Open Source on Michael’s Domain

Wohin soll man von RefWorks wechseln?

Thu, 10 Jun 2021 00:00:00 +0000

Ich habe nie verstanden, warum unsere Universität für proprietäre Literaturverwaltungssoftware bezahlt. Vielleicht leben einige ältere Leute in der Verwaltung noch in den 90er Jahren des letzten Jahrtausends, als EndNote de facto die einzige vernünftige Literaturverwaltungssoftware für WYSIWYG-Textverarbeitungsprogramme war. Aber diese Zeiten sind längst vorbei. Endlich schmeißt unsere Universität zumindest einen ihrer proprietären Literaturverwalter über Bord:

Sicherung von PCs und Macs

Wed, 13 Apr 2016 00:00:00 +0000

Ich selbst nutze die Backup-Software BackupPC bereits seit fast einem Jahrzehnt und habe vor etwa zwei Jahren damit begonnen, unsere Laborcomputer auf einem zentralen Backup-Server zu sichern. BackupPC unterstützt Deduplizierung, sodass auf einigen wenigen 2-TB-Festplatten viel Datenvolumen gespeichert werden kann. BackupPC unterstützt viele Protokolle (SMB, FTP, tar/rsync über SSH), aber wir nutzen meist rsync über SSH. Die Daten werden vor der Sicherung nicht verschlüsselt. Seltsamerweise wird nicht einmal die kommende Version 4 eine Verschlüsselung vor der Übertragung unterstützen. Wir speichern das Backup jedoch auf einem verschlüsselten Volume. Auf diese Weise sind die Daten zumindest geschützt, falls der Backup-Server gestohlen wird. Und während der Übertragung sind die Daten durch SSH geschützt. Das System entspricht jedoch nicht dem TNO („trust no one“), da ich (als BackupPC-Administrator) auf die Dateien zugreifen kann. Unter Linux wäre eine mögliche Methode, das Home-Verzeichnis des Benutzers mit eCryptFS (was bei der Erstellung von Benutzern unter Ubuntu eine integrierte Option ist) zu verschlüsseln und anschließend das Verzeichnis /home/.ecryptfs anstelle des Home-Verzeichnisses des Benutzers zu sichern. Die Wiederherstellung wäre jedoch ein wesentlich größeres Problem. Man könnte zwar die Verzeichnisstruktur und die Dateien der Sicherung durchsuchen, doch die Dateinamen wären bedeutungslos, da sie bei diesem Vorgang ebenfalls verschlüsselt werden.Bei der Sicherung von Mac-OS-X-Rechnern gibt es eine Besonderheit: BackupPC verbindet sich normalerweise als „root“ per SSH mit dem Client-Rechner und führt den rsync-Sicherungsbefehl aus. Um dies auf von der Universität verwalteten Mac-OS-X-Rechnern zu ermöglichen, mussten wir auf den Client-Rechnern einen dedizierten Benutzer („backuppc“) anlegen und diesem Benutzer die Ausführung von rsync mit Root-Rechten gestatten, was durch Hinzufügen dieser Zeile in die Datei /etc/sudoers erfolgt: backuppc ALL=NOPASSWD: /usr/bin/rsync. Anschließend müssen wir den SSH-/rsync-Befehl für den Mac-Client auf dem „backuppc“-Server anpassen, indem wir „root“ durch „backuppc“ ersetzen.

Meine Podcast-Favoriten

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Meine Podcast-Favoriten. Fast jede Episode ist fantastisch:

ComputerNachrichten und Informationen über Computer-Sicherheit und wie das Internet und Computer funktionieren: Security Now!
Alles über Linux: The Linux Action Show!
Jede Woche wird in FLOSS Weekly ein neues Open Source Projekt vorgestellt.

Wissenschaft und Skeptizismus

Meine Lieblings-Podcasts

Thu, 05 Jan 2012 00:00:00 +0000

Meine Lieblings-Podcasts. Mir gefällt fast jede einzelne Folge:

Themen rund um Computer Sicherheitsnachrichten und Informationen zu Sicherheit sowie zur Funktionsweise von Computern und dem Internet: Security Now!
Alles rund um Linux: The Linux Action Show!
Jede Woche steht ein Open-Source-Projekt im Mittelpunkt: FLOSS Weekly

Wissenschaft und Skeptizismus

Softwareentwicklungsprojekte für die Molekularbiologie

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5-bezogen

GCK2.5-Fehlerbehebung unter Wine** Es gibt immer noch einige Fehler, die die Nutzung von GCK2.5 unter Wine manchmal erschweren. Insbesondere die Unmöglichkeit, Regionen zu annotieren, nach einer Sequenz zu suchen und eine neue Datei zu öffnen.
GCK2.5-Export** GCK2.5 kann keine Dateien im EMBL-Format exportieren, bei denen die Regionen in Features umgewandelt wurden. Es kann jedoch Kommentare in eine Textdatei und reine Sequenzen in eine Textdatei exportieren. Es sollte ein Leichtes sein, ein Perl-Skript zu schreiben, das diese beiden Dateien übernimmt und sie in eine EMBL-Datei, eine EMBOSS-CIRDNA-/LINDNA-Datei oder eine pDRAW32-Datei konvertiert.
GCK2.5/Wine-Desktop-Integration** Beim Klicken auf Dateien, die mit Windows-Programmen (unter Verwendung von Wine) verknüpft sind, übergibt der Linux-Dateimanager (z. B. Konqueror) die Datei als Argument an die zugehörige Windows-Anwendung, und die Datei wird unter Wine geöffnet. GCK2.5 weigert sich jedoch, die Datei als Argument anzunehmen. Wenn ich auf eine .gcc-Datei klicke, startet GCK2.5 zwar, öffnet aber ein leeres Fenster, und ich muss die .gcc-Datei erst innerhalb von GCK2.5 öffnen. Das ist unnötiges Klicken, insbesondere wenn ich mehrere Ordnerhierarchien durchlaufen muss. Wenn GCK2.5 nativ unter Windows läuft, ist es dann möglich, GCK2.5 mit einer Konstruktionsdatei als Befehlszeilenargument zu starten? Das sollte ich mal prüfen.

pDRAW32-bezogen