VEGF-D on Michael’s Domain

Eine unmögliche Overlap-Extension-PCR

Sat, 21 Jun 2025 00:00:00 +0000

Ein Doktorand von mir fragte mich nach Plasmidkarten für mehrere DNA-Konstrukte, die ich vor etwa 20 Jahren erstellt hatte. Da es SnapGene zu dieser Zeit noch nicht gab, hatte ich das inzwischen veraltete GeneConstructionKit2 verwendet. Ich habe damals viele Klonierungen durchgeführt, aber ich habe nicht für alle systematisch Plasmidkarten erstellt. Das GCK2-Format erlaubte leider keine einfache Annotation. Man benötigte ein separates Programm für eine umfassende Annotation der Plasmide, und diese Daten wurden in einer separaten Datei gespeichert, der sogenannten „Illustrationsdatei“: Was konnte da schon schiefgehen? Gestern habe ich schließlich meine alten Laborbücher herausgesucht und etwa 10 alte Klonierungen in SnapGene nachvollzogen. Ich war jedoch nicht in der Lage, eine der Klonierungen zu simulieren, da SnapGene das Funktionieren eines „suboptimalen“ PCR-Primers blockierte.

Unser Labor wird 2025 nicht in Konkurs gehen!

Fri, 29 Nov 2024 00:00:00 +0000

Unser Labor hatte in letzter Zeit so viel Pech mit seinen Förderanträgen, dass ich bereits ernsthaft über alternative Karrierewege nachgedacht habe. Zum Beispiel Straßenbahnfahrer zu werden. Helsinki und die umliegenden Städte bauen ihre Straßenbahnnetze aus, und gute Fahrer sind rar. Doch die Finnische Krebsstiftung hat nun unsere Pechsträhne beendet! Auch wenn es sich nur um einen bescheidenen Betrag handelt, blicke ich hoffnungsvoll in die Zukunft. Nicht jede Forschung ist gleich teuer: Manche Methoden erfordern mehr Geld als andere, und unsere gehören zu den kostengünstigeren. Welches Projekt wurde gefördert? Nun, es ist nicht unser neuartiges Proteinexpressionssystem, sondern ein Projekt zur Beantwortung einer Frage, die viele Forscher der Gefäßbiologie seit 2001 beschäftigt, als das Achen/Stacker-Labor eine Arbeit veröffentlichte, die zeigte, dass VEGF-D von Mäusen und Menschen NICHT dieselben Rezeptoren teilen, sondern dass Maus-VEGF-D nicht an Maus-VEGFR-2 bindet ( Baldwin et al., 2001 ). Wir haben in 2011 und 2019 , dass die proteolytische Aktivierung von VEGF-D durch Cathepsin D zu einem vollständigen Verlust der VEGFR-3-Bindung bei humanem VEGF-D führt. Wenn dies auch für Maus-VEGF-D gelten würde, wäre es ein Wachstumsfaktor ohne Rezeptor! Das ist zwar nicht unmöglich, wäre aber eine Ausnahme. Es ist wichtig, diese molekularen Details richtig zu verstehen, da wir unsere zukünftigen Krebsmedikamente stets an Mäusen testen. Sollte es einen großen Unterschied in der angiogenen Signalübertragung zwischen Mäusen und Menschen geben, könnte dies die Interpretation vieler Mausdaten erheblich erschweren und vielleicht sogar erklären, warum Medikamente, die bei Mäusen gut wirken, beim Menschen versagen. Bemerkenswerterweise weisen unter allen Medikamenten Onkologika die schlechtesten Erfolgsraten in klinischen Studien auf. Es gibt stichhaltige Hinweise darauf, dass VEGF-D der „böse Bube“ in der VEGF-Familie ist, d. h. derjenige, der dafür verantwortlich ist, dass Krebserkrankungen Resistenzen gegen antiangiogene Krebstherapien entwickeln, die auf der Blockade von VEGF-A basieren. Auf jeden Fall ein großes Lob an die finnische Krebsstiftung! Lesen Sie hier über die Auszeichnung.

