Evolution on Michael’s Domain

Haben Fische Schwierigkeiten beim Atmen?

Fri, 28 Jun 2024 00:00:00 +0000

Fische atmen mit ihren Kiemen, doch für viele von ihnen ist dies im wahrsten Sinne des Wortes nur die halbe Wahrheit. Die Schwierigkeit, Sauerstoff aus dem Wasser zu gewinnen, ist der entscheidende Faktor, der die Evolution der Fische prägt. Landtiere sind meist derselben Sauerstoffkonzentration ausgesetzt, während Fische in Gewässern mit stark unterschiedlichem und sich rasch änderndem Sauerstoffgehalt leben müssen. Zudem enthält Wasser viel weniger Sauerstoff als Luft, und die Sauerstoffdiffusion im Wasser verläuft um Größenordnungen langsamer als in der Luft. Daher war die Evolution der Fische gezwungen, kreative Wege zu finden, um

Es ist schwierig, die Arbeiten der Schüler zu benoten.

Sat, 16 Dec 2023 00:00:00 +0000

Ich habe in diesem Herbst Hunderte von studentischen Arbeiten gelesen. In vielen dieser Arbeiten sollen die Studierenden Fragen beantworten. Die Benotung dieser Arbeiten bedeutet, zu entscheiden, ob die Antwort „richtig“ oder „falsch“ ist. Das ist manchmal schwierig. Die meisten Antworten liegen irgendwo zwischen „richtig“ und „falsch“. Daher offenbart die Notwendigkeit der Benotung ein tiefer liegendes Problem: Bevor ich entscheiden kann, wo auf dem Spektrum zwischen „richtig“ und „falsch“ die Antworten der Studierenden liegen, muss es ein objektives „richtig“ und „falsch“ geben. Andernfalls sind objektive Noten von vornherein eine Illusion (ganz abgesehen von dem Problem, wie man sie zuverlässig festlegen könnte). Allerdings ist unser gesamtes wissenschaftliches Wissen vorläufig. Es unterliegt Änderungen oder sogar einer Umkehrung, sobald neue, bessere Daten verfügbar werden. Wie kann man also eine Arbeit mit irgendeiner Sicherheit benoten? Glücklicherweise ist nicht unser gesamtes Wissen gleichwertig. Ein wichtiges Kennzeichen einer wissenschaftlichen Aussage ist die Falsifizierbarkeit , ein Konzept, das vielleicht erstmals vom Wissenschaftsphilosophen Karl Popper in seinem Buch Die Logik der wissenschaftlichen Entdeckung populär gemacht wurde. Was sind Beispiele für wissenschaftlich falsifizierbare Theorien?

OMG: Der T. rex hatte kein VEGF-B!

Wed, 05 Apr 2023 00:00:00 +0000

Unsere Arbeit zum evolutionären Ursprung der Wachstumsfaktoren PDGF und VEGF wurde soeben in Angiogenesis veröffentlicht: https://doi.org/10.1007/s10456-023-09874-9 . Wir haben sowohl PDGFs als auch VEGFs analysiert, aber unser Schwerpunkt lag natürlich auf der VEGF-Seite. Es ist reiner Zufall, dass die PDGFs zufällig eine Untergruppe der VEGFs sind und nicht umgekehrt, aber das ist natürlich nur unsere voreingenommene Sichtweise :-) Da wir auf dem Gebiet der Lymphforschung tätig sind, können wir stolz verkünden, dass das phylogenetisch älteste VEGF wahrscheinlich dem VEGF-C ähnelte und die rätselhafte Seiden-Homologie-Domäne aufwies. Das erscheint intuitiv einleuchtend (und war bereits zuvor von Jörg Wilting vorgeschlagen worden), denn die einfachsten uns bekannten Gefäßsysteme sind die sogenannten Hämolymphsysteme (z. B. bei Insekten), die viele Merkmale mit dem Lymphsystem gemeinsam haben. Mit dieser Veröffentlichung haben wir nichts Außergewöhnliches geleistet, was nur wenige können. Wir haben etwas getan, was jeder tun könnte, was aber bisher noch niemand getan hat: systematisch zu untersuchen, welche Tiere welche PDGFs und VEGFs besitzen. Tatsächlich haben wir etwas Neues getan: Wir haben eine Crowdsourcing-Methode zur Klassifizierung von PDGFs und VEGFs entwickelt. Anstatt Menschen zu befragen, haben wir Datenbanken befragt. In Datenbanken gibt es viele PDGF-ähnliche und VEGF-ähnliche Sequenzen, die nur anhand der Homologie ihrer Aminosäuresequenz als solche erkennbar sind. Um herauszufinden, ob es sich beispielsweise um ein VEGF-C oder ein VEGF-D handelt, führen wir zahlreiche (PSI)BLAST-Suchen durch und ermitteln anschließend die Mehrheitsmeinung (basierend auf den Top-Treffern).Viele Überraschungen erwarteten uns, nachdem das Bioinformatik-Skript nach zwei Wochen der Suche und des Vergleichs von PDGF- und VEGF-ähnlichen Sequenzen seine Arbeit beendet hatte:

