ELabFTW on Michael’s Domain

Das elektronische Laborjournal „eLabFTW“: Ist es reif für den großen Auftritt?

Fri, 03 Jun 2022 00:00:00 +0000

Die einen lieben es, die anderen hassen es: das elektronische Laborjournal (ELN). Bereits vor einem Jahrzehnt lautete die Prognose, dass das Laborjournal in Papierform in zehn Jahren der Vergangenheit angehören würde. In Wirklichkeit verwendet die Mehrheit der akademischen Labore im Jahr 2022 jedoch nach wie vor Papier. Der Übergang wurde durch buchstäblich Hunderte kommerzieller Angebote, die alle untereinander inkompatibel sind, nicht gerade erleichtert. Wir haben 2013 begonnen, mit ELNs zu experimentieren, und dabei einige kommerzielle sowie Open-Source-Lösungen getestet. Die schlechtesten Anbieter erlaubten uns nicht einmal, die Software vor dem Kauf zu testen (z. B. scheint LabVantage davon auszugehen, dass man das Produkt nicht kaufen wird, sobald man es ausprobiert hat – und damit liegen sie goldrichtig!). Wir haben uns für eLabFTW entschieden, ein Open-Source-Projekt, dessen Hauptentwicklung am Institut Curie in Paris, Frankreich, stattfindet. Es handelt sich um eine mit PHP und MySQL erstellte Webanwendung. Es gibt auch eine begutachtete Veröffentlichung, die das Projekt beschreibt: https://doi.org/10.21105/joss.00146 sowie ein allgemeiner Übersichtsartikel in „Nature Protocols“, der sich mit der Implementierung von ELN befasst: https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8 .Einsatz in der Lehre an der Universität Helsinki Mit dem jüngsten Update auf Version 4.3 wurde die letzte Hürde für den großflächigen Einsatz genommen. Jeder mit einem helsinki.fi-Konto kann sich nun mit den Zugangsdaten seines Universitätskontos im System anmelden. Dies erleichtert die Einbindung vieler neuer Nutzer erheblich. Ich plane, das System für unseren neuen Kurs „Rekombinante DNA-Technologie und Gentechnik“ zu nutzen. Derzeit ist der Server nur aus dem Universitätsnetzwerk heraus erreichbar. Wenn Sie ihn von zu Hause aus nutzen möchten, benötigen Sie ein VPN. Im Laufe der Jahre sind etwa 25 Nutzer hinzugekommen, und es wird interessant sein zu sehen, wie sich das System bewährt, wenn sich die Nutzerzahlen verdoppeln oder vervierfachen. Das System läuft in einem Docker-Container auf einem virtuellen Server mit Ubuntu 20.04 LTS, den wir leider ohne zusätzliche finanzielle Unterstützung weder aktualisieren noch erweitern können. Wenn du also Interesse an der Nutzung eines ELN hast, sichere dir noch heute deinen Platz, indem du dich unter https://elab.ltdk.helsinki.fi anmeldest und unten die Option „Login through your institution“ wählst. Dort hast du die Möglichkeit, ein Team auszuwählen. Der Teamadministrator muss Sie erst freischalten, bevor Sie das System nutzen können. Wenn Sie Ihr Labor nicht unter den Teams finden können, bedeutet dies, dass Sie der erste Nutzer aus Ihrem Labor sind, der dieses System nutzt. In diesem Fall sollten Sie das Team „Helsinki University“ auswählen und mich per E-Mail ( michael@jeltsch.org ) kontaktieren, da ich ein neues Team für Ihr Labor registrieren muss und Sie der Administrator dieses neuen Teams sein werden.Zugang für BesucherWenn Sie kein Konto der Universität Helsinki haben, können Sie das System dennoch nutzen, sofern Sie sich im Eduroam-Netzwerk der Universität Helsinki befinden. Sie müssen jedoch den Link „Jetzt registrieren“ verwenden, und Ihr Konto muss von einem Systemadministrator genehmigt werden.Ausführung auf Ihrem lokalen RechnerDie Systemanforderungen von eLabFTW sind relativ gering, und Ihr Laptop dürfte keine Probleme haben, eine lokale Kopie des Docker-Containers auszuführen. Die Installation von eLabFTW auf einem neueren Windows- oder macOS-Computer ist zwar möglich, jedoch in gewisser Weise kontraproduktiv, da dadurch weder Netzwerkzugriff noch Teamfunktionen zur Verfügung stehen. Selbst wenn Sie all das nicht benötigen, würde ich Ihnen empfehlen, einen alten Desktop-Computer für diese Aufgabe umzufunktionieren und das Programm auf einer regulären Linux-Serverinstallation auszuführen. Gerne beantworte ich alle Fragen, die Sie möglicherweise haben (sowohl aus der Perspektive eines Systemadministrators als auch aus der eines Endnutzers).

