Posts on Michael’s Domain

Opetukseni

Fri, 26 Jan 2024 00:00:00 +0000

IN RED - as (one of the) responsible teacher(s); * - as course developer

Current wet lab teaching
*DPDR-305 (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC Introduction Methods Protein tags PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase Practical: PCR Work PROV-410* (4 ECTS)** Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current wet lab teaching

DPDR-305* (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase
- Practical: PCR Work
PROV-410* (4 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current courses
FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification Lecture #2: Protein Purification Methods Lecture #3: Protein Purification Tags Lecture #4: PCR lecture *PROV-409 (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning Session #4: Vectors and systems for protein expression Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology VEGFs and VEGF receptors PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics Introductory lecture Protein drugs group work kick-off Vaccines, vaccine development & biological warfare: The smallpox vaccine Challenges in formulation, production and quality control Evidence-based medicine, science-based medicine, and complementary and alternative medicine PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics Session #6: Biological barriers: The blood brain barrier Session #8: Recombinant DNA Technology (aka “cloning”) is the starting point for nearly every biological drug …and much more Session #9: Transgenic animals: For drug production, generating human antibodies and making animal models of human diseases Session #10: Protein Drugs: Engineering and Case Studies GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences Clinical Trials MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory Plans for the future… Protein production and purification Stable cell line generation FARM-314 (5 ECTS)** Medicinal preparations I Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Current courses

FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course
- Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs
- Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF
- Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification
- Lecture #2: Protein Purification Methods
- Lecture #3: Protein Purification Tags
- Lecture #4: PCR lecture
PROV-409* (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course
- Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation
- Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems
- Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning
- Session #4: Vectors and systems for protein expression
- Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses
PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology
- VEGFs and VEGF receptors
PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II
- Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs
TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics
PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics
GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences
- Clinical Trials
MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation
- Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs
MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines
- Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control
MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory
FARM-314 (5 ECTS) Medicinal preparations I
- Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Teaching Videos
2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube) Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki Esimerkkejä biologisista lääkkeistä Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Teaching Videos

2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube)
1. Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki
2. Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki
Esimerkkejä biologisista lääkkeistä
1. Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki
2. Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki
4. Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki
5. Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki
1. Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Previous wetlab teaching
2014 - 2019 DPBM-135 Purification and Characterization of Recombinant Proteins (organized yearly until Covid-19) 2015 2017 2015 - 2017 DPBM Cloning Club (wetlab part) 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (wetlab part) 2010 HBGS Tags in protein expression, detection and purification

Previous courses
2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2017 DBPM CancerBio Summer School A short histrory of antiangiogenic tumor treatment 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part) 2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures) Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Previous courses

2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry
- 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
- 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
2017 DBPM CancerBio Summer School
- A short histrory of antiangiogenic tumor treatment
2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part)
2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures)
- Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Workshops
2015 - 2017 DPBM Cloning Club (workshop part)

”Lisää kalenteriin”-painikkeiden lisääminen sähköpostiin (Google, Outlook, iCal)

Sat, 11 Jul 2026 00:00:00 +0000

Tämä vaatii enemmän työtä kuin sen pitäisi vuonna 2026. Nämä olivat ensimmäiset ohjeet, jotka toimivat minulla: https://www.litmus.com/blog/how-to-create-an-add-to-calendar-link-for-your-emails/ . Ohjeissa käytetään pääasiassa käsin kirjoitettua koodia (sekä Amit Agarwalin Calendar Links -työkalulla ( https://www.labnol.org/apps/calendar.html ) luotua koodia).

Uusien professorien juhlaluennot

Thu, 28 May 2026 00:00:00 +0000

Me – Helsingin yliopiston farmasian tiedekunnan uudet professorit – pidimme eilen “virkaanastujais"luennot!

Lääkemetaboloomikan professori Tiina Sikanen: https://www.helsinki.fi/fi/farmasian-tiedekunta/ajankohtaista/miten-laakeaineet-muuntuvat-ihmiskehossa-ja-luonnossa

Angiogeeninen doping on mahdollista ja vaikea todistaa

Thu, 21 May 2026 00:00:00 +0000

Tyypillisissä maailmanluokan kilpailuissa (maailmanmestaruuskilpailut, olympialaiset) alle 1 % urheilijoista testataan positiiviseksi. Tiedämme kuitenkin, että vähintään 70 % urheilijoista käyttää dopingia . Miten tämä ristiriita voidaan selittää? Laboratoriossani tutkimme angiogeneesia, eli tutkimme verisuonten ja imusuonten kasvua. Siitä lähtien, kun Birgitta Olofsson ja Ulf Eriksson löysivät VEGF-B:n kasvutekijän vuonna 1996 , olen epäillyt, että VEGF-kasvutekijöistä voi ennemmin tai myöhemmin tulla tehokkaita dopingaineita. Kestävyyslajien antidoping-tutkimus on keskittynyt vereen ja punasoluihin (RBC). Erytropoietiini (EPO)-doping osoittaa, kuinka tärkeitä punasolut ovat. Jos kuitenkin tarkastellaan perusmatemaattista yhtälöä ”pitoisuus = massa jaettuna tilavuudella”, käy heti selväksi, että punasolujen massaa voidaan lisätä ilman punasolupitoisuuden kasvua lisäämällä veritilavuutta. Ei siis ole yllättävää, että veritilavuus on erittäin tärkeä kestävyyssuorituskyvyn kannalta, ehkä jopa tärkeämpi kuin punasolupitoisuus. Tämä näkyy ”urheilijan anemiassa/pseudoanemiassa”, jossa joillakin urheilijoilla on suhteellisen alhainen hemoglobiinipitoisuus huolimatta siitä, että heidän suorituskykynsä on ennallaan. Missä on veritilavuuden yläraja? Ja olisiko mahdollista nostaa tätä ylärajaa muodostamalla uusia verisuonia? Keskustelemme angiogeenisestä dopingista tuoreimmassa julkaisussamme Sports Medicine -lehdessä . Hypoteesimme on, että angiogeenistä dopingia saatetaan jo käyttää ilman, että WADA:lla on mahdollisuuksia paljastaa sitä. VEGF-kasvutekijöitä ei todennäköisesti vielä käytetä, koska niiden käyttö vaatii kalliita ja monimutkaisia lääketieteellisiä tekniikoita, joita vain harvoilla laboratorioilla on käytössään. On kuitenkin olemassa koko joukko pieniä molekyylejä, joita voidaan antaa hitaasti mikroannoksina stimuloimaan sekä angiogeneesiä että erytrosyyttituotantoa synkronisesti ja välttämään siten suurempia vaikutuksia urheilijan biologiseen passiin. Kiitän Sofie Lehtoa, joka loi perustan tälle tutkimukselle, sekä dopingtutkijaa ja urheilulääkäriä Sergei Iljukovia, joka on työskennellyt kanssani tämän sivuprojektin parissa viimeiset kaksi vuotta.

Vantaa Blue

Fri, 15 May 2026 00:00:00 +0000

Swedish Blue Stone on synteettinen korukivi, joka valmistetaan masuunikuonasta. Niitä ei ole valmistettu tarkoituksella, vaan ne ovat jääneet pois metallimalmin sulatuksen sivutuotteena viime vuosisatojen aikana. Vaikka Ruotsissa näitä kiviä käytetään kaupallisesti , Suomessa kukaan ei ole vaivautunut tekemään niistä liiketoimintaa. Muutama harrastelija – kuten minä – on kerännyt näitä kiviä viimeisen 50 vuoden aikana, mutta niitä löytyy edelleen melko paljon. Yksi näiden sinisten kivien esiintymä sijaitsee lähellä Pitkäkoskea Vantaanjoella. Olen kiillottanut muutamia ja käytän niitä toisinaan lahjoina.

JetPEI-transfektio hyönteissoluissa

Tue, 12 May 2026 00:00:00 +0000

DNA:n vieminen soluihin on yksi nykypäivän biotieteiden perusvaatimuksista. DNA:n viemiseen soluihin on monia tapoja: eksoottisempia menetelmiä ovat esimerkiksi ampuminen ja sähköiskut, mutta yleisimmissä menetelmissä käytetään kemikaaleja, joita kutsutaan transfektioreagensseiksi. Nämä sekoittuvat jollain tavalla DNA:n kanssa ja auttavat sitä läpäisemään plasmamembraanin. PEI (polyetyleeniimiini) on yksi ”halvimmista” transfektioreagensseista. Jos valmistat sen itse, se maksaa todennäköisesti suunnilleen saman verran kuin kalsiumfosfaattitransfektio (joka on yksi vanhimmista ja edullisimmista menetelmistä). Jopa kaupallisesti saatavilla olevat valmisteet, kuten JetPEI ja PEIMax, ovat edullisia verrattuna moniin muihin transfektioreagensseihin. Ne eivät kuitenkaan toimi kovin hyvin hyönteissoluissa. Kun kysyin – ehkä kymmenen vuotta sitten – toimittajalta (Polyplus Transfections), he toimittivat minulle räätälöidyn protokollan hyönteissolujen transfektioon JetPEI:llä. Olen käyttänyt sitä menestyksekkäästi, mutta lähinnä vain vakaiden solulinjojen tuottamiseen. Vakaita transfektantteja valmistettaessa hieman alhaisempi transfektiotehokkuus on hyväksyttävää. En kuitenkaan löytänyt kyseistä protokollaa mistään verkosta, joten olen liittänyt sen tähän viestiin kaikille, jotka tarvitsevat tätä tietoa. Lyhyesti sanottuna DNA:n ja transfektioreagenssin määriä lisätään alhaisemman tehokkuuden kompensoimiseksi.

Tekoäly: Lääketieteellisesti koulutetut mallit, tietoisuus

Mon, 11 May 2026 00:00:00 +0000

Useimmat ihmiset osaavat ehkä mainita muutaman LLM-mallin, ehkä tusinan verran, jos he seuraavat teknologia-uutisia. Samaan aikaan Hugging Facesta on kuitenkin vapaasti saatavilla noin 3 miljoonaa erilaista LLM-mallia. Eivätkä ne kaikki ole heikkolaatuisia malleja. Esimerkiksi Googlen avoimen lähdekoodin Gemma-mallit ovat myös saatavilla siellä; ne ovat peräisin samasta lähteestä kuin Googlen Gemini-mallit, mutta ne on optimoitu paikalliseen ja tutkimuskäyttöön. Biolääketieteen tutkijoille on tärkeää huomata, että saatavilla on myös monia avoimia, vapaasti saatavilla olevia ja paikallisesti käytettäviä, lääketieteellisesti koulutettuja LLM-malleja. En ole testannut niitä, mutta GitHubissa on kuratoitu luettelo erikoismalleista: https://github.com/FreedomIntelligence/Awesome-Specialized-Medical-LLMs . Luettelossa on myös useita vapaasti saatavilla olevia yleislääketieteellisiä malleja, kuten

Zoteron asentaminen Linuxiin/Ubuntuun

Mon, 11 May 2026 00:00:00 +0000

Virallinen tapa asentaa Zotero Linuxiin on lievästi sanottuna painajainen ( https://www.zotero.org/support/installation ). Se tosiasia, että asennuksessa onnistuminen vaatii yksityiskohtaisia ohjeita, puhuu puolestaan:

Keskityn vääriin asioihin

Wed, 22 Apr 2026 00:00:00 +0000

Nyt on pakko avautua, mutta kuunnelkaa loppuun asti. Sen sijaan, että työskentelisin sen parissa, miten hyödyntää tekoälyä omalla alallani, minä:

Proteiinien puhdistus Äkta- ja Unicorn-järjestelmillä

Sun, 19 Apr 2026 00:00:00 +0000

Proteiinit (ja muut biomolekyylit) puhdistetaan useimmiten kromatografisilla menetelmillä. Vain muutamat valmistajat ovat kehittäneet erityisesti biomolekyyleille, kuten proteiineille, nukleiinihapoille ja viruksille, optimoituja kromatografiajärjestelmiä. Tunnetuimpia järjestelmiä ovat BioRadin NGC-sarja ja Cytivan Äkta-sarja. Tiedekuntamme on hiljattain hankkinut Äkta Avant -laitteiston, ja sen käyttöönotto on aivan loppusuoralla. Se on jo integroitu varausjärjestelmään, ja ainoastaan automaattinen varmuuskopiointijärjestelmä puuttuu vielä. Olen käyttänyt Äkta-laitteita vuodesta 1996 lähtien, jolloin professori Jorma Keski-Oja osti yhden ensimmäisistä Äkta Explorer -laitteistoista Haartman-instituuttiin. Ohjelmistona oli ja on edelleen Unicorn, mutta nykyisin käytössä on versio 7, joka näyttää huomattavasti nykyaikaisemmalta kuin viime vuosituhannen Unicorn-versiot: se on paljon selkeämpi ja vähemmän sekava. Kuitenkaan edes yli 10 vuoden kehitystyön jälkeen Unicorn 7 ei vastaa ominaisuuksiltaan täysin vanhoja versioita. Siksi Evaluation-moduuli tarjoaa mahdollisuuden vaihtaa takaisin Evaluation Classic -näkymään. Jos haluat esimerkiksi esitellä yksilöllisiä ja tyylikkäitä kromatogrammeja luennoillasi, tarvitset edelleen Evaluation Classic -versiota! Vaikka uudessa Evaluation-moduulissa on pikatoimminot käyrien viemiseksi suoraan esitysohjelmiin (kuten PowerPointiin), tämä vienti perustuu täysin pikseligrafiikkaan, eikä kuva ole enää helposti muokattavissa viennin jälkeen. Käyrät kannattaa viedä alan standardimuotoiseen vektorigrafiikkamuotoon: SVG-muotoon. Voit muokata sitä millä tahansa nykyaikaisella vektorigrafiikkaohjelmalla, kuten Canvalla, Adobe Illustratorilla tai Inkscapella. Kun klikkaat hiiren kakkospainikkeella kromatogrammin sisällä Evaluation Classic -näkymässä, voit tallentaa kromatogrammin metatiedostona. Nykyisessä Unicorn-versiossa tämä kuitenkin aiheuttaa virheen Windows 11 -ympäristössä. Ongelman voi kuitenkin kiertää seuraavasti:

Opintoseteli

Sat, 04 Apr 2026 00:00:00 +0000

Koska työskentelen Helsingin yliopistossa (HY), minun pitäisi luultavasti tietää hieman enemmän tulossa olevasta opintosetelikokeilusta, sillä HY tulee tarjoamaan runsaasti kursseja tämän ohjelman puitteissa, mukaan lukien muutamia omiani, kuten Rekombinantti-DNA-teknologia (eli “Kloonaus”) -kurssin. Perehdyin asiaan hieman, ja tässä on sen pääsisältö pähkinänkuoressa:

Sovellus ei vastaa

Fri, 27 Mar 2026 00:00:00 +0000

Gnomessa saat varoituksen, jos sovelluksella kestää liian kauan suorittaa tehtävä. Tämä voi olla todella ärsyttävää, jos tiedät, että sovellus vain yrittää tehdä työnsä käytettävissä olevilla resursseilla. debi, Zotero ja SnapGene ovat joitakin sovelluksista, jotka aiheuttavat usein tämän varoituksen minun (melko hitaalla) kannettavallani. Päästäksesi eroon tästä häiritsevästä varoituksesta (tai ainakin tehdäksesi niistä paljon harvinaisempia), voit pidentää timeoutia näin:

Find-komento vanhalla Asustorilla

Sat, 21 Mar 2026 00:00:00 +0000

Sen sijaan, että klikkailisit satunnaisesti loputtomia kansiohierarkioita Asustorin verkkokäyttöliittymässä, voit yksinkertaisesti ottaa ssh-yhteyden laitteeseen ja etsiä komentoriviltä. Nykyaikaisten Linux-järjestelmien find-komennon ja Asustorin find-komennon välillä on kuitenkin tärkeitä eroja. Elinkaarensa päässä oleva (EOL) Asustorini (AS-304T) käyttää versiota 3.5.9.RWM1, jossa on BusyBoxin find v1.19.3, kun taas Ubuntu Linuxini käyttää GNU find -versiota 4.9.0. BusyBoxin find karsii ominaisuuksia pienen binäärikoon saavuttamiseksi ja on lukittu GPL-2-lisenssiin. Linuxin GPL-3-puolella on lisätty merkittäviä uusia ominaisuuksia ja suorituskykyparannuksia. Tässä on find-komento, jota tarvitset, jos haluat etsiä kaikilta Asustorisi levyiltä:

Zotero 15 gigatavun ilmaisella tallennustilalla?

Thu, 12 Mar 2026 00:00:00 +0000

Olen käyttänyt Zoteroa viitteidenhallintaohjelmanani vuodesta 2013 lähtien (siirryttyäni EndNotesta) ja olen ollut siihen yleisesti ottaen tyytyväinen (ja kirjoitin siitä aiemminkin. Vaikka yliopistomme tarjoaa käyttöoikeuden EndNoteen, useimmat opiskelijat menettävät tämän “ilmaisen” edun valmistuttuaan. EndNoten vuositilaus maksoi aiemmin (Suomessa jälleenmyyjän kautta) noin 100 euroa, mikä on tarpeeton menoerä opiskelijan budjetissa. EndNoten “kertaostos”-malli on mielestäni harhaanjohtavaa markkinointia, sillä se ei oikeuta suuriin päivityksiin, joita julkaistaan suunnilleen vuosittain. “Päivitysmaksu” on yleensä suurin piirtein saman verran kuin entinen vuositilaus.

Tiedät olleesi Suomessa liian kauan, kun…

Wed, 04 Mar 2026 00:00:00 +0000

Tiedät olleesi Suomessa liian kauan, kun… on vanha Facebook-ketju vuodelta 2010 , mutta minulla on ollut useita tällaisia hetkiä, jolloin olen tajunnut, etten enää menisi täydestä normaalista saksalaisesta.

Kuinka asentaa värisokeille turvallinen Nature Color Palette Inkscapeen

Wed, 28 Jan 2026 00:00:00 +0000

Tämä on helppoa ja nopeaa Linuxissa. Ohjeet tämän väripaletin asentamiseen Windowsissa tai macOS:ssa löydät osoitteesta https://github.com/atsuyaw/NatureColorPalette .

Asustor AS-304T verkkolevypalvelin ei pysty liittämään nykyaikaisia ext4-tiedostojärjestelmiä

Thu, 22 Jan 2026 00:00:00 +0000

Asustore AS-303T on jo melko vanha (vuodelta 2013), mutta halusin silti pitää sen tallentaakseni varmuuskopioita noin viimeisen 15 vuoden ajalta. Olin alun perin asentanut laitteeseen neljä 2 TB:n levyä, mutta nyt minulla oli ylimääräisenä neljä vanhaa 3 TB:n levyä ja halusin käyttää niitä maksimoidakseni tallennuskapasiteetin. Kopioin siis väliaikaisesti tiedot NAS:n RAID-järjestelmästä muutamalle ulkoiselle levylle ennen NAS:n päivittämistä 3 GB:n levyillä. Tein osan kopioinnista suoralla point-to-point-kaapeliyhteydellä kannettavaan tietokoneeseeni , mikä oli huono idea, sillä kun myöhemmin yritin kopioida tietoja takaisin käyttämällä NAS:n paikallista USB3-porttia, NAS:n käyttöjärjestelmä ei tunnistanut ext4-tiedostojärjestelmää, jota Ubuntu 24.04 -järjestelmäni käytti. Kävi ilmi, että Asustor NAS käyttää BusyBox v1.19.3 -versiota, ja vaikka se pystyy lukemaan ext4-tiedostojärjestelmää, se ei tunnista moderneja ext4-ominaisuuksia ja epäonnistui siksi levyjen liittämisessä (Asustor AS-304T käyttää ADM-versio 3.5.9.RWM1, joka sai viimeisimmän päivityksensä 29. elokuuta 2022). Jotta Asustor-käyttöjärjestelmä tunnistaisi nämä levyt, minun oli “alennettava” ext4-tiedostojärjestelmää. Näin se käy:

Verkkoliikenteen reititys kahden eri verkkokortin kautta

Sat, 03 Jan 2026 00:00:00 +0000

Kopioin juuri valtavasti tiedostoja NAS-varmuuskopiostamme kannettavalleni. Koska WiFi oli liian hidas (1 TB:n siirto kestää todellisuudessa useita tunteja), yhdistin NAS-laitteen suoraan kannettavaani ethernet-kaapelilla. Molempien koneiden IP-osoitteet piti määrittää manuaalisesti samaan verkkoon (joka voi olla mikä tahansa; käytin kannettavalleni osoitetta 192.168.8.150 ja NAS-laitteelle osoitetta 192.168.8.199, ja molempien Netmask-arvona oli 255.255.0.0). Koska tämä “sisäinen” verkko ei tarjoa internetyhteyttä, Ubuntu 24.04 -kannettavani palasi automaattisesti käyttämään WiFiä. Pakottaakseni kannettavan käyttämään langallista verkkoa, minun piti kytkeä WiFi pois päältä. Mutta nyt en pääse internetiin ilman WiFiä. Joten minun piti kertoa tietokoneelle, että langallista verkkoa käytetään vain NAS-laitteeseen, jonka IP-osoite on 192.168.8.199. Tarvitsemani komento on:

Samsung-työpuhelimessani oli esiasennettuna vakoiluohjelma

Thu, 25 Dec 2025 00:00:00 +0000

Työskennellessäsi Helsingin yliopistossa saatat saada vaikutelman, että meidän IT-osasto suhtautuu vakavasti digitaalisen turvallisuutesi suojelemiseen. Esimerkiksi tietohallinto pakottaa kaikki HY:n työntekijät suorittamaan vuosittaisen “kokeen” todistaakseen, että muistamme yhä tietoturvan ja yksityisyyden perusteet. He myös jatkavat – kaikkien asiantuntijoiden neuvojen vastaisesti – käyttäjien pakottamista päivittämään salasanansa vuosittain. Tutkimukset ovat osoittaneet, että molemmat edellä mainitut käytännöt heikentävät turvallisuustasoa sen parantamisen sijaan [1,2]. Yksityisyys on enemmän teatteria kuin todellisuutta nykypäivän digitaalisessa maailmassa [3]. Olisiko minun pitänyt yllättyä siitä, että oman IT-osaston virallisesti suosittelema Android-puhelinmalli sisälsi esiasennetun vakoiluohjelman?

Python hallitsee kasvejamme

Wed, 24 Dec 2025 00:00:00 +0000

Vuonna 2025 päivitimme 12 vuotta vanhan reitittimemme (Asus RT-AC66U, WiFi 5/IEEE 802.11ac) ja korvasimme sen WiFI 6 Flint 2:lla (GL-MT6000). Vaikka Flint 2:n oletuskäyttöliittymä on melko yksinkertainen, sen lisäasetukset ovat todellinen voimanpesä. Kun klikkaat “Advanced Setup”, pääset käsiksi taustalla olevaan OpenWRT-käyttöliittymään. OpenWRT on Linux-jakelu reitittimille. Eikä ole yllätys, että se on erittäin tehokas. Vuosi sitten aloitimme LED-valojen käytön auttaaksemme kasvejamme selviytymään talven yli. Valojen automaattiseen ohjaamiseen käytämme Shelly-älypistoketta Python-skriptin kautta, joka laskee valotasot ja sähkönhinnat (käyttäen sähkönhintatänään-rajapintaa hintatietojen hakemiseen) ja kytkee kasvivalot päälle vain silloin, kun sekä valotasot että sähkönhinnat ovat alhaisia.

Mietitkö vielä, mitä opiskella?

Sat, 20 Dec 2025 00:00:00 +0000

Tätä minä tekisin, jos olisin tänään 20-vuotias: hakeutuisin monitieteiseen koulutusohjelmaan. Suosikkini Suomessa tarjottavista ohjelmista on farmasian kansainvälinen maisteriohjelma (virallisesti “Master’s Programme in Pharmaceutical Research, Development and Safety”, lyhennettynä MPHARM) Helsingin yliopistossa. Annan sinulle 5 hyvää syytä:

Suomalainen unelma: Pelkkä kangastus?

Mon, 15 Dec 2025 00:00:00 +0000

Realiteettitarkistus kansainvälisille opiskelijoille

Suomea on juhlittu maailman onnellisimpana maana jo kahdeksan vuotta peräkkäin . Suomi ei kuitenkaan ole vain onnellisin maa, vaan myös maa, jossa on yksi maailman alhaisimmista syntyvyyksistä . Eläkejärjestelmän vakauttamiseksi Suomi päätti, että se tarvitsee maahanmuuttoa. Ajatus oli hyvin radikaali maalle, joka oli 30 vuotta sitten lähes yhtä eristetty muusta Euroopasta kuin Pohjois-Korea on nykyään muusta Aasiasta. Tuolloin Suomen kansainvälinen autotunnus oli vielä SF, mikä tarkoitti Soviet Finland (vitsi vitsi, S-kirjain tarkoittaa tietenkin Sweden). Suomi haluaa lisätä maahanmuuttoa houkuttelemalla ulkomaisia opiskelijoita suorittamaan tutkintoja Suomessa, toivoen että osa heistä jäisi maahan valmistumisen jälkeen. Tästä syystä Suomesta on tullut yhä suositumpi kohde kansainvälisille opiskelijoille, erityisesti Aasiasta. Korkealaatuisen elämän, erinomaisen koulutuksen ja runsaiden mahdollisuuksien lupausten houkuttelemina monet investoivat suuria summia suorittaakseen tutkinnon jossakin suomalaisessa yliopistossa . Kymmenen vuotta sitten yliopistokoulutus oli ilmaista kaikille (myös kaikille ulkomaalaisille), mutta vuodesta 2017 lähtien EU/ETA-maiden ulkopuolelta tulevat opiskelijat ovat joutuneet maksamaan lukukausimaksuja . Tämä ei ollut yliopistojen oma päätös, vaan hallituksen määräys.

Ohjeet Asustor AS7004T:n muuntamiseksi Ubuntu-palvelimeksi

Sat, 22 Nov 2025 00:00:00 +0000

Tänä viikonloppuna päivitin vanhan Asustor AS7004T NAS -laitteemme. Nyt se käyttää Ubuntu 24.04 -käyttöjerjestelmän. Vanha ADM-käyttöjerjestelmä ei ollut saanut päivityksiä enää yli vuoteen, ja laite seisoi siitä lähtien sammutettuna hyllyssä. Tämä on sääli, sillä laitteessa ei ollut kerta kaikkiaan mitään vikaa. Olin jo varhaisessa vaiheessa päivittänyt laitteen alkuperäisen 2 Gt:n muistin 8 Gt:n moduulilla yhteensä 10 Gt:n suuruiseksi. Ubuntu-palvelinta voi pyörittää myös 2 Gt:n muistilla, jos todella haluaisi… Mitä muuntamiseen tarvitaan? On sanomattakin selvää, että sinun on kytkettävä laitteeseen USB-näppäimistö ja hiiri. Applen USB-näppäimistöt eivät toimi. Mitä halvempi näppäimistö, sen parempi. Joskus hiiren kanssa oli ongelmia, ja silloin auttoi sen kytkeminen toiseen USB-porttiin. Ja tietysti NAS on liitettävä näyttöön HDMI-kaapelilla. Suosittelen asentamaan Ubuntu Server 24.04.3:n. Myös Ubuntu Desktop 24.03 toimii (testasin sitä), mutta en tarvitse sitä, ja palvelinversion resurssivaatimukset ovat paljon pienemmät. Toisin kuin vanhemmissa Asustorin NAS-laitteissa, tuulettimen ohjaus toimi ongelmitta. LED-ohjaus ja näytön tiedot eivät kuitenkaan toimi: näytössä lukee aina “Starting system. Please wait…”.

Vain kala muiden joukossa

Wed, 12 Nov 2025 00:00:00 +0000

Haaveilen edelleen suomen kielen taitoni parantamisesta, ja sen seurauksena teen välillä harkitsemattomia asioita. Nyt olen kahden hämmästyttävän kärsivällisen toimittajan suurella avulla yrittänyt kirjoittaa suomeksi populaaritieteellisen artikkelin tieteellisestä retkestämme kalabiologian alueelle. Artikkeli ilmestyi juuri Nuorten Tiedeakatemian mene & tiedä -verkkolehdessä.

Tietokilpailun tulokset

Thu, 06 Nov 2025 00:00:00 +0000

ADAMTS18 säätelee solunulkoisen matriisin kiertoa fibronektiinin pilkkomisen kautta

Tue, 04 Nov 2025 00:00:00 +0000

Suolinukan erikoistuneiden verisuonten ylläpito oli aiheena Nature Communications -lehdessä vuonna 2022 julkaistussa Petrovan laboratorion artikkelissa ( https://doi.org/10.1038/s41467-022-31571-2 ). Ravinteita imevien suonten polaarisuuden ylläpitäminen vaati erilaista altistumista VEGFA:lle, jota ylläpitivät erikoistuneet solut tuottamalla oikean määrän fibronektiiniä. Aiemmin tuntematon ADAMTS18 oli proteaasi, joka osoittautui keskeiseksi fibronektiinin proteolyyttisessä kypsymisessä. Nyt Itä-Suomen yliopiston julkaisussa analysoitiin ADAMTS18-fibronektiini-yhteyttä tarkemmin: https://doi.org/10.1016/j.jbc.2025.110844 . Fibronektiini ei normaalisti esiinny yksittäisenä molekyylinä, vaan se muodostaa säikeitä, jotka ovat solunulkoisen matriisin (ECM) tärkeitä rakennuspalikoita. ADAMTS18 poistaa kriittisen osan fibronektiinimolekyylistä ja estää siten sitä muodostamasta säikeitä. Tämä tekee ADAMTS18:sta tärkeän tekijän paitsi endoteelisolubiologiassa, myös mahdollisesti monissa muissa yhteyksissä, joissa fibronektiiniä sisältävä solunulkoinen matriisi on mukana. Fibronektiini on tilapäisen matriisin pääkomponenttina ratkaisevan tärkeä haavan paranemisessa ja elinten, kuten keuhkojen, ECM:n ylläpidossa. Näin ollen avautuu monia mielenkiintoisia väyliä tutkia ADAMTS18:n muita erityistehtäviä. Onnittelut Maria tästä tärkeästä panoksesta toisen ADAMTS-perheen jäsenen ymmärtämiseen!

Kiitos, Aalto-Helsinki iGEM -tiimi!

Sun, 02 Nov 2025 00:00:00 +0000

Olen erittäin ylpeä teistä, Aalto-Helsinki iGEM -tiimi ( https://www.aaltohelsinki.com )! Vaikka koko vuosi on ollut selviytymistaistelua, tulokset ovat todella poikkeuksellisia: kultamitali saavutettu, ehdokkuus parhaaksi terapeuttiseksi projektiksi (overgrad-sarja, häviten niukasti Toronton yliopiston yhtä poikkeukselliselle Mystiphage-projektille) sekä kaksi erikoispalkintoa: Best Measurement ja Best Sustainable Development Impact! Olisin mielelläni ollut Pariisissa Grand Jamboreessa, mutta opetustehtävät ja apurahahakemusten määräajat menivät edelle. Videoiden perusteella minua ei kuitenkaan tarvittu lainkaan. Suun kautta otettava B12-vitamiinilisä, joka toimii myös kaikille potilaille, jotka tarvitsevat tällä hetkellä pistoksia, on askeleen lähempänä. Pidämme teidät ajan tasalla edistymisestämme, tämä on vasta alkua!

Sota syöpää vastaan

Wed, 01 Oct 2025 00:00:00 +0000

Keskiviikko 1. lokakuuta 2025 on eurooppalainen säätiöiden päivä. Koska saamme lähes nolla euroa perustutkimusrahoitusta, tutkimukseni on täysin riippuvaista ulkopuolisesta rahoituksesta. Koska suuri osa hallituksemme T&K-rahoituksesta on siirtynyt akateemisesta tutkimuksesta kaupalliseen tutkimukseen (“yritysrahoitus”), säätiöt pitävät syöpätutkimuksen elossa Suomessa. Aiemmin merkittävä määrä rahaa syöpätutkimukseen on tullut myös veronmaksajien varoista. Useimmat ihmiset yhdistävät tämän Yhdysvaltain presidenttiin Richard Nixoniin, joka julisti sodan syöpää vastaan vuonna 1971. Poliittisesti tuettu “sota syöpää vastaan” ei kuitenkaan alkanut Nixonista, kuten usein väitetään. Sota syöpää vastaan oli ollut aivan toisenlaisten poliitikkojen prioriteetti jo lähes 40 vuotta aiemmin.

Paprikasato alkaa pian

Sun, 21 Sep 2025 00:00:00 +0000

Ensimmäistä kertaa saamme kunnollisen paprikasadon parvekepuutarhastamme. Olemme ennen onnistuneet kurkkujen ja tomaattien kanssa, mutta paprikakasveihimme hyökkäsivät aina kasvukauden alussa vihannespunkit, jotka näyttävät olevan parvekkeemme alkuperäisasukkaita. Nyt hedelmät alkavat kuitenkin juuri saada punaista väriään. Toivottavasti kaikki ehtivät punastua ennen kuin ensimmäiset yöpakkaset laskevat nollan alapuolelle parvekkeellamme. Onneksi, lasitetulla parvekkeella näin käy usein vasta joulukuun loppupuolella. Vihreä paprika on tietenkin myös syötävää, mutta punaisissa on vain enemmän vitamiineja (ainakin enemmän vitamiini C ja foolihappoa/vitamiini B9 . Haluatko tietää, mitä lajiketta kylvimme? Käytimme Prismasta ostettujen punaisten Ramiro-paprikoiden siemeniä: https://www.s-kaupat.fi/tuote/coop-makea-suippopaprika-300g/6438574276493 .

Vienti Avidemuxista MP4-muotoon

Sat, 20 Sep 2025 00:00:00 +0000

Jostain syystä Helsingin yliopiston Unitube kaatuu yritettäessä ladata MKV-tiedostoa. Sama toimi vielä viime vuonna… Vain suljetut tiedostomuodot näyttävät olevan ok (kuten MP4). Tämä aiheuttaa minulle paljon lisätyötä, sillä käytän avoimen lähdekoodin työkaluja luentotallenteideni editointiin (lähinnä turhien osien pois leikkaamiseen). MP4-tiedoston luominen edellyttää kuitenkin transkoodausta, mikä on aikaa vievä prosessi ja vaatii monien oletusasetusten muuttamista. Käytän siihen avoimen lähdekoodin ohjelma nimeltä Avidemux:

t_coffee ei edelleenkään pelaa vakio-Ubuntu 24.04 LTS -asennuksen kanssa

Thu, 18 Sep 2025 00:00:00 +0000

t_coffeen bugi, josta on ilmoitettu osoitteessa https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/27#issuecomment-1355339411, on edelleen olemassa monen vuoden jälkeen. Tuskin uskallan suositella t_coffeeta opiskelijoille, vaikka haluaisinkin, koska se on muuten erinomainen ja erittäin tehokas ohjelma. Useimmat eivät onnistu asentamaan sitä yliopistomme Ubuntu-distroon (“Cubbliin”), joka on tällä hetkellä Ubuntu 24.04. Kokeilin sitä itse aivan äskettäin (Ubuntu 24.04 LTS, sekä pakettienhallinnan kautta Ubuntu-paketinhallintalähteestä saatavalla versiolla että stable ja beta-versiolla osoitteesta https://tcoffee.org/Projects/tcoffee/index.html (vakaa COFFEE_installer_Version_13.46.0.919e8c6b_linux_x64.tar.gz ja beta T-COFFEE_installer_Version_13.46.1.b8b01e06_linux_x64.tar.gz). Kaikissa tapauksissa edelleen sama virhe estää ohjelman käyttöä: –ERROR: MAX_N_PID exceeded. Ohjelma jumittuu ja kestää noin minuutin ennen kuin se antaa virheilmoituksen, jopa yksinkertaisessa tehtävässä, joka normaalisti vie vain muutaman sekunnin. Monimutkaisemman alignmentin kohdalla voi kestää minuutteja tai tunteja ennen kuin virhe ilmenee. Kiertotapana on asettaa ympäristömuuttuja ennen jokaista ajokertaa, eli t_coffee korvataan skriptilla, joka kutsuu uudelleennimettyä t_coffeeta sen jälkeen, kun ympäristöparametri MAX_N_PID_4_TCOFFEE on asetettu johonkin suureen arvoon (kuten /proc/sys/kernel/pid_max), ja tämä on selitetty yllä olevassa Github linkissä. Katso myös https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/47 . Toinen kiertotapa on compilata ohjelma uudelleen eri MAX_N_PID-arvolla, mikä on melko suoraviivaista; katso myös täältä https://github.com/cbcrg/tcoffee :

Kuljetus rajoittaa yhä VEGF-terapiaa

Fri, 12 Sep 2025 00:00:00 +0000

Laboratoriossa valmistetun kasvutekijän injektoiminen kehoon ei riitä jäljittelemään kehon luonnollista toimintaa. Tämä johtuu siitä, että omat kasvutekijämme vapautuvat oikeassa paikassa, oikeaan aikaan ja oikeana määränä, ja niiden tasoja säädetään jatkuvasti palautejärjestelmien avulla.

Wireguard

Sat, 30 Aug 2025 00:00:00 +0000

Kotireitittimessäni (GL-iNet GL-MT6000) on sisäänrakennettu WireGuard-tuki. Asiakaslaitteen lisäämiseksi painat painiketta ja voit joko skannata QR-koodin tai ladata asetustiedoston. QR-koodi toimii ilman lisäsäätöjä Wireguard for Android -sovellukseni (virallinen Android-asiakasohjelman) kanssa, ja asetustiedosto toimii yhtä hyvin Ubuntu Linux 24.04:ssä NetworkManagerin kautta. VPN:n määrittämiseksi tuot vain asetustiedoston. Alhaalla viimeisen komennon tarkoitus on estää VPN:n automaattinen käynnistyminen uudelleenkäynnistyksen jälkeen. Jos työskentelen kotona, ei ole juurikaan järkeä liikenteen reitittämisessä oman kodin VPN-palvelimelle, kun olen jo kotona.

DVD-levyjen varmuuskopiointi

Sat, 09 Aug 2025 00:00:00 +0000

DVD-levyjen kopiointi on yksi asia (ja Handbrake on työkalu, jota olen enimmäkseen käyttänyt siihen). Mutta joskus haluat vain kopioida koko DVD:n kiintolevylle. Ubuntu Linuxissa suosikkiohjelmistoni tähän on dvdbackup .

Akateeminen ura

Sun, 03 Aug 2025 00:00:00 +0000

Pienet työmarkkinat mutta paras Euroopan maa asua (ilmaston lämpeneminen huomioon ottaen)

Tässä kuussa siiryin apulaisprofessorista (Associate Professor) varsinaiseksi professoriksi (Full Professor) yliopistossani. Luottaen väitöskirjaohjaajani Kari Alitalon , nykyisen esihenkilöni ja lähes kaikkien muiden mielipiteeseen en valmistellut suunnitelma B:tä siltä varalta, että minulta evättäisiin vakinaistaminen (tenure). Mitä realistisia suunnitelma B:itä X-sukupolven edustajalla voisi olla Suomen työmarkkinoilla? Kansainvälisten työmarkkinoiden tarkastelu helpottaisi ongelman ratkaisemista lisäämällä mahdollisuuksia satakertaisesti, silloinkin kun otetaan huomioon vain englannin- ja saksankieliset maat. Suomen väkiluku on vain noin 5,6 miljoonaa, ja sen työmarkkinat ovat piskuiset. Ulkomaille muutto ei kuitenkaan ole niin helppoa, jos muu perhe vastustaa maisemanvaihdosta. Ja miksi jättäisin Euroopan ainoan maan, jonka kesälämpötilat eivät ole terveydelle vaarallisia? Toki ilmastonmuutos koettelee myös Pohjoismaita: meillä oli juuri Suomen pisin yhtäjaksoinen helleaalto mittaushistorian aikana (22 päivää >30 °C). Mutta 30 °C voittaa 40 °C mennen tullen. Amerikkalaisille ystävilleni ja perheelleni: 30 °C = 86 °F, 40 °C = 104 °F.

Sama paikka, 38 vuotta myöhemmin (osa A)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

Kävin Tallinnassa ensimmäisen kerran vuonna 1987. Se oli myös ensimmäinen ja viimeinen vierailuni Viron sosialistisessa neuvostotasavallassa. Otin tuolloin muutamia valokuvia (minulla oli vain yksi 36 kuvan 35 mm filmirulla mukana). Viime viikolla palasin sinne yli 25 vuoden tauon jälkeen ottaakseni uusintakuvia samoista paikoista. Sain apua asiantuntijalta, joka paikansi tarkasti alkuperäisten kuvien ottopaikat muutaman metrin tarkkuudella. Perspektiivin saaminen oikein oli silti vaikeaa, ja epäonnistuin selvästi kolmessa neljästä kuvasta. Luulin, että olin käyttänyt vuonna 1987 28–100 mm zoom-objektiivia, mutta kuvien perusteella en olekaan siitä enää varma. Minulla oli myös 70–210 mm zoom, ja saatoin käyttää sitä. Vuoden 1987 kuvista käy jotenkin ilmi, että minun on täytynyt olla kaukana kuvaamistani ihmisistä, koska kukaan ei kiinnittänyt huomiota. Olisin tietenkin voinut käyttää samaa kameraa (joka minulla on yhä laatikossa, jota en ole avannut kymmeneen vuoteen tai pidempään), mutta en ehtinyt hankkia filmimateriaalia lyhyellä varoitusajalla. Kuva nro 3 oli erityisen haastava, koska yhtäkään vuoden 1987 kuvassa näkyvistä rakennuksista ei ole enää olemassa. Otan mielelläni vastaan palautetta seuraavaa matkaani varten!

Sama paikka, 38 vuotta myöhemmin (osa B)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

#Not necessary! # #

Sama paikka, 38 vuotta myöhemmin (osa C)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

Tämä oli kaikkein hankalin kuva, enkä ole lainkaan varma, onko uusi kuva otettu oikeasta paikasta. Jälleen kerran uskon, että vuoden 1987 kuva on täytynyt ottaa yli 100 mm:n polttovälillä. Alueella ei ollut yhtään rakennusta, joka olisi voinut toimia selkeästi tunnistettavana kiintopisteenä. Muuten, kaikki vuoden 2025 kuvat on otettu Samsung Galaxy A35 -puhelimen kameralla. Alkuperäisen kameran (Ricoh XR-P) mukaan ottaminen olisi suunnilleen kaksinkertaistanut matkatavaroiden painon. Ja mistä saisin heti filmirullat? Ja kehitys?

Sama paikka, 38 vuotta myöhemmin (osa D)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

Seuraavalla kerralla otan mukaan vanhan järjestelmäkamerani ja 70–210 mm zoom-objektiivin. Olisin kai voinut käyttää myös puhelimeni digitaalista zoomia…

Näkymä Tammsaare-puiston kulmasta itään, Estonia bulevardin toiselle puolelle 1987

Näkymä Tammsaare-puiston kulmasta itään, Estonia bulevardin toiselle puolelle 2025

Lenovo ThinkPad X390 -koneeni boottaaminen USB-tikulta

Sat, 12 Jul 2025 00:00:00 +0000

Tietokoneen boottaaminen USB-tikulta on joskus vaikeampaa kuin luulisi. Sen onnistuminen vaatii kaksi ei-triviaalia taitoa:

Boottaavan USB-tikun luominen
Tietokoneen pakottaminen boottaamaan kyseiseltä USB-tikulta

Tässä postauksessa en käsittele sitä, miten boottaava USB-tikku luodaan, mutta sinun on varmistettava, että USB-tikkusi on boottaava. Minulla on tikku, jonka tiedän varmasti olevan boottaava: SpinRite -USB-tikkuni. Loin sen Windows 10 -käyttöjärjestelmässä käyttäen SpinRiten omaa sisäänrakennettua toimintoa, mutta Steve Gibson tarjoaa myös ilmaisohjelman, joka tekee pelkästään tämän: https://www.grc.com/bootable.htm . SpinRite käyttää kuitenkin boottaamiseen BIOSia (tai BIOS-emulaatiota), ja joskus tarvitaan UEFI-yhteensopiva boot-laite. Jos minulla on käytettävissä Ubuntu -järjestelmä, käyttäisin Ubuntun käynnistyslevyn luontityökalua (Startup Disk Creator) ja kirjoittaisin Ubuntu-imagen USB-tikulle. Tämä on oman kokemukseni mukaan ollut luotettava tapa luoda UEFI-yhteensopiva, boottaava USB-tikku. Ubuntulla on hyvä syy saada USB-boottaus toimimaan nykyaikaisissa laitteissa, sillä ilman sitä kukaan ei voisi asentaa Ubuntua Windows-PC-koneille tai Intel-Maceille. Vastaavasti SpinRite on riippuvainen siitä, että se voidaan bootata USB-asemalta (tai CD-levyiltä tai lerpuilta/korpuilta, joita ei enää yleisesti käytetä). Tästä syystä SpinRiten sivustolla on tyhjentävä käsittely aiheesta boottaavien USB-tikkujen luominen ( https://forums.grc.com/forums/booting/ ).

Mahdoton overlap-extension-PCR

Sat, 21 Jun 2025 00:00:00 +0000

Väitöskirjatutkija kysyi minulta plasmidikarttoja useille DNA-konstrukteille, jotka olin kloonanut noin 20 vuotta sitten. Koska SnapGeneä ei ollut tuolloin olemassa, olin käyttänyt nykyään vanhentunutta GeneConstructionKit2-ohjelmaa. Tein tuohon aikaan paljon klonauksia, mutta en jaksanut karttojen luomista niistä kaikille. GCK2-muoto ei mahdollista helppoa annotointia. Plasmidien kattavaan annotointiin tarvittiin erillinen ohjelma, ja nämä tiedot tallennettiin erilliseen tiedostoon, niin sanottuun ”illstraatiotiedostoon” – mikä voisikaan mennä vikaan? Eilen päädyin kaivamaan esiin vanhat laboratoriomuistiinpanoni ja jäljittämään noin 10 vanhaa klonausta SnapGenessä. En kuitenkaan pystynyt simuloimaan yhtä kloonausta, koska SnapGene oli liian konservatiivinen ja ei sallinut ”huonojen” PCR-alukkeiden (primerien) toiminnan.

Pythonin virtuaaliympäristöt

Mon, 16 Jun 2025 00:00:00 +0000

Pythonia voi ajaa virtuaaliympäristössä monilla eri tavoilla. Olen tähän asti käyttänyt condaa (yhdessä anacondan kanssa), mutta päädyn usein työskentelemään koneilla, joihin sitä ei ole asennettu. Siksi olen viime aikoina alkanut käyttää “sisäänrakennettua” virtuaaliympäristöä. Jos työstät Python-projektia jossakin hakemistossa, voit aloittaa sen käytön näillä vaiheilla:

Biologisia lääkkeitä käsittelevät oppimis- ja opetusmateriaalit

Sun, 08 Jun 2025 00:00:00 +0000

Lecture slides “Biologiset lääkkeet” (Finnish)

Suomenkieliset oppimismaterialit

Perustiedot biologisista lääkkeistä

Otsikko: Biologiset lääkkeet (2016, Fimea = Lääkealan turvallisuus- ja kehittämiskeskus)
https://fimea.fi/laaketurvallisuus_ja_tieto/biologiset-laakkeet

A better levodopa

Sat, 31 May 2025 00:00:00 +0000

Saku Renunanen käsikirjoitus levodopan dekarboksylaasien uusista estäjistä julkaistiin [European Journal of Pharmaceutical Sciences] -lehdessä ( https://doi.org/10.1016/j.ejps.2025.107133 ). Se on tyypillinen esimerkki siitä, miten monien eri ihmisten asiantuntemusta hyödyntämällä voidaan saavuttaa edistystä. Me kaikki tiedämme, että levodopa tarjoaa vain oireenmukaista hoitoa ja että todellinen läpimurto Parkinsonin taudin hoidossa on todennäköisesti löydettävä molekyylitasolla ymmärtämällä alfa-synukleiinin ja tau-proteiinin aggregaattien muodostumista sekä keinoja niiden estämiseksi tai kumoamiseksi. Parkinsonin taudin molekyylitason etiologian selvittäminen ja keinon löytäminen sen estämiseksi vie kuitenkin vielä monta vuotta. Siksi nykyisten hoitostrategioiden parantaminen voi lyhyellä aikavälillä vaikuttaa merkittävämmin potilaiden elämään, ja uusien lähestymistapojen tutkiminen dopamiinipuutoksen hoitostrategioiden parantamiseksi on siten kannattavaa.Levodopa on edelleen ensisijainen lääke Parkinsonin taudin hoidossa, mutta suuri osa siitä hajoaa ennen kuin se ehtii edes aivoihin. Vaikka käytämme jo karbidopaa (Lodosyn) ja vastaavia lääkkeitä tämän estämiseksi, tuoreet tutkimukset viittaavat siihen, että myös suolistobakteerit saattavat olla osasyynä ongelmaan. Erityisesti Enterococcus faecalis ja vastaavat bakteerit voivat häiritä tyrosiinidekarboksylaasientsyymien toimintaa. Tämän ongelman ratkaisemiseksi tässä tutkimuksessa seulottiin tietokoneavusteisesti yli 150 000 yhdistettä etsien niitä, jotka voisivat estää tämän bakteerien entsyymin toimintaa. Sarjan in silico - ja laboratoriotestien jälkeen valittiin kolme lupaavaa yhdistettä, jotka voivat estää sekä bakteerien TyrDC-entsyymiä että ihmisen AADC-entsyymiä (jota jo käytetään potilaiden hoidossa). Miksi tämä on merkittävää? Nämä yhdisteet voisivat johtaa tehokkaampiin oireenmukaiseen hoitoihin Parkinsonin taudin hoidossa. Suolistomikrobiomin eroista johtuen jotkut potilaat saattavat hyötyä hoidosta enemmän kuin toiset, erityisesti ne, joiden suolistossa on runsaasti levodopaa kuluttavia bakteereja. Tutustu koko tutkimukseen täällä: https://doi.org/10.1016/j.ejps.2025.107133 . Opin aina paljon uusia, erittäin mielenkiintoisia asioita tämän tyyppisissä yhteistyöhankkeissa. Se onkin yksi syy, miksi päätin alun perin ryhtyä tutkijaksi.

ProxyJump

Thu, 01 May 2025 00:00:00 +0000

OpenSSH 7.3:sta lähtien ulkopuolelta on ollut huomattavasti helpompaa muodostaa yhteys UH-verkon sisällä oleviin Linux-tietokoneisiin. Vanhemmissa SSH-versioissa piti käyttää monimutkaista “ProxyCommand”-komentoa, mutta nyt se on yksinkertaista:

Restriktioentsyymilaskuri

Tue, 29 Apr 2025 00:00:00 +0000

Käytä interaktiivista työkalua laskeaksesi kuinka paljon entsyymiä tarvitset restriktiopilkkomiseen.

Restriction Digest Calculator

Joskus on tarpeen tietää, kuinka paljon restriktioentsyymiä tarvitaan tietyn plasmidimäärän pilkkomiseen tietyssä ajassa. Tässä on etsimäsi laskentatyökalu! Kaikki tämän algoritmin koodaamiseen käytetyt tiedot on saatu New England Biolabsilta (NEB). Entsyymin säilyminen reaktiossa ekstrapoloitiin NEB:n raportoimista kokeista. Syötä vain luvut lomakkeeseen ja paina Submit-painiketta!

VEGFC-loaded Lignin Nanoparticles

Thu, 24 Apr 2025 00:00:00 +0000

Vaskulaarinen endoteelinen kasvutekijä C (lyhennettynä joko VEGFC tai VEGF-C) on käytetty useissa regeneratiivisen lääketieteen prekliinisissä malleissa. Sen mahdolliset sovellukset ulottuvat vaurioituneen sydänkudoksen korjaamisesta neurodegeneratiivisten sairauksien hoitoon . Vaikka vaurioituneen sydämen ja aivojen korjaaminen ei ole tällä hetkellä realistista, VEGFC tarjoaa kuitenkin toivon pilkahduksen potilaille, joilla on lymfedeema — krooninen sairaus, jota voidaan tällä hetkellä hoitaa vain oireenmukaisesti. Lupaavista prekliinisistä ja jopa joistakin kliinisistä tutkimustuloksista huolimatta yksi keskeinen este on kuitenkin edelleen olemassa: tehokas annostelu. Nykyinen kärkikandidaatti, adenoviruksen välittämä VEGFC (AdVEGFC) -geeniterapia, oli edennyt vaiheen II kliinisiin tutkimuksiin, mutta tulokset olivat epäselvät . Yksi mahdollinen selitys on, että AdVEGFC:n tuottaman VEGFC:n määrä tai tuotannon kesto on riittämätön. Sen nopea inaktivoituminen immuunijärjestelmän toimesta on kaksiteräinen miekka: se tekee siitä turvallisen, mutta ehkä ei kovin tehokkaan lääkkeen. Tämä puute on herättänyt kiinnostusta uusia annostelujärjestelmiä kohtaan, jotka ohittavat immuunijärjestelmän ja tarjoavat samalla hallitun ja pitkäkestoisen vapautumisen. Uusimmassa esijulkaisussamme tutkimme ligniinin nanopartikkelien (LNP:t) potentiaalia VEGFC:n kantajina synteesistä stabiilisuuteen. Miksi ligniini? Ligniini, joka on kasvisolujen seinämien pääkomponentti, on maapallon toiseksi yleisin biopolymeeri, ja sitä voidaan uuttaa monista eri lähteistä ja syntetisoida nanopartikkeleiksi.Vakauskokeemme osoittivat, että VEGFC on itsessään suhteellisen vakaa. Se kestää helposti viikkojen varastoinnin korkeissa lämpötiloissa, ja olemme säilyttäneet sitä 4 °C:ssa vuoden ajan ilman merkittävää aktiivisuuden menetystä. Se on myös suhteellisen stabiili proteolyyttisten hyökkäysten suhteen. Trypsiini tai termolysiini eivät hajota sitä, ja se kestää jopa rajoitettua altistumista proteinaasi K:lle. Jäädytys ja sulatus kuitenkin aiheuttavat sen aktiivisuuden menetyksen (yksi sykli on hyväksyttävää, mutta 32 syklin jälkeen se on menettänyt suurimman osan aktiivisuudestaan). Siksi nanopartikkelien välitys ei välttämättä ole ratkaisevaa VEGFC:n suojaamisessa hajoamiselta, mutta sen suurin etu olisi pitkäkestoinen ja viivästetty vapautuminen. Ladimme VEGFC:n partikkeleihin ja arvioimme sen vapautumisprofiilia. Tuloksemme osoittavat paitsi onnistuneen kapseloinnin myös viivästyneen vapautumiskuvion, mikä viittaa siihen, että LNP:t voisivat toimia VEGFC:n hitaasti vapautuvana varastona. Havaitsimme, että VEGFC voi säilyä pitkään jopa itsessään, sillä ero paljaan VEGFC:n ja LNP:n välityksellä annostellun VEGFC:n välillä oli pienempi kuin olimme odottaneet. Muokatussa Ba/F3-VEGFR3/EpoR-biokokeessa paljas VEGFC ylläpiti solujen eloonjäämistä ja proliferaatiota yli viikon ajan, vaikkakaan myöhemmissä mittauspisteissä ei samalle tasolle kuin LNP:hen sitoutunut VEGFC. Aikaisempien tutkimusten perusteella selitämme VEGF-C:n luontaisen kyvyn ”pysyä paikallaan pitkään” sen affiniteetilla tiettyihin solunulkoisen matriisin komponentteihin ja solupintamolekyyleihin, kuten heparaanisulfaattiproteoglykaaneihin. Vaikka suurinta osaa näistä vuorovaikutuksista välittää VEGFC:n silk-homologinen domeeni (jota ei ollut tutkimuksessamme, jossa käytettiin kypsää VEGFC:tä), osa näistä vuorovaikutuskyvyistä näyttää säilyvän myös kypsässä VEGFC:ssä. Tällä tutkimuksella otimme ensimmäisen askeleen biologisten lääkkeiden nanopartikkelipohjaisen annostelun parissa. Tutkimuksemme tukee LNP:iden käyttökelpoisuutta vaihtoehtona virusvektoreille. Parannettavaa kuitenkin on. Yksi tapa parantaa viivästettyä vapautumista on muokata VEGFC:tä (kuten Güç et al tekivät). Sen sijaan, että muokattaisiin kypsää VEGF-C:tä koodaavaa cDNA:ta (kuten Güç et al. tekivät), saattaisi olla järkevää kokeilla pro-VEGFC:tä. Pro-VEGFC on nimittäin VEGFC:n endogeeninen, inaktiivinen ”latentti muoto”. Sitä aiomme kokeilla seuraavaksi. Tutustu koko esijulkaisuun saadaksesi yksityiskohtaiset tiedot menetelmistä ja aineistoista! Linkki esijulkaisuun: https://doi.org/10.1101/2025.04.23.649697

Kukaan ei tule pelastamaan meitä

Sun, 13 Apr 2025 00:00:00 +0000

Minua on turhauttanut se, että ekologinen elämäntapa on Suomessa lähes mahdotonta. Kaikki tuntuu toimivan tätä tavoitetta vastaan. Vaikka harkitsisin melko radikaalia elämäntapaa, en pääse lähellekään kestävyyttä. Suurin (mutta ei ainoa) tekijä kestämättömien tapojeni luettelossa on se, että asun kerrostaloasunnossa. Ja minulla on ylellisyyttä nauttia 30 neliömetristä per henkilö (yhteensä 120 neliömetriä). Etsiessäni keinoja pienentää henkilökohtaista hiilijalanjälkeäni edelleen, ainoa vaihtoehto oli muuttaa pienempään asuntoon tai maahan, jossa lämmitykseen tarvitaan vähemmän energiaa. Valitettavasti Suomessa tarvitaan lämmitystä suurimman osan vuodesta. Kirjoitin kirjeen turhautumisestani paikallislehteemme (Helsingin Sanomat . Kun kirje julkaistiin, monet ihmiset esittivät mielipiteensä. Oli silmiä avaavaa nähdä, kuinka moni yritti kiistää tai perustella sitä tosiasiaa, että Suomella on – asukasta kohden laskettuna – yksi suurimmista hiilijalanjäljistä vertailukelpoisten maiden joukossa (esim. Ruotsilla tai Sveitsillä on pienemmät hiilijalanjäljet kuin meillä, katso täältä ). Kuten tavallista, esiin nousi tyypillinen (ja väärä) syyllistäminen väkirikkaita maita kohtaan. Jotkut vain kehottivat minua olemaan tyytyväinen siihen, mitä teen, kun taas toiset neuvoivat minua hakemaan apua psykiatrilta. Paljon puolustelevaa rationalisointia ja ongelmien erottelua. Mitä älykkäämpiä olemme, sitä paremmin osaamme rationalisoida. Luulen, että syvällä sisimmässämme tiedämme kaikki, että teeskentelemme vain pelastavamme planeettaa. Suurin osa saksalaisistakin tiesi syvällä sisimmässään, että nämä tehtaat, joihin kaikki juutalaiset oli määrätty töihin, eivät tuottaneet pelkästään saippuaa. Yhdysvallat tuli pelastamaan Eurooppaa toisessa maailmansodassa, mutta kukaan Yhdysvalloista ei tule pelastamaan planeettaa.

Scholar-mitä?

Mon, 07 Apr 2025 00:00:00 +0000

Tänä aamuna sain sähköpostiviestin ScholarGPS:ltä , jossa minulle ilmoitettiin, että tuottelias julkaisutoimintasi, tutkimustyösi suuri vaikutus ja tieteellisten panostustesi erinomainen laatu ovat nostaneet sinut maailman tutkijoiden kärkikymmenykseen (0,05 %) tuoreimman, vuoden 2024 ScholarGPS-rankingin mukaan. Onko tämä jonkinlainen huijaus, jolla pyritään ensin paisuttamaan itsetuntoani ja sitten saamaan minut ostamaan jonkinlaisen tilauspalvelun? Tein hieman Google-hakuja, mutta kyseessä näyttää olevan laillinen toiminta. En oikein ymmärrä, miksi joku katsoo, että markkinoilla pitäisi olla vielä yksi yritys keräämässä tällaisia tutkimusmittareita, eikä sitä, miksi yliopistot ostaisivat ScholarGPS Pro -tilauksen, joka on suunnattu akateemisille laitoksille ja ilmeisesti heidän tapansa ansaita rahaa palvelullaan. ScholarGPS perustettiin vuonna 2022, ja se arvioi yksittäisiä tutkijoita, laitoksia ja julkaisuja. Tarkistin lyhyesti heidän rankinginsa, ja laitosten rankingit ovat – muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta – melko yhdenmukaisia muiden tunnettujen rankingjärjestelmien kanssa. Esimerkiksi Helsingin yliopisto on sijalla 82 , Karolinska-instituutin (67), ETH Zürichin (56) ja Kööpenhaminan yliopiston (54) jälkeen. Kolme korkeimmalle sijoittunutta julkaisua käsittelevät kaikki proteiinanalyysin teknisiä edistysaskeleita (Lowry, Bradford ja Laemmli). Näiden kolmen julkaisun lukumäärät (235778, 208682 ja 195947 7. huhtikuuta 2025) eivät täsmää Scopusin (273686, 233419, 220 553), Web of Science -tietokannan (356 029, 242 982, 259 225) tai Google Scholarin (234 173, 261 986, 307 492) lukujen kanssa. Laskevatko he todella luvut itse? He väittävät käyttävänsä tekoälyä. En usko, että laskeminen lasketaan tekoälyksi, ja mitä siihen tulee, tekoäly on todella huono laskemisessa ja muissa yksinkertaisissa matemaattisissa tehtävissä ( https://x.com/yuntiandeng/status/1836114401213989366 ).Mitä tämä ”kaikkien tutkijoiden ylin 0,05 %” oikeastaan tarkoittaa? Ei juuri mitään, jos et tiedä, kuinka suuri lampi on, josta kalastat. ”Tutkijalle” ei ole tarkkaa määritelmää. Scopus ja Web Science sisältävät profiileja noin 10 miljoonasta yksilöllisestä kirjoittajasta. Ja 0,05 % näistä on 5 000, mikä on silti suuri luku. ScholarPro väittää, että sillä on tietoja noin 30 miljoonasta tutkijasta ja 15 000 akateemisesta laitoksesta. Mitä se sitten merkitseekin, tarkistin muut asiantuntijat VEGF-listalta , ja valtaosa heistä on todellisia asiantuntijoita (nro 1 Napoleone Ferrara, nro 2 Kari Alitalo). Tiede on jaoteltu moniin alaryhmiin, ja voit tarkastella kunkin alan parhaiksi arvioituja asiantuntijoita (esim. angiogeneesi tai TGF . Vaikka luokittelu saattaa joskus vaikuttaa satunnaiselta. Miksi luettelossa on VEGF- ja TGF-tekijöitä, mutta ei angiopoietiineja?

Englanti vai suomi?

Wed, 26 Mar 2025 00:00:00 +0000

Opetan kandidaatti-, maisteri- ja väitöskirjatutkijoita Helsingin yliopistossa . Vaikka lähes kaikki biotieteiden maisteri- ja väitöskirjatyöt kirjoitetaan englanniksi, keskustelen famaseutti- ja LuK-vaiheen opiskelijoiden kanssa usein siitä, pitäisikö opinnäytetyö kirjoittaa suomeksi vai englanniksi. Tulen toimeen sekä suomen että englannin kielellä, mutta päätöstä tehdessä kannattaa ottaa huomioon muutama seikka:

Avaruustutkimus

Tue, 25 Mar 2025 00:00:00 +0000

Kun olin 10-vuotias, halusin tulla astronautiksi. En enää. Pidän avaruustutkimusta edelleen jännittävänä, mutta kun otetaan huomioon selviytymismahdollisuutemme avaruudessa, pysyn mieluummin Maapallolla. Emmehän me vielä edes tiedä, miten voimme suojella ihmisiä ionisoivalta säteilyltä matkalla Marsiin…

140 % liikaa

Sat, 15 Mar 2025 00:00:00 +0000

Suomessa keskimääräisen suomalaisen Earth Overshoot Day oli vuonna 2024 12. maaliskuuta. Jos kaikki tämän planeetan asukkaat eläisivät kuten keskimääräinen suomalainen, tarvitsisimme 3,5 planeettaa ylläpitämään tuota kulutustasoa. Tämä on aina tuntunut minusta epätodennäköiseltä, sillä verrattuna moniin muihin kehittyneisiin maihin, joissa olen vieraillut, Suomi ei ole erityisen rikas, eikä elämäntapamme ole erityisen ylellinen tai kulutuskeskeinen.Tilastojen mukaan kulutuksemme on kuitenkin aina ollut samalla tasolla Yhdistyneiden arabiemiirikuntien, Saudi-Arabian ja muiden rikkaiden maiden, kuten Luxemburgin ja Yhdysvaltojen, kanssa. Käytämme enemmän resursseja kuin monet muut vauraat maat, kuten Ruotsi, Saksa tai Sveitsi. Tänä vuonna (2025) pärjäsimme hieman paremmin: sijoitus laski 12. maaliskuuta 6. huhtikuuta. Ehkä se johtuu uudesta ydinvoimalastamme tai taantuman ansiota, mutta emme vahingoita planeettaamme yhtä voimakkaasti kuin aiempina vuosina.

Ruotsi, geenitietoni ja yhteinen kyvyttömyytemme pitää salaisuuksia

Thu, 06 Mar 2025 00:00:00 +0000

Yhdistynyt kuningaskunta on äskettäin luonut ennakkotapauksen, ja jopa mahtava Apple on taipunut Yhdistyneen kuningaskunnan vaatimuksiin. Apple poistaa mahdollisuuden ottaa käyttöön turvallinen päästä päähän -salaus Yhdistyneessä kuningaskunnassa sijaitsevista laitteista . Tämä tarkoittaa, että Yhdistyneen kuningaskunnan hallituksella on takaportti iPhone-käyttäjien yksityiseen viestintään iCloud-varmuuskopioinnin kautta. Lähes kaikki asiantuntevat tahot pitävät tätä huonona ideana, sillä venäläiset tai kiinalaiset hakkerit murtaavat takaportit yleensä nopeammin kuin kuningas Kaarle III ehtii antaa kuninkaallisen hyväksyntänsä lain voimaantulolle (ks. esim. Financial Timesin uutinen täällä ).

Goodbye Finland

Sat, 01 Mar 2025 00:00:00 +0000

Jos nykyhallituksessamme on joku ministeri, joka ärsyttää minua, niin se on luultavasti talous- ja työministerimme Arto Satonen. Tarkoitan, että hän on kyllä oikeassa siinä, että Suomi tarvitsee paljon enemmän työperäistä maahanmuuttoa, mutta hän elää harhakuvitelmissa, kun luulee, että Suomi pystyy kilpailemaan muiden Euroopan maiden kanssa halutuimmista ja arvokkaimmista maahanmuuttajista. Miten muuten hän olisi voinut tukea ”kolmen kuukauden sääntöä”, lakia, joka karkottaisi maasta maahanmuuttajat, jotka ovat menettäneet työpaikkansa eivätkä ole löytäneet uutta työtä kolmen kuukauden kuluessa. Tätä sääntöä on kritisoitu laajalti ( https://www.hs.fi/politiikka/art-2000010770898.html ). Jos epäpätevä Arto Satonen ei pidä tätä ongelmana ( https://www.hs.fi/politiikka/art-2000010770898.html ), se johtuu todennäköisesti siitä, että hän ei tunne tai keskustele ulkomaalaisten kanssa, jotka työskentelevät työpaikoissa, joissa työsuhdeturva on heikko. Toki Suomeen on aina halukkaita maahanmuuttajia (”Suomeen on kyllä tulijoita”), mutta miksi herra Satonen haluaa juuri kaikkien potentiaalisten maahanmuuttajien huonoimman osan? Muut maat, joissa olosuhteet ovat paremmat ja asenne vieraanvaraisempi, nappaavat parhaat palat. Suomella on jo lähtökohtaisesti valtavia haittoja kilpailussa parhaista osaajista: syrjäinen sijainti, pimeät ja likaiset talvet sekä käsittämätön kieli. Satosen herra on varmaankin saanut hyvin vääristyneen kuvan Suomen houkuttelevuudesta korkeasti koulutettujen ulkomaalaisten työntekijöiden silmissä. Kuten useimmat epäpätevät poliitikot, hän ei yleisesti ottaen näytä olevan kovin kiinnostunut perustamaan politiikkaansa ja päätöksiaan tosiasioihin ja tutkimuksiin ( https://www.hs.fi/mielipide/art-2000011074278.html ). Ei, Suomi ei ole kovin houkutteleva maa useimmille ulkomaalaisille. Meillä on ongelmia paitsi kansainvälisten osaajien houkuttelemisessa myös jo maassa olevien osaajien pitämisessä täällä. Koska olen puoliksi suomalainen, minulla on taipumus unohtaa, kuinka epäpätevästi tämä maa voi käyttäytyä vieraitaan kohtaan. Lue Yle.fi:n artikkeli ”Kiitos Suomi ja näkemiin” ( https://yle.fi/a/74-20143543 ), jos haluat tietää, mikä tässä maassa menee pieleen. Jos haluamme tehdä tästä maasta houkuttelevamman ulkomaalaisille, meidän on ensin lopetettava niiden ihmisten sietämätön käytös, jotka eivät ymmärrä, että tämän maan tulevaisuus riippuu maahanmuutosta. Pääministeri Petteri Orpon johtama nykyhallitus ei kykene auttamaan millään merkittävällä tavalla, koska se on riippuvainen ”Suomalaiset-puolueen” (ent. Todelliset suomalaiset) tuesta. Kyseessä on puolue, jonka jäsenistössä on kiistanalaisen vaarallisen suuri osuus tuomittuja rikollisia, entisiä natsisteja ja muita epäilyttäviä henkilöitä (samanlainen kuin Saksan AfD). Etlan raportin (Suomen taloustutkimuslaitos) mukaan korkeasti koulutetut ulkomaalaiset ovat ensimmäisiä, jotka lähtevät Suomesta. Muuttuuko tämä tilanne koskaan? Satonen saa nyt odottamatonta apua presidentti Trumpilta. Aiemmin Yhdysvallat on onnistunut erinomaisesti houkuttelemaan ja integroimaan ulkomaisia huippuosaajia, mutta ulkomaalaisiin kohdistuva ilmapiiri näyttää olevan muuttumassa. Monet Yhdysvalloissa työskentelevät kollegani ovat hyvin huolissaan siitä, mitä on meneillään. Jos sattuu olemaan sekä tutkija että ulkomaalainen, nykyinen Yhdysvaltain hallinto iskee kahdesti. Ehkä tulevaisuudessa yhä useammat huippuosaajat suuntaavat Eurooppaan. Olen viime aikoina alkanut miettiä paluuta Suomesta Saksaan ilmastonmuutoksen vuoksi. Kun AMOC pysähtyy, Suomi jäätyy, ja joudumme uuteen jääkauteen, jolloin suurin osa maasta on mahdollisesti lumen peitossa ympäri vuoden. Samaan aikaan Saksa sijaitsee juuri siellä, missä ilmaston lämpeneminen ja AMOC:n välittämän etelästä pohjoiseen suuntautuvan lämmönsiirron menetys todennäköisesti tasapainottuvat. Saksa ei välttyisi myrskyjen ja tulvien kaltaisilta äärimmäisiltä sääilmiöiltä, mutta ainakaan siellä ei jäädy kuoliaaksi eikä paistu kuoliaaksi. AMOC:n heikkenemistä koskevien nykyisten ennusteiden ja elinajanodotteeni perusteella olen todennäköisesti vielä hengissä, kun tämä paska osuu tuulettimeen. PÄIVITYS: Äskettäin Nature-lehdessä julkaistun analyysin mukaan AMOC:n täydellinen romahtaminen on epätodennäköistä tällä vuosisadalla. Tulevaisuuden ennustaminen on vaikeaa, mutta ainakin Suomelle on toivoa!

Miljardiluokan peli

Fri, 28 Feb 2025 00:00:00 +0000

Viime joulukuussa Forbes julkaisi artikkelin Megan Baldwinin työstä silmäsairauksien antiangiogeenisen hoidon parantamiseksi. Toivon, että hän voittaa miljardiluokan pelinsä, eikä vain siksi, että kyseinen lääke keksittiin täällä Helsingin yliopistossa. Lääkkeen nimi on OPT-302, tai INN-nimeltään sotsinibersepti (sozinibercept). Patentissa on merkitty vain kaksi keksijää: Kari Alitalo ja minä. Lääke suunniteltiin alun perin syövän hoitoon (nimellä VGX-300), mutta – kenties onneksi – sitä ei ole koskaan otettu käyttöön siinä tarkoituksessa, koska se estää VEGF-D:n lisäksi myös VEGF-C:tä, jota elimistö tarvitsee immuunivasteessaan syöpää vastaan. Toistaiseksi kukaan ei ole pystynyt erottamaan VEGF-C:n metastaaseja edistäviä ja immunogeenisiä ominaisuuksia toisistaan.

DTE-proteiini asporiini ja suoliston uudistuminen

Thu, 13 Feb 2025 00:00:00 +0000

Ikääntyminen ja uudistuminen ovat kaksi elintieteiden kiehtovinta alaa. Aiemmin esimerkiksi ruston TGF-beeta-aktiivisuuden säätelijänä tunnetun, hieman tuntemattoman proteiinin (tai pikemminkin proteoglykaanin) Asporinin on nyt osoitettu olevan avainasemassa suoliston uudistumisessa. Hieno osoitus tieteellisestä sinnikkyydestä, Sharif ja Pekka! Tämän artikkelin valmistelu on kestänyt useita vuosia, ja matkan varrella oli useita teknisiä haasteita, jotka piti voittaa. Sawan K. Jha aloitti tämän yhteistyön vuonna 2017 luomalla useita solulinjoja, ennen kuin hän onnistui Asporinin rekombinanttituotannossa. Termille ”vaikeasti ilmentyvä (DTE) proteiini” ei ole yleisesti hyväksyttyä määritelmää, mutta Asporin sopii kuvaukseen hyvin. Sen saanto on surkea, ja sen aktiivisuus menetetään helposti puhdistuksen aikana. Sawan tuotti ja puhdisti myös ensimmäiset erät, ja sen jälkeen kun Sawan oli siirtynyt Stanfordin yliopiston Red-Horse-laboratorioon , Sharif (tuotantoketjun alkupää) ja minä (tuotantoketjun loppupää) jaoimme tuotanto- ja puhdistustyön keskenämme. Tässä on suora linkki julkaisuun, jonka pitäisi toimia 26. huhtikuuta asti, vaikka sinulla ei olisikaan tilausta. Sen jälkeen käytä linkkiä https://doi.org/10.1016/j.stem.2025.02.009 . Jos sinulla ei ole tilausta, lähetän sinulle mielelläni PDF-tiedoston sähköpostitse…

Sartorius Midi Plus

Sun, 26 Jan 2025 00:00:00 +0000

Kun suuret kilpailijat ostavat innovatiivisia pienyrityksiä tai tuotemerkkejä, tuotteiden laatu voi toisinaan kärsiä tuottavuuden parantamiseen tähtäävien toimien vuoksi. En tiedä, onko näin BioHit Midi Plus -pipetointiohjaimen kohdalla, mutta meillä on ollut runsaasti ongelmia sen jälkeen, kun BioHit Midi Plus nimettiin uudelleen ”Sartorius”-tuotemerkiksi. Tuntuu siltä, että kyseessä on huono liitosongelma. Laboratoriossamme on luultavasti noin 20 tällaista laitetta. Niiden joukossa on (ikivanhoja) kirkkaan sinisiä, tummansinisiä ja mustia malleja. Meillä oli ja on edelleen paljon ongelmia mustan mallin, eli uusimman mallin , kanssa. Vaikka nämä mallit ovat ladattuja, ne lakkaavat toisinaan yhtäkkiä toimimasta kokonaan. Kun imu- ja tyhjennyspainikkeita painetaan useita kertoja, ne alkavat toimia uudelleen (ikään kuin kyseessä olisi jokin kosketusongelma). Joskus meidän on kuitenkin kytkettävä latauskaapeli hetkeksi tällaiseen tilapäisesti toimimattomaan pipettiin, jotta saamme sen jälleen toimintakuntoon. Vaikka olen käyttänyt vanhempia (sinisiä) malleja lähes päivittäin kahden vuosikymmenen ajan, tämä ilmiö on minulle uusi. Se on erityisen häiritsevää soluviljelytyössä: olet juuri poistanut elatusaineen soluista ja haluat lisätä PBS:ää pesua varten. Nyt solut alkavat kuivua, kun etsit kiireesti korvaavaa pipetointivälinettä. Tutkimusryhmän johtajana työskentelen yhä harvemmin soluviljelyssä, mutta kun teen niin, tämä tapahtuu minulle nykyään joka kerta Sartorius Midi Plus -pipetin kanssa. Tuotekehityksen pitäisi parantaa tuotteita, ei huonontaa niitäOlen myös miettinyt, miksi näitä pipettejä ei ole kehitetty juurikaan vuosien varrella. Miksi niissä ei ole nykyaikaista älykästä latausohjainta, kuten nykyään jokaisessa matkapuhelimessa on? Oletan, että jonkinlainen ohjain on olemassa, mutta ilmeisesti se ei ole tehtäväänsä sopiva. Jotkin asiat ovat kuitenkin muuttuneet. Esimerkiksi vanhimmissa malleissa käytettiin NiCd 2/3 AA -paristoja, jotka myöhemmin korvattiin NiMH 2/3 AA -paristoilla. Oletan, että myös latausohjain päivitettiin, koska nämä kaksi paristotyyppiä vaativat latauksen aikana erilaista käsittelyä paristojen käyttöiän optimoimiseksi.Minusta tuntuu, että tämän sarjan vanhimmat pipetit ovat olleet luotettavimpia ja että uusimpien mallien käyttöikä on lyhentynyt vuosien mittaan. Koska asun hyvin lähellä laboratoriota, tarjouduin jakamaan soluja kaikille laboratoriossani viime joululoman aikana. Midi Plus -laitteen ongelmien takia turhauduin kuitenkin kovasti, kun tein solujen jakamista. Minun piti keskeyttää soluviljely ja hakea toinen pipetointiapuväline, mikä on aina suuri vaiva. Löytämäni MidiPlus (myös musta) toimi, mutta sen LED-valot alkoivat vilkkua ja laite päästi piippausääniä, mitä en ollut aiemmin kokenut minkään vanhemman mallin kanssa. Puutteellinen käyttöohjeMyöhemmin yritin selvittää käyttöohjeesta, mitä LED-viestit ja piippaus tarkoittivat. Valitettavasti en löytänyt käyttöohjeesta mitään tietoa asiasta. Miksi kukaan sisällyttäisi tällaisia ominaisuuksia laitteeseen, mutta jättäisi ne dokumentoimatta käyttöohjeeseen? Otin yhteyttä Sartoriukseen juuri tästä kysymyksestä 31. joulukuuta. Sain sähköpostivastauksen 10. tammikuuta, jossa paikallinen huoltopäällikkö tarjoutui tulemaan laboratorioomme selvittämään ongelmamme. Yhtään kysymystäni vilkkumisesta ja piippauksesta koskevasta puutteellisesta dokumentaatiosta ei kuitenkaan vastattu, ja vasta toistettu pyyntö johti vastaukseen: Punainen vilkkuminen = akku melkein tyhjäVihreä vilkkuminen = latautumassaVihreä valo palaa tasaisesti = täysin ladattuPiippaus = akku melkein tyhjäJatkuva piippausääni = akun jännite liian alhainen, akut on ehkä vaihdettava Käyttöohjeen nykyisessä versiossa (01/2022) mainitaan vain vihreän LED-valon viestit. On outoa, että käyttöohjeessa jaettiin noin 10 vuoden ajan puutteellisilla tiedoilla. Eikö Sartorius välittänyt asiasta? Ehkä käyttöohjeen kirjoitti harjoittelija, joka ei ollut käyttänyt BioHit Midi Plus -laitetta tarpeeksi kauan todistaakseen vilkkumista tai piippausta? Sartorius lupasi kuitenkin lisätä puuttuvat tiedot käyttöohjeen seuraavaan painokseen. **Pitäisikö meidän siirtyä Integraan? Onko kenelläkään käyttökokemuksia muista merkeistä?**Kun perustin laboratorioni, ensimmäinen ostamamme musta Sartorius-merkkinen Midi Plus oli rikki heti alusta alkaen. Sen akkuja ei saatu ladattua lainkaan, joten se lähetettiin suoraan korjattavaksi. Mielenkiintoista kyllä, kaikki kolme (alkuperäistä) Integra Pipetteboyta toimivat edelleen moitteettomasti. Kyllä, paristot piti vaihtaa, mutta Integra-laitteiden etuna on, että ne toimivat ladattavilla 9 V:n paristoilla, joita voi ostaa melkein mistä tahansa, missä paristoja myydään. Tämä on jyrkässä ristiriidassa Midi Plus -laitteen 2–3 AA-pariston kanssa, jotka on tilattava Sartoriukselta kalliilla hinnalla. Veikkaan, että Sartorius myy näitä paristoja noin kymmenkertaisella hinnalla siihen verrattuna, mitä se maksaa niistä kiinalaiselta valmistajalta. Valitettavasti Integra ei enää myy alkuperäistä Pipetteboyta, eikä minulla ole kokemusta Pipetteboy acu 2:sta. Mikä on suosikkipipetointiapulaisesi? Käytätkö työssäsi elektronisia pipetointiapulaisia? Haluaisin kuulla kokemuksistasi: mitkä merkit ovat luotettavia, kestäviä ja edullisia? En näe mitään ongelmaa siinä, että maksan korkean hinnan korkealaatuisesta tuotteesta, mutta minusta tuntuu, että tällä hetkellä Sartoriuksen BioHit Midi Plus ansaitsee ”premium”-nimityksen vain hinnan, ei suorituskyvyn perusteella.

Barrier (ohjelmistopohjainen KVM-kytkin)

Tue, 21 Jan 2025 00:00:00 +0000

Barrier on loistava ohjelmisto, jonka avulla voit käyttää samaa näppäimistöä ja hiirtä eri tietokoneilla ilman erillisiä laitteita. Minulla on työpöydälläni kaksi tietokonetta, ja aiemmin käytin laitteistopohjaista KVM-kytkintä (näppäimistö, video ja hiiri), joka kävi tarpeettomaksi, kun tietokoneeni alkoivat lähettää videokuvaa HDMI-liitännän kautta. Siksi minulla on työpöydälläni kaksi näppäimistöä, mikä ei ole kovin ergonomista. Tiesin, että tähän ongelmaan on olemassa ohjelmistoratkaisuja, mutta en ole koskaan ehtinyt ottaa niitä käyttöön, enkä myöskään halunnut maksaa tilausmaksua tästä ylellisyydestä. Olen nyt alkanut käyttää Barrieria: https://github.com/debauchee/barrier . Se on toiminut tähän mennessä erinomaisesti (asennusta ja ohjeistusta lukuun ottamatta), mutta minun on vielä saatava se toimimaan ennen kirjautumista, jotta voin luopua toisesta näppäimistöstäni. Tässä ovat vaiheet, joita ei ollut dokumentoitu hyvin: Kun Barrier asennetaan Ubuntuun, se ei luo varmenteita automaattisesti. Joten tämä on tehtävä itse: Suorita sekä asiakaskoneella että palvelimella: /home/käyttäjätunnus/.local/share/barrier/SSL:openssl req -x509 -nodes -days 365 -subj /CN=Barrier -newkey rsa:4096 -keyout Barrier.pem -out Barrier.pemJos käytät palomuuria, sinun on myös avattava portti 24800. Kun olet saanut Barrierin toimimaan, tarkista oikea komento (ps aux) komentoriviltä. Se on todennäköisesti jotain tällaista:/usr/bin/barrierc -f --no-tray --debug INFO --name tietokoneen-nimi [87.167.231.88]:24800startKäytä Ubuntun Käynnistyssovellukset-toimintoa ja liitä yllä oleva komento siihen. Tämä tarkoittaa, että et voi käyttää Barrieria kirjautumiseen, koska se ladataan vasta kirjautumisen jälkeen. Mutta en ole toistaiseksi keksinyt enempää. Luultavasti on olemassa tapa saada tämä toimimaan ennen kirjautumista systemd:n avulla, mutta en ole ehtinyt selvittää, miten se tehdään.

Vuoden 2025 vaarallisin tauti?

Wed, 08 Jan 2025 00:00:00 +0000

Tehokkaiden rokotteiden ja näyttöön perustuvan hoidon ansiosta Covid-19 ei ole vuoden 2025 vaarallisin tauti. Asiantuntijoille ei ole myöskään yllätys, että HIV, tuberkuloosi ja malaria ovat edelleen tämän vuoden kolme suurinta huolenaihetta. Nämä kattavat kolme erilaista taudinaiheuttajatyyppiä: virukset, bakteerit ja loiset. Nämä kolme tautia yhdessä tappavat vuosittain noin 2 miljoonaa ihmistä. Me Euroopassa ja Yhdysvalloissa pidämme HIV:tä, tuberkuloosia ja malariaa menneisyyden sairauksina tai hallittavissa olevina kroonisina sairauksina. Kaikki nämä kolme voivat kuitenkin palata. Malaria oli esimerkiksi Suomessa endeeminen tauti, ennen kuin se hitaasti katosi ( viimeinen kotoperäinen tapaus vuonna 1954 ). Ilmastonmuutoksen seurauksena se voi paitsi palata myös levitä maihin, joissa sitä ei ole koskaan aiemmin esiintynyt. Euroopassa ja Yhdysvalloissa meidän pitäisi kuitenkin luultavasti pelätä eniten lintuinfluenssaa (avian influenza). Miksi? Koska kaikki palaset ovat paikoillaan maailmanloppua varten, sellaisena kuin sen tunnemme. A-tyypin H5N1-influenssa on se lintuinfluenssatyyppi, joka tällä hetkellä on otsikoissa. Se on viime aikoina aiheuttanut useita taudinpurkauksia linnuissa ja lehmissä. Myös ihmiset ovat yhä useammin saaneet tartunnan linnuilta, lehmiltä tai raakamaitoa juomalla. Ainoa asia, joka estää lintuinfluenssaa leviämästä pandemiaksi, on se, että lintuinfluenssavirus ei tartu helposti ihmisestä toiseen. Tämän käyttäytymisen muuttumiseen riittää kuitenkin vain yksi mutaatio ( https://doi.org/10.1126/science.adt0180 ). Jokaisen tartunnan saaneen ihmisen myötä todennäköisyys tälle mutaatiolle kasvaa. Influenssa on nimittäin RNA-virus, joka mutatoituu keskimäärin paljon helpommin kuin DNA-virus. Siksi on erittäin järkevää rokottaa ihmiset, joilla on suurin riski sairastua tautiin, kuten siipikarjatyöntekijät, lintujen rengastajat tai eläinlääkärit. Suomi on alkanut toimia juuri näin , ja myös useat muut EU-maat noudattavat samanlaista strategiaa . Ellei muu maailma kuitenkaan seuraa perässä, nämä toimet eivät juurikaan vähennä edessämme olevaa valtavaa maailmanlaajuista riskia. Lintuinfluenssarokotteen valmistus on rutiinitoimenpide, ja se voitaisiin toteuttaa melko nopeasti, koska prosessi on identtinen kausi-influenssarokotteen valmistuksen kanssa. Epäilen kuitenkin, että väestön rokottaminen riittävän nopeasti on mahdollista. Suuret maat, kuten Saksa, haluavat ilmeisesti odottaa, kunnes virus on mutatoitunut. Miten muuten voisi tulkita Saksan liittovaltion terveysministeriön lausuntoa, jonka mukaan Saksa hankkisi lintuinfluenssarokotteita vain ” jos kyseessä on olemassa oleva tai välittömästi uhkaava tartuntatauti ”? Mikä voisi mennä pieleen? On pelottavaa, että Yhdysvalloissa raakamaitoa puolustava henkilö saattaa pian tulla terveys- ja sosiaaliministeriksi. Muut maat suhtautuvat uhkaan vakavammin. Vaikka useimmat maat – mukaan lukien Suomi – ovat purkaneet valtion ylläpitämät rokotekehityskeskuksensa vuosia tai vuosikymmeniä sitten, Yhdistynyt kuningaskunta on säilyttänyt valtion omistaman rokotekehitys- ja arviointikeskuksen (VDEC, UKHSA:n rokotekehitys- ja arviointikeskus ). Yhdistyneen kuningaskunnan hallitus on juuri antanut VDEC:lle tehtäväksi valmistaa 5 miljoonaa annosta lintuinfluenssarokotetta mahdollisen epidemian varalta ( https://www.euronews.com/health/2024/12/03/uk-purchases-5-million-bird-flu-vaccine-doses-to-prepare-for-possible-pandemic ). Kun ihmisten kuolleisuusaste on jopa 30 % , lintuinfluenssa saa Covid-19:n (0,3 %:n kuolleisuus rokottamattomilla minun ikäisilläni) näyttämään melkein edulliselta. Vaikka 30 prosentin kuolleisuus on todennäköisesti yliarvioitu, jopa 3 prosentin kuolleisuus olisi silti noin 10 kertaa pahempi kuin COVID-19:n. Toisin kuin COVID-19:n tapauksessa, tunnemme tämän viruksen ja voisimme varautua siihen hyvin. Mutta epäpätevän hallituksen vuoksi (enkä tarkoita tällä vain tulevaa Yhdysvaltain hallitusta) olemme menossa suoraan kohti maailmanloppua. On epätodennäköistä, että mikään Warp-Speed-operaatio tai rokotuskampanja olisi tarpeeksi nopea pysäyttämään influenssa-aaltoa, joka leviää ympäri maailmaa nopeammin kuin koskaan, koska lentomatkustaminen on jo ylittänyt COVID-19-pandemiaa edeltäneen tason ja kasvaa edelleen. Hyvää uutta vuotta – ja älkää unohtako varastoida wc-paperia! Tämä kirjoitus perustuu löyhästi keskusteluun uusista taudeista The Skeptics’ Guide to the Universe -podcastin jaksossa #1017.

Drupal 9:n admin (käyttäja #1) -salananan muuttaminen

Wed, 01 Jan 2025 00:00:00 +0000

Olen kokeillut hieman Drupal 9:ää ja unohtanut samalla admin-salasanan. Jos sinullekin käy näin, siirry Drupal-asennuksen juurihakemistoon.

Luo salasanasi hash:

php core/scripts/password-hash.sh 'newpasswd'

Suorita seuraava komento MySQL:ssä:

UPDATE users_field_data SET pass='lisää_tähän_edellisen_komennon_hash-tulos' WHERE uid = 1;

Tyhjennä välimuisti:

DELETE FROM cache_entity WHERE cid = 'values:user:1';

Saksalaista musiikkia aloittelijoille

Tue, 31 Dec 2024 00:00:00 +0000

Laboratoriomme ei mene konkurssiin vuonna 2025!

Fri, 29 Nov 2024 00:00:00 +0000

Laboratoriollamme on ollut niin huonoa onnea viimeaikaisissa apurahahakemuksissaan, että olin jo vakavasti harkinnut vaihtoehtoisia urapolkuja. Kuten raitiovaununkuljettajaksi ryhtymistä. Helsinki ja sen lähikaupungit laajentavat raitiovauniverkostojaan, ja hyviä kuljettajia on harvassa. Suomen Syöpäliitto ( https://syopasaatio.fi/en/homepage/ ) on kuitenkin nyt katkaissut epäonnisen putkemme! Vaikka kyseessä onkin vain vaatimaton summa, katson tulevaisuuteen toiveikkaasti. Kaikki tutkimus ei ole yhtä kallista: jotkut menetelmät vaativat enemmän rahaa kuin toiset, ja omamme kuuluvat budjettipäähän tässä asteikossa. Mikä projekti sai rahoitusta? No, kyseessä ei ole meidän uusi proteiinin ilmentymisjärjestelmämme, vaan projekti, jonka tarkoituksena on vastata kysymykseen, joka on vaivannut monia verisuonibiologian tutkijoita vuodesta 2001 lähtien, jolloin Achenin/Stackerin laboratorio julkaisi artikkelin, jossa osoitettiin, että hiiren ja ihmisen VEGF-D:llä EI ole samoja reseptoreita, mutta että hiiren VEGF-D ei sitoudu hiiren VEGFR-2:een ( Baldwin et al., 2001 ). Osoitimme vuosina 2011 ja 2019 , että katepsiini D:n aiheuttama VEGF-D:n proteolyyttinen aktivaatio johtaa ihmisen VEGF-D:n VEGFR-3-sitoutumisen täydelliseen menetykseen. Jos tämä pätee myös hiiren VEGF-D:hen, kyseessä olisi kasvutekijä ilman reseptoria! Tämä ei ole mahdotonta, mutta se olisi poikkeuksellista. On tärkeää selvittää nämä molekyylitason yksityiskohdat oikein, koska testaamme tulevia syöpälääkkeitämme aina hiirillä. Jos hiirien ja ihmisten välillä on suuri ero angiogeenisessä signalointissa, tämä voisi tehdä suuresta osasta hiiritutkimustietoja hyvin vaikeasti tulkittavia ja ehkä jopa selittää, miksi lääkkeet, jotka toimivat hyvin hiirillä, epäonnistuvat ihmisillä. On huomionarvoista, että kaikista lääkkeistä juuri syöpälääkkeillä on huonoimmat onnistumisprosentit kliinisissä tutkimuksissa. On perusteltua syytä uskoa, että VEGF-D on VEGF-perheen ”paha poika” VEGF-perheessä, eli se, joka on vastuussa syöpien vastustuskyvyn kehittymisestä VEGF-A:n estämiseen perustuvia antiangiogeenisiä syöpähoitoja vastaan. Joka tapauksessa suuri kiitos Suomen Syöpäliitolle! Lue täältä palkinnosta.

JuFo-ranking: Huonompi vaikutuskerroin?

Sat, 02 Nov 2024 00:00:00 +0000

Muutokset suomalaisessa tohtorikoulutuksessa Kaikki suomalaiset yliopistot ovat lieventämässä väitöskirjan vaatimuksia. Aiemmin vaadittujen 3–4 julkaisun sijaan väitöskirjan voi nyt puolustaa 2–3 julkaisulla. Yksi tämän muutoksen puolesta esitetty peruste oli tasapuolisten toimintaedellytysten luominen suhteessa muihin maihin. Yksikään suurista Euroopan maista ei vaadi julkaisuja tohtorintutkinnon suorittamiseksi: ei Iso-Britannia, Saksa, Ranska eikä Italia. Muut Skandinavian maat ovat ainoat muut Euroopan maat, joilla on (tai on ollut) vastaavia vaatimuksia vaadittavien julkaisujen lukumäärän suhteen, ja Ruotsin järjestelmä on lähes samankaltainen kuin Suomen. Jos tavoitteena oli kansainvälinen yhdenmukaistaminen, muutoksen olisi pitänyt olla radikaalimpi, eli julkaisuvaatimuksista olisi pitänyt luopua kokonaan. Uudet säännöt kuitenkin vain varmistavat, että menetämme laadussa sen, mitä voimme määrässä. Pidän parempana, että tohtoreita on vähemmän, mutta he ovat paremmin koulutettuja, mutta nykyhallituksemme haluaa ilmeisesti vain kasvattaa Suomen tuottamien tohtoreiden määrää. Julkaise tai kuole Pelkään, että pyrkimys lyhentää tohtoriopintoja saattaa heikentää julkaisujen laatua. Tohtoriopiskelijat ovat nyt paineen alla julkaista kolme artikkelia 3–4 vuoden kuluessa. Heti kun ”pienin julkaistava kokonaisuus” on saatu valmiiksi, se työnnetään ulos maailmaan. Harvoilla tutkimusryhmillä on varaa lykätä tutkimustulosten julkaisemista pitkään, koska ”julkaise tai kuole” -kulttuuri kukoistaa edelleen. Vaikka Suomi on luopunut vaikutuskertoimesta (hyvä asia), olemme korvanneet sen vähemmän läpinäkyvällä järjestelmällä (huono asia). Suomessa käytetään tällä hetkellä JuFo-järjestelmää, jossa lehdet luokitellaan luokkiin 0–3 ”asiantuntijoiden yksimielisen arvion” perusteella. JuFo on lyhenne sanasta Julkaisufoorumi (“Julkaisufoorumi”). Koska jokaisella (myös asiantuntijoilla) on omat suosikkilehtensä, tämä avaa oven puolueellisuudelle ja jopa manipuloinnille. On runsaasti esimerkkejä erittäin arvostetuista, yli 10:n vaikutuskertoimen lehdistä, joiden hylkäysaste on tähtitieteellisen korkea ja jotka luokiteltiin pitkään JuFo 1 -luokkaan, kunnes – kyseisen JuFo-paneelin jäsenten vaihdoksen jälkeen – ne lopulta pudotettiin tasolle 2. Miksi JuFo-luokituksia ylipäätään on olemassa? Yksi perustelu on, että Journal Impact Factor (JIF) ei ota huomioon eri tutkimusaloilla vallitsevien julkaisu- ja viittauskulttuurien yksilöllisiä eroja. Nämä erot ovat valtavia, mutta luokiteltuaan kaikki lehdet omiin kategorioihinsa (esim. kliininen lääketiede vs. kielet vs. maatalous jne.) voitaisiin kehittää kompensointikaava (joka voisi sisältää jopa manuaalisesti määritettyjä kompensointikertoimia) JIF:n mukauttamiseksi tällaisten tieteenalojen välisten erojen mukaan. Ohjelmistoskripti voisi hoitaa kaiken JuFo-paneelien työn automaattisesti ja läpinäkyvästi. Bibliometrian tutkijat ovat ehdottaneet tällaisia parempia vaihtoehtoja JIF:lle. Lähetä minulle sähköpostia, jos mielestäsi olen jättänyt jotain huomiotta! Anekdootit vastaan dataJärjestelmä, joka mahdollistaa lehtien ”manuaalisen” alaluokittelun, on varmasti hyvä asia. Kannatan myös JuFon pyrkimystä kerätä yksittäisten tutkijoiden palautetta. Kun kuitenkin lasketaan, kuinka monta lehteä JuFo joutuu arvioimaan, huomaa, että palautteen kerääminen 180 yksittäisen tutkijan kokemuksista ja sen perusteella 60 lehden luokituksen alentaminen on ongelmallista. Näin kävi muutama vuosi sitten. Jos oletetaan, että KAIKKI palaute on ollut negatiivista ja KAIKKI negatiivinen palaute on johtanut luokituksen alentamiseen, kunkin lehden kohdalla tapauksia on vain hyvin vähän. Todisteisiin perustuvan lääketieteen piirissä jotkut näistä tapauksista saattavat olla anekdootteja. Älkää ymmärtäkö minua väärin: nämä päätökset eivät todennäköisesti ole vääriä, eikä ole väärin kerätä palautetta tutkijoilta. Itse asiassa oma kokemukseni yhdestä luokitusta alennetusta lehdestä (International Journal of Molecular Sciences) viittaa varsin selvästi saalistavaan julkaisutoimintaan. Näiden päätösten taustalla olevat tiedot eivät kuitenkaan ole parhaita mahdollisia, ja olisi yllättävää, jos jokainen näistä päätöksistä kestäisi tarkemman tarkastelun. On vaikea kuvitella, miten tällainen palaute voisi välttää puolueellisuutta. Kyseessä on itseilmoitus, ja tutkijoilla saattaa olla kannustin raportoida negatiivisista kokemuksista. Arviointi käyrän mukaan Toinen vähän tunnettu tosiasia on, että JuFo on nollasummapeli. Lehtiä ei voida jakaa vapaasti neljän luokan kesken, vaan JuFo käyttää eräänlaista ”käyrän mukaista arviointia”: enintään 10 % tietyn JuFo-paneelin (esim. Chemical sciences) lehdissä julkaistuista artikkeleista saa kuulua JuFo-luokkaan 3. Tämä ottaa huomioon eri alojen väliset erot julkaisumäärissä. Jos me – tiedeyhteisö – kuitenkin parannamme julkaisutuotantomme laatua yleisesti, tämä ei näy JuFo-luokituksessa. Se on mielestäni väärin (samojen pedagogisten syiden vuoksi, joiden vuoksi kouluja kehotetaan välttämään oppilaiden arviointia käyrän mukaan). Päätökset suljettujen ovien takana? Toinen suuri ongelma on läpinäkyvyys. Se, että joudun edellisessä kappaleessa spekuloimaan luokituksen alennuksiin johtaneista luvuista, on huolestuttavaa:

”Biologiset lääkkeet” luennot suomeksi

Fri, 01 Nov 2024 00:00:00 +0000

Farmasian tutkimuksen, kehittämisen ja turvallisuuden kansainvälisen maisteriohjelman (MPHARM) ohjausryhmä sai vuonna 2022 ryhmänä Innoopeli-palkinnon opetuksen kehittämisestä Farmasian tiedekunnassa . Ohjausryhmän jäsenenä olin hieman yllättynyt, sillä silloin yksikään opiskelijamme ei ollut vielä valmistunut. Ennenaikainen kehuminen sai kuitenkin hyväksynnän aiemmin tänä vuonna, kun ensimmäinen erä opiskelijoita valmistui . Tänä vuonna Innoopeli 2024 -palkinnon sai Patrick Laurén , Farmaseutin koulutusohjelman johtaja. Minä sain ”kunniamaininnan” opetustoiminnastani . Yllätyin eniten siitä, että suomenkielisiä opetusyrityksiäni arvostettiin. Olen käynyt suomen kielen kursseja nimenomaan koska halusin opettaa suomen kielellä. Nyt olen jopa kokeillut taitojani muutamaan otteeseen. Hyvät FARM-310 (Biologiset lääkevalmisteet, peruskurssi) -opiskelijat, antakaa anteeksi, koska en tiennyt, mitä olin tekemässä! Suomenkielinen opettaminen on ollut haastavaa, mutta kyllä se onnistuu. Se vaatii kuitenkin minulta reilusti enemmän valmistautumisaikaa kuin englanninkielinen luento. Haluan myös kiittää opettajiani Emmi, Yrjö ja Taija! Ehkä tärkeintä oli kannustuksenne huonosta suorituksestani huolimatta. Minulla on videotodiste heikosta ensimmäisestä yrityksestäni, mutta olen hiljalleen parantamassa. Tässä ovat linkit suomenkielisiin ja englanninkielisiin luentokalvoihin (niiden pitäisi olla ihan kunnossa kolmen vuoden parannusten jälkeen, mutta ottakaa rohkeasti yhteyttä, jos löydätte kieli- tai asiavirheitä):

Proteiinien tuotanto ammattilaisia paremmin

Thu, 31 Oct 2024 00:00:00 +0000

Onnittelut, Laura ja Akseli! Artikkelinne Scientific Reports -lehdessä ( https://doi.org/10.1038/s41598-024-77104-3 ) on vankka tutkimus, jolla on merkitystä paitsi sydän- ja verisuonitautien kannalta myös työmme kannalta, jota teemme lipedeemaan/lipoedeemaan (ja siten mahdollisesti jopa lymfedeemaan, joka on ollut tutkimuksemme pääkohde aiemmin). Sepelvaltimotaudin ja lipedeeman välillä on hämmästyttäviä yhtäläisyyksiä, sillä molempia voidaan pitää rasvan varastointihäiriöinä.Kiitos myös Khushbulle ja Betülille siitä, että he auttoivat Lauraa tuottamaan ja puhdistamaan niin korkealaatuista LCAT-proteiinia, joka toimi paremmin kuin kaupallisesti saatavilla olevat proteiinivalmisteet! Ehkä suuri osa salaisuudesta piili siinä, että pystyimme saavuttamaan korkeat ilmentymistasot verrattuna muihin järjestelmiin. Kokeilimme ensimmäistä kertaa HEK293T-soluja räätälöidyllä CHO-vektorilla ( pCHOKE-B-LCAT-H6 ), ja se toimi yllättävän hyvin. pCHOKE-B koottiin alusta alkaen, ja siihen sisällytettiin useita vuosien varrella kehitettyjä parannuksia verrattuna tavallisiin CHO-ilmentymisvektoreihin. Vektori sisältää

Kuvia esityksiin ja havainnollistamiseen

Mon, 09 Sep 2024 00:00:00 +0000

Lupasin tammikuussa luetella verkkosivustoja, joilta löytyy ilmaisia kuvia ( ilmaisia sekä taloudellisessa että vapauden merkityksessä ). Sitten unohdin lupaukseni. Koska käytän pääasiassa Inkscapea kuvitusten piirtämiseen, etsin yleensä SVG-kuvia. Inkscape on avoimen lähdekoodin ohjelmisto, jolla luodaan vektorigrafiikkaa. SVG ei ole vain vektorigrafiikan verkkostandardi, vaan myös Inkscapen oma tiedostomuoto. Joskus myös PNG- tai JPEG-kuvat käyvät, jos ne voidaan helposti muuntaa SVG-kuviksi (esim. siluetit). Toisinaan etsin 3D-kuvia (“malleja”), ja silloin pidän niistä parhaiten Blender -muodossa (ainoa 3D-ohjelmisto, jota olen käyttänyt useammin kuin vain muutaman kerran).Verkossa on kahta erilaista vapaasti käytettävää kuvatyyppiä: Public Domain ja Creative Commons . Public Domain -kuvia voi käyttää ilman rajoituksia, kun taas Creative Commons -kuviin liittyy yleensä joitakin rajoituksia. Yleisin rajoitus CC-lisensoiduille kuville on, että tekijän nimi on mainittava. Joskus on myös lisärajoituksia, kuten kaupallisen käytön tai muokkaamisen kieltäminen.Kun teet kuvahakua Googlen tai DuckDuckGon avulla, voit rajata hakutulokset vain tiettyä lisenssiä noudattaviin kuviin. Google ja DuckDuckGo kattavat kuitenkin vain murto-osan internetistä, ja on olemassa hakusivustoja, jotka ovat erikoistuneet tiettyjen kuvien etsimiseen.Voit myös pyytää tekoälyä luomaan täydellisen kuvan. Yleensä tarvitaan useita yrityksiä, ennen kuin saat jotain käyttökelpoista, etkä voi koskaan saada tekijänoikeuksia kuvaan, vaikka olisit viettänyt tunteja täydellisen kehotteen suunnitteluun. Voit kokeilla esimerkiksi DALL·E 3:a , tai voit jopa käyttää joitakin tekoälypohjaisia kuvageneraattoreita omalla tietokoneellasi, kuten Stable Diffusion . Yllä oleva kuva on luotu DALL·E 3:lla seuraavan ohjeen avulla: ”Henkilö, jota ympäröivät kuvat, symboloimassa täydellisen kuvan etsimistä.”

Mitä me oikeastaan tiedämme varmasti lipödeemista?

Mon, 09 Sep 2024 00:00:00 +0000

Lipedeema on ihonalaisen rasvakudoksen kertyminen, erityisesti alavartaloon, joka ei väisty painonpudotuksesta ja jota esiintyy lähes yksinomaan naisilla. Se on usein kivulias, altistaa mustelmille ja siihen liittyy todennäköisesti geneettinen tekijä, jonka laukaisijana ovat todennäköisesti hormonaaliset muutokset. Vaikka lipoedeema tunnistettiin sairaudeksi jo yli 80 vuotta sitten, tietomme sairaudesta ja sen syntymekanismeista ovat puutteellisia. Syynä tähän on etenkin se, että lipoedeema on vasta äskettäin sisällytetty viralliseen sairausluetteloon. Lähes kaikki sairauden näkökohdat ovat kiistanalaisia, luokittelusta lähtien. Lipödeemin oireet ovat samankaltaisia kuin liikalihavuuden, lipodystrofioiden, lymfedeemien ja sidekudossairauksien oireet. Erityisiä testejä ei vielä ole, ja epävakaan diagnoositilanteen vuoksi lipödeemin esiintyvyydestä on myös huomattavaa epävarmuutta; arviot vaihtelevat laajasti välillä 1:75 000 – 39 % kaikista naisista. Lipödeemin syystä on esitetty monia hypoteeseja, muun muassa että kyseessä olisi rasva-aineenvaihdunnan häiriö, sidekudoksen häiriö, tulehdussairaus tai immuunisairaus. Lopullista syytä ei ole vielä löydetty, eikä ”lipödeemigeenien” etsiminen ole toistaiseksi tuottanut selkeitä tuloksia, lukuun ottamatta yksittäisiä geenejä, joilla on merkitystä vain pienelle osalle potilaista.

6. Sveitsin imusolmukesymposiumi

Sat, 07 Sep 2024 00:00:00 +0000

6. Swiss Lymphsymposium on juuri päättynyt. Tämän symposiumin suosio näyttää kasvavan jokaisella kerralla, ja kuulin, että tänä vuonna oli jopa jonotuslista. Juzo AG oli kutsunut asiantuntijoita keskustelemaan aiheista, jotka liittyvät sekä turvotukseen että liikalihavuuteen. Tapaaminen oli mielenkiintoinen, eikä siinä vältelty kiistanalaisia aiheita. Minun kaltaiselleni laboratoriotutkijalle on aina innostavaa saada terveydenhuollon ammattilaisten näkökulma sairauksiin, joiden molekyylitason mekanismeja tutkin. Olin ollut mukana 3. Sveitsin lymfasymposiumissa vuonna 2021 , ja sen jälkeen on tapahtunut monia kehityskulkuja, joihin en ole halunnut kiinnittää huomiota perusbiolääketieteellisen tutkimuksen ”norsunluutorniini” sulkeutuneena. Erityisesti uudet S2k-lipedeema-ohjeet , jotka ovat olleet voimassa vuoden 2024 alusta lähtien, herättivät paljon huomiota.Uusissa lipedeema-ohjeissa tarkastellaan kysymyksiä ja tavoitteita, jotka liittyvät diagnostisiin kriteereihin, erotusdiagnoosiin, siihen, miten komorbiditeetit vaikuttavat diagnoosiin ja hoitoon, mitä hoitomahdollisuuksia on olemassa ja miten potilaat voivat aktiivisesti osallistua sairauden hallintaan. Kun otetaan huomioon, kuinka vähän tiedämme lymfedeeman etiologiasta, nämä tavoitteet ovat kunnianhimoisia. Tohtori Tobias Bertsch Földi-klinikalta piti erittäin intohimoisen ja vakuuttavan esitelmän näiden ohjeiden merkitsemästä edistysaskeleesta puheessaan ”Uudet lipoedeemaoireyhtymää koskevat ohjeet – enemmän valoa kuin varjoa”. Esitys seurasi suurin piirtein kannanottoa , jonka hän julkaisi yhdessä monien muiden eurooppalaisten asiantuntijoiden kanssa. Ainoa kohta, jossa kannanotto poikkeaa eniten ohjeista, on rasvaimun arviointi hoitovaihtoehtona. Kannanotossa todetaan selvästi, että rasvaimulla ei saavuteta pitkäkestoisia tuloksia, kun taas ohjeissa tästä aiheesta puhutaan yllättävän niukasti, ja saavutettu konsensus sai kirjoittajilta vähiten tukea kaikista suosituksista.Laboratoriotutkijalle päätösten tekeminen ilman korkeatasoista näyttöä on tyydyttämätöntä. Terveydenhuollon ammattilaisille suunnatut ohjeet eivät kuitenkaan voi käyttää samaa kieltä kuin tieteelliset artikkelit, sillä se heikentäisi niiden hyödyllisyyttä. ”Se, joka parantaa, on oikeassa”, ja jos uudet ohjeet johtavat parempiin hoitotuloksiin, ne täyttävät tarkoituksensa. Ohjeet – kuten tieteellinenkin tieto – ovat aina väliaikaisia ja niitä voidaan muokata, kun parempaa näyttöä tulee saataville. Samalla meidän on varottava estämästä kehitystä pitämällä niitä pyhänä totuutena. Loppujen lopuksi sanonta ”Se, joka parantaa, on oikeassa” on peräisin Samuel Hahnemannilta, saksalaiselta lääkäriltä, joka perusti homeopatian (joka on pohjimmiltaan noituutta; tarvitseeko tätä edes mainita?). Siitä huolimatta Samuel Hahnemannin elinaikana homeopatian käyttö johti todennäköisesti parempiin hoitotuloksiin kuin tuon ajan valtavirran hoitomenetelmät, kuten verenvuoto tai valmiit elohopealääkkeet, jotka olivat usein paitsi hyödyttömiä myös vaarallisia tai myrkyllisiä.Miten suhtaudun lipedemaanSeurattuani lipedema-alaa muutaman vuoden ajan hypoteesini on, että lipedema on yksi päätepiste ihmisen rasvanvarastointifysiologian laajalla spektrillä. Rasvan varastointi on ollut niin suuri etu 99,999997 %:lla evoluution ajasta, että luonto oli valmis hyväksymään monimutkaisiin ja vaikeisiin järjestelmiin liittyvät lukuisat riskit. Mitä monimutkaisempi koneisto, sitä useammin se pettää, ja monet perinnölliset rasva-aineenvaihduntaan liittyvät sairaudet ovat tämän koneiston toimintahäiriöitä. Keskeinen ongelma, jonka ratkaisemiseksi tämä monimutkainen koneisto on kehittynyt, on rasvan liukenemattomuus veteen. Rasvan kuljettaminen solun sisään ja ulos edellyttää rasvan muuttamista vesiliukoiseksi. Veressä tämä saavutetaan pakkaamalla rasvamolekyylit lipoproteiinihiukkasiin. Polttamatta jääneet lipidit varastoituvat jonnekin. Ne voivat varastoitua ihonalaisesti tai vatsaonteloon. Rasvan varastointitapoja on muitakin, mutta tämä on yksinkertaistettu versio: jokaisella ihmisellä on hieman erilainen rasvan jakautuminen vatsaonteloon ja ihonalaisesti monien geenien ja ympäristön monimutkaisen vuorovaikutuksen perusteella. Joillakin ihmisillä tämä vuorovaikutus johtaa näiden kahden rasvavaraston väliseen äärimmäiseen epätasapainoon, jolla on patologisia seurauksia. Esimerkiksi sepelvaltimotaudissa useimmilla ihmisillä geneettinen taakka johtuu monista geeneistä (polygeeninen), kun taas pienellä osalla potilaista yksi tai muutama geeni saattaa selittää sairauden (monogeeninen tai oligogeeninen). Geenien etsiminen ei todennäköisesti tuota käytännön kannalta merkityksellisiä tuloksia useimmille lipedeemapotilaille. Kuitenkin, kuten sepelvaltimotaudin tapauksessa, riskitekijöitä saattaisi olla mahdollista tunnistaa. Tunnemme jo kolme lipedeeman riskitekijää: naissukupuoli, hormonaaliset muutokset ja taudin esiintyminen suvussa. Olisi hyödyllistä tunnistaa lisää riskitekijöitä, joita on helpompi muuttaa kuin näitä kolmea jo tunnettua. Tarvitsemme lipedemalle jotain vastaavaa kuin veren rasva-arvojen mittaus sepelvaltimotaudille. Tässä on linkki esitykseeni (jota päivitän ajan myötä paremmilla tiedoilla): Mitä me oikeastaan tiedämme lipedeemasta? . Voit myös ladata saksankielisen version Was wissen wir eigentlich sicher über Lipödeme? – Eine Bestandsaufnahme .

Onko kaloilla hengitysvaikeuksia?

Fri, 28 Jun 2024 00:00:00 +0000

Kalat hengittävät kiduksillaan, mutta monille niistä tämä on kirjaimellisesti vain puoli totuutta. Vaikeus saada happea vedestä on se yksittäinen tekijä, joka eniten on muokannut kalojen evoluutiota. Maaeläimet altistuvat pääosin samalle happipitoisuudelle, mutta kalojen on toimittava vesissä, joiden happipitoisuus vaihtelee huomattavasti ja muuttuu nopeasti. Lisäksi vesi sisältää paljon vähemmän happea kuin ilma, ja hapen diffuusio vedessä on suuruusluokkia hitaampaa kuin hapen diffuusio ilmassa. Siksi kalojen evoluutio joutui keksimään luovia tapoja

Kuka vielä tekee restriktioentsyymikloonausta?

Thu, 27 Jun 2024 00:00:00 +0000

Rajoitusentsyymit katkaisevat DNA:n tietyistä kohdista ja mahdollistavat siten – yhdessä DNA:ta sitovien entsyymien kanssa – molekyylitason leikkaa-ja-liimaa-toimenpiteet, jotka ovat edelleen nykypäivän rekombinantti-DNA-rakenteiden perustana. Vaihtoehtoisia kokoonpanomenetelmiä on aina ollut, mutta noin 10 vuotta sitten restriktiokohtien kloonaus sai vakavan kilpailijan yksiputkisista, homologiaan perustuvista kokoonpanostrategioista (etenkin ”Gibson-kokoonpanosta” ja sen johdannaisista). Tästä huolimatta restriktiokohtien asema on edelleen tärkeä kaikissa rekombinantti-DNA-laboratorioissa.Restriktioentsyymien laajaa valikoimaa tarjoavia kaupallisia toimittajia ei ole paljon. New England Biolabs ja ThermoFisher ovat kaksi suurta toimijaa ja ainoat toimittajat, joilla on tarjolla yli 200 erilaista entsyymiä. Kaikilla muilla toimijoilla (Roche, TaKaRa, Promega) on huomattavasti suppeampi valikoima. Noin 10 vuotta sitten väitin, ettei kenenkään pitäisi käyttää ThermoFisherin FastDigest-entsyymejä. Voit lukea kyseisen blogikirjoituksen , mutta sen ydinviesti on seuraava: ThermoFisher ei tarjoa entsyymeistään riittävästi tietoa, jotta niitä voitaisiin käyttää tasavertaisesti sekaympäristössä, jossa on mukana täysin avoimesti toimivien toimittajien, kuten New England Biolabsin (NEB), entsyymejä.Tämä sulkeutuneisuus on saanut ThermoFisherin keksimään oman määritelmänsä restriktioentsyymien aktiivisuudelle 5 minuutin ikkunan perusteella, mikä tekee suorista vertailuista kilpailijoiden entsyymien kanssa mahdottomia, koska nämä käyttävät standardina 1 tunnin ikkunaa. Koska entsyymit säilyvät reaktiossa vaihtelevan ajan ja koska ThermoFisher – toisin kuin NEB – ei tarjoa lainkaan tietoja entsyymiensä säilyvyysajoista, merkityksellistä vertailua ei ole mahdollista tehdä. Voidaan kysyä, oliko uuden yksikön määritelmän ainoana tarkoituksena estää vertailut. Pelkästään tämä olisi jo riittävä syy välttää ThermoFisheriä kuin ruttoa, mutta siihen ei jää. Vuonna 2014 huomautin, että ThermoFisherin ostettua Fermentasin, yhtään uutta FastDigest-entsyymiä ei ollut lisätty heidän tuotevalikoimaansa. Tämä väite pätee edelleen vuosikymmen myöhemmin (ja se pätee yhtä lailla perinteisiin restriktioentsyymeihin). Myös NEB:llä restriktioentsyymien kehitys on hidastunut, mutta vuodesta 2015 lähtien NEB on lisännyt valikoimaansa noin viisi HighFidelity-entsyymiä (ApoI, BbsI, BclI, BsiWI, BstZ17I) sekä muutamia perinteisiä restriktioentsyymejä.Suurin ongelma, jonka näen ThermoFisherin salailupolitiikassa, on se, että tuskin kukaan tietää, että he myyvät isoskizomeereja prototyyppientsyymin nimellä. Vaikka he kertovat avoimesti isoskizomeerien käytöstä muissa kuin FastDigest-tuotteissaan, he eivät paljasta FastDigest-entsyymiensä identiteettiä. Monet FastDigest-entsyymeistä ovat isoskizomeereja Arvydas Janulaitisin mukaan monet FastDigest-entsyymeistä ovat isoschizomeja. Janulaitis on Fermentasin entinen tieteellinen johtaja; kyseinen yritys kehitti FastDigest-järjestelmän ennen kuin ThermoFisher osti sen vuonna 2010. Äskettäin päivitetyssä esitteessä Thermo Scientific yrittää luoda kuvan ylivoimaisuudestaan NEB:hen nähden, mutta onnistuu huijaamaan vain kloonauksen aloittelijoita. Infografiikassaan he yrittävät korostaa puskurin valinnan yksinkertaisuutta ThermoFisherin restriktioentsyymivalikoimassa ja vertaavat sitä NEB:n valikoimaan.Se jättää kuitenkin huomiotta 190 perinteistä entsyymiään, jotka eivät ole yhteensopivia FastDigest-puskurin kanssa (ja tähän ryhmään kuuluu tärkeitä entsyymejä, kuten ”GoldenGate”-tyypin IIS-entsyymi BsmBI). Tietojen oikaisemiseksi olen laatinut paremman graafisen vertailun ThermoFisherin ja NEB:n välillä, joka on tämän blogikirjoituksen pääkuva. Jopa oma vertailuni on visuaalisesti harhaanjohtava, koska siinä ei oteta huomioon päällekkäisiä entsyymejä, joita ThermoFisherilla on paljon sen aggressiivisen yritysostostrategian vuoksi. Tässä vertailussa näyttää siltä, että ThermoFisher tarjoaisi enemmän erilaisia entsyymejä, mutta näin ei ole lainkaan. Redundanssit huomioon ottaen NEB:llä on 257 erilaista kaupallisesti saatavilla olevaa restriktioentsyymiä, kun taas ThermoFisherillä on vain 209. En laskenut niitä itse, vaan luotin parhaan kloonaussuunnittelu- ja dokumentointiohjelmiston SnapGene uusimpaan entsyymikuvaus-tiedostoon. Vuonna 2014 valitin, että heidän Fast Digest -puskurinsa koostumus on salainen, ja kun tarkistin asian tänään, tilanne oli edelleen sama. Thermo Fisherin restriktioentsyymien saralla ei ole tapahtunut lainkaan edistystä: ei innovaatioita, ei lisääntynyttä läpinäkyvyyttä.

Ouriginal ei useimmiten onnistu havaitsemaan plagiointia

Thu, 23 May 2024 00:00:00 +0000

Ouriginal , aiemmin Urkund-nimellä tunnettu plagioinnin havaitsemispalvelu, on ollut käytössä Helsingin yliopistossa jo hyvin pitkään. Koska Ouriginal ei kyennyt käsittelemään joitakin opiskelijoidemme pro gradu -tutkielmia, käytin hieman aikaa Ouriginalin ja sen ongelmien tutkimiseen. Tässä ovat havaintoni. Ruotsalaisesta eurooppalaiseksi ja edelleen yhdysvaltalaiseksiMinulle ei ole selvää, mitä ohjelmistoa oikeastaan käytämme, sillä Ouriginal on syntynyt ruotsalaisen Urkundin ja saksalaisen PlagScanin fuusiosta, ja vuonna 2021 amerikkalainen Turnitin osti Ouriginalin. En tarvitse mitään tällaista ohjelmistoa, mutta yliopistomme vaatii, että opinnäytetyöt on skannattava kyseisellä ohjelmistolla. Koska luen ja arvioin vuosittain yhä enemmän opinnäytetöitä, käytän myös yhä enemmän Ouriginalia. Ouriginal tukee monia tiedostomuotoja, mutta tuki on buginen Tarkastellessani lähetysten historiaa huomasin, että noin toukokuun puoliväliin 2024 asti kaikki lähetetyt PDF-tiedostot oli analysoitu asianmukaisesti. Mutta viime viikolla jotain muuttui, sillä noin puolet lähetetyistä asiakirjoista jäi käsittelemättä. Tavanomaiset kikat (lähettäminen toisessa muodossa, kuten .docx, .odt, .ps, .rtf) toimivat joidenkin, mutta eivät kaikkien opinnäytetöiden kohdalla. Yksi opinnäytetyö oli erityisen hankala, eikä meidän ”asiantuntijoillamme” eikä Originalin tukipalvelun henkilökunnalla ollut aavistustakaan, miksi heidän ohjelmistonsa ei pystynyt käsittelemään sitä (mikä saa minut jälleen miettimään, mitä ohjelmistoa heidän taustajärjestelmänsä oikeastaan käyttää). Ouriginal on tutkinut asiaa jo kuukauden ajan ilman, että minulle olisi annettu vastauksia… Yliopistomme saa opetusministeriöltä rahoitusta valmistuvien opiskelijoiden määrän perusteella, ja menetämme tuhansia euroja jokaisesta opiskelijasta, joka ei valmistu ajoissa. Maksuvelvollisilla opiskelijoilla on myös vahva kannustin valmistua ajoissa lisäkustannusten välttämiseksi. Siksi jokainen viivästys valmistumisaikataulussa on mahdoton hyväksyä. Ouriginalin suorituskyky tuottaa pettymyksen järkyttävällä tunnistusasteella Koska Word-asiakirjan muuntamiseen PDF-tiedostoksi on kymmeniä tapoja, yritin rajata ongelman lähettämällä testiasiakirjoja Ouriginal-palveluun. Käytin käsikirjoituksia, jotka olemme julkaisseet viime vuosina. Olin järkyttynyt huomatessani, että Ouriginal ei onnistunut havaitsemaan plagiointia yli puolessa tapauksista. Syynä eivät ole maksumuurit, sillä lähes kaikki julkaisumme ovat vapaasti saatavilla. Julkaisun uutuus tai lehden laatu eivät myöskään vaikuttaneet tuloksiin havaittavalla tavalla. Näyttää kuitenkin selvältä, että Ouriginalilla on enemmän ongelmia muiden kuin englanninkielisten asiakirjojen kanssa. On erittäin vaikea selittää, miksi niin monia vapaasti saatavilla olevia tieteellisiä tekstejä arvostetuista lehdistä ( Scientific Reports , Angiogenesis , Annals of Anatomy ) eivät ole Ouriginalin indeksoimia. Plagioinnin tunnistamatta jääminen Helsingin yliopiston omasta väitöskirjarekisteristä Ouriginal ei indeksoi edes oman yliopistomme vapaasti saatavilla olevia väitöskirjoja ( https://ethesis.helsinki.fi ). Yhtäkään omassa laboratoriossani kirjoitettua väitöskirjaa ei tunnistettu. Tarkistin myös oman väitöskirjani , ja se oli ainoa, joka tunnistettiin (Ouriginal löysi sen [docslib.org]-sivustolta ( https://docslib.org/doc/7864611/vegfr-3-ligands-and-lymphangiogenesis ), ei oman yliopistomme virallisesta väitöskirjarekisteristä). Onko järkevää maksaa tällaisesta puutteellisesta palvelusta? En usko. Tärkeiden lehtien vapaasti saatavilla olevien tekstien puuttuminen vaikuttaa anteeksiantamattomalta, sillä yksinkertainen Google-haku toimii paremmin. Tein Google-hakuja tunnistamattomista teksteistä löytyneillä lauseilla, ja useimmissa tapauksissa Google tunnisti alkuperäisen lähteen ongelmitta. Mikä tahansa ohjelmoija voi kirjoittaa Python-skriptin, joka jakaa tekstit lauseiksi yksittäisiä Google-hakuja varten ja kokoaa tulokset yhteen, yhden iltapäivän aikana. Miksi ylläpitäisit omaa tietokantaasi, jos Google hoitaa asian paremmin kuin sinä? Seuraavista julkaistuista käsikirjoituksista/opinnäytetöistä/konferenssijulkaisuista ei havaittu plagiointia:*

Opiskelijavalinnan hakukeskustelu

Thu, 09 May 2024 00:00:00 +0000

Yhä useammat yliopistomme maisteriohjelmat ovat ottaneet haastattelun osaksi valintamenettelyä. TRANSMED-ohjelman Tiina Immonen oli Helsingin yliopiston edelläkävijä, joka ensimmäisenä uskaltautui tälle alueelle. Jos sinut kutsutaan haastatteluun Helsingin yliopistoon, olet jo ylittänyt suurimman esteen, eli hakemuksesi arvioinnin. Päästäksesi sisään sinun on varmistettava, ettet mokaa haastattelua. Sinun ei tarvitse loistaa, mutta sinun on vastattava odotuksiin. Syynä on se, että haastatteluja on tunnetusti vaikea arvioida, ja siksi monet ohjelmat käyttävät niitä ensisijaisesti varoitusmerkkien seulomiseen.

MPHARM-virstanpylväs

Fri, 26 Apr 2024 00:00:00 +0000

Helsingin yliopiston lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden kansainvälinen maisteriohjelma (MPHARM) on saavuttamassa uuden merkkipaalun: ensimmäiset valmistujamme jättävät pian opinnäytetyönsä. Torstaina juhlimme maisterintutkielmaseminaarin jälkeen, jossa ensimmäinen opiskelijaryhmä esitteli tutkielmatyönsä tulokset. Kuvan keskellä on Leena , ystävällinen johtajamme. Kuvasta puuttuu Tomi , jolle kuuluu suuri osa kunniasta siitä, että lääkekehitys- ja farmakologian opintopolku on ollut niin suuri menestys!

Jos sinulla on "vihreä kortti" (S-etukortti), voit äänestää minua!

Sat, 06 Apr 2024 00:00:00 +0000

Haluan edistää aggressiivisesti vihreää, tieteeseen perustuvaa ohjelmaa. Haluan, että Suomi tuntuu kodilta paitsi alkuperäiskansoille myös kaikille skandinaavisiin arvoihin sitoutuneille. Tutustu arvoihini vaalikonella .Kun otetaan huomioon, että lähes 20 % pääkaupunkiseudun väestöstä on ulkomaalaistaustaisia, ulkomaalaiset ovat - noin 5 %:lla - tulevien osuuskauppavaalien ehdokkaiden joukossa massiivisesti aliedustettuina. Ei ole yllättävää, että perussuomalaisten ehdokkaiden joukosta ei löydy yhtään ulkomaalaista. Silti muutkaan listat eivät loistaneet ulkomaalaisehdokkaiden täydellisellä tai lähes täydellisellä puuttumisella (kuten Keskustan lista). Tämän osallisuuden ja monimuotoisuuden puutteen vuoksi ilmoittauduin ehdokkaaksi HOK-Elannon osuuskauppavaaleissa.Osuuskauppavaalien tarkoituksena on valita 60-jäseninen edustajisto (ja varajäsenet) HOK-Elannon osuuskunnan edustajistoon seuraavaksi neljäksi vuodeksi. HOK-Elanto on S-ryhmän pääkaupunkiseudulla toimiva osa. S-ryhmä on Suomen suurin vähittäiskaupan osuuskunta. Toisin kuin merkittävin kilpailijansa (Kesko), se ei ole listattu Suomen pörssissä. S-ryhmän ja Keskon tavoite on kuitenkin sama: omistajien rikastuttaminen. Vain että S-ryhmän omistajat ovat sen asiakkaita, kun taas Keskon omistajat ovat osakkeenomistajia. Vuonna 2020 Suomessa oli yli 2 miljoonaa S-ryhmän asiakasomistajaa, mutta vain noin 60000 Keskon osakkeenomistajaa.

Mia Sivén, maailman ensimmäinen kestävän farmasian professori

Fri, 05 Apr 2024 00:00:00 +0000

Kun kysyimme ulkomaalaisilta opiskelijoiltamme, miksi he olivat päättäneet opiskella Helsingin yliopistossa, useat heistä mainitsivat kestävän kehityksen näkökohdat. Monet farmasian tiedekunnan tutkimusryhmät tutkivat aiheita, joilla on suuri merkitys kestävän tulevaisuuden kannalta. Esimerkiksi antibioottiresistenssin kasvavan uhan torjuminen on tiedekunnallemme erittäin tärkeä prioriteetti. Ja oma ryhmäni kehittää planeetan ympäristöystävällisintä proteiinintuotantojärjestelmää. Lääkkeen elinkaaren jokainen vaihe voidaan tarkastella kestävän kehityksen näkökulmasta. Siksi oli jo korkea aika, että tämä kattava teema tunnustettiin vihdoin perustamalla sille oma professuurin virka. Tietääksemme ensi kuussa Mia Sivén aloittaa työnsä maailman ensimmäisenä kestävän farmasian professorina . Ette varmaankaan ole yllättyneitä siitä, että olen erittäin iloinen tästä nimityksestä.

Web-kamerakuvan ottaminen komentoriviltä

Fri, 05 Apr 2024 00:00:00 +0000

Käyttötapauksia ei luultavasti ole kovin paljon, mutta etävalvonta on yksi esimerkki, niin pahantahtoisessa kuin laillisessakin yhteydessä. Haittaohjelma voi ottaa kuvia tietämättömästä käyttäjästä, ja vastaavasti: ”Onko joku tutkinut toimistoni, kun unohdin sulkea oven viime perjantaina?”.

Kuoleeko suomen kieli?

Sat, 30 Mar 2024 00:00:00 +0000

Annikka Mutanen tarttui mielipidekirjoituksessaan Helsingin Sanomissa suomalaisten määrän ennustettuun vähenemiseen : Tämän vuosisadan lopussa suomalaistaustaisten määrä Suomessa on laskenut alle kahden miljoonan. Minä en ole enää elossa kokemassa tätä, mutta lapsillani on siihen hyvät mahdollisuudet.

Elämäntieteiden keskeiset elementit

Sun, 24 Mar 2024 00:00:00 +0000

Tässä on oma versioni yksinkertaistetusta jaksollisesta järjestelmästä biotieteiden opiskelijoille. Muutama vuosi sitten poikani opetteli ulkoa koko jaksollisen järjestelmän aina alkuaineeseen 118 (oganessoni) asti. Hän piti hauskana, että minä osasin vain kaksi ensimmäistä riviä. En ole nolostunut, vaikka en edes muista kahta ensimmäistä riviä kokonaan. On alkuaineita, joihin en työssäni juuri koskaan törmää, kuten alumiini. Kyllä, tiedän, että alumiinia käytetään rokotusten adjuvanttina. Mutta emmehän me edes pääse yksimielisyyteen siitä, kirjoitetaanko tämän alkuaineen nimi ”aluminium” vai ”aluminum”! Ja unohtaisin jopa berylliumin, ellei olisi sitä, että olen kerran ollut etsimässä berylli-jalokiviä (joita löytyy Suomesta ). Työssäni kohtaan korkeintaan ehkä 11 alkuainetta (jotka muodostavat yli 99,5 % ihmiskehosta). Kysymykseen siitä, kuinka monta alkuainetta on välttämättömiä ihmisen elämälle, ei ole helppoa vastata. Niiden määrä on jossain 19:n ja 29:n välillä. Miksi on niin paljon alkuaineita, joiden merkitys on tuntematon? Jotkut ”kiistanalaisista” alkuaineista eivät ehkä ole ehdottomasti välttämättömiä elämälle, mutta silti tarpeellisia hyvän terveyden kannalta. Mihin raja vedetään? Ja sitten on vielä ongelma siitä, miten välttämättömyys voidaan todistaa kokeellisesti. Monet kiistanalaisista alkuaineista ovat niin sanottuja ultrahivenaineita, ja on erittäin vaikeaa kasvattaa koe-eläimiä ympäristössä, josta puuttuu täysin pieninkin jälki näistä alkuaineista ( https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_roles_of_the_elements ).

