus dem Jahr 2013 war vor etwa einem Jahr, als ich es das letzte Mal benutzt hatte, auf macOS 10.15 (Catalina) aktualisiert worden. Nach dem Hochfahren musste ich zunächst eine Flut von Updates installieren, ohne die ich ständig mit Pop-ups bombardiert wurde, die mich aufforderten, „Pulse Secure“ und „navlibx“ zu löschen. Nach etwa zwei Stunden hatte ich alle Updates heruntergeladen und installiert und konnte „Pulse Secure“ sogar manuell löschen ( Pulse Secure  war das furchtbar unsichere Tool für „sichere Kommunikation“, das die IT-Abteilung der Universität vor einigen Jahren der gesamten Universität aufzwingen wollte. Die IT-Abteilung erkannte bald, dass die Lizenzgebühren zu hoch wären, um allen die Nutzung eines VPNs zu ermöglichen, und daher betrieb unsere Universität zwei parallele VPN-Lösungen: Pulse Secure und OpenVPN  (wobei letzteres kostenlos war). Dann stellte sich heraus, dass Pulse Secure nur vorgab, sicher zu sein. Hoffentlich hat die IT-Abteilung daraus gelernt, dass man Sicherheit nicht mit Geld kaufen kann. Aber natürlich hinkt unsere IT-Abteilung derzeit wieder hoffnungslos hinterher, während alle anderen auf WireGuard  umsteigen, das konzeptionell einfacher und leistungsfähiger ist.

GCK 4.5 läuft nicht unter macOS 10.15 Catalina und wird es auch nie tun

Nach dem Herunterladen und der Installation von GCK (das inzwischen auf Version 4.5 aktualisiert worden war) erschien das App-Symbol ausgegraut und durchgestrichen: Diese App ist zu alt, um unter macOS 10.15 (das selbst auch schon 2,5 Jahre alt ist) zu laufen. Im Gegensatz zu Windows, das große Anstrengungen unternimmt, um die Abwärtskompatibilität aufrechtzuerhalten, scheint macOS ständig Änderungen vorzunehmen, die ältere Software unbrauchbar machen. Ich besuchte die GCK-Homepage, konnte aber im FAQ-Bereich nichts finden. Ich musste Google zu Hilfe nehmen, um diesen Blogbeitrag der GCK-Entwickler zu finden: https://www.textco.com/blog/2020/09/gck-gi-not-supported-under-mac-os-10-15-catalina/Es  überraschte mich nicht sonderlich, als mir klar wurde, dass GCK mittlerweile fast schon Abandonware  ist. GCK hat seit vielleicht 10 Jahren keine Funktionsupdates mehr erhalten. Es grenzt jedoch mittlerweile an Betrug, diese Software weiterhin zu verkaufen, die nicht einmal auf vollständig gepatchten Betriebssystemen läuft. Ich weiß nicht, ob die Windows-Version von GCK unter Windows 11 läuft, aber ich würde davon ausgehen. Mein einziger Windows-11-Rechner ist jedoch an der Universität im Einsatz, da dies das einzige Betriebssystem ist, das unseren Bio-Rad-FPLC nach dem Firmware-Upgrade noch bedienen konnte (ich gehe davon aus, dass nicht Windows 10 das Problem ist, sondern vielmehr die Zusatzkomponenten unserer Universität, wahrscheinlich die Firewall-Konfiguration oder die Antivirensoftware).

Virtualisiertes macOS <10.15 erforderlich: Parallels

Daher muss ich eine ältere Version von macOS im Emulationsmodus ausführen. VirtualBox  wäre meine erste Wahl. macOS als Gastbetriebssystem auszuführen  ist mit VirtualPC zwar möglich, in der Praxis jedoch sehr schwer umzusetzen (ich habe es einmal erfolglos versucht). Die empfohlene Lösung ist Parallels  . Leider hat Parallels seine kostenlose Version „Parallels Lite“ vor etwa 1,5 Jahren eingestellt. Ich besitze zwar eine alte Lizenz für die Vollversion, aber das Installationsmedium und die Lizenzdaten befinden sich im Labor, und ich arbeite gerade von zu Hause aus. Ich habe die Testversion heruntergeladen, in der Annahme, dass ein Monat ausreichend Zeit wäre, um die GCK-Illustrationsdateien in … gute Frage! In was eigentlich? Ich schätze, die einzige Möglichkeit wäre, diese Illustrationen als PDF-Dateien auszudrucken.

