<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="yes"?><rss version="2.0" xmlns:atom="http://www.w3.org/2005/Atom"><channel><title>Elektronisches Laborbuch on Michael’s Domain</title><link>https://jeltsch.org/de/tags/elektronisches-laborbuch/</link><description>Recent content in Elektronisches Laborbuch on Michael’s Domain</description><generator>Hugo</generator><language>de</language><copyright>Copyright © 2002 - 2026 Michael Jeltsch.</copyright><lastBuildDate>Fri, 24 Jul 2026 00:18:18 +0300</lastBuildDate><atom:link href="https://jeltsch.org/de/tags/elektronisches-laborbuch/index.xml" rel="self" type="application/rss+xml"/><item><title>Das elektronische Laborjournal „eLabFTW“: Ist es reif für den großen Auftritt?</title><link>https://jeltsch.org/de/eLabFTW/</link><pubDate>Fri, 03 Jun 2022 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://jeltsch.org/de/eLabFTW/</guid><description>&lt;p&gt;Die einen lieben es, die anderen hassen es: das elektronische Laborjournal (ELN). Bereits vor einem Jahrzehnt lautete die Prognose, dass das Laborjournal in Papierform in zehn Jahren der Vergangenheit angehören würde. In Wirklichkeit verwendet die Mehrheit der akademischen Labore im Jahr 2022 jedoch nach wie vor Papier. Der Übergang wurde durch buchstäblich Hunderte kommerzieller Angebote, die alle untereinander inkompatibel sind, nicht gerade erleichtert. Wir haben 2013 begonnen, mit ELNs zu experimentieren, und dabei einige kommerzielle sowie Open-Source-Lösungen getestet. Die schlechtesten Anbieter erlaubten uns nicht einmal, die Software vor dem Kauf zu testen (z. B. scheint LabVantage davon auszugehen, dass man das Produkt nicht kaufen wird, sobald man es ausprobiert hat – und damit liegen sie goldrichtig!). Wir haben uns für 
 &lt;a href="https://www.elabftw.net" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;eLabFTW&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 entschieden, ein Open-Source-Projekt, dessen Hauptentwicklung am Institut Curie in Paris, Frankreich, stattfindet. Es handelt sich um eine mit PHP und MySQL erstellte Webanwendung. Es gibt auch eine begutachtete Veröffentlichung, die das Projekt beschreibt: 
 &lt;a href="https://doi.org/10.21105/joss.00146" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://doi.org/10.21105/joss.00146&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 sowie ein allgemeiner Übersichtsartikel in „Nature Protocols“, der sich mit der Implementierung von ELN befasst: 
 &lt;a href="https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
.&lt;strong&gt;Einsatz in der Lehre an der Universität Helsinki&lt;/strong&gt; Mit dem jüngsten Update auf 
 &lt;a href="https://doc.elabftw.net/changelog.html#version-4-3-3" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Version 4.3&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 wurde die letzte Hürde für den großflächigen Einsatz genommen. Jeder mit einem helsinki.fi-Konto kann sich nun mit den Zugangsdaten seines Universitätskontos im System anmelden. Dies erleichtert die Einbindung vieler neuer Nutzer erheblich. Ich plane, das System für unseren neuen Kurs „Rekombinante DNA-Technologie und Gentechnik“ zu nutzen. Derzeit ist der Server nur aus dem Universitätsnetzwerk heraus erreichbar. Wenn Sie ihn von zu Hause aus nutzen möchten, benötigen Sie ein VPN. Im Laufe der Jahre sind etwa 25 Nutzer hinzugekommen, und es wird interessant sein zu sehen, wie sich das System bewährt, wenn sich die Nutzerzahlen verdoppeln oder vervierfachen. Das System läuft in einem Docker-Container auf einem virtuellen Server mit Ubuntu 20.04 LTS, den wir leider ohne zusätzliche finanzielle Unterstützung weder aktualisieren noch erweitern können. Wenn du also Interesse an der Nutzung eines ELN hast, sichere dir noch heute deinen Platz, indem du dich unter 
