Desoxyribonukleinsäure on Michael’s Domain

Das menschliche Genom wurde gerade (erneut) entschlüsselt

Mon, 15 May 2023 00:00:00 +0000

Vor mehr als 20 Jahren wurde das menschliche Genom

vollständig entschlüsselt

(Lander et al., 2001) durch das Genome Reference Consortium (GRC). Diese Assemblierung ist als GRCh38-Referenzsequenz bekannt. Obwohl sie auf DNA einer anonymen Spendergruppe basiert, stammen zwei Drittel ihrer Sequenz von einem einzigen männlichen Spender afrikanisch-europäischer Abstammung (Genome Reference Consortium, 2023).*

Schutz vor UV-Strahlung

Thu, 12 Dec 2019 00:00:00 +0000

** UV-Licht wird wie folgt klassifiziert UV-C (100 / 200–280 / 290 nm, kurzwelliges, starkes UV)UV-B (290–315 nm, mittellangwellig, mittleres UV) UV-A (315–400 nm, langwelliges UV, weiches UV, „schwarzes Licht“)Insbesondere bei UVC werden häufig unterschiedliche Wellenlängengrenzen verwendet, um die Grenzen zwischen den verschiedenen UV-Typen zu definieren. UVC-Wellenlängen unter 200 nm werden auch als „Vakuum-UV (VUV)“ bezeichnet. Andere unterscheiden das UVC-Spektrum und bezeichnen Wellenlängen im Bereich von 10 bis 200 nm als „UVC-VUV“. „Extremes UV (EUV)“ bezeichnet Wellenlängen im Bereich von 10–121 nm, wobei die Strahlung am kurzen Ende dieses Bereichs als ionisierend gilt (ähnlich wie Röntgenstrahlung). Mir ist jedoch keine eindeutige Wellenlängengrenze bekannt, die zur Unterscheidung zwischen ionisierender und nichtionisierender Strahlung herangezogen wird. Molekularbiologie Die meisten UV-Tische in der Molekularbiologie werden zur Abbildung von mit Ethidiumbromid gefärbter DNA in Agarosegelen verwendet. Diese UV-Tische arbeiten mit einer Wellenlänge von etwa 300 nm (meist 302 nm), einige verfügen jedoch auch über eine Option für längere Wellenlängen. Beispielsweise können die UV-Tische von Alpha Innotech, UVP, Inc., Ultra-Violet Products Ltd. und Analytik Jena (Modell LM-26E) bei einer Wellenlänge von 302 oder 365 nm betrieben werden. Als Faustregel gilt: Je länger die Wellenlänge, desto geringer ist die Schädigung der DNA (gleichzeitig schwächt sich auch das Signal des in die DNA eingebauten Ethidiumbromids ab). Es gibt auch 254-nm-UV-Lampen, diese sind jedoch für DNA-Arbeiten nicht geeignet, da sie bereits innerhalb weniger Sekunden Mutationen in der DNA verursachen. Das ist nicht überraschend, da das Absorptionsmaximum der DNA bei 260 nm liegt, was bedeutet, dass die DNA dort die größte Strahlungsmenge absorbiert. Somit stellen 302 nm einen Kompromiss zwischen Empfindlichkeit und DNA-Schäden dar. Die Arbeit mit einem UV-Tisch ist nicht ungefährlich, und ich würde vermuten, dass die UV-Gefahr größer ist als die Gefahr durch die Färbung mit Ethidiumbromid. Einige Forscher haben aus irrationalen Gründen übertriebene Angst vor Ethidiumbromid ( https://bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/ , http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide ). Ich habe bei einem meiner Kollegen einen „Sonnenbrand“ beobachtet, der durch zu lange Exposition gegenüber dem UV-Licht von UV-Tischen