Software on Michael’s Domain

Barrier (ein Software-KVM-Switch)

Tue, 21 Jan 2025 00:00:00 +0000

Barrier ist eine fantastische Software, mit der Sie dieselbe Tastatur und Maus für verschiedene Computer nutzen können, ohne dass dafür zusätzliche Hardware erforderlich ist. Ich habe zwei Computer auf meinem Schreibtisch und nutzte früher einen Hardware-KVM-Umschalter (Tastatur, Video und Maus), der jedoch überflüssig wurde, als meine Computer begannen, ihr Bild über HDMI auszugeben. Daher habe ich nun zwei Tastaturen auf meinem Schreibtisch, was nicht besonders ergonomisch ist. Ich wusste zwar von Softwarelösungen für dieses Problem, hatte aber nie die Zeit, sie zu implementieren, und ich wollte auch keine Abonnementgebühr für diesen Luxus bezahlen. Nun habe ich begonnen, Barrier zu nutzen: https://github.com/debauchee/barrier . Bisher funktioniert es hervorragend (abgesehen von der Installation und der Dokumentation), aber ich muss es noch so einrichten, dass es vor dem Einloggen meine zweite Tastatur deaktiviert. Hier sind die Schritte, die nicht gut dokumentiert waren: Bei der Installation unter Ubuntu erstellt Barrier nicht automatisch Zertifikate. Das muss man also selbst erledigen: Führt sowohl auf dem Client als auch auf dem Server folgenden Befehl aus: /home/username/.local/share/barrier/SSL:openssl req -x509 -nodes -days 365 -subj /CN=Barrier -newkey rsa:4096 -keyout Barrier.pem -out Barrier.pemAußerdem musst du Port 24800 freigeben, falls du eine Firewall verwendest. Nachdem Sie Barrier zum Laufen gebracht haben, überprüfen Sie den korrekten Befehl (ps aux) über die Befehlszeile. Er sieht wahrscheinlich in etwa so aus:/usr/bin/barrierc -f --no-tray --debug INFO --name computer-name [87.167.231.88]:24800startVerwende die Startanwendungen in Ubuntu und füge den obigen Befehl dort ein. Das bedeutet, dass du dich nicht über Barrier anmelden kannst, da es erst nach der Anmeldung geladen wird. Mehr habe ich bisher jedoch nicht herausfinden können. Es gibt wahrscheinlich eine Möglichkeit, dies über systemd bereits vor der Anmeldung zum Laufen zu bringen, aber ich hatte noch keine Zeit, herauszufinden, wie das geht.

Ouriginal erkennt Plagiate in den meisten Fällen nicht.