Hindernisse bei der Einführung elektronischer Laborjournale

Thu, 08 Jun 2017 00:00:00 +0000

Unser Labor beschäftigt sich schon seit einiger Zeit mit elektronischen Labornotizbüchern (ELNs). Eine aktuelle Veröffentlichung im Journal of Cheminformatics befasste sich mit den Hindernissen bei der Einführung von ELNs. Insbesondere im akademischen Bereich nutzen immer noch mehr als 90 % der Wissenschaftler das traditionelle Laborheft aus Papier. Das größte Hindernis für die Einführung waren die Kosten – sowohl in finanzieller Hinsicht als auch im Hinblick auf die Aneignung neuer Gewohnheiten. Knapp dahinter auf den Plätzen 3 und 4 folgten der Implementierungsaufwand und Sicherheitsbedenken. Zwar sind die Autoren eindeutig voreingenommen (sie entwickeln das Open-Source-ELN ELN SciNote ), doch sind die Hindernisse bei der Einführung dieselben, die ich in meinem Labor und an der Universität Helsinki erlebe.Ich war verblüfft, als ich vor etwa zwei Monaten eine E-Mail mit der Nachricht erhielt, dass die Universität Helsinki eine Rahmenvereinbarung mit dem LabVantage -LIMS/ELN-Anbieter Software Point ausgehandelt hatte. Zwar halte ich eine universitätsweite ELN-Lösung für notwendig, doch scheint dieser Vertrag für die meisten forschungsorientierten Labore an der Universität Helsinki alles andere als optimal zu sein. Mehrere Labore der Universität nutzen bereits seit einiger Zeit ELNs, und keines von ihnen hatte Kenntnis von den Bemühungen, eine universitätsweite Vereinbarung für eine LIMS/ELN-Lösung zu schließen. Und keines der Labore, die bereits ein LIMS/ELN nutzen, hat sich für LabVantage entschieden, sondern für andere Lösungen ( Labguru , SciNote , eLabFTW ). Es wäre hilfreich gewesen, wenn im Bewertungsteam jemand vertreten gewesen wäre, der über praktische Erfahrung mit der Nutzung von LIMS/ELNs verfügt (oder jemand, der an der Entwicklung von LIMS/ELNs mitgewirkt hat), zumal solches Fachwissen an der Universität Helsinki vorhanden ist.Nur wenige Personen waren an den Verhandlungen beteiligt, während die Mehrheit der Beteiligten nicht einmal um ihre Meinung gebeten wurde. Als ich ausdrücklich nach dieser abgeschotteten Vorgehensweise fragte, lautete die Antwort: Nur sehr wenige Einheiten (hauptsächlich die Abteilung für Chronologie und eine Person aus dem Fachbereich Chemie) waren damals an der Anschaffung beteiligt, obwohl die Informationen universitätsweit verbreitet wurden und jeder willkommen war, sich zu beteiligen und seine Bedürfnisse zu äußern. Doch obwohl ich versuche, die Entwicklungen der IT-Infrastruktur aktiv zu verfolgen, habe ich nirgendwo Ankündigungen gesehen, und auch bei einer rückblickenden Suche konnte ich nichts finden, was mich darauf aufmerksam gemacht und mir eine Beteiligung ermöglicht hätte. Die Labore, die am meisten zum internationalen Erfolg der Universität Helsinki beitragen, sind die wichtigsten Interessengruppen, wurden jedoch ignoriert. Vielleicht wäre eine etwas aktivere Suche nach den Interessengruppen angebracht