Wissenschaft on Michael’s Domain

Meine Lehrveranstaltungen

Fri, 26 Jan 2024 00:00:00 +0000

IN RED - as (one of the) responsible teacher(s); * - as course developer

Current wet lab teaching
*DPDR-305 (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC Introduction Methods Protein tags PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase Practical: PCR Work PROV-410* (4 ECTS)** Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current wet lab teaching

DPDR-305* (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase
- Practical: PCR Work
PROV-410* (4 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current courses
FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification Lecture #2: Protein Purification Methods Lecture #3: Protein Purification Tags Lecture #4: PCR lecture *PROV-409 (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning Session #4: Vectors and systems for protein expression Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology VEGFs and VEGF receptors PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics Introductory lecture Protein drugs group work kick-off Vaccines, vaccine development & biological warfare: The smallpox vaccine Challenges in formulation, production and quality control Evidence-based medicine, science-based medicine, and complementary and alternative medicine PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics Session #6: Biological barriers: The blood brain barrier Session #8: Recombinant DNA Technology (aka “cloning”) is the starting point for nearly every biological drug …and much more Session #9: Transgenic animals: For drug production, generating human antibodies and making animal models of human diseases Session #10: Protein Drugs: Engineering and Case Studies GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences Clinical Trials MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory Plans for the future… Protein production and purification Stable cell line generation FARM-314 (5 ECTS)** Medicinal preparations I Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Current courses

FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course
- Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs
- Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF
- Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification
- Lecture #2: Protein Purification Methods
- Lecture #3: Protein Purification Tags
- Lecture #4: PCR lecture
PROV-409* (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course
- Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation
- Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems
- Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning
- Session #4: Vectors and systems for protein expression
- Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses
PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology
- VEGFs and VEGF receptors
PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II
- Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs
TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics
PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics
GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences
- Clinical Trials
MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation
- Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs
MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines
- Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control
MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory
FARM-314 (5 ECTS) Medicinal preparations I
- Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Teaching Videos
2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube) Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki Esimerkkejä biologisista lääkkeistä Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Teaching Videos

2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube)
1. Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki
2. Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki
Esimerkkejä biologisista lääkkeistä
1. Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki
2. Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki
4. Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki
5. Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki
1. Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Previous wetlab teaching
2014 - 2019 DPBM-135 Purification and Characterization of Recombinant Proteins (organized yearly until Covid-19) 2015 2017 2015 - 2017 DPBM Cloning Club (wetlab part) 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (wetlab part) 2010 HBGS Tags in protein expression, detection and purification

Previous courses
2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2017 DBPM CancerBio Summer School A short histrory of antiangiogenic tumor treatment 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part) 2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures) Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Previous courses

2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry
- 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
- 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
2017 DBPM CancerBio Summer School
- A short histrory of antiangiogenic tumor treatment
2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part)
2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures)
- Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Workshops
2015 - 2017 DPBM Cloning Club (workshop part)

Angiogenes Doping - machbar und schwierig nachzuweisen

Thu, 21 May 2026 00:00:00 +0000

Bei typischen Weltklasse-Veranstaltungen (Weltmeisterschaften, Olympischen Spiele) werden weniger als 1 % der Athleten positiv getestet. Wir wissen jedoch, dass mindestens 70 % der Athleten Doping betreiben . Wie lässt sich diese Diskrepanz erklären? Mein Labor betreibt Forschung im Bereich der Angiogenese, d. h., wir untersuchen das Wachstum von Blut- und Lymphgefäßen. Seit der Entdeckung von VEGF-B durch Birgitta Olofsson und Ulf Eriksson im Jahr 1996 hatte ich den Verdacht, dass VEGFs früher oder später gute Dopingmittel sein könnten. Die Anti-Doping-Forschung im Ausdauersport hat sich auf Blut und rote Blutkörperchen (RBCs) konzentriert. Das Erythropoetin (EPO)-Doping zeigt, wie wichtig die RBCs sind. Betrachtet man jedoch die grundlegende mathematische Gleichung „Konzentration = Masse geteilt durch Volumen“, wird sofort klar, dass man die Erythrozytenmasse erhöhen kann, ohne die Erythrozytenkonzentration zu steigern, indem man das Blutvolumen erhöht. Es überrascht daher nicht, dass das Blutvolumen für die Ausdauerleistung sehr wichtig ist, vielleicht sogar noch wichtiger als die Erythrozytenkonzentration. Dies zeigt sich bei der „Sportleranämie/Pseudoanämie“, bei der manche Athleten trotz unbeeinträchtigter Leistungsfähigkeit eine relativ niedrige Hämoglobinkonzentration aufweisen. Wo liegt die Obergrenze des Blutvolumens? Und wäre es möglich, diese Obergrenze durch die Bildung weiterer Blutgefäße zu erhöhen? Wir diskutieren angiogenes Doping in unserer neuesten Veröffentlichung in Sports Medicine . Unsere Hypothese lautet, dass angiogenes Doping möglicherweise bereits eingesetzt wird, ohne dass die WADA eine realistische Chance hat, dies aufzudecken. VEGF-Wachstumsfaktoren werden wahrscheinlich noch nicht verwendet, da ihre Anwendung teure und komplizierte medizinische Technologien erfordert, über die nur wenige Labore verfügen. Es gibt jedoch eine ganze Reihe kleiner Moleküle, die langsam in Mikrodosen verabreicht werden können, um sowohl die Angiogenese als auch die Erythrozytenproduktion synchron zu stimulieren und so größere Auswirkungen auf den biologischen Pass des Athleten zu vermeiden. Mein Dank gilt Sofie Lehto, die die Grundlagen für diese Studie gelegt hat, sowie dem Dopingforscher und Sportmediziner Sergei Iljukov, der in den letzten zwei Jahren gemeinsam mit mir an diesem Nebenprojekt gearbeitet hat.

JetPEI-Transfektion von Insektenzellen

Tue, 12 May 2026 00:00:00 +0000

Das Einschleusen von DNA in Zellen ist eine der Grundvoraussetzungen für die meisten Projekte der heutigen Biowissenschaften. Es gibt viele Möglichkeiten, DNA in Zellen einzuschleusen: Zu den exotischeren Methoden zählen das Schiessen und Elektroschocks, doch die gängigsten Verfahren nutzen Chemikalien, die als Transfektionsreagenzien bezeichnet werden. Diese verbinden sich mit der DNA und helfen ihr, die Plasmamembran zu durchqueren. PEI (Polyethylenimin) ist eines der „günstigeren“ Transfektionsreagenzien. Wenn man es selbst herstellt, kostet es wahrscheinlich etwa genauso viel wie die Kalziumphosphat-Transfektion (die zu den ältesten und kostengünstigsten Methoden zählt). Selbst handelsübliche Präparate wie JetPEI und PEI-Max sind im Vergleich zu vielen anderen Transfektionsreagenzien preiswert. Bei Insektenzellen funktionieren sie jedoch nicht besonders gut. Als ich – vor etwa zehn Jahren – unseren Lieferanten (Polyplus Transfections) danach fragte, stellte er mir ein maßgeschneidertes Protokoll für die Transfektion von Insektenzellen mit JetPEI zur Verfügung. Ich habe es erfolgreich eingesetzt, allerdings meist nur zur Erzeugung stabiler Zelllinien. Bei der Herstellung stabiler Zelllinien ist eine etwas geringere Transfektionseffizienz akzeptabel. Da ich dieses Protokoll jedoch nirgendwo online finden konnte, habe ich es diesem Beitrag beigefügt – für alle, die diese Informationen benötigen. Kurz gesagt: Die Mengen an DNA und Transfektionsreagenz werden erhöht, um die geringere Effizienz auszugleichen.

KI: Medizinisch trainierte Modelle, Bewusstsein

Mon, 11 May 2026 00:00:00 +0000

Die meisten Menschen können vielleicht eine Handvoll LLM-Modelle nennen, vielleicht ein Dutzend, wenn sie sich für Tech-Nachrichten interessieren. Mittlerweile sind jedoch etwa 3 Millionen verschiedene LLM-Modelle auf Hugging Face frei verfügbar. Und nicht alle davon sind Modelle von geringer Qualität. So werden dort beispielsweise auch Googles Open-Source-Gemma-Modelle gehostet; sie haben denselben Ursprung wie Googles Gemini-Modelle, wurden jedoch für den lokalen Einsatz und für Forschungszwecke optimiert. Wichtig für biomedizinische Forscher ist, dass es auch viele offene, frei verfügbare und lokal nutzbare, medizinisch trainierte LLMs gibt. Ich habe sie zwar nicht getestet, aber auf GitHub gibt es eine kuratierte Liste von Spezialmodellen: https://github.com/FreedomIntelligence/Awesome-Specialized-Medical-LLMs . Die Liste enthält auch mehrere frei verfügbare allgemeine medizinische Modelle wie

Ich konzentriere mich auf die falschen Dinge

Wed, 22 Apr 2026 00:00:00 +0000

Anstatt daran zu arbeiten, wie ich KI in meinem eigenen Fachgebiet einsetzen kann, tue ich Folgendes:

Ich verbringe gefühlte 30 Minuten pro Tag damit, mich bei all den verschiedenen digitalen Systemen der Universität Helsinki, die ich nutze, zu authentifizieren und erneut zu authentifizieren.
Ich finde kreative Lösungen für Probleme, die seit Oktober 2025 bei unserer IT-Abteilung als Anfragen vorliegen (ohne dass etwas zweckdienliches passiert ist, außer einer riesigen Menge an E-Mails).
Ich bewerte Bachelorarbeiten (bitte unten das P.S. lesen!).
Ich halte Vorlesungen, zu denen nur zwei oder drei Studierende erscheinen. Letzte Woche habe ich gerade meinen eigenen Minusrekord mit der stolzen Zahl von 1 (einem) Studierenden eingestellt. Diesen Rekord kann ich nur noch ein einziges Mal brechen!
Ich erstelle einen Arbeitsplan für das akademische Jahr 2026/2027. Okay, das hat nicht lange gedauert, aber es ist für mich emotional extrem anstrengend, das Aufgaben-Dashboard der Universität („SAP Fiori“) immer voller Arbeitsaufträge zu haben, die absolut nichts zum wissenschaftlichen Fortschritt oder zur Ausbildung der Studierenden beitragen. Noch schlimmer ist, dass das Sytem mir ständig telefonische SMS-Erinnerungen schickt, während ich versuche, mich auf die Dinge zu konzentrieren, auf die es wirklich ankommt. Ich fühle mich wie Honorius, der sich hauptsächlich um seine Hühner und Tauben kümmert, während die germanischen Stämme das Weströmische Reich zerlegen.

Verstehen Sie mich nicht falsch: Ich liebe die Laborarbeit und den Austausch mit den Studierenden wirklich! Und einige Bachelorarbeiten sind fantastische Lektüren (siehe das P.S. unten). Aber fast jeder an unserer Universität schläft, wenn es um den Einsatz von KI geht. Kaum jemand hat die Ressourcen, um sinnvolle Arbeit zu leisten. Ich spreche nicht von Forschern, die über KI forschen. Ich spreche von Forschern in anderen Bereichen, die massiv von KI profitieren könnten, wie z. B. Forscher in den Biowissenschaften wie ich.

Proteinaufreinigung mit Äkta & Unicorn

Sun, 19 Apr 2026 00:00:00 +0000

Proteine (und andere Biomoleküle) werden meistens über chromatographische Methoden aufgereinigt. Es gibt einige wenige Hersteller, die spezielle Chromatographiesysteme entwickelt haben, die für Biomoleküle wie Proteine, Nukleinsäuren und Viren optimiert sind. Die bekanntesten Systeme sind die NGC-Maschinen von BioRad und die Äkta-Maschinen von Cytiva (previously GE HEalthcare, previously Amersham, previously Pharmacia). Unsere Fakultät hat vor kurzem ein Äkta Avant angeschafft, und wir sind fast fertig mit der Einrichtung. Es ist bereits in das universitätseigene Reservierungssystem integriert. Nur das automatisierte Backup-System klappt noch nicht. Ich benutze Äkta-Geräte seit 1996, als Professor Jorma Keski-Oja einen der ersten Äkta Explorer für das Haartman-Institut kaufte. Die Software war und ist immer noch Unicorn, aber wir sind jetzt bei Version 7, die im Vergleich zu den Unicorn-Versionen aus dem letzten Jahrtausend einen modernen, weniger überladenen Look hat. Doch selbst nach mehr als 10 Jahren Entwicklung ist Unicorn 7 noch nicht auf dem gleichen Funktionsstand wie die alten Versionen. Daher bietet das Evaluation-Modul die Option, auf Evaluation Classic zurückzuschalten. Wenn Sie beispielsweise personalisierte und stilvolle Chromatogramme in Ihren Vorträgen präsentieren möchten, benötigen Sie immer noch Evaluation Classic! Das neue Evaluation-Modul verfügt zwar über Schnellfunktionen zum Exportieren von Kurven in Präsentationssoftware wie PowerPoint, aber das ist alles pixelbasiert und daher nach dem Export nicht mehr einfach zu bearbeiten. Um professionell zu arbeite, sollte man die Kurven in das branchenübliche SVG-Vektorgrafikformat exportieren. Das kann man mit jedem modernen Vektorgrafik-Editor wie Canva, Adobe Illustrator oder Inkscape bearbeiten. Wenn man in Evaluation Classic mit der rechten Maustaste in das Chromatogramm klickt, hat man die Möglichkeit, das Chromatogramm als Metadatei zu speichern. In der aktuellen Unicorn-Version führt dies unter Windows 11 jedoch zu einem Fehler. Aber es gibt einen Workaround:

Der Studiengutschein

Sat, 04 Apr 2026 00:00:00 +0000

Da ich an der Universität Helsinki (UH) arbeite, sollte ich wohl etwas mehr über das kommende Pilotprojekt zum Studiengutschein (finnisch: opintoseteli) wissen, da die UH im Rahmen dieses Programms eine Menge Kurse anbieten wird, darunter auch einige von meinen, wie z. B. den Kurs Rekombinante DNA-Technologie (auch bekannt als „Klonieren“) . Ich habe mich ein wenig eingelesen, und hier ist das Wichtigste im Überblick:

Zotero mit 15 GB freiem Dateispeicher?

Thu, 12 Mar 2026 00:00:00 +0000

Ich nutze Zotero seit 2013 als meine primäre Software zur Literaturverwaltung . Ich bin im Großen und Ganzen zufrieden mit Zotero (und habe auch schon früḧer darüber gebloggt. Obwohl unsere Universität Zugang zu EndNote bietet, verlieren die meisten Studierenden den „kostenlosen“ Zugang nach dem Verlassen der Universität. Ein Jahresabonnement für EndNote kostete früher (in Finnland über einen Wiederverkäufer) etwa 100 €, was eine unnötige Belastung im Budget eines Studierenden darstellt. Das „Einmalkauf“-Modell von EndNote ist meiner Meinung nach irreführendes Marketing, da man keinen Anspruch auf größere Upgrades hat, die ungefähr jährlich erscheinen. Die „Upgrade-Gebühr“ ist meistens etwa so hoch wie das frühere Jahresabonnement.

Wie man die farbenblind-sichere Nature Color Palette für Inkscape installiert

Wed, 28 Jan 2026 00:00:00 +0000

Unter Linux ist das ganz einfach und schnell erledigt. Eine Anleitung zur Installation dieser Farbpalette unter Windows oder macOS findest du hier: https://github.com/atsuyaw/NatureColorPalette .

Immer noch am Überlegen, was du studieren sollst?

Sat, 20 Dec 2025 00:00:00 +0000

Wenn ich heute 20 Jahre alt wäre, würde ich mich in einen interdisziplinären Studiengang einschreiben. Mein Favorit unter den in Finnland angebotenen Programmen ist der Internationale Masterstudiengang in Pharmazie (offiziell “Master’s Programme in Pharmaceutical Research, Development and Safety”, abgekürzt MPHARM) an der Universität Helsinki. Ich gebe dir fünf überzeugende Gründe:

Der finnische Wunschtraum

Mon, 15 Dec 2025 00:00:00 +0000

Ein Realitätscheck für internationale Studenten

Finnland wird seit nunmehr acht Jahren in Folge als das glücklichste Land der Welt gefeiert . Finnland ist jedoch nicht nur das glücklichste Land, sondern auch das Land mit einer der niedrigsten Geburtenraten . Um das Rentensystem zu stabilisieren, hat Finnland beschlossen, dass es Einwanderung braucht – eine Idee, die für ein Land, das vor 30 Jahren fast so isoliert vom Rest Europas war wie Nordkorea heute vom Rest Asiens, sehr radikal war. Zu dieser Zeit war das internationale Autokennzeichen für Finnland noch SF für Sowjet-Finnland (nur ein Scherz, das S steht natürlich für Schweden). Finnland will die Einwanderung erhöhen, indem es ausländische Studenten anlockt, in Finnland einen Abschluss zu machen, in der Hoffnung, dass einige von ihnen nach dem Abschluss im Land bleiben. Daher ist Finnland zu einem immer beliebteren Ziel für internationale Studenten geworden, insbesondere aus Asien. Angelockt durch das Versprechen eines qualitativ hochwertigen Lebens, exzellenter Bildung und zahlreicher Möglichkeiten, investieren viele massiv, um einen Abschluss an einer der finnischen Universitäten zu erlangen. Vor zehn Jahren war die universitäre Ausbildung für alle (einschließlich aller Ausländer) kostenlos, aber seit 2017 müssen Studenten aus Nicht-EU/EWR-Ländern Studiengebühren zahlen . Dies war nicht die eigene Entscheidung der Universitäten, sondern wurde von der Regierung vorgeschrieben.

Eine hochspezialisierte Fisch-Spezies

Wed, 12 Nov 2025 00:00:00 +0000

Ich träume immer noch davon, meine Finnischkenntnisse zu verbessern, und deshalb mache ich gelegentlich dumme Sachen. Mit viel Hilfe von zwei unglaublich geduldigen RedakteurInnen habe ich in letzter Zeit versucht, einen populärwissenschaftlichen Artikel auf Finnisch über unseren wissenschaftlichen Ausflug in die Fischbiologie zu schreiben. Der Artikel ist gerade im Online-Magazin mene & tiedä der Young Academy Finland ( Nuorten Tiedeakatemia ) erschienen.

Quiz results

Thu, 06 Nov 2025 00:00:00 +0000

DAMTS18 reguliert den Umsatz extrazellulärer Matrix durch Fibronektin-Spaltung

Tue, 04 Nov 2025 00:00:00 +0000

Die Erhaltung der spezialisierten Blutgefäße in Darmzotten war das Thema eines Nature Communications-Papers aus dem Petrova-Labor ( https://doi.org/10.1038/s41467-022-31571-2 ). Die Aufrechterhaltung der Polarität der nährstoffabsorbierenden Gefäße erforderte eine unterschiedliche Exposition gegenüber VEGFA, die durch spezialisierte Zellen aufrechterhalten wurde, welche die richtige Menge an Fibronektin produzierten. Die Protease ADAMTS18, bisher ohne bekanntes Substrat, scheint maßgeblich an der proteolytischen Reifung von Fibronektin beteiligt schien. Nun analysierte eine Publikation der University of Eastern Finland den Zusammenhang zwischen ADAMTS18 und Fibronektin im Detail: https://doi.org/10.1016/j.jbc.2025.107026 . Es stellte sich heraus, dass ADAMTS18 Fibronektin an einer spezifischen Stelle spaltet. Fibronektin bildet Fibrillen, die wesentliche Bausteine der extrazellulären Matrix sind. ADAMTS18 entfernt einen kritischen Teil des Fibronektin-Moleküls und verhindert so dessen Fibrillenbildung. Dies etabliert ADAMTS18 als wichtigen Akteur nicht nur in der Endothelzellbiologie, sondern potenziell auch in vielen anderen Kontexten, in denen eine fibronektinhaltige extrazelluläre Matrix beteiligt ist. Fibronektin ist als Hauptbestandteil der provisorischen Matrix entscheidend während der Wundheilung und bei der Erhaltung der ECM von Organen wie der Lunge. Folglich eröffnen sich viele interessante Wege, um zusätzliche spezifische Funktionen für ADAMTS18 zu untersuchen. Glückwunsch, Maria, zu diesem wichtigen Beitrag zu unserem Verständnis eines weiteren Mitglieds der ADAMTS-Enzymfamilie!

Danke, Aalto-Helsinki iGEM-Team!

Sun, 02 Nov 2025 00:00:00 +0000

Ich bin extrem stolz auf euch, Aalto-Helsinki iGEM Team ( https://www.aaltohelsinki.com )! Obwohl wir das ganze Jahr über im Überlebensmodus waren, sind die Ergebnisse wirklich außergewöhnlich: Goldmedaille erreicht, nominiert für das beste Therapeutics-Projekt (Overgrad-Serie, knapp geschlagen vom ebenso außergewöhnlichen Mystiphage-Projekt der Universität Toronto) und zwei Sonderpreise für Best Measurement und Best Sustainable Development Impact! Ich wäre sehr gerne für das Grand Jamboree in Paris gewesen, aber Lehraufgaben und Fristen für Förderanträge hatten Vorrang. Nach den Videos zu urteilen, wurde ich aber überhaupt nicht gebraucht. Ein orales Vitamin-B12-Supplement, das auch für alle Patienten wirkt, die derzeit Injektionen benötigen, ist einen Schritt näher gerückt. Wir werden euch über unsere Fortschritte auf dem Laufenden halten, das ist erst der Anfang!

The War on Cancer

Wed, 01 Oct 2025 00:00:00 +0000

Mittwoch, der 1. Oktober 2025, ist der Europäische Tag der Stiftungen und Spender. Da wir fast keine Grundfinanzierung für die Forschung erhalten, ist meine Forschung absolut von Drittmitteln abhängig. Da sich ein Großteil der F&E-Finanzierung unserer Regierung von der akademischen zur kommerziellen Forschung (“Wirtschaftsförderung”) verlagert hat, halten Stiftungen die Krebsforschung in Finnland am Leben. In der Vergangenheit kam ein erheblicher Teil der Gelder auch von Steuerzahlern. Die meisten Menschen bringen dies mit US-Präsident Richard Nixon in Verbindung, der 1971 den Krieg gegen den Krebs ausrief. Der politisch unterstützte “Krieg gegen den Krebs” wurde jedoch nicht, wie oft behauptet, von Nixon begonnen. Der Krieg gegen den Krebs war fast 40 Jahre zuvor eine Priorität von Politikern einer ganz anderen Art.

t_coffee läuft auf einer Standard-Installation von Ubuntu 24.04 LTS immer noch nicht

Thu, 18 Sep 2025 00:00:00 +0000

Der Fehler in t_coffee (hier gemeldet: https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/27#issuecomment-1355339411, ), ist auch nach vielen Jahren immer noch problematisch. Ich wage es kaum noch, meinen Studierenden t_coffee zu empfehlen, auch wenn ich es gerne täte, denn t_coffe is ein exzellentes enorm vielseitiges Programm. Die meisten scheitern bei der Installation auf der Standard-Ubuntu-Distribution unserer Universität (“Cubbli”), die derzeit in der Version 24.04 ist. Ich habe es erst kürzlich selbst ausprobiert (Ubuntu 24.04 LTS, sowohl mit der Version, die vom Standard-Ubuntu-Repository über den Paketmanager bereitgestellt wird, als auch mit der stabilen und derBeta-Version von https://tcoffee.org/Projects/tcoffee/index.html (Stable COFFEE_installer_Version_13.46.0.919e8c6b_linux_x64.tar.gz und Beta T-COFFEE_installer_Version_13.46.1.b8b01e06_linux_x64.tar.gz). Alle haben den Defekt: –ERROR: MAX_N_PID exceeded. Das Programm bleibt irgendwo stecken und braucht etwa eine Minute, bevor es den Fehler ausgibt, selbst bei einer einfachen Rechenaufgabe, die normalerweise nur wenige Sekunden dauert. Bei einem komplexeren Alignment kann es Minuten oder Stunden dauern, bevor der Fehler ausgegeben wird. Der Workaround besteht darin, die Umgebungsvariable vor jedem Durchlauf zu setzen, d. h. man ersetzt t_coffee durch ein Shell-Skript, das das umbenannte t_coffee aufruft, nachdem der Umgebungsparameter MAX_N_PID_4_TCOFFEE auf einen großen Wert (wie /proc/sys/kernel/pid_max) gesetzt wurde; dies wird im obigen Github Link erklärt. Siehe auch https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/47 . Ein anderer Workaround ist die Neukompilierung mit einer anderen MAX_N_PID, was ziemlich unkompliziert ist; siehe auch hier https://github.com/cbcrg/tcoffee :

Die Art der Verabreichung ist weiterhin Kernproblem der VEGF-Therapie

Fri, 12 Sep 2025 00:00:00 +0000

Die bloße Injektion eines im Labor hergestellten Wachstumsfaktors in den Körper reicht nicht aus, um das zu kopieren, was der Körper natürlicherweise tut. Das liegt daran, dass unsere eigenen Wachstumsfaktoren am richtigen Ort, zur richtigen Zeit und in der richtigen Menge freigesetzt werden und ihre Werte über Rückkopplungsschleifen ständig angepasst werden.

Akademische Karriere

Sun, 03 Aug 2025 00:00:00 +0000

Ein winziger Arbeitsmarkt, aber das beste europäische Land zum Leben (in Anbetracht der globalen Erwärmung)

Diesen Monat bin ich an meiner Universität vom Associate Professor zum ordentlichen Professor (Full Professor) befördert worden. Da ich auf die Meinung meines Doktorvaters Kari Alitalo , meiner derzeitigen Vorgesetzten und fast aller anderen vertraut habe, hatte ich keinen Plan B vorbereitet für den Fall, dass mir die Festanstellung (Tenure) verweigert würde. Was hätte für einen Angehörigen der Generation X auf dem finnischen Arbeitsmarkt ein realistischer Plan B sein können? Ein Blick auf den internationalen Arbeitsmarkt würde die Lösung des Problems erleichtern, da sich die beruflichen Möglichkeiten um den Faktor 100 erhöhen würden, selbst wenn man nur englisch- und deutschsprachige Länder berücksichtigt. Finnlands Bevölkerung beträgt nur etwa 5,6 Millionen, und sein Arbeitsmarkt ist winzig. Ein Umzug ins Ausland ist jedoch nicht so einfach, wenn der Rest der Familie gegen einen Tapetenwechsel ist. Und warum sollte ich das einzige Land in Europa verlassen, dessen Sommertemperaturen nicht gesundheitsgefährdend sind? Sicher, die globale Erwärmung trifft auch die nordischen Länder: Wir hatten gerade die längste ununterbrochene Hitzewelle in Finnland , seitdem Messungen durchgeführt werden (22 Tage mit >30°C). Aber 30°C schlagen 40°C um Längen. Für meine amerikanischen Freunde & Familie: 30°C = 86°F, 40°C = 104°C.

Eine unmögliche Overlap-Extension-PCR

Sat, 21 Jun 2025 00:00:00 +0000

Ein Doktorand von mir fragte mich nach Plasmidkarten für mehrere DNA-Konstrukte, die ich vor etwa 20 Jahren erstellt hatte. Da es SnapGene zu dieser Zeit noch nicht gab, hatte ich das inzwischen veraltete GeneConstructionKit2 verwendet. Ich habe damals viele Klonierungen durchgeführt, aber ich habe nicht für alle systematisch Plasmidkarten erstellt. Das GCK2-Format erlaubte leider keine einfache Annotation. Man benötigte ein separates Programm für eine umfassende Annotation der Plasmide, und diese Daten wurden in einer separaten Datei gespeichert, der sogenannten „Illustrationsdatei“: Was konnte da schon schiefgehen? Gestern habe ich schließlich meine alten Laborbücher herausgesucht und etwa 10 alte Klonierungen in SnapGene nachvollzogen. Ich war jedoch nicht in der Lage, eine der Klonierungen zu simulieren, da SnapGene das Funktionieren eines „suboptimalen“ PCR-Primers blockierte.

Lern- und Lehrmaterialien über Biopharmazeutika/Biopharmaka

Sun, 08 Jun 2025 00:00:00 +0000

Vorlesungsfolien “Biopharmazeutika” (Finnisch)

Finnischsprachiges Lernmaterial

Grundlagen der Biopharmazeutika

Titel: Biologiset lääkkeet (Biopharmazeutika) Jahr: 2016 Autor: Fimea (Finnische Agentur für Arzneimittel und Medizinprodukte) URL: https://fimea.fi/laaketurvallisuus_ja_tieto/biologiset-laakkeet
Titel: Biologiset lääkkeet (Biopharmazeutika) Jahr: 2023 Autor: Terveyskylä (Öffentlicher Informationsdienst, der u.a. von den finnischen Universitätskliniken bereitgestellt wird) URL: https://www.terveyskyla.fi/laaketalo/tietoa-laakkeista/biologiset-laakkeet

Grundlagen der Biosimilars

Ein besseres Levodopa

Sat, 31 May 2025 00:00:00 +0000

Saku Renunanens Manuskript über neuartige Inhibitoren von Levodopa-Decarboxylasen wurde im European Journal of Pharmaceutical Sciences veröffentlicht. Es ist ein Musterbeispiel dafür, wie man durch die Bündelung des Fachwissens vieler verschiedener Menschen Fortschritte erzielen kann. Wir alle wissen, dass Levodopa lediglich eine symptomatische Behandlung darstellt und dass der eigentliche Durchbruch bei der Behandlung der Parkinson-Krankheit wahrscheinlich aus einem molekularen Verständnis der Bildung von Alpha-Synuclein- und Tau-Protein-Aggregaten sowie der Frage resultieren muss, wie man diesen Prozess stören oder umkehren kann. Die Entwirrung der molekularen Ätiologie der Parkinson-Krankheit und die Suche nach einem Weg, diese zu beeinflussen, werden jedoch noch viele Jahre in Anspruch nehmen. Daher kann die Verbesserung bestehender Behandlungsstrategien kurzfristig einen größeren Einfluss auf das Leben der Patienten haben, und die Erforschung neuer Ansätze zur Verbesserung von Strategien gegen den Dopaminmangel ist somit lohnenswert.Levodopa ist nach wie vor das Mittel der Wahl bei der Parkinson-Krankheit, doch ein Großteil davon wird abgebaut, bevor es überhaupt das Gehirn erreicht. Zwar setzen wir bereits Medikamente wie Carbidopa (Lodosyn) ein, um dies zu verhindern, doch neuere Forschungsergebnisse deuten darauf hin, dass auch Darmbakterien zu diesem Problem beitragen könnten. Insbesondere Enterococcus faecalis und ähnliche Bakterien können die Tyrosindecarboxylase-Enzyme stören. Um dem entgegenzuwirken, wurden in dieser Studie über 150.000 Verbindungen computergestützt untersucht, um solche zu finden, die dieses bakterielle Enzym blockieren könnten. Nach einer Reihe von In-silico- und Labortests wurden drei vielversprechende Verbindungen ausgewählt, die sowohl das bakterielle TyrDC als auch das menschliche AADC hemmen können (das Enzym ist bereits ein Zielmolekül bei Patienten). Warum ist das wichtig? Diese Verbindungen könnten zu wirksameren symptomatischen Behandlungen der Parkinson-Krankheit führen. Aufgrund von Unterschieden im Darmmikrobiom könnten einige Patienten stärker davon profitieren als andere, insbesondere solche mit einem hohen Anteil an Levodopa-hungrigen Darmbakterien. Die vollständige Studie finden Sie hier: https://doi.org/10.1016/j.ejps.2025.107133 . Bei solchen Kooperationen lerne ich immer viele neue, superinteressante Dinge. Das ist einer der Gründe, warum ich mich überhaupt dafür entschieden habe, Wissenschaft zu meinem Beruf zu machen.

Restriktionsenzym-Rechner

Tue, 29 Apr 2025 00:00:00 +0000

Online-Rechner, um die benötigte Menge an Restriktionsenzym für einen Verdau zu berechnen.

Restriction Digest Calculator

Manchmal muss man wissen, wie viel Restriktionsenzym benötigt wird, um eine bestimmte Menge eines Plasmids in einer vorgegebenen Zeit zu schneiden. Hier ist das Berechnungstool, nach dem du gesucht hast! Alle Daten, die für den Algorithmus verwendet wurden, stammen von New England Biolabs (NEB). Das Überleben des Enzyms in der Reaktion wurde aus den von NEB veröffentlichten Experimenten extrapoliert. Gib einfach die Zahlen in das Formular ein und klick auf Submit!

VEGFC-beladene Lignin-Nanopartikel

Thu, 24 Apr 2025 00:00:00 +0000

Vascular Endothelial Growth Factor C (abgekürzt entweder VEGFC oder VEGF-C) wurde schon in mehreren präklinischen Modellen der regenerativen Medizin eingesetzt. Seine potenziellen Anwendungsbereiche reichen von der Reparatur von geschädigtem Herzgewebe bis hin zur Behandlung neurodegenerativer Erkrankungen . Während die Reparatur geschädigter Herzen und Gehirne von menschlichen Patienten derzeit noch nicht realistisch ist, bietet VEGFC doch einen Hoffnungsschimmer für Patienten mit Lymphödemen – einer chronischen Erkrankung, die derzeit nur symptomatisch behandelt werden kann. Doch trotz vielversprechender präklinischer und sogar einiger klinischer Studiendaten bleibt eine zentrale Hürde bestehen: die effektive Verabreichung. Der derzeitige Spitzenreiter, die adenovirale VEGFC-Gentherapie (AdVEGFC), war bis in die klinische Phase-II-Studie vorgedrungen, doch die Ergebnisse waren nicht eindeutig . Eine mögliche Erklärung ist, dass die Menge oder die Dauer der VEGFC-Produktion durch AdVEGFC unzureichend ist. Die schnelle Inaktivierung durch das Immunsystem ist ein zweischneidiges Schwert: Sie macht das Präparat zwar sicher, aber möglicherweise nicht sehr wirksam. Dieser Mangel hat das Interesse an neuartigen Verabreichungssystemen geweckt, die das Immunsystem umgehen und gleichzeitig eine kontrollierte und anhaltende Freisetzung gewährleisten.In unserem neuesten Preprint untersuchen wir das Potenzial von Lignin-Nanopartikeln (LNPs) als Träger für VEGFC, von der Synthese bis zur Stabilität. Warum Lignin? Lignin, ein Hauptbestandteil pflanzlicher Zellwände, ist das zweithäufigste Biopolymer auf der Erde und kann aus vielen verschiedenen Quellen gewonnen und zu Nanopartikeln synthetisiert werden. Unsere Stabilitätstests haben gezeigt, dass VEGFC für sich genommen relativ stabil ist. Es übersteht problemlos eine mehrwöchige Lagerung bei erhöhten Temperaturen, und wir haben es ein Jahr lang bei 4 °C aufbewahrt, ohne dass es zu einem nennenswerten Aktivitätsverlust kam. Es ist zudem relativ stabil gegenüber proteolytischen Angriffen. Es wird weder durch Trypsin noch durch Thermolysin abgebaut und widersteht sogar einer begrenzten Einwirkung von Proteinase K. Durch Einfrieren und Auftauen verliert es jedoch an Aktivität (ein Zyklus ist akzeptabel, aber nach 32 Zyklen hat es den Großteil seiner Aktivität verloren). Daher ist die Verabreichung mittels Nanopartikeln möglicherweise nicht entscheidend für den Schutz von VEGFC vor Abbau, doch eine anhaltende und verzögerte Freisetzung wäre ihr Hauptvorteil. Wir haben VEGFC auf die Partikel aufgebracht und dessen Freisetzungsprofil untersucht. Unsere Ergebnisse deuten nicht nur auf eine erfolgreiche Einkapselung hin, sondern auch auf ein verzögertes Freisetzungsmuster, was darauf hindeutet, dass LNPs als Depot mit langsamer Freisetzung für VEGFC dienen könnten. Wir stellten fest, dass VEGFC auch allein lange Zeit wirksam bleibt, da der Unterschied zwischen ungebundenem VEGFC und über LNPs verabreichtem VEGFC geringer war, als wir ursprünglich erwartet hatten. In einem modifizierten Ba/F3-VEGFR-3/EpoR-Bioassay sicherte ungebundenes VEGFC das Überleben und die Proliferation der Zellen über mehr als eine Woche hinweg, wenn auch zu späteren Zeitpunkten nicht in gleichem Maße wie das an LNPs gebundene VEGFC. Basierend auf früheren Studien führen wir die angeborene Fähigkeit von VEGF-C, „lange Zeit im System zu verbleiben“, auf seine Affinität zu bestimmten Komponenten der extrazellulären Matrix und zu Zelloberflächenmolekülen wie Heparansulfat-Proteoglykanen zurück. Auch wenn die meisten dieser Wechselwirkungen durch die Seiden-Homologie-Domäne von VEGFC vermittelt werden (die in unserer Studie, in der reifes VEGFC verwendet wurde, fehlte), scheinen einige dieser Wechselwirkungsfähigkeiten auch im reifen VEGFC erhalten zu bleiben. Mit dieser Studie haben wir erstmals erste Schritte in Richtung einer nanopartikelbasierten Verabreichung eines VEGFC-Biopharmakons unternommen. Unsere Arbeit untermauert die Machbarkeit von LNPs als Alternative zu viralen Vektoren. Es gibt jedoch noch ziemlich viel Verbesserungspotenzial. Eine Möglichkeit, die verzögerte Freisetzung zu verbessern, besteht darin, VEGFC zu modifizieren (wie es von Güç et al. durchgeführt wurde). Anstatt jedoch eine cDNA zu modifizieren, die für reifes VEGF-C kodiert (wie es Güç et al. getan haben), könnte es sinnvoll sein, Pro-VEGFC zu testen. Schließlich ist Pro-VEGFC die endogene, inaktive „latente Form“ von VEGFC. Das werden wir als Nächstes versuchen. Link zur vollständigen Vorabveröffentlichung mit detaillierten Methodenbeschreibungen und Daten: https://doi.org/10.1101/2025.04.23.649697 .

Scholar-was?

Mon, 07 Apr 2025 00:00:00 +0000

Heute Morgen landete eine E-Mail von ScholarGPS in meinem Posteingang, in der mir mitgeteilt wurde, dass Ihre umfangreiche Publikationsbilanz, die hohe Wirkung Ihrer Arbeit und die herausragende Qualität Ihrer wissenschaftlichen Beiträge haben Sie laut dem aktuellen ScholarGPS-Ranking 2024 in die obersten 0,05 % aller Wissenschaftler weltweit gebracht. Ist das irgendein Betrugsversuch, um erst mein Ego aufzublähen und mich dann dazu zu bringen, einen Abonnementdienst zu abonnieren? Ich habe ein wenig gegoogelt, aber es scheint sich um ein seriöses Unternehmen zu handeln. Mir ist nicht ganz klar, warum jemand der Meinung ist, dass es noch ein weiteres Unternehmen geben sollte, das diese Art von Forschungskennzahlen erhebt, und warum Universitäten ein „ScholarGPS Pro“-Abonnement erwerben sollten, das sich an akademische Einrichtungen richtet und offenbar die Grundlage für die Monetarisierung ihres Dienstes bildet. ScholarGPS wurde 2022 gegründet und bewertet einzelne Wissenschaftler, Einrichtungen und Publikationen. Ich habe mir die Rankings kurz angesehen, und die Rankings der Einrichtungen stimmen – mit wenigen Ausnahmen – ziemlich gut mit anderen bekannten Rankingsystemen überein. So belegt beispielsweise die Universität Helsinki Platz 82 , hinter dem Karolinska-Institut (67), der ETH Zürich (56) und der Universität Kopenhagen (54). Die drei am höchsten platzierten Publikationen befassen sich alle mit technischen Fortschritten in der Proteinanalyse (Lowry, Bradford und Laemmli). Die Zahlen für diese drei (235.778, 208.682 und 195.947, Stand: 7. April 2025) stimmen nicht mit den Werten von Scopus (273.686, 233.419, 220.553), Web of Science (356.029, 242.982, 259.225) oder Google Scholar (234.173, 261.986, 307.492) nicht überein. Zählen die wirklich selbst? Sie behaupten, KI zu nutzen. Ich glaube nicht, dass Zählen als KI gilt, und wenn man es genau nimmt, ist KI wirklich schlecht im Zählen und bei anderen einfachen Rechenaufgaben ( https://x.com/yuntiandeng/status/1836114401213989366 ).Was bedeutet dieser „oberste 0,05 % aller Wissenschaftler“ eigentlich? Nicht viel, wenn man nicht weiß, wie groß der Teich ist, in dem man fischt. Es gibt keine genaue Definition dafür, was ein „Wissenschaftler“ ist. Scopus und Web Science enthalten Profile von etwa 10 Millionen einzelnen Autoren. Und 0,05 % davon sind 5.000, was immer noch eine große Zahl ist. ScholarPro gibt an, über Daten zu 30 Millionen Wissenschaftlern und 15.000 akademischen Einrichtungen zu verfügen. Ich habe mir die anderen Experten auf der VEGF-Liste überprüft, und die überwiegende Mehrheit davon ist nachweislich seriös (Nr. 1: Napoleone Ferrara, Nr. 2: Kari Alitalo). Die Wissenschaft wurde in viele Teilgebiete unterteilt, und man kann sich die ranglistengeführten Experten in jedem dieser Bereiche ansehen (z. B. Angiogenese oder TGF . Obwohl die Kategorien manchmal willkürlich erscheinen: Warum gibt es VEGFs und TGFs, aber keine Angiopoietine?

Englisch oder Finnisch?

Wed, 26 Mar 2025 00:00:00 +0000

Ich unterrichte Bachelor-, Master- und PhD-Studierende an der Universität Helsinki . Während fast alle Master- und PhD-Arbeiten in den Biowissenschaften auf Englisch verfasst werden, diskutiere ich mit Bachelor-Studierenden immer die Frage, ob sie ihre Arbeit auf Finnisch oder Englisch schreiben sollten. Ich komme sowohl mit Finnisch als auch mit Englisch gut zurecht, aber wenn man eine Entscheidung treffen muss, sollte man ein paar Dinge bedenken:

Space exploration

Tue, 25 Mar 2025 00:00:00 +0000

Als ich 10 Jahre alt war, wollte ich Astronaut werden. Jetzt nicht mehr. Ich finde die Erforschung des Weltraums zwar nach wie vor faszinierend, aber angesichts unserer Überlebenschancen im Weltraum bleibe ich lieber auf der Erde. Wir wissen ja noch nicht einmal, wie wir Menschen auf dem Weg zum Mars vor ionisierenden Strahlen schützen können…

Zocken um Milliarden

Fri, 28 Feb 2025 00:00:00 +0000

Im vergangenen Dezember veröffentlichte Forbes einen Artikel über Megan Baldwins Arbeit zur Verbesserung der antiangiogenen Behandlung von Augenerkrankungen. Ich hoffe, sie gewinnt ihr Milliardenspiel – nicht nur, weil das betreffende Medikament hier an der Universität Helsinki entwickelt wurde. Das Medikament heißt OPT-302 oder mit seinem INN-Namen Sozinibercept. Das Patent listet Kari Alitalo und mich als Erfinder auf. OPT-302 wurde ursprünglich (unter dem Namen VGX-300) für die Krebsbehandlung entwickelt, hat sich aber – vielleicht zum Glück – als solches nie wirklich durchgesetzt, da es nicht nur VEGF-D, sondern auch VEGF-C hemmt, welches der Körper für die Immunantwort gegen den Krebs benötigt. Bislang ist es noch niemandem gelungen, die prometastatischen und die proimmunogenen Eigenschaften von VEGF-C voneinander zu trennen.

Das DTE-Protein Asporin und die Darmregeneration

Thu, 13 Feb 2025 00:00:00 +0000

Altern und Regeneration sind zwei der faszinierendsten Bereiche der Lebenswissenschaften. Das bislang eher unbekannte Protein (oder besser gesagt Proteoglykan) Asporin, von dem bisher beispielsweise bekannt war, dass es die TGF-beta-Aktivität im Knorpel reguliert, spielt nun, wie sich gezeigt hat, eine Schlüsselrolle bei der Regeneration des Darms. Eine beeindruckende Demonstration wissenschaftlicher Beharrlichkeit, Sharif & Pekka! Diese Arbeit ist über viele Jahre hinweg entstanden, und es galt, zahlreiche technische Herausforderungen zu meistern. Sawan K. Jha leitete diese Zusammenarbeit im Jahr 2017 ein, indem er mehrere Zelllinien etablierte, bevor ihm die rekombinante Produktion von Asporin gelang. Es gibt keine allgemein anerkannte Definition für den Begriff „schwer zu exprimierendes (DTE-)Protein“, aber Asporin passt gut zu dieser Beschreibung. Es weist miserabele Ausbeuten auf, und seine Aktivität geht bei der Aufreinigung leicht verloren. Sawan hat auch die ersten Chargen hergestellt und gereinigt, und nachdem Sawan zum Red-Horse-Labor an der Stanford University gewechselt war, teilten sich Sharif (Upstream) und ich (Downstream) die Produktions- und Reinigungsarbeiten. Hier ist der direkte Link zur Veröffentlichung, der bis zum 26. April funktionieren sollte, auch wenn Sie kein Abonnement haben. Danach nutzen Sie bitte https://doi.org/10.1016/j.stem.2025.02.009 . Falls Sie kein Abonnement haben, sende ich Ihnen gerne die PDF-Datei per E-Mail zu…

Sartorius Midi Plus

Sun, 26 Jan 2025 00:00:00 +0000

Wenn größere Wettbewerber innovative kleine Unternehmen oder Marken übernehmen, kann die Produktqualität manchmal unter den Bemühungen zur Steigerung der Produktivität leiden. Ich weiß nicht, ob dies beim Pipettiercontroller BioHit Midi Plus der Fall ist, aber wir hatten nach der Umbenennung des BioHit Midi Plus in „Sartorius“ durchaus einige Probleme. Es scheint sich um ein Problem mit schlechten Kontakten zu handeln. Unser Labor verfügt wahrscheinlich über etwa 20 dieser Geräte. Darunter befinden sich die (uralten) hellblauen Modelle, die dunkelblauen und die schwarzen. Wir hatten und haben immer noch viele Probleme mit den schwarzen, d. h. dem neuesten Modell . Obwohl aufgeladen, hören diese Modelle manchmal plötzlich ganz auf zu funktionieren. Nachdem man die Tasten zum Ansaugen und Ausstoßen mehrmals gedrückt hat, funktionieren sie wieder (als ob es ein Kontaktproblem gäbe). Manchmal müssen wir jedoch das Ladekabel kurz an eine solche vorübergehend funktionsunfähige Pipette anschließen, um sie wieder betriebsbereit zu machen. Obwohl ich die älteren (blauen) Modelle seit zwei Jahrzehnten fast täglich benutze, ist mir dieses Verhalten neu. Besonders störend ist es bei der Arbeit mit Zellkulturen: Man hat gerade das Medium von den Zellen entfernt und möchte PBS zum Waschen hinzufügen. Nun fangen die Zellen an auszutrocknen, während man verzweifelt nach einem Ersatz für die Pipettierhilfe sucht. Als PI arbeite ich immer seltener in der Zellkultur, aber wenn ich es tue, passiert mir das heutzutage jedes Mal mit der Sartorius Midi Plus. Produktentwicklung sollte Produkte besser machen, nicht schlechter Ich habe mich auch gefragt, warum sich diese Pipetten im Laufe der Jahre kaum weiterentwickelt haben. Warum gibt es keinen modernen, intelligenten Laderegler, wie ihn heutzutage jedes Handy hat? Ich nehme an, es muss eine Art Regler geben, aber offenbar ist er der Aufgabe nicht gewachsen. Manches hat sich allerdings geändert. Zum Beispiel verwendeten die ältesten Modelle NiCd-2/3-AA-Zellen, die später durch NiMH-2/3-AA-Zellen ersetzt wurden. Ich gehe davon aus, dass auch der Laderegler aktualisiert wurde, da diese beiden Batterietypen beim Laden unterschiedlich behandelt werden müssen, um die Lebensdauer der Batterien zu optimieren.Ich habe den Eindruck, dass die ältesten Pipetten dieser Serie am zuverlässigsten waren und dass die Lebensdauer der neueren Modelle im Laufe der Jahre abgenommen hat. Da ich ganz in der Nähe des Labors wohne, habe ich angeboten, während der letzten Weihnachtsferien die Zellen für alle in meinem Labor aufzuteilen. Aufgrund der Probleme mit dem Midi Plus war ich beim Aufteilen jedoch sehr frustriert. Ich musste die Zellkultur verlassen, um mir eine andere Pipettierhilfe zu holen, was immer ein großer Aufwand ist. Das MidiPlus, das ich fand (ebenfalls schwarz), funktionierte zwar, aber seine LEDs begannen zu blinken, und es ertönten Pieptöne, was ich zuvor bei keinem der älteren Modelle erlebt hatte. Unsorgfältige BedienungsanleitungSpäter versuchte ich, in der Bedienungsanleitung nachzuschlagen, was die LED-Meldungen und die Pieptöne bedeuteten. Leider konnte ich in der Anleitung keine Informationen dazu finden. Warum sollte jemand solche Funktionen einbauen und sie dann nicht in der Bedienungsanleitung dokumentieren? Ich habe Sartorius am 31. Dezember genau mit dieser Frage kontaktiert. Am 10. Januar erhielt ich eine E-Mail-Antwort, in der der lokale Kundendienstmitarbeiter anbot, unser Labor zu besuchen, um unsere Probleme zu klären. Allerdings wurde keine meiner Fragen bezüglich der fehlenden Dokumentation zum Blinken und Piepen beantwortet, und erst eine erneute Anfrage führte zu einer Antwort: Rotes Blinken = Batterie fast leerGrünes Blinken = Ladevorgang läuftDauerhaft grünes Leuchten = voll aufgeladenPiepton = Batterie fast leerDauerhafter Piepton = Batteriespannung zu niedrig, möglicherweise müssen die Batterien ausgetauscht werden In der aktuellen Version des Handbuchs (01/2022) werden nur die Meldungen der grünen LED erwähnt. Es ist seltsam, dass die Bedienungsanleitung wurde etwa 10 Jahre lang mit unvollständigen Informationen ausgeliefert. War das Sartorius egal? Vielleicht hat ein Praktikant das Handbuch verfasst, der den BioHit Midi Plus nie lange genug benutzt hat, um das Blinken/Piepen jemals mitzuerleben? Sartorius versprach jedoch, die fehlenden Informationen in die nächste Ausgabe des Benutzerhandbuchs aufzunehmen. Sollten wir zu Integra wechseln? Hat jemand Erfahrungen mit anderen Marken? Als ich mein Labor aufbaute, war der erste schwarze Midi Plus der Marke Sartorius, den wir kauften, von Anfang an defekt. Er konnte seine Akkus nie aufladen und ging direkt in die Reparatur. Interessanterweise sind alle drei unserer (ursprünglichen) Integra Pipetteboys immer noch voll einsatzfähig. Zwar mussten wir die Batterien austauschen, aber die Integra-Geräte haben den Vorteil, dass sie mit wiederaufladbaren 9-V-Zellen betrieben werden, die man fast überall kaufen kann, wo Batterien verkauft werden. Dies steht in krassem Gegensatz zu den 2/3 AA-Batterien des Midi Plus, die man bei Sartorius zu einem überhöhten Preis bestellen muss. Ich schätze, dass Sartorius diese Batterien für etwa das Zehnfache des Preises verkauft, den sie beim chinesischen Hersteller einkaufen. Leider vertreibt Integra den Original-Pipetteboy nicht mehr, und ich habe keine Erfahrung mit dem Pipetteboy acu 2. Was ist eure Lieblings-Pipettierhilfe? Verwendet ihr elektronische Pipettierhilfen bei eurer Arbeit? Ich würde gerne eure Erfahrungen erfahren: Welche Marken sind zuverlässig, langlebig und erschwinglich? Ich habe kein Problem damit, einen Premiumpreis für ein Premiumprodukt zu zahlen, aber ich habe den Eindruck, dass der BioHit Midi Plus von Sartorius derzeit die Bezeichnung „Premium“ nur aufgrund des Preises verdient, nicht aber aufgrund der Leistung.

Die gefährlichste Krankheit des Jahres 2025?

Wed, 08 Jan 2025 00:00:00 +0000

Dank wirksamer Impfstoffe und evidenzbasierter Behandlungen ist Covid-19 nicht die gefährlichste Krankheit des Jahres 2025. Ebenso wenig überraschend ist es für Experten, dass HIV, Tuberkulose und Malaria auch in diesem Jahr noch die drei Krankheiten sind, die den größten Anlass zur Sorge geben. Diese umfassen drei verschiedene Arten von Krankheitserregern: Viren, Bakterien und Parasiten. Zusammen fordern sie jedes Jahr etwa 2 Millionen Todesopfer. Wir in Europa und den USA betrachten HIV, Tuberkulose und Malaria als Krankheiten der Vergangenheit oder als behandelbare chronische Erkrankungen. Doch alle drei können wieder auftreten. Malaria war beispielsweise in Finnland endemisch, bevor sie langsam verschwand ( letzter einheimischer Fall 1954 ). Infolge des Klimawandels könnte sie nicht nur zurückkehren, sondern sich auch in Länder ausbreiten, in denen sie bisher noch nie aufgetreten ist. In Europa und den USA sollten wir uns jedoch wahrscheinlich am meisten vor der Vogelgrippe (Avian-Influenza) fürchten. Warum? Weil alle Voraussetzungen für das Ende der Welt, wie wir sie kennen, gegeben sind. Die Influenza vom Typ A H5N1 ist die Art der Vogelgrippe, die derzeit für Schlagzeilen sorgt. Sie hat in jüngster Zeit zahlreiche Ausbrüche bei Vögeln und Rindern verursacht. Auch Menschen infizieren sich zunehmend durch Vögel, Rinder oder den Verzehr von Rohmilch. Das Einzige, was verhindert, dass die Vogelgrippe zu einer Pandemie wird, ist die Tatsache, dass sich das Vogelgrippevirus nicht leicht von Mensch zu Mensch überträgt. Es bedarf jedoch nur einer einzigen Mutation, um dieses Verhalten zu ändern ( https://doi.org/10.1126/science.adt0180 ). Mit jedem infizierten Menschen steigt die Wahrscheinlichkeit, dass diese Mutation auftritt. Die Influenza ist bekanntlich ein RNA-Virus, das im Durchschnitt viel leichter mutiert als ein DNA-Virus. Daher ist es sehr sinnvoll, diejenigen Menschen zu impfen, die dem größten Risiko ausgesetzt sind, sich mit der Krankheit anzustecken, wie beispielsweise Geflügelarbeiter, Vogelberinger oder Tierärzte. Finnland hat genau damit begonnen , und auch mehrere andere EU-Länder verfolgen eine ähnliche Strategie . Solange jedoch der Rest der Welt nicht mitzieht, werden diese Maßnahmen das globale Risiko, das vor uns liegt, kaum verringern. Die Herstellung eines Vogelgrippe-Impfstoffs ist Routine und könnte relativ schnell erfolgen, da der Prozess identisch mit der Herstellung des saisonalen Grippeimpfstoffs ist. Ich bezweifle jedoch, dass es möglich sein wird, die Bevölkerung schnell genug zu impfen. Große Länder wie Deutschland wollen offenbar abwarten, bis das Virus mutiert ist. Wie sonst lässt sich die Aussage des deutschen Bundesgesundheitsministeriums interpretieren, dass Deutschland Vogelgrippe-Impfstoffe nur „[im Falle einer bestehenden oder unmittelbar drohenden Infektionskrankheit]“ ( https://www.aerzteblatt.de/nachrichten/156267/Deutschland-lagert-keinen-Impfstoff-gegen-Vogelgrippe )“ beschaffen würde? Was könnte da schon schiefgehen? Es ist beängstigend, dass in den USA bald jemand, der sich für Rohmilch einsetzt, Gesundheitsminister werden könnte. Andere Länder nehmen die Bedrohung ernster. Während die meisten Länder – darunter Finnland – ihre staatlichen Impfstoffentwicklungszentren bereits vor Jahren oder Jahrzehnten aufgelöst haben, unterhält Großbritannien nach wie vor ein staatliches Zentrum für Impfstoffentwicklung und -bewertung (VDEC, UKHSA’s Vaccine Development and Evaluation Centre ). Die britische Regierung hat ihr VDEC gerade damit beauftragt, 5 Millionen Dosen eines Vogelgrippe-Impfstoffs herzustellen, um sich auf eine mögliche Epidemie vorzubereiten ( https://www.euronews.com/health/2024/12/03/uk-purchases-5-million-bird-flu-vaccine-doses-to-prepare-for-possible-pandemic ). Angesichts einer Sterblichkeitsrate von bis zu 30 % beim Menschen lässt die Vogelgrippe Covid-19 (0,3 % Sterblichkeitsrate bei ungeimpften Menschen meines Alters) wie ein Schnäppchen erscheinen. Zwar ist die Sterblichkeitsrate von 30 % wahrscheinlich zu hoch angesetzt, doch selbst eine Sterblichkeitsrate von 3 % wäre immer noch etwa zehnmal schlimmer als bei COVID-19. Anders als bei COVID-19 kennen wir das Virus und könnten gut vorbereitet sein. Doch mit einer inkompetenten Regierung (und dabei denke ich nicht nur an die künftige US-Regierung) steuern wir geradewegs auf die Apokalypse zu. Es ist unwahrscheinlich, dass irgendeine „Warp-Speed“-Operation oder Impfkampagne schnell genug sein wird, um mit der Grippewelle Schritt zu halten, die schneller denn je um den Globus rollen wird, da der Flugverkehr das Niveau vor COVID-19 bereits übertroffen hat und weiter zunimmt. Frohes Neues Jahr – und vergesst nicht, Toilettenpapier zu horten! Dieser Beitrag basiert lose auf der Diskussion über neu auftretende Krankheiten in Folge Nr. 1017 des Podcasts The Skeptics’ Guide to the Universe .

Unser Labor wird 2025 nicht in Konkurs gehen!

Fri, 29 Nov 2024 00:00:00 +0000

Unser Labor hatte in letzter Zeit so viel Pech mit seinen Förderanträgen, dass ich bereits ernsthaft über alternative Karrierewege nachgedacht habe. Zum Beispiel Straßenbahnfahrer zu werden. Helsinki und die umliegenden Städte bauen ihre Straßenbahnnetze aus, und gute Fahrer sind rar. Doch die Finnische Krebsstiftung hat nun unsere Pechsträhne beendet! Auch wenn es sich nur um einen bescheidenen Betrag handelt, blicke ich hoffnungsvoll in die Zukunft. Nicht jede Forschung ist gleich teuer: Manche Methoden erfordern mehr Geld als andere, und unsere gehören zu den kostengünstigeren. Welches Projekt wurde gefördert? Nun, es ist nicht unser neuartiges Proteinexpressionssystem, sondern ein Projekt zur Beantwortung einer Frage, die viele Forscher der Gefäßbiologie seit 2001 beschäftigt, als das Achen/Stacker-Labor eine Arbeit veröffentlichte, die zeigte, dass VEGF-D von Mäusen und Menschen NICHT dieselben Rezeptoren teilen, sondern dass Maus-VEGF-D nicht an Maus-VEGFR-2 bindet ( Baldwin et al., 2001 ). Wir haben in 2011 und 2019 , dass die proteolytische Aktivierung von VEGF-D durch Cathepsin D zu einem vollständigen Verlust der VEGFR-3-Bindung bei humanem VEGF-D führt. Wenn dies auch für Maus-VEGF-D gelten würde, wäre es ein Wachstumsfaktor ohne Rezeptor! Das ist zwar nicht unmöglich, wäre aber eine Ausnahme. Es ist wichtig, diese molekularen Details richtig zu verstehen, da wir unsere zukünftigen Krebsmedikamente stets an Mäusen testen. Sollte es einen großen Unterschied in der angiogenen Signalübertragung zwischen Mäusen und Menschen geben, könnte dies die Interpretation vieler Mausdaten erheblich erschweren und vielleicht sogar erklären, warum Medikamente, die bei Mäusen gut wirken, beim Menschen versagen. Bemerkenswerterweise weisen unter allen Medikamenten Onkologika die schlechtesten Erfolgsraten in klinischen Studien auf. Es gibt stichhaltige Hinweise darauf, dass VEGF-D der „böse Bube“ in der VEGF-Familie ist, d. h. derjenige, der dafür verantwortlich ist, dass Krebserkrankungen Resistenzen gegen antiangiogene Krebstherapien entwickeln, die auf der Blockade von VEGF-A basieren. Auf jeden Fall ein großes Lob an die finnische Krebsstiftung! Lesen Sie hier über die Auszeichnung.

JuFo-Ranking: Ein schlechterer Impact-Faktor?

Sat, 02 Nov 2024 00:00:00 +0000

Änderungen in der finnischen DoktorandenausbildungAlle finnischen Universitäten senken die Anforderungen an die Doktorarbeit. Statt drei bis vier Veröffentlichungen reichen nun zwei bis drei aus, um die Arbeit zu verteidigen. Ein Argument für diese Änderung war die Schaffung gleicher Wettbewerbsbedingungen mit anderen Ländern. Keines der großen europäischen Länder verlangt Veröffentlichungen für die Promotion: Weder Großbritannien, Deutschland, Frankreich noch Italien tun dies. Die anderen skandinavischen Länder sind die einzigen europäischen Länder, die ähnliche Anforderungen hinsichtlich der Anzahl der erforderlichen Veröffentlichungen haben (oder hatten), wobei Schweden fast auf einer Stufe mit dem finnischen System steht. Wäre eine internationale Harmonisierung das Ziel gewesen, hätte die Änderung radikaler ausfallen müssen, d. h., jegliche Anforderung an Veröffentlichungen hätte abgeschafft werden müssen. Die neuen Regeln sorgen jedoch lediglich dafür, dass wir an Qualität einbüßen, was wir an Quantität gewinnen. Ich bevorzuge weniger, dafür aber besser ausgebildete Promovierte, doch unsere derzeitige Regierung will offenbar lediglich die Zahl der Promovierten, die Finnland hervorbringt, in die Höhe treiben. Publish or perish Ich befürchte, dass das Streben nach einer kürzeren Promotionszeit die Qualität der Veröffentlichungen mindern könnte. Doktoranden stehen nun unter dem Druck, innerhalb von drei bis vier Jahren drei Artikel zu veröffentlichen. Sobald die „kleinste veröffentlichungsfähige Einheit“ vorliegt, wird sie in die Welt hinausgeschickt. Nur wenige Forschungsgruppen können es sich leisten, die Veröffentlichung von Forschungsergebnissen lange hinauszuzögern, da die „Publish-or-Perish“-Kultur nach wie vor floriert. Zwar hat Finnland den Impact-Faktor abgeschafft (gut), doch haben wir ihn durch ein weniger transparentes System ersetzt (schlecht). Die derzeit in Finnland verwendete Metrik ist das JuFo-System, bei dem Zeitschriften auf der Grundlage eines „Expertenkonsenses“ in die Klassen 0–3 eingestuft werden. JuFo ist die Abkürzung für Julkaisufoorumi („Publikationsforum“). Da jeder (einschließlich der Experten) seine bevorzugten Zielzeitschriften hat, öffnet dies Tür und Tor für Voreingenommenheit und sogar Manipulation. Es gibt zahlreiche Beispiele für hoch angesehene Zeitschriften mit einem Impact-Faktor von über 10 und astronomisch hohen Ablehnungsquoten, die lange Zeit als JuFo 1 eingestuft waren, bis sie – nach einem Mitgliederwechsel im jeweiligen JuFo-Gremium – schließlich in die Stufe 2 herabgestuft wurden. Warum gibt es überhaupt so etwas wie JuFo-Rankings? Ein Argument lautet, dass der Journal Impact Factor (JIF) die individuellen Unterschiede in den Publikations- und Zitationskulturen zwischen verschiedenen Forschungsbereichen nicht berücksichtigt. Diese Unterschiede sind enorm, aber nachdem man alle Zeitschriften in einzelne Kategorien eingeteilt hat (z. B. klinische Medizin gegenüber Sprachwissenschaften gegenüber Agrarwissenschaften usw.), könnte man eine Ausgleichsformel entwickeln (vielleicht sogar unter Einbeziehung manuell zugewiesener Ausgleichsfaktoren), um den JIF um solche interdisziplinären Unterschiede zu bereinigen. Ein Software-Skript könnte die gesamte Arbeit der JuFo-Gremien automatisch und transparent erledigen. Bibliometrie-Forscher haben solche besseren Alternativen zum JIF vorgeschlagen. Bitte schickt mir eine E-Mail, wenn ihr der Meinung seid, dass ich hier etwas übersehen habe! Anekdoten versus DatenEin System, das eine „manuelle“ Herabstufung von Zeitschriften ermöglicht, ist sicherlich eine gute Sache. Ich begrüße auch den Versuch von JuFo, Feedback von einzelnen Forschern einzuholen. Wenn man jedoch die Anzahl der Zeitschriften betrachtet, die JuFo bewerten muss, wird deutlich, dass es problematisch ist, Feedback aus den Erfahrungen von 180 einzelnen Wissenschaftlern zu sammeln und dann auf dieser Grundlage 60 Zeitschriften herabzustufen. Genau das ist vor einigen Jahren passiert. Wenn wir davon ausgehen, dass das gesamte Feedback negativ war und jedes negative Feedback zu einer Herabstufung geführt hat, wird es für jede Zeitschrift nur eine winzige Anzahl von Fällen geben. Im Kontext der evidenzbasierten Medizin könnten einige dieser Fälle Anekdoten sein. Verstehen Sie mich nicht falsch: Diese Entscheidungen sind wahrscheinlich nicht falsch, und es ist auch nicht falsch, Rückmeldungen von Forschern einzuholen. Tatsächlich deutet meine eigene Erfahrung mit einer der herabgestuften Zeitschriften (International Journal of Molecular Sciences) ziemlich eindeutig auf „Predatory Publishing“ hin. Allerdings sind die diesen Entscheidungen zugrunde liegenden Daten nicht die besten, und es wäre überraschend, wenn jede einzelne dieser Entscheidungen einer genauen Prüfung standhalten würde. Es ist schwer vorstellbar, wie ein solches Feedback Voreingenommenheit vermeiden könnte. Es handelt sich um Selbstauskünfte, und Forscher könnten einen Anreiz haben, negative Erfahrungen zu melden. Benotung nach der Kurve Eine weitere wenig bekannte Tatsache ist, dass JuFo ein Nullsummenspiel ist. Zeitschriften können nicht frei auf die vier Kategorien verteilt werden, aber JuFo verwendet eine Variante der „Benotung nach Kurve“: Nicht mehr als 10 % der in Zeitschriften eines bestimmten JuFo-Panels (z. B. für Chemical Sciences) veröffentlichten Artikel dürfen in die JuFo-Kategorie 3 fallen. Dies berücksichtigt Unterschiede im Publikationsvolumen zwischen den Fachgebieten. Wenn wir – die wissenschaftliche Gemeinschaft – jedoch die Qualität unserer Publikationsleistung allgemein verbessern, wird sich dies nicht im JuFo-Ranking widerspiegeln. Das ist meiner Meinung nach falsch (aus denselben pädagogischen Gründen, aus denen Schulen davon abgeraten wird, Schüler nach der Kurvenbewertung zu benoten). Entscheidungen hinter verschlossenen Türen? Das zweite große Problem ist die Transparenz. Die Tatsache, dass ich im obigen Absatz über die Zahlen spekulieren muss, die zu den Herabstufungen geführt haben, ist besorgniserregend:

„Biologische Arzneimittel“ auf Finnisch unterrichten

Fri, 01 Nov 2024 00:00:00 +0000

Der Internationale Masterstudiengang für pharmazeutische Forschung, Entwicklung und Sicherheit (MPHARM) erhielt im Jahr 2022 als Gruppe den Innoopeli-Preis für die Weiterentwicklung der Lehre an der Fakultät für Pharmazie . Als Mitglied des Lenkungsausschusses war ich etwas überrascht, da zu diesem Zeitpunkt noch keiner unserer Studierenden seinen Abschluss gemacht hatte. Das vorzeitige Lob fand jedoch Anfang dieses Jahres seine Bestätigung, als die erste Gruppe von Studierenden ihren Abschluss machte . In diesem Jahr ging der Innoopeli-2024-Preis an Patrick Laurén , Leiter des Studiengangs Pharmazie. Ich erhielt eine „Ehrenauszeichnung“ für meine Lehrtätigkeit . Am meisten überrascht hat mich, dass meine Bemühungen, auf Finnisch zu unterrichten, gewürdigt wurden. Ich habe speziell Finnischkurse besucht, weil ich auf Finnisch unterrichten wollte. Nun habe ich meine Fähigkeiten sogar schon ein paar Mal ausprobiert. Liebe StudentInnen des FARM-310 (Biologische Arzneimittel, Grundkurs) – bitte entschuldigt, denn ich wusste nicht, worauf ich mich da einließ! Das Unterrichten auf Finnisch war eine Herausforderung, aber es klappt mittlerweile einigermassen. Es erfordert von mir jedoch deutlich mehr Vorbereitungszeit als eine Vorlesung auf Englisch. Ich möchte mich auch bei meinen Fiinnischlehrern Emmi, Yrjö und Taija bedanken! Das Wichtigste war vielleicht eure Unterstützung trotz meiner schwachen Leistung. Ich habe einen Videobeweis für meinen schwachen ersten Versuch, aber ich werde langsam besser. Hier sind die Links zu den finnisch- und englischsprachigen Vorlesungsfolien (nach drei Jahren der Überarbeitung sollten sie eigentlich in Ordnung sein, aber meldet euch gerne, falls ihr sprachliche oder inhaltliche Fehler findet):

Proteine besser herstellen als die Profis

Thu, 31 Oct 2024 00:00:00 +0000

Herzlichen Glückwunsch, Laura und Akseli! Euer Artikel in Scientific Reports ( https://doi.org/10.1038/s41598-024-77104-3 ) ist eine fundierte Arbeit, die nicht nur für Herz-Kreislauf-Erkrankungen von Bedeutung ist, sondern auch für unsere Forschung zum Thema Lipödem/Lipoödem (und damit potenziell sogar für das Lymphödem, das in der Vergangenheit im Mittelpunkt unserer Forschung stand). Es gibt erstaunliche Ähnlichkeiten zwischen der koronaren Herzkrankheit und dem Lipödem, da beide als Fettstoffwechselstörungen betrachtet werden können.Und vielen Dank an Khushbu und Betül, die Laura dabei geholfen haben, ein so hochwertiges LCAT-Protein herzustellen und aufzureinigen, das besser funktionierte als die im Handel erhältlichen Proteinpräparate! Vielleicht lag ein Großteil des Erfolgs in den hohen Expressionsraten, die wir im Vergleich zu anderen Systemen erreichen konnten. Zum ersten Mal haben wir HEK293T-Zellen mit einem maßgeschneiderten CHO-Vektor ( pCHOKE-B-LCAT-H6 ) ausprobiert, und es hat überraschend gut funktioniert. pCHOKE-B wurde von Grund auf neu entwickelt, und wir haben mehrere Verbesserungen integriert, die im Laufe der Jahre im Vergleich zu herkömmlichen CHO-Expressionsvektoren erzielt wurden. Der Vektor enthält

Bilder für Vorträge und zur Veranschaulichung

Mon, 09 Sep 2024 00:00:00 +0000

Ich habe im Januar versprochen , Websites aufzulisten, auf denen man kostenlose Bilder finden kann ( kostenlos im Sinne von „Bier“ und kostenlos im Sinne von „Redefreiheit“ ). Und dann habe ich dieses Versprechen vergessen. Da ich zum Zeichnen von Illustrationen meist Inkscape verwende, suche ich normalerweise nach SVG-Bildern. Inkscape ist eine Open-Source-Software, die Vektorgrafiken erstellt. SVG ist nicht nur der Webstandard für Vektorgrafiken, sondern auch das native Dateiformat von Inkscape. Manchmal sind auch PNG- oder JPEG-Bilder akzeptabel, wenn sie sich leicht in SVG-Bilder umwandeln lassen (z. B. Silhouetten). Gelegentlich suche ich nach 3D-Bildern („Modellen“), und dann bevorzuge ich diese im Blender -Format (die einzige 3D-Software, die ich mehr als nur ein paar Mal verwendet habe).Es gibt zwei verschiedene Arten von freien Bildern im Internet: Public Domain und Creative Commons . Public-Domain-Bilder können ohne Einschränkungen verwendet werden, während Creative-Commons-Bilder in der Regel mit einigen Einschränkungen verbunden sind. Die häufigste Einschränkung bei CC-lizenzierten Bildern ist, dass man den Urheber nennen muss. Manchmal gibt es zusätzliche Einschränkungen, wie zum Beispiel das Verbot der kommerziellen Nutzung oder von Änderungen.Wenn du eine Bildersuche mit Google oder DuckDuckGo durchführst, kannst du die Anzeige auf Bilder beschränken, die einer bestimmten Lizenz entsprechen. Allerdings decken Google und DuckDuckGo nur einen Bruchteil des Internets ab, und es gibt Suchseiten, die sich auf die Suche nach bestimmten Bildern spezialisiert haben.Du kannst auch eine KI bitten, das perfekte Bild zu generieren. In der Regel sind mehrere Iterationen erforderlich, um etwas Brauchbares zu erhalten, und du wirst niemals Urheberrechte an dem Bild erwerben können, selbst wenn du Stunden damit verbracht hast, die perfekte Eingabeformulierung zu entwickeln. Sie können es beispielsweise mit DALL·E 3 versuchen oder sogar einige KI-Bildgeneratoren auf Ihrem eigenen Computer ausführen, wie zum Beispiel Stable Diffusion . Das obige Bild wurde mit DALL·E 3 unter Verwendung der folgenden Eingabe generiert: „Eine Person, umgeben von Bildern, als Symbol für die Suche nach dem perfekten Bild.“

Was wissen wir eigentlich sicher über Lipödeme?

