Guten Morgen on Michael’s Domain

Alte Plasmidkarten-Dateien öffnen

Sat, 01 Jan 2022 00:00:00 +0000

Für ein neues Klonierungsprojekt benötigten wir Zugriff auf die Plasmidkarten eines alten Konstrukts von mir (pSecTagN2, ein Vorläufer von pMosaic , auch bekannt als pSecTagI), das ich 1999 aus vielen verschiedenen Quellen zusammengestellt hatte. Im Jahr 1999 arbeitete ich als Doktorand im Labor von Kari Alitalo . Wir befanden uns auf dem „neuesten Stand“ der Technik, da wir ein Softwareprogramm namens Gene Construction Kit (GCK) nutzten, um den Überblick über unsere Klonierungen zu behalten. Letzten Mittwoch habe ich vier Stunden meiner Arbeitszeit damit verbracht, eine Datei zu öffnen, die 1999 mit GCK Version 2.5 erstellt worden war.

Kostenloses digitales Signieren von Dokumenten unter Linux – eine Unmöglichkeit?

Sun, 01 Dec 2019 00:00:00 +0000

Die ganze Geschichte begann, als ich versuchte, ein LibreOffice-Dokument zu signieren. Wenn man den Informationen im Internet Glauben schenkt, ist die Dokumentensignatur in LibreOffice integriert. Ich muss noch die Person finden, der es gelungen ist, ein LibreOffice-Dokument digital zu signieren. Diese Erfahrung zeigt, dass sich die meisten Menschen trotz Edward Snowden nicht proaktiv um Sicherheit und Datenschutz kümmern. Debian hat scdaemon aus dem gnupg2-Paket entfernt, und wie üblich muss man ein Befehlszeilen-Ninja sein, um das Problem zu beheben. Der scdaemon bietet Smartcard-Unterstützung (die ich zwar nicht habe, aber ohne den scdaemon weigert sich der Kleopatra-Schlüsselmanager zu laufen). Ich verwende die Standardinstallation von Ubuntu 18.04, und es war eine ziemliche Odyssee, ein Dokument signieren zu lassen. Tatsächlich habe ich immer noch keine zufriedenstellende Methode dafür gefunden. Wie auch immer man es macht, irgendetwas stimmt nicht. Ubuntu 19.10 hat zumindest den Aufruf des Schlüsselmanagers aus LibreOffice behoben, und ich kann SeaHorse über den Dialog zur Dokumentensignatur aufrufen, aber ich habe immer noch keine Ahnung, wie ich meine GPG-Schlüssel für LibreOffice sichtbar machen kann. Hat das jemand herausgefunden? Bis mir jemand zeigt, wie man mit LibreOffice signiert, nutze ich die sehr gute, aber proprietäre Software PDFStudio , um meine GPG-Schlüssel zu importieren und meine PDF-Dateien zu signieren.Signaturdienste (DocuSign, HelloSign) Was macht man also, wenn man z. B. eine PDF-Datei signieren muss und keine Möglichkeit hat oder kein Abonnement für einen Zertifikatsdienst zur Dokumentensignatur wie DocuSign abschließen möchte? Selbst beim Budget-Tarif von DocuSign kostet eine einzelne digitale Signatur 2 $. DocuSign bietet eine 30-tägige kostenlose Testphase an, aber ich weiß nicht, ob die Zertifikate, die man während der Testphase erstellt, nach Ablauf der Testphase weiterhin gültig sind. HelloSign ( https://www.hellosign.com , mittlerweile im Besitz von DropBox ) bietet ebenfalls eine kostenlose Stufe an (mit der man 3 Dokumente pro Monat signieren kann) und fügt beim Signieren eine unsichtbare Signatur ein (die aus irgendeinem seltsamen Grund ungültig war, als ich sie getestet habe, obwohl HelloSign auf der Liste der von Adobe zugelassenen Zertifikatsaussteller steht).Selbstsignierte Zertifikate, CAcert und StartSSL Technisch gesehen kann man eigene Signaturen erstellen (selbstsignierte Zertifikate), doch wenn solche PDF-Dateien mit dem Acrobat Reader angezeigt werden, wird die Signatur als ungültig markiert und die Tatsache der Selbstsignierung wird angezeigt. Früher gab es http://www.cacert.org/ , aber meines Wissens nach haben alle Browser die CAcert-Zertifikate entfernt, und dasselbe gilt wahrscheinlich auch für Acrobat. StartSSL hat früher kostenlose Zertifikate ausgegeben, aber diese gibt es nicht mehr (das Unternehmen stand wegen seiner eigenen Sicherheitsprobleme unter erheblichem Druck).Unterstützung durch PDF-ViewerInteressanterweise ignorieren viele PDF-Viewer die Signatur ohnehin (z. B. zeigt der in Firefox integrierte PDF-Viewer gar nichts an). Andere PDF-Viewer zeigen die Signatur zwar an, weisen aber NICHT darauf hin, dass sie nicht vertrauenswürdig ist (z. B. der PDF-Viewer des Chrome-Browsers und der Standard-PDF-Viewer von Ubuntu, Evince). Da Sie keine Ahnung haben, welchen