 &lt;a href="https://elab.ltdk.helsinki.fi" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://elab.ltdk.helsinki.fi&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 anmeldest und unten die Option „Login through your institution“ wählst. Dort hast du die Möglichkeit, ein Team auszuwählen. Der Teamadministrator muss Sie erst freischalten, bevor Sie das System nutzen können. Wenn Sie Ihr Labor nicht unter den Teams finden können, bedeutet dies, dass Sie der erste Nutzer aus Ihrem Labor sind, der dieses System nutzt. In diesem Fall sollten Sie das Team „Helsinki University“ auswählen und mich per E-Mail (
 &lt;a href="mailto:michael@jeltsch.org"&gt;michael@jeltsch.org&lt;/a&gt;
) kontaktieren, da ich ein neues Team für Ihr Labor registrieren muss und Sie der Administrator dieses neuen Teams sein werden.&lt;strong&gt;Zugang für Besucher&lt;/strong&gt;Wenn Sie kein Konto der Universität Helsinki haben, können Sie das System dennoch nutzen, sofern Sie sich im Eduroam-Netzwerk der Universität Helsinki befinden. Sie müssen jedoch den Link „Jetzt registrieren“ verwenden, und Ihr Konto muss von einem Systemadministrator genehmigt werden.&lt;strong&gt;Ausführung auf Ihrem lokalen Rechner&lt;/strong&gt;Die Systemanforderungen von eLabFTW sind relativ gering, und Ihr Laptop dürfte keine Probleme haben, eine lokale Kopie des Docker-Containers auszuführen. Die Installation von eLabFTW auf einem neueren Windows- oder macOS-Computer ist zwar möglich, jedoch in gewisser Weise kontraproduktiv, da dadurch weder Netzwerkzugriff noch Teamfunktionen zur Verfügung stehen. Selbst wenn Sie all das nicht benötigen, würde ich Ihnen empfehlen, einen alten Desktop-Computer für diese Aufgabe umzufunktionieren und das Programm auf einer regulären Linux-Serverinstallation auszuführen. Gerne beantworte ich alle Fragen, die Sie möglicherweise haben (sowohl aus der Perspektive eines Systemadministrators als auch aus der eines Endnutzers).&lt;/p&gt;</description></item><item><title>Hindernisse bei der Einführung elektronischer Laborjournale</title><link>https://jeltsch.org/de/barriers_to_electronic_lab_notebook_adoption/</link><pubDate>Thu, 08 Jun 2017 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://jeltsch.org/de/barriers_to_electronic_lab_notebook_adoption/</guid><description>&lt;p&gt;Unser Labor beschäftigt sich schon seit einiger Zeit mit elektronischen Labornotizbüchern (ELNs). Eine 
 &lt;a href="https://jcheminf.springeropen.com/articles/10.1186/s13321-017-0221-3" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;aktuelle Veröffentlichung&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 im 
 &lt;a href="https://jcheminf.springeropen.com" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Journal of Cheminformatics&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 befasste sich mit den Hindernissen bei der Einführung von ELNs. Insbesondere im akademischen Bereich nutzen immer noch mehr als 90 % der Wissenschaftler das traditionelle Laborheft aus Papier. Das größte Hindernis für die Einführung waren die Kosten – sowohl in finanzieller Hinsicht als auch im Hinblick auf die Aneignung neuer Gewohnheiten. Knapp dahinter auf den Plätzen 3 und 4 folgten der Implementierungsaufwand und Sicherheitsbedenken. Zwar sind die Autoren eindeutig voreingenommen (sie entwickeln das Open-Source-ELN 
 &lt;a href="https://scinote.net/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;ELN SciNote&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
), doch sind die Hindernisse bei der Einführung dieselben, die ich in meinem Labor und an der Universität Helsinki erlebe.Ich war verblüfft, als ich vor etwa zwei Monaten eine E-Mail mit der Nachricht erhielt, dass die Universität Helsinki eine Rahmenvereinbarung mit dem 
 &lt;a href="http://www.labvantage.com/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;LabVantage&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