Thu, 23 May 2024 00:00:00 +0000

Ouriginal , der Plagiatserkennungsdienst, der früher unter dem Namen Urkund bekannt war, wird an der Universität Helsinki schon seit sehr langer Zeit genutzt. Da Ouriginal einige der Masterarbeiten unserer Studierenden nicht verarbeiten konnte, habe ich mich ein wenig mit Ouriginal und seinen Problemen beschäftigt. Hier sind meine Erkenntnisse. Von schwedisch über europäisch zu US-amerikanischMir ist unklar, welche Software wir tatsächlich nutzen, da Ouriginal aus einer Fusion des schwedischen Urkund und des deutschen PlagScan hervorgegangen ist und im Jahr 2021 von dem amerikanischen Unternehmen Turnitin übernommen wurde. Ich brauche keine solche Software, aber unsere Universität schreibt vor, dass Abschlussarbeiten mit dieser Software geprüft werden müssen. Da ich jedes Jahr eine steigende Anzahl von Abschlussarbeiten lese und bewerte, nutze ich auch zunehmend Ouriginal. Ouriginal unterstützt viele Dokumentformate, doch die Unterstützung ist fehlerbehaftet Beim Blick auf den Verlauf der Einreichungen stellte ich fest, dass bis etwa Mitte Mai 2024 alle eingereichten PDF-Dateien ordnungsgemäß analysiert worden waren. Doch letzte Woche hat sich etwas geändert, da etwa die Hälfte der eingereichten Dokumente nicht verarbeitet wurde. Die üblichen Tricks (Einreichen in einem anderen Format wie .docx, .odt, .ps, .rtf) funktionierten zwar bei einigen, aber nicht bei allen Abschlussarbeiten. Eine Abschlussarbeit war besonders hartnäckig, und weder unsere „Experten“ noch die Mitarbeiter des Original-Helpdesks hatten eine Ahnung, warum ihre Software sie nicht verarbeiten konnte (was mich erneut fragen lässt, welche Software ihr Backend eigentlich verwendet). Ouriginal untersucht den Fall bereits seit einem Monat, ohne mir Antworten zu geben… Unsere Universität erhält vom Bildungsministerium Fördermittel auf Basis der Zahl der Absolventen, und wir verlieren Tausende von Euro für jeden Studierenden, der seinen Abschluss nicht rechtzeitig macht. Auch gebührenpflichtige Studierende haben einen starken Anreiz, rechtzeitig ihren Abschluss zu machen, um zusätzliche Kosten zu vermeiden. Daher ist jede Verzögerung im Abschlusszeitplan inakzeptabel. Die Leistung von Ouriginal enttäuscht mit einer schockierend niedrigen Erkennungsrate Da es Dutzende von Möglichkeiten gibt, ein Word-Dokument in ein PDF umzuwandeln, habe ich versucht, das Problem einzugrenzen, indem ich Testdokumente an den Ouriginal-Dienst übermittelt habe. Ich habe Manuskripte verwendet, die wir in den letzten Jahren veröffentlicht hatten. Ich war schockiert, als mir klar wurde, dass Ouriginal in mehr als der Hälfte aller Fälle kein Plagiat erkannt hat. Paywalls sind nicht schuld, da fast alle unsere Veröffentlichungen frei zugänglich sind. Weder die Aktualität der Veröffentlichung noch die Qualität der Zeitschrift machten einen erkennbaren Unterschied. Es scheint jedoch offensichtlich, dass Ouriginal größere Probleme mit nicht-englischen Dokumenten hat. Es ist sehr schwer zu erklären, warum so viele frei zugängliche wissenschaftliche Texte aus renommierten Zeitschriften ( Scientific Reports , Angiogenesis , Annals of Anatomy ) nicht von Ouriginal indexiert werden. Plagiate aus dem eigenen Dissertationsarchiv der Universität Helsinki werden nicht erkannt Ouriginal indexiert nicht einmal die frei zugänglichen Doktorarbeiten unserer eigenen Universität ( https://ethesis.helsinki.fi ). Keine der in meinem eigenen Labor verfassten Doktorarbeiten wurde erkannt. Ich habe auch meine eigene Doktorarbeit überprüft, und sie war die einzige, die erkannt wurde (Ouriginal hat sie auf docslib.org gefunden, nicht im offiziellen Dissertationsrepositorium unserer eigenen Universität). Macht es überhaupt Sinn, für einen so unvollständigen Dienst zu bezahlen? Ich glaube nicht. Das Fehlen frei zugänglicher Texte aus wichtigen Fachzeitschriften erscheint mir unentschuldbar, da eine einfache Google-Suche bessere Ergebnisse liefert. Ich habe Google-Suchen nach Sätzen aus den nicht erkannten Texten durchgeführt, und in den meisten Fällen hat Google die Originalquelle problemlos identifiziert. Ein Python-Skript, das Texte in Sätze aufteilt, um einzelne Google-Suchen durchzuführen, und die Ergebnisse zusammenfasst, kann jeder Programmierer an einem Nachmittag schreiben. Warum sollte man eine eigene Datenbank unterhalten, wenn Google diese Aufgabe besser bewältigt als man selbst? Plagiate in Bezug auf die folgenden veröffentlichten Manuskripte/Dissertationen/Tagungsberichte wurden NICHT erkannt:*