Viewer Ihr Zielpublikum zur Anzeige Ihrer signierten PDF-Datei verwenden wird, befinden Sie sich ohnehin in einer schwierigen Lage (selbst wenn Sie einen Dokumentensignaturdienst abonnieren). Let’s EncryptUm das Vertrauen in die Signatur zu erhöhen, kann man ein Let’s Encrypt -Zertifikat zum Signieren verwenden. Diese Signatur bescheinigt, dass der Autor des Dokuments die Kontrolle über eine bestimmte Website hat (in meinem Fall jeltsch.org). Das ist mehr als ein selbstsigniertes Zertifikat (und wenn die Website als vertrauenswürdig gilt, ist dies wohl auch mehr als der Kauf eines Abonnements bei DocuSign), doch das zweckentfremdete Letsencrypt-Zertifikat wird von Adobe nicht als vertrauenswürdig eingestuft, da das Letsencrypt-Projekt offensichtlich nie für die Dokumentensignatur gedacht war („Die Identität des Unterzeichners ist unbekannt, da sie nicht in Ihrer Liste vertrauenswürdiger Zertifikate enthalten ist und keines ihrer übergeordneten Zertifikate ein vertrauenswürdiges Zertifikat ist“). Die maximale Gültigkeitsdauer eines solchen Zertifikats beträgt jedoch 3 Monate; danach wird es ungültig. Es kann zwar weiterhin verwendet werden, es wird jedoch angezeigt, dass es ungültig ist, da es abgelaufen ist (oder noch nicht gültig ist).So missbraucht man das Let’s Encrypt-ZertifikatZunächst benötigen Sie einen Webserver, der Let’s Encrypt-Zertifikate zur Überprüfung der Website-Identität verwendet. Dies würde den Rahmen dieses Blogbeitrags sprengen, aber es gibt mehrere gute Anleitungen (z. B. von den Let’s Encrypt-Entwicklern selbst oder von Digital Ocean ). Sobald du deine Let’s Encrypt-Zertifikate hast, gehst du wie folgt vor, um sie zum Signieren von Dokumenten zu „missbrauchen“: Da Let’s Encrypt alle drei Monate eine Zertifikatserneuerung erfordert, befinden sich im selben Verzeichnis zahlreiche „fullchain.pem“- und „privkey.pem“-Dateien, die nummeriert sind. Sie möchten natürlich das neueste (das einzig gültige) Zertifikat verwenden und vielleicht das Let’s Encrypt-Zertifikat unmittelbar vor dem Export zum Signieren von Dokumenten erneuern:certbot --apache --force-renewal -n -d jeltsch.org oder, falls Sie alle Zertifikate erneuern möchten: certbot --apache --force-renewal Wenn Sie sich dafür entscheiden, alle Zertifikate zu erneuern, versucht Certbot, ein einziges Zertifikat für alle auf Ihrem Server vorhandenen Domains auszustellen (diese Möglichkeit gab es zu Beginn des Let’s Encrypt-Ökosystems noch nicht, wurde aber später eingeführt). Wenn Ihr Server mehr als eine Domain bedient, müssen Sie den Domainnamen, für den Sie das Zertifikat wünschen, manuell angeben. Weitere Details zur Verwendung des Certbot-Skripts finden Sie unter https://certbot.eff.org/docs/using.html#certbot-Befehle Dies ist der Befehl, der die Zertifikate in eine PKCS#12-Datei konvertiert:openssl pkcs12 -export -out signing_certificat.p12 -in /etc/letsencrypt/archive/website-name/fullchain1.pem -inkey /etc/letsencrypt/archive/website-name/privkey1.pemDie PKCS#12-Datei speichert das Zertifikat und den privaten Schlüssel in einer verschlüsselten Datei (mit der Dateiendung .p12). Daher fordert der Befehl Sie zur Eingabe einer Passphrase auf, die Sie sich unbedingt merken müssen, um das Zertifikat nutzen zu können. Anschließend können Sie die p12-Datei auf Ihren Desktop-Computer übertragen und damit PDF-Dateien signieren.Zeitstempel-ServerWenn Ihre PDF-Anwendung nach einem Zeitstempel-Server fragt, können Sie einen der kostenlosen Dienste nutzen, z. B. ca.signFiles.com/TSAServer.aspx oder http://zeitstempel.dfn.de . Allerdings werden auch diese Zeitstempel-Dienste von Adobe Acrobat nicht als vertrauenswürdig eingestuft.Hier die Befehle zum Erstellen eines selbstsignierten Zertifikats (es wird nach einer (vorläufigen) Passphrase gefragt; denken Sie sich einfach etwas aus und merken Sie es sich, Sie benötigen es im zweiten Schritt):openssl req -x509 -newkey rsa:4096 -keyout key.pem -out cert.pem -days 3650Umwandlung in ein Signaturzertifikat (Sie werden zunächst nach der temporären Passphrase von oben und anschließend nach der endgültigen Passphrase gefragt, die Sie sich merken müssen, um das Zertifikat nutzen zu können):openssl pkcs12 -export -out signing_certificat.p12 -in cert.pem -inkey key.pem

