Tools zur synonymen Mutagenese (EMBOSS, GCK): WatCut als Lösung

UPDATE: Im Mai 2026 wurde die letzte funktionierende Instanz des WatCut-Webdienstes (der Universität Pittsburgh) eingestellt. Tools wie Snapgene ( https://snapgene.com  ) bieten jedoch dieselbe Funktionalität (d. h., sie können potentielle neue Restriktions-Schnittstellen erkennen, die durch synonyme Mutagenese von zwei Nukleotiden zustande kommen).

Viele Programme, die versuchen, mögliche Restriktionsstellen in Nukleotidsequenzen zu erkennen und dabei die Proteinsequenz beizubehalten, scheitern kläglich. Da der genetische Code degeneriert ist, kann man durch stille Mutationen die Nukleotidsequenz verändern, ohne dass sich die Proteinsequenz ändert. Die meisten Programme, die darauf abzielen, diese möglichen synonymen Veränderungen zu identifizieren, suchen jedoch nur nach Einzelnukleotid-Substitutionen (z. B. EMBOSS, GCK2.5 usw.). Das einzige Programm, das offenbar auch komplexere Veränderungen erkennt, ist ein Web-Tool: WatCut  .