So übertragen Sie die Oligo-Datenbank von MacVec Tor in eine webbasierte BLAST-Datenbank

Tue, 06 Mar 2007 00:00:00 +0000

Speichern Sie alle Sequenzen in einem Flatfile-Format (NICHT im MacVector-Format), z. B. im GenBank-Format. 2. Kopieren Sie alle Sequenzen auf einen Linux-/UNIX-Rechner und konvertieren Sie sie vom Mac-Format ins UNIX-Format: mac2unix *.gb 3. Schreiben Sie alle Namen der Sequenzdateien in eine Datei: ls *.gb > oligo.lst4. Konvertieren Sie alle Sequenzen mit EMBOSS in eine Datei mit verketteten Fasta-Einträgen: seqret -sequence @oligo.lst -osformat fasta. Benennen Sie die Ausgabedatei „mcbl_oligo_db“. 5. Legen Sie diese Fasta-Datei im Datenbankverzeichnis des BLAST-Webservers ab (…/blast/db). 6. Formatieren Sie die Datenbank: formatdb -i mcbl_oligo_db -p F -o T. 7. Bearbeiten Sie die Datei „…/blast/blast.html“, indem Sie den Namen der neuen Datenbank hinzufügen. 8. Bearbeiten Sie die Datei „…/blast/blast.rc“, indem Sie den Namen der neuen Datenbank hinzufügen.

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