Automatische Neuinstallation von Software aus der Paketliste

Sun, 20 Nov 2016 00:00:00 +0000

Wenn ich ein Ubuntu-/Debian-basiertes Linux-Betriebssystem neu installieren muss (oder eine Softwareauswahl auf einen anderen Rechner kopieren möchte), geht das folgendermaßen. Auf dem Quellrechner:sudpkg --get-selections > ~/Package.listcp -R /etc/apt/sources.list* ~/apt-key exportall > ~/repository.keysAnschließend einfach die Dateien auf den Zielrechner kopieren:suapt-key add ~/repository.keyscp -R ~/sources.list* /etc/apt/apt-get updateapt-get install dselectdselect updatedpkg --set-selections < ~/Package.listapt-get dselect-upgrade -ySollten einige Pakete nicht verfügbar sein, schlägt dies fehl. In meinem Fall betrifft dies manuell installierte Pakete wie TeamViewer oder snapgene / snapgene_viewer . Normalerweise entferne ich diese Pakete manuell aus der Liste (glücklicherweise sind es nicht viele).Das Upgrade erfolgt jedoch nicht vollständig automatisch, da man beispielsweise verschiedenen Lizenzen zustimmen (z. B. für die TrueType-Schriftarten von Microsoft) und andere Dinge manuell bestätigen muss (z. B. rechtliche Hinweise zu libdvd-pkg), was den Zweck einer automatischen und reibungslosen Abwicklung irgendwie zunichte macht…

Das Staden-Paket unter Ubuntu für Bioinformatik-Urgesteine

Wed, 27 Jul 2016 00:00:00 +0000

Meistens verwenden wir die Software SnapGene , wenn wir die Sequenzen unserer DNA-Konstrukte überprüfen. Manchmal ist die Alignment-Ansicht von SnapGene jedoch nicht flexibel genug, und dann greife ich auf das altbewährte Staden-Paket zurück. Ich hatte gerade ein Upgrade von Ubuntu 14.04 auf 16.04 durchgeführt und hatte Staden daher nicht installiert. Ich war positiv überrascht, als die Installation von Staden nur etwa 15 Sekunden dauerte, denn endlich – dank des Debian-Med-Teams – ist Staden im „universe“-Repository verfügbar (eigentlich schon seit Oktober 2014).sudo apt install stadenStaden ist sicherlich nicht so intuitiv, wie es sein könnte, aber es ist sehr leistungsstark und eignet sich hervorragend für die automatisierte Datenverarbeitung. Wenn ihr die Möglichkeit habt, euch damit vertraut zu machen, würde ich euch dazu ermutigen. Das finnische CSC hat den Staden-Kurs aus dem Jahr 2004 aufgezeichnet, an dem ich teilgenommen habe, und ihr könnt euch die Aufzeichnungen bei Funet TV . Ich hatte gerade kurz darüber nachgedacht, von Ubuntu zu SuSE zu wechseln, wegen des anhaltenden Problems mit der WLAN-Verbindung, das Canonical offenbar nicht beheben kann, aber wenn man bedenkt, wie aufwendig eine manuelle Installation von Staden ist, ist dies ein großer Pluspunkt für Ubuntu. Es gibt natürlich spezielle Linux-Distributionen für bioinformatische Zwecke, doch diese hinken in der Regel den neuesten und besten Entwicklungen der großen Distributionen hinterher.

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Das Staden-Paket unter Ubuntu für Bioinformatik-Urgesteine