Bioinformatik on Michael’s Domain

Das Staden-Paket unter Ubuntu für Bioinformatik-Urgesteine

Wed, 27 Jul 2016 00:00:00 +0000

Meistens verwenden wir die Software SnapGene , wenn wir die Sequenzen unserer DNA-Konstrukte überprüfen. Manchmal ist die Alignment-Ansicht von SnapGene jedoch nicht flexibel genug, und dann greife ich auf das altbewährte Staden-Paket zurück. Ich hatte gerade ein Upgrade von Ubuntu 14.04 auf 16.04 durchgeführt und hatte Staden daher nicht installiert. Ich war positiv überrascht, als die Installation von Staden nur etwa 15 Sekunden dauerte, denn endlich – dank des Debian-Med-Teams – ist Staden im „universe“-Repository verfügbar (eigentlich schon seit Oktober 2014).sudo apt install stadenStaden ist sicherlich nicht so intuitiv, wie es sein könnte, aber es ist sehr leistungsstark und eignet sich hervorragend für die automatisierte Datenverarbeitung. Wenn ihr die Möglichkeit habt, euch damit vertraut zu machen, würde ich euch dazu ermutigen. Das finnische CSC hat den Staden-Kurs aus dem Jahr 2004 aufgezeichnet, an dem ich teilgenommen habe, und ihr könnt euch die Aufzeichnungen bei Funet TV . Ich hatte gerade kurz darüber nachgedacht, von Ubuntu zu SuSE zu wechseln, wegen des anhaltenden Problems mit der WLAN-Verbindung, das Canonical offenbar nicht beheben kann, aber wenn man bedenkt, wie aufwendig eine manuelle Installation von Staden ist, ist dies ein großer Pluspunkt für Ubuntu. Es gibt natürlich spezielle Linux-Distributionen für bioinformatische Zwecke, doch diese hinken in der Regel den neuesten und besten Entwicklungen der großen Distributionen hinterher.

Python für Kinder (und Bioinformatiker)

Sat, 12 Mar 2016 00:00:00 +0000

Ich habe angefangen, meinem Sohn das Programmieren beizubringen, und es macht uns beiden Spaß. Zuerst haben wir uns ein wenig mit HTML/PHP beschäftigt, da er ein Online-Quiz auf seiner Website erstellen wollte, aber jetzt arbeiten wir uns durch das (deutsche) Buch „Python für Kids“ ( http://python4kids.net ). Ich habe mich für Python entschieden, weil es eine moderne, leicht verständliche Sprache ist und heutzutage wahrscheinlich die beliebteste erste Wahl für Programmieranfänger ist. Es ist Open Source, lässt sich auf jedem System einfach installieren und man kann schon nach kurzer Einarbeitungszeit leistungsfähige Programme schreiben. „Python für Kids“ nutzt das Turtle -Modul, das einen grafisch orientierten Einstieg in die Programmierung ermöglicht. Die Grafik auf der linken Seite ist eines der Ergebnisse. Eine weitere sehr nützliche Python-Lernressource für Kinder ist Code Club . Python ist auch eine sehr gute Wahl für Biologen und Bioinformatiker, aber da es sich um eine vielseitige Sprache handelt, beschränkt man sich nicht auf bestimmte Aufgaben. Es gibt Biopython , ein sehr gutes Toolset für die Bearbeitung von DNA- und Proteinsequenzen und sogar 3D-Strukturen.

Installation von Staden 2003b unter Suse 9

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Lade die Quelldateien herunter.
Wechsel in das Verzeichnis /usr/local und wechseln Sie zu su.

So importieren Sie Sequenzen aus SRS in GCK 2.5

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Natürlich können Sie Sequenzen direkt aus GenBank in GCK2.5 importieren. In der Regel arbeiten Sie jedoch mit einem Web-Tool wie SRS, sodass Ihre Sequenzen letztendlich in Ihrem Browser angezeigt werden. Ab SRS-Version 7 läuft der Import wie folgt ab: Klicken Sie in Ihrer übersichtlichen Ansicht auf „Speichern“. Wählen Sie im Pulldown-Menü „Ansicht verwenden“ die Option * Vollständige Einträge * aus. Wählen Sie dann unter „Ausgabe nach“ die Option DATEI (TEXT). Aktivieren Sie unter „Dateityp“ die Option „Tabelle als ASCII-Tabelle/Text speichern“. Klicken Sie auf „Speichern“ und speichern Sie die Datei an einem beliebigen Ort mit der Dateiendung .ebl. Wählen Sie anschließend in GCK2.5 „Importieren“ und wählen Sie die Datei aus. Fertig.