verursacht wurde. Eine Gesichtsmaske schützt zwar Ihr Gesicht, aber Sie können sich dennoch an den Händen oder am Dekolleté verbrennen. UV-durchlässige und UV-undurchlässige Materialien Anhand der (sichtbaren) Lichtdurchlässigkeit eines Materials lässt sich nicht erkennen, wie effektiv das Material UV-Licht absorbiert. Herkömmliches Acrylglas („Plexiglas“) ist für UV-Strahlung mit größerer Wellenlänge (auch UV-A genannt, 315–400 nm) durchlässig und eignet sich daher nicht zum Schutz der Augen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves / ). Acrylglas kann durch Zugabe von UV-absorbierenden Additiven UV-undurchlässig gemacht werden. UV-filterndes Acrylglas („Acryl in Museumsqualität“) weist unterschiedliche Eigenschaften auf. Liegt die UV-Wellenlänge unter ~ 375 nm, kann jedes UV-filternde Acrylglas verwendet werden. UF-4-Acrylglas bietet den geringsten Schutz: 80 % der UV-Strahlung bei 400 nm dringen durch eine 2 mm dicke Platte. UF-3 bietet einen besseren Schutz, und UF-5 absorbiert fast das gesamte gut sichtbare ultraviolette Licht (> 390 nm). Polycarbonat (PC) ist Ihr Freund Wenn Sie Schutz vor UV-Strahlung benötigen, ist Polycarbonat jedoch Ihr Freund. 3 mm dickes Polycarbonat ist für UV-Strahlung aus den meisten in der Molekularbiologie verwendeten UV-Quellen bis zu einer Wellenlänge von 400 nm praktisch vollständig undurchlässig. Deshalb werden UV-schützende Gesichtsmasken und Sonnenbrillen hauptsächlich aus Polycarbonat hergestellt. 2 mm, was etwas dicker ist als die typische Dicke von Polycarbonat-Sonnenbrillen, reicht in den meisten Fällen aus, ist jedoch im Vergleich zu dickeren Polycarbonatmaterialien nur bei UV-Strahlung über ~385 nm weniger effektiv (das heißt, gute Sonnenbrillen schützen Ihre Augen vor UV-Lampen in der Molekularbiologie, aber die Haut Ihres Gesichts ist dennoch der Strahlung ausgesetzt). Tatsächlich enthalten 2 mm dicke Sonnenbrillen aus Polycarbonat weniger als 2 mm Polycarbonat, da sich auf beiden Seiten des Polycarbonats eine kratzfeste, UV-absorbierende Beschichtung aufgebracht ist, da Polycarbonat sehr weich ist und leicht zerkratzt. Leider sind Polycarbonat-Kunststoffe schwer zu identifizieren, da ihre Nummer „7“ im Verzeichnis der Harz-Identifikationscodes (RIC) unter der Kategorie „Sonstige“ aufgeführt ist. Interpretation der Herstellerangaben **Wenn Sie die optischen Eigenschaften transparenter Materialien anhand der Tabellen überprüfen, werden Sie schnell feststellen, dass diese schwer zu interpretieren sind. Man stellt schnell fest, dass der Ansatz auf den Websites der Hersteller weniger wissenschaftlich, sondern eher werblich ist. Sie sprechen von UV-Strahlung in Prozent, erwähnen jedoch mit keinem Wort die Materialstärke, die einer der wichtigsten Aspekte für Absorption und Durchlässigkeit ist ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Ich vermute stark, dass sie eine Lichtweglänge (Dicke) von 2 mm verwenden; eine andere Möglichkeit wäre 1 cm (was eine weitere „Standard“-Länge ist). Falls Sie Insider-Informationen haben, kontaktieren Sie uns bitte!