WINE-Regressionstests

Sun, 30 Nov 2008 00:00:00 +0000

Ich verwende das Gene Construction Kit (Version 2.5) von Textco , um meine DNA-Vektorkarten zu zeichnen. Leider kümmert sich dieses Unternehmen nicht um Linux-Nutzer. Deshalb muss ich WINE nutzen, um die Windows-Version des Programms auszuführen. Zugegeben, ich könnte VMware, VirtualBox oder Parallels verwenden, aber all das nur, um ein kleines Programm auszuführen? Leider ist entweder das Gene Construction Kit (GCK) nicht standardkonform programmiert oder WINE bietet noch keine vollständige Kompatibilität – jedenfalls führt ein WINE-Update hin und wieder dazu, dass das Programm nicht mehr läuft. Daher musste ich auf Regressionstests zurückgreifen, um die Version zu finden, die für GCK noch funktioniert. Hier ist die Befehlsliste und was ich getan habe:cdmkdir winecvs -z 3 -d :pserver:cvs@cvs.winehq.org:/home/wine checkout wine (Passwort „cvs“)cvs update -PAd -D"01.06.2007 CDT"./configuremake dependmakesudo make installDer Quellcode mit dem oben genannten Datum ist der aktuellste, der offenbar funktioniert.

Wein- und Crossover-Büro

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Da ich VMware satt hatte (weil es so langsam ist und die Hälfte meines Arbeitsspeichers beansprucht), habe ich mich Wine zugewandt. Aber Wine scheint sehr schwierig einzurichten zu sein. Typisch Linux. Es funktioniert zwar, aber wenn man nicht eine ganze Woche damit verbringt, kriegt man es nicht zum Laufen. Hier kommt die Anwendung „Crossover Office“ ins Spiel. Es handelt sich dabei lediglich um eine Reihe von Hilfsprogrammen, die die Einrichtung von Wine vereinfachen. Das gilt allerdings nur für bestimmte Windows-Anwendungen, und die meisten Windows-Anwendungen werden nicht unterstützt. Also habe ich mir eine Demoversion von Crossover Office besorgt und mit der Installation (als Root) begonnen. Die Anwendung ließ sich problemlos installieren. Nach der Installation startete ich die Crossover-Office-Setup-Anwendung. Von dort aus installiert man seine Windows-Anwendungen. Also wollte ich Microsoft Office XP ausprobieren (da es für die gesamte Universität lizenziert ist). Ich habe den Fehler gemacht, „Alles installieren“ auszuwählen. Das Installationsprogramm zwang mich dazu, auch den Internet Explorer von Microsoft und eine Menge anderen Mist zu installieren. Dann reagierte das Office-XP-Installationsprogramm mitten im Vorgang nicht mehr. Ich wartete zwei Stunden, aber der Fortschrittsbalken bewegte sich nicht und es gab keine Festplattenaktivität. Also musste ich die Installation abbrechen und hinterließ ein Chaos. Ein zweiter Installationsversuch schlug ebenfalls fehl. Also dachte ich daran, das Windows-Deinstallationsprogramm zu verwenden. Auch das schlug fehl. Die Deinstallation über Crossover Office schlug ebenfalls fehl. Also beschloss ich, das gesamte Crossover Office zu deinstallieren (im „bin“-Verzeichnis von Crossover Office gibt es ein Deinstallationsskript, das in der Dokumentation kaum erwähnt wird). Das funktionierte zwar, aber offenbar wurde nicht alles deinstalliert. Ich musste noch mehrere Verzeichnisse manuell entfernen, aber am schlimmsten war, dass die Gnome-Menüeinträge nicht gelöscht wurden. Die Gnome-Menüeinträge sind eine ziemlich knifflige Angelegenheit, da sie sich nicht an einem einzigen Ort befinden. Gnome nutzt ein System aus „virtuellen Ordnern“ (vfolder), um die Menüs zu erstellen. Das heißt, die Menüs werden dynamisch aus mehreren XML-Dateien zusammengestellt, die sich an verschiedenen Orten befinden. Aber ich glaube, ich habe sie alle gefunden und die Einträge manuell entfernt. Ich muss wohl einen Programmierfehler gemacht haben, denn danach war das gesamte Menü