Ylikuormitettu IT-tuki

Fri, 23 Feb 2024 00:00:00 +0000

Ongelma: Järjestelmän kaatuminen käynnistyksen aikana

Yli vuosi sitten, muutama viikko sen jälkeen, kun olin saanut uuden työtietokoneeni, se ei käynnistynyt uudelleen järjestelmäpäivityksen jälkeen, vaan jumittui käynnistysprosessin alkuvaiheessa. Huomasin pian, että pystyin silti käynnistämään tietokoneen ”turvatilassa”. Outoa kyllä, mikään ei näytä olevan vialla, sillä kun poistun turvatilasta manuaalisesti käynnistysprosessin lopussa, tietokone toimii normaalisti. IT-osastomme on yrittänyt korjata ongelmaa monta kertaa tuloksetta. Jouduin jopa työskentelemään ilman tietokonetta noin kolme viikkoa, kun se oli ”korjauksessa”. Tiedät varmaan, kuinka paljon töitä voi saada tehtyä ilman tietokonetta: lähes nolla.Tietokoneellani on Cubbli 20.04.06LTS, epävirallinen Ubuntu-versio, jota Helsingin yliopisto ylläpitää sisäiseen käyttöön. Vaikka bioinformatiikkaa voi harrastaa myös Windows- tai macOS-tietokoneella, Linux on ylivoimaisesti paras valinta. Monet bioinformatiikan kehittäjät eivät edes vaivaudu julkaisemaan ohjelmistojaan Windowsille. MacOS toimii pääosin hyvin (koska sekin on UNIX-yhteensopiva käyttöjärjestelmä), mutta joutuisin maksamaan kaksinkertaisen hinnan samasta laskentatehosta.Tietokone on Lenovo P350 , jossa on NVIDIA T1000 -näytönohjaimella, jota käytän kahden näytön ohjaamiseen. Tarvitsen näytönohjainta pääasiassa 3D-mallinnukseen, fylogeneettiseen analyysiin ja vastaaviin tehtäviin. Tämä näytönohjain on saattanut aiheuttaa ongelman. En alun perin halunnut ostaa tätä mallia, mutta koska grafiikkakorteista oli tuolloin pulaa, IT-osasto sai minut vaihtamaan alkuperäisen valintani T1000-malliin.

Takaisin monografiaan?

Thu, 01 Feb 2024 00:00:00 +0000

Suomi oli tullut kansainvälisesti tunnetuksi korkeasti koulutettujen tohtoreiden tuottajana STEM-aloilla. Tämä johtui vaatimuksesta julkaista 4–5 tieteellistä artikkelia arvostetuissa tieteellisissä lehdissä. Ei ole yllättävää, että tämän saavuttaminen kesti keskimäärin noin seitsemän vuotta. Nykyään suomalaiset tohtorit ovat kansainvälisesti kenties paremmin tunnettuja siitä, että he ovat valmistuessaan suhteellisen iäkkäitä. Itse olin 34-vuotias kun sain tohtorihattuni . Minulta kesti hieman alle kuusi vuotta.Toisaalta ohjaajani oli niin viisas, että antoi minun tehdä mitä halusin, ja vietin melko paljon aikaa sivuprojekteissa, jotka eivät oikeastaan edistäneet etenemistäni kohti tutkintotodistusta. Se tarkoitti kuitenkin myös sitä, että hankin taitoja, tietoa ja verkostoja, joita en muuten olisi saanut. Jos 10 000 tunnin sääntöä tulkitaan kirjaimellisesti, 10 000 tuntia vastaa melko tarkalleen kuuden vuoden tohtoriopintoja.Tällä hetkellä Suomen opetusministeriö haluaa lyhentää tohtorintutkinnon suorittamiseen vaadittavan ajan kolmeen vuoteen. Tämä artikkeli World University News -lehdessä on tähän mennessä laajin englanninkielinen artikkeli, joka on julkaistu tästä hankkeesta. Kysymykseni ovat: Miksi? ja Miten? Miksi on melko ilmeistä: Suomi on jäänyt jälkeen OECD:n tilastoissa korkeasti koulutettujen ammattilaisten määrässä. Näiden lukujen parantamiseksi Suomi tarvitsee lisää tohtoreita. Ja koska keskittymiskyvyltään heikentyneiltä poliitikoilta ei voi odottaa kuuden vuoden odottelua, on loogista, että he suostuvat käyttämään rahaa tutkintomäärien kasvattamiseen, edellyttäen että se tapahtuu nopeasti.Mutta entä miten? Miten tohtoriopiskelijat voivat oppia kolmessa vuodessa sen, mitä he aiemmin oppivat kuudessa vuodessa? Jos se olisi mahdollista, se tarkoittaisi, että nykyinen tohtorikoulutuksemme on valtavan tehotonta. Voimmeko tiivistää sen kolmeen vuoteen laadusta tinkimättä? Optimointimahdollisuuksia on selvästi olemassa. Erityisesti opintojen rahoituksen osalta. Yliopistojen palkkaamia tohtoriopiskelijapaikkoja on jatkuvasti puuttunut. Tämän seurauksena monet tohtoriopiskelijat käyttävät merkittävän osan ajastaan apurahojen hakemiseen tai – mikä vielä pahempaa – osa-aikatyöhön saadakseen toimeentulonsa kasaan. Vaikka palkkaaminen on ehdottomasti askel oikeaan suuntaan, se ei lyhennä vaadittavaa aikaa 50 prosentilla. Tieteessä on jotain ärsyttävää, jota poliitikot eivät ehkä täysin ymmärrä: Tieteellisten kokeiden tuloksia on mahdotonta ennustaa. Juuri tämä tosiasia on ainoa syy, miksi niitä ylipäätään tehdään! Jos kokeiden tuloksia ei kuitenkaan voi ennustaa, ei voida ennustaa myöskään sitä, kuinka kauan työn valmistuminen ja tulosten julkaiseminen kestää. Jotta tohtorintutkinnon suorittamisprosessi voitaisiin pakottaa kolmivuotiseksi, ennustettavaksi matkaksi, meidän on kaivettava syvälle akateemisten temppujen kirstusta ja herätettävä ”monografia” henkiin. Monografia on vaihtoehtoinen tapa saavuttaa tohtorintutkinto. Vaikka se on paperilla yhä olemassa, se oli käytännössä kuollut STEM-aloilla jo vuosikymmeniä sitten, sillä yli 99 % kaikista STEM-alan tohtorintutkinnoista perustuu julkaisuihin. Joillakin aloilla ja tiedekunnissa monografia on säilyttänyt suuremman osuuden, mutta sen suosio on vähentynyt kaikkialla erittäin hyvistä syistä. Mutta nyt se on palannut! Monografian avulla et avaa tieteellistä tuotantoasi tiedeyhteisölle vertaisarviointia, parantamista ja arvostusta (viittausten muodossa) varten. Sen sijaan kirjoitat tutkimustuloksesi satojen sivujen paksuiseksi käsikirjoitukseksi, jota tarkastelevat vain ohjaajasi ja kaksi tiedekuntaneuvoston nimittämää ulkopuolista asiantuntijaa. Mikä siinä voisi mennä pieleen? Toivon olevani väärässä, mutta kolmivuotinen tohtorikoulutus ei todennäköisesti pysty tarjoamaan samaa kuin kuusivuotinen tohtorikoulutus. Lisäksi on muita tekijöitä, jotka hidastavat tarpeettomasti tohtorikoulutusta, mutta joita nykyisessä pilottihankkeessa ei käsitellä. Merkittävin huomiotta jätetty tekijä on ohjaajien ja opiskelijoiden välinen suhde. Yliopistojen perustoimintojen rahoituksen jatkuvan suhteellisen vähenemisen vuoksi suomalaisten yliopistojen opettajat ja ohjaajat ovat jo nyt erittäin kuormitettuja, ja nykyinen ”epäoptimaalinen” ohjaaja-opiskelija-suhde heikkenee entisestään, kun suomalaisten yliopistoihin tulee ensi vuoden aikana 1 000 uutta tohtoriopiskelijaa. Ymmärrän täysin halun yhdenmukaistaa tohtorintutkintoa Euroopan tasolla (asia, jonka olemme toteuttaneet enemmän tai vähemmän menestyksekkäästi kandidaatti- ja maisterintutkintojen osalta vuodesta 1999 lähtien Bolognan prosessin myötä). Emme vielä tunne monia tämän pilottihankkeen toteutuksen yksityiskohtia. On kuitenkin täysin selvää, että useimpia todellisia sidosryhmiä ei ole koskaan kuultu, kun tätä pilottihanketta kehitettiin.PÄIVITYSSuomalaisessa päivälehdessä ”Helsingin Sanomat” on julkaistu kaksi artikkelia tästä pilottihankkeesta, joissa käsitellään kahta tärkeintä kritiikin kohdetta, jotka on kohdistettu 1000tohtoriopiskelijahanketta kohtaan, nimittäin tohtorikoulutuksen laadun heikkeneminen, joka näyttää väistämättömältä, sekä rahoituksen erittäin epätasainen jakautuminen eri tieteenalojen välillä: https://www.hs.fi/politiikka/art-2000010217525.html https://www.hs.fi/kaupunki/art-2000010242698.html PÄIVITYSHelsingin yliopisto on vihdoin julkaissut tietoja tulevasta hakukierroksesta. Sivua ei löydy uutisvirrasta, vaan sen löytämiseksi on tiedettävä tarkalleen, mitä etsii. Tämä on haitallista, kun otetaan huomioon, että hakuaika on vain kaksi viikkoa: https://www.helsinki.fi/en/research/doctoral-school/doctoral-education-pilot

Onko kaloilla imusuonistoa?

Sat, 27 Jan 2024 00:00:00 +0000

Lue koko taustatarina ennakkopainoksestamme: https://doi.org/10.20944/preprints202312.2119.v1 . On vaikea uskoa, että tiedeyhteisö ei pääse yksimielisyyteen siitä, onko seeprakalalla imusuonistoa. Seeprakala on yksi biologian menestyneimmistä malliorganismeista, ja voisi olettaa, että tunnemme sen verisuoniston rakenteen kokonaisuudessaan. Kuitenkin jo W. Vogelin vuonna 1981 julkaisemasta artikkelista lähtien ( https://doi.org/10.1515/znc-1981-5-627 ) lähtien monet kalafysiologit ovat kannattaneet käsitystä, ettei kaloilla ole imusuonia, ja useimmat nykyiset kalafysiologian oppikirjat ovat omaksuneet tämän näkemyksen. Samaan aikaan useiden laboratorioiden luotettavat julkaisut osoittavat, että kaloilla on imusuonia ( https://doi.org/10.1038/nm1427 , https://doi.org/10.1016/j.cub.2006.05.026 ). Mistä on kyse? Kun Yanivin laboratorio julkaisi vuonna 2022 tutkimuksen, jonka mukaan zebrakalan alkion imusuonet voivat erilaistua verisuoniksi ( https://doi.org/10.1038/s41586-022-04766-2 ), näytti yhtäkkiä mahdolliselta yhdistää nämä kaksi ristiriitaista näkemystä. Lyhyesti sanottuna: Useimmilla kaloilla alkion imusuonisto transdifferentioituu kehityksen aikana verisuoniksi, jotka muodostavat sydän- ja verisuonijärjestelmän erikoistuneen osajärjestelmän (ns. toissijainen verisuonisto). Transdifferentiaation aste näyttää vaihtelevan melko paljon kalalajien välillä, ja jotkut verisuonet – erityisesti rintakanava – saattavat säilyttää hybridifenotyypin. Kuten huippulehdissä niin usein tapahtuu, Dasin ym. alkuperäisessä artikkelissa ei käsitelty 100 vuotta kestänyttä kiistaa eikä sen käänteentekevien havaintojen seurauksia. Vaikka Kari Alitalo ja minä teimme niin lyhyessä kommentissa ( https://rdcu.be/cOjJ0 ), aiheen käsittelyyn tarvitaan enemmän tilaa. Vaikka kiista kalojen imusuonistosta on kaukana ratkaisusta, vaikuttaa tärkeältä kirjata keskustelun nykytilanne tieteelliseen kirjallisuuteen. Lisäksi halusimme kuvata erittäin todennäköisen konsensusmallin, jonka pohjalta tulevia kokeita voidaan suunnitella. Tuloksena on laajennettu katsaus; toivomme, että nautitte sen lukemisesta. Jos löydätte jotain, josta ette pidä, kertokaa siitä meille ehdottomasti! Erityisesti, jos voitte perustella kritiikkinne tiedoilla tai järkevillä argumenteilla. Olemme lähettäneet käsikirjoituksen arvioitavaksi ja parannamme sitä mielellämme palautteenne perusteella.

Miksi BioRenderiä ei kannata käyttää

Wed, 17 Jan 2024 00:00:00 +0000

Noin kaksi vuotta sitten yliopistomme otti käyttöön BioRenderin organisaatiotilauksen. BioRender on selainpohjainen tieteellinen kuvitusohjelmisto, jossa on laaja kirjasto valmiita elementtejä, mukaan lukien monimutkaisia kuvituksia. Sen avulla voi kuvittaa tieteellisiä käsitteitä nopeasti tai luoda vuokaavioita kokeellisille järjestelyille. Ja kun otetaan huomioon, kuinka helppoa sen käyttö on, tulokset näyttävät varsin tyylikkäiltä. Se on kuin tieteellisen kuvituksen McDonald’s. Se on nopea ja hoitaa homman. Totta, ruoka kolmen Michelin-tähden ravintolassa maistuu paljon paremmalta, mutta useimmilla meistä on harvoin varaa sellaiseen ylellisyyteen. Miksi et sitten pitäisi käyttää sitä kaikista edellä mainituista eduista huolimatta?

Opiskelijoiden tehtävien arviointi on vaikeaa

Sat, 16 Dec 2023 00:00:00 +0000

Olen lukenut tänä syksynä satoja opiskelijoiden tehtäviä. Monissa näistä tehtävistä opiskelijoiden odotetaan vastaavan kysymyksiin. Tehtävien arviointi tarkoittaa sitä, että päätetään, onko vastaus ”oikea” vai ”väärä”. Tämä on toisinaan vaikeaa. Useimmat vastaukset sijoittuvat jonnekin ”oikean” ja ”väärän” välille. Siksi arvioinnin tarve paljastaa syvemmän ongelman: ennen kuin voin päättää, mihin kohtaan ”oikean” ja ”väärän” välisellä asteikolla opiskelijoiden vastaukset sijoittuvat, on oltava olemassa objektiivinen ”oikea” ja ”väärä”. Muuten objektiiviset arvosanat ovat jo lähtökohtaisesti illuusio (puhumattakaan siitä ongelmasta, miten ne voitaisiin määrittää luotettavasti). Kaikki tieteellinen tietomme on kuitenkin alustavaa. Se voi muuttua tai jopa kumoutua, kun uutta, parempaa tietoa tulee saataville. Miten siis kukaan voi arvioida mitään tehtävää varmuudella? Onneksi kaikki tietomme ei ole samanarvoista. Yksi tieteellisen väittämän tärkeä tunnusmerkki on falsifioitavuus , käsite, jonka ehkä ensimmäisenä popularisoi tiedefilosofi Karl Popper kirjassaan Tieteellisen löytämisen logiikka . Mitä ovat esimerkkejä tieteellisesti falsifioitavista teorioista?

Suomen 1000 tohtoria -pilottihanke

Tue, 28 Nov 2023 00:00:00 +0000

Suomen hallitus aikoo rahoittaa 1 000 uutta, täysin rahoitettua tohtoriopiskelijapaikkaa, jotka aloitetaan lukuvuonna 2024/2025. Rahat (85 000 €/vuosi kutakin tohtoriopiskelijaa kohti) jaetaan kilpailun perusteella suomalaisten yliopistojen kesken, ja osa varoista käytetään tohtoriopiskelijoiden palkkojen maksamiseen kolmen vuoden ajan. Ehkä yksi tämän aloitteen taustalla olevista syistä on se, että Suomi on jäänyt jälkeen OECD:n tilastoissa korkeasti koulutettujen työntekijöiden määrässä. Kysymys on, nostaako tämä kertaluonteinen meno todella koulutustasoa vai vain kasvattaa lukuja. Tohtoriopintojen keskimääräinen kesto on Suomessa noin seitsemän vuotta. Jotta kolmivuotiset tohtoriopinnot voitaisiin toteuttaa näin laajassa mittakaavassa, on odotettavissa, että tohtorintutkinnon vaatimuksia madalletaan. Itse asiassa vaatimuksia on jo lievennetty, mutta lisää ”lievennyksiä” saattaa vielä olla tulossa. Näiden lisäksi yliopistot pyrkivät virtaviivaistamaan kafkamaisen absurdia ja keskiaikaista hallintoprosessia, joka voi helposti kestää puoli vuotta viimeisen käsikirjoituksen valmistumisesta varsinaisen tohtorintodistuksen saamiseen.Monet muut tiedotusvälineet ovat raportoineet tästä pilottihankkeesta; tässä on yksi artikkeli, joka on saatavilla myös englanniksi: https://acatiimi.fi/2023/11/28/for-once/Although Vaikka useimmat ovat tyytyväisiä lisärahoitukseen, lähes kaikki suhtautuvat asiaan jossain määrin skeptisesti. Hyvät aikomukset eivät riitä, ja tässä pilottihankkeessa on monia vakavia ongelmia:

Netgate pfsense SG-3100:n palauttaminen toimintakuntoon

Fri, 10 Nov 2023 00:00:00 +0000

Netgate pfsense SG-3100 -reitittimen toiminnallisuuden palauttaminen epäonnistuneen laiteohjelmistopäivityksen jälkeen on tällä hetkellä liian hankalaa (vaikka laite on muuten loistava). Tänään koin jo kolmannen epäonnistuneen päivityksen kuuden vuoden aikana. Palautus on onnistunut joka kerta ilman ongelmia, mutta sen pitäisi olla PALJON helpompaa, jos haluan suositella tätä reititintä vähemmän tekniikkaan perehtyneille ystävilleni. Palautuksen suorittamiseen tarvitaan 8 Gt:n USB-muistitikku sekä USB-kaapeli, jonka toisessa päässä on korkeaprofiilinen micro-USB-liitin ja toisessa tavallinen USB-A-liitin. Laitteen palauttamiseksi on suoritettava seuraavat vaiheet:

Bio-Rad korjaa NGC-laitteemme

Wed, 20 Sep 2023 00:00:00 +0000

PÄIVITYS (tilanne 21.12.2024)

Selvisimme juuri proteiinien puhdistuskurssista (ks. myös mun muut blogpostit opetuksesta ). Suoritettuamme noin 25 ajoa ”korjatulla” Bio-Rad NGC:llä joudun valitettavasti toteamaan, että suurin ongelma on edelleen olemassa: FPLC ei reagoi manuaalisesti annettuihin komentoihin. Myös näiden yhteyskatkosten satunnaisuus jatkui. Vain yhdellä opiskelijaryhmällä oli ongelmia, mutta meillä sattui useita tapauksia tuona yhtenä päivänä. Tämä päättää valitettavasti lyhyen vierailumme Bio-Radin maailmassa proteiinien puhdistuksen osalta. Kaikki tämä viittaa siihen, että lisäinvestoinnit tähän laitteeseen ovat ajanhukkaa ja rahan tuhlausta. Meillä ei ole liikaa aikaa eikä liikaa rahaa. Jos Bio-Rad haluaa tehdä jotain omasta aloitteestaan, annan mielelläni heidän tehdä mitä tahansa, jotta laite saadaan käyttökelpoiseen kuntoon, mutta emme aio aktiivisesti ryhtyä mihinkään lisätoimiin. Paras tapa pitää FPLC-laite hyvässä kunnossa on solmia huoltosopimus. Vaikka olemme viimeisten 30 vuoden aikana kahdesti saaneet yliopistoltamme rahoitusta huippuluokan FPLC-laitteen hankintaan, rahoituksen saaminen huoltosopimukseen on paljon vaikeampaa. Yksi monista syistä on se, että useimmat apurahakausit ovat lyhyempiä kuin huoltosopimukset, jotka ovat järkeviä vain, jos ne tehdään useaksi vuodeksi.

Helsingin yliopisto putosi 100 parhaan joukosta

Sun, 27 Aug 2023 00:00:00 +0000

Skandinavian suurin päivälehti, Helsingin Sanomat, kertoi viime viikolla, että Helsingin yliopisto oli pudonnut Shanghain yliopistorankingin 100 parhaan joukosta . Nyt useat suomalaiset akateemikot ovat ottaneet kantaa asiaan . Vastausten ydinviesti voidaan tiivistää seuraavasti: Älkää ottako näitä ranking-listoja vakavasti! Ovatko nämä ranking-listat todella merkityksettömiä yliopistojen laadun mittareita, vain osa ”huomion taloutta”? Tämä pätee varmasti niihin ranking-listoihin, joiden menettelytavat eivät ole täysin läpinäkyviä. Ja niissäkin, jotka julkistavat menetelmänsä täysin, pätee edelleen Goodhartin laki: Kun mittari muuttuu tavoitteeksi, se lakkaa olemasta hyvä mittari. Silloin kaikki on siis hyvin, huolimatta siitä, että Helsingin yliopisto on pudonnut akateemisen tutkimuksen huipulta, eikö niin? Ehkä ei. Lukuisat yliopistorankingit ( Shanghai , THE ja QS , jotka ovat ehkä vaikutusvaltaisimpia) ovat vain yksi monista tavoitteista, joihin suomalaiset yliopistot pyrkivät. Toinen – ja ehkä käytännössä paljon tärkeämpi – on järjestelmä, jonka mukaisesti Suomen opetusministeriö jakaa varoja suomalaisille yliopistoille. Tämä järjestelmä saattaa olla Helsingin yliopiston taantumisen salainen syy. Sipilän hallituksen aikana (2015–2019) jakoperusteita muutettiin siten, että myönnettyjen tutkintojen määrä sai suuremman painoarvon, kun taas tieteellisen tutkimuksen (julkaisutuotannon perusteella mitattuna) merkitys väheni. Helsingin yliopisto on erittäin tutkimuslähtöinen. Itse asiassa rahoituksen jakojärjestelmän muutosten jälkeen Helsingin yliopiston tutkimustuotanto saavuttaa yleensä kesän lopussa vuosittain myönnettävien pisteiden enimmäismäärän. Kaikki sen jälkeen vuoden loppuun mennessä julkaistut artikkelit eivät paranna Helsingin yliopiston sijoitusta suhteessa muihin kotimaisiin yliopistoihin. Suomessa ministeriön myöntämä rahoitus on erittäin tärkeää, sillä yliopistot eivät toimi miljardien dollarien lahjoitusvarojen varassa, kuten useimmat suuret yhdysvaltalaiset yliopistot. HS:n artikkelissa mainitaan nimenomaan, että nämä rankingit eivät ole hyvä tapa mitata opetuksen laatua, eikä niiden siksi pitäisi vaikuttaa opiskelijoiden päätöksiin siitä, missä opiskella. Joissakin rankingissa on kuitenkin merkityksellisiä mittareita. Esimerkiksi THE-rankingissa verrataan opiskelijoiden ja opettajien välistä suhdetta. On selvää, että jos yliopistolla ei ole tarpeeksi opettajia, se ei pysty tarjoamaan hyvää opetusta. Huono opetus ei ole hyväksi opiskelijoille eikä NYT:n rankingille. Olen samaa mieltä siitä, että joissakin ranking-listoissa käytetään kyseenalaisia käytäntöjä, kuten kysytään enemmän tai vähemmän satunnaisesti valituilta tutkijoilta, mitkä yliopistot heidän mielestään ovat alansa parhaita. Itsekin olen osallistunut tällaisen rankingin laatimiseen vuonna 2021. Yritin kallistaa tuloksia Suomen ja Saksan eduksi niin paljon kuin pystyin eettisesti perustelemaan itselleni. Vaikka rankingit ovat puutteellisia, en hylkäisi niitä kokonaan. HS:n artikkeli päättyy samankaltaiseen ajatukseen: Helsingin yliopiston putoaminen 100 parhaan joukosta pitäisi olla varoitusmerkki nykyiselle hallitukselle, jotta se vihdoin asettaisi suomalaiset yliopistot tasavertaiseen asemaan muiden skandinaavisten (ruotsalaisten, tanskalaisten ja norjalaisten) yliopistojen kanssa, jotka eivät ole kärsineet lähes kahden vuosikymmenen ajan jatkuvasta rahoituksen vähenemisestä. Tämä varoitusmerkki tulee kuitenkin hyvin myöhään, vaikka lasku on ollut selvä jo jonkin aikaa niille, jotka seuraavat yliopistouutisia. Rahoitustilanne on jo johtanut peruuttamattomiin inhimillisen pääoman menetyksiin. Kun Helsingin yliopiston ostovoimalla korjattu rahoitus laski ensimmäisen kerran, kaikki tiesivät, että kestäisi monta vuotta, ennen kuin rahoituksen leikkausten vaikutukset tulisivat räikeästi esiin. Niin lopulta tapahtui, yli kymmenen vuoden viiveellä. Kiitos kaikille poliitikoille, jotka ovat vuodesta 2005 lähtien edistäneet asiaa tekemällä mitään, tekemällä liian vähän tai jopa tukemalla aktiivisesti suomalaisen akateemisen tutkimuksen purkamista. Vuosi 2005 oli se vuosi, jolloin tajusin, että yliopistojen rahoitus oli laskenut ensimmäistä kertaa reaalisesti.

Julkaisimmeko artikkelin saalistavassa lehdessä?

Thu, 03 Aug 2023 00:00:00 +0000

Kun saan pyynnön arvioida käsikirjoitusta, tarkastelen ensin, mistä lehdestä pyyntö on peräisin. Useimmiten en tunne lehden nimeä. Loppujen lopuksi maapallollamme julkaistaan ehkä jopa 25 000 tieteellistä lehteä. Jos pyyntö tulee huijauslehdestä, hylkään sen yleensä. Joskus suostun altistamaan itseni tahallaan tälle hölynpölylle (se on yhtä aikaa hauskaa ja turhauttavaa). Mutta mistä tietää, onko lehti saalistava vai ei? Tätä kysymystä on esitetty paljon viime vuosina, esimerkiksi tässä Nature-kommentissa . Artikkelissa johtavat asiantuntijat ovat laatineet määritelmän. Saalistavat kustantajat:

Polkupyöräpaikat Viikin kampuksella

Mon, 31 Jul 2023 00:00:00 +0000

Viikissä on uusia polkupyörän pysäköintipaikkoja, noin 400 kappaletta. Vaikka tämä kuulostaa aluksi hyvältä, tarkastellaanpa yksityiskohtia: Pääsyrajoitetut pysäköintipaikat ovat maksullisia. Oletan, että polkupyörän pysäköinti näiden kulunvalvottujen paikkojen ulkopuolella on edelleen ”sallittua”. Flamma-tekstistä näyttää kuitenkin käyvän ilmi, että kaikki pysäköinti kampusalueilla edellyttää lupaa: ”Pysäköinti on maksullista kaikilla Helsingin kampuksilla.” ( https://flamma.helsinki.fi/en/group/tilat/pyoraily-pysakointi-ja-julkinen-liikenne ). Tämä olisi voitu kirjoittaa hieman selkeämmin, mutta luulen, että kirjoittaja ajatteli (vain?) autoja.Flamma-artikkelissa väitetään, että 36 ilmaista polkupyörätelineitä asennettiin myös lämmittämättömään ulkotilaan Biocenter 2:n takana olevaan alikulkutunneliin (joka aiemmin toimi sähkö- ja elektroniikkajätteen keräyspaikkana). Kyllä, mutta tämä mahdollisuus oli olemassa jo aiemminkin ja sitä on käytetty aiemminkin. Se sijaitsee aivan pienimmän (48 paikkaa) pääsynvalvotun pysäköintialueen vieressä, ainoan, jossa lopulta huomasin polkupyörän. Pääsynvalvotun pysäköintialueen käyttö on järkevää, jos sinulla on kallis polkupyörä. Jos sinulla on, et todennäköisesti välitä myöskään vuosittaisesta 30 euron maksusta: kallista polkupyöräpysäköintiä rikkaille. Pysäköintimaksun maksaa sovelluksen kautta. Asensin sovelluksen puhelimeeni, mutta en maksanut 30 euron vuosimaksua. Miksi en? Minulla on kaksi ongelmaa tämän maksun suhteen:

Withings Body Scan älyvaaka

Thu, 29 Jun 2023 00:00:00 +0000

Vuonna 2009 ostimme ensimmäisen Withings-älyvaakamme. Vaikka kokeilin sitä tuolloin, lakkasin pian käyttämästä sitä rajallisten toimintomahdollisuuksien vuoksi. Nyt, yli kymmenen vuotta myöhemmin olen sitä mieltä, että älyvaakojen teknologia on vihdoin kehittynyt niin pitkälle, että se on todella hyödyllinen. Sen lisäksi olen nyt liittynyt tämän laitteen kohderyhmään: Olen keski-ikäinen, ylipainoinen mies, jolla on suvussa sydänsairauksia ja joka harrastaa urheilua, mutta luultavasti ei tarpeeksi. Yhteenvetona etukäteen: Aion käyttää Body Scan vaakaa joka ikinen päivä tulevaisuudessa. Joidenkin hyödyllisempien ja vähemmän hyödyllisten ominaisuuksien lisäksi se muistuttaa minua siitä, että tietyn iän jälkeen sydän- ja verisuoniterveyttä on aktiivisesti ylläpidettävä. Withings on hiljattain julkaissut kolme erihintaista älyvaakaa: Body Scan, Body Comp ja Body Smart. Saimme Body Scan-huippumallin arvostelua varten. Se saapui 4 päivää ennen kuin lähdimme kesälomalle, ja siksi en testannut kaikkia sen toimintoja. Jotkin toiminnot edellyttävät tietyn vähimmäismäärän toistuvia mittauksia, ja siksi tämä kirjoitus saattaa saada päivityksen, kun olen käyttänyt vaakaa pidempään. Mitä vaa’alla voi tehdä? Ilmeisesti se voi mitata painosi ja eri kehonosien koostumuksen (rasva- ja lihasosuus). Se väittää myös pystyvänsä erottamaan viskeraalisen ja subkutaanisen rasvan. Kaikki rasva ei ole yhtä pahasta: viskeraalinen rasva on paljon vaarallisempaa kuin subkutaaninen rasva, joka voi olla jopa hyödyllistä. Jos vaaka pystyisi erottamaan luotettavasti viskeraalisen ja subkutaanisen rasvan vartalossa, se olisi hämmästyttävä tekninen edistysaskel (tästä myöhemmin lisää). EKG-OMINAISUUSBody Scan vaaka voi suorittaa EKG:n (elektrokardiogrammi), eli se voi mitata sydämen sähköistä toimintaa. EKG:n avulla voidaan määrittää monenlaisia sydänongelmia, mutta tämän mittauksen kannalta elektrodien (mittauspisteiden) määrä kehossa on ratkaiseva. Lääketieteellinen standardi on 12 elektrodia. Käyttökelpoisuussyistä kuluttajille tarkoitetut laitteet ovat vähemmän kehittyneitä, ja siksi niillä voidaan tunnistaa vain rajoitetusti erilaisia sydänongelmia. Body Scan-laiteella on 6 elektrodia, mikä on parasta, mitä kuluttajille tarkoitetussa laitteessa on nykyään mahdollista saada. Tällainen 6-elektroodinen EKG on kuitenkin huomattavasti lääketieteellisen EKG:n oletusarvoa heikompi, ja se voi jopa jättää huomaamatta akuutin tuoreen sydänkohtauksen. Itse asiassa ainoat lääketieteelliset tilat, jotka tämä EKG pystyy luotettavasti havaitsemaan, ovat eteisvärinä ja eteislepatus (eteisflutteri). Eteisvärinä on sydämen rytmihäiriö, joka voidaan havaita pulssin perusteella (esim. sydän tekee kaksi iskua yhden sijaan). Eteisflutteri on vähän samanlainen ilmiö, ja se ilmenee nopeana (> 250/min) sydämenlyöntinä, joka voi esiintyä episodimaisesti (kestää tunneista päiviin), mutta voi olla myös jatkuvaa. Molemmat vaativat lääketieteellistä hoitoa, ja siksi kuulostaa järkevältä, että kuluttajalaitteella olisi mahdollisuus havaita ne. Kliiniset tutkimukset osoittavat kuitenkin, että eteisvärinän massaseulonnan tulokset eivät tulokset eivät ole selvästi hyödyllisiä. Asiantuntijat ovat itse asiassa eri mieltä siitä, ovatko massaseulonnat hyvä idea: Euroopan kardiologiyhdistyksen vuonna 2020 antamassa ohjeessa suositellaan joukkoseulontoja, kun taas Yhdysvaltain Preventive Services Task Force ja Yhdistyneen kuningaskunnan kansallinen seulontakomitea eivät tällä hetkellä suosittele niitä. Vaikka eteisvärinä on melko yleistä, se on useimmiten toissijaista muihin sydänsairauksiin nähden, eikä Withings Body Scanin kohderyhmä (terveystietoinen, keski-ikäinen, keskiluokkainen) ehkä ole se kohderyhmä, joka hyötyy eniten tästä ominaisuudesta. Eräässä tutkimuksessa, jossa eteisvärinää tutkittiin (niin sanottu LOOP STUDY), ei käytetty kuluttajille tarkoitettua laitetta vaan ammattilaiskäyttöön tarkoitetut sensoorit, mikä on parempi menetelmä eteisvärinän havaitsemiseksi. Tämän lisäksi tutkimuksessa tarkasteltiin henkilöitä, joilla oli sydänkohtauksen riskitekijöitä. Ei ole yllättävää, että eteisvärinän havaitseminen (ja hoito) lisääntyi kolminkertaiseksi, mutta tästä asetelmasta huolimatta tutkimuksessa ei havaittu mitään hyötyä sydäninfarktin tai valtimoembolian vähenemisen kannalta.Jotkut asiantuntijat uskovat, että on erilaiset eteisvärinätyypit ja että emme yksinkertaisesti vielä tiedä, miten vaaralliset tyypit erotetaan hyvänlaatuisista.Yhteenvetona voidaan todeta (myös joidenkin uudempien tietojen perusteella), että Body Scan EKG:n hyöty näyttää olevan pieni. Hyöty on todennäköisesti merkittävä vain korkean riskin väestöryhmissä, jotka eivät todennäköisesti käytä 400 euron älyvaakaa (esim. vanhukset).Vielä ei tiedetä (koska tällaiset laitteet eivät ole juurikaan yleistyneet kuluttajien keskuudessa), mikä on väärien positiivisten tulosten aiheuttama rasite terveydenhuoltojärjestelmälle. On myös syytä mainita, että tällä hetkellä ei ole olemassa digitaalista infrastruktuuria, jonka avulla vaa’an tuottamat tiedot voitaisiin siirtää lääkärille tutkittavaksi. Itse asiassa ei ole edes standardoitua tiedostomuotoa. Röntgenkuvalle ja samankaltaisille kuvantamisdatalle on olemassa avoin tiedonsiirtostandardi (DICOM), mutta EKG-datalle ei ole mittään vastava. Kaikki edellä mainittu selittää, miksi Body Scan ei ole vielä saatavilla Yhdysvalloissa. FDA ei ole hyväksynyt sitä lääkinnällisenä laitteena. Sääntelykehys ja -vaatimukset ovat erilaiset EU:ssa ja Yhdysvalloissa, mutta Withingsin mukaan Body Scan tulee saataville Yhdysvalloissa vuoden 2023 kolmannesta neljänneksestä alkaen FDA:n hyväksynnän jälkeen. Euroopassa laitteen on “vain” saatava lääketieteellinen CE-merkintä. CE-merkinnän saamiseksi laitteen on täytettävä tietyt standardit, jotka riippuvat laitteen luokituksesta. Body Scan on luokiteltu IIA-laitteeksi (mikä asettaa sen mielenkiintoisesti hammastäytteiden, kirurgisten puristimien ja trakeotomiaputkien rinnalle). Vaatimustenmukaisuuden arviointia ei suorita Euroopan Lääkevirasto (EMA) vaan riippumattomat akkreditoidut organisaatiot (ns. “Notified bodies”). Ne analysoivat ja sertifioivat laitteen turvallisuuden ja suorituskyvyn. EMA:n ja FDA:n hyväksyntä on olennaisen tärkeää, koska on luonnollisesti tärkeää saada riippumaton vahvistus siitä, että laite todella havaitsee rytmihäiriöt, jotka se lupaa havaita jne. Tässä on Medlife Crisis:in youtube-video, jossa käsitellään eteisvärinän seulonnan hyödyllisyyttä. Videolla käsitellään Apple Watchia, mutta periaatteessa sama pätee mihin tahansa kuluttajalaitteeseen: https://www.youtube.com/watch?v=rW3DGnHO2iY&t=719s KEHONKOOSTUMUKSEN MÄÄRITTÄMINENKehonkoostumustiedot ovat erittäin hyödyllisiä terveydentilan ja harjoittelutilanteen määrittämisessä. Helpompi mittari on painoindeksi (BMI), jonka laskemiseen tarvitaan vain pituus ja paino: (paino kilogrammoina)/(pituus metreinä²). Vaikka painoindeksi korreloi terveyden kanssa, siinä on paljon poikkeamia, jotka koskevat erityisesti erittäin hyväkuntoisia henkilöitä, joilla on paljon lihasmassaa (jotka ovat usein teknisesti ylipainoisia), ja laihoja henkilöitä, joilla on vähän lihasmassaa (jotka eivät ole teknisesti ylipainoisia, mutta joilla saattaa silti olla liikaa rasvaa). Paljon parempi kuntoilun mittari on kehon rasvaprosentti, jonka tämä vaaka määrittää biosähköisen impedanssianalyysin (BIA) avulla. Vaaka mittaa vartalon ja kehonosien rasva- ja lihasmassaprosentit. Tämä tarkoittaa yksinkertaisesti sitä, että vaaka lähettää sähköimpulsseja kehon läpi. Koska rasva johtaa sähköä huonommin kuin lihakset, vaaka voi päätellä rasvan määrän kahden mittauspisteen välillä. BIA ei valitettavasti ole erityisen tarkka menetelmä segmentaalisen kehonkoostumuksen määrittämiseksi. Jotta todella tiedettäisiin, missä rasvaa on, ja jotta voitaisiin erityisesti erottaa viskeraalinen ja subkutaaninen rasva toisistaan, kultainen standardi on magneettikuvaus (MRI). Tällä hetkellä tätä menetelmää käytetään kuitenkin harvoin tähän tarkoitukseen lääketieteellisen tutkimuksen ulkopuolella, ja se on myös hyvin kallis. Epätarkempi menetelmä rasvaprosentin mittaamiseen on niin sanottu kaksoisenergia-röntgenabsorptiometria (DEXA/DXA), jota käytetään ensisijaisesti luun mineraalitiheyden määrittämiseen, mutta jolla voidaan myös mitata kehon rasvaprosentti. DEXA:lla on kuitenkin vaikeuksia erottaa toisistaan ihonalainen rasva ja viskeraalinen rasva (jos haluat teettää tällaisen analyysin sinun on syytä kysyä palveluntarjoajaltasi, mitä tietoja sen laite antaa). Jotta saat segmentaalisen kehonkoostumuksen, tarvitset Body Scan-mallista älyvaakaa. Body Comp ja Body Smart eivät tarjoa tätä ominaisuutta. Suuri kysymys on: Miten vaaka tekee tämän mittauksen ja kuinka luotettava se on? Saatavilla ei ole paljon tietoa, paitsi että vaaka käyttää useita taajuuksia mittaustarkkuuden lisäämiseksi. Käsien ja jalkojen välisen BMI:n ansiosta segmentaalinen kehonkoostumus on luultavasti kohtuullisen tarkka. On kuitenkin täysin epäselvää, miten vaaka määritä viskeraalisen rasvan prosenttiosuus. Ei ole olemassa selityksiä, patentteja eikä - mikä tärkeintä - tieteellisiä julkaisuja, jotka validoisivat tekniikan MRI:n kultaisella standardilla. Viskeraalisen rasvan prosenttiosuus näytetään myös erillään kehon koostumuksesta, mikä saattaa viitata siihen, että tämä mittaus tehdään toisella tavalla. Legendaarinen vatsan sixpack ei paradoksaalisesti ole hyvä mittari kunnolle: Jos rasva on sixpack-lihasten päällä, vatsalihasten sixpackia ei näe, vaikka sellainen olisikin. Lihasten päällä oleva rasva ei kuitenkaan ole vaarallisinta rasvaa. Vaarallinen rasva on sixpack-lihasten alapuolella, kehon ontelossa, jossa elimesi ovat. Sinulla saattaa olla näkyvä six-pack huolimatta siitä, että elintärkeisiin elimiin ja niiden ympärille (maksa, munuaiset, suolisto jne.) on kertynyt vaarallista rasvaa. Vaa’an määrittelemä vartalon rasvaprosentti on todennäköisesti kohtuullisen tarkka. Tästä poiketen ja ilman ulkoista validointia epäilen, että viskeraalisen rasvan indeksi, jonka vaaka näyttää minulle, ei ole lähelläkään mitään merkityksellistä arvoa todellisuudessa. Mitä tämä “viskeraalinen rasvaindeksi” oikeastaan tarkoittaa? Selityksen mukaan se on arvo välillä 1-20. Mutta mikä se on? Ymmärtäisin, jos vartalon rasvaprosentti jakautuisi viskeraalisen rasvan ja ei-viskeraalisen rasvan kesken (mutta sen luku olisi välillä 0-100 %). Niin kauan kuin se on niukkuuden peitossa, tämä arvo on todennäköisesti melko hyödytön (ja olen nähnyt sen vaihtelevan melko nopeasti päivästä toiseen, mikä viittaa siihen, että se ei ole kovin luotettava). SYDÄN- JA VERISUONITAUTIRISKIN MÄÄRITTÄMINENSydän- ja verisuonitautien osalta kolme suurta riskitekijää ovat:

Saksan vastuu

Tue, 27 Jun 2023 00:00:00 +0000

On vaikeaa viettää lomaa Puolassa törmäämättä natsi-Saksan keskitysleiriin. Minulle käy niin joka kerta. Viimeksi se oli Stutthof , tällä viikolla Płaszów. Krakovassa päivittäisen juoksulenkini aikana huomasin yhtäkkiä polun vieressä kuvassa näkyvän kyltin. Muistaminen on yksi asia, mutta tärkeämpää on taistella nykypäivän fasismia vastaan kaikissa sen ilmenemismuodoissa . Saksan hallituksen tulisi muistaa, että Hitlerin ekspansionismi pysäytettiin vain yhteistoiminnallisilla sotatoimilla.

Onnittelut, tohtori Khushbu Rauniyar!

Sat, 10 Jun 2023 00:00:00 +0000

Tohtorinväitöksen puolustaminen on Suomessa ISO juttu, ja sinä olet juuri tehnyt sen. Toisin kuin muualla maailmassa (ehkä Ruotsia lukuun ottamatta), missään muussa maassa ei vaadita tohtoriopiskelijoilta yhtä paljon sitkeyttä kuin Suomessa. Keskimäärin se vaatii neljä julkaisua ja kestää 7 vuotta. Pitkä kesto ja selkeiden vaatimusten puute ovat kaksi ongelmaa, joihin Suomen opetusministeriö haluaa puuttua lähivuosina tasoittaakseen suomalaisten tohtorien asemaa kansainvälisillä työmarkkinoilla. Tohtorin tutkinnon suorittaminen Suomessa vaatii paljon sisua. Sisu on suomalainen sana, jota ei voi kääntää mihinkään muuhun kieleen, mutta äskettäin ilmestynyt samanniminen elokuva voi antaa siitä käsityksen. Wikipedia määrittelee sisu:n poikkeukselliseksi päättäväisyydeksi äärimmäisten vastoinkäymisten edessä . ”Vanhoina aikoina” lääkkeitä löydettiin niiden vaikutusten perusteella, ilman että niiden vaikutusmekanismia tunnettiin. Tämä ajattelutapa on yhä enemmän kääntymässä päälaelleen. Tutkijat pyrkivät ymmärtämään sairauteen johtavan mekanismin ennen kuin ryhtyvät kehittämään tai etsimään lääkettä. Suuri osa Khushbun väitöskirjasta käsittelee ensisijaisen lymfangiogeenisen kasvutekijän VEGF-C: Evoluutiollinen alkuperä, aktivaatio ja potentiaali lääkekohteena . Prof. Eckhard Lammert hoiti vastaväittäjän roolin erinomaisesti, ja prof. Kari Keinänen teki samoin kustoksena. Rakas Khushbu , toivotamme sinulle kaikkea hyvää seuraavaan suureen projektiisi!

Dynaaminen DNS DomainDiscount24:n ja pfsense:n avulla

Sat, 27 May 2023 00:00:00 +0000

Monet yritykset tarjoavat ilmaista dynaamista DNS-palvelua. Koska käytän DomainDiscount24:ää, käytän myös heidän dynaamista DNS-palveluaan. Päivittääkseni vpn.jeltsch.org-sivuston IP-osoitteen minun on lähetettävä HTTPS-pyyntö tiettyyn URL-osoitteeseen, liittäen mukaan salasanan ja sen isäntänimen, jota varten päivitys tehdään:https://dynamicdns.key-systems.net/update.php?hostname=vpn.jeltsch.org&password=12345678&ip=autoTämän automatisoimiseksi käytän pfsense-reitittimen crontabia. Crontabin muokkaaminen ei ole oletusarvoisesti käytössä, mutta voit ladata ja asentaa cron-paketin. Sen jälkeen saat käyttöliittymän kohdasta “Services > Cron”, jossa voit määrittää ajastuksen ja komennon:/usr/local/bin/curl "https://dynamicdns.key-systems.net/update.php?hostname=vpn.jeltsch.org&password=12345678&ip=auto"

Ihmisen genomin kartoitus on juuri saatu päätökseen (jälleen kerran)

Mon, 15 May 2023 00:00:00 +0000

Yli 20 vuotta sitten Genome Reference Consortium (GRC) sai

valmiiksi

ihmisen genomin kartoituksen (Lander et al., 2001). Tämä sekvenssi tunnetaan nimellä GRCh38-vertailusekvenssi. Vaikka se perustuu nimettömän luovuttajaryhmän DNA:han, ⅔ sen sekvenssistä on peräisin yhdeltä ainoalta afrikkalais-eurooppalaista syntyperää olevalta miesluovuttajalta (Genome Reference Consortium, 2023).*

Huippuluokan suonibiologia jatkuu Wihurin tutkimuslaitoksessa

Wed, 10 May 2023 00:00:00 +0000

Taija Mäkinen on nimitetty Wihurin tutkimuslaitoksen (WRI) johtajaksi vuodesta 2024 alkaen . Taijalla on nykyisen johtajan Kari Alitalo n tavoin erinomainen asiantuntemus imusuonten verisuonibiologiasta. Taija tekee tällä hetkellä tutkimusta Ruotsissa Uppsalan yliopistossa . Hän on panoksellaan mullistanut käsityksemme siitä, miten imusuonet muodostuvat ja kasvavat ( 10.1016/j.celrep.2015.02.026 , 10.1161/CIRCRESAHA.116.306170 ).Biomedicum Helsingissä sijaitsevan Wihurin tutkimuslaitoksen on perustanut ja sitä rahoittaa Jenny ja Antti Wihurin säätiö . Se keskittyy sydän- ja verisuonibiologiaan. Tutkimus on välttämätöntä sydänsairauksien uusien hoitomuotojen kehittämiseksi. Veri- ja imusuonet läpäisevät kuitenkin lähes kaikki kehon elimet, ja niillä on merkitystä lähes kaikissa sairauksissa, kuten tulehdus- ja tartuntataudeissa, hermoston rappeutumissairauksissa, syövässä ja verisuonten epämuodostumissa tai hypoplasioissa. Siksi WRI:ssä tehty tutkimus avaa mahdollisuuksia hoitaa monia muita sairauksia kuin sydänsairauksia.Jenny ja Antti Wihurin säätiön hallitus on tehnyt erinomaisen valinnan, vaikka olenkin monesta syystä puolueellinen. Teen samankaltaista tutkimusta, ja työskentelin Taijan kanssa samassa laboratoriossa tohtorikoulutuksemme aikana. Tarpeetonta mainita, että Taija valmistui minua reilusti nopeammin …

Vau: T. rexillä ei ollut VEGF-B:tä!

Wed, 05 Apr 2023 00:00:00 +0000

Tutkimuksemme PDGF- ja VEGF-kasvutekijöiden evoluutiollisesta alkuperästä on juuri julkaistu Angiogenesis-lehdessä: https://doi.org/10.1007/s10456-023-09874-9 . Analysoimme sekä PDGF- että VEGF-tekijöitä, mutta keskityimme luonnollisesti VEGF-puoleen. On pelkkä sattuma, että PDGF:t osoittautuivat VEGF:ien alaryhmäksi eikä päinvastoin, mutta se on tietysti vain meidän puolueellinen näkökulmamme :-) Koska teemme imusuonitutkimusta, voimme ylpeänä ilmoittaa, että fylogeneettisesti vanhin VEGF muistutti todennäköisesti VEGF-C:tä ja sisälsi salaperäisen silk-homologian domeenin. Se on intuitiivisesti järkeenkäypää (ja Jörg Wilting oli ehdottanut sitä jo aiemmin), sillä yksinkertaisimmat tuntemamme verisuonijärjestelmät ovat niin sanotut hemolymfajärjestelmät (esim. hyönteisillä), joilla on monia yhteisiä piirteitä imukudosjärjestelmän kanssa. Tällä julkaisulla emme tehneet mitään poikkeuksellista, mihin vain harvat pystyvät. Teimme jotain, minkä kuka tahansa voisi tehdä, mutta mitä kukaan ei ollut tähän mennessä tehnyt: tarkastelimme järjestelmällisesti, millä eläimillä on mitäkin PDGF- ja VEGF-proteiineja. Itse asiassa teimme jotain uutta: kehitimme joukkoistamismenetelmän PDGF- ja VEGF-proteiinien luokittelemiseksi. Sen sijaan, että olisimme kysyneet ihmisiltä, kysyimme tietokannoilta. Tietokannoissa on monia PDGF:n ja VEGF:n kaltaisia sekvenssejä, jotka tunnistetaan sellaisiksi vain niiden aminohapposekvenssin homologian perusteella. Selvittääksemme, onko kyseessä esimerkiksi VEGF-C vai VEGF-D, suoritamme useita (PSI)BLAST-hakuja ja laskemme sitten yhteen enemmistön mielipiteen (määritettynä parhaiden osumien perusteella).Meitä odotti monia yllätyksiä, kun bioinformatiikkaskripti oli saanut työnsä päätökseen kahden viikon PDGF- ja VEGF-kaltaisten sekvenssien etsimisen ja vertailun jälkeen:

Uuden raitiovaunun huonot tärinät

Mon, 03 Apr 2023 00:00:00 +0000

Työpaikkani suihkut olvat käyttökiellossa Helsingin yliopiston Viikin kampuksen edessä kulkevan uuden raitiovaunulinjan vuoksi. Raitiovaunun koeajojen aikana huomasin halkeamia pukuhuoneen seinässä ja suihkuissa. Ilmoitin näistä halkeamista joskus helmikuussa. Ymmärtääkseni yliopiston rakennusten kunto oli dokumentoitu ennen raitiovaunulinjan rakentamisen aloittamista. Nyt tutkitaan, johtuivatko lisävahingot ratikkalinjan rakentamisesta tai koeajoista.Pyöräilen tai juoksen töihin, ja käyn siksi suihkussa joka aamu. Aamurutiineistani on tullut vaikeampia, koska korvaavissa suihkuissa ei ole teilineitä eikä kuivauskappia, johon voisin ripustaa märät vaatteeni ja pyyhkeeni kuivumaan. Vaikka tästä aiheutuu jonkin verran haittaa, vakavimmat seuraukset eivät vaikuta minuun jos raitiovaunun liikennöinnissä on syy-yhteys seinävahinkoon: Yliopistolla on kalliita tutkimuslaitteita, jotka ovat herkkiä tärinälle.On käsittämätöntä, miten yliopiston ylin hallinto on voinut sopia Helsingin kaupungin kanssa raitiovaunulinjan ajamisesta suoraan yliopiston rakennuksen eteen. Itse asiassa raitiovaunu tekee nyt kiertotien Viikinkaarta pitkin. Luonnollisempi ja lyhyempi reitti olisi ollut noin 200 metriä nykyisestä radasta etelään (Viikintietä pitkin). Se olisi estänyt kaikki ongelmat. Jotta raiteet voitiin rakentaa suoraan Biokeskus 1:n ja 2:n eteen, miljoonia euroja tuhlattiin tärinänvaimennuselementteihin, joilla suojellaan huippulaitteitamme tärinältä. Ja ehkäpä kaikki nämä rahat menivät hukkaan, jos osoittautuu, että tärinänvaimennus on riittämätön.

GPT-3 hallusinoi taas

Tue, 07 Mar 2023 00:00:00 +0000

Viikonloppuna minun piti viimeistellä raporttini UP (yliopistopedagogiikka) 3.1 -kurssille. Koska olimme keskustelleet paljon virallisten ohjaussopimusten hyödyllisyydestä, halusin selvittää, tukevatko jotkin empiiriset tutkimukset ajatuksiamme. Koska yliopistomme oli lopettanut tilauksensa Iris AI -palveluun (tekoälypohjainen kirjallisuushakutyökalu), päätin kysyä GPT-3:lta. Menin GPT-3:n kokeilualustalle ja kysyin: "Voitko etsiä minulle viisi kirjallisuusviitettä, jotka osoittavat ohjaussopimuksen hyödyllisyyden akateemisessa ympäristössä?" Se palautti nopeasti viisi viitettä (katso kuva). Sitten pyysin DOI-tunnisteita (käytän Zoteroa viitteiden hallintaan, ja Zotero voi helposti hakea viitteiden koko tekstin, jos sille annetaan DOI-tunniste, edellyttäen että artikkeli ei ole maksullinen).Kun yritin ladata lähteet, Zotero ilmoitti: ”Zotero ei löytänyt tietuetta annetulle tunnisteelle. Tarkista tunniste ja yritä uudelleen.” Niinpä muodostin VPN-yhteyden yliopiston verkkoon päästäkseni artikkeliin suoraan maksumuurin takana olevan kustantajan (Taylor & Francis) verkkosivustolta. Kun selailin oikeaa ”Studies in Higher Education” -lehden numeroa (2005, vuosikerta 30, numero 5), siellä ei kuitenkaan ollut tällaista artikkelia. Ei tällaista kirjoittajaa. Mikään ei edes etäisesti muistuttanut sitä lähdettä, jonka se oli luvannut. GPT-3 keksi nämä pinnaltaan uskottavilta vaikuttavat lähteet tyhjästä. Tarkemmin tarkasteltuna artikkelit ovat kuitenkin outoja: jokaisella on vain yksi kirjoittaja (harvinaista, mutta ei mahdotonta), kaikki kirjoittajat ovat tohtoreita (todellisuudessa useimmat kirjoittajat ovat tohtoriopiskelijoita) ja kaikilla kirjoittajilla on täsmälleen yksi toinen nimi (mahdollista, mutta epätodennäköistä). Kun GPT-3:lle osoitettiin, että DOI-tunnukset ovat vääriä eivätkä ne johda mihinkään julkaistuun artikkeliin, se väitti aluksi, etten päässyt artikkeleihin käsiksi, koska ne olivat maksullisen sisällön takana. Kun toistin tämän kokeen kuvakaappausten ottamiseksi, GPT-3 pyysi anteeksi ja lupasi korjata virheen. Kun huomautin, ettei virhettä voida korjata, koska artikkelit olivat keksittyjä, GPT-3 kaatui. Tämä käyttäytyminen on loogista: samalla tavalla kuin se löytää tietoa mistä tahansa aiheesta ja yhdistelee sen siististi vastaukseksi, se löysi monia viitteitä ja yhdisteli ne ”uudeksi” vastaukseksi. Mutta koska algoritmi ei ”ymmärrä” mitään, se ei tajua, että kirjallisuusviitteitä ei saa muokata millään tavalla. Odotan, että tämä korjataan pian, sillä se on helppo korjata. GPT-3 on vain taitava yhdistelijä ja toistaja, ja tämä näyttää olevan vain erityistapaus hallusinaatiosta. Opiskelijoille tärkeä viesti: Älkää koskaan luottako siihen, että GPT-3 antaa teille tarkkaa tietoa. Myös muut ovat raportoineet, että GPT-3 harhaanjohtuu usein ja melko pahasti .

Showdown: GE Healthcaren Äkta vastaan Bio-Radin NGC

Tue, 07 Feb 2023 00:00:00 +0000

Olen puhdistanut proteiineja vuodesta 1996 lähtien. Työskentelin Äkta Explorer -laitteella vuoteen 2015 asti, jolloin päivitimme laitteistomme Äkta Avant -malliin. Vuonna 2020 laboratoriomme muutti, ja saimme käyttöön Bio-Rad NGC -laitteen, jota olemme käyttäneet nyt kahden vuoden ajan.Bio-Rad NGC:n kanssa kohtasimme monia ongelmia. Aluksi ajattelin, että tämä saattaisi olla normaalia järjestelmänvaihdon yhteydessä. Odotin ongelmien häviävän yksi kerrallaan. Olihan meillä ollut ongelmia myös silloin, kun vaihdoimme Explorerista Avant-laitteeseen.Kuitenkin kahden vuoden ja kymmenien puhdistuskierrosten jälkeenkin NGC:n ongelmat eivät näytä loppuvan. Aina kun ratkaisemme yhden ongelman, ilmestyy uusi, aiemmin tuntematon ongelma. Ja toisin kuin GE Healthcare, Bio-Radin asiakaspalvelu ei ole lähelläkään sitä, mitä olemme kokeneet GE Healthcaren kanssa. Kun IT-osastomme ei saanut Äktaa kytkettyä yliopistomme verkkoon, GE Healthcare lähetti Münchenin tiimistään insinöörin Helsinkiin korjaamaan ongelman. GE Healthcare arvosti oppimiskäyräämme ja tarjosi lisäksi jollekin tiimimme jäsenelle ilmaisen osallistumisen yhteen kursseistaan. Eikä heidän tukensa rajoittunut takuuaikaan! He todella halusivat meidän olevan tyytyväisiä laitteeseensa. Emme koe saavamme yhtä paljon tukea Bio-Radilta. Tuntuu aina siltä, että meidän on pakotettava heidät ratkaisemaan NGC:n kanssa kohtaamamme ongelmat, ja heidän vasteaikansa on selvästi alle asiakkaiden odotusten.Tämä on ensimmäinen useista blogikirjoituksista, joissa verrataan Äktaa ja NGC:tä. Toivon, että löydän aikaa kirjoittaa tarkemmin kaikista ongelmistamme seuraavien kuukausien aikana.Päätimme vuonna 2015, että tarvitsimme vihdoin uuden FPLC:n. Äkta Explorer -laitteemme oli tulossa käyttöikänsä päähän, ja olimme saaneet noin 100 000 rahoitusta keskuslaitoksemme FPLC:n uusimiseen. Laite oli niin kallis, että meidän piti käydä läpi virallinen tarjouskilpailumenettely (tuolloin raja oli 30 000 €, mutta se on sittemmin nostettu 60 000 €:ksi). Kilpailijoita oli vain kaksi: Bio-Rad Discover NGC ja GE Healthcare Äkta Avant. Bio-Rad oli halvempi (82 810 € verrattuna 95 470 €), mutta päätimme ostaa GE Healthcaren laitteen. Yksi tärkeä syy oli se, että kaikki käyttäjämme olivat tottuneet käyttämään Äkta Exploreria ja sen Unicorn-ohjelmistoa. Vaihtaminen olisi yksinkertaisesti häiritsevää ja vaatisi meiltä paljon tukea ja aikaa. Oli kuitenkin myös teknisiä syitä, joiden vuoksi pidimme Äktaa parempana kuin NGC:tä: Äkta Avantin edut

Arvostelu: Wenger Synergy -reppu viiden vuoden päivittäisen käytön jälkeen

Sat, 21 Jan 2023 00:00:00 +0000

Pidän reppuista, joissa on paljon taskuja. Ei ihme, että pidän Wenger Synergy -reppusta, joka on ollut markkinoilla jo yli 10 vuotta vain pienin muutoksin. Tämän mallin kanssa minulla oli kuitenkin runsaasti laatuongelmia. Toisin kuin yli 40 vuotta vanha sveitsiläinen linkkuveitseni, tämä reppu rikkoutui jatkuvasti takuuaikana tai pian sen jälkeen. Sen vaihtaminen ei ollut koskaan ongelma, kun se rikkoutui takuuaikana, mutta kyllästyin vaihtoon liittyvään vaivaan, kun olin tehnyt sen kahdesti. Reppun vikaantunut osa oli aina sama: olkahihnojen saumat alkoivat aueta. Ilmoitin asiasta suoraan valmistajalle toivoen, että he tekisivät jotain olkahihnojen parantamiseksi. Kun kuitenkin myös kolmannessa repussa ilmeni sama ongelma, päätin, etten vaihda sitä, vaan korjaan sen. Korjaukseni ei ole ulkonäöltään kovin kaunis, mutta se on kestänyt tarpeeksi kauan, jotta voin raportoida toisesta vikaantuneesta kohdasta: pohjalevystä. Se repesi kohdasta, jossa pohjalevy koskettaa reppun takalevyä. Korjasin myös sen, koska minua kiinnosti, mikä osa vikaantuisi seuraavaksi. Hyvä puoli: nämä korjaukset olivat nopeita ja helppoja, ja ne ovat kestäneet jo neljä kuukautta ilman minkäänlaisia vian merkkejä korkealaatuisen materiaalin ansiosta. Vetoketjut rajoittavat ehkä kaikkien reppujen lopullista käyttöikääNyt tiedän: vetoketjuissa on alkanut ilmetä ongelmia. Olen yllättynyt, että vetoketjut toimivat vielä jotenkin. Vetoketjut ovat olleet lähes kaikkien muiden reppujeni akilleenkantapää. Ja toisin kuin olkahihna, pahasti rikkoutuneen vetoketjun korjaaminen (= vaihtaminen) vaatii melko paljon vaivaa. Tämä reppu on nyt viisi vuotta vanha. Olen käyttänyt sitä kirjaimellisesti joka ikinen päivä. Pyöräilen tai juoksen sen kanssa töihin ja käyn sillä ostoksilla. Matkustan sen kanssa ja vien sen kesämökille. Odotanko liikaa noin 100 euron reppulta? Onko viiden vuoden käyttöikä nykyään enimmäismäärä, jonka voin saada irti repusta? Kestävä kehitys on useimmiten pelkkää sanahelinää, alasta riippumatta. Olen päättänyt pitää tämän reppun vielä viisi vuotta, mutta vetoketjujen vaihtaminen vie minulta ainakin 2–3 tuntia työtä. Pikakorjauksena kiristin pihdeillä metallisen liukukappaleen ylä- ja alareunan siipiä (kuten tässä YouTube-videossa ). Se on toistaiseksi toiminut, mutta kokemukseni mukaan kiristystä on toistettava yhä lyhyemmin väliajoin, ja lopulta metalli murtuu. Jotta koko vetoketjun vaihtamista ei tarvitsisi tehdä, voit lisätä napit uuden kiinnityksen luomiseksi , mikä on ehkä vähemmän työlästä, jos et ole kovin taitava ompelemaan.

Miksi suurin osa tiedemiehistä on kahvinarkomaaneja?

Wed, 04 Jan 2023 00:00:00 +0000

Viime viikolla siirryin sähkökäyttöön, kun olin ehkä 25 vuoden ajan keittänyt kahvia ilman suoraan sähköllä toimivaa kahvinkeitintä. Olen keittänyt kahvini legendaarisella italialaisella liesiespressokoneella, jonka ostin vuonna 1990 Debrecenistä, Unkarista. Tai Aeropressillä . Tai ehkä useimmiten 2 dollarin kahvisuppilolla. Espressokeittimeni on kopio, mutta se toimii edelleen täydellisesti; jouduin vain vaihtamaan tiivisteen kerran. Espressokeitin, Aeropress ja 2 dollarin kahvisuppilo valmistavat erinomaista kahvia, joten OBH Nordicalla on vakava kilpailija.Ensimmäinen asia, jonka opin, oli se, että ruotsalais-tanskalainen OBH Nordica ei ole enää pohjoismainen, vaan osa Tefalia , joka puolestaan kuuluu [Group SEB]-konserniin ( https://en.wikipedia.org/wiki/Groupe_SEB ). Se ei sinänsä ole mikään huono asia. Mutta kun ostat eurooppalaisen keittiökoneen, ostat sen useimmiten samalta yritykseltä tuotemerkistä riippumatta: Krups, Moulinex, Rowenta, Tefal, OBH Nordica ja WMF kuuluvat nykyään kaikki ranskalaisen Groupe SEB:n alaisuuteen.Tietenkin kannattaa ostaa eurooppalaisia tuotteita halpojen kiinalaisten kilpailijoiden sijaan. Halusin kuitenkin selvittää, mitkä näistä Groupe SEB:n tuotteista on valmistettu ”Euroopassa” ja mitkä ”Eurooppaa varten Kiinassa”. Ainakin tästä laitteesta – Blooming-kahvinkeittimestä – en löytänyt mitään ”Made in” -merkintää. Kun menin sivustolle obhnordica.com/blooming , minua tervehti teksti ”Lue lisää Blooming-kahvinkeittimestä – Valitse maasi”, ja kun klikkasin Suomen lippua (koska asun Helsingissä), päädyin . Päätin siis ottaa yhteyttä OBH Nordicaan heidän verkkolomakkeensa kautta ja kysyä, missä kahvinkeittimeni tarkalleen ottaen on koottu, ja he vastasivat hyvin nopeasti, että laite on valmistettu Kiinassa. Siinäpä se eurooppalaisten tuotteiden ostaminen sitten oli, ja nyt minulla on huono omatunto.

Mastodon

Fri, 30 Dec 2022 00:00:00 +0000

Voit ohittaa seuraavan tekstin, jos luet tätä Mastodonissa. En ole vielä poistunut Twitteristä. Jos palvelu on suunniteltu hyvin, Elon Musk ei pysty tuhoamaan Twitteriä, mutta se voi silti kuolla hitaasti (aivan kuten Skype on kuollut hitaasti siitä lähtien, kun Microsoft osti sen). Mutta varalta olen avannut tilin Mastodonissa. Tarkemmin sanottuna mastodo.fi -palvelussa. Ja kokemus on ollut toistaiseksi miellyttävä. Suurin osa ihmisistä, joita seuraan Twitterissä, ei ole (vielä) Mastodonissa, mutta teen parhaani asian eteen! Tiedeyhteisö on omaksunut Twitterin jo kauan sitten , ja saan suuren osan tiedeuutisistani Twitterin kautta. Sen korvaaminen vaatii jonkin verran vaivaa.Yksi asia, joka saattaa karkottaa joitakin käyttäjiä, on se, että sisältöä on etsittävä aktiivisesti. Kukaan eikä mikään algoritmi työnnä sisältöä sinulle. Eikä ole yhtä ainoaa paikkaa, jossa voi avata tilin. Voit avata tilin sadoilla eri Mastodon-palvelimilla ( https://www.pcmag.com/how-to/how-to-pick-a-mastodon-server ). Harkitsin hetken oman Mastodon-palvelimen pyörittämistä, mutta liityin sitten mastodo.fi -palveluun, koska se sijaitsee – kuten minäkin – Suomessa. Opettelen yhä, miten kaikki toimii. Ihan totta: jos et vielä ole Mastodonissa, harkitse liittymistä! Ja kun olet liittynyt, seuraa minua @mjeltsch@mastodo.fi !

Postipalvelujen hintojen inflaatio

Fri, 30 Dec 2022 00:00:00 +0000

Posti perustelee kirjepostin hintojen jyrkkää nousua kirjeiden määrän jyrkällä laskulla. Toisaalta pakettien määrä on kompensoinut kirjelähetysten laskua. Posti on tuottoisasta pakettiliiketoiminnastaan huolimatta nostanut jatkuvasti myös pakettien hintoja. Valitettavasti pakettien hinnoista on mahdotonta saada yhtä tarkkoja tilastoja, koska Posti on jatkuvasti muuttanut hinnoittelurakennettaan. Minusta, he tekevät sen myös hintojen nousun peittämiseksi. Viimeisimmän korotuksen (19.04.2022) yhteydessä he mm. laskivat pakettien suurinta sallittua painoa. Muita aiempia muutoksia ovat mm. paketin maksimimitat ja ostaminen palvelupisteissä (vs. verkosta), joka on tullut huomattavasti kalliimmaksi. Yllä olevassa kaaviossa näkyy ikimerkin hinnan kehitys (tavallinen kirje, enintään 50 g). Ikimerkki antaa kuluttajalle mahdollisuuden säästä, koska sillä voi maksaa palvelusta myös tulevien hinnankorotusten jälkeen. Hinnoittelurakennetta on muutettu muutaman kerran myös kirjeiden osalta, mutta paljon vähemmän kuin pakettien osalta. Viimeisin merkittävä muutos tapahtui vuonna 2017, jolloin posti poisti kotimaan kirjeiden osalta ykkös- ja kakkosluokan kirjen eron. Kaavion tilastoissa käytetään ykkösluokan hintoja vuotta 2017 edeltäviltä vuosilta.

Turingin testi ja tenttivastaukset: Pystynkö paljastamaan tekoälyn?

Thu, 29 Dec 2022 00:00:00 +0000

Suomalaisessa päivälehdessä Helsingin Sanomat GPT-3 ja Jyväskylän yliopiston Laura Ketonen pohtivat, miten tekoäly vaikuttaa opiskelijoiden arviointiin ( Tekoäly ravistelee opiskelijoiden arviointia , englanniksi: Artificial intelligence shakes up student assessment). Yksi tekoälyn ilmeisistä ”sovelluksista” olisi tenttivilppi. Lauran mielipidekirjoitus herätti melko paljon reaktioita. Jotkut vastasivat, että tekoäly tuottaa sisältötöntä tekstiä . Toiset mainitsivat, ettei tekoälyllä ole rohkeutta ja aloitteellisuutta . Tuntuu siltä, että me ihmislajina joudumme pian kamppailemaan yleisen alemmuuskompleksin kanssa.Luonnontieteiden tenttitilanteessa kandidaatin tai maisterin tasolla aloite on opettajalla, ja opiskelijat ovat määritelmän mukaan reaktiivisia. Miten määritellään tyhjä teksti, kun pyydetään selittämään glykoinsinööritiedettä? Elämäntieteissä rohkeus ja aloitteellisuus ovat olennaisia piirteitä jokaiselle tulevaisuuden tiedemiehelle. Mutta ilman vankkaa tietopohjaa rohkeus ja aloitteellisuus johtavat harvoin vaikuttaviin uusiin kehityssuuntiin. Tällä hetkellä emme voi vielä ulkoistaa tätä perustaa tekoälylle. Siksi vaadimme opiskelijoilta vankkaa tietopohjaa, josta rohkeus ja aloitteellisuus voivat ammentaa kukoistakseen. Ehkä helpoimmat tulokset voidaan saavuttaa pelkästään rohkeudella ja aloitteellisuudella. Mutta nykypäivän ongelmien ratkaiseminen vaatii lisäksi vankkaa tietopohjaa (”seisominen jättiläisten hartioilla”). Arvioidessamme tekoälyä teemme todennäköisesti samat virheet kuin ihmiset tekevät kaikkien uusien teknologioiden kohdalla: yliarvioimme sen vaikutuksen lyhyellä aikavälillä, mutta aliarvioimme sen vaikutuksen pitkällä aikavälillä. (Kapea) tekoäly on kerta toisensa jälkeen onnistunut tunkeutumaan aloille, jotka aiemmin olivat varattuja ihmisille. Ei ole mitään syytä olettaa, ettei tämä kehitys jatkuisi. Voi hyvinkin olla, että tällä hetkellä hallitsevat tekoälyn lähestymistavat (syväoppiminen, koneoppiminen, neuroverkot, tilastolliset menetelmät) eivät johda tulevaisuudessa merkittäviin läpimurtoihin kohti ihmisen kaltaista yleistä tekoälyä, ehkä jopa itsetietoista tekoälyä. Emme edes tiedä, miten ihmisen tietoisuus syntyy. Toisaalta olen samaa mieltä Daniel Dennettin ajatuksesta, että tietoisuudessa ei ehkä olekaan vaikeaa ongelmaa: tietoisuus on se, mitä saat, kun olet ratkaissut kaikki helpot ongelmat. Joka tapauksessa, jos itsetietoisuudesta vailla oleva tekoäly muuttuu erottamattomaksi itsetietoisesta tekoälystä, mikä ero niillä on ja miten voisimme sen tietää? Olen varma, että jossain vaiheessa pystymme myös ulkoistamaan tietomme kokonaan. Googlen avulla olemme jo alkaneet ottaa pieniä askelia tähän suuntaan, mutta tarvitsemme paremman tietokone-aivo-rajapinnan, jotta voimme täysin omaksua tiedon ulkoistamisen konseptin. Deep Blue voitti kansainvälisen suurmestarin Garry Kasparovin vuonna 1997. En halunnut hyväksyä tätä ihmisen kärsimää tappiota ja julistin pelin epäreiluksi: Deep Blue kaatui ja sitä jouduttiin käynnistämään uudelleen kerran kuuden pelin turnauksen aikana, mikä oli mielestäni sama asia kuin jos ihminen olisi kuollut pelin aikana (tai ainakin herätetty henkiin elvytyksellä). Vuonna 2016 tietokoneet ohittivat ihmiset Go-pelissä, ja nykyään ne voittavat ihmisiä jopa pokerin kaltaisissa peleissä, joissa vaaditaan hienostuneita psykologisia temppuja, kuten bluffaamista. Testatakseen, miten tekoäly pärjää opiskelijoille tenttitilanteessa, Patrick lisäsi yhden tekoälyn tuottaman vastauksen opiskelijoiden vastauksiin äskettäin pidetyssä tentissä. Tämä idea toi arviointiin jännittävän käänteen! Luulen, että tiesin, mikä tekoälyn vastaus oli. Olin kuitenkin kokeillut GPT-3:a aiemmin ja tiesin, että – ilman hienosäätöä – tekoäly on liian tarkka ja järjestelmällinen kysymyksiin vastaamisessa. Esimerkiksi kolmiosaisessa kysymyksessä tekoäly vastaa yleensä järjestelmällisesti kaikkiin kolmeen osaan. Lisäksi tekoäly ei tuntenut luentojeni tarkkaa sisältöä, minkä vuoksi tekoälyn vastauksen tunnistaminen oli suhteellisen helppoa. Patrickin on vielä paljastettava, tunnistinko tekoälyn vastauksen oikein… Tekoäly (tai se, minkä tunnistin tekoälyksi) suoriutui huonommin kuin paras opiskelija, mutta kaiken kaikkiaan se pärjäsi todella hyvin. On selvää, että tulevissa tenttikysymyksissämme on keskityttävä entistä enemmän kriittiseen ajatteluun ja kuvitteellisiin esimerkkeihin, joita tekoäly ei voi tietää valtavasta koulutusaineistostaan. Mutta kun otetaan huomioon tekoälyn tulevaisuudessa käytettävissä olevan tiedon kasvava määrä, tekoäly voi tukeutua muiden ihmisten kriittiseen ajatteluun. Seuraavan sukupolven tekoäly (ChatGPT-4 ja Googlen LaMDA) odottaa jo julkista julkaisua… Pienillä hienosäätöillä Patrick olisi voinut helposti huijata minua. Ehkä hän on jo huijannutkin… Jos hän käski tekoälyä rikkomaan vastausmallia tahallaan ja jos hän koulutti GPT-3:a käyttäen luentokalvojani viitemateriaalina, en voi enää olla varma mistään. Kerron teille, onnistuinko tunnistamaan tekoälyn oikein, kun Patrick paljastaa, mitkä vastaukset olivat tekoälyn tuottamia. PÄIVITYS: Minä (samoin kuin muutkin opettajat) tunnistin tekoälyn vastaukset oikein. Yleinen mielipiteemme oli, että jos meitä ei olisi varoitettu siitä, että yksi vastauksista oli tekoälyn tuottama, emme olisi huomanneet sitä. Tekoälyn vastausten laatu riippui kysymyksen tyypistä. Näytti siltä, että (tällä hetkellä) suhteellisen helppo tapa hämätä tekoälyä on antaa kysymykseen vastaamiseen tarvittavat tiedot graafisessa muodossa. Mutta olen varma, että tekoäly oppii yhdistämään kuvia ja tekstiä hyvin pian.

Innoopeli-palkinto 2022

Wed, 21 Dec 2022 00:00:00 +0000

Me – Kansainvälisen lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden maisteriohjelman ohjausryhmä – saimme Innoopeli-palkinnon 2022 ! Innoopeli-palkinto myönnetään merkittävästä panoksesta tiedekuntamme opetustyöhön. Vaikka olenkin puolueellinen, mielestäni palkinto on täysin perusteltu, sillä tarjoamme monia uusia kursseja, päivitämme olemassa olevia kursseja ja käännämme kursseja suomesta englanniksi. Työ on ollut raskasta, mutta voimme jo nähdä tuloksia: olemme onnistuneet rekrytoimaan todella älykkäitä ja sitoutuneita opiskelijoita!Ohjelmajohtajamme Leena Hanski kertoo: ”Tammikuussa 2021 aloitimme työmme ohjausryhmänä ilman oppimistavoitteita, opetussuunnitelmaa, valintaperusteita tai edes verkkosivustoa, puhumattakaan yhdestäkään päätöksestä ohjelman toteuttamisen käytännön järjestelyistä. Meillä on vielä paljon työtä edessämme, mutta olen vakuuttunut siitä, että pystymme pitämään vauhtia yllä ja tekemään tästä ohjelmasta loistavan paikan, jossa tulevat lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden tähdet saavat hioa taitojaan. Ensimmäiset opiskelijamme ovat olleet monille meistä suuri inspiraation ja motivaation lähde, ja haluan myös kiittää heitä erityisesti heidän avoimuudestaan ja halukkuudestaan jakaa tarinoitaan, ajatuksiaan ja odotuksiaan.”

Talvipyöräily ei sovi heikkohermoisille

Sat, 10 Dec 2022 00:00:00 +0000

Helsinki suunnitteli, että henkilöauton omistaminen ei olisi enää tarpeen vuoteen 2025 mennessä . Kuvasta näkyy syy nro 534, miksi tämä ei tule toimimaan: Kadut ja jalkakäytävät pidetään talvella lumettomina, mutta pyörätiet on varattu lumen varastointiin ja autojen pysäköintiin. Pyöräily keskustaan on aina vaivalloista, mutta talvella se sopii vain itsemurha-alttiille masokisteille. Noin 50 metrin välein törmää esteeseen, jonka ohittaminen vahingoittumatta vaatii äärimmäistä valppautta ja luovuutta. Helsingin keskusta on kuolemassa Covid-19:n seurauksena. Hyvä niin! Mitä harvemmin minun täytyy käydä siellä, sitä parempi. Pyöräilyolosuhteet Sörnäisen eteläpuolella ovat sietämättömän surkeat, ainoana poikkeuksena 1,3 km pitkä baana Kiasman ja Ruoholahden reunan välillä (jonne minun harvoin tarvitsee mennä). Liikenne ja ruoka ovat kaksi suurinta tekijää , kun puhutaan yksilön vastuusta ilmastonmuutoksessa. Tämän vuoksi Helsinki – kestävän kaupunkikehityksen edelläkävijä – nostaa ensi vuonna joukkoliikenteen lippujen hintoja kannustaakseen ihmisiä siirtymään autosta bussiin tai metroon.

E. colista peräisin oleva bioaktiivinen VEGF-C ilman in vitro -taitumista!

Fri, 28 Oct 2022 00:00:00 +0000

Artikkelimme ”Bioaktiivinen VEGF-C E. colista” on julkaistu Scientific Reports -lehdessä. Lue täältä: https://doi.org/10.1038/s41598-022-22960-0.As Itse asiassa tein ensimmäiset kokeet, joissa ilmentin VEGF-C:tä E. colissa vuonna 1999, mutta en koskaan saanut aktiivista proteiinia. Seuraavien yli 15 vuoden ajan käytimme VEGF-C:n tuottamiseen yksinomaan eukaryoottisoluja (hiivaa, S2/Sf9/Hi5-hyönteissoluja, CHO-soluja). Elvytimme ”VEGF-C E. coli:ssa” -projektin muutama vuosi sitten ja saavutimme lopulta tavoitteemme viime vuonna. Työmäärä oli kuitenkin paljon suurempi kuin alun perin olimme arvioineet. Alussa kaikki yritykset epäonnistuivat, ja pelastaaksemme projektin kehitimme in vitro -taitto-ohjeiston. Oli ehkä enemmän onnea kuin osaamista, että törmäsimme liukoisuustunnisteen ja redox-modifioidun E. coli-kannan yhdistelmään, jolla onnistui tuottaa suoraan bioaktiivista VEGF-C:tä ilman in vitro -taitto-vaihetta. Päätimme sisällyttää tulososioon myös epäonnistuneet yrityksemme (CyDisCo ja periplasmainen ilmentyminen) välttääksemme ”file drawer effect” -ilmiön.

Karsinta: Miksi VEGF-C ≠ VEGF-C

Wed, 28 Sep 2022 00:00:00 +0000

Eilen puhuin VEGF-C:stä Zoom-lymfaattiseminari-sarjassa, jonka järjestää Young Kwon Hong . Koska kysymyksiin ei jäänyt paljon aikaa, vastaan niihin mielelläni sähköpostitse. Jos et ole ehtinyt kirjoittaa ylös linkkiä esityksen dioihin, tässä se on: https://mjlab.fi/c . Tärkein viesti: Pro-VEGF-C:stä voi syntyä monia erilaisia VEGF-C:n kypsiä muotoja proteolyyttisen prosessoinnin kautta (ja sama pätee myös VEGF-D:hen). Nämä muodot käyttäytyvät eri tavalla. Äärimmäinen tapaus on aktivoituminen katepsiini D:n (CTSD) vaikutuksesta: Kun CTSD aktivoi VEGF-C:n, siitä tulee lähes yksinomaan lymfangiogeeninen, kun taas VEGF-D:stä tulee CTSD-aktivoinnista yksinomaan angiogeeninen. CTSD:n aktivoiman VEGF-C:n havaitseminen on vaikeaa, koska kaikki hyvin toimivat vasta-aineet tunnistavat katkaisukohdan N-terminaaliset epitoopit (tai ulottuvat katkaisukohdan yli). Toinen esitelmä oli Barbara Garmy-Susinin , ja hänen aiheensa sopi hyvin kokonaisuuteen, sillä hän puhui VEGF-C:n käytöstä lymfedeeman hoidossa. Mutta kuten jo VEGF-A:n kohdalla tiedämme, verisuonten kasvutekijät eivät yksinään välttämättä riitä toimivan verisuoniston muodostumiseen…

PDGF/VEGF-kasvutekijöiden kehitys

Thu, 22 Sep 2022 00:00:00 +0000

Olemme ladanneet bioRxiv-palveluun ennakkopainoksen uusimmasta artikkelistamme, joka käsittelee PDGF/VEGF-kasvutekijöiden evoluutiota . Olemme analysoineet kattavasti proteomin PDGF/VEGF-osan kaikissa eläinlajeissa, joista tietoja on saatavilla. Osa näistä tiedoista on ollut käytössämme jo jonkin aikaa, mutta nyt olemme täydentäneet niitä tarkastelemalla kaloja yksityiskohtaisesti. Kalojen verisuonibiologia on tullut entistäkin kiehtovammaksi Dasin ym. aiemmin tänä vuonna julkaiseman artikkelin jälkeen ( lue lisää tästä poikkeuksellisesta tutkimuksesta ).Kalojen verisuonijärjestelmien huomattava heterogeenisyys näyttää saavan tukea vastaavasta laajasta heterogeenisyydestä molekyylitasolla. Usein, mutta ei aina, tämä geneettinen heterogeenisyys voidaan jäljittää koko genomin duplikaatioihin. Kalat sietävät koko genomin duplikaatioita paremmin kuin nisäkkäät. Ainakin kalojen fylogeneettisen puun eri haaroissa on tapahtunut melko paljon tällaisia duplikaatioita, mikä on johtanut polyploidisiin tai jopa tetraploidisiin lajeihin. Tämän seurauksena joillakin kalalajeilla on neljä kertaa niin monta PDGF/VEGF-geeniä kuin ihmisillä, ja paljon enemmän mahdollisuuksia näiden molekyylien toimintojen monipuolistumiseen.Ensimmäinen PDGF/VEGF-tyyppinen molekyyli ilmestyi todennäköisesti yli 800 miljoonaa vuotta sitten prekambrium-kaudella, kun meren eliöissä alkoi näkyä kudosten organisoitumisen merkkejä. Jos ryhtyisimme rekonstruoimaan tätä molekyyliä, se näyttäisi hämmästyttävän samankaltaiselta kuin nykyaikainen VEGF-C. Erityisesti C-terminaalinen ”silkkihomologialohko” näyttää kehittyneen jo evoluution varhaisessa vaiheessa. Itse asiassa suurella joukolla nykyisin eläviä, morfologisesti yksinkertaisia organismeja on tällaisia VEGF-C:n kaltaisia molekyylejä vielä tänäkin päivänä (esim. sukkulamato C. elegans). Näiden PDGF- ja VEGF-proteiinien evoluutiota koskevien oivallusten lisäksi verisuonibiologeille on tarjolla joitakin hyödyllisiä johtopäätöksiä: Esimerkiksi linnuista ei löytynyt yhtään toiminnallista VEGF-B-geeniä. Vastaavasti sammakkoeläimissä ei näytä olevan PlGF-proteiineja. Toisaalta käärmeiden myrkystä tunnistetut VEGF-F-proteiinit näyttävät esiintyvän laajemmin myös myrkyttömissä liskoissa. Tämä asettaa joitakin rajoituksia tietyille eläinmalleille (Xenopus, CAM-määritys), mutta olisi mukava tietää, mitä VEGF-F tekee gekkoissa…Tutustu käsikirjoitukseen ja kommentoi tai kritisoi, jos sinulla on ajatuksia! Ajatuksena on hioa tätä käsikirjoitusta vielä hieman parempaan kuntoon ennen kuin se lähetetään lehteen perinteistä vertaisarviointia varten.

Tutkimuksen tekeminen ilman syvällistä tietoa

Mon, 12 Sep 2022 00:00:00 +0000

Arvoisa professori Jeltsch, nimeni on Shahid ja opiskelen lääketiedettä. Olen kiinnostunut molekyylibiologiasta ja biokemiasta. Valitettavasti opintosuunnitelmaani ei sisälly kovin monia nykyaikaisia molekyylibiologian tutkimusmenetelmiä. Haluan kuitenkin perehtyä tähän alaan niin hyvin, että pystyn luottavaisin mielin esittämään hypoteesin ja mahdollisen hoitomenetelmän jollekin sairaudelle. Tavoitteenani olisi testata tätä hypoteesia molekyylibiologien ja muiden asiantuntijoiden muodostaman tutkimusryhmän avulla. Siksi en tarvitse syvällistä tietämystä. Tällä kirjeellä pyydän teidän kaltaistanne ammattitutkijaa ohjaamaan minut lähteisiin, joiden avulla voisin hankkia tällaiselle hankkeelle tarvittavan asiantuntemuksen. Mitkä kirjat tai materiaalit sopisivat opiskeluun? Mainitsen myös, että minulla on pääsy kaikkiin merkittäviin tieteellisiin kustantajiin yliopistomme kirjaston kautta. Kiitos avustanne, Shahid. Sain yllä olevan pyynnön sähköpostitse muutama kuukausi sitten. Kannustan opiskelijoita aina menemään opetussuunnitelman tarjoamaa pidemmälle. Tämä ei tarkoita, etteikö hyvä ”tavallinen” koulutus antaisi mahdollisuutta olla osa tuottavaa tiimiä. Mutta ilman opetussuunnitelman ulkopuolelle menemistä ei nykyään ole helppoa saada aikaan mitään kestävää vaikutusta mihinkään. Tähän asti kaikki hyvin. Yllä olevan sähköpostin varoitusmerkki on tämä lause: ”Siksi en tarvitse syvällistä tietoa.” Useimpien sairauksien hoidossa helpoimmin saavutettavat tulokset on jo saavutettu. Kun yritetään saavuttaa vaikeammin saavutettavia tuloksia, on olemassa kaksi lähestymistapaa:

12 kuukauden vientikielto päättyy

Wed, 07 Sep 2022 00:00:00 +0000

Barack Obaman presidenttikaudella otettiin käyttöön 12 kuukauden sääntö, jonka mukaan kaikki tutkimukset, joiden rahoituksessa on käytetty Yhdysvaltain liittovaltion varoja, on asetettava yleisön vapaasti saataville viimeistään 12 kuukauden kuluttua niiden julkaisemisesta ( https://www.science.org/content/article/white-house-unveils-long-awaited-public-access-policy ). Joe Bidenin uusi toimeenpanomääräys poistaa nyt 12 kuukauden säännön ja edellyttää välitöntä saatavuutta viimeistään joulukuusta 2025 alkaen. Muita tämän toimeenpanomääräyksen merkittäviä parannuksia ovat koneellisen luettavuuden vaatimus, metatietojen merkitseminen ja raakadatan saatavuus. Lisäksi nämä uudet säännöt eivät koske ainoastaan lehtiartikkeleita, vaan ne kattavat tästä lähtien myös kirjan luvut ja konferenssijulkaisut ( https://www.theverge.com/2022/8/26/23322194/white-house-ostp-open-access-federal-research-policy-update ). Monet kaupalliset kustantajat vastustavat tätä, koska heidän mahdollisuutensa ansaita rahaa on vähitellen heikentymässä. Mitä he eivät mainitse, on se, että koko kustannusalan vaativin työ – nimittäin artikkelien kirjoittaminen ja vertaisarviointi – tehdään edelleen täysin ilmaiseksi tutkijoiden toimesta ympäri maailmaa. Jos kustantajien pitäisi maksaa markkinahintoja kirjoittajien ja arvioijien työajasta, ne menisivät – poikkeuksetta – kaikki konkurssiin vuoden sisällä. Jokainen tutkija käyttää merkittävän osan työajastaan muiden tutkijoiden käsikirjoitusten kirjoittamiseen ja arviointiin ILMAN MITÄÄN KORVAUSTA. Itse asiassa monet meistä tekevät tätä työtä iltaisin ja viikonloppuisin, koska olemme täysin varattuja apurahahakemusten kirjoittamiseen, hallintoon ja opetukseen normaalin työaikamme aikana. Monet näistä käsikirjoituksista julkaistaan sitten voittoa tavoittelevien kustantajien toimesta, jotka hyödyntävät taloudellisesti tutkimustulosten kirjallista esittämistä ja vertaisarviointiprosessia, jotka on maksettu veronmaksajien rahoilla. Jotkut voittoa tavoittelevat kustantajat tekevät arvokasta ja loistavaa työtä parantaakseen kirjoittajiensa teosten saatavuutta ja laatua. Toiset taas näyttävät olevan mukana lähinnä rahan vuoksi. Jälkimmäisten joukossa on valitettavasti myös monia avoimen julkaisemisen (Open Access) lehtiä . Huomattava ongelma on SciHub. Vaikka yliopistoni maksaa pääsyn useimpiin tarvitsemiini lehtiin, pääsy on niin sekavaa ja ajoittain toimimatonta, että joudun usein turvautumaan SciHubiin saadakseni PDF-artikkelin lehdestä, johon yliopistollani on tilaus. Vaihtoehtoisesti olen käyttänyt ResearchGatea ja #icanhazpdf:tä saadakseni sähköisiä uusintapainoksia, mutta SciHub on ylivoimaisesti nopein ja luotettavin vaihtoehto. Lisätietoja Sci-Hubista: https://www.zmescience.com/other/feature-post/sci-hub-effects-academic-publishing/ .

Putin haluaa, että ajat kovaa ja paljon!

Tue, 19 Jul 2022 00:00:00 +0000

Ajan autoa harvoin, ja nykyään vuokraan auton, kun tarvitsen sitä. Tänä kesänä päätimme viettää kahden viikon loman mökillä järven rannalla keskellä Suomen metsää. Autoa tarvitaan, jos haluaa liikkua Suomen maaseudulla. Julkinen liikenne saattaa toimia hyvin Suomen pääkaupungissa Helsingissä, mutta maaseudulla sitä ei käytännössä ole lainkaan. Vuokra-automme tankin täyttäminen maksoi minulle yli 150 euroa. Koska vielä vuosi sitten voisin täyttää saman tankin alle 75 eurolla, odotin ihmisten sopeuttaneen ajotapojaan säästääkseen energiaa, planeettaa ja lompakkojaan. Mutta olin suurimmaksi osaksi väärässä.Hitaampi ajonopeus ja vähemmän ajamistaJokainen, joka ei ole elänyt kiven alla, tietää, että tehokkain ajonopeus on jossain 50–90 km/h:n välillä. Ilmanvastus kasvaa nopeuden myötä. Kasvu ei ole lineaarista, vaan eksponentiaalista. Ylinopeudella säästät vain vähän aikaa, mutta tuhlaat uskomattoman paljon energiaa. Vaikka useimmat kuljettajat valittavat kauhistuttavista polttoainehinnoista, tuskin kukaan näyttää muuttavan käyttäytymistään ajamalla hitaammin tai ajamalla vähemmän. Haluaisin tietää, mikä on syy tähän paradoksaaliseen käyttäytymiseen, sillä se on minulle käsittämätöntä. Tiedän, että jotkut kuljettajat ajavat mielellään kovaa (kuuluin itse tähän ryhmään, kun olin 18-vuotias). Mutta hei: silloin sinun pitäisi vain olla hiljaa ja maksaa tästä ”hauskuudesta”!Lapselliset vaatimukset valtiontuistaYhtäkkiä ihmiset, jotka yleensä puolustavat markkinatalouttamme, vaativat valtion puuttumista asiaan bensiinin hintojen alentamiseksi. Mitä helvettiä? Vain siksi, että huomaatte ensimmäistä kertaa olevanne itse kysynnän ja tarjonnan armoilla, unohdatte vapaamarkkina-arvonne ja vaaditte valtion puuttumista asiaan. Ainoa tapa ratkaista nousevien bensiinin hintojen ongelma on luottaa markkinoihin. Valitettavasti monissa maissa hallitukset toimivat juuri kaikkien asiantuntijoiden neuvoja vastaan ja yrittävät keinotekoisesti alentaa polttoaineen hintoja, esimerkiksi verotusta keventämällä (esim. Ranska, Itävalta, Alankomaat). Tämä pitää kysynnän keinotekoisesti korkealla, mikä laajentaa entisestään tarjonnan ja kysynnän välistä kuilua, joka oli alun perin syynä korkeisiin hintoihin.

”E. colin sytoplasmasta peräisin oleva bioaktiivinen VEGF-C” – ennakkopainos verkossa

Fri, 01 Jul 2022 00:00:00 +0000

Manuskriptimme ennakkopainos on julkaistu verkossa. Esitämme, kuinka bioaktiivista kypsää VEGF-C:tä voidaan tuottaa E. coli -bakteerin sytoplasmassa ilman, että tarvitaan proteiinin taitumisvaihetta. Kesti melko kauan, ennen kuin pääsimme tähän tulokseen, ja kokeilimme monia menetelmiä, jotka eivät toimineet, ennen kuin löysimme toimivan tavan. Kuvaamme myös ne menetelmät, jotka epäonnistuivat. Näyttää siltä, että VEGF-C:ssä on yksinkertaisesti liian monta kysteiinijäännöstä, joiden kaikkien on muodostettava pareja oikeassa konfiguraatiossa. Samassa käsikirjoituksessa esittelemme myös toimivan uudelleenlaskostusmenetelmän. Katsokaa sitä ja antakaa meille palautetta: https://www.researchsquare.com/article/rs-1776636/v1 .

eLabFTW-sähköinen laboratoriopäiväkirja: valmis päärooliin?

Fri, 03 Jun 2022 00:00:00 +0000

Toiset rakastavat sitä, toiset vihaavat: sähköinen laboratoriopäiväkirja (ELN). Jo vuosikymmen sitten ennustettiin, että 10 vuoden kuluttua paperinen laboratoriopäiväkirja olisi mennyttä. Todellisuudessa suurin osa akateemisista laboratorioista käyttää paperia edelleen vuonna 2022. Siirtymää ei ole helpottanut se, että markkinoilla on kirjaimellisesti satoja kaupallisia tuotteita, jotka eivät ole keskenään yhteensopivia. Aloimme kokeilla ELN-ratkaisuja vuonna 2013 testaamalla muutamia kaupallisia ja avoimen lähdekoodin ratkaisuja. Huonoimmat niistä eivät edes antaneet mahdollisuutta kokeilla niitä ennen ostamista (esim. LabVantage näyttää olettavan, että et osta sitä, kun olet kerran kokeillut sitä – ja he ovat täysin oikeassa!). Päädyimme [eLabFTW]:hen ( https://www.elabftw.net ), avoimen lähdekoodin projektiin, jonka pääkehitys tapahtuu Curie-instituutissa Pariisissa, Ranskassa. Se on PHP:llä ja MySQL:llä rakennettu verkkosovellus. Siitä on myös vertaisarvioitu julkaisu: https://doi.org/10.21105/joss.00146 sekä yleinen Nature Protocols -katsausartikkeli, jossa käsitellään ELN:n käyttöönottoa: https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8 .Käyttöönotto opetuksessa Helsingin yliopistossa Äskettäisen versioon 4.3 tehdyn päivityksen myötä viimeinen este laajamittaiselle käyttöönotolle on ylitetty. Kaikki, joilla on helsinki.fi-tili, voivat nyt kirjautua järjestelmään yliopistotunnuksillaan. Tämä helpottaa huomattavasti uusien käyttäjien käyttöönottoa. Aion käyttää järjestelmää uudella kurssillamme ”Rekombinantti-DNA-tekniikka ja geenitekniikka”. Tällä hetkellä palvelimeen pääsee vain yliopiston sisäverkosta. Jos haluat käyttää sitä kotoa käsin, sinun on käytettävä VPN:ää. Vuosien varrella käyttäjämäärä on kasvanut noin 25 käyttäjään, ja on mielenkiintoista nähdä, miten järjestelmä toimii, kun käyttäjämäärä kaksinkertaistuu tai nelinkertaistuu. Järjestelmä toimii Docker-kontissa Ubuntu 20.04 LTS -virtuaalipalvelimella, jota emme valitettavasti voi päivittää tai laajentaa ilman lisärahoitusta. Joten jos olet kiinnostunut käyttämään ELN:ää, varmista paikkasi jo tänään kirjautumalla osoitteeseen https://elab.ltdk.helsinki.fi ja valitsemalla alareunassa olevan vaihtoehdon ”Login through your institution”. Sinulla on mahdollisuus valita tiimi. Tiimin ylläpitäjän on hyväksyttävä sinut, ennen kuin voit käyttää järjestelmää. Jos et löydä laboratoriotasi tiimien joukosta, se tarkoittaa, että olet laboratoriostasi ensimmäinen käyttäjä, joka käyttää tätä järjestelmää. Siinä tapauksessa sinun tulee valita tiimi ”Helsingin yliopisto” ja ottaa minuun yhteyttä sähköpostitse ( michael@jeltsch.org ), sillä minun on rekisteröitävä uusi tiimi laboratoriollesi, ja sinusta tulee tämän uuden tiimin ylläpitäjä.Vierailijoiden käyttöoikeudetJos sinulla ei ole Helsingin yliopiston tiliä, voit silti käyttää järjestelmää, jos olet Helsingin yliopiston Eduroam-verkossa, mutta sinun on käytettävä ”Rekisteröidy nyt” -linkkiä, ja järjestelmän ylläpitäjän on hyväksyttävä tilisi.Käyttö omalla koneellaeLabFTW:n järjestelmävaatimukset ovat melko vaatimattomat, ja kannettavallasi ei todennäköisesti ole ongelmia Docker-kontin paikallisen kopion ajamisessa. Vaikka eLabFTW:n asentaminen uudelle Windows- tai macOS-tietokoneelle on mahdollista, se on jossain määrin haitallista, koska se ei tarjoa verkkoyhteyttä eikä tiimitoimintoja. Vaikka et tarvitsisikaan näitä ominaisuuksia, suosittelisin, että otat vanhan pöytätietokoneen käyttöön tätä tehtävää varten ja käytät sitä tavallisella Linux-palvelinasennuksella. Vastaan mielelläni kaikkiin mahdollisiin kysymyksiisi (sekä järjestelmänvalvojan että loppukäyttäjän näkökulmasta).

Kalojen sekundaarinen verisuonisto kehittyy imusuonista

Thu, 26 May 2022 00:00:00 +0000

Seeprakaloilla peräevän verisuonet kehittyvät imusuonista transdifferentioitumalla. Karina Yaniv esitteli viime syyskuussa pidetyssä Kloster Seeon Angiogenesis kokouksessa epäsovinnaisia mutta erittäin vakuuttavia tietoja, jotka tukevat tätä päätelmää. Nyt hänen artikkelinsa on julkaistu Nature -lehdessä.

Tohtorinväitöskirja hepsiinin roolista rintasyövässä

Sun, 24 Apr 2022 00:00:00 +0000

Viime lauantaina Denis Belitškin puolusti väitöskirjaansa. Aiheena oli Tyypin II seriiniproteaasi hepsinin rooli rintasyövän signalointiprosesseissa . Nautin suuresti keskustelusta vastaväittäjän Karin Listin kanssa, joka käytiin Zoomissa vain pienen paikan päällä olleen yleisön läsnä ollessa. Proteaasit ovat vähitellen nousseet yhdeksi suosikkiproteiiniluokistani. Aiemmin niitä arvostettiin lähinnä niiden hajottavaa toimintaa varten, mutta nykyään on selvää, että ne ovat paljon monimutkaisempia. Minua kiinnostaa erityisesti niiden rooli signaalimolekyylien aktivoinnissa. Tässä yhteydessä proteaasit ovat signaalimolekyylejä, jotka toimivat samalla tasolla kuin hormonit, sytokiinit ja kasvutekijät. Kiitos, Denis, vakuuttavasta esityksestä ja karonkasta!

Parhaan julisteen palkinto Khushbulle (GeneCellNano-vuosikokous)

Fri, 22 Apr 2022 00:00:00 +0000

Viime viikolla, 2,5 vuoden viiveellä, GeneCellNano-lippulaivahankkeen kumppanit tapasivat vihdoin ensimmäistä kertaa kasvotusten. Tämä kokous oli jo kauan odotettu, ja siellä käytiin monia erittäin mielenkiintoisia keskusteluja muun muassa Suomen Punaisen Ristin (syövän immunoterapiasta) ja UPM Biomedicals (heidän biokompatibeleista selluloosatuotteistaan). Tapahtuma tarjosi runsaasti uusia ideoita ja joitakin konkreettisia suunnitelmia tulevasta yhteistyöstä. Osallistuimme tapahtumaan kahdella posterilla, ja – hieman yllättäen, sillä projekti on vielä alkuvaiheessa – laboratoriomme Khushbu Rauniyar voitti parhaan posterin palkinnon. Onnittelut!

Wake on LAN -toiminto pfsense-komentoriviltä

Sun, 17 Apr 2022 00:00:00 +0000

Pfsense on erittäin tehokas palomuuri- ja reititinohjelmisto. Käytän SG-1100-laitetta, ja sen avulla voi saada paljon räätälöityjä toimintoja, sillä perusasetusten lisäksi siihen voi asentaa lukuisia lisäpaketteja. Olen juuri saanut tietää, että sen avulla voin käynnistää etäyhteydellä muita tietokoneita, jotka ovat samassa lähiverkossa. Vaatimukset:

Riski vs. vaara

Sun, 10 Apr 2022 00:00:00 +0000

Viime viikolla en onnistunut selittämään riskin ja vaaran välistä eroa. Ehkä siksi, että tätä eroa ei ole niin selvästi olemassa äidinkielelläni (saksassa). Sekä vaara että riski käännetään melko vaihtelevasti sanoilla ”Gefahr” tai ”Risiko”.Joka tapauksessa, kun menin tänä aamuna keittiöön keittämään aamukahviani, huomasin vaaran: joku oli jättänyt palavia esineitä keittolevylle. Tämä on vaara. Se voi aiheuttaa vahinkoa. Se ei kuitenkaan välttämättä aiheuta vahinkoa lainkaan. Mutta onko palavien esineiden jättäminen keittolevylle myös riski? Totta kai! Riski on sen todennäköisyys, että vahinko tapahtuu. Jos keittolevyä ei koskaan käytetä, koska kukaan ei koskaan laita ruokaa, riski voi olla pieni. Jos kuitenkin lähellä on pieniä lapsia, jotka pitävät sähkölaitteiden kytkemisestä päälle ja pois päältä, riski voi olla suuri. Riski voidaan ilmaista määrällisesti. Venäläisen ruletin pelaamiseen liittyy riski, joka voidaan ilmaista määrällisesti: 1/6 jokaisella liipaisimen painalluksella. Vaaran todennäköisyys on aina joko 0 tai 1 (vaara joko on olemassa tai ei). Todennäköisyyden lisäksi riski sisältää implisiittisesti myös onnettomuuden vakavuuden. Siksi venäläinen ruletti on erittäin riskialtista, mutta hyppääminen 3 metrin ponnahduslaudalta ei ole niin riskialtista, vaikka onkin olemassa riski, että loukkaat itsesi.

Admin salasanan nollaaminen Drupal 9:ssä

Sat, 09 Apr 2022 00:00:00 +0000

Siirry Drupal-asennuksen juurikansioon
Luo salasanallesi hajautusarvo: php core/scripts/password-hash.sh ’newpasswd'
Suorita MySQL:ssä: UPDATE users_field_data SET pass=‘edellisen komennon hash-tulos_tulee_tähän’ WHERE uid = 1;
Tyhjennä välimuisti: DELETE FROM cache_entity WHERE cid = ‘values:user:1’;

Yliopiston tukipalvelu suosittelee Zoteroa, mutta ei tarjoa merkittävää tukea

Sun, 20 Mar 2022 00:00:00 +0000

Viime vuoden lopussa (31.12.2021) Helsingin yliopisto lopetti oletusarvoisen viitteidenhallintaohjelmistonsa RefWorks lisensoinnin. Outoa kyllä, RefWorksia ei voi hankkia yksityishenkilönä. Tämä tarkoittaa, että kun akateeminen työsuhteesi päättyy, et voi mitenkään jatkaa ohjelmiston käyttöä. Ehkä RefWorksin nykyinen omistaja (Clarivate) lopettaa sen kokonaan, koska RefWorks on suora kilpailija Endnotelle , joka on viitteidenhallintaratkaisu, johon Clarivate keskittyy, ottaen huomioon Endnoten integroinnin Publonsin ja Web of Science (WoS) -tietokannan kanssa, joka tunnetaan parhaiten impact factorista . Ei ole sattumaa, että Clarivate on Thomson Reutersin omistuksessa, sillä juuri tämä yritys nosti kanteen Zoteroa vastaan, koska se tarjosi käyttäjilleen mahdollisuuden muuntaa EndNoten omistamat viittaustyylitiedostot yhteentoimivaksi ja standardoiduksi CSL-muodoksi . Suositeltu korvaaja RefWorksille on Zotero . Minulla ei ole mitään ongelmaa tämän kanssa, sillä pidän Zoterosta ja olen käyttänyt sitä oletusarvoisena lähdeluettelonhallintatyökaluna jo yli 10 vuotta. Sen lisäksi, että se on ilmainen, se yhdistää kaksi tärkeää ominaisuutta, jotka tekevät siitä ainutlaatuisen ja kaupallisia ratkaisuja paremman:

Revontulia kaikkialla

Sun, 13 Feb 2022 00:00:00 +0000

Revontulet näyttävät olevan nykyään tavallista näkyä Helsingissä, Suomessa. Revontulien esiintymistiheys ja näkyvyys ovat suorassa yhteydessä 11-vuotiseen aurinkosykliin. On tiedetty jo satojen vuosien ajan, että auringonpilkkujen määrä kasvaa ja vähenee syklisesti keskimäärin noin 11 vuoden välein.Vaikka olemme vielä kaukana aurinkosyklin huipusta (jonka ennustetaan olevan joskus vuosien 2023 ja 2026 välillä), Helsingissä havaittavien revontulien määrä näyttää olevan kasvussa. Ehkä aurinkosyklin 25 ennustepaneeli ei ollut täysin oikeassa ennustaessaan, että sykli 25 olisi samanlainen kuin sykli 24. Toistaiseksi auringonpilkkujen määrä on selvästi ennusteita suurempi . Sykli 24 oli muuten heikoin sykli syklin 14 jälkeen (joka saavutti huippunsa vuonna 1906). Voimakkaan aurinkoaktiivisuuden epämiellyttävä ja vaarallinen sivuvaikutus on koronan massapurkaus (CME). CME tapahtuu, kun aurinko syöksee ulos suuria määriä aurinkoplasmaa (satoja tai tuhansia miljardeja tonneja). Tällaisia purkauksia tapahtuu aurinkosyklin huipulla pari kertaa päivässä, mutta aurinkominimin aikana kerran parin päivän välein. Koska nämä CME:t ovat suunnattuja, suurin osa niistä ohittaa maapallomme enemmän tai vähemmän. Koronamassapurkausten (CME) suuruus ja siten revontulien voimakkuus ja näkyvyys alemmilla leveysasteilla eivät riipu aurinkosyklistä, mutta tällaisten tapahtumien esiintymistiheys riippuu siitä. Suuri CME voi aiheuttaa ongelmia, koska se voi häiritä sähköverkkoamme. Viime vuosina on jo tapahtunut muutamia pienempiä sähkökatkoja (esim. Tanskassa ja Kanadassa) pienempien CME-ilmiöiden seurauksena. Oletetaan, että riittävän suuri CME voisi lamauttaa suurimman osan planeetan sähköverkosta. Vuosina 2010–2020 (joka kattoi suuren osan heikosta aurinkosyklistä 24) tutkijat arvioivat suuren CME:n todennäköisyydeksi noin 12 % ( https://agupubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1029/2011SW000734 ). Viimeisin suuri CME tapahtui vuonna 1859, ja se tunnetaan Carringtonin ilmiönä sen tähtitieteilijän mukaan, joka havaitsi sen ensimmäisenä. Carringtonin tapahtuman aikana ”revontulia” nähtiin jopa Kolumbiassa (8° pohjoiseen päiväntasaajasta; https://arxiv.org/abs/1508.06365).Ongelmamme ei ole se, että kaikki elektroniset laitteet lakkaavat toimimasta, kun Carringtonin suuruinen aurinkomyrsky iskee maapalloon. Pikemminkin muutama tärkeä, mutta vaikeasti korvattava infrastruktuurin osa joutuu toimintakyvyttömäksi. Tämä saattaa käynnistää dominoefektin, joka lopulta ulottuu elämämme jokaiseen osa-alueeseen. Jos aurinkomassapurkaus on riittävän suuri, Covid-19 tuntuu silloin olleen pelkkä kävelyretki puistossa. Jopa pienet aurinkomyrskyt voivat toisinaan aiheuttaa ongelmia: Sama aurinkomyrsky, joka aiheutti kuvassa näkyvän revontulen (torstaina 10. helmikuuta), lamautti pysyvästi 40 viimeisimmistä 49:stä laukaistusta SpaceX-satelliitista.

Miksi kukaan ottaisi rokotteen?

Tue, 25 Jan 2022 00:00:00 +0000

Kuten tästä tilastosta selvästi näkyy, isorokkorokotus ei toiminut: Ruotsissa usein esiintyneet epidemiat loppuivat vasta noin 100 vuotta myöhemmin rokotuksen aloittamisesta!*Sama oli tilanne kaikissa muissa maissa. Rokotus otettiin käyttöön yli 200 vuotta sitten Englannissa. Tämän tilaston luvut ovat Ruotsista, koska se oli yksi niistä harvoista maista, jotka jo varhain pitivät suhteellisen hyviä tilastoja. Tyypillisessä isorokkoepidemiassa 10-20 prosenttia tartunnan saaneista kuoli. Väestöissä, joita ei ollut valittu vastustuskykyisiksi toistuvien epidemia-aaltojen vuoksi, kuolleisuus saattoi nousta jopa 70 prosenttiin. Miksi kukaan ottaisi rokotteen? Kun viimeinen isorokkotartunnan saanut ihminen kuolee tai toipuu, virus kuolee sukupuuttoon, ja ihmiskunta onnistui hävittämään isorokon tällä tavoin. Pääsimme lähelle samaa tavoitetta polioviruksen kanssa, mutta emme saavuttaneet sitä (vielä). Polion, isorokon ja SARS-CoV2:n välisistä eroista huolimatta esintymiskäyrät näyttävät osoittavan, että virus jää toistaiseksi meidän keskudessamme.*Vaihtoehtoisessa todellisuudessa eläviä varten lisätty huomautus: Nämä lauseet sisältävät ironiaa!

Onnellisuus vai tyytyväisyys?

Sun, 16 Jan 2022 00:00:00 +0000

Ei onnellisuuspaineita

Suomi on ehkä ainoa maa maailmassa, jossa voi olla oma itsensä. Jos sinulla ei ole syytä hymyillä, sinun ei tarvitse hymyillä. Varsinkin Yhdysvalloissa kaikki haluavat, että olet onnellinen. Onnellisuuden tavoittelu onhan kirjattu heidän perustuslakiinsa! Toisinaan ihmiset saattavat jopa loukkaantua, jos et näytä ulospäin, että olet iloinen ja positiivinen. Suomessa ei ole sosiaalista painetta olla onnellinen. Ehkä tämä paineiden puute tekee hieman onnelliseksi…

Vihdoin kolmas pistos

Fri, 14 Jan 2022 00:00:00 +0000

Hurraa, sain vihdoinkin kolmannen annoksen! Ihan sama mitä saan; BioNTech, Moderna, AstraZeneca: kaikki käy! Lopuksi sain BioNTech/Pfizer mRNA-rokotteen.UPDATE (23.01.2022):Sain palautetta tähän lyhyeen blogikirjoitukseeni. En oikeastaan enää pohdiskele rokotusta kovinkaan paljon. Minusta tilanne näyttää hyvin selvältä näytöön perustuvasta lääketieteellisestä näkökulmasta. Kuitenkin, tässä ovat vastaukseni joihinkin saamiini kysymyksiin ja väitteisiin.

OP-pankin varojen vuotuisen sijoitetun pääoman tuoton (ROI) laskeminen

Sun, 09 Jan 2022 00:00:00 +0000

Olen suomalaisen OP-pankin asiakas. Kuten monilla muillakin, minulla oli koronaviruspandemian aikana tavallista enemmän ylimääräistä rahaa. Ja kuten monet muutkin, sijoitin osan tästä rahasta osakemarkkinoille. En seuraa osakemarkkinoita, mutta vuoden lopussa haluan tietää, miten sijoitukseni ovat tuottaneet: haluan tietää vuotuisen sijoitetun pääoman tuoton (ROI) tai sisäisen tuottoasteen (IRR) koko salkulleni sekä yksittäisille osakkeilleni.

Vanhojen plasmidi-karttatiedostojen avaaminen

Sat, 01 Jan 2022 00:00:00 +0000

Uutta kloonausprojektia varten tarvitsimme pääsyn erään vanhan rakenteeni (pSecTagN2, joka oli [pMosaic]( https://doi.org/10.1074/jbc:n edeltäjä)M511593200), eli pSecTagI), jonka olin koonnut useista eri lähteistä vuonna 1999. Vuonna 1999 työskentelin Kari Alitalon laboratoriossa tohtoriopiskelijana. Olimme teknologian ”kärjessä”, sillä käytimme Gene Construction Kit (GCK) -nimistä ohjelmistoa kloonausprosessiemme seurantaan. Viime keskiviikkona käytin neljä tuntia työajastani yhden tiedoston avaamiseen, joka oli luotu GCK-versiolla 2.5 vuonna 1999.

Tutustu opettajaan!

Fri, 31 Dec 2021 00:00:00 +0000

Lähes 30 vuotta akateemisen urani alkamisen jälkeen aloin opettaa farmasian tiedekunnassa (ilman juurikaan pedagogista kokemusta tai koulutusta). Opetan pääasiassa aiheita, joista minulla on käytännön tutkimuskokemusta ja asiantuntemusta: rekombinantti-DNA-tekniikka, geenitekniikka, proteiinien tuotanto ja puhdistus sekä – ennen kaikkea – proteiinilääkkeet. Helsingin yliopiston mottona on Tutkijat opettavat, opettajat tutkivat . Kokemuksen puutteesta huolimatta osallistuin Helsingin yliopiston ”Meet the teacher!” -kampanjaan, joka on suunnattu tuleville kansainvälisille maisteriopiskelijoille: https://www.facebook.com/HelsinkiUniversity/posts/10160122296028083

KLK3: aiheuttaako se kasvaimia vai ei?

Wed, 22 Dec 2021 00:00:00 +0000

Olemme juuri julkaisseet uusimman katsauksemme aiheesta KLK3:n rooli VEGF-C:n ja VEGF-D:n aktivaattorina eturauhassyövässä . Eturauhassyöpä on yksi miesten yleisimmistä syövistä. Kyse ei ole siitä, sairastutko siihen, vaan ainoastaan siitä, milloin. Kun saavutat 80-vuotiaiden ikäryhmän, todennäköisyys sairastua eturauhassyöpään on suurempi kuin se, ettet sairastu siihen. Vuonna 2013 tehdyssä japanilaisten miesten ruumiinavaus tutkimuksessa , jotka olivat kuolleet muihin syihin, 59 prosentilla yli 80-vuotiaista oli eturauhassyöpä. On todennäköistä, että monet näistä tapauksista olivat hitaasti eteneviä eivätkä olisi koskaan aiheuttaneet ongelmia. Vain harvoista niistä olisi saattanut tulla oireilevia, jos nämä miehet olisivat eläneet pidempään. Siksi on erittäin tärkeää pystyä erottamaan ne syövät, jotka tulevat aiheuttamaan ongelmia. Juuri tätä varten on ehdotettu monia ennustemarkkereita: niiden avulla pyritään ennustamaan, mitkä syövät muuttuvat ongelmallisiksi. Verisuonibiologian näkökulmasta angiogeneesi ja lymfangiogeneesi ovat kaksi syövän tunnusmerkkiä, joilla on aiemmin ehdotettu olevan ennustearvoa. Kun huomasimme sattumalta, että eturauhaskohtainen antigeeni (PSA, tunnetaan myös nimellä KLK3) kykenee aktivoimaan VEGF-C:tä ja VEGF-D:tä , ajattelimme, että tällä saattaisi olla merkitystä eturauhassyövän kannalta. Sittemmin jatkotutkimukset ovat selventäneet joitakin kysymyksiä, ja näyttää todellakin siltä, että sekä VEGF-C että VEGF-D ovat mukana syövän etenemisessä. Ei ole vielä selvää, mitkä proteaasit ovat vastuussa VEGF-C:n ja VEGF-D:n aktivoitumisesta todellisissa ihmisen syövissä. KLK3:n tai katepsiini D:n (CTSD) aktivoima VEGF-D saattaa olla yksi mahdollinen syy kasvaimien resistenssille bevasitsumabihoidolle (Avastin). VEGF-C:n aktivoitumisen seurauksia on sen sijaan vaikeampi ennustaa, sillä aktivoitunut VEGF-C aiheuttaa samanaikaisesti sekä hyviä että huonoja vaikutuksia: Yhtäältä se edistää etäpesäkkeiden muodostumista. Toisaalta se mahdollistaa tehokkaamman immuunivasteen kasvainta vastaan. Mielenkiintoisia tutkimuksia on vielä edessä. Lue lisää katsauksestamme: https://doi.org/10.3390/ijms222413545

Kielibuusti

Fri, 17 Dec 2021 00:00:00 +0000

Uusi yritys oppia suomea! Tähän asti suurimman osan urastani olen tehnyt Helsingin Yliopiston lääketietellisessä tiedekunnassa Meilahdessa. Suomen Akatemian Research Fellow-jakson jälkeen, uramahdollisuuteni Meilahdessa olivat surkeat, koska kaikki mahdolliset avoimet työpaikat edellyttivät hyvää suomen tai ruotsin kielen taitoa. Lääkärikoulutuksessa - toisin kuin monissa muissa opinto-ohjelmissa - opetusta täytyy osata antaa Suomeksi tai Ruotsiksi. Muissa EU:n maissa on monta yliopistoa, missä voi opiskellä lääketiedettä vaikka ei osaa sanaakaan paikallisesta kielestä, mutta Suomessa ei (vielä) rekrytoidaan ulkomaalaiset opiskelijat lääkikseen. Ennen opiskeluvuosiani olin jo kerran samassa hankalassa kieliasemassa Unkarissa. Kun 1989 poliittiset muutokset Itä-Euroopassa tekivät vapan matkustamisen mahdolliseksi, päätin käydä Unkarissa. Kiinnostukseni Unkariin johtui useista unkarilaisista ystävistä, jotka asuivat entisessä Länsisaksassa maanpaossa. Kun tulin kevällä 1990 Unkariin, en osanut unkaria ollenkaan. Kuitenkin, yksikään unkarilaisista kavereistani ei ikinä puhunut minulle mitään muuta kuin unkariaa. Minulla on erityisen hienoja muistoja Tomista ja Timeasta perheineen ja kaikista heidän ystävistään, jotka kärsivällisesti kuuntelivat höpötystäni ja korjasivat kielioppilliset virheet.Tällä Suomessa tilanne on erilainen. Miksi ei kukaan halua kestää mun huonosti puhuttua suomea? Olen törmännyt ajatuksen että se johtuu sitä että suomalaiset eivät ole tottuneet vieraisiin aksentteihin. En alekirjoitan tätä selitystä. Myös entiset itäeurooppalaiset maat olivat silloin - vähän samalla tavalla kuin Suomi - eristäytyneet ja kielellisesti homogeenisia. Johtuuko se ehkä sitä että nykyään ei kenelläkään tuntuu olevan aikaa mihinkään? Kuunteleminen vaatii aikaa ja kärsivällisyyttä.Osallistuin syyslukukaudella kielibuustin kuuluvan Yliopiston tarjoamaan Suomen kielen kurssiin. Kielten opiskelu vaati paljon töitä. Ihmettelemme aina, miten pienet lapset ovat niin hyviä oppimaan kieliä, mutta unohdamme, että he oppivat kokopäivätoimisesti. Suomen kielen kurssin ansiosta muut työtehtäväni ovat varmasti kärsineet, ja tästä syystä ymmärrän täysin niitä ulkomaalaisia tutkijoita, jotka eivät tuhlaa sekuntiakaan suomen kielen oppimiseen.Minusta suomen kielen oppimisessa ongelma ei ole niin paljon kurssitarjonnassa, vaikka sekin voisi olla parempi. Ongelma on pikemminkin se että suomen kieltä ei pääse kokeilemaan elävässä elämässä, koska keskusteluryhmässä on nykyään aina joku joka - hyvästä syystä - ei osaa suomea tai ei halua oppia sitä. Omassa labrassani kaikki jäsenteen äidinkielit - Suomi mukaan lukien - ovat vähemmistökielet. Ja poikkeusetta kaikki keskustelukaverit puhuvat erinomaista englantia. Vaatii todellista vaivannäköä käyttää jotain muuta kuin englantia. Kielibuustin kursissa yksi tavoite oli että hankimme itsellemme kielikaverin, siis henkilön, jonka kanssa kommunikoimme säännöllisesti suomeksi. Itse olen puolen vuoden jälkeen vielä vailla kielikaveria. Vaikka kurssin opettajat olivat erinomaisia, kaksi tuntia suomea viikossa valitettavasti ei riittää.Tunnen useita ulkomailta Suomeen tulleita tutkijoita, jotka puhuvat erinomaista suomea. Kuitenkin suurimmalla osalla heistä on perhesiteitä Suomeen. Sen vuoksi ovat olleet tekemisessä suomalaisten kanssa, jotka eivät osaa englantia. Heidän oli pakko oppia puhumaan suomea. Samalla minulle on käynyt Unkarissa 30 vuotta sitten: silloin suurin osa ihmisistä ei opiskellut englantia koulussa. Ainoa kommunikointikieli oli unkari, ja käytin sitä koko päivän kaikissa tilanteissa.Tämä postaus on saanut inspiraationsa Reetta Vairimaan artikkelista “Claudia ja Celia” Yliopistolainen-nimisessä lehdessä (1/2018), mitä valitettavasti ei ole saatavissa netistä.

Jäitkö paitsi jostakin TV-lähetyksestä?

Fri, 26 Nov 2021 00:00:00 +0000

Jos olet jäänyt paitsi jostakin televisio-ohjelmasta, jota ei ole saatavilla verkossa, voit kokeilla tätä palvelua: https://www.onlinetvrecorder.com/v2/signup/1905125 .

Kilpailu maahanmuuttoa vastaanottavien maiden suurvaltojen kanssa

Wed, 24 Nov 2021 00:00:00 +0000

Saksassa asuu noin 10–11 miljoonaa ulkomaalaista (12/2019), mikä on noin 13 % väestöstä. Tämän lisäksi maassa on 1,4 miljoonaa pakolaista (tilastot) . Saksan uusi hallitus aikoo vakavasti helpottaa työperäistä maahanmuuttoa Saksaan. Keski- tai Pohjois-Euroopassa ei ole juuri yhtään maata, joka ei olisi tunnustanut tarvetta tuoda työvoimaa. Saksalla on kokemusta työvoiman tuonnista. Itse asiassa 13 prosentin luku tuntuu minusta alhaiselta, mutta monilla niistä ulkomaalaisista, jotka ovat saapuneet Saksaan kauan sitten, on nykyään saksalainen passi. Viime vuosisatojen aikana Saksaan on tullut useita suuria työperäisen maahanmuuton aaltoja (viimeisin merkittävä aalto vuosina 1955–1975, pääasiassa Turkista ja Italiasta). Ehkä juuri siksi maailman parhaat dönerit ja pizzat löytyvätkin Turkista tai Italiasta, vaan Saksasta (newyorkilaiset saattavat olla eri mieltä pizzan suhteen). Minusta on uskomatonta, että työvoimamuuttoa koskevaa kysymystä edes esitetään nykyään Suomessa. Ei ole yhtään asiantuntijaa, joka kiistäisi, että Suomi tarvitsee työperäistä maahanmuuttoa*. Ei tulevaisuudessa, vaan nyt. Ongelmana on, että Suomi näyttää onnistuneen kilpailussa siitä, mikä on vähiten houkutteleva paikka työperäiselle maahanmuutolle Länsi- ja Pohjois-Euroopassa. En puhu säästä (kyllä: kylmyys ja pimeys ovat toisinaan oikea riesa), vaan byrokraattisista esteistä, joita jopa korkeasti koulutetut ulkomaalaiset joutuvat kohtaamaan halutessaan tulla Suomeen. Joitakin edistysaskeleita on otettu (esim. opiskelijoiden oleskelulupa voi nyt olla voimassa niin kauan kuin opinnot kestävät), ja nykyhallituksen tavoitteena on kaksinkertaistaa työperäisen maahanmuuton määrä. Mutta kilpailussa työvoimasta kaikki muut Euroopan maat nostavat panoksiaan. Jotta voisimme olla edes etäisesti kilpailukykyisiä, paljon enemmän on muututtava, kuten Tuula Haatainen kirjoitti äskettäisessä mielipidekirjoituksessaan Skandinavian suurimmassa päivälehdessä Helsingin Sanomissa . Valitettavasti nykyinen järjestelmä ei palvele teollisuutta hyvin, kuten toinen asiaa käsittelevä mielipidekirjoitus, jonka on kirjoittanut asianomainen yrittäjä osoittaa.*Asiantuntijat, jotka väittävät toisin, antavat ideologisten ennakkoluulojensa mennä asiantuntemuksensa edelle. Eturistiriidan vuoksi heidän mielipidettään ei pitäisi ottaa huomioon. Se on vain mielipide; puolueettomilla asiantuntijoilla on tosiasiat puolellaan.

Kuinka salata toinen kiintolevy manuaalisesti Ubuntu 20.04:ssä

Fri, 19 Nov 2021 00:00:00 +0000

https://dev-notes.eu/2020/12/LUKS-Encrypt-Hard-Drive-with-Cryptsetup-on-Ubuntu-20.04/Check-levyt : lsblk sudo hdparm -i /dev/sda Käytä parted-komentoa (alle 2 TB:n levyille voidaan käyttää fdisk-komentoa partedin sijaan):sudo parted /dev/sda mklabel gptsudo parted -a opt /dev/sda mkpart primary ext4 0% 100%Luo LUKS-salaus. Tässä vaiheessa sinun on syötettävä salasana, jota käytät levyn salauksen purkamiseen:cryptsetup -y -v luksFormat /dev/sda1Luo väliaikainen kartoitus:sudo cryptsetup luksOpen /dev/sda1 DOCUMENTS (jos et saa virheilmoitusta, olet onnistunut)Tarkista kartoitus: ls -l /dev/mapper/DOCUMENTS sudo cryptsetup -v status DOCUMENTS Tee kartoituksesta pysyvä. Sanan ”none” sijaan voit myös määrittää avaintiedoston (= huomattavasti vähemmän turvallista, jos tiedosto sijaitsee samassa järjestelmässä). /dev/sda1:n sijaan voit myös antaa UUID:n. Ehkä osiota ei edes tarvita, vaan /dev/sda:ta voidaan käyttää suoraan. Voit selvittää UUID:n komennolla “blkid” tai – jos se ei toimi – komennolla “ls -l /dev/disk/by-uuid"DOCUMENTS UUID=e6813be6-1e6e-4c6f-80cf-b47a428a700d none luks,discard Tarkista LUKS-otsikko: sudo cryptsetup luksDump /dev/sda1 Luo tiedostojärjestelmä: sudo mkfs.ext4 /dev/mapper/DOCUMENTS -L “4TB_DOCUMENTS_DISK”

Pyöräillen Helsingin lentoasemalle

Thu, 14 Oct 2021 00:00:00 +0000

Helsinki-Vantaan lentoasema (HEL) sijaitsee noin 14 km asunnostamme pohjoiseen. Melkein kaikki Manner-Eurooppaan liikenteen koneet lähtevät ja saapuvat aikaisin aamulla tai myöhään illalla. Siksi julkinen liikenne ei ole aina paras mahdollinen kulkutapa lentokentälle. Helpoin ja nopein on mennä taksilla. Mutta jo viimeisellä konferenssimatkallani ennen pandemiaa olin päättänyt olla käyttämättä taksia. Pyöräilin lentokentälle. Tämä oli helpommin sanottu kuin tehty kahdesta syystä:

Nollaa Wirelesstagin ulkoanturin flash-muisti

Sat, 09 Oct 2021 00:00:00 +0000

Pidän todella paljon https://wirelesstag.net/-sivuston tuotteista. Tuotetiedot ovat kuitenkin toisinaan puutteellisia, eikä yrityksen henkilökunta ole kovin ammattimaista. Esimerkiksi ulkoanturin nollaamisesta ei ole ohjeita, kun se on liitettävä toiseen tunnistehallintaohjelmaan (eikä edelliseen tunnistehallintaohjelmaan ole enää pääsyä). Heillä on ohjeita (ja kuvia) siitä, miten tämä tehdään langattomien anturitunnisteiden kohdalla, mutta ei ulkoilma-anturin osalta. Asiakkaat ovat jo pyytäneet tätä tietoa, mutta sen lisääminen ei näytä olevan heille prioriteetti. Tässä on siis kuva, jossa näkyy, mitkä nastat on oikosuljettava. Mistä tiedän tämän? Selvitin sen kokeilemalla.

Kilometrikisa

Fri, 08 Oct 2021 00:00:00 +0000

Kilometrikisa on työpaikoille tarkoitettu pyöräilykilpailu, jonka tavoitteena on kannustaa pyöräilemään työmatkoilla ja yleisesti ottaen. Joukkueen jäsenet kirjaavat päivittäin pyöräilemänsä matkan verkkosivustolle https://www.kilometrikisa.fi , ja eniten kilometrejä kerännyt joukkue voittaa. Lisäpalkintoja arvotaan kaikkien osallistujien kesken (minä itse asiassa sain tänä vuonna ensimmäistä kertaa onnea ja voitin ilmaisen hieronnan UniSportissa ).Kesäkilpailu järjestetään toukokuusta syyskuuhun ja talvikilpailu (“talvikilometrikisa”) pääasiassa tammikuun ja helmikuun aikana. Älkää kysykö minulta, miksi kevät- ja syksytapahtumia ei järjestetä. Olen pyöräillyt ympäri vuoden viimeisen vuosikymmenen ajan, lukuun ottamatta talvea 2012/2013, jolloin mursin jalkani pyöräillessäni töistä kotiin. Minulle lokakuu, marraskuu ja joulukuu ovat yhtä hyviä pyöräilykuukausia kuin tammikuu ja helmikuu. Itse asiassa ne ovat jopa parempia, koska ilmaston lämpenemisen vuoksi ne ovat viime vuosina yleensä olleet lumettomia. Jos pyöräilet töihin aikaisin aamulla, ennen kuin lumiaura on poistanut 30 cm tuoretta lunta, tiedät, että juutut kiinni monta kertaa, jopa 57-622 Schwalbe Ice Spiker Pro -renkailla.Suoritukseni tässä kilpailussa on romahtanut sen jälkeen, kun laboratoriomme muutti Meilahdin Biomedicumista Viikin Biocenter 2:een Viikissä, sillä työmatkani on lyhentynyt 14 km:stä päivässä vain 4,5 km:iin päivässä. Olen edelleen listan kärjessä pyöräilypäivien määrän suhteen (109 viime kaudella), mutta pyöräillyn matkan perusteella olen vain hieman keskiarvon yläpuolella (58. sija, 1031 km). Joukkueemme (“Helsingin Yliopisto”, Helsingin yliopisto) sijoittui tänä vuonna 143. sijalle suurten työpaikkojen kilpailussa. Mietin aina, kasvavatko pyöräiltyjen kilometrien kokonaismäärä ja osallistujamäärä vuosien mittaan, minkä pitäisi olla tilanne, jos haluamme tosissamme torjua ilmastonmuutosta. Ensimmäinen kilometrikisa järjestettiin vuonna 2014, joten trendejä on mahdollista seurata riittävän pitkän ajanjakson perusteella. Valitettavasti verkkosivusto ei tarjoa tätä tietoa. Tiedot olisi mahdollista kerätä ja laskea yksittäisten tulosten perusteella, mutta minulla on tällä hetkellä tarpeeksi muuta tekemistä. Ehkä joskus tulevaisuudessa.

