t_coffee läuft auf einer Standard-Installation von Ubuntu 24.04 LTS immer noch nicht

Thu, 18 Sep 2025 00:00:00 +0000

Der Fehler in t_coffee (hier gemeldet: https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/27#issuecomment-1355339411, ), ist auch nach vielen Jahren immer noch problematisch. Ich wage es kaum noch, meinen Studierenden t_coffee zu empfehlen, auch wenn ich es gerne täte, denn t_coffe is ein exzellentes enorm vielseitiges Programm. Die meisten scheitern bei der Installation auf der Standard-Ubuntu-Distribution unserer Universität (“Cubbli”), die derzeit in der Version 24.04 ist. Ich habe es erst kürzlich selbst ausprobiert (Ubuntu 24.04 LTS, sowohl mit der Version, die vom Standard-Ubuntu-Repository über den Paketmanager bereitgestellt wird, als auch mit der stabilen und derBeta-Version von https://tcoffee.org/Projects/tcoffee/index.html (Stable COFFEE_installer_Version_13.46.0.919e8c6b_linux_x64.tar.gz und Beta T-COFFEE_installer_Version_13.46.1.b8b01e06_linux_x64.tar.gz). Alle haben den Defekt: –ERROR: MAX_N_PID exceeded. Das Programm bleibt irgendwo stecken und braucht etwa eine Minute, bevor es den Fehler ausgibt, selbst bei einer einfachen Rechenaufgabe, die normalerweise nur wenige Sekunden dauert. Bei einem komplexeren Alignment kann es Minuten oder Stunden dauern, bevor der Fehler ausgegeben wird. Der Workaround besteht darin, die Umgebungsvariable vor jedem Durchlauf zu setzen, d. h. man ersetzt t_coffee durch ein Shell-Skript, das das umbenannte t_coffee aufruft, nachdem der Umgebungsparameter MAX_N_PID_4_TCOFFEE auf einen großen Wert (wie /proc/sys/kernel/pid_max) gesetzt wurde; dies wird im obigen Github Link erklärt. Siehe auch https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/47 . Ein anderer Workaround ist die Neukompilierung mit einer anderen MAX_N_PID, was ziemlich unkompliziert ist; siehe auch hier https://github.com/cbcrg/tcoffee :

Bug on Michael’s Domain

t_coffee läuft auf einer Standard-Installation von Ubuntu 24.04 LTS immer noch nicht