Begutachtung von Manuskripten durch das Anbringen von Anmerkungen in PDF-Dateien

Fri, 28 Jun 2019 00:00:00 +0000

Manuskripte für das wissenschaftliche Peer-Review-Verfahren werden als PDF-Dateien eingereicht. Daher erscheint es am naheliegendsten, die PDF-Datei selbst mit Anmerkungen zu versehen, anstatt die Kommentare als separate Textdatei einzureichen. Viele Einreichungssysteme erlauben es jedoch nicht, Kommentare in Form einer mit Anmerkungen versehenen PDF-Datei einzureichen.Zudem gibt es keinen benutzerfreundlichen kostenlosen/Open-Source-PDF-Editor für Linux (meine bevorzugte Plattform). Zwar gibt es PDFEdit ( http://pdfedit.cz/en/index.html) , doch dessen Bedienung erfordert einen erheblichen Lernaufwand, und die letzte Version stammt bereits aus dem Jahr 2012. Es gibt kostenlose Online-PDF-Editoren (z. B. https://www.pdfescape.com/) , aber manchmal benötige ich ein lokales Tool. Obwohl es weder Open Source noch kostenlos ist, ist das Tool meiner Wahl PDF Studio Pro . Es verfügt über alle Funktionen, die ich brauche (eigentlich sogar viel mehr, als ich brauche), ist wirklich plattformübergreifend (Windows, Mac, Linux), einfach zu bedienen und für das, was es bietet, sehr erschwinglich (129 US$ für eine einmalige, unbefristete Lizenz). Leider bietet Quoppa Software – der Hersteller von PDF Studio – keine akademischen Rabatte an.PDF Studio ViewerVor einiger Zeit haben die Entwickler von PDF Studio begonnen, eine kostenlose Version namens PDF Studio Viewer anzubieten. Diese kostenlose Version ist im Laufe der Zeit immer nützlicher geworden. Seit letztem Jahr unterstützt sie auch das Anbringen von Anmerkungen in PDF-Dateien, was für meine Arbeit sehr wichtig ist, vor allem wenn ich wissenschaftliche Manuskripte begutachte. Für viele akademische Nutzer dürfte der PDF Studio Viewer völlig ausreichend sein.LibreOffice und InkscapeNatürlich lassen sich PDF-Dateien mit LibreOffice Draw und Inkscape bearbeiten, doch diese Programme sind nicht speziell für das Hinzufügen von Anmerkungen ausgelegt. Wenn Sie umfangreiche Anmerkungen vornehmen müssen, wird der Vorgang schnell sehr mühsam. Zudem kann die Bearbeitung in Inkscape destruktiv sein (z. B. wenn Sie Text ändern), aber ich habe das Programm beispielsweise zum Ausfüllen von Formularen verwendet.Abgesehen vom Fehlen spezieller Anmerkungs- und Überprüfungswerkzeuge („Markierungen“ wie „Text ersetzen“, „Text durchstreichen“, „Text löschen“, „Text einfügen“ oder Callouts), ist LibreOffice Draw eigentlich ein recht leistungsfähiger PDF-Editor, versagt jedoch manchmal noch beim korrekten Öffnen sehr komplexer PDF-Dokumente (ich hatte Probleme mit Hintergrundbildern/Mustern). Seltsamerweise werden die einzigen Überprüfungswerkzeuge (Kommentare) standardmäßig nicht exportiert. Du musst das Kontrollkästchen „Kommentare exportieren“ aktivieren, wenn du deine bearbeitete PDF-Datei als PDF exportierst (der Vorgang „Speichern“ erstellt eine ODG-Datei, die du wahrscheinlich nicht haben möchtest).PDFsamWenn Sie keine Anmerkungen hinzufügen müssen, reicht Ihnen vielleicht das Open-Source-Tool PDFsam . Im Gegensatz zu PDFEdit ist PDFsam in den Ubuntu-Repositories verfügbar. PDFsam bietet außerdem zwei kostenpflichtige Versionen ( PDFsam Enhanced und PDFsam Visual ). PDFsam Basic (die Open-Source-Version) ist lediglich eine einfache grafische Benutzeroberfläche, die auf einigen Befehlszeilen-Dienstprogrammen aufsetzt, während der PDF Studio Viewer ein echtes visuelles Bearbeitungserlebnis bietet. Zu den kostenpflichtigen Versionen von PDFsam kann ich nichts sagen, da sie nicht als kostenlose Testversionen verfügbar sind. Tatsächlich lassen sich alle Funktionen von PDFsam über die Befehlszeile ausführen (siehe hier meinen Blogbeitrag darüber, wie man gängige PDF-Bearbeitungsaufgaben hauptsächlich mit dem Befehlszeilentool pdftk durchführt).Dateigröße reduzierenPDFsam Basic und der PDF Studio Viewer bieten keine Funktionen zur Reduzierung der Dateigröße. Im PDF-Exportdialog von LibreOffice Draw können Sie die Bildauflösung und die JPEG-Komprimierung verringern, um so die Dateigröße zu reduzieren. Im Open-Source-Bereich scheinen jedoch nur Befehlszeilentools in der Lage zu sein, die PDF-Größe zu reduzieren. Ich verwende ghostscript für diese Aufgabe, aber der Befehl ist nicht leicht zu merken:gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/screen -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdfBei PDF Studio Pro müssen Sie sich die verschiedenen Schlüsselwörter für die unterschiedlichen Ausgabequalitätsoptionen (Bildschirm, E-Book, Drucker, Druckvorstufe) natürlich nicht merken, da Sie einfach aus dem Dropdown-Menü zwischen den verfügbaren Optionen wählen können. Wenn Sie nach einem Open-Source-Wrapper für Ghostscript suchen, probieren Sie vielleicht workerPdf aus. Dokumente signieren und Signaturen hinzufügen Mit dem PDF Studio Viewer können Sie Dokumente signieren, wenn Sie über ein DocuSign-Abonnement verfügen. Mir geht es jedoch in erster Linie darum, selbst nachweisen zu können, dass ich ein bestimmtes Dokument erstellt habe („selbstsignierte Signatur“), und nicht darum, dass andere meine Urheberschaft überprüfen können. Für dieses Szenario hat man mit dem PDF Studio Viewer leider kein Glück. Und offenbar bietet PDFSam keine Möglichkeit zum Signieren (weder selbstsigniert noch durch Dritte). LibreOffice Draw ermöglicht jedoch das Signieren von Dokumenten! Ich habe nach einer erschwinglichen Lösung (nicht selbstsigniert, aber von anderen PDF-Readern als vertrauenswürdig anerkannt) zum Signieren von PDF-Dokumenten gesucht, aber es scheint keine geeignete Lösung zu geben, wenn man nur selten signieren muss. Der Basisplan von DocuSign (10 US$/Monat) erscheint zu teuer, wenn man nur ein Dokument pro Monat signiert.FazitWenn man bei kostenlosen oder Open-Source-Lösungen bleiben möchte, muss man wahrscheinlich mehrere Tools kombinieren, um alle typischen PDF-Bearbeitungsaufgaben problemlos zu bewältigen: PDFsam Basic, LibreOffice Draw, PDF Studio Viewer und Ghostscript. Wenn Sie jedoch häufig PDFs bearbeiten (so wie ich), ist der Kauf von PDF Studio Pro eindeutig die richtige Wahl.

SnapGene und partielle Restriktionsverdauungen – ein erneuter Blick darauf

Thu, 23 Aug 2018 00:00:00 +0000

SnapGene ist eine Software für Molekularbiologen im Labor, die viel mit Klonierung zu tun haben (Konstruktdesign und Annotation). Seit meinem letzten Beitrag über die SnapGene-Software ( https://www.snapgene.com/ ) hat sich viel Positives getan:

SnapGene – Einfach die beste Software zur DNA-Bearbeitung

Fri, 01 Jan 2016 00:00:00 +0000

Unser Labor nutzt verschiedene Softwarepakete zur Planung, Dokumentation und Visualisierung von DNA-Konstrukten. Zu den Programmen, die uns lange Zeit sehr gut gefallen haben, gehörten das GeneConstructionKit (GCK) und Clone Manager (Professional) . Letzteres läuft leider nur unter Windows. Da jedoch mehrere unserer Computer mit Ubuntu Linux betrieben werden, haben wir die GCK-Versionen 2.5 und 3 mithilfe von WINE (eine Kompatibilitätsschicht, die es uns ermöglicht, native Windows-Programme unter Linux auszuführen). Mit dem Upgrade auf Version 4 wurde GCK unter WINE jedoch unbrauchbar langsam, sodass wir nach einem Ersatz suchten. Wir haben die Entwickler von GCK kontaktiert, aber diese waren offenbar weder bereit noch in der Lage, uns zu helfen. Ich vermute, dass der Quellcode von GCK wahrscheinlich mehr als 20 Jahre alt ist und sich aus diesem Grund niemand traut, ihn anzurühren. Genau zu dieser Zeit wurde SnapGene veröffentlicht, das fast alle unsere Anforderungen erfüllte:

Softwareentwicklungsprojekte für die Molekularbiologie

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5-bezogen

GCK2.5-Fehlerbehebung unter Wine** Es gibt immer noch einige Fehler, die die Nutzung von GCK2.5 unter Wine manchmal erschweren. Insbesondere die Unmöglichkeit, Regionen zu annotieren, nach einer Sequenz zu suchen und eine neue Datei zu öffnen.
GCK2.5-Export** GCK2.5 kann keine Dateien im EMBL-Format exportieren, bei denen die Regionen in Features umgewandelt wurden. Es kann jedoch Kommentare in eine Textdatei und reine Sequenzen in eine Textdatei exportieren. Es sollte ein Leichtes sein, ein Perl-Skript zu schreiben, das diese beiden Dateien übernimmt und sie in eine EMBL-Datei, eine EMBOSS-CIRDNA-/LINDNA-Datei oder eine pDRAW32-Datei konvertiert.
GCK2.5/Wine-Desktop-Integration** Beim Klicken auf Dateien, die mit Windows-Programmen (unter Verwendung von Wine) verknüpft sind, übergibt der Linux-Dateimanager (z. B. Konqueror) die Datei als Argument an die zugehörige Windows-Anwendung, und die Datei wird unter Wine geöffnet. GCK2.5 weigert sich jedoch, die Datei als Argument anzunehmen. Wenn ich auf eine .gcc-Datei klicke, startet GCK2.5 zwar, öffnet aber ein leeres Fenster, und ich muss die .gcc-Datei erst innerhalb von GCK2.5 öffnen. Das ist unnötiges Klicken, insbesondere wenn ich mehrere Ordnerhierarchien durchlaufen muss. Wenn GCK2.5 nativ unter Windows läuft, ist es dann möglich, GCK2.5 mit einer Konstruktionsdatei als Befehlszeilenargument zu starten? Das sollte ich mal prüfen.

pDRAW32-bezogen