Schutz vor UV-Licht

Fri, 15 Nov 2019 00:00:00 +0000

Zunächst einige DefinitionenUV-C (100/200–280/290 nm, kurzwelliges, hartes UV)UV-B (290–315 nm, mittelwelliges, intermediäres UV)UV-A (315–400 nm, langwelliges UV, weiches UV, „Schwarzlicht“) Insbesondere bei UV-C werden gelegentlich unterschiedliche Wellenlängengrenzen verwendet, um die Abgrenzungen zwischen den verschiedenen UV-Typen zu definieren. Manche schließen Wellenlängen unter 200 nm aus dem UV-C-Bereich aus und bezeichnen sie als „Vakuum-UV (VUV)“. Andere unterteilen das UV-C-Spektrum weiter und bezeichnen die Wellenlängen zwischen 10 und 200 nm als „UV-C-VUV“. „Extrem-UV (EUV)“ bezieht sich auf Wellenlängen zwischen 10 und 121 nm; am kurzen Ende dieses Bereichs gilt die Strahlung als ionisierend (ähnlich wie Röntgenstrahlen). Mir ist jedoch keine klare Wellenlängengrenze bekannt, die zur Abgrenzung zwischen ionisierender und nichtionisierender Strahlung herangezogen wird. Molekularbiologie Die meisten UV-Tische für die Molekularbiologie werden zum Nachweis von mit Ethidiumbromid gefärbter DNA in Agarosegelen verwendet. Sie verwenden eine Wellenlänge um 300 nm (meist 302 nm), doch einige bieten auch eine Option mit längerer Wellenlänge an (z. B. kann das Alpha Innotech LM-26E bei 302 oder 365 nm betrieben werden). Als Faustregel gilt: Je länger die Wellenlänge, desto geringer ist die Schädigung der DNA (allerdings wird auch das Signal des in die DNA eingeklemmten Ethidiumbromids schwächer). Es gibt 254-nm-UV-Lampen, diese sind jedoch für DNA ungeeignet, da sie die DNA innerhalb von Sekunden mutieren lassen. Das ist nicht überraschend, da das Absorptionsmaximum der DNA selbst bei 260 nm liegt, was bedeutet, dass die maximale Strahlungsmenge von der DNA absorbiert wird. Daher stellt die 302-nm-Wellenlänge einen Kompromiss zwischen Empfindlichkeit und DNA-Schädigung dar. Die Arbeit mit einem UV-Tisch ist nicht ganz ungefährlich, und ich würde davon ausgehen, dass von der UV-Strahlung eine größere Gefahr ausgeht als von der Ethidiumbromid-Färbung, vor der manche Menschen (Wissenschaftler!) aus dem einen oder anderen irrationalen Grund übermäßige Angst haben ( https://bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/ , http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide ). Ich habe bei einem meiner Kollegen einen „Sonnenbrand“ beobachtet, der durch zu lange Einwirkung von UV-Licht aus UV-Tischen verursacht wurde. Die Gesichtsmaske schützt zwar Ihr Gesicht, aber Ihre Arme oder Ihr Dekolleté können dennoch einen Sonnenbrand erleiden.UV-durchlässige und UV-undurchlässige MaterialienAnhand der (sichtbaren) Lichtdurchlässigkeit eines Materials lässt sich nicht erkennen, wie effizient das Material UV-Licht absorbiert. Herkömmliches Acrylglas („Plexiglas“) ist für UV-Strahlung höherer Wellenlängen (auch UV-A genannt, 315–400 nm) durchlässig und eignet sich daher nicht zum Schutz der Augen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves/ ). Acrylglas kann durch Zugabe von UV-absorbierenden Additiven UV-undurchlässig gemacht werden. UV-filterndes Acrylglas („Museum-Acryl“) ist in verschiedenen Qualitäten erhältlich. Liegt die UV-Wellenlänge unter ~375 nm, ist jede UV-filternde Acrylglasqualität geeignet. UF-4-Acrylglas bietet den geringsten Schutz: 80 % des 400-nm-UV-Lichts werden durch eine 2-mm-Platte hindurchgelassen. UF-3 schützt besser und UF-5 absorbiert fast das gesamte UV-Licht im nahen sichtbaren Bereich (>390 nm).Polycarbonat (PC) ist Ihr VerbündeterWenn Sie jedoch Schutz vor UV-Strahlung benötigen, ist Polycarbonat Ihr Verbündeter. 3 mm dickes Polycarbonat ist für UV-Strahlung aus den meisten in der Molekularbiologie verwendeten UV-Quellen bis zu 400 nm praktisch vollständig undurchlässig. Daher werden UV-schützende Gesichtsmasken und Sonnenbrillen meist aus Polycarbonat hergestellt. 2 mm – was etwas dicker ist als die typische Dicke von Polycarbonat-Sonnenbrillen – reichen meist aus, doch die im Vergleich zu dickerem Polycarbonat geringere Absorptionsleistung spielt nur bei UV-Strahlung oberhalb von ~385 nm eine Rolle (daher schützen gute Sonnenbrillen Ihre Augen zwar vor UV-Lampen aus der Molekularbiologie, Ihre Gesichtshaut ist jedoch weiterhin der Strahlung ausgesetzt). Tatsächlich besteht eine 2 mm dicke Polycarbonat-Sonnenbrille aus weniger als 2 mm Polycarbonat, da sie auf beiden Seiten des Polycarbonats eine kratzfeste, nicht UV-absorbierende Beschichtung aufweist, da Polycarbonat sehr weich ist und sehr leicht zerkratzt wird. Leider sind Polycarbonat-Kunststoffe schwer zu erkennen, da ihre Nummer „7“ auf der Liste der Kunststoffkennzeichen (RIC) lautet, die unter „Sonstige“ zusammengefasst ist.Interpretation der HerstellerangabenWenn man die Datenblätter zu den optischen Eigenschaften transparenter Materialien prüft, stellt man schnell fest, dass diese schwer zu interpretieren sind. Man merkt schnell, dass der Ansatz auf den Websites der Hersteller weniger wissenschaftlich, sondern eher werblich ist. Sie sprechen von der UV-Durchlässigkeit in Prozent, erwähnen jedoch nirgends die Dicke des Materials, die einer der wichtigsten Aspekte der Absorption/Durchlässigkeit ist ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Ich vermute stark, dass sie einen Lichtweg (Dicke) von 2 mm verwenden; die andere Möglichkeit wäre 1 cm (was die andere „Standard“-Länge ist). Falls Sie Insiderwissen dazu haben, lassen Sie es mich bitte wissen!