Miksi käytän nyt Windows 11:tä

Sun, 03 Oct 2021 00:00:00 +0000

Työtietokoneeni hajosi alkukesällä: näytönohjain meni rikki. Olen käyttänyt sitä siitä lähtien ilman näytönohjainta, mutta muutama viikko sitten kiintolevy alkoi aiheuttaa ongelmia. Tilasin uuden koneen, mutta koska uudet Lenovo-mallit tulevat pian markkinoille, IT-osasto kysyi, haluaisinko odottaa muutaman viikon saadakseni uudemman mallin (P350:n sijaan P340:n). Joten minun on selvitettävä tämä aika jollain väliaikaisella ratkaisulla. Kokeilin vanhaa pöytätietokonetta, jolla ohjailin Äkta Avantia, mutta se oli melko käyttökelvoton (käynnistysaika ~ 3 minuuttia), mutta ratkaisuksi osoittautui vanha HP Elitebook G3 -kannettavamme. Useimmat minua tuntevat tietävät, että olen suuri avoimen lähdekoodin ohjelmistojen fani. Monet parhaista avoimen lähdekoodin ohjelmista toimivat Windows-käyttöjärjestelmässä: Firefox, VLC, Inkscape, Blender, Scribus, Zotero. Joitakin avoimen lähdekoodin ohjelmistoja ei kuitenkaan ole koskaan portattu Windowsiin. Usein ohjelmiston Linux-versio toimii paremmin kuin Windows-versio. Yksi esimerkki on Gnumeric, Gnomen taulukkolaskentaohjelma, jossa on erinomainen kaavioiden vientitoiminto SVG-muotoon. Olen usein suositellut Windowsia käyttäville opiskelijoilleni, että he asentaisivat Linux Subsystem for Windowsin (WSL) Linux-ohjelmien ajamiseksi, mutta vasta nyt olen tehnyt niin itsekin. Tätä varten minun piti päivittää Windows 10:stä Windows 11:een. Seurasin näitä ohjeita: https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/tutorials/gui-appsStrangely . Kun yritin päivittää, Windows valitti, että laitteistoni ei ole ”yhteensopiva” Windows 11:n kanssa, mutta aloitti päivityksen kuitenkin ja se onnistui.Tässä näet Windows 11:n käynnissä käytöstä poistetulla HP Elitebook G3:lla, jota yliopistoni oli kieltäytynyt päivittämästä Windows 7:stä Windows 10:een vuonna 2019 (vaikka se oli teknisesti yhden päivän sisällä määräajasta). Tein puhtaan Windows 10 -asennuksen virallisella asennusmedialla, jonka latasin Microsoftilta. Jostain outosta syystä se ei koskaan pyytänyt minulta lisenssiä (vaikka olin vaihtanut SATA-SSD:n NVMe-SSD:hen). Itse asiassa tietokone on todella nopea ja käyttökelpoinen, ja aion ehdottomasti pitää sen vielä muutaman vuoden ajan ainoana Windows-koneenani, koska on edelleen harvinaisia tilanteita, joissa tarvitsen fyysisen Windows-asennuksen.Haittapuolena oli, että Windows 10:n asennus oli todellinen riesa, koska yliopistoni IT-osasto lukitsee BIOSin, eikä se koe velvollisuudekseen antaa näille koneille uutta elämää, kun ne on poistettu käytöstä. Mielestäni tämä on täysin yliopistomme kestävyystavoitteiden vastaista. Onneksi lukitun BIOSin voi useimmiten kiertää. Pahimmassa tapauksessa se on vaihdettava kiinalaiseen vara-BIOSiin.

3. Sveitsin lymfasymposiumi

Fri, 17 Sep 2021 00:00:00 +0000

Saksankielisen esityksen englanninkielinen käännös (diat ja tiivistelmä) on saatavilla täältä: https://doi.org/10.5281/zenodo.6034307 . 3. Swiss Lymphsymposium järjestettiin 4. syyskuuta Zürichissä. Sen järjestäjänä toimi Juzo , joka valmistaa vaatteita monimutkaiseen fysikaaliseen dekongestiiviseen terapiaan (CPDT), joka on lymfedeeman hoidon pääasiallinen hoitomuoto. CDT ei paranna sairautta, mutta se pitää oireet hallinnassa. Pidin todella paljon professori Erich Brennerin esityksestä, sillä siinä käsiteltiin hienosti umpinaisten ”imukapillaarien” kysymystä, joita – joitakin poikkeuksia lukuun ottamatta – todennäköisesti esiintyy harvoin aikuisen ihmisen vakiintuneessa anatomiassa. Olin keskustellut tästä aiemmin muiden kanssa, kuten Johannes Grünzigin ( https://doi.org/10.1016/j.aanat.2018.08.004 ) kanssa, joka tutki erityisesti silmän alkuvaiheen imusuonten muotoa. Kysyin Erichiltä, mistä umpipäisten kapillaarien käsite on peräisin, ja se näyttää juontavan juurensa saksalaisten fysiologien varhaisista piirroksista. Itse asiassa olen itsekin toistellut umpipäisiä alkuperäisiä imusuonia kaaviopiirroksissani, esim. tässä , kiinnittämättä asiaan juurikaan huomiota. Puolustuksekseni voin väittää, että pienellä suurennuksella näkyvät vain suuret keräyssuonet ja suurilla suurennuksilla kärsitään kapeasta syväterävyydestä. Itse asiassa syväterävyys voi todellakin joskus antaa vaikutelman umpipäisistä pääteosuuksista, vaikka todellisuudessa suoni saattaa yksinkertaisesti kääntyä. Olen kuitenkin nähnyt myös vakuuttavia kuvia, joissa alkuvaiheen imusuonissa on umpipäitä. Toiminnallisesta näkökulmasta katsottuna, kumpi rakenne olisi parempi valinta? Luonto taitaa olla hyvä optimoimaan rakenteita… Tietenkin monet meistä molekyylitutkijoista ovat nähneet todellisia umpipäisiä imusuonia. On selvää, että kehitysvaiheessa ja muissa tilanteissa, joissa imusuonisto laajenee (haavan paraneminen, VEGF-C:n käyttö), tällaisia umpinaisia imusuonien haaroja esiintyy. Tarkastelemme usein myös imusuonia paikoissa, joissa tällaiset sormimaiset rakenteet tosiasiassa säilyvät koko aikuisuuden ajan (eli ruoansulatuskanavan villuksissa). Tässä tapauksessa kuitenkin jatkuva runsas VEGF-C:n saanti todennäköisesti vaikuttaa näiden epätavallisten rakenteiden ylläpitämiseen ( https://doi.org/10.15252/emmm.201505731 ). Esityksessäni käsittelin terapeuttisen lymfangiogeneesin nykytilaa. VEGF-C:n avulla voimme indusoida uusien imusuonirakenteiden kasvua, mutta nykyinen geeniterapia (Lymfactin) pystyy toimittamaan VEGF-C:tä vain lyhyenä purskeena, koska kuljetusvektori (adenovirus) inaktivoituu nopeasti immuunijärjestelmän toimesta. Siksi kliiniset tutkimukset oli valittu hyvin: niiden tarkoituksena oli käynnistää imusolmukesiirtojen integrointi paikalliseen imusuonistoon. Mutta kun otetaan huomioon tämä suhteellisen kapea käyttöaihe, Herantis Pharman liiketoiminnallinen päätös keskittyä neurodegeneratiivisten sairauksien tuotekehitykseen ja lopettaa Lymfactinin kehittäminen on jopa ymmärrettävä. Mielestäni tarvitsisimme molekyylitason vaikutusta, jotta voitaisiin vaikuttaa useimpiin ihmisen lymfedeemotiloihin, jotka ovat – suurimmaksi osaksi – kroonisia. Imusolmukkeiden supistumisen matalan tason, hajautettu stimulaatio olisi yhdistettävä suuremman kapasiteetin verkostoon. VEGF-C voisi toimia, mutta tällä hetkellä meillä ei ole teknologiaa, joka pystyisi luotettavasti tuottamaan tällaista molekyylitason vaikutusta pitkään, vaikka ideoita siitä, miten tämä voitaisiin toteuttaa, onkin paljon. Ketoprofeeni- ja bestatiini-tutkimukset ovat osoittaneet, että akuutin ja kroonisen lymfedeeman välillä on suuri ero. Hiirten lymfedeema, jota hoidettiin yllättävän tehokkaasti ketoprofeenilla, eroaa huomattavasti ihmisen kroonisesta lymfedeemasta. Yksi asia, jota varmasti tarvitsemme, on parempia eläinmalleja krooniselle lymfedeemalle. Mielenkiintoista on, että krooninen lymfedeema on yleinen ongelma hevosilla.Tämä tuntuu olevan vanha juttu hevosista perillä oleville, mutta minulle tämä oli uutta: hevosien ja ihmisten lymfedeemassa käytetään samaa konservatiivista vakihoitoa: monipuolista fysikaalista dekongestiohoitoa. Olin vain yllättynyt siitä, että hevospotilaita on tarpeeksi, jotta jotkut tutkijat ja hoitajat ovat erikoistuneet hevosten lymfedeeman hoitoon: https://www.equicrown.de tai https://horsephysio.at/uber-uns.htmlFrom Tieteelliseltä kannalta katsottuna tämäntyyppinen turvotus on todennäköisesti paljon lähempänä ihmisen lymfedeemaa kuin mikään niistä hiirimalleista, joita meillä on: kyseessä on suuri eläin, jonka jaloissa on korkea hydrostaattinen paine, ja tila on krooninen. Mietin, mitkä ovat hevosten lymfedeeman molekyylitason syyt ja onko tämä ongelma aiheutunut kesyttämisestä tai jalostuksesta, eli onko myös villihevosilla ja seeproilla lymfedeemaa? Olisi hienoa keskustella jonkun kanssa, joka tietää tästä jotain! Kiitos Sonja Ehamille ja tohtori Michael Oberlinille lisätietojen antamisesta hevosten lymfedeemasta sekä Sonja Ehamille ja Dace Zankerille moitteettomasta järjestelystä. Taidanpa ryhtyä heti kloonaamaan hevosen VEGF-C:tä…

Verkkotyökalut suomen kielen oppimiseen

Thu, 16 Sep 2021 00:00:00 +0000

Työkalut suomen kielen oppimiseen

https://deepl.com DeepL
https://presidencymt.eu/#/text
https://chrome.google.com/webstore/search/sanastorm?hl=en
Ei suomen kielelle: https://conjugator.reverso.net/conjugation-english.html

Kuinka houkutteleva Suomi on kansainvälisille opiskelijoille?

Sun, 29 Aug 2021 00:00:00 +0000

Kun kirjoitin tämän blogikirjauksen, huomasin, että kaikki linkit johtavat suomenkielisille sivustoille. Siinä on ensimmäinen niistä ongelmista, joita ulkomaalaiset opiskelijat kohtaavat Suomessa: kieli, joka ei muistuta mitään muuta eurooppalaista kieltä (lukuun ottamatta viroa ja unkaria, jotka myös kuuluvat suomalais-ugrilaiseen kieliperheeseen).Ulkomaalaiset opiskelijat viihtyvät Suomessa yleensä hyvin. Vaikka kaikki ei olekaan täydellistä, Helsingin yliopistoa (ja Suomea yleensä) kannattaa harkita, kun halua opiskella ulkomailla. Tämä on yli 800 kansainvälisen opiskelijan vuonna 2020 ja 2021 tehdyn palautekyselyn lopputulos. Erityisesti opetuksen korkeaa laatua arvostettiin. Muita kohtia, joissa Helsingin yliopisto loistaa, olivat turvallinen ympäristö ja Covid-19-pandemian käsittely.Jälkimmäisessä on kuitenkin myös kääntöpuolensa, sillä opiskelijoiden toivelistalla oli enemmän kohtaamisia ja keskusteluja akateemisen henkilökunnan kanssa sekä enemmän sosiaalista tukea. Tämä on tuskin yllättävää, koska kansainväliset opiskelijat eivät voi maahan saapuessaan turvautua samoihin verkostoihin kuin paikalliset opiskelijat. Pahin yksittäinen ongelma näytti olevan opiskelijoiden vastaanotto. Tuntemattoman ja käsittämättömän byrokratian kohtaaminen on usein liikaa uusille tulokkaille. Syrjintää koki vain 4 prosenttia vastaajista, ja heistä kielellinen syrjintä ja yksinäisyys olivat yleisimpiä.Varoitan aina opiskelijoita, jotka kertovat aikovansa hakea Helsingin yliopistoon. Jos haluat rehellisen mielipiteen siitä, kannattaako aloittaa opinnot Suomessa, ole hyvää: Suomessa on kylmä ja talvella tulee TODELLA pimeää. Helsinki on kuitenkin edelleen yksi viihtyisimmistä paikoista mitä Suomessa löytyy, jos puhutaan kylmyydestä ja pimeydestä. Lämpötila laskee harvoin alle -17,8 °C:n (0°F). Koska Helsinki sijaitsee Suomen etelärannikolla, se on yksi vähiten pimeistä paikoista. Ja ilmaston lämpeneminen tekee parhaansa lämpötilojen nostamiseksi. Suomi on jo nyt pitkän aikavälin kiinteistösijoittajien sisäpiirin suosikki: se on vielä riittävän halpa, mutta sillä on äärimmäinen kasvupotentiaali, kunhan ilmastonmuutos muuttaa Etelä-Euroopan sulatusuuniksi. Nämä skenaariot toteutuvat kuitenkin täysin vasta, kun nykyiset poliittiset päättäjät ovat jo potkaisseet ämpäriin. Mutta jos olet mukana pitkällä tähtäimellä, Suomi saattaa olla se paikka, jossa kannattaa olla. Mutta jälleen kerran, jos Golfvirta romahtaa, joudut takaisin lähtöruutuun. Kiittäkää vanhempianne siitä sotkusta, jonka he ovat jättäneet teille ( https://www.theguardian.com/environment/2021/aug/05/climate-crisis-scientists-spot-warning-signs-of-gulf-stream-collapse ).Valitettavasti, niin hyvä kuin Suomi voikin olla opiskeluun, Suomeen pysyvästi jääminen on eri juttu. Vaikka Suomen on lisättävä maahanmuuttoa korvatakseen vähenevän ja ikääntyvän väestömääränsä, on valitettavasti vielä liian monta estettä voitettava, ennen kuin asettumisesta tulee realistinen vaihtoehto useimmille ulkomaalaisille. Kieli on vain yksi niistä esteistä. Muita, jotka mainitaan juuri ilmestyneessä Helsingin Sanoman artikkelissa, ovat vaikeus integroitua suomalaiseen yhteiskuntaan, ulkomaalaisten kannalta käsittämätön byrokratia ja alhainen palkkataso.Mutta myös suomalaisväestön sisällä vihamielisyys ulkomaalaisia kohtaan kasvaa. Se ilmestyy esimerkiksi perussuomalaisten menestyksenä. Myös useimmat muut Euroopan maat taistelevat oikeistolaisten poliittisten virtausten kanssa. Kotimaassani Saksassa AfD:tä (joka on Saksassa suunnilleen sama kuin PS Suomessa) ei yksikään demokraattinen puolue pidä mahdollisena koalitiokumppanina (toiveajattelua minun osaltani?). Mutta täällä Suomessa PS on ollut jo koalitiohallituksessa, ja vain sosialidemokraateilla ja vasemmistoliitolla on selkeä ei-kanta tässä asiassa.Juuri äskettäin Helsingin vastavalittu kaupunginjohtaja Juhana Vartiainen kommentoi Suomen työmarkkinoiden houkuttelevuutta ulkomaalaisille:“Surkea epäonnistuminen Suomelta. Hyvin hitaasti on poliittiseen tajuntaan mennyt edes se, että me ylipäätään tarvitsemme työperäistä maahanmuuttoa.” Helsingin Sanomat, 28.08.2021).Joka tapauksessa, akateeminen opetus on Suomessa vielä erittäin korkealla tasolla. Ja sen lisäksi, se on ilmaista EU/EFTA-maissa asuville (ja kyseisistä maista kelpoisuuden antavan tutkinnon suorittaneille). Maksaville opiskelijoille lukukausimaksut ovat tosi edullisia verrattuna moniin muihin samassa sarjassa pelaaviin yliopistoihin (13000-18000 euroa vuodessa koulutusohjelmasta riippuen). Yliopiston henkilökunta joutuu kuitenkin maksamaan kovan hinnan tämän laadun ylläpitämisestä. Kuluvalla vuosikymmenellä (2020-2030) opetusministeriön tavoitteena on lisätä suoritettujen yliopistotutkintojen määrää 100000:lla ( https://www.acatiimi.fi/4_2021/15.php ). Samaan aikaan yliopistojen määrärahoja on leikattu. Hallitus luultavasti kompensoi leikkaukset mediavetovoimaa keräävällä “pelasta yliopisto” -liikkeellä harhauttaakseen huomiota siitä, että tarvitsemme sen lisäksi kymmeniä miljoonia, jotta voimme tulevina vuosina tarjota saman korkeatasoisen opetuksen noille 100000 lisätutkinnolle. Tutkimuksen puolella akateeminen henkilöstö on käynyt raskasta taistelua vuodesta 2005 lähtien, jolloin inflaatiokorjattu T&K-budjetti pieneni ensimmäistä kertaa. Samaan aikaan opiskelijat alkavat kuitenkin tuntea riittävän rahoituksen puutteen esimerkiksi silloin, kun heidän opettajillaan ei ole enää yhtä paljon aikaa heille kuin ennen.Minulla ei ole muuta vaihtoehtoa kuin neuvoa opiskelijoita luopumaan akateemisesta urasta yleensä. Useimmissa muissa Euroopan maissa on samanlaisia ongelmia, mutta ei ehkä samalla tasolla kuin Suomessa. Ja opiskelijat tietävät, että akateeminen rahoitus on erityisen huono Suomessa.

Lymfedeeman hoitoon tarkoitetun lääkkeen etsiminen

Wed, 11 Aug 2021 00:00:00 +0000

Yli 20 vuotta sitten kloonasin VEGF-C-cDNA:n adenoviruksen kuljetusvektoriin. Vaikka meillä oli Bert Vogelsteinin laboratorion AdEasy-järjestelmän vektorit adenovirusten valmistamiseksi itse, päätimme kuitenkin tehdä yhteistyötä geeniterapian asiantuntijan Seppo Ylä-Herttualan kanssauef.fi/en/group/molecular-medicine/) kanssa ensimmäisen VEGF-C -kuormaa sisältävän adenoviruksen (AdVEGF-C) valmistamiseksi. Seppo ja me olemme käyttäneet tätä ja muita VEGF-C:tä ilmentäviä adenoviruksia useissa prekliinisissä tutkimuksissa osoittaaksemme, että VEGF-C:tä voidaan menestyksekkäästi käyttää tiettyjen lymfedeematyyppien perimmäisen syyn hoitoon.Vuonna 2018 Herantis Pharma aloitti vaiheen 1 kliiniset tutkimukset AdVEGF-C:llä, joka sai tuotenimeksi Lymfactin. Sen jälkeen kun Eiger Biopharmaceuticals ei onnistunut osoittamaan bestatiinin vaikuttavan lymfedeemaan vaiheen 2 tutkimuksissaan, Lymfactin oli ainoa kliinisissä tutkimuksissa oleva lääke, joka oli tarkoitettu lymfedeeman hoitoon. Tänä keväänä Herantis ilmoitti lopettavansa Lymfactinin kliiniset tutkimukset keskittyäkseen neurodegeneratiivisten sairauksien ( CDNF ) lääkekehitykseen. Tämän pettymyksen lisäksi tuli uutinen, että potilaiden jakaminen vaiheen 2 tutkimukseen ei ollut satunnaista ja että vaiheen 2 tulokset ovat siksi epäselvät . Tämä on huono uutinen lymfedeemapotilaille juuri nyt, kun geeniterapia on kokonaisuudessaan tekemässä paluuta lähes kahden vuosikymmenen tauon jälkeen. Miten tästä eteenpäin? Vaikka pienimolekyylisen bestatiini-lääkkeen osoitettiin lisäävän VEGFR-3:n ilmentymistä ja aktivaatiota , se ei koskaan ollut lymfangiogeneesiä edistävä hoito. Hiirikokeet olivat osoittaneet selvästi, että se tukee ainoastaan endogeenistä imusuonten korjautumista, joka käynnistyy luonnollisesti akuutin imusuonivaurion jälkeen. Se torjuu erityisesti liian korkeita leukotrieeni B4 -pitoisuuksia, jotka estävät imusuonten muodostumista, mutta sillä ei ole omaa imusuonten muodostumista edistävää signaalia.Strategiaa, jossa estetään estäjää, käytettiin myös hiiritutkimuksissa, jotka Kataru ym. julkaisivat tänään Science Signaling -lehdessä: Kataru ym. Kataru ym. käyttivät imusuonten endoteelisolujen geneettistä muuntelua estääkseen PTEN:n, joka on VEGFR-3-signaloinnin solunsisäinen estäjä. Tulokset ovat vakuuttavia: lymfangiogeneesi ilman kasvutekijähoitoon väistämättä liittyviä haittoja, kuten liian korkeita kasvutekijäpitoisuuksia annostelukohdassa, mikä voi johtaa verisuonten vuotamiseen ja muihin ei-toivottuihin reaktioihin. Pienimolekyylisiä PTEN-inhibiittoreita on olemassa, mutta ne ovat melko myrkyllisiä. Jos löydettäisiin kohtuullisen myrkytön PTEN:ää estävä yhdiste, jäljellä olisi enää sen kohdentaminen nimenomaan imusuonten endoteelisoluihin. Kumpikaan näistä – yhdisteen löytäminen tai kohdentaminen – ei kuitenkaan ole helppo tehtävä, vaikka ideoita onkin riittävästi, joita voitaisiin seurata, jos rahoitusta olisi saatavilla. Lue lisää aiheesta Science Signaling -lehdessä julkaistusta mielipidekirjoituksestamme, joka käsittelee lymfedeemalääkkeen etsimistä: doi-linkki , e-print-linkki niille, joilla ei ole pääsyä koko tekstiin.

Missä Neuvostoliitto sai alkunsa

Wed, 11 Aug 2021 00:00:00 +0000

Kesällä kävimme katsomassa hieman historiallisia nähtävyyksiä. Heinäkuussa lähdimme kaupunkilomalle Tampereelle, joka on Suomen kolmanneksi suurin kaupunki ja Skandinavian suurin sisämaakaupunki. Tampereella on vahva teollinen historia, ja täällä on tehty joitakin maailmanhistoriaan vaikuttaneita tärkeitä päätöksiä, kuten päätös Neuvostoliiton perustamisesta. Jälkimmäinen tapahtui, kun Lenin ja Stalin tapasivat toisensa ensimmäistä kertaa vuonna 1905 Tampereen Työläistalossa, jossa nykyään sijaitsee ehkä (?) maailman ainoa Lenin-museo. Suomi oli tuolloin Venäjän keisarikunnan autonominen osa ja nautti ehkä enemmän vapautta kuin mikään muu keisarikunnan osa. Tästä syystä monet varhaisista kommunistijohtajista toimivat Suomen suuriruhtinaskunnasta käsin.

Erichsen Geld & Gold

Sun, 01 Aug 2021 00:00:00 +0000

Tämä kirjoitus on saatavilla vain saksaksi, koska kirjoitan tässä (mielestäni) parhaista saksankielisistä raha- ja talousaiheisista podcasteista. Raha ja talous ovat maakohtaisia aiheita. Kun kyse on esimerkiksi eläke- tai sairausvakuutuksista, yhdysvaltalaisista podcasteista saatavat neuvot ovat melko hyödyttömiä. Kuka täällä maassa edes omistaa 401(k)-eläkejärjestelmän (1)? Mutta jopa Euroopassa maat eroavat toisistaan niin paljon, että kannattaa miettiä tarkkaan, ennen kuin omaksuu toisesta maasta peräisin olevia hyväntahtoisia neuvoja. Yksinkertainen esimerkki ovat erot käteisen käytössä: Täällä Skandinaviassa KAIKKI maksetaan kortilla , summasta riippumatta. Käteistä on täällä enää pääasiassa vain saksalaisten matkailijoiden takia!Koska asun Suomessa, minun pitäisi siksi kuunnella suomalaista rahaa ja taloutta käsittelevää podcastia. Valitettavasti en ole vielä löytänyt yhtään mielenkiintoista. Tarvitaan varmaankin tietty määrä valinnanvaraa, jotta voi a) löytää jotain, joka sopii omaan elämäntilanteeseen, ja b) joka on laadukasta sekä sisällöltään että toteutukseltaan. Elämäntilanne, ikä ja etenkin yhteiskunnalliset asenteet johtavat kaikkien podcastaajien kohdalla (enemmän tai vähemmän) rajalliseen näkökulmaan, josta on vaikea irrottautua.Luultavasti juuri siksi selkeä ykköseni talouspodcasteissa on Erichsen: Geld und Gold . Miksi pidän ”Erichsen Geld & Goldia” parempana kuin kaikkia muita? Luultavasti siksi, että ammattia lukuun ottamatta minun ja Lars Erichsenin elämäntilanteet ovat hämmästyttävän samankaltaisia. Alkaen iästä ja perheestä aina ansioluettelon yksityiskohtiin ja yhteiskunnallisiin asenteisiin asti. Jos olisin jäänyt Saksaan, olisin minäkin Nordlicht (2). Se, että voin tehdä tämän vertailun, kertoo jotain myös podcastista: se on kyllä talouspodcast, mutta säännöllisenä kuuntelijana saa nopeasti tunteen, että tuntee Lars Erichsenin hyvin. Juuri tämä lähes henkilökohtainen suhde on auttanut podcasteja läpimurtoon, eikä televisio tai edes mediakonsernien ammattimaisesti tuottamat podcastit – joita on yhä enemmän – yksinkertaisesti pysty kilpailemaan sen kanssa. Entä Handelsblatt ? Unohda se!

50 kurkkua ja lisää tulossa

Sat, 03 Jul 2021 00:00:00 +0000

Pandemia + loma = parvekepuutarhan homma. Vaikka tomaatit ovat vielä vihreitä, kurkkusato on alkanut meillä noin kaski viikkoa sitten. Tähän mennessä olemme keränneet 50 kurkkua, joista 25 tänään. Ainakin saman verran on vielä roikkumassa kasveissa. Viime vuonna kurkut saivat varhain vihannespunkitartunnan, ja saimme vain hyvin pientä satoa. Ainoa asia, jonka tein toisin kuin viime vuonna, on se, että lisäsin lannoitteen jokaiseen kasteluun. Kokeilin kahta erilaista biologista lannoitetta, mutta ne eivät toimineet: nokkospohjainen (fermentoitu) lannoite oli niin pahanhajuista, ettemme voineet käyttää parveketta kolmeen päivään sen levittämisen jälkeen. Toinen kokeilemani lannoite oli matotee, joka on matofarmimme sivutuote. Se on periaatteessa hajuttomia, mutta matofarmimme on liian pieni tuottamaan riittävästi lannoitetta kurkkuille ja tomaateille, joilla molemmilla on suuret ravinnevaatimukset. Niinpä käytin pääasiassa vain Biolan kastelulannoitetta ja olen siihen erittäin tyytyväinen. Se sisältää tavallisen NPK:n (typpi, fosfori, kalium) lisäksi myös paljon mikromineraaleja.

Keinoja, joilla prosessi voidaan pitää käynnissä uloskirjautumisen jälkeen

Sat, 26 Jun 2021 00:00:00 +0000

[thumbnail] url = “img/screen.webp” title = “Screenshot of screen” author = “Michael Jeltsch” +++

On monia tapoja pitää prosessi käynnissä uloskirjautumisen jälkeen. Jokaisella niistä on omat etunsa ja haittansa: nohup, disown, screen, tmux, ssh2go jne. Screen ei todellakaan ole ominaisuuksiltaan monipuolisin tai nykyaikaisin ratkaisu, mutta se on oletusarvoisesti käytettävissä melkein kaikissa Linux-asennuksissa. Siksi käytän sitä. Näin se toimii:

Perl-moduulien asentaminen

Tue, 22 Jun 2021 00:00:00 +0000

En ole tehnyt tätä ehkä kymmeneen vuoteen tai kauemminkin. Mutta ilmeisesti asiat ovat edelleen samat Ubuntu 18.04:ssa:

sudo apt-get install build-essential
cpan
make install
install Bundle::CPAN
install App::GnuplotUtils

Mihin siirtyä RefWorksista?

Thu, 10 Jun 2021 00:00:00 +0000

“Sanoinhan, että älkää käyttäkö kaupallista ohjelmistoa, vaikka yliopistomme maksaisi siitäkin!” En ole koskaan ymmärtänyt, miksi yliopistomme maksaa kaupallisesta viitteidenhallintaohjelmistosta. Ehkä jotkut hallinnon vanhat konkarit elävät yhä viime vuosituhannen 90-luvulla, jolloin EndNote oli käytännössä ainoa kunnollinen viitteidenhallintaohjelmisto WYSIWYG-tekstinkäsittelyohjelmille. Mutta ne ajat ovat jo kauan menneet. Viimeinkin yliopistomme on ainakin luopumassa yhdestä suljetun lähdekoodin viitteidenhallintaohjelmistostaan:

TuKoKe-menestystä TET-harjoittelijoille

Wed, 09 Jun 2021 00:00:00 +0000

Suomessa 8- tai 9-luokkalaiset tekevät yhden tai kahden viikon mittaisen työelämään tutustumisjakson (TET) valitsemassaan työpaikassa. Covid-19-pandemia on sekoittanut tämänkin perusteellisesti, mutta laboratoriomme onnistui kuitenkin isännöimään muutamia harjoittelijoita syksyllä, kun Covid-19-luvut olivat melko alhaiset.Yksi ryhmä, joka koostui Pessi Baskista, Rasmus Poutasta ja Okko Siljanderista Käpylän ala-asteelta, tekivät TET-projektin nimeltä Voiko 3d-tulostuksessa kytetyist muovimateriaaleista valmistettuja astioita käyttää solujen viljelyssä? Niklas Koppatzin ohjaukissa he osallistuivat tällä projektilla valtakunnallisille TuKoKe (Tutki-Kokeile-Kehitä)–tiede- ja teknologiakilpailussa ja voittivat paitsi kolmannen palkinnon myös Aalto-yliopiston Design Factory n tuotepalkinnon ja Keksintösäätiön stipendin keksinnöllistä piirteitä sisältävälle töille. Onnittelut!

Kansioiden kovat linkit Linuxissa

Thu, 03 Jun 2021 00:00:00 +0000

Kansioiden kiinteät linkit ovat kiellettyjä Linuxissa, koska ne:

aiheuttaisivat silmukoita hakemistohierarkiassa.
rikkoisivat oletusta, että hakemistot muodostavat puurakenteen.
vaikeuttaisivat tiedostojen poistamista ja viittausten laskemista.
vaikeuttaisivat huomattavasti tiedostojärjestelmän läpikäyntiä ja ylläpitoa.

Sen sijaan Linux sallii kovat linkit tavallisille tiedostoille ja symboliset linkit sekä tiedostoille että hakemistoille. Voit jäljitellä jotain, joka muistuttaa hakemiston kiinteää linkkiä, seuraavasti: Voit mountata minkä tahansa tiedostojärjestelmän polun mihin tahansa toiseen kansioon (bind mount). Sinun on kuitenkin oltava varovainen, sillä saatat kohdata samat ongelmat kuin hakemistojen kiinteiden linkkien kanssa, nimittäin kiertävät ja siten loputtomat tiedostopolut… sudo mount --bind /home/user/Documents/Desktop/ /home/user/Desktop/. Tällainen linkki katoaa uudelleenkäynnistyksen jälkeen. Jos haluat tehdä siitä pysyvän, voit lisätä liitännän tiedostoon /etc/fstab:/home/user/Documents/Desktop/ /home/user/Desktop none bind. Jotkut sanovat, että tämä ei toimi LVM:n kanssa, mutta ainakin Ubuntu 20.04:ssä se toimii. Tämä merkintä tulee tietenkin sijoittaa fstab-tiedoston loppuun!

Covid-19-rokotus

Sun, 23 May 2021 00:00:00 +0000

PÄIVITYS (6. elokuuta 2021) Olen nyt täysin rokotettu CDC:n määritelmän mukaisesti!

Sain ensimmäisen Biotech/Pfizer-rokotteen 15. toukokuuta 2021. Pistoskohta kipuili kahden päivän ajan. Tämä tarkoittaa, että kehoni reagoi rokotteeseen, mikä on hyvä asia. Toivon vilpittömästi, että kaikki, jotka voivat saada rokotuksen, menevät rokotettavaksi. Uusien muunnoksien vuoksi tarvitsemme todennäköisesti paljon korkeamman rokotuskattavuuden, jotta saamme tämän pandemian hallintaan. Valitettavasti maissa, joissa rokotusten hyväksyntä on suhteellisen alhainen, pandemiasta tulee endeeminen (ja siten myös kaikkialla muualla, koska kukaan ei halua lopettaa kansainvälistä matkustamista).Pelon lietsojat pitäisi vihdoin myöntää, ettei rokotteista ole ilmennyt suuria haittoja. Tämä koskee erityisesti ”kiistanalaisia” AstraZenecan ja Johnson & Johnsonin rokotteita! Ensimmäiset vapaaehtoiset rokotettiin jo 14 kuukautta sitten. Jokaiseen toimivaan lääkkeeseen liittyy riski-hyötysuhteen arviointi, ja hyödyt ovat riskejä suuruusluokkia suuremmat kaikkien EMA:n hyväksymien rokotteiden osalta, mukaan lukien AZ- ja J&J-rokotteet. Jos ymmärrät Biontechin ja Modernan uusien mRNA-rokotteiden toimintamekanismin, tiedät tämän: jos on olemassa rokotteita, jotka vähentävät vakavien haittavaikutusten teoreettista mahdollisuutta, niin ne ovat juuri mRNA-tyyppiset rokotteet. Kysymys on, mikä on hyväksyttävä Covid-19:n aiheuttaman kuoleman riski, jotta hallitukset poistaisivat rajoitukset? Influenssan osalta kymmeniä tuhansia kuolemantapauksia pidettiin ilmeisesti täysin hyväksyttävinä. Ehkä Covid-19 muuttaa asennetta muihin vältettävissä oleviin tartuntatauteihin. Toivotaan, että päätökset perustuvat tieteelliseen tietoon! Jotkut evankeliset liikkeet ovat perinteisesti vastustaneet rokottamista, erityisesti seitsemännen päivän adventistien reformaatioliikkeet. En ole koskaan oikein ymmärtänyt tämän asian uskonnollista puolta. Jos en erehdy, Ellen G. White, joka oli luultavasti heidän varhaisimpien vaikuttajiensa tärkein, otti itse isorokkorokotuksen. Tämä rokotus oli huomattavasti vaarallisempi kuin nykyiset rokotukset, sillä 1–2 prosenttia rokotetuista kärsi vakavista sivuvaikutuksista. Jos olet jäsen, tiedät, että puhun sinulle: Tee itsellesi ja kaikille muille palvelus! Ylitä väärin perusteltu vastustuksesi ja ota rokote! Se on kymmenentuhatta kertaa turvallisempi kuin se isorokkorokote, jonka Ellen G. White otti! Se on ainoa oikea valinta.

Satunnaistettu, kontrolloitu perunalastujen maistelututkimus

Sun, 16 May 2021 00:00:00 +0000

Teimme eilen sokkoutetun, satunnaistetun ja kontrolloidun perunalastujen maistelututkimuksen (RCPCT). Valitettavasti kaikki halusivat osallistua, joten emme voineet toteuttaa tutkimusta kaksoissokkoutetusti. Valitsimme maustamattomat perunalastut, joita Prismasta löytyi kolme eri tuotemerkkiä: Estrella, Taffel ja Xtra. Arvioimme ainoastaan makua, ja tulokset olivat selkeät ja hieman yllättävät: Xtra ja Estrella jakoivat ensimmäisen sijan, ja Taffel sijoittui kolmanneksi eli viimeiseksi kaikkien neljän osallistujan mielestä. Kun otetaan huomioon, että sekä Taffel että Estrella ovat lähes kaksi kertaa kalliimpia (vastaavasti 8,49 € ja 8,18 €/kg) kuin Xtra-tuotemerkki (4,3 €/kg), Xtra-tuotemerkin ostaminen tuntuu itsestään selvältä valinnalta. Entä ravitsemukselliset näkökohdat? Sekä Estrellassa että Xtrassa on 1,4 % suolaa, kun taas Taffelissa suolapitoisuus on vain 1,1 %. Entä rasva? Xtra käyttää yksinomaan auringonkukkaöljyä, kun taas sekä Taffel että Estrella käyttävät auringonkukka- ja rapsiöljyn sekoitusta. Näin ollen sekä Estrellalla että Taffelilla on terveellisempi rasvahappokoostumus kuin Xtralla, ja Estrella on kärjessä vähiten tyydyttyneitä rasvahappoja sisältävänä tuotteena. Kumpi valita, ei ole aivan selvää: Xtra tarjoaa hyvää makua pienimmällä rahalla, mutta se ei ole terveellisin valinta. Toisaalta ei ole täysin selvää, kumpi Taffelista ja Estrellasta on terveellisempi (jos ylipäätään voidaan puhua tällaisesta luokasta perunalastuja arvioitaessa). Taffelissa on vähemmän suolaa, mutta enemmän tyydyttyneitä rasvahappoja. Estrellassa on enemmän suolaa, mutta vähemmän tyydyttyneitä rasvahappoja. Koska hinta on suunnilleen sama, annetaan maun ratkaista asia. PS: Englannin- ja saksankielessä ei erotella kahta eri Brassica-lajia, joista rapsiöljyä valmistetaan (Brassica rapa ja Brassica napus). Suomen kielessä Brassica rapa käännetään kuitenkin sanalla rypsi, kun taas Brassica napus käännetään sanalla rapsi. Rasvahappokoostumuksen osalta ravintoarvot ovat samankaltaiset molemmissa kasveissa.

Useita Python-versioita Ubuntu 20.04:ssä

Fri, 30 Apr 2021 00:00:00 +0000

Uuden Python-version lisääminen Ubuntu 20.04:ään (minun käyttöjärjestelmälle se on kolmas versio 2.7:n ja 3.8:n jälkeen): sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 3

Lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden maisteriohjelma

Mon, 12 Apr 2021 00:00:00 +0000

Helsingin yliopisto laajentaa tarjontaansa tarjoamalla uuden kansainvälisen farmaseuttisen tutkimuksen, kehityksen ja turvallisuuden maisteriohjelman . Vuosi 2020 on osoittanut, kuinka valtavan tärkeää lääketiede on ihmisyhteisöille. Ja tämän merkityksen merkitys vain kasvaa tulevaisuudessa! Uusien virusten lisäksi edessämme on monia haasteita. Alla oleva luettelo on vasta alkua…* *

Tieteellisen yhteisön tietosanakirja

Tue, 30 Mar 2021 00:00:00 +0000

Olemme lisänneet VEGF-artikkelin Scholarly Community Encyclopediaan . En tiedä projektista enempää kuin mitä sen Tietoa-sivulta löytyy. Palvelun takana on MDPI-kustantamo, ja artikkelit on pääosin laadittu yhteistyössä MDPI-lehtien kanssa ja perustuvat niissä julkaistuihin artikkeleihin. Voit luoda erilaisia artikkeleita: aihekatsauksia, elämäkertoja ja ”muita”, mutta kaikki näkemäni artikkelit ovat MDPI:n lehdissä julkaistuista artikkeleista johdettuja aihekatsauksia. En näe, minkä markkinaraon tämä tietosanakirja pyrkii täyttämään. Vaikka monet artikkelit perustuvat vertaisarvioituihin artikkeleihin, artikkeleita itseään ei vertaisarvioida, ja – ei ole yllättävää – tietosanakirja sisältää melko paljon kyseenalaisia artikkeleita. Toisin kuin esimerkiksi Wikipediassa, tässä ei kuitenkaan ole vakiintunutta yhteisöä, joka huolehtisi joukkoistettua laadunvalvontaa. Kun artikkeliin tehdään muutoksia, alkuperäisille kirjoittajille lähetetään kuitenkin ilmoitus. En kuitenkaan tiedä, miten muokkaussodat (jotka ovat olleet varsin yleisiä esimerkiksi kiistanalaisissa Wikipedian artikkeleissa) ratkaistaisiin tässä järjestelmässä. MDPI toteaa, että kaikki kirjoittajat ovat korkeasti päteviä asiantuntijoita, mutta todellisuudessa kuka tahansa voi luoda tilin ja muokata olemassa olevia artikkeleita. MDPI pyrkii kannustamaan artikkeleiden luomista myöntämällä alennuksia artikkelinkäsittelymaksuista (APC) pistejärjestelmän kautta. Pistejärjestelmän väliaikainen luonne ei kuitenkaan luultavasti tarjoa riittävää kannustinta tunnetuille tutkijoille tai kehittyneiden maiden tutkijoille, joilla on useimmiten riittävät taloudelliset resurssit APC-maksujen maksamiseen.MDPI:llä on myös tutkijoille suunnattu oheispalvelu nimeltä ”SciProfiles”, joka – samoin kuin Mendeley, ResearchGate, ORCID, Publons, Google Scholar, Loop ja monet muut – ylläpitää tutkijaprofiileja. Toisin kuin useimmat muut palvelut, SciProfiles on kuitenkin näkyvissä vain jäsenille, mikä tekee siitä mielestäni melko hyödyttömän.

Miksi Suomen pitäisi ottaa lisää velkaa

Sun, 07 Mar 2021 00:00:00 +0000

Valtion talousvaje on kasvanut tasaisesti vuoden 2007/2008 talouskriisin jälkeen. Siksi on käsittämätöntä, että juuri ne samat puolueet, jotka ovat vastuussa valtion kasvavasta talousvajeesta, vastustavat nyt uusien velkojen ottamista. Koronapandemian aiheuttama valtion alijäämän kasvu saattaa olla paljon suurempi kuin edellisinä vuosina, vaikka vuoden 2020 kolmanteen neljännekseen mennessä en vielä näe muutosta kasvuvauhdissa. Jotta maalla olisi riittävästi varoja selviytyä pandemiasta, valtion PITÄISI ottaa uutta velkaa. Jokaisen, joka vastustaa uusien velkojen ottamista (olivatpa ne sitten valtionvelkoja tai osana eurooppalaista ratkaisua), on esitettävä toteuttamiskelpoinen vaihtoehtoinen suunnitelma. Mielestäni kaikki mahdolliset vaihtoehdot ovat paljon huonompia kuin uuden velan ottaminen. Valtion budjetin vertaaminen yksityishenkilön budjettiin ei ole oikeudenmukaista. Yksityishenkilönä et voi jatkuvasti kasvattaa velkojasi. Valtio ei kuitenkaan ole yksityishenkilö, sillä sillä on käytettävissään paljon enemmän taloudellisia välineitä kuin millään yksityishenkilöllä. Tämä pätee vieläkin enemmän EU:hun ja Euroopan keskuspankkiin. Mitä vaihtoehtoja meillä on valtion talousvajeen kasvattamiselle? Inflaatio Inflaatio on jo osa EU:n strategiaa lisääntyneiden velkojen hallitsemiseksi. Tämä ei vähennä velkojen nimellisarvoa, vaan niiden reaaliarvoa. Korkean inflaation olosuhteissa (EI hyperinflaatiota, vaan noin 5 %:n inflaatiota, mikä oli melko ”normaali” inflaatiovauhti kotimaassani Saksassa 1970-, 80- ja 90-lukujen alussa) valtio voi helposti vähentää velkojaan. Tässä ratkaisussa on kaksi ongelmaa: 1. Euroopan keskuspankki ei ole onnistunut saavuttamaan edes 2 prosentin inflaatiotavoitettaan huolimatta monien vuosien yrityksistä. 2. Pitkällä aikavälillä inflaatio ei ole hyvä ratkaisu, koska se lisää niiden etua, joilla on huomattavia aineellisia varoja (kiinteistöjä, osakkeita, jalometalleja jne.). Jos suurin osa säästöistäsi on osakemarkkinoilla, kiinteistöissä, jalometalleissa tai muissa aineellisissa varoissa, sinun ei tarvitse pelätä inflaatiota. Keskimäärin näiden kaikkien arvo säilyy tai jopa nousee korkean inflaation aikoina. Ne, joilla ei ole aineellisia varoja, eivät kuitenkaan voi kompensoida inflaatiota. Valtion tukea tarvitsevien määrä kasvaa, joten rahaa käytetään joka tapauksessa (vaikkakin viiveellä). Inflaatio myös syventää varallisuuseroja: rikkaat rikastuvat. Köyhät eivät aina köyhdy, mutta rikkaat rikastuvat paljon nopeammin kuin köyhät, ja siten tuloerot kasvavat. Samasta syystä köyhät eivät ole hyötyneet paljoakaan osakemarkkinoiden noususuhdanteesta, joka on kestänyt nyt jo yli 10 vuotta peräkkäin. Mitkä ovat siis vaihtoehdot budjettivajeen kasvattamiselle? Korkeammat verot Todellako? Verotustasomme on jo melko korkea verrattuna moniin muihin maihin. Mutta keneltä aiot ottaa? Rahaa voi ottaa vain niiltä, joilla sitä on. Rikkaille suunnattu vero on määritelmäkysymys. Kuka on rikas? 99 % väestöstä ei vastustaisi verojen korottamista sille 1 %:lle väestöstä, joka on hyötynyt eniten viimeisen 10 vuoden nousumarkkinoista. Suomessa on nykyään paljon enemmän miljonäärejä kuin vielä 10 vuotta sitten. Suurin osa näistä ihmisistä on kerännyt suurimmat voitot, ja tuntuu asianmukaiselta, että he antaisivat panoksensa takaisin maalle, joka on mahdollistanut heidän menestyksensä. Vaikka tämä kuulostaa hyvin vasemmistolaiselta, suurin osa ihmisistä olisi todennäköisesti samaa mieltä, jos he vain hyväksyisivät sen, mihin veronmaksajien rahat käytetään. Tässä maassa tuskin kukaan vastustaisi investoimista tulevaisuuteen, parempaan infrastruktuuriin, parempiin kouluihin, tutkimukseen ja kehitykseen jne. Mutta niin kauan kuin tämä on ongelmakohta, verojen korottaminen voi olla vain pieni osa ratkaisua. Menojen leikkaaminen Tämä on pohjimmiltaan sama asia kuin edellinen. Hetkinen, se on itse asiassa vielä pahempaa, koska lähdimme liikkeelle siitä oletuksesta, että tarvitsemme ENEMMÄN rahaa, jotta maa selviää pandemiasta. Liian suurta epäröintiä ja riittämättömiä menoja pidetään syynä siihen, miksi Eurooppa ei toipunut vuoden 2007–2008 finanssikriisistä yhtä nopeasti kuin Yhdysvallat. Valitettavasti on merkkejä siitä, että sama virhe on toistumassa.**Neljä vaihtoehtoa: inflaatio, veronkorotukset, menojen leikkaukset, uudet velat. Ongelma ei katoa, vaikka piilottaisi päänsä hiekkaan, vaan se pikemminkin pahenee. Säästöpolitiikka on tulevaisuuteen investoimisen vastakohta. Meillä on investointivaje, joka on kertynyt Suomessa viimeisten 15 vuoden aikana. Se koskee koulutusta, digitalisaatiota, tutkimusta ja infrastruktuuria. Tällä hetkellä uudet velat ovat ainoa vaihtoehto. Velat ovat halpoja (itse asiassa negatiivisten korkojen vuoksi valtio jopa hyötyy ottamalla lisää velkaa). Jopa Saksa luopui nollatasapainopolitiikastaan. Suomen ei pitäisi olla Euroopan väärään suuntaan ajava autoilija. Jo tästä syystä olisi typerää olla poikkeus. Ja – rakas Suomalaispuolue – on illuusio, että mikään maa voisi tällä hetkellä erota euroalueesta. Sen sijaan, että kiistelemme uusien lainojen ottamisesta tai valitamme jatkuvasti kasvavaa julkisen talouden alijäämää, meidän pitäisi keskustella siitä, miten rahaa käytetään viisaasti. Meidän pitäisi käyttää sitä tavoitteena kansantuotteen (GNP) kestävä kasvu pitkällä aikavälillä.PÄIVITYS: Päivä tämän kirjoittamisen jälkeen Suomen suurin sanomalehti Helsingin Sanomat julkaisi artikkelin, jossa käsiteltiin hyvin samankaltaisia aiheita: https://www.hs.fi/visio/art-2000007843750.html

Martin Jeltsch (1933–2021)

Wed, 03 Mar 2021 00:00:00 +0000

Tänä aamuna isäni, Martin Jeltsch, kuoli Covid-19-tautiin 88-vuotiaana. Hänellä oli mahdollisuus ottaa rokote jo 25. tammikuuta alkaen, mutta hän päätti olla ottamatta sitä. Jos hän olisi tarttunut ensimmäiseen tilaisuuteen rokotuksen saamiseksi, hänellä olisi todennäköisesti ollut jo osittainen suoja, kun hän sairastui. Ei ole kuitenkaan mikään salaisuus, että hän vastusti rokotuksia, ja hänen ammatillinen sidonnaisuutensa täydentävään ja vaihtoehtoiseen lääketieteeseen oli vain yksi monista seikoista, jotka tekivät suhteestamme hyvin monimutkaisen. Rokotusten avulla saavutettava laumaimmuniteetti suojaa myös niitä, jotka eivät käytä järkeä. Toivottavasti pääsemme siihen pian. PÄIVITYS: Äitimme mukaan isäni oli itse asiassa aikonut ottaa rokotteen. Rokotusten jakelu hänen piirikunnassaan alkoi kuitenkin vasta tammikuun lopussa, eikä hän ollut vielä saanut edes ensimmäistä annosta. Se ensimmäinen annos olisi antanut hänelle jo osittaisen immuniteetin ja todennäköisesti estänyt taudin vakavan kulun.

MDPI:n vertaisarviointi

Wed, 24 Feb 2021 00:00:00 +0000

Viimeisin katsausartikkelimme julkaistiin lopulta Biology-lehdessä. Minun makuuni sen otsikko on liian pitkä: Proteolyyttiset pilkkoutumiset VEGF-perheessä: monimuotoisuuden luominen angiogeenisten VEGF-proteiinien joukossa, mikä on välttämätöntä lymfangiogeenisten VEGF-proteiinien aktivoitumiselle . Tämän lisäksi otsikossa on lyhenne: VEGF.Useimmat kustantajat ovat mukana rahan vuoksiTämä on ensimmäinen kerta, kun julkaisemme MDPI:n kautta. Vaikka kritiikki MDPI:tä kohtaan ei ole täysin hävinnyt sen jälkeen, kun se vuonna 2015 vapautettiin Beallin listalta , kritiikki keskittyy nykyään lähinnä syytökseen, että MDPI on kiinnostunut rahasta eikä laadusta. Tosin useimmat kustantajat ovat mukana rahan vuoksi. Erityisesti pörssissä noteeratut kustantajat ovat lain mukaan pakotettuja toimimaan rahan vuoksi: Elsevier, John Wiley & Sons jne. Ja monet muut, kuten Springer Nature, yrittävät epätoivoisesti päästä myös pörssiyhtiöiden joukkoon. Me tiedemiehinä voisimme luultavasti ottaa hieman oppia tästä asenteesta, sillä olemme luonnostaan huonoja rahan ansaitsemisessa (osaamme tuottaa tietoa, mutta emme tuloja).Huolenaiheet arvioinnin laadustaLisäksi MDPI:n arviointiprosessia on kritisoitu siitä, ettei se ole kovin tiukka. Millainen kokemus meillä oli? Artikkeliamme tarkasteli ilmeisesti neljä arvioijaa, ja voit lukea heidän kommenttinsa täältä: https://www.mdpi.com/2079-7737/10/2/167/review_report .**Miten koimme arvioijien palautteen laadun?**Kolme neljästä arvioijasta antoi todellista palautetta. Arvioija 3 voitaisiin – käytännössä – korvata Grammarly.com -palvelulla tai Microsoft Wordin oikeinkirjoituksen tarkistuksella. Arvioija 2 keskittyy myös lähes kokonaan tyyliin ja esitystapaan. Älkää ymmärtäkö väärin: hyvä tyyli ja esitystapa ovat erittäin tärkeitä! Mutta ensinnäkin, hoidetaan tiede kuntoon! Kaksi muuta arvioijaa eivät ilmeisesti olleet kovin perehtyneitä tutkimusaiheeseen verisuonibiologia. Tämä täsmää oman kokemukseni kanssa: saan usein MPDI-lehtiltä pyyntöjä arvioida artikkeleita, jotka eivät kuulu tai liittyvät vain välillisesti omaan asiantuntija-alueeseeni (mitä hylkään välittömästi, koska minulla on muutenkin liian paljon artikkeleita arvioitavana).Voisit puolustaa MDPI:tä sillä, että käsikirjoituksemme oli jo melko hyvä, kun lähetimme sen ensimmäisen kerran. Mutta kuulehan: kyhäsimme tämän kiireessä kasaan joulukuun aikana, ja tiedän, että siinä on edelleen melko paljon virheitä (joista huomasimme muutaman minuutin kuluttua artikkelin julkaisemisesta).Halusimme kokeilla avointa arviointia, mutta epäonnistuimmeMinusta tuntuu, että olimme valinneet avoimen arvioinnin (eli että käytettäisiin vain arvioijia, jotka suostuisivat julkistamaan henkilöllisyytensä yhdessä arvioidensa kanssa). Kukaan arvioijistamme ei kuitenkaan paljastanut henkilöllisyyttään. Jossain on luultavasti pienellä painettu teksti, jossa sanotaan, että toimittaja voi kumota tämän valinnan, jos ei löydy arvioijia, jotka suostuvat luopumaan nimettömyydestään. Voin jossain määrin ymmärtää toimittajan ahdinkoa. Hyvien vertaisarvioijien löytäminen on jo sinänsä tarpeeksi vaikeaa, koska – huolimatta monista muutospyrkimyksistä – käsikirjoitusten arviointia ei nykyisessä tiedejärjestelmässä palkita. Onko se nopeaa? Mielestäni osa siitä oli liian nopeaaArviointiprosessi oli nopea. Korjaukset olivat vieläkin nopeampia. Ja julkaiseminen oli aivan liian nopeaa. Olin kauhuissani, kun huomasin, ettemme ehkä saisi toista korjausvedosta. Ensimmäisiä korjausvedoksia jouduttiin muokkaamaan laajasti, koska taitto oli muuttanut kuvien sijoittelua. Tämän seurauksena lähes kaikki viitteet piti numeroida uudelleen. Lisäksi vedosten luomisen aikana osa kuvateksteistä tulkittiin virheellisesti runotekstiksi. Siksi jouduimme siirtelemään suuria tekstiosia vedosten tarkistuksen aikana. Ja jos olet koskaan käyttänyt Wordia, tiedät, ettei tämä ole mikään ilonaihe. Ainakin MS Word ei enää kaadu, kuten se teki vanhoina aikoina. Tuolloin Ctrl-S-näppäinyhdistelmän painaminen jokaisen muokkausminuutin jälkeen oli siirtynyt aivoista selkäytimeen. Mutta tälläkin kertaa Word ei tuottanut pettymystä tuomalla mukanaan ei-toivottuja muotoilumuutoksia, joita oli mahdotonta peruuttaa.Kukaan meistä ei ehtinyt edes vilkaista toisia oikolukukappaleita tänä maanantaina ennen kuin artikkeli julkaistiin verkossa, minkä jälkeen linkki toisiin oikolukukappaleisiin vanheni. Meillä on paljon muuta tekemistä: luentojen valmistelu, osallistuminen tiedekunnan kokouksiin, opiskelijoiden huolehtiminen ja – viimeisenä mutta ei vähäisimpänä – haluamme toisinaan myös tehdä tutkimusta. Nopea julkaiseminen ei ole sinänsä hyve. Mutta se auttaa varmasti pitämään kustannukset kurissa. Pelin jälkeen on jo seuraava peli. Ja tällä kertaa kyseessä ei ole katsausartikkeli, vaan alkuperäinen tutkimus, ja valitsemme toisen kustantajan. Kokemus ei todellakaan ollut katastrofi, mutta näen selvästi, että tällainen liian virtaviivainen prosessi voi joskus mennä pieleen vähemmän tunnollisten kirjoittajien kohdalla. Ja esimerkkejä on paljon (katso Wikipedia-artikkeli ).Kiinnostuneille tässä on linkki norjalaisen artikkelin käännökseen , jossa käsitellään MDPI:n laatuongelmaa.**PÄIVITYS (15.01.2022)*Tämän kokemuksen jälkeen MDPI-lehdistä tehtiin tieteellinen analyysi, jossa tarkasteltiin itseviittauksia, viittauskartelleja, erikoisnumeroita, APC-maksuja sekä arviointi- ja hyväksymisaikoja: https://doi.org/10.1093/reseval/rvab020 . Sain tietää tästä artikkelista vasta yli puoli vuotta sen julkaisemisen jälkeen. Artikkelin keskeinen viesti on, että MDPI sekä kustantaja OMICS International harjoittavat toimituskäytäntöjä, jotka kuuluvat saalistavien käytäntöjen piiriin. Samalla niiden toiminta ”on kehittynyt niin pitkälle, että ne täyttävät kokonaan tai osittain ne muodolliset kriteerit, joiden avulla erotetaan toisistaan saalistavat ja lailliset lehdet”. Tämän analyysin tekijät käyttävät termiä ”epäselvä/piilotettu saalistava kustantaja”. Samalla monet lailliset ja arvostetut tutkijat toimivat MDPI-lehtien toimituskunnissa. Tunnen henkilökohtaisesti melkoisen joukon heistä. Kuten aina, totuus ei ole mustavalkoinen, vaan jonkinlainen harmaan sävy. Lisäksi tämän artikkelin on julkaissut arvostettu kustantaja Oxford University Press , mikä voitaisiin tulkita eturistiriidaksi. *

Eduroamin asennus Linuxissa

Tue, 23 Feb 2021 00:00:00 +0000

Tänä aamuna kesti tunnin, ennen kuin sain Eduroam toimimaan. Eduroam on kansainvälinen WLAN-roaming-palvelu yliopisto-opiskelijoille ja henkilökunnalle. Toin työpaikalle oman (yliopiston hallinnoimattoman) kannettavan tietokoneeni ja yritin muodostaa yhteyden. Löysin lopulta ohjeet IT-tukipalvelun sivustolta osoitteesta 19 (21 tuloksen joukosta, jotka näkyivät ensimmäisellä sivulla, kun hain hakusanalla ”Eduroam Linux”): https://helpdesk.it.helsinki.fi/en/ohjeet/kirjautuminen-ja-yhteydet/verkot/eduroam-verkon-asennus-ubuntussa Kuten tavallista, ohjeet ovat useita vuosia vanhoja eivätkä enää toimi ”uudemmilla” järjestelmillä, kuten Ubuntu 20.04 LTS:llä. Tämän lisäksi minulla oli jäljellä vanhoja, toimimattomia Eduroam-asetuksia edellisestä epäonnistuneesta yrityksestä. Alla olevia ohjeita varten tarvitset Eduroam-määritystyökalun, jonka voit ladata osoitteesta https://cat.eduroam.org . Jotta se toimisi, minun piti tehdä seuraavat asiat:

Ensimmäinen OER-aineistomme (avoin oppimateriaali)

Wed, 03 Feb 2021 00:00:00 +0000

Kun aloitin uudessa tehtävässäni farmasian tiedekunnassa, oli selvää, että tulisin pitämään enemmän virallista opetusta kuin aiemmin. Vaikka olen pitänyt luentoja aiemminkin, olen yleensä vain muokannut konferenssiesitystä, jossa esittelin laboratoriomme tutkimustyötä. Se ei kuitenkaan riitä perustutkinto-opiskelijoille, joten laadin luentoja nyt alusta asti. Vaikka avoimesta tieteestä puhutaan paljon, minun opettamilleni aiheille – geenitekniikka ja proteiinitekniikka, proteiinilääkkeet, biologiset lääkkeet – on tarjolla vain vähän tai ei lainkaan avoimia opetusresursseja. Koska mielestäni avoimesti saatavilla olevia opetusmateriaaleja pitäisi olla enemmän, päätin julkaista omat luentoni avoimesti. Huomasin kuitenkin pian, että tekijänoikeudella suojattua materiaalia on erittäin vaikea korvata ilmaisilla vaihtoehdoilla, kuten public domain -materiaalilla tai Creative Commons -lisensoidulla materiaalilla. 80 % kuvista ja piirroksista on helppo korvata, seuraavien 15 %:n korvaaminen vie yhtä paljon aikaa kuin ensimmäisten 80 %:n, ja viimeisten muutaman kuvan osalta tekijänoikeuksista vapaiden vaihtoehtojen löytäminen vaikuttaa mahdottomalta. Lopulta tuotin suurimman osan materiaalista itse. Tätä nimenomaista luentoa varten en ole löytänyt yhtään käyttökelpoista kuvaa Judah Folkmanista . Tarpeetonta sanoa, että jos raha ei olisi ongelma, voisin ostaa kuvan muutamalla sadalla dollarilla, mutta silti muiden ei olisi mahdollista käyttää sitä uudelleen. Väliaikaisena ratkaisuna piirsin kuvan itse. En ole hyvä piirtämään, joten auttakaa minua, jos pystytte! Tänään olen vihdoin ladannut ensimmäisen luentoni Avoimen oppimateriaalin kirjastoon : https://aoe.fi/#/materiaali/1212 . Se oli Protein Drug Discovery & Development -kurssin johdantoluento farmasian kandidaattiopiskelijoille (kurssi PROV-105), joka pidettiin 9. syyskuuta 2020. Avoimen oppimateriaalin kirjastoa ylläpitää Suomen opetusministeriö. Lisäsin luennon myös Merlot-kokoelmaan (joka on ehkä suurin avoimen oppimateriaalin luettelo): https://www.merlot.org/merlot/viewMaterial.htm?id=773405613.En kuitenkaan ole täysin tyytyväinen tilanteeseen, sillä valmistelin luennon Google Slidesin avulla. Miksi Google Slides? Valitettavasti se on ainoa toimiva reaaliaikainen yhteistyöesitysohjelmisto. Tästä syystä luentodian alkuperäistä versiota ei ole saatavilla osoitteesta aoe.fi. Siellä on kuitenkin linkki Google Slides -esitykseen. Olen tietenkin lisännyt saman esityksen PDF- ja ODF-muodossa muunnettuani sen sekä kaikki muokattavat lähdetiedostot (pääosin SVG-muodossa). Ja jos LibreOfficen yhteistyömuokkaus verkossa vihdoin muuttuu käyttökelpoiseksi, siirrymme todennäköisesti käyttämään sitä Google Slidesin sijaan. Reaaliaikainen verkkoversio on hyödyllisempi resurssi. Sen lisäksi, että kyseessä on diaesityksen alkuperäinen versio, sitä päivitetään säännöllisesti (koska pidän tämän luennon toistuvasti), kun taas ladattu PDF-/ODF-tiedosto vanhentuu ajan myötä yhä enemmän.PÄIVITYSOlen sillä välin onnistunut lataamaan toisen luennon osoitteeseen https://aoe.fi . Kaikki tulevat julkaisuni ovat saatavilla kokoelmasivultani .* *

Preprint ja avoin arviointi

Mon, 18 Jan 2021 00:00:00 +0000

Helmikuussa 2020 Henry Kwok Macaon yliopistosta kysyi minulta, haluaisinko kirjoittaa artikkelin Biology-lehden tulevaan erikoisnumeroon. Hän toimi tämän erikoisnumeron vierailevana toimittajana, ja sen aiheena oli Proteaasit – perusrakenteesta toimintaan ja lääkekehitykseen kohdennetussa hoidossa. Aihe on juuri se, mitä tutkimme parhaillaan: voimmeko vaikuttaa lymfangiogeeniseen kasvutekijään VEGF-C:hen sen aktivoivien proteaasien kautta. Suostuin siis alustavasti kirjoittamaan katsausartikkelin VEGF-tekijöiden aktivoitumisesta. Päätimme ensimmäistä kertaa julkaista käsikirjoituksen samanaikaisesti preprinttinä JA pyytää avointa arviointia. Avoin arviointi tarkoittaa, että arvioijien kommentit ja vastauksemme julkaistaan yhdessä artikkelin kanssa, jos artikkeli hyväksytään.

Pyöräily Suomen talvella

Tue, 05 Jan 2021 00:00:00 +0000

Vihdoin lumi on saapunut Helsinkiin! Tähän asti olen ajanut kesäpyörälläni, eikä se näytä kovin hyvältä. Päivittäisellä työmatkallani on ehkä vain noin kilometri hiekkatietä, mutta mutaisina kuukausina se riittää pyyhkimään puhdistuksen pois muutamassa sekunnissa ja poistamaan ketjun voitelun. Mutaiset kuukaudet kestävät nykyään Helsingissä ainakin kolme – ilmastonmuutoksen ansiosta: lokakuu, marraskuu ja joulukuu. Pyöräilijät, jotka neuvovat puhdistamaan pyöränsä viikoittain, ovat vain liian paljon vapaa-aikaa… Suurin osa myytävistä polkupyöristä ei ole oikeastaan suunniteltu käytettäväksi ympäri vuoden, ja etsin edelleen jotain, joka on todella huoltovapaa myös mutakuukausina. Ja alan huolestua siitä, kuinka paljon ketjun voiteluainetta päätyy ympäristöön. Olen kuullut, että jotkut pyöräilijät käyttävät biohajoavaa moottorisahan voiteluainetta, ja aion todennäköisesti kokeilla sitä.

Edullinen PCR-pohjainen mutageneesipakkaus

Thu, 26 Nov 2020 00:00:00 +0000

Jos DNA-konstruktia on tarpeen muokata, yksi yleisesti käytetty menetelmä on PCR-pohjainen mutageneesi, jossa mutaatio sijoitetaan kahden komplementaarisen alukkeen väliin. Vaihtoehtoisesti pidempien lisäysten kohdalla voidaan käyttää aluketunnistetta. Sitten amplifioidaan yksinkertaisesti koko konstruktio PCR:llä. Tämä toimii kohtuullisen hyvin konstruktioille, jotka ovat pienempiä kuin noin 10 kb. Tätä tarkoitusta varten on saatavilla useita kaupallisia sarjoja, jotka eroavat toisistaan yksityiskohdissa. Niistä mainittakoon Agilentin QuickChange-sarja ja NEB:n Q5 SDM -sarja NEB:ltä sekä Phusion Site-Directed Mutagenesis -sarja ThermoFisheriltä. QuikChange-pakkaus on kallein (myös siksi, että sen ostaa aina yhdessä kompetenttisolujen kanssa), ja NEB:n pakkaus on melko edullinen (minulle täällä Suomessa 168 €). Useimmat pakkaukset on mitoitettu 10 reaktiota varten. Mutta mitä teet, jos haluat tehdä vain yhden tai kaksi mutageneesireaktiota? Ostatko koko sarjan? Kohtasin tämän kysymyksen kaksi viikkoa sitten. Menin entsyymipakastimeemme ja huomasin, että meillä on T4-DNA-ligaasia, polynukleotidikinaasia (PNK) ja Phusion-polymeraasia. Siinä on kaikki, mitä tarvitset oman kohdennetun mutageneesipakkauksen tekemiseen!

Opetussessioiden Zoom-tallenteiden muokkaaminen FFmpegillä

Wed, 25 Nov 2020 00:00:00 +0000

Opiskelijapalautteen perusteella olemme järjestäneet uuden kurssin TRANSMED MSc -ohjelmaan biologisten lääkeaineiden kehityksestä. Se on kurssi, jonka saksaksi kutsutaan nimellä “Schnupperkurs”. En ole koskaan löytänyt tyydyttävää käännöstä tälle sanalle (tutustumiskurssi?). Se tarkoittaa, että haluamme vain herättää opiskelijoiden kiinnostuksen tätä aihetta kohtaan. Jos he pitävät siitä, he voivat osallistua johonkin monista syventävistä kursseista, joita tarjotaan esimerkiksi farmasian tiedekunnassa , jossa englanninkielinen opetus lisääntyy tulevina vuosina huomattavasti suunnitellun kansainvälisen farmasian MSc-ohjelman myötä.

GeneCellNano Flagship

Wed, 18 Nov 2020 00:00:00 +0000

GeneCellNano-ohjelma valittiin Suomen Akatemian lippulaivahankkeeksi. Lippulaivahankkeen tavoitteena on edistää tärkeiden sairauksien hoitoa kehittyneen bioteknologian avulla. Kohdesairauksiin kuuluvat iskeeminen sydänsairaus, tietyt syövät ja retinopatia. Hakemuksen vetäjinä toimivat Seppo Ylä-Herttuala Itä-Suomen yliopistosta ja Seppo Vainio Oulun yliopistosta. Näiden kahden yliopiston ryhmien lisäksi konsortioon kuuluu myös ryhmiä Aalto-yliopistosta (Olli Ikkala) ja Helsingin yliopistosta (Marjo Yliperttulan, Timo Laaksonen, Hélder A. Santosin, Tatu Lajusen ja oma ryhmäni).Linkki Suomen Akatemian lehdistötiedotteeseen: https://www.aka.fi/en/about-us/whats-new/press-releases/20202/academy-of-finland-selects-four-new-finnish-flagships/

Eksponentiaalinen kasvu

Wed, 11 Nov 2020 00:00:00 +0000

Keskustellessani ihmisten kanssa, jotka ovat aidosti huolissaan ihmiskunnan selviytymisestä, olen usein kuullut seuraavanlaisen ajatuksen: ”Tätä ei ole poliittisesti korrektia sanoa, mutta Covid-19-pandemia on parasta, mitä ympäristöagendalle on koskaan tapahtunut”. Jos SARS-CoV-2 olisi osoittautunut yhtä tarttuvaksi kuin tuhkarokko ja yhtä tappavaksi kuin Ebola, se olisi ollut epäinhimillinen ratkaisu ilmastonmuutoksen ongelmaan. Ennustan, että lähitulevaisuudessa militantti ympäristöaktivisti, jolla on erinomainen synteettisen biologian koulutus, kehittää tällaisen viruksen pelastaakseen maapallon. Jos tämä henkilö onnistuu tehtävässään, hän syrjäyttää Hitlerin pahuuden ruumiillistumana kaikille tuleville sukupolville. SARS-CoV-2 oli onnettomuus, mutta ehkä jo seuraava pandemia on todellakin ihmisen aiheuttama, jonkun hullun tahallaan aikaansaama. PCR:n, Gibson-sekvensoinnin ja CRISPR/Cas-tekniikan ansiosta kaikki työkalut ovat kaikkien tämän planeetan asukkaiden saatavilla. Eksponentiaalisen kasvun ymmärtävät kaikki, jotka eivät ole eläneet kivikolossa viimeisten yhdeksän kuukauden aikana. Kummallista kyllä, ainoat eksponentiaaliset funktiot, jotka tällä hetkellä näyttävät kiinnostavan, ovat viruksen leviämiseen liittyvät. Jokainen, jolla on perustiedot matematiikasta, tietää, että ilmaisu ”kasvu prosentteina vuodessa” tarkoittaa eksponentiaalista funktiota. Ja jokainen tiedemies tietää, että mikä tahansa eksponentiaalinen kasvu todellisessa maailmassa on pakko tasaantua jossain vaiheessa, koska kaikki resurssit ovat rajallisia. Siksi mikä tahansa talousmalli, joka edellyttää jatkuvaa talouskasvua järjestelmän ylläpitämiseksi, on pitkällä aikavälillä tuomittu epäonnistumaan. Kysymys ei ole SIITÄ, TAPAHTUUKO romahdus, vaan ainoastaan SIITÄ, MILLOIN se tapahtuu ja MITEN se tapahtuu. Luonnossa eksponentiaalinen kasvu tasaantuu eri tavoin: se voi hidastua asteittain lähestyen lineaarista kasvua ennen pysähtymistään. Mutta se voi myös pysähtyä lähes välittömästi ja palata lähtötasolle. Ensimmäinen vaihtoehto pätee esimerkiksi silloin, kun bakteerit kasvavat koeputkessa. Jälkimmäinen pätee esimerkiksi syöpäsolujen kasvuun elimistössä. Lue lisää: http://www.igbp.net/globalchange/greatacceleration.4.1b8ae20512db692f2a680001630.html

OCAA-kirjaston Entry-vektorin (pENTR221) DNA-sekvenssin kokoaminen

Fri, 30 Oct 2020 00:00:00 +0000

Tämä artikkeli on tarkoitettu molekyylikloonausta harjoittaville. Tarkemmin sanottuna niille, joiden on käsiteltävä Gateway-vektoreita. Oletetaan, että olet saanut joltakulta Gateway-kloonin. Tiedät insertin sekvenssin ja tiedät vektorin runko-osat. Yksi yleisimmistä runko-osista on pENTR221. Otetaan esimerkkinä insertiksi ihmisen CTSL1-cDNA, tarkemmin sanottuna klooni-ID 100010639 OCAA-kloonikokoelmasta. Tiedät insertin sekvenssin sen rekisteröintinumerosta (BC012612).Haluat tämän vektorin täydellisen DNA-sekvenssin, jotta voit käyttää älykästä kloonausohjelmistoa, kuten SnapGene , apuna kloonaussuunnittelussasi. Tämä ohjelmisto edellyttää kuitenkin, että sinulla on konstruktin täydellinen sekvenssi (tai ainakin sen tärkeiden osien täydellinen sekvenssi). Miten siis selvität pENTR221-CTSL1-kloonin täydellisen sekvenssin? Insertisekvenssin saat NCBI:stä : Kirjoita vain kloonillesi saatu rekisteröintinumero. Lataa sekvenssi Fasta- tai Genbank-muodossa. Mielenkiintoista kyllä, muuten niin älykäs SnapGene-ohjelmisto ei tunne pENTR221-vektoria. Joten sinun täytyy googlettaa vektorin runko ”pENTR221 DNA sequence”. Tuloksia löytyy paljon, ja tässä on vain neljä niistä: 1. http://dnasu.org/DNASU/GetVectorDetail.do?vectorid=2792 . https://plasmid.med.harvard.edu/PLASMID/GetVectorDetail.do?vectorid=279 3. https://www.genomics-online.com/vector-backbone/48/pentr221/4 . http://yrgene.com/documents/vector/pentr221.pdfMatthias , neljännen lähteen kirjoittaja, esittää sekvenssin PDF-tiedostossa, mitä ei suositella. Jos kopioit DNA-sekvenssin tästä tiedostosta, se sekoittuu kokonaan, koska PDF-tiedosto ei lue 10 nukleotidin ryhmittelyjä rivi riviltä. Hyvä Matthias, älä käytä PDF-tiedostoa DNA-sekvenssien jakeluun tai dokumentointiin! Jos sinun on pakko tehdä niin, liitä PDF-tiedostoon tekstitiedosto, jossa on nukleotidisekvenssi! Tietenkin voit purkaa DNA-sekvenssin oikeassa järjestyksessä älykkäällä PDF-työkalulla, kuten PDF Studio Prolla. Jostain outosta syystä kolmannen URL-osoitteen sekvenssi poikkeaa muista neljästä, sillä se on ainoa, jossa on täydelliset kiinnityskohdat (attL1 ja attL2). Ei kuitenkaan ole väliä, mitä sekvenssiä käytät kokoonpanossa, koska erot ovat kaikki alueella, joka poistetaan kokoonpanoprosessin aikana (en tiedä, miten pENTR221-vektori valmisteltiin kirjaston kloonausta varten tässä nimenomaisessa esimerkissäni, mutta minusta näyttää siltä, että alkuperäinen vektori avattiin yhdellä DraI-pilkkomisella (joka luo tasaiset päät) ja sitten lisättiin ensin linkkeri ja sen jälkeen insertti. Ehdotan, että käytät kolmannesta URL-osoitteesta löytyvää sekvenssiä (koska se on Fasta-muodossa) ja tuot sen SnapGeneen, jolloin SnapGene tunnistaa yhteiset piirteet. Nyt tarvitset vielä linkkerin. Mistä tiedät, mitä linkkeriä on käytetty? Saamme suurimman osan Gateway-klooneistamme sisäisestä OCAA-kloonikokoelman kopiosta, ja voit ladata täydellisen klooniluettelon Excel-taulukkona täältä . Tiedot sisältävät jokaisesta kloonista käytetyn linkkerin (5’-linkkereitä on 8 erilaista ja 3’-linkkereitä 16 erilaista). Valitettavasti näyttää siltä, että tässä Excel-taulukossa on joitakin virheitä, sillä joissakin linkkereissä on stop-kodoni, mutta ne on silti merkitty ”ilman stop-kodonia” ja päinvastoin. Esimerkkikloonissamme on käytetty seuraavia linkkereitä: 5’-linkkeri: GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATG 3’-linkkeri:TAGGACCCAGCTTTCTTGTACLähes kaikki 5’-linkkerit sisältävät Kozak-sekvenssin (CACC) viimeisinä nukleotideina ennen insertin alkua, ja muutamat sisältävät Kozakin lisäksi itse ATG:n (kuten yllä oleva). Linkkerin toisessa päässä homologisen sekvenssin tunnistaa helposti pENTR221-runko-osien attL1:n päästä (GTACAAAAAAG). 3’-linkkerit ovat heterogeenisempia, mutta ne kaikki sisältävät attL2:n CTTTCTTG-sekvenssin. Kun niitä käytetään stop-kodonin sisältävien kloonien tekemiseen, ne kaikki alkavat juuri kyseisellä stop-kodonilla (TAG, TGA tai TAA).Nyt sinun tarvitsee vain kopioida inserttijakson avoin lukukehys linkkerisekvenssien väliin. Jos 3’-linkkerissäsi on aloituskoodoni ATG, sinun on ohitettava se. Älä myöskään kopioi stop-koodonia, koska ”stop-koodonilla varustetuissa klooneissa” se sisältyy aina linkkeriin ja ”stop-koodonittomissa klooneissa” et halua sitä mukaan. Tässä esimerkissä tämä sekvenssi käsittää nukleotidit 202–1197 rekisteröintinumerosta BC012612 . Se olisi:AATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGNyt lisätään linkkeri (ensimmäinen ja viimeinen rivi):GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATGAATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGTAGGACCCAGCTTTCTTGTACNyt meillä on ensimmäinen ongelma: 3’-linkkerissä on pysäytyskodoni (heti viimeisen rivin alussa), vaikka klooni on saamamme tiedon mukaan ”ilman stop-kodonia”.Olemme sekvensoineet kloonin ja todenneet, että ainoa ero stopkodonilla varustetun ja ilman stopkodonia olevan kloonin välillä on mutaatio, joka muuttaa TAG-stopkodonin TTG-kodoniksi (leusiini). Joten vaihdamme yhden A-nukleotidin yllä olevassa sekvenssissä T-nukleotidiksi:GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATGAATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGTTGGACCCAGCTTTCTTGTACViimeinen vaihe on lisätä tämä sekvenssi tyhjään pENTR221-sekvenssiin, jonka olemme avanneet SnapGene-ohjelmassa. Käytännössä valitset 32 nukleotidia kohdista 652–687 ja korvaat ne yllä olevalla sekvenssillä. Voilà! Valitettavasti se, että linkkereitä ei aina ole merkitty oikein, herättää minussa huonoa aavistusta. Oman kokemuksemme mukaan Orfeomen kirjastokopiot sisältävät kuitenkin niin paljon virheitä, että on joka tapauksessa suositeltavaa sekvensoida koko insertti käyttämällä T7- tai M13 rev -alukkeita 3’-päästä ja M13 fwd -aluketta 5’-päästä. Tällä tavoin saat selville mahdolliset linkkerivirheet, joita on tehty kloonien annotoinnissa.

Tieteen takia Suomeen?

Mon, 26 Oct 2020 00:00:00 +0000

Kun miettii ulkomaille lähtemistä opiskelemaan tai tekemään tiedettä, mieleen tulevat yleensä angloamerikkalaiset maat. Vaikka Yhdysvallat ja Englanti ovat edelleen erittäin houkuttelevia kohteita, niiden vetovoima on hieman heikentynyt. Euroopassa pysyminen ei ole enää umpikuja tieteelliselle uralle. Suomi ei todellakaan ole listan kärjessä, kun tarkastellaan mahdollisia eurooppalaisia kohteita. Erityisesti opiskelijoiden keskuudessa Suomi on kuitenkin saanut maineen sisäpiirin vinkkinä ulkomaanvaihtokohteeksi. Näistä saksalaiset opiskelijat muodostavat suurimman ryhmän, jota seuraavat ranskalaiset, espanjalaiset, hollantilaiset ja italialaiset opiskelijat. Suurin osa heistä saapuu Euroopan unionin tukeman Erasmus-vaihto-ohjelman kautta. Kirjoitin äskettäin vierasblogin Claudia’s Helsinki -sivustolle tieteentekijänä Suomeen tulemisesta. Blogikirjoitus on saksankielinen, mutta sen ydin voidaan tiivistää yhteen lauseeseen: on useita tieteenaloja, joilla Suomessa tehdään maailmanluokan tutkimusta. Suomalaiset yliopistot tarjoavat yhä enemmän kansainvälisiä koulutusohjelmia (pääasiassa maisteri- ja tohtoriohjelmia). Näissä koulutusohjelmissa peritään lukukausimaksu, mutta jos olet kotoisin EU-maasta (tai hakemuksesi perustana oleva tutkinto on suoritettu EU-maassa), olet vapautettu lukukausimaksusta. Katso, mitä maisteri- ja tohtoriohjelmia Helsingin yliopistossa tarjotaan: https://www.helsinki.fi/en/admissions/explore-our-international-masters-programmeshttps://www.helsinki.fi/en/research/doctoral-education/doctoral-schools-and-programmes

Grub2

Mon, 19 Oct 2020 00:00:00 +0000

Grub2 on ollut Ubuntun oletuskäynnistyslataaja jo yli 10 vuoden ajan. Sen asetustiedosto on nykyään /boot/grub/grub.cfg, mutta Grub-käynnistysvalikkoa muokatessasi ET SAA muokata tiedostoa /boot/grub/grub.cfg. Sen sijaan sinun on lisättävä omat merkinnät tiedostoon /etc/grub.d/40_custom. Joitakin yleisiä asetuksia määritetään myös tiedostossa /etc/default/grub sekä kaikissa /etc/default/grub.d/ -kansion alla olevissa tiedostoissa.

Puhtaalla sydämellä

Mon, 19 Oct 2020 00:00:00 +0000

Tiszta szívvel

Nincsen apám, se anyám,
se istenem, se hazám,
se bölcsőm, se szemfedőm,
se csókom, se szeretőm.

Harmadnapja nem eszek,
se sokat, se keveset.
Húsz esztendőm hatalom,
húsz esztendőm eladom.

Hogyha nem kell senkinek,
hát az ördög veszi meg.
Tiszta szívvel betörök,
ha kell, embert is ölök.

Elfognak és felkötnek,
áldott földdel elfödnek
s halált hozó fű terem
gyönyörűszép szívemen.

József Attila; 1925, maaliskuu (odottaa käännöstä)

Én fekszem itt

Sun, 18 Oct 2020 00:00:00 +0000

Én fekszem itt

Én fekszem itt a kihűlt földön:
eleven kincse még a nyárnak,
vétkek s rossz jelek rohamozva
édes húsomra idejárnak.

Igazán s végleg téged várlak,
érdes tüllben gyere lassúdan,
horzsolj végig s hagyj itt örökre
izzó kikerics-koszorúban.

Nagy László (odottaa käännöstä)

Syyskuun lopulla

Sun, 18 Oct 2020 00:00:00 +0000

Syyskuun lopulla

Viel’ aukeevat laaksossa kukkaset tarhain,
on vihreä kartanokoivumme tuo.
Mut tuolla, kas, talven on valta jo varhain,
jo lunta se kukkulan otsalle luo.
On rintani nuor’, elon kaikk’ kevät-armaus
on siell’, elon säihkyvä, täys suvisää,
mut tukkahan tummaan, kas, hiipii jo harmaus,
loi hyyrrettä päähän jo talvi ja jää.

Oi tullos, oi istuos sylihin, kulta ...
vie kukkasen syys, elon kuolema vie!
Pääs rintaani nojaa, mun hautani multa
sen nojana huomenna eikö jo lie?
Jos kuolen ma ennen, oi, peitätkö silloin
mun silmäni liinoin sa kyynelisin?
Vuoks oisitko lempijän nuoren sa milloin
mun jättävä nimeni, muistonikin?

Pois leskeyshuntusi kerran jos joutaa,
se hautani tummaksi lipuksi tuo.
Kun yösydän maill’ on, sen tahdon ma noutaa
ja vaipua taas manan varjojen luo,
pois kyynelet pyyhin, jotk’ uhkua saavat,
kun helposti unhotit uskollisen,
ja sitelen sillä sen sydämen haavat,
min lempi on sielläkin ainahinen.

Sándor Petőfi; Koltó, 1847 (Suomentanut: Otto Manninen)

Lääketieteellinen tutkimus Suomessa

Sun, 11 Oct 2020 00:00:00 +0000

Tutkijaksi Suomeen? Miksi ei? Helsingin yliopistossa on runsaasti saksankielisistä maista kotoisin olevia professoreita. Ulkomaalaisten tutkijoiden osuuden kasvattaminen on kaikkien suomalaisten yliopistojen nimenomainen tavoite.Akateemisen tutkimuksen laadun osalta Suomi sijoittuu hyvälle keskitasolle Euroopassa. Vain yksi Suomen kymmenestä yliopistosta on päässyt maailman 100 parhaan yliopiston joukkoon: Helsingin yliopisto (74. sija Shanghai-rankingissa 2020 ). Sen sijaan neljä saksalaista yliopistoa on päässyt muutoin angloamerikkalaisten hallitsemalle listalle (Münchenin Ludwig-Maximilians-yliopisto, Münchenin teknillinen yliopisto, Heidelbergin yliopisto ja Bonnin yliopisto sijoilla 51, 54, 57 ja 87). On kuitenkin syytä huomata, että nämä rankingit muodostavat keskiarvon yliopiston kaikista tutkimusaloista.

Yliopistopedagogiikka (UP2.2, 2019): Oppimisen arviointi ja palautteen antaminen

Fri, 02 Oct 2020 00:00:00 +0000

Opettajaksi valmistuminen SuomessaYliopistopedagogiikan (UP) 60 op:n moduulin tutkintovaatimukset koostuvat 25 op:n perusopintoista ja 35 op:n syventävistä opinnoista. Vaikka UP keskittyy yliopisto-opetukseen, suoritettu moduuli antaa pätevyyden myös kouluopetukseen. Helsingin yliopiston pedagogiikkakeskus järjestää perusopintomoduulin (25 ECTS-opintopistettä) kurssit englanniksi. Jos kuitenkin haluat suorittaa koko moduulin, joudut suorittamaan kursseja, joita tarjotaan vain suomeksi tai ruotsiksi. Tämä tarkoittaa, että et voi tulla päteväksi opettajaksi ilman suomen tai ruotsin kielen taitoa. En tiedä, onko suomenkieleni tällä hetkellä riittävän hyvää siihen. Toistaiseksi pysyn englanninkielisissä kursseissa.**Yliopistopedagogiikka 2.2 (2019)**Syksyllä 2019 suoritin kurssin UP2.2 (ilman että olisin suorittanut ensin kurssia UP2.1). Meillä oli erittäin mukava opettaja (Jokke Häsä), mutta en vieläkään ymmärrä, miksi hän siirtyi matematiikan parista pedagogiikan opettamiseen. Se on varmasti pedagogiikan kannalta voitto, sillä hän ymmärtää tilastotiedettä, ja meillä oli mielenkiintoista keskustelua lukemamme Johnstonin ja Milesin artikkelin tilastoista. Artikkeli on liitetty myös tähän viestiin, ja siinä esitetty kuvaus heidän tilastollisista menetelmistään jättää paljon tulkinnanvaraa. Lähetin itse asiassa sähköpostia artikkelin ensimmäiselle kirjoittajalle, mutta hän oli juuri jäänyt eläkkeelle muutama kuukausi sitten. Vaikka en saanut toimitusvirheilmoitusta, hän ei ehkä enää kokenut tarpeelliseksi vastata.SokkolentoMinulle yksi suurimmista ongelmista oli se, että minulla ei ollut mitään vertailukohtaa, kun valmistelin tehtäviäni. Kun kirjoitan artikkeleita lehtiin, minulla on tuhansia esimerkkejä, joita voin tutkia ja joihin voin verrata omaa työtäni. Joten päätin kurssin aikana, että julkaisisin kaikki tehtäväni. Noloja hetkiä myöten. Mutta ehkä joillakin tulevilla UP2.2-kurssin osallistujilla on jotain, mihin verrata. Eräänlainen esimerkki. Ei täydellinen, mutta kelvollinen. Julkaisen vain omia tehtäviäni.**Kaikki tehtäväni ovat saatavilla CC0-lisenssillä (= ilman ehtoja)**Kaikki tämä materiaali on jaettu CC0 -lisenssillä: Käytä sitä miten haluat, minua ei tarvitse mainita. Ainoa puuttuva asia täällä on ryhmätehtävä, koska siihen tarvitsisin kaikkien suostumuksen, mitä ei tule tapahtumaan. Minun olisi pitänyt tehdä tämä 9 kuukautta sitten, mutta unohdin sen yksinkertaisesti. Muita asioita oli vain liikaa meneillään.Pärjäsin kurssilla ihan hyvin, mutta en vieläkään tiedä mitäänMinkä arvosanan sain? Ryhmätyömme sai arvosanan 5 (asteikolla 1–5, jossa 5 on paras arvosana) ja omat työni arvosanan 4. Kiitos kaikille Carbonara-tiimin mahtaville jäsenille! Kurssin kokonaisarvosanaksi tuli keskiarvona 5. Jostain oudosta syystä Moodle-kurssisivulla näkyy edelleen, että olen suorittanut vain 66 % kurssitehtävistä, mutta WebOodissa näkyy, että sain opintopisteet. Siinäpä se IT-järjestelmien ihmeellisyys…

Michael Jeltschin Wikimedia, Wikipedia ja ResearchGate -julkaisut

Tue, 29 Sep 2020 00:00:00 +0000

Osallistumalla Wikimediaan ja Wikipediaan voin tutkijana tuoda luotettavaa tietoa yhteiskunnan ulottuville ja vahvistaa tieteen ja suuren yleisön välistä yhteyttä. Mutta miksi kirjoittaisin ResearchGateen , joka tunnetaan myös nimellä ”tutkijoiden Facebook”? Alusta lähtien tutkijat ovat spekuloineet ResearchGate-projektin perustamisen taustalla olevista piilomotiiveista, varsinkin kun kyseessä on riskipääomalla rahoitettu, voittoa tavoitteleva yritys, joka on kerännyt kymmeniä miljoonia dollareita sijoittajilta, kuten Bill Gatesilta, Goldman Sachsilta, Peter Thielin Founders Fundilta ja Benchmarkilta. Sijoittajat eivät sijoita tuollaisia summia odottamatta tuottoa tulevaisuudessa. ResearchGate on varmasti kätevä paikka jakaa, etsiä ja pyytää artikkeleita, jotka eivät ole avoimesti saatavilla. Käytän palvelua pääasiassa juuri tähän tarkoitukseen.

Nudossi, mikä muu?

Sun, 13 Sep 2020 00:00:00 +0000

En tiedä tarkalleen, milloin Nutella ilmestyi Suomen supermarkettien hyllyille. Vuonna 1989, kun työskentelin ensimmäistä kertaa Suomessa Rajamäen kalkkitiilitehtaalla (Rajamäen kalkkitiilitehdas), täällä ei ollut vielä Nutellaa, Nudossia eikä Nussplia . Kahden pääainesosan (sokerin ja palmuöljyn) perusteella voi kuitenkin olettaa, että jokainen Nutella-purkki pienentää selviytymismahdollisuuksiani ensimmäisen sydänkohtauksen sattuessa. Saksassa on hieman kalliimpi, mutta huomattavasti parempi tuote: Nudossi. Se on kuin Nutella, mutta vaivaisien 13 prosentin pähkinäpitoisuuden sijaan Nudossi sisältää 36 prosenttia hasselpähkinöitä. Vaikka olin päättänyt vähentää Amazon-tilauksiani (katso täältä miksi: https://www.newyorker.com/magazine/2019/10/21/is-amazon-unstoppable) , tilasin koronakevään aikana suuren (1 kg) Nudossi-ämpärin. Kun kuitenkin kesällä klikkasin ”Tilaa uudelleen” -painiketta, ruudulle ilmestyi välittömästi seuraava virheilmoitus: ”Tätä tuotetta ei voi toimittaa valittuun osoitteeseen. Voit joko muuttaa toimitusosoitetta tai poistaa tuotteen tilauksestasi”. Niche-tuotteiden osalta Amazon voi olla pelastus, koska tällaiset tuotteet eivät muuten koskaan saavuttaisi Suomen kaltaista syrjäistä markkinaa. Siitä huolimatta Amazonin päätavoitteena on tietysti tuottaa voittoa, ei tehdä asiakkaita onnellisiksi. Onneksi nämä kaksi tavoitetta kulkevat usein, vaikkakaan eivät aina, käsi kädessä. Tämä ei kuitenkaan ollut ensimmäinen kerta, kun pystyin tilaamaan Amazon-tuotteen vain kerran ja jouduin toisella yrityksellä huomaamaan, että Suomi oli poistettu mahdollisten toimituskohteiden luettelosta. Minusta tuntuu, että tämän ilmiön takana on ilkeämielinen tekoäly. Mitä tein? Tilasin tuotteen suoraan Vadossin tehtaalta ( https://www.vadossi.de/shop/kategorien/nudossi/ ). Vaikka tehtaan verkkokaupassa ei nimenomaisesti mainittu toimitusta kansainvälisiin kohteisiin, minulla ei ollut ongelmia sopia asiasta sähköpostitse. Lisäksi lopullinen hinta oli huomattavasti alhaisempi kuin se, mitä olisin maksanut Amazon.de:ssä. Tiedän, että Amazon suunnittelee ruotsalaista (Amazon.se) sivustoaan palvelemaan Skandinavian markkinoita. Myös Suomessa Amazon on jo ostanut varaston ( https://translate.google.com/translate?sl=fi&tl=en&u=https%3A%2F%2Fwww.hs.fi%2Ftalous%2Fart-2000006611380.html ). Mutta pahantahtoisen tekoälyn vuoksi minun pitäisi luultavasti edelleen minimoida tilausteni määrä.

Proteiinipohjaisten lääkkeiden tutkimus ja kehitys

Wed, 09 Sep 2020 00:00:00 +0000

Eilen pidin ensimmäisen Zoom-luennon proteiinilääkkeiden tutkimuksesta ja kehittämisestä. Toivon, että opiskelijat saivat siitä ainakin jotain irti. Tavoitteenani on julkaista koko esitys CC-lisenssillä, mutta muutama kuva on vielä vaihdettava. Ensimmäinen yritys on harvoin täydellinen, ja meilläkin oli osansa teknisistä ongelmista. Kuulokkeeni pettivät ensimmäistä kertaa sen jälkeen, kun ostin ne Covid-19-pandemian alussa. Lisäksi Zoom-äänestystoiminto katosi ennen kuin opiskelijat ehtivät käyttää sitä, emmekä saaneet sitä enää toimimaan. Tässä on linkki reaaliaikaiseen Google Slides -esitykseen: https://mjlab.fi/pddd . Nämä muuttuvat jatkuvasti (= parantuvat). Alla on PDF-kuvakaappaus esityksestä varsinaiselta luentopäivältä. Koko esitys on CC-lisensoitu. Voit siis vapaasti käyttää sitä uudelleen. Kaikki lähdetiedostot (pääosin Inkscape SVG -muodossa) ovat saatavilla myös täältä: https://mjlab.fi/pddd-files . Olen tehnyt kaikki SVG-tiedostot Inkscapessa , mutta voit avata ne myös millä tahansa selaimella tai muokata niitä Adobe Illustratorissa. Jos haluat muokata tai poimia kuvia, helpoin tapa on ehkä ladata esitys Microsoft PowerPoint-, LibreOffice Impress- tai PDF-muodossa. En ole vielä keksinyt, miten voisin jakaa Google Slides -esityksen ilman, että alkuperäinen tiedosto muuttuu kaikkien muokattavaksi (haluanhan säilyttää jonkin verran hallintaa luentojeni sisällöstä).Huomaa, että tällä hetkellä esitys sisältää edelleen kahdeksan kuvaa, jotka perustuvat Fair Use -periaatteeseen tai joiden lisenssiehdot ovat tuntemattomat (vaikka oikeudellista fair use -käsitettä ei oikeastaan ole olemassa Yhdysvaltojen ulkopuolella). Kaikki kuvien lähteet (omia kuviani lukuun ottamatta) on lueteltu README.txt-tiedostossa niiden lisenssien ja lähde-URL-osoitteiden kera. Jotkut kuvat ovat niin vanhoja, etten enää löytänyt niiden alkuperäisiä URL-osoitteita. Siksi en ole varma niiden lisenssiehdoista. Aion korvata nämä kuvat seuraavien viikkojen aikana, kunhan onnistun hankkimaan CC-lisensoituja tai julkisen omaisuuden kuvia niiden tilalle.

Kaikkien aktiivisten internetyhteyksien luettelo Linuxissa

Wed, 02 Sep 2020 00:00:00 +0000

netstat -natp

Ei kuitenkaan ole aina helppoa selvittää, mikä ohjelma yhteydestä tosiasiassa vastaa. Esimerkiksi Brave-selaimeni näkyy nimellä

8219/renderD129 --c

Jos haluat selvittää, mikä sovellus renderD129 on, voit käyttää seuraavaa komentoa:

Duodecim-lehdessä julkaistu katsaus: Imusuonet ja silmä

Fri, 28 Aug 2020 00:00:00 +0000

Englanti on ylivoimaisesti tärkein kieli tieteen alalla. Toisinaan on kuitenkin tarvetta kohdistaa viestintä muille kohderyhmille kuin akateemisille tutkijoille. Suomessa kahden viikon välein ilmestyvä Duodecim on luultavasti se lääketieteellinen lehti, jolla on suurin tavoittavuus kotimaisten lääketieteen ammattilaisten keskuudessa. Siksi syntyi ajatus suomenkielisestä katsauksesta. Tarkastelemme kolmesta eri näkökulmasta (Sirpa Loukovaaran, Kaisa Lehden ja Michael Jeltschin laboratorioista käsin) proliferatiivista diabeettista retinopatiaa (PDR), joka on silmäkomplikaatio, joka kehittyy hitaasti vuosikymmenien kuluessa diabeetikoilla ja joka on edelleen merkittävä sokeuden syy. PDR:n hoito on usein vähemmän onnistunutta kuin se potentiaalisesti voisi olla. Tärkeää on, että esittelemme myös PDR-tutkimuksen edistysaskeleita, joista saattaa syntyä uusia ideoita nykyisten hoitokäytäntöjen parantamiseksi. Katsauksen alkuperäinen suomenkielinen versio on juuri julkaistu verkossa: https://www.duodecimlehti.fi/lehti/2020/16/duo15739 . Englanninkielinen käännös on saatavilla Zenodosta: https://doi.org/10.5281/zenodo.4005517 .

VEGF-C suojaa verisolujen tuotantoa

Fri, 28 Aug 2020 00:00:00 +0000

Vaskulaarinen endoteelinen kasvutekijä-C (VEGF-C) on alun perin kuvattu imukudoksen ensisijaiseksi kasvutekijäksi. Ei olekaan yllättävää, että molempien VEGF-C-geenin alleelien pysyvä inaktivointi hiirillä on tappavaa. Vuosien mittaan tutkijat ovat kuitenkin löytäneet VEGF-C:lle uusia toimintoja. Vuonna 2016 osoitettiin, että VEGF-C on välttämätön punasolujen tuotannolle (erytropoieesille) sikiön maksassa. Alkionkehityksen aikana punasolujen tuotantopaikka siirtyy kahdesti: ensin keltarauhasta maksaan (ihmisillä 3. ja 4. kuukauden välillä) ja sitten, kolme kuukautta myöhemmin, maksasta luuytimeen, jossa se pysyy loppuelämän ajan. Vegfc-geeni osoittautui välttämättömäksi primitiivisten erytroblastien mobilisoinnille, kypsymiselle ja ytimen irtoamiselle. Kun Vegfc poistettiin alkionkehityksen 7,5. päivänä (E7.5), erytro-myeloidisten esisolujen siirtyminen maksaan sekä makrofagien ja erytroidisolujen lisääntyminen olivat puutteellisia ( https://doi.org/10.1182/blood-2015-12-687970 ).Osa, mutta ei koko vaikutuksesta johtui hematopoieettisten solujen itsensä tuottamasta VEGF-C:stä, mikä ei ole yllättävää, sillä useiden verisolujen tiedetään tuottavan tai sisältävän VEGF-C:tä (esim. makrofagit, verihiutaleet). Vuoden 2016 artikkelissa aikuisten hematopoieesin ei havaittu muuttuneen, kun VEGF-C poistettiin 8 viikon ikäisiltä hiiriltä. Myöskään silloin, kun erytropoieesia lisättiin fenyylihydratsiinin (PHZ) aiheuttamalla anemialla tai kun luuytimen hematopoieesia estettiin fluorourasiililla (5-FU), ei havaittu merkittäviä muutoksia. Uudessa artikkelissa osoitamme kuitenkin, että VEGF-C:llä on tärkeä rooli luuytimen toipumisessa säteilyvaurioista ja että se pystyy myös suojaamaan luuytimen ennakoivasti, kun sitä annetaan ennen säteilyvaurion syntymistä. Vaikutus johtui osittain luuytimen endoteelisoluista ja LepR+-stromasoluista, jotka tuottivat VEGF-C:n stimuloimana tekijöitä, jotka edistävät hematopoieettisten kantasolujen uudistumista ( https://doi.org/10.1182/blood.2020005699 ). Vaikutus LepR+-soluille oli kuitenkin todennäköisesti epäsuora, sillä ne eivät ilmentä VEGF-C:n reseptoreita. Kun otetaan huomioon, että aiemmat tiedot osoittavat VEGFR-2:n ilmentymistä hematopoieettisissa kantasoluissa ( https://doi.org/10.1038/nature00821 ) sekä lintujen VEGFR-2:n ja -3:n ilmentymistä endoteeli- ja hematopoieettisen erilaistumisen aikana ( https://www.pnas.org/content/94/10/5141 ja http://dev.biologists.org/content/125/4/743 ), VEGF-C:n suoraa vaikutusta ei mielestäni voida sulkea pois, vaikka sitä ei analysoitukaan.

Apache-välityspalvelin

Fri, 31 Jul 2020 00:00:00 +0000

Joka tapauksessa: Mikä on eteenpäin välittävä välityspalvelin (ja mikä on muuten käänteinen välityspalvelin)? Jos välityspalvelin on eteenpäin välittävä, palvelin luulee välityspalvelinta asiakkaaksi. Jos välityspalvelin on käänteinen, asiakas luulee välityspalvelinta palvelimeksi.

Ihmisen ja naudan metaanituotanto

Sun, 19 Jul 2020 00:00:00 +0000

Vähän aikaa sitten eräs ystäväni väitti, että hänen kohdallaan siirtyminen lihattomaan ruokavalioon ei vaikuttaisi merkittävästi ilmaston lämpenemiseen. Kun osa ihmisistä korvaa eläinperäiset proteiininlähteet kasviperäisillä, he alkavat piereskellä paljon enemmän, mikä kumoaa karjan kasvihuonekaasupäästöjen vähenemisen tuomat hyödyt.En tiennyt, oliko tuossa väitteessä mitään perää, mutta lopulta tein karkean laskelman. Jopa kaikkein suotuisimmissa olosuhteissa tämä väite kaatuu, koska ihmisten ja lehmien kasvihuonekaasupäästöt ovat valtavan erilaiset. Yksinkertaisuuden vuoksi tarkastelin vain metaania, sillä se on tässä yhteydessä paljon merkittävämpi kuin hiilidioksidi. Näyttää siltä, että kuitupitoisella ruokavaliolla ihmiset tuottavat noin 10 mg metaania päivässä ( http://dx.doi.org/10.1136/gut.32.6.665) , kun taas ruoholla ruokitut lehmät tuottavat noin 250 g ( http://www.fao.org/3/a0701e/a0701e00.htm , https://blogs.agu.org/geospace/2019/01/09/scientists-breathalyze-cows-to-measure-methane-emissions/) . Lehmä tuottaa 25 tuhatta kertaa enemmän metaania kuin ihminen. Vaikka oletettaisiin, että lihansyöjä ei tuota lainkaan metaania ja että hän syö elinaikanaan vain yhden lehmän verran lihaa, argumentti jää silti lähes 1 000-kertaisesti vajaaksi (lehmän elinikä: 2 vuotta, ihmisen elinikä: 80 vuotta).Oletus, että lihansyöjä syö elinaikanaan vain yhden lehmän verran lihaa, on kuitenkin erittäin optimistinen. Todellisuudessa tämä on erittäin epätodennäköistä, sillä yhdestä lehmästä saadaan esimerkiksi vain 5 sirloin-pihviä, mutta 85 paunaa jauhelihaa. Lehmä painaa teurastettaessa noin 450 kg, josta käyttökelpoista lihaa on tuskin 200 kg. Jos tämä määrä käytetään tyydyttämään keskimääräisen ihmisen lihanhimoa (80 vuotta, 70 kg lihan kulutusta vuodessa, https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_countries_by_meat_consumption) , se tarkoittaa 30 lehmää elinaikana, jos kaikki liha on peräisin lehmistä. Siksi oletus, että yhden elinaikana tarvitaan yksi lehmä, on liian optimistinen jopa ihmisille, joiden lihan kulutus on vähäistä. Toinen mielenkiintoinen seikka, jota en tiennyt, oli se, että vapaasti laiduntavat lehmät tuottavat kolme kertaa enemmän metaania kuin lihatehtaissa maissilla ruokitut lehmät. Siinäpä se ”luomuliha”.

Rasva voi tukkia verisuonisi, mutta myös keittiön pesualtaan viemärin

Sun, 19 Jul 2020 00:00:00 +0000

Työni liittyy ihmiskehon viemärijärjestelmään: imusuonistoon . Viime viikolla jouduin puuttumaan keittiön tiskialtaan viemärijärjestelmään. Ja kas, aivan kuten ihmiskehon verisuonistossa , rasvalla näytti olevan osansa keittiön tiskialtaan viemäriputken tukkeutumisessa. Veden virtaus oli hidastunut viime viikkojen aikana yhä enemmän, ja lopulta putki oli täysin tukossa. Ensin puhdistin – kuten tavallista – U-mutkan, mutta se oli yllättävän puhdas. Sitten ajattelin, että ylivuotoputki saattoi olla syyllinen. Se olikin todellakin täysin tukossa. Sen voi helposti irrottaa kokonaan puhdistusta varten: tarvitsee vain löysätä ruuvia, jolla se on kiinnitetty pesualtaan reunaan; toisessa päässä se ei ole edes kiinnitetty pääviemäriin letkukiinnikkeellä, vaan sen voi vain vetää irti. Tukoksen aiheuttanut hyytymä oli ällöttävä, mutta sen puhdistaminen ei parantanut tilannetta lainkaan. Sitten avasin putket aivan alhaalta, mistä ne lähtevät asunnosta, ja puhdistin ne 2 metriä pitkällä viemärinpuhdistusharjalla, mutta en havainnut mitään tukosta eikä sekään auttanut. Oli kuitenkin selvää, että tukos oli putken loppupäässä, sillä kun kaadoin vettä putkiin, se täytti putken nopeasti yläreunaan asti ja vedenpinta laski vain hyvin hitaasti. Sitten muistin sen 130 tonnin rasvamassan, joka tukki Lontoon pääviemärin muutama vuosi sitten ( https://www.theguardian.com/environment/12.9.2017/total-monster-concrete-fatberg-blocks-london-sewage-system ), ja ehkä syynä oli juuri tällainen rasvamöykky. Rasvan liuottamiseksi päätin kaataa nopeasti paljon kuumaa vettä (ei kiehuvaa, mutta kuuminta, mitä lämminvesijärjestelmämme pystyi tuottamaan, eli 54 °C) viemäriin (ehkä noin 100 litraa). Tämän toimenpiteen ansiosta tukos hävisi välittömästi ja kokonaan.

Jätteiden kehitys

Wed, 08 Jul 2020 00:00:00 +0000

Kertakäyttöiset kahvikupit ovat jo kauan sitten ohittaneet juomatölkit ja -pullot ajattelemattomassa roskaamiskilpailussa. Tämä pätee ainakin Suomeen ja niihin harvoihin muihin EU-maihin, jotka ovat onnistuneet luomaan jonkin verran järkevän tölkkien ja pullojen palautusjärjestelmän. Käytetyt kasvomaskit ovat kuitenkin nousemassa kahvikuppien vahvaksi kilpailijaksi COVID-19:n vuoksi.

Tohtori Sawan K. Jha: VEGF-C:n aktivoitumisen mekanismi […]

Mon, 01 Jun 2020 00:00:00 +0000

Ensimmäinen tohtoriopiskelijani puolusti menestyksekkäästi väitöskirjaansa aiheesta VEGF-C:n aktivoitumismekanismi ja vaikutus imusuonten kasvuun ja uudistumiseen . COVID-19-tilanteen vuoksi järjestimme tilaisuuden etäyhteydellä ja käytimme Zoom-videoneuvotteluohjelmistoa. Vastaväittäjänä toimi professori Jonathan Sleeman Heidelbergin yliopistosta. Sekä vastaaja että vastapuoli suoriutuivat tehtävästään loistavasti, ja keskustelu toi esiin useita uusia suuntia tulevalle tutkimukselle, joita en ollut aiemmin tullut ajatelleeksi. VEGF-C on monimutkainen proteiini, ja olen varma, että se tarjoaa vielä yllätyksiä ahkeralle tutkijalle. Valitettavasti tilaisuudessa ei järjestetty vastaanottoa, illallista eikä karonkkaa (illallisen jälkeistä valmistujaisjuhlaa), mutta aiomme järjestää juhlat myöhemmin tänä vuonna, kun COVID-19-tilanne sen sallii!

Tiedostojen laskeminen (luettelo ja sanamäärä, ls & wc)

Wed, 29 Apr 2020 00:00:00 +0000

Miten lasketaan hakemistossa olevien tiedostojen määrä? Tehtävästä tulee hankala, jos hakemistossa on tuhansia tiedostoja. Tiedostonhallintaohjelma ei pysty laskemaan niitä, varsinkin jos tiedostot eivät ole paikallisia. Linuxin komentorivillä tämä tehtävä sujuu nopeasti ja helposti: ls | wc. ls listaa tiedostot yksi riviä kohden ja wc palauttaa kolme lukua: rivien, sanojen ja tavujen määrän. Tiedostojen laskemisen esimerkissä rivien ja sanojen määrä on sama ja vastaa hakemistossa olevien tiedostojen lukumäärää. Laskeaksesi kaikki tiedostot rekursiivisesti hakemistopuussa “backcheck”: find backcheck/ -type f | wc -l

Tulevaisuuden varalle varautuminen

Mon, 13 Apr 2020 00:00:00 +0000

Aiheuttaako Covid-19-pandemia muutakin kuin vain väliaikaisia muutoksia siihen, miten yhteiskuntamme varautuvat tulevaisuuteen? Varmistammeko, että talouksiemme organisointi, teollisuuden toimitusketjut, julkinen terveydenhuolto, matkustustottumuksemme ja kulutustottumuksemme ovat tulevaisuuden vaatimusten mukaisia? Jos historiasta on mitään opittavaa, pelkään, ettei tästä kriisistä opita paljoakaan. Todennäköisesti hallituksemme varmistavat, että meillä on tarpeeksi kasvomaskeja ja parempi infrastruktuuri uusien virustestien käyttöönottoon tulevia virusepidemioita varten. Virologit ja epidemiologit ovat kehottaneet varautumaan pandemiaan, mutta menestys on ollut vähäisempää kuin toivoisimme. Espanjantautia lähtien on ollut selvää, että globaalisti verkottuneessa maailmassa viruspandemiat ovat väistämättömiä. Kysymys ei ole koskaan ollut siitä, tapahtuuko seuraava pandemia, vaan ainoastaan siitä, milloin se tapahtuu. Varoitusmerkkejä on ollut riittävästi: SARS, MERS, ebola ja sikainfluenssa, vain muutamia mainitakseni. Muut asiantuntijat ovat varoittaneet ja varoittavat edelleen, että on varauduttava myös muunlaisiin globaaleihin kriiseihin. Kuten viruspandemian kohdalla, kysymys ei ole siitä, tapahtuuko seuraava suuri asteroiditörmäys tai CME ( koronamassapurkaus ), vaan ainoastaan siitä, milloin se tapahtuu. Kuten Covid-19:n kohdalla, saimme runsaasti varoitusmerkkejä molemmista: Tunguskan tapahtuma , Tšeljabinskin meteoriitti , Carringtonin tapahtuma ja vuoden 2012 aurinkomyrsky , mainitakseni vain tunnetuimmat. Tästä huolimatta emme ole valmistautuneet tällaisiin katastrofeihin, ja pelkään, että hallitukset eivät näe yhtäläisyyksiä Covid-19-epidemian ja auringon magneettisen purkauksen välillä. Valitettavasti tähtitieteelliset ilmiöt voivat olla suuruusluokaltaan moninkertaisesti pahempia kuin mikään pandemia.

Jäähdytetyn sentrifugimme korjaus

Tue, 17 Mar 2020 00:00:00 +0000

Jäähdytetyt pöytämalliset sentrifugit ovat melko kalliita. Vaikka mallia ei enää valmisteta, kunnostettu Eppendorf 5415R (malli, jota käytämme) maksaa edelleen 1–2K dollaria. Toinen kahdesta Eppendorf 5415R -sentrifugistamme rikkoutui jo yli vuosi sitten, ja siitä lähtien olemme joko sentrifugoineet kylmähuoneessa tai käyttäneet naapurilaboratorion kylmäkaappia. Mutta kun meillä oli kaksi rikkoutunutta saman tyyppistä sentrifugia, joilla oli kuitenkin erilaiset vikailmiöt, oli pakko koota yksi toimiva laite niiden jäännöksistä. Toisen sentrifugin roottori oli juuttunut (sitä ei voinut kääntää edes käsin), ja toinen sentrifugi syöksi kipinöitä ja savua käynnistyessään. Olin lykännyt tätä korjausta, koska ajattelin sen vievän paljon aikaa. Kun kuitenkin avasin ensimmäisen sentrifugin, pystyin heti tunnistamaan osan, jonka minun piti siirtää toisesta sentrifugista. Koko korjaus kesti alle tunnin. Jäähdytyspuhaltimen vieressä oli palanut vastus, joka oli helppo vaihtaa toisesta sentrifugista otettuun osaan. Kuvassa vasemmalla roottorin edessä näkyy rikkoutunut messinkivärinen vastus (CGS HSA50 -vastus, saatavilla Amazonista hintaan 13 dollaria). Molempien sentrifugien vika johtui ilmeisesti nesteen pääsystä laitteen sisäosiin. Toisen sentrifugin roottori ei enää pyörinyt, koska se oli ruostunut suolan ja veden vaikutuksesta. Myös vastus oli ilmeisesti kastunut (se sijaitsee välittömästi jäähdytysritilän alapuolella laitteen yläosassa takana). Sentrifugi toimii jälleen, jäähdytys mukaan lukien. En tiedä, kuinka kauan saamme siitä iloa, sillä se oli jo käytetty, kun ostimme sen vuonna 2014. Mutta vaikka se kestäisikin vain vielä vuoden, korjaus oli sen arvoista.Tämän tyyppiset korjaukset saattavat helpottua tulevaisuudessa, sillä jos en erehdy, EU aikoo velvoittaa valmistajat asettamaan huolto- ja korjausohjeet kolmansien osapuolten korjaamojen saataville (tällainen velvoite on jo olemassa autovalmistajille, jotta riippumattomat autokorjaamot voivat pysyä toiminnassa).Koronavirustilanteesta riippuen saatan ehkä ehtiä korjata vielä lisää rikkoutuneita laboratoriolaitteita. Seuraavana vuorossa on vanhan FPLC-laitteemme (GE Healthcare Äkta Explorer Frac-950) fraktiokerääjä.

GE:n Äkta Avant -ohjelmiston päivittäminen Windows 10:een

Tue, 18 Feb 2020 00:00:00 +0000

Avant on GE Healthcaren Äkta-sarjan FPLC (nopea proteiinien nestekromatografia) -laitteiden lippulaiva. Käytämme sitä säännöllisesti, ja se on kaikkien käytettävissä Helsingin yliopistossa.Yliopistomme päätti toimia yhteistyössä Microsoftin kanssa ja estää kaiken verkkoliikenteen Windows 7 -tietokoneilta. Koska Äkta-laitettamme (ostettu vuonna 2015) käyttävät monet eri tutkijat, käytämme Microsoftin Active Directorya käyttäjien tunnistamiseen ja laitteen käytön seurantaan. Kun yliopisto lopulta sulki Windows 7 -liikenteen tammikuun lopussa, päivitimme lopulta HP-tietokoneen Windows 7:stä Windows 10:een . Ennen päivitystä otimme yhteyttä GE:hen varmistaaksemme, että FPLC toimisi. Vaikka yliopistomme käyttämän Windows 10:n rakennusnumero (Windows 10 Enterprise, versio 1809, rakennusnumero 17763.1039), ei ollut tuettu missään GE:n vuosien varrella julkaisemassa Unicorn 7 -versiossa (katso tämä ohjelmistoyhteensopivuustaulukko, jota en enää löydä GE:n verkkosivuilta: https://drive.google.com/open?id=1cA33lEqfEr0MIaA8r9TyoQFcxiHWuZsp) , meille vakuutettiin, että ohjelmisto toimisi edelleen. Valitettavasti tämä ei pitänyt paikkaansa.**Paikallinen päivitys vai puhdas asennus?**Teimme Win7:stä Win10:een paikallisen päivityksen. En ole koskaan pitänyt näistä. Edes hieman paremmilla käyttöjärjestelmillä, kuten macOS ja Linux , paikan päällä tehtävät päivitykset eivät ole aina sujuneet ongelmitta. Uusi asennus on aina ollut turvallisempi (ja myös nopeampi) vaihtoehto.YhteysongelmatPäivityksen jälkeen Unicorn 7 alkoi menettää yhteyden Äkta Avant -laitteeseen käynnissä olevien proteiinipuhdistusajojen aikana. Manuaalisissa ajoissa voimme selvästi havaita, että tietyt komennot laukaisivat yhteyden katkeamisen. Äktan LCD-näyttö pimeni ja laite käynnistyi uudelleen. Luonnollisesti epäilimme, että tämä johtui Windows 10:een tehdystä päivityksestä. Koska Unicorn 7.0.2:ta ei ollut testattu toimimaan meidän Windows 10 -versiomme kanssa, halusimme ensin yrittää päivittää Unicorn 7:n versioon, joka oli testattu meidän Win10-versiomme kanssa. Olin jo joulukuussa pyytänyt kyseistä päivitystä GE:ltä, mutta pyyntöni oli jätetty huomiotta, ja minulla oli tuolloin paljon muuta tekemistä, joten en vaivautunut palaamaan asiaan (jälkikäteen ajateltuna suuri virhe).OhjelmistopäivityksetSe, mitä Chrome ja Firefox tekevät viikoittain hiljaa taustalla (käyttäjän huomaamatta), vaatii GE:n tapauksessa käyttäjältä lähes kahden viikon täysipäiväisen panostuksen. Yksinkertainen lataus saattaisi toimia Bio-Rad , mutta GE vaatii monimutkaista, sekavaa, epäselvää, käyttäjäepäystävällistä, jatkuvasti muuttuvaa ja GDPR-säännösten vastaista järjestelmää, joka lisäksi sijaitsee palvelimilla, jotka tuntuvat niin hitailta, että ihmettelee jatkuvasti, onko selainvälilehti jumiutunut. Mitä siihen sanottavaa, GE:n verkkosivut ovat aina olleet tällaisia huolimatta lukuisista uudistuksista ja GE:n digitaalisesta muutoksesta. Minun ja erilaisten GE:n tukiosoitteiden välinen sähköpostiketju käsittää tänään 60 sähköpostia (alkaen ensimmäisestä tukipyynnöstäni 2. joulukuuta 2019). Tämän lisäksi on käyty myös melko paljon puhelinkeskusteluja (koska sähköpostia näyttää usein pidettävän oletuksena ”ei-kiireellisenä”).Tietosuojaan liittyvät huolenaiheet GE:n asiakastietojen käsittelystäKun olin tehnyt lataustilauksen, saanut tarjouksen, vahvistanut tilauksen ja saanut tilausvahvistuksen, sain vihdoin ”luvan” ladata Unicornin uusimman version (eli 7.5). Kirjauduin GE:n ”eDeliveryPortaliin” vain huomatakseni, että pystyin näkemään monien muiden GE-asiakkaiden ohjelmistokäyttöoikeudet ja lataukset, mutta en yhtään omaani. Jonkin verran edestakaisin viestittelyn jälkeen versio 7.5 ilmestyi vihdoin latausluettelooni. Lisenssini puuttuu edelleen tänäkin päivänä. Mutta miksi vaivautua? Voisin käyttää mitä tahansa muuta lisenssiä (väärennettyäni tietokoneeni MAC-osoitteen, sillä ohjelmisto on ilmeisesti sidottu tiettyyn tietokoneeseen sen verkkokortin MAC-osoitteen kautta). Tämä on selvä GDPR:n rikkomus, sillä ei ole mitään syytä, miksi tietoni (käyttöoikeustunnukset, MAC-osoitteet, nimet, sähköpostiosoitteet) pitäisi olla muiden asiakkaiden saatavilla. Voi olla, että GE pitää Helsingin yliopistoa yhtenä asiakkaana; se olisi jo suunnittelultaan GDPR:n vastaista.Järjestelmän konfiguraatiotiedostojen (eli laiteohjelmiston) etsiminenEmme kuitenkaan olleet päivittäneet järjestelmän konfiguraatiotiedostoja, koska en ollut löytänyt niitä GE LifeSciencen verkkosivuilta . Käytössämme oli versio 3, kun taas uusin versio oli 3.6. Huomionarvoista on, että nämä tiedostot sisältävät myös yksittäisten Äkta-komponenttien laiteohjelmiston. Näyttää siltä, että tämä latauslinkki on piilotettu huolellisesti. Tarvitsin GE:n apua sen löytämiseksi. GE LifeScience -verkkosivustolla on hakutoiminto, ja haku jopa löytää kyseisen lataustiedoston. Se on kuitenkin ehkä viimeinen kohde lähes 1000 osuman luettelossa (10 osumaa/sivu). Yksi vinkki GE:lle: Google osaa hakea! Jos vain antaisitte Googlen indeksoida koko verkkosivustonne, asiakkaat löytäisivät kaiken Googlen haun kautta. Monet yritykset käyttävät Googlea sisäisen verkkosivustonsa hakutoimintoon. GE näyttää kuitenkin avaavan hakukoneiden indeksointiroboteille vain tuotesivunsa, mutta ei tukisivujaan. Missä lisenssitiedostomme ovat? Laitteen kokoonpanon päivittämisen jälkeen ongelma jatkui. Lähetettyämme järjestelmäraportin (ja sen jälkeen toisen, ”laajennetun” järjestelmäraportin) GE päätteli, että syynä oli todennäköisesti paikan päällä tehty päivityksemme Windows 7:stä Windows 10:een, koska he havaitsivat joitakin epäsäännöllisyyksiä SystemEventLog.xml-tiedostossa. Minulla ei ollut syytä epäillä tätä selitystä, joten pyysin IT-tiimiltämme puhtaan Windows 10 -asennuksen. Asensin sitten Unicorn 7.5:n, mutta huomasin, että ongelma ei ollut kadonnut. Sivuhuomautuksena: Meillä oli itse aiheutettu ongelma lisenssitiedostomme (.lic) kanssa. Unicornin asennusohjelma vaatii lisenssitiedoston asentamista, mutta en ole koskaan nähnyt sitä ladattavana missään eDelivery-portaalissa (olemme saaneet nämä lisenssitiedostot sähköpostiliitteinä suoraan GE:n tukihenkilöstöltä – miksi niitä ei ole saatavilla ladattavina, kun ne ovat alttiita katoamaan?). Meidän olisi pitänyt tehdä kopio lisenssitiedostostamme ennen kuin tyhjensimme tietokoneemme puhdasta Windows 10 -asennusta varten, mutta unohdimme sen, ja jouduin kaivamaan lisenssitiedoston esiin järjestelmävarmuuskopiosta, jonka olin onneksi tehnyt kyseiselle koneelle vuonna 2016. Ja etsin edelleen lisenssitiedostoja eri järjestelmäkomponenteille (Classic Evaluation ja Column Handling), joita ei ollut vielä asennettu, kun tein järjestelmävarmuuskopion.Paluu Windows 7:äänVarmistaaksemme, ettei kyseessä ollut laitteistovika, päätimme palauttaa järjestelmän takaisin Windows 7:ään ja Unicorn 7.0.2:een. Se osoittautui odotettua vaikeammaksi, koska emme voi enää asentaa Windows 7:ää yliopiston koneille. Onneksi meillä oli vielä yksi vanha, käyttämätön Dell-pöytätietokone, jossa oli Windows 7. Unicorn 7 vaatii kaksi verkkokorttia (yhden yhteydenpitoon ulkomaailman kanssa ja toisen erilliseen 10. verkkoon yhteydenpitoon Äkta Avantin kanssa). Siirsimme verkkokortin vakiokoneeltamme tähän vanhaan Windows 7 -koneeseen. Unicornin asentaminen ja käyttäminen vaatii kuitenkin internetyhteyden, koska ohjelmisto ”soittaa kotiin”. Juuri tämä on kielletty yliopistomme Windows 7 -koneilla. Siksi minun piti perustaa yksityisverkko puhelimeni kautta, jotta Unicorn 7 voisi olla yhteydessä GE:n pääkonttoriin. Vielä pahempaa oli, että minun piti kloonata vakiotietokoneemme MAC-osoite, koska Unicorn 7 -ohjelmistomme on ilmeisesti sidottu tiettyyn tietokoneeseen sen MAC-osoitteen kautta. Langaton internetyhteys ei tullut kyseeseen, koska alkuperäinen MAC-osoite oli peräisin langallisesta verkkokortista. MAC-osoitteiden kloonaus kaapeliliitännällä varustettujen verkkokorttien ja langattomien USB-sovittimien välillä ei ole mahdollista, koska langattomien korttien MAC-osoitteissa on kiinteä etuliite. Siksi jouduin tekemään monimutkaisen asetuksen puhelimestani tietokoneen kautta (kaapeli)reitittimeen ja sieltä Win7-käyttöjärjestelmällä varustettuun Dell-tietokoneeseen.Windows 10:tä ei voi syyttää – syyllinen on F-SecureYllätyksekseni Äkta Avant kaatui jatkuvasti, kun Unicorn 7 Windows 7:ssä antoi komentoja kuten ”pause” tai ”end”. Sitten kuitenkin tajusin, että – toisin kuin vanha Äkta Explorerimme – Avant käyttää laitteiden väliseen viestintään tavallisia verkkokortteja, ja Helsingin yliopiston Windows 10 -versiota on oletusarvoisesti ”parannettu” etäohjaus- ja tietoturvaohjelmistoilla. Menin Ohjauspaneeliin ja poistin kaikki yliopiston asentamat ohjelmistolisäosat. Erityisesti F-Securen Client Security Premium oli niiden ohjelmien joukossa, jotka poistin. Uudelleenkäynnistyksen jälkeen en enää saanut Äkta Avantia kaatumaan. Vahvistaakseni havaintoni asensin verkkokortin takaisin alkuperäiseen oletustietokoneeseemme, käynnistin sen uudelleen ja järjestelmä jumittui Windowsin BitLocker -näyttöön. Laitteistokokoonpanon muuttaminen saa väistämättä Windowsin kieltäytymään käynnistymästä. Tämä hidasti työtäni, koska jouduin ottamaan yhteyttä yliopistomme IT-osastoon, joka on kroonisesti ylikuormitettu ja johon on vaikea saada yhteyttä. Poistin valikoivasti F-Secure Client Security Premium -ohjelman palomuurin käytöstä, ja kaatumiset loppuivat välittömästi myös Windows 10:ssä. On erittäin vaikea perustella, miksi yliopistomme tarvitsisi F-Securen tuotteita. Windowsissa itsessään on (XP SP2:sta lähtien) erittäin tehokas palomuuri, ja siinä on myös oma virustorjuntaohjelmisto ( Windows Security Essentials / Windows Defender ), joka on vähintään yhtä hyvä kuin parhaat kilpailijansa, ja lisäksi se on ilmainen ja täysin integroitu Windowsiin (eikä se vaadi kolmannen osapuolen ohjelmistojen syvällistä integrointia käyttöjärjestelmään).Windows 10 on liian hidas vuoden 2015 laitteistollammeAinoa vaihtoehto on päivittää oletustietokoneemme uudemmalle laitteistolle. Tiedekuntamme oli korvannut vanhat Win7-tietokoneet uusilla koneilla vuonna 2019, mutta tämä tietokone oli yhden päivän liian uusi sisällytettäväksi päivitykseen. Se on kuitenkin jo viisi vuotta vanha, ja erityisesti Windows 10 -päivityksen jälkeen se on erittäin hidas. Kun proteiini eluoituu puhdistuksen aikana, fraktioiden keräämisen ei haluta alkavan muutaman sekunnin kuluttua, vaan heti.

Kopiointi rsyncillä

Mon, 17 Feb 2020 00:00:00 +0000

Syitä, miksi rsync:tä kannattaa (ei aina, mutta usein) suosia cp:n sijaan:

Keskeytettyjen siirtojen jatkaminen Jos kopioit suuria tiedomääriä ja terminaalisessio kaatuu tai virta katkeaa, joudut aloittamaan alusta jos käytät cp:tä. rsync voi sen sijan jatkaa juuri siitä, mihin se jäi, mikä voi säästää valtavasti aikaa suurten tietomäärien kohdalla.
Tehokkuus (delta-siirtoalgoritmi) rsync on suunniteltu toimimaan älykkäästi. Jos kopioit tiedostoa, joka on jo olemassa kohdessa (esim. päivität varmuuskopiota), rsync kopioi vain ne tiedoston osat, jotka ovat tosiasiallisesti muuttuneet (”delta”), sen sijaan että se korvaisi koko tiedoston. cp puolestaan kopioi aina koko tiedoston joka kerta.
Reaaliaikainen edistymisen seuranta rsync tarjoaa erinomaista visuaalista palautetta. Käyttämällä -P- (tai –progress-) saat reaaliaikaisen edistymispalkin, joka näyttää valmistumisprosentin, siirtonopeuden ja arvioidun jäljellä olevan ajan. cp on tunnetusti hiljainen, jolloin joudut arvaamaan, onko prosessi vielä käynnissä vai onko se jumiutunut. Toki voit tarkista kohdekansiosta saapuvan tiedoston koon perusteella, eteneekö prosessi lainkaan (ls -lh tiedostonimi tai du -hs tiedostonimi)
Saumattomat etäsiirrot rsync on alun perin suunniteltu toimimaan SSH:n kautta. Sen avulla voit kopioida tiedostoja suoraan etäpalvelimelle tai sieltä pois yhtä helposti kuin kopioisit tiedostoja omalla koneellasi. cp ei pysty tähän; jos haluat käyttää cp:tä etäpalvelimelle, sinun on ensin liitettävä etätiedostojärjestelmä paikallisesti, mikä on paljon monimutkaisempaa ja virhealtisempaa.

Tässä on yleinen käyttötapaus: kansion siirtäminen sen koko sisällön kanssa:

Imusuonet ja silmä

Wed, 12 Feb 2020 00:00:00 +0000

Duodecim on hyväksynyt katsausartikkelimme silmän imusuonista. Artikkelissa käsittelemme silmän imusuonia ja keskitymme erityisesti proliferatiiviseen diabeettiseen retinopatiaan (PDR). PDR on diabeettisen retinopatian pitkälle edennyt vaihe. Se on hitaasti kehittyvä diabeteksen komplikaatio ja voi johtaa sokeuteen.Jo pitkään on ollut tiedossa, että verkkokalvon verisuonien vaurioituminen on keskeinen tapahtuma taudin kehityksessä. Angiogeeniseen VEGF-A-kasvutekijään kohdistettu antiangiogeeninen terapia on hoidon kulmakivi. Äskettäinen löytö imusuonimaisista rakenteista PDR-taudissa kuitenkin osoittaa, että hoidon kohdistaminen myös VEGF-C ja VEGF-D –imusuonikasvutekijöihin saattaa olla hyödyllistä. Tämä on ensimmäinen suomenkielinen tieteellinen kirjoitukseni. Vaikka kirjoitin jopa joitain lauseita suomeksi aivan itse, suuret kiitokset kanssakirjoittajille, jotka osaavat kirjoittaa tieteellistä suomea. Jos tulevaisuudessa eteen tulee vastaavia kirjoitustilanteita, joissa avainhenkilöt eivät osaa hyvin kohdekieltä, olisi parempi kirjoittaa kaikki ensin englanniksi ja vasta sen jälkeen kääntää teksti kohdekielelle. Mitä tulee yleisimpiin kieliin, paras työkalu tieteellisten artikkeleiden automatisoituun kääntämiseen on DeepL . DeepL ei kuitenkaan osaa suomea, ja suomen lisääminen ei todellakaan ole korkealla kehittäjän prioriteettiluettelossa…

HSL nostaa lippujen hintoja epäsuorasti

Thu, 16 Jan 2020 00:00:00 +0000

Uutisten mukaan HSL:n lippujen suosituin myyntipiste (R-kioski-ketju) alkaa periä palkkion matkakorttien lataamisesta. Matkakortit ovat RFID-kortteja, joita tarvitaan Helsingin joukkoliikenteessä. Todellisuudessa kyseessä on kuitenkin piilotettu hinnankorotus, sillä HSL päätti vuonna 2019 lopettaa jakelukumppaneilleen maksettavan palkkion matkakorttien lataamisesta. Mikään kaupallinen yritys ei voi tarjota palveluita ilmaiseksi, joten kyseessä on HSL:n käynnistämä epäsuora hinnankorotus. Lain edellyttämien muutosten vuoksi HSL:n oli pakko avata lippujen myynti kilpailulle. Tarjouspyynnössään HSL kuitenkin ilmoitti, ettei se tästä lähtien maksa provisiota millekään jakelukumppanilleen. Tämä oli täysin HSL:n oma päätös, ja siksi on perusteltua pitää sitä peiteltynä mutta tarkoituksellisena hinnankorotuksena. Lisäksi näistä palvelumaksuista ei ole paljon tietoa. En löytänyt tarkkoja palvelumaksuluetteloita sen enempää S-ryhmältä kuin K-ryhmältäkään. Ainoastaan R-kioskin tiedot olivat helposti löydettävissä ja ytimekkäitä: R-kioski: kausilippu: 3,5 % lipun hinnasta, enintään 5 €; arvolippu: 1 €/kpl, kertalippu/vuorokausilippu 3 € 40 senttiä.K-ryhmä (K-Citymarket, K-market) oli ilmoittanut, että maksut vaihtelevat 0,5–2 euron välillä, mutta en silti ole tähän päivään mennessä löytänyt tarkempia tietoja. Otin jopa yhteyttä S-ryhmään, mutta – kuten tällaisille yrityksille tyypillisesti – he ottavat aikansa. Olisin yllättynyt, jos saisin vastauksen viikon sisällä. Kokonaiskuvaa tarkasteltaessa ympäristöystävällisen liikenteen kallistumisen negatiivinen vaikutus on suurempi kuin HSL-lippujen myyntipisteiden määrän lisäämisestä saatava pieni parannus.Lue aiheesta suomeksi Helsingin Sanomista: https://www.hs.fi/kaupunki/art-2000006355404.htmlRead aiheesta englanniksi HSL:n sivuilta; https://www.hsl.fi/en/news/2019/hsls-ticket-sales-network-set-expand-beginning-next-year-18242UPDATE (1.7.2020): Samaan aikaan HSL:n ylläpitämien lippuautomaattien määrä on kasvanut. Näillä automaateilla voi ladata matkakortin saldoa ILMAN palvelumaksua. Lisäksi on nyt mahdollista (kuten on luvattu jo vuosia) ladata saldoa verkossa . Järjestelmässä on edelleen paljon virheitä (HSL:n mukaan noin 1 % tapahtumista epäonnistuu), mutta toivottavasti HSL saa nämä ongelmat korjattua seuraavien vuosikymmenien aikana.