Die Entwicklung der Wachstumsfaktoren PDGF und VEGF

Thu, 22 Sep 2022 00:00:00 +0000

Wir haben einen Preprint unseres neuesten Manuskripts über die Evolution der PDGF/VEGF-Wachstumsfaktoren auf bioRxiv hochgeladen. Wir haben den PDGF/VEGF-Anteil des Proteoms bei allen Tierarten, für die Daten vorliegen, umfassend analysiert. Einige dieser Daten lagen uns bereits seit einiger Zeit vor, doch nun ergänzen wir sie durch eine detaillierte Untersuchung von Fischen. Die Gefäßbiologie von Fischen ist nach der Veröffentlichung von Das et al. Anfang dieses Jahres noch faszinierender geworden ( lesen Sie mehr über diese außergewöhnliche Arbeit ).Die bemerkenswerte Heterogenität der Gefäßsysteme bei Fischen scheint durch eine ähnlich weitreichende Heterogenität auf molekularer Ebene gestützt zu werden. Oft, wenn auch nicht immer, lässt sich diese genetische Heterogenität auf Duplikationen des gesamten Genoms zurückführen. Fische vertragen vollständige Genomduplikationen besser als Säugetiere. Zumindest gab es in verschiedenen Zweigen des phylogenetischen Baums der Fische eine ganze Reihe solcher Duplikationen, was zu polyploiden oder sogar tetraploiden Arten führte. Dies hat dazu geführt, dass einige Fischarten im Vergleich zum Menschen viermal so viele PDGF/VEGF-Gene aufweisen und somit weitaus mehr Möglichkeiten zur Diversifizierung der Funktionen dieser Moleküle haben.Das allererste PDGF/VEGF-ähnliche Molekül tauchte wahrscheinlich vor mehr als 800 Millionen Jahren während des Präkambriums auf, als Meeresorganismen erste Anzeichen einer Gewebeorganisation zeigten. Würden wir versuchen, dieses Molekül zu rekonstruieren, würde es einem modernen VEGF-C bemerkenswert ähnlich sehen. Insbesondere die C-terminale „Seiden-Homologie-Domäne“ scheint bereits früh im Verlauf der Evolution entstanden zu sein. Tatsächlich weisen auch heute noch zahlreiche lebende, morphologisch einfache Organismen solche VEGF-C-ähnlichen Moleküle auf (z. B. der Fadenwurm C. elegans). Über diese Einblicke in die Evolution von PDGFs und VEGFs hinaus gibt es einige nützliche Erkenntnisse für Gefäßbiologen: So haben wir beispielsweise bei Vögeln keine funktionalen VEGF-B-Gene gefunden. Ebenso scheinen bei Amphibien keine PlGFs vorzuliegen. Andererseits scheinen die VEGF-Fs – die aus Schlangengiften identifiziert wurden – auch bei nicht giftigen Eidechsen weiter verbreitet zu sein. Dies schränkt einige Tiermodelle (Xenopus, CAM-Assay) ein, aber es wäre interessant zu wissen, welche Rolle VEGF-F bei Geckos spielt…Werft doch mal einen Blick auf das Manuskript und teilt uns bitte eure Gedanken, Kommentare oder Kritik mit, falls ihr welche habt! Die Idee ist, dieses Manuskript noch ein wenig zu verbessern, bevor wir es bei einer Fachzeitschrift zur traditionellen Begutachtung einreichen.

E-Mail: Umstieg von KMail auf Evolution

Tue, 17 Jul 2007 00:00:00 +0000

Ich bin kürzlich von KDE zu GNOME und gleichzeitig von KMail zu Evolution gewechselt. Es gibt keine einfache Möglichkeit, Ihre E-Mails zu übertragen, wenn Sie diese in KMail in mehreren Postfächern organisiert haben. Sie müssen alle Nachrichten in einem Ordner auswählen, dann mit der rechten Maustaste darauf klicken und sie im MBOX-Format speichern. Diesen Schritt müssen Sie für jeden Ordner wiederholen. Anschließend kannst du die Importfunktion von Evolution nutzen (Import aus einer einzelnen Datei). Wenn es dir nichts ausmacht, dass alle Dateien im selben Ordner landen, kannst du deine .mbox-Dateien zusammenfügen, um dir den Aufwand des Importierens mehrerer Dateien zu ersparen: cat *.mbox > allmail.mbox