Unterricht on Michael’s Domain

„Biologische Arzneimittel“ auf Finnisch unterrichten

Fri, 01 Nov 2024 00:00:00 +0000

Der Internationale Masterstudiengang für pharmazeutische Forschung, Entwicklung und Sicherheit (MPHARM) erhielt im Jahr 2022 als Gruppe den Innoopeli-Preis für die Weiterentwicklung der Lehre an der Fakultät für Pharmazie . Als Mitglied des Lenkungsausschusses war ich etwas überrascht, da zu diesem Zeitpunkt noch keiner unserer Studierenden seinen Abschluss gemacht hatte. Das vorzeitige Lob fand jedoch Anfang dieses Jahres seine Bestätigung, als die erste Gruppe von Studierenden ihren Abschluss machte . In diesem Jahr ging der Innoopeli-2024-Preis an Patrick Laurén , Leiter des Studiengangs Pharmazie. Ich erhielt eine „Ehrenauszeichnung“ für meine Lehrtätigkeit . Am meisten überrascht hat mich, dass meine Bemühungen, auf Finnisch zu unterrichten, gewürdigt wurden. Ich habe speziell Finnischkurse besucht, weil ich auf Finnisch unterrichten wollte. Nun habe ich meine Fähigkeiten sogar schon ein paar Mal ausprobiert. Liebe StudentInnen des FARM-310 (Biologische Arzneimittel, Grundkurs) – bitte entschuldigt, denn ich wusste nicht, worauf ich mich da einließ! Das Unterrichten auf Finnisch war eine Herausforderung, aber es klappt mittlerweile einigermassen. Es erfordert von mir jedoch deutlich mehr Vorbereitungszeit als eine Vorlesung auf Englisch. Ich möchte mich auch bei meinen Fiinnischlehrern Emmi, Yrjö und Taija bedanken! Das Wichtigste war vielleicht eure Unterstützung trotz meiner schwachen Leistung. Ich habe einen Videobeweis für meinen schwachen ersten Versuch, aber ich werde langsam besser. Hier sind die Links zu den finnisch- und englischsprachigen Vorlesungsfolien (nach drei Jahren der Überarbeitung sollten sie eigentlich in Ordnung sein, aber meldet euch gerne, falls ihr sprachliche oder inhaltliche Fehler findet):

Mia Sivén, die weltweit erste Professorin für nachhaltige Pharmazie

Fri, 05 Apr 2024 00:00:00 +0000

Als wir unsere ausländischen Studierenden fragten, warum sie sich für die Universität Helsinki entschieden haben, nannten mehrere von ihnen Aspekte der Nachhaltigkeit. Viele der Forschungsgruppen an der Fakultät für Pharmazie befassen sich mit Themen, die für eine nachhaltige Zukunft von großer Bedeutung sind. So hat beispielsweise die Bekämpfung der zunehmenden Bedrohung durch Antibiotikaresistenzen für unsere Fakultät hohe Priorität. Und meine Gruppe arbeitet an dem umweltfreundlichsten Proteinproduktionssystem der Welt. Es gibt keinen Teil des Lebenszyklus eines Arzneimittels, der nicht unter dem Gesichtspunkt der Nachhaltigkeit betrachtet werden könnte. Daher war es höchste Zeit, dass dieses übergreifende Thema endlich durch die Einrichtung einer eigenen Professur gewürdigt wurde. Soweit uns bekannt ist, wird Mia Sivén nächsten Monat ihre Tätigkeit als weltweit erste Professorin für nachhaltige Pharmazie aufnehmen . Es überrascht Sie wahrscheinlich nicht, dass ich mich sehr über diese Ernennung freue.

Es ist schwierig, die Arbeiten der Schüler zu benoten.

Sat, 16 Dec 2023 00:00:00 +0000

Ich habe in diesem Herbst Hunderte von studentischen Arbeiten gelesen. In vielen dieser Arbeiten sollen die Studierenden Fragen beantworten. Die Benotung dieser Arbeiten bedeutet, zu entscheiden, ob die Antwort „richtig“ oder „falsch“ ist. Das ist manchmal schwierig. Die meisten Antworten liegen irgendwo zwischen „richtig“ und „falsch“. Daher offenbart die Notwendigkeit der Benotung ein tiefer liegendes Problem: Bevor ich entscheiden kann, wo auf dem Spektrum zwischen „richtig“ und „falsch“ die Antworten der Studierenden liegen, muss es ein objektives „richtig“ und „falsch“ geben. Andernfalls sind objektive Noten von vornherein eine Illusion (ganz abgesehen von dem Problem, wie man sie zuverlässig festlegen könnte). Allerdings ist unser gesamtes wissenschaftliches Wissen vorläufig. Es unterliegt Änderungen oder sogar einer Umkehrung, sobald neue, bessere Daten verfügbar werden. Wie kann man also eine Arbeit mit irgendeiner Sicherheit benoten? Glücklicherweise ist nicht unser gesamtes Wissen gleichwertig. Ein wichtiges Kennzeichen einer wissenschaftlichen Aussage ist die Falsifizierbarkeit , ein Konzept, das vielleicht erstmals vom Wissenschaftsphilosophen Karl Popper in seinem Buch Die Logik der wissenschaftlichen Entdeckung populär gemacht wurde. Was sind Beispiele für wissenschaftlich falsifizierbare Theorien?

Turing-Test mit Prüfungsantworten: Kann ich die KI entlarven?