KLK3: tumorogen oder nicht?

Wed, 22 Dec 2021 00:00:00 +0000

Wir haben soeben unseren neuesten Übersichtsartikel über die Rolle von KLK3 als Aktivator von VEGF-C und VEGF-D bei Prostatakrebs veröffentlicht. Prostatakrebs ist eine der häufigsten Krebsarten bei Männern. Es ist keine Frage, ob man daran erkrankt, sondern nur wann. Sobald man die 80 erreicht hat, ist die Wahrscheinlichkeit, an Prostatakrebs zu erkranken, größer als die, nicht daran zu erkranken. In einer Autopsie-Studie aus dem Jahr 2013 an japanischen Männern , die an anderen Ursachen verstorben waren, wiesen 59 % der über 80-Jährigen Prostatakrebs auf. Es ist wahrscheinlich, dass viele dieser Fälle indolent waren und niemals Probleme verursacht hätten. Nur bei wenigen von ihnen wären möglicherweise Symptome aufgetreten, hätten diese Männer länger gelebt. Daher besteht ein großes Interesse daran, jene Krebserkrankungen zu identifizieren, die Probleme verursachen werden. Viele Prognosemarker wurden vorgeschlagen, um genau dies zu erreichen: vorherzusagen, welche Krebserkrankungen problematisch werden würden. Aus Sicht der Gefäßbiologie sind Angiogenese und Lymphangiogenese zwei Kennzeichen von Krebserkrankungen, denen bereits zuvor prognostischer Wert zugeschrieben wurde. Als wir zufällig entdeckten, dass das prostataspezifische Antigen (PSA, auch bekannt als KLK3) in der Lage ist, VEGF-C und VEGF-D zu aktivieren , dachten wir, dass dies für Prostatakrebs von Bedeutung sein könnte. Inzwischen haben weitere Untersuchungen einige Fragen geklärt, und es scheint tatsächlich so zu sein, dass sowohl VEGF-C als auch VEGF-D an der Krebsprogression beteiligt sind. Es ist jedoch noch nicht klar, welche Proteasen für die Aktivierung von VEGF-C und VEGF-D in realen menschlichen Tumoren verantwortlich sind. Durch KLK3 oder Cathepsin D (CTSD) aktiviertes VEGF-D könnte eine mögliche Ursache für die Resistenz von Tumoren gegenüber einer Behandlung mit Bevacizumab (Avastin) sein. Die Folgen der VEGF-C-Aktivierung sind hingegen schwieriger vorherzusagen, da aktiviertes VEGF-C gleichzeitig sowohl positive als auch negative Wirkungen hat: Einerseits begünstigt es die Metastasierung. Andererseits ermöglicht es eine verstärkte Immunantwort gegen den Tumor. Hier liegen interessante Forschungsmöglichkeiten vor uns. Lesen Sie mehr dazu in unserem Übersichtsartikel: https://doi.org/10.3390/ijms222413545

KLK3/PSA und Cathepsin D aktivieren VEGF-C und VEGF-D

Sat, 18 May 2019 00:00:00 +0000

Das prostataspezifische Antigen (PSA) ist – zumindest unter älteren Männern – als Marker für Prostatakrebs bekannt, doch nur wenige Menschen kennen seine physiologische Funktion: Spermien sind im frischen Ejakulat eingeschlossen, das eine geleeartige Konsistenz aufweist. Um die Spermien freizusetzen, muss das Ejakulat verflüssigt werden, und genau diese Verflüssigung ist die Aufgabe des PSA. Für viele Menschen überraschend ist auch die Tatsache, dass Wissenschaftler noch immer nicht wissen, warum hohe PSA-Werte mit Prostatakrebs in Verbindung stehen. In unserer neuesten Studie, die gestern in eLIFE veröffentlicht wurde , haben wir einen großen Schritt vorangemacht, um die Rolle von PSA sowohl in der Fortpflanzungs- als auch in der Krebsbiologie zu verstehen.Es scheint, dass PSA (auch bekannt als Kallikrein-verwandte Peptidase 3 – KLK3) und ein weiteres Enzym namens Cathepsin D zwei Wachstumsfaktoren aktivieren können, die mit dem Fortschreiten von Krebs in Verbindung gebracht werden: VEGF-C und VEGF-D . Diese Wachstumsfaktoren tragen wahrscheinlich zur Tumorangiogenese und zur Tumorlymphangiogenese bei. Durch die Induktion der Angiogenese – also des Wachstums von Blutgefäßen – sichert sich der Tumor seine eigene Versorgung mit Nährstoffen und Sauerstoff. Eine solche Blutversorgung ist notwendig, damit ein Tumor über eine Größe von wenigen Millimetern hinauswachsen kann. Ebenso findet eine Tumor-Lymphangiogenese statt, wenn der Tumor das Wachstum von Lymphgefäßen induziert, und sie ist eng mit der lymphatischen Ausbreitung (Metastasierung) des Tumors verbunden.Sowohl VEGF-C als auch VEGF-D werden als inaktive Vorläufer (pro-VEGF-C, pro-VEGF-D) gebildet und müssen aktiviert werden, um das Wachstum von Blut- oder Lymphgefäßen anzuregen. Mit ADAMTS3 haben wir 2014 das Enzym identifiziert, das VEGF-C während der Embryonalentwicklung – die ebenfalls das Gefäßwachstum erfordert – aktiviert ( Jeltsch et al. ). Es blieb jedoch unklar, ob dasselbe Enzym auch für das pathologische Gefäßwachstum verantwortlich ist. Nun scheint es wahrscheinlich, dass beim pathologischen Gefäßwachstum andere Enzyme zum Einsatz kommen, wobei PSA und Cathepsin D zu den Hauptverdächtigen geworden sind. In unseren nächsten Experimenten werden wir untersuchen, ob wir das Krebswachstum verlangsamen oder stoppen können, indem wir diese Enzyme blockieren.

Selbstarchivierung und Open Access

Sun, 07 Jul 2013 00:00:00 +0000

Vor kurzem habe ich einen Übersichtsartikel für die Zeitschrift Lymphologie in Forschung ind Praxis geschrieben mit dem Titel “Die lymphangiogenen Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D”. Es war der erste wissenschaftlicher Artikel, den ich in meiner Muttersprache Deutsch geschrieben habe. Im internationalen Ranking ist diese Zeitschrift eher unterbewertet, was für Zeitschriften üblich ist, die Artikel in nicht-englischer Sprache publizieren. Nun gibt es in den grossen europäischen Ländern wie Deutschland, Frankreich oder Italien viele Ärzte, die nicht so gut mit der englischen Sprache zurechtkommen. Denen den Zugang zum Status Quo in der Lymphangiogenese-Grundlagenforschung zu ermöglichen war einer der Gründe, diesen Artikel zu schreiben. Die Zugänglichkeit zur Wissenschaft verbesseren kann nur gut sein, dachte ich. Mein Chef meinte, auf Deutsch zu schreiben wäre Zeitverschwendung. Ich hoffe, das ich ihn Lügen strafen kann (aber dafür brauche ich die Unterstützung der DLG !). Ich habe meinen Arbeitseinsatz für diesen Artikel erheblich reduzieren können, indem ich den anderen deutschen Lymphangiogenese-Forscher an der Universität Helsinki als Mitverfasser gewinnen konnte. Ich hatte sogar einen Rohentwurf für einen deutschen Artikel über Lymphangiogenese in der Schublade, den ich vor ungefähr zwei Jahren auf meiner Internetseite veröffentlichen wollte, der es aber nie über das Entwurfsstadium hinaus geschafft hatte. Als der Artikel dann veröffentlicht wurde, erhielt ich zwei Exemplare der Zeitschrift. Als ich online versuchte, einen Link von meiner Homepage zu dem Artikel zu setzen, musste ich feststellen, dass der Artikel nicht frei zugänglich ist . Weil mich die Universität Helsinki als Arbeitgeber zur Selbstarchivierung seit 2010 verpflichtet und heutzutage die meisten Verlage Selbstarchivierung unterstüzen, habe ich beim Verlag nach deren Richtlinien bezüglich Selbstarchivierung nachgefragt. Die Antwort war, dass sie im Prinzip nichts dagegen hätten, wenn sie denn die Erlaubnis des Vorstands der DLG hätten. Ich hoffe sehr, dass ich diese Erlaubnis bekomme, weil das die einzige Möglichkeit für mich als Autor ist, Nachfragen von Interessierten nachzukommen. Früher verschickte man Nachdrucke per Post, was ich mit Kopien des Artikels immer noch machen könnte, aber wir leben im 21. Jahrhundert oder etwa nicht? Wenn ich die Erlaubnis nicht bekommen sollte, bleibt mir immer noch als legale Möglichkeit, die nicht-editierte Version meines Manuskripts online als download anzubieten. Weil nämlich sich das Urheberrecht auf die editierte Druckversion des Artikels beschränkt . Diese Möglichkeit haben schon einige Forscher erfolgreich ausprobiert; einige stellen zusätzlich eine Datei bereit, in denen die Abweichungen von der veröffentlichten Version des Verlags aufgelistet sind. Das wäre natürlich keine optimal Lösung, würde aber Zugänglichkeit und Reichweite des Artikels um ein erhebliches vervielfachen. Ausschliesslich in Open Access Zeitschriften zu publizieren ist verpflichtend an der Universität Helsinki. Allerdings werden Ausnahmen von dieser Regel mehr oder weniger regelmässig gemacht. Trotzdem werden die Ausnahmen mit der Zeit immer schwieriger zu rechtfertigen sein, weil auch die Europäische Union ihre Forschungsgelder immer mehr mit der Auflage verbindet, die Forschungsergebnisse frei zugänglich zu machen . Der EU-Interpretation zufolge reicht es, das eine Zeitschrift Selbstarchivierung des publizierten Artikels erlaubt, um ihr Open Access Status zuzusprechen, weil Selbstarchivierung als alternativer Weg zu Open Access verstanden wird. Die Finnische Akademie der Wissenschaften (mein grösster Geldgeber) argumentiert ähnlich: “Wir empfehlen weiterhin, dass Forscher, die mit Akademiegeldern finanziert werden, ihre Ergebnisse in Open Access Zeitschriften publizieren, wenn es Online-Zeitschriften der entsprechenden Fachrichtung mit mindestens gleich hoher Qualität gibt wie traditionelle, kostenpflichtige Zeitschriften. Alternativ können die Artikel auch über elektronische Archive frei zugänglich gemacht werden.” Selbstarchivierung ist für Forscher der Universität Helsinki seit 2010 verpflichtend .Es macht natürlich Sinn, dass wer meine Arbeit bezahlt (also der Steuerzahler), sich auch deren Ergebnisse anschauen dürfen sollte. Ich habe für diesen Artikel keine Minute meiner Arbeitszeit abgezweigt, trotzdem habe ich ihn auf einem Computer geschrieben, der mit Steuergeldern finanziert worden ist… Also wenn jemand den Artikel haben möchte, bevor die DLG entscheidet, bitte bei mir melden!

Die Abflüsse freimachen

Mon, 01 Aug 2005 00:00:00 +0000

Ein interessanter Artikel von Phyllida Brown in „Nature“, in dem die Entdeckung der VEGF-C/VEGFR-3-Signalachse beschrieben wird und erläutert wird, wie die Forschung zum Lymphsystem zu einem aktuellen Thema wurde: https://www.nature.com/articles/436456a .

Herstellung rekombinanter Proteine, CAM-Assays, VEGF-D, transgene Mäuse

Sat, 01 Nov 1997 00:00:00 +0000