Parallels reicht nicht aus, wir brauchen ein altes Installations-Image

Nach der Installation fand Parallels sofort das 10.14-Installationsprogramm, das noch auf meiner Festplatte war – ein Überbleibsel vom Update auf High Sierra vor etwa drei Jahren. Die Installation schlug jedoch fehl (obwohl das Upgrade auf High Sierra mit demselben Image erfolgreich verlaufen war). Ich versuchte, eine physische Installations-CD mit macOS 10.7 (Lion) über das SuperDrive einzulesen, aber Parallels erkannte die CD nicht einmal. Also begann ich, ein Image der DVD zu erstellen, was eine weitere Stunde dauerte: Die Installations-DVD ist 9 Jahre alt. Die Installation aus der Image-Datei gelang jedoch.

Dateien in das virtualisierte macOS 10.7 hinein- und herausbekommen

Das Einlesen der Datei in die virtuelle Maschine war eine weitere fast unmögliche Aufgabe. Zunächst dachte ich, dass Parallels über eine integrierte Dateifreigabe zwischen Gast- und Host-Rechner verfügen müsse. Das ist zwar der Fall, aber ich konnte die dafür erforderlichen Gast-Add-ons nicht finden. Dann dachte ich daran, das lokale Netzwerk zur Dateiübertragung zu nutzen. Das schien zu funktionieren, doch als die Verbindung hergestellt werden sollte, erhielt ich lediglich die Fehlermeldung „Verbindung fehlgeschlagen“. Daraufhin überlegte ich, mich im Gast auf mein Gmail-Konto einzuloggen und mir die Datei selbst per E-Mail zu schicken. Interessanterweise gelang es keiner der neuesten Versionen von Safari, Firefox oder Chrome für macOS X 10.7, sich bei meinem Gmail-Konto anzumelden. Daraufhin kam ich zu dem Schluss, dass ich die Datei irgendwo im Internet ablegen und sie dann einfach mit einem Browser herunterladen müsste. Also habe ich die Datei auf meinen Webserver hochgeladen und öffentlich zugänglich gemacht. Der einzige Browser, der eine Verbindung herstellen konnte, war jedoch Chrome, doch auch dieser weigerte sich, die Datei herunterzuladen, da die Systemuhr meines Computers angeblich falsch eingestellt war (was eine falsche Fehlermeldung sein muss, da sie mithilfe des europäischen Zeitservers von Apple korrekt eingestellt war). Um die Funktion zur Dateifreigabe vom Host zum Gast in Parallels zu aktivieren, begann ich mit der Aktualisierung von macOS 10.7 (Lion) und verschwendete dabei erneut etwa eine halbe Stunde. Danach wurde das Installationsmedium tatsächlich eingebunden, und ich konnte die Parallels Tools installieren, die Dateifreigabe aktivieren und die Datei schließlich in das Dokumentenverzeichnis der virtuellen Maschine kopieren.

Drucken als PDF

Die Datei ließ sich problemlos öffnen. GCK selbst kann nur in JPG- und PICT-Dateien exportieren. PICT  -Dateien habe ich zuletzt vielleicht 1999 gesehen, und JPG-Dateien sind von miserabler Qualität. „Illustrationen in Publikationsqualität“ scheint mir etwas weit hergeholt. Ich dachte jedoch daran, in eine PDF-Datei zu drucken. Da jedoch kein Drucker installiert war, konnte ich nicht als PDF drucken. Meines Wissens nach ist Apples Quarz im Wesentlichen PDF, aber warum kann ich dann nicht als PDF drucken? Ich erinnere mich, dass ich das früher einmal gemacht habe, aber jetzt fehlte diese Option komplett, da ich nicht einmal einen Druckdialog erhielt, als ich in der GCK-Benutzeroberfläche auf die Schaltfläche „Drucken“ klickte. Das Drucken als PDF funktionierte jedoch normal, als ich versuchte, aus anderen 10.7-Anwendungen zu drucken. Nur das GCK-Programm wollte mir nicht einmal einen Druckdialog anzeigen.