verschwunden. Anscheinend lag der Fehler in meiner Datei ~/.gnome2/vfolders/applications.vfolder-info. Natürlich hatte ich keine Sicherungskopie, also kopierte ich dieselbe Datei aus /root/.gnome2/vfolders in mein Home-Verzeichnis. Danach installierte ich Crossover Office neu und installierte nur Microsoft Word XP – und es funktionierte! Im Menü „Windows-Anwendungen/Programme/“ war ein schöner Eintrag zu sehen. Dann habe ich Adobe Photoshop 6.01 installiert. Die Installation verlief reibungslos, doch danach war der Microsoft-Word-Eintrag im Menü verschwunden. Auch unter „Windows-Anwendungen/Programme/Adobe“ gab es keinen Photoshop-Eintrag. Es gab lediglich einen ImageReady-Eintrag. Es scheint, als würde jede neu installierte Anwendung die Menüeinträge der zuvor installierten Anwendung löschen. Die hierarchische Ordnerstruktur bleibt jedoch erhalten; lediglich der letzte Eintrag ist verschwunden und wurde im letzten Menüordner durch einen Punkt ersetzt. Übrigens funktionierte Photoshop, da man es aus ImageReady heraus starten kann. Sowohl Office XP als auch Adobe Photoshop sind Anwendungen, die von Crossover Office „unterstützt“ werden. Nun habe ich versucht, eine nicht unterstützte Anwendung zu installieren, nämlich das Gene Construction Kit 2.5 (GCK2.5). Zunächst meldete Crossover Office, dass die Installations-CD einige versteckte Dateien enthalte und ich als Root einige Änderungen an den fstab-Einträgen vornehmen müsse, um das Lesen dieser Dateien zu ermöglichen. Das habe ich getan und die Installation fortgesetzt. Der Installer wurde abgeschlossen, und unter „Windows-Anwendungen/Programme/Gene Construction Kit 2.5“ gab es einen Menüeintrag namens „Uninstaller“. Ich schloss daraus, dass das Uninstaller-Programm nach der GCK2.5-Anwendung installiert worden war, und löschte daher den letztgenannten Eintrag. Noch seltsamer war, dass nach dem Abmelden und erneuten Anmelden sogar der Eintrag „Uninstaller“ aus dem Menü verschwunden war. Auch alle anderen Programmeinträge waren verschwunden. Ich nahm an, dass alle Menüeinträge einzelne Dateien im Verzeichnis /home/jeltsch/.gnome2/applications sind. Sie haben die Endung .desktop und sind XML-Dateien mit einer relativ einfachen Struktur. Ein Beispiel:> more Internet\ Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE” X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm [jeltsch@mcblpc2 applications]$ more CXTree-Windows_Applications-Programs-Internet_Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE“ X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm Categories=Application;X-cxoffice;X-CXTree-Windows_Applications-Programs;Es scheint, dass alle Einträge, die vom Crossover Office-Installationsprogramm erstellt wurden, noch in diesem Verzeichnis vorhanden sind. Jetzt muss ich nur noch herausfinden, warum sie nicht angezeigt werden. Natürlich kann ich die Anwendungen starten, indem ich den Eintrag unter Exec einfach in die Befehlszeile eingebe, aber das ist irgendwie umständlich. Um GCK2.5 zu testen, habe ich es über die Befehlszeile gestartet, und es wurde tatsächlich angezeigt. Zunächst wurde nach der Installations-CD gefragt (eine Art Kopierschutzmechanismus). Sie befand sich zwar im Laufwerk, aber ich musste sie irgendwie auswerfen und erneut einlegen, damit sie erkannt wurde. Das funktionierte einwandfrei, und es erschien der Dialog, in dem ich meinen Namen und meine Organisation eingab. Doch dann meldete es auf wundersame Weise: „Die Anwendung konnte nicht gestartet werden, da nicht genügend Arbeitsspeicher vorhanden ist.“ Nun muss ich dieses Problem angehen, denn GCK 2.5 ist für mich wahrscheinlich die wichtigste Anwendung, für die es unter Linux kein Äquivalent gibt.

