Willkommen auf Michaels Domäne! on Michael’s Domain

Meine Lehrveranstaltungen

Fri, 26 Jan 2024 00:00:00 +0000

IN RED - as (one of the) responsible teacher(s); * - as course developer

Current wet lab teaching
*DPDR-305 (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC Introduction Methods Protein tags PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase Practical: PCR Work PROV-410* (4 ECTS)** Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current wet lab teaching

DPDR-305* (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase
- Practical: PCR Work
PROV-410* (4 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current courses
FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification Lecture #2: Protein Purification Methods Lecture #3: Protein Purification Tags Lecture #4: PCR lecture *PROV-409 (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning Session #4: Vectors and systems for protein expression Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology VEGFs and VEGF receptors PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics Introductory lecture Protein drugs group work kick-off Vaccines, vaccine development & biological warfare: The smallpox vaccine Challenges in formulation, production and quality control Evidence-based medicine, science-based medicine, and complementary and alternative medicine PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics Session #6: Biological barriers: The blood brain barrier Session #8: Recombinant DNA Technology (aka “cloning”) is the starting point for nearly every biological drug …and much more Session #9: Transgenic animals: For drug production, generating human antibodies and making animal models of human diseases Session #10: Protein Drugs: Engineering and Case Studies GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences Clinical Trials MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory Plans for the future… Protein production and purification Stable cell line generation FARM-314 (5 ECTS)** Medicinal preparations I Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Current courses

FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course
- Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs
- Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF
- Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification
- Lecture #2: Protein Purification Methods
- Lecture #3: Protein Purification Tags
- Lecture #4: PCR lecture
PROV-409* (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course
- Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation
- Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems
- Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning
- Session #4: Vectors and systems for protein expression
- Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses
PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology
- VEGFs and VEGF receptors
PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II
- Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs
TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics
PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics
GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences
- Clinical Trials
MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation
- Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs
MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines
- Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control
MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory
FARM-314 (5 ECTS) Medicinal preparations I
- Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Teaching Videos
2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube) Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki Esimerkkejä biologisista lääkkeistä Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Teaching Videos

2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube)
1. Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki
2. Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki
Esimerkkejä biologisista lääkkeistä
1. Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki
2. Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki
4. Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki
5. Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki
1. Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Previous wetlab teaching
2014 - 2019 DPBM-135 Purification and Characterization of Recombinant Proteins (organized yearly until Covid-19) 2015 2017 2015 - 2017 DPBM Cloning Club (wetlab part) 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (wetlab part) 2010 HBGS Tags in protein expression, detection and purification

Previous courses
2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2017 DBPM CancerBio Summer School A short histrory of antiangiogenic tumor treatment 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part) 2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures) Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Previous courses

2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry
- 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
- 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
2017 DBPM CancerBio Summer School
- A short histrory of antiangiogenic tumor treatment
2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part)
2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures)
- Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Workshops
2015 - 2017 DPBM Cloning Club (workshop part)

„Zum Kalender hinzufügen“-Button für GMail, Outlook, iCal

Sat, 11 Jul 2026 00:00:00 +0000

Das ist mehr Arbeit, als es im Jahr 2026 sein sollte. Dies waren die ersten Anleitungen, die bei mir funktioniert haben: https://www.litmus.com/blog/how-to-create-an-add-to-calendar-link-for-your-emails/ . Die Anleitung verwendet im Wesentlichen handgeschriebenen Code (sowie Code, der mit Amit Agarwals „Calendar Links“-Tool ( https://www.labnol.org/apps/calendar.html ) generiert wurde).

Antrittsvorlesungen der neuen Professoren

Thu, 28 May 2026 00:00:00 +0000

Wir - die neuen Professoren der Fakultät für Pharmazie an der Universität Helsinki - haben gestern unsere Antrittsvorlesungen gehalten!

Professor für Pharmakometabolomik Tiina Sikanen: https://www.helsinki.fi/fi/farmasian-tiedekunta/ajankohtaista/miten-laakeaineet-muuntuvat-ihmiskehossa-ja-luonnossa

Angiogenes Doping - machbar und schwierig nachzuweisen

Thu, 21 May 2026 00:00:00 +0000

Bei typischen Weltklasse-Veranstaltungen (Weltmeisterschaften, Olympischen Spiele) werden weniger als 1 % der Athleten positiv getestet. Wir wissen jedoch, dass mindestens 70 % der Athleten Doping betreiben . Wie lässt sich diese Diskrepanz erklären? Mein Labor betreibt Forschung im Bereich der Angiogenese, d. h., wir untersuchen das Wachstum von Blut- und Lymphgefäßen. Seit der Entdeckung von VEGF-B durch Birgitta Olofsson und Ulf Eriksson im Jahr 1996 hatte ich den Verdacht, dass VEGFs früher oder später gute Dopingmittel sein könnten. Die Anti-Doping-Forschung im Ausdauersport hat sich auf Blut und rote Blutkörperchen (RBCs) konzentriert. Das Erythropoetin (EPO)-Doping zeigt, wie wichtig die RBCs sind. Betrachtet man jedoch die grundlegende mathematische Gleichung „Konzentration = Masse geteilt durch Volumen“, wird sofort klar, dass man die Erythrozytenmasse erhöhen kann, ohne die Erythrozytenkonzentration zu steigern, indem man das Blutvolumen erhöht. Es überrascht daher nicht, dass das Blutvolumen für die Ausdauerleistung sehr wichtig ist, vielleicht sogar noch wichtiger als die Erythrozytenkonzentration. Dies zeigt sich bei der „Sportleranämie/Pseudoanämie“, bei der manche Athleten trotz unbeeinträchtigter Leistungsfähigkeit eine relativ niedrige Hämoglobinkonzentration aufweisen. Wo liegt die Obergrenze des Blutvolumens? Und wäre es möglich, diese Obergrenze durch die Bildung weiterer Blutgefäße zu erhöhen? Wir diskutieren angiogenes Doping in unserer neuesten Veröffentlichung in Sports Medicine . Unsere Hypothese lautet, dass angiogenes Doping möglicherweise bereits eingesetzt wird, ohne dass die WADA eine realistische Chance hat, dies aufzudecken. VEGF-Wachstumsfaktoren werden wahrscheinlich noch nicht verwendet, da ihre Anwendung teure und komplizierte medizinische Technologien erfordert, über die nur wenige Labore verfügen. Es gibt jedoch eine ganze Reihe kleiner Moleküle, die langsam in Mikrodosen verabreicht werden können, um sowohl die Angiogenese als auch die Erythrozytenproduktion synchron zu stimulieren und so größere Auswirkungen auf den biologischen Pass des Athleten zu vermeiden. Mein Dank gilt Sofie Lehto, die die Grundlagen für diese Studie gelegt hat, sowie dem Dopingforscher und Sportmediziner Sergei Iljukov, der in den letzten zwei Jahren gemeinsam mit mir an diesem Nebenprojekt gearbeitet hat.

Vantaa Blue

Fri, 15 May 2026 00:00:00 +0000

Swedish Blue Stone ist ein synthetischer Schmuckstein, der aus Hochofenschlacke hergestellt wird. Er wurde nicht gezielt hergestellt, sondern ist im Laufe der letzten Jahrhunderte als Nebenprodukt der Metallverhüttung entstanden. Obwohl diese Steine in Schweden kommerziell genutzt werden , hat sich in Finnland noch niemand die Mühe gemacht, daraus ein Geschäft zu machen. Ein paar Steinsammler – wie ich – haben diese Steine in den letzten 50 Jahren gesammelt, aber es gibt immer noch ziemlich viele davon. Eine Fundstelle dieser blauen Steine befindet sich in der Nähe von Pitkäkoski am Vantaanjoki-Fluss. Ich habe einige davon poliert und benutze sie gelegentlich als Geschenk.

JetPEI-Transfektion von Insektenzellen

Tue, 12 May 2026 00:00:00 +0000

Das Einschleusen von DNA in Zellen ist eine der Grundvoraussetzungen für die meisten Projekte der heutigen Biowissenschaften. Es gibt viele Möglichkeiten, DNA in Zellen einzuschleusen: Zu den exotischeren Methoden zählen das Schiessen und Elektroschocks, doch die gängigsten Verfahren nutzen Chemikalien, die als Transfektionsreagenzien bezeichnet werden. Diese verbinden sich mit der DNA und helfen ihr, die Plasmamembran zu durchqueren. PEI (Polyethylenimin) ist eines der „günstigeren“ Transfektionsreagenzien. Wenn man es selbst herstellt, kostet es wahrscheinlich etwa genauso viel wie die Kalziumphosphat-Transfektion (die zu den ältesten und kostengünstigsten Methoden zählt). Selbst handelsübliche Präparate wie JetPEI und PEI-Max sind im Vergleich zu vielen anderen Transfektionsreagenzien preiswert. Bei Insektenzellen funktionieren sie jedoch nicht besonders gut. Als ich – vor etwa zehn Jahren – unseren Lieferanten (Polyplus Transfections) danach fragte, stellte er mir ein maßgeschneidertes Protokoll für die Transfektion von Insektenzellen mit JetPEI zur Verfügung. Ich habe es erfolgreich eingesetzt, allerdings meist nur zur Erzeugung stabiler Zelllinien. Bei der Herstellung stabiler Zelllinien ist eine etwas geringere Transfektionseffizienz akzeptabel. Da ich dieses Protokoll jedoch nirgendwo online finden konnte, habe ich es diesem Beitrag beigefügt – für alle, die diese Informationen benötigen. Kurz gesagt: Die Mengen an DNA und Transfektionsreagenz werden erhöht, um die geringere Effizienz auszugleichen.

KI: Medizinisch trainierte Modelle, Bewusstsein

Mon, 11 May 2026 00:00:00 +0000

Die meisten Menschen können vielleicht eine Handvoll LLM-Modelle nennen, vielleicht ein Dutzend, wenn sie sich für Tech-Nachrichten interessieren. Mittlerweile sind jedoch etwa 3 Millionen verschiedene LLM-Modelle auf Hugging Face frei verfügbar. Und nicht alle davon sind Modelle von geringer Qualität. So werden dort beispielsweise auch Googles Open-Source-Gemma-Modelle gehostet; sie haben denselben Ursprung wie Googles Gemini-Modelle, wurden jedoch für den lokalen Einsatz und für Forschungszwecke optimiert. Wichtig für biomedizinische Forscher ist, dass es auch viele offene, frei verfügbare und lokal nutzbare, medizinisch trainierte LLMs gibt. Ich habe sie zwar nicht getestet, aber auf GitHub gibt es eine kuratierte Liste von Spezialmodellen: https://github.com/FreedomIntelligence/Awesome-Specialized-Medical-LLMs . Die Liste enthält auch mehrere frei verfügbare allgemeine medizinische Modelle wie

Zotero unter Linux/Ubuntu installieren

Mon, 11 May 2026 00:00:00 +0000

Der offizielle Weg, Zotero unter Linux zu installieren, ist gelinde gesagt ein Albtraum ( https://www.zotero.org/support/installation ). Die Tatsache, dass man für eine erfolgreiche Installation eine detaillierte Anleitung und die Command line benötigt, spricht für sich:

Ich konzentriere mich auf die falschen Dinge

Wed, 22 Apr 2026 00:00:00 +0000

Anstatt daran zu arbeiten, wie ich KI in meinem eigenen Fachgebiet einsetzen kann, tue ich Folgendes:

Ich verbringe gefühlte 30 Minuten pro Tag damit, mich bei all den verschiedenen digitalen Systemen der Universität Helsinki, die ich nutze, zu authentifizieren und erneut zu authentifizieren.
Ich finde kreative Lösungen für Probleme, die seit Oktober 2025 bei unserer IT-Abteilung als Anfragen vorliegen (ohne dass etwas zweckdienliches passiert ist, außer einer riesigen Menge an E-Mails).
Ich bewerte Bachelorarbeiten (bitte unten das P.S. lesen!).
Ich halte Vorlesungen, zu denen nur zwei oder drei Studierende erscheinen. Letzte Woche habe ich gerade meinen eigenen Minusrekord mit der stolzen Zahl von 1 (einem) Studierenden eingestellt. Diesen Rekord kann ich nur noch ein einziges Mal brechen!
Ich erstelle einen Arbeitsplan für das akademische Jahr 2026/2027. Okay, das hat nicht lange gedauert, aber es ist für mich emotional extrem anstrengend, das Aufgaben-Dashboard der Universität („SAP Fiori“) immer voller Arbeitsaufträge zu haben, die absolut nichts zum wissenschaftlichen Fortschritt oder zur Ausbildung der Studierenden beitragen. Noch schlimmer ist, dass das Sytem mir ständig telefonische SMS-Erinnerungen schickt, während ich versuche, mich auf die Dinge zu konzentrieren, auf die es wirklich ankommt. Ich fühle mich wie Honorius, der sich hauptsächlich um seine Hühner und Tauben kümmert, während die germanischen Stämme das Weströmische Reich zerlegen.

Verstehen Sie mich nicht falsch: Ich liebe die Laborarbeit und den Austausch mit den Studierenden wirklich! Und einige Bachelorarbeiten sind fantastische Lektüren (siehe das P.S. unten). Aber fast jeder an unserer Universität schläft, wenn es um den Einsatz von KI geht. Kaum jemand hat die Ressourcen, um sinnvolle Arbeit zu leisten. Ich spreche nicht von Forschern, die über KI forschen. Ich spreche von Forschern in anderen Bereichen, die massiv von KI profitieren könnten, wie z. B. Forscher in den Biowissenschaften wie ich.

Proteinaufreinigung mit Äkta & Unicorn

Sun, 19 Apr 2026 00:00:00 +0000

Proteine (und andere Biomoleküle) werden meistens über chromatographische Methoden aufgereinigt. Es gibt einige wenige Hersteller, die spezielle Chromatographiesysteme entwickelt haben, die für Biomoleküle wie Proteine, Nukleinsäuren und Viren optimiert sind. Die bekanntesten Systeme sind die NGC-Maschinen von BioRad und die Äkta-Maschinen von Cytiva (previously GE HEalthcare, previously Amersham, previously Pharmacia). Unsere Fakultät hat vor kurzem ein Äkta Avant angeschafft, und wir sind fast fertig mit der Einrichtung. Es ist bereits in das universitätseigene Reservierungssystem integriert. Nur das automatisierte Backup-System klappt noch nicht. Ich benutze Äkta-Geräte seit 1996, als Professor Jorma Keski-Oja einen der ersten Äkta Explorer für das Haartman-Institut kaufte. Die Software war und ist immer noch Unicorn, aber wir sind jetzt bei Version 7, die im Vergleich zu den Unicorn-Versionen aus dem letzten Jahrtausend einen modernen, weniger überladenen Look hat. Doch selbst nach mehr als 10 Jahren Entwicklung ist Unicorn 7 noch nicht auf dem gleichen Funktionsstand wie die alten Versionen. Daher bietet das Evaluation-Modul die Option, auf Evaluation Classic zurückzuschalten. Wenn Sie beispielsweise personalisierte und stilvolle Chromatogramme in Ihren Vorträgen präsentieren möchten, benötigen Sie immer noch Evaluation Classic! Das neue Evaluation-Modul verfügt zwar über Schnellfunktionen zum Exportieren von Kurven in Präsentationssoftware wie PowerPoint, aber das ist alles pixelbasiert und daher nach dem Export nicht mehr einfach zu bearbeiten. Um professionell zu arbeite, sollte man die Kurven in das branchenübliche SVG-Vektorgrafikformat exportieren. Das kann man mit jedem modernen Vektorgrafik-Editor wie Canva, Adobe Illustrator oder Inkscape bearbeiten. Wenn man in Evaluation Classic mit der rechten Maustaste in das Chromatogramm klickt, hat man die Möglichkeit, das Chromatogramm als Metadatei zu speichern. In der aktuellen Unicorn-Version führt dies unter Windows 11 jedoch zu einem Fehler. Aber es gibt einen Workaround:

Der Studiengutschein

Sat, 04 Apr 2026 00:00:00 +0000

Da ich an der Universität Helsinki (UH) arbeite, sollte ich wohl etwas mehr über das kommende Pilotprojekt zum Studiengutschein (finnisch: opintoseteli) wissen, da die UH im Rahmen dieses Programms eine Menge Kurse anbieten wird, darunter auch einige von meinen, wie z. B. den Kurs Rekombinante DNA-Technologie (auch bekannt als „Klonieren“) . Ich habe mich ein wenig eingelesen, und hier ist das Wichtigste im Überblick:

Anwendung reagiert nicht

Fri, 27 Mar 2026 00:00:00 +0000

In Gnome bekommst du eine Warnung, wenn eine Anwendung zu lange braucht, um eine Aufgabe zu erledigen. Das kann wirklich nervig sein, besonders wenn du weisst, dass die Anwendung lediglich versucht, ihre Arbeit mit den verfügbaren Ressourcen zu erledigen. Typischerweise sind es immer die gleichen Apps die diese Warnung provozieren; auf meinem (ziemlich langsamen) Computer: z.B. Gdebi, Zotero und SnapGene. Um diese störende Benachrichtigung loszuwerden (oder sie zumindest deutlich seltener auftreten zu lassen), kannst du das Timeout wie folgt erhöhen:

Der find-Befehl auf einem alten Asustor

Sat, 21 Mar 2026 00:00:00 +0000

Anstatt sich auf der Web-GUI von Asustor wahllos durch endlose Ordnerhierarchien zu klicken, kann man sich einfach per ssh mit dem Gerät verbinden und mit dem find-Befehl der Kommandozeile suchen. Es gibt jedoch wichtige Unterschiede zwischen dem find-Befehl auf modernen Linux-Systemen und dem find-Befehl in ADM (dem Betriebssystem von Asustor NAS-Servern). Mein EOL Asustor (AS-304T) verwendet 3.5.9.RWM1, welches das BusyBox find v1.19.3 nutzt, während mein Ubuntu Linux GNU find 4.9.0 verwendet. BusyBox find verzichtet zugunsten eines kleinen binären Fußabdrucks auf viele Funktionen und ist an die GPL-2 gebunden. Auf der GPL-3-Seite unter Linux wurden bedeutende neue Funktionen und Leistungsverbesserungen hinzugefügt. Hier ist der find-Befehl, den du benötigst, wenn du alle Laufwerke auf deinem Asustor durchsuchen möchten:

Zotero mit 15 GB freiem Dateispeicher?

Thu, 12 Mar 2026 00:00:00 +0000

Ich nutze Zotero seit 2013 als meine primäre Software zur Literaturverwaltung . Ich bin im Großen und Ganzen zufrieden mit Zotero (und habe auch schon früḧer darüber gebloggt. Obwohl unsere Universität Zugang zu EndNote bietet, verlieren die meisten Studierenden den „kostenlosen“ Zugang nach dem Verlassen der Universität. Ein Jahresabonnement für EndNote kostete früher (in Finnland über einen Wiederverkäufer) etwa 100 €, was eine unnötige Belastung im Budget eines Studierenden darstellt. Das „Einmalkauf“-Modell von EndNote ist meiner Meinung nach irreführendes Marketing, da man keinen Anspruch auf größere Upgrades hat, die ungefähr jährlich erscheinen. Die „Upgrade-Gebühr“ ist meistens etwa so hoch wie das frühere Jahresabonnement.

Du weisst, dass du schon zu lange in Finnland bist, wenn…

Wed, 04 Mar 2026 00:00:00 +0000

Du weisst, dass du schon zu lange in Finnland bist, wenn… ist ein alter Facebook-Thread aus dem Jahr 2010 , aber ich hatte schon etliche dieser Momente. Mit zunehmender Häufigkeit merke ich, dass ich nicht mehr als normaler Deutscher durchgehen würde.

Wie man die farbenblind-sichere Nature Color Palette für Inkscape installiert

Wed, 28 Jan 2026 00:00:00 +0000

Unter Linux ist das ganz einfach und schnell erledigt. Eine Anleitung zur Installation dieser Farbpalette unter Windows oder macOS findest du hier: https://github.com/atsuyaw/NatureColorPalette .

Der Asustor AS-304T NAS-Server kann moderne ext4-Dateisysteme nicht mounten

Thu, 22 Jan 2026 00:00:00 +0000

Der Asustore AS-303T NAS-Server ist mittlerweile ziemlich alt (2013 gekauft), aber ich wollte ihn trotzdem behalten, um Backups aus den letzten etwa 15 Jahren zu speichern. Ursprünglich hatte ich vier 2TB-Laufwerke installiert, aber nun hatte ich zufällig vier alte 3TB-Laufwerke herumliegen und wollte diese nutzen, um die Speicherkapazität zu maximieren. Also habe ich erst einmal alle Daten vorübergehend vom RAID des NAS auf einige externe Laufwerke kopiert, und wollte danach den NAS-Server mit den 3TB-Laufwerken aufrüsten. Einen Teil der Daten habe ich über eine direkte Punkt-zu-Punkt-Ethernet-Kabelverbindung über meinen Labtop auf externe USB-Laufwerke kopiert. Das war eine schlechte Idee, denn als ich später versuchte, die Daten über den lokalen USB3-Anschluss des NAS zurückzukopieren, erkannte das Betriebssystem des NAS das ext4-Dateisystem nicht, das mein Ubuntu 24.04 verwendet hatte. Es stellte sich heraus, dass Asustor OS BusyBox v1.19.3 verwendet, und obwohl es ext4-Dateisysteme lesen kann, kennt es die modernen ext4-Funktionen nicht und konnte daher die USB-Laufwerke nicht mounten (der NAS-Server läuft mit der ADM-Version 3.5.9.RWM1, die ihr letztes Update am 29. August 2022 erhalten hat). Damit das Asustor-OS diese Laufwerke erkennt, musste ich das ext4-Dateisystem “downgraden”. Folgendes ist dafür notwendig:

Netzwerkverkehr über zwei verschiedene NICs routen

Sat, 03 Jan 2026 00:00:00 +0000

Ich kopiere gerade eine Menge Dateien von unserem NAS-Backup auf meinen Laptop. Da das WLAN zu langsam war (1 TB dauert in der Praxis einige Stunden), habe ich das NAS mit einem Ethernet-Kabel direkt an meinen Laptop angeschlossen. Beide Rechner mussten ihre IP-Adresse innerhalb desselben Netzwerks manuell einrichten (welches beliebig sein kann; ich habe 192.168.8.150 für meinen Laptop und 192.168.8.199 für das NAS verwendet, und als Netzmaske für beide 255.255.0.0). Da dieses “interne” Netzwerk keinen Internetzugang bietet, griff mein Ubuntu 24.04-Laptop automatisch wieder auf das WLAN zurück. Um den Laptop zu zwingen, das kabelgebundene Netzwerk zu nutzen, musste ich das WLAN deaktivieren. Aber nun kann ich ohne WLAN nicht mehr online gehen. Also musste ich dem Computer mitteilen, das kabelgebundene Netzwerk nur für das NAS zu verwenden, welches die IP 192.168.8.199 hat. Der benötigte Befehl lautet:

Mein Samsung Diensthandy wurde mit vorinstallierter Spyware geliefert

Thu, 25 Dec 2025 00:00:00 +0000

Wenn man an der Universität Helsinki arbeitet, könnte man den Eindruck gewinnen, dass die IT-Abteilung den Schutz der digitalen Sicherheit ernst nimmt. Beispielsweise zwingt die IT-Abteilung alle Mitarbeiter der UH, an einer jährlichen „Prüfung“ teilzunehmen, um zu beweisen, dass wir uns noch an die Grundlagen von Computersicherheit und Datenschutz erinnern. Sie zwingen die Benutzer außerdem weiterhin – entgegen dem Rat aller Experten – dazu, ihre Passwörter jährlich zu aktualisieren. Studien haben gezeigt, dass die beiden oben genannten Praktiken die Sicherheitslage eher verschlechtern als verbessern [1,2]. Privatsphäre ist in der heutigen digitalen Welt eher ein Theater als Realität [3]. Hätte es mich also überraschen sollen, dass das Android-Handymodell, das offiziell von meiner eigenen IT-Abteilung empfohlen wurde, mit vorinstallierter Spyware geliefert wurde?

Python schaltet das Licht für unsere Pflanzen an

Wed, 24 Dec 2025 00:00:00 +0000

2025 haben wir endlich unseren 12 Jahre alten Router (den Asus RT-AC66U, WiFi 5/IEEE 802.11ac) aktualisiert und ihn durch einen WiFI 6 Flint 2 (GL-MT6000) ersetzt. Während die Standard-Benutzeroberfläche des Flint 2 recht einfach ist, ist sein erweitertes Setup für echte Profis. Wenn man auf “Erweitertes Setup” (Advanced Setup) klickt, kann man auf die zugrunde liegende OpenWRT -Benutzeroberfläche zugreifen. OpenWRT ist eine Linux-Distribution für Router. Und wenig überraschend ist es sehr leistungsstark. Seit letztem Jahr verwende ich ein LED-Array , um unseren Pflanzen zu helfen, den Winter zu überstehen. Um die Lichter automatisch zu steuern, verwenden wir einen Shelly Smart Plug über ein Python-Skript, das die Lichtverhältnisse und Strompreise berechnet (unter Verwendung der sähkönhintatänään API , um die Preisdaten zu erhalten) und die Pflanzenlichter nur einschaltet, wenn sowohl die Lichtverhältnisse als auch die Strompreise niedrig sind. Heute habe ich dieses Python-Skript von meinem Desktop-Computer auf den Flint 2-Router verschoben. Für OpenWRT sind Tausende von installierbaren Paketen verfügbar (direkt über die Router-Benutzeroberfläche: Anwendungen > Plug-ins). Damit mein Python-Skript auf dem Router funktioniert, musste ich zunächst den openssh-server installieren, um Shell-Zugriff zu erhalten (übrigens ist die P/L-Kombi root/“dasselbe Passwort wie für die Web-UI”, der Router öffnet den Zugriff korrekterweise nur für das lokale Netzwerk). Ich habe auch python3 und python3-pip installiert und dann die beiden Nicht-Standard-Pakete ShellyPy (zur Adressierung der Smart Plugs) und astral (zur Berechnung der Dunkel-/Hellphasen für jeden beliebigen Tag auf dem Breitengrad von Helsinki, das bei etwa 60° Nord liegt) über pip installiert. Ich musste nur noch einen Eintrag in den Crontab einfügen, um das Skript einmal pro Stunde auszuführen. Da amn als root angemeldet ist, muss man nur crontab -e ausführen und diese Zeile zur Crontab hinzufügen: 0 * * * * python3 /root/plantlight.py und den Cron-Daemon neu starten (was man über die OpenWRT-Benutzeroberfläche unter “System > Startup” tun kann).

Immer noch am Überlegen, was du studieren sollst?

Sat, 20 Dec 2025 00:00:00 +0000

Wenn ich heute 20 Jahre alt wäre, würde ich mich in einen interdisziplinären Studiengang einschreiben. Mein Favorit unter den in Finnland angebotenen Programmen ist der Internationale Masterstudiengang in Pharmazie (offiziell “Master’s Programme in Pharmaceutical Research, Development and Safety”, abgekürzt MPHARM) an der Universität Helsinki. Ich gebe dir fünf überzeugende Gründe:

Der finnische Wunschtraum

Mon, 15 Dec 2025 00:00:00 +0000

Ein Realitätscheck für internationale Studenten

Finnland wird seit nunmehr acht Jahren in Folge als das glücklichste Land der Welt gefeiert . Finnland ist jedoch nicht nur das glücklichste Land, sondern auch das Land mit einer der niedrigsten Geburtenraten . Um das Rentensystem zu stabilisieren, hat Finnland beschlossen, dass es Einwanderung braucht – eine Idee, die für ein Land, das vor 30 Jahren fast so isoliert vom Rest Europas war wie Nordkorea heute vom Rest Asiens, sehr radikal war. Zu dieser Zeit war das internationale Autokennzeichen für Finnland noch SF für Sowjet-Finnland (nur ein Scherz, das S steht natürlich für Schweden). Finnland will die Einwanderung erhöhen, indem es ausländische Studenten anlockt, in Finnland einen Abschluss zu machen, in der Hoffnung, dass einige von ihnen nach dem Abschluss im Land bleiben. Daher ist Finnland zu einem immer beliebteren Ziel für internationale Studenten geworden, insbesondere aus Asien. Angelockt durch das Versprechen eines qualitativ hochwertigen Lebens, exzellenter Bildung und zahlreicher Möglichkeiten, investieren viele massiv, um einen Abschluss an einer der finnischen Universitäten zu erlangen. Vor zehn Jahren war die universitäre Ausbildung für alle (einschließlich aller Ausländer) kostenlos, aber seit 2017 müssen Studenten aus Nicht-EU/EWR-Ländern Studiengebühren zahlen . Dies war nicht die eigene Entscheidung der Universitäten, sondern wurde von der Regierung vorgeschrieben.

Anleitung zur Konvertierung eines Asustor AS7004T NAS-Servers in einen Ubuntu-Server

Sat, 22 Nov 2025 00:00:00 +0000

An diesem Wochenende habe ich unseren alten Asustor AS7004T NAS-Server in einen Ubuntu 24.04 Server umgewandelt. Das ADM-Betriebssystem hatte seit über einem Jahr keine Updates mehr erhalten und hatte seitdem ausgeschaltet im Regal gestanden. Das ist wirklich schade, denn es war absolut nichts daran kaputt. Ich hatte den ursprünglichen 2-GB-Arbeitsspeicher des Geräts schon vor Jahren mit einem 8-GB-Modul auf insgesamt 10 GB aufgerüstet. Man kann einen Ubuntu-Server auch mit 2 GB betreiben, wenn man es wirklich will… Was benötigt man für die Konvertierung? Offensichtlich muss man eine USB-Tastatur und eine Maus anschließen. Apple-USB-Tastaturen funktionieren nicht. Je billiger die Tastatur, desto besser. Manchmal gab es Probleme mit der Maus, dann half es, sie in einen andere USB-Buchse zu stecken. Und natürlich muss man den NAS-Server über ein HDMI-Kabel mit einem Monitor verbinden. Ich empfehle die Installation von Ubuntu Server 24.04.3. Ubuntu Desktop 24.03 funktioniert ebenfalls (ich habe es getestet), aber ich brauche es nicht und der Server hat einen viel geringeren Ressourcenbedarf. Im Gegensatz zu älteren Asustor-NAS-Geräten und -Distributionen funktionierte die Lüftersteuerung problemlos. Allerdings funktionieren die LED-Steuerung und die Display-Informationen nicht: Das Display zeigt immer “Starting system. Please wait…” an.

Eine hochspezialisierte Fisch-Spezies

Wed, 12 Nov 2025 00:00:00 +0000

Ich träume immer noch davon, meine Finnischkenntnisse zu verbessern, und deshalb mache ich gelegentlich dumme Sachen. Mit viel Hilfe von zwei unglaublich geduldigen RedakteurInnen habe ich in letzter Zeit versucht, einen populärwissenschaftlichen Artikel auf Finnisch über unseren wissenschaftlichen Ausflug in die Fischbiologie zu schreiben. Der Artikel ist gerade im Online-Magazin mene & tiedä der Young Academy Finland ( Nuorten Tiedeakatemia ) erschienen.

Quiz results

Thu, 06 Nov 2025 00:00:00 +0000

DAMTS18 reguliert den Umsatz extrazellulärer Matrix durch Fibronektin-Spaltung

Tue, 04 Nov 2025 00:00:00 +0000

Die Erhaltung der spezialisierten Blutgefäße in Darmzotten war das Thema eines Nature Communications-Papers aus dem Petrova-Labor ( https://doi.org/10.1038/s41467-022-31571-2 ). Die Aufrechterhaltung der Polarität der nährstoffabsorbierenden Gefäße erforderte eine unterschiedliche Exposition gegenüber VEGFA, die durch spezialisierte Zellen aufrechterhalten wurde, welche die richtige Menge an Fibronektin produzierten. Die Protease ADAMTS18, bisher ohne bekanntes Substrat, scheint maßgeblich an der proteolytischen Reifung von Fibronektin beteiligt schien. Nun analysierte eine Publikation der University of Eastern Finland den Zusammenhang zwischen ADAMTS18 und Fibronektin im Detail: https://doi.org/10.1016/j.jbc.2025.107026 . Es stellte sich heraus, dass ADAMTS18 Fibronektin an einer spezifischen Stelle spaltet. Fibronektin bildet Fibrillen, die wesentliche Bausteine der extrazellulären Matrix sind. ADAMTS18 entfernt einen kritischen Teil des Fibronektin-Moleküls und verhindert so dessen Fibrillenbildung. Dies etabliert ADAMTS18 als wichtigen Akteur nicht nur in der Endothelzellbiologie, sondern potenziell auch in vielen anderen Kontexten, in denen eine fibronektinhaltige extrazelluläre Matrix beteiligt ist. Fibronektin ist als Hauptbestandteil der provisorischen Matrix entscheidend während der Wundheilung und bei der Erhaltung der ECM von Organen wie der Lunge. Folglich eröffnen sich viele interessante Wege, um zusätzliche spezifische Funktionen für ADAMTS18 zu untersuchen. Glückwunsch, Maria, zu diesem wichtigen Beitrag zu unserem Verständnis eines weiteren Mitglieds der ADAMTS-Enzymfamilie!

Danke, Aalto-Helsinki iGEM-Team!

Sun, 02 Nov 2025 00:00:00 +0000

Ich bin extrem stolz auf euch, Aalto-Helsinki iGEM Team ( https://www.aaltohelsinki.com )! Obwohl wir das ganze Jahr über im Überlebensmodus waren, sind die Ergebnisse wirklich außergewöhnlich: Goldmedaille erreicht, nominiert für das beste Therapeutics-Projekt (Overgrad-Serie, knapp geschlagen vom ebenso außergewöhnlichen Mystiphage-Projekt der Universität Toronto) und zwei Sonderpreise für Best Measurement und Best Sustainable Development Impact! Ich wäre sehr gerne für das Grand Jamboree in Paris gewesen, aber Lehraufgaben und Fristen für Förderanträge hatten Vorrang. Nach den Videos zu urteilen, wurde ich aber überhaupt nicht gebraucht. Ein orales Vitamin-B12-Supplement, das auch für alle Patienten wirkt, die derzeit Injektionen benötigen, ist einen Schritt näher gerückt. Wir werden euch über unsere Fortschritte auf dem Laufenden halten, das ist erst der Anfang!

The War on Cancer

Wed, 01 Oct 2025 00:00:00 +0000

Mittwoch, der 1. Oktober 2025, ist der Europäische Tag der Stiftungen und Spender. Da wir fast keine Grundfinanzierung für die Forschung erhalten, ist meine Forschung absolut von Drittmitteln abhängig. Da sich ein Großteil der F&E-Finanzierung unserer Regierung von der akademischen zur kommerziellen Forschung (“Wirtschaftsförderung”) verlagert hat, halten Stiftungen die Krebsforschung in Finnland am Leben. In der Vergangenheit kam ein erheblicher Teil der Gelder auch von Steuerzahlern. Die meisten Menschen bringen dies mit US-Präsident Richard Nixon in Verbindung, der 1971 den Krieg gegen den Krebs ausrief. Der politisch unterstützte “Krieg gegen den Krebs” wurde jedoch nicht, wie oft behauptet, von Nixon begonnen. Der Krieg gegen den Krebs war fast 40 Jahre zuvor eine Priorität von Politikern einer ganz anderen Art.

Die Paprika-Ernte beginnt bald

Sun, 21 Sep 2025 00:00:00 +0000

Zum ersten Mal werden wir eine anständige Paprika-Ernte auf unserem Balkongarten haben. Wir hatten bereits Erfolg mit Gurken und Tomaten , aber unsere Paprikapflanzen wurden bisher immer früh in der Wachstumsperiode von Spinnenmilben befallen, die auf unserem Balkon heimisch zu sein scheinen. Aber dieses Jahr scheint es zu klappen; die Früchte bekommen gerade ihre Farbe! Hoffentlich werden alle rot, bevor die ersten Nachttemperaturen auf unserem Balkon unter null fallen, aber das ist oft erst Ende Dezember der Fall, da der Balkon verglast ist. Natürlich sind auch grüne Paprikas essbar, aber die roten enthalten einfach mehr Vitamine (jedenfalls mehr Vitamin C and Folsäure/Vitamin B9 . Wollt ihr wissen, welche Sorte wir gesät haben? Wir haben die Samen der roten Ramiro-Paprika verwendet, die man bei Prisma kaufen kann: https://www.s-kaupat.fi/tuote/coop-makea-suippopaprika-300g/6438574276493 .

Exportieren von Avidemux ins MP4-Format

Sat, 20 Sep 2025 00:00:00 +0000

Aus irgendeinem Grund stürzt Unitube , der universitätseige Video-Distribution und Streaming-Service neuerdings immer beim Versuch ab, eine MKV-Datei hochzuladen. Letztes Jahr hat das noch funktioniert… Nur proprietäre Formate scheinen in Ordnung zu sein (wie etwa MP4). Das macht mir viel zusätzliche Arbeit, da ich Open-Source-Tools verwende, um meine Vorlesungsaufzeichnungen zu bearbeiten (hauptsächlich, um unnötige Teile herauszuschneiden). Um jedoch eine MP4-Datei zu erstellen, muss ich transkodieren, was ein zeitaufwändiger Prozess ist, der die Änderung vieler Standardeinstellungen erfordert. Und so geht das im Open Source-Programm Avidemux:

t_coffee läuft auf einer Standard-Installation von Ubuntu 24.04 LTS immer noch nicht

Thu, 18 Sep 2025 00:00:00 +0000

Der Fehler in t_coffee (hier gemeldet: https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/27#issuecomment-1355339411, ), ist auch nach vielen Jahren immer noch problematisch. Ich wage es kaum noch, meinen Studierenden t_coffee zu empfehlen, auch wenn ich es gerne täte, denn t_coffe is ein exzellentes enorm vielseitiges Programm. Die meisten scheitern bei der Installation auf der Standard-Ubuntu-Distribution unserer Universität (“Cubbli”), die derzeit in der Version 24.04 ist. Ich habe es erst kürzlich selbst ausprobiert (Ubuntu 24.04 LTS, sowohl mit der Version, die vom Standard-Ubuntu-Repository über den Paketmanager bereitgestellt wird, als auch mit der stabilen und derBeta-Version von https://tcoffee.org/Projects/tcoffee/index.html (Stable COFFEE_installer_Version_13.46.0.919e8c6b_linux_x64.tar.gz und Beta T-COFFEE_installer_Version_13.46.1.b8b01e06_linux_x64.tar.gz). Alle haben den Defekt: –ERROR: MAX_N_PID exceeded. Das Programm bleibt irgendwo stecken und braucht etwa eine Minute, bevor es den Fehler ausgibt, selbst bei einer einfachen Rechenaufgabe, die normalerweise nur wenige Sekunden dauert. Bei einem komplexeren Alignment kann es Minuten oder Stunden dauern, bevor der Fehler ausgegeben wird. Der Workaround besteht darin, die Umgebungsvariable vor jedem Durchlauf zu setzen, d. h. man ersetzt t_coffee durch ein Shell-Skript, das das umbenannte t_coffee aufruft, nachdem der Umgebungsparameter MAX_N_PID_4_TCOFFEE auf einen großen Wert (wie /proc/sys/kernel/pid_max) gesetzt wurde; dies wird im obigen Github Link erklärt. Siehe auch https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/47 . Ein anderer Workaround ist die Neukompilierung mit einer anderen MAX_N_PID, was ziemlich unkompliziert ist; siehe auch hier https://github.com/cbcrg/tcoffee :

Die Art der Verabreichung ist weiterhin Kernproblem der VEGF-Therapie

Fri, 12 Sep 2025 00:00:00 +0000

Die bloße Injektion eines im Labor hergestellten Wachstumsfaktors in den Körper reicht nicht aus, um das zu kopieren, was der Körper natürlicherweise tut. Das liegt daran, dass unsere eigenen Wachstumsfaktoren am richtigen Ort, zur richtigen Zeit und in der richtigen Menge freigesetzt werden und ihre Werte über Rückkopplungsschleifen ständig angepasst werden.

Wireguard

Sat, 30 Aug 2025 00:00:00 +0000

Mein Heimrouter (ein GL-iNet GL-MT6000) hat WireGuard integriert. Um einen Client hinzuzufügen, drückt man einen Knopf und kann entweder einen QR-Code scannen oder die Konfigurationsdatei herunterladen. Der QR-Code funktionierte auf Anhieb mit meiner Wireguard für Android App (dem offiziellen Client für Android), und die Konfigurationsdatei funktionierte ebenso gut für Ubuntu Linux 24.04 (installation über NetworkManager). Um das VPN einzurichten, importiert man einfach die Konfigurationsdatei. Der letzte Befehl von den drei unten angegebenen verhindert, dass das VPN nach einem Neustart automatisch startet. Wenn ich von zu Hause aus arbeite, macht es wenig Sinn, meinen Datenverkehr zu meinem eigenen VPN-Server (= Heim-Router) zu Hause zu leiten, wenn ich ohnehin zu Hause bin.

Sicherungskopien von DVDs

Sat, 09 Aug 2025 00:00:00 +0000

Das Rippen von DVDs ist eine Sache (und Handbrake ist das Tool, das ich dafür meistens verwende). Manchmal möchte man aber einfach nur die gesamte DVD auf die Festplatte kopieren. Unter Ubuntu Linux ist dvdbackup meine bevorzugte Software dafür.

Akademische Karriere

Sun, 03 Aug 2025 00:00:00 +0000

Ein winziger Arbeitsmarkt, aber das beste europäische Land zum Leben (in Anbetracht der globalen Erwärmung)

Diesen Monat bin ich an meiner Universität vom Associate Professor zum ordentlichen Professor (Full Professor) befördert worden. Da ich auf die Meinung meines Doktorvaters Kari Alitalo , meiner derzeitigen Vorgesetzten und fast aller anderen vertraut habe, hatte ich keinen Plan B vorbereitet für den Fall, dass mir die Festanstellung (Tenure) verweigert würde. Was hätte für einen Angehörigen der Generation X auf dem finnischen Arbeitsmarkt ein realistischer Plan B sein können? Ein Blick auf den internationalen Arbeitsmarkt würde die Lösung des Problems erleichtern, da sich die beruflichen Möglichkeiten um den Faktor 100 erhöhen würden, selbst wenn man nur englisch- und deutschsprachige Länder berücksichtigt. Finnlands Bevölkerung beträgt nur etwa 5,6 Millionen, und sein Arbeitsmarkt ist winzig. Ein Umzug ins Ausland ist jedoch nicht so einfach, wenn der Rest der Familie gegen einen Tapetenwechsel ist. Und warum sollte ich das einzige Land in Europa verlassen, dessen Sommertemperaturen nicht gesundheitsgefährdend sind? Sicher, die globale Erwärmung trifft auch die nordischen Länder: Wir hatten gerade die längste ununterbrochene Hitzewelle in Finnland , seitdem Messungen durchgeführt werden (22 Tage mit >30°C). Aber 30°C schlagen 40°C um Längen. Für meine amerikanischen Freunde & Familie: 30°C = 86°F, 40°C = 104°C.

38 Jahre später, am gleichen Ort (Teil A)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

Ich besuchte Tallinn zum ersten Mal im Jahr 1987. Es war zugleich mein erster und letzter Besuch in der Estnischen Sozialistischen Sowjetrepublik. Damals machte ich einige Fotos – ich hatte lediglich einen einzigen 35-mm-Film mit 36 Aufnahmen dabei. Letzte Woche bin ich dann nach mehr als 25 Jahren zum ersten Mal wieder in Tallinn gewesen, und mein Plan war, einige der damaligen Motive erneut zu fotografieren. Dabei erhielt ich Unterstützung von einem Experten, der die exakten Standorte, von denen aus ich die Fotos 1987 aufgenommen hatte, bis auf wenige Meter genau bestimmen konnte.

38 Jahre später, am gleichen Ort (Teil B)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

#Not necessary! # #

38 Jahre später, am gleichen Ort (Teil C)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

Dies war die schwierigste Aufnahme, und ich bin mir überhaupt nicht sicher, ob das neue Bild tatsächlich den Ort und den Blickwinkel annäherned wiedergibt. Auch hier habe ich das Foto von 1987 wahrschewinlich mit einer Brennweite von mehr als 100 mm aufgenommen. Es gab kein Gebäude mehr, das als eindeutig identifizierbarer Fixpunkt hätte dienen können. Übrigens: Alle Bilder aus dem Jahr 2025 wurden mit der Mobiltelefonkamera eines Samsung Galaxy A35 aufgenommen. Die ursprüngliche Kamera (Ricoh XR-P) mitzunehmen hätte das Gewicht meines Gepäcks ungefähr verdoppelt und Filme kann man heutzutage nicht mehr wie 1987 in fast jedem Geschäft kaufen (und die Filmentwicklung ist ähnlich aufwendig).

38 Jahre später, am gleichen Ort (Teil D)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

Beim nächsten Mal werde ich meine alte Spiegelreflexkamera und das 70–210-Zoomobjektiv mitnehmen. Ich denke, ich hätte auch den Digitalzoom meines Mobiltelefons verwenden können…

Mein Lenovo ThinkPad X390 vom USB-Stick booten

Sat, 12 Jul 2025 00:00:00 +0000

Es ist manchmal schwerer als man denkt, einen Computer von einem USB-Stick zu booten. Man braucht zwei nicht ganz triviale Fähigkeiten, um das hinzubekommen:

Eine unmögliche Overlap-Extension-PCR

Sat, 21 Jun 2025 00:00:00 +0000

Ein Doktorand von mir fragte mich nach Plasmidkarten für mehrere DNA-Konstrukte, die ich vor etwa 20 Jahren erstellt hatte. Da es SnapGene zu dieser Zeit noch nicht gab, hatte ich das inzwischen veraltete GeneConstructionKit2 verwendet. Ich habe damals viele Klonierungen durchgeführt, aber ich habe nicht für alle systematisch Plasmidkarten erstellt. Das GCK2-Format erlaubte leider keine einfache Annotation. Man benötigte ein separates Programm für eine umfassende Annotation der Plasmide, und diese Daten wurden in einer separaten Datei gespeichert, der sogenannten „Illustrationsdatei“: Was konnte da schon schiefgehen? Gestern habe ich schließlich meine alten Laborbücher herausgesucht und etwa 10 alte Klonierungen in SnapGene nachvollzogen. Ich war jedoch nicht in der Lage, eine der Klonierungen zu simulieren, da SnapGene das Funktionieren eines „suboptimalen“ PCR-Primers blockierte.

Virtuelle Python-Environments

Mon, 16 Jun 2025 00:00:00 +0000

Es gibt viele verschiedene Möglichkeiten, Python in einer virtuellen Umgebung auszuführen. Bisher habe ich conda (zusammen mit anaconda) verwendet, aber ich arbeite häufig an Rechnern, auf denen es nicht installiert ist. Daher habe ich in letzter Zeit begonnen, die integrierte virtuelle Umgebung zu nutzen. Wenn du in einem Verzeichnis an einem Python-Projekt arbeitest, sind dies die Schritte, um damit zu beginnen:

Lern- und Lehrmaterialien über Biopharmazeutika/Biopharmaka

Sun, 08 Jun 2025 00:00:00 +0000

Vorlesungsfolien “Biopharmazeutika” (Finnisch)

Finnischsprachiges Lernmaterial

Grundlagen der Biopharmazeutika

Titel: Biologiset lääkkeet (Biopharmazeutika) Jahr: 2016 Autor: Fimea (Finnische Agentur für Arzneimittel und Medizinprodukte) URL: https://fimea.fi/laaketurvallisuus_ja_tieto/biologiset-laakkeet
Titel: Biologiset lääkkeet (Biopharmazeutika) Jahr: 2023 Autor: Terveyskylä (Öffentlicher Informationsdienst, der u.a. von den finnischen Universitätskliniken bereitgestellt wird) URL: https://www.terveyskyla.fi/laaketalo/tietoa-laakkeista/biologiset-laakkeet

Grundlagen der Biosimilars

Ein besseres Levodopa

Sat, 31 May 2025 00:00:00 +0000

Saku Renunanens Manuskript über neuartige Inhibitoren von Levodopa-Decarboxylasen wurde im European Journal of Pharmaceutical Sciences veröffentlicht. Es ist ein Musterbeispiel dafür, wie man durch die Bündelung des Fachwissens vieler verschiedener Menschen Fortschritte erzielen kann. Wir alle wissen, dass Levodopa lediglich eine symptomatische Behandlung darstellt und dass der eigentliche Durchbruch bei der Behandlung der Parkinson-Krankheit wahrscheinlich aus einem molekularen Verständnis der Bildung von Alpha-Synuclein- und Tau-Protein-Aggregaten sowie der Frage resultieren muss, wie man diesen Prozess stören oder umkehren kann. Die Entwirrung der molekularen Ätiologie der Parkinson-Krankheit und die Suche nach einem Weg, diese zu beeinflussen, werden jedoch noch viele Jahre in Anspruch nehmen. Daher kann die Verbesserung bestehender Behandlungsstrategien kurzfristig einen größeren Einfluss auf das Leben der Patienten haben, und die Erforschung neuer Ansätze zur Verbesserung von Strategien gegen den Dopaminmangel ist somit lohnenswert.Levodopa ist nach wie vor das Mittel der Wahl bei der Parkinson-Krankheit, doch ein Großteil davon wird abgebaut, bevor es überhaupt das Gehirn erreicht. Zwar setzen wir bereits Medikamente wie Carbidopa (Lodosyn) ein, um dies zu verhindern, doch neuere Forschungsergebnisse deuten darauf hin, dass auch Darmbakterien zu diesem Problem beitragen könnten. Insbesondere Enterococcus faecalis und ähnliche Bakterien können die Tyrosindecarboxylase-Enzyme stören. Um dem entgegenzuwirken, wurden in dieser Studie über 150.000 Verbindungen computergestützt untersucht, um solche zu finden, die dieses bakterielle Enzym blockieren könnten. Nach einer Reihe von In-silico- und Labortests wurden drei vielversprechende Verbindungen ausgewählt, die sowohl das bakterielle TyrDC als auch das menschliche AADC hemmen können (das Enzym ist bereits ein Zielmolekül bei Patienten). Warum ist das wichtig? Diese Verbindungen könnten zu wirksameren symptomatischen Behandlungen der Parkinson-Krankheit führen. Aufgrund von Unterschieden im Darmmikrobiom könnten einige Patienten stärker davon profitieren als andere, insbesondere solche mit einem hohen Anteil an Levodopa-hungrigen Darmbakterien. Die vollständige Studie finden Sie hier: https://doi.org/10.1016/j.ejps.2025.107133 . Bei solchen Kooperationen lerne ich immer viele neue, superinteressante Dinge. Das ist einer der Gründe, warum ich mich überhaupt dafür entschieden habe, Wissenschaft zu meinem Beruf zu machen.

ProxyJump

Thu, 01 May 2025 00:00:00 +0000

Seit OpenSSH 7.3 ist es wesentlich einfacher, von außen eine Verbindung zu Linux-Rechnern innerhalb des UH-Netzwerks herzustellen. Bei älteren SSH-Versionen musste man einen komplizierten „ProxyCommand“ verwenden, jetzt ist es ganz einfach:

Restriktionsenzym-Rechner

Tue, 29 Apr 2025 00:00:00 +0000

Online-Rechner, um die benötigte Menge an Restriktionsenzym für einen Verdau zu berechnen.

Restriction Digest Calculator

Manchmal muss man wissen, wie viel Restriktionsenzym benötigt wird, um eine bestimmte Menge eines Plasmids in einer vorgegebenen Zeit zu schneiden. Hier ist das Berechnungstool, nach dem du gesucht hast! Alle Daten, die für den Algorithmus verwendet wurden, stammen von New England Biolabs (NEB). Das Überleben des Enzyms in der Reaktion wurde aus den von NEB veröffentlichten Experimenten extrapoliert. Gib einfach die Zahlen in das Formular ein und klick auf Submit!

VEGFC-beladene Lignin-Nanopartikel

Thu, 24 Apr 2025 00:00:00 +0000

Vascular Endothelial Growth Factor C (abgekürzt entweder VEGFC oder VEGF-C) wurde schon in mehreren präklinischen Modellen der regenerativen Medizin eingesetzt. Seine potenziellen Anwendungsbereiche reichen von der Reparatur von geschädigtem Herzgewebe bis hin zur Behandlung neurodegenerativer Erkrankungen . Während die Reparatur geschädigter Herzen und Gehirne von menschlichen Patienten derzeit noch nicht realistisch ist, bietet VEGFC doch einen Hoffnungsschimmer für Patienten mit Lymphödemen – einer chronischen Erkrankung, die derzeit nur symptomatisch behandelt werden kann. Doch trotz vielversprechender präklinischer und sogar einiger klinischer Studiendaten bleibt eine zentrale Hürde bestehen: die effektive Verabreichung. Der derzeitige Spitzenreiter, die adenovirale VEGFC-Gentherapie (AdVEGFC), war bis in die klinische Phase-II-Studie vorgedrungen, doch die Ergebnisse waren nicht eindeutig . Eine mögliche Erklärung ist, dass die Menge oder die Dauer der VEGFC-Produktion durch AdVEGFC unzureichend ist. Die schnelle Inaktivierung durch das Immunsystem ist ein zweischneidiges Schwert: Sie macht das Präparat zwar sicher, aber möglicherweise nicht sehr wirksam. Dieser Mangel hat das Interesse an neuartigen Verabreichungssystemen geweckt, die das Immunsystem umgehen und gleichzeitig eine kontrollierte und anhaltende Freisetzung gewährleisten.In unserem neuesten Preprint untersuchen wir das Potenzial von Lignin-Nanopartikeln (LNPs) als Träger für VEGFC, von der Synthese bis zur Stabilität. Warum Lignin? Lignin, ein Hauptbestandteil pflanzlicher Zellwände, ist das zweithäufigste Biopolymer auf der Erde und kann aus vielen verschiedenen Quellen gewonnen und zu Nanopartikeln synthetisiert werden. Unsere Stabilitätstests haben gezeigt, dass VEGFC für sich genommen relativ stabil ist. Es übersteht problemlos eine mehrwöchige Lagerung bei erhöhten Temperaturen, und wir haben es ein Jahr lang bei 4 °C aufbewahrt, ohne dass es zu einem nennenswerten Aktivitätsverlust kam. Es ist zudem relativ stabil gegenüber proteolytischen Angriffen. Es wird weder durch Trypsin noch durch Thermolysin abgebaut und widersteht sogar einer begrenzten Einwirkung von Proteinase K. Durch Einfrieren und Auftauen verliert es jedoch an Aktivität (ein Zyklus ist akzeptabel, aber nach 32 Zyklen hat es den Großteil seiner Aktivität verloren). Daher ist die Verabreichung mittels Nanopartikeln möglicherweise nicht entscheidend für den Schutz von VEGFC vor Abbau, doch eine anhaltende und verzögerte Freisetzung wäre ihr Hauptvorteil. Wir haben VEGFC auf die Partikel aufgebracht und dessen Freisetzungsprofil untersucht. Unsere Ergebnisse deuten nicht nur auf eine erfolgreiche Einkapselung hin, sondern auch auf ein verzögertes Freisetzungsmuster, was darauf hindeutet, dass LNPs als Depot mit langsamer Freisetzung für VEGFC dienen könnten. Wir stellten fest, dass VEGFC auch allein lange Zeit wirksam bleibt, da der Unterschied zwischen ungebundenem VEGFC und über LNPs verabreichtem VEGFC geringer war, als wir ursprünglich erwartet hatten. In einem modifizierten Ba/F3-VEGFR-3/EpoR-Bioassay sicherte ungebundenes VEGFC das Überleben und die Proliferation der Zellen über mehr als eine Woche hinweg, wenn auch zu späteren Zeitpunkten nicht in gleichem Maße wie das an LNPs gebundene VEGFC. Basierend auf früheren Studien führen wir die angeborene Fähigkeit von VEGF-C, „lange Zeit im System zu verbleiben“, auf seine Affinität zu bestimmten Komponenten der extrazellulären Matrix und zu Zelloberflächenmolekülen wie Heparansulfat-Proteoglykanen zurück. Auch wenn die meisten dieser Wechselwirkungen durch die Seiden-Homologie-Domäne von VEGFC vermittelt werden (die in unserer Studie, in der reifes VEGFC verwendet wurde, fehlte), scheinen einige dieser Wechselwirkungsfähigkeiten auch im reifen VEGFC erhalten zu bleiben. Mit dieser Studie haben wir erstmals erste Schritte in Richtung einer nanopartikelbasierten Verabreichung eines VEGFC-Biopharmakons unternommen. Unsere Arbeit untermauert die Machbarkeit von LNPs als Alternative zu viralen Vektoren. Es gibt jedoch noch ziemlich viel Verbesserungspotenzial. Eine Möglichkeit, die verzögerte Freisetzung zu verbessern, besteht darin, VEGFC zu modifizieren (wie es von Güç et al. durchgeführt wurde). Anstatt jedoch eine cDNA zu modifizieren, die für reifes VEGF-C kodiert (wie es Güç et al. getan haben), könnte es sinnvoll sein, Pro-VEGFC zu testen. Schließlich ist Pro-VEGFC die endogene, inaktive „latente Form“ von VEGFC. Das werden wir als Nächstes versuchen. Link zur vollständigen Vorabveröffentlichung mit detaillierten Methodenbeschreibungen und Daten: https://doi.org/10.1101/2025.04.23.649697 .

Niemand kommt uns retten

Sun, 13 Apr 2025 00:00:00 +0000

Es frustriert mich, dass es in Finnland fast unmöglich ist, ökologisch zu leben. Alles scheint diesem Ziel entgegenzuwirken. Selbst wenn ich einen ziemlich radikalen Lebensstil in Betracht ziehe, komme ich nicht annähernd an Nachhaltigkeit heran. Der größte (aber nicht der einzige) Punkt auf der Liste meiner nicht nachhaltigen Gewohnheiten ist, dass ich in einer Wohnung lebe. Und ich habe den Luxus von 30 Quadratmetern pro Person (insgesamt 120 Quadratmeter). Auf der Suche nach Möglichkeiten, meinen persönlichen CO₂-Fußabdruck weiter zu verbessern, blieb mir nur die Wahl, in eine kleinere Wohnung umzuziehen oder in ein Land zu ziehen, in dem weniger Energie zum Heizen benötigt wird. Leider muss man in Finnland einen Großteil des Jahres heizen. Ich schrieb einen Brief über meine Frustration an unsere Lokalzeitung (Helsingin Sanomat , die auch die größte Tageszeitung Skandinaviens ist. Als er veröffentlicht wurde, meldeten sich viele Menschen mit ihren Meinungen zu Wort. Es war aufschlussreich zu sehen, wie viele versuchten, die Tatsache wegzudiskutieren oder zu rechtfertigen, dass Finnland – pro Kopf – einen der größten CO₂-Fußabdrücke unter vergleichbaren Ländern hat (z. B. haben Schweden oder die Schweiz niedrigere CO₂-Fußabdrücke als wir, siehe hier ). Es gab (wie üblich) die typische (und falsche) Schuldzuweisung an die bevölkerungsreichen Länder. Einige sagten mir einfach, ich solle mit dem, was ich tue, zufrieden sein, während andere mir rieten, mir Hilfe bei einem Psychologen zu suchen. Viel defensive Rationalisierung und Abgrenzung. Je klüger wir sind, desto besser können wir rationalisieren. Ich glaube, tief im Inneren wissen wir alle, dass wir nur so tun, als würden wir den Planeten retten. Die meisten Deutschen wussten tief im Inneren auch, dass diese Fabriken, in denen alle Juden zur Arbeit gezwungen wurden, nicht nur Seife herstellten. Die USA kamen im Zweiten Weltkrieg, um Europa zu retten, aber es kommen keine USA, um den Planeten zu retten.

Scholar-was?

Mon, 07 Apr 2025 00:00:00 +0000

Heute Morgen landete eine E-Mail von ScholarGPS in meinem Posteingang, in der mir mitgeteilt wurde, dass Ihre umfangreiche Publikationsbilanz, die hohe Wirkung Ihrer Arbeit und die herausragende Qualität Ihrer wissenschaftlichen Beiträge haben Sie laut dem aktuellen ScholarGPS-Ranking 2024 in die obersten 0,05 % aller Wissenschaftler weltweit gebracht. Ist das irgendein Betrugsversuch, um erst mein Ego aufzublähen und mich dann dazu zu bringen, einen Abonnementdienst zu abonnieren? Ich habe ein wenig gegoogelt, aber es scheint sich um ein seriöses Unternehmen zu handeln. Mir ist nicht ganz klar, warum jemand der Meinung ist, dass es noch ein weiteres Unternehmen geben sollte, das diese Art von Forschungskennzahlen erhebt, und warum Universitäten ein „ScholarGPS Pro“-Abonnement erwerben sollten, das sich an akademische Einrichtungen richtet und offenbar die Grundlage für die Monetarisierung ihres Dienstes bildet. ScholarGPS wurde 2022 gegründet und bewertet einzelne Wissenschaftler, Einrichtungen und Publikationen. Ich habe mir die Rankings kurz angesehen, und die Rankings der Einrichtungen stimmen – mit wenigen Ausnahmen – ziemlich gut mit anderen bekannten Rankingsystemen überein. So belegt beispielsweise die Universität Helsinki Platz 82 , hinter dem Karolinska-Institut (67), der ETH Zürich (56) und der Universität Kopenhagen (54). Die drei am höchsten platzierten Publikationen befassen sich alle mit technischen Fortschritten in der Proteinanalyse (Lowry, Bradford und Laemmli). Die Zahlen für diese drei (235.778, 208.682 und 195.947, Stand: 7. April 2025) stimmen nicht mit den Werten von Scopus (273.686, 233.419, 220.553), Web of Science (356.029, 242.982, 259.225) oder Google Scholar (234.173, 261.986, 307.492) nicht überein. Zählen die wirklich selbst? Sie behaupten, KI zu nutzen. Ich glaube nicht, dass Zählen als KI gilt, und wenn man es genau nimmt, ist KI wirklich schlecht im Zählen und bei anderen einfachen Rechenaufgaben ( https://x.com/yuntiandeng/status/1836114401213989366 ).Was bedeutet dieser „oberste 0,05 % aller Wissenschaftler“ eigentlich? Nicht viel, wenn man nicht weiß, wie groß der Teich ist, in dem man fischt. Es gibt keine genaue Definition dafür, was ein „Wissenschaftler“ ist. Scopus und Web Science enthalten Profile von etwa 10 Millionen einzelnen Autoren. Und 0,05 % davon sind 5.000, was immer noch eine große Zahl ist. ScholarPro gibt an, über Daten zu 30 Millionen Wissenschaftlern und 15.000 akademischen Einrichtungen zu verfügen. Ich habe mir die anderen Experten auf der VEGF-Liste überprüft, und die überwiegende Mehrheit davon ist nachweislich seriös (Nr. 1: Napoleone Ferrara, Nr. 2: Kari Alitalo). Die Wissenschaft wurde in viele Teilgebiete unterteilt, und man kann sich die ranglistengeführten Experten in jedem dieser Bereiche ansehen (z. B. Angiogenese oder TGF . Obwohl die Kategorien manchmal willkürlich erscheinen: Warum gibt es VEGFs und TGFs, aber keine Angiopoietine?

Englisch oder Finnisch?

Wed, 26 Mar 2025 00:00:00 +0000

Ich unterrichte Bachelor-, Master- und PhD-Studierende an der Universität Helsinki . Während fast alle Master- und PhD-Arbeiten in den Biowissenschaften auf Englisch verfasst werden, diskutiere ich mit Bachelor-Studierenden immer die Frage, ob sie ihre Arbeit auf Finnisch oder Englisch schreiben sollten. Ich komme sowohl mit Finnisch als auch mit Englisch gut zurecht, aber wenn man eine Entscheidung treffen muss, sollte man ein paar Dinge bedenken:

Space exploration

Tue, 25 Mar 2025 00:00:00 +0000

Als ich 10 Jahre alt war, wollte ich Astronaut werden. Jetzt nicht mehr. Ich finde die Erforschung des Weltraums zwar nach wie vor faszinierend, aber angesichts unserer Überlebenschancen im Weltraum bleibe ich lieber auf der Erde. Wir wissen ja noch nicht einmal, wie wir Menschen auf dem Weg zum Mars vor ionisierenden Strahlen schützen können…

140 % zu viel

Sat, 15 Mar 2025 00:00:00 +0000

In Finnland erreichte der Durchschnittsbürger den Earth Overshoot Day im Jahr 2024 am 12. März. Wenn jeder Mensch auf diesem Planeten so leben würde wie der durchschnittliche Finne, bräuchten wir 3,5 Planeten, um dieses Konsumniveau aufrechtzuerhalten. Das kam mir immer unwahrscheinlich vor, denn im Vergleich zu vielen anderen Industrieländern, die ich besucht habe, ist Finnland weder besonders reich, noch ist unser Lebensstil besonders extravagant oder konsumorientiert.Den Statistiken zufolge liegt unser Verbrauch jedoch seit jeher auf einem Niveau mit den Vereinigten Arabischen Emiraten, Saudi-Arabien und anderen reichen Ländern wie Luxemburg und den Vereinigten Staaten. Wir verbrauchen mehr Ressourcen als viele andere wohlhabende Länder wie Schweden, Deutschland oder die Schweiz. In diesem Jahr (2025) haben wir uns etwas verbessert: Wir sind vom 12. März auf den 6. April zurückgefallen. Vielleicht liegt es an unserem neuen Atomkraftwerk oder die Rezession, aber wir belasten unseren Planeten nicht mehr mit derselben Intensität wie in den vergangenen Jahren.

Schweden, meine genetischen Daten und unsere kollektive Unfähigkeit, Geheimnisse zu bewahren

Thu, 06 Mar 2025 00:00:00 +0000

Großbritannien hat kürzlich einen Präzedenzfall geschaffen, und der mächtige Apple-Konzern hat sich den britischen Anforderungen gebeugt. Apple entfernt die Möglichkeit, die sichere End-to-End-Verschlüsselung auf Geräten mit Standort im Vereinigten Königreich zu aktivieren. Das bedeutet, dass die britische Regierung über das iCloud-Backup eine Hintertür zur privaten Kommunikation von iPhone-Nutzern hat. Fast alle Fachleute halten dies für eine schlechte Idee, da Hintertüren in der Regel schneller von russischen oder chinesischen Hackern geknackt werden, als König Charles III. seine königliche Zustimmung geben kann, damit das Gesetz in Kraft tritt (siehe z. B. den Bericht der Financial Times hier ).

Goodbye Finland

Sat, 01 Mar 2025 00:00:00 +0000

Wenn es in unserer derzeitigen Regierung einen Minister gibt, der mir gegen den Strich geht, dann ist es wahrscheinlich Arto Satonen, unser Minister für Wirtschaft und Arbeit. Ich meine, der Mann hat zwar Recht mit seiner Ansicht, dass Finnland viel mehr Arbeitsmigration braucht, aber er macht sich etwas vor, wenn er glaubt, dass Finnland mit anderen europäischen Ländern um die begehrtesten und wertvollsten Einwanderer konkurrieren kann. Wie sonst hätte er die „Drei-Monats-Regelung“ unterstützen können, ein Gesetz, das Einwanderer aus dem Land weisen würde, die ihren Arbeitsplatz verloren und innerhalb von drei Monaten keine neue Beschäftigung gefunden haben? Diese Regelung wurde von vielen kritisiert ( https://www.hs.fi/politiikka/art-2000010770898.html ). Wenn unser inkompetenter Arto Satonen das nicht für ein Problem hält ( https://www.hs.fi/politiikka/art-2000010770898.html ), dann liegt das wahrscheinlich daran, dass er keine Ausländer kennt oder mit ihnen spricht, die in Berufen mit geringer Arbeitsplatzsicherheit arbeiten. Klar: es gibt immer Einwanderer, die bereit sind, nach Finnland zu kommen („Suomeen on kyllä tulijoita“), aber warum will Herr Satonen ausgerechnet den „Rattenschwanz“ aller potenziellen Einwanderer? Andere Länder mit besseren Bedingungen und einer offeneren Haltung werden die Crème de la Crème für sich gewinnen. Finnland startet im Kampf um die besten Talente bereits mit massiven Nachteilen: eine Randlage, dunkle, lange und kalte Winter sowie eine unverständliche und fast unerlenbare Sprache. Herr Satonen muss ein sehr verzerrtes Bild von der Attraktivität Finnlands für hochqualifizierte ausländische Arbeitskräfte haben. Ähnlich wie die meisten inkompetenten Politiker scheint er generell nicht sonderlich daran interessiert zu sein, seine Politik und Entscheidungen auf Fakten und Forschungsergebnisse zu stützen ( https://www.hs.fi/mielipide/art-2000011074278.html ). Nein, Finnland ist für die meisten Ausländer kein besonders attraktives Land. Wir haben nicht nur Probleme, internationale Talente anzuziehen, sondern auch Probleme, die Talente zu halten, die wir bereits im Land haben. Da ich halb Finne bin, neige ich dazu zu vergessen, wie inkompetent sich dieses Land gegenüber seinen Gästen verhalten kann. Bitte lies den Artikel auf Yle.fi „Kiitos Suomi ja näkemiin“ ( https://yle.fi/a/74-20143543 ), wenn du wissen möchtest, was in diesem Land schiefläuft. Wenn wir dieses Land für Ausländer attraktiver machen wollen, müssen wir zunächst dem inakzeptablen Verhalten jener Menschen Einhalt gebieten, die nicht verstehen, dass die Zukunft dieses Landes von der Einwanderung abhängt. Die derzeitige Regierung unter Ministerpräsident Petteri Orpo ist nicht in der Lage, in nennenswerter Weise Abhilfe zu schaffen, da sie auf die Unterstützung der „Finnen-Partei“ (früher bekannt als „Wahre Finnen“) angewiesen ist – einer Partei mit einem wohl gefährlich hohen Anteil an Vorstrafengeplagten, ehemaligen Nazis und anderen verdächtigen Personen (ähnlich der AfD in Deutschland). Laut dem Bericht von Etla (dem finnischen Institut für Wirtschaftsforschung) verlassen vor allem hochqualifizierte Ausländer Finnland. Wird sich daran jemals etwas ändern? Herr Satonen erhält nun unerwartete Unterstützung von Präsident Trump. In der Vergangenheit waren die USA sehr erfolgreich darin, ausländische Spitzenkräfte anzuziehen und zu integrieren, doch das Klima gegenüber Ausländern scheint sich auch dort zu wandeln. Viele meiner in den USA tätigen Kollegen sind sehr besorgt über die aktuellen Entwicklungen. Wer sowohl Wissenschaftler als auch Ausländer ist, wird von der derzeitigen US-Regierung doppelt hart getroffen. Vielleicht werden sich in Zukunft mehr Talente nach Europa orientieren. Ich habe vor kurzem aufgrund des Klimawandels darüber nachgedacht, von Finnland zurück nach Deutschland zu ziehen. Wenn der AMOC zum Erliegen kommt, wird Finnland zufrieren, und wir werden eine neue Eiszeit erleben, in der möglicherweise der größte Teil des Landes das ganze Jahr über schneebedeckt sein wird. Deutschland hingegen liegt genau dort, wo sich die globale Erwärmung und der Verlust des durch den AMOC vermittelten Wärmeaustauschs von Süden nach Norden wahrscheinlich ausgleichen werden. Deutschland wird zwar nicht von extremen Wetterereignissen wie Stürmen und Überschwemmungen verschont bleiben, aber zumindest friert man dort nicht zu Tode und wird auch nicht zu Tode gebraten. Nach den aktuellen Prognosen zur Abschwächung der AMOC und meiner Lebenserwartung werde ich wahrscheinlich noch am Leben sein, wenn die Kacke richtig anfängt zu Dampfen. UPDATE: Eine kürzlich in „Nature“ veröffentlichte Analyse kommt zu dem Schluss, dass ein vollständiger Zusammenbruch der AMOC in diesem Jahrhundert unwahrscheinlich ist. Die Zukunft vorherzusagen ist schwierig, aber zumindest gibt es Hoffnung für Finnland!

Zocken um Milliarden

Fri, 28 Feb 2025 00:00:00 +0000

Im vergangenen Dezember veröffentlichte Forbes einen Artikel über Megan Baldwins Arbeit zur Verbesserung der antiangiogenen Behandlung von Augenerkrankungen. Ich hoffe, sie gewinnt ihr Milliardenspiel – nicht nur, weil das betreffende Medikament hier an der Universität Helsinki entwickelt wurde. Das Medikament heißt OPT-302 oder mit seinem INN-Namen Sozinibercept. Das Patent listet Kari Alitalo und mich als Erfinder auf. OPT-302 wurde ursprünglich (unter dem Namen VGX-300) für die Krebsbehandlung entwickelt, hat sich aber – vielleicht zum Glück – als solches nie wirklich durchgesetzt, da es nicht nur VEGF-D, sondern auch VEGF-C hemmt, welches der Körper für die Immunantwort gegen den Krebs benötigt. Bislang ist es noch niemandem gelungen, die prometastatischen und die proimmunogenen Eigenschaften von VEGF-C voneinander zu trennen.

Das DTE-Protein Asporin und die Darmregeneration

Thu, 13 Feb 2025 00:00:00 +0000

Altern und Regeneration sind zwei der faszinierendsten Bereiche der Lebenswissenschaften. Das bislang eher unbekannte Protein (oder besser gesagt Proteoglykan) Asporin, von dem bisher beispielsweise bekannt war, dass es die TGF-beta-Aktivität im Knorpel reguliert, spielt nun, wie sich gezeigt hat, eine Schlüsselrolle bei der Regeneration des Darms. Eine beeindruckende Demonstration wissenschaftlicher Beharrlichkeit, Sharif & Pekka! Diese Arbeit ist über viele Jahre hinweg entstanden, und es galt, zahlreiche technische Herausforderungen zu meistern. Sawan K. Jha leitete diese Zusammenarbeit im Jahr 2017 ein, indem er mehrere Zelllinien etablierte, bevor ihm die rekombinante Produktion von Asporin gelang. Es gibt keine allgemein anerkannte Definition für den Begriff „schwer zu exprimierendes (DTE-)Protein“, aber Asporin passt gut zu dieser Beschreibung. Es weist miserabele Ausbeuten auf, und seine Aktivität geht bei der Aufreinigung leicht verloren. Sawan hat auch die ersten Chargen hergestellt und gereinigt, und nachdem Sawan zum Red-Horse-Labor an der Stanford University gewechselt war, teilten sich Sharif (Upstream) und ich (Downstream) die Produktions- und Reinigungsarbeiten. Hier ist der direkte Link zur Veröffentlichung, der bis zum 26. April funktionieren sollte, auch wenn Sie kein Abonnement haben. Danach nutzen Sie bitte https://doi.org/10.1016/j.stem.2025.02.009 . Falls Sie kein Abonnement haben, sende ich Ihnen gerne die PDF-Datei per E-Mail zu…

Sartorius Midi Plus

Sun, 26 Jan 2025 00:00:00 +0000

Wenn größere Wettbewerber innovative kleine Unternehmen oder Marken übernehmen, kann die Produktqualität manchmal unter den Bemühungen zur Steigerung der Produktivität leiden. Ich weiß nicht, ob dies beim Pipettiercontroller BioHit Midi Plus der Fall ist, aber wir hatten nach der Umbenennung des BioHit Midi Plus in „Sartorius“ durchaus einige Probleme. Es scheint sich um ein Problem mit schlechten Kontakten zu handeln. Unser Labor verfügt wahrscheinlich über etwa 20 dieser Geräte. Darunter befinden sich die (uralten) hellblauen Modelle, die dunkelblauen und die schwarzen. Wir hatten und haben immer noch viele Probleme mit den schwarzen, d. h. dem neuesten Modell . Obwohl aufgeladen, hören diese Modelle manchmal plötzlich ganz auf zu funktionieren. Nachdem man die Tasten zum Ansaugen und Ausstoßen mehrmals gedrückt hat, funktionieren sie wieder (als ob es ein Kontaktproblem gäbe). Manchmal müssen wir jedoch das Ladekabel kurz an eine solche vorübergehend funktionsunfähige Pipette anschließen, um sie wieder betriebsbereit zu machen. Obwohl ich die älteren (blauen) Modelle seit zwei Jahrzehnten fast täglich benutze, ist mir dieses Verhalten neu. Besonders störend ist es bei der Arbeit mit Zellkulturen: Man hat gerade das Medium von den Zellen entfernt und möchte PBS zum Waschen hinzufügen. Nun fangen die Zellen an auszutrocknen, während man verzweifelt nach einem Ersatz für die Pipettierhilfe sucht. Als PI arbeite ich immer seltener in der Zellkultur, aber wenn ich es tue, passiert mir das heutzutage jedes Mal mit der Sartorius Midi Plus. Produktentwicklung sollte Produkte besser machen, nicht schlechter Ich habe mich auch gefragt, warum sich diese Pipetten im Laufe der Jahre kaum weiterentwickelt haben. Warum gibt es keinen modernen, intelligenten Laderegler, wie ihn heutzutage jedes Handy hat? Ich nehme an, es muss eine Art Regler geben, aber offenbar ist er der Aufgabe nicht gewachsen. Manches hat sich allerdings geändert. Zum Beispiel verwendeten die ältesten Modelle NiCd-2/3-AA-Zellen, die später durch NiMH-2/3-AA-Zellen ersetzt wurden. Ich gehe davon aus, dass auch der Laderegler aktualisiert wurde, da diese beiden Batterietypen beim Laden unterschiedlich behandelt werden müssen, um die Lebensdauer der Batterien zu optimieren.Ich habe den Eindruck, dass die ältesten Pipetten dieser Serie am zuverlässigsten waren und dass die Lebensdauer der neueren Modelle im Laufe der Jahre abgenommen hat. Da ich ganz in der Nähe des Labors wohne, habe ich angeboten, während der letzten Weihnachtsferien die Zellen für alle in meinem Labor aufzuteilen. Aufgrund der Probleme mit dem Midi Plus war ich beim Aufteilen jedoch sehr frustriert. Ich musste die Zellkultur verlassen, um mir eine andere Pipettierhilfe zu holen, was immer ein großer Aufwand ist. Das MidiPlus, das ich fand (ebenfalls schwarz), funktionierte zwar, aber seine LEDs begannen zu blinken, und es ertönten Pieptöne, was ich zuvor bei keinem der älteren Modelle erlebt hatte. Unsorgfältige BedienungsanleitungSpäter versuchte ich, in der Bedienungsanleitung nachzuschlagen, was die LED-Meldungen und die Pieptöne bedeuteten. Leider konnte ich in der Anleitung keine Informationen dazu finden. Warum sollte jemand solche Funktionen einbauen und sie dann nicht in der Bedienungsanleitung dokumentieren? Ich habe Sartorius am 31. Dezember genau mit dieser Frage kontaktiert. Am 10. Januar erhielt ich eine E-Mail-Antwort, in der der lokale Kundendienstmitarbeiter anbot, unser Labor zu besuchen, um unsere Probleme zu klären. Allerdings wurde keine meiner Fragen bezüglich der fehlenden Dokumentation zum Blinken und Piepen beantwortet, und erst eine erneute Anfrage führte zu einer Antwort: Rotes Blinken = Batterie fast leerGrünes Blinken = Ladevorgang läuftDauerhaft grünes Leuchten = voll aufgeladenPiepton = Batterie fast leerDauerhafter Piepton = Batteriespannung zu niedrig, möglicherweise müssen die Batterien ausgetauscht werden In der aktuellen Version des Handbuchs (01/2022) werden nur die Meldungen der grünen LED erwähnt. Es ist seltsam, dass die Bedienungsanleitung wurde etwa 10 Jahre lang mit unvollständigen Informationen ausgeliefert. War das Sartorius egal? Vielleicht hat ein Praktikant das Handbuch verfasst, der den BioHit Midi Plus nie lange genug benutzt hat, um das Blinken/Piepen jemals mitzuerleben? Sartorius versprach jedoch, die fehlenden Informationen in die nächste Ausgabe des Benutzerhandbuchs aufzunehmen. Sollten wir zu Integra wechseln? Hat jemand Erfahrungen mit anderen Marken? Als ich mein Labor aufbaute, war der erste schwarze Midi Plus der Marke Sartorius, den wir kauften, von Anfang an defekt. Er konnte seine Akkus nie aufladen und ging direkt in die Reparatur. Interessanterweise sind alle drei unserer (ursprünglichen) Integra Pipetteboys immer noch voll einsatzfähig. Zwar mussten wir die Batterien austauschen, aber die Integra-Geräte haben den Vorteil, dass sie mit wiederaufladbaren 9-V-Zellen betrieben werden, die man fast überall kaufen kann, wo Batterien verkauft werden. Dies steht in krassem Gegensatz zu den 2/3 AA-Batterien des Midi Plus, die man bei Sartorius zu einem überhöhten Preis bestellen muss. Ich schätze, dass Sartorius diese Batterien für etwa das Zehnfache des Preises verkauft, den sie beim chinesischen Hersteller einkaufen. Leider vertreibt Integra den Original-Pipetteboy nicht mehr, und ich habe keine Erfahrung mit dem Pipetteboy acu 2. Was ist eure Lieblings-Pipettierhilfe? Verwendet ihr elektronische Pipettierhilfen bei eurer Arbeit? Ich würde gerne eure Erfahrungen erfahren: Welche Marken sind zuverlässig, langlebig und erschwinglich? Ich habe kein Problem damit, einen Premiumpreis für ein Premiumprodukt zu zahlen, aber ich habe den Eindruck, dass der BioHit Midi Plus von Sartorius derzeit die Bezeichnung „Premium“ nur aufgrund des Preises verdient, nicht aber aufgrund der Leistung.

Barrier (ein Software-KVM-Switch)

Tue, 21 Jan 2025 00:00:00 +0000

Barrier ist eine fantastische Software, mit der Sie dieselbe Tastatur und Maus für verschiedene Computer nutzen können, ohne dass dafür zusätzliche Hardware erforderlich ist. Ich habe zwei Computer auf meinem Schreibtisch und nutzte früher einen Hardware-KVM-Umschalter (Tastatur, Video und Maus), der jedoch überflüssig wurde, als meine Computer begannen, ihr Bild über HDMI auszugeben. Daher habe ich nun zwei Tastaturen auf meinem Schreibtisch, was nicht besonders ergonomisch ist. Ich wusste zwar von Softwarelösungen für dieses Problem, hatte aber nie die Zeit, sie zu implementieren, und ich wollte auch keine Abonnementgebühr für diesen Luxus bezahlen. Nun habe ich begonnen, Barrier zu nutzen: https://github.com/debauchee/barrier . Bisher funktioniert es hervorragend (abgesehen von der Installation und der Dokumentation), aber ich muss es noch so einrichten, dass es vor dem Einloggen meine zweite Tastatur deaktiviert. Hier sind die Schritte, die nicht gut dokumentiert waren: Bei der Installation unter Ubuntu erstellt Barrier nicht automatisch Zertifikate. Das muss man also selbst erledigen: Führt sowohl auf dem Client als auch auf dem Server folgenden Befehl aus: /home/username/.local/share/barrier/SSL:openssl req -x509 -nodes -days 365 -subj /CN=Barrier -newkey rsa:4096 -keyout Barrier.pem -out Barrier.pemAußerdem musst du Port 24800 freigeben, falls du eine Firewall verwendest. Nachdem Sie Barrier zum Laufen gebracht haben, überprüfen Sie den korrekten Befehl (ps aux) über die Befehlszeile. Er sieht wahrscheinlich in etwa so aus:/usr/bin/barrierc -f --no-tray --debug INFO --name computer-name [87.167.231.88]:24800startVerwende die Startanwendungen in Ubuntu und füge den obigen Befehl dort ein. Das bedeutet, dass du dich nicht über Barrier anmelden kannst, da es erst nach der Anmeldung geladen wird. Mehr habe ich bisher jedoch nicht herausfinden können. Es gibt wahrscheinlich eine Möglichkeit, dies über systemd bereits vor der Anmeldung zum Laufen zu bringen, aber ich hatte noch keine Zeit, herauszufinden, wie das geht.

Die gefährlichste Krankheit des Jahres 2025?

Wed, 08 Jan 2025 00:00:00 +0000

Dank wirksamer Impfstoffe und evidenzbasierter Behandlungen ist Covid-19 nicht die gefährlichste Krankheit des Jahres 2025. Ebenso wenig überraschend ist es für Experten, dass HIV, Tuberkulose und Malaria auch in diesem Jahr noch die drei Krankheiten sind, die den größten Anlass zur Sorge geben. Diese umfassen drei verschiedene Arten von Krankheitserregern: Viren, Bakterien und Parasiten. Zusammen fordern sie jedes Jahr etwa 2 Millionen Todesopfer. Wir in Europa und den USA betrachten HIV, Tuberkulose und Malaria als Krankheiten der Vergangenheit oder als behandelbare chronische Erkrankungen. Doch alle drei können wieder auftreten. Malaria war beispielsweise in Finnland endemisch, bevor sie langsam verschwand ( letzter einheimischer Fall 1954 ). Infolge des Klimawandels könnte sie nicht nur zurückkehren, sondern sich auch in Länder ausbreiten, in denen sie bisher noch nie aufgetreten ist. In Europa und den USA sollten wir uns jedoch wahrscheinlich am meisten vor der Vogelgrippe (Avian-Influenza) fürchten. Warum? Weil alle Voraussetzungen für das Ende der Welt, wie wir sie kennen, gegeben sind. Die Influenza vom Typ A H5N1 ist die Art der Vogelgrippe, die derzeit für Schlagzeilen sorgt. Sie hat in jüngster Zeit zahlreiche Ausbrüche bei Vögeln und Rindern verursacht. Auch Menschen infizieren sich zunehmend durch Vögel, Rinder oder den Verzehr von Rohmilch. Das Einzige, was verhindert, dass die Vogelgrippe zu einer Pandemie wird, ist die Tatsache, dass sich das Vogelgrippevirus nicht leicht von Mensch zu Mensch überträgt. Es bedarf jedoch nur einer einzigen Mutation, um dieses Verhalten zu ändern ( https://doi.org/10.1126/science.adt0180 ). Mit jedem infizierten Menschen steigt die Wahrscheinlichkeit, dass diese Mutation auftritt. Die Influenza ist bekanntlich ein RNA-Virus, das im Durchschnitt viel leichter mutiert als ein DNA-Virus. Daher ist es sehr sinnvoll, diejenigen Menschen zu impfen, die dem größten Risiko ausgesetzt sind, sich mit der Krankheit anzustecken, wie beispielsweise Geflügelarbeiter, Vogelberinger oder Tierärzte. Finnland hat genau damit begonnen , und auch mehrere andere EU-Länder verfolgen eine ähnliche Strategie . Solange jedoch der Rest der Welt nicht mitzieht, werden diese Maßnahmen das globale Risiko, das vor uns liegt, kaum verringern. Die Herstellung eines Vogelgrippe-Impfstoffs ist Routine und könnte relativ schnell erfolgen, da der Prozess identisch mit der Herstellung des saisonalen Grippeimpfstoffs ist. Ich bezweifle jedoch, dass es möglich sein wird, die Bevölkerung schnell genug zu impfen. Große Länder wie Deutschland wollen offenbar abwarten, bis das Virus mutiert ist. Wie sonst lässt sich die Aussage des deutschen Bundesgesundheitsministeriums interpretieren, dass Deutschland Vogelgrippe-Impfstoffe nur „[im Falle einer bestehenden oder unmittelbar drohenden Infektionskrankheit]“ ( https://www.aerzteblatt.de/nachrichten/156267/Deutschland-lagert-keinen-Impfstoff-gegen-Vogelgrippe )“ beschaffen würde? Was könnte da schon schiefgehen? Es ist beängstigend, dass in den USA bald jemand, der sich für Rohmilch einsetzt, Gesundheitsminister werden könnte. Andere Länder nehmen die Bedrohung ernster. Während die meisten Länder – darunter Finnland – ihre staatlichen Impfstoffentwicklungszentren bereits vor Jahren oder Jahrzehnten aufgelöst haben, unterhält Großbritannien nach wie vor ein staatliches Zentrum für Impfstoffentwicklung und -bewertung (VDEC, UKHSA’s Vaccine Development and Evaluation Centre ). Die britische Regierung hat ihr VDEC gerade damit beauftragt, 5 Millionen Dosen eines Vogelgrippe-Impfstoffs herzustellen, um sich auf eine mögliche Epidemie vorzubereiten ( https://www.euronews.com/health/2024/12/03/uk-purchases-5-million-bird-flu-vaccine-doses-to-prepare-for-possible-pandemic ). Angesichts einer Sterblichkeitsrate von bis zu 30 % beim Menschen lässt die Vogelgrippe Covid-19 (0,3 % Sterblichkeitsrate bei ungeimpften Menschen meines Alters) wie ein Schnäppchen erscheinen. Zwar ist die Sterblichkeitsrate von 30 % wahrscheinlich zu hoch angesetzt, doch selbst eine Sterblichkeitsrate von 3 % wäre immer noch etwa zehnmal schlimmer als bei COVID-19. Anders als bei COVID-19 kennen wir das Virus und könnten gut vorbereitet sein. Doch mit einer inkompetenten Regierung (und dabei denke ich nicht nur an die künftige US-Regierung) steuern wir geradewegs auf die Apokalypse zu. Es ist unwahrscheinlich, dass irgendeine „Warp-Speed“-Operation oder Impfkampagne schnell genug sein wird, um mit der Grippewelle Schritt zu halten, die schneller denn je um den Globus rollen wird, da der Flugverkehr das Niveau vor COVID-19 bereits übertroffen hat und weiter zunimmt. Frohes Neues Jahr – und vergesst nicht, Toilettenpapier zu horten! Dieser Beitrag basiert lose auf der Diskussion über neu auftretende Krankheiten in Folge Nr. 1017 des Podcasts The Skeptics’ Guide to the Universe .

Das Admin-Passwort (für User #1) in Drupal 9 ändern

Wed, 01 Jan 2025 00:00:00 +0000

Ich habe ein wenig mit Drupal 9 herumexperimentiert und dabei das Admin-Passwort vergessen. Sollte dir das auch passieren, wechsel in das Stammverzeichnis der Drupal-Installation.

Deutsche Musik für Anfänger

Tue, 31 Dec 2024 00:00:00 +0000

Unser Labor wird 2025 nicht in Konkurs gehen!

Fri, 29 Nov 2024 00:00:00 +0000

Unser Labor hatte in letzter Zeit so viel Pech mit seinen Förderanträgen, dass ich bereits ernsthaft über alternative Karrierewege nachgedacht habe. Zum Beispiel Straßenbahnfahrer zu werden. Helsinki und die umliegenden Städte bauen ihre Straßenbahnnetze aus, und gute Fahrer sind rar. Doch die Finnische Krebsstiftung hat nun unsere Pechsträhne beendet! Auch wenn es sich nur um einen bescheidenen Betrag handelt, blicke ich hoffnungsvoll in die Zukunft. Nicht jede Forschung ist gleich teuer: Manche Methoden erfordern mehr Geld als andere, und unsere gehören zu den kostengünstigeren. Welches Projekt wurde gefördert? Nun, es ist nicht unser neuartiges Proteinexpressionssystem, sondern ein Projekt zur Beantwortung einer Frage, die viele Forscher der Gefäßbiologie seit 2001 beschäftigt, als das Achen/Stacker-Labor eine Arbeit veröffentlichte, die zeigte, dass VEGF-D von Mäusen und Menschen NICHT dieselben Rezeptoren teilen, sondern dass Maus-VEGF-D nicht an Maus-VEGFR-2 bindet ( Baldwin et al., 2001 ). Wir haben in 2011 und 2019 , dass die proteolytische Aktivierung von VEGF-D durch Cathepsin D zu einem vollständigen Verlust der VEGFR-3-Bindung bei humanem VEGF-D führt. Wenn dies auch für Maus-VEGF-D gelten würde, wäre es ein Wachstumsfaktor ohne Rezeptor! Das ist zwar nicht unmöglich, wäre aber eine Ausnahme. Es ist wichtig, diese molekularen Details richtig zu verstehen, da wir unsere zukünftigen Krebsmedikamente stets an Mäusen testen. Sollte es einen großen Unterschied in der angiogenen Signalübertragung zwischen Mäusen und Menschen geben, könnte dies die Interpretation vieler Mausdaten erheblich erschweren und vielleicht sogar erklären, warum Medikamente, die bei Mäusen gut wirken, beim Menschen versagen. Bemerkenswerterweise weisen unter allen Medikamenten Onkologika die schlechtesten Erfolgsraten in klinischen Studien auf. Es gibt stichhaltige Hinweise darauf, dass VEGF-D der „böse Bube“ in der VEGF-Familie ist, d. h. derjenige, der dafür verantwortlich ist, dass Krebserkrankungen Resistenzen gegen antiangiogene Krebstherapien entwickeln, die auf der Blockade von VEGF-A basieren. Auf jeden Fall ein großes Lob an die finnische Krebsstiftung! Lesen Sie hier über die Auszeichnung.

JuFo-Ranking: Ein schlechterer Impact-Faktor?

Sat, 02 Nov 2024 00:00:00 +0000

Änderungen in der finnischen DoktorandenausbildungAlle finnischen Universitäten senken die Anforderungen an die Doktorarbeit. Statt drei bis vier Veröffentlichungen reichen nun zwei bis drei aus, um die Arbeit zu verteidigen. Ein Argument für diese Änderung war die Schaffung gleicher Wettbewerbsbedingungen mit anderen Ländern. Keines der großen europäischen Länder verlangt Veröffentlichungen für die Promotion: Weder Großbritannien, Deutschland, Frankreich noch Italien tun dies. Die anderen skandinavischen Länder sind die einzigen europäischen Länder, die ähnliche Anforderungen hinsichtlich der Anzahl der erforderlichen Veröffentlichungen haben (oder hatten), wobei Schweden fast auf einer Stufe mit dem finnischen System steht. Wäre eine internationale Harmonisierung das Ziel gewesen, hätte die Änderung radikaler ausfallen müssen, d. h., jegliche Anforderung an Veröffentlichungen hätte abgeschafft werden müssen. Die neuen Regeln sorgen jedoch lediglich dafür, dass wir an Qualität einbüßen, was wir an Quantität gewinnen. Ich bevorzuge weniger, dafür aber besser ausgebildete Promovierte, doch unsere derzeitige Regierung will offenbar lediglich die Zahl der Promovierten, die Finnland hervorbringt, in die Höhe treiben. Publish or perish Ich befürchte, dass das Streben nach einer kürzeren Promotionszeit die Qualität der Veröffentlichungen mindern könnte. Doktoranden stehen nun unter dem Druck, innerhalb von drei bis vier Jahren drei Artikel zu veröffentlichen. Sobald die „kleinste veröffentlichungsfähige Einheit“ vorliegt, wird sie in die Welt hinausgeschickt. Nur wenige Forschungsgruppen können es sich leisten, die Veröffentlichung von Forschungsergebnissen lange hinauszuzögern, da die „Publish-or-Perish“-Kultur nach wie vor floriert. Zwar hat Finnland den Impact-Faktor abgeschafft (gut), doch haben wir ihn durch ein weniger transparentes System ersetzt (schlecht). Die derzeit in Finnland verwendete Metrik ist das JuFo-System, bei dem Zeitschriften auf der Grundlage eines „Expertenkonsenses“ in die Klassen 0–3 eingestuft werden. JuFo ist die Abkürzung für Julkaisufoorumi („Publikationsforum“). Da jeder (einschließlich der Experten) seine bevorzugten Zielzeitschriften hat, öffnet dies Tür und Tor für Voreingenommenheit und sogar Manipulation. Es gibt zahlreiche Beispiele für hoch angesehene Zeitschriften mit einem Impact-Faktor von über 10 und astronomisch hohen Ablehnungsquoten, die lange Zeit als JuFo 1 eingestuft waren, bis sie – nach einem Mitgliederwechsel im jeweiligen JuFo-Gremium – schließlich in die Stufe 2 herabgestuft wurden. Warum gibt es überhaupt so etwas wie JuFo-Rankings? Ein Argument lautet, dass der Journal Impact Factor (JIF) die individuellen Unterschiede in den Publikations- und Zitationskulturen zwischen verschiedenen Forschungsbereichen nicht berücksichtigt. Diese Unterschiede sind enorm, aber nachdem man alle Zeitschriften in einzelne Kategorien eingeteilt hat (z. B. klinische Medizin gegenüber Sprachwissenschaften gegenüber Agrarwissenschaften usw.), könnte man eine Ausgleichsformel entwickeln (vielleicht sogar unter Einbeziehung manuell zugewiesener Ausgleichsfaktoren), um den JIF um solche interdisziplinären Unterschiede zu bereinigen. Ein Software-Skript könnte die gesamte Arbeit der JuFo-Gremien automatisch und transparent erledigen. Bibliometrie-Forscher haben solche besseren Alternativen zum JIF vorgeschlagen. Bitte schickt mir eine E-Mail, wenn ihr der Meinung seid, dass ich hier etwas übersehen habe! Anekdoten versus DatenEin System, das eine „manuelle“ Herabstufung von Zeitschriften ermöglicht, ist sicherlich eine gute Sache. Ich begrüße auch den Versuch von JuFo, Feedback von einzelnen Forschern einzuholen. Wenn man jedoch die Anzahl der Zeitschriften betrachtet, die JuFo bewerten muss, wird deutlich, dass es problematisch ist, Feedback aus den Erfahrungen von 180 einzelnen Wissenschaftlern zu sammeln und dann auf dieser Grundlage 60 Zeitschriften herabzustufen. Genau das ist vor einigen Jahren passiert. Wenn wir davon ausgehen, dass das gesamte Feedback negativ war und jedes negative Feedback zu einer Herabstufung geführt hat, wird es für jede Zeitschrift nur eine winzige Anzahl von Fällen geben. Im Kontext der evidenzbasierten Medizin könnten einige dieser Fälle Anekdoten sein. Verstehen Sie mich nicht falsch: Diese Entscheidungen sind wahrscheinlich nicht falsch, und es ist auch nicht falsch, Rückmeldungen von Forschern einzuholen. Tatsächlich deutet meine eigene Erfahrung mit einer der herabgestuften Zeitschriften (International Journal of Molecular Sciences) ziemlich eindeutig auf „Predatory Publishing“ hin. Allerdings sind die diesen Entscheidungen zugrunde liegenden Daten nicht die besten, und es wäre überraschend, wenn jede einzelne dieser Entscheidungen einer genauen Prüfung standhalten würde. Es ist schwer vorstellbar, wie ein solches Feedback Voreingenommenheit vermeiden könnte. Es handelt sich um Selbstauskünfte, und Forscher könnten einen Anreiz haben, negative Erfahrungen zu melden. Benotung nach der Kurve Eine weitere wenig bekannte Tatsache ist, dass JuFo ein Nullsummenspiel ist. Zeitschriften können nicht frei auf die vier Kategorien verteilt werden, aber JuFo verwendet eine Variante der „Benotung nach Kurve“: Nicht mehr als 10 % der in Zeitschriften eines bestimmten JuFo-Panels (z. B. für Chemical Sciences) veröffentlichten Artikel dürfen in die JuFo-Kategorie 3 fallen. Dies berücksichtigt Unterschiede im Publikationsvolumen zwischen den Fachgebieten. Wenn wir – die wissenschaftliche Gemeinschaft – jedoch die Qualität unserer Publikationsleistung allgemein verbessern, wird sich dies nicht im JuFo-Ranking widerspiegeln. Das ist meiner Meinung nach falsch (aus denselben pädagogischen Gründen, aus denen Schulen davon abgeraten wird, Schüler nach der Kurvenbewertung zu benoten). Entscheidungen hinter verschlossenen Türen? Das zweite große Problem ist die Transparenz. Die Tatsache, dass ich im obigen Absatz über die Zahlen spekulieren muss, die zu den Herabstufungen geführt haben, ist besorgniserregend:

„Biologische Arzneimittel“ auf Finnisch unterrichten

Fri, 01 Nov 2024 00:00:00 +0000

Der Internationale Masterstudiengang für pharmazeutische Forschung, Entwicklung und Sicherheit (MPHARM) erhielt im Jahr 2022 als Gruppe den Innoopeli-Preis für die Weiterentwicklung der Lehre an der Fakultät für Pharmazie . Als Mitglied des Lenkungsausschusses war ich etwas überrascht, da zu diesem Zeitpunkt noch keiner unserer Studierenden seinen Abschluss gemacht hatte. Das vorzeitige Lob fand jedoch Anfang dieses Jahres seine Bestätigung, als die erste Gruppe von Studierenden ihren Abschluss machte . In diesem Jahr ging der Innoopeli-2024-Preis an Patrick Laurén , Leiter des Studiengangs Pharmazie. Ich erhielt eine „Ehrenauszeichnung“ für meine Lehrtätigkeit . Am meisten überrascht hat mich, dass meine Bemühungen, auf Finnisch zu unterrichten, gewürdigt wurden. Ich habe speziell Finnischkurse besucht, weil ich auf Finnisch unterrichten wollte. Nun habe ich meine Fähigkeiten sogar schon ein paar Mal ausprobiert. Liebe StudentInnen des FARM-310 (Biologische Arzneimittel, Grundkurs) – bitte entschuldigt, denn ich wusste nicht, worauf ich mich da einließ! Das Unterrichten auf Finnisch war eine Herausforderung, aber es klappt mittlerweile einigermassen. Es erfordert von mir jedoch deutlich mehr Vorbereitungszeit als eine Vorlesung auf Englisch. Ich möchte mich auch bei meinen Fiinnischlehrern Emmi, Yrjö und Taija bedanken! Das Wichtigste war vielleicht eure Unterstützung trotz meiner schwachen Leistung. Ich habe einen Videobeweis für meinen schwachen ersten Versuch, aber ich werde langsam besser. Hier sind die Links zu den finnisch- und englischsprachigen Vorlesungsfolien (nach drei Jahren der Überarbeitung sollten sie eigentlich in Ordnung sein, aber meldet euch gerne, falls ihr sprachliche oder inhaltliche Fehler findet):

Proteine besser herstellen als die Profis

Thu, 31 Oct 2024 00:00:00 +0000

Herzlichen Glückwunsch, Laura und Akseli! Euer Artikel in Scientific Reports ( https://doi.org/10.1038/s41598-024-77104-3 ) ist eine fundierte Arbeit, die nicht nur für Herz-Kreislauf-Erkrankungen von Bedeutung ist, sondern auch für unsere Forschung zum Thema Lipödem/Lipoödem (und damit potenziell sogar für das Lymphödem, das in der Vergangenheit im Mittelpunkt unserer Forschung stand). Es gibt erstaunliche Ähnlichkeiten zwischen der koronaren Herzkrankheit und dem Lipödem, da beide als Fettstoffwechselstörungen betrachtet werden können.Und vielen Dank an Khushbu und Betül, die Laura dabei geholfen haben, ein so hochwertiges LCAT-Protein herzustellen und aufzureinigen, das besser funktionierte als die im Handel erhältlichen Proteinpräparate! Vielleicht lag ein Großteil des Erfolgs in den hohen Expressionsraten, die wir im Vergleich zu anderen Systemen erreichen konnten. Zum ersten Mal haben wir HEK293T-Zellen mit einem maßgeschneiderten CHO-Vektor ( pCHOKE-B-LCAT-H6 ) ausprobiert, und es hat überraschend gut funktioniert. pCHOKE-B wurde von Grund auf neu entwickelt, und wir haben mehrere Verbesserungen integriert, die im Laufe der Jahre im Vergleich zu herkömmlichen CHO-Expressionsvektoren erzielt wurden. Der Vektor enthält

Bilder für Vorträge und zur Veranschaulichung

Mon, 09 Sep 2024 00:00:00 +0000

Ich habe im Januar versprochen , Websites aufzulisten, auf denen man kostenlose Bilder finden kann ( kostenlos im Sinne von „Bier“ und kostenlos im Sinne von „Redefreiheit“ ). Und dann habe ich dieses Versprechen vergessen. Da ich zum Zeichnen von Illustrationen meist Inkscape verwende, suche ich normalerweise nach SVG-Bildern. Inkscape ist eine Open-Source-Software, die Vektorgrafiken erstellt. SVG ist nicht nur der Webstandard für Vektorgrafiken, sondern auch das native Dateiformat von Inkscape. Manchmal sind auch PNG- oder JPEG-Bilder akzeptabel, wenn sie sich leicht in SVG-Bilder umwandeln lassen (z. B. Silhouetten). Gelegentlich suche ich nach 3D-Bildern („Modellen“), und dann bevorzuge ich diese im Blender -Format (die einzige 3D-Software, die ich mehr als nur ein paar Mal verwendet habe).Es gibt zwei verschiedene Arten von freien Bildern im Internet: Public Domain und Creative Commons . Public-Domain-Bilder können ohne Einschränkungen verwendet werden, während Creative-Commons-Bilder in der Regel mit einigen Einschränkungen verbunden sind. Die häufigste Einschränkung bei CC-lizenzierten Bildern ist, dass man den Urheber nennen muss. Manchmal gibt es zusätzliche Einschränkungen, wie zum Beispiel das Verbot der kommerziellen Nutzung oder von Änderungen.Wenn du eine Bildersuche mit Google oder DuckDuckGo durchführst, kannst du die Anzeige auf Bilder beschränken, die einer bestimmten Lizenz entsprechen. Allerdings decken Google und DuckDuckGo nur einen Bruchteil des Internets ab, und es gibt Suchseiten, die sich auf die Suche nach bestimmten Bildern spezialisiert haben.Du kannst auch eine KI bitten, das perfekte Bild zu generieren. In der Regel sind mehrere Iterationen erforderlich, um etwas Brauchbares zu erhalten, und du wirst niemals Urheberrechte an dem Bild erwerben können, selbst wenn du Stunden damit verbracht hast, die perfekte Eingabeformulierung zu entwickeln. Sie können es beispielsweise mit DALL·E 3 versuchen oder sogar einige KI-Bildgeneratoren auf Ihrem eigenen Computer ausführen, wie zum Beispiel Stable Diffusion . Das obige Bild wurde mit DALL·E 3 unter Verwendung der folgenden Eingabe generiert: „Eine Person, umgeben von Bildern, als Symbol für die Suche nach dem perfekten Bild.“

Was wissen wir eigentlich sicher über Lipödeme?

Mon, 09 Sep 2024 00:00:00 +0000

Das Lipödem ist eine Ansammlung von subkutanem Fettgewebe, vor allem im unteren Körperbereich, die sich einer Gewichtsabnahme widersetzt und fast ausschließlich bei Frauen auftritt. Es ist oft schmerzhaft, neigt zu Hämatomen und hat vermutlich eine genetische Komponente, die wahrscheinlich durch hormonelle Veränderungen ausgelöst wird. Obwohl das Lipödem bereits vor mehr als 80 Jahren als Krankheit erkannt wurde, ist unser Wissen über die Krankheit und ihre Entstehung lückenhaft. Die Gründe dafür liegen nicht zuletzt darin, dass das Lipödem erst vor kurzem in den offiziellen Kanon der Krankheiten aufgenommen wurde. Nahezu alle Aspekte der Krankheit sind umstritten, angefangen bei der Klassifizierung. Die Symptome des Lipödems überschneiden sich mit denen der Adipositas, Lipodystrophien, Lymphödeme und Bindegewebserkrankungen. Es gibt noch keine spezifischen Tests und aufgrund der unsicheren Diagnoselage bestehen auch erhebliche Unsicherheiten bezüglich der Prävalenz des Lipödems, mit weit auseinandergehenden Schätzungen, die von 1:75.000 bis zu 39 % aller Frauen reichen. Zur Ursache des Lipödems wurden viele Hypothesen aufgestellt, u. a. dass es sich um eine Fettstoffwechselstörung, eine Bindegewebsstörung, eine entzündliche oder Immunerkrankung handelt. Eine endgültige Ursache wurde noch nicht gefunden, und die Suche nach „Lipödem-Genen“ hat bisher keine eindeutigen Ergebnisse erbracht, mit Ausnahme einzelner Gene, die nur für einen kleinen Teil aller Patienten eine Rolle spielen.

6. Swiss Lymphsymposium

Sat, 07 Sep 2024 00:00:00 +0000

Das 6. Schweizer Lymphsymposium ist gerade zu Ende gegangen. Dieses Symposium scheint mit jeder Ausgabe an Beliebtheit zu gewinnen, und ich habe gehört, dass es in diesem Jahr sogar eine Warteliste gab. Die Juzo AG hatte Experten eingeladen, um Themen an der Schnittstelle zwischen Ödemen und Adipositas zu diskutieren. Die Veranstaltung war interessant und scheute auch kontroverse Themen nicht. Für einen Laborforscher wie mich ist es immer anregend, die Perspektive der klinischen Praktiker zu den Krankheiten zu erfahren, deren molekulare Grundlagen ich erforsche. Ich war bereits am 3. Schweizer Lymphsymposium im Jahr 2021 dabei, und es gab viele Entwicklungen, die ich in meinem Elfenbeinturm der biomedizinischen Grundlagenforschung bewusst nicht beachtet habe. Insbesondere die neuen S2k-Leitlinien zum Lipödem , die seit Anfang 2024 in Kraft sind, viel Aufmerksamkeit auf sich gezogen.Die neuen Leitlinien zum Lipödem befassen sich mit Fragen und Zielen in Bezug auf Diagnosekriterien, Differentialdiagnostik, den Einfluss von Komorbiditäten auf Diagnose und Therapie, die vorhandenen therapeutischen Möglichkeiten sowie die Frage, wie Patientinnen aktiv zur Bewältigung der Erkrankung beitragen können. Angesichts unseres noch immer begrenzten Verständnisses der Ätiologie des Lymphödems sind diese Ziele ehrgeizig. Dr. Tobias Bertsch von der Földi-Klinik hielt in seinem Vortrag „Die neuen Leitlinien zum Lipödem-Syndrom – Mehr Licht als Schatten“ einen sehr leidenschaftlichen und überzeugenden Vortrag über den Fortschritt, den diese Leitlinien darstellen. Der Vortrag orientierte sich grob an dem Positionspapier , das er gemeinsam mit vielen anderen europäischen Experten veröffentlicht hatte. Der Punkt, in dem das Positionspapier am stärksten von den Leitlinien abweicht, ist die Bewertung der Fettabsaugung als Behandlungsoption. Das Positionspapier stellt klar fest, dass die Fettabsaugung keine dauerhaften Ergebnisse liefert, während sich die Leitlinien zu diesem Thema überraschend zurückhaltend äußern und der erzielte Konsens unter allen Empfehlungen die geringste Zustimmung der Autoren erhielt.Für einen Laborwissenschaftler ist es unbefriedigend, Entscheidungen ohne hochgradige Evidenz treffen zu müssen. Allerdings können Leitlinien für medizinisches Fachpersonal nicht dieselbe Sprache sprechen wie wissenschaftliche Artikel, da dies ihrer Nützlichkeit zuwiderlaufen würde. „Wer heilt, hat Recht“, und wenn die neuen Leitlinien zu besseren medizinischen Ergebnissen führen, erfüllen sie ihren Zweck. Leitlinien – wie wissenschaftliche Erkenntnisse auch – sind stets vorläufig und unterliegen einer Anpassung, sobald bessere Evidenz vorliegt. Gleichzeitig müssen wir darauf achten, den Fortschritt nicht zu behindern, indem wir sie als unumstößliche Wahrheit betrachten. Schließlich wird das Sprichwort „Wer heilt, hat Recht“ Samuel Hahnemann zugeschrieben, dem deutschen Arzt, der die Homöopathie begründete (die im Grunde genommen Hexerei ist; muss ich das extra erwähnen?). Dennoch führte die Anwendung der Homöopathie zu Samuel Hahnemanns Lebzeiten wahrscheinlich zu besseren medizinischen Ergebnissen als die damals gängigen Behandlungsmethoden wie Aderlass oder Quecksilberpräparate, die häufig nicht nur nutzlos, sondern auch gefährlich oder giftig waren.Meine Sicht auf das LipödemNachdem ich mich einige Jahre lang mit dem Thema Lipödem beschäftigt habe, lautet meine Hypothese, dass das Lipödem ein Endpunkt im breiten Spektrum der menschlichen Fettspeicherphysiologie ist. Die Fettspeicherung war während 99,999997 % der Evolution ein so großer Vorteil, dass die Natur bereit war, die vielen Risiken in Kauf zu nehmen, die komplexen und schwierigen Systemen innewohnen. Je komplexer eine Maschine ist, desto häufiger versagt sie, und viele erbliche, lipidbezogene Erkrankungen sind Ausfälle dieses Mechanismus. Das wesentliche Problem, zu dessen Überwindung sich diese komplexe Maschinerie im Laufe der Evolution entwickelt hat, ist die Unlöslichkeit von Fett in Wasser. Jeder Transport von Fett innerhalb und außerhalb der Zelle erfordert, dass das Fett wasserlöslich gemacht wird. Im Blut wird dies dadurch erreicht, dass Fettmoleküle in Lipoproteinpartikel verpackt werden. Lipide, die nicht verbrannt werden, werden irgendwo gespeichert. Sie können subkutan oder viszeral gespeichert werden. Es gibt noch weitere Möglichkeiten der Fettspeicherung, doch dies ist die vereinfachte Darstellung: Bei jedem Menschen ist das Verhältnis zwischen viszeraler und subkutaner Fettspeicherung aufgrund eines komplexen Zusammenspiels vieler Gene und der Umwelt leicht unterschiedlich. Bei manchen Menschen führt dieses Zusammenspiel zu extremen Ungleichgewichten zwischen diesen beiden Bereichen mit pathologischen Folgen. Bei der koronaren Herzkrankheit beispielsweise resultiert die genetische Belastung bei den meisten Menschen aus vielen Genen (polygen), während bei einer Minderheit der Patienten ein oder wenige Gene die Erkrankung erklären könnten (monogen oder oligogen). Die Suche nach Genen wird für die meisten Lipödem-Patientinnen wahrscheinlich keine umsetzbaren Erkenntnisse liefern. Ähnlich wie bei der koronaren Herzkrankheit könnte es jedoch möglich sein, Risikofaktoren zu identifizieren. Wir kennen bereits drei Risikofaktoren für das Lipödem: weibliches Geschlecht, hormonelle Veränderungen und eine familiäre Vorbelastung. Es wäre hilfreich, weitere Risikofaktoren zu identifizieren, die leichter zu beeinflussen sind als die drei uns bekannten. Wir brauchen für das Lipödem etwas Ähnliches wie das Blutfettprofil für die koronare Herzkrankheit. Hier ist der Link zu meinem Vortrag (den ich im Laufe der Zeit mit besseren Informationen aktualisieren werde): Was wissen wir eigentlich sicher über Lipödeme? . Sie können auch die deutsche Version „Was wissen wir eigentlich sicher über Lipödeme? – Eine Bestandsaufnahme“ herunterladen.

Haben Fische Schwierigkeiten beim Atmen?

Fri, 28 Jun 2024 00:00:00 +0000

Fische atmen mit ihren Kiemen, doch für viele von ihnen ist dies im wahrsten Sinne des Wortes nur die halbe Wahrheit. Die Schwierigkeit, Sauerstoff aus dem Wasser zu gewinnen, ist der entscheidende Faktor, der die Evolution der Fische prägt. Landtiere sind meist derselben Sauerstoffkonzentration ausgesetzt, während Fische in Gewässern mit stark unterschiedlichem und sich rasch änderndem Sauerstoffgehalt leben müssen. Zudem enthält Wasser viel weniger Sauerstoff als Luft, und die Sauerstoffdiffusion im Wasser verläuft um Größenordnungen langsamer als in der Luft. Daher war die Evolution der Fische gezwungen, kreative Wege zu finden, um

Wer führt heute noch Klonierungen mit Restriktionsenzymen durch?

Thu, 27 Jun 2024 00:00:00 +0000

Restriktionsenzyme spalten die DNA an bestimmten Stellen und ermöglichen so – zusammen mit DNA-Ligaseenzymen – die molekularen „Ausschneiden-und-Einfügen“-Vorgänge, die nach wie vor die Grundlage für die meisten heutigen rekombinanten DNA-Konstrukte bilden. Es gab zwar schon immer alternative Assemblierungsmethoden, doch vor etwa 10 Jahren bekam die Klonierung mit Restriktionsenzymen ernsthafte Konkurrenz durch die auf Homologie basierenden Ein-Röhrchen-Assemblierungsstrategien (vor allem durch das „Gibson-Assembly“-Verfahren und dessen Derivate). Dennoch nehmen Restriktionsenzyme nach wie vor einen wichtigen Platz in jedem Labor für rekombinante DNA ein.Es gibt nicht viele kommerzielle Anbieter mit einem großen Portfolio an Restriktionsenzymen. New England Biolabs und ThermoFisher sind die beiden großen Marktführer und die einzigen Anbieter mit mehr als 200 verschiedenen Enzymen. Alle anderen Anbieter (Roche, TaKaRa, Promega) haben ein weitaus weniger umfassendes Angebot. Vor etwa 10 Jahren habe ich argumentiert, dass niemand FastDigest-Enzyme von ThermoFisher verwenden sollte. Sie können diesen Blogbeitrag nachlesen, aber im Wesentlichen lautet die Kernaussage: „ThermoFisher stellt nicht genügend Informationen über seine Enzyme bereit, um sie in einer gemischten Umgebung mit Enzymen von Anbietern, die vollständige Transparenz bieten – wie beispielsweise New England Biolabs (NEB) – gleichberechtigt einsetzen zu können.“Diese Engstirnigkeit hat ThermoFisher dazu veranlasst, eine eigene Definition der Restriktionsenzymaktivität auf der Grundlage eines 5-Minuten-Fensters zu erfinden, was einen direkten Vergleich mit den Enzymen der Wettbewerber unmöglich macht, da diese das standardmäßige 1-Stunden-Fenster verwenden. Da Enzyme in einer Reaktion unterschiedlich lange aktiv bleiben und ThermoFisher – im Gegensatz zu NEB – keine Daten über die Aktivitätsdauer seiner Enzyme bereitstellt, ist kein aussagekräftiger Vergleich möglich. Man fragt sich, ob der einzige Zweck der neuen Einheitsdefinition darin bestand, jegliche Vergleiche zu verhindern. Das allein sollte schon Grund genug sein, ThermoFisher wie die Pest zu meiden, aber es gibt noch mehr. Im Jahr 2014 wies ich darauf hin, dass nach der Übernahme von Fermentas durch ThermoFisher kein einziges neues FastDigest-Enzym in die Produktpalette aufgenommen worden war. Diese Aussage trifft auch ein Jahrzehnt später noch zu (und gilt gleichermaßen für herkömmliche Restriktionsenzyme). Auch bei NEB hat sich die Innovation im Bereich der Restriktionsenzyme verlangsamt, doch seit 2015 hat NEB etwa fünf HighFidelity-Enzyme (ApoI, BbsI, BclI, BsiWI, BstZ17I) sowie einige konventionelle Restriktionsenzyme in sein Portfolio aufgenommen.Das größte Problem, das ich bei der Politik des Schweigens von ThermoFisher sehe, ist, dass kaum jemand weiß, dass das Unternehmen Isoschizomere unter dem Namen des Prototyp-Enzyms verkauft. Während ThermoFisher die Verwendung von Isoschizomeren in seinem Nicht-FastDigest-Sortiment offenlegt, gibt es die Identität seiner FastDigest-Enzyme nicht preis. Viele der FastDigest-Enzyme sind laut Arvydas Janulaitis , dem ehemaligen wissenschaftlichen Leiter von Fermentas , dem Unternehmen, das das FastDigest-System entwickelt hatte, bevor es 2010 von ThermoFisher übernommen wurde.In einem kürzlich aktualisierten Flyer versucht Thermo Scientific, sich gegenüber NEB als überlegen darzustellen, schafft es damit jedoch nur, Anfänger im Bereich der Klonierung zu täuschen. In ihrer Infografik versuchen sie, die Einfachheit der Pufferauswahl innerhalb des Restriktionsenzym-Portfolios von ThermoFisher hervorzuheben und es mit dem Portfolio von NEB zu vergleichen.Dabei ignorieren sie jedoch ihre 190 konventionellen Enzyme, die nicht mit dem FastDigest-Puffer kompatibel sind (und zu dieser Gruppe gehören wichtige Enzyme, z. B. das „GoldenGate“-Typ-IIS-Enzym BsmBI). Um das Bild zu korrigieren, habe ich einen besseren grafischen Vergleich zwischen ThermoFisher und NEB erstellt, der als Hauptbild dieses Blogbeitrags dient. Selbst mein Vergleich ist optisch irreführend, da er redundante Enzyme nicht berücksichtigt, von denen ThermoFisher aufgrund seiner aggressiven Akquisitionsstrategie viele im Sortiment hat. In diesem Vergleich sieht es so aus, als ob ThermoFisher mehr verschiedene Enzyme anbietet, doch das ist keineswegs der Fall. Berücksichtigt man die Redundanzen, so verfügt NEB über 257 verschiedene, im Handel erhältliche Restriktionsenzyme, während ThermoFisher nur 209 anbietet. Ich habe nicht selbst gezählt, sondern mich auf die neueste Enzym-Beschreibungsdatei der besten Software zur Klonierungsplanung und -dokumentation SnapGene gestützt. Im Jahr 2014 habe ich bemängelt, dass ihr „Fast Digest“-Puffer eine proprietäre Zusammensetzung hat, und als ich heute nachgesehen habe, war das immer noch der Fall. Auf dem Gebiet der Restriktionsenzyme hat es bei Thermo Fisher keinerlei Fortschritte gegeben: keine Innovationen, keine größere Transparenz.

Ouriginal erkennt Plagiate in den meisten Fällen nicht.

Thu, 23 May 2024 00:00:00 +0000

Ouriginal , der Plagiatserkennungsdienst, der früher unter dem Namen Urkund bekannt war, wird an der Universität Helsinki schon seit sehr langer Zeit genutzt. Da Ouriginal einige der Masterarbeiten unserer Studierenden nicht verarbeiten konnte, habe ich mich ein wenig mit Ouriginal und seinen Problemen beschäftigt. Hier sind meine Erkenntnisse. Von schwedisch über europäisch zu US-amerikanischMir ist unklar, welche Software wir tatsächlich nutzen, da Ouriginal aus einer Fusion des schwedischen Urkund und des deutschen PlagScan hervorgegangen ist und im Jahr 2021 von dem amerikanischen Unternehmen Turnitin übernommen wurde. Ich brauche keine solche Software, aber unsere Universität schreibt vor, dass Abschlussarbeiten mit dieser Software geprüft werden müssen. Da ich jedes Jahr eine steigende Anzahl von Abschlussarbeiten lese und bewerte, nutze ich auch zunehmend Ouriginal. Ouriginal unterstützt viele Dokumentformate, doch die Unterstützung ist fehlerbehaftet Beim Blick auf den Verlauf der Einreichungen stellte ich fest, dass bis etwa Mitte Mai 2024 alle eingereichten PDF-Dateien ordnungsgemäß analysiert worden waren. Doch letzte Woche hat sich etwas geändert, da etwa die Hälfte der eingereichten Dokumente nicht verarbeitet wurde. Die üblichen Tricks (Einreichen in einem anderen Format wie .docx, .odt, .ps, .rtf) funktionierten zwar bei einigen, aber nicht bei allen Abschlussarbeiten. Eine Abschlussarbeit war besonders hartnäckig, und weder unsere „Experten“ noch die Mitarbeiter des Original-Helpdesks hatten eine Ahnung, warum ihre Software sie nicht verarbeiten konnte (was mich erneut fragen lässt, welche Software ihr Backend eigentlich verwendet). Ouriginal untersucht den Fall bereits seit einem Monat, ohne mir Antworten zu geben… Unsere Universität erhält vom Bildungsministerium Fördermittel auf Basis der Zahl der Absolventen, und wir verlieren Tausende von Euro für jeden Studierenden, der seinen Abschluss nicht rechtzeitig macht. Auch gebührenpflichtige Studierende haben einen starken Anreiz, rechtzeitig ihren Abschluss zu machen, um zusätzliche Kosten zu vermeiden. Daher ist jede Verzögerung im Abschlusszeitplan inakzeptabel. Die Leistung von Ouriginal enttäuscht mit einer schockierend niedrigen Erkennungsrate Da es Dutzende von Möglichkeiten gibt, ein Word-Dokument in ein PDF umzuwandeln, habe ich versucht, das Problem einzugrenzen, indem ich Testdokumente an den Ouriginal-Dienst übermittelt habe. Ich habe Manuskripte verwendet, die wir in den letzten Jahren veröffentlicht hatten. Ich war schockiert, als mir klar wurde, dass Ouriginal in mehr als der Hälfte aller Fälle kein Plagiat erkannt hat. Paywalls sind nicht schuld, da fast alle unsere Veröffentlichungen frei zugänglich sind. Weder die Aktualität der Veröffentlichung noch die Qualität der Zeitschrift machten einen erkennbaren Unterschied. Es scheint jedoch offensichtlich, dass Ouriginal größere Probleme mit nicht-englischen Dokumenten hat. Es ist sehr schwer zu erklären, warum so viele frei zugängliche wissenschaftliche Texte aus renommierten Zeitschriften ( Scientific Reports , Angiogenesis , Annals of Anatomy ) nicht von Ouriginal indexiert werden. Plagiate aus dem eigenen Dissertationsarchiv der Universität Helsinki werden nicht erkannt Ouriginal indexiert nicht einmal die frei zugänglichen Doktorarbeiten unserer eigenen Universität ( https://ethesis.helsinki.fi ). Keine der in meinem eigenen Labor verfassten Doktorarbeiten wurde erkannt. Ich habe auch meine eigene Doktorarbeit überprüft, und sie war die einzige, die erkannt wurde (Ouriginal hat sie auf docslib.org gefunden, nicht im offiziellen Dissertationsrepositorium unserer eigenen Universität). Macht es überhaupt Sinn, für einen so unvollständigen Dienst zu bezahlen? Ich glaube nicht. Das Fehlen frei zugänglicher Texte aus wichtigen Fachzeitschriften erscheint mir unentschuldbar, da eine einfache Google-Suche bessere Ergebnisse liefert. Ich habe Google-Suchen nach Sätzen aus den nicht erkannten Texten durchgeführt, und in den meisten Fällen hat Google die Originalquelle problemlos identifiziert. Ein Python-Skript, das Texte in Sätze aufteilt, um einzelne Google-Suchen durchzuführen, und die Ergebnisse zusammenfasst, kann jeder Programmierer an einem Nachmittag schreiben. Warum sollte man eine eigene Datenbank unterhalten, wenn Google diese Aufgabe besser bewältigt als man selbst? Plagiate in Bezug auf die folgenden veröffentlichten Manuskripte/Dissertationen/Tagungsberichte wurden NICHT erkannt:*

Aufnahmeinterview

Thu, 09 May 2024 00:00:00 +0000

Immer mehr Masterstudiengänge an unserer Universität integrieren ein Vorstellungsgespräch in das Zulassungsverfahren. Tiina Immonen vom TRANSMED-Studiengang war die Vorreiterin an der Universität Helsinki, die sich als Erste auf dieses Terrain gewagt hat. Wenn du zu einem Vorstellungsgespräch an der Universität Helsinki eingeladen wirst, hast du bereits die größte Hürde genommen, nämlich die Bewertung Ihrer Bewerbung. Um angenommen zu werden, musst du im Prinzip bloss darauf achten, das Vorstellungsgespräch nicht zu vermasseln. Du musst nicht herausragend sein, aber du musst die Erwartungen erfüllen. Der Grund dafür ist, dass Vorstellungsgespräche bekanntermaßen schwer zu bewerten sind und daher von vielen Studiengängen in erster Linie dazu genutzt werden, um Studenten mit zuvielen Warnsignalen auszusortieren.

MPHARM-Meilenstein

Fri, 26 Apr 2024 00:00:00 +0000

Das Internationale Masterprogramm für pharmazeutische Forschung, Entwicklung und Sicherheit (MPHARM) steht kurz vor einem weiteren Meilenstein: Unsere ersten Absolventen werden bald ihre Abschlussarbeiten einreichen. Am Donnerstag feierten wir nach dem Seminar zu den Masterarbeiten, bei dem die erste Gruppe von Studierenden die Ergebnisse ihrer Abschlussarbeiten vorstellte. Im Mittelpunkt steht Leena , unsere wohlwollende Direktorin. Nicht auf dem Bild zu sehen ist Tomi , dem ein großer Teil des Verdienstes dafür gebührt, dass der Studiengang „Drug Design and Pharmacology“ zu einem solchen Erfolg geworden ist!

Ein Webcam-Bild vom Terminal aus aufnehmen

Fri, 05 Apr 2024 00:00:00 +0000

Es gibt wahrscheinlich nicht viele Anwendungsfälle, aber Fernüberwachung ist ein Beispiel dafür – sowohl in böswilligem als auch legitimen Kontext. Malware kann Fotos vom ahnungslosen Nutzer machen. Aber eben auch „Hat jemand mein Büro durchsucht, nachdem ich letzten Freitag vergessen hattee, die Tür zu schließen?“

Mia Sivén, die weltweit erste Professorin für nachhaltige Pharmazie

Fri, 05 Apr 2024 00:00:00 +0000

Als wir unsere ausländischen Studierenden fragten, warum sie sich für die Universität Helsinki entschieden haben, nannten mehrere von ihnen Aspekte der Nachhaltigkeit. Viele der Forschungsgruppen an der Fakultät für Pharmazie befassen sich mit Themen, die für eine nachhaltige Zukunft von großer Bedeutung sind. So hat beispielsweise die Bekämpfung der zunehmenden Bedrohung durch Antibiotikaresistenzen für unsere Fakultät hohe Priorität. Und meine Gruppe arbeitet an dem umweltfreundlichsten Proteinproduktionssystem der Welt. Es gibt keinen Teil des Lebenszyklus eines Arzneimittels, der nicht unter dem Gesichtspunkt der Nachhaltigkeit betrachtet werden könnte. Daher war es höchste Zeit, dass dieses übergreifende Thema endlich durch die Einrichtung einer eigenen Professur gewürdigt wurde. Soweit uns bekannt ist, wird Mia Sivén nächsten Monat ihre Tätigkeit als weltweit erste Professorin für nachhaltige Pharmazie aufnehmen . Es überrascht Sie wahrscheinlich nicht, dass ich mich sehr über diese Ernennung freue.

Wenn du eine „Green Card“ (S-etukortti) hast, kannst du für mich stimmen*!

Fri, 05 Apr 2024 00:00:00 +0000

Ich möchte eine konsequent umweltorientierte, wissenschaftlich fundierte Agenda vorantreiben. Und ich möchte, dass sich Finnland nicht nur für die indigene Bevölkerung, sondern für alle, die sich den skandinavischen Werten verpflichtet fühlen, wie ein Zuhause anfühlt. Meine Werte finden Sie auf der Kandidatensuch-Website .Angesichts der Tatsache, dass fast 20 % der Bevölkerung der Hauptstadtregion einen ausländischen Hintergrund haben, sind Ausländer – mit etwa 5 % – unter den Kandidaten der bevorstehenden Genossenschaftswahlen (osuuskauppavaalit) . Es überrascht nicht, dass sich unter den Kandidaten der „Wahren Finnen“ (Perussuomalaiset) kein Ausländer befindet. Doch auch andere Listen glänzten nicht gerade durch das völlige oder fast vollständige Fehlen ausländischer Kandidaten, wie beispielsweise die Zentrumspartei (Keskusta). Aufgrund dieses Mangels an Inklusion und Vielfalt habe ich mich als Kandidat in der Untergruppe der S-Gruppe (HOK-Elanto) in der Hauptstadtregion aufstellen lassen.Ziel der „osuuskauppavaalit“ ist es, ein 60-köpfiges Vertretungsgremium (sowie Stellvertreter) der Genossenschaft HOK-Elanto für die nächsten vier Jahre zu wählen. HOK-Elanto ist der in der Hauptstadtregion tätige Zweig der S-Gruppe. Die S-Gruppe ist die größte finnische Einzelhandelsgenossenschaft. Im Gegensatz zu ihrem wichtigsten Konkurrenten (Kesko) ist sie nicht an der finnischen Börse notiert. Doch das Ziel der S-Gruppe und von Kesko ist dasselbe: ihre Eigentümer reich zu machen. Nur dass die Eigentümer der S-Gruppe die Kunden sind, während die Eigentümer von Kesko die Aktionäre sind. Im Jahr 2020 gab es in Finnland mehr als 2 Millionen Kunden-Eigentümer der S-Gruppe, aber nur etwa 60.000 Kesko-Aktionäre.

Ist Finnisch erledigt?

Sat, 30 Mar 2024 00:00:00 +0000

In ihrem Meinungsbeitrag in den Helsingin Sanomat griff Annikka Mutanen den prognostizierten Bevölkerungsrückgang der finnischen Bevölkerung : Bis zum Ende dieses Jahrhunderts wird die Zahl der Menschen in Finnland mit finnischen Wurzeln unter 2 Millionen gesunken sein. Ich werde das nicht mehr miterleben, aber meine Kinder haben gute Chancen dazu.

Wesentliche Elemente für die Biowissenschaften

Sun, 24 Mar 2024 00:00:00 +0000

Hier ist meine Version eines vereinfachten Periodensystems für Biowissenschaftler. Vor einigen Jahren hat mein Sohn das gesamte Periodensystem bis zum Element 118 (Oganesson) auswendig gelernt. Er fand es lustig, dass ich nur die ersten beiden Zeilen kannte. Das ist mir nicht peinlich, auch wenn ich mich nicht einmal mehr vollständig an die ersten beiden Reihen erinnern kann. Es gibt Elemente, denen ich bei meiner Arbeit so gut wie nie begegne, wie zum Beispiel Aluminium. Ja, ich weiß, dass Aluminium als Adjuvans bei Impfungen verwendet wird. Aber wir können uns ja nicht einmal darauf einigen, ob man dieses Element „Aluminium“ oder „aluminum“ schreibt! Und ich würde sogar Beryllium vergessen, wenn ich nicht einmal auf der Suche nach Beryll-Edelsteinen gewesen wäre (die man in Finnland finden kann). Bei meiner Arbeit habe ich höchstens mit etwa 11 Elementen zu tun (die mehr als 99,5 % des menschlichen Körpers ausmachen). Die Frage, wie viele Elemente für das menschliche Leben essenziell sind, lässt sich nicht leicht beantworten. Die Zahl liegt irgendwo zwischen 19 und 29. Warum gibt es so viele Elemente mit unbekanntem Status? Einige der „umstrittenen“ Elemente sind vielleicht nicht unbedingt lebensnotwendig, aber dennoch für eine gute Gesundheit notwendig. Wo soll man die Grenze ziehen? Und dann ist da noch das Problem, wie man die Lebensnotwendigkeit experimentell nachweisen kann. Viele der umstrittenen Elemente sind sogenannte Ultraspurenelemente, und es ist sehr schwierig, Versuchstiere in einer Umgebung zu halten, die völlig frei von selbst den kleinsten Spuren dieser Elemente ist ( https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_roles_of_the_elements ).

Überlasteter IT-Support

Fri, 23 Feb 2024 00:00:00 +0000

Das Problem: Absturz beim Hochfahren

Vor über einem Jahr, einige Wochen nachdem ich meinen neuen Arbeitscomputer erhalten hatte, konnte er nach einem System-Update nicht mehr neu starten und blieb schon früh im Startvorgang hängen. Ich stellte bald fest, dass ich den Computer im „abgesicherten Modus“ noch starten konnte. Seltsamerweise schien alles in Ordnung zu sein, denn wenn ich den abgesicherten Modus am Ende des Startvorgangs manuell verließ, funktionierte der Computer einwandfrei. Unsere IT-Abteilung hat mehrfach vergeblich versucht, das Problem zu beheben. Ich musste sogar etwa drei Wochen lang ohne Computer arbeiten, während er „in Reparatur“ war. Ihr wisst wahrscheinlich, wie viel Arbeit man ohne Computer erledigen kann: so gut wie gar nichts.Auf meinem Computer läuft Cubbli 20.04.06LTS, eine inoffizielle Ubuntu-Variante, die von der Universität Helsinki für den internen Gebrauch gepflegt wird. Zwar kann man Bioinformatik auch auf einem Windows- oder macOS-Computer betreiben, doch ist Linux zweifellos die erste Wahl. Viele Bioinformatik-Entwickler machen sich gar nicht erst die Mühe, ihre Software für Windows zu veröffentlichen. macOS funktioniert größtenteils gut (da es ebenfalls ein UNIX-kompatibles Betriebssystem ist), aber ich müsste für die gleiche Rechenleistung den doppelten Preis bezahlen.Der Computer ist ein Lenovo P350 mit einer NVIDIA T1000 , mit der ich zwei Bildschirme ansteuere. Ich benötige die Grafikkarte hauptsächlich für 3D-Modellierung, phylogenetische Analysen und ähnliche Aufgaben. Diese Grafikkarte könnte die Ursache des Problems sein. Eigentlich wollte ich dieses Modell gar nicht kaufen, aber da es zu dieser Zeit einen Mangel an Grafikkarten gab, hat mich die IT-Abteilung davon überzeugt, meine ursprüngliche Wahl gegen die T1000 auszutauschen.

Zurück zur Monografie?

