SnapGene – Einfach die beste Software zur DNA-Bearbeitung

Unser Labor nutzt verschiedene Softwarepakete zur Planung, Dokumentation und Visualisierung von DNA-Konstrukten. Zu den Programmen, die uns lange Zeit sehr gut gefallen haben, gehörten das GeneConstructionKit  (GCK) und Clone Manager (Professional)  . Letzteres läuft leider nur unter Windows. Da jedoch mehrere unserer Computer mit Ubuntu Linux  betrieben werden, haben wir die GCK-Versionen 2.5 und 3 mithilfe von WINE  (eine Kompatibilitätsschicht, die es uns ermöglicht, native Windows-Programme unter Linux auszuführen). Mit dem Upgrade auf Version 4 wurde GCK unter WINE jedoch unbrauchbar langsam, sodass wir nach einem Ersatz suchten. Wir haben die Entwickler von GCK kontaktiert, aber diese waren offenbar weder bereit noch in der Lage, uns zu helfen. Ich vermute, dass der Quellcode von GCK wahrscheinlich mehr als 20 Jahre alt ist und sich aus diesem Grund niemand traut, ihn anzurühren. Genau zu dieser Zeit wurde SnapGene  veröffentlicht, das fast alle unsere Anforderungen erfüllte:

• Echte Plattformunabhängigkeit: Es läuft sowohl unter Windows als auch unter Mac und mittlerweile sogar nativ unter Linux!
• Es kann fast alle anderen Sequenzformate öffnen. Das war für uns wichtig, da wir Hunderte unserer Plasmidkarten mit dem GeneConstructionKit erstellt hatten. SnapGene liest unter anderem folgende Formate: ApE, Clone Manager, DNASTAR Lasergene®, DNA Strider, EMBL (ENA), EnzymeX, GenBank/DDBJ, Gene Construction Kit®, MacVector, pDRAW32, Serial Cloner und Vector NTI®.
• Es ist nicht so teuer wie das GeneConstructionKit oder der Clone Manager.
• Es gibt eine kostenlose Version, den SnapGene Viewer  , den jeder herunterladen und zum Anzeigen und Drucken von Plasmidkarten nutzen kann.
• Es wird aktiv weiterentwickelt: Es kommen ständig neue Funktionen hinzu. Wir haben auch einen Funktionswunsch eingereicht: Virtuelle Agarose-Gel-Bilder für partielle Restriktionsenzym-Verdauungen.

Als wir unsere ersten Lizenzen erwarben, war es noch nicht nativ für Linux verfügbar, weshalb wir es unter WINE ausführten, wo es sehr gut funktionierte. Wir hatten einige Probleme beim Öffnen von Dateien auf entfernten Samba-Freigaben, aber es stellte sich heraus, dass dies ein Problem des virtuellen Dateisystems von GNOME war, wenn wir die Freigaben über die Nautilus-Benutzeroberfläche einhängten (der Fehler besteht in Ubuntu 15.10 weiterhin; wenn man eine Samba-Freigabe über die Benutzeroberfläche einbindet, erscheint ihr Einbindungspunkt nicht unter /run/user/XXXX/gvfs, und man muss die Freigabe zwangsweise aushängen und das virtuelle Dateisystem von GNOME manuell neu starten; danach erscheinen die Einbindungspunkte wie von Zauberhand: Zuerst die Samba-Freigabe über die GUI einbinden, dann (über die Befehlszeile): sudo umount -f /run/user/1000/gvfsz, anschließend (als normaler Benutzer) /usr/lib/gvfs/gvfsd-fuse /run/user/1000/gvfs ausführen und anschließend die Samba-Freigabe erneut über die GUI einbinden. Auch wenn die Entwickler SnapGene unter WINE offiziell nicht unterstützt haben, haben sie uns bei unseren WINE-bezogenen Problemen sehr geholfen. Als wir letztes Jahr einen Klonierungskurs für die Graduiertenschule organisiert haben, haben die Leute von SnapGene für alle Studierenden kostenlose Lizenzen für die Dauer des Kurses bereitgestellt.Um das Ganze abzurunden, hat SnapGene kürzlich mit Version 3.0 eine native Linux-Portierung von SnapGene  veröffentlicht. Wir haben sofort zusätzliche Lizenzen erworben und die Software auf unseren Ubuntu-Rechnern (einem mit 14.04 und drei mit 15.10) installiert. Wir wissen auch, dass viele andere Labore diese Software nutzen und schätzen, darunter Addgene  (wenn jemand eine gute Software zur Plasmidkartierung benötigt, dann sind das wohl gerade sie). Für mich ist SnapGene die erste Wahl, wenn man eine Klonierungssoftware benötigt. Was wäre die nächstbeste Alternative, wenn man sich die Software nicht leisten kann? Wahrscheinlich SerialCloner  . Wenn man ein Open-Source-Purist ist, hat man Pech: Es gibt zwar mehrere kostenlose Lösungen, aber keine davon ist Open Source…