SnapGene und partielle Restriktionsverdauungen – ein erneuter Blick darauf

Thu, 23 Aug 2018 00:00:00 +0000

SnapGene ist eine Software für Molekularbiologen im Labor, die viel mit Klonierung zu tun haben (Konstruktdesign und Annotation). Seit meinem letzten Beitrag über die SnapGene-Software ( https://www.snapgene.com/ ) hat sich viel Positives getan:

Unsicherheit über die Zukunft von CRISPR

Sun, 18 Jun 2017 00:00:00 +0000

Einige befürchteten, dass die Patententscheidungen zur CRISPR-Technologie in diesem Frühjahr zu einer Monopolisierung der Technologie führen könnten . Laut einem Artikel in Nature Methods vom letzten Monat ist es derzeit jedoch keineswegs klar, ob CRISPR bei der Bearbeitung des menschlichen Genoms einen Volltreffer landen wird. Sollte ein einzelner Bearbeitungsvorgang mit Hunderten unerwünschter und unvorhersehbarer genomischer Veränderungen einhergehen, wäre es aufgrund der Unvorhersehbarkeit der Nebenwirkungen schwierig, dafür zu plädieren. Es handelt sich hierbei zwar nur um eine einzige Studie an Mäusen , doch ist Vorsicht geboten. Der Artikel in „Nature Methods“ ist besonders interessant, da die Technologie gerade erst zum ersten Mal am Menschen eingesetzt wurde Selbst wenn das geistige Eigentum bei einem einzigen Unternehmen liegt, ist unklar, wie ein Patent durchgesetzt werden könnte. CRISPR unterscheidet sich von vielen anderen Technologien dadurch, dass die Eintrittsbarrieren hinsichtlich Kosten und Know-how sehr niedrig sind. Fast jeder Forscher im Bereich der Lebenswissenschaften könnte es zu Hause in seiner Garage durchführen…

Das Staden-Paket unter Ubuntu für Bioinformatik-Urgesteine

Wed, 27 Jul 2016 00:00:00 +0000

Meistens verwenden wir die Software SnapGene , wenn wir die Sequenzen unserer DNA-Konstrukte überprüfen. Manchmal ist die Alignment-Ansicht von SnapGene jedoch nicht flexibel genug, und dann greife ich auf das altbewährte Staden-Paket zurück. Ich hatte gerade ein Upgrade von Ubuntu 14.04 auf 16.04 durchgeführt und hatte Staden daher nicht installiert. Ich war positiv überrascht, als die Installation von Staden nur etwa 15 Sekunden dauerte, denn endlich – dank des Debian-Med-Teams – ist Staden im „universe“-Repository verfügbar (eigentlich schon seit Oktober 2014).sudo apt install stadenStaden ist sicherlich nicht so intuitiv, wie es sein könnte, aber es ist sehr leistungsstark und eignet sich hervorragend für die automatisierte Datenverarbeitung. Wenn ihr die Möglichkeit habt, euch damit vertraut zu machen, würde ich euch dazu ermutigen. Das finnische CSC hat den Staden-Kurs aus dem Jahr 2004 aufgezeichnet, an dem ich teilgenommen habe, und ihr könnt euch die Aufzeichnungen bei Funet TV . Ich hatte gerade kurz darüber nachgedacht, von Ubuntu zu SuSE zu wechseln, wegen des anhaltenden Problems mit der WLAN-Verbindung, das Canonical offenbar nicht beheben kann, aber wenn man bedenkt, wie aufwendig eine manuelle Installation von Staden ist, ist dies ein großer Pluspunkt für Ubuntu. Es gibt natürlich spezielle Linux-Distributionen für bioinformatische Zwecke, doch diese hinken in der Regel den neuesten und besten Entwicklungen der großen Distributionen hinterher.