Thu, 01 Feb 2024 00:00:00 +0000

Finnland war international dafür bekannt geworden, hochqualifizierte Doktoranden in den MINT-Fächern hervorzubringen. Dies war das Ergebnis der Anforderung, vier bis fünf wissenschaftliche Artikel in renommierten Fachzeitschriften zu veröffentlichen. Es überrascht nicht, dass es im Durchschnitt etwa sieben Jahre dauerte, dieses Ziel zu erreichen. Heute sind finnische Doktoranden international vielleicht eher dafür bekannt, dass sie zum Zeitpunkt ihres Abschlusses relativ alt sind. Ich selbst war 34 Jahre alt als ich meine Doktorhut erhielt . Ich habe etwas weniger als sechs Jahre dafür gebraucht.Andererseits war mein Betreuer so klug, mich das tun zu lassen, was ich wollte, und ich verbrachte ziemlich viel Zeit mit Nebenprojekten, die mich auf meinem Weg zum Doktorgrad nicht wirklich voranbrachten. Das bedeutete jedoch auch, dass ich Fähigkeiten, Wissen und Kontakte erworben habe, die ich sonst nicht gehabt hätte. Nimmt man die 10.000-Stunden-Regel wörtlich, entsprechen 10.000 Stunden in etwa einer sechsjährigen Promotionsausbildung.Derzeit will das finnische Bildungsministerium die für den Erwerb des Doktorgrades erforderliche Zeit auf drei Jahre verkürzen. Dieser Artikel in World University News ist bislang der ausführlichste englischsprachige Beitrag, der zu diesem Vorhaben erschienen ist. Meine Fragen lauten: Warum? Und wie? Das Warum liegt auf der Hand: Finnland ist in den OECD-Statistiken über hochqualifizierte Fachkräfte ins Hintertreffen geraten. Um diese Zahlen aufzubessern, braucht Finnland mehr Promovierte. Und da von Politikern mit kurzer Aufmerksamkeitsspanne nicht erwartet werden kann, sechs Jahre zu warten, ist es nur logisch, dass sie bereit sind, Geld auszugeben, um die Zahl der Abschlüsse zu erhöhen – vorausgesetzt, dies geschieht schnell.Aber wie soll das gehen? Wie können Doktoranden in drei Jahren lernen, was sie normalerweise in sechs Jahren gelernt haben? Wäre das möglich, würde dies bedeuten, dass unsere derzeitige Doktorandenausbildung massiv ineffizient ist. Können wir sie auf drei Jahre verkürzen, ohne dabei Abstriche bei der Qualität zu machen? Es gibt eindeutig Optimierungsbedarf. Vor allem, was die Finanzierung des Studiums angeht. Es mangelt seit jeher an von den Universitäten bezahlten Doktorandenstellen. Infolgedessen verbringen viele Doktoranden einen erheblichen Teil ihrer Zeit damit, sich um Fördermittel zu bewerben oder – noch schlimmer – Teilzeit zu arbeiten, um über die Runden zu kommen. Zwar ist die Zahlung eines Gehalts zweifellos ein Schritt in die richtige Richtung, doch wird sie die benötigte Zeit nicht um 50 % verkürzen. Es gibt etwas Ärgerliches an der Wissenschaft, das Politiker vielleicht nicht ganz verstehen: Es ist unmöglich, das Ergebnis wissenschaftlicher Experimente vorherzusagen. Genau diese Tatsache ist der einzige Grund, warum man sie überhaupt durchführt! Wenn man jedoch das Ergebnis von Experimenten nicht vorhersagen kann, kann man auch nicht vorhersagen, wie lange es dauern wird, die Arbeit abzuschließen und die Ergebnisse zu veröffentlichen. Um den Prozess der Promotion in einen vorhersehbaren dreijährigen Zeitrahmen zu zwängen, müssen wir tief in unsere akademische Trickkiste greifen und die „Monografie“ wiederbeleben. Die Monografie ist ein alternativer Weg zum Erwerb eines Doktorgrades. Obwohl sie auf dem Papier noch existiert, war sie in den MINT-Fächern schon vor Jahrzehnten praktisch ausgestorben, da mehr als 99 % aller MINT-Doktorarbeiten auf Veröffentlichungen basieren. In einigen Fachgebieten und Fakultäten hat die Monografie zwar einen höheren Anteil behalten, doch ihre Beliebtheit ist aus sehr guten Gründen überall zurückgegangen. Doch nun ist sie zurück! Bei der Monografie stellen Sie Ihre wissenschaftlichen Ergebnisse nicht der wissenschaftlichen Gemeinschaft zur Begutachtung, Verbesserung und Würdigung (in Form von Zitaten) zur Verfügung. Stattdessen fasst man seine Forschungsergebnisse in einem mehrere hundert Seiten starken Manuskript zusammen, das nur von den Betreuern und zwei vom Fakultätsrat bestellten externen Experten geprüft wird. Was könnte da schon schiefgehen? Ich hoffe, dass ich mich irre, aber eine dreijährige Promotion wird wahrscheinlich nicht dasselbe bieten können wie eine sechsjährige Promotion. Außerdem gibt es weitere Faktoren, die die Promotion unnötig verlangsamen und die im aktuellen Pilotprojekt nicht berücksichtigt werden. Der am deutlichsten ignorierte Faktor ist das Verhältnis von Betreuern zu Studierenden. Aufgrund der anhaltenden relativen Kürzung der Mittel für die grundlegenden Aufgaben der Universitäten sind Lehrende und Betreuer an finnischen Hochschulen bereits stark überlastet, und das derzeitige „suboptimale“ Verhältnis von Betreuern zu Doktoranden wird sich mit 1.000 zusätzlichen Doktoranden, die im Laufe des nächsten Jahres an finnischen Hochschulen einsteigen werden, weiter verschlechtern. Ich verstehe den Wunsch nach einer Harmonisierung des Doktorats auf europäischer Ebene voll und ganz (etwas, das wir mit den BSc- und MSc-Abschlüssen seit Beginn des Bologna-Prozesses im Jahr 1999 mehr oder weniger erfolgreich umgesetzt haben). Viele Details zur Umsetzung dieses Pilotprojekts sind uns noch nicht bekannt. Aber es ist ganz offensichtlich, dass die meisten der tatsächlich Betroffenen nie gefragt wurden, als dieses Pilotprojekt ausgeheckt wurde.UPDATEIn der finnischen Tageszeitung „Helsingin Sanomat“ sind zwei Artikel zu diesem Pilotprojekt erschienen, in denen die beiden wichtigsten Kritikpunkte am 1000Doktoranden gerichtet wurden, nämlich den offenbar unvermeidlichen Qualitätsverlust in der Doktorandenausbildung und die sehr ungleiche Verteilung der Fördermittel auf die verschiedenen Fachbereiche:https://www.hs.fi/politiikka/art-2000010217525.htmlhttps://www.hs.fi/kaupunki/art-2000010242698.html UPDATE Die Universität Helsinki hat endlich einige Informationen zur bevorstehenden Ausschreibung veröffentlicht. Die Seite ist nicht über den Newsfeed erreichbar, sondern man muss schon wissen, wonach man sucht, um sie zu finden. Dies ist kontraproduktiv, da die Bewerbungsfrist nur zwei Wochen beträgt: https://www.helsinki.fi/en/research/doctoral-school/doctoral-education-pilot

Haben Fische Lymphgefäße?

Sat, 27 Jan 2024 00:00:00 +0000

Lesen Sie die gesamte Hintergrundgeschichte in unserem Preprint: https://doi.org/10.20944/preprints202312.2119.v1 . Es ist kaum zu glauben, dass sich die wissenschaftliche Gemeinschaft nicht darüber einig ist, ob Zebrafische über ein lymphatisches Gefäßsystem verfügen. Der Zebrafisch ist einer der erfolgreichsten Modellorganismen in der Biologie, und man würde annehmen, dass wir seinen gesamten Gefäßaufbau kennen. Doch seit W. Vogel im Jahr 1981 ( https://doi.org/10.1515/znc-1981-5-627 ) vertreten viele Fischphysiologen die Auffassung, dass es bei Fischen keine Lymphgefäße gibt, und die meisten aktuellen Lehrbücher zur Fischphysiologie haben sich diese Sichtweise zu eigen gemacht. Gleichzeitig belegen fundierte Veröffentlichungen aus verschiedenen Forschungslabors, dass Lymphgefäße bei Fischen existieren ( https://doi.org/10.1038/nm1427 , https://doi.org/10.1016/j.cub.2006.05.026 ). Was ist da los? Als das Yaniv-Labor 2022 veröffentlichte, dass sich embryonale Lymphgefäße beim Zebrafisch in Blutgefäße umdifferenzieren können ( https://doi.org/10.1038/s41586-022-04766-2 ), schien es plötzlich möglich, die beiden widersprüchlichen Ansichten miteinander in Einklang zu bringen. Kurz gesagt: Bei den meisten Fischen transdifferenziert sich ein embryonales Lymphsystem während der Entwicklung zu Blutgefäßen, die ein spezialisiertes Teilkompartiment des Herz-Kreislauf-Systems bilden (das sogenannte sekundäre Gefäßsystem). Der Grad der Transdifferenzierung scheint zwischen den Fischarten recht variabel zu sein, und einige Gefäße – insbesondere der Ductus thoracicus – könnten einen hybriden Phänotyp beibehalten. Wie so oft in Spitzenzeitschriften ging der Originalartikel von Das et al. weder auf die 100 Jahre alte Kontroverse noch auf die Auswirkungen seiner bahnbrechenden Erkenntnisse ein. Auch wenn Kari Alitalo und ich dies in einem kurzen Kommentar ( https://rdcu.be/cOjJ0 ) getan haben, ist mehr Platz erforderlich, um dem Thema gerecht zu werden. Obwohl die Kontroverse um die Lymphgefäße bei Fischen noch lange nicht beigelegt ist, erscheint es wichtig, den aktuellen Stand der Diskussion in der wissenschaftlichen Literatur festzuhalten. Darüber hinaus wollten wir ein Konsensmodell mit hoher Wahrscheinlichkeit beschreiben, an dem sich zukünftige Experimente orientieren können. Das Ergebnis ist ein ausführlicher Übersichtsartikel; wir hoffen, dass Ihnen die Lektüre gefällt. Sollten Sie etwas finden, das Ihnen nicht gefällt, lassen Sie es uns bitte unbedingt wissen! Vor allem, wenn Sie Ihre Kritik mit Daten oder stichhaltigen Argumenten untermauern können. Wir haben das Manuskript zur Begutachtung eingereicht und freuen uns darauf, es auf der Grundlage Ihrer Anregungen zu verbessern.

Warum du BioRender nicht verwenden sollst

Wed, 17 Jan 2024 00:00:00 +0000

Vor etwa zwei Jahren hat unsere Universität ein institutionelles Abonnement für BioRender abgeschlossen. BioRender ist eine browserbasierte Software für wissenschaftliche Illustrationen mit einer umfangreichen Bibliothek vorgefertigter Elemente, darunter auch komplexe Darstellungen. Damit lassen sich wissenschaftliche Konzepte schnell veranschaulichen oder Flussdiagramme für Versuchsaufbauten erstellen. Und angesichts der einfachen Bedienung sehen die Ergebnisse ziemlich professionell aus. Es ist sozusagen das „McDonald’s“ der wissenschaftlichen Illustration. Es geht schnell und erfüllt seinen Zweck. Sicher, das Essen in einem 3-Sterne-Michelin-Restaurant schmeckt viel besser, aber die meisten von uns können sich diesen Luxus selten leisten. Warum solltest du es trotz all der oben genannten Vorteile nicht nutzen?

Es ist schwierig, die Arbeiten der Schüler zu benoten.

Sat, 16 Dec 2023 00:00:00 +0000

Ich habe in diesem Herbst Hunderte von studentischen Arbeiten gelesen. In vielen dieser Arbeiten sollen die Studierenden Fragen beantworten. Die Benotung dieser Arbeiten bedeutet, zu entscheiden, ob die Antwort „richtig“ oder „falsch“ ist. Das ist manchmal schwierig. Die meisten Antworten liegen irgendwo zwischen „richtig“ und „falsch“. Daher offenbart die Notwendigkeit der Benotung ein tiefer liegendes Problem: Bevor ich entscheiden kann, wo auf dem Spektrum zwischen „richtig“ und „falsch“ die Antworten der Studierenden liegen, muss es ein objektives „richtig“ und „falsch“ geben. Andernfalls sind objektive Noten von vornherein eine Illusion (ganz abgesehen von dem Problem, wie man sie zuverlässig festlegen könnte). Allerdings ist unser gesamtes wissenschaftliches Wissen vorläufig. Es unterliegt Änderungen oder sogar einer Umkehrung, sobald neue, bessere Daten verfügbar werden. Wie kann man also eine Arbeit mit irgendeiner Sicherheit benoten? Glücklicherweise ist nicht unser gesamtes Wissen gleichwertig. Ein wichtiges Kennzeichen einer wissenschaftlichen Aussage ist die Falsifizierbarkeit , ein Konzept, das vielleicht erstmals vom Wissenschaftsphilosophen Karl Popper in seinem Buch Die Logik der wissenschaftlichen Entdeckung populär gemacht wurde. Was sind Beispiele für wissenschaftlich falsifizierbare Theorien?

Das finnische Pilotprojekt „1000 Doktoranden“

Tue, 28 Nov 2023 00:00:00 +0000

Die finnische Regierung wird 1.000 zusätzliche, voll finanzierte Doktorandenstellen schaffen, die im akademischen Jahr 2024/2025 anlaufen sollen.Die Mittel (85.000 € pro Jahr und Doktorand) werden im Rahmen eines Wettbewerbs unter den finnischen Hochschulen verteilt, wobei ein Teil davon zur Finanzierung der Gehälter der Doktoranden für drei Jahre verwendet wird. Ein Auslöser für diese Initiative könnte sein, dass Finnland in den OECD-Statistiken hinsichtlich der Zahl hochqualifizierter Arbeitskräfte ins Hintertreffen geraten ist. Die Frage ist, ob diese einmalige Ausgabe das Bildungsniveau tatsächlich anheben oder lediglich die Zahlen in die Höhe treiben wird. Die durchschnittliche Dauer einer Promotion beträgt in Finnland etwa sieben Jahre. Um eine dreijährige Promotion in so großem Umfang zu realisieren, ist davon auszugehen, dass die Anforderungen für die Promotion gesenkt werden. Tatsächlich wurden die Anforderungen bereits gesenkt, doch weitere „Erleichterungen“ könnten noch folgen. Gleichzeitig streben die Universitäten an, den kafkaesken, absurden und mittelalterlich anmutenden Verwaltungsprozess zu straffen, der vom Zeitpunkt der Fertigstellung des letzten Manuskripts bis zum Erhalt des eigentlichen Promotionszeugnisses leicht ein halbes Jahr in Anspruch nehmen kann.Viele andere Medien haben über dieses Pilotprojekt berichtet; hier ist ein Artikel, der auch auf Englisch verfügbar ist: https://acatiimi.fi/2023/11/28/for-once/Although . Die meisten Menschen freuen sich über das zusätzliche Geld, doch fast alle sind bis zu einem gewissen Grad skeptisch. Gute Absichten reichen nicht aus, und es gibt viele gravierende Probleme bei diesem Pilotprojekt:

Das Netgate pfsense SG-3100 wieder funktionsfähig machen

Fri, 10 Nov 2023 00:00:00 +0000

Der derzeitige Vorgang zur Wiederherstellung der Funktionsfähigkeit des Netgate pfsense SG-3100-Routers nach einem fehlgeschlagenen Firmware-Upgrade ist zu kompliziert (obwohl das Gerät ansonsten hervorragend ist). Heute habe ich das dritte fehlgeschlagene Upgrade innerhalb von sechs Jahren erlebt. Die Wiederherstellung hat jedes Mal problemlos funktioniert, aber es sollte VIEL einfacher sein, wenn ich diesen Router meinen technisch weniger versierten Freunden empfehlen soll. Um die Wiederherstellung durchzuführen, benötigt man einen 8-GB-USB-Stick und ein USB-Kabel mit einem High-Profile-Micro-USB-Stecker an einem Ende und einem normalen USB-A-Stecker am anderen Ende. Dies sind die Schritte, die man ausführen muss, um das Gerät wieder funktionsfähig zu machen:

Bio-Rad repariert unser NGC

Wed, 20 Sep 2023 00:00:00 +0000

UPDATE (Stand: 21. Dezember 2024)

Wir haben gerade unseren Kurs zur Proteinreinigung (DPDR-305) hinter uns gebracht (siehe auch meine anderen blog posts über Lehre ). Nachdem wir etwa 25 Aufreinigungen mit dem „reparierten“ Bio-Rad NGC durchgeführt haben, muss ich leider feststellen, dass das größte Problem weiterhin besteht: Das FPLC reagiert nicht mehr auf manuell eingegebene Befehle. Auch die zufälligen Verbindungsabbrüche hielten an. Zwar hatte nur eine Studentengruppe Probleme, doch kam es an diesem einen Tag zu mehreren Vorfällen. Damit endet leider unser kurzer Ausflug in das Bio-Rad-Territorium der Proteinreinigung. All dies deutet darauf hin, dass weitere Investitionen in dieses Gerät reine Zeit- und Geldverschwendung wären. Wir haben weder zu viel Zeit noch zu viel Geld. Wenn Bio-Rad aus eigener Initiative etwas unternehmen möchte, bin ich gerne bereit, ihnen alle notwendigen Maßnahmen zu überlassen, um das Gerät in einen nutzbaren Zustand zu versetzen, aber wir werden keine weiteren Schritte aktiv verfolgen. Der beste Weg, Ihr FPLC-Gerät in gutem Zustand zu halten, ist ein Wartungsvertrag. Obwohl wir in den letzten 30 Jahren zweimal Mittel von unserer Universität erhalten haben, um ein FPLC-Gerät der Spitzenklasse anzuschaffen, ist es viel schwieriger, Mittel für einen Wartungsvertrag zu bekommen. Einer der vielen Gründe dafür ist, dass die meisten Förderzeiträume kürzer sind als Wartungsverträge, die nur dann Sinn machen, wenn sie über mehrere Jahre abgeschlossen werden.

Die Universität Helsinki ist aus den Top 100 herausgefallen

Sun, 27 Aug 2023 00:00:00 +0000

Die größte skandinavische Tageszeitung, Helsingin Sanomat, berichtete letzte Woche, dass die Universität Helsinki aus den Top 100 des Shanghai-Rankings gefallen sei . Nun haben mehrere finnische Wissenschaftler darauf reagiert . Die Kernaussage der Reaktion lässt sich wie folgt zusammenfassen: Nehmt diese Rankings nicht ernst! Sind diese Rankings wirklich ein bedeutungsloser Indikator für die Qualität von Universitäten, lediglich ein Teil der „Aufmerksamkeitsökonomie“? Dies trifft sicherlich auf jene Rankings zu, die hinsichtlich der Funktionsweise des Rankingverfahrens nicht vollständig transparent sind. Und für jene, die ihre Methodik vollständig offenlegen, gilt nach wie vor das Goodhartsche Gesetz: Wenn eine Messgröße zum Ziel wird, hört sie auf, eine gute Messgröße zu sein. Dann ist also alles in Ordnung, trotz des Abstiegs der Universität Helsinki aus den obersten Rängen der akademischen Forschung, oder? Vielleicht nicht. Die zahlreichen Hochschulrankings ( Shanghai , THE und QS – die vielleicht am einflussreichsten sind) sind nur eines von vielen Zielen, die finnische Universitäten anstreben. Ein weiteres – und vielleicht in der Praxis weitaus wichtigeres – Ziel ist das System, nach dem das finnische Bildungsministerium die Mittel unter den finnischen Universitäten verteilt. Dieses System könnte der heimliche Treiber hinter dem Niedergang der Universität Helsinki sein. Unter der Regierung Sipilä (2015–2019) wurden die Verteilungskriterien so geändert, dass die Anzahl der verliehenen Abschlüsse an Bedeutung gewann, während die wissenschaftliche Forschung (gemessen an der Publikationsleistung) an Bedeutung verlor. Die Universität Helsinki ist sehr forschungsorientiert. Tatsächlich erreicht die Forschungsleistung der Universität Helsinki nach den Änderungen am Mittelverteilungssystem in der Regel bereits Ende des Sommers die maximale jährliche Punktzahl, die vergeben werden kann. Alle Veröffentlichungen danach bis zum Jahresende verbessern die Position der Universität Helsinki im Vergleich zu den anderen finnischen Universitäten nicht mehr. In Finnland sind die Mittel des Ministeriums sehr wichtig, da die Universitäten nicht wie die meisten großen US-Universitäten über Stiftungsvermögen in Milliardenhöhe verfügen. Der HS-Artikel erwähnt ausdrücklich, dass diese Rankings kein geeignetes Mittel sind, um die Qualität der Lehre zu messen, und daher keinen Einfluss auf die Entscheidung der Studierenden darüber haben sollten, wo sie studieren. Einige Rankings verfügen jedoch über aussagekräftige Kennzahlen. So vergleicht beispielsweise das THE-Ranking das Verhältnis zwischen Studierenden und Lehrenden. Es liegt auf der Hand: Wenn eine Universität nicht über genügend Lehrkräfte verfügt, kann sie keine gute Lehre bieten. Schlechte Lehre ist weder gut für die Studierenden noch für das NYT-Ranking. Ich stimme zu, dass manche Rankings fragwürdige Praktiken beinhalten, wie zum Beispiel die Befragung mehr oder weniger zufällig ausgewählter Wissenschaftler danach, welche Universitäten ihrer Meinung nach in ihren Fachgebieten die besten sind. Ich selbst habe 2021 zu einem solchen Ranking beigetragen. Ich habe versucht, die Waage zugunsten Finnlands und Deutschlands so weit zu beeinflussen, wie ich es mir ethisch rechtfertigen konnte. Auch wenn sie Mängel aufweisen, würde ich Rankings nicht gänzlich ablehnen. Der Artikel in der „HS“ schließt mit einer ähnlichen Einschätzung: Dass der Abstieg der Universität Helsinki aus den Top 100 ein Warnsignal für die derzeitige Regierung sein sollte, die finnischen Universitäten endlich auf Augenhöhe mit den anderen skandinavischen (schwedischen, dänischen und norwegischen) Universitäten zu bringen, die nicht unter fast zwei Jahrzehnten sinkender Finanzierung gelitten haben. Dieses Warnsignal kommt jedoch sehr spät, obwohl der Niedergang für diejenigen, die die Nachrichten aus dem Hochschulbereich verfolgen, schon seit geraumer Zeit offensichtlich ist. Die Finanzierungssituation hat bereits zu irreversiblen Verlusten an Humankapital geführt. Als die kaufkraftbereinigte Finanzierung der Universität Helsinki zum ersten Mal sank, wusste jeder, dass es viele Jahre dauern würde, bis die Auswirkungen der Mittelkürzungen offensichtlich zutage treten würden. Nun ist es endlich geschehen – mit einer Verzögerung von mehr als zehn Jahren. Vielen Dank an alle Politiker, die seit 2005 dazu beigetragen haben, indem sie nichts unternommen, nicht genug getan oder sogar aktiv den Abbau der finnischen akademischen Forschung unterstützt haben. 2005 war das Jahr, in dem mir bewusst wurde, dass die Hochschulfinanzierung zum ersten Mal real zurückgegangen war.

Haben wir in einer „Predatory Journal“ veröffentlicht?

Thu, 03 Aug 2023 00:00:00 +0000

Wenn ich eine Anfrage zur Begutachtung eines Manuskripts erhalte, schaue ich mir zunächst die Zeitschrift an, von der die Anfrage stammt. Meistens kenne ich den Namen der Zeitschrift nicht. Schließlich werden auf unserem Planeten etwa 25.000 wissenschaftliche Zeitschriften veröffentlicht. Stammt die Anfrage von einer „Raubzeitschrift“, lehne ich sie in der Regel ab. Manchmal stimme ich zu, mich bewusst diesem Unsinn auszusetzen (das ist zugleich lustig und frustrierend). Aber woran erkennt man, ob eine Zeitschrift eine „Raubzeitschrift“ ist oder nicht? Diese Frage wurde in den letzten Jahren häufig gestellt, z. B. in diesem „Nature“-Kommentar . In dem Artikel haben führende Experten eine Definition erarbeitet. Raubverlage:

Fahrradabstellplätze auf dem Viikki-Campus

Mon, 31 Jul 2023 00:00:00 +0000

In Viikki gibt es neue Fahrradstellplätze, etwa 400 an der Zahl. Das klingt zwar zunächst einmal gut, aber schauen wir uns die Details einmal genauer an: Die zugangskontrollierten Stellplätze sind gebührenpflichtig. Ich gehe davon aus, dass es weiterhin „erlaubt“ ist, sein Fahrrad außerhalb dieser zugangskontrollierten Stellplätze abzustellen. Der Text von Flamma scheint jedoch zu implizieren, dass für das Abstellen von Fahrrädern auf dem Campusgelände eine Genehmigung erforderlich ist: „Für das Abstellen von Fahrrädern auf allen Campusgeländen in Helsinki wird eine Gebühr erhoben.“ ( https://flamma.helsinki.fi/en/group/tilat/pyoraily-pysakointi-ja-julkinen-liikenne ). Das hätte etwas klarer formuliert werden können, aber ich vermute, der Verfasser hatte (nur?) Autos im Sinn.Der Flamma-Artikel behauptet, dass außerdem 36 frei nutzbare Fahrradständer im unbeheizten Außenbereich der Unterführung hinter dem Biocenter 2 (das früher als Sammelstelle für Elektro- und Elektronikschrott diente) aufgestellt wurden. Ja, aber diese Möglichkeit gab es schon vorher und wurde auch schon genutzt. Er befindet sich direkt neben dem kleinsten (48 Stellplätze) zugangskontrollierten Parkplatz, dem einzigen, auf dem ich schließlich ein Fahrrad entdeckt habe. Die Nutzung des zugangskontrollierten Parkplatzes macht Sinn, wenn man ein teures Fahrrad besitzt. Wenn das der Fall ist, stört einen die jährliche Gebühr von 30 € wahrscheinlich auch nicht: teure Fahrradparkplätze für die Reichen. Man bezahlt den Stellplatz über eine App. Ich habe die App auf meinem Handy installiert, aber die Gebühr von 30 € pro Jahr nicht bezahlt. Warum nicht? Ich habe zwei Probleme mit dieser Gebühr:

Withings Body Scan Smartwaage

Thu, 29 Jun 2023 00:00:00 +0000

Im Jahr 2009 haben wir unsere erste Withings-Smartwaage gekauft. Obwohl ich sie damals ausprobiert habe, habe ich sie aufgrund der begrenzten Funktionen bald nicht mehr benutzt. Jetzt, mehr als zehn Jahre später, bin ich der Meinung, dass sich die Technologie der Smart-Waagen endlich so weit entwickelt hat, dass sie wirklich nützlich ist. Außerdem gehöre ich nun zur Zielgruppe dieses Geräts: Ich bin ein übergewichtiger Mann mittleren Alters, in dessen Familie Herzerkrankungen vorkommen und der Sport treibt, aber wahrscheinlich nicht genug. Zusammenfassend lässt sich schon vorab sagen: Ich werde die Body-Scan-Waage in Zukunft jeden einzelnen Tag benutzen. Abgesehen von einigen nützlichen und weniger nützlichen Funktionen erinnert sie mich daran, dass man ab einem bestimmten Alter seine Herz- und Gefäßgesundheit aktiv pflegen muss. Withings hat kürzlich drei Smart-Waagen in verschiedenen Preisklassen auf den Markt gebracht: Body Scan, Body Comp und Body Smart. Wir haben das Spitzenmodell Body Scan zum Testen erhalten. Sie traf vier Tage vor unserem Abreise in den Sommerurlaub ein, weshalb ich nicht alle Funktionen testen konnte. Einige Funktionen erfordern eine bestimmte Mindestanzahl wiederholter Messungen, weshalb dieser Beitrag möglicherweise aktualisiert wird, sobald ich die Waage länger genutzt habe. Was kann die Waage? Offensichtlich kann sie Ihr Gewicht und die Zusammensetzung verschiedener Körperteile (Fett- und Muskelanteil) messen. Sie behauptet außerdem, zwischen viszeralem und subkutanem Fett unterscheiden zu können. Nicht jedes Fett ist gleich schlecht: Viszerales Fett ist viel gefährlicher als subkutanes Fett, das sogar nützlich sein kann. Wenn die Waage tatsächlich zuverlässig zwischen viszeralem und subkutanem Fett im Körper unterscheiden könnte, wäre das ein erstaunlicher technischer Fortschritt (dazu später mehr). EKG-FUNKTION Die Body-Scan-Waage kann ein EKG (Elektrokardiogramm) durchführen, d. h., sie kann die elektrische Aktivität des Herzens messen. Mithilfe eines EKGs lassen sich viele verschiedene Herzprobleme feststellen, doch für diese Messung ist die Anzahl der Elektroden (Messpunkte) am Körper entscheidend. Der medizinische Standard liegt bei 12 Elektroden. Aus Gründen der Praktikabilität sind Geräte für Endverbraucher weniger ausgereift, weshalb sie nur eine begrenzte Anzahl verschiedener Herzprobleme erkennen können. Das Body-Scan-Gerät verfügt über 6 Elektroden, was derzeit das Beste ist, was bei einem für Verbraucher bestimmten Gerät erhältlich ist. Ein solches 6-Elektroden-EKG ist jedoch deutlich ungenauer als ein medizinisches EKG und kann sogar einen akuten, gerade erst eingetretenen Herzinfarkt übersehen. Tatsächlich sind Vorhofflimmern und Vorhofflattern die einzigen medizinischen Zustände, die dieses EKG zuverlässig erkennen kann. Vorhofflimmern ist eine Herzrhythmusstörung, die anhand des Pulses festgestellt werden kann (z. B. schlägt das Herz zweimal statt einmal). Vorhofflattern ist ein ähnliches Phänomen und äußert sich in einem schnellen Herzschlag (> 250/min), der episodisch auftreten kann (von Stunden bis zu Tagen andauernd), aber auch dauerhaft bestehen bleiben kann. Beide erfordern eine medizinische Behandlung, und daher erscheint es sinnvoll, dass ein Verbrauchergerät die Möglichkeit bietet, sie zu erkennen. Klinische Studien zeigen jedoch, dass die Ergebnisse von Massen-Screenings auf Vorhofflimmern keinen eindeutigen Nutzen haben. Experten sind sich tatsächlich uneinig darüber, ob Massen-Screenings eine gute Idee sind: In den Leitlinien der Europäischen Gesellschaft für Kardiologie aus dem Jahr 2020 werden Massen-Screenings empfohlen, während die US-amerikanische Preventive Services Task Force und das britische National Screening Committee sie derzeit nicht empfehlen. Obwohl Vorhofflimmern recht häufig auftritt, ist es meist gegenüber anderen Herzerkrankungen zweitrangig, und die Zielgruppe des Withings Body Scan (gesundheitsbewusste Menschen mittleren Alters aus der Mittelschicht) möglicherweise nicht die Zielgruppe ist, die am meisten von dieser Funktion profitiert. In einer Studie zur Untersuchung von Vorhofflimmern (der sogenannten LOOP-STUDIE) wurde kein Gerät für Endverbraucher verwendet, sondern Sensoren für den professionellen Einsatz, was eine bessere Methode zur Erkennung von Vorhofflimmern darstellt. Darüber hinaus wurden in der Studie Personen untersucht, die Risikofaktoren für einen Herzinfarkt aufwiesen. Es überrascht nicht, dass die Erkennung (und Behandlung) von Vorhofflimmern um das Dreifache zunahm, doch trotz dieser Ausgangslage konnte in der Studie kein Nutzen hinsichtlich einer Verringerung von Herzinfarkten oder arteriellen Embolien festgestellt werden.Einige Experten sind der Ansicht, dass es verschiedene Arten von Vorhofflimmern gibt und dass wir einfach noch nicht wissen, wie sich die gefährlichen Formen von den gutartigen unterscheiden lassen.Zusammenfassend lässt sich sagen (auch auf der Grundlage einiger neuerer Erkenntnisse), dass der Nutzen des Body-Scan-EKGs gering zu sein scheint. Der Nutzen ist wahrscheinlich nur bei Hochrisikogruppen erheblich, die eine 400-Euro-Smartwaage wahrscheinlich nicht nutzen (z. B. ältere Menschen).Es ist noch nicht bekannt (da sich solche Geräte bei Verbrauchern noch kaum verbreitet haben), welche Belastung durch falsch-positive Ergebnisse für das Gesundheitssystem entsteht. Es sollte auch erwähnt werden, dass es derzeit keine digitale Infrastruktur gibt, über die die von der Waage erzeugten Daten zur Auswertung an einen Arzt übermittelt werden könnten. Tatsächlich gibt es nicht einmal ein standardisiertes Dateiformat. Für Röntgenbilder und ähnliche Bildgebungsdaten gibt es einen offenen Datenübertragungsstandard (DICOM), für EKG-Daten gibt es jedoch nichts Vergleichbares. All dies erklärt, warum der Body Scan in den USA noch nicht erhältlich ist. Die FDA hat ihn nicht als Medizinprodukt zugelassen. Der regulatorische Rahmen und die Anforderungen unterscheiden sich in der EU und den USA, doch laut Withings wird der Body Scan ab dem dritten Quartal 2023 in den USA erhältlich sein, sobald die FDA-Zulassung vorliegt. In Europa muss das Gerät „lediglich“ die medizinische CE-Kennzeichnung erhalten. Um die CE-Kennzeichnung zu erhalten, muss das Gerät bestimmte Standards erfüllen, die von der Klassifizierung des Geräts abhängen. Der Body Scan ist als Gerät der Klasse IIA eingestuft (was ihn interessanterweise auf eine Stufe mit Zahnfüllungen, chirurgischen Klemmen und Tracheotomietuben stellt). Die Konformitätsbewertung wird nicht von der Europäischen Arzneimittelagentur (EMA) durchgeführt, sondern von unabhängigen, akkreditierten Organisationen (sogenannten „benannten Stellen“). Diese analysieren und zertifizieren die Sicherheit und Leistungsfähigkeit des Geräts. Die Zulassung durch die EMA und die FDA ist von entscheidender Bedeutung, da es natürlich wichtig ist, eine unabhängige Bestätigung zu erhalten, dass das Gerät tatsächlich die Herzrhythmusstörungen erkennt, die es zu erkennen verspricht, usw. Hier ist ein YouTube-Video von Medlife Crisis, in dem der Nutzen der Vorhofflimmern-Früherkennung behandelt wird. Im Video geht es um die Apple Watch, aber im Prinzip gilt das Gleiche für jedes beliebige Verbrauchergerät: https://www.youtube.com/watch?v=rW3DGnHO2iY&t=719s ERMITTLUNG DER KÖRPERZUSAMMENSETZUNGAngaben zur Körperzusammensetzung sind äußerst hilfreich, um den Gesundheitszustand und den Trainingsstand zu bestimmen. Ein einfacher Indikator ist der Body-Mass-Index (BMI), für dessen Berechnung lediglich Größe und Gewicht benötigt werden: (Gewicht in Kilogramm)/(Größe in Metern²). Obwohl der Body-Mass-Index mit der Gesundheit korreliert, gibt es viele Abweichungen, die insbesondere sehr fitte Personen mit viel Muskelmasse betreffen (die technisch gesehen oft übergewichtig sind), sowie schlanke Personen mit geringer Muskelmasse (die technisch gesehen nicht übergewichtig sind, aber dennoch möglicherweise zu viel Körperfett haben). Ein weitaus besserer Indikator für die körperliche Fitness ist der Körperfettanteil, den diese Waage mithilfe der bioelektrischen Impedanzanalyse (BIA) ermittelt. Die Waage misst den Fett- und Muskelmasseanteil des gesamten Körpers sowie der einzelnen Körperteile. Das bedeutet ganz einfach, dass die Waage elektrische Impulse durch den Körper sendet. Da Fett Strom schlechter leitet als Muskeln, kann die Waage den Fettanteil zwischen zwei Messpunkten ermitteln. Leider ist die BIA keine besonders genaue Methode zur Bestimmung der segmentalen Körperzusammensetzung. Um wirklich zu wissen, wo sich Fett befindet, und insbesondere um viszerales und subkutanes Fett voneinander zu unterscheiden, gilt die Magnetresonanztomographie (MRT) als Goldstandard. Derzeit wird diese Methode jedoch außerhalb der medizinischen Forschung nur selten für diesen Zweck eingesetzt und ist zudem sehr kostspielig. Eine weniger genaue Methode zur Messung des Körperfettanteils ist die sogenannte Dual-Energie-Röntgenabsorptiometrie (DEXA/DXA), die in erster Linie zur Bestimmung der Knochenmineraldichte eingesetzt wird, mit der sich jedoch auch der Körperfettanteil messen lässt. DEXA hat jedoch Schwierigkeiten, subkutanes Fett und viszerales Fett voneinander zu unterscheiden (wenn Sie eine solche Analyse durchführen lassen möchten, sollten Sie Ihren Dienstleister fragen, welche Daten dessen Gerät liefert). Um eine segmentale Körperzusammensetzung zu erhalten, benötigen Sie eine Smartwaage vom Typ „Body Scan“. „Body Comp“ und „Body Smart“ bieten diese Funktion nicht. Die große Frage lautet: Wie führt die Waage diese Messung durch und wie zuverlässig ist sie? Es gibt nicht viele Informationen dazu, außer dass die Waage mehrere Frequenzen nutzt, um die Messgenauigkeit zu erhöhen. Dank des BMI zwischen Händen und Füßen dürfte die segmentale Körperzusammensetzung recht genau sein. Es ist jedoch völlig unklar, wie die Waage den Anteil an viszeralem Fett ermittelt. Es gibt keine Erklärungen, keine Patente und – was am wichtigsten ist – keine wissenschaftlichen Veröffentlichungen, die diese Technik anhand des Goldstandards der MRT validieren würden. Der Anteil an viszeralem Fett wird zudem getrennt von der Körperzusammensetzung angezeigt, was darauf hindeuten könnte, dass diese Messung auf andere Weise erfolgt. Paradoxerweise ist das legendäre Sixpack kein guter Indikator für die Fitness: Befindet sich Fett über den Sixpack-Muskeln, sieht man das Sixpack der Bauchmuskeln nicht, selbst wenn es vorhanden wäre. Das Fett über den Muskeln ist jedoch nicht das gefährlichste Fett. Gefährliches Fett befindet sich unterhalb der Sixpack-Muskeln, in der Körperhöhle, in der sich Ihre Organe befinden. Du kannst ein sichtbares Sixpack haben, obwohl sich um und an lebenswichtigen Organen (Leber, Nieren, Darm usw.) gefährliches Fett angesammelt hat. Der von der Waage angezeigte Körperfettanteil ist wahrscheinlich recht genau. Abgesehen davon und ohne externe Validierung bezweifle ich, dass der Index für viszerales Fett, den mir die Waage anzeigt, in der Realität auch nur annähernd einen aussagekräftigen Wert darstellt. Was bedeutet dieser „viszerale Fettindex“ eigentlich? Der Erklärung zufolge handelt es sich um einen Wert zwischen 1 und 20. Aber was ist das? Ich könnte es nachvollziehen, wenn der Körperfettanteil zwischen viszeralem und nicht-viszeralem Fett aufgeteilt wäre (wobei der Wert dann zwischen 0 und 100 % liegen würde). Solange er so vage gehalten ist, ist dieser Wert wahrscheinlich ziemlich nutzlos (und ich habe beobachtet, dass er von Tag zu Tag ziemlich schnell schwankt, was darauf hindeutet, dass er nicht besonders zuverlässig ist). BESTIMMUNG DES RISIKOS FÜR HERZ- UND GEFÄSSERKRANKUNGEN Bei Herz- und Gefäßerkrankungen sind die drei größten Risikofaktoren:

Deutschlands Verantwortung

Tue, 27 Jun 2023 00:00:00 +0000

Es ist schwer, Urlaub in Polen zu machen, ohne auf ein Konzentrationslager aus der Zeit des nationalsozialistischen Deutschlands zu stoßen. Mir passiert das jedes Mal. Das letzte Mal war es Stutthof , diese Woche Płaszów. In Krakau sah ich während meines täglichen Laufs plötzlich das auf dem Bild gezeigte Schild neben dem Weg. Sich zu erinnern ist eine Sache, aber wichtiger ist es, den heutigen Faschismus in all seinen Erscheinungsformen . Die deutsche Regierung sollte sich daran erinnern, dass Hitlers Expansionspolitik nur durch konzertierte militärische Maßnahmen gestoppt wurde.

Herzlichen Glückwunsch, Dr. Khushbu Rauniyar!

Sat, 10 Jun 2023 00:00:00 +0000

Die Verteidigung einer Doktorarbeit ist in Finnland eine GROSSE Sache, und du hast sie gerade hinter dich gebracht. Im Gegensatz zum Rest der Welt (vielleicht mit Ausnahme von Schweden) verlangt kein anderes Land von Doktoranden so viel Durchhaltevermögen wie Finnland. Im Durchschnitt sind dafür vier Veröffentlichungen und sieben Jahre erforderlich. Die lange Dauer und das Fehlen klar definierter Anforderungen sind zwei Probleme, die das finnische Bildungsministerium in den nächsten Jahren angehen will, um finnischen Doktoranden auf dem internationalen Arbeitsmarkt gleiche Wettbewerbsbedingungen zu verschaffen. Eine Promotion in Finnland zu absolvieren, erfordert viel Sisu. Sisu ist ein finnisches Wort, das sich nicht in eine andere Sprache übersetzen lässt, aber der kürzlich erschienene Film mit dem gleichen Titel kann einen Eindruck davon vermitteln. Wikipedia definiert Sisu als außergewöhnliche Entschlossenheit angesichts extremer Widrigkeiten . In „alten Zeiten“ wurden Medikamente aufgrund ihrer Wirkungen entdeckt, ohne dass ihr Wirkmechanismus bekannt war. Dieses Paradigma wird zunehmend auf den Kopf gestellt. Forscher versuchen, den Mechanismus zu verstehen, der zur Erkrankung führt, bevor sie mit der Entwicklung oder Suche nach einem Medikament beginnen. Ein Großteil von Khushbus Dissertation befasst sich mit einem besseren Verständnis der Mechanismen, die die Wirkung des primären lymphangiogenen Wachstumsfaktors [VEGF-C] steuern: Der evolutionäre Ursprung, die Aktivierung und das Potenzial als Zielmolekül für Medikamente]( http://urn.fi/URN:ISBN:978-951-51-9288-2) . Prof. Eckhard Lammert hat als Opponent hervorragende Arbeit geleistet, und Prof. Kari Keinänen tat dasselbe als Kustos. Liebe Khushbu , wir wünschen dir alles Gute für dein nächstes großes Projekt!

Dynamisches DNS mit DomainDiscount24 und pfsense

Sat, 27 May 2023 00:00:00 +0000

Viele Unternehmen bieten kostenlosen dynamischen DNS an. Da ich jedoch DomainDiscount24 nutze, verwende ich auch deren dynamischen DNS-Dienst. Um die IP-Adresse von vpn.jeltsch.org zu aktualisieren, muss ich eine HTTPS-Anfrage an eine bestimmte URL senden, die ein Passwort und den Hostnamen enthält, für den ich die Aktualisierung wünsche:https://dynamicdns.key-systems.net/update.php?hostname=vpn.jeltsch.org&password=12345678&ip=autoUm dies zu automatisieren, nutze ich die crontab meines pfsense-Routers. Das Bearbeiten der crontab ist standardmäßig nicht aktiviert, aber du kannst das Cron-Paket herunterladen und installieren. Danach steht Ihnen unter „Services > Cron“ eine grafische Benutzeroberfläche zur Verfügung, in der Sie den Zeitpunkt und den Befehl hinzufügen können:`/usr/local/bin/curl “ https://dynamicdns.key-systems.net/update.php?hostname=vpn.jeltsch.org&password=12345678&ip=auto “

Das menschliche Genom wurde gerade (erneut) entschlüsselt

Mon, 15 May 2023 00:00:00 +0000

Vor mehr als 20 Jahren wurde das menschliche Genom

vollständig entschlüsselt

(Lander et al., 2001) durch das Genome Reference Consortium (GRC). Diese Assemblierung ist als GRCh38-Referenzsequenz bekannt. Obwohl sie auf DNA einer anonymen Spendergruppe basiert, stammen zwei Drittel ihrer Sequenz von einem einzigen männlichen Spender afrikanisch-europäischer Abstammung (Genome Reference Consortium, 2023).*

Am Wihuri-Forschungsinstitut wird weiterhin Spitzenforschung auf dem Gebiet der Gefäßbiologie betrieben

Wed, 10 May 2023 00:00:00 +0000

Taija Mäkinen wurde ernannt und wird ab 2024 die Leitung des Wihuri-Forschungsinstituts (WRI) übernehmen. Wie der derzeitige Direktor Kari Alitalo verfügt auch Taija über herausragende Fachkenntnisse auf dem Gebiet der Lymphgefäßbiologie. Derzeit forscht Taija in Schweden an der Universität Uppsala . Mit ihren Beiträgen hat sie unser Verständnis davon, wie Lymphgefäße entstehen und wachsen, revolutioniert ( 10.1016/j.celrep.2015.02.026 , 10.1161/CIRCRESAHA.116.306170 ).Das Wihuri-Forschungsinstitut mit Sitz im Biomedicum Helsinki wurde von der Jenny- und Antti-Wihuri-Stiftung gegründet und wird von dieser finanziert. Sein Forschungsschwerpunkt liegt auf der kardiovaskulären und vaskulären Biologie. Diese Forschung ist für die Entwicklung neuer Therapien bei Herzerkrankungen von entscheidender Bedeutung. Blut- und Lymphgefäße durchziehen jedoch nahezu alle Organe des Körpers und spielen bei fast allen Erkrankungen eine Rolle, darunter Entzündungs- und Infektionskrankheiten, neurodegenerative Erkrankungen, Krebs sowie Gefäßfehlbildungen oder -hypoplasien. Daher eröffnet die am WRI durchgeführte Forschung neue Wege zur Behandlung vieler Krankheiten, die über Herzerkrankungen hinausgehen. Der Stiftungsrat der Jenny-und-Antti-Wihuri-Stiftung hat eine ausgezeichnete Wahl getroffen, auch wenn ich aus vielen Gründen voreingenommen bin. Ich betreibe ähnliche Forschung und habe während unserer Promotion im selben Labor wie Taija gearbeitet. Unnötig zu erwähnen, dass Taija schneller promoviert hat als ich …

OMG: Der T. rex hatte kein VEGF-B!

Wed, 05 Apr 2023 00:00:00 +0000

Unsere Arbeit zum evolutionären Ursprung der Wachstumsfaktoren PDGF und VEGF wurde soeben in Angiogenesis veröffentlicht: https://doi.org/10.1007/s10456-023-09874-9 . Wir haben sowohl PDGFs als auch VEGFs analysiert, aber unser Schwerpunkt lag natürlich auf der VEGF-Seite. Es ist reiner Zufall, dass die PDGFs zufällig eine Untergruppe der VEGFs sind und nicht umgekehrt, aber das ist natürlich nur unsere voreingenommene Sichtweise :-) Da wir auf dem Gebiet der Lymphforschung tätig sind, können wir stolz verkünden, dass das phylogenetisch älteste VEGF wahrscheinlich dem VEGF-C ähnelte und die rätselhafte Seiden-Homologie-Domäne aufwies. Das erscheint intuitiv einleuchtend (und war bereits zuvor von Jörg Wilting vorgeschlagen worden), denn die einfachsten uns bekannten Gefäßsysteme sind die sogenannten Hämolymphsysteme (z. B. bei Insekten), die viele Merkmale mit dem Lymphsystem gemeinsam haben. Mit dieser Veröffentlichung haben wir nichts Außergewöhnliches geleistet, was nur wenige können. Wir haben etwas getan, was jeder tun könnte, was aber bisher noch niemand getan hat: systematisch zu untersuchen, welche Tiere welche PDGFs und VEGFs besitzen. Tatsächlich haben wir etwas Neues getan: Wir haben eine Crowdsourcing-Methode zur Klassifizierung von PDGFs und VEGFs entwickelt. Anstatt Menschen zu befragen, haben wir Datenbanken befragt. In Datenbanken gibt es viele PDGF-ähnliche und VEGF-ähnliche Sequenzen, die nur anhand der Homologie ihrer Aminosäuresequenz als solche erkennbar sind. Um herauszufinden, ob es sich beispielsweise um ein VEGF-C oder ein VEGF-D handelt, führen wir zahlreiche (PSI)BLAST-Suchen durch und ermitteln anschließend die Mehrheitsmeinung (basierend auf den Top-Treffern).Viele Überraschungen erwarteten uns, nachdem das Bioinformatik-Skript nach zwei Wochen der Suche und des Vergleichs von PDGF- und VEGF-ähnlichen Sequenzen seine Arbeit beendet hatte:

Bad vibes wegen der neuen Straßenbahn

Sat, 01 Apr 2023 00:00:00 +0000

Die Nutzung unserer Duschen wurde untersagt, da vor meinem Arbeitsplatz, dem Viikki-Campus der Universität Helsinki, eine neue Straßenbahnlinie verläuft. Während der Testfahrten der Straßenbahn fielen mir Risse in der Wand des Umkleideraums und an den Duschen auf. Ich habe diese Risse irgendwann im Februar unseren Hausmeistern gemeldet. Anscheinend sind auch die Abwasserrohre von den baulichen Schäden betroffen, und deshalb können wir nicht mehr duschen. Das ist wirklich schade, besonders im Sommer. Soweit ich weiß, war der Zustand der Universitätsgebäude vor Beginn der Bauarbeiten an der Straßenbahnlinie dokumentiert worden. Nun läuft eine Untersuchung, um festzustellen, ob die zusätzlichen Schäden durch die Bauarbeiten oder durch die Testfahrten verursacht wurden (und wer für die Reparatur der Schäden aufkommen muss). Da ich entweder mit dem Fahrrad zur Arbeit fahre oder laufe, muss ich jeden Morgen duschen. Meine Morgenroutine ist schwieriger geworden, da es in den Ausweichduschen keinen Platz gibt, an dem ich meine nassen Kleider und mein Handtuch zum Trocknen aufhängen kann. Das verursacht zwar einige Unannehmlichkeiten, doch wenn ein kausaler Zusammenhang mit dem Straßenbahnbetrieb besteht, hätte dies schwerwiegendere Folgen: Die Universität verfügt über teure Forschungsgeräte, die vibrationsempfindlich sind. Es ist unverständlich, wie die oberste Universitätsleitung mit der Stadt Helsinki vereinbaren konnte, die Straßenbahnlinie direkt vor dem Universitätsgebäude verlaufen zu lassen. Tatsächlich macht die Straßenbahn nun einen Umweg, um entlang der Viikinkaari zu fahren. Die natürlichere und kürzere Strecke hätte etwa 200 Meter südlich der aktuellen Trasse (entlang der Viikintie) verlaufen und all diese Probleme vermieden. Um die Gleise direkt vor den Gebäuden Biocenter 1 und 2 verlegen zu können, wurden Millionen zusätzlicher Euro für Schwingungsdämpfungselemente verschwendet, um unsere High-End-Geräte vor Erschütterungen zu schützen. Und vielleicht war all dieses Geld verschwendet, sollte sich herausstellen, dass die Maßnahmen nicht ausreichen.

GPT-3 halluziniert schon wieder

Tue, 07 Mar 2023 00:00:00 +0000

Am Wochenende musste ich meinen Bericht für den Kurs „UP (Universitätspädagogik) 3.1“ fertigstellen. Da wir viel über den Nutzen formeller Betreuungsvereinbarungen gesprochen hatten, wollte ich herausfinden, ob unsere Überlegungen durch empirische Forschungsergebnisse gestützt werden. Da unsere Universität ihr Abonnement für Iris AI (ein KI-gestütztes Tool zur Literaturrecherche) gekündigt hatte, beschloss ich, GPT-3 zu befragen. Ich ging zum GPT-3-Playground und fragte: „Kannst du mir fünf Literaturhinweise finden, die den Nutzen einer Betreuungsvereinbarung im akademischen Umfeld belegen?“ Es lieferte mir umgehend fünf Hinweise (siehe Bild). Anschließend fragte ich nach den DOIs (ich nutze Zotero für das Literaturmanagement, und Zotero kann Volltext-Referenzen problemlos abrufen, wenn man ihm eine DOI angibt, vorausgesetzt, der Artikel liegt nicht hinter einer Paywall).Als ich versuchte, die Referenzen herunterzuladen, meldete Zotero: „Zotero konnte keinen Datensatz für die angegebene Kennung finden. Bitte überprüfe die Kennung und versuche es erneut.“ Also stellte ich über ein VPN eine Verbindung zum Universitätsnetzwerk her, um direkt von der Website des hinter einer Paywall liegenden Verlags (Taylor & Francis) auf den Artikel zuzugreifen. Als ich jedoch die richtige Ausgabe von „Studies in Higher Education“ (2005, Band 30, Ausgabe 5) durchsuchte, gab es keinen solchen Artikel. Keinen solchen Autor. Nichts ähnelte auch nur im Entferntesten der Referenz, die versprochen worden war. GPT-3 hatte diese oberflächlich betrachtet plausibel aussehenden Referenzen aus der Luft gegriffen. Bei genauerer Betrachtung sind die Artikel jedoch seltsam: Jeder hat nur einen Autor (selten, aber nicht unmöglich), alle Autoren sind promoviert (in der Realität sind die meisten Autoren Doktoranden), und alle Autoren geben genau einen Mittelnamen an (möglich, aber unwahrscheinlich). Als ich GPT-3 darauf hinwies, dass die DOIs gefälscht sind und zu keinem veröffentlichten Artikel führen, behauptete GPT-3 zunächst, ich könne nicht auf die Artikel zugreifen, da sie hinter einer Paywall lägen. Als ich dieses Experiment wiederholte, um Screenshots zu machen, entschuldigte sich GPT-3 und versprach, den Fehler zu beheben. Als ich darauf hinwies, dass der Fehler nicht behoben werden könne, da die Artikel fiktiv seien, stürzte GPT-3 ab. Dieses Verhalten ist nachvollziehbar: Ähnlich wie es Informationen zu jedem Thema findet und diese geschickt zu einer Antwort zusammenfügt, hat es viele Quellenangaben gefunden und diese zu einer „neuen“ Antwort zusammengefügt. Da der Algorithmus jedoch nichts „versteht“, ist ihm nicht bewusst, dass Literaturangaben in keiner Weise verändert werden dürfen. Ich gehe davon aus, dass dies bald behoben wird, da es leicht zu beheben ist. GPT-3 ist lediglich ein cleverer Zusammenführer und Wiederkäuer, und dies scheint nur ein Sonderfall von Halluzinationen zu sein. Die wichtigste Erkenntnis für Studierende: Vertraut niemals darauf, dass GPT-3 euch korrekte Informationen liefert. Auch andere haben berichtet, dass GPT-3 [häufig und ziemlich stark] halluziniert ( https://twitter.com/NateSilver538/status/1629159014272581634/photo/1 ).

Showdown: „Äkta“ von GE Healthcare gegen „NGC“ von Bio-Rad

Tue, 07 Feb 2023 00:00:00 +0000

Seit 1996 beschäftige ich mich mit der Reinigung von Proteinen. Bis 2015 arbeitete ich mit einem Äkta Explorer, dann haben wir auf den Äkta Avant umgestellt. Im Jahr 2020 zog mein Labor um, und wir erhielten einen Bio-Rad NGC , den wir nun seit zwei Jahren nutzen.Wir hatten viele Probleme mit dem Bio-Rad NGC. Zunächst dachte ich, dass dies beim Systemwechsel vielleicht normal sei. Ich ging davon aus, dass die Probleme nach und nach verschwinden würden. Schließlich hatten wir auch Probleme, als wir vom Explorer auf den Avant umgestiegen sind.Doch selbst nach zwei Jahren und Dutzenden von Aufreinigungsläufen scheinen die Probleme mit dem NGC nicht aufzuhören. Immer wenn wir ein Problem lösen, taucht ein neues, bisher unbekanntes Problem auf. Und im Gegensatz zu GE Healthcare ist der Kundenservice von Bio-Rad nicht einmal annähernd so gut wie der, den wir von GE Healthcare gewohnt sind. Als unsere IT-Abteilung den Äkta nicht mit dem Netzwerk unserer Universität verbinden konnte, schickte GE Healthcare einen Techniker aus ihrem Münchner Team nach Helsinki, um das Problem zu beheben. In Anbetracht der Einarbeitungszeit bot GE Healthcare außerdem einem Mitarbeiter aus unserem Team die kostenlose Teilnahme an einem ihrer Kurse an. Und ihr Support beschränkte sich nicht auf die Garantiezeit! Sie wollten wirklich, dass wir mit ihrem Gerät zufrieden sind. Von Bio-Rad erfahren wir nicht das gleiche Maß an Unterstützung. Es fühlt sich immer so an, als müssten wir sie dazu zwingen, die Probleme zu lösen, die wir mit dem NGC haben, und ihre Reaktionszeit liegt weit unter jeglichen Kundenerwartungen.Dies ist der erste von mehreren Blogbeiträgen zum Thema „Äkta versus NGC“. Ich hoffe, dass ich in den nächsten Monaten die Zeit finden werde, ausführlicher über all unsere Probleme zu berichten.Wir haben 2015 beschlossen, dass wir endlich ein neues FPLC brauchten. Unser Äkta Explorer näherte sich dem Ende seiner Lebensdauer, und wir hatten rund 100.000 Fördermittel erhalten, um das FPLC unserer Zentraleinrichtung zu erneuern. Das Gerät war so teuer, dass wir das offizielle Ausschreibungsverfahren durchlaufen mussten (damals lag die Obergrenze bei 30.000 €, inzwischen wurde sie jedoch auf 60.000 € angehoben). Es gab nur zwei Mitbewerber: den Bio-Rad Discover NGC und den GE Healthcare Äkta Avant. Das Bio-Rad-Gerät war günstiger (82.810 € gegenüber 95.470 €), doch wir entschieden uns für den Kauf des Geräts von GE Healthcare. Ein wichtiger Grund dafür war, dass alle unsere Nutzer bisher den Äkta Explorer und dessen Unicorn-Software verwendet hatten. Ein Wechsel wäre einfach zu störend gewesen und hätte viel Unterstützung und Zeit unsererseits erfordert. Es gab jedoch auch technische Gründe, die uns dazu veranlassten, den Äkta dem NGC vorzuziehen: Vorteile des Äkta Avant

Testbericht: Der Wenger Synergy-Rucksack nach 5 Jahren täglichem Gebrauch

Sat, 21 Jan 2023 00:00:00 +0000

Ich bin ein Fan von Rucksäcken mit vielen Taschen. Kein Wunder, dass mir der Wenger Synergy gefällt, der seit über 10 Jahren mit nur geringfügigen Änderungen auf dem Markt ist. Allerdings hatte ich mit diesem Modell einige Qualitätsprobleme. Im Gegensatz zu meinem über 40 Jahre alten Schweizer Taschenmesser ging dieser Rucksack immer wieder innerhalb der Garantiezeit oder kurz danach kaputt. Es war zwar nie ein Problem, ihn umzutauschen, wenn er innerhalb der Garantiezeit kaputtging, aber nach zwei Mal hatte ich genug von dem Umtausch-Hassle. Das defekte Teil des Rucksacks war immer dasselbe: Die Nähte der Schultergurte begannen sich zu lösen. Ich meldete das Problem direkt beim Hersteller, in der Hoffnung, dass er etwas ändern würde, um die Schultergurte zu verbessern. Als jedoch auch der dritte Rucksack dasselbe Problem entwickelte, beschloss ich, ihn nicht umzutauschen, sondern zu reparieren. Meine Reparatur sieht optisch nicht besonders ansprechend aus, hat aber lange genug gehalten, sodass ich nun den zweiten Defekt melden kann: den Bodenbereich. Dort, wo das Bodenteil auf die Rückwand des Rucksacks trifft, ist ein Riss entstanden. Auch diesen habe ich repariert, weil ich gespannt war, welches Teil als Nächstes versagen würde. Der Vorteil: Diese Reparaturen waren schnell und einfach, und dank des hochwertigen Materials halten sie bereits seit vier Monaten, ohne dass Anzeichen eines erneuten Versagens zu erkennen sind. Die Reißverschlüsse begrenzen die Lebensdauer wohl aller Rucksäcke Jetzt weiß ich es: Die Reißverschlüsse fangen an, Probleme zu machen. Ich bin überrascht, dass die Reißverschlüsse noch einigermaßen funktionieren. Bei fast allen meinen anderen Rucksäcken waren die Reißverschlüsse die Achillesferse. Und im Gegensatz zu einem Schultergurt ist es ziemlich aufwendig, einen stark defekten Reißverschluss zu reparieren (= auszutauschen). Dieser Rucksack ist nun fünf Jahre alt. Ich habe ihn buchstäblich jeden einzelnen Tag benutzt. Ich fahre damit mit dem Fahrrad oder laufe damit zur Arbeit, und ich erledige damit meine Einkäufe. Ich reise damit und nehme ihn mit in die Sommerhütte. Erwarte ich zu viel von einem Rucksack für ~100 €? Sind fünf Jahre Lebensdauer das Maximum, das ich heutzutage von einem Rucksack erwarten kann? Nachhaltigkeit ist meist nur ein Lippenbekenntnis, egal in welcher Branche. Ich bin fest entschlossen, diesen Rucksack noch weitere 5 Jahre zu behalten, aber der Austausch der Reißverschlüsse wird mich mindestens 2 bis 3 Stunden Arbeit kosten. Als schnelle Lösung habe ich die oberen und unteren Flügel des Metallschiebers mit einer Zange festgezogen (wie in diesem YouTube-Video ). Das hat bisher funktioniert, aber meiner Erfahrung nach muss diese Festigung in immer kürzeren Abständen wiederholt werden, und irgendwann wird das Metall schließlich brechen. Um den Austausch des gesamten Reißverschlusses zu vermeiden, kannst du Knöpfe anbringen, um einen neuen Verschluss zu schaffen , was vielleicht weniger Arbeit ist, wenn du nicht besonders geschickt im Nähen bist.

Warum sind die meisten Wissenschaftler koffeinsüchtig?

Wed, 04 Jan 2023 00:00:00 +0000

Letzte Woche bin ich auf Elektro umgestiegen, nachdem ich vielleicht 25 Jahre lang meinen Kaffee ohne eine direkt mit Strom betriebene Kaffeemaschine zubereitet hatte. Bisher habe ich meinen Kaffee mit der legendären Espressokanne im italienischen Stil zubereitet, die ich 1990 in Debrecen, Ungarn, gekauft habe. Oder mit der Aeropress . Oder – was wohl am häufigsten der Fall war – mit einem 2-Dollar-Kaffeefiltertrichter. Meine Espressokanne ist zwar eine Nachahmung, funktioniert aber auch heute noch einwandfrei; ich musste lediglich einmal die Dichtung austauschen. Die Espressokanne, die Aeropress und der 2-Dollar-Kaffee-Trichter liefern hervorragenden Kaffee, und die OBH Nordica hat daher ernsthafte Konkurrenz.Als Erstes habe ich erfahren, dass die schwedisch-dänische Marke OBH Nordica gar nicht mehr nordisch ist, sondern zu Tefal gehört, das wiederum Teil von Group SEB gehört. Das ist an sich nichts Schlechtes. Aber wann immer man ein Küchengerät einer europäischen Marke kauft, kauft man meist bei demselben Unternehmen, unabhängig vom Markennamen: Krups, Moulinex, Rowenta, Tefal, OBH Nordica und WMF – sie alle gehören heutzutage zur französischen Groupe SEB.Natürlich sollte man europäische Produkte kaufen, anstatt bei einem billigen chinesischen Konkurrenten zuzugreifen. Aber ich wollte trotzdem wissen, welche dieser Produkte der Groupe SEB „in Europa“ hergestellt werden und welche „für Europa in China“. Zumindest bei diesem Gerät – der Blooming-Kaffeemaschine – konnte ich keine „Made in“-Kennzeichnung finden. Als ich die Seite obhnordica.com/blooming aufrief, wurde ich mit dem Hinweis „Erfahren Sie mehr über die Blooming-Kaffeemaschine – Wählen Sie Ihr Land“ begrüßt, und als ich auf die finnische Flagge klickte (da ich in Helsinki wohne), landete ich im . Also beschloss ich, OBH Nordica über ihr Webformular zu kontaktieren, um zu fragen, wo genau meine Kaffeemaschine montiert wurde, und sie antworteten sehr umgehend, dass das Gerät in China hergestellt wird. So viel zum Thema „europäisch kaufen“ – jetzt habe ich ein schlechtes Gewissen.

Mastodon

Fri, 30 Dec 2022 00:00:00 +0000

Wenn du dies auf Mastodon liest, kannst du den folgenden Text ignorieren. Ich habe Twitter noch nicht verlassen. Wenn die Plattform gut konzipiert ist, wird Elon Musk Twitter nicht kaputtmachen können, aber sie kann trotzdem einen langsamen Tod sterben (so wie Skype langsam stirbt, seit Microsoft es gekauft hat). Aber vorsichtshalber habe ich mir einen Account auf Mastodon eingerichtet. Genauer gesagt auf mastodo.fi . Und bisher war es eine angenehme Erfahrung. Die meisten Leute, denen ich auf Twitter folge, sind (noch) nicht auf Mastodon, aber ich arbeite daran! Die Wissenschaftsgemeinschaft hat Twitter schon seit jeher für sich entdeckt , und ich beziehe einen Großteil meiner wissenschaftlichen Nachrichten über Twitter. Es wird einige Mühe kosten, dies zu ersetzen.Was manche Nutzer vielleicht abschrecken könnte, ist, dass man Inhalte aktiv suchen muss. Niemand und kein Algorithmus schiebt dir Inhalte zu. Und es gibt keinen zentralen Ort, an dem man ein Konto eröffnen kann. Man kann ein Konto auf Hunderten verschiedener Mastodon-Server eröffnen ( https://www.pcmag.com/how-to/how-to-pick-a-mastodon-server ). Ich habe kurz darüber nachgedacht, meinen eigenen Mastodon-Server zu betreiben, habe mich dann aber bei mastodo.fi angemeldet, da dieser – genau wie ich – in Finnland ansässig ist. Ich lerne immer noch, wie das Ganze funktioniert. Im Ernst: Wenn du noch nicht auf Mastodon bist, überlege dir doch, beizutreten! Und wenn du dabei bist, folge mir @mjeltsch@mastodo.fi !

Turing-Test mit Prüfungsantworten: Kann ich die KI entlarven?

Thu, 29 Dec 2022 00:00:00 +0000

In der finnischen Tageszeitung Helsingin Sanomat diskutieren GPT-3 und Laura Ketonen von der Universität Jyväskylä, wie sich KI auf die Bewertung von Studierenden auswirken wird ( Tekoäly ravistelee opiskelijoiden arviointia , Deutsch: Künstliche Intelligenz bringt die Bewertung von Studierenden ins Wanken). Eine der naheliegenden „Anwendungen“ von KI wäre das Schummeln bei Prüfungen. Lauras Meinungsbeitrag löste zahlreiche Reaktionen aus. Einige entgegneten, dass KI inhaltlosen Text produziere. Andere wiesen darauf hin, dass KI weder Mut noch Eigeninitiative besitze. Es scheint, als würden wir als menschliche Spezies bald mit einem allgemeinen Minderwertigkeitskomplex zu kämpfen haben.In einer naturwissenschaftlichen Prüfungssituation auf BSc- oder MSc-Ebene liegt die Initiative beim Lehrenden, und die Studierenden sind per Definition reaktiv. Wie definiert man leeren Text, wenn man nach einer Erklärung für Glykoengineering fragt? In den Lebenswissenschaften sind Mut und Eigeninitiative wesentliche Eigenschaften für jeden angehenden Wissenschaftler. Doch ohne ein solides Wissensfundament als Grundlage führen Mut und Eigeninitiative selten zu wirkungsvollen neuen Entwicklungen. Derzeit können wir diese Grundlage noch nicht an die KI auslagern. Daher verlangen wir von den Studierenden ein solides Wissensfundament, aus dem Mut und Eigeninitiative schöpfen können, um sich zu entfalten. Vielleicht lassen sich „niedrig hängende Früchte“ allein mit Mut und Eigeninitiative pflücken. Doch die Lösung der heutigen Probleme erfordert darüber hinaus ein solides Fundament an Wissen („auf den Schultern von Riesen stehen“). Bei der Beurteilung von KI machen wir wahrscheinlich dieselben Fehler wie Menschen bei allen neuen Technologien: Wir überschätzen ihre Auswirkungen kurzfristig, unterschätzen sie jedoch langfristig. Immer wieder ist es der (schmalen) KI gelungen, in Bereiche vorzudringen, die zuvor den Menschen vorbehalten waren. Es gibt keinen Grund anzunehmen, dass sich diese Entwicklung nicht fortsetzen wird. Es mag durchaus sein, dass die derzeit vorherrschenden Ansätze der KI (Deep Learning, maschinelles Lernen, neuronale Netze, statistische Ansätze) in Zukunft nicht zu bedeutenden Durchbrüchen in Richtung einer menschenähnlichen allgemeinen KI, vielleicht sogar einer selbstbewussten KI, führen werden. Wir wissen nicht einmal, wie menschliches Bewusstsein entsteht. Andererseits stimme ich Daniel Dennetts Vorstellung zu, dass es vielleicht gar kein „schweres Problem des Bewusstseins“ gibt: Bewusstsein ist das, was man erhält, wenn man alle einfachen Probleme gelöst hat. Wenn jedenfalls eine nicht selbstbewusste KI von einer selbstbewussten KI nicht mehr zu unterscheiden ist – worin besteht dann der Unterschied, und wie könnten wir das überhaupt erkennen? Ich bin mir sicher, dass wir irgendwann auch in der Lage sein werden, unser Wissen vollständig auszulagern. Mit Google haben wir sogar schon erste kleine Schritte in diese Richtung unternommen, aber wir brauchen eine bessere Schnittstelle zwischen Computer und Gehirn, um das Konzept des Wissens-Outsourcings voll und ganz umsetzen zu können. Deep Blue besiegte 1997 den internationalen Großmeister Garry Kasparov. Ich wollte diese Niederlage des Menschen nicht akzeptieren und erklärte die Partie für unfair: Deep Blue stürzte ab und musste während des Sechs-Partien-Turniers einmal neu gestartet werden, was meiner Meinung nach gleichbedeutend damit war, dass der Mensch während der Partie starb (oder zumindest durch Herz-Lungen-Wiederbelebung wiederbelebt wurde). Im Jahr 2016 übertrafen Computer den Menschen im Go-Spiel, und heute schlagen sie Menschen sogar bei Spielen wie Poker, die ausgefeilte psychologische Tricks wie das Bluffen erfordern. Um zu testen, wie sich KI im Vergleich zu Schülern in einer Prüfungssituation schlägt, fügte Patrick den Antworten der Schüler in einer kürzlich durchgeführten Prüfung eine von der KI generierte Antwort hinzu. Diese Idee verlieh der Benotung eine spannende Wendung! Ich glaube, ich wusste, welche Antwort von der KI stammte. Allerdings hatte ich zuvor schon mit GPT-3 experimentiert und wusste, dass die KI – ohne Feinabstimmung – bei der Beantwortung von Fragen übermäßig korrekt und systematisch vorgeht. Bei einer dreiteiligen Frage beantwortet die KI beispielsweise normalerweise systematisch alle drei Teile. Außerdem kannte die KI den genauen Inhalt meiner Vorlesungen nicht, was es relativ einfach machte, die KI-Antwort zu identifizieren. Patrick muss noch verraten, ob ich die KI-Antwort richtig erkannt habe … Die KI (oder das, was ich als KI identifiziert habe) schnitt schlechter ab als der beste Studierende, aber insgesamt hat sie sich wirklich gut geschlagen. Es ist klar, dass sich unsere zukünftigen Prüfungsfragen noch stärker auf kritisches Denken und fiktive Beispiele konzentrieren müssen, die die KI aus ihrem riesigen Pool an Trainingsmaterial nicht kennen kann. Angesichts der zunehmenden Informationsmenge, auf die KI in Zukunft zugreifen wird, kann sie sich jedoch auf das kritische Denken anderer Menschen stützen. Die nächste Generation der KI (ChatGPT-4 und Googles LaMDA) wartet bereits auf ihre Veröffentlichung… Mit ein paar kleinen Anpassungen hätte Patrick mich leicht täuschen können. Vielleicht hat er das ja schon getan … Wenn er die KI angewiesen hat, das Antwortmuster absichtlich zu durchbrechen, und wenn er GPT-3 tatsächlich mit meinen Vorlesungsfolien als Referenzmaterial trainiert hat, sind alle meine Wetten hinfällig. Ich werde euch wissen lassen, ob es mir gelungen ist, die KI-Antworten richtig zu identifizieren, sobald Patrick verrät, welche Antworten von der KI generiert wurden. UPDATE: Ich (ebenso wie die anderen Lehrkräfte) habe die KI-Antworten korrekt identifiziert. Wir waren uns einig, dass wir es nicht bemerkt hätten, wenn man uns nicht darauf hingewiesen hätte, dass eine der Antworten von einer KI generiert wurde. Die Qualität der KI-Antworten hing von der Art der Frage ab. Es schien, als sei es (zum jetzigen Zeitpunkt) relativ einfach, die KI aus der Bahn zu werfen, indem man die zur Beantwortung der Frage benötigten Informationen in grafischer Form bereitstellt. Aber ich bin mir sicher, dass die KI sehr bald lernen wird, Bilder mit Text zu verknüpfen.

Inflation der Postgebühren in Finnland

Sun, 25 Dec 2022 00:00:00 +0000

Die finnische Post („Posti“) begründet die starken Erhöhungen der Briefportopreise mit dem drastischen Rückgang des Briefvolumens. Andererseits hat das Paketvolumen den Rückgang im Briefgeschäft ausgeglichen. Ungeachtet ihres lukrativen Paketgeschäfts hat Posti auch die Preise für Pakete kontinuierlich erhöht. Leider lassen sich keine ebenso aussagekräftigen Statistiken zu den Paketpreisen zusammenstellen, da Posti die Preisstruktur ständig geändert hat. Meiner Meinung nach geschah dies auch, um die Preiserhöhung zu verschleiern. Bei der letzten Erhöhung (19.04.2022) wurde beispielsweise das maximal zulässige Gewicht für Pakete gesenkt. Zu den früheren Änderungen zählen unter anderem die maximalen Paketabmessungen sowie der Kauf in der Postfiliale (im Gegensatz zum Online-Kauf), der deutlich teurer geworden ist. Die obige Grafik zeigt die Preise für eine sogenannte „Ikimerkki“. Eine „Ikimerkki“ ist eine Briefmarke, mit der ein Standardbrief bis zu einem Gewicht von 50 g frankiert werden kann. Diese Briefmarke hat keinen festen Wert, deckt aber die Kosten für die Dienstleistung auch nach künftigen Preiserhöhungen ab. Auch bei Briefen wurde die Preisstruktur einige Male geändert, allerdings in weitaus geringerem Umfang als bei Paketen. Die letzte wesentliche Änderung erfolgte 2017, als die Post den Unterschied zwischen Express- und Standardversand für Inlandsbriefe abschaffte (die obigen Statistiken wurden anhand der Preise für Expressbriefe vor 2017 erstellt).

Innoopeli-Preis 2022

Wed, 21 Dec 2022 00:00:00 +0000

Wir – die Lenkungsgruppe des Internationalen Masterstudiengangs für pharmazeutische Forschung, Entwicklung und Sicherheit – haben den Innoopeli-Preis 2022 erhalten! Der Innoopeli-Preis wird für einen bedeutenden Beitrag zur Lehre an unserer Fakultät verliehen. Auch wenn ich voreingenommen bin, halte ich die Auszeichnung für durchaus gerechtfertigt, da wir viele neue Kurse anbieten, bestehende Kurse aktualisieren und Kurse aus dem Finnischen ins Englische übersetzen. Es war harte Arbeit, aber wir können bereits erste Ergebnisse in Form von wirklich klugen und engagierten Studierenden sehen, die wir gewinnen konnten!Unsere Programmleiterin Leena Hanski sagt dazu: „Im Januar 2021 haben wir unsere Arbeit als Lenkungsgruppe aufgenommen – ohne Lernziele, ohne Lehrplan, ohne Zulassungskriterien und ohne Website, ganz zu schweigen von einer einzigen Entscheidung über die praktischen Modalitäten für die Durchführung des Programms. Wir haben noch viel Arbeit vor uns, aber ich bin überzeugt, dass wir das Tempo beibehalten und dieses Programm zu einem großartigen Ort machen können, an dem die zukünftigen Stars der pharmazeutischen Forschung, Entwicklung und Sicherheit geschliffen werden. Unsere erste Studierendengeneration war für viele von uns eine große Quelle der Inspiration und Motivation, und ich möchte ihnen ganz besonders für ihre Offenheit und ihre Bereitschaft danken, ihre Geschichten, Gedanken und Erwartungen mit uns zu teilen.“

Radfahren im Winter ist nichts für schwache Nerven

Sat, 10 Dec 2022 00:00:00 +0000

Helsinki hatte vor, den privaten Pkw-Besitz bis 2025 überflüssig zu machen . Auf dem Bild sieht man den Grund Nr. 534, warum das nicht funktionieren wird: Die Straßen und Gehwege werden im Winter schneefrei gehalten, aber die Radwege dienen als Schneelager und Parkplätze. Mit dem Fahrrad in die Innenstadt zu fahren ist immer mühsam, aber im Winter ist das nur etwas für selbstmörderische Masochisten. Etwa alle 50 Meter stößt man auf ein Hindernis, das höchste Wachsamkeit und Kreativität erfordert, um es unbeschadet zu umfahren. Das Stadtzentrum von Helsinki stirbt infolge von Covid-19. Umso besser! Je seltener ich dort hinmuss, desto besser. Die Radfahrbedingungen südlich von Sörnäinen sind unerträglich schlecht, mit der einzigen Ausnahme der 1,3 km langen Baana zwischen Kiasma und dem Rand von Ruoholahti (wo ich selten hinmuss). Verkehr und Ernährung sind die beiden wichtigsten Faktoren , wenn es um die Verantwortung des Einzelnen für die globale Erwärmung geht. Daher wird Helsinki – ein Vorreiter in der nachhaltigen Stadtentwicklung – im nächsten Jahr die Fahrpreise für den öffentlichen Nahverkehr erhöhen, um die Menschen dazu zu bewegen, vom Auto auf Bus oder U-Bahn umzusteigen.

Bioaktives VEGF-C aus E. coli ohne In-vitro-Faltung!

Fri, 28 Oct 2022 00:00:00 +0000

Unser Artikel „Bioaktives VEGF-C aus E. coli“ wurde in Scientific Reports veröffentlicht. Hier lesen: https://doi.org/10.1038/s41598-022-22960-0.As Tatsächlich habe ich bereits 1999 die ersten Experimente zur Expression von VEGF-C in E. coli durchgeführt, jedoch nie aktives Protein erhalten. In den folgenden mehr als 15 Jahren verwendeten wir ausschließlich eukaryotische Zellen (Hefe, S2/Sf9/Hi5-Insektenzellen, CHO) zur Herstellung von VEGF-C. Vor einigen Jahren haben wir das Projekt „VEGF-C in E. coli“ wieder aufgenommen und unser Ziel schließlich im letzten Jahr erreicht. Allerdings war der Aufwand viel größer, als wir ursprünglich erwartet hatten. Zu Beginn schlugen alle Versuche fehl, und um das Projekt zu retten, entwickelten wir ein In-vitro-Faltungsprotokoll. Es war vielleicht eher Glück als Können, dass wir zufällig auf eine Kombination aus Solubilitäts-Tag und einem redoxmodifizierten E. coli-Stamm stießen, mit der es gelang, direkt bioaktives VEGF-C zu produzieren, ohne dass ein In-vitro-Faltungsschritt erforderlich war. Wir haben uns entschlossen, auch unsere erfolglosen Versuche (CyDisCo und periplasmatische Expression) in den Abschnitt „Ergebnisse“ aufzunehmen, um den „File-Drawer-Effekt“ zu vermeiden.

Den Schnitt schaffen: Warum VEGF-C ≠ VEGF-C

Wed, 28 Sep 2022 00:00:00 +0000

Gestern habe ich im Rahmen der Zoom-Seminarreihe zum Thema Lymphsystem, die von Young Kwon Hong organisiert wird, über VEGF-C gesprochen. Da nicht viel Zeit für Fragen blieb, beantworte ich diese gerne per E-Mail. Falls du den Link zu den Präsentationsfolien verpasst hast, findest du ihn hier: https://mjlab.fi/c . Die Kernaussage: Aus Pro-VEGF-C können durch proteolytische Verarbeitung viele verschiedene reife Formen von VEGF-C entstehen (das Gleiche gilt für VEGF-D). Diese Formen verhalten sich SEHR unterschiedlich. Der Extremfall ist die Aktivierung durch Cathepsin D (CTSD): Nach Aktivierung durch CTSD wirkt VEGF-C fast ausschließlich lymphangiogen, während VEGF-D nach CTSD-Aktivierung ausschließlich angiogen wirkt. Zudem ist der Nachweis von CTSD-aktiviertem VEGF-C schwierig, da alle gut funktionierenden Antikörper Epitope erkennen, die N-terminal zur Spaltstelle liegen (oder die Spaltstelle überspannen). Der zweite Vortrag wurde von Barbara Garmy-Susini , und ihr Thema passte gut, da sie über den Einsatz von VEGF-C bei der Therapie von Lymphödemen sprach. Doch wie wir bereits von VEGF-A wissen, reichen vaskuläre Wachstumsfaktoren allein möglicherweise nicht aus, um ein funktionsfähiges Gefäßsystem zu bilden…

Die Entwicklung der Wachstumsfaktoren PDGF und VEGF

Thu, 22 Sep 2022 00:00:00 +0000

Wir haben einen Preprint unseres neuesten Manuskripts über die Evolution der PDGF/VEGF-Wachstumsfaktoren auf bioRxiv hochgeladen. Wir haben den PDGF/VEGF-Anteil des Proteoms bei allen Tierarten, für die Daten vorliegen, umfassend analysiert. Einige dieser Daten lagen uns bereits seit einiger Zeit vor, doch nun ergänzen wir sie durch eine detaillierte Untersuchung von Fischen. Die Gefäßbiologie von Fischen ist nach der Veröffentlichung von Das et al. Anfang dieses Jahres noch faszinierender geworden ( lesen Sie mehr über diese außergewöhnliche Arbeit ).Die bemerkenswerte Heterogenität der Gefäßsysteme bei Fischen scheint durch eine ähnlich weitreichende Heterogenität auf molekularer Ebene gestützt zu werden. Oft, wenn auch nicht immer, lässt sich diese genetische Heterogenität auf Duplikationen des gesamten Genoms zurückführen. Fische vertragen vollständige Genomduplikationen besser als Säugetiere. Zumindest gab es in verschiedenen Zweigen des phylogenetischen Baums der Fische eine ganze Reihe solcher Duplikationen, was zu polyploiden oder sogar tetraploiden Arten führte. Dies hat dazu geführt, dass einige Fischarten im Vergleich zum Menschen viermal so viele PDGF/VEGF-Gene aufweisen und somit weitaus mehr Möglichkeiten zur Diversifizierung der Funktionen dieser Moleküle haben.Das allererste PDGF/VEGF-ähnliche Molekül tauchte wahrscheinlich vor mehr als 800 Millionen Jahren während des Präkambriums auf, als Meeresorganismen erste Anzeichen einer Gewebeorganisation zeigten. Würden wir versuchen, dieses Molekül zu rekonstruieren, würde es einem modernen VEGF-C bemerkenswert ähnlich sehen. Insbesondere die C-terminale „Seiden-Homologie-Domäne“ scheint bereits früh im Verlauf der Evolution entstanden zu sein. Tatsächlich weisen auch heute noch zahlreiche lebende, morphologisch einfache Organismen solche VEGF-C-ähnlichen Moleküle auf (z. B. der Fadenwurm C. elegans). Über diese Einblicke in die Evolution von PDGFs und VEGFs hinaus gibt es einige nützliche Erkenntnisse für Gefäßbiologen: So haben wir beispielsweise bei Vögeln keine funktionalen VEGF-B-Gene gefunden. Ebenso scheinen bei Amphibien keine PlGFs vorzuliegen. Andererseits scheinen die VEGF-Fs – die aus Schlangengiften identifiziert wurden – auch bei nicht giftigen Eidechsen weiter verbreitet zu sein. Dies schränkt einige Tiermodelle (Xenopus, CAM-Assay) ein, aber es wäre interessant zu wissen, welche Rolle VEGF-F bei Geckos spielt…Werft doch mal einen Blick auf das Manuskript und teilt uns bitte eure Gedanken, Kommentare oder Kritik mit, falls ihr welche habt! Die Idee ist, dieses Manuskript noch ein wenig zu verbessern, bevor wir es bei einer Fachzeitschrift zur traditionellen Begutachtung einreichen.

Forschung ohne fundierte Kenntnisse betreiben

Mon, 12 Sep 2022 00:00:00 +0000

Sehr geehrter Herr Professor Jeltsch, mein Name ist Shahid, und ich studiere Medizin. Ich interessiere mich für Molekularbiologie und Biochemie. Leider umfasst mein Studienplan nicht viele moderne Forschungstechniken der Molekularbiologie. Dennoch möchte ich mich in diesem Bereich so weit weiterbilden, dass ich in der Lage bin, eine Hypothese und eine mögliche Behandlung für eine Krankheit vorzuschlagen. Mein Ziel wäre es, diese Hypothese mit Hilfe eines Forschungsteams aus Molekularbiologen und anderen Experten zu überprüfen. Daher benötige ich keine tiefgreifenden Kenntnisse. Mit diesem Schreiben bitte ich einen professionellen Forscher wie Sie, mir Quellen zu nennen, die es mir ermöglichen würden, das für ein solches Vorhaben erforderliche Fachwissen zu erwerben. Welche Bücher oder Materialien wären zum Lernen geeignet? Ich sollte noch erwähnen, dass ich über unsere Universitätsbibliothek Zugang zu allen bedeutenden wissenschaftlichen Verlagen habe. Vielen Dank für Ihre Unterstützung, Shahid. Ich habe die obige Anfrage vor einigen Monaten per E-Mail erhalten. Ich ermutige Studierende stets, über das hinauszugehen, was der Lehrplan bietet. Das soll nicht heißen, dass eine gute „Standardausbildung“ einen nicht in die Lage versetzt, Teil eines produktiven Teams zu sein. Aber ohne über den Lehrplan hinauszugehen, ist es heutzutage nicht einfach, irgendwo nachhaltig etwas zu bewirken. So weit, so gut. Der Wermutstropfen in der obigen E-Mail ist dieser Satz: „Daher brauche ich kein tiefgreifendes Wissen.“ Bei der Behandlung der meisten Krankheiten sind die „niedrig hängenden Früchte“ bereits gepflückt. Es gibt zwei Ansätze, um die „hoch hängenden Früchte“ zu erreichen:

Das 12-monatige Embargo läuft aus

Wed, 07 Sep 2022 00:00:00 +0000

Unter Barack Obama wurde die 12-Monats-Regelung eingeführt, wonach alle Forschungsergebnisse, die mit Mitteln der US-Bundesregierung finanziert wurden, spätestens 12 Monate nach ihrer Veröffentlichung der Öffentlichkeit frei zugänglich gemacht werden müssen ( https://www.science.org/content/article/white-house-unveils-long-awaited-public-access-policy ). Eine neue Verordnung von Joe Biden hebt nun die 12-Monats-Regelung auf und schreibt vor, dass die Ergebnisse spätestens ab Dezember 2025 sofort verfügbar sein müssen. Weitere bemerkenswerte Verbesserungen dieser Verordnung betreffen die Anforderungen an die maschinelle Lesbarkeit, die Annotation mit Metadaten und die Verfügbarkeit von Rohdaten. Darüber hinaus betreffen diese neuen Vorschriften nicht nur Zeitschriftenartikel, sondern umfassen von nun an auch Buchkapitel und Tagungsberichte ( https://www.theverge.com/2022/8/26/23322194/white-house-ostp-open-access-federal-research-policy-update ). Viele gewinnorientierte Verlage wehren sich dagegen, da ihre Lizenz zum Gelddrucken langsam erodiert. Was sie dabei verschweigen, ist, dass die qualifizierteste Arbeit im gesamten Verlagswesen – nämlich das Verfassen von Artikeln und das Peer-Review – nach wie vor vollständig unentgeltlich von Wissenschaftlern auf der ganzen Welt geleistet wird. Müssten Verlage Marktpreise für die Arbeitszeit von Autoren und Gutachtern zahlen, würden sie – ausnahmslos – alle innerhalb eines Jahres in Konkurs gehen. Jeder Wissenschaftler verbringt einen erheblichen Teil seiner Arbeitszeit damit, Manuskripte anderer Wissenschaftler zu verfassen und zu begutachten – OHNE JEGLICHE VERGÜTUNG. Tatsächlich erledigen viele von uns diese Arbeit abends und am Wochenende, da wir während unserer regulären Arbeitszeit mit dem Verfassen von Förderanträgen, Verwaltungsaufgaben und Lehre voll ausgelastet sind. Viele dieser Manuskripte werden dann von gewinnorientierten Verlagen veröffentlicht, die die Ergebnisse der Forschungsberichte und des Peer-Review-Prozesses, der mit Steuergeldern finanziert wurde, weiter vermarkten. Einige gewinnorientierte Verlage leisten wertvolle und hervorragende Arbeit, um die Zugänglichkeit und Qualität der Werke ihrer Autoren zu verbessern. Andere scheinen hauptsächlich aus finanziellen Gründen dabei zu sein. Zu letzteren gehören leider auch viele Open-Access-Zeitschriften . Das große Tabuthema ist SciHub. Obwohl meine Universität für den Zugang zu den meisten Zeitschriften bezahlt, die ich benötige, ist der Zugang so undurchsichtig und zeitweise gestört, dass ich häufig auf SciHub zurückgreifen muss, um einen PDF-Artikel aus einer Zeitschrift zu erhalten, die meine Universität abonniert hat. Alternativ habe ich ResearchGate und #icanhazpdf genutzt, um elektronische Nachdrucke zu erhalten, aber SciHub ist bei weitem die schnellste und zuverlässigste Option. Mehr über Sci-Hub: https://www.zmescience.com/other/feature-post/sci-hub-effects-academic-publishing/ .

Putin möchte, dass ihr schnell und viel fahrt!

Tue, 19 Jul 2022 00:00:00 +0000

Ich fahre selten Auto, und wenn ich eines brauche, miete ich mir heutzutage eines. Diesen Sommer haben wir beschlossen, einen zweiwöchigen Urlaub in einem Ferienhaus an einem See mitten im finnischen Wald zu verbringen. Man braucht ein Auto, wenn man sich auf dem finnischen Land fortbewegen will. Der öffentliche Nahverkehr mag in der finnischen Hauptstadt Helsinki gut funktionieren, aber auf dem finnischen Land gibt es ihn praktisch gar nicht. Das Betanken unseres Mietwagens kostete mich mehr als 150 €. Da ich denselben Tank vor einem Jahr noch für weniger als 75 € füllen konnte, hatte ich erwartet, dass die Menschen ihre Fahrgewohnheiten angepasst hätten, um Energie zu sparen, die Umwelt zu schonen und ihren Geldbeutel zu schonen. Aber ich habe mich größtenteils geirrt.Langsamer fahren und weniger fahrenJeder, der nicht hinter dem Mond lebt, weiß, dass die effizienteste Fahrgeschwindigkeit irgendwo zwischen 50 und 90 km/h liegt. Der Luftwiderstand nimmt mit der Geschwindigkeit zu. Dieser Anstieg verläuft nicht linear, sondern exponentiell. Durch zu schnelles Fahren spart man nur minimal Zeit, verschwendet dabei aber unglaublich viel Energie. Obwohl sich die meisten Autofahrer über die horrenden Benzinpreise beschweren, scheint kaum jemand sein Verhalten anzupassen, indem er entweder langsamer oder weniger fährt. Ich würde gerne wissen, was der Grund für dieses paradoxe Verhalten ist – für mich ist es unerklärlich. Ich weiß, dass manche Autofahrer gerne schnell fahren (ich gehörte mit 18 auch zu dieser Kategorie). Aber hey: Dann solltet ihr den Mund halten und einfach für den „Spaß“ bezahlen!Kindische Forderungen nach staatlichen SubventionenPlötzlich fordern Leute, die normalerweise unsere Marktwirtschaft verteidigen, staatliche Eingriffe, um die Benzinpreise zu senken. WTF? Nur weil man zum ersten Mal merkt, dass man selbst den Kräften von Angebot und Nachfrage unterworfen ist, vergisst man seine Werte des freien Marktes und fordert staatliche Eingriffe. Der einzige Weg, das Problem steigender Benzinpreise zu lösen, besteht darin, dem Markt zu vertrauen. Leider handeln die Regierungen in vielen Ländern genau entgegen allen Expertenempfehlungen und versuchen künstlich, die Benzinpreise zu senken, z. B. durch Steuersenkungen (z. B. Frankreich, Österreich, Niederlande). Das hält die Nachfrage künstlich hoch und vergrößert die Kluft zwischen Angebot und Nachfrage weiter, die ja ursprünglich die hohen Preise verursacht hat.

„Bioaktives VEGF-C aus dem Zytoplasma von E. coli“ – Preprint online

Fri, 01 Jul 2022 00:00:00 +0000

Der Preprint unseres Manuskripts ist online verfügbar. Wir zeigen, wie man bioaktives, reifes VEGF-C im Zytoplasma von E. coli-Bakterien herstellen kann, ohne dass ein Faltungsschritt erforderlich ist. Es hat eine ganze Weile gedauert, bis wir dieses Ergebnis erreicht haben, und wir haben viele Dinge ausprobiert, die nicht funktioniert haben, bevor wir einen Weg gefunden haben, wie es geht. Wir beschreiben auch die Methoden, die gescheitert sind. Es sieht so aus, als hätte VEGF-C einfach zu viele Cysteinreste, die sich alle in der richtigen Konfiguration paaren müssen. Im selben Manuskript berichten wir auch über eine praktikable Methode zur Rückfaltung. Schaut doch mal rein und gebt uns Feedback: https://www.researchsquare.com/article/rs-1776636/v1 .

Das elektronische Laborjournal „eLabFTW“: Ist es reif für den großen Auftritt?

Fri, 03 Jun 2022 00:00:00 +0000

Die einen lieben es, die anderen hassen es: das elektronische Laborjournal (ELN). Bereits vor einem Jahrzehnt lautete die Prognose, dass das Laborjournal in Papierform in zehn Jahren der Vergangenheit angehören würde. In Wirklichkeit verwendet die Mehrheit der akademischen Labore im Jahr 2022 jedoch nach wie vor Papier. Der Übergang wurde durch buchstäblich Hunderte kommerzieller Angebote, die alle untereinander inkompatibel sind, nicht gerade erleichtert. Wir haben 2013 begonnen, mit ELNs zu experimentieren, und dabei einige kommerzielle sowie Open-Source-Lösungen getestet. Die schlechtesten Anbieter erlaubten uns nicht einmal, die Software vor dem Kauf zu testen (z. B. scheint LabVantage davon auszugehen, dass man das Produkt nicht kaufen wird, sobald man es ausprobiert hat – und damit liegen sie goldrichtig!). Wir haben uns für eLabFTW entschieden, ein Open-Source-Projekt, dessen Hauptentwicklung am Institut Curie in Paris, Frankreich, stattfindet. Es handelt sich um eine mit PHP und MySQL erstellte Webanwendung. Es gibt auch eine begutachtete Veröffentlichung, die das Projekt beschreibt: https://doi.org/10.21105/joss.00146 sowie ein allgemeiner Übersichtsartikel in „Nature Protocols“, der sich mit der Implementierung von ELN befasst: https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8 .Einsatz in der Lehre an der Universität Helsinki Mit dem jüngsten Update auf Version 4.3 wurde die letzte Hürde für den großflächigen Einsatz genommen. Jeder mit einem helsinki.fi-Konto kann sich nun mit den Zugangsdaten seines Universitätskontos im System anmelden. Dies erleichtert die Einbindung vieler neuer Nutzer erheblich. Ich plane, das System für unseren neuen Kurs „Rekombinante DNA-Technologie und Gentechnik“ zu nutzen. Derzeit ist der Server nur aus dem Universitätsnetzwerk heraus erreichbar. Wenn Sie ihn von zu Hause aus nutzen möchten, benötigen Sie ein VPN. Im Laufe der Jahre sind etwa 25 Nutzer hinzugekommen, und es wird interessant sein zu sehen, wie sich das System bewährt, wenn sich die Nutzerzahlen verdoppeln oder vervierfachen. Das System läuft in einem Docker-Container auf einem virtuellen Server mit Ubuntu 20.04 LTS, den wir leider ohne zusätzliche finanzielle Unterstützung weder aktualisieren noch erweitern können. Wenn du also Interesse an der Nutzung eines ELN hast, sichere dir noch heute deinen Platz, indem du dich unter https://elab.ltdk.helsinki.fi anmeldest und unten die Option „Login through your institution“ wählst. Dort hast du die Möglichkeit, ein Team auszuwählen. Der Teamadministrator muss Sie erst freischalten, bevor Sie das System nutzen können. Wenn Sie Ihr Labor nicht unter den Teams finden können, bedeutet dies, dass Sie der erste Nutzer aus Ihrem Labor sind, der dieses System nutzt. In diesem Fall sollten Sie das Team „Helsinki University“ auswählen und mich per E-Mail ( michael@jeltsch.org ) kontaktieren, da ich ein neues Team für Ihr Labor registrieren muss und Sie der Administrator dieses neuen Teams sein werden.Zugang für BesucherWenn Sie kein Konto der Universität Helsinki haben, können Sie das System dennoch nutzen, sofern Sie sich im Eduroam-Netzwerk der Universität Helsinki befinden. Sie müssen jedoch den Link „Jetzt registrieren“ verwenden, und Ihr Konto muss von einem Systemadministrator genehmigt werden.Ausführung auf Ihrem lokalen RechnerDie Systemanforderungen von eLabFTW sind relativ gering, und Ihr Laptop dürfte keine Probleme haben, eine lokale Kopie des Docker-Containers auszuführen. Die Installation von eLabFTW auf einem neueren Windows- oder macOS-Computer ist zwar möglich, jedoch in gewisser Weise kontraproduktiv, da dadurch weder Netzwerkzugriff noch Teamfunktionen zur Verfügung stehen. Selbst wenn Sie all das nicht benötigen, würde ich Ihnen empfehlen, einen alten Desktop-Computer für diese Aufgabe umzufunktionieren und das Programm auf einer regulären Linux-Serverinstallation auszuführen. Gerne beantworte ich alle Fragen, die Sie möglicherweise haben (sowohl aus der Perspektive eines Systemadministrators als auch aus der eines Endnutzers).

Das Lymphsystem als Ursprung des sekundären Blutgefäßsystems der Fische

Thu, 26 May 2022 00:00:00 +0000

Beim Zebrafisch entwickeln sich die Blutgefäße der Afterflosse durch Transdifferenzierung aus Lymphgefäßen. Karina Yaniv präsentierte im vergangenen September auf dem Kloster Seeon Angiogenesis Meeting unorthodoxe, aber sehr überzeugende Daten, die diese Schlussfolgerung stützen. Nun wurde ihre Arbeit in Nature veröffentlicht.

Verteidigung der Doktorarbeit über die Rolle von Hepsin bei Brustkrebs

Sun, 24 Apr 2022 00:00:00 +0000

Am vergangenen Samstag hat Denis Belitškin seine Doktorarbeit verteidigt. Das Thema lautete Die Rolle der Typ-II-Serinprotease Hepsin bei der Signalübertragung bei Brustkrebs . Die Diskussion mit der Opponentin Karin List , die über Zoom mit nur einem kleinen Publikum vor Ort stattfand, hat mir sehr gut gefallen. Proteasen haben sich nach und nach zu einer meiner Lieblingsproteinklassen entwickelt. Früher wurden sie vor allem wegen ihrer abbauenden Funktion geschätzt, doch mittlerweile ist klar, dass sie viel komplexer sind. Mein eigenes Interesse gilt ihrer Rolle bei der Aktivierung von Signalmolekülen. In diesem Zusammenhang sind Proteasen Signalmoleküle, die auf derselben Ebene wie Hormone, Zytokine und Wachstumsfaktoren agieren. Danke, Denis, für deinen überzeugenden Auftritt und das Karonkka!

Preis für das beste Poster an Khushbu (jährliche GeneCellNano-Flaggschiff-Tagung)

Fri, 22 Apr 2022 00:00:00 +0000

Letzte Woche trafen sich die GeneCellNano-Flaggschiff-Partner nach einer Verzögerung von 2,5 Jahren endlich zum ersten Mal persönlich. Dieses Treffen war längst überfällig, und es gab viele sehr interessante Vorträge, unter anderem vom Finnischen Roten Kreuz (zum Thema Krebsimmuntherapie) und von UPM Biomedicals (über deren biokompatible Zelluloseprodukte). Viele neue Ideen und einige konkrete Pläne für eine weitere Zusammenarbeit. Wir waren mit zwei Postern vertreten, und – etwas unerwartet, da sich das Projekt noch in den Anfängen befindet – gewann Khushbu Rauniyar aus unserem Labor den Preis für das beste Poster. Herzlichen Glückwunsch!

Wake-on-LAN über die pfsense-Befehlszeile

Sun, 17 Apr 2022 00:00:00 +0000

Pfsense ist ein äußerst leistungsstarkes Firewall-/Router-Betriebssystem. Ich verwende das Gerät SG-1100, und dank der vielen Pakete, die man zusätzlich zur Grundkonfiguration installieren kann, stehen zahlreiche individuelle Funktionen zur Verfügung. Ich habe gerade erfahren, dass ich damit andere Computer im selben lokalen Netzwerk aus der Ferne einschalten kann. Voraussetzungen:

Risiko versus Gefahr

Sun, 10 Apr 2022 00:00:00 +0000

Letzte Woche habe ich es versäumt, den Unterschied zwischen „Risiko“ und „Gefahr“ zu erklären. Vielleicht liegt es daran, dass diese Unterscheidung in meiner Muttersprache (Deutsch) nicht so klar ausgeprägt ist. Sowohl „Hazard“ als auch „Risk“ werden mehr oder weniger synonym mit „Gefahr“ oder „Risiko“ übersetzt.Jedenfalls ist mir heute Morgen, als ich in die Küche ging, um mir meinen Morgenkaffee zu kochen, eine Gefahr aufgefallen: Jemand hatte brennbare Gegenstände auf der Kochplatte liegen lassen. Das ist eine Gefahr. Sie birgt das Potenzial, Schaden anzurichten. Es kann jedoch sein, dass sie niemals Schaden anrichtet. Aber ist das Liegenlassen brennbarer Gegenstände auf der Kochplatte auch ein Risiko? Sicher! Das Risiko ist die Wahrscheinlichkeit, dass ein Schaden eintritt. Wenn die Kochplatte nie benutzt wird, weil niemand kocht, ist das Risiko vielleicht gering. Sind jedoch kleine Kinder in der Nähe, die Spaß daran haben, Elektrogeräte ein- und auszuschalten, könnte das Risiko hoch sein. Risiko lässt sich quantifizieren. Russisches Roulette birgt ein Risiko, das quantifiziert werden kann: 1/6 bei jedem Abdrücken des Abzugs. Eine Gefahr hat immer eine Wahrscheinlichkeit von 0 oder 1 (sie existiert entweder oder nicht). Neben der Wahrscheinlichkeit umfasst das Risiko implizit auch die Schwere des Unglücks. Daher ist Russisches Roulette sehr riskant, während ein Sprung vom 3-Meter-Sprungbrett nicht so riskant ist, auch wenn das Risiko besteht, sich zu verletzen.

Admin-Passwort in Drupal 9 zurücksetzen

Sat, 09 Apr 2022 00:00:00 +0000

Wechseln Sie in das Stammverzeichnis der Drupal-Installation.
Erzeugen Sie den Hash für Ihr Passwort: php core/scripts/password-hash.sh ’newpasswd'
Führen Sie in MySQL folgenden Befehl aus: UPDATE users_field_data SET pass=‘Hash-Ergebnis_aus_dem_vorherigen_Befehl_hier_einfügen’ WHERE uid = 1;
Leeren Sie den Cache: DELETE FROM cache_entity WHERE cid = ‘values:user:1’;

Der Helpdesk der Universität empfiehlt Zotero, bietet jedoch keine nennenswerte Unterstützung an

Sun, 20 Mar 2022 00:00:00 +0000

Mit Ablauf des letzten Jahres (31.12.2021) hat die Universität Helsinki die Lizenzierung ihres standardmäßigen Literaturverwaltungsprogramms RefWorks eingestellt. Seltsamerweise kann man RefWorks nicht als Einzelperson lizenzieren. Das bedeutet, dass man die Software nach Beendigung seiner akademischen Zugehörigkeit nicht mehr weiter nutzen kann. Möglicherweise wird der derzeitige Eigentümer von RefWorks (Clarivate) das Programm komplett einstellen, da RefWorks ein direkter Konkurrent von Endnote ist – der Literaturverwaltungslösung, auf die sich Clarivate konzentriert, insbesondere angesichts der Integration von Endnote mit Publons und das Web of Science (WoS) integriert ist, das vor allem für seinen Impact Factor bekannt ist. Es ist kein Zufall, dass Clarivate zu Thomson Reuters gehört – jenem Unternehmen, das gegen Zotero geklagt hat, weil es seinen Nutzern die Möglichkeit bot, proprietäre EndNote-Zitierstilvorlagen in das interoperable und standardisierte CSL-Format zu konvertieren. Der empfohlene Ersatz für RefWorks ist Zotero . Ich habe damit kein Problem, da ich Zotero schätze und es seit nunmehr mehr als 10 Jahren als mein Standard-Tool zur Literaturverwaltung nutze. Abgesehen davon, dass es kostenlos ist, vereint es zwei wichtige Funktionen, die es einzigartig machen und kommerziellen Lösungen überlegen sind:

Nordlichter überall

Sun, 13 Feb 2022 00:00:00 +0000

Meist fährt man ja nach Lappland um sie zu sehen, aber in der letztenZeit sind Nordlichter in Helsinki geradezu häuig. Die Häufigkeit und Sichtbarkeit der Nordlichter steht in direktem Zusammenhang mit dem 11-jährigen Sonnenzyklus. Es ist seit vielen hundert Jahren bekannt, dass die Anzahl der Sonnenflecken in einem durschschnittlich 11 Jahre langem Zyklus zunimmt und abnimmt. Wir sind noch weit vom Maximum des gegenwärtigen Sonnenzyklus entfernt. Das Maximum wurde nähmlich für irgendwann zwischen 2023 und 2026 vorhergesagt. Trozdem steigt die Zahl der beobachtbaren Nordlichter in Helsinki an. Vielleicht lag das Solar Cycle 25 Prediction Panel nicht ganz richtig mit seiner Vorhersage, dass der Zyklus 25 ähnlich verlaufen sollte wie der Zyklus 24. Bislang liegt die Zahl der Sonnenflecken jedenfalls über den Vorhersagen. Der letzte Zyklus (Nummer 24) war übrigens der schwächste Zyklus seit Zyklus 14 (der 1906 seinen Höhepunkt erreichte).Eine potentiell gefährliche Begleiterscheinung der starken Sonnenaktivität ist ein Koronaler Massenauswurf (englisch coronal mass ejection, CME). Ein CME entsteht, wenn die Sonne große Mengen an Sonnenplasma ausstößt (Hunderte bis Tausende von Milliarden Tonnen). Solche Auswürfe ereignen sich während des Höhepunkts des Sonnenzyklus ein paar Mal pro Tag, während des Sonnenminimums jedoch nur alle paar Tage. Da diese CMEs richtungsgebunden sind, verfehlen die meisten von ihnen unsere Erde mehr oder weniger. Die Größe der CMEs und damit die Intensität und Sichtbarkeit des Nordlichts in niedrigeren geographischen Breiten (so wie in Helsinki oder manchmal sogar Norddeutschland) ist nicht vom Sonnenzyklus abhängig, wohl aber die Häufigkeit solcher Ereignisse.Ein großer CME kann problematisch werden, weil er unser Stromnetz stören kann. In den letzten Jahren kam es bereits zu einigen kleineren Netzausfällen (z. B. in Dänemark und in Kanada) als Folge kleinerer CMEs. Es wird angenommen, dass ein ausreichend großer CME in der Lage ist, die Stromnetze global lahm zu legen. Für den Zeitraum 2010-2020 (der einen Großteil des schwachen Sonnenzyklus 24 umfasst) wurde die Wahrscheinlichkeit eines großen CMEs von Wissenschaftlern auf etwa 12 % geschätzt ( https://agupubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1029/2011SW000734 ).Der letzte große CME ereignete sich im Jahr 1859 und ist nach dem Astronomen, der ihn zuerst entdeckte, als Carrington-Ereignis bekannt. Während des Carrington-Ereignisses konnte das “Nordlicht” sogar noch in Kolumbien (8° nördlich des Äquators) gesehen werden ( https://arxiv.org/abs/1508.06365 ). Unser Problem ist nicht, dass alle elektronischen Geräte nicht mehr funktionieren, wenn ein Sonnensturm von der Größe eines Carrington-Ereignisses auf die Erde trifft. Vielmehr werden einige wichtige, aber schwer zu ersetzende Teile der Infrastruktur ausfallen. Dies könnte das Fallen von Dominosteinen auslösen, und schließlich jeden Aspekt unseres Lebens erreichen. Wenn der CME nur groß genug ist, wird Covid-19 dagegen wie ein Sonntags-Spaziergang erscheinen. Aber selbst kleine Sonnenstürme können manchmal Probleme verursachen: Der gleiche Sonnensturm, der die Nordlichter auf dem Bild (vom Donnerstag, 10. Februar) verursacht hat, hat 40 der 49 zuletzt gestarteten SpaceX-Satelliten für immer außer Gefecht gesetzt.

Wozu also impfen?

Tue, 25 Jan 2022 00:00:00 +0000

Diese Statistik zeigt glassklar, dass die Pockenimpfung nutzlos war: Auch nachdem sie in Schweden zur Pflicht wurde, gab es noch für 100 Jahre Pockenepidemien!* Das gleiche war der Fall für fast alle anderen Länder. Die Pockenimpfung war vor über 200 Jahren in England eingeführt worden. Die Statistik ist deshalb aus Schweden, weil hier schon relativ früh flächendeckend über Todesfälle Buch geführt wurde (und die Bücher auch noch bis heute existieren). In einem typischen Pockenausbruch kamen damals zwischen 10% und 20% der Infizierten ums Leben. In Gemeinschaften, die nicht durch häufige Pockenepidemien auf Resistenz selektiert worden sind, konnte die Sterblichkeit bis zu 70% betragen. Wozu also impfen?Das Pockenvirus war ausgerottet, als der letzte mit Pocken infizierte Mensch gestorben oder genesen ist, weil das Pockenvirus nur Menschen infizieren kann und keine tierischen Wirte besitzt. Allerdings ist das Pockenvirus das bisher einzige pathogene Virus, das wir geschafft haben auszurotten. Bei der Kinderlähmung (Poliovirus) sind wir dem gleichen Ziel nahe gekommen, haben es aber (bisher noch) nicht erreicht. Trotz der Unterschiede zwischen Polio, Pocken und SARS-CoV2 scheinen die Verlaufskurven darauf hinzuweisen, dass SARS-CoV-2 noch lange bei uns bleiben wird. Und Koronaviren haben zusätzlich nichtmenschliche natürliche Wirte, die immer wieder auf den Menschen überspringen können (ob das “natürliche” hier auch für SARS-CoV2 gilt, ist nicht so ganz klar ).*Anmerkung für diejenigen, die in einer alternativen Realität leben: Diese Sätze enthalten Ironie!

Glücklich oder "nur" zufrieden?

Sun, 16 Jan 2022 00:00:00 +0000

Kein Druck zum Glücklichsein

Finnland ist vielleicht das einzige Land der Welt wo du dich so zeigen darfts wie du bist. Wenn du keinen Grund zum Lächeln hast musst du hier nicht lächeln. Ganz besonders in den Vereinigten Staaten gibt es einen gesellschaftlichen Druck zum extrovertiert sein. Die Leute sind dort manchmal sogar beleidigt, wenn man nicht nach aussen hin zeigt, dass man fröhlich und positiv eingestellt ist. In Finnland gibt es keinen solchen gesellschaftlichen Druck, nach außen hin glücklich zu sein. Vielleicht macht das ja auch ein bischen glücklich…

Endlich meine Booster-Impfung bekomment!

Sat, 15 Jan 2022 00:00:00 +0000

Hurra, ich bin endlich geboostet! Ich habe lange darauf gewartet, mir war egal was, rein mit dem Zeug. Am Ende habe ich für die Auffrisch-Impfung den BioNTech/Pfizer mRNA-Impfstoff bekommen.UPDATE (23.01.2022):Ich habe einige Rückmeldungen zu diesem Mini-Blogpost erhalten. Ich denke eigentlich nicht mehr viel über die Impfung nach. Aus wissenschaftlich-medizinischer Sicht erscheint mir die Situation ziemlich klar. Im Folgenden werde ich in der nächsten Zeit Antworten auf einige Fragen und Behauptungen hinzufügen.

Ermittlung der jährlichen Kapitalrendite (ROI) für Vermögenswerte bei der OP-Bank

Sun, 09 Jan 2022 00:00:00 +0000

Ich bin Kunde der finnischen OP-Bank . Wie viele andere Menschen hatte ich während der Coronavirus-Pandemie mehr Geld übrig als sonst. Und wie viele andere habe auch ich einen Teil dieses Geldes an der Börse angelegt. Ich verfolge die Entwicklung an der Börse nicht, aber zum Jahresende möchte ich wissen, wie sich meine Anlagen entwickelt haben: Ich möchte die jährliche Kapitalrendite (ROI) oder den IRR (interner Zinsfuß) für mein gesamtes Portfolio und auch für meine einzelnen Aktien erfahren.

Alte Plasmidkarten-Dateien öffnen

Sat, 01 Jan 2022 00:00:00 +0000

Für ein neues Klonierungsprojekt benötigten wir Zugriff auf die Plasmidkarten eines alten Konstrukts von mir (pSecTagN2, ein Vorläufer von pMosaic , auch bekannt als pSecTagI), das ich 1999 aus vielen verschiedenen Quellen zusammengestellt hatte. Im Jahr 1999 arbeitete ich als Doktorand im Labor von Kari Alitalo . Wir befanden uns auf dem „neuesten Stand“ der Technik, da wir ein Softwareprogramm namens Gene Construction Kit (GCK) nutzten, um den Überblick über unsere Klonierungen zu behalten. Letzten Mittwoch habe ich vier Stunden meiner Arbeitszeit damit verbracht, eine Datei zu öffnen, die 1999 mit GCK Version 2.5 erstellt worden war.

Lerne den Lehrer kennen!

Fri, 31 Dec 2021 00:00:00 +0000

Fast 30 Jahre nach Beginn meiner akademischen Laufbahn begann ich, an der Fakultät für Pharmazie zu unterrichten (ohne nennenswerte pädagogische Erfahrung und Ausbildung). Meistens unterrichte ich Themen, in denen ich über praktische Forschungserfahrung und Fachkenntnisse verfüge: Rekombinante-DNA-Technologie, Gentechnik, Proteinproduktion und -aufreinigung sowie – vor allem – Proteinwirkstoffe. Ganz im Sinne des Mottos der Universität Helsinki Forscher lehren, Lehrer forschen . Trotz meiner mangelnden Erfahrung war ich Teil der Aktion „Meet the teacher!“ der Universität Helsinki, die sich an angehende internationale Masterstudierende richtet: https://www.facebook.com/HelsinkiUniversity/posts/10160122296028083

KLK3: tumorogen oder nicht?

Wed, 22 Dec 2021 00:00:00 +0000

Wir haben soeben unseren neuesten Übersichtsartikel über die Rolle von KLK3 als Aktivator von VEGF-C und VEGF-D bei Prostatakrebs veröffentlicht. Prostatakrebs ist eine der häufigsten Krebsarten bei Männern. Es ist keine Frage, ob man daran erkrankt, sondern nur wann. Sobald man die 80 erreicht hat, ist die Wahrscheinlichkeit, an Prostatakrebs zu erkranken, größer als die, nicht daran zu erkranken. In einer Autopsie-Studie aus dem Jahr 2013 an japanischen Männern , die an anderen Ursachen verstorben waren, wiesen 59 % der über 80-Jährigen Prostatakrebs auf. Es ist wahrscheinlich, dass viele dieser Fälle indolent waren und niemals Probleme verursacht hätten. Nur bei wenigen von ihnen wären möglicherweise Symptome aufgetreten, hätten diese Männer länger gelebt. Daher besteht ein großes Interesse daran, jene Krebserkrankungen zu identifizieren, die Probleme verursachen werden. Viele Prognosemarker wurden vorgeschlagen, um genau dies zu erreichen: vorherzusagen, welche Krebserkrankungen problematisch werden würden. Aus Sicht der Gefäßbiologie sind Angiogenese und Lymphangiogenese zwei Kennzeichen von Krebserkrankungen, denen bereits zuvor prognostischer Wert zugeschrieben wurde. Als wir zufällig entdeckten, dass das prostataspezifische Antigen (PSA, auch bekannt als KLK3) in der Lage ist, VEGF-C und VEGF-D zu aktivieren , dachten wir, dass dies für Prostatakrebs von Bedeutung sein könnte. Inzwischen haben weitere Untersuchungen einige Fragen geklärt, und es scheint tatsächlich so zu sein, dass sowohl VEGF-C als auch VEGF-D an der Krebsprogression beteiligt sind. Es ist jedoch noch nicht klar, welche Proteasen für die Aktivierung von VEGF-C und VEGF-D in realen menschlichen Tumoren verantwortlich sind. Durch KLK3 oder Cathepsin D (CTSD) aktiviertes VEGF-D könnte eine mögliche Ursache für die Resistenz von Tumoren gegenüber einer Behandlung mit Bevacizumab (Avastin) sein. Die Folgen der VEGF-C-Aktivierung sind hingegen schwieriger vorherzusagen, da aktiviertes VEGF-C gleichzeitig sowohl positive als auch negative Wirkungen hat: Einerseits begünstigt es die Metastasierung. Andererseits ermöglicht es eine verstärkte Immunantwort gegen den Tumor. Hier liegen interessante Forschungsmöglichkeiten vor uns. Lesen Sie mehr dazu in unserem Übersichtsartikel: https://doi.org/10.3390/ijms222413545

Finnischkenntnisse boosten

Fri, 17 Dec 2021 00:00:00 +0000

Ich unternehme einen neuen Versuch, Finnisch zu lernen! Bis vor kurzem habe ich meine berufliche Laufbahn in Meilahti an der Medizinischen Fakultät der Universität Helsinki fortgesetzt. Nach meiner von der Finnischen Akademie finanzierten Zeit als Forschungsstipendiat waren meine beruflichen Aussichten in Meilahti bestenfalls dürftig, da fast alle offenen Stellen gute Finnisch- oder Schwedischkenntnisse erfordern. An finnischen medizinischen Fakultäten muss man – anders als in vielen anderen Studiengängen – in der Lage sein, auf Finnisch oder Schwedisch zu unterrichten. In anderen EU-Ländern gibt es viele Universitäten, an denen man Medizin studieren kann, ohne ein Wort der Landessprache zu beherrschen, aber Finnland nimmt (noch) keine ausländischen Studierenden für medizinische Studiengänge auf.Bevor ich mein Studium an der Universität begann, hatte ich bereits einmal ähnliche Sprachprobleme. Im Herbst 1989, als die politischen Veränderungen in Osteuropa das freie Reisen ermöglichten, beschloss ich, Ungarn zu besuchen. Mein Interesse an Ungarn ging auf mehrere ungarische Freunde von mir zurück, die im Exil in der ehemaligen Bundesrepublik lebten. Als ich im Frühjahr 1990 in Ungarn ankam, sprach ich kein einziges Wort Ungarisch. Dennoch sprachen meine ungarischen Freunde mit mir ausschließlich Ungarisch. Ich erinnere mich besonders gerne an Tomi und Timea sowie an ihre ganze Familie und ihre Freunde, die geduldig meinen Geschwafel anhörten und meine grammatikalischen Fehler korrigierten. Finnisch in Finnland zu lernen ist anders. Warum will niemand mein schlechtes Finnisch ertragen? Ich bin auf die Erklärung gestoßen, dass die Finnen nicht an ausländische Akzente gewöhnt seien. Ich kann mich dieser Erklärung nicht anschließen. Die ehemaligen osteuropäischen Länder waren damals ebenfalls isoliert und sprachlich homogen – ähnlich wie Finnland. Liegt es vielleicht daran, dass heutzutage niemand mehr Zeit für irgendetwas zu haben scheint? Im Herbstsemester nahm ich an einem Finnischkurs teil, der von der Universität Helsinki angeboten wurde. Der Kurs war Teil des Projekts „Kielibuusti“ . Sprachenlernen braucht Zeit. Wir fragen uns immer, wie kleine Kinder so gut Sprachen lernen können, vergessen dabei aber, dass sie sich voll und ganz darauf konzentrieren. Der Finnischkurs hat sich zweifellos auf meine sonstige Arbeit ausgewirkt, und aus diesem Grund habe ich volles Verständnis für jene ausländischen Forscher, die nicht einmal eine einzige Sekunde damit verschwenden, Finnisch zu lernen. Was das Erlernen der finnischen Sprache angeht, liegt das Problem meiner Meinung nach weniger bei den Kursangeboten, auch wenn diese besser sein könnten. Das Problem ist vielmehr, dass man sein Finnisch im Alltag nicht anwenden kann, weil immer jemand in der Nähe ist, der – aus sehr guten Gründen – kein Finnisch kann oder es nicht lernen will. In meinem eigenen Labor sind alle Muttersprachen der Labormitglieder – einschließlich Finnisch – Minderheitensprachen. Und ausnahmslos alle, mit denen ich spreche, sprechen ausgezeichnetes Englisch. Es kostet echte Mühe, eine andere Sprache als Englisch zu verwenden (das gilt auch für meine eigene Muttersprache, Deutsch). Eines der Ziele des „Language Boost“-Kurses war es, uns einen Sprachpartner zu suchen, jemanden, mit dem wir regelmäßig auf Finnisch kommunizieren könnten. Nach einem halben Jahr habe ich immer noch keinen Sprachpartner. Obwohl die Lehrkräfte des Kurses hervorragend waren, reichen zwei Stunden Finnisch pro Woche leider nicht aus. Ich kenne mehrere Forscher, die aus dem Ausland nach Finnland gekommen sind und ausgezeichnet Finnisch sprechen. Die meisten von ihnen haben jedoch familiäre Verbindungen nach Finnland. Deshalb mussten sie sich mit Finnen auseinandersetzen, die kein Englisch sprechen. Sie waren gezwungen, Finnisch zu lernen. Das Gleiche ist mir vor 30 Jahren in Ungarn passiert: Die meisten Menschen lernten in der Schule kein Englisch. Wir hatten nur eine gemeinsame Sprache, und ich benutzte sie den ganzen Tag lang in allen Situationen.“ Dieser Beitrag wurde inspiriert von Reetta Vairimaas Artikel „Claudia und Celia“ in der Zeitschrift Yliopistolainen (1/2018), der leider nicht online verfügbar ist.``Hier liegt ein weiterer Aspekt des Problems: Für die meisten ausländischen Forscher bleibt einfach nicht genug Zeit, Finnisch zu lernen. Im Vergleich zu ihren einheimischen Kollegen haben sie bereits ohne Finnischunterricht eine höhere Arbeitsbelastung. Der Aufbau eines Netzwerks – sowohl beruflich als auch privat – ist mit viel Arbeit verbunden. Die in diesem Acatiimi-Artikel ( Zu wenige studieren Finnisch oder Schwedisch ) sehr hoch. Ich kenne viele ausländische Forscher, aber nur sehr wenige von ihnen verfügen über fundierte Finnischkenntnisse (vielleicht trifft das aber auch nur auf Doktoranden zu, die in meiner verzerrten Sichtweise überrepräsentiert sind).`

Fernsehsendung verpasst?

Fri, 26 Nov 2021 00:00:00 +0000

Wenn du eine Fernsehssendung verpasst hast, die es nicht online gibt, kann dir vielleciht dieser Service helfen: https://www.onlinetvrecorder.com/v2/signup/1905125 .

Im Wettbewerb mit den Schwergewichten unter den Einwanderungsländern

Wed, 24 Nov 2021 00:00:00 +0000

In Deutschland leben etwa 10–11 Millionen Ausländer (Stand: Dezember 2019), was etwa 13 % der Bevölkerung entspricht. Hinzu kommen 1,4 Millionen Flüchtlinge (Statistik) . Die neue deutsche Regierung hat ernsthafte Pläne, die Arbeitsmigration nach Deutschland zu erleichtern. Es gibt kaum ein Land in Mittel- oder Nordeuropa, das den Bedarf an Arbeitskräften aus dem Ausland nicht erkannt hat. Deutschland hat Erfahrung mit der Anwerbung von Arbeitskräften. Tatsächlich erscheint mir die Zahl von 13 % eher niedrig, doch viele der Ausländer, die schon vor langer Zeit nach Deutschland gekommen sind, besitzen inzwischen einen deutschen Pass. In den letzten Jahrhunderten gab es mehrere massive Einwanderungswellen von Arbeitskräften nach Deutschland (die letzte große Welle fand zwischen 1955 und 1975 statt, hauptsächlich aus der Türkei und Italien). Vielleicht bekommt man deshalb die weltbesten Döner und Pizzen nicht in der Türkei oder in Italien, sondern in Deutschland (New Yorker mögen in Bezug auf die Pizza anderer Meinung sein). Für mich ist es unglaublich, dass die Frage nach der Arbeitsmigration heutzutage in Finnland überhaupt gestellt wird. Es gibt keinen Experten, der bestreiten würde, dass Finnland Arbeitsmigration braucht*. Nicht in der Zukunft, sondern jetzt. Das Problem ist, dass Finnland offenbar erfolgreich darum gewetteifert hat, der unattraktivste Ort für Arbeitsmigration in West- und Nordeuropa zu sein. Ich spreche nicht vom Wetter (ja: Die Kälte und die Dunkelheit sind gelegentlich eine echte Plage), sondern von den bürokratischen Hürden, denen sich selbst hochqualifizierte Ausländer stellen müssen, wenn sie nach Finnland kommen wollen. Es werden zwar einige Fortschritte erzielt (z. B. können Aufenthaltsgenehmigungen für Studierende nun so lange gelten, wie ihr Studium dauert), und das Ziel der aktuellen Regierung ist es, die Quote der arbeitsbezogenen Zuwanderung zu verdoppeln. Doch im Wettbewerb um Arbeitskräfte legen alle anderen europäischen Länder noch einen drauf. Um auch nur annähernd wettbewerbsfähig zu sein, muss sich noch viel mehr ändern, wie Tuula Haatainen kürzlich in einem Gastbeitrag für die größte skandinavische Tageszeitung „Helsingin Sanomat“ schrieb. Leider ist das derzeitige System für die Industrie nicht förderlich, wie ein weiterer Meinungsbeitrag eines betroffenen Unternehmers zeigt.*Experten, die das Gegenteil behaupten, lassen ihre ideologischen Vorurteile über ihre Fachkompetenz siegen. Aufgrund ihres Interessenkonflikts sollte ihre Meinung nicht zählen. Es ist nur eine Meinung; unvoreingenommene Experten haben die Fakten auf ihrer Seite.

Wie verschlüsselt man eine zweite Festplatte unter Ubuntu 20.04 manuell?

Fri, 19 Nov 2021 00:00:00 +0000

https://dev-notes.eu/2020/12/LUKS-Encrypt-Hard-Drive-with-Cryptsetup-on-Ubuntu-20.04/Check-Festplatten : lsblksudo hdparm -i /dev/sda Verwenden Sie parted (bei Festplatten mit weniger als 2 TB kann fdisk anstelle von parted verwendet werden): sudo parted /dev/sda mklabel gpt sudo parted -a opt /dev/sda mkpart primary ext4 0% 100% Richten Sie die LUKS-Verschlüsselung ein. Hier müssen Sie die Passphrase eingeben, mit der Sie die Festplatte entschlüsseln werden: cryptsetup -y -v luksFormat /dev/sda1 Temporäre Zuordnung erstellen: sudo cryptsetup luksOpen /dev/sda1 DOCUMENTS (wenn keine Fehlermeldung erscheint, war der Vorgang erfolgreich)Zuordnung überprüfen: ls -l /dev/mapper/DOCUMENTS sudo cryptsetup -v status DOCUMENTS Zuordnung dauerhaft festlegen. Anstelle von „none“ kannst du auch eine Schlüsseldatei angeben (= deutlich weniger sicher, wenn sich diese Datei auf demselben System befindet). Anstelle von /dev/sda1 kannst du auch die UUID angeben. Möglicherweise ist es auch nicht notwendig, eine Partition zu haben, und /dev/sda kann direkt verwendet werden. Die UUID können Sie mit „blkid“ ermitteln oder – falls das nicht funktioniert – mit „ls -l /dev/disk/by-uuid“ DOCUMENTS UUID=e6813be6-1e6e-4c6f-80cf-b47a428a700d none luks,discardCheck LUKS-Header: sudo cryptsetup luksDump /dev/sda1 Dateisystem anlegen: sudo mkfs.ext4 /dev/mapper/DOCUMENTS -L „4TB_DOCUMENTS_DISK“

Mit dem Fahrrad zum Flughafen

Thu, 14 Oct 2021 00:00:00 +0000

Der internationale Flughafen Helsinki liegt etwa 14 km nördlich unserer Wohnung. Eigentlich befindet sich der Flughafen gar nicht in Helsinki, sondern in der nördlich angrenzenden Stadt Vantaa. Schon bei meiner letzten Konferenzreise vor der Pandemie hatte ich beschlossen, kein Taxi zu nehmen, sondern stattdessen mit dem Fahrrad zum Flughafen zu fahren. Das war aus zwei Gründen leichter gesagt als getan: 1. Es gibt am Flughafen keine speziellen Abstellplätze für Fahrräder. Das gesamte Konzept eines Flughafens scheint auf der Annahme zu beruhen, dass niemand jemals mit dem Fahrrad zum Flughafen fährt. Ich habe beim Finnavia-Kundenservice nachgefragt, und dort wurde mir der Fahrradabstellplatz des Hotels Hilton Airport empfohlen. 2. Zwar gibt es zahlreiche Radwege, doch die Beschilderung ist so spärlich, falsch oder gar nicht vorhanden, dass man sich ohne die Navigations-App auf dem Handy unmöglich zurechtfindet. Die Situation verschlimmert sich, wenn man die Strecke im Dunkeln zurücklegt – was fast garantiert der Fall ist, da die meisten Flüge von und nach Kontinentaleuropa in den frühen Morgenstunden oder am späten Abend starten bzw. landen. Dennoch bin ich inzwischen bereits dreimal mit dem Fahrrad zum und vom Flughafen gefahren. Jedes Mal versuche ich, ohne Google Maps den Weg zu finden, und jedes Mal verfahre ich mich. Ein Problem bei der Sprachnavigation ist, dass Google Maps keine finnischen Straßennamen aussprechen kann. Ein weiteres Problem ist, dass Google Maps einfach nicht auf dem neuesten Stand ist. Aufgrund der ständigen Bauarbeiten sind viele der vorgeschlagenen Routen nicht befahrbar. Und es macht keinen Spaß, alle 500 Meter anzuhalten, das Handy aus der Tasche zu ziehen und die Handschuhe auszuziehen, um den Touchscreen zu bedienen, der zudem nicht richtig reagiert, weil es in Strömen regnet. Das Problem mit fehlenden und falschen Straßenschildern auf wichtigen Radwegen ist offenbar weit verbreitet. Ein ähnliches Gebiet, in dem sich Radfahrer kaum zurechtfinden können, ist der Helsinki Central Park. Wer Finnisch versteht, kann darüber in der Tageszeitung „Helsingin Sanomat“ ( https://www.hs.fi/kaupunki/art-2000008227424.html ) lesen. Der Artikel handelt von den vergeblichen Versuchen eines finnischen Politikers der Grünen, der versuchte, den Central Park mit dem Fahrrad zu durchqueren. Obwohl Millionen Euro in die Modernisierung der Beschilderung im Park gesteckt wurden, ist offenbar die Hilfe der Einheimischen notwendig, um von einer Seite zur anderen zu gelangen, ohne sich zu verlaufen. Ich rechne immer zwei Stunden für die 14-km-Strecke ein, was mir sogar reichen würde, um sie zu Fuß zurückzulegen – vorausgesetzt, ich verirre mich nicht. Den Fahrradabstellplatz des Hilton-Hotels habe ich noch nicht gefunden. Das werde ich beim nächsten Mal noch einmal versuchen…

Flash-Speicher der Außen-Sonde des Wirelesstag zurücksetzen

Sat, 09 Oct 2021 00:00:00 +0000

Die Produkte von https://wirelesstag.net/ gefallen mir sehr gut. Allerdings ist die Produktdokumentation manchmal nicht ganz vollständig und das Personal nicht immer besonders professionell. So gibt es beispielsweise keine Informationen dazu, wie man den Außensensor zurücksetzen kann, wenn man ihn mit einem anderen Tag-Manager koppeln muss (und man keinen Zugriff auf den bisherigen Tag-Manager hat). Es gibt zwar Informationen (und Bilder) dazu für die drahtlosen Sensor-Tags, aber nicht für die Außensonde. Kunden haben bereits danach gefragt, aber es scheint für das Unternehmen keine Priorität zu haben, diese Information hinzuzufügen. Hier ist also das Bild, das zeigt, welche Pins kurzgeschlossen werden müssen. Woher ich das weiß? Ich habe es durch Ausprobieren herausgefunden.

Kilometer-Wettbewerb

Fri, 08 Oct 2021 00:00:00 +0000

Kilometrikisa („Kilometer-Wettbewerb“) ist ein Fahrradwettbewerb für Unternehmen, der das Pendeln mit dem Fahrrad und das Radfahren im Allgemeinen fördern soll. Die Teammitglieder geben ihre täglich zurückgelegte Strecke auf der Website https://www.kilometrikisa.fi ein, und das Team mit den meisten Kilometern gewinnt. Unter allen Teilnehmern werden zusätzliche Preise verlost (ich hatte dieses Jahr tatsächlich zum ersten Mal Glück und habe eine kostenlose Massage bei UniSport gewonnen).Es gibt einen Sommerwettbewerb, der von Mai bis September läuft, und einen Winterwettbewerb („talvikilometrikisa“), der hauptsächlich im Januar und Februar stattfindet. Fragt mich bitte nicht, warum es keine Veranstaltungen im Frühling und Herbst gibt. Ich bin in den letzten zehn Jahren das ganze Jahr über Rad gefahren, mit Ausnahme des Winters 2012/2013, weil ich mir auf dem Heimweg von der Arbeit das Bein gebrochen habe. Für mich sind Oktober, November und Dezember genauso gute Radfahrmonate wie Januar und Februar. Eigentlich sind sie sogar besser, da sie in den letzten Jahren aufgrund der globalen Erwärmung meist schneefrei sind. Wer früh morgens zur Arbeit fährt, bevor der Schneepflug 30 cm Neuschnee geräumt hat, weiß, dass man oft steckenbleibt – selbst mit den 57-622 Schwalbe Ice Spiker Pro .Meine Leistung in diesem Wettbewerb ist eingebrochen, seit mein Labor vom Biomedicum in Meilahti ins Biocenter 2 in Viikki verlegt wurde, da sich mein Arbeitsweg von 14 km/Tag auf magere 4,5 km/Tag verkürzt hat. Was die Anzahl der Radfahrtage angeht, liege ich immer noch ganz weit oben auf der Liste (109 in der letzten Saison), aber gemessen an der zurückgelegten Strecke liege ich nur knapp über dem Durchschnitt (Platz 58 mit 1031 km). Unser Team („Helsingin Yliopisto“, Universität Helsinki) belegte in diesem Jahr im Wettbewerb der großen Arbeitgeber den 143. Platz. Ich frage mich immer wieder, ob die Gesamtzahl der zurückgelegten Kilometer und die Teilnehmerzahl im Laufe der Jahre steigen – was der Fall sein sollte, wenn wir es mit der Bekämpfung der globalen Erwärmung ernst meinen. Die erste „Kilometrikisa“-Veranstaltung fand 2014 statt, es liegen also genügend Daten vor, um Trends zu erkennen. Leider liefert die Website diese Informationen nicht. Es wäre zwar möglich, die Daten aus den Einzelergebnissen zu extrahieren und zu berechnen, aber ich habe derzeit genug andere Dinge zu tun. Vielleicht irgendwann in der Zukunft.

Warum ich jetzt Windows 11 nutze

Sun, 03 Oct 2021 00:00:00 +0000

Mein Arbeitscomputer ist im Frühsommer kaputtgegangen: Die Grafikkarte hat den Geist aufgegeben. Seitdem habe ich ihn ohne Grafikkarte genutzt, doch vor einigen Wochen fing die Festplatte an, Probleme zu machen. Ich habe einen neuen Rechner bestellt, aber da bald die neuen Lenovo-Modelle auf den Markt kommen, hat die IT-Abteilung gefragt, ob ich ein paar Wochen warten möchte, um das neuere Modell zu bekommen (das P350 statt des P340) zu erhalten. Also muss ich diese Zeit irgendwie überbrücken. Ich habe es mit dem alten Desktop-PC versucht, der den Äkta Avant steuerte, aber der war so gut wie unbrauchbar (Startzeit ~ 3 Minuten); die Lösung schien jedoch unser altes HP Elitebook G3 zu sein. Die meisten, die mich kennen, wissen, dass ich ein großer Fan von Open-Source-Software bin. Viele der besten Open-Source-Programme laufen unter Windows: Firefox, VLC, Inkscape, Blender, Scribus, Zotero. Manche Open-Source-Software wurde jedoch nie auf Windows portiert. Und oft läuft die Linux-Version der Software besser als die Windows-Version. Ein Beispiel ist Gnumeric, das Tabellenkalkulationsprogramm von Gnome, das über eine hervorragende Funktion zum Exportieren von Diagrammen in das SVG-Format verfügt. Ich habe meinen Windows-nutzenden Studierenden oft empfohlen, das Linux-Subsystem für Windows (WSL) zu installieren, um Linux-Programme ausführen zu können, aber erst jetzt habe ich dies selbst getan. Dazu musste ich Windows 10 auf Windows 11 aktualisieren. Ich habe diese Anleitung befolgt: https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/tutorials/gui-appsStrangely . Als ich versuchte, das Upgrade durchzuführen, meldete Windows, dass meine Hardware nicht mit Windows 11 „kompatibel“ sei, startete den Vorgang aber dennoch und schloss das Upgrade erfolgreich ab.Hier seht ihr ein Win 11, das auf einem ausgemusterten HP Elitebook G3 läuft, bei dem meine Universität sich 2019 geweigert hatte, ein Upgrade von Windows 7 auf Windows 10 durchzuführen (obwohl es technisch gesehen noch einen Tag innerhalb der Frist lag). Ich habe eine Neuinstallation von Windows 10 mit dem offiziellen Installationsmedium durchgeführt, das ich von Microsoft heruntergeladen hatte. Aus irgendeinem seltsamen Grund wurde ich nie nach einer Lizenz gefragt (obwohl ich die SATA-SSD gegen eine NVMe-SSD ausgetauscht hatte). Tatsächlich ist der Computer sehr schnell und gut nutzbar, und ich werde ihn auf jeden Fall noch ein paar Jahre als meinen einzigen Windows-Rechner behalten, da es immer noch seltene Fälle gibt, in denen ich eine physische Windows-Installation benötige.Der Nachteil ist, dass die Windows-10-Installation eine echte Qual war, da die IT-Abteilung meiner Universität das BIOS sperrt und sich, sobald der Rechner ausgemustert ist, nicht dafür verantwortlich fühlt, diesen Rechnern ein zweites Leben zu geben. Meiner Meinung nach widerspricht das völlig den Nachhaltigkeitszielen unserer Universität. Glücklicherweise lässt sich ein gesperrtes BIOS meist umgehen. Im schlimmsten Fall muss man es gegen ein Ersatz-BIOS aus China austauschen.