Mon, 09 Sep 2024 00:00:00 +0000

Das Lipödem ist eine Ansammlung von subkutanem Fettgewebe, vor allem im unteren Körperbereich, die sich einer Gewichtsabnahme widersetzt und fast ausschließlich bei Frauen auftritt. Es ist oft schmerzhaft, neigt zu Hämatomen und hat vermutlich eine genetische Komponente, die wahrscheinlich durch hormonelle Veränderungen ausgelöst wird. Obwohl das Lipödem bereits vor mehr als 80 Jahren als Krankheit erkannt wurde, ist unser Wissen über die Krankheit und ihre Entstehung lückenhaft. Die Gründe dafür liegen nicht zuletzt darin, dass das Lipödem erst vor kurzem in den offiziellen Kanon der Krankheiten aufgenommen wurde. Nahezu alle Aspekte der Krankheit sind umstritten, angefangen bei der Klassifizierung. Die Symptome des Lipödems überschneiden sich mit denen der Adipositas, Lipodystrophien, Lymphödeme und Bindegewebserkrankungen. Es gibt noch keine spezifischen Tests und aufgrund der unsicheren Diagnoselage bestehen auch erhebliche Unsicherheiten bezüglich der Prävalenz des Lipödems, mit weit auseinandergehenden Schätzungen, die von 1:75.000 bis zu 39 % aller Frauen reichen. Zur Ursache des Lipödems wurden viele Hypothesen aufgestellt, u. a. dass es sich um eine Fettstoffwechselstörung, eine Bindegewebsstörung, eine entzündliche oder Immunerkrankung handelt. Eine endgültige Ursache wurde noch nicht gefunden, und die Suche nach „Lipödem-Genen“ hat bisher keine eindeutigen Ergebnisse erbracht, mit Ausnahme einzelner Gene, die nur für einen kleinen Teil aller Patienten eine Rolle spielen.

6. Swiss Lymphsymposium

Sat, 07 Sep 2024 00:00:00 +0000

Das 6. Schweizer Lymphsymposium ist gerade zu Ende gegangen. Dieses Symposium scheint mit jeder Ausgabe an Beliebtheit zu gewinnen, und ich habe gehört, dass es in diesem Jahr sogar eine Warteliste gab. Die Juzo AG hatte Experten eingeladen, um Themen an der Schnittstelle zwischen Ödemen und Adipositas zu diskutieren. Die Veranstaltung war interessant und scheute auch kontroverse Themen nicht. Für einen Laborforscher wie mich ist es immer anregend, die Perspektive der klinischen Praktiker zu den Krankheiten zu erfahren, deren molekulare Grundlagen ich erforsche. Ich war bereits am 3. Schweizer Lymphsymposium im Jahr 2021 dabei, und es gab viele Entwicklungen, die ich in meinem Elfenbeinturm der biomedizinischen Grundlagenforschung bewusst nicht beachtet habe. Insbesondere die neuen S2k-Leitlinien zum Lipödem , die seit Anfang 2024 in Kraft sind, viel Aufmerksamkeit auf sich gezogen.Die neuen Leitlinien zum Lipödem befassen sich mit Fragen und Zielen in Bezug auf Diagnosekriterien, Differentialdiagnostik, den Einfluss von Komorbiditäten auf Diagnose und Therapie, die vorhandenen therapeutischen Möglichkeiten sowie die Frage, wie Patientinnen aktiv zur Bewältigung der Erkrankung beitragen können. Angesichts unseres noch immer begrenzten Verständnisses der Ätiologie des Lymphödems sind diese Ziele ehrgeizig. Dr. Tobias Bertsch von der Földi-Klinik hielt in seinem Vortrag „Die neuen Leitlinien zum Lipödem-Syndrom – Mehr Licht als Schatten“ einen sehr leidenschaftlichen und überzeugenden Vortrag über den Fortschritt, den diese Leitlinien darstellen. Der Vortrag orientierte sich grob an dem Positionspapier , das er gemeinsam mit vielen anderen europäischen Experten veröffentlicht hatte. Der Punkt, in dem das Positionspapier am stärksten von den Leitlinien abweicht, ist die Bewertung der Fettabsaugung als Behandlungsoption. Das Positionspapier stellt klar fest, dass die Fettabsaugung keine dauerhaften Ergebnisse liefert, während sich die Leitlinien zu diesem Thema überraschend zurückhaltend äußern und der erzielte Konsens unter allen Empfehlungen die geringste Zustimmung der Autoren erhielt.Für einen Laborwissenschaftler ist es unbefriedigend, Entscheidungen ohne hochgradige Evidenz treffen zu müssen. Allerdings können Leitlinien für medizinisches Fachpersonal nicht dieselbe Sprache sprechen wie wissenschaftliche Artikel, da dies ihrer Nützlichkeit zuwiderlaufen würde. „Wer heilt, hat Recht“, und wenn die neuen Leitlinien zu besseren medizinischen Ergebnissen führen, erfüllen sie ihren Zweck. Leitlinien – wie wissenschaftliche Erkenntnisse auch – sind stets vorläufig und unterliegen einer Anpassung, sobald bessere Evidenz vorliegt. Gleichzeitig müssen wir darauf achten, den Fortschritt nicht zu behindern, indem wir sie als unumstößliche Wahrheit betrachten. Schließlich wird das Sprichwort „Wer heilt, hat Recht“ Samuel Hahnemann zugeschrieben, dem deutschen Arzt, der die Homöopathie begründete (die im Grunde genommen Hexerei ist; muss ich das extra erwähnen?). Dennoch führte die Anwendung der Homöopathie zu Samuel Hahnemanns Lebzeiten wahrscheinlich zu besseren medizinischen Ergebnissen als die damals gängigen Behandlungsmethoden wie Aderlass oder Quecksilberpräparate, die häufig nicht nur nutzlos, sondern auch gefährlich oder giftig waren.Meine Sicht auf das LipödemNachdem ich mich einige Jahre lang mit dem Thema Lipödem beschäftigt habe, lautet meine Hypothese, dass das Lipödem ein Endpunkt im breiten Spektrum der menschlichen Fettspeicherphysiologie ist. Die Fettspeicherung war während 99,999997 % der Evolution ein so großer Vorteil, dass die Natur bereit war, die vielen Risiken in Kauf zu nehmen, die komplexen und schwierigen Systemen innewohnen. Je komplexer eine Maschine ist, desto häufiger versagt sie, und viele erbliche, lipidbezogene Erkrankungen sind Ausfälle dieses Mechanismus. Das wesentliche Problem, zu dessen Überwindung sich diese komplexe Maschinerie im Laufe der Evolution entwickelt hat, ist die Unlöslichkeit von Fett in Wasser. Jeder Transport von Fett innerhalb und außerhalb der Zelle erfordert, dass das Fett wasserlöslich gemacht wird. Im Blut wird dies dadurch erreicht, dass Fettmoleküle in Lipoproteinpartikel verpackt werden. Lipide, die nicht verbrannt werden, werden irgendwo gespeichert. Sie können subkutan oder viszeral gespeichert werden. Es gibt noch weitere Möglichkeiten der Fettspeicherung, doch dies ist die vereinfachte Darstellung: Bei jedem Menschen ist das Verhältnis zwischen viszeraler und subkutaner Fettspeicherung aufgrund eines komplexen Zusammenspiels vieler Gene und der Umwelt leicht unterschiedlich. Bei manchen Menschen führt dieses Zusammenspiel zu extremen Ungleichgewichten zwischen diesen beiden Bereichen mit pathologischen Folgen. Bei der koronaren Herzkrankheit beispielsweise resultiert die genetische Belastung bei den meisten Menschen aus vielen Genen (polygen), während bei einer Minderheit der Patienten ein oder wenige Gene die Erkrankung erklären könnten (monogen oder oligogen). Die Suche nach Genen wird für die meisten Lipödem-Patientinnen wahrscheinlich keine umsetzbaren Erkenntnisse liefern. Ähnlich wie bei der koronaren Herzkrankheit könnte es jedoch möglich sein, Risikofaktoren zu identifizieren. Wir kennen bereits drei Risikofaktoren für das Lipödem: weibliches Geschlecht, hormonelle Veränderungen und eine familiäre Vorbelastung. Es wäre hilfreich, weitere Risikofaktoren zu identifizieren, die leichter zu beeinflussen sind als die drei uns bekannten. Wir brauchen für das Lipödem etwas Ähnliches wie das Blutfettprofil für die koronare Herzkrankheit. Hier ist der Link zu meinem Vortrag (den ich im Laufe der Zeit mit besseren Informationen aktualisieren werde): Was wissen wir eigentlich sicher über Lipödeme? . Sie können auch die deutsche Version „Was wissen wir eigentlich sicher über Lipödeme? – Eine Bestandsaufnahme“ herunterladen.

Haben Fische Schwierigkeiten beim Atmen?

Fri, 28 Jun 2024 00:00:00 +0000

Fische atmen mit ihren Kiemen, doch für viele von ihnen ist dies im wahrsten Sinne des Wortes nur die halbe Wahrheit. Die Schwierigkeit, Sauerstoff aus dem Wasser zu gewinnen, ist der entscheidende Faktor, der die Evolution der Fische prägt. Landtiere sind meist derselben Sauerstoffkonzentration ausgesetzt, während Fische in Gewässern mit stark unterschiedlichem und sich rasch änderndem Sauerstoffgehalt leben müssen. Zudem enthält Wasser viel weniger Sauerstoff als Luft, und die Sauerstoffdiffusion im Wasser verläuft um Größenordnungen langsamer als in der Luft. Daher war die Evolution der Fische gezwungen, kreative Wege zu finden, um

Wer führt heute noch Klonierungen mit Restriktionsenzymen durch?

Thu, 27 Jun 2024 00:00:00 +0000

Restriktionsenzyme spalten die DNA an bestimmten Stellen und ermöglichen so – zusammen mit DNA-Ligaseenzymen – die molekularen „Ausschneiden-und-Einfügen“-Vorgänge, die nach wie vor die Grundlage für die meisten heutigen rekombinanten DNA-Konstrukte bilden. Es gab zwar schon immer alternative Assemblierungsmethoden, doch vor etwa 10 Jahren bekam die Klonierung mit Restriktionsenzymen ernsthafte Konkurrenz durch die auf Homologie basierenden Ein-Röhrchen-Assemblierungsstrategien (vor allem durch das „Gibson-Assembly“-Verfahren und dessen Derivate). Dennoch nehmen Restriktionsenzyme nach wie vor einen wichtigen Platz in jedem Labor für rekombinante DNA ein.Es gibt nicht viele kommerzielle Anbieter mit einem großen Portfolio an Restriktionsenzymen. New England Biolabs und ThermoFisher sind die beiden großen Marktführer und die einzigen Anbieter mit mehr als 200 verschiedenen Enzymen. Alle anderen Anbieter (Roche, TaKaRa, Promega) haben ein weitaus weniger umfassendes Angebot. Vor etwa 10 Jahren habe ich argumentiert, dass niemand FastDigest-Enzyme von ThermoFisher verwenden sollte. Sie können diesen Blogbeitrag nachlesen, aber im Wesentlichen lautet die Kernaussage: „ThermoFisher stellt nicht genügend Informationen über seine Enzyme bereit, um sie in einer gemischten Umgebung mit Enzymen von Anbietern, die vollständige Transparenz bieten – wie beispielsweise New England Biolabs (NEB) – gleichberechtigt einsetzen zu können.“Diese Engstirnigkeit hat ThermoFisher dazu veranlasst, eine eigene Definition der Restriktionsenzymaktivität auf der Grundlage eines 5-Minuten-Fensters zu erfinden, was einen direkten Vergleich mit den Enzymen der Wettbewerber unmöglich macht, da diese das standardmäßige 1-Stunden-Fenster verwenden. Da Enzyme in einer Reaktion unterschiedlich lange aktiv bleiben und ThermoFisher – im Gegensatz zu NEB – keine Daten über die Aktivitätsdauer seiner Enzyme bereitstellt, ist kein aussagekräftiger Vergleich möglich. Man fragt sich, ob der einzige Zweck der neuen Einheitsdefinition darin bestand, jegliche Vergleiche zu verhindern. Das allein sollte schon Grund genug sein, ThermoFisher wie die Pest zu meiden, aber es gibt noch mehr. Im Jahr 2014 wies ich darauf hin, dass nach der Übernahme von Fermentas durch ThermoFisher kein einziges neues FastDigest-Enzym in die Produktpalette aufgenommen worden war. Diese Aussage trifft auch ein Jahrzehnt später noch zu (und gilt gleichermaßen für herkömmliche Restriktionsenzyme). Auch bei NEB hat sich die Innovation im Bereich der Restriktionsenzyme verlangsamt, doch seit 2015 hat NEB etwa fünf HighFidelity-Enzyme (ApoI, BbsI, BclI, BsiWI, BstZ17I) sowie einige konventionelle Restriktionsenzyme in sein Portfolio aufgenommen.Das größte Problem, das ich bei der Politik des Schweigens von ThermoFisher sehe, ist, dass kaum jemand weiß, dass das Unternehmen Isoschizomere unter dem Namen des Prototyp-Enzyms verkauft. Während ThermoFisher die Verwendung von Isoschizomeren in seinem Nicht-FastDigest-Sortiment offenlegt, gibt es die Identität seiner FastDigest-Enzyme nicht preis. Viele der FastDigest-Enzyme sind laut Arvydas Janulaitis , dem ehemaligen wissenschaftlichen Leiter von Fermentas , dem Unternehmen, das das FastDigest-System entwickelt hatte, bevor es 2010 von ThermoFisher übernommen wurde.In einem kürzlich aktualisierten Flyer versucht Thermo Scientific, sich gegenüber NEB als überlegen darzustellen, schafft es damit jedoch nur, Anfänger im Bereich der Klonierung zu täuschen. In ihrer Infografik versuchen sie, die Einfachheit der Pufferauswahl innerhalb des Restriktionsenzym-Portfolios von ThermoFisher hervorzuheben und es mit dem Portfolio von NEB zu vergleichen.Dabei ignorieren sie jedoch ihre 190 konventionellen Enzyme, die nicht mit dem FastDigest-Puffer kompatibel sind (und zu dieser Gruppe gehören wichtige Enzyme, z. B. das „GoldenGate“-Typ-IIS-Enzym BsmBI). Um das Bild zu korrigieren, habe ich einen besseren grafischen Vergleich zwischen ThermoFisher und NEB erstellt, der als Hauptbild dieses Blogbeitrags dient. Selbst mein Vergleich ist optisch irreführend, da er redundante Enzyme nicht berücksichtigt, von denen ThermoFisher aufgrund seiner aggressiven Akquisitionsstrategie viele im Sortiment hat. In diesem Vergleich sieht es so aus, als ob ThermoFisher mehr verschiedene Enzyme anbietet, doch das ist keineswegs der Fall. Berücksichtigt man die Redundanzen, so verfügt NEB über 257 verschiedene, im Handel erhältliche Restriktionsenzyme, während ThermoFisher nur 209 anbietet. Ich habe nicht selbst gezählt, sondern mich auf die neueste Enzym-Beschreibungsdatei der besten Software zur Klonierungsplanung und -dokumentation SnapGene gestützt. Im Jahr 2014 habe ich bemängelt, dass ihr „Fast Digest“-Puffer eine proprietäre Zusammensetzung hat, und als ich heute nachgesehen habe, war das immer noch der Fall. Auf dem Gebiet der Restriktionsenzyme hat es bei Thermo Fisher keinerlei Fortschritte gegeben: keine Innovationen, keine größere Transparenz.

Ouriginal erkennt Plagiate in den meisten Fällen nicht.

Thu, 23 May 2024 00:00:00 +0000

Ouriginal , der Plagiatserkennungsdienst, der früher unter dem Namen Urkund bekannt war, wird an der Universität Helsinki schon seit sehr langer Zeit genutzt. Da Ouriginal einige der Masterarbeiten unserer Studierenden nicht verarbeiten konnte, habe ich mich ein wenig mit Ouriginal und seinen Problemen beschäftigt. Hier sind meine Erkenntnisse. Von schwedisch über europäisch zu US-amerikanischMir ist unklar, welche Software wir tatsächlich nutzen, da Ouriginal aus einer Fusion des schwedischen Urkund und des deutschen PlagScan hervorgegangen ist und im Jahr 2021 von dem amerikanischen Unternehmen Turnitin übernommen wurde. Ich brauche keine solche Software, aber unsere Universität schreibt vor, dass Abschlussarbeiten mit dieser Software geprüft werden müssen. Da ich jedes Jahr eine steigende Anzahl von Abschlussarbeiten lese und bewerte, nutze ich auch zunehmend Ouriginal. Ouriginal unterstützt viele Dokumentformate, doch die Unterstützung ist fehlerbehaftet Beim Blick auf den Verlauf der Einreichungen stellte ich fest, dass bis etwa Mitte Mai 2024 alle eingereichten PDF-Dateien ordnungsgemäß analysiert worden waren. Doch letzte Woche hat sich etwas geändert, da etwa die Hälfte der eingereichten Dokumente nicht verarbeitet wurde. Die üblichen Tricks (Einreichen in einem anderen Format wie .docx, .odt, .ps, .rtf) funktionierten zwar bei einigen, aber nicht bei allen Abschlussarbeiten. Eine Abschlussarbeit war besonders hartnäckig, und weder unsere „Experten“ noch die Mitarbeiter des Original-Helpdesks hatten eine Ahnung, warum ihre Software sie nicht verarbeiten konnte (was mich erneut fragen lässt, welche Software ihr Backend eigentlich verwendet). Ouriginal untersucht den Fall bereits seit einem Monat, ohne mir Antworten zu geben… Unsere Universität erhält vom Bildungsministerium Fördermittel auf Basis der Zahl der Absolventen, und wir verlieren Tausende von Euro für jeden Studierenden, der seinen Abschluss nicht rechtzeitig macht. Auch gebührenpflichtige Studierende haben einen starken Anreiz, rechtzeitig ihren Abschluss zu machen, um zusätzliche Kosten zu vermeiden. Daher ist jede Verzögerung im Abschlusszeitplan inakzeptabel. Die Leistung von Ouriginal enttäuscht mit einer schockierend niedrigen Erkennungsrate Da es Dutzende von Möglichkeiten gibt, ein Word-Dokument in ein PDF umzuwandeln, habe ich versucht, das Problem einzugrenzen, indem ich Testdokumente an den Ouriginal-Dienst übermittelt habe. Ich habe Manuskripte verwendet, die wir in den letzten Jahren veröffentlicht hatten. Ich war schockiert, als mir klar wurde, dass Ouriginal in mehr als der Hälfte aller Fälle kein Plagiat erkannt hat. Paywalls sind nicht schuld, da fast alle unsere Veröffentlichungen frei zugänglich sind. Weder die Aktualität der Veröffentlichung noch die Qualität der Zeitschrift machten einen erkennbaren Unterschied. Es scheint jedoch offensichtlich, dass Ouriginal größere Probleme mit nicht-englischen Dokumenten hat. Es ist sehr schwer zu erklären, warum so viele frei zugängliche wissenschaftliche Texte aus renommierten Zeitschriften ( Scientific Reports , Angiogenesis , Annals of Anatomy ) nicht von Ouriginal indexiert werden. Plagiate aus dem eigenen Dissertationsarchiv der Universität Helsinki werden nicht erkannt Ouriginal indexiert nicht einmal die frei zugänglichen Doktorarbeiten unserer eigenen Universität ( https://ethesis.helsinki.fi ). Keine der in meinem eigenen Labor verfassten Doktorarbeiten wurde erkannt. Ich habe auch meine eigene Doktorarbeit überprüft, und sie war die einzige, die erkannt wurde (Ouriginal hat sie auf docslib.org gefunden, nicht im offiziellen Dissertationsrepositorium unserer eigenen Universität). Macht es überhaupt Sinn, für einen so unvollständigen Dienst zu bezahlen? Ich glaube nicht. Das Fehlen frei zugänglicher Texte aus wichtigen Fachzeitschriften erscheint mir unentschuldbar, da eine einfache Google-Suche bessere Ergebnisse liefert. Ich habe Google-Suchen nach Sätzen aus den nicht erkannten Texten durchgeführt, und in den meisten Fällen hat Google die Originalquelle problemlos identifiziert. Ein Python-Skript, das Texte in Sätze aufteilt, um einzelne Google-Suchen durchzuführen, und die Ergebnisse zusammenfasst, kann jeder Programmierer an einem Nachmittag schreiben. Warum sollte man eine eigene Datenbank unterhalten, wenn Google diese Aufgabe besser bewältigt als man selbst? Plagiate in Bezug auf die folgenden veröffentlichten Manuskripte/Dissertationen/Tagungsberichte wurden NICHT erkannt:*

Aufnahmeinterview

Thu, 09 May 2024 00:00:00 +0000

Immer mehr Masterstudiengänge an unserer Universität integrieren ein Vorstellungsgespräch in das Zulassungsverfahren. Tiina Immonen vom TRANSMED-Studiengang war die Vorreiterin an der Universität Helsinki, die sich als Erste auf dieses Terrain gewagt hat. Wenn du zu einem Vorstellungsgespräch an der Universität Helsinki eingeladen wirst, hast du bereits die größte Hürde genommen, nämlich die Bewertung Ihrer Bewerbung. Um angenommen zu werden, musst du im Prinzip bloss darauf achten, das Vorstellungsgespräch nicht zu vermasseln. Du musst nicht herausragend sein, aber du musst die Erwartungen erfüllen. Der Grund dafür ist, dass Vorstellungsgespräche bekanntermaßen schwer zu bewerten sind und daher von vielen Studiengängen in erster Linie dazu genutzt werden, um Studenten mit zuvielen Warnsignalen auszusortieren.

MPHARM-Meilenstein

Fri, 26 Apr 2024 00:00:00 +0000

Das Internationale Masterprogramm für pharmazeutische Forschung, Entwicklung und Sicherheit (MPHARM) steht kurz vor einem weiteren Meilenstein: Unsere ersten Absolventen werden bald ihre Abschlussarbeiten einreichen. Am Donnerstag feierten wir nach dem Seminar zu den Masterarbeiten, bei dem die erste Gruppe von Studierenden die Ergebnisse ihrer Abschlussarbeiten vorstellte. Im Mittelpunkt steht Leena , unsere wohlwollende Direktorin. Nicht auf dem Bild zu sehen ist Tomi , dem ein großer Teil des Verdienstes dafür gebührt, dass der Studiengang „Drug Design and Pharmacology“ zu einem solchen Erfolg geworden ist!

Mia Sivén, die weltweit erste Professorin für nachhaltige Pharmazie

Fri, 05 Apr 2024 00:00:00 +0000

Als wir unsere ausländischen Studierenden fragten, warum sie sich für die Universität Helsinki entschieden haben, nannten mehrere von ihnen Aspekte der Nachhaltigkeit. Viele der Forschungsgruppen an der Fakultät für Pharmazie befassen sich mit Themen, die für eine nachhaltige Zukunft von großer Bedeutung sind. So hat beispielsweise die Bekämpfung der zunehmenden Bedrohung durch Antibiotikaresistenzen für unsere Fakultät hohe Priorität. Und meine Gruppe arbeitet an dem umweltfreundlichsten Proteinproduktionssystem der Welt. Es gibt keinen Teil des Lebenszyklus eines Arzneimittels, der nicht unter dem Gesichtspunkt der Nachhaltigkeit betrachtet werden könnte. Daher war es höchste Zeit, dass dieses übergreifende Thema endlich durch die Einrichtung einer eigenen Professur gewürdigt wurde. Soweit uns bekannt ist, wird Mia Sivén nächsten Monat ihre Tätigkeit als weltweit erste Professorin für nachhaltige Pharmazie aufnehmen . Es überrascht Sie wahrscheinlich nicht, dass ich mich sehr über diese Ernennung freue.

Ist Finnisch erledigt?

Sat, 30 Mar 2024 00:00:00 +0000

In ihrem Meinungsbeitrag in den Helsingin Sanomat griff Annikka Mutanen den prognostizierten Bevölkerungsrückgang der finnischen Bevölkerung : Bis zum Ende dieses Jahrhunderts wird die Zahl der Menschen in Finnland mit finnischen Wurzeln unter 2 Millionen gesunken sein. Ich werde das nicht mehr miterleben, aber meine Kinder haben gute Chancen dazu.

Wesentliche Elemente für die Biowissenschaften

Sun, 24 Mar 2024 00:00:00 +0000

Hier ist meine Version eines vereinfachten Periodensystems für Biowissenschaftler. Vor einigen Jahren hat mein Sohn das gesamte Periodensystem bis zum Element 118 (Oganesson) auswendig gelernt. Er fand es lustig, dass ich nur die ersten beiden Zeilen kannte. Das ist mir nicht peinlich, auch wenn ich mich nicht einmal mehr vollständig an die ersten beiden Reihen erinnern kann. Es gibt Elemente, denen ich bei meiner Arbeit so gut wie nie begegne, wie zum Beispiel Aluminium. Ja, ich weiß, dass Aluminium als Adjuvans bei Impfungen verwendet wird. Aber wir können uns ja nicht einmal darauf einigen, ob man dieses Element „Aluminium“ oder „aluminum“ schreibt! Und ich würde sogar Beryllium vergessen, wenn ich nicht einmal auf der Suche nach Beryll-Edelsteinen gewesen wäre (die man in Finnland finden kann). Bei meiner Arbeit habe ich höchstens mit etwa 11 Elementen zu tun (die mehr als 99,5 % des menschlichen Körpers ausmachen). Die Frage, wie viele Elemente für das menschliche Leben essenziell sind, lässt sich nicht leicht beantworten. Die Zahl liegt irgendwo zwischen 19 und 29. Warum gibt es so viele Elemente mit unbekanntem Status? Einige der „umstrittenen“ Elemente sind vielleicht nicht unbedingt lebensnotwendig, aber dennoch für eine gute Gesundheit notwendig. Wo soll man die Grenze ziehen? Und dann ist da noch das Problem, wie man die Lebensnotwendigkeit experimentell nachweisen kann. Viele der umstrittenen Elemente sind sogenannte Ultraspurenelemente, und es ist sehr schwierig, Versuchstiere in einer Umgebung zu halten, die völlig frei von selbst den kleinsten Spuren dieser Elemente ist ( https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_roles_of_the_elements ).

Überlasteter IT-Support

Fri, 23 Feb 2024 00:00:00 +0000

Das Problem: Absturz beim Hochfahren

Vor über einem Jahr, einige Wochen nachdem ich meinen neuen Arbeitscomputer erhalten hatte, konnte er nach einem System-Update nicht mehr neu starten und blieb schon früh im Startvorgang hängen. Ich stellte bald fest, dass ich den Computer im „abgesicherten Modus“ noch starten konnte. Seltsamerweise schien alles in Ordnung zu sein, denn wenn ich den abgesicherten Modus am Ende des Startvorgangs manuell verließ, funktionierte der Computer einwandfrei. Unsere IT-Abteilung hat mehrfach vergeblich versucht, das Problem zu beheben. Ich musste sogar etwa drei Wochen lang ohne Computer arbeiten, während er „in Reparatur“ war. Ihr wisst wahrscheinlich, wie viel Arbeit man ohne Computer erledigen kann: so gut wie gar nichts.Auf meinem Computer läuft Cubbli 20.04.06LTS, eine inoffizielle Ubuntu-Variante, die von der Universität Helsinki für den internen Gebrauch gepflegt wird. Zwar kann man Bioinformatik auch auf einem Windows- oder macOS-Computer betreiben, doch ist Linux zweifellos die erste Wahl. Viele Bioinformatik-Entwickler machen sich gar nicht erst die Mühe, ihre Software für Windows zu veröffentlichen. macOS funktioniert größtenteils gut (da es ebenfalls ein UNIX-kompatibles Betriebssystem ist), aber ich müsste für die gleiche Rechenleistung den doppelten Preis bezahlen.Der Computer ist ein Lenovo P350 mit einer NVIDIA T1000 , mit der ich zwei Bildschirme ansteuere. Ich benötige die Grafikkarte hauptsächlich für 3D-Modellierung, phylogenetische Analysen und ähnliche Aufgaben. Diese Grafikkarte könnte die Ursache des Problems sein. Eigentlich wollte ich dieses Modell gar nicht kaufen, aber da es zu dieser Zeit einen Mangel an Grafikkarten gab, hat mich die IT-Abteilung davon überzeugt, meine ursprüngliche Wahl gegen die T1000 auszutauschen.

Zurück zur Monografie?

Thu, 01 Feb 2024 00:00:00 +0000

Finnland war international dafür bekannt geworden, hochqualifizierte Doktoranden in den MINT-Fächern hervorzubringen. Dies war das Ergebnis der Anforderung, vier bis fünf wissenschaftliche Artikel in renommierten Fachzeitschriften zu veröffentlichen. Es überrascht nicht, dass es im Durchschnitt etwa sieben Jahre dauerte, dieses Ziel zu erreichen. Heute sind finnische Doktoranden international vielleicht eher dafür bekannt, dass sie zum Zeitpunkt ihres Abschlusses relativ alt sind. Ich selbst war 34 Jahre alt als ich meine Doktorhut erhielt . Ich habe etwas weniger als sechs Jahre dafür gebraucht.Andererseits war mein Betreuer so klug, mich das tun zu lassen, was ich wollte, und ich verbrachte ziemlich viel Zeit mit Nebenprojekten, die mich auf meinem Weg zum Doktorgrad nicht wirklich voranbrachten. Das bedeutete jedoch auch, dass ich Fähigkeiten, Wissen und Kontakte erworben habe, die ich sonst nicht gehabt hätte. Nimmt man die 10.000-Stunden-Regel wörtlich, entsprechen 10.000 Stunden in etwa einer sechsjährigen Promotionsausbildung.Derzeit will das finnische Bildungsministerium die für den Erwerb des Doktorgrades erforderliche Zeit auf drei Jahre verkürzen. Dieser Artikel in World University News ist bislang der ausführlichste englischsprachige Beitrag, der zu diesem Vorhaben erschienen ist. Meine Fragen lauten: Warum? Und wie? Das Warum liegt auf der Hand: Finnland ist in den OECD-Statistiken über hochqualifizierte Fachkräfte ins Hintertreffen geraten. Um diese Zahlen aufzubessern, braucht Finnland mehr Promovierte. Und da von Politikern mit kurzer Aufmerksamkeitsspanne nicht erwartet werden kann, sechs Jahre zu warten, ist es nur logisch, dass sie bereit sind, Geld auszugeben, um die Zahl der Abschlüsse zu erhöhen – vorausgesetzt, dies geschieht schnell.Aber wie soll das gehen? Wie können Doktoranden in drei Jahren lernen, was sie normalerweise in sechs Jahren gelernt haben? Wäre das möglich, würde dies bedeuten, dass unsere derzeitige Doktorandenausbildung massiv ineffizient ist. Können wir sie auf drei Jahre verkürzen, ohne dabei Abstriche bei der Qualität zu machen? Es gibt eindeutig Optimierungsbedarf. Vor allem, was die Finanzierung des Studiums angeht. Es mangelt seit jeher an von den Universitäten bezahlten Doktorandenstellen. Infolgedessen verbringen viele Doktoranden einen erheblichen Teil ihrer Zeit damit, sich um Fördermittel zu bewerben oder – noch schlimmer – Teilzeit zu arbeiten, um über die Runden zu kommen. Zwar ist die Zahlung eines Gehalts zweifellos ein Schritt in die richtige Richtung, doch wird sie die benötigte Zeit nicht um 50 % verkürzen. Es gibt etwas Ärgerliches an der Wissenschaft, das Politiker vielleicht nicht ganz verstehen: Es ist unmöglich, das Ergebnis wissenschaftlicher Experimente vorherzusagen. Genau diese Tatsache ist der einzige Grund, warum man sie überhaupt durchführt! Wenn man jedoch das Ergebnis von Experimenten nicht vorhersagen kann, kann man auch nicht vorhersagen, wie lange es dauern wird, die Arbeit abzuschließen und die Ergebnisse zu veröffentlichen. Um den Prozess der Promotion in einen vorhersehbaren dreijährigen Zeitrahmen zu zwängen, müssen wir tief in unsere akademische Trickkiste greifen und die „Monografie“ wiederbeleben. Die Monografie ist ein alternativer Weg zum Erwerb eines Doktorgrades. Obwohl sie auf dem Papier noch existiert, war sie in den MINT-Fächern schon vor Jahrzehnten praktisch ausgestorben, da mehr als 99 % aller MINT-Doktorarbeiten auf Veröffentlichungen basieren. In einigen Fachgebieten und Fakultäten hat die Monografie zwar einen höheren Anteil behalten, doch ihre Beliebtheit ist aus sehr guten Gründen überall zurückgegangen. Doch nun ist sie zurück! Bei der Monografie stellen Sie Ihre wissenschaftlichen Ergebnisse nicht der wissenschaftlichen Gemeinschaft zur Begutachtung, Verbesserung und Würdigung (in Form von Zitaten) zur Verfügung. Stattdessen fasst man seine Forschungsergebnisse in einem mehrere hundert Seiten starken Manuskript zusammen, das nur von den Betreuern und zwei vom Fakultätsrat bestellten externen Experten geprüft wird. Was könnte da schon schiefgehen? Ich hoffe, dass ich mich irre, aber eine dreijährige Promotion wird wahrscheinlich nicht dasselbe bieten können wie eine sechsjährige Promotion. Außerdem gibt es weitere Faktoren, die die Promotion unnötig verlangsamen und die im aktuellen Pilotprojekt nicht berücksichtigt werden. Der am deutlichsten ignorierte Faktor ist das Verhältnis von Betreuern zu Studierenden. Aufgrund der anhaltenden relativen Kürzung der Mittel für die grundlegenden Aufgaben der Universitäten sind Lehrende und Betreuer an finnischen Hochschulen bereits stark überlastet, und das derzeitige „suboptimale“ Verhältnis von Betreuern zu Doktoranden wird sich mit 1.000 zusätzlichen Doktoranden, die im Laufe des nächsten Jahres an finnischen Hochschulen einsteigen werden, weiter verschlechtern. Ich verstehe den Wunsch nach einer Harmonisierung des Doktorats auf europäischer Ebene voll und ganz (etwas, das wir mit den BSc- und MSc-Abschlüssen seit Beginn des Bologna-Prozesses im Jahr 1999 mehr oder weniger erfolgreich umgesetzt haben). Viele Details zur Umsetzung dieses Pilotprojekts sind uns noch nicht bekannt. Aber es ist ganz offensichtlich, dass die meisten der tatsächlich Betroffenen nie gefragt wurden, als dieses Pilotprojekt ausgeheckt wurde.UPDATEIn der finnischen Tageszeitung „Helsingin Sanomat“ sind zwei Artikel zu diesem Pilotprojekt erschienen, in denen die beiden wichtigsten Kritikpunkte am 1000Doktoranden gerichtet wurden, nämlich den offenbar unvermeidlichen Qualitätsverlust in der Doktorandenausbildung und die sehr ungleiche Verteilung der Fördermittel auf die verschiedenen Fachbereiche:https://www.hs.fi/politiikka/art-2000010217525.htmlhttps://www.hs.fi/kaupunki/art-2000010242698.html UPDATE Die Universität Helsinki hat endlich einige Informationen zur bevorstehenden Ausschreibung veröffentlicht. Die Seite ist nicht über den Newsfeed erreichbar, sondern man muss schon wissen, wonach man sucht, um sie zu finden. Dies ist kontraproduktiv, da die Bewerbungsfrist nur zwei Wochen beträgt: https://www.helsinki.fi/en/research/doctoral-school/doctoral-education-pilot

Haben Fische Lymphgefäße?

Sat, 27 Jan 2024 00:00:00 +0000

Lesen Sie die gesamte Hintergrundgeschichte in unserem Preprint: https://doi.org/10.20944/preprints202312.2119.v1 . Es ist kaum zu glauben, dass sich die wissenschaftliche Gemeinschaft nicht darüber einig ist, ob Zebrafische über ein lymphatisches Gefäßsystem verfügen. Der Zebrafisch ist einer der erfolgreichsten Modellorganismen in der Biologie, und man würde annehmen, dass wir seinen gesamten Gefäßaufbau kennen. Doch seit W. Vogel im Jahr 1981 ( https://doi.org/10.1515/znc-1981-5-627 ) vertreten viele Fischphysiologen die Auffassung, dass es bei Fischen keine Lymphgefäße gibt, und die meisten aktuellen Lehrbücher zur Fischphysiologie haben sich diese Sichtweise zu eigen gemacht. Gleichzeitig belegen fundierte Veröffentlichungen aus verschiedenen Forschungslabors, dass Lymphgefäße bei Fischen existieren ( https://doi.org/10.1038/nm1427 , https://doi.org/10.1016/j.cub.2006.05.026 ). Was ist da los? Als das Yaniv-Labor 2022 veröffentlichte, dass sich embryonale Lymphgefäße beim Zebrafisch in Blutgefäße umdifferenzieren können ( https://doi.org/10.1038/s41586-022-04766-2 ), schien es plötzlich möglich, die beiden widersprüchlichen Ansichten miteinander in Einklang zu bringen. Kurz gesagt: Bei den meisten Fischen transdifferenziert sich ein embryonales Lymphsystem während der Entwicklung zu Blutgefäßen, die ein spezialisiertes Teilkompartiment des Herz-Kreislauf-Systems bilden (das sogenannte sekundäre Gefäßsystem). Der Grad der Transdifferenzierung scheint zwischen den Fischarten recht variabel zu sein, und einige Gefäße – insbesondere der Ductus thoracicus – könnten einen hybriden Phänotyp beibehalten. Wie so oft in Spitzenzeitschriften ging der Originalartikel von Das et al. weder auf die 100 Jahre alte Kontroverse noch auf die Auswirkungen seiner bahnbrechenden Erkenntnisse ein. Auch wenn Kari Alitalo und ich dies in einem kurzen Kommentar ( https://rdcu.be/cOjJ0 ) getan haben, ist mehr Platz erforderlich, um dem Thema gerecht zu werden. Obwohl die Kontroverse um die Lymphgefäße bei Fischen noch lange nicht beigelegt ist, erscheint es wichtig, den aktuellen Stand der Diskussion in der wissenschaftlichen Literatur festzuhalten. Darüber hinaus wollten wir ein Konsensmodell mit hoher Wahrscheinlichkeit beschreiben, an dem sich zukünftige Experimente orientieren können. Das Ergebnis ist ein ausführlicher Übersichtsartikel; wir hoffen, dass Ihnen die Lektüre gefällt. Sollten Sie etwas finden, das Ihnen nicht gefällt, lassen Sie es uns bitte unbedingt wissen! Vor allem, wenn Sie Ihre Kritik mit Daten oder stichhaltigen Argumenten untermauern können. Wir haben das Manuskript zur Begutachtung eingereicht und freuen uns darauf, es auf der Grundlage Ihrer Anregungen zu verbessern.

Warum du BioRender nicht verwenden sollst

Wed, 17 Jan 2024 00:00:00 +0000

Vor etwa zwei Jahren hat unsere Universität ein institutionelles Abonnement für BioRender abgeschlossen. BioRender ist eine browserbasierte Software für wissenschaftliche Illustrationen mit einer umfangreichen Bibliothek vorgefertigter Elemente, darunter auch komplexe Darstellungen. Damit lassen sich wissenschaftliche Konzepte schnell veranschaulichen oder Flussdiagramme für Versuchsaufbauten erstellen. Und angesichts der einfachen Bedienung sehen die Ergebnisse ziemlich professionell aus. Es ist sozusagen das „McDonald’s“ der wissenschaftlichen Illustration. Es geht schnell und erfüllt seinen Zweck. Sicher, das Essen in einem 3-Sterne-Michelin-Restaurant schmeckt viel besser, aber die meisten von uns können sich diesen Luxus selten leisten. Warum solltest du es trotz all der oben genannten Vorteile nicht nutzen?

Es ist schwierig, die Arbeiten der Schüler zu benoten.

Sat, 16 Dec 2023 00:00:00 +0000

Ich habe in diesem Herbst Hunderte von studentischen Arbeiten gelesen. In vielen dieser Arbeiten sollen die Studierenden Fragen beantworten. Die Benotung dieser Arbeiten bedeutet, zu entscheiden, ob die Antwort „richtig“ oder „falsch“ ist. Das ist manchmal schwierig. Die meisten Antworten liegen irgendwo zwischen „richtig“ und „falsch“. Daher offenbart die Notwendigkeit der Benotung ein tiefer liegendes Problem: Bevor ich entscheiden kann, wo auf dem Spektrum zwischen „richtig“ und „falsch“ die Antworten der Studierenden liegen, muss es ein objektives „richtig“ und „falsch“ geben. Andernfalls sind objektive Noten von vornherein eine Illusion (ganz abgesehen von dem Problem, wie man sie zuverlässig festlegen könnte). Allerdings ist unser gesamtes wissenschaftliches Wissen vorläufig. Es unterliegt Änderungen oder sogar einer Umkehrung, sobald neue, bessere Daten verfügbar werden. Wie kann man also eine Arbeit mit irgendeiner Sicherheit benoten? Glücklicherweise ist nicht unser gesamtes Wissen gleichwertig. Ein wichtiges Kennzeichen einer wissenschaftlichen Aussage ist die Falsifizierbarkeit , ein Konzept, das vielleicht erstmals vom Wissenschaftsphilosophen Karl Popper in seinem Buch Die Logik der wissenschaftlichen Entdeckung populär gemacht wurde. Was sind Beispiele für wissenschaftlich falsifizierbare Theorien?

Das finnische Pilotprojekt „1000 Doktoranden“

Tue, 28 Nov 2023 00:00:00 +0000

Die finnische Regierung wird 1.000 zusätzliche, voll finanzierte Doktorandenstellen schaffen, die im akademischen Jahr 2024/2025 anlaufen sollen.Die Mittel (85.000 € pro Jahr und Doktorand) werden im Rahmen eines Wettbewerbs unter den finnischen Hochschulen verteilt, wobei ein Teil davon zur Finanzierung der Gehälter der Doktoranden für drei Jahre verwendet wird. Ein Auslöser für diese Initiative könnte sein, dass Finnland in den OECD-Statistiken hinsichtlich der Zahl hochqualifizierter Arbeitskräfte ins Hintertreffen geraten ist. Die Frage ist, ob diese einmalige Ausgabe das Bildungsniveau tatsächlich anheben oder lediglich die Zahlen in die Höhe treiben wird. Die durchschnittliche Dauer einer Promotion beträgt in Finnland etwa sieben Jahre. Um eine dreijährige Promotion in so großem Umfang zu realisieren, ist davon auszugehen, dass die Anforderungen für die Promotion gesenkt werden. Tatsächlich wurden die Anforderungen bereits gesenkt, doch weitere „Erleichterungen“ könnten noch folgen. Gleichzeitig streben die Universitäten an, den kafkaesken, absurden und mittelalterlich anmutenden Verwaltungsprozess zu straffen, der vom Zeitpunkt der Fertigstellung des letzten Manuskripts bis zum Erhalt des eigentlichen Promotionszeugnisses leicht ein halbes Jahr in Anspruch nehmen kann.Viele andere Medien haben über dieses Pilotprojekt berichtet; hier ist ein Artikel, der auch auf Englisch verfügbar ist: https://acatiimi.fi/2023/11/28/for-once/Although . Die meisten Menschen freuen sich über das zusätzliche Geld, doch fast alle sind bis zu einem gewissen Grad skeptisch. Gute Absichten reichen nicht aus, und es gibt viele gravierende Probleme bei diesem Pilotprojekt:

Bio-Rad repariert unser NGC

Wed, 20 Sep 2023 00:00:00 +0000

UPDATE (Stand: 21. Dezember 2024)

Wir haben gerade unseren Kurs zur Proteinreinigung (DPDR-305) hinter uns gebracht (siehe auch meine anderen blog posts über Lehre ). Nachdem wir etwa 25 Aufreinigungen mit dem „reparierten“ Bio-Rad NGC durchgeführt haben, muss ich leider feststellen, dass das größte Problem weiterhin besteht: Das FPLC reagiert nicht mehr auf manuell eingegebene Befehle. Auch die zufälligen Verbindungsabbrüche hielten an. Zwar hatte nur eine Studentengruppe Probleme, doch kam es an diesem einen Tag zu mehreren Vorfällen. Damit endet leider unser kurzer Ausflug in das Bio-Rad-Territorium der Proteinreinigung. All dies deutet darauf hin, dass weitere Investitionen in dieses Gerät reine Zeit- und Geldverschwendung wären. Wir haben weder zu viel Zeit noch zu viel Geld. Wenn Bio-Rad aus eigener Initiative etwas unternehmen möchte, bin ich gerne bereit, ihnen alle notwendigen Maßnahmen zu überlassen, um das Gerät in einen nutzbaren Zustand zu versetzen, aber wir werden keine weiteren Schritte aktiv verfolgen. Der beste Weg, Ihr FPLC-Gerät in gutem Zustand zu halten, ist ein Wartungsvertrag. Obwohl wir in den letzten 30 Jahren zweimal Mittel von unserer Universität erhalten haben, um ein FPLC-Gerät der Spitzenklasse anzuschaffen, ist es viel schwieriger, Mittel für einen Wartungsvertrag zu bekommen. Einer der vielen Gründe dafür ist, dass die meisten Förderzeiträume kürzer sind als Wartungsverträge, die nur dann Sinn machen, wenn sie über mehrere Jahre abgeschlossen werden.

Haben wir in einer „Predatory Journal“ veröffentlicht?

Thu, 03 Aug 2023 00:00:00 +0000

Wenn ich eine Anfrage zur Begutachtung eines Manuskripts erhalte, schaue ich mir zunächst die Zeitschrift an, von der die Anfrage stammt. Meistens kenne ich den Namen der Zeitschrift nicht. Schließlich werden auf unserem Planeten etwa 25.000 wissenschaftliche Zeitschriften veröffentlicht. Stammt die Anfrage von einer „Raubzeitschrift“, lehne ich sie in der Regel ab. Manchmal stimme ich zu, mich bewusst diesem Unsinn auszusetzen (das ist zugleich lustig und frustrierend). Aber woran erkennt man, ob eine Zeitschrift eine „Raubzeitschrift“ ist oder nicht? Diese Frage wurde in den letzten Jahren häufig gestellt, z. B. in diesem „Nature“-Kommentar . In dem Artikel haben führende Experten eine Definition erarbeitet. Raubverlage:

Herzlichen Glückwunsch, Dr. Khushbu Rauniyar!

Sat, 10 Jun 2023 00:00:00 +0000

Die Verteidigung einer Doktorarbeit ist in Finnland eine GROSSE Sache, und du hast sie gerade hinter dich gebracht. Im Gegensatz zum Rest der Welt (vielleicht mit Ausnahme von Schweden) verlangt kein anderes Land von Doktoranden so viel Durchhaltevermögen wie Finnland. Im Durchschnitt sind dafür vier Veröffentlichungen und sieben Jahre erforderlich. Die lange Dauer und das Fehlen klar definierter Anforderungen sind zwei Probleme, die das finnische Bildungsministerium in den nächsten Jahren angehen will, um finnischen Doktoranden auf dem internationalen Arbeitsmarkt gleiche Wettbewerbsbedingungen zu verschaffen. Eine Promotion in Finnland zu absolvieren, erfordert viel Sisu. Sisu ist ein finnisches Wort, das sich nicht in eine andere Sprache übersetzen lässt, aber der kürzlich erschienene Film mit dem gleichen Titel kann einen Eindruck davon vermitteln. Wikipedia definiert Sisu als außergewöhnliche Entschlossenheit angesichts extremer Widrigkeiten . In „alten Zeiten“ wurden Medikamente aufgrund ihrer Wirkungen entdeckt, ohne dass ihr Wirkmechanismus bekannt war. Dieses Paradigma wird zunehmend auf den Kopf gestellt. Forscher versuchen, den Mechanismus zu verstehen, der zur Erkrankung führt, bevor sie mit der Entwicklung oder Suche nach einem Medikament beginnen. Ein Großteil von Khushbus Dissertation befasst sich mit einem besseren Verständnis der Mechanismen, die die Wirkung des primären lymphangiogenen Wachstumsfaktors [VEGF-C] steuern: Der evolutionäre Ursprung, die Aktivierung und das Potenzial als Zielmolekül für Medikamente]( http://urn.fi/URN:ISBN:978-951-51-9288-2) . Prof. Eckhard Lammert hat als Opponent hervorragende Arbeit geleistet, und Prof. Kari Keinänen tat dasselbe als Kustos. Liebe Khushbu , wir wünschen dir alles Gute für dein nächstes großes Projekt!

Das menschliche Genom wurde gerade (erneut) entschlüsselt

Mon, 15 May 2023 00:00:00 +0000

Vor mehr als 20 Jahren wurde das menschliche Genom

vollständig entschlüsselt

(Lander et al., 2001) durch das Genome Reference Consortium (GRC). Diese Assemblierung ist als GRCh38-Referenzsequenz bekannt. Obwohl sie auf DNA einer anonymen Spendergruppe basiert, stammen zwei Drittel ihrer Sequenz von einem einzigen männlichen Spender afrikanisch-europäischer Abstammung (Genome Reference Consortium, 2023).*

Am Wihuri-Forschungsinstitut wird weiterhin Spitzenforschung auf dem Gebiet der Gefäßbiologie betrieben

Wed, 10 May 2023 00:00:00 +0000

Taija Mäkinen wurde ernannt und wird ab 2024 die Leitung des Wihuri-Forschungsinstituts (WRI) übernehmen. Wie der derzeitige Direktor Kari Alitalo verfügt auch Taija über herausragende Fachkenntnisse auf dem Gebiet der Lymphgefäßbiologie. Derzeit forscht Taija in Schweden an der Universität Uppsala . Mit ihren Beiträgen hat sie unser Verständnis davon, wie Lymphgefäße entstehen und wachsen, revolutioniert ( 10.1016/j.celrep.2015.02.026 , 10.1161/CIRCRESAHA.116.306170 ).Das Wihuri-Forschungsinstitut mit Sitz im Biomedicum Helsinki wurde von der Jenny- und Antti-Wihuri-Stiftung gegründet und wird von dieser finanziert. Sein Forschungsschwerpunkt liegt auf der kardiovaskulären und vaskulären Biologie. Diese Forschung ist für die Entwicklung neuer Therapien bei Herzerkrankungen von entscheidender Bedeutung. Blut- und Lymphgefäße durchziehen jedoch nahezu alle Organe des Körpers und spielen bei fast allen Erkrankungen eine Rolle, darunter Entzündungs- und Infektionskrankheiten, neurodegenerative Erkrankungen, Krebs sowie Gefäßfehlbildungen oder -hypoplasien. Daher eröffnet die am WRI durchgeführte Forschung neue Wege zur Behandlung vieler Krankheiten, die über Herzerkrankungen hinausgehen. Der Stiftungsrat der Jenny-und-Antti-Wihuri-Stiftung hat eine ausgezeichnete Wahl getroffen, auch wenn ich aus vielen Gründen voreingenommen bin. Ich betreibe ähnliche Forschung und habe während unserer Promotion im selben Labor wie Taija gearbeitet. Unnötig zu erwähnen, dass Taija schneller promoviert hat als ich …

OMG: Der T. rex hatte kein VEGF-B!

Wed, 05 Apr 2023 00:00:00 +0000

Unsere Arbeit zum evolutionären Ursprung der Wachstumsfaktoren PDGF und VEGF wurde soeben in Angiogenesis veröffentlicht: https://doi.org/10.1007/s10456-023-09874-9 . Wir haben sowohl PDGFs als auch VEGFs analysiert, aber unser Schwerpunkt lag natürlich auf der VEGF-Seite. Es ist reiner Zufall, dass die PDGFs zufällig eine Untergruppe der VEGFs sind und nicht umgekehrt, aber das ist natürlich nur unsere voreingenommene Sichtweise :-) Da wir auf dem Gebiet der Lymphforschung tätig sind, können wir stolz verkünden, dass das phylogenetisch älteste VEGF wahrscheinlich dem VEGF-C ähnelte und die rätselhafte Seiden-Homologie-Domäne aufwies. Das erscheint intuitiv einleuchtend (und war bereits zuvor von Jörg Wilting vorgeschlagen worden), denn die einfachsten uns bekannten Gefäßsysteme sind die sogenannten Hämolymphsysteme (z. B. bei Insekten), die viele Merkmale mit dem Lymphsystem gemeinsam haben. Mit dieser Veröffentlichung haben wir nichts Außergewöhnliches geleistet, was nur wenige können. Wir haben etwas getan, was jeder tun könnte, was aber bisher noch niemand getan hat: systematisch zu untersuchen, welche Tiere welche PDGFs und VEGFs besitzen. Tatsächlich haben wir etwas Neues getan: Wir haben eine Crowdsourcing-Methode zur Klassifizierung von PDGFs und VEGFs entwickelt. Anstatt Menschen zu befragen, haben wir Datenbanken befragt. In Datenbanken gibt es viele PDGF-ähnliche und VEGF-ähnliche Sequenzen, die nur anhand der Homologie ihrer Aminosäuresequenz als solche erkennbar sind. Um herauszufinden, ob es sich beispielsweise um ein VEGF-C oder ein VEGF-D handelt, führen wir zahlreiche (PSI)BLAST-Suchen durch und ermitteln anschließend die Mehrheitsmeinung (basierend auf den Top-Treffern).Viele Überraschungen erwarteten uns, nachdem das Bioinformatik-Skript nach zwei Wochen der Suche und des Vergleichs von PDGF- und VEGF-ähnlichen Sequenzen seine Arbeit beendet hatte:

Bad vibes wegen der neuen Straßenbahn

Sat, 01 Apr 2023 00:00:00 +0000

Die Nutzung unserer Duschen wurde untersagt, da vor meinem Arbeitsplatz, dem Viikki-Campus der Universität Helsinki, eine neue Straßenbahnlinie verläuft. Während der Testfahrten der Straßenbahn fielen mir Risse in der Wand des Umkleideraums und an den Duschen auf. Ich habe diese Risse irgendwann im Februar unseren Hausmeistern gemeldet. Anscheinend sind auch die Abwasserrohre von den baulichen Schäden betroffen, und deshalb können wir nicht mehr duschen. Das ist wirklich schade, besonders im Sommer. Soweit ich weiß, war der Zustand der Universitätsgebäude vor Beginn der Bauarbeiten an der Straßenbahnlinie dokumentiert worden. Nun läuft eine Untersuchung, um festzustellen, ob die zusätzlichen Schäden durch die Bauarbeiten oder durch die Testfahrten verursacht wurden (und wer für die Reparatur der Schäden aufkommen muss). Da ich entweder mit dem Fahrrad zur Arbeit fahre oder laufe, muss ich jeden Morgen duschen. Meine Morgenroutine ist schwieriger geworden, da es in den Ausweichduschen keinen Platz gibt, an dem ich meine nassen Kleider und mein Handtuch zum Trocknen aufhängen kann. Das verursacht zwar einige Unannehmlichkeiten, doch wenn ein kausaler Zusammenhang mit dem Straßenbahnbetrieb besteht, hätte dies schwerwiegendere Folgen: Die Universität verfügt über teure Forschungsgeräte, die vibrationsempfindlich sind. Es ist unverständlich, wie die oberste Universitätsleitung mit der Stadt Helsinki vereinbaren konnte, die Straßenbahnlinie direkt vor dem Universitätsgebäude verlaufen zu lassen. Tatsächlich macht die Straßenbahn nun einen Umweg, um entlang der Viikinkaari zu fahren. Die natürlichere und kürzere Strecke hätte etwa 200 Meter südlich der aktuellen Trasse (entlang der Viikintie) verlaufen und all diese Probleme vermieden. Um die Gleise direkt vor den Gebäuden Biocenter 1 und 2 verlegen zu können, wurden Millionen zusätzlicher Euro für Schwingungsdämpfungselemente verschwendet, um unsere High-End-Geräte vor Erschütterungen zu schützen. Und vielleicht war all dieses Geld verschwendet, sollte sich herausstellen, dass die Maßnahmen nicht ausreichen.

GPT-3 halluziniert schon wieder

Tue, 07 Mar 2023 00:00:00 +0000

Am Wochenende musste ich meinen Bericht für den Kurs „UP (Universitätspädagogik) 3.1“ fertigstellen. Da wir viel über den Nutzen formeller Betreuungsvereinbarungen gesprochen hatten, wollte ich herausfinden, ob unsere Überlegungen durch empirische Forschungsergebnisse gestützt werden. Da unsere Universität ihr Abonnement für Iris AI (ein KI-gestütztes Tool zur Literaturrecherche) gekündigt hatte, beschloss ich, GPT-3 zu befragen. Ich ging zum GPT-3-Playground und fragte: „Kannst du mir fünf Literaturhinweise finden, die den Nutzen einer Betreuungsvereinbarung im akademischen Umfeld belegen?“ Es lieferte mir umgehend fünf Hinweise (siehe Bild). Anschließend fragte ich nach den DOIs (ich nutze Zotero für das Literaturmanagement, und Zotero kann Volltext-Referenzen problemlos abrufen, wenn man ihm eine DOI angibt, vorausgesetzt, der Artikel liegt nicht hinter einer Paywall).Als ich versuchte, die Referenzen herunterzuladen, meldete Zotero: „Zotero konnte keinen Datensatz für die angegebene Kennung finden. Bitte überprüfe die Kennung und versuche es erneut.“ Also stellte ich über ein VPN eine Verbindung zum Universitätsnetzwerk her, um direkt von der Website des hinter einer Paywall liegenden Verlags (Taylor & Francis) auf den Artikel zuzugreifen. Als ich jedoch die richtige Ausgabe von „Studies in Higher Education“ (2005, Band 30, Ausgabe 5) durchsuchte, gab es keinen solchen Artikel. Keinen solchen Autor. Nichts ähnelte auch nur im Entferntesten der Referenz, die versprochen worden war. GPT-3 hatte diese oberflächlich betrachtet plausibel aussehenden Referenzen aus der Luft gegriffen. Bei genauerer Betrachtung sind die Artikel jedoch seltsam: Jeder hat nur einen Autor (selten, aber nicht unmöglich), alle Autoren sind promoviert (in der Realität sind die meisten Autoren Doktoranden), und alle Autoren geben genau einen Mittelnamen an (möglich, aber unwahrscheinlich). Als ich GPT-3 darauf hinwies, dass die DOIs gefälscht sind und zu keinem veröffentlichten Artikel führen, behauptete GPT-3 zunächst, ich könne nicht auf die Artikel zugreifen, da sie hinter einer Paywall lägen. Als ich dieses Experiment wiederholte, um Screenshots zu machen, entschuldigte sich GPT-3 und versprach, den Fehler zu beheben. Als ich darauf hinwies, dass der Fehler nicht behoben werden könne, da die Artikel fiktiv seien, stürzte GPT-3 ab. Dieses Verhalten ist nachvollziehbar: Ähnlich wie es Informationen zu jedem Thema findet und diese geschickt zu einer Antwort zusammenfügt, hat es viele Quellenangaben gefunden und diese zu einer „neuen“ Antwort zusammengefügt. Da der Algorithmus jedoch nichts „versteht“, ist ihm nicht bewusst, dass Literaturangaben in keiner Weise verändert werden dürfen. Ich gehe davon aus, dass dies bald behoben wird, da es leicht zu beheben ist. GPT-3 ist lediglich ein cleverer Zusammenführer und Wiederkäuer, und dies scheint nur ein Sonderfall von Halluzinationen zu sein. Die wichtigste Erkenntnis für Studierende: Vertraut niemals darauf, dass GPT-3 euch korrekte Informationen liefert. Auch andere haben berichtet, dass GPT-3 [häufig und ziemlich stark] halluziniert ( https://twitter.com/NateSilver538/status/1629159014272581634/photo/1 ).

Showdown: „Äkta“ von GE Healthcare gegen „NGC“ von Bio-Rad

Tue, 07 Feb 2023 00:00:00 +0000

Seit 1996 beschäftige ich mich mit der Reinigung von Proteinen. Bis 2015 arbeitete ich mit einem Äkta Explorer, dann haben wir auf den Äkta Avant umgestellt. Im Jahr 2020 zog mein Labor um, und wir erhielten einen Bio-Rad NGC , den wir nun seit zwei Jahren nutzen.Wir hatten viele Probleme mit dem Bio-Rad NGC. Zunächst dachte ich, dass dies beim Systemwechsel vielleicht normal sei. Ich ging davon aus, dass die Probleme nach und nach verschwinden würden. Schließlich hatten wir auch Probleme, als wir vom Explorer auf den Avant umgestiegen sind.Doch selbst nach zwei Jahren und Dutzenden von Aufreinigungsläufen scheinen die Probleme mit dem NGC nicht aufzuhören. Immer wenn wir ein Problem lösen, taucht ein neues, bisher unbekanntes Problem auf. Und im Gegensatz zu GE Healthcare ist der Kundenservice von Bio-Rad nicht einmal annähernd so gut wie der, den wir von GE Healthcare gewohnt sind. Als unsere IT-Abteilung den Äkta nicht mit dem Netzwerk unserer Universität verbinden konnte, schickte GE Healthcare einen Techniker aus ihrem Münchner Team nach Helsinki, um das Problem zu beheben. In Anbetracht der Einarbeitungszeit bot GE Healthcare außerdem einem Mitarbeiter aus unserem Team die kostenlose Teilnahme an einem ihrer Kurse an. Und ihr Support beschränkte sich nicht auf die Garantiezeit! Sie wollten wirklich, dass wir mit ihrem Gerät zufrieden sind. Von Bio-Rad erfahren wir nicht das gleiche Maß an Unterstützung. Es fühlt sich immer so an, als müssten wir sie dazu zwingen, die Probleme zu lösen, die wir mit dem NGC haben, und ihre Reaktionszeit liegt weit unter jeglichen Kundenerwartungen.Dies ist der erste von mehreren Blogbeiträgen zum Thema „Äkta versus NGC“. Ich hoffe, dass ich in den nächsten Monaten die Zeit finden werde, ausführlicher über all unsere Probleme zu berichten.Wir haben 2015 beschlossen, dass wir endlich ein neues FPLC brauchten. Unser Äkta Explorer näherte sich dem Ende seiner Lebensdauer, und wir hatten rund 100.000 Fördermittel erhalten, um das FPLC unserer Zentraleinrichtung zu erneuern. Das Gerät war so teuer, dass wir das offizielle Ausschreibungsverfahren durchlaufen mussten (damals lag die Obergrenze bei 30.000 €, inzwischen wurde sie jedoch auf 60.000 € angehoben). Es gab nur zwei Mitbewerber: den Bio-Rad Discover NGC und den GE Healthcare Äkta Avant. Das Bio-Rad-Gerät war günstiger (82.810 € gegenüber 95.470 €), doch wir entschieden uns für den Kauf des Geräts von GE Healthcare. Ein wichtiger Grund dafür war, dass alle unsere Nutzer bisher den Äkta Explorer und dessen Unicorn-Software verwendet hatten. Ein Wechsel wäre einfach zu störend gewesen und hätte viel Unterstützung und Zeit unsererseits erfordert. Es gab jedoch auch technische Gründe, die uns dazu veranlassten, den Äkta dem NGC vorzuziehen: Vorteile des Äkta Avant

Warum sind die meisten Wissenschaftler koffeinsüchtig?