Suojaus UV-valolta

Thu, 12 Dec 2019 00:00:00 +0000

** UV valot luokittellan seuravasti UV-C (100 / 200-280 / 290 nm, lyhytaalto, kova UV)UV-B (290-315 nm, keskiaalto, keskimääräinen UV)UV-A (315-400 nm, pitkäaallon UV, pehmeä UV, “musta valo”)Erityisesti UVC:n suhteen käytetään usein erilaisia aallonpituusrajoja eri UV-tyyppien välisten rajojen määrittelemiseen. Alle 200 nm:n UVC:n aallonpituudet kutsutaan myös “vakuumi-UV (VUV)”. Toiset erottavat UVC-spektrin ja viittaavat aallonpituuksiin välillä 10 - 200 nm “UVC-VUV”. “Extreeminen (äärimmäinen) UV (EUV)” tarkoittaa aallonpituuksia välillä 10-121 nm, ja tämän alueen lyhyessä päässä säteilyä pidetään ionisoivana (niin kuin röntgensäteilyä). En kuitenkaan tiedä mitään selkeää aallonpituusrajaa, jota käytetään ionisoivan ja ei-ionisoivan säteilyn erottelun määrittämiseen. Molekyylibiologia Useimpia molekyylibiologian UV-pöytiå käytetään etidiumbromidilla värjätyn DNA:n kuvantamiseen agaroosigeeleissä. Nämä UV-pöydät käyttävät noin 300-nm aallonpituutta (enimmäkseen 302 nm), mutta joillakin on myös pidempi aallonpituusvaihtoehto. Esim. Alpha Innotech/UVP, Inc/Ultra-Violet Products Ltd./Analytik Jena LM-26E UV-pöytää voidaan käyttää aallonpituudella 302 tai 365 nm). Nyrkkisääntö on, että mitä pidempi aallonpituus, sitä vähemmän se vaurioittaa DNA:ta (samalla myös DNA-interkaloidun etidiumbromidin signaali heikkenee). On myös 254-nm UV-lamppuja, mutta ne eivät sovellu DNA-töihin, koska ne aiheuttavat DNA:ssa mutaatiot jo muutamassa sekunnissa. Tämä ei ole yllättävää, koska DNA:n oma absorptiomaksimi on 260 nm ja se tarkoittaa, että DNA absorboi suurimman säteilymäärän. Siis 302 nm on kompromissi herkkyyden ja DNA-vaurioiden välillä.Työskenteleminen UV-pöydän kanssa ei ole vaaratonta, ja olettaisin, että UV-vaara on suurempi kuin etidiumbromiidivärjäyksen vaara. Jotkut tutkijat irrationaalisesta syystä pelkäävät etidiumbromiidia liikaa (https: //bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/, http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide) . Olen nähnyt “auringonpolttaman” yhdessä kollegassani liian pitkältä altistumiselta UV-pöytien UV-valolle. Kasvonaamari suojaa kasvojasi, mutta voit silti polttaa käsiäsi tai dekolteeasi. UV-läpäisevät ja UV-läpinäkymättömät materiaalit Materiaalin (näkyvästä) valon läpinäkyvyydestä ei voida tietää, kuinka tehokkaasti materiaali absorboi UV-valoa. Tavallinen akryylilasi (“Plexiglas”) on läpinäkyvä suuremman aallonpituuden UV-säteilylle (kutsutaan myös UV-A, 315-400 nm) eikä siksi sovellu silmien suojaamiseen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves / ). Akryylilasi voidaan tehdä UV-läpinäkymättömäksi lisäämällä UV-säteilyä absorboivia lisäaineita. UV-suodattavalla akryylilasilla (“museolaadullinen akryyli”) on erilaisia ominaisuuksia. Jos UV-aallonpituus on alle ~ 375 nm, mikä tahansa UV-suodattavaa akryylia käytetään. UF-4-akryylilasi suojaa vähiten: 80% 400 nm: n UV-säteestä johdetaan 2 mm: n levyn läpi. UF-3 suojaa paremmin ja UF-5 absorboi melkein kaiken hyvin näkyvän ultraviolettivalon (> 390 nm). Polykarbonaatti (PC) on ystäväsi Kun tarvitset suojaa UV-säteiltä, polykarbonaatti on kuitenkin ystäväsi. 3 mm paksu polykarbonaatti on käytännöllisesti katsoen täysin läpinäkymätön UV: lle useimmista UV-lähteistä, joita käytetään molekyylibiologiassa 400 nm asti. Siksi UV-suojaavat kasvonaamarit ja aurinkolasit valmistetaan pääasiassa polykarbonaatista.2 mm, joka on hiukan paksumpi kuin polykarbonaattisten aurinkolasien tyypillinen paksuus, on enimmäkseen riittävä, mutta vähemmän tehokas absorptio paksumpiin polykarbonaattiaineisiin verrattuna vain UV: n ollessa yli ~ 385 nm (siis hyvät aurinkolasit suojaavat silmiäsi molekyylibiologian UV-lampuilta , mutta kasvosi iho altistuu silti). Itse asiassa 2 mm paksuissa polykarbonaattisissa aurinkolaseissa on vähemmän kuin 2 mm polykarbonaattia, koska polykarbonaatin molemmilla puolilla on naarmuuntumaton, UV-säteilyä vaimentava pinnoite, koska polykarbonaatti on erittäin pehmeää ja naarmuuntuu helposti. Valitettavasti polykarbonaattimuoveja on vaikea tunnistaa, koska niiden lukumäärä on “7” hartsin tunnistuskoodien (RIC) luettelossa, joka on “Muu” -sekoitettu pussi. Tuottajien tietojen tulkinta **Kun tarkistat lomakkeilla läpinäkyvien materiaalien optiset ominaisuudet, huomaat pian, että niitä on vaikea tulkita. Huomaat pian, että tuottajien verkkosivustojen lähestymistapa on vähemmän tieteellinen, mutta enemmän mainontaa. He puhuvat UV-säteilystä prosenteissa, mutta eivät missään nimessä mainitse materiaalin paksuutta, mikä on yksi tärkeimmistä imeytymisen / läpäisyn näkökohdista ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Epäilen voimakkaasti, että he käyttävät 2 mm valotieä (paksuus), toinen mahdollisuus on 1 cm (mikä on toinen “vakio” pituus). Jos sinulla on sisäpiiritietoa, ota meihin yhteyttä!

Asiakirjojen ilmainen digitaalinen allekirjoittaminen Linuxissa – mahdotonta?

Sun, 01 Dec 2019 00:00:00 +0000

Koko juttu alkoi, kun yritin allekirjoittaa LibreOffice-asiakirjan. Jos internetin tietoja on uskominen, asiakirjojen allekirjoittaminen on sisäänrakennettu LibreOfficeen. En ole vieläkään löytänyt ketään, joka olisi onnistunut allekirjoittamaan LibreOffice-asiakirjan digitaalisesti. Tämä kokemus osoittaa, että Edward Snowdenista huolimatta useimmat ihmiset eivät välitä aktiivisesti turvallisuudesta ja yksityisyydestä. Debian poisti scdaemonin gnupg2-paketista, ja kuten tavallista, tämän korjaaminen vaatii komentorivin ninjan taitoja. Scdaemon tarjoaa älykorttituen (jota minulla ei ole, mutta ilman scdaemonia Kleopatra-avainhallinta kieltäytyy toimimasta). Käytän Ubuntu 18.04:n oletusasennusta, ja asiakirjan allekirjoittaminen oli melkoinen seikkailu. Itse asiassa minulla ei vieläkään ole tyydyttävää tapaa tehdä tätä. Miten sen sitten tekeekin, jokin ei ole kohdallaan. Ubuntu 19.10 on korjannut ainakin avainhallinnan käynnistämisen LibreOfficesta, ja voin käynnistää SeaHorsen asiakirjan allekirjoitusvalintaikkunasta, mutta minulla ei vieläkään ole aavistustakaan, miten saisin GPG-avaimeni näkyviin LibreOfficessa. Onko kukaan selvittänyt tätä? Kunnes joku näyttää minulle, miten allekirjoitetaan LibreOfficella, käytän erittäin hyvää, mutta omaa ohjelmistoa PDFStudio GPG-avainten tuomiseen ja PDF-tiedostojen allekirjoittamiseen.Allekirjoituspalvelut (DocuSign, HelloSign) Mitä siis teet, jos sinun täytyy allekirjoittaa esimerkiksi PDF-tiedosto, mutta sinulla ei ole keinoja tai et halua tilata jotakin asiakirjojen allekirjoitukseen tarkoitettua varmennepalvelua, kuten DocuSign ? Jopa DocuSignin edullisimmalla paketilla yksi digitaalinen allekirjoitus maksaa 2 dollaria. DocuSign tarjoaa 30 päivän ilmaisen kokeilujakson, mutta en tiedä, pysyvätkö kokeilujakson aikana luomasi varmenteet voimassa kokeilujakson päättymisen jälkeen. HelloSignilla ( https://www.hellosign.com , nykyisin DropBoxin omistama ) on myös ilmainen taso (jolla voi allekirjoittaa 3 asiakirjaa kuukaudessa), ja allekirjoituksen yhteydessä se upottaa näkymättömän allekirjoituksen (joka oli jostain oudosta syystä pätemätön, kun testasin sitä, vaikka HelloSign onkin Adoben hyväksyttyjen luotettavien palveluntarjoajien listalla).Itse allekirjoitetut, CAcert ja StartSSL Teknisesti voit luoda omia allekirjoituksia (itse allekirjoitettuja varmenteita), mutta jos tällaisia PDF-tiedostoja katsellaan Acrobat Readerilla, allekirjoitus merkitään virheelliseksi ja itse allekirjoittaminen ilmoitetaan. Aikaisemmin oli olemasshttp://www.cacert.org/ -sertifikaatteja, mutta tietääkseni kaikki selaimet ovat poistaneet CAcert-sertifikaatit, ja sama pätee todennäköisesti myös Acrobatiin. StartSSL jakoi aiemmin ilmaisia sertifikaatteja, mutta niitä ei enää ole (niiden oma turvallisuus oli vakavasti kyseenalainen).PDF-katseluohjelmien tukiMielenkiintoista on, että monet PDF-katseluohjelmat jättävät allekirjoituksen joka tapauksessa huomiotta (esim. Firefoxin sisäänrakennettu PDF-katseluohjelma ei näytä mitään). Toiset PDF-katseluohjelmat näyttävät allekirjoituksen, mutta EIVÄT ilmoita, että sitä ei pidetä luotettavana (esim. Chrome-selaimen PDF-katseluohjelma ja Ubuntun oletuskatseluohjelma Evince). Koska et voi tietää, mitä katseluohjelmaa vastaanottaja käyttää allekirjoitetun PDF-tiedostosi näyttämiseen, olet joka tapauksessa hankalassa tilanteessa (vaikka tilaisitkin asiakirjojen allekirjoituspalvelun). Letsencrypt Allekirjoituksen luotettavuuden lisäämiseksi voi käyttää Letsencrypt -varmennetta allekirjoittamiseen. Tämä allekirjoitus todistaa, että asiakirjan laatija hallinnoi tiettyä verkkosivustoa (minun tapauksessani jeltsch.org). Se on enemmän kuin itse allekirjoitettu varmenne (ja jos verkkosivusto on luotettava, tämä on kiistatta myös enemmän kuin DocuSign-tilauksen ostaminen), mutta Adobe ei luota uudelleen käytettyyn Letsencrypt-varmenteeseen, koska Letsencrypt-hanke ei tietenkään ole koskaan ollut tarkoitettu asiakirjojen allekirjoittamiseen (“Allekirjoittajan identiteettiä ei tunneta, koska sitä ei ole lisätty luotettujen varmenteiden luetteloon eikä mikään sen vanhemmista varmenteista ole luotettu varmenne”). Tällaisen varmenteen enimmäisvoimassaoloaika on kuitenkin 3 kuukautta, minkä jälkeen se menettää voimassaolonsa. Sitä voidaan edelleen käyttää, mutta se näkyy voimattomana, koska se on vanhentunut (tai ei ole vielä voimassa).Kuinka käyttää Let’s Encrypt -varmennetta väärinEnsinnäkin tarvitset verkkopalvelimen, joka käyttää Let’s Encrypt -varmenteita verkkosivuston identiteetin todentamiseen. Tämä ei kuulu tämän blogikirjoituksen aihepiiriin, mutta aiheesta löytyy useita hyviä oppaita (esim. Let’s Encryptin omilta sivuilta tai Digital Oceanilta ). Kun olet hankkinut Let’s Encrypt -varmenteesi, voit ”käyttää niitä väärin” asiakirjojen allekirjoittamiseen seuraavasti: Koska Let’s Encrypt vaatii varmenteen uusimista kolmen kuukauden välein, samaan hakemistoon kertyy paljon fullchain.pem- ja privkey.pem-tiedostoja, jotka on numeroitu. Haluat tietysti käyttää uusinta (ainoa voimassa oleva) varmennetta ja ehkä haluat uusia Let’s Encrypt -varmenteen välittömästi ennen sen viemistä asiakirjojen allekirjoittamista varten: certbot --apache --force-renewal -n -d jeltsch.org tai jos haluat uusia kaikki varmenteet: certbot --apache --force-renewal Jos päätät uusia kaikki varmenteet, certbot yrittää myöntää yhden varmenteen kaikille palvelimellasi oleville verkkotunnuksille (tätä mahdollisuutta ei ollut Let’s Encrypt -ekosysteemin alkuvaiheessa, mutta se otettiin käyttöön myöhemmin). Jos palvelimesi palvelee useampaa kuin yhtä verkkotunnusta, sinun on määritettävä manuaalisesti se verkkotunnus, jolle haluat varmenteen. Lisätietoja certbot-skriptin käytöstä löytyy osoitteesta https://certbot.eff.org/docs/using.html#certbot-komennotT ämä komento muuntaa varmenteet PKCS#12-tiedostoksi:openssl pkcs12 -export -out signing_certificat.p12 -in /etc/letsencrypt/archive/website-name/fullchain1.pem -inkey /etc/letsencrypt/archive/website-name/privkey1.pemPKCS#12-tiedosto tallentaa varmenteen ja yksityisen avaimen yhteen salattuun tiedostoon (tiedostotunniste .p12). Siksi komento pyytää sinulta salasanalauseen, joka sinun on ehdottomasti muistettava, jotta voit käyttää varmennetta. Sen jälkeen voit siirtää p12-tiedoston pöytätietokoneellesi ja käyttää sitä PDF-tiedostojen allekirjoittamiseen.AikaleimauspalvelimetJos PDF-sovelluksesi pyytää aikaleimauspalvelinta, voit käyttää jotakin ilmaispalveluista, kuten ca.signFiles.com/TSAServer.aspx tai http://zeitstempel.dfn.de . Adobe Acrobat ei kuitenkaan luota myöskään näihin aikaleimauspalveluihin.Tässä ovat komennot itseallekirjoitetun varmenteen luomiseen (ohjelma pyytää (väliaikaista) salasanaa; keksi vain jotain ja muista se, tarvitset sitä toisessa vaiheessa):openssl req -x509 -newkey rsa:4096 -keyout key.pem -out cert.pem -days 3650Muuntaminen allekirjoitussertifikaatiksi (ohjelma pyytää ensin edellä mainittua väliaikaista salasanaa ja sitten lopullista salasanaa, jonka sinun on muistettava sertifikaatin käyttämiseksi:openssl pkcs12 -export -out signing_certificat.p12 -in cert.pem -inkey key.pem

Ylhäältä tuleva kiusaaminen

Fri, 22 Nov 2019 00:00:00 +0000

Jotkut luvut Nature-lehden vuoden 2019 jatko-opiskelijatutkimuksesta ( https://www.nature.com/articles/d41586-019-03535-y ) ovat huolestuttavia. Vastaajista vain hyvin harvat olivat Suomesta, joten Suomen tuloksia on syytä tulkita varauksella. Mutta jokainen yksittäinen tapaus on yksi tapaus liikaa. Minua huolestuttaa eniten a) se, että kiusatut tohtoriopiskelijat Suomessa kokevat, etteivät he voi puhua kokemuksistaan ilman seurauksia, ja b) se, että ylhäältä tuleva kiusaaminen saattaa olla Suomessa yleisempää kuin vertaisryhmän kiusaaminen (jos muihin akateemisiin työntekijöihin lasketaan mukaan myös ”ylhäältä tulevat”). Yhden opiskelijan kerrotaan kokeneen kiusaamista ohjelman johtajalta (mikä kuuluu luokkaan ”muut”, jota Nature ei ole erikseen eritellyt kaaviossa). Luvut eivät yhteensä tee 100 %:a pyöristysten ja useiden mainintojen vuoksi.

PXE-käynnistys Netgate Pfsense SG-3100 -laitteesta

Fri, 15 Nov 2019 00:00:00 +0000

Asentaakseni Linuxin ilman CD-, DVD- tai USB-muistitikkua käytän nykyään PXE-käynnistystä (”pixie”-käynnistystä) kotiverkossamme. En löytänyt hyviä ohjeita, joten jouduin kokeilemaan eri vaihtoehtoja, ennen kuin se alkoi toimia, mutta itse prosessi on melko yksinkertainen. Tässä ovat vaiheet:

Suojaa UV-valolta

Fri, 15 Nov 2019 00:00:00 +0000

Ensin muutamia määritelmiäUV-C (100/200–280/290 nm, lyhytaaltoinen, kova UV)UV-B (290–315 nm, keskiaaltoinen, välimuotoinen UV)UV-A (315–400 nm, pitkäaaltoinen UV, pehmeä UV, ”musta valo”) Erityisesti UV-C:n osalta käytetään toisinaan erilaisia aallonpituusrajoja eri UV-tyyppien välisten rajojen määrittelemiseksi. Jotkut sulkevat alle 200 nm:n aallonpituudet UV-C:n ulkopuolelle ja viittaavat niihin termillä ”tyhjiö-UV (VUV)”. Toiset jakavat UV-C-spektrin edelleen ja viittaavat 10–200 nm:n välisiin aallonpituuksiin termillä ”UV-C-VUV”. ”Äärimmäinen UV (EUV)” viittaa aallonpituuksiin välillä 10–121 nm, ja tämän alueen lyhyemmässä päässä säteilyä pidetään ionisoivana (samanlaisena kuin röntgensäteet). En kuitenkaan tiedä mitään selkeää aallonpituusrajaa, jota käytettäisiin ionisoivan ja ei-ionisoivan säteilyn erottamiseen toisistaan. Molekyylibiologia Useimpia molekyylibiologiassa käytettäviä UV-laitteita käytetään etidiumbromidilla värjätyn DNA:n havaitsemiseen agaroosigeeleissä. Niissä käytetään aallonpituutta noin 300 nm (yleensä 302 nm), mutta joissakin laitteissa on myös pidempi aallonpituusvaihtoehto (esim. Alpha Innotech LM-26E -laitetta voidaan käyttää 302 tai 365 nm:n aallonpituudella). Nyrkkisääntönä voidaan pitää, että mitä pidempi aallonpituus on, sitä vähemmän DNA:lle aiheutuu vaurioita (mutta myös DNA:n väliin tunkeutuneen etidiumbromidin signaali heikkenee). On olemassa 254 nm:n UV-lamppuja, mutta ne eivät sovellu DNA:n tutkimiseen, koska ne aiheuttavat DNA:ssa mutaatioita muutamassa sekunnissa. Tämä ei ole yllättävää, sillä DNA:n absorptiomaksimi on 260 nm:ssä, mikä tarkoittaa, että DNA imee suurimman osan säteilystä. Siksi 302 nm on kompromissi herkkyyden ja DNA-vaurioiden välillä. UV-pöydän käyttö ei ole vaaratonta, ja oletan, että UV-säteily on vaarallisempaa kuin etidiumbromidivärjäys, jota jotkut ihmiset (tutkijat!) jostakin irrationaalisesta syystä pelkäävät liikaa ( https://bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/ , http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide ). Olen nähnyt yhden kollegani saaneen ”auringonpolttaman” liian pitkästä altistumisesta UV-pöytien UV-valolle. Kasvomaski suojaa kasvojasi, mutta käsivarret tai dekoltee voivat silti palaa. UV-läpäisevät ja UV-läpäisemättömät materiaalit Materiaalin (näkyvän) valon läpäisevyydestä ei voi päätellä, kuinka tehokkaasti materiaali absorboi UV-valoa. Tavallinen akryylilasi (”Plexiglas”) on läpäisevä pidemmän aallonpituuden UV-säteilylle (jota kutsutaan myös UV-A-säteilyksi, 315–400 nm) eikä siksi sovellu silmien suojaamiseen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves/ ). Akryylilasi voidaan tehdä UV-läpäisemättömäksi lisäämällä siihen UV-valoa absorboivia lisäaineita. UV-suodattavaa akryylilasia (”museolaatuista akryyliä”) on saatavilla eri laatuluokissa. Jos UV-aallonpituus on alle ~375 nm, mikä tahansa UV-suodattava akryylilaatu sopii. UF-4-akryylilasi suojaa vähiten: 2 mm:n paksuinen levy päästää läpi 80 % 400 nm:n UV-säteilystä. UF-3 suojaa paremmin ja UF-5 absorboi lähes kaiken näkyvän valon läheisen UV-säteilyn (>390 nm).Polykarbonaatti (PC) on paras valintaKun tarvitset suojaa UV-säteilyltä, polykarbonaatti on paras valinta. 3 mm:n paksuinen polykarbonaatti on käytännössä täysin läpäisemätön useimpien molekyylibiologiassa käytettävien UV-lähteiden 400 nm:iin asti ulottuvalle UV-säteilylle. Siksi UV-suojaavat kasvomaskit ja aurinkolasit valmistetaan pääasiassa polykarbonaatista. 2 mm:n paksuus, joka on hieman tyypillistä polykarbonaattiaurinkolasien paksuutta paksumpi, riittää useimmiten, mutta paksumpaan polykarbonaattiin verrattuna heikompi absorptiokyky on merkityksellistä vain ~385 nm:n yläpuolella olevan UV-säteilyn osalta (siksi hyvät aurinkolasit suojaavat silmiäsi molekyylibiologiassa käytettäviltä UV-lampuilta, mutta kasvojen iho jää silti altistumaan). Itse asiassa 2 mm paksuisissa polykarbonaattisissa aurinkolaseissa on alle 2 mm polykarbonaattia, koska niiden polykarbonaatin molemmilla puolilla on naarmuuntumaton, UV-säteilyä imemätön pinnoite, sillä polykarbonaatti on erittäin pehmeää ja naarmuuntuu hyvin helposti. Valitettavasti polykarbonaattimuovit ovat vaikeasti tunnistettavissa, sillä niiden numero on ”7” muovimerkintäkoodiluettelossa (RIC), joka on ”Muut”-kategoriaan kuuluva sekalaista sisältöä.Valmistajien tietojen tulkintaKun tarkastelee läpinäkyvien materiaalien optisia ominaisuuksia koskevia tietolehtisiä, huomaa pian, että niitä on vaikea tulkita. Huomaa pian, että valmistajien verkkosivustojen lähestymistapa on vähemmän tieteellinen ja enemmän mainosluonteinen. He puhuvat UV-läpäisyasteesta prosentteina, mutta eivät mainitse missään vaiheessa materiaalin paksuutta, joka on yksi tärkeimmistä absorptio- ja läpäisyominaisuuksiin vaikuttavista tekijöistä ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Epäilen vahvasti, että he käyttävät 2 mm:n valopolkua (paksuutta), toinen mahdollisuus on 1 cm (joka on toinen ”vakiopituus”). Jos sinulla on sisäpiiritietoa asiasta, kerrothan minulle!

Helsingin yliopisto hävisi oikeudenkäynnin, jossa käsiteltiin vuoden 2015 joukkovähentämismenettelyjen laillisuutta

Wed, 16 Oct 2019 00:00:00 +0000

Vuonna 2015 Helsingin yliopisto irtisanoi noin 370 työntekijäänsä (eikä jatkanut ehkä yhtä monen määräaikaisia työsopimuksia). Monet selvisivät vain siksi, että heidän työsopimuksensa eivät päättyneet juuri silloin, kun yliopiston hallinnon ”keskuskomitea” reagoi liioitellusti tajutessaan, kuinka huonoksi yliopiston taloudellinen tilanne oli todellisuudessa muuttunut. Noin 10 vuotta kestänyt konservatiivinen talouskurinpito huipentui keväällä 2015 valittuun hallitukseen, jota johti suomalainen liikemies Juha Sipilä, joka oli osasyyllinen niihin massiivisiin rahoituksen leikkauksiin, jotka johtivat vuoden 2015 lopun laajamittaisiin irtisanomisiin. Viime kuussa suomalainen käräjäoikeus totesi, että irtisanomiset eivät olleet laillisia siinä mielessä, että Helsingin yliopisto ei noudattanut Suomen lakia useilta osin (” Yhteistoimintamenettelylaki ”, englanniksi suunnilleen ”Act on Collaboration in Businesses”). Erityisesti tuomioistuin moitti yliopistoa sen tiedotuspolitiikasta ja siitä, ettei se ollut yrittänyt neuvotella irtisanomisten vaihtoehtoja. Tämä oli juuri se tunne, joka useimmilla työntekijöillä oli tuolloin: keskushallinto oli kyhännyt ”ratkaisun” joissakin suljettujen ovien takana pidetyissä kokouksissa kuulematta yhtään sidosryhmää, ja sitten se ajoi tätä ratkaisua huolettomasti seurauksista piittaamatta. Kantajille myönnetyt korvaukset olivat 5 000 tai 6 000 euroa työsuhteen kestosta riippuen. Voidaan keskustella Yhdysvaltain oikeuskäytännön korvausnäkökulman eduista ja haitoista (joiden tavoitteena on pikemminkin ennaltaehkäisy kuin korvaus), mutta jopa taloudellisissa vaikeuksissa olevalle yliopistolle 64 000 euroa (mukaan lukien 35 000 euroa oikeudenkäyntikuluja ja 29 000 euroa korvauksia viidelle kantajalle) ei juurikaan auta kantajia eikä estä yhtään yliopistoa toistamasta tällaisia toimia. Ja vastauksesta päätellen yliopiston keskushallinto ei ole samaa mieltä käräjäoikeuden näkemyksestä, jonka mukaan menettely ei ollut lainmukainen. Skandinavian suurin päivälehti Helsingin Sanomat raportoi tästä tapauksesta: https://www.hs.fi/politiikka/art-2000006245821.html sekä monissa muissa lehdissä, kuten http://www.acatiimi.fi/6_2019/12.php .

Lymfologia 2019

Sat, 12 Oct 2019 00:00:00 +0000

Viikko sitten kävin Saksassa osallistuakseni Lymphologie 2019 -konferenssiin, joka pidettiin Bad Krozingenissa Freiburgin lähellä.Konferenssin järjestävät yhdessä kahden vuoden välein DGL ( Deutsche Gesellschaft für Lymphologie ) ja GDL ( Gesellschaft Deutschsprachiger Lymphologen ). Tapahtuma on kokonaisuudessaan hyvin käytännönläheinen ja kliinisesti suuntautunut, ja se tarjoaa lukuisia työpajoja ja käytännön neuvoja. Siksi sitä suositellaan lämpimästi saksan kieltä ymmärtäville lääkäreille. Tarjolla on kuitenkin myös ”perustieteen” ohjelmaosa, ja järjestäjät onnistuvat aina rekrytoimaan tähän osioon muutamia hyviä tutkijoita (katso täältä: https://www.lymphologie-kongress.de/programm/samstag-03-10-15/) . On syytä huomata, että esitelmät pidetään saksaksi, mikä ei helpota rekrytointia. Saksan lymfologit ovat edelleen johtavassa asemassa lymfedeeman (ja viime aikoina myös lipedeeman) hoidossa ainutlaatuisesti erikoistuneiden asiantuntijoiden ja laitosten ansiosta ( Földiklinik ), mutta englanti on tullut biolääketieteellisen tutkimuksen kieleksi myös Saksassa. Tutkimustulosten levittämiselle saksan kielellä on kuitenkin edelleen tarvetta, ja siksi kirjoitan ajoittain artikkeleita saksankieliseen lehteen ”Lymphologie in Forschung und Praxis”.

ISK 2019

Thu, 10 Oct 2019 00:00:00 +0000

Kallikreiineja ja kallikreiiniin liittyviä peptidaaseja käsittelevä kansainvälinen symposiumi (ISK) järjestettiin 25.–27. syyskuuta Prahassa. Vaikka en ole kallikreiinialan tutkija, opin siellä paljon. En esimerkiksi tiennyt, että KLK4 voi aktivoida plasminogeenia (tämä seikka saattaa selittää joitakin aikaisempia, epäjohdonmukaisia tuloksiamme, joissa KLK4 näytti toisinaan aktivoivan VEGF-C:tä heikosti soluviljelyssä). Ei ole yllättävää, että monet osallistujat olivat kiinnostuneita havainnoistamme, joiden mukaan KLK3/PSA voi aktivoida kasvutekijöitä VEGF-C ja VEGF-D, jotka molemmat liittyvät syövän etenemiseen, erityisesti etäpesäkkeiden muodostumiseen. He vahvistivat, että KLK3/PSA-mutaatioiden vaikutuksesta ihmisen hedelmällisyyteen ei ole tehty kovin paljon tutkimusta, mutta olen varma, että joku tulee tutkimaan asiaa. Vaikka puheen pitämistä pidetään arvokkaampana kuin posteriesitystä, minun on harkittava asiaa uudelleen ja ehkä esitän ensi kerralla posterin. Mitä mieluiten tekisin: puhuisin JA esittelisin posterin. Miksi niin harvat konferenssit tarjoavat tämän mahdollisuuden? Kuinka syvälle aiheeseen voi sukeltaa, jos lavalla on aikaa vain 15 minuuttia? Onko konferenssiosallistujien keskittymiskyky todella heikentynyt viime vuosikymmeninä Facebookin, YouTuben ja Instagramin vuoksi? Ehkä: https://www.telegraph.co.uk/science/2016/03/12/humans-have-shorter-attention-span-than-goldfish-thanks-to-smart/The konferenssin ilmapiiri oli todella ystävällinen ja yhteistyöhaluinen, ehkä myös suhteellisen pienen osallistujamäärän ansiosta. Jos meidän todella pitäisi laajentaa tutkimustamme KLK-alalle, minulla on monia asiantuntijoita, joilta voin pyytää apua. Tapasin myös joitakin Prahan Kaarlen yliopiston tutkijoita, jotka tekevät imusuonitutkimusta, ja näyttää siltä, että voimme auttaa toisiamme omien kokeellisten mahdollisuuksiemme puitteissa. Kaiken kaikkiaan matka oli erittäin onnistunut. Poikkeuksena oli Lufthansan paluulento, joka saapui Frankfurtin kautta niin myöhään, etten ehtinyt tehdä siellä ostoksia paluumatkalla kuten olin alun perin suunnitellut (monet kaupat Saksassa sulkevat ovensa klo 17).

PoGo

Sun, 22 Sep 2019 00:00:00 +0000

Jos etsit PoGo-pelaajien MarMiJe:n tai JelMicMar:n tunnuksia vaihdon tai raidan järjestämiseksi, lähetä minulle sähköpostia osoitteeseen michael@jeltsch.org ! Vaikka PoGoa mainostettiin yhteisöpelinä, on paradoksaalisesti mahdotonta lähettää viestejä ystäville pelin sisällä. Se ei ole ongelma niille ystäville, jotka kuuluvat todelliseen elämääsi, mutta miten voit ottaa yhteyttä toisesta maasta kotoisin olevaan parhaaseen ystävään, jonka kanssa olet vaihtanut lahjoja joka ikinen päivä kolmen kuukauden ajan?

Suomenkielinen tiivistelmä eLIFE-jutustamme Duodecim lehdessä

Sun, 25 Aug 2019 00:00:00 +0000

Suomalaisessa lääketieteellisessä aikakauslehdessä Duodecimassa löytyy suomenkielinen tiivistelmä viimeaikaisesta tutkimuksestamme, jonka mukaan PSA (eturauhaspesifinen antigeeni) aktivoi VEGF-C:tä ja VEGF-D:tä: Eturauhassyövän merkkiaine PSA aktivoi syövän leviämiseen osallistuvia veri- ja imusuonikasvutekijöitä ( https://www.duodecimlehti.fi/lehti/2019/15/duo15024 ).

Nautilus (Ubuntun tiedostonhallintaohjelma) ja kirjanmerkit

Tue, 06 Aug 2019 00:00:00 +0000

Aivan aikoinaan Ubuntun tiedostonhallinnan kirjanmerkit tallennettiin suoraan näkymättömänä tiedostona kotikansioon ($HOME/.gtk-bookmarks). Versiosta 14.04 lähtien ne ovat olleet piilossa kahden tason syvyydessä kansiossa $HOME/.config/gtk-3.0/bookmarks. Ja jos mietit, missä Nautilus-skriptit ovat, ne löytyvät nykyään kansiosta $HOME/.local/share/nautilus/scripts/.

LVM2:n manuaalinen liittäminen

Fri, 02 Aug 2019 00:00:00 +0000

Kaikki komennot suoritetaan sudo-oikeuksilla:

vgscan (--mknodes)
vgchange -ay (volumegroupname)
(lvdisplay or lvs or ls -l /dev/volumegroupname/)
mkdir -vp $PATH/{home,root} (to make a moint point)
mount /dev/volumegroupname/home $PATH/home
mount /dev/volumegroupname/root $PATH/root
(ls -al $PATH/home)

Proteiinien puhdistuskurssi 2019

Wed, 31 Jul 2019 00:00:00 +0000

Järjestämme jälleen joulukuussa laboratoriossamme DPBM-proteiinien puhdistuskurssin. Varmista paikkasi, sillä tämä käytännönläheinen kurssi on suosittu ja paikkoja on vain 16. Voit tuoda mukanasi oman proteiinin, ja räätälöimme kurssiohjelman juuri sinun tarpeidesi mukaan!Lisätietoja: http://research.med.helsinki.fi/corefacilities/b3p/teaching.htmlRegistration : https://courses.helsinki.fi/en/dpbm-135/131042336

Kuinka ottaa käyttöön salasanattomat kirjautumiset palvelimelle

Wed, 24 Jul 2019 00:00:00 +0000

Ota palvelimella käyttöön root-kirjautuminen salasanalla. Tätä varten sinun on muokattava tiedostoa /etc/ssh/sshd_config. Muokkaa ”PermitRootLogin”-merkillä alkavia rivejä seuraavasti: #PermitRootLogin prohibit-password PermitRootLogin yes
Käynnistä sshd-palvelin uudelleen: sudo systemctl restart sshd
Kopioi asiakaskoneelta julkisen avaimen tiedostot palvelimelle ssh-copy-id-komennolla: ssh-copy-id root@server
Poista palvelimella käytöstä root-käyttäjän kirjautuminen salasanalla ja ota käyttöön root-käyttäjän kirjautuminen julkisen avaimen todennuksella:PermitRootLogin prohibit-password#PermitRootLogin yes

Käsikirjoitusten arviointi PDF-tiedostoihin tehtyjen merkintöjen avulla

Fri, 28 Jun 2019 00:00:00 +0000

Tieteelliseen vertaisarviointiin tarkoitetut käsikirjoitukset toimitetaan PDF-tiedostoina. Siksi tuntuu luonnollisimmalta tehdä huomautuksia suoraan PDF-tiedostoon sen sijaan, että kommentit lähetettäisiin erillisenä tekstitiedostona. Monet julkaisujärjestelmät eivät kuitenkaan salli kommenttien lähettämistä merkittyjen PDF-tiedostojen muodossa.Lisäksi Linuxille (jota käytän) ei ole helppokäyttöistä ilmaista tai avoimen lähdekoodin PDF-editoria. Kyllä, on olemassa PDFEdit ( http://pdfedit.cz/en/index.html) , mutta sen käyttö vaatii paljon opettelua, ja sen viimeisin versio on vuodelta 2012. Verkossa on ilmaisia PDF-muokkausohjelmia (esim. https://www.pdfescape.com/) , mutta joskus tarvitsen paikallista työkalua. Vaikka se ei ole avoimen lähdekoodin ohjelmisto eikä ilmainen, valitsemani työkalu on ollut PDF Studio Pro . Siinä on kaikki tarvitsemani ominaisuudet (itse asiassa paljon enemmän kuin tarvitsen), se on aidosti monialustainen (Windows, Mac, Linux), helppokäyttöinen ja erittäin edullinen siihen nähden, mitä se tarjoaa (129 dollaria kertaluonteisesta pysyvästä lisenssistä). Valitettavasti Quoppa Software – PDF Studion kehittäjä – ei tarjoa akateemisia alennuksia.PDF Studio ViewerJokin aika sitten PDF Studion kehittäjät alkoivat tarjota ilmaista versiota nimeltä PDF Studio Viewer . Tämä ilmainen versio on tullut ajan myötä yhä hyödyllisemmäksi. Viime vuodesta lähtien se tukee myös PDF-merkintöjä, mikä on erittäin tärkeää työssäni, etenkin kun arvioin tieteellisiä käsikirjoituksia vertaisarviointina. Monille akateemisille käyttäjille PDF Studio Viewer saattaa olla täysin riittävä.LibreOffice ja InkscapeTietenkin LibreOffice Draw ja Inkscape pystyvät muokkaamaan PDF-tiedostoja, mutta ne eivät ole erikoistuneet merkintöjen tekemiseen. Jos joudut tekemään laajoja merkintöjä, prosessista tulee pian hyvin työläs. Lisäksi Inkscapen muokkaus voi olla tuhoisaa (esim. kun muokkaat tekstiä), mutta olen käyttänyt sitä esimerkiksi lomakkeiden täyttämiseen.Sen lisäksi, että erillisiä merkintä- ja tarkistustyökaluja (kuten ”korvaa teksti”, ”yliviivaa teksti”, ”poista teksti”, ”lisää teksti” tai selitystekstejä) puuttuu, LibreOffice Draw on itse asiassa varsin pätevä PDF-editori, mutta se ei silti aina onnistu avaamaan hyvin monimutkaisia PDF-tiedostoja oikein (minulla on ollut ongelmia taustakuvien/kuvioiden kanssa). Outoa kyllä, ainoaa tarkistustyökalua (kommentteja) ei viedä oletuksena. Sinun on valittava ”Vie kommentit” -valintaruutu, kun viet muokatun PDF-tiedoston PDF-muodossa (”Tallenna”-toiminto luo ODG-tiedoston, jota et todennäköisesti halua).PDFsamJos sinulla ei ole tarvetta lisätä merkintöjä, saatat pärjätä avoimen lähdekoodin työkalulla PDFsam . Toisin kuin PDFEdit, PDFsam on saatavilla Ubuntun pakettivarastoista. PDFsamista on saatavilla myös kaksi maksullista versiota ( PDFsam Enhanced ja PDFsam Visual ). PDFsam Basic (avoimen lähdekoodin versio) on vain yksinkertainen graafinen käyttöliittymä, joka toimii joidenkin komentoriviohjelmien päällä, kun taas PDF Studio Viewer tarjoaa aidon visuaalisen muokkauskokemuksen. En voi puhua PDFsamin maksullisista versioista, koska niitä ei ole saatavilla ilmaisina kokeiluversioina. Itse asiassa kaikki PDFsamin toiminnot voidaan suorittaa komentoriviltä (katso täältä blogikirjoitukseni siitä, miten yleisiä PDF-muokkaustehtäviä suoritetaan pääasiassa komentorivityökalulla pdftk ).Tiedostokoon pienentäminenPDFsam Basic ja PDF Studio Viewer eivät tarjoa mitään toimintoja tiedostokoon pienentämiseen. LibreOffice Drawin PDF-vienti-valintaikkunassa voit pienentää kuvan resoluutiota ja JPEG-pakkausta, minkä avulla voit pienentää tiedostokokoa. Avoimen lähdekoodin alalla ainoat työkalut, joilla PDF-tiedoston kokoa voi pienentää, näyttävät kuitenkin olevan komentorivityökalut. Käytän tähän tehtävään ghostscript -ohjelmaa, mutta komentoa ei ole helppo muistaa:gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/screen -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdfPDF Studio Pron avulla sinun ei tietenkään tarvitse muistaa eri avainsanoja eri tulostuslaatuasetuksille (näyttö, e-kirja, tulostin, painovalmistelu), sillä voit valita käytettävissä olevista vaihtoehdoista suoraan pudotusvalikosta. Jos etsit avoimen lähdekoodin graafista kääreohjelmaa Ghostscriptille, kokeile esimerkiksi workerPdf . Asiakirjojen allekirjoittaminen ja allekirjoitusten lisääminen PDF Studio Viewerilla voit allekirjoittaa asiakirjoja, jos sinulla on DocuSign-tilaus . Minua kiinnostaa kuitenkin lähinnä se, että voin itse todistaa luoneeni tietyn asiakirjan (“itse allekirjoitettu allekirjoitus”), enkä niinkään sitä, että muut voivat vahvistaa tekijyyteni. Tässä tilanteessa PDF Studio Viewer ei valitettavasti auta. Eikä ilmeisesti PDFSam tarjoa mitään mahdollisuutta allekirjoittamiseen (ei itseallekirjoitusta eikä kolmannen osapuolen allekirjoitusta). Libre Office Draw sen sijaan mahdollistaa asiakirjojen allekirjoittamisen! Olen etsinyt edullista ratkaisua (ei itse allekirjoitettua, mutta muiden PDF-lukijoiden luottamaa) PDF-asiakirjojen allekirjoittamiseen, mutta sopivaa ratkaisua ei näytä löytyvän, jos allekirjoittamista tarvitaan vain harvoin. DocuSignin peruspaketti (10 dollaria/kk) tuntuu liian kalliilta, kun allekirjoitetaan vain yksi asiakirja kuukaudessa.YhteenvetoJos haluat pysyä ilmaisten tai avoimen lähdekoodin ratkaisujen parissa, joudut todennäköisesti yhdistämään useita työkaluja, jotta kaikki tyypilliset PDF-muokkaustehtävät sujuvat vaivattomasti: PDFsam Basic, LibreOffice Draw, PDF Studio Viewer ja ghostscript. Mutta jos muokkaat PDF-tiedostoja usein (kuten minä), PDF Studio Pron ostaminen on selvästi paras vaihtoehto.

Ubuntu 18.04:n käynnistysviestit

Tue, 25 Jun 2019 00:00:00 +0000

Vaihdettuani tietokonetta (mutta pysyessäni samassa Ubuntu-versiossa) kopioin OpenVPN-asetukseni (/etc/openvpn) uuteen järjestelmään. Kun käynnistin tietokoneen seuraavan kerran, sain käynnistyksen aikana oudon pyynnön syöttää käyttäjätunnukseni ja salasanani. Missään ei mainittu, mihin tarkoitukseen tietoja tarvittiin, joten jouduin arvaamaan. Lisäksi ohjelmassa oli vika, jonka vuoksi minun piti painaa Enter-näppäintä kahdesti käyttäjätunnuksen ja salasanan syöttämisen jälkeen. Vika näytti johtuvan OpenVPN:stä, joka yritti oletuksena käynnistää kaikki /etc/openvpn-kansiossa löytämänsä OpenVPN-määritykset. Vanhalla järjestelmälläni olin asettanut, ettei mitään käynnistettäisi automaattisesti. Ja tietenkin tämä asetus ei ole /etc/openvpn-hakemistossa, vaan /etc/default/openvpn-hakemistossa. Automaattisen käynnistymisen estämiseksi sinun on poistettava kommenttimerkki riviltä #AUTOSTART="none".Jotta voisin selvittää, mikä prosessi pyysi salasanaa käynnistyksen aikana, minun piti tarkastella kaikkia käynnistysviestejä. Tämä tehdään painamalla Esc-näppäintä pian käynnistyksen jälkeen, jolloin GRUB-käynnistysvalikko tulee näkyviin (jos koneellasi on asennettuna vain Ubuntu; muussa tapauksessa näet käynnistysvalikon oletuksena). Paina vain e-näppäintä siirtyäksesi muokkaus tilaan. Täällä muokkaat riviä, joka alkaa sanalla linux, ja poistat kaksi sanaa ”silent splash”. Sen jälkeen painat F10-näppäintä käynnistysprosessin aloittamiseksi.

Kasvutekijän VEGF-C:n uudenlaisen hyödyntämisen

Sat, 22 Jun 2019 00:00:00 +0000

eLIFE-tiivistelmässä esitellään tuore julkaisumme VEGF-C:stä ( https://elifesciences.org/digests/44478/re-purposing-the-growth-factor-vegf-c ). Vaikka tutkimuksessamme ei syvennetty VEGF-C:n toimintaa lisääntymisen yhteydessä, arvioijien kommentit ja vastauksemme (otsikon ”Author response” alla) antavat enemmän tietoa kuin itse julkaisu. Emme sisällyttäneet siittiöiden liikkuvuutta koskevia tietoja käsikirjoitukseen. Vaikka tulokset olivat toisinaan suuruudeltaan hämmästyttäviä, emme aina mitanneet siittiöiden liikkuvuuden lisääntymistä aktiivisen VEGF-C:n vaikutuksesta. Kuten yleisesti tiedetään, siittiöt biologisena näytteenä ovat koostumukseltaan ja laadultaan erittäin vaihtelevia. Mielenkiintoista on, että kaksi vuotta sitten eLIFE-lehdessä julkaistu artikkeli tarjoaa lisätietoa siitä, mistä tässä saattaisi olla kyse: Sperman kilpailuriski ohjaa siemennesteen välittämiä nopeita ejakulaation sopeutumisia . Tämä artikkeli osoittaa, että urokset säätelevät siittiöiden uintinopeutta nopeasti sosiaalisen tilanteen mukaan (naaraan tai uroskilpailijan läsnäolo). Mielestäni tällaisia tekijöitä näyttää olevan lähes mahdotonta hallita, kun kyseessä ovat ihmisperäiset näytteet…Otsikko viittaa kuitenkin monitulkintaisesti myös syöpään. Aineistomme perusteella arvelemme, että VEGF-C:n toimintaa voidaan muuttaa lymfangiogeenisestä angiogeeniseksi ja edelleen metastaaseja edistäväksi.

Ei merkittävää harppausta kohti autotonta kaupunkia

Fri, 14 Jun 2019 00:00:00 +0000

Suomen pääkaupunkiseudun joukkoliikenneyhtiö (HSL) on siirtynyt käyttämään uutta hinnoittelujärjestelmää . Aiemmin järjestelmä perustui kaupungin rajoihin. Tämä oli epäoikeudenmukaista: yhden kilometrin matka saattoi maksaa yli 4 euroa, jos se sattui ylittämään kaupungin rajan, kun taas 20 kilometrin matka (esim. Lauttasaaresta Vuosaarelle) saattoi maksaa vain 2,2 euroa. Nyt pääkaupunkiseutu on jaettu samankeskisiin vyöhykkeisiin Helsingin keskustan ympärille, ja hinta määräytyy sen mukaan, mihin ja kuinka moniin vyöhykkeisiin matkan aikana astutaan. Matkat maksetaan sähköisellä matkakortilla, johon voi ladata joko ”aikaa” (viikko-, kuukausi- tai kausilippu) tai ”arvoa” (yksittäisten matkojen maksamiseen).Useimmille hieman halvempaa, mutta ei kaikilleLupauksena oli, että järjestelmä ei tule kalliimmaksi, mutta tämä ei selvästikään päde kaikkiin. Niille, jotka käyttävät kertalippuja, hinnankorotus on huomattava. Kertalipun hinta AB-vyöhykkeellä nousi 2,2 eurosta 2,8 euroon, mikä on yli 27 prosenttia. Toisaalta lippu on nyt voimassa 80 minuuttia (aiemman 60 minuutin sijaan), ja alue, jolla uudella lipulla voi matkustaa, on laajentunut (lähinnä länteen kohti Espoota). Nämä lisäparannukset koskevat kuitenkin vain rajallista määrää asiakkaita, sillä valtaosa matkoista kestää alle 60 minuuttia ja pysyy AB-vyöhykkeen Helsingin alueella. Lisäksi pelkästään raitiovaunulla käytettävät kertaliput on poistettu käytöstä. Nämä raitiovaunuliput olivat huomattavasti halvempia kuin tavalliset liput, joilla voi matkustaa millä tahansa joukkoliikennevälineellä. Suomalaisessa lehdistössä on useita artikkeleita lippu-uudistuksen häviäjistä, esimerkiksi Talouselämässä: https://www.talouselama.fi/uutiset/hsln-lippu-uudistuksen-haviajat-ratikkamatkustajat-kolmannen-vyohykkeen-kautta-kulkevat-ja-vain-helsingissa-matkustavat/703ca51a-c6b8-3b71-9804-9f35ad89eeaa . LupauksetOmat joukkoliikennemenoni ovat nousseet jyrkästi (noin 25 %), koska olen käyttänyt pääasiassa kertalippuja AB-vyöhykkeen Helsingin osassa. Tämä ei olisi suuri ongelma, jos HSL olisi pitänyt lupauksensa tarjota huomattavaa alennusta käyttäjille, jotka pitävät automaattisesti uusittavan kausilipun voimassa vähintään vuoden ajan. En kuitenkaan löydä tätä lupausta enää edes HSL:n verkkosivuilta. Kun kysyin asiasta HSL:n asiakaspalvelusta, minulle kerrottiin, että tällaisen alennuksen käyttöönottoa valmistellaan, mutta sen valmistumisajankohtaa ei voida vielä ilmoittaa. Tämä muistutti minua edellisestä hinnoittelujärjestelmän päivityksestä, jolloin HSL lupasi ottaa käyttöön lisälipun Helsingissä voimassa olevien kuukausilippujen haltijoille, jotta he voisivat laajentaa matkustusaluettaan ilman tarvetta ostaa täyshintaista lippua koko Suur-Helsingin alueelle (”seutulippu”).Ei harppaus kohti autotonta kaupunkiaVaikka lippujärjestelmän uudistus onkin kokonaisuudessaan ehkä pieni askel oikeaan suuntaan, se on kaukana houkuttelevasta tarjouksesta, joka saisi autoilijat siirtymään joukkoliikenteen käyttäjiksi. Tarvitaan paljon enemmän rohkeutta ja isompia askelia, jos Helsinki haluaa vakavasti tehdä yksityisauton omistamisesta turhaa vuoteen 2025 mennessä . C-vyöhykkeellä asuville lapsiperheille auto on taloudellisestikin edelleen liian kilpailukykyinen vaihtoehto joukkoliikenteeseen verrattuna (ABC-lippu kahdelle aikuiselle ja kahdelle lapselle vuodeksi: ~3500 €).

Lymfologinen (perus)tutkimus: miten se toimii?

Wed, 29 May 2019 00:00:00 +0000

Esitelmä Saksan lymfologian seuran 43. vuosikongressissa

PD Dr. Michael Jeltsch Helsingin yliopisto & Wihuri-tutkimuslaitos Haartmaninkatu 8 FIN-00290 Helsinki, Suomi michael@jeltsch.org

KLK3/PSA ja katepsiini D aktivoivat VEGF-C:tä ja VEGF-D:tä

Sat, 18 May 2019 00:00:00 +0000

Eturauhaskohtainen antigeeni (PSA) tunnetaan hyvin – ainakin ikääntyneiden miesten keskuudessa – eturauhassyövän merkkiaineena, mutta harvat tietävät sen fysiologisen tehtävän: Siittiösolut ovat vangittuna tuoreessa siemennesteessä, jonka koostumus on hyytelömäinen. Spermien vapauttamiseksi siemennesteen on nesteytyttävä, ja juuri tämä nesteyttäminen on PSA:n tehtävä. Monille yllättävää on myös se, että tutkijat eivät vieläkään tiedä, miksi korkeat PSA-arvot liittyvät eturauhassyöpään. Eilen eLIFE-lehdessä julkaistussa uusimmassa tutkimuksessamme olemme ottaneet suuren askeleen eteenpäin PSA:n roolin ymmärtämisessä sekä lisääntymis- että syöpäbiologiassa.Näyttää siltä, että PSA (tunnetaan myös nimellä kallikreiiniin liittyvä peptidaasi 3 – KLK3) ja toinen entsyymi, nimeltään katepsiini D , voivat aktivoida kahta kasvutekijää, joiden on todettu vaikuttavan syövän etenemiseen: VEGF-C ja VEGF-D . Nämä kasvutekijät todennäköisesti edistävät kasvaimen angiogeneesiä ja lymfangiogeneesiä. Indusoimalla angiogeneesiä – verisuonten kasvua – kasvain varmistaa oman ravinteiden ja hapen saannin. Tällainen verenkierto on välttämätöntä, jotta kasvain voi kasvaa muutaman millimetrin koon yli. Vastaavasti kasvaimen lymfangiogeneesi tapahtuu, kun kasvain indusoi imusuonten kasvua, ja se liittyy läheisesti kasvaimen imusuonien kautta tapahtuvaan leviämiseen (metastaasiin).Sekä VEGF-C että VEGF-D tuotetaan inaktiivisina esiasteina (pro-VEGF-C, pro-VEGF-D), ja ne on aktivoitava, jotta ne voivat indusoida verisuonten tai imusuonten kasvua. Vuonna 2014 tunnistimme ADAMTS3:n eli entsyymin, joka aktivoi VEGF-C:n alkionkehityksen aikana – mikä myös edellyttää verisuonten kasvua – ( Jeltsch et al. ). Oli kuitenkin epäselvää, onko sama entsyymi vastuussa myös patologisesta verisuonten kasvusta. Nyt näyttää todennäköiseltä, että patologisessa verisuonten kasvussa käytetään erilaisia entsyymejä, ja PSA sekä katepsiini D ovat nousseet pääepäillyiksi. Seuraavissa kokeissamme testaamme, voimmeko hidastaa tai pysäyttää syövän kasvua estämällä näiden entsyymien toimintaa.

1000+ viittausta

Wed, 15 May 2019 00:00:00 +0000

Ensimmäinen julkaisuni, joka ylitti 1000 viittauksen rajan, oli Gerhardt ym. 2003 . ”Tip cell -konseptillaan” se loi uuden paradigman verisuonibiologian tutkimukselle: kaikki endoteelisolut eivät ole samanlaisia, ja tip cell on erikoistunut solu, joka merkitsee angiogeenisen verson eturintamaa. Oma panokseni oli kuitenkin rajallinen (7. sija 11 kirjoittajasta): tuotin suurimman osan tutkimuksessa tarvituista proteiineista. Tänä keväänä Jeltsch ym. 1997 ylitti ensimmäistä kertaa 1000 viittauksen rajan. Artikkelissa kuvataan hiiri, jonka ihossa VEGF-C:tä ilmentyy liikaa. Se on kaikkien aikojen ensimmäinen in vivo -osoitus lymfangiogeenisestä kasvutekijästä. Vaikka se ei luo uutta paradigmaa, se merkitsee lymfaattisen tutkimuksen molekyyliaikakauden alkua . Kuinka suuri osuus artikkeleista saavuttaa yli 1000 viittausta? Luku vaihtelee tieteenalojen välillä, mutta esimerkiksi https://en.wikipedia.org/wiki/Citation_impact -sivuston mukaan keskimäärin alle yksi 4000:sta. Vertaa tätä keskimääräiseen artikkeliin, joka saa 7,8 viittausta. Ja jopa tähän keskiarvoon vaikuttavat voimakkaasti muutamat erittäin paljon siteeratut artikkelit ( samoin kuin vaikutuskerroin ). Viittausten mediaani on 4, mikä tarkoittaa, että lähes puolella kaikista artikkeleista on alle 4 viittausta (katso täältä ).

Käytetäänkö Ubuntu 18.04:ssä edelleen SSD-asemaa swap-tilaan?

Fri, 10 May 2019 00:00:00 +0000

Ubuntu 18.04:n kaksilevyisessä kokoonpanossa (/ SSD-levyllä, /home pyörivällä levyllä) Ubuntu 18.04 on silti oletusarvoisesti käyttänyt SSD-levyn swap-tilaa, vaikka pyörivällä levyllä oli samankokoinen swap-osio. Kyseessä ei ollut uusi asennus, vaan järjestelmän päivitys versiosta 16.04 (jossa olin luonut swap-osion manuaalisesti pyörivälle levylle SSD:n säästämiseksi). Linux pystyy tunnistamaan, onko levy pyörivä vai ei, mutta ilmeisesti asennus-/päivitysskripti ei ollut kovin älykäs. Mitkä swap-osiot ovat käytettävissä? sudo fdisk -l[…]Levy /dev/sda: 74,5 GiB, 80026361856 tavua, 156301488 sektoriaYksiköt: sektorit, 1 * 512 = 512 tavuaSektorikoko (looginen/fyysinen): 512 tavua / 512 tavua I/O-koko (vähimmäis-/optimaalinen): 512 tavua / 512 tavua Levyn tunnisteen tyyppi: dos Levyn tunniste: 0x34836041Laite Käynnistys Alku Loppu Sektoreita Koko Tunnus Tyyppi/dev/sda1 * 2048 148054782 148052735 70,6G 83 Linux /dev/sda2 148056062 156301311 8245250 4G 5 Laajennettu /dev/sda5 148056064 156301311 8245248 4G 82 Linux swap / SolarisDisk /dev/sdb: 931,5 GiB, 1000204886016 tavua, 1953525168 sektoriaYksiköt: sektorit, 1 * 512 = 512 tavuaSektorikoko (looginen/fyysinen): 512 tavua / 512 tavua I/O-koko (vähimmäis-/optimaalinen): 512 tavua / 512 tavua Levyn tunnisteen tyyppi: dos Levyn tunniste: 0xf6870277Laite Käynnistys Alku Loppu Sektoreita Koko Tunnus Tyyppi /dev/sdb1 2048 8390655 8388608 4G 82 Linux swap / Solaris/dev/sdb2 8390656 1953525167 1945134512 927,5G 83 Linux[…]Tarkistetaan, mikä levy on SSD:cat /sys/block/sda/queue/rotational0cat /sys/block/sdb/queue/rotational1Mitä swap-osiota käytetään?more /etc/fstab[…]# swap sijaitsi asennuksen aikana /dev/sda5:llä UUID=fdb5ad84-f758-4326-a6c8-7adf91d21079 none swap sw 0 0[…]Tarkista, vastaako UUID SSD-levyä: sudo blkid /dev/sda5 /dev/sda5: UUID="fdb5ad84-f758-4326-a6c8-7adf91d21079" TYPE="swap" PARTUUID="34836041-05"

Hae menestyksekkäästi Helsingin yliopistoon

Sun, 28 Apr 2019 00:00:00 +0000

Mitkä ovat mahdollisuuteni päästä Helsingin yliopiston maisteriohjelmaan?

Tämä vaihtelee suuresti vuosittain ja eri ohjelmien välillä. Useimpien yksittäisten koulutusohjelmien hyväksymisprosentit ovat vaihdelleet 5–40 prosentin välillä, ja suosittujen koulutusohjelmien, kuten Ympäristömuutokset ja globaali kestävyys tai Taloustiede alimmillaan ja esim. Metsätieteet ja Teoreettiset ja laskennalliset menetelmät yläpäässä.

Linuxin kopiointikomento (cp)

Wed, 17 Apr 2019 00:00:00 +0000

Jos haluat kopioida kaikki xml-tiedostot yhdestä hakemistosta toiseen korvaamatta samannimisiä olemassa olevia tiedostoja: cp -vnpr /source/*.xml /destination

Suomen sosiaalidemokraattien niukka voitto äärioikeistolaisista Perussuomalaisista

Mon, 15 Apr 2019 00:00:00 +0000

Eiliset parlamenttivaalit Suomessa olivat dramaattisempia kuin aikoihin. Monet äänestäjät jännittivät aamuyöhön asti, sillä hetken aikaa näytti siltä, että äärioikeistolainen Perussuomalaiset-puolue muodostaisi Suomen eduskunnan suurimman ryhmän ja saisi siten perinteisesti etusijan hallitusneuvotteluissa. Sosiaalidemokraattien lopullinen etumatka Perussuomalaisiin oli vain 0,2 %, eli hiuksenhieno. Vaikka sosiaalidemokraatit muodostavat ensimmäistä kertaa vuoden 1999 jälkeen jälleen suurimman ryhmän, ilo on hillittyä. Koska yksikään puolue ei saavuttanut yli 20 prosenttia äänistä, hallituksen muodostaminen tulee olemaan vaikeaa. Kaikki demokraattiset puolueet olivat jo ennen vaaleja sulkeneet pois mahdollisuuden koalitioon Perussuomalaisten kanssa. Joidenkin toivoma äärioikeistolaisten Perussuomalaisten heikkeneminen puolueen hajoamisen seurauksena alle kaksi vuotta sitten ei toteutunut, mikä tekee Perussuomalaisten vaalimenestyksestä sitäkin huolestuttavamman. Suomalainen strategia, jonka tarkoituksena oli heikentää äärioikeistopuolueiden vetovoimaa ottamalla ne nimenomaisesti mukaan politiikkaan, on siten todennäköisesti osoittautunut virheeksi. Perusfinnien kaksi keskeistä kantaa olivat tiukennettu maahanmuutto- ja pakolaispolitiikka sekä ehkä kaikkien puolueiden vähiten painottama asia: ympäristönsuojelu ja erityisesti ilmastonmuutoksen torjunta. Molemmissa kysymyksissä Perusfinnit eroavat perustavanlaatuisesti lähes kaikista muista puolueista. Perinteisesti suomalainen politiikka on kuitenkin konsensuspolitiikkaa, ja muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta koalitio on mahdollinen minkä tahansa puolueen ja minkä tahansa toisen puolueen välillä. Tällä hetkellä näyttää vielä siltä, että kaikki demokraattiset puolueet pitävät vaalilupauksensa olla muodostamatta koalitiota Perussuomalaisten kanssa. Sosiaalidemokraattien todennäköinen tuleva pääministeri Antti Rinne korosti vaalivalvonnan jälkeisessä haastattelussa jälleen kerran Peruspuolueen kantojen yhteensopimattomuutta sosiaalidemokraattisten arvojen kanssa ja totesi, ettei hän voi millään hyväksyä ihmisten erilaista kohtelua etnisen taustan tai ihonvärin perusteella.Periaatteessa vaaleissa oli kyse neljä vuotta virassa olleen pääministeri Juha Sipilän johtaman koalitiohallituksen tilinpäätöksestä. Juha Sipilä oli jo kuukausi sitten ilmoittanut hallituksensa erosta ja toimi virassaan vain väliaikaisesti, koska hän ei pystynyt täyttämään terveydenhuoltojärjestelmän uudistamista koskevia keskeisiä lupauksiaan tuen puutteen vuoksi. Suomen Keskustapuolueen Sipilä on (vai pitäisikö sanoa oli) talouselämästä politiikkaan siirtynyt uusien tulokkaiden edustaja. Vaikka myös konservatiivinen Kokoomus ja Perussuomalaiset (suomalainen vastine Saksan AfD:lle) kuuluivat tähänastiseen koalitiohallitukseen, vain Keskustapuolue sai äänestäjiltä rangaistuksen viime vuosien politiikasta kärsimällä yli 7 prosentin massiivisen äänetappion, joka oli puolueen huonoin tulos 100 vuoteen.Se, täyttyvätkö omat toiveeni koulutukseen ja tutkimukseen kohdistuvien investointien lisäämisestä, riippuu täysin sosiaalidemokraateista, ja siksi he saivatkin ääneni. Vaikka kaikki muutkin puolueet ovat luvanneet kaksinkertaistaa tutkimus- ja kehitystoiminnan menot pitkällä aikavälillä, ”mustan nollan” ideologia on suosittu myös Suomen konservatiivien keskuudessa. Ainakin konservatiivit ja Keskustapuolue ovat viimeisen 10 vuoden aikana jättäneet käyttämättä jokaisen tilaisuuden osoittaa, että investoinnit tulevaisuuteemme ja lapsiimme ovat heille tärkeitä. On kyllä outoa, että liikemiehille kuten Juha Sipilälle olisi vieras ajatus, että tulevaisuuteen on investoitava, jotta pysytään kilpailukykyisinä.

ChemBio Finland

Thu, 28 Mar 2019 00:00:00 +0000

Kahden vuoden välein järjestettävä ChemBio Finland -tapahtuma pidetään Helsingin messukeskuksessa tämän viikon keskiviikkona ja torstaina. Esittelin tärkeintä projektiaamme Suomen Akatemian ( http://www.aka.fi/fi/akatemia/media/Ajankohtaiset-uutiset/2019/tervetuloa-suomen-akatemian-osastolle-chembio-messuille/ ) osastolla. Paikalle saapui paljon kuulijoita kuulemaan työstämme, jossa pyrimme siirtämään in vitro -vasta-aineiden tuotantoteknologiat 2000-luvulle synteettisen biologian ja CRISPR-tekniikan avulla.

Salasanaton kirjautuminen graafisen käyttöliittymän ja ssh-oletusarvot

Mon, 25 Mar 2019 00:00:00 +0000

Käytän CSC:n pilvipalveluita, eivätkä ne salli SSH-kirjautumista perinteisellä käyttäjätunnuksen ja salasanan yhdistelmällä. Kun haluan luoda tiedostonhallintaohjelmaani (Nemo) kirjanmerkin, joka osoittaa tähän sijaintiin, minun on määritettävä kirjautumiseen käytettävä RSA-avaintiedosto. Komentorivillä se näyttää seuraavalta:

Lehden vaikutuskertoimen ja tieteellisen vaikutuksen välinen heikko korrelaatio

Wed, 13 Mar 2019 00:00:00 +0000

Lehden vaikutuskertoimen määritelmä Lehden X vaikutuskerroin (JIF tai lyhyesti IF) on kaikkien lehtien ja konferenssijulkaisujen ( Web of Science Core Collectionissa ) vuonna 2017 julkaistujen viittausten määrä lehdessä X julkaistuihin artikkeleihin jaettuna kahden edellisen vuoden (2016 ja 2016). JIF:n laskemisessa huomioidaan vain lehdet ja konferenssijulkaisut (ei kirjoja), ja lehdissä vain alkuperäisartikkelit ja katsausartikkelit (pääkirjoitukset, kirjeet ja konferenssiesitelmien tiivistelmät eivät lasketa mukaan). Kuten helposti voidaan havaita, tässä kuvauksessa on useita tekijöitä, jotka altistavat tulkinnalle ja ihmisten suorittamalle manipuloinnille. Ensinnäkin kaikki tieteellisessä lehdessä julkaistava teksti on luokiteltava (esim. onko kyseessä artikkeli vai kirje), ja tämän luokittelun tekevät ihmiset. Lisäksi Web of Science -ydinkokoelmaan sisällytettävien julkaisujen valinta ei ole kiinteä vakio, vaan luetteloa päivitetään dynaamisesti ihmisten toimesta.Web of Science vs. ScopusEntä lehdet, jotka eivät kuulu WoS:n ydinkokoelmaan? Olen julkaissut esimerkiksi artikkelin saksankielisessä lehdessä ( Lymphologie in Forschung und Praxis ). Tämä lehti ei kuulu mihinkään WoS-kokoelmaan. Alkuperäisistä epäilyksistä huolimatta tämä katsausartikkeli on kerännyt tähän mennessä 8 viittausta, mikä on huomattava menestys, kun otetaan huomioon, että tieteellisen julkaisun viittausten mediaani on neljä ( lähde ; katso myös tämä blogikirjoitus ). Miten voin ilmoittaa JIF-arvon, kun joissakin apurahahakemuksissa sitä vaaditaan?Onneksi Impact Factorilla on edelleen kilpailija, nimittäin Cite Score . Tämän luvun on keksinyt maailman suurin tieteellinen kustantaja Elsevier . Elsevier laskee myös viittauksia Scopus -tietokannassa. Scopus on vähemmän valikoiva lehtien valinnassa, ja suurin osa lehdistä, joita ei ole listattu WoS:n ydinkokoelmassa, löytyy Scopusista.**ResearchGate Journal Impact?**Mitä siis tehdä, jos lehteäsi ei ole luettelossa kummassakaan näistä kahdesta suuresta scientometrisestä palveluntarjoajasta? On vielä yksi mittari, jota voit käyttää, nimittäin ResearchGate . RG Journal Impact -mittaria ei ole dokumentoitu kovin hyvin (ainakaan en löytänyt siitä paljon tietoa), mutta oletettavasti siinä käytetään samanlaista menetelmää. On kuitenkin vaikea luottaa mittariin, jos ei tiedä, miten se lasketaan. Olen julkaissut täsmälleen yhden artikkelin, jota ei lasketa mukaan WoS:ssa eikä Scopusissa. Tämä johtuu kuitenkin siitä, että lehti ( Frontiers in Biotechnology and Bioengineering ) on vasta aloittanut toimintansa. Sen kustantaja on ilmoittanut, että lehti saa vaikutuskertoimen vielä tämän vuoden aikana ja että se tulee olemaan varsin hyvä. Toistaiseksi käytän RG Journal Impact -arvoa ( 3,02 ).Suuria eroja lehtien arvioinnissaVaikka Cite Scoren laskentatapa on hyvin samankaltainen kuin JIF:n, tuloksena saatavat luvut voivat olla yllättävän erilaisia. Tämän tekstin lopussa on vertailu JIF:n, Cite Scoren ja RG Journal Impactin välillä kolmelle eri lehdelle vuodelta 2015, joissa olen julkaissut. Yksi huomionarvoinen ero on se, että JIF ottaa huomioon kaksi edeltävää vuotta, kun taas Cite Score ottaa huomioon kolme edeltävää vuotta. Tämä ei kuitenkaan selitä suurinta osaa eroista. Cite Score on myös vähemmän valikoiva sisältötyypin suhteen: se laskee – toisin kuin JIF – mukaan myös pääkirjoitukset ja lukijakirjeet (yleensä se laskee kaiken).Heikko korrelaatioImpact-kerrointa käytetään väärin. Se kehitettiin lehtien arvioimiseksi (jotta kirjastonhoitajat voisivat päättää, tilataanko lehteä vai ei), ja sitä on sittemmin käytetty yksittäisten artikkeleiden ja jopa yksittäisten tutkijoiden arvioimiseen. Impact factorin ja todellisen tieteellisen vaikutuksen (esim. viittausten määrällä mitattuna) välinen korrelaatio on heikentynyt tasaisesti viime vuosikymmenien aikana (ks. esim. tämä tutkimus: https://arxiv.org/abs/1205.4328) . Oman kokemukseni perusteella voin vahvistaa tämän pitävän paikkansa, sillä JIF:n ja omien julkaisujeni todellisen viittausmäärän välinen korrelaatio on noin 0,32. Tämä on varsin huono tulos, jos tavoitteena on käyttää JIF:ää indikaattorina tieteellisen vaikutuksen ennustamiseksi tulevien viittausten perusteella.PÄIVITYSFrontiers in Biotechnology and Bioengineering -lehden vuoden 2018 vaikutuskerroin on 5,122 ( https://www.frontiersin.org/journals/bioengineering-and-biotechnology# ). Onnittelut!

Suurten kustantajien ja tiedeyhteisön välinen taistelu

Mon, 04 Mar 2019 00:00:00 +0000

Osallistuin viime viikon Townhall-keskusteluun Mikä on avoimen tiedon hinta? (”Mikä on tiedon hinnan?”), jonka taustalla oli se, että suomalaisilta yliopistoilta oli äskettäin evätty pääsy Tyler & Francis -konsernin julkaisemiin lehtiin. Mikael Laakso esitteli yleisölle avoimen julkaisemisen kysymyksen ja hintojen nousun aiheuttamat ongelmat, ja Arja Tuuliniemi kertoi käynnissä olevista neuvotteluista Tyler & Francisin ja Wiley-konsernin kanssa. Vaikka kustantajat mielellään esittävät itseään tutkijoiden ystävinä ja liittolaisina, tosiasia on, että suurin osa tieteellisestä kustantamoteollisuudesta on suurten monikansallisten pörssiyhtiöiden omistuksessa, jotka vastaavat ensisijaisesti osakkeenomistajilleen, ja tutkijoiden tarpeet ovat parhaimmassakin tapauksessa toissijaisessa asemassa. Vaikka voisi luulla, että sähköinen julkaiseminen laskee julkaisemisen ja julkaistun aineiston saatavuuden hintoja, todellisuus osoittaa juuri päinvastaista. Nykyisessä tilanteessa, jossa monet suomalaiset yliopistot kamppailevat supistuvien budjettien kanssa, nämä miljoonat eurot voitaisiin käyttää paremmin, ja FinElib-konsortio pyrkii jatkuvasti neuvottelemaan oikeudenmukaisia sopimuksia julkaisujättien, kuten Elsevier, Springer, Tyler & Francis, Wiley ja SAGE . Jos neuvottelut eivät tuota tulosta ennen vanhojen sopimusten päättymistä, suomalaiset yliopistot jäävät toisinaan ilman pääsyä joihinkin lehtiin. Näin on tapahtunut jälleen (vuoden 2016 vastaavan kriisin jälkeen). Tämän vuoden helmikuun alussa Taylor & Francis -konsernin julkaisemat lehdet eivät olleet suomalaisten tutkijoiden saatavilla. Plan S (eli Euroopan tutkimusneuvoston aloite, jonka mukaan kaikki valtion rahoittama tutkimus on julkaistava avoimesti vuoteen 2020 mennessä) vahvistaa varmasti FinElib-konsortion neuvotteluasemaa, koska kaikki eurooppalaiset asiakkaat mukauttavat vaatimuksiaan Plan S:n vaatimusten mukaisesti. On kuitenkin vielä epäselvää, miten Plan S vaikuttaa pienempiin, voittoa tavoittelemattomiin kustantajiin, kuten tieteellisiin seuroihin ( https://scholarlykitchen.sspnet.org/2018/12/06/why-society-and-not-for-profit-journals-are-worth-preserving-better-economic-and-continuing-value-for-the-community ). Henkilökohtainen mielipiteeni on, ettei paniikkiin ole aihetta. Vastaava Elsevierin julkaisujen saatavuuden keskeyttäminen tapahtui tämän vuoden (2019) alussa kaikissa Max-Planck-instituuteissa, ja tutkijat näyttävät suhtautuvan siihen varsin hyvin. Vaikka en ehkä pääsekään heti käsiksi kaikkeen sisältöön, tätä tilannetta tulisi pikemminkin pitää mahdollisuutena. Pääset edelleen käsiksi kaikkeen tarvitsemaasi sisältöön (ehkä erittäin harvoja poikkeuksia lukuun ottamatta).

Swappiness-arvon muuttaminen Linuxissa ja SSD:llä

Tue, 19 Feb 2019 00:00:00 +0000

Swappiness-parametri löytyy kohdasta /proc/sys/vm/swappiness

”0” tarkoittaa ”siirrä välimuistiin levylle vain, kun se on ehdottomasti välttämätöntä”
”100” tarkoittaa ”siirrä välimuistiin levylle välittömästi”

Jos käytät käyttöjärjestelmääsi SSD-levyltä, et ehkä halua käyttää oletusarvoa 60, varsinkaan jos sinulla on kohtuullisesti RAM-muistia (16 tai 32 GB). SSD-aseman käyttöiän pidentämiseksi suorita komento sudo sysctl vm.swappiness=10. Asetus kuitenkin katoaa uudelleenkäynnistyksen jälkeen, ja jotta se olisi pysyvä, sinun on lisättävä seuraava rivi tiedostoon /etc/sysctl.conf: vm.swappiness=10

Ryhmäkansioiden liittäminen fstab-tiedoston kautta

Mon, 11 Feb 2019 00:00:00 +0000

Helsingin yliopistossa voi hakea ryhmäkansioita, jotka ovat yksinkertaisesti NAS-laitteella olevaa levytilaa. Nämä on helppo liittää, kun käytät yliopiston hallinnoimaa tietokonetta yliopiston valikon kautta, mutta entä jos käytät omaa konettasi? Ainakin Ubuntu Linuxissa näiden hakemistojen liittämistapa on muuttunut useita kertoja vuosien varrella, ja se lakkasi toimimasta jälleen äskettäin. Nykyinen merkintä /etc/fstab-tiedostossa omassa (tavallisessa, yliopiston hallinnoimattomassa) Ubuntu 16.04 -järjestelmässäni on seuraava:# HY-ryhmäkansiot//group2.ad.helsinki.fi/h204 /home/local_username/GROUP-drive cifs noauto,user,user=hy_username,nobrl,uid=1000,gid=1000,file_mode=0666,dir_mode=0777 0 0Sen jälkeen voit yksinkertaisesti suorittaa komennon “mount /home/local_username/GROUP-drive”, jolloin sinulta kysytään HY-salasanaasi. Luku 2 ja merkkijono ”h204” palvelimen osoitteessa (group2.ad.helsinki.fi/h204) viittaavat kustannuspaikkaan, joka tässä tapauksessa on H2042 (otetaan kustannuspaikan merkkijonon ensimmäinen numero ja neljä ensimmäistä merkkiä). Tässä on ohjeita siitä, miten se tehdään manuaalisesti Macintosh-tietokoneella:https://helpdesk.it.helsinki.fi/en/instructions/saving-and-sharing/group-storage-space/remote-access-home-and-group-directory-mac

Hapateella leivottu täysjyväleipä

Sat, 09 Feb 2019 00:00:00 +0000

Perinteinen suomalainen leipä valmistetaan rukiista ja hapanleivän taikinasta. Tämä vaatii ammattitaitoa, etenkin jos noudatetaan ”puristista” lähestymistapaa ja käytetään ainoastaan täysjyväruisjauhoa, vettä, suolaa ja hapanleivän taikinaa. Suurinta osaa kaupalliseen myyntiin tarkoitetusta ruisleivästä ei ole leivottu näiden purististen sääntöjen mukaisesti. Toisin kuin ruis, vehnä on leivonnassa paljon vähemmän ongelmallista. Vehnän maine on kuitenkin viime aikoina kärsinyt sen korkean gluteenipitoisuuden vuoksi. Tämä on suurelta osin perusteetonta, sillä vehnän korkea gluteenipitoisuus oli yksi satojen vuosien jalostustyön tärkeimmistä tavoitteista. Gluteeni ei ole pelkästään proteiini (ja siten tärkeä osa viljapainotteista ruokavaliota), vaan vehnägluteeni on erityisen tahmeaa ja pitää siten leivän rakenteen koossa. Minulla on noin 30 vuoden kokemus täysjyvävehnäleivän leipomisesta käyttäen hiivaa kohotusaineena. Viime viikolla haastoin kuitenkin itseni valmistamaan hapanleipää. En vielä ruisleipää, vaan vehnähapanleipää. Valmistin hapanleivän itse. Lisäsin alussa hieman hiivaa ja jogurttia toivoen, että ne pitäisivät haitalliset bakteerit loitolla, kunnes hyvät mikro-organismit olisivat vakiintuneet. Vaikka meillä on sähköinen mylly, olen tähän asti ostanut leivontaan pääasiassa jauhoja, koska pidän vehnänjyvien hintaa kohtuuttomana (>2,5 €/kg). Onneksi löysin vihdoin tilan, joka myy vehnänjyviä suoraan erittäin kilpailukykyiseen hintaan ja jonne pääsee (melkein) julkisilla kulkuvälineillä Helsingistä: Krannin Tila . Kokeiluni tulos ei ollut huono. Jopa suurimmat kriitikkoni – lapseni – söivät leipää (tosin vain silloin, kun se oli uunituoretta). Sen maku muistuttaa minua enemmän ruisleipää kuin vehnäleipää. Luulen, että tärkeämpää on se, miten leipä leivotaan, kuin se, käytetäänkö ruista vai vehnää. Ja tässä on resepti:

Suomi: Maastohiihdon paratiisi

Sun, 03 Feb 2019 00:00:00 +0000

Tällä hetkellä Suomi on maastohiihdon paratiisi. Lunta on runsaasti ja maastohiihtolatuja on tuhansia kilometrejä (pääkaupunkiseudulla lähes 1000 km, joista suurimpaan osaan pääsee helposti julkisilla liikennevälineillä). Aivan asuntoni edestä Vanhakaupungissa alkaa 13 km:n pituinen rengasreitti, ja tämän kirjoituksen kuva on otettu juuri tältä reitiltä. Siskoni Claudia ylläpitää erinomaista Helsinkiä käsittelevää blogia ( https://claudiashelsinki.com ), joka on suunnattu pääasiassa matkailijoille, ja hänen viimeisimmässä blogikirjoituksessaan käsiteltiin maastohiihtoa Suomessa (ja erityisesti Helsingissä). Hänen bloginsa on erittäin informatiivinen kaikille, jotka haluavat vierailla Suomessa ja erityisesti Helsingissä. Claudia kirjoittaa kuitenkin saksaksi ( https://claudiashelsinki.com/2019/02/02/langlaufparadies-helsinki-und-finnland ), mutta onneksi on olemassa Google Translate, jonka avulla tiedot ovat saatavilla, vaikkakin käännös on toisinaan hieman kömpelö: https://translate.google.com/translate?sl=de&tl=en&u=https%3A%2F%2Fclaudiashelsinki.com%2F2019%2F02%2F02%2Flanglaufparadies-helsinki-und-finnland%2F

Näin opimme oppituntejamme – ei elämän varalle, vaan luentosalin tarpeisiin

Tue, 27 Nov 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus (“Näin opimme oppituntejamme, emme elämän, vaan luentosalin vuoksi”). 2000 vuotta sitten Seneca kirjoitti tämän yhdelle oppilaistaan. Poikani on samaa mieltä: suuri osa hänen opetussuunnitelmansa sisällöstä on merkityksetöntä todellisessa elämässä. Valitettavasti minun on pakko olla samaa mieltä (ja monet asiantuntijatkin ovat samaa mieltä). Muutaman vuoden kuluessa koulun aloittamisen alkuperäinen ylpeys ja ilo vaihtuvat tylsyyteen ja kiinnostuksen puutteeseen. Vasta muutaman viikon kuluttua syyslukukauden alusta lapset odottavat jo vain joululomaa. Oppimisen pitäisi olla hauskaa, ja mietin, mikä menee vikaan? Miten koulu onnistuu tukahduttamaan luonnollisen uteliaisuuden ja motivaation niin nopeasti? Alussa väittelin poikani kanssa siitä, että ei ole kovin tärkeää, MITÄ oppii, vaan että oppii oppimaan, minkä pitäisi olla mahdollista melkein minkä tahansa aiheen kohdalla. Vaikka tämä ajatus onkin ehkä totta, se on samalla tunnustus epäonnistumisesta niiden ihmisten taholta, jotka laativat ja toteuttavat oppimissuunnitelmia kouluissamme. Miksi tuntuu niin vaikealta valita aiheita, jotka ovat mielenkiintoisia ja merkityksellisiä? 100 vuotta sitten lukeminen, kirjoittaminen ja peruslaskutaito saattoivat riittää. Tietomäärä kasvaa nykyään räjähdysmäisesti, mutta opetussuunnitelmien laatijoiden ainoa vastaus on ahtaa suunnitelmiin yhä enemmän sisältöä ilman, että vanhentuneesta faktatiedosta luovutaan. Tämä jättää vain vähän vapautta opettaa metodologisia taitoja, joita nyky-yhteiskunnassa kipeästi tarvitaan. Ymmärrän, että kouluilla on rajalliset taloudelliset ja henkilöstöresurssit. On kuitenkin opettajia, jotka – kaikista aineellisista rajoituksista huolimatta (yhdessä maailman rikkaimmista maista!) – onnistuvat tarjoamaan modernin ja miellyttävän asiakaskokemuksen (sic!). Vastauksena yhteiskuntamme tulevaisuuden tarpeisiin jotkut yrittävät edistää STEM-aineita (luonnontieteet, teknologia, insinööritieteet ja matematiikka). Juuri näissä aineissa tiedon ja informaation kasvu on kuitenkin niin nopeaa, että opetussuunnitelmat (jotka ovat määritelmänsä mukaan melko joustamattomia) ja myös useimmat opettajat eivät pysty pysymään kehityksen vauhdissa. Vaikka tieto saattaakin olla merkityksellistä, tärkeimmät opetettavat asiat eivät ole faktatietoa vaan metodologista tietoa. Ja metodologista tietoa voidaan opettaa erittäin mielenkiintoisten ja merkityksellisten aiheiden avulla:

Parantunut sietokyky

Tue, 27 Nov 2018 00:00:00 +0000

Uskon vakaasti, että yritykset ovat aidosti kiinnostuneita saamaan rakentavaa palautetta. Sen pitäisi olla vähintäänkin osa niiden yrityksen selviytymisvaistoa. Kun tyytymättömät asiakkaat yksinkertaisesti vaihtavat toiseen toimittajaan antamatta palautetta, vahinko on jo tapahtunut. Siksi annan aina palautetta, jos tuote ei täytä korkeita laatuodotuksiani. Tällä kertaa kirjoitan kuitenkin tuotteesta, johon olen ollut erittäin tyytyväinen, nimittäin uudesta GE Healthcare Superdex 75 Increase 10/300 GL . Kyseessä on geelisuodatuskolonni ja edellisen [Superdex 75 10/300 GL] -mallin ( https://www.gelifesciences.com/en/us/shop/chromatography/prepacked-columns/size-exclusion/superdex-75-10300-gl-and-5150-gl-p-05899 ) -mallin versio, jota olemme käyttäneet viimeiset 30 vuotta. ”Increase”-mallin suurin etu on sen parempi paineenkestävyys. Muutama viikko sitten ylikuormitettu jatko-opiskelija unohti sulkea kolonnin käytön jälkeen ja palautti sen jääkaappiin, jossa 20-prosenttinen etanoli haihtui hitaasti seuraavien kahden viikon aikana. Jääkaappi on tuuletettu, ja kun tarvitsin kolonnia, vahinko oli jo tapahtunut: Siellä oli ehkä 8 mm:n rako ja noin yhden tuuman pituinen kuiva vyöhyke oli muodostunut. Täytin välittömästi kuolleet tilavuudet kaasuttamattomalla 20-prosenttisella etanolilla ja aloitin erittäin hitaan ajon (0,05 ml/min) useaksi tunniksi, minkä jälkeen vaihdoin kaasuttamattomaan veteen ja sitten puskuriin. Noin kahden päivän ajon jälkeen rako oli pienentynyt noin 3 millimetriin. Jäljellä oleva rako poistettiin säätämällä yläadapteria (minun piti kiristää se mahdollisimman tiukalle). Nyt minun piti testata ”korjattu” kolonnia. Tein sekä toimintatestin (erottamalla kaksi proteiinia PBS:ssä) että asetonitestin (injektoimalla 100 µl 2-prosenttista asetonia veteen). Olin valtavan yllättynyt, kun asetonitesti osoitti noin 19 000 teoreettista levyä (mikä on enemmän kuin mitä olemme koskaan saaneet vanhoilla Superdex 75 -kolonneillamme). Ja kahden proteiinin (RNaseA ja BSA) erottelu osoitti, että kolonnin toiminta on edelleen täysin kunnossa. Emme kuitenkaan voi sallia minkäänlaista geelikompressiota, sillä adapterin kyky korjata sitä on käytetty täysimääräisesti (GE Healthcare valmisti aiemmin pidempää adapteria, jonka avulla olisimme voineet kompensoida vielä enemmän, mutta he päättivät lopettaa tämän tuotteen valmistuksen).Sekä jatko-opiskelija että minä olimme helpottuneita näiden tulosten jälkeen, sillä uuden kolonnin ostaminen olisi tullut meille kalliiksi (2 200 €), ja koska meillä ei ole erillistä rahoitusta yhteiskäyttölaitoksemme ylläpitoon, olisin joutunut siirtämään tämän kustannuksen jatko-opiskelijan laboratorion vastuulle. Valitettavasti en ottanut kuvaa vaurioituneesta kolonnista, sillä vaistomainen reaktioni oli aloittaa pelastustoimet välittömästi. Alla olevassa kuvassa näkyvä kolonnin on kuitenkin se vaurioitunut kolonnin, kun pelastustoimet oli saatu päätökseen.

Kuinka muuttaa Ubiquity Edge Router X:n MAC-osoitetta

Wed, 14 Nov 2018 00:00:00 +0000

Avaa komentorivityökalu (CLI) selaimen käyttöliittymän kautta. Jos salasanassasi on erikoismerkkejä, saatat joutua vaihtamaan salasanasi ensin käyttöliittymän kautta. Huolimatta huomattavista yrityksistäni en onnistunut kirjoittamaan erikoismerkkejä komentoriville Firefox-selaimella Mac-tietokoneella (kopiointi ja liittäminen eivät toimi). Olettaen, että haluat muuttaa eth0:configureset interfaces ethernet eth0 mac 00:03:0D:51:B4:D2commitsave

Emme opi elämän, vaan koulun vuoksi

Tue, 13 Nov 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus („Emme opi elämän, vaan koulun vuoksi.“; “Thus we learn our lessons, not for life, but for the lecture-room.”) on noin 2000 vuotta vanha Senecan lainaus, joka on peräisin kirjeestä yhdelle hänen oppilaistaan. Poikani on samaa mieltä: suurin osa siitä, mitä hänen täytyy oppia koulussa, ei ole tärkeää todellisessa elämässä. Valitettavasti minun on (kuten monien muiden asiantuntijoidenkin) pakko myöntää, että hän on oikeassa. Ylpeys ja ilo, jotka useimpien lasten koulunkäynnin alkua säestävät, vaihtuvat usein muutaman vuoden kuluessa pettymykseksi. Jo muutaman viikon kuluttua suurista lomista lapset odottavat vain syksyn ja sitten joululomia, vaikka oppiminen voisi olla hauskaa. Mikä tässä menee pieleen? Miten koulut onnistuvat niin nopeasti tukahduttamaan lasten luonnollisen uteliaisuuden ja motivaation? Yritin aluksi väittää, että tärkeää ei ole SE, mitä oppii, vaan se, että oppii OPPIMAAN. Ja sitä voi tehdä millä tahansa aiheilla. Valitettavasti tämä argumentti on osoitus epäpätevyydestä niille, jotka laativat tai toteuttavat koulujemme opetussuunnitelmia. Miksi oppilaita ei sitten anneta oppia oppimaan aiheista, jotka ovat mielenkiintoisia ja merkityksellisiä? Siinä missä sata vuotta sitten riitti lukeminen, kirjoittaminen ja peruslaskutoimitukset, nykyään tieto kasvaa eksponentiaalisesti. Ja koulubyrokraattien ainoa vastaus on pakata yhä enemmän uutta aineistoa opetussuunnitelmiin poistamatta vanhaa niistä. Samalla tarvitaan kuitenkin enemmän liikkumavaraa kuin aiemmin, koska monien nykypäivänä tarvittavien osaamisalueiden opettaminen vaatii joustavuutta ja joustavia rakenteita. Ymmärrän, että useimpien koulujen (henkilöstö- ja taloudelliset) resurssit ovat rajalliset. Siitä huolimatta on monia opettajia, jotka uhmaavat puutetta (yhdessä maailman rikkaimmista maista!) ja suunnittelevat modernia opetusta suurella energialla ja sitoutuneesti.Monet näkevät ratkaisun MINT-aineiden (MINT = matematiikka, tietotekniikka, luonnontieteet ja tekniikka; englanniksi STEM: science, technology, engineering and mathematics), mutta juuri näillä aloilla tiedon määrä kasvaa niin nopeasti, että opetussuunnitelmat ja luultavasti myös useimmat opettajat eivät pystyisi läheskään pysymään todellisuuden vauhdissa, vaikka opetettava tieto olisikin välittömästi merkityksellistä. Siksi nykyään tarvitaan opettajia, jotka eivät opeta oppilailleen pelkästään faktoja, vaan menetelmiä. Tällaisia käsitteitä voidaan välittää juuri ajankohtaisten ja mielenkiintoisten aiheiden avulla:

OpenVPN-palvelin pfSense-laitteella ja asiakasohjelma Ubuntu 16.04:llä

Fri, 02 Nov 2018 00:00:00 +0000

Olen asentanut OpenVPN -palvelimen Netgate SG-3100 -reitittimeeni . Toivon, että tämän ansiosta varmuuskopioiden synkronointi fyysisesti erilliseen sijaintiin helpottuu. pfsense-reitittimeen on olemassa monia ohjeita OpenVPN-palvelimen asennuksesta, ja se toimii hyvin. Käytän kuitenkin töissä Ubuntua 16.04:ää, ja asiakassovelluksen määrittäminen vaatii hieman enemmän työtä kuin MacOS:ssa tai Windowsissa. Ubuntussa on pakko päivittää DNS-tiedot manuaalisesti VPN-tunnelin muodostamisen jälkeen, jos olet valinnut asetuksen, jonka mukaan kaikki asiakaskoneelta lähtevä internetliikenne reititetään VPN-palvelimen kautta. Jos et päivitä DNS-resolverin tietoja Ubuntu-asiakaskoneella, pääset kyllä VPN:n sisäiseen verkkoon (minun tapauksessani 10.0.0.0/24), mutta et voi käyttää isäntänimiä. Esimerkiksi komento ping www.google.com epäonnistuu, mutta komento ping 172.217.21.164 onnistuu. Vastaavasti selaimesi ei löydä URL-osoitteita. IP-osoitteilla selaaminen (”http://172.217.21.164”) ei ole kovin käytännöllistä. Ubuntun oletusasetukset eivät turvallisuussyistä salli tämän DNS-resolverin päivityksen tapahtuvan automaattisesti. Ubuntun OpenVPN-pakettiin sisältyy skripti, joka päivittää nämä tiedot (/etc/openvpn/update-resolv-conf). Jotta tämä toimisi, on kuitenkin

Kansainvälistyminen Meilahdin kampuksen päivittäisessä toiminnassa

Mon, 22 Oct 2018 00:00:00 +0000

Tapaa rehtorit Meilahdessa Viime torstaina (18.10.2018) Helsingin yliopiston uusi rehtori Jari Niemelä sekä neljä vararehtoria (Sari Lindblom, Paula Eerola, Hanna Snellman, Tom Böhling) vierailivat Meilahdin kampuksella avoimessa kysymys- ja vastaustilaisuudessa. Tilaisuudessa ei ollut juuri lainkaan ulkomaalaisia läsnä. Näin ollen viestintäkielenä oli suomi. On selvää, että ulkomaalaiset eivät osallistu, jos he eivät ymmärrä tai puhu tilaisuuden kieltä. Ja koska ulkomaalaiset eivät osallistu, ei ole syytä muuttaa tilaisuuden kieltä, ja niin kierre jatkuu… Perinteisesti vain suomea ja ruotsiaMeilahden kampuksella on erityinen asema kielenkäytön suhteen, sillä vielä aivan äskettäin oli mahdotonta saada tutkintoa Meilahdesta ilman suomen tai ruotsin kielen taitoa, koska ainoat tutkinto-ohjelmat eivät olleet englanninkielisiä. Tilanne on kuitenkin muuttumassa (esim. psykologian laitoksen muuton myötä Meilahdille ja uusien tutkinto-ohjelmien perustamisen myötä, kuten TRANSMED ), mutta vanhat tavat ovat sitkeässä. Edelläkävijät RPU ja HiLIFEMeilahden kampuksen kansainvälistymisen edelläkävijöitä ovat Tutkimusohjelmayksikkö ja HiLIFE. Tutkimusohjelmien yksikön (RPU) sekä HiLIFE -rekrytoinnit ovat Meilahdin kampuksen kaksi kansainvälisintä osaa, ja siksi Hannu Sariola (entinen Meilahdin tutkimuksesta vastaava varadekaani) ja Tomi Mäkelä (HiLIFE-ohjelman johtaja) ottivat esille kansainvälistymisen aiheen ja huomauttivat, että yliopiston säännöt sallivat suuremman kielellisen joustavuuden kuin mitä käytännössä toteutetaan. Tähän mennessä Helsingin yliopiston ainoat viralliset kielet ovat suomi ja ruotsi, vaikka englanninkielisiä opiskelijoita on kirjoilla enemmän kuin ruotsinkielisiä. Englanti on myös käytännössä lähes kaiken tieteellisen toiminnan kieli. Kotimaisten kielten ja englannin välisen tasapainon löytämiseen ei todennäköisesti ole täydellistä ratkaisua. Jos yliopisto haluaa optimoida kansainvälisen vaikutuksensa ja menestyksensä, suomen ja ruotsin roolin on väistämättä vähennettävä, ellei resursseja saada käytettäväksi huomattavasti enemmän.**Erilliset tilaisuudet?**Jotta myös ulkomaalainen henkilökunta saataisiin mukaan, tiedekunnan dekaani järjesti äskettäin tiedekunnan henkilökunnan kokouksen kahdesti: kerran englanniksi ja kerran suomeksi. En ole varma, onko tällainen erottelu pitkällä aikavälillä hyvä idea, mutta se ratkaisee ongelman käytännöllisesti ja hoitaa asian. Jos joku ehdottaisi tiedekunnan joulujuhlan jakamista kieliryhmittäin, sitä pidettäisiin syrjivänä, mutta työkokouksen osalta kukaan ei näytä vastustavan sitä…**PS:**En ole ainoa, joka on tietoinen siitä, että kansainvälistymisessä on vielä pitkä matka edessä. Helsingin yliopiston intranetissä on hyvä artikkeli, jossa esitellään uusi vararehtori Hanna Snellman ja hänen näkemyksensä asiasta: https://flamma.helsinki.fi/en/HY377022 . Yliopisto kuitenkin pitää suurimman osan mielenkiintoisesta verkkosisällöstään lukkojen takana (omassa Flamma -palvelussaan), jonne ei pääse yleisö, joka kuitenkin maksaa yliopiston laskut… Mitä yliopisto pelkää? Lisää läpinäkyvyyttä?

SSD vai perinteinen kiintolevy?

Wed, 12 Sep 2018 00:00:00 +0000

sudo apt install smartmontoolssudo smartctl -a /dev/sda tai cat /sys/block/sda/queue/rotational

Aikaisemmat opetussuunnitelmat

Mon, 10 Sep 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus („Emme opi elämän, vaan koulun vuoksi“) on noin 2000 vuotta vanha Senecan lainaus, joka on peräisin hänen eräälle oppilaalleen kirjoittamastaan kirjeestä. Lapseni ovat samaa mieltä: suurin osa siitä, mitä hänen täytyy oppia koulussa, ei olisi tärkeää todellisessa elämässä. Valitettavasti minun (ja monien asiantuntijoiden) on pakko myöntää, että hän on oikeassa. Ylpeys ja ilo, jotka useimpien lasten koulunaloitusta säestävät, vaihtuvat usein muutaman vuoden kuluessa pettymykseksi. Jo muutaman viikon kuluttua suurista lomista lapset odottavat enää vain syksyn ja sitten joululomia, vaikka oppiminen voisi olla hauskaa. Mikä tässä menee pieleen? Miten koulu onnistuu niin nopeasti tukahduttamaan lasten luonnollisen uteliaisuuden ja motivaation? Olen aiemmin yrittänyt väittää, että tärkeää ei ole SE, mitä oppii, vaan se, että oppii OPPIMAAN. Ja sitä voi tehdä millä tahansa aiheilla. Valitettavasti tämä argumentti on osoitus epäonnistumisesta niille, jotka laativat ja toteuttavat koulujemme opetussuunnitelmia. Miksi oppilaita ei sitten anneta oppia oppimaan aiheista, jotka ovat mielenkiintoisia ja merkityksellisiä? Siinä missä sata vuotta sitten riitti lukeminen, kirjoittaminen ja laskeminen (ja laskemisella tarkoitan peruslaskutoimituksia), nykyään tieto (valitettavasti myös väärä tieto) kasvaa eksponentiaalisesti. Ja kouluhallinnon ainoa vastaus on pakata yhä enemmän uutta oppimateriaalia opetussuunnitelmiin poistamatta vanhaa niistä. Monet näkevät ratkaisun MINT-aineiden (MINT = matematiikka, tietotekniikka, luonnontieteet ja tekniikka; englanniksi STEM: science, technology, engineering and mathematics), mutta juuri näillä aloilla tiedon kasvu on niin nopeaa, että opetussuunnitelmat ja luultavasti myös suurin osa opettajista eivät pystyisi läheskään pysymään todellisuuden vauhdissa, vaikka opetettava tieto olisikin suoraan merkityksellistä. Siksi nykyään tarvitaan opettajia, jotka pystyvät välittämään oppilailleen paitsi faktoja myös tiedon ja todellisuuden luonteen. Tällaisia käsitteitä voidaan välittää juuri ajankohtaisten ja mielenkiintoisten aiheiden avulla, kuten ilmastonmuutoksen kautta: miksi tiedämme sen, mitä tiedämme; mikä on ero ”tosiasioiden” ja ”mielipiteiden” välillä, miksi tieteessä ei ole ”totuutta”, miksi siitä huolimatta on teorioita, jotka ovat lähes varmasti oikeita, ja mitä ”oikea” ja ”väärä” tieteessä oikeastaan tarkoittavat, ja miksi tiede ei ole pelkkä tosiasioiden kokoelma, vaan menetelmä. Ja nimenomaan paras menetelmä, jonka tunnemme, lähestyäksemme todellisuutta (tällä paljastan olevani postmodernin mielivaltaisuuden vastustaja, joka pitää myös tiedettä kulttuurisidonnaisena ilman minkäänlaista erityistä suhdetta todellisuuteen tai totuuteen).Nykyiset opetussuunnitelmat (ainakin lasteni koulun) valmistavat siihen, mikä oli tärkeää toissapäivänä. Nykypäivän lapset tarvitsevat aineellisen tiedon sijaan menetelmiä. Ja menetelmiä voi oppia aineiston avulla, joka on mielenkiintoista jokaiselle yksittäiselle lapselle. Kyse ei ole myöskään aineiston määrästä, vaan pikemminkin syvyydestä. Luovuus, sitoutuminen ja vastuullisuus ovat muita asioita, joita nykypäivän koulujen tulisi opettaa ja jotka ovat välttämättömiä ihmiskunnan selviytymiselle; aiheesta löytyy runsaasti tietoa internetistä, tässä vain kaksi linkkiä inspiraatioksi: https://www.cicero.de/kultur/wir-brauchen-eine-bildungsrevolution/51963 ja http://www.spiegel.de/plus/a-00000000-0002-0001-0000-000158147643/ .

SnapGene ja osittaiset restriktioentsyymihajotukset uudelleen tarkasteltuna

Thu, 23 Aug 2018 00:00:00 +0000

SnapGene on ohjelmisto laboratoriossa työskenteleville molekyylibiologeille, jotka tekevät paljon kloonaustyötä (konstruktien suunnittelu ja annotointi). Siitä lähtien, kun viimeksi kirjoitin SnapGene-ohjelmistosta ( https://www.snapgene.com/ ), on tapahtunut monia hyviä asioita:

Kansainvälisen verisuonibiologian konferenssin 2018 järjestelyjä koskeva palaute

Wed, 20 Jun 2018 00:00:00 +0000

IVBM 2018 -tapahtuman paikallisen järjestelykomitean jäsenenä pyysin konferenssin osallistujilta suoraa palautetta. Sain paljon kiitosta, jota en halua tässä toistaa. Jos joskus järjestämme uudelleen suuren kansainvälisen konferenssin, tässä on asioita, joita meidän pitäisi tehdä toisin seuraavalla kerralla. Ehkä tämä luettelo voi auttaa myös muita, jotka järjestävät ensimmäistä kertaa suuria kansainvälisiä konferensseja. Jos tämä luettelo antaa sinulle vaikutelman, että konferenssi oli huonosti järjestetty, olet väärässä! Kaikki tärkeät asiat sujuivat jouhevasti, ja osa alla mainituista ongelmista ratkaistiin ennen kuin kukaan osallistujista ehti huomata niitä. Yksityiskohtia voi kuitenkin aina parantaa! Ja – kuten aina – osa ongelmista oli meidän vaikutusvaltamme ulkopuolella, sillä olimme ulkoistaneet osan työstä, etenkin Confedent Internationalille . Jotkut päätökset olivat kompromissi optimaalisen ratkaisun ja konferenssin budjetin sallimien mahdollisuuksien välillä. Kehotan teitä myös ottamaan minuun yhteyttä, jos haluatte lisätä jotain tähän luetteloon; se voi auttaa parantamaan tilannetta tulevaisuudessa!

Lyhyt katsaus imukudoksen kehitykseen, toimintaan ja tunnistamiseen liittyviin avainmolekyyleihin

Fri, 08 Jun 2018 00:00:00 +0000

Erich Brenner kysyi meiltä yli vuosi sitten, voisimmeko kirjoittaa artikkelin ihmisen imusuonia käsittelevään erikoisnumeroon , jota hän toimitti Annals of Anatomy -lehdelle. Sovimme, että voisimme ehkä kirjoittaa minikatsauksen. Aluksi epäröin itsekin, koska Annals of Anatomy ei sinänsä ole avoimen julkaisemisen lehti. Yliopistomme on kuitenkin sittemmin alkanut kattaa artikkelinkäsittelymaksut (APC:t) useille kustantajille (mukaan lukien maailman suurin tieteellinen kustantaja – Elsevier ), jotta artikkelit olisivat avoimesti saatavilla . Näin ollen kuka tahansa voi jo nyt paitsi lukea artikkelin, myös jakaa, kopioida ja levittää sitä edelleen, muokata, muuttaa ja käyttää sitä pohjana mihin tahansa tarkoitukseen, jopa kaupallisiin tarkoituksiin, kunhan me – alkuperäiset kirjoittajat – mainitaan lähteenä.Kohderyhmänä ei ole imusuoniston tutkimusyhteisö, vaan alan ulkopuoliset, jotka tarvitsevat ensimmäisen, hyvin lyhyen johdannon imusuoniston molekyylibiologian kannalta keskeisimpiin molekyyleihin. Valinta on selvästi värittynyt omasta tutkimushistoriastamme. Lähettäkää meille vihainen sähköposti, jos emme ole sisällyttäneet lempiproteiinianne! Jos saatte meidät vakuuttuneiksi siitä, että lempiproteiininne on keskeinen imukudoksen kehitykselle tai toiminnalle, sisällytämme sen seuraavaan katsaukseemme!

IVBM 2018 ja 2020 (posteriesitys, suullinen esitys ja virtuaalinen posterikierros)

Wed, 06 Jun 2018 00:00:00 +0000

IVBM 2018 Kansainvälinen verisuonibiologian konferenssi 2018 Helsingin Finlandia-talossa on ollut tähän mennessä suuri menestys. Olemme saaneet osallistujilta paljon positiivista palautetta konferenssin järjestelyistä. Myös esitelmäni (“Everything You Always Wanted to Know About the Proteolytic Processing of VEGF-C”) ja posterini herättivät paljon kiinnostusta. Posteri on ladattavissa PDF-tiedostona alla.IVBM 2020 IVBM 2020 Soulissa, Etelä-Koreassa, siirrettiin kokonaan verkkoon. Valitettavasti jotkut esitykset ovat saatavilla vain hyvin lyhyen ajan (yhden päivän), ja olen jo ehtinyt missata muutaman niistä. Fyysisen konferenssin etuna on, että se takaa sen, että voi keskittyä täysin tapahtumaan. Verkkotapahtuma joutuu kilpailemaan monien muiden asioiden kanssa, jotka yrittävät kiinnittää huomion.

Jeltsch Lab osallistuu Helsinki Running Day 2018 -tapahtumaan

Wed, 23 May 2018 00:00:00 +0000

Laboratoriomme osallistui Helsingin juoksupäivään ja saavutti loistavia tuloksia! ”Biomedicum Runners” -maratonviestijoukkue: Sawan Kumar Jha, Timo Lehti, Khushbu Rauniyar, Rustem Kasymov. Yksilösuoritukset: Zalina Magomedova, Michael Jeltsch (molemmat maraton) ja Alish GM (5 km). Kuvasta puuttuu Alisha GM.

Solupohjaiset määritykset (Protein Interaction Biochemistry 2018)

Mon, 14 May 2018 00:00:00 +0000

Luento solupohjaisista määrityksistä proteiinien vuorovaikutusten määrittämiseksi ja kvantifioimiseksi (osa vuoden 2018 kurssia Protein Interaction Biochemistry). Sisältää myös lyhyen johdannon ITC:hen (isoterminen kalorimetria). CC-lisensoitu.

Kotiverkon skannaus (nmap)

Sun, 18 Mar 2018 00:00:00 +0000

Kotiverkon skannaus kaikkien porttia 80 (http) kuuntelevien laitteiden löytämiseksi:nmap -p80 192.168.0.0/24 -oG - | grep 80/openJoskus tämä ei toimi (koska nmap yrittää olla älykäs ja skannata vain saatavilla olevia isäntiä). Jotta nmap skannaisi ilman älykkyyttä, käytä e-Pn (no ping) -vaihtoehtoa. Tämä skannaa isäntäkoneen 192.168.0.2 kaikki portit:nmap -Pn -p0-65535 192.168.0.2

Posterin nro XX lähdeluettelo:

Thu, 01 Mar 2018 00:00:00 +0000

@page { }table { border-collapse:collapse; border-spacing:0; empty-cells:show }td, th { vertical-align:top; font-size:12pt;}h1, h2, h3, h4, h5, h6 { clear:both }ol, ul { margin:0; padding:0;}li { list-style: none; margin:0; padding:0;}li span. { clear: both; line-height:0; width:0; height:0; margin:0; padding:0; }span.footnodeNumber { padding-right:1em; }span.annotation_style_by_filter { font-size:95%; font-family: Arial; background-color: #fff000; margin: 0; border: 0; padding: 0; }* { margin: 0;}.P1 { font-size: 12pt; font-family: Liberation Serif; writing-mode: page; }.P2 { font-size:12pt; margin-bottom:4,23mm; margin-left:0mm; margin-right:0mm; margin-top:0mm; text-indent:0mm; font-family:Liberation Serif; writing-mode:page; }.P3 { font-size:12pt; margin-bottom:4,23mm; margin-left:0mm; margin-right:0mm; margin-top:0mm; text-indent:0mm; font-family:Liberation Serif; writing-mode:page; text-align:center ! important; }.P4 { font-size:20pt; margin-bottom:4,23mm; margin-left:0mm; margin-right:0mm; margin-top:0mm; text-indent:0mm; font-family:Liberation Serif; writing-mode:page; text-align:center ! important; font-weight:bold; }.P5 { font-size:11pt; margin-bottom:4,23mm; margin-left:0mm; margin-right:0mm; margin-top:0mm; text-indent:0mm; font-family:Liberation Serif; writing-mode:page; text-align:center ! important; }.Internet_20_link { color:#000080; text-decoration:underline; }.T10 { vertical-align:super; font-size:58%;}.T6 { font-style:italic; }.T7 { font-style:italic; }.T8 { font-weight:bold; }.T1 .T2 .T3 .T4 .T5 { }Uudet proteaaseja aktivoivat tekijät paljastavat VEGF-C:n uusia rooleja

Lakko Helsingin yliopistossa

Tue, 27 Feb 2018 00:00:00 +0000

Helsingin yliopistolle on annettu lakkovaroitus huomiseksi (28.2.). Syynä on se, että työnantajien ja työntekijöiden väliset neuvottelut palkoista ja työehdoista ovat jumiutuneet, ja lakkoa käytetään keinona nopeuttaa työnantajan neuvottelukannan siirtymistä kohti hyväksyttävää kompromissia. Liiketoiminta jatkuu entisellään? Loppujen lopuksi yliopistossa ei ole ollut lakkoa aikoihin… Vaikka lähes kaikki ovat yhtä mieltä siitä, että Suomen tulevaisuus rakentuu tiedolle ja innovaatioille, juuri tiedon ja innovaatioiden tuottajien arvostus näyttää olevan kaikkien aikojen alimmillaan, jos arvostusta mitataan työolojen ja palkkatason perusteella.Luulen, että taustalla ei ole niinkään työnantajan konkreettiset tarjoukset (tai niiden puute), vaan akateemisen koulutuksen, tutkimuksen ja kehityksen halveksunta ja kunnioituksen puute, joka on kasvanut vuosien mittaan ja jota on kiihdyttänyt vuonna 2015 valittu hallitus, joka kieltäytyy investoimasta tulevaisuuteen. Yliopistojen ei pitäisi käyttäytyä kuin yritykset, jotka pyrkivät maksimoimaan voittonsa työntekijöidensä kustannuksella ja tuotteidensa laadun kustannuksella. Muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta kaikki, joilla on vähänkin itsetuntoa, osallistuvat mielenosoitukseen. Kaikki suuret ammattiliitot, mukaan lukien opiskelijoiden ja professoreiden liitot, tukevat tätä toimintaa. Ilmeisesti professorit ryhtyvät lakkoon ensimmäistä kertaa tämän maan historiassa ( https://yle.fi/uutiset/osasto/news/finnish_professors_walk_out_in_first-ever_strike/10095355 ).

Juokseminen Itämeren jäällä

Mon, 26 Feb 2018 00:00:00 +0000

Vaihteeksi kävin viime viikonloppuna juoksuharjoituksissa Itämerellä. Kahden viikon siperialaisen pakkasen jälkeen täällä Helsingissä arvelin, että Itämeren jääpeite oli tarpeeksi paksu, jotta siellä voisi turvallisesti juosta. Se on yksi Helsingin talven harvoista viehätyksistä. Jos haluat tietää lisää Helsingistä ja Suomesta, kurkista siskoni blogia. Valitettavasti blogi on saksankielinen, mutta ehkä saan hänet suostuteltua tekemään siitä kaksikielisen: https://claudiashelsinki.wordpress.com/

VEGF-C:tä käsittelevä katsaus julkaisussa Frontiers in Bioengineering and Biotechnology

Mon, 12 Feb 2018 00:00:00 +0000

Frontiers in Bioengineering and Biotechnology -lehden ”Tissue Engineering and Regenerative Medicine” -osion toimittajat (Andrea Banfi, Wolfgang Holnthoner, Mikaël M. Martino ja Seppo Ylä-Herttuala) pyysivät meitä kirjoittamaan artikkelin tutkimusaiheeseen ”Vascularization for Regenerative Medicine”. Kirjoitimme lyhyen katsauksen VEGF-C:stä, jossa käsitellään erityisesti VEGF-C:n molekyylibiologiaa suhteessa regeneratiiviseen lääketieteeseen, eli imusuonten (uudelleen)kasvattamiseen in vitro tai in vivo.Artikkelin voi hankkia suoraan kustantajalta osoitteesta https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbioe.2018.00007/full tai täältä . PÄIVITYS (1. huhtikuuta 2023): Kysymys siitä, onko Frontiers Media saalistava kustantaja, ei edes tullut mieleemme, kun meitä pyydettiin kirjoittamaan katsausartikkeli. Tunnen tämän tutkimusaiheen vierailevat toimittajat ja voin taata heidän tieteellisen rehellisyytensä. Lehti on kuitenkin äskettäin päätynyt saalistavien lehtien luetteloon ( https://predatoryreports.org/news/f/list-of-all-frontiers-media-predatory-journals ), ja asiaa käsitellään täällä yksityiskohtaisesti. Arvostelumme on tällä välin kerännyt:

Tietokoneaika: Windows vastaan muu maailma

Sat, 10 Feb 2018 00:00:00 +0000

En ole varma, mutta Windows näyttää olevan ainoa käyttöjärjestelmä, joka vaatii, että tietokoneen kello asetetaan paikalliseen aikavyöhykkeeseen maailmanlaajuisen standardiajan (UTC) sijaan. Ehkä se on jäänne ajalta, jolloin Microsoft ajatteli, ettei internetillä olisi kovin suurta merkitystä tietotekniikan tulevaisuudelle. Kaikki muut käyttöjärjestelmät käyttävät ilmeisesti UTC:tä: MacOS, Android, Linux, BSD jne. Jos tietokoneessasi on kuitenkin kaksoiskäynnistys, saatat joutua ongelmiin. Kaikki käyttöjärjestelmät eivät tunnista kaksoiskäynnistystä automaattisesti eivätkä sopeuta toimintaansa Windowsin kanssa yhteensopivaksi. Jos näin on, helpoin ratkaisu on muuttaa Windowsin toimintaa. Selkeät ohjeet tämän tekemiseen löytyvät osoitteesta https://liliputing.com/2016/03/fix-time-problem-dual-boot-computers-windows-linux-android.html , mutta tässä ovat vaiheet pähkinänkuoressa:

EU:n luomuruokamerkinnän kaksijakoinen kuva

Tue, 30 Jan 2018 00:00:00 +0000

Monet ihmiset olettavat, että elintarvikkeiden luomutuotanto tuottaa terveellisempiä elintarvikkeita, joiden ravintoarvo on korkeampi. Siksi he ostavat elintarvikkeita, jotka on tuotettu EU:n ”luomuviljelyn” sääntöjen mukaisesti. Ensimmäiset säännöt otettiin käyttöön vuonna 1991, ja niitä on muutettu muutaman kerran. Jos haluat markkinoida elintarvikkeitasi ”luomuna” EU:n alueella ja käyttää EU:n luomuelintarvikkeiden logoa , sinun on noudatettava näitä sääntöjä.Usein juuri ne, jotka yleensä suhtautuvat EU:n lainsäädäntöön hyvin kriittisesti, pitävät itsestään selvänä, että EU on onnistunut luomuviljelydirektiivissään. Valitettavasti näin ei ole. Lainsäädännön päätarkoitus oli yhtenäistää ja mahdollistaa luonnonmukaisesti tuotettujen elintarvikkeiden EU:n laajuinen kauppa, ei varmistaa, että elintarvikkeet olisivat terveellisempiä tai laadukkaampia kuin ei-luonnonmukaiset elintarvikkeet.Direktiivissä korostetaan myös ”ei-luonnonmukaisten” kemikaalien välttämistä, mutta useimpien elintarvikkeiden kohdalla tämä on vain vähäinen tekijä, joka vaikuttaa siihen, kuinka ”terveellistä” ruoka on. Päänpyöräytän nähdessään luonnonmukaisen valkaistun jauhon supermarkettien hyllyillä. Jos haluat käyttää terveellistä jauhoa, sinun pitäisi käyttää täysjyväjauhoa. Jalostetussa jauhoissa on paljon vähemmän kuituja, joten se ei yksinkertaisesti ole hyvä valinta, jos tavoitteenasi on terveellinen ruokavalio. On käytännössä merkityksetöntä, onko vehnä viljelty luomuna vai ei, jos kuidut poistetaan. Luomujauhoa huonompi on enää vain luomusokeri, josta kaikki terveellinen on poistettu ja jonka alkuperä – luomu tai ei – on 100-prosenttisesti merkityksetön.Luomumerkintä on itse asiassa sekamelska hyvin erilaisia käytäntöjä, joilla pyritään hyvin erilaisiin tavoitteisiin. Näitä ovat muun muassa eläinten hyvinvointi, kestävä maatalous ja sellaisten käytäntöjen välttäminen, joita pidetään ”ei-luomina” (esim. GMO, ”epäluonnolliset” torjunta-aineet*). Mutta jos lopputuotteen terveysarvo oli yksi tavoitteista, se on epäonnistunut täysin. Kannatan täysin eläinten hyvää kohtelua, mutta jos minut pakotetaan ostamaan luomumaitoa, tuen monia käytäntöjä, joita en halua tukea. Esimerkiksi raivoa GMO:ta tai ei-luonnollisia torjunta-aineita ja lannoitteita kohtaan. Minulla ei ole mitään ongelmaa sen kanssa, että lehmät syövät muuntogeenisiä kasveja. On selvää, että muuntogeeniset organismit ovat yksi avainteknologioista, joita tarvitsemme tämän planeetan pelastamiseksi (vaihtoehtona olisi vähentää ihmisten määrää tällä planeetalla). Ilman torjunta-aineita ja lannoitteita emme voi ruokkia maapalloa ilman, että kaadamme viimeiset jäljellä olevat sademetsät ja muutamme ne viljelymaaksi (ks. esim. https://ourworldindata.org/yields-and-land-use-in-agriculture) . Ostamalla luomuruokaa tuet poliittista kompromissia, et tieteellisesti perusteltuja sääntöjä siitä, miten parhaiten tuotetaan korkealaatuista ruokaa tai pelastetaan planeetta. Odotitko EU:n direktiiviltä jotain muuta? EU perustettiin ”Euroopan talousyhteisönä”, ja taloudelliset edut olivat sen toiminnan pääasiallisia liikkeellepanevia voimia. Koska juon todennäköisesti litran maitoa päivittäin caffè lattena, minun kannattaisi ehkä kiinnittää huomiota korkealaatuiseen maitoon. On tehty vertailuja esimerkiksi luomumaidon ja tavanomaisen maidon rasvahappokoostumuksista. On selvää, että maidon laadun (esim. monityydyttymättömien rasvahappojen pitoisuudet, omega-6- ja omega-3-rasvahappojen suhde) kannalta tärkein tekijä ei ollut se, täyttikö maito EU:n luomuruokasäännöt, vaan pikemminkin se, söivätkö lehmät vihreää rehua! https://www.google.fi/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwj1qOuJtIDZAhVJwYMKHfH9D2QQFggrMAA&url=http%3A%2F%2Forgprints.org%2F28133%2F1%2FForschung_2011-1.pdf&usg=AOvVaw31A0-ma28xQ0oXlBpxAF6U . Perinteinen vähäpanoksinen* lehmien kasvatus oli parempi kuin orgaaninen korkeapanoksinen** kasvatus, ja eroja perinteisen vähäpanoksisen** kasvatuksen ja orgaanisen vähäpanoksisen kasvatuksen välillä ei todennäköisesti ollut merkitseviä, vaikka en voi olla tästä varma, koska merkitsevyystasot vertasivat vain orgaanista vähäpanoksista kasvatusta perinteiseen korkeapanoksiseen kasvatukseen (pyysin alkuperäistä julkaisua, mutta en ole vielä saanut vastausta). Onko näillä eroilla mitattavissa olevia terveysvaikutuksia maidon kuluttajille, on vielä toinen kysymys ja riippuu todennäköisesti maidon kulutuksen määrästä.Mielenkiintoista on, että orgaanisen ja ei-orgaanisen tuotannon välinen ongelma on tunnustettu laajalti (ks. esim. täällä saksalaisessa päivälehdessä ”Die Zeit” https://www.welt.de/wirtschaft/article147993831/So-wird-Bio-zur-schoenen-Illusion.html) . Tarve erottautua on saanut suomalaisen maitotuottajan Juustoportin markkinoimaan maitoaan ei EU:n luomumerkinnällä, vaan ”vapaan lehmän maito” -merkinnällä ( vapaan lehmän maito ). Jos haluat terveellistä maitoa ja välität eläimistä, mutta et halua tukea tieteenvastaista luomulobbia, tämä voisi todennäköisesti olla sinun valintasi. Valitettavasti myös Juustoportti on hypännyt GMO-vastaisen aallon kyytiin. Luomumaito voi myös olla peräisin vapaasti laiduntavista lehmistä (ja toisinaan jopa tavanomaisesti tuotettu maito on), mutta sertifiointi ei välttämättä vaadi sitä.*Valitettavasti luomuviljelyssä sallittujen ja kiellettyjen torjunta-aineiden erottelun pääperiaate on se, ovatko ne ”luonnollista” alkuperää. Turvallisuus ja tehokkuus ovat vain toissijaisia seikkoja. Jokaiselle koulutetulle ihmiselle pitäisi olla selvää, että luonnollisuus ei tarkoita sitä, että aine olisi turvallista syödä: botuliinitoksiini, myrkkysieni ja mineraali sinoperi esiintyvät kaikki luonnossa, mutta ne kuuluvat ihmiskunnan tuntemiin myrkyllisimpiin aineisiin. **Vähäpanoksinen karjankasvatus tarkoittaa, että lehmät pidetään ulkona ruohoa syömässä, kun taas runsaspanoksinen karjankasvatus tarkoittaa, että lehmät ovat pääasiassa sisätiloissa. Molemmat karjankasvatustyypit ovat EU-direktiivin mukaan yhteensopivia ”luonnonmukaisen” ja ”tavanomaisen” maatalouden kanssa, mikä jo itsessään osoittaa, että EU-direktiivissä on ehkä jotain vikaa.

Syncthing

Wed, 24 Jan 2018 00:00:00 +0000

Syncthing on yksi parhaista työkaluista kansioiden synkronointiin internetin välityksellä. Jostakin syystä se kuitenkin lakkaa toisinaan toimimasta Ubuntu 16.04:lläni, ja koska käytän sitä ”aseta ja unohda” -periaatteella, unohdan myös, miten tarkistan, toimiiko se.Aseta se käynnistymään automaattisesti järjestelmän käynnistyessä (järjestelmäpalveluna): systemctl enable syncthing@username.serviceKäynnistä palvelu: systemctl start syncthing@username.serviceTarkista tila: systemctl status syncthing@username.serviceGUI:n URL-osoite: https://127.0.0.1:8384 Yllä oleva ratkaisu ei kuitenkaan toimi hyvin, jos esimerkiksi synkronoitavat tiedostot sijaitsevat salatussa kansiossa, joka liitetään vasta käyttäjän kirjautumisen jälkeen (esimerkiksi Ubuntu 16.04:ssä oli mahdollista salata käyttäjäkansio, joka avattiin vasta käyttäjän kirjautuessa). Vaihtoehtoisesti palvelun voi ajaa ”käyttäjäpalveluna” seuraavasti:cp /usr/lib/systemd/user/syncthing.service ~/.config/systemd/user/systemctl --user enable syncthing.servicesystemctl --user start syncthing.serviceSyncthing näyttää kadottavan säännöllisesti tiedoston nimeltä “.stfolder”, jonka pitäisi sijaita minkä tahansa jaetun kansion juuressa (tai se muunnetaan kansioksi). Minulla ongelma yleensä ratkeaa yksinkertaisesti luomalla kyseinen (tyhjä) tiedosto uudelleen (ja poistamalla samanniminen kansio, jos sellainen on olemassa).

Etätyöpöytäyhteydet Helsingin yliopiston työtietokoneeseen

Mon, 15 Jan 2018 00:00:00 +0000

Jos sinulla on työkanula, voit viedä sen kotiin töiden tekemistä varten. Mutta entä jos sinulla on pöytätietokone ja haluat käyttää sitä kotoa käsin? Teknologia, joka mahdollistaa tämän, on ollut olemassa jo yli 20 vuotta, mutta jos luulet, että yliopiston IT-osasto olisi tehnyt tästä sinulle helppoa, olet väärässä. Itse asiassa en tunne ketään, joka osaisi tehdä tämän (puhumattakaan siitä, miten prosessi saataisiin sujumaan helposti). Jopa alla selitetyn asetuksen avulla jotkin asiat eivät toimi kunnolla (esim. en ole koskaan keksinyt, miten tiedostojen jakaminen saadaan toimimaan Mac-Mac-yhteydellä, joten käytän edelleen Fugua erillisen tunneloidun sftp-yhteyden kautta tiedostojen siirtämiseen). Sinulla on useita vaihtoehtoja:

Aivovuoto Suomesta jatkuu

Fri, 22 Dec 2017 00:00:00 +0000

Suomi tarjoaa kansalaisilleen erittäin korkeatasoista koulutusta, mutta ei pysty pitämään tätä korkeasti koulutettua työvoimaa maassa. Korkeakoulututkinnon suorittaneiden muuttoliikkeen nettotase on ollut negatiivinen koko viimeisen vuosikymmenen ajan, ja suuntaus on pahenemassa, erityisesti kandidaatti- ja maisteritasolla. Korkeimmalla koulutustasolla tulkinta ei ole kovin yksiselitteinen, sillä tähän ryhmään kuuluvat lisensiaatit*, tohtorit, postdoc-tutkijat sekä professorit. Negatiivinen suuntaus on kuitenkin vakaa, mutta se ei kiihty yhtä nopeasti kuin alemmilla koulutustasoilla. Tässä ryhmässä aivovuoto kohdistuu valikoivasti parhaimpiin maihin: vain viisi kärkimaata vastaanottaa 66 % korkeimmin koulutetuista maastamuuttajista (Yhdysvallat, Iso-Britannia, Sveitsi, Saksa ja Ruotsi), kun taas alemman koulutustason suorittaneet eivät ole yhtä valikoivia (52 % maisterin tutkinnon suorittaneista ja 41 % kandidaatin tutkinnon suorittaneista muuttaa samoihin kärkimaihin). Valitettavasti tämä tilasto kertoo vain Suomen kansalaisten muuttoliikkeestä. Kattavan kuvan saamiseksi tarvitaan samat tiedot myös muiden kuin Suomen kansalaisten muuttoliikkeestä. Tässä kaaviossa on käytetty Tilastokeskuksen tietoja ( http://www.stat.fi/til/muutl/2016/02/muutl_2016_02_2017-12-18_tie_001_fi.html) . Kaikki maat on ryhmitelty sen mukaan, oliko niiden tieteellinen tuotanto vertailussa parempi vai huonompi kuin Suomen (Nature Index, Weighted fractional count, https://www.natureindex.com/country-outputs/generate/All/global/All/weighted_score) . Maat, jotka suoriutuivat Suomea paremmin vuonna 2016, olivat: Yhdysvallat, Kiina, Saksa, Yhdistynyt kuningaskunta, Japani, Ranska, Kanada, Sveitsi, Etelä-Korea, Espanja, Intia, Italia, Australia, Alankomaat, Israel, Ruotsi, Singapore, Venäjä, Taiwan, Belgia, Itävalta, Tanska, Brasilia ja Puola.* Lisensiaatti on Suomessa ja muutamissa muissa maissa käytetty tutkinto, joka sijoittuu maisterin ja tohtorin tutkintojen välille. Suomessa sen merkitys on vähentynyt vuosien mittaan, koska monissa muissa maissa sille ei ole vastaavaa tutkintoa.

Laboratoriokurssi: Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi (DPBM-135)

Sun, 10 Dec 2017 00:00:00 +0000

DPBM-kurssin ”Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi” ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ) opetusmateriaali, tulokset jne.:

FPLC (Fast Protein Liquid Chrmatography)

UKunnes lisään uudet tiedot, tutustu tähän dokumentaatioon: /fi/FPLC-course .

Taikakomento, jolla Apple SuperDrive herätetään Linuxissa

Sat, 09 Dec 2017 00:00:00 +0000

sudo apt-get install sg3-utils (tarvitaan vain ensimmäisellä kerralla)ls /dev (tarkistaaksesi, onko kyseessä sr0 vai sr1; yleensä se on sr0, ellei sinulla ole jo muita USB-asemia kytkettynä)sg_raw /dev/sr0 EA 00 00 00 00 00 01

20. kansainvälinen verisuonibiologian konferenssi Helsingissä, Suomessa

Mon, 27 Nov 2017 00:00:00 +0000

kansainvälinen verisuonibiologian konferenssi 2018 (IVBM2018) järjestetään Helsingissä, Suomessa, 3.–7. kesäkuuta. Ilmoittautuminen on alkanut ( https://b3p.it.helsinki.fi/IVBM/ ), ja toivon näkeväni teidät Helsingissä kesäkuussa! Olen asunut täällä Helsingissä noin 20 vuotta, joten kysykää minulta vapaasti mitä tahansa! Jos en osaa vastata, tiedän ainakin, kuka tietää vastauksen.

Acatiimin artikkeli laboratoriostamme

Mon, 27 Nov 2017 00:00:00 +0000

Juttu perustuu suurelta osin tähän aiempaan juttuun . Tällä kertaa mukana on kuitenkin ryhmäkuva, josta näkyy, kuka tekee todellista työtä!

TRANSMED – eniten lääketieteellistä tutkimuskoulutusta rahoillesi

Sat, 25 Nov 2017 00:00:00 +0000

Tämän syksyn lukukaudesta lähtien jopa suomalaiset yliopistot, jotka ovat tähän asti olleet ilmaisen koulutuksen linnakkeita, ovat alkaneet periä lukukausimaksuja opiskelijoilta, jotka eivät ole Euroopan unionin (EU) tai Euroopan talousalueen (ETA) kansalaisia. Opintomaksut ovat 13 000–18 000 euroa vuodessa, mikä on edelleen kohtuullista verrattuna joihinkin muihin yliopistoihin. Tällä hetkellä saat todennäköisesti parhaan vastineen rahoillesi Helsingin yliopistossa . TRANSMED -maisteriohjelma on ehkä paras esimerkki tästä. Kun otetaan huomioon tutkimuslähtöisen lääketieteen maisterikoulutuksen todelliset kustannukset maailmanluokan ympäristössä, 15 000 euron vuosimaksu on edullinen verrattuna muiden yliopistojen vastaaviin ohjelmiin. Ja mikä parasta: mahdollisuudet tulla hyväksytyksi ovat yllättävän hyvät. Jotkut ovat ehdottaneet lukukausimaksujen korottamista, mutta konkreettisia suunnitelmia ei tällä hetkellä ole. Mikä siis estää ulkomaalaisia opiskelijoita virtaamasta Suomeen? Kylmiä talvia ei voi enää syyttää. Ilmaston lämpenemisen ansiosta viime vuosien joulut ovat olleet täällä Helsingissä pääosin lumettomia. Itse asiassa ilmaston lämpeneminen näyttää vaikuttavan Suomeen voimakkaammin kuin useimpiin muihin maihin. Tarvitsetko lisää syitä tulla? Katso täältä: http://www.visitfinland.com/article/greatest-things-about-finland/

Lymphologica 2017

Wed, 01 Nov 2017 00:00:00 +0000

Lymphologica 2017 (Lymphologie 2017) -kongressissa Bad Sodenissa (5.–7. lokakuuta, Frankfurt, Saksa) esittelin VEGF-C:n molekyylibiologiaa ja sitä, miten VEGF-C/VEGFR-3-signaalinvälitysakselin geenien mutaatiot voivat aiheuttaa tai edistää perinnöllistä lymfedeemaa. Esitys oli suunnattu lymfologian alalla työskenteleville terveydenhuollon ammattilaisille. Tästä esityksestä laadittu lyhyt katsaus julkaistiin Vasomed-lehdessä, ja se oli saatavilla verkossa , mutta se on kadonnut jo jonkin aikaa sitten. Voit ladata esityksen diat ja minikatsauksen englanninkielisen käännöksen alla olevan latauslinkin kautta.

Jälleen esillä…

Thu, 26 Oct 2017 00:00:00 +0000

Viime aikoina tutkimuksemme näyttää herättäneen paljon yleistä kiinnostusta: https://50tieteentekijaa.fi/tieteentekija/michael-jeltsch/ . Ja lisää on tulossa… Olisi mukavaa, jos hallituksemme osoittaisi vastaavaa kiinnostusta tiedettä ja koulutusta kohtaan. Ja olisi vielä parempi, jos hallituksella olisi järkevä suunnitelma siitä, miten varmistetaan tieteen ja tutkimuksen tulevaisuus Suomessa. Hallituksen määrärahat joillekin tutkimusaloille (toisin sanoen investoinnit Suomen tulevaisuuteen) ovat supistuneet niin dramaattisesti, että jopa iltapäivälehdet ovat tarttuneet aiheeseen: http://www.iltalehti.fi/kotimaa/201710122200451078_u0.shtml

Esittelyssä tärkein projektimme

Wed, 25 Oct 2017 00:00:00 +0000

Keskeinen projektimme esiteltiin sivustolla Tietyssti.fi . Katri Pajusola kirjoitti artikkelin, ja (ainakin sen perusteella, mitä ymmärrän suomenkielisestä tekstistä) se vaikuttaa olevan varsin tarkka kuvaus siitä, mitä yritämme tehdä: http://www.aka.fi/fi/tietysti/luonto-ja-ymparisto/nyt-pinnalla1/tautien-hoitoon-laakitysta-ei-ainoastaan-diagnostiikkaa/

Tehokkaimmat keinot hiilijalanjäljen pienentämiseen

Thu, 12 Oct 2017 00:00:00 +0000

Lundin yliopiston tämän tutkimuksen mukaan tehokkaimpia keinoja ilmastonmuutoksen torjumiseksi jätetään suurelta osin käsittelemättä. Ei ole yllättävää, että ne koskettavat juuri niitä asioita, jotka ovat meille rakkaimpia: autoamme, lomiamme, lapsiamme ja lempiruokiamme.

Natsit Saksan parlamentissa

Sun, 24 Sep 2017 00:00:00 +0000

Surullinen päivä Saksalle: natsit istuvat jälleen Saksan parlamentissa. He eivät kutsu itseään natseiksi. Sen sijaan he käyttävät nimeä AfD (Alternative für Deutschland = Vaihtoehto Saksalle). Ja monet väittävät (mielestäni oikeutetusti), että Angela Merkel ei tehnyt mitään estääkseen tämän tapahtumasta. Molemmat suuret puolueet – konservatiivit ja sosiaalidemokraatit – menettivät huomattavasti kannatustaan äänestäjien keskuudessa. Lähes kaikki pienpuolueet pystyivät joko säilyttämään tai kasvattamaan edustustaan Saksan parlamentissa, Bundestagissa. Merkel tarvitsee vähintään kahta niistä pysyäkseen vallassa, ja lukujen perusteella on mahdollista muodostaa koalitio konservatiivien, vihreiden ja liberaalien kanssa (jota kutsutaan Jamaika-koalitioksi näiden kolmen puolueen värien – mustan, vihreän ja keltaisen – mukaan). Aikanaan vallankumoukselliset vihreät tulevat nyt ylläpitämään vallitsevaa tilannetta Saksassa… Monet ihmiset näyttävät äänestäneen omia etujaan vastaan, mutta sosiaalidemokraatit eivät kyenneet vakuuttamaan riittävää määrää ihmisiä siitä, että he ovat ainoa toteuttamiskelpoinen vaihtoehto Angela Merkelin poliittiselle ohjelmalle.

Toni Nettin säännöt

Sat, 16 Sep 2017 00:00:00 +0000

Yli 50 vuotta sitten Toni Nett julkaisi kirjansa Der Lauf. Kirjassa hän esitteli nyrkkisääntöjä, joiden avulla voidaan laskea mahdollisia henkilökohtaisia juoksutuloksia yleisimmillä keski- ja pitkän matkan juoksumatkoilla. Mahdolliset henkilökohtaiset ennätykset lasketaan seuraavaksi lyhyemmällä matkalla saavutettujen tulosten perusteella. Manfred Steffny laajensi Toni Nettin sääntöjä kattamaan maratonin ja 100 km:n juoksun. Hän totesi näiden sääntöjen olevan yllättävän tarkkoja verratessaan satojen eri tasoisia juoksijoita, aloittelijoista maailmanmestareihin, henkilökohtaisia ennätyksiä. Olen kirjoittanut näistä nyrkkisäännöistä aiemmin täällä . Nyt olen tehnyt pienen PHP-skriptin, joka suorittaa laskelman puolestasi.

Sydän lyö vasemmalla puolella

Fri, 15 Sep 2017 00:00:00 +0000

Sydän osoittaa vasemmalle, ja useimpien ihmisten sydän sijaitsee noin kolmasosa oikealla ja kaksi kolmasosaa vasemmalla. Liityin juuri Suomen sosiaalidemokraattien ( SDP ) riveihin. Olin vakavasti harkinnut liittymistä Saksan sosiaalidemokraattiseen puolueeseen (SPD) vuonna 1994, mutta sattumalta lähdin Saksasta saamani DAAD-stipendin vuoksi. Pian sen jälkeen, kun olin muuttanut Suomeen, Saksassa onnistuttiin pääsemään eroon konservatiivisesta hallituksesta. Gerhard Schröder korvasi Helmut Kohlin liittokanslerina ja ryhtyi viemään eteenpäin asioita, joita Kohl oli pelännyt koskettaa 16 vuoden ajan. Mielestäni maa, jossa siivoojan ja yksinhuoltajaäidin poika voi raivata tiensä hallituksen päämieheksi, on periaatteessa kunnossa. Yksi tärkeimmistä syistä liittyä SDP:hen oli myös tyytymättömyyteni nykyiseen suomalaiseen koalitiohallitukseen, joka kieltäytyy itsepäisesti investoimasta Suomen tulevaisuuteen: lastemme koulutukseen. Leikkaukset budjeteissa päiväkodeista yliopistoihin asti osoittavat ennennäkemätöntä ideologista itsekkyyttä lyhyen aikavälin tasapainoisen budjetin saavuttamiseksi, mikä on ennennäkemätöntä kaikissa Skandinavian maissa. Hyvä puoli SDP:ssä (ja Saksan SPD:ssä) on se, että siellä on enemmän tilaa erilaisille mielipiteille kuin useimmissa muissa puolueissa.

Tiedostojen poistaminen, joissa on ”sallimattomia merkkejä”

Fri, 08 Sep 2017 00:00:00 +0000

Yliopistomme monialustaympäristössä vähintään kolme eri käyttöjärjestelmää muodostaa yhteyden smb-jakettuihin ryhmäkansioihin. Ilmeisesti Mac-tietokoneet pystyvät tallentamaan tiedostoja, joiden nimissä on merkkejä, joita ei sallita muilla alustoilla ja joita ei voi helposti poistaa. Viime aikoina meillä on ollut useita tiedostoja, joiden nimi päättyy pisteeseen (.) tai välilyöntiin ( ), emmekä ole pystyneet poistamaan niitä graafisen käyttöliittymän kautta. Windows 7:ssä onnistuin siinä komentoriviltä komennolla: delete "file." tai delete "file ". En ole kuitenkaan löytänyt tapaa tehdä tätä Ubuntu-koneeltani, ja on ärsyttävää käynnistää Windowsia pelkästään muutaman tiedoston poistamiseksi. Valitettavasti tästä tuli välttämätöntä, koska Cloudberry -varmuuskopiointijärjestelmä (joka toimii Ubuntussa) jumittuu tällaisten tiedostojen kohdalla. Etsin uutta varmuuskopiointijärjestelmää laboratorion tietokoneillemme, koska CrashPlan päätti lopettaa tuen muille kuin yritysasiakkaille…

Windows muuttaa tietokoneeni kellonaikaa

Mon, 28 Aug 2017 00:00:00 +0000

Jos en ole erehtynyt, Windows on ainoa käyttöjärjestelmä, joka käyttää paikallista aikaa järjestelmäkellossaan (UTC:n sijaan). Tämä tarkoittaa, että monikäynnistysasetuksissa jokainen järjestelmän uudelleenkäynnistys Windowsiin sekoittaa järjestelmän kellonajan. Voit nollata sen (Ubuntu 16.04:ssa) komennolla sudo timedatectl set-timezone Etc/UTC.

Amber Stutthofista

Tue, 01 Aug 2017 00:00:00 +0000

Juostessani Itämeren rannalla lähellä Kąty Rybackieta (Puola), poimin muutamia meripihkakiviä. Osa niistä ei läpäissyt kelluntatestiä (20 % w/v NaCl-liuoksessa huoneenlämpöisessä vedessä), mutta minulla ei ole aavistustakaan, mitä nämä kellumattomat kivet oikeastaan ovat (ne ovat liian pehmeitä ollakseen lasia, ehkä muovia?).Kun saavuin tänne viikon rantalomalle, en tiennyt, että pieni kylä, jossa majoituimme, kuului Stutthofin kuntaan, jossa yksi natsien keskitysleireistä sijaitsi. Itse asiassa poikkesin kahdesti päivittäiseltä aamulenkiltäni rannalla katsomaan leiriä, joka on nykyään museo. Mielenkiintoista on, että alle 12-vuotiaat lapset eivät saa vierailla paikalla. Tämä eroaa niistä Saksan keskitysleirien muistomerkkipaikoista, jotka tunnen: päätös siitä, viedäänkö lapset vierailulle, jätetään vanhempien tehtäväksi. Toinen mieleenpainuva muisto näiltä lomilta olivat automatkat, jotka saivat minut tarkistamaan vakaasti pitämäni käsitystä siitä, että suurin osa autoilijoista täällä Suomessa ajaa vastuuttomasti ja useimmiten liian kovaa. Itse asiassa Puolassa oli lähes mahdotonta ajaa nopeusrajoitusten mukaisesti, sillä kukaan ei näyttänyt tekevän niin. Tajusin, että ajaminen nopeusrajoituksia noudattavalla autolla olisi vaarallisempaa kuin ajaminen holtittomasti ylinopeutta ajavalla autolla, sillä kapeilla maanteillä joutuisi jatkuvasti väistämään ohittavia autoja. Siksi minäkin ajoin ylinopeutta. Ei ole yllättävää, että Puolalla on Euroopan korkeimmat liikennekuolematilastot ( https://www.economist.com/blogs/easternapproaches/2013/06/polish-driving ). Puolan hallituksen väitetyn tavoitteen mukaan kuolemantapausten määrää halutaan vähentää, mutta nopeusrajoitusten alentamisen sijaan niitä korotettiin vuonna 2011. Wikipedian mukaan moottoriteiden suurin sallittu nopeus muuttui 130:stä 140 km/h:iin ja kaksiajorataisten teiden 110:stä 120 km/h:iin. Karkea arvio (perustuen näihin lukuihin ) osoittaa, että Puolan teillä on kuollut viimeisten 20 vuoden aikana suunnilleen yhtä monta ihmistä kuin natsit surmasivat Stutthofissa vuosina 1939–1945. Ehkä Puolan poliisin pitäisi alkaa valvoa nopeusrajoituksia?

Jaettujen kansioiden käyttö VirtualBoxissa (Linux-vieraskone)

Fri, 28 Jul 2017 00:00:00 +0000

Tiedostojen siirtäminen isäntäkäyttöjärjestelmästä vieraskäyttöjärjestelmään ja päinvastoin ei toimi suoraan asennuksen jälkeen, kun asennat VirtualBoxin Ubuntu-pakettivarastoista ja lataamalla Ubuntu VirtualBox -kuvan (esim. osoitteesta http://www.osboxes.org/virtualbox-images) . Vieraslisäosien asentamisen jälkeen vedä ja pudota -toiminto ei näyttänyt toimivan minulla, joten jouduin määrittämään ”jaetun kansion”. Kun se on määritetty graafisen käyttöliittymän kautta, se ei ilmesty automaattisesti vierasjärjestelmän työpöydälle. Se on liitettävä: sudo mount -t vboxsf nimi (kuten määritetty VirtualBoxin käyttöliittymässä) ~/liitäntäkohta vieraskäyttöjärjestelmässä/ Tähän on tietysti monia muita tapoja (esim. Samba, sftp tai sshfs)…

Hyväksikäyttöön perustuva julkaisutoiminta – missä raja kulkee?

Wed, 21 Jun 2017 00:00:00 +0000

Vaikuttaa siltä, että monet tutkijat ovat viime aikoina saaneet kutsun liittyä uuden avoimen julkaisun ContROL (”Continuous Research Online Library”) toimituskuntaan. Jo kutsujen suuri määrä saattaa olla huono merkki, sillä toimituskunnan valinta on herkkä asia, eikä massapostitus ole todennäköisesti hyvä tapa koota korkealaatuista toimituskuntaa. Saan usein vastaavia pyyntöjä, ja kun sähköpostiviestistä ei selvästi käy ilmi, että kyseessä on roskaposti, olen aiemmin tarkistanut Beallin listalta , onko kustantajalla tai lehdellä ”varoitusmerkkejä”. Jotkut varoitusmerkit on helppo tunnistaa. Esimerkiksi jos olet alan asiantuntija, mutta et ole koskaan kuullutkaan niistä tutkijoista, joiden on tarkoitus hoitaa asiantuntijatehtävät. Voisi myös tarkastella kyseisten henkilöiden julkaisuhistoriaa arvioidakseen heidän aiempaa työtään. Kukaan ei kuitenkaan ehdi tehdä sitä, ja siinä Beallin lista oli kätevä apuväline.Beallin lista on kuitenkin kadonnut internetistä tämän vuoden tammikuussa. Se päivitettiin viimeksi 3. tammikuuta 2017, mutta pian sen jälkeen kaikki sisältö poistettiin. 3. tammikuuta julkaistu versio on – kiitos Internet Archiven tiimin loistavan työn – edelleen saatavilla täältä , mutta sitä ei tietenkään enää päivitetä. Kukaan ei tiedä tarkalleen, miksi Beall poisti kaiken sisällön, mutta huhujen mukaan Beall itse sai uhkauksia tahoilta, joilla on oma etu siinä, että saalistavat kustantajat pysyvät nimettöminä (lue lisää esim. täältä: http://retractionwatch.com/2017/01/17/bealls-list-potential-predatory-publishers-go-dark/).Markkinoilla on paljon ”uusia” kustantajia, jotka haluavat päästä osallisiksi tieteellisen julkaisutoiminnan tuottoisasta liiketoiminnasta. Ei ole oikeastaan väliä, käyttävätkö ne avoimen julkaisemisen mallia vai eivät (jos ne ovat avoimia, ne voivat esimerkiksi ansaita rahaa huomattavilla ”artikkelinkäsittelymaksuilla”). Riittävän pätevien arvioijien hankkiminen vertaisarviointiprosessia varten on vaikeaa jopa vakiintuneille lehdille, ja siksi monien uusien lehtien vertaisarviointiprosessi on useimmiten vähemmän kuin perusteellinen. En myöskään pidä siitä, jos on epäselvää, kuka uuden avoimen julkaisemisen lehden takana on. Koen eettisen ristiriidan, jos joku puolustaa avointa julkaisemista, mutta kaikki tiedot lehden taustasta pysyvät salaisina. Mielestäni tällä hetkellä ei ole juurikaan tarvetta uusille (avoimen julkaisemisen) lehdille. Sen sijaan useimmat vakavat ja arvostetut avoimen julkaisemisen puolestapuhujat pyrkivät pikemminkin parantamaan olemassa olevia lehtiä. Voisi päätellä, että saalistavien lehtien suhteellinen osuus kaikista uusista lehdistä kasvaa tasaisesti, ja Google Trends tukee tätä käsitystä. Miten voin selvittää, onko ContROL-lehti luotettava vai ei? Olen tarkistanut muutamia neuvoa-antavan lautakunnan jäseniä, ja he näyttävät olevan aitoja tutkijoita, joilla on vaihtelevan tasoisia todellisia saavutuksia. Kuitenkin jopa arvostetut tutkijat päätyvät toisinaan tällaisten lehtien toimituskuntaan (joskus omasta tahdostaan, joskus ilman omaa toimiaan). Tästä huolimatta saalistavien ja rehellisten kustantajien välillä ei ole selkeää rajaa. Jopa jotkut ”maineikkaista” kustantajista harjoittavat toisinaan epäilyttäviä ja kiistanalaisia käytäntöjä. Siksi Beallin sivustolla luetellaan ”potentiaalisia, mahdollisia tai todennäköisiä saalistavia tieteellisiä avoimen julkaisemisen lehtiä”. Beallin luetteloa on kritisoitu, mutta suuri osa kritiikistä voidaan helposti sivuuttaa. Erityisen alhainen hyökkäys Beallin rehellisyyttä kohtaan on esimerkiksi sivusto http://scholarlyoa.net (huomaa URL-osoitteen samankaltaisuus!), jossa nimetön henkilö tai henkilöt turvautuvat henkilökohtaisiin hyökkäyksiin, loogisiin virhepäätelmiin ja liioitteluun yrittäessään heikentää Beallin työn uskottavuutta. Itse epäilen, että tämän sivuston takana olevat henkilöt ovat todellisia avoimen julkaisemisen ystäviä. Mudan heittäminen ei tee palvelusta avoimelle julkaisemiselle. Ehkä tämä sivusto voisi olla jopa perinteisen julkaisemisen kannattajien harhaanjohtava, peitetoiminta, jonka tarkoituksena on heikentää avoimen julkaisemisen mainetta. Beallin työtä kohtaan on esitetty perusteltua kritiikkiä , mutta mikään siitä ei kyseenalaista ajatusta siitä, että jonkun on valvottava avointa julkaisemista (samalla tavalla kuin suuria kaupallisia kustantajia seurataan ja kritisoidaan). Ehkä minun pitäisi esittää ContROLin kustantajalle muutama kysymys. Ennen kaikkea siitä, miksi he edelleen näkevät tarpeen uudelle avoimen julkaisemisen lehdelle. ContROL lupaa lehden lisäksi jonkinlaista siihen liittyvää tieteellistä sosiaalisen median ja markkinoinnin alustaa. Myös tämä alue on kuitenkin jo katettu ( ResearchGaten ja Mendeleyn toimesta). Olin hämmentynyt siitä huomattavasta ”jäsenmaksusta”, jonka on maksettava heidän palvelujensa käyttämiseksi ( https://control.zinianz.com/membership ). Mutta ellei julkaise useita artikkeleita vuodessa, se vaikuttaa minusta ylihinnoitellulta. Vaikka he mainitsevatkin, että artikkelinkäsittelymaksuista on mahdollista saada vapautus, en löytänyt siitä mitään yksityiskohtia. Miksi he piilottaisivat tämän tiedon? Taloudellisesti heikommassa asemassa olevien maiden tutkijoiden on tiedettävä kustannukset etukäteen! Tällainen läpinäkyvyyden puute on juuri sitä, mitä avoimen julkaisemisen tulisi välttää. ”Jäsenmaksut” saattavat myös estää niihin liittyvien palvelujen menestymisen. Tieteellisen sosiaalisen median sivuston saaminen suosioon on vaikeaa (vaikka palvelut olisivatkin ilmaisia ja niillä olisi takanaan maailman vaikutusvaltaisin kustantaja). Todennäköisesti luvattuja etuja ei tulekaan toteutumaan.

Epävarmuus CRISPR:n tulevaisuudesta

Sun, 18 Jun 2017 00:00:00 +0000

Jotkut pelkäsivät, että tämän kevään CRISPR-tekniikkaa koskevat patenttipäätökset saattaisivat johtaa tekniikan monopolisointiin . Kuitenkin Nature Methods -lehdessä viime kuussa julkaistun artikkelin mukaan ei ole tällä hetkellä lainkaan selvää, tuleeko CRISPR:stä menestys ihmisen genomin muokkaamisessa. Jos yksittäiseen muokkauskertaan liittyy satoja ei-toivottuja ja arvaamattomia genomin muutoksia, sen puolesta olisi vaikea puhua sivuvaikutusten arvaamattomuuden vuoksi. Kyseessä on vain yksi hiirillä tehty tutkimus , mutta varovaisuus on paikallaan. Nature Methods -lehdessä julkaistu artikkeli on erityisen mielenkiintoinen, sillä tekniikkaa oli juuri käytetty ihmisillä ensimmäistä kertaa .Vaikka immateriaalioikeudet olisivatkin yhden yrityksen hallussa, on epäselvää, miten patenttia voitaisiin valvoa. CRISPR eroaa monista muista teknologioista siinä, että sen käyttöönoton kynnys on kustannusten ja osaamisen kannalta erittäin matala. Lähes kuka tahansa biotieteiden tutkija voisi tehdä sitä kotonaan autotallissaan…

Suurten organisaatioiden ketteryydestä

Thu, 15 Jun 2017 00:00:00 +0000

Kymmenen vuotta muutokseen En muista tarkalleen, mutta ajatus ottaa käyttöön kunnollinen sisällönhallintajärjestelmä Helsingin yliopiston koko verkkosivustolle on luultavasti jo 10 vuotta vanha. Olin varannut verkkotunnuksen jeltsch.org toukokuussa 2003 (suoritettuani tohtorintutkintoni) yksityisen verkkosivustoni ylläpitoa varten. Internet-arkistossa oleva vanhin tilannekuva verkkosivustostani on peräisin saman vuoden joulukuulta. Aivan kuten Helsingin yliopiston IT-henkilökunta, huomasin, että verkkosivuston päivittäminen yksittäisiä HTML-sivuja muokkaamalla on erittäin aikaa vievää. Vuonna 2006 etsin – aivan kuten Helsingin yliopiston IT-palvelutkin – sisällönhallintajärjestelmää (CMS). Yliopistossa HTML-sivuja luotiin Dreamweaverilla; minä käytin mitä tahansa käytettävissäni ollutta tekstieditoria. Vertailtuamme eri vaihtoehtoja sekä Helsingin yliopiston IT-henkilökunta että minä päädyimme samaan johtopäätökseen ja valitsimme Drupalin verkkosivujemme sisällönhallintajärjestelmäksi.Siirtyminen DrupaliinSiirtyminen Drupaliin (versio 4.6) kesti minulta muutaman viikon, mutta vuoden 2006 lopussa ensimmäinen Drupal-sivustoni julkaistiin verkossa. Siitä lähtien sisällön lisääminen verkkosivustolleni tuli erittäin helpoksi. Välttelin Drupalin päivittämistä ja ohitin version 6. Kuten olin ennakoinut, päivitys versioon 7 aiheutti minulle suuria päänsärkyjä (päivityksen pitäisi nykyään olla paljon helpompaa). Siirtyminen Drupaliin kesti Helsingin yliopistolta monta vuotta, mutta lopulta vuosina 2016–2017 siirtyminen tapahtui/tapahtuu. Barack Obama oli paljon nopeampi: syksyllä 2009, tuskin puoli vuotta sen jälkeen, kun hänestä oli tullut presidentti, whitehouse.gov:n siirtyminen suljetusta ratkaisusta Drupaliin oli valmis.*Onko Drupal 7 vanha?*Täällä yliopistollamme määräaikoja on jouduttu siirtämään useita kertoja, ja aivan kuten Länsimetron laajennushankkeessa Espooseen , siirtyminen tuli todennäköisesti paljon kalliimmaksi kuin oli suunniteltu. Yliopisto käyttää tällä hetkellä Drupalin versiota 7, joka julkaistiin yli kuusi vuotta sitten tammikuussa 2011. Vaikka Drupal 8 on ollut saatavilla jo marraskuusta 2015 lähtien, hyvä uutinen on, että Drupal 7 on edelleen virallisesti pitkäaikaisen tuen (LTS) versio ja saa siten tietoturvapäivityksiä vielä monien vuosien ajan (arvaisin ainakin viiden vuoden verran). Noin 85 % kaikista Drupal-sivustoista käyttää edelleen Drupal 7:ää, eikä tämän luvun suuruudessa ole vielä näkynyt merkkejä laskusta .Siirtyminen ei ole vielä valmisSiirsin laboratorioni verkkosivut tämän vuoden alussa, kun mahdollisuus siihen avautui. Kuitenkin B3P-ydinlaitteistomme toimii edelleen ”käsin kirjoitetulla” HTML-koodilla, sillä emme ole saaneet lupaa siirtää näitä sivustoja Drupaliin (IT-osasto odottaa HiLIFE-tutkimusinfrastruktuurin rahoituspäätöksiä).Samaan aikaan 2,3 % kaikista maailman verkkosivustoista käyttää Drupalia.*Ongelmia?*Järjestelmä ei kuitenkaan ole virheetön. Turvallisuussyistä (PHP:n turvallisuutta pidetään huokoisena kuin sieni) suurin osa Drupalin tarjoamasta joustavuudesta ei ole sisällöntuottajien käytettävissä: esimerkiksi täysimittainen HTML- tai PHP-koodi solmujen sisällössä on poistettu käytöstä, mikä vaikeuttaa dynaamisen sisällön toteuttamista. Onneksi järjestelmällä on akilleenkantapää, ja se on RSS-syötteiden käyttö.RSS-syötteet apuunKäyttäjän antamilla URL-osoitteilla varustetut RSS-syötteet voidaan integroida useimpiin sivuille, ja yllättäen ne sallivat HTML-sisällön suodattamattoman näyttämisen (mukaan lukien kuvat ja CSS-tyylit). Tällä tavalla toteutin dynaamisesti päivittyvän entsyymiluettelomme ( https://www.helsinki.fi/en/researchgroups/lymphangiogenesis-research-and-antibody-development/services-and-resources ) sekä julkaisuluettelomme (joka näyttää erillisiä syötteitä zotero.org -sivustolta, esim. esiteltyjen julkaisujen luettelon tai katsausartikkeliluettelo . Valitettavasti syöttömoduuli ei tue tavallisia Atom-syötteitä, vaan ainoastaan ”vanhanaikaisia” RSS-syötteitä, minkä vuoksi jouduin ohjaamaan Zoteron Atom-syötteen Python-skriptin kautta, ennen kuin sivuston kävijän selain pystyi hakemaan sen.Varnish CacheToinen ongelma on, että sivusto latautuu melko hitaasti. Jos kävijät etsivät sisältöä, sivuston on ladattava 3 sekunnin kuluessa, muuten kävijä menetetään. Toivottavasti sivusto skaalautuu hyvin, sillä monet tutkimusryhmät eivät ole vielä siirtyneet uuteen järjestelmään. Ja se latautuu hitaasti huolimatta siitä, että se käyttää Varnish Cachea . Valitettavasti Varnish Cache viivästää päivitysten julkaisemista joskus jopa useilla tunneilla (joskus jopa yön yli). 21. vuosisadalla tämä ei ole hyväksyttävää. Olen asettanut yksityisen Drupal-sivustoni välimuistin enimmäiskestoajaksi yhden tunnin. Kolmen sekunnin latausaika on todennäköisesti paras kompromissi, jonka he ovat pystyneet löytämään…

Sähköisen laboratoriopäiväkirjan käyttöönoton esteet

Thu, 08 Jun 2017 00:00:00 +0000

Laboratoriossamme on jo jonkin aikaa kiinnostuttu sähköisistä laboratoriomuistikirjoista (ELN). Äskettäin julkaistu artikkeli [Journal of Cheminformatics] -lehdessä ( https://jcheminf.springeropen.com ) on keskittynyt ELN:ien käyttöönoton esteisiin. Erityisesti akateemisessa maailmassa yli 90 % tutkijoista käyttää edelleen perinteistä paperista laboratoriomuistikirjaa. Suurin käyttöönoton este oli kustannukset sekä rahallisesti että uusien tottumusten oppimisen kannalta. Tiiviisti perässä sijoilla 3 ja 4 olivat käyttöönoton vaivalloisuus ja tietoturvaan liittyvät huolenaiheet. Vaikka kirjoittajat ovat selvästi puolueellisia (he kehittävät avoimen lähdekoodin ELN-järjestelmää ELN SciNote ), käyttöönoton esteet ovat samat kuin ne, joita koen omassa laboratoriossani ja Helsingin yliopistossa.Olin ällistynyt, kun noin kaksi kuukautta sitten sain sähköpostiviestin, jossa kerrottiin, että Helsingin yliopisto oli neuvotellut puitesopimuksen LabVantage -LIMS/ELN-toimittajan Software Pointin kanssa. Vaikka pidän yliopistokohtaista ELN-ratkaisua tarpeellisena, tämä sopimus vaikuttaa kaikkea muuta kuin optimaaliselta useimmille Helsingin yliopiston tutkimuslähtöisille laboratorioille. Useat yliopiston laboratoriot ovat käyttäneet ELN-järjestelmiä jo jonkin aikaa, eikä yksikään niistä ole ollut tietoinen pyrkimyksistä solmia yliopistokohtainen sopimus LIMS/ELN-ratkaisusta. Eikä yksikään niistä, jotka jo käyttävät LIMS/ELN-järjestelmää, ole valinnut LabVantagea, vaan muita ratkaisuja ( Labguru , SciNote , eLabFTW ). Olisi ollut hyödyllistä, jos arviointiryhmässä olisi ollut joku, jolla on todellista kokemusta LIMS/ELN-järjestelmien käytöstä (tai joku, joka on osallistunut LIMS/ELN-kehitykseen), varsinkin kun tällaista asiantuntemusta on saatavilla Helsingin yliopistossa.Neuvotteluihin on osallistunut vain muutama henkilö, kun taas suurimmalta osin sidosryhmiltä ei edes pyydetty mielipidettä. Kun kysyin nimenomaisesti tästä suljetusta toiminnasta, vastaus oli: Hankintaan oli tuolloin mukana hyvin harvoja yksiköitä (lähinnä kronologian yksikkö ja yksi henkilö kemian laitokselta), vaikka tieto oli levitetty ympäri yliopistoa ja kuka tahansa oli tervetullut osallistumaan ja esittämään tarpeitaan. Vaikka yritänkin seurata aktiivisesti IT-infrastruktuurin kehitystä, en nähnyt missään mitään ilmoituksia, enkä löytänyt jälkikäteen etsiessäni mitään, mikä olisi herättänyt huomioni ja antanut minulle mahdollisuuden osallistua. Helsingin yliopiston kansainväliseen menestykseen eniten vaikuttavat laboratoriot ovat tärkeimpiä sidosryhmiä, mutta ne jätettiin huomiotta. Ehkä hieman aktiivisempi sidosryhmien etsiminen olisi ollut paikallaan. LabVantagen kanssa neuvoteltu peruspaketti näyttää olevan suunnattu rutiini- ja kliiniseen laboratoriotyöhön, mutta ei innovatiiviseen tutkimukseen. Kaksi moduulia, jotka ovat elintieteiden tutkimustyössä kaikkein välttämättömimpiä, ovat ELN ja tallennustilan hallinta. Valitettavasti monet biotieteille ominaiset rutiinit (DNA- ja proteiinisekvenssien haku BLAST-tyyppisillä hakualgoritmeilla) puuttuvat tarjouksesta kokonaan, vaikka niitä tarvitaan biotieteissä kipeästi. Ilmaisen sovellusrajapinnan (API) puuttuminen (kuten eLAbFTW -ominaisuudet tai SciNote ) estää käyttäjiä integroimasta omaa olemassa olevaa koodiaan tai omia tietokantajärjestelmiään. Jokainen pieni muutos vaatisi LabVantage-kehittäjien osallistumista, ja se olisi erittäin hidas ja kallis prosessi. Käytännössä tämä tarkoittaa, että järjestelmän puutteita ei koskaan korjata. Peruspaketin voi ottaa käyttöön mikä tahansa yliopiston laboratorio maksamalla kertaluonteisen 200 euron maksun jokaisesta käyttäjästä (ei jaettavia lisenssejä, vain nimelliskäyttäjiä). Meidän laboratoriomme osalta summa olisi 2 000 €, mutta alhainen hinta ei sinänsä ole myyntivaltti. Puitesopimuksen puitteissa mikä tahansa laboratorio voi maksaa lisämoduulit itse, mutta 17 500 €:n korkea hinta tekee siitä epätodennäköistä, että kukaan niin tekisi. En halua ajaa yhteishankintaa, koska ei ole mitään keinoa tietää, sopisivatko nämä moduulit laboratoriotyön arkeen. Toisin kuin useimmat muut toimittajat, LabVantage ei tarjoa järjestelmän ilmaista kokeiluversiota. Minusta on epäilyttävää, jos toimittaja ei tarjoa kokeiluversiota. Jos tuote on hyvä, kokeiluversio vakuuttaa potentiaaliset asiakkaat ostamaan sen. Jos tuote on hyvä, mitä haittaa kokeiluversiosta voisi olla toimittajalle? Olemme itse testanneet useita ELN-ratkaisuja kahden viime vuoden aikana, ja jotkut järjestelmät saivat erittäin huonoa palautetta niiltä, jotka käyttävät niitä päivittäin (esim. hankala tietojen tuonti, epäintuitiivinen käyttöliittymä, hidas palvelimen vasteaika). Itse asiassa oligonukleotidien hallintaan ja proteiinien/entsyymien varastointiin käytämme edelleen täysin vanhentunutta avoimen lähdekoodin LIMS-järjestelmää, jonka olin mukana kehittämässä noin 15 vuotta sitten tohtoriopiskelijana ( http://phplabdb.sourceforge.net , nykyisin osoitteessa https://github.com/mbekaert/phplabdb) . Laboratoriossani käytämme eLabFTW:tä . Meillä on paikallinen asennus Helsingin yliopiston intranetissä (johon pääsee VPN:n kautta mistä tahansa), ja kuka tahansa Helsingin yliopiston jäsen voi saada sieltä käyttäjätunnuksen. Jos olet kiinnostunut kokeilemaan sitä, ota yhteyttä minuun! Keskeinen kysymys jää edelleen vaille vastausta: miksi suurinta osaa sidosryhmistä ei otettu mukaan päätöksentekoprosessiin?

Jalokivien etsintä Suomen Karjalassa

Wed, 31 May 2017 00:00:00 +0000

Viime sunnuntaina osallistuimme Suomen Jalokiviharrastajain Yhdistyksen ( Suomen Jalokiviharrastajain Yhdistys ) kevätretkelle spektroliittilouhokselle Ylämaan lähellä Karjalassa. Spektroliitti on labradoriitin muunnos, jolla on voimakas värinleikki. Suomalainen spektroliitti on erityinen tumman pohjavärinsä vuoksi. Tarkkaan ottaen termi ”spektroliitti” viittaa ainoastaan tähän suomalaiseen värikkään labradoriitin lajikkeeseen. Retki oli menestys, sillä palasimme väsyneinä, mutta mukanaan useita kiloja näytteitä.

Tärkeimmät tiedot VEGF-C:stä lymfologiassa

Fri, 05 May 2017 00:00:00 +0000

Tärkeimmät tiedot VEGF-C:stä lymfologiassa

Dosentti Dr. Michael Jeltsch, Helsingin yliopisto ja Wihurin tutkimuslaitos, michael@jeltsch.org

Verisuonten endoteelin kasvutekijä C (VEGF-C) on välttämätön imusuoniston kehitykselle ja kasvulle. Yhdessä VEGF-D:n kanssa se muodostaa VEGF-kasvutekijäperheen imusuoniryhmän, jonka muut jäsenet (PlGF, VEGF/VEGF-A, VEGF-B) vastaavat ensisijaisesti verisuonten kasvusta ja toiminnasta. VEGF-C löydettiin tyrosiinikinaasireseptori VEGFR-3:n ligandina (1), ja sen spesifinen vaikutus imusuoniin kuvattiin ensimmäisen kerran vuonna 1997 (2,3). Noin kolmasosa ihmisten perinnöllisistä lymfedeemitapauksista johtuu VEGF-C-signaloinnissa mukana olevien geenien mutaatioista (4). VEGF-C:n täydellinen puuttuminen johtaa kuolemaan alkionkehityksen aikana (5). Todennäköisesti tästä syystä perinnöllisen lymfedeeman kliinisiä tapauksia leimaa signaalinsiirron osittainen inaktivoituminen. Useimmissa tapauksissa mutaatio kohdistuu VEGFR-3:een (6), mutta perinnöllisen lymfedeeman mutaatioita on kuvattu tai niitä epäillään kaikissa alla kuvatuissa VEGF-C-signaalinsiirron komponenteissa. z.T. Osana monitekijäistä periytyvyyttä.

Ikuisesti nuori

Sun, 30 Apr 2017 00:00:00 +0000

Novo Nordisk -säätiö (tarkemmin sanottuna tohtori John Peter Wittschieben) pyysi minua kertomaan muutaman sanan hyväksyttyjen hakijoiden näkökulmasta “ Kuinka saada rahoitusta kansainvälisiltä säätiöiltä ” -infotilaisuudessa, joka pidettiin 26. huhtikuuta Biomedicum Helsingissä.Hyödyllistä tietoaSelvyyden vuoksi: Tapahtuma oli erittäin hyödyllinen. Se oli hyödyllinen erityisesti Novo Nordisk -säätiön ja JDRF:n esittämien yksityiskohtaisten tietojen ansiosta, jotka esiteltiin tapahtuman aikana. Alussa olin yllättynyt kuullessani dekaanimme puhuvan johdannossaan ”onnekkaista, jotka saivat rahoitusta”. Naiivisuudessani olin aina olettanut, että rahoitusta jaetaan ansioiden ja kykyjen perusteella, ei onnen mukaan. Vaikka kokeneemmat tutkijat, kuten Mikael Knipp, pystyivät antamaan hyviä neuvoja, minä en siihen kyennyt. En tietenkään voi ylpeillä omilla rahoituksen saamisen todennäköisyyksilläni (jotka ovat noin 5 %; yksi 20 hakemuksesta hyväksytään).Ei aikaa tieteelle, liikaa aikaa apurahahakemusten kirjoittamiseen? Jotkut osallistujat ilmaisivat hämmästyksensä tutkijoiden nykyisistä laajalle levinneistä valituksista alhaisista myöntämisasteista ja väittivät, että hylätty hakemus johtaa parannettuun uuteen hakemukseen seuraavalla kierroksella. Olen samaa mieltä siitä, että parannus voi olla huomattava muutaman ensimmäisen kierroksen ajan, mutta sen jälkeen siitä tulee vähenevän tuoton peli. Kirjoitan keskimäärin 20 apurahahakemusta saadakseni yhden hyväksytyksi, ja 15 näistä tapauksista olen melko samaa mieltä E.P. Diamandisin kanssa, joka Clinical Chemistry -lehdessä valitti yli 20 miljardin dollarin tappiosta , joka johtui epäonnistuneesta hakemusten laatimisesta.**Kuka on ”nuori tutkija”?*Toinen kysymys, josta – mielenkiintoista kyllä – keskusteltiin (ja jota olin pohtinut jo vuosia), oli termi ”nuori tutkija”. Päätelmänä oli, että nuori tutkija on kuka tahansa, jolla ei ole täysipäiväistä professuuria. Tämä saattaa olla ainoa järkevä määritelmä, sillä pää tutkijoiden keski-ikä on noussut tasaisesti viime vuosikymmenien aikana (ks. esim. täältä ). Monet tutkijat pysyvät siis ikuisesti nuorina (tai ainakin eläkkeelle jäämiseen asti).On vaikea olla luova, jos kamppailee rahoituksen kanssaVaikka en pystynytkään vakuuttamaan monia (ehkä ketään), vastustin ajatusta, että akateemisessa tutkimuksessa olisi toivottavaa yhdistää luovuuden ja sovellettavuuden tavoitteet. Todellinen luovuus syntyy pääasiassa ensisijaisesta motivaatiosta, ja utilitaristiset näkökohdat itse asiassa haittaavat luovuutta. Tämä ei tarkoita, etteikö luova tutkimus voisi olla erittäin hyödyllistä. Niiden asettaminen tärkeiksi kriteereiksi rahoituksen jakamisessa on vain liikaa vaadittu rahoittajalta, nimittäin kykyä ennustaa tulevaisuutta. Luovuus ja pyrkimys tutkimuksen ”soveltuvuuteen/vaikutukseen” eivät ole vain keskenään kohtisuorassa, vaan ne vetävät vastakkaisiin suuntiin. Jos tutkimuksella on vaikeuksia rahoituksen saamisessa, on vaikea olla luova. Perustarpeet on tyydytettävä, ennen kuin ihmiset voivat toteuttaa mahdollisuuksiaan. Lisäksi kun säätiöt vaativat lyhyen aikavälin sovellettavuutta, ne vaikuttavat minusta poliitikoilta, jotka ajattelevat 4–5 vuoden vaalikierron puitteissa. Suuressa osassa akateemista tutkimusta emme voi ennustaa sen tulevia käyttötarkoituksia. Lisäksi potentiaaliset sovellukset ovat useimmiten PALJON kauempana kuin viiden vuoden päässä tulevaisuudessa. Jos soveltuvuuteen tähtäävä painotus johtaa painopisteen siirtymiseen perustutkimuksesta soveltavaan tieteeseen, tutkimusketju (perustutkimus > soveltava tutkimus > insinööritiede) kuivuu jo lähteestään. Ehkä tämä soveltuvuuteen tähtäävä painotus myös nopeuttaa perinteisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen välisten rajojen hämärtymistä. *Tällä kertaa minun on oltava Marxin puolella: Nicht das Bewußtsein bestimmt das Leben, sondern das Leben bestimmt das Bewußtsein.

Hyvin lyhyt historia antiangiogeenisestä kasvainhoidosta

Mon, 24 Apr 2017 00:00:00 +0000

Käsittelin antiangiogeenisen kasvainhoidon aihetta vuoden 2017 Cancerbio Summer School (CBSS) -tapahtumassa. Katsauksena suosittelin seuraavaa: Weis SM, Cheresh DA. Kasvaimen angiogeneesi: molekyylireitit ja terapeuttiset kohteet. 2011. Nature Medicine 17:1359–70. http://www.nature.com/nm/journal/v17/n11/pdf/nm.2537.pdf

Suomi on edelleen matkailijoille turvallisin maa

Tue, 18 Apr 2017 00:00:00 +0000

Vuoden 2017 matkailun kilpailukykyindeksissä Suomi sijoittui maailmanlaajuisessa vertailussa 33. sijalle (11 sijaa alemmaksi kuin kaksi vuotta sitten ). Suomi onnistui kuitenkin säilyttämään kärkipaikkansa turvallisuus- ja suojauskategoriassa. Pelkkiä lukuja tarkasteltaessa kilpailukyvyn heikkenemisen syynä ei niinkään ole Suomen suorituskyvyn heikkeneminen, vaan muiden maiden, kuten Ruotsin ja monien Euroopan ulkopuolisten maiden, kuten Meksikon, Malesian tai Yhdistyneiden arabiemiirikuntien, suorituskyvyn parantuminen. Espanja, Ranska ja Saksa sijoittuivat sekä vuoden 2015 että vuoden 2017 vertailuissa vastaavasti 1., 2. ja 3. sijalle.

Jäikö Big Wheelin jalkoihin?

Fri, 24 Mar 2017 00:00:00 +0000

Kansainvälistymiseen panostamisesta huolimatta englanninkieliset tiedot koulutusuudistuksesta ovat puutteellisia ja myöhässä”Big Wheel” -uudistus vyöryy päälleni, enkä edes huomaa sitä. Yliopiston intranetissä on ollut jonkin verran englanninkielistä tietoa prosessista. Suunnitteluvaiheessa suurin osa asiakirjoista oli kuitenkin aluksi saatavilla vain suomeksi, ja käännöksistä aiheutuneen viivästyksen vuoksi ulkomaalaiset työntekijät, joilla ei ollut englannin kielen taitoa, jäivät suurelta osin prosessin ulkopuolelle. Tämän panoksen menettäminen ei todellakaan ollut hyödyllistä, sillä useat Big Wheel -uudistuksen tavoitteet liittyvät kansainvälistymiseen, kuten tutkinto-rakenteiden yhdenmukaistamiseen Euroopassa (”3+2+3-järjestelmä”) sekä tutkinto-ohjelmien kansainvälisen houkuttelevuuden ja kilpailukyvyn parantamiseen.Erinomaiset opiskelijat saattavat jäädä ilman opiskelupaikkaa yliopistossammeSyyskuussa 2017 alkavien maisteriohjelmien hakijamäärien perusteella voidaan todeta, että ohjelmien tekemiseksi ”kansainvälisesti houkutteleviksi ja kilpailukykyisiksi” on vielä paljon työtä tehtävänä. Lähes kaikilla koulutusohjelmilla hakijamäärät EU:n ja ETA:n ulkopuolelta ovat laskeneet, mikä todennäköisesti johtaa siihen, että lukukausimaksuista saatavat tulot jäävät selvästi alle yliopiston toivoman tason (Helsingin yliopiston maisterintutkinnon lukukausimaksut ovat ohjelmasta riippuen 13 000–18 000 euroa vuodessa). Menetämme todennäköisesti potentiaalisesti erinomaisia opiskelijoita, ja ilmassa on epämääräinen epäilys siitä, että koulutuksen yleinen taso saattaa kärsiä. EU:n ja ETA:n ulkopuolelta tuleville opiskelijoille on tarjolla 30 erisuuruisia apurahaa. Kuitenkin vain noin 10 stipendin saajista pystyy kattamaan lukukausimaksun kokonaan stipendillään (katso täältä: https://www.helsinki.fi/en/studying/how-to-apply/scholarship-programme) . Mielestäni myös koulutusohjelmien mainontaa voitaisiin ehdottomasti parantaa.Tiedot saatavilla olevista apurahoista: riittävän selkeitä vai sekavia? Pelkään myös, että monet potentiaaliset hakijat olivat hämmentyneitä apurahaohjelmasta (niin olin minäkin, ja olen edelleen). Oman maisteriohjelmamme verkkosivuilla ( https://www.helsinki.fi/en/programmes/master/translational-medicine-transmed ) stipendejä ei mainita näkyvästi (vai oliko se tarkoituksellista?). Vielä pahempaa on, että Helsingin yliopiston sivuilla oleva linkki, jonka avulla voi tarkistaa, joutuuko opiskelija maksamaan lukukausimaksua, on ollut jo jonkin aikaa puoliksi rikki (“Voit tarkistaa tämän Studyinfon verkkosivuston UKK:sta , onko sinun maksettava lukukausimaksuja vai ei” (alkuperäinen tällä sivulla ). Toivottavasti se kuoli vasta hakuaikojen päätyttyä…Tohtorintutkinnon koulutusuudistusBig Wheel -uudistus koskee kaikkia kolmea tutkintoa: kandidaatin, maisterin ja tohtorin (PhD) tutkintoja. Kansainvälistyminen koskee erityisesti tohtorintutkintoa ja niitä maisteriohjelmia, jotka ovat kokonaan englanninkielisiä (esim. translaatiolääketiede tai biotieteiden informaatiotekniikka). Vaikka noin puolet yksikköni (tutkimusohjelmien yksikkö) tohtoriopiskelijoista on ulkomaalaisia, tuskin kukaan heistä tietää, mistä ”Big Wheel” -uudistuksessa on kyse. Big Wheel -keskustelutilaisuus Meilahdin kampuksellaKun lähes kaikki oli jo sovittu ja päätetty, Meilahdin kampukselle ilmoitettiin Big Wheel -tiedotustilaisuudesta (31.3.2017). Sähköpostiviesti oli yksinomaan suomeksi. Olen usein antanut palautetta, kun tärkeitä tapahtumia ei ole ilmoitettu englanniksi (useimmiten ilman vastausta). Siksi kirjoitin viestin suoraan yliopiston rehtorille ja vararehtorille. Sähköpostikeskustelu on liitteenä alla. Riittää sanoa, että yliopisto on edelleen sitoutunut kansainvälistymisen edistämiseen, vaikka se ei olekaan ongelmatonta…Mistä kuulemistilaisuudessa keskusteltiinEnglanniksi käyty keskustelu keskittyi tohtorikoulutukseen. Erittäin perusteltu pyyntö oli, ettei korjattaisi sitä, mikä ei ole rikki. Kansainvälisessä vertailussa tohtorikoulutus on Suomessa suurimmaksi osaksi erinomaista, ja ainoana ongelmana pidetään sen kestoa. Tällä hetkellä suomalainen tohtorintutkinto biotieteissä edellyttää, että jatko-opiskelija julkaisee tieteellisissä lehdissä. Tämän seurauksena suurin osa tutkimuksesta Suomessa tehdään tohtoriopiskelijoiden toimesta. Vaadittavien julkaisujen tarkka lukumäärä ja laatu vaihtelevat tiedekunnittain, sillä asiasta ei ole virallista yksimielisyyttä. Tyypillisesti vaaditaan 3–5 artikkelia, ja tekijyys jaetaan tietyssä määrin. Kaikkien julkaisujen ei tarvitse olla ensimmäisen tekijän artikkeleita.Suomalaiset tohtorit ovat kilpailukykyisiäVaikka suomalaisesta yliopistosta saatu tohtorintutkinto on kansainvälisesti erittäin kilpailukykyinen, tohtorit ovat tyypillisesti paljon vanhempia kuin useimmissa muissa maissa. Tämä herättää kysymyksen: mitä sitten? Tohtoriopintojen tyypillisen keston Suomessa on yleisesti oletettu olevan noin 7 vuotta. Kukaan ei kuitenkaan tiedä tarkalleen (ei edes yliopisto itse, koska tiukkoja sääntöjä tohtoriopintojen rekisteröinnistä ei ole ollut olemassa vasta viime aikoihin asti), mutta suuntaus kohti lyhyempää kestoa (ja vähemmän vaatimuksia) näyttää olevan hyvin hidas. Voimakkaat voimat vastustavat tohtoriopintojen lyhentämistäSe, että tohtoriopinnot kestävät Suomessa niin kauan, on luonnonvalinnan tulos. Sääntelyllä painostaminen nopeampaan tohtoriopetukseen aiheuttaa monia tahattomia seurauksia. Tohtoriopintojen lyhentämistä vastaan vaikuttavat voimakkaat tekijät, erityisesti akateemista uraa tavoittelevien erittäin lahjakkaiden opiskelijoiden osalta: esimerkiksi suhteellinen helppous saada apurahaa tohtoriopintojen aikana sekä vastavalmistuneiden tohtorien korkea työttömyysaste Suomessa.Tohtorintutkintojen ikärajat rahoituksen saamiseksiKuten Kalle Saksela on tuonut esiin, yksi suurimmista esteistä tohtoriopintojen lyhentämiselle on akateemisen tutkimuksen yleinen rahoitustilanne. Jokaisella rahoituskierroksella myönnettävien apurahojen määrät laskevat uusille kaikkien aikojen alimmille tasoille. Menestyneillä hakijoilla on erittäin vakuuttava valikoima korkealaatuisia julkaisuja, joiden hankkiminen vie aikaa. Suurissa kilpailullisissa tutkimusrahoitusohjelmissa (Suomen Akatemia, ERC) asetetaan kuitenkin hakijoille rajoituksia (esim. ”enintään 7 vuotta tohtorintutkinnon suorittamisen jälkeen”), joilla ei ole mitään yhteyttä hakemuksen laatuun.Neljä vuottaVararehtori Hämäläisen erittäin selkeä viesti (Jukka Kola oli jo poistunut keskustelusta, kun kieleksi vaihdettiin englanti) oli, että tohtoriopintoja on lyhennettävä, jotta ne olisivat vertailukelpoisia muiden maiden kanssa. Tavoitteena on 3+2+4 (3 vuotta kandidaatin opintoja, 2 vuotta lisää maisterin opintoja ja sitten 4 vuotta tohtoriopintoja). Vararehtorin esittämä ajatus oli yksinkertaisesti siirtää osa opinnoista, jotka tällä hetkellä suoritetaan tohtoriopintojen puitteissa, varhaiseen postdoc-vaiheeseen. Suuri kysymys on tietysti se, kuka tämän siirron maksaa? Tutkimusrahoitusta on lisättävä huomattavasti, jotta postdoc-tutkijoiden palkat voidaan maksaa, ellei haluta heikentää kotimaisen tutkimustuotannon kokonaistasoa. Jo nyt postdoc-tutkijan palkkaaminen Akatemian tutkijabudjetilla on lähes taloudellista itsemurhaa.

Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi

Mon, 20 Mar 2017 00:00:00 +0000

Järjestämme (jälleen) käytännönläheisen proteiinien puhdistuskurssin 4.–20. joulukuuta. Kurssille mahtuu enintään 16 osallistujaa, jotka jaetaan 2–4 hengen ryhmiin. Jokainen ryhmä tarvitsee kolme kokopäivää käytännön harjoitusten suorittamiseen, mutta kurssin kolmas päivä osuu päällekkäin seuraavan ryhmän ensimmäisen päivän kanssa. Kurssi pidetään Biomedicum Helsingissä, huoneissa A516a1 (jossa laitteet sijaitsevat) ja B318a/b (laboratoriossamme). Puhdistamme proteiinin (VEGF-reseptori 3) kaksivaiheisella menetelmällä (affiniteettikromatografia + geelisuodatus) Äkta Avant FPLC -laitteella. Kurssin kolmantena päivänä mittaamme proteiinin vuorovaikutusta sen ligandin (VEGF-C) kanssa ITC-laitteella (isoterminen kalorimetria). Olemme järjestäneet vastaavan kurssin vuonna 2015 ( http://www.helisci.fi/hbgs/FPLC2015/) . Tämä uusi kurssi ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ) on rakenteeltaan samanlainen, mutta olemme pidentäneet sitä yhdellä päivällä, jotta voimme analysoida proteiinien vuorovaikutuksia hyödyntämällä B3P-yksikkömme uutta isotermisen kalorimetrian laitetta. Kurssimateriaali ja tulokset ovat saatavilla myös täältä .Koska voimme käsitellä kerrallaan enintään kaksi näytettä (meillä on ”vain” kaksi FPLC-laitetta), joudumme jakamaan osallistujat ryhmiin (2–4 opiskelijaa ryhmässä) ja toistamaan kolmen päivän kurssin useita kertoja osallistujamäärän mukaan.

Angiogeneesin merkittävimmät julkaisut

Thu, 09 Mar 2017 00:00:00 +0000

Nature-lehden mukaan vuonna 1997 Science-lehdessä julkaistu artikkelimme on merkkipaalu angiogeneesin tutkimusalalla: *”Artikkeli, jossa vahvistetaan VEGF-C:n ja VEGF-R3:n signalointireittien rooli lymfangiogeneesissä. Uusi tutkimusalue on syntynyt.”*Kokoelma angiogeneesin alan merkkitutkimuksia viimeiseltä 80 vuodelta ( http://www.nature.com/focus/angiogenesis/classics/vegf.html ) julkaistiin ensimmäisen kerran vuonna 2003, eikä sitä valitettavasti ole päivitetty sisällyttämään myöhempiä merkittävimpiä tutkimuksia. Tähän päivään mennessä suurin osa näistä 86 artikkelista on kuitenkin edelleen pakollista luettavaa jokaiselle angiogeneesin alan tohtoriopiskelijalle.

5 sentin kolikon "hopea" ja "kulta" -pinnoite

Tue, 07 Mar 2017 00:00:00 +0000

Viime perjantaina pinnoitin lasteni kanssa 5 sentin (kupari) kolikoita. Ne näyttävät aika kivoilta, vaikka ne onkin vain sinkkiä ja messinkiä. Tarvitset vain puhtaan kuparikolikon (vanhat kolikot voi puhdistaa tehokkaasti etikalla), natriumhydroksidia (NaOH), sinkkijauhetta ja keittolevyn. Alkuperäisessä menetelmässä (katso tämä PDF ) käyttää bunsenpoltinta, mutta me teimme lämmittämisen ja sinkkipinnoitetun kolikon lopullisen muuntamisen messinkipinnoitetuksi kolikoksi yksinkertaisesti asettamalla sen keittiömme keittolevylle. Kuuma natriumhydroksidi on melko vaarallista, joten ole varovainen (käytä silmäsuojia) ja pidä lapset silmällä!

Valmis

Sat, 04 Mar 2017 00:00:00 +0000

Vuoden kestäneen vaivalloisen osien keräämisen ja rakentamisen jälkeen Tobias ja minä saimme tänään valmiiksi Lego Millennium Falcon Ultimate Collector’s Edition -mallin (Lego-sarja 10179, http://brickset.com/sets/10179-1/Ultimate-Collector-s-Millennium-Falcon ) valmiiksi. Tätä Millennium Falcon -versiota ei enää myydä, ja käytettyjä sarjoja myydään eBayssa hullun kalliilla hinnoilla, noin 5 000 eurolla.Olemme ottaneet tarvittavat Lego-palikat kahdesta muusta Lego Star Wars -mallista: Death Starista (Lego-sarja 10188, http://brickset.com/sets/10188-1/Death-Star ) ja Super Star Destroyerista (Lego-sarja 10221-1, http://brickset.com/sets/10221-1/Super-Star-Destroyer) . Meidän piti kuitenkin ostaa huomattava määrä puuttuvia osia. Monet niistä ostimme suomalaiselta verkkohuutokauppasivustolta Huuto ( http://huuto.net ) tai BrickLinkistä ( http://www.bricklink.com ), joka on eräänlainen ”LEGO-palikoihin erikoistunut eBay”. Vaikeimmin löydettävät osat olivat kaksi vaaleansinistä-harmaata ”Boat Mast Rigging Long 28 x 4” -osaa ( http://www.bricklink.com/search.asp?itemID=56261&colorID=86) , joita myydään tällä hetkellä peräti 100 euroa kappaleelta. Emme tietenkään ostaneet näitä kappaleita. LEGO myy kuitenkin edelleen tämän kappaleen mustaa versiota varaosana, ja Tobin kummisetä vaivautui hankkimaan ne ja maalaamaan ne harmaiksi. Kiitos, Clemens!

Käsijarru ja suojatut DVD-levyt

Thu, 02 Mar 2017 00:00:00 +0000

DVD-levyjen kopioiminen on jo menneisyyttä, mutta toisinaan minun on silti tehtävä sitä. Se tapahtuu kuitenkin niin harvoin, että joka kerta minulla on joko uusi tietokone tai uusi Linux-jakelu, ja minun on asennettava tarvittavat ohjelmistot. Tällä kertaa käytän Ubuntu 16.04:ää. Käytän yleensä Handbrakea , ja se on erittäin kätevä, mutta Handbrake ei aina onnistu tehtävässään. Tällä kertaa jouduin turvautumaan MakeMKV:hen . MakeMKV kuitenkin kopioi videon vain MKV-tiedostomuotoon, mutta ei pakkaa sitä. Jos tarvitset tilan säästöä, sinun pitäisi silti käsitellä tiedostoa pakkausohjelmalla. Tässä on koko komentoketju: Minulla on vain Apple USB-Superdrive. Apple ei halua, että käytän sitä muiden tietokoneiden kuin Macien kanssa. Jotta se toimisi Linuxissa, sille on lähetettävä ”Magic cookie” (katso täältä: ):sg_raw /dev/sr0 EA 00 00 00 00 00 01Jos sinulla on Handbrake asennettuna Ubuntun oletuspakettivarastosta, sinun on poistettava se (se on rajoitettu versio, ja haluat varmasti käyttää sitä myös salattujen DVD-levyjen kanssa): (sudo apt remove handbrake && sudo apt autoremove)Asenna tämä versio:sudo add-apt-repository ppa:stebbins/handbrake-releasessudo apt updatesudo apt install handbrake-gtk handbrake-cliAsenna ohjelmisto salattujen DVD-levyjen lukemiseen:sudo apt-get install libdvd-pkgSinun sinun on suoritettava joitakin manuaalisia komentoja asennuksen jälkeen, mutta asennusohjelma opastaa sinua asennuksen aikana. Valitse lähteeksi DVD:n TS_Audio-kansio. Jos skannaus ei pääty koskaan tai et näe yhtään raitaa skannauksen päätyttyä, saatat tarvita jotain MakeMKV:n kaltaista ohjelmaa. En löytänyt mitään PPA:ta tai deb-tiedostoa, joten käänsin ohjelman lähdekoodista, mikä onnistui ilman ongelmia seuraamalla ohjeita täältä: http://www.makemkv.com/forum2/viewtopic.php?f=3&t=224 . Tässä lyhyt versio:wget http://www.makemkv.com/download/makemkv-bin-1.10.4.tar.gzwget http://www.makemkv.com/download/makemkv-oss-1.10.4.tar.gztar -xvzf makemkv-bin-1.10.4.tar.gztar -xvzf makemkv-oss-1.10.4.tar.gz cd makemkv-oss-1.10.4/ ./configure make sudo make install cd ../makemkv-bin-1.10.4/ make sudo make installSuoritustiedosto on /usr/bin/makemkv

Ei kiinnostusta (takautuvaan tarkasteluun ja itsetutkiskeluun)?

Fri, 17 Feb 2017 00:00:00 +0000

Yliopistossa puhuttiin paljon viime vuoden ”muutoksista” . Yllättäen kukaan ei näytä enää olevan kiinnostunut aiheesta. Ainakin tämä oli ensivaikutelmani, kun menin Meilahden kampuksella järjestettyyn kuulemistilaisuuteen. Haartmanin instituutin luentosali 1, jossa kuulemistilaisuus oli tarkoitus järjestää, oli täysin tyhjä saapuessani. Koska vain kourallinen ihmisiä oli vaivautunut paikalle, kuulemistilaisuus oli siirretty läheisen kahvilan pöydän ääreen. Kukaan ei juuri huomannut, että arviointiryhmä on aloittanut työnsä analysoidakseen Helsingin yliopistossa viimeisen puolentoista vuoden aikana tapahtuneita ”muutoksia”. Oletan, että tarkoituksena oli selvittää, mitä vältettävissä olleita virheitä on tehty. Tämän yliopistolähteen mukaan Jukka Kola, joka on toiminut monien tämän ajanjakson kiistanalaisten päätösten julkisena kasvoina, sai itse päättää arviointiryhmän jäsenistä. Tämän vuoksi arviointiryhmän on oltava erittäin varovainen, jotta sen raportti ei vaikuta puolueelliselta.

Tiede on hyvä, kahvi on huono

Thu, 26 Jan 2017 00:00:00 +0000

Viime viikolla osallistuin Vascular Cell Biology Gordon Research Conference -konferenssiin Venturassa (Kaliforniassa). Kaksi aiempaa Gordon-konferenssiani (2001 Rhode Island, 2014 Lucca/Italia) olivat erinomaisia, eikä tämäkään tuottanut pettymystä.Vaikka paikalla oli paljon eurooppalaisia tutkijoita (19 %), Yhdysvallat muodosti 69 % osallistujista (Aasia 6 %, muu Amerikka 5 %). Tämä kuvastaa luultavasti hyvin sitä, missä verisuonibiologian huippututkimus tapahtuu. Tulee mieleen, miksi kahvi Yhdysvalloissa on niin huonoa kuin se on (ennakkoluuloni vahvistui jälleen). Sitä ei voi selittää tieteellisen asiantuntemuksen puutteella. Gordon-konferenssit on suunniteltu edistämään julkaisemattomien tietojen vaihtoa, joten en kirjoita mitään itse tieteestä. Yksi poikkeus: On olemassa kliinisiä tutkimuksia lymfedeeman hoitamiseksi leukotrieeni B4:n estäjillä ), mutta tämä on jo yleisesti tiedossa ja hiiritutkimukset on pääosin julkaistu ( http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0008380) . Joten mitään salaisuuksia ei tässä vuotanut… Esitin itse posterin CCBE1-tutkimuksen jatkosta, joka on parhaillaan arvioitavana, sekä joitakin alustavia tietoja uusista VEGF-C:tä aktivoivista entsyymeistä.Tietenkin presidentinvaalien tulos oli suosittu aihe lounas- ja illalliskeskusteluissa, etenkin kun se liittyy tieteen rahoitukseen ja tiedepolitiikkaan. Mielipiteet vaihtelivat lauseesta ”Meillä ei ole aavistustakaan, mitä odottaa” lauseeseen ”Pelkää. Pelätkää kovasti.” Itse nautin noin kahdeksasta tunnista Trumpin presidenttikautta, sillä paluulennoni Los Angelesista Müncheniin lähti viime perjantaina kello viisi varttia yli viisi iltapäivällä. Vapailla iltapäivillä yritin napata vain Amerikassa saatavan Taurus-Pokémonin tyttärelleni Milenalle. Valitettavasti konferenssipaikalla ei ollut lainkaan Pokéstoppeja, joten minulla oli jatkuvasti pulaa Poképalloista. Sisäpiiriläiset kertoivat minulle, että Santa Monican ranta on oikea paikka Pokémoneja pyydystämään. Olin itse asiassa suunnitellut meneväni sinne perjantaiaamuna, mutta satoi kaatamalla, joten kokeilin onneani lentokentällä ja noin tunti ennen lähtöä onnistuin vihdoin saamaan kiinni Tauruksen ja toisen juuri ennen koneeseen nousua. Kaiken kaikkiaan siis erittäin onnistunut konferenssimatka!

ScanSnap iX100:n tuki Linuxille

Fri, 23 Dec 2016 00:00:00 +0000

Ubuntu 16.04:ssa sane-paketti ei vielä tue ScanSnap iX100 -laitetta. Jotta laite saadaan toimimaan, sinun on asennettava Rolf Benschin ppa: sudo add-apt-repository ppa:rolfbensch/sane-git; sudo update; sudo upgrade

Kapa HiFi on loistava, Phusion toimii tavallaan, Q5 ja Platinum SuperFi tuottavat pettymyksen

Fri, 02 Dec 2016 00:00:00 +0000

Viimeisin NEBuilder-kokoonpanoni juuttui, koska en saanut kahta PCR-reaktiota toimimaan. Tarvitsin yhden pienen fragmentin ja kaksi noin 3 kb:n fragmenttia. Minun piti lisätä 2A-sekvenssi pienen fragmentin ja yhden 3 kb:n fragmentin väliin, joten lisäsin tarvittavat sekvenssit alukkeiden päihin. Malli ei ollut erityisen GC-rikas, ei mitään liian monimutkaista, mutta ensimmäisellä yritykselläni amplifioitui vain pieni fragmentti. Kun myöskään toisella yritykselläni ei onnistunut amplifioida 3 kb:n fragmentteja, päätin kokeilla joitakin vaihtoehtoisia polymeraaseja. Kloonauskäyttöön olen viime vuosina käyttänyt yksinomaan Phusion High Fidelity -DNA-polymeraasia (valmistaja New England Biolabs tai ThermoFisheriltä ), mutta ehkä oli olemassa jotain parempaa ja luotettavampaa? Sain kolme erilaista ilmaista näytettä testattavaksi: KAPA HiFi HotStart , NEB Q5® High-Fidelity sekä ThermoFisher Platinum SuperFi™ . Tutkijakoulutettavani suoritti PCR-reaktiot eilen, ja minä ajoin geelit tänään. Geelien laadusta voi nähdä, että rutiinini on hieman ruostunut, mutta tulokset ovat kokonaisuudessaan varsin selkeät, ja tulevaisuudessa KAPA tulee olemaan ensisijainen valintamme vaikeiden templaattien kanssa. Mielestäni KAPA:n korjauskyky on hieman Phusionia heikompi, mutta en välitä siitä, jos 2 % DNA-tuotteista sisältää mutaation 0,5 %:n sijaan.Liitteenä olevasta PDF-tiedostosta näet, että jatko-opiskelijani lisäsi kaksi ylimääräistä näytettä Phusion-polymeraasille, joissa hän käytti samoja olosuhteita, mutta erilaista templaattia (superkiertynyt plasmidi lineaarisen DNA:n sijaan). Yllättäen Phusion-polymeraasi onnistui amplifioimaan superkiertyneestä DNA:sta paljon paremmin kuin (samasta) lineaarisesta DNA:sta; en osaa selittää tätä…

1000 kertaa liian hidas

Thu, 01 Dec 2016 00:00:00 +0000

Helsingin yliopisto on ulkoistanut osan IT-infrastruktuuristaan Microsoftille. Vaikka ulkoistaminen olisi lyhyellä aikavälillä halvempaa kuin vastaavien palvelujen tuottaminen paikallisesti, nettovaikutus on todennäköisesti negatiivinen menetettyjen työpaikkojen, osaamisen ja itsenäisyyden vuoksi. Tämän itsetuhoisen käyttäytymisen selittämiseen ei tarvita salaliittoteorioita, vaan syynä ovat vain huonot päätöksentekokriteerit, joissa ei oteta huomioon pitkän aikavälin ja ulkoistettuja kustannuksia. Pyrkiessään saamaan käyttäjät päivittämään uudemmat Windows-versiot Microsoft lopetti Windows XP:n laajennetun tuen 8. huhtikuuta 2014, ja yliopisto noudatti tätä kieltämällä XP-koneilta pääsyn verkkoon. Perusteluna oli, että XP:stä oli tulossa turvallisuusriski. Samaan aikaan Windows XP:n osuus oli edelleen noin 20 % kaikista Windows-asennuksista maailmassa ( https://www.statista.com/statistics/218089/global-market-share-of-windows-7/ ). Vielä lokakuussa 2015 yli 100 miljoonaa tietokonetta käytti Windows XP:tä ( https://en.wikipedia.org/wiki/Usage_share_of_operating_systems ja https://www.statista.com/statistics/218089/global-market-share-of-windows-7/ ), ilman että siitä olisi aiheutunut katastrofaalisia seurauksia. Windows XP:n käytön lopettaminen oli ongelma, sillä neljässä tutkimustyöhön tarvitsemassamme laitteessa on edelleen Windows XP. Käyttöjärjestelmää ei ole mahdollista päivittää ilman laitteiston uusimista (mikä maksaisi tuhansia tai kymmeniä tuhansia euroja ja on siksi lähes mahdotonta yliopiston nykyisessä tiukassa taloudellisessa tilanteessa). Eikä laitteiden käyttämiseen tarvittava ohjelmisto tietenkään ole yhteensopiva Windows 7:n kanssa. Tämän seurauksena emme voi hallita laitteita etäyhteydellä emmekä tehdä automaattisia varmuuskopioita. Jopa tietojen siirtäminen analysoitavaksi toiselle tietokoneelle edellyttää Adidas-verkkoa . Olin ottanut yhteyttä IT-tukeen hyvissä ajoin ennen Windows XP:n laajennetun tuen päättymistä ja pyytänyt heitä etsimään ratkaisua. Ilmeisesti mahdollisia ratkaisuja oli useita, ja IT-tuki alkoikin toteuttaa niitä, mutta henkilöstön vaihtuvuuden vuoksi projekti jouduttiin ”käynnistämään uudelleen” useita kertoja, ja eri tukihenkilöillä oli erilaisia näkemyksiä ongelman ratkaisemisesta. Yliopistossa toteutetun laajan ”fire and hire” -toimenpiteen myötä koko projekti hajosi jälleen. Tänä syksynä keskustelin jälleen tarpeistamme IT-henkilökunnan kanssa, mutta en ole toistaiseksi saanut mitään konkreettista apua. Tänä tiistaina halusin vihdoin selvittää, kuinka vaikeaa on todellisuudessa liittää Windows XP -kone verkkoon tavalla, joka ei vaaranna tietoturvaa, mutta mahdollistaa tiedostojen jakamisen, varmuuskopioinnin ja etäohjauksen. Kävin instituutin romupaikalla, jonne kerätään rikkoutuneita elektroniikkalaitteita, ja otin sieltä kolme vanhaa 10/100-verkkokorttia sekä muutaman ethernet-kaapelin. Yksi kortti ja yksi kaapeli olivat vielä toimintakunnossa, joten asensin verkkokortin Ubuntu 16.04 -tietokoneeseen ja liitin sen ethernet-kaapelilla yhteen XP-koneista. Määritettyäni verkkokortille IP-osoitteen manuaalisesti ja asennettuani Samban Ubuntu-koneelle pystyin liittämään Samba-jakon asemaksi Windows XP -koneeseen. Sitten tein Samba-jakon saatavaksi verkkosivun kautta. Koko homma kesti noin tunnin. Koska en ole IT-ammattilainen, käytin ehkä vielä kolme tuntia selvittämään, miten se tehdään (Samban asennus, Apache-palvelimen asennus, toisen verkkokortin konfigurointi, mikä ei tapahdu automaattisesti Ubuntussa). Tämä ratkaisu täyttää kaikki vaatimuksemme, ei maksanut mitään ja saatiin toteutettua yhden päivän kuluessa. Kirjoitan teknisistä yksityiskohdista myöhemmin, kunhan ehdin dokumentoida tekemäni toimenpiteet. Joustavuus on ehkä se, mitä eniten puuttuu, kun tarkastelen monia yliopistomme IT-projekteja. Mieleeni tulee erityisesti siirtyminen Drupaliin yliopiston verkkosivujen sisällönhallintajärjestelmänä. Valitettavasti tiedekuntamme käyttää edelleen Dreamweaveria verkkosivujensa luomiseen, minkä seurauksena monia verkkosivuja ei päivitetä lainkaan.

Ohjelmistojen automaattinen uudelleenasennus pakettiluettelosta

Sun, 20 Nov 2016 00:00:00 +0000

Jos minun on asennettava Ubuntu-/Debian-pohjainen Linux-käyttöjärjestelmä uudelleen (tai kopioitava ohjelmistovalikoima toiselle koneelle), se voidaan tehdä seuraavasti. Lähdekoneella:sudpkg --get-selections > ~/Package.listcp -R /etc/apt/sources.list* ~/apt-key exportall > ~/repository.keysSitten kopioidaan tiedostot kohdekoneelle:suapt-key add ~/repository.keyscp -R ~/sources.list* /etc/apt/apt-get updateapt-get install dselectdselect updatedpkg --set-selections < ~/Package.listapt-get dselect-upgrade -yJos joitakin paketteja ei ole saatavilla, tämä epäonnistuu. Tämä koskee minun tapauksessani manuaalisesti asennettuja paketteja, kuten TeamViewer tai snapgene / snapgene_viewer . Poistan nämä paketit yleensä manuaalisesti luettelosta (onneksi niitä ei ole kovin monta).Päivitys ei kuitenkaan ole täysin automaattinen, sillä joudut esimerkiksi hyväksymään erilaisia käyttöoikeussopimuksia (kuten Microsoftin TrueType-fonttien osalta) ja vahvistamaan manuaalisesti muita asioita (kuten libdvd-pkg:n oikeudelliset seikat), mikä tavallaan kumoo tämän prosessin tarkoituksen, eli sen, että se olisi automaattinen ja vaivaton…

Lämpötila-anturit

Tue, 15 Nov 2016 00:00:00 +0000

https://my.wirelesstag.net/eth/signin.html

Let's Encrypt on luonut kaksoiskappaleet lokitiedostoistani

Wed, 19 Oct 2016 00:00:00 +0000

En ole pitänyt verkkopalvelimeni lokitiedostoja ennen vuoden 2016 alkua, jolloin minun piti jäljittää tiettyihin tiedostoihin kohdistuneet pääsyt (aloin käyttää awstatsia , lähinnä siksi, että se oli minulle tuttu, sillä olin käyttänyt sitä vuosia sitten, kun sivustoni toimi vielä Red Hat -palvelimella). Maaliskuussa 2016 aloin onneksi käyttää Let’s Encryptia . Olin aiemmin käyttänyt toista ”ilmaista” palvelua, joka joutui äskettäin suuriin vaikeuksiin, sillä se ei ilmeisesti pystynyt hallitsemaan omaa tietoturvaansa. Kun tarkastelin Apache-palvelimeni lokitiedostoja (Ubuntu 14.04:llä), huomasin, että Apache teki kaksoislokitusta (sekä yksittäisen virtuaalipalvelimen lokitiedostoon että yhteiseen lokitiedostoon). Huomasin, että Let’s Encrypt määrittää jokaisen virtuaalipalvelimen konfiguraatiotiedostoon Import-direktiivin, joka viittaa tiedostoon /etc/letsencrypt/options-ssl-apache.conf. Ja tämä tiedosto puolestaan määrittää yhteiset access.log- ja error.log-tiedostot kaikille virtuaalipalvelimille hakemistoon /var/log/apache2/. Poistin kommenttimerkit viidestä tähän lokitiedostojen tallennukseen liittyvästä rivistä, ja päällekkäinen lokitiedostojen tallennus loppui (alun perin olin luullut, että tätä Let’s Encrypt -direktiiviä käytettiin vain Let’s Encryptin alkuasetuksissa varmenteen luomista varten).

Hankkeen keskeinen rahoitus

Fri, 07 Oct 2016 00:00:00 +0000

Tämä kirjoitus on saanut inspiraationsa äskettäisestä menestyksestämme Suomen Akatemian Key Project -rahoituskilpailussa . Yksi tutkijoiden suurimmista ajanhukista on rahoituksen hakeminen tutkimuksensa rahoittamiseksi. Tutkijat käyttävät yhä enemmän aikaa apurahahakemusten laatimiseen, koska kilpailu kutistuvista resursseista kiristyy. Kun opetukseen ja hallintoon käytetty aika on vähennetty, heillä jää ehkä muutama tunti viikossa tutkimustyöhön. Viime viikolla lounastauolla eräs ystäväni kysyi minulta, mitkä rahoituksen saamisen onnistumisprosenttimme olivat. En tiennyt, koska olen vältellyt tätä epämiellyttävää totuutta. Laskin asian tänään, ja masentava tulos on, että hyväksymisprosenttimme ovat alhaisella yksinumeroisella tasolla, ja tämä näyttää olevan melko keskimääräinen luku (meille vuosi 2015 oli poikkeuksellisen menestyksekäs, ja vuoden 2016 luku saattaa vielä parantua, koska useita päätöksiä ei ole vielä tehty).Akateemisen tuottavuuden parantaminen lisäämällä paperilla 1600 tuntia vuotuista työaikaa on merkityksetöntä, jos 400 tuntia tästä ajasta kuluu turhaan, eli epäonnistuneisiin apurahahakemuksiin. Järjestelmälle aiheutuvat taloudelliset menetykset ja vaihtoehtokustannukset ovat valtavat, ja eräs kollegani viittasi minulle äskettäin tähän vuoden 2015 artikkeliin Clinical Chemistry , jossa apurahahakemusten kirjoittamiseen tuhlatun rahan arvo arvioitiin Yhdysvaltojen osalta varovaisesti vähintään 20 miljardiksi dollariksi vuodessa. Budjettiimme sisältyy uusia tutkijapaikkoja, mutta emme vielä tiedä, missä ja milloin nämä henkilöt pääsevät aloittamaan työnsä. Teoriassa isäntäorganisaatio (eli Helsingin yliopiston tutkimusohjelma) takaa infrastruktuurin. Tutkimusohjelma ei kuitenkaan voi luoda laboratoriotilaa tyhjästä. Yliopisto yrittää vain säästää rahaa minimoimalla vuokraamansa lattiapinta-alan. Vaikka jotkut juhlistavat onnistuneita apurahahakemuksia, oma näkemykseni on realistisempi: Rahoituspäätöksen jälkeen on ennen rahoituspäätöstä*.*Lainaus on muokattu viittaamalla Sepp Herbergeriin , vuoden 1954 jalkapallon maailmanmestaruuden voittaneen Saksan valmentajaan, joka totesi kuuluisasti: ”Ottelun jälkeen on ennen ottelua.”

OpenBIS aloittelijoille

Tue, 06 Sep 2016 00:00:00 +0000

Jos olet harkinnut siirtymistä paperisista laboratoriomuistiinpanoista sähköisiin , kuten me tällä hetkellä teemme, olet ehkä törmännyt OpenBIS -ratkaisuun. Haluatko asentaa OpenBIS:n, mutta et tiedä miten? Minullakaan ei ollut aavistustakaan, joten yritin toistuvasti, kunnes onnistuin. Onneksi sain apua ETHZ:n OpenBIS-tiimiltä ja paikalliselta IT-tukitiimiltä, mutta he eivät tietenkään voi korvata Jetty- ja PostgreSQL-ohjelmistoihin liittyvän osaamisen puutetta….Jos haluat vain kokeilla sitä nopeasti, voi olla helpompaa ladata VirtualBox-kuva, jossa kaikki on esiasennettu ja esiasetettu ( https://wiki-bsse.ethz.ch/display/bis/openBIS+ELN-LIMS+Virtual+Machine ). Minulla ei kuitenkaan ollut tarpeeksi nopeaa laitteistoa VirtualBox-kuvan ajamiseen, joten päätin, että vanha tietokone riittää hyvin myös ilman virtuaalikoneen käyttöä. Alla olevat ohjeet on kirjoitettu muistista ja niiden lopullisten konfiguraatiotiedostojen perusteella, jotka toimivat. Aion kuitenkin vielä asentaa palvelimen alusta alkaen suorittamalla vain alla kirjoittamani ohjeet varmistaakseni, etten ole jättänyt mitään tärkeää huomiotta. Sillä välin haluan kuitenkin julkaista nämä tiedot. Olisin ollut iloinen, jos olisin löytänyt jonkinlaisen ”OpenBIS-asennus aloittelijoille” -ohjeen. Jotta tuki olisi mahdollisimman pitkäaikaista, valitsin asennukseen Ubuntu 16.04 Serverin (VirtualBox-kuvassa käytetään Ubuntu 14.04 Desktopia) ja OpenBIS 16.05.1 -ohjelmiston uusimman version.ethz.ch/display/bis/Production+Releases) (ohjelmiston lataaminen edellyttää tilin luomista). Sähköisen laboratoriomuistikirjan (ELN) laajennus sisältyy kyseiseen versioon. Tällöin sinulla on ongelma Java 7:n tuen kanssa (sitä ei ylläpidetä enää kauan, ja aion pian kokeilla OpenBIS ELN:n käyttöä Java 8:n kanssa, mutta tässä ohjeessa käytetään Java 7 PPA:ta Ubuntu 16.04:lle).1. Asenna Ubuntu 16.04.1 Server puhtaalta pöydältä. Luo asennuksen aikana järjestelmänvalvojakäyttäjä ”openbis”. Kun ohjelma pyytää valitsemaan ohjelmistot, valitse vakiotyyppisten järjestelmätyökalujen lisäksi OpenSSH ja PostgreSQL. Ensimmäisen kirjautumisen yhteydessä (käyttäjänä openbis) päivitä ja päivitä kaikki ohjelmistot uusimpaan versioon ja asenna emacs (tai mikä tahansa mieluisasi tekstieditori) sekä unzip:sudo apt install unzip emacs24-nox2. Asenna Java 7. Tässä on yksi tapa tehdä se:sudo add-apt-repository ppa:openjdk-r/ppa sudo apt-get updatesudo apt-get install openjdk-7-jre-headless3. Jotta PostgreSQL asennettaisiin oikein, muokkaa asetustiedostoa /etc/postgres/9.5/main/pg_hba.conf. Kaikissa peer-sanalla päättyvissä riveissä peer on vaihdettava sanaksi trust! Sen jälkeen lataa PostgreSQL uudelleen: sudo systemctl reload postgreql4. Jos asennat VirtualBoxin kaltaiseen virtuaalikoneeseen, on järkevää asentaa vierasapuohjelmat (virtualbox-guest-utils), sillä ne helpottavat käyttöä. Luo jaettu (pysyvä, automaattisesti avautuva kansio) ja lisää openbis vboxsf-ryhmään: sudo usermod -a -G vboxsf openbis 4. Siirrä pakattu openBIS-asennustiedosto openbis-käyttäjän kotikansioon. 5. Pura asennustiedosto:tar -xvzf openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799.tar.gz6. Siirry purkettuun hakemistoon: cd openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799 7. Muuta seuraavia asetuksia console.properties-tiedostossa: INSTALL_PATH=/home/openbis/DSS_ROOT_DIR=/home/openbis/dataELN-LIMS = truePATHINFO_DB_ENABLED = trueINSTALLATION_TYPE = serverTässä kokeilussa en ole muuttanut avainvaraston salasanaa, mutta sinun tulisi tehdä se turvallisuussyistä, jos käytät palvelinta tuotantokäytössä!8. Suorita asennusohjelma (ei root-käyttäjänä, vaan openbis-käyttäjänä):./run-console.sh9. Kun asennusohjelma pyytää antamaan openBIS-käyttäjän ”admin” salasanan, kirjoita salasana, jota haluat käyttää kirjautuessasi admin-käyttäjänä verkkokäyttöliittymään.10. Kun asennus on valmis, siirry kansioon ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc ja muokkaa tiedostoa service.properties. Itse asiassa sinun ei tarvitse muokata mitään, jotta asennus toimisi, mutta meidän piti määrittää järjestelmä Ldap-pohjaista kirjautumistodennusta varten.authentication-service = file-authentication-service => authentication-service = file-ldap-authentication-serviceJos käytät pelkästään LDAP:tä (eli authentication-service = ldap-authentication-service), LDAP-hakemistossa on oltava tiettyjä erityiskäyttäjiä. Todennamme yliopistomme LDAP-palvelimen kautta vain järjestelmän tavallisia käyttäjiä, joten esimerkiksi järjestelmänvalvojan käyttäjä on todennettava paikallisesti. Tämä järjestelmänvalvojan käyttäjä määritetään asennuksen aikana, mutta jotta tämä toimisi, sekä tiedosto- että LDAP-todennuksen on oltava käytössä. Tämä on ldap-palvelimemme osoite, sellaisena kuin se on määritelty service.properties-tiedostossa. Se sisältää todennusperustan, jonka sinun on pyydettävä järjestelmänvalvojiltasi:ldap.server.url = ldap://ldap2015.it.helsinki.fi/OU=people,DC=helsinki,DC=fiTämä on LDAP-käyttäjä ja hänen salasanansa LDAP-palvelimella (älä kysy minulta, miksi LDAP-väki käyttää niin monimutkaista sanamonsteria niin yksinkertaisen käsitteen kuvaamiseen):ldap.security.principal.distinguished.name = OU=openbis,OU=login,DC=helsinki,DC=fi``ldap.security.principal.password = PASSWORDSeuraavat parametrit koskevat nimenomaan LDAP-palvelintamme. Käytämme OpenLDAP:ia, ja koska OpenBIS ei näytä tukevan TLS:ää, käytämme SSL:ää:ldap.security.protocol = ssl``ldap.security.authentication-method = simple``ldap.queryTemplate = (&(%s))OpenBIS vaatii HTTPS:ää. Voit joko jättää itse allekirjoitetun varmenteen (jonka ETHZ on toimittanut) voimaan tai asentaa oman varmenteen. Jos pidät itse allekirjoitetun varmenteen voimassa, kaikki käyttäjät saavat varoituksen yrittäessään kirjautua verkkopalveluun. Lisäongelmana näyttää olevan se, että tiedostojen lähettäminen ei näytä toimivan itse allekirjoitetulla varmenteella, koska portin 8444 kautta lähetetty https-pyyntö ei tuota sellaista välityspyyntöä, joka näkyisi käyttäjille selainikkunassa ja jonka he voisivat ohittaa.Siksi meillä ei ollut muuta vaihtoehtoa kuin hankkia oikea varmenne, mikä onneksi on nykyään helpompaa kuin vielä vuosi sitten Let’s Encryptin ansiosta. Siitä huolimatta varmenteen hankkiminen kesti jonkin aikaa. Käytämme OpenBIS-palvelinta yliopiston sisäverkossa, eikä se ole näkyvissä ulkopuolelta. Käyttäjien, jotka haluavat käyttää palvelinta ulkopuolelta, on käytettävä VPN:ää. Siksi jouduimme asentamaan väliaikaisen ”väärennetyn” palvelimen, jolla on sama nimi, julkisesti saavutettavalle IP-osoitteelle ja luomaan Let’s Encrypt -varmenteen (Let’s Encrypt ei ole vielä automatisoitu Jetty-sovellukselle). Käytin automaattista menetelmää Apache2:lle omalla Digital Ocean -palvelimellani ja hain sitten kaksi tärkeää tiedostoa (fullchain1.pem ja privkey1.pem) hakemistosta /etc/letsencrypt/archive/eln.jeltsch.org ja siirrin ne OpenBIS-palvelimellemme. Muuntaakseni ne Java-avainvarastolle sopivaan muotoon käytin seuraavia komentoja:openssl pkcs12 -export -out keystore.pkcs12 -in fullchain1.pem -inkey privkey1.pemkeytool -importkeystore -srckeystore keystore.pkcs12 -srcstoretype PKCS12 -destkeystore keystore.jksEnsimmäinen komento pyytää vientisalasanaa. Ei ole väliä, mitä salasanaa käytät (minä käytin 12345678). Toinen komento pyytää kohdeavainvaraston salasanaa. Kirjoita tähän “changeit”, jos et ole muuttanut avainvaraston oletussalasanaa (“changeit”) asennuksen aikana. Sitten se pyytää myös lähdeavainvaraston salasanaa (joka on se 12345678, jota käytin juuri yllä).Sitten sinun on vielä lisättävä tämän avainvaraston sisältö jo olemassa olevaan avainvarastoon. Tähän on luultavasti monia tapoja, mutta minä käytin graafista työkalua nimeltä Keystore Explorer . Avaa vain molemmat avainvarastot (tähän tarvitset salasanan ”changeit”), poista olemassa oleva ETHZ-merkintä ja lisää ainoa (letsencrypt) merkintä äskettäin luodusta avainvarastosta. Korvaa hakemistossa ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc/ olevat tiedostot ”keystore” ja ”openBIS.keystore” muokatulla avainvarastolla. Molemmat tiedostot ovat identtisiä, enkä tällä hetkellä tiedä, miksi ne on kopioitu kahdesti. Sinun on myös korvattava ~/openbis/servers/datastore_server/etc/openBIS.keystore avainvaraston uudella versiolla. Jostain syystä tiedostojen lähetys ei toiminut, ja jotta lähetys saadaan toimimaan, datastore-palvelimen service.properties-tiedostossa on määritettävä datastore-palvelimen isäntäosoite: https://eln tarvitsee => https://eln.jeltsch.org. Koska käytimme eri isäntää varmenteen luomiseen, isäntänimissä oli ristiriita, ja jouduimme korvaamaan isäntänimen asetukset manuaalisesti: Muuta ne tiedostoissa /etc/hostname ja /etc/hosts ja käynnistä sitten järjestelmä uudelleen. Asennusohjelma otti kuitenkin datastore-palvelimen service.properties-tiedostoihin vain nimen ensimmäisen osan. Palvelimemme nimi on eln.jeltsch.org, mikä johti muotoon https://eln. Tätä osoitetta ei voitu ratkaista verkossamme, koska Let’s Encrypt -varmenne oli allekirjoitettu toisella palvelimella. Kun olimme muuttaneet service.properties-tiedostoja ja käynnistäneet järjestelmän uudelleen, olimme vihdoin valmiita testaamaan palvelinta: 11. Palvelimen käynnistäminen: Kirjaudu palvelimeen openbis-käyttäjänä. cd ~/openbis/bin/./allup.sh 12. Siirry toisella tietokoneella selaimellasi osoitteeseen “ https://eln.jeltsch.org:8443/openbis/webapp/eln-lims" . Jos et ole asentanut julkisesti luotettua varmennetta, selain varoittaa sinua nyt, että yhteys ei ole suojattu. Napsauta vain “Lisäasetukset” ja vahvista suojauspoikkeus. Sinun on kirjauduttava sisään käyttäjätunnuksella admin/PASSWORD (jonka määritit asennuksen yhteydessä). ELN:n käytöstä on saatavilla joitakin oppaita . Laboratoriossani työskentelevät kollegat ovat kuitenkin kertoneet, että käyttöliittymä ei ole kovin intuitiivinen ja että minun on opetettava heille perusasiat. Mielestäni voisi olla järkevää kuvata oppaassa tyypillisen pienen biotieteiden laboratorion asetukset: mitkä työtilat, millaiset käyttöoikeudet ja kenelle, sekä kuvata yleisiä tilanteita (esim. jos joidenkin reagenssiluetteloiden on oltava ulkopuolisten saatavilla jne.). Minulla on myös paljon parannusehdotuksia. Olisi esimerkiksi mukavaa saada lisää ”ELN-esikatseluja” ladatuille asiakirjoille. Tällä hetkellä kuvia voi esikatsella, mutta esimerkiksi PDF-tiedostoja ei (en ole vielä kokeillut SVG-tiedostoja, mutta käytämme niitä melko paljon kuvien merkitsemiseen). Tämä ei todellakaan ole viimeinen OpenBIS-aiheinen kirjoitukseni, ja ennen kuin otamme järjestelmän tuotantokäyttöön (todennäköisesti ensi vuoden alussa), minulla on vielä paljon opittavaa.

Kuinka käynnistää OpenVPN- tai SSH-palvelin Ubuntu 16.04:ssä ja 18.04:ssä

Sat, 03 Sep 2016 00:00:00 +0000

OpenVPNsudo systemctl start openvpn@client”client” on johdettu asetustiedoston nimestä (/etc/openvpn/client.conf). Jos konfiguraatiotiedostosi nimi on server.conf, komennon tulee olla sudo systemctl start openvpn@server. Kun haluat, että palvelu käynnistyy automaattisesti järjestelmän käynnistyksen yhteydessä, anna komento: sudo systemctl enable openvpn@serverMallipohjaiset ja ei-mallipohjaiset palvelutOpenVPN on niin sanottu “mallipohjainen” palvelu (se tarvitsee konfiguraatiotiedoston käynnistettäessä). Sen sijaan ssh-palvelin on ei-mallipohjainen palvelu. Siksi komento on yksinkertaisempi:sudo systemctl start sshd

Kloonauskerho – työpajamateriaali

Tue, 30 Aug 2016 00:00:00 +0000

DPBM -järjestön järjestämän Cloning Club -kurssille. Jokaisesta luennosta on tiedostoja (ainakin) kahdessa eri muodossa: PDF ja ODP (Open Document Presentation). ODP-tiedostoa voi muokata LibreOffice -ohjelmistolla. Jos haluat avata sen Microsoft Officella, sinun on ensin muunnettava tiedosto joko LibreOfficen avulla tai jollain verkkopohjaisella muuntotyökalulla (kuten cloudconvert ). Kurssin järjestäjän tuottama materiaali (Open Document- ja PDF-muodossa) on saatavilla Creative Commons -lisenssin alaisena (lukuun ottamatta muokattua materiaalia, joka on nimenomaisesti merkitty). Kurssin osallistujien materiaalit (PowerPoint-muodossa) toimitetaan niiden tekijöiden ehdoilla. Saatatan lisätä myöhemmin parannettuja versioita kokous- tai luentodiasarjoista osallistujien palautteen perusteella.

Yliopistojen rankingit (ja miten niitä voidaan manipuloida)

Mon, 29 Aug 2016 00:00:00 +0000

Vau. Helsingin yliopisto onnistui jälleen parantamaan sijoitustaan Shanghai-rankingissa ja on nyt 56. sijalla. Kuitenkin jopa yliopiston omassa lehdistötiedotteessa sävy oli kuitenkin hieman synkkä, ikään kuin tämä olisi viimeinen kukoistus ennen lopullista rappeutumista. On totta, että tutkijat ovat kärsivällisesti rakentaneet nykyisen menestyksen perustan viime vuosikymmenien aikana. Siitä huolimatta, kun poliitikot nyt päättelevät, että koulutusbudjetin leikkaukset ovat vastuussa tästä menestyksestä, he ovat luultavasti oikeassa. Ehkä leikkaukset todellakin vaikuttivat tuottavuuden nousuun: kaikki tutkijat, jotka yllättäen jäivät työttömiksi, jatkoivat ilmeisesti kiihkeästi työtään nykyisissä projekteissaan saadakseen käsikirjoituksensa valmiiksi julkaistaviksi. Artikkelit ovat ylivoimaisesti hallitseva valuutta akateemisilla työmarkkinoilla. Ja nämä työttömät tutkijat saattavat julkaista aiempaa nopeammin, koska heillä ei ole opetustehtäviä… Vielä tärkeämpää on kuitenkin se, että Helsingin tulokset Shanghai-rankingin yksittäisissä indikaattoreissa vuosilta 2015 ja 2016 eroavat merkittävästi toisistaan vain akateemisen suorituskyvyn osalta (julkaisut/akateemisen henkilökunnan määrä) sekä paljon siteerattujen tutkijoiden lukumäärän osalta. Koska Helsingin yliopistojen henkilöstövähennykset ovat jatkuneet jo jonkin aikaa jo ennen tämän kevään mittavia leikkauksia, vaikuttaa perustellulta väittää, että 56. sija johtuu osittain henkilöstövähennyksistä, jotka vaikuttivat suoraan ja nopeasti akateemisen henkilöstön määrään. Shanghain ranking painottaa tutkimusta, kun taas muissa ranking-listoissa Helsingin sijoitus on jopa laskenut. Esimerkiksi QS World University Rankings -listalla Helsingin sijoitus laski sijalta 67 (2014/15) sijalle 96 (2015/16). Näiden kahden rankingin välillä QS-tiimi teki ”parannuksia” rankingjärjestelmäänsä, ja nämä olivat lähes yksin vastuussa sijoitusten laskusta, jos tarkastellaan tietoja tarkasti. He ”normalisoivat” tiedekuntakohtaisen viittaussuhteen oppiaineen mukaan, ja biotieteet joutuivat kovaan rangaistukseen, koska ne luokiteltiin ”paljon viitatuksi alaksi”. Yksinkertaisesti sanottuna viittaus taiteiden ja humanististen tieteiden alalla julkaistuun artikkeliin painaa nyt noin 40 kertaa enemmän kuin viittaus biotieteiden tai lääketieteen alalla julkaistuun artikkeliin. Jokainen viidestä suuresta alasta (taiteet ja humanistiset tieteet, tekniikka ja teknologia, biotieteet ja lääketiede, luonnontieteet sekä yhteiskuntatieteet ja johtaminen) vaikuttaa nyt yhtä lailla 20 prosentin osuudella lopulliseen arvioon ”viittaukset opettajaa kohti” -kategoriassa (yksityiskohtainen selitys normalisoinnista löytyy täältä: http://content.qs.com/qsiu/Faculty_Area_Normalization_-_Technical_Explanation.pdf) . Miksi ihmeessä he rankaisevat alaa siitä, että sillä on suurempi vaikutus? Humanististen alojen artikkeleita ei siteerata yhtä paljon kuin biotieteiden artikkeleita. Ehkä tämä johtuu siitä, että niiden keskimääräinen julkaisu ei ole yhtä merkityksellinen omalle alalleen kuin biotieteiden julkaisu on biotieteiden alalle? Myönnän, että alojen välillä on kulttuurieroja, mutta kuka voi sanoa, kuinka suuri osa johtuu juuri näistä kulttuurieroista ja kuinka suuri osa taas heikosta laadusta tai epäolennaisesta tutkimuksesta? Juuri näin QS World University Ranking teki keksimällä ”normalisointikertoimia”, joilla käytännössä väitettiin kaikkien alojen olevan yhtä merkityksellisiä. Kaikkia tällaisia ranking-listoja on kuitenkin helppo manipuloida. Esimerkiksi viittausten ja tiedekunnan jäsenten välistä suhdetta voidaan helposti parantaa ulkoistamalla palveluja, joita aiemmin suorittivat tiedekunnan tutkijat (ja juuri sitä Helsingin yliopisto tekee parhaillaan). Aivan kuten lehtien vaikutuskerroin, myös yliopistorankingit menettävät merkityksensä, jos tavoitteena on saavuttaa korkea sijoitus eikä erottautua tutkimuksessa ja opetuksessa ( Goodhartin laki : Kun mittari muuttuu tavoitteeksi, se lakkaa olemasta hyvä mittari).Shanghain rankingia on kritisoitu paljon. Se aliarvioi opetusta, koska opetuksen suorituskyky ei tule lainkaan suoraan mukaan laskelmiin, ja se suosii suuria yliopistoja, koska 50 % arvosanasta perustuu pelkkään lukumäärään, jota ei ole normalisoitu yliopiston koon huomioon ottamiseksi. Siitä huolimatta se on ainoa toistettavissa oleva (ja siten tieteellinen) aineisto kolmesta suuresta rankingista ( https://link.springer.com/article/10.1007/s11192-012-0801-y ), sillä sekä QS- että Times-ranking nojaavat vahvasti mielipide- ja maine-kyselyihin, joita on tunnetusti vaikea toistaa.Mikä on tämän viesti? Helsingin yliopisto on todennäköisesti yhtä hyvä kuin se on ollut viimeisen vuosikymmenen aikana, ja suuret vaihtelut ovat vain artefakteja, jotka johtuvat muuttuneista ranking-menetelmistä tai hallinnollisista sopeutuksista taloudelliseen todellisuuteen, jonka suomalaiset äänestäjät toivat tullessaan vuoden 2015 eduskuntavaaleissa.

Voittakaamme syöpä yhdessä!

Sun, 07 Aug 2016 00:00:00 +0000

Sawan ja minä ilmoittauduimme ”The Jeltsch Laboratory” -joukkueena Helsingin Twilight Run -tapahtumaan, joka on Suomen Syöpäsäätiö tukeva hyväntekeväisyystapahtuma. Sawan sai kuitenkin kesäflunssan ja joutui jättämään koko tapahtuman väliin. Tavoitteenani oli pysyä alle tunnin ajassa, ja se onnistui. Paikalla oli itse asiassa useampia osallistujia RPU:sta (Research Programs Unit) ; törmäsin Tiiaan ja Juliaan. Ehkä meidän pitäisi ensi vuonna osallistua yhteisenä RPU-joukkueena (tai miksi ikinä RPU:ta sitten kutsutaankaan, jos todella onnistumme muuttamaan nimemme)?

Asustor AS7004T:n RAM-muistin laajennus

Sun, 31 Jul 2016 00:00:00 +0000

Aiotko ostaa uuden Asustor AS7004T ? Se on todellakin vaikuttava pieni NAS-palvelin, mutta siinä on vain 2 Gt RAM-muistia, ja jos haluat hyödyntää joitakin sen hienompia ominaisuuksia (kuten virtuaalikoneiden ajaminen ), sinun on lisättävä RAM-muistia. Laitteen tekniset tiedot ovat epäselvät (“2 Gt SO-DIMM DDR3 (laajennettavissa, enintään 16 Gt)”), ja muistin asennusohje on harhaanjohtava. Laitteessa on kuitenkin todellakin kaksi DDR3 SO-DIMM -muistipaikkaa. Ostamassani laitteessa oli 2GB RAM-muistia liimattuna käyttäjän vaihdettavissa olevaan muistipaikkaan, kun taas käytännössä saavuttamaton tehdasasennettu muistipaikka oli tyhjä. Jos haluat lisätä RAM-muistia, joudut mitätöimään tehdastakuun, sillä tyhjään RAM-paikkaan ei pääse käsiksi poistamatta ruuvia, jota peittää ”Void if removed” -tarra. Joka tapauksessa vapaaseen RAM-paikkaan pääsemiseksi laite on purettava lähes kokonaan, mikä ei sovi heikkohermoisille. Varsinkin kun Asustorin oma YouTube-video esittelee purkamisen vain 10-paikkaiselle AS7010T-mallille, joka eroaa merkittävästi AS7004T-mallista. Suurin ero 7004T:n ja 7010T:n välillä on se, että 7004T:ssä on ylimääräinen jäähdytyselementti, joka on ruuvattu PCI-takalevyyn. Tämä jäähdytyselementti poistaa lämpöä emolevystä, mutta tekee myös takalevyn ja emolevyn irrottamisesta hankalampaa. Ennen emolevyn irrottamista on myös poistettava virtalähde ja irrotettava virtajohdot emolevystä.

Staden-paketti Ubuntussa bioinformatiikan veteraaneille

Wed, 27 Jul 2016 00:00:00 +0000

Käytämme pääasiassa SnapGene -ohjelmistoa, kun tarkistamme DNA-rakenteidemme sekvenssejä. Joskus SnapGenin sekvenssien kohdistusnäkymä ei kuitenkaan ole tarpeeksi joustava, jolloin turvaudun vanhaan Staden-pakettiin . Olin juuri päivittänyt Ubuntun versiosta 14.04 versioon 16.04, joten Stadenia ei ollut asennettuna. Olin iloisesti yllättynyt, kun Stadenin asennus kesti vain noin 15 sekuntia, sillä vihdoin – kiitos Debian Med -tiimin – Staden on saatavilla universe-pakettivarastosta (itse asiassa jo lokakuusta 2014 lähtien).sudo apt install stadenStaden ei selvästikään ole niin intuitiivinen kuin se voisi olla, mutta se on erittäin tehokas ja sopii hyvin tietojen automatisoituun käsittelyyn. Jos sinulla on mahdollisuus oppia käyttämään sitä, kannustan sinua tekemään niin. Suomen CSC tallensi vuonna 2004 järjestetyn Staden-kurssin, johon osallistuin, ja tallenteet ovat saatavilla Funet TV:stä . Olin juuri harkinnut hetken siirtymistä Ubuntusta SuSE:hen johtuen jatkuvasta langattoman yhteyden ongelmasta, jota Canonical ei näytä saavan korjattua, mutta kun ottaa huomioon, kuinka työläs Stadenin manuaalinen asennus on, tämä on suuri etu Ubuntulle. Bioinformatiikan käyttöön on tietenkin olemassa erikoistuneita Linux-jakeluja, mutta ne kaikki jäävät yleensä jälkeen suurimpien jakelujen uusimmista ja parhaista kehityksistä.

Siirtyminen paperisista laboratoriomuistiinpanoista sähköisiin laboratoriomuistiinpanoihin

Tue, 26 Jul 2016 00:00:00 +0000

Sähköiset laboratoriopäiväkirjat (ELN) ovat tulevaisuus. Vaikka tämä väite vaikuttaa itsestään selvältä, ei ole vielä selvää, mitkä ohjelmistot vakiinnuttavat asemansa ja mitkä katoavat markkinoilta. Kun tutustuin ELN-markkinoihin ensimmäisen kerran noin kolme vuotta sitten, ratkaisuja oli tarjolla vain kourallinen. Nyt alalla on jo ehkä noin sata erilaista ohjelmistoyritystä, jotka yrittävät hyötyä tästä trendistä. Ja vielä huolestuttavampaa on se, että toimittajaluettelossa on jo noin 20 hylättyä tuotetta… Siksi ohjelmiston valinta on vakava päätös laboratoriolle ja vieläkin vakavampi koko laitokselle. Huomioon on otettava monia seikkoja. Mainittakoon vain muutamia niistä: – Kuinka varmaa on, että ohjelmisto on saatavilla ja tuettu vielä 10 vuoden kuluttua? Jos yritys katoaa, samoin voi käydä myös tiedoillesi. Kaikki toimittajat väittävät, että tietosi ovat turvassa. Sinun tulisi olla realistinen, kun otetaan huomioon, kuinka laajalle levinnyttä on yritysten harhauttaminen asiakkaita ja viranomaisia kohtaan. Ajattele vaikka VW:tä… – Mikä on alkuinvestointi ja mitkä ovat käyttökustannukset? Jos tallennustilasta veloitetaan, hinta saattaa aluksi olla alhainen, mutta älä aliarvioi, kuinka paljon dataa kertyy kaikkien uusien korkean resoluution kuvantamis- ja sekvensointiteknologioiden myötä. Kun ryhdyt tekemään superresoluutiotutkimusta, dataa kertyy helposti useita gigatavuja viikossa. Esimerkiksi SciNote sisältää 100 GB tallennustilaa kahdelle tiimille, joka voi täyttyä muutamassa viikossa riippuen siitä, millaista tutkimusta teet. Yritin selvittää, miten voisin ostaa yli 100 GB:n tallennustilaa, mutta en keksinyt miten. Toivon, ettei heidän ELN-järjestelmänsä käytettävyys ole samalla tasolla… – Kuinka vapaasti voit käyttää tietojasi? Voitko helposti (ja automaattisesti säännöllisin väliajoin) siirtää tietosi pois, jos tarvitset? Missä muodossa saat tietosi? Jos ne ovat vain PDF- tai Word-tiedostoja, unohda koko juttu. Sinun pitäisi saada aito tietokantadump, jota voidaan käyttää muiden järjestelmien täyttämiseen. En luottaisi mihinkään yritykseen, joka kertoisi minulle etukäteen, että se menee pian konkurssiin ja että minun pitäisi pelastaa tietoni… – Missä tiedot fyysisesti säilytetään? Tämä määrää esimerkiksi sen, minkä lainsäädännön alaisina tiedot ovat ja kenellä on niihin pääsy. Kuinka paljon voit luottaa siihen, että pieni ulkomainen yritys pitää tietosi yksityisinä ja turvassa? Muistutetaanpa kaikkia niistä tietomurroista, jotka kohdistuivat Sonyyn, LinkedIniin, IRS:ään, T-Mobileen, UPS:ään ja JP Morgan Chaseen… Jotkut toimittajat tarjoavat sisäistä isännöintiä, mutta hinnoittelu vaikuttaa liian korkealta monille akateemisille laboratorioille, jotta tämä olisi toteuttamiskelpoinen vaihtoehto.- Avoin lähdekoodi näyttää olevan ratkaisu moniin näistä ongelmista. Koska yliopistojen tuki tietotekniselle infrastruktuurille kuitenkin vähenee, tällaisen järjestelmän ylläpitovaatimusten on oltava hyvin vähäiset, jotta ratkaisu olisi toteuttamiskelpoinen. - Jos palvelua markkinoidaan ”ilmaisena”, mitä sillä tarkoitetaan? Usein ”ilmainen” tarjous ei riitä mihinkään vakavaan työhön ja on siten harhaanjohtava. ”Ilmainen” siinä merkityksessä kuin ”ilmainen olut” ei myöskään riitä… Monet laboratoriot tarvitsevat myös vapauden mukauttaa ohjelmistoa omiin erityistarpeisiinsa, mikä sulkee pois suljetut ratkaisut, joilla ei ole julkisia sovellusrajapintoja (API). Laboratoriossamme olemme testanneet muutamia saatavilla olevia ratkaisuja. Painopisteemme oli avoimen lähdekoodin ratkaisuissa, sillä vain ne mahdollistavat ohjelmiston kattavan testaamisen. Tähän mennessä olemme kokeilleet:

Tiedostojen nimeäminen joukkona komentoriviltä

Tue, 28 Jun 2016 00:00:00 +0000

Ubuntu 16.04:n oletuskomentorivisovellus tiedostojen joukkonimeämiseen on nimeltään ”rename”: rename 's/tk98i_/wt_tk98_/' *.tif. Se käyttää Perl-säännöllisiä lausekkeita ja s/vanha/uusi/-syntaksia. Yllä olevassa esimerkissä nimetään uudelleen kaikki tiedostot, joiden tiedostotunniste on .tif, ja korvataan ilmaisu tk98i_ ilmaisulla wt_tk98_.Tässä on muutamia lisäesimerkkejä: http://tips.webdesign10.com/how-to-bulk-rename-files-in-linux-in-the-terminal

ffmpeg

Sun, 26 Jun 2016 00:00:00 +0000

AVI-tiedoston leikkaaminen: ffmpeg -i Die_Sendung_mit_der_Maus_16.06.19_09-30_ard_30_TVOON_DE.mpg.HQ.avi -vcodec copy -acodec copy -ss 00:06:04 -t 00:29:32 output.aviss on alkamisaika ja t on kesto (ei päättymisaika)WebM-tiedoston muuntaminen MP3-tiedostoksi:ffmpeg -i La_robe_de_soie.webm -vn -ab 128k -ar 44100 -y "La_robe_de_soie.mp3"Kahden videon yhdistäminen:ffmpeg -f concat -safe 0 -i list.txt -c copy /tmp/output.avilist.txt:file 'video1.avi'file 'video2.avi'PÄIVITYS: On mukavaa, että videotiedostoja voi käsitellä komentoriviltä. Erityisesti edistyneempien toimintojen kohdalla syntaksi muuttuu kuitenkin mahdottomaksi muistaa. Siksi tarvitaan graafinen käyttöliittymä, joka tekee ffmpeg:stä helppokäyttöisemmän. Paras työkalu, jonka olen tähän mennessä löytänyt, on alustojen välinen LosslessCut . Saatavilla on myös paketteja Macille, Linuxille ja Windowsille .

RPU-seminaari 2016

Fri, 24 Jun 2016 00:00:00 +0000

Ladattavat tiedostot

Lataa diat PDF-muodossa.

Lataa PDF

Kloonauskerho

Wed, 22 Jun 2016 00:00:00 +0000

Järjestämme yhdessä biolääketieteen tohtoriohjelman (DPBM) kanssa syksyllä 2016 työpajan ja käytännön kurssin kloonauksesta (kurssikoodi 921244).Päivämäärät ja paikka (työpaja): Viikoittainen keskustelutyöpaja (8 kertaa, kukin 1–1,5 tuntia) alkaa tiistaina 30.8.2016; paikka: kokoushuone 7 (Biomedicum Helsinki, 5. kerros, paitsi 27.9. ja viimeinen työpaja 25.10., jotka pidetään huoneessa BM B136A); 1 opintopistePäivämäärät ja paikka (käytännön kurssi): Hajautettu laboratoriokurssi (osallistujien aikataulun ja paikan mukaan tai – niille osallistujille, joilla ei ole pääsyä tarvittaviin tiloihin – marraskuun kahden ensimmäisen viikon aikana laboratoriossamme); 1 opintopisteKurssin tietosivu: http://www.helisci.fi/hbgs/cloning-club2016 Ilmoittautumissivu: https://elomake.helsinki.fi/lomakkeet/71701/lomake.html Yksityiskohtaiset kurssitiedot: PDF Mainosjuliste: PDF Kurssimateriaali: Materiaalia lisätään tänne jokaisen tapaamisen jälkeen Kloonaus on houkuttelevaa juuri siksi, että se on tylsää. Kaikki alkaa kuitenkin DNA:sta. Geenitekniikka ei ole tullut jäädäkseen, vaan sen merkitys kasvaa entisestään: olemme vasta raapaisseet sen potentiaalin pintaa. Lähes kaikessa biolääketieteellisessä tutkimuksessa käytetään DNA-rakenteita: ilmentymisvektoreita solujen transfektioon, shuttle-plasmideja virusten valmistukseen sekä rakenteita transgeenisten eläinten tuottamiseen. Taitoa DNA-rakenteen luomiseen tarvitaan vielä siihen asti, kunnes markkinoille saapuu se luvattu laite, joka tuottaa minkä tahansa plasmidiin muutaman tunnin kuluttua siitä, kun sille on syötetty plasmidiin sekvenssi.Käytettävissä on monia uusia tekniikoita, minkä vuoksi valinta on vaikeampaa kuin vanhoina aikoina, jolloin restriktioentsyymikloonaus oli ainoa vaihtoehto. Nykyään vaatimukset ja vaihtoehdot ovat rajattomat, ja menestyksen ja nopeuden maksimoimiseksi on valittava oikea strategia.

Unicorn 7:n käyttäjien määrittäminen edellyttää manuaalista toimenpidettä verkkokäyttäjäympäristössä

Fri, 17 Jun 2016 00:00:00 +0000

Unicorn, Äkta Avant, Äkta Explorer, GE Healthcare, Windows, verkkotodennus, käyttäjän määrittäminen, menetelmä, tulos, tiede, proteiinien puhdistus Koska käytämme Äkta Avant -laitettamme monikäyttäjäympäristössä, meidän on erotettava eri käyttäjien menetelmät ja tulokset toisistaan. Oletusasetuksina jokainen verkkokäyttäjä voi tällä hetkellä nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, jotka kuka tahansa muu verkkokäyttäjä on laitteella tuottanut. Tämä on merkittävä yksityisyys- ja turvallisuusongelma, sillä pahantahtoinen käyttäjä voisi poistaa (tai vielä pahempaa: muokata) menetelmiä ja tuloksia.Äkta-laitteemme on konfiguroitu siten, että käyttäjät voivat kirjautua Unicorn 7 -tietokoneeseen yliopiston käyttäjätunnuksella ja salasanalla tavallisen Windows-verkkotodennusmekanismin kautta. Jos kuitenkin useat henkilöt jakavat vastuun yhdestä mittaussarjasta, tämä järjestely ei ole mahdollinen, sillä heidän olisi paljastettava salasanansa toisilleen. Siksi olemme luoneet paikallisen tilin, jota voivat käyttää ne käyttäjät, jotka haluavat jakaa Äkta-laitteen käytön. Windowsiin kirjautumisen jälkeen käyttäjien on vielä kirjauduttava Unicorn 7 -ohjelmistoon, minkä he tekevät yliopiston käyttäjätunnuksella ja salasanalla (“Windows-todennus”). Tässä järjestelyssä jokainen käyttäjä voi nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, mikä ei ole hyväksyttävää. Kun uusi käyttäjä määritetään Unicorn-ohjelmistossa (valikko ”Access > Folders”), voidaan määrittää tarkasti, mihin kansioihin kyseisellä käyttäjällä on pääsy, jolloin käyttäjä näkee vain omat menetelmänsä ja tuloksensa. Koska Unicorn 5:n kansiorakenne noudatti Windows-tiedostojärjestelmän kansiorakennetta, käyttäjät pystyivät aina kopioimaan menetelmiä ja tuloksia kansiosta toiseen ja saamaan ne siten käyttöönsä huolimatta Unicorn 5 -ohjelman asettamista rajoituksista.Kun luin ensimmäisen kerran, että Unicorn 7 tukee Windowsin verkkoautentikointia, toivoin, että voisimme välttää sen työlään käyttäjien määrittämisen, jonka jouduimme suorittamaan jokaisen käyttäjän kohdalla Äkta Explorerissa. Vaiva jatkuu kuitenkin, sillä käyttöoikeuksien määrittäminen kerran ryhmälle ei takaa käyttäjien eristämistä.Ensinnäkin Unicorn 7:ssä ei voi rajoittaa yksittäisten käyttäjien käyttöoikeuksia, vaan ainoastaan ryhmien käyttöoikeuksia. Meidän piti luoda yksi käyttöoikeusryhmä jokaiselle verkkokäyttäjälle, lisätä verkkokäyttäjä tähän ryhmään, luoda ryhmälle erillinen kotikansio ja sitten rajoittaa kansion käyttöoikeudet tähän kotikansioon. Muutaman käyttäjän kohdalla tarvittiin satoja napsautuksia, sillä oletusasetuksena on, ettei käyttäjällä ole pääsyä mihinkään, ja jokainen käyttöoikeusvalintaruutu on aktivoitava paitsi järjestelmänvalvojan oikeudet. Tässä suhteessa Windows (ja kaikki muut käyttöjärjestelmät) on paljon älykkäämpi kuin Unicorn. Jos yliopiston työntekijä kirjautuu koneelle, johon hän ei ole aiemmin kirjautunut, järjestelmä luo automaattisesti kaiken tarvittavan oletusarvoisen paikallisen kansiorakenteen ja liittää kyseisen käyttäjän yksityisen kotikansion ilman, että hänelle myönnetään pääsyä mihinkään muuhun, mitä muut työntekijät ovat kyseisellä koneella tehneet. Mielestäni tämän pitäisi olla vaihtoehto myös Unicornissa. Ehkä se onkin, enkä vain osaa löytää sitä? Toinen suuri haittapuoli edellä kuvatussa menetelmässä, jossa jokainen käyttäjä erotetaan omaan käyttöoikeusryhmäänsä, on se, että Unicorn-ohjelmaan kirjautuminen muuttuu suureksi koettelemukseksi: käyttäjänimen ja salasanan kirjoittamisen lisäksi käyttäjän on valittava oikea käyttöoikeusryhmä, jotta kirjautuminen onnistuu. Ja mikä vielä pahempaa: meidän järjestelmässämme emme voi välttää sitä, että jokainen yliopiston työntekijä kuuluu kahteen käyttöoikeusryhmään: manuaalisesti luotuun käyttöoikeusryhmään käyttäjien erottelua varten ja ”oletusryhmään”, joka toimii Windowsin verkkoautentikoinnin kautta – ehkä Kerberos?). Siksi, jos käyttäjät valitsevat oletuskäyttöoikeusryhmän (jota meidän tapauksessamme kutsutaan nimellä ”Users”), he pääsevät kirjautumaan sisään, mutta eivät näe omia menetelmiään ja tuloksiaan.On kaksi syytä, miksi emme voi poistaa ”Users”-käyttöoikeusryhmää: Ensinnäkin se on tiedekunnan määräys, ja toiseksi (ja olemme yrittäneet) emme voi enää poistaa sitä, koska monet ovat jo luoneet menetelmiä ja tuottaneet tuloksia ollessaan ”Users”-käyttöoikeusryhmässä. Näin ollen UNICORN estää meitä poistamasta tätä tiliä. Työstän parhaillaan tätä ongelmaa: minun pitäisi pystyä pääsemään suoraan taustalla olevaan MS-SQL-tietokantaan, jotta voisin muuttaa menetelmien ja tulosten omistajuutta. GE ei kuitenkaan ollut kovin avomielinen, kun kysyin käyttöoikeuksien hallinnasta. Vastaus oli: ”Itsenäisessä UNICORN-ratkaisussa tietokannan käyttöoikeustiedot on salattu, eikä niitä julkisteta.” Jos sinulla olisi yritysratkaisu (jossa isännöit omaa (SQL Server) -tietokantaasi), sinulla olisi hallintaoikeudet tunnistetietoihin ja teoriassa voisit poimia halutut tiedot (muoto on sellainen, jonka joudut selvittämään itse, emmekä me tue sitä). Voit päivittää ratkaisusi yritysversioon, jos haluat. Tämä kuulostaa pahemmalta kuin se on, koska meillä on fyysinen pääsy MS-SQL-palvelimeen ja käyttöoikeustietojen poimiminen ei vaikuta kovin vaikealta. Mutta minulta vie aikaa löytää haavoittuvuus, jonka avulla voin ”murtautua omaan järjestelmäämme”, ja juuri se ärsyttää minua. GE:n Lisa Bromarkin mukaan 7.0.2-päivitys näyttää kuitenkin korjaavan tämän ongelman: UNICORN voidaan konfiguroida käyttämään uutta tietokantasalasanaa. On mahdollista luoda salattu salasana tai syöttää jo salattu salasana. Tämä tehdään ajamalla UNICORN Service Tool -työkalu UNICORNin asennuksen jälkeen.Päivityksen saaminen on kuitenkin uskomattoman vaikeaa (ainakin se näyttää vievän viikkoja). Jakelu tapahtuu ilmeisesti edelleen optisilla tallennusvälineillä ja postitse. Luulen, että viimeksi hankin ohjelmiston CD- tai DVD-levyltä yli 10 vuotta sitten. GE kertoi minulle kuitenkin, että he ovat juuri siirtämässä UNICORN-ohjelmistopäivityksiä ”sähköiseen jakeluun”. Tervetuloa 21. vuosisadalle!

Aito biohakkerointi

Mon, 13 Jun 2016 00:00:00 +0000

Steven Novella on kirjoittanut mielenkiintoisen blogikirjoituksen biohakkeroinnista . Olen suurelta osin samaa mieltä hänen kanssaan siitä, että useimmat käyttävät tätä termiä väärin, koska he eivät tee mitään käsitteellisesti uutta, mikä oikeuttaisi tämän uuden termin käytön. Tämän termin käytölle ja sen erottamiselle DIY-biologiasta sekä erilaisista kehonmuokkausliikkeistä ei kuitenkaan ole vielä vakiintunut yhtenäisiä kriteerejä. Biohakkeroinnin määritelmä ”vapaudeksi tutkia omaa biologiaansa perusteellisesti” on suurelta osin merkityksetön. Sana ”hacking” sisältää yleiskielessä useimmiten laittomuuden tai ainakin puolilaillisuuden vivahteen. Tätä kielenkäyttöä noudattaen urheiludopingia voitaisiin kutsua biohakkeroinniksi, mutta kahvinjuontia ei niinkään (lukuun ottamatta sitä, että kahvinjuonti täyttää ainakin joidenkin ihmisten kohdalla dopingin tunnusmerkit). Toinen esimerkki, jota kutsuisin ”aidoksi” biohakkeroinniksi, olisi Crispr/Cas-tekniikan käyttö oman DNA:n muokkaamiseen. Tai lääkkeiden valmistaminen omassa autotallissa. Kysymys kuuluu: tekeekö kukaan tällaista? Geeniteknologiset menetelmät ja lääkkeiden valmistus ovat yliopisto- ja kaupallisella alalla tiukasti säänneltyjä, koska tällaisiin menetelmiin liittyy joitakin riskejä. Siksi ei ole yllättävää, että sääntelyviranomaiset eivät ole iloisia siitä, että heidän on valvottava vielä yhtä yhteisöä bioterrorismin merkkien varalta.Itse asiassa tämän alan tarvittavien välineiden valmistaminen ja käyttö on yhä helpompaa. Bioteknologia autotallissa on todellisuutta – ainakin Nature-lehti on omistanut tälle aiheelle uutisartikkelin . Kuulin jo jonkin aikaa sitten luennon Thomas Landrainilta, joka on yksi La Paillasse-laboratorion perustajista (Thomas: olithan luvannut kääntää La Paillassen verkkosivut englanniksi!), joka on bioteknologialaboratorio, joka perustettiin ilman alkupääomaa Pariisin esikaupungin autotallissa ja joka toteuttaa todella mielenkiintoisia projekteja (tässä on Thomas Landrainin artikkeli DIY-biologiasta ). Myös DIY-biologiasta on jo järjestetty konferensseja: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Mutta missä kulkee raja DIY-biologian ja biohakkeroinnin välillä? E. coli-bakteerien muokkaaminen niin, että ne tuottavat erytropoietiiniä , puhdistaa proteiini ja pistää sitä itseensä urheilusuorituskyvyn parantamiseksi, luultavasti kuka tahansa pitäisi tätä biohakkerointina. Mielestäni tämä esimerkki ei ole lainkaan niin kaukaa haettu, vaan se olisi täysin toteutettavissa nykyisen DIY-biologian keinoin.

BSD ja Linux

Fri, 10 Jun 2016 00:00:00 +0000

Olen tottunut siihen, että Linuxin asennusohjelma tunnistaa tietokoneella jo olevan Windows-asennuksen ja tarjoaa asennuksen aikana mahdollisuutta määrittää tietokone kaksikäyttöiseksi. Päinvastoin, mikään Windowsin asennusohjelma ei tunnista mitään muuta tietokoneella jo olevaa käyttöjärjestelmää. Siksi olin yllättynyt, kun yritin asentaa Ubuntu 16.04:n PFSense-koneelleni (FreeBSD) ja Ubuntu-asennusohjelma ei edes havainnut, että levyllä on BSD-asennus. Valitsin vaihtoehdon ”poista kaikki”, mutta kun käynnistin tietokoneen uudelleen asennuksen päätyttyä, järjestelmä käynnistyi suoraan PFSenseen antamatta minulle mahdollisuutta valita Ubuntu. Oletan, että Ubuntu-asennusohjelma ei ollut koskenut käynnistyslataajaan. Käynnistin järjestelmän Ubuntu-live-USB-tikulta, alustin levyn uudelleen fdisk-komennolla ja kirjoitin nollia käynnistyslataajaan: dd if=/dev/zero of=/dev/sda bs=512 count=1. Sen jälkeen toistin asennuksen, ja kaikki sujui hyvin. PFSense-asennukseni kuitenkin katosi…

Netstat

Fri, 10 Jun 2016 00:00:00 +0000

Voit luetella kaikki portit, joita palvelin kuuntelee, komennolla: sudo netstat -plnt

Todellinen biohakkerointi

Mon, 23 May 2016 00:00:00 +0000

Olen lukenut mielenkiintoisen Steven Novellan blogikirjoituksen biohakkeroinnista . Olen täysin samaa mieltä siitä, että suurin osa biohakkerointia edistävistä ihmisistä ei tee mitään sellaista, mikä oikeuttaisi termin käytön. Uutta termiä tulisi käyttää, jos tekee jotain käsitteellisesti uutta. Biohakkeroinnin termin käyttö ja sen suhde DIY-biologiaan sekä erilaisiin kehonmuokkausliikkeisiin ei kuitenkaan ole vielä vakiintunut. Biohakkeroinnin määritelmä ”vapaudeksi tutkia biologiaa syvällisesti” tekee termistä melko merkityksettömän. Termi ”hacking” on aina sisältänyt (oikein tai väärin) ajatuksen laittomasta tai ainakin laillisuuden rajamailla olevasta toiminnasta. Tätä analogiaa seuraten urheiludopingia voitaisiin pitää biohakkerointina (mutta ei kahvin juomista – huolimatta siitä, että kahvi täyttää joidenkin ihmisten mielestä dopingin kriteerit). Muita esimerkkejä, joita kutsuisin ”todelliseksi” biohakkeroinniksi, olisivat Crispr/Cas-tekniikan käyttö oman DNA:n muokkaamiseen tai lääkkeiden kehittäminen sairauksien hoitamiseksi omassa autotallissa. Kysymys kuuluu: tekeekö kukaan tällaisia asioita? Tällaisten tekniikoiden kehittäminen on tiukasti säänneltyä sekä akateemisessa tutkimuksessa että kaupallisissa yrityksissä, ja todellinen geenitekniikka sisältää todellisia riskejä. Ei ole yllättävää, että lainvalvontaviranomaiset eivät ole kovin iloisia siitä, että on jälleen yksi alakulttuuri, josta on etsittävä merkkejä bioterrorismista . Työkalujen käyttö on kuitenkin yhä helpompaa, ja autotallibiotekniikka on todellinen ilmiö (ainakin Nature-lehti piti sitä uutisartikkelin arvoisena). Jo jonkin aikaa sitten kuuntelin Thomas Landrainin puheenvuoron. Hän on yksi La Paillasse -laboratorion (Thomas: lupasit, että La Paillassen verkkosivut käännetään englanniksi!), joka on biotekniikkalaboratorio, joka perustettiin ilman rahoitusta autotallissa Pariisin esikaupungissa. He tekevät varsin mielenkiintoista tutkimusta (katso esim. tämä artikkeli , jossa käsitellään hänen näkemyksiään DIY-biologiasta). DIY-biologiasta järjestetään myös konferensseja: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Mutta milloin DIY-biologia muuttuu biohakkeroinniksi? E. coli-bakteerin muokkaaminen tuottamaan erytropoietiiniä ja sen puhdistaminen sekä ruiskuttaminen itseensä urheilusuorituskyvyn parantamiseksi olisi varmasti biohakkerointia. Mielestäni tuo esimerkki olisi itse asiassa toteutettavissa, kun otetaan huomioon DIY-biologian teknologian nykytaso…

Unicorn 7:n käyttäjien erottelu edellyttää manuaalista toimenpidettä verkkokäyttäjäympäristössä

Mon, 09 May 2016 00:00:00 +0000

Koska käytämme Äkta Avant -laitettamme monikäyttäjäympäristössä, meidän on erotettava eri käyttäjien menetelmät ja tulokset toisistaan. Oletusasetusten mukaan jokainen verkkokäyttäjä voi tällä hetkellä nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, jotka joku muu verkkokäyttäjä on tuottanut laitteella. Tämä on merkittävä yksityisyys- ja turvallisuusongelma, sillä pahantahtoinen käyttäjä voisi poistaa (tai vielä pahempaa: muokata) menetelmiä ja tuloksia.Äkta-laitteemme on konfiguroitu siten, että käyttäjät voivat kirjautua Unicorn 7 -tietokoneeseen yliopiston käyttäjätunnuksella ja salasanalla tavallisen Windows-verkkotodennusmekanismin kautta. Jos kuitenkin useat henkilöt jakavat vastuun yhdestä ajosta, tämä järjestely ei ole mahdollinen, sillä heidän pitäisi paljastaa salasanansa toisilleen. Siksi olemme luoneet paikallisen tilin, jota voivat käyttää ne käyttäjät, jotka haluavat jakaa Äkta-laitteen käytön. Windowsiin kirjautumisen jälkeen käyttäjien on vielä kirjauduttava Unicorn 7 -ohjelmistoon, minkä he tekevät yliopiston käyttäjätunnuksellaan ja salasanallaan (“Windows-todennus”). Tässä järjestelyssä jokainen käyttäjä voi nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, mikä ei ole hyväksyttävää. Kun uusi käyttäjä määritetään Unicorn-ohjelmistossa (valikko ”Access > Folders”), voidaan määrittää tarkasti, mihin kansioihin kyseisellä käyttäjällä on pääsy, jolloin käyttäjä näkee vain omat menetelmänsä ja tuloksensa. Koska Unicorn 5:n kansiorakenne noudatti Windows-tiedostojärjestelmän kansiorakennetta, käyttäjät pystyivät aina kopioimaan menetelmiä ja tuloksia kansiosta toiseen ja saamaan ne siten käyttöönsä huolimatta Unicorn 5 -ohjelman asettamista rajoituksista.Kun luin ensimmäisen kerran, että Unicorn 7 tukee Windowsin verkkotodennusta, toivoin, että voisimme välttää sen työlään käyttäjien määrittämisen, jonka jouduimme suorittamaan jokaisen käyttäjän kohdalla Äkta Explorerissa. Vaiva jatkuu kuitenkin, sillä käyttöoikeuksien määrittäminen kerran ryhmälle ei takaa käyttäjien eristämistä.Ensinnäkin Unicorn 7:ssä ei voi rajoittaa yksittäisten käyttäjien käyttöoikeuksia, vaan ainoastaan ryhmien käyttöoikeuksia. Meidän piti luoda yksi käyttöoikeusryhmä jokaiselle verkkokäyttäjälle, lisätä verkkokäyttäjä tähän ryhmään, luoda ryhmälle erillinen kotikansio ja sitten rajoittaa kansion käyttöoikeudet tähän kotikansioon. Muutaman käyttäjän kohdalla tarvittiin satoja napsautuksia, sillä oletusasetuksena on, ettei käyttäjällä ole pääsyä mihinkään, ja jokainen käyttöoikeusvalintaruutu on aktivoitava paitsi järjestelmänvalvojan oikeudet. Tässä suhteessa Windows (ja kaikki muut käyttöjärjestelmät) on paljon älykkäämpi kuin Unicorn. Jos yliopiston työntekijä kirjautuu koneelle, johon hän ei ole aiemmin kirjautunut, järjestelmä luo automaattisesti kaiken tarvittavan oletusarvoisen paikallisen kansiorakenteen ja liittää kyseisen käyttäjän yksityisen kotikansion ilman, että hänelle myönnetään pääsyä mihinkään muuhun, mitä muut työntekijät ovat kyseisellä koneella tehneet. Mielestäni tämän pitäisi olla vaihtoehto myös Unicornissa. Ehkä se onkin, enkä vain osaa löytää sitä? Toinen suuri haittapuoli edellä kuvatussa menetelmässä, jossa jokainen käyttäjä erotetaan omaan käyttöoikeusryhmäänsä, on se, että Unicorn-ohjelmaan kirjautuminen muuttuu suureksi koitokseksi: käyttäjänimen ja salasanan kirjoittamisen lisäksi käyttäjän on valittava oikea käyttöoikeusryhmä, jotta kirjautuminen onnistuu. Ja mikä vielä pahempaa: meidän järjestelmässämme emme voi välttää sitä, että jokainen yliopiston työntekijä kuuluu kahteen käyttöoikeusryhmään: manuaalisesti luotuun käyttöoikeusryhmään käyttäjien erottelua varten ja ”oletusryhmään”, joka toimii Windowsin verkkoautentikoinnin kautta – ehkä Kerberos?). Siksi, jos käyttäjät valitsevat oletuskäyttöoikeusryhmän (jota meidän tapauksessamme kutsutaan nimellä ”Users”), he pääsevät kirjautumaan sisään, mutta eivät näe omia menetelmiään ja tuloksiaan.On kaksi syytä, miksi emme voi poistaa ”Users”-käyttöoikeusryhmää: Ensinnäkin se on tiedekunnan määräys, ja toiseksi (ja olemme yrittäneet) emme voi enää poistaa sitä, koska monet ovat jo luoneet menetelmiä ja tuottaneet tuloksia ollessaan ”Users”-käyttöoikeusryhmässä. Näin ollen UNICORN estää meitä poistamasta tätä tiliä. Työstän parhaillaan tätä ongelmaa: minun pitäisi pystyä pääsemään suoraan taustalla olevaan MS-SQL-tietokantaan, jotta voisin muuttaa menetelmien ja tulosten omistajuutta. GE ei kuitenkaan ollut kovin avomielinen, kun kysyin käyttöoikeuksien hallinnasta. Vastaus oli: ”Itsenäisessä UNICORN-ratkaisussa tietokannan käyttöoikeustiedot ovat salattuja eivätkä ne ole julkisia.” Jos sinulla olisi yritysratkaisu (jossa isännöit omaa (SQL Server) -tietokantaasi), sinulla olisi hallintaoikeudet tunnistetietoihin ja teoriassa voisit poimia halutut tiedot (muoto on sellainen, jonka joudut selvittämään itse, emmekä me tue sitä). Voit päivittää ratkaisusi yritysversioon, jos haluat. Tämä kuulostaa pahemmalta kuin se on, koska meillä on fyysinen pääsy MS-SQL-palvelimeen ja käyttöoikeustietojen poimiminen ei vaikuta kovin vaikealta. Mutta minulta vie aikaa löytää haavoittuvuus, jonka avulla voin ”murtautua omaan järjestelmäämme”, ja juuri se ärsyttää minua. GE:n Lisa Bromarkin mukaan 7.0.2-päivitys näyttää kuitenkin korjaavan tämän ongelman: UNICORN voidaan konfiguroida käyttämään uutta tietokantasalasanaa. On mahdollista luoda salattu salasana tai syöttää jo salattu salasana. Tämä tehdään ajamalla UNICORN Service Tool -työkalu UNICORNin asennuksen jälkeen.Päivityksen saaminen on kuitenkin uskomattoman vaikeaa (ainakin se näyttää vievän viikkoja). Jakelu tapahtuu ilmeisesti edelleen optisilla tallennusvälineillä ja postitse. Luulen, että viimeksi hankin ohjelmiston CD- tai DVD-levyltä yli 10 vuotta sitten. GE kertoi minulle kuitenkin, että he ovat juuri siirtämässä UNICORN-ohjelmistopäivityksiä ”sähköiseen jakeluun”. Tervetuloa 21. vuosisadalle!

Python lapsille

Thu, 05 May 2016 00:00:00 +0000

Poikani opettelee parhaillaan ohjelmointia. Ja se on hauskaa. Aluksi ohjelmoimme yhdessä vähän HTML:ää ja PHP:tä, koska hän halusi tehdä verkkokyselyn omalle verkkosivustolleen. Sen jälkeen aloimme käydä läpi (saksankielistä) kirjaa ”Python für Kids” ( http://python4kids.net ). Valitsin Pythonin, koska se on moderni, helppolukuinen kieli. Se on nykyään luultavasti aloittelevien ohjelmoijien ensisijainen valinta. Python on avoimen lähdekoodin kieli, joka on helppo asentaa kaikille käyttöjärjestelmille, ja tehokkaita ohjelmia voi kirjoittaa jo lyhyen oppimisvaiheen jälkeen. ”Python für Kids” käyttää Turtle-moduulia , joka mahdollistaa graafisen johdannon ohjelmointiin. Yllä oleva kuva on esimerkiksi yksi tuloksista. Python on myös erinomainen valinta biologeille ja bioinformatiikan tutkijoille. Koska Python on monikäyttöinen kieli, sen käyttöä ei rajoita tiettyihin tehtäviin (kuten esimerkiksi R:n tapauksessa). Biopython on erinomainen moduuli DNA- ja proteiinisekvenssien (ja jopa 3D-rakenteiden) käsittelyyn.

Hyvää johtajuutta?

Mon, 02 May 2016 00:00:00 +0000

Kun aloitin pää tutkijana Helsingin yliopistossa , minua kehotettiin osallistumaan Henkilöstökoulutuksen järjestämään ”Hyvä johtajuus” -kurssille. Yhdessä 14 muun tutkimusryhmän johtajan kanssa opiskelin marraskuun 2013 ja maaliskuun 2014 välisenä aikana Sanna-Marja Heiminon ja muiden asiantuntijoiden johdolla muun muassa ”taitoja, joilla voi tehokkaasti kehittää, valmentaa, voimaannuttaa ja johtaa muita parhaiden tulosten saavuttamiseksi”.Kurssin päätteeksi meillä oli illallinen Jukka Kolan kanssa, jota pidetään nykyään vastuussa laajamittaisten (ja monien tarkkailijoiden mielestä liioiteltujen) kustannussäästöjen toteuttamisesta , jotka pakotettiin yliopistolle vallitsevien poliittisten voimien määräämien budjettileikkausten seurauksena.En halua tässä keskustella siitä, olivatko tällaiset radikaalit toimenpiteet välttämättömiä vai olisiko vähemmän laaja säästöstrategia riittänyt. Jopa päätös siitä, säästetäänkö vai harjoitetaanko alijäämäistä taloudenpitoa talouden laskusuhdanteessa, ei useimmiten perustu tosiasioihin vaan ideologiaan. Taloustieteessä kovat tiedot lisäksi vaikuttavat muodit ja ajan henki. Siksi ei ole yllättävää, että tunnetut taloustieteilijät ovat eri mieltä alijäämäisen taloudenpidon vaikutuksista. Mutta nyt eksyn aiheesta… Halusin vain ilmaista täydellisen pettymykseni. En säästötoimiin sinänsä, vaan siihen, MITEN säästöt toteutettiin suhteessa niihin ”hyvän johtajuuden” käytäntöihin, joita meitä on kehotettu noudattamaan. Päätöksistä ei keskusteltu riittävän avoimesti. Vieläkin monien irtisanomisten perusteet ovat käsittämättömiä ja kiistanalaisia (ks. esim. tämä artikkeli Suomen suurimmassa sanomalehdessä Helsingin Sanomissa). Koska avoimuus puuttui selvästi, yliopiston ylimmän johdon puheet hyvästä johtajuudesta näyttivät olevan lähinnä pelkkää sanahelinää. En epäile, etteivätkö he ajattelisi yliopiston yleisen edun parasta. Mutta kuka määrittelee yliopiston edun? Useimmat oligarkit määrittelevät sen itse, eikö niin? Siksi ei ole yllättävää, että äskettäisessä työhyvinvointikyselyssä tyytyväisyys yliopistotason strategiseen johtamiseen (rehtorit ja vararehtorit) oli kaikkien aikojen alimmillaan. Jos kysely toistettaisiin nyt, tulokset olisivat todennäköisesti paljon huonompia, varsinkin jos irtisanotuilla olisi vielä sananvaltaa. Huomionarvoista on, että johtoa ei enää luota pelkästään Helsingin yliopiston tavallinen työntekijä. Minusta tuntuu, että epäluottamus leviää nyt tutkijoiden keskuudessa kaikissa uran vaiheissa. Millainen tulevaisuus on mahdollinen tällaisessa tilanteessa? Google nimetään jatkuvasti yhdeksi parhaista amerikkalaisista työpaikoista, ja siellä päätettiin käyttää miljoonia dollareita ja useita vuosia tutkimaan, miten luodaan parhaat työryhmät. Yksittäinen ratkaisevin tekijä tiimin innovaatiotulosten, luovuuden ja tuottavuuden määrittämisessä oli psykologinen turvallisuus ( katso tämä NYT Magazine -artikkeli ). Arvaa, kuinka turvalliseksi yliopiston työntekijät tuntevat olonsa tällä hetkellä. Kun keskustelimme Jukka Kolan kanssa, olin erittäin vaikuttunut hänen selkeästä sitoutumisestaan Helsingin yliopiston kansainvälistämisen edistämiseen. Mietin kuitenkin jo silloin, kuinka realistinen tavoite ”rekrytoida aktiivisesti kansainvälistä huippuhenkilöstöä” on. Nyt näyttää entistäkin epätodennäköisemmältä, että tämä tavoite voitaisiin saavuttaa merkittävällä tavalla, sillä yliopistot ovat alkaneet kokea uuden aivovuodon aallon. Jopa opiskelijatasolla, jossa kansainvälistyminen on edistynyt huikeasti viimeisten 20 vuoden aikana, saatamme nähdä laskua EU:n ja ETA:n ulkopuolisten opiskelijoiden lukukausimaksujen käyttöönoton .

Äkta Avant -fraktiokerääjän toimintaperiaate

Mon, 02 May 2016 00:00:00 +0000

Kun olemme ratkaisseet kaikki Äkta Avant -laitteemme alkuvaikeudet , uskallamme vihdoin antaa asiakkaiden käyttää sitä. Asiakaskuntamme on hyvin monipuolinen: siihen kuuluu niin FPLC:n täydellisiä aloittelijoita kuin kokeneita Äkta Explorer -käyttäjiä (ja kaikkea siltä väliltä). Kun olemme antaneet palautetta GE:lle, näkökulmamme on luonnollisesti painottunut tiettyyn käyttäjäryhmään. Asiakkaiden palveleminen on kuitenkin antanut meille uuden näkökulman, sillä kohtaamme käytettävyysongelmia, joita he eivät pysty ratkaisemaan itse. Haluan tässä mainita vain yhden kompastuskiven, joka on toistuvasti tullut esille: fraktiokerääjän toimintatavan taustalla oleva logiikka. Toisin kuin vanhemmissa järjestelmissä, fraktiokerääjää ei voi nollata manuaalisesti ”ensimmäiseen asentoon” tai mihinkään mielivaltaisesti määriteltyyn asentoon, kuten oli mahdollista esimerkiksi Unicorn 5:n yhteydessä.Meiltä itseltämme kesti melko kauan tottua fraktiokeräysprosessin sisäiseen logiikkaan, ja tarvitsimme ohjausta GE:ltä. Sitä, että järjestelmä ei toimi intuitiivisesti, korostaa se, että jotkut GE:n asiantuntijoilta saamamme vastaukset olivat puutteellisia (mikä johti meille joihinkin ikäviin näytteiden menetyksiin). Lopulta saimme GE:n tukipalvelulta taulukon, joka kuvaa fraktiokerääjän toimintaa (katso alla). Kuitenkin jopa kyseinen taulukko on puutteellinen, ja olemme lisänneet siihen muutaman rivin, jotka kuvaavat joitakin epätyypillisiä tilanteita, joihin taulukko ei tarjoa vastausta. Nämä muutokset ja lisäykset GE:n kuvaukseen on merkitty punaisella.

BIOS-salasanan poistaminen HP Compaq Elite 8000 -tietokoneesta

Mon, 18 Apr 2016 00:00:00 +0000

Sammuta tietokone, irrota virtajohto (ja muut jännitteelliset kaapelit) ja anna jäännösvarauksen purkautua. Avaa kansi ja irrota vihreä hyppyjohdin. Käynnistä tietokone uudelleen, ja valmista on. Voit halutessasi laittaa vihreän hyppyjohdon takaisin paikoilleen, jotta se ei katoa (sen voi ilmeisesti jättää kiinni joko nastaan 1 tai nastaan 2, mutta ei molempiin nastoihin samanaikaisesti).

PC:n ja Macin varmuuskopiointi

Wed, 13 Apr 2016 00:00:00 +0000

Olen itse käyttänyt BackupPC -varmuuskopio-ohjelmistoa jo lähes kymmenen vuotta, ja aloin varmuuskopioida laboratoriomme tietokoneita keskitetylle varmuuskopiointipalvelimelle noin kaksi vuotta sitten. BackupPC tukee deduplikaatiota, minkä ansiosta muutamalle 2 TB:n kiintolevylle mahtuu tallennettavaksi paljon dataa. BackupPC tukee monia protokollia (smb, ftp, tar/rsync ssh:n kautta), mutta käytämme pääasiassa rsync:iä ssh:n kautta. Dataa ei salata ennen varmuuskopiointia. Kummallista kyllä, edes tuleva versio 4 ei tue lähetystä edeltävää salausta. Tallennamme varmuuskopion kuitenkin salatulle levylle. Näin se on ainakin suojattu, jos varmuuskopiopalvelin varastetaan. Siirron aikana dataa suojaa SSH. Järjestelmä ei kuitenkaan noudata TNO -periaatetta (“älä luota keneenkään”), koska minä (varmuuskopiointijärjestelmän ylläpitäjänä) pääsen käsiksi tiedostoihin. Linuxia käytettäessä yksi toteuttamiskelpoinen menetelmä olisi salata käyttäjän kotihakemisto eCryptFS:llä -ohjelmistolla (joka on sisäänrakennettu vaihtoehto käyttäjiä luotaessa Ubuntussa ) ja varmuuskopioida sitten /home/.ecryptfs-hakemisto käyttäjän kotihakemiston sijaan. Palauttaminen olisi kuitenkin paljon ongelmallisempaa. Voisit selata varmuuskopion hakemistorakennetta ja tiedostoja, mutta tiedostonimet eivät kertoisi mitään, koska nekin salataan prosessin aikana.Mac OS X -koneiden varmuuskopioinnissa on yksi erityispiirre: BackupPC muodostaa yleensä yhteyden asiakaskoneeseen root-käyttäjänä SSH:n kautta ja suorittaa rsync-varmuuskopiointikomennon. Jotta tämä olisi mahdollista yliopiston hallinnoimilla Mac OS X -tietokoneilla, meidän piti luoda asiakaskoneille erillinen käyttäjä (“backuppc”) ja sallia tälle käyttäjälle rsync-komennon suorittaminen root-oikeuksilla, mikä tehdään lisäämällä seuraava rivi tiedostoon /etc/sudoers: backuppc ALL=NOPASSWD: /usr/bin/rsync. Sitten meidän on muutettava Mac-asiakaskoneen ssh/rsync-komentoa backuppc-palvelimella korvaamalla ”root” sanalla ”backuppc”.

HiLoad 26/60 Superdex pg -geelisuodatuskromatografiakolonnin suorituskyky

Mon, 11 Apr 2016 00:00:00 +0000

Yleisin käyttämämme proteiinien puhdistustekniikka on geelisuodatus (jota kutsutaan myös kokosuodatuskromatografiaksi). Geelisuodatuksessa proteiinit erotellaan niiden koon perusteella (tai tarkemmin sanottuna niiden ”Stokesin säteen” perusteella, joka määräytyy suurelta osin niiden koon ja muodon mukaan). Suurten proteiinimäärien geelisuodatusta varten hankimme GE Healthcaren HiLoad 26/60 Superdex 200 prep grade noin 9 vuotta sitten (malli 26/60 on korvattu mallilla HiLoad 26/600, mutta molemmat ovat lähes identtisiä). Tällä kolonnilla voidaan erottaa erittäin puhtaasti kaksi proteiinia, joiden kokero ero on 100 %. Siksi se sopii saman proteiinin monomeeristen ja dimeeristen versioiden erottamiseen. Kolonnin ”viimeinen käyttöpäivä” oli maaliskuu 2012. Kokemuksemme mukaan tällainen kolonnin käyttöikä voi asianmukaisessa käsittelyssä helposti olla 10–15 vuotta (emme käytä sitä kovin usein, säilytämme sitä 20-prosenttisessa etanolissa, ja jos emme tarvitse sitä pidempään aikaan, säilytämme sitä +4 °C:ssa).

rikki DVD

Thu, 07 Apr 2016 00:00:00 +0000

dd if=/dev/sr0 of=image.iso bs=2048 conv=noerror,notrunc iflag=nonblock

Testi-iframe-kehykset

Mon, 04 Apr 2016 00:00:00 +0000

Python lapsille (ja bioinformatiikan asiantuntijoille)

Sat, 12 Mar 2016 00:00:00 +0000

Aloin opettaa pojalleni ohjelmointia, ja me molemmat nautimme siitä. Aluksi opettelimme hieman HTML:ää ja PHP:tä, koska hän halusi tehdä verkkokyselyn omalle verkkosivustolleen, mutta nyt olemme alkaneet käydä läpi (saksankielistä) kirjaa ”Python für Kids” ( http://python4kids.net ). Valitsin Pythonin, koska se on moderni, helppolukuinen kieli ja nykyään luultavasti suosituin valinta aloitteleville ohjelmoijille. Se on avoimen lähdekoodin kieli, helppo asentaa mihin tahansa järjestelmään, ja sen avulla voi kirjoittaa tehokkaita ohjelmia jo lyhyen oppimisjakson jälkeen. Python for Kids -kirjassa käytetään Turtle -moduulia, joka mahdollistaa graafisen lähestymistavan ohjelmoinnin aloittamiseen. Vasemmalla oleva kuva on yksi tuloksista. Toinen erittäin hyödyllinen Python-opetusresurssi lapsille on Code Club . Python on myös erinomainen valinta biologeille ja bioinformatiikan asiantuntijoille, mutta koska se on monikäyttöinen kieli, et rajoitu tiettyihin tehtäviin. Käytössä on Biopython , joka on erinomainen työkalupaketti DNA- ja proteiinisekvenssien sekä jopa 3D-rakenteiden käsittelyyn.

Kuinka paljon PCR-tuotetta voi saada?

Thu, 10 Mar 2016 00:00:00 +0000

Kuinka paljon PCR-tuotetta tyypillisestä PCR-reaktiosta saadaan? 50–120 ng/µl näyttää olevan tyypillinen tulos, mutta se riippuu suuresti käytetyistä PCR-olosuhteista. Jos alukepitoisuutta on vähennettävä spesifisyyden maksimoimiseksi, saanto voi olla huomattavasti pienempi. Toisaalta, jos spesifisyys ei ole ongelma (esim. joissakin PCR-kloonauksissa), saanto voi olla moninkertainen.Tarkastellaan tyypillistä yhden PCR-reaktion enimmäismäärää, joka on 100 µl. Oletetaan, että spesifisyys ei ole ongelma ja voimme siksi käyttää suuria määriä alukkeita (kumpikin 1 µM) ja dNTP:itä (0,2 µM). Koska jokaisen kaksisäikeisen PCR-tuotteen molekyylin synteesi kuluttaa yhden alukkeen, kaksisäikeisen (ds) DNA-tuotteen teoreettinen suurin moolikonsentraatio on sama kuin alukkeen pitoisuus: 1 µM. 1 µM dsDNA:ta vastaisi 100 pmolia 100 µl:n PCR-reaktiossa. Kuinka paljon se on mikrogrammoina? Se riippuu tietysti PCR-tuotteen pituudesta: esimerkiksi 100 pmol 1000 bp:n dsDNA:ta vastaa 66 µg. Voiko todella saada niin paljon? Ei tässä 1000 bp:n tuotteen esimerkissä. Syynä on se, että DNA:n rakennuspalikat, dNTP:t, loppuvat kauan ennen alukkeita. 1000 bp:n tuotteen tapauksessa vain 40 % alukkeista on käytetty loppuun, kun dNTP:t loppuvat (olettaen, että amplikonin GC:n ja AT:n suhde on 50:50). Yhden 1000 bp:n dsPCR-tuotteen molekyylin valmistamiseen tarvitaan noin 2000 dNTP-molekyyliä. Esimerkissämme 400 bp:n PCR-tuote olisi siis optimaalinen, koska sekä alukkeet että dNTP:t loppuvat samaan tahtiin.Vaikuttaa siltä, että jos haluat saada suurempia määriä pidempiä PCR-tuotteita, sinun pitäisi lisätä dNTP-pitoisuutta. Kuitenkin esimerkissämme, jossa tuotteen pituus on 1000 bp, PCR-tuotteen teoreettinen enimmäismäärä on noin 26 µg, mikä on valtava määrä ja riittää useimpiin sovelluksiin. Verkossa on laskin, jonka avulla voi kokeilla eri alukkeiden ja dNTP-pitoisuuksien sekä tuotteen pituuksien yhdistelmiä: http://www.bioline.com/us/media/calculator/01_14.html

Arvostelu GE Healthcaren Äkta Avant 25 -laitteesta

Wed, 02 Mar 2016 00:00:00 +0000

Noin vuosi sitten saimme rahoitusta tiedekunnan sisäisessä hakukierroksessa vanhan Pharmacia Äkta Explorer 100 FPLC -laitteen Proteiinituotannon ja -puhdistuksen yhteislaitoksessa . Äkta Explorer oli hankittu vuonna 1996(?), kun ruotsalainen tuotemerkki Pharmacia oli vielä olemassa. Vuonna 2014 pahin mahdollinen skenaario toteutui, ja sekä monokromaattori että ksenon-salamalamput rikkoutuivat lähes samanaikaisesti, mikä aiheutti meille lähes 10 000 euron laskun. Siksi halusimme korvata laitteen nykyaikaisemmalla mallilla. Tällä alalla on vain kaksi yritystä, jotka tarjoavat luotettavia laitteita: GE Healthcare ( Äkta-tuotelinja ) ja BioRad ( NGC-tuotelinja ). GE Healthcare peri Äkta-tuotemerkin Pharmacialta useiden fuusioiden kautta, kun taas BioRad on suhteellisen uusi kilpailija NGC-malleillaan, jotka se toi markkinoille vasta muutama vuosi sitten.Päätimme valita Äkta Avant 25 . Halusimme ehdottomasti koteloidun, jäähdytetyn fraktiokerääjän. Halusimme myös tutun käyttökokemuksen. Suoritamme usein automatisoituja puhdistuksia, emmekä halua proteiinejamme olevan pitkiä aikoja huoneenlämmössä avoimissa putkissa, joihin bakteerit ja ilmasta tuleva pöly voivat päästä. Tähän mennessä olemme käyttäneet Äkta Avantia noin puoli vuotta, ja meillä on jo hyvä käsitys siitä, miten se vertautuu Äkta Exploreriin. Vaikka Avant on modernimpi kuin Explorer, kaikki ydinlaitoksemme käyttäjät käyttävät edelleen Exploreria. He ovat tottuneet Unicorn 5.11:n käyttöliittymään eivätkä näytä olevan kiinnostuneita oppimaan Avantin – myönnettäköön – monimutkaisempaa käyttöliittymää. Toinen syy siihen, että laitetta on toistaiseksi käytetty vain sisäisesti, oli kuitenkin se, että olemme kohdanneet melkoisen määrän ongelmia. Vanhan Äkta Explorer -laitteemme kanssa emme ole koskaan kohdanneet niin monia ongelmia niin lyhyessä ajassa peräkkäin. En tiedä, onko tilanteemme tyypillinen (GE Healthcaren edustajien mukaan se ei ole). Siitä huolimatta tässä ovat ongelmat, joita olemme kohdanneet:

Gitin perusteet

Tue, 01 Mar 2016 00:00:00 +0000

git pull origin mastergit push origin mastergit commit -m "kommentti" -a https://www.linux.com/learn/tutorials/824358-how-to-run-your-own-git-server

Taj Mahal

Mon, 08 Feb 2016 00:00:00 +0000

Puolitoista vuotta viimeisimmän suuren LEGO-projektimme (suuri Millennium Falcon ), saimme nyt valmiiksi Taj Mahalin , joka on 5922 osallaan kaikkien aikojen suurin vähittäismyyntiin julkaistu LEGO-sarja. Käytimme jälleen olemassa olevia LEGO-osia ja ostimme puuttuvat osat Bricklinkin kautta neljästä eri verkkokaupasta.

Jeltschin laboratorio

Sat, 23 Jan 2016 00:00:00 +0000

Helsingin yliopiston laboratoriomme verkkosivut

Alkion imukudoksen kehitys: keskipakoiset ja keskipakoiset prosessit

Tue, 19 Jan 2016 00:00:00 +0000

Viime vuosisadan alusta lähtien tutkijat ovat kiistelleet imukudosjärjestelmän alkionperäisestä alkuperästä. Jotkut väittivät, että se on kokonaisuudessaan verisuonista kehittynyt (ns. sentrifugaalihypoteesi, jonka varhaisimpia kannattajia olivat Florence Sabin ja Louis-Antoine Ranvier; tätä kasvumekanismia kutsutaan ”lymfangiogeneesiksi”). Toiset puolestaan kannattivat näkemystä, jonka mukaan imusuonet muodostuvat uusina mesenkyymissä olevista esisoluista (ns. sentripetaalinen hypoteesi, jonka varhaisimpia kannattajia olivat George Huntington ja Charles McClure; tätä mekanismia kutsutaan ”lymfavaskulogeneesiksi”). Tämä kiista on jatkunut jo yli vuosisadan ajan, ja useat viime vuosina julkaistut tutkimukset osoittavat, että totuus löytyy jossain näiden kahden näkemyksen väliltä. Tällaisen synteesin oli ehdottanut jo vuonna 1932 van der Jagt. Kenny Mattonet ja minä kirjoitimme lyhyen päivityksen aiheesta, ja voit lukea englanninkielisen version tai saksankielisen alkuperäisversion .

FPLC-proteiinien puhdistuskurssi

Mon, 04 Jan 2016 00:00:00 +0000

Kahdeksan jatko-opiskelijaa ilmoittautui joulukuussa järjestettyyn FPLC-proteiinipuhdistuskurssille . Jos jotain opin, niin sen, että kurssin aikana tehtävä proteiinien puhdistus tulisi AINA suorittaa käyttämällä proteiinia ja menetelmää, joita on aiemmin käytetty menestyksekkäästi LUKUISIA kertoja. Opiskelijoiden tuomat proteiinit ovat erinomainen oppimisen lähde, mutta kurssimuodon aikarajoitukset eivät antaneet meille mahdollisuutta saada näiden proteiinien puhdistusta valmiiksi kurssin aikana.Uuden Äkta Avant 25:n tekniset ongelmatLisäksi Äkta Avant 25 , jonka ostimme GE Healthcarelta tänä kesänä, rikkoutui KAKSI KERTAA kurssin aikana. Ensin ohjaus tietokone rikkoutui (RAID-vika). HP toimitti korvaavan kiintolevyn 24 tunnin kuluessa, ja kun RAID oli palautunut, pystyimme jatkamaan kurssia. Kuitenkin ensimmäisen tämän vian jälkeisen ajon aikana Äkta-laitteessa ilmeni ylipaineongelma. Tunnistimme syyksi viallisen virtauksenrajoittimen , mutta emme halunneet jatkaa, koska aiemmissa ajoissa oli ollut vakavia ongelmia ilmakuplien kanssa. Siksi suoritimme ajot vanhalla Äkta Explorer 100 -laitteella. GE Healthcare lähetti nopeasti huoltoteknikon tarkastamaan järjestelmän, mutta koska hänellä ei ollut varaosaa mukanaan, jouduimme odottamaan maanantaihin 14.12. asti, kunnes Äkta Avant oli jälleen täysin toimintakunnossa.Mitä puhdistimme: liukoinen VEGFR-3 (VEGFR-3/Fc) ja HepsinPuhdistimme liukoista ihmisen VEGF-reseptoria 3 (sen solunulkoisen domeenin kolme ensimmäistä domeenia, jotka on liitetty ihmisen IgG:n vakio-Fc-osaan). Tämä on puhdistus, jonka olemme tehneet monta kertaa. Se vastaa vasta-aineiden puhdistusta proteiini A-sefarosella.Olimme valmistaneet etukäteen konditionoidun soluviljelyväliaineen. Tuotamme suurimman osan proteiineistamme hyönteissoluissa (pääasiassa Drosophila S2), ja S2-solut olivat erittäneet VEGFR-3/Fc:n väliaineeseen sen jälkeen, kun metallotioneiinin promoottoria oli indusoitu 1 mM:n Cu2+-pitoisuudella noin 4,5 päivän ajan. Puhdistukseen tarkoitetun väliaineen valmistelu koostuu ainoastaan 1) solujen poistamisesta sentrifugoimalla ja 2) suodattamisesta saostumien ja muiden pienten hiukkasten poistamiseksi, jotka saattaisivat tukkia kolonnin. pH:ta ei tarvitse säätää.Nopea neutralointi matalan pH:n eluution jälkeen ON TÄRKEÄÄJuoksutimme väliaineen kertakäyttöisen 5 ml:n HiTrap-rekombinanttiproteiini A -kolonnin läpi yön noin 1 ml/min nopeudella ja eluoimme matalan pH:n puskurilla. Eluoidut 2 ml:n fraktiot neutraloitiin välittömästi 400 µl:lla 1 M Tris-liuosta (pH 8,5). Tässä vaiheessa teimme pienen virheen toisen puhdistuksen aikana. GE Healthcare ei ollut vielä tuonut markkinoille kasetteja 5 ml:n keräysputkille (eivätkä ole vieläkään tehneet niin, vaikka lupasivat ne jo syyskuuksi 2015), joten käytimme 15 ml:n Falcon-putkia 2 ml:n fraktioiden keräämiseen; niihin olimme etukäteen annostelleet 400 µl neutralointiliuosta. Sekoittuminen näissä putkissa ei kuitenkaan ollut tehokasta, ja pitkäaikainen altistuminen matalalle pH-arvolle johti proteiinimme osittaiseen vaurioitumiseen. Tämä näkyy, kun verrataan ryhmän 2 ja ryhmän 4 kokojakokromatogrammeja: Ryhmässä 4 ensimmäinen piikki (aggregaatti) on paljon suurempi ja heterogeenisempi verrattuna ryhmän 2 vastaavaan piikkiin. Itse asiassa, kun VEGFR-3/Fc eluoidaan matalalla pH:lla proteiini A -kolonneista, se saostuu aina suuremmilla pitoisuuksilla pian eluution jälkeen, mutta liukenee jälleen neutraloinnin yhteydessä. Tätä ei tapahtunut fraktioissa 5.A.3 ja 5.A.4 (ryhmä 4), koska eluaatin ja neutralointipuskurin sekoittuminen 15 ml:n Falcon-putkessa oli tehotonta (myös 2 ml:n fraktiokoko oli todennäköisesti syynä; 1 ml olisi ollut parempi). Ryhmän 2 ajon aikana poistimme putket heti ajon päätyttyä ja sekoitimme siten puskurit, kun taas ryhmän 4 osalta ajo päättyi yöllä ja eluaatti pysyi suurelta osin sekoittumattomana aamuun asti.Vaihtoehtoisesti olisimme voineet eluoida erittäin väkevällä kaootrooppisella suolalla lähes neutraalissa pH:ssa (mitä teemme seuraavalla kerralla, jos meillä on automatisoitu ajo, jossa eluointi tapahtuu keskellä yötä). Pierce tarjoaa (patentoidun) ”hellävaraisen” eluointipuskurin , jonka pH on 6,6. En tiedä Piercen puskurin koostumusta, mutta se on erittäin tiheä liuos jostakin kaootrooppisesta suolasta. 3 M kalium-/natriumtiosyanaattia tai 4 M magnesiumkloridia puskuroiduissa liuoksissa, joiden pH on noin 7, käytetään usein kaootrooppisina suoloina tähän tarkoitukseen. Hepsin Opiskelijoiden toimittamat proteiinit olivat haastavia. Ensinnäkin niiden pitoisuudet lähtöaineessa olivat hyvin alhaiset. Vaikka proteiini näkyy selvästi, kun VEGFR-3/Fc-konditionoitu elatusaine ajetaan PAGE-geelillä ja värjätään Coomassie-värillä, Hepsinille ei näy tällaista kaistaa. Lisäksi näytti siltä, että merkittävä osa proteiinista ei (enää) sisällä histagiinia, minkä vuoksi sitä ei saata talteen ensimmäisessä puhdistusvaiheessa. Se osa Hepsin-H6:sta, joka sitoutuu Ni2+-sefarosiin, eluoituu jo 20 mM:n imidatsolipitoisuudella, mikä vaikeuttaa kolonnin pesua. Hepsin, jossa on pidempi histagiini (H10), selviää 20 mM:n imidatsolipesusta, mutta sen ilmentymistasot ovat myös alhaiset. Alla on yksittäisten ajojen kromatogrammit ja merkityt kuvat Coomassie-värjätyistä PAGE-geeleistä. Äkta Avant 25:n käytön yksityiskohtainen ohje on vielä valmistumassa…

SnapGene – Yksinkertaisesti paras DNA:n käsittelyohjelmisto

Fri, 01 Jan 2016 00:00:00 +0000

Laboratoriossamme on käytetty erilaisia ohjelmistopaketteja DNA-rakenteiden suunnitteluun, dokumentointiin ja visualisointiin. Niistä, joista olemme jo pitkään pitäneet erityisen paljon, ovat Textcon GeneConstructionKit (GCK) ja Clone Manager (Professional) . Jälkimmäinen toimii valitettavasti vain Windowsissa. Koska useat tietokoneistamme käyttävät kuitenkin Ubuntu Linuxia , käytimme GCK:n versioita 2.5 ja 3 WINE:n -ohjelmalla (yhteensopivuuskerros, jonka avulla voimme käyttää alkuperäisiä Windows-ohjelmia Linuxissa). Päivityksen myötä versioon 4 GCK muuttui kuitenkin WINE:n alla käyttökelvottomaksi hitaudeksi, joten aloimme etsiä sille korvaajaa. Otimme yhteyttä GCK:n kehittäjiin, mutta he eivät ilmeisesti olleet halukkaita tai kykeneviä auttamaan meitä. Oletan, että GCK:n koodipohja on luultavasti yli 20 vuotta vanha, ja siksi kukaan ei uskalla koskea siihen. Juuri tuolloin SnapGene julkaistiin, ja se täytti lähes kaikki vaatimuksemme:

Tunne oikeutesi

Thu, 19 Nov 2015 00:00:00 +0000

Acatiimi -lehden artikkelisarjassa Suomen yliopistotutkijoiden ja -opettajien liiton (FUURT) edustaja Mia Weckman esitteli Suomen oikeusjärjestelmää ja työelämää koskevaa lainsäädäntöä. Sarja oli suunnattu erityisesti ulkomaalaisille uusille työntekijöille ja kirjoitettu englanniksi, joten se on yksi harvoista tietolähteistä, jos et osaa suomea. On kuitenkin syytä muistaa, että paperi ja näytöt eivät punastu. Monet säännöistä on kehitetty perinteisiä työpaikkoja varten, ja ne sopivatkin hyvin niihin, mutta eivät niinkään akateemiseen tutkimukseen, joka kukoistaa parhaiten innostuksen ja omistautumisen voimalla, ei velvollisuudentunteen. Koska olemme kuitenkin kaukana tästä ihanteesta, sinun on hyvä tuntea oikeutesi. Tässä ovat aiheet ja linkit:

8 parasta tiedepodcastia, joita kannattaa kuunnella

Wed, 11 Nov 2015 00:00:00 +0000

Tässä on 8 suosikkipodcastiani, jotka on suunnattu tutkijoille (mutta eivät ole tarkoitettuja pelkästään heille). Kokeile niitä: ne ovat viihdyttäviä ja pitävät sinut ajan tasalla tieteen yleisestä kehityksestä. Jos keskityt liian kapeaan erikoisalaasi, ajattelusi kapenee. Monet johtavat tiedelehdet ovat hypänneet mukaan podcast-buumiin (esim. Science Magazine Podcast , Nature Podcast ), mutta nautin eniten aidoista podcasteista, jotka loivat tiedepodcast-genren. Kuunteluaikaan on rajansa (minulla se on yksi tunti päivässä pyörämatkalla töihin), ja esittelen tässä muutamia, joita kuuntelen mielelläni, mutta jotka eivät tällä hetkellä mahdu säännölliseen kuunteluohjelmaani. Järjestyksessä henkilökohtaisen mieltymykseni mukaan alenevassa järjestyksessä:

OpenVPN:n hallinta Network Managerin avulla

Thu, 05 Nov 2015 00:00:00 +0000

Olen juuri siirtynyt takaisin MacOSX:stä Ubuntuun työasioiden vuoksi. Pääasiassa taloudellisista syistä. Työpaikalla tarvitaan lisää tietokoneita, ja todella hyvä PC-kannettava maksaa vain puolet siitä, mitä MacBook Pro tai iMac maksaa. Tänään halusin muodostaa yhteyden kotoa yliopiston VPN-verkkoon ja katsoin yliopiston antamia ohjeita. Kuten tavallista, ohjeita ei käytännössä ollut lainkaan, ja ne, jotka olivat saatavilla, olivat virheellisiä. Ja ne olivat yksinomaan suomeksi ( http://www.helsinki.fi/helpdesk/ohjeet/tietoliikenne_ja_etakaytto/yhteydet_yliopiston_ulkopuolelta/vpn_ubuntu-asennus.html) . Kuvasta (Hardy Heron) käy selvästi ilmi, että tätä sivua ei ole päivitetty vähintään kuuteen vuoteen (Hardy Heron julkaistiin vuoden 2008 alussa).Mitä siis teet, jos olet ladannut ja purkanut hy-vpn-config.tar.gz-tiedoston osoitteesta https://ohjelmistojakelu.helsinki.fi?Ensin sinun on asennettava laajennus Network Managerille: sudo apt-get install network-manager-openvpn network-manager-openvpn-gnome. Sen jälkeen avaat Network Managerin työpöydän oikeassa yläkulmassa olevan valikkopalkin kuvakkeen kautta. Kaikkien käytettävissä olevien langattomien verkkojen alapuolella on kohta ”VPN-yhteydet”. Seuraa polkua ”VPN-yhteydet” -> ”Määritä VPN” -> ”Lisää” -> ”Tuo tallennettu VPN-määritys” -> ”Luo”. Valitse sitten ladatuista ja puretuista tiedostoista tiedosto ”openvpn.conf”. Täytä sen jälkeen muut kentät valintaikkunassa: käyttäjätunnus ja salasana. CA-varmenteeksi valitse ladatuista tiedostoista tiedosto ”HY-vpn-CA.pem” (sinun olisi pitänyt tallentaa se ensin johonkin turvalliseen paikkaan, esim. kansioon ”/etc/openvpn”).Yksi ongelma, josta käyttäjät valittavat, on se, että tuonti ei noudata ”redirect-gateway def1” -ohjetta, minkä seurauksena et pysty muodostamaan yhteyttä mihinkään (luulen, että tämä johtuu siitä, että Network Manager käyttää dnsmasq:ta, eikä dnsmasq ilmeisesti ole tarpeeksi älykäs ymmärtämään, että sen pitäisi nyt lähettää kyselyt jonnekin muualle). Siksi käyttäjät valittavat, että Network Manager ei reititä kaikkea liikennettä VPN-verkon kautta. Valintaruutu, jonka valinta on poistettava, jotta tämä toimisi, on hyvin piilotettu: se löytyy yhteyden muokkausikkunasta IPv4-asetukset-välilehdeltä -> Reitit (oikeassa alakulmassa) -> ”Käytä tätä yhteyttä vain sen verkossa oleviin resursseihin”. Miksi ihmeessä sitä on nimetty tavalla, jota kukaan ei ymmärrä? Miksi sitä ei voitu nimetä ”Älä reititä kaikkea liikennettä tämän VPN-yhteyden kautta”? Minun piti myös valita valintaruutu ”Ohita automaattisesti saadut reitit”, vaikka en tiedä miksi…Kuten tavallista, OpenVPN:n asennus on hankalaa, ja tärkeä VPN-liikenteen tunnelointi piti lisätä manuaalisesti OpenVPN-palvelimelle:iptables -t nat -A POSTROUTING -s 10.8.0.0/24 -o eth0 -j MASQUERADETein tämän luomalla /etc/network/if-up.d/ -hakemistoon uuden tiedoston nimeltä openvpn2, jonka sisältö oli seuraava:#!/bin/shiptables -t nat -A POSTROUTING -s 10.8.0.0/24 -o eth0 -j MASQUERADETietenkin voit edelleen käynnistää ja pysäyttää VPN:n komentoriviltä. Systemd:n käyttöönoton jälkeen salasanan syöttö ei kuitenkaan ole enää yhtä suoraviivaista. Kun suoritat komennon sudo systemctl start openvpn.service, sinun on suoritettava (esimerkiksi toisessa terminaalissa) komento sudo systemd-tty-ask-password-agent ja syötettävä salasanasi siellä. Tämä on selvästi väliaikainen ratkaisu, kunnes järjestelmään saadaan kunnollinen salasana-agentti…

Indeksointi

Tue, 03 Nov 2015 00:00:00 +0000

On olemassa lukuisia tietokantoja, jotka tallentavat ja analysoivat tieteellisiä julkaisuja . “Indeksointi” tai “luettelointi” tarkoittaa lehden osalta yksinkertaisesti sitä, että jokin näistä tietokannoista sisältää kyseisessä lehdessä julkaistut artikkelit. On tärkeää huomata, että useat näistä tietokannoista sisältävät myös kunkin artikkelin viittaustiedot; siksi niitä kutsutaan usein lehtien viittaustietokannoiksi. Koska tällaisia tietokantoja on paljon, käytännössä jokainen lehti on ”luettelossa” jossain, ja jos haluat saada lehtesi luetteloon, on olemassa useita ohjeita, esim. Lehtesi indeksointi . Elämäntieteiden alalla on kuitenkin muutamia tietokantoja, jotka ovat huomattavasti tärkeämpiä ja arvovaltaisempia kuin muut. Kolme suurinta ovat MEDLINE , Web of Science ja Scopus . Miten nämä kolme tietokantaa eroavat toisistaan? On selvää, että tärkeimmät lehdet löytyvät kaikista kolmesta. Vähemmän merkittävät lehdet ja muilla kielillä kuin englanniksi julkaistavat lehdet saattavat kuitenkin löytyä vain yhdestä tai kahdesta näistä kolmesta. Tietokannoilla on erilaiset lehtien valintaperusteet (katso alla), ja valikoima muuttuu jatkuvasti. MEDLINE MEDLINE on ei-kaupallinen tietokanta, jota ylläpitää yhdysvaltalainen National Library of Medicine ylläpitää, ja lehtien valinta tapahtuu NIH -valvonnassa. MEDLINE ja erityisesti sen verkkoportaali PubMed ovat poikkeuksellisia, koska ne ovat kaikkien saatavilla ilmaiseksi. Itse asiassa PubMed on luultavasti ainoa avoin akateeminen bibliografinen tietokanta, jota kuka tahansa voi käyttää ilmaiseksi luonnontieteellisen kirjallisuuden tutkimiseen. MEDLINE indeksoi tällä hetkellä 5620 lehteä.Web of Science Web of Science koostuu useista tietokannoista, joita ylläpiti aiemmin Institute of Scientific Information (ISI), ennen kuin se myytiin Thomson Scientific & Healthcare -yhtiölle (nykyisin Thomson Reuters ). ISI:n perusti Eugene Garfield , jota pidetään bibliometrian ja tieteenmetriikan isänä. Web of Science indeksoi tällä hetkellä 13 762 lehteä (yhdistettynä Arts & Humanities-, Expanded Science- ja Social Sciences Citation Index -indekseihin).ScopusToinen kaupallinen lehtitietokanta on Scopus , jonka omistaa Elsevier , suurin tieteellisten lehtien kustantaja. Scopus on näistä kolmesta tietokannasta suurin, ja se kattaa huomattavasti enemmän lehtiä kuin muut kaksi. Joidenkin mielestä tämä johtuu hieman väljästi sovelletuista lehtien valintaperusteista ( http://www.issi2015.org/files/downloads/all-papers/1198.pdf) . Myös kaupallisten tietokantojen lehtien valinnan riippumattomuudesta on käyty keskustelua. Loppujen lopuksi PlosOne-lehdessä julkaistun tutkimuksen mukaan viisi yritystä hallitsee yli puolta kaikesta akateemisesta julkaisutoiminnasta, ja Elsevier hallitsee noin 25 % markkinoista ( http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0127502) . Scopus indeksoi tällä hetkellä yli 22 000 lehteä. Tietokantoja ja viittausmääriä on verrattu keskenään (esim. täällä ). Yksi tietokanta, jonka olen jättänyt mainitsematta, on Google Scholar . Vaikka Google Scholarin ilmainen saatavuus ja sen laajempi lähestymistapa vaikutuksen mittaamiseen tarjoavat etuja verrattuna Web of Scienceen tai Scopukseen, Google Scholar ei – samoin kuin yleinen Google-hakukone – ole kovin avoin siitä, mitä lehtiä ja lähteitä sen haku kattaa. Mielestäni tämä on suuri haittapuoli, mutta toisaalta Googlen on todennäköisesti jatkuvasti hienosäädettävä algoritmiaan väärinkäytön estämiseksi. Jos haluat tietää lisää Google Scholarista viitetietokantana, suosittelen tätä artikkelia . LehtiluettelotMEDLINE: ftp://ftp.nlm.nih.gov/online/journals/lsi2015.xml,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog?cmd=historysearch&querykey=1 (tällä hetkellä indeksoitu)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog/?term=reportedmedline (kaikki)Web of Science/Thomson Reuters: http://ip-science.thomsonreuters.com/mjl/Scopus : https://www.elsevier.com/__data/assets/excel_doc/0015/91122/title_list.xlsx Lehtien valintaperusteetMEDLINE: https://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/jsel.htmlWeb of Science/Thomson Reuters: http://wokinfo.com/essays/journal-selection-process/Scopus : https://www.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0006/95118/SC_FAQ-content-selection-process-22092014.pdf

Tämän vuoden Nobel-palkinnot

Mon, 12 Oct 2015 00:00:00 +0000

Kolme tämän vuoden Nobel-palkinnoista myönnettiin aiheista, joiden parissa työskentelemme: Lääketieteen palkinnon jakoivat Youyou Tu sekä William Campbell ja Satoshi Ōmura. Campbell ja Ōmura saivat osuutensa loislääkkeen kehittämisestä, joka tehoaa suolinkaisiin (nematodeihin), jotka aiheuttavat jokisokeutta, lymfaattista filariaasia ja muutamia muita sairauksia. Lymfaattista filariaasia aiheuttavat sukkulamadot (kuten Brugia malayi) elävät imukudosjärjestelmässä. Monet sukkulamadot ilmentävät VEGF-C:n kaltaista molekyyliä, mutta tämän loisen VEGF-C:n merkitystä sukkulamadon elinkaaren kannalta ei ole koskaan tutkittu. Kemian palkinnon jakoivat Tomas Lindahl, Paul Modrich ja Aziz Sancar saivat sen DNA:n korjautumista koskevista mekanistisista tutkimuksistaan. Kokeilemme parhaillaan tällaisia mekanismeja, erityisesti sytidiinin deaminaatiota, jota hyödynnämme mutaatioiden tuottamiseksi tarpeen mukaan. Kun sytidiini muuttuu uraciliksi (mikä voi tapahtua spontaanisti tai entsyymin välityksellä), uracil-DNA-glykosylaasi (UNG) -entsyymi poistaa uracil-emäksen. Sitten toinen entsyymi (apuriininen/apyrimidiininen endonukleaasi) katkaisee selkärangan 5’-puolella emäksettömästä kohdasta, ja DNA-polymeraasi beeta leikkaa pois emäksettömän sokeri-fosfaattijäämän ja lisää sytosiinin, jolloin vaurio korjautuu. Kolmas palkinto on taloustieteen palkinto, joka myönnettiin Angus Deatonille. ”Hän oli edelläkävijä yksilöllisen dynaamisen kulutuskäyttäytymisen analysoinnissa yksilöllisten epävarmuustekijöiden ja likviditeettirajoitteiden olosuhteissa.” (lähde: Royal Academyn ennakkotiedote PDF . Vapaasti käännettynä: Hän tutki, miten ihmisten kulutuskäyttäytyminen muuttuu epäsäännöllisten ja riittämättömien tulojen edessä. Tämä kuvaa varsin hyvin laboratoriomme taloudellista tilannetta, ja me todellakin työskentelemme tämän ongelman parissa, sillä tiede ilman rahaa ei toimi.

Vaikea alku

Wed, 26 Aug 2015 00:00:00 +0000

PÄIVITYS: Kysyin Akatemialta Akatemian professuurien rahoitusosuuksia, mutta näitä virkoja on niin vähän, ettei kyseisistä tiedoista saa mitään käyttökelpoisia tilastotietoja. Sain Akatemialta hyvin avoimen vastauksen (joka sisälsi myös pyytämäni luvut). Päätös leikata rahoitusta ensisijaisesti postdoc-tutkijoilta oli akatemian tietoinen valinta, jolla pyrittiin säilyttämään kilpailukykyisen tutkimuksen edellytykset projekteille ja akatemian tutkimusapulaisille. Suuntaus siirtää rahoitusta nuoremmilta tutkijoilta vanhemmille näyttää kuitenkin olevan yleinen, ja se on jatkunut Yhdysvalloissa jo puoli vuosisataa (ks. esim. täältä: http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/ tai täältä: http://nexus.od.nih.gov/all/2012/02/13/age-distribution-of-nih-principal-investigators-and-medical-school-faculty/) . Tulevaisuutemme riippuu uusista ideoista ja innovaatioista. En ole varma, onko totta, että nuoremmat tutkijat tuottavat enemmän uusia ideoita ja innovaatioita, kuten edellä mainitussa blogikirjoituksessa väitetään ( http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/) , mutta jos asia on näin, rahoituksen siirtäminen pois heiltä olisi pitkällä tähtäimellä huono idea. Suomen Akatemian rahoittaman tutkimuspaikan saaminen on yhä vaikeampaa. Eniten minua huolestuttaa se, että säästöt kohdistuvat akateemisen uraportaikon ”alempaan” päähän: postdoc-tutkijapaikkojen hakujen hyväksymisaste on heikentynyt eniten, kun taas Terveystutkimusneuvostossa Akatemian hankkeiden rahoitus on pysynyt suurelta osin ennallaan. Tänä tiistaina Suomen Akatemia esitteli nämä luvut lääketieteellisen tiedekunnan Ask & Apply -tapahtumassa, joka koski syyskuun rahoitushakukierrosta. Myös Akatemian tutkijatoimien rahoitusta leikattiin, mutta huomattavasti vähemmän kuin postdoc-tutkijoiden rahoitusta. Kummallista kyllä, esityksestä puuttuu Akatemian professuurien hakujen hyväksymisaste. Viittaako tämä sukupolvien väliseen konfliktiin, jossa vakiintuneet tutkijat yrittävät menestyksekkäästi varmistaa itselleen hupenevat resurssit? Jotta voisin tehdä johtopäätöksiä, minun pitäisi tietää Akatemian professuurien hakujen hyväksymisaste ja myönnetyt summat.

Imukudosjärjestelmän sairaudet (Diseases of the Lymphatic System)

Wed, 05 Aug 2015 00:00:00 +0000

Kirjan Erkrankungen des Lymphgefäßsystems (Imukudosjärjestelmän sairaudet) kuudes painos on ilmestynyt. Kyseessä on saksankielinen oppikirja, jonka viidennen luvun (Primaarisen lymfedeeman geneettiset syyt) ovat kirjoittaneet Kenny Mattonet, Jörg Wilting ja minä. Voit hankkia sen täältä , sillä Amazon myy edelleen vanhaa, viidettä painosta. Jos sinulla on todella hyvä syy, miksi sinun pitäisi saada yksi ilmaiseksi, lähetä minulle sähköpostia! Minulla on muutama kappale.

Neon-elektroporaatiolaite pettää

Tue, 04 Aug 2015 00:00:00 +0000

PÄIVITYS: Emme ole ainoita, jotka pyrkivät säästämään toimintakustannuksissaan. Tämä laboratorio julkaisi Neon-järjestelmällä tekemänsä kokeet lehdessä Analytic Biochemistry . Kiitos Joachim Goedhartille ( @joachimgoedhart ), joka toi tämän tietoon! Neon-transfektiolaite valmistajalta Life Technologies (oho, nykyään Thermo Fischer ja aiemmin Invitrogen ) tuotiin markkinoille noin viisi vuotta sitten. Se on suunniteltu nisäkässolujen helppoon elektroporointiin. Laite on ollut käytössämme vuodesta 2011 lähtien, mutta sitä ei ole juurikaan käytetty. En tiedä, johtuuko laitteen vähäinen käyttö sen käyttäjäepäystävällisyydestä (en vieläkään osaa kiinnittää elektrodin kärkeä pipettiin, vaikka olen tehnyt tämän satoja kertoja, mekaniikka on vain todella hankalaa), kalliista käyttökustannuksista (kertakäyttöisistä kullatuista elektrodeista ja valmistajan omasta transfektiopuskurista) vai jostakin muusta, jota en osaa selvittää. Haluaisin kuitenkin jakaa muutaman asian, sillä verkosta löytyy vain vähän todella hyödyllistä tietoa Neon-laitteesta.Ensimmäinen asia, josta meillä oli jatkuvasti ongelmia, olivat elektrodikärjessä olevat ilmakuplat, jotka johtavat katastrofaalisesti alhaiseen elektroporointitehokkuuteen. Ainoa tapa todella estää tämä on valmistaa vähintään 25 % enemmän solususpensiota kuin mitä tosiasiassa tarvitaan. Jos valmistat vain 10 % enemmän, viimeisessä elektroporoinnissa syntyy varmasti kipinöintiä väistämättömien ilmakuplien vuoksi (solususpensio tarttuu lisäksi helposti pipetin kärjen ulkopintaan, mikä lisää tarvetta valmistaa enemmän kuin todellisuudessa tarvitaan). Tämän seurauksena elektroporointipuskuri R loppui meiltä kauan ennen kuin pipetin kärjet loppuivat. Lisäksi puskuria R ei voi ostaa erikseen. Life Technologiesin edustaja, jonka kanssa olin yhteydessä, lupasi lähettää meille pienen erän pipetin kärkiä ja puskuria hyvän tahdon eleenä (se oli tammikuussa), mutta odotamme yhä niiden saapumista…Valitettavasti vanha Gene Pulser II -elektroporaatiolaite rikkoutui äskettäin. Bio-Rad ei enää korjaa sitä eikä myöskään toimita varaosia. Sitä käytettiin pääasiassa E. coli:n elektroporointiin. Tiesin, että Neon-laitetta ei ole suunniteltu E. coli:n elektroporointiin. Miksi ei, ja miksi sitä ei voi käyttää tähän tarkoitukseen? Kävi ilmi, että sähkökentän voimakkuus ei riitä läheskään E. coli:lle (BioRad Gene Pulser II:ssa tyypillisessä bakteerien elektroporoinnissa saavutetaan 12,5 kV/cm:n sähkökenttä, kun taas Neon saavuttaa hädin tuskin noin 850 V/cm). Kuitenkin (ajattelin), Neon pystyy tuottamaan paljon pidempiä pulsseja kuin Gene Pulser II (Neonin mainostetaan pystyvän tuottamaan jopa 100 ms:n pulsseja, kun taas Gene Pulser II:n tyypillinen pulssin pituus on noin 5 ms). Tämän lisäksi Neon pystyy lähettämään automaattisesti useita pulsseja. Halusin siis testata, voiko pitkä ja/tai toistuva pulssi, jonka kenttävoimakkuus on pienempi, transfektoida E. coli -bakteeria. Kävi kuitenkin ilmi, että kun E. coli:n transfektiopuskurina käytetään vettä (tai 10-prosenttista glyserolia) – kuten yleensä tehdään – laite ilmoittaa, ettei kärkielektrodi ole kosketuksessa. Tämä johtuu siitä, että laite tarkistaa, onko kärki asetettu oikein, lähettämällä pienen virran järjestelmän läpi, eikä virta kulje, jos E. coli on suspendoitu veteen. Jotta laite ”hyväksyisi” asetetun pipetin kärkielektrodin, tarvitaan 10–20 mM NaCl:ää. Käytin siis 15 mM natriumkloridia E. coli:n elektroporointipuskurina ja asetin elektroporointiparametrit arvoihin 2500 V ja 100 ms. Yllätys: Laite kieltäytyy antamasta tällaista pulssia, koska se on ”tehorajan yläpuolella!”. Suurin pulssin kesto, jonka se voi tuottaa 2500 V:n jännitteellä, on 19 ms. Valitettavasti edes tätä pulssia ei voida antaa automaattisesti useita kertoja (jälleen: ”tehorajan yläpuolella!”). Siksi suoritin tämän pulssin manuaalisesti 1–20 kertaa, mutta yksikään bakteeri ei saanut DNA:ta ja kaikki bakteerilevyt jäivät tyhjiksi. Käyttöohjeessa todetaan: `”Neon TM -laite on suunniteltu hyväksymään vain tiettyjä arvoja, ja kunkin arvon raja-arvot on lueteltu alla. Jos syöttämäsi arvo ylittää enimmäisarvon, näyttöön tulee virheilmoitus. Syöttöjännitealue: 500–2 500 V. Syöttöpulssin leveysalue: 1–100 ms. Syöttöpulssien lukumääräalue: 1–10.” Valitettavasti tämä voidaan ymmärtää hyvin helposti väärin. Minulle ei ollut selvää, ettei näiden alueiden sisällä olevia kolmea parametria voi yhdistellä vapaasti. Luulisi, että Life Technologylla olisi parempia teknisiä kirjoittajia (mutta ehkä he eivät käytä laitetta…). Johtopäätös: Laite on täysin käyttökelvoton mihinkään muuhun kuin nisäkässoluihin. Myös jotkut muut mielenkiintoiset sovellukset (kuten sukkulamatojen tai muiden pienten eliöiden elektroporaatio) ovat vaikeita tai mahdottomia. Vaikka laite saattaa olla hyvä valinta monille nisäkässoluille, se on paljon rajoitetumpi kuin vanhanaikainen BioRad Gene Pulser II. P.S.: Käytin puskuria E pipettiaseman täyttämiseen (käytettäväksi 10 µl:n kärkien kanssa). Testasin kuitenkin puskurin E sijaan myös seosta, jossa oli 90 % 150 mM natriumkloridia ja 10 % glyserolia (joka antaa saman johtavuuden kuin puskuri E). Haluaisin kuitenkin edelleen todella tietää puskurin R koostumuksen. Miksi? Koska uskon, että kärkielektrodeja voidaan kierrättää useammin kuin vain kaksi kertaa (muut pipettikärkielektrodien valmistajat mainostavat, että heidän elektrodejaan voidaan kierrättää paljon useammin (esim. BactoZapper , vaikka hekään eivät anna tarkkoja lukuja). Neonin käyttöohjeessa todetaan, että ”jos kärkiä käytetään useammin kuin kaksi kertaa, männän pinnalle voi muodostua oksidia, mikä heikentää männän elektrodin toimintaa”. Elektrodi on kullattu, ja kullan pitäisi kestää oksidien muodostumista paremmin kuin BactoZapperin ruostumattomasta teräksestä valmistetut elektrodit…

Mansikkapeltoja ikuisesti

Sun, 02 Aug 2015 00:00:00 +0000

Harvoin löytää metsämansikoita niin paljon, että niitä voisi poimia litroittain, mutta tänä kesänä se onnistui. Toivon, että geenitekniikan avulla tämä upea maku saadaan ennemmin tai myöhemmin takaisin viljelylajikkeisiin, jotka ovat menettäneet suurimman osan siitä vuosisatojen mittaisen, kokoa ja ulkonäköä painottaneen jalostuksen seurauksena. Kun niin tapahtuu, epäilen, että GMO:iden vastustajat jatkavat perinteisten, GMO- ja mauttomien, mutta torjunta-aineilla ylikuormitettujen lajikkeiden syömistä (lue lisää GMO-kasveista). Toistaiseksi meidän on tyydyttävä viljeltyihin lajikkeisiin. Kaupoissa viljeltyjä mansikoita myydään painon mukaan, kun taas torilla niitä myydään litran mukaan. Luonnostani säästäväisenä en ole koskaan pitänyt tästä, sillä se vaikeuttaa hintojen vertailua. Olettaen, että mansikoita voidaan lähestyä samankokoisina palloina, teoreettinen enimmäispakkaustiheys voisi olla 0,74 kg litraa kohti (tavallisella pakkauksella) ja 0,63 kg litraa kohti (satunnaisella pakkauksella). Olettaen, että mansikoita voi hieman puristaa, nämä luvut voisivat olla hieman suurempia. Tätä kompensoi kuitenkin jälleen mitta-astian pieni koko, joka jättää paljon tyhjää tilaa seinien ja mansikoiden väliin. Ostin muutaman kerran 1 litran mansikoita ja mitasin niiden painon, joka oli keskimäärin 0,517 kg. Nyt nyrkkisääntöni on, että jos litrahinta on enintään puolet kilohinnasta, kannattaa ostaa litraa. PÄIVITYS: Mittaisin nyt myös mustikoita, ja ne (pienemmän kokonsa vuoksi) täyttävät paremmin torimyyjien käyttämän 1 litran purkin. Yksi litra vastaa suunnilleen 0,575 kg. Toinen tärkeä havainto on, että torimyyjät antavat yleensä hieman enemmän. Jos ostaa litran, saa usein 1,05 tai jopa 1,1 litraa. Ovatko he anteliaita vai reagoivatko he vain siihen, että asiakas tarkkailee punnitusta?

Lymfangiogeneesi terveydessä ja sairaudessa

Thu, 11 Jun 2015 00:00:00 +0000

Ladattavat tiedostot

Lataa esitys PDF-muodossa.

Lataa PDF

Suomen uusi hallitus leikkaa yliopistojen rahoitusta noin 500 miljoonalla eurolla (vai eikö?)

Thu, 11 Jun 2015 00:00:00 +0000

PÄIVITYS: Näyttää kuitenkin siltä, että jotkut tämän artikkelin tietolähteinä toimineet puolueiden edustajat eivät ole edustaneet omien puolueidensa virallisia kantoja. Toisin sanoen: he puhuivat hölynpölyä ilman minkäänlaista valtuutusta. Todellisuudessa tulevat leikkaukset ja niiden suuruus määritetään vasta tulevana syksynä.

Helkama Jääkäri – kaikki paitsi runko meni rikki kolmen ensimmäisen vuoden aikana

Thu, 07 May 2015 00:00:00 +0000

Vielä viimeisen kerran minun on kirjoitettava suomalaisesta polkupyörävalmistajasta Helkama . Omistan Helkama Jääkäri -pyörän, joka on sotilastyylinen polkupyörä ja jota markkinoidaan erittäin kestävänä. Rungolla on 25 vuoden takuu. Kuitenkin melkein kaikki muu on mennyt rikki jo kolmen ensimmäisen vuoden aikana, mikä tekee koko konseptista naurettavan. Tämän vuoden keväthuollon yhteydessä jouduin vaihtamaan kolme osaa: tukijalan, satulan ja kellon. Ja näen jo merkkejä tulevista ongelmista… Missään aiemmista polkupyöristäni satula tai tukijalka ei ole mennyt rikki niin nopeasti. Ja tämä koskee myös halpoja polkupyöriä, jotka maksoivat puolet siitä, mitä maksoin Jääkäristä. Ilmeisesti Helkama ei tarkista komponenttitoimittajiaan riittävän huolellisesti. Jääkärin takapyörä piti vaihtaa jo ensimmäisen talven jälkeen ja tavarateline on puolestaan vaihdettu jo kahdesti. Kun se rikkoutui kolmannen kerran, en edes vaivautunut vaihtamaan sitä uudelleen, vaan korjasin ja vahvistin sen itse . Toivon todella, että Helkaman mainos on pelkkä valhe ja että Suomen puolustusvoimat eivät käytä tätä polkupyörää.

Parhaan artikkelin palkinto

Fri, 01 May 2015 00:00:00 +0000

[

![](/sites/]( http://www.med.helsinki.fi/english/news/2015/20150505_Jeltsch.html)Olemme voittaneet Circulation-lehden vuoden 2014 Best Paper Award -palkinnon perustieteen kategoriassa. Circulation on johtava kardiologian alan lehti ja American Heart Associationin virallinen julkaisu. Jo artikkelin julkaisuhetkellä (otsikolla [/files/files/Jeltsch%20et%20al.%20-%202014%20-%20CCBE1%20Enhances%20Lymphangiogenesis%20via%20A%20Disintegrin.pdf">”CCBE1 Enhances Lymphangiogenesis via A Disintegrin and Metalloprotease With Thrombospondin Motifs-3–Mediated Vascular Endothelial Growth Factor-C Activation”](/sites/<?php print $_SERVER[)), oli selvää, että se mullisti merkittävästi käsityksemme VEGF-C-kasvutekijästä , ja se esiteltiin [Open Heart] -lehdessä(http://openheart.circulationjournal.org/2014/05/michael-jeltsch-phd-and-kari-alitalo-md.html). Artikkeli tarjoaa useita uusia oivalluksia:

Kiitos, Lufthansa!

Thu, 30 Apr 2015 00:00:00 +0000

Aamulla 25. syyskuuta 2014 odotin Helsingin lentokentällä Lufthansan lentoa LH 855 Frankfurtiin, jossa minun oli määrä vaihtaa konetta matkalla Genovaan, Italiaan. Minut oli kutsuttu pitämään esitelmä klo 14.45 Euroopan lymfologian seuran 40. kongressissa. Minulla oli vain 1 tunti 10 minuuttia vaihtoaikaa Frankfurtissa. 1 tunti 10 minuuttia aikataulun mukaisen lähtöajan jälkeen minä ja muutama muu matkustaja emme olleet vielä päässeet koneeseen (heidän tietokonejärjestelmässään oli käynnistysongelma, ja matkustajat kirjattiin käsin). Selitin tilanteen lähtöselvitystiskillä, ja virkailija sanoi, että jos päätän jäädä koneesta pois, koska en ehdä jatkolennolleni, hyvityksen saaminen olisi tässä tilanteessa täysin ongelmatonta. Lento oli ilmeisesti ylivarattu, ja jonossa seuraavana ollut mies oli erittäin iloinen, kun luovuin paikastani. Tiskivirkailija oli kuitenkin väärässä, kun hän sanoi minulle, että hyvityksen saaminen olisi helppoa. Itse asiassa en ole saanut sitä vielä tämän kirjoituksen laatimishetkellä. Sain kuitenkin Lufthansalta puhelimitse vakuutuksen, että se tapahtuisi seuraavien kahden tai kolmen viikon kuluessa.Kilpailun kiihkeydessä Lufthansa on virtaviivaistanut palveluitaan niin pitkälle, että ne ilmeisesti eivät enää toimi kunnolla. Yritin ensin hakea hyvitystä tavanomaisella tavalla: verkossa. Kun mitään ei tapahtunut kolmen kuukauden aikana, soitin. Useita kertoja. Useimmiten puhelu katkaistiin, kun olin odottanut jonossa 15 minuuttia tai kauemmin. Sitten kirjoitin paperikirjeen Yhdistyneeseen kuningaskuntaan osoitteeseen, jonka Lufthansa oli julkaissut verkossa asiakaspalautteita varten. Kirje palautui noin kahden kuukauden kuluttua: ”osoite tuntematon”. Sitten kirjoitin uuden kirjeen uuteen osoitteeseen (he olivat vihdoin saaneet päivitettyä verkkosivunsa), ja parin viikon kuluttua sain puhelun Lufthansalta. He olivat erittäin pahoillaan. Tällaista ei olisi koskaan saanut tapahtua. He lähettivät minulle kaksi pulloa samppanjaa, jotka saapuivat kuriirilla, mutta odotan yhä rahojani. Lennän ensi kuussa Sveitsiin Euroopan lymfologian seuran 41. kongressiin. Lennän Finnairilla.

Videon luominen verkkokameran still-kuvista crontabin ja ffmpeg:n avulla

Wed, 29 Apr 2015 00:00:00 +0000

Minulla on verkkokamera, joka ottaa kuvia, kun sen kuvausalueella havaitaan liikettä. Se lataa kuvat FTP-palvelimelle. Halusin löytää jonkin automaattisen tavan luoda videotiedosto edellisen päivän kuvista. Lopulta keksin seuraavan shell-skriptin, joka sijaitsee kansiossa /etc/cron.daily:#!/bin/sh## cron-skripti, joka luo videon verkkokameran still-kuvista## Verkkokamera tallentaa koko päivän kuvat kansioon, jonka nimi on päivämäärä. Tämä luo kohdekansion.foldername=/home/ftpuser/labcam/$(date -d "-1 days" +%Y%m%d)echo $foldername# Tämä nimeää kuvat uudelleen muotoon 1.jpg, 2.jpg jne. Tämä on välttämätöntä, jotta ffmpeg tunnistaa ne. counter=1for i in $foldername/*.jpg; do new=$foldername/$counter.jpg echo $new cmd='mv $i $new' eval $cmd counter=$((counter+1))done# Tämä suorittaa varsinaisen muunnoksenffmpeg -f image2 -framerate 25 -i $foldername/%d.jpg -c:v libx264 $foldername/out25.mp4# Ja tämä poistaa jpg-tiedostot kohdekansiosta (tilan säästämiseksi)cmd2='rm '$foldername'/*.jpg'eval $cmd2

Seuraa meitä Google+:ssa ja tue syöpätutkimusta!

Fri, 17 Apr 2015 00:00:00 +0000

Tämä on kutsu teille kaikille seurata laboratoriomme uusia Google+-sivuja. Tämä on teidän tilaisuutenne tukea syöpätutkimusta. Tarvitsette Google+-tilin, jotta voitte seurata meitä: https://plus.google.com/101997423182393816561

Tieteellisten artikkeleiden kirjoittaminen saksaksi – ajanhukkaa?

Wed, 08 Apr 2015 00:00:00 +0000

Se tuntuu meistä oudolta, mutta sata vuotta sitten tieteen yhteinen kieli oli saksa. Vaikka entinen pomoni Kari Alitalo oli varoittanut minua, kirjoitin vuonna 2013 kaksiosaisen katsauksen lymfangiogeneesistä saksaksi ja olin järkyttynyt huomatessani, ettei sitä ollut sen jälkeen siteerattu lainkaan. Jotta se olisi saatavilla laajemmalle yleisölle, olemme nyt kääntäneet sen englanniksi. Kun otetaan huomioon, että keskimääräinen artikkeli saa noin neljä viittausta , meidän tarvitsee tulla viitatuksi vain viisi kertaa ollaksemme keskiarvon yläpuolella…

Helkaman laatuongelmat

Sun, 25 Jan 2015 00:00:00 +0000

Tämä kirjoitus on jatkoa kaksi vuotta sitten julkaisemalleni kirjoitukselle, jossa kerroin uudesta polkupyörästäni, Helkama Jääkäri . Siinä oli runsaasti ongelmia, ja vaikka asiakaspalvelu reagoi niihin hyvin nopeasti, toistuvat ongelmat tavaratelineen kanssa kävivät minulle liikaa. Viime joulukuussa kolmas tavarateline rikkoutui. Olin saanut myös tämän ilmaiseksi korvaavana kappaleena, mutta on ärsyttävää, kun se rikkoutuu, vaikka sen vaihtaminen viekin vain noin 10 minuuttia. En käytä sitä kovin raskaasti: kuljettamani tavarat painavat noin 2–3 kg, mutta ilmeisesti hitsatut tai juotetut liitokset ovat alttiita väsymismurtumille. Helkama tietää, että sen tavaratelineissä on laatuongelma. Kun pyysin toista korvaavaa tavaratelineä, asiakaspalvelu kertoi, että he yrittävät löytää sopivaa korvaajaa alihankkijalle, joka valmistaa näitä tavaratelineitä. Tällä kertaa ajattelin korjata tavaratelineen sen sijaan, että olisin pyytänyt uutta korvaavaa kappaletta, mikä vei vähemmän aikaa ja kestää todennäköisesti pidempään. En tiedä, ovatko he vaihtaneet komponenttitoimittajaansa. Jos oma korjaukseni menee rikki, minulla on vielä kaksi vanhaa rikkoutunutta tavaratelinettä, jotka voin korjata, mutta todennäköisesti seuraava polkupyöräni ei tule olemaan Helkama .

Ilmankostuttimet

Sat, 24 Jan 2015 00:00:00 +0000

Mikä on ihmiselle optimaalinen suhteellinen kosteus (RH)? Mielipiteet vaihtelevat, mutta useimmiten ”optimaalista” sisäilman suhteellista kosteutta koskevat arviot keskittyvät taloon eikä siinä asuviin ihmisiin. Ihmisten terveydelle optimaaliset arvot ovat 40–70 % ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1474709) . Sademetsän kosteus ei koskaan laske alle 80 %:n, ja jopa savannilla suhteellinen kosteus on useimmiten yli 50 %, jos sitä voidaan pitää viitteenä suhteellisesta kosteudesta, johon ihmiset ovat sopeutuneet. Useimmiten ihmiset ottavat kuitenkin ilmankostuttimet käyttöön vasta, kun he huomaavat oireita, ja näiden oireiden lievittämiseen tarvittavat olosuhteet voivat poiketa terveiden ihmisten tarpeista. Kokemusperäisten havaintojen mukaan tietyt yskätyypit häviävät vasta yli 37 °C:n kuumassa suihkussa, jossa suhteellinen kosteus on lähellä 100 %. Tällaisissa olosuhteissa vesi todennäköisesti tiivistyy hengitysteiden sisällä, mikä ohentaa limaa ja johtaa parempaan epäpuhtauksien poistoon sekä vähentää nenän takana valuvan liman määrää*. On kuitenkin näyttöä siitä, että kaikki hengitystieinfektiot eivät hyödy korkeammasta kosteudesta; esimerkiksi kurkunpääntulehdus (suomeksi: kurkunpääntulehdus) ei näytä reagoivan kosteuteen huolimatta yleisestä ja pitkään vallinneesta päinvastaisesta käsityksestä ( http://www.cjem-online.ca/v6/n5/p357 versus http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1906598) . Mielenkiintoista on, että sekä ilmankostuttimien että ilmankuivaimien käyttö näyttää olevan positiivisesti yhteydessä lasten astmaan ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2966669) , mikä voisi viitata yleiseen hygieniaongelmaan tällaisten laitteiden kanssa. Myös astman kannalta liian korkea ilmankosteus on vasta-aiheista, vaikka tämä suositus näyttää perustuvan pääasiassa epäsuoraan vaikutukseen, joka johtuu lisääntyneestä home- ja pölypunkkitartunnasta tai bakteerikontaminaatiosta. En löytänyt paljon todisteita korkean suhteellisen kosteuden suorasta kielteisestä vaikutuksesta astmaan, ja jotkut astma-asiantuntijat eivät vastusta suhteellisen kosteuden kohtuullista lisäämistä ilmankostuttimen avulla, edellyttäen että laite pidetään puhtaana ja että kosteus pidetään turvallisissa rajoissa, jotta se ei lisää allergeenialtistusta (esim. http://asthma.ca/corp/services/pdf/asthma_humidifiers_vaporizers2_eng.pdf) . Lisätietoja suhteellisen ilman kosteuden ja astman välisestä suhteesta löytyy osoitteesta https://books.google.fi/books?id=ehuYVX2-hWYC&num=10.The . Ongelmana suhteellisissa kosteuksissa välillä 40–70 % on se, että ne voivat edistää homeen kasvua. Tilanne on kuitenkin hieman monimutkainen. Jopa 70 %:n suhteellinen ilmankosteus ei ole suuri huolenaihe, jos sisä- ja ulkolämpötilojen välillä ei ole eroja. Home tarvitsee vettä kasvaakseen, ja vesi tiivistyy, kun suhteellinen ilmankosteus saavuttaa 100 %. Suhteellisen ilmankosteuden ollessa 40–70 % tämä tapahtuu, kun kylmät pinnat kohtaavat lämpimän ilman (ikkunat, ulkoseinät). Kun tämä kondenssialue ei pysty vaimentamaan kosteutta (väärä materiaali) eikä johtamaan sitä pois (ilmatiiviit materiaalit), syntyy ongelma (ks. esim. http://www.hs.fi/kotimaa/a1416111843440 , artikkeli suomeksi). Siksi sisäilman hometta on vakavampi ongelma kylmemmissä ilmastoissa, ja talon ”optimaalinen” ilman kosteus vaihtelee vuodenajan mukaan ollen alimmillaan kylmänä vuodenaikana. Maissa, joissa talvet ovat kylmiä, jopa alhainen suhteellinen kosteus voi aiheuttaa homeen kasvua. Lämpötilassa -30 °C suositellaan, että suhteellinen kosteus ei ylitä 15 %. Tämä on niin alhainen taso, että luulen, että jopa muuten terveet ihmiset alkavat kokea terveysongelmia*. Arvioiden mukaan noin 20 % kaikista rakennuksista Suomessa kärsii homeongelmasta ( http://uutiset.hometalkoot.fi/component/dpcontentplugin/files/download/20/Kosteus-%20ja%20hometalkoot%20toimenpideohjelma.pdf , artikkeli suomeksi).Tämän vuoksi Suomen rakennuksissa käytetään nykyään pääasiassa koneellista ilmanvaihtoa, jolla varmistetaan, että kuivaa ilmaa puhalletaan jatkuvasti kaikkiin huoneisiin. Kun lämpötila laskee -20 °C:een tai alle, sisäilman suhteellinen kosteus voi laskea jopa 15 %:iin. Tämä on niin alhainen taso, että useimmat ihmiset alkavat valittaa hengitystieoireista sekä kuivasta, halkeilevasta ihosta. Silloin he lähtevät ostamaan ilmankostutinta. Mutta auttavatko ne todella? Markkinoilla on pääasiassa kahta erilaista kotikäyttöön tarkoitettua ilmankostutintyyppiä: ne, jotka haihduttavat vettä lämmittämällä, ja ne, jotka tuottavat vesisumua ultraäänellä ( http://en.wikipedia.org/wiki/Humidifier) . Pidin lämmitystyyppistä ilmankostutinta täysin hyödyttömänä: jotta saisin aikaan minkäänlaista merkittävää kosteuden nousua (suomalaisissa asunnoissa talvella tyypillisesti vallitsevasta 30 prosentista tai alle mihin tahansa yli 40 prosentin tasoon), minun piti vähentää ilmanvaihtoa tukkimalla osittain huoneeseen ilmaa puhaltavat tuuletusaukot, kuten tässä: . Näin tehdessäni huoneesta tuli sietämättömän kuuma, koska ilmankostutin ei ainoastaan haihduta vettä, vaan toimii myös varsin tehokkaana lämmityselementtinä (kokeilin UFOX 3S:ää: http://www.ufox.fi/ilmankostuttimet , jonka teho on 165 W ja joka voi haihduttaa jopa 150 ml tunnissa. Ainoa vaihtoehto oli siis ultraäänihaihdutin. Se, kuinka hyvin ne nostavat suhteellista kosteutta, riippuu pääasiassa ilmanvaihtokerroimesta (ACH, http://en.wikipedia.org/wiki/Air_changes_per_hour , suomeksi ”ilmanvaihtokerroin”). Se on luku, joka kertoo, kuinka monta kuutiometriä ilmaa vaihdetaan tunnissa jokaista huoneen kuutiometriä kohti (m³/h/m³). Suomessa on säädös, jonka mukaan tämän luvun on oltava vähintään 0,5, mutta useimmiten todelliset luvut asuinrakennuksissa ovat nykyään paljon suurempia. Tämän vähimmäisvaatimuksen yhteydessä keskustellaan kuitenkin yleensä asukkaiden terveyteen kohdistuvista vaikutuksista (radon, huonekaluista vapautuvat kaasut jne.), mutta ei rakennukseen kohdistuvista vaikutuksista (ks. esim. tästä: https://www.rakennustieto.fi/Downloads/RK/RK070304.pdf , artikkeli suomeksi).Olen tehnyt karkean laskelman siitä, kuinka paljon veden haihtumista tarvitaan, jotta pienen huoneen suhteellinen kosteus pysyy yli 40 %:ssa, ja verrannut näitä arvoja havaintoihini, kun käytimme ilmankostutinta tyttäreni huoneessa hänen yöllisen yskänsä lievittämiseksi. Tiedot:

Streptomysiinin ja spektinomysiinin vastustuskyky

Sun, 11 Jan 2015 00:00:00 +0000

Monet ORFeome-geenikokoelman cDNA-kloonit toimitetaan pENTR223.1-plasmidissa*. Näiden kloonien viljelyyn useimmat käyttävät spektinomysiiniä, koska niin antibioottiresistenssigeeni on nimetty ORFeome-yhteistyön kartoissa ja koska protokolla sitä edellyttää. Kirjallisuutta tarkemmin tarkasteltaessa käy kuitenkin ilmi, että sama valintamarkkeri toimisi yhtä hyvin myös streptomysiinillä. No, mikä on ero? Pääasiassa hinta: kun 5 grammaa Sigma-valmistajan spektinomysiiniä maksaa täällä Suomessa 112,7 € (Sigma 85555-5G) , sama määrä streptomysiiniä maksaa vain 17,80 €, eli se on yli kuusi kertaa halvempaa (Sigma S6501-5G) .pENTR223.1:n resistenssigeeni on aminoglykosidi-adenyylitransferaasigeeni aadA (streptomysiini 3’’(9)-O-nukleotidyylitransferaasi; aminoglykosidi 3"-adenyylitransferaasi (AAD(3”)(9); ANT(3”)(9)), joka antaa resistenssin sekä spektinomysiinille että streptomysiinille. On kuitenkin olemassa samankaltaisia aminoglykosidi-adenyylitransferaaseja, jotka eivät anna resistenssiä molemmille antibiooteille, vaan vain jommallekummalle. Siksi sinun on tiedettävä tarkalleen, mitä spektinomysiiniresistenssigeeniä plasmidi kantaa, jos haluat korvata spektinomysiinin halvemmalla streptomysiinillä. Plasmidikartat eivät useinkaan ole avuksi: olen nähnyt, että pENTR223.1:ssä oleva aadA-geeni on merkitty SmR:llä (streptomysiiniresistenssi, kuten SnapGenessä) tai SpnR:llä (spektinomysiiniresistenssi, kuten ORFeome-kokoelman kartoissa).Testatakseni kokeellisesti, vahvistaako pENTR223.1 resistenssin molemmille antibiooteille, viljelin insertin sisältävää pENTR223.1-plasmidia 100 µg/ml:n spektinomysiini- ja 100 µg/ml:n streptomysiinipitoisuudessa, ja se kasvoi hyvin molemmissa olosuhteissa, kun taas transformoimaton emokanta E. coli (NEB5-alpha) ei kasvanut kummassakaan. Erot eivät kuitenkaan ole aina selkeitä, kun tarkastellaan näiden antibioottien eri pitoisuuksia. Streptomysiiniä/spektinomysiiniä inaktivoivat aminoglykosidi-adenyylitransferaasit ovat substraattispesifisiä, mutta eivät yksinomaan. Tämä tarkoittaa, että jonkin verran resistenssiä matalalle streptomysiinipitoisuudelle voi johtua aminoglykosidi-adenyylitransferaasista, joka kohdistuu ensisijaisesti spektinomysiiniin (tai päinvastoin). Käytännössä jotkut niistä ovat kuitenkin riittävän eksklusiivisia, jotta ne voidaan luokitella joko SmR- tai SpnR-tyyppisiksi. Jos haluat tietää, voit aina kokeilla sitä… Toinen asia, jonka opin tätä tehdessäni, on se, että negatiivinen valintamarkkeri ccdB EI TOIMI XL1 Blue -kannassa, kun taas se toimii NEB5-alpha-kannassa. Ilmeisesti ccdB ei toimi myöskään DH5alpha- ja JM109-kannoissa (mikä ero on DH5alpha- ja NEB5alpha-kannoilla?).* pENTR-223.1:tä kutsutaan myös nimillä pDONR-223.1 tai pENTR223.1-Sfi, koska inserttiä reunustavat kaksi SfiI-kohtaa. Ihmiset kutsuvat plasmidiä yleensä pDONR:ksi ennen cDNA:n lisäämistä ja pENTR:ksi, jos plasmidi sisältää cDNA:n. Tämä käyttötapa ei kuitenkaan ole yleispätevä. Insertin lisäämisen jälkeen (Gateway BP -reaktiolla) pDONR223.1-vektori menettää ccdB- ja chlR/CmR-selektiomarkkerit, ja tuloksena olevaa runkoa kutsutaan useimmiten nimellä pENTR223.1.

Laboratoriokamera

Fri, 02 Jan 2015 00:00:00 +0000

2 viikon laboratoriokurssi

Tue, 30 Dec 2014 00:00:00 +0000

En ollut lainkaan tietoinen siitä, kuinka paljon työtä käytännön laboratoriokurssin järjestäminen vaatii. Jos olisin tiennyt, Pirjo olisi joutunut paljon vaikeampaan tilanteeseen yrittäessään suostutella minua pitämään tämän kurssin DPBM-tohtorikoululle . Kari oli varoittanut minua… Kurssiin liittyvä luentokurssi oli ollut käynnissä syyskuusta marraskuuhun. Käytännön kurssille oli tarjolla 16 vapaata paikkaa, mutta se oli täysin epärealistista, kun otetaan huomioon, että meidän tilamme rajoittuivat minun 23,7 neliömetrin laboratorioon. Opetuskäyttöön tarkoitettua laboratoriotilaa on saatavilla, mutta ilman laitteita ja kaikkea muuta tällaiseen hankkeeseen tarvittavaa infrastruktuuria. Käytännön kurssille ilmoittautui kahdeksan henkilöä, ja – onneksi – puolet heistä perui osallistumisensa viime hetkellä, koska heillä ei ollut riittävää mahdollisuutta sitoutua kurssin vaatimaan raskaaseen työmäärään. Näin ollen meillä oli lopulta neljä opiskelijaa ja kolme projektia. Emme olisi missään nimessä selvinneet enempää.Ajatuksena oli tarjota jokaiselle osallistujalle mahdollisuus toteuttaa oma DNA-kloonaus- ja proteiini-ilmentymisprojekti, joka olisi merkityksellinen hänen omille tohtoriopintoilleen. Tätä varten tapasin kolme ryhmää kuukautta etukäteen kloonauksen suunnittelemiseksi ja tarvittavien materiaalien tilaamiseksi. Työskentelimme rinnakkain seuraavien kolmen projektin parissa:

Auto on autotallissa

Tue, 30 Dec 2014 00:00:00 +0000

Viimeinkin Claudian auto on lämmitetyssä autotallissamme. Kun olimme siirtäneet kaksi kolmasosaa kellarimme sisällöstä ja puolet asuntomme tavaroista autotalliin, tuntui epäilyttävältä, mahtuisiko auto sinne enää. Asensin useita lisähyllyjä ja siirrin minun ja Marzenan polkupyörät taloyhtiön yhteiseen pyörävarastoon. Muut seitsemän polkupyörää ja polkupyöräperävaunu ripustettiin koukkuihin autotallin seinille. Sitten nostimme Tobiasin 3,5 metriä pitkän pahvisen raketin tiukasti autotallin katon alle. Lopulta pystyin ajamaan auton sisään. Ajoin sisään tavallaan sokeasti, koska auto oli hautautunut lumeen niin pahasti, että minä ja Tobias emme saaneet mitään aikaan raapimalla sen tuulilaseja puolen tunnin ajan (jouduimme lopettamaan, koska sormemme olivat liian kylmät jatkaaksemme). Lumi ja kylmyys olivat saapuneet tänne Helsinkiin melko tarkalleen talvipäivänseisauksen myötä.

25 vuotta myöhemmin

Fri, 14 Nov 2014 00:00:00 +0000

Nämä eivät ole kaikki valokuvat; joitakin mustavalkoisia muotokuvia ja muita mielenkiintoisia negatiiveja odottaa vielä skannattavaksi…

Lataa SnapGene

Fri, 31 Oct 2014 00:00:00 +0000

Voit pyytää rekisteröintikoodin (joka on voimassa vuoden 2014 loppuun asti) kurssin järjestäjältä.

38. Saksan lymfologian seuran vuosikongressi

Sun, 05 Oct 2014 00:00:00 +0000

Osallistuin Saksan lymfologisen seuran ( http://www.dglymph.de/ ) 38. kongressiin Hallessa (Saale). Kongressi oli erittäin virkistävä ja mielenkiintoinen: se poikkesi huomattavasti kokouksista, joihin yleensä osallistun, sillä siinä keskityttiin imusuonistoon liittyvien sairauksien kliinisen ja avohoidon käytännön näkökohtiin. Koska esitelmäni oli johdantoluento lymfangiogeneesitutkimuksesta, se ei sisältänyt julkaisemattomia tietoja, joten annan sen ladattavaksi. Diat ovat kuitenkin saksankielisiä, ja kohdeyleisöstä riippuen ne saattavat vaatia hieman selityksiä. Esitys on kronologinen katsaus lymfangiogeneesitutkimuksen alan tärkeimpiin julkaisuihin noin 20 vuoden takaa lähtien; se painottuu vahvasti omaan työhöni ja tutkimuksiin, joihin olen osallistunut.

Lymfangiogeneesin ja lymfedeeman uudet mekanismit

Fri, 26 Sep 2014 00:00:00 +0000

Tässä on esitys, jota en voinut pitää, koska aikatauluni oli liian tiukka, jotta olisin voinut ottaa huomioon 1 tunnin 20 minuutin viivästyksen. Jos teillä on esitykseen liittyviä kysymyksiä, voitte lähettää ne sähköpostitse osoitteeseen: michael@jeltsch.org.My Lufthansan lento LH855 Helsingistä Frankfurtiin viivästyi 1 tunti 20 minuuttia. Koska minulla oli vain 1 tunti 15 minuuttia aikaa vaihtaa konetta Frankfurtissa matkalla Euroopan lymfologian seuran 40. kongressiin Genovaan, Italiaan, en edes noussut koneeseen vaan peruin esitelmäni. Koska minulla on lauantaina toinen tapaaminen Saksassa, olin varannut paluulennon perjantaiaamuksi, joten en voinut siirtää esitelmääni myöskään. Ensi kerralla toimin viisaammin.

Käytännön molekyylibiologia ja geenitekniikka

Mon, 08 Sep 2014 00:00:00 +0000

Kokoelma DPBM -kurssin Käytännön molekyylibiologia ja geenitekniikka esitysdioja. Jokaisesta luennosta on tiedostoja (ainakin) kahdessa eri muodossa: PDF ja ODP (Open Document Presentation). ODP-tiedostoa voi muokata LibreOffice -ohjelmistolla. Jos haluat avata sen Microsoft Officella, sinun on ensin muunnettava tiedosto joko LibreOfficella tai jollain verkkopohjaisella muuntotyökalulla (kuten cloudconvert ). Kaikki materiaali on saatavilla Creative Commons -lisenssin alaisena. Saatan lisätä myöhemmin parannettuja versioita luentodioista osallistujien palautteen perusteella. Dia, joka käsittelee restriktioentsyymejä (RE) ja sitä, miten lasketaan tarvittavat RE-määrät tietyn määrän DNA:n pilkkomiseksi, löytyy luennon 1 tiedostosta.

Ubuntu on vähitellen muuttumassa käyttökelvottomaksi

Mon, 01 Sep 2014 00:00:00 +0000

Ubuntu 14.04:n oletusarvoinen asiakirjanäkymäohjelma on Evince. Viime aikoina siinä on alkanut ilmetä ongelmia monien PDF-tiedostojen kanssa, jotka avautuvat ongelmitta muilla PDF-katseluohjelmilla (Okular, Acroread). Itse asiassa Evince avaa ne, mutta ikkuna ei tule näkyviin. Yritin vaihtaa PDF-katseluohjelmaa, mutta Ubuntu on ilmeisesti poistanut versiosta 14.04 kaikki keinot tehdä niin, ellei sitten mene komentoriville ja muokkaa asetustiedostoja käsin: mikä edistysaskel! Aiemmissa tiedostonhallinnan versioissa oli mahdollista napsauttaa tiedostoa hiiren kakkospainikkeella ja valita ”Avaa” > ”Muu sovellus” ja sitten ”Aseta oletukseksi”. Nyt ainoa tapa tehdä tämä on muokata tiedostoa ~/.local/share/applications/mimeapps.list ja korvata [Default Applications]application/pdf=evince.desktop tekstillä [Default Applications]application/pdf=kde4-okularApplication_pdf.desktop; Taitaa olla aika palata takaisin OpenSuSE:en…

Se on valmis

Sat, 30 Aug 2014 00:00:00 +0000

Vuoden kestäneen palikoiden keräämisen ja rakentamisen jälkeen Tobias ja minä saimme tänään valmiiksi Millennium Falcon Ultimate Collector’s Edition -mallin (LEGO-sarja 10179, http://brickset.com/sets/10179-1/Ultimate-Collector-s-Millennium-Falcon) . Tätä Millennium Falcon -versiota ei enää myydä, ja käytetyt sarjat myydään Ebayssa hullun kalliilla hinnoilla. Otimme tarvittavat palikat kahdesta muusta Star Wars -mallista: Death Starista (LEGO-sarja 10188, http://brickset.com/sets/10188-1/Death-Star ) ja Super Star Destroyer (LEGO-sarja 10221-1, http://brickset.com/sets/10221-1/Super-Star-Destroyer).Meid än piti kuitenkin hankkia huomattava määrä puuttuvia osia, joista monet ostimme käytettyinä paikalliselta suomalaiselta verkkohuutokauppasivustolta http://huuto.net tai BrickLinkistä ( http://www.bricklink.com ), joka on eräänlainen LEGO-osien ”erikoistunut eBay”. Vaikeimmin löydettävät osat olivat kaksi vaaleansinisenharmaata venemaston takilaa, pitkää 28 x 4 ( http://www.bricklink.com/search.asp?itemID=56261&colorID=86) , joiden hinta BrickLinkissä on tällä hetkellä peräti 100 € kappaleelta. Emme tietenkään saaneet näitä palikoita. LEGO myy kuitenkin edelleen tämän palikan mustaa versiota varaosana, ja Tobiasin mentori vaivautui hankkimaan ne ja maalaamaan ne harmaiksi; kiitos Clemens!

CSL:n kanssa leikkimistä

Wed, 06 Aug 2014 00:00:00 +0000

Kun kirjoittaa tieteellisiä artikkeleita ja apurahahakemuksia, lähdeluetteloa joutuu päivittämään yhä uudelleen. Juuri tähän tarkoitukseen on kehitetty viitteidenhallintaohjelmistot. Niitä on saatavilla lukuisia (katso http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software) . Olen käyttänyt pääasiassa EndNotea, Bibusia tai Zoteroa ( http://www.zotero.org ), jota käytän myös tällä hetkellä. Sen etuna on, että se on aidosti alustojen välinen, avoimen lähdekoodin ohjelmisto ja yhteensopiva sekä LibreOfficen että Microsoft Officen kanssa. Aiemmin olen käyttänyt lyhyen aikaa myös Papersia (kehittäjä Mekentosj, joka väitti, ettei he ikinä tekisi Windows-versiota), Bookendsia, Mendeleytä ja RefWorksia (johon yliopistollani on lisenssi). Mikään niistä ei ole täydellinen, ja jopa kaikkein kaupallisimmista (Endnote, jonka omistaa nykyään Thomson Reuters) yksi tuhosi yhden (MS Word -muotoisen) käsikirjoitukseni kokonaan kaatuessaan. Jotkut näistä ohjelmista tallentavat tekstiviitteiden ja lähdeluettelon muotoilutiedot niin sanotussa CSL-muodossa (Citation Style Language, XML-tyyppinen kieli, http://en.wikipedia.org/wiki/Citation_Style_Language).En kuitenkaan löytänyt helppokäyttöistä CSL-editoria: Zoteron oma editori ei ole kovin hyvä, eikä myöskään verkkopohjainen CSL-editori ( http://editor.citationstyles.org/visualEditor).Tarvitsin kuitenkin keinon viedä nopeasti omat julkaistut artikkelini luodakseni ”Julkaisuluettelon” apurahahakemuksia varten. Siksi loin ryhmän Zoterossa ja lisäsin kaikki omat julkaisuni tähän ryhmään. Nyt valitsen ne kaikki, napsautan hiiren oikealla painikkeella ja valitsen ”Luo lähdeluettelo kohteista”. Avautuvassa valintaikkunassa valitsen tyylin ja merkitsen valintaruudut ”Lähdeluettelo” ja ”Kopioi leikepöydälle”. Palattuani tekstinkäsittelyohjelmaan minun tarvitsee vain liittää leikepöydän sisältö, ja suurin osa työstä on valmis. En kuitenkaan löytänyt tähän sopivaa tyyliä, joten loin sellaisen itse (se perustuu Vancouver-tyyliin). Käytä sitä vapaasti…

Molekyylibiologisista perusteista imukudosjärjestelmän sairauksien syitä hoitaviin menetelmiin

Tue, 22 Jul 2014 00:00:00 +0000

Dosentti Dr. Michael Jeltsch, Helsingin yliopisto

Lymfangiogeneesin molekyylitason perusteiden tutkiminen alkionkehityksessä ja patologisissa prosesseissa on johtanut tietämyksemme nopeaan kasvuun (Krebs ja Jeltsch 2013a, 2013b). Lymfatutkimuksen molekyylibiologinen aikakausi alkoi 25 vuotta sitten, kun VEGF-kasvutekijät ja niiden reseptorit löydettiin. Tämän katsauksen painopiste onkin näissä molekyyleissä.

Mihin Nautilus-skriptikansio on siirtynyt Ubuntu 14.04:ssä?

Thu, 26 Jun 2014 00:00:00 +0000

Kun päivitin Ubuntu 12.04:stä versioon 14.04, Nautilus-skriptini lakkasivat toimimasta. Syynä on se, että niitä haetaan versiossa 14.04 eri sijainnista. Versiossa 12.04 ne sijaitsivat kansiossa ~/.gnome2/nautilus-scripts, mutta nyt ne ovat kansiossa ~/.local/share/nautilus/scripts. Luulen, että yllä olevaa linkkiä ei ole vielä päivitetty vastaamaan uutta sijaintia.

FastDigest®:tä vastaan esitetyt syytökset

Wed, 25 Jun 2014 00:00:00 +0000

Rajoitusentsyymit ovat edelleen tärkeitä

Vuonna 2006 innovatiivinen liettualainen bioteknologiayritys Fermentas toi markkinoille uuden tuotelinjan molekyylibiologian tutkijoille: FastDigest-rajoitusentsyymit. Yhdessä polymeraasiketjureaktion (PCR) kanssa restriktioentsyymit (RE) ovat kiistatta molekyylibiologian tärkeimpiä työkaluja. Ne mahdollistivat rekombinantti-DNA-tekniikan 1970-luvun alussa. Kunnes jokaisella laboratoriolla on varaa luotettavaan DNA-lasertulostimeen (mikä on todennäköisesti vielä vuosikymmenen päässä), restriktioentsyymit ovat alan vakiintuneita työkaluja. Uudet kloonaustekniikat (kuten In-Fusion , Gibson Assembly tai SLICE ) ovat löytäneet paikkansa, mutta niiltä puuttuu edelleen perinteisen restriktioentsyymikloonauksen luotettavuus.

Maverick-päivityksen aiheuttamat ongelmat

Tue, 24 Jun 2014 00:00:00 +0000

1,5 vuotta vanha MacBook Pro -tietokoneeni alkoi toimia huonosti: se ei esimerkiksi käynnistynyt loppuun asti, ja muita ongelmia ilmeni. Tietokoneen tukihenkilö ehdotti päivittämistä Mountain Lionista Maverickiin nähdäkseen, korjaisiko se ongelmat. Aluksi se näytti toimivan, mutta monet ohjelmat eivät suostu toimimaan Maverickissa. Näitä ovat muun muassa Gnumeric ja (mikä tärkeintä) nfs. Näyttää siltä, että nfs:n liittäminen Finderin kautta ei ole enää mahdollista. Kuitenkin pystyn silti tekemään sen komentoriviltä (käyttämällä resvport-vaihtoehtoa, jonka ei pitäisi olla tarpeen, mutta joka kuitenkin toimii): sudo mount -o resvport -t nfs mcblserver:/var/www /Users/mjeltsch/nfs Ja Gnumericista puheen ollen: luulen, että minun täytyy kääntää se itse uudelleen Maverickia varten…

Julisteiden tulostus ilman A0-tulostinta

Thu, 15 May 2014 00:00:00 +0000

En ehtinyt valmistella julistettani ajoissa GRC:n konferenssiin, jonka aiheena ovat imukudoksen toiminnan ja sairauksien molekyylimekanismit . UNIGRAFIA:n A0-tulostinta ei voi käyttää viikonloppuisin. Siksi paras vaihtoehto oli tulostaa se A3-koossa ja ommella sivut yhteen. Selvä etu on se, että minun ei tarvitse juosta ympäriinsä näiden naurettavan suurten julisteputkien kanssa, jotka paljastavat sinut tiede-nörtiksi jo puolen mailin päästä. Valitettavasti ainoa sovellus, joka pystyy jakamaan DIN A0 -kokoisen PDF-tiedoston kunnolla erillisiksi sivuiksi lennossa tulostuksen aikana, on Acrobatin täysversio. Kokeilin muita vaihtoehtoja: pdfposter toimi melko hyvin, mutta se ei selvinnyt taustasta: pdfposter -mA3 -pA0 input.pdf output.pdf Pdfposter ei myöskään luo päällekkäisyyksiä. Ratkaisu, jonka pitäisi toimia aina, on muuntaa PDF-tiedosto kuvaksi (convert -density 150 input.pdf output.png) ja luoda sitten PosteRazorilla kyseisestä kuvasta yksittäisiä PDF-tiedostoja. A0-kokoisen PDF-tiedoston muuntaminen korkean resoluution kuvaksi voi kuitenkin kestää tunteja. Käytä .png-tiedostoa! PosteRazor kieltäytyi käsittelemästä 60 MB:n TIF-tiedostoa. Taustan liukuvärin muuntaminen aiheuttaa näkyviä väriportaisia. Tämän välttämiseksi taustan liukuväri olisi määriteltävä kuvana eikä vektorielementtinä. Muuten PosteRazor toimi hyvin; toisin kuin pdfposterissa, tässä ohjelmassa voi määrittää limityksiä kokoonpanoa varten. Olen käyttänyt Inkscapea julisteeni valmisteluun ja yleensä vien sen sieltä PDF-tiedostona. Tällä kertaa tämä ei onnistunut, koska ohjelma kaatui jatkuvasti viennin aikana. Siksi yritin tallentaa sen kapseloiduksi PostScript-tiedostoksi ja muuntaa sen PDF-tiedostoksi. Viedessäni Inkscapesta (itse asiassa kyseessä on ”Tallenna nimellä”) valitsin seuraavat asetukset:PostScript-taso 3Rasteroi suodatintehosteet: kylläRasteroinnin resoluutio: jotain välillä 150–300Vientialue on sivu: kylläDistilloinnin jälkeen tulostin sen Acrobat Prosta seuraavilla asetuksilla: Sivun asetukset: DIN A3, pystysuuntaSivun skaalaus: Suuret sivut laatoitettunaLaatoitusskaalalla 95 % ja 10 mm:n päällekkäisyydellä sain 9 sivua (3x3), mikä riittää edelleen kokoonpanoon.

Ubuntu Trusty Tahrin asentaminen CuBox Pro -laitteelle

Wed, 14 May 2014 00:00:00 +0000

ePÄIVITYS: Cuboxin tiimi on siirtänyt asennusohjeet Cubox Pro -laitteelle. Jos tarvitset Trusty Tahr -jakelua Cubox Pro -laitteellesi, voit ladata 4 Gt:n kuvatiedoston osoitteesta: https://drive.google.com/open?id=1CgbSfy17-UrWZwBjZtZpHYTkPgw0MXFq . Sinun tarvitsee vain kirjoittaa se SD-kortille (käyttämällä dd-komentoa), jotta järjestelmäsi saadaan toimimaan. Jos sinulla on suurempi SD-kortti, ei hätää: kopioi kuva dd-komennolla SD-kortille ja laajenna sitten gparted -ohjelmalla tai vastaavalla toisella osiolla (juuriosio) koko SD-kortin tilan täyttämiseksi. Salasana/käyttäjätunnus: cuboxpro/cuboxpro. SSH on käytössä, joten sinun pitäisi pystyä kirjautumaan etäyhteydellä. Kyseessä on työpöytäversio, joten voit myös kytkeä HDMI-kaapelin ja kirjautua sisään graafisen käyttöliittymän kautta. YouTube-videossa ( https://www.youtube.com/watch?v=XfLJAchNu2c ) on edelleen ohjeet alkuperäisen Cubox-asennusohjelman (http://download) käyttöön.solid-run.com/pub/solidrun/cubox/installer/), mutta uusin Ubuntu-versio, jonka voi asentaa tällä menetelmällä, näyttää tämän kirjoitushetkellä olevan 13.10. Olen hankkinut CuBoxin : ehkä maailman pienimmän pöytätietokoneen. Sekä töissä että kotona minun on korvattava vanha, meluisa LAMP-palvelin jollain nykyaikaisemmalla. En edes tarvitse graafista käyttöliittymää, vaan tyydyn käyttämään palvelinta ilman näyttöä. En myöskään tarvitse kovin suurta nopeutta. CuBox vaikuttaa loistavalta idealta: ei melua, pieni virrankulutus, ei tilavaatimuksia ja kelpo suorituskyky. Sen saaminen toimimaan ei kuitenkaan ollut lainkaan helppoa. Se ei todellakaan ole loppukäyttäjän lelu, vaan suunnattu nikkaroijille. Ensimmäinen vaikeus oli laitteen ostaminen. Valmistaja ei myynyt sitä tuolloin suoraan (nykyään myy), ja ainoa yritys, joka myi sitä Suomeen, oli brittiläinen NewIT . Koska valmistajan kotisivuilla esitellään vain uusimmat mallit (”CuBox-i”-mallit), en edes tiennyt, kuinka monta erilaista mallia he olivat julkaisseet. Ostin itse asiassa CuBox Pron (mutta en tiennyt sitä, koska on olemassa myös ”CuBox-i4Pro”, joka olisi ollut se, jonka olisin mieluummin pitänyt ostaa). Israelissa toimiva SolidRun voisi ehdottomasti parantaa verkkosivujensa sisältöä. Yrityksellä näyttää olevan nopea tuotekierto, ja se poistaa pääsivultaan nopeasti kaikki linkit ”vanhempiin” tuotteisiinsa. Tämä on vastuutonta, varsinkin kun näitä tuotteita myydään edelleen.Ostin laitteen vähän ennen kuin Ubuntu 14.04 LTS (Trusty Tahr) julkaistiin, aikomuksenani asentaa palvelinversio tälle laitteelle. Ostin laitteen 4 Gt:n SD-kortilla, johon oli esiasennettuna vanha Ubuntu 10.04 (Oneiric Ozelot). Liitin laitteen HDMI-liitännällä (ei-Full HD) televisioomme, ja ainakin ensimmäinen käynnistys onnistui ja työpöytä näytti toimivan, vaikkakaan ei kovin vikkelästi. Mutta mitäpä siitä, haluan käyttää sitä palvelimena. Joten ensimmäiseksi yritin päivittää järjestelmän versioon 14.04. Olin varma, että tämä toimisi, koska yhteisö astuu apuun siellä, missä CuBox epäonnistuu. Nimittäin tarjoamalla käyttövalmiita levykuvia, jotka voi flashata SD-kortille. Kokeilin Arch Linuxia, Debiania ja varhaista Ubuntu 14.04 -julkaisua. Kun kuitenkin asetin SD-kortin paikalleen flashauksen jälkeen, CuBox ei suostunut käynnistymään. Koska Oneiric-kuva (joka tuli laitteen mukana 4 Gt:n kortilla) toimi, flashasin sen takaisin varmuuskopiosta (jonka olin tehnyt dd-komennolla). Jälleen kerran Oneiric käynnistyi moitteettomasti. Aloin päivittää jakelua versioon 12.04, mikä onnistui jotenkin, mutta menetin grafiikan (mistä en välittänyt). Päivitys versiosta 12.04 versioon 14.04 epäonnistui kuitenkin täysin. Ja haluan ehdottomasti version 14.04, koska haluan asentaa sen ja unohtaa sen seuraavaksi viideksi vuodeksi.Mikään tarjotuista kuvista (CuBoxin tai yhteisön toimittamista) ei kuitenkaan suostunut käynnistymään (en edes halua graafista käyttöliittymää, komentorivipääsy riittää minulle, koska aion käyttää laitetta palvelimena). Yritin asentaa ne sekä Windowsista että Linuxista, mutta se ei auttanut. Mikä syy tähän olisi voinut olla? Kortin osiot asennetaan automaattisesti ilman virheitä, kun laitan kortin Ubuntu 14.04 -kannettavalleni. Lopulta googlasin mallinumeron ”CBP-300-P”, joka on painettu tarralle kuution pohjaan. Olin alkanut epäillä, että vika ei ole minussa, vaan jossain yhteensopimattomuudessa tai viallisessa laitteistossa. Löysin tämän IRC-keskustelun , ja tajusin, että olin ladannut käyttöjärjestelmäkuvat CuBox-i-wikisivuilta, vaikka mallini oli CuBox Pro.Asiaa käsittelevä foorumi löytyy täältä , ja ohjeet toimivat. Ohjeet eivät sovi heikkohermoisille, mutta eivät myöskään ole liian vaikeita. Tarvitset HDMI-liitännän Full HD -näyttöön (1920x1080). Jos näytön resoluutio on tätä alhaisempi, sinun on muodostettava yhteys sarjakonsoliin toisen tietokoneen mini-USB-kaapelilla ja käytettävä terminaaliemulaattoria, kuten täällä selitetään. Suositeltu Putty kieltäytyi muodostamasta yhteyttä ttyS0:aan (Ubuntu 14.04:stä), mutta minicomilla se onnistui. Värikoodausta ei ollut, mutta se toimi myös ilman sitä.Koska koko käyttöjärjestelmä pyörii SD-kortilta, kannattaa ehkä rajoittaa muistin vaihtoa ja tehdä muutamia muita muutoksia muistikortin käyttöiän pidentämiseksi, periaatteessa samoin kuin SSD-asemien kohdalla .

1 tunti 53 minuuttia 6 sekuntia

Tue, 13 May 2014 00:00:00 +0000

21,0975 kilometriä 1 tunnissa 53 minuutissa ja 6 sekunnissa, 3011. sija 12120 juoksijan joukosta ikäryhmässäni, lähes 5 minuuttia nopeammin kuin viime vuonna: Helsinki City Run 2014 .

Meistä kirjoitettiin Circulation-lehdessä!

Mon, 12 May 2014 00:00:00 +0000

Hennekamin oireyhtymän molekyylitason perusteet

Thu, 20 Feb 2014 00:00:00 +0000

Viimeinkin CCBE1-artikkelimme on julkaistu! Voit lukea sen Circulationin kotisivulta . Jos kirjastollasi ei ole tilausta, lähetä minulle sähköpostia . Se täydentää hienosti Ben Hoganin ryhmän Le Guen et al. -artikkelia Development-lehdessä. Kun Le Guen ja kollegat analysoivat CCBE1:n vuorovaikutusta VEGF-C/VEGFR-3-signaalireitin kanssa pääasiassa geneettisellä tasolla seeprakalassa, me yritimme kuvata vuorovaikutuksen molekyylitason yksityiskohtia in vitro -määrityksillä, joita täydennämme in vivo -hiiritutkimustuloksilla. Osoitamme, että ensisijainen lymfangiogeeninen tekijä VEGF-C tuotetaan inaktiivisena esiasteena (pro-VEGF-C). Pro-VEGF-C (eli 29/31 kDa:n muoto) sitoutuu kyllä endoteelisolujen VEGFR-3:een, mutta ei kykene aktivoimaan sitä. Tähän asti yleisen käsityksen mukaan pro-VEGF-C oli vain VEGFR-3:n vähemmän voimakas aktivaattori kuin kypsä VEGF-C. Itse asiassa se toimii kypsän VEGF-C:n kilpailukykyisenä estäjänä. CCBE1:n tehtävänä on auttaa ADAMTS3-proteaasia pilkkomaan solupintaan sitoutunutta pro-VEGF-C:tä ja siten paikallistaa aktiivisen VEGF-C:n pitoisuus. Perinnöllisissä sairauksissa, jotka johtuvat CCBE1-geenin mutaatioista ( Hennekamin oireyhtymä ), tämä VEGF-C:n aktivaatio on häiriintynyt ja aiheuttaa lymfedeemaa. Koska imusuonilla on tärkeä merkitys monissa sairauksissa, CCBE1 ja ADAMTS3 ovat kiinnostavia lääkekohteita. Esimerkiksi syövän hoidossa olisi valtava etu, jos VEGF-C:n aktivoitumista voitaisiin estää ja siten ehkäistä VEGF-C:n välittämää etäpesäkkeiden muodostumista.

SVS vai imukudos?

Sun, 26 Jan 2014 00:00:00 +0000

Vuonna 2003 kirjoitin katsausartikkelin imukudoksesta , jossa käsittelin lyhyesti imukudoksen yleistä rakennetta eri eläimillä ja erehdyin kalojen imusuonistoa koskevassa osassa. Tai ainakin se oli puutteellinen. Vaikka nisäkkäät, linnut, matelijat ja sammakkoeläimet ovat melko helposti määriteltäviä eläinluokkia, ei ole olemassa eläinluokkaa ”kalat”. ”Kaloja” voidaan luokitella eri tavoin, mutta elävien ”kalojen” luokittelemiseksi tarvitaan vähintään kolme eläinluokkaa: rustokalat, säteeväiset luukalat ja lohkeeväiset kalat. Lähes kaikki kalojen imusuonijärjestelmää koskeva tutkimus on kohdistunut teleosteihin (yksi säteeväisten luukalojen kolmesta alaluokasta). Teleostei-ryhmään kuuluu suurin osa elävistä kaloista, mukaan lukien eniten tutkittu seeprakala (Danio rerio) . Joten kaikki seuraava koskee tätä alaluokkaa (eikä siten välttämättä päde haikaloihin ja sampiin, mainitakseni vain kaksi ei-teleostei-kalaa).

Historiallisia artikkeleita imukudosjärjestelmästä

Sat, 25 Jan 2014 00:00:00 +0000

Lupa itsearkistointiin

Tue, 21 Jan 2014 00:00:00 +0000

Kiitos Jörg Wiltingin , sain vihdoin luvan [Deutsche Gesellschaft für Lymphologie (Saksan lymfologian yhdistys)]:ltä( http://www.dglymph.de ) arkistoida itse kaksi katsausartikkelia, joita olen kirjoittanut viime vuonna Lymphologie in Forschung und Praxis -lehteen. Tämä on tärkeää, sillä muuten katsausartikkelin vaikutuspiiri olisi ollut hyvin rajallinen. Ensimmäisessä artikkelissa käsitellään lymfangiogeneesin molekyylitason päätekijöitä: VEGF-C:tä ja VEGF-D:tä sekä niiden toimintaa alkion lymfangiogeneesissä. Toisessa artikkelissa pyritään tiivistämään VEGF-C:n ja VEGF-D:n roolit imukudosjärjestelmään vaikuttavissa sairauksissa.

Yksittäisten osioiden asennus levyn varmuuskopioista

Thu, 26 Dec 2013 00:00:00 +0000

Voit luoda levykuvia yksittäisistä osioista tai kiintolevyltä, jolla on useampi kuin yksi osio. Jälkimmäisellä vaihtoehdolla on se etu, että voit palauttaa tietokoneen palauttamalla kuvan samalle tai toiselle kiintolevylle. Jos kuitenkin haluat käyttää yksittäistä osiota kiintolevykuvasta, sinun on tiedettävä, missä osioiden rajat sijaitsevat. Voit merkitä ne muistiin fdisk-komennon tulosteesta. fdisk -l-komento näyttää osioiden rajat, mutta yksikkönä käytetään sektoreita. Sinun on kerrottava tämä luku loogisen sektorikoon kanssa, jotta saat osiot rajat tavuina. Vaihtoehtoisesti voit käyttää [parted]-komentoa ( http://www.gnu.org/software/parted/ ) -ohjelmaa (kun olet käynnistänyt parted-ohjelman, suorita komennot unit, B, print tässä järjestyksessä), jotta osioiden rajat näkyvät tavuina. parted-ohjelmaa voidaan käyttää myös levyn varmuuskopiossa, esim. parted /home/backups/diskdump.img osioiden rajojen määrittämiseksi.jeltsch@Michael:~$ sudo parted /home/backup/diskdump.img GNU Parted 2.3 Käytetään tiedostoa /home/backup/diskdump.img Tervetuloa GNU Partediin! Kirjoita 'help' nähdäksesi komentojen luettelon. (parted) unit Yksikkö? [compact]? B (parted) print Malli: (tiedosto)Levy /home/backup/diskdump.img: 160041885696B Sektorikoko (looginen/fyysinen): 512B/512B Osiointitaulukko: msdosNumero Alku Loppu Koko Tyyppi Tiedostojärjestelmä Liput 1 1048576B 524287999B 523239424B ensisijainen ntfs käynnistys 2 524288000B 80282124287B 79757836288B ensisijainen ntfs 3 80283171840B 160041009151B 79757837312B laajennettu 5 80283172864B 122626684415B 42343511552B looginen ext4 7 122626768896B 157924769279B 35298000384B looginen ext4 6 157932322816B 160041009151B 2108686336B looginen linux-swap(v1)(parted)Sitten kiinnität kuvan silmukkalaitteeksi lisäparametrilla offset käyttäen sen osion alkurajaa, jonka haluat kiinnittää:sudo mount -o loop,ro,offset=524288000 /home/backup/diskdump.img /mnt

Pomon rooli

Fri, 01 Nov 2013 00:00:00 +0000

Sain ylennyksen melkein vahingossa. Olen nyt pää tutkija eli ryhmänjohtaja. En ole koskaan ollut erityisen innokas pomoksi ryhtymisestä. Maailmassa on jo tarpeeksi mukavia ja keskinkertaisia pää tutkijoita, ja (nykyisin entinen) pomoni Kari Alitalo on omalla omistautumisellaan ja erinomaisuudellaan luonut varjon, josta on luultavasti mahdotonta astua ulos.Siitä huolimatta, ennen kuin olisin liian vanha hakemaan ryhmänjohtajan paikkaa Suomen Akatemialta , päätin vuonna 2011 yrittää onneani. Olisin ehkä katunut, jos en olisi edes yrittänyt. Ensimmäinen yritys epäonnistui. Vuotta myöhemmin tohtorintutkintoni oli valmistunut yli yhdeksän vuotta aiemmin, ja minun piti esittää erityisiä syitä voidakseni hakea uudelleen (olin pitänyt pitkiä lastenhoitovapaita molempien lastemme vuoksi). Vaikka lähetin käytännössä saman hakemuksen, minulla oli tällä kertaa onnea siinä, mitä joku on kuvannut ”Tukirahaston arpajaisiksi”. Ja pahimmat pelkoni toteutuivat: tutkimuksen tekemisen sijaan minusta tuli rahanhankintakone. Tämä johtuu osittain siitä, että Tukirahasto myönsi huomattavasti vähemmän rahoitusta kuin mitä olin hakenut. Akatemialla on vuosi vuodelta yhä vähemmän jaettavaa rahaa, ja se joutuu tekemään vaikean päätöksen: rahoitetaanko vähemmän tutkijoita vai rahoitetaanko sama määrä tutkijoita, mutta annetaan kaikille vähemmän… Kävin kerran sähköpostikeskustelua Alexander Stubbin (kun hän oli vielä tavallisten ihmisten, kuten minun, ulottuvilla) tutkimusbudjetin supistumisesta, mutta ainakin nykyinen Suomen hallitus näyttää aliarvioivan Suomen akateemisen tutkimuksen jatkuvasti heikkenevän taloudellisen tilanteen pitkän aikavälin vaikutuksia. Tilanne on niin huono, että lahjakkaimmat ihmiset lähtevät maasta heti kun tilaisuus siihen tarjoutuu. Kokonaiskustannusmallin vuoksi olen käytännössä pakotettu pysymään budjetissa työvoimakustannusten osalta. Ja siksi rahaa ei jää päivittäisten kulujen, kuten kemikaalien ja reagenssien, maksamiseen. Kunnes jokin apurahahakemuksistani hyväksytään, joudumme tekemään tutkimusta niukalla budjetilla… Muuten: Laboratorioni uudet verkkosivut, joita ylläpidetään yliopiston palvelimilla, eivät ole vieläkään verkossa. Mutta koska ne ovat valmiit, laitoin ne näkyviin omalle palvelimelleni .

Puhdistus

Fri, 01 Nov 2013 00:00:00 +0000

Kalvojen uudelleentutkiminen eri vasta-aineella on laboratoriossa hyvin yleinen tehtävä. Kalvojen puhdistamiseen on olemassa erilaisia menetelmiä, ja klassinen menetelmä on se, jossa käytetään SDS:ää, β-merkaptoetanolia ja kuumentamista. Tein sitä ennen itsekin tällä tavalla, mutta se on hajuhaitallista, koska β-merkaptoetanoli haisee mädiltä munilta. Sitten yhtäkkiä kaikki laboratoriossa alkoivat käyttää Milliporen Re-Blot Plus -liuosta, ja niin tein minäkin. Kunnes huomasin tarkistamalla turvallisuustiedotteen huomasin, että he myyvät halpoja kemikaaleja kalliilla hinnalla. Nyt valmistan puhdistuspuskurin itse. 10-kertaisen liuokseni koostumus on seuraava:

Nobel-palkinto angiogeneesitutkimuksesta?

Sun, 27 Oct 2013 00:00:00 +0000

Vuonna 2008, erään illallisen aikana Tukholmassa (kun osallistuin Novo Nordisk -säätiön 8. vuosikonferenssiin, jonka aiheena oli verisuonibiologia diabeteksen komplikaatioiden yhteydessä) ehdotin Christer Betsholtzille , että Nobel-palkinto myönnettäisiin maailmanlaajuiselle postdoc-tutkijoiden yhteisölle, jotka ovat nykypäivän tutkimuksen tunnustamattomia sankareita. Mutta Nobel-säätiön säännöt kieltävät palkinnon myöntämisen useammalle kuin kolmelle henkilölle. Sääntöjä voidaan kuitenkin muuttaa, ja juuri niin Nobel-säätiö teki 40 vuotta sitten, kun se lopetti palkinnon myöntämisen kuolleille henkilöille. Ja tässä muuttuvassa maailmassa yhä harvemmin keksinnöt ja löydökset ovat yksittäisten henkilöiden tekemiä. Mutta tässä on uusin ehdotukseni, joka noudattaa enintään kolmen henkilön sääntöä: Kari Alitalo on luultavasti ainoa Nobel-palkinnon arvoinen tutkija maassa, jossa työskentelen (Suomessa). Vakavasti puhuen: Judah Folkmanin kuoleman jälkeen ei ole enää paljon vaihtoehtoja palkinnon myöntämiseksi jollekin angiogeneesin alalta. Judah Folkman oli sen hypoteesin isä, jonka mukaan kaikkia kasvaimia pitäisi voida hoitaa antiangiogeneesillä ( Folkman J. Tumor Angiogenesis: Therapeutic Implications. New England Journal of Medicine. 1971;285(21):1182–6 ). Nobel-palkintolautakunta menetti tämän tilaisuuden. Ja koska ala on jo merkittävästi edistänyt syövän hoitoa (ja todennäköisesti tulee edelleen edistämään sitä paljon), ei ole lainkaan kaukaa haettu ajatus myöntää jaettu palkinto VEGF-tekijöiden löytäjille. VEGF:n löysivät enemmän tai vähemmän itsenäisesti useat tutkimusryhmät noin 25 vuotta sitten, muun muassa Napoleone Ferraran ja Harold Dvorakin . Erityisesti Ferraran ryhmä Genentechissä jatkoi tutkimusta menestyksekkäästi tähän päivään asti, mikä johti ensimmäisen antiangiogeenisen syöpälääkkeen kehittämiseen vuonna 2004. Vaikka VEGF:n löytäminen ja siitä seurannut angiogeneesitutkimus eivät olleet riippuvaisia yhdestäkään yksittäisestä laboratoriosta, lymfangiogeneesin tutkimusalueen keksi käytännössä yksin uudelleen ja toi sen molekyyliaikakauteen Kari Alitalo vuosina 1995 jälkeen – sen jälkeen, kun ala oli jäänyt vanhentuneeksi ja polkenut paikallaan ilman merkittävää edistystä 1960-luvulta lähtien. Jaetaanko palkinto Ferraralle, Dvorakille ja Alitalolle? Markkinoilla on jo anti-VEGF-A-syöpälääke , ja ainoa puuttuva palanen on toimiva anti- tai pro-VEGF-C-lääke. Molemmat ovat tämän kirjoituksen hetkellä kliinisissä tutkimuksissa ( anti-VEGF-C , VEGF-C:tä edistävä lääke ).

Itsearkistointi ja avoin pääsy

Sun, 07 Jul 2013 00:00:00 +0000

Kirjoitin äskettäin katsausartikkelin lehteen Lymphologie in Forschung und Praxis . Artikkelin otsikko oli ”Die lymphangiogenen Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D”, ja se oli ensimmäinen artikkeli, jonka kirjoitin äidinkielelläni, saksaksi. Tämän lehden vaikutuskerroin on ollut jatkuvasti alle 1, mikä ei ole harvinaista muille kuin englanninkielisille lehdille. Suurissa eurooppalaisissa maissa, kuten Saksassa, Ranskassa ja Italiassa, on kuitenkin edelleen monia lääkäreitä, joille englannin kielen lukeminen ei suju helposti. Ajattelin auttaa heitä pysymään ajan tasalla imusuonitutkimuksen uusimmista tuloksista. Tieteen saatavuuden ja näkyvyyden lisääminen on mielestäni hyvä asia.Koska pomoni väitti, että se olisi ajanhukkaa (toivon voivani osoittaa hänen olevan väärässä – auttakaa minua tässä DLG !), minimoin vaivannäön ottamalla mukaan toisen asiantuntevan saksalaisen tutkijan Helsingin yliopistosta. Onneksi minulla oli jo luonnos valmiina, kun minua pyydettiin kirjoittamaan katsaus, vaikka olin alkanut kirjoittaa sitä noin kaksi vuotta sitten ja se oli tarkoitettu verkkosivustolleni. Kun artikkeli julkaistiin, sain kaksi painettua jäljennöstä. Kun yritin linkittää artikkelin verkkoversioon, jouduin huomaamaan, että se oli maksullisen palomuurin takana. Koska useimmat kustantajat tukevat nykyään itsearkistointia , kysyin kustantajalta heidän käytäntöjään. Oletan, että kustantajalla ei ollut olemassa mitään itsearkistointia koskevaa käytäntöä, koska he sanoivat suostuvansa siihen, mutta minun pitäisi saada siihen lupa DLG:n hallitukselta. Toivon todella saavani tämän luvan, sillä se on ainoa tapa, jolla voin täyttää uudelleenjulkaisupyynnön vaivattomasti (kyllä, voisin kopioida sivut ja lähettää ne postitse, mutta eikö me eläkään 21. vuosisadalla?). Jos en saa lupaa, yksi laillinen ja helppo tapa jakaa tämä artikkeli olisi julkaista verkossa esipainosversio (eli käsikirjoitus, jonka olen kirjoittanut). Onneksi kustantajan tekijänoikeudet kattavat vain julkaistun version, eivätkä preprint-versioita. Toiset ovat toimineet tällä tavalla (ja liittäneet mukaan luettelon muutoksista, jotka tehtiin, jotta preprint-versio olisi identtinen julkaistun version kanssa). Tämä on epäoptimaalinen ratkaisu, mutta se maksimoi saatavuuden ja näkyvyyden. Yliopistollani on väljä vaatimus julkaista ainoastaan avoimissa lehdissä. Tästä Helsingin yliopiston avointa julkaisemista koskevasta politiikasta tehdään kuitenkin säännöllisesti poikkeuksia, mutta niiden saaminen tulee olemaan yhä vaikeampaa, kun EU tiukentaa rahoituspolitiikkaansa, mukaan lukien tutkimustulosten avoimen julkaisemisen vaatimukset . EU:n tulkinnan mukaan lehteä voitaisiin pitää avoimena, jos se sallii julkaistun artikkelin itsearkistoinnin, joka on toinen, ”vihreä” reitti avoimeen julkaisemiseen. Suomen Akatemia (minun pääasiallinen rahoittajani) on samaa mieltä: ”Suosittelemme lisäksi, että Akatemian rahoittamat tutkijat julkaisevat artikkelinsa avoimesti saatavilla olevissa tieteellisissä lehdissä, jos kyseisellä alalla on verkkolehtiä, jotka ovat vähintään yhtä korkealaatuisia kuin perinteiset tilauslehdet. Artikkelit voidaan myös tallentaa avoimesti saatavilla oleviin sähköisiin arkistoihin.” Helsingin yliopiston työntekijöille itsearkistointi on ollut minulle pakollista vuodesta 2010 lähtien . Se on mielestäni järkevää: Tutkijana työskentelen veronmaksajien rahoilla; siksi kaikkien veronmaksajien tulisi saada pääsy työni tuloksiin. Vaikka työskentelin tämän katsauksen parissa vain vapaa-ajallani, vaatimukset pätevät silti teknisesti ottaen, koska käytin tietokonetta, joka on maksettu veronmaksajien rahoilla… Pysykää kuulolla, ja jos tarvitsette artikkelin jo nyt (ettekä halua odottaa DLG:n päätöstä), lähettäkää minulle sähköpostia!

Prisma Viikki ja kuluttajan oikeudet uudelleen tarkasteltuna

Wed, 03 Jul 2013 00:00:00 +0000

Ostin lampun Prismasta hintaan 24,95 €. Koska sen nimi oli ”plafondi”, oletin sen olevan kattovalaisin: ”plafond” tarkoittaa ranskaksi kattoa. Mutta olin väärässä. Sitä ei ollut tarkoitettu kiinnitettäväksi kattoon, vaan seinälle (outoa kyllä, Prisman verkkosivuilla sitä kutsutaan ”Plafondi-seinävalaisimeksi” , mikä on ristiriitaista). Tajusin sen, kun huomasin, että pistoke oli tavallinen eikä tarkoitettu kattopistokkeeseen. Joten vaihdoin pistokkeen ja kiinnitin lampun kattoon. Kun ruuvasin lampun paikalleen ja käänsin valokatkaisijaa, valo ei syttynyt. Olin ostanut lampun (Megaman Liliput 11W E14-kierre) yhdessä valaisimen kanssa Prismasta. Olin vieläkin hämmentyneempi, kun toinen E14-lamppu toimi täydellisesti kyseisessä lampussa.

Vanhat LEGO-moottorit toimivat edelleen mainiosti

Mon, 24 Jun 2013 00:00:00 +0000

Vaikka lapsuudestani tutut LEGO-moottorit toimivat edelleen moitteettomasti, sarjan 8287 moottori rikkoutui vain kolme vuotta sen ostamisen jälkeen. Itse asiassa moottori on kunnossa, mutta paristokotelossa tai kytkimessä on jossain sisällä löysä liitoskohta. Ja mikä pahinta: en saa varaosaa! Toivon, ettei LEGO ole lähtenyt mukaan kertakäyttöisten lelujen tuotantotrendiin. Lapsuudestani peräisin olevat moottorit (jotka näkyvät taustalla) ovat lähes 40 vuotta vanhoja. Tämä osoittaa, että kestäviä lelumoottoreita voidaan valmistaa.

Tohtorintutkintojen myöntämisen vaihtelut

Tue, 11 Jun 2013 00:00:00 +0000

Mietin, miksi viime aikoina kukaan ei ole väitellyt tohtoriksi laboratoriostamme. Ensimmäinen (ja väärä) johtopäätökseni oli, että laboratoriomme ei ole enää yhtä tuottelias kuin ennen. Kun tarkastelin tietoja tarkemmin, huomasin mielenkiintoisen ilmiön: tohtoriväitösten määrä laboratoriossamme noudattaa 5–6 vuoden sykliä. Ja kas, sykli on jälleen saavuttamassa huippunsa vuosina 2013–2014, mikä on juuri sitä, mitä odotin tapahtuvan, sillä monet tohtoriopiskelijoistamme ovat valmistumassa tänä tai ensi vuonna. Mietin, onko tämä ilmiö ominaista vain Kari Alitalon laboratoriolle vai onko kyseessä yleinen ilmiö. Joka tapauksessa odotan innolla kaikkia niitä juhlia (”karonkkoja”), jotka ovat edessä. Yllä olevassa kuvassa näkyy Kari Alitalon ohjaamien tohtorintutkintojen määrä tiettynä vuonna, keskiarvona yhden tai kolmen vuoden ajanjaksolta. Yhteisohjaus laskettiin 0,5:ksi.

Elmex-suuvesin ruuvikorkki menee aina rikki

Sun, 09 Jun 2013 00:00:00 +0000

Tämä on jo kolmas Elmex-suuvesipulloni. Jokaisen pullon kierrekorkki on mennyt rikki – siinä on varmasti suunnitteluvirhe!

Akateeminen portfolio 2013

Mon, 27 May 2013 00:00:00 +0000

Alla on päivitetty akateeminen portfolioni PDF-muodossa. Koska se on julkinen, jouduin peittämään luottamukselliset tiedot, jotka liittyvät käynnissä oleviin luottamuksellisiin yhteistyöhankkeisiin ja tutkimussuunnitelmiini.

Näkymä Itämerelle

Sun, 05 May 2013 00:00:00 +0000

Vain todistaakseni, että Itämeri näkyy olohuoneemme ikkunasta.

MacOSX-käyttäjien salasanojen nollaaminen

Sun, 28 Apr 2013 00:00:00 +0000

Käynnistä tietokone pitämällä komento- ja S-näppäimiä painettuina (yksittäiskäyttäjätila)
fsck -fy
mount -uw /
salasana käyttäjätunnus

Vohveliresepti

Fri, 19 Apr 2013 00:00:00 +0000

Kokenut ikäviä kokemuksia OBH Nordican sähkövohveliraudasta (yhden vohvelin paistaminen kesti noin 12 minuuttia, eikä se vieläkään ollut täysin kypsä), ostin Skeppshultilta valurautaisen vohveliraudan . Kun olin ensin polttanut sen sisään ja tehnyt useita epäonnistuneita yrityksiä, onnistuin vihdoin paistamaan vohveleita. En ole kuitenkaan vielä kokeillut sitä avotulella, vaikka se olikin alkuperäinen ajatukseni ostaessani sen. Käytin sitä sähköuunissamme, ja yhden vohvelin paistaminen kestää noin 4 minuuttia (asetuksella 7–8/9). Laitteella on 25 vuoden takuu, ja se painaa noin 4–5 kg. Käytin seuraavaa reseptiä:

Drupalin päivittäminen

Tue, 19 Feb 2013 00:00:00 +0000

Tässä on ohjeet, miten päivitän Drupalin (pienet päivitykset, esim. versiosta 7.18 versioon 7.19) Ubuntu-palvelimellani. Olen asentanut Drupalin suoraan Drupalin lähdekoodista enkä Ubuntun pakettivarastosta (koska Ubuntun pakettivarasto on yleensä melko vanha eikä sitä päivitetä kovin usein). Itse asiassa päivitys on melko vaivatonta; olen varma, että joku on jo automatisoinut sen jossain…cd /var/wwwsuwget http://ftp.drupal.org/files/projects/drupal-7.19.tar.gztar -xvzf drupal-7.19.tar.gz chown -R jeltsch:www-data drupal-7.19rm drupal-7.19.tar.gz cp -a drupal-7.18/sites/ drupal-7.19/Yllä oleva cp-komento luo kopion koko sivustosta, mikä voi viedä paljon aikaa ja käyttää paljon levytilaa. Sen sijaan voit poistaa uuden drupal-kansion ”sites”-alikansion ja luoda linkin vanhaan ”sites”-alikansioon:cd drupal-7.19rm -rf sitesln -s ../drupal-sites/ sitesTässä vaiheessa sinun tulisi kirjautua sivustollesi ja asettaa se huoltotilaan! mysqldump -u root -p --databases drupal7_jeltsch_org drupal7_claudia_jeltsch_org drupal7_lammertlab_org > drupal7_all.sqlrm drupal7ln -s drupal-7.19/ drupal7Tässä vaiheessa sinun tulee klikata päivityskomentosarjan linkkiä. Kun päivitykset on suoritettu onnistuneesti, voit ottaa sivustosi jälleen käyttöön.** ****Drupal 9**Drupal 9:n päivittäminen on helpointa Composerilla:composer update "drupal/core-*" --with-all-dependenciesMyös moduulit voidaan päivittää. Minun tapauksessani päivitys ei kuitenkaan aina kohdistunut siihen moduuliin, jota tosiasiassa käytettiin, vaan moduuliin, joka sijaitsi prioriteettilistalla alempana jossakin toisessa hakemistossa. Pienempien versiopäivitysten yhteydessä:composer update drupal/modulename --with-dependenciesSuurempien versiopäivitysten yhteydessä:composer require drupal/modulename:^2.0Tämän jälkeen älä unohda käydä osoitteessa https://yoursite.com/update.php !

x11vnc nxserverin korvaajana

Thu, 29 Nov 2012 00:00:00 +0000

Nyt kun nomachine :n loistava nxclient ei enää toimi Mac OS X:ssä ja sen uusi nxplayer on vielä beta-vaiheessa (eikä toimi lainkaan minun järjestelmässäni), tarvitsin toisen ratkaisun, jotta voisin muodostaa yhteyden työpaikkani työpöytätietokoneeseen kotoa käsin. Kokeilin monia vaihtoehtoja, mutta päädyin lopulta x11vnc -ohjelmaan. Työtietokoneellani on Ubuntu Precise Pangolin (12.04), ja muodostan yhteyden Mac OS X 10.8:sta (Mountain Lion). Minun piti vain asentaa x11vnc ja openssh-server työpaikan työpöydälleni ja lisätä /etc/init-kansioon x11vnc.conf-tiedosto, jonka sisältö on seuraava:x11vnc -forever -rfbauth /etc/x11vnc.pass -bg -o /var/log/x11vnc.log -scale 1280x800 -display :0 -auth /var/run/lightdm/root/:0Minun on luotava salasanatiedosto:x11vnc -storepasswd password /etc/x11vnc.passSen jälkeen minun tarvitsee vain päästä työpaikkani työpöydälle jollain tavalla. Tällä hetkellä siirryn sinne yliopiston UNIX-tietokoneiden kautta, koska suora SSH-yhteys ei ole mahdollista palomuurin takia. Joten muodostan SSH-yhteyden UNIX-keskuskonetta ja sieltä edelleen työtietokoneeseeni. Kun olen päässyt sisään, muodostan käänteisen SSH-tunnelin kotona olevaan MacBook Pro -tietokoneeseeni:ssh -R 19999:localhost:5900 kotitietokoneen_IP-osoiteKotona olevalla MacBookillani minun piti ensin ottaa käyttöön Jakaminen - Etäkäyttö. Sitten käytän vain käyttöjärjestelmän sisäänrakennettua näytönjakotoimintoa ”Yhdistä palvelimeen” ja kirjoitan ”vnc://localhost:19999”, ja voilà – näen työpaikkani työpöydän kirjautumissivun.Vaihtoehtoisesti voisin käyttää MacBookiin asentamaani OpenVPN-palvelinta ja työpaikan työpöydän OpenVPN-asiakasohjelmaa yhteyden muodostamiseksi MacBookiin. Silloin voisin kirjautua suoraan sisään ja välttää yliopiston UNIX-koneiden kautta kulkevat väliportit käänteisen SSH-tunnelin muodostamiseksi. Toinen, vaikkakin hyvin hidas tapa päästä käsiksi työpaikkani työpöydän graafiseen käyttöliittymään on X11-eteenpäinohjaus SSH:n kautta. Tarvitsen vain toimivan SSH-yhteyden palvelimeen, SSH-palvelimen konfiguraatiotiedostossa käytössä olevan X11-eteenpäinohjauksen sekä X11-palvelimen paikallisella koneella (esim. XQuarz MacOSX:ssä): ssh -X username@remote-server.comxclock &

MySQL:n päivittäminen Ubuntu Lucid Lynxissä (10.04) jumittuu

Wed, 28 Nov 2012 00:00:00 +0000

Tämä on jo kolmas kerta, kun minulle tapahtuu näin: MySQL-palvelimelle on saatavilla päivitys, ja teen vain komennon ”apt-get upgrade”. Päivitysprosessi jumittuu täysin seuraavaan tehtävään: Valmistellaan mysql-server-5.1 5.1.66-0ubuntu0.10.04.1:n korvaamista (käyttäen …/mysql-server-5.1_5.1.66-0ubuntu0.10.04.2_i386.deb) …mysql stop/waitingProsessi, joka jumiutui jälleen johonkin ikuiseen silmukkaan (tai mihin tahansa), on erään tekstitiedoston korvaaminen egrep-komennolla:egrep -qi -r ^[^#]*ndb.connectstring|^[:space:]*\[[:space:]*ndb_mgmd /etc/mysql/Tappoin juuri kyseisen prosessin, ja päivitys jatkuu ikään kuin mitään ei olisi tapahtunut.

Ruokakaupoissa käynti verkossa Helsingissä

Wed, 14 Nov 2012 00:00:00 +0000

Jos haluamme korvata lauantain ruokaostokset verkkotilauksilla, Helsingissä näyttää olevan vain kaksi merkittävää vaihtoehtoa: ruoka.net ja Alepa kauppakassi . Olemme aiemmin käyttäneet ruoka.netiä, mutta lopetimme sen käytön, koska heidän verkkokauppansa oli erittäin käyttäjäepäystävällinen ja hinnat melko korkeat. Ehkä meidän pitäisi kuitenkin tarkastella sitä uudelleen, sillä Alepa kauppakassin palvelun laatu on heikentynyt viime kuukausien aikana.Olemme tilanneet ruokamme Alepa kauppakassin kautta jo yli vuoden ajan, mutta nyt kun olen murtanut jalkani, tämä palvelu on meille välttämätön. Valitettavasti se ei ole koskaan toiminut ilman ongelmia. Esimerkiksi kun he toimittivat tilauksen viikko sitten, he unohtivat täysin toimittaa kaikki tilaamamme pakastetut elintarvikkeet. He olivat unohtaneet pakastetut elintarvikkeet jo kerran aiemminkin, mutta silloin ne toimitettiin viipymättä seuraavana mahdollisena ajankohtana. Tällä kertaa ei niin käynyt: heiltä kesti viikon toimittaa loput. Ja meidän piti valittaa useita kertoja, ennen kuin mitään tapahtui. Ja mikä oli korvaus? Yksi surkea ilmainen toimitus (arvoltaan 6,9 €). Mutta tänään tilanne meni vielä pahemmaksi: Ilmoittakaa minulle luotettavasti, jos toimitus myöhästyy Eilen vaimoni teki noin 150 euron tilauksen, ja toimituksen piti tapahtua tänään klo 9–12. Kello 13.30 mennessä kukaan ei ollut soittanut ovikelloa, joten kysyin vaimoltani Skypen kautta, oliko hän saanut tekstiviestiä tai puhelua. Hän oli saanut kello 8.30 tekstiviestin, jossa ilmoitettiin, että tavarat oli koottu ja odottivat toimitusta. Myöhemmin hän oli saanut puheluyrityksen tuntemattomasta numerosta, kun hän oli puhelimessa lääkärinsä kanssa. Myöhemmin kävi ilmi, että kyseessä oli todennäköisesti kuljettaja, joka yritti ilmoittaa myöhästyvänsä. Mutta mitä vaimoni olisi pitänyt tehdä? Soittaa takaisin tuntemattomaan numeroon? Tämä on yksi niistä asioista, jotka menivät pieleen. Kuljettajan olisi pitänyt lähettää tekstiviesti tai soittaa uudelleen.**Jumissa Helsingin ruuhkassa? – Älä viitsi!**Kun soitin asiakaspalveluun klo 13.30, he lupasivat selvittää, miksi toimitus oli myöhässä, ja soittaa minulle takaisin mahdollisimman pian, minkä he myös tekivät. He sanoivat, että toimitus viivästyi liikennetilanteen vuoksi ja että kuljettaja toimittaa tilauksen noin 15–20 minuutin kuluttua. Itse asiassa ruoka toimitettiin klo 13.50. Osa tuotteista oli tilapäisesti loppu, joten niitä puuttui toimituksesta, mutta mikä tärkeintä, kaikki pakastetut ruoat olivat jo sulaneet. Ei mikään yllätys, sillä ne toimitettiin yksinkertaisesti muovipussissa. Kello 8.30–13.50 on 5 tuntia ja 20 minuuttia – tarpeeksi pitkä aika, jotta pizza ehtii sulaa kokonaan. Ruuhkat keskiviikkona kello 9–12 Helsingissä? Et kai ole tosissasi! Tätä selitystä voi käyttää New Yorkissa tai Lontoossa, mutta Helsingissä? Kuljettaja kertoi minulle, että toimitukset alkoivat vasta klo 11.30… Ilmeisesti ei yksinkertaisesti ollut ketään saatavilla aloittamaan toimituksia ajoissa. **Älkää myykö tuotteita, joita teillä ei ole!**On vaikea ymmärtää, miksi verkkokauppa listaisi elintarvikkeita, joita se ei voi toimittaa. Olemme esimerkiksi tilanneet jo viisi tai kuusi kertaa pakastettuja mansikoita (tämä tilaus mukaan lukien), mutta joka kerta marjoja ei toimitettu ”tilapäisen puutteen” vuoksi. Tällaista tilannetta kutsutaan ”pysyväksi puutteeksi”. On huonoa käytäntöä listata verkkokaupassa elintarvikkeita, joita kauppa ei koskaan pysty toimittamaan. Se aiheuttaa turhautumista asiakkaissa.Vinkkejä pakastetuotteiden sulamisen estämiseksiNyt sulaneista elintarvikkeista: Tämä on vaarallista ja vältettävissä. Se voidaan välttää toimittamalla tilaukset ajoissa (tai keräämällä ne liian aikaisin). Jos tämä kuormittaa logistiikkakapasiteettia liikaa, on vielä yksi vaihtoehto: styroksilaatikko ja muutama kylmäelementti. Keskustelin kuljettajan kanssa, ja hän kertoi aloittaneensa toimituksen klo 11.30, eli kolme tuntia sen jälkeen, kun ruoka oli kerätty. Miksi niin myöhään? Kuljettajan mukaan heillä on jatkuvasti liian vähän henkilökuntaa.AsiakaspalveluJo ensimmäisen puhelinkeskustelun aikana tein selväksi, että kärsivällisyyteni oli jo kovilla ja että odotin kunnollista anteeksipyyntöä ja korvausta. Sain hieman myöhemmin puhelun Janina Henttilältä (toivottavasti kirjoitin hänen nimensä oikein), joka kysyi, voidaanko pakastetut ruoat korvata uudella toimituksella tänään illalla klo 19–21 välillä. Kyllä, se sopisi. Kuitenkin hieman myöhemmin sain uuden puhelun, jossa minulle kerrottiin, että yksi tilaamistani pizzoista oli loppunut, ja kysyttiin, haluaisinko osatoimituksen tänään ja loput huomenna vai mieluummin kaiken kerralla huomenna. Huomenna kaikki kerralla sopisi. Vielä vähän myöhemmin sain uuden puhelun – kyseistä pizzaa ei ole lainkaan saatavilla, ja kysyttiin, haluaisinko samanlaisen vaihtoehdon. Ei, en halua, että muut valitsevat puolestani korvaavia tuotteita, ja valitsemme aina valintaruudun ”Älä korvaa tuotteita vastaavilla, kun tarkalleen samaa tuotetta ei ole tilapäisesti saatavilla”. Pahoja asioita voi tapahtua: Dr. Oetgerin pizza saatetaan korvata Saarioisen pizzalla . Se saattaa sopia joillekin, mutta ei minulle. Pyysin siis heitä soittamaan myöhemmin takaisin, kun minulla olisi mahdollisuus tarkistaa tietokoneelta, mitä korvaavia tuotteita he tarjoavat. Meille luvattiin myös jonkinlaista, tarkemmin määrittelemätöntä korvausta kaikesta vaivasta. Pyysin myös joitakin ylemmän tason henkilöiden nimiä, joille voisin valittaa, koska tiedän hyvin, että ongelmat ovat varmasti rakenteellisia eivätkä johdu pelkästään siitä, että joku ei tee työtään. Sain kaksi nimeä ja kaksi puhelinnumeroa, joihin aion soittaa, kun tämä verkkoruokakaupan seikkailu on ohi. P.S.: Korvaava toimitus oli sovittu seuraavaksi päiväksi klo 9–12, ja se todella toteutui. ”Korvaus” (20 euron lahjakortti mihin tahansa S-ryhmän myymälään) saapui ajallaan kaksi päivää myöhemmin. P.P.S.: Tein seuraavan verkkokaupan tilauksen täsmälleen viikon kuluttua. Tällä kertaa toimitus tapahtui ajallaan (aikataulutettu klo 9–12, toimitettu klo 22.30). Lähes kaikki oli kunnossa, paitsi lasku, jossa meiltä veloitettiin 61 senttiä liikaa: he laskuttivat yhden 250 g:n pakastettujen mansikoiden pussin (2,3 €) sijaan yhden 200 g:n vadelmapussin (1,69 €). En todellakaan halunnut valittaa taas. Se vain osoittaa, kuinka vaikeaa heille on hoitaa asiat oikein…

Yksi palomuuri, joka estää ne kaikki

Tue, 06 Nov 2012 00:00:00 +0000

Helsingin yliopiston palomuuri estää työntekijöitä tekemästä töitäKun makasin sairaalassa murtuneen sääriluun takia, en pystynyt tekemään mitään töitä Helsingin yliopiston palomuurin takia. Vaikka Android OpenVPN -asiakasohjelma olisi päästänyt minut verkkoon, en olisi silti pystynyt työskentelemään. VPN:n tarkoituksena on antaa etäasiakkaille sama pääsy LAN-resursseihin kuin koneille, jotka sijaitsevat fyysisesti LAN-verkossa. Ilmeisesti Helsingin yliopisto ei ole samaa mieltä eikä anna VPN-asiakkaille yhtäläisiä oikeuksia. Minun tapauksessani se tarkoitti, etten voi muodostaa SSH-yhteyttä työtietokoneeseeni. Tämä tekee etätyöskentelystä kallista, koska pomoni joutui ostamaan minulle kannettavan tietokoneen vain siksi, että HY-VPN-asiakkaiden ja paikallisten koneiden välinen palomuuri estää SSH-yhteydet. Ilman tätä rajoitusta voisin hoitaa kaiken työni 400 euron tabletillani käyttämällä esimerkiksi nomachine Playeria).Myös kiertotavat epäonnistuivatJos olisin onnistunut kirjautumaan johonkin yliopiston UNIX-palvelimista (myntti, kruuna, klaava tai ruuvi), olisin voinut kirjautua sieltä työtietokoneelleni. Android-SSH-asiakasohjelmani ConnectBot ei kuitenkaan pystynyt muodostamaan SSH-yhteyttä niihin. Oletan tämän johtuvan matkapuhelinoperaattoristani Tele Finlandista , koska en päässyt kirjautumaan myöskään omiin SSH-palvelimiini (mihin yleensä pääsen, kun Android-laitteeni on yhteydessä WLAN-verkkoon). Heti kun saan SSH-yhteyden työtietokoneeseeni, voin luoda käänteisen SSH-tunnelin ja käyttää X Windowsia tai NoMachine Playeria ja tehdä kaikki ne työt, jotka yleensä teen istuessani laboratoriossa työtietokoneeni ääressäPlex ja loputtomat videotoisto-ongelmatEn kuitenkaan saanut OpenVPN-asetuksia toimimaan Androidilla, eikä tukipalvelukaan ole tähän mennessä onnistunut siinä. Joten minulla oli sairaalassa todella tylsää, ja koska käytämme kotona Plexiä mediakeskuksena, päätin katsoa muutaman elokuvan. Plex on kuitenkin neljän vuoden kehitystyön jälkeen edelleen beetavaiheessa, ja meillä oli runsaasti ongelmia median toistossa. Myös tällä kertaa: en pystynyt toistamaan yhtään elokuvaa tai yhtään kappaletta [Android-asiakasohjelman]( https://play.google.com/store/apps/details?id=com avulla.plexapp.android&feature=search_result#?t=W251bGwsMSwyLDEsImNvbS5wbGV4YXBwLmFuZHJvaWQiXQ..). Se muodosti yhteyden (Ubuntu 10.04) -plexmediaserveriimme ilman ongelmia, mutta ainoa toimiva osa oli ”Valokuvat”-osio. Kokeilemalla huomasin, että osa ongelmasta johtui siitä, että videot olivat Applen QuickTime-muodossa (ne oli koodattu Macilla). Joten etsin tapaa muuntaa satoja tiedostoja kerralla .mov-muodosta .avi-muotoon. Tämä olisi varmasti nopeampaa kuin bugiraportin tekeminen ja odottaminen, että Plexin porukka korjaisi ongelman. QuickTime onhan muutenkin jo kuollut, eikö niin? ffmpeg oli varmasti oikea ratkaisu, mutta Google tulvi hakutuloksia, jotka koskivat joukkokonversiota, ja ongelmana oli löytää se, joka toimii. Valitettavasti verkossa on paljon roskaa ja häiriötekijöitä. Seuraava yhden rivin komento toimi: find . -name '*.mov' -exec sh -c 'ffmpeg -i "$0" -sameq "${0%%.mov}.avi"' {} \;

Voi hemmetti!

Sat, 03 Nov 2012 00:00:00 +0000

Murtin sääriluun distaalisen osan (fibulan) polkupyöräonnettomuudessa. Katu oli ilmeisesti vielä iltapäivällä jäinen, tai ehkä syynä olivat märät lehdet. Onnettomuus tapahtui kotimatkalla, joten Suomen lainsäädännön mukaan se on teknisesti työtapaturma. Siitä huolimatta sain jälleen kerran kurkistaa paikallista julkista terveydenhuoltojärjestelmää. Pääsin juuri tänään kotiin Töölön sairaalasta, jossa vietin neljä yötä kuuden hengen sekahuoneessa.Yllättävän vähän kipuaNiin kauan kuin pidän jalkani ylhäällä, kipu puuttuu niin täydellisesti, että jätin viimeisen päivän kipulääkkeet kokonaan ottamatta lääkärin kanssa neuvoteltuani. Halusin tuntea edes vähän kipua. Miten muuten olisin voinut tietää, että minun pitäisi säästää jalkaani?Terveydenhuoltokustannusten pitäminen kurissaEnsimmäisenä yönä olin kahden hengen huoneessa yhdessä ärsyttävän huonekaverin kanssa, joka ei lopettanut puhumista edes sen jälkeen, kun olin selvästi ilmoittanut haluavani nukkua; se oli noin keskiyöllä. Sitten hän hyökkäsi toistuvasti sanallisesti hoitajia vastaan ja barrikadoi itsensä myöhemmin wc:hen. Kun vartijat tulivat ratkaisemaan tilannetta, minut kiirehdittiin ensin huoneesta käytävälle ja myöhemmin kuuden hengen huoneeseen. Sanomattakin on selvää, etten nukkunut paljoa. Näin Suomi pitää terveydenhuoltokustannuksensa alhaisina: laitos on ylikuormitettu ja hoitajat ylityöllistettyjä. Olin itse asiassa yllättynyt siitä, kuinka hyvin he selvisivät olosuhteet ja huoneeni kämppiksen kaltaiset potilaat huomioon ottaen. He olivat aina erittäin ystävällisiä ja avuliaita.LeikkausEhkä ja toivottavasti terveydenhuollon kustannussäästöt eivät ole vielä vaikuttaneet henkilökunnan ammattitaitoon. En välitä nukkua neljä yötä kuuden hengen huoneessa, kunhan leikkaus suoritetaan hoitokäytäntöjen mukaisesti. Leikkaus oli välttämätön, sillä vaikka murtuma ei ollut siirtynyt, se oli riittävän vinossa, jotta paraneminen olisi jäänyt puutteelliseksi ilman leikkausta (pelkästään kipsauksella). Leikkausta ei tehty yleisanestesiassa, vaan spinaalipuudutuksessa. Leikkaus sujui hyvin, mutta paraneminen vie aikansa, mutta toistaiseksi kaikki näyttää hyvältä. Sain kuuden viikon sairausloman. SairaalaruokaSairaalaruoka vastasi maineensa: Neljäntenä päivänä minulla oli niin paha ummetus, että luulin peräpukamieni puhkeavan ja ompeleiden repeävän, kun yritin saada ulostetta ulos. Tuoreet vihannekset ja hedelmät olivat enimmäkseen muutamia ohuita kurkku- tai tomaattiviipaleita, jotka olivat pelkkää silmänlumetta. Ei ihme, että kuitua oli liian vähän. **Suurimmat pettymykset: Helsingin yliopiston tukipalvelu ja Tele Finland **Suurin pettymys sairaalassaoloaikana oli Helsingin yliopiston tietotekniikan tukipalvelu ja matkapuhelinoperaattorini Tele Finland: minulla oli meneillään useita kokeita laboratoriossa, ja voidakseni antaa ohjeita niiden etenemisestä minun piti muodostaa yhteys työpaikkani pöytätietokoneeseen ssh:n (ja nomachine kautta ssh:n avulla). En onnistunut saamaan VPN:ää toimimaan Androidilla. Yliopiston tukisivulla oleva linkki yksityiskohtaisiin ohjeisiin oli (kuten tavallista) rikki. Mutta vaikka se olisikin toiminut, luulen, ettei kukaan ole tähän mennessä vaivautunut laittamaan ohjeita käyttöjärjestelmälle, jolla on maailmanlaajuisesti vain 500+ miljoonaa asennusta.Helsingin yliopisto käyttää OpenVPN:ää , ja Androidille on olemassa virallinen OpenVPN-asiakasohjelma . Kun kuitenkin lähetin sähköpostia tukipalveluun, he eivät edes lukeneet viestiäni. He sanoivat, että voisin päästä tiedostoihini VPN:n verkkokäyttöliittymän kautta. Tämä pätee tietenkin vain, jos käyttää Windows-koneen verkko-kansiota tiedostojensa tallentamiseen. Toiseen sähköpostiini, jossa korostin jälleen selvästi, että tarvitsen SSH-yhteyden pöytätietokoneeseeni Android-laitteelta, ei ole tähän mennessä vastattu.Tämän ongelman kiertämiseksi yritin käyttää tethering-yhteyttä Android-puhelimellani (Samsung Galaxy S3) ja Lenovo S10-3t -kannettavallani (kaksoiskäynnistys Windows 7 ja Ubuntu 12.04). Tethering ei kuitenkaan toiminut. Otin yhteyttä Tele Finlandiin kysyäkseni, johtuuko tämä operaattorin käytännöistä vai onko kyseessä vain jokin ohjelmistovirhe. Tähän päivään mennessä en ole saanut vastausta. Oletan siis, että kyse on käytänteestä. Tethering on toiminut erinomaisesti vanhalla HTC Desire -puhelimellani (jossa oli asennettuna CyanogenMod 7.1 ) ja Saunalahti -palvelun kanssa. Yritin päivittää Galaxy S3:ni versiosta 4.04 versioon 4.1, mutta tämä prosessi vaatii internetiin kytketyn Windows-tietokoneen (jota en saanut käyttöön, koska tethering ei toiminut).

Lian peseminen pois ”likaisesta tusinasta”

Sun, 09 Sep 2012 00:00:00 +0000

On puhuttu paljon dirty dozen -listasta, joka sisältää 12 eniten torjunta-aineilla saastunutta hedelmää ja vihannesta ja jonka on laatinut Environmental Working Group . Vaikka kannatankin monia EWG:n tavoitteita, EWG on kuitenkin organisaatio, jolla on oma agendansa.Omenat olivat ”Dirty Dozen” -listan kärjessä, ja koska omenat ovat luultavasti hedelmä, jota syön eniten, päätin tutkia tarkemmin EWG:n tutkimuksen menetelmiä . EWG toteaa verkkosivuillaan: ”Lähes kaikissa tutkimuksissa, joihin opas perustuu, hedelmät ja vihannekset testattiin sen jälkeen, kun ne oli pesty tai kuorittu.” Suositusten perustana olevat tiedot eivät ole EWG:n itsensä tuottamia, vaan ne ovat peräisin Yhdysvaltain maatalousministeriöltä (USDA) . USDA:lla on laboratoriotoimintaa koskevat vakiomenettelyt (SOP), ja tarkasteltaessa asiaankuuluvaa SOP:ta ( PDP-LABOP Näytteiden käsittely ja analysointi, Rev. 4, 07/01/12 ), löysin seuraavaa: `5.3.3 Omenat Pese jokainen omena kylmän juoksevan vesihanan alla noin 15–20 sekuntia varmistaaksesi, että omenan kaikki pinnat on huuhdeltu. Anna kuivua vähintään 2 minuuttia paperipyyhkeiden päällä tasaisella pinnalla. Älä kuori. Poista varsi, jos sellainen on. Poista ydin kaupallisesti saatavilla olevalla omenanydinpoistajalla tai leikkaa kukin omena puoleen tai neljään osaan puhtaalla, kuivalla veitsellä ja poista ydinosa. Pilko mekaanisesti, kunnes saadaan silmämääräisesti homogeeninen seos. Yksikkölaskenta on pakollista. Jäähdytysaika ei saa ylittää 120 tuntia saapumisajankohdasta lähtien siihen asti, kunnes näyte on homogenoitu. Tästä päätellen näyttää siltä, että omenat analysoitiin kuorineen. Ehkä omenat ovat se poikkeus, johon EWG viittaa kirjoittaessaan ”lähes kaikki”. Voisiko olla, että perinteisesti viljeltyjen omenien torjunta-ainejäämät ovat pääosin kuoressa? Kyllä, se on mahdollista, sillä ”…omenien kuoriminen vähensi merkittävästi kaikkia torjunta-ainejäämiä” ( Rasmussen ym. 2003: Useiden torjunta-ainejäämien jakautuminen omenalohkoissa kotitalouskäsittelyn jälkeen ). Itse asiassa on tehty paljon tutkimusta siitä, voidaanko torjunta-ainejäämiä poistaa hedelmistä ja vihanneksista pesemällä. Tulokset viittaavat kaikki samaan suuntaan: muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta (systeemiset torjunta-aineet) suurin osa torjunta-ainejäämistä sijaitsee kuoressa tai sen pinnalla. Veden lämpötila on tärkeä: mitä kuumempaa vesi on, sitä paremmin torjunta-ainejäämät poistuvat. Pesuaineet ja hankaaminen parantavat tulosta, aivan kuten käsien pesussa ( Holland ym. 1994: Varastoinnin ja jalostuksen vaikutukset kasvituotteiden torjunta-ainejäämiin , Chavarri ym. 2005: Torjunta-aineiden väheneminen hedelmissä ja vihanneksissa kaupallisessa jalostuksessa , Keikotlhaile ym. 2010: Elintarvikkeiden jalostuksen vaikutukset hedelmien ja vihannesten torjunta-ainejäämiin: meta-analyyttinen lähestymistapa ).Luultavasti juuri siksi monet ihmiset kuorivat omenat rutiininomaisesti ja toiset taas pesevät ja hankaavat niitä kuumalla vedellä. Ja jos haluat syödä kuoren, osta vain luomua. Ainakin se tuntuu paremmalta. Kuva perustuu Abhijit Tembhekarin teokseen Red Apple .

Harrastukset

Sat, 05 May 2012 00:00:00 +0000

Juoksu

Sat, 05 May 2012 00:00:00 +0000

Olen juossut kaikenlaisia matkoja 1500 metristä 100 kilometriin. Mutta siitä on jo 15 vuotta, ja nykyään juoksen vain jääkaapille ja takaisin suosikkiohjelmani mainoskatkojen aikana. Sen lisäksi käyn silloin tällöin Runner’s Worldin kotisivulla hakemassa inspiraatiota.

Uusi Helkama Jääkäri -polkupyöräni

Thu, 26 Apr 2012 00:00:00 +0000

Trek -polkupyöräni kesti 10 vuotta ja noin 50 000 kilometriä, ennen kuin jouduin luopumaan siitä. En tee mitään ennaltaehkäisevää huoltoa, vaan korjaan asioita vasta, kun ne ovat rikki. Vuonna 2006 ostin 450 euron polkupyörän Biltemasta . Se kesti alle viisi vuotta, ennen kuin se tarvitsi mittavan korjauksen (johon sisältyi kalliiden osien, kuten pyörien, jarrujen, vaihtajien ja vapaakytkimen, sekä monien halvempien osien vaihtaminen). Viime kesäkuussa päätin hankkia [Helkama Jääkäri]([img_assist|nid=581|title=Helkama Jääkäri|desc=|link=url,http://www.helkamavelox.fi/en/models/men/jaakari_3_gear-hmj3nhr_arv_k|align=left|width=240|height=160]) noin 700 euron hintaan. Se on vanhanaikainen armeijapyörä, ja toivoin, että se kestäisi pidempään kuin Bilteman tuotteet. Tänä talvena pyöräilin uudella Helkama-pyörälläni useita satoja kilometrejä kuoppaisilla lumiteillä, ja helmikuussa takapyöräni melkein irtosi. Ruuveja ei ollut kiristetty riittävän tiukalle, ja kierre oli jo pahasti vaurioitunut. Jotta voisin jatkaa matkaa, jouduin poistamaan aluslevyn paljastaakseni vahingoittumatonta kierteen osaa ja kiristämään ruuvia. Otin yhteyttä Helkamaan, koska polkupyörä ei ollut vielä edes vuotta vanha. He vastasivat nopeasti, ja sain postitse uuden takapyörän viikon kuluessa. Se on hyvää asiakaspalvelua ja syy pysyä tämän merkin uskollisena asiakkaana: Kun ostin pojalleni uuden pyörän viime kuussa, valitsin Helkama Yoker -mallin, vaikka se ei todellakaan ollut halvin vaihtoehto.

Influenssarokote tehoaa

Fri, 20 Apr 2012 00:00:00 +0000

Viime viikolla poikani sairastui flunssaan. Hänelle diagnosoitiin A-influenssa. Hän oli todella sairas: kuumetta oli yli 39 °C yli neljän päivän ajan, ja hän joutui olemaan kotona 10 päivää, ennen kuin pääsi taas päiväkotiin. Tyttäreni ei sairastunut. Eivätkä vaimoni eikä minäkään. Arvaa miksi? Koska otimme kausi-influenssarokotteen. Täällä Suomessa kausi-influenssarokote on ilmainen 6–35 kuukauden ikäisille lapsille, 65 vuotta täyttäneille ikäihmisille, raskaana oleville naisille sekä henkilöille, joilla on kroonisia sairauksia tai jotka käyttävät lääkkeitä, jotka lisäävät vakavan sairauden tai komplikaatioiden riskiä . Lisäksi monet työnantajat tarjoavat työntekijöilleen ilmaisia influenssarokotuksia. Koska poikani ei kuulu mihinkään näistä ryhmistä, joille rokotus on ilmainen, ja koska hän vastusti rokotusta voimakkaasti ja koska rokottamattomien henkilöiden tartuntariski on tiettynä vuonna ehkä vain 5 %, päätimme jättää hänet rokottamatta. Huono päätös. Science-based Medicine -blogissa erittäin hyvä artikkeli influenssarokotuksista sekä erittäin hyvä pediacast.org:n podcast aiheesta. Valitettavasti FluMist (rokote, joka otetaan hengitettynä eikä ruiskeena) ei ollut vielä saatavilla Suomen markkinoilla influenssakaudella 2011/2012. Flu Mistin valmistaa MedImmune , joka on AstraZenecan tytäryhtiö. Terveydenhuoltopalveluntarjoajani Mehiläisen mukaan nenän kautta annettava rokote on hyvin todennäköisesti saatavilla Suomessa seuraavalla influenssakaudella. Rokotteen nimi on Fluenz , ja se on hyväksytty tällä nimellä Euroopan lääkeviraston toimesta vuonna 2011 koko Euroopan unionin alueelle.Poikani vastusti vain pistosta, ei itse influenssarokotetta. Influenssasumute on yhtä tehokas kuin influenssarokote, ja se saattaa jopa tarjota parempaa suojaa verrattuna rokotteeseen. Tämä on loogista, koska antigeeni pääsee elimistöön luonnollista reittiä pitkin. Ja koska kyseessä on elävä rokote, immuunivaste saattaa olla parempi ja pitkäkestoisempi. Ehkä työnantajani terveydenhuollon palveluntarjoajan, Mehiläisen, pitäisi tarjota myös ilmaisia kausi-influenssarokotuksia työntekijöiden lapsille, sillä vaikka olin rokotettu, jouduin olemaan poissa töistä useita päiviä, koska jouduin huolehtimaan pojastani.

½ vuotta ja yli 1000 € Windows 7:lle ja Office 2010:lle

Mon, 02 Apr 2012 00:00:00 +0000

Vuoden 2011 alussa ostin netbookin ( Lenovo IdeaPad S10-3t ). Ostin sen omilla rahoillani. Siinä oli valmiiksi asennettuna Windows 7 Starter Edition. Koska käytän mieluummin Ubuntua , pienensin Windows 7:n osiota ja asensin Ubuntun pääkäyttöjärjestelmäkseni. Asensin yliopiston lisensoiman Microsoft Office XP:n, jonka asennuslevyjä oli vielä jäljellä tutkimusohjelmassamme. Käynnistän Windowsin vain kahdessa tilanteessa: kun minun on pitänyt työstää kotona yhteistyöjulkaisuja tai apurahahakemuksia yhdessä muiden kirjoittajien kanssa Microsoft Wordia käyttäen tai kun on olemassa ohjelma, jolla ei ole vastaavaa Linuxissa (mikä on tapahtunut harvoin viime vuosina).Viime lokakuussa vanhentuneen Office XP:n ja uusien Office-versioiden, jotka käyttävät uutta XML-muotoa (.docx), välillä ilmeni kuitenkin yhä enemmän yhteensopivuusongelmia. Eräänä kerrana, kun pomoni oli avannut (Office XP:llä luodun) Word-tiedoston, muokannut sitä ja lähettänyt sen takaisin minulle (yhteensopivuustilassa), tiedostoa ei enää voinut muokata Office XP:ssä. Word kaatui aina, kun yritin muokata kahta kolmesta upotetusta kuvasta. Itse asiassa vietin tunteja luomalla muokattavan version kyseisestä asiakirjasta alusta alkaen. Silloin päätin päivittää yksityiskäyttöön tarkoitetun tietokoneeni Windows- ja Office-versiot. Helsingin yliopiston lisenssisopimus Microsoftin kanssa sallii henkilökunnan ja opiskelijoiden käyttää Windowsia ja Officea kotitietokoneillaan. Yliopistotutkijoille on tavallista, että heidän on tehtävä töitä kotoa käsin. Itse asiassa kirjoitin lähes kokonaisen tutkimusartikkelin ( Jeltsch et al, JBC 2006 ) kotona. Siksi Windows 7 Starterista Windows 7 Ultimateen ja Office XP:stä Office 2010:een päivittäminen ei pitäisi olla vaikeaa eikä kallista, eikö niin? Helsingin yliopisto haluaa nousta yhä korkeammalle [Alman intranetsivuilla]( http://www.topuniversities.com/university-rankings/world-university-rankings/2011?page=1>kansainv älisissä vertailuissa. Siksi voisi luulla, että yliopisto olisi varmistanut, että sen tutkijoilla on helppo pääsy oikeisiin työkaluihin työnsä tekemistä varten. VÄÄRIN! Helsingin yliopisto on julkaissut ohjeet yliopiston Ohjelmistojakelu-sivulla. <a href=) (Home Use Program) -linkin alla piilee kohta ”Microsoft Home Use Program ja ohjelmistojen jakelu henkilökunnan jäsenille”. Ladasin tiedoston (”koodi.txt”), joka on tekstitiedosto, jossa on koodi (jotain tyyliin ”XXX0000”). Tämän koodin avulla menin Microsoftin kotikäyttöohjelman sivustolle. Minun piti kirjoittaa työpostiosoitteeni ja koodi, ja sain seuraavan virheilmoituksen: ”Valitettavasti emme voi käsitellä pyyntöäsi. Seuraavia ongelmia on ilmennyt: - Ota yhteyttä etuuksien hallinnoijaan selvittääksesi, oletko oikeutettu ohjelmaan, ja saadaksesi ohjelmakoodisi.” Soitin yliopiston tukipalveluun kysyäkseni, mikä on vialla. Vastaus oli: ”Yliopisto ja Microsoft neuvottelevat parhaillaan uudesta lisenssisopimuksesta, eikä vanha koodi enää toimi, eikä uutta koodia ole vielä saatavilla.” Kuinka kauan kestää suunnilleen, ennen kuin uudet toimivat koodit tulevat saataville? ”Muutama viikko.” Odotin muutaman viikon. Tarkemmin sanottuna: odotin kuusi viikkoa. Tein saman menettelyn kuin aiemminkin. Mutta koodi ei vieläkään toiminut. Jälkikäteen ajatellen oletan, että tukipalvelun ensimmäinen vastaus oli väärä: Koodit olivat todennäköisesti edelleen kunnossa, mutta yliopiston sivuilla olevat ohjeet olivat virheelliset (minut ohjattiin väärälle sivulle koodin syöttämistä varten, ja tätä kirjoitettaessa – viisi kuukautta myöhemmin – yliopiston sivut ovat edelleen virheelliset).Uuden vuoden alussa lähetin virallisen tukipyynnön tukipalveluun. Sain seuraavan vastauksen: Hei Michael, Helsingin yliopisto on solminut uuden sopimuksen Microsoftin kanssa (siirtynyt MSCA:sta EES:ään), joka astuu voimaan tästä kuusta lähtien, ja nyt kun sopimuksemme muuttuu, koodit eivät enää toimi. Oletan, että saamme Microsoftilta uudet koodit uuden sopimuksen puitteissa, kun kaikki paperityöt on hoidettu, ja tämä vie noin pari viikkoa. Ainoa mitä voimme nyt tehdä, on odottaa. Voit tarkistaa helmikuussa, toimiiko Home Use Program -vaihtoehto. Pahoittelut haitasta. Ystävällisin terveisin, Tommi lähetti minulle myös Alma-linkin, jossa on ohjeet . Kokeilin useita asiakirjassa olevia linkkejä (jotka olivat linkkejä sivustoille, joilta voi tilata Windowsin ja Officen asennuslevyjä tai -latauksia), mutta jo ensimmäinen linkki oli rikki: Microsoft Windows -käyttöjärjestelmät: e-Academy (ei CD/DVD-vaihtoehtoa, vain ladattavia versioita). Se on edelleen rikki tämän kirjoituksen hetkellä.Toinen vaihtoehto (“Microsoft Home Use Program HUP (Digital River, myös asennuslevyt)”) johti vain ohjeisiin, jotka tiesin jo ennestään (ja jotka eivät toimi). Koska ilmeisesti kukaan ei ollut aiemmin yrittänyt hankkia Windowsia ja Officea laillisesti kotikäyttöön tämän ohjelman kautta, menin maaliskuussa tietokoneeni kanssa Meilahden kampuksen fyysiseen tukipisteeseen. Iivari oli erittäin ystävällinen, mutta ainoa asia, jonka hän onnistui tekemään, oli toistaa ongelma ja saada joku vakuuttuneeksi siitä, että kyseessä on ongelma, johon tulisi puuttua. Muutama päivä myöhemmin hän lähetti minulle linkin sivulle, josta voisin tilata Windowsin ja Officen hintaan 20 €/DVD: https://hup.atea.fi/ .En ole koskaan löytänyt tätä linkkiä mistään yliopiston verkko-ohjeista (kuten myöhemmin selvisi, se on jossain siellä, mutta lähes mahdoton löytää). En ole yllättynyt siitä, että tämän maan muuten lakia noudattavat kansalaiset käyttävät kotona laittomia Windows- ja Office-versioita, jos laillisen hankkimisen on näin vaikeaa. Sain DVD-levyt postitse viikon kuluttua (minun piti mennä postitoimistoon ja maksaa siellä 20 €/DVD).Ennen kuin asensin mitään, tein levyn kopion dd if=/dev/sda of=/dev/sdb koko kiintolevystäni (250 GB:n kiintolevy, kesti 20 tuntia USB:n kautta). Koska tietokoneellani oli asennettuna Windows 7 Starter, yritin ensin käyttää anytime upgrade -toimintoa. Tätä varten olisin itse asiassa tarvinnut vain lisenssiavaimen, en fyysisiä asennuslevyjä. Kun syötin avaimen, päivitys käynnistyi, mutta epäonnistui ilman tarkempia selityksiä. Päätin siis käyttää päivitysneuvojaa (Microsoftin ohjelma, joka selvittää, onko tietokoneesi riittävän ”hyvä” päivitykseen). Ainoa ongelma, jonka se löysi, oli kiintolevytilan puute. Vapautin siis vielä 5 GB tilaa poistamalla ohjelmistoja (lähinnä Lenovon asettamaa bloatwarea). Myös toinen yritys epäonnistui ilman tarkempaa virheilmoitusta. Minulla ei ollut mitään keinoa tietää, mikä syy oli. Joten yritin puhdasta mukautettua asennusta. Ensin minun piti siirtää Windows 7:n asennus-DVD USB-muistitikulle (tietokoneessani ei ole CD/DVD-asemaa, eikä minulla tai laboratoriollani ole ulkoista CD/DVD-asemaa). Onneksi tämä on Windows 7:ssä helpompaa kuin Windows XP:ssä. Kaikki USB-muistitikut eivät kuitenkaan näytä olevan samanlaisia, ja ensimmäinen kokeilemani USB-muistitikku (Verbatim) hylättiin käyttämälläni työkalulla. Seurasin näitä ohjeita . Sitten käynnistin tietokoneen 4 GB:n muistitikulta ja aloitin päivityksen. Kaikki sujui hyvin aivan loppuun asti, jolloin minun piti käynnistää tietokone uudelleen ja minua tervehti viesti: ”Windows 7 -asennuksesi on vioittunut. Haluatko, että Windows korjaa sen?” Sitten tein huonon päätöksen: vastasin myöntävästi. Korjauksen jälkeen mikään ei enää toiminut. Uudelleenkäynnistyksen jälkeen näkyvissä oli vain vilkkuva musta kohdistin. No, jos en voi päivittää, voin tehdä puhtaan asennuksen. Tyhjensin kiintolevyni kokonaan ja aloitin asennuksen. Kaikki sujui hyvin, kunnes minun piti syöttää tuotetunnus. Ohjelma valitti, ettei tuotetunnus ole kelvollinen. En tietenkään ollut lukenut ja ymmärtänyt perusteellisesti sivuja osoitteessa www.atea.fi . Luultavasti siksi, että ne ovat vain suomeksi. Ilmeisesti yliopiston sopimus Microsoftin kanssa ei tarjoa henkilökunnalle täysversioita asennusohjelmista, vaan ainoastaan päivitysasennusohjelmia. Tämän vuoksi minun piti säilyttää vanha Windows-versioni asennusta varten. Onneksi minulla oli diskdump-varmuuskopio. Kopioin sen takaisin kiintolevylle. Tämä kesti vain noin 6 tuntia. Tänä maanantaina menin (kannettavan tietokoneeni kanssa) paikalliseen tietotekniikkatukeen. Perttu valaisi minulle mahdollisia päivitysreittejä Windows 7:ään ja yritti tehdä mukautetun asennuksen ulkoisen DVD-aseman avulla. Ja se toimi! Halleluja! Se vaati useita uudelleenkäynnistyksiä, mutta lopulta minulla oli toimiva Windows 7 Ultimate. Ajurien asentaminen kesti myös noin kolme tuntia. Ajurien lataaminen Lenovon sivustolta kesti ikuisuuden, vaikka ne olivatkin Akama-palvelun kautta. Ehkä he eivät olleet maksaneet laskujaan. Nyt minun piti vain luoda ISO-kuva Office 2010 -DVD:ltä, siirtää se tietokoneelle ja aloittaa asennus, joka sujui tällä kertaa moitteettomasti.Oletan, että kun yritin mukautettua asennusta ensimmäisen kerran, järjestelmä oli jotenkin vaurioitunut epäonnistuneen Anytime Upgrade -päivityksen vuoksi. Kuka tietää. 500 miljoonaa riviä koodia, jota kukaan ei enää oikeasti ymmärrä. On melkein ihme, että Microsoft onnistuu pitämään Windowsin pystyssä.Tietenkin Windowsin asennusohjelma oli sekoittanut GRUB-käynnistyslataimeni, ja minun piti käynnistää kone USB-tikulla olevasta System Rescue CD:stä ja kirjoittaa MBR takaisin levyn varmuuskopiosta:dd if=/dev/sda of=/dev/sdc bs=512 count=1En vieläkään tiedä tarkalleen, täyttääkö Windows 7 Starter Edition yliopiston lisenssipohjaisen päivitysohjelman vaatimukset vai ei. Oletin tyhmästi, että jos 10 vuotta vanha Windows XP Home täyttää vaatimukset, niin Windows 7 Starter Editionkin täyttäisi. Koko prosessi kesti noin puoli vuotta, ja kaiken kaikkiaan käytin siihen ehkä seitsemästä kymmeneen työpäivää (noin puolet tästä ajasta työaikana, toinen puoli viikonloppuisin). Arvioidaanpa todelliset kustannukset, mukaan lukien tunnit, jotka jouduin käyttämään tähän Windows 7:n ja Office 2010:n asennukseen: varovaisesti arvioiden vähintään 1000 €. Järjestelmä on rikki, ja pahinta on, ettei ole ketään, jota syyttää, eikä ketään, joka voisi korjata sitä. Ehkä Helsingin yliopiston pitäisi panostaa energiaa ja aikaa avoimen lähdekoodin käyttöjärjestelmien kehittämiseen ja käyttöönottoon. Loppujen lopuksi suosituimman (Linuxin) kehitti joku Helsingin yliopistosta .

rtmpdump – Die Sendung mit der Maus

Wed, 14 Mar 2012 00:00:00 +0000

Kirjoitin 5. maaliskuuta 2010 julkaistussa kirjoituksessani ohjelmasta „Die Sendung mit der Maus“. Nyt voi vihdoin katsoa „Die Sendung mit der Maus“ -ohjelman kokonaisuudessaan Flash-videona internetistä! Se on katsottavissa 7 päivän ajan, seuraavaan „Die Sendung mit der Maus“ -jaksoon asti. Resoluutio ei tosin ole HD (512x288, 25 kuvaa sekunnissa, H264), mutta ainakin sen voi – jos osaa – tallentaa myös kiintolevylle. Ohjelma, joka tämän mahdollistaa, on tietysti avoimen lähdekoodin ohjelma: rtmpdump .Komentorivi on: rtmpdump -r rtmp://wdr.fcod.llnwd.net/a4331/e1 \-a a4331/e1 \-y mp4:tv/maus/flash/ganze_sendung/20120311_enmee_dsl.mp4 \-W http://www.wdr.de/themen/global/flashplayer/AS2/wsPlayerAS2.swf \-p http://www.wdrmaus.de/aktuelle-sendung/index.php5 \-f "LNX 11,1,102,63" \-o ~/maus.flv \-V \-B 1800Yksityiskohdat, erityisesti parametri -y (mikä tiedosto?) ja joskus -f (mikä Flash-versio?), on tietysti mukautettava kyseiseen lähetykseen. Tarvittavat parametrit voi selvittää tarkastelemalla verkkosivun lähdekoodia. Tai rtmpsuck-ohjelmalla. Yksinkertainen johdanto löytyy täältä . Jos se ei jostain syystä onnistu, vastaan mielelläni kysymyksiin.Käytän kuitenkin edelleen Online TV Recorderia . Sieltä löytyy nimittäin 680x360-resoluutioinen, 25 fps:n ja MPEG-4-muotoinen lähetys.

Rekombinanttiproteiinit

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Aiemmin täällä oli dynaamisesti linkitetty luettelo proteiineistani. Valitettavasti jouduin turvallisuussyistä luopumaan suorasta linkityksestä laboratoriomme tietokantapalvelimeen. Ehkä jonain päivänä löydän aikaa julkaista laboratoriomme pakastimien sisällön turvallisella tavalla täällä kotisivuillani. Siihen asti tässä on vain luettelo proteiineista, joita olen tuottanut. Jos sinulla on kysyttävää tai tarvitset proteiineja tutkimustarkoituksiin, ota rohkeasti yhteyttä minuun tai esimieheeni:

Suosikkipodcastini

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Suosikkipodcastini. Lähes jokainen jakso on loistava:

Tietokoneet: Uutisia ja tietoa tietoturvasta sekä siitä, miten internet ja tietokoneet toimivat: Security Now!
Kaikkea Linuxista: The Linux Action Show!
Joka viikko FLOSS Weekly esittelee uuden avoimen lähdekoodin projektin.

Tiede ja skeptisyys

Kasvutekijöiden vaikutus lymfangiogeneesiin

Thu, 19 Jan 2012 00:00:00 +0000

Kaikki kehomme solut tarvitsevat happea, ja ne saavat sitä verenkierron kautta. Siksi verisuonisto on kasvavan alkion ensimmäinen toimiva elin. Ennen kuin sydän aloittaa pumppaustoimintansa, alkio tyydyttää hapenkulutuksensa yksinomaan diffuusion avulla. Tämä on kuitenkin mahdollista vain, kunnes alkio on muutaman millimetrin kokoinen. Kasvaimilla on sama ongelma, kun ne saavuttavat samanlaisen koon. Sekä kasvava alkio että syöpäkasvain voivat jatkaa kasvuaan vain, jos ne onnistuvat muodostamaan verisuoniston, joka toimittaa niille tarvittavan hapen ja ravintoaineet. Syövän kasvu riippuu siis verisuonten kasvusta ja uudismuodostuksesta. Toisaalta on kuitenkin myös sairauksia, joille on ominaista riittämätön verisuonten kasvu. Esimerkiksi sepelvaltimotaudissa verisuonet eivät pysty toimittamaan sydänlihakseen riittävästi happea.Sydän- ja verisuonijärjestelmän lisäksi on olemassa vielä toinen verisuonijärjestelmä: imusuonisto. Se johtaa ylimääräisen kudosnesteen takaisin vereen ja sillä on tärkeä rooli kehon omassa puolustusmekanismissa bakteereja ja viruksia vastaan. Verenkiertojärjestelmän tavoin imukudosjärjestelmällä on tärkeä rooli monissa sairauksissa. Esimerkiksi lymfedeemapotilaat kärsivät raajojen turvotuksesta, koska imusuonia ei ole riittävästi tai niiden toiminta on rajoittunut. Myös syövän leviäminen (metastaasit) liittyy läheisesti imukudosjärjestelmään, koska syöpäsolut käyttävät imusuonia kuljetusreitteinä kehon sisällä.

Suosikkipodcastini

Thu, 05 Jan 2012 00:00:00 +0000

Suosikkipodcastini. Nautin melkein jokaisesta jaksosta:

Tietokoneisiin liittyvät aiheet Turvallisuusuutisia ja tietoa tietoturvasta sekä siitä, miten tietokoneet ja internet toimivat: Security Now!
Kaikki Linuxista: The Linux Action Show!
Joka viikko aiheena on yksi avoimen lähdekoodin projekti: FLOSS Weekly

Tiede ja skeptisyys

Dosentti

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Olen toiminut 13. joulukuuta 2011 lähtien dosenttina (suom. dosentti ) Helsingin yliopistossa. Kyseessä ei ole vakituinen virka, vaan arvonimi, joka edellyttää tiettyä tieteellistä menestystä tohtorintutkinnon suorittamisen jälkeen sekä opetuskokemusta ( lisätietoja tästä suomeksi ).

Kuinka minusta tuli dosentti ("adjunct professor") Helsingin yliopistossa

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Verrattuna tohtorin tutkinnon suorittamiseen tuo ”dosentti”-juttu oli helppoa. Aloitin vuoden 2011 alussa ja sain arvonimen saman vuoden joulukuussa.En tiedä, eroavatko menettelytavat eri suomalaisissa yliopistoissa toisistaan, ja jotkut muodollisuudet saattavat olla ominaisia juuri Helsingin yliopistolle , mutta luettelen kuitenkin alla vaiheet, jotka kävin läpi arvonimen saamiseksi. Ohjeita löytyy myös täältä .

Tobin LEGO-palikkasarjat

Mon, 02 Jan 2012 00:00:00 +0000

SarjanumeroSarjanimiTeemaAlateemaVuosi625-1Traktori ja kaivinkoneKaupunkiClassic1978626-1Punaisen Ristin helikopteriKaupunkiClassic1978645-1Poliisin helikopteriKaupunkiClassic1979661-1 Spirit of St. Louis LEGOLAND 1976885-1 Avaruusskootteri SpaceClassic 1979886-1 Avaruusbuggy SpaceClassic 1979889-1 Tutka-auto SpaceClassic 1979894-1Liikkuva maaseuranta-asemaSpaceClassic1979897-1Liikkuva rakettien laukaisualustaSpaceClassic1979924-1AvaruuskuljetusalusSpaceClassic1979928-1Avaruusristeilijä ja kuutukikohtaSpaceClassic19791575-1Finnjet-lauttaFerries 19772114-1ChopovNinjagoSpinners20112116-1KraziNinjagoSpinners20113179-1KorjausautoCityTraffic20103179-1KorjausautoCityTraffic20103843-1Ramsesin pyramidi Games 20094915-1Mini-rakennussarjaCreator 20075933-1LentokenttärakennussarjaBricks and More 20115981-1Raid VPRSpaceSpace Police 320106191-1Palomies-rakennussarjaBricks and More 20096801-1KuubuggySpaceClassic19816821-1LapiobuggySpaceClassic19806822-1AvaruuskaivinkoneSpaceClassic19816841-1MineraalilöytölaiteSpaceClassic19806927-1MaastoajoneuvoSpaceClassic19816929-1Tähtilaivaston VoyagerSpaceClassic19817138-1RahkshiBionicleStars20107241-1Palokunta-autoCityFire20057245-1VankikuljetusautoCityPolice20057245-1VankikuljetusautoCityPolice20057566-1MaanviljelijäCityFarm20107610-1MoottoriveneCreator 20067631-1KippiautoCityConstruction20097732-1LentopostiCityCargo20087741-1PoliisihelikopteriCityPolice20087797-1KaksitasoCreator 20087930-1Palkkionmetsästäjän hyökkäyshelikopteriStar Wars: Kloonien sodat20117950-1Ritarien kohtaaminenCastleKingdoms20107953-1HovinarrinCastleKingdoms20107977-1Merenpohjan vaeltajaAtlantis 20117978-1Kalastajan hyökkäysAtlantis 20117984-1Syvänmeren ryöstäjäAtlantis 20118015-1Salamurhaajadroidien taistelupakettiStar Wars: Kloonien sota20098056-1Monster Crab ClashAtlantis 20108072-1Merisuihku, Atlantis 20108073-1Manta-soturi, Atlantis 20108083-1Kapinallissotilaan taistelupakettiStar WarsEpisodi IV–VI20108086-1Droid Tri-FighterStar WarsKloonien sota20108088-1ARC-170-tähtihävittäjäStar WarsKloonien sota20108089-1 Hothin Wampa-luola Star Wars Episodi IV–VI 20108093-1 Plo Koonin Jedi-tähtihävittäjä Star Wars The Clone Wars 20108095-1Kenraali Grievousin tähtihävittäjäStar WarsKloonien sota20108096-1Keisari Palpatinen sukkulaStar WarsEpisodi III20108130-1Terrain CrusherRacersTiny Turbos20078137-1Booster BeastRacersPower Racers20078193-1Blue BulletRacersTiny Turbos20108221-1Storming EnforcerRacers 20118400-1AvaruusspeederAvaruusAvaruuspoliisi 320098665-1Highway EnforcerRacersTiny Turbos20068860-1Auton alustaTechnic 198010188-1Death StarStar WarsUltimate Collector Series2008

Tobin LEGO-palikkasarjat

Wed, 09 Nov 2011 00:00:00 +0000

Johdanto imusuonistotutkimukseen

Thu, 20 Oct 2011 00:00:00 +0000

Luento 1: Verenkierto ja imusuonisto: anatomia ja fysiologia
Luento 2: Imusuoniston molekyylit
Luento 3: Imusuonisto sairauksissa
Luento 4: Malliorganismit imusuoniston tutkimuksessa , [.tex file](/downloads/
Luento 5: Imusuonistotutkimuksen perustekniikat
Luento 6: Imusuonistotutkimuksen ajankohtaisia kysymyksiä

Miten päädyit tänne?

Tue, 20 Sep 2011 00:00:00 +0000

Rakenne-toiminto-suhteet VEGF- ja VEGF-reseptoriperheissä

Wed, 03 Aug 2011 00:00:00 +0000

Kahdeksas kansainvälinen Duodecim-symposiumi aiheesta ”Endoteelikasvutekijät syövässä ja sydän- ja verisuonitaudeissa” järjestettiin Vanajanlinnan kartanossa 9.–11. kesäkuuta 2011. Paikka sijaitsee hieman yli 100 km:n päässä Helsingistä, ja tein matkan polkupyörällä. Tässä on tiivistelmä kokoukseen laatimastani posterista:

Joitakin hyödyllisiä PDF-muokkaus- (ja haku-)komentoja

Thu, 28 Jul 2011 00:00:00 +0000

Sivujen lisääminen lomittain: pdftk A=input_odd_pages.pdf B=input_even_pages.pdf shuffle A B output collated.pdf (pdftk-paketista)
Jaa A2-kokoinen PDF-tiedosto kahdeksi A3-sivuksi tulostusta varten (ilman päällekkäisyyttä): pdfposter -m A3 -p A2 Periodic-Table_A2.pdf Periodic-Table_2xA3.pdf
Jaa minkä tahansa kokoinen PDF-tiedosto A3-sivuiksi tulostusta varten 100 %:n koossa (= 1), ilman päällekkäisyyttä: pdfposter -m A3 -s1 Poster.pdf Poster_split_to_A3.pdf
Käännä sivujen järjestys: pdftk input.pdf cat end-1 output reversed.pdf (pdftk-paketista)
Pienennä PDF-tiedoston kokoa: gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/screen -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdf Sallitut PDFSETTINGS-asetukset ovat /screen, /ebook, /printer, /prepress, /default. (ghostscript-paketista)
Muunna värillinen PDF-tiedosto harmaasävyiseksi: gs -sOutputFile=output.pdf -sDEVICE=pdfwrite -sColorConversionStrategy=Gray -dProcessColorModel=/DeviceGray -dAutoRotatePages=/None -dCompatibilityLevel=1.4 -dNOPAUSE -dBATCH input.pdf (ghostscript-paketista)
Vie bittikarttakuvia: pdfimages -j original.pdf extracted (xpdf-paketista)
Muunna bittikarttakuvaksi: convert original.pdf converted.png (imagemagick-paketista)
Jaa yksittäisiksi yhden sivun PDF-tiedostoiksi: pdftk original.pdf burst (pdftk-paketista)
Yhdistä kaksi tai useampia PDF-tiedostoja: pdftk original1.pdf original2.pdf cat output merged.pdf (pdftk-paketista)
Poista sivu 13 PDF-tiedostosta: pdftk original.pdf cat 1-12 14-end output page13deleted.pdf (pdftk-paketista)
Kierrä PDF-tiedoston sivu 5 90 astetta vastapäivään: pdftk Figures_LRES.pdf cat 1-4 5L 6-end output Figures_LRES2.pdf (pdftk-paketista>
Kokoa uusi PDF-tiedosto, jossa lähdetiedostojen neljä sivua yhdistetään yhdeksi vaakasuuntaiseksi sivuksi: pdfjam *.pdf –landscape –nup 2x2. Pystysuuntaista asettelua varten käytä vaihtoehtoa “–no-landscape” (pdfjam-paketista).
Aseta yksi PDF-tiedosto toisen (taustana toimivan) PDF-tiedoston päälle: pdftk foreground.pdf background background.pdf output overlay.pdf (pdftk-paketista).
GUI-PDF-editorit: Kokeilin PDFEdit -ohjelmaa, mutta se on minulle liian vaikea. Master PDF Editor" ei ole ilmainen, mutta se näyttää olevan paljon helppokäyttöisempi ilman käyttäjän laajaa perehdyttämistä.
**Salata PDF-tiedosto sekä omistajan salasanalla (tiedoston muokkaamista varten) että käyttäjän salasanalla (tiedoston avaamista varten): **pdftk input.pdf output encrypted.pdf owner_pw PROMPT user_pw PROMPT (pdftk-paketista).
**Jos haluat tehdä tekstihakua useista PDF-tiedostoista nykyisessä hakemistossa ja kaikissa sen alihakemistoissa, voit käyttää pdfgrep : **pdfgrep -r hakutermi * (pdfgrep-paketista).
**Muunna ja yhdistä kaikki nykyisen hakemiston jpg-tiedostot yhdeksi PDF-tiedostoksi:**convert *.jpg pictures.pdf Uusimmissa Ubuntu-versioissa tätä eräajotoimintoa ei sallita turvallisuusriskien vuoksi, mutta voit poistaa tämän rajoituksen käytöstä nimeämällä konfiguraatiotiedoston uudelleen: /etc/ImageMagick-6$ sudo mv policy.xml policy.xmlout

Pelastus pölynimurista

Tue, 05 Jul 2011 00:00:00 +0000

Olen selvittänyt tärkeimmän syyn siihen, miksi LEGO-palikat katoavat meiltä kotoa: pölynimuri. Epäilykseni vuoksi päätin vastahakoisesti tutkia pölynimurin pussin sisällön (Miele HyClean N/G), kun se oli täynnä, ja tässä on se, mitä sieltä löysin: Kolme LEGO-palikkaa, kolme palapelin palaa, ruuvimeisselin kärki, nastaseinän neula, Mastermind -pelin nasta ja jokin vielä tunnistamaton metalliesine.

Akateeminen portfolio 2011

Tue, 08 Mar 2011 00:00:00 +0000

Tämä on akateeminen portfolioni PDF-muodossa. Koska se on julkinen, jouduin peittämään luottamukselliset tiedot, jotka koskevat käynnissä olevia yhteistyöhankkeita, tutkimussuunnitelmiani sekä Vegenics Ltd./Circadian Technologies -yhtiölle tekemääni sopimusperusteista tutkimusta. Minun piti koota tämä dosentti -tittelin hakemusta varten.

LEGO

Sat, 05 Feb 2011 00:00:00 +0000

Tobi haluaa Legoja. Jotta et ostaisi hänelle sarjoja, jotka hänellä jo on, hän on laatinut brickset.com -sivustolle luettelon kaikista sarjoistaan. Jotta sinun ei tarvitse rekisteröityä brickset.com-sivustolle, tästä löydät kopion kyseisestä listasta: Tobin Lego-sarjat .

Äkta Explorer FPLC -keskuksen ydinlaitos

Wed, 26 Jan 2011 00:00:00 +0000

Nykyään käytän suuren osan työajastani angiogeneesiä ja lymfangiogeneesiä säätelevien proteiinien puhdistamiseen. Siksi huolehdin Molekyylisen syöpäbiologian tutkimusohjelman omistamasta välttämättömästä laitteistosta: nopeasta proteiinien nestekromatografialaitteesta (FPLC). Prof. Jorma Keski-Oja hankki noin 15 vuotta sitten yhden ensimmäisistä (ja vuonna 2010 tuotannosta poistettuja) Äkta Explorer -laitteita ruotsalaiselta valmistajalta Pharmacia (joka fuusioitui vuonna 1997 Amershamin kanssa muodostaen Amersham Pharmacia Biotech -yhtiön, jonka puolestaan GE Healthcare osti vuonna 2004). Vuonna 2000 laitteet siirrettiin Haartman-instituutista Biomedicum Helsinkiin . Vaikka olen ylläpitänyt tämän tutkimusinfrastruktuurin verkkosivuja viimeiset viisi vuotta (mukaan lukien online-varaukset ja tietojen varmuuskopiointi), ne olivat saatavilla vain Helsingin yliopiston verkon sisältä.Nyt olen onnistunut saamaan Äkta Explorer FPLC -keskuksen verkkosivut lisättyä Lääketieteellisen tiedekunnan . Tällä hetkellä olemme lisäämässä WAVE-soluviljelyjärjestelmää laitokseemme, jotta voimme tuottaa suuria määriä soluja ja soluviljelyn supernatanttia (jopa 25 litraa bakteeri-, hyönteis- tai nisäkässoluviljelyä) proteiinituotantoa varten.

Tilastoja Suomesta

Thu, 09 Dec 2010 00:00:00 +0000

Suomi nousee usein otsikoihin hyvistä sijoituksistaan kansainvälisissä vertailuissa. Kolme viimeaikaista merkittävää sijoitusta olivat OECD:n PISA-tutkimus vuodelta 2006 , vuosittainen korruptioindeksi sekä Newsweekin tutkimus parhaista asuinmaista . Kun Suomi ei pärjää kovin hyvin kansainvälisissä vertailuissa, raportoitavaa ei ole kovin paljon. Tässä on joitakin tilastoja, jotka olen jättänyt huomiotta:

Tilastoja Suomesta

Thu, 09 Dec 2010 00:00:00 +0000

Suomi pääsee usein otsikoihin hyvillä tuloksillaan kansainvälisissä vertailuissa. Tällaisiin kuuluu esimerkiksi OECD:n PISA-tutkimus vuodelta 2006 , vuotuinen korruption havaitsemisindeksi sekä Newsweekin Paras maa elää -tutkimus . Jos Suomi ei pärjää niin hyvin kansainvälisessä vertailussa, siitä ei juurikaan uutisoida. Tässä muutamia tilastoja, joita kaipaan julkisuudessa:

Vanhan kaupungin museon voimalaitos

Wed, 08 Dec 2010 00:00:00 +0000

Siitä lähtien, kun muutimme uuteen asuntoomme, olemme tilanneet ympäristöystävällistä sähköä (”Ympäristöpennisähkö” Helsingin Energiasta ). Päätimme ”hankkia” energian vesivoimalaitokselta, joka sijaitsee lähellä kotiamme Helsingin Vanhakaupungin koskilla. Vanhakaupungin vesivoimalaitos aloitti toimintansa vuonna 1876 ja oli toiminnassa noin 100 vuotta, ennen kuin se suljettiin noin 40 vuotta sitten. EU:n rahoituksella voimalaitos kunnostettiin ja se aloitti toimintansa uudelleen vuonna 2000 museovoimalaitoksena, johon on vapaa pääsy kesäkuukausina. Ympäristöystävällisen sähkön ostaminen on lähinnä kannanotto sähkötoimittajallesi. Se tarkoittaa vain, että toimittajasi ostaa sertifikaatteja, jotka takaavat, että jossain sähköä tuotetaan ympäristöystävällisesti. Sähkö on sähköä on sähköä. Kun se on verkossa, ei ole mahdollista erottaa ydinvoimaloista tai kivihiilivoimaloista tuotettua sähköä tuuli- tai vesivoimalla tuotetusta sähköstä. Fyysisesti suurin osa sähköstä tulee lähimmästä lähteestä. Jos ostat ekologista sähköä ja asut lähellä ydinvoimalaitosta, saat suurimman osan sähköstäsi sieltä, halusitpa sitä tai et. Meillä on siis todellakin mahdollisuus saada osa sähköstämme talomme vieressä sijaitsevasta museovoimalaitoksesta. Eli: jos se toimisi.Generaattori rikkoutui noin kaksi vuotta sitten, ja varaosaa jouduttiin tilaamaan Itävallasta (generaattorin akseli piti valmistaa mittatilaustyönä). Varaosa toimitettiin vuonna 2009, mutta jostain syystä generaattori ei vieläkään ollut täysin toimintakunnossa. Voimalaitoksen toiminta riippuu Vantaanjoen vedenkorkeudesta. Alhaiset vedenkorkeudet olivat syynä esimerkiksi kesällä 2010, mutta generaattori ei ole ollut toiminnassa edes silloin, kun vedenkorkeudet olisivat sen käytön sallineet (tilastot ovat nähtävissä täällä ).Käyn voimalaitoksella usein poikani kanssa, ja voin siksi todeta, että vuoden 2010 aikana tekemillämme noin kymmenellä vierailulla emme ole kertaakaan nähneet generaattoria pyörivän. Vuonna 2007 se pyöri lähes joka kerta, kun kävimme siellä. Vieläkin pettymystä aiheutti se, että museon henkilökunta pystyi vain vahvistamaan, että koneessa on ilmeisesti edelleen jokin vika akselin vaihdosta huolimatta; he eivät kuitenkaan pystyneet kertomaan meille mitään yksityiskohtia. Yllättävintä on se, että kukaan voimalaitosta operoivasta yrityksestä ei kertonut meille mitään, vaikka saimme oletettavasti sähköämme juuri tästä voimalaitoksesta. Siksi kirjoitin 24. elokuuta sähköpostia Helsingin Energian Ulla-Maija Alanderille kysyäkseni tilanteesta ja kehottaakseni heitä antamaan asiakkailleen enemmän tietoa. Koska en saanut vastausta kolmeen viikkoon, lähetin sähköpostin uudelleen 15. syyskuuta ja odottelin vielä kolme viikkoa, minkä jälkeen soitin lopulta puhelimella. Puhelinkeskustelun aikana minulle luvattiin vastaus, joka saapui sähköpostitse: Hyvä herra Jeltsch, ensinnäkin haluaisin pyytää anteeksi, etten ole vastannut palautteeseenne aikaisemmin, ja kiittää teitä kiinnostuksestanne Vanhankaupunginkosken voimalaitosta kohtaan.Syy siihen, miksi generaattori ei tällä hetkellä ole toiminnassa, on – kuten oikein arvelitte – veden puute, kuten on usein ollut. Generaattorin korjauksen jälkeen toukokuussa 2009 on kuitenkin ilmennyt myös teknisiä ongelmia. Tänä vuonna veden puute johti ”nollatuotantoon” tammikuussa ja helmikuussa. Touko- ja kesäkuussa turbiinissa oli valitettavasti ongelmia, jotka estivät generaattorin käytön. Kun nämä ongelmat oli ratkaistu, vedenpinta laski jälleen elokuussa. En tiedä, onko esittelykäyttö ollut päivittäinen käytäntö, mutta palaan asiaan heti, kun saan lisätietoja siitä ja syistä, miksi käytäntöä on mahdollisesti muutettu.Olette täysin oikeassa siitä, että verkkosivuillamme ja arvokkaille Ympäristöpenni-asiakkaillemme on annettu liian vähän tietoa. Ja olette oikeassa siinäkin, että tämä on anteeksiantamatonta. Meidän on selvästi parannettava toimintaamme. Niin myös teemme.Kiitos palautteesta! Ystävällisin terveisin, Anna-Maria Asell Tuotepäällikkö Helsingin Energia 00090 Helen Kampinkuja 2, Helsinki Puh. 09 617 3168anna-maria.asell@helen.fi www.helen.fi

HBGS-kurssi

Mon, 10 May 2010 00:00:00 +0000

Kaikki HBGS -kurssiin Proteiinien ilmentymisen, havaitsemisen ja puhdistamisen merkit liittyvät asiakirjat. Suurin osa asiakirjoista on saatavilla sekä PDF- että OpenOffice-muodossa. Voit vapaasti käyttää asiakirjoja muihin tarkoituksiin. Niiden lisenssi on Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 1.0 -lisenssi .

Customer rights at Prisma Viikki

Wed, 10 Mar 2010 00:00:00 +0000

Tammikuussa Esprit/Sigikid-sammakkomme meni rikki. Se on soittava lelu, joka pitää vauvamme kiireisenä vaippojenvaihdon aikana. Se lakkasi soittamasta Schlaf, Kindlein schlaf -melodiaansa sen jälkeen, kun sen mekanismi oli kääritty vetämällä pohjasta ulos tulevasta narusta.Mekanismia on todennäköisesti käytetty noin 300 kertaa. Heti ostopäivästä lähtien kääremekanismissa on ollut eräs erityispiirre: kun vetää sisäänvedettyä narua, tuntuu aluksi vastusta, jonka voittamiseksi on vedettävä erittäin voimakkaasti. Alkuvastuksen jälkeen narua oli kuitenkin helppo vetää, emmekä kiinnittäneet asiaan enää huomiota totuttuamme siihen. Kunnes mekanismi lakkasi toimimasta vetämisen jälkeen. Silloin tajusimme, että vetämisen aloittamisen ei ehkä olisi pitänyt olla niin vaikeaa ja että tämä saattoi viitata alkuperäiseen ongelmaan, joka ilmeni vasta riittävän käytön jälkeen.Tämä sammakko ei suinkaan ollut halpa. Itse asiassa suomalainen Prisma -myymälä (Viikin myymälä) otti suuren voittomarginaalin myymällä sitä lähes 19 eurolla, vaikka sen voi ostaa verkosta alle 9 eurolla ( Baby-Markt tai 12,97 eurolla amazon.de )-verkkokaupasta. Tämä on EU-direktiivi, joka sääntelee tällaisia myyjän vastuuta koskevia tapauksia ( Euroopan parlamentin ja neuvoston direktiivi 1999/44/EY, annettu 25 päivänä toukokuuta 1999, kulutustavaroiden myynnin ja siihen liittyvien takuiden tietyistä näkökohdista ) sekä se, että kyseessä on Sigikidin Saksassa suunnittelema (mutta ei valmistama) tuote, saivat minut päättelemään, että minun pitäisi saada se vaihdettua ilman ongelmia jo vain 8 kuukauden käytön jälkeen (aloimme käyttää sitä tosissamme vasta tyttäremme syntymän jälkeen kesäkuussa).Se, mitä koin Prisma Viikin asiakaspalvelupisteessä, oli kuitenkin täysin erilainen kuin odotin. Ensin minulle kerrottiin, että tuotteella on 6 kuukauden takuu, joten en saisi sitä vaihdettua. Koska vaadin tuotteen virallista palautusta, myyjä täytti palautuslomakkeen puolestani. Minun on mainittava, että keskustelu käytiin suomeksi, joka ei ole vahvimpia kieliäni. Jälkikäteen tajuan, että minun olisi pitänyt täyttää lomake itse (englanniksi) korostaakseni, että tuote oli todennäköisesti viallinen jo alusta alkaen. Muutamaa päivää myöhemmin sain puhelun, jossa toistettiin, että ”viallista tuotetta ei vaihdeta”. Mainitsin EU-direktiivin, joka edellyttää myyjän kahden vuoden vastuuta. Ja koska Suomi on EU:n jäsen, minun pitäisi pystyä käyttämään EU:n myöntämiä oikeuksiani. Yllättäen puhelimen toisessa päässä ollut myymälän edustaja myönsi, ettei hän tunne tällaista direktiiviä, ja lupasi ottaa yhteyttä Suomen kuluttajansuojaviranomaisiin ja palata asiaan myöhemmin. Jälleen muutaman päivän kuluttua kävin aiheesta toisen pitkän puhelinkeskustelun, jossa minulla oli vihdoin tilaisuus selostaa tilanne yksityiskohtaisesti englanniksi. Itse asiassa kävi ilmi, että Suomen lainsäädännössä ei ole mitään aikarajaa myyjän vastuulle, vaan jokainen tapaus käsitellään erikseen. Tämä voi olla minulle joko hyvä tai huono asia, riippuen siitä, väitetäänkö tällaisen musiikkilelun odotetun käyttöiän olevan huomattavasti pidempi vai lyhyempi kuin noin 11 kuukautta. Keskustelun lopussa Prisman edustaja myönsi, että tilanne saattaa olla erilainen kuin hän alun perin oli käsittänyt. Jälleen muutaman päivän kuluttua sain uuden puhelun joltakin toiselta henkilöltä, joka pyysi minua toimittamaan yksityiskohtaisen kuvauksen pyynnöstäni kirjallisessa muodossa, minkä tein eilen (9. maaliskuuta) sähköpostitse. Nyt odotan molempia osapuolia tyydyttävää ratkaisua. Itse asiassa uskon, että mekaaninen vika on luultavasti vähäinen, ja jos toimintahäiriö olisi ilmennyt hieman myöhemmin, olisin todennäköisesti ”leikannut sammakkoa” korjatakseni sen itse. Tämä tapaus on jo vienyt kohtuuttoman paljon aikaani, ja jo tästä syystä tapaus jättää minulle todennäköisesti (riippumatta sen lopputuloksesta) jonkinlaisen epämiellyttävän tunteen Prisman asiakaspalvelusta.Kun verrataan myyjien hyväntahtoisuutta (onko saksankieliselle sanalle ”Kulanz” tarkempaa englanninkielistä käännöstä) Suomen ja Saksan välillä, se saa useimmat täällä Suomessa asuvat saksalaiset tuntemaan nostalgiaa ja koti-ikävää. Noin puolet rahoistani kulutan juuri siinä samassa Prisma Viikin myymälässä, joka kieltäytyi vaihtamasta Esprit/Sigikid-sammakkoa. Onneksi asumme täsmälleen puolivälissä Arabia-kauppakeskuksen ja Prisma Viikin välillä. PÄIVITYS (14. huhtikuuta 2010): Tänään – yli kahden kuukauden kuluttua – maahantuoja lähetti meille korjatun sammakon.

Lastenohjelmat saksalaisessa televisiossa (Kid's series on German TV)

Fri, 05 Mar 2010 00:00:00 +0000

Saksalaisten julkisten televisioyhtiöiden (eli ARD:n) lapsille suunnattu verkkotarjonta ( kinder.ard.de ) on melko rajallinen (vaikka laadukkaita lastenohjelmia tuotetaankin). Verkosta löytyy kyllä paljon sisältöä, mutta harvoin varsinaisia ohjelmia, vaan lähinnä Flash-roskaa . Valikoidut tarinat ja pätkät [Sendung mit der Maus]-ohjelmasta ( http://www.wdrmaus.de/index.php5?flashschalter=off ) ovat ainoat, jotka kiinnostavat poikaani. Haluan koko Sendung mit der Maus -ohjelman! Ja Sesamstrassea ei ole lainkaan verkossa, ei kokonaan eikä osittain. Juuri sitä haluaisin: en nimittäin halua päättää vain itse, MITÄ lapseni katsovat televisiosta, vaan myös MILLOIN. Jos asuisin Saksassa, voisin tallentaa ohjelmat kiintolevylle. Onneksi Saksan lainsäädäntö sallii paitsi digitaalisen tallennuksen omaan käyttöön (" yksityiskopio "), myös tallennetun materiaalin jakamisen ystäville. Näin saan Sesamstrasse , Sendung mit der Maus , Was ist was TV ja Bibliothek der Sachgeschichten .Muuten on olemassa myös laillisia palveluita, jotka hoitavat digitaalisen tallennuksen pientä maksua vastaan ( ShiftTV tai OnlineTV Recorder ). Ja elokuvatiedostoja saa tietysti – laillisesti – jakaa myös ystäville. Aivan kuten 20 vuotta sitten VHS-videokasettien kanssa… Jäljellä on enää leikata tiedoston alku ja loppu, jotta kiintolevyllä ei kuluisi liikaa tilaa. Ohjelmat eivät nimittäin juuri koskaan ala juuri sillä hetkellä, jolle videonauhuri on ohjelmoitu. Leikkaan tiedostot Mencoderilla, joka on Mplayer -soittimen avoimen lähdekoodin oheisohjelma:

Suomalaisten televisiokanavien verkkopalvelut (YLE Areena ja Katsomo)

Thu, 04 Mar 2010 00:00:00 +0000

Ilmeisesti huomattava määrä ihmisiä (arviolta noin 1–2 % suomalaisista kotitalouksista) ei antanut periksi poliittiselle ja mainonnalliselle painostukselle päivittää televisiotaan digitaalilähetysten vastaanottamista varten. Täällä Suomessa analogiset lähetykset lopetettiin vuonna 2007. Näin ollen ilman ”digiboksia” tai uutta digitelevisiota ei voi enää vastaanottaa suomalaisia lähetyksiä, eikä kansallista julkista televisioyhtiötä YLE:tä tukevaa televisiomaksua pitäisi joutua maksamaan. Miljoonien eurojen tulonmenetysten ajamina julkiset lähetystoiminnan harjoittajat lobbasivat poliitikkoja ottamaan käyttöön pakollisen ”mediamaksun” jokaiselle kotitaloudelle riippumatta niiden televisionkatselutottumuksista. Yksi kuulemani perustelu oli, että ne, jotka eivät päivittäneet televisioitaan, kuluttavat YLE:n tuottamaa sisältöä internetin tai muiden välineiden kautta. Vaikka tämä pätee varmasti moniin heistä, se ei ole pätevä argumentti tässä keskustelussa, sillä on edelleen monia, jotka eivät tee niin ja joiden ei siksi pitäisi joutua maksamaan. Meidän kotitaloudessamme ei jatkettu televisiomaksun maksamista analogisen signaalin sammuttamisen jälkeen: meillä ei ole digiboksia, digitelevisiota eikä muuta digitaalista vastaanotinta. Jo ennen sitä katselimme televisiota tuskin lainkaan, ja jokainen katselutunti maksoi meille noin 20 euroa televisiomaksua (vuosimaksu jaettuna vuosittain katsotuilla tunneilla).Aloin käyttää suomalaisen yleisradioyhtiön YLE:n (ilmaisia) internet-tv-palveluita ( YLE Areena ) vasta vuoden 2009 lopulla, kun kuulin, että tv-maksu on jo sovittu ja se otetaan käyttöön ensi vuoden paikkeilla. Toivon vilpittömästi, että kun pakollinen mediamaksu otetaan käyttöön, YLE:n internetpalvelut eivät rajoitu vain muutamaan valittuun sarjaan, kuten nyt on. En vastusta rahan ohjaamista julkiseen lähetystoimintaan: Maailman parhaat dokumentit tuottaa BBC , lähetystoiminnan jättiläinen, joka saa valtavia summia brittiläisiltä veronmaksajilta. Puhutaanpa suomalaisen julkisen television laadusta: Ainoa ohjelma, jota minä (tai pikemminkin poikani) katsomme YLE Areenan internetpalvelun kautta, ei ole YLE:n tuottama, vaan ulkomailta hankittu. Se on brittiläinen lastensarja Little Princess . Ja koska saatavuus on rajoitettua (luulen, että jokaisen jakson voi katsoa vain kahden viikon ajan ensiesityksen jälkeen), minun on tallennettava suoratoistovideo, sillä YLE:n käyttämässä Flash-soittimessa ei ole ”Lataa levylle” -vaihtoehtoa.Onneksi joku Helsingin teknillisestä yliopistosta on mukauttanut rtmpdump toimimaan YLE Areenan kanssa ( rtmpdump-yle ). Tämä ei kuitenkaan sovi heikkohermoisille, sillä ohjelma on käännettävä itse lähdekoodista (se kääntyi sujuvasti omalla Linux Ubuntu Hardy Heron -järjestelmälläni; PÄIVITYS 10.5.2010: Vanilla Lucid Lynx -järjestelmässä tarvittiin libssl-dev-paketti ennen kääntämistä). Kääntämisen jälkeen riittää, että avaat Yle Areenan verkkosivun selaimessasi ja valitset haluamasi ohjelman. Sen jälkeen sinun täytyy kopioida ohjelman tunnistenumero URL-osoitteesta ja lisätä se seuraavaan komentoon: rtmpdump-yle -r rtmp://flashk.yle.fi/AreenaServer/ --swfUrl http://areena.yle.fi/player/Application.swf -p http://areena.yle.fi/video/706793 -o /home/jeltsch/Multimedia/TV\ Shows/Kids\ \&\ Family/Little\ Princess/Pikku\ Prinsessa.flv PÄIVITYS (10.5.2010): Käyttö on nyt entistä helpompaa! yle-dl http://areena.yle.fi/video/950912[img_assist|nid=534|title=|desc=|link=url,http://katsomo.fi|align=left|width=160|height=90]Ainoa toinen ohjelma, jonka saan suomalaisista internet-tv-palveluista, on myös ulkomainen tuotanto: Mythbusters . Tämän saan kuitenkin Katsomosta , joka on suomalaisen kaupallisen televisiokanavan MTV3:n internet-tv-haara. Myös Katsomon kohdalla joudut turvautumaan komentorivitaikuuteen tallentaaksesi ohjelman levylle. Katsomoa varten tarvitset Mplayerin : Avaa Katsomon verkkosivu selaimessasi ohjelman toistamiseksi. Kopioi ohjelman tunnusnumero URL-osoitteesta ja lisää se p-muuttujaan seuraavassa komennossa. Joskus komennon ensimmäinen versio ei toimi (miksi ei?).mplayer -playlist "http://www.katsomo.fi/metafile.asx?p=30911&bw=1000" -dumpstream -dumpfile mythbusters.avi``mplayer "mms://www.katsomo.fi/metafile.asx?p=30911&bw=1000" -dumpstream -dumpfile mythbusters.avi Joskus tämä ei vain toimi verkon ruuhkautumisen takia, ja yhteys katkeaa muutaman (tai kahden sadan) megatavun jälkeen. Ja vaikka se toimisikin, saatat saada virheilmoituksen (“Stream not seekable”), mutta voit jättää sen huomiotta, sillä sisältö ladataan siitä huolimatta. Se kuitenkin suoratoistetaan reaaliajassa – tallentaminen kestää yhtä kauan kuin katsominen, toisin kuin YLE Areenan rtmpdump, joka lataa 30 minuutin jakson noin yhdessä tai kahdessa minuutissa (edellyttäen, että latausnopeutesi sallii sen).

Levyn tyhjennys (dd) ja kopiointi verkon kautta (netcat)

Tue, 16 Feb 2010 00:00:00 +0000

Vastaanottavalla koneella (levy sda:n on oltava irrotettuna, esim. käynnistämällä järjestelmä live-CD:ltä tai USB-muistitikulta):netcat -l -p 4778 | dd of=/dev/sdaLähettävällä koneella (levy sdb:n on oltava irrotettuna, esim. käynnistämällä tietokone live-CD:ltä tai USB-tikulta):dd if=/dev/sdb | netcat 192.168.0.4 4778(-l listen; -p port)Kopioidaksesi hakemiston verkon kautta, siirry kyseiseen hakemistoon ja suorita lähettävällä koneella:tar -cz . | nc -q 10 -l -p 45454Vastaanottavalla koneella luo hakemisto, siirry siihen ja suorita:nc -w 10 192.168.0.11 45454 | tar -xzMuuten: Jos haluat seurata levyn kopioinnin etenemistä (kuinka paljon on jo kopioitu, kuinka kauan se on kestänyt ja mikä on keskimääräinen nopeus), voit käyttää (uudemmissa dd-versioissa) status-vaihtoehtoa. Tämä ei varmaankaan toimi verkkokopioinnissa, mutta en ole kokeillut… dd if=/dev/sdb of=/target status=progress

VEGF-C/VEGFR-2-kompleksin rakenteen selvittäminen kesti 13 vuotta

Wed, 03 Feb 2010 00:00:00 +0000

Lopulta artikkelimme hyväksyttiin julkaistavaksi [PNAS]-lehdessä ( http://www.pnas.org/content/early/2010/01/19/0914318107.abstract ) (ladattavissa myös täältä ). Aloitin projektin tekemällä ensimmäisen konstruktin 13 vuotta sitten, mutta se ei edennyt mihinkään ensimmäisten 9 vuoden aikana, koska panostus oli riittämätöntä ja kokeellisen suunnittelun osalta tehtiin muutamia epäonnisia valintoja. Päätin tutkia aluksi bakteeriproteiinia, mutta vaikka proteiinin uudelleenlaskostuminen onnistui, se oli erittäin tehotonta (Ala-mutaatio sekä N- ja C-terminaalien tarkka leikkaaminen). Lisää…

Pysyvä staattinen reitti Ubuntu Karmic Koala (9.10), Precise Pangolin (12.04) ja Trusty Tahr (14.04) -käyttöjärjestelmissä

Sat, 26 Dec 2009 00:00:00 +0000

Karmic Koala Jos haluat lisätä pysyvän staattisen reitin Karmic Koala -järjestelmään, jossa on yksi verkkokortti, sinun on muokattava tiedostoa /etc/network/interfaces. Seuraava osa on korvattava:# Ensisijainen verkkoliitäntäauto eth0#iface eth0 inet dhcpMuokkaa seuraavasti:# Ensisijainen verkkoliitäntäauto eth0iface eth0 inet dhcpup route add -net 10.8.0.0 netmask 255.255.255.0 gw 192.168.0.3down route del -net 10.8.0.0 netmask 255.255.255.0 gw 192.168.0.3**Precise Pangolin (12.04)**Precise Pangolinissa tein tämän lisäämällä /etc/network/if-up.d-kansioon skriptin nimeltä add_route:#!/bin/sh#if [ "$IFACE" = "eth0" ]; then route add -net 10.8.0.0/24 gw 192.168.0.18#fiEn koskaan lisännyt vastaavaa skriptiä (del_route) hakemistoon /etc/if-down.d, mutta se näyttää toimivan hyvin.**Trusty Tahr (14.04)**Trusty Tahrissa lisäsin route-komennon rivinä /etc/rc.local-skriptiin:…route add -net 192.168.1.0/24 gw 192.168.0.3exit 0route-komennon on oltava ennen “exit 0”-riviä!**Mac OS X 10.8 (Mountain Lion)**Ja näin se tehdään Mac OS X 10.8:ssa: http://nellen.it/blog/2012/01/permanent-static-routes-for-mac-os-x . MacOS X:n ohjeet ovat muuttuneet ajan myötä; tässä on ohjeet siitä, miten se tehtiin MacOS X 10.4.7:ssä .

Rekombinanttiproteiinit

Fri, 25 Sep 2009 00:00:00 +0000

Tällä sivulla oli aiemmin dynaamisesti päivittyvä luettelo proteiineista, mutta poistin yhteyden laboratorion tietokantapalvelimeen tietoturvasyistä.

Alla on luettelo rekombinanttiproteiineista, joita olemme tuottaneet. Jos tarvitset jotakin niistä, ota rohkeasti yhteyttä! Teemme mielellämme yhteistyötä.

Tomaattien viljely parvekkeella Suomessa

Sun, 30 Aug 2009 00:00:00 +0000

Asumme Helsingissä , Suomessa. Helsinki sijaitsee noin 60° pohjoista leveyttä, ja ilmasto ei suinkaan suosi muuta kuin sieniä, mustikoita ja porojäkälää . Mutta asunnossamme on lasitettu etelään avautuva parveke, joten ajattelin, että siellä pitäisi olla mahdollista kasvattaa joitakin vihanneksia. Kylväsin tomaatit sisällä huhtikuun puolivälissä, jolloin lämpötila voi helposti laskea alle 0 °C:n ja myös lumimyrskyt eivät ole harvinaisia tähän aikaan vuodesta.Liian vähän valoaSe oli liian aikaista, sillä valoa ei vielä ollut tarpeeksi, ja seurauksena oli liian voimakas kasvu: hyvin ohuita, hauraita ja pitkiä kasveja, jotka yrittivät tavoitella lisää valoa. En pidä keinovalon käyttöä kovin ekologisena, mutta tässä tapauksessa se olisi auttanut. Toinen virhe oli se, että käyttämämme ruukut olivat aivan liian pieniä. Käytimme 2 ja 5 litran ruukkuja, joissa kussakin oli kaksi kasvia. Ensi kerralla istutamme vain yhden kasvin 10 litran ruukkuun. Kun lämpötilat nousivat toukokuun puolivälissä, siirsimme tomaattikasvit parvekkeelle. Koska valoa oli nyt runsaasti, ne kasvoivat hyvin nopeasti, ja pian niissä oli paljon keltaisia kukkia.PölytysongelmatTomaatteja ei kuitenkaan tullut. Näyttää siltä, että tomaatit tarvitsevat pölytykseen joko hyönteisiä tai tuulta, joista kumpaakaan ei ollut lasitetulla parvekkeellamme. Tuulen sijaan voi ravistaa kasveja siitepölyn irrottamiseksi. Kun teimme niin ja avasimme lasi-ikkunat, kasveihin muodostui heti hedelmiä. Tomaattilajike oli määrittelemätön – eli se kasvoi jatkuvasti ja tuotti kukkia. Meidän piti tukea kasveja parvekkeen kattoon kiinnitetyillä naruilla. Työläintä oli kastelu ja lannoitus. Koska kasveilla oli hyvin vähän multaa, niitä piti kastella päivittäin ja lannoittaa kahdesti viikossa laimennetulla lannoitteella. Lisäksi meidän piti käyttää parvekkeen kaihtimia kesäpäivien aurinkoisina tunteina, jotta kasvit eivät paistuisi. Paljon työtä muutaman tomaatin vuoksi. Olen samaa mieltä Wise Breadin kanssa siitä, että omien hedelmien ja vihannesten viljely on enemmän harrastus kuin tapa säästää rahaa.Ylivoimainen makuOn totta, että parvekkeellamme kasvaneet tomaatit maistuvat paremmalta kuin kaupasta ostetut; nelivuotias poikani sanoi tänään, että hän syö vain itse kasvatettuja tomaatteja. Erityisesti Länsi-Euroopan pohjoisosissa monet ihmiset eivät ole koskaan maistaneet todella hyviä tomaatteja. Halveksiva nimitys tomaatille, jolla ei ole lainkaan makua, on (saksaksi) ” Hollandtomate ”. Arvelen, että maun puute johtuu niiden viljelyolosuhteiden optimaalisuudesta, ehkä myös tietystä lajikkeesta. Esimerkiksi täyden maun kehittymiseksi tomaatit tarvitsevat myös kuivia kausia. Kuivat kaudet johtavat kuitenkin pienempiin hedelmiin. Ja koska kaupalliset tuottajat saavat palkkansa kilohinnalla, heidän tomaattinsa eivät koskaan koe kuivia kausia. Maku on paljon vaikeampi mitata kuin paino. Makuun puuttuminen ei todennäköisesti johdu keinolannoitteesta (kuten aiemmin epäilin). Käytimme keinolannoitetta, ja tulos oli silti parempi kuin mikään kaupallinen tuote, jota olen maistanut tänä vuonna.SatoKorjasin kasveista yhteensä yli 70 tomaattia (noin 7 kg). Sadonkorjuu alkoi melko myöhään (elokuun alussa) ja kesti lokakuun puoliväliin asti, jolloin poimin kaikki tomaatit, myös vihreät, jotta ne eivät jäätyisi. Kaikki vihreät tomaatit kypsyivät lopulta sisällä, ja muutama ehti mädäntyä. Söimme viimeiset omat tomaattimme marraskuun lopussa. Jopa ne, jotka kypsyivät poimimisen jälkeen, maistuivat paljon paremmalta kuin supermarketista ostetut.

Kuinka lisätä aikaleima jpg-kuvaan jhead- tai exiftool-ohjelmalla

Mon, 24 Aug 2009 00:00:00 +0000

Jos jpg-kuvassa ei ole EXIF-otsikkoa, se on luotava ensin: jhead -mkexif. Syötä sitten aikaleimatiedot: jhead -ts2009:08:15-10:30:00. Jheadin ( http://www.sentex.net/~mwandel/jhead/ ) lisäksi on olemassa toinen usein käytetty työkalu EXIF-tietojen muokkaamiseen: exiftool ( https://www.sno.phy.queensu.ca/~phil/exiftool/ ). Kun suoritat exiftool-komennon EXIF-tietojen näyttämiseksi, saat seuraavanlaisen luettelon:user@laptop:~$ exiftool IMG_001.jpgExifTool-versio: 10.80Tiedostonimi: IMG_001.jpg[…]Alkuperäinen päivämäärä/aika: 2018:09:02 13:20:13Luontipäivämäärä: 2018:09:02 13:20:13[…]Arvon muokkaamiseksi sinun on kuitenkin osoitettava yksittäinen tunniste, eikä komentorivillä odotettu tunnisteen nimi ole sama kuin luettelossa annettu (esimerkiksi ”Create Date” -tunnisteen nimi on ”CreateDate”):exiftool -CreateDate='2009:11:32 09:11:24.991000' IMG_001.jpgExiftool on luultavasti tehokkain työkalu, mutta samasta syystä se ei ole helppokäyttöisin. Jos haluat poistaa kaikki EXIF-tiedot, kokeile seuraavaa:exiftool -all=IMG_001.jpg

Kananalkio

Tue, 18 Aug 2009 00:00:00 +0000

Munan kuoren reiän kautta voit seurata silmällä kanan koko kehitystä. Napsauta alla olevaa videolinkkiä nähdäksesi sydämen lyönnit!

Vihdoin hyvää itse tehtyä suklaajäätelöä

Fri, 07 Aug 2009 00:00:00 +0000

Viime kesänä ostin tämän jäätelökoneen. Osa tekemistäni jäätelöistä oli ihan kelvollista, mutta vasta nyt onnistuin tekemään jäätelöä, joka pärjää hyvin Mövenpickin tai vastaavien rinnalla. Salaisuus on: MUNAT sekä runsaasti RASVAA ja SOKERIA. Tässä on resepti:

Molekyyli- ja syöpäbiologian laboratorio 2008

Sat, 11 Jul 2009 00:00:00 +0000

Jättimäiset saippuakuplat

Thu, 11 Jun 2009 00:00:00 +0000

Internetissä on satoja sivuja, joilla kuvataan jättimäisten saippuakuplien valmistusohjeita. Mielenkiintoisimpia niistä ovat The Bubblesphere , Bubble Town , Soap Bubbler , Riesenseifenblasen durch polymere Additive (saksaksi) , Nanotech Kids . Miksi taas uusi saippuakuplia käsittelevä blogikirjoitus? Koska lähes kaikissa resepteissä käytetään ainesosia, joita ei ole saatavilla siellä, missä asun (eli Suomessa). Sain reseptin saippuakuplataiteilijalta, joka esiintyi naapurustoni päiväkodin tapahtumassa, ja tässä on muokattu versioni (mukaan lukien tuotemerkit, joita alkuperäisessä reseptissä ei ollut):

Molekyyli- ja syöpäbiologian laboratorio 2008

Mon, 11 May 2009 00:00:00 +0000

Molekyyli- ja syöpäbiologian laboratorio 10 vuotta sitten

Tue, 05 May 2009 00:00:00 +0000

Siivosin tietokoneeni tiedostoja ja löysin tämän vanhan valokuvakollaasin…

Ja tässä on toinen historiallinen asiakirja. Se on artikkeli Alitalon laboratoriosta ”Yliopisto”-lehdessä syyskuulta 2002:

Miten tekstitiedoston koodaus määritetään ja muunnetaan (file, enca, iconv)

Wed, 22 Apr 2009 00:00:00 +0000

Voit selvittää tiedoston ”sample.txt” tiedostotyypin kirjoittamalla seuraavasti: file sample.txt. Yleensä ohjelma ilmoittaa vain, että kyseessä on tekstitiedosto. Jos haluat tietää enemmän koodauksesta: enca -L none sample.text. -L-vaihtoehto kertoo ohjelmalle, mitä kieltä tiedostossa käytetään. Jos et tiedä, käytä vain none.Voit muuntaa koodauksen ISO-8859-1:stä (latin1) UTF-8:ksi seuraavasti: iconv --from-code=ISO-8859-1 --to-code=UTF-8 sample_iso8859-1.txt > sample_utf-8.txt

HTML-palvelimen tiedostojen käyttöoikeudet (rekursiivinen chmod) – tiedostojen ja hakemistojen erottelu

Sun, 12 Apr 2009 00:00:00 +0000

Sotkin HTML-palvelimeni juurihakemiston tiedostojen käyttöoikeudet rekursiivisesti. Korjatakseni tilanteen jouduin ottamaan käyttöön joitakin ”edistyneitä” chmod-asetuksia. Haluan tietysti kohdella hakemistoja ja tiedostoja eri tavalla. En keksinyt parempaa ratkaisua kuin seuraava: chmod -R u=rw-x,g=rw-x,o=r-wx *chmod -R a+X *

Vanhat Macit ja USB-tuki

Tue, 17 Mar 2009 00:00:00 +0000

Meillä on töissä muutamia vanhoja Macintosh-tietokoneita, joissa on edelleen käytössä erilaisia MacOS 9 -versioita. Vaikka näissä koneissa on USB-portteja, ne eivät useimmiten toimi. Luulen, että MacOS 9.0 oli ensimmäinen versio, joka tuki USB-massatallennuslaitteita, mutta ilmeisesti tuki on ollut epävakaata versioon 9.2.2 asti. Ilmeisesti MacOS 9:n erilaiset päivitykset korjasivat pääasiassa USB- (ja FireWire-)tuen ongelmia. Ainakin yhdessä näistä koneista (jossa on MacOS 9.2.2) onnistuin korjaamaan USB-tuen. Poistin järjestelmäkansiosta kaikki muut kuin Applen USB- ja Firewire-laajennukset (esim. joitakin Lacie-valmistajan laajennuksia). Sitten latasin Applelta Mac OS 9.1 -päivityksen ja purin kaikki USB-laajennukset TomeViewerilla ja korvasin olemassa olevat (9.2.2) laajennukset näillä (9.1) vastineilla. Uudelleenkäynnistyksen jälkeen (PC-alustettu) USB-muistitikku tunnistettiin välittömästi. Tässä on luettelo laajennuksista, jotka korvasin:

YouTube iPodille ja videotiedostojen tarkistaminen

Mon, 23 Feb 2009 00:00:00 +0000

Yritin purkaa äänitiedoston eräistä YouTube -videoista, jotta voisin toistaa sitä iPod Shufflellani. Kokeilin erilaisia menetelmiä (mukaan lukien muuten varsin monipuolisen VLC Playerin ), mutta päädyin lopulta seuraavaan kaksivaiheiseen menettelyyn: 1. Lataa Flash-video (tiedostopääte .flv) paikalliselle levylle. Voit käyttää mitä tahansa menetelmää tämän tehtävän suorittamiseen, mutta kuten tavallista, Firefoxilla on täydellinen laajennus tähän tehtävään: Download Helper . 2. Pura ja muunna äänitiedosto [ffmpeg]-ohjelmalla ( http://ffmpeg.org ) seuraavalla komennolla: ffmpeg -i video-infile.flv audio-outfile.mp3. On myös mahdollista muuntaa .flv-tiedosto .mpeg-tiedostoksi. Tämä on tarpeen esimerkiksi silloin, kun haluat tuoda videon iTunesiin . Jostain outosta syystä QuickTime pystyy toistamaan Flash-videoita, mutta iTunes ei salli niiden toistamista. Komento on lähes sama: ffmpeg -i video-infile.flv audio-outfile.mpeg Toinen kätevä ffmpeg:n käyttötapa on videotiedostojen tarkistaminen vioittumisen ja muiden ongelmien varalta: ffmpeg -v 5 -i file.avi -f null - 2>error.log

Käytän LaTeXia harvoin

Mon, 02 Feb 2009 00:00:00 +0000

Kompilointi Käytän toisinaan LaTeXia . Haluaisin käyttää sitä useammin, mutta kuulun kai WYSIWYG-sukupolveen. Itse asiassa käytän sitä niin harvoin, että unohdan jopa, miten asiakirja käännetään. Seuraava onkin vain muistutus itselleni; tiedostonimi on doc.tex:

cryptsetup

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

Siirryin jo jonkin aikaa sitten vanhasta cryptoloop-tekniikasta uudempaan cryptsetup-tekniikkaan. Unohdan kuitenkin edelleen, miten salatut levyt luodaan ja liitetään manuaalisesti, koska teen tätä harvoin. Tässä ovat komennot:cryptsetup create cryptovolume /dev/mapper/logical_volumemount /dev/mapper/cryptovolume /mountpointTässä tapauksessa liitin loogisen levyn, mutta tietysti voit liittää myös fyysisiä levyjä:cryptsetup create cryptovolume /dev/sdb1mount /dev/mapper/cryptovolume /mountpoint

Kuinka käyttää salattuja levyjä live-CD-levyiltä

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

Kun olet päättänyt salata kiintolevysi, saatat joutua tilanteeseen, jossa joudut siirtämään tietoja levyltä ilman, että käytettävissäsi on tavanomaisia salauksen purkumekanismeja. Esimerkiksi silloin, kun käyttöjärjestelmä ei käynnisty tai levyllä on fyysisiä vikoja. Tällöin sinun on käynnistettävä tietokone CD- tai DVD-levyltä, joka tukee käyttämääsi salaustekniikkaa. Minun tapauksessani tarvitsen Ubuntu-live-CD- tai DVD-levyn, mieluiten samaa versiota, jota käytettiin levyn salaamiseen! Muuten saattaa ilmetä yhteensopimattomuuksia:sudo apt-get install lvm2 cryptsetup sudo modprobe dm-crypt sudo cryptsetup luksOpen /dev/sda2 crypt1 (tulos: avainpaikka 0 avattu, komento onnistui) sudo vgscan --mknodes (tulos: Löydetty volyymiryhmä "default")sudo vgchange -ay (loogiset volyymit aktivoituvat)sudo mkdir /volume1 jne.sudo mount /dev/default/root1 /volume1

Kuinka tyhjentää kiintolevyt (shred, dd)

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

Voit kirjoittaa nollia koko kiintolevylle: dd if=/dev/zero of=/dev/hda. Uudemmissa dd-versioissa voit seurata prosessin etenemistä: dd if=/dev/zero of=/dev/hda status=progress. On kuitenkin suositeltavaa suorittaa muutama kierros satunnaista kohinaa (oletusarvo on n = 3). Jos kirjoitusprosessi poisti magneettisen historian kokonaan ja satunnaislukugeneraattorisi oli täydellinen, yksi kierros riittäisi AINA. Todellisuudessa tarvitset n>1 vain, jos kyseessä ovat valtion salaisuudet, sillä n=1-pyyhkimisen jälkeen tietojen palauttaminen vaatii erikoislaitteita, joita ei voi ostaa mistään kaupasta. shred -vfz -n3 /dev/hda

Verkkokorttien (NIC) MAC-osoitteen (Media Access Control) muuttaminen

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

Joissakin verkoissa tietokoneet on rekisteröitävä, jotta ne voivat yhdistää verkkoon. Rekisteröinnin yhteydessä tietokone saa nimen ja IP-osoitteen. Aina kun se yhdistää verkkoon, DHCP-palvelin määrittää sille saman nimen ja IP-osoitteen. DHCP-palvelin tunnistaa tietokoneet MAC-osoitteen perusteella, joka on jokaiselle verkkokortille (NIC) yksilöllinen. Jos kuitenkin tiedät rekisteröidyn tietokoneen MAC-osoitteen, voit käyttää sitä verkkoon yhdistämiseen väärentämällä MAC-osoitteen:

Lisää Tobin päiväkotilauluja (suomalaisia joululauluja)

Wed, 24 Dec 2008 00:00:00 +0000

METSÄMÖKIN TONTTU

Kas metsämökin ikkuna, sielt tonttu ulos kurkistaa.Ja jänö laukkaa laputtaa ja oveen kolkuttaa:Auta, auta pyydän sua, metsämies kun vaanii mua.Sulle suojan tarjoan siis kätes ojenna.

Kuinka paljon hammastahnaa 3-vuotias voi nielaista turvallisesti?

Mon, 22 Dec 2008 00:00:00 +0000

Poikani ei pidä hampaiden harjaamisesta, eikä hän luultavasti ole tässä suhteessa mikään poikkeus. Hampaiden suojelemiseksi aloimme käyttää fluoridia sisältävää hammastahnaa, kun hän oli noin 2-vuotias. Olimme kuitenkin aina varovaisia emmekä antaneet hänen niellä hammastahnaa yliannostuksen välttämiseksi. Pikkulapsilla esiintyy todennäköisesti edelleen vuosittain melko paljon akuutteja fluorimyrkytystapauksia (Shulman & Wells, 1997) , ja ei ole yllättävää, että ne johtuvat pääasiassa suurten määrien fluoridia sisältävän hammastahnan nielemisestä. Laskin juuri äsken, että poikani ei todennäköisesti ollut koskaan yliannostuksen vaarassa, sillä vesi, jota saamme täällä Helsingissä paikalliselta vesilaitokselta Helsingin Vesi , sisältää hyvin vähän fluoria (0,1 mg/l tai 0,1 ppm). Hän harjaa hampaansa kahdesti päivässä ja käyttää joka kerta herneen kokoisen määrän hammastahnaa (noin 0,15 g). Hänen käyttämänsä hammastahna (OralB Stages) sisältää 0,11 % natriumfluoridia (joka vastaa 0,05 %:a fluoridia). Tämä tarkoittaa, että jos hän nielaisi koko hammastahnamääränsä, hän saisi päivittäin 0,15 mg fluoridia. Tämä on 30 % American Dental Associationin 3–6-vuotiaille lapsille, ja se on silti vähemmän kuin 6 kuukauden ja 3 vuoden ikäisille lapsille suositeltu päivittäinen määrä (0,25 mg). En ole kannustanut häntä nielemään hammastahnaa, vaikka sen tekemistä vastaan ei näytä olevan mitään syytä paitsi oma epäjohdonmukaisuuteni vanhempana. Isä ei luultavasti tiedä asiasta, koska hän muuttaa mieltään koko ajan… Mutta luulen, että koska hän pureskelee ksylitoli-purukumia niin innokkaasti, hänen pitäisi pärjätä hyvin ilman suurempaakin fluorimäärää.

WINE-regressiotestaus

Sun, 30 Nov 2008 00:00:00 +0000

Käytän Textco :n Gene Construction Kit -ohjelmaa (versio 2.5) DNA-vektori-karttojen piirtämiseen. Valitettavasti tämä yritys ei välitä Linux-käyttäjistä. Siksi joudun käyttämään WINE:tä Windows-version ajamiseen. Voisin tietenkin käyttää VMware:tä, VirtualBoxia tai Parallelsia, mutta onko se tarpeen vain pienen ohjelman ajamiseksi? Valitettavasti joko Gene Construction Kit (GCK) ei ole koodattu standardien mukaisesti tai WINE ei vieläkään pysty tarjoamaan täyttä yhteensopivuutta, mutta silloin tällöin WINE-päivitys aiheuttaa sen, että ohjelma ei enää toimi. Siksi jouduin turvautumaan regressiotestaukseen löytääkseni version, joka vielä toimii GCK:n kanssa. Tässä on komentoluettelo ja mitä tein:cdmkdir winecvs -z 3 -d :pserver:cvs@cvs.winehq.org:/home/wine checkout wine (salasana 'cvs')cvs update -PAd -D"2007-06-01 CDT"./configuremake dependmakesudo make installEdellä mainitun päivämäärän lähdekoodi on uusin, joka näyttää toimivan.

ADHD:n kaltaista käyttäytymistä aiheuttavien elintarvikevärien ja lisäaineiden E-numerot

Fri, 28 Nov 2008 00:00:00 +0000

On julkaistu tutkimus, jossa käsitellään keinotekoisia väriaineita ja muita elintarvikelisäaineita, jotka vaikuttavat lasten käyttäytymiseen ( McCann, 2007 ), jotka saattavat tehdä siitä ADHD:n kaltaista. Tämä johtuu ehkä kemikaalien vaikutuksesta aivojen kemiaan. Tämä väite ei ole uusi, vaan uutta on tutkimuksen menetelmä (kaksoissokkoutettu, satunnaistettu). Tutustuin juuri tähän artikkeliin ja selvitin vastaavat E-numerot. Valitettavasti tutkimuksessa käytettiin näiden lisäaineiden ”sekoituksia”, joten osa niistä saattaa olla vaarattomia. Tässä on kuitenkin luettelo:

Suklaa ja sipulisiirappi yskän hoitoon

Thu, 27 Nov 2008 00:00:00 +0000

Yskä on hyödyllistä, jos se on tuottavaa, eli jos se poistaa ylimääräistä limaa hengitysteistä. Tuottamaton yskä voi kuitenkin olla ongelmallista, varsinkin kun lapsille ei näytä olevan turvallisia yskälääkkeitä; monet lasten yskän hoitoon tarkoitetut käsikauppalääkkeet on kielletty niiden vakavien sivuvaikutusten vuoksi. Etsiessäni turvallisia vaihtoehtoja löysin yleisesti käytettyjä elintarvikkeita, jotka tehokkaasti hillitsevät yskää ja laajentavat hengitysteitä (suklaa) ja jotka (oletettavasti) auttavat hengitystieinfektioiden hoidossa (hunaja ja sipuli).SuklaaTeobromiinia käytetään tehokkaana yskänlääkkeenä ja keuhkoputkia laajentavana aineena ( Usmani 2005 , Simons 1985 ). Siksi saman yskänvaimennusvaikutuksen pitäisi olla mahdollista saavuttaa nauttimalla kaakaota tai suklaata. Tyypillinen teobromiiniannos on 500–1000 mg (eli noin 10 mg/kg). Kaakaon teobromiinipitoisuus vaihtelee 0,5–2,7 prosentin välillä. Terapeuttisen pitoisuusalueen saavuttamiseksi poikani (16 kg) joutuisi syömään noin 200 mg teobromiinia. Suurin kaakaopitoisuus, jota hän sietää suklaassa, on 85 % (mikä on melko yllättävää, mutta koska en juurikaan syö mitään, jonka kaakaopitoisuus on alle 70 %, hän tottui siihen jo varhain). Joten hänen täytyy syödä noin 10–20 grammaa erittäin tummaa suklaata. Lapset aineenvaihduttavat teobromiinia melko nopeasti, joten vaikutus ei kestä kovin kauan. Poikani on suostunut kokeilemaan tätä, ja se näyttää toimivan.Hunaja-sipulisiirappiToinen keino yskän hoitoon on sipulisiirappi. Otan sipulin. Pidän mieluummin punaisista sipuleista, koska ne eivät ole yhtä pistäviä kuin valkoiset. Leikkaan sen hyvin pieniksi paloiksi (1–2 mm:n pituisiksi kuutioiksi) ja sekoitan ne sitten suunnilleen saman määrän kiteistä, laadukasta hunajaa. Muutaman tunnin kuluttua seos muuttuu nestemäiseksi, kun sokeri imee vettä kasvisoluista (osmoosi). Sitten puristan mehun seoksesta. Yksi sipuli päivässä on suunnilleen oikea annos hengitystieinfektioiden hoitoon. Hunaja ja sipuli sisältävät molemmat antibakteerisia yhdisteitä, mutta en ole löytänyt hyviä tutkimuksia, jotka osoittaisivat tämän seoksen todella auttavan. Toisin kuin suklaa, tämä on kuitenkin vanha, perinteinen resepti yskän hoitoon.

Proteiinien varastointi ja käsittely

Wed, 22 Oct 2008 00:00:00 +0000

Pakettien uudelleenasennus luettelosta

Fri, 26 Sep 2008 00:00:00 +0000

Kun asennan itselleni uuden tietokoneen (tai teen puhtaan uudelleenasennuksen vanhaan koneeseen), haluan, että tietokoneessa on ohjelmistot, joihin olen tottunut. Tämän prosessin automatisoimiseksi on olemassa erilaisia tapoja. Jos käytät Ubuntu-käyttöjärjestelmää, voit käyttää Ubuntu One -palvelua ohjelmistovalikoimasi synkronointiin useiden eri koneiden välillä (Ubuntu 11.10 Oneiric Ocelot -versiosta alkaen). Jos käytät jotain muuta, asia muuttuu hieman hankalammaksi. Voit luoda luettelon asennetuista paketeista seuraavilla komennoilla ja ladata luettelon myöhemmin asennusta varten:dpkg --get-selections > installed-packages.lstdpkg --set-selections < installed-packages.lstdselectTämä aiheuttaa kuitenkin suuria ongelmia, koska luettelo sisältää KAIKKI paketit, myös laitteistokohtaiset. Itse asiassa olet kiinnostunut vain käyttäjän asentamista ohjelmistoista. Ohjelmistojen uudelleenlataamiseen samalle (tai identtiselle) koneelle tämä komento toimii hyvin, mutta entä jos haluat käyttää uudella tietokoneella KDE:tä Gnomen sijaan? Haluat silti käyttää samoja ohjelmia, mutta yllä olevat komennot aiheuttavat kaaosta ja saattavat jopa pilata työpöytäkokemuksesi. Valitettavasti en ole löytänyt parempaa ratkaisua kuin avata dpkg:n luoma tekstitiedosto ja poistaa manuaalisesti kaikki rivit, jotka eivät sisällä käyttäjän asentamaa ohjelmistoa (eli suurin osa niistä).

tar-tiedostojen kopiointi SSH:n kautta

Fri, 26 Sep 2008 00:00:00 +0000

tar czv lähdepolku | ssh -l käyttäjätunnus 192.168.0.5 tar xz -C kohdepolku

MySQL-palvelimen uudelleenkäynnistys

Thu, 11 Sep 2008 00:00:00 +0000

MySQL-palvelimeni toimii Ubuntu Hardyn ympäristössä, ja sen jälkeen kun korvasin kaikki MySQL-tiedot toiselta palvelimelta peräisin olevalla varmuuskopiolla, komento ”/etc/init.d/mysql stop” epäonnistuu, koska järjestelmänvalvojan tili ei enää toimi. Joten jouduin luomaan sen uudelleen: GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'debian-sys-maint'@'localhost' IDENTIFIED BY 'password' WITH GRANT OPTION; Salasana löytyy tiedostosta /etc/mysql/debian.cnf.

Neulimburg – Metsän keskellä sijaitseva asutus

Tue, 02 Sep 2008 00:00:00 +0000

Blotan kylä perustettiin vuonna 1771. Preussin käskystä saksalaiset uudisasukkaat Hessenin Limburgin kreivikunnasta lähtivät matkaan vaunuineen, työkaluineen ja karjansa kanssa. Tästä juontuu myös kylän saksankielinen nimi: Neulimburg. Aluksi raivattiin 300 hehtaaria metsää, ja vapautunut maa jaettiin noin 30 maanviljelijän kesken. Savimaaperä oli raskasta eikä kovin hedelmällistä. Sadon parantamiseksi harjoitettiin kolmivuoroviljelyä. Kahdella pellolla viljeltiin viljaa, kun taas kolmas pelto jätettiin kesannolle. Myöhemmin viranomaisten määräyksestä alettiin viljellä perunoita ja sokerijuurikkaita, ja myös karjankasvatus otettiin käyttöön. Olki tuli armeijan vientitavaraksi.1700-luvun jälkipuoliskolla peltoviljelyä tehostettiin ja aloitettiin rehukasvien, kuten apilan ja rehujuurikkaiden, viljely. Vihanneksia viljeltiin talojen takana olevissa puutarhoissa, kun taas etupihalla laidunsi lehmiä. Kylä oli katukylä. Talot olivat puusta rakennettuja ja olkikattoisia. Kaksi huonetta ja keittiö, jossa oli pesumahdollisuus, oli erotettu käytävän avulla palvelushenkilökunnan tiloista. Käytävä johti takapuolelle navettoihin ja kellariin.

Vuoden 1998 Lapland Awards -palkinnot (10-vuotisjuhlan kunniaksi uudelleenjulkaistu)

Sat, 30 Aug 2008 00:00:00 +0000

Hyvää iltaa kaikille ja tervetuloa 20. vuotuiseen Finland Alumni Lapland Awards -palkintojenjakotilaisuuteen. Nämä palkinnot myönnetään tunnustuksena erinomaisista saavutuksista useilla eri aloilla vuoden 1998 alumnimatkan aikana Lapissa. Palkinnot valitsee tuomaristo, jonka jäsenet valittiin yksinkertaisesti siksi, että he suostuivat tehtävään. Tänä vuonna tuomaristoon kuuluvat MJ, MK ja MS. Palkinnot perustuvat tietenkin vain tuomariston (ehkä hieman vinoutuneeseen) mielipiteeseen, joten kaikki kommentit, onnittelut ja kirje-pommit tulee lähettää heille, ei Akatemialle.

Judah Folkman kuoli 74-vuotiaana

Fri, 15 Feb 2008 00:00:00 +0000

Judah Folkman kuoli sydänkohtaukseen Denverin lentokentällä 14. tammikuuta. Hän oli matkalla Vancouverissa pidettävään konferenssiin. Hänen merkitystään verisuonibiologian alalla ei voi liioitella; internet on täynnä hänen muistokirjoituksiaan ( The Lancet , Nature , Cell , mainitakseni vain muutaman). Tapasin hänet henkilökohtaisesti ensimmäisen kerran, kun hän toimi vastaväittäjänä Arja Kaipaisen väitöstilaisuudessa keväällä 1997. Arvoisa Nobel-komitea: Odotitte jälleen liian kauan.

Tobin päiväkodin laulut

Sat, 08 Dec 2007 00:00:00 +0000

Pikkuiset kultakalat

Pikkuiset kultakalat lammessa uipikkuinen kalaäiti huolestuiuikaa, uikaa jos osaatteja he uivat ja uivat sen uskotteHop-hop-däbä-däbä-hop-hop-huiHop-hop-däbä-däbä-hop-hop-huiHop-hop-däbä-däbä-hop-hop-huiJa he uivat ja uivat sen uskotteAika isot kalanpojat lammessa uiaika iso isäkala huolestuiuikaa, uikaa jos osaatteja he uivat ja uivat sen uskotteHop-hop-däbä-däbä-hop-hop-huiHop-hop-däbä-däbä-hop-hop-huiHop-hop-däbä-däbä-hop-hop-huiJa he uivat ja uivat sen uskotteJättiläis kultakalat lammessa ui…Mini, mini kultakalat lammessa ui…

Lampaat

Sat, 27 Oct 2007 00:00:00 +0000

*Ja muista aina: se, että kaikki tekevät niin, on riittävän hyvä selitys!

Tiedostojen etsiminen find-komennolla

Mon, 24 Sep 2007 00:00:00 +0000

Tiedostojen etsiminen find-komennolla on itse asiassa vaikeampaa kuin sen pitäisi olla. Tämä komento etsii ja listaa koko tiedostojärjestelmän suurimmat tiedostot (yli 200 Mt):find / -type f -size +200000k -exec ls -lh {} \; | awk '{ print $9 ": " $5 }'Sama, mutta yksinkertaisemmalla syntaksilla:find / -size +200M -lsTämä etsii nykyisen hakemiston alla olevat viimeksi muutetut tiedostot:find . -type f -printf '%TY-%Tm-%Td %TT %p\n' | sortJa tämä komento ohjaa find-komennon tulokset toiseen komentoon. Ensin find etsii Quicktime-elokuvia (tiedostotunnisteen .mov perusteella) ja sitten ffmpeg muuntaa ne avi-tiedostoiksi.find . -name '*.mov' -exec sh -c 'ffmpeg -i "$0" -sameq "${0%%.mov}.avi"' {} \;Tämä komento etsii ja listaa kaikki tiedostonimet, jotka sisältävät merkkijonon ‘bitcoin’:find . -name '*bitcoin*' -lsJa tämä komento etsii Quicktime-elokuvat ja poistaa ne:find . -name '*.mov' -exec sh -c 'rm "$0"' {} \;Ja tämä etsii tiedostot, joita on muokattu (luotu tai päivitetty) viimeisten 2 minuutin aikana:find . -cmin 2Tämä etsii roskaa, jonka olet kopioinut Macintoshista ja jota et tarvitse Linuxissa:find . -name '*.DS_Store' -type f -deleteSama juttu tässä:find . -name '._*' -type f -deleteKun olet juurihakemistossa, tämän pitäisi löytää kaikki tiedostot, joiden nimi on ‘syncthing’:find . -name 'syncthing' -lsJa tämä löytää kaikki yli 200 MB:n kokoiset tiedostot /home-hakemistosta:find /home -size +200M -lsEtsi rekursiivisesti kaikki tiedostot, joiden pääte on .gz, ja laske niiden lukumäärä:find . -name '*.gz' | wc -lEtsi rekursiivisesti kaikki tiedostot, joiden pääte EI ole .gz, ja laske niiden lukumäärä:find . -not -name '*.gz' | wc -lKun haluat etsiä rekursiivisesti tekstitiedostojen sisällöstä, sinun on käytettävä grep-komentoa:grep -rnw '/polku/kohdekansioon' -e 'pattern'Kun etsit PDF-tiedostoja, joita on muokattu lokakuussa 2024:sudo find / -type f -name "*.pdf" -newermt "2024-10-01" ! -newermt "2024-11-01" 2>/dev/null

Salattu varmuuskopiointi BackupPC:n, LVM:n ja cryptsetupin avulla

Sat, 22 Sep 2007 00:00:00 +0000

Teen ulkoisia varmuuskopioita BackupPC:n avulla. Tietomäärä kasvaa jatkuvasti, joten joudun lisäämään ajoittain uusia kiintolevyjä. Lisäksi haluan, että tiedot salataan, ainakin sen jälkeen, kun BackupPC-sovellusta ajava järjestelmä on sammutettu. Siksi päätin käyttää loogisen tilanhallinnan (LVM) ja lohkolaitteiden salausta (cryptsetup). Seuraavat vaiheet olivat tarpeen (Ubuntu Feisty -käyttöjärjestelmässä):

cryptsetup LVM:n päällä Ubuntu Feisty -käyttöjärjestelmässä

Thu, 20 Sep 2007 00:00:00 +0000

Halusin salata ”Documents”-kansiot. Kotikansioni sijaitsee loogisella levyllä. Joten vapautin tilaa poistamalla toisen loogisen levyn ja luomalla uuden, joka salataan cryptsetup-komennolla. Tässä ovat komennot:

Sähköposti: siirtyminen Kmailista Evolutioniin

Tue, 17 Jul 2007 00:00:00 +0000

Vaihdoin äskettäin KDE:stä Gnomeen ja samalla KMailista Evolutioniin. Sähköpostiviestien siirtäminen ei ole helppoa, jos olet järjestänyt ne KMailissa useisiin postilaatikoihin. Sinun on valittava kaikki viestit kansiosta, napsautettava hiiren oikealla painikkeella ja tallennettava ne mbox-muodossa. Tämä vaihe on toistettava jokaisen kansion kohdalla. Sen jälkeen voit käyttää Evolutionin tuontitoimintoa (tuonti yhdestä tiedostosta). Jos sinulle sopii, että kaikki tiedostot päätyvät samaan kansioon, voit yhdistää .mbox-tiedostosi, jolloin vältät useiden tiedostojen tuomisen vaivan: cat *.mbox > allmail.mbox

Awstatsin asentaminen Ubuntu Feistyyn

Wed, 27 Jun 2007 00:00:00 +0000

Aloin käyttää awstats-ohjelmaa palvelimellamme sivuston tilastojen laatimiseen. Ubuntu-paketin asentamisen jälkeen minun piti vielä tehdä muutama asia:

Asentaa libnet-ip-perl ja libgeo-ipfree-perl, jotta DNS-merkinnät voidaan yhdistää maihin.Lataa http://www.maxmind.com/download/geoip/api/c/GeoIP-1.4.2.tar.gzhttp://www.maxmind.com/download/geoip/api/perl/Geo-IP-1.27.tar.gzhttp://www.maxmind.com/download/geoip/database/GeoLiteCity.dat.gzhttp://www.maxmind.com/download/geoip/database/GeoIP.dat.gzhttp://www.maxmind.com/download/geoip/database/asnum/GeoIPASNum.dat.gz , jotta voin käyttää GeoIP:n ilmaisia, mutta ei-avoimen lähdekoodin versioita.
Koska käytän virtuaalisia isäntiä (vhosts), laitoin jokaiselle virtuaaliselle isännälle yhden konfiguraatiotiedoston /etc/awstats/ -hakemistoon.
Vhost-kohtaiseen konfiguraatiotiedostoon laitan vain ne ohjeet, jotka eroavat oletuskonfiguraatiotiedostosta /etc/awstats/awstats.conf. Oman virtuaalipalvelimeni (jeltsch.org) osalta nämä ohjeet ovat seuraavat:LogFile="/var/log/apache2/jeltsch.org/access.log"LogFormat=1DNSLookup=1SiteDomain=“jeltsch.org"HostAliases=“ www.jeltsch.org "AllowToUpdateStatsFromBrowser=1AllowFullYearView=3EnableLockForUpdate=1AllowAccessFromWebToAuthenticatedUsersOnly=1AllowAccessFromWebToFollowingAuthenticatedUsers=“jeltsch"DefaultFile=“index.html index.php"LoadPlugin=“geoipfree"Jos haluat käyttää muuta kuin avoimen lähdekoodin GeoIP-ohjelmistoa, korvaa viimeinen rivi seuraavalla:LoadPlugin=“geoip GEOIP_STANDARD /usr/local/share/perl/5.8.8/Geo/IP/GeoIP.dat"LoadPlugin=“geoip_city_maxmind GEOIP_STANDARD /usr/local/share/perl/5.8.8/Geo/IP/GeoLiteCity.dat"LoadPlugin=“geoip_org_maxmind GEOIP_STANDARD /usr/local/share/perl/5.8.8/Geo/IP/GeoIPASNum.dat"Käännä GeoIP-1.4.2-osat INSTALL-tiedoston ohjeiden mukaisesti. Kääntämisen suorittamiseksi joudut todennäköisesti hankkimaan ensin joitakin tarvittavia ohjelmistoja. Suorita komento apt-get install build-essential. Käännä GeoIP-1.27 INSTALL-tiedoston ohjeiden mukaisesti. Pura kolme tietokantaa ja siirrä ne hakemistoon /usr/local/share/perl/5.8.8/Geo/IP/.
Tilastojen suojaamiseksi rajoitan pääsyn vain todennettuihin käyttäjiin. Seuraavat rivit on lisättävä virtuaalipalvelinkohtaisiin Apache-määritystiedostoon /etc/apache2/sites-available/jeltsch.org:<Directory “/usr/lib/cgi-bin”>AllowOverride NoneOptions ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatchOrder allow,denyAllow from allAuthType basic #lisätty riviAuthName “cgi-bin restricted” #lisätty riviAuthUserFile /etc/apache2/.htpasswd #lisätty rivi #lisätty riviRequire valid-user #lisätty rivi #lisätty riviSeuraavaksi sinun on luotava tiedosto /etc/apache2/.htpasswd ja lisättävä käyttäjän salasana komennolla:htpasswd -c /etc/apache2/.htpasswd käyttäjätunnus
Nyt kaikki toimii paitsi kuvat, joiden awstats odottaa olevan virtuaalipalvelimen dokumenttijuuren icon-alikansiossa. Loin juuri linkin: ln -s /usr/share/awstats/icon /var/www/jeltsch.org/icon Joissakin Ubuntu-asennuksissa lokitiedostoihin ei pääse käsiksi, ja vaikka muutat käyttöoikeudet muotoon chmod -R 755 /var/log/apache2, lokirotaatioskripti palauttaa ne takaisin entiselleen. Korjaa tämä lukemalla tämä viesti .

Miksi jotkut cron.hourly-kansiossa olevat skriptit eivät suoritu

Sat, 09 Jun 2007 00:00:00 +0000

Koska minulla on hyvin yksinkertainen mp3-soitin, joka toistaa vain ISO-standardin mukaisia mp3-tiedostoja, joudun usein koodaamaan uudelleen podcastit, jotka podcast-latausohjelmani lataa (käytän Amarokia). Loin bash-skriptejä, jotka koodaavat kaikki ladatut MP3-tiedostot uudelleen ja luovat uuden RSS-syötteen sen kansion sisällön perusteella, johon uudelleen koodatut MP3-tiedostot tallennetaan. Skriptejä ei kuitenkaan suoritettu tunnin välein, ja syynä oli niiden nimeäminen (“podcast_downsampling.sh”). Nimien muodolle on melko tiukat säännöt (joita en muista), mutta jos käytät vain a–z-merkkejä, ei pitäisi olla ongelmia. Kun nimesin skriptin uudelleen nimellä ”podcastdownsampling”, kaikki toimi moitteettomasti.

Acrobat Reader 5.07 Linuxille

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Gurulabs tarjoaa Acrobat Reader 5.07:n rpm-paketin Linuxille. Se ei kuitenkaan toiminut koneellani, joten jouduin tyytymään vanhaan lukijaan (eli versioon 4.05). Mutta tänään löysin ratkaisun verkosta: OK, tässä on virheilmoitus: $ /usr/local/Acrobat5/bin/acroread$ Varoitus: merkistöä "UTF-8" ei tueta, käytetään "ISO8859-1".$ KeskeytettyMutta acroread-tiedoston (/usr/local/Acrobat5/bin/acroread) muokkaaminen todella toimii. Lisää rivin: install_dir=/usr/local/Acrobat5/Reader jälkeen nämä kaksi riviä: LANG=Cexport LANG. Muuten, sinulla on oltava pääkäyttäjän oikeudet, jotta voit muokata acroread-tiedostoa.