3. Swiss Lymphsymposium

Fri, 17 Sep 2021 00:00:00 +0000

Die englische Übersetzung des deutschen Vortrags (Folien und Abstract) ist hier verfügbar: https://doi.org/10.5281/zenodo.6034307 . Das 3. Schweizer Lymphsymposium fand am 4. September in Zürich statt. Es wird von Juzo gesponsert, einem Hersteller von Bekleidung für die komplexe physikalische Entstauungstherapie (CPDT), die die wichtigste therapeutische Option bei der Lymphödemtherapie darstellt. Die Entstauungstherapie kann zwar nicht heilen, hält die Symptome aber unter Kontrolle. Der Vortrag von Prof. Erich Brenner hat mir sehr gut gefallen, da er sich anschaulich mit dem Thema der „blind endenden Lymphkapillaren“ befasste, die – von einigen Ausnahmen abgesehen – in der stabilen Anatomie erwachsener Menschen wahrscheinlich nur selten vorkommen. Ich hatte dies zuvor bereits mit anderen diskutiert, beispielsweise mit Johannes Grünzig ( https://doi.org/10.1016/j.aanat.2018.08.004 ), der sich speziell mit der Form der initialen Lymphgefäße im Auge befasste. Ich fragte Erich, woher das Konzept der blind endenden Kapillaren stammt, und es scheint seinen Ursprung in frühen Zeichnungen deutscher Physiologen zu haben. Tatsächlich habe ich selbst die blind endenden initialen Lymphgefäße in meinen schematischen Zeichnungen, z. B. hier , weitergeführt, ohne diesem Thema große Beachtung zu schenken. Zu meiner Verteidigung kann ich anführen, dass bei geringer Vergrößerung nur die größeren Sammelgefäße zu sehen sind und bei hoher Vergrößerung die geringe Schärfentiefe ein Problem darstellt. Tatsächlich kann die Schärfentiefe manchmal den Eindruck von blind endenden Gefäßen erwecken, während das Gefäß in Wirklichkeit vielleicht einfach nur eine Biegung macht. Allerdings habe ich auch überzeugende Bilder mit blind endenden Primärlymphgefäßen gesehen. Aus funktioneller Sicht: Welche Geometrie wäre die bessere Wahl? Ich vermute, die Natur ist gut darin, Strukturen zu optimieren … Natürlich haben viele von uns Molekularwissenschaftlern echte blind endende Lymphgefäße gesehen. Offensichtlich existieren solche blind endenden Lymphgefäßausläufer während der Entwicklung und in anderen Situationen lymphatischer Expansion (Wundheilung, VEGF-C-Anwendung). Oft betrachten wir Lymphgefäße auch an Stellen, an denen solche fingerartigen Strukturen de facto bis ins Erwachsenenalter bestehen bleiben (z. B. in den Zotten des Verdauungstrakts). Allerdings ist hier wahrscheinlich die konstant hohe Zufuhr von VEGF-C an der Aufrechterhaltung dieser ungewöhnlichen Strukturen beteiligt ( https://doi.org/10.15252/emmm.201505731 ). In meinem Vortrag ging ich auf den aktuellen Stand der therapeutischen Lymphangiogenese ein. Mithilfe von VEGF-C können wir das Wachstum neuer lymphatischer Strukturen induzieren, doch die derzeitige Gentherapie (Lymfactin) ist nur in der Lage, eine kurze VEGF-C-Freisetzung zu bewirken, da der Vektor (ein Adenovirus) vom Immunsystem rasch inaktiviert wird. Daher waren die klinischen Studien gut gewählt: Sie sollten die Integration von Lymphknotentransplantaten in das lokale Lymphnetzwerk ankurbeln. Angesichts dieser relativ engen Indikation ist die unternehmerische Entscheidung von Herantis Pharma, sich auf seine Pipeline im Bereich neurodegenerativer Erkrankungen zu konzentrieren und die Entwicklung von Lymfactin einzustellen, jedoch sogar verständlich. Meiner Meinung nach bräuchten wir molekulare Stimulation, um bei den meisten Formen des menschlichen Lymphödems, die größtenteils chronisch sind, eine Wirkung zu erzielen. Eine schwache, verteilte Stimulation der Kontraktion der Lymphsammler müsste mit einem Netzwerk mit höherer Kapazität kombiniert werden. VEGF-C könnte hier Abhilfe schaffen, doch derzeit verfügen wir über keine Technologie, die einen solchen molekularen Anstoß über einen langen Zeitraum zuverlässig bereitstellen könnte, obwohl es viele Ideen gibt, wie man dies bewerkstelligen könnte. Die Ketoprofen-/Bestatin-Studien haben gezeigt, dass es einen großen Unterschied zwischen akutem und chronischem Lymphödem gibt. Das Lymphödem bei Mäusen, das überraschend effektiv mit Ketoprofen behandelt werden konnte, unterscheidet sich stark vom chronischen Lymphödem beim Menschen. Was wir auf jeden Fall brauchen, sind bessere Tiermodelle für das chronische Lymphödem. Interessanterweise ist das chronische Lymphödem ein häufiges Problem bei Pferden.Für diejenigen, die sich mit Pferden auskennen, scheint dies altbekannt zu sein, aber für mich war es neu: Bei Pferden und Menschen wird dieselbe konservative Standardbehandlung angewendet: die komplexe physikalische Entstauungstherapie. Ich war einfach überrascht, dass es genügend Pferdepatienten gibt, sodass sich einige Forscher und Praktiker auf die Behandlung von Lymphödemen bei Pferden spezialisiert haben: https://www.equicrown.de oder https://horsephysio.at/uber-uns.htmlFrom Aus wissenschaftlicher Sicht ähnelt diese Art von Ödem wahrscheinlich viel stärker dem menschlichen Lymphödem als alle uns bekannten Mausmodelle: Es handelt sich um ein großes Tier mit hohem hydrostatischem Druck in den Beinen, und es liegt eine chronische Erkrankung vor. Ich frage mich, was die molekularen Ursachen für das Lymphödem bei Pferden sind und ob dieses Problem durch Domestizierung/Züchtung verursacht wurde, d. h. ob Wildpferde/Zebras ebenfalls an Lymphödemen leiden? Ich würde mich sehr freuen, mit jemandem zu sprechen, der sich damit auskennt! Vielen Dank an Sonja Eham und Dr. Michael Oberlin für die zusätzlichen Informationen zum Lymphödem bei Pferden sowie an Sonja Eham und Dace Zanker für die tadellose Organisation. Ich glaube, ich sollte sofort damit beginnen, VEGF-C von Pferden zu klonen…

Online-Tools zum Finnischlernen

Thu, 16 Sep 2021 00:00:00 +0000

Hilfsmittel zum Finnischlernen

https://deepl.com DeepL
https://presidencymt.eu/#/text
https://chrome.google.com/webstore/search/sanastorm?hl=en
Nicht für Finnisch: https://conjugator.reverso.net/conjugation-english.html

Wie attraktiv ist Finnland für internationale Studierende?

Sun, 29 Aug 2021 00:00:00 +0000

Eine Vorab-Entschuldigung: Alle Links in diesem Beitrag führen zu finnischen Websites, was eines der Probleme verdeutlicht, mit denen ausländische Studierende in Finnland konfrontiert sind: eine Sprache, die keiner anderen europäischen Sprache ähnelt (abgesehen von Estnisch und Ungarisch, die ebenfalls zur finnisch-ugrischen Sprachfamilie gehören). Ausländische Studierende fühlen sich in Finnland im Allgemeinen wohl. Auch wenn nicht alles perfekt ist, ist die Universität Helsinki (und Finnland im Allgemeinen) eine Überlegung wert, wenn man im Ausland studieren möchte. Das ist das Fazit einer Umfrage unter mehr als 800 internationalen Studierenden aus den Jahren 2020 und 2021. Besonders die hohe Qualität der Lehre wurde geschätzt. Weitere Punkte, in denen sich die Universität Helsinki hervorgetan hat, waren das sichere Umfeld und der Umgang mit der Covid-19-Pandemie. Letzteres hat jedoch auch eine Kehrseite, da mehr Begegnungen und Gespräche mit dem akademischen Personal sowie mehr soziale Unterstützung auf der Wunschliste der Studierenden standen. Dies ist kaum überraschend, da internationale Studierende bei ihrer Ankunft im Land nicht auf dieselben Netzwerke zurückgreifen können wie Einheimische. Das größte Einzelproblem schien die Aufnahme der Studierenden zu sein. Die Ankunft und der Umgang mit einer unbekannten und unverständlichen Bürokratie sind für Neuankömmlinge oft zu viel. Diskriminierung wurde nur von 4 % der Befragten erlebt, und unter ihnen waren sprachliche Diskriminierung und Einsamkeit am häufigsten. Ich warne immer Studierende, die mir erzählen, dass sie sich an der Universität Helsinki bewerben wollen. Ihr wollt eine ehrliche Meinung dazu, ob ihr euer Studium in Finnland beginnen sollt? Okay: Es kann ziemlich kalt werden, und im Winter wird es WIRKLICH dunkel. Dennoch ist Helsinki in der kalten und dunklen Jahreszeit immer noch einer der lebenswerteren Orte. Die Temperaturen fallen selten unter 0°F (-17,8°C), und da die Stadt an der Südküste liegt, ist sie auch einer der Orte, an denen es am wenigsten dunkel ist. Und die globale Erwärmung tut ihr Bestes, um die Temperaturen zu erhöhen. Finnland ist bereits der Geheimtipp für langfristige Immobilieninvestitionen: noch günstig genug, aber mit extremem Wachstumspotenzial, sobald der Klimawandel Südeuropa in einen Schmelzofen verwandelt. Allerdings werden sich diese Szenarien erst dann vollständig verwirklichen, wenn die derzeitigen politischen Entscheidungsträger bereits das Zeitliche gesegnet haben. Wenn Sie jedoch auf lange Sicht denken, könnte Finnland DER Ort sein, an dem man sein sollte. Aber noch einmal: Sollte der Golfstrom zusammenbrechen, sind Sie wieder ganz am Anfang. Dank deinen Eltern für das Chaos, das sie dir hinterlassen haben ( https://www.theguardian.com/environment/2021/aug/05/climate-crisis-scientists-spot-warning-signs-of-gulf-stream-collapse ).So gut Finnland zum Studieren auch sein mag – sich dauerhaft dort niederzulassen, ist leider eine ganz andere Geschichte. Auch wenn Finnland die Einwanderung ankurbeln muss, um den Bevölkerungsrückgang und die Überalterung auszugleichen, gibt es leider immer noch zu viele Hürden zu überwinden, bevor eine Niederlassung für die meisten Ausländer zu einer realistischen Option wird. Die Sprache ist nur eine davon; weitere werden in einem aktuellen Artikel in der größten finnischen Tageszeitung (Helsingin Sanomat) die Schwierigkeiten bei der Integration in die finnische Gesellschaft, die für Ausländer unverständliche Bürokratie und das niedrige Lohnniveau. Aber auch die wachsende Ablehnung gegenüber Ausländern in der finnischen Bevölkerung, die sich im Erfolg der „Finns-Partei“ (früher bekannt als „Wahre Finnen“) manifestiert, ist nicht gerade hilfreich. Auch die meisten anderen europäischen Länder haben mit rechten politischen Strömungen zu kämpfen. In meinem Heimatland Deutschland wird die AfD (die in etwa der Finns-Partei entspricht) von keiner der demokratischen Parteien als möglicher Koalitionspartner angesehen (Wunschdenken meinerseits?). Hier in Finnland hingegen war die Finns-Partei bereits Teil einer Koalitionsregierung, und nur die Sozialdemokraten und die linke Koalition vertreten in dieser Frage eine klare „Nein“-Haltung.Erst kürzlich äußerte sich der neu gewählte Bürgermeister von Helsinki, Juhana Vartiainen, zur Attraktivität des finnischen Arbeitsmarktes für Ausländer: „Ein kläglicher Misserfolg seitens Finnlands. Das politische Bewusstsein hat sehr lange gebraucht, um überhaupt zu begreifen, dass wir Arbeitsmigration überhaupt brauchen.“ ( Helsingin Sanomat, 28.08.2021 ). Aber davon abgesehen ist das akademische Lehrangebot auf sehr hohem Niveau. Und sie ist für Einwohner der EU/EFTA (sowie für Inhaber entsprechender Abschlüsse aus diesen Ländern) kostenlos. Für zahlende Studierende sind die Studiengebühren im Vergleich zu vielen anderen Universitäten derselben Kategorie ein Schnäppchen (zwischen 13.000 und 18.000 Euro pro Jahr, je nach Studiengang). Allerdings wird das Universitätspersonal einen hohen Preis zahlen müssen, um diese Qualität aufrechtzuerhalten. Für das aktuelle Jahrzehnt (2020–2030) hat sich das Bildungsministerium zum Ziel gesetzt, die Zahl der abgeschlossenen Hochschulabschlüsse um 100.000 zu erhöhen ( https://www.acatiimi.fi/4_2021/15.php ). Gleichzeitig wurden die Hochschulbudgets gekürzt. Die Regierung wird diese Kürzungen wahrscheinlich durch eine medienwirksame „Rettet die Universität“-Kampagne kompensieren, um davon abzulenken, dass wir zusätzlich Dutzende Millionen benötigen, um in den kommenden Jahren für diese 100.000 zusätzlichen Abschlüsse das gleiche hohe Lehrniveau zu gewährleisten. Auf der Forschungsebene kämpft das wissenschaftliche Personal seit 2005, als das inflationsbereinigte Budget für Forschung und Entwicklung zum ersten Mal sank, einen harten Kampf. Inzwischen spüren jedoch auch die Studierenden den Mangel an ausreichender Finanzierung, z. B. wenn ihre Lehrenden einfach nicht mehr so viel Zeit für sie haben wie früher. Ich habe keine andere Wahl, als den Studierenden generell von einer akademischen Laufbahn abzuraten. Die meisten anderen europäischen Länder haben ähnliche Probleme, wenn auch vielleicht nicht in demselben Ausmaß wie Finnland. Und die Studierenden wissen, dass die Finanzierung der Wissenschaft in Finnland besonders schlecht ist .

Auf der Suche nach einem Medikament gegen Lymphödeme

Wed, 11 Aug 2021 00:00:00 +0000

Vor mehr als 20 Jahren habe ich die VEGF-C-cDNA in einen Adenovirus-Shuttle-Vektor kloniert. Obwohl wir über die Vektoren für das AdEasy-System aus dem Labor von Bert Vogelstein verfügten, um Adenoviren selbst herzustellen, zogen wir es vor, mit dem Gentherapie-Experten Seppo Ylä-Herttuala , um das erste Adenovirus mit VEGF-C als Fracht (AdVEGF-C) herzustellen. Dieses und andere VEGF-C-exprimierende Adenoviren wurden von Seppo und uns in mehreren präklinischen Studien eingesetzt, um zu zeigen, dass VEGF-C erfolgreich zur Behandlung der zugrunde liegenden Ursache bestimmter Arten von Lymphödemen eingesetzt werden kann.Im Jahr 2018 begann Herantis Pharma mit klinischen Phase-1-Studien mit AdVEGF-C, das unter dem Namen Lymfactin vermarktet wurde. Nachdem die Phase-2-Studien von Eiger Biopharmaceuticals mit Bestatin keine Wirkung auf Lymphödeme gezeigt hatten, war Lymfactin das einzige Medikament in klinischen Studien, das auf Lymphödeme abzielte. In diesem Frühjahr gab Herantis bekannt, dass es die klinischen Studien mit Lymfactin einstellt einstellen werde, um sich auf seine Pipeline für Medikamente gegen neurodegenerative Erkrankungen ( CDNF ) zu konzentrieren. Zu dieser Enttäuschung kam noch die Nachricht hinzu, dass die Zuordnung der Patienten zur Phase-2-Studie nicht randomisiert erfolgt war und dass die Phase-2-Ergebnisse daher nicht aussagekräftig sind . Das sind schlechte Nachrichten für Lymphödem-Patienten, gerade jetzt, wo die Gentherapie insgesamt nach einer fast zwei Jahrzehnte langen Pause ein Comeback erlebt. Wie geht es nun weiter? Auch wenn sich zeigte, dass das niedermolekulare Medikament Bestatin die VEGFR-3-Expression und -Aktivierung erhöht , war es nie eine lymphangiogenfördernde Therapie. Die Mausversuche hatten eindeutig gezeigt, dass es lediglich die endogene lymphatische Reparatur unterstützt, die nach einer akuten Schädigung des Lymphsystems auf natürliche Weise einsetzt. Es wirkt gezielt zu hohen Leukotrien-B4-Spiegeln entgegen, die die Lymphangiogenese hemmen, trägt jedoch kein eigenes lymphangiogenes Signal in sich.Die Strategie, einen Hemmstoff zu hemmen, wurde auch in Mausstudien angewendet, die heute von Kataru et al. in „Science Signaling“ veröffentlicht wurden: Kataru et al. Kataru et al. nutzten eine genetische Modifikation lymphatischer Endothelzellen, um PTEN zu blockieren, einen intrazellulären Inhibitor der VEGFR-3-Signalübertragung. Die Ergebnisse sind überzeugend: Lymphangiogenese ohne die Nachteile, die unweigerlich mit einer Wachstumsfaktortherapie verbunden sind, wie beispielsweise zu hohe Wachstumsfaktorkonzentrationen am Verabreichungsort, die zu Gefäßundichtigkeiten und anderen unerwünschten Reaktionen führen können. Es gibt zwar niedermolekulare PTEN-Inhibitoren, diese sind jedoch ziemlich toxisch. Wenn eine einigermaßen ungiftige PTEN-hemmende Verbindung gefunden werden könnte, müsste man sie nur noch spezifisch an Lymphgefäßendothelzellen binden. Allerdings sind weder die Entdeckung noch die gezielte Verabreichung einfache Aufgaben, obwohl es genügend Ideen gibt, die verfolgt werden könnten, sofern die Finanzierung gesichert wäre. Lesen Sie mehr zu diesem Thema in unserem Meinungsbeitrag über die Suche nach einem Medikament gegen Lymphödeme in „Science Signaling“: doi-Link , E-Print-Link für diejenigen, die keinen Zugriff auf den Volltext haben.

Wo die Sowjetunion erfunden wurde

Wed, 11 Aug 2021 00:00:00 +0000

Im Sommer haben wir ein paar historische Sehenswürdigkeiten besichtigt. Im Juli machten wir einen Städtetrip nach Tampere, der drittgrößten Stadt Finnlands und der größten skandinavischen Stadt im Landesinneren. Tampere blickt auf eine sehr industrielle Geschichte zurück, und hier wurden einige wichtige Entscheidungen getroffen, die die Weltgeschichte beeinflusst haben, wie beispielsweise der Beschluss zur Gründung der Sowjetunion. Letzteres geschah, als sich Lenin und Stalin 1905 zum ersten Mal in der Arbeiterhalle von Tampere trafen, in der heute das vielleicht (?) einzige Lenin-Museum der Welt untergebracht ist. Finnland war zu dieser Zeit ein autonomer Teil des Russischen Reiches und genoss mehr Freiheit als vielleicht jeder andere Teil des Reiches. Aus diesem Grund agierten viele der frühen kommunistischen Führer vom Großherzogtum Finnland aus.

Erichsen Geld & Gold

Sun, 01 Aug 2021 00:00:00 +0000

Diesen Post gibt’s nur auf Deutsch, weil ich hier über den (meiner Meinung nach) besten deutschsprachigen Podcasts zum Thema Geld und Finanzen schreibe. Geld und Finanzen sind länderspezifische Themen. Wenn es sich um Dinge wie Renten- oder Krankenversicherung handelt, sind die Ratschläge aus den US-Podcasts ziemlich wertlos. Wer hat schon hierzulande einen 401(k)-Plan (1)? Aber selbst in Europa unterscheiden sich die Länder so stark voneinander, dass man erst gut nachdenken sollte, bevor man gutgemeinte Ratschläge aus einem anderen Land übernimmt. Ein einfaches Beispiel sind die Unterschiede in der Bargeldnutzung: Hier in Skandinavien wird ALLES mit der Karte bezahlt , unabhängig vom Betrag. Bargeld gibt es hier hauptsächlich nur noch wegen den deutschen Touristen!Da ich in Finnland wohne, sollte ich deshalb einen finnischen Podcast über Geld und Finanzen hören. Leider habe ich bisher noch keinen interessanten gefunden. Es braucht wohl eine gewissen Menge an Auswahl, damit man a) etwas finden kann, was der eigenen Lebenssituation entspricht und b) was qualitativ vom Inhalt sowie auch von der Ausführung hochwertig ist. Die Lebenssituation, das Alter, und nicht zuletzt die gesellschaftliche Einstellung führt bei allen Podcastern zu einem (mehr oder weniger) begrenzten Blickwinkel, aus dem es schwer ist, sich zu befreien.Wahrscheinlich deswegen ist meine klare Nummer Eins unter den Finanz-Podcasts Erichsen: Geld und Gold . Warum finde ich “Erichsen Geld & Gold” besser als alle anderen? Wahrscheinlich weil, abgesehen vom Beruf sich meine und Lars Erichsen’s Lebenssituationen verbüffend ähneln. Angefangen vom Alter, Familie bis zu Details im Lebenslauf und gesellschaftlicher Einstellung. Wenn ich in Deutschland geblieben wäre, wäre auch ich ein Nordlicht (2).Die Tatsache, dass ich diesen Vergeich ziehen kann, sagt auch etwas über den Podcast: es ist zwar ein Finanzpodcast, aber als Stammhörer bekommt man schnell das Gefühl, den Menschen Lars Erichsen gut zu kennen. Diese quasi-persönliche Beziehung ist es, was Podcasts zum Durchbruch geholfen hat, und womit das Fernsehen oder auch die von Medienkonzernen professionell produzierten Podcasts, von denen es immer mehr gibt, einfach nicht mithalten können. Das Handelsblatt ? Vergiss es!

50 Gurken und es werden immer mehr

Sat, 03 Jul 2021 00:00:00 +0000

Pandemie + Urlaub zu Hause = Gartenarbeit auf dem Balkon. Während unsere Tomaten noch alle grün sind, hat die Gurkenernte vor etwa zwei Wochen begonnen. Bislang haben wir 50 Gurken geerntet, davon 25 heute. Mindestens noch einmal so viele hängen noch an den Pflanzen. Letztes Jahr wurden die Gurken schon früh in der Saison von Spinnmilben befallen, und wir haben nur sehr wenige geerntet. Das Einzige, was ich anders gemacht habe als letztes Jahr, ist, dass ich bei jedem Gießen Dünger hinzugefügt habe. Ich habe zwei verschiedene biologische Dünger ausprobiert, aber sie kamen aus zwei Gründen nicht in Frage: Der (fermentierte) Dünger auf Brennnesselbasis stank so stark, dass wir den Balkon drei Tage lang nicht nutzen konnten, nachdem ich ihn ausgebracht hatte. Der zweite Dünger, den ich ausprobiert habe, war Wurmtee, ein Nebenprodukt unserer Wurmkompostanlage . Er ist im Grunde geruchsneutral, aber unsere Wurmkompostanlage ist zu klein, um genügend Dünger für die Gurken und Tomaten zu produzieren, die beide einen hohen Nährstoffbedarf haben. Deshalb habe ich im Wesentlichen nur den Biolan-Flüssigdünger verwendet und bin damit zufrieden. Er enthält neben den üblichen NPK-Bestandteilen (Stickstoff, Phosphor, Kalium) auch viele Spurenelemente.

Möglichkeiten, einen Prozess nach dem Abmelden weiterlaufen zu lassen

Sat, 26 Jun 2021 00:00:00 +0000

Es gibt viele Möglichkeiten, einen Prozess nach dem Abmelden weiterlaufen zu lassen. Jede davon hat ihre eigenen Vor- und Nachteile: nohup, disown, screen, tmux, ssh2go usw. Screen ist sicher nicht die komfortabelste und modernste Möglichkeit, aber es ist auf so ziemlich jedem Linux-Computer vorinstalliert, und genau darum benutze ich es. So funktioniert’s:

Perl-Module installieren

Tue, 22 Jun 2021 00:00:00 +0000

Das habe ich seit vielleicht einem Jahrzehnt oder länger nicht mehr gemacht. Aber anscheinend läuft unter Ubuntu 18.04 alles noch genauso wie früher:

Wohin soll man von RefWorks wechseln?

Thu, 10 Jun 2021 00:00:00 +0000

Ich habe nie verstanden, warum unsere Universität für proprietäre Literaturverwaltungssoftware bezahlt. Vielleicht leben einige ältere Leute in der Verwaltung noch in den 90er Jahren des letzten Jahrtausends, als EndNote de facto die einzige vernünftige Literaturverwaltungssoftware für WYSIWYG-Textverarbeitungsprogramme war. Aber diese Zeiten sind längst vorbei. Endlich schmeißt unsere Universität zumindest einen ihrer proprietären Literaturverwalter über Bord:

TuKoKe-Erfolg für TET-Praktikanten

Wed, 09 Jun 2021 00:00:00 +0000

In Finnland absolvieren Schüler der 8. oder 9. Klasse ein ein- oder zweiwöchiges Praktikum zur Einweisung in das Berufsleben (TET) an einem Arbeitsplatz ihrer Wahl. Die Covid-19-Pandemie hat auch diesen Bereich grundlegend durcheinandergebracht, doch unserem Labor gelang es dennoch, im Herbst einige Praktikanten aufzunehmen, als die Covid-19-Zahlen relativ niedrig waren.Eine Gruppe, bestehend aus Pessi Baski, Rasmus Pouta und Okko Siljander von der Grundschule Käpylä, führte ein TET-Projekt mit dem Titel Können im 3D-Druck aus recycelten Kunststoffmaterialien hergestellte Behälter für die Zellkultivierung verwendet werden? Unter der Leitung von Niklas Koppatz nahmen sie mit diesem Projekt am landesweiten TuKoKe (Forschen-Experimentieren-Entwickeln)-Wettbewerb für Wissenschaft und Technologie teil und gewannen nicht nur den dritten Preis , sondern auch den Produktpreis der Design Factory der Aalto-Universität sowie ein Stipendium der Erfinderstiftung für Arbeiten mit erfinderischen Merkmalen. Herzlichen Glückwunsch!

Hardlinks zu Verzeichnissen unter Linux

Thu, 03 Jun 2021 00:00:00 +0000

Harte Links (auf Deutsch heissen die anscheinend Verknüpfungen) auf Verzeichnisse sind unter Linux verboten, da sie:

Zyklen in der Verzeichnishierarchie erzeugen würden.
die Annahme unterlaufen, dass Verzeichnisse eine Baumstruktur bilden.
das Löschen und die Referenzzählung erschweren würden.
die Durchquerung und Wartung des Dateisystems erheblich erschweren würden.

Hardlinks zu Verzeichnissen sind unter Linux nicht erlaubt. Um etwas Ähnliches zu simulieren, kannst du einen beliebigen Dateisystempfad in ein beliebiges anderes Verzeichnis einbinden (bind mount). Allerdings müssen Sie vorsichtig sein, da dabei dieselben Probleme wie bei Verzeichnis-Hardlinks auftreten können, nämlich zirkuläre und damit unendliche Dateipfade…sudo mount --bind /home/user/Documents/Desktop/ /home/user/Desktop/. Eine solche Verknüpfung verschwindet nach einem Neustart. Wenn du ihn dauerhaft einrichten möchtest, kannst du den Eintrag in die Datei /etc/fstab einfügen:/home/user/Documents/Desktop/ /home/user/Desktop none bind. Manche behaupten, dies funktioniere nicht mit LVM, aber zumindest unter Ubuntu 20.04 funktioniert es. Natürlich sollte dieser Eintrag ganz am Ende der fstab stehen!

Covid-19 Impfung

Sun, 23 May 2021 00:00:00 +0000

UPDATE (6. August 2021) Ich bin nun gemäß der Definition der CDC vollständig geimpft!

Randomisierte, kontrollierte Verkostungsstudie zu Kartoffelchips

Sun, 16 May 2021 00:00:00 +0000

Wir haben gestern eine verblindete, randomisierte, kontrollierte Kartoffelchip-Verkostungsstudie (RCPCT) durchgeführt. Leider wollten alle mitmachen, weshalb wir die Studie nicht doppelblind durchführen konnten. Wir haben uns für die Sorte „Natur“ entschieden, von der wir bei Prisma drei verschiedene Marken finden konnten: Estrella, Taffel und Xtra. Wir haben ausschließlich den Geschmack bewertet, und die Ergebnisse waren eindeutig und ein wenig überraschend: Xtra und Estrella teilten sich den ersten Platz, während Taffel nach Meinung aller vier Teilnehmer den dritten bzw. letzten Platz belegte. Angesichts der Tatsache, dass sowohl Taffel als auch Estrella fast doppelt so teuer sind (8,49 € bzw. 8,18 € pro kg) wie die Marke Xtra (4,3 €/kg), scheint es ein Kinderspiel zu sein, sich für die Marke Xtra zu entscheiden. Wie sieht es mit den Nährwerten aus? Sowohl Estrella als auch Xtra enthalten 1,4 % Salz, während Taffel mit 1,1 % Salz auskommt. Und das Fett? Xtra verwendet ausschließlich Sonnenblumenöl, während sowohl Taffel als auch Estrella eine Mischung aus Sonnenblumen- und Rapsöl nutzen. Folglich weisen sowohl Estrella als auch Taffel eine gesündere Fettsäurezusammensetzung auf als Xtra, wobei Estrella mit dem geringsten Gehalt an gesättigten Fettsäuren die Nase vorn hat. Die Entscheidung fällt nicht ganz leicht: Mit Xtra erhält man guten Geschmack zum günstigsten Preis, aber es ist nicht die gesündeste Wahl. Andererseits ist nicht wirklich klar, ob Taffel oder Estrella in der Kategorie „Gesundheit“ die Nase vorn hat (sofern man bei der Bewertung von Kartoffelchips überhaupt von einer solchen Kategorie sprechen kann). Taffel enthält weniger Salz, dafür aber mehr gesättigte Fettsäuren. Estrella enthält mehr Salz, dafür aber weniger gesättigte Fettsäuren. Da der Preis in etwa gleich ist, soll der Geschmack entscheiden. PS: Weder im Englischen noch im Deutschen wird zwischen den beiden verschiedenen Brassica-Arten unterschieden, aus denen Raps-/Canolaöl hergestellt wird (Brassica rapa und Brassica napus). Im Finnischen wird Brassica rapa jedoch mit „rypsi“ übersetzt, während Brassica napus mit „rapsi“ bezeichnet wird. Die Nährwerte hinsichtlich der Fettsäurezusammensetzung sind bei beiden Pflanzen ähnlich.

Mehrere Python-Versionen unter Ubuntu 20.04

Fri, 30 Apr 2021 00:00:00 +0000

Hinzufügen einer neuen Python-Version zu Ubuntu 20.04 (für mein Betriebssystem ist es die dritte nach 2.7 und 3.8): sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 3

Masterstudiengang „Pharmazeutische Forschung, Entwicklung und Sicherheit“

Mon, 12 Apr 2021 00:00:00 +0000

Die Universität Helsinki erweitert ihr Angebot um einen neuen internationalen Masterstudiengang in pharmazeutischer Forschung, Entwicklung und Sicherheit . Das Jahr 2020 hat gezeigt, wie ungemein wichtig die Pharmazie für die menschliche Gesellschaft ist. Und diese Bedeutung wird in Zukunft nur noch zunehmen! Neben neu auftretenden Viren stehen wir vor vielen weiteren Herausforderungen. Die folgende Liste ist nur ein Anfang…* *

Enzyklopädie der wissenschaftlichen Gemeinschaft

Tue, 30 Mar 2021 00:00:00 +0000

Wir haben einen Eintrag zu VEGFs in die Scholarly Community Encyclopedia aufgenommen. Mehr über das Projekt weiß ich nicht, als auf der „Über uns“-Seite zu finden ist. Der Dienst wird vom MDPI-Verlag unterstützt; die Einträge entstehen größtenteils in Zusammenarbeit mit MDPI-Zeitschriften und basieren auf dort veröffentlichten Artikeln. Man kann verschiedene Arten von Einträgen erstellen: Themenübersichten, Biografien und „Sonstiges“, aber alle Einträge, die ich gesehen habe, sind Themenübersichten, die auf Artikeln in MDPI-Zeitschriften basieren. Mir ist nicht klar, welche Nische diese Enzyklopädie füllen soll. Auch wenn viele Einträge auf begutachteten Artikeln basieren, gibt es keine Begutachtung der Einträge selbst, und – wenig überraschend – enthält die Enzyklopädie eine ganze Reihe fragwürdiger Einträge. Im Gegensatz zu beispielsweise Wikipedia gibt es jedoch keine etablierte Community für eine durch Crowdsourcing gestützte Qualitätskontrolle. Werden jedoch Änderungen an einem Eintrag vorgenommen, werden die ursprünglichen Autoren benachrichtigt. Ich weiß allerdings nicht, wie Bearbeitungskriege (die z. B. bei kontroversen Wikipedia-Einträgen recht häufig vorkommen) in diesem System gelöst werden könnten. MDPI gibt an, dass alle Autoren hochqualifizierte Experten sind, doch in Wirklichkeit kann jeder ein Konto erstellen und bestehende Einträge bearbeiten. MDPI versucht, Anreize für die Erstellung von Einträgen durch Rabatte auf die Artikelbearbeitungsgebühren (APCs) über ein Punktesystem zu schaffen. Der kurzlebige Charakter des Punktesystems schafft jedoch wohl keinen ausreichenden Anreiz für hochkarätige Forscher oder für Forscher aus Industrieländern, die meist über ausreichende finanzielle Mittel verfügen, um die APCs zu bezahlen.MDPI bietet außerdem einen zugehörigen Dienst für Wissenschaftler namens „SciProfiles“ an, der – ähnlich wie Mendeley, ResearchGate, ORCID, Publons, Google Scholar, Loop und viele andere – Forscherprofile hostet. Im Gegensatz zu den meisten anderen Diensten ist SciProfiles jedoch nur für Mitglieder sichtbar, was es meiner Meinung nach ziemlich nutzlos macht.

Warum Finnland mehr Schulden aufnehmen sollte

Sun, 07 Mar 2021 00:00:00 +0000

Das Haushaltsdefizit des Staates ist seit der Finanzkrise von 2007/2008 stetig gestiegen. Daher ist es unverständlich, dass genau jene Parteien, die für das wachsende Staatsdefizit verantwortlich sind, sich nun GEGEN eine weitere Verschuldung aussprechen. Der durch die Corona-Krise verursachte Anstieg des Staatsdefizits könnte deutlich höher ausfallen als in den Vorjahren, auch wenn ich bis zum 3. Quartal 2020 noch keine Veränderung im Anstiegstempo feststellen kann. Um über genügend Geld zu verfügen, um das Land während der Pandemie am Laufen zu halten, SOLLTE der Staat neue Schulden aufnehmen. Jeder, der sich gegen neue Schulden ausspricht (seien es Staatsschulden oder solche, die in eine europäische Lösung integriert sind), MUSS einen realisierbaren Alternativplan vorlegen. Meiner Meinung nach sind alle möglichen Alternativen weitaus schlechter als die Aufnahme neuer Schulden. Der Vergleich des Staatshaushalts mit dem Budget einer Privatperson ist nicht fair. Als Privatperson kann man seine Schulden nicht ständig erhöhen. Ein Staat ist jedoch keine Privatperson, da ihm weitaus mehr finanzielle Instrumente zur Verfügung stehen als jeder Privatperson. Das gilt umso mehr für die EU und die Europäische Zentralbank. Welche Alternativen haben wir zur Erhöhung des staatlichen Haushaltsdefizits? Inflation Inflation ist bereits Teil der EU-Strategie zur Bewältigung der gestiegenen Schulden. Dies verringert nicht den Nominalwert der Schulden, sondern ihren Realwert. In einem Umfeld mit hoher Inflation (NICHT Hyperinflation, sondern etwa 5 %, was in meinem Heimatland Deutschland in den frühen 1970er-, 80er- und 90er-Jahren eine durchaus „normale“ Inflationsrate war) kann der Staat seine Schulden problemlos abbauen. Diese Lösung birgt zwei Probleme: 1. Die Europäische Zentralbank hat es trotz jahrelanger Bemühungen nicht einmal geschafft, ihr Inflationsziel von 2 % zu erreichen. 2. Langfristig ist Inflation keine gute Lösung, da sie den Vorteil derjenigen vergrößert, die über beträchtliche Sachwerte (Immobilien, Aktien, Edelmetalle usw.) verfügen. Wer den Großteil seiner Ersparnisse an der Börse, in Immobilien, Edelmetallen oder anderen Sachwerten angelegt hat, muss keine Angst vor der Inflation haben. Im Durchschnitt behalten all diese Vermögenswerte in Zeiten hoher Inflation ihren Wert oder gewinnen sogar an Wert. Wer jedoch keine Sachwerte besitzt, kann die Inflation nicht ausgleichen. Die Zahl derjenigen, die vom Staat unterstützt werden müssen, wird steigen, sodass ohnehin Geld ausgegeben wird (allerdings erst mit einer gewissen Verzögerung). Inflation verschärft zudem die Vermögenskluft: Die Reichen werden reicher. Die Armen werden nicht immer ärmer, aber die Reichen werden viel schneller reicher als die Armen, wodurch sich die Einkommenskluft vergrößert. Aus demselben Grund haben die Armen auch nicht wesentlich von der seit nunmehr mehr als zehn Jahren andauernden Finanzhausse an den Aktienmärkten profitiert. Was sind also die Alternativen zur Erhöhung des Haushaltsdefizits? Höhere Steuern Wirklich? Wir haben im Vergleich zu vielen anderen Ländern bereits ein recht hohes Steuerniveau. Aber von wem will man das Geld nehmen? Man kann nur denen Geld wegnehmen, die Geld haben. Eine Sondersteuer für die Reichen ist eine Frage der Definition. Wer ist reich? 99 % der Bevölkerung hätten nichts gegen eine Steuererhöhung für das 1 % der Bevölkerung, das am meisten vom Bullenmarkt der letzten 10 Jahre profitiert hat. Es gibt heute in Finnland viel mehr Millionäre als noch vor 10 Jahren. Die meisten dieser Menschen haben die Sahne abgeschöpft, und es erscheint angemessen, dass sie dem Land, das ihren Erfolg ermöglicht hat, etwas zurückgeben. Auch wenn dies sehr linksgerichtet klingt, würden die meisten Menschen wahrscheinlich zustimmen, wenn sie nur damit einverstanden wären, wofür die Steuergelder ausgegeben werden. Kaum jemand in diesem Land würde sich dagegen wehren, in die Zukunft zu investieren – in bessere Infrastruktur, bessere Schulen, Forschung und Entwicklung usw. Doch solange dies ein Knackpunkt bleibt, können höhere Steuern nur ein winziger Teil der Lösung sein. Ausgaben senken Dies ist im Wesentlichen dasselbe Problem wie das vorherige. Moment, es ist sogar noch schlimmer, denn wir sind von der Prämisse ausgegangen, dass wir MEHR Geld brauchen, um das Land durch die Pandemie zu bringen. Zu große Zurückhaltung und zu geringe Ausgaben gelten als Grund dafür, dass sich Europa nicht so schnell wie die USA von der Finanzkrise 2007/2008 erholt hat. Leider gibt es Anzeichen dafür, dass derselbe Fehler bald wieder begangen wird.**Vier Möglichkeiten: Inflation, höhere Steuern, Ausgabenkürzungen, neue SchuldenDas Problem verschwindet nicht, wenn man den Kopf in den Sand steckt, sondern wird sich vielmehr verschlimmern. Sparpolitik ist das Gegenteil von Investitionen in die Zukunft. Wir haben ein Investitionsdefizit, das sich in Finnland in den letzten 15 Jahren aufgebaut hat. Es betrifft die Bildung, die Digitalisierung, die Forschung und die Infrastruktur. Derzeit sind neue Schulden die einzige Möglichkeit. Schulden sind günstig (bei negativen Zinsen profitiert der Staat sogar davon, wenn er mehr Schulden aufnimmt). Selbst Deutschland hat seine Null-Defizit-Politik aufgegeben. Finnland sollte nicht Europas Falschfahrer sein. Allein aus diesem Grund wäre es dumm, die Ausnahme zu bilden. Und – liebe Finns-Partei – es ist eine Illusion, dass irgendein Land zum jetzigen Zeitpunkt aus der Eurozone austreten könnte. Anstatt darüber zu streiten, ob neue Kredite aufgenommen werden sollen oder nicht, oder über das ständig wachsende öffentliche Defizit zu klagen, sollten wir darüber diskutieren, wie wir das Geld sinnvoll einsetzen können. Wir sollten es mit dem Ziel einsetzen, das BSP langfristig nachhaltig zu steigern.UPDATE: Einen Tag nach dem Verfassen dieses Beitrags veröffentlichte die große finnische Tageszeitung „Helsingin Sanomat“ einen Artikel, in dem genau dieselben Themen behandelt wurden: https://www.hs.fi/visio/art-2000007843750.html

Martin Jeltsch (1933-2021)

Wed, 03 Mar 2021 00:00:00 +0000

Heute Morgen ist mein Vater, Martin Jeltsch, im Alter von 88 Jahren an Covid-19 gestorben. Er hatte bereits ab dem 25. Januar die Möglichkeit, sich impfen zu lassen, entschied sich jedoch dagegen. Hätte er die erste Gelegenheit zur Impfung genutzt, wäre er höchstwahrscheinlich bereits teilweise geschützt gewesen, als er sich mit der Krankheit infizierte. Es ist jedoch kein Geheimnis, dass er Impfungen ablehnte, und seine berufliche Verbindung zur Komplementär- und Alternativmedizin war nur einer der vielen Gründe, die unsere Beziehung sehr kompliziert gemacht haben. Herdenimmunität durch Impfungen schützt auch die Unvernünftigen. Hoffentlich werden wir dieses Ziel bald erreichen. UPDATE: Laut unserer Mutter hatte mein Vater tatsächlich vor, sich impfen zu lassen. Allerdings begann die Impfkampagne in seinem Landkreis erst Ende Januar, und er hatte noch nicht einmal die erste Dosis erhalten. Diese erste Dosis hätte ihm bereits einen Teilaufbau von Immunität verschafft und höchstwahrscheinlich einen schweren Krankheitsverlauf verhindert.

Von MDPI im Peer-Review-Verfahren begutachtet

Wed, 24 Feb 2021 00:00:00 +0000

Endlich wurde unser neuester Übersichtsartikel in der Fachzeitschrift Biology veröffentlicht. Meiner Meinung nach ist der Titel zu lang: Proteolytische Spaltungen in der VEGF-Familie: Entstehung von Diversität unter angiogenen VEGFs, die für die Aktivierung lymphangiogener VEGFs unerlässlich ist . Darüber hinaus enthält der Titel eine Abkürzung: VEGF.Den meisten Verlagen geht es nur ums GeldDies ist das erste Mal, dass wir bei MDPI veröffentlicht haben. Obwohl die Kritik an MDPI nach der Entlastung im Jahr 2015 von der Beall’s List nicht vollständig verstummt ist, konzentriert sich die Kritik mittlerweile hauptsächlich auf den Vorwurf, dass es MDPI um Geld und nicht um Qualität geht. Allerdings geht es den meisten Verlagen um Geld. Insbesondere die börsennotierten Verlage sind gesetzlich dazu gezwungen, auf Gewinn aus zu sein: Elsevier, John Wiley & Sons usw. Und viele andere wie Springer Nature versuchen verzweifelt, ebenfalls in den Kreis der börsennotierten Unternehmen aufgenommen zu werden. Wir als Wissenschaftler könnten uns wahrscheinlich ein wenig von dieser Einstellung abschauen, da wir von Natur aus schlecht darin sind, Geld zu verdienen (wir können Wissen generieren, aber keine Einnahmen).Bedenken hinsichtlich der Qualität der BegutachtungZudem wurde der Begutachtungsprozess von MDPI als nicht sehr streng kritisiert. Wie waren unsere Erfahrungen? Unser Artikel wurde offenbar von vier Gutachtern geprüft, und die Kommentare der Gutachter können Sie hier nachlesen: https://www.mdpi.com/2079-7737/10/2/167/review_report .**Wie haben wir die Qualität des Feedbacks der Gutachter empfunden?**Drei der vier Gutachter gaben echtes Feedback. Gutachter 3 könnte – was die Sache angeht – durch Grammarly.com oder die Rechtschreibprüfung von Microsoft Word ersetzt werden. Gutachter 2 konzentriert sich ebenfalls fast ausschließlich auf Stil und Darstellung. Verstehen Sie mich nicht falsch: Ein guter Stil und eine gute Darstellung sind sehr wichtig! Aber lassen Sie uns zunächst einmal die wissenschaftlichen Inhalte richtigstellen! Die beiden übrigen Gutachter waren offenbar nicht besonders vertraut mit dem Forschungsthema Gefäßbiologie. Das deckt sich mit meiner eigenen Erfahrung, dass ich oft Anfragen von MDPI-Zeitschriften erhalte, Artikel zu begutachten, die außerhalb meines Fachgebiets liegen oder diesem nur am Rande zuzuordnen sind (was ich sofort ablehne, da ich ohnehin schon zu viele Artikel zu begutachten habe).Man könnte zugunsten von MDPI argumentieren, dass unser Manuskript bereits bei der ersten Einreichung recht gut war. Aber bitte: Wir haben das im Dezember in aller Eile zusammengeschustert, und ich weiß, dass es noch einige Fehler enthält (was uns schon wenige Minuten nach der Veröffentlichung des Artikels auffiel).Wir wollten ein Open Review ausprobieren, sind dabei aber gescheitertMir fällt auf, dass wir uns für ein Open Review entschieden hatten (d. h., nur Gutachter einzusetzen, die damit einverstanden waren, ihre Identität zusammen mit ihren Gutachten zu veröffentlichen). Allerdings hat keiner unserer Gutachter seine Identität preisgegeben. Wahrscheinlich gibt es irgendwo im Kleingedruckten einen Hinweis darauf, dass der Herausgeber diese Entscheidung außer Kraft setzen kann, wenn sich keine Gutachter finden, die bereit sind, ihre Anonymität aufzugeben. Bis zu einem gewissen Grad kann ich die Lage des Herausgebers nachvollziehen. Es ist ohnehin schon schwierig genug, gute Gutachter zu finden, denn – trotz vieler Versuche, dies zu ändern – wird das Begutachten von Manuskripten im aktuellen wissenschaftlichen System nicht honoriert. Ist es schnell? Meiner Meinung nach war einiges davon zu schnell Der Begutachtungsprozess verlief zügig. Die Überarbeitungen gingen sogar noch schneller. Und die Veröffentlichung erfolgte viel zu schnell. Ich war entsetzt, als ich sah, dass wir möglicherweise keine zweite Korrekturfahne erhalten würden. Die ersten Korrekturfahnen mussten umfassend überarbeitet werden, da sich durch das Layout die Platzierung der Abbildungen geändert hatte. Infolgedessen mussten fast alle Literaturangaben neu nummeriert werden. Zudem wurden bei der Erstellung der Korrekturfahnen einige Teile der Bildunterschriften fälschlicherweise als Fließtext interpretiert. Deshalb mussten wir während der Korrekturphase große Textabschnitte hin und her verschieben. Und wer schon einmal mit Word gearbeitet hat, weiß, dass das nichts ist, worüber man sich freuen kann. Zumindest stürzt MS Word nicht mehr ab, wie es früher der Fall war. Damals war das Drücken der Tastenkombination Strg-S nach jeder Minute der Bearbeitung vom Gehirn an das Rückenmark ausgelagert worden. Aber auch dieses Mal hat uns Word nicht enttäuscht und unerwünschte Formatierungsänderungen eingeführt, die sich unmöglich rückgängig machen ließen.Keiner von uns schaffte es, an diesem Montag auch nur einen Blick auf die zweiten Korrekturfahnen zu werfen, bevor der Artikel online ging; danach lief der Link zu den zweiten Korrekturfahnen ab. Wir haben jede Menge andere Dinge zu tun: Vorlesungen vorbereiten, an Fakultätssitzungen teilnehmen, uns um Studierende kümmern und – nicht zuletzt – betreiben wir gelegentlich auch gerne Forschung. Schnelle Veröffentlichung ist an sich keine Tugend. Aber sie hilft sicherlich dabei, die Kosten im Rahmen zu halten. Nach dem Spiel ist vor dem Spiel. Und dieses Mal handelt es sich nicht um eine Übersichtsarbeit, sondern um Originalforschung, und wir werden einen anderen Verlag wählen. Die Erfahrung war definitiv keine Katastrophe, aber ich sehe ganz klar, dass ein derart übermäßig rationalisierter Prozess bei weniger gewissenhaften Autoren hin und wieder schiefgehen kann. Und es gibt viele Beispiele (siehe den Wikipedia-Eintrag ).Für Interessierte hier der Link zur Übersetzung des norwegischen Artikels , in dem das Qualitätsproblem bei MDPI erörtert wird.**UPDATE (15.01.2022)*Nach dieser Erfahrung wurde eine wissenschaftliche Analyse der MDPI-Zeitschriften durchgeführt, bei der Selbstzitate, Zitationskartelle, Sonderausgaben, APC-Gebühren sowie Begutachtungs- und Annahmezeiten untersucht wurden: https://doi.org/10.1093/reseval/rvab020 . Ich bin erst mehr als ein halbes Jahr nach seiner Veröffentlichung auf diesen Artikel aufmerksam geworden. Die Kernaussage daraus lautet, dass sowohl MDPI als auch der Verlag OMICS International redaktionelle Praktiken anwenden, die unter den Begriff „predatory practices“ fallen. Gleichzeitig hat ihre Vorgehensweise „ein derart hohes Maß an Raffinesse erreicht, dass sie die formalen Kriterien, anhand derer zwischen räuberischen und seriösen Zeitschriften unterschieden wird, ganz oder teilweise erfüllen“. Die Autoren dieser Analyse verwenden den Begriff „nicht offensichtlich/versteckter räuberischer Verlag“. Gleichzeitig sind viele seriöse und angesehene Wissenschaftler in den Redaktionsbeiräten von MDPI-Zeitschriften tätig. Ich kenne persönlich einige davon. Wie immer ist die Wahrheit weder schwarz noch weiß, sondern liegt in einer Grauzone. Außerdem wurde dieser Artikel vom renommierten Verlag Oxford University Press veröffentlicht, was als Interessenkonflikt interpretiert werden könnte. *

Eduroam-Einrichtung unter Linux

Tue, 23 Feb 2021 00:00:00 +0000

Heute Morgen habe ich eine Stunde gebraucht, um Eduroam zum Laufen zu bringen. Eduroam ist der internationale WLAN-Roaming-Dienst für Studierende und Mitarbeiter von Hochschulen. Ich habe meinen (nicht von der Universität verwalteten) Laptop mit zur Arbeit gebracht und versucht, eine Verbindung herzustellen. Schließlich fand ich die Anleitung auf der IT-Helpdesk-Seite unter Platz 19 (unter den 21 Ergebnissen, die auf der ersten Seite bei der Suche nach „Eduroam Linux“ angezeigt wurden): https://helpdesk.it.helsinki.fi/en/instructions/logging-and-connections/networks/installation-eduroam-network-on-ubuntu Wie üblich stammen die Anleitungen aus längst vergangenen Zeiten und funktionieren auf einem „aktuellen“ System wie Ubuntu 20.04 LTS nicht mehr. Hinzu kam, dass ich noch einige alte, fehlerhafte Eduroam-Einstellungen von einem früheren, fehlgeschlagenen Versuch übrig hatte. Für die folgenden Anweisungen benötigen Sie das Eduroam-Konfigurationstool, das Sie unter https://cat.eduroam.org herunterladen können. Damit es funktioniert, musste ich Folgendes tun:

Unsere erste OER (Open Educational Resource)

Wed, 03 Feb 2021 00:00:00 +0000

Als ich meine neue Stelle an der Fakultät für Pharmazie antrat, war klar, dass ich mehr formalen Unterricht halten würde als zuvor. Auch wenn ich bereits zuvor Vorlesungen gehalten habe, habe ich dabei in der Regel lediglich einen Konferenzvortrag angepasst, in dem ich die Forschungsarbeit unseres Labors vorgestellt habe. Für Bachelor-Studierende reicht das jedoch nicht aus, weshalb ich meine Vorlesungen nun von Grund auf neu zusammenstelle. Obwohl viel von „Open Science“ die Rede ist, gibt es für die Themen, die ich unterrichte – Gen- und Protein-Engineering, Proteinwirkstoffe, Biologika –, kaum oder gar keine offenen Bildungsressourcen. Da ich der Meinung bin, dass es mehr frei zugängliches Lehrmaterial geben sollte, habe ich beschlossen, meine Vorlesungen frei zugänglich zu machen. Mir wurde jedoch schnell klar, dass es sehr schwierig ist, urheberrechtlich geschütztes Material durch freie Alternativen wie Public Domain oder unter einer Creative-Commons-Lizenz lizenziertes Material zu ersetzen. 80 % der Bilder und Illustrationen lassen sich leicht ersetzen, die nächsten 15 % kosten genauso viel Zeit wie die ersten 80 %, und für die letzten paar Bilder scheint es unmöglich, urheberrechtsfreie Alternativen zu finden. Letztendlich habe ich den Löwenanteil des Materials selbst erstellt. Für diese konkrete Vorlesung habe ich kein brauchbares Bild von Judah Folkman gefunden. Natürlich könnte ich, wenn Geld keine Rolle spielen würde, einfach eines für ein paar hundert Dollar kaufen, aber es wäre dennoch nicht möglich, dass andere es wiederverwenden könnten. Als vorübergehende Lösung habe ich selbst ein Bild gezeichnet. Ich kann nicht gut zeichnen, helft mir bitte, wenn ihr könnt! Heute habe ich endlich meine erste Vorlesung in die Library of Open Educational Resources hochgeladen: https://aoe.fi/#/materiaali/1212 . Es handelte sich um eine Einführungsvorlesung zum Thema Entdeckung und Entwicklung von Proteinwirkstoffen für Bachelor-Studierende der Pharmazie (Kurs PROV-105), die am 9. September 2020 gehalten wurde. Die „Library of Open Educational Resources“ wird vom finnischen Bildungsministerium gepflegt. Außerdem habe ich einen Eintrag in die Merlot-Sammlung (die wohl der größte OER-Katalog ist) vorgenommen: https://www.merlot.org/merlot/viewMaterial.htm?id=773405613.Allerdings bin ich mit der Situation nicht ganz zufrieden, da ich die Vorlesung mit Google Slides vorbereitet habe. Warum Google Slides? Leider ist dies die einzige funktionierende Software für die gemeinsame Bearbeitung von Präsentationen in Echtzeit. Aus diesem Grund ist die Originalversion der Vorlesungsfolien nicht auf aoe.fi verfügbar. Es gibt jedoch einen Link zu den Google Slides. Selbstverständlich habe ich dieselbe Präsentation nach der Konvertierung im PDF- und ODF-Format sowie alle bearbeitbaren Quelldateien (größtenteils im SVG-Format) beigefügt. Und sollte die gemeinsame Online-Bearbeitung von LibreOffice endlich nutzbar werden, werden wir wahrscheinlich auf diese umsteigen und Google Slides nicht mehr verwenden. Die Live-Online-Version ist die nützlichere Ressource. Abgesehen davon, dass es sich hierbei um die Originalversion der Präsentation handelt, wird sie auch regelmäßig aktualisiert (da ich diesen Vortrag wiederholt halten werde), während die hochgeladene PDF-/ODF-Datei mit der Zeit immer mehr veralten wird.UPDATEIch habe es inzwischen geschafft, eine weitere Vorlesung auf https://aoe.fi hochzuladen. Alle meine zukünftigen Beiträge werden auf meiner Sammelseite verfügbar sein.* *

Preprint und offene Begutachtung

Mon, 18 Jan 2021 00:00:00 +0000

Im Februar 2020 fragte mich Henry Kwok von der Universität Macau, ob ich einen Beitrag zu einer geplanten Sonderausgabe der Zeitschrift Biology leisten wolle. Er war Gastredakteur dieser Sonderausgabe zum Thema Proteasen – Von der Grundstruktur über die Funktion bis hin zum Wirkstoffdesign als gezielte Therapie. Das Thema entspricht genau dem, woran wir derzeit forschen: ob wir den lymphangiogenen Wachstumsfaktor VEGF-C über seine aktivierenden Proteasen gezielt beeinflussen können. Daher erklärte ich mich vorläufig bereit, einen Übersichtsartikel über die Aktivierung von VEGFs beizusteuern. Wir haben uns zum ersten Mal dafür entschieden, das Manuskript gleichzeitig als Preprint zur Verfügung zu stellen UND um eine offene Begutachtung zu bitten. Offene Begutachtung bedeutet, dass die Kommentare der Gutachter und unsere Erwiderung zusammen mit dem Artikel veröffentlicht werden, falls dieser angenommen wird.

Radfahren im finnischen Winter

Tue, 05 Jan 2021 00:00:00 +0000

Endlich hat es in Helsinki geschneit! Bisher bin ich mit meinem Sommerfahrrad gefahren, und das sieht nicht gerade schön aus. Mein täglicher Arbeitsweg führt zwar nur etwa einen Kilometer über unbefestigte Straße, aber in den schlammigen Monaten reicht das aus, um jede Reinigung innerhalb weniger Sekunden zunichte zu machen und die Kette zu entfetten. Die schlammigen Monate dauern in Helsinki heutzutage – dank der globalen Erwärmung – mindestens drei: Oktober, November und Dezember. Radfahrer, die raten, das Fahrrad wöchentlich zu reinigen, haben einfach zu viel Zeit … Die meisten Fahrräder, die verkauft werden, sind nicht wirklich für den ganzjährigen Einsatz ausgelegt, und ich bin immer noch auf der Suche nach einem Modell, das auch während der Schlammmonate wirklich wartungsarm ist. Außerdem mache ich mir langsam Sorgen darüber, wie viel Kettenschmiermittel ich in die Umwelt einbringe. Ich habe gehört, dass manche Radfahrer biologisch abbaubares Kettensägenöl verwenden, und das werde ich wahrscheinlich auch einmal ausprobieren.

Kostengünstiges PCR-basiertes Mutagenese-Kit

Thu, 26 Nov 2020 00:00:00 +0000

Wenn Sie Ihr DNA-Konstrukt modifizieren müssen, ist eine häufig verwendete Methode die PCR-basierte Mutagenese, bei der Sie die Mutation in die Mitte zweier komplementärer Primer einbauen. Alternativ können Sie für längere Insertionen einen Primer-Tag verwenden. Anschließend amplifizieren Sie einfach das gesamte Konstrukt mittels PCR. Dies funktioniert recht gut bei Konstrukten, die kleiner als ~10 kb sind. Zu diesem Zweck sind mehrere kommerzielle Kits erhältlich, die sich in den Details unterscheiden. Dazu gehören das QuickChange-Kit von Agilent und das Q5 SDM-Kit von NEB sowie das Phusion Site-Directed Mutagenesis Kit von ThermoFisher. Das QuikChange-Kit ist das teuerste (auch weil man es immer zusammen mit kompetenten Zellen kauft) und das NEB-Kit ist eher preisgünstig (168 € für mich hier in Finnland). Die meisten Kits sind für 10 Reaktionen ausgelegt. Aber was macht man, wenn man nur eine oder zwei Mutagenese-Reaktionen durchführen möchte? Kauft man das ganze Kit? Vor zwei Wochen stand ich vor dieser Frage. Ich ging zu unserem Enzym-Gefrierschrank und stellte fest, dass wir T4-DNA-Ligase, Polynukleotidkinase (PNK) und Phusion-Polymerase haben. Das ist alles, was man braucht, um sein eigenes Kit für die ortsspezifische Mutagenese herzustellen!

Bearbeitung der Zoom-Aufzeichnungen von Online-Unterricht mit FFmpeg

Wed, 25 Nov 2020 00:00:00 +0000

Basierend auf dem Feedback der Studierenden haben wir einen neuen Kurs für das TRANSMED MSc-Programm über Arzneimittelentwicklung organisiert. Es ist das, was man im Deutschen einen “Schnupperkurs” nennt. Ich habe nie eine zufriedenstellende Übersetzung dieses Wortes ins Englische gefunden. Es bedeutet, dass wir lediglich das Interesse der Studenten an diesem Thema wecken wollen. Wenn er ihnen gefällt, können sie einen der vielen vertiefenden Kurse belegen, die z.B. an der Pharmazeutischen Fakultät angeboten werden, wo es in den kommenden Jahren aufgrund des geplanten internationalen MSc-Programms in Pharmazie mehr Unterricht auf Englisch geben wird.

GeneCellNano-Flaggschiff

Wed, 18 Nov 2020 00:00:00 +0000

Das GeneCellNano-Programm wurde als Vorzeigeprojekt der Finnischen Akademie ausgewählt. Die Idee hinter diesem Vorzeigeprojekt ist es, mithilfe fortschrittlicher biologischer Technologien Fortschritte bei der Behandlung wichtiger Krankheiten zu erzielen. Zu den Zielkrankheiten zählen ischämische Herzerkrankungen, ausgewählte Krebsarten und Retinopathie. Der Antrag wurde von Seppo Ylä-Herttuala von der Universität Ostfinnland und Seppo Vainio von der Universität Oulu federführend eingereicht. Neben Gruppen dieser beiden Universitäten gehören dem Konsortium auch Gruppen der Aalto-Universität (Olli Ikkala) und der Universität Helsinki (Gruppen von Marjo Yliperttula, Timo Laaksonen, Hélder A. Santos, Tatu Lajunen und meine eigene) an.Link zur Pressemitteilung der Finnischen Akademie der Wissenschaften: https://www.aka.fi/en/about-us/whats-new/press-releases/20202/academy-of-finland-selects-four-new-finnish-flagships/

Exponentielles Wachstum

Wed, 11 Nov 2020 00:00:00 +0000

Im Gespräch mit Menschen, denen das Überleben der Menschheit wirklich am Herzen liegt, habe ich häufig die Meinung gehört: „Es ist zwar politisch nicht korrekt, das zu sagen, aber die Covid-19-Pandemie ist das Beste, was der grünen Agenda je passiert ist.“ Hätte sich SARS-CoV-2 als ebenso ansteckend wie Masern und ebenso tödlich wie Ebola erwiesen, wäre dies eine unmenschliche Lösung für das Problem der globalen Erwärmung gewesen. Ich gehe davon aus, dass in naher Zukunft ein militanter Umweltaktivist mit einer exzellenten Ausbildung in synthetischer Biologie ein solches Virus entwickeln wird, um den Planeten Erde zu retten. Wenn diese Person ihre Sache gut macht, wird sie Hitler als Inbegriff des Bösen für alle kommenden Generationen ablösen. SARS-CoV-2 war ein Unfall, aber vielleicht wird die nächste Pandemie tatsächlich von Menschenhand geschaffen sein – absichtlich von einem Verrückten. Mit PCR, Gibson-Assembly und CRISPR/Cas stehen allen Menschen auf diesem Planeten die notwendigen Werkzeuge zur Verfügung. Exponentielles Wachstum versteht jeder, der in den letzten neun Monaten nicht hinter dem Mond gelebt hat. Seltsamerweise scheinen derzeit nur die exponentiellen Funktionen der Virusausbreitung von Interesse zu sein. Jeder mit grundlegendem mathematischem Verständnis weiß, dass die Angabe „Wachstum in % pro Jahr“ eine Exponentialfunktion bezeichnet. Und jeder Wissenschaftler weiß, dass jedes exponentielle Wachstum in der realen Welt irgendwann abflachen muss, da alle Ressourcen begrenzt sind. Daher ist jedes Wirtschaftsmodell, das konstantes Wirtschaftswachstum erfordert, um das System am Laufen zu halten, auf lange Sicht zum Scheitern verurteilt. Die Frage ist nicht, OB, sondern nur, WANN der Zusammenbruch stattfinden wird und WIE er ablaufen wird. Exponentielles Wachstum in der Natur flacht auf verschiedene Weise ab: Es kann sich allmählich verlangsamen und sich einem linearen Wachstum annähern, bevor es zum Stillstand kommt. Es kann aber auch fast augenblicklich zum Stillstand kommen und auf den Ausgangswert zurückfallen. Ersteres trifft beispielsweise zu, wenn Bakterien in einem Reagenzglas wachsen. Letzteres trifft beispielsweise auf das Wachstum von Krebszellen in einem Organismus zu. Weiterlesen: http://www.igbp.net/globalchange/greatacceleration.4.1b8ae20512db692f2a680001630.html

Rekonstruktion der Sequenz eines Entry-Vektors (pENTR221) aus der OCAA-Bibliothek

Fri, 30 Oct 2020 00:00:00 +0000

Dieser Artikel richtet sich an Personen, die sich mit molekularer Klonierung beschäftigen. Genauer gesagt an diejenigen, die mit Gateway-Vektoren arbeiten. Nehmen wir an, Sie haben von jemandem einen Gateway-Klon erhalten. Sie kennen die Insertsequenz und Sie kennen das Backbone. Eines der gängigsten Backbones ist pENTR221. Nehmen wir als Beispiel das Insert der humanen CTSL1-cDNA, genauer gesagt den Klon mit der ID 100010639 aus der OCAA-Klon-Sammlung. Die Insert-Sequenz kennen Sie anhand der Zugangsnummer (BC012612).Sie benötigen die vollständige DNA-Sequenz dieses Vektors, um eine intelligente Klonierungssoftware wie SnapGene zur Unterstützung Ihres Klonierungsdesigns nutzen zu können. Diese Software setzt jedoch voraus, dass Sie über die vollständige Sequenz des Konstrukts (oder zumindest über die vollständigen Sequenzen seiner wichtigen Teile) verfügen. Wie finden Sie also die vollständige Sequenz des pENTR221-CTSL1-Klons heraus? Die Insertsequenz können Sie bei NCBI abrufen: Geben Sie einfach die Zugangsnummer ein, die Sie für Ihren Klon erhalten haben. Lade die Sequenz im Fasta- oder Genbank-Format herunter. Interessanterweise kennt die ansonsten so leistungsfähige SnapGene-Software den pENTR221-Vektor nicht. Du musst also nach dem Vektor-Backbone „pENTR221 DNA-Sequenz“ googeln. Sie erhalten viele Treffer; hier sind nur vier davon: 1. http://dnasu.org/DNASU/GetVectorDetail.do?vectorid=2792 . https://plasmid.med.harvard.edu/PLASMID/GetVectorDetail.do?vectorid=279 3. https://www.genomics-online.com/vector-backbone/48/pentr221/4 . http://yrgene.com/documents/vector/pentr221.pdfMatthias : Der Autor der vierten Quelle stellt die Sequenz in einer PDF-Datei zur Verfügung, was nicht empfehlenswert ist. Wenn Sie die DNA-Sequenz aus dieser Datei kopieren, wird sie völlig durcheinandergebracht, da PDF die Gruppierungen von jeweils 10 Nukleotiden nicht zeilenweise ausliest. Lieber Matthias, verwenden Sie kein PDF zur Verbreitung oder Dokumentation von DNA-Sequenzen! Wenn du es dennoch tun MUSST, füge dem PDF bitte eine reine Textdatei mit der Nukleotidsequenz als Anhang hinzu! Natürlich kannst du die DNA-Sequenz mit einem leistungsfähigen PDF-Tool wie PDF Studio Pro in der richtigen Reihenfolge extrahieren. Aus irgendeinem seltsamen Grund weicht die Sequenz der dritten URL von den anderen vier ab, da sie als einzige die vollständigen Verbindungsstellen (attL1 und attL2) enthält. Es spielt jedoch keine Rolle, welche der Sequenzen du für den Assembly verwendest, da die Unterschiede alle in dem Bereich liegen, der während des Assembly-Prozesses entfernt wird (ich weiß nicht, wie der pENTR221-Vektor für das Bibliotheksklonieren in meinem konkreten Beispiel vorbereitet wurde, aber es sieht für mich so aus, als wäre der ursprüngliche Vektor mit einem einzigen DraI-Schnitt (der stumpfe Enden erzeugt) geöffnet worden und dann wären zuerst die Linker und danach das Insert hinzugefügt worden. Ich schlage vor, dass du die Sequenz aus der dritten URL verwendest (da sie im Fasta-Format vorliegt), sie in SnapGene importierst und SnapGene gemeinsame Merkmale erkennen lässt. Nun brauchst du noch den Linker. Woher weißt du, welcher Linker verwendet wurde? Wir beziehen die meisten unserer Gateway-Klone aus einer hauseigenen Nachbildung der OCAA-Klonsammlung, und du kannst die vollständige Liste der Klone als Excel-Tabelle hier herunterladen. Die Daten enthalten für jeden Klon die verwendeten Linker (es gibt 8 verschiedene 5’-Linker und 16 verschiedene 3’-Linker). Leider scheint diese Excel-Tabelle einige Fehler zu enthalten, da manche Linker ein Stoppcodon enthalten, aber dennoch als „ohne Stopp“ gekennzeichnet sind und umgekehrt. Für unseren Beispielklon wurden folgende Linker verwendet: 5’-Linker: GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATG 3’-Linker:TAGGACCCAGCTTTCTTGTAC Fast alle 5’-Linker enthalten die Kozak-Sequenz (CACC) als letzte Nukleotide vor Beginn des Inserts, und einige enthalten zusätzlich zur Kozak-Sequenz auch das ATG selbst (wie der oben genannte). Am anderen Ende des Linkers lässt sich die homologe Sequenz leicht anhand des Endes von attL1 des pENTR221-Backbones (GTACAAAAAAG) identifizieren. Die 3’-Linker sind heterogener, enthalten jedoch alle die Sequenz CTTTCTTG aus attL2. Werden sie zur Herstellung von Klonen mit einem Stoppcodon verwendet, beginnen sie alle mit genau diesem Stoppcodon (TAG, TGA oder TAA). Nun müssen Sie nur noch den offenen Leserahmen aus Ihrer Insertsequenz zwischen die Linkersequenzen kopieren. Falls Ihr 3’-Linker das Start-ATG enthält, müssen Sie dieses überspringen. Kopieren Sie auch nicht das Stoppcodon, da es bei den „Klonen mit Stoppcodon“ immer im Linker enthalten ist und bei den „Klonen ohne Stoppcodon“ nicht vorhanden sein soll. In unserem Beispiel umfasst diese Sequenz die Nukleotide 202–1197 der Zugangsnummer BC012612 . Das wäre:AATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGNun fügen wir den Linker hinzu (erste und letzte Zeile):GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATGAATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGTAGGACCCAGCTTTCTTGTACNun haben wir das erste Problem: Es befindet sich ein Stoppcodon im 3’-Linker (direkt am Anfang der letzten Zeile), obwohl der Klon laut den uns vorliegenden Informationen „ohne Stoppcodon“ sein sollte.Wir haben den Klon sequenziert und festgestellt, dass der einzige Unterschied zwischen den Klonen mit und ohne Stoppcodon eine Mutation ist, die das TAG-Stoppcodon in ein TTG-Codon (Leucin) umwandelt. Daher ersetzen wir ein A-Nukleotid in der obigen Sequenz durch ein T-Nukleotid:GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATGAATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGTTGGACCCAGCTTTCTTGTACDer letzte Schritt besteht darin, diese Sequenz in die leere pENTR221-Sequenz einzufügen, die wir in SnapGene geöffnet haben. Konkret wählt man die 32 Nukleotide von 652 bis 687 aus und ersetzt sie durch die obige Sequenz. Voilà! Leider macht mir die Tatsache, dass die Linker nicht immer korrekt angegeben sind, ein ungutes Gefühl. Nach unserer eigenen Erfahrung enthalten die Bibliotheksreplikate des Orfeoms jedoch so viele Fehler, dass es ohnehin ratsam ist, das gesamte Insert mit T7- oder M13-Rev-Primern vom 3’-Ende und einem M13-Fwd-Primer vom 5’-Ende zu sequenzieren. Auf diese Weise können Sie eventuelle Linkerfehler aufdecken, die bei der Annotation der Klone unterlaufen sind.

Als Wissenschaftler nach Finnland?

Mon, 26 Oct 2020 00:00:00 +0000

Wenn man daran denkt, als Student oder als Wissenschaftler ins Ausland zu gehen, dann fallen einem als ersten die Angloamerikanischen Länder ein. Obwohl deren Anziehungskraft immer noch sehr stark ist, haben sie in letzter Zeit an Attraktivität eingebüsst. Im kontinentalen Europa zu bleiben, ist nicht mehr zwangsläufig eine Sackgasse für die Karriere. Finnland ist diesbezüglich sicherlich nicht die erste Wahl unter den potentiellen europäischen Zielen.Trotzdem hat sich - besonders unter StudentInnen - Finnland die Position eines Geheimtipps erarbeitet. Unter den Austausch-Studenten stellen übrigens die deutschen die grösste Gruppe, gefolgt von französischen, spanischen, niederländischen und italienischen StudentInnen. Die meisten unter ihnen kommen über das Erasmus-Program der Europäischen Union nach Finnland Ich habe vor kurzem einen Gastbeitrag auf dem Blog Claudias Helsinki darüber geschrieben, ob es sich lohnt, als Wissenschaftler nach Finnland zu kommen. Das Fazit kann in einem Satz zusammengefasst werden : Es gibt einige wissenschaftliche Bereiche, in denen Finnland Spitzenforschung betreibt.Darüberhinaus bieten finnische Universitäten zunehmend internationale MSc und PhD Studienprogramme an. Für die MSc Studiengänge wird eine Studiengebühr erhoben. Wer jedoch aus einem EU-Land kommt (oder wer sich mit einem Abschluss aus einem EU-Land bewirbt), der ist von der Studiengebühr befreit.Hier z.B. die Links zu den MSc- und PhD-Programmen, die an der Universität Helsinki angeboten werden:https://www.helsinki.fi/de/admissions/explore-our-international-masters-programmeshttps://www.helsinki.fi/de/research/doctoral-education/doctoral-schools-and-programmes

Grub2

Mon, 19 Oct 2020 00:00:00 +0000

Grub2 ist nun schon seit mehr als 10 Jahren der Standard-Bootloader für Ubuntu. Seine Konfigurationsdatei befindet sich heutzutage unter /boot/grub/grub.cfg, aber du DARFST die Datei /boot/grub/grub.cfg NICHT bearbeiten, um das Grub-Bootmenü zu ändern. Stattdessen sollst du eigene Einträge z.B. in die Datei /etc/grub.d/40_custom einfügen. Einige allgemeine Einstellungen werden außerdem in der Datei /etc/default/grub sowie in allen Dateien unter /etc/default/grub.d/ festgelegt.

Mit reinem Herzen

Mon, 19 Oct 2020 00:00:00 +0000

Mit reinem Herzen

Keine Mutter, vaterlos,
keinen Gott und heimatlos,
keine Wiege, kein Grabtuch,
kein Geliebte ohne Kuss.
 
Seit drei Tage As ich nichts,
nicht zu viel, weil nicht viel gibts,
zwanzig Jahre ist mein’ Macht,
zwanzig Jahre gebe ab.
 
Sofern keiner haben will,
nimmt der Teufel in Goodwill
reinem Herzen breche ein,
wenn nötig, auch Mörder sein.
 
Wirst gefangen, aufgehängt,
frommer Erde zugedeckt,
wo tödlicher Rasen wächst,
auf mein wunderschönes Herz.

József Attila, März 1925 (Übersetzung: Antal Mucsi)

Én fekszem itt

Sun, 18 Oct 2020 00:00:00 +0000

Én fekszem itt

Én fekszem itt a kihűlt földön:
eleven kincse még a nyárnak,
vétkek s rossz jelek rohamozva
édes húsomra idejárnak.

Igazán s végleg téged várlak,
érdes tüllben gyere lassúdan,
horzsolj végig s hagyj itt örökre
izzó kikerics-koszorúban.

Nagy László (wartet auf Übersetzung)

Ende September

Sun, 18 Oct 2020 00:00:00 +0000

Ende September

Noch sprießen die duftigen Blumen im Hage,
Noch grünt vor dem Fenster die Espe so schön,
Doch siehst du dort drüben des Winters Gelage?
Verhüllet vom Schnee sind die bergigen Höhn.
Noch fühl' ich Hochsommer im Herzen mir wogen,
Der wonnigste Frühling noch blüht mir darin,
Doch sieh' da mein Haar schon vom Silber durchzogen,
Den Reif schon des Winters mein Haupt überziehn.

Es welket die Blume, entschwindet das Leben,
Komm', komm' meine Gattin mir her in den Arm!
Die jetzt an die Brust mir das Köpfchen gegeben,
Senkst morgen du's nicht auf mein Grab voller Harm?
Wenn vor dir ich sterbe, o sprich', wirst du breiten
Das Leichentuch tränenden Augs auf die Bahr'?
Und könnt' eines anderen Lieb' dich verleiten,
Vom Namen zu lassen, der mein Name war?

Doch wirfst du von dir der Verwitweten Schleier,
So pflanz' auf mein Grab ihn als Trauerpanier,
Ich steig' dann empor aus dem Grabesgemäuer
Um Mitternacht, - nehme hinab ihn zu mir:
Die Tränen um dich, du Geliebte, zu stillen,
Die leichthin vergessen du hast deinen Mann,
Die Wunden des Herzens damit zu verhüllen,
Das ewig dich liebet, selbst dort noch, selbst dann!

Petőfi Sándor; Koltó, 1847 (Übersetzung von Ladislaus Neugebauer (1845-1919)

Medizinische Forschung in Finnland

Sun, 11 Oct 2020 00:00:00 +0000

Als Forscher nach Finnland? Warum nicht? And der Universität Helsinki gibt es eine ganze Reihe von Professoren aus dem deutschsprachigen Raum. Den Anteil ausländischer Forscher zu steigern ist ein explizites Ziel aller finnischen Universitäten.Was die Qualität der akademischen Forschung betrifft, liegt Finnland auf einem guten europäischen Mittelplatz. Nur eine einzige der 10 finnischen Universitäten schafft es unter die besten 100 Universitäten der Welt: die Universität Helsinki (Platz 74 im Schanghai-Ranking 2020 ). Demgegenüber schaffen es 4 deutsche Universitäten auf die ansonsten angloamerikanisch dominierte Liste (Ludwig-Maximilians-Universität München, Technische Universität München, Universität Heidelberg und Universität Bonn auf den Plätzen 51, 54, 57 und 87). Dabei muss gesagt werden, das diese Rankings einen Mittelwert über alle Forschungsgebiete einer Universität bilden.

Hochschulpädagogik (UP2.2, 2019): Lernbewertung und Feedback

Fri, 02 Oct 2020 00:00:00 +0000

Ausbildung zum qualifizierten Lehrer in FinnlandDie Studienanforderungen für das 60-Credit-Modul „Universitätspädagogik“ (UP) umfassen 25 Credits im Grundstudium und 35 Credits im Hauptstudium. Obwohl der Schwerpunkt des UP-Moduls auf der Lehre an der Universität liegt, qualifiziert der Abschluss dieses Moduls Sie auch für den Unterricht an Schulen. Das Pädagogikzentrum der Universität Helsinki organisiert die Kurse der Grundstudienmodule (25 ECTS-Credits) auf Englisch. Wenn Sie jedoch das gesamte Modul absolvieren möchten, müssen Sie Kurse belegen, die nur auf Finnisch oder Schwedisch angeboten werden. Das bedeutet, dass Sie ohne Finnisch- oder Schwedischkenntnisse kein qualifizierter („pätevä“) Lehrer werden können. Ich weiß nicht, ob mein Finnisch inzwischen gut genug ist, um das zu schaffen. Vorerst bleibe ich bei den Kursen, die auf Englisch unterrichtet werden.**Universitätspädagogik 2.2 (2019)**Im Herbstsemester 2019 belegte ich den Kurs UP2.2 (ohne zuvor UP2.1 absolviert zu haben). Wir hatten einen sehr netten Dozenten (Jokke Häsä), aber ich verstehe immer noch nicht, warum er von der Mathematik zur Pädagogik gewechselt ist. Sicherlich ein Gewinn für die Pädagogik, da er sich mit Statistik auskennt und wir einige interessante Diskussionen über die statistischen Aspekte der Arbeit von Johnston & Miles führten, die wir gelesen haben. Die Arbeit ist diesem Beitrag ebenfalls beigefügt, und die Darstellung ihrer statistischen Methoden lässt viel Raum für Interpretationen. Ich habe tatsächlich eine E-Mail an die Erstautorin geschickt, aber sie war erst vor wenigen Monaten in den Ruhestand gegangen. Obwohl ich keine Zustellungsfehlermeldung erhielt, hatte sie vielleicht einfach kein Bedürfnis mehr, zu antworten.BlindflugFür mich war eines der größten Probleme, dass ich bei der Vorbereitung meiner Aufgaben nichts zum Vergleichen hatte. Wenn ich Manuskripte für Fachzeitschriften schreibe, habe ich Tausende von Beispielen, die ich studieren und mit denen ich vergleichen kann. Deshalb habe ich während des Kurses beschlossen, alle meine Aufgaben zu veröffentlichen. Peinlichkeiten inklusive. Aber vielleicht haben zukünftige Teilnehmer von UP2.2 so etwas, womit sie vergleichen können. Eine Art Vorbild. Nicht perfekt, aber passabel. Ich veröffentliche nur meine eigenen Aufgaben.**Alle meine Aufgaben sind unter CC0 verfügbar (= ohne Auflagen)**All diese Inhalte werden unter der CC0 geteilt: Nutzt sie, wie ihr wollt, ihr müsst mich nicht als Urheber nennen. Nur die Gruppenarbeit fehlt hier noch, da ich dafür die Zustimmung aller benötigen würde, was nicht passieren wird. Ich hätte das schon vor 9 Monaten tun sollen, habe es aber einfach vergessen. Es war einfach zu viel anderes los.Ich habe mich im Kurs ganz gut geschlagen, aber ich habe immer noch keine AhnungWelche Note habe ich bekommen? Unsere Gruppenarbeit wurde mit einer 5 bewertet (auf einer Skala von 1 bis 5, wobei 5 die beste Note ist) und meine eigenen Beiträge mit einer 4. Vielen Dank an alle tollen Mitglieder des Teams Carbonara! Im Durchschnitt ergab das eine 5 für den gesamten Kurs. Aus irgendeinem seltsamen Grund zeigt die Moodle-Kursseite immer noch an, dass ich nur 66 % der Kursaufgaben abgeschlossen habe, aber WebOodi zeigt an, dass ich die Leistungspunkte erhalten habe. So viel zu den Wundern unserer IT-Systeme…

Michael Jeltsch: Beiträge zu Wikimedia, Wikipedia und ResearchGate

Tue, 29 Sep 2020 00:00:00 +0000

Durch meine Beiträge zu Wikimedia und Wikipedia kann ich als Forscher zuverlässiges Wissen der Gesellschaft besser zugänglich machen und die Verbindung zwischen Wissenschaft und Öffentlichkeit stärken. Aber warum sollte ich Beiträge zu ResearchGate , auch bekannt als „Facebook für Forscher“, leisten? Seit seiner Gründung spekulieren Wissenschaftler über die Hintergründe des ResearchGate-Projekts, zumal es sich um ein durch Risikokapital finanziertes, gewinnorientiertes Unternehmen handelt, das duzende Millionen Dollar von Investoren wie Bill Gates, Goldman Sachs, Peter Thiels Founders Fund und Benchmark eingesammelt hat. Investoren investieren solche Summen nicht, ohne eine zukünftige Rendite zu erwarten. Sicherlich ist ResearchGate eine praktische Plattform, um Artikel, die nicht frei zugänglich sind, zu teilen, zu finden und anzufordern. So nutze ich die Plattform hauptsächlich.

Nudossi, was sonst?

Sun, 13 Sep 2020 00:00:00 +0000

Ich weiß nicht genau, wann Nutella in den Supermarktregalen in Finnland aufgetaucht ist. 1989, als ich zum ersten Mal in Finnland in der Kalksteinziegelfabrik in Rajamäki (Rajamäen kalkkitiilitehdas) gearbeitet habe, gab es hier weder Nutella noch Nudossi oder Nusspli . Aufgrund der beiden Hauptbestandteile (Zucker und Palmöl) lässt sich jedoch vermuten, dass mit jedem Glas Nutella meine Überlebenschancen beim ersten Herzinfarkt sinken. In Deutschland gibt es ein etwas teureres, aber massiv besseres Produkt: Nudossi. Es ist wie Nutella, aber statt der mageren 13% Nüsse enthält Nudossi 36% Haselnüsse. Obwohl ich mir vorgenommen hatte, meine Amazon-Bestellungen zu minimieren (siehe hier warum: https://www.newyorker.com/magazine/2019/10/21/is-amazon-unstoppable) , habe ich während des Koronafrühlings einen großen (1 kg) Eimer Nudossi bestellt. Als ich jedoch im Sommer auf “Noch einmal bestellen” klickte, kam prompt die folgende Fehlermeldung: “Dieser Artikel kann nicht an die gewählte Adresse versandt werden. Sie können entweder die Lieferadresse ändern oder den Artikel aus Ihrer Bestellung löschen”.Für Nischenprodukte kann Amazon ein Lebensretter sein, weil solche Produkte einen peripheren Markt wie Finnland anders nie erreichen würden. Trotzdem ist Amazons Hauptziel natürlich einen Gewinn zu erzielen und nicht den Kunden glücklich zu machen. Glücklicherweise gehen diese beiden Ziele oft, aber nicht immer, Hand in Hand. Es war jedoch nicht das erste Mal, dass ich nur einmal ein Amazon-Produkt bestellen konnte und beim zweiten Versuch feststellen musste, dass Finnland von der Liste der möglichen Lieferziele entfernt worden ist. Ich habe das Gefühl, dass hinter diesem Muster eine böswillige künstliche Intelligenz steckt.Was habe ich getan? Ich habe es direkt bei der Fabrik von Vadossi bestellt ( https://www.vadossi.de/shop/kategorien/nudossi/ ). Obwohl im Webshop der Fabrik der Versand an internationale Bestimmungsorte nicht ausdrücklich erwähnt wurde, hatte ich keine Probleme, dies per E-Mail zu regeln. Hinzu kam, dass der Endpreis weit unter dem lag, den ich bei Amazon.de bezahlt hätte.Ich weiß, dass Amazon seinen schwedischen (Amazon.se) Ableger plant, um den skandinavischen Markt zu bedienen. Auch In Finnland hat Amazon bereits ein Lagerhaus gekauft ( https://translate.google.com/translate?sl=fi&tl=en&u=https%3A%2F%2Fwww.hs.fi%2Ftalous%2Fart-2000006611380.html ). Aber angesichts der böswilligen KI sollte ich wahrscheinlich weiterhin die Menge meiner Bestellungen minimieren.

Entdeckung und Entwicklung von Proteinwirkstoffen

Wed, 09 Sep 2020 00:00:00 +0000

Gestern habe ich meine erste Zoom-Vorlesung zum Thema „Entdeckung und Entwicklung von Proteinwirkstoffen“ gehalten. Ich hoffe, dass die Studierenden zumindest etwas davon mitgenommen haben. Mein Ziel ist es, die gesamte Präsentation unter einer CC-Lizenz zu veröffentlichen, aber es gibt noch ein paar Bilder, die ich ersetzen muss. Ein erster Versuch ist selten eine Glanzleistung, und wir hatten auch unseren Anteil an technischen Problemen. Mein Headset hat zum ersten Mal seit dem Kauf zu Beginn der Covid-19-Pandemie den Geist aufgegeben. Und die Zoom-Umfragefunktion verschwand, bevor die Studierenden überhaupt die Gelegenheit hatten, sie zu nutzen, und es gelang uns nicht, sie wieder zum Laufen zu bringen. Hier ist der Link zur Live-Präsentation in Google Slides: https://mjlab.fi/pddd . Diese werden sich weiter ändern (= verbessern). Unten findet ihr den PDF-Schnappschuss der Präsentation vom eigentlichen Vorlesungstag. Die gesamte Präsentation ist CC-lizenziert. Ihr könnt sie also gerne wiederverwenden. Alle Quelldateien (größtenteils im Inkscape-SVG-Format) sind ebenfalls hier verfügbar: https://mjlab.fi/pddd-files . Ich habe alle SVG-Dateien in Inkscape erstellt, aber ihr könnt sie auch in jedem Browser öffnen oder in Adobe Illustrator bearbeiten. Wenn ihr Bilder bearbeiten oder extrahieren möchtet, ist es vielleicht am einfachsten, die Präsentation im Microsoft PowerPoint-, LibreOffice Impress- oder PDF-Format herunterzuladen. Ich habe noch nicht herausgefunden, wie ich die Google-Slides-Präsentation freigeben kann, ohne das Original für alle bearbeitbar zu machen (schließlich brauche ich eine gewisse Kontrolle über den Inhalt meiner Vorlesungen).Beachten Sie bitte, dass die Präsentation derzeit noch acht Bilder enthält, die unter Fair Use stehen oder deren Lizenzbedingungen unbekannt sind (auch wenn das rechtliche Konzept des „Fair Use“ außerhalb der USA eigentlich nicht existiert). Alle Bildquellen (mit Ausnahme meiner eigenen Bilder) sind in der Datei „README.txt“ mit den jeweiligen Lizenzen und Quell-URLs aufgeführt. Einige Bilder sind so alt, dass ich ihre ursprünglichen URLs nicht mehr ausfindig machen konnte. Daher bin ich mir hinsichtlich ihrer Lizenzbedingungen nicht sicher. Ich werde diese in den nächsten Wochen ersetzen, sobald ich CC-lizenzierte oder gemeinfreie Alternativen finden kann.

Alle aktiven Internetverbindungen unter Linux auflisten

Wed, 02 Sep 2020 00:00:00 +0000

netstat -natp

Leider ist es manchmal nicht so leicht herauszufinden, welches Programm sich hinter dem Prozess verbirgt. Zum Beispiel sieht mein Web-Browser (Brave) so aus:

In „Duodecim“ veröffentlichte Übersichtsarbeit: Das Lymphsystem und das Auge

Fri, 28 Aug 2020 00:00:00 +0000

Englisch ist mit Abstand die wichtigste Sprache in der Wissenschaft. Dennoch besteht manchmal die Notwendigkeit, andere Zielgruppen als akademische Forscher anzusprechen. In Finnland ist die zweiwöchentlich erscheinende Zeitschrift Duodecim wohl die medizinische Fachzeitschrift mit der größten Reichweite unter den medizinischen Fachkräften des Landes. Daher entstand die Idee für einen finnischsprachigen Übersichtsartikel. Aus drei verschiedenen Blickwinkeln (aus den Labors von Sirpa Loukovaara, Kaisa Lehti und Michael Jeltsch) betrachten wir die proliferative diabetische Retinopathie (PDR), eine Augenkomplikation, die sich bei Diabetespatienten über Jahrzehnte hinweg langsam entwickelt und nach wie vor eine der Hauptursachen für Erblindung ist. Die Behandlung der PDR ist oft weniger erfolgreich, als sie es potenziell sein könnte. Wichtig ist, dass wir auch Fortschritte in der PDR-Forschung vorstellen, aus denen sich neue Ideen ergeben könnten, wie die derzeitigen Behandlungsschemata verbessert werden können. Die ursprüngliche finnische Fassung des Übersichtsartikels ist soeben online gegangen: https://www.duodecimlehti.fi/lehti/2020/16/duo15739 . Eine englische Übersetzung ist auf Zenodo verfügbar: https://doi.org/10.5281/zenodo.4005517 .

VEGF-C schützt die Blutbildung

Fri, 28 Aug 2020 00:00:00 +0000

Der vaskuläre endotheliale Wachstumsfaktor C (VEGF-C) wurde ursprünglich als der wichtigste Wachstumsfaktor für das Lymphsystem beschrieben. Und es überrascht nicht, dass eine konstitutive Inaktivierung beider VEGF-C-Genallele bei Mäusen letal ist. Im Laufe der Jahre haben Forscher jedoch weitere Funktionen von VEGF-C entdeckt. Im Jahr 2016 wurde gezeigt, dass VEGF-C für die Bildung roter Blutkörperchen (Erythropoese) in der fetalen Leber notwendig ist. Während der Embryonalentwicklung verlagert sich der Ort der Bildung roter Blutkörperchen zweimal: Zunächst vom Dottersack in die Leber (beim Menschen zwischen dem 3. und 4. Monat) und dann, drei Monate später, von der Leber ins Knochenmark, wo er für den Rest des Lebens verbleibt. Vegfc erwies sich als essenziell für die Mobilisierung, Reifung und Entkernung primitiver Erythroblasten. Wurde Vegfc am Embryotag 7,5 (E7,5) ausgeschaltet, waren die Besiedlung der Leber durch erythro-myeloide Vorläuferzellen sowie die Expansion der Makrophagen und Erythrozyten gestört ( https://doi.org/10.1182/blood-2015-12-687970 ).Ein Teil, jedoch nicht der gesamte Effekt, war auf das VEGF-C zurückzuführen, das von den hämatopoetischen Zellen selbst produziert wurde, was nicht überraschend ist, da bekannt ist, dass mehrere Blutzellen VEGF-C produzieren oder enthalten (z. B. Makrophagen, Thrombozyten). In der Veröffentlichung aus dem Jahr 2016 schien die adulte Hämatopoese unbeeinträchtigt zu sein, wenn VEGF-C bei 8 Wochen alten Mäusen ausgeschaltet wurde. Auch wenn die Erythropoese durch eine mit Phenylhydrazin (PHZ) stimulierte Anämie hochreguliert wurde oder wenn die Hämatopoese im Knochenmark mit Fluorouracil (5-FU) unterbunden wurde, waren keine wesentlichen Veränderungen zu beobachten. In der neuen Veröffentlichung zeigen wir jedoch, dass VEGF-C sehr wohl eine wichtige Rolle bei der Erholung des Knochenmarks von Strahlenschäden spielt und dass es zudem in der Lage ist, das Knochenmark proaktiv zu schützen, wenn es vor dem Auftreten der Strahlenschäden verabreicht wird. Der Effekt war teilweise auf Knochenmark-Endothelzellen und LepR+-Stromazellen zurückzuführen, die bei Stimulation mit VEGF-C Faktoren produzierten, die die Regeneration hämatopoetischer Stammzellen begünstigten ( https://doi.org/10.1182/blood.2020005699 ). Die Wirkung auf LepR+-Zellen war jedoch wahrscheinlich indirekt, da diese keine Rezeptoren für VEGF-C exprimieren. In Anbetracht früherer Daten, die eine Expression von VEGFR-2 auf hämatopoetischen Stammzellen ( https://doi.org/10.1038/nature00821 ) sowie von aviarem VEGFR-2 und -3 während der entwicklungsbedingten endothelialen/hämatopoetischen Differenzierung belegen ( https://www.pnas.org/content/94/10/5141 und http://dev.biologists.org/content/125/4/743 ) gezeigt wurde, kann meiner Meinung nach auch eine direkte Wirkung von VEGF-C nicht ausgeschlossen werden, obwohl diese nicht untersucht wurde.

Apache-Forward-Proxy

Fri, 31 Jul 2020 00:00:00 +0000

Was ist überhaupt ein Forward-Proxy und was ist eigentlich ein Reverse-Proxy? Handelt es sich um einen Forward-Proxy, hält der Server den Proxy für den Client. Handelt es sich um einen Reverse-Proxy, hält der Client den Proxy für den Server.

Fett kann nicht nur Ihre Arterien verstopfen, sondern auch den Abfluss Ihres Spülbeckens.

Sun, 19 Jul 2020 00:00:00 +0000

Beruflich beschäftige ich mich mit dem Entwässerungssystem des menschlichen Körpers: dem Lymphsystem . Letzte Woche musste ich mich mit dem Abflusssystem unseres Spülbeckens befassen. Und siehe da: Ähnlich wie bei den Blutgefäßen des menschlichen Körpers , schien auch Fett eine Rolle bei der Verstopfung des Abflussrohrs unserer Küchenspüle gespielt zu haben. Der Abfluss war in den letzten Wochen immer träger geworden und schließlich komplett verstopft. Zuerst reinigte ich – wie üblich – das Siphonrohr, doch es war überraschend sauber. Dann dachte ich, dass vielleicht der Überlauf der Übeltäter sein könnte. Er war tatsächlich komplett verstopft. Man kann ihn zur Reinigung ganz einfach komplett entfernen: Man muss nur die Schraube lösen, mit der er am Spülbecken befestigt ist; am anderen Ende ist er nicht einmal mit einer Schlauchschelle am Hauptabfluss befestigt, man kann ihn einfach abziehen. Das Gerinnsel, das die Verstopfung verursacht hatte, war eklig, aber das Entfernen hat die Situation überhaupt nicht verbessert. Dann habe ich die Rohre ganz unten, wo sie aus der Wohnung führen, geöffnet und sie mit einer 2 Meter langen Abflussreinigungsbürste gereinigt, aber ich konnte keine Verstopfung feststellen, und das hat auch nicht geholfen. Es war jedoch klar, dass sich die Verstopfung stromabwärts befand, denn als ich Wasser in die Rohre goss, füllte sich das Rohr schnell bis zum Rand, und der Wasserstand sank nur sehr langsam. Da erinnerte ich mich an den 130 Tonnen schweren Fettklumpen, der vor einigen Jahren einen Hauptabwasserkanal in London verstopft hatte ( https://www.theguardian.com/environment/12.09.2017/total-monster-concrete-fatberg-blocks-london-sewage-system ), und vielleicht war auch hier ein Fettklumpen schuld. Um das Fett aufzulösen, beschloss ich, schnell große Mengen heißes Wasser (nicht kochend, sondern so heiß, wie es unser Warmwassersystem liefern konnte, nämlich 54 °C) in den Abfluss zu gießen (vielleicht etwa 100 Liter). Durch diese Maßnahme verschwand die Verstopfung sofort und vollständig.

Methanproduktion beim Menschen im Vergleich zur Methanproduktion bei Rindern

Sun, 19 Jul 2020 00:00:00 +0000

Vor einiger Zeit argumentierte ein Freund von mir, dass für ihn die Umstellung auf eine fleischlose Ernährung keinen großen Unterschied für die globale Erwärmung machen würde. Wenn manche Menschen tierische Proteinquellen durch pflanzliche ersetzen, würden sie viel mehr furzen und damit die Vorteile der reduzierten Treibhausgasemissionen durch den Viehbestand zunichte machen.Ich hatte keine Ahnung, ob dieses Argument stichhaltig war, aber schließlich habe ich eine grobe Berechnung angestellt. Selbst unter den großzügigsten Annahmen zieht dieses Argument nicht, da die Zahlen für die Treibhausgasemissionen bei Menschen und Kühen enorm unterschiedlich sind. Der Einfachheit halber habe ich nur Methan betrachtet, da es in diesem Zusammenhang im Vergleich zu Kohlendioxid viel wichtiger ist. Es scheint, dass Menschen bei einer ballaststoffreichen Ernährung etwa 10 mg Methan pro Tag produzieren ( http://dx.doi.org/10.1136/gut.32.6.665) , während grasgefütterte Kühe etwa 250 g produzieren ( http://www.fao.org/3/a0701e/a0701e00.htm , https://blogs.agu.org/geospace/2019/01/09/scientists-breathalyze-cows-to-measure-methane-emissions/) . Eine Kuh produziert 25.000 Mal mehr Methan als ein Mensch. Selbst wenn wir annehmen, dass ein Fleischesser kein Methan produziert und dass er im Laufe seines Lebens nur das Äquivalent einer einzigen Kuh verzehrt, greift das Argument um den Faktor von fast 1.000 zu kurz (Lebensdauer einer Kuh: 2 Jahre, Lebensdauer eines Menschen: 80 Jahre).Allerdings ist die Annahme, dass ein Fleischesser im Laufe seines Lebens nur das Äquivalent einer einzigen Kuh verzehrt, sehr großzügig. In Wirklichkeit ist dies höchst unwahrscheinlich, da eine Kuh beispielsweise nur 5 Lendensteaks liefert, aber 85 Pfund Rinderhackfleisch. Eine Kuh wiegt bei der Schlachtung etwa 450 kg, wovon kaum 200 kg verwertbares Fleisch sind. Wenn dies zur Befriedigung des Fleischbedarfs eines Durchschnittsmenschen verwendet wird (80 Jahre mit einem Fleischkonsum von 70 kg pro Jahr, https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_countries_by_meat_consumption) , ergibt sich eine Menge von 30 Kühen im Laufe des Lebens, sofern das gesamte Fleisch von Kühen stammt. Daher ist die Annahme, dass man im Laufe eines Lebens eine Kuh benötigt, selbst für Menschen mit minimalem Fleischkonsum viel zu optimistisch. Eine weitere interessante Tatsache, die mir bisher nicht bekannt war, ist, dass frei weidende Kühe dreimal so viel Methan produzieren wie Kühe in Fleischfabriken, die mit Mais gefüttert werden. So viel zum Thema „Bio-Fleisch“.

Die Entwicklung des Mülls

Wed, 08 Jul 2020 00:00:00 +0000

Einweg-Kaffeebecher haben Getränkedosen und -flaschen im Wettstreit um die gedankenloseste Müllentsorgung schon vor langer Zeit den Rang abgelaufen. Das gilt zumindest für Finnland und jene wenigen anderen EU-Länder, denen es gelungen ist, ein einigermaßen vernünftiges Pfandsystem für Dosen und Flaschen einzuführen. Doch dank COVID-19 entwickeln sich gebrauchte Gesichtsmasken zu einem starken Konkurrenten für Kaffeebecher.

Dr. Sawan K. Jha: Mechanismus der VEGF-C-Aktivierung […]

Mon, 01 Jun 2020 00:00:00 +0000

Mein erster Doktorand hat seine Dissertation zum Thema Mechanismus der VEGF-C-Aktivierung und deren Auswirkungen auf das Wachstum und die Regeneration des Lymphsystems erfolgreich verteidigt. Aufgrund der COVID-19-Situation haben wir die Veranstaltung virtuell organisiert und die Videokonferenzsoftware Zoom genutzt. Als Opponent fungierte Prof. Jonathan Sleeman von der Universität Heidelberg. Sowohl der Doktorand als auch der Opponent haben hervorragende Arbeit geleistet, und die Diskussion brachte mehrere neue Richtungen für die zukünftige Forschung ans Licht, an die ich zuvor noch nicht gedacht hatte. VEGF-C ist ein kniffliges Protein, und ich bin mir sicher, dass es für den fleißigen Forscher noch einige Überraschungen bereithält. Leider gab es keinen Empfang, kein Abendessen und keine karonkka (Abschlussfeier nach dem Abendessen), aber wir planen, später in diesem Jahr eine Feier zu veranstalten, sobald die COVID-19-Situation es zulässt!

Dateien zählen (Liste und Wortanzahl, ls & wc)

Wed, 29 Apr 2020 00:00:00 +0000

Wie zählt man die Anzahl der Dateien in einem Verzeichnis? Das wird zu einer nicht ganz einfachen Aufgabe, wenn sich Tausende von Dateien in einem Verzeichnis befinden. Ihr Dateimanager kommt mit der Zählung nicht zurecht, insbesondere wenn die Dateien nicht lokal gespeichert sind. An der Linux-Befehlszeile lässt sich diese Aufgabe schnell und einfach erledigen: ls | wc. Der Befehl ls listet Ihre Dateien zeilenweise auf, und wc gibt drei Zahlen zurück: Zeilen, Wörter und Bytes. Im Beispiel zur Dateizählung stimmen Zeilen und Wörter überein und entsprechen der Anzahl der Dateien im Verzeichnis. Um alle Dateien im Verzeichnisbaum „backcheck“ rekursiv zu zählen: find backcheck/ -type f | wc -l

Zukunftssicherung

Mon, 13 Apr 2020 00:00:00 +0000

Wird der Covid-19-Ausbruch mehr als nur vorübergehende Veränderungen in der Art und Weise mit sich bringen, wie sich unsere Gesellschaften auf die Zukunft vorbereiten? Werden wir die Organisation unserer Volkswirtschaften, die Lieferketten unserer Industrie, unser öffentliches Gesundheitswesen, unsere Art zu reisen und unseren Konsum zukunftssicher gestalten? Wenn die Geschichte als Anhaltspunkt dient, befürchte ich, dass aus dieser Krise nicht viel gelernt werden wird. Wahrscheinlich werden unsere Regierungen dafür sorgen, dass wir über genügend Mund-Nasen-Schutzmasken und eine bessere Infrastruktur verfügen, um bei künftigen Virusepidemien neue Virustests einzurichten. Virologen und Epidemiologen fordern schon seit Langem, dass wir uns auf eine Pandemie vorbereiten – bisher mit weniger Erfolg, als wir uns wünschen. Seit der Spanischen Grippe war klar, dass in einer global vernetzten Welt Viruspandemien unvermeidlich sind. Die Frage war nie, ob, sondern nur, wann die nächste eintreten würde. Wir hatten genügend Warnsignale: SARS, MERS, Ebola und die Schweinegrippe, um nur einige zu nennen. Andere Experten haben gewarnt und warnen weiterhin davor, sich auf globale Krisen anderer Art vorzubereiten. Ähnlich wie bei einer viralen Pandemie lautet die Frage nicht „ob“, sondern nur „wann“ der nächste große Asteroideneinschlag oder eine CME ( koronale Massenauswurf ) stattfinden wird. Ähnlich wie bei Covid-19 gab es für beides reichlich Warnsignale: das Tunguska-Ereignis , der Meteorit von Tscheljabinsk , das Carrington-Ereignis , der Sonnensturm von 2012 , um nur die bekanntesten zu nennen. Trotzdem sind wir auf solche Katastrophen nicht vorbereitet, und ich befürchte, dass die Regierungen die Parallelen zwischen dem Covid-19-Ausbruch und einer CME nicht erkennen. Leider können astronomische Ereignisse um Größenordnungen schlimmer sein als jede Pandemie.

Reparatur unserer Kühlzentrifuge

Tue, 17 Mar 2020 00:00:00 +0000

Gekühlte Tischzentrifugen sind ziemlich teuer. Obwohl das Modell nicht mehr hergestellt wird, kostet eine generalüberholte Eppendorf 5415R (das von uns verwendete Modell) immer noch 1.000 bis 2.000 Dollar. Die zweite unserer beiden Eppendorf 5415R ist bereits vor über einem Jahr ausgefallen, und seitdem zentrifugieren wir entweder im Kühlraum oder nutzen die Kühlanlage des benachbarten Labors. Da wir jedoch zwei defekte Zentrifugen desselben Typs mit unterschiedlichen Fehlersymptomen hatten, lag es nahe, aus den Überresten eine funktionierende Zentrifuge zusammenzubauen. Bei einer der Zentrifugen saß der Rotor fest (er ließ sich nicht einmal von Hand drehen), und die andere Zentrifuge erzeugte beim Start Funken und Rauch. Ich hatte diese Reparatur aufgeschoben, da ich dachte, sie würde viel Zeit in Anspruch nehmen. Als ich jedoch die erste Zentrifuge öffnete, konnte ich sofort das Teil identifizieren, das ich aus der anderen Zentrifuge entnehmen musste. Die gesamte Reparatur dauerte weniger als eine Stunde. Neben dem Lüfter war ein durchgebrannter Widerstand, der sich leicht durch das Teil aus der zweiten Zentrifuge ersetzen ließ. Man sieht den defekten messingfarbenen Widerstand (CGS HSA50, bei Amazon für 13 $ erhältlich) vorne im Bild links vom Rotor. Der Ausfall beider Zentrifugen wurde offenbar dadurch verursacht, dass Flüssigkeit in das Innenleben der Zentrifugen gelangt war. Der Rotor der zweiten Zentrifuge ließ sich nicht mehr drehen, da er durch Salz und Wasser korrodiert war. Außerdem war der Widerstand offenbar durchnässt (er befindet sich direkt unter dem Kühlgitter oben hinten an der Zentrifuge). Die Zentrifuge funktioniert wieder, einschließlich der Kühlung. Ich weiß nicht, wie lange wir noch Freude daran haben werden, da sie bereits aus zweiter Hand war, als wir sie 2014 gekauft haben. Aber selbst wenn sie nur noch ein weiteres Jahr durchhält, hat sich die Reparatur gelohnt.Diese Art von Reparatur könnte in Zukunft einfacher werden, denn wenn ich mich nicht irre, plant die EU, den Herstellern vorzuschreiben, Wartungs- und Reparaturanleitungen für unabhängige Reparaturbetriebe zur Verfügung zu stellen (diese Vorschrift gilt bereits für Automobilhersteller, um das Überleben unabhängiger Kfz-Werkstätten zu sichern).Je nach Entwicklung der Coronavirus-Situation werde ich mich vielleicht daran machen, noch mehr defekte Laborgeräte zu reparieren. Als Nächstes steht der Fraktionssammler unseres alten FPLC (GE Healthcare Äkta Explorer Frac-950) auf der Liste.

Aktualisierung des GE Äkta Avant auf Windows 10

Tue, 18 Feb 2020 00:00:00 +0000

Das Avant ist das Flaggschiff der Äkta-Produktreihe von GE Healthcare im Bereich der FPLC (Fast Protein Liquid Chromatography, schnelle Protein-Flüssigkeitschromatographie). Wir nutzen es regelmäßig, und es steht allen an der Universität Helsinki zur Verfügung.Unsere Universität hat beschlossen, sich mit Microsoft gut zu stellen und jeglichen Netzwerkverkehr für Windows-7-Computer zu unterbinden. Da unser Äkta (2015 angeschafft) von vielen verschiedenen Forschern genutzt wird, verlassen wir uns auf Microsofts Active Directory, um Benutzer zu authentifizieren und die Gerätenutzung zu verfolgen. Als die Universität Ende Januar den Windows-7-Verkehr tatsächlich sperrte, haben wir den HP-Computer schließlich von Windows 7 auf Windows 10 aktualisiert. Zuvor hatten wir uns mit GE in Verbindung gesetzt, um sicherzustellen, dass das FPLC weiterhin funktioniert. Obwohl die Build-Nummer von Windows 10, die unsere Universität verwendet (Windows 10 Enterprise Version 1809, Build 17763.1039) von keiner der Unicorn-7-Versionen unterstützt wurde, die GE im Laufe der Jahre veröffentlicht hat (siehe diese Software-Kompatibilitätsübersicht, die ich auf der GE-Website nicht mehr finden kann: https://drive.google.com/open?id=1cA33lEqfEr0MIaA8r9TyoQFcxiHWuZsp) , wurde uns versichert, dass die Software weiterhin funktionieren würde. Leider traf dies nicht zu.**In-Place-Upgrade oder Neuinstallation?**Wir haben ein In-Place-Upgrade von Win7 auf Win10 durchgeführt. Das hat mir noch nie gefallen. Selbst bei etwas überlegenen Betriebssystemen wie macOS und Linux verliefen die Upgrades vor Ort nicht immer reibungslos. Ein Neuanfang war immer die sicherere (und auch schnellere) Wahl.VerbindungsproblemeNach dem Upgrade verlor Unicorn 7 während laufender Proteinreinigungsläufe zunehmend die Verbindung zum Äkta Avant. Bei manuellen Läufen konnten wir deutlich erkennen, dass bestimmte Befehle einen Verbindungsabbruch auslösten. Das Äkta-LCD-Display wurde schwarz und das Gerät startete neu. Natürlich vermuteten wir, dass dies eine Folge des Upgrades auf Windows 10 war. Da Unicorn 7.0.2 nicht auf die Kompatibilität mit unserer Windows-10-Version getestet worden war, wollten wir zunächst versuchen, auf eine Unicorn-7-Version zu aktualisieren, die mit unserem Windows-10-Build getestet worden war. Ich hatte bereits im Dezember bei GE um dieses Update gebeten, aber meine Anfrage war ignoriert worden, und da ich zu dieser Zeit viele andere Dinge zu tun hatte, habe ich mich nie wieder mit diesem Problem befasst (im Nachhinein ein großer Fehler).Software-UpdatesWas Chrome und Firefox wöchentlich still im Hintergrund erledigen (ohne dass der Nutzer es bemerkt), erfordert im Fall von GE fast zwei Wochen Vollzeitaufwand seitens des Nutzers. Ein einfacher Download mag bei Bio-Rad funktionieren, doch GE verlangt ein kompliziertes, undurchsichtiges, nicht transparentes, benutzerunfreundliches, sich ständig änderndes und nicht DSGVO-konformes System, das zudem auf Servern gehostet wird, die so langsam sind, dass man sich ständig fragt, ob der Browser-Tab eingefroren ist. Was es auch wert sein mag: Die Webseiten von GE waren trotz mehrerer Neugestaltungen und der digitalen Transformation von GE schon immer so. Der E-Mail-Verlauf zwischen mir und verschiedenen GE-Supportadressen umfasst bis heute 60 E-Mails (beginnend mit meiner ersten Supportanfrage am 2. Dezember 2019). Hinzu kommen noch einige Telefonate (da E-Mails offenbar oft standardmäßig als „nicht dringend“ eingestuft werden).Datenschutzbedenken hinsichtlich des Umgangs von GE mit KundendatenNachdem ich eine Bestellung für den Download aufgegeben, ein Angebot erhalten, die Bestellung bestätigt und eine Bestellbestätigung erhalten hatte, erhielt ich schließlich die „Erlaubnis“, die neueste Version von Unicorn (nämlich 7.5) herunterzuladen. Ich loggte mich in das „eDeliveryPortal“ von GE ein und stellte fest, dass ich die Softwareberechtigungen und Downloads vieler anderer GE-Kunden sehen konnte, aber keine meiner eigenen. Nach einigem Hin und Her tauchte die Version 7.5 schließlich unter meinen Downloads auf. Meine Lizenz fehlt bis heute. Aber warum sollte ich mir die Mühe machen? Ich könnte jede der anderen Lizenzen nutzen (nachdem ich die MAC-Adresse meines Computers gefälscht habe, da die Software offenbar über die MAC-Adresse der Netzwerkkarte des Computers an einen bestimmten Computer gebunden ist). Dies ist eindeutig ein Verstoß gegen die DSGVO , da es absolut keinen Grund gibt, warum meine Daten (Berechtigungs-IDs, MAC-Adressen, Namen, E-Mail-Adressen) anderen Kunden zugänglich sein sollten. Möglicherweise betrachtet GE die Universität Helsinki als einen einzigen Kunden; das wäre ein vorsätzlicher Verstoß gegen die DSGVO.**Suche nach den Systemkonfigurationsdateien (d. h. der Firmware)**Wir hatten die Systemkonfigurationsdateien jedoch nicht aktualisiert, da ich sie auf der GE LifeScience-Website nicht finden konnte. Wir verwendeten Version 3, während Version 3.6 die aktuellste war. Bemerkenswert ist, dass diese Dateien auch die Firmware für die einzelnen Äkta-Komponenten enthalten. Es scheint, als sei dieser Download gut versteckt. Ich benötigte Hilfe von GE, um ihn zu finden. Die GE LifeScience-Website verfügt über eine Suchfunktion, und die Suche findet den Download sogar. Allerdings ist er möglicherweise der letzte Eintrag in einer Liste von fast 1.000 Treffern (10 Treffer pro Seite). Ein Tipp an GE: Google versteht etwas von Suche! Wenn ihr einfach Google eure gesamte Website indexieren lassen würdet, würden Kunden alles über eine Google-Suche finden. Viele Unternehmen nutzen Google für die interne Suche auf ihrer Website. GE scheint jedoch nur seine Produktseiten für Suchmaschinen-Crawler zugänglich zu machen, nicht aber seine Support-Seiten.**Wo sind unsere Lizenzdateien?**Nach der Aktualisierung der Gerätekonfiguration bestand das Problem weiterhin. Nachdem wir einen Systembericht (und anschließend einen zweiten „erweiterten“ Systembericht) gesendet hatten, kam GE zu dem Schluss, dass höchstwahrscheinlich unser In-Place-Upgrade von Win7 auf Win10 schuld sei, da sie einige Unregelmäßigkeiten in der Datei „SystemEventLog.xml“ feststellen konnten. Ich hatte keinen Grund, an dieser Erklärung zu zweifeln, und bat daher unsere IT-Mitarbeiter um eine Neuinstallation von Windows 10. Anschließend installierte ich Unicorn 7.5, musste jedoch feststellen, dass das Problem weiterhin bestand. Nur als Randbemerkung: Wir hatten ein selbstverschuldetes Problem mit unserer Lizenzdatei (.lic). Das Unicorn-Installationsprogramm verlangt die Installation einer Lizenzdatei, die ich im eDelivery-Portal nirgendwo zum Download gefunden habe (wir haben diese Lizenzdateien als E-Mail-Anhänge direkt vom GE-Support erhalten – warum stehen sie nicht zum Download bereit, da sie leicht verloren gehen können?). Wir hätten eine Kopie unserer Lizenzdatei anlegen sollen, bevor wir unseren Computer für die Neuinstallation von Windows 10 gelöscht haben, aber das haben wir versäumt, und ich musste die Lizenzdatei aus einem Systemsicherungs-Backup herausfischen, das ich glücklicherweise 2016 von diesem Rechner erstellt hatte. Und ich suche immer noch nach unseren Lizenzdateien für verschiedene Systemkomponenten (Classic Evaluation und Column Handling), die zum Zeitpunkt der Systemsicherung noch nicht installiert waren.Downgrade auf Windows 7Um sicherzugehen, dass es sich nicht um einen Hardwarefehler handelte, beschlossen wir, das System wieder auf Windows 7 und Unicorn 7.0.2 zurückzusetzen. Das war schwieriger als erwartet, da wir Windows 7 auf Universitätsrechnern nicht mehr installieren können. Glücklicherweise hatten wir noch einen alten, ungenutzten Dell-Desktop, auf dem Windows 7 lief. Unicorn 7 benötigt zwei Netzwerkkarten (eine für die Kommunikation mit der Außenwelt und eine für ein separates 10. Netzwerk zur Kommunikation mit dem Äkta Avant). Wir haben die Netzwerkkarte von unserem Standardrechner in diesen alten Win-7-Rechner eingebaut. Die Installation und der Betrieb von Unicorn erfordern jedoch einen Internetzugang, da die Software „nach Hause telefoniert“. Genau das ist für Windows-7-Rechner an unserer Universität nicht erlaubt. Daher musste ich über mein Smartphone ein privates Netzwerk einrichten, damit Unicorn 7 mit der GE-Zentrale kommunizieren konnte. Schlimmer noch: Ich musste die MAC-Adresse unseres Standardcomputers klonen, da unsere Unicorn-7-Software offenbar über die MAC-Adresse des Computers an einen bestimmten Rechner gebunden ist. Und ein WLAN-Zugang kam nicht in Frage, da die ursprüngliche MAC-Adresse von einer kabelgebundenen Netzwerkkarte stammte. Es ist nicht möglich, MAC-Adressen zwischen kabelgebundenen Netzwerkkarten und USB-WLAN-Adaptern zu klonen, da MAC-Adressen von WLAN-Karten ein festes Präfix haben. Daher musste ich eine komplizierte Konfiguration von meinem Smartphone über einen Computer zu einem (Kabel-)Router und schließlich zum Dell-Computer mit Windows 7 vornehmen.Windows 10 ist nicht schuld – F-Secure ist der ÜbeltäterZu meiner Überraschung stürzte der Äkta Avant immer wieder ab, wenn Unicorn 7 unter Windows 7 Befehle wie „pause“ oder „end“ ausgab. Doch dann wurde mir klar, dass der Avant – anders als unser alter Äkta Explorer – für die Gerätekommunikation normale Netzwerkkarten verwendet und die Win10-Version der Universität Helsinki standardmäßig durch Fernsteuerungs- und Sicherheitssoftware „erweitert“ ist. Ich ging zur Systemsteuerung und deinstallierte alle Software-Erweiterungen, die von der Universität installiert worden waren. Insbesondere F-Secure Client Security Premium gehörte zu den Programmen, die ich deinstalliert habe. Nach einem Neustart konnte ich den Äkta Avant nicht mehr zum Absturz bringen. Um diesen Befund zu bestätigen, steckte ich die Netzwerkkarte wieder in unseren ursprünglichen Standardcomputer, startete den Rechner neu und blieb beim BitLocker -Bildschirm von Windows hängen. Eine Änderung der Hardwarekonfiguration führt unweigerlich dazu, dass Windows den Startvorgang verweigert. Das hat mich zwar etwas aufgehalten, da ich die IT-Abteilung unserer Universität hinzuziehen musste, die chronisch überlastet und schwer zu erreichen ist. Ich habe die Firewall von F-Secure Client Security Premium gezielt deaktiviert, woraufhin die Abstürze auch unter Windows 10 sofort aufhörten. Es ist sehr schwer zu begründen, warum unsere Universität Produkte von F-Secure benötigen sollte. Windows selbst verfügt (seit XP SP2) über eine sehr leistungsfähige Firewall und hat zudem eine eigene Antivirensoftware ( Windows Security Essentials / Windows Defender ), die mindestens genauso gut ist wie ihre besten Konkurrenten – ganz abgesehen davon, dass sie kostenlos und vollständig in Windows integriert ist (und es nicht erforderlich macht, Hooks von Drittanbietern tief in das Betriebssystem einzubinden).Windows 10 läuft auf unserer Hardware aus dem Jahr 2015 zu langsamEs bleibt uns nur noch, unseren Standardcomputer auf neuere Hardware aufzurüsten. Unsere Fakultät hatte ältere Win7-Computer im Jahr 2019 durch neue Geräte ersetzt, doch dieser Computer war einen Tag zu neu, um in die Aufrüstung einbezogen zu werden. Er ist jedoch bereits fünf Jahre alt und läuft insbesondere nach dem Windows-10-Upgrade sehr langsam. Wenn Ihr Protein während der Aufreinigung eluiert, möchten Sie nicht, dass die Fraktionssammlung erst nach einigen Sekunden beginnt, sondern dass sie sofort startet.

Kopieren mit rsync

Mon, 17 Feb 2020 00:00:00 +0000

Gründe, warum du (nicht immer, aber oft) rsync gegenüber cp bevorzugen solltest:

Unterbrochene Übertragungen fortsetzen Wenn du eine große Datei kopierst und dein Computer oder die App abstürzt oder der Strom ausfällt, musst du mit cp von vorne beginnen. rsync kann aber genau dort weitermachen, wo es aufgehört hat, was bei großen Datenmengen eine enorme Zeitersparnis bedeuten kann.
Effizienz (Delta-Übertragungsalgorithmus) rsync ist intelligent konzipiert. Wenn du eine Datei kopierst, die am Zielort bereits vorhanden ist (z. B. bei der Aktualisierung eines Backups), kopiert rsync nur die Teile der Datei, die sich tatsächlich geändert haben (das „Delta“), anstatt die gesamte Datei zu überschreiben. cp hingegen kopiert jedes Mal die gesamte Datei.
Fortschrittsanzeige in Echtzeit rsync bietet eine hervorragende visuelle Rückmeldung. Mit dem Flag -P (oder –progress) erhälst du einen Echtzeit-Fortschrittsbalken, der den Fertigstellungsgrad in Prozent, die Übertragungsgeschwindigkeit und die geschätzte verbleibende Zeit anzeigt. cp ist bekannt dafür, dass es keine Rückmeldung gibt, sodass du raten musst, ob der Vorgang noch läuft oder hängen geblieben ist. Das kannst du natürlich am Zielort nachprüfen. Anhand der sich ändernden Größe der bereits angekommenen Datei kannst du sehen ob überhaupt Fortschritte erzielt werden (ls -lh Dateiname oder du -hs Dateiname).
Einfache Übertragungen übers Netz rsync ist von Haus aus für den Einsatz über SSH ausgelegt. Du kannst damit Dateien direkt auf oder von einem Remote-Server kopieren – genauso einfach wie das Kopieren von Dateien auf deinem lokalen Rechner. cp kann dies nicht; um cp für einen Remote-Server zu verwenden, müssten du zunächst das Remote-Dateisystem lokal einbinden, was weitaus komplexer und fehleranfälliger ist.

Hier der vielleicht häufigste Fall, das Kopieren eines Verzeichnisses, inclusive des gesamten Inhalts:

Das Lymphsystem und das Auge

Wed, 12 Feb 2020 00:00:00 +0000

Unser gemeinsamer Übersichtsartikel über das Lymphsystem des Auges wurde von Duodecim zur Veröffentlichung angenommen. Neben einem Überblick über den aktuellen Wissensstand zum Lymphsystem des Auges konzentriert sich der Artikel auf die proliferative diabetische Retinopathie (PDR). Die PDR ist das fortgeschrittene Stadium der diabetischen Retinopathie, einer der sich langsam entwickelnden Komplikationen des Diabetes, die zur Erblindung führen kann. Seit langem ist bekannt, dass eine Schädigung der Blutgefäße in der Netzhaut ein zentrales Ereignis bei der Entstehung der Erkrankung ist. Die antiangiogene Therapie, die auf den wichtigsten angiogenen Wachstumsfaktor VEGF-A abzielt, ist ein Eckpfeiler der Behandlung. Die jüngste Entdeckung lymphatischer Gefäße bei dieser Erkrankung deutet jedoch darauf hin, dass es hilfreich sein könnte, auch die lymphatischen Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D ins Visier zu nehmen. Dies ist mein erster Beitrag zu einem Artikel, der auf Finnisch verfasst wurde. Zwar habe ich einige Sätze sogar selbst auf Finnisch verfasst, doch mein großer Dank gilt Ani und Timo, die die Fehler herausgesucht haben. Meine wichtigste Erkenntnis für ähnliche zukünftige Projekte (d. h. das Schreiben in einem Team, in dem wichtige Mitglieder die Zielsprache nicht sehr gut beherrschen) ist jedoch, dass man zunächst alles auf Englisch verfassen und anschließend in die Zielsprache übersetzen lassen sollte. Was gängige Sprachen angeht, ist DeepL das beste Tool für die automatisierte Übersetzung wissenschaftlicher Artikel. Allerdings beherrscht DeepL kein Finnisch, und die Einbindung der finnischen Sprache steht sicherlich nicht ganz oben auf der Prioritätenliste der Entwickler…

HSL erhöht indirekt die Fahrpreise

Thu, 16 Jan 2020 00:00:00 +0000

Den Medienberichten zufolge wird die beliebteste Verkaufsstelle für HSL-Fahrkarten (die R-Kioski-Kette) künftig eine Provision für das Aufladen von Fahrkarten erheben. Fahrkarten sind die RFID-Karten, die man für die Nutzung der öffentlichen Verkehrsmittel in Helsinki benötigt. In Wirklichkeit handelt es sich hierbei jedoch um eine versteckte Preiserhöhung, da HSL im Jahr 2019 beschlossen hat, seinen Vertriebspartnern keine Vergütung mehr für das Aufladen der Fahrkarten zu zahlen. Kein kommerzielles Unternehmen kann Dienstleistungen kostenlos anbieten, daher handelt es sich hierbei um eine von der HSL initiierte indirekte Preiserhöhung. Aufgrund gesetzlich vorgeschriebener Änderungen musste die HSL den Verkauf ihrer Fahrkarten dem Wettbewerb öffnen. In ihrer Ausschreibung kündigte die HSL jedoch an, künftig an keinen ihrer Vertriebspartner mehr Provisionen zu zahlen. Dies war eine ausschließlich eigene Entscheidung, weshalb es gerechtfertigt ist, dies als verdeckte, aber bewusste Preiserhöhung zu betrachten. Außerdem gibt es kaum Informationen zu diesen Servicegebühren. Ich konnte weder bei der S-Gruppe noch bei der K-Gruppe konkrete Servicegebührenlisten finden. Nur die Informationen von R-kioski waren leicht zu finden und prägnant: R-kioski: Saisonkarte: 3,5 % des Fahrpreises, max. 5 €; Wertfahrkarte: 1 €/Stück, Einzelfahrkarte/Tageskarte 3 € 40 Cent.Die K-Gruppe (K-Citymarket, K-Market) hatte angekündigt, dass die Gebühren zwischen 0,5 und 2 € liegen würden, doch bis heute konnte ich keine genaueren Informationen finden. Ich habe sogar die S-Gruppe kontaktiert, aber – wie für solche Unternehmen typisch – lassen sie sich Zeit. Es würde mich überraschen, wenn ich innerhalb einer Woche eine Antwort bekäme. Insgesamt gesehen überwiegt der negative Aspekt, umweltfreundliche Verkehrsmittel teurer zu machen, die kleine Verbesserung durch die Erhöhung der Anzahl der Verkaufsstellen für HSL-Fahrkarten.Lesen Sie dazu auf Finnisch in den „Helsingin Sanomat“: https://www.hs.fi/kaupunki/art-2000006355404.htmlRead dazu auf Englisch auf den HSL-Seiten; https://www.hsl.fi/en/news/2019/hsls-ticket-sales-network-set-expand-beginning-next-year-18242UPDATE (01.07.2020): Inzwischen ist die Anzahl der von der HSL betriebenen Fahrkartenautomaten gestiegen. An diesen Automaten können Sie das Guthaben Ihrer Fahrkarte aufladen, OHNE dass eine Gebühr anfällt. Zudem ist es nun auch möglich (was schon seit Jahren versprochen wurde), Ihr Guthaben online aufzuladen . Das System weist noch zahlreiche Fehler auf (laut HSL schlagen immer noch etwa 1 % der Transaktionen fehl), aber hoffentlich wird HSL diese Kinderkrankheiten in den nächsten Jahrzehnten ausmerzen.

Schutz vor UV-Strahlung

Thu, 12 Dec 2019 00:00:00 +0000

** UV-Licht wird wie folgt klassifiziert UV-C (100 / 200–280 / 290 nm, kurzwelliges, starkes UV)UV-B (290–315 nm, mittellangwellig, mittleres UV) UV-A (315–400 nm, langwelliges UV, weiches UV, „schwarzes Licht“)Insbesondere bei UVC werden häufig unterschiedliche Wellenlängengrenzen verwendet, um die Grenzen zwischen den verschiedenen UV-Typen zu definieren. UVC-Wellenlängen unter 200 nm werden auch als „Vakuum-UV (VUV)“ bezeichnet. Andere unterscheiden das UVC-Spektrum und bezeichnen Wellenlängen im Bereich von 10 bis 200 nm als „UVC-VUV“. „Extremes UV (EUV)“ bezeichnet Wellenlängen im Bereich von 10–121 nm, wobei die Strahlung am kurzen Ende dieses Bereichs als ionisierend gilt (ähnlich wie Röntgenstrahlung). Mir ist jedoch keine eindeutige Wellenlängengrenze bekannt, die zur Unterscheidung zwischen ionisierender und nichtionisierender Strahlung herangezogen wird. Molekularbiologie Die meisten UV-Tische in der Molekularbiologie werden zur Abbildung von mit Ethidiumbromid gefärbter DNA in Agarosegelen verwendet. Diese UV-Tische arbeiten mit einer Wellenlänge von etwa 300 nm (meist 302 nm), einige verfügen jedoch auch über eine Option für längere Wellenlängen. Beispielsweise können die UV-Tische von Alpha Innotech, UVP, Inc., Ultra-Violet Products Ltd. und Analytik Jena (Modell LM-26E) bei einer Wellenlänge von 302 oder 365 nm betrieben werden. Als Faustregel gilt: Je länger die Wellenlänge, desto geringer ist die Schädigung der DNA (gleichzeitig schwächt sich auch das Signal des in die DNA eingebauten Ethidiumbromids ab). Es gibt auch 254-nm-UV-Lampen, diese sind jedoch für DNA-Arbeiten nicht geeignet, da sie bereits innerhalb weniger Sekunden Mutationen in der DNA verursachen. Das ist nicht überraschend, da das Absorptionsmaximum der DNA bei 260 nm liegt, was bedeutet, dass die DNA dort die größte Strahlungsmenge absorbiert. Somit stellen 302 nm einen Kompromiss zwischen Empfindlichkeit und DNA-Schäden dar. Die Arbeit mit einem UV-Tisch ist nicht ungefährlich, und ich würde vermuten, dass die UV-Gefahr größer ist als die Gefahr durch die Färbung mit Ethidiumbromid. Einige Forscher haben aus irrationalen Gründen übertriebene Angst vor Ethidiumbromid ( https://bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/ , http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide ). Ich habe bei einem meiner Kollegen einen „Sonnenbrand“ beobachtet, der durch zu lange Exposition gegenüber dem UV-Licht von UV-Tischen verursacht wurde. Eine Gesichtsmaske schützt zwar Ihr Gesicht, aber Sie können sich dennoch an den Händen oder am Dekolleté verbrennen. UV-durchlässige und UV-undurchlässige Materialien Anhand der (sichtbaren) Lichtdurchlässigkeit eines Materials lässt sich nicht erkennen, wie effektiv das Material UV-Licht absorbiert. Herkömmliches Acrylglas („Plexiglas“) ist für UV-Strahlung mit größerer Wellenlänge (auch UV-A genannt, 315–400 nm) durchlässig und eignet sich daher nicht zum Schutz der Augen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves / ). Acrylglas kann durch Zugabe von UV-absorbierenden Additiven UV-undurchlässig gemacht werden. UV-filterndes Acrylglas („Acryl in Museumsqualität“) weist unterschiedliche Eigenschaften auf. Liegt die UV-Wellenlänge unter ~ 375 nm, kann jedes UV-filternde Acrylglas verwendet werden. UF-4-Acrylglas bietet den geringsten Schutz: 80 % der UV-Strahlung bei 400 nm dringen durch eine 2 mm dicke Platte. UF-3 bietet einen besseren Schutz, und UF-5 absorbiert fast das gesamte gut sichtbare ultraviolette Licht (> 390 nm). Polycarbonat (PC) ist Ihr Freund Wenn Sie Schutz vor UV-Strahlung benötigen, ist Polycarbonat jedoch Ihr Freund. 3 mm dickes Polycarbonat ist für UV-Strahlung aus den meisten in der Molekularbiologie verwendeten UV-Quellen bis zu einer Wellenlänge von 400 nm praktisch vollständig undurchlässig. Deshalb werden UV-schützende Gesichtsmasken und Sonnenbrillen hauptsächlich aus Polycarbonat hergestellt. 2 mm, was etwas dicker ist als die typische Dicke von Polycarbonat-Sonnenbrillen, reicht in den meisten Fällen aus, ist jedoch im Vergleich zu dickeren Polycarbonatmaterialien nur bei UV-Strahlung über ~385 nm weniger effektiv (das heißt, gute Sonnenbrillen schützen Ihre Augen vor UV-Lampen in der Molekularbiologie, aber die Haut Ihres Gesichts ist dennoch der Strahlung ausgesetzt). Tatsächlich enthalten 2 mm dicke Sonnenbrillen aus Polycarbonat weniger als 2 mm Polycarbonat, da sich auf beiden Seiten des Polycarbonats eine kratzfeste, UV-absorbierende Beschichtung aufgebracht ist, da Polycarbonat sehr weich ist und leicht zerkratzt. Leider sind Polycarbonat-Kunststoffe schwer zu identifizieren, da ihre Nummer „7“ im Verzeichnis der Harz-Identifikationscodes (RIC) unter der Kategorie „Sonstige“ aufgeführt ist. Interpretation der Herstellerangaben **Wenn Sie die optischen Eigenschaften transparenter Materialien anhand der Tabellen überprüfen, werden Sie schnell feststellen, dass diese schwer zu interpretieren sind. Man stellt schnell fest, dass der Ansatz auf den Websites der Hersteller weniger wissenschaftlich, sondern eher werblich ist. Sie sprechen von UV-Strahlung in Prozent, erwähnen jedoch mit keinem Wort die Materialstärke, die einer der wichtigsten Aspekte für Absorption und Durchlässigkeit ist ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Ich vermute stark, dass sie eine Lichtweglänge (Dicke) von 2 mm verwenden; eine andere Möglichkeit wäre 1 cm (was eine weitere „Standard“-Länge ist). Falls Sie Insider-Informationen haben, kontaktieren Sie uns bitte!

Kostenloses digitales Signieren von Dokumenten unter Linux – eine Unmöglichkeit?

Sun, 01 Dec 2019 00:00:00 +0000

Die ganze Geschichte begann, als ich versuchte, ein LibreOffice-Dokument zu signieren. Wenn man den Informationen im Internet Glauben schenkt, ist die Dokumentensignatur in LibreOffice integriert. Ich muss noch die Person finden, der es gelungen ist, ein LibreOffice-Dokument digital zu signieren. Diese Erfahrung zeigt, dass sich die meisten Menschen trotz Edward Snowden nicht proaktiv um Sicherheit und Datenschutz kümmern. Debian hat scdaemon aus dem gnupg2-Paket entfernt, und wie üblich muss man ein Befehlszeilen-Ninja sein, um das Problem zu beheben. Der scdaemon bietet Smartcard-Unterstützung (die ich zwar nicht habe, aber ohne den scdaemon weigert sich der Kleopatra-Schlüsselmanager zu laufen). Ich verwende die Standardinstallation von Ubuntu 18.04, und es war eine ziemliche Odyssee, ein Dokument signieren zu lassen. Tatsächlich habe ich immer noch keine zufriedenstellende Methode dafür gefunden. Wie auch immer man es macht, irgendetwas stimmt nicht. Ubuntu 19.10 hat zumindest den Aufruf des Schlüsselmanagers aus LibreOffice behoben, und ich kann SeaHorse über den Dialog zur Dokumentensignatur aufrufen, aber ich habe immer noch keine Ahnung, wie ich meine GPG-Schlüssel für LibreOffice sichtbar machen kann. Hat das jemand herausgefunden? Bis mir jemand zeigt, wie man mit LibreOffice signiert, nutze ich die sehr gute, aber proprietäre Software PDFStudio , um meine GPG-Schlüssel zu importieren und meine PDF-Dateien zu signieren.Signaturdienste (DocuSign, HelloSign) Was macht man also, wenn man z. B. eine PDF-Datei signieren muss und keine Möglichkeit hat oder kein Abonnement für einen Zertifikatsdienst zur Dokumentensignatur wie DocuSign abschließen möchte? Selbst beim Budget-Tarif von DocuSign kostet eine einzelne digitale Signatur 2 $. DocuSign bietet eine 30-tägige kostenlose Testphase an, aber ich weiß nicht, ob die Zertifikate, die man während der Testphase erstellt, nach Ablauf der Testphase weiterhin gültig sind. HelloSign ( https://www.hellosign.com , mittlerweile im Besitz von DropBox ) bietet ebenfalls eine kostenlose Stufe an (mit der man 3 Dokumente pro Monat signieren kann) und fügt beim Signieren eine unsichtbare Signatur ein (die aus irgendeinem seltsamen Grund ungültig war, als ich sie getestet habe, obwohl HelloSign auf der Liste der von Adobe zugelassenen Zertifikatsaussteller steht).Selbstsignierte Zertifikate, CAcert und StartSSL Technisch gesehen kann man eigene Signaturen erstellen (selbstsignierte Zertifikate), doch wenn solche PDF-Dateien mit dem Acrobat Reader angezeigt werden, wird die Signatur als ungültig markiert und die Tatsache der Selbstsignierung wird angezeigt. Früher gab es http://www.cacert.org/ , aber meines Wissens nach haben alle Browser die CAcert-Zertifikate entfernt, und dasselbe gilt wahrscheinlich auch für Acrobat. StartSSL hat früher kostenlose Zertifikate ausgegeben, aber diese gibt es nicht mehr (das Unternehmen stand wegen seiner eigenen Sicherheitsprobleme unter erheblichem Druck).Unterstützung durch PDF-ViewerInteressanterweise ignorieren viele PDF-Viewer die Signatur ohnehin (z. B. zeigt der in Firefox integrierte PDF-Viewer gar nichts an). Andere PDF-Viewer zeigen die Signatur zwar an, weisen aber NICHT darauf hin, dass sie nicht vertrauenswürdig ist (z. B. der PDF-Viewer des Chrome-Browsers und der Standard-PDF-Viewer von Ubuntu, Evince). Da Sie keine Ahnung haben, welchen Viewer Ihr Zielpublikum zur Anzeige Ihrer signierten PDF-Datei verwenden wird, befinden Sie sich ohnehin in einer schwierigen Lage (selbst wenn Sie einen Dokumentensignaturdienst abonnieren). Let’s EncryptUm das Vertrauen in die Signatur zu erhöhen, kann man ein Let’s Encrypt -Zertifikat zum Signieren verwenden. Diese Signatur bescheinigt, dass der Autor des Dokuments die Kontrolle über eine bestimmte Website hat (in meinem Fall jeltsch.org). Das ist mehr als ein selbstsigniertes Zertifikat (und wenn die Website als vertrauenswürdig gilt, ist dies wohl auch mehr als der Kauf eines Abonnements bei DocuSign), doch das zweckentfremdete Letsencrypt-Zertifikat wird von Adobe nicht als vertrauenswürdig eingestuft, da das Letsencrypt-Projekt offensichtlich nie für die Dokumentensignatur gedacht war („Die Identität des Unterzeichners ist unbekannt, da sie nicht in Ihrer Liste vertrauenswürdiger Zertifikate enthalten ist und keines ihrer übergeordneten Zertifikate ein vertrauenswürdiges Zertifikat ist“). Die maximale Gültigkeitsdauer eines solchen Zertifikats beträgt jedoch 3 Monate; danach wird es ungültig. Es kann zwar weiterhin verwendet werden, es wird jedoch angezeigt, dass es ungültig ist, da es abgelaufen ist (oder noch nicht gültig ist).So missbraucht man das Let’s Encrypt-ZertifikatZunächst benötigen Sie einen Webserver, der Let’s Encrypt-Zertifikate zur Überprüfung der Website-Identität verwendet. Dies würde den Rahmen dieses Blogbeitrags sprengen, aber es gibt mehrere gute Anleitungen (z. B. von den Let’s Encrypt-Entwicklern selbst oder von Digital Ocean ). Sobald du deine Let’s Encrypt-Zertifikate hast, gehst du wie folgt vor, um sie zum Signieren von Dokumenten zu „missbrauchen“: Da Let’s Encrypt alle drei Monate eine Zertifikatserneuerung erfordert, befinden sich im selben Verzeichnis zahlreiche „fullchain.pem“- und „privkey.pem“-Dateien, die nummeriert sind. Sie möchten natürlich das neueste (das einzig gültige) Zertifikat verwenden und vielleicht das Let’s Encrypt-Zertifikat unmittelbar vor dem Export zum Signieren von Dokumenten erneuern:certbot --apache --force-renewal -n -d jeltsch.org oder, falls Sie alle Zertifikate erneuern möchten: certbot --apache --force-renewal Wenn Sie sich dafür entscheiden, alle Zertifikate zu erneuern, versucht Certbot, ein einziges Zertifikat für alle auf Ihrem Server vorhandenen Domains auszustellen (diese Möglichkeit gab es zu Beginn des Let’s Encrypt-Ökosystems noch nicht, wurde aber später eingeführt). Wenn Ihr Server mehr als eine Domain bedient, müssen Sie den Domainnamen, für den Sie das Zertifikat wünschen, manuell angeben. Weitere Details zur Verwendung des Certbot-Skripts finden Sie unter https://certbot.eff.org/docs/using.html#certbot-Befehle Dies ist der Befehl, der die Zertifikate in eine PKCS#12-Datei konvertiert:openssl pkcs12 -export -out signing_certificat.p12 -in /etc/letsencrypt/archive/website-name/fullchain1.pem -inkey /etc/letsencrypt/archive/website-name/privkey1.pemDie PKCS#12-Datei speichert das Zertifikat und den privaten Schlüssel in einer verschlüsselten Datei (mit der Dateiendung .p12). Daher fordert der Befehl Sie zur Eingabe einer Passphrase auf, die Sie sich unbedingt merken müssen, um das Zertifikat nutzen zu können. Anschließend können Sie die p12-Datei auf Ihren Desktop-Computer übertragen und damit PDF-Dateien signieren.Zeitstempel-ServerWenn Ihre PDF-Anwendung nach einem Zeitstempel-Server fragt, können Sie einen der kostenlosen Dienste nutzen, z. B. ca.signFiles.com/TSAServer.aspx oder http://zeitstempel.dfn.de . Allerdings werden auch diese Zeitstempel-Dienste von Adobe Acrobat nicht als vertrauenswürdig eingestuft.Hier die Befehle zum Erstellen eines selbstsignierten Zertifikats (es wird nach einer (vorläufigen) Passphrase gefragt; denken Sie sich einfach etwas aus und merken Sie es sich, Sie benötigen es im zweiten Schritt):openssl req -x509 -newkey rsa:4096 -keyout key.pem -out cert.pem -days 3650Umwandlung in ein Signaturzertifikat (Sie werden zunächst nach der temporären Passphrase von oben und anschließend nach der endgültigen Passphrase gefragt, die Sie sich merken müssen, um das Zertifikat nutzen zu können):openssl pkcs12 -export -out signing_certificat.p12 -in cert.pem -inkey key.pem

Mobbing von oben

Fri, 22 Nov 2019 00:00:00 +0000

Einige Zahlen aus der „Nature“-Umfrage unter Absolventen aus dem Jahr 2019 ( https://www.nature.com/articles/d41586-019-03535-y ) sind beunruhigend. Nur sehr wenige der Befragten stammten aus Finnland, weshalb die Gesamtzahlen für Finnland mit Vorsicht zu betrachten sind. Doch jeder einzelne Vorfall ist schon einer zu viel. Was mich am meisten beunruhigt, ist a) dass gemobbte Doktoranden in Finnland das Gefühl haben, sie könnten nicht ohne Konsequenzen über ihre Erfahrungen sprechen, und b) dass Mobbing von oben in Finnland möglicherweise stärker verbreitet ist als Mobbing durch Gleichaltrige (wenn man andere wissenschaftliche Mitarbeiter zum „Oben“ zählt). Ein Studierender berichtete Berichten zufolge von Mobbing durch den Studiengangsleiter (was unter „Sonstiges“ fällt, das von Nature in der Grafik nicht separat aufgeführt wurde). Aufgrund von Rundungen und Mehrfachnennungen ergeben die Zahlen zusammen nicht 100 %.