Wed, 04 Jan 2023 00:00:00 +0000

Letzte Woche bin ich auf Elektro umgestiegen, nachdem ich vielleicht 25 Jahre lang meinen Kaffee ohne eine direkt mit Strom betriebene Kaffeemaschine zubereitet hatte. Bisher habe ich meinen Kaffee mit der legendären Espressokanne im italienischen Stil zubereitet, die ich 1990 in Debrecen, Ungarn, gekauft habe. Oder mit der Aeropress . Oder – was wohl am häufigsten der Fall war – mit einem 2-Dollar-Kaffeefiltertrichter. Meine Espressokanne ist zwar eine Nachahmung, funktioniert aber auch heute noch einwandfrei; ich musste lediglich einmal die Dichtung austauschen. Die Espressokanne, die Aeropress und der 2-Dollar-Kaffee-Trichter liefern hervorragenden Kaffee, und die OBH Nordica hat daher ernsthafte Konkurrenz.Als Erstes habe ich erfahren, dass die schwedisch-dänische Marke OBH Nordica gar nicht mehr nordisch ist, sondern zu Tefal gehört, das wiederum Teil von Group SEB gehört. Das ist an sich nichts Schlechtes. Aber wann immer man ein Küchengerät einer europäischen Marke kauft, kauft man meist bei demselben Unternehmen, unabhängig vom Markennamen: Krups, Moulinex, Rowenta, Tefal, OBH Nordica und WMF – sie alle gehören heutzutage zur französischen Groupe SEB.Natürlich sollte man europäische Produkte kaufen, anstatt bei einem billigen chinesischen Konkurrenten zuzugreifen. Aber ich wollte trotzdem wissen, welche dieser Produkte der Groupe SEB „in Europa“ hergestellt werden und welche „für Europa in China“. Zumindest bei diesem Gerät – der Blooming-Kaffeemaschine – konnte ich keine „Made in“-Kennzeichnung finden. Als ich die Seite obhnordica.com/blooming aufrief, wurde ich mit dem Hinweis „Erfahren Sie mehr über die Blooming-Kaffeemaschine – Wählen Sie Ihr Land“ begrüßt, und als ich auf die finnische Flagge klickte (da ich in Helsinki wohne), landete ich im . Also beschloss ich, OBH Nordica über ihr Webformular zu kontaktieren, um zu fragen, wo genau meine Kaffeemaschine montiert wurde, und sie antworteten sehr umgehend, dass das Gerät in China hergestellt wird. So viel zum Thema „europäisch kaufen“ – jetzt habe ich ein schlechtes Gewissen.

Mastodon

Fri, 30 Dec 2022 00:00:00 +0000

Wenn du dies auf Mastodon liest, kannst du den folgenden Text ignorieren. Ich habe Twitter noch nicht verlassen. Wenn die Plattform gut konzipiert ist, wird Elon Musk Twitter nicht kaputtmachen können, aber sie kann trotzdem einen langsamen Tod sterben (so wie Skype langsam stirbt, seit Microsoft es gekauft hat). Aber vorsichtshalber habe ich mir einen Account auf Mastodon eingerichtet. Genauer gesagt auf mastodo.fi . Und bisher war es eine angenehme Erfahrung. Die meisten Leute, denen ich auf Twitter folge, sind (noch) nicht auf Mastodon, aber ich arbeite daran! Die Wissenschaftsgemeinschaft hat Twitter schon seit jeher für sich entdeckt , und ich beziehe einen Großteil meiner wissenschaftlichen Nachrichten über Twitter. Es wird einige Mühe kosten, dies zu ersetzen.Was manche Nutzer vielleicht abschrecken könnte, ist, dass man Inhalte aktiv suchen muss. Niemand und kein Algorithmus schiebt dir Inhalte zu. Und es gibt keinen zentralen Ort, an dem man ein Konto eröffnen kann. Man kann ein Konto auf Hunderten verschiedener Mastodon-Server eröffnen ( https://www.pcmag.com/how-to/how-to-pick-a-mastodon-server ). Ich habe kurz darüber nachgedacht, meinen eigenen Mastodon-Server zu betreiben, habe mich dann aber bei mastodo.fi angemeldet, da dieser – genau wie ich – in Finnland ansässig ist. Ich lerne immer noch, wie das Ganze funktioniert. Im Ernst: Wenn du noch nicht auf Mastodon bist, überlege dir doch, beizutreten! Und wenn du dabei bist, folge mir @mjeltsch@mastodo.fi !

Turing-Test mit Prüfungsantworten: Kann ich die KI entlarven?

Thu, 29 Dec 2022 00:00:00 +0000

In der finnischen Tageszeitung Helsingin Sanomat diskutieren GPT-3 und Laura Ketonen von der Universität Jyväskylä, wie sich KI auf die Bewertung von Studierenden auswirken wird ( Tekoäly ravistelee opiskelijoiden arviointia , Deutsch: Künstliche Intelligenz bringt die Bewertung von Studierenden ins Wanken). Eine der naheliegenden „Anwendungen“ von KI wäre das Schummeln bei Prüfungen. Lauras Meinungsbeitrag löste zahlreiche Reaktionen aus. Einige entgegneten, dass KI inhaltlosen Text produziere. Andere wiesen darauf hin, dass KI weder Mut noch Eigeninitiative besitze. Es scheint, als würden wir als menschliche Spezies bald mit einem allgemeinen Minderwertigkeitskomplex zu kämpfen haben.In einer naturwissenschaftlichen Prüfungssituation auf BSc- oder MSc-Ebene liegt die Initiative beim Lehrenden, und die Studierenden sind per Definition reaktiv. Wie definiert man leeren Text, wenn man nach einer Erklärung für Glykoengineering fragt? In den Lebenswissenschaften sind Mut und Eigeninitiative wesentliche Eigenschaften für jeden angehenden Wissenschaftler. Doch ohne ein solides Wissensfundament als Grundlage führen Mut und Eigeninitiative selten zu wirkungsvollen neuen Entwicklungen. Derzeit können wir diese Grundlage noch nicht an die KI auslagern. Daher verlangen wir von den Studierenden ein solides Wissensfundament, aus dem Mut und Eigeninitiative schöpfen können, um sich zu entfalten. Vielleicht lassen sich „niedrig hängende Früchte“ allein mit Mut und Eigeninitiative pflücken. Doch die Lösung der heutigen Probleme erfordert darüber hinaus ein solides Fundament an Wissen („auf den Schultern von Riesen stehen“). Bei der Beurteilung von KI machen wir wahrscheinlich dieselben Fehler wie Menschen bei allen neuen Technologien: Wir überschätzen ihre Auswirkungen kurzfristig, unterschätzen sie jedoch langfristig. Immer wieder ist es der (schmalen) KI gelungen, in Bereiche vorzudringen, die zuvor den Menschen vorbehalten waren. Es gibt keinen Grund anzunehmen, dass sich diese Entwicklung nicht fortsetzen wird. Es mag durchaus sein, dass die derzeit vorherrschenden Ansätze der KI (Deep Learning, maschinelles Lernen, neuronale Netze, statistische Ansätze) in Zukunft nicht zu bedeutenden Durchbrüchen in Richtung einer menschenähnlichen allgemeinen KI, vielleicht sogar einer selbstbewussten KI, führen werden. Wir wissen nicht einmal, wie menschliches Bewusstsein entsteht. Andererseits stimme ich Daniel Dennetts Vorstellung zu, dass es vielleicht gar kein „schweres Problem des Bewusstseins“ gibt: Bewusstsein ist das, was man erhält, wenn man alle einfachen Probleme gelöst hat. Wenn jedenfalls eine nicht selbstbewusste KI von einer selbstbewussten KI nicht mehr zu unterscheiden ist – worin besteht dann der Unterschied, und wie könnten wir das überhaupt erkennen? Ich bin mir sicher, dass wir irgendwann auch in der Lage sein werden, unser Wissen vollständig auszulagern. Mit Google haben wir sogar schon erste kleine Schritte in diese Richtung unternommen, aber wir brauchen eine bessere Schnittstelle zwischen Computer und Gehirn, um das Konzept des Wissens-Outsourcings voll und ganz umsetzen zu können. Deep Blue besiegte 1997 den internationalen Großmeister Garry Kasparov. Ich wollte diese Niederlage des Menschen nicht akzeptieren und erklärte die Partie für unfair: Deep Blue stürzte ab und musste während des Sechs-Partien-Turniers einmal neu gestartet werden, was meiner Meinung nach gleichbedeutend damit war, dass der Mensch während der Partie starb (oder zumindest durch Herz-Lungen-Wiederbelebung wiederbelebt wurde). Im Jahr 2016 übertrafen Computer den Menschen im Go-Spiel, und heute schlagen sie Menschen sogar bei Spielen wie Poker, die ausgefeilte psychologische Tricks wie das Bluffen erfordern. Um zu testen, wie sich KI im Vergleich zu Schülern in einer Prüfungssituation schlägt, fügte Patrick den Antworten der Schüler in einer kürzlich durchgeführten Prüfung eine von der KI generierte Antwort hinzu. Diese Idee verlieh der Benotung eine spannende Wendung! Ich glaube, ich wusste, welche Antwort von der KI stammte. Allerdings hatte ich zuvor schon mit GPT-3 experimentiert und wusste, dass die KI – ohne Feinabstimmung – bei der Beantwortung von Fragen übermäßig korrekt und systematisch vorgeht. Bei einer dreiteiligen Frage beantwortet die KI beispielsweise normalerweise systematisch alle drei Teile. Außerdem kannte die KI den genauen Inhalt meiner Vorlesungen nicht, was es relativ einfach machte, die KI-Antwort zu identifizieren. Patrick muss noch verraten, ob ich die KI-Antwort richtig erkannt habe … Die KI (oder das, was ich als KI identifiziert habe) schnitt schlechter ab als der beste Studierende, aber insgesamt hat sie sich wirklich gut geschlagen. Es ist klar, dass sich unsere zukünftigen Prüfungsfragen noch stärker auf kritisches Denken und fiktive Beispiele konzentrieren müssen, die die KI aus ihrem riesigen Pool an Trainingsmaterial nicht kennen kann. Angesichts der zunehmenden Informationsmenge, auf die KI in Zukunft zugreifen wird, kann sie sich jedoch auf das kritische Denken anderer Menschen stützen. Die nächste Generation der KI (ChatGPT-4 und Googles LaMDA) wartet bereits auf ihre Veröffentlichung… Mit ein paar kleinen Anpassungen hätte Patrick mich leicht täuschen können. Vielleicht hat er das ja schon getan … Wenn er die KI angewiesen hat, das Antwortmuster absichtlich zu durchbrechen, und wenn er GPT-3 tatsächlich mit meinen Vorlesungsfolien als Referenzmaterial trainiert hat, sind alle meine Wetten hinfällig. Ich werde euch wissen lassen, ob es mir gelungen ist, die KI-Antworten richtig zu identifizieren, sobald Patrick verrät, welche Antworten von der KI generiert wurden. UPDATE: Ich (ebenso wie die anderen Lehrkräfte) habe die KI-Antworten korrekt identifiziert. Wir waren uns einig, dass wir es nicht bemerkt hätten, wenn man uns nicht darauf hingewiesen hätte, dass eine der Antworten von einer KI generiert wurde. Die Qualität der KI-Antworten hing von der Art der Frage ab. Es schien, als sei es (zum jetzigen Zeitpunkt) relativ einfach, die KI aus der Bahn zu werfen, indem man die zur Beantwortung der Frage benötigten Informationen in grafischer Form bereitstellt. Aber ich bin mir sicher, dass die KI sehr bald lernen wird, Bilder mit Text zu verknüpfen.

Innoopeli-Preis 2022

Wed, 21 Dec 2022 00:00:00 +0000

Wir – die Lenkungsgruppe des Internationalen Masterstudiengangs für pharmazeutische Forschung, Entwicklung und Sicherheit – haben den Innoopeli-Preis 2022 erhalten! Der Innoopeli-Preis wird für einen bedeutenden Beitrag zur Lehre an unserer Fakultät verliehen. Auch wenn ich voreingenommen bin, halte ich die Auszeichnung für durchaus gerechtfertigt, da wir viele neue Kurse anbieten, bestehende Kurse aktualisieren und Kurse aus dem Finnischen ins Englische übersetzen. Es war harte Arbeit, aber wir können bereits erste Ergebnisse in Form von wirklich klugen und engagierten Studierenden sehen, die wir gewinnen konnten!Unsere Programmleiterin Leena Hanski sagt dazu: „Im Januar 2021 haben wir unsere Arbeit als Lenkungsgruppe aufgenommen – ohne Lernziele, ohne Lehrplan, ohne Zulassungskriterien und ohne Website, ganz zu schweigen von einer einzigen Entscheidung über die praktischen Modalitäten für die Durchführung des Programms. Wir haben noch viel Arbeit vor uns, aber ich bin überzeugt, dass wir das Tempo beibehalten und dieses Programm zu einem großartigen Ort machen können, an dem die zukünftigen Stars der pharmazeutischen Forschung, Entwicklung und Sicherheit geschliffen werden. Unsere erste Studierendengeneration war für viele von uns eine große Quelle der Inspiration und Motivation, und ich möchte ihnen ganz besonders für ihre Offenheit und ihre Bereitschaft danken, ihre Geschichten, Gedanken und Erwartungen mit uns zu teilen.“

Bioaktives VEGF-C aus E. coli ohne In-vitro-Faltung!

Fri, 28 Oct 2022 00:00:00 +0000

Unser Artikel „Bioaktives VEGF-C aus E. coli“ wurde in Scientific Reports veröffentlicht. Hier lesen: https://doi.org/10.1038/s41598-022-22960-0.As Tatsächlich habe ich bereits 1999 die ersten Experimente zur Expression von VEGF-C in E. coli durchgeführt, jedoch nie aktives Protein erhalten. In den folgenden mehr als 15 Jahren verwendeten wir ausschließlich eukaryotische Zellen (Hefe, S2/Sf9/Hi5-Insektenzellen, CHO) zur Herstellung von VEGF-C. Vor einigen Jahren haben wir das Projekt „VEGF-C in E. coli“ wieder aufgenommen und unser Ziel schließlich im letzten Jahr erreicht. Allerdings war der Aufwand viel größer, als wir ursprünglich erwartet hatten. Zu Beginn schlugen alle Versuche fehl, und um das Projekt zu retten, entwickelten wir ein In-vitro-Faltungsprotokoll. Es war vielleicht eher Glück als Können, dass wir zufällig auf eine Kombination aus Solubilitäts-Tag und einem redoxmodifizierten E. coli-Stamm stießen, mit der es gelang, direkt bioaktives VEGF-C zu produzieren, ohne dass ein In-vitro-Faltungsschritt erforderlich war. Wir haben uns entschlossen, auch unsere erfolglosen Versuche (CyDisCo und periplasmatische Expression) in den Abschnitt „Ergebnisse“ aufzunehmen, um den „File-Drawer-Effekt“ zu vermeiden.

Den Schnitt schaffen: Warum VEGF-C ≠ VEGF-C

Wed, 28 Sep 2022 00:00:00 +0000

Gestern habe ich im Rahmen der Zoom-Seminarreihe zum Thema Lymphsystem, die von Young Kwon Hong organisiert wird, über VEGF-C gesprochen. Da nicht viel Zeit für Fragen blieb, beantworte ich diese gerne per E-Mail. Falls du den Link zu den Präsentationsfolien verpasst hast, findest du ihn hier: https://mjlab.fi/c . Die Kernaussage: Aus Pro-VEGF-C können durch proteolytische Verarbeitung viele verschiedene reife Formen von VEGF-C entstehen (das Gleiche gilt für VEGF-D). Diese Formen verhalten sich SEHR unterschiedlich. Der Extremfall ist die Aktivierung durch Cathepsin D (CTSD): Nach Aktivierung durch CTSD wirkt VEGF-C fast ausschließlich lymphangiogen, während VEGF-D nach CTSD-Aktivierung ausschließlich angiogen wirkt. Zudem ist der Nachweis von CTSD-aktiviertem VEGF-C schwierig, da alle gut funktionierenden Antikörper Epitope erkennen, die N-terminal zur Spaltstelle liegen (oder die Spaltstelle überspannen). Der zweite Vortrag wurde von Barbara Garmy-Susini , und ihr Thema passte gut, da sie über den Einsatz von VEGF-C bei der Therapie von Lymphödemen sprach. Doch wie wir bereits von VEGF-A wissen, reichen vaskuläre Wachstumsfaktoren allein möglicherweise nicht aus, um ein funktionsfähiges Gefäßsystem zu bilden…

Die Entwicklung der Wachstumsfaktoren PDGF und VEGF

Thu, 22 Sep 2022 00:00:00 +0000

Wir haben einen Preprint unseres neuesten Manuskripts über die Evolution der PDGF/VEGF-Wachstumsfaktoren auf bioRxiv hochgeladen. Wir haben den PDGF/VEGF-Anteil des Proteoms bei allen Tierarten, für die Daten vorliegen, umfassend analysiert. Einige dieser Daten lagen uns bereits seit einiger Zeit vor, doch nun ergänzen wir sie durch eine detaillierte Untersuchung von Fischen. Die Gefäßbiologie von Fischen ist nach der Veröffentlichung von Das et al. Anfang dieses Jahres noch faszinierender geworden ( lesen Sie mehr über diese außergewöhnliche Arbeit ).Die bemerkenswerte Heterogenität der Gefäßsysteme bei Fischen scheint durch eine ähnlich weitreichende Heterogenität auf molekularer Ebene gestützt zu werden. Oft, wenn auch nicht immer, lässt sich diese genetische Heterogenität auf Duplikationen des gesamten Genoms zurückführen. Fische vertragen vollständige Genomduplikationen besser als Säugetiere. Zumindest gab es in verschiedenen Zweigen des phylogenetischen Baums der Fische eine ganze Reihe solcher Duplikationen, was zu polyploiden oder sogar tetraploiden Arten führte. Dies hat dazu geführt, dass einige Fischarten im Vergleich zum Menschen viermal so viele PDGF/VEGF-Gene aufweisen und somit weitaus mehr Möglichkeiten zur Diversifizierung der Funktionen dieser Moleküle haben.Das allererste PDGF/VEGF-ähnliche Molekül tauchte wahrscheinlich vor mehr als 800 Millionen Jahren während des Präkambriums auf, als Meeresorganismen erste Anzeichen einer Gewebeorganisation zeigten. Würden wir versuchen, dieses Molekül zu rekonstruieren, würde es einem modernen VEGF-C bemerkenswert ähnlich sehen. Insbesondere die C-terminale „Seiden-Homologie-Domäne“ scheint bereits früh im Verlauf der Evolution entstanden zu sein. Tatsächlich weisen auch heute noch zahlreiche lebende, morphologisch einfache Organismen solche VEGF-C-ähnlichen Moleküle auf (z. B. der Fadenwurm C. elegans). Über diese Einblicke in die Evolution von PDGFs und VEGFs hinaus gibt es einige nützliche Erkenntnisse für Gefäßbiologen: So haben wir beispielsweise bei Vögeln keine funktionalen VEGF-B-Gene gefunden. Ebenso scheinen bei Amphibien keine PlGFs vorzuliegen. Andererseits scheinen die VEGF-Fs – die aus Schlangengiften identifiziert wurden – auch bei nicht giftigen Eidechsen weiter verbreitet zu sein. Dies schränkt einige Tiermodelle (Xenopus, CAM-Assay) ein, aber es wäre interessant zu wissen, welche Rolle VEGF-F bei Geckos spielt…Werft doch mal einen Blick auf das Manuskript und teilt uns bitte eure Gedanken, Kommentare oder Kritik mit, falls ihr welche habt! Die Idee ist, dieses Manuskript noch ein wenig zu verbessern, bevor wir es bei einer Fachzeitschrift zur traditionellen Begutachtung einreichen.

Forschung ohne fundierte Kenntnisse betreiben

Mon, 12 Sep 2022 00:00:00 +0000

Sehr geehrter Herr Professor Jeltsch, mein Name ist Shahid, und ich studiere Medizin. Ich interessiere mich für Molekularbiologie und Biochemie. Leider umfasst mein Studienplan nicht viele moderne Forschungstechniken der Molekularbiologie. Dennoch möchte ich mich in diesem Bereich so weit weiterbilden, dass ich in der Lage bin, eine Hypothese und eine mögliche Behandlung für eine Krankheit vorzuschlagen. Mein Ziel wäre es, diese Hypothese mit Hilfe eines Forschungsteams aus Molekularbiologen und anderen Experten zu überprüfen. Daher benötige ich keine tiefgreifenden Kenntnisse. Mit diesem Schreiben bitte ich einen professionellen Forscher wie Sie, mir Quellen zu nennen, die es mir ermöglichen würden, das für ein solches Vorhaben erforderliche Fachwissen zu erwerben. Welche Bücher oder Materialien wären zum Lernen geeignet? Ich sollte noch erwähnen, dass ich über unsere Universitätsbibliothek Zugang zu allen bedeutenden wissenschaftlichen Verlagen habe. Vielen Dank für Ihre Unterstützung, Shahid. Ich habe die obige Anfrage vor einigen Monaten per E-Mail erhalten. Ich ermutige Studierende stets, über das hinauszugehen, was der Lehrplan bietet. Das soll nicht heißen, dass eine gute „Standardausbildung“ einen nicht in die Lage versetzt, Teil eines produktiven Teams zu sein. Aber ohne über den Lehrplan hinauszugehen, ist es heutzutage nicht einfach, irgendwo nachhaltig etwas zu bewirken. So weit, so gut. Der Wermutstropfen in der obigen E-Mail ist dieser Satz: „Daher brauche ich kein tiefgreifendes Wissen.“ Bei der Behandlung der meisten Krankheiten sind die „niedrig hängenden Früchte“ bereits gepflückt. Es gibt zwei Ansätze, um die „hoch hängenden Früchte“ zu erreichen:

Das 12-monatige Embargo läuft aus

Wed, 07 Sep 2022 00:00:00 +0000

Unter Barack Obama wurde die 12-Monats-Regelung eingeführt, wonach alle Forschungsergebnisse, die mit Mitteln der US-Bundesregierung finanziert wurden, spätestens 12 Monate nach ihrer Veröffentlichung der Öffentlichkeit frei zugänglich gemacht werden müssen ( https://www.science.org/content/article/white-house-unveils-long-awaited-public-access-policy ). Eine neue Verordnung von Joe Biden hebt nun die 12-Monats-Regelung auf und schreibt vor, dass die Ergebnisse spätestens ab Dezember 2025 sofort verfügbar sein müssen. Weitere bemerkenswerte Verbesserungen dieser Verordnung betreffen die Anforderungen an die maschinelle Lesbarkeit, die Annotation mit Metadaten und die Verfügbarkeit von Rohdaten. Darüber hinaus betreffen diese neuen Vorschriften nicht nur Zeitschriftenartikel, sondern umfassen von nun an auch Buchkapitel und Tagungsberichte ( https://www.theverge.com/2022/8/26/23322194/white-house-ostp-open-access-federal-research-policy-update ). Viele gewinnorientierte Verlage wehren sich dagegen, da ihre Lizenz zum Gelddrucken langsam erodiert. Was sie dabei verschweigen, ist, dass die qualifizierteste Arbeit im gesamten Verlagswesen – nämlich das Verfassen von Artikeln und das Peer-Review – nach wie vor vollständig unentgeltlich von Wissenschaftlern auf der ganzen Welt geleistet wird. Müssten Verlage Marktpreise für die Arbeitszeit von Autoren und Gutachtern zahlen, würden sie – ausnahmslos – alle innerhalb eines Jahres in Konkurs gehen. Jeder Wissenschaftler verbringt einen erheblichen Teil seiner Arbeitszeit damit, Manuskripte anderer Wissenschaftler zu verfassen und zu begutachten – OHNE JEGLICHE VERGÜTUNG. Tatsächlich erledigen viele von uns diese Arbeit abends und am Wochenende, da wir während unserer regulären Arbeitszeit mit dem Verfassen von Förderanträgen, Verwaltungsaufgaben und Lehre voll ausgelastet sind. Viele dieser Manuskripte werden dann von gewinnorientierten Verlagen veröffentlicht, die die Ergebnisse der Forschungsberichte und des Peer-Review-Prozesses, der mit Steuergeldern finanziert wurde, weiter vermarkten. Einige gewinnorientierte Verlage leisten wertvolle und hervorragende Arbeit, um die Zugänglichkeit und Qualität der Werke ihrer Autoren zu verbessern. Andere scheinen hauptsächlich aus finanziellen Gründen dabei zu sein. Zu letzteren gehören leider auch viele Open-Access-Zeitschriften . Das große Tabuthema ist SciHub. Obwohl meine Universität für den Zugang zu den meisten Zeitschriften bezahlt, die ich benötige, ist der Zugang so undurchsichtig und zeitweise gestört, dass ich häufig auf SciHub zurückgreifen muss, um einen PDF-Artikel aus einer Zeitschrift zu erhalten, die meine Universität abonniert hat. Alternativ habe ich ResearchGate und #icanhazpdf genutzt, um elektronische Nachdrucke zu erhalten, aber SciHub ist bei weitem die schnellste und zuverlässigste Option. Mehr über Sci-Hub: https://www.zmescience.com/other/feature-post/sci-hub-effects-academic-publishing/ .

„Bioaktives VEGF-C aus dem Zytoplasma von E. coli“ – Preprint online

Fri, 01 Jul 2022 00:00:00 +0000

Der Preprint unseres Manuskripts ist online verfügbar. Wir zeigen, wie man bioaktives, reifes VEGF-C im Zytoplasma von E. coli-Bakterien herstellen kann, ohne dass ein Faltungsschritt erforderlich ist. Es hat eine ganze Weile gedauert, bis wir dieses Ergebnis erreicht haben, und wir haben viele Dinge ausprobiert, die nicht funktioniert haben, bevor wir einen Weg gefunden haben, wie es geht. Wir beschreiben auch die Methoden, die gescheitert sind. Es sieht so aus, als hätte VEGF-C einfach zu viele Cysteinreste, die sich alle in der richtigen Konfiguration paaren müssen. Im selben Manuskript berichten wir auch über eine praktikable Methode zur Rückfaltung. Schaut doch mal rein und gebt uns Feedback: https://www.researchsquare.com/article/rs-1776636/v1 .

Das elektronische Laborjournal „eLabFTW“: Ist es reif für den großen Auftritt?

Fri, 03 Jun 2022 00:00:00 +0000

Die einen lieben es, die anderen hassen es: das elektronische Laborjournal (ELN). Bereits vor einem Jahrzehnt lautete die Prognose, dass das Laborjournal in Papierform in zehn Jahren der Vergangenheit angehören würde. In Wirklichkeit verwendet die Mehrheit der akademischen Labore im Jahr 2022 jedoch nach wie vor Papier. Der Übergang wurde durch buchstäblich Hunderte kommerzieller Angebote, die alle untereinander inkompatibel sind, nicht gerade erleichtert. Wir haben 2013 begonnen, mit ELNs zu experimentieren, und dabei einige kommerzielle sowie Open-Source-Lösungen getestet. Die schlechtesten Anbieter erlaubten uns nicht einmal, die Software vor dem Kauf zu testen (z. B. scheint LabVantage davon auszugehen, dass man das Produkt nicht kaufen wird, sobald man es ausprobiert hat – und damit liegen sie goldrichtig!). Wir haben uns für eLabFTW entschieden, ein Open-Source-Projekt, dessen Hauptentwicklung am Institut Curie in Paris, Frankreich, stattfindet. Es handelt sich um eine mit PHP und MySQL erstellte Webanwendung. Es gibt auch eine begutachtete Veröffentlichung, die das Projekt beschreibt: https://doi.org/10.21105/joss.00146 sowie ein allgemeiner Übersichtsartikel in „Nature Protocols“, der sich mit der Implementierung von ELN befasst: https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8 .Einsatz in der Lehre an der Universität Helsinki Mit dem jüngsten Update auf Version 4.3 wurde die letzte Hürde für den großflächigen Einsatz genommen. Jeder mit einem helsinki.fi-Konto kann sich nun mit den Zugangsdaten seines Universitätskontos im System anmelden. Dies erleichtert die Einbindung vieler neuer Nutzer erheblich. Ich plane, das System für unseren neuen Kurs „Rekombinante DNA-Technologie und Gentechnik“ zu nutzen. Derzeit ist der Server nur aus dem Universitätsnetzwerk heraus erreichbar. Wenn Sie ihn von zu Hause aus nutzen möchten, benötigen Sie ein VPN. Im Laufe der Jahre sind etwa 25 Nutzer hinzugekommen, und es wird interessant sein zu sehen, wie sich das System bewährt, wenn sich die Nutzerzahlen verdoppeln oder vervierfachen. Das System läuft in einem Docker-Container auf einem virtuellen Server mit Ubuntu 20.04 LTS, den wir leider ohne zusätzliche finanzielle Unterstützung weder aktualisieren noch erweitern können. Wenn du also Interesse an der Nutzung eines ELN hast, sichere dir noch heute deinen Platz, indem du dich unter https://elab.ltdk.helsinki.fi anmeldest und unten die Option „Login through your institution“ wählst. Dort hast du die Möglichkeit, ein Team auszuwählen. Der Teamadministrator muss Sie erst freischalten, bevor Sie das System nutzen können. Wenn Sie Ihr Labor nicht unter den Teams finden können, bedeutet dies, dass Sie der erste Nutzer aus Ihrem Labor sind, der dieses System nutzt. In diesem Fall sollten Sie das Team „Helsinki University“ auswählen und mich per E-Mail ( michael@jeltsch.org ) kontaktieren, da ich ein neues Team für Ihr Labor registrieren muss und Sie der Administrator dieses neuen Teams sein werden.Zugang für BesucherWenn Sie kein Konto der Universität Helsinki haben, können Sie das System dennoch nutzen, sofern Sie sich im Eduroam-Netzwerk der Universität Helsinki befinden. Sie müssen jedoch den Link „Jetzt registrieren“ verwenden, und Ihr Konto muss von einem Systemadministrator genehmigt werden.Ausführung auf Ihrem lokalen RechnerDie Systemanforderungen von eLabFTW sind relativ gering, und Ihr Laptop dürfte keine Probleme haben, eine lokale Kopie des Docker-Containers auszuführen. Die Installation von eLabFTW auf einem neueren Windows- oder macOS-Computer ist zwar möglich, jedoch in gewisser Weise kontraproduktiv, da dadurch weder Netzwerkzugriff noch Teamfunktionen zur Verfügung stehen. Selbst wenn Sie all das nicht benötigen, würde ich Ihnen empfehlen, einen alten Desktop-Computer für diese Aufgabe umzufunktionieren und das Programm auf einer regulären Linux-Serverinstallation auszuführen. Gerne beantworte ich alle Fragen, die Sie möglicherweise haben (sowohl aus der Perspektive eines Systemadministrators als auch aus der eines Endnutzers).

Das Lymphsystem als Ursprung des sekundären Blutgefäßsystems der Fische

Thu, 26 May 2022 00:00:00 +0000

Beim Zebrafisch entwickeln sich die Blutgefäße der Afterflosse durch Transdifferenzierung aus Lymphgefäßen. Karina Yaniv präsentierte im vergangenen September auf dem Kloster Seeon Angiogenesis Meeting unorthodoxe, aber sehr überzeugende Daten, die diese Schlussfolgerung stützen. Nun wurde ihre Arbeit in Nature veröffentlicht.

Verteidigung der Doktorarbeit über die Rolle von Hepsin bei Brustkrebs

Sun, 24 Apr 2022 00:00:00 +0000

Am vergangenen Samstag hat Denis Belitškin seine Doktorarbeit verteidigt. Das Thema lautete Die Rolle der Typ-II-Serinprotease Hepsin bei der Signalübertragung bei Brustkrebs . Die Diskussion mit der Opponentin Karin List , die über Zoom mit nur einem kleinen Publikum vor Ort stattfand, hat mir sehr gut gefallen. Proteasen haben sich nach und nach zu einer meiner Lieblingsproteinklassen entwickelt. Früher wurden sie vor allem wegen ihrer abbauenden Funktion geschätzt, doch mittlerweile ist klar, dass sie viel komplexer sind. Mein eigenes Interesse gilt ihrer Rolle bei der Aktivierung von Signalmolekülen. In diesem Zusammenhang sind Proteasen Signalmoleküle, die auf derselben Ebene wie Hormone, Zytokine und Wachstumsfaktoren agieren. Danke, Denis, für deinen überzeugenden Auftritt und das Karonkka!

Preis für das beste Poster an Khushbu (jährliche GeneCellNano-Flaggschiff-Tagung)

Fri, 22 Apr 2022 00:00:00 +0000

Letzte Woche trafen sich die GeneCellNano-Flaggschiff-Partner nach einer Verzögerung von 2,5 Jahren endlich zum ersten Mal persönlich. Dieses Treffen war längst überfällig, und es gab viele sehr interessante Vorträge, unter anderem vom Finnischen Roten Kreuz (zum Thema Krebsimmuntherapie) und von UPM Biomedicals (über deren biokompatible Zelluloseprodukte). Viele neue Ideen und einige konkrete Pläne für eine weitere Zusammenarbeit. Wir waren mit zwei Postern vertreten, und – etwas unerwartet, da sich das Projekt noch in den Anfängen befindet – gewann Khushbu Rauniyar aus unserem Labor den Preis für das beste Poster. Herzlichen Glückwunsch!

Wozu also impfen?

Tue, 25 Jan 2022 00:00:00 +0000

Diese Statistik zeigt glassklar, dass die Pockenimpfung nutzlos war: Auch nachdem sie in Schweden zur Pflicht wurde, gab es noch für 100 Jahre Pockenepidemien!* Das gleiche war der Fall für fast alle anderen Länder. Die Pockenimpfung war vor über 200 Jahren in England eingeführt worden. Die Statistik ist deshalb aus Schweden, weil hier schon relativ früh flächendeckend über Todesfälle Buch geführt wurde (und die Bücher auch noch bis heute existieren). In einem typischen Pockenausbruch kamen damals zwischen 10% und 20% der Infizierten ums Leben. In Gemeinschaften, die nicht durch häufige Pockenepidemien auf Resistenz selektiert worden sind, konnte die Sterblichkeit bis zu 70% betragen. Wozu also impfen?Das Pockenvirus war ausgerottet, als der letzte mit Pocken infizierte Mensch gestorben oder genesen ist, weil das Pockenvirus nur Menschen infizieren kann und keine tierischen Wirte besitzt. Allerdings ist das Pockenvirus das bisher einzige pathogene Virus, das wir geschafft haben auszurotten. Bei der Kinderlähmung (Poliovirus) sind wir dem gleichen Ziel nahe gekommen, haben es aber (bisher noch) nicht erreicht. Trotz der Unterschiede zwischen Polio, Pocken und SARS-CoV2 scheinen die Verlaufskurven darauf hinzuweisen, dass SARS-CoV-2 noch lange bei uns bleiben wird. Und Koronaviren haben zusätzlich nichtmenschliche natürliche Wirte, die immer wieder auf den Menschen überspringen können (ob das “natürliche” hier auch für SARS-CoV2 gilt, ist nicht so ganz klar ).*Anmerkung für diejenigen, die in einer alternativen Realität leben: Diese Sätze enthalten Ironie!

Endlich meine Booster-Impfung bekomment!

Sat, 15 Jan 2022 00:00:00 +0000

Hurra, ich bin endlich geboostet! Ich habe lange darauf gewartet, mir war egal was, rein mit dem Zeug. Am Ende habe ich für die Auffrisch-Impfung den BioNTech/Pfizer mRNA-Impfstoff bekommen.UPDATE (23.01.2022):Ich habe einige Rückmeldungen zu diesem Mini-Blogpost erhalten. Ich denke eigentlich nicht mehr viel über die Impfung nach. Aus wissenschaftlich-medizinischer Sicht erscheint mir die Situation ziemlich klar. Im Folgenden werde ich in der nächsten Zeit Antworten auf einige Fragen und Behauptungen hinzufügen.

Alte Plasmidkarten-Dateien öffnen

Sat, 01 Jan 2022 00:00:00 +0000

Für ein neues Klonierungsprojekt benötigten wir Zugriff auf die Plasmidkarten eines alten Konstrukts von mir (pSecTagN2, ein Vorläufer von pMosaic , auch bekannt als pSecTagI), das ich 1999 aus vielen verschiedenen Quellen zusammengestellt hatte. Im Jahr 1999 arbeitete ich als Doktorand im Labor von Kari Alitalo . Wir befanden uns auf dem „neuesten Stand“ der Technik, da wir ein Softwareprogramm namens Gene Construction Kit (GCK) nutzten, um den Überblick über unsere Klonierungen zu behalten. Letzten Mittwoch habe ich vier Stunden meiner Arbeitszeit damit verbracht, eine Datei zu öffnen, die 1999 mit GCK Version 2.5 erstellt worden war.

Lerne den Lehrer kennen!

Fri, 31 Dec 2021 00:00:00 +0000

Fast 30 Jahre nach Beginn meiner akademischen Laufbahn begann ich, an der Fakultät für Pharmazie zu unterrichten (ohne nennenswerte pädagogische Erfahrung und Ausbildung). Meistens unterrichte ich Themen, in denen ich über praktische Forschungserfahrung und Fachkenntnisse verfüge: Rekombinante-DNA-Technologie, Gentechnik, Proteinproduktion und -aufreinigung sowie – vor allem – Proteinwirkstoffe. Ganz im Sinne des Mottos der Universität Helsinki Forscher lehren, Lehrer forschen . Trotz meiner mangelnden Erfahrung war ich Teil der Aktion „Meet the teacher!“ der Universität Helsinki, die sich an angehende internationale Masterstudierende richtet: https://www.facebook.com/HelsinkiUniversity/posts/10160122296028083

KLK3: tumorogen oder nicht?

Wed, 22 Dec 2021 00:00:00 +0000

Wir haben soeben unseren neuesten Übersichtsartikel über die Rolle von KLK3 als Aktivator von VEGF-C und VEGF-D bei Prostatakrebs veröffentlicht. Prostatakrebs ist eine der häufigsten Krebsarten bei Männern. Es ist keine Frage, ob man daran erkrankt, sondern nur wann. Sobald man die 80 erreicht hat, ist die Wahrscheinlichkeit, an Prostatakrebs zu erkranken, größer als die, nicht daran zu erkranken. In einer Autopsie-Studie aus dem Jahr 2013 an japanischen Männern , die an anderen Ursachen verstorben waren, wiesen 59 % der über 80-Jährigen Prostatakrebs auf. Es ist wahrscheinlich, dass viele dieser Fälle indolent waren und niemals Probleme verursacht hätten. Nur bei wenigen von ihnen wären möglicherweise Symptome aufgetreten, hätten diese Männer länger gelebt. Daher besteht ein großes Interesse daran, jene Krebserkrankungen zu identifizieren, die Probleme verursachen werden. Viele Prognosemarker wurden vorgeschlagen, um genau dies zu erreichen: vorherzusagen, welche Krebserkrankungen problematisch werden würden. Aus Sicht der Gefäßbiologie sind Angiogenese und Lymphangiogenese zwei Kennzeichen von Krebserkrankungen, denen bereits zuvor prognostischer Wert zugeschrieben wurde. Als wir zufällig entdeckten, dass das prostataspezifische Antigen (PSA, auch bekannt als KLK3) in der Lage ist, VEGF-C und VEGF-D zu aktivieren , dachten wir, dass dies für Prostatakrebs von Bedeutung sein könnte. Inzwischen haben weitere Untersuchungen einige Fragen geklärt, und es scheint tatsächlich so zu sein, dass sowohl VEGF-C als auch VEGF-D an der Krebsprogression beteiligt sind. Es ist jedoch noch nicht klar, welche Proteasen für die Aktivierung von VEGF-C und VEGF-D in realen menschlichen Tumoren verantwortlich sind. Durch KLK3 oder Cathepsin D (CTSD) aktiviertes VEGF-D könnte eine mögliche Ursache für die Resistenz von Tumoren gegenüber einer Behandlung mit Bevacizumab (Avastin) sein. Die Folgen der VEGF-C-Aktivierung sind hingegen schwieriger vorherzusagen, da aktiviertes VEGF-C gleichzeitig sowohl positive als auch negative Wirkungen hat: Einerseits begünstigt es die Metastasierung. Andererseits ermöglicht es eine verstärkte Immunantwort gegen den Tumor. Hier liegen interessante Forschungsmöglichkeiten vor uns. Lesen Sie mehr dazu in unserem Übersichtsartikel: https://doi.org/10.3390/ijms222413545

3. Swiss Lymphsymposium

Fri, 17 Sep 2021 00:00:00 +0000

Die englische Übersetzung des deutschen Vortrags (Folien und Abstract) ist hier verfügbar: https://doi.org/10.5281/zenodo.6034307 . Das 3. Schweizer Lymphsymposium fand am 4. September in Zürich statt. Es wird von Juzo gesponsert, einem Hersteller von Bekleidung für die komplexe physikalische Entstauungstherapie (CPDT), die die wichtigste therapeutische Option bei der Lymphödemtherapie darstellt. Die Entstauungstherapie kann zwar nicht heilen, hält die Symptome aber unter Kontrolle. Der Vortrag von Prof. Erich Brenner hat mir sehr gut gefallen, da er sich anschaulich mit dem Thema der „blind endenden Lymphkapillaren“ befasste, die – von einigen Ausnahmen abgesehen – in der stabilen Anatomie erwachsener Menschen wahrscheinlich nur selten vorkommen. Ich hatte dies zuvor bereits mit anderen diskutiert, beispielsweise mit Johannes Grünzig ( https://doi.org/10.1016/j.aanat.2018.08.004 ), der sich speziell mit der Form der initialen Lymphgefäße im Auge befasste. Ich fragte Erich, woher das Konzept der blind endenden Kapillaren stammt, und es scheint seinen Ursprung in frühen Zeichnungen deutscher Physiologen zu haben. Tatsächlich habe ich selbst die blind endenden initialen Lymphgefäße in meinen schematischen Zeichnungen, z. B. hier , weitergeführt, ohne diesem Thema große Beachtung zu schenken. Zu meiner Verteidigung kann ich anführen, dass bei geringer Vergrößerung nur die größeren Sammelgefäße zu sehen sind und bei hoher Vergrößerung die geringe Schärfentiefe ein Problem darstellt. Tatsächlich kann die Schärfentiefe manchmal den Eindruck von blind endenden Gefäßen erwecken, während das Gefäß in Wirklichkeit vielleicht einfach nur eine Biegung macht. Allerdings habe ich auch überzeugende Bilder mit blind endenden Primärlymphgefäßen gesehen. Aus funktioneller Sicht: Welche Geometrie wäre die bessere Wahl? Ich vermute, die Natur ist gut darin, Strukturen zu optimieren … Natürlich haben viele von uns Molekularwissenschaftlern echte blind endende Lymphgefäße gesehen. Offensichtlich existieren solche blind endenden Lymphgefäßausläufer während der Entwicklung und in anderen Situationen lymphatischer Expansion (Wundheilung, VEGF-C-Anwendung). Oft betrachten wir Lymphgefäße auch an Stellen, an denen solche fingerartigen Strukturen de facto bis ins Erwachsenenalter bestehen bleiben (z. B. in den Zotten des Verdauungstrakts). Allerdings ist hier wahrscheinlich die konstant hohe Zufuhr von VEGF-C an der Aufrechterhaltung dieser ungewöhnlichen Strukturen beteiligt ( https://doi.org/10.15252/emmm.201505731 ). In meinem Vortrag ging ich auf den aktuellen Stand der therapeutischen Lymphangiogenese ein. Mithilfe von VEGF-C können wir das Wachstum neuer lymphatischer Strukturen induzieren, doch die derzeitige Gentherapie (Lymfactin) ist nur in der Lage, eine kurze VEGF-C-Freisetzung zu bewirken, da der Vektor (ein Adenovirus) vom Immunsystem rasch inaktiviert wird. Daher waren die klinischen Studien gut gewählt: Sie sollten die Integration von Lymphknotentransplantaten in das lokale Lymphnetzwerk ankurbeln. Angesichts dieser relativ engen Indikation ist die unternehmerische Entscheidung von Herantis Pharma, sich auf seine Pipeline im Bereich neurodegenerativer Erkrankungen zu konzentrieren und die Entwicklung von Lymfactin einzustellen, jedoch sogar verständlich. Meiner Meinung nach bräuchten wir molekulare Stimulation, um bei den meisten Formen des menschlichen Lymphödems, die größtenteils chronisch sind, eine Wirkung zu erzielen. Eine schwache, verteilte Stimulation der Kontraktion der Lymphsammler müsste mit einem Netzwerk mit höherer Kapazität kombiniert werden. VEGF-C könnte hier Abhilfe schaffen, doch derzeit verfügen wir über keine Technologie, die einen solchen molekularen Anstoß über einen langen Zeitraum zuverlässig bereitstellen könnte, obwohl es viele Ideen gibt, wie man dies bewerkstelligen könnte. Die Ketoprofen-/Bestatin-Studien haben gezeigt, dass es einen großen Unterschied zwischen akutem und chronischem Lymphödem gibt. Das Lymphödem bei Mäusen, das überraschend effektiv mit Ketoprofen behandelt werden konnte, unterscheidet sich stark vom chronischen Lymphödem beim Menschen. Was wir auf jeden Fall brauchen, sind bessere Tiermodelle für das chronische Lymphödem. Interessanterweise ist das chronische Lymphödem ein häufiges Problem bei Pferden.Für diejenigen, die sich mit Pferden auskennen, scheint dies altbekannt zu sein, aber für mich war es neu: Bei Pferden und Menschen wird dieselbe konservative Standardbehandlung angewendet: die komplexe physikalische Entstauungstherapie. Ich war einfach überrascht, dass es genügend Pferdepatienten gibt, sodass sich einige Forscher und Praktiker auf die Behandlung von Lymphödemen bei Pferden spezialisiert haben: https://www.equicrown.de oder https://horsephysio.at/uber-uns.htmlFrom Aus wissenschaftlicher Sicht ähnelt diese Art von Ödem wahrscheinlich viel stärker dem menschlichen Lymphödem als alle uns bekannten Mausmodelle: Es handelt sich um ein großes Tier mit hohem hydrostatischem Druck in den Beinen, und es liegt eine chronische Erkrankung vor. Ich frage mich, was die molekularen Ursachen für das Lymphödem bei Pferden sind und ob dieses Problem durch Domestizierung/Züchtung verursacht wurde, d. h. ob Wildpferde/Zebras ebenfalls an Lymphödemen leiden? Ich würde mich sehr freuen, mit jemandem zu sprechen, der sich damit auskennt! Vielen Dank an Sonja Eham und Dr. Michael Oberlin für die zusätzlichen Informationen zum Lymphödem bei Pferden sowie an Sonja Eham und Dace Zanker für die tadellose Organisation. Ich glaube, ich sollte sofort damit beginnen, VEGF-C von Pferden zu klonen…

Wie attraktiv ist Finnland für internationale Studierende?

Sun, 29 Aug 2021 00:00:00 +0000

Eine Vorab-Entschuldigung: Alle Links in diesem Beitrag führen zu finnischen Websites, was eines der Probleme verdeutlicht, mit denen ausländische Studierende in Finnland konfrontiert sind: eine Sprache, die keiner anderen europäischen Sprache ähnelt (abgesehen von Estnisch und Ungarisch, die ebenfalls zur finnisch-ugrischen Sprachfamilie gehören). Ausländische Studierende fühlen sich in Finnland im Allgemeinen wohl. Auch wenn nicht alles perfekt ist, ist die Universität Helsinki (und Finnland im Allgemeinen) eine Überlegung wert, wenn man im Ausland studieren möchte. Das ist das Fazit einer Umfrage unter mehr als 800 internationalen Studierenden aus den Jahren 2020 und 2021. Besonders die hohe Qualität der Lehre wurde geschätzt. Weitere Punkte, in denen sich die Universität Helsinki hervorgetan hat, waren das sichere Umfeld und der Umgang mit der Covid-19-Pandemie. Letzteres hat jedoch auch eine Kehrseite, da mehr Begegnungen und Gespräche mit dem akademischen Personal sowie mehr soziale Unterstützung auf der Wunschliste der Studierenden standen. Dies ist kaum überraschend, da internationale Studierende bei ihrer Ankunft im Land nicht auf dieselben Netzwerke zurückgreifen können wie Einheimische. Das größte Einzelproblem schien die Aufnahme der Studierenden zu sein. Die Ankunft und der Umgang mit einer unbekannten und unverständlichen Bürokratie sind für Neuankömmlinge oft zu viel. Diskriminierung wurde nur von 4 % der Befragten erlebt, und unter ihnen waren sprachliche Diskriminierung und Einsamkeit am häufigsten. Ich warne immer Studierende, die mir erzählen, dass sie sich an der Universität Helsinki bewerben wollen. Ihr wollt eine ehrliche Meinung dazu, ob ihr euer Studium in Finnland beginnen sollt? Okay: Es kann ziemlich kalt werden, und im Winter wird es WIRKLICH dunkel. Dennoch ist Helsinki in der kalten und dunklen Jahreszeit immer noch einer der lebenswerteren Orte. Die Temperaturen fallen selten unter 0°F (-17,8°C), und da die Stadt an der Südküste liegt, ist sie auch einer der Orte, an denen es am wenigsten dunkel ist. Und die globale Erwärmung tut ihr Bestes, um die Temperaturen zu erhöhen. Finnland ist bereits der Geheimtipp für langfristige Immobilieninvestitionen: noch günstig genug, aber mit extremem Wachstumspotenzial, sobald der Klimawandel Südeuropa in einen Schmelzofen verwandelt. Allerdings werden sich diese Szenarien erst dann vollständig verwirklichen, wenn die derzeitigen politischen Entscheidungsträger bereits das Zeitliche gesegnet haben. Wenn Sie jedoch auf lange Sicht denken, könnte Finnland DER Ort sein, an dem man sein sollte. Aber noch einmal: Sollte der Golfstrom zusammenbrechen, sind Sie wieder ganz am Anfang. Dank deinen Eltern für das Chaos, das sie dir hinterlassen haben ( https://www.theguardian.com/environment/2021/aug/05/climate-crisis-scientists-spot-warning-signs-of-gulf-stream-collapse ).So gut Finnland zum Studieren auch sein mag – sich dauerhaft dort niederzulassen, ist leider eine ganz andere Geschichte. Auch wenn Finnland die Einwanderung ankurbeln muss, um den Bevölkerungsrückgang und die Überalterung auszugleichen, gibt es leider immer noch zu viele Hürden zu überwinden, bevor eine Niederlassung für die meisten Ausländer zu einer realistischen Option wird. Die Sprache ist nur eine davon; weitere werden in einem aktuellen Artikel in der größten finnischen Tageszeitung (Helsingin Sanomat) die Schwierigkeiten bei der Integration in die finnische Gesellschaft, die für Ausländer unverständliche Bürokratie und das niedrige Lohnniveau. Aber auch die wachsende Ablehnung gegenüber Ausländern in der finnischen Bevölkerung, die sich im Erfolg der „Finns-Partei“ (früher bekannt als „Wahre Finnen“) manifestiert, ist nicht gerade hilfreich. Auch die meisten anderen europäischen Länder haben mit rechten politischen Strömungen zu kämpfen. In meinem Heimatland Deutschland wird die AfD (die in etwa der Finns-Partei entspricht) von keiner der demokratischen Parteien als möglicher Koalitionspartner angesehen (Wunschdenken meinerseits?). Hier in Finnland hingegen war die Finns-Partei bereits Teil einer Koalitionsregierung, und nur die Sozialdemokraten und die linke Koalition vertreten in dieser Frage eine klare „Nein“-Haltung.Erst kürzlich äußerte sich der neu gewählte Bürgermeister von Helsinki, Juhana Vartiainen, zur Attraktivität des finnischen Arbeitsmarktes für Ausländer: „Ein kläglicher Misserfolg seitens Finnlands. Das politische Bewusstsein hat sehr lange gebraucht, um überhaupt zu begreifen, dass wir Arbeitsmigration überhaupt brauchen.“ ( Helsingin Sanomat, 28.08.2021 ). Aber davon abgesehen ist das akademische Lehrangebot auf sehr hohem Niveau. Und sie ist für Einwohner der EU/EFTA (sowie für Inhaber entsprechender Abschlüsse aus diesen Ländern) kostenlos. Für zahlende Studierende sind die Studiengebühren im Vergleich zu vielen anderen Universitäten derselben Kategorie ein Schnäppchen (zwischen 13.000 und 18.000 Euro pro Jahr, je nach Studiengang). Allerdings wird das Universitätspersonal einen hohen Preis zahlen müssen, um diese Qualität aufrechtzuerhalten. Für das aktuelle Jahrzehnt (2020–2030) hat sich das Bildungsministerium zum Ziel gesetzt, die Zahl der abgeschlossenen Hochschulabschlüsse um 100.000 zu erhöhen ( https://www.acatiimi.fi/4_2021/15.php ). Gleichzeitig wurden die Hochschulbudgets gekürzt. Die Regierung wird diese Kürzungen wahrscheinlich durch eine medienwirksame „Rettet die Universität“-Kampagne kompensieren, um davon abzulenken, dass wir zusätzlich Dutzende Millionen benötigen, um in den kommenden Jahren für diese 100.000 zusätzlichen Abschlüsse das gleiche hohe Lehrniveau zu gewährleisten. Auf der Forschungsebene kämpft das wissenschaftliche Personal seit 2005, als das inflationsbereinigte Budget für Forschung und Entwicklung zum ersten Mal sank, einen harten Kampf. Inzwischen spüren jedoch auch die Studierenden den Mangel an ausreichender Finanzierung, z. B. wenn ihre Lehrenden einfach nicht mehr so viel Zeit für sie haben wie früher. Ich habe keine andere Wahl, als den Studierenden generell von einer akademischen Laufbahn abzuraten. Die meisten anderen europäischen Länder haben ähnliche Probleme, wenn auch vielleicht nicht in demselben Ausmaß wie Finnland. Und die Studierenden wissen, dass die Finanzierung der Wissenschaft in Finnland besonders schlecht ist .

Auf der Suche nach einem Medikament gegen Lymphödeme

Wed, 11 Aug 2021 00:00:00 +0000

Vor mehr als 20 Jahren habe ich die VEGF-C-cDNA in einen Adenovirus-Shuttle-Vektor kloniert. Obwohl wir über die Vektoren für das AdEasy-System aus dem Labor von Bert Vogelstein verfügten, um Adenoviren selbst herzustellen, zogen wir es vor, mit dem Gentherapie-Experten Seppo Ylä-Herttuala , um das erste Adenovirus mit VEGF-C als Fracht (AdVEGF-C) herzustellen. Dieses und andere VEGF-C-exprimierende Adenoviren wurden von Seppo und uns in mehreren präklinischen Studien eingesetzt, um zu zeigen, dass VEGF-C erfolgreich zur Behandlung der zugrunde liegenden Ursache bestimmter Arten von Lymphödemen eingesetzt werden kann.Im Jahr 2018 begann Herantis Pharma mit klinischen Phase-1-Studien mit AdVEGF-C, das unter dem Namen Lymfactin vermarktet wurde. Nachdem die Phase-2-Studien von Eiger Biopharmaceuticals mit Bestatin keine Wirkung auf Lymphödeme gezeigt hatten, war Lymfactin das einzige Medikament in klinischen Studien, das auf Lymphödeme abzielte. In diesem Frühjahr gab Herantis bekannt, dass es die klinischen Studien mit Lymfactin einstellt einstellen werde, um sich auf seine Pipeline für Medikamente gegen neurodegenerative Erkrankungen ( CDNF ) zu konzentrieren. Zu dieser Enttäuschung kam noch die Nachricht hinzu, dass die Zuordnung der Patienten zur Phase-2-Studie nicht randomisiert erfolgt war und dass die Phase-2-Ergebnisse daher nicht aussagekräftig sind . Das sind schlechte Nachrichten für Lymphödem-Patienten, gerade jetzt, wo die Gentherapie insgesamt nach einer fast zwei Jahrzehnte langen Pause ein Comeback erlebt. Wie geht es nun weiter? Auch wenn sich zeigte, dass das niedermolekulare Medikament Bestatin die VEGFR-3-Expression und -Aktivierung erhöht , war es nie eine lymphangiogenfördernde Therapie. Die Mausversuche hatten eindeutig gezeigt, dass es lediglich die endogene lymphatische Reparatur unterstützt, die nach einer akuten Schädigung des Lymphsystems auf natürliche Weise einsetzt. Es wirkt gezielt zu hohen Leukotrien-B4-Spiegeln entgegen, die die Lymphangiogenese hemmen, trägt jedoch kein eigenes lymphangiogenes Signal in sich.Die Strategie, einen Hemmstoff zu hemmen, wurde auch in Mausstudien angewendet, die heute von Kataru et al. in „Science Signaling“ veröffentlicht wurden: Kataru et al. Kataru et al. nutzten eine genetische Modifikation lymphatischer Endothelzellen, um PTEN zu blockieren, einen intrazellulären Inhibitor der VEGFR-3-Signalübertragung. Die Ergebnisse sind überzeugend: Lymphangiogenese ohne die Nachteile, die unweigerlich mit einer Wachstumsfaktortherapie verbunden sind, wie beispielsweise zu hohe Wachstumsfaktorkonzentrationen am Verabreichungsort, die zu Gefäßundichtigkeiten und anderen unerwünschten Reaktionen führen können. Es gibt zwar niedermolekulare PTEN-Inhibitoren, diese sind jedoch ziemlich toxisch. Wenn eine einigermaßen ungiftige PTEN-hemmende Verbindung gefunden werden könnte, müsste man sie nur noch spezifisch an Lymphgefäßendothelzellen binden. Allerdings sind weder die Entdeckung noch die gezielte Verabreichung einfache Aufgaben, obwohl es genügend Ideen gibt, die verfolgt werden könnten, sofern die Finanzierung gesichert wäre. Lesen Sie mehr zu diesem Thema in unserem Meinungsbeitrag über die Suche nach einem Medikament gegen Lymphödeme in „Science Signaling“: doi-Link , E-Print-Link für diejenigen, die keinen Zugriff auf den Volltext haben.

50 Gurken und es werden immer mehr

Sat, 03 Jul 2021 00:00:00 +0000

Pandemie + Urlaub zu Hause = Gartenarbeit auf dem Balkon. Während unsere Tomaten noch alle grün sind, hat die Gurkenernte vor etwa zwei Wochen begonnen. Bislang haben wir 50 Gurken geerntet, davon 25 heute. Mindestens noch einmal so viele hängen noch an den Pflanzen. Letztes Jahr wurden die Gurken schon früh in der Saison von Spinnmilben befallen, und wir haben nur sehr wenige geerntet. Das Einzige, was ich anders gemacht habe als letztes Jahr, ist, dass ich bei jedem Gießen Dünger hinzugefügt habe. Ich habe zwei verschiedene biologische Dünger ausprobiert, aber sie kamen aus zwei Gründen nicht in Frage: Der (fermentierte) Dünger auf Brennnesselbasis stank so stark, dass wir den Balkon drei Tage lang nicht nutzen konnten, nachdem ich ihn ausgebracht hatte. Der zweite Dünger, den ich ausprobiert habe, war Wurmtee, ein Nebenprodukt unserer Wurmkompostanlage . Er ist im Grunde geruchsneutral, aber unsere Wurmkompostanlage ist zu klein, um genügend Dünger für die Gurken und Tomaten zu produzieren, die beide einen hohen Nährstoffbedarf haben. Deshalb habe ich im Wesentlichen nur den Biolan-Flüssigdünger verwendet und bin damit zufrieden. Er enthält neben den üblichen NPK-Bestandteilen (Stickstoff, Phosphor, Kalium) auch viele Spurenelemente.

Wohin soll man von RefWorks wechseln?

Thu, 10 Jun 2021 00:00:00 +0000

Ich habe nie verstanden, warum unsere Universität für proprietäre Literaturverwaltungssoftware bezahlt. Vielleicht leben einige ältere Leute in der Verwaltung noch in den 90er Jahren des letzten Jahrtausends, als EndNote de facto die einzige vernünftige Literaturverwaltungssoftware für WYSIWYG-Textverarbeitungsprogramme war. Aber diese Zeiten sind längst vorbei. Endlich schmeißt unsere Universität zumindest einen ihrer proprietären Literaturverwalter über Bord:

TuKoKe-Erfolg für TET-Praktikanten

Wed, 09 Jun 2021 00:00:00 +0000

In Finnland absolvieren Schüler der 8. oder 9. Klasse ein ein- oder zweiwöchiges Praktikum zur Einweisung in das Berufsleben (TET) an einem Arbeitsplatz ihrer Wahl. Die Covid-19-Pandemie hat auch diesen Bereich grundlegend durcheinandergebracht, doch unserem Labor gelang es dennoch, im Herbst einige Praktikanten aufzunehmen, als die Covid-19-Zahlen relativ niedrig waren.Eine Gruppe, bestehend aus Pessi Baski, Rasmus Pouta und Okko Siljander von der Grundschule Käpylä, führte ein TET-Projekt mit dem Titel Können im 3D-Druck aus recycelten Kunststoffmaterialien hergestellte Behälter für die Zellkultivierung verwendet werden? Unter der Leitung von Niklas Koppatz nahmen sie mit diesem Projekt am landesweiten TuKoKe (Forschen-Experimentieren-Entwickeln)-Wettbewerb für Wissenschaft und Technologie teil und gewannen nicht nur den dritten Preis , sondern auch den Produktpreis der Design Factory der Aalto-Universität sowie ein Stipendium der Erfinderstiftung für Arbeiten mit erfinderischen Merkmalen. Herzlichen Glückwunsch!

Covid-19 Impfung

Sun, 23 May 2021 00:00:00 +0000

UPDATE (6. August 2021) Ich bin nun gemäß der Definition der CDC vollständig geimpft!

Masterstudiengang „Pharmazeutische Forschung, Entwicklung und Sicherheit“

Mon, 12 Apr 2021 00:00:00 +0000

Die Universität Helsinki erweitert ihr Angebot um einen neuen internationalen Masterstudiengang in pharmazeutischer Forschung, Entwicklung und Sicherheit . Das Jahr 2020 hat gezeigt, wie ungemein wichtig die Pharmazie für die menschliche Gesellschaft ist. Und diese Bedeutung wird in Zukunft nur noch zunehmen! Neben neu auftretenden Viren stehen wir vor vielen weiteren Herausforderungen. Die folgende Liste ist nur ein Anfang…* *

Enzyklopädie der wissenschaftlichen Gemeinschaft

Tue, 30 Mar 2021 00:00:00 +0000

Wir haben einen Eintrag zu VEGFs in die Scholarly Community Encyclopedia aufgenommen. Mehr über das Projekt weiß ich nicht, als auf der „Über uns“-Seite zu finden ist. Der Dienst wird vom MDPI-Verlag unterstützt; die Einträge entstehen größtenteils in Zusammenarbeit mit MDPI-Zeitschriften und basieren auf dort veröffentlichten Artikeln. Man kann verschiedene Arten von Einträgen erstellen: Themenübersichten, Biografien und „Sonstiges“, aber alle Einträge, die ich gesehen habe, sind Themenübersichten, die auf Artikeln in MDPI-Zeitschriften basieren. Mir ist nicht klar, welche Nische diese Enzyklopädie füllen soll. Auch wenn viele Einträge auf begutachteten Artikeln basieren, gibt es keine Begutachtung der Einträge selbst, und – wenig überraschend – enthält die Enzyklopädie eine ganze Reihe fragwürdiger Einträge. Im Gegensatz zu beispielsweise Wikipedia gibt es jedoch keine etablierte Community für eine durch Crowdsourcing gestützte Qualitätskontrolle. Werden jedoch Änderungen an einem Eintrag vorgenommen, werden die ursprünglichen Autoren benachrichtigt. Ich weiß allerdings nicht, wie Bearbeitungskriege (die z. B. bei kontroversen Wikipedia-Einträgen recht häufig vorkommen) in diesem System gelöst werden könnten. MDPI gibt an, dass alle Autoren hochqualifizierte Experten sind, doch in Wirklichkeit kann jeder ein Konto erstellen und bestehende Einträge bearbeiten. MDPI versucht, Anreize für die Erstellung von Einträgen durch Rabatte auf die Artikelbearbeitungsgebühren (APCs) über ein Punktesystem zu schaffen. Der kurzlebige Charakter des Punktesystems schafft jedoch wohl keinen ausreichenden Anreiz für hochkarätige Forscher oder für Forscher aus Industrieländern, die meist über ausreichende finanzielle Mittel verfügen, um die APCs zu bezahlen.MDPI bietet außerdem einen zugehörigen Dienst für Wissenschaftler namens „SciProfiles“ an, der – ähnlich wie Mendeley, ResearchGate, ORCID, Publons, Google Scholar, Loop und viele andere – Forscherprofile hostet. Im Gegensatz zu den meisten anderen Diensten ist SciProfiles jedoch nur für Mitglieder sichtbar, was es meiner Meinung nach ziemlich nutzlos macht.

Martin Jeltsch (1933-2021)

Wed, 03 Mar 2021 00:00:00 +0000

Heute Morgen ist mein Vater, Martin Jeltsch, im Alter von 88 Jahren an Covid-19 gestorben. Er hatte bereits ab dem 25. Januar die Möglichkeit, sich impfen zu lassen, entschied sich jedoch dagegen. Hätte er die erste Gelegenheit zur Impfung genutzt, wäre er höchstwahrscheinlich bereits teilweise geschützt gewesen, als er sich mit der Krankheit infizierte. Es ist jedoch kein Geheimnis, dass er Impfungen ablehnte, und seine berufliche Verbindung zur Komplementär- und Alternativmedizin war nur einer der vielen Gründe, die unsere Beziehung sehr kompliziert gemacht haben. Herdenimmunität durch Impfungen schützt auch die Unvernünftigen. Hoffentlich werden wir dieses Ziel bald erreichen. UPDATE: Laut unserer Mutter hatte mein Vater tatsächlich vor, sich impfen zu lassen. Allerdings begann die Impfkampagne in seinem Landkreis erst Ende Januar, und er hatte noch nicht einmal die erste Dosis erhalten. Diese erste Dosis hätte ihm bereits einen Teilaufbau von Immunität verschafft und höchstwahrscheinlich einen schweren Krankheitsverlauf verhindert.