Staden 1.4 und Suse 9

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Ich habe heute das neue Staden-Paket (Version 1.4) auf meinem SUSE 9 installiert. Ich habe die folgenden Zeilen in meine ~/.bashrc-Datei eingefügt: export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-rel-1-4 . $STADENROOT/staden.profile.Danach funktionierte kprinter nicht mehr und gab folgenden Fehler aus: kprinter: /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries/libstdc++.so.5: keine Versionsinformationen verfügbar (erforderlich für /opt/kde3/lib/kprinter.so)Anscheinend wird die übliche Datei (/usr/lib/libstdc++.so.5) nicht mehr verwendet, da das Verzeichnis „staden linux-binary“ ganz am Anfang der PATH-Variablen aufgeführt ist und somit alle anderen Einträge überschreibt. Daher habe ich /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries/libstdc++.so.5 und libstdc++.so.5.0.1 durch symbolische Verweise auf /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 ersetzt:cd /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binariessudo ln -s /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 libstdc++.so.5.0.1sudo ln -s /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 libstdc++.so.5Bislang funktioniert zumindest das Drucken ohne Fehlermeldungen, aber ich habe staden noch nicht ausprobiert…

Automatisierung der Sequenzbearbeitung (Stadens pregap4 und gap4)

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Vor einiger Zeit habe ich ein Skript geschrieben, das versucht, den Großteil der Arbeit zu automatisieren, die damit verbunden ist, Sequenzen von unserem ABI-Sequenzer in eine gap4-Datenbank zu übertragen. Das Skript ist bei weitem nicht perfekt und sieht folgendermaßen aus:!/bin/sh rm *.seq *.log Log\ file.txt for i in ls .ab1; do echo "Umbenennung von $i" mv $i echo $i | sed “s/ $.\{27\}$ ./\1.ab1/" done ls *.ab1 *.txt > tracefile.list pregap4 -nowin -config /home/jeltsch/bin/pregap4_gap4.conf -fofn tracefile.list gap4 test.0.auxIch habe das Skript in ~/bin abgelegt; es soll aus dem Verzeichnis heraus aufgerufen werden, in dem sich die Sequenzen befinden. In der Regel werden die ab1-Trace-Dateien eines einzelnen Sequenzierungslaufs von unserem Rechner in einem Verzeichnis zusammen mit einigen (für mich) bedeutungslosen Protokolldateien usw. gespeichert. Zunächst löscht das Skript unnötige Dateien aus dem Verzeichnis; anschließend kürzt es die Dateinamen auf 27 Zeichen plus die Endung .ab1. Komischerweise kommt pregap4 gut mit längeren Dateinamen zurecht, aber gap4 hat damit Probleme. Anschließend werden alle verbleibenden Dateien in eine Liste (tracefile.list) aufgenommen, die von pregap4 eingelesen wird. pregap4 wird nicht-interaktiv verwendet. Es bezieht seine Anweisungen (die Konfiguration der Module) aus einer Konfigurationsdatei (die in meinem Fall ebenfalls in ~/bin gespeichert ist). „pregap4“ ruft den „gap4“-Shotgun-Assembler auf und speichert die Messdaten in einer „gap4“-Datenbank. Leider habe ich noch nicht herausgefunden, wie man dieser Datenbank automatisch einen aussagekräftigen Namen zuweisen kann. Derzeit haben sie alle denselben Namen und lassen sich nur anhand ihres Speicherorts in einem anderen Verzeichnis identifizieren. Es wäre sinnvoll, ihnen automatisch einen eindeutigen Namen zuzuweisen, z. B. das Datum, an dem die Assemblierung durchgeführt wurde, oder etwas Ähnliches. Nachdem all dies erledigt ist, wird gap4 aufgerufen und lädt die neu erstellte Datenbank zur manuellen Überprüfung und Bearbeitung.Der Großteil unserer Sequenzierungen dient der Überprüfung neu erstellter Vektoren. Daher wissen wir in der Regel genau, welche Sequenz wir erwarten. Wenn (was leider nicht der Fall ist) jemand ein Programm zur Dokumentation seiner Konstrukte verwendet, das vollständige Sequenzinformationen enthält (wie beispielsweise das Gene Construction Kit), sollten die Trace-Dateien automatisch mit dieser „erwarteten“ Sequenz abgeglichen werden.Derzeit erreiche ich dies, indem ich die DNA-Sequenz aus dem Gene Construction Kit (GCK) als reine Textdatei exportiere (anscheinend könnte ich auch das EMBL-Format verwenden) und diese Datei zusammen mit der ab1-Trace-Datei in dasselbe Verzeichnis lege, bevor ich das Skript starte. Dadurch wird sie wie jede andere Sequenz behandelt und die Sequenz-Reads werden daran ausgerichtet. Es gibt jedoch einige Einstellungen, die ich gerne automatisch beim Aufruf von gap4 vornehmen würde, da ich bei der manuellen Überprüfung des Alignments in gap4 immer dieselbe Abfolge von Klicks durchführe: Anzeige aller vorwärtsgerichteten Leserahmen: Ich gehe davon aus, dass die „erwartete Sequenz“ – da sie die längste ist – in der Assemblierung immer in Vorwärtsrichtung vorliegt und die Leserahmen somit stets vorwärts ausgerichtet sind. Dies ergibt sich daraus, dass ich (zur besseren Lesbarkeit) die Vektorsequenz in GCK stets so ausrichte, dass sich die CDS des GOI in einem Vorwärts-Leserahmen befindet.Das Hervorheben von Diskrepanzen durch Hintergrundfarbe sollte aktiviert sein. Unterschiede zwischen Groß- und Kleinschreibung sollten nicht als Diskrepanzen behandelt werden. Da die Qualität unserer Sequenzierung mäßig ist, sind die Standardwerte meist zu streng, als dass gap4 die Lesungen in dasselbe Contig einordnen könnte. Daher finde ich meist interne Wiederholungen und trage diese manuell ein. Dies sollte sich in der Gap4-Assemblierung automatisch einstellen lassen, aber ich bin noch nicht dazu gekommen, herauszufinden, wie das geht.

Das Betriebssystem ist Suse Linux 9

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Ich teste derzeit verschiedene grafische Benutzeroberflächen für das Molekularsoftware-Paket EMBOSS und habe gute Bewertungen zu kaptain gelesen. Da es jedoch keine RPM-Pakete von kaptain für Suse Linux 9 gibt, habe ich versucht, es selbst zu kompilieren. Das erste Problem war, dass das configure-Skript die Bibliotheken und Header für Qt3 nicht finden konnte:> checking for Qt… configure: error: Qt (>= Qt 2.2.2) (headers and libraries) not found. Bitte überprüfe deine Installation!“ Daher habe ich ./configure mit der Option ausgeführt:> ./configure –with-qt-dir=/usr/lib/qt3Nun läuft das Konfigurationsskript bis zum Ende durch. Allerdings schlägtmake immer noch fehl, die letzten Zeilen der Ausgabe sehen so aus:Making all in kaptain make[2]: Entering directory /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain' g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I.. -I/usr/lib/qt3/include -I/usr/X11R6/include -D_REENTRANT -O2 -fno-exceptions -fno-check-new -c kaptain.cpp kaptain.cpp: Im Konstruktor Kaptain::Kaptain(Intermediate*, Kaptain*, QWidget*, QBoxLayout*, QDialog*, bool, const char*)‘: kaptain.cpp:99: Fehler: assert‘ nicht deklariert (erste Verwendung dieser Funktion) kaptain.cpp:99: Fehler: (Jeder nicht deklarierte Bezeichner wird nur einmal pro Funktion gemeldet, in der er vorkommt.) kaptain.cpp: In der Mitgliedsfunktion void Kaptain::button_pressed()’: kaptain.cpp:1576: Fehler: ostream_iterator' nicht deklariert (erste Verwendung in dieser Funktion) kaptain.cpp:1576: Fehler: Parsing-Fehler vor dem Token >’ kaptain.cpp:1598: Fehler: Parsing-Fehler vor dem Token >' make[2]: *** [kaptain.o] Fehler 1 make[2]: Verzeichnis /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain’ wird verlassen make[1]: *** [all-recursive] Fehler 1 make[1]: Verzeichnis /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71' wird verlassen make: *** [all-recursive-am] Fehler 2Ich habe Hilfe vom Autor der Software, Zsolt Terek, erhalten. Ich musste am Anfang von kaptain.cpp Folgendes einfügen: include include .

Desktop-Integration von Staden in KDE 3.2