PXE-Boot vom Netgate Pfsense SG-3100

Fri, 15 Nov 2019 00:00:00 +0000

Um Linux ohne CD, DVD oder USB-Stick zu installieren, nutze ich mittlerweile das PXE-Booten („Pixie“-Booten) in unserem lokalen Heimnetzwerk. Ich konnte keine guten Anleitungen finden und musste ein wenig herumprobieren, bis es funktionierte, aber der Vorgang an sich ist recht einfach. Hier sind die Schritte:

Schutz vor UV-Licht

Fri, 15 Nov 2019 00:00:00 +0000

Zunächst einige DefinitionenUV-C (100/200–280/290 nm, kurzwelliges, hartes UV)UV-B (290–315 nm, mittelwelliges, intermediäres UV)UV-A (315–400 nm, langwelliges UV, weiches UV, „Schwarzlicht“) Insbesondere bei UV-C werden gelegentlich unterschiedliche Wellenlängengrenzen verwendet, um die Abgrenzungen zwischen den verschiedenen UV-Typen zu definieren. Manche schließen Wellenlängen unter 200 nm aus dem UV-C-Bereich aus und bezeichnen sie als „Vakuum-UV (VUV)“. Andere unterteilen das UV-C-Spektrum weiter und bezeichnen die Wellenlängen zwischen 10 und 200 nm als „UV-C-VUV“. „Extrem-UV (EUV)“ bezieht sich auf Wellenlängen zwischen 10 und 121 nm; am kurzen Ende dieses Bereichs gilt die Strahlung als ionisierend (ähnlich wie Röntgenstrahlen). Mir ist jedoch keine klare Wellenlängengrenze bekannt, die zur Abgrenzung zwischen ionisierender und nichtionisierender Strahlung herangezogen wird. Molekularbiologie Die meisten UV-Tische für die Molekularbiologie werden zum Nachweis von mit Ethidiumbromid gefärbter DNA in Agarosegelen verwendet. Sie verwenden eine Wellenlänge um 300 nm (meist 302 nm), doch einige bieten auch eine Option mit längerer Wellenlänge an (z. B. kann das Alpha Innotech LM-26E bei 302 oder 365 nm betrieben werden). Als Faustregel gilt: Je länger die Wellenlänge, desto geringer ist die Schädigung der DNA (allerdings wird auch das Signal des in die DNA eingeklemmten Ethidiumbromids schwächer). Es gibt 254-nm-UV-Lampen, diese sind jedoch für DNA ungeeignet, da sie die DNA innerhalb von Sekunden mutieren lassen. Das ist nicht überraschend, da das Absorptionsmaximum der DNA selbst bei 260 nm liegt, was bedeutet, dass die maximale Strahlungsmenge von der DNA absorbiert wird. Daher stellt die 302-nm-Wellenlänge einen Kompromiss zwischen Empfindlichkeit und DNA-Schädigung dar. Die Arbeit mit einem UV-Tisch ist nicht ganz ungefährlich, und ich würde davon ausgehen, dass von der UV-Strahlung eine größere Gefahr ausgeht als von der Ethidiumbromid-Färbung, vor der manche Menschen (Wissenschaftler!) aus dem einen oder anderen irrationalen Grund übermäßige Angst haben ( https://bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/ , http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide ). Ich habe bei einem meiner Kollegen einen „Sonnenbrand“ beobachtet, der durch zu lange Einwirkung von UV-Licht aus UV-Tischen verursacht wurde. Die Gesichtsmaske schützt zwar Ihr Gesicht, aber Ihre Arme oder Ihr Dekolleté können dennoch einen Sonnenbrand erleiden.UV-durchlässige und UV-undurchlässige MaterialienAnhand der (sichtbaren) Lichtdurchlässigkeit eines Materials lässt sich nicht erkennen, wie effizient das Material UV-Licht absorbiert. Herkömmliches Acrylglas („Plexiglas“) ist für UV-Strahlung höherer Wellenlängen (auch UV-A genannt, 315–400 nm) durchlässig und eignet sich daher nicht zum Schutz der Augen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves/ ). Acrylglas kann durch Zugabe von UV-absorbierenden Additiven UV-undurchlässig gemacht werden. UV-filterndes Acrylglas („Museum-Acryl“) ist in verschiedenen Qualitäten erhältlich. Liegt die UV-Wellenlänge unter ~375 nm, ist jede UV-filternde Acrylglasqualität geeignet. UF-4-Acrylglas bietet den geringsten Schutz: 80 % des 400-nm-UV-Lichts werden durch eine 2-mm-Platte hindurchgelassen. UF-3 schützt besser und UF-5 absorbiert fast das gesamte UV-Licht im nahen sichtbaren Bereich (>390 nm).Polycarbonat (PC) ist Ihr VerbündeterWenn Sie jedoch Schutz vor UV-Strahlung benötigen, ist Polycarbonat Ihr Verbündeter. 3 mm dickes Polycarbonat ist für UV-Strahlung aus den meisten in der Molekularbiologie verwendeten UV-Quellen bis zu 400 nm praktisch vollständig undurchlässig. Daher werden UV-schützende Gesichtsmasken und Sonnenbrillen meist aus Polycarbonat hergestellt. 2 mm – was etwas dicker ist als die typische Dicke von Polycarbonat-Sonnenbrillen – reichen meist aus, doch die im Vergleich zu dickerem Polycarbonat geringere Absorptionsleistung spielt nur bei UV-Strahlung oberhalb von ~385 nm eine Rolle (daher schützen gute Sonnenbrillen Ihre Augen zwar vor UV-Lampen aus der Molekularbiologie, Ihre Gesichtshaut ist jedoch weiterhin der Strahlung ausgesetzt). Tatsächlich besteht eine 2 mm dicke Polycarbonat-Sonnenbrille aus weniger als 2 mm Polycarbonat, da sie auf beiden Seiten des Polycarbonats eine kratzfeste, nicht UV-absorbierende Beschichtung aufweist, da Polycarbonat sehr weich ist und sehr leicht zerkratzt wird. Leider sind Polycarbonat-Kunststoffe schwer zu erkennen, da ihre Nummer „7“ auf der Liste der Kunststoffkennzeichen (RIC) lautet, die unter „Sonstige“ zusammengefasst ist.Interpretation der HerstellerangabenWenn man die Datenblätter zu den optischen Eigenschaften transparenter Materialien prüft, stellt man schnell fest, dass diese schwer zu interpretieren sind. Man merkt schnell, dass der Ansatz auf den Websites der Hersteller weniger wissenschaftlich, sondern eher werblich ist. Sie sprechen von der UV-Durchlässigkeit in Prozent, erwähnen jedoch nirgends die Dicke des Materials, die einer der wichtigsten Aspekte der Absorption/Durchlässigkeit ist ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Ich vermute stark, dass sie einen Lichtweg (Dicke) von 2 mm verwenden; die andere Möglichkeit wäre 1 cm (was die andere „Standard“-Länge ist). Falls Sie Insiderwissen dazu haben, lassen Sie es mich bitte wissen!

Die Universität Helsinki unterliegt im Rechtsstreit um die Rechtmäßigkeit der Massenentlassungsverfahren von 2015

Wed, 16 Oct 2019 00:00:00 +0000

Im Jahr 2015 entließ die Universität Helsinki rund 370 ihrer Mitarbeiter (und verlängerte die befristeten Verträge von etwa ebenso vielen nicht). Viele konnten ihren Arbeitsplatz nur behalten, weil ihre Verträge nicht gerade zu dem Zeitpunkt ausliefen, als das „Zentralkomitee“ der Universitätsverwaltung überreagierte, als es erkannte, wie schlecht die finanzielle Lage der Universität tatsächlich geworden war. Etwa zehn Jahre konservativer Sparpolitik gipfelten im Frühjahr 2015 in der Wahl der neuen Regierung unter der Führung des finnischen Unternehmers Juha Sipilä, der mitverantwortlich für die massiven Mittelkürzungen war, die Ende 2015 zu den massiven Entlassungen führten.Im vergangenen Monat entschied ein finnisches Bezirksgericht, dass die Entlassungen insofern rechtswidrig waren, als die Universität Helsinki in mehreren Punkten gegen das finnische Gesetz verstoßen hatte („ Yhteistoimintamenettelylaki “, auf Deutsch etwa „Gesetz über die Zusammenarbeit in Unternehmen“). Insbesondere tadelte das Gericht die Universität für ihre Informationspolitik und das Fehlen von Versuchen, über Alternativen zu den Entlassungen zu verhandeln. Genau so empfanden es damals die meisten Beschäftigten: Die zentrale Verwaltung hatte in einigen Hinterzimmertreffen eine „Lösung“ ausgeheckt, ohne die Betroffenen zu konsultieren, und diese Lösung dann rücksichtslos und ohne Rücksicht auf die Folgen durchgesetzt.Die den Klägern zugesprochenen Entschädigungen beliefen sich je nach Dauer ihrer Beschäftigung auf 5.000 oder 6.000 €. Man kann über die Vor- und Nachteile der US-amerikanischen Rechtsauffassung zu Entschädigungen streiten (die eher auf Abschreckung als auf Entschädigung abzielt), aber selbst für eine finanziell angeschlagene Universität werden werden 64.000 € (einschließlich 35.000 € Prozesskosten und 29.000 € Entschädigung für die fünf Kläger) weder den Klägern nennenswert helfen noch irgendeine Universität davon abhalten, solche Handlungen zu wiederholen. Und nach der Reaktion zu urteilen, teilt die zentrale Verwaltung der Universität nicht die Auffassung des Landgerichts, dass das Verfahren nicht rechtskonform war. Die größte skandinavische Tageszeitung „Helsingin Sanomat“ berichtete über diesen Fall: https://www.hs.fi/politiikka/art-2000006245821.html sowie viele andere Zeitschriften, z. B. http://www.acatiimi.fi/6_2019/12.php .

Lymphologie 2019

Sat, 12 Oct 2019 00:00:00 +0000

Vor einer Woche war ich in Deutschland, um an der Tagung Lymphologie 2019 teilzunehmen, die in Bad Krozingen bei Freiburg stattfand.Die Tagung wird alle zwei Jahre gemeinsam von der DGL ( Deutsche Gesellschaft für Lymphologie ) und der GDL ( Gesellschaft Deutschsprachiger Lymphologen ). Die Tagung ist insgesamt sehr praxisnah und klinisch ausgerichtet, mit vielen Workshops und praktischen Ratschlägen. Daher ist sie für Praktiker, die Deutsch verstehen, sehr zu empfehlen. Es gibt jedoch auch einen „Grundlagenwissenschafts“-Track, und den Organisatoren gelingt es immer wieder, einige namhafte Wissenschaftler für diesen Track zu gewinnen (siehe hier: https://www.lymphologie-kongress.de/programm/samstag-03-10-15/) . Bemerkenswert ist, dass die Vorträge auf Deutsch gehalten werden, was die Rekrutierung nicht gerade erleichtert. Lymphologen in Deutschland spielen mit ihren einzigartig spezialisierten Experten und Einrichtungen ( Földiklinik ) weiterhin eine führende Rolle bei der Behandlung von Lymphödemen (und seit kurzem auch von Lipödemen), doch auch in Deutschland ist Englisch zur Sprache der biomedizinischen Forschung geworden. Dennoch besteht nach wie vor Bedarf an der Verbreitung von Forschungsergebnissen in deutscher Sprache, weshalb ich gelegentlich Beiträge für die deutschsprachige Fachzeitschrift „Lymphologie in Forschung und Praxis“ verfasse

ISK 2019

Thu, 10 Oct 2019 00:00:00 +0000

Das Internationale Symposium über Kallikreine und kallikreinverwandte Peptidasen (ISK) fand vom 25. bis 27. September in Prag statt. Da ich nicht aus dem Kallikrein-Bereich komme, habe ich viel gelernt. Mir war beispielsweise nicht bewusst, dass KLK4 Plasminogen aktivieren kann (eine Tatsache, die möglicherweise einige unserer früheren, widersprüchlichen Ergebnisse erklärt, bei denen KLK4 in Zellkulturen gelegentlich VEGF-C schwach zu aktivieren schien). Es überraschte nicht, dass viele Teilnehmer an unseren Erkenntnissen interessiert waren, wonach KLK3/PSA die Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D aktivieren können, die beide an der Krebsprogression, insbesondere an der Metastasierung, beteiligt sind. Sie bestätigten, dass es noch nicht sehr viele Forschungsarbeiten zu den Auswirkungen von KLK3/PSA-Mutationen auf die menschliche Fruchtbarkeit gibt, aber ich bin mir sicher, dass sich jemand damit befassen wird. Auch wenn es als prestigeträchtiger gilt, einen Vortrag zu halten, als ein Poster zu präsentieren, muss ich das noch einmal überdenken und werde beim nächsten Mal vielleicht ein Poster präsentieren. Was mir am besten gefallen würde: einen Vortrag halten UND ein Poster präsentieren. Warum bieten so wenige Konferenzen diese Möglichkeit an? Wie tief kann man in ein Thema einsteigen, wenn man nur 15 Minuten auf der Bühne hat? Hat sich die Aufmerksamkeitsspanne der Konferenzteilnehmer in den letzten Jahrzehnten aufgrund von Facebook, YouTube und Instagram wirklich verringert? Vielleicht: https://www.telegraph.co.uk/science/2016/03/12/humans-have-shorter-attention-span-than-goldfish-thanks-to-smart/The Die Atmosphäre auf der Konferenz war wirklich freundlich und kooperativ, vielleicht auch aufgrund der relativ geringen Teilnehmerzahl. Sollten wir unseren Ausflug in das KLK-Feld tatsächlich ausweiten, kann ich mich an viele Experten wenden, die mir helfen können. Ich habe auch einige Forscher der Karls-Universität Prag kennengelernt, die sich mit Lymphforschung beschäftigen, und es sieht so aus, als könnten wir uns mit unseren spezifischen experimentellen Möglichkeiten gegenseitig unterstützen. Alles in allem eine sehr erfolgreiche Reise. Abgesehen vom Rückflug mit der Lufthansa, der in Frankfurt so spät zum Umsteigen ankam, dass ich es nicht geschafft habe, dort auf dem Rückweg noch einzukaufen, wie ich es ursprünglich geplant hatte (viele Geschäfte in Deutschland schließen bereits um 17 Uhr).

PoGo

Sun, 22 Sep 2019 00:00:00 +0000

Wenn ihr nach den PoGo-Spielern MarMiJe oder JelMicMar sucht, um einen Tausch oder einen Raid zu organisieren, schreibt mir einfach eine E-Mail an michael@jeltsch.org ! Obwohl PoGo als Community-Spiel angepriesen wurde, ist es paradoxerweise nicht möglich, innerhalb der Software selbst Nachrichten an Freunde zu senden. Für Freunde aus dem realen Leben ist das kein Problem, aber wie soll man einen besten Freund aus einem anderen Land kontaktieren, mit dem man drei Monate lang jeden Tag Geschenke ausgetauscht hat?

Finnische Zusammenfassung unserer jüngsten Arbeit zum Thema PSA (Prostata-spezifisches Antigen) in „Duodecim“

Sun, 25 Aug 2019 00:00:00 +0000

In der finnischen medizinischen Fachzeitschrift Duodecim ist eine interessante Zusammenfassung in finnischer Sprache zu unserer jüngsten Erkenntnis zu finden, dass PSA (Prostata-spezifisches Antigen) VEGF-C und VEGF-D aktiviert: Das Prostatakrebs-Marker-PSA aktiviert Wachstumsfaktoren in Blut- und Lymphgefäßen, die an der Ausbreitung von Krebs beteiligt sind ( https://www.duodecimlehti.fi/lehti/2019/15/duo15024 ). Angesichts der dominierenden Stellung der englischen Sprache in der Medizin (und den Lebenswissenschaften im Allgemeinen) ist Duodecim wohl die einzige noch relevante medizinische Fachzeitschrift in finnischer Sprache. Duodecim ist die Publikation des gleichnamigen finnischen Ärzteverbandes.

Nautilus (der Dateimanager von Ubuntu) und Lesezeichen

Tue, 06 Aug 2019 00:00:00 +0000

Früher wurden die Lesezeichen des Ubuntu-Dateimanagers direkt als unsichtbare Datei im Home-Verzeichnis ($HOME/.gtk-bookmarks) gespeichert. Seit Version 14.04 sind sie zwei Ebenen tief in $HOME/.config/gtk-3.0/bookmarks versteckt. Und falls du dich fragst, wo sich die Nautilus-Skripte befinden: Diese liegen heutzutage unter $HOME/.local/share/nautilus/scripts/.

Lvm2 manuell einbinden

Fri, 02 Aug 2019 00:00:00 +0000

Alle Befehle als sudo:

vgscan (--mknodes)
vgchange -ay (volumegroupname)
(lvdisplay or lvs or ls -l /dev/volumegroupname/)
mkdir -vp $PATH/{home,root} (to make a moint point)
mount /dev/volumegroupname/home $PATH/home
mount /dev/volumegroupname/root $PATH/root
(ls -al $PATH/home)

Kurs zur Proteinreinigung 2019

Wed, 31 Jul 2019 00:00:00 +0000

Auch in diesem Dezember veranstalten wir wieder den DPBM-Kurs zur Proteinreinigung in unserem Labor. Sichern Sie sich Ihren Platz, denn dieser praxisorientierte Kurs ist sehr beliebt und es gibt nur 16 Plätze. Sie können Ihr eigenes Protein mitbringen, und wir passen das Kursprogramm individuell an Ihre Bedürfnisse an!Weitere Informationen: http://research.med.helsinki.fi/corefacilities/b3p/teaching.htmlRegistration : https://courses.helsinki.fi/en/dpbm-135/131042336

So aktivieren Sie die passwortlose Anmeldung an einem Server

Wed, 24 Jul 2019 00:00:00 +0000

Aktivieren Sie die Root-Anmeldung mit Passwort auf dem Server. Dazu müssen Sie die Datei /etc/ssh/sshd_config bearbeiten. Ändern Sie die Zeilen, die mit „PermitRootLogin“ beginnen, wie folgt: #PermitRootLogin prohibit-password PermitRootLogin yes
Starten Sie den sshd-Server neu: sudo systemctl restart sshd
Kopieren Sie auf dem Client die Dateien mit den öffentlichen Schlüsseln mit dem Befehl ssh-copy-id auf den Server: ssh-copy-id root@server
Deaktivieren Sie auf dem Server die Root-Anmeldung per Passwort und aktivieren Sie die Root-Anmeldung mit öffentlicher Schlüsselauthentifizierung:PermitRootLogin prohibit-password#PermitRootLogin yes

Begutachtung von Manuskripten durch das Anbringen von Anmerkungen in PDF-Dateien

Fri, 28 Jun 2019 00:00:00 +0000

Manuskripte für das wissenschaftliche Peer-Review-Verfahren werden als PDF-Dateien eingereicht. Daher erscheint es am naheliegendsten, die PDF-Datei selbst mit Anmerkungen zu versehen, anstatt die Kommentare als separate Textdatei einzureichen. Viele Einreichungssysteme erlauben es jedoch nicht, Kommentare in Form einer mit Anmerkungen versehenen PDF-Datei einzureichen.Zudem gibt es keinen benutzerfreundlichen kostenlosen/Open-Source-PDF-Editor für Linux (meine bevorzugte Plattform). Zwar gibt es PDFEdit ( http://pdfedit.cz/en/index.html) , doch dessen Bedienung erfordert einen erheblichen Lernaufwand, und die letzte Version stammt bereits aus dem Jahr 2012. Es gibt kostenlose Online-PDF-Editoren (z. B. https://www.pdfescape.com/) , aber manchmal benötige ich ein lokales Tool. Obwohl es weder Open Source noch kostenlos ist, ist das Tool meiner Wahl PDF Studio Pro . Es verfügt über alle Funktionen, die ich brauche (eigentlich sogar viel mehr, als ich brauche), ist wirklich plattformübergreifend (Windows, Mac, Linux), einfach zu bedienen und für das, was es bietet, sehr erschwinglich (129 US$ für eine einmalige, unbefristete Lizenz). Leider bietet Quoppa Software – der Hersteller von PDF Studio – keine akademischen Rabatte an.PDF Studio ViewerVor einiger Zeit haben die Entwickler von PDF Studio begonnen, eine kostenlose Version namens PDF Studio Viewer anzubieten. Diese kostenlose Version ist im Laufe der Zeit immer nützlicher geworden. Seit letztem Jahr unterstützt sie auch das Anbringen von Anmerkungen in PDF-Dateien, was für meine Arbeit sehr wichtig ist, vor allem wenn ich wissenschaftliche Manuskripte begutachte. Für viele akademische Nutzer dürfte der PDF Studio Viewer völlig ausreichend sein.LibreOffice und InkscapeNatürlich lassen sich PDF-Dateien mit LibreOffice Draw und Inkscape bearbeiten, doch diese Programme sind nicht speziell für das Hinzufügen von Anmerkungen ausgelegt. Wenn Sie umfangreiche Anmerkungen vornehmen müssen, wird der Vorgang schnell sehr mühsam. Zudem kann die Bearbeitung in Inkscape destruktiv sein (z. B. wenn Sie Text ändern), aber ich habe das Programm beispielsweise zum Ausfüllen von Formularen verwendet.Abgesehen vom Fehlen spezieller Anmerkungs- und Überprüfungswerkzeuge („Markierungen“ wie „Text ersetzen“, „Text durchstreichen“, „Text löschen“, „Text einfügen“ oder Callouts), ist LibreOffice Draw eigentlich ein recht leistungsfähiger PDF-Editor, versagt jedoch manchmal noch beim korrekten Öffnen sehr komplexer PDF-Dokumente (ich hatte Probleme mit Hintergrundbildern/Mustern). Seltsamerweise werden die einzigen Überprüfungswerkzeuge (Kommentare) standardmäßig nicht exportiert. Du musst das Kontrollkästchen „Kommentare exportieren“ aktivieren, wenn du deine bearbeitete PDF-Datei als PDF exportierst (der Vorgang „Speichern“ erstellt eine ODG-Datei, die du wahrscheinlich nicht haben möchtest).PDFsamWenn Sie keine Anmerkungen hinzufügen müssen, reicht Ihnen vielleicht das Open-Source-Tool PDFsam . Im Gegensatz zu PDFEdit ist PDFsam in den Ubuntu-Repositories verfügbar. PDFsam bietet außerdem zwei kostenpflichtige Versionen ( PDFsam Enhanced und PDFsam Visual ). PDFsam Basic (die Open-Source-Version) ist lediglich eine einfache grafische Benutzeroberfläche, die auf einigen Befehlszeilen-Dienstprogrammen aufsetzt, während der PDF Studio Viewer ein echtes visuelles Bearbeitungserlebnis bietet. Zu den kostenpflichtigen Versionen von PDFsam kann ich nichts sagen, da sie nicht als kostenlose Testversionen verfügbar sind. Tatsächlich lassen sich alle Funktionen von PDFsam über die Befehlszeile ausführen (siehe hier meinen Blogbeitrag darüber, wie man gängige PDF-Bearbeitungsaufgaben hauptsächlich mit dem Befehlszeilentool pdftk durchführt).Dateigröße reduzierenPDFsam Basic und der PDF Studio Viewer bieten keine Funktionen zur Reduzierung der Dateigröße. Im PDF-Exportdialog von LibreOffice Draw können Sie die Bildauflösung und die JPEG-Komprimierung verringern, um so die Dateigröße zu reduzieren. Im Open-Source-Bereich scheinen jedoch nur Befehlszeilentools in der Lage zu sein, die PDF-Größe zu reduzieren. Ich verwende ghostscript für diese Aufgabe, aber der Befehl ist nicht leicht zu merken:gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/screen -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdfBei PDF Studio Pro müssen Sie sich die verschiedenen Schlüsselwörter für die unterschiedlichen Ausgabequalitätsoptionen (Bildschirm, E-Book, Drucker, Druckvorstufe) natürlich nicht merken, da Sie einfach aus dem Dropdown-Menü zwischen den verfügbaren Optionen wählen können. Wenn Sie nach einem Open-Source-Wrapper für Ghostscript suchen, probieren Sie vielleicht workerPdf aus. Dokumente signieren und Signaturen hinzufügen Mit dem PDF Studio Viewer können Sie Dokumente signieren, wenn Sie über ein DocuSign-Abonnement verfügen. Mir geht es jedoch in erster Linie darum, selbst nachweisen zu können, dass ich ein bestimmtes Dokument erstellt habe („selbstsignierte Signatur“), und nicht darum, dass andere meine Urheberschaft überprüfen können. Für dieses Szenario hat man mit dem PDF Studio Viewer leider kein Glück. Und offenbar bietet PDFSam keine Möglichkeit zum Signieren (weder selbstsigniert noch durch Dritte). LibreOffice Draw ermöglicht jedoch das Signieren von Dokumenten! Ich habe nach einer erschwinglichen Lösung (nicht selbstsigniert, aber von anderen PDF-Readern als vertrauenswürdig anerkannt) zum Signieren von PDF-Dokumenten gesucht, aber es scheint keine geeignete Lösung zu geben, wenn man nur selten signieren muss. Der Basisplan von DocuSign (10 US$/Monat) erscheint zu teuer, wenn man nur ein Dokument pro Monat signiert.FazitWenn man bei kostenlosen oder Open-Source-Lösungen bleiben möchte, muss man wahrscheinlich mehrere Tools kombinieren, um alle typischen PDF-Bearbeitungsaufgaben problemlos zu bewältigen: PDFsam Basic, LibreOffice Draw, PDF Studio Viewer und Ghostscript. Wenn Sie jedoch häufig PDFs bearbeiten (so wie ich), ist der Kauf von PDF Studio Pro eindeutig die richtige Wahl.

Startmeldungen von Ubuntu 18.04

Tue, 25 Jun 2019 00:00:00 +0000

Nachdem ich den Computer gewechselt hatte (bei gleicher Ubuntu-Version), kopierte ich meine OpenVPN-Konfiguration (/etc/openvpn) auf das neue System. Beim nächsten Systemstart wurde ich während des Bootvorgangs seltsamerweise aufgefordert, meinen Benutzernamen und mein Passwort einzugeben. Da nicht angegeben war, wozu dies diente, musste ich raten. Zudem gab es einen Fehler, der dazu führte, dass ich nach Eingabe von Benutzername und Passwort zweimal die Eingabetaste drücken musste. Es schien sich um OpenVPN zu handeln, das – standardmäßig – versuchte, alle OpenVPN-Konfigurationen zu starten, die es in /etc/openvpn finden konnte. Auf meinem alten System hatte ich eingestellt, dass nichts automatisch gestartet werden sollte. Und natürlich befindet sich diese Einstellung nicht im Verzeichnis /etc/openvpn, sondern in /etc/default/openvpn. Um den automatischen Start zu verhindern, muss man die Zeile #AUTOSTART="none" auskommentieren.Um zu sehen, welcher Prozess beim Booten nach dem Passwort fragte, musste ich alle Boot-Meldungen einsehen. Dazu drückt man kurz nach dem Booten die Esc-Taste, um das GRUB-Bootmenü aufzurufen (sofern nur Ubuntu installiert ist; andernfalls wird das Bootmenü standardmäßig angezeigt). Drücke einfach „e“, um in den Bearbeitungsmodus zu gelangen. Hier bearbeitest du die Zeile, die mit linux beginnt, und löschst die beiden Wörter „silent splash“. Anschließend drückst du F10, um den Startvorgang fortzusetzen.

Neuverwendung des Wachstumsfaktors VEGF-C

Sat, 22 Jun 2019 00:00:00 +0000

In einem eLIFE-Digest wird unsere aktuelle Veröffentlichung zu VEGF-C vorgestellt ( https://elifesciences.org/digests/44478/re-purposing-the-growth-factor-vegf-c ). Auch wenn sich unsere Forschung nicht eingehend mit der Funktion von VEGF-C während der Fortpflanzung befasste, geben die Kommentare der Gutachter und unsere Antworten (unter der Überschrift „Antwort des Autors“) mehr Einblick als die Veröffentlichung selbst. Wir haben die Daten zur Spermienmotilität nicht in das Manuskript aufgenommen. Obwohl deren Ausmaß manchmal beeindruckend war, konnten wir nicht immer eine erhöhte Spermienmotilität als Reaktion auf aktives VEGF-C messen. Wie allgemein bekannt ist, weist Sperma als biologische Probe stark schwankende Konsistenz und Qualität auf. Interessanterweise liefert ein vor zwei Jahren in eLIFE veröffentlichter Artikel zusätzliche Einblicke in das, womit wir es möglicherweise zu tun haben: Das Risiko der Spermienkonkurrenz führt zu schnellen Anpassungen des Ejakulats, vermittelt durch die Samenflüssigkeit . Dieser Artikel zeigt, dass die Schwimmgeschwindigkeit von Spermien von den Männchen je nach sozialer Situation (Anwesenheit eines Weibchens oder eines männlichen Konkurrenten) rasch reguliert wird. Meiner Meinung nach scheinen solche Faktoren bei der Arbeit mit menschlichen Proben fast unmöglich zu kontrollieren zu sein…Allerdings bezieht sich der Titel mehrdeutig auch auf Krebs. Auf der Grundlage unserer Daten vermuten wir, dass VEGF-C von seiner lymphangiogenen Funktion auf eine angiogene und darüber hinaus auf eine metastasenfördernde Rolle umfunktioniert werden kann.

Kein Quantensprung in Richtung einer autofreien Stadt

Fri, 14 Jun 2019 00:00:00 +0000

Der ÖPNV-Betreiber der finnischen Hauptstadtregion (HSL) hat ein neues Tarifsystem eingeführt. Bisher basierte das System auf den Stadtgrenzen. Das war ungerecht: Eine Fahrt von einem Kilometer kostete mehr als 4 Euro, wenn sie zufällig eine Stadtgrenze überquerte, während eine 20-km-Fahrt (z. B. von Lauttasaari nach Vuosaari) möglicherweise nur 2,2 € kostete. Nun ist die Hauptstadtregion in konzentrische Zonen rund um das Stadtzentrum von Helsinki unterteilt, und der Fahrpreis richtet sich danach, welche und wie viele Zonen man während der Fahrt durchquert. Die Fahrten werden mit einer elektronischen Fahrkarte bezahlt, die entweder mit „Zeit“ (Wochen-, Monats- oder Saisonkarte) oder mit „Guthaben“ (zur Bezahlung einzelner Fahrten) aufgeladen werden kann.Für die meisten geringfügig günstiger, aber nicht für alle Das implizite Versprechen lautete, dass das System nicht teurer werde, doch dies trifft offensichtlich nicht auf alle zu. Für diejenigen, die Einzelfahrkarten nutzen, ist die Erhöhung spürbar. Der Preis einer Einzelfahrkarte innerhalb der AB-Zone stieg von 2,2 € auf 2,8 €, was einer Steigerung von mehr als 27 % entspricht. Andererseits ist das Ticket nun 80 Minuten lang gültig (statt 60 Minuten) und das Gebiet, in dem mit dem neuen Ticket gefahren werden kann, wurde erweitert (vor allem in westlicher Richtung bis nach Espoo). Diese zusätzlichen Verbesserungen sind jedoch nur für eine begrenzte Anzahl von Kunden relevant, da der Großteil der Fahrten innerhalb von 60 Minuten und innerhalb des Helsinki-Gebiets der AB-Zone bleibt. Zudem wurden die Einzelfahrkarten, die ausschließlich für die Straßenbahn galten, abgeschafft. Diese Straßenbahnfahrkarten waren deutlich günstiger als die regulären Fahrkarten, die zur Nutzung aller Arten öffentlicher Verkehrsmittel berechtigen. In der finnischen Presse gibt es mehrere Medienberichte über die Verlierer der Fahrkartenreform, z. B. bei Talouselämä: https://www.talouselama.fi/uutiset/hsln-lippu-uudistuksen-haviajat-ratikkamatkustajat-kolmannen-vyohykkeen-kautta-kulkevat-ja-vain-helsingissa-matkustavat/703ca51a-c6b8-3b71-9804-9f35ad89eeaa . Versprechen Meine eigenen Ausgaben für den öffentlichen Nahverkehr sind stark gestiegen (um etwa 25 %), da ich hauptsächlich Einzelfahrkarten innerhalb des Helsinki-Teils der AB-Zone genutzt habe. Das wäre kein großes Problem, wenn HSL sein Versprechen eingehalten hätte, Nutzern, die ihr sich automatisch verlängerndes Abonnement ein Jahr oder länger aufrechterhalten, einen erheblichen Rabatt zu gewähren. Allerdings kann ich dieses Versprechen auf der HSL-Website nicht einmal mehr finden. Als ich mich beim Kundenservice von HSL erkundigte, teilte man mir mit, dass man an der Umsetzung eines solchen Rabatts arbeite, aber noch nicht sagen könne, wann dieser verfügbar sein werde. Das erinnerte mich an die letzte Aktualisierung des Tarifsystems, als HSL versprochen hatte, ein Zusatzfahrschein für Inhaber von Monatskarten mit Gültigkeit innerhalb von Helsinki einzuführen, um deren Gültigkeitsbereich zu erweitern, ohne dass ein Fahrschein zum Vollpreis für die gesamte Großregion Helsinki („seutulippu“) gekauft werden muss.Kein Quantensprung hin zu einer autofreien StadtAuch wenn dies insgesamt vielleicht ein winziger Schritt in die richtige Richtung ist, ist die Erneuerung des Tarifsystems bei weitem kein attraktives Angebot für Autofahrer, auf den öffentlichen Nahverkehr umzusteigen. Es bedarf viel mehr Mut und größerer Schritte, wenn Helsinki den privaten Autobesitz bis 2025 ernsthaft überflüssig machen will . Für Familien mit Kindern, die in der Zone C wohnen, ist das Auto im Vergleich zum öffentlichen Nahverkehr finanziell gesehen sogar immer noch zu wettbewerbsfähig (ABC-Ticket für 2 Erwachsene und 2 Kinder für ein Jahr: ~3500 €).

Lymphologische (Grundlagen-)Forschung: wie funktioniert das?

Wed, 29 May 2019 00:00:00 +0000

Vortrag für den 43. Jahreskongress der Deutschen Desellschaft für Lymphologie

PD Dr. Michael Jeltsch Universität Helsinki & Wihuri-Forschungsinstitut Haartmaninkatu 8 FIN-00290 Helsinki, Finnland michael@jeltsch.org

KLK3/PSA und Cathepsin D aktivieren VEGF-C und VEGF-D

Sat, 18 May 2019 00:00:00 +0000

Das prostataspezifische Antigen (PSA) ist – zumindest unter älteren Männern – als Marker für Prostatakrebs bekannt, doch nur wenige Menschen kennen seine physiologische Funktion: Spermien sind im frischen Ejakulat eingeschlossen, das eine geleeartige Konsistenz aufweist. Um die Spermien freizusetzen, muss das Ejakulat verflüssigt werden, und genau diese Verflüssigung ist die Aufgabe des PSA. Für viele Menschen überraschend ist auch die Tatsache, dass Wissenschaftler noch immer nicht wissen, warum hohe PSA-Werte mit Prostatakrebs in Verbindung stehen. In unserer neuesten Studie, die gestern in eLIFE veröffentlicht wurde , haben wir einen großen Schritt vorangemacht, um die Rolle von PSA sowohl in der Fortpflanzungs- als auch in der Krebsbiologie zu verstehen.Es scheint, dass PSA (auch bekannt als Kallikrein-verwandte Peptidase 3 – KLK3) und ein weiteres Enzym namens Cathepsin D zwei Wachstumsfaktoren aktivieren können, die mit dem Fortschreiten von Krebs in Verbindung gebracht werden: VEGF-C und VEGF-D . Diese Wachstumsfaktoren tragen wahrscheinlich zur Tumorangiogenese und zur Tumorlymphangiogenese bei. Durch die Induktion der Angiogenese – also des Wachstums von Blutgefäßen – sichert sich der Tumor seine eigene Versorgung mit Nährstoffen und Sauerstoff. Eine solche Blutversorgung ist notwendig, damit ein Tumor über eine Größe von wenigen Millimetern hinauswachsen kann. Ebenso findet eine Tumor-Lymphangiogenese statt, wenn der Tumor das Wachstum von Lymphgefäßen induziert, und sie ist eng mit der lymphatischen Ausbreitung (Metastasierung) des Tumors verbunden.Sowohl VEGF-C als auch VEGF-D werden als inaktive Vorläufer (pro-VEGF-C, pro-VEGF-D) gebildet und müssen aktiviert werden, um das Wachstum von Blut- oder Lymphgefäßen anzuregen. Mit ADAMTS3 haben wir 2014 das Enzym identifiziert, das VEGF-C während der Embryonalentwicklung – die ebenfalls das Gefäßwachstum erfordert – aktiviert ( Jeltsch et al. ). Es blieb jedoch unklar, ob dasselbe Enzym auch für das pathologische Gefäßwachstum verantwortlich ist. Nun scheint es wahrscheinlich, dass beim pathologischen Gefäßwachstum andere Enzyme zum Einsatz kommen, wobei PSA und Cathepsin D zu den Hauptverdächtigen geworden sind. In unseren nächsten Experimenten werden wir untersuchen, ob wir das Krebswachstum verlangsamen oder stoppen können, indem wir diese Enzyme blockieren.

1000+ Zitate

Wed, 15 May 2019 00:00:00 +0000

Die erste meiner Veröffentlichungen, die die 1000-Zitate-Marke knackte, war Gerhardt et al. 2003 . Mit dem „Tip-Cell-Konzept“ setzte sie ein Paradigma für die vaskuläre Biologie: Nicht alle Endothelzellen sind gleich, und die Tip-Zelle ist eine spezialisierte Zelle, die die Spitze des angiogenen Sprosses markiert. Mein Beitrag war jedoch begrenzt (Nummer 7 von 11 Autoren): Ich stellte den Großteil der für die Studie benötigten Proteine her. In diesem Frühjahr überschritt Jeltsch et al. 1997 erstmals die Marke von 1000 Zitaten. Die Arbeit beschreibt eine Maus, die VEGF-C in der Haut überexprimiert. Es handelte sich um den ersten Wachstumsfaktor, der sich nachweislich in vivo lymphangiogen verhält. Auch wenn dieses Paper kein neues Paradigma begründet, markiert es doch den Beginn des molekularen Zeitalters in der Lymphforschung . Wie viel Prozent der Artikel erreichen mehr als 1000 Zitate? Das ist je nach Fachgebiet unterschiedlich, aber laut https://en.wikipedia.org/wiki/Citation_impact liegt der Durchschnitt bei weniger als 1 von 4000. Im Vergleich dazu erhält ein durchschnittlicher Artikel 7,8 Zitate. Und selbst dieser Durchschnitt wird stark von einigen wenigen hochzitierten Artikeln beeinflusst ( ähnlich wie beim Impact-Faktor ). Der Median für die Anzahl der Zitate beträgt 4, was bedeutet, dass die Hälfte aller Artikel weniger als 4 Zitate aufweist (siehe hier ).

Verwendet Ubuntu 18.04 immer noch die SSD als Auslagerungsspeicher?

Fri, 10 May 2019 00:00:00 +0000

In einer Ubuntu-18.04-Konfiguration mit zwei Festplatten (/ auf der SSD, /home auf der mechanischen Festplatte) hat mein Ubuntu 18.04 standardmäßig weiterhin den Swap-Speicherplatz auf der SSD verwendet, obwohl sich auf der mechanischen Festplatte eine Swap-Partition gleicher Größe befand. Es handelte sich hierbei nicht um eine Neuinstallation, sondern um ein System-Upgrade von 16.04 (bei dem ich manuell eine Swap-Partition auf der mechanischen Festplatte angelegt hatte, um die SSD zu schonen). Linux kann zwar erkennen, ob es sich um eine rotierende Festplatte handelt oder nicht, aber anscheinend war das Installations-/Upgrade-Skript nicht besonders intelligent. Welche Swap-Partitionen sind verfügbar? sudo fdisk -l[…]Festplatte /dev/sda: 74,5 GiB, 80026361856 Bytes, 156301488 SektorenEinheiten: Sektoren à 1 * 512 = 512 BytesSektorgröße (logisch/physisch): 512 Byte / 512 Byte I/O-Größe (Minimum/Optimum): 512 Byte / 512 Byte Festplattenlabel-Typ: dos Festplattenkennung: 0x34836041Gerät Boot Start Ende Sektoren Größe ID Typ /dev/sda1 * 2048 148054782 148052735 70,6G 83 Linux /dev/sda2 148056062 156301311 8245250 4G 5 Erweitert /dev/sda5 148056064 156301311 8245248 4G 82 Linux swap / SolarisDisk /dev/sdb: 931,5 GiB, 1000204886016 Bytes, 1953525168 SektorenEinheiten: Sektoren à 1 * 512 = 512 BytesSektorgröße (logisch/physisch): 512 Byte / 512 Byte E/A-Größe (Minimum/Optimum): 512 Byte / 512 Byte Festplattenlabel-Typ: dos Festplattenkennung: 0xf6870277Gerät Boot Start Ende Sektoren Größe ID Typ /dev/sdb1 2048 8390655 8388608 4G 82 Linux swap / Solaris/dev/sdb2 8390656 1953525167 1945134512 927,5 G 83 Linux[…]Überprüfung, welches Laufwerk die SSD ist:cat /sys/block/sda/queue/rotational0cat /sys/block/sdb/queue/rotational1Welche Swap-Partition wird verwendet?more /etc/fstab[…]# swap befand sich während der Installation auf /dev/sda5UUID=fdb5ad84-f758-4326-a6c8-7adf91d21079 none swap sw 0 0[…]Überprüfen Sie, ob die UUID mit der SSD übereinstimmt: sudo blkid /dev/sda5 /dev/sda5: UUID="fdb5ad84-f758-4326-a6c8-7adf91d21079" TYPE="swap" PARTUUID="34836041-05"

Erfolgreiche Bewerbung an der Universität Helsinki

Sun, 28 Apr 2019 00:00:00 +0000

Wie stehen meine Chancen, in einen Masterstudiengang an der Universität Helsinki aufgenommen zu werden?

Dies variiert stark von Jahr zu Jahr und je nach Studiengang. Die Zulassungsquoten für die meisten einzelnen Studiengänge lagen zwischen 5 % und 40 %, wobei beliebte Studiengänge wie Umweltveränderungen und globale Nachhaltigkeit oder Wirtschaftswissenschaften am unteren Ende und z. B. Forstwissenschaften sowie Theoretische und computergestützte Methoden am oberen Ende.

Linux-Befehl „copy“ (cp)

Wed, 17 Apr 2019 00:00:00 +0000

Um alle XML-Dateien aus einem Verzeichnis in ein anderes zu kopieren, ohne vorhandene Dateien mit demselben Namen zu überschreiben: cp -vnpr /source/*.xml /destination

Denkbar knapper Sieg der Finnischen Sozialdemokraten über die ultrarechten Basisfinnen

Mon, 15 Apr 2019 00:00:00 +0000

Die gestrigen Parlamentswahlen in Finnland verliefen so dramatisch wie lange nicht mehr. Bis in die frühen Morgenstunden hatten viele Wähler gezittert, weil es zeitweilig so aussah, dass die Rechtaussenpartei der Basisfinnen die stärkste Fraktion im finnischen Parlament stellen würde und damit auch traditionell den Vortritt bei den Regierungsverhandlungen gehabt hätte. Der letztendliche Vorsprung der Sozialdemokraten vor den Basisfinnen fiel mit 0.2% hauchdünn aus. Obwohl die Sozialdemokraten nach 1999 erstmals wieder die stärkste Fraktion stellen werden, ist die Freude verhalten. Da keine Partei über 20% der Stimmen erreichen konnte, wird die Regierungsbildung schwierig. Alle demokratischen Parteien hatten im Vorfeld der Wahlen eine Koalition mit den Basisfinnen ausgeschlossen. Die von einigen erhoffte Schwächung der ultrarechten Basisfinnen durch eine Parteispaltung vor nicht einmal zwei Jahren ist nicht eingetreten und macht den Wahlerfolg der Basisfinnen um so verstörender. Das finnische Konzept, die Anziehungskraft der ultrarechten Parteien durch ihre explizite Einbinding in die Politik zu schwächen hat sich somit wahrscheinlich als Fehler herausgestellt. Zwei zentrale Standpunkte der Basisfinnen waren die verschärfte Einwanderungs- und Flüchtlingspolitik und die vielleicht geringste Priorität aller Parteien bezüglich des Umweltschutzes und speziell der Bekämpfung der globalen Erwärmung. In beiden Punkten unterscheiden sich die Basisfinnen grundlegend von fast allen anderen Parteien. Traditionell ist aber die finnische Politik eine Konsenspolitik und mit wenigen Ausnahmen sind Koalitionen jeder Partei mit jeder anderen Partei denkbar. Zur Zeit sieht noch so aus als ob alle demokratischen Parteien sich an ihr Wahlversprechen halten werden, nicht mit den Basisfinnen zu koalieren. Der wahrscheinliche zukünftige Ministerpräsident der Sozialdemokraten Antti Rinne hat in einem Interview nach der Wahlnacht noch einmal die Unvereinbarkeit der Standpunkte der Basisfinnen mit sozialdemokratischen Werten betont und das er eine unterschiedliche Behandlung von Menschen aufgrund ethnischer Zugehörigkeit oder Hautfarbe unmöglich akzeptieren kann.Im Prinzip ging es bei den Wahlen um eine Abrechnung mit der seit vier Jahren im Amt befindlichen Koalitionsregierung unter dem Ministerpräsidenten Juha Sipilä. Juha Sipilä hatte schon vor einem Monat den Rücktritt seiner Regierung bekanntgegeben, und war nur noch geschäftsführend im Amt, weil er zentrale Versprechen zur Erneuerung des Gesundheitssystems aufgrund mangelnder Unterstützung nicht einhalten konnte. Sipilä von der Finnischen Zentrumspartei ist (oder sollte man lieber sagen war) ein Quereinsteiger aus der Wirtschaft in die Politik. Obwohl die konservativen Sammlungspartei und die Basisfinnen (dem finnischen Pendant zur AfD) auch der bisherigen Koalitionsregierung angehörten, wurde nur die Zentrumspartei vom Wähler für die Politik der letzten Jahre mit massiven Verlusten von über 7% abgestraft, ihrem schlechtesten Ergebnis seit 100 Jahren.Ob meine eigenen Hoffnungen nach verstärkten Investitionen in Bildung und Forschung sich erfüllen, steht und fällt mit den Sozialdemokraten und deshalb haben sie auch meine Stimmen erhalten. Obwohl auch alle anderen Parteien versprochen haben die Ausgaben für R&D langfristig zu verdoppeln, ist die Ideologie der schwarzen Null auch in Finnland bei den Konservativen beliebt. Zumindest die Konservativen und die Zentrumspartei haben innerhalb der letzten 10 Jahre jede Gegegenheit verpasst zu zeigen, dass ihnen Investitionen in unsere Zukunft und in unsere Kinder am Herzen liegen. Es ist schon merkwürdig, dass es Geschäftsleuten wie Juha Sipilä ein fremder Gedanke sein sollte, dass man die Zukunft investieren muss, um wettbewerbsfähig zu bleiben.

ChemBio Finnland

Thu, 28 Mar 2019 00:00:00 +0000

Die alle zwei Jahre stattfindende Veranstaltung ChemBio Finland im Helsinki Fair Center findet am Mittwoch und Donnerstag dieser Woche statt. Am Stand der Akademie von Finnland ( http://www.aka.fi/fi/akatemia/media/Ajankohtaiset-uutiset/2019/tervetuloa-suomen-akatemian-osastolle-chembio-messuille/ ) habe ich unser Schlüsselprojekt vorgestellt. Zahlreiche Besucher kamen, um mehr über unsere Arbeit zu erfahren, wie wir Technologien zur In-vitro-Antikörperherstellung mithilfe von synthetischer Biologie und CRISPR ins 21. Jahrhundert führen wollen.

Passwortlose Anmeldung über die GUI und SSH-Standardeinstellungen

Mon, 25 Mar 2019 00:00:00 +0000

Ich nutze Cloud-Dienste bei CSC (z.B. pouta.csc.fi) und diese erlauben keine SSH-Anmeldung mit einer klassischen Benutzername/Passwort-Kombination. Wenn ich ein Lesezeichen in meinem Dateimanager (Nemo oder Nautilus/Files) erstellen möchte, das auf diesen Ort verweist, muss ich eine RSA-Schlüsseldatei angeben, die für die Anmeldung verwendet wird. Auf der Kommandozeile sieht das wie folgt aus:

Geringe Korrelation zwischen dem Journal Impact Factor und der wissenschaftlichen Wirkung

Wed, 13 Mar 2019 00:00:00 +0000

Definition des Journal Impact Factor Der Journal Impact Factor (JIF oder kurz IF) der Zeitschrift X ist die Anzahl der Zitate aus allen Zeitschriften und Tagungsbänden (in der Web of Science Core Collection ) im Jahr 2017 auf Artikel in der Zeitschrift X, geteilt durch die Anzahl der Artikel, die in den beiden vorangegangenen Jahren (2016 und 2016) veröffentlicht wurden. Für den JIF zählen nur Zeitschriften und Tagungsbände (keine Bücher) und innerhalb der Zeitschriften nur Originalartikel und Übersichtsartikel (Leitartikel, Leserbriefe und Tagungsabstracts zählen nicht). Wie man leicht erkennen kann, gibt es in dieser Beschreibung mehrere Faktoren, die sich für Interpretationen und Manipulationen durch Menschen eignen. Erstens muss jeder Beitrag in einer wissenschaftlichen Zeitschrift klassifiziert werden (z. B. ob es sich um einen Artikel oder einen Leserbrief handelt), und diese Klassifizierung erfolgt durch Menschen. Darüber hinaus ist die Auswahl dessen, was in die Web of Science Core Collection aufgenommen wird, keine feste Konstante, sondern die Liste wird dynamisch von Menschen aktualisiert.Web of Science versus ScopusWie sieht es nun mit Zeitschriften aus, die nicht in der WoS-Core-Collection enthalten sind? Ich habe beispielsweise einen Artikel in einer deutschsprachigen Zeitschrift veröffentlicht ( Lymphologie in Forschung und Praxis ). Diese Zeitschrift ist in keiner WoS-Sammlung enthalten. Trotz anfänglicher Vorbehalte hat dieser Übersichtsartikel inzwischen 8 Zitate gesammelt, was ein bemerkenswerter Erfolg ist, wenn man bedenkt, dass die mittlere Zitierhäufigkeit einer wissenschaftlichen Publikation bei vier liegt ( Quelle ; siehe auch diesen Blogbeitrag ). Wie kann ich den JIF angeben, wenn ich ihn bei einem Förderantrag angeben muss?Glücklicherweise gibt es noch eine Alternative zum Impact Factor, nämlich den Cite Score . Diese Kennzahl wurde vom weltweit größten wissenschaftlichen Verlag Elsevier eingeführt. Elsevier erfasst die Zitate auch in der Scopus -Datenbank. Scopus ist bei der Auswahl der Zeitschriften weniger wählerisch, und die meisten Zeitschriften, die nicht in der WoS-Core-Collection aufgeführt sind, werden von Scopus erfasst.**ResearchGate Journal Impact?**Was tun Sie also, wenn Ihre Zeitschrift bei keinem der beiden großen scientometrischen Anbieter aufgeführt ist? Es gibt noch eine weitere Metrik, die Sie nutzen können, nämlich ResearchGate . Der RG Journal Impact ist nicht gut dokumentiert (zumindest konnte ich nicht viel dazu finden), verwendet aber vermutlich eine ähnliche Methode. Es ist jedoch schwierig, einer Metrik zu vertrauen, wenn man nicht weiß, wie sie berechnet wird. Ich habe genau einen Artikel veröffentlicht, der weder von WoS noch von Scopus erfasst wird. Dies liegt jedoch daran, dass die Zeitschrift ( Frontiers in Biotechnology and Bioengineering ) noch jung ist. Der Verlag hat angekündigt, dass sie noch in diesem Jahr einen Impact-Faktor erhalten wird und dass dieser recht gut ausfallen wird. Vorläufig verwende ich den RG Journal Impact ( 3,02 ).Große Abweichungen bei der ZeitschriftenbewertungAuch wenn die Berechnung des Cite Score dem JIF sehr ähnlich ist, können die resultierenden Zahlen überraschend unterschiedlich ausfallen. Am Ende dieses Textes findet sich ein Vergleich zwischen JIF, Cite Score und RG Journal Impact für drei verschiedene Zeitschriften aus dem Jahr 2015, in denen ich veröffentlicht habe. Ein bemerkenswerter Unterschied besteht darin, dass der JIF die beiden vorangegangenen Jahre berücksichtigt, während der Cite Score die letzten drei Jahre einbezieht. Dies erklärt jedoch nicht den Großteil der Unterschiede. Der Cite Score ist zudem weniger wählerisch, was die Art der Inhalte betrifft: Er zählt – anders als der JIF – auch Leitartikel und Leserbriefe mit (als Faustregel gilt: Er zählt alles).Eine schwache KorrelationDer Impact-Faktor wird missbraucht. Er wurde entwickelt, um Zeitschriften zu bewerten (damit Bibliothekare entscheiden können, ob sie eine Zeitschrift abonnieren oder nicht), und wurde anschließend dazu verwendet, einzelne Artikel und sogar einzelne Forscher zu bewerten. Die Korrelation zwischen dem Impact-Faktor und der tatsächlichen wissenschaftlichen Wirkung (z. B. gemessen an der Anzahl der Zitate) hat in den letzten Jahrzehnten stetig abgenommen (siehe z. B. diese Studie: https://arxiv.org/abs/1205.4328) . Aus eigener Erfahrung kann ich bestätigen, dass dies zutrifft, da die Korrelation zwischen dem JIF und der tatsächlichen Anzahl der Zitate bei meinen eigenen Veröffentlichungen bei etwa 0,32 liegt. Das ist ziemlich schlecht, wenn man den JIF als Indikator nutzen möchte, um die wissenschaftliche Wirkung in Form zukünftiger Zitate vorherzusagen.UPDATE Der Impact-Faktor 2018 für „Frontiers in Biotechnology and Bioengineering“ beträgt 5,122 ( https://www.frontiersin.org/journals/bioengineering-and-biotechnology# ). Herzlichen Glückwunsch!

Der Kampf zwischen den großen Verlagen und der wissenschaftlichen Gemeinschaft

Mon, 04 Mar 2019 00:00:00 +0000

Ich habe an der Townhall-Diskussion der letzten Woche teilgenommen Was ist der Preis für offene Daten? („Was kostet der Zugang zu Wissen?“), die durch die kürzlich erfolgte Sperrung des Zugangs finnischer Universitäten zu Zeitschriften der Tyler & Francis-Gruppe ausgelöst wurde. Mikael Laakso führte das Publikum in das Thema Open Access und die Probleme steigender Preise ein, und Arja Tuuliniemi berichtete über die laufenden Verhandlungen mit Tyler & Francis und der Wiley-Gruppe. Zwar stellen sich Verlage gerne als Freunde und Verbündete der Forscher dar, doch Tatsache ist, dass der Großteil der wissenschaftlichen Verlagsbranche im Besitz großer multinationaler, börsennotierter Konzerne ist, die in erster Linie ihren Aktionären Rechenschaft schuldig sind und bei denen die Bedürfnisse der Forscher bestenfalls eine untergeordnete Rolle spielen. Man könnte meinen, dass das elektronische Publizieren die Preise für die Veröffentlichung und den Zugang zu veröffentlichtem Material senkt, doch die Realität zeigt genau das Gegenteil. In der aktuellen Situation, in der viele finnische Universitäten mit schrumpfenden Budgets zu kämpfen haben, könnten diese Millionen Euro besser eingesetzt werden, und das FinElib-Konsortium bemüht sich ständig darum, faire Vereinbarungen mit Verlagsriesen wie Elsevier, Springer, Taylor & Francis, Wiley und SAGE . Wenn die Verhandlungen nicht vor Ablauf der alten Verträge zu Ergebnissen führen, wird finnischen Universitäten manchmal der Zugang zu bestimmten Zeitschriften verwehrt. Dies ist nun erneut geschehen (nach einer ähnlichen Krise im Jahr 2016). Anfang Februar dieses Jahres waren die von der Taylor & Francis-Gruppe herausgegebenen Zeitschriften für finnische Forscher nicht mehr zugänglich. Plans S (d. h. die Initiative des Europäischen Forschungsrats, bis 2020 Open Access für alle staatlich finanzierten Forschungsarbeiten vorzuschreiben) stärkt zweifellos die Verhandlungsposition des FinElib-Konsortiums, da alle europäischen Kunden ihre Forderungen im Wesentlichen an den Anforderungen von Plan S ausrichten. Es ist jedoch noch unklar, wie sich Plan S auf kleinere, gemeinnützige Verlage wie wissenschaftliche Gesellschaften auswirken wird ( https://scholarlykitchen.sspnet.org/2018/12/06/why-society-and-not-for-profit-journals-are-worth-preserving-better-economic-and-continuing-value-for-the-community ). Meiner persönlichen Meinung nach gibt es keinen Grund zur Panik. Eine ähnliche Sperrung des Zugangs zu Elsevier gab es bereits Anfang dieses Jahres (2019) an allen Max-Planck-Instituten, und sie scheint von den Wissenschaftlern recht gut hingenommen zu werden. Auch wenn ich vielleicht nicht sofort auf alle Inhalte zugreifen kann, sollte diese Situation eher als Chance betrachtet werden. Sie können weiterhin auf alle Inhalte zugreifen, die Sie benötigen (vielleicht mit äußerst seltenen Ausnahmen).

Anpassen des Swappiness-Werts unter Linux und auf SSDs

Tue, 19 Feb 2019 00:00:00 +0000

Der Swappiness-Parameter ist unter /proc/sys/vm/swappiness verfügbar.

„0“ bedeutet: „Nur dann auf die Festplatte auslagern, wenn es unbedingt notwendig ist.“
„100“ bedeutet: „Sofort auf die Festplatte auslagern.“

Wenn Sie Ihr Betriebssystem von einer SSD aus betreiben, möchten Sie möglicherweise nicht den Standardwert von 60 beibehalten, insbesondere nicht, wenn Sie über ausreichend RAM (16 oder 32 GB) verfügen. Um die Lebensdauer Ihrer SSD zu schonen, führen Sie folgenden Befehl aus: sudo sysctl vm.swappiness=10. Diese Einstellung geht jedoch nach einem Neustart verloren. Um sie dauerhaft zu machen, müssen Sie die folgende Zeile in die Datei /etc/sysctl.conf einfügen: vm.swappiness=10

Einbinden von Gruppenverzeichnissen über die fstab

Mon, 11 Feb 2019 00:00:00 +0000

An der Universität Helsinki kann man Gruppenverzeichnisse beantragen, bei denen es sich schlicht um Speicherplatz auf einem NAS handelt. Diese lassen sich problemlos einbinden, wenn man einen von der Universität verwalteten Computer über das Universitätsmenü nutzt, aber wie sieht es aus, wenn man seinen eigenen Rechner verwendet? Zumindest unter Ubuntu Linux hat sich die Vorgehensweise zum Einbinden dieser Verzeichnisse im Laufe der Jahre mehrfach geändert und funktioniert seit Kurzem wieder nicht mehr. Der aktuelle Eintrag in der Datei /etc/fstab in meinem (Standard-, nicht von der Universität verwalteten) Ubuntu 16.04 lautet wie folgt:# HY-Gruppenverzeichnisse//group2.ad.helsinki.fi/h204 /home/local_username/GROUP-drive cifs noauto,user,user=hy_username,nobrl,uid=1000,gid=1000,file_mode=0666,dir_mode=0777 0 0Anschließend können Sie einfach „mount /home/local_username/GROUP-drive“ ausführen, woraufhin Sie zur Eingabe Ihres HY-Passworts aufgefordert werden. Die Zahl 2 und die Zeichenfolge „h204“ in der Serveradresse (group2.ad.helsinki.fi/h204) beziehen sich auf die Kostenstelle, in diesem Fall H2042 (wobei jeweils die erste Ziffer und die ersten vier Zeichen der Kostenstellen-Zeichenfolge verwendet werden). Und hier finden Sie eine Anleitung, wie Sie dies manuell auf einem Macintosh durchführen können: https://helpdesk.it.helsinki.fi/en/instructions/saving-and-sharing/group-storage-space/remote-access-home-and-group-directory-mac

Sauerteigvollkornweizenbrot

Sat, 09 Feb 2019 00:00:00 +0000

Traditionalles finnisches Brot wird aus Roggen gebacken. Und zwar mit Sauerteig. Das erfordert ziemlich viel Sachverstand, wenn man der “reinen Lehre” folgen will und nur Vollkornroggenmehl, Wasser, Salz und Sauerteig als Zutaten akzeptiert. Auch die meisten der kommerziell hergestellten Roggenbrote hier in Finnland weichen von diesen strengen Regeln ab. Weizen ist nicht ganz so problematisch, obwohl er in der letzten Zeit wegen seines hohen Glutengehalts einen schlechten Ruf bekommen hat (zum grössten Teil wohl zu Unrecht). Weizen eignet sich ja zum Backen genau deswegen am besten, weil er viel und sehr klebriges Gluten enthält und damit das Krümeln des Brots verhindert. Der deutsche Name für Gluten ist ja “Klebereiweiß”.Weizenvollkornbrote mit Hefe habe ich schon oft gebacken, aber letzte Woche habe ich mich an ein Sauerteigweizenvollkornbrot gewagt. Den Sauerteig habe ich selbst hergestellt und darauf vertraut, dass ein bischen Bäckerhefe und Joghurt die Mehl-Wasser-Mischung solange vor schädlichen Bakterien schützen, bis sich die richtigen Mikroorganismen angesiedelt haben.Obwohl wir eine eigen Mühle zum Mehlmahlen besitzen, habe ich bisher fast immer fertig gemahlenes Mehl im Geschäft gekauft. Ungemahlener Weizen wird hier leider nur in Bioläden in Kleinstmengen zu Preisen verkauft, die ich einfach nicht mehr akzeptabel finde (>2.5 Euro/kg). Zum Glück habe ich endlich einen Bauernhof gefunden, der guten Weizen preiswert ab Hof verkauft und der mit öffentlichen Verkehrsmitteln (fast) erreichbar ist: Krannin Tila . Das Resultat war gar nicht so schlecht. Selbst meine überkritischen Kinder haben das Brot gegessen (allerdings nur solange es frisch war). Der Geschmack erinnert mehr an Roggenbrot als an Weizenbrot. Wahrscheinlich ist für den Geschmack das Treibmittel wichtiger als die Getreidesorte.Und so habe ich es gemacht:

Finnland: Ein Paradies für Skilangläufer

Sun, 03 Feb 2019 00:00:00 +0000

Zur Zeit ist Finnland ein Paradies für Skilangläufer. Jede Menge Schnee und tausende von Kilometern gespurter Loipen, davon alleine in der Hauptstadtregion fast 1000 km, die mit wenigen Ausnahmen mit öffentlichen Nahverkehrsmitteln gut erreichbar sind. Eine 13-km-Runde läuft direkt an userer Wohnung in Vanhakaupunki (Altstadt) vorbei und das Bild für diesen Blogeintrag ist von dieser Strecke. Meine Schwester Claudia schreibt einen exzellenten Blog über Helsinki ( https://claudiashelsinki.com ), der sich hauptsächlich an Turisten wendet, und ihr letzter Blogeintrag handelt vom Skilanglauf , speziell auch in Helsinki. Der Blog is übrigens richtig informativ und jedem zu empfehlen, der Helsinki besuchen möchte.

Erhöhte Widerstandsfähigkeit

Tue, 27 Nov 2018 00:00:00 +0000

Ich bin fest davon überzeugt, dass Unternehmen ein echtes Interesse daran haben, kritisches Feedback zu erhalten. Zumindest sollte dies Teil ihres unternehmerischen Überlebensinstinkts sein. Wenn unzufriedene Kunden einfach zu einem anderen Anbieter wechseln, ohne Feedback zu geben, ist der Schaden bereits angerichtet. Deshalb gebe ich immer Feedback, wenn ein Produkt meinen hohen Qualitätsansprüchen nicht gerecht wird. Dieses Mal schreibe ich jedoch über ein Produkt, mit dem ich sehr zufrieden bin, nämlich das neue GE Healthcare Superdex 75 Increase 10/300 GL . Es handelt sich um eine Gelfiltrationssäule und eine Weiterentwicklung des Vorgängermodells Superdex 75 10/300 GL , die wir seit 30 Jahren verwenden. Der größte Vorteil der „Increase“-Version ist die höhere Druckbeständigkeit. Vor einigen Wochen vergaß ein überarbeiteter Doktorand, die Säule nach dem Gebrauch zu verschließen, und stellte sie zurück in den Kühlschrank, wo das 20-prozentige Ethanol in den folgenden zwei Wochen langsam verdunstete. Der Kühlschrank ist belüftet, und als ich die Säule benötigte, war der Schaden bereits angerichtet: Es gab eine etwa 8 mm große Lücke, und es hatte sich eine trockene Zone von etwa einem Zoll gebildet. Ich füllte die Totvolumina sofort mit entgastem 20-prozentigem Ethanol auf und startete einen sehr langsamen Lauf (0,05 ml/min) über mehrere Stunden, woraufhin ich auf entgastes Wasser und anschließend auf Puffer umstellte. Nach etwa zwei Tagen Laufzeit hatte sich der Spalt auf etwa 3 Millimeter verringert. Der verbleibende Spalt wurde durch Justieren des oberen Adapters beseitigt (ich musste ihn so weit wie möglich festschrauben). Nun musste ich die „reparierte“ Säule testen. Ich führte sowohl einen Funktionstest (Trennung zweier Proteine in PBS) als auch den Aceton-Test (Injektion von 100 µl 2-prozentigem Aceton in Wasser) durch. Ich war äußerst überrascht, als der Aceton-Test etwa 19.000 theoretische Platten anzeigte (das ist mehr, als wir jemals mit unseren alten Superdex-75-Säulen erreicht haben). Und die Trennung der beiden Proteine (RNaseA und BSA) zeigte, dass die Säule nach wie vor voll funktionsfähig ist. Allerdings können wir keinerlei Gelkompression tolerieren, da die Korrekturkapazität des Adapters bereits voll ausgeschöpft ist (GE Healthcare stellte früher einen längeren Adapter her, mit dem wir noch mehr kompensieren könnten, aber das Unternehmen hat beschlossen, dieses Produkt aus dem Programm zu nehmen).Sowohl der Doktorand als auch ich waren nach Erhalt dieser Ergebnisse erleichtert, da der Kauf einer neuen Säule uns 2.200 € gekostet hätte und wir über keine zweckgebundenen Mittel für den Betrieb unserer Zentraleinrichtung haben, wäre ich gezwungen gewesen, diese Kosten auf das Labor des Doktoranden abzuwälzen. Leider habe ich kein Foto von der beschädigten Säule gemacht, da meine instinktive Reaktion darin bestand, sofort mit der Bergung zu beginnen. Die Säule auf dem Bild unten ist jedoch die beschädigte Säule, nachdem die Bergungsaktion abgeschlossen war.

So lernen wir unsere Lektionen – nicht fürs Leben, sondern für den Hörsaal

Tue, 27 Nov 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus („So lernen wir unsere Lektionen, nicht für das Leben, sondern für den Hörsaal“). Vor 2000 Jahren schrieb Seneca dies an einen seiner Schüler. Mein Sohn ist derselben Meinung: Ein Großteil seines Lehrplans ist für das echte Leben irrelevant. Leider muss ich ihm zustimmen (und viele Experten sehen das genauso). Innerhalb weniger Jahre weichen der anfängliche Stolz und die Freude über den Schulbeginn Langeweile und Desinteresse. Schon wenige Wochen nach Beginn des Herbstsemesters warten die Kinder nur noch auf die Weihnachtsferien. Lernen sollte Spaß machen, und ich frage mich, was da schiefläuft. Wie schafft es die Schule, die natürliche Neugier und Motivation so schnell zu ersticken? Am Anfang habe ich mit meinem Sohn darüber diskutiert, dass es nicht so sehr darauf ankommt, WAS man lernt, sondern dass man lernt, wie man lernt – was bei fast jedem Thema möglich sein sollte. Doch auch wenn dies vielleicht stimmt, ist diese Vorstellung gleichzeitig ein Eingeständnis des Versagens derjenigen, die die Lehrpläne an unseren Schulen erstellen und umsetzen. Warum scheint es so schwierig zu sein, Themen auszuwählen, die interessant und relevant sind? Vor 100 Jahren hätten Lesen, Schreiben und grundlegende Rechenkenntnisse vielleicht noch ausgereicht. Das Wissen nimmt heutzutage explosionsartig zu, doch die einzige Antwort der Lehrplanverfasser besteht darin, noch mehr in die Lehrpläne zu stopfen, ohne veraltetes Faktenwissen aus dem Unterricht zu streichen. Das lässt wenig Spielraum für die Vermittlung methodischer Kompetenzen, die in der heutigen Gesellschaft dringend benötigt werden. Ich verstehe, dass Schulen nur über begrenzte finanzielle und personelle Möglichkeiten verfügen. Dennoch gibt es Lehrer, denen es – trotz aller materiellen Einschränkungen (in einem der reichsten Länder der Welt!) – gelingt, eine moderne und unterhaltsame „Kundenerfahrung“ (sic!) zu vermitteln. Als Antwort auf die zukünftigen Bedürfnisse unserer Gesellschaft versuchen manche, die MINT-Fächer (Mathematik, Informatik, Naturwissenschaften und Technik) zu fördern. Doch gerade in diesen Fächern schreitet der Wissens- und Informationszuwachs so rasant voran, dass Lehrpläne (die per Definition eher träge sind) und auch die meisten Lehrkräfte nicht in der Lage sind, Schritt zu halten. Auch wenn das Wissen relevant sein mag, sind die wichtigeren Lektionen, die vermittelt werden sollten, nicht faktisches Wissen, sondern methodisches Wissen. Und methodisches Wissen lässt sich anhand äußerst interessanter und relevanter Themen vermitteln:

So ändern Sie die MAC-Adresse des Ubiquity Edge Router X

Wed, 14 Nov 2018 00:00:00 +0000

Rufen Sie das Befehlszeilentool (CLI) über die Browser-Benutzeroberfläche auf. Wenn Ihr Passwort Sonderzeichen enthält, müssen Sie Ihr Passwort möglicherweise zunächst über die Benutzeroberfläche ändern. Trotz erheblicher Bemühungen ist es mir nicht gelungen, Sonderzeichen über Firefox auf einem Mac in die CLI einzugeben (Kopieren und Einfügen funktioniert nicht). Angenommen, Sie möchten eth0 ändern: configureset interfaces ethernet eth0 mac 00:03:0D:51:B4:D2 commitsave

Nicht für das Leben, sondern für die Schule lernen wir

Tue, 13 Nov 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus („Nicht für das Leben, sondern für die Schule lernen wir.“; “Thus we learn our lessons, not for life, but for the lecture-room.”) ist ein ungefähr 2000 Jahre altes Zitat Senecas aus einem Brief an einen seiner Schüler. Mein Sohn ist der gleichen Ansicht: das meiste, was er in der Schule lernen müsse, wäre nicht wichtig für das wirkliche Leben. Leider muss ich ihm (und viele andere Experten mit mir) da Recht geben. Dem Stolz und der Freunde, die den Anfang der Schullaufbahn der meisten Kinder begleiten, folgt oft innerhalb weniger Jahre die Ernüchterung. Schon wenige Wochen nach den grossen Ferien warten die Kinder nur noch auf die Herbst und dann auf die Weihnachtsferien, obwohl Lernen doch Spaß machen kann. Was läuft hier falsch? Wie schaffen es die Schulen so schnell, die natürliche Neugierde und Motivation der Kinder zu abzutöten?Ich habe anfangs zu argumentieren versucht, dass es nicht wichitg is WAS man lernt, sondern dass man das LERNEN lernt. Und das könne man ja an beliebigen Themen. Leider ist dieses Argument ein Armutszeugnis für diejenigen, die die Lehrpläne für unsere Schulen erstellen oder umsetzen. Warum lässt man dann die Schüler nicht LERNEN lernen an Themen, die interessant und relevant sind? Wo vor hundert Jahren Lesen, Schreiben und die Grundrechenarten genügten, wächst das Wissen heutzutage exponentiell. Und die einzige Antwort der Schulbürokraten ist, immer mehr neuen Stoff in die Lehrpläne zu packen, ohne Altes aus den Lehrplänen zu streichen. Dabei währen eher mehr Freiräume als früher notwendig, weil die Vermittlung vieler der heutzutage benötigten Kompetenzen Spielraum und flexible Strukturen benötigt. Mir ist klar, das die (personellen und finanziellen) Möglichkeiten der meisten Schulen begrenzt sind. Trotzdem gibt es viele Lehrer, die dem Mangel (in einem der reichsten Länder der Welt!) die Stirn bieten und mit mit viel Energie und Engagement modernen Unterricht gestalten.Viele sehen das Heil in einer verstärkten Rolle der MINT-Fächer (MINT = Mathematik, Informatik, Naturwissenschaft und Technik; auf Englisch STEM: science, technology, engineering and mathematics), aber gerade hier ist der Informationszuwachs so rasant, das Lehrpläne und vermutlich auch die meisten Lehrer nicht annährend mit der Realität mithalten könnten, auch wenn das zu vermittelnde Wissen unmittelbar relevant wäre. Deshalb sind heute Lehrer gefragt, die ihren Schüleren nicht nur Fakten beibringen, sondern Methoden. Solche Konzepte kann man gerade mit hochaktuellen und interessanten Themen vermitteln:

OpenVPN-Server auf pfSense und Client auf Ubuntu 16.04

Fri, 02 Nov 2018 00:00:00 +0000

Ich habe einen OpenVPN -Server auf meinem Netgate SG-3100-Router eingerichtet. Ich hoffe, dass dies die Synchronisierung von Backups an einen physisch getrennten Standort erleichtert. Es gibt viele Anleitungen zur Einrichtung eines OpenVPN-Servers auf einem pfsense-Router , und das funktioniert gut. Ich verwende jedoch bei der Arbeit Ubuntu 16.04, und die Einrichtung des Clients ist etwas aufwendiger als unter macOS oder Windows. Unter Ubuntu ist es zwingend erforderlich, die DNS-Einstellungen nach dem Aufbau des VPN-Tunnels manuell zu aktualisieren, wenn Sie die Option gewählt haben, den gesamten vom Client ausgehenden Internetverkehr über den VPN-Server zu leiten. Wenn du die DNS-Resolver-Informationen auf dem Ubuntu-Client nicht aktualisierst, kannst du zwar auf das VPN-interne Netzwerk (in meinem Fall 10.0.0.0/24) zugreifen, aber keine Hostnamen verwenden. Beispielsweise schlägt der Befehl „ping www.google.com “ fehl, während „ping 172.217.21.164“ erfolgreich ist. Ebenso findet Ihr Browser keine URLs. Und das Surfen mit IP-Adressen („http://172.217.21.164“) ist nicht besonders praktisch. Die Standardkonfiguration unter Ubuntu lässt aus Sicherheitsgründen keine automatische Aktualisierung des DNS-Resolvers zu. Im Ubuntu-Paket von OpenVPN ist ein Skript enthalten, das diese Informationen aktualisiert (/etc/openvpn/update-resolv-conf). Damit dies jedoch funktioniert, muss man

Internationalisierung im Tagesgeschäft auf dem Meilahti-Campus

Mon, 22 Oct 2018 00:00:00 +0000

Lernen Sie die Rektoren in Meilahti kennenAm vergangenen Donnerstag (18.10.2018) wurde der neue Rektor der Universität Helsinki Jari Niemelä sowie die vier Vizerektoren (Sari Lindblom, Paula Eerola, Hanna Snellman, Tom Böhling) den Campus Meilahti zu einer öffentlichen Frage-und-Antwort-Runde. Bei der Veranstaltung waren kaum Ausländer anwesend. Folglich war die Kommunikationssprache Finnisch. Es liegt auf der Hand, dass Ausländer nicht teilnehmen, wenn sie die Sprache der Veranstaltung nicht verstehen und sprechen. Und da Ausländer nicht teilnehmen, gibt es keinen Grund, die Sprache der Veranstaltung zu ändern, und so dreht sich der Kreis weiter… Traditionell nur Finnisch und Schwedisch Der Meilahti-Campus nimmt in Bezug auf den Sprachgebrauch eine Sonderstellung ein, da es bis vor kurzem unmöglich war, in Meilahti einen Abschluss zu erwerben, ohne Finnisch oder Schwedisch zu beherrschen, da die einzigen Studiengänge nicht auf Englisch angeboten wurden. Die Situation hat sich jedoch geändert (z. B. durch den Umzug des Fachbereichs Psychologie nach Meilahti und die Einrichtung neuer Studiengänge wie TRANSMED ), doch alte Gewohnheiten lassen sich nur schwer ablegen. Vorreiter RPU und HiLIFE Die Vorreiter der Internationalisierung am Meilahti-Campus sind die Research Programs Unit und HiLIFE. Die Doktoranden und Postdoktoranden der Research Programs Unit (RPU) sowie die HiLIFE sind die beiden am stärksten internationalisierten Bereiche des Meilahti-Campus, und folglich Hannu Sariola (ehemaliger Vizedekan für Forschung in Meilahti) und Tomi Mäkelä (der HiLIFE-Direktor) das Thema Internationalisierung zur Sprache brachten und darauf hinwiesen, dass die Vorschriften der Universität mehr sprachliche Flexibilität zulassen, als tatsächlich umgesetzt wird. Bislang sind Finnisch und Schwedisch die einzigen offiziellen Sprachen an der Universität Helsinki, obwohl mehr englischsprachige als schwedischsprachige Studierende eingeschrieben sind. Englisch ist zudem die De-facto-Sprache fast aller wissenschaftlichen Aktivitäten. Ein Gleichgewicht zwischen den Landessprachen und Englisch zu finden, dürfte keine perfekte Lösung haben. Wenn die Universität ihre internationale Wirkung und ihren Erfolg optimieren will, muss die Rolle von Finnisch und Schwedisch zwangsläufig zurückgehen, sofern nicht massiv mehr Ressourcen zur Verfügung gestellt werden.**Getrennte Veranstaltungen?**Um auch die ausländischen Mitarbeiter einzubeziehen, hat der Dekan der Fakultät kürzlich die Fakultätsmitarbeiterbesprechung zweimal organisiert: einmal auf Englisch und einmal auf Finnisch. Ich bin mir nicht sicher, ob eine solche Trennung langfristig eine gute Idee ist, aber sie geht das Problem pragmatisch an und erfüllt ihren Zweck. Würde jemand vorschlagen, die Fakultäts-Weihnachtsfeier nach Sprachen zu trennen, würde das als diskriminierend angesehen werden, aber bei einer Arbeitssitzung scheint niemand Einwände zu haben…**PS:**Ich bin nicht der Einzige, dem bewusst ist, dass die Internationalisierung noch einen langen Weg vor sich hat. Im Intranet der Universität Helsinki gibt es einen schönen Artikel, der die neue Vizerektorin Hanna Snellman und ihre Sichtweise zu diesem Thema vorstellt: https://flamma.helsinki.fi/en/HY377022 . Allerdings hält die Universität den Großteil ihrer interessanten Webinhalte hinter verschlossenen Türen (innerhalb ihres Flamma -Dienstes) zurück, unzugänglich für die breite Öffentlichkeit, die schließlich die Rechnungen der Universität bezahlt … Wovor hat die Universität Angst? Vor mehr Transparenz?

SSD oder mechanische Festplatte?

Wed, 12 Sep 2018 00:00:00 +0000

sudo apt install smartmontools sudo smartctl -a /dev/sda oder cat /sys/block/sda/queue/rotational

Lehrpläne aus der Vergangenheit

Mon, 10 Sep 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus („Nicht für das Leben, sondern für die Schule lernen wir“) ist ein ungefähr 2000 Jahre altes Zitat Senecas aus einem Brief an einen seiner Schüler. Meine Kinder sind der gleichen Ansicht: das meiste, was er in der Schule lernen muss, wäre nicht wichtig für das wirkliche Leben. Leider muss ich ihm (und auch viele Experten mit mir) da Recht geben. Dem Stolz und der Freunde, die den Anfang der Schullaufbahn der meisten Kinder begleiten, folgt oft innerhalb weniger Jahre die Ernüchterung. Schon wenige Wochen nach den grossen Ferien warten die Kinder nur noch auf die Herbst- und dann die Weihnachtsferien, obwohl Lernen doch Spaß machen könnte. Was läuft hier falsch? Wie schafft es die Schule so schnell, die natürliche Neugierde und Motivation der Kinder zu töten?Ich habe früher zu argumentieren versucht, dass es nicht wichitg is WAS man lernt, sondern dass man das LERNEN lernt. Und das könne man ja an beliebigen Themen. Leider ist dieses Argument ein Armutszeugnis für diejenigen, die die Lehrpläne für unsere Schulen erstellen und umsetzen. Warum lässt man dann die Schüler nicht lernen lernen an Themen, die interessant und relevant sind? Wo vor hundert Jahren Lesen, Schreiben und Rechnen genügte (und mit Rechnen meine ich die Grundrechenarten), wachsen heutzutage Wissen (leider auch Desinformation) exponentiell. Und die einzige Antwort der Schulbürokraten ist, immer mehr neuen Stoff in die Lehrpläne zu packen, ohne Altes aus den Lehrplänen zu streichen.Viele sehen das Heil in einer verstärkten Rolle der MINT-Fächer (MINT = Mathematik, Informatik, Naturwissenschaft und Technik; auf Englisch STEM: science, technology, engineering and mathematics), aber gerade hier ist der Informationszuwachs so rasant, das Lehrpläne und vermutlich auch die meisten Lehrer nicht annährend mit der Realität mithalten könnten, auch wenn das zu vermittelnde Wissen unmittelbar relevant wäre. Deshalb sind heute Lehrer gefragt, die ihren Schüleren nicht nur Fakten sondern auch die Natur von Wissen und Realität nahezubringen imstande sind. Solche Konzepte kann man gerade mit hochaktuellen und interessanten Themen vermitteln, z.B. Klimaveränderung: warum wir wissen, was wir wissen; was ist der Unterschied zwischen “Fakten” und “Meinungen”, warum gibt es in der Wissenschaft keine “Wahrheit” gibt, warum es trozdem Theorien, gibt, die mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit richtig sind und was eigentlich “richtig” und “falsch” in der Wissenschaft bedeutet und warum Wissenschaft eben keine Anhäufung von Fakten ist, sondern eine Methode. Und zwar die besten Methode, die wir kennen, um uns der Realität zu nähern (damit oute ich mich als Gegner der postmodernen Beliebigkeit, die auch die Wissenschaft als kulturbestimmt und ohne irgendwelche spezielle Beziehung zur Realität oder zur Wahrheit betrachtet).Die aktuellen Lehrpläne (zumindest die der Schule meiner Kinder) bereiten auf das vor, was vorgestern wichtig war. Die heutigen Kinder brauchen anstatt Stoffwissen Methoden. Und die Methoden kann man anhand eines Stoffes lernen, der interessant für jedes individuelle Kind ist. Und dabei geht es auch nicht um die Stoffmenge, sondern eher um die Tiefe. Kreativiät, Engagement und Verantwortung sind andere Dinge, die heutige Schulen lehren sollten und die für das Überleben der Menschheit unabdingbar sind; mehr zu diesem Thema gibt es zuhauf im Internet, hier nur zwei Links zur Anregung: https://www.cicero.de/kultur/wir-brauchen-eine-bildungsrevolution/51963 und http://www.spiegel.de/plus/a-00000000-0002-0001-0000-000158147643/ .

SnapGene und partielle Restriktionsverdauungen – ein erneuter Blick darauf

Thu, 23 Aug 2018 00:00:00 +0000

SnapGene ist eine Software für Molekularbiologen im Labor, die viel mit Klonierung zu tun haben (Konstruktdesign und Annotation). Seit meinem letzten Beitrag über die SnapGene-Software ( https://www.snapgene.com/ ) hat sich viel Positives getan:

Rückmeldung zur Organisation des Internationalen Treffens zur Gefäßbiologie 2018

Wed, 20 Jun 2018 00:00:00 +0000

Als Mitglied des lokalen Organisationskomitees für die IVBM 2018 habe ich die Konferenzteilnehmer um direktes Feedback gebeten. Ich habe viel Lob erhalten, das ich hier nicht noch einmal wiederholen möchte. Falls wir jemals wieder eine große internationale Konferenz organisieren sollten, sind hier die Punkte, die wir beim nächsten Mal anders machen sollten. Vielleicht kann diese Liste auch anderen helfen, die zum ersten Mal große, internationale Konferenzen organisieren. Falls diese Liste den Eindruck erweckt, die Konferenz sei schlecht organisiert gewesen, irren Sie sich! Alle wichtigen Abläufe funktionierten reibungslos, und einige der unten aufgeführten Probleme wurden gelöst, bevor es den Teilnehmern überhaupt auffiel. Dennoch gibt es bei den Details immer Raum für Verbesserungen! Und – wie immer – lagen einige der Probleme außerhalb unserer Kontrolle, da wir einen Teil der Arbeit ausgelagert hatten, insbesondere an Confedent International . Und manche Entscheidungen waren ein Kompromiss zwischen dem Optimalen und dem, was das Konferenzbudget zuließ. Ich möchte euch auch dazu ermutigen, mich zu kontaktieren, wenn ihr dieser Liste etwas hinzufügen möchtet; das könnte die Situation in Zukunft verbessern!

Kurzer Überblick über wichtige Moleküle bei der Entwicklung, Funktion und Identifizierung des Lymphsystems

Fri, 08 Jun 2018 00:00:00 +0000

Erich Brenner fragte uns vor über einem Jahr, ob wir einen Beitrag für die Sonderausgabe über menschliche Lymphgefäße beitragen könnten, die er für die Annals of Anatomy herausgab. Wir waren uns einig, dass wir vielleicht einen Mini-Übersichtsartikel beisteuern könnten. Anfangs zögerte ich noch, da die Annals of Anatomy an sich keine Open-Access-Zeitschrift ist. Unsere Universität hat jedoch inzwischen begonnen, die Artikelbearbeitungsgebühren (APCs) für mehrere Verlage (darunter auch den größten wissenschaftlichen Verlag der Welt – Elsevier ), um Artikel im Open-Access-Modus zugänglich zu machen. Somit kann jeder den Artikel nicht nur bereits jetzt lesen, sondern ihn auch teilen, kopieren und weiterverbreiten, remixen, umgestalten und für jeden beliebigen Zweck darauf aufbauen, sogar für kommerzielle Zwecke, solange wir – die ursprünglichen Autoren – als Urheber genannt werden.Die Zielgruppe ist nicht die Lymphforschung, sondern Laien, die eine erste, sehr kurze Einführung in die Moleküle benötigen, die für die Molekularbiologie des Lymphsystems von zentraler Bedeutung sind. Die Auswahl ist eindeutig durch unseren eigenen Forschungshintergrund geprägt. Bitte schreibt uns eine wütende E-Mail, falls wir euer Lieblingsprotein nicht berücksichtigt haben! Wenn ihr uns davon überzeugen könnt, dass euer Lieblingsprotein für die Entwicklung oder Funktion des Lymphsystems von zentraler Bedeutung ist, werden wir es in unseren nächsten Übersichtsartikel aufnehmen!

IVBM 2018 & 2020 (Poster, Vortrag und virtueller Posterrundgang)

Wed, 06 Jun 2018 00:00:00 +0000

IVBM 2018 Die International Vascular Biology Conference 2018 in der Finlandia-Halle in Helsinki war bisher ein großer Erfolg. Wir haben von den Teilnehmern viel positives Feedback zur Organisation erhalten. Auch mein Vortrag („Everything You Always Wanted to Know About the Proteolytic Processing of VEGF-C“) und mein Poster fanden große Beachtung. Unten finden Sie das Poster als PDF-Download.IVBM 2020Die IVBM 2020 in Seoul, Südkorea, fand komplett online statt. Leider sind einige Vorträge nur für eine sehr kurze Zeit (einen Tag) verfügbar, und ich habe bereits einige davon verpasst. Eine Präsenzkonferenz hat den Vorteil, dass man sich voll und ganz auf die Veranstaltung konzentrieren kann. Eine Online-Veranstaltung muss mit vielen anderen Dingen konkurrieren, die um die Aufmerksamkeit des Teilnehmers buhlen.

Das Jeltsch-Labor nimmt am Helsinki Running Day 2018 teil

Wed, 23 May 2018 00:00:00 +0000

Unser Labor hat am Helsinki Running Day teilgenommen und dabei großartige Ergebnisse erzielt! Das Marathon-Staffelteam der „Biomedicum Runners“: Sawan Kumar Jha, Timo Lehti, Khushbu Rauniyar, Rustem Kasymov. Einzelleistungen von Zalina Magomedova, Michael Jeltsch (beide Marathon) und Alish GM (5 km). Auf dem Foto fehlt Alisha GM.

Zellbasierte Assays (Protein Interaction Biochemistry 2018)

Mon, 14 May 2018 00:00:00 +0000

Eine Vorlesung über zellbasierte Assays zur Bestimmung und Quantifizierung von Protein-Wechselwirkungen (Teil des Kurses Protein Interaction Biochemistry aus dem Jahr 2018). Enthält zudem eine kurze Einführung in die ITC (isotherme Kalorimetrie). Unter CC-Lizenz.

Mein Heimnetzwerk scannen (nmap)

Sun, 18 Mar 2018 00:00:00 +0000

Mein Heimnetzwerk nach allen Geräten durchsuchen, die auf Port 80 (HTTP) empfangsbereit sind: nmap -p80 192.168.0.0/24 -oG - | grep 80/openManchmal funktioniert das nicht (weil nmap versucht, „klug“ zu sein und nur Hosts zu scannen, die erreichbar sind). Um nmap dazu zu bringen, ohne „Intelligenz“ zu scannen, verwende die Option -Pn (kein Ping). Dadurch werden alle Ports des Hosts 192.168.0.2 gescannt:nmap -Pn -p0-65535 192.168.0.2

Literaturverzeichnis für Poster Nr. XX:

Thu, 01 Mar 2018 00:00:00 +0000

@page { }table { border-collapse:collapse; border-spacing:0; empty-cells:show }td, th { vertical-align:top; font-size: 12pt;}h1, h2, h3, h4, h5, h6 { clear: both }ol, ul { margin: 0; padding: 0;}li { list-style: none; margin: 0; padding: 0;}li span. { clear: both; line-height: 0; width: 0; height: 0; margin: 0; padding: 0; }span.footnodeNumber { padding-right: 1em; }span.annotation_style_by_filter { font-size: 95%; font-family: Arial; background-color: #fff000; margin: 0; border: 0; padding: 0; }* { margin: 0;}.P1 { font-size: 12pt; font-family: Liberation Serif; writing-mode: page; }.P2 { Schriftgröße: 12pt; Abstand nach unten: 4,23 mm; Abstand nach links: 0 mm; Abstand nach rechts: 0 mm; Abstand nach oben: 0 mm; Texteinzug: 0 mm; Schriftart: Liberation Serif; Schreibmodus: Seite; }.P3 { Schriftgröße: 12pt; Abstand nach unten: 4,23 mm; Abstand nach links: 0 mm; Abstand nach rechts: 0 mm; Abstand nach oben: 0 mm; Texteinzug: 0 mm; Schriftart: Liberation Serif; Schreibmodus: Seite; Textausrichtung: zentriert ! important; }.P4 { Schriftgröße: 20pt; unterer Rand: 4,23 mm; linker Rand: 0 mm; rechter Rand: 0 mm; oberer Rand: 0 mm; text-indent: 0 mm; font-family: Liberation Serif; writing-mode: page; text-align: center ! important; font-weight: bold; }.P5 { font-size: 11 pt; margin-bottom: 4,23 mm; margin-left: 0 mm; margin-right: 0 mm; margin-top: 0 mm; text-indent: 0 mm; font-family: Liberation Serif; writing-mode: page; text-align: center ! important; }.Internet_20_link { color: #000080; text-decoration:underline; }.T10 { vertical-align:super; font-size:58%;}.T6 { font-style:italic; }.T7 { font-style:italic; }.T8 { font-weight:bold; }.T1 .T2 .T3 .T4 .T5 { }Neuartige aktivierende Proteasen decken neue Funktionen von VEGF-C auf

Streik an der Universität Helsinki

Tue, 27 Feb 2018 00:00:00 +0000

Für morgen (28.2.) wurde für die Universität Helsinki eine Streikwarnung ausgesprochen. Grund dafür ist, dass die Verhandlungen zwischen Arbeitgebern und Arbeitnehmern über Löhne und Arbeitsbedingungen ins Stocken geraten sind und der Streik als Mittel eingesetzt wird, um die Verhandlungsposition des Arbeitgebers in Richtung eines akzeptablen Kompromisses zu beschleunigen. Alles wie immer? Schließlich hat es an der Universität schon sehr lange keinen Streik mehr gegeben … Während sich fast alle einig sind, dass Finnlands Zukunft auf Wissen und Innovation beruht, scheint die Wertschätzung genau jener Menschen, die Wissen und Innovation schaffen, einen historischen Tiefpunkt erreicht zu haben – wenn man Wertschätzung anhand der Arbeitsbedingungen und des Lohnniveaus misst.Ich vermute, die eigentliche Ursache liegt weniger in den konkreten Angeboten des Arbeitgebers (oder deren Fehlen), sondern vielmehr in der Missachtung und Geringschätzung von akademischer Bildung, Forschung und Entwicklung, die über die Jahre hinweg zugenommen hat – beschleunigt durch die 2015 gewählte Regierung, die sich weigert, in die Zukunft zu investieren. Universitäten sollten sich nicht wie Unternehmen verhalten, die versuchen, ihren Gewinn auf Kosten ihrer Mitarbeiter und der Qualität ihres Produkts zu maximieren. Mit einigen Ausnahmen beteiligt sich jeder, der auch nur ein bisschen Selbstachtung besitzt, an dieser Aktion. Alle großen Gewerkschaften, einschließlich der Studenten- und Professorengewerkschaft, unterstützen diese Aktion. Anscheinend werden die Professoren zum ersten Mal in der Geschichte dieses Landes in den Streik treten ( https://yle.fi/uutiset/osasto/news/finnish_professors_walk_out_in_first-ever_strike/10095355 ).

Laufen auf der Ostsee

Mon, 26 Feb 2018 00:00:00 +0000

Zur Abwechslung habe ich mein Lauftraining am vergangenen Wochenende auf der Ostsee absolviert. Nach zwei Wochen sibirischer Kälte hier in Helsinki ging ich davon aus, dass die Eisdecke auf der Ostsee dick genug war, um sicher darauf laufen zu können. Das ist einer der wenigen Reize des Winters in Helsinki. Wenn ihr mehr über Helsinki und Finnland erfahren möchtet, schaut doch mal auf dem Blog meiner Schwester vorbei. Leider ist der Blog auf Deutsch, aber vielleicht kann ich sie ja davon überzeugen, ihn zweisprachig zu gestalten: https://claudiashelsinki.wordpress.com/

VEGF-C-Übersichtsartikel in „Frontiers in Bioengineering and Biotechnology“

Mon, 12 Feb 2018 00:00:00 +0000

Die Herausgeber von „Frontiers in Bioengineering and Biotechnology“, Sektion „Tissue Engineering and Regenerative Medicine“ (Andrea Banfi, Wolfgang Holnthoner, Mikaël M. Martino und Seppo Ylä-Herttuala), haben uns gebeten, einen Beitrag zum Forschungsthema „Vaskularisierung für die regenerative Medizin“ zu verfassen. Wir haben einen kurzen Übersichtsartikel über VEGF-C verfasst, der sich speziell mit der Molekularbiologie von VEGF-C im Zusammenhang mit der regenerativen Medizin befasst, d. h. mit dem (Wieder-)Wachstum von Lymphgefäßen in vitro oder in vivo. Du kannst den Artikel direkt beim Verlag unter https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbioe.2018.00007/full oder hier abrufen. UPDATE (1. April 2023): Die Frage, ob Frontiers Media ein „Predatory Publisher“ ist, kam uns nicht einmal in den Sinn, als wir gebeten wurden, einen Übersichtsartikel beizusteuern. Ich kenne die Gastredakteure dieses Forschungsthemas und kann mich für ihre wissenschaftliche Integrität verbürgen. Allerdings ist die Zeitschrift kürzlich auf der Liste der „Predatory Journals“ gelandet ( https://predatoryreports.org/news/f/list-of-all-frontiers-media-predatory-journals ), und die Probleme werden hier ausführlich erörtert. Unsere Rezension hat inzwischen folgende Zahlen erreicht:

Computerzeit: Windows gegen den Rest der Welt

Sat, 10 Feb 2018 00:00:00 +0000

Ich bin mir nicht sicher, aber Windows scheint das einzige Betriebssystem zu sein, bei dem die Computeruhr auf die lokale Zeitzone statt auf die Weltzeit (UTC) eingestellt werden muss. Vielleicht ist das ein Überbleibsel aus Zeiten, als Microsoft noch der Meinung war, dass das Internet für die Zukunft der Computertechnik keine große Rolle spielen würde. Alle anderen Betriebssysteme verwenden offenbar UTC: macOS, Android, Linux, BSD, … Wenn Sie Ihren Computer jedoch im Dual-Boot-Modus betreiben, kann es zu Problemen kommen. Nicht alle Betriebssysteme erkennen eine Dual-Boot-Installation automatisch und passen ihr Verhalten an, um mit Windows kompatibel zu sein. Ist dies der Fall, ist es am einfachsten, das Verhalten von Windows zu ändern. Eine anschauliche Anleitung dazu finden Sie unter https://liliputing.com/2016/03/fix-time-problem-dual-boot-computers-windows-linux-android.html , aber hier sind die Schritte in Kürze:

Das Licht und Schatten des EU-Bio-Siegels

Tue, 30 Jan 2018 00:00:00 +0000

Viele Menschen gehen davon aus, dass der ökologische Anbau von Lebensmitteln zu gesünderen Lebensmitteln mit einem höheren Nährwert führt. Daher kaufen sie Lebensmittel, die gemäß den EU-Vorschriften für den „ökologischen Landbau“ erzeugt wurden. Die erste Verordnung wurden 1991 eingeführt und seitdem mehrfach geändert. Wenn Sie Ihre Lebensmittel innerhalb der EU als „Bio“ vermarkten und das EU-Bio-Logo verwenden möchten, müssen Sie diese Vorschriften einhalten.Oftmals gehen gerade diejenigen, die der EU-Gesetzgebung normalerweise sehr kritisch gegenüberstehen, davon aus, dass die EU mit ihrer Richtlinie über den ökologischen Landbau gute Arbeit geleistet hat. Leider ist das nicht der Fall. Der Hauptzweck der Gesetzgebung bestand darin, den EU-weiten Handel mit biologisch erzeugten Lebensmitteln zu vereinheitlichen und zu ermöglichen – und nicht darin, sicherzustellen, dass diese Lebensmittel gesünder oder von höherer Qualität sind als nicht-biologische Lebensmittel.Die Richtlinie legt zudem Wert auf den Verzicht auf „nicht-biologische“ Chemikalien, doch bei den meisten Lebensmitteln ist dies nur ein untergeordneter Faktor, der zur „Gesundheit“ des Lebensmittels beiträgt. Ich schüttle nur den Kopf über das biologisch angebaute, raffinierte Mehl in den Supermarktregalen. Wenn Sie gesundes Mehl verwenden möchten, sollten Sie Vollkornmehl wählen. Raffiniertes Mehl enthält viel weniger Ballaststoffe und ist daher einfach keine gute Wahl, wenn Sie sich gesund ernähren möchten. Es ist praktisch irrelevant, ob der Weizen biologisch angebaut wurde oder nicht, wenn man die Ballaststoffe entfernt. Bio-Weißmehl wird nur noch von Bio-Zucker übertroffen, bei dem alles Gesunde entfernt wurde und dessen Herkunft – ob biologisch oder nicht – zu 100 % irrelevant ist.Das Bio-Label ist eigentlich ein Sammelsurium sehr unterschiedlicher Praktiken, die ganz unterschiedliche Ziele verfolgen. Dazu gehören Tierschutz, nachhaltige Landwirtschaft und der Verzicht auf bestimmte Praktiken, die als „nicht-biologisch“ angesehen werden (z. B. GVO, „unnatürliche“ Pestizide*). Aber wenn der gesundheitliche Wert des Endprodukts eines der Ziele war, dann ist dies völlig gescheitert. Ich bin absolut dafür, Tiere gut zu behandeln, aber wenn ich gezwungen bin, Bio-Milch zu kaufen, unterstütze ich viele Praktiken, die ich eigentlich nicht unterstützen möchte. Zum Beispiel die Wut über GVO oder nicht-natürliche Pestizide und Düngemittel. Ich habe kein Problem damit, dass Kühe GVO-Pflanzen fressen. Es ist klar, dass GVO eine der Schlüsseltechnologien sind, die wir brauchen, um diesen Planeten zu retten (die Alternative wäre, die Bevölkerungszahl auf diesem Planeten zu reduzieren). Und ohne Pestizide und Düngemittel können wir die Weltbevölkerung nicht ernähren, ohne die letzten verbliebenen Regenwälder abzuholzen und in Ackerland umzuwandeln (siehe z. B. https://ourworldindata.org/yields-and-land-use-in-agriculture) . Mit dem Kauf von Bio-Lebensmitteln unterstützen Sie einen politischen Kompromiss und keine wissenschaftlich fundierten Regeln dafür, wie man am besten hochwertige Lebensmittel produziert oder den Planeten rettet. Haben Sie von einer EU-Richtlinie etwas anderes erwartet? Die EU wurde als „Europäische Wirtschaftsgemeinschaft“ gegründet, und wirtschaftliche Interessen waren die treibenden Kräfte. Da ich wahrscheinlich jeden Tag einen Liter Milch in Form von Caffè Latte trinke, sollte ich vielleicht daran interessiert sein, hochwertige Milch zu verwenden. Es wurden Vergleiche beispielsweise der Fettsäureprofile von Bio- und konventioneller Milch durchgeführt. Es zeigte sich eindeutig, dass für die Qualität der Milch (z. B. Gehalt an mehrfach ungesättigten Fettsäuren, Verhältnis von Omega-6- zu Omega-3-Fettsäuren) der wichtigste Faktor nicht darin bestand, ob sie den EU-Vorschriften für Bio-Lebensmittel entsprach, sondern vielmehr darin, ob die Kühe Grünfutter fraßen! https://www.google.fi/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwj1qOuJtIDZAhVJwYMKHfH9D2QQFggrMAA&url=http%3A%2F%2Forgprints.org%2F28133%2F1%2FForschung_2011-1.pdf&usg=AOvVaw31A0-ma28xQ0oXlBpxAF6U . Die konventionelle „Low-Input“*-Kuhhaltung war der ökologischen „High-Input“-Kuhhaltung überlegen, und die Unterschiede zwischen der konventionellen „Low-Input“-Kuhhaltung und der ökologischen „Low-Input“-Kuhhaltung waren wahrscheinlich nicht signifikant, obwohl ich mir dessen nicht sicher sein kann, da die Signifikanztests nur die ökologische „Low-Input“-Kuhhaltung mit der konventionellen „High-Input“-Kuhhaltung verglichen (Ich habe die Originalveröffentlichung angefordert, aber noch keine Antwort erhalten). Ob sich diese Unterschiede in messbaren gesundheitlichen Auswirkungen für Milchkonsumenten niederschlagen, ist eine weitere Frage und hängt wahrscheinlich vom Ausmaß des Milchkonsums ab.Interessanterweise ist das Problem „biologisch vs. nicht-biologisch“ bereits gut bekannt (siehe z. B. hier in der deutschen Tageszeitung „Die Zeit“ https://www.welt.de/wirtschaft/article147993831/So-wird-Bio-zur-schoenen-Illusion.html) . Die Notwendigkeit einer Differenzierung hat den finnischen Milchproduzenten Juustoportti dazu veranlasst, seine Milch nicht unter dem EU-Bio-Siegel, sondern unter dem Label „Freilaufkuh“ ( vapaan lehmän maito ) zu vermarkten. Wenn Sie gesunde Milch möchten und sich für das Wohlergehen der Tiere einsetzen, aber die wissenschaftsfeindliche Bio-Lobby nicht unterstützen wollen, könnte dies wahrscheinlich die richtige Wahl für Sie sein. Leider springt Juustoportti auch auf den Anti-GVO-Zug auf. Bio-Milch (finnisch: „luomu“) kann zwar ebenfalls von freilaufenden Kühen stammen (und das gilt gelegentlich sogar für konventionelle Milch), doch die Zertifizierung schreibt dies nicht zwingend vor.*Leider ist das Hauptkriterium bei der Unterscheidung zwischen erlaubten und nicht erlaubten Pestiziden im ökologischen Landbau, ob sie „natürlichen“ Ursprungs sind. Sicherheit und Wirksamkeit spielen dabei nur eine untergeordnete Rolle. Jedem gebildeten Menschen sollte klar sein, dass „natürlich“ nicht gleichbedeutend mit „sicher zum Verzehr“ ist: Botulinumtoxin, der Knollenblätterpilz und das Mineral Zinnober kommen zwar alle in der Natur vor, gehören aber zu den giftigsten Substanzen, die der Mensch kennt. **„Low-Input“-Haltung bedeutet, dass die Kühe im Freien gehalten werden und Gras fressen, während „High-Input“-Haltung bedeutet, dass die Kühe überwiegend im Stall gehalten werden. Beide Arten der Rinderhaltung sind gemäß der EU-Richtlinie mit „ökologischer“ und „konventioneller“ Landwirtschaft vereinbar, was bereits zeigt, dass mit der EU-Richtlinie vielleicht etwas nicht stimmt.

Syncthing

Wed, 24 Jan 2018 00:00:00 +0000

Syncthing ist eines der besten Tools, um Ordner über das Internet hinweg zu synchronisieren. Aus dem einen oder anderen Grund funktioniert es jedoch gelegentlich auf meinem Ubuntu 16.04 nicht mehr, und da ich es nach dem Motto „einmal einrichten und dann vergessen“ nutze, vergesse ich auch, wie ich überprüfen kann, ob es noch läuft.So lassen Sie es beim Systemstart automatisch starten (als Systemdienst): systemctl enable syncthing@username.serviceDen Dienst starten: systemctl start syncthing@username.serviceDen Status prüfen: systemctl status syncthing@username.serviceDie URL der grafischen Benutzeroberfläche: https://127.0.0.1:8384 Die oben beschriebene Lösung funktioniert jedoch nicht gut, wenn sich die zu synchronisierenden Dateien beispielsweise in einem verschlüsselten Ordner befinden, der erst nach der Anmeldung des Benutzers eingebunden wird (z. B. gab es in Ubuntu 16.04 die Möglichkeit, den Benutzerordner zu verschlüsseln, der erst bei der Benutzeranmeldung entsperrt wurde). Alternativ kann man den Dienst wie folgt als „Benutzerdienst“ ausführen:cp /usr/lib/systemd/user/syncthing.service ~/.config/systemd/user/systemctl --user enable syncthing.servicesystemctl --user start syncthing.serviceSyncthing scheint regelmäßig eine Datei namens „.stfolder“ zu verlieren, die sich im Stammverzeichnis jedes freigegebenen Ordners befinden sollte (oder in einen Ordner umgewandelt wird). Bei mir lässt sich das Problem in der Regel beheben, indem ich diese (leere) Datei einfach neu erstelle (und den gleichnamigen Ordner lösche, falls er vorhanden ist).

Remote-Desktop-Sitzungen auf Ihrem Arbeitscomputer an der Universität Helsinki

Mon, 15 Jan 2018 00:00:00 +0000

Wenn Sie einen Dienstlaptop haben, können Sie diesen mit nach Hause nehmen, um dort zu arbeiten. Aber was ist, wenn Sie einen Desktop-Computer haben und von zu Hause aus darauf zugreifen müssen? Die Technologie, die dies ermöglicht, gibt es bereits seit mehr als 20 Jahren, aber wenn Sie glauben, dass die IT-Abteilung der Universität Ihnen dies einfach gemacht hat, liegen Sie falsch. Tatsächlich kenne ich niemanden, der weiß, wie das geht (geschweige denn, wie man den Vorgang vereinfachen kann). Selbst mit der unten beschriebenen Konfiguration funktionieren einige Dinge nicht richtig (z. B. ich habe nie herausgefunden, wie die Dateifreigabe bei einer Mac-zu-Mac-Verbindung funktioniert, und nutze daher nach wie vor Fugu mit einer separaten, getunnelten SFTP-Verbindung, um Dateien zu übertragen). Du hast mehrere Möglichkeiten:

Der Brain Drain aus Finnland hält an

Fri, 22 Dec 2017 00:00:00 +0000

Finnland bildet seine Bürger auf sehr hohem Niveau aus, ist jedoch nicht in der Lage, diese hochqualifizierten Arbeitskräfte im Land zu halten. Die Nettoabwanderung von Hochschulabsolventen war im gesamten letzten Jahrzehnt negativ, und der Trend verschärft sich, insbesondere auf Bachelor- und Master-Ebene. Auf der höchsten Bildungsstufe ist die Interpretation nicht ganz eindeutig, da diese Gruppe sowohl Inhaber eines Licentiats*, Promovierte, Postdoktoranden als auch Professoren umfasst. Der negative Trend ist jedoch ebenfalls stabil, beschleunigt sich aber nicht so schnell wie auf den niedrigeren Bildungsstufen. In dieser Gruppe erfolgt der Braindrain selektiv in die besten Länder, wobei allein die fünf führenden Länder 66 % der am besten ausgebildeten Migranten aufnehmen (USA, Großbritannien, Schweiz, Deutschland und Schweden), während die Inhaber niedrigerer Abschlüsse weniger selektiv vorgehen (52 % der Master- und 41 % der Bachelor-Absolventen wandern in dieselben Top-Länder aus). Leider erfasst diese Statistik nur die Abwanderung finnischer Staatsbürger. Um ein vollständiges Bild zu erhalten, wären dieselben Daten für die Abwanderung nicht-finnischer Staatsbürger erforderlich. Für diese Grafik wurden die Daten von Statistics Finland verwendet ( http://www.stat.fi/til/muutl/2016/02/muutl_2016_02_2017-12-18_tie_001_fi.html) . Alle Länder wurden danach gruppiert, ob ihre wissenschaftliche Leistung im Vergleich zu Finnland besser oder schlechter war (Nature Index, Weighted Fractional Count, https://www.natureindex.com/country-outputs/generate/All/global/All/weighted_score) . Länder, die 2016 besser abschnitten als Finnland, waren: USA, China, Deutschland, Vereinigtes Königreich, Japan, Frankreich, Kanada, Schweiz, Südkorea, Spanien, Indien, Italien, Australien, Niederlande, Israel, Schweden, Singapur, Russland, Taiwan, Belgien, Österreich, Dänemark, Brasilien, Polen.*Der Licentiate ist ein spezifischer akademischer Grad in Finnland und einigen anderen Ländern, der zwischen einem MSc und einem PhD angesiedelt ist. In Finnland hat er im Laufe der Jahre an Bedeutung verloren, da es in vielen anderen Ländern kein Äquivalent dafür gibt.

Praktikum: Aufreinigung und Charakterisierung rekombinanter Proteine (DPBM-135)

Sun, 10 Dec 2017 00:00:00 +0000

Unterrichtsmaterialien, Ergebnisse usw. für den DPBM-Kurs „Aufreinigung und Charakterisierung rekombinanter Proteine“ ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ):

Die Zauberformel, um Apples SuperDrive unter Linux zu aktivieren

Sat, 09 Dec 2017 00:00:00 +0000

sudo apt-get install sg3-utils (nur beim ersten Mal erforderlich)ls /dev (um zu prüfen, ob es sich um sr0 oder sr1 handelt; normalerweise ist es sr0, sofern nicht bereits andere USB-Laufwerke angeschlossen waren)sg_raw /dev/sr0 EA 00 00 00 00 00 01

20. Internationales Treffen zur Gefäßbiologie in Helsinki, Finnland

Mon, 27 Nov 2017 00:00:00 +0000

Das 20. Internationale Treffen für Gefäßbiologie 2018 (IVBM2018) findet vom 3. bis 7. Juni in Helsinki, Finnland, statt. Die Anmeldung ist bereits möglich ( https://b3p.it.helsinki.fi/IVBM/ ) und ich hoffe, wir sehen uns im Juni in Helsinki! Ich lebe bereits seit etwa 20 Jahren hier in Helsinki, daher könnt ihr mich gerne alles Mögliche fragen! Wenn ich eine Frage nicht beantworten kann, weiß ich zumindest, wer die Antwort kennt.

Acatiimi-Artikel über unser Labor

Mon, 27 Nov 2017 00:00:00 +0000

Diesmal gibt es jedoch - anders als in dem früheren Bericht - ein Gruppenfoto, das zeigt, wer die eigentliche Arbeit leistet!

TRANSMED – das beste Preis-Leistungs-Verhältnis bei der medizinischen Forschungsausbildung

Sat, 25 Nov 2017 00:00:00 +0000

Seit diesem Herbstsemester erheben nun auch finnische Hochschulen, die bislang als Hochburgen der kostenlosen Bildung galten, Studiengebühren von Studierenden aus Ländern außerhalb der Europäischen Union (EU) und des Europäischen Wirtschaftsraums (EWR). Mit 13.000 € bis 18.000 € pro Jahr sind die Studiengebühren im Vergleich zu einigen anderen Universitäten noch moderat. Derzeit bietet die Universität Helsinki im Vergleich zu anderen Universitäten wahrscheinlich das beste Preis-Leistungs-Verhältnis.Der TRANSMED -Masterstudiengang ist dafür vielleicht das beste Beispiel. Angesichts der tatsächlichen Kosten einer forschungsorientierten medizinischen MSc-Ausbildung in einem Umfeld von Weltklasse sind die Studiengebühren von 15.000 € pro Jahr im Vergleich zu ähnlichen Studiengängen an anderen Universitäten ein Schnäppchen. Und noch besser: Die Chancen auf eine Zulassung sind überraschend gut. Es gab zwar Vorschläge, die Gebühren zu erhöhen, doch derzeit gibt es noch keine konkreten Pläne. Was hält ausländische Studierende also davon ab, in Scharen nach Finnland zu strömen? Die kalten Winter können dafür nicht mehr verantwortlich gemacht werden. Dank der globalen Erwärmung waren die meisten der letzten Weihnachtsfeiertage hier in Helsinki schneefrei. Tatsächlich scheint die globale Erwärmung Finnland stärker zu treffen als die meisten anderen Länder. Brauchen Sie noch mehr Gründe, um hierherzukommen? Schauen Sie doch mal hier vorbei: http://www.visitfinland.com/article/greatest-things-about-finland/

Lymphologie 2017

Wed, 01 Nov 2017 00:00:00 +0000

Auf dem Lymphologica 2017 (Lymphologie 2017) Kongress in Bad Soden (5.-7. Oktober) habe ich einen einführenden Vortrag gehalten über die Molekularbiologie des VEGF-C-Wachstumsfaktors, und wie Mutationen in Genen der VEGF-C/VEGF-Rezeptor-3-Signaltransduktionsachse erbliche Lymphödeme hervorrufen oder zu ihrer Entstehung beitragen können. Hauptsächlich wollte ich mit dem Vortag praktizierende Lymphologen erreichen (ich weiss nicht, ob mir das gelungen ist). Die Zeitschrift Vasomed hat einen kurzen, auf diesem Vortrag beruhenden Mini-Übersichtsartikel veröffentlicht, der hier online frei zugänglich war, aber mittlerweile verschwunden ist. Du kannst ihn und die Präsentation aber immer noch über die Download-Links unten herunterladen.

Wieder im Rampenlicht…

Thu, 26 Oct 2017 00:00:00 +0000

In letzter Zeit scheint unsere Forschung großes öffentliches Interesse zu wecken: https://50tieteentekijaa.fi/tieteentekija/michael-jeltsch/ . Und es wird noch mehr geben … Es wäre schön, wenn unsere Regierung ein ähnliches Interesse an Wissenschaft und Bildung zeigen würde. Und es wäre noch besser, wenn sie einen vernünftigen Plan hätte, wie die Zukunft von Wissenschaft und Forschung in Finnland gesichert werden kann. Die staatlichen Ausgaben für bestimmte Forschungsbereiche (mit anderen Worten: die Investitionen in Finnlands Zukunft) sind so drastisch zurückgegangen, dass sogar die Boulevardpresse das Thema aufgegriffen hat: http://www.iltalehti.fi/kotimaa/201710122200451078_u0.shtml

Unser Vorzeigeprojekt im Fokus

Wed, 25 Oct 2017 00:00:00 +0000

Unser wichtigstes Projekt wurde auf Tietyssti.fi vorgestellt. Katri Pajusola hat den Artikel verfasst, und (zumindest soweit ich den finnischen Text verstehen kann) scheint es sich um eine recht treffende Beschreibung dessen zu handeln, was wir zu erreichen versuchen: http://www.aka.fi/fi/tietysti/luonto-ja-ymparisto/nyt-pinnalla1/tautien-hoitoon-laakitysta-ei-ainoastaan-diagnostiikkaa/

Die wirksamsten Methoden zur Verringerung Ihres CO₂-Fußabdrucks

Thu, 12 Oct 2017 00:00:00 +0000

Laut dieser Studie der Universität Lund werden die wirksamsten Maßnahmen zur Bekämpfung des Klimawandels größtenteils nicht diskutiert. Es überrascht nicht, dass sie genau die Dinge betreffen, die uns am meisten am Herzen liegen: unser Auto, unseren Urlaub, unsere Kinder und unsere Lieblingsspeisen.

Nazis im Deutschen Bundestag

Sun, 24 Sep 2017 00:00:00 +0000

Ein trauriger Tag für Deutschland: Wieder sitzen Nazis im deutschen Parlament. Sie bezeichnen sich selbst nicht als Nazis. Stattdessen verwenden sie den Namen AfD (Alternative für Deutschland). Und viele Menschen argumentieren (meiner Meinung nach zu Recht), dass Angela Merkel nichts unternommen hat, um dies zu verhindern. Beide großen Parteien – Konservative und Sozialdemokraten – haben massiv an Wählerunterstützung verloren. Praktisch alle kleinen Parteien konnten ihre Vertretung im Deutschen Bundestag entweder halten oder ausbauen. Merkel braucht mindestens zwei von ihnen, um an der Macht zu bleiben, und die Zahlen ermöglichen eine Koalition aus Konservativen, Grünen und Liberalen (die nach den Farben dieser drei Parteien – Schwarz, Grün und Gelb – als „Jamaika-Koalition“ bezeichnet wird). Die einst revolutionären Grünen werden den Status quo in Deutschland aufrechterhalten … Viele Menschen haben offenbar gegen ihre eigenen Interessen gestimmt, aber die Sozialdemokraten konnten nicht genügend Menschen davon überzeugen, dass sie die einzige tragfähige Alternative zu Angela Merkels politischer Agenda sind.

Toni Netts Regeln

Sat, 16 Sep 2017 00:00:00 +0000

Vor mehr als 50 Jahren veröffentlichte Toni Nett sein Buch Der Lauf. Darin stellte er Faustregeln zur Berechnung möglicher persönlicher Bestzeiten für gängige Mittel- und Langstrecken vor. Die möglichen persönlichen Bestzeiten werden auf der Grundlage bekannter Leistungen auf der nächstkürzeren Distanz berechnet. Manfred Steffny erweiterte Toni Nett’s Regeln auf den Marathon und den 100-km-Lauf. Er stellte fest, dass diese Regeln überraschend genau sind, als er die persönlichen Bestzeiten von Hunderten von Läufern unterschiedlicher Leistungsstufen – vom Anfänger bis zum Weltmeister – verglich. Ich habe bereits zuvor hier über diese Faustregeln geschrieben. Nun habe ich ein kleines PHP-Skript erstellt, das die Berechnung für Sie übernimmt.

Das Herz schlägt auf der linken Seite

Fri, 15 Sep 2017 00:00:00 +0000

Das Herz zeigt nach links, und bei den meisten Menschen befindet sich das Herz zu etwa einem Drittel rechts und zu zwei Dritteln links. Ich bin gerade den finnischen Sozialdemokraten ( SDP ) beigetreten. Ich hatte 1994 ernsthaft darüber nachgedacht, der deutschen Sozialdemokratischen Partei (SPD) beizutreten, verließ Deutschland jedoch zufällig aufgrund eines DAAD-Stipendiums, das ich erhalten hatte. Kurz nachdem ich nach Finnland gezogen war, gelang es Deutschland, seine konservative Regierung abzusetzen. Gerhard Schröder löste Helmut Kohl als Bundeskanzler ab und begann, Dinge anzugehen, an die sich Kohl 16 Jahre lang nicht herangewagt hatte. Ich finde, ein Land, in dem der Sohn einer Putzfrau und einer alleinerziehenden Mutter sich bis an die Spitze der Regierung hocharbeiten kann, ist im Grunde in Ordnung. Ein wichtiger Grund für meinen Beitritt zur SDP war auch meine Unzufriedenheit mit der derzeitigen finnischen Koalitionsregierung, die sich hartnäckig weigert, in die Zukunft Finnlands zu investieren: in die Bildung unserer Kinder. Die Kürzungen in den Haushalten – vom Kindergarten bis zur Universität – zeugen von einem beispiellosen ideologischen Egoismus zugunsten eines kurzfristig ausgeglichenen Haushalts, was unter allen skandinavischen Ländern beispiellos ist. Das Gute an der SDP (und der deutschen SPD) ist, dass es dort mehr Raum für unterschiedliche Meinungen gibt als in den meisten anderen Parteien.

Dateien mit „unzulässigen Zeichen“ löschen

Fri, 08 Sep 2017 00:00:00 +0000

In der plattformübergreifenden Umgebung unserer Universität greifen mindestens drei verschiedene Betriebssysteme auf die gemeinsam genutzten SMB-Gruppenverzeichnisse zu. Offenbar können Macs Dateien mit Zeichen speichern, die auf anderen Plattformen nicht zulässig sind und sich nicht ohne Weiteres löschen lassen. Kürzlich hatten wir mehrere Dateien, deren Namen mit einem „.“ (Punkt) oder einem „ “ (Leerzeichen) endeten, und wir konnten sie über die grafische Benutzeroberfläche nicht entfernen. Unter Windows 7 gelang mir dies über die Befehlszeile mit: delete "file." oder delete "file ". Ich habe jedoch noch keine Möglichkeit gefunden, dies von meinem Ubuntu-Rechner aus zu tun, und es ist ärgerlich, nur zum Löschen einiger Dateien Windows starten zu müssen. Leider wurde dies notwendig, da das Cloudberry -Backup-System (das unter Ubuntu läuft) bei solchen Dateien ins Stocken gerät. Ich bin auf der Suche nach einem neuen Backup-System für die Computer unseres Labors, da CrashPlan beschlossen hat, den Support für Privatkunden einzustellen…

Windows ändert die Uhrzeit meines Computers

Mon, 28 Aug 2017 00:00:00 +0000

Wenn ich mich nicht irre, ist Windows das einzige Betriebssystem, das für die Systemuhr die Ortszeit (anstelle von UTC) verwendet. Das bedeutet, dass bei Konfigurationen mit mehreren Betriebssystemen jeder Neustart des Systems unter Windows die Systemzeit durcheinanderbringt. Um sie zurückzusetzen (unter Ubuntu 16.04), verwenden Sie den Befehl sudo timedatectl set-timezone Etc/UTC.

Amber aus Stutthof

Tue, 01 Aug 2017 00:00:00 +0000

Beim Laufen am Ostseestrand in der Nähe von Kąty Rybackie (Polen) habe ich ein paar Bernsteinstücke aufgesammelt. Ein Teil davon hat den Schwimmtest (in 20 % w/v NaCl-Lösung bei Raumtemperatur) nicht bestanden, aber ich habe keine Ahnung, woraus die nicht schwimmenden Steine eigentlich bestehen (sie sind zu weich für Glas, vielleicht Plastik?).Als ich hier zu einem einwöchigen Strandurlaub ankam, wusste ich nicht, dass das kleine Dorf, in dem wir wohnten, zur Gemeinde Stutthof gehörte, wo sich eines der nationalsozialistischen Konzentrationslager befand. Tatsächlich habe ich zweimal einen Abstecher von meinen täglichen Morgenläufen am Strand gemacht, um mir das Lager anzusehen, das heute ein Museum ist. Interessanterweise dürfen Kinder unter 12 Jahren das Gelände nicht betreten. Das unterscheidet sich von den Gedenkstätten der Konzentrationslager in Deutschland, die ich kenne: Dort liegt die Entscheidung, ob man Kinder mitnimmt, bei den Eltern. Eine weitere bemerkenswerte Erinnerung an diesen Urlaub waren die Autofahrten, die mich dazu brachten, meine fest verwurzelte Meinung zu überdenken, dass die meisten Autofahrer hier in Finnland unverantwortlich und meist zu schnell fahren. Tatsächlich war es in Polen fast unmöglich, sich an die Geschwindigkeitsbegrenzungen zu halten, da sich offenbar niemand daran hält. Mir wurde klar, dass das Fahren in einem Auto, das sich an die Geschwindigkeitsbegrenzungen hält, gefährlicher wäre als das Fahren in einem rücksichtslos rasenden Fahrzeug, da man auf schmalen Landstraßen ständig überholt würde. Daher habe auch ich die Geschwindigkeitsbegrenzungen überschritten. Es überrascht nicht, dass Polen die höchsten Verkehrstotenraten in Europa aufweist ( https://www.economist.com/blogs/easternapproaches/2013/06/polish-driving ). Die polnische Regierung gibt zwar vor, diese Zahlen senken zu wollen, doch anstatt die Geschwindigkeitsbegrenzungen zu senken, hat sie diese 2011 erhöht. Laut Wikipedia wurde die zulässige Höchstgeschwindigkeit auf Autobahnen von 130 auf 140 km/h und auf Schnellstraßen von 110 auf 120 km/h angehoben. Eine grobe Schätzung (basierend auf diesen Zahlen ) zeigt, dass in den letzten 20 Jahren auf polnischen Straßen etwa genauso viele Menschen ums Leben gekommen sind wie in den Jahren 1939–1945 durch die Nazis in Stutthof ermordet wurden. Vielleicht sollte die polnische Polizei anfangen, die Geschwindigkeitsbegrenzungen durchzusetzen?

Zugriff auf freigegebene Ordner in VirtualBox (Linux-Gast)

Fri, 28 Jul 2017 00:00:00 +0000

Das Übertragen von Dateien vom Host- auf das Gastbetriebssystem und umgekehrt funktioniert nicht von Haus aus, wenn Sie VirtualBox aus den Ubuntu-Repositories installiert und ein Ubuntu-VirtualBox-Image heruntergeladen wird (z. B. von http://www.osboxes.org/virtualbox-images) . Nach der Installation der Gast-Erweiterungen schien Drag-and-Drop bei mir nicht zu funktionieren, und ich musste einen „freigegebenen Ordner“ einrichten. Nach der Einrichtung über die Benutzeroberfläche erscheint dieser nicht automatisch auf dem Desktop des Gastbetriebssystems. Man muss ihn mounten: sudo mount -t vboxsf name(wie_über_die_VirtualBox-GUI_angegeben) ~/Mountpunkt_im_Gastbetriebssystem/ Es gibt natürlich viele andere Möglichkeiten, dies zu erreichen (z. B. über Samba, SFTP oder SSHFS)…

„Raubverlage“ – wo ist die Grenze zu ziehen?

Wed, 21 Jun 2017 00:00:00 +0000

Es scheint, dass viele Forscher kürzlich eine Einladung erhalten haben, dem Redaktionsbeirat der neuen Open-Access-Zeitschrift ContROL („Continuous Research Online Library“) beizutreten. Schon die schiere Anzahl der Einladungen könnte ein schlechtes Zeichen sein, da die Auswahl der Redaktionsmitglieder eine heikle Angelegenheit ist und Massen-E-Mails wohl kaum eine geeignete Methode darstellen, um eine hochkarätige Redaktion zusammenzustellen. Ich erhalte häufig ähnliche Anfragen, und wenn die E-Mail-Nachricht eine solche Anfrage nicht eindeutig als Spam kennzeichnet, habe ich früher einen Blick auf Bealls Liste geworfen, um zu prüfen, ob der Verlag oder die Zeitschrift mit „Warnsignalen“ in Verbindung steht. Manche Warnsignale sind leicht zu erkennen. Zum Beispiel, wenn man selbst Experte auf dem Gebiet ist, aber noch nie von den Wissenschaftlern gehört hat, die die fachliche Arbeit leisten sollen. Man könnte sich auch die Publikationsliste der Personen ansehen, um ihre bisherigen Arbeiten zu bewerten. Allerdings hat niemand die Zeit dafür, und genau hier kam Bealls Liste ins Spiel.Allerdings ist Bealls Liste im Januar dieses Jahres aus dem Internet verschwunden. Sie wurde zuletzt am 3. Januar 2017 aktualisiert, doch kurz danach wurden alle Inhalte entfernt. Die Version vom 3. Januar ist – dank der großartigen Arbeit der Leute vom Internet Archive – immer noch hier verfügbar, wird aber offensichtlich nicht mehr aktualisiert. Niemand weiß genau, warum Beall alle Inhalte entfernt hat, aber Gerüchten zufolge wurde Beall selbst von Kreisen bedroht, die ein großes Interesse daran haben, dass die Namen der „Raubverlage“ ungenannt bleiben (mehr dazu z. B. hier: http://retractionwatch.com/2017/01/17/bealls-list-potential-predatory-publishers-go-dark/).Es gibt viele „neue“ Verlage, die am lukrativen Geschäft des wissenschaftlichen Publizierens teilhaben wollen. Dabei spielt es keine große Rolle, ob sie das Open-Access-Modell nutzen oder nicht (wenn sie Open Access sind, können sie z. B. mit hohen „Artikelbearbeitungsgebühren“ Geld verdienen). Es ist selbst für etablierte Zeitschriften eine große Herausforderung, genügend qualifizierte Gutachter für das Peer-Review-Verfahren zu finden, weshalb das Peer-Review-Verfahren vieler neuer Zeitschriften meist nicht besonders streng ist. Außerdem gefällt es mir nicht, wenn unklar ist, wer hinter einer neuen Open-Access-Zeitschrift steht. Ich empfinde einen ethischen Widerspruch, wenn jemand für Open Access eintritt, aber alle Informationen über den Hintergrund der Zeitschrift verschlossen bleiben. Meiner Meinung nach besteht derzeit kein großer Bedarf an weiteren (Open-Access-)Zeitschriften. Stattdessen versuchen die meisten ernsthaften und seriösen Open-Access-Befürworter vielmehr, die bestehenden Zeitschriften zu verbessern. Man könnte daraus schließen, dass der relative Anteil von „Predator-Zeitschriften“ unter allen neu gegründeten Zeitschriften stetig zunimmt, und Google Trends stützt diese Annahme. Wie kann ich herausfinden, ob die Zeitschrift „ContROL“ seriös ist oder nicht? Ich habe mir einige Mitglieder des Beirats genauer angesehen, und es scheint sich um echte Wissenschaftler mit tatsächlichen Veröffentlichungen unterschiedlicher Qualität zu handeln. Allerdings landen selbst seriöse Wissenschaftler gelegentlich im Redaktionsbeirat solcher Zeitschriften (manchmal mit, manchmal ohne eigenes Zutun). Allerdings gibt es keine klare Trennlinie zwischen „Raubzeitschriften“ und seriösen Verlagen. Selbst einige der „seriösen“ Verlage betreiben gelegentlich zwielichtige und umstrittene Praktiken. Aus diesem Grund listet Bealls Website „potenzielle, mögliche oder wahrscheinliche räuberische wissenschaftliche Open-Access-Zeitschriften“ auf. Bealls Liste wurde zwar kritisiert, doch ein Großteil der Kritik lässt sich leicht entkräften. Ein besonders niederträchtiger Angriff auf Bealls Integrität ist z. B. die Website http://scholarlyoa.net (man beachte die Ähnlichkeit der URL!), auf der eine oder mehrere ungenannte Personen Ad-hominem-Angriffe, logische Fehlschlüsse und Übertreibungen einsetzen, um Bealls Arbeit zu diskreditieren. Ich selbst bezweifle, dass die Menschen hinter dieser Website echte Freunde des Open-Access-Publizierens sind. Mit Schmutz zu werfen, tut dem Open-Access-Publizieren keinen Gefallen. Vielleicht könnte diese Website sogar eine fehlgeleitete, verdeckte Aktion von Befürwortern des konventionellen Publizierens sein, um Open Access zu diskreditieren. Es gibt berechtigte Kritik an Bealls Arbeit , aber nichts davon stellt das Konzept in Frage, dass jemand das Open-Access-Publizieren überwachen muss (genauso wie die großen kommerziellen Verlage überwacht und kritisiert werden). Vielleicht sollte ich dem Herausgeber von ContROL ein paar Fragen stellen. Vor allem, warum er immer noch die Notwendigkeit einer neuen Open-Access-Zeitschrift sieht. ContROL verspricht zusätzlich zur Zeitschrift eine Art zugehörige wissenschaftliche Social-Media- und Werbeplattform. Doch auch dieser Bereich ist bereits abgedeckt (durch ResearchGate und Mendeley ). Ich war verblüfft über den hohen „Mitgliedsbeitrag“, den man zahlen muss, um ihre Dienste nutzen zu können ( https://control.zinianz.com/membership ). Aber sofern man nicht mehrere Artikel pro Jahr veröffentlicht, erscheint mir das überteuert. Auch wenn sie erwähnen, dass es Ausnahmeregelungen bei den Artikelbearbeitungsgebühren gibt, konnte ich keine Details dazu finden. Warum sollten sie diese Informationen verbergen? Forscher aus finanziell schwachen Ländern müssen die Kosten im Voraus kennen! Ein solcher Mangel an Transparenz ist genau das Gegenteil dessen, was Open Access erreichen soll. Die „Mitgliedsbeiträge“ könnten zudem den Erfolg der damit verbundenen Dienste verhindern. Es ist schwierig, mit einer wissenschaftlichen Social-Media-Plattform Fuß zu fassen (selbst wenn die Dienste kostenlos sind und vom mächtigsten Verlag der Welt unterstützt werden). Wahrscheinlich werden die versprochenen Vorteile nicht Realität werden.