Von MDPI im Peer-Review-Verfahren begutachtet

Wed, 24 Feb 2021 00:00:00 +0000

Endlich wurde unser neuester Übersichtsartikel in der Fachzeitschrift Biology veröffentlicht. Meiner Meinung nach ist der Titel zu lang: Proteolytische Spaltungen in der VEGF-Familie: Entstehung von Diversität unter angiogenen VEGFs, die für die Aktivierung lymphangiogener VEGFs unerlässlich ist . Darüber hinaus enthält der Titel eine Abkürzung: VEGF.Den meisten Verlagen geht es nur ums GeldDies ist das erste Mal, dass wir bei MDPI veröffentlicht haben. Obwohl die Kritik an MDPI nach der Entlastung im Jahr 2015 von der Beall’s List nicht vollständig verstummt ist, konzentriert sich die Kritik mittlerweile hauptsächlich auf den Vorwurf, dass es MDPI um Geld und nicht um Qualität geht. Allerdings geht es den meisten Verlagen um Geld. Insbesondere die börsennotierten Verlage sind gesetzlich dazu gezwungen, auf Gewinn aus zu sein: Elsevier, John Wiley & Sons usw. Und viele andere wie Springer Nature versuchen verzweifelt, ebenfalls in den Kreis der börsennotierten Unternehmen aufgenommen zu werden. Wir als Wissenschaftler könnten uns wahrscheinlich ein wenig von dieser Einstellung abschauen, da wir von Natur aus schlecht darin sind, Geld zu verdienen (wir können Wissen generieren, aber keine Einnahmen).Bedenken hinsichtlich der Qualität der BegutachtungZudem wurde der Begutachtungsprozess von MDPI als nicht sehr streng kritisiert. Wie waren unsere Erfahrungen? Unser Artikel wurde offenbar von vier Gutachtern geprüft, und die Kommentare der Gutachter können Sie hier nachlesen: https://www.mdpi.com/2079-7737/10/2/167/review_report .**Wie haben wir die Qualität des Feedbacks der Gutachter empfunden?**Drei der vier Gutachter gaben echtes Feedback. Gutachter 3 könnte – was die Sache angeht – durch Grammarly.com oder die Rechtschreibprüfung von Microsoft Word ersetzt werden. Gutachter 2 konzentriert sich ebenfalls fast ausschließlich auf Stil und Darstellung. Verstehen Sie mich nicht falsch: Ein guter Stil und eine gute Darstellung sind sehr wichtig! Aber lassen Sie uns zunächst einmal die wissenschaftlichen Inhalte richtigstellen! Die beiden übrigen Gutachter waren offenbar nicht besonders vertraut mit dem Forschungsthema Gefäßbiologie. Das deckt sich mit meiner eigenen Erfahrung, dass ich oft Anfragen von MDPI-Zeitschriften erhalte, Artikel zu begutachten, die außerhalb meines Fachgebiets liegen oder diesem nur am Rande zuzuordnen sind (was ich sofort ablehne, da ich ohnehin schon zu viele Artikel zu begutachten habe).Man könnte zugunsten von MDPI argumentieren, dass unser Manuskript bereits bei der ersten Einreichung recht gut war. Aber bitte: Wir haben das im Dezember in aller Eile zusammengeschustert, und ich weiß, dass es noch einige Fehler enthält (was uns schon wenige Minuten nach der Veröffentlichung des Artikels auffiel).Wir wollten ein Open Review ausprobieren, sind dabei aber gescheitertMir fällt auf, dass wir uns für ein Open Review entschieden hatten (d. h., nur Gutachter einzusetzen, die damit einverstanden waren, ihre Identität zusammen mit ihren Gutachten zu veröffentlichen). Allerdings hat keiner unserer Gutachter seine Identität preisgegeben. Wahrscheinlich gibt es irgendwo im Kleingedruckten einen Hinweis darauf, dass der Herausgeber diese Entscheidung außer Kraft setzen kann, wenn sich keine Gutachter finden, die bereit sind, ihre Anonymität aufzugeben. Bis zu einem gewissen Grad kann ich die Lage des Herausgebers nachvollziehen. Es ist ohnehin schon schwierig genug, gute Gutachter zu finden, denn – trotz vieler Versuche, dies zu ändern – wird das Begutachten von Manuskripten im aktuellen wissenschaftlichen System nicht honoriert. Ist es schnell? Meiner Meinung nach war einiges davon zu schnell Der Begutachtungsprozess verlief zügig. Die Überarbeitungen gingen sogar noch schneller. Und die Veröffentlichung erfolgte viel zu schnell. Ich war entsetzt, als ich sah, dass wir möglicherweise keine zweite Korrekturfahne erhalten würden. Die ersten Korrekturfahnen mussten umfassend überarbeitet werden, da sich durch das Layout die Platzierung der Abbildungen geändert hatte. Infolgedessen mussten fast alle Literaturangaben neu nummeriert werden. Zudem wurden bei der Erstellung der Korrekturfahnen einige Teile der Bildunterschriften fälschlicherweise als Fließtext interpretiert. Deshalb mussten wir während der Korrekturphase große Textabschnitte hin und her verschieben. Und wer schon einmal mit Word gearbeitet hat, weiß, dass das nichts ist, worüber man sich freuen kann. Zumindest stürzt MS Word nicht mehr ab, wie es früher der Fall war. Damals war das Drücken der Tastenkombination Strg-S nach jeder Minute der Bearbeitung vom Gehirn an das Rückenmark ausgelagert worden. Aber auch dieses Mal hat uns Word nicht enttäuscht und unerwünschte Formatierungsänderungen eingeführt, die sich unmöglich rückgängig machen ließen.Keiner von uns schaffte es, an diesem Montag auch nur einen Blick auf die zweiten Korrekturfahnen zu werfen, bevor der Artikel online ging; danach lief der Link zu den zweiten Korrekturfahnen ab. Wir haben jede Menge andere Dinge zu tun: Vorlesungen vorbereiten, an Fakultätssitzungen teilnehmen, uns um Studierende kümmern und – nicht zuletzt – betreiben wir gelegentlich auch gerne Forschung. Schnelle Veröffentlichung ist an sich keine Tugend. Aber sie hilft sicherlich dabei, die Kosten im Rahmen zu halten. Nach dem Spiel ist vor dem Spiel. Und dieses Mal handelt es sich nicht um eine Übersichtsarbeit, sondern um Originalforschung, und wir werden einen anderen Verlag wählen. Die Erfahrung war definitiv keine Katastrophe, aber ich sehe ganz klar, dass ein derart übermäßig rationalisierter Prozess bei weniger gewissenhaften Autoren hin und wieder schiefgehen kann. Und es gibt viele Beispiele (siehe den Wikipedia-Eintrag ).Für Interessierte hier der Link zur Übersetzung des norwegischen Artikels , in dem das Qualitätsproblem bei MDPI erörtert wird.**UPDATE (15.01.2022)*Nach dieser Erfahrung wurde eine wissenschaftliche Analyse der MDPI-Zeitschriften durchgeführt, bei der Selbstzitate, Zitationskartelle, Sonderausgaben, APC-Gebühren sowie Begutachtungs- und Annahmezeiten untersucht wurden: https://doi.org/10.1093/reseval/rvab020 . Ich bin erst mehr als ein halbes Jahr nach seiner Veröffentlichung auf diesen Artikel aufmerksam geworden. Die Kernaussage daraus lautet, dass sowohl MDPI als auch der Verlag OMICS International redaktionelle Praktiken anwenden, die unter den Begriff „predatory practices“ fallen. Gleichzeitig hat ihre Vorgehensweise „ein derart hohes Maß an Raffinesse erreicht, dass sie die formalen Kriterien, anhand derer zwischen räuberischen und seriösen Zeitschriften unterschieden wird, ganz oder teilweise erfüllen“. Die Autoren dieser Analyse verwenden den Begriff „nicht offensichtlich/versteckter räuberischer Verlag“. Gleichzeitig sind viele seriöse und angesehene Wissenschaftler in den Redaktionsbeiräten von MDPI-Zeitschriften tätig. Ich kenne persönlich einige davon. Wie immer ist die Wahrheit weder schwarz noch weiß, sondern liegt in einer Grauzone. Außerdem wurde dieser Artikel vom renommierten Verlag Oxford University Press veröffentlicht, was als Interessenkonflikt interpretiert werden könnte. *

Unsere erste OER (Open Educational Resource)

Wed, 03 Feb 2021 00:00:00 +0000

Als ich meine neue Stelle an der Fakultät für Pharmazie antrat, war klar, dass ich mehr formalen Unterricht halten würde als zuvor. Auch wenn ich bereits zuvor Vorlesungen gehalten habe, habe ich dabei in der Regel lediglich einen Konferenzvortrag angepasst, in dem ich die Forschungsarbeit unseres Labors vorgestellt habe. Für Bachelor-Studierende reicht das jedoch nicht aus, weshalb ich meine Vorlesungen nun von Grund auf neu zusammenstelle. Obwohl viel von „Open Science“ die Rede ist, gibt es für die Themen, die ich unterrichte – Gen- und Protein-Engineering, Proteinwirkstoffe, Biologika –, kaum oder gar keine offenen Bildungsressourcen. Da ich der Meinung bin, dass es mehr frei zugängliches Lehrmaterial geben sollte, habe ich beschlossen, meine Vorlesungen frei zugänglich zu machen. Mir wurde jedoch schnell klar, dass es sehr schwierig ist, urheberrechtlich geschütztes Material durch freie Alternativen wie Public Domain oder unter einer Creative-Commons-Lizenz lizenziertes Material zu ersetzen. 80 % der Bilder und Illustrationen lassen sich leicht ersetzen, die nächsten 15 % kosten genauso viel Zeit wie die ersten 80 %, und für die letzten paar Bilder scheint es unmöglich, urheberrechtsfreie Alternativen zu finden. Letztendlich habe ich den Löwenanteil des Materials selbst erstellt. Für diese konkrete Vorlesung habe ich kein brauchbares Bild von Judah Folkman gefunden. Natürlich könnte ich, wenn Geld keine Rolle spielen würde, einfach eines für ein paar hundert Dollar kaufen, aber es wäre dennoch nicht möglich, dass andere es wiederverwenden könnten. Als vorübergehende Lösung habe ich selbst ein Bild gezeichnet. Ich kann nicht gut zeichnen, helft mir bitte, wenn ihr könnt! Heute habe ich endlich meine erste Vorlesung in die Library of Open Educational Resources hochgeladen: https://aoe.fi/#/materiaali/1212 . Es handelte sich um eine Einführungsvorlesung zum Thema Entdeckung und Entwicklung von Proteinwirkstoffen für Bachelor-Studierende der Pharmazie (Kurs PROV-105), die am 9. September 2020 gehalten wurde. Die „Library of Open Educational Resources“ wird vom finnischen Bildungsministerium gepflegt. Außerdem habe ich einen Eintrag in die Merlot-Sammlung (die wohl der größte OER-Katalog ist) vorgenommen: https://www.merlot.org/merlot/viewMaterial.htm?id=773405613.Allerdings bin ich mit der Situation nicht ganz zufrieden, da ich die Vorlesung mit Google Slides vorbereitet habe. Warum Google Slides? Leider ist dies die einzige funktionierende Software für die gemeinsame Bearbeitung von Präsentationen in Echtzeit. Aus diesem Grund ist die Originalversion der Vorlesungsfolien nicht auf aoe.fi verfügbar. Es gibt jedoch einen Link zu den Google Slides. Selbstverständlich habe ich dieselbe Präsentation nach der Konvertierung im PDF- und ODF-Format sowie alle bearbeitbaren Quelldateien (größtenteils im SVG-Format) beigefügt. Und sollte die gemeinsame Online-Bearbeitung von LibreOffice endlich nutzbar werden, werden wir wahrscheinlich auf diese umsteigen und Google Slides nicht mehr verwenden. Die Live-Online-Version ist die nützlichere Ressource. Abgesehen davon, dass es sich hierbei um die Originalversion der Präsentation handelt, wird sie auch regelmäßig aktualisiert (da ich diesen Vortrag wiederholt halten werde), während die hochgeladene PDF-/ODF-Datei mit der Zeit immer mehr veralten wird.UPDATEIch habe es inzwischen geschafft, eine weitere Vorlesung auf https://aoe.fi hochzuladen. Alle meine zukünftigen Beiträge werden auf meiner Sammelseite verfügbar sein.* *

Preprint und offene Begutachtung

Mon, 18 Jan 2021 00:00:00 +0000

Im Februar 2020 fragte mich Henry Kwok von der Universität Macau, ob ich einen Beitrag zu einer geplanten Sonderausgabe der Zeitschrift Biology leisten wolle. Er war Gastredakteur dieser Sonderausgabe zum Thema Proteasen – Von der Grundstruktur über die Funktion bis hin zum Wirkstoffdesign als gezielte Therapie. Das Thema entspricht genau dem, woran wir derzeit forschen: ob wir den lymphangiogenen Wachstumsfaktor VEGF-C über seine aktivierenden Proteasen gezielt beeinflussen können. Daher erklärte ich mich vorläufig bereit, einen Übersichtsartikel über die Aktivierung von VEGFs beizusteuern. Wir haben uns zum ersten Mal dafür entschieden, das Manuskript gleichzeitig als Preprint zur Verfügung zu stellen UND um eine offene Begutachtung zu bitten. Offene Begutachtung bedeutet, dass die Kommentare der Gutachter und unsere Erwiderung zusammen mit dem Artikel veröffentlicht werden, falls dieser angenommen wird.

Kostengünstiges PCR-basiertes Mutagenese-Kit

Thu, 26 Nov 2020 00:00:00 +0000

Wenn Sie Ihr DNA-Konstrukt modifizieren müssen, ist eine häufig verwendete Methode die PCR-basierte Mutagenese, bei der Sie die Mutation in die Mitte zweier komplementärer Primer einbauen. Alternativ können Sie für längere Insertionen einen Primer-Tag verwenden. Anschließend amplifizieren Sie einfach das gesamte Konstrukt mittels PCR. Dies funktioniert recht gut bei Konstrukten, die kleiner als ~10 kb sind. Zu diesem Zweck sind mehrere kommerzielle Kits erhältlich, die sich in den Details unterscheiden. Dazu gehören das QuickChange-Kit von Agilent und das Q5 SDM-Kit von NEB sowie das Phusion Site-Directed Mutagenesis Kit von ThermoFisher. Das QuikChange-Kit ist das teuerste (auch weil man es immer zusammen mit kompetenten Zellen kauft) und das NEB-Kit ist eher preisgünstig (168 € für mich hier in Finnland). Die meisten Kits sind für 10 Reaktionen ausgelegt. Aber was macht man, wenn man nur eine oder zwei Mutagenese-Reaktionen durchführen möchte? Kauft man das ganze Kit? Vor zwei Wochen stand ich vor dieser Frage. Ich ging zu unserem Enzym-Gefrierschrank und stellte fest, dass wir T4-DNA-Ligase, Polynukleotidkinase (PNK) und Phusion-Polymerase haben. Das ist alles, was man braucht, um sein eigenes Kit für die ortsspezifische Mutagenese herzustellen!

Bearbeitung der Zoom-Aufzeichnungen von Online-Unterricht mit FFmpeg

Wed, 25 Nov 2020 00:00:00 +0000

Basierend auf dem Feedback der Studierenden haben wir einen neuen Kurs für das TRANSMED MSc-Programm über Arzneimittelentwicklung organisiert. Es ist das, was man im Deutschen einen “Schnupperkurs” nennt. Ich habe nie eine zufriedenstellende Übersetzung dieses Wortes ins Englische gefunden. Es bedeutet, dass wir lediglich das Interesse der Studenten an diesem Thema wecken wollen. Wenn er ihnen gefällt, können sie einen der vielen vertiefenden Kurse belegen, die z.B. an der Pharmazeutischen Fakultät angeboten werden, wo es in den kommenden Jahren aufgrund des geplanten internationalen MSc-Programms in Pharmazie mehr Unterricht auf Englisch geben wird.

GeneCellNano-Flaggschiff

Wed, 18 Nov 2020 00:00:00 +0000

Das GeneCellNano-Programm wurde als Vorzeigeprojekt der Finnischen Akademie ausgewählt. Die Idee hinter diesem Vorzeigeprojekt ist es, mithilfe fortschrittlicher biologischer Technologien Fortschritte bei der Behandlung wichtiger Krankheiten zu erzielen. Zu den Zielkrankheiten zählen ischämische Herzerkrankungen, ausgewählte Krebsarten und Retinopathie. Der Antrag wurde von Seppo Ylä-Herttuala von der Universität Ostfinnland und Seppo Vainio von der Universität Oulu federführend eingereicht. Neben Gruppen dieser beiden Universitäten gehören dem Konsortium auch Gruppen der Aalto-Universität (Olli Ikkala) und der Universität Helsinki (Gruppen von Marjo Yliperttula, Timo Laaksonen, Hélder A. Santos, Tatu Lajunen und meine eigene) an.Link zur Pressemitteilung der Finnischen Akademie der Wissenschaften: https://www.aka.fi/en/about-us/whats-new/press-releases/20202/academy-of-finland-selects-four-new-finnish-flagships/

Exponentielles Wachstum

Wed, 11 Nov 2020 00:00:00 +0000

Im Gespräch mit Menschen, denen das Überleben der Menschheit wirklich am Herzen liegt, habe ich häufig die Meinung gehört: „Es ist zwar politisch nicht korrekt, das zu sagen, aber die Covid-19-Pandemie ist das Beste, was der grünen Agenda je passiert ist.“ Hätte sich SARS-CoV-2 als ebenso ansteckend wie Masern und ebenso tödlich wie Ebola erwiesen, wäre dies eine unmenschliche Lösung für das Problem der globalen Erwärmung gewesen. Ich gehe davon aus, dass in naher Zukunft ein militanter Umweltaktivist mit einer exzellenten Ausbildung in synthetischer Biologie ein solches Virus entwickeln wird, um den Planeten Erde zu retten. Wenn diese Person ihre Sache gut macht, wird sie Hitler als Inbegriff des Bösen für alle kommenden Generationen ablösen. SARS-CoV-2 war ein Unfall, aber vielleicht wird die nächste Pandemie tatsächlich von Menschenhand geschaffen sein – absichtlich von einem Verrückten. Mit PCR, Gibson-Assembly und CRISPR/Cas stehen allen Menschen auf diesem Planeten die notwendigen Werkzeuge zur Verfügung. Exponentielles Wachstum versteht jeder, der in den letzten neun Monaten nicht hinter dem Mond gelebt hat. Seltsamerweise scheinen derzeit nur die exponentiellen Funktionen der Virusausbreitung von Interesse zu sein. Jeder mit grundlegendem mathematischem Verständnis weiß, dass die Angabe „Wachstum in % pro Jahr“ eine Exponentialfunktion bezeichnet. Und jeder Wissenschaftler weiß, dass jedes exponentielle Wachstum in der realen Welt irgendwann abflachen muss, da alle Ressourcen begrenzt sind. Daher ist jedes Wirtschaftsmodell, das konstantes Wirtschaftswachstum erfordert, um das System am Laufen zu halten, auf lange Sicht zum Scheitern verurteilt. Die Frage ist nicht, OB, sondern nur, WANN der Zusammenbruch stattfinden wird und WIE er ablaufen wird. Exponentielles Wachstum in der Natur flacht auf verschiedene Weise ab: Es kann sich allmählich verlangsamen und sich einem linearen Wachstum annähern, bevor es zum Stillstand kommt. Es kann aber auch fast augenblicklich zum Stillstand kommen und auf den Ausgangswert zurückfallen. Ersteres trifft beispielsweise zu, wenn Bakterien in einem Reagenzglas wachsen. Letzteres trifft beispielsweise auf das Wachstum von Krebszellen in einem Organismus zu. Weiterlesen: http://www.igbp.net/globalchange/greatacceleration.4.1b8ae20512db692f2a680001630.html

Rekonstruktion der Sequenz eines Entry-Vektors (pENTR221) aus der OCAA-Bibliothek

Fri, 30 Oct 2020 00:00:00 +0000

Dieser Artikel richtet sich an Personen, die sich mit molekularer Klonierung beschäftigen. Genauer gesagt an diejenigen, die mit Gateway-Vektoren arbeiten. Nehmen wir an, Sie haben von jemandem einen Gateway-Klon erhalten. Sie kennen die Insertsequenz und Sie kennen das Backbone. Eines der gängigsten Backbones ist pENTR221. Nehmen wir als Beispiel das Insert der humanen CTSL1-cDNA, genauer gesagt den Klon mit der ID 100010639 aus der OCAA-Klon-Sammlung. Die Insert-Sequenz kennen Sie anhand der Zugangsnummer (BC012612).Sie benötigen die vollständige DNA-Sequenz dieses Vektors, um eine intelligente Klonierungssoftware wie SnapGene zur Unterstützung Ihres Klonierungsdesigns nutzen zu können. Diese Software setzt jedoch voraus, dass Sie über die vollständige Sequenz des Konstrukts (oder zumindest über die vollständigen Sequenzen seiner wichtigen Teile) verfügen. Wie finden Sie also die vollständige Sequenz des pENTR221-CTSL1-Klons heraus? Die Insertsequenz können Sie bei NCBI abrufen: Geben Sie einfach die Zugangsnummer ein, die Sie für Ihren Klon erhalten haben. Lade die Sequenz im Fasta- oder Genbank-Format herunter. Interessanterweise kennt die ansonsten so leistungsfähige SnapGene-Software den pENTR221-Vektor nicht. Du musst also nach dem Vektor-Backbone „pENTR221 DNA-Sequenz“ googeln. Sie erhalten viele Treffer; hier sind nur vier davon: 1. http://dnasu.org/DNASU/GetVectorDetail.do?vectorid=2792 . https://plasmid.med.harvard.edu/PLASMID/GetVectorDetail.do?vectorid=279 3. https://www.genomics-online.com/vector-backbone/48/pentr221/4 . http://yrgene.com/documents/vector/pentr221.pdfMatthias : Der Autor der vierten Quelle stellt die Sequenz in einer PDF-Datei zur Verfügung, was nicht empfehlenswert ist. Wenn Sie die DNA-Sequenz aus dieser Datei kopieren, wird sie völlig durcheinandergebracht, da PDF die Gruppierungen von jeweils 10 Nukleotiden nicht zeilenweise ausliest. Lieber Matthias, verwenden Sie kein PDF zur Verbreitung oder Dokumentation von DNA-Sequenzen! Wenn du es dennoch tun MUSST, füge dem PDF bitte eine reine Textdatei mit der Nukleotidsequenz als Anhang hinzu! Natürlich kannst du die DNA-Sequenz mit einem leistungsfähigen PDF-Tool wie PDF Studio Pro in der richtigen Reihenfolge extrahieren. Aus irgendeinem seltsamen Grund weicht die Sequenz der dritten URL von den anderen vier ab, da sie als einzige die vollständigen Verbindungsstellen (attL1 und attL2) enthält. Es spielt jedoch keine Rolle, welche der Sequenzen du für den Assembly verwendest, da die Unterschiede alle in dem Bereich liegen, der während des Assembly-Prozesses entfernt wird (ich weiß nicht, wie der pENTR221-Vektor für das Bibliotheksklonieren in meinem konkreten Beispiel vorbereitet wurde, aber es sieht für mich so aus, als wäre der ursprüngliche Vektor mit einem einzigen DraI-Schnitt (der stumpfe Enden erzeugt) geöffnet worden und dann wären zuerst die Linker und danach das Insert hinzugefügt worden. Ich schlage vor, dass du die Sequenz aus der dritten URL verwendest (da sie im Fasta-Format vorliegt), sie in SnapGene importierst und SnapGene gemeinsame Merkmale erkennen lässt. Nun brauchst du noch den Linker. Woher weißt du, welcher Linker verwendet wurde? Wir beziehen die meisten unserer Gateway-Klone aus einer hauseigenen Nachbildung der OCAA-Klonsammlung, und du kannst die vollständige Liste der Klone als Excel-Tabelle hier herunterladen. Die Daten enthalten für jeden Klon die verwendeten Linker (es gibt 8 verschiedene 5’-Linker und 16 verschiedene 3’-Linker). Leider scheint diese Excel-Tabelle einige Fehler zu enthalten, da manche Linker ein Stoppcodon enthalten, aber dennoch als „ohne Stopp“ gekennzeichnet sind und umgekehrt. Für unseren Beispielklon wurden folgende Linker verwendet: 5’-Linker: GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATG 3’-Linker:TAGGACCCAGCTTTCTTGTAC Fast alle 5’-Linker enthalten die Kozak-Sequenz (CACC) als letzte Nukleotide vor Beginn des Inserts, und einige enthalten zusätzlich zur Kozak-Sequenz auch das ATG selbst (wie der oben genannte). Am anderen Ende des Linkers lässt sich die homologe Sequenz leicht anhand des Endes von attL1 des pENTR221-Backbones (GTACAAAAAAG) identifizieren. Die 3’-Linker sind heterogener, enthalten jedoch alle die Sequenz CTTTCTTG aus attL2. Werden sie zur Herstellung von Klonen mit einem Stoppcodon verwendet, beginnen sie alle mit genau diesem Stoppcodon (TAG, TGA oder TAA). Nun müssen Sie nur noch den offenen Leserahmen aus Ihrer Insertsequenz zwischen die Linkersequenzen kopieren. Falls Ihr 3’-Linker das Start-ATG enthält, müssen Sie dieses überspringen. Kopieren Sie auch nicht das Stoppcodon, da es bei den „Klonen mit Stoppcodon“ immer im Linker enthalten ist und bei den „Klonen ohne Stoppcodon“ nicht vorhanden sein soll. In unserem Beispiel umfasst diese Sequenz die Nukleotide 202–1197 der Zugangsnummer BC012612 . Das wäre:AATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGNun fügen wir den Linker hinzu (erste und letzte Zeile):GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATGAATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGTAGGACCCAGCTTTCTTGTACNun haben wir das erste Problem: Es befindet sich ein Stoppcodon im 3’-Linker (direkt am Anfang der letzten Zeile), obwohl der Klon laut den uns vorliegenden Informationen „ohne Stoppcodon“ sein sollte.Wir haben den Klon sequenziert und festgestellt, dass der einzige Unterschied zwischen den Klonen mit und ohne Stoppcodon eine Mutation ist, die das TAG-Stoppcodon in ein TTG-Codon (Leucin) umwandelt. Daher ersetzen wir ein A-Nukleotid in der obigen Sequenz durch ein T-Nukleotid:GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATGAATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGTTGGACCCAGCTTTCTTGTACDer letzte Schritt besteht darin, diese Sequenz in die leere pENTR221-Sequenz einzufügen, die wir in SnapGene geöffnet haben. Konkret wählt man die 32 Nukleotide von 652 bis 687 aus und ersetzt sie durch die obige Sequenz. Voilà! Leider macht mir die Tatsache, dass die Linker nicht immer korrekt angegeben sind, ein ungutes Gefühl. Nach unserer eigenen Erfahrung enthalten die Bibliotheksreplikate des Orfeoms jedoch so viele Fehler, dass es ohnehin ratsam ist, das gesamte Insert mit T7- oder M13-Rev-Primern vom 3’-Ende und einem M13-Fwd-Primer vom 5’-Ende zu sequenzieren. Auf diese Weise können Sie eventuelle Linkerfehler aufdecken, die bei der Annotation der Klone unterlaufen sind.

Als Wissenschaftler nach Finnland?

Mon, 26 Oct 2020 00:00:00 +0000

Wenn man daran denkt, als Student oder als Wissenschaftler ins Ausland zu gehen, dann fallen einem als ersten die Angloamerikanischen Länder ein. Obwohl deren Anziehungskraft immer noch sehr stark ist, haben sie in letzter Zeit an Attraktivität eingebüsst. Im kontinentalen Europa zu bleiben, ist nicht mehr zwangsläufig eine Sackgasse für die Karriere. Finnland ist diesbezüglich sicherlich nicht die erste Wahl unter den potentiellen europäischen Zielen.Trotzdem hat sich - besonders unter StudentInnen - Finnland die Position eines Geheimtipps erarbeitet. Unter den Austausch-Studenten stellen übrigens die deutschen die grösste Gruppe, gefolgt von französischen, spanischen, niederländischen und italienischen StudentInnen. Die meisten unter ihnen kommen über das Erasmus-Program der Europäischen Union nach Finnland Ich habe vor kurzem einen Gastbeitrag auf dem Blog Claudias Helsinki darüber geschrieben, ob es sich lohnt, als Wissenschaftler nach Finnland zu kommen. Das Fazit kann in einem Satz zusammengefasst werden : Es gibt einige wissenschaftliche Bereiche, in denen Finnland Spitzenforschung betreibt.Darüberhinaus bieten finnische Universitäten zunehmend internationale MSc und PhD Studienprogramme an. Für die MSc Studiengänge wird eine Studiengebühr erhoben. Wer jedoch aus einem EU-Land kommt (oder wer sich mit einem Abschluss aus einem EU-Land bewirbt), der ist von der Studiengebühr befreit.Hier z.B. die Links zu den MSc- und PhD-Programmen, die an der Universität Helsinki angeboten werden:https://www.helsinki.fi/de/admissions/explore-our-international-masters-programmeshttps://www.helsinki.fi/de/research/doctoral-education/doctoral-schools-and-programmes

Medizinische Forschung in Finnland

Sun, 11 Oct 2020 00:00:00 +0000

Als Forscher nach Finnland? Warum nicht? And der Universität Helsinki gibt es eine ganze Reihe von Professoren aus dem deutschsprachigen Raum. Den Anteil ausländischer Forscher zu steigern ist ein explizites Ziel aller finnischen Universitäten.Was die Qualität der akademischen Forschung betrifft, liegt Finnland auf einem guten europäischen Mittelplatz. Nur eine einzige der 10 finnischen Universitäten schafft es unter die besten 100 Universitäten der Welt: die Universität Helsinki (Platz 74 im Schanghai-Ranking 2020 ). Demgegenüber schaffen es 4 deutsche Universitäten auf die ansonsten angloamerikanisch dominierte Liste (Ludwig-Maximilians-Universität München, Technische Universität München, Universität Heidelberg und Universität Bonn auf den Plätzen 51, 54, 57 und 87). Dabei muss gesagt werden, das diese Rankings einen Mittelwert über alle Forschungsgebiete einer Universität bilden.

Hochschulpädagogik (UP2.2, 2019): Lernbewertung und Feedback

Fri, 02 Oct 2020 00:00:00 +0000

Ausbildung zum qualifizierten Lehrer in FinnlandDie Studienanforderungen für das 60-Credit-Modul „Universitätspädagogik“ (UP) umfassen 25 Credits im Grundstudium und 35 Credits im Hauptstudium. Obwohl der Schwerpunkt des UP-Moduls auf der Lehre an der Universität liegt, qualifiziert der Abschluss dieses Moduls Sie auch für den Unterricht an Schulen. Das Pädagogikzentrum der Universität Helsinki organisiert die Kurse der Grundstudienmodule (25 ECTS-Credits) auf Englisch. Wenn Sie jedoch das gesamte Modul absolvieren möchten, müssen Sie Kurse belegen, die nur auf Finnisch oder Schwedisch angeboten werden. Das bedeutet, dass Sie ohne Finnisch- oder Schwedischkenntnisse kein qualifizierter („pätevä“) Lehrer werden können. Ich weiß nicht, ob mein Finnisch inzwischen gut genug ist, um das zu schaffen. Vorerst bleibe ich bei den Kursen, die auf Englisch unterrichtet werden.**Universitätspädagogik 2.2 (2019)**Im Herbstsemester 2019 belegte ich den Kurs UP2.2 (ohne zuvor UP2.1 absolviert zu haben). Wir hatten einen sehr netten Dozenten (Jokke Häsä), aber ich verstehe immer noch nicht, warum er von der Mathematik zur Pädagogik gewechselt ist. Sicherlich ein Gewinn für die Pädagogik, da er sich mit Statistik auskennt und wir einige interessante Diskussionen über die statistischen Aspekte der Arbeit von Johnston & Miles führten, die wir gelesen haben. Die Arbeit ist diesem Beitrag ebenfalls beigefügt, und die Darstellung ihrer statistischen Methoden lässt viel Raum für Interpretationen. Ich habe tatsächlich eine E-Mail an die Erstautorin geschickt, aber sie war erst vor wenigen Monaten in den Ruhestand gegangen. Obwohl ich keine Zustellungsfehlermeldung erhielt, hatte sie vielleicht einfach kein Bedürfnis mehr, zu antworten.BlindflugFür mich war eines der größten Probleme, dass ich bei der Vorbereitung meiner Aufgaben nichts zum Vergleichen hatte. Wenn ich Manuskripte für Fachzeitschriften schreibe, habe ich Tausende von Beispielen, die ich studieren und mit denen ich vergleichen kann. Deshalb habe ich während des Kurses beschlossen, alle meine Aufgaben zu veröffentlichen. Peinlichkeiten inklusive. Aber vielleicht haben zukünftige Teilnehmer von UP2.2 so etwas, womit sie vergleichen können. Eine Art Vorbild. Nicht perfekt, aber passabel. Ich veröffentliche nur meine eigenen Aufgaben.**Alle meine Aufgaben sind unter CC0 verfügbar (= ohne Auflagen)**All diese Inhalte werden unter der CC0 geteilt: Nutzt sie, wie ihr wollt, ihr müsst mich nicht als Urheber nennen. Nur die Gruppenarbeit fehlt hier noch, da ich dafür die Zustimmung aller benötigen würde, was nicht passieren wird. Ich hätte das schon vor 9 Monaten tun sollen, habe es aber einfach vergessen. Es war einfach zu viel anderes los.Ich habe mich im Kurs ganz gut geschlagen, aber ich habe immer noch keine AhnungWelche Note habe ich bekommen? Unsere Gruppenarbeit wurde mit einer 5 bewertet (auf einer Skala von 1 bis 5, wobei 5 die beste Note ist) und meine eigenen Beiträge mit einer 4. Vielen Dank an alle tollen Mitglieder des Teams Carbonara! Im Durchschnitt ergab das eine 5 für den gesamten Kurs. Aus irgendeinem seltsamen Grund zeigt die Moodle-Kursseite immer noch an, dass ich nur 66 % der Kursaufgaben abgeschlossen habe, aber WebOodi zeigt an, dass ich die Leistungspunkte erhalten habe. So viel zu den Wundern unserer IT-Systeme…

Michael Jeltsch: Beiträge zu Wikimedia, Wikipedia und ResearchGate

Tue, 29 Sep 2020 00:00:00 +0000

Durch meine Beiträge zu Wikimedia und Wikipedia kann ich als Forscher zuverlässiges Wissen der Gesellschaft besser zugänglich machen und die Verbindung zwischen Wissenschaft und Öffentlichkeit stärken. Aber warum sollte ich Beiträge zu ResearchGate , auch bekannt als „Facebook für Forscher“, leisten? Seit seiner Gründung spekulieren Wissenschaftler über die Hintergründe des ResearchGate-Projekts, zumal es sich um ein durch Risikokapital finanziertes, gewinnorientiertes Unternehmen handelt, das duzende Millionen Dollar von Investoren wie Bill Gates, Goldman Sachs, Peter Thiels Founders Fund und Benchmark eingesammelt hat. Investoren investieren solche Summen nicht, ohne eine zukünftige Rendite zu erwarten. Sicherlich ist ResearchGate eine praktische Plattform, um Artikel, die nicht frei zugänglich sind, zu teilen, zu finden und anzufordern. So nutze ich die Plattform hauptsächlich.

Entdeckung und Entwicklung von Proteinwirkstoffen

Wed, 09 Sep 2020 00:00:00 +0000

Gestern habe ich meine erste Zoom-Vorlesung zum Thema „Entdeckung und Entwicklung von Proteinwirkstoffen“ gehalten. Ich hoffe, dass die Studierenden zumindest etwas davon mitgenommen haben. Mein Ziel ist es, die gesamte Präsentation unter einer CC-Lizenz zu veröffentlichen, aber es gibt noch ein paar Bilder, die ich ersetzen muss. Ein erster Versuch ist selten eine Glanzleistung, und wir hatten auch unseren Anteil an technischen Problemen. Mein Headset hat zum ersten Mal seit dem Kauf zu Beginn der Covid-19-Pandemie den Geist aufgegeben. Und die Zoom-Umfragefunktion verschwand, bevor die Studierenden überhaupt die Gelegenheit hatten, sie zu nutzen, und es gelang uns nicht, sie wieder zum Laufen zu bringen. Hier ist der Link zur Live-Präsentation in Google Slides: https://mjlab.fi/pddd . Diese werden sich weiter ändern (= verbessern). Unten findet ihr den PDF-Schnappschuss der Präsentation vom eigentlichen Vorlesungstag. Die gesamte Präsentation ist CC-lizenziert. Ihr könnt sie also gerne wiederverwenden. Alle Quelldateien (größtenteils im Inkscape-SVG-Format) sind ebenfalls hier verfügbar: https://mjlab.fi/pddd-files . Ich habe alle SVG-Dateien in Inkscape erstellt, aber ihr könnt sie auch in jedem Browser öffnen oder in Adobe Illustrator bearbeiten. Wenn ihr Bilder bearbeiten oder extrahieren möchtet, ist es vielleicht am einfachsten, die Präsentation im Microsoft PowerPoint-, LibreOffice Impress- oder PDF-Format herunterzuladen. Ich habe noch nicht herausgefunden, wie ich die Google-Slides-Präsentation freigeben kann, ohne das Original für alle bearbeitbar zu machen (schließlich brauche ich eine gewisse Kontrolle über den Inhalt meiner Vorlesungen).Beachten Sie bitte, dass die Präsentation derzeit noch acht Bilder enthält, die unter Fair Use stehen oder deren Lizenzbedingungen unbekannt sind (auch wenn das rechtliche Konzept des „Fair Use“ außerhalb der USA eigentlich nicht existiert). Alle Bildquellen (mit Ausnahme meiner eigenen Bilder) sind in der Datei „README.txt“ mit den jeweiligen Lizenzen und Quell-URLs aufgeführt. Einige Bilder sind so alt, dass ich ihre ursprünglichen URLs nicht mehr ausfindig machen konnte. Daher bin ich mir hinsichtlich ihrer Lizenzbedingungen nicht sicher. Ich werde diese in den nächsten Wochen ersetzen, sobald ich CC-lizenzierte oder gemeinfreie Alternativen finden kann.

In „Duodecim“ veröffentlichte Übersichtsarbeit: Das Lymphsystem und das Auge

Fri, 28 Aug 2020 00:00:00 +0000

Englisch ist mit Abstand die wichtigste Sprache in der Wissenschaft. Dennoch besteht manchmal die Notwendigkeit, andere Zielgruppen als akademische Forscher anzusprechen. In Finnland ist die zweiwöchentlich erscheinende Zeitschrift Duodecim wohl die medizinische Fachzeitschrift mit der größten Reichweite unter den medizinischen Fachkräften des Landes. Daher entstand die Idee für einen finnischsprachigen Übersichtsartikel. Aus drei verschiedenen Blickwinkeln (aus den Labors von Sirpa Loukovaara, Kaisa Lehti und Michael Jeltsch) betrachten wir die proliferative diabetische Retinopathie (PDR), eine Augenkomplikation, die sich bei Diabetespatienten über Jahrzehnte hinweg langsam entwickelt und nach wie vor eine der Hauptursachen für Erblindung ist. Die Behandlung der PDR ist oft weniger erfolgreich, als sie es potenziell sein könnte. Wichtig ist, dass wir auch Fortschritte in der PDR-Forschung vorstellen, aus denen sich neue Ideen ergeben könnten, wie die derzeitigen Behandlungsschemata verbessert werden können. Die ursprüngliche finnische Fassung des Übersichtsartikels ist soeben online gegangen: https://www.duodecimlehti.fi/lehti/2020/16/duo15739 . Eine englische Übersetzung ist auf Zenodo verfügbar: https://doi.org/10.5281/zenodo.4005517 .

VEGF-C schützt die Blutbildung

Fri, 28 Aug 2020 00:00:00 +0000

Der vaskuläre endotheliale Wachstumsfaktor C (VEGF-C) wurde ursprünglich als der wichtigste Wachstumsfaktor für das Lymphsystem beschrieben. Und es überrascht nicht, dass eine konstitutive Inaktivierung beider VEGF-C-Genallele bei Mäusen letal ist. Im Laufe der Jahre haben Forscher jedoch weitere Funktionen von VEGF-C entdeckt. Im Jahr 2016 wurde gezeigt, dass VEGF-C für die Bildung roter Blutkörperchen (Erythropoese) in der fetalen Leber notwendig ist. Während der Embryonalentwicklung verlagert sich der Ort der Bildung roter Blutkörperchen zweimal: Zunächst vom Dottersack in die Leber (beim Menschen zwischen dem 3. und 4. Monat) und dann, drei Monate später, von der Leber ins Knochenmark, wo er für den Rest des Lebens verbleibt. Vegfc erwies sich als essenziell für die Mobilisierung, Reifung und Entkernung primitiver Erythroblasten. Wurde Vegfc am Embryotag 7,5 (E7,5) ausgeschaltet, waren die Besiedlung der Leber durch erythro-myeloide Vorläuferzellen sowie die Expansion der Makrophagen und Erythrozyten gestört ( https://doi.org/10.1182/blood-2015-12-687970 ).Ein Teil, jedoch nicht der gesamte Effekt, war auf das VEGF-C zurückzuführen, das von den hämatopoetischen Zellen selbst produziert wurde, was nicht überraschend ist, da bekannt ist, dass mehrere Blutzellen VEGF-C produzieren oder enthalten (z. B. Makrophagen, Thrombozyten). In der Veröffentlichung aus dem Jahr 2016 schien die adulte Hämatopoese unbeeinträchtigt zu sein, wenn VEGF-C bei 8 Wochen alten Mäusen ausgeschaltet wurde. Auch wenn die Erythropoese durch eine mit Phenylhydrazin (PHZ) stimulierte Anämie hochreguliert wurde oder wenn die Hämatopoese im Knochenmark mit Fluorouracil (5-FU) unterbunden wurde, waren keine wesentlichen Veränderungen zu beobachten. In der neuen Veröffentlichung zeigen wir jedoch, dass VEGF-C sehr wohl eine wichtige Rolle bei der Erholung des Knochenmarks von Strahlenschäden spielt und dass es zudem in der Lage ist, das Knochenmark proaktiv zu schützen, wenn es vor dem Auftreten der Strahlenschäden verabreicht wird. Der Effekt war teilweise auf Knochenmark-Endothelzellen und LepR+-Stromazellen zurückzuführen, die bei Stimulation mit VEGF-C Faktoren produzierten, die die Regeneration hämatopoetischer Stammzellen begünstigten ( https://doi.org/10.1182/blood.2020005699 ). Die Wirkung auf LepR+-Zellen war jedoch wahrscheinlich indirekt, da diese keine Rezeptoren für VEGF-C exprimieren. In Anbetracht früherer Daten, die eine Expression von VEGFR-2 auf hämatopoetischen Stammzellen ( https://doi.org/10.1038/nature00821 ) sowie von aviarem VEGFR-2 und -3 während der entwicklungsbedingten endothelialen/hämatopoetischen Differenzierung belegen ( https://www.pnas.org/content/94/10/5141 und http://dev.biologists.org/content/125/4/743 ) gezeigt wurde, kann meiner Meinung nach auch eine direkte Wirkung von VEGF-C nicht ausgeschlossen werden, obwohl diese nicht untersucht wurde.

Fett kann nicht nur Ihre Arterien verstopfen, sondern auch den Abfluss Ihres Spülbeckens.

Sun, 19 Jul 2020 00:00:00 +0000

Beruflich beschäftige ich mich mit dem Entwässerungssystem des menschlichen Körpers: dem Lymphsystem . Letzte Woche musste ich mich mit dem Abflusssystem unseres Spülbeckens befassen. Und siehe da: Ähnlich wie bei den Blutgefäßen des menschlichen Körpers , schien auch Fett eine Rolle bei der Verstopfung des Abflussrohrs unserer Küchenspüle gespielt zu haben. Der Abfluss war in den letzten Wochen immer träger geworden und schließlich komplett verstopft. Zuerst reinigte ich – wie üblich – das Siphonrohr, doch es war überraschend sauber. Dann dachte ich, dass vielleicht der Überlauf der Übeltäter sein könnte. Er war tatsächlich komplett verstopft. Man kann ihn zur Reinigung ganz einfach komplett entfernen: Man muss nur die Schraube lösen, mit der er am Spülbecken befestigt ist; am anderen Ende ist er nicht einmal mit einer Schlauchschelle am Hauptabfluss befestigt, man kann ihn einfach abziehen. Das Gerinnsel, das die Verstopfung verursacht hatte, war eklig, aber das Entfernen hat die Situation überhaupt nicht verbessert. Dann habe ich die Rohre ganz unten, wo sie aus der Wohnung führen, geöffnet und sie mit einer 2 Meter langen Abflussreinigungsbürste gereinigt, aber ich konnte keine Verstopfung feststellen, und das hat auch nicht geholfen. Es war jedoch klar, dass sich die Verstopfung stromabwärts befand, denn als ich Wasser in die Rohre goss, füllte sich das Rohr schnell bis zum Rand, und der Wasserstand sank nur sehr langsam. Da erinnerte ich mich an den 130 Tonnen schweren Fettklumpen, der vor einigen Jahren einen Hauptabwasserkanal in London verstopft hatte ( https://www.theguardian.com/environment/12.09.2017/total-monster-concrete-fatberg-blocks-london-sewage-system ), und vielleicht war auch hier ein Fettklumpen schuld. Um das Fett aufzulösen, beschloss ich, schnell große Mengen heißes Wasser (nicht kochend, sondern so heiß, wie es unser Warmwassersystem liefern konnte, nämlich 54 °C) in den Abfluss zu gießen (vielleicht etwa 100 Liter). Durch diese Maßnahme verschwand die Verstopfung sofort und vollständig.

Methanproduktion beim Menschen im Vergleich zur Methanproduktion bei Rindern

Sun, 19 Jul 2020 00:00:00 +0000

Vor einiger Zeit argumentierte ein Freund von mir, dass für ihn die Umstellung auf eine fleischlose Ernährung keinen großen Unterschied für die globale Erwärmung machen würde. Wenn manche Menschen tierische Proteinquellen durch pflanzliche ersetzen, würden sie viel mehr furzen und damit die Vorteile der reduzierten Treibhausgasemissionen durch den Viehbestand zunichte machen.Ich hatte keine Ahnung, ob dieses Argument stichhaltig war, aber schließlich habe ich eine grobe Berechnung angestellt. Selbst unter den großzügigsten Annahmen zieht dieses Argument nicht, da die Zahlen für die Treibhausgasemissionen bei Menschen und Kühen enorm unterschiedlich sind. Der Einfachheit halber habe ich nur Methan betrachtet, da es in diesem Zusammenhang im Vergleich zu Kohlendioxid viel wichtiger ist. Es scheint, dass Menschen bei einer ballaststoffreichen Ernährung etwa 10 mg Methan pro Tag produzieren ( http://dx.doi.org/10.1136/gut.32.6.665) , während grasgefütterte Kühe etwa 250 g produzieren ( http://www.fao.org/3/a0701e/a0701e00.htm , https://blogs.agu.org/geospace/2019/01/09/scientists-breathalyze-cows-to-measure-methane-emissions/) . Eine Kuh produziert 25.000 Mal mehr Methan als ein Mensch. Selbst wenn wir annehmen, dass ein Fleischesser kein Methan produziert und dass er im Laufe seines Lebens nur das Äquivalent einer einzigen Kuh verzehrt, greift das Argument um den Faktor von fast 1.000 zu kurz (Lebensdauer einer Kuh: 2 Jahre, Lebensdauer eines Menschen: 80 Jahre).Allerdings ist die Annahme, dass ein Fleischesser im Laufe seines Lebens nur das Äquivalent einer einzigen Kuh verzehrt, sehr großzügig. In Wirklichkeit ist dies höchst unwahrscheinlich, da eine Kuh beispielsweise nur 5 Lendensteaks liefert, aber 85 Pfund Rinderhackfleisch. Eine Kuh wiegt bei der Schlachtung etwa 450 kg, wovon kaum 200 kg verwertbares Fleisch sind. Wenn dies zur Befriedigung des Fleischbedarfs eines Durchschnittsmenschen verwendet wird (80 Jahre mit einem Fleischkonsum von 70 kg pro Jahr, https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_countries_by_meat_consumption) , ergibt sich eine Menge von 30 Kühen im Laufe des Lebens, sofern das gesamte Fleisch von Kühen stammt. Daher ist die Annahme, dass man im Laufe eines Lebens eine Kuh benötigt, selbst für Menschen mit minimalem Fleischkonsum viel zu optimistisch. Eine weitere interessante Tatsache, die mir bisher nicht bekannt war, ist, dass frei weidende Kühe dreimal so viel Methan produzieren wie Kühe in Fleischfabriken, die mit Mais gefüttert werden. So viel zum Thema „Bio-Fleisch“.

Die Entwicklung des Mülls

Wed, 08 Jul 2020 00:00:00 +0000

Einweg-Kaffeebecher haben Getränkedosen und -flaschen im Wettstreit um die gedankenloseste Müllentsorgung schon vor langer Zeit den Rang abgelaufen. Das gilt zumindest für Finnland und jene wenigen anderen EU-Länder, denen es gelungen ist, ein einigermaßen vernünftiges Pfandsystem für Dosen und Flaschen einzuführen. Doch dank COVID-19 entwickeln sich gebrauchte Gesichtsmasken zu einem starken Konkurrenten für Kaffeebecher.

Dr. Sawan K. Jha: Mechanismus der VEGF-C-Aktivierung […]

Mon, 01 Jun 2020 00:00:00 +0000

Mein erster Doktorand hat seine Dissertation zum Thema Mechanismus der VEGF-C-Aktivierung und deren Auswirkungen auf das Wachstum und die Regeneration des Lymphsystems erfolgreich verteidigt. Aufgrund der COVID-19-Situation haben wir die Veranstaltung virtuell organisiert und die Videokonferenzsoftware Zoom genutzt. Als Opponent fungierte Prof. Jonathan Sleeman von der Universität Heidelberg. Sowohl der Doktorand als auch der Opponent haben hervorragende Arbeit geleistet, und die Diskussion brachte mehrere neue Richtungen für die zukünftige Forschung ans Licht, an die ich zuvor noch nicht gedacht hatte. VEGF-C ist ein kniffliges Protein, und ich bin mir sicher, dass es für den fleißigen Forscher noch einige Überraschungen bereithält. Leider gab es keinen Empfang, kein Abendessen und keine karonkka (Abschlussfeier nach dem Abendessen), aber wir planen, später in diesem Jahr eine Feier zu veranstalten, sobald die COVID-19-Situation es zulässt!

Zukunftssicherung

Mon, 13 Apr 2020 00:00:00 +0000

Wird der Covid-19-Ausbruch mehr als nur vorübergehende Veränderungen in der Art und Weise mit sich bringen, wie sich unsere Gesellschaften auf die Zukunft vorbereiten? Werden wir die Organisation unserer Volkswirtschaften, die Lieferketten unserer Industrie, unser öffentliches Gesundheitswesen, unsere Art zu reisen und unseren Konsum zukunftssicher gestalten? Wenn die Geschichte als Anhaltspunkt dient, befürchte ich, dass aus dieser Krise nicht viel gelernt werden wird. Wahrscheinlich werden unsere Regierungen dafür sorgen, dass wir über genügend Mund-Nasen-Schutzmasken und eine bessere Infrastruktur verfügen, um bei künftigen Virusepidemien neue Virustests einzurichten. Virologen und Epidemiologen fordern schon seit Langem, dass wir uns auf eine Pandemie vorbereiten – bisher mit weniger Erfolg, als wir uns wünschen. Seit der Spanischen Grippe war klar, dass in einer global vernetzten Welt Viruspandemien unvermeidlich sind. Die Frage war nie, ob, sondern nur, wann die nächste eintreten würde. Wir hatten genügend Warnsignale: SARS, MERS, Ebola und die Schweinegrippe, um nur einige zu nennen. Andere Experten haben gewarnt und warnen weiterhin davor, sich auf globale Krisen anderer Art vorzubereiten. Ähnlich wie bei einer viralen Pandemie lautet die Frage nicht „ob“, sondern nur „wann“ der nächste große Asteroideneinschlag oder eine CME ( koronale Massenauswurf ) stattfinden wird. Ähnlich wie bei Covid-19 gab es für beides reichlich Warnsignale: das Tunguska-Ereignis , der Meteorit von Tscheljabinsk , das Carrington-Ereignis , der Sonnensturm von 2012 , um nur die bekanntesten zu nennen. Trotzdem sind wir auf solche Katastrophen nicht vorbereitet, und ich befürchte, dass die Regierungen die Parallelen zwischen dem Covid-19-Ausbruch und einer CME nicht erkennen. Leider können astronomische Ereignisse um Größenordnungen schlimmer sein als jede Pandemie.

Das Lymphsystem und das Auge

Wed, 12 Feb 2020 00:00:00 +0000

Unser gemeinsamer Übersichtsartikel über das Lymphsystem des Auges wurde von Duodecim zur Veröffentlichung angenommen. Neben einem Überblick über den aktuellen Wissensstand zum Lymphsystem des Auges konzentriert sich der Artikel auf die proliferative diabetische Retinopathie (PDR). Die PDR ist das fortgeschrittene Stadium der diabetischen Retinopathie, einer der sich langsam entwickelnden Komplikationen des Diabetes, die zur Erblindung führen kann. Seit langem ist bekannt, dass eine Schädigung der Blutgefäße in der Netzhaut ein zentrales Ereignis bei der Entstehung der Erkrankung ist. Die antiangiogene Therapie, die auf den wichtigsten angiogenen Wachstumsfaktor VEGF-A abzielt, ist ein Eckpfeiler der Behandlung. Die jüngste Entdeckung lymphatischer Gefäße bei dieser Erkrankung deutet jedoch darauf hin, dass es hilfreich sein könnte, auch die lymphatischen Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D ins Visier zu nehmen. Dies ist mein erster Beitrag zu einem Artikel, der auf Finnisch verfasst wurde. Zwar habe ich einige Sätze sogar selbst auf Finnisch verfasst, doch mein großer Dank gilt Ani und Timo, die die Fehler herausgesucht haben. Meine wichtigste Erkenntnis für ähnliche zukünftige Projekte (d. h. das Schreiben in einem Team, in dem wichtige Mitglieder die Zielsprache nicht sehr gut beherrschen) ist jedoch, dass man zunächst alles auf Englisch verfassen und anschließend in die Zielsprache übersetzen lassen sollte. Was gängige Sprachen angeht, ist DeepL das beste Tool für die automatisierte Übersetzung wissenschaftlicher Artikel. Allerdings beherrscht DeepL kein Finnisch, und die Einbindung der finnischen Sprache steht sicherlich nicht ganz oben auf der Prioritätenliste der Entwickler…

Schutz vor UV-Strahlung

Thu, 12 Dec 2019 00:00:00 +0000

** UV-Licht wird wie folgt klassifiziert UV-C (100 / 200–280 / 290 nm, kurzwelliges, starkes UV)UV-B (290–315 nm, mittellangwellig, mittleres UV) UV-A (315–400 nm, langwelliges UV, weiches UV, „schwarzes Licht“)Insbesondere bei UVC werden häufig unterschiedliche Wellenlängengrenzen verwendet, um die Grenzen zwischen den verschiedenen UV-Typen zu definieren. UVC-Wellenlängen unter 200 nm werden auch als „Vakuum-UV (VUV)“ bezeichnet. Andere unterscheiden das UVC-Spektrum und bezeichnen Wellenlängen im Bereich von 10 bis 200 nm als „UVC-VUV“. „Extremes UV (EUV)“ bezeichnet Wellenlängen im Bereich von 10–121 nm, wobei die Strahlung am kurzen Ende dieses Bereichs als ionisierend gilt (ähnlich wie Röntgenstrahlung). Mir ist jedoch keine eindeutige Wellenlängengrenze bekannt, die zur Unterscheidung zwischen ionisierender und nichtionisierender Strahlung herangezogen wird. Molekularbiologie Die meisten UV-Tische in der Molekularbiologie werden zur Abbildung von mit Ethidiumbromid gefärbter DNA in Agarosegelen verwendet. Diese UV-Tische arbeiten mit einer Wellenlänge von etwa 300 nm (meist 302 nm), einige verfügen jedoch auch über eine Option für längere Wellenlängen. Beispielsweise können die UV-Tische von Alpha Innotech, UVP, Inc., Ultra-Violet Products Ltd. und Analytik Jena (Modell LM-26E) bei einer Wellenlänge von 302 oder 365 nm betrieben werden. Als Faustregel gilt: Je länger die Wellenlänge, desto geringer ist die Schädigung der DNA (gleichzeitig schwächt sich auch das Signal des in die DNA eingebauten Ethidiumbromids ab). Es gibt auch 254-nm-UV-Lampen, diese sind jedoch für DNA-Arbeiten nicht geeignet, da sie bereits innerhalb weniger Sekunden Mutationen in der DNA verursachen. Das ist nicht überraschend, da das Absorptionsmaximum der DNA bei 260 nm liegt, was bedeutet, dass die DNA dort die größte Strahlungsmenge absorbiert. Somit stellen 302 nm einen Kompromiss zwischen Empfindlichkeit und DNA-Schäden dar. Die Arbeit mit einem UV-Tisch ist nicht ungefährlich, und ich würde vermuten, dass die UV-Gefahr größer ist als die Gefahr durch die Färbung mit Ethidiumbromid. Einige Forscher haben aus irrationalen Gründen übertriebene Angst vor Ethidiumbromid ( https://bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/ , http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide ). Ich habe bei einem meiner Kollegen einen „Sonnenbrand“ beobachtet, der durch zu lange Exposition gegenüber dem UV-Licht von UV-Tischen verursacht wurde. Eine Gesichtsmaske schützt zwar Ihr Gesicht, aber Sie können sich dennoch an den Händen oder am Dekolleté verbrennen. UV-durchlässige und UV-undurchlässige Materialien Anhand der (sichtbaren) Lichtdurchlässigkeit eines Materials lässt sich nicht erkennen, wie effektiv das Material UV-Licht absorbiert. Herkömmliches Acrylglas („Plexiglas“) ist für UV-Strahlung mit größerer Wellenlänge (auch UV-A genannt, 315–400 nm) durchlässig und eignet sich daher nicht zum Schutz der Augen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves / ). Acrylglas kann durch Zugabe von UV-absorbierenden Additiven UV-undurchlässig gemacht werden. UV-filterndes Acrylglas („Acryl in Museumsqualität“) weist unterschiedliche Eigenschaften auf. Liegt die UV-Wellenlänge unter ~ 375 nm, kann jedes UV-filternde Acrylglas verwendet werden. UF-4-Acrylglas bietet den geringsten Schutz: 80 % der UV-Strahlung bei 400 nm dringen durch eine 2 mm dicke Platte. UF-3 bietet einen besseren Schutz, und UF-5 absorbiert fast das gesamte gut sichtbare ultraviolette Licht (> 390 nm). Polycarbonat (PC) ist Ihr Freund Wenn Sie Schutz vor UV-Strahlung benötigen, ist Polycarbonat jedoch Ihr Freund. 3 mm dickes Polycarbonat ist für UV-Strahlung aus den meisten in der Molekularbiologie verwendeten UV-Quellen bis zu einer Wellenlänge von 400 nm praktisch vollständig undurchlässig. Deshalb werden UV-schützende Gesichtsmasken und Sonnenbrillen hauptsächlich aus Polycarbonat hergestellt. 2 mm, was etwas dicker ist als die typische Dicke von Polycarbonat-Sonnenbrillen, reicht in den meisten Fällen aus, ist jedoch im Vergleich zu dickeren Polycarbonatmaterialien nur bei UV-Strahlung über ~385 nm weniger effektiv (das heißt, gute Sonnenbrillen schützen Ihre Augen vor UV-Lampen in der Molekularbiologie, aber die Haut Ihres Gesichts ist dennoch der Strahlung ausgesetzt). Tatsächlich enthalten 2 mm dicke Sonnenbrillen aus Polycarbonat weniger als 2 mm Polycarbonat, da sich auf beiden Seiten des Polycarbonats eine kratzfeste, UV-absorbierende Beschichtung aufgebracht ist, da Polycarbonat sehr weich ist und leicht zerkratzt. Leider sind Polycarbonat-Kunststoffe schwer zu identifizieren, da ihre Nummer „7“ im Verzeichnis der Harz-Identifikationscodes (RIC) unter der Kategorie „Sonstige“ aufgeführt ist. Interpretation der Herstellerangaben **Wenn Sie die optischen Eigenschaften transparenter Materialien anhand der Tabellen überprüfen, werden Sie schnell feststellen, dass diese schwer zu interpretieren sind. Man stellt schnell fest, dass der Ansatz auf den Websites der Hersteller weniger wissenschaftlich, sondern eher werblich ist. Sie sprechen von UV-Strahlung in Prozent, erwähnen jedoch mit keinem Wort die Materialstärke, die einer der wichtigsten Aspekte für Absorption und Durchlässigkeit ist ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Ich vermute stark, dass sie eine Lichtweglänge (Dicke) von 2 mm verwenden; eine andere Möglichkeit wäre 1 cm (was eine weitere „Standard“-Länge ist). Falls Sie Insider-Informationen haben, kontaktieren Sie uns bitte!

Mobbing von oben

Fri, 22 Nov 2019 00:00:00 +0000

Einige Zahlen aus der „Nature“-Umfrage unter Absolventen aus dem Jahr 2019 ( https://www.nature.com/articles/d41586-019-03535-y ) sind beunruhigend. Nur sehr wenige der Befragten stammten aus Finnland, weshalb die Gesamtzahlen für Finnland mit Vorsicht zu betrachten sind. Doch jeder einzelne Vorfall ist schon einer zu viel. Was mich am meisten beunruhigt, ist a) dass gemobbte Doktoranden in Finnland das Gefühl haben, sie könnten nicht ohne Konsequenzen über ihre Erfahrungen sprechen, und b) dass Mobbing von oben in Finnland möglicherweise stärker verbreitet ist als Mobbing durch Gleichaltrige (wenn man andere wissenschaftliche Mitarbeiter zum „Oben“ zählt). Ein Studierender berichtete Berichten zufolge von Mobbing durch den Studiengangsleiter (was unter „Sonstiges“ fällt, das von Nature in der Grafik nicht separat aufgeführt wurde). Aufgrund von Rundungen und Mehrfachnennungen ergeben die Zahlen zusammen nicht 100 %.

Schutz vor UV-Licht

Fri, 15 Nov 2019 00:00:00 +0000

Zunächst einige DefinitionenUV-C (100/200–280/290 nm, kurzwelliges, hartes UV)UV-B (290–315 nm, mittelwelliges, intermediäres UV)UV-A (315–400 nm, langwelliges UV, weiches UV, „Schwarzlicht“) Insbesondere bei UV-C werden gelegentlich unterschiedliche Wellenlängengrenzen verwendet, um die Abgrenzungen zwischen den verschiedenen UV-Typen zu definieren. Manche schließen Wellenlängen unter 200 nm aus dem UV-C-Bereich aus und bezeichnen sie als „Vakuum-UV (VUV)“. Andere unterteilen das UV-C-Spektrum weiter und bezeichnen die Wellenlängen zwischen 10 und 200 nm als „UV-C-VUV“. „Extrem-UV (EUV)“ bezieht sich auf Wellenlängen zwischen 10 und 121 nm; am kurzen Ende dieses Bereichs gilt die Strahlung als ionisierend (ähnlich wie Röntgenstrahlen). Mir ist jedoch keine klare Wellenlängengrenze bekannt, die zur Abgrenzung zwischen ionisierender und nichtionisierender Strahlung herangezogen wird. Molekularbiologie Die meisten UV-Tische für die Molekularbiologie werden zum Nachweis von mit Ethidiumbromid gefärbter DNA in Agarosegelen verwendet. Sie verwenden eine Wellenlänge um 300 nm (meist 302 nm), doch einige bieten auch eine Option mit längerer Wellenlänge an (z. B. kann das Alpha Innotech LM-26E bei 302 oder 365 nm betrieben werden). Als Faustregel gilt: Je länger die Wellenlänge, desto geringer ist die Schädigung der DNA (allerdings wird auch das Signal des in die DNA eingeklemmten Ethidiumbromids schwächer). Es gibt 254-nm-UV-Lampen, diese sind jedoch für DNA ungeeignet, da sie die DNA innerhalb von Sekunden mutieren lassen. Das ist nicht überraschend, da das Absorptionsmaximum der DNA selbst bei 260 nm liegt, was bedeutet, dass die maximale Strahlungsmenge von der DNA absorbiert wird. Daher stellt die 302-nm-Wellenlänge einen Kompromiss zwischen Empfindlichkeit und DNA-Schädigung dar. Die Arbeit mit einem UV-Tisch ist nicht ganz ungefährlich, und ich würde davon ausgehen, dass von der UV-Strahlung eine größere Gefahr ausgeht als von der Ethidiumbromid-Färbung, vor der manche Menschen (Wissenschaftler!) aus dem einen oder anderen irrationalen Grund übermäßige Angst haben ( https://bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/ , http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide ). Ich habe bei einem meiner Kollegen einen „Sonnenbrand“ beobachtet, der durch zu lange Einwirkung von UV-Licht aus UV-Tischen verursacht wurde. Die Gesichtsmaske schützt zwar Ihr Gesicht, aber Ihre Arme oder Ihr Dekolleté können dennoch einen Sonnenbrand erleiden.UV-durchlässige und UV-undurchlässige MaterialienAnhand der (sichtbaren) Lichtdurchlässigkeit eines Materials lässt sich nicht erkennen, wie effizient das Material UV-Licht absorbiert. Herkömmliches Acrylglas („Plexiglas“) ist für UV-Strahlung höherer Wellenlängen (auch UV-A genannt, 315–400 nm) durchlässig und eignet sich daher nicht zum Schutz der Augen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves/ ). Acrylglas kann durch Zugabe von UV-absorbierenden Additiven UV-undurchlässig gemacht werden. UV-filterndes Acrylglas („Museum-Acryl“) ist in verschiedenen Qualitäten erhältlich. Liegt die UV-Wellenlänge unter ~375 nm, ist jede UV-filternde Acrylglasqualität geeignet. UF-4-Acrylglas bietet den geringsten Schutz: 80 % des 400-nm-UV-Lichts werden durch eine 2-mm-Platte hindurchgelassen. UF-3 schützt besser und UF-5 absorbiert fast das gesamte UV-Licht im nahen sichtbaren Bereich (>390 nm).Polycarbonat (PC) ist Ihr VerbündeterWenn Sie jedoch Schutz vor UV-Strahlung benötigen, ist Polycarbonat Ihr Verbündeter. 3 mm dickes Polycarbonat ist für UV-Strahlung aus den meisten in der Molekularbiologie verwendeten UV-Quellen bis zu 400 nm praktisch vollständig undurchlässig. Daher werden UV-schützende Gesichtsmasken und Sonnenbrillen meist aus Polycarbonat hergestellt. 2 mm – was etwas dicker ist als die typische Dicke von Polycarbonat-Sonnenbrillen – reichen meist aus, doch die im Vergleich zu dickerem Polycarbonat geringere Absorptionsleistung spielt nur bei UV-Strahlung oberhalb von ~385 nm eine Rolle (daher schützen gute Sonnenbrillen Ihre Augen zwar vor UV-Lampen aus der Molekularbiologie, Ihre Gesichtshaut ist jedoch weiterhin der Strahlung ausgesetzt). Tatsächlich besteht eine 2 mm dicke Polycarbonat-Sonnenbrille aus weniger als 2 mm Polycarbonat, da sie auf beiden Seiten des Polycarbonats eine kratzfeste, nicht UV-absorbierende Beschichtung aufweist, da Polycarbonat sehr weich ist und sehr leicht zerkratzt wird. Leider sind Polycarbonat-Kunststoffe schwer zu erkennen, da ihre Nummer „7“ auf der Liste der Kunststoffkennzeichen (RIC) lautet, die unter „Sonstige“ zusammengefasst ist.Interpretation der HerstellerangabenWenn man die Datenblätter zu den optischen Eigenschaften transparenter Materialien prüft, stellt man schnell fest, dass diese schwer zu interpretieren sind. Man merkt schnell, dass der Ansatz auf den Websites der Hersteller weniger wissenschaftlich, sondern eher werblich ist. Sie sprechen von der UV-Durchlässigkeit in Prozent, erwähnen jedoch nirgends die Dicke des Materials, die einer der wichtigsten Aspekte der Absorption/Durchlässigkeit ist ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Ich vermute stark, dass sie einen Lichtweg (Dicke) von 2 mm verwenden; die andere Möglichkeit wäre 1 cm (was die andere „Standard“-Länge ist). Falls Sie Insiderwissen dazu haben, lassen Sie es mich bitte wissen!

Die Universität Helsinki unterliegt im Rechtsstreit um die Rechtmäßigkeit der Massenentlassungsverfahren von 2015

Wed, 16 Oct 2019 00:00:00 +0000

Im Jahr 2015 entließ die Universität Helsinki rund 370 ihrer Mitarbeiter (und verlängerte die befristeten Verträge von etwa ebenso vielen nicht). Viele konnten ihren Arbeitsplatz nur behalten, weil ihre Verträge nicht gerade zu dem Zeitpunkt ausliefen, als das „Zentralkomitee“ der Universitätsverwaltung überreagierte, als es erkannte, wie schlecht die finanzielle Lage der Universität tatsächlich geworden war. Etwa zehn Jahre konservativer Sparpolitik gipfelten im Frühjahr 2015 in der Wahl der neuen Regierung unter der Führung des finnischen Unternehmers Juha Sipilä, der mitverantwortlich für die massiven Mittelkürzungen war, die Ende 2015 zu den massiven Entlassungen führten.Im vergangenen Monat entschied ein finnisches Bezirksgericht, dass die Entlassungen insofern rechtswidrig waren, als die Universität Helsinki in mehreren Punkten gegen das finnische Gesetz verstoßen hatte („ Yhteistoimintamenettelylaki “, auf Deutsch etwa „Gesetz über die Zusammenarbeit in Unternehmen“). Insbesondere tadelte das Gericht die Universität für ihre Informationspolitik und das Fehlen von Versuchen, über Alternativen zu den Entlassungen zu verhandeln. Genau so empfanden es damals die meisten Beschäftigten: Die zentrale Verwaltung hatte in einigen Hinterzimmertreffen eine „Lösung“ ausgeheckt, ohne die Betroffenen zu konsultieren, und diese Lösung dann rücksichtslos und ohne Rücksicht auf die Folgen durchgesetzt.Die den Klägern zugesprochenen Entschädigungen beliefen sich je nach Dauer ihrer Beschäftigung auf 5.000 oder 6.000 €. Man kann über die Vor- und Nachteile der US-amerikanischen Rechtsauffassung zu Entschädigungen streiten (die eher auf Abschreckung als auf Entschädigung abzielt), aber selbst für eine finanziell angeschlagene Universität werden werden 64.000 € (einschließlich 35.000 € Prozesskosten und 29.000 € Entschädigung für die fünf Kläger) weder den Klägern nennenswert helfen noch irgendeine Universität davon abhalten, solche Handlungen zu wiederholen. Und nach der Reaktion zu urteilen, teilt die zentrale Verwaltung der Universität nicht die Auffassung des Landgerichts, dass das Verfahren nicht rechtskonform war. Die größte skandinavische Tageszeitung „Helsingin Sanomat“ berichtete über diesen Fall: https://www.hs.fi/politiikka/art-2000006245821.html sowie viele andere Zeitschriften, z. B. http://www.acatiimi.fi/6_2019/12.php .

Lymphologie 2019

Sat, 12 Oct 2019 00:00:00 +0000

Vor einer Woche war ich in Deutschland, um an der Tagung Lymphologie 2019 teilzunehmen, die in Bad Krozingen bei Freiburg stattfand.Die Tagung wird alle zwei Jahre gemeinsam von der DGL ( Deutsche Gesellschaft für Lymphologie ) und der GDL ( Gesellschaft Deutschsprachiger Lymphologen ). Die Tagung ist insgesamt sehr praxisnah und klinisch ausgerichtet, mit vielen Workshops und praktischen Ratschlägen. Daher ist sie für Praktiker, die Deutsch verstehen, sehr zu empfehlen. Es gibt jedoch auch einen „Grundlagenwissenschafts“-Track, und den Organisatoren gelingt es immer wieder, einige namhafte Wissenschaftler für diesen Track zu gewinnen (siehe hier: https://www.lymphologie-kongress.de/programm/samstag-03-10-15/) . Bemerkenswert ist, dass die Vorträge auf Deutsch gehalten werden, was die Rekrutierung nicht gerade erleichtert. Lymphologen in Deutschland spielen mit ihren einzigartig spezialisierten Experten und Einrichtungen ( Földiklinik ) weiterhin eine führende Rolle bei der Behandlung von Lymphödemen (und seit kurzem auch von Lipödemen), doch auch in Deutschland ist Englisch zur Sprache der biomedizinischen Forschung geworden. Dennoch besteht nach wie vor Bedarf an der Verbreitung von Forschungsergebnissen in deutscher Sprache, weshalb ich gelegentlich Beiträge für die deutschsprachige Fachzeitschrift „Lymphologie in Forschung und Praxis“ verfasse

ISK 2019

Thu, 10 Oct 2019 00:00:00 +0000

Das Internationale Symposium über Kallikreine und kallikreinverwandte Peptidasen (ISK) fand vom 25. bis 27. September in Prag statt. Da ich nicht aus dem Kallikrein-Bereich komme, habe ich viel gelernt. Mir war beispielsweise nicht bewusst, dass KLK4 Plasminogen aktivieren kann (eine Tatsache, die möglicherweise einige unserer früheren, widersprüchlichen Ergebnisse erklärt, bei denen KLK4 in Zellkulturen gelegentlich VEGF-C schwach zu aktivieren schien). Es überraschte nicht, dass viele Teilnehmer an unseren Erkenntnissen interessiert waren, wonach KLK3/PSA die Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D aktivieren können, die beide an der Krebsprogression, insbesondere an der Metastasierung, beteiligt sind. Sie bestätigten, dass es noch nicht sehr viele Forschungsarbeiten zu den Auswirkungen von KLK3/PSA-Mutationen auf die menschliche Fruchtbarkeit gibt, aber ich bin mir sicher, dass sich jemand damit befassen wird. Auch wenn es als prestigeträchtiger gilt, einen Vortrag zu halten, als ein Poster zu präsentieren, muss ich das noch einmal überdenken und werde beim nächsten Mal vielleicht ein Poster präsentieren. Was mir am besten gefallen würde: einen Vortrag halten UND ein Poster präsentieren. Warum bieten so wenige Konferenzen diese Möglichkeit an? Wie tief kann man in ein Thema einsteigen, wenn man nur 15 Minuten auf der Bühne hat? Hat sich die Aufmerksamkeitsspanne der Konferenzteilnehmer in den letzten Jahrzehnten aufgrund von Facebook, YouTube und Instagram wirklich verringert? Vielleicht: https://www.telegraph.co.uk/science/2016/03/12/humans-have-shorter-attention-span-than-goldfish-thanks-to-smart/The Die Atmosphäre auf der Konferenz war wirklich freundlich und kooperativ, vielleicht auch aufgrund der relativ geringen Teilnehmerzahl. Sollten wir unseren Ausflug in das KLK-Feld tatsächlich ausweiten, kann ich mich an viele Experten wenden, die mir helfen können. Ich habe auch einige Forscher der Karls-Universität Prag kennengelernt, die sich mit Lymphforschung beschäftigen, und es sieht so aus, als könnten wir uns mit unseren spezifischen experimentellen Möglichkeiten gegenseitig unterstützen. Alles in allem eine sehr erfolgreiche Reise. Abgesehen vom Rückflug mit der Lufthansa, der in Frankfurt so spät zum Umsteigen ankam, dass ich es nicht geschafft habe, dort auf dem Rückweg noch einzukaufen, wie ich es ursprünglich geplant hatte (viele Geschäfte in Deutschland schließen bereits um 17 Uhr).

Finnische Zusammenfassung unserer jüngsten Arbeit zum Thema PSA (Prostata-spezifisches Antigen) in „Duodecim“

Sun, 25 Aug 2019 00:00:00 +0000

In der finnischen medizinischen Fachzeitschrift Duodecim ist eine interessante Zusammenfassung in finnischer Sprache zu unserer jüngsten Erkenntnis zu finden, dass PSA (Prostata-spezifisches Antigen) VEGF-C und VEGF-D aktiviert: Das Prostatakrebs-Marker-PSA aktiviert Wachstumsfaktoren in Blut- und Lymphgefäßen, die an der Ausbreitung von Krebs beteiligt sind ( https://www.duodecimlehti.fi/lehti/2019/15/duo15024 ). Angesichts der dominierenden Stellung der englischen Sprache in der Medizin (und den Lebenswissenschaften im Allgemeinen) ist Duodecim wohl die einzige noch relevante medizinische Fachzeitschrift in finnischer Sprache. Duodecim ist die Publikation des gleichnamigen finnischen Ärzteverbandes.

Kurs zur Proteinreinigung 2019

Wed, 31 Jul 2019 00:00:00 +0000

Auch in diesem Dezember veranstalten wir wieder den DPBM-Kurs zur Proteinreinigung in unserem Labor. Sichern Sie sich Ihren Platz, denn dieser praxisorientierte Kurs ist sehr beliebt und es gibt nur 16 Plätze. Sie können Ihr eigenes Protein mitbringen, und wir passen das Kursprogramm individuell an Ihre Bedürfnisse an!Weitere Informationen: http://research.med.helsinki.fi/corefacilities/b3p/teaching.htmlRegistration : https://courses.helsinki.fi/en/dpbm-135/131042336

Begutachtung von Manuskripten durch das Anbringen von Anmerkungen in PDF-Dateien

Fri, 28 Jun 2019 00:00:00 +0000

Manuskripte für das wissenschaftliche Peer-Review-Verfahren werden als PDF-Dateien eingereicht. Daher erscheint es am naheliegendsten, die PDF-Datei selbst mit Anmerkungen zu versehen, anstatt die Kommentare als separate Textdatei einzureichen. Viele Einreichungssysteme erlauben es jedoch nicht, Kommentare in Form einer mit Anmerkungen versehenen PDF-Datei einzureichen.Zudem gibt es keinen benutzerfreundlichen kostenlosen/Open-Source-PDF-Editor für Linux (meine bevorzugte Plattform). Zwar gibt es PDFEdit ( http://pdfedit.cz/en/index.html) , doch dessen Bedienung erfordert einen erheblichen Lernaufwand, und die letzte Version stammt bereits aus dem Jahr 2012. Es gibt kostenlose Online-PDF-Editoren (z. B. https://www.pdfescape.com/) , aber manchmal benötige ich ein lokales Tool. Obwohl es weder Open Source noch kostenlos ist, ist das Tool meiner Wahl PDF Studio Pro . Es verfügt über alle Funktionen, die ich brauche (eigentlich sogar viel mehr, als ich brauche), ist wirklich plattformübergreifend (Windows, Mac, Linux), einfach zu bedienen und für das, was es bietet, sehr erschwinglich (129 US$ für eine einmalige, unbefristete Lizenz). Leider bietet Quoppa Software – der Hersteller von PDF Studio – keine akademischen Rabatte an.PDF Studio ViewerVor einiger Zeit haben die Entwickler von PDF Studio begonnen, eine kostenlose Version namens PDF Studio Viewer anzubieten. Diese kostenlose Version ist im Laufe der Zeit immer nützlicher geworden. Seit letztem Jahr unterstützt sie auch das Anbringen von Anmerkungen in PDF-Dateien, was für meine Arbeit sehr wichtig ist, vor allem wenn ich wissenschaftliche Manuskripte begutachte. Für viele akademische Nutzer dürfte der PDF Studio Viewer völlig ausreichend sein.LibreOffice und InkscapeNatürlich lassen sich PDF-Dateien mit LibreOffice Draw und Inkscape bearbeiten, doch diese Programme sind nicht speziell für das Hinzufügen von Anmerkungen ausgelegt. Wenn Sie umfangreiche Anmerkungen vornehmen müssen, wird der Vorgang schnell sehr mühsam. Zudem kann die Bearbeitung in Inkscape destruktiv sein (z. B. wenn Sie Text ändern), aber ich habe das Programm beispielsweise zum Ausfüllen von Formularen verwendet.Abgesehen vom Fehlen spezieller Anmerkungs- und Überprüfungswerkzeuge („Markierungen“ wie „Text ersetzen“, „Text durchstreichen“, „Text löschen“, „Text einfügen“ oder Callouts), ist LibreOffice Draw eigentlich ein recht leistungsfähiger PDF-Editor, versagt jedoch manchmal noch beim korrekten Öffnen sehr komplexer PDF-Dokumente (ich hatte Probleme mit Hintergrundbildern/Mustern). Seltsamerweise werden die einzigen Überprüfungswerkzeuge (Kommentare) standardmäßig nicht exportiert. Du musst das Kontrollkästchen „Kommentare exportieren“ aktivieren, wenn du deine bearbeitete PDF-Datei als PDF exportierst (der Vorgang „Speichern“ erstellt eine ODG-Datei, die du wahrscheinlich nicht haben möchtest).PDFsamWenn Sie keine Anmerkungen hinzufügen müssen, reicht Ihnen vielleicht das Open-Source-Tool PDFsam . Im Gegensatz zu PDFEdit ist PDFsam in den Ubuntu-Repositories verfügbar. PDFsam bietet außerdem zwei kostenpflichtige Versionen ( PDFsam Enhanced und PDFsam Visual ). PDFsam Basic (die Open-Source-Version) ist lediglich eine einfache grafische Benutzeroberfläche, die auf einigen Befehlszeilen-Dienstprogrammen aufsetzt, während der PDF Studio Viewer ein echtes visuelles Bearbeitungserlebnis bietet. Zu den kostenpflichtigen Versionen von PDFsam kann ich nichts sagen, da sie nicht als kostenlose Testversionen verfügbar sind. Tatsächlich lassen sich alle Funktionen von PDFsam über die Befehlszeile ausführen (siehe hier meinen Blogbeitrag darüber, wie man gängige PDF-Bearbeitungsaufgaben hauptsächlich mit dem Befehlszeilentool pdftk durchführt).Dateigröße reduzierenPDFsam Basic und der PDF Studio Viewer bieten keine Funktionen zur Reduzierung der Dateigröße. Im PDF-Exportdialog von LibreOffice Draw können Sie die Bildauflösung und die JPEG-Komprimierung verringern, um so die Dateigröße zu reduzieren. Im Open-Source-Bereich scheinen jedoch nur Befehlszeilentools in der Lage zu sein, die PDF-Größe zu reduzieren. Ich verwende ghostscript für diese Aufgabe, aber der Befehl ist nicht leicht zu merken:gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/screen -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdfBei PDF Studio Pro müssen Sie sich die verschiedenen Schlüsselwörter für die unterschiedlichen Ausgabequalitätsoptionen (Bildschirm, E-Book, Drucker, Druckvorstufe) natürlich nicht merken, da Sie einfach aus dem Dropdown-Menü zwischen den verfügbaren Optionen wählen können. Wenn Sie nach einem Open-Source-Wrapper für Ghostscript suchen, probieren Sie vielleicht workerPdf aus. Dokumente signieren und Signaturen hinzufügen Mit dem PDF Studio Viewer können Sie Dokumente signieren, wenn Sie über ein DocuSign-Abonnement verfügen. Mir geht es jedoch in erster Linie darum, selbst nachweisen zu können, dass ich ein bestimmtes Dokument erstellt habe („selbstsignierte Signatur“), und nicht darum, dass andere meine Urheberschaft überprüfen können. Für dieses Szenario hat man mit dem PDF Studio Viewer leider kein Glück. Und offenbar bietet PDFSam keine Möglichkeit zum Signieren (weder selbstsigniert noch durch Dritte). LibreOffice Draw ermöglicht jedoch das Signieren von Dokumenten! Ich habe nach einer erschwinglichen Lösung (nicht selbstsigniert, aber von anderen PDF-Readern als vertrauenswürdig anerkannt) zum Signieren von PDF-Dokumenten gesucht, aber es scheint keine geeignete Lösung zu geben, wenn man nur selten signieren muss. Der Basisplan von DocuSign (10 US$/Monat) erscheint zu teuer, wenn man nur ein Dokument pro Monat signiert.FazitWenn man bei kostenlosen oder Open-Source-Lösungen bleiben möchte, muss man wahrscheinlich mehrere Tools kombinieren, um alle typischen PDF-Bearbeitungsaufgaben problemlos zu bewältigen: PDFsam Basic, LibreOffice Draw, PDF Studio Viewer und Ghostscript. Wenn Sie jedoch häufig PDFs bearbeiten (so wie ich), ist der Kauf von PDF Studio Pro eindeutig die richtige Wahl.

Neuverwendung des Wachstumsfaktors VEGF-C

Sat, 22 Jun 2019 00:00:00 +0000

In einem eLIFE-Digest wird unsere aktuelle Veröffentlichung zu VEGF-C vorgestellt ( https://elifesciences.org/digests/44478/re-purposing-the-growth-factor-vegf-c ). Auch wenn sich unsere Forschung nicht eingehend mit der Funktion von VEGF-C während der Fortpflanzung befasste, geben die Kommentare der Gutachter und unsere Antworten (unter der Überschrift „Antwort des Autors“) mehr Einblick als die Veröffentlichung selbst. Wir haben die Daten zur Spermienmotilität nicht in das Manuskript aufgenommen. Obwohl deren Ausmaß manchmal beeindruckend war, konnten wir nicht immer eine erhöhte Spermienmotilität als Reaktion auf aktives VEGF-C messen. Wie allgemein bekannt ist, weist Sperma als biologische Probe stark schwankende Konsistenz und Qualität auf. Interessanterweise liefert ein vor zwei Jahren in eLIFE veröffentlichter Artikel zusätzliche Einblicke in das, womit wir es möglicherweise zu tun haben: Das Risiko der Spermienkonkurrenz führt zu schnellen Anpassungen des Ejakulats, vermittelt durch die Samenflüssigkeit . Dieser Artikel zeigt, dass die Schwimmgeschwindigkeit von Spermien von den Männchen je nach sozialer Situation (Anwesenheit eines Weibchens oder eines männlichen Konkurrenten) rasch reguliert wird. Meiner Meinung nach scheinen solche Faktoren bei der Arbeit mit menschlichen Proben fast unmöglich zu kontrollieren zu sein…Allerdings bezieht sich der Titel mehrdeutig auch auf Krebs. Auf der Grundlage unserer Daten vermuten wir, dass VEGF-C von seiner lymphangiogenen Funktion auf eine angiogene und darüber hinaus auf eine metastasenfördernde Rolle umfunktioniert werden kann.

Lymphologische (Grundlagen-)Forschung: wie funktioniert das?

Wed, 29 May 2019 00:00:00 +0000

Vortrag für den 43. Jahreskongress der Deutschen Desellschaft für Lymphologie

PD Dr. Michael Jeltsch Universität Helsinki & Wihuri-Forschungsinstitut Haartmaninkatu 8 FIN-00290 Helsinki, Finnland michael@jeltsch.org

KLK3/PSA und Cathepsin D aktivieren VEGF-C und VEGF-D

Sat, 18 May 2019 00:00:00 +0000

Das prostataspezifische Antigen (PSA) ist – zumindest unter älteren Männern – als Marker für Prostatakrebs bekannt, doch nur wenige Menschen kennen seine physiologische Funktion: Spermien sind im frischen Ejakulat eingeschlossen, das eine geleeartige Konsistenz aufweist. Um die Spermien freizusetzen, muss das Ejakulat verflüssigt werden, und genau diese Verflüssigung ist die Aufgabe des PSA. Für viele Menschen überraschend ist auch die Tatsache, dass Wissenschaftler noch immer nicht wissen, warum hohe PSA-Werte mit Prostatakrebs in Verbindung stehen. In unserer neuesten Studie, die gestern in eLIFE veröffentlicht wurde , haben wir einen großen Schritt vorangemacht, um die Rolle von PSA sowohl in der Fortpflanzungs- als auch in der Krebsbiologie zu verstehen.Es scheint, dass PSA (auch bekannt als Kallikrein-verwandte Peptidase 3 – KLK3) und ein weiteres Enzym namens Cathepsin D zwei Wachstumsfaktoren aktivieren können, die mit dem Fortschreiten von Krebs in Verbindung gebracht werden: VEGF-C und VEGF-D . Diese Wachstumsfaktoren tragen wahrscheinlich zur Tumorangiogenese und zur Tumorlymphangiogenese bei. Durch die Induktion der Angiogenese – also des Wachstums von Blutgefäßen – sichert sich der Tumor seine eigene Versorgung mit Nährstoffen und Sauerstoff. Eine solche Blutversorgung ist notwendig, damit ein Tumor über eine Größe von wenigen Millimetern hinauswachsen kann. Ebenso findet eine Tumor-Lymphangiogenese statt, wenn der Tumor das Wachstum von Lymphgefäßen induziert, und sie ist eng mit der lymphatischen Ausbreitung (Metastasierung) des Tumors verbunden.Sowohl VEGF-C als auch VEGF-D werden als inaktive Vorläufer (pro-VEGF-C, pro-VEGF-D) gebildet und müssen aktiviert werden, um das Wachstum von Blut- oder Lymphgefäßen anzuregen. Mit ADAMTS3 haben wir 2014 das Enzym identifiziert, das VEGF-C während der Embryonalentwicklung – die ebenfalls das Gefäßwachstum erfordert – aktiviert ( Jeltsch et al. ). Es blieb jedoch unklar, ob dasselbe Enzym auch für das pathologische Gefäßwachstum verantwortlich ist. Nun scheint es wahrscheinlich, dass beim pathologischen Gefäßwachstum andere Enzyme zum Einsatz kommen, wobei PSA und Cathepsin D zu den Hauptverdächtigen geworden sind. In unseren nächsten Experimenten werden wir untersuchen, ob wir das Krebswachstum verlangsamen oder stoppen können, indem wir diese Enzyme blockieren.

1000+ Zitate

Wed, 15 May 2019 00:00:00 +0000

Die erste meiner Veröffentlichungen, die die 1000-Zitate-Marke knackte, war Gerhardt et al. 2003 . Mit dem „Tip-Cell-Konzept“ setzte sie ein Paradigma für die vaskuläre Biologie: Nicht alle Endothelzellen sind gleich, und die Tip-Zelle ist eine spezialisierte Zelle, die die Spitze des angiogenen Sprosses markiert. Mein Beitrag war jedoch begrenzt (Nummer 7 von 11 Autoren): Ich stellte den Großteil der für die Studie benötigten Proteine her. In diesem Frühjahr überschritt Jeltsch et al. 1997 erstmals die Marke von 1000 Zitaten. Die Arbeit beschreibt eine Maus, die VEGF-C in der Haut überexprimiert. Es handelte sich um den ersten Wachstumsfaktor, der sich nachweislich in vivo lymphangiogen verhält. Auch wenn dieses Paper kein neues Paradigma begründet, markiert es doch den Beginn des molekularen Zeitalters in der Lymphforschung . Wie viel Prozent der Artikel erreichen mehr als 1000 Zitate? Das ist je nach Fachgebiet unterschiedlich, aber laut https://en.wikipedia.org/wiki/Citation_impact liegt der Durchschnitt bei weniger als 1 von 4000. Im Vergleich dazu erhält ein durchschnittlicher Artikel 7,8 Zitate. Und selbst dieser Durchschnitt wird stark von einigen wenigen hochzitierten Artikeln beeinflusst ( ähnlich wie beim Impact-Faktor ). Der Median für die Anzahl der Zitate beträgt 4, was bedeutet, dass die Hälfte aller Artikel weniger als 4 Zitate aufweist (siehe hier ).

Erfolgreiche Bewerbung an der Universität Helsinki

Sun, 28 Apr 2019 00:00:00 +0000

Wie stehen meine Chancen, in einen Masterstudiengang an der Universität Helsinki aufgenommen zu werden?

Dies variiert stark von Jahr zu Jahr und je nach Studiengang. Die Zulassungsquoten für die meisten einzelnen Studiengänge lagen zwischen 5 % und 40 %, wobei beliebte Studiengänge wie Umweltveränderungen und globale Nachhaltigkeit oder Wirtschaftswissenschaften am unteren Ende und z. B. Forstwissenschaften sowie Theoretische und computergestützte Methoden am oberen Ende.

ChemBio Finnland

Thu, 28 Mar 2019 00:00:00 +0000

Die alle zwei Jahre stattfindende Veranstaltung ChemBio Finland im Helsinki Fair Center findet am Mittwoch und Donnerstag dieser Woche statt. Am Stand der Akademie von Finnland ( http://www.aka.fi/fi/akatemia/media/Ajankohtaiset-uutiset/2019/tervetuloa-suomen-akatemian-osastolle-chembio-messuille/ ) habe ich unser Schlüsselprojekt vorgestellt. Zahlreiche Besucher kamen, um mehr über unsere Arbeit zu erfahren, wie wir Technologien zur In-vitro-Antikörperherstellung mithilfe von synthetischer Biologie und CRISPR ins 21. Jahrhundert führen wollen.

Geringe Korrelation zwischen dem Journal Impact Factor und der wissenschaftlichen Wirkung

Wed, 13 Mar 2019 00:00:00 +0000

Definition des Journal Impact Factor Der Journal Impact Factor (JIF oder kurz IF) der Zeitschrift X ist die Anzahl der Zitate aus allen Zeitschriften und Tagungsbänden (in der Web of Science Core Collection ) im Jahr 2017 auf Artikel in der Zeitschrift X, geteilt durch die Anzahl der Artikel, die in den beiden vorangegangenen Jahren (2016 und 2016) veröffentlicht wurden. Für den JIF zählen nur Zeitschriften und Tagungsbände (keine Bücher) und innerhalb der Zeitschriften nur Originalartikel und Übersichtsartikel (Leitartikel, Leserbriefe und Tagungsabstracts zählen nicht). Wie man leicht erkennen kann, gibt es in dieser Beschreibung mehrere Faktoren, die sich für Interpretationen und Manipulationen durch Menschen eignen. Erstens muss jeder Beitrag in einer wissenschaftlichen Zeitschrift klassifiziert werden (z. B. ob es sich um einen Artikel oder einen Leserbrief handelt), und diese Klassifizierung erfolgt durch Menschen. Darüber hinaus ist die Auswahl dessen, was in die Web of Science Core Collection aufgenommen wird, keine feste Konstante, sondern die Liste wird dynamisch von Menschen aktualisiert.Web of Science versus ScopusWie sieht es nun mit Zeitschriften aus, die nicht in der WoS-Core-Collection enthalten sind? Ich habe beispielsweise einen Artikel in einer deutschsprachigen Zeitschrift veröffentlicht ( Lymphologie in Forschung und Praxis ). Diese Zeitschrift ist in keiner WoS-Sammlung enthalten. Trotz anfänglicher Vorbehalte hat dieser Übersichtsartikel inzwischen 8 Zitate gesammelt, was ein bemerkenswerter Erfolg ist, wenn man bedenkt, dass die mittlere Zitierhäufigkeit einer wissenschaftlichen Publikation bei vier liegt ( Quelle ; siehe auch diesen Blogbeitrag ). Wie kann ich den JIF angeben, wenn ich ihn bei einem Förderantrag angeben muss?Glücklicherweise gibt es noch eine Alternative zum Impact Factor, nämlich den Cite Score . Diese Kennzahl wurde vom weltweit größten wissenschaftlichen Verlag Elsevier eingeführt. Elsevier erfasst die Zitate auch in der Scopus -Datenbank. Scopus ist bei der Auswahl der Zeitschriften weniger wählerisch, und die meisten Zeitschriften, die nicht in der WoS-Core-Collection aufgeführt sind, werden von Scopus erfasst.**ResearchGate Journal Impact?**Was tun Sie also, wenn Ihre Zeitschrift bei keinem der beiden großen scientometrischen Anbieter aufgeführt ist? Es gibt noch eine weitere Metrik, die Sie nutzen können, nämlich ResearchGate . Der RG Journal Impact ist nicht gut dokumentiert (zumindest konnte ich nicht viel dazu finden), verwendet aber vermutlich eine ähnliche Methode. Es ist jedoch schwierig, einer Metrik zu vertrauen, wenn man nicht weiß, wie sie berechnet wird. Ich habe genau einen Artikel veröffentlicht, der weder von WoS noch von Scopus erfasst wird. Dies liegt jedoch daran, dass die Zeitschrift ( Frontiers in Biotechnology and Bioengineering ) noch jung ist. Der Verlag hat angekündigt, dass sie noch in diesem Jahr einen Impact-Faktor erhalten wird und dass dieser recht gut ausfallen wird. Vorläufig verwende ich den RG Journal Impact ( 3,02 ).Große Abweichungen bei der ZeitschriftenbewertungAuch wenn die Berechnung des Cite Score dem JIF sehr ähnlich ist, können die resultierenden Zahlen überraschend unterschiedlich ausfallen. Am Ende dieses Textes findet sich ein Vergleich zwischen JIF, Cite Score und RG Journal Impact für drei verschiedene Zeitschriften aus dem Jahr 2015, in denen ich veröffentlicht habe. Ein bemerkenswerter Unterschied besteht darin, dass der JIF die beiden vorangegangenen Jahre berücksichtigt, während der Cite Score die letzten drei Jahre einbezieht. Dies erklärt jedoch nicht den Großteil der Unterschiede. Der Cite Score ist zudem weniger wählerisch, was die Art der Inhalte betrifft: Er zählt – anders als der JIF – auch Leitartikel und Leserbriefe mit (als Faustregel gilt: Er zählt alles).Eine schwache KorrelationDer Impact-Faktor wird missbraucht. Er wurde entwickelt, um Zeitschriften zu bewerten (damit Bibliothekare entscheiden können, ob sie eine Zeitschrift abonnieren oder nicht), und wurde anschließend dazu verwendet, einzelne Artikel und sogar einzelne Forscher zu bewerten. Die Korrelation zwischen dem Impact-Faktor und der tatsächlichen wissenschaftlichen Wirkung (z. B. gemessen an der Anzahl der Zitate) hat in den letzten Jahrzehnten stetig abgenommen (siehe z. B. diese Studie: https://arxiv.org/abs/1205.4328) . Aus eigener Erfahrung kann ich bestätigen, dass dies zutrifft, da die Korrelation zwischen dem JIF und der tatsächlichen Anzahl der Zitate bei meinen eigenen Veröffentlichungen bei etwa 0,32 liegt. Das ist ziemlich schlecht, wenn man den JIF als Indikator nutzen möchte, um die wissenschaftliche Wirkung in Form zukünftiger Zitate vorherzusagen.UPDATE Der Impact-Faktor 2018 für „Frontiers in Biotechnology and Bioengineering“ beträgt 5,122 ( https://www.frontiersin.org/journals/bioengineering-and-biotechnology# ). Herzlichen Glückwunsch!

Der Kampf zwischen den großen Verlagen und der wissenschaftlichen Gemeinschaft

Mon, 04 Mar 2019 00:00:00 +0000

Ich habe an der Townhall-Diskussion der letzten Woche teilgenommen Was ist der Preis für offene Daten? („Was kostet der Zugang zu Wissen?“), die durch die kürzlich erfolgte Sperrung des Zugangs finnischer Universitäten zu Zeitschriften der Tyler & Francis-Gruppe ausgelöst wurde. Mikael Laakso führte das Publikum in das Thema Open Access und die Probleme steigender Preise ein, und Arja Tuuliniemi berichtete über die laufenden Verhandlungen mit Tyler & Francis und der Wiley-Gruppe. Zwar stellen sich Verlage gerne als Freunde und Verbündete der Forscher dar, doch Tatsache ist, dass der Großteil der wissenschaftlichen Verlagsbranche im Besitz großer multinationaler, börsennotierter Konzerne ist, die in erster Linie ihren Aktionären Rechenschaft schuldig sind und bei denen die Bedürfnisse der Forscher bestenfalls eine untergeordnete Rolle spielen. Man könnte meinen, dass das elektronische Publizieren die Preise für die Veröffentlichung und den Zugang zu veröffentlichtem Material senkt, doch die Realität zeigt genau das Gegenteil. In der aktuellen Situation, in der viele finnische Universitäten mit schrumpfenden Budgets zu kämpfen haben, könnten diese Millionen Euro besser eingesetzt werden, und das FinElib-Konsortium bemüht sich ständig darum, faire Vereinbarungen mit Verlagsriesen wie Elsevier, Springer, Taylor & Francis, Wiley und SAGE . Wenn die Verhandlungen nicht vor Ablauf der alten Verträge zu Ergebnissen führen, wird finnischen Universitäten manchmal der Zugang zu bestimmten Zeitschriften verwehrt. Dies ist nun erneut geschehen (nach einer ähnlichen Krise im Jahr 2016). Anfang Februar dieses Jahres waren die von der Taylor & Francis-Gruppe herausgegebenen Zeitschriften für finnische Forscher nicht mehr zugänglich. Plans S (d. h. die Initiative des Europäischen Forschungsrats, bis 2020 Open Access für alle staatlich finanzierten Forschungsarbeiten vorzuschreiben) stärkt zweifellos die Verhandlungsposition des FinElib-Konsortiums, da alle europäischen Kunden ihre Forderungen im Wesentlichen an den Anforderungen von Plan S ausrichten. Es ist jedoch noch unklar, wie sich Plan S auf kleinere, gemeinnützige Verlage wie wissenschaftliche Gesellschaften auswirken wird ( https://scholarlykitchen.sspnet.org/2018/12/06/why-society-and-not-for-profit-journals-are-worth-preserving-better-economic-and-continuing-value-for-the-community ). Meiner persönlichen Meinung nach gibt es keinen Grund zur Panik. Eine ähnliche Sperrung des Zugangs zu Elsevier gab es bereits Anfang dieses Jahres (2019) an allen Max-Planck-Instituten, und sie scheint von den Wissenschaftlern recht gut hingenommen zu werden. Auch wenn ich vielleicht nicht sofort auf alle Inhalte zugreifen kann, sollte diese Situation eher als Chance betrachtet werden. Sie können weiterhin auf alle Inhalte zugreifen, die Sie benötigen (vielleicht mit äußerst seltenen Ausnahmen).

Erhöhte Widerstandsfähigkeit

Tue, 27 Nov 2018 00:00:00 +0000

Ich bin fest davon überzeugt, dass Unternehmen ein echtes Interesse daran haben, kritisches Feedback zu erhalten. Zumindest sollte dies Teil ihres unternehmerischen Überlebensinstinkts sein. Wenn unzufriedene Kunden einfach zu einem anderen Anbieter wechseln, ohne Feedback zu geben, ist der Schaden bereits angerichtet. Deshalb gebe ich immer Feedback, wenn ein Produkt meinen hohen Qualitätsansprüchen nicht gerecht wird. Dieses Mal schreibe ich jedoch über ein Produkt, mit dem ich sehr zufrieden bin, nämlich das neue GE Healthcare Superdex 75 Increase 10/300 GL . Es handelt sich um eine Gelfiltrationssäule und eine Weiterentwicklung des Vorgängermodells Superdex 75 10/300 GL , die wir seit 30 Jahren verwenden. Der größte Vorteil der „Increase“-Version ist die höhere Druckbeständigkeit. Vor einigen Wochen vergaß ein überarbeiteter Doktorand, die Säule nach dem Gebrauch zu verschließen, und stellte sie zurück in den Kühlschrank, wo das 20-prozentige Ethanol in den folgenden zwei Wochen langsam verdunstete. Der Kühlschrank ist belüftet, und als ich die Säule benötigte, war der Schaden bereits angerichtet: Es gab eine etwa 8 mm große Lücke, und es hatte sich eine trockene Zone von etwa einem Zoll gebildet. Ich füllte die Totvolumina sofort mit entgastem 20-prozentigem Ethanol auf und startete einen sehr langsamen Lauf (0,05 ml/min) über mehrere Stunden, woraufhin ich auf entgastes Wasser und anschließend auf Puffer umstellte. Nach etwa zwei Tagen Laufzeit hatte sich der Spalt auf etwa 3 Millimeter verringert. Der verbleibende Spalt wurde durch Justieren des oberen Adapters beseitigt (ich musste ihn so weit wie möglich festschrauben). Nun musste ich die „reparierte“ Säule testen. Ich führte sowohl einen Funktionstest (Trennung zweier Proteine in PBS) als auch den Aceton-Test (Injektion von 100 µl 2-prozentigem Aceton in Wasser) durch. Ich war äußerst überrascht, als der Aceton-Test etwa 19.000 theoretische Platten anzeigte (das ist mehr, als wir jemals mit unseren alten Superdex-75-Säulen erreicht haben). Und die Trennung der beiden Proteine (RNaseA und BSA) zeigte, dass die Säule nach wie vor voll funktionsfähig ist. Allerdings können wir keinerlei Gelkompression tolerieren, da die Korrekturkapazität des Adapters bereits voll ausgeschöpft ist (GE Healthcare stellte früher einen längeren Adapter her, mit dem wir noch mehr kompensieren könnten, aber das Unternehmen hat beschlossen, dieses Produkt aus dem Programm zu nehmen).Sowohl der Doktorand als auch ich waren nach Erhalt dieser Ergebnisse erleichtert, da der Kauf einer neuen Säule uns 2.200 € gekostet hätte und wir über keine zweckgebundenen Mittel für den Betrieb unserer Zentraleinrichtung haben, wäre ich gezwungen gewesen, diese Kosten auf das Labor des Doktoranden abzuwälzen. Leider habe ich kein Foto von der beschädigten Säule gemacht, da meine instinktive Reaktion darin bestand, sofort mit der Bergung zu beginnen. Die Säule auf dem Bild unten ist jedoch die beschädigte Säule, nachdem die Bergungsaktion abgeschlossen war.

So lernen wir unsere Lektionen – nicht fürs Leben, sondern für den Hörsaal

Tue, 27 Nov 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus („So lernen wir unsere Lektionen, nicht für das Leben, sondern für den Hörsaal“). Vor 2000 Jahren schrieb Seneca dies an einen seiner Schüler. Mein Sohn ist derselben Meinung: Ein Großteil seines Lehrplans ist für das echte Leben irrelevant. Leider muss ich ihm zustimmen (und viele Experten sehen das genauso). Innerhalb weniger Jahre weichen der anfängliche Stolz und die Freude über den Schulbeginn Langeweile und Desinteresse. Schon wenige Wochen nach Beginn des Herbstsemesters warten die Kinder nur noch auf die Weihnachtsferien. Lernen sollte Spaß machen, und ich frage mich, was da schiefläuft. Wie schafft es die Schule, die natürliche Neugier und Motivation so schnell zu ersticken? Am Anfang habe ich mit meinem Sohn darüber diskutiert, dass es nicht so sehr darauf ankommt, WAS man lernt, sondern dass man lernt, wie man lernt – was bei fast jedem Thema möglich sein sollte. Doch auch wenn dies vielleicht stimmt, ist diese Vorstellung gleichzeitig ein Eingeständnis des Versagens derjenigen, die die Lehrpläne an unseren Schulen erstellen und umsetzen. Warum scheint es so schwierig zu sein, Themen auszuwählen, die interessant und relevant sind? Vor 100 Jahren hätten Lesen, Schreiben und grundlegende Rechenkenntnisse vielleicht noch ausgereicht. Das Wissen nimmt heutzutage explosionsartig zu, doch die einzige Antwort der Lehrplanverfasser besteht darin, noch mehr in die Lehrpläne zu stopfen, ohne veraltetes Faktenwissen aus dem Unterricht zu streichen. Das lässt wenig Spielraum für die Vermittlung methodischer Kompetenzen, die in der heutigen Gesellschaft dringend benötigt werden. Ich verstehe, dass Schulen nur über begrenzte finanzielle und personelle Möglichkeiten verfügen. Dennoch gibt es Lehrer, denen es – trotz aller materiellen Einschränkungen (in einem der reichsten Länder der Welt!) – gelingt, eine moderne und unterhaltsame „Kundenerfahrung“ (sic!) zu vermitteln. Als Antwort auf die zukünftigen Bedürfnisse unserer Gesellschaft versuchen manche, die MINT-Fächer (Mathematik, Informatik, Naturwissenschaften und Technik) zu fördern. Doch gerade in diesen Fächern schreitet der Wissens- und Informationszuwachs so rasant voran, dass Lehrpläne (die per Definition eher träge sind) und auch die meisten Lehrkräfte nicht in der Lage sind, Schritt zu halten. Auch wenn das Wissen relevant sein mag, sind die wichtigeren Lektionen, die vermittelt werden sollten, nicht faktisches Wissen, sondern methodisches Wissen. Und methodisches Wissen lässt sich anhand äußerst interessanter und relevanter Themen vermitteln:

Nicht für das Leben, sondern für die Schule lernen wir

Tue, 13 Nov 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus („Nicht für das Leben, sondern für die Schule lernen wir.“; “Thus we learn our lessons, not for life, but for the lecture-room.”) ist ein ungefähr 2000 Jahre altes Zitat Senecas aus einem Brief an einen seiner Schüler. Mein Sohn ist der gleichen Ansicht: das meiste, was er in der Schule lernen müsse, wäre nicht wichtig für das wirkliche Leben. Leider muss ich ihm (und viele andere Experten mit mir) da Recht geben. Dem Stolz und der Freunde, die den Anfang der Schullaufbahn der meisten Kinder begleiten, folgt oft innerhalb weniger Jahre die Ernüchterung. Schon wenige Wochen nach den grossen Ferien warten die Kinder nur noch auf die Herbst und dann auf die Weihnachtsferien, obwohl Lernen doch Spaß machen kann. Was läuft hier falsch? Wie schaffen es die Schulen so schnell, die natürliche Neugierde und Motivation der Kinder zu abzutöten?Ich habe anfangs zu argumentieren versucht, dass es nicht wichitg is WAS man lernt, sondern dass man das LERNEN lernt. Und das könne man ja an beliebigen Themen. Leider ist dieses Argument ein Armutszeugnis für diejenigen, die die Lehrpläne für unsere Schulen erstellen oder umsetzen. Warum lässt man dann die Schüler nicht LERNEN lernen an Themen, die interessant und relevant sind? Wo vor hundert Jahren Lesen, Schreiben und die Grundrechenarten genügten, wächst das Wissen heutzutage exponentiell. Und die einzige Antwort der Schulbürokraten ist, immer mehr neuen Stoff in die Lehrpläne zu packen, ohne Altes aus den Lehrplänen zu streichen. Dabei währen eher mehr Freiräume als früher notwendig, weil die Vermittlung vieler der heutzutage benötigten Kompetenzen Spielraum und flexible Strukturen benötigt. Mir ist klar, das die (personellen und finanziellen) Möglichkeiten der meisten Schulen begrenzt sind. Trotzdem gibt es viele Lehrer, die dem Mangel (in einem der reichsten Länder der Welt!) die Stirn bieten und mit mit viel Energie und Engagement modernen Unterricht gestalten.Viele sehen das Heil in einer verstärkten Rolle der MINT-Fächer (MINT = Mathematik, Informatik, Naturwissenschaft und Technik; auf Englisch STEM: science, technology, engineering and mathematics), aber gerade hier ist der Informationszuwachs so rasant, das Lehrpläne und vermutlich auch die meisten Lehrer nicht annährend mit der Realität mithalten könnten, auch wenn das zu vermittelnde Wissen unmittelbar relevant wäre. Deshalb sind heute Lehrer gefragt, die ihren Schüleren nicht nur Fakten beibringen, sondern Methoden. Solche Konzepte kann man gerade mit hochaktuellen und interessanten Themen vermitteln:

Internationalisierung im Tagesgeschäft auf dem Meilahti-Campus

Mon, 22 Oct 2018 00:00:00 +0000

Lernen Sie die Rektoren in Meilahti kennenAm vergangenen Donnerstag (18.10.2018) wurde der neue Rektor der Universität Helsinki Jari Niemelä sowie die vier Vizerektoren (Sari Lindblom, Paula Eerola, Hanna Snellman, Tom Böhling) den Campus Meilahti zu einer öffentlichen Frage-und-Antwort-Runde. Bei der Veranstaltung waren kaum Ausländer anwesend. Folglich war die Kommunikationssprache Finnisch. Es liegt auf der Hand, dass Ausländer nicht teilnehmen, wenn sie die Sprache der Veranstaltung nicht verstehen und sprechen. Und da Ausländer nicht teilnehmen, gibt es keinen Grund, die Sprache der Veranstaltung zu ändern, und so dreht sich der Kreis weiter… Traditionell nur Finnisch und Schwedisch Der Meilahti-Campus nimmt in Bezug auf den Sprachgebrauch eine Sonderstellung ein, da es bis vor kurzem unmöglich war, in Meilahti einen Abschluss zu erwerben, ohne Finnisch oder Schwedisch zu beherrschen, da die einzigen Studiengänge nicht auf Englisch angeboten wurden. Die Situation hat sich jedoch geändert (z. B. durch den Umzug des Fachbereichs Psychologie nach Meilahti und die Einrichtung neuer Studiengänge wie TRANSMED ), doch alte Gewohnheiten lassen sich nur schwer ablegen. Vorreiter RPU und HiLIFE Die Vorreiter der Internationalisierung am Meilahti-Campus sind die Research Programs Unit und HiLIFE. Die Doktoranden und Postdoktoranden der Research Programs Unit (RPU) sowie die HiLIFE sind die beiden am stärksten internationalisierten Bereiche des Meilahti-Campus, und folglich Hannu Sariola (ehemaliger Vizedekan für Forschung in Meilahti) und Tomi Mäkelä (der HiLIFE-Direktor) das Thema Internationalisierung zur Sprache brachten und darauf hinwiesen, dass die Vorschriften der Universität mehr sprachliche Flexibilität zulassen, als tatsächlich umgesetzt wird. Bislang sind Finnisch und Schwedisch die einzigen offiziellen Sprachen an der Universität Helsinki, obwohl mehr englischsprachige als schwedischsprachige Studierende eingeschrieben sind. Englisch ist zudem die De-facto-Sprache fast aller wissenschaftlichen Aktivitäten. Ein Gleichgewicht zwischen den Landessprachen und Englisch zu finden, dürfte keine perfekte Lösung haben. Wenn die Universität ihre internationale Wirkung und ihren Erfolg optimieren will, muss die Rolle von Finnisch und Schwedisch zwangsläufig zurückgehen, sofern nicht massiv mehr Ressourcen zur Verfügung gestellt werden.**Getrennte Veranstaltungen?**Um auch die ausländischen Mitarbeiter einzubeziehen, hat der Dekan der Fakultät kürzlich die Fakultätsmitarbeiterbesprechung zweimal organisiert: einmal auf Englisch und einmal auf Finnisch. Ich bin mir nicht sicher, ob eine solche Trennung langfristig eine gute Idee ist, aber sie geht das Problem pragmatisch an und erfüllt ihren Zweck. Würde jemand vorschlagen, die Fakultäts-Weihnachtsfeier nach Sprachen zu trennen, würde das als diskriminierend angesehen werden, aber bei einer Arbeitssitzung scheint niemand Einwände zu haben…**PS:**Ich bin nicht der Einzige, dem bewusst ist, dass die Internationalisierung noch einen langen Weg vor sich hat. Im Intranet der Universität Helsinki gibt es einen schönen Artikel, der die neue Vizerektorin Hanna Snellman und ihre Sichtweise zu diesem Thema vorstellt: https://flamma.helsinki.fi/en/HY377022 . Allerdings hält die Universität den Großteil ihrer interessanten Webinhalte hinter verschlossenen Türen (innerhalb ihres Flamma -Dienstes) zurück, unzugänglich für die breite Öffentlichkeit, die schließlich die Rechnungen der Universität bezahlt … Wovor hat die Universität Angst? Vor mehr Transparenz?

SnapGene und partielle Restriktionsverdauungen – ein erneuter Blick darauf

Thu, 23 Aug 2018 00:00:00 +0000

SnapGene ist eine Software für Molekularbiologen im Labor, die viel mit Klonierung zu tun haben (Konstruktdesign und Annotation). Seit meinem letzten Beitrag über die SnapGene-Software ( https://www.snapgene.com/ ) hat sich viel Positives getan:

Rückmeldung zur Organisation des Internationalen Treffens zur Gefäßbiologie 2018

Wed, 20 Jun 2018 00:00:00 +0000

Als Mitglied des lokalen Organisationskomitees für die IVBM 2018 habe ich die Konferenzteilnehmer um direktes Feedback gebeten. Ich habe viel Lob erhalten, das ich hier nicht noch einmal wiederholen möchte. Falls wir jemals wieder eine große internationale Konferenz organisieren sollten, sind hier die Punkte, die wir beim nächsten Mal anders machen sollten. Vielleicht kann diese Liste auch anderen helfen, die zum ersten Mal große, internationale Konferenzen organisieren. Falls diese Liste den Eindruck erweckt, die Konferenz sei schlecht organisiert gewesen, irren Sie sich! Alle wichtigen Abläufe funktionierten reibungslos, und einige der unten aufgeführten Probleme wurden gelöst, bevor es den Teilnehmern überhaupt auffiel. Dennoch gibt es bei den Details immer Raum für Verbesserungen! Und – wie immer – lagen einige der Probleme außerhalb unserer Kontrolle, da wir einen Teil der Arbeit ausgelagert hatten, insbesondere an Confedent International . Und manche Entscheidungen waren ein Kompromiss zwischen dem Optimalen und dem, was das Konferenzbudget zuließ. Ich möchte euch auch dazu ermutigen, mich zu kontaktieren, wenn ihr dieser Liste etwas hinzufügen möchtet; das könnte die Situation in Zukunft verbessern!

Kurzer Überblick über wichtige Moleküle bei der Entwicklung, Funktion und Identifizierung des Lymphsystems

Fri, 08 Jun 2018 00:00:00 +0000

Erich Brenner fragte uns vor über einem Jahr, ob wir einen Beitrag für die Sonderausgabe über menschliche Lymphgefäße beitragen könnten, die er für die Annals of Anatomy herausgab. Wir waren uns einig, dass wir vielleicht einen Mini-Übersichtsartikel beisteuern könnten. Anfangs zögerte ich noch, da die Annals of Anatomy an sich keine Open-Access-Zeitschrift ist. Unsere Universität hat jedoch inzwischen begonnen, die Artikelbearbeitungsgebühren (APCs) für mehrere Verlage (darunter auch den größten wissenschaftlichen Verlag der Welt – Elsevier ), um Artikel im Open-Access-Modus zugänglich zu machen. Somit kann jeder den Artikel nicht nur bereits jetzt lesen, sondern ihn auch teilen, kopieren und weiterverbreiten, remixen, umgestalten und für jeden beliebigen Zweck darauf aufbauen, sogar für kommerzielle Zwecke, solange wir – die ursprünglichen Autoren – als Urheber genannt werden.Die Zielgruppe ist nicht die Lymphforschung, sondern Laien, die eine erste, sehr kurze Einführung in die Moleküle benötigen, die für die Molekularbiologie des Lymphsystems von zentraler Bedeutung sind. Die Auswahl ist eindeutig durch unseren eigenen Forschungshintergrund geprägt. Bitte schreibt uns eine wütende E-Mail, falls wir euer Lieblingsprotein nicht berücksichtigt haben! Wenn ihr uns davon überzeugen könnt, dass euer Lieblingsprotein für die Entwicklung oder Funktion des Lymphsystems von zentraler Bedeutung ist, werden wir es in unseren nächsten Übersichtsartikel aufnehmen!

IVBM 2018 & 2020 (Poster, Vortrag und virtueller Posterrundgang)

Wed, 06 Jun 2018 00:00:00 +0000

IVBM 2018 Die International Vascular Biology Conference 2018 in der Finlandia-Halle in Helsinki war bisher ein großer Erfolg. Wir haben von den Teilnehmern viel positives Feedback zur Organisation erhalten. Auch mein Vortrag („Everything You Always Wanted to Know About the Proteolytic Processing of VEGF-C“) und mein Poster fanden große Beachtung. Unten finden Sie das Poster als PDF-Download.IVBM 2020Die IVBM 2020 in Seoul, Südkorea, fand komplett online statt. Leider sind einige Vorträge nur für eine sehr kurze Zeit (einen Tag) verfügbar, und ich habe bereits einige davon verpasst. Eine Präsenzkonferenz hat den Vorteil, dass man sich voll und ganz auf die Veranstaltung konzentrieren kann. Eine Online-Veranstaltung muss mit vielen anderen Dingen konkurrieren, die um die Aufmerksamkeit des Teilnehmers buhlen.

Das Jeltsch-Labor nimmt am Helsinki Running Day 2018 teil

Wed, 23 May 2018 00:00:00 +0000

Unser Labor hat am Helsinki Running Day teilgenommen und dabei großartige Ergebnisse erzielt! Das Marathon-Staffelteam der „Biomedicum Runners“: Sawan Kumar Jha, Timo Lehti, Khushbu Rauniyar, Rustem Kasymov. Einzelleistungen von Zalina Magomedova, Michael Jeltsch (beide Marathon) und Alish GM (5 km). Auf dem Foto fehlt Alisha GM.

Zellbasierte Assays (Protein Interaction Biochemistry 2018)

Mon, 14 May 2018 00:00:00 +0000

Eine Vorlesung über zellbasierte Assays zur Bestimmung und Quantifizierung von Protein-Wechselwirkungen (Teil des Kurses Protein Interaction Biochemistry aus dem Jahr 2018). Enthält zudem eine kurze Einführung in die ITC (isotherme Kalorimetrie). Unter CC-Lizenz.

Streik an der Universität Helsinki

Tue, 27 Feb 2018 00:00:00 +0000

Für morgen (28.2.) wurde für die Universität Helsinki eine Streikwarnung ausgesprochen. Grund dafür ist, dass die Verhandlungen zwischen Arbeitgebern und Arbeitnehmern über Löhne und Arbeitsbedingungen ins Stocken geraten sind und der Streik als Mittel eingesetzt wird, um die Verhandlungsposition des Arbeitgebers in Richtung eines akzeptablen Kompromisses zu beschleunigen. Alles wie immer? Schließlich hat es an der Universität schon sehr lange keinen Streik mehr gegeben … Während sich fast alle einig sind, dass Finnlands Zukunft auf Wissen und Innovation beruht, scheint die Wertschätzung genau jener Menschen, die Wissen und Innovation schaffen, einen historischen Tiefpunkt erreicht zu haben – wenn man Wertschätzung anhand der Arbeitsbedingungen und des Lohnniveaus misst.Ich vermute, die eigentliche Ursache liegt weniger in den konkreten Angeboten des Arbeitgebers (oder deren Fehlen), sondern vielmehr in der Missachtung und Geringschätzung von akademischer Bildung, Forschung und Entwicklung, die über die Jahre hinweg zugenommen hat – beschleunigt durch die 2015 gewählte Regierung, die sich weigert, in die Zukunft zu investieren. Universitäten sollten sich nicht wie Unternehmen verhalten, die versuchen, ihren Gewinn auf Kosten ihrer Mitarbeiter und der Qualität ihres Produkts zu maximieren. Mit einigen Ausnahmen beteiligt sich jeder, der auch nur ein bisschen Selbstachtung besitzt, an dieser Aktion. Alle großen Gewerkschaften, einschließlich der Studenten- und Professorengewerkschaft, unterstützen diese Aktion. Anscheinend werden die Professoren zum ersten Mal in der Geschichte dieses Landes in den Streik treten ( https://yle.fi/uutiset/osasto/news/finnish_professors_walk_out_in_first-ever_strike/10095355 ).

VEGF-C-Übersichtsartikel in „Frontiers in Bioengineering and Biotechnology“

Mon, 12 Feb 2018 00:00:00 +0000

Die Herausgeber von „Frontiers in Bioengineering and Biotechnology“, Sektion „Tissue Engineering and Regenerative Medicine“ (Andrea Banfi, Wolfgang Holnthoner, Mikaël M. Martino und Seppo Ylä-Herttuala), haben uns gebeten, einen Beitrag zum Forschungsthema „Vaskularisierung für die regenerative Medizin“ zu verfassen. Wir haben einen kurzen Übersichtsartikel über VEGF-C verfasst, der sich speziell mit der Molekularbiologie von VEGF-C im Zusammenhang mit der regenerativen Medizin befasst, d. h. mit dem (Wieder-)Wachstum von Lymphgefäßen in vitro oder in vivo. Du kannst den Artikel direkt beim Verlag unter https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbioe.2018.00007/full oder hier abrufen. UPDATE (1. April 2023): Die Frage, ob Frontiers Media ein „Predatory Publisher“ ist, kam uns nicht einmal in den Sinn, als wir gebeten wurden, einen Übersichtsartikel beizusteuern. Ich kenne die Gastredakteure dieses Forschungsthemas und kann mich für ihre wissenschaftliche Integrität verbürgen. Allerdings ist die Zeitschrift kürzlich auf der Liste der „Predatory Journals“ gelandet ( https://predatoryreports.org/news/f/list-of-all-frontiers-media-predatory-journals ), und die Probleme werden hier ausführlich erörtert. Unsere Rezension hat inzwischen folgende Zahlen erreicht:

Das Licht und Schatten des EU-Bio-Siegels

Tue, 30 Jan 2018 00:00:00 +0000

Viele Menschen gehen davon aus, dass der ökologische Anbau von Lebensmitteln zu gesünderen Lebensmitteln mit einem höheren Nährwert führt. Daher kaufen sie Lebensmittel, die gemäß den EU-Vorschriften für den „ökologischen Landbau“ erzeugt wurden. Die erste Verordnung wurden 1991 eingeführt und seitdem mehrfach geändert. Wenn Sie Ihre Lebensmittel innerhalb der EU als „Bio“ vermarkten und das EU-Bio-Logo verwenden möchten, müssen Sie diese Vorschriften einhalten.Oftmals gehen gerade diejenigen, die der EU-Gesetzgebung normalerweise sehr kritisch gegenüberstehen, davon aus, dass die EU mit ihrer Richtlinie über den ökologischen Landbau gute Arbeit geleistet hat. Leider ist das nicht der Fall. Der Hauptzweck der Gesetzgebung bestand darin, den EU-weiten Handel mit biologisch erzeugten Lebensmitteln zu vereinheitlichen und zu ermöglichen – und nicht darin, sicherzustellen, dass diese Lebensmittel gesünder oder von höherer Qualität sind als nicht-biologische Lebensmittel.Die Richtlinie legt zudem Wert auf den Verzicht auf „nicht-biologische“ Chemikalien, doch bei den meisten Lebensmitteln ist dies nur ein untergeordneter Faktor, der zur „Gesundheit“ des Lebensmittels beiträgt. Ich schüttle nur den Kopf über das biologisch angebaute, raffinierte Mehl in den Supermarktregalen. Wenn Sie gesundes Mehl verwenden möchten, sollten Sie Vollkornmehl wählen. Raffiniertes Mehl enthält viel weniger Ballaststoffe und ist daher einfach keine gute Wahl, wenn Sie sich gesund ernähren möchten. Es ist praktisch irrelevant, ob der Weizen biologisch angebaut wurde oder nicht, wenn man die Ballaststoffe entfernt. Bio-Weißmehl wird nur noch von Bio-Zucker übertroffen, bei dem alles Gesunde entfernt wurde und dessen Herkunft – ob biologisch oder nicht – zu 100 % irrelevant ist.Das Bio-Label ist eigentlich ein Sammelsurium sehr unterschiedlicher Praktiken, die ganz unterschiedliche Ziele verfolgen. Dazu gehören Tierschutz, nachhaltige Landwirtschaft und der Verzicht auf bestimmte Praktiken, die als „nicht-biologisch“ angesehen werden (z. B. GVO, „unnatürliche“ Pestizide*). Aber wenn der gesundheitliche Wert des Endprodukts eines der Ziele war, dann ist dies völlig gescheitert. Ich bin absolut dafür, Tiere gut zu behandeln, aber wenn ich gezwungen bin, Bio-Milch zu kaufen, unterstütze ich viele Praktiken, die ich eigentlich nicht unterstützen möchte. Zum Beispiel die Wut über GVO oder nicht-natürliche Pestizide und Düngemittel. Ich habe kein Problem damit, dass Kühe GVO-Pflanzen fressen. Es ist klar, dass GVO eine der Schlüsseltechnologien sind, die wir brauchen, um diesen Planeten zu retten (die Alternative wäre, die Bevölkerungszahl auf diesem Planeten zu reduzieren). Und ohne Pestizide und Düngemittel können wir die Weltbevölkerung nicht ernähren, ohne die letzten verbliebenen Regenwälder abzuholzen und in Ackerland umzuwandeln (siehe z. B. https://ourworldindata.org/yields-and-land-use-in-agriculture) . Mit dem Kauf von Bio-Lebensmitteln unterstützen Sie einen politischen Kompromiss und keine wissenschaftlich fundierten Regeln dafür, wie man am besten hochwertige Lebensmittel produziert oder den Planeten rettet. Haben Sie von einer EU-Richtlinie etwas anderes erwartet? Die EU wurde als „Europäische Wirtschaftsgemeinschaft“ gegründet, und wirtschaftliche Interessen waren die treibenden Kräfte. Da ich wahrscheinlich jeden Tag einen Liter Milch in Form von Caffè Latte trinke, sollte ich vielleicht daran interessiert sein, hochwertige Milch zu verwenden. Es wurden Vergleiche beispielsweise der Fettsäureprofile von Bio- und konventioneller Milch durchgeführt. Es zeigte sich eindeutig, dass für die Qualität der Milch (z. B. Gehalt an mehrfach ungesättigten Fettsäuren, Verhältnis von Omega-6- zu Omega-3-Fettsäuren) der wichtigste Faktor nicht darin bestand, ob sie den EU-Vorschriften für Bio-Lebensmittel entsprach, sondern vielmehr darin, ob die Kühe Grünfutter fraßen! https://www.google.fi/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwj1qOuJtIDZAhVJwYMKHfH9D2QQFggrMAA&url=http%3A%2F%2Forgprints.org%2F28133%2F1%2FForschung_2011-1.pdf&usg=AOvVaw31A0-ma28xQ0oXlBpxAF6U . Die konventionelle „Low-Input“*-Kuhhaltung war der ökologischen „High-Input“-Kuhhaltung überlegen, und die Unterschiede zwischen der konventionellen „Low-Input“-Kuhhaltung und der ökologischen „Low-Input“-Kuhhaltung waren wahrscheinlich nicht signifikant, obwohl ich mir dessen nicht sicher sein kann, da die Signifikanztests nur die ökologische „Low-Input“-Kuhhaltung mit der konventionellen „High-Input“-Kuhhaltung verglichen (Ich habe die Originalveröffentlichung angefordert, aber noch keine Antwort erhalten). Ob sich diese Unterschiede in messbaren gesundheitlichen Auswirkungen für Milchkonsumenten niederschlagen, ist eine weitere Frage und hängt wahrscheinlich vom Ausmaß des Milchkonsums ab.Interessanterweise ist das Problem „biologisch vs. nicht-biologisch“ bereits gut bekannt (siehe z. B. hier in der deutschen Tageszeitung „Die Zeit“ https://www.welt.de/wirtschaft/article147993831/So-wird-Bio-zur-schoenen-Illusion.html) . Die Notwendigkeit einer Differenzierung hat den finnischen Milchproduzenten Juustoportti dazu veranlasst, seine Milch nicht unter dem EU-Bio-Siegel, sondern unter dem Label „Freilaufkuh“ ( vapaan lehmän maito ) zu vermarkten. Wenn Sie gesunde Milch möchten und sich für das Wohlergehen der Tiere einsetzen, aber die wissenschaftsfeindliche Bio-Lobby nicht unterstützen wollen, könnte dies wahrscheinlich die richtige Wahl für Sie sein. Leider springt Juustoportti auch auf den Anti-GVO-Zug auf. Bio-Milch (finnisch: „luomu“) kann zwar ebenfalls von freilaufenden Kühen stammen (und das gilt gelegentlich sogar für konventionelle Milch), doch die Zertifizierung schreibt dies nicht zwingend vor.*Leider ist das Hauptkriterium bei der Unterscheidung zwischen erlaubten und nicht erlaubten Pestiziden im ökologischen Landbau, ob sie „natürlichen“ Ursprungs sind. Sicherheit und Wirksamkeit spielen dabei nur eine untergeordnete Rolle. Jedem gebildeten Menschen sollte klar sein, dass „natürlich“ nicht gleichbedeutend mit „sicher zum Verzehr“ ist: Botulinumtoxin, der Knollenblätterpilz und das Mineral Zinnober kommen zwar alle in der Natur vor, gehören aber zu den giftigsten Substanzen, die der Mensch kennt. **„Low-Input“-Haltung bedeutet, dass die Kühe im Freien gehalten werden und Gras fressen, während „High-Input“-Haltung bedeutet, dass die Kühe überwiegend im Stall gehalten werden. Beide Arten der Rinderhaltung sind gemäß der EU-Richtlinie mit „ökologischer“ und „konventioneller“ Landwirtschaft vereinbar, was bereits zeigt, dass mit der EU-Richtlinie vielleicht etwas nicht stimmt.

Remote-Desktop-Sitzungen auf Ihrem Arbeitscomputer an der Universität Helsinki

Mon, 15 Jan 2018 00:00:00 +0000

Wenn Sie einen Dienstlaptop haben, können Sie diesen mit nach Hause nehmen, um dort zu arbeiten. Aber was ist, wenn Sie einen Desktop-Computer haben und von zu Hause aus darauf zugreifen müssen? Die Technologie, die dies ermöglicht, gibt es bereits seit mehr als 20 Jahren, aber wenn Sie glauben, dass die IT-Abteilung der Universität Ihnen dies einfach gemacht hat, liegen Sie falsch. Tatsächlich kenne ich niemanden, der weiß, wie das geht (geschweige denn, wie man den Vorgang vereinfachen kann). Selbst mit der unten beschriebenen Konfiguration funktionieren einige Dinge nicht richtig (z. B. ich habe nie herausgefunden, wie die Dateifreigabe bei einer Mac-zu-Mac-Verbindung funktioniert, und nutze daher nach wie vor Fugu mit einer separaten, getunnelten SFTP-Verbindung, um Dateien zu übertragen). Du hast mehrere Möglichkeiten:

Der Brain Drain aus Finnland hält an

Fri, 22 Dec 2017 00:00:00 +0000

Finnland bildet seine Bürger auf sehr hohem Niveau aus, ist jedoch nicht in der Lage, diese hochqualifizierten Arbeitskräfte im Land zu halten. Die Nettoabwanderung von Hochschulabsolventen war im gesamten letzten Jahrzehnt negativ, und der Trend verschärft sich, insbesondere auf Bachelor- und Master-Ebene. Auf der höchsten Bildungsstufe ist die Interpretation nicht ganz eindeutig, da diese Gruppe sowohl Inhaber eines Licentiats*, Promovierte, Postdoktoranden als auch Professoren umfasst. Der negative Trend ist jedoch ebenfalls stabil, beschleunigt sich aber nicht so schnell wie auf den niedrigeren Bildungsstufen. In dieser Gruppe erfolgt der Braindrain selektiv in die besten Länder, wobei allein die fünf führenden Länder 66 % der am besten ausgebildeten Migranten aufnehmen (USA, Großbritannien, Schweiz, Deutschland und Schweden), während die Inhaber niedrigerer Abschlüsse weniger selektiv vorgehen (52 % der Master- und 41 % der Bachelor-Absolventen wandern in dieselben Top-Länder aus). Leider erfasst diese Statistik nur die Abwanderung finnischer Staatsbürger. Um ein vollständiges Bild zu erhalten, wären dieselben Daten für die Abwanderung nicht-finnischer Staatsbürger erforderlich. Für diese Grafik wurden die Daten von Statistics Finland verwendet ( http://www.stat.fi/til/muutl/2016/02/muutl_2016_02_2017-12-18_tie_001_fi.html) . Alle Länder wurden danach gruppiert, ob ihre wissenschaftliche Leistung im Vergleich zu Finnland besser oder schlechter war (Nature Index, Weighted Fractional Count, https://www.natureindex.com/country-outputs/generate/All/global/All/weighted_score) . Länder, die 2016 besser abschnitten als Finnland, waren: USA, China, Deutschland, Vereinigtes Königreich, Japan, Frankreich, Kanada, Schweiz, Südkorea, Spanien, Indien, Italien, Australien, Niederlande, Israel, Schweden, Singapur, Russland, Taiwan, Belgien, Österreich, Dänemark, Brasilien, Polen.*Der Licentiate ist ein spezifischer akademischer Grad in Finnland und einigen anderen Ländern, der zwischen einem MSc und einem PhD angesiedelt ist. In Finnland hat er im Laufe der Jahre an Bedeutung verloren, da es in vielen anderen Ländern kein Äquivalent dafür gibt.

Praktikum: Aufreinigung und Charakterisierung rekombinanter Proteine (DPBM-135)

Sun, 10 Dec 2017 00:00:00 +0000

Unterrichtsmaterialien, Ergebnisse usw. für den DPBM-Kurs „Aufreinigung und Charakterisierung rekombinanter Proteine“ ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ):

20. Internationales Treffen zur Gefäßbiologie in Helsinki, Finnland

Mon, 27 Nov 2017 00:00:00 +0000

Das 20. Internationale Treffen für Gefäßbiologie 2018 (IVBM2018) findet vom 3. bis 7. Juni in Helsinki, Finnland, statt. Die Anmeldung ist bereits möglich ( https://b3p.it.helsinki.fi/IVBM/ ) und ich hoffe, wir sehen uns im Juni in Helsinki! Ich lebe bereits seit etwa 20 Jahren hier in Helsinki, daher könnt ihr mich gerne alles Mögliche fragen! Wenn ich eine Frage nicht beantworten kann, weiß ich zumindest, wer die Antwort kennt.

Acatiimi-Artikel über unser Labor

Mon, 27 Nov 2017 00:00:00 +0000

Diesmal gibt es jedoch - anders als in dem früheren Bericht - ein Gruppenfoto, das zeigt, wer die eigentliche Arbeit leistet!

TRANSMED – das beste Preis-Leistungs-Verhältnis bei der medizinischen Forschungsausbildung

Sat, 25 Nov 2017 00:00:00 +0000

Seit diesem Herbstsemester erheben nun auch finnische Hochschulen, die bislang als Hochburgen der kostenlosen Bildung galten, Studiengebühren von Studierenden aus Ländern außerhalb der Europäischen Union (EU) und des Europäischen Wirtschaftsraums (EWR). Mit 13.000 € bis 18.000 € pro Jahr sind die Studiengebühren im Vergleich zu einigen anderen Universitäten noch moderat. Derzeit bietet die Universität Helsinki im Vergleich zu anderen Universitäten wahrscheinlich das beste Preis-Leistungs-Verhältnis.Der TRANSMED -Masterstudiengang ist dafür vielleicht das beste Beispiel. Angesichts der tatsächlichen Kosten einer forschungsorientierten medizinischen MSc-Ausbildung in einem Umfeld von Weltklasse sind die Studiengebühren von 15.000 € pro Jahr im Vergleich zu ähnlichen Studiengängen an anderen Universitäten ein Schnäppchen. Und noch besser: Die Chancen auf eine Zulassung sind überraschend gut. Es gab zwar Vorschläge, die Gebühren zu erhöhen, doch derzeit gibt es noch keine konkreten Pläne. Was hält ausländische Studierende also davon ab, in Scharen nach Finnland zu strömen? Die kalten Winter können dafür nicht mehr verantwortlich gemacht werden. Dank der globalen Erwärmung waren die meisten der letzten Weihnachtsfeiertage hier in Helsinki schneefrei. Tatsächlich scheint die globale Erwärmung Finnland stärker zu treffen als die meisten anderen Länder. Brauchen Sie noch mehr Gründe, um hierherzukommen? Schauen Sie doch mal hier vorbei: http://www.visitfinland.com/article/greatest-things-about-finland/

Lymphologie 2017

Wed, 01 Nov 2017 00:00:00 +0000

Auf dem Lymphologica 2017 (Lymphologie 2017) Kongress in Bad Soden (5.-7. Oktober) habe ich einen einführenden Vortrag gehalten über die Molekularbiologie des VEGF-C-Wachstumsfaktors, und wie Mutationen in Genen der VEGF-C/VEGF-Rezeptor-3-Signaltransduktionsachse erbliche Lymphödeme hervorrufen oder zu ihrer Entstehung beitragen können. Hauptsächlich wollte ich mit dem Vortag praktizierende Lymphologen erreichen (ich weiss nicht, ob mir das gelungen ist). Die Zeitschrift Vasomed hat einen kurzen, auf diesem Vortrag beruhenden Mini-Übersichtsartikel veröffentlicht, der hier online frei zugänglich war, aber mittlerweile verschwunden ist. Du kannst ihn und die Präsentation aber immer noch über die Download-Links unten herunterladen.

Wieder im Rampenlicht…

Thu, 26 Oct 2017 00:00:00 +0000

In letzter Zeit scheint unsere Forschung großes öffentliches Interesse zu wecken: https://50tieteentekijaa.fi/tieteentekija/michael-jeltsch/ . Und es wird noch mehr geben … Es wäre schön, wenn unsere Regierung ein ähnliches Interesse an Wissenschaft und Bildung zeigen würde. Und es wäre noch besser, wenn sie einen vernünftigen Plan hätte, wie die Zukunft von Wissenschaft und Forschung in Finnland gesichert werden kann. Die staatlichen Ausgaben für bestimmte Forschungsbereiche (mit anderen Worten: die Investitionen in Finnlands Zukunft) sind so drastisch zurückgegangen, dass sogar die Boulevardpresse das Thema aufgegriffen hat: http://www.iltalehti.fi/kotimaa/201710122200451078_u0.shtml

Unser Vorzeigeprojekt im Fokus

Wed, 25 Oct 2017 00:00:00 +0000

Unser wichtigstes Projekt wurde auf Tietyssti.fi vorgestellt. Katri Pajusola hat den Artikel verfasst, und (zumindest soweit ich den finnischen Text verstehen kann) scheint es sich um eine recht treffende Beschreibung dessen zu handeln, was wir zu erreichen versuchen: http://www.aka.fi/fi/tietysti/luonto-ja-ymparisto/nyt-pinnalla1/tautien-hoitoon-laakitysta-ei-ainoastaan-diagnostiikkaa/

„Raubverlage“ – wo ist die Grenze zu ziehen?

Wed, 21 Jun 2017 00:00:00 +0000

Es scheint, dass viele Forscher kürzlich eine Einladung erhalten haben, dem Redaktionsbeirat der neuen Open-Access-Zeitschrift ContROL („Continuous Research Online Library“) beizutreten. Schon die schiere Anzahl der Einladungen könnte ein schlechtes Zeichen sein, da die Auswahl der Redaktionsmitglieder eine heikle Angelegenheit ist und Massen-E-Mails wohl kaum eine geeignete Methode darstellen, um eine hochkarätige Redaktion zusammenzustellen. Ich erhalte häufig ähnliche Anfragen, und wenn die E-Mail-Nachricht eine solche Anfrage nicht eindeutig als Spam kennzeichnet, habe ich früher einen Blick auf Bealls Liste geworfen, um zu prüfen, ob der Verlag oder die Zeitschrift mit „Warnsignalen“ in Verbindung steht. Manche Warnsignale sind leicht zu erkennen. Zum Beispiel, wenn man selbst Experte auf dem Gebiet ist, aber noch nie von den Wissenschaftlern gehört hat, die die fachliche Arbeit leisten sollen. Man könnte sich auch die Publikationsliste der Personen ansehen, um ihre bisherigen Arbeiten zu bewerten. Allerdings hat niemand die Zeit dafür, und genau hier kam Bealls Liste ins Spiel.Allerdings ist Bealls Liste im Januar dieses Jahres aus dem Internet verschwunden. Sie wurde zuletzt am 3. Januar 2017 aktualisiert, doch kurz danach wurden alle Inhalte entfernt. Die Version vom 3. Januar ist – dank der großartigen Arbeit der Leute vom Internet Archive – immer noch hier verfügbar, wird aber offensichtlich nicht mehr aktualisiert. Niemand weiß genau, warum Beall alle Inhalte entfernt hat, aber Gerüchten zufolge wurde Beall selbst von Kreisen bedroht, die ein großes Interesse daran haben, dass die Namen der „Raubverlage“ ungenannt bleiben (mehr dazu z. B. hier: http://retractionwatch.com/2017/01/17/bealls-list-potential-predatory-publishers-go-dark/).Es gibt viele „neue“ Verlage, die am lukrativen Geschäft des wissenschaftlichen Publizierens teilhaben wollen. Dabei spielt es keine große Rolle, ob sie das Open-Access-Modell nutzen oder nicht (wenn sie Open Access sind, können sie z. B. mit hohen „Artikelbearbeitungsgebühren“ Geld verdienen). Es ist selbst für etablierte Zeitschriften eine große Herausforderung, genügend qualifizierte Gutachter für das Peer-Review-Verfahren zu finden, weshalb das Peer-Review-Verfahren vieler neuer Zeitschriften meist nicht besonders streng ist. Außerdem gefällt es mir nicht, wenn unklar ist, wer hinter einer neuen Open-Access-Zeitschrift steht. Ich empfinde einen ethischen Widerspruch, wenn jemand für Open Access eintritt, aber alle Informationen über den Hintergrund der Zeitschrift verschlossen bleiben. Meiner Meinung nach besteht derzeit kein großer Bedarf an weiteren (Open-Access-)Zeitschriften. Stattdessen versuchen die meisten ernsthaften und seriösen Open-Access-Befürworter vielmehr, die bestehenden Zeitschriften zu verbessern. Man könnte daraus schließen, dass der relative Anteil von „Predator-Zeitschriften“ unter allen neu gegründeten Zeitschriften stetig zunimmt, und Google Trends stützt diese Annahme. Wie kann ich herausfinden, ob die Zeitschrift „ContROL“ seriös ist oder nicht? Ich habe mir einige Mitglieder des Beirats genauer angesehen, und es scheint sich um echte Wissenschaftler mit tatsächlichen Veröffentlichungen unterschiedlicher Qualität zu handeln. Allerdings landen selbst seriöse Wissenschaftler gelegentlich im Redaktionsbeirat solcher Zeitschriften (manchmal mit, manchmal ohne eigenes Zutun). Allerdings gibt es keine klare Trennlinie zwischen „Raubzeitschriften“ und seriösen Verlagen. Selbst einige der „seriösen“ Verlage betreiben gelegentlich zwielichtige und umstrittene Praktiken. Aus diesem Grund listet Bealls Website „potenzielle, mögliche oder wahrscheinliche räuberische wissenschaftliche Open-Access-Zeitschriften“ auf. Bealls Liste wurde zwar kritisiert, doch ein Großteil der Kritik lässt sich leicht entkräften. Ein besonders niederträchtiger Angriff auf Bealls Integrität ist z. B. die Website http://scholarlyoa.net (man beachte die Ähnlichkeit der URL!), auf der eine oder mehrere ungenannte Personen Ad-hominem-Angriffe, logische Fehlschlüsse und Übertreibungen einsetzen, um Bealls Arbeit zu diskreditieren. Ich selbst bezweifle, dass die Menschen hinter dieser Website echte Freunde des Open-Access-Publizierens sind. Mit Schmutz zu werfen, tut dem Open-Access-Publizieren keinen Gefallen. Vielleicht könnte diese Website sogar eine fehlgeleitete, verdeckte Aktion von Befürwortern des konventionellen Publizierens sein, um Open Access zu diskreditieren. Es gibt berechtigte Kritik an Bealls Arbeit , aber nichts davon stellt das Konzept in Frage, dass jemand das Open-Access-Publizieren überwachen muss (genauso wie die großen kommerziellen Verlage überwacht und kritisiert werden). Vielleicht sollte ich dem Herausgeber von ContROL ein paar Fragen stellen. Vor allem, warum er immer noch die Notwendigkeit einer neuen Open-Access-Zeitschrift sieht. ContROL verspricht zusätzlich zur Zeitschrift eine Art zugehörige wissenschaftliche Social-Media- und Werbeplattform. Doch auch dieser Bereich ist bereits abgedeckt (durch ResearchGate und Mendeley ). Ich war verblüfft über den hohen „Mitgliedsbeitrag“, den man zahlen muss, um ihre Dienste nutzen zu können ( https://control.zinianz.com/membership ). Aber sofern man nicht mehrere Artikel pro Jahr veröffentlicht, erscheint mir das überteuert. Auch wenn sie erwähnen, dass es Ausnahmeregelungen bei den Artikelbearbeitungsgebühren gibt, konnte ich keine Details dazu finden. Warum sollten sie diese Informationen verbergen? Forscher aus finanziell schwachen Ländern müssen die Kosten im Voraus kennen! Ein solcher Mangel an Transparenz ist genau das Gegenteil dessen, was Open Access erreichen soll. Die „Mitgliedsbeiträge“ könnten zudem den Erfolg der damit verbundenen Dienste verhindern. Es ist schwierig, mit einer wissenschaftlichen Social-Media-Plattform Fuß zu fassen (selbst wenn die Dienste kostenlos sind und vom mächtigsten Verlag der Welt unterstützt werden). Wahrscheinlich werden die versprochenen Vorteile nicht Realität werden.

Unsicherheit über die Zukunft von CRISPR

Sun, 18 Jun 2017 00:00:00 +0000

Einige befürchteten, dass die Patententscheidungen zur CRISPR-Technologie in diesem Frühjahr zu einer Monopolisierung der Technologie führen könnten . Laut einem Artikel in Nature Methods vom letzten Monat ist es derzeit jedoch keineswegs klar, ob CRISPR bei der Bearbeitung des menschlichen Genoms einen Volltreffer landen wird. Sollte ein einzelner Bearbeitungsvorgang mit Hunderten unerwünschter und unvorhersehbarer genomischer Veränderungen einhergehen, wäre es aufgrund der Unvorhersehbarkeit der Nebenwirkungen schwierig, dafür zu plädieren. Es handelt sich hierbei zwar nur um eine einzige Studie an Mäusen , doch ist Vorsicht geboten. Der Artikel in „Nature Methods“ ist besonders interessant, da die Technologie gerade erst zum ersten Mal am Menschen eingesetzt wurde Selbst wenn das geistige Eigentum bei einem einzigen Unternehmen liegt, ist unklar, wie ein Patent durchgesetzt werden könnte. CRISPR unterscheidet sich von vielen anderen Technologien dadurch, dass die Eintrittsbarrieren hinsichtlich Kosten und Know-how sehr niedrig sind. Fast jeder Forscher im Bereich der Lebenswissenschaften könnte es zu Hause in seiner Garage durchführen…

Hindernisse bei der Einführung elektronischer Laborjournale

Thu, 08 Jun 2017 00:00:00 +0000

Unser Labor beschäftigt sich schon seit einiger Zeit mit elektronischen Labornotizbüchern (ELNs). Eine aktuelle Veröffentlichung im Journal of Cheminformatics befasste sich mit den Hindernissen bei der Einführung von ELNs. Insbesondere im akademischen Bereich nutzen immer noch mehr als 90 % der Wissenschaftler das traditionelle Laborheft aus Papier. Das größte Hindernis für die Einführung waren die Kosten – sowohl in finanzieller Hinsicht als auch im Hinblick auf die Aneignung neuer Gewohnheiten. Knapp dahinter auf den Plätzen 3 und 4 folgten der Implementierungsaufwand und Sicherheitsbedenken. Zwar sind die Autoren eindeutig voreingenommen (sie entwickeln das Open-Source-ELN ELN SciNote ), doch sind die Hindernisse bei der Einführung dieselben, die ich in meinem Labor und an der Universität Helsinki erlebe.Ich war verblüfft, als ich vor etwa zwei Monaten eine E-Mail mit der Nachricht erhielt, dass die Universität Helsinki eine Rahmenvereinbarung mit dem LabVantage -LIMS/ELN-Anbieter Software Point ausgehandelt hatte. Zwar halte ich eine universitätsweite ELN-Lösung für notwendig, doch scheint dieser Vertrag für die meisten forschungsorientierten Labore an der Universität Helsinki alles andere als optimal zu sein. Mehrere Labore der Universität nutzen bereits seit einiger Zeit ELNs, und keines von ihnen hatte Kenntnis von den Bemühungen, eine universitätsweite Vereinbarung für eine LIMS/ELN-Lösung zu schließen. Und keines der Labore, die bereits ein LIMS/ELN nutzen, hat sich für LabVantage entschieden, sondern für andere Lösungen ( Labguru , SciNote , eLabFTW ). Es wäre hilfreich gewesen, wenn im Bewertungsteam jemand vertreten gewesen wäre, der über praktische Erfahrung mit der Nutzung von LIMS/ELNs verfügt (oder jemand, der an der Entwicklung von LIMS/ELNs mitgewirkt hat), zumal solches Fachwissen an der Universität Helsinki vorhanden ist.Nur wenige Personen waren an den Verhandlungen beteiligt, während die Mehrheit der Beteiligten nicht einmal um ihre Meinung gebeten wurde. Als ich ausdrücklich nach dieser abgeschotteten Vorgehensweise fragte, lautete die Antwort: Nur sehr wenige Einheiten (hauptsächlich die Abteilung für Chronologie und eine Person aus dem Fachbereich Chemie) waren damals an der Anschaffung beteiligt, obwohl die Informationen universitätsweit verbreitet wurden und jeder willkommen war, sich zu beteiligen und seine Bedürfnisse zu äußern. Doch obwohl ich versuche, die Entwicklungen der IT-Infrastruktur aktiv zu verfolgen, habe ich nirgendwo Ankündigungen gesehen, und auch bei einer rückblickenden Suche konnte ich nichts finden, was mich darauf aufmerksam gemacht und mir eine Beteiligung ermöglicht hätte. Die Labore, die am meisten zum internationalen Erfolg der Universität Helsinki beitragen, sind die wichtigsten Interessengruppen, wurden jedoch ignoriert. Vielleicht wäre eine etwas aktivere Suche nach den Interessengruppen angebracht gewesen. Das mit LabVantage ausgehandelte Basispaket scheint auf Routine- und klinische Laborarbeit ausgerichtet zu sein, nicht jedoch auf innovative Forschung. Zu den beiden Modulen, die für die Forschungsarbeit in den Lebenswissenschaften am dringendsten benötigt werden, gehören das ELN und das Speichermanagement. Leider fehlen viele für die Lebenswissenschaften spezifische Routinen (wie die Suche nach DNA- und Proteinsequenzen mit BLAST-ähnlichen Suchalgorithmen) gänzlich im Angebot, obwohl sie für die Lebenswissenschaften dringend benötigt werden. Das Fehlen einer kostenlosen API (wie sie eLAbFTW oder SciNote bald bieten wird), hindert Nutzer daran, ihren eigenen, bereits vorhandenen Code oder ihre eigenen Datenbanksysteme einzubinden. Jede noch so kleine Änderung würde die Einbeziehung der LabVantage-Entwickler erfordern, was ein sehr langwieriger und kostspieliger Prozess wäre. In der Praxis bedeutet dies, dass Mängel des Systems niemals behoben werden. Das Basispaket kann von jedem Labor der Universität nach einer einmaligen Zahlung von 200 € pro Nutzer genutzt werden (keine Floating-Lizenzen, nur dedizierte Nutzer). Für unser Labor würde sich das auf 2.000 € belaufen, doch ein niedriger Preis ist an sich noch kein Verkaufsargument. Im Rahmen der Rahmenvereinbarung kann jedes Labor die zusätzlichen Module selbst bezahlen, doch der hohe Preis von 17.500 € macht es unwahrscheinlich, dass dies jemand tun wird. Ich bin nicht bereit, mich für einen gemeinsamen Kauf einzusetzen, da sich nicht abschätzen lässt, ob diese Module für die tägliche Laborarbeit geeignet wären. Im Gegensatz zu den meisten anderen Anbietern bietet LabVantage keine kostenlose Testversion des Systems an. Es macht mich misstrauisch, wenn ein Anbieter keine Testversion anbietet. Wenn das Produkt gut ist, wird eine Testversion potenzielle Kunden vom Kauf überzeugen. Wenn das Produkt gut ist, was könnte dann der Nachteil einer Testversion für den Anbieter sein? Wir haben in den letzten zwei Jahren selbst mehrere ELN-Lösungen getestet, und einige Systeme erhielten sehr schlechtes Feedback von denjenigen, die sie täglich nutzen (z. B. umständlicher Datenimport, unintuitive Benutzeroberfläche, langsame Serverantworten). Tatsächlich nutzen wir für das Oligonukleotid-Management und die Lagerung von Proteinen und Enzymen immer noch das absolut veraltete Open-Source-LIMS, das ich vor etwa 15 Jahren als Doktorand mitentwickelt habe ( http://phplabdb.sourceforge.net , jetzt unter https://github.com/mbekaert/phplabdb) . In meinem Labor nutzen wir eLabFTW . Wir verfügen über eine lokale Installation im Intranet der Universität Helsinki (auf die von überall aus über VPN zugegriffen werden kann), und jeder Angehörige der Universität Helsinki kann dort einen Account erhalten. Wenn Sie Interesse daran haben, es auszuprobieren, kontaktieren Sie mich bitte! Die entscheidende Frage bleibt unbeantwortet: Warum wurde die Mehrheit der Beteiligten nicht in den Entscheidungsprozess einbezogen?

Edelsteinsuche in Finnisch-Karelien

Wed, 31 May 2017 00:00:00 +0000

Letzten Sonntag nahmen wir am Frühlingsausflug des finnischen Edelstein-Liebhaber-Vereins ( Suomen Jalokiviharrastajain Yhdistys ) zu einem Spektrolith-Steinbruch in der Nähe von Ylämaa in Finnisch-Karelien teil. Spektrolit ist eine Varietät des Labradorits , die ein reichhaltiges Schillern aufweist. Der finnische Spektrolith zeichnet sich durch seine dunkle Grundfarbe aus. Streng genommen bezieht sich der Begriff „Spektrolith“ ausschließlich auf die finnische Variante des schillernden Labradorits. Der Ausflug war ein voller Erfolg, denn wir kehrten müde und mit vielen Kilogramm an Exemplaren zurück.

Was man über VEGF-C in der Lymphologie wissen sollte

Fri, 05 May 2017 00:00:00 +0000

Was man über VEGF-C in der Lymphologie wissen sollte

PD Dr. Michael Jeltsch, Universität Helsinki & Wihuri-Forschungsinstitut, Finnland, michael@jeltsch.org

Der vaskuläre endotheliale Wachstumsfaktor C (VEGF-C) ist für die Entwicklung und das Wachstum des Lymphgefäßsystems unerlässlich. Zusammen mit VEGF-D bildet er die lymphatische Untergruppe innerhalb der VEGF-Familie der Wachstumsfaktoren, deren andere Mitglieder (PlGF, VEGF/VEGF-A, VEGF-B) in erster Linie für das Wachstum und die Funktion von Blutgefäßen verantwortlich sind. VEGF-C wurde als Ligand des Tyrosinkinase-Rezeptors VEGFR-3 entdeckt (1), und seine spezifische Wirkung auf Lymphgefäße wurde erstmals 1997 beschrieben (2,3). Etwa ein Drittel der Fälle von hereditärem Lymphödem beim Menschen resultiert aus Mutationen in Genen, die an der VEGF-C-Signalübertragung beteiligt sind (4). Das vollständige Fehlen von VEGF-C führt zum Tod während der Embryogenese (5). Wahrscheinlich aus diesem Grund sind klinische Fälle von erblich bedingtem Lymphödem durch eine teilweise Inaktivierung der Signaltransduktion gekennzeichnet. VEGFR-3 (6) ist in den meisten Fällen betroffen, doch werden Mutationen im Zusammenhang mit dem erblich bedingten Lymphödem für alle im Folgenden beschriebenen Komponenten der VEGF-C-Signaltransduktion beschrieben oder vermutet. z.T. im Rahmen einer multifaktoriellen Vererbung.

Für immer jung

Sun, 30 Apr 2017 00:00:00 +0000

Ich wurde von der Novo Nordisk Foundation (genauer gesagt von Dr. John Peter Wittschieben) gebeten, während der Informationsveranstaltung Informationsveranstaltung „ Wie man Fördermittel von internationalen Stiftungen erhält “, die am 26. April im Biomedicum Helsinki stattfand, ein paar Worte aus der Perspektive der erfolgreichen Antragsteller zu sagen.Nützliche InformationenUm es klar zu sagen: Die Veranstaltung war sehr nützlich. Insbesondere waren die detaillierten Informationen der Novo Nordisk Foundation und der JDRF , die im Rahmen der Veranstaltung Vorträge hielten, sehr hilfreich. Gleich zu Beginn war ich überrascht, als unser Dekan in seiner Einleitung von den „Glücklichen, die die Förderung erhalten haben“ sprach. In meiner Naivität war ich immer davon ausgegangen, dass Fördermittel nach Exzellenz und Leistung vergeben werden und nicht nach Glück. Während erfahrenere Forscher wie Mikael Knipp gute Ratschläge geben konnten, war mir das nicht möglich. Offensichtlich kann ich mich nicht mit meinen eigenen Förderquoten rühmen (die bei etwa 5 % liegen, d. h. einer von 20 Anträgen ist erfolgreich).Keine Zeit für Wissenschaft, zu viel Zeit für das Verfassen von Förderanträgen? Einige Teilnehmer zeigten sich überrascht über die derzeit weit verbreiteten Klagen von Forschern über niedrige Bewilligungsquoten und argumentierten, dass ein abgelehnter Antrag zu einem verbesserten, überarbeiteten Antrag in der nächsten Runde führe. Ich stimme zu, dass die Verbesserung in den ersten paar Runden erheblich sein mag, doch dann wird es zu einem Spiel mit abnehmenden Erträgen. Ich schreibe durchschnittlich 20 Förderanträge, um einen bewilligt zu bekommen, und bei 15 davon stimme ich eher mit E.P. Diamandis überein, der sich in Clinical Chemistry über den Verlust von über 20 Milliarden Dollar aufgrund erfolgloser Antragsstellung beklagte.**Wer ist ein „junger Forscher“?*Die andere Frage, die – interessanterweise – diskutiert wurde (und über die ich mir schon seit Jahren Gedanken gemacht hatte), betraf den Begriff „junger Forscher“. Das Fazit lautete, dass jeder ein junger Forscher ist, der keine ordentliche Professur innehat. Dies dürfte die einzig sinnvolle Definition sein, da das Durchschnittsalter der Hauptforscher in den letzten Jahrzehnten stetig gestiegen ist (siehe z. B. hier ). Viele Forscher werden daher für immer jung bleiben (oder zumindest bis zu ihrer Pensionierung).Es ist schwierig, kreativ zu sein, wenn man mit der Finanzierung zu kämpfen hatObwohl ich viele (vielleicht sogar niemanden) nicht überzeugen konnte, habe ich Einwände gegen die Vorstellung erhoben, dass es wünschenswert sei, das Ziel der Kreativität mit dem der Anwendbarkeit in der akademischen Forschung zu verbinden. Wahre Kreativität entspringt meist einer primären Motivation, und utilitaristische Aspekte stehen der Kreativität sogar im Weg. Das soll nicht heißen, dass kreative Forschung nicht sehr nützlich sein kann. Sie zu einem wichtigen Kriterium bei der Verteilung von Fördermitteln zu machen, verlangt von der Geldquelle einfach zu viel, nämlich die Zukunft vorhersagen zu können. Kreativität und das Streben nach „Anwendbarkeit/Wirkung“ der Forschung stehen nicht nur im Widerspruch zueinander, sondern wirken sogar in entgegengesetzte Richtungen. Wenn die Forschung mit der Finanzierung zu kämpfen hat, ist es schwierig, kreativ zu sein. Die grundlegenden Überlebensbedürfnisse müssen erst gedeckt sein, bevor Menschen ihre Möglichkeiten ausschöpfen können. Wenn Stiftungen zudem kurzfristige Anwendbarkeit fordern, wirken sie auf mich wie Politiker, die im 4- oder 5-Jahres-Wahlzyklus denken. Bei einem Großteil der akademischen Forschung können wir ihre zukünftigen Anwendungsmöglichkeiten nicht vorhersagen. Zudem liegen potenzielle Anwendungen meist VIEL mehr als fünf Jahre in der Zukunft. Wenn der Drang nach Anwendbarkeit dazu führt, dass sich das Gleichgewicht von der Grundlagenforschung hin zur angewandten Wissenschaft verschiebt, wird die Pipeline (Grundlagenforschung > angewandte Forschung > Ingenieurwesen) an ihrer Quelle versiegen. Vielleicht wird dieser Drang nach Anwendbarkeit auch die Verwischung der Grenzen zwischen den traditionellen Universitäten und den Fachhochschulen beschleunigen. *Diesmal muss ich Marx zustimmen: Nicht das Bewusstsein bestimmt das Leben, sondern das Leben bestimmt das Bewusstsein.

Eine sehr kurze Geschichte der antiangiogenen Tumortherapie

Mon, 24 Apr 2017 00:00:00 +0000

Ich habe das Thema der antiangiogenen Tumorbehandlung im Rahmen der Cancerbio Summer School (CBSS) 2017 behandelt. Als Übersichtsartikel habe ich Folgendes empfohlen: Weis SM, Cheresh DA. Tumorangiogenese: molekulare Signalwege und therapeutische Ziele. 2011. Nature Medicine 17:1359–70. http://www.nature.com/nm/journal/v17/n11/pdf/nm.2537.pdf

Vom Riesenrad überrollt?

Fri, 24 Mar 2017 00:00:00 +0000

Trotz des Fokus auf Internationalisierung sind die Informationen zur Bildungsreform auf Englisch unvollständig und kommen zu spätDie „Big Wheel“-Reform rollt über mich hinweg, und ich merke es gar nicht. Auf dem Intranet der Universität gab es einige Informationen in englischer Sprache über den Prozess. Während der Ausarbeitungsphase waren die meisten Dokumente jedoch zunächst nur auf Finnisch verfügbar, und aufgrund der durch die Übersetzung verursachten Verzögerung wurden ausländische Mitarbeiter ohne Englischkenntnisse weitgehend von dem Prozess ausgeschlossen. Dieser Verlust an Input war sicherlich nicht hilfreich, da mehrere Ziele der „Big Wheel“-Reform mit der Internationalisierung zusammenhängen, z. B. die Harmonisierung der Abschlussstrukturen innerhalb Europas („3+2+3-System“) und die Steigerung der internationalen Attraktivität und Wettbewerbsfähigkeit der Studiengänge.Exzellente Studierende möglicherweise vom Studium an unserer Universität ausgeschlossenAusgehend von den Bewerbungszahlen für die Masterstudiengänge, die im September 2017 beginnen, gibt es noch viel zu tun, um die Studiengänge „international attraktiv und wettbewerbsfähig“ zu machen. Praktisch alle Studiengänge verzeichneten einen Rückgang der Bewerbungen aus Nicht-EU-/EWR-Ländern, was wahrscheinlich zu deutlich geringeren Einnahmen aus Studiengebühren führen wird, als es der Universität lieb wäre (die Studiengebühren für Masterarbeiten an der Universität Helsinki liegen je nach Studiengang zwischen 13.000 und 18.000 € pro Jahr). Wir verlieren wahrscheinlich potenziell hervorragende Studierende, und es besteht der diffuse Verdacht, dass das allgemeine Bildungsniveau darunter leiden könnte. Für Studierende aus Nicht-EU-/Nicht-EWR-Ländern stehen 30 Stipendien in unterschiedlicher Höhe zur Verfügung. Allerdings werden nur etwa 10 der Stipendiaten in der Lage sein, die Studiengebühren mit ihrem Stipendium vollständig zu decken (siehe hier: https://www.helsinki.fi/en/studying/how-to-apply/scholarship-programme) . Ich bin außerdem der Meinung, dass die Werbung für die Studiengänge definitiv verbessert werden könnte.Informationen zu verfügbaren Stipendien: klar genug oder verwirrend? Ich befürchte zudem, dass viele potenzielle Bewerber hinsichtlich des Stipendienprogramms verwirrt waren (so ging es mir auch, und das ist immer noch so). Auf den Webseiten unseres eigenen Masterstudiengangs ( https://www.helsinki.fi/en/programmes/master/translational-medicine-transmed ) werden die Stipendien nicht besonders hervorgehoben (oder war das vielleicht Absicht?). Noch schlimmer: Der Link auf den Seiten der Universität Helsinki, über den man überprüfen kann, ob ein Studierender Studiengebühren zahlen muss oder nicht, ist schon seit einiger Zeit nur noch teilweise funktionsfähig („Sie können dies in den FAQ auf der Studyinfo-Website , ob Sie Studiengebühren zahlen müssen oder nicht“ (Original auf dieser Seite ). Hoffentlich ist das erst nach Ablauf der Bewerbungsfrist untergegangen…Bildungsreform des PromotionsstudiumsDie „Big Wheel“-Reform betrifft alle drei Abschlüsse: Bachelor, Master und Promotion (PhD). Die Internationalisierung ist besonders relevant für die Promotion und jene Masterstudiengänge, die vollständig auf Englisch stattfinden (z. B. Translational Medicine oder Life Science Informatics). Obwohl etwa die Hälfte aller Doktoranden in meiner Abteilung (Research Programs Unit) Ausländer sind, weiß kaum einer von ihnen, worum es bei „Big Wheel“ geht. „Big Wheel“-Diskussion am Meilahti-CampusNachdem fast alles bereits feststand und beschlossen war, wurde eine Informationsveranstaltung zum „Big Wheel“ für den Meilahti-Campus angekündigt (31.3.2017). Die E-Mail-Mitteilung war ausschließlich auf Finnisch verfasst. Ich habe oft Feedback gegeben, wenn wichtige Veranstaltungen nicht auf Englisch angekündigt wurden (meistens ohne Antwort). Deshalb habe ich eine Nachricht direkt an den Rektor und den Vizerektor der Universität geschrieben. Der E-Mail-Austausch ist unten angehängt. Es genügt zu sagen, dass sich die Universität nach wie vor der Internationalisierung verschrieben hat, auch wenn dies nicht ohne Probleme verläuft…Was bei der Anhörung besprochen wurdeDer Teil der Diskussion, der auf Englisch stattfand, drehte sich um die Doktorandenausbildung. Eine sehr berechtigte Forderung lautete, nichts zu reparieren, was nicht kaputt ist. Im internationalen Vergleich ist die Doktorandenausbildung in Finnland größtenteils hervorragend, und das einzige wahrgenommene Problem ist ihre Dauer. Derzeit verlangt eine finnische Doktorarbeit in den Lebenswissenschaften, dass der Doktorand in wissenschaftlichen Fachzeitschriften veröffentlicht. Infolgedessen wird der Großteil der Forschung in Finnland von Doktoranden geleistet. Die genaue Anzahl und Qualität der erforderlichen Veröffentlichungen variiert je nach Fakultät, da es keinen formellen Konsens gibt. Typischerweise sind 3–5 Artikel erforderlich, wobei eine gemeinsame Autorschaft bis zu einem gewissen Grad akzeptiert wird. Nicht alle Veröffentlichungen müssen Beiträge als Erstautor sein.Finnische Doktoranden sind wettbewerbsfähigZwar ist ein Doktorgrad einer finnischen Universität international sehr wettbewerbsfähig, doch sind die Doktoranden in der Regel deutlich älter als in den meisten anderen Ländern. Das wirft die Frage auf: Na und? Die typische Dauer eines Promotionsstudiums in Finnland wird allgemein auf etwa 7 Jahre geschätzt. Allerdings weiß niemand genau Bescheid (nicht einmal die Universität selbst, da es bis vor kurzem keine strengen Vorschriften zur Registrierung von Promotionsstudiengängen gab), doch scheint es eine sehr langsame Entwicklung hin zu einer kürzeren Dauer (und geringeren Anforderungen) zu geben. Starke Kräfte wirken einer Verkürzung des Promotionsstudiums entgegenDie Tatsache, dass das Promotionsstudium in Finnland so lange dauert, ist das Ergebnis einer natürlichen Selektion. Der Versuch, durch Regulierung eine schnellere Promotion zu erzwingen, hätte viele unbeabsichtigte Folgen. Es wirken starke Kräfte gegen eine Verkürzung des Promotionsstudiums, insbesondere für hochbegabte Studierende, die eine akademische Laufbahn anstreben: z. B. die relativ einfache Beschaffung von Stipendien während des Promotionsstudiums und die hohe Arbeitslosigkeit unter frisch promovierten Wissenschaftlern in Finnland.Altersgrenzen für Promotionsabschlüsse bei der FörderungWie Kalle Saksela hervorhebt, ist ein großes Hindernis für die Verkürzung der Promotionsausbildung die allgemeine Fördersituation in der akademischen Forschung. Mit jedem Förderzyklus sinken die Förderquoten auf neue Tiefststände. Erfolgreiche Bewerber verfügen über ein sehr überzeugendes Portfolio an hochwertigen Publikationen, dessen Aufbau Zeit benötigt. Große wettbewerbsorientierte Forschungsförderprogramme (Finnische Akademie, ERC) legen jedoch Beschränkungen für Bewerber fest (z. B. „nicht mehr als 7 Jahre nach Abschluss der Promotion“), die in keinem Zusammenhang mit der Qualität des Antrags stehen.Vier JahreDie ganz klare Botschaft von Vizerektor Hämäläinen (Jukka Kola hatte die Diskussion bereits verlassen, als von Finnisch auf Englisch umgeschaltet wurde) lautete, dass das Promotionsstudium verkürzt werden muss, um Vergleichbarkeit mit anderen Ländern zu erreichen. Das Ziel ist 3+2+4 (3 Jahre für das Bachelorstudium, weitere 2 Jahre für das Masterstudium und anschließend 4 Jahre für das Promotionsstudium). Der vom Vizerektor vorgebrachte Vorschlag bestand darin, einfach einen Teil der Studienleistungen, die derzeit im Rahmen des Promotionsstudiums absolviert werden, in die frühe Postdoc-Phase zu verlagern. Eine große Frage ist natürlich, wer diese Umstellung finanzieren soll. Es bedarf einer erheblichen Aufstockung der Forschungsmittel, um die Gehälter für Postdocs bezahlen zu können – es sei denn, wir wollen die gesamte inländische Forschungsleistung verringern. Schon jetzt grenzt es an finanziellen Selbstmord, einen Postdoc mit dem Budget eines „Academy Research Fellow“ zu beschäftigen.

Aufreinigung und Charakterisierung rekombinanter Proteine

Mon, 20 Mar 2017 00:00:00 +0000

Wir organisieren (erneut) einen praxisorientierten Kurs zur Proteinreinigung vom 4. bis zum 20. Dezember. Wir können maximal 16 Teilnehmer aufnehmen, die in Gruppen von 2 bis 4 Teilnehmern eingeteilt werden. Jede Gruppe benötigt drei volle Tage, um die praktischen Übungen durchzuführen, wobei sich der dritte Tag des Kurses mit dem ersten Tag der nächsten Gruppe überschneidet. Veranstaltungsort ist das Biomedicum Helsinki, Räume A516a1 (wo sich die Geräte befinden) und B318a/b (unser Labor). Wir werden ein Protein (VEGF-Rezeptor 3) mithilfe eines zweistufigen Protokolls (Affinitätschromatographie + Gelfiltration) auf dem Äkta Avant FPLC-Gerät aufreinigen. Am dritten Kurstag werden wir die Wechselwirkung dieses Proteins mit seinem Liganden (VEGF-C) auf dem ITC-Gerät (isotherme Kalorimetrie) untersuchen. Wir haben bereits 2015 einen ähnlichen Kurs angeboten ( http://www.helisci.fi/hbgs/FPLC2015/) . Dieser neue Kurs ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ) wird einen ähnlichen Aufbau haben, wir erweitern ihn jedoch um einen Tag, um Protein-Wechselwirkungen mithilfe des neuen Isothermischen-Kalorimetrie-Geräts unserer B3P-Kernanlage zu analysieren. Die Dokumentation und die Ergebnisse werden ebenfalls hier verfügbar sein.Da wir maximal zwei Proben gleichzeitig bearbeiten können (wir verfügen „nur“ über zwei FPLC-Geräte), müssen wir die Teilnehmer in Gruppen (mit jeweils 2–4 Studierenden) aufteilen und den dreitägigen Kurs je nach Teilnehmerzahl mehrmals wiederholen.

Meilensteine der Angiogenese-Forschung

Thu, 09 Mar 2017 00:00:00 +0000

Die Zeitschrift Nature zählt unsere Science-Publication von 1997 zu den Meilensteinen der Angiogenese-Forschung: *“A paper establishing the role of VEGF-C and VEGF-R3 signaling in lymphangiogenesis. A new field is born.” [“Diese Studie etabliert die Funktion von VEGF-C und VEGFR-3 in der Lymphangiogenese und damit eine neues Forschungsgebiet.”]*Die Zusammenstellung der Meilenstein-Publikationen der Angiogenese-Forschung der letzten 80 Jahre ( http://www.nature.com/focus/angiogenesis/classics/vegf.html ) ist aus dem Jahre 2003 und wurde leider bisher nicht mit den neusten bahnbrechenden Studien ergänzt. Auf jeden Fall sind die meisten dieser 86 Publikationen obligatorische Lektüre für alle Doktoranten, deren Promotion irgendwas mit Angiogenese zu tun hat.

„Silber“ und „Gold“ als Beschichtung einer 5-Cent-Münze

Tue, 07 Mar 2017 00:00:00 +0000

Letzten Freitag habe ich zusammen mit meinen Kindern 5-Cent-Münzen (aus Kupfer) beschichtet. Sie sehen ziemlich gut aus, obwohl sie eigentlich nur aus Zink und Messing bestehen. Man braucht lediglich eine saubere Kupfermünze (alte Münzen lassen sich gut mit Essig reinigen), Natriumhydroxid (NaOH), Zinkpulver und eine Heizplatte. Die ursprüngliche Methode (siehe dieses PDF ) sieht die Verwendung eines Bunsenbrenners vor, aber wir haben das Erhitzen und die abschließende Umwandlung der verzinkten Münze in eine vermessingte Münze einfach dadurch bewerkstelligt, dass wir sie auf die Kochplatte in unserer Küche gelegt haben. Heißes Natriumhydroxid ist ziemlich gefährlich, also sei gewarnt (Augenschutz) und behalte die Kinder im Auge!

Kein Interesse (an Rückblick und Selbstreflexion)?

Fri, 17 Feb 2017 00:00:00 +0000

Es wurde viel über die „Veränderungen“ des letzten Jahres an der Universität gesprochen. Überraschenderweise scheint sich niemand mehr für das Thema zu interessieren. Zumindest war das mein erster Eindruck, als ich zur öffentlichen Anhörung auf dem Meilahti-Campus ging. Der Hörsaal 1 des Haartman-Instituts, in dem die Anhörung stattfinden sollte, war völlig leer, als ich ankam. Da sich nur eine Handvoll Leute die Mühe gemacht hatte, zu erscheinen, war die Anhörung an einen Tisch in der nahegelegenen Cafeteria verlegt worden. Von kaum jemandem bemerkt, hat eine Untersuchungsgruppe ihre Arbeit aufgenommen, um die „Veränderungen“ an der Universität Helsinki zu analysieren, die in den letzten anderthalb Jahren stattgefunden haben. Ich vermute, die Idee dahinter war, herauszufinden, welche vermeidbaren Fehler begangen wurden. Laut dieser Quelle der Universität durfte Jukka Kola, der als öffentliches Gesicht für viele der umstrittenen Entscheidungen in dieser Zeit gilt, selbst über die Zusammensetzung der Untersuchungsgruppe entscheiden. Aus diesem Grund muss die Untersuchungsgruppe sehr darauf achten, in ihrem Bericht nicht voreingenommen zu wirken.

Wissenschaft gut, Kaffee schlecht

Thu, 26 Jan 2017 00:00:00 +0000

Letzte Woche habe ich an der Gordon Research Conference zur vaskulären Zellbiologie in Ventura (Kalifornien) teilgenommen. Meine beiden vorherigen Gordon-Konferenzen (2001 in Rhode Island, 2014 in Lucca/Italien) waren hervorragend, und auch diese hat mich nicht enttäuscht.Obwohl viele europäische Forscher vertreten waren (19 %), stammten 69 % der Teilnehmer aus den USA (Asien 6 %, übrige Amerika 5 %). Dies spiegelt wahrscheinlich gut wider, wo die Spitzenforschung in der Gefäßbiologie stattfindet. Da frage ich mich doch, warum der Kaffee in den USA so schlecht ist (meine Vorurteile haben sich wieder einmal bestätigt). Das lässt sich nicht mit einem Mangel an wissenschaftlicher Expertise erklären. Gordon-Konferenzen dienen dem Austausch unveröffentlichter Daten, daher schreibe ich nichts über die wissenschaftlichen Inhalte. Eine Ausnahme: Es gibt klinische Studien zur Behandlung von Lymphödemen mit Leukotrien-B4-Hemmern ), aber dies ist bereits allgemein bekannt, und die Mausstudien sind größtenteils veröffentlicht ( http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0008380) . Es sind also keine Geheimnisse durchgesickert … Ich selbst habe ein Poster zur weiteren CCBE1-Geschichte präsentiert, das derzeit begutachtet wird, sowie einige vorläufige Daten zu weiteren VEGF-C-aktivierenden Enzymen.Natürlich war der Ausgang der Präsidentschaftswahlen ein beliebtes Thema bei den Gesprächen während des Mittag- und Abendessens, insbesondere im Zusammenhang mit der Forschungsfinanzierung und der Wissenschaftspolitik. Die Meinungen reichten von „Wir haben keine Ahnung, was uns erwartet“ bis hin zu „Fürchtet euch. Habt große Angst.“ Ich persönlich habe etwa acht Stunden der Trump-Präsidentschaft genossen, da mein Rückflug von Los Angeles nach München letzten Freitag um Viertel nach fünf Uhr nachmittags startete. An den freien Nachmittagen habe ich versucht, das in Amerika exklusive Taurus-Pokémon für meine Tochter Milena zu fangen. Leider gab es am Konferenzort so gut wie keine PokéStops, weshalb mir ständig die Pokébälle ausgingen. Insider erzählten mir, dass der Strand von Santa Monica der ideale Ort sei, um Pokémon zu fangen. Eigentlich hatte ich vor, am Freitagmorgen dorthin zu fahren, aber es regnete in Strömen, und so versuchte ich mein Glück am Flughafen und schaffte es schließlich etwa eine Stunde vor Abflug, ein Tauros zu fangen – und noch eines, kurz bevor ich ins Flugzeug stieg. Alles in allem also eine sehr erfolgreiche Konferenzreise!

Kapa HiFi überzeugt, Phusion funktioniert mehr oder weniger, Q5 und Platinum SuperFi enttäuschen

Fri, 02 Dec 2016 00:00:00 +0000

Meine letzte NEBuilder-Assemblierung ist ins Stocken geraten, weil ich zwei der PCR-Reaktionen nicht zum Laufen bringen konnte. Ich benötigte ein kleines Fragment und zwei ~3-kb-Fragmente. Ich musste eine 2A-Sequenz zwischen das kleine und eines der 3-kb-Fragmente einfügen und fügte daher die erforderlichen Sequenzen als Enden an die Primer an. Die Matrize war nicht besonders GC-reich, also nichts allzu Kompliziertes, aber bei meinem ersten Versuch amplifizierte sich nur das kleine Fragment. Als auch mein zweiter Versuch, die 3-kb-Fragmente zu amplifizieren, scheiterte, beschloss ich, einige alternative Polymerasen auszuprobieren. Für Klonierungszwecke habe ich in den letzten Jahren ausschließlich die Phusion High Fidelity DNA-Polymerase (von New England Biolabs oder von ThermoFisher ) verwendet, aber vielleicht gab es ja etwas Besseres und Robusteres? Ich erhielt drei verschiedene kostenlose Proben zum Testen: KAPA HiFi HotStart , NEB Q5® High-Fidelity sowie ThermoFisher Platinum SuperFi™ . Mein Doktorand hat gestern die PCRs durchgeführt, und ich habe heute die Gele gelockt. An der Gelqualität sieht man, dass ich nicht mehr viel Routine habe, aber die Gesamtergebnisse sind recht eindeutig, und in Zukunft wird KAPA unsere erste Wahl bei kniffligen Templates sein. Ich denke, die Korrekturfähigkeiten von KAPA liegen etwas unter denen von Phusion, aber es macht mir nichts aus, wenn 2 % statt 0,5 % der DNA-Produkte eine Mutation enthalten.In der angehängten PDF-Datei ist zu sehen, dass meine Doktorandin zwei weitere Proben für die Phusion-Polymerase hinzugefügt hat, bei denen sie die gleichen Bedingungen, aber eine andere Matrize (supergewickeltes Plasmid statt linearer DNA) verwendet hat. Überraschenderweise hat die Phusion-Polymerase die supergewickelte DNA viel besser amplifiziert als die (gleiche) lineare DNA; ich kann mir das nicht erklären…

Wichtige Projektfinanzierung

Fri, 07 Oct 2016 00:00:00 +0000

Dieser Beitrag ist inspiriert von unserem jüngsten Erfolg bei der Ausschreibung für Schlüsselprojekte der Finnischen Akademie der Wissenschaften . Einer der größten Zeitfresser für Wissenschaftler ist die Beantragung von Fördermitteln zur Finanzierung ihrer Forschung. Wissenschaftler verbringen immer mehr Zeit mit der Erstellung von Förderanträgen, da der Wettbewerb um die schwindenden Ressourcen zunimmt. Nach Abzug der Zeit für Lehre und Verwaltung bleiben ihnen vielleicht noch ein paar Stunden pro Woche für die Forschung. Letzte Woche fragte mich ein Freund beim Mittagessen, wie hoch unsere Bewilligungsquote sei. Ich wusste es nicht, da ich mich vor dieser unangenehmen Wahrheit gedrückt habe. Ich habe heute nachgerechnet, und das deprimierende Ergebnis ist, dass sie im niedrigen einstelligen Bereich liegen, was offenbar ein ganz durchschnittlicher Wert ist (für uns war 2015 ein außergewöhnlich erfolgreiches Jahr, und die Zahl für 2016 könnte sich vielleicht noch verbessern, da einige Entscheidungen noch ausstehen).Die akademische Produktivität durch eine theoretische Erhöhung der jährlichen Arbeitszeit von 1.600 Stunden zu steigern, ist sinnlos, wenn 400 Stunden dieser Zeit vergeblich aufgewendet werden, d. h. für erfolglose Förderanträge. Der finanzielle Schaden und die Opportunitätskosten für das System sind enorm, und ein Kollege von mir hat mich kürzlich auf diesen Artikel aus dem Jahr 2015 in Clinical Chemistry , in dem der durch das Verfassen von Förderanträgen verschwendete Geldwert für die USA konservativ auf mindestens 20 Milliarden Dollar pro Jahr geschätzt wurde. Unser Budget sieht neue Stellen für Forscher vor, aber wir wissen noch nicht, wo und wann diese Personen ihre Arbeit aufnehmen können. Theoretisch garantiert die gastgebende Organisation (d. h. das Forschungsprogramm der Universität Helsinki) die Infrastruktur. Allerdings kann das Forschungsprogramm keine Laborflächen aus dem Nichts erschaffen. Die Universität versucht lediglich, Geld zu sparen, indem sie die von ihr angemietete Fläche minimiert. Während manche Menschen erfolgreiche Förderanträge feiern, ist meine Sichtweise eher nüchtern: Nach der Förderentscheidung ist vor der Förderentscheidung*.* Zitat in Anlehnung an Sepp Herberger , Trainer der deutschen Fußball-Weltmeistermannschaft von 1954, der den berühmten Satz „Nach dem Spiel ist vor dem Spiel“ prägte.

OpenBIS für Anfänger

Tue, 06 Sep 2016 00:00:00 +0000

Wenn Sie – so wie wir derzeit – darüber nachgedacht haben, von Papier auf elektronische Laborjournale umzusteigen , sind Sie vielleicht schon auf die Lösung OpenBIS gestoßen. Sie möchten OpenBIS installieren, wissen aber nicht, wie Sie vorgehen sollen? Mir ging es genauso, und deshalb habe ich es so lange versucht, bis es geklappt hat. Glücklicherweise habe ich Unterstützung vom ETHZ OpenBIS-Team und unserem lokalen IT-Support erhalten, aber natürlich können diese den Mangel an Kenntnissen über Jetty und PostgreSQL nicht ausgleichen.Wenn ihr es nur kurz ausprobieren wollt, ist es vielleicht einfacher, das VirtualBox-Image herunterzuladen, auf dem bereits alles vorinstalliert und vorkonfiguriert ist ( https://wiki-bsse.ethz.ch/display/bis/openBIS+ELN-LIMS+Virtual+Machine ). Ich hatte jedoch keine schnelle Hardware, um das VirtualBox-Image auszuführen, und kam zu dem Schluss, dass es auf einem alten Computer als Bare-Metal-System schnell genug laufen würde. Die folgenden Anmerkungen basieren auf meinen Erinnerungen und den endgültigen Konfigurationsdateien, die funktioniert haben. Ich werde den Server jedoch trotzdem noch einmal von Grund auf neu einrichten und dabei ausschließlich die unten aufgeführten Schritte ausführen, um sicherzustellen, dass ich nichts Wichtiges übersehen habe. In der Zwischenzeit möchte ich diese Informationen jedoch bereits veröffentlichen. Ich hätte mich gefreut, wenn ich eine Anleitung nach dem Motto „OpenBIS-Installation für Dummies“ gefunden hätte. Um eine sehr lange Supportdauer zu gewährleisten, habe ich mich bei der Installation für Ubuntu 16.04 Server entschieden (das VirtualBox-Image verwendet Ubuntu 14.04 Desktop) und die neueste Version von OpenBIS 16.05.1 (man muss sich für ein Konto registrieren, um die Software herunterladen zu können). Das Plugin für das elektronische Labor-Notizbuch (ELN) ist in dieser Version enthalten. Dabei tritt ein Problem mit der Java-7-Unterstützung auf (diese wird nicht mehr lange gepflegt, und ich werde bald versuchen, OpenBIS ELN mit Java 8 auszuführen, aber diese Anleitung verwendet ein Java-7-PPA für Ubuntu 16.04).1. Führen Sie eine Neuinstallation von Ubuntu 16.04.1 Server durch. Legen Sie während der Installation den Administratorbenutzer „openbis“ an. Wenn Sie zur Softwareauswahl aufgefordert werden, wählen Sie zusätzlich zu den Standard-Systemdienstprogrammen OpenSSH und PostgreSQL aus. Nach der ersten Anmeldung (als Benutzer „openbis“) aktualisieren und upgraden Sie die gesamte Software auf die neueste Version und installieren Sie Emacs (oder einen Texteditor Ihrer Wahl) sowie unzip: sudo apt install unzip emacs24-nox 2. Installieren Sie Java 7. Hier ist eine Möglichkeit, wie du das machen kannst:sudo add-apt-repository ppa:openjdk-r/ppa sudo apt-get update sudo apt-get install openjdk-7-jre-headless3. Um PostgreSQL korrekt einzurichten, ändern Sie die Konfigurationsdatei /etc/postgres/9.5/main/pg_hba.conf. Bei allen Zeilen, die mit peer enden, sollte peer in trust geändert werden! Laden Sie anschließend PostgreSQL neu: sudo systemctl reload postgreql4. Wenn Sie die Installation auf einer virtuellen Maschine wie VirtualBox durchführen, ist es sinnvoll, die Gast-Utilities zu installieren, da dies die Arbeit erleichtert (virtualbox-guest-utils). Legen Sie einen gemeinsam genutzten (permanenten, automatisch gemounteten) Ordner an und fügen Sie „openbis“ zur Gruppe „vboxsf“ hinzu: sudo usermod -a -G vboxsf openbis4. Legen Sie die komprimierte openBIS-Installationsdatei im Home-Verzeichnis des Benutzers „openbis“ ab.5. Entpacken Sie das Installationsprogramm:tar -xvzf openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799.tar.gz6. Wechseln Sie in das entpackte Verzeichnis: cd openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799 7. Ändern Sie die folgenden Einträge in der Datei „console.properties“: INSTALL_PATH=/home/openbis/DSS_ROOT_DIR=/home/openbis/dataELN-LIMS = truePATHINFO_DB_ENABLED = trueINSTALLATION_TYPE = serverFür diesen Test habe ich das Passwort des Keystores nicht geändert, aber Sie sollten dies aus Sicherheitsgründen tun, wenn Sie den Server im Produktivbetrieb einsetzen!8. Führen Sie das Installationsprogramm aus (nicht als root, sondern als openbis-Benutzer):./run-console.sh9. Wenn das Installationsprogramm Sie auffordert, das Passwort für den openBIS-Benutzer „admin“ einzugeben, geben Sie das Passwort ein, das Sie verwenden möchten, wenn Sie sich als Admin in die Weboberfläche einloggen.10. Wenn die Installation abgeschlossen ist, wechseln Sie in das Verzeichnis ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc und bearbeiten Sie die Datei service.properties. Eigentlich müssen Sie nichts ändern, damit die Installation funktioniert, aber wir mussten das System für die Anmeldeauthentifizierung über LDAP konfigurieren.authentication-service = file-authentication-service => authentication-service = file-ldap-authentication-serviceWenn Sie ausschließlich LDAP verwenden (d. h. authentication-service = ldap-authentication-service), müssen im LDAP-Verzeichnis bestimmte spezielle Benutzer vorhanden sein. Wir authentifizieren über den LDAP-Server unserer Universität nur reguläre Benutzer des Systems; daher muss sich beispielsweise der Admin-Benutzer lokal authentifizieren. Dieser Admin-Benutzer wird während der Installation eingerichtet, aber damit dies funktioniert, müssen sowohl die Datei- als auch die LDAP-Authentifizierung aktiviert sein. Dies ist die Adresse unseres LDAP-Servers, wie sie in der Datei „service.properties“ angegeben ist. Sie enthält die Authentifizierungsbasis, die Sie bei Ihren Systemadministratoren erfragen müssen: ldap.server.url = ldap://ldap2015.it.helsinki.fi/OU=people,DC=helsinki,DC=fiDies ist der LDAP-Benutzer und sein Passwort auf dem LDAP-Server (fragen Sie mich nicht, warum die LDAP-Leute für ein so einfaches Konzept solch komplizierte Wortmonster verwenden):ldap.security.principal.distinguished.name = OU=openbis,OU=login,DC=helsinki,DC=fi``ldap.security.principal.password = PASSWORTDie folgenden Parameter sind spezifisch für unseren LDAP-Server. Wir verwenden OpenLDAP, und da OpenBIS TLS offenbar nicht unterstützt, nutzen wir SSL:ldap.security.protocol = ssl``ldap.security.authentication-method = simple``ldap.queryTemplate = (&(%s))OpenBIS erfordert HTTPS. Sie können entweder das selbstsignierte Zertifikat (von der ETHZ bereitgestellt) beibehalten oder ein eigenes Zertifikat installieren. Wenn Sie das selbstsignierte Zertifikat beibehalten, erhalten alle Benutzer eine Warnung, wenn sie versuchen, sich beim Webdienst anzumelden. Es scheint ein weiteres Problem zu geben, da das Hochladen von Dateien mit dem selbstsignierten Zertifikat offenbar nicht funktioniert, da die HTTPS-Anfrage über Port 8444 nicht zu einer Sicherheitswarnung führt, die den Benutzern im Browserfenster angezeigt wird und die sie übergehen könnten.Daher blieb uns nichts anderes übrig, als ein echtes Zertifikat zu beschaffen, was dank der Leute von Let’s Encrypt heute glücklicherweise einfacher ist als noch vor einem Jahr. Dennoch hat es einige Zeit gedauert, bis wir die Zertifikatsangelegenheiten richtig hinbekommen haben. Wir betreiben den OpenBIS-Server innerhalb des Universitätsnetzwerks, und er ist von außen nicht sichtbar. Benutzer, die von außen darauf zugreifen möchten, müssen ein VPN verwenden. Daher mussten wir einen temporären „falschen“ Server mit demselben Namen auf einer öffentlich erreichbaren IP-Adresse einrichten und ein Let’s Encrypt-Zertifikat generieren (Let’s Encrypt ist für Jetty noch nicht automatisiert). Ich habe die automatisierte Methode für Apache2 auf meinem eigenen Server bei Digital Ocean verwendet und anschließend die beiden wichtigen Dateien (fullchain1.pem und privkey1.pem) aus dem Verzeichnis /etc/letsencrypt/archive/eln.jeltsch.org abgerufen und auf unseren OpenBIS-Server verschoben. Um sie in das richtige Format für den Java-Keystore zu konvertieren, habe ich folgende Befehle verwendet:openssl pkcs12 -export -out keystore.pkcs12 -in fullchain1.pem -inkey privkey1.pemkeytool -importkeystore -srckeystore keystore.pkcs12 -srcstoretype PKCS12 -destkeystore keystore.jksDer erste Befehl fragt nach einem Export-Passwort. Es spielt keine Rolle, was Sie eingeben (ich habe 12345678 verwendet). Der zweite Befehl fragt nach einem Passwort für den Ziel-Keystore. Geben Sie hier „changeit“ ein, falls Sie das Standard-Keystore-Passwort („changeit“) während der Einrichtung nicht geändert haben. Anschließend werden Sie auch nach dem Passwort für den Quell-Keystore gefragt (das ist das oben von mir verwendete „12345678“).Anschließend musst du noch den Inhalt dieses Keystores zum bereits vorhandenen Keystore hinzufügen. Dafür gibt es wahrscheinlich viele Möglichkeiten, aber ich habe ein grafisches Tool namens Keystore Explorer verwendet. Man öffnet einfach beide Keystores (dafür benötigt man das Passwort „changeit“), löscht den bestehenden Eintrag für die ETHZ und fügt den einzigen (letsencrypt) Eintrag aus dem neu generierten Keystore hinzu. Ersetze die Dateien „keystore“ und „openBIS.keystore“ im Verzeichnis ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc/ durch den geänderten Keystore. Beide Dateien sind identisch; ich weiß derzeit nicht, welchen Sinn diese Duplizierung hat. Außerdem musst du ~/openbis/servers/datastore_server/etc/openBIS.keystore durch die neue Version des Keystores ersetzen. Aus irgendeinem Grund funktionierte das Hochladen nicht. Um das Hochladen zu ermöglichen, muss in der Datei „service.properties“ des Datastore-Servers die Host-Adresse des Datastore-Servers angegeben werden: https://eln muss lauten => https://eln.jeltsch.org. Da wir für die Zertifikatserstellung einen anderen Host verwendet hatten, kam es zu einer Nichtübereinstimmung der Hostnamen, und wir mussten die Hostname-Einstellungen manuell überschreiben: Ändern Sie diese in den Dateien /etc/hostname und /etc/hosts und starten Sie anschließend den Server neu. Der Installer übernahm jedoch nur den ersten Teil des vollständigen Namens für die service.properties-Dateien des Datastore-Servers. Der Name unseres Servers lautet eln.jeltsch.org, was zu https://eln führte, was in unserem Netzwerk nicht aufgelöst werden konnte, da wir das Let’s Encrypt-Zertifikat auf einem anderen Server signieren ließen. Nachdem wir die „service.properties“-Dateien geändert und den Server neu gestartet hatten, waren wir endlich bereit, den Server zu testen: 11. Starten des Servers: Melden Sie sich als Benutzer „openbis“ am Server an. cd ~/openbis/bin/./allup.sh 12. Rufen Sie auf einem anderen Computer in Ihrem Webbrowser die Adresse „https://eln.jeltsch.org:8443/openbis/webapp/eln-lims“ auf. Wenn Sie kein öffentlich vertrauenswürdiges Zertifikat installiert haben, warnt Sie der Browser nun, dass die Verbindung nicht sicher ist. Klicken Sie einfach auf „Erweitert“ und bestätigen Sie die Sicherheitsausnahme. Sie müssen sich als „admin/PASSWORD“ (das Sie bei der Installation festgelegt haben) anmelden. Es gibt einige Anleitungen zur Verwendung des ELN. Die Mitarbeiter in meinem Labor haben mir jedoch mitgeteilt, dass die Benutzeroberfläche nicht sehr intuitiv ist und ich ihnen die Grundlagen beibringen muss. Ich halte es für sinnvoll, in einem Tutorial die typische Konfiguration in einem typischen kleinen Life-Science-Labor zu beschreiben: welche Arbeitsbereiche mit welchen Zugriffsrechten für wen, sowie häufige Szenarien (z. B. wenn bestimmte Reagenzienlisten für Außenstehende zugänglich sein müssen usw.). Außerdem habe ich viele Verbesserungsvorschläge. Es wäre zum Beispiel schön, mehr „ELN-Vorschauen“ für hochgeladene Dokumente zu erhalten. Derzeit lassen sich Bilder in der Vorschau anzeigen, PDF-Dateien jedoch nicht (ich habe SVG-Dateien noch nicht ausprobiert, aber wir verwenden sie recht häufig für Bildannotationen). Dies ist sicherlich nicht mein letzter Beitrag zu OpenBIS, und bis wir das System in den produktiven Einsatz nehmen (voraussichtlich Anfang nächsten Jahres), muss ich noch viel lernen.

Cloning-Club – Workshop-Material

Tue, 30 Aug 2016 00:00:00 +0000

Sammlung der Kursunterlagen für den von DPBM organisierten Cloning Club zusammengestellt. Für jede Vorlesung gibt es Dateien in (mindestens) zwei verschiedenen Formaten: PDF und ODP (Open Document Presentation). Die ODP-Datei lässt sich mit der Software LibreOffice bearbeiten. Wenn Sie sie mit Microsoft Office öffnen möchten, müssen Sie sie zunächst entweder mit LibreOffice oder einem Online-Konvertierungstool (wie cloudconvert ) konvertieren. Das Material des Kursveranstalters (im Open-Document- und PDF-Format) steht unter der Creative-Commons-Lizenz zur Verfügung (ausgenommen ist angepasstes Material, das ausdrücklich gekennzeichnet ist). Materialien der Kursteilnehmer (im PowerPoint-Format) werden zu den Bedingungen der Urheber bereitgestellt. Möglicherweise füge ich später auf Grundlage des Feedbacks der Teilnehmer verbesserte Versionen der Präsentationsfolien für die Treffen bzw. Vorlesungen hinzu.

Hochschulrankings (und wie man sie manipuliert)

Mon, 29 Aug 2016 00:00:00 +0000

Wow. Die Universität Helsinki konnte ihre Position im Shanghai-Ranking erneut verbessern und belegt nun Platz 56. Allerdings hatte selbst die eigene Pressemitteilung der Universität klang der Ton eher düster, als wäre dies die letzte Blüte vor dem endgültigen Verfall. Es stimmt zwar, dass die Grundlage für den aktuellen Erfolg von den Forschern in den letzten Jahrzehnten geduldig aufgebaut wurde. Dennoch haben die Politiker wahrscheinlich recht, wenn sie nun zu dem Schluss kommen, dass die Kürzungen im Bildungshaushalt für diesen Erfolg verantwortlich sind. Vielleicht haben die Kürzungen tatsächlich zum Produktivitätsschub beigetragen: All die Wissenschaftler, die unerwartet plötzlich arbeitslos waren, haben offensichtlich weiter wie wild an ihren laufenden Projekten gearbeitet, um ihre aktuellen Manuskripte zur Veröffentlichung fertigzustellen. Publikationen sind die mit Abstand dominierende Währung auf dem akademischen Arbeitsmarkt. Und diese arbeitslosen Wissenschaftler veröffentlichen möglicherweise schneller als zuvor, da sie keine Lehrverpflichtungen haben … Noch wichtiger ist jedoch, dass sich die Zahlen Helsinkis bei den einzelnen Indikatoren des Shanghai-Rankings für 2015 und 2016 nur bei der akademischen Leistung pro Kopf (Veröffentlichungen/Anzahl der wissenschaftlichen Mitarbeiter) und der Anzahl der häufig zitierten Wissenschaftler signifikant unterscheiden. Da der Stellenabbau an den Universitäten in Helsinki bereits seit einiger Zeit andauerte – noch vor den massiven Kürzungen in diesem Frühjahr –, erscheint es plausibel zu behaupten, dass der 56. Platz teilweise auf den Stellenabbau zurückzuführen ist, der sich direkt und rasch auf die Zahl der wissenschaftlichen Mitarbeiter ausgewirkt hat. Das Shanghai-Ranking legt den Schwerpunkt auf die Forschung, während Helsinki in anderen Rankings sogar an Boden verloren hat. So fiel Helsinki beispielsweise im QS World University Rankings von Platz 67 (2014/15) auf Platz 96 (2015/16). Zwischen diesen beiden Rankings nahm das QS-Team „Verbesserungen“ an seinem Rankingsystem vor, und diese waren – bei genauer Betrachtung der Daten – fast ausschließlich für den Rückgang verantwortlich. Sie „normalisierten“ die Zitierquote pro Fakultät entsprechend dem Fachgebiet, und die Lebenswissenschaften wurden als „Feld mit hoher Zitierhäufigkeit“ stark benachteiligt. Ganz einfach ausgedrückt: Eine Zitierung einer Arbeit aus den Geisteswissenschaften zählt nun etwa 40-mal so viel wie eine Zitierung einer Arbeit aus den Lebenswissenschaften/der Medizin. Jedes der fünf großen Fachgebiete (Geisteswissenschaften, Ingenieurwesen und Technik, Lebenswissenschaften und Medizin, Naturwissenschaften, Sozialwissenschaften und Management) trägt nun zu jeweils 20 % zur Endbewertung in der Kategorie „Zitierungen pro Fakultät“ bei (detaillierte Erläuterung der Normalisierung hier: http://content.qs.com/qsiu/Faculty_Area_Normalization_-_Technical_Explanation.pdf) . Warum um alles in der Welt bestraft man ein Fachgebiet dafür, dass es einen größeren Einfluss hat? Artikel in den Geisteswissenschaften werden nicht so häufig zitiert wie Artikel in den Lebenswissenschaften. Vielleicht liegt das daran, dass ihre durchschnittlichen Veröffentlichungen für ihr eigenes Fachgebiet nicht so relevant sind wie eine Veröffentlichung aus den Lebenswissenschaften für das Fachgebiet der Lebenswissenschaften? Ich stimme zu, dass es kulturelle Unterschiede zwischen den Fachgebieten gibt, aber wer kann schon sagen, inwieweit dies auf solche kulturellen Unterschiede zurückzuführen ist und inwieweit auf minderwertige oder irrelevante Forschung? Genau das hat das QS World University Ranking getan, indem es „Normalisierungsfaktoren“ erfunden hat, die im Wesentlichen gleiche Relevanz unterstellen. Allerdings lassen sich all diese Rankings leicht manipulieren. Beispielsweise lässt sich das Verhältnis von Zitierungen zu Fakultätsmitgliedern leicht verbessern, indem man Dienstleistungen auslagert, die zuvor von Wissenschaftlern der Fakultät erbracht wurden (und genau das tut die Universität Helsinki derzeit). Ähnlich wie der Impact-Faktor für Zeitschriften verlieren auch Hochschulrankings ihre Relevanz, wenn das Ziel darin besteht, hohe Punktzahlen zu erzielen, anstatt sich in Forschung und Lehre auszuzeichnen ( Goodharts Gesetz : Wenn eine Messgröße zum Ziel wird, hört sie auf, eine gute Messgröße zu sein).Das Shanghai-Ranking wurde vielfach kritisiert. Es unterschätzt die Lehre, da die Lehrleistung überhaupt nicht direkt in die Berechnung einfließt, und es begünstigt große Universitäten, da 50 % der Bewertung auf reinen Zahlen basieren, die nicht normiert sind, um die Größe der Universität zu berücksichtigen. Dennoch ist es der einzige reproduzierbare (und damit wissenschaftliche) Datensatz der drei großen Rankings ( https://link.springer.com/article/10.1007/s11192-012-0801-y ), da sowohl das QS- als auch das Times-Ranking stark auf Meinungs- und Reputationsumfragen beruhen, die bekanntermaßen schwer zu reproduzieren sind.Was ist die Kernaussage? Die Universität Helsinki ist wahrscheinlich genauso gut wie im letzten Jahrzehnt, und die großen Schwankungen sind lediglich Artefakte, die sich aus geänderten Ranking-Methoden oder aus administrativen Anpassungen an die finanziellen Realitäten ergeben, die uns die finnischen Wähler bei den Parlamentswahlen 2015 auferlegt haben.

Dem Krebs ein Schnippchen schlagen!

Sun, 07 Aug 2016 00:00:00 +0000

Sawan und ich wollten zusammen als “The Jeltsch Laboratory”-Team am Helsinki Twilight Run teilnehmen, einer Wohltätigkeitsveranstaltung der Finnische Krebs-Stiftung . Leider fing sich Sawan eine Sommergrippe ein und konnte nicht teilnehmen. Mein Ziel, unter 1 Stunde zu bleiben, habe ich erreicht. Es gab tatsächlich ausser mir noch andere Teilnehmer aus der RPU (Research Programs Unit) ; ich habe Tiia und Julia getroffen. Vielleicht sollten wir nächstes Jahr als gemeinsames RPU-Team starten (oder zu welchem Namen auch immer die RPU sich umbennenen wird).

Das Staden-Paket unter Ubuntu für Bioinformatik-Urgesteine

Wed, 27 Jul 2016 00:00:00 +0000

Meistens verwenden wir die Software SnapGene , wenn wir die Sequenzen unserer DNA-Konstrukte überprüfen. Manchmal ist die Alignment-Ansicht von SnapGene jedoch nicht flexibel genug, und dann greife ich auf das altbewährte Staden-Paket zurück. Ich hatte gerade ein Upgrade von Ubuntu 14.04 auf 16.04 durchgeführt und hatte Staden daher nicht installiert. Ich war positiv überrascht, als die Installation von Staden nur etwa 15 Sekunden dauerte, denn endlich – dank des Debian-Med-Teams – ist Staden im „universe“-Repository verfügbar (eigentlich schon seit Oktober 2014).sudo apt install stadenStaden ist sicherlich nicht so intuitiv, wie es sein könnte, aber es ist sehr leistungsstark und eignet sich hervorragend für die automatisierte Datenverarbeitung. Wenn ihr die Möglichkeit habt, euch damit vertraut zu machen, würde ich euch dazu ermutigen. Das finnische CSC hat den Staden-Kurs aus dem Jahr 2004 aufgezeichnet, an dem ich teilgenommen habe, und ihr könnt euch die Aufzeichnungen bei Funet TV . Ich hatte gerade kurz darüber nachgedacht, von Ubuntu zu SuSE zu wechseln, wegen des anhaltenden Problems mit der WLAN-Verbindung, das Canonical offenbar nicht beheben kann, aber wenn man bedenkt, wie aufwendig eine manuelle Installation von Staden ist, ist dies ein großer Pluspunkt für Ubuntu. Es gibt natürlich spezielle Linux-Distributionen für bioinformatische Zwecke, doch diese hinken in der Regel den neuesten und besten Entwicklungen der großen Distributionen hinterher.

Der Umstieg von Papier auf elektronische Laborjournale

Tue, 26 Jul 2016 00:00:00 +0000

Elektronische Laborjournale (ELN) sind die Zukunft. Auch wenn diese Aussage selbstverständlich erscheint, ist noch nicht klar, welche Software sich durchsetzen wird und welche wieder vom Markt verschwinden wird. Als ich vor etwa drei Jahren zum ersten Mal einen Blick auf den ELN-Markt warf, gab es nur eine Handvoll Lösungen. Mittlerweile gibt es bereits etwa hundert verschiedene Softwareunternehmen, die versuchen, von diesem Trend zu profitieren. Noch besorgniserregender ist die Tatsache, dass die Liste der Anbieter bereits etwa 20 eingestellte Produkte enthält … Daher ist die Entscheidung für eine Software eine schwerwiegende Entscheidung für ein Labor und erst recht für ein ganzes Institut. Viele Punkte müssen berücksichtigt werden. Um nur einige davon zu nennen: – Wie sicher ist es, dass die Software in zehn Jahren noch verfügbar ist und unterstützt wird? Wenn das Unternehmen verschwindet, könnten Ihre Daten ebenso verloren gehen. Alle Anbieter werden behaupten, dass Ihre Daten sicher sind. Angesichts der weit verbreiteten Täuschung von Kunden und Behörden durch Unternehmen sollten Sie realistisch bleiben. Denken Sie nur an VW… – Wie hoch ist die Anfangsinvestition und wie hoch sind die laufenden Kosten? Wenn Speicherplatz in Rechnung gestellt wird, mag der Preis anfangs niedrig sein, aber unterschätzen Sie nicht, wie viele Daten Sie mit all den neuen hochauflösenden Bildgebungs- und Sequenzierungstechnologien ansammeln werden. Sobald Sie mit Superauflösung arbeiten, können leicht viele GB pro Woche anfallen. SciNote bietet beispielsweise 100 GB Speicherplatz für zwei Teams, der je nach Art Ihrer Forschung innerhalb weniger Wochen voll sein kann. Ich habe versucht herauszufinden, wie man Speicherplatz über 100 GB hinaus erwerben kann, aber ich habe keine Möglichkeit gefunden. Ich hoffe, dass die Benutzerfreundlichkeit ihres ELN nicht auf dem gleichen Niveau liegt… – Wie frei sind Ihre Daten? Können Sie Ihre Daten bei Bedarf problemlos (und automatisiert in regelmäßigen Abständen) extrahieren? In welchem Format können Sie Ihre Daten erhalten? Wenn es sich nur um PDF- oder Word-Dateien handelt, vergessen Sie es lieber gleich. Sie sollten einen echten Datenbank-Dump erhalten, mit dem sich andere Systeme befüllen lassen. Ich würde keinem Unternehmen trauen, das mir im Voraus mitteilt, dass es bald pleitegehen wird und ich meine Daten retten sollte… – Wo werden die Daten physisch gespeichert? Das bestimmt beispielsweise, welchem Recht die Daten unterliegen und wer Zugriff darauf hat. Wie sehr können Sie darauf vertrauen, dass ein kleines Unternehmen im Ausland Ihre Daten vertraulich und sicher aufbewahrt? Erinnern wir uns doch alle an die Datenlecks, von denen Sony, LinkedIn, die IRS, T-Mobile, UPS und JP Morgan Chase betroffen waren … Einige Anbieter bieten internes Hosting an, doch die Preise scheinen für viele akademische Labore zu hoch zu sein, um dies zu einer praktikablen Alternative zu machen.– Open Source scheint eine Lösung für viele dieser Probleme zu sein. Angesichts der schwindenden Unterstützung für die Recheninfrastruktur durch die Universität müssen die Wartungsanforderungen eines solchen Systems jedoch sehr gering sein, damit dies realisierbar ist. – Wenn es als „kostenlos“ vermarktet wird, was ist dann mit „kostenlos“ gemeint? Oft reicht das „kostenlose“ Angebot für ernsthafte Arbeit nicht aus und ist daher irreführend. „Kostenlos“ im Sinne von „kostenlosem Bier“ reicht ebenfalls nicht aus … Viele Labore benötigen zudem die Freiheit, die Software an ihre spezifischen Bedürfnisse anzupassen, was proprietäre Lösungen ohne öffentliche APIs ausschließt. In meinem Labor haben wir einige der verfügbaren Lösungen getestet. Unser Schwerpunkt lag auf Open-Source-Lösungen, da nur diese es ermöglichen, die Software umfassend zu testen. Bislang haben wir Folgendes ausprobiert:

RPU-Seminar 2016

Fri, 24 Jun 2016 00:00:00 +0000

Verfügbare Downloads

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Klonier-Club

Wed, 22 Jun 2016 00:00:00 +0000

Gemeinsam mit dem Doktorandenprogramm für Biomedizin (DPBM) organisieren wir im Herbst 2016 einen Workshop und einen Praxiskurs zum Thema Klonieren (Kurscode 921244).Termine und Veranstaltungsort (Workshop): Wöchentlicher Diskussionsworkshop (8 Termine à 1 bis 1,5 Stunden) ab Dienstag, 30.8.2016; Veranstaltungsort: Besprechungsraum 7 (Biomedicum Helsinki, 5. Stock, außer am 27.09. und beim letzten Workshop am 25.10., die in BM B136A stattfinden); 1 KreditpunktTermine und Veranstaltungsort (Praktikum): Dezentraler Laborkurs (nach Zeitplan und am Veranstaltungsort der Teilnehmenden oder – für Teilnehmende ohne eigenen Zugang zu den erforderlichen Einrichtungen – in den ersten beiden Novemberwochen in unserem Labor); 1 KreditpunktKursinformationsseite: http://www.helisci.fi/hbgs/cloning-club2016 Anmeldeseite: https://elomake.helsinki.fi/lomakkeet/71701/lomake.html Detaillierte Kursinformationen: PDF Werbeplakat: PDF Kursmaterial: Das Material wird nach jedem Treffen hier hinzugefügt . Das Klonieren hat den Reiz, langweilig zu sein. Doch alles beginnt mit der DNA. Die Gentechnik ist nicht mehr wegzudenken, und wird auch zukünftig immer wichtiger werden: Wir kratzen gerade erst an der Oberfläche ihres Potenzials. Fast die gesamte biomedizinische Forschung befasst sich mit DNA-Konstrukten: Expressionsvektoren zur Transfektion von Zellen, Shuttle-Plasmide zur Herstellung von Viren, Konstrukte zur Erzeugung transgener Tiere. Die Fähigkeit, ein DNA-Konstrukt zu erstellen, wird noch benötigt, bis das versprochene Gerät auf den Markt kommt, das jedes Plasmid innerhalb weniger Stunden ausspuckt, nachdem man ihm die Plasmidsequenz eingegeben hat. Es stehen viele neue Technologien zur Verfügung, und daher ist die Auswahl schwieriger als früher, als das Klonieren mit Restriktionsenzymen die einzige Option war. Heute sind die Anforderungen und Möglichkeiten endlos, und man muss die richtige Strategie wählen, um Erfolg und Geschwindigkeit zu maximieren.

Unicorn 7-Benutzer-Einrichtung erfordert manuelle Intervention in einer Netzwerkbenutzer-Umgebung

Fri, 17 Jun 2016 00:00:00 +0000

Unicorn, Äkta Avant, Äkta Explorer, GE Healthcare, Windows, Netzwerkauthentifizierung, Benutzereinrichtung, Methode, Ergebnis, Wissenschaft, Proteinreinigung Da wir unser Äkta Avant in einer Mehrbenutzerumgebung betreiben, müssen wir die Methoden und Ergebnisse der verschiedenen Benutzer voneinander trennen. Standardmäßig kann derzeit jeder Netzwerkbenutzer alle Methoden und Ergebnisse einsehen, die von einem anderen Netzwerkbenutzer auf dem Gerät erstellt wurden. Dies stellt ein erhebliches Datenschutz- und Sicherheitsrisiko dar, da ein böswilliger Benutzer Methoden und Ergebnisse löschen (oder schlimmer noch: verändern) könnte.Unser Äkta ist so eingerichtet, dass sich Benutzer mit ihrem Universitäts-Login und -Passwort über den regulären Windows-Netzwerkauthentifizierungsmechanismus am Unicorn-7-Computer anmelden können. Wenn sich jedoch mehrere Personen die Verantwortung für einen Durchlauf teilen, ist diese Konfiguration nicht mehr möglich, da sie sich gegenseitig ihre Passwörter mitteilen müssten. Daher haben wir ein lokales Konto eingerichtet, das von Benutzern genutzt werden kann, die sich die Bedienung des Äkta-Geräts teilen möchten. Nach der Anmeldung bei Windows müssen sich die Benutzer noch bei der Unicorn-7-Software anmelden, was sie mit ihrem Hochschul-Benutzernamen und -Passwort tun („Windows-Authentifizierung“). Bei dieser Konfiguration kann jeder Benutzer alle Methoden und Ergebnisse einsehen, was nicht akzeptabel ist. Beim Einrichten eines neuen Benutzers in Unicorn (unter „Zugriff > Ordner“) konnte genau festgelegt werden, auf welche Ordner dieser Benutzer Zugriff hatte, und der Benutzer sah nur seine eigenen Methoden und Ergebnisse. Da die Ordnerstruktur unter Unicorn 5 der Ordnerstruktur des Windows-Dateisystems entsprach, konnten Benutzer Methoden und Ergebnisse jederzeit von einem Ordner in einen anderen kopieren und sie so trotz der vom Unicorn-5-Programm festgelegten Einschränkungen verfügbar machen.Als ich zum ersten Mal las, dass Unicorn 7 die Windows-Netzwerkauthentifizierung unterstützt, hatte ich gehofft, dass wir die mühsame Benutzereinrichtung vermeiden könnten, die wir für jeden Benutzer auf dem Äkta Explorer durchführen mussten. Doch die Mühen gehen weiter, da die einmalige Einrichtung der Benutzerrechte für eine Gruppe uns keine Benutzerisolierung bietet.Erstens kann man in Unicorn 7 nicht den Zugriff einzelner Benutzer einschränken, sondern nur den Zugriff von Gruppen. Wir mussten für jeden Netzwerkbenutzer eine Zugriffsgruppe anlegen, den Netzwerkbenutzer dieser Gruppe hinzufügen, einen separaten Home-Ordner für die Gruppe erstellen und dann den Ordnerzugriff auf diesen Home-Ordner beschränken. Für eine Handvoll Benutzer waren Hunderte von Klicks erforderlich, da standardmäßig kein Zugriff auf irgendetwas besteht und jedes einzelne Kontrollkästchen für Berechtigungen – mit Ausnahme der Administratorrechte – aktiviert werden muss. In dieser Hinsicht ist Windows (und jedes andere Betriebssystem) weitaus intelligenter als Unicorn. Wenn sich ein Universitätsmitarbeiter an einem Rechner anmeldet, an dem er sich noch nie zuvor angemeldet hat, erstellt das System automatisch die gesamte erforderliche lokale Standardordnerstruktur und bindet den privaten Home-Ordner dieses Benutzers ein, ohne Zugriff auf alles zu gewähren, was andere Mitarbeiter auf diesem bestimmten Rechner bisher getan haben. Ich denke, das sollte auch bei Unicorn eine Option sein. Vielleicht gibt es diese Option ja und ich finde sie nur nicht? Ein weiterer großer Nachteil der oben beschriebenen Methode, jeden Benutzer in eine eigene Zugriffsgruppe zu ordnen, ist, dass die Anmeldung bei Unicorn zu einer echten Tortur wird: Zusätzlich zur Eingabe von Benutzername und Passwort muss der Benutzer die richtige Zugriffsgruppe auswählen, damit die Anmeldung erfolgreich ist. Und noch schlimmer: In unserer Konfiguration lässt es sich nicht vermeiden, dass jeder Universitätsmitarbeiter zwei Zugriffsgruppen angehört: einer manuell angelegten Zugriffsgruppe für jeden Benutzer zur Benutzertrennung und der „Standardgruppe“, die über die Windows-Netzwerkauthentifizierung funktioniert – vielleicht Kerberos? Wenn Benutzer also die Standardzugriffsgruppe wählen (die in unserem Fall „Users“ heißt), können sie sich zwar anmelden, sehen aber ihre Methoden und Ergebnisse nicht.Es gibt zwei Gründe, warum wir die Zugriffsgruppe „Users“ nicht löschen können: Zum einen ist dies eine Vorgabe der Fakultät, und zum anderen (und das haben wir versucht) können wir sie nicht mehr löschen, da bereits viele Personen Methoden angelegt und Ergebnisse generiert haben, während sie der Zugriffsgruppe „Users“ angehörten. Daher verhindert UNICORN, dass wir dieses Konto löschen können. Ich arbeite an diesem Problem: Ich sollte direkt auf die zugrunde liegende MS-SQL-Datenbank zugreifen können, um die Eigentumsrechte an den Methoden und Ergebnissen zu ändern. Allerdings war GE nicht gerade auskunftsfreudig, als ich nach der Handhabung von Zugriffsrechten fragte. Die Antwort lautete: Die Zugangsdaten für die Datenbank in einer eigenständigen UNICORN-Lösung sind verschlüsselt und nicht öffentlich zugänglich. Wenn Sie eine Enterprise-Lösung hätten (mit einer eigenen (SQL-Server-)Datenbank), hätten Sie die Kontrolle über die Zugangsdaten und könnten theoretisch die gewünschten Informationen extrahieren (das Format müssen Sie selbst herausfinden; es wird von uns nicht unterstützt). Sie können Ihre Lösung auf eine Enterprise-Version upgraden, wenn Sie möchten. Das klingt schlimmer, als es ist, da wir physischen Zugriff auf den MS-SQL-Server haben und das Extrahieren der Zugangsdaten nicht besonders schwierig zu sein scheint. Aber es kostet mich Zeit, die Schwachstelle zu finden, um „in unser eigenes System einzudringen“, und genau das ärgert mich. Laut Lisa Bromark von GE scheint das Update 7.0.2 dieses Problem jedoch zu beheben: UNICORN kann so konfiguriert werden, dass ein neues Datenbankpasswort verwendet wird. Es ist möglich, ein verschlüsseltes Passwort zu generieren oder ein bereits verschlüsseltes Passwort einzugeben. Dies geschieht durch Ausführen des UNICORN Service Tools nach der Installation von UNICORN.Allerdings ist es unglaublich schwierig, das Update zu bekommen (zumindest scheint es Wochen zu dauern). Die Verteilung erfolgt offenbar immer noch über optische Datenträger und per Post. Ich glaube, das letzte Mal, dass ich mir Software auf einer CD/DVD besorgt habe, ist mehr als 10 Jahre her. GE teilte mir jedoch mit, dass sie gerade dabei sind, die UNICORN-Software-Updates auf „elektronischen Vertrieb“ umzustellen. Willkommen im 21. Jahrhundert!

Echtes Biohacking

Mon, 13 Jun 2016 00:00:00 +0000

Steven Novella hat einen interessanten Blog-Artikel ūber Biohacking geschrieben. Ich schliesse mich seiner Meinung grösstenteils an, dass die meisten diesen Begriff zu Unrecht fūr sich in Anspruch nehmen, weil sie eben nichts konzeptionell Neues machen, was diesen neuen Begriff rechtfertigte. Allerdings haben sich für die Anwendung dieses Begriffes und seine Abgrenzung zur DIY-Biologie und diversen Körper-Modifikationsbewegungen noch keine einheitlichen Maßstäbe etabliert.Die Definition von Biohacking als die “Freiheit, seine Biologie tiefgrūndig zu erforschen” ist weitgehend nichtssagend. Das Wort Hacking hat im allgemeinen Sprachgebrauch meist den Beigeschmack des Illegalen oder zumindest des Halblegalen. Diesem Sprachgebrauch folgend könnte man Doping im Sport als Biohacking bezeichnen, Kaffeetrinken aber eher nicht (einmal davon abgesehen, dass Kaffeetrinken zumindest für einige Leute den Tatbestand des Doping erfüllt). Ein anderes Beispiel, das ich als “echtes” Biohacking bezeichnen würde wäre der Gebrauch von Crispr/Cas um seine eigene DNS zu editieren. Oder die Herstellung von Medikamenten in der eigenen Garage.Die Frage ist: Macht irgendeiner sowas? Gentechnologische Verfahren und die Herstellung von Pharmazeutika sind im universitären und kommerziellen Bereich streng reglementiert, weil solche Verfahren einige Risiken mit sich bringen. Es ist daher nicht verwunderlich, dass die regulierenden Behörden sich nicht darüber freuen, noch eine weitere Szene auf Anzeichen von Bioterrorismus überwachen zu müssen.Tatsächlich wird es immer leichter, die diesbezüglich notwendigen Werkzeuge herzustellen und zu benutzen. Biotechnologie in der Garage ist Wirklichkeit, zumindest hat die Zeitschrift Nature diesem Thema ein News Feature gewidmet. Schon vor geraumer Zeit habe ich einen Vortrag gehört von Thomas Landrain, einem der Köpfe hinter dem La Paillasse-Labor (Thomas: du hattest versprochen, die Internet-Seiten von La Paillasse ins Englische zu übersetzen!), einem Biotechnologie-Laboratorium, dass ohne Startkapital in einer Pariser Vorstadt-Garage gegründet wurde und dass wirklich interessante Projekte durchführt (hier ein Artikel von Thomas Landrain über DIY-Biologie ). Und auch Konferenzen wurden schon zum Thema DIY-Biologie veranstaltet: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Aber wo ist die Grenze zwischen DIY-Biologie und Biohacking? E. coli-Bakterien zu modifizieren, damit sie Erythropoietin herstellen, dann das Protein aufreinigen und in sich selbst injizieren, um seine sportliche Leistung zu verbessern würde wahrscheinlich jeder als Biohacking durchgehen lassen. Meiner Meinung nach ist dieses Beispiel gar nicht so abwegig, sondern wäre durchaus mit den Mitteln der heutigen DIY-Biologie realisierbar.

Echtes Biohacking

Mon, 23 May 2016 00:00:00 +0000

Ich habe einen interessanten Blogbeitrag von Steven Novella über Biohacking gelesen. Ich stimme voll und ganz zu, dass die meisten Menschen, die Biohacking propagieren, nichts tun, was die Verwendung dieses Begriffs rechtfertigen würde. Ein neuer Begriff sollte verwendet werden, wenn man etwas konzeptionell Neues tut. Die Verwendung des Begriffs „Biohacking“ und seine Beziehung zur DIY-Biologie sowie zu verschiedenen Bewegungen der Körpermodifikation hat sich jedoch noch nicht gefestigt. Die Definition von Biohacking als „Freiheit, die Biologie tiefgreifend zu erforschen“ macht den Begriff ziemlich bedeutungslos. Der Begriff „Hacking“ hat (zu Recht oder zu Unrecht) schon immer die Vorstellung beinhaltet, etwas Illegales oder zumindest grenzwertig Legales zu tun. Um dieser Analogie zu folgen, könnte Doping im Sport als Biohacking betrachtet werden (nicht jedoch Kaffeetrinken – ungeachtet der Tatsache, dass Kaffee für manche Menschen durchaus die Kriterien für Doping erfüllt). Andere Beispiele, die ich als „echtes“ Biohacking bezeichnen würde, wären der Einsatz von CRISPR/Cas zur Veränderung der eigenen DNA oder die Entwicklung von Medikamenten zur Behandlung von Krankheiten in der eigenen Garage. Die Frage ist: Macht das überhaupt jemand? Die Entwicklung solcher Techniken unterliegt sowohl in der akademischen Forschung als auch in kommerziellen Unternehmen strengen Vorschriften, und echte Gentechnik birgt reale Risiken. Es überrascht nicht, dass die Strafverfolgungsbehörden nicht gerade begeistert sind von einer weiteren Subkultur, die sie auf Anzeichen von Bioterrorismus überwachen müssen. Allerdings werden die Werkzeuge immer einfacher zu bedienen, und „Garagen-Biotechnologie“ ist eine reale Erscheinung (zumindest hielt „Nature“ sie für einen News-Beitrag wert). Vor einiger Zeit habe ich mir einen Vortrag von Thomas Landrain angehört, einem der Köpfe hinter dem La Paillasse-Labor (Thomas: Du hast versprochen, dass die Webseiten von La Paillasse ins Englische übersetzt werden!), einem Biotech-Labor, das ohne jegliches Startkapital in einer Garage in einem Pariser Vorort gegründet wurde. Dort wird ziemlich interessante Forschung betrieben (siehe z. B. diesen Artikel über seine Sichtweise auf die DIY-Biologie). Es gibt auch Konferenzen zum Thema DIY-Biologie: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Aber wann wird aus DIY-Biologie Biohacking? Die Modifizierung von E. coli-Bakterien zur Produktion von Erythropoetin , um dieses anschließend aufzureinigen und sich selbst zu injizieren, um die sportliche Leistungsfähigkeit zu steigern, würde sicherlich als Biohacking gelten. Meiner Meinung nach wäre dieses Beispiel angesichts des aktuellen Stands der DIY-Biologie-Technologie tatsächlich machbar…

Die Benutzertrennung in Unicorn 7 erfordert manuelle Eingriffe in einer Netzwerkbenutzerumgebung

Mon, 09 May 2016 00:00:00 +0000

Da wir unseren Äkta Avant in einer Mehrbenutzerumgebung betreiben, müssen wir die Methoden und Ergebnisse der verschiedenen Benutzer voneinander trennen. Standardmäßig kann derzeit jeder Netzwerkbenutzer alle Methoden und Ergebnisse einsehen, die von einem anderen Netzwerkbenutzer auf dem Gerät erstellt wurden. Dies stellt ein erhebliches Datenschutz- und Sicherheitsrisiko dar, da ein böswilliger Benutzer Methoden und Ergebnisse löschen (oder schlimmer noch: verändern) könnte.Unser Äkta ist so eingerichtet, dass sich Benutzer mit ihrem Universitäts-Login und -Passwort über den regulären Windows-Netzwerkauthentifizierungsmechanismus am Unicorn-7-Computer anmelden können. Wenn sich jedoch mehrere Personen die Verantwortung für einen Lauf teilen, ist diese Konfiguration nicht mehr möglich, da sie sich gegenseitig ihre Passwörter mitteilen müssten. Daher haben wir ein lokales Konto eingerichtet, das von Benutzern genutzt werden kann, die sich die Bedienung des Äkta-Geräts teilen möchten. Nach der Anmeldung bei Windows müssen sich die Benutzer noch bei der Unicorn-7-Software anmelden, was sie mit ihrem Hochschul-Benutzernamen und -Passwort tun („Windows-Authentifizierung“). Bei dieser Konfiguration kann jeder Benutzer alle Methoden und Ergebnisse einsehen, was nicht akzeptabel ist. Beim Einrichten eines neuen Benutzers in Unicorn (unter „Zugriff > Ordner“) konnte genau festgelegt werden, auf welche Ordner dieser Benutzer Zugriff hatte, und der Benutzer sah nur seine eigenen Methoden und Ergebnisse. Da die Ordnerstruktur unter Unicorn 5 der Ordnerstruktur des Windows-Dateisystems entsprach, konnten Benutzer Methoden und Ergebnisse jederzeit von einem Ordner in einen anderen kopieren und sie so trotz der vom Unicorn-5-Programm festgelegten Einschränkungen verfügbar machen.Als ich zum ersten Mal las, dass Unicorn 7 die Windows-Netzwerkauthentifizierung unterstützt, hatte ich gehofft, dass wir die mühsame Benutzereinrichtung vermeiden könnten, die wir für jeden Benutzer auf dem Äkta Explorer durchführen mussten. Doch die Mühen gehen weiter, da die einmalige Einrichtung der Benutzerrechte für eine Gruppe uns keine Benutzerisolierung bietet.Erstens kann man in Unicorn 7 nicht den Zugriff einzelner Benutzer einschränken, sondern nur den Zugriff von Gruppen. Wir mussten für jeden Netzwerkbenutzer eine Zugriffsgruppe anlegen, den Netzwerkbenutzer dieser Gruppe hinzufügen, einen separaten Home-Ordner für die Gruppe erstellen und dann den Ordnerzugriff auf diesen Home-Ordner beschränken. Für eine Handvoll Benutzer waren Hunderte von Klicks erforderlich, da standardmäßig kein Zugriff auf irgendetwas besteht und jedes einzelne Kontrollkästchen für Berechtigungen – mit Ausnahme der Administratorrechte – aktiviert werden muss. In dieser Hinsicht ist Windows (und jedes andere Betriebssystem) weitaus intelligenter als Unicorn. Wenn sich ein Universitätsmitarbeiter an einem Rechner anmeldet, an dem er sich zuvor noch nie angemeldet hat, erstellt das System automatisch die gesamte erforderliche lokale Standardordnerstruktur und bindet den privaten Home-Ordner dieses Benutzers ein, ohne Zugriff auf alles zu gewähren, was andere Mitarbeiter auf diesem bestimmten Rechner bisher getan haben. Ich denke, das sollte auch bei Unicorn eine Option sein. Vielleicht gibt es diese Option ja und ich finde sie nur nicht? Ein weiterer großer Nachteil der oben beschriebenen Methode, jeden Benutzer in eine eigene Zugriffsgruppe zu ordnen, ist, dass die Anmeldung bei Unicorn zu einer echten Tortur wird: Zusätzlich zur Eingabe von Benutzername und Passwort muss der Benutzer die richtige Zugriffsgruppe auswählen, damit die Anmeldung erfolgreich ist. Und noch schlimmer: In unserer Konfiguration lässt es sich nicht vermeiden, dass jeder Universitätsmitarbeiter zwei Zugriffsgruppen angehört: einer manuell angelegten Zugriffsgruppe für jeden Benutzer zur Benutzertrennung und der „Standardgruppe“, die über die Windows-Netzwerkauthentifizierung funktioniert – vielleicht Kerberos? Wenn Benutzer also die Standardzugriffsgruppe wählen (die in unserem Fall „Users“ heißt), können sie sich zwar anmelden, sehen aber ihre Methoden und Ergebnisse nicht.Es gibt zwei Gründe, warum wir die Zugriffsgruppe „Users“ nicht löschen können: Zum einen ist dies eine Vorgabe der Fakultät, und zum anderen (und das haben wir versucht) können wir sie nicht mehr löschen, da bereits viele Personen Methoden angelegt und Ergebnisse generiert haben, während sie der Zugriffsgruppe „Users“ angehörten. Daher verhindert UNICORN, dass wir dieses Konto löschen können. Ich arbeite an diesem Problem: Ich sollte direkt auf die zugrunde liegende MS-SQL-Datenbank zugreifen können, um die Eigentumsrechte an den Methoden und Ergebnissen zu ändern. Allerdings war GE nicht gerade auskunftsfreudig, als ich nach der Handhabung von Zugriffsrechten fragte. Die Antwort lautete: Die Zugangsdaten für die Datenbank in einer eigenständigen UNICORN-Lösung sind verschlüsselt und nicht öffentlich zugänglich. Wenn Sie eine Enterprise-Lösung hätten (mit einer eigenen (SQL-Server-)Datenbank), hätten Sie die Kontrolle über die Zugangsdaten und könnten theoretisch die gewünschten Informationen extrahieren (das Format müssen Sie selbst herausfinden; es wird von uns nicht unterstützt). Sie können Ihre Lösung auf eine Enterprise-Version upgraden, wenn Sie möchten. Das klingt schlimmer, als es ist, da wir physischen Zugriff auf den MS-SQL-Server haben und das Extrahieren der Zugangsdaten nicht besonders schwierig zu sein scheint. Aber es kostet mich Zeit, die Schwachstelle zu finden, um „in unser eigenes System einzudringen“, und genau das ärgert mich. Laut Lisa Bromark von GE scheint das Update 7.0.2 dieses Problem jedoch zu beheben: UNICORN kann so konfiguriert werden, dass ein neues Datenbankpasswort verwendet wird. Es ist möglich, ein verschlüsseltes Passwort zu generieren oder ein bereits verschlüsseltes Passwort einzugeben. Dies geschieht durch Ausführen des UNICORN Service Tools nach der Installation von UNICORN.Allerdings ist es unglaublich schwierig, das Update zu bekommen (zumindest scheint es Wochen zu dauern). Die Verteilung erfolgt offenbar immer noch über optische Datenträger und per Post. Ich glaube, das letzte Mal, dass ich mir Software auf einer CD/DVD besorgt habe, ist mehr als 10 Jahre her. GE teilte mir jedoch mit, dass sie gerade dabei sind, die UNICORN-Software-Updates auf „elektronischen Vertrieb“ umzustellen. Willkommen im 21. Jahrhundert!

Die Funktionsweise des Äkta Avant-Fraktionssammlers

Mon, 02 May 2016 00:00:00 +0000

Nachdem wir alle Anlaufschwierigkeiten mit unserem Äkta Avant behoben haben, trauen wir uns endlich, ihn unseren Kunden zur Nutzung zu überlassen. Unsere Kunden sind sehr heterogen und reichen von absoluten Neulingen im Bereich FPLC bis hin zu erfahrenen Äkta-Explorer-Anwendern (und allem, was dazwischen liegt). Wenn wir GE Feedback gegeben haben, war unsere Perspektive natürlich auf einen bestimmten Nutzertyp ausgerichtet. Die Betreuung unserer Kunden eröffnet uns nun jedoch eine neue Perspektive, da wir mit den Usability-Problemen konfrontiert werden, die sie nicht selbst lösen können. An dieser Stelle möchte ich nur einen Stolperstein erwähnen, der uns immer wieder aufgefallen ist: die Logik hinter der Funktionsweise des Fraktionssammlers. Anders als bei den älteren Systemen lässt sich der Fraktionssammler nicht manuell auf die „erste Position“ oder eine beliebig definierte Position zurücksetzen, wie es beispielsweise unter Unicorn 5 möglich war.Wir selbst haben eine ganze Weile gebraucht, um uns an die interne Logik des Fraktionssammelprozesses zu gewöhnen, und benötigten dabei Unterstützung von GE. Dass sich das System nicht intuitiv verhält, wird durch die Tatsache unterstrichen, dass einige der Antworten, die wir von GE-Experten erhielten, unvollständig waren (was für uns zu einigen unangenehmen Probenverlusten führte). Schließlich erhielten wir vom GE-Support eine Tabelle, die das Verhalten des Fraktionssammlers beschreibt (siehe unten). Allerdings ist auch diese Tabelle unvollständig, und wir haben einige Zeilen hinzugefügt, die bestimmte nicht standardmäßige Situationen beschreiben, für die die Tabelle keine Antwort bietet. Diese Änderungen und Ergänzungen zur Beschreibung von GE sind rot markiert.

Gute Führungsqualitäten?

Mon, 02 May 2016 00:00:00 +0000

Als ich meine Tätigkeit als Projektleiter an der Universität Helsinki aufnahm, wurde mir empfohlen, den Kurs „Gute Führung“ zu belegen, der von Personalschulung organisiert wurde. Zusammen mit 14 anderen Forschungsgruppenleitern lernte ich zwischen November 2013 und März 2014 von Sanna-Marja Heinimo und anderen Experten unter anderem die „Fähigkeiten, andere effektiv zu fördern, zu coachen, zu befähigen und so zu führen, dass sie beste Ergebnisse erzielen“.Zum Abschluss des Kurses hatten wir ein Abendessen mit Jukka Kola , dem nun die Umsetzung der umfangreichen (und nach Ansicht vieler Beobachter überzogenen) Kosteneinsparungen , die der Universität durch die von den herrschenden politischen Kräften verordneten Haushaltskürzungen aufgezwungen wurden.Ich möchte hier nicht diskutieren, ob solche drastischen Maßnahmen notwendig waren oder ob eine weniger weitreichende Sparstrategie ausgereicht hätte. Selbst die Entscheidung, ob in einer wirtschaftlichen Rezession gespart oder Defizitfinanzierung betrieben werden soll, basiert meist nicht auf Fakten, sondern auf Ideologie. In der Wirtschaftswissenschaft spielen neben harten Daten auch Moden und der Zeitgeist eine Rolle. Daher ist es nicht verwunderlich, dass namhafte Ökonomen gegensätzliche Ansichten hinsichtlich der Auswirkungen von Defizitfinanzierung vertreten. Aber ich schweife hier vom Thema ab … Ich wollte lediglich meine totale Enttäuschung zum Ausdruck bringen. Nicht über die Sparmaßnahmen an sich, sondern darüber, WIE diese Sparmaßnahmen im Hinblick auf die Praktiken „guter Führung“ umgesetzt wurden, zu deren Anwendung uns geraten wurde. Die Entscheidungen wurden nicht ausreichend offen diskutiert. Noch immer sind die Gründe für viele Entlassungen unverständlich und umstritten (siehe z. B. diesen Artikel in der großen finnischen Tageszeitung „Helsingin Sanomat“). Da Transparenz auffallend fehlte, schien das Gerede der Universitätsleitung über gute Führung kaum mehr als leere Worte gewesen zu sein. Ich bezweifle nicht, dass sie die besten Absichten zum Wohle der Universität im Sinn haben. Doch wer definiert das Wohl der Universität? Die meisten Oligarchen definieren es doch selbst, oder? Daher ist es nicht verwunderlich, dass in der jüngsten Umfrage zum Wohlbefinden am Arbeitsplatz die Zufriedenheit mit der strategischen Führung auf Universitätsebene (Rektoren und Prorektoren) auf einem Allzeittief lag. Würde die Umfrage heute wiederholt, wären die Ergebnisse wahrscheinlich noch viel schlechter, insbesondere wenn die entlassenen Mitarbeiter noch zu Wort kämen. Bemerkenswert ist, dass es nicht nur der durchschnittliche Mitarbeiter der Universität Helsinki ist, der der Führung kein Vertrauen mehr schenkt. Mein Eindruck ist, dass das Misstrauen mittlerweile Forscher in allen Karrierestufen erfasst hat. Welche Zukunft ist unter solchen Umständen überhaupt möglich? Google wird regelmäßig zu den besten amerikanischen Arbeitgebern gezählt und hat beschlossen, Millionen von Dollar und viele Jahre in die Erforschung der Frage zu investieren, wie man die besten Arbeitsteams bildet. Der mit Abstand entscheidende Faktor für die Innovationsleistung, Kreativität und Produktivität eines Teams war die psychologische Sicherheit ( siehe diesen Artikel im NYT Magazine ). Raten Sie mal, wie sicher sich die Universitätsmitarbeiter derzeit fühlen. Als wir mit Jukka Kola sprachen, war ich sehr beeindruckt von seinem klaren Bekenntnis zu einer verstärkten Internationalisierung an der Universität Helsinki. Allerdings habe ich mich schon damals gefragt, wie realistisch das Ziel, „aktiv internationale Spitzenkräfte zu rekrutieren““ ist. Nun scheint es noch unwahrscheinlicher, dass dieses Ziel in nennenswertem Umfang erreicht werden kann, da die Universitäten eine neue Welle des Braindrain erleben. Selbst auf der Ebene der Studierenden, wo die Internationalisierung in den letzten 20 Jahren erstaunliche Fortschritte gemacht hat, könnte es mit der Einführung von Studiengebühren für Studierende aus Nicht-EU-/EWR-Ländern .

Leistung der HiLoad 26/60 Superdex PG-Gelfiltrationschromatographie-Säule

Mon, 11 Apr 2016 00:00:00 +0000

Die von uns am häufigsten verwendete Technik zur Proteinreinigung ist die Gelfiltration (auch als Größenausschlusschromatographie bezeichnet). Bei der Gelfiltration werden Proteine nach ihrer Größe getrennt (genauer gesagt nach ihrem „Stokes-Radius“, der weitgehend von ihrer Größe und Form bestimmt wird). Für die Gelfiltration großer Proteinmengen haben wir vor etwa 9 Jahren die HiLoad 26/60 Superdex 200 Prep Grade von GE Healthcare erworben (das Modell 26/60 wurde inzwischen durch das HiLoad 26/600 ersetzt, beide sind jedoch nahezu identisch). Mit dieser Säule lassen sich zwei Proteine, deren Größenunterschied 100 % beträgt, sehr sauber trennen. Daher eignet sie sich zur Trennung von monomeren und dimeren Formen desselben Proteins. Das „Verfallsdatum“ der Säule war März 2012. Nach unserer Erfahrung kann eine solche Säule bei sachgemäßer Handhabung problemlos eine Lebensdauer von 10 bis 15 Jahren erreichen (wir verwenden sie nicht sehr oft, lagern sie in 20 %igem Ethanol und bewahren sie bei +4 °C auf, wenn wir sie über längere Zeit nicht benötigen).

Python für Kinder (und Bioinformatiker)

Sat, 12 Mar 2016 00:00:00 +0000

Ich habe angefangen, meinem Sohn das Programmieren beizubringen, und es macht uns beiden Spaß. Zuerst haben wir uns ein wenig mit HTML/PHP beschäftigt, da er ein Online-Quiz auf seiner Website erstellen wollte, aber jetzt arbeiten wir uns durch das (deutsche) Buch „Python für Kids“ ( http://python4kids.net ). Ich habe mich für Python entschieden, weil es eine moderne, leicht verständliche Sprache ist und heutzutage wahrscheinlich die beliebteste erste Wahl für Programmieranfänger ist. Es ist Open Source, lässt sich auf jedem System einfach installieren und man kann schon nach kurzer Einarbeitungszeit leistungsfähige Programme schreiben. „Python für Kids“ nutzt das Turtle -Modul, das einen grafisch orientierten Einstieg in die Programmierung ermöglicht. Die Grafik auf der linken Seite ist eines der Ergebnisse. Eine weitere sehr nützliche Python-Lernressource für Kinder ist Code Club . Python ist auch eine sehr gute Wahl für Biologen und Bioinformatiker, aber da es sich um eine vielseitige Sprache handelt, beschränkt man sich nicht auf bestimmte Aufgaben. Es gibt Biopython , ein sehr gutes Toolset für die Bearbeitung von DNA- und Proteinsequenzen und sogar 3D-Strukturen.

Wie viel PCR-Produkt kann man gewinnen?

Thu, 10 Mar 2016 00:00:00 +0000

Wie viel PCR-Produkt erhält man bei einer typischen PCR-Reaktion? 50–120 ng/µl scheinen ein typisches Ergebnis zu sein, aber das hängt stark von den jeweiligen PCR-Bedingungen ab. Wenn Sie die Primer-Konzentration minimieren müssen, um die Spezifität zu maximieren, können Ihre Ausbeuten deutlich darunter liegen. Umgekehrt gilt: Wenn die Spezifität keine Rolle spielt (z. B. bei einigen PCR-Klonierungen), können Sie ein Vielfaches davon erhalten.Betrachten wir das typische Maximalvolumen einer einzelnen PCR-Reaktion, nämlich 100 µl. Nehmen wir außerdem an, dass keine Spezifitätsprobleme bestehen und wir daher große Mengen an Primern (jeweils 1 µM) und dNTPs (0,2 µM) verwenden können. Da die Synthese jedes Moleküls des doppelsträngigen PCR-Produkts einen Primer verbraucht, entspricht die theoretische maximale molare Konzentration des doppelsträngigen (ds) DNA-Produkts Ihrer Primerkonzentration: 1 µM. 1 µM dsDNA entspräche 100 pmol bei einer 100-µl-PCR-Reaktion. Wie viel ist das in Mikrogramm? Das hängt natürlich von der Länge Ihres PCR-Produkts ab: Beispielsweise entsprechen 100 pmol dsDNA mit einer Länge von 1000 bp 66 µg. Kann man wirklich so viel erhalten? Nicht in unserem Beispiel eines 1000-bp-Produkts. Der Grund dafür ist, dass die Bausteine der DNA, die dNTPs, lange vor den Primern aufgebraucht sind. Bei dem 1000-bp-Produkt sind erst 40 % der Primer verbraucht, wenn die dNTPs aufgebraucht sind (unter der Annahme eines GC-zu-AT-Verhältnisses von 50:50 in Ihrem Amplikon). Um ein Molekül eines 1000-bp-dsPCR-Produkts herzustellen, benötigt man etwa 2000 Moleküle dNTPs. Für unser Beispiel wäre daher ein 400-bp-PCR-Produkt optimal, da sowohl die Primer als auch die dNTPs in gleichem Tempo aufgebraucht werden.Es scheint, dass man die dNTP-Konzentration erhöhen müsste, wenn man größere Mengen längerer PCR-Produkte erhalten möchte. In unserem Beispiel mit einem 1000-bp-Produkt beträgt die theoretische maximale Menge an PCR-Produkt jedoch etwa 26 µg, was enorm ist und für die meisten Anwendungen ausreicht. Es gibt einen Online-Rechner, mit dem Sie mit der Primer- und dNTP-Konzentration sowie der Produktlänge experimentieren können: http://www.bioline.com/us/media/calculator/01_14.html

Testbericht zum Äkta Avant 25 von GE Healthcare

Wed, 02 Mar 2016 00:00:00 +0000

Vor etwa einem Jahr haben wir im Rahmen einer internen Ausschreibung der Fakultät Fördermittel erhalten, um das alte Pharmacia Äkta Explorer 100 FPLC-Gerät der Zentrale Einrichtung für Proteinproduktion und -reinigung zu ersetzen. Der Äkta Explorer war 1996(?) angeschafft worden, als die schwedische Marke Pharmacia noch existierte. Im Jahr 2014 trat das Worst-Case-Szenario ein: Sowohl der Monochromator als auch Xenon-Blitzlampe fast gleichzeitig ausfielen, was uns eine Rechnung von fast 10.000 € bescherte. Daher wollten wir das Gerät durch ein modernes Modell ersetzen. Es gibt nur zwei Unternehmen, die in diesem Bereich seriöse Geräte anbieten, nämlich GE Healthcare ( Äkta-Produktreihe ) und BioRad ( NGC-Produktreihe ). GE Healthcare hat die Marke Äkta im Zuge mehrerer Fusionen von Pharmacia übernommen, während BioRad mit seinen NGC-Modellen, die erst vor wenigen Jahren auf den Markt kamen, ein relativ neuer Wettbewerber ist.Wir haben uns für das Äkta Avant 25 entschieden. Wir wollten auf jeden Fall einen gekapselten, gekühlten Fraktionssammler haben. Außerdem war uns eine vertraute Benutzererfahrung wichtig. Wir führen häufig automatisierte Aufreinigungen durch und möchten nicht, dass unsere Proteine längere Zeit bei Raumtemperatur in offenen Röhrchen stehen, in die Bakterien und Staub aus der Luft eindringen können. Mittlerweile setzen wir den Äkta Avant seit etwa einem halben Jahr ein und haben inzwischen einen guten Eindruck davon, wie er im Vergleich zum Äkta Explorer abschneidet. Obwohl der Avant moderner ist als der Explorer, nutzen alle Anwender unserer Zentraleinrichtung nach wie vor den Explorer. Sie sind mit der Benutzeroberfläche von Unicorn 5.11 vertraut und haben offenbar kein Interesse daran, sich in die – zugegebenermaßen – kompliziertere Benutzeroberfläche des Avant einzuarbeiten. Ein weiterer Grund dafür, dass das Gerät bisher nur intern genutzt wurde, war jedoch die beträchtliche Anzahl an Problemen, auf die wir gestoßen sind. Bei unserem alten Äkta Explorer haben wir noch nie so viele Probleme in so kurzer Folge erlebt. Ich weiß nicht, ob unsere Situation typisch ist (laut den Vertretern von GE Healthcare ist dies nicht der Fall). Dennoch sind hier die Probleme aufgeführt, auf die wir gestoßen sind:

Das Jeltsch-Labor

Sat, 23 Jan 2016 00:00:00 +0000

Die Webseiten meines Labors an der Universität Helsinki

Zentrifugale und zentripetale Entwicklung des embryonalen Lymphsystems

Tue, 19 Jan 2016 00:00:00 +0000

Seit Beginn des letzten Jahrhunderts streiten sich Forscher über den embryonalen Ursprung des Lymphsystems. Einige behaupteten, es sei in seiner Gesamtheit eine Auswachsung aus Blutgefäßen (die sogenannte zentrifugale Hypothese, deren frühe Vertreter Florence Sabin und Louis-Antoine Ranvier waren; dieser Wachstumsmechanismus wird als „Lymphangiogenese“ bezeichnet). Andere vertraten die Ansicht, dass sich die Lymphgefäße neu aus Vorläuferzellen im Mesenchym bilden (sogenannte zentripetale Hypothese, deren frühe Vertreter George Huntington und Charles McClure waren; dieser Mechanismus wird als „Lymphvaskulogenese“ bezeichnet). Diese Kontroverse dauert bereits seit mehr als einem Jahrhundert an, und mehrere in den letzten Jahren veröffentlichte Studien zeigen, dass die Wahrheit irgendwo zwischen beiden Ansichten liegt. Eine solche Synthese war bereits 1932 von van der Jagt vorgeschlagen worden. Kenny Mattonet und ich haben einen kurzen Überblick zu diesem Thema verfasst, den Sie in der englische Version oder das deutsche Original lesen.

FPLC-Kurs zur Proteinreinigung

Mon, 04 Jan 2016 00:00:00 +0000

Acht Doktoranden hatten sich für den FPLC-Kurs zur Proteinreinigung angemeldet, der im Dezember stattfand. Wenn ich etwas gelernt habe, dann, dass die Proteinreinigung im Rahmen eines Kurses IMMER mit einem Protein und einem Protokoll durchgeführt werden sollte, die bereits VIELE Male erfolgreich angewendet wurden. Von den Studierenden mitgebrachte Proteine sind eine hervorragende Lernquelle, doch die zeitlichen Einschränkungen eines Kursformats erlaubten es uns nicht, die Aufreinigung dieser Proteine noch während des Kurses abzuschließen.Technische Probleme mit dem neuen Äkta Avant 25Zudem war das Äkta Avant 25 , die wir diesen Sommer neu bei GE Healthcare erworben hatten, fiel während des Kurses ZWEIMAL aus. Zunächst fiel der Steuerungscomputer aus (RAID-Ausfall). HP lieferte die Ersatzfestplatte innerhalb von 24 Stunden, und nachdem sich das RAID wiederhergestellt hatte, konnten wir den Kurs fortsetzen. Beim ersten Durchlauf nach diesem Vorfall trat beim Äkta jedoch ein Überdruckproblem auf. Wir identifizierten einen defekten Durchflussbegrenzer als Ursache identifiziert, wollten den Lauf jedoch nicht fortsetzen, da wir bei früheren Durchläufen bereits schwerwiegende Probleme mit Luftblasen hatten. Daher führten wir die Durchläufe auf dem alten Äkta Explorer 100 durch. GE Healthcare ließ das System umgehend von einem Servicetechniker überprüfen, doch da dieser kein Ersatzgerät dabei hatte, mussten wir bis Montag, den 14.12., warten, bis der Äkta Avant wieder voll funktionsfähig war.Was wir aufgereinigt haben: lösliches VEGFR-3 (VEGFR-3/Fc) und HepsinWir haben lösliches humanes VEGF-Rezeptor-3 aufgereinigt (die ersten drei Domänen seiner extrazellulären Domäne, verbunden mit dem konstanten Fc-Teil von humanem IgG). Diese Aufreinigung haben wir bereits mehrfach durchgeführt. Sie entspricht der Aufreinigung von Antikörpern mit Protein-A-Sepharose.Wir hatten im Vorfeld konditioniertes Zellkulturmedium vorbereitet. Wir produzieren die meisten unserer Proteine in Insektenzellen (hauptsächlich Drosophila S2), und das VEGFR-3/Fc war von den S2-Zellen nach Induktion des Metallothionein-Promotors mit 1 mM Cu²⁺ über etwa 4,5 Tage hinweg in das Medium sekretiert worden. Die Vorbereitung des Mediums für die Aufreinigung besteht lediglich aus 1) dem Entfernen der Zellen durch Zentrifugation und 2) der Filtration, um Präzipitate und andere kleine Partikel zu entfernen, die die Säule verstopfen könnten. Eine Anpassung des pH-Werts ist nicht erforderlich.Eine schnelle Neutralisierung nach der Elution bei niedrigem pH-Wert IST WICHTIGWir haben das Medium über eine Einweg-5-ml- HiTrap-Rekombinant-Protein-A-Säule über Nacht mit einer Durchflussrate von etwa 1 ml/min und eluierten es mit einem Puffer mit niedrigem pH-Wert. Die eluierten 2-ml-Fraktionen wurden sofort mit 400 µl 1 M Tris (pH 8,5) neutralisiert. Hier unterlief uns bei einer der beiden Aufreinigungen ein kleiner Fehler. GE Healthcare hatte die Kassetten für die 5-ml-Sammelröhrchen noch nicht freigegeben (dies ist bis heute nicht geschehen, obwohl sie bereits für September 2015 versprochen worden waren), und wir verwendeten 15-ml-Falcon-Röhrchen zur Sammlung der 2-ml-Fraktionen, in die wir zuvor 400 µl der Neutralisationslösung alikvotiert hatten. Allerdings war die Durchmischung in diesen Röhrchen nicht effizient, und die längere Einwirkung eines niedrigen pH-Werts führte zu einer teilweisen Schädigung unseres Proteins. Dies lässt sich beim Vergleich der Größenausschluss-Chromatogramme von Gruppe 2 mit denen von Gruppe 4 erkennen: Bei Gruppe 4 ist der erste Peak (aggregiertes Protein) im Vergleich zum entsprechenden Peak bei Gruppe 2 deutlich größer und heterogener. Tatsächlich fällt VEGFR-3/Fc, wenn es bei niedrigem pH-Wert aus Protein-A-Säulen eluiert wird, bei höheren Konzentrationen kurz nach der Elution stets aus, löst sich jedoch bei Neutralisation wieder auf. Dies geschah in den Fraktionen 5.A.3 und 5.A.4 (Gruppe 4) nicht, da sich Eluat und Neutralisationspuffer im 15-ml-Falcon-Röhrchen nicht ausreichend vermischten (wahrscheinlich trug auch die Fraktionsgröße von 2 ml dazu bei; 1 ml wäre besser gewesen). Während des Laufs für Gruppe 2 haben wir die Röhrchen unmittelbar nach Beendigung des Laufs entnommen und dadurch die Puffer vermischt, während der Lauf für Gruppe 4 über Nacht endete und das Eluat bis zum Morgen weitgehend unvermischt blieb.Alternativ hätten wir mit einem hochkonzentrierten chaotropen Salz bei nahezu neutralem pH-Wert eluieren können (was wir beim nächsten Mal tun werden, falls wir einen automatisierten Lauf haben, bei dem die Elution mitten in der Nacht stattfindet). Pierce bietet einen (proprietären) „sanften“ Elutionspuffer mit einem pH-Wert von 6,6 an. Ich kenne die Zusammensetzung des Pierce-Puffers nicht, aber es handelt sich um eine hochkonzentrierte Lösung eines chaotropen Salzes. 3 M Kalium-/Natriumthiocyanat oder 4 M Magnesiumchlorid in gepufferten Lösungen um pH 7 sind häufig verwendete chaotrope Salze für diesen Zweck. Hepsin Die von den Studierenden bereitgestellten Proteine stellten eine Herausforderung dar. Erstens war ihre Konzentration im Ausgangsmaterial sehr gering. Während wir das Protein deutlich erkennen können, wenn das VEGFR-3/Fc-konditionierte Medium auf einem PAGE-Gel aufgetragen und mit Coomassie gefärbt wird, ist für das Hepsin kein solches Band sichtbar. Zudem schien ein erheblicher Anteil des Proteins das Histag (nicht mehr) zu enthalten und wird daher im ersten Reinigungsschritt nicht aufgefangen. Der Anteil an Hepsin-H6, der an Ni²⁺-Sepharose bindet, eluiert bereits bei einer Imidazol-Konzentration von 20 mM, was das Waschen der Säule erschwert. Das Hepsin mit dem längeren Histag (H10) übersteht die 20 mM Imidazol-Waschung zwar, weist jedoch ebenfalls niedrige Expressionsniveaus auf. Nachfolgend sind die Chromatogramme der einzelnen Durchläufe sowie die kommentierten Bilder der mit Coomassie gefärbten PAGE-Gele dargestellt. Das detaillierte Protokoll für den Betrieb des Äkta Avant 25 befindet sich noch in Vorbereitung…

SnapGene – Einfach die beste Software zur DNA-Bearbeitung

Fri, 01 Jan 2016 00:00:00 +0000

Unser Labor nutzt verschiedene Softwarepakete zur Planung, Dokumentation und Visualisierung von DNA-Konstrukten. Zu den Programmen, die uns lange Zeit sehr gut gefallen haben, gehörten das GeneConstructionKit (GCK) und Clone Manager (Professional) . Letzteres läuft leider nur unter Windows. Da jedoch mehrere unserer Computer mit Ubuntu Linux betrieben werden, haben wir die GCK-Versionen 2.5 und 3 mithilfe von WINE (eine Kompatibilitätsschicht, die es uns ermöglicht, native Windows-Programme unter Linux auszuführen). Mit dem Upgrade auf Version 4 wurde GCK unter WINE jedoch unbrauchbar langsam, sodass wir nach einem Ersatz suchten. Wir haben die Entwickler von GCK kontaktiert, aber diese waren offenbar weder bereit noch in der Lage, uns zu helfen. Ich vermute, dass der Quellcode von GCK wahrscheinlich mehr als 20 Jahre alt ist und sich aus diesem Grund niemand traut, ihn anzurühren. Genau zu dieser Zeit wurde SnapGene veröffentlicht, das fast alle unsere Anforderungen erfüllte:

Kennen Sie Ihre Rechte

Thu, 19 Nov 2015 00:00:00 +0000

In einer Artikelserie in der Zeitschrift Acatiimi stellte Mia Weckman vom Finnischen Verband der Hochschulforscher und -dozenten (FUURT) das finnische Rechtssystem und die arbeitsrechtlichen Vorschriften vor. Diese Serie richtete sich speziell an ausländische neue Mitarbeiter und wurde auf Englisch verfasst; sie ist daher eine der wenigen Informationsquellen, wenn man die finnische Sprache nicht beherrscht. Man sollte jedoch bedenken, dass Papier und Schilder nicht erröten. Viele der Vorschriften wurden für traditionelle Arbeitsumgebungen entwickelt und eignen sich gut für diese, weniger jedoch für die akademische Forschung, die am besten gedeiht, wenn sie von Begeisterung und Hingabe und nicht von Pflichtgefühl angetrieben wird. Da wir jedoch weit von diesem Ideal entfernt sind, sollten Sie Ihre Rechte kennen. Hier sind die Themen und die Links:

Die 8 besten Wissenschaftspodcasts, die man sich anhören sollte

Wed, 11 Nov 2015 00:00:00 +0000

Meine Top 8 der Podcasts für Wissenschaftler (die aber nicht nur für Wissenschaftler gedacht sind). Probiert sie aus: Sie sind unterhaltsam und halten euch über die aktuellen Entwicklungen in der Wissenschaft im Allgemeinen auf dem Laufenden. Wenn ihr euch nur auf euer enges Fachgebiet konzentriert, werdet ihr engstirnig. Viele führende Wissenschaftsmagazine sind auf den Podcast-Zug aufgesprungen (z. B. Science Magazine Podcast , Nature Podcast ), aber mir gefallen vor allem die authentischen Podcasts, die das Genre der Wissenschaftspodcasts begründet haben. Es gibt Grenzen dafür, was man sich anhören kann (bei mir ist das eine Stunde pro Tag während meines Fahrradwegs zur Arbeit), und ich füge ein paar hinzu, die ich gerne höre, die es aber derzeit nicht in meinen regelmäßigen Zeitplan schaffen. In der Reihenfolge abnehmender persönlicher Vorliebe:

Indiziert werden

Tue, 03 Nov 2015 00:00:00 +0000

Es gibt zahlreiche Datenbanken, die wissenschaftliche Publikationen speichern und analysieren . „Indexiert“ oder „gelistet“ zu sein bedeutet für eine Zeitschrift lediglich, dass eine dieser Datenbanken die in dieser Zeitschrift veröffentlichten Artikel enthält. Wichtig ist, dass einige dieser Datenbanken auch Zitierdaten zu jedem Artikel enthalten; daher werden sie oft als Zeitschriften-Zitationsdatenbanken bezeichnet. Da es viele solcher Datenbanken gibt, ist praktisch jede Zeitschrift irgendwo „gelistet“, und wenn Sie Ihre Zeitschrift listen lassen möchten, gibt es dazu verschiedene Anleitungen, z. B. So lassen Sie Ihre Zeitschrift indexieren . In den Lebenswissenschaften gibt es jedoch einige Datenbanken, die wesentlich wichtiger und maßgeblicher sind als andere. Die drei größten sind MEDLINE , Web of Science und Scopus . Wodurch unterscheiden sich diese drei Datenbanken? Natürlich sind die wichtigsten Zeitschriften in allen drei Datenbanken erfasst. Weniger wichtige Zeitschriften sowie Zeitschriften, die in anderen Sprachen als Englisch erscheinen, werden jedoch möglicherweise nur in einer oder zwei der drei Datenbanken aufgeführt. Die Datenbanken haben unterschiedliche Auswahlkriterien für Zeitschriften (siehe unten), und die Auswahl unterliegt ständigen Änderungen. MEDLINE MEDLINE ist eine nichtkommerzielle Datenbank, die von der US-amerikanischen National Library of Medicine gepflegt wird und die Auswahl der Zeitschriften unter der Aufsicht der NIH erfolgt. MEDLINE und insbesondere ihr Online-Portal PubMed zeichnen sich durch ihren für jedermann freien Zugang aus. Tatsächlich ist PubMed wahrscheinlich die einzige transparente wissenschaftliche Bibliografie-Datenbank, die von jedem kostenlos zur Recherche in der Literatur der Lebenswissenschaften genutzt werden kann. MEDLINE indexiert derzeit 5.620 Zeitschriften.Web of Science Das Web of Science umfasst mehrere Datenbanken, die früher vom Institute of Scientific Information (ISI) verwaltet wurden, bevor es an Thomson Scientific & Healthcare (heute Thomson Reuters ) verkauft wurde. Das ISI wurde von Eugene Garfield gegründet, der als Vater der Bibliometrie und Scientometrie gilt. Das Web of Science indexiert derzeit 13.762 Zeitschriften (zusammengefasst in den Indizes „Arts & Humanities“, „Expanded Science“ und „Social Sciences Citation Index“).Scopus Die andere kommerzielle Zeitschriften-Datenbank ist Scopus , die sich im Besitz von Elsevier befindet, dem größten Verlag für wissenschaftliche Zeitschriften. Scopus ist die größte dieser drei Datenbanken und deckt weitaus mehr Zeitschriften ab als die beiden anderen. Einigen zufolge ist dies auf die etwas locker angewandten Auswahlkriterien für Zeitschriften zurückzuführen ( http://www.issi2015.org/files/downloads/all-papers/1198.pdf) . Es gab auch einige Diskussionen über die Unabhängigkeit der Zeitschriftenauswahl bei kommerziellen Datenbanken. Schließlich kontrollieren laut einer in PlosOne veröffentlichten Studie fünf Unternehmen mehr als die Hälfte des gesamten akademischen Verlagswesens, wobei Elsevier mit einem Marktanteil von etwa 25 % dominiert ( http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0127502) . Scopus indexiert derzeit über 22.000 Zeitschriften. Es wurden Vergleiche zwischen Datenbanken und Zitierzahlen angestellt (z. B. hier ). Eine Datenbank, die ich bisher außer Acht gelassen habe, ist Google Scholar . Auch wenn die freie Zugänglichkeit von Google Scholar und sein breiter angelegter Ansatz zur Messung des Einflusses Vorteile gegenüber Web of Science oder Scopus bieten, ist Google Scholar – ähnlich wie die allgemeine Google-Suchmaschine – nicht sehr offen darüber, welche Zeitschriften und Quellen seine Suche abdeckt. Meiner Meinung nach ist dies ein großer Nachteil, aber andererseits muss Google seinen Algorithmus wahrscheinlich ständig anpassen, um Missbrauch zu vermeiden. Wenn Sie mehr über Google Scholar als Zitationsdatenbank erfahren möchten, empfehle ich diesen Artikel . ZeitschriftenlistenMEDLINE: ftp://ftp.nlm.nih.gov/online/journals/lsi2015.xml,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog?cmd=historysearch&querykey=1 (derzeit indexiert)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog/?term=reportedmedline (alle)Web of Science/Thomson Reuters: http://ip-science.thomsonreuters.com/mjl/Scopus : https://www.elsevier.com/__data/assets/excel_doc/0015/91122/title_list.xlsx Kriterien für die ZeitschriftenauswahlMEDLINE: https://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/jsel.htmlWeb of Science/Thomson Reuters: http://wokinfo.com/essays/journal-selection-process/Scopus : https://www.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0006/95118/SC_FAQ-content-selection-process-22092014.pdf

Die diesjährigen Nobelpreise

Mon, 12 Oct 2015 00:00:00 +0000

Drei der diesjährigen Nobelpreise wurden für Themen verliehen, mit denen wir uns beschäftigen: Den Medizinpreis teilten sich Youyou Tu sowie William Campbell und Satoshi Ōmura. Campbell und Ōmura erhielten ihren Anteil für die Entwicklung eines Antiparasitika, das gegen Fadenwürmer (Nematoden) wirksam ist, die die Ursache für Flussblindheit, lymphatische Filariose und einige andere Krankheiten sind. Nematoden, die Lymphatische Filariose verursachen (wie Brugia malayi), leben im Lymphsystem. Viele Nematoden exprimieren zwar ein VEGF-C-ähnliches Molekül, doch die Funktion dieses parasitären VEGF-C für den Lebenszyklus der Nematoden wurde bislang noch nie untersucht.Den Chemie-Nobelpreis teilten sich Tomas Lindahl, Paul Modrich und Aziz Sancar für ihre mechanistischen Untersuchungen zur DNA-Reparatur geteilt. Wir experimentieren derzeit mit solchen Mechanismen, insbesondere mit der Cytidin-Desaminierung, die wir nutzen, um Mutationen nach Bedarf zu erzeugen. Wenn Cytidin in Uracil umgewandelt wird (was spontan oder enzymvermittelt geschehen kann), entfernt das Enzym Uracil-DNA-Glykosylase (UNG) die Uracil-Base. Anschließend spaltet ein weiteres Enzym (Apurin-Apurimidin-Endonuklease) das Rückgrat 5‘-seitig der abasischen Stelle, und die DNA-Polymerase beta schneidet den abasischen Zucker-Phosphat-Rest heraus und fügt ein Cytosin ein, wodurch der Schaden repariert wird. Der dritte Preis ist der für Wirtschaftswissenschaften, der an Angus Deaton ging. „Er leistete Pionierarbeit bei der Analyse des individuellen dynamischen Konsumverhaltens unter idiosynkratischen Unsicherheiten und Liquiditätsbeschränkungen.“ (aus dem PDF mit Vorabinformationen der Royal Academy. Ich übersetze das frei: Er hat untersucht, wie sich das Ausgabeverhalten von Menschen angesichts unregelmäßiger und unzureichender Einkünfte verändert. Das beschreibt die finanzielle Situation unseres Labors recht gut, und wir beschäftigen uns tatsächlich mit diesem Thema, denn Wissenschaft ohne Geld funktioniert nicht.

Schwieriger Start

Wed, 26 Aug 2015 00:00:00 +0000

UPDATE: Ich habe bei der Akademie nach den Förderquoten für die Akademieprofessuren gefragt, doch gibt es so wenige dieser Stellen, dass sich aus diesen Daten keine verwertbaren Statistiken ableiten lassen. Ich habe von der Akademie eine sehr transparente Antwort erhalten (einschließlich der Zahlen, um die ich gebeten hatte). Die Entscheidung, die Fördermittel für Postdoktoranden vorrangig zu kürzen, war eine bewusste Maßnahme der Akademie, um die Mittel für wettbewerbsfähige Forschung im Rahmen von Projekten und für Akademie-Forschungsstipendiaten zu sichern. Der Trend, Fördermittel von jüngeren auf ältere Forscher zu verlagern, scheint jedoch allgemein zu sein und hält in den USA bereits seit einem halben Jahrhundert an (siehe z. B. hier: http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/ oder hier: http://nexus.od.nih.gov/all/2012/02/13/age-distribution-of-nih-principal-investigators-and-medical-school-faculty/) . Unsere Zukunft hängt von neuen Ideen und Innovationen ab. Ich bin mir nicht sicher, ob es stimmt, dass jüngere Forscher mehr neue Ideen und Innovationen hervorbringen, wie in dem oben genannten Blogbeitrag behauptet wird ( http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/) , aber wenn das der Fall ist, wäre es langfristig eine schlechte Idee, ihnen Mittel zu entziehen. Es wird immer schwieriger, eine von der Finnischen Akademie finanzierte Forschungsstelle zu erhalten. Was mich am meisten beunruhigt, ist die Tatsache, dass sich die Einsparungen auf das „untere“ Ende der akademischen Karriereleiter konzentrieren: Die Erfolgsquote bei Bewerbungen für Postdoktorandenstellen hat sich am stärksten verschlechtert, während die Förderung von Akademieprojekten im Forschungsrat für Gesundheit weitgehend unangetastet blieb. Am vergangenen Dienstag präsentierte die Akademie diese Zahlen bei der „Ask & Apply“-Veranstaltung zur Förderrunde im September an der Medizinischen Fakultät. Auch die Fördermittel für Akademie-Forschungsstipendiaten wurden gekürzt, allerdings in weitaus geringerem Umfang als die für Postdoktoranden. Seltsamerweise fehlt in der Folie die Erfolgsquote bei den Bewerbungen um Akademieprofessuren. Ist dies ein Hinweis auf einen Generationskonflikt, bei dem etablierte Forscher erfolgreich versuchen, die schwindenden Ressourcen für sich selbst zu sichern? Ich müsste die Erfolgsquote bei den Bewerbungen um Akademieprofessuren und die bewilligten Beträge kennen, um Schlussfolgerungen ziehen zu können.

Erkrankungen des Lymphgefäßsystems (Diseases of the Lymphatic System)

Wed, 05 Aug 2015 00:00:00 +0000

Die 6. Auflage des Buches Erkrankungen des Lymphgefäßsystems (Diseases of the Lymphatic System) ist erschienen. Es handelt sich um ein deutschsprachiges Lehrbuch, für das Kenny Mattonet, Jörg Wilting und ich das fünfte Kapitel (Genetische Ursachen des primären Lymphödems) verfasst haben. Hier können Sie es hier herunter, da Amazon immer noch die alte, 5. Auflage verkauft. Wenn ihr einen wirklich guten Grund habt, warum ihr ein Exemplar kostenlos bekommen solltet, schreibt mir eine E-Mail! Ich habe noch ein paar Exemplare.

Neon-Elektroporationsgerät versagt

Tue, 04 Aug 2015 00:00:00 +0000

UPDATE: Wir sind nicht die Einzigen, die versuchen, ihre Betriebskosten zu senken. Dieses Labor hat seine Experimente mit dem Neon-System in Analytic Biochemistry veröffentlicht. Vielen Dank an Joachim Goedhart ( @joachimgoedhart ) für den Hinweis! Das Neon-Transfektionsgerät von Life Technologies (ups, heute Thermo Fischer und früher Invitrogen ) wurde vor etwa fünf Jahren auf den Markt gebracht. Es ist für die einfache Elektroporation von Säugetierzellen konzipiert. Wir verfügen seit 2011 über das Gerät, aber es wurde kaum genutzt. Ich weiß nicht, ob die geringe Akzeptanz an der Benutzerunfreundlichkeit liegt (ich weiß immer noch nicht, wie man die Elektrodenspitze an die Pipette ansetzt, obwohl ich das schon hunderte Male gemacht habe – es ist einfach eine sehr knifflige Mechanik), an den hohen Betriebskosten (für die vergoldeten Einwegelektroden und den proprietären Transfektionspuffer) oder an etwas anderem, das ich nicht herausfinden kann. Es gibt jedoch ein paar Dinge, die ich gerne teilen möchte, da wirklich nützliche Informationen über das Neon-Gerät im Internet rar sind.Das erste Problem, mit dem wir ständig zu kämpfen hatten, waren Luftblasen in der Elektrodenspitze, die zu katastrophal niedrigen Elektroporationseffizienzen führen. Die einzige Möglichkeit, dies wirklich zu verhindern, besteht darin, mindestens 25 % mehr Zellsuspension vorzubereiten, als tatsächlich benötigt wird. Wenn man nur 10 % mehr ansetzt, kommt es bei der letzten Elektroporation aufgrund unvermeidbarer Luftblasen mit Sicherheit zu Lichtbogenbildung (außerdem haftet die Zellsuspension leicht an der Außenseite der Pipettenspitze, was ebenfalls dazu beiträgt, dass man mehr ansetzen muss, als tatsächlich benötigt wird). Infolgedessen ging uns der Elektroporationspuffer R lange vor den Pipettenspitzen aus. Zudem kann man Puffer R nicht separat erwerben. Der Vertreter von Life Technologies, mit dem ich korrespondierte, versprach uns aus Kulanz eine kleine Lieferung Pipettenspitzen und Puffer zu schicken (das war im Januar), aber wir warten immer noch darauf, dass diese eintrifft…Leider ist kürzlich unser altes Elektroporationsgerät Gene Pulser II kaputt gegangen. Bio-Rad repariert es nicht mehr und liefert auch keine Ersatzteile mehr. Es wurde hauptsächlich für die Elektroporation von E. coli verwendet. Ich wusste, dass das Neon-Gerät nicht für die Elektroporation von E. coli ausgelegt ist. Warum nicht und warum kann es nicht für diesen Zweck verwendet werden? Es stellt sich heraus, dass die elektrische Feldstärke für E. coli bei weitem nicht ausreicht (beim BioRad Gene Pulser II wird bei einer typischen bakteriellen Elektroporation ein elektrisches Feld von 12,5 kV/cm erreicht, während das Neon-Gerät gerade einmal etwa 850 V/cm erreicht). Allerdings (so dachte ich), kann das Neon viel längere Impulse erzeugen als der Gene Pulser II (das Neon wird damit beworben, Impulse von bis zu 100 ms liefern zu können, während die typische Impulslänge des Gene Pulser II bei etwa 5 ms liegt). Darüber hinaus kann das Neon automatisch mehrere Impulse abgeben. Deshalb wollte ich testen, ob ein langer und/oder wiederholter Impuls mit geringerer Feldstärke E. coli transformieren kann. Es stellte sich jedoch heraus, dass das Gerät, wenn man Wasser (oder 10 % Glycerin) als Transfektionspuffer für E. coli verwendet (was üblicherweise der Fall ist), meldet, dass die Spitzenelektrode keinen Kontakt herstellt. Dies liegt daran, dass das Gerät durch das Senden eines kleinen Stroms durch das System prüft, ob die Spitze korrekt eingesetzt wurde, und dieser Strom nicht fließt, wenn man E. coli in Wasser resuspendiert hat. Damit das Gerät eine eingesetzte Pipettenspitze als Elektrode „akzeptiert“, benötigt man eine NaCl-Konzentration zwischen 10 und 20 mM. Daher habe ich 15 mM Natriumchlorid als E. coli-Elektroporationspuffer verwendet und die Elektroporationsparameter auf 2500 V und 100 ms eingestellt. Überraschung: Das Gerät weigert sich, einen solchen Impuls abzugeben, da es „Over power limit!“ anzeigt. Die maximale Impulsdauer, die es bei 2500 V liefern kann, beträgt 19 ms. Leider kann selbst dieser Impuls nicht automatisch mehrfach abgegeben werden (wieder: „Over power limit!“). Daher habe ich diesen Impuls manuell zwischen 1 und 20 Mal ausgelöst, aber kein einziges Bakterium hat DNA aufgenommen, und alle Bakterienplatten blieben leer. In der Bedienungsanleitung heißt es: „Das Neon™-Gerät ist so ausgelegt, dass nur bestimmte Werte eingegeben werden können; die Grenzwerte für jeden Wert sind unten aufgeführt. Wenn Ihr Eingabewert den Maximalwert überschreitet, wird eine Fehlermeldung angezeigt. Eingangsspannungsbereich: 500–2.500 V Eingangsimpulsbreitenbereich: 1–100 ms Eingangsimpulsanzahlbereich: 1–10“ Leider kann dies sehr leicht missverstanden werden. Mir war nicht klar, dass man die drei Parameter innerhalb dieser Bereiche nicht beliebig kombinieren kann. Man sollte meinen, dass Life Technologies über bessere technische Redakteure verfügt (aber vielleicht benutzen sie das Gerät ja gar nicht …). Fazit: Das Gerät ist für alles andere als Säugetierzellen völlig unbrauchbar. Auch einige andere interessante Anwendungen (z. B. die Elektroporation von Fadenwürmern oder anderen kleinen Lebewesen) sind schwierig oder unmöglich. Das Gerät mag zwar für viele Säugetierzellen eine gute Wahl sein, ist aber weitaus eingeschränkter als der altbewährte BioRad Gene Pulser II. P.S.: Ich habe die Pipettierstation mit Puffer E befüllt (zur Verwendung mit 10-µl-Spitzen). Allerdings habe ich statt Puffer E auch eine Mischung aus 90 % 150 mM Natriumchlorid und 10 % Glycerin getestet (die mir die gleiche Leitfähigkeit wie Puffer E liefert). Dennoch würde ich wirklich gerne die Zusammensetzung von Puffer R wissen. Warum? Weil ich glaube, dass die Spitzenelektroden öfter als nur zweimal wiederverwendet werden können (andere Hersteller von Pipettenspitzenelektroden werben damit, dass ihre Elektroden viel öfter wiederverwendet werden können (z. B. der BactoZapper , obwohl auch sie keine genauen Zahlen nennen). Im Neon-Handbuch heißt es: „Bei mehr als zweimaligem Gebrauch der Spitzen kann es zur Oxidbildung an der Kolbenoberfläche kommen, was die Elektrodenfunktion des Kolbens beeinträchtigt.“ Die Elektrode ist vergoldet, und Gold sollte widerstandsfähiger gegen Oxidbildung sein als die Edelstahlelektroden des BactoZapper…

Lymphangiogenese in Gesundheit und Krankheit

Thu, 11 Jun 2015 00:00:00 +0000

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Preis für die beste wissenschaftliche Arbeit

Fri, 01 May 2015 00:00:00 +0000

[

![](/sites/]( http://www.med.helsinki.fi/english/news/2015/20150505_Jeltsch.html)Wir haben den Best Paper Award 2014 von Circulation in der Kategorie Grundlagenforschung gewonnen. Circulation ist die führende kardiologische Fachzeitschrift und das Organ der American Heart Association . Bereits bei der Veröffentlichung der Arbeit (mit dem Titel [/files/files/Jeltsch%20et%20al.%20-%202014%20-%20CCBE1%20Enhances%20Lymphangiogenesis%20via%20A%20Disintegrin.pdf">„CCBE1 Enhances Lymphangiogenesis via A Disintegrin and Metalloprotease With Thrombospondin Motifs-3–Mediated Vascular Endothelial Growth Factor-C Activation“](/sites/<?php print $_SERVER[)), war klar, dass dies unser Verständnis des VEGF-C-Wachstumsfaktors grundlegend veränderte, und der Artikel wurde von Open Heart vorgestellt. Der Artikel liefert mehrere neue Erkenntnisse:

Folgen Sie uns auf Google+ und unterstützen Sie die Krebsforschung!

Fri, 17 Apr 2015 00:00:00 +0000

Hiermit möchte ich euch alle einladen, den neuen Google+-Seiten meines Labors zu folgen. Das ist eure Chance, die Krebsforschung zu unterstützen. Um uns zu folgen, benötigt ihr ein Google+-Konto: https://plus.google.com/101997423182393816561

Wissenschaftliche Artikel auf Deutsch schreiben – reine Zeitverschwendung?

Wed, 08 Apr 2015 00:00:00 +0000

Es mag uns seltsam erscheinen, aber vor hundert Jahren war Deutsch die Lingua franca der Wissenschaft. Obwohl mich mein ehemaliger Chef Kari Alitalo gewarnt hatte, schrieb ich 2013 einen zweiteiligen Übersichtsartikel über Lymphangiogenese auf Deutsch und war schockiert, als ich feststellte, dass er seitdem überhaupt nicht zitiert worden war. Um ihn einem breiteren Publikum zugänglich zu machen, haben wir ihn nun ins Englische übersetzt. Angesichts der Tatsache, dass ein Artikel im Durchschnitt insgesamt etwa vier Zitate erhält, müssen wir nur fünfmal zitiert werden, um über dem Durchschnitt zu liegen…

Resistenz gegen Streptomycin und Spectinomycin

Sun, 11 Jan 2015 00:00:00 +0000

Viele cDNA-Klone aus der ORFeome-Gensammlung liegen im Plasmid pENTR223.1* vor. Um diese Klone zu züchten, verwenden die meisten Forscher Spectinomycin, da das Antibiotikaresistenzgen in den Karten der ORFeome-Kollaboration so bezeichnet wird und dies im Protokoll vorgeschrieben ist. Ein genauer Blick in die Literatur zeigt jedoch, dass derselbe Selektionsmarker mit Streptomycin ebenso gut funktionieren sollte. Nun, worin besteht der Unterschied? Hauptsächlich der Preis: Während 5 Gramm Spectinomycin von Sigma hier in Finnland 112,7 € kosten (Sigma 85555-5G) , kostet die gleiche Menge Streptomycin nur 17,80 €, also mehr als sechsmal weniger (Sigma S6501-5G) .Das Resistenzgen in pENTR223.1 ist das Aminoglykosid-Adenylyltransferase-Gen aadA (Streptomycin-3’’(9)-O-Nukleotidyltransferase; Aminoglykosid-3"-Adenylyltransferase (AAD(3”)(9); ANT(3”)(9)), das Resistenz sowohl gegen Spectinomycin als auch gegen Streptomycin verleiht. Es gibt jedoch verwandte Aminoglykosid-Adenylyltransferasen, die keine Resistenz gegen beide Antibiotika verleihen, sondern nur gegen das eine oder das andere. Daher müssen Sie genau wissen, welches Spektinomycin-Resistenzgen Ihr Plasmid trägt, wenn Sie Spektinomycin durch das kostengünstigere Streptomycin ersetzen möchten. Plasmidkarten sind oft nicht hilfreich: Ich habe gesehen, dass das aadA-Gen in pENTR223.1 mit SmR (Streptomycin-Resistenz, wie in SnapGene) oder SpnR (Spectinomycin-Resistenz, wie in den Karten aus der ORFeome-Sammlung) annotiert ist.Um experimentell zu prüfen, ob pENTR223.1 eine Resistenz gegen beide Antibiotika aufweist, habe ich ein Insert-haltiges pENTR223.1-Plasmid in 100 µg/ml Spectinomycin und 100 µg/ml Streptomycin gezüchtet, und es wuchs unter beiden Bedingungen gut, während der untransformierte E. coli-Elternstamm (NEB5-alpha) in keinem der beiden Medien wuchs. Allerdings sind die Unterschiede nicht immer eindeutig, wenn man verschiedene Konzentrationen dieser Antibiotika betrachtet. Aminoglykosid-Adenylyltransferasen, die Streptomycin/Spectinomycin inaktivieren, weisen bevorzugte, aber keine ausschließliche Substratspezifität auf. Das bedeutet, dass eine gewisse Resistenz gegen eine niedrige Streptomycin-Konzentration durch die Aminoglykosid-Adenylyltransferase vermittelt werden kann, die in erster Linie auf Spectinomycin abzielt (oder umgekehrt). In der Praxis sind einige von ihnen jedoch so exklusiv, dass es gerechtfertigt ist, sie entweder als SmR oder als SpnR einzustufen. Wenn Sie es wissen möchten, können Sie es jederzeit ausprobieren… Eine weitere Erkenntnis dabei war, dass der Negativselektionsmarker ccdB in XL1 Blue NICHT funktioniert, während er in NEB5-alpha sehr wohl funktioniert. Anscheinend funktioniert ccdB auch nicht in DH5alpha und JM109 (was ist der Unterschied zwischen DH5alpha und NEB5alpha?).* pENTR-223.1 wird aufgrund der beiden SfiI-Schnittstellen, die das Insert flankieren, auch als pDONR-223.1 oder pENTR223.1-Sfi bezeichnet. Man neigt dazu, das Plasmid vor dem Einbau der cDNA als pDONR und nach dem Einbau der cDNA als pENTR zu bezeichnen. Diese Namensgebung ist jedoch nicht überall einheitlich. Nach dem Einbau des Inserts (mithilfe der Gateway-BP-Reaktion) verliert der Vektor pDONR223.1 die Selektionsmarker ccdB und chlR/CmR, und das resultierende Backbone wird meist als pENTR223.1 bezeichnet.

Labor-Kamera

Fri, 02 Jan 2015 00:00:00 +0000

2-wöchiger Laborkurs

Tue, 30 Dec 2014 00:00:00 +0000

Ich hatte keine Ahnung, wie viel Arbeit es macht, einen praktischen Laborkurs zu organisieren. Hätte ich das gewusst, hätte Pirjo es viel schwerer gehabt, mich davon zu überzeugen, diesen Kurs für das DPBM-Graduiertenkolleg zu veranstalten. Kari hatte mich gewarnt… Der dazugehörige Vorlesungskurs hatte von September bis November stattgefunden. Der Praktikumskurs war mit 16 freien Plätzen ausgeschrieben worden, doch das war völlig unrealistisch, da wir auf meine 23,7 Quadratmeter Laborfläche beschränkt waren. Es gibt zwar Lehrlaborräume, aber ohne die Ausrüstung und die gesamte sonstige Infrastruktur, die für ein solches Vorhaben erforderlich ist. Acht Personen hatten sich für den Praktikumskurs angemeldet, und – glücklicherweise – sprang die Hälfte davon in letzter Minute ab, da sie sich der hohen Arbeitsbelastung, die der Kurs erforderte, nicht in ausreichendem Maße widmen konnten. So blieben schließlich vier Studierende und drei Projekte übrig. Mit mehr hätten wir es auf keinen Fall geschafft. Die Idee war, jedem Teilnehmer die Möglichkeit zu bieten, sein eigenes Projekt zur DNA-Klonierung und Proteinexpression zu realisieren – etwas, das für sein eigenes Promotionsstudium relevant wäre. Zu diesem Zweck hatte ich einen Monat im Voraus Besprechungen mit den drei Gruppen, um die Klonierung zu planen und die notwendigen Materialien zu bestellen. Wir arbeiteten parallel an den folgenden drei Projekten:

38. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Lymphologie

Sun, 05 Oct 2014 00:00:00 +0000

Ich habe am 38. Kongress der Deutschen Lymphologischen Gesellschaft ( http://www.dglymph.de/ ) in Halle (Saale) teilgenommen. Die Tagung war sehr erfrischend und interessant: Sie unterschied sich deutlich von den Tagungen, an denen ich normalerweise teilnehme, da der Schwerpunkt auf den praktischen Aspekten der klinischen und ambulanten Behandlung von Erkrankungen des Lymphsystems lag. Da es sich bei meinem Vortrag um einen Einführungsvortrag zur Lymphangiogenese-Forschung handelte, enthielt er keine unveröffentlichten Daten, weshalb ich ihn zum Download zur Verfügung stelle. Die Folien sind jedoch auf Deutsch und erfordern – je nach Zielgruppe – möglicherweise einige Erläuterungen. Der Vortrag ist eine chronologische Übersicht über die wichtigen Veröffentlichungen auf dem Gebiet der Lymphangiogenese-Forschung seit etwa 20 Jahren; dabei liegt der Schwerpunkt stark auf meiner eigenen Arbeit und auf Arbeiten, an denen ich beteiligt war.

Neue Mechanismen der Lymphangiogenese und des Lymphödems

Fri, 26 Sep 2014 00:00:00 +0000

Hier ist die Präsentation, die ich nicht halten konnte, da mein Zeitplan zu eng war, um eine Verspätung von 1 Stunde und 20 Minuten zu verkraften. Falls Sie Fragen zum Vortrag haben, wenden Sie sich bitte per E-Mail an: michael@jeltsch.org.My Der Lufthansa-Flug LH855 von Helsinki nach Frankfurt hatte eine Verspätung von 1 Stunde und 20 Minuten. Da ich auf dem Weg zum 40. Kongress der Europäischen Gesellschaft für Lymphologie in Genua/Italien in Frankfurt nur 1 Stunde und 15 Minuten Zeit für den Flugwechsel hatte, bin ich gar nicht erst an Bord gegangen und habe meinen Vortrag stattdessen abgesagt. Da ich am Samstag einen weiteren Termin in Deutschland habe, hatte ich den Rückflug für Freitag früh morgens geplant und konnte meinen Vortrag daher auch nicht verschieben. Nächstes Mal werde ich klüger sein.

Praktische Molekularbiologie und Gentechnik

Mon, 08 Sep 2014 00:00:00 +0000

Sammlung der Präsentationsfolien für den DPBM -Kurs Praktische Molekularbiologie und Gentechnik . Für jede Vorlesung liegen Dateien in (mindestens) zwei verschiedenen Formaten vor: PDF und ODP (Open Document Presentation). Die ODP-Datei lässt sich mit der Software LibreOffice bearbeiten. Wenn Sie sie mit Microsoft Office öffnen möchten, müssen Sie sie zunächst entweder mit LibreOffice oder einem Online-Konvertierungstool (wie cloudconvert ) konvertieren. Das gesamte Material steht unter der Creative-Commons-Lizenz zur Verfügung. Möglicherweise werde ich später auf Grundlage des Feedbacks der Teilnehmer verbesserte Versionen der Vorlesungsfolien hinzufügen. Die Folie über Restriktionsenzyme (REs) und die Berechnung der erforderlichen RE-Mengen zum Verdauen einer bestimmten DNA-Menge befindet sich in der Datei zu Vorlesung 1.

Ein bisschen mit CSL herumspielen

Wed, 06 Aug 2014 00:00:00 +0000

Beim Verfassen von Manuskripten und Förderanträgen muss man das Literaturverzeichnis immer wieder aktualisieren. Dafür sind Literaturverwaltungssysteme da. Es gibt viele davon (siehe http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software) . Ich habe bisher hauptsächlich EndNote, Bibus oder Zotero ( http://www.zotero.org ) verwendet, das ich auch derzeit nutze. Es hat den Vorteil, dass es wirklich plattformübergreifend und Open-Source ist und sowohl mit LibreOffice als auch mit Microsoft Office kompatibel ist. In der Vergangenheit habe ich auch für kurze Zeit Papers (von Mekentosj, die behaupteten, sie würden NIEMALS eine Windows-Version herausbringen), Bookends, Mendeley und RefWorks (das von meiner Universität lizenziert ist) verwendet. Keines dieser Programme ist perfekt, und selbst das kommerziellste unter ihnen (Endnote, das mittlerweile zu Thomson Reuters gehört) hat eines meiner (MS Word-)Manuskripte bei einem Absturz komplett zerstört. Einige dieser Programme speichern die Formatierungsanweisungen für Inline-Zitate und das Literaturverzeichnis im sogenannten CSL (Citation Style Language, eine XML-ähnliche Sprache, http://en.wikipedia.org/wiki/Citation_Style_Language).Allerdings konnte ich keinen einfachen Editor für CSL finden: Der in Zotero integrierte ist nicht besonders gut, ebenso wenig wie der Online-CSL-Editor ( http://editor.citationstyles.org/visualEditor).Ich brauchte jedoch eine Möglichkeit, meine eigenen veröffentlichten Artikel schnell zu exportieren, um ein „Verzeichnis der Veröffentlichungen“ für Förderanträge zu erstellen. Daher habe ich in Zotero eine Gruppe angelegt und alle meine eigenen Veröffentlichungen dieser Gruppe hinzugefügt. Nun markiere ich sie alle, klicke mit der rechten Maustaste und wähle „Literaturverzeichnis aus Elementen erstellen“. Im sich öffnenden Dialog wähle ich den Stil aus und aktiviere die Optionsfelder „Literaturverzeichnis“ und „In die Zwischenablage kopieren“. Zurück in meinem Textverarbeitungsprogramm muss ich nur noch den Inhalt der Zwischenablage einfügen, und der Großteil der Arbeit ist erledigt. Da ich jedoch keinen passenden Stil dafür finden konnte, habe ich selbst einen erstellt (der auf dem Vancouver-Stil basiert). Ihr könnt ihn gerne verwenden…

Von den molekularbiologischen Grundlagen zu ursächlichen Behandlungsmöglichkeiten der Krankheiten des Lymphsystems

Tue, 22 Jul 2014 00:00:00 +0000

PD Dr. Michael Jeltsch, Universität Helsinki, Finnland

Die Erforschung der molekularen Grundlagen der Lymphangiogenese in Embryonalentwicklung und pathologischen Prozessen haben zu einer rapiden Vermehrung unseres Wissens geführt (Krebs and Jeltsch 2013a, 2013b). Die molekularbiologische Ära der Lymphforschung begann mit der Entdeckung der VEGF-Wachstumsfaktoren und deren Rezeptoren vor 25 Jahren. Auf diesen Molekülen liegt daher der Schwerpunkt dieser Übersicht.

Die Argumente gegen FastDigest®

Wed, 25 Jun 2014 00:00:00 +0000

Restriktionsenzyme sind nach wie vor wichtig

Im Jahr 2006 brachte das innovative litauische Biotech-Unternehmen Fermentas eine neue Produktlinie für Forscher im Bereich der Molekularbiologie auf den Markt: die FastDigest-Restriktionsenzyme. Zusammen mit der Polymerasekettenreaktion (PCR) sind Restriktionsenzyme (REs) wohl die wichtigsten Werkzeuge der Molekularbiologie. Sie ermöglichten Anfang der 1970er Jahre die Entwicklung der rekombinanten DNA-Technologie. Bis sich jedes Labor einen zuverlässigen DNA-Laserdrucker leisten kann (was wahrscheinlich noch ein Jahrzehnt dauern wird), sind Restriktionsenzyme die Werkzeuge des Handwerks. Neuartige Klonierungstechniken (wie In-Fusion , Gibson-Assembly oder SLICE ) haben zwar ihre Berechtigung, lassen jedoch die Robustheit der traditionellen Restriktionsenzym-Klonierung vermissen.

Wir wurden von Circulation gefeatured!

Mon, 12 May 2014 00:00:00 +0000

Die molekulare Ätiologie des Hennekam-Syndroms

Thu, 17 Apr 2014 00:00:00 +0000

Endlich ist unser CCBE1-Manuskript zur Veröffentlichung angenommen worden. Es kann von der Webseite des Journals Circulation heruntergeladen werden oder schick mir einfach eine E-Mail . Ein dazu komplementärer Artikel von Le Guen et al. aus Ben Hogans Gruppe erschien fast zeitgleich in Development. Le Guen und seine Kollegen haben die Interaktion von CCBE1 mit der Signaltransduktion von VEGF-C/VEGFR-3 hauptsächlich auf der genetischen Ebene in Zebrafischen beschrieben, während wir die molekularen Details der Interaktion mittels in vitro- (in Zellkultur) und *in vivo-*Analysen (in Mäusen) aufgeklärt haben. Wir haben herausgefundenm das der primäre Lymphangiognese-Faktor VEGF-C als inaktives Vorläufermolekül produziert wird (pro-VEGF-C). Pro-VEGF-C (die 29/31-kDa-Form) bindet zwar den VEGF-Rezeptor-3 auf Endothelizellen, aber kann ihn nicht aktivieren. Bisher wurde pro-VEGF-C im Vergleich mit dem reifen VEGF-C einfach nur als weniger potententer Aktivator des VEGF-Rezeptor-3 betrachtet. In Wirklichkeit ist er aber ein kompetitiver Inhibitor des reifen VEGF-Cs. Die Aufgabe von CCBE1 besteht darin, der Metalloproteinase ADAMTS3 bei der Prozessierung von zelloberflächen-gebundenem pro-VEGF-C zu helfen. In der Erbkrankeit Hennekam-Syndrom ist CCBE1 mutiert und kann diese Helferfunktion nicht mehr ausreichend wahrnehmen. Dies resultiert in einer ungenügenden Aktivierung des pro-VEGF-C und damit zum charakteristischen Lymphödem des Syndroms. Weil Lymphgefässe in vielen Krankheiten eine Rolle spielen, sind CCBE1 und ADAMTS interessante Zielstrukturen für pharmakologische Interventionen. Z. B. wäre es von erheblichem Nutzen, wenn man die Aktivierung von pro-VEGF-C bei Krebserkrankungen blockieren könnte, weil sich dadurch wahrscheinlich die von VEGF-C vermittelte Metastasierung über das Lymphsystem unterdrücken lassen müsste.

SVS oder Lymphsystem?

Sun, 26 Jan 2014 00:00:00 +0000

In 2003 habe ich einen Übersichtsartikel über das Lymphsystem geschrieben, in dem ich die Besonderheiten des Lymphsystems in verschiedenen Tierarten erwähne. Allerdings habe ich mit bezüglich der Fische schwer geirrt, oder zumindest eine sehr unvollständige Beschreibung abgeliefert. Während Säugetiere, Vögel, Reptilien und Amphibien sehr gut definierbare Tierklassen sind, gibt es keine Tierklasse “Fische”. Es gibt zwar viele verschiedene Klassifizierungen von Fischen, aber mindestens drei Tierklassen sind nötig, um zumindest die lebenden Fische einzuteilen: Knorpelfische, Strahlenflosser and Fleischflosser. So gut wie alle Studien über das Lymphsystem von Fischen sind in den Teleostei (Echten Knochenfischen) gemacht worden. Die Echten Knochenfische bilden eine der drei Unterklassen der Strahlenflosser. Teleostei umfassen die meisten der lebenden Arten und auch den am besten erforschten Fisch, den Zebrafisch (Danio rerio) . Alles, was im folgenden gesagt wird, bezieht sich auf diese Unterklasse (und es kann sein, das es sich bei Haifischen oder beim Stör ganz anders verhält, weil diese nicht zu den echten Knochenfischen zählen.

Historische Artikel über das Lymphsystem

Sat, 25 Jan 2014 00:00:00 +0000

Selbstarchivierung

Wed, 22 Jan 2014 00:00:00 +0000

Der Fürsprache von Jörg Wilting bei der Deutschen Gesellschaft für Lymphologie ist zu verdanken, daß wir endlich die zwei Übersichtsartikel, die wir im letzten Jahr für die Zeitschrift Lymphologie in Forschung ind Praxis geschrieben haben, für Interessierte zum Download anbieten können (sogenanntes “self archiving”). Das ist sehr wichtig, weil ansonsten die Einflußsphäre dieser Artikel sehr klein geblieben wäre. Der erste Teil diskutiert die beiden wichtigsten lymphangiogenen Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D und ihre Rolle in der Embryonalentwicklung, während der zweite Teil die Rolle von VEGF-C und VEGF-D bei Krankheiten des Lymphgefäßsystems bespricht.

Der Chef sein

Fri, 01 Nov 2013 00:00:00 +0000

Fast zufällig wurde ich befördert. Ich bin jetzt Projektleiter oder Gruppenleiter. Ich hatte noch nie besonders großes Interesse daran, der Chef zu sein. Es gibt genug bequeme und mittelmäßige Projektleiter auf dieser Welt, und mein (mittlerweile ehemaliger) Chef Kari Alitalo mit seinem Maß an Engagement und Exzellenz wirft einen Schatten, aus dem man wohl kaum heraustreten kann.Dennoch beschloss ich 2011, es zu versuchen, bevor ich zu alt war, um mich bei der Finnischen Akademie um eine Stelle als Gruppenleiter zu bewerben. Ich hätte es vielleicht bereut, wenn ich es gar nicht erst versucht hätte. Der erste Versuch schlug fehl. Ein Jahr später war meine Promotion bereits über neun Jahre alt, und ich musste besondere Gründe anführen, um mich erneut bewerben zu können (ich hatte für unsere beiden Kinder lange Erziehungszeiten in Anspruch genommen). Obwohl ich im Grunde dieselbe Bewerbung einreichte, hatte ich dieses Mal Glück bei dem, was jemand einmal als „Akademie-Lotterie“ bezeichnet hat. Und meine schlimmsten Befürchtungen wurden wahr: Anstatt zu forschen, verwandelte ich mich in eine Geldbeschaffungsmaschine. Das liegt zum Teil daran, dass die Akademie deutlich weniger Fördermittel bewilligte, als ich beantragt hatte. Jedes Jahr stehen der Akademie immer weniger Mittel zur Verfügung, und sie steht vor der schwierigen Entscheidung, entweder weniger Forscher zu fördern oder zwar die gleiche Anzahl an Forschern zu fördern, jedem aber weniger zu geben … Ich hatte einmal einen E-Mail-Austausch mit Alexander Stubb (als er für normale Leute wie mich noch ansprechbar war) über die sinkenden Forschungsmittel, aber zumindest scheint die derzeitige finnische Regierung die langfristigen Auswirkungen der sich kontinuierlich verschlechternden finanziellen Lage der akademischen Forschung in Finnland zu unterschätzen. Die Lage ist so schlimm, dass die meisten talentierten Menschen dieses Land bei der ersten Gelegenheit verlassen.Aufgrund des Vollkostenmodells bin ich praktisch gezwungen, mich bei den Personalkosten strikt an das Budget zu halten. Und deshalb bleibt kein Geld mehr übrig, um die laufenden Ausgaben wie Chemikalien und Reagenzien zu bezahlen. Bis einer meiner Förderanträge bewilligt wird, müssen wir mit einem sehr knappen Budget forschen … Übrigens: Die neuen Webseiten meines Labors, die auf den Servern der Universität gehostet werden, sind immer noch nicht online. Da sie aber fertig sind, habe ich sie auf meinem eigenen Server veröffentlicht.

Entlacken

Fri, 01 Nov 2013 00:00:00 +0000

Das erneute Blotten von Membranen mit einem anderen Antikörper ist im Labor eine sehr häufige Aufgabe. Es gibt verschiedene Protokolle zum Strippen von Membranen, wobei die klassische Methode die Verwendung von SDS, β-Mercaptoethanol und Erhitzen vorsieht. Früher habe ich es auch so gemacht, aber das ist eine übelriechende Angelegenheit, da β-Mercaptoethanol nach faulen Eiern riecht. Dann fingen plötzlich alle im Labor an, die Re-Blot Plus von Millipore zu verwenden – und ich auch. Bis ich beim Durchlesen des Sicherheitsdatenblatts feststellte, dass sie billige Chemikalien zu einem überhöhten Preis verkaufen. Jetzt stelle ich den Stripping-Puffer selbst her. Meine 10-fache Lösung hat folgende Zusammensetzung:

Ein Nobelpreis für die Forschung zur Angiogenese?

Sun, 27 Oct 2013 00:00:00 +0000

Im Jahr 2008, während eines Abendessens in Stockholm (als ich an der 8. Jahreskonferenz der Novo Nordisk Foundation zur vaskulären Biologie bei Diabeteskomplikationen teilnahm) schlug ich Christer Betsholtz vor, den Nobelpreis an die weltweite Gemeinschaft der Postdocs zu vergeben, die die stillen Helden der heutigen Forschung sind. Die Satzung der Nobelstiftung verbietet es jedoch, den Preis an mehr als drei Personen zu vergeben. Satzungen können jedoch geändert werden, und genau das hat die Nobelstiftung vor 40 Jahren getan, als sie aufhörte, den Preis an Verstorbene zu vergeben. Und in dieser sich wandelnden Welt werden immer weniger Entdeckungen und Erfindungen von Einzelpersonen gemacht. Doch hier ist mein neuester Vorschlag, der sich an die Regel von maximal drei Personen hält: Kari Alitalo ist wahrscheinlich der einzige Nobelpreis-würdige Forscher in dem Land, in dem ich arbeite (Finnland). Im Ernst: Nachdem Judah Folkman verstorben ist, gibt es nicht mehr viele Möglichkeiten, den Preis an jemanden aus dem Bereich der Angiogenese zu vergeben. Judah Folkman war der Begründer der Hypothese, dass alle Tumore durch Anti-Angiogenese behandelbar sein sollten ( Folkman J. Tumor Angiogenesis: Therapeutic Implications. New England Journal of Medicine. 1971;285(21):1182–6 ). Das Nobelpreiskomitee hat diese Chance verpasst. Und da dieses Forschungsgebiet bereits einen bedeutenden Beitrag zur Krebsbehandlung geleistet hat (und wohl auch noch viel dazu beitragen wird), ist die Vorstellung eines gemeinsamen Preises für die Entdecker der VEGFs gar nicht so abwegig. VEGF wurde vor etwa 25 Jahren mehr oder weniger unabhängig voneinander von mehreren Forschungsgruppen entdeckt, darunter die von Napoleone Ferrara und Harold Dvorak . Vor allem die Gruppe um Ferrara bei Genentech setzte die Forschung bis heute äußerst erfolgreich fort, was 2004 zur Entwicklung des ersten antiangiogenen Krebsmedikaments führte. Während die Entdeckung von VEGF und die daraus resultierende Angiogenese-Forschung nicht von einem einzigen Labor abhängig waren, wurde das Gebiet der Lymphangiogenese im Wesentlichen im Alleingang neu erfunden und von Kari Alitalo in den Jahren nach 1995 – nachdem es seit den 1960er Jahren in Vergessenheit geraten war und ohne nennenswerte Fortschritte vor sich hin dümpelte. Ein gemeinsamer Preis für Ferrara, Dvorak und Alitalo? Es gibt bereits ein Anti-VEGF-A-Krebsmedikament auf dem Markt, und das Einzige, was noch fehlt, ist ein erfolgreiches Anti- oder Pro-VEGF-C-Medikament. Beide befinden sich zum Zeitpunkt der Abfassung dieses Artikels in klinischen Studien ( Anti-VEGF-C , Pro-VEGF-C ).

Selbstarchivierung und Open Access

Sun, 07 Jul 2013 00:00:00 +0000

Vor kurzem habe ich einen Übersichtsartikel für die Zeitschrift Lymphologie in Forschung ind Praxis geschrieben mit dem Titel “Die lymphangiogenen Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D”. Es war der erste wissenschaftlicher Artikel, den ich in meiner Muttersprache Deutsch geschrieben habe. Im internationalen Ranking ist diese Zeitschrift eher unterbewertet, was für Zeitschriften üblich ist, die Artikel in nicht-englischer Sprache publizieren. Nun gibt es in den grossen europäischen Ländern wie Deutschland, Frankreich oder Italien viele Ärzte, die nicht so gut mit der englischen Sprache zurechtkommen. Denen den Zugang zum Status Quo in der Lymphangiogenese-Grundlagenforschung zu ermöglichen war einer der Gründe, diesen Artikel zu schreiben. Die Zugänglichkeit zur Wissenschaft verbesseren kann nur gut sein, dachte ich. Mein Chef meinte, auf Deutsch zu schreiben wäre Zeitverschwendung. Ich hoffe, das ich ihn Lügen strafen kann (aber dafür brauche ich die Unterstützung der DLG !). Ich habe meinen Arbeitseinsatz für diesen Artikel erheblich reduzieren können, indem ich den anderen deutschen Lymphangiogenese-Forscher an der Universität Helsinki als Mitverfasser gewinnen konnte. Ich hatte sogar einen Rohentwurf für einen deutschen Artikel über Lymphangiogenese in der Schublade, den ich vor ungefähr zwei Jahren auf meiner Internetseite veröffentlichen wollte, der es aber nie über das Entwurfsstadium hinaus geschafft hatte. Als der Artikel dann veröffentlicht wurde, erhielt ich zwei Exemplare der Zeitschrift. Als ich online versuchte, einen Link von meiner Homepage zu dem Artikel zu setzen, musste ich feststellen, dass der Artikel nicht frei zugänglich ist . Weil mich die Universität Helsinki als Arbeitgeber zur Selbstarchivierung seit 2010 verpflichtet und heutzutage die meisten Verlage Selbstarchivierung unterstüzen, habe ich beim Verlag nach deren Richtlinien bezüglich Selbstarchivierung nachgefragt. Die Antwort war, dass sie im Prinzip nichts dagegen hätten, wenn sie denn die Erlaubnis des Vorstands der DLG hätten. Ich hoffe sehr, dass ich diese Erlaubnis bekomme, weil das die einzige Möglichkeit für mich als Autor ist, Nachfragen von Interessierten nachzukommen. Früher verschickte man Nachdrucke per Post, was ich mit Kopien des Artikels immer noch machen könnte, aber wir leben im 21. Jahrhundert oder etwa nicht? Wenn ich die Erlaubnis nicht bekommen sollte, bleibt mir immer noch als legale Möglichkeit, die nicht-editierte Version meines Manuskripts online als download anzubieten. Weil nämlich sich das Urheberrecht auf die editierte Druckversion des Artikels beschränkt . Diese Möglichkeit haben schon einige Forscher erfolgreich ausprobiert; einige stellen zusätzlich eine Datei bereit, in denen die Abweichungen von der veröffentlichten Version des Verlags aufgelistet sind. Das wäre natürlich keine optimal Lösung, würde aber Zugänglichkeit und Reichweite des Artikels um ein erhebliches vervielfachen. Ausschliesslich in Open Access Zeitschriften zu publizieren ist verpflichtend an der Universität Helsinki. Allerdings werden Ausnahmen von dieser Regel mehr oder weniger regelmässig gemacht. Trotzdem werden die Ausnahmen mit der Zeit immer schwieriger zu rechtfertigen sein, weil auch die Europäische Union ihre Forschungsgelder immer mehr mit der Auflage verbindet, die Forschungsergebnisse frei zugänglich zu machen . Der EU-Interpretation zufolge reicht es, das eine Zeitschrift Selbstarchivierung des publizierten Artikels erlaubt, um ihr Open Access Status zuzusprechen, weil Selbstarchivierung als alternativer Weg zu Open Access verstanden wird. Die Finnische Akademie der Wissenschaften (mein grösster Geldgeber) argumentiert ähnlich: “Wir empfehlen weiterhin, dass Forscher, die mit Akademiegeldern finanziert werden, ihre Ergebnisse in Open Access Zeitschriften publizieren, wenn es Online-Zeitschriften der entsprechenden Fachrichtung mit mindestens gleich hoher Qualität gibt wie traditionelle, kostenpflichtige Zeitschriften. Alternativ können die Artikel auch über elektronische Archive frei zugänglich gemacht werden.” Selbstarchivierung ist für Forscher der Universität Helsinki seit 2010 verpflichtend .Es macht natürlich Sinn, dass wer meine Arbeit bezahlt (also der Steuerzahler), sich auch deren Ergebnisse anschauen dürfen sollte. Ich habe für diesen Artikel keine Minute meiner Arbeitszeit abgezweigt, trotzdem habe ich ihn auf einem Computer geschrieben, der mit Steuergeldern finanziert worden ist… Also wenn jemand den Artikel haben möchte, bevor die DLG entscheidet, bitte bei mir melden!

Akademisches Portfolio 2013

Mon, 27 May 2013 00:00:00 +0000

Nachstehend finden Sie mein aktualisiertes akademisches Portfolio im PDF-Format. Da es öffentlich zugänglich ist, musste ich vertrauliche Informationen zu laufenden vertraulichen Kooperationsprojekten und meinen Forschungsplänen schwärzen.

Meine Podcast-Favoriten

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Meine Podcast-Favoriten. Fast jede Episode ist fantastisch:

ComputerNachrichten und Informationen über Computer-Sicherheit und wie das Internet und Computer funktionieren: Security Now!
Alles über Linux: The Linux Action Show!
Jede Woche wird in FLOSS Weekly ein neues Open Source Projekt vorgestellt.

Wissenschaft und Skeptizismus

Rekombinante Proteine

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Früher war hier eine dynamisch verlinkte Liste meiner Proteine. Leider musste ich die direkte Verlinkung zu unserem Labor-Datenbank-Server aus Sicherheitsgründen aufgeben. Irgendwann finde ich vielleicht die Zeit, mit einer sicheren Methode den Inhalt userer Labor-Gefrierschränke hier auf meiner Homepage zu publizieren. Bis dahin gibt es bloss eine Liste der Proteine, die ich produziert habe. Wer Fragen hat oder die Proteine für Forschungszwecke braucht, darf sich gerne an mich oder meinen Chef wenden:

Lymphangiogenese-Regulation durch Wachstumsfaktoren

Thu, 19 Jan 2012 00:00:00 +0000

Alle Zellen unseres Körpers benötigen Sauerstoff und sie werden über das Blut damit versorgt. Deshalb ist das Gefässsystem das erste funktionsfähige Organ im wachsenden Embryo. Bevor das Herz seine Pumpfunktion aufnimmt, deckt der Embryo seinen Sauerstoffbedarf einzig durch Diffusion. Dies ist ihm allerdings nur bis zu einer Grösse von einigen Millimetern möglich.Tumoren haben das gleiche Problem, wenn sie eine ähnliche Grösse erreichen. Beide - der wachsende Embryo und die Krebsgeschwulst - können ihr Wachstum nur fortsetzen, wenn es ihnen gelingt, ein Gefässsystem zu bilden, das ihnen den benötigten Sauerstoff und die Nährstoffe bereitstellt.Das Krebswachstum ist also abhängig vom Wachstum und von der Neubildung von Blutgefässen. Andererseits gibt es aber auch Krankheiten, die von unzureichendem Blutgefäss-Wachstum charakterisiert werden. Bei der koronaren Herzkrankheit z. B. können die Blutgefässe dem Herzmuskel nicht genügend Sauerstoff liefern.Neben dem Herz-Kreislaufsystem gibt es noch ein anderes Gefässsystem: das Lymphgefässsystem. Es leitet überschüssige Gewebsflüssigkeit zuruck ins Blut und spielt eine wichtige Rolle in der körpereigenen Abwehr gegen Bakterien und Viren. Ähnlich dem Blutgefässsystem spielt das Lymphsystem eine wichtige Rolle in vielen Krankheiten. Lymphödem-Patienten z. B. leiden unter Schwellungen der Gliedmassen, weil entweder nicht aysreichend Lymphgefässe vorhanden sind oder die vorhandenen in ihrer Funktion eingeschränkt sind. Auch die Verbreitung von Krebs (Metastasierung) hängt eng mit dem Lymphsystem zusammen, weil Krebszellen die Lymphgefässe als Transportwege innerhalb des Körpers benutzten.

Meine Lieblings-Podcasts

Thu, 05 Jan 2012 00:00:00 +0000

Meine Lieblings-Podcasts. Mir gefällt fast jede einzelne Folge:

Themen rund um Computer Sicherheitsnachrichten und Informationen zu Sicherheit sowie zur Funktionsweise von Computern und dem Internet: Security Now!
Alles rund um Linux: The Linux Action Show!
Jede Woche steht ein Open-Source-Projekt im Mittelpunkt: FLOSS Weekly

Wissenschaft und Skeptizismus

Privatdozent

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Seit dem 13 Dezember 2011 bin ich Privatdozent (auf Finnisch: dosentti ) an der Universität Helsinki. Privatdozent ist keine Stelle, sondern ein Titel, der ein gewisses Mindestmass an wissenschaftlichen Erfolgen nach Abschluss der Doktorarbeit und Lehrerfahrung vorausetzt ( mehr darüber in Finnisch ).

Wie man „Adjunct Professor“ („dosentti“) an der Universität Helsinki wird

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Im Vergleich zur Promotion war diese „Dosentti“-Sache ein Kinderspiel. Ich habe Anfang 2011 damit begonnen und den Titel noch im selben Jahr, im Dezember, erhalten. Ich weiß nicht, ob sich das Verfahren an verschiedenen finnischen Universitäten unterscheidet und ob einige der Formalitäten möglicherweise spezifisch für die Universität Helsinki sind, aber dennoch liste ich im Folgenden die Schritte auf, die ich unternommen habe, um den Titel zu erhalten. Anleitungen sind auch hier verfügbar.

Einführung in die Lymphforschung

Thu, 20 Oct 2011 00:00:00 +0000

Vorlesung 1: Das Herz-Kreislauf-System im Vergleich zum Lymphsystem: Anatomie und Physiologie
Vorlesung 2: Molekularer Aufbau des Lymphsystems
Vorlesung 3: Das Lymphsystem bei Erkrankungen
Vorlesung 4: Modellorganismen in der Lymphforschung , .tex file
Vorlesung 5: Grundlegende Techniken in der Lymphforschung
Vorlesung 6: Aktuelle Fragestellungen in der Lymphforschung

Struktur-Funktions-Beziehungen innerhalb der VEGF-/VEGF-Rezeptor-Familien

Wed, 03 Aug 2011 00:00:00 +0000

Das 8. Internationale Duodecim-Symposium zum Thema „Endotheliale Wachstumsfaktoren bei Krebs und Herz-Kreislauf-Erkrankungen“ fand vom 9. bis 11. Juni 2011 auf dem Hof Vanajanlinna statt. Es liegt etwas mehr als 100 km von Helsinki entfernt, und ich bin mit dem Fahrrad dorthin gefahren. Dies ist der Abstrakt des Posters, das ich für das Symposium gemacht habe:

Akademisches Portfolio 2011

Tue, 08 Mar 2011 00:00:00 +0000

Dies ist mein akademisches Portfolio im PDF-Format. Da es öffentlich zugänglich ist, musste ich vertrauliche Informationen schwärzen. z.B. solche zu laufenden Kooperationen, meinen Forschungsplänen und der Auftragsforschung, die ich für Vegenics Ltd./Circadian Technologies durchführe. Ich habe das Portfolio im Rahmen meiner Bewerbung für den Titel eines Adjunct Professors zusammengestellt.

Echte Explorer-FPLC-Zentraleinrichtung

Wed, 26 Jan 2011 00:00:00 +0000

Derzeit widme ich einen Großteil meiner Arbeitszeit der Aufreinigung von Proteinen, die die Angiogenese und Lymphangiogenese regulieren. Daher kümmere ich mich um die dafür erforderliche Ausrüstung, die dem Forschungsprogramm für Molekulare Krebsbiologie zur Verfügung steht: das Gerät zur schnellen Protein-Flüssigkeitschromatographie (FPLC). Prof. Jorma Keski-Oja erwarb vor etwa 15 Jahren eines der ersten (und 2010 aus dem Programm genommenen) Äkta Explorer-Geräte des schwedischen Herstellers Pharmacia (der 1997 mit Amersham zu Amersham Pharmacia Biotech fusionierte, das wiederum 2004 von GE Healthcare übernommen wurde). Im Jahr 2000 wurden die Geräte vom Haartman-Institut ins Biomedicum Helsinki verlegt. Zwar habe ich in den letzten fünf Jahren die Webseiten für diese Forschungsinfrastruktur gepflegt (einschließlich Online-Reservierung und Datensicherung), doch waren diese nur innerhalb des Netzwerks der Universität Helsinki zugänglich.Nun ist es mir gelungen, Webseiten über die Äkta Explorer FPLC-Kernanlage in die Website der Medizinischen Fakultät . Derzeit erweitern wir unsere Einrichtung um das WAVE-Zellkultursystem in unsere Einrichtung, um große Mengen an Zellen bzw. Zellkulturüberständen (bis zu 25 Liter Bakterien-, Insekten- oder Säugetierzellkulturen) für die Proteinproduktion herstellen zu können.

HBGS-Kurs

Mon, 10 May 2010 00:00:00 +0000

Alle Dokumente zum HBGS -Kurs Tags bei der Proteinexpression, -nachweis und -aufreinigung. Die meisten Dokumente sind sowohl im PDF- als auch im OpenOffice-Format verfügbar. Sie können die Dokumente gerne weiterverwenden. Sie stehen unter der Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 1.0-Lizenz .

Entschlüsseln der Struktur des VEGF-C/VEGFR-2-Komplexes hat 13 Jahre gedauert

Wed, 03 Feb 2010 00:00:00 +0000

Endlich wurde unser Artikel zur Veröffentlichung in PNAS angenommen (auch hier . zum Herunterladen verfügbar). Ich begann das Projekt vor 13 Jahren mit der Herstellung des ersten Konstrukts, doch in den ersten 9 Jahren kam es nicht voran, da ich mich nicht ausreichend darauf konzentrierte und einige unglückliche Entscheidungen bei der Versuchsplanung traf. Ich entschied mich zunächst für bakterielles Protein, doch obwohl die Refoldung funktionierte, war sie sehr ineffizient (Ala-Mutation und ein geschicktes Trimmen des N- und C-Terminus). Mehr…

Rekombinante Proteine

Fri, 25 Sep 2009 00:00:00 +0000

Eine dynamisch aktualisierte Liste der verfügbaren Proteine befand sich früher an dieser Stelle. Aus Sicherheitsgründen habe ich jedoch die Anbindung an den Datenbankserver unseres Labors deaktiviert.

Hühnerembryo

Tue, 18 Aug 2009 00:00:00 +0000

Durch ein Loch in der Eierschale kannst du die gesamte Entwicklung des Kükens mitverfolgen. Klicke auf den Videolink unten, um den Herzschlag zu sehen!

Das Labor für Molekular- und Krebsbiologie 2008

Sat, 11 Jul 2009 00:00:00 +0000

Riesenseifenblasen

Thu, 11 Jun 2009 00:00:00 +0000

Es gibt Hunderte von Webseiten, auf denen Rezepte für riesige Seifenblasen beschrieben werden. Zu den interessanteren gehören The Bubblesphere , Bubble Town , Soap Bubbler , Riesenseifenblasen durch polymere Additive (auf Deutsch) , Nanotech Kids . Warum noch ein Webbeitrag über Seifenblasen? Weil fast alle davon Zutaten verwenden, die dort, wo ich wohne (nämlich in Finnland), nicht erhältlich sind. Ich habe ein Rezept von einem Seifenblasenkünstler bekommen, der bei einer Kindergartenveranstaltung in meiner Nachbarschaft aufgetreten ist, und hier ist meine abgewandelte Version (einschließlich Markennamen, die im Originalrezept fehlten):

Das Labor für Molekular- und Krebsbiologie 2008

Mon, 11 May 2009 00:00:00 +0000

Das Labor für Molekular- und Krebsbiologie vor 10 Jahren

Tue, 05 May 2009 00:00:00 +0000

Ich habe meine Computerdateien aufgeräumt und dabei diese historische Fotocollage gefunden…

Und hier ist ein weiteres historisches Dokument. Es handelt sich um einen Artikel über das Alitalo-Labor in der Zeitschrift „Yliopisto“ vom September 2002:

Lagerung und Handhabung von Proteinen

Wed, 22 Oct 2008 00:00:00 +0000

Judah Folkman stirbt im Alter von 74 Jahren

Fri, 15 Feb 2008 00:00:00 +0000

Judah Folkman starb am 14. Januar am Flughafen von Denver an einem Herzinfarkt. Er befand sich auf der Durchreise zu einer Konferenz in Vancouver. Seine Bedeutung für das Gebiet der Gefäßbiologie kann gar nicht hoch genug eingeschätzt werden; im Internet finden sich zahlreiche Nachrufe auf ihn ( The Lancet , Nature , Cell , um nur einige zu nennen). Ich habe ihn persönlich zum ersten Mal getroffen, als er im Frühjahr 1997 als Opponent bei der Verteidigung der Doktorarbeit von Arja Kaipainen fungierte. Sehr geehrtes Nobelpreiskomitee: Sie haben wieder einmal zu lange gewartet.

Installation von Staden 2003b unter Suse 9

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Lade die Quelldateien herunter.
Wechsel in das Verzeichnis /usr/local und wechseln Sie zu su.

EMBOSS und GCK für die Assemblierung und Dokumentation von Konstruktsequenzen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ich versuche, EMBOSS für die Assemblierung von Vektorsequenzen zu verwenden. Vor langer Zeit habe ich zu diesem Zweck das Programm „seqed“ von CGC verwendet, und derzeit nutze ich das Gene Construction Kit . EMBOSS verfügt über kein direktes Äquivalent zu „seqed“, sodass man eine Reihe anderer Tools verwenden muss, um dessen Funktionalität zu ersetzen. Sehen Sie sich diesen Vergleich zwischen CGC und EMBOSS an.

Softwareentwicklungsprojekte für die Molekularbiologie

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5-bezogen

GCK2.5-Fehlerbehebung unter Wine** Es gibt immer noch einige Fehler, die die Nutzung von GCK2.5 unter Wine manchmal erschweren. Insbesondere die Unmöglichkeit, Regionen zu annotieren, nach einer Sequenz zu suchen und eine neue Datei zu öffnen.
GCK2.5-Export** GCK2.5 kann keine Dateien im EMBL-Format exportieren, bei denen die Regionen in Features umgewandelt wurden. Es kann jedoch Kommentare in eine Textdatei und reine Sequenzen in eine Textdatei exportieren. Es sollte ein Leichtes sein, ein Perl-Skript zu schreiben, das diese beiden Dateien übernimmt und sie in eine EMBL-Datei, eine EMBOSS-CIRDNA-/LINDNA-Datei oder eine pDRAW32-Datei konvertiert.
GCK2.5/Wine-Desktop-Integration** Beim Klicken auf Dateien, die mit Windows-Programmen (unter Verwendung von Wine) verknüpft sind, übergibt der Linux-Dateimanager (z. B. Konqueror) die Datei als Argument an die zugehörige Windows-Anwendung, und die Datei wird unter Wine geöffnet. GCK2.5 weigert sich jedoch, die Datei als Argument anzunehmen. Wenn ich auf eine .gcc-Datei klicke, startet GCK2.5 zwar, öffnet aber ein leeres Fenster, und ich muss die .gcc-Datei erst innerhalb von GCK2.5 öffnen. Das ist unnötiges Klicken, insbesondere wenn ich mehrere Ordnerhierarchien durchlaufen muss. Wenn GCK2.5 nativ unter Windows läuft, ist es dann möglich, GCK2.5 mit einer Konstruktionsdatei als Befehlszeilenargument zu starten? Das sollte ich mal prüfen.

pDRAW32-bezogen

Welche NFS- und SMB-Freigaben sind auf einem Server verfügbar (showmount, smbclient)?

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Der Befehl, um herauszufinden, welche Freigaben beispielsweise auf dem Computer 192.168.0.2 verfügbar sind, lautet: Für NFS: /usr/sbin/showmount -e 192.168.0.2 Für Samba: smbclient -L 192.168.0.2

Codes für DNA-Basen-Mehrdeutigkeiten

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Code	Bedeutung	Basen
A	Adenine	A
C	Cytosine	C
G	Guanine	G
T	Thymine	T
R	puRine	A, G
Y	pYrimidine	C, T
S	Strong (3 H-bonds)	G, C
W	Weak (2 H-bonds)	A, T
K	Keto	G, T
M	aMino	A, C
B	not A	C, G, T
D	not C	A, G, T
H	not G	A, C, T
V	not T	A, C, G
N	Any base	A, C, G, T

Der genetische Code

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Second position of codon

First
position
of
codon

ttt	Phe	F
ttc	Phe	F
tta	Leu	L
ttg	Leu	L

tct	Ser	S
tcc	Ser	S
tca	Ser	S
tcg	Ser	S

tat	Tyr	Y
tac	Tyr	Y
taa	Ochre	Stop
tag	Amber	Stop

tgt	Cys	C
tgc	Cys	C
tga	Opal	Stop
tgg	Trp	W

Third
position
of
codon

ctt	Leu	L
ctc	Leu	L
cta	Leu	L
ctg	Leu	L

cct	Pro	P
ccc	Pro	P
cca	Pro	P
ccg	Pro	P

cat	His	H
cac	His	H
caa	Gln	Q
cag	Gln	Q

cgt	Arg	R
cgc	Arg	R
cga	Arg	R
cgg	Arg	R

att	Ile	I
atc	Ile	I
ata	Ile	I
atg	Met	M

act	Thr	T
acc	Thr	T
aca	Thr	T
acg	Thr	T

aat	Asn	N
aac	Asn	N
aaa	Lys	K
aag	Lys	K

agt	Ser	S
agc	Ser	S
aga	Arg	R
agg	Arg	R

gtt	Val	V
gtc	Val	V
gta	Val	V
gtg	Val	V

gct	Ala	A
gcc	Ala	A
gca	Ala	A
gcg	Ala	A

gat	Asp	D
gac	Asp	D
gaa	Glu	E
gag	Glu	E

ggt	Gly	G
ggc	Gly	G
gga	Gly	G
ggg	Gly	G

Entwicklung – Vergleich der Carnegie-Stufen

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Diese Seite wurde von UNSW Embryology Carnegie Stages erstellt, insbesondere von Dr. M. Hill. Leider war die oben genannte Website in letzter Zeit mehrfach nicht erreichbar, und aufgrund ihrer Nützlichkeit habe ich diesen Mirror eingerichtet.

Formel zur Berechnung der Annealing-Temperatur von Oligonukleotiden für die PCR

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Die Faustregel zur Berechnung der Annealing-Temperatur für einen PCR-Primer lautet: Tm (°C) = 81,5 + 0,41(%GC) – (675/N), wobei %GC der prozentuale Anteil an G- und C-Nukleotiden im Oligo ist und N die Länge des Oligos in Nukleotiden angibt.

Molekulargewicht und Extinktionskoeffizient von Oligonukleotiden

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Die Formel zur Berechnung des Molekulargewichts von DNA-Oligonukleotiden lautet:

MW (g/mol) = (nA × 249,08619) + (nG × 265,0811) + (nC × 225,07496) + (nT × 240,07462)

Die Formel zur Berechnung von ε (Epsilon, dem Extinktionskoeffizienten) eines Oligos lautet:

Kurzreferenzen

Sun, 06 Aug 2006 00:00:00 +0000

Kurzübersicht

Sun, 06 Aug 2006 00:00:00 +0000

Regulierung der Lymphangiogenese durch Wachstumsfaktoren

Sun, 06 Aug 2006 00:00:00 +0000

Alle Zellen unseres Körpers benötigen Sauerstoff, den sie über das zirkulierende Blut erhalten. Deshalb ist das Gefäßsystem das erste Organsystem, das bei einem sich entwickelnden Embryo seine Funktion aufnimmt. Bevor das Herz zu schlagen beginnt, muss der Sauerstoffbedarf des Embryos allein durch Diffusion gedeckt werden. Diffusion reicht jedoch nur so lange aus, bis der Embryo eine Größe von mehreren Millimetern erreicht hat. Tumore stehen vor dem gleichen Problem, wenn sie eine ähnliche Größe erreichen. Sowohl der sich entwickelnde Embryo als auch der solide Tumor können nur weiterwachsen, wenn es ihnen gelingt, ein Kreislaufsystem aufzubauen, das sie mit Sauerstoff und Nährstoffen versorgt. Während Krebs vom pathologischen Wachstum von Blutgefäßen abhängt, werden andere Erkrankungen durch eine unzureichende Gefäßfunktion verursacht. Beispielsweise können bei Herz-Kreislauf-Erkrankungen die Blutgefäße dem Herzmuskel nicht genügend Sauerstoff zuführen. Neben dem Herz-Kreislauf-System gibt es noch ein weiteres Gefäßsystem: das Lymphsystem. Es dient hauptsächlich der Gewebedrainage und der Immunabwehr gegen Krankheitserreger. Ähnlich wie das Herz-Kreislauf-System spielt auch das Lymphsystem bei verschiedenen Erkrankungen eine wichtige Rolle. Beispielsweise leiden Patienten mit Lymphödemen unter geschwollenen Gliedmaßen, weil Lymphgefäße fehlen oder nicht richtig funktionieren. Und die Ausbreitung von Krebs („Metastasierung“) scheint eng mit dem Lymphsystem verbunden zu sein, da die Krebszellen die Lymphgefäße als Wege nutzen, um sich im Körper auszubreiten.

Die Abflüsse freimachen

Mon, 01 Aug 2005 00:00:00 +0000

Ein interessanter Artikel von Phyllida Brown in „Nature“, in dem die Entdeckung der VEGF-C/VEGFR-3-Signalachse beschrieben wird und erläutert wird, wie die Forschung zum Lymphsystem zu einem aktuellen Thema wurde: https://www.nature.com/articles/436456a .

Mein erster Auftritt im finnischen Fernsehen (YLE1)

Thu, 03 Mar 2005 00:00:00 +0000

Der Dokumentarfilm Syövän nälkäkuolema (Krebs verhungern lassen) wurde vom finnischen Rundfunkunternehmen YLE im Rahmen der Reihe Tutkittu Juttu produziert. Er befasst sich mit Krebs, Krebsforschung und neuen Krebstherapien wie der antiangiogenen Therapie und wurde am 1. März 2005 ausgestrahlt. Das Video können Sie hier ansehen.

FEBS 2004

Fri, 10 Sep 2004 00:00:00 +0000

Mein Poster für die FEBS-Konferenz 2004 in Warschau.

Glas oder Kunststoff

Sun, 23 May 2004 00:00:00 +0000

So gut wie alle Labore im Bereich der Biowissenschaften sind bereits von Glaspipetten auf Kunststoffpipetten umgestiegen oder sind gerade dabei, dies zu tun. Ich spreche hier nicht von den Pipettenspitzen für kleine Volumina (10–1000 µl), die schon immer aus Polypropylen hergestellt wurden, sondern von den sogenannten serologischen Pipetten. Traditionell wurden Glaspipetten verwendet, doch die meisten Labore sind mittlerweile auf Einwegpipetten umgestiegen. Unser Labor verwendet für die Zellkultur Einwegpipetten mit Volumina von meist 5, 10 und 25 ml (und gelegentlich 2 und 50 ml). Diese bestehen aus Polystyrol, und ich habe gesehen, wie die alten Glaspipetten weggeworfen wurden. Ich habe eine große Menge solcher voll funktionsfähiger Glaspipetten aus dem Abfall gerettet, in der Annahme, dass wir uns früher oder später aus Umweltgründen vielleicht doch wieder für Glaspipetten entscheiden könnten. Aber Glaspipetten müssen gewaschen und sterilisiert werden, wofür ebenfalls Chemikalien, Wasser und Energie benötigt werden. Vielleicht ist Kunststoff aus ökologischer Sicht die bessere Wahl? Ich schätze, das weiß niemand so genau…

Tools zur synonymen Mutagenese (EMBOSS, GCK): WatCut als Lösung

Sun, 22 Feb 2004 00:00:00 +0000

UPDATE: Im Mai 2026 wurde die letzte funktionierende Instanz des WatCut-Webdienstes (der Universität Pittsburgh) eingestellt. Tools wie Snapgene ( https://snapgene.com ) bieten jedoch dieselbe Funktionalität (d. h., sie können potentielle neue Restriktions-Schnittstellen erkennen, die durch synonyme Mutagenese von zwei Nukleotiden zustande kommen).

Was man über VEGF-C wissen sollte

Wed, 03 Sep 2003 00:00:00 +0000

Doktorverteidigung (29. November 2002): Lectio praecursoria

Mon, 07 Apr 2003 00:00:00 +0000

Wissen schafft Klarheit

Tue, 31 Dec 2002 00:00:00 +0000

Willkommen in meiner Domäne. Ich bin Michael Jeltsch und arbeite als Forscher und Lehrer in der biomedizinischen Wissenschaft. Dieser Blog dient als Sammelstelle für meine Gedanken, Rants und mein Bekenntnis zur wissenschaftlichen Methode. Ich vertrete die altmodische Ansicht, dass die Welt in Prinzip verstehen lernen können. Die Welt um uns herum folgt den Naturgesetzen, und deshalb git es keinen Platz für Magie oder das Übernatürliche. Wissenschaft ist – mit großem Abstand – das beste System, um die natürliche Welt zu untersuchen und zu verstehen.

Das Beste vom Jahr 2002

Fri, 20 Dec 2002 00:00:00 +0000

Michael Jeltschs Dissertation

Mon, 25 Nov 2002 00:00:00 +0000

Meine Dissertation wurde publiziert: Michael Jeltsch: VEGFR-3 Liganden und Lymphangiogenese, Helsinki 2002. Die öffentliche Verteidigung findet am 29. November 2002 im Biomedicum Helsinki statt.

Laborseminar: Cystin-Knoten-Proteine

Thu, 22 Aug 2002 00:00:00 +0000

Tyrosinkinase-Rezeptoren

Sun, 07 Apr 2002 00:00:00 +0000

Das Lymphsystem in den verschiedenen Klassen der Wirbeltiere

Fri, 25 Jan 2002 00:00:00 +0000

Unterschiede zwischen Lymphangiogenese und Angiogenese auf moleḱularer Ebene

Fri, 07 Sep 2001 00:00:00 +0000

Die folgenden Präsentationsfolien werden aus irgendeinem Grund extrem langsam geladen (etwa 2 Minuten). Du musst also viel Geduld mitbringen! Da alle aktuellen Browser Flash nicht mehr unterstützen, benutzt diese Seite Ruffle , einen in Rust geschriebenen Flash-Player-Emulator, um diese nicht mehr funktionierenden Dateien wieder zum Leben zu erwecken.

Laborseminar: Chicken kick ass

Wed, 13 Jun 2001 00:00:00 +0000

Eine 10-minütige Präsentation meiner Projekte

Tue, 07 Nov 2000 00:00:00 +0000

Verfügbare Downloads

Hol dir die Präsentation im PDF-Format.

Download PDF

Kloster Seeon-Konferenz (1.–4. Oktober 2000): Eine Exploration des VEGF-Proteinraums

Wed, 01 Nov 2000 00:00:00 +0000

Ich habe am ersten internationalen „Angiogenesis“-Treffen im Kloster Seeon https://www.vwfb.de/seeon-meetings mit einem Poster über VEGF-Wachstumsfaktoren teilgenommen. Der Veranstaltungsort war emerkenswert: ein ehemaliges Benediktinerkloster in Oberbayern in Bayern.

Abschlußzeugnisse

Sat, 01 Jan 2000 00:00:00 +0000

Projekte im Labor für Molekular- und Krebsbiologie

Fri, 31 Dec 1999 00:00:00 +0000

Verfügbare Downloads

Hol dir das Poster im PDF-Format.

PDF herunterladen

Das Alphabet der Angiogenese

Tue, 01 Jun 1999 00:00:00 +0000

Verfügbare Downloads

Hol dir das Poster im PDF-Format.

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Das Alphabet der Angiogenese

Thu, 31 Dec 1998 00:00:00 +0000

Verfügbare Downloads

Hol dir das Poster im PDF-Format.

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Herstellung rekombinanter Proteine, CAM-Assays, VEGF-D, transgene Mäuse

Sat, 01 Nov 1997 00:00:00 +0000