Dummy-Druckertreiber

Ich vermutete, dass ich einen Druckertreiber installieren müsste, um einen Druckdialog zu erhalten. Doch wie sollte das gehen, ohne einen Drucker zu haben? Dazu habe ich einfach das IP-Drucken genutzt und auf eine gefälschte IP-Adresse im lokalen Netzwerk verwiesen. Nachdem OS X lange Zeit versucht hatte, den Drucker zu kontaktieren, gab es schließlich auf und bot mir die Möglichkeit an, ohne Antwort vom Drucker fortzufahren. Danach konnte ich als PDF drucken. Die einzige Möglichkeit, das Papierformat A3 zu erhalten (damit die gesamte Konstruktionszeichnung auf eine Seite passt), besteht jedoch darin, das Standardpapierformat auf A3 einzustellen und dann die Vorschau-Funktion zu nutzen. Wenn man direkt als PDF druckt, teilt der Treiber große Abbildungen auf mehrere A4-Seiten auf. Nur das Speichern der Druckvorschau führt zu einer PDF-Datei im A3-Format, wodurch größere Abbildungen auf einer Seite bleiben.

Fazit

Zehn Jahre reichen aus, um die Wiederherstellung einiger digitaler Dokumente nahezu unmöglich zu machen. Je nischiger eine Software ist, desto größer ist das Problem. Verwendet sie ein undokumentiertes, proprietäres Dateiformat, kann die Situation unlösbar werden. Ich besitze einige Vektorkarten im MacVector-Format (ich glaube, Version 6). Diese wurden von Marika Kärkkäinen erstellt, vermutlich etwa zur gleichen Zeit wie meine GCK-Datei. Allerdings besitze ich keine Lizenz für eine MacVector-Version, die unter Mac OS X oder macOS läuft, und daher kann ich diese Dateien seit etwa 15 Jahren nicht mehr öffnen, als die Mac OS 9-Kompatibilitätsschicht aus Mac OS X entfernt wurde. Ich habe mein altes PowerBook G3 Kanga in meiner Garage aufbewahrt (das ich Anfang 1998 für 27.000 finnische Mark gekauft habe), habe aber keine Ahnung, ob es überhaupt noch hochfahren würde. Als ich nachprüfte, ob meine Informationen noch aktuell sind, stellte ich gerade fest, dass es mittlerweile eine kostenlose Version von MacVector  mit eingeschränktem Funktionsumfang gibt. Zumindest kann ich damit Marikas alte Plasmidkarten öffnen (vorausgesetzt, ich habe einen funktionierenden macOS-Computer).

Was ist mit SnapGene?

Wir nutzen derzeit SnapGene, um unsere Klonierungen zu planen und zu dokumentieren. Es handelt sich – ähnlich wie bei GCK – um proprietäre Software, die jeden Tag verschwinden könnte, ohne dass wir etwas dagegen tun könnten. Zwar ist SnapGene im Vergleich zu GCK weit überlegen, doch kommerzielle Unternehmen entwickeln Software nicht, um uns das Leben zu erleichtern. Sie entwickeln Software, um Geld zu verdienen, und sobald sie kein Geld mehr verdienen, werden sie den Support für die Software einstellen. SnapGene hat sich zum De-facto-Industriestandard entwickelt, und es erscheint unwahrscheinlich, dass es in absehbarer Zeit vom Markt verschwinden wird. Das Gleiche galt jedoch vor zehn Jahren auch für Vector NTI, doch Thermo Fisher hat es letztes Jahr trotzdem eingestellt  . Daher wäre es wichtig, sich für die Öffnung des proprietären SnapGene-Dateiformats einzusetzen. Oder zumindest damit zu beginnen, es zurückzuentwickeln.