Sähköisen laboratoriopäiväkirjan käyttöönoton esteet

Last modified on 24. heinäkuuta 2026 • 3 min read • 602 words

Laboratoriossamme on jo jonkin aikaa kiinnostuttu sähköisistä laboratoriomuistikirjoista (ELN). Äskettäin julkaistu artikkeli  [Journal of Cheminformatics] -lehdessä ( https://jcheminf.springeropen.com  ) on keskittynyt ELN:ien käyttöönoton esteisiin. Erityisesti akateemisessa maailmassa yli 90 % tutkijoista käyttää edelleen perinteistä paperista laboratoriomuistikirjaa. Suurin käyttöönoton este oli kustannukset sekä rahallisesti että uusien tottumusten oppimisen kannalta. Tiiviisti perässä sijoilla 3 ja 4 olivat käyttöönoton vaivalloisuus ja tietoturvaan liittyvät huolenaiheet. Vaikka kirjoittajat ovat selvästi puolueellisia (he kehittävät avoimen lähdekoodin ELN-järjestelmää ELN SciNote  ), käyttöönoton esteet ovat samat kuin ne, joita koen omassa laboratoriossani ja Helsingin yliopistossa.Olin ällistynyt, kun noin kaksi kuukautta sitten sain sähköpostiviestin, jossa kerrottiin, että Helsingin yliopisto oli neuvotellut puitesopimuksen LabVantage  -LIMS/ELN-toimittajan Software Pointin kanssa. Vaikka pidän yliopistokohtaista ELN-ratkaisua tarpeellisena, tämä sopimus vaikuttaa kaikkea muuta kuin optimaaliselta useimmille Helsingin yliopiston tutkimuslähtöisille laboratorioille. Useat yliopiston laboratoriot ovat käyttäneet ELN-järjestelmiä jo jonkin aikaa, eikä yksikään niistä ole ollut tietoinen pyrkimyksistä solmia yliopistokohtainen sopimus LIMS/ELN-ratkaisusta. Eikä yksikään niistä, jotka jo käyttävät LIMS/ELN-järjestelmää, ole valinnut LabVantagea, vaan muita ratkaisuja ( Labguru  , SciNote  , eLabFTW  ). Olisi ollut hyödyllistä, jos arviointiryhmässä olisi ollut joku, jolla on todellista kokemusta LIMS/ELN-järjestelmien käytöstä (tai joku, joka on osallistunut LIMS/ELN-kehitykseen), varsinkin kun tällaista asiantuntemusta on saatavilla Helsingin yliopistossa.Neuvotteluihin on osallistunut vain muutama henkilö, kun taas suurimmalta osin sidosryhmiltä ei edes pyydetty mielipidettä. Kun kysyin nimenomaisesti tästä suljetusta toiminnasta, vastaus oli: Hankintaan oli tuolloin mukana hyvin harvoja yksiköitä (lähinnä kronologian yksikkö ja yksi henkilö kemian laitokselta), vaikka tieto oli levitetty ympäri yliopistoa ja kuka tahansa oli tervetullut osallistumaan ja esittämään tarpeitaan. Vaikka yritänkin seurata aktiivisesti IT-infrastruktuurin kehitystä, en nähnyt missään mitään ilmoituksia, enkä löytänyt jälkikäteen etsiessäni mitään, mikä olisi herättänyt huomioni ja antanut minulle mahdollisuuden osallistua. Helsingin yliopiston kansainväliseen menestykseen eniten vaikuttavat laboratoriot ovat tärkeimpiä sidosryhmiä, mutta ne jätettiin huomiotta. Ehkä hieman aktiivisempi sidosryhmien etsiminen olisi ollut paikallaan. LabVantagen kanssa neuvoteltu peruspaketti näyttää olevan suunnattu rutiini- ja kliiniseen laboratoriotyöhön, mutta ei innovatiiviseen tutkimukseen. Kaksi moduulia, jotka ovat elintieteiden tutkimustyössä kaikkein välttämättömimpiä, ovat ELN ja tallennustilan hallinta. Valitettavasti monet biotieteille ominaiset rutiinit (DNA- ja proteiinisekvenssien haku BLAST-tyyppisillä hakualgoritmeilla) puuttuvat tarjouksesta kokonaan, vaikka niitä tarvitaan biotieteissä kipeästi. Ilmaisen sovellusrajapinnan (API) puuttuminen (kuten eLAbFTW  -ominaisuudet tai SciNote  ) estää käyttäjiä integroimasta omaa olemassa olevaa koodiaan tai omia tietokantajärjestelmiään. Jokainen pieni muutos vaatisi LabVantage-kehittäjien osallistumista, ja se olisi erittäin hidas ja kallis prosessi. Käytännössä tämä tarkoittaa, että järjestelmän puutteita ei koskaan korjata. Peruspaketin voi ottaa käyttöön mikä tahansa yliopiston laboratorio maksamalla kertaluonteisen 200 euron maksun jokaisesta käyttäjästä (ei jaettavia lisenssejä, vain nimelliskäyttäjiä). Meidän laboratoriomme osalta summa olisi 2 000 €, mutta alhainen hinta ei sinänsä ole myyntivaltti. Puitesopimuksen puitteissa mikä tahansa laboratorio voi maksaa lisämoduulit itse, mutta 17 500 €:n korkea hinta tekee siitä epätodennäköistä, että kukaan niin tekisi. En halua ajaa yhteishankintaa, koska ei ole mitään keinoa tietää, sopisivatko nämä moduulit laboratoriotyön arkeen. Toisin kuin useimmat muut toimittajat, LabVantage ei tarjoa järjestelmän ilmaista kokeiluversiota. Minusta on epäilyttävää, jos toimittaja ei tarjoa kokeiluversiota. Jos tuote on hyvä, kokeiluversio vakuuttaa potentiaaliset asiakkaat ostamaan sen. Jos tuote on hyvä, mitä haittaa kokeiluversiosta voisi olla toimittajalle? Olemme itse testanneet useita ELN-ratkaisuja kahden viime vuoden aikana, ja jotkut järjestelmät saivat erittäin huonoa palautetta niiltä, jotka käyttävät niitä päivittäin (esim. hankala tietojen tuonti, epäintuitiivinen käyttöliittymä, hidas palvelimen vasteaika). Itse asiassa oligonukleotidien hallintaan ja proteiinien/entsyymien varastointiin käytämme edelleen täysin vanhentunutta avoimen lähdekoodin LIMS-järjestelmää, jonka olin mukana kehittämässä noin 15 vuotta sitten tohtoriopiskelijana ( http://phplabdb.sourceforge.net  , nykyisin osoitteessa https://github.com/mbekaert/phplabdb)  . Laboratoriossani käytämme eLabFTW:tä  . Meillä on paikallinen asennus Helsingin yliopiston intranetissä (johon pääsee VPN:n kautta mistä tahansa), ja kuka tahansa Helsingin yliopiston jäsen voi saada sieltä käyttäjätunnuksen. Jos olet kiinnostunut kokeilemaan sitä, ota yhteyttä minuun! Keskeinen kysymys jää edelleen vaille vastausta: miksi suurinta osaa sidosryhmistä ei otettu mukaan päätöksentekoprosessiin?