-LIMS/ELN-Anbieter Software Point ausgehandelt hatte. Zwar halte ich eine universitätsweite ELN-Lösung für notwendig, doch scheint dieser Vertrag für die meisten forschungsorientierten Labore an der Universität Helsinki alles andere als optimal zu sein. Mehrere Labore der Universität nutzen bereits seit einiger Zeit ELNs, und keines von ihnen hatte Kenntnis von den Bemühungen, eine universitätsweite Vereinbarung für eine LIMS/ELN-Lösung zu schließen. Und keines der Labore, die bereits ein LIMS/ELN nutzen, hat sich für LabVantage entschieden, sondern für andere Lösungen (
 &lt;a href="https://www.labguru.com/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Labguru&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
, 
 &lt;a href="https://scinote.net/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;SciNote&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
, 
 &lt;a href="https://www.elabftw.net/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;eLabFTW&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
). Es wäre hilfreich gewesen, wenn im Bewertungsteam jemand vertreten gewesen wäre, der über praktische Erfahrung mit der Nutzung von LIMS/ELNs verfügt (oder jemand, der an der Entwicklung von LIMS/ELNs mitgewirkt hat), zumal solches Fachwissen an der Universität Helsinki vorhanden ist.Nur wenige Personen waren an den Verhandlungen beteiligt, während die Mehrheit der Beteiligten nicht einmal um ihre Meinung gebeten wurde. Als ich ausdrücklich nach dieser abgeschotteten Vorgehensweise fragte, lautete die Antwort: Nur sehr wenige Einheiten (hauptsächlich die Abteilung für Chronologie und eine Person aus dem Fachbereich Chemie) waren damals an der Anschaffung beteiligt, obwohl die Informationen universitätsweit verbreitet wurden und jeder willkommen war, sich zu beteiligen und seine Bedürfnisse zu äußern. Doch obwohl ich versuche, die Entwicklungen der IT-Infrastruktur aktiv zu verfolgen, habe ich nirgendwo Ankündigungen gesehen, und auch bei einer rückblickenden Suche konnte ich nichts finden, was mich darauf aufmerksam gemacht und mir eine Beteiligung ermöglicht hätte. Die Labore, die am meisten zum internationalen Erfolg der Universität Helsinki beitragen, sind die wichtigsten Interessengruppen, wurden jedoch ignoriert. Vielleicht wäre eine etwas aktivere Suche nach den Interessengruppen angebracht gewesen. Das mit LabVantage ausgehandelte Basispaket scheint auf Routine- und klinische Laborarbeit ausgerichtet zu sein, nicht jedoch auf innovative Forschung. Zu den beiden Modulen, die für die Forschungsarbeit in den Lebenswissenschaften am dringendsten benötigt werden, gehören das ELN und das Speichermanagement. Leider fehlen viele für die Lebenswissenschaften spezifische Routinen (wie die Suche nach DNA- und Proteinsequenzen mit BLAST-ähnlichen Suchalgorithmen) gänzlich im Angebot, obwohl sie für die Lebenswissenschaften dringend benötigt werden. Das Fehlen einer kostenlosen API (wie sie 
 &lt;a href="https://elabftw.readthedocs.io/en/latest/api.html" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;eLAbFTW&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 oder 
 &lt;a href="https://support.scinote.net/hc/en-us/articles/115001421649-Gibt-es-eine-API-oder-einen-Webdienst-zur-Integration-von-sciNote-in-eine-Anwendung-eines-Drittanbieters-" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;SciNote&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 bald bieten wird), hindert Nutzer daran, ihren eigenen, bereits vorhandenen Code oder ihre eigenen Datenbanksysteme einzubinden. Jede noch so kleine Änderung würde die Einbeziehung der LabVantage-Entwickler erfordern, was ein sehr langwieriger und kostspieliger Prozess wäre. In der Praxis bedeutet dies, dass Mängel des Systems niemals behoben werden. Das Basispaket kann von jedem Labor der Universität nach einer einmaligen Zahlung von 200 € pro Nutzer genutzt werden (keine Floating-Lizenzen, nur dedizierte Nutzer). Für unser Labor würde sich das auf 2.000 € belaufen, doch ein niedriger Preis ist an sich noch kein Verkaufsargument. Im Rahmen der Rahmenvereinbarung kann jedes Labor die zusätzlichen Module selbst bezahlen, doch der hohe Preis von 17.500 € macht es unwahrscheinlich, dass dies jemand tun wird. Ich bin nicht bereit, mich für einen