Unsicherheit über die Zukunft von CRISPR

Sun, 18 Jun 2017 00:00:00 +0000

Einige befürchteten, dass die Patententscheidungen zur CRISPR-Technologie in diesem Frühjahr zu einer Monopolisierung der Technologie führen könnten . Laut einem Artikel in Nature Methods vom letzten Monat ist es derzeit jedoch keineswegs klar, ob CRISPR bei der Bearbeitung des menschlichen Genoms einen Volltreffer landen wird. Sollte ein einzelner Bearbeitungsvorgang mit Hunderten unerwünschter und unvorhersehbarer genomischer Veränderungen einhergehen, wäre es aufgrund der Unvorhersehbarkeit der Nebenwirkungen schwierig, dafür zu plädieren. Es handelt sich hierbei zwar nur um eine einzige Studie an Mäusen , doch ist Vorsicht geboten. Der Artikel in „Nature Methods“ ist besonders interessant, da die Technologie gerade erst zum ersten Mal am Menschen eingesetzt wurde Selbst wenn das geistige Eigentum bei einem einzigen Unternehmen liegt, ist unklar, wie ein Patent durchgesetzt werden könnte. CRISPR unterscheidet sich von vielen anderen Technologien dadurch, dass die Eintrittsbarrieren hinsichtlich Kosten und Know-how sehr niedrig sind. Fast jeder Forscher im Bereich der Lebenswissenschaften könnte es zu Hause in seiner Garage durchführen…

Über die Agilität großer Organisationen

Thu, 15 Jun 2017 00:00:00 +0000

Ein Jahrzehnt bis zur Umstellung Ich erinnere mich nicht mehr genau, aber die Idee, ein ordentliches Content-Management-System für den gesamten Internetauftritt der Universität Helsinki einzuführen, ist wahrscheinlich schon zehn Jahre alt. Ich hatte die Domain jeltsch.org im Mai 2003 (nach Abschluss meiner Promotion) reserviert, um meine private Website zu hosten. Der älteste Snapshot meiner Website im Internetarchiv stammt aus dem Dezember desselben Jahres. Genau wie die IT-Mitarbeiter der Universität Helsinki wurde mir klar, dass die Aktualisierung einer Website durch die Bearbeitung einzelner HTML-Seiten sehr zeitaufwendig ist. Im Jahr 2006 war ich – genau wie die IT-Abteilung der Universität Helsinki – auf der Suche nach einem Content-Management-System (CMS). An der Universität wurden die HTML-Seiten mit Dreamweaver erstellt; ich nutzte einfach den Texteditor, der mir gerade zur Verfügung stand. Nach dem Vergleich verschiedener Optionen kamen sowohl die IT-Abteilung der Universität Helsinki als auch ich zu dem gleichen Ergebnis: Wir entschieden uns für Drupal als Content-Management-System für unsere Webseiten.Umstieg auf DrupalDer Umstieg auf Drupal (Version 4.6) dauerte einige Wochen, aber Ende 2006 ging meine erste Drupal-Website online. Von diesem Zeitpunkt an war das Hinzufügen von Inhalten zu meiner Website sehr einfach. Ich habe ein Upgrade von Drupal vermieden und Version 6 übersprungen. Wie ich erwartet hatte, bereitete mir das Upgrade auf Version 7 große Kopfschmerzen (heutzutage soll das Upgrade angeblich viel einfacher sein). Die Umstellung auf Drupal hat bei der Universität Helsinki viele Jahre gedauert, aber schließlich fand sie 2016/2017 statt. Barack Obama war viel schneller: Im Herbst 2009, kaum ein halbes Jahr nach seinem Amtsantritt als Präsident, war die Umstellung von whitehouse.gov von einer proprietären Lösung auf Drupal abgeschlossen.*Ist Drupal 7 veraltet?*Hier an unserer Universität müssen die Fristen wohl mehrfach verschoben worden sein, und ähnlich wie bei der Verlängerung der West-Metro nach Espoo dürfte die Umstellung deutlich teurer geworden sein als geplant. Die Universität nutzt derzeit Drupal Version 7, die vor mehr als 6 Jahren, im Januar 2011, veröffentlicht wurde. Zwar ist Drupal 8 bereits seit November 2015 verfügbar, doch die gute Nachricht ist, dass Drupal 7 offiziell weiterhin die Long-Term-Support-Version (LTS) ist und somit noch viele Jahre lang Sicherheitsupdates erhalten wird (ich würde schätzen, mindestens fünf Jahre oder so). Etwa 85 % aller Drupal-Websites laufen nach wie vor mit Drupal 7, und offenbar zeigt diese Zahl bislang keine Anzeichen eines Rückgangs .Die Umstellung ist noch nicht abgeschlossenIch habe die Webseiten meines Labors Anfang dieses Jahres umgestellt, als diese Möglichkeit zur Verfügung stand. Unsere B3P-Kerneinrichtung läuft jedoch weiterhin mit „handgeschriebenem“ HTML-Code, da wir noch keine Genehmigung erhalten haben, diese Seiten auf Drupal umzustellen (die IT-Abteilung wartet auf die Förderentscheidungen für die HiLIFE-Forschungsinfrastruktur).Mittlerweile nutzen 2,3 % aller Websites weltweit Drupal.*Probleme?*Das System ist jedoch nicht frei von Fehlern. Aufgrund von Sicherheitsbedenken (die PHP-Sicherheit gilt als durchlässig wie ein Schwamm) steht den Inhaltsanbietern ein Großteil der Flexibilität, die Drupal bietet, nicht zur Verfügung: So ist beispielsweise vollständiger HTML- oder PHP-Code innerhalb von Knoteninhalten deaktiviert, was die Implementierung dynamischer Inhalte erschwert. Glücklicherweise hat das System eine Achillesferse, nämlich die Verwendung von RSS-Feeds.RSS-Feeds als RettungRSS-Feeds mit vom Nutzer bereitgestellten URLs lassen sich in die meisten Seiten integrieren und ermöglichen überraschenderweise die ungefilterte Anzeige von HTML-Inhalten (einschließlich Bildern und CSS-Stilen). Auf diese Weise habe ich unsere dynamisch aktualisierte Liste von Enzymen ( https://www.helsinki.fi/en/researchgroups/lymphangiogenesis-research-and-antibody-development/services-and-resources ) und unsere Publikationsliste (die separate Feeds von zotero.org anzeigt, z. B. eine Liste ausgewählter Publikationen oder eine Liste von Übersichtsartikeln . Leider akzeptiert das Feed-Modul keine Standard-Atom-Feeds, sondern nur „altmodische“ RSS-Feeds, weshalb ich den Atom-Feed aus Zotero über ein Python-Skript weiterleiten musste, bevor er vom Browser des Website-Besuchers abgerufen werden konnte.Varnish CacheEin weiteres Problem ist, dass die Seite ziemlich langsam lädt. Wenn Besucher nach Inhalten suchen, muss die Seite innerhalb von 3 Sekunden geladen sein, sonst ist der Besucher verloren. Hoffentlich lässt sich die Seite gut skalieren, da viele Forschungsgruppen den Umstieg noch nicht vollzogen haben. Und sie lädt langsam, obwohl sie einen Varnish Cache nutzt. Leider verzögert der Varnish Cache die Veröffentlichung von Aktualisierungen manchmal um viele Stunden (manchmal sogar über Nacht). Im 21. Jahrhundert ist das nicht akzeptabel. Ich habe die maximale Cache-Lebensdauer für meine private Drupal-Website auf 1 Stunde festgelegt. Die Ladezeit von 3 Sekunden ist wahrscheinlich der beste Kompromiss, den sie finden konnten…

Hindernisse bei der Einführung elektronischer Laborjournale

Thu, 08 Jun 2017 00:00:00 +0000

Unser Labor beschäftigt sich schon seit einiger Zeit mit elektronischen Labornotizbüchern (ELNs). Eine aktuelle Veröffentlichung im Journal of Cheminformatics befasste sich mit den Hindernissen bei der Einführung von ELNs. Insbesondere im akademischen Bereich nutzen immer noch mehr als 90 % der Wissenschaftler das traditionelle Laborheft aus Papier. Das größte Hindernis für die Einführung waren die Kosten – sowohl in finanzieller Hinsicht als auch im Hinblick auf die Aneignung neuer Gewohnheiten. Knapp dahinter auf den Plätzen 3 und 4 folgten der Implementierungsaufwand und Sicherheitsbedenken. Zwar sind die Autoren eindeutig voreingenommen (sie entwickeln das Open-Source-ELN ELN SciNote ), doch sind die Hindernisse bei der Einführung dieselben, die ich in meinem Labor und an der Universität Helsinki erlebe.Ich war verblüfft, als ich vor etwa zwei Monaten eine E-Mail mit der Nachricht erhielt, dass die Universität Helsinki eine Rahmenvereinbarung mit dem LabVantage -LIMS/ELN-Anbieter Software Point ausgehandelt hatte. Zwar halte ich eine universitätsweite ELN-Lösung für notwendig, doch scheint dieser Vertrag für die meisten forschungsorientierten Labore an der Universität Helsinki alles andere als optimal zu sein. Mehrere Labore der Universität nutzen bereits seit einiger Zeit ELNs, und keines von ihnen hatte Kenntnis von den Bemühungen, eine universitätsweite Vereinbarung für eine LIMS/ELN-Lösung zu schließen. Und keines der Labore, die bereits ein LIMS/ELN nutzen, hat sich für LabVantage entschieden, sondern für andere Lösungen ( Labguru , SciNote , eLabFTW ). Es wäre hilfreich gewesen, wenn im Bewertungsteam jemand vertreten gewesen wäre, der über praktische Erfahrung mit der Nutzung von LIMS/ELNs verfügt (oder jemand, der an der Entwicklung von LIMS/ELNs mitgewirkt hat), zumal solches Fachwissen an der Universität Helsinki vorhanden ist.Nur wenige Personen waren an den Verhandlungen beteiligt, während die Mehrheit der Beteiligten nicht einmal um ihre Meinung gebeten wurde. Als ich ausdrücklich nach dieser abgeschotteten Vorgehensweise fragte, lautete die Antwort: Nur sehr wenige Einheiten (hauptsächlich die Abteilung für Chronologie und eine Person aus dem Fachbereich Chemie) waren damals an der Anschaffung beteiligt, obwohl die Informationen universitätsweit verbreitet wurden und jeder willkommen war, sich zu beteiligen und seine Bedürfnisse zu äußern. Doch obwohl ich versuche, die Entwicklungen der IT-Infrastruktur aktiv zu verfolgen, habe ich nirgendwo Ankündigungen gesehen, und auch bei einer rückblickenden Suche konnte ich nichts finden, was mich darauf aufmerksam gemacht und mir eine Beteiligung ermöglicht hätte. Die Labore, die am meisten zum internationalen Erfolg der Universität Helsinki beitragen, sind die wichtigsten Interessengruppen, wurden jedoch ignoriert. Vielleicht wäre eine etwas aktivere Suche nach den Interessengruppen angebracht gewesen. Das mit LabVantage ausgehandelte Basispaket scheint auf Routine- und klinische Laborarbeit ausgerichtet zu sein, nicht jedoch auf innovative Forschung. Zu den beiden Modulen, die für die Forschungsarbeit in den Lebenswissenschaften am dringendsten benötigt werden, gehören das ELN und das Speichermanagement. Leider fehlen viele für die Lebenswissenschaften spezifische Routinen (wie die Suche nach DNA- und Proteinsequenzen mit BLAST-ähnlichen Suchalgorithmen) gänzlich im Angebot, obwohl sie für die Lebenswissenschaften dringend benötigt werden. Das Fehlen einer kostenlosen API (wie sie eLAbFTW oder SciNote bald bieten wird), hindert Nutzer daran, ihren eigenen, bereits vorhandenen Code oder ihre eigenen Datenbanksysteme einzubinden. Jede noch so kleine Änderung würde die Einbeziehung der LabVantage-Entwickler erfordern, was ein sehr langwieriger und kostspieliger Prozess wäre. In der Praxis bedeutet dies, dass Mängel des Systems niemals behoben werden. Das Basispaket kann von jedem Labor der Universität nach einer einmaligen Zahlung von 200 € pro Nutzer genutzt werden (keine Floating-Lizenzen, nur dedizierte Nutzer). Für unser Labor würde sich das auf 2.000 € belaufen, doch ein niedriger Preis ist an sich noch kein Verkaufsargument. Im Rahmen der Rahmenvereinbarung kann jedes Labor die zusätzlichen Module selbst bezahlen, doch der hohe Preis von 17.500 € macht es unwahrscheinlich, dass dies jemand tun wird. Ich bin nicht bereit, mich für einen gemeinsamen Kauf einzusetzen, da sich nicht abschätzen lässt, ob diese Module für die tägliche Laborarbeit geeignet wären. Im Gegensatz zu den meisten anderen Anbietern bietet LabVantage keine kostenlose Testversion des Systems an. Es macht mich misstrauisch, wenn ein Anbieter keine Testversion anbietet. Wenn das Produkt gut ist, wird eine Testversion potenzielle Kunden vom Kauf überzeugen. Wenn das Produkt gut ist, was könnte dann der Nachteil einer Testversion für den Anbieter sein? Wir haben in den letzten zwei Jahren selbst mehrere ELN-Lösungen getestet, und einige Systeme erhielten sehr schlechtes Feedback von denjenigen, die sie täglich nutzen (z. B. umständlicher Datenimport, unintuitive Benutzeroberfläche, langsame Serverantworten). Tatsächlich nutzen wir für das Oligonukleotid-Management und die Lagerung von Proteinen und Enzymen immer noch das absolut veraltete Open-Source-LIMS, das ich vor etwa 15 Jahren als Doktorand mitentwickelt habe ( http://phplabdb.sourceforge.net , jetzt unter https://github.com/mbekaert/phplabdb) . In meinem Labor nutzen wir eLabFTW . Wir verfügen über eine lokale Installation im Intranet der Universität Helsinki (auf die von überall aus über VPN zugegriffen werden kann), und jeder Angehörige der Universität Helsinki kann dort einen Account erhalten. Wenn Sie Interesse daran haben, es auszuprobieren, kontaktieren Sie mich bitte! Die entscheidende Frage bleibt unbeantwortet: Warum wurde die Mehrheit der Beteiligten nicht in den Entscheidungsprozess einbezogen?

Edelsteinsuche in Finnisch-Karelien

Wed, 31 May 2017 00:00:00 +0000

Letzten Sonntag nahmen wir am Frühlingsausflug des finnischen Edelstein-Liebhaber-Vereins ( Suomen Jalokiviharrastajain Yhdistys ) zu einem Spektrolith-Steinbruch in der Nähe von Ylämaa in Finnisch-Karelien teil. Spektrolit ist eine Varietät des Labradorits , die ein reichhaltiges Schillern aufweist. Der finnische Spektrolith zeichnet sich durch seine dunkle Grundfarbe aus. Streng genommen bezieht sich der Begriff „Spektrolith“ ausschließlich auf die finnische Variante des schillernden Labradorits. Der Ausflug war ein voller Erfolg, denn wir kehrten müde und mit vielen Kilogramm an Exemplaren zurück.

Was man über VEGF-C in der Lymphologie wissen sollte

Fri, 05 May 2017 00:00:00 +0000

Was man über VEGF-C in der Lymphologie wissen sollte

PD Dr. Michael Jeltsch, Universität Helsinki & Wihuri-Forschungsinstitut, Finnland, michael@jeltsch.org

Der vaskuläre endotheliale Wachstumsfaktor C (VEGF-C) ist für die Entwicklung und das Wachstum des Lymphgefäßsystems unerlässlich. Zusammen mit VEGF-D bildet er die lymphatische Untergruppe innerhalb der VEGF-Familie der Wachstumsfaktoren, deren andere Mitglieder (PlGF, VEGF/VEGF-A, VEGF-B) in erster Linie für das Wachstum und die Funktion von Blutgefäßen verantwortlich sind. VEGF-C wurde als Ligand des Tyrosinkinase-Rezeptors VEGFR-3 entdeckt (1), und seine spezifische Wirkung auf Lymphgefäße wurde erstmals 1997 beschrieben (2,3). Etwa ein Drittel der Fälle von hereditärem Lymphödem beim Menschen resultiert aus Mutationen in Genen, die an der VEGF-C-Signalübertragung beteiligt sind (4). Das vollständige Fehlen von VEGF-C führt zum Tod während der Embryogenese (5). Wahrscheinlich aus diesem Grund sind klinische Fälle von erblich bedingtem Lymphödem durch eine teilweise Inaktivierung der Signaltransduktion gekennzeichnet. VEGFR-3 (6) ist in den meisten Fällen betroffen, doch werden Mutationen im Zusammenhang mit dem erblich bedingten Lymphödem für alle im Folgenden beschriebenen Komponenten der VEGF-C-Signaltransduktion beschrieben oder vermutet. z.T. im Rahmen einer multifaktoriellen Vererbung.

Für immer jung

Sun, 30 Apr 2017 00:00:00 +0000

Ich wurde von der Novo Nordisk Foundation (genauer gesagt von Dr. John Peter Wittschieben) gebeten, während der Informationsveranstaltung Informationsveranstaltung „ Wie man Fördermittel von internationalen Stiftungen erhält “, die am 26. April im Biomedicum Helsinki stattfand, ein paar Worte aus der Perspektive der erfolgreichen Antragsteller zu sagen.Nützliche InformationenUm es klar zu sagen: Die Veranstaltung war sehr nützlich. Insbesondere waren die detaillierten Informationen der Novo Nordisk Foundation und der JDRF , die im Rahmen der Veranstaltung Vorträge hielten, sehr hilfreich. Gleich zu Beginn war ich überrascht, als unser Dekan in seiner Einleitung von den „Glücklichen, die die Förderung erhalten haben“ sprach. In meiner Naivität war ich immer davon ausgegangen, dass Fördermittel nach Exzellenz und Leistung vergeben werden und nicht nach Glück. Während erfahrenere Forscher wie Mikael Knipp gute Ratschläge geben konnten, war mir das nicht möglich. Offensichtlich kann ich mich nicht mit meinen eigenen Förderquoten rühmen (die bei etwa 5 % liegen, d. h. einer von 20 Anträgen ist erfolgreich).Keine Zeit für Wissenschaft, zu viel Zeit für das Verfassen von Förderanträgen? Einige Teilnehmer zeigten sich überrascht über die derzeit weit verbreiteten Klagen von Forschern über niedrige Bewilligungsquoten und argumentierten, dass ein abgelehnter Antrag zu einem verbesserten, überarbeiteten Antrag in der nächsten Runde führe. Ich stimme zu, dass die Verbesserung in den ersten paar Runden erheblich sein mag, doch dann wird es zu einem Spiel mit abnehmenden Erträgen. Ich schreibe durchschnittlich 20 Förderanträge, um einen bewilligt zu bekommen, und bei 15 davon stimme ich eher mit E.P. Diamandis überein, der sich in Clinical Chemistry über den Verlust von über 20 Milliarden Dollar aufgrund erfolgloser Antragsstellung beklagte.**Wer ist ein „junger Forscher“?*Die andere Frage, die – interessanterweise – diskutiert wurde (und über die ich mir schon seit Jahren Gedanken gemacht hatte), betraf den Begriff „junger Forscher“. Das Fazit lautete, dass jeder ein junger Forscher ist, der keine ordentliche Professur innehat. Dies dürfte die einzig sinnvolle Definition sein, da das Durchschnittsalter der Hauptforscher in den letzten Jahrzehnten stetig gestiegen ist (siehe z. B. hier ). Viele Forscher werden daher für immer jung bleiben (oder zumindest bis zu ihrer Pensionierung).Es ist schwierig, kreativ zu sein, wenn man mit der Finanzierung zu kämpfen hatObwohl ich viele (vielleicht sogar niemanden) nicht überzeugen konnte, habe ich Einwände gegen die Vorstellung erhoben, dass es wünschenswert sei, das Ziel der Kreativität mit dem der Anwendbarkeit in der akademischen Forschung zu verbinden. Wahre Kreativität entspringt meist einer primären Motivation, und utilitaristische Aspekte stehen der Kreativität sogar im Weg. Das soll nicht heißen, dass kreative Forschung nicht sehr nützlich sein kann. Sie zu einem wichtigen Kriterium bei der Verteilung von Fördermitteln zu machen, verlangt von der Geldquelle einfach zu viel, nämlich die Zukunft vorhersagen zu können. Kreativität und das Streben nach „Anwendbarkeit/Wirkung“ der Forschung stehen nicht nur im Widerspruch zueinander, sondern wirken sogar in entgegengesetzte Richtungen. Wenn die Forschung mit der Finanzierung zu kämpfen hat, ist es schwierig, kreativ zu sein. Die grundlegenden Überlebensbedürfnisse müssen erst gedeckt sein, bevor Menschen ihre Möglichkeiten ausschöpfen können. Wenn Stiftungen zudem kurzfristige Anwendbarkeit fordern, wirken sie auf mich wie Politiker, die im 4- oder 5-Jahres-Wahlzyklus denken. Bei einem Großteil der akademischen Forschung können wir ihre zukünftigen Anwendungsmöglichkeiten nicht vorhersagen. Zudem liegen potenzielle Anwendungen meist VIEL mehr als fünf Jahre in der Zukunft. Wenn der Drang nach Anwendbarkeit dazu führt, dass sich das Gleichgewicht von der Grundlagenforschung hin zur angewandten Wissenschaft verschiebt, wird die Pipeline (Grundlagenforschung > angewandte Forschung > Ingenieurwesen) an ihrer Quelle versiegen. Vielleicht wird dieser Drang nach Anwendbarkeit auch die Verwischung der Grenzen zwischen den traditionellen Universitäten und den Fachhochschulen beschleunigen. *Diesmal muss ich Marx zustimmen: Nicht das Bewusstsein bestimmt das Leben, sondern das Leben bestimmt das Bewusstsein.

Eine sehr kurze Geschichte der antiangiogenen Tumortherapie

Mon, 24 Apr 2017 00:00:00 +0000

Ich habe das Thema der antiangiogenen Tumorbehandlung im Rahmen der Cancerbio Summer School (CBSS) 2017 behandelt. Als Übersichtsartikel habe ich Folgendes empfohlen: Weis SM, Cheresh DA. Tumorangiogenese: molekulare Signalwege und therapeutische Ziele. 2011. Nature Medicine 17:1359–70. http://www.nature.com/nm/journal/v17/n11/pdf/nm.2537.pdf

Finnland ist nach wie vor das sicherste Land für Reisende

Tue, 18 Apr 2017 00:00:00 +0000

Im Index für Wettbewerbsfähigkeit im Reise- und Tourismussektor 2017 belegte Finnland im weltweiten Vergleich Platz 33 (11 Plätze schlechter als vor zwei Jahren ). Allerdings gelang es Finnland, seine Spitzenposition in der Kategorie „Sicherheit“ zu halten. Betrachtet man die reinen Zahlen, so liegt der Grund für den Rückgang der Wettbewerbsfähigkeit weniger in einer Verschlechterung der finnischen Leistung als vielmehr in der verbesserten Leistung anderer Länder, darunter Schweden und viele außereuropäische Länder wie Mexiko, Malaysia oder die Vereinigten Arabischen Emirate. Spanien, Frankreich und Deutschland belegten sowohl im Vergleich von 2015 als auch im Vergleich von 2017 jeweils den 1., 2. und 3. Platz.

Vom Riesenrad überrollt?

Fri, 24 Mar 2017 00:00:00 +0000

Trotz des Fokus auf Internationalisierung sind die Informationen zur Bildungsreform auf Englisch unvollständig und kommen zu spätDie „Big Wheel“-Reform rollt über mich hinweg, und ich merke es gar nicht. Auf dem Intranet der Universität gab es einige Informationen in englischer Sprache über den Prozess. Während der Ausarbeitungsphase waren die meisten Dokumente jedoch zunächst nur auf Finnisch verfügbar, und aufgrund der durch die Übersetzung verursachten Verzögerung wurden ausländische Mitarbeiter ohne Englischkenntnisse weitgehend von dem Prozess ausgeschlossen. Dieser Verlust an Input war sicherlich nicht hilfreich, da mehrere Ziele der „Big Wheel“-Reform mit der Internationalisierung zusammenhängen, z. B. die Harmonisierung der Abschlussstrukturen innerhalb Europas („3+2+3-System“) und die Steigerung der internationalen Attraktivität und Wettbewerbsfähigkeit der Studiengänge.Exzellente Studierende möglicherweise vom Studium an unserer Universität ausgeschlossenAusgehend von den Bewerbungszahlen für die Masterstudiengänge, die im September 2017 beginnen, gibt es noch viel zu tun, um die Studiengänge „international attraktiv und wettbewerbsfähig“ zu machen. Praktisch alle Studiengänge verzeichneten einen Rückgang der Bewerbungen aus Nicht-EU-/EWR-Ländern, was wahrscheinlich zu deutlich geringeren Einnahmen aus Studiengebühren führen wird, als es der Universität lieb wäre (die Studiengebühren für Masterarbeiten an der Universität Helsinki liegen je nach Studiengang zwischen 13.000 und 18.000 € pro Jahr). Wir verlieren wahrscheinlich potenziell hervorragende Studierende, und es besteht der diffuse Verdacht, dass das allgemeine Bildungsniveau darunter leiden könnte. Für Studierende aus Nicht-EU-/Nicht-EWR-Ländern stehen 30 Stipendien in unterschiedlicher Höhe zur Verfügung. Allerdings werden nur etwa 10 der Stipendiaten in der Lage sein, die Studiengebühren mit ihrem Stipendium vollständig zu decken (siehe hier: https://www.helsinki.fi/en/studying/how-to-apply/scholarship-programme) . Ich bin außerdem der Meinung, dass die Werbung für die Studiengänge definitiv verbessert werden könnte.Informationen zu verfügbaren Stipendien: klar genug oder verwirrend? Ich befürchte zudem, dass viele potenzielle Bewerber hinsichtlich des Stipendienprogramms verwirrt waren (so ging es mir auch, und das ist immer noch so). Auf den Webseiten unseres eigenen Masterstudiengangs ( https://www.helsinki.fi/en/programmes/master/translational-medicine-transmed ) werden die Stipendien nicht besonders hervorgehoben (oder war das vielleicht Absicht?). Noch schlimmer: Der Link auf den Seiten der Universität Helsinki, über den man überprüfen kann, ob ein Studierender Studiengebühren zahlen muss oder nicht, ist schon seit einiger Zeit nur noch teilweise funktionsfähig („Sie können dies in den FAQ auf der Studyinfo-Website , ob Sie Studiengebühren zahlen müssen oder nicht“ (Original auf dieser Seite ). Hoffentlich ist das erst nach Ablauf der Bewerbungsfrist untergegangen…Bildungsreform des PromotionsstudiumsDie „Big Wheel“-Reform betrifft alle drei Abschlüsse: Bachelor, Master und Promotion (PhD). Die Internationalisierung ist besonders relevant für die Promotion und jene Masterstudiengänge, die vollständig auf Englisch stattfinden (z. B. Translational Medicine oder Life Science Informatics). Obwohl etwa die Hälfte aller Doktoranden in meiner Abteilung (Research Programs Unit) Ausländer sind, weiß kaum einer von ihnen, worum es bei „Big Wheel“ geht. „Big Wheel“-Diskussion am Meilahti-CampusNachdem fast alles bereits feststand und beschlossen war, wurde eine Informationsveranstaltung zum „Big Wheel“ für den Meilahti-Campus angekündigt (31.3.2017). Die E-Mail-Mitteilung war ausschließlich auf Finnisch verfasst. Ich habe oft Feedback gegeben, wenn wichtige Veranstaltungen nicht auf Englisch angekündigt wurden (meistens ohne Antwort). Deshalb habe ich eine Nachricht direkt an den Rektor und den Vizerektor der Universität geschrieben. Der E-Mail-Austausch ist unten angehängt. Es genügt zu sagen, dass sich die Universität nach wie vor der Internationalisierung verschrieben hat, auch wenn dies nicht ohne Probleme verläuft…Was bei der Anhörung besprochen wurdeDer Teil der Diskussion, der auf Englisch stattfand, drehte sich um die Doktorandenausbildung. Eine sehr berechtigte Forderung lautete, nichts zu reparieren, was nicht kaputt ist. Im internationalen Vergleich ist die Doktorandenausbildung in Finnland größtenteils hervorragend, und das einzige wahrgenommene Problem ist ihre Dauer. Derzeit verlangt eine finnische Doktorarbeit in den Lebenswissenschaften, dass der Doktorand in wissenschaftlichen Fachzeitschriften veröffentlicht. Infolgedessen wird der Großteil der Forschung in Finnland von Doktoranden geleistet. Die genaue Anzahl und Qualität der erforderlichen Veröffentlichungen variiert je nach Fakultät, da es keinen formellen Konsens gibt. Typischerweise sind 3–5 Artikel erforderlich, wobei eine gemeinsame Autorschaft bis zu einem gewissen Grad akzeptiert wird. Nicht alle Veröffentlichungen müssen Beiträge als Erstautor sein.Finnische Doktoranden sind wettbewerbsfähigZwar ist ein Doktorgrad einer finnischen Universität international sehr wettbewerbsfähig, doch sind die Doktoranden in der Regel deutlich älter als in den meisten anderen Ländern. Das wirft die Frage auf: Na und? Die typische Dauer eines Promotionsstudiums in Finnland wird allgemein auf etwa 7 Jahre geschätzt. Allerdings weiß niemand genau Bescheid (nicht einmal die Universität selbst, da es bis vor kurzem keine strengen Vorschriften zur Registrierung von Promotionsstudiengängen gab), doch scheint es eine sehr langsame Entwicklung hin zu einer kürzeren Dauer (und geringeren Anforderungen) zu geben. Starke Kräfte wirken einer Verkürzung des Promotionsstudiums entgegenDie Tatsache, dass das Promotionsstudium in Finnland so lange dauert, ist das Ergebnis einer natürlichen Selektion. Der Versuch, durch Regulierung eine schnellere Promotion zu erzwingen, hätte viele unbeabsichtigte Folgen. Es wirken starke Kräfte gegen eine Verkürzung des Promotionsstudiums, insbesondere für hochbegabte Studierende, die eine akademische Laufbahn anstreben: z. B. die relativ einfache Beschaffung von Stipendien während des Promotionsstudiums und die hohe Arbeitslosigkeit unter frisch promovierten Wissenschaftlern in Finnland.Altersgrenzen für Promotionsabschlüsse bei der FörderungWie Kalle Saksela hervorhebt, ist ein großes Hindernis für die Verkürzung der Promotionsausbildung die allgemeine Fördersituation in der akademischen Forschung. Mit jedem Förderzyklus sinken die Förderquoten auf neue Tiefststände. Erfolgreiche Bewerber verfügen über ein sehr überzeugendes Portfolio an hochwertigen Publikationen, dessen Aufbau Zeit benötigt. Große wettbewerbsorientierte Forschungsförderprogramme (Finnische Akademie, ERC) legen jedoch Beschränkungen für Bewerber fest (z. B. „nicht mehr als 7 Jahre nach Abschluss der Promotion“), die in keinem Zusammenhang mit der Qualität des Antrags stehen.Vier JahreDie ganz klare Botschaft von Vizerektor Hämäläinen (Jukka Kola hatte die Diskussion bereits verlassen, als von Finnisch auf Englisch umgeschaltet wurde) lautete, dass das Promotionsstudium verkürzt werden muss, um Vergleichbarkeit mit anderen Ländern zu erreichen. Das Ziel ist 3+2+4 (3 Jahre für das Bachelorstudium, weitere 2 Jahre für das Masterstudium und anschließend 4 Jahre für das Promotionsstudium). Der vom Vizerektor vorgebrachte Vorschlag bestand darin, einfach einen Teil der Studienleistungen, die derzeit im Rahmen des Promotionsstudiums absolviert werden, in die frühe Postdoc-Phase zu verlagern. Eine große Frage ist natürlich, wer diese Umstellung finanzieren soll. Es bedarf einer erheblichen Aufstockung der Forschungsmittel, um die Gehälter für Postdocs bezahlen zu können – es sei denn, wir wollen die gesamte inländische Forschungsleistung verringern. Schon jetzt grenzt es an finanziellen Selbstmord, einen Postdoc mit dem Budget eines „Academy Research Fellow“ zu beschäftigen.

Aufreinigung und Charakterisierung rekombinanter Proteine

Mon, 20 Mar 2017 00:00:00 +0000

Wir organisieren (erneut) einen praxisorientierten Kurs zur Proteinreinigung vom 4. bis zum 20. Dezember. Wir können maximal 16 Teilnehmer aufnehmen, die in Gruppen von 2 bis 4 Teilnehmern eingeteilt werden. Jede Gruppe benötigt drei volle Tage, um die praktischen Übungen durchzuführen, wobei sich der dritte Tag des Kurses mit dem ersten Tag der nächsten Gruppe überschneidet. Veranstaltungsort ist das Biomedicum Helsinki, Räume A516a1 (wo sich die Geräte befinden) und B318a/b (unser Labor). Wir werden ein Protein (VEGF-Rezeptor 3) mithilfe eines zweistufigen Protokolls (Affinitätschromatographie + Gelfiltration) auf dem Äkta Avant FPLC-Gerät aufreinigen. Am dritten Kurstag werden wir die Wechselwirkung dieses Proteins mit seinem Liganden (VEGF-C) auf dem ITC-Gerät (isotherme Kalorimetrie) untersuchen. Wir haben bereits 2015 einen ähnlichen Kurs angeboten ( http://www.helisci.fi/hbgs/FPLC2015/) . Dieser neue Kurs ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ) wird einen ähnlichen Aufbau haben, wir erweitern ihn jedoch um einen Tag, um Protein-Wechselwirkungen mithilfe des neuen Isothermischen-Kalorimetrie-Geräts unserer B3P-Kernanlage zu analysieren. Die Dokumentation und die Ergebnisse werden ebenfalls hier verfügbar sein.Da wir maximal zwei Proben gleichzeitig bearbeiten können (wir verfügen „nur“ über zwei FPLC-Geräte), müssen wir die Teilnehmer in Gruppen (mit jeweils 2–4 Studierenden) aufteilen und den dreitägigen Kurs je nach Teilnehmerzahl mehrmals wiederholen.

Meilensteine der Angiogenese-Forschung

Thu, 09 Mar 2017 00:00:00 +0000

Die Zeitschrift Nature zählt unsere Science-Publication von 1997 zu den Meilensteinen der Angiogenese-Forschung: *“A paper establishing the role of VEGF-C and VEGF-R3 signaling in lymphangiogenesis. A new field is born.” [“Diese Studie etabliert die Funktion von VEGF-C und VEGFR-3 in der Lymphangiogenese und damit eine neues Forschungsgebiet.”]*Die Zusammenstellung der Meilenstein-Publikationen der Angiogenese-Forschung der letzten 80 Jahre ( http://www.nature.com/focus/angiogenesis/classics/vegf.html ) ist aus dem Jahre 2003 und wurde leider bisher nicht mit den neusten bahnbrechenden Studien ergänzt. Auf jeden Fall sind die meisten dieser 86 Publikationen obligatorische Lektüre für alle Doktoranten, deren Promotion irgendwas mit Angiogenese zu tun hat.

„Silber“ und „Gold“ als Beschichtung einer 5-Cent-Münze

Tue, 07 Mar 2017 00:00:00 +0000

Letzten Freitag habe ich zusammen mit meinen Kindern 5-Cent-Münzen (aus Kupfer) beschichtet. Sie sehen ziemlich gut aus, obwohl sie eigentlich nur aus Zink und Messing bestehen. Man braucht lediglich eine saubere Kupfermünze (alte Münzen lassen sich gut mit Essig reinigen), Natriumhydroxid (NaOH), Zinkpulver und eine Heizplatte. Die ursprüngliche Methode (siehe dieses PDF ) sieht die Verwendung eines Bunsenbrenners vor, aber wir haben das Erhitzen und die abschließende Umwandlung der verzinkten Münze in eine vermessingte Münze einfach dadurch bewerkstelligt, dass wir sie auf die Kochplatte in unserer Küche gelegt haben. Heißes Natriumhydroxid ist ziemlich gefährlich, also sei gewarnt (Augenschutz) und behalte die Kinder im Auge!

Fertig

Sat, 04 Mar 2017 00:00:00 +0000

Nach einem Jahr von mühsamenm Teilesammelns und Bauens haben Tobias und ich heute das Lego Millennium Falcon Ultimate Collector’s Edition (Lego Set 10179, http://brickset.com/sets/10179-1/Ultimate-Collector-s-Millennium-Falcon ) fertig gebaut. Diese Version des Millennium Falcons wird nicht mehr verkauft und gebrauchte Sets werden für wahnsinnige Preise von um die €5.000 bei Ebay verkauft.Wir haben die notwendigen Legosteinie von zwei anderen Lego Star Wars Modellen genommen: aus dem Death Star (Lego Set 10188, http://brickset.com/sets/10188-1/Death-Star ) und dem Super Star Destroyer (Lego Set 10221-1, http://brickset.com/sets/10221-1/Super-Star-Destroyer).Allerdings mussten wir eine beträchtliche Menge an fehlenden Teilen dazukaufen. Viele von denen haben wir über die finnische Online-Auktions-Website Huuto ( http://huuto.net ) oder über BrickLink ( http://www.bricklink.com ), eine Art “spezialisiertes Ebay” für LEGO-Steine gekauft. Die am schwierigsten zu findenden Stücke waren die beiden hellen bläulich-grauen “Boat Mast Rigging Long 28 x 4” ( http://www.bricklink.com/search.asp?itemID=56261&colorID=86) , die im Moment für nicht weniger als €100 pro Stück verkauft werden. Wir haben diese Stücke natürlich nicht gekauft. Allerdings verkauft LEGO immer noch die schwarze Version dieses Stücks als Ersatzteil und Tobis Patenonkel hat sich die Mühe gemacht, diese zu besorgen und sie grau zu streichen. Danke Clemens!

Handbrake und geschützte DVDs

Thu, 02 Mar 2017 00:00:00 +0000

Das Rippen von DVDs gehört zwar der Vergangenheit an, aber gelegentlich muss ich es doch noch einmal tun. Das kommt jedoch so selten vor, dass ich jedes Mal entweder einen neuen Computer oder eine neue Linux-Distribution habe und die erforderliche Software erst installieren muss. Dieses Mal nutze ich Ubuntu 16.04. Normalerweise benutze ich Handbrake , was sehr komfortabel ist, aber manchmal schafft Handbrake die Aufgabe nicht. Diesmal musste ich auf MakeMKV zurückgreifen. Allerdings rippt MakeMKV das Video nur in einen MKV-Container, komprimiert es aber nicht. Wenn ihr Speicherplatz sparen wollt, solltet ihr die Datei dennoch durch einen Kompressor jagen. Hier ist die gesamte Befehlskette: Ich habe nur ein Apple USB-SuperDrive. Apple will nicht, dass ich es mit anderen Computern als Macs verwende. Damit es unter Linux funktioniert, muss man ihm daher einen „Magic Cookie“ senden (siehe hier: ):sg_raw /dev/sr0 EA 00 00 00 00 00 01Wenn du Handbrake aus dem Standard-Ubuntu-Repository installiert hast, müssen Sie es entfernen (es ist eingeschränkt und Sie möchten es auch mit verschlüsselten DVDs nutzen können): (sudo apt remove handbrake && sudo apt autoremove)Installiere diese Version:sudo add-apt-repository ppa:stebbins/handbrake-releasessudo apt updatesudo apt install handbrake-gtk handbrake-cliInstalliere Software zum Lesen verschlüsselter DVDs:sudo apt-get install libdvd-pkgAllerdings müssen Sie nach Abschluss der Installation einige manuelle Befehle ausführen, der Installer führt Sie jedoch während der Installation durch die einzelnen Schritte. Wählen Sie als Quelle den Ordner „TS_Audio“ auf der DVD aus. Falls der Scanvorgang nicht endet oder nach Abschluss des Scans keine Titel angezeigt werden, benötigen Sie möglicherweise ein Programm wie MakeMKV. Ich habe kein PPA und keine DEB-Datei gefunden, daher habe ich das Programm aus dem Quellcode kompiliert, was gemäß der Anleitung hier problemlos geklappt hat: http://www.makemkv.com/forum2/viewtopic.php?f=3&t=224 . Hier die Kurzfassung:wget http://www.makemkv.com/download/makemkv-bin-1.10.4.tar.gzwget http://www.makemkv.com/download/makemkv-oss-1.10.4.tar.gztar -xvzf makemkv-bin-1.10.4.tar.gztar -xvzf makemkv-oss-1.10.4.tar.gz cd makemkv-oss-1.10.4/ ./configure make sudo make install cd ../makemkv-bin-1.10.4/ make sudo make install Die ausführbare Datei befindet sich unter /usr/bin/makemkv

Kein Interesse (an Rückblick und Selbstreflexion)?

Fri, 17 Feb 2017 00:00:00 +0000

Es wurde viel über die „Veränderungen“ des letzten Jahres an der Universität gesprochen. Überraschenderweise scheint sich niemand mehr für das Thema zu interessieren. Zumindest war das mein erster Eindruck, als ich zur öffentlichen Anhörung auf dem Meilahti-Campus ging. Der Hörsaal 1 des Haartman-Instituts, in dem die Anhörung stattfinden sollte, war völlig leer, als ich ankam. Da sich nur eine Handvoll Leute die Mühe gemacht hatte, zu erscheinen, war die Anhörung an einen Tisch in der nahegelegenen Cafeteria verlegt worden. Von kaum jemandem bemerkt, hat eine Untersuchungsgruppe ihre Arbeit aufgenommen, um die „Veränderungen“ an der Universität Helsinki zu analysieren, die in den letzten anderthalb Jahren stattgefunden haben. Ich vermute, die Idee dahinter war, herauszufinden, welche vermeidbaren Fehler begangen wurden. Laut dieser Quelle der Universität durfte Jukka Kola, der als öffentliches Gesicht für viele der umstrittenen Entscheidungen in dieser Zeit gilt, selbst über die Zusammensetzung der Untersuchungsgruppe entscheiden. Aus diesem Grund muss die Untersuchungsgruppe sehr darauf achten, in ihrem Bericht nicht voreingenommen zu wirken.

Wissenschaft gut, Kaffee schlecht

Thu, 26 Jan 2017 00:00:00 +0000

Letzte Woche habe ich an der Gordon Research Conference zur vaskulären Zellbiologie in Ventura (Kalifornien) teilgenommen. Meine beiden vorherigen Gordon-Konferenzen (2001 in Rhode Island, 2014 in Lucca/Italien) waren hervorragend, und auch diese hat mich nicht enttäuscht.Obwohl viele europäische Forscher vertreten waren (19 %), stammten 69 % der Teilnehmer aus den USA (Asien 6 %, übrige Amerika 5 %). Dies spiegelt wahrscheinlich gut wider, wo die Spitzenforschung in der Gefäßbiologie stattfindet. Da frage ich mich doch, warum der Kaffee in den USA so schlecht ist (meine Vorurteile haben sich wieder einmal bestätigt). Das lässt sich nicht mit einem Mangel an wissenschaftlicher Expertise erklären. Gordon-Konferenzen dienen dem Austausch unveröffentlichter Daten, daher schreibe ich nichts über die wissenschaftlichen Inhalte. Eine Ausnahme: Es gibt klinische Studien zur Behandlung von Lymphödemen mit Leukotrien-B4-Hemmern ), aber dies ist bereits allgemein bekannt, und die Mausstudien sind größtenteils veröffentlicht ( http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0008380) . Es sind also keine Geheimnisse durchgesickert … Ich selbst habe ein Poster zur weiteren CCBE1-Geschichte präsentiert, das derzeit begutachtet wird, sowie einige vorläufige Daten zu weiteren VEGF-C-aktivierenden Enzymen.Natürlich war der Ausgang der Präsidentschaftswahlen ein beliebtes Thema bei den Gesprächen während des Mittag- und Abendessens, insbesondere im Zusammenhang mit der Forschungsfinanzierung und der Wissenschaftspolitik. Die Meinungen reichten von „Wir haben keine Ahnung, was uns erwartet“ bis hin zu „Fürchtet euch. Habt große Angst.“ Ich persönlich habe etwa acht Stunden der Trump-Präsidentschaft genossen, da mein Rückflug von Los Angeles nach München letzten Freitag um Viertel nach fünf Uhr nachmittags startete. An den freien Nachmittagen habe ich versucht, das in Amerika exklusive Taurus-Pokémon für meine Tochter Milena zu fangen. Leider gab es am Konferenzort so gut wie keine PokéStops, weshalb mir ständig die Pokébälle ausgingen. Insider erzählten mir, dass der Strand von Santa Monica der ideale Ort sei, um Pokémon zu fangen. Eigentlich hatte ich vor, am Freitagmorgen dorthin zu fahren, aber es regnete in Strömen, und so versuchte ich mein Glück am Flughafen und schaffte es schließlich etwa eine Stunde vor Abflug, ein Tauros zu fangen – und noch eines, kurz bevor ich ins Flugzeug stieg. Alles in allem also eine sehr erfolgreiche Konferenzreise!

Unterstützung für den ScanSnap iX100 unter Linux

Fri, 23 Dec 2016 00:00:00 +0000

Unter Ubuntu 16.04 wird der ScanSnap iX100 vom sane-Paket noch nicht unterstützt. Damit er funktioniert, müssen Sie das PPA von Rolf Bensch installieren: sudo add-apt-repository ppa:rolfbensch/sane-git; sudo update; sudo upgrade

Kapa HiFi überzeugt, Phusion funktioniert mehr oder weniger, Q5 und Platinum SuperFi enttäuschen

Fri, 02 Dec 2016 00:00:00 +0000

Meine letzte NEBuilder-Assemblierung ist ins Stocken geraten, weil ich zwei der PCR-Reaktionen nicht zum Laufen bringen konnte. Ich benötigte ein kleines Fragment und zwei ~3-kb-Fragmente. Ich musste eine 2A-Sequenz zwischen das kleine und eines der 3-kb-Fragmente einfügen und fügte daher die erforderlichen Sequenzen als Enden an die Primer an. Die Matrize war nicht besonders GC-reich, also nichts allzu Kompliziertes, aber bei meinem ersten Versuch amplifizierte sich nur das kleine Fragment. Als auch mein zweiter Versuch, die 3-kb-Fragmente zu amplifizieren, scheiterte, beschloss ich, einige alternative Polymerasen auszuprobieren. Für Klonierungszwecke habe ich in den letzten Jahren ausschließlich die Phusion High Fidelity DNA-Polymerase (von New England Biolabs oder von ThermoFisher ) verwendet, aber vielleicht gab es ja etwas Besseres und Robusteres? Ich erhielt drei verschiedene kostenlose Proben zum Testen: KAPA HiFi HotStart , NEB Q5® High-Fidelity sowie ThermoFisher Platinum SuperFi™ . Mein Doktorand hat gestern die PCRs durchgeführt, und ich habe heute die Gele gelockt. An der Gelqualität sieht man, dass ich nicht mehr viel Routine habe, aber die Gesamtergebnisse sind recht eindeutig, und in Zukunft wird KAPA unsere erste Wahl bei kniffligen Templates sein. Ich denke, die Korrekturfähigkeiten von KAPA liegen etwas unter denen von Phusion, aber es macht mir nichts aus, wenn 2 % statt 0,5 % der DNA-Produkte eine Mutation enthalten.In der angehängten PDF-Datei ist zu sehen, dass meine Doktorandin zwei weitere Proben für die Phusion-Polymerase hinzugefügt hat, bei denen sie die gleichen Bedingungen, aber eine andere Matrize (supergewickeltes Plasmid statt linearer DNA) verwendet hat. Überraschenderweise hat die Phusion-Polymerase die supergewickelte DNA viel besser amplifiziert als die (gleiche) lineare DNA; ich kann mir das nicht erklären…

1000 Mal zu langsam

Thu, 01 Dec 2016 00:00:00 +0000

Die Universität Helsinki hat Teile ihrer IT-Infrastruktur an Microsoft ausgelagert. Auch wenn Outsourcing kurzfristig kostengünstiger ist als die lokale Bereitstellung gleichwertiger Dienste, ist die Nettoauswirkung aufgrund des Verlusts von Arbeitsplätzen, Know-how und Unabhängigkeit wahrscheinlich negativ. Um dieses selbstzerstörerische Verhalten zu erklären, bedarf es keiner Verschwörungstheorie, sondern lediglich schlechter Entscheidungskriterien, die langfristige und externalisierte Kosten außer Acht lassen. In seinem Bestreben, ein Upgrade auf neuere Windows-Versionen durchzusetzen, beendete Microsoft am 8. April 2014 den erweiterten Support für Windows XP, und die Universität kam dieser Aufforderung nach, indem sie XP-Rechnern den Netzwerkzugang verwehrte. Als Begründung wurde angeführt, dass XP zu einem Sicherheitsrisiko geworden sei. Gleichzeitig entfielen auf Windows XP immer noch etwa 20 % aller Windows-Installationen weltweit ( https://www.statista.com/statistics/218089/global-market-share-of-windows-7/ ). Selbst im Oktober 2015 liefen noch weit über 100 Millionen Computer unter Windows XP ( https://en.wikipedia.org/wiki/Usage_share_of_operating_systems und https://www.statista.com/statistics/218089/global-market-share-of-windows-7/ ), ohne dass dies katastrophale Folgen hatte. Das Auslaufen von Windows XP stellte ein Problem dar, da vier unserer Geräte, die wir für die Forschung benötigen, nach wie vor mit Windows XP laufen. Und es gibt keine Möglichkeit, das Betriebssystem zu aktualisieren, ohne die Geräte aufzurüsten (was Tausende oder Zehntausende Euro kosten würde und daher angesichts der derzeit angespannten finanziellen Lage der Universität weitgehend unmöglich ist). Und natürlich ist die Software, die zum Betrieb der Geräte benötigt wird, nicht mit Windows 7 kompatibel. Infolgedessen können wir diese Geräte weder fernsteuern noch automatische Backups durchführen. Selbst das Übertragen der Daten zur Analyse auf einen anderen Computer erfordert das Adidas-Netzwerk . Ich hatte den IT-Support bereits lange vor Ablauf des erweiterten Supports für Windows XP kontaktiert und darum gebeten, eine Lösung zu finden. Anscheinend gab es verschiedene Lösungsmöglichkeiten, und der IT-Support begann auch mit deren Umsetzung, doch aufgrund von Personalfluktuationen musste das Projekt mehrmals „neu gestartet“ werden, und verschiedene Support-Mitarbeiter hatten unterschiedliche Meinungen dazu, wie dieses Problem gelöst werden sollte. Mit der großen „Fire-and-Hire“-Aktion an der Universität brach das gesamte Projekt erneut zusammen. In diesem Herbst habe ich unsere Anforderungen erneut mit den IT-Mitarbeitern besprochen, bisher jedoch keine konkrete Hilfe erhalten. An diesem Dienstag wollte ich endlich wissen, wie schwierig es wirklich ist, einen Windows-XP-Rechner so an das Netzwerk anzuschließen, dass die Sicherheit nicht beeinträchtigt wird, aber Dateiverteilung, Datensicherung und Fernsteuerung möglich sind. Ich ging zum Müllplatz des Instituts, wo defekte Elektronikgeräte gesammelt werden, und nahm drei alte 10/100-Netzwerkkarten sowie ein paar Ethernet-Kabel mit. Eine Karte und ein Kabel funktionierten noch; ich steckte die Netzwerkkarte in einen Computer mit Ubuntu 16.04 und verband diesen über ein Ethernet-Kabel mit einem der XP-Rechner. Nachdem ich der Netzwerkkarte manuell eine IP-Adresse zugewiesen und Samba auf dem Ubuntu-Rechner installiert hatte, konnte ich die Samba-Freigabe auf dem Windows-XP-Rechner als Laufwerk einbinden. Anschließend habe ich die Samba-Freigabe einfach über eine Webseite zugänglich gemacht. Das Ganze dauerte etwa eine Stunde. Da ich kein IT-Profi bin, habe ich vielleicht noch drei weitere Stunden damit verbracht, zu recherchieren, wie das geht (Samba-Einrichtung, Apache-Einrichtung, Konfiguration einer zweiten Netzwerkkarte, was unter Ubuntu nicht automatisch erfolgt). Diese Konfiguration erfüllt alle unsere Anforderungen, hat nichts gekostet und wurde innerhalb eines Tages umgesetzt. Eine Beschreibung der technischen Details folgt, sobald ich dazu komme, meine Vorgehensweise zu dokumentieren. Agilität ist vielleicht das, was am meisten fehlt, wenn ich mir viele der IT-Projekte unserer Universität anschaue. Ich denke dabei insbesondere an die Umstellung auf Drupal als Content-Management-System für die Webseiten der Universität. Leider nutzt unsere Fakultät nach wie vor Dreamweaver zur Erstellung ihres Webauftritts, was zur Folge hat, dass viele Webseiten nie aktualisiert werden.

Automatische Neuinstallation von Software aus der Paketliste

Sun, 20 Nov 2016 00:00:00 +0000

Wenn ich ein Ubuntu-/Debian-basiertes Linux-Betriebssystem neu installieren muss (oder eine Softwareauswahl auf einen anderen Rechner kopieren möchte), geht das folgendermaßen. Auf dem Quellrechner:sudpkg --get-selections > ~/Package.listcp -R /etc/apt/sources.list* ~/apt-key exportall > ~/repository.keysAnschließend einfach die Dateien auf den Zielrechner kopieren:suapt-key add ~/repository.keyscp -R ~/sources.list* /etc/apt/apt-get updateapt-get install dselectdselect updatedpkg --set-selections < ~/Package.listapt-get dselect-upgrade -ySollten einige Pakete nicht verfügbar sein, schlägt dies fehl. In meinem Fall betrifft dies manuell installierte Pakete wie TeamViewer oder snapgene / snapgene_viewer . Normalerweise entferne ich diese Pakete manuell aus der Liste (glücklicherweise sind es nicht viele).Das Upgrade erfolgt jedoch nicht vollständig automatisch, da man beispielsweise verschiedenen Lizenzen zustimmen (z. B. für die TrueType-Schriftarten von Microsoft) und andere Dinge manuell bestätigen muss (z. B. rechtliche Hinweise zu libdvd-pkg), was den Zweck einer automatischen und reibungslosen Abwicklung irgendwie zunichte macht…

Temperatursensoren

Tue, 15 Nov 2016 00:00:00 +0000

https://my.wirelesstag.net/eth/signin.html

Let's Encrypt hat meine Protokolldateien dupliziert

Wed, 19 Oct 2016 00:00:00 +0000

Bis Anfang 2016 habe ich keine Protokolldateien für meinen Webserver geführt. Zu diesem Zeitpunkt musste ich die Zugriffe auf bestimmte Dateien nachverfolgen (ich begann, awstats zu nutzen, vor allem, weil ich damit vertraut war, da ich es schon vor Jahren verwendet hatte, als meine Website noch auf einem Red-Hat-Server lief). Im März 2016 habe ich glücklicherweise begonnen, Let’s Encrypt zu nutzen. Zuvor hatte ich einen anderen „kostenlosen“ Dienst verwendet, der kürzlich in große Schwierigkeiten geraten war, da er offenbar keine Kontrolle über seine eigene Sicherheit hatte. Als ich mir die Logdateien meines Apache-Servers (unter Ubuntu 14.04) ansah, fiel mir auf, dass Apache doppelt protokollierte (sowohl in die Logdatei des jeweiligen virtuellen Hosts als auch in eine gemeinsame Logdatei). Mir wurde klar, dass Let’s Encrypt in der Konfigurationsdatei jedes virtuellen Hosts eine „Import“-Anweisung vorsieht, die auf die Datei /etc/letsencrypt/options-ssl-apache.conf verweist. Und diese Datei legt wiederum gemeinsame access.log- und error.log-Dateien für alle virtuellen Hosts im Verzeichnis /var/log/apache2/ fest. Ich habe die fünf Zeilen, die mit dieser Protokollierung zusammenhängen, auskommentiert, woraufhin die doppelte Protokollierung aufhörte (ursprünglich hatte ich angenommen, dass diese Let’s Encrypt-Anweisung nur für die anfängliche Let’s Encrypt-Einrichtung zur Zertifikatserstellung verwendet wurde).

Wichtige Projektfinanzierung

Fri, 07 Oct 2016 00:00:00 +0000

Dieser Beitrag ist inspiriert von unserem jüngsten Erfolg bei der Ausschreibung für Schlüsselprojekte der Finnischen Akademie der Wissenschaften . Einer der größten Zeitfresser für Wissenschaftler ist die Beantragung von Fördermitteln zur Finanzierung ihrer Forschung. Wissenschaftler verbringen immer mehr Zeit mit der Erstellung von Förderanträgen, da der Wettbewerb um die schwindenden Ressourcen zunimmt. Nach Abzug der Zeit für Lehre und Verwaltung bleiben ihnen vielleicht noch ein paar Stunden pro Woche für die Forschung. Letzte Woche fragte mich ein Freund beim Mittagessen, wie hoch unsere Bewilligungsquote sei. Ich wusste es nicht, da ich mich vor dieser unangenehmen Wahrheit gedrückt habe. Ich habe heute nachgerechnet, und das deprimierende Ergebnis ist, dass sie im niedrigen einstelligen Bereich liegen, was offenbar ein ganz durchschnittlicher Wert ist (für uns war 2015 ein außergewöhnlich erfolgreiches Jahr, und die Zahl für 2016 könnte sich vielleicht noch verbessern, da einige Entscheidungen noch ausstehen).Die akademische Produktivität durch eine theoretische Erhöhung der jährlichen Arbeitszeit von 1.600 Stunden zu steigern, ist sinnlos, wenn 400 Stunden dieser Zeit vergeblich aufgewendet werden, d. h. für erfolglose Förderanträge. Der finanzielle Schaden und die Opportunitätskosten für das System sind enorm, und ein Kollege von mir hat mich kürzlich auf diesen Artikel aus dem Jahr 2015 in Clinical Chemistry , in dem der durch das Verfassen von Förderanträgen verschwendete Geldwert für die USA konservativ auf mindestens 20 Milliarden Dollar pro Jahr geschätzt wurde. Unser Budget sieht neue Stellen für Forscher vor, aber wir wissen noch nicht, wo und wann diese Personen ihre Arbeit aufnehmen können. Theoretisch garantiert die gastgebende Organisation (d. h. das Forschungsprogramm der Universität Helsinki) die Infrastruktur. Allerdings kann das Forschungsprogramm keine Laborflächen aus dem Nichts erschaffen. Die Universität versucht lediglich, Geld zu sparen, indem sie die von ihr angemietete Fläche minimiert. Während manche Menschen erfolgreiche Förderanträge feiern, ist meine Sichtweise eher nüchtern: Nach der Förderentscheidung ist vor der Förderentscheidung*.* Zitat in Anlehnung an Sepp Herberger , Trainer der deutschen Fußball-Weltmeistermannschaft von 1954, der den berühmten Satz „Nach dem Spiel ist vor dem Spiel“ prägte.

OpenBIS für Anfänger

Tue, 06 Sep 2016 00:00:00 +0000

Wenn Sie – so wie wir derzeit – darüber nachgedacht haben, von Papier auf elektronische Laborjournale umzusteigen , sind Sie vielleicht schon auf die Lösung OpenBIS gestoßen. Sie möchten OpenBIS installieren, wissen aber nicht, wie Sie vorgehen sollen? Mir ging es genauso, und deshalb habe ich es so lange versucht, bis es geklappt hat. Glücklicherweise habe ich Unterstützung vom ETHZ OpenBIS-Team und unserem lokalen IT-Support erhalten, aber natürlich können diese den Mangel an Kenntnissen über Jetty und PostgreSQL nicht ausgleichen.Wenn ihr es nur kurz ausprobieren wollt, ist es vielleicht einfacher, das VirtualBox-Image herunterzuladen, auf dem bereits alles vorinstalliert und vorkonfiguriert ist ( https://wiki-bsse.ethz.ch/display/bis/openBIS+ELN-LIMS+Virtual+Machine ). Ich hatte jedoch keine schnelle Hardware, um das VirtualBox-Image auszuführen, und kam zu dem Schluss, dass es auf einem alten Computer als Bare-Metal-System schnell genug laufen würde. Die folgenden Anmerkungen basieren auf meinen Erinnerungen und den endgültigen Konfigurationsdateien, die funktioniert haben. Ich werde den Server jedoch trotzdem noch einmal von Grund auf neu einrichten und dabei ausschließlich die unten aufgeführten Schritte ausführen, um sicherzustellen, dass ich nichts Wichtiges übersehen habe. In der Zwischenzeit möchte ich diese Informationen jedoch bereits veröffentlichen. Ich hätte mich gefreut, wenn ich eine Anleitung nach dem Motto „OpenBIS-Installation für Dummies“ gefunden hätte. Um eine sehr lange Supportdauer zu gewährleisten, habe ich mich bei der Installation für Ubuntu 16.04 Server entschieden (das VirtualBox-Image verwendet Ubuntu 14.04 Desktop) und die neueste Version von OpenBIS 16.05.1 (man muss sich für ein Konto registrieren, um die Software herunterladen zu können). Das Plugin für das elektronische Labor-Notizbuch (ELN) ist in dieser Version enthalten. Dabei tritt ein Problem mit der Java-7-Unterstützung auf (diese wird nicht mehr lange gepflegt, und ich werde bald versuchen, OpenBIS ELN mit Java 8 auszuführen, aber diese Anleitung verwendet ein Java-7-PPA für Ubuntu 16.04).1. Führen Sie eine Neuinstallation von Ubuntu 16.04.1 Server durch. Legen Sie während der Installation den Administratorbenutzer „openbis“ an. Wenn Sie zur Softwareauswahl aufgefordert werden, wählen Sie zusätzlich zu den Standard-Systemdienstprogrammen OpenSSH und PostgreSQL aus. Nach der ersten Anmeldung (als Benutzer „openbis“) aktualisieren und upgraden Sie die gesamte Software auf die neueste Version und installieren Sie Emacs (oder einen Texteditor Ihrer Wahl) sowie unzip: sudo apt install unzip emacs24-nox 2. Installieren Sie Java 7. Hier ist eine Möglichkeit, wie du das machen kannst:sudo add-apt-repository ppa:openjdk-r/ppa sudo apt-get update sudo apt-get install openjdk-7-jre-headless3. Um PostgreSQL korrekt einzurichten, ändern Sie die Konfigurationsdatei /etc/postgres/9.5/main/pg_hba.conf. Bei allen Zeilen, die mit peer enden, sollte peer in trust geändert werden! Laden Sie anschließend PostgreSQL neu: sudo systemctl reload postgreql4. Wenn Sie die Installation auf einer virtuellen Maschine wie VirtualBox durchführen, ist es sinnvoll, die Gast-Utilities zu installieren, da dies die Arbeit erleichtert (virtualbox-guest-utils). Legen Sie einen gemeinsam genutzten (permanenten, automatisch gemounteten) Ordner an und fügen Sie „openbis“ zur Gruppe „vboxsf“ hinzu: sudo usermod -a -G vboxsf openbis4. Legen Sie die komprimierte openBIS-Installationsdatei im Home-Verzeichnis des Benutzers „openbis“ ab.5. Entpacken Sie das Installationsprogramm:tar -xvzf openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799.tar.gz6. Wechseln Sie in das entpackte Verzeichnis: cd openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799 7. Ändern Sie die folgenden Einträge in der Datei „console.properties“: INSTALL_PATH=/home/openbis/DSS_ROOT_DIR=/home/openbis/dataELN-LIMS = truePATHINFO_DB_ENABLED = trueINSTALLATION_TYPE = serverFür diesen Test habe ich das Passwort des Keystores nicht geändert, aber Sie sollten dies aus Sicherheitsgründen tun, wenn Sie den Server im Produktivbetrieb einsetzen!8. Führen Sie das Installationsprogramm aus (nicht als root, sondern als openbis-Benutzer):./run-console.sh9. Wenn das Installationsprogramm Sie auffordert, das Passwort für den openBIS-Benutzer „admin“ einzugeben, geben Sie das Passwort ein, das Sie verwenden möchten, wenn Sie sich als Admin in die Weboberfläche einloggen.10. Wenn die Installation abgeschlossen ist, wechseln Sie in das Verzeichnis ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc und bearbeiten Sie die Datei service.properties. Eigentlich müssen Sie nichts ändern, damit die Installation funktioniert, aber wir mussten das System für die Anmeldeauthentifizierung über LDAP konfigurieren.authentication-service = file-authentication-service => authentication-service = file-ldap-authentication-serviceWenn Sie ausschließlich LDAP verwenden (d. h. authentication-service = ldap-authentication-service), müssen im LDAP-Verzeichnis bestimmte spezielle Benutzer vorhanden sein. Wir authentifizieren über den LDAP-Server unserer Universität nur reguläre Benutzer des Systems; daher muss sich beispielsweise der Admin-Benutzer lokal authentifizieren. Dieser Admin-Benutzer wird während der Installation eingerichtet, aber damit dies funktioniert, müssen sowohl die Datei- als auch die LDAP-Authentifizierung aktiviert sein. Dies ist die Adresse unseres LDAP-Servers, wie sie in der Datei „service.properties“ angegeben ist. Sie enthält die Authentifizierungsbasis, die Sie bei Ihren Systemadministratoren erfragen müssen: ldap.server.url = ldap://ldap2015.it.helsinki.fi/OU=people,DC=helsinki,DC=fiDies ist der LDAP-Benutzer und sein Passwort auf dem LDAP-Server (fragen Sie mich nicht, warum die LDAP-Leute für ein so einfaches Konzept solch komplizierte Wortmonster verwenden):ldap.security.principal.distinguished.name = OU=openbis,OU=login,DC=helsinki,DC=fi``ldap.security.principal.password = PASSWORTDie folgenden Parameter sind spezifisch für unseren LDAP-Server. Wir verwenden OpenLDAP, und da OpenBIS TLS offenbar nicht unterstützt, nutzen wir SSL:ldap.security.protocol = ssl``ldap.security.authentication-method = simple``ldap.queryTemplate = (&(%s))OpenBIS erfordert HTTPS. Sie können entweder das selbstsignierte Zertifikat (von der ETHZ bereitgestellt) beibehalten oder ein eigenes Zertifikat installieren. Wenn Sie das selbstsignierte Zertifikat beibehalten, erhalten alle Benutzer eine Warnung, wenn sie versuchen, sich beim Webdienst anzumelden. Es scheint ein weiteres Problem zu geben, da das Hochladen von Dateien mit dem selbstsignierten Zertifikat offenbar nicht funktioniert, da die HTTPS-Anfrage über Port 8444 nicht zu einer Sicherheitswarnung führt, die den Benutzern im Browserfenster angezeigt wird und die sie übergehen könnten.Daher blieb uns nichts anderes übrig, als ein echtes Zertifikat zu beschaffen, was dank der Leute von Let’s Encrypt heute glücklicherweise einfacher ist als noch vor einem Jahr. Dennoch hat es einige Zeit gedauert, bis wir die Zertifikatsangelegenheiten richtig hinbekommen haben. Wir betreiben den OpenBIS-Server innerhalb des Universitätsnetzwerks, und er ist von außen nicht sichtbar. Benutzer, die von außen darauf zugreifen möchten, müssen ein VPN verwenden. Daher mussten wir einen temporären „falschen“ Server mit demselben Namen auf einer öffentlich erreichbaren IP-Adresse einrichten und ein Let’s Encrypt-Zertifikat generieren (Let’s Encrypt ist für Jetty noch nicht automatisiert). Ich habe die automatisierte Methode für Apache2 auf meinem eigenen Server bei Digital Ocean verwendet und anschließend die beiden wichtigen Dateien (fullchain1.pem und privkey1.pem) aus dem Verzeichnis /etc/letsencrypt/archive/eln.jeltsch.org abgerufen und auf unseren OpenBIS-Server verschoben. Um sie in das richtige Format für den Java-Keystore zu konvertieren, habe ich folgende Befehle verwendet:openssl pkcs12 -export -out keystore.pkcs12 -in fullchain1.pem -inkey privkey1.pemkeytool -importkeystore -srckeystore keystore.pkcs12 -srcstoretype PKCS12 -destkeystore keystore.jksDer erste Befehl fragt nach einem Export-Passwort. Es spielt keine Rolle, was Sie eingeben (ich habe 12345678 verwendet). Der zweite Befehl fragt nach einem Passwort für den Ziel-Keystore. Geben Sie hier „changeit“ ein, falls Sie das Standard-Keystore-Passwort („changeit“) während der Einrichtung nicht geändert haben. Anschließend werden Sie auch nach dem Passwort für den Quell-Keystore gefragt (das ist das oben von mir verwendete „12345678“).Anschließend musst du noch den Inhalt dieses Keystores zum bereits vorhandenen Keystore hinzufügen. Dafür gibt es wahrscheinlich viele Möglichkeiten, aber ich habe ein grafisches Tool namens Keystore Explorer verwendet. Man öffnet einfach beide Keystores (dafür benötigt man das Passwort „changeit“), löscht den bestehenden Eintrag für die ETHZ und fügt den einzigen (letsencrypt) Eintrag aus dem neu generierten Keystore hinzu. Ersetze die Dateien „keystore“ und „openBIS.keystore“ im Verzeichnis ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc/ durch den geänderten Keystore. Beide Dateien sind identisch; ich weiß derzeit nicht, welchen Sinn diese Duplizierung hat. Außerdem musst du ~/openbis/servers/datastore_server/etc/openBIS.keystore durch die neue Version des Keystores ersetzen. Aus irgendeinem Grund funktionierte das Hochladen nicht. Um das Hochladen zu ermöglichen, muss in der Datei „service.properties“ des Datastore-Servers die Host-Adresse des Datastore-Servers angegeben werden: https://eln muss lauten => https://eln.jeltsch.org. Da wir für die Zertifikatserstellung einen anderen Host verwendet hatten, kam es zu einer Nichtübereinstimmung der Hostnamen, und wir mussten die Hostname-Einstellungen manuell überschreiben: Ändern Sie diese in den Dateien /etc/hostname und /etc/hosts und starten Sie anschließend den Server neu. Der Installer übernahm jedoch nur den ersten Teil des vollständigen Namens für die service.properties-Dateien des Datastore-Servers. Der Name unseres Servers lautet eln.jeltsch.org, was zu https://eln führte, was in unserem Netzwerk nicht aufgelöst werden konnte, da wir das Let’s Encrypt-Zertifikat auf einem anderen Server signieren ließen. Nachdem wir die „service.properties“-Dateien geändert und den Server neu gestartet hatten, waren wir endlich bereit, den Server zu testen: 11. Starten des Servers: Melden Sie sich als Benutzer „openbis“ am Server an. cd ~/openbis/bin/./allup.sh 12. Rufen Sie auf einem anderen Computer in Ihrem Webbrowser die Adresse „https://eln.jeltsch.org:8443/openbis/webapp/eln-lims“ auf. Wenn Sie kein öffentlich vertrauenswürdiges Zertifikat installiert haben, warnt Sie der Browser nun, dass die Verbindung nicht sicher ist. Klicken Sie einfach auf „Erweitert“ und bestätigen Sie die Sicherheitsausnahme. Sie müssen sich als „admin/PASSWORD“ (das Sie bei der Installation festgelegt haben) anmelden. Es gibt einige Anleitungen zur Verwendung des ELN. Die Mitarbeiter in meinem Labor haben mir jedoch mitgeteilt, dass die Benutzeroberfläche nicht sehr intuitiv ist und ich ihnen die Grundlagen beibringen muss. Ich halte es für sinnvoll, in einem Tutorial die typische Konfiguration in einem typischen kleinen Life-Science-Labor zu beschreiben: welche Arbeitsbereiche mit welchen Zugriffsrechten für wen, sowie häufige Szenarien (z. B. wenn bestimmte Reagenzienlisten für Außenstehende zugänglich sein müssen usw.). Außerdem habe ich viele Verbesserungsvorschläge. Es wäre zum Beispiel schön, mehr „ELN-Vorschauen“ für hochgeladene Dokumente zu erhalten. Derzeit lassen sich Bilder in der Vorschau anzeigen, PDF-Dateien jedoch nicht (ich habe SVG-Dateien noch nicht ausprobiert, aber wir verwenden sie recht häufig für Bildannotationen). Dies ist sicherlich nicht mein letzter Beitrag zu OpenBIS, und bis wir das System in den produktiven Einsatz nehmen (voraussichtlich Anfang nächsten Jahres), muss ich noch viel lernen.

So starten Sie einen OpenVPN- oder SSH-Server unter Ubuntu 16.04 und 18.04

Sat, 03 Sep 2016 00:00:00 +0000

OpenVPNsudo systemctl start openvpn@clientDer Name „client“ leitet sich vom Namen der Konfigurationsdatei ab (/etc/openvpn/client.conf). Wenn Ihre Konfigurationsdatei „server.conf“ heißt, lautet der Befehl: sudo systemctl start openvpn@server. Wenn Sie möchten, dass der Dienst beim Systemstart automatisch gestartet wird, geben Sie Folgendes ein: sudo systemctl enable openvpn@serverDienste mit und ohne VorlageOpenVPN ist ein sogenannter Dienst „mit Vorlage“ (er benötigt beim Aufruf eine Konfigurationsdatei). Im Gegensatz dazu ist der SSH-Server ein Dienst ohne Vorlage. Daher ist der Befehl einfacher:sudo systemctl start sshd

Cloning-Club – Workshop-Material

Tue, 30 Aug 2016 00:00:00 +0000

Sammlung der Kursunterlagen für den von DPBM organisierten Cloning Club zusammengestellt. Für jede Vorlesung gibt es Dateien in (mindestens) zwei verschiedenen Formaten: PDF und ODP (Open Document Presentation). Die ODP-Datei lässt sich mit der Software LibreOffice bearbeiten. Wenn Sie sie mit Microsoft Office öffnen möchten, müssen Sie sie zunächst entweder mit LibreOffice oder einem Online-Konvertierungstool (wie cloudconvert ) konvertieren. Das Material des Kursveranstalters (im Open-Document- und PDF-Format) steht unter der Creative-Commons-Lizenz zur Verfügung (ausgenommen ist angepasstes Material, das ausdrücklich gekennzeichnet ist). Materialien der Kursteilnehmer (im PowerPoint-Format) werden zu den Bedingungen der Urheber bereitgestellt. Möglicherweise füge ich später auf Grundlage des Feedbacks der Teilnehmer verbesserte Versionen der Präsentationsfolien für die Treffen bzw. Vorlesungen hinzu.

Hochschulrankings (und wie man sie manipuliert)

Mon, 29 Aug 2016 00:00:00 +0000

Wow. Die Universität Helsinki konnte ihre Position im Shanghai-Ranking erneut verbessern und belegt nun Platz 56. Allerdings hatte selbst die eigene Pressemitteilung der Universität klang der Ton eher düster, als wäre dies die letzte Blüte vor dem endgültigen Verfall. Es stimmt zwar, dass die Grundlage für den aktuellen Erfolg von den Forschern in den letzten Jahrzehnten geduldig aufgebaut wurde. Dennoch haben die Politiker wahrscheinlich recht, wenn sie nun zu dem Schluss kommen, dass die Kürzungen im Bildungshaushalt für diesen Erfolg verantwortlich sind. Vielleicht haben die Kürzungen tatsächlich zum Produktivitätsschub beigetragen: All die Wissenschaftler, die unerwartet plötzlich arbeitslos waren, haben offensichtlich weiter wie wild an ihren laufenden Projekten gearbeitet, um ihre aktuellen Manuskripte zur Veröffentlichung fertigzustellen. Publikationen sind die mit Abstand dominierende Währung auf dem akademischen Arbeitsmarkt. Und diese arbeitslosen Wissenschaftler veröffentlichen möglicherweise schneller als zuvor, da sie keine Lehrverpflichtungen haben … Noch wichtiger ist jedoch, dass sich die Zahlen Helsinkis bei den einzelnen Indikatoren des Shanghai-Rankings für 2015 und 2016 nur bei der akademischen Leistung pro Kopf (Veröffentlichungen/Anzahl der wissenschaftlichen Mitarbeiter) und der Anzahl der häufig zitierten Wissenschaftler signifikant unterscheiden. Da der Stellenabbau an den Universitäten in Helsinki bereits seit einiger Zeit andauerte – noch vor den massiven Kürzungen in diesem Frühjahr –, erscheint es plausibel zu behaupten, dass der 56. Platz teilweise auf den Stellenabbau zurückzuführen ist, der sich direkt und rasch auf die Zahl der wissenschaftlichen Mitarbeiter ausgewirkt hat. Das Shanghai-Ranking legt den Schwerpunkt auf die Forschung, während Helsinki in anderen Rankings sogar an Boden verloren hat. So fiel Helsinki beispielsweise im QS World University Rankings von Platz 67 (2014/15) auf Platz 96 (2015/16). Zwischen diesen beiden Rankings nahm das QS-Team „Verbesserungen“ an seinem Rankingsystem vor, und diese waren – bei genauer Betrachtung der Daten – fast ausschließlich für den Rückgang verantwortlich. Sie „normalisierten“ die Zitierquote pro Fakultät entsprechend dem Fachgebiet, und die Lebenswissenschaften wurden als „Feld mit hoher Zitierhäufigkeit“ stark benachteiligt. Ganz einfach ausgedrückt: Eine Zitierung einer Arbeit aus den Geisteswissenschaften zählt nun etwa 40-mal so viel wie eine Zitierung einer Arbeit aus den Lebenswissenschaften/der Medizin. Jedes der fünf großen Fachgebiete (Geisteswissenschaften, Ingenieurwesen und Technik, Lebenswissenschaften und Medizin, Naturwissenschaften, Sozialwissenschaften und Management) trägt nun zu jeweils 20 % zur Endbewertung in der Kategorie „Zitierungen pro Fakultät“ bei (detaillierte Erläuterung der Normalisierung hier: http://content.qs.com/qsiu/Faculty_Area_Normalization_-_Technical_Explanation.pdf) . Warum um alles in der Welt bestraft man ein Fachgebiet dafür, dass es einen größeren Einfluss hat? Artikel in den Geisteswissenschaften werden nicht so häufig zitiert wie Artikel in den Lebenswissenschaften. Vielleicht liegt das daran, dass ihre durchschnittlichen Veröffentlichungen für ihr eigenes Fachgebiet nicht so relevant sind wie eine Veröffentlichung aus den Lebenswissenschaften für das Fachgebiet der Lebenswissenschaften? Ich stimme zu, dass es kulturelle Unterschiede zwischen den Fachgebieten gibt, aber wer kann schon sagen, inwieweit dies auf solche kulturellen Unterschiede zurückzuführen ist und inwieweit auf minderwertige oder irrelevante Forschung? Genau das hat das QS World University Ranking getan, indem es „Normalisierungsfaktoren“ erfunden hat, die im Wesentlichen gleiche Relevanz unterstellen. Allerdings lassen sich all diese Rankings leicht manipulieren. Beispielsweise lässt sich das Verhältnis von Zitierungen zu Fakultätsmitgliedern leicht verbessern, indem man Dienstleistungen auslagert, die zuvor von Wissenschaftlern der Fakultät erbracht wurden (und genau das tut die Universität Helsinki derzeit). Ähnlich wie der Impact-Faktor für Zeitschriften verlieren auch Hochschulrankings ihre Relevanz, wenn das Ziel darin besteht, hohe Punktzahlen zu erzielen, anstatt sich in Forschung und Lehre auszuzeichnen ( Goodharts Gesetz : Wenn eine Messgröße zum Ziel wird, hört sie auf, eine gute Messgröße zu sein).Das Shanghai-Ranking wurde vielfach kritisiert. Es unterschätzt die Lehre, da die Lehrleistung überhaupt nicht direkt in die Berechnung einfließt, und es begünstigt große Universitäten, da 50 % der Bewertung auf reinen Zahlen basieren, die nicht normiert sind, um die Größe der Universität zu berücksichtigen. Dennoch ist es der einzige reproduzierbare (und damit wissenschaftliche) Datensatz der drei großen Rankings ( https://link.springer.com/article/10.1007/s11192-012-0801-y ), da sowohl das QS- als auch das Times-Ranking stark auf Meinungs- und Reputationsumfragen beruhen, die bekanntermaßen schwer zu reproduzieren sind.Was ist die Kernaussage? Die Universität Helsinki ist wahrscheinlich genauso gut wie im letzten Jahrzehnt, und die großen Schwankungen sind lediglich Artefakte, die sich aus geänderten Ranking-Methoden oder aus administrativen Anpassungen an die finanziellen Realitäten ergeben, die uns die finnischen Wähler bei den Parlamentswahlen 2015 auferlegt haben.

Dem Krebs ein Schnippchen schlagen!

Sun, 07 Aug 2016 00:00:00 +0000

Sawan und ich wollten zusammen als “The Jeltsch Laboratory”-Team am Helsinki Twilight Run teilnehmen, einer Wohltätigkeitsveranstaltung der Finnische Krebs-Stiftung . Leider fing sich Sawan eine Sommergrippe ein und konnte nicht teilnehmen. Mein Ziel, unter 1 Stunde zu bleiben, habe ich erreicht. Es gab tatsächlich ausser mir noch andere Teilnehmer aus der RPU (Research Programs Unit) ; ich habe Tiia und Julia getroffen. Vielleicht sollten wir nächstes Jahr als gemeinsames RPU-Team starten (oder zu welchem Namen auch immer die RPU sich umbennenen wird).

Asustor AS7004T – RAM-Aufrüstung

Sun, 31 Jul 2016 00:00:00 +0000

Möchten Sie sich das neue Asustor AS7004T kaufen? Es ist zweifellos ein beeindruckender kleiner NAS-Server, verfügt jedoch nur über 2 GB RAM. Wenn Sie einige seiner interessanteren Funktionen nutzen möchten (wie beispielsweise das Ausführen virtueller Maschinen ) nutzen, müssen Sie den Arbeitsspeicher aufrüsten. Die technischen Angaben sind wenig aussagekräftig („2 GB SO-DIMM DDR3 (erweiterbar, max. 16 GB)“) und die Anleitung zum Einbau des Arbeitsspeichers ist irreführend. Tatsächlich verfügt das Gerät jedoch über zwei RAM-Steckplätze für DDR3-SO-DIMMs. Bei dem von mir gekauften Gerät waren 2 GB RAM fest in den vom Benutzer zugänglichen RAM-Steckplatz eingeklebt, während der praktisch unzugängliche werkseitige RAM-Steckplatz leer war. Wenn Sie RAM hinzufügen möchten, müssen Sie die Werksgarantie verfallen lassen, da der leere RAM-Steckplatz nicht zugänglich ist, ohne die Schraube zu entfernen, die unter dem Aufkleber „Void if removed“ (Garantie erlischt bei Entfernung) verborgen ist. Jedenfalls ist eine fast vollständige Demontage erforderlich, um an den freien RAM-Steckplatz zu gelangen – nichts für schwache Nerven. Zumal das eigene YouTube-Video von Asustor die Demontage nur für das 10-Schacht-Modell AS7010T zeigt, das sich deutlich vom AS7004T unterscheidet. Der größte Unterschied zwischen dem 7004T und dem 7010T besteht darin, dass beim 7004T ein zusätzliches Kühlelement an die PCI-Backplane geschraubt ist. Dieses Kühlelement leitet die Wärme vom Motherboard ab, erschwert aber auch das Entfernen der Backplane und des Motherboards. Außerdem müssen Sie das Netzteil entfernen und die Stromkabel vom Mainboard trennen, bevor Sie das Mainboard herausnehmen können.

Das Staden-Paket unter Ubuntu für Bioinformatik-Urgesteine

Wed, 27 Jul 2016 00:00:00 +0000

Meistens verwenden wir die Software SnapGene , wenn wir die Sequenzen unserer DNA-Konstrukte überprüfen. Manchmal ist die Alignment-Ansicht von SnapGene jedoch nicht flexibel genug, und dann greife ich auf das altbewährte Staden-Paket zurück. Ich hatte gerade ein Upgrade von Ubuntu 14.04 auf 16.04 durchgeführt und hatte Staden daher nicht installiert. Ich war positiv überrascht, als die Installation von Staden nur etwa 15 Sekunden dauerte, denn endlich – dank des Debian-Med-Teams – ist Staden im „universe“-Repository verfügbar (eigentlich schon seit Oktober 2014).sudo apt install stadenStaden ist sicherlich nicht so intuitiv, wie es sein könnte, aber es ist sehr leistungsstark und eignet sich hervorragend für die automatisierte Datenverarbeitung. Wenn ihr die Möglichkeit habt, euch damit vertraut zu machen, würde ich euch dazu ermutigen. Das finnische CSC hat den Staden-Kurs aus dem Jahr 2004 aufgezeichnet, an dem ich teilgenommen habe, und ihr könnt euch die Aufzeichnungen bei Funet TV . Ich hatte gerade kurz darüber nachgedacht, von Ubuntu zu SuSE zu wechseln, wegen des anhaltenden Problems mit der WLAN-Verbindung, das Canonical offenbar nicht beheben kann, aber wenn man bedenkt, wie aufwendig eine manuelle Installation von Staden ist, ist dies ein großer Pluspunkt für Ubuntu. Es gibt natürlich spezielle Linux-Distributionen für bioinformatische Zwecke, doch diese hinken in der Regel den neuesten und besten Entwicklungen der großen Distributionen hinterher.

Der Umstieg von Papier auf elektronische Laborjournale

Tue, 26 Jul 2016 00:00:00 +0000

Elektronische Laborjournale (ELN) sind die Zukunft. Auch wenn diese Aussage selbstverständlich erscheint, ist noch nicht klar, welche Software sich durchsetzen wird und welche wieder vom Markt verschwinden wird. Als ich vor etwa drei Jahren zum ersten Mal einen Blick auf den ELN-Markt warf, gab es nur eine Handvoll Lösungen. Mittlerweile gibt es bereits etwa hundert verschiedene Softwareunternehmen, die versuchen, von diesem Trend zu profitieren. Noch besorgniserregender ist die Tatsache, dass die Liste der Anbieter bereits etwa 20 eingestellte Produkte enthält … Daher ist die Entscheidung für eine Software eine schwerwiegende Entscheidung für ein Labor und erst recht für ein ganzes Institut. Viele Punkte müssen berücksichtigt werden. Um nur einige davon zu nennen: – Wie sicher ist es, dass die Software in zehn Jahren noch verfügbar ist und unterstützt wird? Wenn das Unternehmen verschwindet, könnten Ihre Daten ebenso verloren gehen. Alle Anbieter werden behaupten, dass Ihre Daten sicher sind. Angesichts der weit verbreiteten Täuschung von Kunden und Behörden durch Unternehmen sollten Sie realistisch bleiben. Denken Sie nur an VW… – Wie hoch ist die Anfangsinvestition und wie hoch sind die laufenden Kosten? Wenn Speicherplatz in Rechnung gestellt wird, mag der Preis anfangs niedrig sein, aber unterschätzen Sie nicht, wie viele Daten Sie mit all den neuen hochauflösenden Bildgebungs- und Sequenzierungstechnologien ansammeln werden. Sobald Sie mit Superauflösung arbeiten, können leicht viele GB pro Woche anfallen. SciNote bietet beispielsweise 100 GB Speicherplatz für zwei Teams, der je nach Art Ihrer Forschung innerhalb weniger Wochen voll sein kann. Ich habe versucht herauszufinden, wie man Speicherplatz über 100 GB hinaus erwerben kann, aber ich habe keine Möglichkeit gefunden. Ich hoffe, dass die Benutzerfreundlichkeit ihres ELN nicht auf dem gleichen Niveau liegt… – Wie frei sind Ihre Daten? Können Sie Ihre Daten bei Bedarf problemlos (und automatisiert in regelmäßigen Abständen) extrahieren? In welchem Format können Sie Ihre Daten erhalten? Wenn es sich nur um PDF- oder Word-Dateien handelt, vergessen Sie es lieber gleich. Sie sollten einen echten Datenbank-Dump erhalten, mit dem sich andere Systeme befüllen lassen. Ich würde keinem Unternehmen trauen, das mir im Voraus mitteilt, dass es bald pleitegehen wird und ich meine Daten retten sollte… – Wo werden die Daten physisch gespeichert? Das bestimmt beispielsweise, welchem Recht die Daten unterliegen und wer Zugriff darauf hat. Wie sehr können Sie darauf vertrauen, dass ein kleines Unternehmen im Ausland Ihre Daten vertraulich und sicher aufbewahrt? Erinnern wir uns doch alle an die Datenlecks, von denen Sony, LinkedIn, die IRS, T-Mobile, UPS und JP Morgan Chase betroffen waren … Einige Anbieter bieten internes Hosting an, doch die Preise scheinen für viele akademische Labore zu hoch zu sein, um dies zu einer praktikablen Alternative zu machen.– Open Source scheint eine Lösung für viele dieser Probleme zu sein. Angesichts der schwindenden Unterstützung für die Recheninfrastruktur durch die Universität müssen die Wartungsanforderungen eines solchen Systems jedoch sehr gering sein, damit dies realisierbar ist. – Wenn es als „kostenlos“ vermarktet wird, was ist dann mit „kostenlos“ gemeint? Oft reicht das „kostenlose“ Angebot für ernsthafte Arbeit nicht aus und ist daher irreführend. „Kostenlos“ im Sinne von „kostenlosem Bier“ reicht ebenfalls nicht aus … Viele Labore benötigen zudem die Freiheit, die Software an ihre spezifischen Bedürfnisse anzupassen, was proprietäre Lösungen ohne öffentliche APIs ausschließt. In meinem Labor haben wir einige der verfügbaren Lösungen getestet. Unser Schwerpunkt lag auf Open-Source-Lösungen, da nur diese es ermöglichen, die Software umfassend zu testen. Bislang haben wir Folgendes ausprobiert:

Dateien über die Befehlszeile stapelweise umbenennen

Tue, 28 Jun 2016 00:00:00 +0000

Die Standard-Befehlszeilenanwendung zum Umbenennen mehrerer Dateien auf einmal in Ubuntu 16.04 heißt „rename“: rename 's/tk98i_/wt_tk98_/' *.tif Sie verwendet reguläre Ausdrücke in Perl mit der Syntax „s/alt/neu/“. Das obige Beispiel benennt alle Dateien mit der Erweiterung .tif um und ersetzt den Ausdruck tk98i_ durch wt_tk98_.Hier sind einige weitere Beispiele: http://tips.webdesign10.com/how-to-bulk-rename-files-in-linux-in-the-terminal

ffmpeg

Sun, 26 Jun 2016 00:00:00 +0000

Eine AVI-Datei zuschneiden: ffmpeg -i Die_Sendung_mit_der_Maus_16.06.19_09-30_ard_30_TVOON_DE.mpg.HQ.avi -vcodec copy -acodec copy -ss 00:06:04 -t 00:29:32 output.aviss ist die Startzeit und t ist die Dauer (nicht die Endzeit)Konvertierung von WebM in MP3:ffmpeg -i La_robe_de_soie.webm -vn -ab 128k -ar 44100 -y "La_robe_de_soie.mp3"Zwei Videos zusammenfügen:ffmpeg -f concat -safe 0 -i list.txt -c copy /tmp/output.avilist.txt:Datei „video1.avi“Datei „video2.avi“UPDATE: Es ist praktisch, Videodateien über die Befehlszeile bearbeiten zu können. Allerdings wird die Syntax insbesondere bei den fortgeschritteneren Funktionen unmöglich zu merken. Daher ist eine grafische Benutzeroberfläche erforderlich, die den Umgang mit ffmpeg vereinfacht. Das beste Tool, das ich bisher gefunden habe, ist das plattformübergreifende LosslessCut . Außerdem gibt es Pakete für Mac, Linux oder Windows .

RPU-Seminar 2016

Fri, 24 Jun 2016 00:00:00 +0000

Verfügbare Downloads

Hol dir die Folien im PDF-Format.

PDF herunterladen

Klonier-Club

Wed, 22 Jun 2016 00:00:00 +0000

Gemeinsam mit dem Doktorandenprogramm für Biomedizin (DPBM) organisieren wir im Herbst 2016 einen Workshop und einen Praxiskurs zum Thema Klonieren (Kurscode 921244).Termine und Veranstaltungsort (Workshop): Wöchentlicher Diskussionsworkshop (8 Termine à 1 bis 1,5 Stunden) ab Dienstag, 30.8.2016; Veranstaltungsort: Besprechungsraum 7 (Biomedicum Helsinki, 5. Stock, außer am 27.09. und beim letzten Workshop am 25.10., die in BM B136A stattfinden); 1 KreditpunktTermine und Veranstaltungsort (Praktikum): Dezentraler Laborkurs (nach Zeitplan und am Veranstaltungsort der Teilnehmenden oder – für Teilnehmende ohne eigenen Zugang zu den erforderlichen Einrichtungen – in den ersten beiden Novemberwochen in unserem Labor); 1 KreditpunktKursinformationsseite: http://www.helisci.fi/hbgs/cloning-club2016 Anmeldeseite: https://elomake.helsinki.fi/lomakkeet/71701/lomake.html Detaillierte Kursinformationen: PDF Werbeplakat: PDF Kursmaterial: Das Material wird nach jedem Treffen hier hinzugefügt . Das Klonieren hat den Reiz, langweilig zu sein. Doch alles beginnt mit der DNA. Die Gentechnik ist nicht mehr wegzudenken, und wird auch zukünftig immer wichtiger werden: Wir kratzen gerade erst an der Oberfläche ihres Potenzials. Fast die gesamte biomedizinische Forschung befasst sich mit DNA-Konstrukten: Expressionsvektoren zur Transfektion von Zellen, Shuttle-Plasmide zur Herstellung von Viren, Konstrukte zur Erzeugung transgener Tiere. Die Fähigkeit, ein DNA-Konstrukt zu erstellen, wird noch benötigt, bis das versprochene Gerät auf den Markt kommt, das jedes Plasmid innerhalb weniger Stunden ausspuckt, nachdem man ihm die Plasmidsequenz eingegeben hat. Es stehen viele neue Technologien zur Verfügung, und daher ist die Auswahl schwieriger als früher, als das Klonieren mit Restriktionsenzymen die einzige Option war. Heute sind die Anforderungen und Möglichkeiten endlos, und man muss die richtige Strategie wählen, um Erfolg und Geschwindigkeit zu maximieren.

Unicorn 7-Benutzer-Einrichtung erfordert manuelle Intervention in einer Netzwerkbenutzer-Umgebung

Fri, 17 Jun 2016 00:00:00 +0000

Unicorn, Äkta Avant, Äkta Explorer, GE Healthcare, Windows, Netzwerkauthentifizierung, Benutzereinrichtung, Methode, Ergebnis, Wissenschaft, Proteinreinigung Da wir unser Äkta Avant in einer Mehrbenutzerumgebung betreiben, müssen wir die Methoden und Ergebnisse der verschiedenen Benutzer voneinander trennen. Standardmäßig kann derzeit jeder Netzwerkbenutzer alle Methoden und Ergebnisse einsehen, die von einem anderen Netzwerkbenutzer auf dem Gerät erstellt wurden. Dies stellt ein erhebliches Datenschutz- und Sicherheitsrisiko dar, da ein böswilliger Benutzer Methoden und Ergebnisse löschen (oder schlimmer noch: verändern) könnte.Unser Äkta ist so eingerichtet, dass sich Benutzer mit ihrem Universitäts-Login und -Passwort über den regulären Windows-Netzwerkauthentifizierungsmechanismus am Unicorn-7-Computer anmelden können. Wenn sich jedoch mehrere Personen die Verantwortung für einen Durchlauf teilen, ist diese Konfiguration nicht mehr möglich, da sie sich gegenseitig ihre Passwörter mitteilen müssten. Daher haben wir ein lokales Konto eingerichtet, das von Benutzern genutzt werden kann, die sich die Bedienung des Äkta-Geräts teilen möchten. Nach der Anmeldung bei Windows müssen sich die Benutzer noch bei der Unicorn-7-Software anmelden, was sie mit ihrem Hochschul-Benutzernamen und -Passwort tun („Windows-Authentifizierung“). Bei dieser Konfiguration kann jeder Benutzer alle Methoden und Ergebnisse einsehen, was nicht akzeptabel ist. Beim Einrichten eines neuen Benutzers in Unicorn (unter „Zugriff > Ordner“) konnte genau festgelegt werden, auf welche Ordner dieser Benutzer Zugriff hatte, und der Benutzer sah nur seine eigenen Methoden und Ergebnisse. Da die Ordnerstruktur unter Unicorn 5 der Ordnerstruktur des Windows-Dateisystems entsprach, konnten Benutzer Methoden und Ergebnisse jederzeit von einem Ordner in einen anderen kopieren und sie so trotz der vom Unicorn-5-Programm festgelegten Einschränkungen verfügbar machen.Als ich zum ersten Mal las, dass Unicorn 7 die Windows-Netzwerkauthentifizierung unterstützt, hatte ich gehofft, dass wir die mühsame Benutzereinrichtung vermeiden könnten, die wir für jeden Benutzer auf dem Äkta Explorer durchführen mussten. Doch die Mühen gehen weiter, da die einmalige Einrichtung der Benutzerrechte für eine Gruppe uns keine Benutzerisolierung bietet.Erstens kann man in Unicorn 7 nicht den Zugriff einzelner Benutzer einschränken, sondern nur den Zugriff von Gruppen. Wir mussten für jeden Netzwerkbenutzer eine Zugriffsgruppe anlegen, den Netzwerkbenutzer dieser Gruppe hinzufügen, einen separaten Home-Ordner für die Gruppe erstellen und dann den Ordnerzugriff auf diesen Home-Ordner beschränken. Für eine Handvoll Benutzer waren Hunderte von Klicks erforderlich, da standardmäßig kein Zugriff auf irgendetwas besteht und jedes einzelne Kontrollkästchen für Berechtigungen – mit Ausnahme der Administratorrechte – aktiviert werden muss. In dieser Hinsicht ist Windows (und jedes andere Betriebssystem) weitaus intelligenter als Unicorn. Wenn sich ein Universitätsmitarbeiter an einem Rechner anmeldet, an dem er sich noch nie zuvor angemeldet hat, erstellt das System automatisch die gesamte erforderliche lokale Standardordnerstruktur und bindet den privaten Home-Ordner dieses Benutzers ein, ohne Zugriff auf alles zu gewähren, was andere Mitarbeiter auf diesem bestimmten Rechner bisher getan haben. Ich denke, das sollte auch bei Unicorn eine Option sein. Vielleicht gibt es diese Option ja und ich finde sie nur nicht? Ein weiterer großer Nachteil der oben beschriebenen Methode, jeden Benutzer in eine eigene Zugriffsgruppe zu ordnen, ist, dass die Anmeldung bei Unicorn zu einer echten Tortur wird: Zusätzlich zur Eingabe von Benutzername und Passwort muss der Benutzer die richtige Zugriffsgruppe auswählen, damit die Anmeldung erfolgreich ist. Und noch schlimmer: In unserer Konfiguration lässt es sich nicht vermeiden, dass jeder Universitätsmitarbeiter zwei Zugriffsgruppen angehört: einer manuell angelegten Zugriffsgruppe für jeden Benutzer zur Benutzertrennung und der „Standardgruppe“, die über die Windows-Netzwerkauthentifizierung funktioniert – vielleicht Kerberos? Wenn Benutzer also die Standardzugriffsgruppe wählen (die in unserem Fall „Users“ heißt), können sie sich zwar anmelden, sehen aber ihre Methoden und Ergebnisse nicht.Es gibt zwei Gründe, warum wir die Zugriffsgruppe „Users“ nicht löschen können: Zum einen ist dies eine Vorgabe der Fakultät, und zum anderen (und das haben wir versucht) können wir sie nicht mehr löschen, da bereits viele Personen Methoden angelegt und Ergebnisse generiert haben, während sie der Zugriffsgruppe „Users“ angehörten. Daher verhindert UNICORN, dass wir dieses Konto löschen können. Ich arbeite an diesem Problem: Ich sollte direkt auf die zugrunde liegende MS-SQL-Datenbank zugreifen können, um die Eigentumsrechte an den Methoden und Ergebnissen zu ändern. Allerdings war GE nicht gerade auskunftsfreudig, als ich nach der Handhabung von Zugriffsrechten fragte. Die Antwort lautete: Die Zugangsdaten für die Datenbank in einer eigenständigen UNICORN-Lösung sind verschlüsselt und nicht öffentlich zugänglich. Wenn Sie eine Enterprise-Lösung hätten (mit einer eigenen (SQL-Server-)Datenbank), hätten Sie die Kontrolle über die Zugangsdaten und könnten theoretisch die gewünschten Informationen extrahieren (das Format müssen Sie selbst herausfinden; es wird von uns nicht unterstützt). Sie können Ihre Lösung auf eine Enterprise-Version upgraden, wenn Sie möchten. Das klingt schlimmer, als es ist, da wir physischen Zugriff auf den MS-SQL-Server haben und das Extrahieren der Zugangsdaten nicht besonders schwierig zu sein scheint. Aber es kostet mich Zeit, die Schwachstelle zu finden, um „in unser eigenes System einzudringen“, und genau das ärgert mich. Laut Lisa Bromark von GE scheint das Update 7.0.2 dieses Problem jedoch zu beheben: UNICORN kann so konfiguriert werden, dass ein neues Datenbankpasswort verwendet wird. Es ist möglich, ein verschlüsseltes Passwort zu generieren oder ein bereits verschlüsseltes Passwort einzugeben. Dies geschieht durch Ausführen des UNICORN Service Tools nach der Installation von UNICORN.Allerdings ist es unglaublich schwierig, das Update zu bekommen (zumindest scheint es Wochen zu dauern). Die Verteilung erfolgt offenbar immer noch über optische Datenträger und per Post. Ich glaube, das letzte Mal, dass ich mir Software auf einer CD/DVD besorgt habe, ist mehr als 10 Jahre her. GE teilte mir jedoch mit, dass sie gerade dabei sind, die UNICORN-Software-Updates auf „elektronischen Vertrieb“ umzustellen. Willkommen im 21. Jahrhundert!

Echtes Biohacking

Mon, 13 Jun 2016 00:00:00 +0000

Steven Novella hat einen interessanten Blog-Artikel ūber Biohacking geschrieben. Ich schliesse mich seiner Meinung grösstenteils an, dass die meisten diesen Begriff zu Unrecht fūr sich in Anspruch nehmen, weil sie eben nichts konzeptionell Neues machen, was diesen neuen Begriff rechtfertigte. Allerdings haben sich für die Anwendung dieses Begriffes und seine Abgrenzung zur DIY-Biologie und diversen Körper-Modifikationsbewegungen noch keine einheitlichen Maßstäbe etabliert.Die Definition von Biohacking als die “Freiheit, seine Biologie tiefgrūndig zu erforschen” ist weitgehend nichtssagend. Das Wort Hacking hat im allgemeinen Sprachgebrauch meist den Beigeschmack des Illegalen oder zumindest des Halblegalen. Diesem Sprachgebrauch folgend könnte man Doping im Sport als Biohacking bezeichnen, Kaffeetrinken aber eher nicht (einmal davon abgesehen, dass Kaffeetrinken zumindest für einige Leute den Tatbestand des Doping erfüllt). Ein anderes Beispiel, das ich als “echtes” Biohacking bezeichnen würde wäre der Gebrauch von Crispr/Cas um seine eigene DNS zu editieren. Oder die Herstellung von Medikamenten in der eigenen Garage.Die Frage ist: Macht irgendeiner sowas? Gentechnologische Verfahren und die Herstellung von Pharmazeutika sind im universitären und kommerziellen Bereich streng reglementiert, weil solche Verfahren einige Risiken mit sich bringen. Es ist daher nicht verwunderlich, dass die regulierenden Behörden sich nicht darüber freuen, noch eine weitere Szene auf Anzeichen von Bioterrorismus überwachen zu müssen.Tatsächlich wird es immer leichter, die diesbezüglich notwendigen Werkzeuge herzustellen und zu benutzen. Biotechnologie in der Garage ist Wirklichkeit, zumindest hat die Zeitschrift Nature diesem Thema ein News Feature gewidmet. Schon vor geraumer Zeit habe ich einen Vortrag gehört von Thomas Landrain, einem der Köpfe hinter dem La Paillasse-Labor (Thomas: du hattest versprochen, die Internet-Seiten von La Paillasse ins Englische zu übersetzen!), einem Biotechnologie-Laboratorium, dass ohne Startkapital in einer Pariser Vorstadt-Garage gegründet wurde und dass wirklich interessante Projekte durchführt (hier ein Artikel von Thomas Landrain über DIY-Biologie ). Und auch Konferenzen wurden schon zum Thema DIY-Biologie veranstaltet: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Aber wo ist die Grenze zwischen DIY-Biologie und Biohacking? E. coli-Bakterien zu modifizieren, damit sie Erythropoietin herstellen, dann das Protein aufreinigen und in sich selbst injizieren, um seine sportliche Leistung zu verbessern würde wahrscheinlich jeder als Biohacking durchgehen lassen. Meiner Meinung nach ist dieses Beispiel gar nicht so abwegig, sondern wäre durchaus mit den Mitteln der heutigen DIY-Biologie realisierbar.

BSD und Linux

Fri, 10 Jun 2016 00:00:00 +0000

Ich bin daran gewöhnt, dass ein Linux-Installationsprogramm eine bereits vorhandene Windows-Installation berücksichtigt und während der Installation anbietet, den Computer mit einer Dual-Boot-Option einzurichten. Umgekehrt berücksichtigt kein Windows-Installationsprogramm ein anderes bereits vorhandenes Betriebssystem. Daher war ich überrascht, dass der Ubuntu-Installer, als ich versuchte, Ubuntu 16.04 auf meinem PFSense-Rechner (FreeBSD) zu installieren, nicht einmal erkannte, dass sich eine BSD-Installation auf der Festplatte befindet. Ich wählte die Option „Alles löschen“, doch als ich nach Abschluss des Installationsvorgangs neu startete, bootete das System direkt in PFSense, ohne mir die Möglichkeit zu geben, Ubuntu auszuwählen. Ich vermute, dass der Bootloader vom Ubuntu-Installationsprogramm nicht verändert worden war. Ich habe von einem Ubuntu-Live-USB-Stick gebootet, die Festplatte mit fdisk neu formatiert und Nullen in den Bootloader geschrieben: dd if=/dev/zero of=/dev/sda bs=512 count=1. Dann habe ich die Installation wiederholt, und alles funktionierte einwandfrei. Allerdings ging dabei meine PFSense-Installation verloren…

Netstat

Fri, 10 Jun 2016 00:00:00 +0000

So listest du alle Ports auf, auf denen ein Server auf Verbindungen wartet: sudo netstat -plnt

Echtes Biohacking

Mon, 23 May 2016 00:00:00 +0000

Ich habe einen interessanten Blogbeitrag von Steven Novella über Biohacking gelesen. Ich stimme voll und ganz zu, dass die meisten Menschen, die Biohacking propagieren, nichts tun, was die Verwendung dieses Begriffs rechtfertigen würde. Ein neuer Begriff sollte verwendet werden, wenn man etwas konzeptionell Neues tut. Die Verwendung des Begriffs „Biohacking“ und seine Beziehung zur DIY-Biologie sowie zu verschiedenen Bewegungen der Körpermodifikation hat sich jedoch noch nicht gefestigt. Die Definition von Biohacking als „Freiheit, die Biologie tiefgreifend zu erforschen“ macht den Begriff ziemlich bedeutungslos. Der Begriff „Hacking“ hat (zu Recht oder zu Unrecht) schon immer die Vorstellung beinhaltet, etwas Illegales oder zumindest grenzwertig Legales zu tun. Um dieser Analogie zu folgen, könnte Doping im Sport als Biohacking betrachtet werden (nicht jedoch Kaffeetrinken – ungeachtet der Tatsache, dass Kaffee für manche Menschen durchaus die Kriterien für Doping erfüllt). Andere Beispiele, die ich als „echtes“ Biohacking bezeichnen würde, wären der Einsatz von CRISPR/Cas zur Veränderung der eigenen DNA oder die Entwicklung von Medikamenten zur Behandlung von Krankheiten in der eigenen Garage. Die Frage ist: Macht das überhaupt jemand? Die Entwicklung solcher Techniken unterliegt sowohl in der akademischen Forschung als auch in kommerziellen Unternehmen strengen Vorschriften, und echte Gentechnik birgt reale Risiken. Es überrascht nicht, dass die Strafverfolgungsbehörden nicht gerade begeistert sind von einer weiteren Subkultur, die sie auf Anzeichen von Bioterrorismus überwachen müssen. Allerdings werden die Werkzeuge immer einfacher zu bedienen, und „Garagen-Biotechnologie“ ist eine reale Erscheinung (zumindest hielt „Nature“ sie für einen News-Beitrag wert). Vor einiger Zeit habe ich mir einen Vortrag von Thomas Landrain angehört, einem der Köpfe hinter dem La Paillasse-Labor (Thomas: Du hast versprochen, dass die Webseiten von La Paillasse ins Englische übersetzt werden!), einem Biotech-Labor, das ohne jegliches Startkapital in einer Garage in einem Pariser Vorort gegründet wurde. Dort wird ziemlich interessante Forschung betrieben (siehe z. B. diesen Artikel über seine Sichtweise auf die DIY-Biologie). Es gibt auch Konferenzen zum Thema DIY-Biologie: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Aber wann wird aus DIY-Biologie Biohacking? Die Modifizierung von E. coli-Bakterien zur Produktion von Erythropoetin , um dieses anschließend aufzureinigen und sich selbst zu injizieren, um die sportliche Leistungsfähigkeit zu steigern, würde sicherlich als Biohacking gelten. Meiner Meinung nach wäre dieses Beispiel angesichts des aktuellen Stands der DIY-Biologie-Technologie tatsächlich machbar…

Die Benutzertrennung in Unicorn 7 erfordert manuelle Eingriffe in einer Netzwerkbenutzerumgebung

Mon, 09 May 2016 00:00:00 +0000

Da wir unseren Äkta Avant in einer Mehrbenutzerumgebung betreiben, müssen wir die Methoden und Ergebnisse der verschiedenen Benutzer voneinander trennen. Standardmäßig kann derzeit jeder Netzwerkbenutzer alle Methoden und Ergebnisse einsehen, die von einem anderen Netzwerkbenutzer auf dem Gerät erstellt wurden. Dies stellt ein erhebliches Datenschutz- und Sicherheitsrisiko dar, da ein böswilliger Benutzer Methoden und Ergebnisse löschen (oder schlimmer noch: verändern) könnte.Unser Äkta ist so eingerichtet, dass sich Benutzer mit ihrem Universitäts-Login und -Passwort über den regulären Windows-Netzwerkauthentifizierungsmechanismus am Unicorn-7-Computer anmelden können. Wenn sich jedoch mehrere Personen die Verantwortung für einen Lauf teilen, ist diese Konfiguration nicht mehr möglich, da sie sich gegenseitig ihre Passwörter mitteilen müssten. Daher haben wir ein lokales Konto eingerichtet, das von Benutzern genutzt werden kann, die sich die Bedienung des Äkta-Geräts teilen möchten. Nach der Anmeldung bei Windows müssen sich die Benutzer noch bei der Unicorn-7-Software anmelden, was sie mit ihrem Hochschul-Benutzernamen und -Passwort tun („Windows-Authentifizierung“). Bei dieser Konfiguration kann jeder Benutzer alle Methoden und Ergebnisse einsehen, was nicht akzeptabel ist. Beim Einrichten eines neuen Benutzers in Unicorn (unter „Zugriff > Ordner“) konnte genau festgelegt werden, auf welche Ordner dieser Benutzer Zugriff hatte, und der Benutzer sah nur seine eigenen Methoden und Ergebnisse. Da die Ordnerstruktur unter Unicorn 5 der Ordnerstruktur des Windows-Dateisystems entsprach, konnten Benutzer Methoden und Ergebnisse jederzeit von einem Ordner in einen anderen kopieren und sie so trotz der vom Unicorn-5-Programm festgelegten Einschränkungen verfügbar machen.Als ich zum ersten Mal las, dass Unicorn 7 die Windows-Netzwerkauthentifizierung unterstützt, hatte ich gehofft, dass wir die mühsame Benutzereinrichtung vermeiden könnten, die wir für jeden Benutzer auf dem Äkta Explorer durchführen mussten. Doch die Mühen gehen weiter, da die einmalige Einrichtung der Benutzerrechte für eine Gruppe uns keine Benutzerisolierung bietet.Erstens kann man in Unicorn 7 nicht den Zugriff einzelner Benutzer einschränken, sondern nur den Zugriff von Gruppen. Wir mussten für jeden Netzwerkbenutzer eine Zugriffsgruppe anlegen, den Netzwerkbenutzer dieser Gruppe hinzufügen, einen separaten Home-Ordner für die Gruppe erstellen und dann den Ordnerzugriff auf diesen Home-Ordner beschränken. Für eine Handvoll Benutzer waren Hunderte von Klicks erforderlich, da standardmäßig kein Zugriff auf irgendetwas besteht und jedes einzelne Kontrollkästchen für Berechtigungen – mit Ausnahme der Administratorrechte – aktiviert werden muss. In dieser Hinsicht ist Windows (und jedes andere Betriebssystem) weitaus intelligenter als Unicorn. Wenn sich ein Universitätsmitarbeiter an einem Rechner anmeldet, an dem er sich zuvor noch nie angemeldet hat, erstellt das System automatisch die gesamte erforderliche lokale Standardordnerstruktur und bindet den privaten Home-Ordner dieses Benutzers ein, ohne Zugriff auf alles zu gewähren, was andere Mitarbeiter auf diesem bestimmten Rechner bisher getan haben. Ich denke, das sollte auch bei Unicorn eine Option sein. Vielleicht gibt es diese Option ja und ich finde sie nur nicht? Ein weiterer großer Nachteil der oben beschriebenen Methode, jeden Benutzer in eine eigene Zugriffsgruppe zu ordnen, ist, dass die Anmeldung bei Unicorn zu einer echten Tortur wird: Zusätzlich zur Eingabe von Benutzername und Passwort muss der Benutzer die richtige Zugriffsgruppe auswählen, damit die Anmeldung erfolgreich ist. Und noch schlimmer: In unserer Konfiguration lässt es sich nicht vermeiden, dass jeder Universitätsmitarbeiter zwei Zugriffsgruppen angehört: einer manuell angelegten Zugriffsgruppe für jeden Benutzer zur Benutzertrennung und der „Standardgruppe“, die über die Windows-Netzwerkauthentifizierung funktioniert – vielleicht Kerberos? Wenn Benutzer also die Standardzugriffsgruppe wählen (die in unserem Fall „Users“ heißt), können sie sich zwar anmelden, sehen aber ihre Methoden und Ergebnisse nicht.Es gibt zwei Gründe, warum wir die Zugriffsgruppe „Users“ nicht löschen können: Zum einen ist dies eine Vorgabe der Fakultät, und zum anderen (und das haben wir versucht) können wir sie nicht mehr löschen, da bereits viele Personen Methoden angelegt und Ergebnisse generiert haben, während sie der Zugriffsgruppe „Users“ angehörten. Daher verhindert UNICORN, dass wir dieses Konto löschen können. Ich arbeite an diesem Problem: Ich sollte direkt auf die zugrunde liegende MS-SQL-Datenbank zugreifen können, um die Eigentumsrechte an den Methoden und Ergebnissen zu ändern. Allerdings war GE nicht gerade auskunftsfreudig, als ich nach der Handhabung von Zugriffsrechten fragte. Die Antwort lautete: Die Zugangsdaten für die Datenbank in einer eigenständigen UNICORN-Lösung sind verschlüsselt und nicht öffentlich zugänglich. Wenn Sie eine Enterprise-Lösung hätten (mit einer eigenen (SQL-Server-)Datenbank), hätten Sie die Kontrolle über die Zugangsdaten und könnten theoretisch die gewünschten Informationen extrahieren (das Format müssen Sie selbst herausfinden; es wird von uns nicht unterstützt). Sie können Ihre Lösung auf eine Enterprise-Version upgraden, wenn Sie möchten. Das klingt schlimmer, als es ist, da wir physischen Zugriff auf den MS-SQL-Server haben und das Extrahieren der Zugangsdaten nicht besonders schwierig zu sein scheint. Aber es kostet mich Zeit, die Schwachstelle zu finden, um „in unser eigenes System einzudringen“, und genau das ärgert mich. Laut Lisa Bromark von GE scheint das Update 7.0.2 dieses Problem jedoch zu beheben: UNICORN kann so konfiguriert werden, dass ein neues Datenbankpasswort verwendet wird. Es ist möglich, ein verschlüsseltes Passwort zu generieren oder ein bereits verschlüsseltes Passwort einzugeben. Dies geschieht durch Ausführen des UNICORN Service Tools nach der Installation von UNICORN.Allerdings ist es unglaublich schwierig, das Update zu bekommen (zumindest scheint es Wochen zu dauern). Die Verteilung erfolgt offenbar immer noch über optische Datenträger und per Post. Ich glaube, das letzte Mal, dass ich mir Software auf einer CD/DVD besorgt habe, ist mehr als 10 Jahre her. GE teilte mir jedoch mit, dass sie gerade dabei sind, die UNICORN-Software-Updates auf „elektronischen Vertrieb“ umzustellen. Willkommen im 21. Jahrhundert!

Python für Kinder

Thu, 05 May 2016 00:00:00 +0000

Mein Sohn lernt gerade Programmieren. Und es macht Spass. Zuerst haben wir zusammen ein bischen in html und php programmeirt, da er ein Online-Quiz auf seiner Website machen wollte. Danach haben wir angefangen, das (deutsche) Buch “Python für Kids” ( http://python4kids.net ) durchzuarbeiten. Ich habe Python gewählt, weil es eine moderne, leicht zu lesende Sprache ist. Sie ist heute wahrscheinlich die erste Wahl für angehende Programmierer. Python ist Open Source, einfach auf allen Betriebssystemen zu installieren und leistungsfähige Programme können schon nach einer kurzen Lernphase geschrieben werden. “Python für Kinds” verwendet das Turtle-Modul , das eine grafikorientierte Einführung ins Programmieren ermöglicht. Die Grafik oben ist z.B. eines der Ergebnisse.Python ist auch eine sehr gute Wahl für Biologen und Bioinformatiker. Da Python eine Mehrzweck-Sprache ist, ist man nicht auf bestimmte Aufgaben beschränkt (wie z.B mit R). Es gibt mit Biopython ein sehr gutes Modul für den Umgang mit DNA und Proteinsequenzen (und sogar 3D-Strukturen).

Die Funktionsweise des Äkta Avant-Fraktionssammlers

Mon, 02 May 2016 00:00:00 +0000

Nachdem wir alle Anlaufschwierigkeiten mit unserem Äkta Avant behoben haben, trauen wir uns endlich, ihn unseren Kunden zur Nutzung zu überlassen. Unsere Kunden sind sehr heterogen und reichen von absoluten Neulingen im Bereich FPLC bis hin zu erfahrenen Äkta-Explorer-Anwendern (und allem, was dazwischen liegt). Wenn wir GE Feedback gegeben haben, war unsere Perspektive natürlich auf einen bestimmten Nutzertyp ausgerichtet. Die Betreuung unserer Kunden eröffnet uns nun jedoch eine neue Perspektive, da wir mit den Usability-Problemen konfrontiert werden, die sie nicht selbst lösen können. An dieser Stelle möchte ich nur einen Stolperstein erwähnen, der uns immer wieder aufgefallen ist: die Logik hinter der Funktionsweise des Fraktionssammlers. Anders als bei den älteren Systemen lässt sich der Fraktionssammler nicht manuell auf die „erste Position“ oder eine beliebig definierte Position zurücksetzen, wie es beispielsweise unter Unicorn 5 möglich war.Wir selbst haben eine ganze Weile gebraucht, um uns an die interne Logik des Fraktionssammelprozesses zu gewöhnen, und benötigten dabei Unterstützung von GE. Dass sich das System nicht intuitiv verhält, wird durch die Tatsache unterstrichen, dass einige der Antworten, die wir von GE-Experten erhielten, unvollständig waren (was für uns zu einigen unangenehmen Probenverlusten führte). Schließlich erhielten wir vom GE-Support eine Tabelle, die das Verhalten des Fraktionssammlers beschreibt (siehe unten). Allerdings ist auch diese Tabelle unvollständig, und wir haben einige Zeilen hinzugefügt, die bestimmte nicht standardmäßige Situationen beschreiben, für die die Tabelle keine Antwort bietet. Diese Änderungen und Ergänzungen zur Beschreibung von GE sind rot markiert.

Gute Führungsqualitäten?

Mon, 02 May 2016 00:00:00 +0000

Als ich meine Tätigkeit als Projektleiter an der Universität Helsinki aufnahm, wurde mir empfohlen, den Kurs „Gute Führung“ zu belegen, der von Personalschulung organisiert wurde. Zusammen mit 14 anderen Forschungsgruppenleitern lernte ich zwischen November 2013 und März 2014 von Sanna-Marja Heinimo und anderen Experten unter anderem die „Fähigkeiten, andere effektiv zu fördern, zu coachen, zu befähigen und so zu führen, dass sie beste Ergebnisse erzielen“.Zum Abschluss des Kurses hatten wir ein Abendessen mit Jukka Kola , dem nun die Umsetzung der umfangreichen (und nach Ansicht vieler Beobachter überzogenen) Kosteneinsparungen , die der Universität durch die von den herrschenden politischen Kräften verordneten Haushaltskürzungen aufgezwungen wurden.Ich möchte hier nicht diskutieren, ob solche drastischen Maßnahmen notwendig waren oder ob eine weniger weitreichende Sparstrategie ausgereicht hätte. Selbst die Entscheidung, ob in einer wirtschaftlichen Rezession gespart oder Defizitfinanzierung betrieben werden soll, basiert meist nicht auf Fakten, sondern auf Ideologie. In der Wirtschaftswissenschaft spielen neben harten Daten auch Moden und der Zeitgeist eine Rolle. Daher ist es nicht verwunderlich, dass namhafte Ökonomen gegensätzliche Ansichten hinsichtlich der Auswirkungen von Defizitfinanzierung vertreten. Aber ich schweife hier vom Thema ab … Ich wollte lediglich meine totale Enttäuschung zum Ausdruck bringen. Nicht über die Sparmaßnahmen an sich, sondern darüber, WIE diese Sparmaßnahmen im Hinblick auf die Praktiken „guter Führung“ umgesetzt wurden, zu deren Anwendung uns geraten wurde. Die Entscheidungen wurden nicht ausreichend offen diskutiert. Noch immer sind die Gründe für viele Entlassungen unverständlich und umstritten (siehe z. B. diesen Artikel in der großen finnischen Tageszeitung „Helsingin Sanomat“). Da Transparenz auffallend fehlte, schien das Gerede der Universitätsleitung über gute Führung kaum mehr als leere Worte gewesen zu sein. Ich bezweifle nicht, dass sie die besten Absichten zum Wohle der Universität im Sinn haben. Doch wer definiert das Wohl der Universität? Die meisten Oligarchen definieren es doch selbst, oder? Daher ist es nicht verwunderlich, dass in der jüngsten Umfrage zum Wohlbefinden am Arbeitsplatz die Zufriedenheit mit der strategischen Führung auf Universitätsebene (Rektoren und Prorektoren) auf einem Allzeittief lag. Würde die Umfrage heute wiederholt, wären die Ergebnisse wahrscheinlich noch viel schlechter, insbesondere wenn die entlassenen Mitarbeiter noch zu Wort kämen. Bemerkenswert ist, dass es nicht nur der durchschnittliche Mitarbeiter der Universität Helsinki ist, der der Führung kein Vertrauen mehr schenkt. Mein Eindruck ist, dass das Misstrauen mittlerweile Forscher in allen Karrierestufen erfasst hat. Welche Zukunft ist unter solchen Umständen überhaupt möglich? Google wird regelmäßig zu den besten amerikanischen Arbeitgebern gezählt und hat beschlossen, Millionen von Dollar und viele Jahre in die Erforschung der Frage zu investieren, wie man die besten Arbeitsteams bildet. Der mit Abstand entscheidende Faktor für die Innovationsleistung, Kreativität und Produktivität eines Teams war die psychologische Sicherheit ( siehe diesen Artikel im NYT Magazine ). Raten Sie mal, wie sicher sich die Universitätsmitarbeiter derzeit fühlen. Als wir mit Jukka Kola sprachen, war ich sehr beeindruckt von seinem klaren Bekenntnis zu einer verstärkten Internationalisierung an der Universität Helsinki. Allerdings habe ich mich schon damals gefragt, wie realistisch das Ziel, „aktiv internationale Spitzenkräfte zu rekrutieren““ ist. Nun scheint es noch unwahrscheinlicher, dass dieses Ziel in nennenswertem Umfang erreicht werden kann, da die Universitäten eine neue Welle des Braindrain erleben. Selbst auf der Ebene der Studierenden, wo die Internationalisierung in den letzten 20 Jahren erstaunliche Fortschritte gemacht hat, könnte es mit der Einführung von Studiengebühren für Studierende aus Nicht-EU-/EWR-Ländern .

Das BIOS-Passwort bei einem HP Compaq Elite 8000 löschen

Mon, 18 Apr 2016 00:00:00 +0000

Schalten Sie den Computer aus, ziehen Sie das Netzkabel (und andere Kabel, über die Strom fließen kann) ab und lassen Sie Restladung abfließen. Öffnen Sie den Deckel und entfernen Sie den grünen Jumper. Starten Sie den Computer neu – fertig. Vielleicht möchten Sie den grünen Jumper wieder anbringen, um ihn nicht zu verlieren (anscheinend können Sie ihn auch an Pin 1 oder Pin 2 belassen, sollten jedoch nicht beide Pins verbinden).

Sicherung von PCs und Macs

Wed, 13 Apr 2016 00:00:00 +0000

Ich selbst nutze die Backup-Software BackupPC bereits seit fast einem Jahrzehnt und habe vor etwa zwei Jahren damit begonnen, unsere Laborcomputer auf einem zentralen Backup-Server zu sichern. BackupPC unterstützt Deduplizierung, sodass auf einigen wenigen 2-TB-Festplatten viel Datenvolumen gespeichert werden kann. BackupPC unterstützt viele Protokolle (SMB, FTP, tar/rsync über SSH), aber wir nutzen meist rsync über SSH. Die Daten werden vor der Sicherung nicht verschlüsselt. Seltsamerweise wird nicht einmal die kommende Version 4 eine Verschlüsselung vor der Übertragung unterstützen. Wir speichern das Backup jedoch auf einem verschlüsselten Volume. Auf diese Weise sind die Daten zumindest geschützt, falls der Backup-Server gestohlen wird. Und während der Übertragung sind die Daten durch SSH geschützt. Das System entspricht jedoch nicht dem TNO („trust no one“), da ich (als BackupPC-Administrator) auf die Dateien zugreifen kann. Unter Linux wäre eine mögliche Methode, das Home-Verzeichnis des Benutzers mit eCryptFS (was bei der Erstellung von Benutzern unter Ubuntu eine integrierte Option ist) zu verschlüsseln und anschließend das Verzeichnis /home/.ecryptfs anstelle des Home-Verzeichnisses des Benutzers zu sichern. Die Wiederherstellung wäre jedoch ein wesentlich größeres Problem. Man könnte zwar die Verzeichnisstruktur und die Dateien der Sicherung durchsuchen, doch die Dateinamen wären bedeutungslos, da sie bei diesem Vorgang ebenfalls verschlüsselt werden.Bei der Sicherung von Mac-OS-X-Rechnern gibt es eine Besonderheit: BackupPC verbindet sich normalerweise als „root“ per SSH mit dem Client-Rechner und führt den rsync-Sicherungsbefehl aus. Um dies auf von der Universität verwalteten Mac-OS-X-Rechnern zu ermöglichen, mussten wir auf den Client-Rechnern einen dedizierten Benutzer („backuppc“) anlegen und diesem Benutzer die Ausführung von rsync mit Root-Rechten gestatten, was durch Hinzufügen dieser Zeile in die Datei /etc/sudoers erfolgt: backuppc ALL=NOPASSWD: /usr/bin/rsync. Anschließend müssen wir den SSH-/rsync-Befehl für den Mac-Client auf dem „backuppc“-Server anpassen, indem wir „root“ durch „backuppc“ ersetzen.

Leistung der HiLoad 26/60 Superdex PG-Gelfiltrationschromatographie-Säule

Mon, 11 Apr 2016 00:00:00 +0000

Die von uns am häufigsten verwendete Technik zur Proteinreinigung ist die Gelfiltration (auch als Größenausschlusschromatographie bezeichnet). Bei der Gelfiltration werden Proteine nach ihrer Größe getrennt (genauer gesagt nach ihrem „Stokes-Radius“, der weitgehend von ihrer Größe und Form bestimmt wird). Für die Gelfiltration großer Proteinmengen haben wir vor etwa 9 Jahren die HiLoad 26/60 Superdex 200 Prep Grade von GE Healthcare erworben (das Modell 26/60 wurde inzwischen durch das HiLoad 26/600 ersetzt, beide sind jedoch nahezu identisch). Mit dieser Säule lassen sich zwei Proteine, deren Größenunterschied 100 % beträgt, sehr sauber trennen. Daher eignet sie sich zur Trennung von monomeren und dimeren Formen desselben Proteins. Das „Verfallsdatum“ der Säule war März 2012. Nach unserer Erfahrung kann eine solche Säule bei sachgemäßer Handhabung problemlos eine Lebensdauer von 10 bis 15 Jahren erreichen (wir verwenden sie nicht sehr oft, lagern sie in 20 %igem Ethanol und bewahren sie bei +4 °C auf, wenn wir sie über längere Zeit nicht benötigen).

dd eine beschädigte DVD

Thu, 07 Apr 2016 00:00:00 +0000

dd if=/dev/sr0 of=image.iso bs=2048 conv=noerror,notrunc iflag=nonblock

Test-Iframes

Mon, 04 Apr 2016 00:00:00 +0000

Python für Kinder (und Bioinformatiker)

Sat, 12 Mar 2016 00:00:00 +0000

Ich habe angefangen, meinem Sohn das Programmieren beizubringen, und es macht uns beiden Spaß. Zuerst haben wir uns ein wenig mit HTML/PHP beschäftigt, da er ein Online-Quiz auf seiner Website erstellen wollte, aber jetzt arbeiten wir uns durch das (deutsche) Buch „Python für Kids“ ( http://python4kids.net ). Ich habe mich für Python entschieden, weil es eine moderne, leicht verständliche Sprache ist und heutzutage wahrscheinlich die beliebteste erste Wahl für Programmieranfänger ist. Es ist Open Source, lässt sich auf jedem System einfach installieren und man kann schon nach kurzer Einarbeitungszeit leistungsfähige Programme schreiben. „Python für Kids“ nutzt das Turtle -Modul, das einen grafisch orientierten Einstieg in die Programmierung ermöglicht. Die Grafik auf der linken Seite ist eines der Ergebnisse. Eine weitere sehr nützliche Python-Lernressource für Kinder ist Code Club . Python ist auch eine sehr gute Wahl für Biologen und Bioinformatiker, aber da es sich um eine vielseitige Sprache handelt, beschränkt man sich nicht auf bestimmte Aufgaben. Es gibt Biopython , ein sehr gutes Toolset für die Bearbeitung von DNA- und Proteinsequenzen und sogar 3D-Strukturen.

Wie viel PCR-Produkt kann man gewinnen?

Thu, 10 Mar 2016 00:00:00 +0000

Wie viel PCR-Produkt erhält man bei einer typischen PCR-Reaktion? 50–120 ng/µl scheinen ein typisches Ergebnis zu sein, aber das hängt stark von den jeweiligen PCR-Bedingungen ab. Wenn Sie die Primer-Konzentration minimieren müssen, um die Spezifität zu maximieren, können Ihre Ausbeuten deutlich darunter liegen. Umgekehrt gilt: Wenn die Spezifität keine Rolle spielt (z. B. bei einigen PCR-Klonierungen), können Sie ein Vielfaches davon erhalten.Betrachten wir das typische Maximalvolumen einer einzelnen PCR-Reaktion, nämlich 100 µl. Nehmen wir außerdem an, dass keine Spezifitätsprobleme bestehen und wir daher große Mengen an Primern (jeweils 1 µM) und dNTPs (0,2 µM) verwenden können. Da die Synthese jedes Moleküls des doppelsträngigen PCR-Produkts einen Primer verbraucht, entspricht die theoretische maximale molare Konzentration des doppelsträngigen (ds) DNA-Produkts Ihrer Primerkonzentration: 1 µM. 1 µM dsDNA entspräche 100 pmol bei einer 100-µl-PCR-Reaktion. Wie viel ist das in Mikrogramm? Das hängt natürlich von der Länge Ihres PCR-Produkts ab: Beispielsweise entsprechen 100 pmol dsDNA mit einer Länge von 1000 bp 66 µg. Kann man wirklich so viel erhalten? Nicht in unserem Beispiel eines 1000-bp-Produkts. Der Grund dafür ist, dass die Bausteine der DNA, die dNTPs, lange vor den Primern aufgebraucht sind. Bei dem 1000-bp-Produkt sind erst 40 % der Primer verbraucht, wenn die dNTPs aufgebraucht sind (unter der Annahme eines GC-zu-AT-Verhältnisses von 50:50 in Ihrem Amplikon). Um ein Molekül eines 1000-bp-dsPCR-Produkts herzustellen, benötigt man etwa 2000 Moleküle dNTPs. Für unser Beispiel wäre daher ein 400-bp-PCR-Produkt optimal, da sowohl die Primer als auch die dNTPs in gleichem Tempo aufgebraucht werden.Es scheint, dass man die dNTP-Konzentration erhöhen müsste, wenn man größere Mengen längerer PCR-Produkte erhalten möchte. In unserem Beispiel mit einem 1000-bp-Produkt beträgt die theoretische maximale Menge an PCR-Produkt jedoch etwa 26 µg, was enorm ist und für die meisten Anwendungen ausreicht. Es gibt einen Online-Rechner, mit dem Sie mit der Primer- und dNTP-Konzentration sowie der Produktlänge experimentieren können: http://www.bioline.com/us/media/calculator/01_14.html

Testbericht zum Äkta Avant 25 von GE Healthcare

Wed, 02 Mar 2016 00:00:00 +0000

Vor etwa einem Jahr haben wir im Rahmen einer internen Ausschreibung der Fakultät Fördermittel erhalten, um das alte Pharmacia Äkta Explorer 100 FPLC-Gerät der Zentrale Einrichtung für Proteinproduktion und -reinigung zu ersetzen. Der Äkta Explorer war 1996(?) angeschafft worden, als die schwedische Marke Pharmacia noch existierte. Im Jahr 2014 trat das Worst-Case-Szenario ein: Sowohl der Monochromator als auch Xenon-Blitzlampe fast gleichzeitig ausfielen, was uns eine Rechnung von fast 10.000 € bescherte. Daher wollten wir das Gerät durch ein modernes Modell ersetzen. Es gibt nur zwei Unternehmen, die in diesem Bereich seriöse Geräte anbieten, nämlich GE Healthcare ( Äkta-Produktreihe ) und BioRad ( NGC-Produktreihe ). GE Healthcare hat die Marke Äkta im Zuge mehrerer Fusionen von Pharmacia übernommen, während BioRad mit seinen NGC-Modellen, die erst vor wenigen Jahren auf den Markt kamen, ein relativ neuer Wettbewerber ist.Wir haben uns für das Äkta Avant 25 entschieden. Wir wollten auf jeden Fall einen gekapselten, gekühlten Fraktionssammler haben. Außerdem war uns eine vertraute Benutzererfahrung wichtig. Wir führen häufig automatisierte Aufreinigungen durch und möchten nicht, dass unsere Proteine längere Zeit bei Raumtemperatur in offenen Röhrchen stehen, in die Bakterien und Staub aus der Luft eindringen können. Mittlerweile setzen wir den Äkta Avant seit etwa einem halben Jahr ein und haben inzwischen einen guten Eindruck davon, wie er im Vergleich zum Äkta Explorer abschneidet. Obwohl der Avant moderner ist als der Explorer, nutzen alle Anwender unserer Zentraleinrichtung nach wie vor den Explorer. Sie sind mit der Benutzeroberfläche von Unicorn 5.11 vertraut und haben offenbar kein Interesse daran, sich in die – zugegebenermaßen – kompliziertere Benutzeroberfläche des Avant einzuarbeiten. Ein weiterer Grund dafür, dass das Gerät bisher nur intern genutzt wurde, war jedoch die beträchtliche Anzahl an Problemen, auf die wir gestoßen sind. Bei unserem alten Äkta Explorer haben wir noch nie so viele Probleme in so kurzer Folge erlebt. Ich weiß nicht, ob unsere Situation typisch ist (laut den Vertretern von GE Healthcare ist dies nicht der Fall). Dennoch sind hier die Probleme aufgeführt, auf die wir gestoßen sind:

Grundlagen von Git

Tue, 01 Mar 2016 00:00:00 +0000

git pull origin mastergit push origin mastergit commit -m "Kommentar" -a https://www.linux.com/learn/tutorials/824358-how-to-run-your-own-git-server

Taj Mahal

Mon, 08 Feb 2016 00:00:00 +0000

Eineinhalb Jahre nach unserem letzten großen LEGO-Projekt (dem großen Millennium Falcon ) haben wir nun das Taj Mahal fertiggestellt, das mit 5922 Teilen das größte LEGO-Set ist, das jemals im Handel erschienen ist. Auch diesmal haben wir unsere vorhandenen LEGO-Teile verwendet und die fehlenden Teile nur über Bricklink bei vier verschiedenen Online-Shops gekauft.

Das Jeltsch-Labor

Sat, 23 Jan 2016 00:00:00 +0000

Die Webseiten meines Labors an der Universität Helsinki

Zentrifugale und zentripetale Entwicklung des embryonalen Lymphsystems

Tue, 19 Jan 2016 00:00:00 +0000

Seit Beginn des letzten Jahrhunderts streiten sich Forscher über den embryonalen Ursprung des Lymphsystems. Einige behaupteten, es sei in seiner Gesamtheit eine Auswachsung aus Blutgefäßen (die sogenannte zentrifugale Hypothese, deren frühe Vertreter Florence Sabin und Louis-Antoine Ranvier waren; dieser Wachstumsmechanismus wird als „Lymphangiogenese“ bezeichnet). Andere vertraten die Ansicht, dass sich die Lymphgefäße neu aus Vorläuferzellen im Mesenchym bilden (sogenannte zentripetale Hypothese, deren frühe Vertreter George Huntington und Charles McClure waren; dieser Mechanismus wird als „Lymphvaskulogenese“ bezeichnet). Diese Kontroverse dauert bereits seit mehr als einem Jahrhundert an, und mehrere in den letzten Jahren veröffentlichte Studien zeigen, dass die Wahrheit irgendwo zwischen beiden Ansichten liegt. Eine solche Synthese war bereits 1932 von van der Jagt vorgeschlagen worden. Kenny Mattonet und ich haben einen kurzen Überblick zu diesem Thema verfasst, den Sie in der englische Version oder das deutsche Original lesen.

FPLC-Kurs zur Proteinreinigung

Mon, 04 Jan 2016 00:00:00 +0000

Acht Doktoranden hatten sich für den FPLC-Kurs zur Proteinreinigung angemeldet, der im Dezember stattfand. Wenn ich etwas gelernt habe, dann, dass die Proteinreinigung im Rahmen eines Kurses IMMER mit einem Protein und einem Protokoll durchgeführt werden sollte, die bereits VIELE Male erfolgreich angewendet wurden. Von den Studierenden mitgebrachte Proteine sind eine hervorragende Lernquelle, doch die zeitlichen Einschränkungen eines Kursformats erlaubten es uns nicht, die Aufreinigung dieser Proteine noch während des Kurses abzuschließen.Technische Probleme mit dem neuen Äkta Avant 25Zudem war das Äkta Avant 25 , die wir diesen Sommer neu bei GE Healthcare erworben hatten, fiel während des Kurses ZWEIMAL aus. Zunächst fiel der Steuerungscomputer aus (RAID-Ausfall). HP lieferte die Ersatzfestplatte innerhalb von 24 Stunden, und nachdem sich das RAID wiederhergestellt hatte, konnten wir den Kurs fortsetzen. Beim ersten Durchlauf nach diesem Vorfall trat beim Äkta jedoch ein Überdruckproblem auf. Wir identifizierten einen defekten Durchflussbegrenzer als Ursache identifiziert, wollten den Lauf jedoch nicht fortsetzen, da wir bei früheren Durchläufen bereits schwerwiegende Probleme mit Luftblasen hatten. Daher führten wir die Durchläufe auf dem alten Äkta Explorer 100 durch. GE Healthcare ließ das System umgehend von einem Servicetechniker überprüfen, doch da dieser kein Ersatzgerät dabei hatte, mussten wir bis Montag, den 14.12., warten, bis der Äkta Avant wieder voll funktionsfähig war.Was wir aufgereinigt haben: lösliches VEGFR-3 (VEGFR-3/Fc) und HepsinWir haben lösliches humanes VEGF-Rezeptor-3 aufgereinigt (die ersten drei Domänen seiner extrazellulären Domäne, verbunden mit dem konstanten Fc-Teil von humanem IgG). Diese Aufreinigung haben wir bereits mehrfach durchgeführt. Sie entspricht der Aufreinigung von Antikörpern mit Protein-A-Sepharose.Wir hatten im Vorfeld konditioniertes Zellkulturmedium vorbereitet. Wir produzieren die meisten unserer Proteine in Insektenzellen (hauptsächlich Drosophila S2), und das VEGFR-3/Fc war von den S2-Zellen nach Induktion des Metallothionein-Promotors mit 1 mM Cu²⁺ über etwa 4,5 Tage hinweg in das Medium sekretiert worden. Die Vorbereitung des Mediums für die Aufreinigung besteht lediglich aus 1) dem Entfernen der Zellen durch Zentrifugation und 2) der Filtration, um Präzipitate und andere kleine Partikel zu entfernen, die die Säule verstopfen könnten. Eine Anpassung des pH-Werts ist nicht erforderlich.Eine schnelle Neutralisierung nach der Elution bei niedrigem pH-Wert IST WICHTIGWir haben das Medium über eine Einweg-5-ml- HiTrap-Rekombinant-Protein-A-Säule über Nacht mit einer Durchflussrate von etwa 1 ml/min und eluierten es mit einem Puffer mit niedrigem pH-Wert. Die eluierten 2-ml-Fraktionen wurden sofort mit 400 µl 1 M Tris (pH 8,5) neutralisiert. Hier unterlief uns bei einer der beiden Aufreinigungen ein kleiner Fehler. GE Healthcare hatte die Kassetten für die 5-ml-Sammelröhrchen noch nicht freigegeben (dies ist bis heute nicht geschehen, obwohl sie bereits für September 2015 versprochen worden waren), und wir verwendeten 15-ml-Falcon-Röhrchen zur Sammlung der 2-ml-Fraktionen, in die wir zuvor 400 µl der Neutralisationslösung alikvotiert hatten. Allerdings war die Durchmischung in diesen Röhrchen nicht effizient, und die längere Einwirkung eines niedrigen pH-Werts führte zu einer teilweisen Schädigung unseres Proteins. Dies lässt sich beim Vergleich der Größenausschluss-Chromatogramme von Gruppe 2 mit denen von Gruppe 4 erkennen: Bei Gruppe 4 ist der erste Peak (aggregiertes Protein) im Vergleich zum entsprechenden Peak bei Gruppe 2 deutlich größer und heterogener. Tatsächlich fällt VEGFR-3/Fc, wenn es bei niedrigem pH-Wert aus Protein-A-Säulen eluiert wird, bei höheren Konzentrationen kurz nach der Elution stets aus, löst sich jedoch bei Neutralisation wieder auf. Dies geschah in den Fraktionen 5.A.3 und 5.A.4 (Gruppe 4) nicht, da sich Eluat und Neutralisationspuffer im 15-ml-Falcon-Röhrchen nicht ausreichend vermischten (wahrscheinlich trug auch die Fraktionsgröße von 2 ml dazu bei; 1 ml wäre besser gewesen). Während des Laufs für Gruppe 2 haben wir die Röhrchen unmittelbar nach Beendigung des Laufs entnommen und dadurch die Puffer vermischt, während der Lauf für Gruppe 4 über Nacht endete und das Eluat bis zum Morgen weitgehend unvermischt blieb.Alternativ hätten wir mit einem hochkonzentrierten chaotropen Salz bei nahezu neutralem pH-Wert eluieren können (was wir beim nächsten Mal tun werden, falls wir einen automatisierten Lauf haben, bei dem die Elution mitten in der Nacht stattfindet). Pierce bietet einen (proprietären) „sanften“ Elutionspuffer mit einem pH-Wert von 6,6 an. Ich kenne die Zusammensetzung des Pierce-Puffers nicht, aber es handelt sich um eine hochkonzentrierte Lösung eines chaotropen Salzes. 3 M Kalium-/Natriumthiocyanat oder 4 M Magnesiumchlorid in gepufferten Lösungen um pH 7 sind häufig verwendete chaotrope Salze für diesen Zweck. Hepsin Die von den Studierenden bereitgestellten Proteine stellten eine Herausforderung dar. Erstens war ihre Konzentration im Ausgangsmaterial sehr gering. Während wir das Protein deutlich erkennen können, wenn das VEGFR-3/Fc-konditionierte Medium auf einem PAGE-Gel aufgetragen und mit Coomassie gefärbt wird, ist für das Hepsin kein solches Band sichtbar. Zudem schien ein erheblicher Anteil des Proteins das Histag (nicht mehr) zu enthalten und wird daher im ersten Reinigungsschritt nicht aufgefangen. Der Anteil an Hepsin-H6, der an Ni²⁺-Sepharose bindet, eluiert bereits bei einer Imidazol-Konzentration von 20 mM, was das Waschen der Säule erschwert. Das Hepsin mit dem längeren Histag (H10) übersteht die 20 mM Imidazol-Waschung zwar, weist jedoch ebenfalls niedrige Expressionsniveaus auf. Nachfolgend sind die Chromatogramme der einzelnen Durchläufe sowie die kommentierten Bilder der mit Coomassie gefärbten PAGE-Gele dargestellt. Das detaillierte Protokoll für den Betrieb des Äkta Avant 25 befindet sich noch in Vorbereitung…

SnapGene – Einfach die beste Software zur DNA-Bearbeitung

Fri, 01 Jan 2016 00:00:00 +0000

Unser Labor nutzt verschiedene Softwarepakete zur Planung, Dokumentation und Visualisierung von DNA-Konstrukten. Zu den Programmen, die uns lange Zeit sehr gut gefallen haben, gehörten das GeneConstructionKit (GCK) und Clone Manager (Professional) . Letzteres läuft leider nur unter Windows. Da jedoch mehrere unserer Computer mit Ubuntu Linux betrieben werden, haben wir die GCK-Versionen 2.5 und 3 mithilfe von WINE (eine Kompatibilitätsschicht, die es uns ermöglicht, native Windows-Programme unter Linux auszuführen). Mit dem Upgrade auf Version 4 wurde GCK unter WINE jedoch unbrauchbar langsam, sodass wir nach einem Ersatz suchten. Wir haben die Entwickler von GCK kontaktiert, aber diese waren offenbar weder bereit noch in der Lage, uns zu helfen. Ich vermute, dass der Quellcode von GCK wahrscheinlich mehr als 20 Jahre alt ist und sich aus diesem Grund niemand traut, ihn anzurühren. Genau zu dieser Zeit wurde SnapGene veröffentlicht, das fast alle unsere Anforderungen erfüllte:

Kennen Sie Ihre Rechte

Thu, 19 Nov 2015 00:00:00 +0000

In einer Artikelserie in der Zeitschrift Acatiimi stellte Mia Weckman vom Finnischen Verband der Hochschulforscher und -dozenten (FUURT) das finnische Rechtssystem und die arbeitsrechtlichen Vorschriften vor. Diese Serie richtete sich speziell an ausländische neue Mitarbeiter und wurde auf Englisch verfasst; sie ist daher eine der wenigen Informationsquellen, wenn man die finnische Sprache nicht beherrscht. Man sollte jedoch bedenken, dass Papier und Schilder nicht erröten. Viele der Vorschriften wurden für traditionelle Arbeitsumgebungen entwickelt und eignen sich gut für diese, weniger jedoch für die akademische Forschung, die am besten gedeiht, wenn sie von Begeisterung und Hingabe und nicht von Pflichtgefühl angetrieben wird. Da wir jedoch weit von diesem Ideal entfernt sind, sollten Sie Ihre Rechte kennen. Hier sind die Themen und die Links:

Die 8 besten Wissenschaftspodcasts, die man sich anhören sollte

Wed, 11 Nov 2015 00:00:00 +0000

Meine Top 8 der Podcasts für Wissenschaftler (die aber nicht nur für Wissenschaftler gedacht sind). Probiert sie aus: Sie sind unterhaltsam und halten euch über die aktuellen Entwicklungen in der Wissenschaft im Allgemeinen auf dem Laufenden. Wenn ihr euch nur auf euer enges Fachgebiet konzentriert, werdet ihr engstirnig. Viele führende Wissenschaftsmagazine sind auf den Podcast-Zug aufgesprungen (z. B. Science Magazine Podcast , Nature Podcast ), aber mir gefallen vor allem die authentischen Podcasts, die das Genre der Wissenschaftspodcasts begründet haben. Es gibt Grenzen dafür, was man sich anhören kann (bei mir ist das eine Stunde pro Tag während meines Fahrradwegs zur Arbeit), und ich füge ein paar hinzu, die ich gerne höre, die es aber derzeit nicht in meinen regelmäßigen Zeitplan schaffen. In der Reihenfolge abnehmender persönlicher Vorliebe:

Verwaltung von OpenVPN mit dem Netzwerk-Manager

Thu, 05 Nov 2015 00:00:00 +0000

Ich bin gerade aus beruflichen Gründen wieder von Mac OS X auf Ubuntu umgestiegen. Hauptsächlich aus finanziellen Gründen. Wir brauchen mehr Computer bei der Arbeit, und ein wirklich guter PC-Laptop kostet nur halb so viel wie ein MacBook Pro oder ein iMac. Heute wollte ich mich von zu Hause aus mit dem VPN-Netzwerk der Universität verbinden und habe mir die Anleitungen der Universität angesehen. Wie üblich gab es so gut wie keine Dokumentation, und das, was verfügbar war, war falsch. Und ausschließlich auf Finnisch ( http://www.helsinki.fi/helpdesk/ohjeet/tietoliikenne_ja_etakaytto/yhteydet_yliopiston_ulkopuolelta/vpn_ubuntu-asennus.html) . Aus dem Screenshot (Hardy Heron) geht klar hervor, dass diese Seite seit mindestens 6 Jahren nicht mehr aktualisiert wurde (Hardy Heron wurde Anfang 2008 veröffentlicht).Was tun Sie also, wenn Sie die Datei „hy-vpn-config.tar.gz“ von https://ohjelmistojakelu.helsinki.fi heruntergeladen und entpackt haben?Zunächst müssen Sie ein Plugin für den Netzwerk-Manager installieren: sudo apt-get install network-manager-openvpn network-manager-openvpn-gnome. Anschließend rufen Sie den Netzwerk-Manager über das Symbol in der Menüleiste oben rechts auf Ihrem Desktop auf. Unterhalb aller verfügbaren WLAN-Netzwerke befindet sich der Eintrag „VPN-Verbindungen“. Gehen Sie zu „VPN-Verbindungen“ -> „VPN konfigurieren“ -> „Hinzufügen“ -> „Gespeicherte VPN-Konfiguration importieren“ -> „Erstellen“. Wählen Sie anschließend die Datei „openvpn.conf“ aus den heruntergeladenen und entpackten Dateien aus. Füllen Sie danach die restlichen Felder im Dialogfeld aus: Benutzername, Passwort. Wählen Sie für das CA-Zertifikat die Datei „HY-vpn-CA.pem“ aus den heruntergeladenen Dateien aus (Sie sollten diese zuvor an einem sicheren Ort abgelegt haben, z. B. unter „/etc/openvpn“).Ein Problem, über das sich viele Nutzer beschweren, ist die Tatsache, dass der Import die Anweisung „redirect-gateway def1“ nicht berücksichtigt und man infolgedessen keine Verbindung herstellen kann (Ich vermute, das liegt daran, dass der Network Manager dnsmasq verwendet und dnsmasq offenbar nicht intelligent genug ist, um zu erkennen, dass es die Anfragen nun an eine andere Stelle senden sollte). Deshalb beschweren sich Nutzer, dass der Network Manager nicht in der Lage ist, den gesamten Datenverkehr über das VPN-Netzwerk zu leiten. Das Kontrollkästchen, das man deaktivieren muss, damit dies funktioniert, ist gut versteckt: Es befindet sich im Dialogfeld des Verbindungseditors unter dem Reiter „IPv4-Einstellungen“ -> „Routen“ (unten rechts) -> „Diese Verbindung nur für Ressourcen in diesem Netzwerk verwenden“. Warum um alles in der Welt muss man das so benennen, dass niemand die Bedeutung versteht? Warum nennt man es nicht einfach „Nicht den gesamten Datenverkehr über diese VPN-Verbindung leiten“? Ich musste außerdem das Kontrollkästchen „Automatisch ermittelte Routen ignorieren“ aktivieren, obwohl ich nicht weiß, warum…Wie üblich ist die Einrichtung von OpenVPN nervig, und die wichtige Tunnelung des VPN-Datenverkehrs musste manuell auf dem OpenVPN-Server hinzugefügt werden:iptables -t nat -A POSTROUTING -s 10.8.0.0/24 -o eth0 -j MASQUERADEIch habe dies getan, indem ich im Verzeichnis /etc/network/if-up.d/ eine zusätzliche Datei namens openvpn2 mit folgendem Inhalt angelegt habe:#!/bin/shiptables -t nat -A POSTROUTING -s 10.8.0.0/24 -o eth0 -j MASQUERADENatürlich kannst du das VPN weiterhin über die Befehlszeile starten und stoppen. Seit der Einführung von systemd ist die Passworteingabe jedoch nicht mehr ganz so einfach. Wenn du sudo systemctl start openvpn.service ausführst, musst du (z. B. in einem anderen Terminal) sudo systemd-tty-ask-password-agent ausführen und dort dein Passwort eingeben. Das ist eindeutig eine Notlösung, bis es einen vernünftigen Passwort-Agenten gibt…

Indiziert werden

Tue, 03 Nov 2015 00:00:00 +0000

Es gibt zahlreiche Datenbanken, die wissenschaftliche Publikationen speichern und analysieren . „Indexiert“ oder „gelistet“ zu sein bedeutet für eine Zeitschrift lediglich, dass eine dieser Datenbanken die in dieser Zeitschrift veröffentlichten Artikel enthält. Wichtig ist, dass einige dieser Datenbanken auch Zitierdaten zu jedem Artikel enthalten; daher werden sie oft als Zeitschriften-Zitationsdatenbanken bezeichnet. Da es viele solcher Datenbanken gibt, ist praktisch jede Zeitschrift irgendwo „gelistet“, und wenn Sie Ihre Zeitschrift listen lassen möchten, gibt es dazu verschiedene Anleitungen, z. B. So lassen Sie Ihre Zeitschrift indexieren . In den Lebenswissenschaften gibt es jedoch einige Datenbanken, die wesentlich wichtiger und maßgeblicher sind als andere. Die drei größten sind MEDLINE , Web of Science und Scopus . Wodurch unterscheiden sich diese drei Datenbanken? Natürlich sind die wichtigsten Zeitschriften in allen drei Datenbanken erfasst. Weniger wichtige Zeitschriften sowie Zeitschriften, die in anderen Sprachen als Englisch erscheinen, werden jedoch möglicherweise nur in einer oder zwei der drei Datenbanken aufgeführt. Die Datenbanken haben unterschiedliche Auswahlkriterien für Zeitschriften (siehe unten), und die Auswahl unterliegt ständigen Änderungen. MEDLINE MEDLINE ist eine nichtkommerzielle Datenbank, die von der US-amerikanischen National Library of Medicine gepflegt wird und die Auswahl der Zeitschriften unter der Aufsicht der NIH erfolgt. MEDLINE und insbesondere ihr Online-Portal PubMed zeichnen sich durch ihren für jedermann freien Zugang aus. Tatsächlich ist PubMed wahrscheinlich die einzige transparente wissenschaftliche Bibliografie-Datenbank, die von jedem kostenlos zur Recherche in der Literatur der Lebenswissenschaften genutzt werden kann. MEDLINE indexiert derzeit 5.620 Zeitschriften.Web of Science Das Web of Science umfasst mehrere Datenbanken, die früher vom Institute of Scientific Information (ISI) verwaltet wurden, bevor es an Thomson Scientific & Healthcare (heute Thomson Reuters ) verkauft wurde. Das ISI wurde von Eugene Garfield gegründet, der als Vater der Bibliometrie und Scientometrie gilt. Das Web of Science indexiert derzeit 13.762 Zeitschriften (zusammengefasst in den Indizes „Arts & Humanities“, „Expanded Science“ und „Social Sciences Citation Index“).Scopus Die andere kommerzielle Zeitschriften-Datenbank ist Scopus , die sich im Besitz von Elsevier befindet, dem größten Verlag für wissenschaftliche Zeitschriften. Scopus ist die größte dieser drei Datenbanken und deckt weitaus mehr Zeitschriften ab als die beiden anderen. Einigen zufolge ist dies auf die etwas locker angewandten Auswahlkriterien für Zeitschriften zurückzuführen ( http://www.issi2015.org/files/downloads/all-papers/1198.pdf) . Es gab auch einige Diskussionen über die Unabhängigkeit der Zeitschriftenauswahl bei kommerziellen Datenbanken. Schließlich kontrollieren laut einer in PlosOne veröffentlichten Studie fünf Unternehmen mehr als die Hälfte des gesamten akademischen Verlagswesens, wobei Elsevier mit einem Marktanteil von etwa 25 % dominiert ( http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0127502) . Scopus indexiert derzeit über 22.000 Zeitschriften. Es wurden Vergleiche zwischen Datenbanken und Zitierzahlen angestellt (z. B. hier ). Eine Datenbank, die ich bisher außer Acht gelassen habe, ist Google Scholar . Auch wenn die freie Zugänglichkeit von Google Scholar und sein breiter angelegter Ansatz zur Messung des Einflusses Vorteile gegenüber Web of Science oder Scopus bieten, ist Google Scholar – ähnlich wie die allgemeine Google-Suchmaschine – nicht sehr offen darüber, welche Zeitschriften und Quellen seine Suche abdeckt. Meiner Meinung nach ist dies ein großer Nachteil, aber andererseits muss Google seinen Algorithmus wahrscheinlich ständig anpassen, um Missbrauch zu vermeiden. Wenn Sie mehr über Google Scholar als Zitationsdatenbank erfahren möchten, empfehle ich diesen Artikel . ZeitschriftenlistenMEDLINE: ftp://ftp.nlm.nih.gov/online/journals/lsi2015.xml,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog?cmd=historysearch&querykey=1 (derzeit indexiert)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog/?term=reportedmedline (alle)Web of Science/Thomson Reuters: http://ip-science.thomsonreuters.com/mjl/Scopus : https://www.elsevier.com/__data/assets/excel_doc/0015/91122/title_list.xlsx Kriterien für die ZeitschriftenauswahlMEDLINE: https://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/jsel.htmlWeb of Science/Thomson Reuters: http://wokinfo.com/essays/journal-selection-process/Scopus : https://www.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0006/95118/SC_FAQ-content-selection-process-22092014.pdf

Die diesjährigen Nobelpreise

Mon, 12 Oct 2015 00:00:00 +0000

Drei der diesjährigen Nobelpreise wurden für Themen verliehen, mit denen wir uns beschäftigen: Den Medizinpreis teilten sich Youyou Tu sowie William Campbell und Satoshi Ōmura. Campbell und Ōmura erhielten ihren Anteil für die Entwicklung eines Antiparasitika, das gegen Fadenwürmer (Nematoden) wirksam ist, die die Ursache für Flussblindheit, lymphatische Filariose und einige andere Krankheiten sind. Nematoden, die Lymphatische Filariose verursachen (wie Brugia malayi), leben im Lymphsystem. Viele Nematoden exprimieren zwar ein VEGF-C-ähnliches Molekül, doch die Funktion dieses parasitären VEGF-C für den Lebenszyklus der Nematoden wurde bislang noch nie untersucht.Den Chemie-Nobelpreis teilten sich Tomas Lindahl, Paul Modrich und Aziz Sancar für ihre mechanistischen Untersuchungen zur DNA-Reparatur geteilt. Wir experimentieren derzeit mit solchen Mechanismen, insbesondere mit der Cytidin-Desaminierung, die wir nutzen, um Mutationen nach Bedarf zu erzeugen. Wenn Cytidin in Uracil umgewandelt wird (was spontan oder enzymvermittelt geschehen kann), entfernt das Enzym Uracil-DNA-Glykosylase (UNG) die Uracil-Base. Anschließend spaltet ein weiteres Enzym (Apurin-Apurimidin-Endonuklease) das Rückgrat 5‘-seitig der abasischen Stelle, und die DNA-Polymerase beta schneidet den abasischen Zucker-Phosphat-Rest heraus und fügt ein Cytosin ein, wodurch der Schaden repariert wird. Der dritte Preis ist der für Wirtschaftswissenschaften, der an Angus Deaton ging. „Er leistete Pionierarbeit bei der Analyse des individuellen dynamischen Konsumverhaltens unter idiosynkratischen Unsicherheiten und Liquiditätsbeschränkungen.“ (aus dem PDF mit Vorabinformationen der Royal Academy. Ich übersetze das frei: Er hat untersucht, wie sich das Ausgabeverhalten von Menschen angesichts unregelmäßiger und unzureichender Einkünfte verändert. Das beschreibt die finanzielle Situation unseres Labors recht gut, und wir beschäftigen uns tatsächlich mit diesem Thema, denn Wissenschaft ohne Geld funktioniert nicht.

Schwieriger Start

Wed, 26 Aug 2015 00:00:00 +0000

UPDATE: Ich habe bei der Akademie nach den Förderquoten für die Akademieprofessuren gefragt, doch gibt es so wenige dieser Stellen, dass sich aus diesen Daten keine verwertbaren Statistiken ableiten lassen. Ich habe von der Akademie eine sehr transparente Antwort erhalten (einschließlich der Zahlen, um die ich gebeten hatte). Die Entscheidung, die Fördermittel für Postdoktoranden vorrangig zu kürzen, war eine bewusste Maßnahme der Akademie, um die Mittel für wettbewerbsfähige Forschung im Rahmen von Projekten und für Akademie-Forschungsstipendiaten zu sichern. Der Trend, Fördermittel von jüngeren auf ältere Forscher zu verlagern, scheint jedoch allgemein zu sein und hält in den USA bereits seit einem halben Jahrhundert an (siehe z. B. hier: http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/ oder hier: http://nexus.od.nih.gov/all/2012/02/13/age-distribution-of-nih-principal-investigators-and-medical-school-faculty/) . Unsere Zukunft hängt von neuen Ideen und Innovationen ab. Ich bin mir nicht sicher, ob es stimmt, dass jüngere Forscher mehr neue Ideen und Innovationen hervorbringen, wie in dem oben genannten Blogbeitrag behauptet wird ( http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/) , aber wenn das der Fall ist, wäre es langfristig eine schlechte Idee, ihnen Mittel zu entziehen. Es wird immer schwieriger, eine von der Finnischen Akademie finanzierte Forschungsstelle zu erhalten. Was mich am meisten beunruhigt, ist die Tatsache, dass sich die Einsparungen auf das „untere“ Ende der akademischen Karriereleiter konzentrieren: Die Erfolgsquote bei Bewerbungen für Postdoktorandenstellen hat sich am stärksten verschlechtert, während die Förderung von Akademieprojekten im Forschungsrat für Gesundheit weitgehend unangetastet blieb. Am vergangenen Dienstag präsentierte die Akademie diese Zahlen bei der „Ask & Apply“-Veranstaltung zur Förderrunde im September an der Medizinischen Fakultät. Auch die Fördermittel für Akademie-Forschungsstipendiaten wurden gekürzt, allerdings in weitaus geringerem Umfang als die für Postdoktoranden. Seltsamerweise fehlt in der Folie die Erfolgsquote bei den Bewerbungen um Akademieprofessuren. Ist dies ein Hinweis auf einen Generationskonflikt, bei dem etablierte Forscher erfolgreich versuchen, die schwindenden Ressourcen für sich selbst zu sichern? Ich müsste die Erfolgsquote bei den Bewerbungen um Akademieprofessuren und die bewilligten Beträge kennen, um Schlussfolgerungen ziehen zu können.

Erkrankungen des Lymphgefäßsystems (Diseases of the Lymphatic System)

Wed, 05 Aug 2015 00:00:00 +0000

Die 6. Auflage des Buches Erkrankungen des Lymphgefäßsystems (Diseases of the Lymphatic System) ist erschienen. Es handelt sich um ein deutschsprachiges Lehrbuch, für das Kenny Mattonet, Jörg Wilting und ich das fünfte Kapitel (Genetische Ursachen des primären Lymphödems) verfasst haben. Hier können Sie es hier herunter, da Amazon immer noch die alte, 5. Auflage verkauft. Wenn ihr einen wirklich guten Grund habt, warum ihr ein Exemplar kostenlos bekommen solltet, schreibt mir eine E-Mail! Ich habe noch ein paar Exemplare.

Neon-Elektroporationsgerät versagt

Tue, 04 Aug 2015 00:00:00 +0000

UPDATE: Wir sind nicht die Einzigen, die versuchen, ihre Betriebskosten zu senken. Dieses Labor hat seine Experimente mit dem Neon-System in Analytic Biochemistry veröffentlicht. Vielen Dank an Joachim Goedhart ( @joachimgoedhart ) für den Hinweis! Das Neon-Transfektionsgerät von Life Technologies (ups, heute Thermo Fischer und früher Invitrogen ) wurde vor etwa fünf Jahren auf den Markt gebracht. Es ist für die einfache Elektroporation von Säugetierzellen konzipiert. Wir verfügen seit 2011 über das Gerät, aber es wurde kaum genutzt. Ich weiß nicht, ob die geringe Akzeptanz an der Benutzerunfreundlichkeit liegt (ich weiß immer noch nicht, wie man die Elektrodenspitze an die Pipette ansetzt, obwohl ich das schon hunderte Male gemacht habe – es ist einfach eine sehr knifflige Mechanik), an den hohen Betriebskosten (für die vergoldeten Einwegelektroden und den proprietären Transfektionspuffer) oder an etwas anderem, das ich nicht herausfinden kann. Es gibt jedoch ein paar Dinge, die ich gerne teilen möchte, da wirklich nützliche Informationen über das Neon-Gerät im Internet rar sind.Das erste Problem, mit dem wir ständig zu kämpfen hatten, waren Luftblasen in der Elektrodenspitze, die zu katastrophal niedrigen Elektroporationseffizienzen führen. Die einzige Möglichkeit, dies wirklich zu verhindern, besteht darin, mindestens 25 % mehr Zellsuspension vorzubereiten, als tatsächlich benötigt wird. Wenn man nur 10 % mehr ansetzt, kommt es bei der letzten Elektroporation aufgrund unvermeidbarer Luftblasen mit Sicherheit zu Lichtbogenbildung (außerdem haftet die Zellsuspension leicht an der Außenseite der Pipettenspitze, was ebenfalls dazu beiträgt, dass man mehr ansetzen muss, als tatsächlich benötigt wird). Infolgedessen ging uns der Elektroporationspuffer R lange vor den Pipettenspitzen aus. Zudem kann man Puffer R nicht separat erwerben. Der Vertreter von Life Technologies, mit dem ich korrespondierte, versprach uns aus Kulanz eine kleine Lieferung Pipettenspitzen und Puffer zu schicken (das war im Januar), aber wir warten immer noch darauf, dass diese eintrifft…Leider ist kürzlich unser altes Elektroporationsgerät Gene Pulser II kaputt gegangen. Bio-Rad repariert es nicht mehr und liefert auch keine Ersatzteile mehr. Es wurde hauptsächlich für die Elektroporation von E. coli verwendet. Ich wusste, dass das Neon-Gerät nicht für die Elektroporation von E. coli ausgelegt ist. Warum nicht und warum kann es nicht für diesen Zweck verwendet werden? Es stellt sich heraus, dass die elektrische Feldstärke für E. coli bei weitem nicht ausreicht (beim BioRad Gene Pulser II wird bei einer typischen bakteriellen Elektroporation ein elektrisches Feld von 12,5 kV/cm erreicht, während das Neon-Gerät gerade einmal etwa 850 V/cm erreicht). Allerdings (so dachte ich), kann das Neon viel längere Impulse erzeugen als der Gene Pulser II (das Neon wird damit beworben, Impulse von bis zu 100 ms liefern zu können, während die typische Impulslänge des Gene Pulser II bei etwa 5 ms liegt). Darüber hinaus kann das Neon automatisch mehrere Impulse abgeben. Deshalb wollte ich testen, ob ein langer und/oder wiederholter Impuls mit geringerer Feldstärke E. coli transformieren kann. Es stellte sich jedoch heraus, dass das Gerät, wenn man Wasser (oder 10 % Glycerin) als Transfektionspuffer für E. coli verwendet (was üblicherweise der Fall ist), meldet, dass die Spitzenelektrode keinen Kontakt herstellt. Dies liegt daran, dass das Gerät durch das Senden eines kleinen Stroms durch das System prüft, ob die Spitze korrekt eingesetzt wurde, und dieser Strom nicht fließt, wenn man E. coli in Wasser resuspendiert hat. Damit das Gerät eine eingesetzte Pipettenspitze als Elektrode „akzeptiert“, benötigt man eine NaCl-Konzentration zwischen 10 und 20 mM. Daher habe ich 15 mM Natriumchlorid als E. coli-Elektroporationspuffer verwendet und die Elektroporationsparameter auf 2500 V und 100 ms eingestellt. Überraschung: Das Gerät weigert sich, einen solchen Impuls abzugeben, da es „Over power limit!“ anzeigt. Die maximale Impulsdauer, die es bei 2500 V liefern kann, beträgt 19 ms. Leider kann selbst dieser Impuls nicht automatisch mehrfach abgegeben werden (wieder: „Over power limit!“). Daher habe ich diesen Impuls manuell zwischen 1 und 20 Mal ausgelöst, aber kein einziges Bakterium hat DNA aufgenommen, und alle Bakterienplatten blieben leer. In der Bedienungsanleitung heißt es: „Das Neon™-Gerät ist so ausgelegt, dass nur bestimmte Werte eingegeben werden können; die Grenzwerte für jeden Wert sind unten aufgeführt. Wenn Ihr Eingabewert den Maximalwert überschreitet, wird eine Fehlermeldung angezeigt. Eingangsspannungsbereich: 500–2.500 V Eingangsimpulsbreitenbereich: 1–100 ms Eingangsimpulsanzahlbereich: 1–10“ Leider kann dies sehr leicht missverstanden werden. Mir war nicht klar, dass man die drei Parameter innerhalb dieser Bereiche nicht beliebig kombinieren kann. Man sollte meinen, dass Life Technologies über bessere technische Redakteure verfügt (aber vielleicht benutzen sie das Gerät ja gar nicht …). Fazit: Das Gerät ist für alles andere als Säugetierzellen völlig unbrauchbar. Auch einige andere interessante Anwendungen (z. B. die Elektroporation von Fadenwürmern oder anderen kleinen Lebewesen) sind schwierig oder unmöglich. Das Gerät mag zwar für viele Säugetierzellen eine gute Wahl sein, ist aber weitaus eingeschränkter als der altbewährte BioRad Gene Pulser II. P.S.: Ich habe die Pipettierstation mit Puffer E befüllt (zur Verwendung mit 10-µl-Spitzen). Allerdings habe ich statt Puffer E auch eine Mischung aus 90 % 150 mM Natriumchlorid und 10 % Glycerin getestet (die mir die gleiche Leitfähigkeit wie Puffer E liefert). Dennoch würde ich wirklich gerne die Zusammensetzung von Puffer R wissen. Warum? Weil ich glaube, dass die Spitzenelektroden öfter als nur zweimal wiederverwendet werden können (andere Hersteller von Pipettenspitzenelektroden werben damit, dass ihre Elektroden viel öfter wiederverwendet werden können (z. B. der BactoZapper , obwohl auch sie keine genauen Zahlen nennen). Im Neon-Handbuch heißt es: „Bei mehr als zweimaligem Gebrauch der Spitzen kann es zur Oxidbildung an der Kolbenoberfläche kommen, was die Elektrodenfunktion des Kolbens beeinträchtigt.“ Die Elektrode ist vergoldet, und Gold sollte widerstandsfähiger gegen Oxidbildung sein als die Edelstahlelektroden des BactoZapper…

Erdbeerfelder für immer

Sun, 02 Aug 2015 00:00:00 +0000

Selten findet man Walderdbeeren in solchen Mengen, dass man literweise pflücken kann, aber diesen Sommer war das der Fall. Ich hoffe, dass die Gentechnik früher oder später diesen wunderbaren Geschmack in die Kulturpflanzen zurückbringen wird, die ihn im Laufe der Jahrhunderte durch die Züchtung auf Größe und Aussehen größtenteils verloren haben. Wenn es soweit ist, vermute ich, dass GVO-Gegner weiterhin die herkömmlichen, GVO- und geschmacksfreien, dafür aber mit Pestiziden überladenen Sorten essen werden (lesen Sie mehr über GVO-Pflanzen). Vorerst müssen wir uns mit den Zuchtsorten begnügen. Zucht-Erdbeeren werden im Supermarkt nach Gewicht verkauft, während sie auf dem Markt nach Liter verkauft werden. Da ich von Natur aus sparsam bin, hat mir das nie gefallen, da es den Preisvergleich erschwert. Angenommen, Erdbeeren lassen sich als gleich große Kugeln betrachten, könnte die maximale theoretische Packdichte 0,74 kg pro Liter (bei regelmäßiger Packung) und 0,63 kg pro Liter (bei zufälliger Packung) betragen. Angenommen, Erdbeeren lassen sich ein wenig zusammendrücken, könnten diese Werte etwas höher ausfallen. Dies wird jedoch wiederum durch die geringe Größe des Messbechers ausgeglichen, wodurch viel Freiraum zwischen den Wänden und den Erdbeeren bleibt. Ich habe einige Male 1 Liter Erdbeeren gekauft und ihr Gewicht gemessen, das im Durchschnitt bei 0,517 kg lag. Nun lautet meine Faustregel: Wenn der Literpreis gleich oder weniger als die Hälfte des Kilogrammpreises beträgt, sollte man nach Liter kaufen. UPDATE: Ich habe nun auch Heidelbeeren gemessen, und diese füllen (aufgrund ihrer geringeren Größe) das von den Marktverkäufern verwendete 1-Liter-Glas besser aus. Ein Liter entspricht ungefähr 0,575 kg. Eine weitere Erkenntnis ist, dass Marktverkäufer einem in der Regel etwas mehr geben. Wenn man einen Liter kauft, erhält man oft 1,05 oder sogar 1,1 Liter. Sind sie großzügig oder reagieren sie nur darauf, dass der Kunde sie beim Wiegen beobachtet?

Die neue finnische Regierung kürzt die Mittel für die Hochschulen um rund 500 Millionen Euro (oder doch nicht?)

Thu, 11 Jun 2015 00:00:00 +0000

UPDATE: Es scheint so, dass einige der Parteivertreter, die als Quelle für die Informationen in diesem Artikel dienten, nicht die offiziellen Standpunkte ihrer jeweiligen Parteien wiedergegeben haben. Mit anderen Worten: Sie haben Unsinn geredet, ohne dazu befugt zu sein. Tatsächlich werden die anstehenden Kürzungen und deren Umfang erst im kommenden Herbst festgelegt.

Lymphangiogenese in Gesundheit und Krankheit

Thu, 11 Jun 2015 00:00:00 +0000

Verfügbare Downloads

Hol dir die Präsentation im PDF-Format.

Download PDF

Helkama Jääkäri – innerhalb der ersten drei Jahre ist alles außer dem Rahmen kaputtgegangen

Thu, 07 May 2015 00:00:00 +0000

Ein letztes Mal muss ich noch über den finnischen Fahrradhersteller Helkama schreiben. Ich besitze das Helkama Jääkäri , ein Fahrrad im Militärstil, das als extrem robust beworben wird. Auf den Rahmen gibt es 25 Jahre Garantie. Allerdings ist so ziemlich alles andere bereits innerhalb der ersten drei Jahre kaputtgegangen, was das gesamte Konzept ad absurdum führt. Bei der diesjährigen Frühjahrsüberholung musste ich drei Teile austauschen: den Ständer, den Sattel und die Klingel. Und ich sehe bereits Anzeichen für zukünftige Probleme … Bei keinem meiner bisherigen Fahrräder sind Sattel oder Ständer so schnell kaputtgegangen. Und das schließt auch billige Fahrräder ein, die nur halb so viel gekostet haben wie das Jääkäri. Anscheinend prüft Helkama seine Zulieferer nicht ausreichend. Das Hinterrad meines Jääkäri musste bereits nach dem ersten Winter ausgetauscht werden und der Gepäckträger inzwischen sogar zweimal. Als er zum dritten Mal kaputtging, habe ich mir nicht einmal die Mühe gemacht, ihn wieder austauschen zu lassen, sondern habe ihn selbst repariert und verstärkt . Ich hoffe wirklich, dass Helkamas Werbung nur eine Lüge ist und dass die finnische Armee dieses Fahrrad nicht einsetzt.

Preis für die beste wissenschaftliche Arbeit

Fri, 01 May 2015 00:00:00 +0000

[

![](/sites/]( http://www.med.helsinki.fi/english/news/2015/20150505_Jeltsch.html)Wir haben den Best Paper Award 2014 von Circulation in der Kategorie Grundlagenforschung gewonnen. Circulation ist die führende kardiologische Fachzeitschrift und das Organ der American Heart Association . Bereits bei der Veröffentlichung der Arbeit (mit dem Titel [/files/files/Jeltsch%20et%20al.%20-%202014%20-%20CCBE1%20Enhances%20Lymphangiogenesis%20via%20A%20Disintegrin.pdf">„CCBE1 Enhances Lymphangiogenesis via A Disintegrin and Metalloprotease With Thrombospondin Motifs-3–Mediated Vascular Endothelial Growth Factor-C Activation“](/sites/<?php print $_SERVER[)), war klar, dass dies unser Verständnis des VEGF-C-Wachstumsfaktors grundlegend veränderte, und der Artikel wurde von Open Heart vorgestellt. Der Artikel liefert mehrere neue Erkenntnisse:

Vielen Dank, Lufthansa!

Thu, 30 Apr 2015 00:00:00 +0000

Am Morgen des 25. September 2014 wartete ich am Flughafen Helsinki darauf, den Lufthansa-Flug LH 855 nach Frankfurt zu besteigen, wo ich auf meinem Weg nach Genua in Italien umsteigen wollte. Ich war eingeladen worden, um um 14:45 Uhr auf dem 40. Kongress der Europäischen Gesellschaft für Lymphologie einen Vortrag zu halten. Ich hatte in Frankfurt nur 1 Stunde und 10 Minuten Umsteigezeit. 1 Stunde und 10 Minuten nach der planmäßigen Abflugzeit hatten ich und einige andere Passagiere es noch nicht geschafft, an Bord zu gehen (es gab ein Startproblem mit ihrem Computersystem, und die Passagiere wurden manuell eingecheckt). Ich erklärte dem Schaltermitarbeiter die Situation, und er sagte, es wäre in dieser Situation absolut kein Problem, eine Rückerstattung zu erhalten, sollte ich mich entscheiden, nicht an Bord zu gehen, da ich keine Chance hätte, meinen Anschlussflug zu erreichen. Anscheinend hatten sie das Flugzeug überbucht, und der Mann, der als Nächster in der Schlange stand, war sehr froh, als ich meinen Platz abtrat. Allerdings hatte der Schaltermitarbeiter Unrecht, als er mir sagte, dass die Rückerstattung ganz einfach sein würde. Tatsächlich habe ich sie zum Zeitpunkt des Verfassens dieses Artikels noch nicht erhalten. Allerdings wurde mir in einem Telefonat von der Lufthansa versichert, dass dies innerhalb der nächsten zwei bis drei Wochen geschehen würde.In ihrem Bestreben, wettbewerbsfähig zu bleiben, hat die Lufthansa ihre Dienstleistungen so stark rationalisiert, dass sie offenbar nicht mehr funktionieren. Mein erster Versuch, eine Rückerstattung zu beantragen, erfolgte auf dem üblichen Weg: online. Als drei Monate lang nichts passiert war, rief ich an. Mehrfach. Meistens wurde die Verbindung unterbrochen, nachdem ich 15 Minuten oder länger in der Warteschlange gestanden hatte. Daraufhin schrieb ich einen Brief an eine Adresse in Großbritannien, die Lufthansa online für Kundenbeschwerden angegeben hatte. Dieser Brief kam nach etwa zwei Monaten mit dem Vermerk „Adresse unbekannt“ zurück. Daraufhin schrieb ich einen weiteren Brief an die neue Adresse (sie hatten es endlich geschafft, ihre Webseiten zu aktualisieren), und nach weiteren paar Wochen erhielt ich diesen Anruf von Lufthansa. Sehr entschuldigend. Das hätte niemals passieren dürfen. Sie schickten mir zwei Flaschen Champagner, die per Kurier ankamen, während ich immer noch auf mein Geld warte. Nächsten Monat fliege ich in die Schweiz zum 41. Kongress der Europäischen Gesellschaft für Lymphologie. Ich fliege mit Finnair.

Erstellen eines Videos aus Webcam-Standbildern mit crontab und ffmpeg

Wed, 29 Apr 2015 00:00:00 +0000

Ich habe eine Webcam, die Bilder aufnimmt, sobald sich etwas in ihrem Sichtfeld bewegt. Diese Bilder werden auf einen FTP-Server hochgeladen. Ich suchte nach einer automatisierten Methode, um aus den Bildern des Vortags eine Videodatei zu erstellen. Schließlich habe ich das folgende Shell-Skript entwickelt, das sich unter /etc/cron.daily befindet:#!/bin/sh## Cron-Skript zur Erstellung eines Films aus Webcam-Standbildern## Die Webcam speichert die Bilder des gesamten Tages in einem Ordner mit dem Datum. Hiermit wird der Zielordner erstellt.foldername=/home/ftpuser/labcam/$(date -d "-1 days" +%Y%m%d)echo $foldername# Hiermit werden die Bilder in 1.jpg, 2.jpg usw. umbenannt. Dies ist notwendig, damit ffmpeg sie erkennt. counter=1for i in $foldername/*.jpg; do new=$foldername/$counter.jpg echo $new cmd='mv $i $new' eval $cmd counter=$((counter+1))done# Dies führt die eigentliche Konvertierung durchffmpeg -f image2 -framerate 25 -i $foldername/%d.jpg -c:v libx264 $foldername/out25.mp4# Und dies entfernt die JPG-Dateien aus dem Zielordner (um Speicherplatz zu sparen)cmd2='rm '$foldername'/*.jpg'eval $cmd2

Folgen Sie uns auf Google+ und unterstützen Sie die Krebsforschung!

Fri, 17 Apr 2015 00:00:00 +0000

Hiermit möchte ich euch alle einladen, den neuen Google+-Seiten meines Labors zu folgen. Das ist eure Chance, die Krebsforschung zu unterstützen. Um uns zu folgen, benötigt ihr ein Google+-Konto: https://plus.google.com/101997423182393816561

Wissenschaftliche Artikel auf Deutsch schreiben – reine Zeitverschwendung?

Wed, 08 Apr 2015 00:00:00 +0000

Es mag uns seltsam erscheinen, aber vor hundert Jahren war Deutsch die Lingua franca der Wissenschaft. Obwohl mich mein ehemaliger Chef Kari Alitalo gewarnt hatte, schrieb ich 2013 einen zweiteiligen Übersichtsartikel über Lymphangiogenese auf Deutsch und war schockiert, als ich feststellte, dass er seitdem überhaupt nicht zitiert worden war. Um ihn einem breiteren Publikum zugänglich zu machen, haben wir ihn nun ins Englische übersetzt. Angesichts der Tatsache, dass ein Artikel im Durchschnitt insgesamt etwa vier Zitate erhält, müssen wir nur fünfmal zitiert werden, um über dem Durchschnitt zu liegen…

Qualitätsprobleme bei Helkama

Sun, 25 Jan 2015 00:00:00 +0000

Dieser Beitrag ist eine Fortsetzung meines Beitrags von vor zwei Jahren über meine Probleme mit meinem miitlerweile nicht mehr ganz so neuem Helkama Jääkäri-Fahrrad . Im Dezember ist der dritte Gepäckträger kaputt gegangen. Obwohl der Kundenservice einwandfrei funktioniert hat und mir einen Ersatz angeboten hat (obwohl die Garantie schon längst abgelaufen ist), wird mein nächstes Fahrrad wahrscheinlich keins von Helkama sein. Im vergangenen Dezember ist der dritte Gepäckträger kaputtgegangen. Auch diesen hatte ich als kostenlosen Ersatz erhalten, aber es ist ärgerlich, wenn er kaputtgeht, auch wenn der Austausch nur etwa 10 Minuten dauert. Er wird nicht besonders stark beansprucht: Die Sachen, die ich darauf transportiere, wiegen etwa 2–3 kg, aber anscheinend sind die geschweißten bzw. gelöteten Verbindungen schlecht gemacht. Helkama weiss, dass es ein Qualitätsproblem mit seinen Gepäckträgern gibt; ein Korrosions- bzw. Ermüdungsbruch nach nur wenigen Monaten ist ein Qualitätsproblem. Als ich um den zweiten Ersatzträger bat, teilte mir der Kundendienst mit, dass man versuche, einen geeigneten Ersatz für den Zulieferer zu finden, der diese Gepäckträger herstellt. Dieses Mal habe ich beschlossen, den Gepäckträger zu reparieren, anstatt einen weiteren Ersatz anzufordern – das hat weniger Zeit in Anspruch genommen und wird wahrscheinlich länger halten. Ich weiß nicht, ob sie ihren Zulieferer gewechselt haben. Sollte meine eigene Reparatur kaputtgehen, habe ich immer noch zwei alte, defekte Gepäckträger, die ich reparieren kann…

Luftbefeuchter

Sat, 24 Jan 2015 00:00:00 +0000

Was ist die optimale relative Luftfeuchtigkeit (RH) für den Menschen? Die Meinungen gehen auseinander, doch bei den meisten Schätzungen zur „optimalen“ relativen Luftfeuchtigkeit in Innenräumen geht es in erster Linie um das Haus und nicht um die Menschen, die darin leben. Die für die menschliche Gesundheit optimalen Werte liegen zwischen 40 und 70 % ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1474709) . Die Luftfeuchtigkeit in einem Regenwald fällt nie unter 80 %, und selbst in der Savanne liegt die relative Luftfeuchtigkeit meist über 50 %, falls dies als Anhaltspunkt dafür dienen kann, an welche relative Luftfeuchtigkeit sich der Mensch angepasst hat. Meistens setzen Menschen jedoch Luftbefeuchter ein, wenn sie Symptome bemerken, und die Anforderungen zur Linderung dieser Symptome können sich von denen gesunder Menschen unterscheiden. Anekdotischen Berichten zufolge verschwinden manche Hustenarten erst unter einer heißen Dusche bei über 37 °C, wo die relative Luftfeuchtigkeit nahe bei 100 % liegt. Unter diesen Bedingungen kondensiert wahrscheinlich Wasser in den Atemwegen, wodurch der Schleim verdünnt wird, was zu einer besseren Entfernung von Fremdkörpern und einem verringerten postnasalen Tropf* führt. Es gibt jedoch Hinweise darauf, dass nicht alle Infektionen der Atemwege von einer höheren Luftfeuchtigkeit profitieren, z. B. Krupp (finnisch: kurkunpääntulehdus) scheint von der Luftfeuchtigkeit unbeeinflusst zu sein, obwohl lange Zeit das Gegenteil angenommen wurde ( http://www.cjem-online.ca/v6/n5/p357 versus http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1906598) . Interessanterweise scheint die Verwendung sowohl von Luftbefeuchtern als auch von Luftentfeuchtern positiv mit Asthma im Kindesalter assoziiert zu sein ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2966669) , was auf ein hygienisches Problem mit solchen Geräten im Allgemeinen hindeuten könnte. Auch bei Asthma ist eine zu hohe Luftfeuchtigkeit kontraindiziert, obwohl diese Empfehlung offenbar hauptsächlich auf dem indirekten Effekt durch vermehrten Schimmel- und Milbenbefall oder bakterielle Kontamination beruht. Ich konnte kaum Belege für eine direkte negative Auswirkung hoher relativer Luftfeuchtigkeit auf Asthma finden, und einige Asthmaexperten haben nichts gegen eine angemessene Erhöhung der relativen Luftfeuchtigkeit mittels eines Luftbefeuchters einzuwenden, vorausgesetzt, das Gerät wird sauber gehalten und die Luftfeuchtigkeit bleibt innerhalb sicherer Grenzen, um sicherzustellen, dass sie nicht zu einer erhöhten Allergenexposition beiträgt (z. B. http://asthma.ca/corp/services/pdf/asthma_humidifiers_vaporizers2_eng.pdf) . Weitere Informationen zum Zusammenhang zwischen relativer Luftfeuchtigkeit und Asthma finden Sie unter https://books.google.fi/books?id=ehuYVX2-hWYC&num=10.The . Ein Problem bei relativen Luftfeuchtigkeiten zwischen 40 und 70 % ist, dass sie das Schimmelwachstum begünstigen können. Die Situation ist jedoch etwas kompliziert. Selbst eine relative Luftfeuchtigkeit von 70 % ist kein großes Problem, wenn keine Temperaturunterschiede zwischen Innen- und Außenbereich bestehen. Schimmel benötigt Wasser zum Wachsen, und Wasser kondensiert, wenn die relative Luftfeuchtigkeit 100 % erreicht. Bei relativen Luftfeuchtigkeiten von 40–70 % geschieht dies, wenn kalte Oberflächen auf warme Luft treffen (Fenster, Außenwände). Wenn diese Kondensationszone die Feuchtigkeit weder puffern (falsches Material) noch ableiten kann (luftdichte Materialien), entsteht ein Problem (siehe z. B. http://www.hs.fi/kotimaa/a1416111843440 , Artikel auf Finnisch). Daher ist Schimmel in Innenräumen in kälteren Klimazonen ein größeres Problem, und die „optimale“ Luftfeuchtigkeit für das Haus variiert von Saison zu Saison, wobei sie in der kalten Jahreszeit am niedrigsten ist. In Ländern mit kalten Wintern kann bereits eine niedrige relative Luftfeuchtigkeit Schimmelbildung begünstigen. Bei -30 °C wird empfohlen, dass die relative Luftfeuchtigkeit nicht über 15 % liegt. Das ist ein so niedriger Wert, dass vermutlich sogar ansonsten gesunde Menschen gesundheitliche Probleme bekommen*. Schätzungen zufolge haben etwa 20 % aller Gebäude in Finnland ein Schimmelproblem ( http://uutiset.hometalkoot.fi/component/dpcontentplugin/files/download/20/Kosteus-%20ja%20hometalkoot%20toimenpideohjelma.pdf , Artikel auf Finnisch).Aus diesem Grund wird in finnischen Gebäuden heutzutage meist eine Zwangsbelüftung eingesetzt, um sicherzustellen, dass ständig trockene Luft durch alle Räume geblasen wird. Wenn die Temperatur auf -20 °C oder darunter sinkt, kann die relative Luftfeuchtigkeit in Innenräumen auf bis zu 15 % fallen. Das ist so niedrig, dass die meisten Menschen über Atemwegsbeschwerden und trockene, rissige Haut klagen. Also machen sie sich auf den Weg, um einen Luftbefeuchter zu kaufen. Aber bringen diese wirklich etwas? Auf dem Markt gibt es hauptsächlich zwei verschiedene Arten von Luftbefeuchtern für den Hausgebrauch: solche, die Wasser durch Erhitzen verdampfen, und solche, die mittels Ultraschall einen Wassernebel erzeugen ( http://en.wikipedia.org/wiki/Humidifier) . Ich fand den Heiztyp völlig nutzlos: Um eine spürbare Erhöhung der Luftfeuchtigkeit zu erreichen (von den typischen winterlichen 30 % oder weniger in finnischen Wohnungen auf einen Wert über 40 %), musste ich die Luftwechselrate verringern, indem ich die Lüftungsschlitze, die Luft in den Raum blasen, teilweise blockierte, etwa so: . Dadurch wurde es im Raum unerträglich heiß, da der Luftbefeuchter nicht nur Wasser verdunstet, sondern auch als recht effizientes Heizelement fungiert (Ich habe den UFOX 3S ausprobiert: http://www.ufox.fi/ilmankostuttimet mit einer Leistung von 165 W, der bis zu 150 ml pro Stunde verdampfen kann. Die einzige Alternative war also ein Ultraschall-Verdampfer. Wie gut sie die relative Luftfeuchtigkeit erhöhen, hängt hauptsächlich von der Luftwechselrate (ACH, http://en.wikipedia.org/wiki/Air_changes_per_hour , auf Finnisch „ilmanvaihtokerroin“) ab. Das ist eine Zahl, die angibt, wie viele Kubikmeter Luft pro Stunde pro Kubikmeter Raumvolumen ausgetauscht werden (m³/h/m³). Hier in Finnland gibt es eine Vorschrift, wonach dieser Wert mindestens 0,5 betragen muss, doch in der Regel liegen die tatsächlichen Werte in Wohnhäusern heutzutage weit darüber. Im Zusammenhang mit diesem Mindestwert werden jedoch meist die gesundheitlichen Auswirkungen auf die Bewohner diskutiert (Radon, Ausgasungen aus Möbeln usw.), nicht aber die Auswirkungen auf das Gebäude (siehe z. B. hier: https://www.rakennustieto.fi/Downloads/RK/RK070304.pdf , Artikel auf Finnisch).Ich habe eine grobe Berechnung angestellt, wie viel Wasserverdunstung erforderlich ist, um die relative Luftfeuchtigkeit in einem kleinen Raum über 40 % zu halten, und diese Werte dann mit meinen Beobachtungen verglichen, als wir den Luftbefeuchter im Zimmer meiner Tochter einsetzten, um ihren nächtlichen Husten zu lindern. Die Datenpunkte:

Resistenz gegen Streptomycin und Spectinomycin

Sun, 11 Jan 2015 00:00:00 +0000

Viele cDNA-Klone aus der ORFeome-Gensammlung liegen im Plasmid pENTR223.1* vor. Um diese Klone zu züchten, verwenden die meisten Forscher Spectinomycin, da das Antibiotikaresistenzgen in den Karten der ORFeome-Kollaboration so bezeichnet wird und dies im Protokoll vorgeschrieben ist. Ein genauer Blick in die Literatur zeigt jedoch, dass derselbe Selektionsmarker mit Streptomycin ebenso gut funktionieren sollte. Nun, worin besteht der Unterschied? Hauptsächlich der Preis: Während 5 Gramm Spectinomycin von Sigma hier in Finnland 112,7 € kosten (Sigma 85555-5G) , kostet die gleiche Menge Streptomycin nur 17,80 €, also mehr als sechsmal weniger (Sigma S6501-5G) .Das Resistenzgen in pENTR223.1 ist das Aminoglykosid-Adenylyltransferase-Gen aadA (Streptomycin-3’’(9)-O-Nukleotidyltransferase; Aminoglykosid-3"-Adenylyltransferase (AAD(3”)(9); ANT(3”)(9)), das Resistenz sowohl gegen Spectinomycin als auch gegen Streptomycin verleiht. Es gibt jedoch verwandte Aminoglykosid-Adenylyltransferasen, die keine Resistenz gegen beide Antibiotika verleihen, sondern nur gegen das eine oder das andere. Daher müssen Sie genau wissen, welches Spektinomycin-Resistenzgen Ihr Plasmid trägt, wenn Sie Spektinomycin durch das kostengünstigere Streptomycin ersetzen möchten. Plasmidkarten sind oft nicht hilfreich: Ich habe gesehen, dass das aadA-Gen in pENTR223.1 mit SmR (Streptomycin-Resistenz, wie in SnapGene) oder SpnR (Spectinomycin-Resistenz, wie in den Karten aus der ORFeome-Sammlung) annotiert ist.Um experimentell zu prüfen, ob pENTR223.1 eine Resistenz gegen beide Antibiotika aufweist, habe ich ein Insert-haltiges pENTR223.1-Plasmid in 100 µg/ml Spectinomycin und 100 µg/ml Streptomycin gezüchtet, und es wuchs unter beiden Bedingungen gut, während der untransformierte E. coli-Elternstamm (NEB5-alpha) in keinem der beiden Medien wuchs. Allerdings sind die Unterschiede nicht immer eindeutig, wenn man verschiedene Konzentrationen dieser Antibiotika betrachtet. Aminoglykosid-Adenylyltransferasen, die Streptomycin/Spectinomycin inaktivieren, weisen bevorzugte, aber keine ausschließliche Substratspezifität auf. Das bedeutet, dass eine gewisse Resistenz gegen eine niedrige Streptomycin-Konzentration durch die Aminoglykosid-Adenylyltransferase vermittelt werden kann, die in erster Linie auf Spectinomycin abzielt (oder umgekehrt). In der Praxis sind einige von ihnen jedoch so exklusiv, dass es gerechtfertigt ist, sie entweder als SmR oder als SpnR einzustufen. Wenn Sie es wissen möchten, können Sie es jederzeit ausprobieren… Eine weitere Erkenntnis dabei war, dass der Negativselektionsmarker ccdB in XL1 Blue NICHT funktioniert, während er in NEB5-alpha sehr wohl funktioniert. Anscheinend funktioniert ccdB auch nicht in DH5alpha und JM109 (was ist der Unterschied zwischen DH5alpha und NEB5alpha?).* pENTR-223.1 wird aufgrund der beiden SfiI-Schnittstellen, die das Insert flankieren, auch als pDONR-223.1 oder pENTR223.1-Sfi bezeichnet. Man neigt dazu, das Plasmid vor dem Einbau der cDNA als pDONR und nach dem Einbau der cDNA als pENTR zu bezeichnen. Diese Namensgebung ist jedoch nicht überall einheitlich. Nach dem Einbau des Inserts (mithilfe der Gateway-BP-Reaktion) verliert der Vektor pDONR223.1 die Selektionsmarker ccdB und chlR/CmR, und das resultierende Backbone wird meist als pENTR223.1 bezeichnet.

Labor-Kamera

Fri, 02 Jan 2015 00:00:00 +0000

2-wöchiger Laborkurs

Tue, 30 Dec 2014 00:00:00 +0000

Ich hatte keine Ahnung, wie viel Arbeit es macht, einen praktischen Laborkurs zu organisieren. Hätte ich das gewusst, hätte Pirjo es viel schwerer gehabt, mich davon zu überzeugen, diesen Kurs für das DPBM-Graduiertenkolleg zu veranstalten. Kari hatte mich gewarnt… Der dazugehörige Vorlesungskurs hatte von September bis November stattgefunden. Der Praktikumskurs war mit 16 freien Plätzen ausgeschrieben worden, doch das war völlig unrealistisch, da wir auf meine 23,7 Quadratmeter Laborfläche beschränkt waren. Es gibt zwar Lehrlaborräume, aber ohne die Ausrüstung und die gesamte sonstige Infrastruktur, die für ein solches Vorhaben erforderlich ist. Acht Personen hatten sich für den Praktikumskurs angemeldet, und – glücklicherweise – sprang die Hälfte davon in letzter Minute ab, da sie sich der hohen Arbeitsbelastung, die der Kurs erforderte, nicht in ausreichendem Maße widmen konnten. So blieben schließlich vier Studierende und drei Projekte übrig. Mit mehr hätten wir es auf keinen Fall geschafft. Die Idee war, jedem Teilnehmer die Möglichkeit zu bieten, sein eigenes Projekt zur DNA-Klonierung und Proteinexpression zu realisieren – etwas, das für sein eigenes Promotionsstudium relevant wäre. Zu diesem Zweck hatte ich einen Monat im Voraus Besprechungen mit den drei Gruppen, um die Klonierung zu planen und die notwendigen Materialien zu bestellen. Wir arbeiteten parallel an den folgenden drei Projekten:

Das Auto ist in der Garage

Tue, 30 Dec 2014 00:00:00 +0000

Endlich ist Claudias Auto ist in unserer beheizten Garage. Nachdem ich die Hälfte unseres Krams aus Wohnung und Keller in die Garage verfrachtet hatte, erschien es fraglich, ob ein Auto überhaupt noch reinpassen würde. Viele zusätzliche Regale hab ich installiert mein und Marzenas Fahrrad in den gemeinsamen Fahrradkeller des Hauses verbannt. Die anderen 7 Fahrräder und Fahrradanhänger hab ich an Haken entlang der Garagenwand gehängt. Tobias 3,5 Meter lange Kartonrakete haben wir dicht unter deie Garagendecke gehängt. Dann hab Ich das Auto blind reingefahren, denn das Auto war so schlimm eingeschneit und vereist, dass ich und Tobias trotz durch halbstündigen Kratzens kaum ein freies Sichtfenster in die Windschutzscheibe bekamen; Schnee und die Kälte waren nämlich hier in Helsinki zusammen mit der Wintersonnenwende angekommen.

25 Jahre später

Fri, 14 Nov 2014 00:00:00 +0000

Das sind nicht alle Fotos. Einige Schwarzweiss-Portraits und andere interessante Negative warten noch darauf, wiederentdeckt und eingescannt zu werden…

SnapGene herunterladen

Fri, 31 Oct 2014 00:00:00 +0000

Einen Registrierungscode (der bis Ende 2014 gültig ist) erhalten Sie vom Kursveranstalter.

38. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Lymphologie

Sun, 05 Oct 2014 00:00:00 +0000

Ich habe am 38. Kongress der Deutschen Lymphologischen Gesellschaft ( http://www.dglymph.de/ ) in Halle (Saale) teilgenommen. Die Tagung war sehr erfrischend und interessant: Sie unterschied sich deutlich von den Tagungen, an denen ich normalerweise teilnehme, da der Schwerpunkt auf den praktischen Aspekten der klinischen und ambulanten Behandlung von Erkrankungen des Lymphsystems lag. Da es sich bei meinem Vortrag um einen Einführungsvortrag zur Lymphangiogenese-Forschung handelte, enthielt er keine unveröffentlichten Daten, weshalb ich ihn zum Download zur Verfügung stelle. Die Folien sind jedoch auf Deutsch und erfordern – je nach Zielgruppe – möglicherweise einige Erläuterungen. Der Vortrag ist eine chronologische Übersicht über die wichtigen Veröffentlichungen auf dem Gebiet der Lymphangiogenese-Forschung seit etwa 20 Jahren; dabei liegt der Schwerpunkt stark auf meiner eigenen Arbeit und auf Arbeiten, an denen ich beteiligt war.

Neue Mechanismen der Lymphangiogenese und des Lymphödems

Fri, 26 Sep 2014 00:00:00 +0000

Hier ist die Präsentation, die ich nicht halten konnte, da mein Zeitplan zu eng war, um eine Verspätung von 1 Stunde und 20 Minuten zu verkraften. Falls Sie Fragen zum Vortrag haben, wenden Sie sich bitte per E-Mail an: michael@jeltsch.org.My Der Lufthansa-Flug LH855 von Helsinki nach Frankfurt hatte eine Verspätung von 1 Stunde und 20 Minuten. Da ich auf dem Weg zum 40. Kongress der Europäischen Gesellschaft für Lymphologie in Genua/Italien in Frankfurt nur 1 Stunde und 15 Minuten Zeit für den Flugwechsel hatte, bin ich gar nicht erst an Bord gegangen und habe meinen Vortrag stattdessen abgesagt. Da ich am Samstag einen weiteren Termin in Deutschland habe, hatte ich den Rückflug für Freitag früh morgens geplant und konnte meinen Vortrag daher auch nicht verschieben. Nächstes Mal werde ich klüger sein.

Praktische Molekularbiologie und Gentechnik

Mon, 08 Sep 2014 00:00:00 +0000

Sammlung der Präsentationsfolien für den DPBM -Kurs Praktische Molekularbiologie und Gentechnik . Für jede Vorlesung liegen Dateien in (mindestens) zwei verschiedenen Formaten vor: PDF und ODP (Open Document Presentation). Die ODP-Datei lässt sich mit der Software LibreOffice bearbeiten. Wenn Sie sie mit Microsoft Office öffnen möchten, müssen Sie sie zunächst entweder mit LibreOffice oder einem Online-Konvertierungstool (wie cloudconvert ) konvertieren. Das gesamte Material steht unter der Creative-Commons-Lizenz zur Verfügung. Möglicherweise werde ich später auf Grundlage des Feedbacks der Teilnehmer verbesserte Versionen der Vorlesungsfolien hinzufügen. Die Folie über Restriktionsenzyme (REs) und die Berechnung der erforderlichen RE-Mengen zum Verdauen einer bestimmten DNA-Menge befindet sich in der Datei zu Vorlesung 1.

Ubuntu wird langsam unbrauchbar

Mon, 01 Sep 2014 00:00:00 +0000

Der Standard-Dokumentenbetrachter in Ubuntu 14.04 ist Evince. Seit Kurzem treten dabei Probleme mit vielen PDF-Dateien auf, die von anderen PDF-Betrachtern (Okular, Acroread) problemlos geöffnet werden. Evince öffnet sie zwar, aber das Fenster bleibt unsichtbar. Ich habe versucht, den PDF-Viewer zu wechseln, aber Ubuntu hat in Version 14.04 offenbar alle Möglichkeiten dazu entfernt – es sei denn, man greift auf die Befehlszeile zurück und bearbeitet die Konfigurationsdateien manuell: Was für ein Fortschritt! In früheren Versionen des Dateimanagers war es möglich, mit der rechten Maustaste auf eine Datei zu klicken und nach Auswahl von „Öffnen mit“ > „Andere Anwendung“ die Option „Als Standard festlegen“ zu wählen. Jetzt ist die einzige Möglichkeit, dies zu tun, die Datei ~/.local/share/applications/mimeapps.list zu bearbeiten und [Default Applications]application/pdf=evince.desktop durch [Default Applications]application/pdf=kde4-okularApplication_pdf.desktop; zu ersetzen.`. Ich glaube, es ist an der Zeit, wieder zu OpenSuSE zu wechseln…

Es ist vollbracht

Sat, 30 Aug 2014 00:00:00 +0000

Nach einem Jahr des Sammelns von Teilen und des Zusammenbaus haben Tobias und ich heute die „Millennium Falcon Ultimate Collector’s Edition“ (LEGO-Set 10179, http://brickset.com/sets/10179-1/Ultimate-Collector-s-Millennium-Falcon ) fertiggestellt. Diese Version des Millennium Falcon wird nicht mehr verkauft, und gebrauchte Sets werden auf eBay zu wahnsinnigen Preisen gehandelt. Wir haben die benötigten Steine aus zwei anderen Star-Wars-Modellen entnommen: dem Todesstern (LEGO-Set 10188, http://brickset.com/sets/10188-1/Death-Star ) und dem Super-Sternenzerstörer (LEGO-Set 10221-1, http://brickset.com/sets/10221-1/Super-Star-Destroyer).Allerdings mussten wir eine beträchtliche Menge fehlender Teile zusammenstellen, von denen wir viele gebraucht über die lokale finnische Online-Auktionsseite http://huuto.net oder über BrickLink ( http://www.bricklink.com ), eine Art „spezialisiertes eBay“ für LEGO-Teile, gekauft haben. Am schwierigsten zu finden waren die beiden hellblaugrauen „Boat Mast Rigging Long 28 x 4“ ( http://www.bricklink.com/search.asp?itemID=56261&colorID=86) , die derzeit bei BrickLink für nicht weniger als 100 € pro Stück verkauft werden. Diese Teile haben wir natürlich nicht bekommen. Allerdings verkauft LEGO die schwarze Version dieses Teils weiterhin als Ersatzteil, und Tobias’ Mentor hat sich die Mühe gemacht, diese zu besorgen und grau zu lackieren; vielen Dank, Clemens!

Ein bisschen mit CSL herumspielen

Wed, 06 Aug 2014 00:00:00 +0000

Beim Verfassen von Manuskripten und Förderanträgen muss man das Literaturverzeichnis immer wieder aktualisieren. Dafür sind Literaturverwaltungssysteme da. Es gibt viele davon (siehe http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software) . Ich habe bisher hauptsächlich EndNote, Bibus oder Zotero ( http://www.zotero.org ) verwendet, das ich auch derzeit nutze. Es hat den Vorteil, dass es wirklich plattformübergreifend und Open-Source ist und sowohl mit LibreOffice als auch mit Microsoft Office kompatibel ist. In der Vergangenheit habe ich auch für kurze Zeit Papers (von Mekentosj, die behaupteten, sie würden NIEMALS eine Windows-Version herausbringen), Bookends, Mendeley und RefWorks (das von meiner Universität lizenziert ist) verwendet. Keines dieser Programme ist perfekt, und selbst das kommerziellste unter ihnen (Endnote, das mittlerweile zu Thomson Reuters gehört) hat eines meiner (MS Word-)Manuskripte bei einem Absturz komplett zerstört. Einige dieser Programme speichern die Formatierungsanweisungen für Inline-Zitate und das Literaturverzeichnis im sogenannten CSL (Citation Style Language, eine XML-ähnliche Sprache, http://en.wikipedia.org/wiki/Citation_Style_Language).Allerdings konnte ich keinen einfachen Editor für CSL finden: Der in Zotero integrierte ist nicht besonders gut, ebenso wenig wie der Online-CSL-Editor ( http://editor.citationstyles.org/visualEditor).Ich brauchte jedoch eine Möglichkeit, meine eigenen veröffentlichten Artikel schnell zu exportieren, um ein „Verzeichnis der Veröffentlichungen“ für Förderanträge zu erstellen. Daher habe ich in Zotero eine Gruppe angelegt und alle meine eigenen Veröffentlichungen dieser Gruppe hinzugefügt. Nun markiere ich sie alle, klicke mit der rechten Maustaste und wähle „Literaturverzeichnis aus Elementen erstellen“. Im sich öffnenden Dialog wähle ich den Stil aus und aktiviere die Optionsfelder „Literaturverzeichnis“ und „In die Zwischenablage kopieren“. Zurück in meinem Textverarbeitungsprogramm muss ich nur noch den Inhalt der Zwischenablage einfügen, und der Großteil der Arbeit ist erledigt. Da ich jedoch keinen passenden Stil dafür finden konnte, habe ich selbst einen erstellt (der auf dem Vancouver-Stil basiert). Ihr könnt ihn gerne verwenden…

Von den molekularbiologischen Grundlagen zu ursächlichen Behandlungsmöglichkeiten der Krankheiten des Lymphsystems

Tue, 22 Jul 2014 00:00:00 +0000

PD Dr. Michael Jeltsch, Universität Helsinki, Finnland

Die Erforschung der molekularen Grundlagen der Lymphangiogenese in Embryonalentwicklung und pathologischen Prozessen haben zu einer rapiden Vermehrung unseres Wissens geführt (Krebs and Jeltsch 2013a, 2013b). Die molekularbiologische Ära der Lymphforschung begann mit der Entdeckung der VEGF-Wachstumsfaktoren und deren Rezeptoren vor 25 Jahren. Auf diesen Molekülen liegt daher der Schwerpunkt dieser Übersicht.

Wo befindet sich der Skriptordner von Nautilus unter Ubuntu 14.04?

Thu, 26 Jun 2014 00:00:00 +0000

Nach dem Upgrade von Ubuntu 12.04 auf 14.04 funktionierten meine Nautilus-Skripte nicht mehr. Der Grund: In 14.04 werden sie von einem anderen Speicherort abgerufen. In 12.04 befanden sie sich früher in ~/.gnome2/nautilus-scripts, jetzt befinden sie sich jedoch in ~/.local/share/nautilus/scripts. Ich glaube, der obige Link wurde noch nicht aktualisiert, um den neuen Speicherort widerzuspiegeln.

Die Argumente gegen FastDigest®

Wed, 25 Jun 2014 00:00:00 +0000

Restriktionsenzyme sind nach wie vor wichtig

Im Jahr 2006 brachte das innovative litauische Biotech-Unternehmen Fermentas eine neue Produktlinie für Forscher im Bereich der Molekularbiologie auf den Markt: die FastDigest-Restriktionsenzyme. Zusammen mit der Polymerasekettenreaktion (PCR) sind Restriktionsenzyme (REs) wohl die wichtigsten Werkzeuge der Molekularbiologie. Sie ermöglichten Anfang der 1970er Jahre die Entwicklung der rekombinanten DNA-Technologie. Bis sich jedes Labor einen zuverlässigen DNA-Laserdrucker leisten kann (was wahrscheinlich noch ein Jahrzehnt dauern wird), sind Restriktionsenzyme die Werkzeuge des Handwerks. Neuartige Klonierungstechniken (wie In-Fusion , Gibson-Assembly oder SLICE ) haben zwar ihre Berechtigung, lassen jedoch die Robustheit der traditionellen Restriktionsenzym-Klonierung vermissen.

Was durch das Maverick-Upgrade kaputt gegangen ist

Tue, 24 Jun 2014 00:00:00 +0000

Mein 1,5 Jahre altes MacBook Pro fing an, Probleme zu machen – unter anderem konnte es den Startvorgang nicht abschließen und zeigte weitere Unregelmäßigkeiten. Der Techniker vom Computer-Support schlug vor, ein Upgrade von Mountain Lion auf Mavericks durchzuführen, um zu sehen, ob das die Probleme beheben würde. Zunächst schien das zu funktionieren; allerdings lassen sich viele Programme unter Mavericks nicht mehr ausführen. Dazu gehören: Gnumeric und (vor allem) NFS. Es scheint, als sei das Einbinden von NFS über den Finder nicht mehr möglich. Allerdings kann ich es immer noch über die Befehlszeile tun (mit der Option „resvport“, die eigentlich nicht notwendig sein sollte, aber dennoch den gewünschten Effekt erzielt): sudo mount -o resvport -t nfs mcblserver:/var/www /Users/mjeltsch/nfs Und was Gnumeric betrifft: Ich schätze, ich muss es für Maverick selbst neu kompilieren…

Posterdruck ohne A0-Drucker

Thu, 15 May 2014 00:00:00 +0000

Ich habe es nicht geschafft, mein Poster für die GRC-Konferenz zu molekularen Mechanismen der Lymphfunktion und -erkrankungen rechtzeitig fertigzustellen. Der A0-Drucker von UNIGRAFIA steht am Wochenende nicht zur Verfügung. Daher blieb mir nichts anderes übrig, als es auf A3 auszudrucken und zusammenzuheften. Ein klarer Vorteil ist, dass ich nicht mit diesen lächerlich großen Posterrollen herumlaufen muss, die einen schon aus einer halben Meile Entfernung als Wissenschafts-Nerd entlarven. Leider ist die einzige Anwendung, die eine DIN-A0-PDF-Datei beim Drucken im Handumdrehen ordentlich in einzelne Seiten aufteilen kann, die Vollversion von Acrobat. Ich habe andere Optionen ausprobiert: pdfposter hat seine Aufgabe recht gut erfüllt, kam aber mit dem Hintergrund nicht zurecht: pdfposter -mA3 -pA0 input.pdf output.pdf Pdfposter erzeugt zudem keine Überlappungen. Eine Lösung, die immer funktionieren sollte, besteht darin, die PDF-Datei in ein Bild zu konvertieren (convert -density 150 input.pdf output.png) und dann mit PosteRazor aus diesem Bild einzelne PDF-Dateien zu erstellen. Allerdings kann die Konvertierung einer A0-PDF-Datei in ein hochauflösendes Bild Stunden dauern. Verwende eine PNG-Datei! PosteRazor weigerte sich, eine 60-MB-TIF-Datei zu verarbeiten. Bei der Konvertierung des Hintergrundverlaufs entstehen sichtbare Farbstufen. Um dies zu vermeiden, müsstest du den Hintergrundverlauf als Bild statt als Vektorelement definieren. Ansonsten funktionierte PosteRazor gut; anders als bei „pdfposter“ kann man dort Überlappungen für den Zusammenschnitt festlegen. Ich habe Inkscape zur Erstellung meines Posters verwendet und exportiere es normalerweise von dort als PDF-Datei. Dies funktionierte dieses Mal jedoch nicht, da das Programm während des Exports immer wieder abstürzte. Daher habe ich versucht, es als Encapsulated PostScript-Datei zu speichern und daraus ein PDF zu erstellen. Beim Export aus Inkscape (eigentlich „Speichern unter“) habe ich folgende Optionen ausgewählt:PostScript Level 3Rasterisierung von Filtereffekten: jaAuflösung für die Rasterisierung: zwischen 150 und 300Exportbereich ist Seite: jaNach der Konvertierung habe ich die Datei in Acrobat Pro mit den folgenden Optionen gedruckt: Seiteneinrichtung: DIN A3, HochformatSeitenskalierung: Große Seiten kachelnBei einem Kachelmaßstab von 95 % und einer Überlappung von 10 mm erhielt ich 9 Seiten (3x3), was für den Zusammenbau immer noch in Ordnung ist.

Ubuntu Trusty Tahr auf dem CuBox Pro installieren

Wed, 14 May 2014 00:00:00 +0000

eUPDATE: Die Cubox-Entwickler haben die Dokumentation zur Installation auf den Cubox Pro verschoben. Wenn ihr „Trusty Tahr“ für euren Cubox Pro benötigt, könnt ihr ein 4-GB-Image herunterladen: https://drive.google.com/open?id=1CgbSfy17-UrWZwBjZtZpHYTkPgw0MXFq . Du musst es lediglich (mit dd) auf eine SD-Karte schreiben, um dein System zum Laufen zu bringen. Falls du eine größere SD-Karte hast, ist das kein Problem: Schreibe das Image einfach mit dd auf die SD-Karte und verwende dann gparted oder ein ähnliches Programm, um die zweite Partition (die Root-Partition) so zu vergrößern, dass sie die gesamte SD-Karte ausfüllt. Passwort/Benutzername: cuboxpro/cuboxpro. SSH ist aktiviert, sodass du dich per Fernzugriff anmelden können solltest. Es handelt sich um die Desktop-Version, du kannst also auch ein HDMI-Kabel anschließen und dich über die grafische Benutzeroberfläche anmelden. Es gibt nach wie vor ein YouTube-Video ( https://www.youtube.com/watch?v=XfLJAchNu2c ) zur Verwendung des ursprünglichen Cubox-Installationsprogramms ( http://download.solid-run.com/pub/solidrun/cubox/installer/) , doch die aktuellste Ubuntu-Version, die man mit dieser Methode installieren kann, scheint zum Zeitpunkt der Erstellung dieses Beitrags 13.10 zu sein. Ich habe mir einen CuBox gekauft: den vielleicht kleinsten Desktop-Computer der Welt. Sowohl bei der Arbeit als auch zu Hause muss ich einen alten, lauten LAMP-Server durch etwas Moderneres ersetzen. Ich brauche nicht einmal eine grafische Benutzeroberfläche, mir reicht es, den Server ohne Monitor zu betreiben. Ich brauche auch nicht besonders viel Geschwindigkeit. Die CuBox scheint eine großartige Idee zu sein: kein Lärm, geringer Stromverbrauch, kein Platzbedarf und eine ordentliche Leistung. Sie zum Laufen zu bringen, war jedoch alles andere als trivial. Es handelt sich definitiv nicht um ein Spielzeug für Endnutzer, sondern richtet sich an Tüftler. Die erste Schwierigkeit bestand darin, das Gerät zu kaufen. Der Hersteller verkaufte es damals nicht direkt (mittlerweile schon), und das einzige Unternehmen, das es nach Finnland lieferte, war das britische NewIT . Da auf der Homepage des Herstellers nur die neuesten Modelle (die „CuBox-i“-Modelle) vorgestellt werden, war mir gar nicht bewusst, wie viele verschiedene Modelle bereits auf den Markt gekommen waren. Ich habe tatsächlich die CuBox Pro gekauft (wusste das aber nicht, denn es gibt auch die „CuBox-i4Pro“, die ich eigentlich hätte kaufen sollen). Das in Israel ansässige Unternehmen SolidRun könnte seine Webseiten definitiv besser gestalten. Es scheint einen schnellen Produktzyklus zu haben und entfernt alle Links zu seinen „älteren“ Produkten rasch von der Startseite. Das ist unverantwortlich, zumal diese Produkte immer noch verkauft werden.Ich habe das Gerät kurz vor der Veröffentlichung von Ubuntu 14.04 LTS (Trusty Tahr) gekauft, mit der Absicht, die Server-Version auf diesem Gerät zu installieren. Ich habe es mit einer 4-GB-SD-Karte gekauft, auf der das veraltete Ubuntu 10.04 (Oneiric Ozelot) vorinstalliert war. Ich habe es über HDMI an unseren (nicht Full-HD-)Fernseher angeschlossen, und zumindest der erste Startvorgang war erfolgreich – der Desktop schien nutzbar, wenn auch nicht besonders flüssig. Aber was soll’s, ich will es als Server nutzen. Also habe ich als Erstes versucht, auf 14.04 zu aktualisieren. Ich war mir sicher, dass das funktionieren würde, da die Community dort einspringt, wo CuBox versagt. Nämlich durch die Bereitstellung von einsatzbereiten Festplatten-Images, die man auf die SD-Karte flashen kann. Ich habe Arch Linux, Debian und eine frühe Version von Ubuntu 14.04 ausprobiert. Als ich jedoch die SD-Karte nach dem Flashen einsteckte, wollte der CuBox nicht mehr booten. Da das Oneiric-Image (das auf der 4-GB-Karte im Lieferumfang des Geräts enthalten war) funktionierte, habe ich es aus einem Backup (das ich mit dd erstellt hatte) zurückgeflasht. Wieder bootete Oneiric einwandfrei. Ich begann mit dem Upgrade der Distribution auf 12.04, was irgendwie funktionierte, aber ich verlor die Grafikanzeige (was mir egal war). Das Upgrade von 12.04 auf 14.04 schlug jedoch komplett fehl. Und ich möchte unbedingt 14.04, da ich das System einrichten und es dann für die nächsten 5 Jahre vergessen möchte.Allerdings wollte keines der bereitgestellten Images (von CuBox oder der Community) booten (ich möchte nicht einmal eine grafische Benutzeroberfläche, mir reicht der Zugriff über die Befehlszeile, da ich es als Server nutzen möchte). Ich habe versucht, sie unter Windows und Linux zu flashen, aber das hat keinen Unterschied gemacht. Was könnte der Grund dafür gewesen sein? Die Partitionen auf der Karte werden automatisch und fehlerfrei gemountet, wenn ich die Karte in meinen Ubuntu-14.04-Laptop einstecke. Schließlich habe ich die Modellnummer „CBP-300-P“ gegoogelt, die auf einem Aufkleber auf der Unterseite des Würfels aufgedruckt ist. Ich hatte bereits den Verdacht, dass es nicht an mir lag, sondern an einer Inkompatibilität oder defekter Hardware. Ich stieß auf diese IRC-Unterhaltung und mir wurde klar, dass ich die Betriebssystem-Images von den CuBox-i-Wiki-Seiten heruntergeladen hatte, obwohl mein Modell ein CuBox Pro war.Das entsprechende Forum findet ihr hier und die Anleitung funktioniert tatsächlich. Die Anleitung ist nichts für schwache Nerven, aber auch nicht übermäßig schwierig. Sie benötigen einen HDMI-Anschluss an einen Full-HD-Bildschirm (1920x1080). Wenn Ihr Bildschirm eine geringere Auflösung hat, müssen Sie über ein Mini-USB-Kabel von einem anderen Computer aus eine Verbindung zur seriellen Konsole herstellen und einen Terminalemulator verwenden, wie hier beschrieben. Das empfohlene Programm „Putty“ weigerte sich zwar, eine Verbindung zu „ttyS0“ (unter Ubuntu 14.04) herzustellen, aber mit „minicom“ hat es geklappt. Es gab zwar keine Farbcodierung, aber es funktionierte auch ohne.Da Sie das gesamte Betriebssystem von der SD-Karte ausführen, sollten Sie möglicherweise den Speicherausgleich begrenzen und einige weitere Änderungen vornehmen, um die Lebensdauer der Speicherkarte zu verlängern – im Wesentlichen genauso wie bei SSD-Laufwerken .

1 Stunde 53 Minuten 6 Sekunden

Tue, 13 May 2014 00:00:00 +0000

21,0975 Kilometer in 1 Stunde, 53 Minuten und 6 Sekunden, Platz 3011 von 12.120 Läufern in meiner Altersklasse, fast 5 Minuten schneller als im letzten Jahr: Helsinki City Run 2014 .

Wir wurden von Circulation gefeatured!

Mon, 12 May 2014 00:00:00 +0000

Die molekulare Ätiologie des Hennekam-Syndroms

Thu, 17 Apr 2014 00:00:00 +0000

Endlich ist unser CCBE1-Manuskript zur Veröffentlichung angenommen worden. Es kann von der Webseite des Journals Circulation heruntergeladen werden oder schick mir einfach eine E-Mail . Ein dazu komplementärer Artikel von Le Guen et al. aus Ben Hogans Gruppe erschien fast zeitgleich in Development. Le Guen und seine Kollegen haben die Interaktion von CCBE1 mit der Signaltransduktion von VEGF-C/VEGFR-3 hauptsächlich auf der genetischen Ebene in Zebrafischen beschrieben, während wir die molekularen Details der Interaktion mittels in vitro- (in Zellkultur) und *in vivo-*Analysen (in Mäusen) aufgeklärt haben. Wir haben herausgefundenm das der primäre Lymphangiognese-Faktor VEGF-C als inaktives Vorläufermolekül produziert wird (pro-VEGF-C). Pro-VEGF-C (die 29/31-kDa-Form) bindet zwar den VEGF-Rezeptor-3 auf Endothelizellen, aber kann ihn nicht aktivieren. Bisher wurde pro-VEGF-C im Vergleich mit dem reifen VEGF-C einfach nur als weniger potententer Aktivator des VEGF-Rezeptor-3 betrachtet. In Wirklichkeit ist er aber ein kompetitiver Inhibitor des reifen VEGF-Cs. Die Aufgabe von CCBE1 besteht darin, der Metalloproteinase ADAMTS3 bei der Prozessierung von zelloberflächen-gebundenem pro-VEGF-C zu helfen. In der Erbkrankeit Hennekam-Syndrom ist CCBE1 mutiert und kann diese Helferfunktion nicht mehr ausreichend wahrnehmen. Dies resultiert in einer ungenügenden Aktivierung des pro-VEGF-C und damit zum charakteristischen Lymphödem des Syndroms. Weil Lymphgefässe in vielen Krankheiten eine Rolle spielen, sind CCBE1 und ADAMTS interessante Zielstrukturen für pharmakologische Interventionen. Z. B. wäre es von erheblichem Nutzen, wenn man die Aktivierung von pro-VEGF-C bei Krebserkrankungen blockieren könnte, weil sich dadurch wahrscheinlich die von VEGF-C vermittelte Metastasierung über das Lymphsystem unterdrücken lassen müsste.

SVS oder Lymphsystem?

Sun, 26 Jan 2014 00:00:00 +0000

In 2003 habe ich einen Übersichtsartikel über das Lymphsystem geschrieben, in dem ich die Besonderheiten des Lymphsystems in verschiedenen Tierarten erwähne. Allerdings habe ich mit bezüglich der Fische schwer geirrt, oder zumindest eine sehr unvollständige Beschreibung abgeliefert. Während Säugetiere, Vögel, Reptilien und Amphibien sehr gut definierbare Tierklassen sind, gibt es keine Tierklasse “Fische”. Es gibt zwar viele verschiedene Klassifizierungen von Fischen, aber mindestens drei Tierklassen sind nötig, um zumindest die lebenden Fische einzuteilen: Knorpelfische, Strahlenflosser and Fleischflosser. So gut wie alle Studien über das Lymphsystem von Fischen sind in den Teleostei (Echten Knochenfischen) gemacht worden. Die Echten Knochenfische bilden eine der drei Unterklassen der Strahlenflosser. Teleostei umfassen die meisten der lebenden Arten und auch den am besten erforschten Fisch, den Zebrafisch (Danio rerio) . Alles, was im folgenden gesagt wird, bezieht sich auf diese Unterklasse (und es kann sein, das es sich bei Haifischen oder beim Stör ganz anders verhält, weil diese nicht zu den echten Knochenfischen zählen.

Historische Artikel über das Lymphsystem

Sat, 25 Jan 2014 00:00:00 +0000

Selbstarchivierung

Wed, 22 Jan 2014 00:00:00 +0000

Der Fürsprache von Jörg Wilting bei der Deutschen Gesellschaft für Lymphologie ist zu verdanken, daß wir endlich die zwei Übersichtsartikel, die wir im letzten Jahr für die Zeitschrift Lymphologie in Forschung ind Praxis geschrieben haben, für Interessierte zum Download anbieten können (sogenanntes “self archiving”). Das ist sehr wichtig, weil ansonsten die Einflußsphäre dieser Artikel sehr klein geblieben wäre. Der erste Teil diskutiert die beiden wichtigsten lymphangiogenen Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D und ihre Rolle in der Embryonalentwicklung, während der zweite Teil die Rolle von VEGF-C und VEGF-D bei Krankheiten des Lymphgefäßsystems bespricht.

Einzelne Partitionen aus Festplatten-Dumps einbinden

Thu, 26 Dec 2013 00:00:00 +0000

Sie können Festplattenabbilder von einzelnen Partitionen oder von einer Festplatte erstellen, die mehr als eine Partition enthält. Letzteres hat den Vorteil, dass Sie den Computer wiederherstellen können, indem Sie das Abbild auf dieselbe oder eine andere Festplatte zurückspielen. Wenn Sie jedoch von einem Festplattenabbild aus auf eine einzelne Partition zugreifen möchten, müssen Sie wissen, wo sich die Partitionsgrenzen befinden. Sie können diese aus der Ausgabe von fdisk entnehmen. Der Befehl fdisk -l gibt zwar die Partitionsgrenzen an, die Einheit ist jedoch „Sektoren“. Sie müssen diese Zahl mit der logischen Sektorgröße multiplizieren, um die Partitionsgrenzen in Byte zu erhalten. Alternativ können Sie parted verwenden (nach dem Aufruf von parted führen Sie nacheinander die Befehle „unit“, „B“ und „print“ aus), um die Partitionsgrenzen in Byte anzuzeigen. parted kann auch auf einem Festplatten-Dump verwendet werden, z. B. „parted /home/backups/diskdump.img“, um die Partitionsgrenzen zu ermitteln.jeltsch@Michael:~$ sudo parted /home/backup/diskdump.img GNU Parted 2.3 Verwendung von /home/backup/diskdump.img Willkommen bei GNU Parted! Geben Sie „help“ ein, um eine Liste der Befehle anzuzeigen. (parted) unit Einheit? [compact]? B (parted) print Modell: (Datei)Festplatte /home/backup/diskdump.img: 160041885696B Sektorgröße (logisch/physisch): 512B/512B Partitionstabelle: msdos Nummer Start Ende Größe Typ Dateisystem Flags 1 1048576B 524287999B 523239424B primär ntfs boot 2 524288000B 80282124287B 79757836288B primär ntfs 3 80283171840B 160041009151B 79757837312B erweitert 5 80283172864B 122626684415B 42343511552B logisch ext4 7 122626768896B 157924769279B 35298000384B logisch ext4 6 157932322816B 160041009151B 2108686336B logisch linux-swap(v1)(parted)Anschließend mounten Sie das Image einfach als Loop-Gerät mit dem zusätzlichen Parameter „offset“, wobei Sie die Startgrenze der Partition verwenden, die Sie mounten möchten:sudo mount -o loop,ro,offset=524288000 /home/backup/diskdump.img /mnt

Der Chef sein

Fri, 01 Nov 2013 00:00:00 +0000

Fast zufällig wurde ich befördert. Ich bin jetzt Projektleiter oder Gruppenleiter. Ich hatte noch nie besonders großes Interesse daran, der Chef zu sein. Es gibt genug bequeme und mittelmäßige Projektleiter auf dieser Welt, und mein (mittlerweile ehemaliger) Chef Kari Alitalo mit seinem Maß an Engagement und Exzellenz wirft einen Schatten, aus dem man wohl kaum heraustreten kann.Dennoch beschloss ich 2011, es zu versuchen, bevor ich zu alt war, um mich bei der Finnischen Akademie um eine Stelle als Gruppenleiter zu bewerben. Ich hätte es vielleicht bereut, wenn ich es gar nicht erst versucht hätte. Der erste Versuch schlug fehl. Ein Jahr später war meine Promotion bereits über neun Jahre alt, und ich musste besondere Gründe anführen, um mich erneut bewerben zu können (ich hatte für unsere beiden Kinder lange Erziehungszeiten in Anspruch genommen). Obwohl ich im Grunde dieselbe Bewerbung einreichte, hatte ich dieses Mal Glück bei dem, was jemand einmal als „Akademie-Lotterie“ bezeichnet hat. Und meine schlimmsten Befürchtungen wurden wahr: Anstatt zu forschen, verwandelte ich mich in eine Geldbeschaffungsmaschine. Das liegt zum Teil daran, dass die Akademie deutlich weniger Fördermittel bewilligte, als ich beantragt hatte. Jedes Jahr stehen der Akademie immer weniger Mittel zur Verfügung, und sie steht vor der schwierigen Entscheidung, entweder weniger Forscher zu fördern oder zwar die gleiche Anzahl an Forschern zu fördern, jedem aber weniger zu geben … Ich hatte einmal einen E-Mail-Austausch mit Alexander Stubb (als er für normale Leute wie mich noch ansprechbar war) über die sinkenden Forschungsmittel, aber zumindest scheint die derzeitige finnische Regierung die langfristigen Auswirkungen der sich kontinuierlich verschlechternden finanziellen Lage der akademischen Forschung in Finnland zu unterschätzen. Die Lage ist so schlimm, dass die meisten talentierten Menschen dieses Land bei der ersten Gelegenheit verlassen.Aufgrund des Vollkostenmodells bin ich praktisch gezwungen, mich bei den Personalkosten strikt an das Budget zu halten. Und deshalb bleibt kein Geld mehr übrig, um die laufenden Ausgaben wie Chemikalien und Reagenzien zu bezahlen. Bis einer meiner Förderanträge bewilligt wird, müssen wir mit einem sehr knappen Budget forschen … Übrigens: Die neuen Webseiten meines Labors, die auf den Servern der Universität gehostet werden, sind immer noch nicht online. Da sie aber fertig sind, habe ich sie auf meinem eigenen Server veröffentlicht.

Entlacken

Fri, 01 Nov 2013 00:00:00 +0000

Das erneute Blotten von Membranen mit einem anderen Antikörper ist im Labor eine sehr häufige Aufgabe. Es gibt verschiedene Protokolle zum Strippen von Membranen, wobei die klassische Methode die Verwendung von SDS, β-Mercaptoethanol und Erhitzen vorsieht. Früher habe ich es auch so gemacht, aber das ist eine übelriechende Angelegenheit, da β-Mercaptoethanol nach faulen Eiern riecht. Dann fingen plötzlich alle im Labor an, die Re-Blot Plus von Millipore zu verwenden – und ich auch. Bis ich beim Durchlesen des Sicherheitsdatenblatts feststellte, dass sie billige Chemikalien zu einem überhöhten Preis verkaufen. Jetzt stelle ich den Stripping-Puffer selbst her. Meine 10-fache Lösung hat folgende Zusammensetzung:

Ein Nobelpreis für die Forschung zur Angiogenese?

Sun, 27 Oct 2013 00:00:00 +0000

Im Jahr 2008, während eines Abendessens in Stockholm (als ich an der 8. Jahreskonferenz der Novo Nordisk Foundation zur vaskulären Biologie bei Diabeteskomplikationen teilnahm) schlug ich Christer Betsholtz vor, den Nobelpreis an die weltweite Gemeinschaft der Postdocs zu vergeben, die die stillen Helden der heutigen Forschung sind. Die Satzung der Nobelstiftung verbietet es jedoch, den Preis an mehr als drei Personen zu vergeben. Satzungen können jedoch geändert werden, und genau das hat die Nobelstiftung vor 40 Jahren getan, als sie aufhörte, den Preis an Verstorbene zu vergeben. Und in dieser sich wandelnden Welt werden immer weniger Entdeckungen und Erfindungen von Einzelpersonen gemacht. Doch hier ist mein neuester Vorschlag, der sich an die Regel von maximal drei Personen hält: Kari Alitalo ist wahrscheinlich der einzige Nobelpreis-würdige Forscher in dem Land, in dem ich arbeite (Finnland). Im Ernst: Nachdem Judah Folkman verstorben ist, gibt es nicht mehr viele Möglichkeiten, den Preis an jemanden aus dem Bereich der Angiogenese zu vergeben. Judah Folkman war der Begründer der Hypothese, dass alle Tumore durch Anti-Angiogenese behandelbar sein sollten ( Folkman J. Tumor Angiogenesis: Therapeutic Implications. New England Journal of Medicine. 1971;285(21):1182–6 ). Das Nobelpreiskomitee hat diese Chance verpasst. Und da dieses Forschungsgebiet bereits einen bedeutenden Beitrag zur Krebsbehandlung geleistet hat (und wohl auch noch viel dazu beitragen wird), ist die Vorstellung eines gemeinsamen Preises für die Entdecker der VEGFs gar nicht so abwegig. VEGF wurde vor etwa 25 Jahren mehr oder weniger unabhängig voneinander von mehreren Forschungsgruppen entdeckt, darunter die von Napoleone Ferrara und Harold Dvorak . Vor allem die Gruppe um Ferrara bei Genentech setzte die Forschung bis heute äußerst erfolgreich fort, was 2004 zur Entwicklung des ersten antiangiogenen Krebsmedikaments führte. Während die Entdeckung von VEGF und die daraus resultierende Angiogenese-Forschung nicht von einem einzigen Labor abhängig waren, wurde das Gebiet der Lymphangiogenese im Wesentlichen im Alleingang neu erfunden und von Kari Alitalo in den Jahren nach 1995 – nachdem es seit den 1960er Jahren in Vergessenheit geraten war und ohne nennenswerte Fortschritte vor sich hin dümpelte. Ein gemeinsamer Preis für Ferrara, Dvorak und Alitalo? Es gibt bereits ein Anti-VEGF-A-Krebsmedikament auf dem Markt, und das Einzige, was noch fehlt, ist ein erfolgreiches Anti- oder Pro-VEGF-C-Medikament. Beide befinden sich zum Zeitpunkt der Abfassung dieses Artikels in klinischen Studien ( Anti-VEGF-C , Pro-VEGF-C ).

Selbstarchivierung und Open Access

Sun, 07 Jul 2013 00:00:00 +0000

Vor kurzem habe ich einen Übersichtsartikel für die Zeitschrift Lymphologie in Forschung ind Praxis geschrieben mit dem Titel “Die lymphangiogenen Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D”. Es war der erste wissenschaftlicher Artikel, den ich in meiner Muttersprache Deutsch geschrieben habe. Im internationalen Ranking ist diese Zeitschrift eher unterbewertet, was für Zeitschriften üblich ist, die Artikel in nicht-englischer Sprache publizieren. Nun gibt es in den grossen europäischen Ländern wie Deutschland, Frankreich oder Italien viele Ärzte, die nicht so gut mit der englischen Sprache zurechtkommen. Denen den Zugang zum Status Quo in der Lymphangiogenese-Grundlagenforschung zu ermöglichen war einer der Gründe, diesen Artikel zu schreiben. Die Zugänglichkeit zur Wissenschaft verbesseren kann nur gut sein, dachte ich. Mein Chef meinte, auf Deutsch zu schreiben wäre Zeitverschwendung. Ich hoffe, das ich ihn Lügen strafen kann (aber dafür brauche ich die Unterstützung der DLG !). Ich habe meinen Arbeitseinsatz für diesen Artikel erheblich reduzieren können, indem ich den anderen deutschen Lymphangiogenese-Forscher an der Universität Helsinki als Mitverfasser gewinnen konnte. Ich hatte sogar einen Rohentwurf für einen deutschen Artikel über Lymphangiogenese in der Schublade, den ich vor ungefähr zwei Jahren auf meiner Internetseite veröffentlichen wollte, der es aber nie über das Entwurfsstadium hinaus geschafft hatte. Als der Artikel dann veröffentlicht wurde, erhielt ich zwei Exemplare der Zeitschrift. Als ich online versuchte, einen Link von meiner Homepage zu dem Artikel zu setzen, musste ich feststellen, dass der Artikel nicht frei zugänglich ist . Weil mich die Universität Helsinki als Arbeitgeber zur Selbstarchivierung seit 2010 verpflichtet und heutzutage die meisten Verlage Selbstarchivierung unterstüzen, habe ich beim Verlag nach deren Richtlinien bezüglich Selbstarchivierung nachgefragt. Die Antwort war, dass sie im Prinzip nichts dagegen hätten, wenn sie denn die Erlaubnis des Vorstands der DLG hätten. Ich hoffe sehr, dass ich diese Erlaubnis bekomme, weil das die einzige Möglichkeit für mich als Autor ist, Nachfragen von Interessierten nachzukommen. Früher verschickte man Nachdrucke per Post, was ich mit Kopien des Artikels immer noch machen könnte, aber wir leben im 21. Jahrhundert oder etwa nicht? Wenn ich die Erlaubnis nicht bekommen sollte, bleibt mir immer noch als legale Möglichkeit, die nicht-editierte Version meines Manuskripts online als download anzubieten. Weil nämlich sich das Urheberrecht auf die editierte Druckversion des Artikels beschränkt . Diese Möglichkeit haben schon einige Forscher erfolgreich ausprobiert; einige stellen zusätzlich eine Datei bereit, in denen die Abweichungen von der veröffentlichten Version des Verlags aufgelistet sind. Das wäre natürlich keine optimal Lösung, würde aber Zugänglichkeit und Reichweite des Artikels um ein erhebliches vervielfachen. Ausschliesslich in Open Access Zeitschriften zu publizieren ist verpflichtend an der Universität Helsinki. Allerdings werden Ausnahmen von dieser Regel mehr oder weniger regelmässig gemacht. Trotzdem werden die Ausnahmen mit der Zeit immer schwieriger zu rechtfertigen sein, weil auch die Europäische Union ihre Forschungsgelder immer mehr mit der Auflage verbindet, die Forschungsergebnisse frei zugänglich zu machen . Der EU-Interpretation zufolge reicht es, das eine Zeitschrift Selbstarchivierung des publizierten Artikels erlaubt, um ihr Open Access Status zuzusprechen, weil Selbstarchivierung als alternativer Weg zu Open Access verstanden wird. Die Finnische Akademie der Wissenschaften (mein grösster Geldgeber) argumentiert ähnlich: “Wir empfehlen weiterhin, dass Forscher, die mit Akademiegeldern finanziert werden, ihre Ergebnisse in Open Access Zeitschriften publizieren, wenn es Online-Zeitschriften der entsprechenden Fachrichtung mit mindestens gleich hoher Qualität gibt wie traditionelle, kostenpflichtige Zeitschriften. Alternativ können die Artikel auch über elektronische Archive frei zugänglich gemacht werden.” Selbstarchivierung ist für Forscher der Universität Helsinki seit 2010 verpflichtend .Es macht natürlich Sinn, dass wer meine Arbeit bezahlt (also der Steuerzahler), sich auch deren Ergebnisse anschauen dürfen sollte. Ich habe für diesen Artikel keine Minute meiner Arbeitszeit abgezweigt, trotzdem habe ich ihn auf einem Computer geschrieben, der mit Steuergeldern finanziert worden ist… Also wenn jemand den Artikel haben möchte, bevor die DLG entscheidet, bitte bei mir melden!

Prisma Viikki und nochmal Verbraucherrechte

Wed, 03 Jul 2013 00:00:00 +0000

Ich habe bei Prisma für 24,95 € gekauft. Da sie „Plafondi“ hieß, ging ich davon aus, dass es sich um eine Deckenleuchte handelt: „Plafond“ ist das französische Wort für Decke. Aber ich habe mich geirrt. Sie war nicht für die Befestigung an der Decke gedacht, sondern für die Wandmontage (seltsamerweise wird sie auf der Website von Prisma als „Plafondi-seinävalaisin“ genannt, was ein Widerspruch in sich ist). Das wurde mir klar, als ich sah, dass der Stecker ein normaler Stecker war und nicht für eine Deckensteckdose gedacht war. Also tauschte ich den Stecker aus und befestigte die Leuchte an der Decke. Als ich die Glühbirne einschraubte und den Lichtschalter betätigte, blieb es dunkel. Ich hatte die Glühbirne (Megaman Liliput 11 W, E14-Gewinde) zusammen mit der Leuchte bei Prisma gekauft. Ich war noch verwirrter, als eine andere E14-Glühbirne in dieser Lampe einwandfrei funktionierte.

Die alten LEGO-Motoren laufen immer noch auf Hochtouren

Mon, 24 Jun 2013 00:00:00 +0000

Während die LEGO-Motoren aus meiner Kindheit immer noch einwandfrei laufen, ist der Motor aus dem Set 8287 kaum drei Jahre nach dem Kauf kaputtgegangen. Eigentlich ist der Motor in Ordnung, aber im Batteriefach oder am Schalter hat sich irgendwo im Inneren eine Verbindung gelöst. Und was noch schlimmer ist: Ich bekomme kein Ersatzteil! Ich hoffe, LEGO folgt nicht dem Trend, Wegwerfspielzeug herzustellen. Die Motoren aus meiner Kindheit (die man im Hintergrund sehen kann) sind fast 40 Jahre alt. Das beweist, dass man langlebige Spielzeugmotoren bauen kann.

Zyklische Doktorandenproduktion

Tue, 11 Jun 2013 00:00:00 +0000

Ich habe mich gefragt, warum in letzter Zeit niemand aus unserem Labor promoviert hat. Meine erste (und falsche) Schlussfolgerung war, dass unser Labor nicht mehr so produktiv ist wie früher. Als ich mir die Daten genauer ansah, entdeckte ich ein interessantes Phänomen: Die Promotionsrate in unserem Labor folgt einem 5- bis 6-Jahres-Zyklus. Und siehe da: Der Zyklus steht 2013/2014 wieder kurz vor seinem Höhepunkt, was genau meinen Erwartungen entspricht, da viele unserer Doktoranden ihr Studium in diesem oder im nächsten Jahr abschließen werden. Ich frage mich, ob dies spezifisch für das Labor von Kari Alitalo ist oder ob es sich um ein allgemeines Phänomen handelt. Auf jeden Fall freue ich mich schon auf all die bevorstehenden Feiern („Karonkka“). Die obige Abbildung zeigt die Anzahl der in einem bestimmten Jahr verliehenen Promotionen unter der Betreuung von Kari Alitalo, gemittelt über einen Zeitraum von einem oder drei Jahren. Bei gemeinsamer Betreuung wurde jeweils 0,5 gezählt.

Der Schraubverschluss der Elmex-Mundspülung geht immer kaputt

Sun, 09 Jun 2013 00:00:00 +0000

Das ist bereits meine dritte Flasche Elmex-Mundwasser. Bei jeder einzelnen Flasche ist der Schraubverschluss abgebrochen – da muss es einen Konstruktionsfehler geben!

Akademisches Portfolio 2013

Mon, 27 May 2013 00:00:00 +0000

Nachstehend finden Sie mein aktualisiertes akademisches Portfolio im PDF-Format. Da es öffentlich zugänglich ist, musste ich vertrauliche Informationen zu laufenden vertraulichen Kooperationsprojekten und meinen Forschungsplänen schwärzen.

Ein Blick auf die Ostsee

Sun, 05 May 2013 00:00:00 +0000

Nur um zu beweisen, dass man von unserem Wohnzimmerfenster aus die Ostsee sehen kann.

MacOSX-Benutzerkennwörter zurücksetzen

Sun, 28 Apr 2013 00:00:00 +0000

Starten Sie den Rechner, während Sie die Befehlstaste und die S-Taste gedrückt halten (Einzelbenutzermodus).
fsck -fy
mount -uw /
Passwort Benutzername

Waffel recipe

Fri, 19 Apr 2013 00:00:00 +0000

Nach einigen schlechten Erfahrungen mit einem elektrischen Waffeleisen von OBH Nordica (eine Waffel brauchte etwa 12 Minuten und war dann immer noch nicht ganz durch) habe ich mir ein Waffeleisen aus Gusseisen von Skeppshult gekauft. Nach dem Einbrennen und mehreren erfolglosen Versuchen ist es mir tatsächlich gelungen, ein paar Waffeln zu backen. Allerdings habe ich noch nicht versucht, ihn über offenem Feuer zu benutzen, aber das war eigentlich die Idee, als ich ihn gekauft habe. Ich habe ihn auf unserem Elektroherd benutzt und eine Waffel braucht etwa 4 Minuten (auf Stufe 7–8 von 9). Er hat 25 Jahre Garantie und wiegt etwa 4–5 kg. Ich habe folgendes Rezept verwendet:

Drupal aktualisieren

Tue, 19 Feb 2013 00:00:00 +0000

Folgendes muss ich tun, um Drupal (kleinere Updates, z. B. von 7.18 auf 7.19) auf meinem Ubuntu-Server zu aktualisieren. Ich habe Drupal direkt aus dem Drupal-Quellcode installiert und nicht über das Ubuntu-Repository (da das Ubuntu-Repository meist ziemlich veraltet ist und nicht so häufig aktualisiert wird). Eigentlich ist das Update ganz unkompliziert; ich bin mir sicher, dass das schon irgendwo automatisiert wurde…cd /var/wwwsuwget http://ftp.drupal.org/files/projects/drupal-7.19.tar.gztar -xvzf drupal-7.19.tar.gz chown -R jeltsch:www-data drupal-7.19rm drupal-7.19.tar.gz cp -a drupal-7.18/sites/ drupal-7.19/Der obige cp-Befehl erstellt eine Kopie der gesamten Website, was lange dauern und viel Speicherplatz beanspruchen kann. Stattdessen kannst du das Unterverzeichnis „sites“ im neuen Drupal-Ordner löschen und einen Link zum alten „sites“-Unterverzeichnis erstellen:cd drupal-7.19rm -rf sitesln -s ../drupal-sites/ sitesHier solltest du dich bei deiner Website anmelden und sie in den Wartungsmodus versetzen! mysqldump -u root -p --databases drupal7_jeltsch_org drupal7_claudia_jeltsch_org drupal7_lammertlab_org > drupal7_all.sqlrm drupal7ln -s drupal-7.19/ drupal7Hier sollten Sie auf den Link zum Update-Skript klicken. Nachdem die Updates erfolgreich durchgeführt wurden, können Sie Ihre Website wieder online schalten.** ****Drupal 9**Das Aktualisieren von Drupal 9 erfolgt am einfachsten mit Composer:composer update "drupal/core-*" --with-all-dependenciesAuch die Module können aktualisiert werden. In meinem Fall bezog sich das Update jedoch nicht immer auf das tatsächlich verwendete Modul, sondern auf ein Modul, das in der Prioritätenliste weiter unten stand und sich in einem anderen Verzeichnis befand. Für Updates auf eine Nebenversion:composer update drupal/modulname --with-dependenciesFür Updates auf eine Hauptversion:composer require drupal/modulname:^2.0Vergessen Sie danach nicht, https://yoursite.com/update.php zu besuchen!

x11vnc als Ersatz für nxserver

Thu, 29 Nov 2012 00:00:00 +0000

Da der großartige nxclient von nomachine unter Mac OS X nicht mehr funktioniert und der neue nxplayer noch in der Beta-Phase ist (und auf meinem System überhaupt nicht läuft), brauchte ich eine andere Lösung, um von zu Hause aus eine Verbindung zu meinem Arbeits-Desktop herzustellen. Ich habe vieles ausprobiert, mich dann aber für x11vnc entschieden. Auf meinem Arbeits-Desktop läuft Ubuntu Precise Pangolin (12.04) und ich verbinde mich von einem Mac OS X 10.8 (Mountain Lion) aus. Ich musste lediglich x11vnc und openssh-server auf meinem Arbeits-Desktop installieren und eine Datei x11vnc.conf mit folgendem Inhalt unter /etc/init hinzufügen:x11vnc -forever -rfbauth /etc/x11vnc.pass -bg -o /var/log/x11vnc.log -scale 1280x800 -display :0 -auth /var/run/lightdm/root/:0Ich muss die Passwortdatei erstellen:x11vnc -storepasswd password /etc/x11vnc.passDann muss ich mich nur noch auf die eine oder andere Weise in meinen Arbeits-Desktop einloggen. Derzeit greife ich über die UNIX-Rechner der Universität darauf zu, da ein direkter SSH-Zugriff aufgrund einer Firewall nicht möglich ist. Also verbinde ich mich per SSH mit dem UNIX-Mainframe und von dort aus per SSH mit meinem Arbeitsrechner. Sobald ich angemeldet bin, richte ich einen Reverse-SSH-Tunnel zu meinem Macbook Pro zu Hause ein:ssh -R 19999:localhost:5900 IP-Adresse_des_HeimcomputersAuf meinem Macbook zu Hause musste ich zunächst die Option „Freigabe – Fernzugriff“ aktivieren. Dann nutze ich einfach die integrierte Bildschirmfreigabe des Betriebssystems „Mit Server verbinden“ und gebe „vnc://localhost:19999“ ein – und schon sehe ich den Anmeldebildschirm meines Arbeits-Desktops.Alternativ könnte ich meinen OpenVPN-Server nutzen, den ich auf meinem MacBook installiert habe, und einen OpenVPN-Client auf meinem Arbeits-Desktop verwenden, um eine Verbindung zu meinem MacBook herzustellen. Dann könnte ich mich direkt anmelden und die Umwege über die UNIX-Rechner der Universität vermeiden, um den Reverse-SSH-Tunnel einzurichten. Eine weitere, wenn auch sehr langsame Methode, um auf die GUI meines Arbeits-Desktops zuzugreifen, ist die X11-Weiterleitung über SSH. Alles, was ich dafür brauche, ist eine funktionierende SSH-Verbindung zum Server, eine in der SSH-Serverkonfigurationsdatei aktivierte X11-Weiterleitung und einen X11-Server auf dem lokalen Rechner (z. B. XQuarz unter macOS): ssh -X username@remote-server.comxclock &

Das Upgrade von MySQL unter Ubuntu Lucid Lynx (10.04) bleibt hängen

Wed, 28 Nov 2012 00:00:00 +0000

Das passiert mir jetzt schon zum dritten Mal: Es ist ein Update für den MySQL-Server verfügbar, und ich führe einfach „apt-get upgrade“ aus. Der Aktualisierungsvorgang bleibt bei folgendem Schritt komplett hängen: Vorbereitung zum Ersetzen von mysql-server-5.1 5.1.66-0ubuntu0.10.04.1 (unter Verwendung von …/mysql-server-5.1_5.1.66-0ubuntu0.10.04.2_i386.deb) …mysql stop/waitingDer Prozess, der wieder in einer endlosen Schleife (oder was auch immer) hängen geblieben ist, ist ein egrep-Ersatz in einer Textdatei:egrep -qi -r ^[^#]*ndb.connectstring|^[:space:]*\[[:space:]*ndb_mgmd /etc/mysql/Ich habe diesen Prozess einfach beendet, und das Upgrade wird fortgesetzt, als wäre nichts geschehen.

Lebensmittel online in Helsinki einkaufen

Wed, 14 Nov 2012 00:00:00 +0000

Wenn wir unseren samstäglichen Lebensmitteleinkauf durch eine Online-Bestellung ersetzen wollen, scheint es in Helsinki nur zwei nennenswerte Optionen zu geben: ruoka.net und Alepa kauppakassi . Wir hatten zuvor ruoka.net genutzt, haben damit aber aufgehört, da deren Online-Shop sehr benutzerunfreundlich und die Preise recht hoch waren. Aber vielleicht sollten wir uns das noch einmal ansehen, da sich die Servicequalität von Alepa kauppakassi in den letzten Monaten verschlechtert hat.Wir bestellen unsere Lebensmittel bereits seit über einem Jahr über „Alepa kauppakassi“, aber jetzt, da ich mir das Bein gebrochen habe, ist dieser Service für uns unverzichtbar. Leider hat er noch nie reibungslos funktioniert. Als sie zum Beispiel vor einer Woche lieferten, haben sie komplett vergessen, alle von uns bestellten Tiefkühlprodukte mitzuliefern. Sie hatten die Tiefkühlprodukte schon einmal vergessen, aber damals wurden sie umgehend zum nächstmöglichen Zeitpunkt nachgeliefert. Diesmal war das nicht der Fall: Sie haben eine Woche gebraucht, um den Rest zu liefern. Und wir mussten uns mehrfach beschweren, bevor etwas passierte. Und wie sah die Entschädigung aus? Eine mickrige kostenlose Lieferung (im Wert von 6,90 €). Doch heute wurde es noch schlimmer: Bitte informiert mich zuverlässig, wenn sich die Lieferung verzögert Gestern hat meine Frau eine Bestellung im Wert von etwa 150 € aufgegeben, und die Lieferung sollte heute zwischen 9 und 12 Uhr erfolgen. Bis 13:30 Uhr hatte jedoch niemand an der Tür geklingelt, und ich habe meine Frau per Skype gefragt, ob sie eine SMS oder einen Anruf erhalten habe. Sie hatte um 8:30 Uhr eine SMS erhalten, dass die Ware zusammengestellt worden sei und auf die Zustellung warte. Später hatte sie einen Anrufversuch von einer unbekannten Nummer erhalten, während sie gerade mit ihrem Arzt telefonierte. Später stellte sich heraus, dass dies wahrscheinlich der Zusteller gewesen war, der ihr mitteilen wollte, dass er sich verspäten würde. Was hätte meine Frau denn tun sollen? Eine unbekannte Nummer zurückrufen? Das ist einer der Punkte, die schiefgelaufen sind. Der Fahrer hätte eine SMS schicken oder erneut anrufen sollen.**Im Stau in Helsinki? – Ich bitte dich!**Als ich um 13:30 Uhr den Kundenservice anrief, versprachen sie mir, den Grund für die verspätete Lieferung herauszufinden und mich so schnell wie möglich zurückzurufen – was sie auch taten. Sie sagten, die Lieferung habe sich aufgrund der Verkehrslage verzögert und er werde in etwa 15–20 Minuten liefern. Tatsächlich wurde das Essen um 13:50 Uhr geliefert. Einige Artikel waren vorübergehend ausverkauft und fehlten daher bei der Lieferung, aber was noch wichtiger war: Alle Tiefkühlprodukte waren bereits aufgetaut. Kein Wunder, da sie einfach in einer Plastiktüte geliefert wurden. Von 8:30 Uhr bis 13:50 Uhr sind es 5 Stunden und 20 Minuten – lang genug, damit eine Pizza komplett auftaut. Staus am Mittwoch zwischen 9 und 12 Uhr in Helsinki? Das kann doch nicht Ihr Ernst sein! Dieses Argument mag man in New York oder London vorbringen, aber in Helsinki? Der Fahrer erzählte mir, dass die Auslieferung erst um 11:30 Uhr begann … Anscheinend war einfach niemand verfügbar, um die Auslieferung rechtzeitig zu starten. **Verkauft keine Waren, die ihr nicht habt!**Es ist schwer zu verstehen, warum ein Online-Shop Lebensmittel anbietet, die er nicht liefern kann. Wir haben zum Beispiel bereits sechs Mal tiefgefrorene Erdbeeren bestellt (einschließlich dieser Bestellung), aber jedes Mal wurden die Beeren aufgrund eines „vorübergehenden Engpasses“ nicht geliefert. Eine solche Situation nennt man „dauerhaften Engpass“. Es ist schlechte Praxis, Lebensmittel im Online-Shop anzubieten, die der Shop niemals liefern kann. Das führt zu frustrierten Kunden.Einige Tipps gegen das Auftauen von TiefkühlwareNun zu den aufgetauten Lebensmitteln: Das ist gefährlich und vermeidbar. Es lässt sich vermeiden, indem man nicht zu spät ausliefert (oder nicht zu früh abholt). Wenn dies die logistischen Kapazitäten überfordert, gibt es noch eine weitere Möglichkeit: eine Styroporbox und ein paar Kühlelemente. Ich habe mit dem Fahrer gesprochen, und er erzählte mir, dass er um 11:30 Uhr mit der Auslieferung begonnen habe, also drei Stunden, nachdem die Lebensmittel abgeholt worden waren. Warum so spät? Dem Fahrer zufolge sind sie permanent unterbesetzt.KundenserviceBereits während des ersten Telefongesprächs habe ich deutlich gemacht, dass meine Geduld bereits sehr strapaziert war und dass ich eine angemessene Entschuldigung sowie eine Entschädigung erwarte. Wenig später erhielt ich einen Anruf von Janina Henttilä (ich hoffe, ich habe ihren Namen richtig geschrieben), die mich fragte, ob sie die Tiefkühlprodukte heute Abend zwischen 19 und 21 Uhr durch eine neue Lieferung ersetzen könnten. Ja, das wäre in Ordnung. Doch wieder etwas später erhielt ich einen weiteren Anruf, in dem mir mitgeteilt wurde, dass eine der von mir bestellten Pizzen ausverkauft sei, und man mich fragte, ob ich heute eine Teillieferung und den Rest morgen haben wolle oder lieber alles auf einmal morgen. Morgen alles auf einmal wäre in Ordnung. Wieder etwas später erhielt ich einen weiteren Anruf – diese Pizza hätten sie überhaupt nicht mehr und ob ich eine ähnliche Sorte haben wolle. Nein, ich möchte keine Ersatzprodukte von anderen Anbietern und wir kreuzen immer das Kästchen „Produkte nicht durch ähnliche ersetzen, wenn das genaue Produkt vorübergehend nicht verfügbar ist“ an. Da kann es zu unerwünschten Situationen kommen: Eine Dr. Oetger-Pizza könnte durch eine Saarioinen-Pizza ersetzt werden. Das mag für manche in Ordnung sein, für mich aber nicht. Also bat ich sie, später noch einmal anzurufen, wenn ich die Möglichkeit hätte, am Computer zu prüfen, welche Ersatzoptionen sie anbieten. Außerdem wurde uns eine nicht näher bezeichnete Entschädigung für all die Unannehmlichkeiten zugesagt. Außerdem habe ich nach Namen von Verantwortlichen in höheren Hierarchieebenen gefragt, bei denen ich mich beschweren kann, da mir sehr wohl bewusst ist, dass die Probleme struktureller Natur sein müssen und nicht nur darauf zurückzuführen sind, dass jemand seine Arbeit nicht ordnungsgemäß erledigt. Ich erhielt zwei Namen und zwei Telefonnummern, die ich anrufen werde, sobald dieses Online-Lebensmitteleinkaufsabenteuer vorbei ist. P.S.: Die Ersatzlieferung war für den nächsten Tag zwischen 9 und 12 Uhr vorgesehen und fand tatsächlich statt. Die „Entschädigung“ (ein 20-€-Gutschein für ein beliebiges Geschäft der S-Gruppe ) traf pünktlich zwei Tage später ein. P.P.S.: Genau eine Woche später habe ich den nächsten Online-Einkauf getätigt. Diesmal erfolgte die Lieferung pünktlich (angekündigt zwischen 9 und 12 Uhr, geliefert um 22:30 Uhr). Fast alles war in Ordnung, abgesehen von der Rechnung, auf der uns 61 Cent zu viel berechnet wurden: Sie haben eine 250-g-Tüte gefrorene Erdbeeren (2,3 €) statt einer 200-g-Tüte Himbeeren (1,69 €) in Rechnung gestellt. Ich hatte wirklich keine Lust, mich noch einmal zu beschweren. Das zeigt nur, wie schwer es ihnen fällt, alles richtig zu machen…

Eine Firewall, die sie alle abwehrt

Tue, 06 Nov 2012 00:00:00 +0000

Die Firewall der Universität Helsinki hindert Mitarbeiter daran, zu arbeitenAls ich mit einem gebrochenen Wadenbein im Krankenhaus lag, konnte ich wegen der Firewall der Universität Helsinki keine Arbeit erledigen. Selbst wenn der Android-OpenVPN-Client mir den Zugang ermöglicht hätte, hätte ich dennoch nicht arbeiten können. Der Zweck eines VPN besteht darin, Remote-Clients denselben Zugriff auf die LAN-Ressourcen zu ermöglichen wie den Rechnern, die sich physisch im LAN befinden. Offensichtlich sieht die Universität Helsinki das anders und gewährt VPN-Clients keine gleichwertigen Berechtigungen. In meinem Fall bedeutete das, dass ich mich nicht per SSH auf meinen Arbeitscomputer einloggen konnte. Das verteuert die Arbeit im Homeoffice, da mein Chef mir einen Laptop kaufen musste, nur weil die Firewall zwischen HY-VPN-Clients und lokalen Rechnern SSH-Verbindungen blockiert. Ohne diese Einschränkung könnte ich die gesamte Arbeit von meinem 400-€-Tablet aus erledigen, beispielsweise mit dem nomachine Player).Auch die Umgehungslösungen schlugen fehlHätte ich es geschafft, mich bei einem der UNIX-Server der Universität (myntti, kruuna, klaava oder ruuvi) anzumelden, hätte ich mich von dort aus bei meinem Arbeitscomputer anmelden können. Allerdings konnte mein Android-SSH-Client ConnectBot keine SSH-Verbindung zu diesen Servern herstellen. Ich vermute, dass dies am meinem Mobilfunkanbieter Tele Finland liegt, da ich mich auch nicht bei meinen eigenen SSH-Servern anmelden konnte (was normalerweise möglich ist, wenn mein Android-Gerät über WLAN verbunden ist). Sobald ich mich per SSH mit meinem Arbeitscomputer verbinden kann, kann ich einen Reverse-SSH-Tunnel einrichten und X Windows oder den NoMachine Player nutzen, um all die Arbeit zu erledigen, die ich normalerweise erledigen kann, wenn ich im Labor vor meinem Arbeitscomputer sitzePlex und endlose Probleme bei der VideowiedergabeAllerdings gelang es mir nicht, die OpenVPN-Konfiguration auf Android richtig hinzubekommen, und auch der Helpdesk-Support hat es bis heute nicht geschafft. Also langweilte ich mich im Krankenhaus zu Tode, und da wir zu Hause Plex als Medienzentrum nutzen, beschloss ich, mir ein paar Filme anzusehen. Allerdings befindet sich Plex auch nach vier Jahren Entwicklung immer noch in der Beta-Phase, und wir hatten unseren Anteil an Problemen bei der Medienwiedergabe. Auch dieses Mal: Ich konnte mit dem Android-Client . Die Verbindung zu unserem (Ubuntu 10.04) Plex-Medienserver wurde zwar problemlos hergestellt, aber das Einzige, was funktionierte, war der Bereich „Fotos“. Durch Ausprobieren fand ich heraus, dass ein Teil des Problems darin bestand, dass die Videos im QuickTime-Format von Apple vorlagen (sie waren auf einem Mac kodiert worden). Also suchte ich nach einer Möglichkeit, Hunderte von Dateien im Batch-Verfahren von .mov in .avi zu konvertieren. Das wäre sicherlich schneller, als einen Fehlerbericht einzureichen und darauf zu warten, dass die Plex-Leute das Problem beheben. QuickTime ist doch sowieso tot, oder? ffmpeg war sicherlich der richtige Weg, aber Google überschüttete mich mit Treffern zum Thema Stapelkonvertierung, und das Problem bestand darin, den einen zu finden, der funktioniert. Leider gibt es im Internet jede Menge Mist und Rauschen. Der folgende Einzeiler hat funktioniert:find . -name '*.mov' -exec sh -c 'ffmpeg -i "$0" -sameq "${0%%.mov}.avi"' {} \;

So ein Mist!

Sat, 03 Nov 2012 00:00:00 +0000

Bei einem Fahrradunfall habe ich mir den distalen Teil des Wadenbeins (Fibula) gebrochen. Die Straße muss am Nachmittag noch vereist gewesen sein, oder vielleicht waren es auch die nassen Blätter. Es passierte auf dem Heimweg, daher handelt es sich nach finnischem Recht technisch gesehen um einen Arbeitsunfall. Das ist zwar total ärgerlich, bot mir aber einen weiteren Einblick in das finnische öffentliche Gesundheitssystem. Ich wurde heute aus dem Töölö-Krankenhaus entlassen, nachdem ich dort vier Nächte in einem gemischten 6-Bett-Zimmer verbracht hatte.Überraschend wenig SchmerzenSolange ich mein Bein hochlege, sind die Schmerzen so gut wie nicht vorhanden, dass ich die Schmerzmittel am letzten Tag nach Rücksprache mit dem Arzt komplett weggelassen habe. Ich wollte wenigstens ein bisschen Schmerz spüren. Wie hätte ich sonst wissen sollen, dass ich mein Bein schonen muss?Die Gesundheitskosten niedrig haltenIn der ersten Nacht lag ich in einem Zweibettzimmer zusammen mit einem nervigen Zimmergenossen, der nicht einmal aufhörte zu reden, nachdem ich deutlich gemacht hatte, dass ich schlafen wollte; das war gegen Mitternacht. Dann griff er die Pflegekräfte wiederholt verbal an und verschanzte sich später auf der Toilette. Als die Sicherheitskräfte kamen, um die Situation zu klären, wurde ich zunächst aus dem Zimmer auf den Flur und später in das Sechsbettzimmer gebracht. Es versteht sich von selbst, dass ich nicht viel geschlafen habe. So hält Finnland seine Gesundheitskosten niedrig: Die Einrichtung ist überbelegt und das Pflegepersonal überlastet. Ich war eigentlich überrascht, wie gut sie die Situation angesichts der Umstände und von Patienten wie meinem Zimmergenossen gemeistert haben. Sie waren immer sehr freundlich und hilfsbereit.OperationVielleicht – und hoffentlich – haben die Einsparungen bei den Gesundheitskosten noch nicht die Fachkompetenz des Personals erreicht. Es macht mir nichts aus, vier Nächte in einem Sechsbettzimmer zu schlafen, solange die Operation nach dem standard of care (was ist “standard of care” überhaupt auf Deutsch? Behandlungsstandard?) durchgeführt wird. Die Operation war notwendig, denn obwohl die Fraktur nicht verschoben war, war sie doch so stark gewinkelt, dass eine suboptimale Heilung zu erwarten gewesen wäre, wenn sie ohne Operation (nur durch Gipsversorgung) behandelt worden wäre. Die Operation wurde nicht unter Vollnarkose, sondern unter Spinalanästhesie durchgeführt. Die Operation verlief gut, die Heilung wird jedoch ihre Zeit brauchen, aber bisher sieht alles gut aus. Ich habe sechs Wochen Krankschreibung bekommen. KrankenhausessenDas Krankenhausessen wurde seinem Ruf gerecht: Am vierten Tag litt ich unter so starker Verstopfung, dass ich dachte, meine Hämorrhoiden würden platzen und die Nähte reißen, als ich versuchte, meinen Stuhlgang zu verrichten. Das frische Gemüse und Obst bestand meist aus ein paar dünnen Alibi-Scheiben Gurke oder Tomate. Kein Wunder, dass es zu wenig Ballaststoffe gab. **Die größten Verlierer: Helpdesk der Universität Helsinki und Tele Finland **Die größte Enttäuschung während des Krankenhausaufenthalts waren der IT-Helpdesk der Universität Helsinki und mein Mobilfunkanbieter Tele Finland: Ich hatte mehrere Experimente im Labor laufen und um Anweisungen zum weiteren Vorgehen zu geben, musste ich mich über SSH (und nomachine über SSH) verbinden. Es gelang mir nicht, das VPN unter Android zum Laufen zu bringen. Der Link zur detaillierten Anleitung auf der Hilfeseite der Universität war (wie üblich) defekt. Aber selbst wenn er funktioniert hätte, hat sich wohl bisher niemand die Mühe gemacht, eine Anleitung für ein Betriebssystem bereitzustellen, das weltweit nur etwas mehr als 500 Millionen Mal installiert ist.Die Universität Helsinki nutzt OpenVPN und es gibt einen offiziellen OpenVPN-Client für Android . Als ich jedoch eine E-Mail an den Helpdesk schickte, wurde meine E-Mail nicht einmal gelesen. Man teilte mir mit, ich könne über die VPN-Weboberfläche auf meine Dateien zugreifen. Das trifft natürlich nur zu, wenn man den Netzwerkordner auf einem Windows-Rechner nutzt, um seine Dateien zu speichern. Meine zweite E-Mail, in der ich noch einmal deutlich darauf hinweise, dass ich von Android aus SSH-Zugriff auf meinen Desktop-Computer benötige, ist bis heute unbeantwortet.Um dieses Problem zu umgehen, habe ich versucht, über mein Android-Smartphone (Samsung Galaxy S3) und mein Lenovo-Convertible S10-3t (Dual-Boot mit Windows 7 und Ubuntu 12.04) eine Internetverbindung herzustellen. Das Tethering hat jedoch nicht funktioniert. Ich habe mich an Tele Finland gewandt, um zu fragen, ob dies auf Richtlinien zurückzuführen ist oder ob es sich lediglich um einen Fehler handelt. Bis heute keine Antwort. Daher gehe ich davon aus, dass es sich um eine Richtlinie handelt. Das Tethering hat mit meinem alten HTC Desire (mit CyanogenMod 7.1 ) und Saunalahti einwandfrei funktioniert. Ich habe versucht, mein Galaxy S3 von 4.04 auf 4.1 zu aktualisieren, aber für diesen Vorgang ist ein mit dem Internet verbundener Windows-Rechner erforderlich (den ich nicht nutzen konnte, da das Tethering nicht funktionierte).

Den Schmutz von den „Dirty Dozen“ abwaschen

Sun, 09 Sep 2012 00:00:00 +0000

Es wurde viel über die „Dirty Dozen“ gesprochen, eine Liste der 12 am stärksten mit Pestiziden belasteten Obst- und Gemüsesorten, die von der Environmental Working Group zusammengestellt wurde. Obwohl ich viele Ziele der EWG teile, ist die EWG dennoch eine Organisation mit einer bestimmten Agenda.Äpfel führten die Liste der „Dirty Dozen“ an, und da Äpfel wahrscheinlich die Obstsorte sind, die ich am häufigsten esse, beschloss ich, mir die Methodik der EWG-Studie genauer anzusehen. Die EWG erklärt auf ihrer Website: „Nahezu alle Studien, auf denen der Leitfaden basiert, untersuchten Obst und Gemüse, nachdem es gewaschen oder geschält worden war.“ Die Daten, auf denen die Empfehlungen basieren, wurden nicht von der EWG selbst erhoben, sondern vom US-Landwirtschaftsministerium (USDA) . Das USDA verfügt über Standardarbeitsanweisungen (Standard Operating Procedures, SOP) für den Laborbetrieb; ein Blick auf die relevante SOP ( PDP-LABOP Probenaufbereitung und -analyse, Rev. 4, 01.07.12 ) habe ich Folgendes gefunden: `5.3.3 Äpfel Waschen Sie jeden Apfel etwa 15–20 Sekunden lang unter fließendem kaltem Leitungswasser, um sicherzustellen, dass alle Oberflächen des Apfels abgespült wurden. Lassen Sie ihn mindestens 2 Minuten lang auf Küchenpapier auf einer ebenen Fläche abtropfen. Nicht schälen. Entfernen Sie gegebenenfalls den Stiel. Entfernen Sie das Kerngehäuse mit einem handelsüblichen Apfelentkerner oder schneiden Sie jeden Apfel mit einem sauberen, trockenen Messer in Hälften oder Viertel und entfernen Sie das Kerngehäuse. Zerkleinern Sie die Äpfel mechanisch, bis eine optisch homogene Mischung entsteht. Eine Stückzählung ist erforderlich. Die Lagerung im Kühlschrank darf vom Zeitpunkt der Ankunft bis zur Homogenisierung der Probe 120 Stunden nicht überschreiten.“ Nun scheint es, als seien die Äpfel mit Schale analysiert worden. Vielleicht sind Äpfel die Ausnahme, die die EWG meint, wenn sie von „fast allen“ schreibt. Könnte es sein, dass konventionell angebaute Äpfel einen Großteil ihrer Pestizide in der Schale enthalten? Ja, das ist eine Möglichkeit, da „… das Schälen der Äpfel alle Pestizidrückstände deutlich reduzierte“ ( Rasmussen et al. 2003: Verteilung mehrerer Pestizidrückstände in Apfelspalten nach der Verarbeitung zu Hause ). Tatsächlich wurden zahlreiche Untersuchungen durchgeführt, um der Frage nachzugehen, ob Pestizidrückstände durch Waschen von Obst und Gemüse entfernt werden können. Die Ergebnisse weisen alle in dieselbe Richtung: Mit wenigen Ausnahmen (systemische Pestizide) befindet sich ein Großteil der Pestizidrückstände in oder auf der Schale. Die Wassertemperatur ist entscheidend: Je heißer das Wasser, desto besser werden die Pestizidrückstände entfernt. Reinigungsmittel und Reiben verbessern das Ergebnis, genau wie beim Händewaschen ( Holland et al. 1994: Auswirkungen von Lagerung und Verarbeitung auf Pestizidrückstände in pflanzlichen Erzeugnissen , Chavarri et al. 2005: Der Rückgang von Pestiziden in Obst und Gemüse während der kommerziellen Verarbeitung , Keikotlhaile et al. 2010: Auswirkungen der Lebensmittelverarbeitung auf Pestizidrückstände in Obst und Gemüse: Ein Meta-Analyse-Ansatz ).Ich vermute, das ist der Grund, warum viele Menschen die Schale routinemäßig entfernen und wieder andere Äpfel unter heißem Wasser waschen und abreiben. Und wenn Sie die Schale gerne mitessen, kaufen Sie einfach Bio-Äpfel. Zumindest hat man dann ein besseres Gefühl. Bild basierend auf Red Apple von Abhijit Tembhekar.

Hobbys

Sat, 05 May 2012 00:00:00 +0000

Laufen

Sat, 05 May 2012 00:00:00 +0000

Ich habe alles zwischen 1500 Metern und 100 km absolviert. Aber das ist schon 15 Jahre her, und mittlerweile laufe ich nur noch während der Werbepausen meiner Lieblingssendung zum Kühlschrank und zurück. Ansonsten schaue ich ab und zu auf der Homepage von Runner’s World vorbei, um mich inspirieren zu lassen.

Mein neues Helkama Jääkäri-Fahrrad

Thu, 26 Apr 2012 00:00:00 +0000

Mein Trek -Fahrrad hat 10 Jahre und etwa 50.000 Kilometer durchgehalten, bevor ich es ausmustern musste. Ich führe keine vorbeugende Wartung durch und repariere Dinge erst, wenn sie kaputt sind. Im Jahr 2006 kaufte ich ein Fahrrad für 450 € bei Biltema . Es hielt nicht einmal 5 Jahre, bevor es einer größeren Reparatur bedurfte (einschließlich des Austauschs teurer Teile wie Räder, Bremsen, Schaltung, Freilauf und vieler weniger teurer Teile). Im vergangenen Juni entschied ich mich für ein [Helkama Jääkäri]([img_assist|nid=581|title=Helkama Jääkäri|desc=|link=url,http://www.helkamavelox.fi/en/models/men/jaakari_3_gear-hmj3nhr_arv_k|align=left|width=240|height=160]) für etwa 700 € zu kaufen. Es ist ein Militärfahrrad im alten Stil, und ich hatte gehofft, dass es länger halten würde als die Biltema-Qualität. Diesen Winter bin ich mit meinem neuen Helkama-Fahrrad mehrere hundert Kilometer auf holprigen Schneepfaden gefahren, und im Februar wäre mir fast das Hinterrad abgefallen. Die Schrauben waren nicht fest genug angezogen, und das Gewinde war bereits stark beschädigt. Um meine Fahrt fortsetzen zu können, musste ich die Unterlegscheibe entfernen, um unbeschädigtes Gewinde freizulegen, und die Schraube festziehen. Ich wandte mich an Helkama, da das Fahrrad noch nicht einmal ein Jahr alt war. Sie reagierten schnell, und innerhalb einer Woche erhielt ich per Post ein Ersatz-Hinterrad. Das ist guter Kundenservice und ein Grund, der Marke treu zu bleiben: Als ich letzten Monat ein neues Fahrrad für meinen Sohn kaufte, entschied ich mich für das Helkama Yoker , obwohl es sicherlich nicht die günstigste Wahl war.

Die Grippeimpfung wirkt

Fri, 20 Apr 2012 00:00:00 +0000

Letzte Woche hatte mein Sohn die Grippe. Bei ihm wurde Influenza A diagnostiziert. Er war furchtbar krank, hatte mehr als vier Tage lang über 39 °C Fieber und blieb zehn Tage lang zu Hause, bevor er wieder in den Kindergarten gehen konnte. Meine Tochter ist nicht krank geworden. Meine Frau und ich auch nicht. Ratet mal, warum? Weil wir uns gegen die saisonale Grippe impfen ließen. Hier in Finnland ist die saisonale Grippeimpfung kostenlos für Kleinkinder zwischen 6 und 35 Monaten, Senioren ab 65 Jahren, Schwangere sowie Personen mit chronischen Erkrankungen oder unter Medikamenteneinnahme, die ein erhöhtes Risiko für einen schweren Krankheitsverlauf oder Komplikationen haben . Zudem bieten viele Arbeitgeber ihren Mitarbeitern kostenlose Grippeimpfungen an. Da mein Sohn zu keiner der Gruppen gehört, die die Impfung kostenlos erhalten, da er sich vehement gegen die Impfung gewehrt hat und da das Infektionsrisiko für Ungeimpfte in einem bestimmten Jahr vielleicht nur bei 5 % liegt, haben wir ihn ungeimpft gelassen. Eine schlechte Entscheidung. Es gibt einen sehr guten Artikel über Grippeimpfungen auf dem Blog Science-based Medicine sowie einen sehr guten Podcast von pediacast.org zu diesem Thema. Leider war der FluMist (die Impfung, die inhaliert statt gespritzt wird) für die Grippesaison 2011/2012 auf dem finnischen Markt noch nicht erhältlich. Flu Mist wird von MedImmune , einer Tochtergesellschaft von AstraZeneca , hergestellt. Laut meinem Gesundheitsdienstleister Mehiläinen wird der intranasale Impfstoff sehr wahrscheinlich in der nächsten Grippesaison in Finnland erhältlich sein. Der Name des Impfstoffs wird Fluenz lauten, unter dem er 2011 von der Europäischen Arzneimittelagentur für die gesamte Europäische Union zugelassen wurde.Mein Sohn hatte lediglich Einwände gegen die Injektion, nicht gegen den Grippeimpfstoff an sich. Der Grippe-Nasenspray ist genauso wirksam wie die Grippeimpfung und bietet im Vergleich zur Spritze möglicherweise sogar einen besseren Schutz . Das macht Sinn, da das Antigen auf natürlichem Wege aufgenommen wird. Und da es sich um einen Lebendimpfstoff handelt, könnte die Immunantwort besser und nachhaltiger sein. Vielleicht sollte der Gesundheitsdienstleister meines Arbeitgebers, Mehiläinen, auch kostenlose saisonale Grippeimpfungen für die Kinder der Mitarbeiter anbieten, denn obwohl ich geimpft war, habe ich mehrere Arbeitstage verpasst, weil ich mich um meinen Sohn kümmern musste.

Ein halbes Jahr und über 1000 € für Windows 7 und Office 2010

Mon, 02 Apr 2012 00:00:00 +0000

Anfang 2011 habe ich mir ein Netbook gekauft ( Lenovo IdeaPad S10-3t ). Ich habe es von meinem eigenen Geld gekauft. Darauf war Windows 7 Starter Edition vorinstalliert. Da ich lieber Ubuntu nutze, habe ich die Windows-7-Partition verkleinert und Ubuntu als mein primäres Betriebssystem installiert. Ich habe die von der Universität lizenzierte Version von Microsoft Office XP installiert, für die es in unserem Forschungsprogramm noch Installationsmedien gab. Es gibt nur zwei Fälle, in denen ich Windows starte: wenn ich zu Hause gemeinsam mit meinen Co-Autoren an gemeinsamen Publikationen oder Förderanträgen mit Microsoft Word arbeiten musste oder wenn es ein Programm gibt, für das es unter Linux keine Entsprechung gibt (was in den letzten Jahren selten vorgekommen ist).Im vergangenen Oktober traten jedoch immer mehr Kompatibilitätsprobleme zwischen dem in die Jahre gekommenen Office XP und den neueren Office-Versionen auf, die das neue XML-Format (.docx) verwenden. Einmal, nachdem mein Chef eine (mit Office XP erstellte) Word-Datei geöffnet, geändert und mir (im Kompatibilitätsmodus) zurückgeschickt hatte, ließ sie sich in Office XP nicht mehr bearbeiten. Word stürzte jedes Mal ab, wenn ich versuchte, zwei der drei eingebetteten Bilder zu bearbeiten. Tatsächlich verbrachte ich Stunden damit, eine bearbeitbare Version dieses Dokuments von Grund auf neu zu erstellen. Da beschloss ich, die Windows- und Office-Versionen auf meinem privaten Computer zu aktualisieren. Die Lizenzvereinbarung der Universität Helsinki mit Microsoft erlaubt es Mitarbeitern und Studierenden, Windows und Office auf ihrem Heim-PC zu nutzen. Für Forscher an der Universität kommt es ständig vor, dass sie von zu Hause aus arbeiten müssen. Tatsächlich habe ich eine fast vollständige Forschungsarbeit ( Jeltsch et al., JBC 2006 ) von zu Hause aus verfasst. Daher sollte es doch weder schwierig noch teuer sein, von Windows 7 Starter auf Windows 7 Ultimate und von Office XP auf Office 2010 umzusteigen, oder? Die Universität Helsinki möchte in den [Alma-Intranetseiten]( http://www.topuniversities.com/university-rankings/world-university-rankings/2011?page=1>internationalen Rankings immer weiter nach oben klettern. Man könnte daher meinen, die Universität hätte dafür gesorgt, dass ihre Forscher einfachen Zugang zu den richtigen Werkzeugen für ihre Arbeit haben. FALSCH! Die Universität Helsinki hat auf ihrer Seite „Ohjelmistojakelu“ Anweisungen bereitgestellt. Hinter dem Link <a href=) (Home Use Program) verbirgt sich der Punkt „Microsoft Home Use Program und Softwarebereitstellung für Mitarbeiter“. Ich habe die Datei („koodi.txt“) heruntergeladen, bei der es sich um eine Textdatei handelt, die einen Code enthält (etwa „XXX0000“). Mit diesem Code habe ich die Website des Microsoft Home Use Program aufgerufen. Ich musste meine berufliche E-Mail-Adresse und den Code eingeben und erhielt folgende Fehlermeldung: „Es tut uns leid, aber wir können Ihre Anfrage nicht bearbeiten. Folgende Probleme liegen vor: – Bitte wenden Sie sich an Ihren Leistungsadministrator, um zu erfahren, ob Sie berechtigt sind, und um Ihren Programmcode zu erhalten.“ Ich rief den Helpdesk der Universität an, um zu fragen, was das Problem sei. Die Antwort: „Die Universität und Microsoft verhandeln gerade über einen neuen Lizenzvertrag, und der alte Code funktioniert nicht mehr, während der neue Code noch nicht verfügbar ist.“ Wie lange wird es ungefähr dauern, bis die neuen, funktionierenden Codes verfügbar sind? „Ein paar Wochen.“ Ich wartete ein paar Wochen. Um genau zu sein: Ich wartete sechs Wochen. Ich durchlief denselben Vorgang wie zuvor. Aber der Code funktionierte immer noch nicht. Rückblickend vermute ich, dass die erste Antwort des Helpdesks falsch war: Die Codes waren wahrscheinlich noch in Ordnung, aber die Anweisungen auf den Seiten der Universität waren falsch (sie verwiesen mich auf die falsche Seite, um den Code einzugeben, und zum Zeitpunkt des Verfassens dieses Artikels – fünf Monate später – sind die Seiten der Universität immer noch falsch).Zu Beginn des neuen Jahres reichte ich eine formelle Supportanfrage beim Helpdesk ein. Ich erhielt folgende Antwort: „Hallo Michael, die Universität Helsinki hat ab diesem Monat eine neue Vereinbarung mit Microsoft geschlossen (Wechsel von MSCA zu EES), und da sich unsere Vereinbarung ändert, funktionieren die Codes nicht mehr. Ich gehe davon aus, dass wir von Microsoft neue Codes für unsere neue Vereinbarung erhalten, sobald der gesamte Papierkram erledigt ist, was etwa ein paar Wochen dauern wird. Wir können jetzt nur abwarten; du kannst im Februar prüfen, ob die Option „Home Use Program“ funktioniert. Entschuldige bitte die Unannehmlichkeiten. Viele Grüße,Tommi hat mir außerdem den [Alma-Link mit der Anleitung](https://alma.helsinki.fi/doclink/205638) geschickt. Ich habe mehrere der Links in dem Dokument ausprobiert (es handelte sich um Links zu Websites, auf denen man Installationsmedien bzw. Downloads für Windows und Office bestellen konnte), aber bereits der erste Link war defekt: Microsoft Windows-Betriebssysteme: [e-Academy](https://alma.helsinki.fi/doclink/178404) (keine CD-/DVD-Option, nur herunterladbare Versionen). Er ist zum Zeitpunkt der Erstellung dieses Beitrags immer noch defekt.Die andere Option („Microsoft Home Use Program HUP (Digital River, auch Installationsmedien)“) führte lediglich zu den Anleitungen, die ich bereits kannte (und die nicht funktionieren). Da offenbar noch niemand zuvor versucht hatte, Windows und Office für den privaten Gebrauch über dieses Programm legal zu erwerben, ging ich im März zusammen mit meinem Computer zu unserem Helpdesk auf dem Meilahti-Campus. Iivari war sehr freundlich, aber das Einzige, was er erreichen konnte, war, das Problem zu reproduzieren und jemanden davon zu überzeugen, dass es ein Problem gibt, das untersucht werden sollte. Ein paar Tage später schickte er mir den Link zu einer Seite, auf der ich Windows und Office für 20 € pro DVD bestellen konnte: [https://hup.atea.fi/](https://hup.atea.fi/).Diesen Link habe ich nirgendwo in den Online-Anleitungen der Universität gefunden (wie ich später erfuhr, ist er zwar irgendwo dort zu finden, aber fast unmöglich aufzuspüren). Es überrascht mich nicht, dass ansonsten gesetzestreue Bürger dieses Landes zu Hause illegale Versionen von Windows/Office nutzen, wenn es so schwierig ist, sich an die Gesetze zu halten. Eine Woche später erhielt ich die DVDs per Post (ich musste zur Post gehen und dort die 20 € pro DVD bezahlen).Bevor ich irgendetwas installierte, erstellte ich mit dem Befehldd if=/dev/sda of=/dev/sdb ein Disk-Dump meiner gesamten Festplatte (250 GB Festplatte, das dauerte über USB 20 Stunden). Da auf meinem Computer Windows 7 Starter installiert war, habe ich zunächst versucht, das [Anytime-Upgrade](http://windows.microsoft.com/en-GB/windows7/products/windows-anytime-upgrade) zu nutzen. Dafür hätte ich eigentlich nur den Lizenzschlüssel gebraucht, nicht aber die physischen Installations-CDs. Als ich den Schlüssel eingab, startete das Upgrade, schlug jedoch ohne weitere Details fehl. Also beschloss ich, den [Upgrade-Berater](http://windows.microsoft.com/en-GB/windows/downloads/upgrade-advisor) auszuführen (ein Programm von Microsoft, das feststellt, ob der Computer für das Upgrade „gut“ genug ist). Das einzige, was dabei festgestellt wurde, war, dass mir Speicherplatz fehlte. Also habe ich durch das Deinstallieren von Software (hauptsächlich die von Lenovo vorinstallierte Bloatware) weitere 5 GB freigemacht. Auch der zweite Versuch schlug ohne konkrete Fehlermeldung fehl. Ich hatte keine Möglichkeit, den Grund dafür herauszufinden. Also versuchte ich eine saubere benutzerdefinierte Installation. Zunächst musste ich die Windows-7-Installations-DVD auf einen USB-Stick übertragen (mein Computer hat kein CD-/DVD-Laufwerk und weder ich noch mein Labor besitzen ein externes CD-/DVD-Laufwerk). Glücklicherweise ist das unter Windows 7 einfacher als unter Windows XP. Allerdings scheinen nicht alle USB-Sticks gleich zu sein, und der erste USB-Stick, den ich ausprobierte (Verbatim), wurde von dem von mir verwendeten Tool abgelehnt. Ich folgte [diesen Anweisungen](http://www.winsupersite.com/article/windows-7/install-windows-7-with-a-usb-memory-key). Dann bootete ich vom 4-GB-Stick und startete das Upgrade. Alles lief reibungslos bis ganz zum Schluss, als ich einen Neustart durchführen musste und die Meldung „Ihre Windows 7-Installation ist beschädigt. Möchten Sie, dass Windows das Problem behebt?“ erschien. Dann traf ich eine falsche Entscheidung: Ich sagte „Ja“. Nach der Reparatur funktionierte nichts mehr. Beim Neustart war nur noch ein blinkender schwarzer Cursor zu sehen. Okay, wenn ich kein Upgrade durchführen kann, kann ich eine Neuinstallation vornehmen. Ich habe meine Festplatte komplett gelöscht und mit der Installation begonnen. Alles lief gut, bis ich den Produktschlüssel eingeben musste. Es wurde gemeldet, dass es sich nicht um einen gültigen Produktschlüssel handele. Natürlich hatte ich die Seiten unter [www.atea.fi](https://www.atea.fi) nicht gründlich gelesen und verstanden. Wahrscheinlich, weil sie nur auf Finnisch sind. Anscheinend stellt der Vertrag der Universität mit Microsoft den Mitarbeitern keine Vollinstallationsprogramme zur Verfügung, sondern nur Upgrade-Installationsprogramme. Folglich muss ich meine alte Windows-Version für die Installation beibehalten. Glücklicherweise hatte ich meinen Diskdump. Ich habe ihn wieder auf die Festplatte geschrieben. Das dauerte nur etwa 6 Stunden. An diesem Montag ging ich (zusammen mit meinem Laptop) zum lokalen IT-Support. Perttu klärte mich über die möglichen Upgrade-Möglichkeiten auf Windows 7 auf und versuchte, die benutzerdefinierte Installation mithilfe eines externen DVD-Laufwerks durchzuführen. Und es hat geklappt! Halleluja! Es waren mehrere Neustarts nötig, aber schließlich hatte ich ein lauffähiges Windows 7 Ultimate. Die Installation der Treiber dauerte ebenfalls etwa drei Stunden. Es dauerte eine Ewigkeit, die Treiber von der Lenovo-Website herunterzuladen, obwohl sie über Akama bereitgestellt wurden. Vielleicht haben sie ihre Rechnungen nicht bezahlt. Jetzt musste ich nur noch ein ISO-Image von der Office-2010-DVD erstellen, es auf den Computer übertragen und die Installation starten, die diesmal einwandfrei verlief.Ich vermute, dass das System bei meinem ersten Versuch einer benutzerdefinierten Installation durch das fehlgeschlagene „Anytime Upgrade“ irgendwie beeinträchtigt war. Wer weiß. 500 Millionen Zeilen Code, die niemand mehr wirklich versteht. Es grenzt an ein Wunder, dass Microsoft es schafft, Windows über Wasser zu halten.Natürlich hatte der Windows-Installer meinen GRUB-Bootloader durcheinandergebracht, und ich musste den Rechner von einer [System-Rettungs-CD](http://www.sysresccd.org/SystemRescueCd_Homepage) auf einem USB-Stick starten und den MBR aus meinem Festplatten-Dump zurückschreiben:dd if=/dev/sda of=/dev/sdc bs=512 count=1`Ich weiß bis heute nicht genau, ob die Windows 7 Starter Edition für ein Upgrade im Rahmen des universitären Lizenz-Upgrade-Programms in Frage kommt oder nicht. Ich bin dummerweise davon ausgegangen, dass, wenn ein 10 Jahre altes Windows XP Home in Frage kommt, dies auch für eine Windows 7 Starter Edition gelten würde. Der gesamte Vorgang dauerte etwa ein halbes Jahr, und insgesamt habe ich dafür vielleicht sieben bis zehn Arbeitstage aufgewendet (etwa die Hälfte dieser Zeit während der Arbeitszeit, die andere Hälfte an meinen Wochenenden). Schätzen wir die tatsächlichen Kosten einschließlich der Stunden, die ich in diese Windows-7- und Office-2010-Installation investieren musste: konservativ geschätzt mindestens 1000 €. Das System ist kaputt, und das Schlimmste daran ist, dass niemand dafür verantwortlich ist und niemand es beheben kann. Vielleicht sollte die Universität Helsinki etwas Energie und Zeit in die Entwicklung und Einführung von Open-Source-Betriebssystemen investieren. Schließlich wurde das beliebteste davon (Linux) von jemandem von der Universität Helsinki ins Leben gerufen.

rtmpdump - Die Sendung mit der Maus

Wed, 14 Mar 2012 00:00:00 +0000

In meinem Eintrag vom 5. März 2010 habe ich über die Sendung mit der Maus geschrieben. Endlich kann man jetzt die Sendung mit der Maus in der gesamten Länge als Flash-Video über das Internet sehen! Für 7 Tage, bis zur nächsten Maus-Sendung. Die Auflösung ist zwar nicht HD (512x288 mit 25fps, H264), aber zumindest kann man sie - wenn man denn weiss wie - auch auf seine Festplatte sichern. Das Program, welches dieses ermöglicht ist natürlich open source: rtmpdump .Die Befehlszeile lautet:

Meine Podcast-Favoriten

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Meine Podcast-Favoriten. Fast jede Episode ist fantastisch:

ComputerNachrichten und Informationen über Computer-Sicherheit und wie das Internet und Computer funktionieren: Security Now!
Alles über Linux: The Linux Action Show!
Jede Woche wird in FLOSS Weekly ein neues Open Source Projekt vorgestellt.

Wissenschaft und Skeptizismus

Rekombinante Proteine

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Früher war hier eine dynamisch verlinkte Liste meiner Proteine. Leider musste ich die direkte Verlinkung zu unserem Labor-Datenbank-Server aus Sicherheitsgründen aufgeben. Irgendwann finde ich vielleicht die Zeit, mit einer sicheren Methode den Inhalt userer Labor-Gefrierschränke hier auf meiner Homepage zu publizieren. Bis dahin gibt es bloss eine Liste der Proteine, die ich produziert habe. Wer Fragen hat oder die Proteine für Forschungszwecke braucht, darf sich gerne an mich oder meinen Chef wenden:

Lymphangiogenese-Regulation durch Wachstumsfaktoren

Thu, 19 Jan 2012 00:00:00 +0000

Alle Zellen unseres Körpers benötigen Sauerstoff und sie werden über das Blut damit versorgt. Deshalb ist das Gefässsystem das erste funktionsfähige Organ im wachsenden Embryo. Bevor das Herz seine Pumpfunktion aufnimmt, deckt der Embryo seinen Sauerstoffbedarf einzig durch Diffusion. Dies ist ihm allerdings nur bis zu einer Grösse von einigen Millimetern möglich.Tumoren haben das gleiche Problem, wenn sie eine ähnliche Grösse erreichen. Beide - der wachsende Embryo und die Krebsgeschwulst - können ihr Wachstum nur fortsetzen, wenn es ihnen gelingt, ein Gefässsystem zu bilden, das ihnen den benötigten Sauerstoff und die Nährstoffe bereitstellt.Das Krebswachstum ist also abhängig vom Wachstum und von der Neubildung von Blutgefässen. Andererseits gibt es aber auch Krankheiten, die von unzureichendem Blutgefäss-Wachstum charakterisiert werden. Bei der koronaren Herzkrankheit z. B. können die Blutgefässe dem Herzmuskel nicht genügend Sauerstoff liefern.Neben dem Herz-Kreislaufsystem gibt es noch ein anderes Gefässsystem: das Lymphgefässsystem. Es leitet überschüssige Gewebsflüssigkeit zuruck ins Blut und spielt eine wichtige Rolle in der körpereigenen Abwehr gegen Bakterien und Viren. Ähnlich dem Blutgefässsystem spielt das Lymphsystem eine wichtige Rolle in vielen Krankheiten. Lymphödem-Patienten z. B. leiden unter Schwellungen der Gliedmassen, weil entweder nicht aysreichend Lymphgefässe vorhanden sind oder die vorhandenen in ihrer Funktion eingeschränkt sind. Auch die Verbreitung von Krebs (Metastasierung) hängt eng mit dem Lymphsystem zusammen, weil Krebszellen die Lymphgefässe als Transportwege innerhalb des Körpers benutzten.

Meine Lieblings-Podcasts

Thu, 05 Jan 2012 00:00:00 +0000

Meine Lieblings-Podcasts. Mir gefällt fast jede einzelne Folge:

Themen rund um Computer Sicherheitsnachrichten und Informationen zu Sicherheit sowie zur Funktionsweise von Computern und dem Internet: Security Now!
Alles rund um Linux: The Linux Action Show!
Jede Woche steht ein Open-Source-Projekt im Mittelpunkt: FLOSS Weekly

Wissenschaft und Skeptizismus

Privatdozent

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Seit dem 13 Dezember 2011 bin ich Privatdozent (auf Finnisch: dosentti ) an der Universität Helsinki. Privatdozent ist keine Stelle, sondern ein Titel, der ein gewisses Mindestmass an wissenschaftlichen Erfolgen nach Abschluss der Doktorarbeit und Lehrerfahrung vorausetzt ( mehr darüber in Finnisch ).

Wie man „Adjunct Professor“ („dosentti“) an der Universität Helsinki wird

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Im Vergleich zur Promotion war diese „Dosentti“-Sache ein Kinderspiel. Ich habe Anfang 2011 damit begonnen und den Titel noch im selben Jahr, im Dezember, erhalten. Ich weiß nicht, ob sich das Verfahren an verschiedenen finnischen Universitäten unterscheidet und ob einige der Formalitäten möglicherweise spezifisch für die Universität Helsinki sind, aber dennoch liste ich im Folgenden die Schritte auf, die ich unternommen habe, um den Titel zu erhalten. Anleitungen sind auch hier verfügbar.

Tobis LEGO-Bausätze

Mon, 02 Jan 2012 00:00:00 +0000

Set-NummerSet-NameThemaUnterthemaJahr625-1Traktor-BaggerTownClassic1978626-1Rotes Kreuz-HubschrauberTownClassic1978645-1Polizei-HubschrauberTownClassic1979661-1 „Spirit of St. Louis“ LEGOLAND 1976885-1 Weltraum-Roller SpaceClassic 1979886-1 Weltraum-Buggy SpaceClassic 1979889-1 Radar-Lkw SpaceClassic 1979894-1 Mobile BodenverfolgungsstationSpaceClassic1979897-1 Mobiler RaketenwerferSpaceClassic1979924-1 WeltraumtransporterSpaceClassic1979928-1 Weltraumkreuzer und MondbasisSpaceClassic19791575-1 Finnjet-FähreFerries 19772114-1ChopovNinjagoSpinners20112116-1KraziNinjagoSpinners20113179-1Reparatur-LkwCityTraffic20103179-1ReparaturwagenCityTraffic20103843-1Ramses-Pyramide-Spiele 20094915-1Mini-BaustelleCreator 20075933-1Flughafen-BausatzBricks and More 20115981-1Raid VPRSpaceSpace Police 320106191-1Feuerwehr-BausatzBricks and More 20096801-1MondbuggySpaceClassic19816821-1SchaufelbuggySpaceClassic19806822-1WeltraumbaggerSpaceClassic19816841-1 Mineralendetektor Space Classic 19806927-1 Geländewagen Space Classic 19816929-1 Sternenflotte Voyager Space Classic 19817138-1 Rahkshi Bionicle Stars 20107241-1FeuerwehrwagenCityFire20057245-1HäftlingstransportCityPolice20057245-1HäftlingstransportCityPolice20057566-1BauerCityFarm20107610-1SchnellbootCreator 20067631-1KipplasterCityConstruction20097732-1LuftpostCityCargo20087741-1PolizeihubschrauberCityPolice20087797-1DoppeldeckerCreator 20087930-1Kopfgeldjäger-KampfhubschrauberStar Wars: The Clone Wars20117950-1RitterduellCastle Kingdoms20107953-1HofnarrCastle Kingdoms20107977-1Meeresboden-StriderAtlantis 20117978-1Angler-Angriff Atlantis 20117984-1Tiefsee-Raider Atlantis 20118015-1Kampfpaket „Attentäter-Droiden“ Star Wars: The Clone Wars 20098056-1Monsterkrabben-Kampf Atlantis 20108072-1Sea Jet Atlantis 20108073-1Manta-Krieger Atlantis 20108083-1 Rebellen-Soldat-Kampfpack Star Wars Episode IV–VI 20108086-1 Droiden-Tri-Fighter Star Wars The Clone Wars 20108088-1 ARC-170-Sternjäger Star Wars The Clone Wars 20108089-1 Hoth-Wampa-Höhle Star Wars Episode IV–VI 20108093-1 Plo Koons Jedi-Sternjäger Star Wars The Clone Wars 20108095-1 General Grievous’ Sternjäger Star Wars: The Clone Wars 20108096-1 Imperator Palpatines Shuttle Star Wars: Episode III 20108130-1Terrain CrusherRacersTiny Turbos20078137-1Booster BeastRacersPower Racers20078193-1Blue BulletRacersTiny Turbos20108221-1Storming EnforcerRacers 20118400-1 Space Speeder Space Space Police 3 200986665-1 Highway Enforcer Racers Tiny Turbos 20068860-1 Auto-Chassis Technic 198010188-1 Todesstern Star Wars Ultimate Collector Series 2008

Tobis LEGO-Bausätze

Wed, 09 Nov 2011 00:00:00 +0000

Einführung in die Lymphforschung

Thu, 20 Oct 2011 00:00:00 +0000

Vorlesung 1: Das Herz-Kreislauf-System im Vergleich zum Lymphsystem: Anatomie und Physiologie
Vorlesung 2: Molekularer Aufbau des Lymphsystems
Vorlesung 3: Das Lymphsystem bei Erkrankungen
Vorlesung 4: Modellorganismen in der Lymphforschung , .tex file
Vorlesung 5: Grundlegende Techniken in der Lymphforschung
Vorlesung 6: Aktuelle Fragestellungen in der Lymphforschung

Wie bist du denn hier gelandet?

Tue, 20 Sep 2011 00:00:00 +0000

Struktur-Funktions-Beziehungen innerhalb der VEGF-/VEGF-Rezeptor-Familien

Wed, 03 Aug 2011 00:00:00 +0000

Das 8. Internationale Duodecim-Symposium zum Thema „Endotheliale Wachstumsfaktoren bei Krebs und Herz-Kreislauf-Erkrankungen“ fand vom 9. bis 11. Juni 2011 auf dem Hof Vanajanlinna statt. Es liegt etwas mehr als 100 km von Helsinki entfernt, und ich bin mit dem Fahrrad dorthin gefahren. Dies ist der Abstrakt des Posters, das ich für das Symposium gemacht habe:

Einige nützliche Befehle zur Bearbeitung (und Suche) von PDF-Dateien

Thu, 28 Jul 2011 00:00:00 +0000

Seiten mit Zwischenseiten einfügen: pdftk A=input_odd_pages.pdf B=input_even_pages.pdf shuffle A B output collated.pdf (aus dem pdftk-Paket)
Eine PDF-Datei im Format A2 zum Drucken in zwei A3-Seiten aufteilen (ohne Überlappung): pdfposter -m A3 -p A2 Periodic-Table_A2.pdf Periodic-Table_2xA3.pdf
Eine PDF-Datei beliebiger Größe zum Drucken in A3-Seiten mit 100 % Größe (= 1) aufteilen, ohne Überlappung: pdfposter -m A3 -s1 Poster.pdf Poster_split_to_A3.pdf
Seitenreihenfolge umkehren: pdftk input.pdf cat end-1 output reversed.pdf (aus dem pdftk-Paket)
PDF-Dateigröße reduzieren: gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/screen -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdf Zulässige PDFSETTINGS sind /screen, /ebook, /printer, /prepress, /default. (aus dem Ghostscript-Paket)
Farb-PDF in Graustufen konvertieren: gs -sOutputFile=output.pdf -sDEVICE=pdfwrite -sColorConversionStrategy=Gray -dProcessColorModel=/DeviceGray -dAutoRotatePages=/None -dCompatibilityLevel=1.4 -dNOPAUSE -dBATCH input.pdf (aus dem Ghostscript-Paket)
Bitmap-Bilder exportieren: pdfimages -j original.pdf extracted (aus dem xpdf-Paket)
In ein Bitmap-Bild konvertieren: convert original.pdf converted.png (aus dem ImageMagick-Paket)
In einzelne einseitige PDF-Dateien aufteilen: pdftk original.pdf burst (aus dem pdftk-Paket)
Zwei oder mehr PDF-Dateien zusammenführen: pdftk original1.pdf original2.pdf cat output merged.pdf (aus dem pdftk-Paket)
Seite 13 aus einer PDF-Datei löschen: pdftk original.pdf cat 1-12 14-end output page13deleted.pdf (aus dem pdftk-Paket)
Seite 5 der PDF-Datei um 90 Grad gegen den Uhrzeigersinn drehen: pdftk Figures_LRES.pdf cat 1-4 5L 6-end output Figures_LRES2.pdf (aus dem pdftk-Paket>
Erstellen Sie eine neue PDF-Datei, in der jeweils 4 Seiten aus den Quelldateien zu einer Seite im Querformat zusammengefügt werden: pdfjam *.pdf –landscape –nup 2x2 Für das Hochformat verwenden Sie die Option „–no-landscape“ (aus dem pdfjam-Paket).
Eine PDF-Datei mit einer anderen (Hintergrund-)PDF-Datei überlagern: pdftk foreground.pdf background background.pdf output overlay.pdf (aus dem pdftk-Paket).
GUI-PDF-Editoren: Ich habe PDFEdit ausprobiert, aber es ist mir zu kompliziert. Der Master PDF Editor" ist zwar nicht kostenlos, scheint aber ohne aufwendige Einarbeitung für den Benutzer wesentlich benutzerfreundlicher zu sein.
**Eine PDF-Datei sowohl mit einem Eigentümerpasswort (zum Bearbeiten der Datei) als auch mit einem Benutzerpasswort (zum Öffnen der Datei) verschlüsseln: **pdftk input.pdf output encrypted.pdf owner_pw PROMPT user_pw PROMPT (aus dem pdftk-Paket).
**Wenn Sie eine Textsuche in vielen PDF-Dateien im aktuellen Verzeichnis und allen dessen Unterverzeichnissen durchführen müssen, können Sie pdfgrep verwenden: **pdfgrep -r Suchbegriff * (aus dem pdfgrep-Paket).
**Alle JPG-Dateien im aktuellen Verzeichnis in eine PDF-Datei konvertieren und zusammenführen:**convert *.jpg pictures.pdf In den aktuellen Ubuntu-Versionen ist dieser Batch-Vorgang aufgrund von Sicherheitsrisiken nicht zulässig. Sie können diese Richtlinie deaktivieren, indem Sie die Konfigurationsdatei umbenennen: /etc/ImageMagick-6$ sudo mv policy.xml policy.xmlout

Rettung vor dem Staubsauger

Tue, 05 Jul 2011 00:00:00 +0000

Ich habe den Hauptgrund dafür herausgefunden, warum in unserem Haushalt immer wieder LEGO-Teile verschwinden: es ist der Staubsauger! Aus Neugier habe ich mich widerwillig dazu entschlossen, den Inhalt des Beutels (Miele HyClean N/G) zu untersuchen, nachdem dieser voll war, und Folgendes habe ich herausgeholt: Drei LEGO-Steine, drei Puzzleteile, eine Schraubendreher-Spitze, eine Reißzwecke, eine Mastermind -Stift und ein noch nicht identifiziertes Metallteil.

Akademisches Portfolio 2011

Tue, 08 Mar 2011 00:00:00 +0000

Dies ist mein akademisches Portfolio im PDF-Format. Da es öffentlich zugänglich ist, musste ich vertrauliche Informationen schwärzen. z.B. solche zu laufenden Kooperationen, meinen Forschungsplänen und der Auftragsforschung, die ich für Vegenics Ltd./Circadian Technologies durchführe. Ich habe das Portfolio im Rahmen meiner Bewerbung für den Titel eines Adjunct Professors zusammengestellt.

LEGO

Sat, 05 Feb 2011 00:00:00 +0000

Tobi wünscht sich Lego. Damit ihr ihm keine Sets kauft, die er bereits besitzt, hat er auf brickset.com eine Liste aller seiner Sets erstellt. Und damit du dich nicht bei brickset.com registrieren musst, gibt es hier einen Mirror dieser Liste: Tobis Lego-Bausätze .

Echte Explorer-FPLC-Zentraleinrichtung

Wed, 26 Jan 2011 00:00:00 +0000

Derzeit widme ich einen Großteil meiner Arbeitszeit der Aufreinigung von Proteinen, die die Angiogenese und Lymphangiogenese regulieren. Daher kümmere ich mich um die dafür erforderliche Ausrüstung, die dem Forschungsprogramm für Molekulare Krebsbiologie zur Verfügung steht: das Gerät zur schnellen Protein-Flüssigkeitschromatographie (FPLC). Prof. Jorma Keski-Oja erwarb vor etwa 15 Jahren eines der ersten (und 2010 aus dem Programm genommenen) Äkta Explorer-Geräte des schwedischen Herstellers Pharmacia (der 1997 mit Amersham zu Amersham Pharmacia Biotech fusionierte, das wiederum 2004 von GE Healthcare übernommen wurde). Im Jahr 2000 wurden die Geräte vom Haartman-Institut ins Biomedicum Helsinki verlegt. Zwar habe ich in den letzten fünf Jahren die Webseiten für diese Forschungsinfrastruktur gepflegt (einschließlich Online-Reservierung und Datensicherung), doch waren diese nur innerhalb des Netzwerks der Universität Helsinki zugänglich.Nun ist es mir gelungen, Webseiten über die Äkta Explorer FPLC-Kernanlage in die Website der Medizinischen Fakultät . Derzeit erweitern wir unsere Einrichtung um das WAVE-Zellkultursystem in unsere Einrichtung, um große Mengen an Zellen bzw. Zellkulturüberständen (bis zu 25 Liter Bakterien-, Insekten- oder Säugetierzellkulturen) für die Proteinproduktion herstellen zu können.

Statistiken über Finnland

Thu, 09 Dec 2010 00:00:00 +0000

Finnland sorgt häufig für Schlagzeilen aufgrund seiner guten Platzierungen in internationalen Vergleichen. Drei bemerkenswerte Rankings aus jüngster Zeit waren die OECD-PISA-Studie 2006 , der jährliche Korruptionswahrnehmungsindex sowie die „Newsweek“-Studie zu den lebenswertesten Ländern . Wenn Finnland in internationalen Vergleichen nicht so gut abschneidet, gibt es nicht viel zu berichten. Hier sind einige der Statistiken, die ich übersehen habe:

Statistiken über Finnland

Thu, 09 Dec 2010 00:00:00 +0000

Finnland macht oft Schlagzeilen mit seinem guten Abschneiden in internationalen Vergleichen. Zu solchen gehört etwas die 2006 OECD PISA-Studie , der jährliche Korruptionswahrnehmungsindex und Newsweeks Bestes Land zum Leben-Studie . Wenn Finnland nicht so gut im internationalen Vergleich abschneidet, wird nicht viel berichtet. Hier einige Statistiken, die ich in der öffentlichen Wahrnehmung vermisse:

Altstadtmuseum Kraftwerk

Wed, 08 Dec 2010 00:00:00 +0000

Seit wir in unsere neue Wohnung gezogen sind, beziehen wir umweltfreundlichen Strom („Ympäristöpennisähkö“ von Helsingin Energia ). Wir haben uns dafür entschieden, den Strom aus einem Wasserkraftwerk zu beziehen, das sich in der Nähe unseres Hauses an den Stromschnellen von Helsinki Vanhakaupunki befindet. Das Wasserkraftwerk Vanhakaupunki nahm 1876 den Betrieb auf und war etwa 100 Jahre lang in Betrieb, bevor es vor etwa 40 Jahren stillgelegt wurde. Mit EU-Mitteln wurde das Kraftwerk restauriert und im Jahr 2000 als Museumskraftwerk wieder in Betrieb genommen, das in den Sommermonaten für Besucher kostenlos zugänglich ist. Der Kauf von umweltfreundlichem Strom ist in erster Linie ein Statement gegenüber Ihrem Stromversorger. Das bedeutet lediglich, dass Ihr Versorger Zertifikate erwirbt, die garantieren, dass irgendwo Strom umweltfreundlich erzeugt wird. Strom ist Strom ist Strom. Sobald er im Netz ist, lässt sich nicht mehr unterscheiden, ob er aus Kernkraftwerken oder Kohlekraftwerken stammt oder ob er durch Wind- oder Wasserkraft erzeugt wurde. Physikalisch gesehen beziehen Sie den größten Teil des Stroms aus der nächstgelegenen Quelle. Wenn Sie Ökostrom kaufen und in der Nähe eines Kernkraftwerks wohnen, beziehen Sie den Großteil Ihres Stroms von dort, ob Sie wollen oder nicht. Somit haben wir tatsächlich eine echte Chance, einen Teil unseres Stroms aus dem Museumskraftwerk neben unserem Haus zu beziehen. Das heißt: wenn es funktionieren würde.Der Generator ist vor etwa zwei Jahren ausgefallen, und ein Ersatzteil musste aus Österreich bestellt werden (die Generatorwelle musste speziell angefertigt werden). Das Ersatzteil wurde 2009 geliefert, doch aus irgendeinem Grund war der Generator immer noch nicht voll funktionsfähig. Der Betrieb des Kraftwerks hängt vom Wasserstand des Flusses Vantaa ab. Niedrige Wasserstände waren beispielsweise im Sommer 2010 schuld, doch der Generator war meist auch dann nicht in Betrieb, wenn die Wasserstände seinen Einsatz zugelassen hätten (die Statistiken sind hier einsehbar).Ich besuche das Kraftwerk häufig zusammen mit meinem Sohn und kann daher sagen, dass wir bei den etwa 10 Besuchen im Jahr 2010 den Generator nie in Betrieb vorgefunden haben. Im Jahr 2007 lief er fast bei jedem unserer Besuche. Noch enttäuschender war, dass das Museumspersonal lediglich bestätigen konnte, dass trotz der ausgetauschten Achse offenbar immer noch etwas mit der Maschine nicht in Ordnung sein muss; Details konnte es uns jedoch nicht nennen. Am überraschendsten ist die Tatsache, dass niemand vom Betreiberunternehmen uns etwas mitgeteilt hat, obwohl wir angeblich unseren Strom aus diesem Kraftwerk beziehen. Deshalb schrieb ich am 24. August eine E-Mail an Ulla-Maija Alander von Helsingin Energia, in der ich nach der Situation fragte und darum bat, den Kunden mehr Informationen zur Verfügung zu stellen. Nachdem ich drei Wochen lang keine Antwort erhalten hatte, schickte ich die E-Mail am 15. September erneut und rief schließlich nach weiteren drei Wochen an. Während des Telefongesprächs wurde mir eine Antwort zugesagt, die per E-Mail eintraf: Sehr geehrter Herr Jeltsch, zunächst möchte ich mich dafür entschuldigen, dass ich nicht früher auf Ihr Feedback geantwortet habe, und mich zugleich für Ihr Interesse am Kraftwerk Vanhankaupunginkoski bedanken.Der Grund, warum der Generator derzeit nicht in Betrieb ist, ist – wie Sie richtig vermutet haben – der Wassermangel, wie es schon oft der Fall war. Allerdings gab es seit der Reparatur des Generators im Mai 2009 auch technische Probleme. In diesem Jahr führte der Wassermangel im Januar und Februar zu einer „Nullproduktion“. Im Mai und Juni gab es leider Probleme mit der Turbine, die den Einsatz des Generators verhinderten. Nachdem diese Probleme behoben waren, sank der Wasserstand im August erneut. Ich weiß nicht, ob der Demonstrationsbetrieb bisher ein täglicher Ablauf war, aber ich werde mich bei Ihnen melden, sobald ich weitere Informationen dazu und zu den Gründen finde, warum dies möglicherweise geändert wurde.Sie haben absolut Recht, was den Mangel an Informationen auf unserer Website und gegenüber unseren geschätzten „Ympäristöpenni“-Kunden angeht. Und Sie haben Recht, dass dies unentschuldbar ist. Wir müssen unsere Leistung eindeutig verbessern. Das werden wir auch tun.Vielen Dank für das Feedback! Mit freundlichen Grüßen, Anna-Maria Asell Produktmanagerin Helsingin Energia 00090 Helen Kampinkuja 2, Helsinki Tel. 09 617 3168anna-maria.asell@helen.fi www.helen.fi

HBGS-Kurs

Mon, 10 May 2010 00:00:00 +0000

Alle Dokumente zum HBGS -Kurs Tags bei der Proteinexpression, -nachweis und -aufreinigung. Die meisten Dokumente sind sowohl im PDF- als auch im OpenOffice-Format verfügbar. Sie können die Dokumente gerne weiterverwenden. Sie stehen unter der Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 1.0-Lizenz .

Kundenrechte bei Prisma Viikki

Wed, 10 Mar 2010 00:00:00 +0000

Im Januar dieses Jahres ist unser Esprit/Sigikid-Frosch kaputtgegangen. Es ist ein Musikspielzeug, das unser Baby beim Windelwechseln beschäftigt. Es spielte die Melodie Schlaf, Kindlein schlaf nicht mehr, nachdem wir den Mechanismus durch Ziehen an der Schnur, die aus seinem Hinterteil herausragt, aufgezogen hatten.Der Mechanismus wurde wahrscheinlich etwa 300 Mal betätigt. Schon seit dem Kauf gab es immer eine Besonderheit beim Aufziehmechanismus, nämlich dass beim Ziehen an der eingezogenen Schnur zunächst ein Widerstand zu spüren war, der nur mit sehr starkem Ziehen überwunden werden konnte. Nach diesem anfänglichen Widerstand ließ sich die Schnur jedoch leicht ziehen, und wir haben dem keine weitere Beachtung geschenkt, nachdem wir uns daran gewöhnt hatten. Bis der Mechanismus nach dem Ziehen versagte. Da wurde uns klar, dass es vielleicht gar nicht so schwer hätte sein dürfen, mit dem Ziehen zu beginnen, und dass dies möglicherweise auf ein anfängliches Problem hindeutete, das sich erst nach ausreichender Nutzung manifestierte.Dieser Frosch war keineswegs billig. Tatsächlich hat der finnische Prisma -Laden (Filiale Viikki) eine hohe Gewinnspanne erzielt, indem er ihn für fast 19 Euro verkaufte, während man ihn online für weniger als 9 € erwerben kann ( Baby-Markt oder für 12,97 € bei amazon.de ) erhältlich ist. Dabei handelt es sich um die EU-Richtlinie, die solche Fälle der Verkäuferverantwortung regelt ( Richtlinie 1999/44/EG des Europäischen Parlaments und des Rates vom 25. Mai 1999 zu bestimmten Aspekten des Verbrauchsgüterkaufs und der damit verbundenen Garantien ) sowie die Tatsache, dass es sich um ein Produkt handelt, das von Sigikid in Deutschland entworfen (aber nicht hergestellt) wurde, ließen mich zu dem Schluss kommen, dass ich es nach nur 8 Monaten Nutzung problemlos umtauschen lassen sollte (wir haben erst nach der Geburt unserer Tochter im Juni wirklich angefangen, es zu benutzen).Was mich jedoch am Kundenservice-Schalter von Prisma Viikki erwartete, entsprach überhaupt nicht meinen Erwartungen. Zunächst wurde mir mitgeteilt, dass dieses Produkt eine Garantie von 6 Monaten habe und ich daher keinen Ersatz erhalten würde. Da ich auf einer formellen Rückgabe des Produkts bestand, füllte der Mitarbeiter das Rückgabeformular für mich aus. Ich muss erwähnen, dass das Gespräch auf Finnisch stattfand, was nicht zu meinen Stärken gehört. Im Nachhinein ist mir klar geworden, dass ich das Formular selbst (auf Englisch) hätte ausfüllen sollen, um deutlich zu machen, dass das Produkt höchstwahrscheinlich von Anfang an defekt war. Einige Tage später erhielt ich einen Anruf, in dem mir erneut mitgeteilt wurde, dass ich keinen Ersatz für das defekte Produkt bekomme. Ich verwies auf die EU-Richtlinie, die eine zweijährige Gewährleistungspflicht des Verkäufers vorschreibt. Und da Finnland Mitglied der EU ist, sollte ich meine durch die EU gewährten Rechte geltend machen können. Die Mitarbeiterin des Shops am anderen Ende der Leitung gab überraschenderweise zu, dass sie diese Richtlinie nicht kenne und dass sie sich an die finnische Verbraucherschutzbehörde wenden und sich später wieder bei mir melden würde. Wiederum einige Tage später führte ich ein weiteres langes Telefongespräch zu diesem Thema, bei dem ich endlich die Gelegenheit hatte, die Situation ausführlich auf Englisch zu schildern. Tatsächlich stellte sich heraus, dass das finnische Recht keine zeitliche Begrenzung für die Verkäuferhaftung vorsieht, sondern jeden Fall individuell behandelt. Das könnte für mich gut oder schlecht sein, je nachdem, ob man argumentiert, dass die zu erwartende Lebensdauer eines solchen Musikspielzeugs deutlich über oder deutlich unter etwa 11 Monaten liegt. Am Ende dieses Gesprächs räumte die Prisma-Mitarbeiterin ein, dass die Situation möglicherweise anders sei, als sie ursprünglich angenommen hatte. Wiederum einige Tage später erhielt ich einen weiteren Anruf von einer anderen Person, die mich bat, eine detaillierte Beschreibung meines Anliegens schriftlich einzureichen, was ich gestern (9. März) per E-Mail getan habe. Nun warte ich auf eine für beide Seiten zufriedenstellende Lösung. Ich glaube eigentlich, dass das mechanische Problem wahrscheinlich geringfügig ist, und wäre die Funktionsstörung etwas später aufgetreten, hätte ich den „Frosch“ wahrscheinlich selbst „operiert“, um ihn zu reparieren. Dieser Fall hat bereits unverhältnismäßig viel Zeit in Anspruch genommen, und allein aus diesem Grund wird mir dieser Vorfall (unabhängig von seinem Ausgang) wahrscheinlich ein ungutes Gefühl hinsichtlich des Kundenservices von Prisma hinterlassen.Ein Vergleich der Kulanz der Verkäufer in Finnland und Deutschland weckt bei den meisten deutschen Auswanderern hier in Finnland Nostalgie und Heimweh. Etwa die Hälfte meines Geldes gebe ich genau in derselben Prisma-Filiale in Viikki aus, die sich geweigert hat, den Esprit/Sigikid-Frosch zu ersetzen. Glücklicherweise wohnen wir genau auf halbem Weg zwischen dem Arabia-Einkaufszentrum und Prisma Viikki. UPDATE (14. April 2010): Heute – nach mehr als zwei Monaten – hat uns der Importeur den reparierten Frosch geschickt.

Kinderprogramme im deutschen Fernsehen (Kid's series on German TV)

Fri, 05 Mar 2010 00:00:00 +0000

Das Internet-Angebot der deutschen öffentlich-rechtlichen Fernsehanstalten (sprich ARD) für Kinder ( kinder.ard.de ) ist ziemlich begrenzt (obwohl gutes Kinderfernsehn gemacht wird). Man findet zwar vieles online, aber selten die eigentlichen Sendungen, sondert viel Flash-Murks . Selektierte Sachgeschichten und Clips der Sendung mit der Maus die einzigen, die meinen Sohn interessieren. Ich will die ganze Sendung mit der Maus! Und die Sesamstrasse gibt es gar nicht online, weder ganz noch teilweise. Genau das hätte ich gerne: Ich will nämlich nicht nur selbst bestimmen, WAS meine Kinder fernsehen, sondern auch WANN.Wenn ich in Deutschland wohnte, könnte ich die Sendungen auf Festplatte aufzeichen. Glücklicherweise erlaubt die deutsche Rechtssprechung nicht nur das digitale Aufzeichnen für den Eigenbedarf (" Privatkopie "), sondern auch die Weitergabe des Aufgezeichneten an Freunde. So bekomme ich die Sesamstrasse , die Sendung mit der Maus , Was ist was TV und die Bibliothek der Sachgeschichten .Übrigens gibt es auch legale Dienste, die die digitale Aufzeichnung für einen minimalen Geldbetrag übernehmen ( ShiftTV oder OnlineTV Recorder ). Und die Dateien mit den Filmen darf man natürlich - legal - auch an Freunde weitergeben. Wie das auch schon vor 20 Jahren mit VHS-Videokasetten war… Bleibt nur noch, Amfang und Ende der Datei zu schneiden, um nicht zuviel Speicherplatz auf der Festplatte zu verbrauchen. Sendungen fangen ja fast nie zu dem Zeitpunkt an, auf den der Videorekorder programmiert ist. Schneiden mache ich mit dem Mencoder, dem open source Begleitprogramm des Mplayers :

Internetdienste finnischer Fernsehsender (YLE Areena & Katsomo)

Thu, 04 Mar 2010 00:00:00 +0000

Offenbar hat sich eine beträchtliche Anzahl von Menschen (ich schätze etwa 1–2 % der finnischen Haushalte) dem politischen und werblichen Druck nicht gebeugt, ihren Fernseher auf den Empfang digitaler Sendungen umzurüsten. Hier in Finnland wurde der analoge Rundfunk 2007 eingestellt. Ohne den Kauf einer „Digibox“ oder eines neuen Digitalfernsehers kann man daher keine finnischen Sendungen mehr empfangen und sollte auch keine Rundfunkgebühr zur Unterstützung des nationalen öffentlich-rechtlichen Fernsehsenders YLE („YLE maksu“) zahlen müssen. Angetrieben durch Einnahmeverluste in Millionenhöhe setzten die öffentlich-rechtlichen Sender bei den Politikern eine obligatorische „Mediengebühr“ für jeden Haushalt durch, unabhängig von dessen Fernsehgewohnheiten. Ein Argument, das ich gehört habe, lautete, dass diejenigen, die ihre Fernseher nicht aufgerüstet haben, die von YLE produzierten Inhalte über das Internet oder auf andere Weise konsumieren. Das trifft zwar sicherlich auf viele von ihnen zu, ist aber kein stichhaltiges Argument in dieser Diskussion, da es immer noch viele gibt, die dies nicht tun und daher nicht zahlen sollten. Mein Haushalt hat die Rundfunkgebühr nach der Abschaltung des analogen Signals nicht weiter bezahlt: Wir besitzen weder eine Set-Top-Box noch einen Digitalfernseher oder einen anderen digitalen Empfänger. Schon vorher haben wir kaum ferngesehen, und jede Stunde, die wir ferngesehen haben, kostete uns etwa 20 Euro Rundfunkgebühr (Jahresgebühr geteilt durch die jährlich gesehenen Stunden).Ich habe erst Ende 2009 begonnen, die (kostenlosen) Internet-TV-Dienste des finnischen Senders YLE ( YLE Areena ) zu nutzen, als ich hörte, dass die Fernsehgebühr beschlossene Sache ist und etwa im nächsten Jahr eingeführt werden soll. Ich hoffe aufrichtig, dass die Internetdienste von YLE bei Einführung der obligatorischen Mediengebühr nicht wie derzeit auf einige ausgewählte Serien beschränkt bleiben. Ich habe nichts dagegen, Geld in den öffentlich-rechtlichen Rundfunk zu stecken: Die besten Dokumentarfilme dieser Welt werden von der BBC produziert, einem Rundfunkgiganten, der riesige Summen von den britischen Steuerzahlern erhält. Apropos Qualität des finnischen öffentlich-rechtlichen Fernsehens: Die einzige Sendung, die ich (oder besser gesagt mein Sohn) über den Internetdienst von YLE Areena anschaue, wird nicht von YLE produziert, sondern aus dem Ausland bezogen. Es handelt sich um die britische Kinderserie Little Princess . Und aufgrund der begrenzten Verfügbarkeit (ich glaube, man kann jede Folge nur zwei Wochen nach der Erstausstrahlung ansehen) muss ich das Streaming-Video aufnehmen, da es im von YLE verwendeten Flash-Player keine Option zum Herunterladen auf Festplatte gibt.Glücklicherweise hat jemand von der Technischen Universität Helsinki das Dienstprogramm rtmpdump angepasst und dafür gesorgt, dass es mit YLE Areena funktioniert ( rtmpdump-yle ). Das ist jedoch nichts für schwache Nerven, da man das Programm selbst aus dem Quellcode kompilieren muss (auf meinem Linux-System „Ubuntu Hardy Heron“ lief die Kompilierung reibungslos; UPDATE 10.5.2010: Auf einem reinen „Lucid Lynx“-System war das Paket „libssl-dev“ erforderlich, bevor die Kompilierung gelang). Nach dem Kompilieren müssen Sie lediglich die Yle-Areena-Webseite in Ihrem Browser öffnen, um die Sendung Ihrer Wahl abzuspielen. Anschließend müssen Sie die ID-Nummer der Sendung aus der URL kopieren und in den folgenden Befehl einfügen: rtmpdump-yle -r rtmp://flashk.yle.fi/AreenaServer/ --swfUrl http://areena.yle.fi/player/Application.swf -p http://areena.yle.fi/video/706793 -o /home/jeltsch/Multimedia/TV-Sendungen/Kinder & Familie/Die kleine Prinzessin/Pikku\ Prinsessa.flv UPDATE (10.5.2010): Es ist jetzt benutzerfreundlicher geworden! yle-dl http://areena.yle.fi/video/950912[img_assist|nid=534|title=|desc=|link=url,http://katsomo.fi|align=left|width=160|height=90]Die einzige andere Sendung, die ich über finnische Internet-TV-Dienste empfange, ist ebenfalls eine ausländische Produktion: Mythbusters . Diese erhalte ich jedoch über Katsomo , den Internet-TV-Zweig von MTV3 , einem finnischen kommerziellen Fernsehsender. Auch bei Katsomo muss man auf einige Kommandozeilen-Tricks zurückgreifen, um die Sendung auf der Festplatte zu speichern. Für Katsomo benötigt man den Mplayer : Öffne die Katsomo-Webseite in deinem Browser, um die Sendung abzuspielen. Kopieren Sie die ID-Nummer der Sendung aus der URL und setzen Sie sie für die Variable „p“ in den folgenden Befehl ein. Manchmal funktioniert die erste Version des Befehls nicht (warum eigentlich nicht?).mplayer -playlist "http://www.katsomo.fi/metafile.asx?p=30911&bw=1000" -dumpstream -dumpfile mythbusters.avi``mplayer "mms://www.katsomo.fi/metafile.asx?p=30911&bw=1000" -dumpstream -dumpfile mythbusters.avi Manchmal funktioniert das aufgrund von Netzwerküberlastung einfach nicht und die Verbindung bricht nach ein paar (oder zweihundert) MB ab. Und selbst wenn es funktioniert, erhält man möglicherweise eine Fehlermeldung („Stream not seekable“), die man jedoch ignorieren kann – das Material wird trotzdem heruntergeladen. Allerdings wird der Inhalt in Echtzeit gestreamt – das Speichern dauert genauso lange wie das Anschauen, im Gegensatz zu „rtmpdump“ für YLE Areena, das eine 30-minütige Folge in etwa ein bis zwei Minuten herunterlädt (vorausgesetzt, deine Download-Geschwindigkeit lässt das zu).

Festplattenauszüge (dd) und Kopieren über das Netzwerk (netcat)

Tue, 16 Feb 2010 00:00:00 +0000

Auf dem empfangenden Rechner (die Festplatte sda MUSS ausgehängt sein, z. B. durch Booten von einer Live-CD oder einem USB-Stick):netcat -l -p 4778 | dd of=/dev/sdaAuf dem sendenden Rechner (die Festplatte sdb MUSS ausgehängt sein, z. B. durch Booten von einer Live-CD oder einem USB-Stick):dd if=/dev/sdb | netcat 192.168.0.4 4778(-l listen; -p port) Um ein Verzeichnis über das Netzwerk zu kopieren, wechseln Sie in das Verzeichnis und führen Sie auf dem sendenden Rechner folgenden Befehl aus: tar -cz . | nc -q 10 -l -p 45454Erstellen Sie auf dem empfangenden Rechner das Verzeichnis, wechseln Sie in dieses Verzeichnis und führen Sie folgenden Befehl aus:nc -w 10 192.168.0.11 45454 | tar -xzÜbrigens: Wenn du den Fortschritt einer Festplattenkopie verfolgen möchtest (wie viel wurde bereits in welcher Zeit mit welcher Durchschnittsgeschwindigkeit kopiert), kannst du (in neueren Versionen von dd) die Option status verwenden. Ich vermute, dass dies bei Netzwerkkopien möglicherweise nicht funktioniert, habe es aber noch nicht ausprobiert… dd if=/dev/sdb of=/target status=progress

Entschlüsseln der Struktur des VEGF-C/VEGFR-2-Komplexes hat 13 Jahre gedauert

Wed, 03 Feb 2010 00:00:00 +0000

Endlich wurde unser Artikel zur Veröffentlichung in PNAS angenommen (auch hier . zum Herunterladen verfügbar). Ich begann das Projekt vor 13 Jahren mit der Herstellung des ersten Konstrukts, doch in den ersten 9 Jahren kam es nicht voran, da ich mich nicht ausreichend darauf konzentrierte und einige unglückliche Entscheidungen bei der Versuchsplanung traf. Ich entschied mich zunächst für bakterielles Protein, doch obwohl die Refoldung funktionierte, war sie sehr ineffizient (Ala-Mutation und ein geschicktes Trimmen des N- und C-Terminus). Mehr…

Eine permanente statische Route unter Ubuntu Karmic Koala (9.10), Precise Pangolin (12.04) und Trusty Tahr (14.04)

Sat, 26 Dec 2009 00:00:00 +0000

Karmic KoalaUm eine permanente statische Route in einem Karmic-Koala-System mit einer Netzwerkkarte hinzuzufügen, müssen Sie die Datei /etc/network/interfaces bearbeiten. Der folgende Abschnitt muss ersetzt werden:# Die primäre Netzwerkschnittstelleauto eth0#iface eth0 inet dhcpÄndern Sie den Abschnitt wie folgt:# Die primäre Netzwerkschnittstelleauto eth0iface eth0 inet dhcpup route add -net 10.8.0.0 netmask 255.255.255.0 gw 192.168.0.3down route del -net 10.8.0.0 netmask 255.255.255.0 gw 192.168.0.3**Precise Pangolin (12.04)**Bei Precise Pangolin habe ich dies erreicht, indem ich ein Skript namens add_route in /etc/network/if-up.d hinzugefügt habe:#!/bin/sh#if [ "$IFACE" = "eth0" ]; then route add -net 10.8.0.0/24 gw 192.168.0.18#fiIch habe nie ein entsprechendes Skript (del_route) in /etc/if-down.d hinzugefügt, aber das scheint in Ordnung zu sein.**Trusty Tahr (14.04)**Bei Trusty Tahr habe ich den Befehl route als Zeile in das Skript /etc/rc.local eingefügt:…route add -net 192.168.1.0/24 gw 192.168.0.3exit 0Der Befehl „route“ muss vor der Zeile „exit 0“ stehen!**Mac OS X 10.8 (Mountain Lion)**Und so funktioniert es unter Mac OS X 10.8: http://nellen.it/blog/2012/01/permanent-static-routes-for-mac-os-x . Die Details zur Vorgehensweise unter MacOS X haben sich im Laufe der Zeit geändert; hier ist die Anleitung, wie es unter MacOS X 10.4.7 gemacht wurde .

Rekombinante Proteine

Fri, 25 Sep 2009 00:00:00 +0000

Eine dynamisch aktualisierte Liste der verfügbaren Proteine befand sich früher an dieser Stelle. Aus Sicherheitsgründen habe ich jedoch die Anbindung an den Datenbankserver unseres Labors deaktiviert.

Tomatenanbau auf dem Balkon in Finnland

Sun, 30 Aug 2009 00:00:00 +0000

Wir leben in Helsinki in Finnland. Helsinki liegt etwa auf 60° nördlicher Breite, und das Klima ist alles andere als günstig – außer vielleicht für Pilze, Heidelbeeren und Rentierflechte . Aber unsere Wohnung hat einen verglasten Balkon in Südlage, und so dachte ich, es müsste möglich sein, dort etwas Gemüse anzubauen. Ich habe Mitte April drinnen Tomaten ausgesät – zu einer Zeit, in der die Temperaturen leicht unter 0 °C fallen können und auch Schneestürme zu dieser Jahreszeit keine Seltenheit sind.Zu wenig LichtDas war zu früh, da es noch nicht genug Licht gab, was zu einem übermäßigen Wachstum führte: sehr dünne, zerbrechliche und hohe Pflanzen, die versuchten, mehr Licht zu erreichen. Ich halte den Einsatz von Kunstlicht nicht für besonders ökologisch, aber in diesem Fall hätte es geholfen. Ein weiterer Fehler war, dass die von uns verwendeten Töpfe viel zu klein waren. Wir verwendeten 2- und 5-Liter-Töpfe, in denen jeweils zwei Pflanzen standen. Nächstes Mal werden wir nur noch eine Pflanze pro 10-Liter-Topf pflanzen. Als die Temperaturen Mitte Mai stiegen, stellten wir die Tomatenpflanzen jedoch auf den Balkon. Da nun reichlich Licht vorhanden war, wuchsen sie sehr schnell und bald gab es viele gelbe Blüten.Probleme bei der Bestäubung Es gab jedoch keine Tomaten. Anscheinend benötigen Tomaten entweder Insekten oder Wind zur Bestäubung, beides hatten wir auf unserem verglasten Balkon nicht. Um den Wind zu ersetzen, kann man die Pflanzen schütteln, um den Pollen freizusetzen. Als wir das taten und die Glasfenster öffneten, bildeten sich umgehend Früchte. Bei der Tomatensorte handelte es sich um eine unbegrenzt wachsende Sorte – das heißt, sie wuchs ständig weiter und bildete immer neue Blüten. Wir mussten sie mit Schnüren stützen, die an der Balkondecke befestigt waren. Am aufwendigsten waren das Gießen und Düngen. Da die Pflanzen nur sehr wenig Erde hatten, mussten sie täglich gegossen und zweimal pro Woche mit einem verdünnten Dünger gedüngt werden. Außerdem mussten wir an sonnigen Sommertagen die Balkonjalousien herunterlassen, um zu verhindern, dass die Pflanzen verbrennen. Viel Arbeit für ein paar Tomaten. Ich stimme Wise Bread zu, dass der Anbau von eigenem Obst und Gemüse eher ein Hobby ist als eine Möglichkeit, Geld zu sparen.Besserer GeschmackZugegebenermaßen schmecken die Tomaten von unserem Balkon besser als die aus dem Supermarkt; mein vierjähriger Sohn sagte heute, er esse nur selbst angebaute Tomaten. Vor allem im nördlichen Teil Westeuropas haben viele Menschen noch nie wirklich gute Tomaten probiert. Die abwertende Bezeichnung für eine Tomate, die überhaupt keinen Geschmack hat, lautet (auf Deutsch) „ Hollandtomate “. Ich vermute, der Mangel an Geschmack ist auf die optimalen Anbaubedingungen zurückzuführen, vielleicht auch auf die spezifische Sorte. Um beispielsweise ihr volles Aroma zu entfalten, benötigen Tomaten auch Trockenphasen. Trockenphasen führen jedoch zu kleineren Früchten. Und da kommerzielle Erzeuger pro Kilogramm bezahlt werden, erleben ihre Tomaten niemals Trockenphasen. Geschmack lässt sich viel schwerer messen als Gewicht. Der fehlende Geschmack ist wahrscheinlich nicht auf Kunstdünger zurückzuführen (wie ich zuvor vermutet hatte). Wir haben Kunstdünger verwendet, und das Ergebnis war dennoch besser als alles, was ich in diesem Jahr im Handel probiert habe.ErtragIch habe insgesamt mehr als 70 Tomaten (etwa 7 kg) von den Pflanzen geerntet. Die Ernte begann recht spät (Anfang August) und dauerte bis Mitte Oktober, als ich alle Tomaten, einschließlich der grünen, gepflückt habe, um zu verhindern, dass sie erfrieren. Alle grünen Tomaten reiften schließlich drinnen nach, und einige wenige verfaulten. Die letzten selbst angebauten Tomaten haben wir Ende November gegessen. Selbst diejenigen, die nach der Ernte nachgereift waren, schmeckten viel besser als das Zeug aus unserem Supermarkt.

So fügen Sie mit jhead oder exiftool einen Zeitstempel zu einem JPG-Bild hinzu

Mon, 24 Aug 2009 00:00:00 +0000

Wenn das JPG-Bild keinen EXIF-Header enthält, müssen Sie diesen zunächst erstellen: jhead -mkexif. Geben Sie anschließend die Zeitstempel-Daten ein: jhead -ts2009:08:15-10:30:00. Neben jhead ( http://www.sentex.net/~mwandel/jhead/) , gibt es ein weiteres häufig verwendetes Tool zur Bearbeitung von EXIF-Daten: exiftool ( https://www.sno.phy.queensu.ca/~phil/exiftool/ ). Wenn Sie exiftool ausführen, um die EXIF-Daten anzuzeigen, erhalten Sie eine Liste wie diese:user@laptop:~$ exiftool IMG_001.jpgExifTool-Versionsnummer: 10.80Dateiname: IMG_001.jpg[…]Ursprüngliches Datum/Uhrzeit: 2018:09:02 13:20:13Erstellungsdatum: 2018:09:02 13:20:13[…]Um jedoch einen Wert zu ändern, müssen Sie den jeweiligen Tag ansprechen, und der Tag-Name, den die Befehlszeile erwartet, ist NICHT derselbe wie der in der Liste angegebene (der Tag für „Erstellungsdatum“ lautet z. B. „CreateDate“):exiftool -CreateDate='2009:11:32 09:11:24.991000' IMG_001.jpgExiftool ist wahrscheinlich das leistungsfähigste Tool, aber aus genau diesem Grund auch nicht das benutzerfreundlichste. Um alle EXIF-Daten zu entfernen, versuche Folgendes:exiftool -all=IMG_001.jpg

Hühnerembryo

Tue, 18 Aug 2009 00:00:00 +0000

Durch ein Loch in der Eierschale kannst du die gesamte Entwicklung des Kükens mitverfolgen. Klicke auf den Videolink unten, um den Herzschlag zu sehen!

Endlich mal wieder richtig gutes selbstgemachtes Schokoladeneis

Fri, 07 Aug 2009 00:00:00 +0000

Letzten Sommer habe ich diese Eismaschine gekauft. Einiges von dem Eis, das ich damit gemacht habe, war ganz okay, aber erst jetzt ist es mir gelungen, Eis herzustellen, das sich mit Mövenpick oder ähnlichen Marken messen kann. Das Geheimnis lautet: EIER und viel FETT und ZUCKER. Hier ist das Rezept:

Das Labor für Molekular- und Krebsbiologie 2008

Sat, 11 Jul 2009 00:00:00 +0000

Riesenseifenblasen

Thu, 11 Jun 2009 00:00:00 +0000

Es gibt Hunderte von Webseiten, auf denen Rezepte für riesige Seifenblasen beschrieben werden. Zu den interessanteren gehören The Bubblesphere , Bubble Town , Soap Bubbler , Riesenseifenblasen durch polymere Additive (auf Deutsch) , Nanotech Kids . Warum noch ein Webbeitrag über Seifenblasen? Weil fast alle davon Zutaten verwenden, die dort, wo ich wohne (nämlich in Finnland), nicht erhältlich sind. Ich habe ein Rezept von einem Seifenblasenkünstler bekommen, der bei einer Kindergartenveranstaltung in meiner Nachbarschaft aufgetreten ist, und hier ist meine abgewandelte Version (einschließlich Markennamen, die im Originalrezept fehlten):

Das Labor für Molekular- und Krebsbiologie 2008

Mon, 11 May 2009 00:00:00 +0000

Das Labor für Molekular- und Krebsbiologie vor 10 Jahren

Tue, 05 May 2009 00:00:00 +0000

Ich habe meine Computerdateien aufgeräumt und dabei diese historische Fotocollage gefunden…

Und hier ist ein weiteres historisches Dokument. Es handelt sich um einen Artikel über das Alitalo-Labor in der Zeitschrift „Yliopisto“ vom September 2002:

So ermitteln und konvertieren Sie die Kodierung einer Textdatei (file, enca, iconv)

Wed, 22 Apr 2009 00:00:00 +0000

Um den Dateityp der Datei „sample.txt“ zu ermitteln, geben Sie einfach Folgendes ein: file sample.txt. In der Regel wird Ihnen dann lediglich angezeigt, dass es sich um eine Textdatei handelt. Um mehr über die Kodierung zu erfahren: enca -L none sample.text. Der Schalter -L teilt dem Programm mit, welche Sprache in der Datei verwendet wird. Wenn du es nicht weißt, verwende einfach „none“.So konvertieren Sie die Kodierung von ISO-8859-1 (latin1) nach UTF-8: iconv --from-code=ISO-8859-1 --to-code=UTF-8 sample_iso8859-1.txt > sample_utf-8.txt

Dateiberechtigungen auf dem HTML-Server (rekursives chmod) unter Unterscheidung zwischen Dateien und Verzeichnissen

Sun, 12 Apr 2009 00:00:00 +0000

Ich habe die Dateiberechtigungen im Stammverzeichnis meines HTML-Servers rekurektiv durcheinandergebracht. Um das Problem zu beheben, musste ich einige „fortgeschrittene“ chmod-Einstellungen vornehmen. Natürlich möchte ich Verzeichnisse und Dateien unterschiedlich behandeln. Mir ist keine bessere Lösung eingefallen als die folgende: chmod -R u=rw-x,g=rw-x,o=r-wx *chmod -R a+X *

Ältere Macs und USB-Unterstützung

Tue, 17 Mar 2009 00:00:00 +0000

Wir haben bei der Arbeit noch ein paar ältere Macintosh-Computer, auf denen noch verschiedene Versionen von Mac OS 9 laufen. Diese Rechner verfügen zwar über USB-Anschlüsse, diese sind jedoch größtenteils nicht funktionsfähig. Ich glaube, MacOS 9.0 war die erste Version, die USB-Massenspeichergeräte unterstützte, aber anscheinend war die Unterstützung bis einschließlich Version 9.2.2 unzuverlässig. Offenbar haben die verschiedenen Updates für MacOS 9 hauptsächlich die Probleme mit der USB- (und FireWire-)Unterstützung behoben. Zumindest bei einem dieser Rechner (mit MacOS 9.2.2) ist es mir gelungen, die USB-Unterstützung wiederherzustellen. Ich habe alle nicht von Apple stammenden USB- und FireWire-bezogenen Erweiterungen aus dem Systemordner entfernt (z. B. einige von LaCie). Anschließend habe ich das Mac OS 9.1-Upgrade von Apple heruntergeladen und alle USB-bezogenen Erweiterungen mit TomeViewer extrahiert und die vorhandenen (9.2.2) Erweiterungen durch diese (9.1) Entsprechungen ersetzt. Nach einem Neustart wurde mein (PC-formatierter) USB-Stick sofort erkannt. Hier ist die Liste der Erweiterungen, die ich ersetzt habe:

Von YouTube auf den iPod – und wie man Videodateien überprüft

Mon, 23 Feb 2009 00:00:00 +0000

Ich habe versucht, die Audiodatei aus einigen YouTube -Videos zu extrahieren, um sie auf meinem iPod shuffle abzuspielen. Ich habe verschiedene Methoden ausprobiert (darunter auch den ansonsten recht vielseitigen VLC Player ), mich aber schließlich für die folgende zweistufige Vorgehensweise entschieden: 1. Lade das Flash-Video (Dateiendung .flv) auf deine lokale Festplatte herunter. Sie können dafür jede beliebige Methode verwenden, aber wie üblich bietet Firefox das perfekte Plug-in für diese Aufgabe: Download Helper . 2. Extrahieren und konvertieren Sie die Audiodatei mit ffmpeg mithilfe des folgenden Befehls: ffmpeg -i video-infile.flv audio-outfile.mp3 Es ist auch möglich, die FLV-Datei in eine MPEG-Datei zu konvertieren. Dies ist beispielsweise erforderlich, wenn Sie das Video in iTunes importieren möchten. Aus irgendeinem seltsamen Grund kann QuickTime Flash-Videos abspielen, iTunes lässt deren Wiedergabe jedoch nicht zu. Der Befehl ist fast derselbe: ffmpeg -i video-infile.flv audio-outfile.mpeg Eine weitere praktische Anwendung von ffmpeg ist die Überprüfung von Videodateien auf Beschädigungen und andere Probleme: ffmpeg -v 5 -i file.avi -f null - 2>error.log

Meine seltenen Erfahrungen mit LaTeX

Mon, 02 Feb 2009 00:00:00 +0000

Kompilieren Ich benutze manchmal LaTeX . Ich würde es gerne öfter nutzen, aber ich gehöre wohl zur WYSIWYG-Generation. Tatsächlich benutze ich es so selten, dass ich sogar vergesse, wie man ein Dokument kompiliert. Das Folgende ist daher nur eine Gedächtnisstütze für mich selbst; der Dateiname lautet doc.tex:

Ändern der MAC-Adresse (Media Access Control) von Netzwerkkarten (NICs)

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

In manchen Netzwerken müssen Computer registriert werden, um eine Verbindung herzustellen. Bei der Registrierung erhält der Computer einen Namen und eine IP-Adresse. Jedes Mal, wenn er sich mit dem Netzwerk verbindet, weist ihm der DHCP-Server denselben Namen und dieselbe IP-Adresse zu. Der DHCP-Server identifiziert Computer anhand der MAC-Adresse, die für jede Netzwerkkarte (NIC) weltweit einmalig ist. Wenn du jedoch die MAC-Adresse eines registrierten Computers kennen, kannst du diese verwenden, um dich mit dem Netzwerk zu verbinden, indem du die MAC-Adresse fälschst:

cryptsetup

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

Ich bin schon vor einer ganzen Weile von der alten Cryptoloop-Technologie auf die neuere Cryptsetup-Technologie umgestiegen. Allerdings vergesse ich immer wieder, wie man verschlüsselte Volumes manuell erstellt und einhängt, da ich das nur selten mache. Hier sind die Befehle:cryptsetup create cryptovolume /dev/mapper/logical_volumemount /dev/mapper/cryptovolume /mountpointIn diesem Fall habe ich ein logisches Volume zugeordnet, aber natürlich kann man auch physische Volumes zuordnen:cryptsetup create cryptovolume /dev/sdb1mount /dev/mapper/cryptovolume /mountpoint

So greifen Sie von Live-CDs auf verschlüsselte Volumes zu

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

Wenn Sie sich einmal dazu entschlossen haben, Ihre Festplatte zu verschlüsseln, kann es vorkommen, dass Sie Daten von ihr abrufen müssen, obwohl die üblichen Entschlüsselungsmechanismen, die Sie normalerweise verwenden, nicht zur Verfügung stehen. Beispielsweise wenn das Betriebssystem nicht mehr bootet oder die Festplatte physische Probleme aufweist. In diesem Fall müssen Sie von einer CD/DVD booten, die die von Ihnen verwendete Verschlüsselungstechnologie unterstützt. In meinem Fall benötige ich eine Ubuntu-Live-CD/DVD, vorzugsweise dieselbe Version, die zum Verschlüsseln der Festplatte verwendet wurde! Andernfalls könnte es zu Inkompatibilitäten kommen:sudo apt-get install lvm2 cryptsetupsudo modprobe dm-cryptsudo cryptsetup luksOpen /dev/sda2 crypt1 (Ergebnis: Schlüssel-Slot 0 entsperrt, Befehl erfolgreich)sudo vgscan --mknodes (Ergebnis: Volume-Gruppe „default“ gefunden)sudo vgchange -ay (logische Volumes werden aktiv)sudo mkdir /volume1 usw.sudo mount /dev/default/root1 /volume1

So löschen Sie Festplatten (Shred, dd)

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

Man könnte die gesamte Festplatte mit Nullen überschreiben: dd if=/dev/zero of=/dev/hda. Bei neueren Versionen von dd kann man den Fortschritt überwachen: dd if=/dev/zero of=/dev/hda status=progress. Es wird jedoch empfohlen, mehrere Durchläufe mit zufälligen Daten zu schreiben (n = 3 ist die Standardeinstellung). Wenn der Schreibvorgang die magnetischen Spuren vollständig beseitigt hätte und Ihre Zufallsquelle perfekt wäre, würde ein einziger Durchgang IMMER ausreichen. In der Praxis benötigen Sie nur n > 1, wenn es sich um Staatsgeheimnisse handelt, da die Wiederherstellung von Daten nach einem Löschvorgang mit n = 1 spezielle Geräte erfordert, die Sie in keinem Geschäft kaufen können. shred -vfz -n3 /dev/hda

Weitere Lieder aus Tobis Kindergarten (finnische Weihnachtslieder)

Wed, 24 Dec 2008 00:00:00 +0000

DER WELCHEN DER WALDHÜTTE

Schau mal, am Fenster der Waldhütte, da guckt der Welsch heraus.Und der Hase hüpft und flitzt und klopft an die Tür: Hilf mir, hilf mir, ich bitte dich, der Förster lauert mir auf. Ich biete dir Schutz, streck also deine Hand aus.

Wie viel Zahnpasta kann ein 3-Jähriger bedenkenlos verschlucken?

Mon, 22 Dec 2008 00:00:00 +0000

Mein Sohn putzt sich nicht gern die Zähne, und er ist wahrscheinlich keine Ausnahme. Um seine Zähne zu schützen, haben wir angefangen, eine fluoridhaltige Zahnpasta zu verwenden, als er etwa zwei Jahre alt war. Wir waren jedoch stets vorsichtig und haben nicht zugelassen, dass er die Zahnpasta verschluckt, um eine Überdosierung zu vermeiden. Wahrscheinlich gibt es jedes Jahr immer noch eine ganze Reihe von Fällen akuter Fluoridvergiftungen bei Kleinkindern (Shulman & Wells, 1997) , und es überrascht nicht, dass diese meist durch die Einnahme großer Mengen fluoridhaltiger Zahnpasta verursacht werden. Ich habe gerade nachgerechnet und mein Sohn war wahrscheinlich nie in Gefahr, eine Überdosis zu nehmen, da das Wasser, das wir hier in Helsinki von unserem örtlichen Wasserversorger Helsingin Vesi nur einen sehr geringen Fluoridgehalt (0,1 mg/l oder 0,1 ppm) aufweist. Er putzt sich zweimal täglich die Zähne und verwendet dabei jeweils eine erbsengroße Menge Zahnpasta (entspricht etwa 0,15 g). Die von ihm verwendete Zahnpasta (OralB Stages) enthält 0,11 % Natriumfluorid (entspricht 0,05 % Fluorid). Das bedeutet, dass er, wenn er seine gesamte Zahnpasta verschlucken würde, täglich 0,15 mg Fluorid zu sich nehmen würde. Dies entspricht 30 % der von der American Dental Association für Kinder zwischen 3 und 6 Jahren empfohlenen Tagesmenge an Fluorid und liegt immer noch unter der empfohlenen Tagesmenge für Kinder im Alter zwischen 6 Monaten und 3 Jahren (0,25 mg). Ich habe ihn nicht dazu ermutigt, die Zahnpasta zu schlucken, obwohl es außer meiner elterlichen Inkonsequenz nichts zu beanstanden gibt. Papa weiß es wahrscheinlich gar nicht, da er ständig seine Meinung ändert… Aber da er so eifrig auf seinem Xylitol-Kaugummi herumkaut, dürfte es ihm wohl auch ohne viel Fluorid gut gehen.

WINE-Regressionstests

Sun, 30 Nov 2008 00:00:00 +0000

Ich verwende das Gene Construction Kit (Version 2.5) von Textco , um meine DNA-Vektorkarten zu zeichnen. Leider kümmert sich dieses Unternehmen nicht um Linux-Nutzer. Deshalb muss ich WINE nutzen, um die Windows-Version des Programms auszuführen. Zugegeben, ich könnte VMware, VirtualBox oder Parallels verwenden, aber all das nur, um ein kleines Programm auszuführen? Leider ist entweder das Gene Construction Kit (GCK) nicht standardkonform programmiert oder WINE bietet noch keine vollständige Kompatibilität – jedenfalls führt ein WINE-Update hin und wieder dazu, dass das Programm nicht mehr läuft. Daher musste ich auf Regressionstests zurückgreifen, um die Version zu finden, die für GCK noch funktioniert. Hier ist die Befehlsliste und was ich getan habe:cdmkdir winecvs -z 3 -d :pserver:cvs@cvs.winehq.org:/home/wine checkout wine (Passwort „cvs“)cvs update -PAd -D"01.06.2007 CDT"./configuremake dependmakesudo make installDer Quellcode mit dem oben genannten Datum ist der aktuellste, der offenbar funktioniert.

Die E-Nummern von Lebensmittelfarbstoffen und Zusatzstoffen, die ADHS-ähnliches Verhalten auslösen

Fri, 28 Nov 2008 00:00:00 +0000

Es gibt eine Veröffentlichung über künstliche Farbstoffe und andere Lebensmittelzusatzstoffe, die das Verhalten von Kindern beeinflussen ( McCann, 2007 ), wodurch es ADHS-ähnlicher wird. Dies ist möglicherweise auf den Einfluss der Chemikalien auf die Chemie des Gehirns zurückzuführen. Diese Behauptung ist nicht neu, lediglich die Methodik (doppelblind, randomisiert). Ich habe mir diese Studie gerade angesehen und die entsprechenden E-Nummern herausgesucht. Leider wurden in der Untersuchung „Cocktails“ aus diesen Zusatzstoffen verwendet, sodass einige davon möglicherweise harmlos sind. Dennoch hier die Liste:

Schokolade und Zwiebelsirup gegen Husten

Thu, 27 Nov 2008 00:00:00 +0000

Husten erfüllt einen nützlichen Zweck, wenn er produktiv ist, d. h. wenn er überschüssigen Schleim aus den Atemwegen entfernt. Unproduktiver Husten kann jedoch problematisch sein, zumal es offenbar keine sicheren Hustenmittel für Kinder gibt; viele der rezeptfreien Medikamente zur Behandlung von Husten bei Kindern wurden aufgrund ihrer schwerwiegenden Nebenwirkungen verboten. Auf der Suche nach sicheren Alternativen stieß ich auf häufig verwendete Lebensmittel, die Husten wirksam unterdrücken und die Atemwege erweitern (Schokolade) und die (vermutlich) bei Infektionen der Atemwege helfen (Honig und Zwiebeln).SchokoladeTheobromin wird als wirksames Hustenmittel und als Bronchodilatator eingesetzt ( Usmani 2005 , Simons 1985 ). Daher sollte es möglich sein, durch den Verzehr von Kakao oder Schokolade denselben hustenstillenden Effekt zu erzielen. Eine typische Dosis von Theobromin beträgt 500–1000 mg (d. h. etwa 10 mg/kg). Der Theobromin-Gehalt von Kakao schwankt zwischen 0,5 % und 2,7 %. Um in den therapeutischen Bereich zu gelangen, müsste mein Sohn (16 kg) etwa 200 mg Theobromin zu sich nehmen. Der maximale Kakaoanteil, den er in Schokolade verträgt, liegt bei 85 % (was ziemlich überraschend ist, aber da ich kaum etwas mit einem Kakaoanteil unter 70 % esse, hat er sich schon früh daran gewöhnt). Er muss also etwa 10–20 Gramm sehr dunkle Schokolade essen. Kinder bauen Theobromin recht schnell ab, daher hält die Wirkung nicht sehr lange an. Mein Sohn hat zugestimmt, dies auszuprobieren, und es scheint zu funktionieren.Honig-Zwiebel-SirupEin weiteres Mittel gegen Husten ist Zwiebel-Sirup. Ich nehme eine Zwiebel. Ich bevorzuge rote Zwiebeln, da sie nicht so scharf sind wie die weißen. Ich schneide sie in sehr kleine Stücke (Würfel von 1–2 mm Länge) und mische diese dann mit etwa der gleichen Menge kristallinem, hochwertigem Honig. Nach einigen Stunden wird die Mischung flüssig, da der Zucker das Wasser aus den Pflanzenzellen zieht (Osmose). Dann presse ich den Saft aus der Mischung heraus. Eine Zwiebel pro Tag ist die ungefähre Dosierung bei Infektionen der Atemwege. Honig und Zwiebeln enthalten beide antibakterielle Wirkstoffe, aber ich habe keine fundierten Studien gefunden, die belegen, dass diese Mischung wirklich hilft. Im Gegensatz zur Schokolade handelt es sich hierbei jedoch um ein altes, traditionelles Rezept gegen Husten.

Lagerung und Handhabung von Proteinen

Wed, 22 Oct 2008 00:00:00 +0000

Kopieren von TAR-Dateien über SSH

Fri, 26 Sep 2008 00:00:00 +0000

tar czv Quellpfad | ssh -l Benutzername 192.168.0.5 tar xz -C Zielpfad

Neuinstallation von Paketen aus einer Liste

Fri, 26 Sep 2008 00:00:00 +0000

Wenn ich mir einen neuen Computer einrichte (oder auf einem alten Rechner eine Neuinstallation durchführe), möchte ich, dass der Computer mit der Software ausgestattet ist, an die ich gewöhnt bin. Um diesen Vorgang zu automatisieren, gibt es verschiedene Ansätze. Wenn Sie Ubuntu verwenden, können Sie Ubuntu One nutzen, um Ihre Softwareauswahl auf vielen verschiedenen Rechnern zu synchronisieren (ab Ubuntu 11.10 „Oneiric Ocelot“). Wenn Sie ein anderes Betriebssystem verwenden, wird es etwas kniffliger. Mit den folgenden Befehlen können Sie eine Liste der installierten Pakete erstellen und diese später zur Installation laden:dpkg --get-selections > installed-packages.lstdpkg --set-selections < installed-packages.lstdselectDies führt jedoch zu großen Problemen, da die Liste ALLE Pakete enthält, einschließlich derjenigen, die hardwarespezifisch sind. Tatsächlich interessieren Sie sich aber nur für die vom Benutzer installierte Software. Zum erneuten Installieren der Software auf demselben (oder einem identischen) Rechner funktioniert dieser Befehl einwandfrei, aber was ist, wenn Sie auf dem neuen Computer KDE anstelle von Gnome verwenden möchten? Sie möchten zwar weiterhin dieselben Programme nutzen, doch die oben genannten Befehle würden Chaos anrichten und könnten sogar Ihre Desktop-Erfahrung beeinträchtigen. Leider habe ich keine bessere Lösung gefunden, als die mit dpkg erstellte Textdatei zu öffnen und alle Zeilen, die keine vom Benutzer installierte Software enthalten (was auf die meisten zutrifft), manuell zu löschen.

MySQL-Server neu starten

Thu, 11 Sep 2008 00:00:00 +0000

Mein mysqld läuft unter Ubuntu Hardy, und nachdem ich die gesamten MySQL-Daten durch einen Dump von einem anderen Server ersetzt habe, schlägt der Befehl „/etc/init.d/mysql stop“ fehl, da das Systemadministrationskonto nicht mehr funktioniert. Daher musste ich es neu anlegen: GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'debian-sys-maint'@'localhost' IDENTIFIED BY 'password' WITH GRANT OPTION; Das Passwort findet sich in der Datei /etc/mysql/debian.cnf.

Neulimburg - Die Siedlung im Wald

Tue, 02 Sep 2008 00:00:00 +0000

Das Dorf Blota wurde 1771 gegründet. Auf preussischen Befehl machten sich deutsche Siedler aus der Grafschaft Limburg in Hessen mit ihren Wagen, Werkzeugen und Vieh auf den Weg. Von hier stammt auch der deutsche Name des Dorfes: Neulimburg. Zuerst wurden 300 Hektar Wälder gerodet und der gewonnene Boden auf die rund 30 Bauern verteilt.Der Lehmboden war schwer und nicht sehr fruchtbar. Um die Erträge zu verbessern, wurde Dreifelderwirtschaft betrieben. Auf zwei Feldern wurde Getreide angebaut, während das dritte Feld brach liegen durfte. Später wurden auf behördliche Anordung Kartoffeln und Zuckerrüben angebaut und auch Rinderzucht wurde in Angriff genommen. Stroh wurde Exportgut für die Armee. In der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts wurde der Ackerbau intensiviert und mit dem Anbau von Futterpflanzen wie Klee und Futterrüben begonnen. Gemüse wurde in den Gärten hinter den Häusern angepflanzt, während im Vorgarten die Kühe grasten. Das Dorf war ein Strassendorf. Die Häuser waren aus Holz und mit Stroh gedeckt. Zwei Zimmer und eine Küche mit Waschgelegenheit waren durch den Korridor von dem Raum für das Dienstpersonal getrennt. Der Korridor führte nach hinten in die Ställe und den Keller.

Die „Lapland Awards“ 1998 (Wiederveröffentlichung zum 10-jährigen Jubiläum)

Sat, 30 Aug 2008 00:00:00 +0000

Guten Abend allerseits und herzlich willkommen zur 20. jährlichen Verleihung der „Finland Alumni Lapland Awards“. Diese Auszeichnungen werden als Anerkennung für herausragende Leistungen in verschiedenen Bereichen während der Alumni-Reise nach Lappland im Jahr 1998 verliehen. Die Preise werden von einer Jury bewertet, deren Mitglieder ausgewählt wurden, weil sie gesagt haben, dass sie es machen würden. In diesem Jahr sind das MJ, MK und MS. Die Preisvergabe spiegelt natürlich nur die (vielleicht verzerrte) Meinung der Jurymitglieder wider, daher sollten alle Kommentare, Glückwünsche und Briefbomben an sie und nicht an die Akademie gerichtet werden.

Judah Folkman stirbt im Alter von 74 Jahren

Fri, 15 Feb 2008 00:00:00 +0000

Judah Folkman starb am 14. Januar am Flughafen von Denver an einem Herzinfarkt. Er befand sich auf der Durchreise zu einer Konferenz in Vancouver. Seine Bedeutung für das Gebiet der Gefäßbiologie kann gar nicht hoch genug eingeschätzt werden; im Internet finden sich zahlreiche Nachrufe auf ihn ( The Lancet , Nature , Cell , um nur einige zu nennen). Ich habe ihn persönlich zum ersten Mal getroffen, als er im Frühjahr 1997 als Opponent bei der Verteidigung der Doktorarbeit von Arja Kaipainen fungierte. Sehr geehrtes Nobelpreiskomitee: Sie haben wieder einmal zu lange gewartet.

Tobi's kindergarten songs

Sat, 08 Dec 2007 00:00:00 +0000

Die kleinen Goldfischchen

Die kleinen Goldfischchen schwimmen im Teich – die kleine Fischmutter macht sich Sorgen: „Uikaa, uikaa, wenn ihr es könnt, dann schwimmt und schwimmt, glaubt ihr mir? Hop-hop-däbä-däbä-hop-hop-huiHop-hop-däbä-däbä-hop-hop-huiHop-hop-däbä-däbä-hop-hop-huiUnd sie schwammen und schwammen, glaubt ihr das? Ziemlich große Fischjungen schwammen im Teich, und der große Fischvater machte sich Sorgen, schau mal, ob ihr es könnt, und sie schwammen und schwammen, glaubt ihr das? Hop-hop-däbä-däbä-hop-hop-hui Hop-hop-däbä-däbä-hop-hop-hui Hop-hop-däbä-däbä-hop-hop-hui Und sie schwammen und schwammen, glaubt ihr das? Riesige Goldfische schwammen im Teich… Mini, mini Goldfische schwammen im Teich…

Schaf

Sat, 27 Oct 2007 00:00:00 +0000

*Und denk immer daran: Dass es alle so machen, ist Erklärung genug!

Dateien mit dem Befehl „find“ suchen

Mon, 24 Sep 2007 00:00:00 +0000

Das Suchen von Dateien mit dem Befehl find ist eigentlich schwieriger, als es sein sollte. Dieser Befehl findet und listet die größten Dateien (über 200 MB) im gesamten Dateisystem auf:find / -type f -size +200000k -exec ls -lh {} \; | awk '{ print $9 ": " $5 }'Das Gleiche, aber in einfacherer Syntax:find / -size +200M -lsDieser Befehl findet die zuletzt geänderten Dateien im aktuellen Verzeichnis:find . -type f -printf '%TY-%Tm-%Td %TT %p\n' | sortUnd dieser Befehl leitet die Ergebnisse des find-Befehls an einen anderen Befehl weiter. Zuerst sucht find nach Quicktime-Filmen (anhand der Dateiendung .mov) und anschließend konvertiert ffmpeg diese in AVI-Dateien.find . -name '*.mov' -exec sh -c 'ffmpeg -i "$0" -sameq "${0%%.mov}.avi"' {} \;Dieser Befehl findet und listet alle Dateinamen auf, die die Zeichenfolge „bitcoin“ enthalten:find . -name '*bitcoin*' -lsUnd dieser Befehl findet Quicktime-Filme und löscht sie:find . -name '*.mov' -exec sh -c 'rm "$0"' {} \;Und dieser Befehl findet Dateien, die in den letzten 2 Minuten geändert (erstellt oder aktualisiert) wurden:find . -cmin 2Dieser Befehl findet Datenmüll, den du von einem Macintosh kopiert hast und den du unter Linux nicht benötigst:find . -name '*.DS_Store' -type f -deleteÄhnliches gilt hier:find . -name '._*' -type f -deleteBefindet man sich im Stammverzeichnis, sollte dies alle Dateien mit dem Namen „syncthing“ finden:find . -name 'syncthing' -lsUnd damit werden alle Dateien im Verzeichnis /home gefunden, die größer als 200 MB sind:find /home -size +200M -lsFinde rekursiv alle Dateien, die auf .gz enden, und zähle sie:find . -name '*.gz' | wc -lSuche rekursiv nach allen Dateien, die NICHT auf .gz enden, und zähle sie:find . -not -name '*.gz' | wc -lWenn Sie den Inhalt von Textdateien rekursiv durchsuchen möchten, müssen Sie den Befehl grep verwenden:grep -rnw '/Pfad/zum/Zielverzeichnis' -e 'Muster'Wenn Sie nach PDF-Dateien suchen, die im Oktober 2024 geändert wurden:sudo find / -type f -name "*.pdf" -newermt "2024-10-01" ! -newermt "2024-11-01" 2>/dev/null

Verschlüsselte Datensicherung mit BackupPC, LVM und cryptsetup

Sat, 22 Sep 2007 00:00:00 +0000

Ich erstelle Offsite-Backups mit BackupPC. Da die Datenmenge ständig zunimmt, muss ich gelegentlich weitere Festplatten hinzufügen. Außerdem möchte ich, dass die Daten verschlüsselt werden, zumindest nachdem das System, auf dem die BackupPC-Anwendung läuft, heruntergefahren wurde. Deshalb habe ich mich für Logical Volume Management (LVM) und die Blockgeräteverschlüsselung (cryptsetup) entschieden. Folgende Schritte waren erforderlich (unter Ubuntu Feisty):

cryptsetup auf LVM unter Ubuntu Feisty

Thu, 20 Sep 2007 00:00:00 +0000

Ich wollte meinen Ordner „Dokumente“ verschlüsseln. Mein Home-Verzeichnis befindet sich auf einem logischen Volume. Deshalb habe ich Speicherplatz freigemacht, indem ich ein anderes logisches Volume entfernt und ein neues erstellt habe, das nun mit cryptsetup verschlüsselt wird. Hier sind die Befehle:

E-Mail: Umstieg von KMail auf Evolution

Tue, 17 Jul 2007 00:00:00 +0000

Ich bin kürzlich von KDE zu GNOME und gleichzeitig von KMail zu Evolution gewechselt. Es gibt keine einfache Möglichkeit, Ihre E-Mails zu übertragen, wenn Sie diese in KMail in mehreren Postfächern organisiert haben. Sie müssen alle Nachrichten in einem Ordner auswählen, dann mit der rechten Maustaste darauf klicken und sie im MBOX-Format speichern. Diesen Schritt müssen Sie für jeden Ordner wiederholen. Anschließend kannst du die Importfunktion von Evolution nutzen (Import aus einer einzelnen Datei). Wenn es dir nichts ausmacht, dass alle Dateien im selben Ordner landen, kannst du deine .mbox-Dateien zusammenfügen, um dir den Aufwand des Importierens mehrerer Dateien zu ersparen: cat *.mbox > allmail.mbox

Installation von awstats unter Ubuntu Feisty

Wed, 27 Jun 2007 00:00:00 +0000

Ich habe begonnen, awstats zur Erstellung der Website-Statistiken auf unserem Server zu nutzen. Nach der Installation des Ubuntu-Pakets gab es noch ein paar Dinge, die ich erledigen musste:

Warum werden einige Skripte im Verzeichnis „cron.hourly“ nicht ausgeführt?

Sat, 09 Jun 2007 00:00:00 +0000

Da ich einen sehr einfachen MP3-Player habe, der ausschließlich MP3-Dateien nach ISO-Standard abspielen kann, muss ich die von meinem Podcast-Catcher heruntergeladenen Podcasts oft neu kodieren (ich verwende Amarok). Ich habe Bash-Skripte erstellt, um alle heruntergeladenen MP3s neu zu kodieren und einen neuen RSS-Feed basierend auf dem Inhalt des Verzeichnisses zu generieren, in dem die neu kodierten MP3s gespeichert werden. Die Skripte wurden jedoch nicht stündlich ausgeführt, was an ihrer Benennung („podcast_downsampling.sh“) lag. Es gibt ziemlich strenge Regeln, wie die Namen aussehen müssen (an die ich mich nicht mehr erinnere), aber wenn man nur Zeichen von a bis z verwendet, sollte man immer auf der sicheren Seite sein. Nach der Umbenennung in „podcastdownsampling“ funktionierte alles einwandfrei.

(Neu-)Installation des GRUB-Bootloaders

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Wir hatten folgendes Problem auf dem Computer: 2 Festplatten (hda und hdb). hda enthält den MBR (Master Boot Record) und eine Windows 2000-Installation auf der ersten Partition. hdb enthält Linux (und ihre erste Partition ist eine Boot-Partition, die eine GRUB-Installation enthält, wie sie vom RedHat-9-Installationsprogramm vorgenommen wurde). Im BIOS kann man nur eine Festplatte in der Boot-Prioritätsreihenfolge angeben, und das war hda (wahrscheinlich definiert dadurch, dass sie der Master in der ersten IDE-Kette ist). Daher mussten wir Linux von einer Boot-Diskette starten (da das Diskettenlaufwerk eine höhere Boot-Priorität als die Festplatte hatte). Um ein funktionierendes GRUB zu erhalten, gingen wir wie folgt vor: $/sbin/grub (Starten der GRUB-Shell) grub> root (hd1,0) (Angabe, welche Partition die Boot-Partition ist, auf der GRUB installiert wurde) Dateisystemtyp ist ext2fs, Partitionstyp 0x83 (zeigt an, dass die Partition gefunden wurde)grub> find (hd1,0)/grub/stage1(fd0)(hd0,0)(hd1,0)(hd1,1)(hd1,2)(hd1,5)(hd1,6) (dieser Befehl ist möglicherweise nicht erforderlich; er listet offenbar alle möglichen Partitionen auf, auf denen der GRUB-Bootloader installiert sein könnte)grub> setup (hd0)Prüfung, ob „/boot/grub/stage1“ existiert… neinPrüfung, ob „/grub/stage1“ existiert… jaPrüfung, ob „/grub/stage2“ existiert… jaPrüfung, ob „/grub/e2fs_stage1_5“ existiert… jaAusführung von „embed /grub/e2fs_stage1_5 (hd0)“… 16 Sektoren werden eingebettet. Erfolgreich. „install /grub/stage1 d (hd0) (hd0)1+16 p (hd1,0)/grub/stage2 /grub/grub.conf“ wird ausgeführt… erfolgreich. Fertig. (Dadurch wird der Bootloader auf der ersten Festplatte installiert, offenbar nicht in der ersten Partition, sondern möglicherweise im MBR?)grub> quit (die GRUB-Shell verlassen)emacs /boot/grub/grub.confJetzt müssen Sie nur noch die GRUB-Konfigurationsdatei bearbeiten. Unsere sieht so aus:grub.conf, generiert von Anaconda. Beachten Sie, dass Sie GRUB nach Änderungen an dieser Datei nicht neu starten müssen. HINWEIS: Sie haben eine /boot-Partition. Das bedeutet, dass alle Kernel- und initrd-Pfade relativ zu /boot/ sind, z. B.:root (hd1,0)kernel /vmlinuz-version ro root=/dev/hdb3initrd /initrd-version.imgroot=/dev/hdb1 default=0 timeout=10 splashimage=(hd1,0)/grub/splash.xpm.gztitle Red Hat Linux (2.4.20-19.9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-19.9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-19.9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-18.9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-18.9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-18.9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-13.9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-13.9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-13.9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-8)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-8 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-8.imgtitle Windows 2000rootnoverify (hd0,0)chainloader +1title Floppyrootnoverify (fd0)chainloader +1title Rebootreboottitle Halthalt

Acrobat Reader 5.07 für Linux

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Es gibt ein RPM-Paket für Acrobat Reader 5.07 für Linux von Gurulabs . Auf meinem Rechner hat es jedoch nicht funktioniert, sodass ich beim alten Reader (also Version 4.05) bleiben musste. Aber heute habe ich im Internet eine Lösung gefunden: OK, das ist die Fehlermeldung: $ /usr/local/Acrobat5/bin/acroread$ Warnung: Zeichensatz „UTF-8“ wird nicht unterstützt, es wird „ISO8859-1“ verwendet.$ Abgebrochen Aber das Bearbeiten der acroread-Datei (/usr/local/Acrobat5/bin/acroread) funktioniert tatsächlich. Füge nach der Zeile:install_dir=/usr/local/Acrobat5/Readereinfach diese beiden Zeilen ein:LANG=Cexport LANGÜbrigens benötigst du Root-Rechte, um die acroread-Datei ändern zu können.

Ändern des Runlevels (inittab, telinit)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Normalerweise ändert man den Standard-Runlevel durch Bearbeiten der Datei /etc/inittab. Manchmal bootet man jedoch in Runlevel 3 (z. B. durch Auswahl des abgesicherten Modus im GRUB-Menü) und möchte dann zu Runlevel 5 wechseln. Dies erreichen Sie im laufenden Betrieb mit dem Befehl: telinit 5. Unter RedHat 9 ändern Sie einfach in der Datei /etc/inittab den Runlevel von 5 auf 3, und beim Booten steht Ihnen standardmäßig nur noch die Befehlszeile zur Verfügung. Keine grafische X11-Anmeldung usw. In neueren Ubuntu-Versionen funktioniert dies offenbar nicht mehr, obwohl „telinit + Zahl“ den Runlevel eigentlich noch ändern sollte; zumindest in „Precise Pangolin“ (12.04) scheinen die Befehle „telinit 2–5“ jedoch keine Wirkung zu zeigen. „telinit 1“ versucht, den Rechner herunterzufahren, doch bei meinem Test blieb der Vorgang auf halbem Weg hängen. Um etwas Ähnliches wie den Wechsel in Runlevel 3 zu erreichen, musst du die grafische Benutzeroberfläche beenden (d. h. den gdm- oder lightdm-Prozess beenden). Das Runlevel-Konzept scheint nicht mehr zu funktionieren.

Audio-CDs auf den Rio 500 MP3-Player unter Linux übertragen

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

OK, auf einem Mac ist es einfacher. iTunes ist kostenlos und erledigt alles für dich (und das sogar gut). Um iTunes zu ersetzen, brauche ich unter Linux mindestens drei Programme :-(

Binhex-Anhänge und Mozilla (hexbin, macutils)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

OK, heute habe ich versucht, die endgültige Fassung des Manuskripts für „Cell & Tissue Research“ zu öffnen. Mein Chef hat sie mir vor etwa zwei Wochen als E-Mail-Anhang geschickt. Ich nutze Mozilla Mail und habe den Anhang gespeichert. OpenOffice konnte ihn nicht öffnen. Offensichtlich verwendet mein Chef immer noch die Macintosh-Binhex-Kodierung, um Dateien an seine E-Mails anzuhängen, anstatt MIME zu nutzen, um sich so inkompatibel wie möglich gegenüber dem Rest der Welt zu machen. Glücklicherweise gibt es unter Linux das Befehlszeilenprogramm „hexbin“, das die mit Binhex verschlüsselte Datei in lesbares Material umwandelt: hexbin -3 Lymphangio_review_CTR.doc. So lautet zumindest die Theorie. Die Konvertierung schlug jedoch mit der Fehlermeldung „unexpected EOF“ fehl. Ich vermutete, dass Mozilla daran beteiligt war, und nutzte daher „pine“, um den Anhang zu extrahieren – und siehe da: „hexbin“ schaffte es, das Macintosh-Kauderwelsch in drei Dateien umzuwandeln. Bei diesen drei verschiedenen Dateien erschien der einzige brauchbare Teil (die Word-Dokumentdaten) als „Lymphangio_review_CTR.doc.data“. Davon musste ich noch die Endung .data entfernen, und OpenOffice hatte dann keine Probleme mehr, die Datei zu öffnen. Puh. Ich habe nur zwei Stunden gebraucht, um das alles herauszufinden (einschließlich der lokalen Einrichtung von „pine“, um über eine SSL-gesicherte Verbindung auf den E-Mail-Server zuzugreifen). Ich muss noch herausfinden, warum Mozilla Mail binhex-Anhänge falsch verarbeitet … Das Dienstprogramm „hexbin“ ist z. B. im macutils-Paket enthalten (verfügbar für Suse und RedHat).

BitTorrent

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Heute habe ich die neueste Software zum Dateiaustausch installiert: BitTorrent. Das war etwas umständlich, da ich zuerst wxPython installieren musste. Und um wxPython zu installieren, brauchte ich wxGTK. Anscheinend gibt es ein RedHat9-RPM, aber die Download-Seite war den ganzen Tag über nicht erreichbar, also habe ich die Quelldatei „wxPythonSrc-2.4.1.2.tar.gz“ von SourceForge heruntergeladen. Danach habe ich versucht, die RedHat9-CDs herunterzuladen, da ich eine saubere Linux-Installation benötige, um Adobe Acrobat 5.0.7 und Crossover Office zu testen (Acrobat 5 stürzt auf meinem RedHat9-System unmittelbar nach dem Start ab, und auch Crossover Office scheint durch übermäßiges Herumprobieren irgendwie beeinträchtigt zu sein). BitTorrent soll sehr schnell sein. Bislang liegt die Download-Geschwindigkeit bei 23 kB/s.

Das „sticky bit“, bzip2 und der automatische Start von Programmen bei der Anmeldung

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Das Sticky-Bit Ich frage mich immer noch, welche Funktion das „Sticky-Bit“ in den Dateiberechtigungen genau hat. Ich vermute, dass, wenn das Sticky-Bit für ein Verzeichnis im Gruppenfeld gesetzt ist (chmod g+s Verzeichnisname), die Berechtigungen vererbt werden (das heißt, alle neu erstellten Dateien in diesem Verzeichnis und darunter erhalten dieselben Berechtigungen wie ihre übergeordneten Dateien). Aber vielleicht irre ich mich auch, da es ja noch den seltsamen Befehl „umask“ gibt, der die Berechtigungen neu erstellter Dateien beeinflusst. Ich muss herausfinden, wie ich die Berechtigungen eines bestimmten Verzeichnisses (das von verschiedenen Benutzern gemeinsam genutzt werden soll) automatisch auf „g+rw“ setzen kann.bzip2 und bunzip2Um eine bzip2-Datei zu entpacken, führe den folgenden Befehl aus: bunzip2 Dateiname.txt.bz2 (wobei Dateiname.txt.bz2 der Name der Datei ist, die du entpacken möchtest). Das Ergebnis dieses Vorgangs ist eine Datei namens „filename.txt“. Standardmäßig löscht bunzip2 die Datei „filename.txt.bz2“.Automatischer Start von Programmen bei der AnmeldungUm ein Programm, z. B. gaim, bei der Anmeldung automatisch zu starten, habe ich einfach die folgende Zeile am Ende meiner .bash_profile-Datei hinzugefügt: „gaim &“. Ich weiß nicht, ob es eine gute Methode ist, dies so umzusetzen, aber es funktioniert. Dann habe ich den Fehler gemacht, den vncserver mit dieser Methode zu starten. Was passierte, war, dass der vncserver beim Einloggen gestartet wurde. Und natürlich wurde die .bash_profile innerhalb des ersten xdisplay des vncservers ausgeführt (was bei Red Hat 9 geschieht, um KDE als Fenstermanager zu starten). So wurde innerhalb dieser Sitzung eine weitere Instanz des vncserver gestartet. Das wiederholte sich so lange, bis auf meinem Rechner etwa 80 vncserver liefen und die Geschwindigkeit drastisch abnahm.

Der Befehl „ls“

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Ich benutze es schon seit Jahren, habe aber seine „erweiterten“ Optionen kaum genutzt. Das heißt: ls -t, um den Inhalt des Verzeichnisses nach Änderungsdatum zu sortieren. ls -d, um die Verzeichnisse und nicht deren Inhalt anzuzeigen. ls -alh listet den gesamten Inhalt des Verzeichnisses in einer ausführlichen, für Menschen lesbaren Form auf (das heißt, Dateigrößen werden in B, K, M oder G und nicht in Byte angegeben).Die Option -d verwende ich meist wie folgt: ls -d .*. Damit werden mir alle „versteckten“ Verzeichnisse angezeigt, die sich im aktuellen Verzeichnis befinden. Würde ich einfach nur ls .* eingeben, würde ich eine rekursive Auflistung aller Inhalte aller versteckten Verzeichnisse erhalten.

Disketten und Linux

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Seit ich angefangen habe, meine Präsentationen mit HTML und CSS zu erstellen (anstelle von OpenOffice anstelle von Microsoft Office), passen sogar recht umfangreiche Präsentationen auf normale 1,4-MB-Disketten. Also habe ich eine leere Diskette in das Laufwerk eingelegt und sie als ext2 formatiert. Seltsamerweise erkennt das grafische Disketten-Mount-Programm das Dateisystem nicht, wenn die automatische Erkennung aktiviert ist. Also habe ich die Diskette als MS-DOS formatiert, und nun funktioniert die automatische Erkennung des Dateisystems. Seltsam…

Ein freigegebenes Verzeichnis unter Linux erstellen

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Wenn zwei Benutzer unter Linux Dateien gemeinsam nutzen möchten, können Zugriffsrechte zu einem ziemlichen Problem werden. Standardmäßig kann nur derjenige, der die Datei erstellt hat, sie lesen und ändern, selbst wenn sie in einem Verzeichnis gespeichert ist, auf das der andere Zugriff hat. Meiner Meinung nach ist es nach wie vor unmöglich, dieses Problem vollständig zu lösen, da Linux die Berechtigungen nicht basierend auf den Berechtigungen des übergeordneten Verzeichnisses auf neu erstellte bzw. gespeicherte Dateien „vererben“ kann (übrigens: Wie hat Mac OS X dieses Problem gelöst?). Die folgenden Anweisungen erstellen ein gemeinsam genutztes Verzeichnis, erfordern jedoch zusätzliche Anpassungen. Als Root

Einbinden von Disk-Image-Dateien und verschlüsselten Dateisystemen/Partitionen

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Um eine Festplatte (oder eine Partition) in eine Datei zu kopieren, verwenden Sie den folgenden Befehl: dd if=/dev/hda3 of=file.bin Dieser Befehl schreibt die gesamten Daten der Partition hda3 in die Datei file.bin.Um das in der Datei enthaltene Dateisystem einzuhängen, müssen Sie ein Loopback-Gerät erstellen: losetup /dev/loop0 file.bin Nun können Sie das Dateisystem wie gewohnt einhängen: mount -r -t filesystemtype /dev/loop0 /mnt/mountpoint Offenbar kann man die letzten beiden Befehle zu einem zusammenfassen:mount -t Dateisystemtyp -o loop ./file.bin /mnt/mountpointWenn Sie die Daten in einer Datei verschlüsseln möchten, die ein ganzes Dateisystem enthält, wird es etwas komplizierter:sudo mkdir /mnt/secure (Mountpunkt für das Dateisystem erstellen)dd if=/dev/zero of=Pfad/zur/Datei bs=1k count=409600 (eine leere Datei mit einer Größe von 400 MB erstellen) sudo /sbin/losetup -e xor /dev/loop0 Pfad/zur/Datei/sbin/mkfs -t ext2 /dev/loop0 409600 (das Gerät als ext2 formatieren)sudo mount -t ext2 /dev/loop0 /mnt/secure (die Gerätedatei einhängen)cd /mnt/securechown Benutzername . (Eigentümer des obersten Verzeichnisses des Dateisystems ändern)Wenn Sie das Dateisystem aushängen möchten:sudo umount /dev/loop0Wenn Sie das Dateisystem entfernen möchten, müssen Sie die Zuordnung zum Loop-Gerät 0 aufheben: /sbin/losetup -d /dev/loop0Aus irgendeinem Grund bietet RedHat 9 keine DES-Unterstützung, daher verwende ich vorläufig (bis ich den Kernel patche oder zu Suse Linux wechsle) die schnellere, aber wesentlich schwächere XOR-Verschlüsselung.SUSE 9 verfügt über eine integrierte starke Verschlüsselung und bietet bereits während der Installation die Möglichkeit, eine verschlüsselte Partition anzulegen. SUSE 9 fragt beim Booten nach der Passphrase, um das verschlüsselte Dateisystem einzuhängen. Der Bootvorgang wird angehalten und wartet zwei Minuten, bevor er fortgesetzt wird, wenn Sie das Passwort nicht eingeben. Um diese Zeit zu verkürzen, können Sie die Datei /etc/init.d/boot.crypto bearbeiten. Ändern Sie in der folgenden Zeile 120 beispielsweise in 10: ${TIMEOUT:=120}Falls Sie die Gelegenheit verpasst haben, die Passphrase während des Bootvorgangs einzugeben, können Sie die verschlüsselte Partition wie folgt einbinden:/sbin/losetup -e twofish /dev/loop0 /dev/hda7 mount /dev/loop0 /media/confÜbrigens: Die Informationen zu verschlüsselten Dateisystemen befinden sich in /etc/cryptotab.

Einige Möglichkeiten zur Neuanordnung von Partitionen unter Linux

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Die Linux-Installation sieht wie folgt aus: /dev/hdb1 100 MB /boot/dev/hdb2 8 MB /home/dev/hdb3 8 MB //dev/hdb4 Erweiterte Partition/dev/hdb5 1 GB Linux-Swap/dev/hdb6 100 GB NTFSDie Idee war, die 100-GB-Partition (/dev/hdb6), die mit dem NTFS-Dateisystem (= Windows 2000) formatiert wurde, zur Speicherung großer Dateien unter Linux zu nutzen. NTFS-Dateisysteme können von Linux noch nicht verwendet werden. Das einzige DOS/Windows-Dateisystem, das mit Linux kompatibel ist, ist FAT32. Leider ist FAT32 ein recht ineffizientes System und hat eine maximale Partitionsgröße von 32 GB (tatsächlich kann Windows FAT-Partitionen bis zu 127 GB nutzen, aber es kann diese nicht selbst formatieren; man benötigt ein Dienstprogramm eines Drittanbieters, um sie zu formatieren). Jedenfalls kann Linux FAT-Partitionen nur bis zu einer Größe von 32 GB lesen und beschreiben. Eine weitere Voraussetzung ist, dass /dev/hdb6 an zwei verschiedenen Einhängepunkten eingehängt werden sollte. Daher müssen wir diese Partition in zwei kleinere aufteilen. Nun schien dies unter Linux unmöglich zu sein. Der Grund dafür ist – wie bei so vielen anderen Dingen, die nerven – Bill Gates. Ähnlich wie bei seiner Entscheidung „640 KB RAM reichen für jeden“, beschloss er, dass sich auf einer physischen Festplatte nur vier primäre DOS-Partitionen befinden dürfen. Bald erwies sich dies als zu wenig, und so wurde eine Umgehungslösung eingeführt: „Erweiterte Partitionen“. Eine der vier primären Partitionen einer Festplatte kann eine sogenannte „erweiterte Partition“ sein und mehrere (eigentlich, glaube ich, eine unbegrenzte Anzahl von) logische Partitionen enthalten. Somit ist in der obigen Festplattenaufteilung die Partition Nummer 4 von /dev/hdb (/dev/hdb4) eine erweiterte Partition. Sie enthält zwei logische Partitionen: /dev/hdb5 und /dev/hdb6. Das Problem ist folgendes: Die Linux-Dienstprogramme cfdisk und fdisk können nicht separat auf diese beiden logischen Partitionen zugreifen. Wenn wir /dev/hdb6 in zwei kleinere Partitionen aufteilen wollen, müssen wir diese Partition zunächst löschen und dann an ihrer Stelle zwei neue erstellen. Doch sowohl cfdisk als auch fdisk können /dev/hdb4 nur als Ganzes löschen. Dadurch würde die Linux-Swap-Partition gelöscht werden (was während des Betriebs des Betriebssystems eine ziemliche Katastrophe wäre). Das Problem lässt sich wie folgt lösen: Starten Sie Windows 2000, löschen Sie die 100-GB-NTFS-Partition und erstellen Sie stattdessen zwei kleinere (/dev/hdb6 und /dev/hdb7). Sie müssen diese als FAT32 oder NTFS formatieren, da Windows keine anderen Dateisysteme unterstützt. Wenn Sie Partition Magic 8 oder höher haben (vorzugsweise auf einer Boot-Diskette), können Sie die beiden neuen, kleineren Partitionen sofort als Linux-Partitionen formatieren (d. h.: ext2 oder ext3). Starten Sie anschließend unter Linux neu. Seltsamerweise sind beim Einbinden der mit Partition Magic 8 formatierten Partitionen bereits 5 Prozent des Speicherplatzes belegt, obwohl sich nirgendwo Dateien befinden (zumindest zeigt dies das Dienstprogramm „Hardware-Browser/Festplatten“ an). Um diesen verlorenen Speicherplatz zurückzugewinnen, müssen Sie die Partitionen unter Linux mit dem Befehl mkfs.ext3 /dev/hdb6 neu formatieren. Wenn Sie das neueste (und wahrscheinlich eines der besten) Dateisysteme für Linux verwenden möchten, können Sie die Partitionen mit dem ReiserFS-Dateisystem formatieren (Befehl: mkfs.reiserfs /dev/hdb6). Starten Sie den Rechner neu und fügen Sie diese Partitionen in die Datei fstab ein, damit sie beim Systemstart automatisch eingebunden werden.

Hot-Swapping verschiedener Benutzeroberflächen unter Linux

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe gelesen, dass Windows XP über eine „neue“ Funktion verfügt, mit der Benutzer ihre Desktops im laufenden Betrieb wechseln können. Anstatt sich abzumelden, kann ein Benutzer seine Sitzung in den Hintergrund verschieben, sodass sich ein anderer Benutzer anmelden kann. Das ist natürlich sehr nützlich, wenn man große Dateien herunterlädt oder Dienste ausführt und den Vorgang nicht unterbrechen möchte. Ich habe herausgefunden, dass Linux das schon seit Jahren kann: Wenn bei mir ein Prozess mit einer grafischen Benutzeroberfläche unter GNOME (oder KDE; sagen wir mal lmule) läuft und ein anderer Benutzer über GNOME auf sein Konto zugreifen möchte, ich aber meine eigene GUI-Sitzung nicht beenden will, wechsle ich über Strg-Alt-F2 zu einem anderen (virtuellen) Terminal, und der andere Benutzer meldet sich an und startet eine X-Sitzung („startx – :1“). Unter RedHat 9 ist die neue, über F2 gestartete X-Sitzung zunächst über beide Konsolen (F2 und F8) erreichbar. Wenn der andere Benutzer seine Arbeit beendet hat, kann ich mit Strg-Alt-F7 problemlos zu meinem GNOME zurückkehren und dort weitermachen, womit ich gerade beschäftigt war.Wenn der andere Benutzer jedoch erneut auf seine X-Sitzung zugreifen möchte, ist dies nur über Strg-Alt-F8 möglich. Beim Wechsel zur F2-Konsole könnte man den Eindruck gewinnen, dass X abgestürzt ist (was nicht der Fall ist).Wenn die Tastenkombination Strg-Alt-Fx nicht funktioniert, haben Sie ein falsches Tastaturlayout ausgewählt (eines, das nicht für X-Windows-Sitzungen, sondern für ein Befehlszeilenterminal vorgesehen ist). Sie können über den GNOME-Tastaturlayout-Umschalter zum richtigen Terminal wechseln. Der GNOME-Tastaturlayout-Umschalter ist ein Applet, das Sie zu Ihrem Panel hinzufügen können (klicken Sie in einen leeren Bereich des Panels, „Zum Panel hinzufügen“, „Dienstprogramme“, „Tastaturlayout-Umschalter“). Um ein korrektes Tastaturlayout auszuwählen, klicken Sie mit der rechten Maustaste auf das Symbol des Tastaturlayout-Umschalters im Panel, wählen Sie „Einstellungen“ und dann „Hinzufügen“. Wenn Sie auf das Dreieck vor den verschiedenen Sprachen und anschließend auf das Dreieck vor dem Land klicken, werden manchmal zwei verschiedene Optionen angezeigt (in meinem Fall: „Finnische Tastaturbelegung“ und „Finnische XKB-Tastaturbelegung“). Sie sollten die XKB-Tastaturbelegung wählen, da sonst die Tastenkombination Strg-Alt-Fx nicht funktioniert.

Mac-Linux-Konnektivität (netatalk, atalk, Appletalk)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Verbindung von einem Macintosh zu Linux Ich habe das schon vor einiger Zeit gemacht, aber nur zur Dokumentation: Man muss einen AppleTalk-Server auf dem Linux-Rechner installieren. Das benötigte Paket heißt „netatalk“. Es hat alles gut funktioniert, ich hatte lediglich ein Problem mit den AppleTalk-Zonen. Obwohl ich die Standardzone in der Datei „atalkd.conf“ auf „Biomedicum cancerbio“ gesetzt hatte (die Zone, in der ich mich befinden möchte), überschreibt netatalk diese Einstellung beim Neustart des Dienstes. Daher landet mein Linux-Rechner immer in der Standardzone (die auf Finnisch „Kadotus“ heißt).Der atalkd-Dienst muss die Zone offensichtlich irgendwie mit dem Router aushandeln, aber wie? Macs schaffen es offensichtlich, in der Zone zu bleiben, die sie in ihren Einstellungen festlegen. Sie landen nur dann in „Kadotus“, wenn sie keine Zone angeben; folglich sollte dies auch unter Linux möglich sein. Durch Ausprobieren habe ich herausgefunden, dass das Ändern der Zone in /etc/atalk/atalkd.conf nicht zum gewünschten Ergebnis führt. Man muss den Standardeintrag in /etc/atalk/afpd.conf löschen und durch einen anderen Eintrag ersetzen (unter SUSE 9 lautet der Pfad /etc/netatalk statt /etc/atalk):"Michael's Linux Box@Biomedicum cancerbio" -transall -uamlist uams_clrtxt.so,uams_dhx.so -nosavepassword und anschließend die Definition der Freigaben (in der Datei „AppleVolumes.default“):"Public" -uamlist uams_guest.so -loginmesg "Welcome guest!" Allerdings wird Netatalk eigentlich nur benötigt, um von älteren Macs aus eine Verbindung zu Linux herzustellen. Mac OS X kann SAMBA ausführen, und meiner Erfahrung nach ist die Dateifreigabe über SAMBA zuverlässiger als über netatalk. Lange Dateinamen (ich glaube >31 Zeichen) haben netatalk in mehreren Fällen zum Absturz gebracht, während SAMBA das Problem ohne Schwierigkeiten bewältigte. Sowohl Mac OS X als auch Linux unterstützen Dateinamen mit mehr als 31 Zeichen, netatalk offenbar jedoch nicht.Verbindung von Linux zu MacintoshDas hängt nun davon ab, ob du eine Verbindung zu einem Mac mit OS 9.2 oder niedriger oder zu einem Mac mit Mac OS X herstellen möchtest. Um eine Verbindung zu einem Mac mit OS 9.2 oder niedriger herstellen zu können, benötigst du das afpfs-Modul. Dieses Modul wird nicht mehr gepflegt und die letzte Kompilierung erfolgte für den 2.1-Kernel. Das bedeutet: Sie haben höchstwahrscheinlich Pech, es sei denn, Sie sind ein echter Geek (oder verwenden noch den 2.1-Kernel). Um von Linux aus eine Verbindung zu Mac OS X herzustellen, sollten Sie einfach SAMBA verwenden. In GNOME musst du lediglich „smb://“ in das Feld „Ort“ des Nautilus-Browserfensters eingeben, und schon werden dir die Domänen, Arbeitsgruppen und Computer angezeigt, die im Netzwerk sichtbar sind. Ich gebe zu, dass die Netzwerksuche ziemlich langsam ist. Wenn du also den Arbeitsgruppen- oder Domänennamen kennst (z. B. „mcbl“, wie in meinem Fall), gib einfach „smb://mcbl“ ein.

Probleme mit lmule und xmule

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Plötzlich funktionierte lmule (oder xmule) nicht mehr. Aus irgendeinem Grund können die Dateien im Verzeichnis ~/.lmule/ leicht beschädigt werden. Lösche einfach alle Dateien (oder sogar das gesamte Verzeichnis), dann funktioniert das Programm wieder. Vergiss nicht, die Dateien aus den Verzeichnissen „Temp“ und „Incoming“ zu sichern! Du kannst sie später wieder in die neu erstellten Verzeichnisse ~/.lmule/Temp und ~/.lmule/Incoming kopieren.

rio500-0.7-1.i386.rpm läuft unter RedHat 9

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe erneut versucht, rio500-0.8.1 zu kompilieren, jedoch ohne Erfolg. Die Kompilierung schlägt unter dem Kernel 2.4 fehl. Dies ist ein noch ungelöstes Problem, das auch in den Diskussionsforen erwähnt wird. Daher habe ich das Rio500-Paket rio500-0.7-1.i386.rpm installiert. Interessanterweise gelang es mir über die Befehlszeile, a) den internen Speicher zu formatieren: rio_format, b) einen Ordner anzulegen (was notwendig ist, bevor man einen Song hochladen kann): rio_add_folder, c) MP3s hochzuladen: rio_add_song. Das ist ein großer Vorteil gegenüber der miesen Windows-Rioport-Oberfläche. Als Nächstes werde ich versuchen, die Gnome-GUI zu installieren. Als ich mir die ersten Songs auf dem Rio500 anhörte, die ich unter Linux übertragen hatte, klangen sie sehr leise. Wenn ich das nächste Mal einige Songs kodiere, sollte ich die Lame-Option „–scale“ ausprobieren. Ich weiß jedoch nicht, welches Argument ich verwenden muss, um eine angemessene Verstärkung des Klangs zu erzielen.

Samba-Freigaben einbinden (warum funktioniert Nautilus nicht?) und SMB-Einbindungen dauerhaft festlegen

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Samba-Freigaben einbindenAnscheinend ist es sehr einfach, innerhalb von Nautilus eine Verbindung zu Windows-Computern (oder besser gesagt zu Computern, auf denen SMB-Dienste laufen) herzustellen. Man muss lediglich „smb:///“ in die Adressleiste eingeben, und schon wird das Netzwerk nach verfügbaren Domänen, Arbeitsgruppen und Diensten durchsucht. Versucht man jedoch, bestimmte Dateien (z. B. ein Bild) zu öffnen, erscheint oft die Fehlermeldung, dass auf diese Dateien über Samba nicht zugegriffen werden kann. Was tun? Ich habe herausgefunden, dass das Einbinden von SMB-Freigaben einwandfrei funktioniert. Um mein Benutzerverzeichnis auf einem anderen Computer einzubinden, lautet der Befehl: sudo mount -t smbfs -o username=michael,password=hier_kommt_mein_Passwort //paula/michael /mnt/smb „paula“ ist der NetBIOS-Name des anderen Computers und „michael“ ist der Name der Freigabe.Mit der Option -o uid=owner kannst du außerdem den Eigentümer aller Dateien des eingebundenen Dateisystems festlegen: sudo mount -t smbfs -o username=michael,password=hier_kommt_mein_Passwort -o uid=500 //paula/michael /mnt/smbWenn du dein Passwort nicht eingeben möchtest, kannst du es in einer Datei wie dieser speichern:username=susannepassword=0sdf7b und anschließend auf diese „Anmeldedaten“-Datei verweisen:sudo mount -t smbfs -o username=susanne,credentials=/home/susanne/.smbpasswd //patolmac217/susanne /mnt/smbZum Aushängen verwenden Sie:sudo umount /mnt/smbDies schlägt meist fehl, da wahrscheinlich einige geöffnete Fenster/Terminals die Verbindung aufrechterhalten. Schließen Sie diese und versuchen Sie es erneut. Sie können auch umount -f versuchen.SMB-Einbindungen dauerhaft einrichtenWenn Sie eine SMB-Freigabe einbinden, geht diese bei einem Systemneustart verloren. Damit sie beim Systemstart automatisch eingebunden wird, müssen Sie einen neuen Eintrag in der Datei /etc/fstab erstellen. In meinem Fall z. B.: //paula/michael /mnt/smb smbfs credentials=/home/jeltsch/.smbpasswd 0 0 In der Datei .smbpasswd stehen mein Benutzername und mein Passwort. Wahrscheinlich nicht besonders sicher, aber wen interessiert das schon? Die Datei .smbpasswd sollte ohnehin nur für Sie selbst lesbar sein!

Startskript für den VNC-Server

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Um den VNC-Server beim Systemstart automatisch als Dienst zu starten, benötigen Sie dieses Shell-Skript . Wahrscheinlich können Sie auch selbst ein viel einfacheres Shell-Skript schreiben, das dieselbe Aufgabe erfüllt. Tatsächlich wirst du das sogar tun müssen, da dieses Skript unter RedHat 9 fehlerhaft ist. Das einfachste Shell-Skript ist natürlich der Befehl „vncserver“ allein… Dieses Skript kommt in den Ordner /etc/init.d. Anschließend erstellst du im Verzeichnis /etc/rc5.d einen symbolischen Link, der auf das Skript verweist. Das Verzeichnis /etc/rc5.d enthält eine Reihe von Verknüpfungen zu Skripten in der Datei init.d, die ausgeführt werden, wenn das System in den Runlevel 5 wechselt (Runlevel 5 ist derjenige, in dem die grafische Benutzeroberfläche und mehrere Benutzer aktiviert sind – den Sie höchstwahrscheinlich in 95 % aller Fälle verwenden). Es gibt weitere Verzeichnisse für andere Runlevels (z. B. /etc/rc3.d für Runlevel 3 usw.).

VNC (Virtual Network Computing) über SSH

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Ich sitze zu Hause und möchte die grafische Benutzeroberfläche meines Linux-Rechners bei der Arbeit nutzen. Mein Arbeitsrechner, auf dem der VNC-Server läuft (mcblpc2.hi.helsinki.fi), befindet sich jedoch hinter der Firewall der Universität. Die einzige Verbindung, die ich durch die Firewall herstellen kann, läuft über einen der Hauptrechner der Universität, z. B. vesuri.helsinki.fi. Um eine Verbindung über VNC herzustellen, benötige ich nur zwei Befehle: ssh -L 5901:mcblpc2.hi.helsinki.fi:5901 mjeltsch@vesuri.helsinki.fivncviewer localhost:1 Um die Verbindung zu beschleunigen, kannst du eine Komprimierung verwenden (hilft nur, wenn du eine langsame Verbindung hast, z. B. über ein Modem). Bei der Verwendung von VNC über SSH geht der VNC-Viewer fälschlicherweise davon aus, dass man eine Verbindung zum lokalen Rechner herstellt, und wählt daher eine falsche Kodierung. Der zweite Befehl sollte also eigentlich lauten: vncviewer localhost:1 -compresslevel 0 -encodings "copyrect hextile"Wenn du den vncserver auf einem Computer betreibst, der über eine eigene Firewall verfügt, muss sshd laufen und der SSH-Port (22) geöffnet sein. Anschließend richtest du einen Tunnel von diesem SSH-Server auf diesem Rechner zu einem Port auf deinem lokalen Rechner ein: ssh -L 5901:remotemachine:5901 username@remotemachine vncviewer localhost:1Wenn Sie die KDE-Desktopfreigabe unter SUSE 9.0 nutzen, geben Sie den physischen Bildschirm (:0) frei. Wenn Sie also abgemeldet sind, können Sie keine Verbindung über die Desktop-Freigabe herstellen. Sie müssen zusätzlich eine vncserver-Instanz starten: vncserver Dieser Server verwendet standardmäßig die Sitzung :1, weshalb der weitergeleitete Port 5901 und nicht 5900 (wie bei der ersten Sitzung) sein muss.

Was entspricht unter Linux dem Windows-Befehl „ipconfig /all“?

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Ich glaube, /sbin/ifconfig zeigt zumindest die IP-Adresse, die Hardware-Adresse, die Subnetzmaske und noch ein paar andere Dinge an. Aber nicht viel zu anderen Themen wie DHCP- oder DNS-Adressen…

Wein- und Crossover-Büro

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Da ich VMware satt hatte (weil es so langsam ist und die Hälfte meines Arbeitsspeichers beansprucht), habe ich mich Wine zugewandt. Aber Wine scheint sehr schwierig einzurichten zu sein. Typisch Linux. Es funktioniert zwar, aber wenn man nicht eine ganze Woche damit verbringt, kriegt man es nicht zum Laufen. Hier kommt die Anwendung „Crossover Office“ ins Spiel. Es handelt sich dabei lediglich um eine Reihe von Hilfsprogrammen, die die Einrichtung von Wine vereinfachen. Das gilt allerdings nur für bestimmte Windows-Anwendungen, und die meisten Windows-Anwendungen werden nicht unterstützt. Also habe ich mir eine Demoversion von Crossover Office besorgt und mit der Installation (als Root) begonnen. Die Anwendung ließ sich problemlos installieren. Nach der Installation startete ich die Crossover-Office-Setup-Anwendung. Von dort aus installiert man seine Windows-Anwendungen. Also wollte ich Microsoft Office XP ausprobieren (da es für die gesamte Universität lizenziert ist). Ich habe den Fehler gemacht, „Alles installieren“ auszuwählen. Das Installationsprogramm zwang mich dazu, auch den Internet Explorer von Microsoft und eine Menge anderen Mist zu installieren. Dann reagierte das Office-XP-Installationsprogramm mitten im Vorgang nicht mehr. Ich wartete zwei Stunden, aber der Fortschrittsbalken bewegte sich nicht und es gab keine Festplattenaktivität. Also musste ich die Installation abbrechen und hinterließ ein Chaos. Ein zweiter Installationsversuch schlug ebenfalls fehl. Also dachte ich daran, das Windows-Deinstallationsprogramm zu verwenden. Auch das schlug fehl. Die Deinstallation über Crossover Office schlug ebenfalls fehl. Also beschloss ich, das gesamte Crossover Office zu deinstallieren (im „bin“-Verzeichnis von Crossover Office gibt es ein Deinstallationsskript, das in der Dokumentation kaum erwähnt wird). Das funktionierte zwar, aber offenbar wurde nicht alles deinstalliert. Ich musste noch mehrere Verzeichnisse manuell entfernen, aber am schlimmsten war, dass die Gnome-Menüeinträge nicht gelöscht wurden. Die Gnome-Menüeinträge sind eine ziemlich knifflige Angelegenheit, da sie sich nicht an einem einzigen Ort befinden. Gnome nutzt ein System aus „virtuellen Ordnern“ (vfolder), um die Menüs zu erstellen. Das heißt, die Menüs werden dynamisch aus mehreren XML-Dateien zusammengestellt, die sich an verschiedenen Orten befinden. Aber ich glaube, ich habe sie alle gefunden und die Einträge manuell entfernt. Ich muss wohl einen Programmierfehler gemacht haben, denn danach war das gesamte Menü verschwunden. Anscheinend lag der Fehler in meiner Datei ~/.gnome2/vfolders/applications.vfolder-info. Natürlich hatte ich keine Sicherungskopie, also kopierte ich dieselbe Datei aus /root/.gnome2/vfolders in mein Home-Verzeichnis. Danach installierte ich Crossover Office neu und installierte nur Microsoft Word XP – und es funktionierte! Im Menü „Windows-Anwendungen/Programme/“ war ein schöner Eintrag zu sehen. Dann habe ich Adobe Photoshop 6.01 installiert. Die Installation verlief reibungslos, doch danach war der Microsoft-Word-Eintrag im Menü verschwunden. Auch unter „Windows-Anwendungen/Programme/Adobe“ gab es keinen Photoshop-Eintrag. Es gab lediglich einen ImageReady-Eintrag. Es scheint, als würde jede neu installierte Anwendung die Menüeinträge der zuvor installierten Anwendung löschen. Die hierarchische Ordnerstruktur bleibt jedoch erhalten; lediglich der letzte Eintrag ist verschwunden und wurde im letzten Menüordner durch einen Punkt ersetzt. Übrigens funktionierte Photoshop, da man es aus ImageReady heraus starten kann. Sowohl Office XP als auch Adobe Photoshop sind Anwendungen, die von Crossover Office „unterstützt“ werden. Nun habe ich versucht, eine nicht unterstützte Anwendung zu installieren, nämlich das Gene Construction Kit 2.5 (GCK2.5). Zunächst meldete Crossover Office, dass die Installations-CD einige versteckte Dateien enthalte und ich als Root einige Änderungen an den fstab-Einträgen vornehmen müsse, um das Lesen dieser Dateien zu ermöglichen. Das habe ich getan und die Installation fortgesetzt. Der Installer wurde abgeschlossen, und unter „Windows-Anwendungen/Programme/Gene Construction Kit 2.5“ gab es einen Menüeintrag namens „Uninstaller“. Ich schloss daraus, dass das Uninstaller-Programm nach der GCK2.5-Anwendung installiert worden war, und löschte daher den letztgenannten Eintrag. Noch seltsamer war, dass nach dem Abmelden und erneuten Anmelden sogar der Eintrag „Uninstaller“ aus dem Menü verschwunden war. Auch alle anderen Programmeinträge waren verschwunden. Ich nahm an, dass alle Menüeinträge einzelne Dateien im Verzeichnis /home/jeltsch/.gnome2/applications sind. Sie haben die Endung .desktop und sind XML-Dateien mit einer relativ einfachen Struktur. Ein Beispiel:> more Internet\ Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE” X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm [jeltsch@mcblpc2 applications]$ more CXTree-Windows_Applications-Programs-Internet_Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE“ X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm Categories=Application;X-cxoffice;X-CXTree-Windows_Applications-Programs;Es scheint, dass alle Einträge, die vom Crossover Office-Installationsprogramm erstellt wurden, noch in diesem Verzeichnis vorhanden sind. Jetzt muss ich nur noch herausfinden, warum sie nicht angezeigt werden. Natürlich kann ich die Anwendungen starten, indem ich den Eintrag unter Exec einfach in die Befehlszeile eingebe, aber das ist irgendwie umständlich. Um GCK2.5 zu testen, habe ich es über die Befehlszeile gestartet, und es wurde tatsächlich angezeigt. Zunächst wurde nach der Installations-CD gefragt (eine Art Kopierschutzmechanismus). Sie befand sich zwar im Laufwerk, aber ich musste sie irgendwie auswerfen und erneut einlegen, damit sie erkannt wurde. Das funktionierte einwandfrei, und es erschien der Dialog, in dem ich meinen Namen und meine Organisation eingab. Doch dann meldete es auf wundersame Weise: „Die Anwendung konnte nicht gestartet werden, da nicht genügend Arbeitsspeicher vorhanden ist.“ Nun muss ich dieses Problem angehen, denn GCK 2.5 ist für mich wahrscheinlich die wichtigste Anwendung, für die es unter Linux kein Äquivalent gibt.

Wie starte ich das Gene Construction Kit unter Linux?

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Es gibt nur wenige Mac- oder Windows-Programme, für die es unter Linux kein gutes Äquivalent gibt. Eines dieser wenigen Programme ist das Gene Construction Kit (GCK) von Textco . GCK ist sowohl für Windows als auch für Mac verfügbar. Daher sollte es möglich sein, es auf einem i86-Linux-Rechner mit Wine (einer Art Emulator) auszuführen. Ich habe das versucht und bin gescheitert (ich habe mich allerdings nicht besonders angestrengt). Allerdings lässt sich wahrscheinlich jedes Windows-Programm mit VMware unter Linux ausführen. Leider ist VMware kommerziell und teuer (es gibt jedoch eine voll funktionsfähige, zeitlich begrenzte Demoversion). GCK läuft unter VMware 4.0/W2K/RedHat9 ohne Probleme. Der einzige Wermutstropfen bei VMware ist die Option „Gemeinsame Ordner“. Es ist viel besser, das Linux-Home-Verzeichnis über Samba freizugeben und es dann automatisch mounten zu lassen, wenn man sich bei dem emulierten Windows-Betriebssystem anmeldet. Es ist mir sogar gelungen, Linux-spezifische Dateien in meinem Home-Verzeichnis, die mit einem Punkt beginnen (wie z. B. .mozilla), auszublenden, indem ich „hide dot files = yes“ in die Samba-Konfigurationsdatei /etc/samba/smb.conf eingefügt habe. Obwohl ich derzeit VMware verwende, plane ich, auf Wine umzusteigen, um jeglichen Microsoft-Code zu vermeiden.

Zwei Verzeichnisse vergleichen (diff)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

diff -r Pfad1 Pfad2

„sudo“ dient nicht nur dazu, Befehle als anderer Benutzer auszuführen (sudo).

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Wenn Sie einen Befehl mit Root-Rechten ausführen möchten, verwenden Sie normalerweise den Befehl „sudo“. Aber natürlich können Sie einen Befehl auch als beliebiger anderer Benutzer ausführen. Ich muss beispielsweise ein Skript für mein Backup als Benutzer „backuppc“ ausführen. Dann gebe ich einfach Folgendes ein: sudo -u backuppc /usr/local/backuppc/bin/BackupPC_serverMesg status info. Anstelle des Benutzernamens (backuppc) kann man auch die Benutzer-ID (uid) verwenden.

Anschließen der externen Festplatte an meinen Computer (Maxtor One Touch 200 GB, FireWire und USB 2.0/1.1)

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Die Festplatte war über FireWire an Red Hat 9 Linux angeschlossen und verfügte über ein ReiserFS-Dateisystem. Sie sollte eigentlich für Backups verwendet werden, funktionierte aber plötzlich nicht mehr (sie wurde beim Systemstart nicht mehr erkannt). Wahrscheinlich hatte das etwas mit dem externen USB-Zip-Laufwerk zu tun. Beide werden vom System offenbar als SCSI-Geräte erkannt, und das Zip-Laufwerk könnte (über Automount) die sda-Nummer belegt haben, die manuell in die Datei /etc/fstab eingetragen worden war, um die Maxtor-Festplatte zu aktivieren. Um zu überprüfen, ob mit dem Laufwerk selbst alles in Ordnung ist, habe ich es an meinen Arbeitscomputer angeschlossen. Mein Arbeitscomputer verfügt jedoch nicht über eine FireWire-Karte, sodass ich den USB-Anschluss nutzen musste. Das sollte keinen Unterschied machen, da sowohl USB als auch FireWire gewissermaßen als SCSI-Geräte behandelt werden.Ich habe lediglich die Datei /etc/fstab bearbeitet und folgende Zeile hinzugefügt: /dev/sda1 /mnt/usbhd1 reiserfs defaults 1 2 Zunächst hatte ich vergessen, das Verzeichnis /mnt/usbhd1 anzulegen. Daher wurde das Laufwerk nach dem Neustart nicht eingehängt. Ich habe mit /sbin/fdisk -l nachgesehen, und dort gab es folgenden Eintrag: /dev/sda1 Windows 95 (oder so ähnlich). Seltsamerweise wird das Reiserfs-Dateisystem als FAT-Dateisystem angezeigt. Ich habe den Eintrag „reiserfs“ in /etc/fstab in „vfat“ geändert und das Verzeichnis /mnt/usbhd1 angelegt. Beim Systemstart trat ein Fehler auf (etwa: „Auf der Partition konnte kein FAT-Dateisystem gefunden werden“). Also habe ich die Einstellung wieder auf „reiserfs“ zurückgesetzt, neu gestartet, und das externe Laufwerk wurde beim Systemstart ohne Probleme eingehängt.

Autostart-Einträge für Gnome- und KDE-Sitzungen

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Immer wenn ich mich bei einer GNOME-Sitzung anmeldete, wurden automatisch mehrere Anwendungen gestartet, ohne dass ich dies beabsichtigt hatte (zwei Terminal-Sitzungen und ein Nautilus-Fenster). Um sie loszuwerden (zumindest glaube ich das, ich werde es beim nächsten Einloggen sehen), muss man zu „Hauptmenü“ – „Einstellungen“ – „Weitere Einstellungen“ – „Sitzungen“ gehen. Unter dem Reiter „Aktuelle Sitzung“ kann man die Programme entfernen, die beim Anmelden automatisch gestartet werden, und außerdem festlegen, in welcher Reihenfolge die automatisch gestarteten Programme ausgeführt werden. In KDE werden Einträge im Verzeichnis /home/user/.kde/Autostart beim Start der Sitzung ausgeführt. Lege einfach eine .desktop-Datei in diesem Verzeichnis ab, damit sie automatisch ausgeführt wird.

BackupPC (und Mac OS X)

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

BackupPC scheint eine coole Anwendung zu sein. Abgesehen davon, dass der Einstieg nicht gerade einfach ist. Ich habe BackupPC-2.0.0.tar.gz heruntergeladen und im Verzeichnis /usr/local/backuppc installiert. Anschließend habe ich die Datei config.pl ausgeführt und alle Fragen beantwortet, die ich beantworten konnte. Der Ort, an dem ich meine Daten sichern möchte, ist meine zweite Festplatte /dev/hdb5, die als ReiserFS formatiert und unter /mnt/hdb eingehängt ist. Nach Ausführung des Konfigurationsskripts gab es in /mnt/hdb ein neues Verzeichnis: backuppc, das sechs weitere Verzeichnisse enthielt: conf, cpool, log, pc, pool und trash. Übrigens kann man kein smbmount verwenden, um die Sicherungsdaten zu speichern (zumindest nicht ohne Weiteres). Das Skript configure.pl versucht, die Dateien auf dem SMB-Mount mit chown umzubesitzen, was zum Abbruch des Perl-Skripts führt (dies ließe sich ändern, und der chown-Befehl könnte manuell durchgeführt werden, indem man die korrekten UID und GID in der fstab definiert). Ich habe mich einen Tag lang damit herumgeschlagen (habe dem SMB-Mount sogar fmask=777,dmask=777 und den richtigen Eigentümer/die richtige Gruppe zugewiesen), aber ohne Erfolg, da das Skript offenbar den chown-Befehl ausführen will. Ich muss dieses Problem wahrscheinlich lösen, da ich über das Netzwerk ein Backup auf einem Macintosh mit OS X erstellen muss und daher Samba (oder NFS…) verwenden muss. Ich verwende tar über SSH, um meinen Client zu sichern (tatsächlich sind in meinem Fall der Server und einer der Clients physisch ein und dieselbe Maschine). Jedenfalls muss ich SSH einrichten. Da ich RH9 habe, ist es OpenSSH (SSH2). Ein weiterer Client läuft unter Mac OS X (10.3). Es funktioniert recht gut, nachdem ich herausgefunden habe, dass sich der Befehl „tar“ unter Mac OS X weder im PATH noch an seinem normalen Speicherort befindet, sondern in /usr/bin/tar. Ich habe einfach einen Link erstellt und BackupPC funktionierte: sudo ln -s /usr/bin/tar /bin/tar

Debugging von GCK2.5 unter Wine

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

GCK 2.5.9 funktioniert mit Wine (Crossover Office Version 2.01). Bei der Version 2.5.9 tritt der Fehler „Die Anwendung konnte nicht gestartet werden, da nicht genügend Arbeitsspeicher vorhanden ist“ nicht mehr auf. GCK startet problemlos und ist teilweise nutzbar. Tatsächlich scheint es voll funktionsfähig zu sein (einschließlich Deluxe-Import), mit einer großen Ausnahme: Es können keine neuen Dateien erstellt werden (die Anwendung wird beendet, sobald man „Datei – Neu“ auswählt). Das leere Fensterfeld, in dem man auswählen kann, welche Art von GCK-Datei man erstellen möchte (Sequenz, Illustration usw.), wird mit dem Titel „Neues Fenster“ angezeigt, ist jedoch nicht mit Inhalt gefüllt, und die Anwendung wird beendet.

Debugging von GCK2.5 unter Wine

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Das neue Fenster, das nicht angezeigt wird, enthält (bei nativer Ausführung unter W2K) den folgenden Text (sowie Optionsfelder für die vier verschiedenen Dateitypen): Dateityp auswählen Konstrukt (Strg-C) Abbildung (Strg-I) Liste (Strg-L)Gel (Strg-G) Neuer Dateiname OK Abbrechen Der zu den verschiedenen Optionsfeldern gehörende Text erscheint in der Debug-Datei zuerst in den folgenden Zeilen (wie durch den Befehl „grep -n „List“ all_output > List_output“ usw. ermittelt): 3890577 Gel3885836 Illustration3881107 Liste3876329 KonstruktDas liegt innerhalb des Bereichs, in dem wir den Fehler erwartet hatten. Schauen wir uns nun an, was kurz vor und nach der Ausführung dieser Befehle passiert ist. Nachdem ich GCK2.5 unter Wine noch ein wenig länger genutzt hatte, fiel mir auf, dass es eine weitere Funktion gibt, die das Programm ohne Fehlermeldung zum Absturz bringt, nämlich die Funktion „Sequenz suchen“. Auch in diesem Fall wird ein Dialogfeld angezeigt, in das der Benutzer eine Nukleotidsequenz eingeben soll. Vielleicht gibt es eine Gemeinsamkeit bei diesen beiden Abstürzen, die dabei helfen könnte, den entscheidenden Systemaufruf zu identifizieren, der den Absturz des Programms verursacht.

grep zum Durchsuchen von Dateiinhalten oder der Ausgabe von „rpm -qa“

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Um ein bestimmtes Verzeichnis (path_to_directory) und alle seine Unterverzeichnisse (-r für rekursiv) nach Dateien zu durchsuchen, die eine bestimmte Textzeichenfolge enthalten, verwenden Sie den folgenden Befehl: grep -r „textstring“ path_to_directorySehr nützlich ist es auch, die Ausgabe eines anderen Prozesses über eine Pipe an grep weiterzuleiten. Beispielsweise möchten Sie wissen, ob ein bestimmtes RPM-Paket auf Ihrem System installiert ist, können sich aber nicht an den genauen Namen erinnern. Daher können Sie den Befehl „rpm -q packagename“ nicht verwenden. In diesem Fall können Sie mit rpm -qa alle installierten Pakete abfragen und diese Ausgabe dann an grep weiterleiten, damit grep nach einer Teilzeichenfolge des Paketnamens sucht, an die Sie sich erinnern:rpm -qa | grep TeilzeichenfolgeWenn beispielsweise das Paket „modutils-2.4.22-8“ installiert ist, müssen Sie rpm fragen: rpm -q modutils ODER rpm -q modutils-2.4.22, um eine Antwort zu erhalten. Die Abfrage rpm -q modutils-2.4 würde ergeben: Das Paket modutils-2.4 ist nicht installiert. Wenn Sie also den genauen Namen des Pakets nicht kennen, ist es am sichersten, die rpm-Ausgabe mit grep nach etwas zu durchsuchen, an das Sie sich genau erinnern.

Position von Startprogrammen, Bedienfeldern usw. in Gnome

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Die Dateien, die die verschiedenen Ordner und Schaltflächen der Gnome-Benutzeroberfläche festlegen, sind irgendwie wirklich sehr verstreut. Hier sind nur einige der gängigsten Speicherorte:Symbole im Panel: ~/.gnome2/panel2.d/default/launchers/Inhalt von „Start Here“: ~/.gnome2/vfolders/start-here/Benutzer-Home, Papierkorb und „Start Here“: ~/.gnome-desktop/

Selbstextrahierende komprimierte Dateien

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Heute habe ich aus einem PDF-Dokument (disclosure.pdf) eine selbstextrahierende, komprimierte Datei erstellt. Zuerst habe ich die PDF-Datei komprimiert:

bzip2 disclosure.pdf

Dann habe ich eine Textdatei (header.txt) mit folgendem Inhalt erstellt:

Suse 9

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Ich bin auf SUSE 9 umgestiegen. Aus den Ankündigungen von Red Hat kann ich nicht herauslesen, was sie eigentlich vorhaben. Deshalb sollte ich mich besser schon jetzt an eine Alternative gewöhnen. Außerdem bin ich von GNOME auf KDE umgestiegen, und zumindest unter SUSE 9 gefällt mir KDE besser als GNOME unter Red Hat 9.

Umgebungsvariablen ändern (env, csh, bash)

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe gerade BackupPC installiert. Das Perl-Installationsskript meldet, dass meine Umgebungsvariable LANG auf „en_US.UTF-8“ gesetzt ist und dass sie „en_US“ lauten sollte. Diese Einstellung ist unter RedHat 9 Linux in der Datei /etc/sysconfig/i18n festgelegt. Um den aktuellen Wert der Variable LANG zu überprüfen, gib „echo $LANG“ ein. Um die Variable auf en_US zu ändern oder festzulegen, gib „LANG=en_US“ ein. Um alle Umgebungsvariablen anzuzeigen, gib einfach „env“ in die Befehlszeile ein. Wenn du eine Umgebungsvariable setzen möchtest, musst du wissen, welche Shell du verwendest. Viele Anleitungen gehen immer noch davon aus, dass Sie csh verwenden, aber ich schätze, dass vielleicht nur 1 % der Linux-Benutzer diese Shell nutzen. Verwenden Sie beispielsweise in der Bash-Shell den folgenden Befehl, um die Umgebungsvariable DESTDIR auf /usr/local zu setzen: export DESTDIR=/usr/local, während Sie in der csh Folgendes eingeben: DESTDIR = /usr/local

Windows sanft deinstallieren

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe zwei Festplatten, die wie folgt partitioniert sind: hda1 120 GB /dev/hda1 100 MB Linux ext3 /boot /dev/hda2 95 GB Linux ext3 /home /dev/hda3 1 GB Linux swap /dev/hdb4 Erweiterte Partition/dev/hdb5 17 GB Linux /hdb1 32 GB/dev/hdb1 100 MB Linux ext3 /boot/dev/hdb2 1 GB Linux swap/dev/hdb3 Erweiterte Partition/dev/hdb4 12 GB NTFS Windows 2000/dev/hdb5 18 GB Linux reiserfs Auf beiden Boot-Partitionen war GRUB installiert (früher befand sich auf hdb1 eine alte Linux-Red-Hat-7-Installation). Das BIOS war so eingestellt, dass die erste Festplatte (hda1) zum Booten verwendet wurde. Um Windows 2000 zu starten, benötigt man offenbar einen von Windows geschriebenen MBR (Master Boot Record), der meines Wissens nach so etwas wie eine versteckte Partition ist, die in jedem Fall die erste Partition eines Laufwerks ist (etwa hda0). Da auf hda1 nie Windows 2000 installiert war (die Festplatte wurde erst später in den Rechner eingebaut und im BIOS an erster Stelle der Boot-Priorität gesetzt), war auch kein Windows-2000-ähnlicher MBR in ihren MBR geschrieben worden. Auf der anderen Festplatte (hdb) ist Windows installiert (Linux wurde später installiert), daher muss es dort einen funktionierenden MBR im Stil von Windows 2000 gegeben haben. Dieser MBR wurde höchstwahrscheinlich irgendwann zerstört. Diese Zerstörung erfolgte nicht während der ersten Installation von Linux Red Hat 7, da man danach noch über GRUB in Windows 2000 booten konnte. Sie muss später irgendwie passiert sein (vielleicht während eines GRUB-Updates?). Dann habe ich die zweite Festplatte eingebaut, Red Hat 9 installiert, und während dieser Installation hat das Red-Hat-Installationsprogramm die zweite GRUB-Installation auf deren Boot-Partition angelegt, die einen Windows-Eintrag enthielt (wie ich während der Red-Hat-9-Installation angegeben hatte). Das Booten in Windows 2000 (das sich auf der anderen Festplatte befand) war weiterhin möglich. Da ich jedoch nie mehr in Windows gebootet habe (ich begann, VMware und später Wine zu nutzen), habe ich erst kürzlich bemerkt, dass der Windows-Eintrag in der grub.conf verschwunden war. Folglich konnte ich nicht mehr in Windows booten. Ich habe den Windows-Eintrag manuell eingegeben, wie überall empfohlen:title Windows 2000rootnoverify (hd1,1)chainloader +1Aber es hat nicht funktioniert. Ich erhielt immer eine Fehlermeldung (Fehler 13: ungültiges Gerät). Ich dachte, ich hätte die falsche Partition ausgewählt, und probierte alle möglichen Partitionen von (hd1,0) bis (hd1,5) aus. Immer noch ohne Erfolg. Allerdings waren die Fehlermeldungen unterschiedlich. Für die Partition: /boot (hd1,0): GRUB-Loader-Fehler 25; linux /home (hd1,1): Fehler 13: ungültiges oder nicht unterstütztes Ausführungsformat; Linux-Swap (hd1,2): Fehler 12: ungültiges Gerät; Eintrag für erweiterte Partition (hd1,3): Es trat kein Fehler auf, aber ich wurde in das GRUB-Menü der Boot-Partition der zweiten Festplatte weitergeleitet; Linux / (hd1,4): Fehler 12: Ungültiges Gerät; jede andere (höhere) Partition, die nicht vorhanden war (z. B. hd1,5): Fehler 12: Ungültiges Gerät. Also habe ich mit der Windows 2000-Installations-CD gebootet und versucht, den MBR von hdb zu reparieren. Ich ging in den Abschnitt „Manuelle Reparatur“ und gab den Befehl „fixmbr“ ein. Es erschien eine Warnung: „Dieser Vorgang verändert Ihre Partitionstabelle und könnte dazu führen, dass alle Ihre Daten auf der Festplatte unzugänglich werden.“ Ich hatte keine andere Wahl, also führte ich den Befehl aus. Es half nicht. Zumindest nicht viel. Eine Sache verbesserte sich jedoch: Als ich die Laufwerke vertauschte (hdb als Master und hda als Slave einstellte und im BIOS die Boot-Priorität dem neuen Master zuwies), konnte ich Windows 2000 starten. Das war schon eine gewisse Verbesserung. Allerdings konnte ich immer noch nicht über GRUB in Windows 2000 booten. Also bootete ich erneut mit der Windows-2000-Installations-CD und führte einen weiteren „gefährlichen“ Befehl aus: FIXBOOT. Das war das Ende meines Windows. Danach konnte ich überhaupt nicht mehr in Windows booten. Ich erhielt immer die Fehlermeldung: „ntldr fehlt“ (NT-Loader fehlt). Es gelang mir zwar noch, diese Windows 2000-Installation zusammen mit VMware zu nutzen, aber ansonsten gab es keine Möglichkeit, sie zu starten. Der Microsoft Knowledge Base-Artikel 318728 beschreibt viele mögliche Lösungen für den Fehler „ntldr fehlt“, die ich alle ausprobiert habe, jedoch ohne Erfolg. Microsoft räumt offenbar ein, dass dieser Fehler in manchen Fällen nicht behebbar ist, da die letzte Methode zur Behebung einer solchen Situation lautet: „Führen Sie eine parallele Installation von Windows 2000 durch und kopieren Sie die Daten, die Sie wiederherstellen möchten, mit dem Windows Explorer.“

Ändern der Jobpriorität unter Linux

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Wenn der Job bereits läuft, verwenden Sie: renice 19 -p 2478. Dadurch erhält der Job 2478 (wie mit ps -aux ermittelt) die niedrigstmögliche Priorität. Mit renice -20 würde er die höchste Priorität erhalten. Wenn der Job noch nicht läuft, können Sie ihn mit dem Befehl nice ausführen: nice +19 amuleto (um amule mit der niedrigstmöglichen Priorität auszuführen) und nice -20 amule, um ihn mit der höchsten Priorität auszuführen.

Die crontab bearbeiten

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Wir haben auf unserem Computer ein gemeinsames Verzeichnis (/home/shared) und eine Benutzergruppe namens „shared“. Der Zweck besteht darin, dort Dateien abzulegen, auf die mehrere Benutzer des Systems zugreifen (und auch schreiben) können. Wenn ein Benutzer dort eine Datei ablegt, kann diese von anderen gelesen, aber beispielsweise nicht gelöscht werden. Um dies zu beheben, haben wir die crontab so bearbeitet, dass alle 5 Minuten die folgenden beiden Befehle ausgeführt werden: chgrp -R shared /home/sharedchmod -R 744 /home/sharedDazu haben wir (natürlich als Root) die Datei /etc/crontab bearbeitet und folgende Zeile hinzugefügt: */5 * * * * root run-parts /etc/cron.minutelyDas bedeutet eine Ausführung alle 5 Minuten, jede Stunde, jeden Tag, jeden Monat, an jedem Wochentag das Skript run-parts als Root ausgeführt werden soll, wobei alle Skripte aus dem Verzeichnis /etc/cron.minutely als Argument übergeben werden (dieses Verzeichnis haben wir zusätzlich zu den bereits vorhandenen Verzeichnissen wie /etc/cron.hourly usw. neu angelegt). Wir haben crond (den crontab-Daemon) über die GUI neu gestartet (unter RedHat 9: Menü – Systemeinstellungen – Server-Einstellungen – Dienste).

Einsatz von Riositude unter VMware

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Ich muss zugeben, dass es keine wirklich funktionierende grafische Benutzeroberfläche für die rioutils gibt. Das bedeutet, dass ich, wenn ich unter Linux MP3-Dateien auf meinen Rio500 hochladen möchte, die Befehlszeile verwenden muss (und selbst die Befehlszeile scheint irgendwie instabil zu sein, da das RPM schon vor einiger Zeit erstellt wurde und das Kompilieren unter den aktuellen Linux-Versionen (Red Hat 8, 9, Suse 8, 9) fehlschlägt). Deshalb habe ich zunächst den Rioport AudioManager 3 unter VMware verwendet. Er ist langsam und die grafische Benutzeroberfläche ist so schlecht, wie es nur geht (Bloatware). Ein wirklich cooles Ersatzprogramm für Windows ist Riositude . Es ist viel schneller, einfacher zu bedienen und benötigt nicht einmal 200 KB Speicherplatz. Es funktioniert hervorragend unter VMware, vorausgesetzt, ich starte es unmittelbar nach dem Anschließen meines Rio500. Andernfalls übernimmt Linux die Kontrolle (ich vermute, dass beim Anschließen des Rio automatisch ein USB-Kernelmodul geladen wird). Das Kernel-Modul muss manuell mit „sudo /sbin/rmmod rio500“ entfernt werden, damit VMware die Kontrolle über den Rio übernehmen kann. Um zu überprüfen, welche Kernel-Module geladen sind, verwende „/sbin/lsmod“. Ich sollte dieses Modul irgendwie loswerden, wenn ich bei Riositude/VMware bleiben möchte, um meinen Rio zu bedienen. Es gibt natürlich auch andere Programme für Windows, die eine ähnliche Aufgabe erfüllen können, z. B. Rio FXP . Leider hat dieses Programm bei uns unter Windows XP nicht funktioniert. Eine Auflistung der Rio-Software findet sich unter rioworld.org .

In PDF umwandeln

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Ich war etwas verwirrt wegen des Konvertierungsprogramms „ps2pdf“. Manche behaupten, dass es ausnahmslos PDF-Dateien im Letter-Format erstellt. Es gibt jedoch den Parameter -sPAPERSIZE=a4, der PDF-Dateien im A4-Format erzeugen soll. Das funktioniert offenbar. Verwendet man EPS-Dateien als Eingabedateien, platziert „ps2pdf“ das EPS-Bild direkt am Rand der PDF-Datei, wodurch es beim Drucken abgeschnitten wird. Es sollte einige Dienstprogramme geben, um dies zu korrigieren.

Installation von Staden 2003b unter Suse 9

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Lade die Quelldateien herunter.
Wechsel in das Verzeichnis /usr/local und wechseln Sie zu su.

Kein „chown“ oder „chmod“ auf Samba-Einbindungen

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe herausgefunden (hoffentlich richtig), dass Eigentümer, Gruppe und Zugriffsrechte für Dateien und Verzeichnisse auf einem SMB-Mount nicht geändert werden können, nicht einmal von root. Daher muss man alles bereits beim Einhängen festlegen, z. B.: sudo mount -t smbfs -o username=jeltsch,credentials=/home/jeltsch/.smbpasswd5 -o uid=backuppc,gid=users,fmask=644,dmask=755 //patolmac217/jeltsch /mnt/jeltsch@patolmac217.hi.helsinki.fi

Mehr über GCK2.5 unter Wine

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Nachdem ich mit GCK 2.5 unter Wine gearbeitet habe, habe ich weitere Fehler entdeckt, die dazu führen, dass das Programm unerwartet abstürzt. Allerdings habe ich Crossover Office inzwischen nicht mehr verwendet (da die Testphase abgelaufen ist und mein Chef natürlich keinen Cent für Linux-Programme ausgeben würde). Daher verwende ich die Standardinstallation von Wine, die mit SUSE 9 mitgeliefert wird. Ich habe das gefälschte Windows-Verzeichnis aus dem früheren .cxoffice-Verzeichnis kopiert. Die folgenden Fehler treten auf (sie treten immer dann auf, wenn sich ein Fenster öffnet, in dem alphanumerische Werte über die Tastatur eingegeben werden müssen): 1. Neue Datei erstellen (das war mir bereits bekannt). Interessanterweise lässt sich die (leere) neue Datei, die beim Programmstart geöffnet wird, problemlos speichern… 2. Sequenz suchen (kurzzeitig erscheint das Fenster „Vorkommen suchen“, dann wird das Programm beendet) 3. Manchmal (nicht immer) stürzt das Programm ab, wenn man die Farbe einer ausgewählten Sequenz ändert. 4. „Funktionen“ → „Bereich festlegen“ 5. Beim Auswählen einer Sequenz und Abrufen von Informationen

Netzwerkkarten starten und beenden

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

START: (/usr)/sbin/ifup eth0 (oder eth1) STOP: (/usr)/sbin/ifdown eth0 (oder eth1) STATUS: (/usr)/sbin/ifconfig -a

Problem beim Zugriff auf den X-Desktop von einem Root-Terminal aus

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Unter Red Hat 9 ist mir das noch nie passiert, aber wenn ich als normaler Benutzer in KDE arbeite und versuche, Emacs von einem Terminal aus auszuführen, in dem ich mich mit „su“ angemeldet habe, erhalte ich gelegentlich die folgende Fehlermeldung:jeltsch@mcblpc2:~> suPassword:mcblpc2:/home/jeltsch emacs test.txtXlib: Verbindung zu „:0.0“ vom Server abgelehntXlib: Ungültiger XDM-AUTHORIZATION-1-Schlüssel (Schlüsselvergleich fehlgeschlagen)emacs: Verbindung zum X-Server :0.0 nicht möglich.Überprüfen Sie die Umgebungsvariable DISPLAYoder verwenden Sie-d. Verwenden Sie außerdem das Programm xhost, um sicherzustellen, dass es so eingestellt ist, dass Verbindungen von Ihrem Rechner zugelassen werden. Um root den Zugriff auf X zu ermöglichen, müssen Sie den folgenden Befehl ausführen: mcblpc2:/home/jeltsch export XAUTHORITY=/home/jeltsch/.Xauthoritymcblpc2:/home/jeltsch emacs test.txtNatürlich kann ich Emacs auch ohne die grafische Benutzeroberfläche verwenden und einfach Folgendes eingeben:emacs -nw test.txt`

RPM-Verwaltung

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Beispiel: Das Quanta-Paket rpm -q quanta Prüfen, ob und welche Version von Quanta installiert ist rpm -ql quanta Alle Dateien (und deren Installationspfad) auflisten, die vom Quanta-Paket bereitgestellt werden rpm -ivh quanta Quanta installieren rpm -e quanta Quanta entfernen (deinstallieren)rpm -aq | grep quanta Wenn Sie nicht genau wissen, wonach Sie suchen, können Sie alle Pakete auflisten und mit einem Teilstring durchsuchen.rpm -q -f Dateiname Suche nach RPM-Paketen, die den Dateinamen enthalten. Eine gute Anleitung zur RPM-Verwaltung: http://www.rpm.org/max-rpm/ .Wenn Sie Informationen zu einem RPM abfragen möchten, das nicht installiert ist, benötigen Sie die folgende Syntax:rpm -qpl --requires quanta.rpm Dies listet alle Abhängigkeiten und alle Dateien auf, die im Paket enthalten sind.cat package.rpm | rpm2cpio | pax -r Eine Datei aus einem RPM-Paket extrahieren.

VNC-Server (auch bekannt als „KDE Desktop Sharing“) unter SUSE 9

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

SUSE 9 verfügt über einen integrierten VNC-Server namens „KDE Desktop Sharing“ (im Menü „System“ → „Fernzugriff“). Dieser kann im Kontrollzentrum unter „Internet & Netzwerk“ konfiguriert werden. Anders als beim Starten von VNC über die Befehlszeile („vncserver“) startet dieses Tool keinen neuen X-Desktop, sondern stellt eine Verbindung zu Ihrem bereits bestehenden X-Desktop her. Es ist möglich, zusätzlich zur integrierten KDE-Desktopfreigabe einen normalen vncserver zu betreiben, der eigene X-Sitzungen startet.

VNC-Server unter SUSE 9

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe versucht, vncserver unter Suse 9 zu verwenden, aber zu meiner Überraschung sah ich beim Starten mit „vncserver“ und anschließender Verbindung über den Befehl „vncviewer“ nur einen grauen Bildschirm und ein X-Terminal. Ich habe versucht, „xclock“ und „gaim“ auszuführen, und diese Programme lassen sich problemlos starten. Ich möchte jedoch auch KDE starten können. Deshalb habe ich mir die Datei „xstartup“ (im Verzeichnis „.vnc“ in Ihrem Home-Verzeichnis) meiner alten Red Hat 9-Installation angesehen und sie mit der aus meiner SUSE 9-Installation verglichen:Suse 9:!/bin/shxrdb $HOME/.Xresourcesxsetroot -solid greyxterm -geometry 80x24+10+10 -ls -title "$VNCDESKTOP Desktop" &twm &Red Hat 9:!/bin/shRed Hat Linux VNC-Startskriptunset SESSION_MANAGERexec /etc/X11/xinit/xinitrcIch habe herausgefunden, dass „twm“ ein Fenstermanager ist; daher ersetzt es in diesem Zusammenhang KDE. Wenn ich das Suse-Skript durch das Red-Hat-Skript ersetze, startet KDE beim Start von vncserver.

Welcher Texteditor für Linux?

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Bisher habe ich Emacs (oder Xemacs) verwendet, aber jetzt bin ich auf Nedit umgestiegen. Es scheint ziemlich leistungsstark und schnell zu sein (auch wenn nichts an BBEdit heranreicht, das leider nur für Macs erhältlich ist).

Adobe Acrobat 5.0.5 unter Wine

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe Acrobat 5 neu installiert, um es unter Wine auszuführen. Es hat nicht funktioniert. Der Grund schien wieder ein Plugin zu sein: DocBox.api. Nachdem ich es entfernt hatte, lief alles reibungslos. Schon zuvor (unter RedHat 9) hatte ich Probleme mit einem Acrobat-Plugin (damals war es WebPDF.api). Die meisten Bearbeitungen von PDF-Dateien lassen sich problemlos mit Linux-Tools durchführen, aber eine Sache ist knifflig: das Zuschneiden bereits vorhandener PDF-Dateien. Deshalb brauche ich Acrobat.

Ändern der Lautstärke oder Bitrate von MP3-Dateien mit LAME

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Manchmal ist der Aufnahmepegel von MP3-Dateien sehr niedrig. Wenn ich neben einer stark befahrenen Straße jogge, kann ich nichts hören, selbst wenn die Lautstärke auf Maximum eingestellt ist. Deshalb muss ich die Lautstärke der MP3-Datei erhöhen. Mit „lame“ lässt sich das mit dem folgenden Skript bewerkstelligen: #!/bin/bashwhile [ $# -ge 1 ]; doinfn=$1outfn="${infn%%.mp3}_3x.mp3"echo $outfnlame --mp3input -v --scale=3 $infn $outfnshift 1doneDas einzige Problem ist, dass Dateinamen mit Leerzeichen dieses Skript zum Absturz bringen. Da muss ich mir noch etwas anderes einfallen lassen. Auch die Bitrate lässt sich auf diese Weise ändern:#!/bin/bashwhile [ $# -ge 1 ]; doinfn=$1outfn="${infn%%.mp3}_LQ.mp3"echo $outfnlame --mp3input -V 9 $infn $outfnshift 1done-V 9 ist die niedrigste Bitrate/Qualität, -V 0 die höchste.

Apache unter Mac OS X

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Ich nutze immer noch einen unserer alten Macintoshs (Blau/Weiß G3) als Webserver ( msbl.helsinki.fi ). Ich hatte für einige Seiten, die vertrauliche Daten enthalten, Zugriffsbeschränkungen eingerichtet. Und natürlich hatte ich vergessen, wie ich das gemacht hatte. Nun musste ich es wieder herausfinden, da ich einige neue Inhalte hinzufügen wollte. Für den allgemeinen Server erfolgt die Zugriffsbeschränkung über individuelle .htaccess-Dateien in den Verzeichnissen. In meinem eigenen Benutzerverzeichnis ( msbl.helsinki.fi/~michael ) ist nur ein Ordner zugangsbeschränkt ( msbl.helsinki.fi/~michael/presentations/confidential ). Diese Einstellung erfolgt in der Hauptkonfigurationsdatei von Apache (/etc/httpd/httpd.conf), und nur zwei Benutzer (michael und mcbl) haben über den folgenden Eintrag Zugriff: AuthType Basic AuthName "Confidential" AuthUserFile /Users/michael/.htpasswd require user michael mcbl

Bearbeiten (Größenanpassung, Formatkonvertierung, Komprimierung) von Bildern über die Befehlszeile mit ImageMagick (mogrify, convert)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Größe aller TIF-Bilder im aktuellen Verzeichnis anpassen: mogrify -resize 25% 25% *.tif Größe aller JPEG-Bilder im aktuellen Verzeichnis auf eine Breite von 614 Pixel anpassen und das Seitenverhältnis beibehalten: mogrify -resize 614 *.jpgWie oben, jedoch die Höhe auf 614 Pixel anpassen:mogrify -resize x614 *.jpgAlle BMP-Bilder im aktuellen Verzeichnis in TIFF-Bilder konvertieren:mogrify -format tiff *.bmpAlle TIFF-Bilder im aktuellen Verzeichnis mit ZIP-Komprimierung komprimieren:mogrify -compress ZIP *.tiffIch habe versucht, auch PICT-Dateien (von Macintosh) zu konvertieren, jedoch ohne Erfolg, obwohl das PICT-Dateiformat offenbar von ImageMagick unterstützt wird. Um sicherzustellen, dass ImageMagick erkennt, dass es sich bei der zu konvertierenden Datei um eine PICT-Datei handelt, habe ich folgenden Befehl verwendet:convert pict:Photo0024.PICT tiff:Photo0002.tifEs gibt auch ein Dienstprogramm namens „picttoppm“ im netpbm-Paket, das jedoch in der von SUSE 9 verwendeten Version nicht mehr enthalten war; daher konnte ich das nicht überprüfen… Interessanterweise kann PixiePlus PICT-Dateien anzeigen – woher bezieht es die entsprechenden Routinen?Wenn du sehr große Bilder hast, führen die Standardgrenzwerte von ImageMagick zu einem Fehler (z. B. „mogrify-im6.q16: Breite oder Höhe überschreitet den Grenzwert“) und du musst die Datei /etc/ImageMagick-6/policy.xml bearbeiten!

Bestimmte Zugriffsrechte ändern: chmod --from

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe eine Reihe von Konfigurationsdateien (jene Dateien und Verzeichnisse, deren Name mit einem Punkt beginnt) aus meinem alten RedHat-Home-Verzeichnis in meine neue SUSE-Installation kopiert. Ich hatte die Dateien als Root gesichert, daher lauteten die Eigentümerangaben bei allen „root:root“. Um nur die Dateien, bei denen „root:root“ als Eigentümer angegeben war, in „jeltsch:users“ umzuwandeln, habe ich in meinem Home-Verzeichnis folgenden Befehl ausgeführt: sudo chown -R --from=root:root jeltsch:users .*Wenn Sie alle Dateien auf dem System ändern möchten, die einem bestimmten Benutzer gehören, könnten Sie folgenden Befehl verwenden:sudo chown -R --from=Benutzername neuerBesitzer /

CDs über die Befehlszeile brennen: cdrdao

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

K3b scheint die beste grafische Benutzeroberfläche zum Brennen von CDs unter Linux zu sein. Heute ist es jedoch nicht gelungen, eine Image-Datei (bin/cue) zu brennen, und ich weiß nicht, warum. Also habe ich folgenden Befehl verwendet: cdrdao write --device /dev/cdrecorder --speed 8 filename.cue

Der neue iPod (3. Generation) und Suse Linux 9

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe mir einen iPod gekauft. Und es scheint, dass sich der iPod der 3. Generation erheblich von den Vorgängermodellen unterscheidet. Zum Beispiel hinsichtlich seines Dateisystems. Bei früheren Modellen konnte man das HFS+-Dateisystem in ein FAT32-Dateisystem umwandeln. HFS+ ist das Dateisystem, das vom neuen Betriebssystem Mac OS X verwendet wird. Es kann von Windows-Betriebssystemen nicht gelesen werden (es sei denn, man kauft kommerzielle Software von Drittanbietern wie MacOpener oder MacDrive). Es gibt mehrere Linux-Schnittstellen für den iPod, doch alle setzen voraus, dass der iPod als normales Massenspeichergerät eingebunden wird. Suse Linux 9 bietet glücklicherweise Unterstützung für HFS+-Dateisysteme, auch wenn diese noch im experimentellen Stadium ist. Um HFS+-formatierte Dateisysteme einbinden zu können, müssen Sie das Kernel-Modul „hfsplus“ laden: sudo /sbin/modprobe hfsplus. Danach können Sie den iPod einfach anschließen. Nach einer Weile ertönt ein Piepton, der anzeigt, dass er erkannt wurde. Um festzustellen, welche Gerätenummer ihm zugewiesen wurde, solltest du die Systemmeldungen überprüfen: tail -30 /var/log/messages Da er wie ein SCSI-Gerät behandelt wird, erhält er wahrscheinlich „sda“, wenn es dein erstes USB-/FireWire-Gerät ist. Wenn bereits USB- oder FireWire-Geräte an Ihren Computer angeschlossen sind, erhält es möglicherweise die Kennung sdb oder sdc (usw.). Erstellen Sie einen Einhängepunkt: sudo mkdir /media/ipod Der iPod der 3. Generation verfügt offenbar über zwei Partitionen. Die erste ist wohl für die Firmware/Systemsoftware (sdx1) und die zweite für die Daten (sdx2). Komischerweise meldete das System, als ich versuchte, sie mit sudo mount -t hfsplus /dev/sdc2 /media/ipod einzuhängen, dass mit dem Gerät etwas nicht in Ordnung sei. Als ich es jedoch mit sudo mount -o umask=000 /dev/sdc2 /media/ipod versuchte, lief alles reibungslos. Die Option umask ist notwendig, um allen Benutzern Lese- und Schreibzugriff zu gewähren. Andernfalls kann nur root schreiben. Ich habe gtkpod installiert, um meine MP3s auf den iPod zu übertragen. Es gibt sogar ein Suse-9-RPM .

Die Ausgabe von „find“ an einen neuen Befehl weiterleiten (find, xargs)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Beispiel: Um die Berechtigungen aller Verzeichnisse zu ändern: find . -type d -print | xargs /bin/chmod ug+rx Um Verzeichnisnamen mit Sonderzeichen verarbeiten zu können: find . -type d -print0 | xargs -0 /bin/chmod ug+rxUm alle TIF-Dateien im aktuellen Verzeichnis und darunter zu finden und sie zu komprimieren (mit dem ImageMagick-Befehl „mogrify“ und LZW-Komprimierung):find . -name '*.tif' -print | xargs mogrify -compress LZWAbgesehen von der „xargs“-Methode akzeptieren einige Befehle (einschließlich „find“) das Argument „-exec“. Der folgende Befehl findet alle Dateien im aktuellen Verzeichnis, die kleiner als 4k sind, und löscht sie:find . -size -4k -exec rm {} \;

Die Festplatte mit hdparm herunterfahren

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Der Befehl, um die Festplatte nach 50 Sekunden (5×10) Inaktivität in den Ruhezustand zu versetzen: /sbin/hdparm -S10 /dev/hda

Eine gute Einführung in die Shell-Skripterstellung

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

http://www.freeos.com/guides/lsst

Erstellen einer Boot-Diskette für RedHat 8

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Laden Sie das Boot-Disketten-Image von der RedHat-Website herunter und brennen Sie es auf eine Diskette. Die Diskette sollte während des Schreibvorgangs nicht eingehängt sein: dd if=boot.img of=/dev/fd0 Das ist eigentlich der Befehl, um ein beliebiges Disketten-Image auf eine Diskette zu brennen.

GRAMPS und SUSE Linux 9

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Zunächst dachte ich, es gäbe keine Möglichkeit, die Ahnenforschungssoftware GRAMPS unter Suse 9 zum Laufen zu bringen. Anscheinend ist die GNOME-Unterstützung von Suse miserabel; die GRAMPS-Entwickler sagen sogar, dass bei der GNOME-Unterstützung von Suse mehrere Dinge nicht funktionieren. Aber endlich gibt es ein SUSE Linux 9-RPM, das funktioniert (zumindest bei uns): http://apt.bygden.nu/SuSE/9.0-i386/RPMS.suser-rbos/gramps-0.98.0-rb1.i586.rpm . Hier ist auch meine bevorzugte Methode, um einen grafischen Bericht aus GRAMPS zu erstellen (dazu muss das graphviz -Paket installiert sein): Wenn Sie eine PDF-Datei erstellen möchten:

Gruppen erstellen und die Gruppenzugehörigkeit unter Mac OS X ändern

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Ich möchte einige Dateien auf einem Macintosh (OS 10.2) speichern. Sie sollen sich im Ordner „Public“ befinden, aber nur für bestimmte Personen zugänglich (= nur lesbar) sein. Daher möchte ich eine neue Gruppe anlegen, die Zugriffsrechte auf diese Dateien hat. Seltsamerweise gibt es den Befehl „group“ unter Mac OS X nicht (chgrp gibt es allerdings). Ich habe die Anwendung User Manager heruntergeladen. Die Version für OS 10.2 war jedoch nicht wirklich benutzerfreundlich. Daher habe ich den „NetInfo Manager“ verwendet. Ich habe eine vorhandene Gruppe dupliziert, ihren Namen in „gck“ geändert, die ID-Nummer angepasst und zwei Benutzer hinzugefügt (bei mehr als einem Eintrag müssen diese in Klammern und durch Kommas getrennt angegeben werden). Anschließend habe ich in meinem Ordner „Public“ ein Verzeichnis angelegt und dessen Gruppe auf „gck“ geändert. Die Berechtigungen für dieses Verzeichnis lauten drwxr-x—. Die Dateien in diesem Verzeichnis gehören ebenfalls alle zur Gruppe „gck“ und haben die Berechtigungen -rwxr—–.

Konqueror-Dienstmenüs (auch bekannt als Kontextmenüs) erstellen

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Konqueror-Dienstmenüs sind zusätzliche Optionen, die angezeigt werden, wenn Sie in Konqueror mit der rechten Maustaste auf eine Datei klicken. Sie sind dateitypspezifisch, d. h., Sie können festlegen, welche Optionen angezeigt werden, je nachdem, auf welchen Dateityp Sie mit der rechten Maustaste klicken. Mac-Nutzer bezeichnen diese als „Kontextmenüs“. Eine gute Anleitung findet sich unter https://techbase.kde.org/Development/Tutorials/Creating_Konqueror_Service_MenusIn . Kurz gesagt: Im Verzeichnis /opt/kde3/share/apps/konqueror/servicemenus gibt es eine Reihe von Desktop-Dateien. Dupliziere einfach eine davon, benenne sie um und passe den Inhalt nach deinen Wünschen an. Im folgenden Beispiel habe ich eine neue Datei (pdfpic.desktop) erstellt, die einen Menüpunkt hinzufügt, der angezeigt wird, wenn ich mit der rechten Maustaste auf JPEG-Dateien klicke, und die einen Editor startet, mit dem ich die eingebetteten RDF-Informationen (Resource Description Framework) einer JPEG-Datei hinzufügen oder ändern kann. Der Editor ist eine Java-Anwendung, und der Parameter %U sorgt dafür, dass mehrere Dateien, auf die gleichzeitig mit der rechten Maustaste geklickt wird, in einer einzigen Instanz des Programms geöffnet werden.[Desktop Entry]ServiceTypes=image/jpegActions=openInRdfpic[Desktop Action openInRdfpic]Name=Metadaten bearbeitenIcon=backgroundExec=/usr/lib/java2/jre/bin/java -jar /usr/local/rdfpic-2.1/rdfpic.jar %U

MySQL-Installation

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Führen Sie nach der Installation des SUSE 9-RPM-Pakets die folgenden Befehle aus: sudo /usr/bin/mysql_install_db (Erstellen der Standarddatenbanken und -berechtigungen. Anscheinend lässt sich dies auch mit „sudo rcmysql start“ erreichen) sudo /usr/bin/mysqld_safe --user=mysql & (Starten Sie den Server zum ersten Mal.) DENKEN SIE DARAN, EIN PASSWORT FÜR DEN MySQL-ROOT-BENUTZER FESTZULEGEN! Dies geschieht mit: /usr/bin/mysqladmin -u root password 'neues-Passwort' /usr/bin/mysqladmin -u root -h hostname password 'neues-Passwort'Weisen Sie dem Root-Benutzer und dem Benutzer alle Berechtigungen zu:/usr/bin/mysql -u root -p Passwort eingeben:Willkommen beim MySQL-Monitor. Befehle enden mit ; oder \g. Ihre MySQL-Verbindungs-ID lautet 6, Serverversion: 4.0.15. Geben Sie „help;“ oder „\h“ ein, um Hilfe zu erhalten. Geben Sie ‚\c‘ ein, um den Puffer zu leeren.mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO user@localhost IDENTIFIED BY ‚Passwort‘ WITH GRANT OPTION; Abfrage OK, 0 Zeilen betroffen (0,00 Sek.)mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO user@'%' IDENTIFIED BY 'Password' WITH GRANT OPTION; Abfrage OK, 0 Zeilen betroffen (0,00 Sek.) mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO root@localhost IDENTIFIED BY 'Password' WITH GRANT OPTION; Abfrage OK, 0 Zeilen betroffen (0,00 Sek.) mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO root@'%' IDENTIFIED BY 'Password' WITH GRANT OPTION; Abfrage OK, 0 Zeilen betroffen (0,00 Sek.) mysql> quit Tschüss``/usr/bin/mysqladmin version (später ist „/usr/bin/mysqladmin -u root -p version“ erforderlich)/usr/bin/mysqladmin variables (später ist „/usr/bin/mysqladmin -u root -p variables“ erforderlich)/usr/bin/mysqladmin -u root -p shutdown(Kannst du den Server herunterfahren?)sudo /usr/bin/mysqld_safe --log &(Kannst du den Server starten?)ps -A | grep mysql (Prüfen, ob der Serverprozess läuft)/usr/bin/mysqlshow -u root -p (Alle Datenbanken anzeigen)/usr/bin/mysqlshow -u root -p mysql (Die Tabellen der Datenbank „mysql“ anzeigen)Um den MySQL-Daemon beim Systemstart zu starten, sollten Sie den Runlevel-Editor (erweiterter Modus) aufrufen und den Status für den MySQL-Eintrag in init.d umschalten

Probleme mit virtuellen Hosts unter RedHat 8

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Wir haben httpd-2.0.40-11.9 auf der Website unseres Domain-Registrars installiert und so konfiguriert, dass jeltsch.org, marzidesign.com und sundayscam.com auf unsere IP-Adresse (62.18.133.129) weitergeleitet werden. Unabhängig davon, welche Seite wir jedoch in unserem Browser aufgerufen haben, wurde immer die Datei „index.html“ des virtuellen Hosts jeltsch.org geladen. Zunächst schien es, als würde die Anfrage des Browsers den Namen des Servers nicht enthalten. Denn in solchen Fällen bedient der Webserver den ersten virtuellen Host in der Liste (nämlich jeltsch.org). Das Problem lag jedoch woanders: In den vhosts-Anweisungen hatten wir folgende Konfiguration:NameVirtualHost *:80ServerAdmin webmaster@jeltsch.orgDocumentRoot /var/www/html/vhosts/jeltsch.orgServerName jeltsch.orgServerAlias www.jeltsch.orgErrorLog logs/jeltsch.org-error_logCustomLog logs/jeltsch.org-access_log combined und danach alle anderen virtuellen Hosts. Als wir diese Einstellungen wie folgt geändert haben, hat es funktioniert:NameVirtualHost 62.78.133.129ServerAdmin webmaster@jeltsch.orgDocumentRoot /var/www/html/vhosts/jeltsch.orgServerName jeltsch.orgServerAlias www.jeltsch.orgErrorLog logs/jeltsch.org-error_logCustomLog logs/jeltsch.org-access_log combinedDas ist nicht ideal, da wir die IP-Adresse in der Datei httpd.conf jedes Mal ändern müssen, wenn sich unsere dynamisch zugewiesene IP-Adresse ändert. Theoretisch sollte das * funktionieren.

ps2pdf im Vergleich zu pstill und der Passwortschutz von PDF-Dokumenten

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Als ich mich über ps2pdf (das lediglich ein Befehlszeilen-Frontend für Ghostscript ist) informierte, stellte ich fest, dass ps2pdf trotz seines schlichten Erscheinungsbilds fast alle Funktionen von Acrobat 5 bietet. ps2pdf14 erzeugt Acrobat-5-kompatible Dateien. Laut Dokumentation sollte ein starker Passwortschutz möglich sein, allerdings habe ich das nie hinbekommen. Theoretisch sollten die folgenden Befehle funktionieren: -sOwnerPassword= und -sUserPassword=. Um die Schlüssellänge auf 128 festzulegen, muss man ps2pdf14 -dEncryptionR=3 -dKeylength=128 Eine weitere Sache, die ich mit ps2pdf nicht so einfach hinbekomme, ist das Zuschneiden von Dokumenten.Für den Passwortschutz scheint PStill ( http://www.pstill.com/ ) eine sehr gute Alternative zu sein. Der Befehl: pstill -Muserpassword=testpassword testfile.ps erfüllt diesen Zweck.

Samba-Probleme (smb, smbadduser, smbpasswd)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Wenn Ihr Samba unzuverlässig ist, kann dies verschiedene Ursachen haben. Ich habe den Eindruck gewonnen, dass YAST Konfigurationsdaten überschreibt, die Sie manuell bearbeitet haben (z. B. in den Passwort- und Benutzerdateien), wenn Sie versuchen, Einstellungen über den YAST-Samba-Einrichtungsvorgang zu ändern. Hier folgt eine Checkliste für den Fall, dass Samba wieder nicht reagiert oder in der Netzwerkumgebung nicht sichtbar ist. Es könnte sein, dass die Unzuverlässigkeit auf das Herunterfahren eines PDC zurückzuführen ist. Vielleicht sollte ich meinen Linux-Rechner zum PDC machen, da er immer läuft. Jedenfalls konnte ich, selbst wenn es mir gelang, von W2K aus eine Verbindung herzustellen (über „Netzlaufwerk zuordnen“), von W98 aus keine Verbindung herstellen, indem ich auf das sichtbare Symbol meines Computers in der MCBL-Arbeitsgruppe klickte („Netzwerkpfad nicht gefunden“). Und unter Mac OS X war mein Computer überhaupt nicht sichtbar (aber ich konnte über den manuellen Befehl „smb://128.214.186.42/homes“ eine Verbindung herstellen). Seltsam… In /etc/samba/smb.conf:

So behebt man eine fehlerhafte X-Konfiguration während der Installation von SUSE 9

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Bei meiner ersten Suse9-Installation habe ich es mit X vermasselt. Während der Konfiguration von X schlug mir das Installationsprogramm Folgendes vor: vesa 1600x1200@75. Ich dachte, ich wäre schlauer und habe die manuelle Konfiguration gewählt und meinen Nokia 445Xi-Monitor aus der Liste ausgewählt. Daraufhin versuchte das System, in den neuen Modus zu wechseln, und zeigte mir Schaltflächen zur Anpassung der Einstellungen an (Zentrierung, Breite usw.). Das habe ich erledigt und nachdem ich zufrieden war, habe ich die Installation fortgesetzt. Als X zum ersten Mal starten sollte, zeigte mein Bildschirm nur „out of synch“ an. So lässt sich das beheben: Im abgesicherten Modus neu starten; in /boot/grub/menu.lst „vga=xxx“ in „vga=normal“ ändern und den Eintrag „showopts“ entfernen. Starte erneut im abgesicherten Modus, wechsle in Runlevel 3 („init 3“) und führe sax2 –vesa 0:1024x768@75 aus. Anschließend habe ich wieder meinen Nokia-Monitor ausgewählt, aber keine Einstellungen vorgenommen (ich habe das Bild lediglich über die Regler an der Vorderseite des Monitors zentriert und in der Größe angepasst). Und nun funktioniert alles wieder einwandfrei.

So binden Sie einen NFS-Export ein

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

sudo mount -t nfs -o rw server:/var/www /webserver oder mount server:/var/www /webserver Der Eintrag kann in die Datei /etc/fstab aufgenommen werden, z. B.:server:/var/www /webserver nfs rsize=8192,wsize=8192,timeo=14,intr,userDadurch wird der NFS-Export beim Systemstart nicht automatisch eingebunden, aber jeder Benutzer kann ihn durch Ausführen von „mount /webserver“ einbinden. Beachten Sie, dass, wenn Sie ein anderes Dateisystem unter /var/www eingebunden haben (z. B. wenn Sie alle HTML-Daten auf einer separaten Partition wie /var/www/htdocs speichern), diese nur verfügbar sind, wenn Sie den Einhängepunkt der Partition separat exportieren!

So importieren Sie Sequenzen aus SRS in GCK 2.5

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Natürlich können Sie Sequenzen direkt aus GenBank in GCK2.5 importieren. In der Regel arbeiten Sie jedoch mit einem Web-Tool wie SRS, sodass Ihre Sequenzen letztendlich in Ihrem Browser angezeigt werden. Ab SRS-Version 7 läuft der Import wie folgt ab: Klicken Sie in Ihrer übersichtlichen Ansicht auf „Speichern“. Wählen Sie im Pulldown-Menü „Ansicht verwenden“ die Option * Vollständige Einträge * aus. Wählen Sie dann unter „Ausgabe nach“ die Option DATEI (TEXT). Aktivieren Sie unter „Dateityp“ die Option „Tabelle als ASCII-Tabelle/Text speichern“. Klicken Sie auf „Speichern“ und speichern Sie die Datei an einem beliebigen Ort mit der Dateiendung .ebl. Wählen Sie anschließend in GCK2.5 „Importieren“ und wählen Sie die Datei aus. Fertig.

SSH-Hostschlüssel

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Bei der Neuinstallation eines SSH-Servers sollte man die SSH-Schlüsseldateien vom alten System beibehalten. Andernfalls erhalten SSH-Clients Meldungen wie „ES IST MÖGLICH, DASS JEMAND ETWAS BÖSES VORHAT!“. Falls Sie die Dateien nicht beibehalten haben, können die Clients die Einträge natürlich aus der Host-Schlüsseldatei (normalerweise /home/user/.ssh/known_hosts) löschen. Wenn sich der Benutzer danach erneut mit dem Server verbindet, werden die neuen, geänderten Host-Schlüsseldateien zur Host-Schlüsseldatei hinzugefügt.

Suse 9 zu Red Hat 9 hinzufügen (zwei verschiedene Distributionen auf demselben Computer)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Red Hat 9 ist installiert und es liegt folgende Partitionierung vor: hdd1 /boot (ext3) 100 MB hdd2 /home (reiserfs) 7,8 GB hdd3 / (ext3) 7,8 GB hdd4 EXT hdd5 swap 1 GB hdd6 /mnt/documents (reiserfs) 12 GB hdd7 /mnt/music (reiserfs) 90 GBDie Aufgabe besteht darin, ein zweites Linux-Betriebssystem (Suse 9) auf dieser Festplatte zu installieren, ohne dabei Daten zu verlieren. Die Root-Partition dieses Systems soll 10 GB groß sein. Außerdem möchte ich alle von Benutzern erstellten Dateien auf einer Partition zusammenfassen (derzeit befinden sie sich auf drei verschiedenen Partitionen: hdd2, hdd6 und hdd7). Zunächst besorgte ich mir eine externe 200-MB-USB-2.0-/FireWire-Festplatte (Maxtor, unter /mnt/sdb1 eingebunden) und kopierte die Daten von hdd1, hdd2, hdd6 und hdd7 mit „cp -ax /home /mnt/sdb1“ usw. darauf. Anschließend startete ich den Rechner mit der Knoppix-3.3-CD neu und führte von einem Root-Terminal aus „partimage“ aus. Ich versuchte, das Image der Root-Partition direkt auf mein externes USB-Laufwerk zu speichern, jedoch ohne Erfolg: Jedes Mal blieb das Programm während des Vorgangs an einer Stelle hängen. Daraufhin speicherte ich das Image unter /mnt/music, was gelang. Ich habe das System unter Red Hat 9 neu gestartet und das Image manuell von /mnt/music auf das USB-Laufwerk (/mnt/sdb1) kopiert. Da ich dem Programm „partimage“ nicht traute, habe ich das Dateisystem zusätzlich manuell mit den folgenden Befehlen auf das USB-Laufwerk kopiert: mkdir /mnt/sdb1/redhat_root cd / find . -xdev -print | cpio -padm /mnt/sdb1/redhat_root Anscheinend werden dabei alle Daten einschließlich Sonderdateien, Einhängepunkte usw. kopiert, wobei alle Dateimetadaten erhalten bleiben. Danach habe ich das externe USB-Laufwerk (vorsichtshalber) abgezogen, in Knoppix neu gestartet und wollte QTParted ausprobieren. Damit sollte es möglich sein, die Größe von Partitionen anzupassen. Im Root-Terminal gab ich „qtparted“ ein. Allerdings konnte ich die Größe von nichts ändern (die Optionen waren ausgegraut). Ich konnte die Partitionen allerdings löschen und neu anlegen (was nicht viel half). Also entschied ich mich für einen kompletten Neuanfang, legte die Suse-9-CD in das Laufwerk ein und startete den Suse-9-Installer. Ich wählte die „Experten-Partitionierung“, löschte alle vorhandenen Partitionen und legte die folgenden Partitionen neu an. Ich habe darauf geachtet, für hdb3 genau die gleiche Anzahl an Blöcken (1019) zu verwenden wie zuvor für hdd3, da ich wusste, dass partimage Images nur auf Partitionen wiederherstellen kann, die genau dieselbe Größe haben oder größer sind: /dev/hdb1 1 8 64228+ 83 Linux (ext3) /boot/dev/hdb2 9 1314 10490445 83 Linux (reiserfs) //dev/hdb3 1315 2333 8185117+ 83 Linux (reiserfs) /redhat/dev/hdb4 2334 14945 101305890 f Win95 Ext'd (LBA)/dev/hdb5 2334 2464 1052226 82 Linux swap/dev/hdb6 2465 14945 100253601 83 Linux (reiserfs) /homeNachdem die Installation abgeschlossen war, startete ich den Rechner unter Knoppix neu und versuchte, die Red-Hat-Root-Partition auf hdb3 wiederherzustellen. Partimage meldete mir, dass die Partition kleiner als das Image sei, weshalb eine Wiederherstellung nicht möglich war. Also startete ich Suse 9 neu und kopierte das Red Hat 9-Root-System manuell zurück auf hdb3 (mit derselben Befehlsfolge, die ich verwendet hatte, um es manuell auf den USB-Stick zu kopieren). Anschließend passte ich die Datei /redhat/etc/fstab an die neue Partitionierung an und kopierte alle Dateien aus /boot (jedoch nicht die Unterverzeichnisse von /boot) auf die neue Boot-Partition (mit Ausnahme der Dateien, für die es bereits Entsprechungen in /boot gab). Anschließend habe ich die Datei /boot/grub/menu.lst geändert, indem ich eine Zeile für die Red-Hat-Installation hinzugefügt habe:title Red Hat 9 Linuxroot (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-19.9 root=/dev/hdb3initrd /initrd-2.4.20-19.9.img Außerdem habe ich die beiden Benutzerordner im Verzeichnis /home angelegt (das früher der Einhängepunkt für die /home-Partition war). Dabei habe ich alle versteckten Dateien und Verzeichnisse (die mit einem . beginnen) in die Benutzerordner kopiert. Dann habe ich versucht, Red Hat 9 zu starten. Ohne Erfolg. Kernel-Panic. Kein init gefunden. Versuchen Sie, die Option init= an den Kernel zu übergeben. Tatsächlich ist die Dateisystemprüfung von hdb3 fehlgeschlagen (kein Superblock gefunden). Es gibt mehrere Fehlermeldungen, wobei die wichtigen zuerst und schnell erscheinen (und man sie nicht sieht), während die schlechten, irreführenden Fehlermeldungen erst später kommen. Etwa, dass man die Partition manuell reparieren sollte. Und dass „root“ schreibgeschützt eingehängt ist. Und dass man sie mit „mount -n -o remount,rw /“ in den Lese-Schreib-Modus versetzen kann. Und dass man nur mit Strg-D in diesem Zustand neu starten kann. Das werde ich natürlich tun. Es gibt jedoch keinen Hinweis darauf, welchen Befehl man verwenden soll. Mehrere Versuche, irgendetwas zu unternehmen, während hdb eingehängt war, schlugen fehl (wenn ReiserFS schreibgeschützt ist, kann es nicht repariert werden; wenn es schreib- und lesbar ist, kann es nicht überprüft werden). Also starte ich Knoppix neu und führe die Reparatur von dort aus durch: fsck (das reiserfsck ausführt) erledigt die Aufgabe nicht: Es prüft nur, führt aber keine Reparaturen durch. Ich habe herausgefunden, dass der Befehl reiserfsck –rebuild-sb /dev/hdb3 den Superblock repariert. Immer noch kein Erfolg, also führe ich den langsamen, vollständigen Neuaufbau des Dateisystems von Grund auf mit reiserfsck --rebuild-tree /dev/hdb3 durch. Es bootet immer noch nicht in RH9. Dann kommt mir der Gedanke: Der RH9-Kernel unterstützt ReiserFS möglicherweise nicht (oder das Modul ist nicht geladen). Oder (alternativ) funktioniert das Kopieren bestimmter Dateien von einer ext3-Partition auf eine ReiserFS-Partition möglicherweise einfach nicht. Also lösche ich (von Knoppix aus) die gesamte hdb3 und erstelle sie als ext3 neu. Ich kopiere alle Daten zurück (QTParted beschwert sich immer noch über eine zu geringe Größe). Und endlich funktioniert es. Ich erstelle zwei Verzeichnisse für die beiden Benutzer auf der /home-Partition und kopiere manuell die nicht versteckten Dateien der alten Benutzerordner dorthin. Die versteckten Dateien kopiere ich nicht. Es gibt viele davon, die Suse durcheinanderbringen und eine Anmeldung unmöglich machen würden (das hatte ich zuvor bereits ausprobiert). Ich melde mich als root bei Suse 9 an und erstelle die beiden Benutzer mit genau denselben Namen wie unter RH9. Es erscheint eine Warnung, dass das Verzeichnis bereits existiert und dass dessen gesamter Inhalt dem neuen Benutzer gehören wird. Das ist natürlich in Ordnung.

Wine unter einer echten Windows-Installation ausführen

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Ich dachte, Wine würde unter einer echten Windows-Installation vielleicht besser laufen. Also habe ich die Größe meiner Partitionen angepasst, um etwa 8 GB Speicherplatz freizumachen. Leider war die Partitionierungssoftware nicht besonders gut, da ich eine meiner Partitionen verloren habe (die, auf der ich alle meine Downloads gespeichert hatte…). Also beschloss ich, ganz von vorne anzufangen, und formatierte die gesamte Festplatte. Zunächst partitionierte ich die Festplatte mit cfdisk. Anschließend habe ich Windows 98 von der Installations-CD auf die FAT32-Partition installiert, danach Windows 2000 von der Installations-CD auf eine weitere FAT32-Partition (ich wollte eigentlich Windows XP installieren, aber die Installations-CD weigerte sich, meinen Computer zu booten). Danach habe ich Suse 9 neu installiert und meinen Home-Ordner von meiner Sicherungsfestplatte zurückkopiert. Bislang funktioniert Wine einwandfrei (nach einigen kleinen Anpassungen in $home/.wine/config und dem Einbinden der Windows 98-Partition mit `mount -t vfat -o uid=jeltsch,gid=users,fmask=644,dmask=755 /dev/hda1 /media/win98). Ohne die Optionen uid, gid, fmask und dmask ist es nicht möglich, etwas auf die Partition zu schreiben.

Macintosh-Standardformatierte Disketten (HFS) lesen

Tue, 22 May 2007 00:00:00 +0000

Anscheinend ist das Kernel-Modul zum Lesen von HFS-formatierten Datenträgern weniger funktionsfähig als das für HFSPlus-formatierte Datenträger. Ich habe es geschafft, mein System durch das Einbinden einer HFS-formatierten CD zum Absturz zu bringen. Eine gute Alternative sind die HFS-Dienstprogramme (hfsutils). Dafür gibt es auch eine einfache grafische Benutzeroberfläche namens xhfsutil. UPDATE (25.12.2023): Ich musste eine HFS+-formatierte Partition von einem MacbookPro aus dem Jahr 2011 (macOS Sierra) einbinden, um einige Daten zu kopieren, bevor ich das Gerät entsorgte. Seltsamerweise schafft es mein Ubuntu 20.04 immer noch nicht, diese automatisch einzuhängen, wenn sie in einem CoreStorage-Volume verpackt sind (was mit macOS 10.10 eingeführt wurde). Um diese Partitionen einzuhängen, muss man eine Größenbeschränkung angeben (Einzelheiten siehe https://superuser.com/questions/961401/mounting-hfs-partition-on-arch-linux/1088110#1088110) . Um die genaue Größenbeschränkung zu ermitteln, verwenden Sie testdisk. Sie müssen die Größe der Partition herausfinden (die testdisk in Sektoren angibt). Multiplizieren Sie die Sektorenanzahl mit der Sektorgröße (die Sie mit fdisk ermitteln können; sie beträgt in der Regel 512). Der Befehl zum Einhängen der Partition lautet: mount -t hfsplus -o ro,sizelimit=N /dev/sdXn /mnt

Ändern des Hostnamens mit YaST 2 (Überschreiben des DHCP-Servers)

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Ich konnte nicht herausfinden, wie man den Hostnamen ändert. Der Hostname wird beispielsweise standardmäßig (Suse 9) in der Befehlszeile angezeigt und von verschiedenen Anwendungen verwendet. Wenn Sie Ihren Computer zwischen verschiedenen Netzwerken hin- und herbewegen, ändert sich dieser Name, da standardmäßig (Suse 9) der Hostname vom DHCP-Server zugewiesen wird. Sie können diese Einstellung jedoch mit YaST2 überschreiben: System -> YaST2-Module -> Netzwerkgeräte -> Netzwerkkarte -> Authentifizieren! -> Bereits konfigurierte Netzwerkkarten bearbeiten -> Hostname & Namensserver -> Deaktiviere das Kontrollkästchen „Hostname über DHCP ändern“ und gib den gewünschten Hostnamen in das Feld ein. Ich nehme an, du musst den Computer neu starten, damit die Einstellungen wirksam werden. Dies ändert jedoch beispielsweise nicht den Namen deines Computers, der im Windows-Netzwerk sichtbar ist. Um dies zu ändern, musst du einen Eintrag wie folgt in die Datei /etc/samba/smb.conf einfügen: netbios name = „michael-laptop“ (Ist das richtig?: Die Anführungszeichen „“ sind notwendig, sonst wird nur der erste Teil des Namens angezeigt (also: michael).) Dadurch ändert sich der Name, wie er z. B. angezeigt wird, wenn du von einem Windows-NT-Computer aus das Netzwerk durchsuchst. Die Samba-Implementierung von macOS 10.2 zeigt jedoch weiterhin einen generischen Namen an (in meinem Fall den Namen, den mir der DHCP-Server zuweisen will: mcblmj-2).

autofs, automount, auto.master und das Einbinden von Samba-Freigaben

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Zunächst habe ich einen symbolischen Link in /etc/init.d/rc5.d/ hinzugefügt: cd /etc/init.d/rc5.d sudo ln -s ../autofs S21autofs Anschließend habe ich in der Datei /etc/auto.master die folgende Zeile hinzugefügt:/media/automounts /etc/auto.smbmountsAnschließend habe ich die Datei auto.smbmounts mit folgendem Inhalt erstellt:michael_msbl.helsinki.fi -fstype=smbfs,username=michael,password=## ://paula/michael Anschließend habe ich den Einhängepunkt angelegt:sudo mkdir /media/automounts/michael_msbl.helsinki.fiDann habe ich den autofs-Daemon aktiviert:sudo /etc/init.d/autofs start Wenn nun jemand versucht, auf das Verzeichnis /media/automounts/michael_msbl.helsinki.fi zuzugreifen, mountet der autofs-Daemon die SMB-Freigabe automatisch und hebt den Mount nach einer bestimmten Zeit der Inaktivität wieder auf.

Formatieren und Einbinden einer externen FireWire-ReiserFS-Festplatte

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Ich wusste nicht, wie man ein unformatiertes Laufwerk unter Linux formatiert. Ich habe ein FireWire-Gehäuse mit einer alten, für Macintosh formatierten 12-GB-Festplatte an meinen Computer angeschlossen. Um sie mit ReiserFS zu formatieren, habe ich Yast2 verwendet. Dazu musste ich in den Expertenmodus wechseln und die Partitionstabelle neu schreiben. Dadurch fügt YaST2 einen Eintrag in die fstab ein, den ich wie folgt geändert habe: /dev/sda1 /media/firewire reiserfs noauto,user 0 0, da ich nicht möchte, dass das Laufwerk bei jedem Systemstart automatisch eingebunden wird. Stattdessen kann ich sie nun als normaler Benutzer manuell einhängen mit: mount /media/tmp/Um das Laufwerk für normale Benutzer (oder für wen auch immer Sie Zugriff gewähren möchten) beschreibbar zu machen, müssen Sie die Eigentumsrechte und/oder Berechtigungen des Einhängepunkts ändern:chmod -R a+rwx /media/firewire

Gute RPM-Repositorys für SUSE Linux 9

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Sie können gezielt nach SUSE 9-RPM-Paketen unter [http://rpm.pbone.net/] suchen( http://rpm.pbone.net/) , es gibt jedoch zwei gute Websites, die sich auf SUSE Linux-RPM-Pakete spezialisiert haben: http://guru.linuxbe.org http://packman.links2linux.de/

Kopieren von im Macintosh-Format (HFS und HFS+) formatierten CDs unter Windows XP mit Nero Express

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Obwohl ein Standard-Betriebssystem wie Windows XP Professional Macintosh-formatierte CDs (weder HFS noch HFS+) nicht lesen (= einbinden) kann, lässt sich mit dem Brennprogramm Nero Express solche CDs kopieren!

Namen von Desktop-Einträgen bearbeiten

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

So ändern Sie die Namen von Elementen auf dem Desktop (z. B. den Papierkorb): Wechseln Sie in das Verzeichnis ~/Desktop. Dort befinden sich .desktop-Dateien, die Sie bearbeiten können. Um den Namen von Verzeichnissen (z. B. des Papierkorbs) zu ändern, bearbeiten Sie die versteckte Datei namens .directory.

Reiserfsck und die Reparatur der Root-Partition mithilfe der Knoppix-CD

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Als ich heute meinen Laptop hochgefahren habe, erhielt ich folgende Fehlermeldung: „Fsck fehlgeschlagen.“ Bitte manuell reparieren und neu starten. Das Root-Dateisystem ist derzeit schreibgeschützt eingehängt. Um es schreib- und lesbar neu einzuhängen, führen Sie folgenden Befehl aus: bash mount -n -o remount,rw / Achtung: Nur STRG-D führt in diesem Wartungsmodus zu einem Neustart des Systems. sgutdown oder reboot funktionieren nicht. Geben Sie das Root-Passwort ein, um sich anzumelden. Ich habe mich angemeldet und folgenden Befehl ausgeführt: reiserfsck --fix-fixable /dev/hda7. Es erschienen mehrere Fehlermeldungen, darunter am Ende: reiserfs_open: Der ReiserFS-Superblock kann unter / nicht gefunden werden. Das Öffnen des Dateisystems ist fehlgeschlagen.Dann hieß es in etwa, dass der Superblock beschädigt sei und ich, falls ich sicher sei, dass es sich um eine ReiserFS-Partition handele, diesen mit dem Befehlreiserfsck --rebuild-sb neu erstellen könne. Da wurde mir klar, dass /dev/hda7 mein verschlüsseltes Dateisystem ist und daher kein Superblock gefunden wurde. Ich wiederholte den Befehl: reiserfsck --fix-fixable /dev/hda6. Es wurde mir mitgeteilt, dass die Option „–fix-fixable“ ignoriert wird. Ich weiß nicht, warum. Vielleicht, weil ich das System von derselben Partition aus gemountet habe, die ich gerade reparieren möchte. Jedenfalls verleitete mich die Meldung am Anfang Das Root-Dateisystem ist derzeit schreibgeschützt eingehängt. Um es im Lese-/Schreibmodus neu einzuhängen, führe Folgendes aus: bash mount -n -o remount,rw / dazu, es im Lese-/Schreibmodus neu einzuhängen und den Befehl erneut auszuführen. Aber ohne Ergebnis. Also habe ich von der Knoppix-CD gebootet und den Befehl von dort aus ausgeführt. Das Dateisystem wurde erneut überprüft, aber es wurden keine Fehler gefunden.Dann fiel mir ein, dass ich gestern die fstab geändert hatte, indem ich Folgendes hinzugefügt hatte: /dev/sda1 /media/firewire reiserfs noauto,user 1 2. Ich dachte, die Option noauto würde verhindern, dass beim Booten auf die Partition zugegriffen wird. Anscheinend war das nicht der Fall, und das Problem lag bei den beiden Zahlen am Ende (1 2). Sie legen fest, ob ein Dateisystem beim Systemstart geprüft wird. Ich habe sie auf „0 0“ gesetzt und versucht, neu zu starten. Voilà, alles funktioniert wieder einwandfrei. Andernfalls hätte ich vielleicht versucht, den Superblock über Knoppix neu aufzubauen: reiserfsck --rebuild-sb /dev/hda6

Rio500-Treiber für W98 und W2K unter VMware

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

VMware W2K und W98 erkennen meinen Rio500 nicht. Da ich nicht von einer physischen Festplatte aus arbeite, kann ich nicht in W2K oder W98 neu starten und den Treiber von dort aus installieren. Ich habe jedoch überprüft, wohin die Treiber während der Installation unter W98 kopiert werden: Der Treiber besteht aus zwei Dateien: „riousb.inf“ und „RioUSB.sys“. Die Datei „riousb.inf“ wird an zwei Orten abgelegt: unter „C:\windows\INF“ und (unter dem neuen Namen „RioPort.Comriousb.inf“) unter „C:\windows\INF\OTHER“. Die Datei „RioUSB.sys“ wird unter „C:\windows\system32\drivers“ abgelegt. Ich konnte nicht überprüfen, wo W2K die Treiber ablegt, da ich beim Versuch, W2K zu starten, folgende Fehlermeldung erhielt: Die Datei „system32\ntoskrnl.exe“ wurde nicht gefunden. Bitte neu installieren.

SMB-Einbindungen über fstab oder Automount?

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe viele Computer, auf die ich von meinem Linux-Rechner aus zugreifen muss. Das Durchsuchen des Netzwerks funktioniert zwar, ist aber furchtbar langsam, daher möchte ich einige Verknüpfungen erstellen, über die ich mit einem einzigen Mausklick das Gewünschte aus einer Liste einbinden kann. Zunächst dachte ich daran, die fstab-Datei zu ändern und dort Einträge hinzuzufügen, die es mir ermöglichen würden, SMB-Freigaben als normaler Benutzer problemlos einzubinden. Beispiel: //paula/michael /media/smbmounts smbfs noauto,user,credentials=/home/jeltsch/.smbpasswd1 0 0 Das funktioniert, wenn der Eintrag beim Systemstart gemountet wird (ohne den Eintrag „noauto“). Ist der „noauto“-Eintrag vorhanden, wird die SMB-Freigabe beim Systemstart nicht eingebunden, sondern muss explizit mit dem folgenden Befehl eingebunden werden: mount /media/smbmounts Aufgrund der „user“-Option in der fstab sollte jeder normale Benutzer dazu in der Lage sein. Das ist jedoch nicht der Fall! Zunächst musste ich die „suid“-Rechte für den Befehl „smbmnt“ aktivieren (er befand sich offenbar in /usr/bin/smbmnt, war jedoch über einen Symlink mit /usr/lib/samba/classic/smbmnt verknüpft:chmod +s /usr/lib/samba/classic/smbmnt Dann stieß ich auf widersprüchliche Angaben darüber, ob der Einhängepunkt (in meinem Fall /media/smbmounts) dem einhängenden Benutzer gehören muss oder nicht. Zur Sicherheit habe ich dies getan:chown jeltsch /media/smbmountsTrotzdem erhielt ich eine Fehlermeldung, deren Ursache ich nicht herausfinden konnte, und beschloss, Automounts zu verwenden.

Staden 1.4 und Suse 9

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe heute das neue Staden-Paket (Version 1.4) auf meinem SUSE 9 installiert. Ich habe die folgenden Zeilen in meine ~/.bashrc-Datei eingefügt: export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-rel-1-4 . $STADENROOT/staden.profile.Danach funktionierte kprinter nicht mehr und gab folgenden Fehler aus: kprinter: /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries/libstdc++.so.5: keine Versionsinformationen verfügbar (erforderlich für /opt/kde3/lib/kprinter.so)Anscheinend wird die übliche Datei (/usr/lib/libstdc++.so.5) nicht mehr verwendet, da das Verzeichnis „staden linux-binary“ ganz am Anfang der PATH-Variablen aufgeführt ist und somit alle anderen Einträge überschreibt. Daher habe ich /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries/libstdc++.so.5 und libstdc++.so.5.0.1 durch symbolische Verweise auf /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 ersetzt:cd /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binariessudo ln -s /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 libstdc++.so.5.0.1sudo ln -s /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 libstdc++.so.5Bislang funktioniert zumindest das Drucken ohne Fehlermeldungen, aber ich habe staden noch nicht ausprobiert…

suid und das Ausführen von Programmen als root, ohne das root-Passwort eingeben zu müssen

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Wenn Sie ausführbare Dateien (Programme, Skripte) haben, für deren Ausführung Root-Rechte erforderlich sind (z. B. zum Einbinden eines Verzeichnisses), müssen Sie das su-Passwort nicht jedes Mal eingeben.Sie können für diese Datei das SUID-Bit setzen und ihren Eigentümer auf „root“ ändern: chmod u+s Dateiname chown root Dateiname

VMware und nicht standardmäßige Bildschirmauflösungen bei Laptops

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Der Bildschirm meines Laptops hat eine Auflösung von 1280x800. Diese Auflösung wird vom Grafiktreiber von VMware nicht unterstützt. Unter Windows 98 habe ich die Option „Automatisch anpassen“ deaktiviert, die Größe des VMware-Fensters auf eine ungewöhnliche Größe geändert, die Windows-Registrierung aufgerufen (unter Windows 98 sind das drei versteckte Dateien namens system.dat, user.dat und policy.pol) und den Eintrag „Resolution“ (der etwa 966.558 lautete) auf 1280.800 geändert. Nach dem Neustart war die Auflösung in Ordnung, wenn ich den Vollbildmodus wählte. Im Fenstermodus passt sich die Auflösung jedoch nicht an die kleinere Größe an, sondern es erscheinen stattdessen Bildlaufleisten. Unter Windows 98 funktioniert die Netzwerkverbindung jedoch nicht. Ich bin verbunden (Webbrowsing usw. funktioniert), aber immer wenn ich versuche, das lokale Netzwerk zu durchsuchen, erhalte ich die Fehlermeldung: „Das Netzwerk kann nicht durchsucht werden“. Unter Windows 2000 hat derselbe Trick mit der Auflösung nicht funktioniert. Der Registrierungseintrag heißt dort auch anders: „Resolution.KVM“. Vor diesem Eintrag gibt es verschiedene andere Einträge mit dem Namen „resolution“. Da diese jedoch aus komplexen Zahlenreihen bestehen, weiß ich nicht, wie ich sie bearbeiten soll. Daher verwende ich die Auflösung 1078x768, obwohl sie auf meinem 1280x800-Bildschirm offensichtlich unscharf dargestellt wird. Nach dem Update auf VMware 4.5.2 (Build 8848) kann ich die Auflösung auch im Windows 2000-Gastbetriebssystem auf 1200x800 einstellen. Im Vollbildmodus funktioniert alles einwandfrei, aber wenn ich im Fenstermodus arbeite und „Gast an Fenster anpassen“ wähle, gehen die Einstellungen aus der Windows-Registrierung verloren, und ich muss sie manuell bearbeiten und neu starten, um die Vollbildauflösung wieder auf 1200x800 einzustellen.

VMware und Samba

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

VMware kann zu Konflikten mit Samba führen. Wenn Sie einen Samba-Server auf Ihrem Computer betreiben und VMware installieren, kann dies dazu führen, dass Ihr Samba-Server nicht mehr funktioniert. Sie können dies überprüfen mit: sudo /etc/init.d/smb status. Wenn das Ergebnis „dead“ lautet und VMware einen eigenen Samba-Server betreibt (was Sie mit ps -aux überprüfen können, indem Sie nach einem Eintrag wie „vmware-smb“ suchen), müssen Sie vmware-config.pl erneut ausführen. Unter RedHat gibt es eine einfache Möglichkeit, den VMware-Samba-Server vom Systemstart auszuschließen (Systemeinstellungen -> Servereinstellungen -> Dienste; stoppen Sie einfach den Dienst und deaktivieren Sie das Kontrollkästchen, wenn Sie nicht möchten, dass er beim Systemstart gestartet wird). Unter SUSE 9 führe ich einfach das Skript vmware-config.pl erneut aus. Wenn die Frage erscheint: „Möchten Sie, dass VMware den Dateizugriff auf den Host-Computer einrichtet?“, sollten Sie mit „Nein“ antworten.

VMware-Installationsfehler (libpopt)

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Die Fehlermeldung während der VMware-Einrichtung (vmware-config.pl) ist darauf zurückzuführen, dass SUSE 9 ein zu neues Paket für die angeforderte Bibliothek enthält: /usr/bin/vmware-smbpasswd.bin: Fehler beim Laden der gemeinsam genutzten Bibliotheken: libpopt.so.0: Die gemeinsam genutzte Objektdatei kann nicht geöffnet werden: Keine solche Datei oder kein solches VerzeichnisDas folgende Kommando behebt das Problem:ln -s /usr/lib/libpopt.so.1 /usr/lib/libpopt.so.0

Wein und Adobe Illustrator (AIRes.dll wird nicht gefunden)

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Adobe Illustrator ließ sich unter Wine nicht starten, da die Datei „AI90Res.dll“ nicht gefunden werden konnte. Diese Datei befindet sich nach der Installation von Illustrator unter: ~/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Program Files/Adobe/Illustrator 10/Support Files/Contents/Windows/System. Ich habe sie einfach ein Verzeichnis höher verschoben, und schon funktionierte alles.

Wo werden die Dokumente gespeichert?

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Wenn Sie den Stuffit Expander für Linux installieren, erhalten Sie nicht nur die Binärdateien, sondern auch die Manpages. Ich habe die beiden Dateien (mit den Namen „unstuff“ und „stuff“) im folgenden Verzeichnis abgelegt: /usr/local/man/man1. Sie sind nun verfügbar, wenn ich „man stuff“ oder „man unstuff“ eingebe.

BSPlayer und beschädigte DivX-Dateien

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe ein paar zerkratzte CDs mit DivX-Videodateien. Weder VLC noch der DivX Player konnten diese Dateien über die ersten beschädigten Bilder hinaus abspielen. Sie versuchten zwar, die Wiedergabe fortzusetzen, aber da die Beschädigung zu stark war, blieben sie schließlich komplett hängen. Ich habe jedoch einen Player gefunden, der mit den meisten dieser Probleme recht gut zurechtkommt: BSPlayer . Er ist allerdings nur für Windows verfügbar…

Dateiformatzuordnungen in KDE

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe viele Dateien in ungewöhnlichen Formaten, die von Anwendungen geöffnet werden können, die auf keiner Linux-Distribution standardmäßig installiert sind. Wie kann ich KDE beibringen, diese Dateien anhand ihrer Endungen (wie z. B. .ab1) zu erkennen und sie – wenn man darauf klickt – mit der richtigen Anwendung zu öffnen? Gehen Sie zu „Systemsteuerung“ -> „KDE-Komponenten“ -> „Dateizuordnungen“ -> „Hinzufügen“ -> Belassen Sie die Gruppe „Alle“ und geben Sie einen kurzen, aussagekräftigen Namen ein (z. B. „ABI-Trace-Datei“) -> Geben Sie unter „Dateinamenmuster“ die Dateiendung (oder ein beliebiges anderes Muster, anhand dessen KDE die Datei erkennen kann; z. B. *.abi1) ein -> Geben Sie im Feld „Beschreibung“ einen aussagekräftigen Text ein -> Klicken Sie unter „Reihenfolge der Anwendungseinstellungen“ auf „Hinzufügen“ und geben Sie den Namen der Anwendung ein (sofern sie im Pfad vorhanden ist) oder suchen Sie die ausführbare Datei und wählen Sie sie aus (im Fall von .ab1 wäre das z. B. „trev“, der Trace-Datei-Viewer aus dem Staden-Paket) -> Klicken Sie auf „Übernehmen“ -> Ich habe den Eindruck, dass Sie sich abmelden und erneut anmelden müssen, damit die Änderungen wirksam werden. Im obigen Beispiel werden Sie feststellen, dass Konqueror für Dateien mit der Endung .ab1 den Dateityp „ABI-Trace-Datei“ anzeigt, und wenn Sie darauf klicken, werden sie mit der Anwendung trev geöffnet.

Der MIME-Typ „application/octet-stream“ konnte nicht gefunden werden (Konquerer/Kdesktop)

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Dies ist ein Auszug aus [http://users.pandora.be/Ice9/Linux stuff/Linux_tips.html]( http://users.pandora.be/Ice9/Linux stuff/Linux_tips.html). Ich habe die zweite Methode verwendet, da die Desktop-Datei aufgrund ihres Inhalts offenbar fehlerhaft war und zu dem Zeitpunkt erstellt worden war, als der Fehler zum ersten Mal auftrat (das war, als ich mit dem Abschnitt „Dateizuordnungen“ im Kontrollzentrum herumexperimentierte).

Installation und Konfiguration von „disc-cover“ unter SUSE 9.0

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

libcdaudio libcdaudio-devel (für cdaudio.h) Modul „perl-audio-cd“ Konfiguration von „disc-cover“: Alle Konfigurationsdateien erstellen, da es sonst zu einem Segmentierungsfehler kommt. Server zur Datei „.cdserverrc“ hinzufügen ( http://www.freedb.org/modules.php?name=Sections&sop=viewarticle&artid=9 )

Schnelle Bearbeitung von JPG-Dateien direkt in Konqueror (jhead, jpegtran)

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Ich wollte eine schnelle Möglichkeit finden, die Bilder zu drehen, die ich mit meiner Digitalkamera aufnehme. Die Olympus Camedia C-4000 schreibt in den EXIF-Daten immer „1“ als Ausrichtung ein (entweder hat sie keinen Ausrichtungssensor oder dieser ist defekt), weshalb ich die Bilder nicht automatisch mit dem Befehl jhead -autorot *.jpg drehen kann. Deshalb habe ich eine Desktop-Datei ~/bin/rotate90clockwise.desktop mit folgendem Inhalt erstellt:[Desktop Entry] ServiceTypes=image/jpeg Actions=rotate90clockwise [Desktop Action rotate90clockwise] Name=Um 90° im Uhrzeigersinn drehen Icon=/opt/kde3/share/icons/crystalsvg/22x22/actions/rotate_cw.png Exec=/usr/bin/jhead -cmd "jpegtran -rot 90 &i > &o" %UAnschließend habe ich einen symbolischen Link erstellt:sudo ln -sf ~/bin/rotate90clockwise.desktop /opt/kde3/share/apps/konqueror/servicemenus/rotate90clockwise.desktop Wenn ich nun in Konqueror Dateien durchsuche, erhalte ich durch einen Rechtsklick auf eine JPEG-Datei die zusätzliche Option, diese zu drehen. Die Drehung erfolgt übrigens verlustfrei, und die EXIF-Informationen bleiben erhalten. Es ist auch möglich, Drehbefehle in Bildbetrachtungsprogramme zu integrieren. Befindet sich beispielsweise das folgende Skript in ~/bin:!/bin/sh jhead -cmd "jpegtran -rot 90 &i > &o" $*abgelegt ist, können Sie es aus GQView heraus aufrufen, indem Sie den Skriptnamen in einen der freien Plätze unterhalb der „großen“ Bildeditoren eintragen:Menüname Befehlszeile Im Uhrzeigersinn drehen rotate_clockwise %fBearbeiten -> Optionen -> Editoren

Automatisierung der Sequenzbearbeitung (Stadens pregap4 und gap4)

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Vor einiger Zeit habe ich ein Skript geschrieben, das versucht, den Großteil der Arbeit zu automatisieren, die damit verbunden ist, Sequenzen von unserem ABI-Sequenzer in eine gap4-Datenbank zu übertragen. Das Skript ist bei weitem nicht perfekt und sieht folgendermaßen aus:!/bin/sh rm *.seq *.log Log\ file.txt for i in ls .ab1; do echo "Umbenennung von $i" mv $i echo $i | sed “s/ $.\{27\}$ ./\1.ab1/" done ls *.ab1 *.txt > tracefile.list pregap4 -nowin -config /home/jeltsch/bin/pregap4_gap4.conf -fofn tracefile.list gap4 test.0.auxIch habe das Skript in ~/bin abgelegt; es soll aus dem Verzeichnis heraus aufgerufen werden, in dem sich die Sequenzen befinden. In der Regel werden die ab1-Trace-Dateien eines einzelnen Sequenzierungslaufs von unserem Rechner in einem Verzeichnis zusammen mit einigen (für mich) bedeutungslosen Protokolldateien usw. gespeichert. Zunächst löscht das Skript unnötige Dateien aus dem Verzeichnis; anschließend kürzt es die Dateinamen auf 27 Zeichen plus die Endung .ab1. Komischerweise kommt pregap4 gut mit längeren Dateinamen zurecht, aber gap4 hat damit Probleme. Anschließend werden alle verbleibenden Dateien in eine Liste (tracefile.list) aufgenommen, die von pregap4 eingelesen wird. pregap4 wird nicht-interaktiv verwendet. Es bezieht seine Anweisungen (die Konfiguration der Module) aus einer Konfigurationsdatei (die in meinem Fall ebenfalls in ~/bin gespeichert ist). „pregap4“ ruft den „gap4“-Shotgun-Assembler auf und speichert die Messdaten in einer „gap4“-Datenbank. Leider habe ich noch nicht herausgefunden, wie man dieser Datenbank automatisch einen aussagekräftigen Namen zuweisen kann. Derzeit haben sie alle denselben Namen und lassen sich nur anhand ihres Speicherorts in einem anderen Verzeichnis identifizieren. Es wäre sinnvoll, ihnen automatisch einen eindeutigen Namen zuzuweisen, z. B. das Datum, an dem die Assemblierung durchgeführt wurde, oder etwas Ähnliches. Nachdem all dies erledigt ist, wird gap4 aufgerufen und lädt die neu erstellte Datenbank zur manuellen Überprüfung und Bearbeitung.Der Großteil unserer Sequenzierungen dient der Überprüfung neu erstellter Vektoren. Daher wissen wir in der Regel genau, welche Sequenz wir erwarten. Wenn (was leider nicht der Fall ist) jemand ein Programm zur Dokumentation seiner Konstrukte verwendet, das vollständige Sequenzinformationen enthält (wie beispielsweise das Gene Construction Kit), sollten die Trace-Dateien automatisch mit dieser „erwarteten“ Sequenz abgeglichen werden.Derzeit erreiche ich dies, indem ich die DNA-Sequenz aus dem Gene Construction Kit (GCK) als reine Textdatei exportiere (anscheinend könnte ich auch das EMBL-Format verwenden) und diese Datei zusammen mit der ab1-Trace-Datei in dasselbe Verzeichnis lege, bevor ich das Skript starte. Dadurch wird sie wie jede andere Sequenz behandelt und die Sequenz-Reads werden daran ausgerichtet. Es gibt jedoch einige Einstellungen, die ich gerne automatisch beim Aufruf von gap4 vornehmen würde, da ich bei der manuellen Überprüfung des Alignments in gap4 immer dieselbe Abfolge von Klicks durchführe: Anzeige aller vorwärtsgerichteten Leserahmen: Ich gehe davon aus, dass die „erwartete Sequenz“ – da sie die längste ist – in der Assemblierung immer in Vorwärtsrichtung vorliegt und die Leserahmen somit stets vorwärts ausgerichtet sind. Dies ergibt sich daraus, dass ich (zur besseren Lesbarkeit) die Vektorsequenz in GCK stets so ausrichte, dass sich die CDS des GOI in einem Vorwärts-Leserahmen befindet.Das Hervorheben von Diskrepanzen durch Hintergrundfarbe sollte aktiviert sein. Unterschiede zwischen Groß- und Kleinschreibung sollten nicht als Diskrepanzen behandelt werden. Da die Qualität unserer Sequenzierung mäßig ist, sind die Standardwerte meist zu streng, als dass gap4 die Lesungen in dasselbe Contig einordnen könnte. Daher finde ich meist interne Wiederholungen und trage diese manuell ein. Dies sollte sich in der Gap4-Assemblierung automatisch einstellen lassen, aber ich bin noch nicht dazu gekommen, herauszufinden, wie das geht.

Das Betriebssystem ist Suse Linux 9

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Ich teste derzeit verschiedene grafische Benutzeroberflächen für das Molekularsoftware-Paket EMBOSS und habe gute Bewertungen zu kaptain gelesen. Da es jedoch keine RPM-Pakete von kaptain für Suse Linux 9 gibt, habe ich versucht, es selbst zu kompilieren. Das erste Problem war, dass das configure-Skript die Bibliotheken und Header für Qt3 nicht finden konnte:> checking for Qt… configure: error: Qt (>= Qt 2.2.2) (headers and libraries) not found. Bitte überprüfe deine Installation!“ Daher habe ich ./configure mit der Option ausgeführt:> ./configure –with-qt-dir=/usr/lib/qt3Nun läuft das Konfigurationsskript bis zum Ende durch. Allerdings schlägtmake immer noch fehl, die letzten Zeilen der Ausgabe sehen so aus:Making all in kaptain make[2]: Entering directory /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain' g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I.. -I/usr/lib/qt3/include -I/usr/X11R6/include -D_REENTRANT -O2 -fno-exceptions -fno-check-new -c kaptain.cpp kaptain.cpp: Im Konstruktor Kaptain::Kaptain(Intermediate*, Kaptain*, QWidget*, QBoxLayout*, QDialog*, bool, const char*)‘: kaptain.cpp:99: Fehler: assert‘ nicht deklariert (erste Verwendung dieser Funktion) kaptain.cpp:99: Fehler: (Jeder nicht deklarierte Bezeichner wird nur einmal pro Funktion gemeldet, in der er vorkommt.) kaptain.cpp: In der Mitgliedsfunktion void Kaptain::button_pressed()’: kaptain.cpp:1576: Fehler: ostream_iterator' nicht deklariert (erste Verwendung in dieser Funktion) kaptain.cpp:1576: Fehler: Parsing-Fehler vor dem Token >’ kaptain.cpp:1598: Fehler: Parsing-Fehler vor dem Token >' make[2]: *** [kaptain.o] Fehler 1 make[2]: Verzeichnis /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain’ wird verlassen make[1]: *** [all-recursive] Fehler 1 make[1]: Verzeichnis /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71' wird verlassen make: *** [all-recursive-am] Fehler 2Ich habe Hilfe vom Autor der Software, Zsolt Terek, erhalten. Ich musste am Anfang von kaptain.cpp Folgendes einfügen: include include .

Der PATH in SUSE Linux 9 (/etc/profile.local)

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Mehrere Softwareinstallationen ändern die Umgebungsvariable PATH. Beim Systemstart werden viele verschiedene Dateien gelesen, die zur endgültigen PATH-Variablen beitragen. Einige Softwareinstallationen führen jedoch dazu, dass bestehende PATH-Einträge beschädigt werden. Dazu gehört auch das Staden-Paket. Die Staden-Installationsanleitung empfiehlt, die folgenden Zeilen in ~/.bashrc aufzunehmen: export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-rel-1-4 . $STADENROOT/staden.profile Um PATH-Probleme schnell zu beheben, können Sie den vollständigen Pfad, den Sie benötigen, in /etc/profile angeben.local:PATH=/home/jeltsch/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/bin:/usr/sbin/:/sbin:/opt/gnome/bin:/opt/kde3/bin:/usr/lib/java/bin:/usr/local/bio/bin/Wenn Sie den Eintrag in ~/.bashrc belassen, wird der Staden-Pfad vor allen Einträgen in /etc/profile.local eingefügt und hat somit Vorrang vor anderen Einträgen. Dies führt bei bestimmten Programmen zu Fehlern, da einige der von Staden verwendeten Bibliotheken älter sind als die unter Suse Linux 9 (siehe einige ältere Beiträge).

Desktop-Integration des Staden-Pakets in KDE unter SUSE Linux 9

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe das Staden-Paket auf meinem Laptop installiert. Um andere Kollegen aus meinem Labor davon zu überzeugen, es zu nutzen, muss es sehr benutzerfreundlich sein. Im Idealfall sollten sie lediglich einige Sequenzen auswählen und darauf klicken müssen – die Vorverarbeitung und die Assemblierung sollten dann automatisch erfolgen. Um dies zu erreichen, habe ich Folgendes getan:

Die Standardansicht in Konqueror auf die Baumansicht umstellen

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Nehmen Sie die gewünschten Änderungen an der Darstellung des Fensters vor.
Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Titelleiste und wählen Sie „Fenstereinstellungen speichern“.
Klicken Sie auf „Einstellungen“ -> „Ansichtsprofil speichern“ -> Wählen Sie „Dateiverwaltung“ aus der Liste der verfügbaren Profile aus -> „Speichern“.
Schließen Sie das Fenster und öffnen Sie es erneut, um zu überprüfen, ob Ihre Einstellungen übernommen wurden.

Installation von „Duplicate File Finder“

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe gerade Ordnung in meine über 50.000 Dateien in meinem Home-Verzeichnis gebracht und dabei festgestellt, dass ich mehrere Kopien derselben Datei in verschiedenen Verzeichnissen hatte. Deshalb habe ich nach einer bequemen Möglichkeit gesucht, diese Duplikate zu finden und zu löschen.Es gibt mehrere Anwendungen, die so etwas leisten. Allerdings ist keine davon perfekt. Beispielsweise werden MP3-Dateien desselben Songs, die jedoch unterschiedliche ID3-Tags haben, von den meisten Programmen als unterschiedliche Dateien erkannt, obwohl sie abgesehen von den Metadaten im ID3-Tag im Wesentlichen identisch sein könnten.Ich habe mich für Duplicate File Finder , eine Java-Anwendung, entschieden. Für die Installation war JavaUnix erforderlich, dessen Installation sich als etwas knifflig erwies. Zunächst musste ich das Java2 SDK installieren. Standardmäßig wird unter SUSE Linux 9 nur die Laufzeitumgebung (java3-jre) installiert.Damit die Konfiguration und Kompilierung erfolgreich verlaufen (danke an Ian Ballantyne), muss man das aktuelle Installationsverzeichnis an den Pfad anhängen: export PATH=$PATH:. Doch nun stürzt das Programm ab und meldet folgende Fehlermeldung: java.lang.UnsatisfiedLinkError: no javaunix in java.library.path“. Wieder erhielt ich Hilfe: export LD_LIBRARY_PATH= $LD_LIBRARY_PATH:$ JAVA_HOME/jre/lib/ext/Linux/– damit funktioniert es. Die VariableLD_LIBRARY_PATH` ist auf meinem System nicht gesetzt. Bei der Installation des Staden-Pakets wird diese Variable auf „/usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries“ gesetzt. Sie können die Datei „javaunix.so“ an den Ort kopieren, der in der Umgebungsvariable LD_LIBRARY_PATH angegeben ist.

„Paglia e Fieno“ mit Walnüssen und Gorgonzola

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Für 4 Personen 300 g „Paglia e Fieno“ („flache Spaghetti“) 2 Esslöffel Butter 1 Teelöffel fein gehackter frischer Salbei oder 1/2 Teelöffel getrockneter Salbei, dazu frische Salbeiblätter zum Garnieren (optional) 120 g Gorgonzola 3 Esslöffel Mascarpone 5 Esslöffel Milch 1/2 Tasse Walnusshälften, gemahlen 2 Esslöffel frisch geriebener Parmesankäse frisch gemahlener schwarzer Pfeffer Die Nudeln in einem großen Topf mit kochendem Salzwasser gemäß der Packungsanleitung garen. In der Zwischenzeit die Butter in einer großen Pfanne oder einem Topf bei geringer Hitze schmelzen, den Salbei hinzufügen und unterrühren. Den gewürfelten Gorgonzola einstreuen und den Mascarpone hinzufügen. Die Zutaten mit einem Holzlöffel umrühren, bis der Käse zu schmelzen beginnt. Die Milch hinzugießen und weiterrühren. Die Walnüsse und den geriebenen Parmesan einstreuen und reichlich schwarzen Pfeffer hinzufügen. Bei geringer Hitze weiterrühren, bis die Mischung eine cremige Soße bildet. Lassen Sie die Sauce nicht aufkochen, da die Nüsse sonst bitter schmecken, und lassen Sie sie nicht länger als ein paar Minuten köcheln, da die Nüsse sonst die Farbe der Sauce verändern. Gießen Sie die Nudeln ab, geben Sie sie in eine vorgewärmte Schüssel, fügen Sie die Sauce hinzu und schwenken Sie alles gut durch. Servieren Sie das Gericht sofort und bestreuen Sie es mit frisch gemahlenem schwarzem Pfeffer. Garnieren Sie es nach Belieben mit Salbeiblättern.

Dateien aus RPM-Archiven extrahieren (rpm2cpio)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Der Befehl rpm2cpio finger-0.17-9.i386.rpm | cpio -imVd extrahiert alle Dateien aus dem RPM-Archiv „finger-0.17-9.i386.rpm“. Dabei wird die Verzeichnisstruktur relativ zum aktuellen Verzeichnis erstellt.

DCOPserver-Fehler bei der KDE-Anmeldung

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Gestern ging meinem Laptop der Akku aus, und bei der Notabschaltung ist offenbar etwas schiefgelaufen. Als ich mich heute Morgen bei KDE anmelden wollte, erhielt ich folgende Fehlermeldung: Beim Einrichten der Interprozesskommunikation für KDE ist ein Fehler aufgetreten. /home/jeltsch/.DCOPserver_michael-laptop__0 konnte die Liste der Netzwerkverbindungen nicht lesen. Bitte überprüfen Sie, ob „dcopserver“ läuft. Das ist wieder einmal eine sehr wenig aussagekräftige Fehlermeldung. Das Problem ließ sich wie folgt beheben: rm ~/.kde/socket-michael-laptop rm ~/.kde/tmp-michael-laptop rm -rf /tmp/kdesocket-jeltsch rm -rf /tmp/kde-jeltsch Beim Löschen der Verzeichnisse in /tmp traten Fehler auf. Selbst als Root konnte ich die Verzeichnisse nicht löschen; die Fehlermeldung besagte, dass sie nicht leer seien. Bei der Auflistung mit ls -al waren jedoch keine Dateien zu sehen. Als Workaround habe ich die Verzeichnisse umbenannt: mv /tmp/kdesocket-jeltsch /tmp/kdesocket-jeltsch.old mv /tmp/kde-jeltsch /tmp/kde-jeltsch.old Danach konnte ich mich wieder anmelden, aber die Elemente aus meinem Panel waren verschwunden.

Desktop-Integration von Staden in KDE 3.2

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Zwei Dinge müssen erledigt werden: 1. Das Menü sollte entsprechende Einträge enthalten. 2. Die Dateien sollten anklickbar sein und über entsprechende „Mit … öffnen“-Einträge verfügen. Punkt 1 ist einfach zu bewerkstelligen. Die (systemweiten) Einträge für das Menü befinden sich in /opt/kde3/share/applnk. Ich habe einfach eine zusätzliche Verzeichnisstruktur unter diesem Verzeichnis hinzugefügt: Science – Staden |– Gap4.desktop |– Pregap4.desktop |– Spin.desktop |– Stadenlaunch.desktop -- Trev.desktop Wenn Sie das Menü als normaler Benutzer bearbeiten, gelten die Einträge nur für Sie selbst. Außerdem verwechselt SUSE zwei Speicherorte für benutzerdefinierte Menüeinträge: ~/.kde/share/applnk und ~/.local/share/applications. Sobald Sie die Einträge im systemweiten Verzeichnis /opt/kde3/share/applnk haben, werden zusätzliche Änderungen einzelner Benutzer in das entsprechende Verzeichnis im Home-Verzeichnis des Benutzers kopiert. Da Einträge im Home-Verzeichnis des Benutzers Vorrang vor systemweiten Einträgen haben, sind diese dann gültig.

Die Staden-Anwendungen unter macOS X anklickbar machen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich habe Staden unter Mac OS X installiert und ein wenig damit herumprobiert. Für die Installation habe ich das von Anders Nisters erstellte ebiotools-Paket verwendet, das in Ausgabe 10/1 des embnet.news beschrieben wird. Es funktioniert, wenn auch nicht ganz im Sinne der Mac-Philosophie:

EMBOSS und GCK für die Assemblierung und Dokumentation von Konstruktsequenzen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich versuche, EMBOSS für die Assemblierung von Vektorsequenzen zu verwenden. Vor langer Zeit habe ich zu diesem Zweck das Programm „seqed“ von CGC verwendet, und derzeit nutze ich das Gene Construction Kit . EMBOSS verfügt über kein direktes Äquivalent zu „seqed“, sodass man eine Reihe anderer Tools verwenden muss, um dessen Funktionalität zu ersetzen. Sehen Sie sich diesen Vergleich zwischen CGC und EMBOSS an.

Erstellen eines SUSE-RPMs für das Staden-Paket

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Da die Binärdateien auf allen SUSE-Distributionen funktionieren, dachte ich mir, den Kompilierungsprozess zu überspringen und die Binärdateien einfach von RPM entpacken zu lassen, um anschließend die SUSE-spezifischen Dateien an den richtigen Stellen hinzuzufügen. Bei diesen zusätzlichen Dateien handelt es sich hauptsächlich um kde.desktop-Dateien, Symbole sowie den Eintrag export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-1-4-1 und das Einbinden von /usr/local/staden-linux-1-4-1/staden.profile in ~/.bashrc.Das Entpacken würde also einfach so aussehen: tar --extract --verbose --gzip --absolute-names --file=staden-linux-1-4-1.tar.gz sowie chown -R root:root /usr/local/staden-linux-1-4-1.

Farfalle mit Gorgonzola-Sahnesauce

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Für 4 Personen 3 Tassen Farfalle („Motylki“) 180 g Gorgonzola, ohne Rinde, gewürfelt 2/3 Tasse Schlagsahne eine Prise Kristallzucker 2 Teelöffel fein gehackter frischer Salbei, plus frische Salbeiblätter zum Garnieren Salz und gemahlener schwarzer Pfeffer Die Nudeln al dente kochen: 8–10 Minuten oder gemäß der Packungsanleitung. In der Zwischenzeit den Gorgonzola und die Sahne in einen mittelgroßen Topf geben. Den Zucker und reichlich gemahlenen schwarzen Pfeffer hinzufügen und unter häufigem Rühren sanft erhitzen, bis der Käse geschmolzen ist. Den Topf vom Herd nehmen. Die gekochten Nudeln gut abtropfen lassen und zurück in den Topf geben, in dem sie gekocht wurden. Die Soße in den Topf mit den Nudeln gießen. Den gehackten Salbei zu den Nudeln geben und bei mittlerer Hitze schwenken, bis die Nudeln gleichmäßig mit der Soße überzogen sind. Abschmecken und bei Bedarf mit Salz nachwürzen, dann auf vier vorgewärmte Schüsseln verteilen. Jede Portion mit Salbei garnieren und sofort servieren.

Festlegen eines Standard-Arbeitsverzeichnisses (Pfad) für Acrobat über die Datei „acroread.desktop“

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Acrobat startet immer mit „~“ als Arbeitsverzeichnis. Da ich alle meine PDF-Dateien in einem separaten Verzeichnis speichere, muss ich erst ziemlich lange navigieren, bevor ich sie speichern kann. Das ist besonders ärgerlich, da das „Speichern unter“-Fenster von Acrobat alle Dateien anzeigt, auch versteckte.

Gleichzeitige Verwendung mehrerer Mäuse/Trackpads (SUSE Linux 9 YaST2/SaX)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich habe einen Laptop und habe mit YaST2 eine externe USB-Maus konfiguriert. Allerdings funktioniert das Trackpad nun nicht mehr. Wenn ich den Rechner jetzt ohne USB-Maus neu starte, habe ich ein Problem. Für die Konfiguration habe ich Folgendes verwendet: Systemsteuerung -> YaST2-Module -> Hardware -> Mausmodell auswählen Wenn Sie sowohl die externe Maus als auch das Trackpad nutzen möchten, müssen Sie etwas tiefer graben: Systemsteuerung -> YaST2-Module -> Hardware -> Grafikkarte und Monitor -> Grafische Desktop-Umgebung -> Ändern -> Komponente: Eingabegeräte Hier haben Sie die Möglichkeit, eine unbegrenzte Anzahl von Mäusen hinzuzufügen. Sie sollten wahrscheinlich vor dem Neustart testen, ob Ihre neuen Einstellungen funktionieren (mit der Test-Schaltfläche). Die Einstellungen werden erst nach einem Neustart aktiv. Das heißt, wenn Sie Ihr Trackpad deaktivieren möchten (weil es Sie stört), benötigen Sie erneut einen Neustart…

Installation von Windows 95 unter VMware

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Sie benötigen: die Windows 95-Installations-CD und eine Windows 95 Version B-Bootdiskette . Da ich kein Diskettenlaufwerk habe, muss ich ein Disketten-Image der Bootdiskette erstellen. Starten Sie unter VMware von der Windows 95-Bootdiskette. Erstellen Sie eine primäre Partition, die die virtuelle Festplatte vollständig ausfüllt (Option 1, dann erneut 1 und anschließend „Ja“). Starten Sie Windows 95 neu. Formatieren Sie die virtuelle Festplatte und installieren Sie Windows 95: format C: /S R:\WIN95\SETUP /IS Meine Installations-CD funktionierte nicht. Also habe ich ein Image davon erstellt: dd if=/dev/cdrom of=w95oem.iso. Der Rest sollte dann eine Routineinstallation sein…

KMail, mehrere SMTP-Server und die Alternative „sendmail“

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

KMail hat schon immer Probleme mit mehreren SMTP-Servern. Als Lösung habe ich Sendmail installiert. Dann habe ich einfach einen neuen Postausgangsserver angelegt und die Option „Sendmail“ ausgewählt. Es waren keine weiteren Einstellungen erforderlich, und es scheint zu funktionieren.

Manuelles Entpacken von Backup-Dateien, die mit BackupPC erstellt wurden (Zzzz)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Das Perl-Skript /usr/local/backuppc/bin/BackupPC_zcat erledigt das, allerdings muss BackupPC dafür installiert sein. Es gibt ein eigenständiges Frontend für die Komprimierungsbibliotheken namens Zzzz… , das von demselben Entwickler stammt, der auch hinter mplayer steht.

Mexikanische Chili-Mais-Torte

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Für 4 Personen 1 EL Maisöl 2 Knoblauchzehen, zerdrückt 1 rote und 1 grüne Paprika, entkernt und gewürfelt 1 Stange Staudensellerie, gewürfelt 1 TL scharfes Chilipulver 400 g Dose gehackte Tomaten, 325-g-Dose Mais, abgetropft 215-g-Dose Kidneybohnen, abgetropft und abgespült 2 EL gehackter frischer Koriander Salz und Pfeffer Tomaten-Avocado-Salat zum Servieren Belag: 125 g Maismehl 1 EL Weizenmehl 1/2 TL Salz 2 TL Backpulver 1 Ei, verquirlt 100 ml Milch 1 EL Maisöl 125 g geriebener reifer Cheddar Das Öl in einer großen Pfanne erhitzen und Knoblauch, Paprika und Stangensellerie 5–6 Minuten lang leicht anbraten, bis sie gerade weich sind. Chilipulver, Tomaten, Mais, Bohnen und Gewürze unterrühren. Zum Kochen bringen und 10 Minuten köcheln lassen. Den Koriander unterrühren und die Masse in eine ofenfeste Form geben. Für den Belag Maismehl, Mehl, Salz und Backpulver vermischen. In der Mitte eine Mulde formen, Ei, Milch und Öl hinzufügen und verquirlen, bis ein glatter Teig entsteht. Den Teig über die Paprika-Mais-Mischung geben und mit Käse bestreuen. Im vorgeheizten Backofen bei 220 °C 25–30 Minuten backen, bis die Oberfläche goldbraun und fest ist. Sofort mit einem Tomaten-Avocado-Salat servieren.

netatalk beim Systemstart unter SUSE Linux 9 als Systemdienst starten

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Mir fehlt bei Suse Linux 9 eine übersichtliche grafische Benutzeroberfläche, die ALLE Systemdienste mit den Optionen „Starten“, „Beenden“ und „Bei jedem Systemstart starten“ zusammenfasst. RedHat 9 verfügt über so etwas. Es gibt zwar YaST2, aber unter den Diensten ist netatalk nicht einmal aufgeführt. Um Netatalk beim Systemstart zu starten, erstelle ich einfach manuell einen Link: cd /etc/init.d/rc5.d sudo ln -s ../atalk S22atalk Nach dem Neustart (und zu meiner Überraschung) fror mein Computer ein. Kein Strg-Alt-F2, kein Zugriff über SSH; die einzige Rettung war der physische Neustartknopf (etwas, das ich nur aus meiner Macintosh-Zeit kenne). Nach einem Neustart im abgesicherten Modus und dem Entfernen des Symlinks funktioniert alles wieder einwandfrei. Wenn ich atalk manuell starte, friert das System nach ein paar Sekunden auf die gleiche Weise ein…

PDF-Passwortschutz entfernen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich habe kürzlich ein PDF-Buch gekauft. Es war passwortgeschützt (40-Bit-Sicherheit). Leider können einige PDF-Viewer unter Linux keine passwortgeschützten PDF-Dateien öffnen. Deshalb habe ich beschlossen, den Passwortschutz für den privaten Gebrauch zu entfernen. Ein kurzer Blick ins Internet zeigte zwei sehr einfache Methoden zur Passwortentfernung:

Pinnacle PCTV Deluxe und Linux-Unterstützung

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich habe mir eine USB-TV-Karte gekauft, eine Pinnacle PCTV Deluxe. Für Linux gibt es nur ein einziges Programm: dunerec . So habe ich es zum Laufen gebracht: Lade dune2-linux.tar.gz herunter und entpacke die Datei (tar -xvzf). Nach dem Entpacken hast du zwei Verzeichnisse: „dunetools“ und „dunelib“, zwei Shell-Skripte (deren Funktion mir nicht ganz klar ist) und eine README.txt mit einigen Installationsanweisungen. Sie müssen nichts kompilieren, sondern lediglich die ausführbaren Dateien (und einige andere Dateien) in die richtigen Verzeichnisse kopieren: dunetools/dunerec/dunerec kommt in /usr/local/bin dunetools/duneinit/duneinit kommt in /usr/local/bin Du musst das Verzeichnis /usr/local/lib/dune anlegen. Nun benötigst du einige Dateien aus dem Windows-Programm, das mit der TV-Karte geliefert wurde. Dazu musst du natürlich über ein Windows-System verfügen und das Programm dort zunächst installieren. Die benötigten Dateien findest du unter „C:\Program Files\Pinnacle\Pinnacle PCTV Deluxe\Driver\“. Du musst die Dateien mit der Endung .v (k2.v usw.) sowie DuneNTSC.sys und DunePal.sys in das neu erstellte Verzeichnis /usr/local/lib/dune kopieren. Da ich in Europa lebe, benötige ich Pal.sys; deshalb benenne ich sie in dune.sys um chown root /usr/local/bin/dunerec chmod u+s /usr/local/bin/dunerec chown root /usr/local/bin/duneinit chmod u+s /usr/local/bin/duneinit Der Sendersuchlauf erfolgt mit dem Befehl /usr/local/bin dunerec -i 0 -S 1 -d 1 Dune bei 001/002 VID 2304 PID 061E ezusb2-Firmware wird geladen… dune.sys: FWOff: 77736 FWLen: 10296 Sie müssen das Programm neu starten! Die Option „-d 1“ dient lediglich dazu, Debugging-Informationen auszugeben. Sie müssen den Befehl erneut ausführen, das ist normal: dunerec -i 0 -S 1 >> /usr/local/lib/dune/channels.txt Dieser Befehl schreibt die Ausgabe des Suchlaufs in die Datei /usr/local/lib/dune/channels.txt; du musst aus dieser Datei noch die Zeilen entfernen, die mit beginnen. Die Fehlermeldung „Cannot find dune!“ tritt auf, wenn die TV-Karte nicht in den Computer eingesteckt ist. Bei mir trat sie auch auf, obwohl die TV-Karte vorhanden war, und ich musste die Karte entfernen, den Computer neu starten und sie erneut im laufenden Betrieb einstecken, damit es funktionierte. Sie sollten testen, ob die Karte funktioniert: dunerec -R test.mpg -i 0 -a 479250. Damit wird das TV-Signal auf der Frequenz 479,250 MHz in die Datei test.mpg aufgezeichnet. Sie können die Aufnahme mit Strg-C beenden und diese MPG-Datei mit einem Videoplayer Ihrer Wahl ansehen. Um jedoch Live-Fernsehen zu schauen, müssen Sie die Daten an einen Player weiterleiten. Der einzige Player, den ich dazu bringen konnte, die Daten anzunehmen, ist mplayer . Für Suse Linux 9.1 gibt es ein großartiges RPM-Paket von Packman . Vergiss nicht, das RPM-Paket mit allen Codecs herunterzuladen! Hier sind einige Befehle, die ich für die Weiterleitung verwendet habe: dunerec -R - -i 0 -a 479250 | mplayer -cache 8192 - Du kannst die Cache-Größe anpassen, um die Wartezeit bis zum Start der Wiedergabe zu verkürzen. dunerec -R - -i 0 -a 479250 | mplayer -framedrop -vo x11 - Ohne Cache musst du dem Player erlauben, Frames auszulassen. dunerec -i 0 -a 479250 -t dvd -R - | mplayer -ao arts -vo xv -double -cache 4096 -framedrop - Das ist der vollständige Befehl, den ich derzeit verwende. Ich habe ihn aus der GTK2-GUI für die TV-Karte „Pinnacle PCTV Deluxe“ http://pctvgtk.sourceforge.net" kopiert. Die Installation verlief gemäß der Anleitung und das Ganze funktioniert wirklich. Ich hatte einige Probleme beim Sendersuchlauf. Es wurden nicht alle Sender gefunden. Ich musste den Sendersuchlauf unter Windows (mit dem Pinnacle-Programm) durchführen und dann die Frequenzen notieren und manuell in die „channels.txt“-Dateien eintragen. Aber auch das verlief problemlos.

Probleme bei der Installation der VMware Tools (manuelle Installation)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Aus irgendeinem Grund gelang es VMware 4.5.2 nicht, die VMware Tools über die übliche Option unter „VM -> VMware Tools installieren…“ zu aktualisieren. Daher musste ich sie manuell installieren: sudo /sbin/losetup /dev/loop1 /home/your_username/vmware-distrib/lib/isoimages/windows.iso mkdir /home/your_username/temp sudo mount -r -t iso9660 /dev/loop1 /home/your_username/temp/ Da mein Home-Verzeichnis unter VMware sichtbar ist, habe ich die setup.exe manuell gestartet. Alles lief gut, obwohl VMware nach dem Neustart immer noch meldet, dass meine VMware Tools veraltet sind…

Quanta stürzt beim Start ab (Übertragung meines Kontos auf einen neuen Benutzer)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Wenn ich Quanta als normaler Benutzer starte, stürzt es ab. Die Ausgabe des Terminals lautet: jeltsch@michael-laptop:~> quanta QGDict::hashKeyString: Ungültiger Null-Schlüssel Ungültiger Eintrag (fehlendes ‚=‘) in /opt/kde3/share/apps/quanta/doc/javascript.docrc:241 TagAction::property( „accel“ ) fehlgeschlagen: Eigenschaft ungültig oder existiert nicht TagAction::property( „accel“ ) fehlgeschlagen: Eigenschaft ungültig oder nicht vorhanden TagAction::property( „accel“ ) fehlgeschlagen: Eigenschaft ungültig oder nicht vorhanden jeltsch@michael-laptop:~> Wenn das Programm jedoch als Root gestartet wird, funktioniert alles einwandfrei, obwohl die Fehlermeldungen identisch sind. Vorläufig habe ich den Desktop-Eintrag im Startmenü so geändert, dass Quanta als Root gestartet wird. Natürlich muss ich den Zugriff auf meine X-Fenster erlauben, z. B. durch Ausführen von xhost +. Ich habe einen neuen normalen Benutzer (mjeltsch9) angelegt und Quanta als mjeltsch ausgeführt; Quanta funktionierte auch einwandfrei. Anscheinend stimmt etwas mit einigen benutzerspezifischen Einstellungen nicht. Ich habe versucht, herauszufinden, was es ist, aber ohne Erfolg. Deshalb habe ich beschlossen, einen Neuanfang zu machen. Als root habe ich alle Dateien in meinem Home-Verzeichnis rekursiv auf mjeltsch umbesitzt und sie (mit Ausnahme der versteckten Dateien) nach /home/mjeltsch verschoben. Alle versteckten Dateien habe ich in ein neues Verzeichnis namens „old_dot_files“ verschoben. Einige davon könnte ich noch benötigen. Anschließend habe ich mein Verzeichnis „/home/jeltsch“ gelöscht. Mit YaST2 habe ich das Konto „jeltsch“ gelöscht und das Verzeichnis „/home/mjeltsch“ in „/home/jeltsch“ umbenannt. Anschließend habe ich, ebenfalls in YaST2, den Benutzer „mjeltsch“ in „jeltsch“ umbenannt und sein Home-Verzeichnis von /home/mjeltsch in /home/jeltsch geändert. Außerdem musste ich chown -R /tmp/mcop-jeltsch ausführen. Anscheinend funktioniert nun wieder alles, aber meine gesamte Desktop-Konfiguration ist natürlich verloren gegangen.

Referenzsequenzen (Staden)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Um eine Sequenz als Referenzsequenz festzulegen, wählen Sie einfach deren Namen im Fenster „Edit Contig“ von gap4 aus, klicken Sie mit der rechten Maustaste darauf und wählen Sie „Als Referenzsequenz festlegen“. Wenn die Datei im EMBL-Format vorliegt, werden die Features in der Alignment-Anzeige als Staden-Tags dargestellt.

Rekursive Suche

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

grep (ohne Berücksichtigung der Groß-/Kleinschreibung, rekursiv) grep bietet keine Möglichkeit, die Verzeichnisstruktur rekursiv zu durchsuchen. Der folgende Befehl durchsucht beispielsweise nur alle Dateien im aktuellen Verzeichnis: grep bacteria * Um die Suche groß-/kleinschreibungsunabhängig zu machen, kann man das Flag -i verwenden: grep -i bacteria *Wenn Sie jedoch eine rekursive Suche durchführen möchten, müssen Sie eine recht komplizierte Konstruktion aus UNIX-Befehlen verwenden, um dieses Ziel zu erreichen:find ~/Mail -type f -exec grep 'bacteria' {} \; -printDieser Befehl durchsucht rekursiv das Verzeichnis „Mail“ des aktuellen Benutzers und gibt alle Zeilen aus, die das Wort „bacteria“ enthalten.

scp (Secure Copy)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Um die Datei „index.html“ vom lokalen Rechner auf „vesuri.helsinki.fi“ zu kopieren, ist folgender Befehl erforderlich: scp -p /Volumes/Documents/michael/Sites/index.html jeltsch@vesuri.helsinki.fi:./public_html/index.htmlDas Flag „p“ bewahrt Änderungs- und Zugriffszeiten sowie die Zugriffsrechte der Originaldatei. Der vollständige Pfad der Originaldatei (/Volumes/Documents/michael/Sites/index.html) ist natürlich nicht erforderlich, wenn sich die Datei im aktuellen Verzeichnis befindet.Um das Verzeichnis „/Multimedia/TV Shows/Kids & Family“ von einem Remote-Server mit der IP-Adresse 192.168.0.16 in das aktuelle Verzeichnis des lokalen Rechners zu kopieren, verwenden Sie den folgenden Befehl:scp -r root@192.168.0.16:"/Multimedia/TV\\ Shows/Kids\\ \&\\ Family" .Beachten Sie die doppelten Backslashes, um die Leerzeichen im Dateipfad zu umgehen! Das Flag -r wird benötigt, da Sie den gesamten Inhalt des Verzeichnisses (rekursiv) übertragen möchten. Wenn Sie eine Portnummer angeben müssen, benötigen Sie das Flag -P: scp -P 22222 -v TVSeriesXY_S01E* mnmplus@192.168.0.16:/Volumes/MultimediaManchmal ist scp ineffizient (z. B. bei der Übertragung großer Mengen kleiner, unkomprimierter Dateien). In diesem Fall besteht eine Lösung darin, tar zu verwenden (zum Zusammenfügen und Komprimieren) und die Ausgabe dann über SSH an den anderen Rechner weiterzuleiten, um sie dort zu dekomprimieren bzw. zu entpacken:tar cpf - server.helsinki.fi | ssh jeltsch@othermachine.helsinki.fi "tar xpf - -C /home/jeltsch/"

Sequenz-Trace-Dateien in tar-Archiven (Staden)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich möchte alle Sequenz-Traces eines Sequenzierungsprojekts (mit Staden) in einer Datei speichern. Das geht, indem man einfach alle *.ztr-Dateien mit tar packt: tar -cvf ./test.tar *.ztr. Anschließend muss man in gap4 unter „Options -> Konfigurationsmenüs -> Experteund anschließend unterOptionen -> Speicherort der Trace-Datei -> TAR=./test.tar`

So ermitteln Sie Ihre Kernel-Version (ver)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Um herauszufinden, welchen Kernel Sie verwenden, geben Sie einfach ver ein. Natürlich können Sie auch einfach im Verzeichnis /boot nachsehen, auf welchen Kernel die Standardverknüpfungen verweisen.

So fügen Sie Kommentare in HTML-Code ein

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Softwareentwicklungsprojekte für die Molekularbiologie

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5-bezogen

GCK2.5-Fehlerbehebung unter Wine** Es gibt immer noch einige Fehler, die die Nutzung von GCK2.5 unter Wine manchmal erschweren. Insbesondere die Unmöglichkeit, Regionen zu annotieren, nach einer Sequenz zu suchen und eine neue Datei zu öffnen.
GCK2.5-Export** GCK2.5 kann keine Dateien im EMBL-Format exportieren, bei denen die Regionen in Features umgewandelt wurden. Es kann jedoch Kommentare in eine Textdatei und reine Sequenzen in eine Textdatei exportieren. Es sollte ein Leichtes sein, ein Perl-Skript zu schreiben, das diese beiden Dateien übernimmt und sie in eine EMBL-Datei, eine EMBOSS-CIRDNA-/LINDNA-Datei oder eine pDRAW32-Datei konvertiert.
GCK2.5/Wine-Desktop-Integration** Beim Klicken auf Dateien, die mit Windows-Programmen (unter Verwendung von Wine) verknüpft sind, übergibt der Linux-Dateimanager (z. B. Konqueror) die Datei als Argument an die zugehörige Windows-Anwendung, und die Datei wird unter Wine geöffnet. GCK2.5 weigert sich jedoch, die Datei als Argument anzunehmen. Wenn ich auf eine .gcc-Datei klicke, startet GCK2.5 zwar, öffnet aber ein leeres Fenster, und ich muss die .gcc-Datei erst innerhalb von GCK2.5 öffnen. Das ist unnötiges Klicken, insbesondere wenn ich mehrere Ordnerhierarchien durchlaufen muss. Wenn GCK2.5 nativ unter Windows läuft, ist es dann möglich, GCK2.5 mit einer Konstruktionsdatei als Befehlszeilenargument zu starten? Das sollte ich mal prüfen.

pDRAW32-bezogen

Staden unter Mac OS X (ebiotools)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Heute habe ich das Staden-Paket auf Tanjas Macintosh G4 (MacOS 10.3) installiert. Ich empfehle die Verwendung des von Anders Nister erstellten ebiotools-Pakets . Es enthält weitere nützliche Programme wie EMBOSS, Blast usw. Installationsanleitungen findst Du in den Ausgaben 9/1, 9/2, 9/3 und 10/1 der „embnet news“ oder als eine PDF-Datei hier zusammengefasst.

Staden-Hilfefunktion (kein Netscape, keine Hilfe)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Da ich Netscape nicht auf meinem Computer installiert habe, funktioniert die Hilfefunktion von Staden nicht automatisch. Während des Staden-Kurses sagte mir James, ich solle in /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/tk_utils/help_netscape.tcl nachsehen. Das werde ich vielleicht noch tun, aber als schnelle Lösung habe ich einen symbolischen Link zu Mozilla erstellt: sudo ln -s /usr/bin/mozilla /usr/bin/netscape Und das funktioniert tatsächlich. Ich habe es auch erfolgreich mit Konqueror ausprobiert: sudo ln -sf /opt/kde3/bin/konqueror /usr/bin/netscape

Suse Linux 9.1

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich habe die Box-Version von SUSE Linux 9.1 gekauft. Das Update verlief recht reibungslos. Zwar wurden etwa 1500 Paketkonflikte gemeldet, doch handelte es sich dabei ausschließlich um Folgen von Kopete 0.81 (meinem ICQ-Client) und VLC 0.71 (meinem Videoplayer). Ich habe die Konflikte gelöst, indem ich zunächst den Schutz der von mir installierten Nicht-SUSE-Pakete aufgehoben und dann Systeminkonsistenzen in Kauf genommen habe. Nach dem Update funktionierten jedoch sowohl Kopete als auch VLC weiterhin. Dagegen funktionierte VMware 4.0.5 nicht mehr, aber ein Update auf 4.5.1 hat Abhilfe geschaffen.

SUSE Linux 9.1/9.2 und VMware

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich habe mir erneut eine VMware-Version zum Testen heruntergeladen (4.5.2). Aber sie ließ sich nicht einmal konfigurieren. Anscheinend hat SUSE die Verzeichnisstruktur der Installationsquellen durcheinandergebracht. Ich habe folgende Lösung gefunden: cd /usr/src/linux su make cloneconfig make prepare. Danach sollte das Skript „vmware-config.pl“ einwandfrei laufen. Bevor ich vmware-config.pl ausgeführt habe, habe ich außerdem den vmware-any-any-update78-Patch angewendet. Übrigens: Man muss diesen Vorgang bei jedem Kernel-Update wiederholen! Nach dem Update auf 9.2 hatte ich weitere Probleme. Nach jedem Neustart musste ich vmware-config.pl erneut ausführen. Dies wurde behoben, indem ich for a in seq 0 9; do mknod /dev/vmnet$a c 119 $a; done am Anfang der Datei /etc/init.d/vmware hinzugefügt habe. Nach Kernel-Updates lautet die Vorgehensweise vor dem Start von vmware-config.pl: cd /usr/src/linux make cloneconfig make modules_prepare

Synchronisierung der Psion3a-Adressdatenbank mit dem KDE-Adressbuch

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich habe einen alten Psion 3a, den ich hauptsächlich als Wecker im Urlaub benutze, wenn ich einen Zug oder ein Flugzeug erreichen muss. Um ihn noch nützlicher zu machen, habe ich beschlossen, alle meine Adressen in seine Datenbank einzugeben. Das Datenbankformat ist ein seltsames Format (.dbf). Die Datenbankanwendung des Psion 3a kann keine anderen Formate importieren, und das einzige Format, in das sie exportieren kann, ist eine Textdatei, in der jedes Feld durch ein Trennzeichen (standardmäßig ein Zeilenvorschub) vom nächsten getrennt ist und jeder Datensatz durch eine Leerzeile (oder durch eine Leerzeile, falls der Zeilenvorschub das Trennzeichen ist). Die PsiWin-Anwendung auf einem PC kann das DBF-Format öffnen und (hoffentlich) in verschiedene Formate exportieren. Um also alle meine Adressen auf den Psion zu übertragen (sie liegen derzeit im Adressbuchformat von Mac OS X vor), müsste ich sie zunächst in das KDE-Adressbuch importieren, von dort in ein Format exportieren, das PsiWin lesen kann, und sie dann mit PsiWin im DBF-Format speichern, das der Psion lesen kann.

TrueType-Schriftarten unter Linux

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

TrueType-Schriftarten unter Linux: Die Verwaltung von Schriftarten unter Linux ist ein ziemliches Chaos. Hier beschreibe ich, wie ich TrueType-Schriftarten zu meinem SUSE Linux 9 hinzugefügt habe. Im Kontrollzentrum -> Systemadministration -> Schriftarten-Installer muss man in den Verwaltungsmodus wechseln -> Erweiterter Modus (mit integriertem Schriftarten-Auswahlfenster). Dann habe ich einfach die gewünschten Schriftarten aus dem Schriftartenverzeichnis meiner Windows-XP-Partition ausgewählt und auf „Hinzufügen“ geklickt. Durch Klicken auf „Übernehmen“ stehen die Schriftarten dem X-Windows-Server zur Verfügung. Das Gleiche können Sie erreichen, indem Sie die Schriftarten manuell in das Verzeichnis /usr/X11R6/lib/X11/fonts/truetype kopieren und anschließend den Befehl xset fp rehash ausführen.

Welche NFS- und SMB-Freigaben sind auf einem Server verfügbar (showmount, smbclient)?

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Der Befehl, um herauszufinden, welche Freigaben beispielsweise auf dem Computer 192.168.0.2 verfügbar sind, lautet: Für NFS: /usr/sbin/showmount -e 192.168.0.2 Für Samba: smbclient -L 192.168.0.2

Windows NT, Netzwerkdurchsuchen, Einbinden und Trennen von Netzlaufwerken (Befehl „netuse“)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Die Netzwerksuche unter Windows ist ein Rätsel. Manchmal werden bestimmte Computer bei der Netzwerksuche einfach nicht angezeigt. Dies scheint insbesondere für Linux-Server zu gelten. Unter neueren Versionen des Windows-Betriebssystems (2000, XP) kann man über den Befehl zum Einbinden eines Netzlaufwerks eine Verbindung zu einem Server herstellen (sofern man dessen IP-Adresse kennt), auch wenn der Netzwerk-Browser diesen Server nicht erkennt. Windows NT verfügt nicht über diese Option. Die einzige Möglichkeit besteht darin, den Befehl „net use“ über die Befehlszeile zu verwenden. Das ist umständlich, obwohl man für häufig genutzte Verbindungen .bat-Dateien erstellen kann. Der Befehl lautet: net use * \\IP-Adresse\Benutzername Das Sternchen weist die Freigabe dem nächsten verfügbaren Laufwerksbuchstaben zu (natürlich kann man den Buchstaben auch manuell zuweisen, z. B. H:). Um dieses bestimmte Netzlaufwerk zu löschen, geben Sie Folgendes ein: net use H: /delete Selbst wenn Sie ohne die Befehlszeile browsen und Verbindungen herstellen können, benötigen Sie die Befehlszeile immer dann, wenn Sie die Verbindung zu einer Freigabe auf einem NT-Server trennen möchten. Komischerweise gibt es unter Windows NT keine andere Möglichkeit, als net use * /delete einzugeben. In einigen Diskussionsbeiträgen wurde erwähnt, dass man die WINS-Unterstützung in der smb.conf-Datei des Linux-Servers aktivieren sollte: wins support = Yes. Wenn du eine Verbindung zu Linux herstellst, stelle sicher, dass Samba läuft und dass der Benutzer, auf dessen Home-Verzeichnis du zugreifen möchtest, einen Eintrag und ein Passwort in der SMB-Datenbank hat (dies ist selbst in SUSE 9.2 NICHT vorkonfiguriert): als root: smbpasswd -a Benutzername Mir hat das allerdings nicht geholfen. Mac OS X-Computer (10.3) werden nun ohne Probleme angezeigt (ältere Mac OS X-Versionen hatten ebenfalls Probleme). Vielleicht sollte ich die smb.conf-Dateien vergleichen oder sie einfach auf mein SUSE 9.1 kopieren.

Windows XP-Gast auf einer Raw-Partition unter VMware 4, coLinux als Rettungssystem

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Bisher ist es mir noch nie gelungen, ein Windows-XP-Gastbetriebssystem über Linux VMware von einer Raw-Disk-Partition aus zu starten. Hier ist der Diskussions-Thread .

Zurücksetzen des MySQL-Root-Passworts

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Wenn Sie Ihr MySQL-Root-Passwort vergessen haben, können Sie es zurücksetzen, sofern Sie physischen Zugriff auf den Rechner haben, auf dem MySQL läuft: Suchen Sie die .pid-Datei des MySQL-Prozesses. Sie heißt entweder „mysql.pid“ oder „machinename.pid“. Beenden Sie den MySQL-Prozess. Auf meinem MacOS X-Server z. B.: kill cat /usr/local/mysql-standard-4.0.16-apple-darwin6.6-powerpc/data/localhost.pid Starten Sie den MySQL-Server neu: /usr/local/mysql-standard-4.0.16-apple-darwin6.6-powerpc/bin/mysqld_safe --skip-grant-tables & Lege das neue Root-Passwort fest (ersetze „newpassword“ durch das neue Passwort!) /usr/local/mysql-standard-4.0.16-apple-darwin6.6-powerpc/bin/mysqladmin -u root flush-privileges password "newpassword" Fertig!

„winmail.dat“-Anhänge (TNEF) und Nicht-Windows-Betriebssysteme