Thu, 29 Dec 2022 00:00:00 +0000

In der finnischen Tageszeitung Helsingin Sanomat diskutieren GPT-3 und Laura Ketonen von der Universität Jyväskylä, wie sich KI auf die Bewertung von Studierenden auswirken wird ( Tekoäly ravistelee opiskelijoiden arviointia , Deutsch: Künstliche Intelligenz bringt die Bewertung von Studierenden ins Wanken). Eine der naheliegenden „Anwendungen“ von KI wäre das Schummeln bei Prüfungen. Lauras Meinungsbeitrag löste zahlreiche Reaktionen aus. Einige entgegneten, dass KI inhaltlosen Text produziere. Andere wiesen darauf hin, dass KI weder Mut noch Eigeninitiative besitze. Es scheint, als würden wir als menschliche Spezies bald mit einem allgemeinen Minderwertigkeitskomplex zu kämpfen haben.In einer naturwissenschaftlichen Prüfungssituation auf BSc- oder MSc-Ebene liegt die Initiative beim Lehrenden, und die Studierenden sind per Definition reaktiv. Wie definiert man leeren Text, wenn man nach einer Erklärung für Glykoengineering fragt? In den Lebenswissenschaften sind Mut und Eigeninitiative wesentliche Eigenschaften für jeden angehenden Wissenschaftler. Doch ohne ein solides Wissensfundament als Grundlage führen Mut und Eigeninitiative selten zu wirkungsvollen neuen Entwicklungen. Derzeit können wir diese Grundlage noch nicht an die KI auslagern. Daher verlangen wir von den Studierenden ein solides Wissensfundament, aus dem Mut und Eigeninitiative schöpfen können, um sich zu entfalten. Vielleicht lassen sich „niedrig hängende Früchte“ allein mit Mut und Eigeninitiative pflücken. Doch die Lösung der heutigen Probleme erfordert darüber hinaus ein solides Fundament an Wissen („auf den Schultern von Riesen stehen“). Bei der Beurteilung von KI machen wir wahrscheinlich dieselben Fehler wie Menschen bei allen neuen Technologien: Wir überschätzen ihre Auswirkungen kurzfristig, unterschätzen sie jedoch langfristig. Immer wieder ist es der (schmalen) KI gelungen, in Bereiche vorzudringen, die zuvor den Menschen vorbehalten waren. Es gibt keinen Grund anzunehmen, dass sich diese Entwicklung nicht fortsetzen wird. Es mag durchaus sein, dass die derzeit vorherrschenden Ansätze der KI (Deep Learning, maschinelles Lernen, neuronale Netze, statistische Ansätze) in Zukunft nicht zu bedeutenden Durchbrüchen in Richtung einer menschenähnlichen allgemeinen KI, vielleicht sogar einer selbstbewussten KI, führen werden. Wir wissen nicht einmal, wie menschliches Bewusstsein entsteht. Andererseits stimme ich Daniel Dennetts Vorstellung zu, dass es vielleicht gar kein „schweres Problem des Bewusstseins“ gibt: Bewusstsein ist das, was man erhält, wenn man alle einfachen Probleme gelöst hat. Wenn jedenfalls eine nicht selbstbewusste KI von einer selbstbewussten KI nicht mehr zu unterscheiden ist – worin besteht dann der Unterschied, und wie könnten wir das überhaupt erkennen? Ich bin mir sicher, dass wir irgendwann auch in der Lage sein werden, unser Wissen vollständig auszulagern. Mit Google haben wir sogar schon erste kleine Schritte in diese Richtung unternommen, aber wir brauchen eine bessere Schnittstelle zwischen Computer und Gehirn, um das Konzept des Wissens-Outsourcings voll und ganz umsetzen zu können. Deep Blue besiegte 1997 den internationalen Großmeister Garry Kasparov. Ich wollte diese Niederlage des Menschen nicht akzeptieren und erklärte die Partie für unfair: Deep Blue stürzte ab und musste während des Sechs-Partien-Turniers einmal neu gestartet werden, was meiner Meinung nach gleichbedeutend damit war, dass der Mensch während der Partie starb (oder zumindest durch Herz-Lungen-Wiederbelebung wiederbelebt wurde). Im Jahr 2016 übertrafen Computer den Menschen im Go-Spiel, und heute schlagen sie Menschen sogar bei Spielen wie Poker, die ausgefeilte psychologische Tricks wie das Bluffen erfordern. Um zu testen, wie sich KI im Vergleich zu Schülern in einer Prüfungssituation schlägt, fügte Patrick den Antworten der Schüler in einer kürzlich durchgeführten Prüfung eine von der KI generierte Antwort hinzu. Diese Idee verlieh der Benotung eine spannende Wendung! Ich glaube, ich wusste, welche Antwort von der KI stammte. Allerdings hatte ich zuvor schon mit GPT-3 experimentiert und wusste, dass die KI – ohne Feinabstimmung – bei der Beantwortung von Fragen übermäßig korrekt und systematisch vorgeht. Bei einer dreiteiligen Frage beantwortet die KI beispielsweise normalerweise systematisch alle drei Teile. Außerdem kannte die KI den genauen Inhalt meiner Vorlesungen nicht, was es relativ einfach machte, die KI-Antwort zu identifizieren. Patrick muss noch verraten, ob ich die KI-Antwort richtig erkannt habe … Die KI (oder das, was ich als KI identifiziert habe) schnitt schlechter ab als der beste Studierende, aber insgesamt hat sie sich wirklich gut geschlagen. Es ist klar, dass sich unsere zukünftigen Prüfungsfragen noch stärker auf kritisches Denken und fiktive Beispiele konzentrieren müssen, die die KI aus ihrem riesigen Pool an Trainingsmaterial nicht kennen kann. Angesichts der zunehmenden Informationsmenge, auf die KI in Zukunft zugreifen wird, kann sie sich jedoch auf das kritische Denken anderer Menschen stützen. Die nächste Generation der KI (ChatGPT-4 und Googles LaMDA) wartet bereits auf ihre Veröffentlichung… Mit ein paar kleinen Anpassungen hätte Patrick mich leicht täuschen können. Vielleicht hat er das ja schon getan … Wenn er die KI angewiesen hat, das Antwortmuster absichtlich zu durchbrechen, und wenn er GPT-3 tatsächlich mit meinen Vorlesungsfolien als Referenzmaterial trainiert hat, sind alle meine Wetten hinfällig. Ich werde euch wissen lassen, ob es mir gelungen ist, die KI-Antworten richtig zu identifizieren, sobald Patrick verrät, welche Antworten von der KI generiert wurden. UPDATE: Ich (ebenso wie die anderen Lehrkräfte) habe die KI-Antworten korrekt identifiziert. Wir waren uns einig, dass wir es nicht bemerkt hätten, wenn man uns nicht darauf hingewiesen hätte, dass eine der Antworten von einer KI generiert wurde. Die Qualität der KI-Antworten hing von der Art der Frage ab. Es schien, als sei es (zum jetzigen Zeitpunkt) relativ einfach, die KI aus der Bahn zu werfen, indem man die zur Beantwortung der Frage benötigten Informationen in grafischer Form bereitstellt. Aber ich bin mir sicher, dass die KI sehr bald lernen wird, Bilder mit Text zu verknüpfen.

