Kuinka siirtää oligo-tietokanta MacVec Torista verkkopohjaiseen BLAST-tietokantaan

1. Tallenna kaikki sekvenssit yhtenä tekstitiedostona (EI MacVector-muodossa), esim. GenBank-muodossa. 2. Kopioi kaikki sekvenssit Linux-/UNIX-tietokoneelle ja muunna ne Mac-muodosta UNIX-muotoon: mac2unix *.gb 3. Kirjoita kaikki sekvenssitiedostojen nimet yhteen tiedostoon: ls *.gb > oligo.lst 4. Muunna kaikki sekvenssit yhdeksi tiedostoksi, joka sisältää peräkkäin liitettyjä fasta-merkintöjä, käyttämällä EMBOSS-ohjelmaa: seqret -sequence @oligo.lst -osformat fasta. Nimeä tulostustiedosto ”mcbl_oligo_db”. 5. Siirrä tämä fasta-tiedosto BLAST-verkkopalvelimen tietokantahakemistoon (…/blast/db). 6. Alusta tietokanta: formatdb -i mcbl_oligo_db -p F -o T. 7. Muokkaa tiedostoa …/blast/blast.html lisäämällä siihen uuden tietokannan nimen. 8. Muokkaa tiedostoa …/blast/blast.rc lisäämällä siihen uuden tietokannan nimen.