Wie starte ich das Gene Construction Kit unter Linux?

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Es gibt nur wenige Mac- oder Windows-Programme, für die es unter Linux kein gutes Äquivalent gibt. Eines dieser wenigen Programme ist das Gene Construction Kit (GCK) von Textco . GCK ist sowohl für Windows als auch für Mac verfügbar. Daher sollte es möglich sein, es auf einem i86-Linux-Rechner mit Wine (einer Art Emulator) auszuführen. Ich habe das versucht und bin gescheitert (ich habe mich allerdings nicht besonders angestrengt). Allerdings lässt sich wahrscheinlich jedes Windows-Programm mit VMware unter Linux ausführen. Leider ist VMware kommerziell und teuer (es gibt jedoch eine voll funktionsfähige, zeitlich begrenzte Demoversion). GCK läuft unter VMware 4.0/W2K/RedHat9 ohne Probleme. Der einzige Wermutstropfen bei VMware ist die Option „Gemeinsame Ordner“. Es ist viel besser, das Linux-Home-Verzeichnis über Samba freizugeben und es dann automatisch mounten zu lassen, wenn man sich bei dem emulierten Windows-Betriebssystem anmeldet. Es ist mir sogar gelungen, Linux-spezifische Dateien in meinem Home-Verzeichnis, die mit einem Punkt beginnen (wie z. B. .mozilla), auszublenden, indem ich „hide dot files = yes“ in die Samba-Konfigurationsdatei /etc/samba/smb.conf eingefügt habe. Obwohl ich derzeit VMware verwende, plane ich, auf Wine umzusteigen, um jeglichen Microsoft-Code zu vermeiden.