gewesen. Das mit LabVantage ausgehandelte Basispaket scheint auf Routine- und klinische Laborarbeit ausgerichtet zu sein, nicht jedoch auf innovative Forschung. Zu den beiden Modulen, die für die Forschungsarbeit in den Lebenswissenschaften am dringendsten benötigt werden, gehören das ELN und das Speichermanagement. Leider fehlen viele für die Lebenswissenschaften spezifische Routinen (wie die Suche nach DNA- und Proteinsequenzen mit BLAST-ähnlichen Suchalgorithmen) gänzlich im Angebot, obwohl sie für die Lebenswissenschaften dringend benötigt werden. Das Fehlen einer kostenlosen API (wie sie eLAbFTW oder SciNote bald bieten wird), hindert Nutzer daran, ihren eigenen, bereits vorhandenen Code oder ihre eigenen Datenbanksysteme einzubinden. Jede noch so kleine Änderung würde die Einbeziehung der LabVantage-Entwickler erfordern, was ein sehr langwieriger und kostspieliger Prozess wäre. In der Praxis bedeutet dies, dass Mängel des Systems niemals behoben werden. Das Basispaket kann von jedem Labor der Universität nach einer einmaligen Zahlung von 200 € pro Nutzer genutzt werden (keine Floating-Lizenzen, nur dedizierte Nutzer). Für unser Labor würde sich das auf 2.000 € belaufen, doch ein niedriger Preis ist an sich noch kein Verkaufsargument. Im Rahmen der Rahmenvereinbarung kann jedes Labor die zusätzlichen Module selbst bezahlen, doch der hohe Preis von 17.500 € macht es unwahrscheinlich, dass dies jemand tun wird. Ich bin nicht bereit, mich für einen gemeinsamen Kauf einzusetzen, da sich nicht abschätzen lässt, ob diese Module für die tägliche Laborarbeit geeignet wären. Im Gegensatz zu den meisten anderen Anbietern bietet LabVantage keine kostenlose Testversion des Systems an. Es macht mich misstrauisch, wenn ein Anbieter keine Testversion anbietet. Wenn das Produkt gut ist, wird eine Testversion potenzielle Kunden vom Kauf überzeugen. Wenn das Produkt gut ist, was könnte dann der Nachteil einer Testversion für den Anbieter sein? Wir haben in den letzten zwei Jahren selbst mehrere ELN-Lösungen getestet, und einige Systeme erhielten sehr schlechtes Feedback von denjenigen, die sie täglich nutzen (z. B. umständlicher Datenimport, unintuitive Benutzeroberfläche, langsame Serverantworten). Tatsächlich nutzen wir für das Oligonukleotid-Management und die Lagerung von Proteinen und Enzymen immer noch das absolut veraltete Open-Source-LIMS, das ich vor etwa 15 Jahren als Doktorand mitentwickelt habe ( http://phplabdb.sourceforge.net , jetzt unter https://github.com/mbekaert/phplabdb) . In meinem Labor nutzen wir eLabFTW . Wir verfügen über eine lokale Installation im Intranet der Universität Helsinki (auf die von überall aus über VPN zugegriffen werden kann), und jeder Angehörige der Universität Helsinki kann dort einen Account erhalten. Wenn Sie Interesse daran haben, es auszuprobieren, kontaktieren Sie mich bitte! Die entscheidende Frage bleibt unbeantwortet: Warum wurde die Mehrheit der Beteiligten nicht in den Entscheidungsprozess einbezogen?

