OMG: Der T. rex hatte kein VEGF-B!

Unsere Arbeit zum evolutionären Ursprung der Wachstumsfaktoren PDGF und VEGF wurde soeben in Angiogenesis veröffentlicht: https://doi.org/10.1007/s10456-023-09874-9  . Wir haben sowohl PDGFs als auch VEGFs analysiert, aber unser Schwerpunkt lag natürlich auf der VEGF-Seite. Es ist reiner Zufall, dass die PDGFs zufällig eine Untergruppe der VEGFs sind und nicht umgekehrt, aber das ist natürlich nur unsere voreingenommene Sichtweise :-) Da wir auf dem Gebiet der Lymphforschung tätig sind, können wir stolz verkünden, dass das phylogenetisch älteste VEGF wahrscheinlich dem VEGF-C ähnelte und die rätselhafte Seiden-Homologie-Domäne aufwies. Das erscheint intuitiv einleuchtend (und war bereits zuvor von Jörg Wilting vorgeschlagen worden), denn die einfachsten uns bekannten Gefäßsysteme sind die sogenannten Hämolymphsysteme (z. B. bei Insekten), die viele Merkmale mit dem Lymphsystem gemeinsam haben. Mit dieser Veröffentlichung haben wir nichts Außergewöhnliches geleistet, was nur wenige können. Wir haben etwas getan, was jeder tun könnte, was aber bisher noch niemand getan hat: systematisch zu untersuchen, welche Tiere welche PDGFs und VEGFs besitzen. Tatsächlich haben wir etwas Neues getan: Wir haben eine Crowdsourcing-Methode zur Klassifizierung von PDGFs und VEGFs entwickelt. Anstatt Menschen zu befragen, haben wir Datenbanken befragt. In Datenbanken gibt es viele PDGF-ähnliche und VEGF-ähnliche Sequenzen, die nur anhand der Homologie ihrer Aminosäuresequenz als solche erkennbar sind. Um herauszufinden, ob es sich beispielsweise um ein VEGF-C oder ein VEGF-D handelt, führen wir zahlreiche (PSI)BLAST-Suchen durch und ermitteln anschließend die Mehrheitsmeinung (basierend auf den Top-Treffern).Viele Überraschungen erwarteten uns, nachdem das Bioinformatik-Skript nach zwei Wochen der Suche und des Vergleichs von PDGF- und VEGF-ähnlichen Sequenzen seine Arbeit beendet hatte:

• Vögel und Krokodile besitzen kein VEGF-B (obwohl einige Vogel-VEGFs in den Datenbanken fälschlicherweise als „VEGF-B“ gekennzeichnet sind).
• Als Folge davon besaßen T-Rex und Triceratops höchstwahrscheinlich ebenfalls keine VEGF-B-Gene.
• Bei Amphibien konnten wir kein PlGF nachweisen.
• VEGF-F ist nicht nur ein Bestandteil von Schlangengift, sondern wurde wahrscheinlich erst in jüngerer Zeit für diesen Zweck kooptiert. VEGF-F kommt auch bei nicht giftigen Reptilien vor, doch seine Funktion ist unbekannt.
• VEGF-E-haltige Viren (Orf-Virus usw.) infizieren nicht nur Säugetiere, sondern es gibt auch VEGF-E-haltige Viren, die Fische befallen!
• Viele Fische besitzen mehr als ein VEGF-C-Gen, was jedoch nicht auf die Genomduplikation der Teleosteer zurückzuführen ist.

Faszinierend? Wenn ja, dann schaut bei „Angiogenesis“ vorbei und ladet euch eure Ausgabe herunter  ! Für einen bioinformatischen Artikel ist er zwar etwas lang, aber wir wollten möglichst umfassend sein. Da wir ständig immer mehr Tiergenome sequenzieren, ändern sich die tatsächlichen Daten des Manuskripts ständig, und ich arbeite daran, die Online-Version der Daten automatisch zu aktualisieren…