Echtes Biohacking

Mon, 23 May 2016 00:00:00 +0000

Ich habe einen interessanten Blogbeitrag von Steven Novella über Biohacking gelesen. Ich stimme voll und ganz zu, dass die meisten Menschen, die Biohacking propagieren, nichts tun, was die Verwendung dieses Begriffs rechtfertigen würde. Ein neuer Begriff sollte verwendet werden, wenn man etwas konzeptionell Neues tut. Die Verwendung des Begriffs „Biohacking“ und seine Beziehung zur DIY-Biologie sowie zu verschiedenen Bewegungen der Körpermodifikation hat sich jedoch noch nicht gefestigt. Die Definition von Biohacking als „Freiheit, die Biologie tiefgreifend zu erforschen“ macht den Begriff ziemlich bedeutungslos. Der Begriff „Hacking“ hat (zu Recht oder zu Unrecht) schon immer die Vorstellung beinhaltet, etwas Illegales oder zumindest grenzwertig Legales zu tun. Um dieser Analogie zu folgen, könnte Doping im Sport als Biohacking betrachtet werden (nicht jedoch Kaffeetrinken – ungeachtet der Tatsache, dass Kaffee für manche Menschen durchaus die Kriterien für Doping erfüllt). Andere Beispiele, die ich als „echtes“ Biohacking bezeichnen würde, wären der Einsatz von CRISPR/Cas zur Veränderung der eigenen DNA oder die Entwicklung von Medikamenten zur Behandlung von Krankheiten in der eigenen Garage. Die Frage ist: Macht das überhaupt jemand? Die Entwicklung solcher Techniken unterliegt sowohl in der akademischen Forschung als auch in kommerziellen Unternehmen strengen Vorschriften, und echte Gentechnik birgt reale Risiken. Es überrascht nicht, dass die Strafverfolgungsbehörden nicht gerade begeistert sind von einer weiteren Subkultur, die sie auf Anzeichen von Bioterrorismus überwachen müssen. Allerdings werden die Werkzeuge immer einfacher zu bedienen, und „Garagen-Biotechnologie“ ist eine reale Erscheinung (zumindest hielt „Nature“ sie für einen News-Beitrag wert). Vor einiger Zeit habe ich mir einen Vortrag von Thomas Landrain angehört, einem der Köpfe hinter dem La Paillasse-Labor (Thomas: Du hast versprochen, dass die Webseiten von La Paillasse ins Englische übersetzt werden!), einem Biotech-Labor, das ohne jegliches Startkapital in einer Garage in einem Pariser Vorort gegründet wurde. Dort wird ziemlich interessante Forschung betrieben (siehe z. B. diesen Artikel über seine Sichtweise auf die DIY-Biologie). Es gibt auch Konferenzen zum Thema DIY-Biologie: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Aber wann wird aus DIY-Biologie Biohacking? Die Modifizierung von E. coli-Bakterien zur Produktion von Erythropoetin , um dieses anschließend aufzureinigen und sich selbst zu injizieren, um die sportliche Leistungsfähigkeit zu steigern, würde sicherlich als Biohacking gelten. Meiner Meinung nach wäre dieses Beispiel angesichts des aktuellen Stands der DIY-Biologie-Technologie tatsächlich machbar…

Wie viel PCR-Produkt kann man gewinnen?