gemeinsamen Kauf einzusetzen, da sich nicht abschätzen lässt, ob diese Module für die tägliche Laborarbeit geeignet wären. Im Gegensatz zu den meisten anderen Anbietern bietet LabVantage keine kostenlose Testversion des Systems an. Es macht mich misstrauisch, wenn ein Anbieter keine Testversion anbietet. Wenn das Produkt gut ist, wird eine Testversion potenzielle Kunden vom Kauf überzeugen. Wenn das Produkt gut ist, was könnte dann der Nachteil einer Testversion für den Anbieter sein? Wir haben in den letzten zwei Jahren selbst mehrere ELN-Lösungen getestet, und einige Systeme erhielten sehr schlechtes Feedback von denjenigen, die sie täglich nutzen (z. B. umständlicher Datenimport, unintuitive Benutzeroberfläche, langsame Serverantworten). Tatsächlich nutzen wir für das Oligonukleotid-Management und die Lagerung von Proteinen und Enzymen immer noch das absolut veraltete Open-Source-LIMS, das ich vor etwa 15 Jahren als Doktorand mitentwickelt habe (
 &lt;a href="http://phplabdb.sourceforge.net" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;http://phplabdb.sourceforge.net&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
, jetzt unter 
 &lt;a href="https://github.com/mbekaert/phplabdb%29" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://github.com/mbekaert/phplabdb)&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
. In meinem Labor nutzen wir 
 &lt;a href="https://www.elabftw.net/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;eLabFTW&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
. Wir verfügen über eine lokale Installation im Intranet der Universität Helsinki (auf die von überall aus über VPN zugegriffen werden kann), und jeder Angehörige der Universität Helsinki kann dort einen Account erhalten. Wenn Sie Interesse daran haben, es auszuprobieren, kontaktieren Sie mich bitte! Die entscheidende Frage bleibt unbeantwortet: Warum wurde die Mehrheit der Beteiligten nicht in den Entscheidungsprozess einbezogen?&lt;/p&gt;</description></item><item><title>OpenBIS für Anfänger</title><link>https://jeltsch.org/de/openbis_for_dummies/</link><pubDate>Tue, 06 Sep 2016 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://jeltsch.org/de/openbis_for_dummies/</guid><description>&lt;p&gt;Wenn Sie – so wie wir derzeit – darüber nachgedacht haben, 
 &lt;a href="https://jeltsch.org/de/tags/eln/"&gt;von Papier auf elektronische Laborjournale umzusteigen&lt;/a&gt;
, sind Sie vielleicht schon auf die Lösung 
 &lt;a href="https://wiki-bsse.ethz.ch/display/bis/Home" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;OpenBIS&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 gestoßen. Sie möchten OpenBIS installieren, wissen aber nicht, wie Sie vorgehen sollen? Mir ging es genauso, und deshalb habe ich es so lange versucht, bis es geklappt hat. Glücklicherweise habe ich Unterstützung vom ETHZ OpenBIS-Team und unserem lokalen IT-Support erhalten, aber natürlich können diese den Mangel an Kenntnissen über Jetty und PostgreSQL nicht ausgleichen.Wenn ihr es nur kurz ausprobieren wollt, ist es vielleicht einfacher, das VirtualBox-Image herunterzuladen, auf dem bereits alles vorinstalliert und vorkonfiguriert ist (
 &lt;a href="https://wiki-bsse.ethz.ch/display/bis/openBIS&amp;#43;ELN-LIMS&amp;#43;Virtual&amp;#43;Machine" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://wiki-bsse.ethz.ch/display/bis/openBIS+ELN-LIMS+Virtual+Machine&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 ). Ich hatte jedoch keine schnelle Hardware, um das VirtualBox-Image auszuführen, und kam zu dem Schluss, dass es auf einem alten Computer als Bare-Metal-System schnell genug laufen würde. Die folgenden Anmerkungen basieren auf meinen Erinnerungen und den endgültigen Konfigurationsdateien, die funktioniert haben. Ich werde den Server jedoch trotzdem noch einmal von Grund auf neu einrichten und dabei ausschließlich die unten aufgeführten Schritte ausführen, um sicherzustellen, dass ich nichts Wichtiges übersehen habe. In der Zwischenzeit möchte ich diese Informationen jedoch bereits veröffentlichen. Ich hätte mich gefreut, wenn ich eine Anleitung nach dem Motto „OpenBIS-Installation für Dummies“ gefunden hätte. Um eine sehr lange Supportdauer zu gewährleisten, habe ich mich bei der Installation für Ubuntu 16.04 Server entschieden (das VirtualBox-Image verwendet Ubuntu 14.04 Desktop) und die neueste Version von 
 &lt;a href="https://wiki-bsse.ethz.ch/display/bis/Production&amp;#43;Releases" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;OpenBIS 16.05.1&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 (man muss sich für ein Konto registrieren, um die Software herunterladen zu können). Das Plugin für das elektronische Labor-Notizbuch (ELN) ist in dieser Version enthalten. Dabei tritt ein Problem mit der Java-7-Unterstützung auf (diese wird nicht mehr lange gepflegt, und ich werde bald versuchen, OpenBIS ELN mit Java 8 auszuführen, aber diese Anleitung verwendet ein Java-7-PPA für Ubuntu 16.04).1. Führen Sie eine Neuinstallation von Ubuntu 16.04.1 Server durch. Legen Sie während der Installation den Administratorbenutzer „openbis“ an. Wenn Sie zur Softwareauswahl aufgefordert werden, wählen Sie zusätzlich zu den Standard-Systemdienstprogrammen OpenSSH und PostgreSQL aus. Nach der ersten Anmeldung (als Benutzer „openbis“) aktualisieren und upgraden Sie die gesamte Software auf die neueste Version und installieren Sie Emacs (oder einen Texteditor Ihrer Wahl) sowie unzip: &lt;code&gt;sudo apt install unzip emacs24-nox&lt;/code&gt; 2. Installieren Sie Java 7. Hier ist eine Möglichkeit, wie du das machen kannst:&lt;code&gt;sudo add-apt-repository ppa:openjdk-r/ppa sudo apt-get update sudo apt-get install openjdk-7-jre-headless&lt;/code&gt;3. Um PostgreSQL korrekt einzurichten, ändern Sie die Konfigurationsdatei &lt;code&gt;/etc/postgres/9.5/main/pg_hba.conf&lt;/code&gt;. Bei allen Zeilen, die mit &lt;strong&gt;peer&lt;/strong&gt; enden, sollte &lt;strong&gt;peer&lt;/strong&gt; in &lt;strong&gt;trust&lt;/strong&gt; geändert werden! Laden Sie anschließend PostgreSQL neu: &lt;code&gt;sudo systemctl reload postgreql&lt;/code&gt;4. Wenn Sie die Installation auf einer virtuellen Maschine wie VirtualBox durchführen, ist es sinnvoll, die Gast-Utilities zu installieren, da dies die Arbeit erleichtert (virtualbox-guest-utils). Legen Sie einen gemeinsam genutzten (permanenten, automatisch gemounteten) Ordner an und fügen Sie „openbis“ zur Gruppe „vboxsf“ hinzu: &lt;code&gt;sudo usermod -a -G vboxsf openbis&lt;/code&gt;4. Legen Sie die komprimierte openBIS-Installationsdatei im Home-Verzeichnis des Benutzers „openbis“ ab.5. Entpacken Sie das Installationsprogramm:&lt;code&gt;tar -xvzf openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799.tar.gz&lt;/code&gt;6. Wechseln Sie in das entpackte Verzeichnis: &lt;code&gt;cd openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799&lt;/code&gt; 7. Ändern Sie die folgenden Einträge in der Datei „console.properties“: &lt;code&gt;INSTALL_PATH=/home/openbis/DSS_ROOT_DIR=/home/openbis/dataELN-LIMS = truePATHINFO_DB_ENABLED = trueINSTALLATION_TYPE = server&lt;/code&gt;Für diesen Test habe ich das Passwort des Keystores nicht geändert, aber Sie sollten dies aus Sicherheitsgründen tun, wenn Sie den Server im Produktivbetrieb einsetzen!8. Führen Sie das Installationsprogramm aus (nicht als root, sondern als openbis-Benutzer):&lt;code&gt;./run-console.sh&lt;/code&gt;9. Wenn das Installationsprogramm Sie auffordert, das Passwort für den openBIS-Benutzer „admin“ einzugeben, geben Sie das Passwort ein, das Sie verwenden möchten, wenn Sie sich als Admin in die Weboberfläche einloggen.10. Wenn die Installation abgeschlossen ist, wechseln Sie in das Verzeichnis ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc und bearbeiten Sie die Datei &lt;strong&gt;service.properties&lt;/strong&gt;. Eigentlich müssen Sie nichts ändern, damit die Installation funktioniert, aber wir mussten das System für die Anmeldeauthentifizierung über LDAP konfigurieren.