Emission on Michael’s Domain

Das Betriebssystem ist Suse Linux 9

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Ich teste derzeit verschiedene grafische Benutzeroberflächen für das Molekularsoftware-Paket EMBOSS und habe gute Bewertungen zu kaptain gelesen. Da es jedoch keine RPM-Pakete von kaptain für Suse Linux 9 gibt, habe ich versucht, es selbst zu kompilieren. Das erste Problem war, dass das configure-Skript die Bibliotheken und Header für Qt3 nicht finden konnte:> checking for Qt… configure: error: Qt (>= Qt 2.2.2) (headers and libraries) not found. Bitte überprüfe deine Installation!“ Daher habe ich ./configure mit der Option ausgeführt:> ./configure –with-qt-dir=/usr/lib/qt3Nun läuft das Konfigurationsskript bis zum Ende durch. Allerdings schlägtmake immer noch fehl, die letzten Zeilen der Ausgabe sehen so aus:Making all in kaptain make[2]: Entering directory /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain' g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I.. -I/usr/lib/qt3/include -I/usr/X11R6/include -D_REENTRANT -O2 -fno-exceptions -fno-check-new -c kaptain.cpp kaptain.cpp: Im Konstruktor Kaptain::Kaptain(Intermediate*, Kaptain*, QWidget*, QBoxLayout*, QDialog*, bool, const char*)‘: kaptain.cpp:99: Fehler: assert‘ nicht deklariert (erste Verwendung dieser Funktion) kaptain.cpp:99: Fehler: (Jeder nicht deklarierte Bezeichner wird nur einmal pro Funktion gemeldet, in der er vorkommt.) kaptain.cpp: In der Mitgliedsfunktion void Kaptain::button_pressed()’: kaptain.cpp:1576: Fehler: ostream_iterator' nicht deklariert (erste Verwendung in dieser Funktion) kaptain.cpp:1576: Fehler: Parsing-Fehler vor dem Token >’ kaptain.cpp:1598: Fehler: Parsing-Fehler vor dem Token >' make[2]: *** [kaptain.o] Fehler 1 make[2]: Verzeichnis /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain’ wird verlassen make[1]: *** [all-recursive] Fehler 1 make[1]: Verzeichnis /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71' wird verlassen make: *** [all-recursive-am] Fehler 2Ich habe Hilfe vom Autor der Software, Zsolt Terek, erhalten. Ich musste am Anfang von kaptain.cpp Folgendes einfügen: include include .

EMBOSS und GCK für die Assemblierung und Dokumentation von Konstruktsequenzen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich versuche, EMBOSS für die Assemblierung von Vektorsequenzen zu verwenden. Vor langer Zeit habe ich zu diesem Zweck das Programm „seqed“ von CGC verwendet, und derzeit nutze ich das Gene Construction Kit . EMBOSS verfügt über kein direktes Äquivalent zu „seqed“, sodass man eine Reihe anderer Tools verwenden muss, um dessen Funktionalität zu ersetzen. Sehen Sie sich diesen Vergleich zwischen CGC und EMBOSS an.

Softwareentwicklungsprojekte für die Molekularbiologie

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5-bezogen

GCK2.5-Fehlerbehebung unter Wine** Es gibt immer noch einige Fehler, die die Nutzung von GCK2.5 unter Wine manchmal erschweren. Insbesondere die Unmöglichkeit, Regionen zu annotieren, nach einer Sequenz zu suchen und eine neue Datei zu öffnen.
GCK2.5-Export** GCK2.5 kann keine Dateien im EMBL-Format exportieren, bei denen die Regionen in Features umgewandelt wurden. Es kann jedoch Kommentare in eine Textdatei und reine Sequenzen in eine Textdatei exportieren. Es sollte ein Leichtes sein, ein Perl-Skript zu schreiben, das diese beiden Dateien übernimmt und sie in eine EMBL-Datei, eine EMBOSS-CIRDNA-/LINDNA-Datei oder eine pDRAW32-Datei konvertiert.
GCK2.5/Wine-Desktop-Integration** Beim Klicken auf Dateien, die mit Windows-Programmen (unter Verwendung von Wine) verknüpft sind, übergibt der Linux-Dateimanager (z. B. Konqueror) die Datei als Argument an die zugehörige Windows-Anwendung, und die Datei wird unter Wine geöffnet. GCK2.5 weigert sich jedoch, die Datei als Argument anzunehmen. Wenn ich auf eine .gcc-Datei klicke, startet GCK2.5 zwar, öffnet aber ein leeres Fenster, und ich muss die .gcc-Datei erst innerhalb von GCK2.5 öffnen. Das ist unnötiges Klicken, insbesondere wenn ich mehrere Ordnerhierarchien durchlaufen muss. Wenn GCK2.5 nativ unter Windows läuft, ist es dann möglich, GCK2.5 mit einer Konstruktionsdatei als Befehlszeilenargument zu starten? Das sollte ich mal prüfen.

pDRAW32-bezogen

So übertragen Sie die Oligo-Datenbank von MacVec Tor in eine webbasierte BLAST-Datenbank

Tue, 06 Mar 2007 00:00:00 +0000

Speichern Sie alle Sequenzen in einem Flatfile-Format (NICHT im MacVector-Format), z. B. im GenBank-Format. 2. Kopieren Sie alle Sequenzen auf einen Linux-/UNIX-Rechner und konvertieren Sie sie vom Mac-Format ins UNIX-Format: mac2unix *.gb 3. Schreiben Sie alle Namen der Sequenzdateien in eine Datei: ls *.gb > oligo.lst4. Konvertieren Sie alle Sequenzen mit EMBOSS in eine Datei mit verketteten Fasta-Einträgen: seqret -sequence @oligo.lst -osformat fasta. Benennen Sie die Ausgabedatei „mcbl_oligo_db“. 5. Legen Sie diese Fasta-Datei im Datenbankverzeichnis des BLAST-Webservers ab (…/blast/db). 6. Formatieren Sie die Datenbank: formatdb -i mcbl_oligo_db -p F -o T. 7. Bearbeiten Sie die Datei „…/blast/blast.html“, indem Sie den Namen der neuen Datenbank hinzufügen. 8. Bearbeiten Sie die Datei „…/blast/blast.rc“, indem Sie den Namen der neuen Datenbank hinzufügen.

Tools zur synonymen Mutagenese (EMBOSS, GCK): WatCut als Lösung

Sun, 22 Feb 2004 00:00:00 +0000

UPDATE: Im Mai 2026 wurde die letzte funktionierende Instanz des WatCut-Webdienstes (der Universität Pittsburgh) eingestellt. Tools wie Snapgene ( https://snapgene.com ) bieten jedoch dieselbe Funktionalität (d. h., sie können potentielle neue Restriktions-Schnittstellen erkennen, die durch synonyme Mutagenese von zwei Nukleotiden zustande kommen).