Der Umstieg von Papier auf elektronische Laborjournale

Tue, 26 Jul 2016 00:00:00 +0000

Elektronische Laborjournale (ELN) sind die Zukunft. Auch wenn diese Aussage selbstverständlich erscheint, ist noch nicht klar, welche Software sich durchsetzen wird und welche wieder vom Markt verschwinden wird. Als ich vor etwa drei Jahren zum ersten Mal einen Blick auf den ELN-Markt warf, gab es nur eine Handvoll Lösungen. Mittlerweile gibt es bereits etwa hundert verschiedene Softwareunternehmen, die versuchen, von diesem Trend zu profitieren. Noch besorgniserregender ist die Tatsache, dass die Liste der Anbieter bereits etwa 20 eingestellte Produkte enthält … Daher ist die Entscheidung für eine Software eine schwerwiegende Entscheidung für ein Labor und erst recht für ein ganzes Institut. Viele Punkte müssen berücksichtigt werden. Um nur einige davon zu nennen: – Wie sicher ist es, dass die Software in zehn Jahren noch verfügbar ist und unterstützt wird? Wenn das Unternehmen verschwindet, könnten Ihre Daten ebenso verloren gehen. Alle Anbieter werden behaupten, dass Ihre Daten sicher sind. Angesichts der weit verbreiteten Täuschung von Kunden und Behörden durch Unternehmen sollten Sie realistisch bleiben. Denken Sie nur an VW… – Wie hoch ist die Anfangsinvestition und wie hoch sind die laufenden Kosten? Wenn Speicherplatz in Rechnung gestellt wird, mag der Preis anfangs niedrig sein, aber unterschätzen Sie nicht, wie viele Daten Sie mit all den neuen hochauflösenden Bildgebungs- und Sequenzierungstechnologien ansammeln werden. Sobald Sie mit Superauflösung arbeiten, können leicht viele GB pro Woche anfallen. SciNote bietet beispielsweise 100 GB Speicherplatz für zwei Teams, der je nach Art Ihrer Forschung innerhalb weniger Wochen voll sein kann. Ich habe versucht herauszufinden, wie man Speicherplatz über 100 GB hinaus erwerben kann, aber ich habe keine Möglichkeit gefunden. Ich hoffe, dass die Benutzerfreundlichkeit ihres ELN nicht auf dem gleichen Niveau liegt… – Wie frei sind Ihre Daten? Können Sie Ihre Daten bei Bedarf problemlos (und automatisiert in regelmäßigen Abständen) extrahieren? In welchem Format können Sie Ihre Daten erhalten? Wenn es sich nur um PDF- oder Word-Dateien handelt, vergessen Sie es lieber gleich. Sie sollten einen echten Datenbank-Dump erhalten, mit dem sich andere Systeme befüllen lassen. Ich würde keinem Unternehmen trauen, das mir im Voraus mitteilt, dass es bald pleitegehen wird und ich meine Daten retten sollte… – Wo werden die Daten physisch gespeichert? Das bestimmt beispielsweise, welchem Recht die Daten unterliegen und wer Zugriff darauf hat. Wie sehr können Sie darauf vertrauen, dass ein kleines Unternehmen im Ausland Ihre Daten vertraulich und sicher aufbewahrt? Erinnern wir uns doch alle an die Datenlecks, von denen Sony, LinkedIn, die IRS, T-Mobile, UPS und JP Morgan Chase betroffen waren … Einige Anbieter bieten internes Hosting an, doch die Preise scheinen für viele akademische Labore zu hoch zu sein, um dies zu einer praktikablen Alternative zu machen.– Open Source scheint eine Lösung für viele dieser Probleme zu sein. Angesichts der schwindenden Unterstützung für die Recheninfrastruktur durch die Universität müssen die Wartungsanforderungen eines solchen Systems jedoch sehr gering sein, damit dies realisierbar ist. – Wenn es als „kostenlos“ vermarktet wird, was ist dann mit „kostenlos“ gemeint? Oft reicht das „kostenlose“ Angebot für ernsthafte Arbeit nicht aus und ist daher irreführend. „Kostenlos“ im Sinne von „kostenlosem Bier“ reicht ebenfalls nicht aus … Viele Labore benötigen zudem die Freiheit, die Software an ihre spezifischen Bedürfnisse anzupassen, was proprietäre Lösungen ohne öffentliche APIs ausschließt. In meinem Labor haben wir einige der verfügbaren Lösungen getestet. Unser Schwerpunkt lag auf Open-Source-Lösungen, da nur diese es ermöglichen, die Software umfassend zu testen. Bislang haben wir Folgendes ausprobiert: