Vau: T. rexillä ei ollut VEGF-B:tä!

Tutkimuksemme PDGF- ja VEGF-kasvutekijöiden evoluutiollisesta alkuperästä on juuri julkaistu Angiogenesis-lehdessä: https://doi.org/10.1007/s10456-023-09874-9  . Analysoimme sekä PDGF- että VEGF-tekijöitä, mutta keskityimme luonnollisesti VEGF-puoleen. On pelkkä sattuma, että PDGF:t osoittautuivat VEGF:ien alaryhmäksi eikä päinvastoin, mutta se on tietysti vain meidän puolueellinen näkökulmamme :-) Koska teemme imusuonitutkimusta, voimme ylpeänä ilmoittaa, että fylogeneettisesti vanhin VEGF muistutti todennäköisesti VEGF-C:tä ja sisälsi salaperäisen silk-homologian domeenin. Se on intuitiivisesti järkeenkäypää (ja Jörg Wilting oli ehdottanut sitä jo aiemmin), sillä yksinkertaisimmat tuntemamme verisuonijärjestelmät ovat niin sanotut hemolymfajärjestelmät (esim. hyönteisillä), joilla on monia yhteisiä piirteitä imukudosjärjestelmän kanssa. Tällä julkaisulla emme tehneet mitään poikkeuksellista, mihin vain harvat pystyvät. Teimme jotain, minkä kuka tahansa voisi tehdä, mutta mitä kukaan ei ollut tähän mennessä tehnyt: tarkastelimme järjestelmällisesti, millä eläimillä on mitäkin PDGF- ja VEGF-proteiineja. Itse asiassa teimme jotain uutta: kehitimme joukkoistamismenetelmän PDGF- ja VEGF-proteiinien luokittelemiseksi. Sen sijaan, että olisimme kysyneet ihmisiltä, kysyimme tietokannoilta. Tietokannoissa on monia PDGF:n ja VEGF:n kaltaisia sekvenssejä, jotka tunnistetaan sellaisiksi vain niiden aminohapposekvenssin homologian perusteella. Selvittääksemme, onko kyseessä esimerkiksi VEGF-C vai VEGF-D, suoritamme useita (PSI)BLAST-hakuja ja laskemme sitten yhteen enemmistön mielipiteen (määritettynä parhaiden osumien perusteella).Meitä odotti monia yllätyksiä, kun bioinformatiikkaskripti oli saanut työnsä päätökseen kahden viikon PDGF- ja VEGF-kaltaisten sekvenssien etsimisen ja vertailun jälkeen:

• Linnuilla ja krokotiileilla ei ole VEGF-B:tä (vaikka joitakin lintujen VEGF-proteiineja on virheellisesti merkitty tietokannoissa nimellä ”VEGF-B”).
• Edellä mainitun seurauksena T-rexillä ja Triceratopsilla ei todennäköisesti myöskään ollut VEGF-B-geenejä.
• Sammakkoeläimistä emme löytäneet lainkaan PlGF:ää.
• VEGF-F ei ole pelkästään käärmeen myrkyn ainesosa, vaan se on todennäköisesti otettu käyttöön kyseiseen tarkoitukseen vasta äskettäin. VEGF-F:ää esiintyy myrkyttömissä matelijoissa, mutta sen tehtävää ei tiedetä.
• VEGF-E:tä sisältävät virukset (Orf-virus jne.) eivät tartuta pelkästään nisäkkäitä, vaan on olemassa VEGF-E:tä sisältäviä viruksia, jotka tartuttavat kaloja!
• Monilla kaloilla on useampi kuin yksi VEGF-C-geeni, mutta tämä ei johdu teleostien genomin duplikaatiosta.

Kiinnostavaa? Jos kyllä, siirry Angiogenesis-artikkeliin ja lataa oma kappaleesi  ! Bioinformatiikka-artikkeliksi se on hieman pitkä, mutta halusimme käsitellä aihetta kattavasti. Koska sekvensoimme jatkuvasti yhä enemmän eläingenomeja, artikkelin sisältämät tiedot muuttuvat jatkuvasti, ja työskentelen parhaillaan sen parissa, miten voitaisiin päivittää tiedot verkkoversiossa automaattisesti…