Debugging von GCK2.5 unter Wine

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

GCK 2.5.9 funktioniert mit Wine (Crossover Office Version 2.01). Bei der Version 2.5.9 tritt der Fehler „Die Anwendung konnte nicht gestartet werden, da nicht genügend Arbeitsspeicher vorhanden ist“ nicht mehr auf. GCK startet problemlos und ist teilweise nutzbar. Tatsächlich scheint es voll funktionsfähig zu sein (einschließlich Deluxe-Import), mit einer großen Ausnahme: Es können keine neuen Dateien erstellt werden (die Anwendung wird beendet, sobald man „Datei – Neu“ auswählt). Das leere Fensterfeld, in dem man auswählen kann, welche Art von GCK-Datei man erstellen möchte (Sequenz, Illustration usw.), wird mit dem Titel „Neues Fenster“ angezeigt, ist jedoch nicht mit Inhalt gefüllt, und die Anwendung wird beendet.

Debugging von GCK2.5 unter Wine

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Das neue Fenster, das nicht angezeigt wird, enthält (bei nativer Ausführung unter W2K) den folgenden Text (sowie Optionsfelder für die vier verschiedenen Dateitypen): Dateityp auswählen Konstrukt (Strg-C) Abbildung (Strg-I) Liste (Strg-L)Gel (Strg-G) Neuer Dateiname OK Abbrechen Der zu den verschiedenen Optionsfeldern gehörende Text erscheint in der Debug-Datei zuerst in den folgenden Zeilen (wie durch den Befehl „grep -n „List“ all_output > List_output“ usw. ermittelt): 3890577 Gel3885836 Illustration3881107 Liste3876329 KonstruktDas liegt innerhalb des Bereichs, in dem wir den Fehler erwartet hatten. Schauen wir uns nun an, was kurz vor und nach der Ausführung dieser Befehle passiert ist. Nachdem ich GCK2.5 unter Wine noch ein wenig länger genutzt hatte, fiel mir auf, dass es eine weitere Funktion gibt, die das Programm ohne Fehlermeldung zum Absturz bringt, nämlich die Funktion „Sequenz suchen“. Auch in diesem Fall wird ein Dialogfeld angezeigt, in das der Benutzer eine Nukleotidsequenz eingeben soll. Vielleicht gibt es eine Gemeinsamkeit bei diesen beiden Abstürzen, die dabei helfen könnte, den entscheidenden Systemaufruf zu identifizieren, der den Absturz des Programms verursacht.

Mehr über GCK2.5 unter Wine

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Nachdem ich mit GCK 2.5 unter Wine gearbeitet habe, habe ich weitere Fehler entdeckt, die dazu führen, dass das Programm unerwartet abstürzt. Allerdings habe ich Crossover Office inzwischen nicht mehr verwendet (da die Testphase abgelaufen ist und mein Chef natürlich keinen Cent für Linux-Programme ausgeben würde). Daher verwende ich die Standardinstallation von Wine, die mit SUSE 9 mitgeliefert wird. Ich habe das gefälschte Windows-Verzeichnis aus dem früheren .cxoffice-Verzeichnis kopiert. Die folgenden Fehler treten auf (sie treten immer dann auf, wenn sich ein Fenster öffnet, in dem alphanumerische Werte über die Tastatur eingegeben werden müssen): 1. Neue Datei erstellen (das war mir bereits bekannt). Interessanterweise lässt sich die (leere) neue Datei, die beim Programmstart geöffnet wird, problemlos speichern… 2. Sequenz suchen (kurzzeitig erscheint das Fenster „Vorkommen suchen“, dann wird das Programm beendet) 3. Manchmal (nicht immer) stürzt das Programm ab, wenn man die Farbe einer ausgewählten Sequenz ändert. 4. „Funktionen“ → „Bereich festlegen“ 5. Beim Auswählen einer Sequenz und Abrufen von Informationen

So importieren Sie Sequenzen aus SRS in GCK 2.5

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Natürlich können Sie Sequenzen direkt aus GenBank in GCK2.5 importieren. In der Regel arbeiten Sie jedoch mit einem Web-Tool wie SRS, sodass Ihre Sequenzen letztendlich in Ihrem Browser angezeigt werden. Ab SRS-Version 7 läuft der Import wie folgt ab: Klicken Sie in Ihrer übersichtlichen Ansicht auf „Speichern“. Wählen Sie im Pulldown-Menü „Ansicht verwenden“ die Option * Vollständige Einträge * aus. Wählen Sie dann unter „Ausgabe nach“ die Option DATEI (TEXT). Aktivieren Sie unter „Dateityp“ die Option „Tabelle als ASCII-Tabelle/Text speichern“. Klicken Sie auf „Speichern“ und speichern Sie die Datei an einem beliebigen Ort mit der Dateiendung .ebl. Wählen Sie anschließend in GCK2.5 „Importieren“ und wählen Sie die Datei aus. Fertig.

EMBOSS und GCK für die Assemblierung und Dokumentation von Konstruktsequenzen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich versuche, EMBOSS für die Assemblierung von Vektorsequenzen zu verwenden. Vor langer Zeit habe ich zu diesem Zweck das Programm „seqed“ von CGC verwendet, und derzeit nutze ich das Gene Construction Kit . EMBOSS verfügt über kein direktes Äquivalent zu „seqed“, sodass man eine Reihe anderer Tools verwenden muss, um dessen Funktionalität zu ersetzen. Sehen Sie sich diesen Vergleich zwischen CGC und EMBOSS an.

Softwareentwicklungsprojekte für die Molekularbiologie

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5-bezogen

GCK2.5-Fehlerbehebung unter Wine** Es gibt immer noch einige Fehler, die die Nutzung von GCK2.5 unter Wine manchmal erschweren. Insbesondere die Unmöglichkeit, Regionen zu annotieren, nach einer Sequenz zu suchen und eine neue Datei zu öffnen.
GCK2.5-Export** GCK2.5 kann keine Dateien im EMBL-Format exportieren, bei denen die Regionen in Features umgewandelt wurden. Es kann jedoch Kommentare in eine Textdatei und reine Sequenzen in eine Textdatei exportieren. Es sollte ein Leichtes sein, ein Perl-Skript zu schreiben, das diese beiden Dateien übernimmt und sie in eine EMBL-Datei, eine EMBOSS-CIRDNA-/LINDNA-Datei oder eine pDRAW32-Datei konvertiert.
GCK2.5/Wine-Desktop-Integration** Beim Klicken auf Dateien, die mit Windows-Programmen (unter Verwendung von Wine) verknüpft sind, übergibt der Linux-Dateimanager (z. B. Konqueror) die Datei als Argument an die zugehörige Windows-Anwendung, und die Datei wird unter Wine geöffnet. GCK2.5 weigert sich jedoch, die Datei als Argument anzunehmen. Wenn ich auf eine .gcc-Datei klicke, startet GCK2.5 zwar, öffnet aber ein leeres Fenster, und ich muss die .gcc-Datei erst innerhalb von GCK2.5 öffnen. Das ist unnötiges Klicken, insbesondere wenn ich mehrere Ordnerhierarchien durchlaufen muss. Wenn GCK2.5 nativ unter Windows läuft, ist es dann möglich, GCK2.5 mit einer Konstruktionsdatei als Befehlszeilenargument zu starten? Das sollte ich mal prüfen.

pDRAW32-bezogen

Tools zur synonymen Mutagenese (EMBOSS, GCK): WatCut als Lösung

Sun, 22 Feb 2004 00:00:00 +0000

UPDATE: Im Mai 2026 wurde die letzte funktionierende Instanz des WatCut-Webdienstes (der Universität Pittsburgh) eingestellt. Tools wie Snapgene ( https://snapgene.com ) bieten jedoch dieselbe Funktionalität (d. h., sie können potentielle neue Restriktions-Schnittstellen erkennen, die durch synonyme Mutagenese von zwei Nukleotiden zustande kommen).