Lerne den Lehrer kennen!

Fri, 31 Dec 2021 00:00:00 +0000

Fast 30 Jahre nach Beginn meiner akademischen Laufbahn begann ich, an der Fakultät für Pharmazie zu unterrichten (ohne nennenswerte pädagogische Erfahrung und Ausbildung). Meistens unterrichte ich Themen, in denen ich über praktische Forschungserfahrung und Fachkenntnisse verfüge: Rekombinante-DNA-Technologie, Gentechnik, Proteinproduktion und -aufreinigung sowie – vor allem – Proteinwirkstoffe. Ganz im Sinne des Mottos der Universität Helsinki Forscher lehren, Lehrer forschen . Trotz meiner mangelnden Erfahrung war ich Teil der Aktion „Meet the teacher!“ der Universität Helsinki, die sich an angehende internationale Masterstudierende richtet: https://www.facebook.com/HelsinkiUniversity/posts/10160122296028083

Finnischkenntnisse boosten

Fri, 17 Dec 2021 00:00:00 +0000

Ich unternehme einen neuen Versuch, Finnisch zu lernen! Bis vor kurzem habe ich meine berufliche Laufbahn in Meilahti an der Medizinischen Fakultät der Universität Helsinki fortgesetzt. Nach meiner von der Finnischen Akademie finanzierten Zeit als Forschungsstipendiat waren meine beruflichen Aussichten in Meilahti bestenfalls dürftig, da fast alle offenen Stellen gute Finnisch- oder Schwedischkenntnisse erfordern. An finnischen medizinischen Fakultäten muss man – anders als in vielen anderen Studiengängen – in der Lage sein, auf Finnisch oder Schwedisch zu unterrichten. In anderen EU-Ländern gibt es viele Universitäten, an denen man Medizin studieren kann, ohne ein Wort der Landessprache zu beherrschen, aber Finnland nimmt (noch) keine ausländischen Studierenden für medizinische Studiengänge auf.Bevor ich mein Studium an der Universität begann, hatte ich bereits einmal ähnliche Sprachprobleme. Im Herbst 1989, als die politischen Veränderungen in Osteuropa das freie Reisen ermöglichten, beschloss ich, Ungarn zu besuchen. Mein Interesse an Ungarn ging auf mehrere ungarische Freunde von mir zurück, die im Exil in der ehemaligen Bundesrepublik lebten. Als ich im Frühjahr 1990 in Ungarn ankam, sprach ich kein einziges Wort Ungarisch. Dennoch sprachen meine ungarischen Freunde mit mir ausschließlich Ungarisch. Ich erinnere mich besonders gerne an Tomi und Timea sowie an ihre ganze Familie und ihre Freunde, die geduldig meinen Geschwafel anhörten und meine grammatikalischen Fehler korrigierten. Finnisch in Finnland zu lernen ist anders. Warum will niemand mein schlechtes Finnisch ertragen? Ich bin auf die Erklärung gestoßen, dass die Finnen nicht an ausländische Akzente gewöhnt seien. Ich kann mich dieser Erklärung nicht anschließen. Die ehemaligen osteuropäischen Länder waren damals ebenfalls isoliert und sprachlich homogen – ähnlich wie Finnland. Liegt es vielleicht daran, dass heutzutage niemand mehr Zeit für irgendetwas zu haben scheint? Im Herbstsemester nahm ich an einem Finnischkurs teil, der von der Universität Helsinki angeboten wurde. Der Kurs war Teil des Projekts „Kielibuusti“ . Sprachenlernen braucht Zeit. Wir fragen uns immer, wie kleine Kinder so gut Sprachen lernen können, vergessen dabei aber, dass sie sich voll und ganz darauf konzentrieren. Der Finnischkurs hat sich zweifellos auf meine sonstige Arbeit ausgewirkt, und aus diesem Grund habe ich volles Verständnis für jene ausländischen Forscher, die nicht einmal eine einzige Sekunde damit verschwenden, Finnisch zu lernen. Was das Erlernen der finnischen Sprache angeht, liegt das Problem meiner Meinung nach weniger bei den Kursangeboten, auch wenn diese besser sein könnten. Das Problem ist vielmehr, dass man sein Finnisch im Alltag nicht anwenden kann, weil immer jemand in der Nähe ist, der – aus sehr guten Gründen – kein Finnisch kann oder es nicht lernen will. In meinem eigenen Labor sind alle Muttersprachen der Labormitglieder – einschließlich Finnisch – Minderheitensprachen. Und ausnahmslos alle, mit denen ich spreche, sprechen ausgezeichnetes Englisch. Es kostet echte Mühe, eine andere Sprache als Englisch zu verwenden (das gilt auch für meine eigene Muttersprache, Deutsch). Eines der Ziele des „Language Boost“-Kurses war es, uns einen Sprachpartner zu suchen, jemanden, mit dem wir regelmäßig auf Finnisch kommunizieren könnten. Nach einem halben Jahr habe ich immer noch keinen Sprachpartner. Obwohl die Lehrkräfte des Kurses hervorragend waren, reichen zwei Stunden Finnisch pro Woche leider nicht aus. Ich kenne mehrere Forscher, die aus dem Ausland nach Finnland gekommen sind und ausgezeichnet Finnisch sprechen. Die meisten von ihnen haben jedoch familiäre Verbindungen nach Finnland. Deshalb mussten sie sich mit Finnen auseinandersetzen, die kein Englisch sprechen. Sie waren gezwungen, Finnisch zu lernen. Das Gleiche ist mir vor 30 Jahren in Ungarn passiert: Die meisten Menschen lernten in der Schule kein Englisch. Wir hatten nur eine gemeinsame Sprache, und ich benutzte sie den ganzen Tag lang in allen Situationen.“ Dieser Beitrag wurde inspiriert von Reetta Vairimaas Artikel „Claudia und Celia“ in der Zeitschrift Yliopistolainen (1/2018), der leider nicht online verfügbar ist.``Hier liegt ein weiterer Aspekt des Problems: Für die meisten ausländischen Forscher bleibt einfach nicht genug Zeit, Finnisch zu lernen. Im Vergleich zu ihren einheimischen Kollegen haben sie bereits ohne Finnischunterricht eine höhere Arbeitsbelastung. Der Aufbau eines Netzwerks – sowohl beruflich als auch privat – ist mit viel Arbeit verbunden. Die in diesem Acatiimi-Artikel ( Zu wenige studieren Finnisch oder Schwedisch ) sehr hoch. Ich kenne viele ausländische Forscher, aber nur sehr wenige von ihnen verfügen über fundierte Finnischkenntnisse (vielleicht trifft das aber auch nur auf Doktoranden zu, die in meiner verzerrten Sichtweise überrepräsentiert sind).`