Thu, 10 Mar 2016 00:00:00 +0000

Wie viel PCR-Produkt erhält man bei einer typischen PCR-Reaktion? 50–120 ng/µl scheinen ein typisches Ergebnis zu sein, aber das hängt stark von den jeweiligen PCR-Bedingungen ab. Wenn Sie die Primer-Konzentration minimieren müssen, um die Spezifität zu maximieren, können Ihre Ausbeuten deutlich darunter liegen. Umgekehrt gilt: Wenn die Spezifität keine Rolle spielt (z. B. bei einigen PCR-Klonierungen), können Sie ein Vielfaches davon erhalten.Betrachten wir das typische Maximalvolumen einer einzelnen PCR-Reaktion, nämlich 100 µl. Nehmen wir außerdem an, dass keine Spezifitätsprobleme bestehen und wir daher große Mengen an Primern (jeweils 1 µM) und dNTPs (0,2 µM) verwenden können. Da die Synthese jedes Moleküls des doppelsträngigen PCR-Produkts einen Primer verbraucht, entspricht die theoretische maximale molare Konzentration des doppelsträngigen (ds) DNA-Produkts Ihrer Primerkonzentration: 1 µM. 1 µM dsDNA entspräche 100 pmol bei einer 100-µl-PCR-Reaktion. Wie viel ist das in Mikrogramm? Das hängt natürlich von der Länge Ihres PCR-Produkts ab: Beispielsweise entsprechen 100 pmol dsDNA mit einer Länge von 1000 bp 66 µg. Kann man wirklich so viel erhalten? Nicht in unserem Beispiel eines 1000-bp-Produkts. Der Grund dafür ist, dass die Bausteine der DNA, die dNTPs, lange vor den Primern aufgebraucht sind. Bei dem 1000-bp-Produkt sind erst 40 % der Primer verbraucht, wenn die dNTPs aufgebraucht sind (unter der Annahme eines GC-zu-AT-Verhältnisses von 50:50 in Ihrem Amplikon). Um ein Molekül eines 1000-bp-dsPCR-Produkts herzustellen, benötigt man etwa 2000 Moleküle dNTPs. Für unser Beispiel wäre daher ein 400-bp-PCR-Produkt optimal, da sowohl die Primer als auch die dNTPs in gleichem Tempo aufgebraucht werden.Es scheint, dass man die dNTP-Konzentration erhöhen müsste, wenn man größere Mengen längerer PCR-Produkte erhalten möchte. In unserem Beispiel mit einem 1000-bp-Produkt beträgt die theoretische maximale Menge an PCR-Produkt jedoch etwa 26 µg, was enorm ist und für die meisten Anwendungen ausreicht. Es gibt einen Online-Rechner, mit dem Sie mit der Primer- und dNTP-Konzentration sowie der Produktlänge experimentieren können: http://www.bioline.com/us/media/calculator/01_14.html

SnapGene – Einfach die beste Software zur DNA-Bearbeitung

Fri, 01 Jan 2016 00:00:00 +0000

Unser Labor nutzt verschiedene Softwarepakete zur Planung, Dokumentation und Visualisierung von DNA-Konstrukten. Zu den Programmen, die uns lange Zeit sehr gut gefallen haben, gehörten das GeneConstructionKit (GCK) und Clone Manager (Professional) . Letzteres läuft leider nur unter Windows. Da jedoch mehrere unserer Computer mit Ubuntu Linux betrieben werden, haben wir die GCK-Versionen 2.5 und 3 mithilfe von WINE (eine Kompatibilitätsschicht, die es uns ermöglicht, native Windows-Programme unter Linux auszuführen). Mit dem Upgrade auf Version 4 wurde GCK unter WINE jedoch unbrauchbar langsam, sodass wir nach einem Ersatz suchten. Wir haben die Entwickler von GCK kontaktiert, aber diese waren offenbar weder bereit noch in der Lage, uns zu helfen. Ich vermute, dass der Quellcode von GCK wahrscheinlich mehr als 20 Jahre alt ist und sich aus diesem Grund niemand traut, ihn anzurühren. Genau zu dieser Zeit wurde SnapGene veröffentlicht, das fast alle unsere Anforderungen erfüllte:

Codes für DNA-Basen-Mehrdeutigkeiten

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Code	Bedeutung	Basen
A	Adenine	A
C	Cytosine	C
G	Guanine	G
T	Thymine	T
R	puRine	A, G
Y	pYrimidine	C, T
S	Strong (3 H-bonds)	G, C
W	Weak (2 H-bonds)	A, T
K	Keto	G, T
M	aMino	A, C
B	not A	C, G, T
D	not C	A, G, T
H	not G	A, C, T
V	not T	A, C, G
N	Any base	A, C, G, T

Molekulargewicht und Extinktionskoeffizient von Oligonukleotiden

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Die Formel zur Berechnung des Molekulargewichts von DNA-Oligonukleotiden lautet:

MW (g/mol) = (nA × 249,08619) + (nG × 265,0811) + (nC × 225,07496) + (nT × 240,07462)

Die Formel zur Berechnung von ε (Epsilon, dem Extinktionskoeffizienten) eines Oligos lautet: