SnapGene und partielle Restriktionsverdauungen – ein erneuter Blick darauf

SnapGene ist eine Software für Molekularbiologen im Labor, die viel mit Klonierung zu tun haben (Konstruktdesign und Annotation). Seit meinem letzten Beitrag über die SnapGene-Software ( https://www.snapgene.com/  ) hat sich viel Positives getan:

1. Der SnapGene-Server: http://www.snapgene.com/products/snapgene_server/  . Wenn Sie Ihre Konstrukte online veröffentlichen möchten, ist dies eine gute Möglichkeit. Ich habe es ausprobiert und die Bereitstellung ist recht einfach.
2. Unterstützung für Proteinsequenzen: Diese Funktion befindet sich noch im Versuchsstadium, und viele Optionen sind ausgegraut (zumindest in meiner Version). SnapGene konzentriert sich darauf, Funktionen schnell zu implementieren, und die Dokumentation hinkt oft hinterher. Für mich ist diese Funktion nicht unverzichtbar, da ich den Großteil meiner Arbeit mit Proteinsequenzen mit BioPython oder EMBOSS erledige. Ich kann mir jedoch vorstellen, dass dies für Wissenschaftler im Labor nützlich wäre, die schnell etwas erledigen möchten, ohne Stunden damit zu verbringen, ein BioPython-Skript zu schreiben oder die Syntax von EMBOSS-Befehlen zu lernen.
3. Unterstützung für Sammlungen: Eine Sammlung ist einfach ein Ordner mit SnapGene-Dateien. Das Programm kann alle Dateien in diesem Ordner einlesen, und man kann Aktionen auf die Sammlung anwenden (z. B. nach einer bestimmten Sequenz suchen).

Allerdings hat SnapGene eine Funktion, die wir uns wünschen würden, noch immer nicht implementiert: partielle Restriktionsenzymverdauungen. Dies ist praktisch, wenn man einen analytischen Verdau durchführt und nicht genug Enzym hinzugefügt hat. Oder wenn das Enzym bereits größtenteils inaktiv war. Dann erhält man typischerweise ein komplexes Muster, aus dem man sehr oft (mit etwas Aufwand) ableiten kann, ob das Konstrukt in Ordnung ist oder nicht. Dies erfordert jedoch die manuelle Berechnung aller möglichen Fragmentlängen, was ziemlich aufwendig sein kann, wenn man z. B. zwei Enzyme verwendet hat, die beide an mehreren Stellen in die DNA schneiden. Genau für diese Art von Arbeit sind Computer ideal geeignet! Manchmal möchte man auch absichtlich einen Teilverdau durchführen. Zum Beispiel, wenn man ein Insert isolieren möchte, das nur mit einem Restriktionsenzym herausgeschnitten werden kann, das auch innerhalb des Inserts schneidet, wie in der Abbildung gezeigt: Trotz zweier zusätzlicher BssHII-Schnitte innerhalb der Sequenz ist es möglich, das 1985 bp lange BssHII-SalI-Fragment zu isolieren.Viele Unternehmen und Labore haben begonnen, SnapGene zu nutzen (viele davon auf unsere Empfehlung hin). Dazu gehört auch Addgene, ein sehr nützlicher gemeinnütziger Vertriebskanal für DNA-Konstrukte ( https://www.addgene.org/news/addgene-upgrades-plasmid-maps-snapgene-server-software/  ). Wenn Sie den Erwerb einer Lizenz in Erwägung ziehen, erhalten Sie 10 % Rabatt, wenn Sie meine E-Mail-Adresse ( michael@jeltsch.org ) als Rabattcode verwenden. UPDATE (17.07.2020): SnapGene ändert sein Lizenzmodell (keine unbefristeten Lizenzen mehr, sondern nur noch jährliche Abonnementgebühren). Auch Empfehlungsrabattcodes wurden eingestellt (daher der durchgestrichene Text oben).