Entdeckung und Entwicklung von Proteinwirkstoffen

Wed, 09 Sep 2020 00:00:00 +0000

Gestern habe ich meine erste Zoom-Vorlesung zum Thema „Entdeckung und Entwicklung von Proteinwirkstoffen“ gehalten. Ich hoffe, dass die Studierenden zumindest etwas davon mitgenommen haben. Mein Ziel ist es, die gesamte Präsentation unter einer CC-Lizenz zu veröffentlichen, aber es gibt noch ein paar Bilder, die ich ersetzen muss. Ein erster Versuch ist selten eine Glanzleistung, und wir hatten auch unseren Anteil an technischen Problemen. Mein Headset hat zum ersten Mal seit dem Kauf zu Beginn der Covid-19-Pandemie den Geist aufgegeben. Und die Zoom-Umfragefunktion verschwand, bevor die Studierenden überhaupt die Gelegenheit hatten, sie zu nutzen, und es gelang uns nicht, sie wieder zum Laufen zu bringen. Hier ist der Link zur Live-Präsentation in Google Slides: https://mjlab.fi/pddd . Diese werden sich weiter ändern (= verbessern). Unten findet ihr den PDF-Schnappschuss der Präsentation vom eigentlichen Vorlesungstag. Die gesamte Präsentation ist CC-lizenziert. Ihr könnt sie also gerne wiederverwenden. Alle Quelldateien (größtenteils im Inkscape-SVG-Format) sind ebenfalls hier verfügbar: https://mjlab.fi/pddd-files . Ich habe alle SVG-Dateien in Inkscape erstellt, aber ihr könnt sie auch in jedem Browser öffnen oder in Adobe Illustrator bearbeiten. Wenn ihr Bilder bearbeiten oder extrahieren möchtet, ist es vielleicht am einfachsten, die Präsentation im Microsoft PowerPoint-, LibreOffice Impress- oder PDF-Format herunterzuladen. Ich habe noch nicht herausgefunden, wie ich die Google-Slides-Präsentation freigeben kann, ohne das Original für alle bearbeitbar zu machen (schließlich brauche ich eine gewisse Kontrolle über den Inhalt meiner Vorlesungen).Beachten Sie bitte, dass die Präsentation derzeit noch acht Bilder enthält, die unter Fair Use stehen oder deren Lizenzbedingungen unbekannt sind (auch wenn das rechtliche Konzept des „Fair Use“ außerhalb der USA eigentlich nicht existiert). Alle Bildquellen (mit Ausnahme meiner eigenen Bilder) sind in der Datei „README.txt“ mit den jeweiligen Lizenzen und Quell-URLs aufgeführt. Einige Bilder sind so alt, dass ich ihre ursprünglichen URLs nicht mehr ausfindig machen konnte. Daher bin ich mir hinsichtlich ihrer Lizenzbedingungen nicht sicher. Ich werde diese in den nächsten Wochen ersetzen, sobald ich CC-lizenzierte oder gemeinfreie Alternativen finden kann.

Mobbing von oben

Fri, 22 Nov 2019 00:00:00 +0000

Einige Zahlen aus der „Nature“-Umfrage unter Absolventen aus dem Jahr 2019 ( https://www.nature.com/articles/d41586-019-03535-y ) sind beunruhigend. Nur sehr wenige der Befragten stammten aus Finnland, weshalb die Gesamtzahlen für Finnland mit Vorsicht zu betrachten sind. Doch jeder einzelne Vorfall ist schon einer zu viel. Was mich am meisten beunruhigt, ist a) dass gemobbte Doktoranden in Finnland das Gefühl haben, sie könnten nicht ohne Konsequenzen über ihre Erfahrungen sprechen, und b) dass Mobbing von oben in Finnland möglicherweise stärker verbreitet ist als Mobbing durch Gleichaltrige (wenn man andere wissenschaftliche Mitarbeiter zum „Oben“ zählt). Ein Studierender berichtete Berichten zufolge von Mobbing durch den Studiengangsleiter (was unter „Sonstiges“ fällt, das von Nature in der Grafik nicht separat aufgeführt wurde). Aufgrund von Rundungen und Mehrfachnennungen ergeben die Zahlen zusammen nicht 100 %.

Kurs zur Proteinreinigung 2019

Wed, 31 Jul 2019 00:00:00 +0000

Auch in diesem Dezember veranstalten wir wieder den DPBM-Kurs zur Proteinreinigung in unserem Labor. Sichern Sie sich Ihren Platz, denn dieser praxisorientierte Kurs ist sehr beliebt und es gibt nur 16 Plätze. Sie können Ihr eigenes Protein mitbringen, und wir passen das Kursprogramm individuell an Ihre Bedürfnisse an!Weitere Informationen: http://research.med.helsinki.fi/corefacilities/b3p/teaching.htmlRegistration : https://courses.helsinki.fi/en/dpbm-135/131042336

Erfolgreiche Bewerbung an der Universität Helsinki

Sun, 28 Apr 2019 00:00:00 +0000

Wie stehen meine Chancen, in einen Masterstudiengang an der Universität Helsinki aufgenommen zu werden?

Dies variiert stark von Jahr zu Jahr und je nach Studiengang. Die Zulassungsquoten für die meisten einzelnen Studiengänge lagen zwischen 5 % und 40 %, wobei beliebte Studiengänge wie Umweltveränderungen und globale Nachhaltigkeit oder Wirtschaftswissenschaften am unteren Ende und z. B. Forstwissenschaften sowie Theoretische und computergestützte Methoden am oberen Ende.

So lernen wir unsere Lektionen – nicht fürs Leben, sondern für den Hörsaal

Tue, 27 Nov 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus („So lernen wir unsere Lektionen, nicht für das Leben, sondern für den Hörsaal“). Vor 2000 Jahren schrieb Seneca dies an einen seiner Schüler. Mein Sohn ist derselben Meinung: Ein Großteil seines Lehrplans ist für das echte Leben irrelevant. Leider muss ich ihm zustimmen (und viele Experten sehen das genauso). Innerhalb weniger Jahre weichen der anfängliche Stolz und die Freude über den Schulbeginn Langeweile und Desinteresse. Schon wenige Wochen nach Beginn des Herbstsemesters warten die Kinder nur noch auf die Weihnachtsferien. Lernen sollte Spaß machen, und ich frage mich, was da schiefläuft. Wie schafft es die Schule, die natürliche Neugier und Motivation so schnell zu ersticken? Am Anfang habe ich mit meinem Sohn darüber diskutiert, dass es nicht so sehr darauf ankommt, WAS man lernt, sondern dass man lernt, wie man lernt – was bei fast jedem Thema möglich sein sollte. Doch auch wenn dies vielleicht stimmt, ist diese Vorstellung gleichzeitig ein Eingeständnis des Versagens derjenigen, die die Lehrpläne an unseren Schulen erstellen und umsetzen. Warum scheint es so schwierig zu sein, Themen auszuwählen, die interessant und relevant sind? Vor 100 Jahren hätten Lesen, Schreiben und grundlegende Rechenkenntnisse vielleicht noch ausgereicht. Das Wissen nimmt heutzutage explosionsartig zu, doch die einzige Antwort der Lehrplanverfasser besteht darin, noch mehr in die Lehrpläne zu stopfen, ohne veraltetes Faktenwissen aus dem Unterricht zu streichen. Das lässt wenig Spielraum für die Vermittlung methodischer Kompetenzen, die in der heutigen Gesellschaft dringend benötigt werden. Ich verstehe, dass Schulen nur über begrenzte finanzielle und personelle Möglichkeiten verfügen. Dennoch gibt es Lehrer, denen es – trotz aller materiellen Einschränkungen (in einem der reichsten Länder der Welt!) – gelingt, eine moderne und unterhaltsame „Kundenerfahrung“ (sic!) zu vermitteln. Als Antwort auf die zukünftigen Bedürfnisse unserer Gesellschaft versuchen manche, die MINT-Fächer (Mathematik, Informatik, Naturwissenschaften und Technik) zu fördern. Doch gerade in diesen Fächern schreitet der Wissens- und Informationszuwachs so rasant voran, dass Lehrpläne (die per Definition eher träge sind) und auch die meisten Lehrkräfte nicht in der Lage sind, Schritt zu halten. Auch wenn das Wissen relevant sein mag, sind die wichtigeren Lektionen, die vermittelt werden sollten, nicht faktisches Wissen, sondern methodisches Wissen. Und methodisches Wissen lässt sich anhand äußerst interessanter und relevanter Themen vermitteln:

Zellbasierte Assays (Protein Interaction Biochemistry 2018)

Mon, 14 May 2018 00:00:00 +0000

Eine Vorlesung über zellbasierte Assays zur Bestimmung und Quantifizierung von Protein-Wechselwirkungen (Teil des Kurses Protein Interaction Biochemistry aus dem Jahr 2018). Enthält zudem eine kurze Einführung in die ITC (isotherme Kalorimetrie). Unter CC-Lizenz.

Streik an der Universität Helsinki

Tue, 27 Feb 2018 00:00:00 +0000

Für morgen (28.2.) wurde für die Universität Helsinki eine Streikwarnung ausgesprochen. Grund dafür ist, dass die Verhandlungen zwischen Arbeitgebern und Arbeitnehmern über Löhne und Arbeitsbedingungen ins Stocken geraten sind und der Streik als Mittel eingesetzt wird, um die Verhandlungsposition des Arbeitgebers in Richtung eines akzeptablen Kompromisses zu beschleunigen. Alles wie immer? Schließlich hat es an der Universität schon sehr lange keinen Streik mehr gegeben … Während sich fast alle einig sind, dass Finnlands Zukunft auf Wissen und Innovation beruht, scheint die Wertschätzung genau jener Menschen, die Wissen und Innovation schaffen, einen historischen Tiefpunkt erreicht zu haben – wenn man Wertschätzung anhand der Arbeitsbedingungen und des Lohnniveaus misst.Ich vermute, die eigentliche Ursache liegt weniger in den konkreten Angeboten des Arbeitgebers (oder deren Fehlen), sondern vielmehr in der Missachtung und Geringschätzung von akademischer Bildung, Forschung und Entwicklung, die über die Jahre hinweg zugenommen hat – beschleunigt durch die 2015 gewählte Regierung, die sich weigert, in die Zukunft zu investieren. Universitäten sollten sich nicht wie Unternehmen verhalten, die versuchen, ihren Gewinn auf Kosten ihrer Mitarbeiter und der Qualität ihres Produkts zu maximieren. Mit einigen Ausnahmen beteiligt sich jeder, der auch nur ein bisschen Selbstachtung besitzt, an dieser Aktion. Alle großen Gewerkschaften, einschließlich der Studenten- und Professorengewerkschaft, unterstützen diese Aktion. Anscheinend werden die Professoren zum ersten Mal in der Geschichte dieses Landes in den Streik treten ( https://yle.fi/uutiset/osasto/news/finnish_professors_walk_out_in_first-ever_strike/10095355 ).

Cloning-Club – Workshop-Material

Tue, 30 Aug 2016 00:00:00 +0000

Sammlung der Kursunterlagen für den von DPBM organisierten Cloning Club zusammengestellt. Für jede Vorlesung gibt es Dateien in (mindestens) zwei verschiedenen Formaten: PDF und ODP (Open Document Presentation). Die ODP-Datei lässt sich mit der Software LibreOffice bearbeiten. Wenn Sie sie mit Microsoft Office öffnen möchten, müssen Sie sie zunächst entweder mit LibreOffice oder einem Online-Konvertierungstool (wie cloudconvert ) konvertieren. Das Material des Kursveranstalters (im Open-Document- und PDF-Format) steht unter der Creative-Commons-Lizenz zur Verfügung (ausgenommen ist angepasstes Material, das ausdrücklich gekennzeichnet ist). Materialien der Kursteilnehmer (im PowerPoint-Format) werden zu den Bedingungen der Urheber bereitgestellt. Möglicherweise füge ich später auf Grundlage des Feedbacks der Teilnehmer verbesserte Versionen der Präsentationsfolien für die Treffen bzw. Vorlesungen hinzu.

Das Staden-Paket unter Ubuntu für Bioinformatik-Urgesteine

Wed, 27 Jul 2016 00:00:00 +0000

Meistens verwenden wir die Software SnapGene , wenn wir die Sequenzen unserer DNA-Konstrukte überprüfen. Manchmal ist die Alignment-Ansicht von SnapGene jedoch nicht flexibel genug, und dann greife ich auf das altbewährte Staden-Paket zurück. Ich hatte gerade ein Upgrade von Ubuntu 14.04 auf 16.04 durchgeführt und hatte Staden daher nicht installiert. Ich war positiv überrascht, als die Installation von Staden nur etwa 15 Sekunden dauerte, denn endlich – dank des Debian-Med-Teams – ist Staden im „universe“-Repository verfügbar (eigentlich schon seit Oktober 2014).sudo apt install stadenStaden ist sicherlich nicht so intuitiv, wie es sein könnte, aber es ist sehr leistungsstark und eignet sich hervorragend für die automatisierte Datenverarbeitung. Wenn ihr die Möglichkeit habt, euch damit vertraut zu machen, würde ich euch dazu ermutigen. Das finnische CSC hat den Staden-Kurs aus dem Jahr 2004 aufgezeichnet, an dem ich teilgenommen habe, und ihr könnt euch die Aufzeichnungen bei Funet TV . Ich hatte gerade kurz darüber nachgedacht, von Ubuntu zu SuSE zu wechseln, wegen des anhaltenden Problems mit der WLAN-Verbindung, das Canonical offenbar nicht beheben kann, aber wenn man bedenkt, wie aufwendig eine manuelle Installation von Staden ist, ist dies ein großer Pluspunkt für Ubuntu. Es gibt natürlich spezielle Linux-Distributionen für bioinformatische Zwecke, doch diese hinken in der Regel den neuesten und besten Entwicklungen der großen Distributionen hinterher.

Klonier-Club

Wed, 22 Jun 2016 00:00:00 +0000

Gemeinsam mit dem Doktorandenprogramm für Biomedizin (DPBM) organisieren wir im Herbst 2016 einen Workshop und einen Praxiskurs zum Thema Klonieren (Kurscode 921244).Termine und Veranstaltungsort (Workshop): Wöchentlicher Diskussionsworkshop (8 Termine à 1 bis 1,5 Stunden) ab Dienstag, 30.8.2016; Veranstaltungsort: Besprechungsraum 7 (Biomedicum Helsinki, 5. Stock, außer am 27.09. und beim letzten Workshop am 25.10., die in BM B136A stattfinden); 1 KreditpunktTermine und Veranstaltungsort (Praktikum): Dezentraler Laborkurs (nach Zeitplan und am Veranstaltungsort der Teilnehmenden oder – für Teilnehmende ohne eigenen Zugang zu den erforderlichen Einrichtungen – in den ersten beiden Novemberwochen in unserem Labor); 1 KreditpunktKursinformationsseite: http://www.helisci.fi/hbgs/cloning-club2016 Anmeldeseite: https://elomake.helsinki.fi/lomakkeet/71701/lomake.html Detaillierte Kursinformationen: PDF Werbeplakat: PDF Kursmaterial: Das Material wird nach jedem Treffen hier hinzugefügt . Das Klonieren hat den Reiz, langweilig zu sein. Doch alles beginnt mit der DNA. Die Gentechnik ist nicht mehr wegzudenken, und wird auch zukünftig immer wichtiger werden: Wir kratzen gerade erst an der Oberfläche ihres Potenzials. Fast die gesamte biomedizinische Forschung befasst sich mit DNA-Konstrukten: Expressionsvektoren zur Transfektion von Zellen, Shuttle-Plasmide zur Herstellung von Viren, Konstrukte zur Erzeugung transgener Tiere. Die Fähigkeit, ein DNA-Konstrukt zu erstellen, wird noch benötigt, bis das versprochene Gerät auf den Markt kommt, das jedes Plasmid innerhalb weniger Stunden ausspuckt, nachdem man ihm die Plasmidsequenz eingegeben hat. Es stehen viele neue Technologien zur Verfügung, und daher ist die Auswahl schwieriger als früher, als das Klonieren mit Restriktionsenzymen die einzige Option war. Heute sind die Anforderungen und Möglichkeiten endlos, und man muss die richtige Strategie wählen, um Erfolg und Geschwindigkeit zu maximieren.

FPLC-Kurs zur Proteinreinigung

Mon, 04 Jan 2016 00:00:00 +0000

Acht Doktoranden hatten sich für den FPLC-Kurs zur Proteinreinigung angemeldet, der im Dezember stattfand. Wenn ich etwas gelernt habe, dann, dass die Proteinreinigung im Rahmen eines Kurses IMMER mit einem Protein und einem Protokoll durchgeführt werden sollte, die bereits VIELE Male erfolgreich angewendet wurden. Von den Studierenden mitgebrachte Proteine sind eine hervorragende Lernquelle, doch die zeitlichen Einschränkungen eines Kursformats erlaubten es uns nicht, die Aufreinigung dieser Proteine noch während des Kurses abzuschließen.Technische Probleme mit dem neuen Äkta Avant 25Zudem war das Äkta Avant 25 , die wir diesen Sommer neu bei GE Healthcare erworben hatten, fiel während des Kurses ZWEIMAL aus. Zunächst fiel der Steuerungscomputer aus (RAID-Ausfall). HP lieferte die Ersatzfestplatte innerhalb von 24 Stunden, und nachdem sich das RAID wiederhergestellt hatte, konnten wir den Kurs fortsetzen. Beim ersten Durchlauf nach diesem Vorfall trat beim Äkta jedoch ein Überdruckproblem auf. Wir identifizierten einen defekten Durchflussbegrenzer als Ursache identifiziert, wollten den Lauf jedoch nicht fortsetzen, da wir bei früheren Durchläufen bereits schwerwiegende Probleme mit Luftblasen hatten. Daher führten wir die Durchläufe auf dem alten Äkta Explorer 100 durch. GE Healthcare ließ das System umgehend von einem Servicetechniker überprüfen, doch da dieser kein Ersatzgerät dabei hatte, mussten wir bis Montag, den 14.12., warten, bis der Äkta Avant wieder voll funktionsfähig war.Was wir aufgereinigt haben: lösliches VEGFR-3 (VEGFR-3/Fc) und HepsinWir haben lösliches humanes VEGF-Rezeptor-3 aufgereinigt (die ersten drei Domänen seiner extrazellulären Domäne, verbunden mit dem konstanten Fc-Teil von humanem IgG). Diese Aufreinigung haben wir bereits mehrfach durchgeführt. Sie entspricht der Aufreinigung von Antikörpern mit Protein-A-Sepharose.Wir hatten im Vorfeld konditioniertes Zellkulturmedium vorbereitet. Wir produzieren die meisten unserer Proteine in Insektenzellen (hauptsächlich Drosophila S2), und das VEGFR-3/Fc war von den S2-Zellen nach Induktion des Metallothionein-Promotors mit 1 mM Cu²⁺ über etwa 4,5 Tage hinweg in das Medium sekretiert worden. Die Vorbereitung des Mediums für die Aufreinigung besteht lediglich aus 1) dem Entfernen der Zellen durch Zentrifugation und 2) der Filtration, um Präzipitate und andere kleine Partikel zu entfernen, die die Säule verstopfen könnten. Eine Anpassung des pH-Werts ist nicht erforderlich.Eine schnelle Neutralisierung nach der Elution bei niedrigem pH-Wert IST WICHTIGWir haben das Medium über eine Einweg-5-ml- HiTrap-Rekombinant-Protein-A-Säule über Nacht mit einer Durchflussrate von etwa 1 ml/min und eluierten es mit einem Puffer mit niedrigem pH-Wert. Die eluierten 2-ml-Fraktionen wurden sofort mit 400 µl 1 M Tris (pH 8,5) neutralisiert. Hier unterlief uns bei einer der beiden Aufreinigungen ein kleiner Fehler. GE Healthcare hatte die Kassetten für die 5-ml-Sammelröhrchen noch nicht freigegeben (dies ist bis heute nicht geschehen, obwohl sie bereits für September 2015 versprochen worden waren), und wir verwendeten 15-ml-Falcon-Röhrchen zur Sammlung der 2-ml-Fraktionen, in die wir zuvor 400 µl der Neutralisationslösung alikvotiert hatten. Allerdings war die Durchmischung in diesen Röhrchen nicht effizient, und die längere Einwirkung eines niedrigen pH-Werts führte zu einer teilweisen Schädigung unseres Proteins. Dies lässt sich beim Vergleich der Größenausschluss-Chromatogramme von Gruppe 2 mit denen von Gruppe 4 erkennen: Bei Gruppe 4 ist der erste Peak (aggregiertes Protein) im Vergleich zum entsprechenden Peak bei Gruppe 2 deutlich größer und heterogener. Tatsächlich fällt VEGFR-3/Fc, wenn es bei niedrigem pH-Wert aus Protein-A-Säulen eluiert wird, bei höheren Konzentrationen kurz nach der Elution stets aus, löst sich jedoch bei Neutralisation wieder auf. Dies geschah in den Fraktionen 5.A.3 und 5.A.4 (Gruppe 4) nicht, da sich Eluat und Neutralisationspuffer im 15-ml-Falcon-Röhrchen nicht ausreichend vermischten (wahrscheinlich trug auch die Fraktionsgröße von 2 ml dazu bei; 1 ml wäre besser gewesen). Während des Laufs für Gruppe 2 haben wir die Röhrchen unmittelbar nach Beendigung des Laufs entnommen und dadurch die Puffer vermischt, während der Lauf für Gruppe 4 über Nacht endete und das Eluat bis zum Morgen weitgehend unvermischt blieb.Alternativ hätten wir mit einem hochkonzentrierten chaotropen Salz bei nahezu neutralem pH-Wert eluieren können (was wir beim nächsten Mal tun werden, falls wir einen automatisierten Lauf haben, bei dem die Elution mitten in der Nacht stattfindet). Pierce bietet einen (proprietären) „sanften“ Elutionspuffer mit einem pH-Wert von 6,6 an. Ich kenne die Zusammensetzung des Pierce-Puffers nicht, aber es handelt sich um eine hochkonzentrierte Lösung eines chaotropen Salzes. 3 M Kalium-/Natriumthiocyanat oder 4 M Magnesiumchlorid in gepufferten Lösungen um pH 7 sind häufig verwendete chaotrope Salze für diesen Zweck. Hepsin Die von den Studierenden bereitgestellten Proteine stellten eine Herausforderung dar. Erstens war ihre Konzentration im Ausgangsmaterial sehr gering. Während wir das Protein deutlich erkennen können, wenn das VEGFR-3/Fc-konditionierte Medium auf einem PAGE-Gel aufgetragen und mit Coomassie gefärbt wird, ist für das Hepsin kein solches Band sichtbar. Zudem schien ein erheblicher Anteil des Proteins das Histag (nicht mehr) zu enthalten und wird daher im ersten Reinigungsschritt nicht aufgefangen. Der Anteil an Hepsin-H6, der an Ni²⁺-Sepharose bindet, eluiert bereits bei einer Imidazol-Konzentration von 20 mM, was das Waschen der Säule erschwert. Das Hepsin mit dem längeren Histag (H10) übersteht die 20 mM Imidazol-Waschung zwar, weist jedoch ebenfalls niedrige Expressionsniveaus auf. Nachfolgend sind die Chromatogramme der einzelnen Durchläufe sowie die kommentierten Bilder der mit Coomassie gefärbten PAGE-Gele dargestellt. Das detaillierte Protokoll für den Betrieb des Äkta Avant 25 befindet sich noch in Vorbereitung…

Schwieriger Start

Wed, 26 Aug 2015 00:00:00 +0000

UPDATE: Ich habe bei der Akademie nach den Förderquoten für die Akademieprofessuren gefragt, doch gibt es so wenige dieser Stellen, dass sich aus diesen Daten keine verwertbaren Statistiken ableiten lassen. Ich habe von der Akademie eine sehr transparente Antwort erhalten (einschließlich der Zahlen, um die ich gebeten hatte). Die Entscheidung, die Fördermittel für Postdoktoranden vorrangig zu kürzen, war eine bewusste Maßnahme der Akademie, um die Mittel für wettbewerbsfähige Forschung im Rahmen von Projekten und für Akademie-Forschungsstipendiaten zu sichern. Der Trend, Fördermittel von jüngeren auf ältere Forscher zu verlagern, scheint jedoch allgemein zu sein und hält in den USA bereits seit einem halben Jahrhundert an (siehe z. B. hier: http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/ oder hier: http://nexus.od.nih.gov/all/2012/02/13/age-distribution-of-nih-principal-investigators-and-medical-school-faculty/) . Unsere Zukunft hängt von neuen Ideen und Innovationen ab. Ich bin mir nicht sicher, ob es stimmt, dass jüngere Forscher mehr neue Ideen und Innovationen hervorbringen, wie in dem oben genannten Blogbeitrag behauptet wird ( http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/) , aber wenn das der Fall ist, wäre es langfristig eine schlechte Idee, ihnen Mittel zu entziehen. Es wird immer schwieriger, eine von der Finnischen Akademie finanzierte Forschungsstelle zu erhalten. Was mich am meisten beunruhigt, ist die Tatsache, dass sich die Einsparungen auf das „untere“ Ende der akademischen Karriereleiter konzentrieren: Die Erfolgsquote bei Bewerbungen für Postdoktorandenstellen hat sich am stärksten verschlechtert, während die Förderung von Akademieprojekten im Forschungsrat für Gesundheit weitgehend unangetastet blieb. Am vergangenen Dienstag präsentierte die Akademie diese Zahlen bei der „Ask & Apply“-Veranstaltung zur Förderrunde im September an der Medizinischen Fakultät. Auch die Fördermittel für Akademie-Forschungsstipendiaten wurden gekürzt, allerdings in weitaus geringerem Umfang als die für Postdoktoranden. Seltsamerweise fehlt in der Folie die Erfolgsquote bei den Bewerbungen um Akademieprofessuren. Ist dies ein Hinweis auf einen Generationskonflikt, bei dem etablierte Forscher erfolgreich versuchen, die schwindenden Ressourcen für sich selbst zu sichern? Ich müsste die Erfolgsquote bei den Bewerbungen um Akademieprofessuren und die bewilligten Beträge kennen, um Schlussfolgerungen ziehen zu können.

Wie man „Adjunct Professor“ („dosentti“) an der Universität Helsinki wird

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Im Vergleich zur Promotion war diese „Dosentti“-Sache ein Kinderspiel. Ich habe Anfang 2011 damit begonnen und den Titel noch im selben Jahr, im Dezember, erhalten. Ich weiß nicht, ob sich das Verfahren an verschiedenen finnischen Universitäten unterscheidet und ob einige der Formalitäten möglicherweise spezifisch für die Universität Helsinki sind, aber dennoch liste ich im Folgenden die Schritte auf, die ich unternommen habe, um den Titel zu erhalten. Anleitungen sind auch hier verfügbar.

HBGS-Kurs

Mon, 10 May 2010 00:00:00 +0000

Alle Dokumente zum HBGS -Kurs Tags bei der Proteinexpression, -nachweis und -aufreinigung. Die meisten Dokumente sind sowohl im PDF- als auch im OpenOffice-Format verfügbar. Sie können die Dokumente gerne weiterverwenden. Sie stehen unter der Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 1.0-Lizenz .