&lt;code&gt;authentication-service = file-authentication-service =&amp;gt; authentication-service = file-ldap-authentication-service&lt;/code&gt;Wenn Sie ausschließlich LDAP verwenden (d. h. authentication-service = ldap-authentication-service), müssen im LDAP-Verzeichnis bestimmte spezielle Benutzer vorhanden sein. Wir authentifizieren über den LDAP-Server unserer Universität nur reguläre Benutzer des Systems; daher muss sich beispielsweise der Admin-Benutzer lokal authentifizieren. Dieser Admin-Benutzer wird während der Installation eingerichtet, aber damit dies funktioniert, müssen sowohl die Datei- als auch die LDAP-Authentifizierung aktiviert sein. Dies ist die Adresse unseres LDAP-Servers, wie sie in der Datei „service.properties“ angegeben ist. Sie enthält die Authentifizierungsbasis, die Sie bei Ihren Systemadministratoren erfragen müssen: &lt;code&gt;ldap.server.url = ldap://ldap2015.it.helsinki.fi/OU=people,DC=helsinki,DC=fi&lt;/code&gt;Dies ist der LDAP-Benutzer und sein Passwort auf dem LDAP-Server (fragen Sie mich nicht, warum die LDAP-Leute für ein so einfaches Konzept solch komplizierte Wortmonster verwenden):&lt;code&gt;ldap.security.principal.distinguished.name = OU=openbis,OU=login,DC=helsinki,DC=fi``ldap.security.principal.password = PASSWORT&lt;/code&gt;Die folgenden Parameter sind spezifisch für unseren LDAP-Server. Wir verwenden OpenLDAP, und da OpenBIS TLS offenbar nicht unterstützt, nutzen wir SSL:&lt;code&gt;ldap.security.protocol = ssl``ldap.security.authentication-method = simple``ldap.queryTemplate = (&amp;amp;(%s))&lt;/code&gt;OpenBIS erfordert HTTPS. Sie können entweder das selbstsignierte Zertifikat (von der ETHZ bereitgestellt) beibehalten oder ein eigenes Zertifikat installieren. Wenn Sie das selbstsignierte Zertifikat beibehalten, erhalten alle Benutzer eine Warnung, wenn sie versuchen, sich beim Webdienst anzumelden. Es scheint ein weiteres Problem zu geben, da das Hochladen von Dateien mit dem selbstsignierten Zertifikat offenbar nicht funktioniert, da die HTTPS-Anfrage über Port 8444 nicht zu einer Sicherheitswarnung führt, die den Benutzern im Browserfenster angezeigt wird und die sie übergehen könnten.Daher blieb uns nichts anderes übrig, als ein echtes Zertifikat zu beschaffen, was dank der Leute von 
 &lt;a href="https://letsencrypt.org/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Let’s Encrypt&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 heute glücklicherweise einfacher ist als noch vor einem Jahr. Dennoch hat es einige Zeit gedauert, bis wir die Zertifikatsangelegenheiten richtig hinbekommen haben. Wir betreiben den OpenBIS-Server innerhalb des Universitätsnetzwerks, und er ist von außen nicht sichtbar. Benutzer, die von außen darauf zugreifen möchten, müssen ein VPN verwenden. Daher mussten wir einen temporären „falschen“ Server mit demselben Namen auf einer öffentlich erreichbaren IP-Adresse einrichten und ein Let’s Encrypt-Zertifikat generieren (Let’s Encrypt ist für Jetty noch nicht automatisiert). Ich habe die automatisierte Methode für Apache2 auf meinem eigenen Server bei Digital Ocean verwendet und anschließend die beiden wichtigen Dateien (fullchain1.pem und privkey1.pem) aus dem Verzeichnis /etc/letsencrypt/archive/eln.jeltsch.org abgerufen und auf unseren OpenBIS-Server verschoben. Um sie in das richtige Format für den Java-Keystore zu konvertieren, habe ich folgende Befehle verwendet:&lt;code&gt;openssl pkcs12 -export -out keystore.pkcs12 -in fullchain1.pem -inkey privkey1.pemkeytool -importkeystore -srckeystore keystore.pkcs12 -srcstoretype PKCS12 -destkeystore keystore.jks&lt;/code&gt;Der erste Befehl fragt nach einem Export-Passwort. Es spielt keine Rolle, was Sie eingeben (ich habe 12345678 verwendet). Der zweite Befehl fragt nach einem Passwort für den Ziel-Keystore. Geben Sie hier „changeit“ ein, falls Sie das Standard-Keystore-Passwort („changeit“) während der Einrichtung nicht geändert haben. Anschließend werden Sie auch nach dem Passwort für den Quell-Keystore gefragt (das ist das oben von mir verwendete „12345678“).Anschließend musst du noch den Inhalt dieses Keystores zum bereits vorhandenen Keystore hinzufügen. Dafür gibt es wahrscheinlich viele Möglichkeiten, aber ich habe ein grafisches Tool namens 
 &lt;a href="http://www.keystore-explorer.org/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Keystore Explorer&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 verwendet. Man öffnet einfach beide Keystores (dafür benötigt man das Passwort „changeit“), löscht den bestehenden Eintrag für die ETHZ und fügt den einzigen (letsencrypt) Eintrag aus dem neu generierten Keystore hinzu. Ersetze die Dateien „keystore“ und „openBIS.keystore“ im Verzeichnis ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc/ durch den geänderten Keystore. Beide Dateien sind identisch; ich weiß derzeit nicht, welchen Sinn diese Duplizierung hat. Außerdem musst du ~/openbis/servers/datastore_server/etc/openBIS.keystore durch die neue Version des Keystores ersetzen. Aus irgendeinem Grund funktionierte das Hochladen nicht. Um das Hochladen zu ermöglichen, muss in der Datei „service.properties“ des Datastore-Servers die Host-Adresse des Datastore-Servers angegeben werden: &lt;code&gt;https://eln muss lauten =&amp;gt; https://eln.jeltsch.org&lt;/code&gt;. Da wir für die Zertifikatserstellung einen anderen Host verwendet hatten, kam es zu einer Nichtübereinstimmung der Hostnamen, und wir mussten die Hostname-Einstellungen manuell überschreiben: Ändern Sie diese in den Dateien /etc/hostname und /etc/hosts und starten Sie anschließend den Server neu. Der Installer übernahm jedoch nur den ersten Teil des vollständigen Namens für die &lt;code&gt;service.properties&lt;/code&gt;-Dateien des Datastore-Servers. Der Name unseres Servers lautet &lt;code&gt;eln.jeltsch.org&lt;/code&gt;, was zu &lt;code&gt;https://eln&lt;/code&gt; führte, was in unserem Netzwerk nicht aufgelöst werden konnte, da wir das Let’s Encrypt-Zertifikat auf einem anderen Server signieren ließen. Nachdem wir die „service.properties“-Dateien geändert und den Server neu gestartet hatten, waren wir endlich bereit, den Server zu testen: 11. Starten des Servers: Melden Sie sich als Benutzer „openbis“ am Server an. &lt;code&gt;cd ~/openbis/bin/./allup.sh&lt;/code&gt; 12. Rufen Sie auf einem anderen Computer in Ihrem Webbrowser die Adresse „https://eln.jeltsch.org:8443/openbis/webapp/eln-lims“ auf. Wenn Sie kein öffentlich vertrauenswürdiges Zertifikat installiert haben, warnt Sie der Browser nun, dass die Verbindung nicht sicher ist. Klicken Sie einfach auf „Erweitert“ und bestätigen Sie die Sicherheitsausnahme. Sie müssen sich als „admin/PASSWORD“ (das Sie bei der Installation festgelegt haben) anmelden. Es gibt einige 
 &lt;a href="https://wiki-bsse.ethz.ch/display/openBISDoc/openBIS&amp;#43;ELN-LIMS&amp;#43;Tutorial" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Anleitungen&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 zur Verwendung des ELN. Die Mitarbeiter in meinem Labor haben mir jedoch mitgeteilt, dass die Benutzeroberfläche nicht sehr intuitiv ist und ich ihnen die Grundlagen beibringen muss. Ich halte es für sinnvoll, in einem Tutorial die typische Konfiguration in einem typischen kleinen Life-Science-Labor zu beschreiben: welche Arbeitsbereiche mit welchen Zugriffsrechten für wen, sowie häufige Szenarien (z. B. wenn bestimmte Reagenzienlisten für Außenstehende zugänglich sein müssen usw.). Außerdem habe ich viele Verbesserungsvorschläge. Es wäre zum Beispiel schön, mehr „ELN-Vorschauen“ für hochgeladene Dokumente zu erhalten. Derzeit lassen sich Bilder in der Vorschau anzeigen, PDF-Dateien jedoch nicht (ich habe SVG-Dateien noch nicht ausprobiert, aber wir verwenden sie recht häufig für Bildannotationen). Dies ist sicherlich nicht mein letzter Beitrag zu OpenBIS, und bis wir das System in den produktiven Einsatz nehmen (voraussichtlich Anfang nächsten Jahres), muss ich noch viel lernen.&lt;/p&gt;</description></item></channel></rss>