Binhexed-liitteet ja Mozilla (hexbin, macutils)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Selvä, yritin tänään avata Cell & Tissue Research -lehteen tarkoitetun käsikirjoituksen lopullisen version. Pomoni lähetti sen minulle sähköpostin liitteenä noin kaksi viikkoa sitten. Käytän Mozilla Mailia ja tallensin liitteen. Open Office ei onnistunut avaamaan sitä. Ilmeisesti pomoni käyttää edelleen Macintosh-binhex-koodausta liitetiedostojen lähettämiseen sähköpostissaan MIME:n sijaan, jotta hän olisi mahdollisimman yhteensopimaton muun maailman kanssa. Onneksi Linuxissa on komentoriviohjelma hexbin, joka muuntaa binhex-koodatun tiedoston luettavaksi muodoksi: hexbin -3 Lymphangio_review_CTR.doc. Näin ainakin teoriassa. Muunnos ei onnistunut, ja sain virheilmoituksen ”unexpected EOF”. Epäilin, että Mozilla oli osasyyllinen, joten käytin pine-ohjelmaa liitteen purkamiseen, ja kas, hexbin onnistui muuntamaan Macintoshin siansaksaa kolmeksi tiedostoksi. Näistä kolmesta eri tiedostosta ainoa käyttökelpoinen osa (Word-asiakirjan tiedot) näkyi nimellä Lymphangio_review_CTR.doc.data. Tästä minun piti vielä poistaa .data-päätte, ja sen jälkeen Open Office pystyi avaamaan tiedoston ilman ongelmia. Vau. Kesti vain kaksi tuntia selvittää kaikki tämä (mukaan lukien pine-ohjelman paikallinen asennus, jotta pääsin sähköpostipalvelimelle SSL-suojatun yhteyden kautta). Minun täytyy vielä selvittää, miksi Mozilla Mail käsittelee binhex-muotoisia liitteitä väärin… Hexbin-apuohjelma sisältyy esimerkiksi macutils-pakettiin (saatavilla Suse- ja RedHat-jakeluille).

BitTorrent

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Asensin tänään uusimman tiedostojen jakeluohjelman: BitTorrentin. Se oli hieman työlästä, sillä minun piti ensin asentaa wxPython. Ja wxPythonin asentamiseksi tarvitsin wxGTK:n. Ilmeisesti RedHat9:lle on olemassa RPM-paketti, mutta lataussivusto oli poissa käytöstä koko päivän, joten hain lähdekoodin wxPythonSrc-2.4.1.2.tar.gz SourceForgesta. Sen jälkeen yritin ladata RedHat9-CD-levyt, sillä tarvitsen puhtaan Linux-asennuksen Adobe Acrobat 5.0.7:n ja Crossover Officen testaamiseen (Acrobat 5 kaatuu heti käynnistyksen jälkeen RedHat9-järjestelmässäni, ja myös Crossover Office näyttää olevan jotenkin vaurioitunut liiallisesta näpertelystä). BitTorrentin sanotaan olevan erittäin nopea. Tähän mennessä latausnopeus on 23 kB/s.

Eri käyttöliittymien vaihtaminen käytön aikana Linuxissa

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Luin, että Windows XP:ssä on ”uusi” ominaisuus, jonka avulla käyttäjät voivat vaihtaa työpöytää kesken käytön. Kirjautumisen sijaan käyttäjä voi siirtää istuntonsa taustalle, jolloin toinen käyttäjä voi kirjautua sisään. Tämä on tietysti erittäin hyödyllistä, jos lataat suuria tiedostoja tai suoritat palveluita etkä halua keskeyttää prosessia. Huomasin, että Linux on pystynyt samaan jo vuosia: kun minulla on GNOME-ympäristössä (tai KDE:ssä; esimerkiksi lmule), ja toinen käyttäjä haluaa käyttää omaa tiliään GNOME-ympäristössä, enkä halua lopettaa omaa graafista istuntoani, vaihdan toiseen (virtuaaliseen) terminaaliin painamalla Ctrl-Alt-F2, ja toinen käyttäjä kirjautuu sisään ja käynnistää x-istunnon (“startx – :1”). RedHat 9:ssä F2:sta käynnistetty uusi X-istunto on aluksi käytettävissä molemmista konsoleista (F2 ja F8). Kun toinen käyttäjä on saanut työnsä valmiiksi, voin palata ongelmitta takaisin omaan GNOME-ympäristööni painamalla Ctrl-Alt-F7 ja jatkaa sitä, mitä olin tekemässä GNOME:ssa.Jos toinen käyttäjä kuitenkin haluaa palata X-istuntoonsa, siihen pääsee vain Ctrl-Alt-F8-näppäinyhdistelmällä. Vaihdettaessa F2-konsoliin saattaa syntyä vaikutelma, että X on kaatunut (mikä ei pidä paikkaansa).Jos Ctrl-Alt-Fx-yhdistelmä ei toimi, olet valinnut väärän näppäimistöasettelun (joka ei ole tarkoitettu X-ikkunasessioihin, vaan komentoriviterminaaliin). Voit vaihtaa oikeaan terminaaliin GNOME-näppäimistöasettelunvaihtimen avulla. GNOME-näppäimistöasettelun vaihtaja on apuohjelma, jonka voit lisätä paneeliisi (napsauta paneelia tyhjää aluetta, Lisää paneeliin, Apuohjelmat, Näppäimistöasettelun vaihtaja). Valitse oikea näppäimistöasettelu napsauttamalla hiiren kakkospainikkeella paneelissa olevaa näppäimistöasettelun vaihtajan kuvaketta, valitse Asetukset ja Lisää. Kun napsautat eri kielten edessä olevaa kolmiota ja sitten maan edessä olevaa kolmiota, näet toisinaan kaksi eri vaihtoehtoa (minun tapauksessani: suomalainen näppäimistöasettelu ja suomalainen xkb-näppäimistöasettelu). Sinun tulee valita xkb-näppäimistöasettelu, muuten Ctrl-Alt-Fx-yhdistelmä ei toimi.

GRUB-käynnistyslataimen (uudelleen)asennus

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Tietokoneessa oli seuraava ongelma: 2 kiintolevyä (hda ja hdb). hda sisältää MBR:n (master boot record) ja Windows 2000 -asennuksen ensimmäisellä osiolla. hdb:llä on Linux (ja sen ensimmäinen osio on käynnistysosio, joka sisältää RedHat 9:n asennusohjelman asentaman GRUB-käynnistysjärjestelmän). BIOSissa voi määrittää käynnistysjärjestykseen vain yhden kiintolevyn, ja se oli hda (luultavasti siksi, että se oli ensimmäisen IDE-ketjun pääasema). Siksi jouduimme käynnistämään Linuxin käynnistyslevykkeeltä (koska levykkeasemalla oli etusija kiintolevyyn nähden). Saadaksemme GRUBin toimimaan teimme seuraavasti:$/sbin/grub (käynnistää grub-komentotulkin)grub> root (hd1,0) (ilmoittaa, mikä on käynnistysosio, johon grub on asennettu)Tiedostojärjestelmän tyyppi on ext2fs, osiotyyppi 0x83 (ilmoittaa, että osio löytyi)grub> find (hd1,0)/grub/stage1(fd0)(hd0,0)(hd1,0)(hd1,1)(hd1,2)(hd1,5)(hd1,6) (tämä komento ei ehkä ole välttämätön, se luettelee ilmeisesti kaikki mahdolliset osiot, joihin GRUB-käynnistyslataaja on voitu asentaa)grub> setup (hd0)Tarkistetaan, onko "/boot/grub/stage1" olemassa… eiTarkistetaan, onko "/grub/stage1" olemassa… kylläTarkistetaan, onko "/grub/stage2" olemassa… kylläTarkistetaan, onko "/grub/e2fs_stage1_5" olemassa… kylläSuoritetaan "embed /grub/e2fs_stage1_5 (hd0)"… 16 sektoria upotettu.onnistuiSuoritetaan "install /grub/stage1 d (hd0) (hd0)1+16 p (hd1,0)/grub/stage2 /grub/grub.conf"… onnistui Valmis. (tämä asentaa käynnistyslataimen ensimmäiselle kiintolevylle, ilmeisesti ei ensimmäiselle osiolle, ehkä MBR:ään?)grub> quit (poistu grub-komentotulkista)emacs /boot/grub/grub.confNyt sinun tarvitsee vain muokata grub-määritystiedostoa. Meidän tiedostomme näyttää tältä:grub.conf, jonka on luonut anacondaHuomaa, että sinun ei tarvitse suorittaa grubia uudelleen tämän tiedoston muutosten jälkeenHUOMAUTUS: Sinulla on /boot-osio. Tämä tarkoittaa, että kaikki ytimen ja initrd:n polut ovat suhteellisia /boot/:iin nähden, esim.root (hd1,0)kernel /vmlinuz-version ro root=/dev/hdb3initrd /initrd-version.imgroot=/dev/hdb1 default=0 timeout=10 splashimage=(hd1,0)/grub/splash.xpm.gztitle Red Hat Linux (2.4.20-19.9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-19.9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-19.9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-18.9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-18.9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-18.9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-13.9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-13.9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-13.9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-8)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-8 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-8.imgtitle Windows 2000rootnoverify (hd0,0)chainloader +1title Floppyrootnoverify (fd0)chainloader +1title Rebootreboottititle Halthalt

Jaetun kansion luominen Linuxissa

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Kun kaksi Linux-käyttäjää haluaa jakaa tiedostoja keskenään, käyttöoikeudet voivat aiheuttaa melkoisen ongelman. Oletusasetuksena vain tiedoston luoja voi lukea ja muokata sitä, vaikka se olisi tallennettu hakemistoon, johon toisella käyttäjällä on pääsy. Minusta näyttää edelleen mahdottomalta ratkaista tätä ongelmaa kokonaan, koska Linux ei voi ”periyttää” oikeuksia uusille tiedostoille niiden päähakemistojen oikeuksien perusteella (muuten: miten Mac OS X on ratkaissut tämän ongelman?). Seuraavat ohjeet luovat jaetun hakemiston, mutta vaativat lisämuokkauksia. Root-käyttäjänä

Joitakin osioiden uudelleenjärjestelyjä Linuxissa

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Linux-asennus on seuraava: /dev/hdb1 100 MB /boot/dev/hdb2 8 MB /home/dev/hdb3 8 MB //dev/hdb4 Laajennettu osio/dev/hdb5 1 GB Linux-swap/dev/hdb6 100 GB NTFSAjatuksena oli käyttää 100 GB:n osiota (/dev/hdb6), joka on alustettu NTFS-tiedostojärjestelmällä (= Windows 2000), suurten tiedostojen tallentamiseen Linuxissa. Linux ei vielä tue NTFS-tiedostojärjestelmiä. Ainoa DOS/Windows-tiedostojärjestelmä, joka on yhteensopiva Linuxin kanssa, on FAT32. Valitettavasti FAT32 on melko tehoton järjestelmä, ja sen osion enimmäiskoko on 32 GB (itse asiassa Windows voi käyttää jopa 127 GB:n FAT-osioita, mutta se ei voi alustaa niitä itse, vaan alustamiseen tarvitaan kolmannen osapuolen apuohjelma). Joka tapauksessa Linux voi lukea ja kirjoittaa vain enintään 32 GB:n FAT-osioille. Lisävaatimuksena on, että /dev/hdb6 tulisi liittää kahteen eri liitäntäpisteeseen. Siksi meidän on jaettava tämä osio kahdeksi pienemmäksi osioksi. Tämä osoittautui mahdottomaksi Linuxissa. Syynä tähän on – kuten niin monien muidenkin surkeiden asioiden kohdalla – Bill Gates. Samalla tavalla kuin päätöksessään, että ”640 KB RAM-muistia riittää kaikille”, hän päätti, että yhdellä fyysisellä kiintolevyllä voi olla vain neljä ensisijaista DOS-tyyppistä osiota. Pian tämä osoittautui liian vähäiseksi, ja siksi otettiin käyttöön kiertotapa: ”laajennetut osiot”. Yksi levyn neljästä ensisijaisesta osiosta voi olla niin sanottu ”laajennettu osio”, joka voi sisältää useita (itse asiassa luullakseni rajattoman määrän) loogisia osioita. Näin ollen yllä olevassa kiintolevyn rakenteessa /dev/hdb:n osio numero 4 (/dev/hdb4) on laajennettu osio. Se sisältää kaksi loogista osiota: /dev/hdb5 ja /dev/hdb6. Ongelma on seuraava: Linux-apuohjelmat cfdisk ja fdisk eivät voi käsitellä näitä kahta loogista osiota erikseen. Jos haluamme jakaa /dev/hdb6:n kahdeksi pienemmäksi osioksi, meidän on ensin poistettava tämä osio ja luotava sen tilalle kaksi uutta. Mutta sekä cfdisk että fdisk voivat poistaa vain /dev/hdb4:n kokonaisuudessaan. Tämä poistaisi Linuxin swap-osion (mikä olisi melkoinen katastrofi, kun käyttöjärjestelmä on käynnissä). Ongelma ratkaistaan seuraavasti: Käynnistä tietokone Windows 2000:ssa, poista 100 GB:n NTFS-osio ja luo sen tilalle kaksi pienempää osiota (/dev/hdb6 ja /dev/hdb7). Ne on alustettava FAT32- tai NTFS-tiedostojärjestelmään, sillä Windows ei tue muita vaihtoehtoja. Jos käytössäsi on Partition Magic 8 tai uudempi versio (mieluiten käynnistyslevykkeellä), voit alustaa nämä kaksi uutta pienempää osiota välittömästi Linux-osioiksi (eli ext2- tai ext3-tiedostojärjestelmään). Käynnistä tietokone uudelleen Linuxissa. Huvittavaa kyllä, kun liitetään Partition Magic 8:lla alustettuja osioita, jo 5 prosenttia tilasta on jo käytössä, vaikka missään ei ole tiedostoja (ainakin näin näyttää Hardware Browser/Hard Drives -apuohjelma). Tämän menetetyn tilan takaisin saamiseksi sinun on alustettava osiot uudelleen Linuxissa komennolla mkfs.ext3 /dev/hdb6. Jos haluat käyttää Linuxin uusinta (ja luultavasti yhtä parhaista) tiedostojärjestelmistä, voit alustaa osiot ReiserFS-tiedostojärjestelmällä (komento: mkfs.reiserfs /dev/hdb6). Käynnistä tietokone uudelleen ja lisää osiot fstab-tiedostoon, jotta ne liitetään automaattisesti käynnistyksen yhteydessä.

Kahden hakemiston vertailu (diff)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

diff -r polku1 polku2

Käynnistystason muuttaminen (inittab, telinit)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Yleensä oletustason voi muuttaa muokkaamalla tiedostoa /etc/inittab. Joskus kuitenkin käynnistyt tasolle 3 (esimerkiksi valitsemalla GRUB-valikosta ”safe mode”) ja haluat sitten siirtyä tasolle 5. Tämän voi tehdä lennossa komennolla: telinit 5. RedHat 9:ssä riittää, että muutat /etc/inittab-tiedostossa käynnistystason arvoksi 3 (aiemman 5 sijaan), jolloin järjestelmä käynnistyy oletuksena pelkästään komentoriville. Ei X11-graafista kirjautumista jne. Uudemmissa Ubuntu-julkaisuissa tämä ei ilmeisesti enää toimi, vaikka telinit + numero pitäisi edelleen muuttaa käynnistystasoa, mutta ainakin Precise Pangolinissa (12.04) telinit 2–5 ei näytä tekevän mitään. Telinit 1 yrittää sammuttaa koneen, mutta sammutus juuttui puoliväliin, kun testasin sitä. Jos haluat saavuttaa jotain vastaavaa kuin siirtyminen ajotaso 3:een, sinun on sammutettava graafinen käyttöliittymä (eli lopetettava gdm- tai lightdm-prosessi). Ajotasokonsepti näyttää olevan kuollut.

Levykkeet ja Linux

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Siitä lähtien, kun aloin käyttää HTML:ää ja CSS:ää esitysteni luomiseen (OpenOfficen sijaan, joka puolestaan korvasi Microsoft Officen), jopa melko suuret esitykset mahtuvat tavallisille 1,4 Mt:n levykkeille. Niinpä laitoin tyhjän levykkeen asemaan ja alustin sen ext2-tiedostojärjestelmään. Hassua kyllä, graafinen levykkeiden asennusohjelma ei tunnista tiedostojärjestelmää, kun se on asetettu tunnistamaan se automaattisesti. Siksi alustin levykkeen MS-DOS-muotoon, ja sen jälkeen automaattinen tiedostojärjestelmän tunnistus toimi. Outoa…

Levykuvatiedostojen ja salattujen tiedostojärjestelmien/osioiden liittäminen

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Voit tallentaa levyn (tai osion) tiedostoon seuraavalla komennolla: dd if=/dev/hda3 of=file.bin. Tämä komento kirjoittaa hda3-osion kaikki tiedot tiedostoon file.bin.Jos haluat liittää tiedostossa olevan tiedostojärjestelmän, sinun on luotava loopback-laite: losetup /dev/loop0 file.bin. Nyt voit liittää tiedostojärjestelmän tavalliseen tapaan: mount -r -t tiedostojärjestelmätyyppi /dev/loop0 /mnt/kiinnityspiste. Ilmeisesti voidaan yhdistää kaksi viimeistä komentoa yhdeksi:mount -t tiedostojärjestelmätyyppi -o loop ./file.bin /mnt/kiinnityspisteJos haluat salata tiedoston tiedot, joka sisältää kokonaisen tiedostojärjestelmän, asia mutkistuu hieman:sudo mkdir /mnt/secure (luo kiinnityskohta tiedostojärjestelmälle)dd if=/dev/zero of=polku/tiedostoon bs=1k count=409600 (luo tyhjä tiedosto, jonka koko on 400 Mt) sudo /sbin/losetup -e xor /dev/loop0 polku/tiedosto/sbin/mkfs -t ext2 /dev/loop0 409600 (alusta laite ext2-tiedostojärjestelmäksi)sudo mount -t ext2 /dev/loop0 /mnt/secure (kiinnitä laitetiedosto)cd /mnt/securechown käyttäjätunnus . (vaihda tiedostojärjestelmän ylimmän tason hakemiston omistaja)Jos haluat irrottaa tiedostojärjestelmän:sudo umount /dev/loop0Jos haluat poistaa tiedostojärjestelmän, sinun on irrotettava se loop-laitteesta 0: /sbin/losetup -d /dev/loop0Jostain syystä RedHat 9:ssä ei ole DES-tukea, joten toistaiseksi (kunnes korjaan ytimen tai siirryn Suse Linuxiin) käytän nopeampaa, mutta paljon heikompaa XOR-salausta.Suse 9:ssä on sisäänrakennettu vahva salaus, ja se tarjoaa jo asennuksen aikana mahdollisuuden luoda salattu osio. Suse 9 kysyy käynnistyksen aikana salasanaa salatun tiedostojärjestelmän liittämiseksi. Käynnistysprosessi pysähtyy ja odottaa 2 minuuttia ennen jatkamista, jos et kirjoita salasanaa. Voit lyhentää tätä aikaa muokkaamalla tiedostoa /etc/init.d/boot.crypto. Muuta seuraavassa rivissä 120 esimerkiksi arvoon 10: ${TIMEOUT:=120}Jos et ehtinyt syöttää salasanaa käynnistyksen aikana, voit liittää salatun osion seuraavasti:/sbin/losetup -e twofish /dev/loop0 /dev/hda7 mount /dev/loop0 /media/confMuuten: Tiedot salatuista tiedostojärjestelmistä löytyvät tiedostosta /etc/cryptotab.

lmule- ja xmule-ongelmat

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Yhtäkkiä lmule (tai xmule) lakkasi toimimasta. Jostain syystä ~/.lmule/ -kansiossa olevat tiedostot voivat vaurioitua helposti. Poista vain kaikki tiedostot (tai jopa koko kansio), niin ohjelma toimii jälleen. Älä unohda tallentaa tiedostoja Temp- ja Incoming-kansioista! Voit kopioida ne myöhemmin takaisin juuri luotuihin ~/.lmule/Temp- ja ~/.lmule/Incoming-hakemistoihin.

ls-komento

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Olen käyttänyt sitä jo vuosia, mutta en ole juurikaan hyödyntänyt sen ”edistyneitä” asetuksia. Toisin sanoen: ls -t lajittelee hakemiston sisällön muokkauspäivämäärän mukaan. ls -d näyttää hakemistot ilman niiden sisältöä. ls -alh listaa hakemiston koko sisällön pitkässä, ihmiselle luettavassa muodossa (eli tiedostojen koot ilmoitetaan B:inä, K:ina, M:inä tai G:inä eikä tavuina).Käytän -d-vaihtoehtoa useimmiten muodossa: ls -d .*. Tämä näyttää minulle kaikki nykyisessä hakemistossa sijaitsevat ”piilotetut” hakemistot. Jos kirjoittaisin vain ls .*, saisin rekursiivisen luettelon kaikkien piilotettujen hakemistojen koko sisällöstä.

Mac-Linux-yhteydet (netatalk, atalk, Appletalk)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Yhteyden muodostaminen Macintoshista LinuxiinTein tämän jo jonkin aikaa sitten, mutta kirjaan tämän muistiin: Sinun on asennettava Appletalk-palvelin Linux-koneellesi. Tarvitsemasi paketti on nimeltään netatalk. Kaikki toimi hyvin, minulla oli vain ongelma Appletalk-vyöhykkeiden kanssa. Vaikka asetin atalkd.conf-tiedostossa oletusvyöhykkeeksi “Biomedicum cancerbio” (vyöhyke, johon haluan kuulua), netatalk ohittaa tämän asetuksen palvelun uudelleenkäynnistyksen yhteydessä. Siksi Linux-koneeni päätyy aina oletusvyöhykkeeseen (jota kutsutaan suomeksi “Kadotus”).Atalkd:n on ilmeisesti neuvoteltava vyöhykkeestä jotenkin reitittimen kanssa, mutta miten? Mac-tietokoneet onnistuvat selvästikin pysymään siinä vyöhykkeessä, jonka ne määrittävät Asetuksissa. Ne päätyvät ”Kadotukseen” vain silloin, kun ne eivät määritä vyöhykettä, joten sen pitäisi olla mahdollista myös Linuxissa. Kokeilemalla sain selville, että vyöhykkeen muuttaminen tiedostossa /etc/atalk/atalkd.conf ei toimi. On poistettava oletusmerkintä tiedostosta /etc/atalk/afpd.conf ja korvattava se toisella merkinnällä (Suse 9:ssä sijainti on /etc/netatalk eikä /etc/atalk):"Michael's Linux Box@Biomedicum cancerbio" -transall -uamlist uams_clrtxt.so,uams_dhx.so -nosavepasswordja sitten jaettujen kansioiden määritelmät (tiedostossa AppleVolumes.default):"Public" -uamlist uams_guest.so -loginmesg "Welcome guest!"Netatalkia tarvitaan kuitenkin käytännössä vain vanhemmista Mac-tietokoneista Linuxiin muodostettaviin yhteyksiin. Mac OS X:llä voi käyttää SAMBAa, ja kokemukseni mukaan tiedostojen jakaminen SAMBAN avulla on luotettavampaa kuin netatalkin. Pitkät tiedostonimet (luultavasti yli 31 merkkiä) saivat netatalkin jumittumaan useissa tapauksissa, kun taas SAMBA toimi ongelmitta. Sekä Mac OS X että Linux tukevat yli 31 merkin pituisia tiedostonimiä, mutta ilmeisesti netatalk ei.Yhteyden muodostaminen Linuxista Macintosh-tietokoneeseenTämä riippuu siitä, haluatko muodostaa yhteyden Mac-tietokoneeseen, jossa on OS 9.2 tai vanhempi versio, vai Mac OS X:ään. Jotta voit muodostaa yhteyden Mac-tietokoneeseen, jossa on OS 9.2 tai vanhempi versio, tarvitset afpfs-moduulin. Tätä moduulia ei enää ylläpidetä, ja viimeisin käännös on tehty 2.1-ytimelle. Tämä tarkoittaa, että olet todennäköisesti pulassa, ellet ole todellinen nörtti (tai käytä edelleen 2.1-ytintä). Yhteyden muodostamiseksi Linuxista Mac OS X:ään sinun tulee käyttää SAMBAa. GNOME-ympäristössä riittää, että kirjoitat smb:// Nautilus-selaimen Sijainti-kenttään, ja näet verkossa näkyvät toimialueet, työryhmät ja tietokoneet. Myönnän, että verkon tunnistus on melko hidasta. Joten jos tiedät työryhmän tai verkkotunnuksen nimen (esim. mcbl, kuten minun tapauksessani), kirjoita vain smb://mcbl

Mikä vastaa Windowsin ipconfig /all -komentoa Linuxissa?

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Luulen, että komento /sbin/ifconfig näyttää ainakin IP-osoitteen, laiteosoitteen, aliverkon peitteen ja joitakin muita tietoja. Mutta se ei kerro juuri mitään muusta, kuten DHCP- tai DNS-osoitteista…

Miten Gene Construction Kit -ohjelmaa käytetään Linuxissa?

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

On vain muutamia Mac- tai Windows-ohjelmia, joille ei ole hyvää vastinetta Linuxissa. Yksi näistä harvoista on Textcon Gene Construction Kit (GCK). GCK on saatavilla sekä Windowsille että Macille. Sen pitäisi siis olla mahdollista ajaa i86-Linux-koneella Wine-ohjelmiston (eräänlainen emulaattori) avulla. Yritin sitä, mutta epäonnistuin (en tosin yrittänyt kovin kovasti). Luultavasti mikä tahansa Windows-ohjelma voidaan kuitenkin ajaa Linuxissa VMware -ohjelmiston avulla. Valitettavasti VMware on kaupallinen ja kallis (mutta siitä on saatavilla täysin toimiva, ajallisesti rajoitettu demoversio). GCK toimii ongelmitta VMware 4.0:n, W2K:n ja RedHat 9:n alla. Ainoa pettymys VMware:ssä on ”Shared Folders” -vaihtoehto. On paljon parempi jakaa Linuxin kotihakemisto Samban kautta ja saada se automaattisesti kiinnitettynä, kun kirjaudut emuloituun Windows-käyttöjärjestelmään. Onnistuin jopa piilottamaan kotihakemistostani Linux-spesifiset tiedostot, joiden nimi alkaa pisteellä (kuten .mozilla), lisäämällä rivin ”hide dot files = yes” Samba-määritystiedostoon /etc/samba/smb.conf. Vaikka käytän tällä hetkellä VMwarea, aion siirtyä Wineen välttääkseni kaikenlaista Microsoftin koodia.

rio500-0.7-1.i386.rpm toimii RedHat 9:ssä

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Yritin jälleen kääntää rio500-0.8.1:n, mutta tuloksetta. Kääntäminen epäonnistuu ytimen 2.4 alla. Tämä on ratkaisematon ongelma, josta on mainittu keskustelufoorumeilla. Niinpä asensin Rio500-paketin rio500-0.7-1.i386.rpm. Mielenkiintoista kyllä, onnistuin komentoriviltä a) alustamaan sisäisen muistin: rio_format, b) luomaan kansion (mikä on välttämätöntä ennen kappaleen lataamista): rio_add_folder, c) lataamaan mp3-tiedostoja: rio_add_song. Tämä on suuri etu verrattuna surkeaan Windowsin Rioport-käyttöliittymään. Seuraavaksi yritän asentaa Gnome-käyttöliittymän. Kun kuuntelin Rio500:lla ensimmäisiä kappaleita, jotka olin siirtänyt Linuxin alla, ne kuulostivat hyvin hiljaisilta. Kun seuraavaksi koodaan kappaleita, minun pitäisi kokeilla lame-vaihtoehtoa –scale. En kuitenkaan tiedä, mitä argumenttia pitäisi käyttää, jotta ääni vahvistuisi kunnolla.

Samba-asennusten jakaminen (miksi Nautilus ei toimi?) ja SMB-asennusten muuttaminen pysyviksi

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Samba-jakojen liittäminenNautilus-selaimesta on ilmeisesti erittäin helppo muodostaa yhteys Windows-tietokoneisiin (tai pikemminkin tietokoneisiin, joilla on käynnissä smb-palveluita). Ainoa mitä tarvitsee tehdä, on kirjoittaa smb:/// URL-palkkiin, jolloin verkosta haetaan käytettävissä olevat toimialueet, työryhmät ja palvelut. Kun kuitenkin yrittää avata joitakin tiedostoja (esim. kuvia), näkyviin tulee usein virheilmoitus, että kyseisiin tiedostoihin ei pääse käsiksi Samban kautta. Mitä tehdä? Huomasin, että kun liitetään smb-jakotiedostoja, tämä toimii oikein. Jotta voin liittää käyttäjäkansiostani toiselle tietokoneelle, komento on seuraava: sudo mount -t smbfs -o username=michael,password=here_goes_my_password //paula/michael /mnt/smbpaula on toisen tietokoneen NetBIOS-nimi ja michael on jaon nimi.Voit myös määrittää liitetyn tiedostojärjestelmän kaikkien tiedostojen omistajan -o uid=owner-vaihtoehdolla: sudo mount -t smbfs -o username=michael,password=here_goes_my_password -o uid=500 //paula/michael /mnt/smbJos et halua kirjoittaa salasanaasi, voit tallentaa sen tiedostoon esimerkiksi näin:username=susannepassword=0sdf7bja sitten voit viitata tähän “credentials”-tiedostoon:sudo mount -t smbfs -o username=susanne,credentials=/home/susanne/.smbpasswd //patolmac217/susanne /mnt/smbVoit irrottaa aseman seuraavasti:sudo umount /mnt/smbTämä epäonnistuu useimmiten, koska sinulla on todennäköisesti avoimia ikkunoita tai terminaaleja, jotka pitävät yhteyden aktiivisena. Sulje ne ja yritä uudelleen. Voit myös kokeilla komentoa umount -f.SMB-kiinnitysten tekeminen pysyviksiKun kiinnität SMB-jakon, se katoaa järjestelmän uudelleenkäynnistyksen yhteydessä. Jotta se kiinnittyisi automaattisesti järjestelmän käynnistyksen yhteydessä, sinun on luotava uusi merkintä tiedostoon /etc/fstab. Minun tapauksessani esimerkiksi: //paula/michael /mnt/smb smbfs credentials=/home/jeltsch/.smbpasswd 0 0 .smbpasswd-tiedostossa on käyttäjätunnukseni ja salasanani. Ei varmaankaan kovin turvallista, mutta mitä siitä? .smbpasswd-tiedoston pitäisi joka tapauksessa olla vain sinun itsesi luettavissa!

Sticky-bitti, bzip2 ja ohjelmien automaattinen käynnistys kirjautumisen yhteydessä

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Sticky-bitti Mietin edelleen, mitä tarkalleen ottaen tiedostojen käyttöoikeuksien ”sticky-bitti” tekee. Epäilen, että jos sticky-bitti on asetettu hakemistolle ryhmäkentässä (chmod g+s hakemistonimi), käyttöoikeudet periytyvät (eli kaikki kyseisessä hakemistossa ja sen alihakemistoissa uudet tiedostot saavat samat käyttöoikeudet kuin niiden vanhemmat tiedostot). Mutta ehkä olen väärässä, sillä on olemassa vielä se outo “umask”-komento, joka vaikuttaa uusien tiedostojen käyttöoikeuksiin. Minun on selvitettävä, miten tietyn hakemiston (joka jaetaan eri käyttäjien kesken) käyttöoikeudet asetetaan automaattisesti arvoon g+rw.bzip2 ja bunzip2Pura bzip2-tiedosto suorittamalla seuraava komento: bunzip2 tiedostonimi.txt.bz2 (jossa tiedostonimi.txt.bz2 on sen tiedoston nimi, jonka haluat purkaa). Tämän toiminnon tuloksena syntyy tiedosto nimeltä filename.txt. Oletusarvoisesti bunzip2 poistaa tiedoston filename.txt.bz2.Ohjelmien automaattinen käynnistys kirjautumisen yhteydessäKäynnistääkseni ohjelman, esimerkiksi gaimin, automaattisesti kirjautumisen yhteydessä, lisäsin vain seuraavan rivin .bash_profile-tiedostoni loppuun: “gaim &”. En tiedä, onko tämä hyvä tapa toteuttaa asia, mutta se toimii. Tein sitten virheen käynnistämällä vncserverin tällä menetelmällä. Seurauksena oli, että vncserver käynnistyi kirjautumisen yhteydessä. Ja tietenkin .bash_profile-tiedosto suoritettiin vncserverin ensimmäisen xdisplay-istunnon aikana (mikä Red Hat 9:n tapauksessa tapahtuu, kun KDE käynnistyy ikkunanhallintaohjelmana). Tästä istunnosta käsin käynnistyi siis uusi vncserver-instanssi. Tämä toistui, kunnes koneellani oli käynnissä noin 80 vncserveriä ja nopeus hidastui dramaattisesti.

Viini- ja monialatoimisto

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Koska olin kyllästynyt VMwareen (koska se on niin hidas ja vie puolet muististani), käännyin Winen puoleen. Mutta Wine näyttää olevan erittäin vaikea asentaa. Tyypillistä Linuxia. Se toimii kyllä, mutta ellei siihen käytä kokonaista viikkoa, sitä ei saa toimimaan. Siinä vaiheessa apuun tulee Crossover Office -sovellus. Se on vain joukko apusovelluksia, jotka helpottavat Wine-asennusta. Tämä koskee tiettyjä Windows-sovelluksia, eikä suurinta osaa Windows-sovelluksista tueta. Hankin siis Crossover Officen demoversion ja aloitin asennuksen (root-oikeuksilla). Sovellus asennettiin ilman ongelmia. Asennuksen jälkeen käynnistin Crossover Office Setup -sovelluksen. Siitä käsin asennetaan Windows-sovellukset. Halusin kokeilla Microsoft Office XP:tä (koska se on lisensoitu koko yliopistolle). Tein virheen valitsemalla ”Asenna kaikki”. Asennusohjelma pakotti minut asentamaan myös Microsoftin Internet Explorerin ja joukon muuta roskaa. Sitten Office XP:n asennusohjelma lakkasi vastaamasta kesken prosessin. Odotin kaksi tuntia, mutta edistymispalkki ei liikkunut eikä levyllä ollut mitään toimintaa. Joten jouduin keskeyttämään asennuksen ja jättämään jälkeeni sotkun. Toinenkin asennusyritys epäonnistui. Niinpä ajattelin käyttää Windowsin asennuksenpoisto-ohjelmaa. Sekin epäonnistui. Asennuksen poistaminen Crossover Officen sisällä epäonnistui myös. Joten ajattelin poistaa koko Crossover Officen (Crossover Officen bin-kansiossa on asennuksenpoistoskripti, jota ei mainita juuri missään dokumentaatiossa). Se toimi, mutta ilmeisesti ei poistanut kaikkea. Minun piti silti poistaa manuaalisesti useita kansioita, mutta pahinta oli, että Gnome-valikkokohteet eivät poistuneet. Gnome-valikkokohdat ovat melko hankala juttu, koska ne eivät sijaitse yhdessä paikassa. Gnome käyttää jonkinlaista ”virtuaalikansio” (vfolder) -järjestelmää valikoiden luomiseen. Toisin sanoen valikot kootaan lennossa useiden eri paikoissa sijaitsevien XML-tiedostojen perusteella. Mutta luulen, että löysin ne kaikki ja poistin kohdat manuaalisesti. Olin ilmeisesti tehnyt koodausvirheen, sillä tämän jälkeen koko valikko katosi. Virhe oli ilmeisesti ~/.gnome2/vfolders/applications.vfolder-info-tiedostossani. Tietysti minulla ei ollut varmuuskopiota, joten kopioin saman tiedoston hakemistosta /root/.gnome2/vfolders kotihakemistooni. Sen jälkeen asensin Crossover Officen uudelleen ja asensin vain Microsoft Word XP:n, ja se toimi! Valikossa ”Windows Applications/Programs/” näkyi hieno merkintä. Sitten asensin Adobe Photoshop 6.01:n. Asennus sujui ongelmitta, mutta sen jälkeen Microsoft Word -kohta oli kadonnut valikosta. Myöskään kohdassa ”Windows Applications/Programs/Adobe” ei ollut Photoshop-kohtaa. Siellä oli vain ImageReady-kohta. Näyttää siltä, että jokainen uusi asennettu sovellus poistaa aiemmin asennetun sovelluksen valikkokohdat. Hierarkkinen kansiorakenne säilyy kuitenkin ennallaan; vain viimeinen merkintä on kadonnut ja korvautunut pisteellä valikon viimeisessä kansiossa. Muuten Photoshop toimi, sillä sen voi käynnistää ImageReady-ohjelman sisältä. Sekä Office XP että Adobe Photoshop ovat sovelluksia, joita Crossover Office ”tukee”. Nyt yritin asentaa sovelluksen, jota ei tueta, eli Gene Construction Kit 2.5:n (GCK2.5). Ensimmäiseksi Crossover Office ilmoitti, että asennus-CD:llä on piilotiedostoja ja että minun on tehtävä muutoksia fstab-merkintöihin pääkäyttäjänä, jotta nämä tiedostot voidaan lukea. Tein niin ja jatkoin asennusta. Asennus saatiin päätökseen, ja valikossa kohdassa ”Windows Applications/Programs/Gene Construction Kit 2.5” oli valikkokohta nimeltä ”Uninstaller”. Päätin, että Uninstaller-ohjelma oli asennettu GCK2.5-sovelluksen jälkeen, ja poistin sen vuoksi jälkimmäisen valikkokohdan. Vielä kummallisempaa oli, että kirjautuessani ulos ja takaisin sisään jopa Uninstaller-kohta oli kadonnut valikosta. Myös kaikki muut ohjelmakohdat olivat kadonneet. Tajusin, että kaikki valikkokohdat ovat yksittäisiä tiedostoja hakemistossa /home/jeltsch/.gnome2/applications. Niillä on tiedostotunniste .desktop, ja ne ovat XML-tiedostoja, joiden rakenne on suhteellisen yksinkertainen. Yksi esimerkki:> more Internet\ Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE” X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm [jeltsch@mcblpc2 applications]$ more CXTree-Windows_Applications-Programs-Internet_Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE” X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm Categories=Application;X-cxoffice;X-CXTree-Windows_Applications-Programs;Näyttää siltä, että kaikki Crossover Office -asennusohjelman luomat merkinnät ovat edelleen tässä hakemistossa. Nyt minun täytyy vain selvittää, miksi ne eivät näy. Tietenkin voin käynnistää sovellukset kirjoittamalla Exec-kentän merkinnän komentoriville, mutta se on jotenkin hankalaa. Testatakseni GCK2.5:tä käynnistin sen komentoriviltä, ja se todellakin avautui. Ensin se pyysi asennus-CD:tä (jonkinlainen kopiosuojausmekanismi). Se oli asemassa, mutta jostain syystä minun piti poistaa se ja laittaa se takaisin, jotta se näkyisi. Se toimi hyvin, ja ruutu avautui, johon syötin nimeni ja organisaationi. Mutta sitten se valitti ihmeellisellä tavalla: ”Sovellusta ei voitu käynnistää, koska muistia ei ole tarpeeksi”. Nyt minun on ratkaistava tämä ongelma, koska GCK2.5 on minulle luultavasti tärkein sovellus, jolle ei ole Linux-vastaavaa.

VNC (Virtual Network Computing) SSH:n kautta

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Istun kotona ja haluaisin käyttää työpaikkani Linux-tietokoneen käyttöliittymää. Työpaikkani tietokone, jolla VNC-palvelin toimii (mcblpc2.hi.helsinki.fi), sijaitsee kuitenkin yliopiston palomuurin takana. Ainoa yhteys, jonka voin muodostaa palomuurin läpi, on yliopiston keskuspalvelimien kautta, esimerkiksi vesuri.helsinki.fi. VNC-yhteyden muodostamiseen tarvitsen vain kaksi komentoa: ssh -L 5901:mcblpc2.hi.helsinki.fi:5901 mjeltsch@vesuri.helsinki.fivncviewer localhost:1Yhteyden nopeuttamiseksi voit käyttää pakkausta (auttaa vain, jos yhteys on hidas, esim. modeemiyhteys). Kun käytät VNC:tä ssh:n kautta, vncviewer luulee, että muodostat yhteyden paikalliseen koneeseen, ja valitsee siksi väärän koodauksen. Joten toisen komennon pitäisi oikeastaan olla: vncviewer localhost:1 -compresslevel 0 -encodings "copyrect hextile"Kun suoritat vncserveriä tietokoneella, jolla on oma palomuuri, sinun on pidettävä sshd:tä käynnissä ja avattava ssh-portti (22). Sitten muodostat tunnelin kyseisen tietokoneen SSH-palvelimelta paikallisen tietokoneesi porttiin: ssh -L 5901:remotemachine:5901 käyttäjätunnus@remotemachine vncviewer localhost:1Kun käytät KDE:n työpöydän jakamista Suse 9.0:ssa, jaat fyysisen näytön (:0). Siksi, jos olet kirjautunut ulos, et voi muodostaa yhteyttä työpöydän jakamisen avulla. Sinun on käynnistettävä lisäksi vncserver-instanssi: vncserver Tämä palvelin käyttää oletuksena :1-istuntoa, ja siksi välitettävän portin on oltava 5901 eikä 5900 (kuten ensimmäisessä istunnossa).

VNC-palvelimen käynnistyskäsikirjoitus

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Jos haluat käynnistää VNC-palvelimen automaattisesti palveluna järjestelmän käynnistyksen yhteydessä, tarvitset tämän komentosarjan . Luultavasti voit myös kirjoittaa itse paljon yksinkertaisemman komentosarjan, joka hoitaa saman tehtävän. Itse asiassa sinun on pakko tehdä niin, sillä tämä skripti ei toimi RedHat 9:ssä. Yksinkertaisin shell-skripti on tietysti pelkkä komento “vncserver”… Tämä skripti sijoitetaan kansioon /etc/init.d. Sen jälkeen luot hakemistoon /etc/rc5.d symbolisen linkin, joka osoittaa skriptiin. Hakemisto /etc/rc5.d sisältää joukon linkkejä init.d-tiedostossa oleviin skripteihin, jotka suoritetaan, kun järjestelmä siirtyy ajotasolle 5 (ajotaso 5 on se, jossa graafinen käyttöliittymä ja useat käyttäjät ovat käytössä; se, jota todennäköisesti käytät 95 %:ssa kaikista tapauksista). Muille ajotasoille on omat hakemistonsa (esim. /etc/rc3.d ajotasolle 3 jne.).

Äänilevyjen siirtäminen Rio 500 -mp3-soittimeen Linux-käyttöjärjestelmässä

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Selvä, Macilla se on helpompaa. iTunes on ilmainen ja hoitaa kaiken puolestasi (ja tekee sen hyvin). iTunesin korvaamiseksi tarvitsen Linuxissa ainakin kolme sovellusta :-(

BackupPC (ja Mac OS X)

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

BackupPC vaikuttaa olevan hieno sovellus. Paitsi että sen käytön aloittaminen ei ole kovin helppoa. Ladasin tiedoston BackupPC-2.0.0.tar.gz ja asensin sen hakemistoon /usr/local/backuppc. Sen jälkeen suoritin config.pl-komennon ja vastasin kaikkiin kysymyksiin, joihin osasin vastata. Haluan varmuuskopioida tiedostoni toiselle kiintolevylleni /dev/hdb5, joka on alustettu reiserfs-tiedostojärjestelmällä ja liitetty kansioon /mnt/hdb. Konfigurointiskriptin suorittamisen jälkeen hakemistoon /mnt/hdb ilmestyi uusi hakemisto: backuppc, joka sisälsi kuusi muuta hakemistoa: conf, cpool, log, pc, pool ja trash. Muuten, varmuuskopiotietoja ei voi tallentaa smbmount-kiinnityksen avulla (ainakaan helposti). Configure.pl-skripti yrittää muuttaa smbmount-aseman sisällön omistajaa (chown), mikä johtaa Perl-skriptin keskeyttämiseen (tätä voitaisiin muokata ja chown-komento suorittaa manuaalisesti määrittelemällä oikeat uid- ja gid-tunnukset fstab-tiedostossa). Kamppailin tämän kanssa päivän verran (annoin smbmountille jopa fmask=777, dmask=777 ja oikean omistajan/ryhmän), mutta turhaan, sillä ilmeisesti skriptit haluavat suorittaa chown-komennon. Minun täytyy todennäköisesti ratkaista tämä ongelma, sillä minun on tehtävä varmuuskopio verkossa OS X:ää käyttävälle Macintoshille ja siksi minun on käytettävä Sambaa (tai NFS:ää…). Käytän tar-komentoa SSH:n kautta varmuuskopioidakseni asiakaskoneeni (itse asiassa palvelin ja yksi asiakaskoneista ovat minun tapauksessani fyysisesti sama kone). Joka tapauksessa minun on määritettävä SSH. Koska minulla on RH9, kyseessä on OpenSSH (ssh2). Toisella asiakaskoneella on Mac OS X (10.3). Toimii melko hyvin sen jälkeen, kun tajusin, että Mac OS X:n tar-komento ei ole PATH-muuttujassa eikä tavallisessa sijainnissaan, vaan /usr/bin/tar-kansiossa. Tein vain linkin, ja BackupPC toimi: sudo ln -s /usr/bin/tar /bin/tar

GCK2.5:n virheenkorjaus Wine-ympäristössä

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

GCK 2.5.9 toimii Wine-ympäristössä (Crossover Office 2.01 -versio). 2.5.9-päivityksen jälkeen virheilmoitusta ”Sovellusta ei voitu käynnistää, koska muistia ei ole tarpeeksi” ei enää näy. GCK käynnistyy ongelmitta ja on osittain käyttökelpoinen. Itse asiassa se näyttää toimivan täysin (mukaan lukien Deluxe-tuonti) yhdellä suurella poikkeuksella: uusia tiedostoja ei voi luoda (ohjelma sulkeutuu, kun valitaan ”File – New”). Tyhjä ikkuna, jossa voi valita luotavan GCK-tiedoston tyypin (sekvenssi, kuvitus jne.), avautuu otsikolla ”New Window”, mutta se ei täyty sisällöllä ja sovellus sulkeutuu.

GCK2.5:n virheenkorjaus Wine-ympäristössä

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Uusi ikkuna, jota ei saada näkyviin, sisältää (kun ohjelmaa ajetaan suoraan W2K:ssa) seuraavan tekstin (sekä valintapainikkeet neljälle eri tiedostotyypille):Valitse tiedostotyyppi Rakenne (Ctrl-C)Kuva (Ctrl-I)Luettelo (Ctrl-L)Geeli (Ctrl-G)Uusi tiedostonimiOKPeruutaEri valintapainikkeisiin liittyvät tekstit näkyvät ensin virheenkorjaustiedostossa seuraavilla riveillä (kuten komennolla ”grep -n ”List” all_output > List_output” jne. määritetään): 3890577 Gel3885836 Illustration3881107 List3876329 ConstructTämä on juuri sillä alueella, jolle ennustimme virheen sijoittuvan. Katsotaanpa nyt, mitä tapahtui vähän ennen ja jälkeen näiden komentojen antamista. Käytettyäni GCK2.5:tä Wine-ympäristössä vielä hetken, huomasin, että on olemassa toinenkin toiminto, joka aiheuttaa ohjelman kaatumisen ilman virheilmoitusta, nimittäin ”find sequence” -toiminto. Myös tässä tapauksessa näyttöön avautuu valintaikkuna, johon käyttäjän on tarkoitus kirjoittaa nukleotidisekvenssi. Ehkä näillä kahdella kaatumisella on jotain yhteistä, mikä voisi auttaa tunnistamaan sen ratkaisevan järjestelmäkutsun, joka saa ohjelman kaatumaan.

Gnome- ja KDE-istuntojen automaattisesti käynnistyvät kohteet

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Aina kun kirjauduin Gnome-istuntoon, useita sovelluksia käynnistyi automaattisesti ilman, että olisin halunnut niiden käynnistyvän (kaksi terminaali-istuntoa ja yksi Nautilus-ikkuna). Niistä pääsee eroon (ainakin luulen niin, katson seuraavalla kirjautumiskerralla) valitsemalla Päävalikko – Asetukset – Lisäasetukset – Istunnot. ”Nykyinen istunto” -välilehdessä voi poistaa ohjelmat, jotka käynnistyvät automaattisesti kirjautumisen yhteydessä, sekä määrittää, missä järjestyksessä automaattisesti käynnistyvät ohjelmat käynnistyvät. KDE:ssä /home/user/.kde/Autostart-kansiossa olevat tiedostot suoritetaan istunnon käynnistyessä. Riittää, että sijoitat .desktop-tiedoston kyseiseen hakemistoon, jotta se suoritetaan automaattisesti.

grep tiedoston sisällön etsimiseen tai rpm -qa -komennon tulosteeseen

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Jos haluat etsiä tietystä hakemistosta (path_to_directory) ja sen kaikista alihakemistoista (-r tarkoittaa rekursiivista hakua) tiedostoja, jotka sisältävät tietyn tekstimerkkijonon, käytä seuraavaa komentoa: grep -r "tekstimerkkijono" hakemistopolkuMyös erittäin hyödyllistä on ohjata toisen prosessin tuloste grep-komentoon putkella. Esimerkiksi haluat tietää, onko tietty rpm-paketti asennettu järjestelmääsi, mutta et muista sen tarkkaa nimeä. Siksi et voi käyttää komentoa “rpm -q pakettinimi”. Tällöin voit pyytää rpm:ltä luettelon kaikista asennetuista paketeista (rpm -qa) ja ohjata tämän tulosteen grep-komentoon, jolloin grep etsii pakettinimestä sen osan, jonka muistat:rpm -qa | grep osajonoEsimerkiksi kun paketti modutils-2.4.22-8 on asennettuna, sinun on kysyttävä rpm:ltä:rpm -q modutils TAI rpm -q modutils-2.4.22, jotta saat vastauksen. Komento rpm -q modutils-2.4 antaisi seuraavan tuloksen: Pakettia modutils-2.4 ei ole asennettu. Jos et siis tiedä paketin tarkkaa nimeä, on turvallisinta etsiä grep-komennolla rpm-komennon tulosteesta jotain, jonka muistat tarkalleen.

Itsepurkautuvat pakatut tiedostot

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Tänään loin itsepurkautuvan, pakatun tiedoston PDF-asiakirjasta (disclosure.pdf). Ensin pakkasin PDF-tiedoston:

bzip2 disclosure.pdf

Sitten luon tekstitiedoston (header.txt), jonka sisältö on seuraava:

Laukaisimien, paneelien jne. sijainti Gnome-ympäristössä

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Tiedostot, jotka määrittelevät Gnome-käyttöliittymän eri kansiot ja painikkeet, ovat jotenkin todella hajallaan ympäriinsä. Tässä on vain muutamia yleisimpiä sijainteja:Paneelin kuvakkeet: ~/.gnome2/panel2.d/default/launchers/ Start Here -kansion sisältö: ~/.gnome2/vfolders/start-here/käyttäjän kotikansio, roskakori ja Start Here: ~/.gnome-desktop/

sudo ei ole tarkoitettu pelkästään sudo-komentoon (tiedostojen suorittamiseen toisena käyttäjänä)

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Jos haluat suorittaa komennon pääkäyttäjän oikeuksilla, käytät yleensä komentoa ”sudo”. Mutta tietenkin voit suorittaa komennon myös minkä tahansa muun käyttäjän oikeuksilla. Esimerkiksi minun täytyy suorittaa varmuuskopiointia varten jokin skripti käyttäjänä ”backuppc”. Silloin kirjoitan vain: sudo -u backuppc /usr/local/backuppc/bin/BackupPC_serverMesg status info. Käyttäjänimen (backuppc) sijaan voi käyttää myös käyttäjätunnusta (uid).

Suse 9

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Siirryin Suse 9:ään. En pysty RedHatin tiedotteista selvittämään, mitä he oikeastaan aikovat. Joten on parempi totutella vaihtoehtoon jo nyt. Siirryin myös Gnome-työpöydästä KDE:hen, ja ainakin Suse 9:ssä pidän KDE:stä enemmän kuin Red Hat 9:n Gnome-työpöydästä.

Ulkoisen kiintolevyn liittäminen tietokoneeseeni (Maxtor One Touch 200 GB, FireWire ja USB 2.0/1.1)

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Kiintolevy oli kytketty Redhat9 Linux -järjestelmään Firewire-liitännän kautta, ja siinä oli reiserfs-tiedostojärjestelmä. Sen oli tarkoitus toimia varmuuskopiointilaitteena, mutta se lakkasi yhtäkkiä toimimasta (järjestelmä ei enää tunnistanut sitä käynnistyksen yhteydessä). Todennäköisesti tämä liittyi jotenkin ulkoiseen USB-Zip-asemaan. Molemmat näkyvät järjestelmälle ilmeisesti SCSI-laitteina, ja zip-asema saattoi (automaattisen asennuksen kautta) olla varannut sda-numeron, joka oli lisätty manuaalisesti tiedostoon /etc/fstab Maxtor-kiintolevyn käyttöönottamiseksi. Tarkistaakseni, onko levyssä itsessään kaikki kunnossa, liitin sen työtietokoneeseeni. Työtietokoneessani ei kuitenkaan ole FireWire-korttia, joten jouduin käyttämään USB-porttia. Tällä ei pitäisi olla merkitystä, sillä sekä USB- että FireWire-liitännät käsitellään tavalla tai toisella SCSI-laitteina.Muokkasin /etc/fstab-tiedostoa vain lisäämällä seuraavan rivin: /dev/sda1 /mnt/usbhd1 reiserfs defaults 1 2 Unohdin aluksi luoda hakemiston /mnt/usbhd1. Siksi asemaa ei kiinnitetty uudelleenkäynnistyksen jälkeen. Tarkistin tilanteen komennolla /sbin/fdisk -l, ja siellä oli seuraava merkintä: /dev/sda1 Windows 95 (tai jotain sinne päin). Hassua kyllä, ReiserFS-tiedostojärjestelmä näkyi FAT-tiedostojärjestelmänä. Muutin /etc/fstab-tiedoston ”reiserfs”-merkinnän muotoon ”vfat” ja loin hakemiston /mnt/usbhd1. Käynnistyksen aikana ilmeni virhe (jotain tyyliin ”FAT-tiedostojärjestelmää ei löytynyt osiolta”). Joten vaihdoin sen takaisin reiserfs:ksi, käynnistin tietokoneen uudelleen, ja ulkoinen asema liitettiin käynnistyksen aikana ilman ongelmia.

Windowsin sulauttaminen pehmeästi

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Minulla on kaksi kiintolevyä, ja niiden osiot ovat seuraavat: hda1 120 GB /dev/hda1 100 MB Linux ext3 /boot /dev/hda2 95 GB Linux ext3 /home /dev/hda3 1 GB Linux swap /dev/hdb4 Laajennettu osio /dev/hdb5 17 GB Linux /hdb1 32 GB /dev/hdb1 100 MB Linux ext3 /boot /dev/hdb2 1 GB Linux swap /dev/hdb3 Laajennettu osio /dev/hdb4 12 GB NTFS Windows 2000 /dev/hdb5 18 GB Linux reiserfs Molemmille käynnistysosioille oli asennettu GRUB (hdb1:llä oli aiemmin vanha Linux Red Hat 7 -asennus). BIOS oli asetettu käyttämään ensimmäistä kiintolevyä (hda1) käynnistykseen. Windows 2000:n käynnistämiseksi tarvitaan ilmeisesti Windowsin kirjoittama MBR (master boot record), joka on ymmärtääkseni eräänlainen piilotettu osio, joka on joka tapauksessa minkä tahansa levyn ensimmäinen osio (kuten hda0). Koska hda1:lle ei ollut koskaan asennettu Windows 2000:ta (se asennettiin koneeseen myöhemmin ja asetettiin BIOSin käynnistysjärjestyksessä ensimmäiseksi), sen MBR:ään ei myöskään ollut kirjoitettu Windows 2000:n kaltaista MBR:ää. Toisella kiintolevyllä (hdb) on Windows-asennus (Linux asennettiin myöhemmin), joten siellä on täytynyt olla toimiva Windows 2000 -tyyppinen MBR. Tuo MBR tuhoutui todennäköisesti jossain vaiheessa. Tämä tuhoutuminen ei tapahtunut ensimmäisen Linux Red Hat 7 -asennuksen aikana, sillä sen jälkeen koneesta pystyi vielä käynnistymään Windows 2000:een GRUB:n kautta. Sen on täytynyt tapahtua myöhemmin jollain tavalla (ehkä GRUB:n päivityksen yhteydessä?). Sitten asensin toisen kiintolevyn, asensin Red Hat 9:n ja tämän asennuksen aikana Red Hat -asennusohjelma asensi toisen grub-asennuksen sen käynnistysosioon, joka sisälsi Windows-merkinnän (kuten määritin Red Hat 9:n asennuksen aikana). Käynnistäminen Windows 2000:een (joka sijaitsi toisella kiintolevyllä) oli edelleen mahdollista. Mutta koska en enää käynnistänyt Windowsia (aloin käyttää VMwarea ja sitten Winea), huomasin vasta äskettäin, että Windows-merkintä grub.conf-tiedostosta oli kadonnut. Näin ollen en enää pystynyt käynnistämään Windowsia. Syötin Windows-merkinnän manuaalisesti, kuten kaikkialla neuvottiin: title Windows 2000 root oververify (hd1,1) chainloader +1 Mutta se ei toiminut. Sain aina virheilmoituksen (Error 13 invalid device). Luulin valinneeni väärän osion ja kokeilin kaikkia mahdollisia osioita (hd1,0):sta (hd1,5):een. Ei vieläkään toiminut. Vaikka virheilmoitukset olivat erilaisia. Osion: /boot (hd1,0) kohdalla: Grubloader-virhe 25linux /home (hd1,1): Virhe 13: virheellinen tai tuettu suoritustiedostomuoto linux swap (hd1,2): Virhe 12: virheellinen laite laajennetun osion merkinnässä (hd1,3): virhettä ei ilmennyt, mutta päädyin toisen kiintolevyn käynnistysosion grub-valikkoon linux / (hd1,4): Virhe 12: virheellinen laite; kaikki muut (korkeammat) osiot, joita ei ollut olemassa (esim. hd1,5): Virhe 12: virheellinen laite. Käynnistin siis tietokoneen Windows 2000 -asennus-CD:llä ja yritin korjata hdb:n MBR:n. Siirryin manuaalisen korjauksen osioon ja kirjoitin fixmbr-komennon. Näkyviin tuli varoitus: ”Tämä toimenpide muuttaa osiotaulua ja voi tehdä kaikki kiintolevyllä olevat tiedot saavuttamattomiksi”. Minulla ei ollut muuta vaihtoehtoa, joten tein sen. Se ei auttanut. Ainakaan paljoa. Yksi asia kuitenkin parani: kun vaihdoin levyjen paikkaa (tein hdb:stä master-levyn ja hda:sta slave-levyn ja annoin BIOSissa käynnistysprioriteetin uudelle master-levylle), pystyin käynnistämään Windows 2000:n. Se oli jo jonkinlainen parannus. En kuitenkaan vieläkään pystynyt käynnistämään Windows 2000:ta grubin kautta. Joten käynnistin tietokoneen uudelleen Windows 2000:n asennus-CD:llä ja suoritin toisen ”vaarallisen” komennon: FIXBOOT. Tämä oli Windows-järjestelmäni loppu. Sen jälkeen en pystynyt käynnistämään Windowsia lainkaan. Sain aina virheilmoituksen: ntldr puuttuu (NT-latausohjelma puuttuu). Pystyin kyllä käyttämään tätä Windows 2000 -asennusta yhdessä VMware:n kanssa, mutta muuten sitä ei ollut mahdollista käynnistää. Microsoftin tietokannan artikkeli 318728 kuvaa monia mahdollisia ratkaisuja ”ntldr puuttuu” -virheeseen, ja kokeilin niitä kaikkia, mutta ilman myönteisiä tuloksia. Microsoft myöntää ilmeisesti, että tätä virhettä ei joissakin tapauksissa voida korjata, sillä viimeinen keino tällaisen tilanteen pelastamiseksi on: ”Suorita Windows 2000:n rinnakkaisasennus ja kopioi palautettavat tiedot Windowsin Resurssienhallinnan avulla”.

Ympäristömuuttujien muuttaminen (env, csh, bash)

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Asensin juuri BackupPC:n. Perl-asennuskomentosarja ilmoittaa, että ympäristömuuttujani LANG on asetettu arvoon en_US.UTF-8, vaikka sen pitäisi olla en_US. Tämä asetus määritetään RedHat 9 Linux -järjestelmässä tiedostossa /etc/sysconfig/i18n. Voit tarkistaa LANG-muuttujan nykyisen arvon kirjoittamalla echo $LANG. Jos haluat muuttaa tai asettaa muuttujan arvoksi en_US, kirjoita LANG=en_US. Voit näyttää kaikki ympäristömuuttujat kirjoittamalla komentoriville env. Jos haluat asettaa ympäristömuuttujan, sinun on tiedettävä, mitä komentotulkkia käytät. Monissa ohjeissa oletetaan edelleen, että käytät csh:ta, mutta arvelen, että sitä käyttää ehkä vain 1 % Linux-käyttäjistä. Esimerkiksi bash-komentotulkissa voit asettaa ympäristömuuttujan DESTDIR arvoksi /usr/local seuraavalla komennolla: export DESTDIR=/usr/local, kun taas csh:ssa kirjoitat DESTDIR = /usr/local.

Crontab-tiedoston muokkaaminen

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Tietokoneellamme on jaettu kansio (/home/shared) sekä käyttäjäryhmä nimeltä ”shared”. Tarkoituksena on, että sijoitamme sinne asioita, joiden pitäisi olla järjestelmän useiden käyttäjien saatavilla (myös kirjoitettavissa). Jos yksi käyttäjä sijoittaa sinne tiedoston, muut voivat lukea sitä, mutta eivät esimerkiksi poistaa sitä. Korjataksemme tämän muokkasimme crontab-tiedostoa niin, että se suorittaa seuraavat kaksi komentoa 5 minuutin välein: chgrp -R shared /home/sharedchmod -R 744 /home/sharedTätä varten muokkasimme (tietysti pääkäyttäjänä) tiedostoa /etc/crontab lisäämällä siihen rivin: */5 * * * * root run-parts /etc/cron.minutelyTämä tarkoittaa, että komento suoritetaan 5 minuutin välein, joka tunti, joka päivä, joka kuukausi, joka arkipäivä run-parts-skripti suoritetaan pääkäyttäjänä (root) ja se ottaa argumenttina kaikki skriptit hakemistosta /etc/cron.minutely (loimme tämän hakemiston uutena jo olemassa olevien /etc/cron.hourly jne. lisäksi). Käynnistimme crond-palvelun (crontab-daemonin) uudelleen graafisen käyttöliittymän kautta (RedHat 9:ssä valikosta Järjestelmäasetukset → Palvelinasetukset → Palvelut).

Lisätietoja GCK2.5:stä Wine-ympäristössä

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Käytettyäni GCK 2.5:tä Wine-ympäristössä olen havainnut lisää virheitä, jotka aiheuttavat ohjelman odottamattoman sulkeutumisen. En ole kuitenkaan käyttänyt CrossOver Officea viime aikoina (koska sen kokeilujakso on päättynyt, eikä pomoni tietenkään suostu käyttämään senttiäkään Linux-ohjelmiin). Käytän siis Suse 9:n mukana tulevaa Wine-oletusasennusta. Kopioin entisestä .cxoffice-hakemistosta väärennetyn Windows-hakemiston. Seuraavat virheet ovat olemassa (ne ilmenevät aina, kun avautuu ikkuna, jossa vaaditaan aakkosnumeeristen arvojen syöttämistä näppäimistöllä): 1. Uuden tiedoston luominen (tiesin tästä jo aiemmin). Mielenkiintoista on, että ohjelman käynnistyessä avautuva (tyhjä) uusi tiedosto voidaan tallentaa ilman ongelmia… 2. Etsi merkkijono (hetken ajan näkyy ”Etsi esiintymä” -ikkuna, minkä jälkeen ohjelma sulkeutuu) 3. Joskus (ei aina), kun valitun sekvenssin väriä muutetaan, ohjelma kaatuu. 4. Ominaisuudet -> Tee alue 5. Kun valitaan sekvenssi ja haetaan tietoja

Mikä tekstieditori sopii Linuxille?

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Olen käyttänyt tähän asti Emacsia (tai Xemacsia), mutta nyt olen alkanut käyttää Nedit . Se vaikuttaa varsin tehokkaalta ja nopealta (vaikka mikään ei pääse lähellekään BBEditia, joka on valitettavasti saatavilla vain Macille).

Muunna PDF-tiedostoksi

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Olin hieman hämmentynyt ps2pdf-muunnosohjelman suhteen. Jotkut väittävät, että se luo poikkeuksetta PDF-tiedostoja, joiden sivukoko on Letter. On kuitenkin olemassa -sPAPERSIZE=a4-komento, jonka pitäisi tuottaa A4-kokoisia PDF-tiedostoja. Se näyttää toimivan. Jos syöttötiedostoina käytetään EPS-tiedostoja, ps2pdf sijoittaa EPS-kuvan suoraan PDF-tiedoston reunaan, jolloin se leikkautuu pois tulostuksen yhteydessä. Tämän korjaamiseen pitäisi löytyä joitakin apuohjelmia.

Ongelma X-työpöydän avaamisessa root-terminaalista

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Red Hat 9:ssä minulle ei ole koskaan käynyt näin, mutta kun työskentelen KDE:ssä tavallisena käyttäjänä ja yritän suorittaa emacs-ohjelmaa terminaalista, johon olen kirjautunut su-komennolla, saan toisinaan seuraavan virheilmoituksen:jeltsch@mcblpc2:~> suPassword:mcblpc2:/home/jeltsch emacs test.txtXlib: yhteys kohteeseen ":0.0" hylättiin palvelimellaXlib: Virheellinen XDM-AUTHORIZATION-1-avain (avaimen vertailu epäonnistui)emacs: Ei voi muodostaa yhteyttä X-palvelimeen :0.0.Tarkista DISPLAY-ympäristömuuttuja tai käytä -d’-parametria.” Käytä myös xhost'-ohjelmaa varmistaaksesi, että se on määritetty sallimaan yhteydet koneeltasi. Jotta root-käyttäjä pääsisi X:ään, sinun on suoritettava seuraava komento: mcblpc2:/home/jeltsch export XAUTHORITY=/home/jeltsch/.Xauthoritymcblpc2:/home/jeltsch emacs test.txtTietenkin voin käyttää emacsia ilman sen graafista käyttöliittymää kirjoittamalla vain:emacs -nw test.txt`

Riosituden käyttö VMware-ympäristössä

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Minun on myönnettävä, ettei rioutils-ohjelmistolle ole olemassa kunnolla toimivaa graafista käyttöliittymää. Tämä tarkoittaa, että jos haluan ladata mp3-tiedostoja Rio500-laitteeseeni Linuxissa, minun on käytettävä komentoriviä (ja jopa komentorivi vaikuttaa olevan jotenkin epävakaa, sillä rpm-paketti on luotu jo jonkin aikaa sitten ja sen kääntäminen epäonnistuu uusimmissa Linux-versioissa (Red Hat 8, 9, Suse 8, 9). Joten käytin aluksi Rioport AudioManager 3:a VMware-ympäristössä. Se on hidas ja käyttöliittymä on surkea (bloatware). Todella hieno korvaava ohjelma Windowsille on Riositude . Se on paljon nopeampi, helppokäyttöisempi eikä vie edes 200 KB levytilaa. Se toimii erinomaisesti VMware-ympäristössä, kunhan käynnistän sen heti Rio500:n liittämisen jälkeen. Muussa tapauksessa Linux ottaa ohjat (luultavasti USB-ytimen moduuli latautuu automaattisesti, kun Rio liitetään). Ytimen moduuli on poistettava manuaalisesti komennolla “sudo /sbin/rmmod rio500”, jotta VMware voi hallita Rioa. Voit tarkistaa ladatut ytimen moduulit komennolla “/sbin/lsmod”. Minun pitäisi jotenkin päästä eroon tästä moduulista, jos haluan käyttää Riositudea ja VMwarea Rio-soittimen ohjaamiseen. Windowsille on tietenkin myös muita ohjelmia, jotka pystyvät samaan, kuten esimerkiksi Rio FXP . Valitettavasti tämä ohjelma ei toiminut meillä Windows XP:ssä. Luettelo Rio-ohjelmistoista löytyy osoitteesta rioworld.org .

RPM:n hallinta

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Esimerkki: Quanta-paketti rpm -q quanta Tarkista, onko Quanta asennettu ja mikä versio siitä on asennettuna rpm -ql quanta Luettele kaikki Quanta-paketin sisältämät tiedostot (ja niiden asennuskohteet) rpm -ivh quanta Asenna Quanta rpm -e quanta Poista (poista asennus) quantarpm -aq | grep quanta Jos et tiedä tarkalleen, mitä etsit, voit luetella kaikki paketit ja etsiä niistä osanimellä.rpm -q -f tiedostonimi Etsi rpm-paketteja, jotka sisältävät tiedostonimen. Hyvä opas rpm-hallintaan: http://www.rpm.org/max-rpm/ .Jos haluat tiedustella RPM-pakettia, jota ei ole asennettu, käytä seuraavaa syntaksia:rpm -qpl --requires quanta.rpm Tämä listaa kaikki vaatimukset ja kaikki paketin sisältämät tiedostot.cat package.rpm | rpm2cpio | pax -r Pura tiedosto RPM-paketista.

Samba-kiinnityksissä ei saa käyttää chown- tai chmod-komentoja

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Tulin siihen tulokseen (toivottavasti oikein), että smbmount-asennuksen tiedostojen ja hakemistojen omistaja-, ryhmä- ja käyttöoikeuksia ei voi muuttaa, ei edes root-käyttäjänä. Siksi kaikki on määritettävä jo liittämisen yhteydessä, esim.: sudo mount -t smbfs -o username=jeltsch,credentials=/home/jeltsch/.smbpasswd5 -o uid=backuppc,gid=users,fmask=644,dmask=755 //patolmac217/jeltsch /mnt/jeltsch@patolmac217.hi.helsinki.fi

Staden 2003b:n asentaminen Suse 9:ään

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Lataa lähdekoodit .
Siirry hakemistoon /usr/local ja vaihda käyttäjäksi su.
tar -xvzf /home/jeltsch/Documents/staden_linux_2003.0b1.tar.gz (jeltsch on käyttäjätunnukseni, joten se on korvattava muiden käyttäjien osalta!!!!)

Työn prioriteetin muuttaminen Linuxissa

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Jos tehtävä on jo käynnissä, käytä komentoa: renice 19 -p 2478. Tämä antaa tehtävälle 2478 (kuten se tunnistetaan komennolla ps -aux) alimman mahdollisen prioriteetin. Komento renice -20 antaisi sille korkeimman prioriteetin. Jos tehtävä ei ole vielä käynnissä, voit suorittaa sen nice +19 amuleto -komennolla (suorita amule alhaisimmalla mahdollisella prioriteetilla) ja nice -20 amule -komennolla (suorita se korkeimmalla prioriteetilla).

Verkkokorttien käynnistäminen ja sammuttaminen

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

KÄYNNISTYS: (/usr)/sbin/ifup eth0 (tai eth1) PYSÄYTYS: (/usr)/sbin/ifdown eth0 (tai eth1) TILA: (/usr)/sbin/ifconfig -a

VNC-palvelin (eli KDE Desktop Sharing) Suse 9:ssä

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Suse 9:ssä on sisäänrakennettu VNC-palvelin nimeltä KDE Desktop Sharing (valikossa Järjestelmä -> Etäkäyttö). Sen asetukset voidaan määrittää Ohjauskeskuksessa -> Internet ja verkko. Toisin kuin komentoriviltä käynnistettävä VNC (“vncserver”), tämä työkalu ei käynnistä uutta X-työpöytää, vaan muodostaa yhteyden jo olemassa olevaan X-työpöytään. Sisäänrakennetun KDE Desktop Sharing -toiminnon lisäksi on mahdollista käyttää tavallista vncserver-palvelinta, joka käynnistää omat X-istuntonsa.

VNC-palvelin SUSE 9:ssä

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Yritin käyttää vncserveriä Suse 9:ssä, mutta yllätyksekseni, kun käynnistin sen komennolla ”vncserver” ja yritin muodostaa yhteyden ”vncviewer”-komennolla, näin vain harmaan ruudun ja X-terminaalin. Yritin suorittaa xclock- ja gaim-ohjelmia, ja ne käynnistyivät ongelmitta. Haluaisin kuitenkin pystyä käynnistämään myös KDE:n. Tutkin siis vanhan Red Hat 9 -asennukseni xstartup-tiedostoa (kotikansiossa olevassa .vnc-kansiossa) ja vertasin sitä Suse 9 -asennukseni vastaavaan tiedostoon:Suse 9:!/bin/shxrdb $HOME/.Xresourcesxsetroot -solid greyxterm -geometry 80x24+10+10 -ls -title "$VNCDESKTOP Desktop" &twm &Red Hat 9:!/bin/shRed Hat Linux VNC -istunnon käynnistyskäsikirjoitusunset SESSION_MANAGERexec /etc/X11/xinit/xinitrcSelvitin, että twm on ikkunanhallintaohjelma; se siis korvaa KDE:n tässä yhteydessä. Jos korvaan Suse-skriptin Red Hat -skriptillä, KDE käynnistyy vncserverin käynnistyessä.

Adobe Acrobat 5.0.5 Wine-ympäristössä

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Asensin Acrobat 5:n uudelleen, jotta voisin käyttää sitä Wine-ympäristössä. Se ei toiminut. Syynä näytti jälleen olevan laajennus: DocBox.api. Kun poistin sen, kaikki sujui ongelmitta. Jo aiemminkin (käyttäessäni RedHat 9:ää) minulla oli ollut ongelmia Acrobat-laajennuksen kanssa (tuolloin se oli WebPDF.api). Suurin osa PDF-tiedostojen käsittelystä sujuu helposti Linux-työkaluilla, mutta yksi asia on hankala: jo olemassa olevien PDF-tiedostojen rajaaminen. Siksi tarvitsen Acrobatia.

Apache Mac OS X:ssä

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Käytän edelleen yhtä vanhoista Macintosh-tietokoneistamme (sinivalkoinen G3) verkkopalvelimena ( msbl.helsinki.fi ). Olin asettanut pääsyrajoituksia joillekin sivuille, jotka sisältävät luottamuksellisia tietoja. Ja tietenkin unohdin, miten olin ne asettanut. Nyt minun piti selvittää asia, koska halusin lisätä uutta sisältöä. Yleisesti palvelimella pääsyä rajoitetaan hakemistoissa olevien yksittäisten .htaccess-tiedostojen avulla. Omassa käyttäjähakemistossani ( msbl.helsinki.fi/~michael ) vain yksi kansio on pääsyrajoitettu ( msbl.helsinki.fi/~michael/presentations/confidential ). Tämä asetus määritetään Apachen pääasetustiedostossa (/etc/httpd/httpd.conf), ja vain kahdella käyttäjällä (michael ja mcbl) on pääsy seuraavan merkinnän kautta: AuthType Basic AuthName "Confidential" AuthUserFile /Users/michael/.htpasswd require user michael mcbl

CD-levyjen polttaminen komentoriviltä: cdrdao

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

K3b näyttää olevan paras graafinen käyttöliittymä CD-levyjen polttamiseen Linuxissa. Mutta tänään se ei onnistunut polttamaan kuvatiedostoa (bin/cue), enkä tiedä miksi. Joten käytin seuraavaa komentoa: cdrdao write --device /dev/cdrecorder --speed 8 filename.cue

find-komennon tulosteen ohjaaminen uuteen komentoon (find, xargs)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Esimerkiksi kaikkien hakemistojen käyttöoikeuksien muuttaminen: find . -type d -print | xargs /bin/chmod ug+rx Erikoismerkkejä sisältävien hakemistojen nimien käsittely: find . -type d -print0 | xargs -0 /bin/chmod ug+rxJos haluat etsiä kaikki TIF-tiedostot nykyisestä hakemistosta tai sen alihakemistoista ja pakata ne (käyttämällä ImageMagickin “mogrify”-komentoa ja LZW-pakkausta):find . -name '*.tif' -print | xargs mogrify -compress LZW”xargs”-menetelmän lisäksi jotkin komennot (mukaan lukien find) hyväksyvät ”-exec”-argumentin. Seuraava komento etsii nykyisestä hakemistosta kaikki tiedostot, joiden koko on alle 4k, ja poistaa ne:find . -size -4k -exec rm {} \;

GRAMPS ja Suse Linux 9

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Aluksi luulin, ettei GRAMPS-sukututkimusohjelmaa voi mitenkään saada toimimaan Suse 9:ssä. Ilmeisesti Suse:n GNOME-tuki on surkeaa; GRAMPS-kehittäjät jopa sanovat, että Suse:n GNOME-tuessa on useita toimimattomia kohtia. Mutta lopulta löytyi Suse Linux 9:n RPM-paketti, joka toimii (ainakin meillä): http://apt.bygden.nu/SuSE/9.0-i386/RPMS.suser-rbos/gramps-0.98.0-rb1.i586.rpm . Tässä on myös suosikkitapani luoda graafinen raportti GRAMPSista (sinulla on oltava graphviz -paketti asennettuna): Jos haluat luoda PDF-tiedoston:

Hyvä johdanto shell-skriptien kirjoittamiseen

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

http://www.freeos.com/guides/lsst

Kiihdytä kiintolevyn pyörimisnopeutta hdparm-komennolla

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Komento, jolla kiintolevy pysäytetään 50 sekunnin (5x10) käyttämättömyyden jälkeen: /sbin/hdparm -S10 /dev/hda

Konquerorin palveluvalikoiden (eli kontekstivalikoiden) luominen

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Konquerorin palvelumenut ovat lisävalintoja, jotka tulevat näkyviin, kun napsautat tiedostoa hiiren oikealla painikkeella Konquerorissa. Ne ovat tiedostotyyppikohtaisia, eli voit määrittää, mitkä vaihtoehdot näytetään sen mukaan, minkä tyyppistä tiedostoa napsautat. Mac-käyttäjät kutsuvat näitä ”kontekstivalikoiksi”. Hyvä opas löytyy osoitteesta https://techbase.kde.org/Development/Tutorials/Creating_Konqueror_Service_MenusIn . Lyhyesti sanottuna: hakemistossa /opt/kde3/share/apps/konqueror/servicemenus on joukko työpöytätiedostoja. Kopioi vain yksi tiedosto, nimeä se uudelleen ja muokkaa sen sisältöä mieleiseksesi. Seuraavassa esimerkissä olen luonut uuden tiedoston (pdfpic.desktop), joka lisää valikkokohdan, joka tulee näkyviin, kun napsautan jpg-tiedostoja hiiren oikealla painikkeella, ja se käynnistää editorin, jolla voin lisätä tai muokata jpeg-tiedoston upotettuja rdf-tietoja (resource description framework). Editori on Java-sovellus, ja %U-merkintä tarkoittaa, että jos useita tiedostoja napsautetaan hiiren oikealla painikkeella samanaikaisesti, ne avataan samassa ohjelma-instanssissa.[Desktop Entry]ServiceTypes=image/jpegActions=openInRdfpic[Desktop Action openInRdfpic]Name=Edit metadataIcon=backgroundExec=/usr/lib/java2/jre/bin/java -jar /usr/local/rdfpic-2.1/rdfpic.jar %U

Kuinka korjata virheellinen X-määritys SUSE 9:n asennuksen aikana

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Ensimmäisen Suse9-asennukseni yhteydessä mokasin X:n. X:n määritysten yhteydessä asennusohjelma ehdotti minulle: vesa 1600x1200@75. Luulin olevani fiksumpi ja valitsin manuaalisen konfiguroinnin sekä valitsin luettelosta Nokia 445Xi -näytön. Sitten järjestelmä yritti siirtyä uuteen tilaan ja tarjosi painikkeita asetusten säätämiseen (keskitys, leveys jne.). Tein niin ja jatkoin asennusta, kun olin tyytyväinen. Kun X:n piti käynnistyä ensimmäistä kertaa, ruudullani näkyi vain teksti ”out of synch”. Tämä korjataan seuraavasti: Käynnistä tietokone uudelleen vikasietotilassa; muuta tiedostossa /boot/grub/menu.lst kohta vga=xxx muotoon vga=normal ja poista ”showopts”-merkintä. Käynnistä tietokone uudelleen vikasietotilassa, vaihda ajotaso 3:een (“init 3”) ja suorita komento sax2 –vesa 0:1024x768@75. Sitten valitsin jälleen Nokia-näytön, mutta en tehnyt säätöjä (keskitin ja skaalasin kuvan vain näytön etupaneelin säätimillä). Ja kaikki toimii jälleen kunnolla.

Kuinka tuoda sekvenssejä SRS:stä GCK2.5:een

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Sekvenssit voi tietenkin tuoda GCK2.5:een suoraan Genbankista. Yleensä kuitenkin käytetään SRS:n kaltaista verkkotyökalua, jolloin sekvenssit näkyvät selaimessa. SRS-versiosta 7 alkaen tuonti tapahtuu seuraavasti: Napsauta hienossa näkymässäsi TALLENNA. Valitse avattavasta valikosta ”Käytä näkymää” vaihtoehto * Täydelliset merkinnät *. Valitse sitten ”Tallenna kohteeseen” Tiedosto (TEKSTI). Valitse kohdasta ”Tallenna nimellä” SAVE TABEL AS ASCII TABLE/TEXT WITH. Napsauta TALLENNA ja tallenna tiedosto jonnekin tiedostotunnisteella .ebl. Valitse sitten GCK2.5:ssä TUO ja valitse tiedosto. Valmis.

Kuvien muokkaus (koon muuttaminen, tiedostomuodon muuntaminen, pakkaaminen) komentoriviltä ImageMagickin avulla (mogrify, convert)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Muuta kaikkien nykyisessä hakemistossa olevien TIF-kuvien kokoa: mogrify -resize 25% 25% *.tif Muuta kaikkien nykyisessä hakemistossa olevien JPEG-kuvien leveys 614 pikseliksi säilyttäen kuvan kuvasuhteen ennallaan: mogrify -resize 614 *.jpgKuten edellä, mutta muuta korkeus 614 pikseliksi:mogrify -resize x614 *.jpgMuunna kaikki nykyisen hakemiston bmp-kuvat tiff-kuviksi:mogrify -format tiff *.bmpPakkaa kaikki nykyisen hakemiston TIFF-kuvat ZIP-pakkauksella:mogrify -compress ZIP *.tiffYritin muuntaa myös PICT-tiedostoja (Macintoshista), mutta en onnistunut, vaikka ImageMagick näyttää tukevan PICT-tiedostomuotoa. Varmistaakseni, että ImageMagick tunnistaa muunnettavan tiedoston pict-tiedostoksi, käytin tätä komentoa:convert pict:Photo0024.PICT tiff:Photo0002.tifNetpbm-paketissa on myös picttoppm-apuohjelma, mutta se ei enää sisältynyt Suse 9:n käyttämään versioon; en siis voinut testata sitä… Mielenkiintoista on, että PixiePlus pystyy näyttämään pict-tiedostoja – mistä se hakee rutiinit?Jos sinulla on erittäin suuria kuvia, ImageMagickin oletusrajat aiheuttavat virheen (esim. mogrify-im6.q16: leveys tai korkeus ylittää rajan), ja sinun on muokattava tiedostoa /etc/ImageMagick-6/policy.xml!

MP3-tiedostojen äänenvoimakkuuden tai bittinopeuden muuttaminen LAME-ohjelmalla

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Toisinaan mp3-tiedostojen äänitaso on hyvin alhainen. Jos juoksen vilkkaan tien vieressä, en kuule mitään, vaikka äänenvoimakkuus olisi maksimissa. Siksi minun on nostettava mp3-tiedoston äänenvoimakkuutta. Lame-ohjelmalla tämä onnistuu seuraavalla skriptillä: #!/bin/bashwhile [ $# -ge 1 ]; doinfn=$1outfn="${infn%%.mp3}_3x.mp3"echo $outfnlame --mp3input -v --scale=3 $infn $outfnshift 1doneAinoa ongelma on, että tiedostonimet, joissa on välilyöntejä, saavat tämän skriptin kaatumaan. Täytyy keksiä jotain muuta. Myös bittinopeutta voi muokata tällä tavalla:#!/bin/bashwhile [ $# -ge 1 ]; doinfn=$1outfn="${infn%%.mp3}_LQ.mp3"echo $outfnlame --mp3input -V 9 $infn $outfnshift 1done-V 9 on alhaisin bittinopeus/laatu, -V 0 on korkein.

MySQL:n asennus

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Kun olet asentanut Suse 9:n rpm-paketin, suorita seuraavat komennot: sudo /usr/bin/mysql_install_db (Oletustietokantojen ja käyttöoikeuksien luominen. Ilmeisesti sama voidaan tehdä komennolla “sudo rcmysql start”)sudo /usr/bin/mysqld_safe --user=mysql &(Käynnistä palvelin ensimmäistä kertaa)MUISTA ASETTAA SALASANA MySQL:N ROOT-KÄYTTÄJÄLLE! Tämä tehdään seuraavasti: /usr/bin/mysqladmin -u root password 'uusi-salasana' /usr/bin/mysqladmin -u root -h isäntänimi password 'uusi-salasana'Anna kaikki oikeudet root-käyttäjälle ja käyttäjälle:/usr/bin/mysql -u root -p Syötä salasana:Tervetuloa MySQL-monitoriin. Komennot päättyvät merkkiin ; tai \g. MySQL-yhteystunnuksesi on 6, palvelinversio: 4.0.15 Kirjoita 'help;' tai '\h' saadaksesi ohjeita. Kirjoita '\c' tyhjentääksesi puskurin.mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO user@localhost IDENTIFIED BY 'Password' WITH GRANT OPTION; Kysely OK, 0 riviä muokattu (0,00 sek)mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO user@'%' IDENTIFIED BY 'Password' WITH GRANT OPTION;Kysely OK, 0 riviä muokattu (0,00 sek)mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO root@localhost IDENTIFIED BY 'Password' WITH GRANT OPTION; Kysely OK, 0 riviä muokattu (0,00 sek)mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO root@'%' IDENTIFIED BY 'Password' WITH GRANT OPTION; Kysely OK, 0 riviä muuttui (0,00 sek) mysql> quit Heippa ``/usr/bin/mysqladmin version (myöhemmin tarvitaan komentoa “/usr/bin/mysqladmin -u root -p version”) /usr/bin/mysqladmin variables (myöhemmin tarvitaan komentoa “/usr/bin/mysqladmin -u root -p variables” tarvitaan)/usr/bin/mysqladmin -u root -p shutdown(voitteko sammuttaa palvelimen?)sudo /usr/bin/mysqld_safe --log &(voitteko käynnistää palvelimen?)ps -A | grep mysql (tarkista, onko palvelinprosessi käynnissä) /usr/bin/mysqlshow -u root -p (näytä kaikki tietokannat) /usr/bin/mysqlshow -u root -p mysql (näytä tietokannan “mysql” taulukot)Jos haluat käynnistää mysql-daemonin järjestelmän käynnistyksen yhteydessä, siirry ajotason muokkaajaan (edistynyt tila) ja vaihda init.d-tiedoston mysql-merkinnän tila

NFS-vienti asennetaan seuraavasti

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

sudo mount -t nfs -o rw server:/var/www /webserver tai mount server:/var/www /webserver Kiinnitys voidaan lisätä tiedostoon /etc/fstab, esim.:server:/var/www /webserver nfs rsize=8192,wsize=8192,timeo=14,intr,userTämä ei liitä NFS-vientiä automaattisesti käynnistyksen yhteydessä, mutta kuka tahansa käyttäjä voi liittää sen suorittamalla komennon “mount /webserver”. Huomaa, että jos olet liittänyt toisen tiedostojärjestelmän /var/www-kansion alle (esim. jos säilytät kaikki HTML-tiedot erillisellä osiolla, kuten /var/www/htdocs), nämä eivät ole käytettävissä, ellet vie osion liitäntäpistettä erikseen!

ps2pdf vs. pstill ja PDF-tiedostojen salasanasuojaus

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Lukiessani ps2pdf:stä (joka on pelkkä Ghostscriptin komentoriviliittymä) huomasin, että yksinkertaisesta ulkonäöstään huolimatta ps2pdf:llä on lähes kaikki Acrobat 5:n ominaisuudet. ps2pdf14 tuottaa Acrobat 5 -yhteensopivia tiedostoja. Ohjeiden mukaan vahva salasanasuojaus pitäisi olla mahdollista, mutta en ole koskaan onnistunut siinä. Teoriassa seuraavien komentojen pitäisi toimia: -sOwnerPassword= ja -sUserPassword=. Jotta avaimen pituudeksi saadaan asetettua 128, on käytettävä komentoa ps2pdf14 -dEncryptionR=3 -dKeylength=128Toinen asia, jota en osaa hoitaa helposti ps2pdf:llä, on asiakirjojen rajaaminen.Salasanasuojauksen osalta erittäin hyvä vaihtoehto näyttää olevan PStill ( http://www.pstill.com/ ). Komento: pstill -Muserpassword=testpassword testfile.ps hoitaa asian.

RedHat 8:n käynnistyslevykkeen luominen

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Lataa käynnistyslevykkeen kuva RedHat-sivustolta ja kirjoita se levykkeelle. Levykettä ei saa olla kiinnitettynä kirjoituksen aikana: dd if=boot.img of=/dev/fd0. Tuo komento sopii itse asiassa minkä tahansa levykekuvan kirjoittamiseen levykkeelle.

Ryhmien luominen ja ryhmäjäsenyyden muuttaminen Mac OS X:ssä

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Haluan tallentaa joitakin tiedostoja Macintosh-tietokoneelle (OS 10.2). Niiden pitäisi sijaita Public-kansiossa, mutta vain tietyt henkilöt saavat käyttää niitä (= vain lukuoikeus). Siksi haluaisin luoda uuden ryhmän, jolla on käyttöoikeudet näihin tiedostoihin. Outoa kyllä, group-komentoa ei ole Mac OS X:ssä (chgrp-komento on kuitenkin olemassa). Ladasin User Manager -sovelluksen. OS 10.2:n versio ei kuitenkaan ollut kovin helppokäyttöinen. Siksi käytin NetInfo Manageria. Kopioin olemassa olevan ryhmän, muutin sen nimeksi ”gck” ja tunnusnumeron sekä lisäsin kaksi käyttäjää (jos merkintöjä on useampi kuin yksi, ne on lisättävä suluissa ja pilkuilla erotettuina). Sitten loin kansion Public-kansioon ja muutin sen ryhmäksi ”gck”. Tämän kansion käyttöoikeudet ovat drwxr-x—. Myös tämän kansion sisällä olevat tiedostot kuuluvat kaikki ”gck”-ryhmään, ja niiden käyttöoikeudet ovat -rwxr—–.

Samba-ongelmat (smb, smbadduser, smbpasswd)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Jos Samba ei toimi luotettavasti, syitä voi olla useita. Minulle on jäänyt sellainen vaikutelma, että YAST korvaa manuaalisesti muokatut asetustiedot (esim. salasana- ja käyttäjätiedostoissa), kun yrität muuttaa asetuksia YAST:n Samba-asennusohjeiden avulla. Seuraavassa on tarkistuslista siltä varalta, että Samba ei jälleen kerran vastaa tai ei näy verkkoympäristössä. Vian syynä voi olla PDC:n sammuminen. Ehkä minun pitäisi asettaa Linux-koneeni PDC:ksi, koska se on aina käynnissä. Joka tapauksessa, vaikka onnistunkin muodostamaan yhteyden W2K:sta (käyttämällä ”liitä verkkoasema” -toimintoa), en pystynyt muodostamaan yhteyttä W98:sta napsauttamalla näkyvää ”Oma tietokone” -kuvaketta MCBL-työryhmässä (”verkkopolkua ei löydy”). MacOSX:ssä tietokonettani ei näkynyt lainkaan (mutta pystyin muodostamaan yhteyden manuaalisella komennolla ”smb://128.214.186.42/homes”). Outoa… Tiedostossa /etc/samba/smb.conf:

SSH-isäntäavaimet

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Kun asennat SSH-palvelimen uudelleen, sinun tulisi säilyttää vanhan järjestelmän SSH-avaintiedostot. Muussa tapauksessa SSH-asiakasohjelmat saavat viestejä tyyliin ”ON MAHDOLLISTA, ETTÄ JOKU TEKEE JOTAKIN PAHAA!”. Jos tiedostoja ei ole säilytetty, asiakkaat voivat tietysti poistaa merkinnät isäntäavaintiedostosta (yleensä /home/user/.ssh/known_hosts). Kun käyttäjä sen jälkeen muodostaa uudelleen yhteyden palvelimeen, uudet, muuttuneet isäntäavaintiedostot lisätään isäntäavaintiedostoon.

SUSE 9:n lisääminen Red Hat 9:ään (kaksi eri jakelua samalla tietokoneella)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Red Hat 9 on asennettu, ja levyllä on seuraava osiointi: hdd1 /boot (ext3) 100MBhdd2 /home (reiserfs) 7,8 GB hdd3 / (ext3) 7,8 GB hdd4 EXT hdd5 swap 1 GB hdd6 /mnt/documents (reiserfs) 12 GB hdd7 /mnt/music (reiserfs) 90 GBTehtävänä on lisätä toinen Linux-käyttöjärjestelmä (Suse 9) tälle kiintolevylle mitään tuhoamatta. Tämän järjestelmän juuriosion tulisi olla 10 GB. Lisäksi haluan sijoittaa kaikki käyttäjän luomat tiedostot yhdelle osiolle (nykyisin ne ovat kolmella eri osiolla: hdd2, hdd6 ja hdd7). Ensin hankin 200 MB:n ulkoisen USB2/FireWire-kiintolevyn (Maxtor, liitetty nimellä /mnt/sdb1) ja kopioin siihen tiedot levyiltä hdd1, hdd2, hdd6 ja hdd7 komennolla “cp -ax /home /mnt/sdb1” jne. Sitten käynnistin tietokoneen uudelleen Knoppix 3.3 -CD:ltä ja suoritin partimage-komennon pääkäyttäjän terminaalista. Yritin tallentaa juuriosion kuvan suoraan ulkoiselle USB-asemalleni, mutta se ei onnistunut: ohjelma pysähtyi joka kerta jossain vaiheessa prosessia. Tallensin kuvan sitten kansioon /mnt/music, ja se onnistui. Käynnistin tietokoneen uudelleen Red Hat 9:ään ja kopioin kuvan manuaalisesti hakemistosta /mnt/music USB-asemalle (/mnt/sdb1). Koska en luottanut partimage-ohjelmaan, kopioin tiedostojärjestelmän lisäksi manuaalisesti USB-asemalle seuraavilla komennoilla: mkdir /mnt/sdb1/redhat_root cd / find . -xdev -print | cpio -padm /mnt/sdb1/redhat_root Ilmeisesti tämä kopioi kaiken, mukaan lukien erikoistiedostot, kiinnityskohdat jne., säilyttäen kaikki tiedostojen metatiedot. Tämän jälkeen irrotin ulkoisen USB-aseman (varmuuden vuoksi), käynnistin tietokoneen uudelleen Knoppix-käyttöjärjestelmään ja halusin kokeilla QTParted-ohjelmaa. Sen pitäisi pystyä muuttamaan osioiden kokoa. Kirjoitin root-terminaalissa: “qtparted”. En kuitenkaan pystynyt muuttamaan minkään osion kokoa (vaihtoehdot olivat harmaana). Pystyin kuitenkin poistamaan ja luomaan osiot uudelleen (mikä ei auttanut paljoakaan). Päätin siis tehdä puhdistuksen, laitoin Suse 9 -CD:n asemaan ja käynnistin tietokoneen uudelleen Suse 9:n asennusohjelmaan. Valitsin asiantuntijatason osioinnin, poistin kaikki olemassa olevat osiot ja loin seuraavat osiot uudelleen. Varmistin, että käytin hdb3:lle täsmälleen samaa lohkomäärää (1019) kuin hdd3:lle oli käytetty, koska tiesin, että partimage voi palauttaa kuvia vain osioille, jotka ovat täsmälleen samankokoisia tai suurempia:/dev/hdb1 1 8 64228+ 83 Linux (ext3) /boot/dev/hdb2 9 1314 10490445 83 Linux (reiserfs) //dev/hdb3 1315 2333 8185117+ 83 Linux (reiserfs) /redhat/dev/hdb4 2334 14945 101305890 f Win95 Ext'd (LBA)/dev/hdb5 2334 2464 1052226 82 Linux swap/dev/hdb6 2465 14945 100253601 83 Linux (reiserfs) /homeKun asennus oli valmis, käynnistin tietokoneen uudelleen Knoppix-käyttöjärjestelmässä ja yritin palauttaa Red Hat -juuriosion hdb3:lle. Partimage ilmoitti, että osio oli pienempi kuin kuva, joten palautus ei ollut mahdollista. Käynnistin siis tietokoneen uudelleen Suse 9:ään ja kopioin Red Hat 9:n juurijärjestelmän manuaalisesti takaisin hdb3:lle (samalla komentosarjalla, jota käytin kopioidessani sen manuaalisesti USB-asemalle). Sitten muokkasin tiedostoa /redhat/etc/fstab vastaamaan uutta osiointia ja kopioin kaikki tiedostot hakemistosta /boot (mutta en /boot-hakemiston alihakemistoja) uuteen käynnistysosioon (lukuun ottamatta niitä tiedostoja, joilla oli jo vastaavat tiedostot /boot-hakemistossa). Sitten muokkasin tiedostoa /boot/grub/menu.lst lisäämällä siihen rivin Red Hat -asennusta varten:title Red Hat 9 Linuxroot (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-19.9 root=/dev/hdb3initrd /initrd-2.4.20-19.9.imgLuon myös kaksi käyttäjäkansiota /home-hakemistoon (joka aiemmin oli /home-osion kiinnityspiste). Kopioin kuitenkin kaikki piilotiedostot ja -hakemistot (ne, jotka alkavat pisteellä) käyttäjäkansioihin. Sitten yritin käynnistää järjestelmän uudelleen Red Hat 9:ään. Turhaan. Kernel panic. No init found. Try passing init=option to the kernel. Itse asiassa hdb3:n tiedostojärjestelmän tarkistus epäonnistui (superblockia ei löytynyt). Virheilmoituksia on useita, ja tärkeimmät tulevat ensimmäisinä ja nopeasti (eikä niitä näe), kun taas huonot, harhaanjohtavat virheilmoitukset tulevat myöhemmin. Jotain sellaista, että osio pitäisi korjata manuaalisesti. Ja että root-osio on kiinnitetty vain luku -tilassa. Ja että siitä voi tehdä luku-kirjoitus-tilan komennolla ”mount -n -o remount,rw /”. Ja että vain Ctrl-D:llä voi käynnistää järjestelmän uudelleen tässä tilassa. Ilmeisesti aion tehdä juuri niin. Ei kuitenkaan ole mitään vihjettä siitä, mitä komentoa pitäisi käyttää. Useat yritykset tehdä mitään hdb:stä kiinnitettynä epäonnistuivat (jos reiserfs on lukuoikeuksin, sitä ei voi korjata; jos se on luku- ja kirjoitusoikeuksin, sitä ei voi tarkistaa). Joten käynnistän tietokoneen uudelleen Knoppix-ympäristöön ja teen korjauksen sieltä käsin: fsck (joka suorittaa reiserfsck-komennon) ei hoida hommaa: se vain tarkistaa, mutta ei tee mitään korjauksia. Tajusin, että reiserfsck –rebuild-sb /dev/hdb3 -komento korjaa superblokin. Ei vieläkään toimi, joten suoritan tiedostojärjestelmän hitaan ja täydellisen uudelleenrakennuksen alusta alkaen komennolla reiserfsck –rebuild-tree /dev/hdb3. RH9 ei vieläkään käynnisty. Sitten keksin: RH9:n ydin ei ehkä tue reiserfs-tiedostojärjestelmää (tai moduulia ei ole ladattu). Tai (vaihtoehtoisesti) joidenkin erityistiedostojen kopioiminen ext3-osiosta reiserfs-osioon ei ehkä yksinkertaisesti toimi. Joten poistan (Knoppixista) koko hdb3-osion ja luon sen uudelleen ext3-tiedostojärjestelmänä. Kopioin kaikki tiedot takaisin (QTParted valittaa edelleen liian pienestä koosta). Ja lopulta se toimii. Luon kaksi hakemistoa kahdelle käyttäjälle /home-osiolle ja kopioin niihin manuaalisesti vanhojen käyttäjäkansioiden piilottamattomat tiedostot. En kopioi piilotiedostoja. Niitä on paljon, jotka sekoittaisivat Suse-järjestelmän ja tekisivät kirjautumisen mahdottomaksi (olin kokeillut sitä aiemmin). Kirjaudun Suse 9:ään root-käyttäjänä ja luon kaksi käyttäjää, joilla on täsmälleen samat nimet kuin RH9:ssä. Näkyviin tulee varoitus, että hakemisto on jo olemassa ja että sen koko sisältö siirtyy uuden käyttäjän omistukseen. Se on tietysti OK.

Tiettyjen omistusoikeuksien muuttaminen: chmod --from

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Kopioin joukon asetustiedostoja (niitä tiedostoja ja kansioita, joiden nimi alkaa pisteellä) vanhasta RedHat-kotihakemistostani uuteen Suse-asennukseeni. Olin varmuuskopioinut tiedostot root-käyttäjänä, joten niiden omistaja ja ryhmä olivat kaikissa root:root. Jotta voisin muuttaa vain ne tiedostot, joiden omistaja ja ryhmä olivat root:root, omistajaksi ja ryhmäksi jeltsch:users, suoritin kotihakemistostani komennon: sudo chown -R --from=root:root jeltsch:users .*Jos haluat muuttaa järjestelmässä kaikki tiedostot, jotka kuuluvat yhdelle käyttäjälle, voit käyttää komentoa:sudo chown -R --from=käyttäjänimi uusiomistaja /

Uusi iPod (3. sukupolvi) ja Suse Linux 9

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Olen ostanut iPodin. Ja näyttää siltä, että 3. sukupolven iPod eroaa huomattavasti aiemmista malleista. Esimerkiksi tiedostojärjestelmänsä osalta. Aikaisemmissa malleissa HFS+-tiedostojärjestelmän saattoi muuntaa FAT32-tiedostojärjestelmäksi. HFS+ on uuden Mac OS X -käyttöjärjestelmän käyttämä tiedostojärjestelmä. Windows-käyttöjärjestelmä ei pysty lukemaan sitä (ellei hanki kaupallista kolmannen osapuolen ohjelmistoa, kuten MacOpeneria tai MacDrivea). iPodille on olemassa useita Linux-liittymiä, mutta ne kaikki edellyttävät, että iPod liitetään tavallisena massatallennuslaitteena. Suse Linux 9 tukee onneksi HFS+-tiedostojärjestelmiä, vaikka tuki onkin vielä kokeiluvaiheessa. Jotta HFS+-muotoiset tiedostojärjestelmät voidaan liittää, sinun on ladattava hfsplus-ytimen moduuli: sudo /sbin/modprobe hfsplus. Sen jälkeen voit vain kytkeä iPodin. Hetken kuluttua kuulet äänimerkin, joka tarkoittaa, että laite on tunnistettu. Voit selvittää laitteen numeron tarkistamalla järjestelmäviestit: tail -30 /var/log/messages. Koska laitetta käsitellään SCSI-laitteena, sille annetaan todennäköisesti tunnus sda, jos se on ensimmäinen USB- tai FireWire-laitteesi. Jos tietokoneeseesi on jo kytketty USB- tai FireWire-laitteita, laitteelle annetaan ehkä tunnus sdb tai sdc (ja niin edelleen). Luo kiinnityspiste: sudo mkdir /media/ipod Kolmannen sukupolven iPodissa on ilmeisesti kaksi osiota. Ensimmäinen on varmaankin firmware- tai järjestelmäohjelmistolle (sdx1) ja toinen tiedoille (sdx2). Hauskasti, kun yritin liittää sen komennolla sudo mount -t hfsplus /dev/sdc2 /media/ipod, järjestelmä valitti, että laitteessa on jokin vika. Kun kuitenkin yritin: sudo mount -o umask=000 /dev/sdc2 /media/ipod, kaikki sujui ongelmitta. Umask-vaihtoehto on tarpeen, jotta kaikille voidaan myöntää luku- ja kirjoitusoikeudet. Muuten vain root voi kirjoittaa. Asensin gtkpodin siirtääkseni mp3-tiedostoni iPodiin. Saatavilla on jopa Suse 9 rpm .

Vhost-ongelmat RedHat 8:ssa

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Olemme asentaneet ja määrittäneet httpd-2.0.40-11.9:n verkkotunnusrekisteröijämme palvelimelle siten, että verkkotunnukset jeltsch.org, marzidesign.com ja sundayscam.com ohjataan IP-osoitteeseemme (62.18.133.129). Kuitenkin riippumatta siitä, mitä sivustoa selaimellamme pyysimme, ladattiin vhostin jeltsch.org index.html-tiedostot. Aluksi näytti siltä, että selaimen pyynnössä ei ollut mukana palvelimen nimeä. Tällaisissa tapauksissa verkkopalvelin nimittäin palvelee luettelon ensimmäistä vhostia (joka on jeltsch.org). Ongelma oli kuitenkin toinen: vhosts-ohjeiden alla meillä oli seuraava konfiguraatio:NameVirtualHost *:80ServerAdmin webmaster@jeltsch.orgDocumentRoot /var/www/html/vhosts/jeltsch.orgServerName jeltsch.orgServerAlias www.jeltsch.orgErrorLog logs/jeltsch.org-error_logCustomLog logs/jeltsch.org-access_log combinedja sen jälkeen kaikki muut virtuaalipalvelimet. Kun muutimme nämä asetukset seuraaviksi, asiat alkoivat toimia:NameVirtualHost 62.78.133.129ServerAdmin webmaster@jeltsch.orgDocumentRoot /var/www/html/vhosts/jeltsch.orgServerName jeltsch.orgServerAlias www.jeltsch.orgErrorLog logs/jeltsch.org-error_logCustomLog logs/jeltsch.org-access_log combinedTämä ei ole hyvä ratkaisu, sillä se edellyttää, että meidän on muutettava IP-osoitetta httpd.conf-tiedostossa aina, kun dynaamisesti osoitettu IP-osoitteemme muuttuu. Teoriassa *:n pitäisi toimia.

Winen ajaminen aidossa Windows-asennuksessa

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Ajattelin, että Wine saattaisi toimia paremmin aidossa Windows-asennuksessa. Niinpä muutin osioiden kokoa vapauttaakseni noin 8 GB tilaa. Valitettavasti osiointiohjelma ei ollut kovin hyvä, sillä menetin yhden osioistani (sen, johon olin tallentanut kaikki lataukseni…). Päätin siis aloittaa puhtaalta pöydältä ja alustin koko kiintolevyn. Ensin osioin levyn cfdisk-ohjelmalla. Sitten asensin Windows 98:n asennus-CD:ltä FAT32-osioon ja sen jälkeen Windows 2000:n asennus-CD:ltä toiseen FAT32-osioon (halusin asentaa Windows XP:n, mutta asennus-CD ei suostunut käynnistämään tietokonettani). Sen jälkeen asensin Suse 9:n uudelleen ja kopioin kotikansioni takaisin varmuuskopiolevyltäni. Toistaiseksi Wine toimii hyvin (tehtyäni joitakin pieniä säätöjä tiedostossa $home/.wine/config ja liitettyäni Windows 98 -osion komennolla `mount -t vfat -o uid=jeltsch,gid=users,fmask=644,dmask=755 /dev/hda1 /media/win98). Ilman uid-, gis-, fmask- ja dmask-vaihtoehtoja et voi kirjoittaa mitään osiolle.

Macintosh-vakiomuotoisten levyjen (HFS) lukeminen

Tue, 22 May 2007 00:00:00 +0000

Ilmeisesti hfs-muotoiltuja levyjä lukeva ytimen moduuli ei toimi yhtä hyvin kuin hfsplus-muotoiltuja levyjä varten tarkoitettu moduuli. Onnistuin kaatamaan järjestelmäni liittäessäni hfs-muotoiltua CD-levyä. Hyvä vaihtoehto ovat hfs-apuohjelmat (hfsutils). Niille on myös helppokäyttöinen graafinen käyttöliittymä nimeltä xhfsutil. PÄIVITYS (25.12.2023): Minun piti liittää HFS+-muotoiltu osio vuoden 2011 Macbook Pro -tietokoneesta (macOS Sierra) kopioidakseni joitakin tietoja ennen laitteen hävittämistä. Outoa kyllä, Ubuntu 20.04 ei vieläkään pysty automaattisesti liittämään näitä, jos ne on kääritty CoreStorage-taltioon (joka otettiin käyttöön macOS 10.10:ssä). Jotta nämä voidaan liittää, on määritettävä kokorajoitus (lisätietoja osoitteessa https://superuser.com/questions/961401/mounting-hfs-partition-on-arch-linux/1088110#1088110) . Tarkan kokorajan selvittämiseen käytetään testdisk-ohjelmaa. Sinun on selvitettävä osion koko (jonka testdisk ilmoittaa sektoreina). Sektorimäärä on kerrottava sektorikoolla (jonka voit selvittää fdisk-komennolla; se on yleensä 512). Osion liittämiseen käytettävä komento on: mount -t hfsplus -o ro,sizelimit=N /dev/sdXn /mnt

autofs, automount, auto.master ja Samba-resurssien liittäminen

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Ensin lisäsin symbolisen linkin kansioon /etc/init.d/rc5.d/: cd /etc/init.d/rc5.d sudo ln -s ../autofs S21autofs Sitten lisäsin tiedostoon /etc/auto.master-tiedostoon seuraavan rivin:/media/automounts /etc/auto.smbmountsSitten luin tiedoston auto.smbmounts, jonka sisältö oli seuraava:michael_msbl.helsinki.fi -fstype=smbfs,username=michael,password=## ://paula/michael Sitten loin kiinnityskohdan:sudo mkdir /media/automounts/michael_msbl.helsinki.fiSitten käynnistin autofs-daemonin:sudo /etc/init.d/autofs startNyt aina, kun yritetään avata hakemistoa /media/automounts/michael_msbl.helsinki.fi, autofs-daemon liittää smb-jakon automaattisesti ja irrottaa sen tietyn ajan kuluttua, jos sitä ei käytetä.

Hyviä rpm-pakettivarastoja Suse Linux 9:lle

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Voit etsiä nimenomaan SUSE 9:n RPM-paketteja osoitteesta http://rpm.pbone.net/ , mutta on olemassa kaksi hyvää sivustoa, jotka ovat erikoistuneet Suse Linuxin rpm-paketteihin: http://guru.linuxbe.org http://packman.links2linux.de/

Isäntänimen muuttaminen Yast2:lla (DHCP-palvelimen ohittaminen)

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

En keksinyt, miten isäntänimeä voi muuttaa. Isäntänimi näkyy esimerkiksi oletuksena (Suse 9) komentokehotteessa, ja useat sovellukset käyttävät sitä. Jos siirrät tietokonetta eri verkkojen välillä, tämä nimi muuttuu, sillä oletusasetuksena (Suse 9) on, että DHCP-palvelin määrittää isäntänimen. Voit kuitenkin ohittaa nämä asetukset Yast2:n avulla: Ohjauskeskus -> Yast2-moduulit -> Verkkolaitteet -> Verkkokortti -> Kirjaudu sisään! -> Muokkaa jo määritettyjä verkkokortteja -> Isäntänimi ja nimipalvelin -> Poista valinta ruudusta ”Vaihda isäntänimi DHCP:n kautta” ja kirjoita haluamasi isäntänimi kenttään. Oletan, että asetusten voimaantuloon tarvitaan uudelleenkäynnistys. Tämä ei kuitenkaan muuta esimerkiksi tietokoneesi nimeä, joka näkyy Windows-verkossa. Jos haluat muuttaa tätä, sinun on lisättävä /etc/samba/smb.conf-tiedostoon seuraavanlainen merkintä: netbios name = “michael-laptop” (Onko tämä oikein?: “"-merkit ovat välttämättömiä, muuten näkyvissä on vain nimen ensimmäinen osa (eli: michael).) Tämä muuttaa nimesi sellaisena kuin se näkyy esimerkiksi selatessasi verkkoa Windows NT -tietokoneelta. MacOS 10.2:n Samba-toteutus näyttää kuitenkin edelleen jonkin yleisen nimen (minun tapauksessani nimen, jonka DHCP-palvelin haluaa antaa minulle: mcblmj-2).

Macintosh-muotoisten (hfs ja hfs+) CD-levyjen kopioiminen Windows XP:ssä Nero Express -ohjelmalla

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Vaikka tavallinen Windows XP Professional -käyttöjärjestelmä ei pysty lukemaan (= liittämään) Macintosh-muotoisia CD-levyjä (ei hfs- eikä hfs+-muotoisia), Nero Express -poltto-ohjelma pystyy kopioimaan tällaisia CD-levyjä!

Missä asiakirjat sijaitsevat?

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Kun asennat Stuffit Expancerin Linuxille, saat paitsi suoritustiedostot myös man-sivut. Laitoin nämä kaksi tiedostoa (nimeltään unstuff ja stuff) seuraavaan hakemistoon: /usr/local/man/man1. Ne ovat nyt käytettävissä, kun kirjoitan: man stuff tai man unstuff.

Reiserfsck ja juuriosion korjaaminen Knoppix-CD:n avulla

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Kun käynnistin kannettavan tietokoneeni tänään, sain seuraavan virheilmoituksen: Fsck epäonnistui. Korjaa virhe manuaalisesti ja käynnistä tietokone uudelleen. Juuritiedostojärjestelmä on tällä hetkellä kiinnitetty vain luku -tilassa. Kiinnitä se uudelleen luku-kirjoitus -tilassa seuraavasti: bash mount -n -o remount,rw / Huomio: Vain CONTROL-D käynnistää järjestelmän uudelleen tässä huoltotilassa. sgutdown- tai reboot-komennot eivät toimi. Anna pääkäyttäjän salasana kirjautuaksesi sisään. Kirjauduin sisään ja suoritin komennon: reiserfsck --fix-fixable /dev/hda7. Näkyviin tuli useita virheilmoituksia, joista viimeisenä oli: reiserfs_open: reiserfs-superblokkia ei löydy kohdasta /. Tiedostojärjestelmän avaaminen epäonnistui.Sitten se ilmoitti jotain siihen suuntaan, että superlohko on vioittunut ja että jos olen varma, että kyseessä on reiserfs-osio, voin rakentaa sen uudelleen komennolla:reiserfsck --rebuild-sbSitten tajusin, että /dev/hda7 on salattu tiedostojärjestelmäni, minkä vuoksi superlohkoa ei löytynyt. Toistin komennon: reiserfsck --fix-fixable /dev/hda6. Ohjelma ilmoitti, että vaihtoehto “–fix-fixable” ohitetaan. En tiedä miksi. Ehkä siksi, että olen liittänyt järjestelmän samalta osiolta, jota aion korjata. Joka tapauksessa alussa näkynyt viesti Juuritiedostojärjestelmä on tällä hetkellä kiinnitetty vain luku -tilassa. Kiinnitä se uudelleen luku-kirjoitus-tilassa seuraavasti: bash mount -n -o remount,rw / houkutteli minua kiinnittämään sen uudelleen luku-kirjoitus-tilassa ja suorittamaan komennon uudelleen. Mutta tulosta ei tullut. Joten käynnistin tietokoneen Knoppix-CD:ltä ja suoritin komennon sieltä. Tiedostojärjestelmä käytiin läpi uudelleen, mutta virheitä ei löytynyt.Sitten muistin, että olin eilen muokannut fstab-tiedostoa lisäämällä siihen: /dev/sda1 /media/firewire reiserfs noauto,user 1 2. Luulin, että noauto-vaihtoehto estää osiolle pääsyn käynnistyksen aikana. Ilmeisesti ei, ja ongelmallinen kohta olivat ne kaksi numeroa lopussa (1 2). Ne määrittävät, tarkistetaanko tiedostojärjestelmä käynnistyksen yhteydessä. Asetin ne arvoon ”0 0” ja yritin käynnistää tietokoneen uudelleen. Voilà, kaikki toimii taas kunnolla. Muussa tapauksessa olisin ehkä yrittänyt rakentaa superblokin uudelleen Knoppixin avulla: reiserfsck --rebuild-sb /dev/hda6

Rio500-ajurit W98:lle ja W2K:lle VMware-ympäristössä

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

VMware W2K ja W98 eivät tunnista Rio500-laitettani. Koska en käytä fyysistä levyä, en voi käynnistää tietokonetta uudelleen W2K:ssa tai W98:ssa ja asentaa ajuria sieltä. Tarkistin kuitenkin, mihin ajurit tallentuvat asennuksen aikana W98:ssa: ajuri koostuu kahdesta tiedostosta: riousb.inf ja RioUSB.sys. Riousb.inf-tiedosto tallennetaan kahteen paikkaan: kansioon C:\windows\INF ja (uudella nimellä RioPort.Comriousb.inf) kansioon C:\windows\INF\OTHER. RioUSB.sys-tiedosto tallennetaan kansioon C:\windows\system32\drivers. En voinut tarkistaa, mihin W2K tallentaa ajurit, koska kun yritin käynnistää W2K:n, sain seuraavan virheilmoituksen: Tiedostoa system32\ntoskrnl.exe ei löydy. Asenna uudelleen.

SMB-liitännät fstab-tiedoston kautta vai automaattisesti?

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Minulla on useita tietokoneita, joihin minun täytyy muodostaa yhteys Linux-koneeltani. Verkon selaaminen toimii, mutta on hirveän hidasta, joten haluaisin luoda pikakuvakkeita, joiden avulla voisin yhdellä hiiren napsautuksella liittää tarvitsemani kohteet luettelosta. Aluksi ajattelin muokata fstab-tiedostoa ja lisätä sinne merkintöjä, joiden avulla voisin helposti liittää SMB-jakotiedostoja tavallisena käyttäjänä. Esim.://paula/michael /media/smbmounts smbfs noauto,user,credentials=/home/jeltsch/.smbpasswd1 0 0Tämä toimii, jos liitäntä on liitetty järjestelmän käynnistyksen yhteydessä (ilman “noauto”-merkintää). Jos ”noauto”-merkintä on mukana, smb-resurssia ei liitetä järjestelmän käynnistyksen yhteydessä, vaan se on liitettävä nimenomaisesti seuraavalla komennolla: mount /media/smbmounts fstab-tiedoston ”user”-vaihtoehdon ansiosta jokaisen tavallisen käyttäjän pitäisi pystyä tekemään tämä. Ei kuitenkaan! Ensin minun piti ottaa käyttöön “suid”-oikeus smbmnt-komennolle (se näytti olevan tiedostossa /usr/bin/smbmnt, mutta oli linkitetty linkkiin, joka viittasi tiedostoon /usr/lib/samba/classic/smbmnt:chmod +s /usr/lib/samba/classic/smbmnt Sitten löysin ristiriitaista tietoa siitä, pitääkö kiinnityskohdan (minun tapauksessani /media/smbmounts) olla kiinnittävän käyttäjän omistuksessa vai ei. Varmuuden vuoksi tein niin:chown jeltsch /media/smbmountsSilti sain virheilmoituksen, jota en kyennyt selvittämään, joten päätin käyttää automaattista liittämistä.

Staden 1.4 ja Suse 9

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Asensin tänään uuden Staden-paketin (versio 1.4) Suse 9 -järjestelmääni. Lisäsin rivit: export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-rel-1-4 . $STADENROOT/staden.profile ~/.bashrc-tiedostooni.Tämän jälkeen kprinter lakkasi toimimasta ja antoi seuraavan virheilmoituksen: kprinter: /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries/libstdc++.so.5: versiotietoja ei saatavilla (vaaditaan tiedostossa /opt/kde3/lib/kprinter.so)Ilmeisesti tavanomaista tiedostoa (/usr/lib/libstdc++.so.5) ei enää käytetä, koska staden linux-binary -hakemisto on listattu PATH-muuttujassa aivan alussa ja siten ohittaa kaikki muut merkinnät. Siksi korvasin tiedostot /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries/libstdc++.so.5 ja libstdc++.so.5.0.1 symbolisilla linkeillä tiedostoon /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5:cd /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binariessudo ln -s /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 libstdc++.so.5.0.1sudo ln -s /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 libstdc++.so.5Toistaiseksi ainakin tulostus toimii ilman virheilmoituksia, mutta en ole vielä kokeillut Stadenia…

suid ja ohjelmien suorittaminen root-käyttäjänä ilman, että root-salasanaa tarvitsee kirjoittaa

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Jos sinulla on suoritettavia tiedostoja (ohjelmia, skriptejä), joiden suorittaminen vaatii pääkäyttäjän oikeuksia (esim. jotka liittävät jonkin levyn), sinun ei tarvitse kirjoittaa su-salasanaa joka kerta.Voit asettaa kyseiselle tiedostolle suid-oikeuden ja muuttaa sen omistajaksi rootin: chmod u+s tiedostonimi chown root tiedostonimi

Työpöydän merkintöjen nimien muokkaaminen

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Kuinka muuttaa työpöydän kohteiden nimiä (esim. roskakori) Siirry hakemistoon ~/Desktop. Siellä on .desktop-tiedostoja, joita voit muokata. Jos haluat muuttaa hakemistojen nimiä (esim. roskakori), muokkaa piilotettua tiedostoa nimeltä .directory.

Ulkoisen FireWire-ReiserFS-levyn alustaminen ja asennus

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

En tiennyt, miten alustamaton kiintolevy alustetaan Linuxissa. Liitin tietokoneeseeni Firewire-kotelon, jossa oli vanha 12 GB:n Macintosh-alustettu kiintolevy. Alustaakseni sen reiserfs-tiedostojärjestelmällä käytin Yast2-ohjelmaa. Minun piti siirtyä asiantuntijatilaan ja kirjoittaa osiotaulukko uudelleen. Tämän toiminnon seurauksena Yast2 lisää merkinnän fstab-tiedostoon, jota muokkasin seuraavasti: /dev/sda1 /media/firewire reiserfs noauto,user 0 0, koska en halua, että se kytkeytyy automaattisesti joka kerta, kun käynnistän tietokoneen. Sen sijaan voin nyt liittää sen manuaalisesti tavallisena käyttäjänä komennolla: mount /media/tmp/Jotta tavalliset käyttäjät (tai kuka tahansa, jolle haluat myöntää käyttöoikeuden) voisivat kirjoittaa levylle, sinun on muutettava kiinnityskohdan omistajuutta ja/tai käyttöoikeuksia:chmod -R a+rwx /media/firewire

Viini ja Adobe Illustrator (AIRes.dll-tiedostoa ei löydy)

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Adobe Illustrator ei suostunut käynnistymään Wine-ympäristössä, koska se ei löytänyt tiedostoa AI90Res.dll. Tämä tiedosto sijaitsee Illustratorin asennuksen jälkeen polussa: ~/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Program Files/Adobe/Illustrator 10/Support Files/Contents/Windows/System. Siirsin sen vain yhden hakemiston ylemmäs, ja kaikki alkoi toimia.

VMware ja kannettavien tietokoneiden epätyypilliset näytön tarkkuudet

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Kannettavan tietokoneeni näytön resoluutio on 1280x800. VMware:n grafiikkaohjain ei tue tätä resoluutiota. Windows 98:ssa poistin automaattisen sovituksen valinnan, muutin VMware-ikkunan koon hieman epätavalliseksi, avasin Windowsin rekisterin (Windows 98:ssa se koostuu kolmesta piilotetusta tiedostosta: system.dat, user.dat ja policy.pol) ja muutin Resolution-merkinnän (joka oli jotain 966,558) arvoksi 1280,800. Uudelleenkäynnistyksen jälkeen resoluutio oli kunnossa, kun valitsin koko näytön tilan. Ikkunatilassa resoluutio ei kuitenkaan sopeudu pienempään kokoon, vaan sen sijaan ruudulle ilmestyy vierityspalkit. Windows 98:ssa verkkoyhteydet eivät kuitenkaan halua toimia. Yhteys on olemassa (verkkoselaaminen jne. toimii), mutta aina kun yritän selata lähiverkkoa, saan virheilmoituksen: ”Verkkoa ei voi selata”. Windows 2000:ssa sama temppu resoluution kanssa ei toiminut. Rekisterimerkinnän nimi on myös erilainen: ”Resolution.KVM”. Tuon merkinnän edessä on useita muita merkintöjä, joiden nimessä on sana ”resolution”. Koska ne koostuvat monimutkaisista numerosarjoista, en tiedä miten niitä muokattaisiin. Siksi käytän 1078x768-resoluutiota, vaikka se selvästi näkyy epäselvänä 1280x800-näytölläni. Päivitettyäni VMware 4.5.2:een (build 8848) pystyn säätämään resoluution 1200x800:ksi myös Windows 2000 -vieraskäyttöjärjestelmässä. Koko näytön tilassa kaikki toimii hyvin, mutta kun käytän ikkunatilaa ja valitsen ”sovita vierasjärjestelmä ikkunaan”, asetukset katoavat Windowsin rekisteristä ja minun on muokattava niitä manuaalisesti sekä käynnistettävä tietokone uudelleen, jotta saan koko näytön resoluution takaisin arvoon 1200x800.

VMware ja Samba

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

VMware voi aiheuttaa häiriöitä Samban toiminnassa. Jos tietokoneellasi on käynnissä Samba-palvelin ja asennat VMware:n, Samba-palvelin saattaa lakata toimimasta. Voit tarkistaa tämän komennolla: sudo /etc/init.d/smb status. Jos tulos on “dead” ja jos VMware käyttää omaa Samba-palvelintaan (jonka voit tarkistaa komennolla ps -aux etsimällä vmware-smb:n kaltaista merkintää), sinun on suoritettava vmware-config.pl-skripti uudelleen. RedHatissa on helppo tapa estää VMware-Samba-palvelimen käynnistyminen järjestelmän käynnistyksen yhteydessä (Järjestelmäasetukset -> Palvelinasetukset -> Palvelut; pysäytä palvelu ja poista valintaruudun valinta, jos et halua sen käynnistyvän järjestelmän käynnistyessä). Suse 9:ssä suoritan vain vmware-config.pl-skriptin uudelleen. Kun se kysyy jotain seuraavanlaista: haluatko, että vmware määrittää tiedostojen käytön isäntätietokoneelle, sinun tulisi vastata kieltävästi.

VMware-asennusvirhe (libpopt)

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

VMware-asennuksen (vmware-config.pl) aikana ilmenevä virheilmoitus johtuu siitä, että Suse 9:ssä on liian uusi paketti pyydettyä kirjastoa varten: /usr/bin/vmware-smbpasswd.bin: virhe jaettujen kirjastojen lataamisessa: libpopt.so.0: jaettua objektitiedostoa ei voi avata: Tällaista tiedostoa tai hakemistoa ei oleSeuraava komento korjaa ongelman:ln -s /usr/lib/libpopt.so.1 /usr/lib/libpopt.so.0

BSPlayer ja vioittuneet DivX-tiedostot

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Minulla on pari naarmuuntunutta CD-levyä, joilla on DivX-videotiedostoja. Sekä VLC että DivX Player eivät pystyneet toistamaan näitä tiedostoja ensimmäisten vioittuneiden ruutujen jälkeen. Ohjelmat yrittivät jatkaa toistoa, mutta koska vaurio oli liian suuri, ne jumittuivat kokonaan. Löysin kuitenkin soittimen, joka selviää suurimmasta osasta näistä ongelmista varsin hyvin: BSPlayer . Se on kuitenkin saatavilla vain Windowsille…

JPG-tiedostojen pikamuokkaus Konquerorissa (jhead, jpegtran)

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Halusin löytää nopean tavan kiertää digikamerallani ottamiani kuvia. Olympus Camedia C-4000 tallentaa EXIF-tietoihin aina kuvan suunnaksi arvon ”1” (joko siinä ei ole suunnantunnistinta tai se on rikki), joten en voi kiertää kuvia automaattisesti komennolla jhead -autorot *.jpg. Siksi loin työpöytätiedoston ~/bin/rotate90clockwise.desktop, jonka sisältö on seuraava:[Desktop Entry] ServiceTypes=image/jpeg Actions=rotate90clockwise [Desktop Action rotate90clockwise] Name=Kierrä 90 astetta myötäpäivään Icon=/opt/kde3/share/icons/crystalsvg/22x22/actions/rotate_cw.png Exec=/usr/bin/jhead -cmd "jpegtran -rot 90 &i > &o" %USitten luin symbolisen linkinsudo ln -sf ~/bin/rotate90clockwise.desktop /opt/kde3/share/apps/konqueror/servicemenus/rotate90clockwise.desktop Nyt kun selaan tiedostoja Konquerorissa, saan jpeg-tiedostoa hiiren oikealla painikkeella napsauttamalla lisävaihtoehdon, jolla voin kiertää sitä. Kierto tapahtuu muuten häviöttömästi, ja EXIF-tiedot säilyvät. Kierron komentoja on myös mahdollista integroida kuvankatseluohjelmistoihin. Esimerkiksi jos seuraava skripti sijaitsee kansiossa ~/bin!/bin/sh jhead -cmd "jpegtran -rot 90 &i > &o" $*voit kutsua sitä GQView-ohjelmasta lisäämällä skriptin nimen johonkin vapaista paikoista ”isoja” kuvankäsittelyohjelmia alempana:Valikon nimi Komentorivi Kierrä myötäpäivään rotate_clockwise %fMuokkaa -> Asetukset -> Käsittelyohjelmat

Levykotelon asennus ja määritys SUSE 9.0:ssa

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

libcdaudio libcdaudio-devel (cdaudio.h:ta varten) perl-audio-cd-moduuli levynkannen asetukset: luo kaikki asetustiedostot, muuten tapahtuu segmentointivirhe lisää palvelimet tiedostoon .cdserverrc ( http://www.freedb.org/modules.php?name=Sections&sop=viewarticle&artid=9 )

MIME-tyyppiä application/octet-stream ei löytynyt (Konquerer/Kdesktop)

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Tämä on kopioitu sivulta [http://users.pandora.be/Ice9/Linux stuff/Linux_tips.html]( http://users.pandora.be/Ice9/Linux stuff/Linux_tips.html). Käytin toista menetelmää, koska työpöytätiedosto näytti sisällön perusteella olevan viallinen ja se oli luotu silloin, kun virhe ilmeni ensimmäisen kerran (eli silloin, kun kokeilin ohjauskeskuksen Tiedostoyhdistelmät-osiota).

Tiedostotunnisteet KDE:ssä

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Minulla on paljon tiedostoja, jotka ovat outoja tiedostomuotoja ja joita voi avata sovelluksilla, joita ei ole asennettu oletuksena mihinkään Linux-jakeluun. Miten saan KDE:n tunnistamaan nämä tiedostot niiden päätteiden perusteella (kuten .ab1) ja avaamaan ne – kun niitä napsautetaan – oikealla sovelluksella? Mene Ohjauskeskukseen -> KDE-komponentit -> Tiedostoyhdistykset -> Lisää -> Jätä ryhmä “kaikki” valittuna ja kirjoita lyhyt, kuvaava nimi (esim. ABI-jäljitystiedosto) -> Kirjoita kohtaan “Tiedostonimimallit” tiedostotunniste (tai mikä tahansa muu kuvio, jonka avulla KDE tunnistaa tiedoston; esim. *.abi1) -> Kirjoita jotain kuvaavaa ”Kuvaus”-kenttään -> Napsauta kohdassa ”Sovellusten järjestys” ”Lisää” ja kirjoita sovelluksen nimi (jos se löytyy polusta) tai selaa ja valitse suoritustiedosto (esimerkissä .ab1 se olisi esimerkiksi trev, Staden-paketin jäljitystiedostojen katseluohjelma) -> Napsauta ”Käytä” -> Minusta tuntuu, että muutosten voimaantuloon on kirjauduttava ulos ja sisään uudelleen. Edellä mainitussa esimerkissä huomaat, että Konqueror listaa .ab1-päätteiset tiedostot tiedostotyypiksi ”ABI-jäljitystiedosto”, ja kun niitä napsautat, ne avautuvat trev-sovelluksella.

Duplicate File Finder -ohjelman asennus

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Olin järjestelemässä kotihakemistossani olevia yli 50 000 tiedostoa ja huomasin, että minulla oli useita kopioita samasta tiedostosta eri hakemistoissa. Siksi etsin kätevää tapaa löytää nämä kaksoiskappaleet ja poistaa ne.Tällaista tehtävää varten on olemassa useita sovelluksia. Mikään niistä ei kuitenkaan ole täydellinen. Esimerkiksi saman kappaleen mp3-tiedostot, joissa on erilaiset ID3-tunnisteet, tunnistetaan useimmissa ohjelmissa eri tiedostoiksi, vaikka ne saattaisivatkin olla olennaisesti samat ID3-tunnisteiden metatiedot lukuun ottamatta.Päädyin valitsemaan Duplicate File Finder -sovelluksen, joka on Java-sovellus. Asennus vaati JavaUnix -ohjelmiston, jonka asentaminen osoittautui hankalaksi. Ensinnäkin minun piti asentaa Java 2 SDK. Suse Linux 9:n oletusasetuksena on, että vain ajoympäristö (java3-jre) on asennettu.Jotta konfigurointi ja kääntäminen onnistuisivat (kiitos Ian Ballantyne), on lisättävä nykyinen asennushakemisto polkuun: export PATH=$PATH:. Mutta nyt ohjelma kaatuu ja valittaa, että java.lang.UnsatisfiedLinkError: no javaunix in java.library.path Sain jälleen apua: export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$JAVA_HOME/jre/lib/ext/Linux/ saa sen toimimaan. LD_LIBRARY_PATH-muuttujaa ei ole määritetty järjestelmässäni. Kun asennat Staden-paketin, se asettaa tämän muuttujan arvoksi “/usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries”. Voit kopioida javaunix.so-tiedoston ympäristömuuttujassa LD_LIBRARY_PATH määritettyyn sijaintiin.

Konquerorin oletusnäkymän muuttaminen puunäkymäksi

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Tee muutokset sen mukaan, miltä ikkuna haluat näyttävän.
Napsauta hiiren kakkospainikkeella otsikkopalkkia ja valitse ”Tallenna ikkunan asetukset”.
Napsauta “Asetukset” -> “Tallenna näkymäprofiili” -> Valitse “Tiedostojen hallinta” käytettävissä olevien profiilien luettelosta -> “Tallenna”.
Sulje ikkuna ja avaa se uudelleen tarkistaaksesi, että asetuksesi ovat tallentuneet.

Käyttöjärjestelmä on Suse Linux 9

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Kokeilen parhaillaan useita graafisia käyttöliittymiä EMBOSS-molekyyliohjelmistopaketille, ja olen lukenut hyviä arvosteluja kaptainista . Koska kaptainista ei kuitenkaan ole saatavilla rpm-paketteja Suse Linux 9:lle, yritin kääntää sen itse. Ensimmäinen ongelma oli, että configure-skripti ei löytänyt qt3:n kirjastoja ja otsikkotiedostoja:> checking for Qt… configure: error: Qt (>= Qt 2.2.2) (headers and libraries) not found. Tarkista asennuksesi!Siksi suoritin ./configure-komennon seuraavalla vaihtoehdolla:> ./configure --with-qt-dir=/usr/lib/qt3 Nyt konfigurointiskripti etenee loppuun asti. Make kuitenkin epäonnistuu edelleen, ja tulosteen viimeiset rivit ovat seuraavat:Making all in kaptain make[2]: Entering directory /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain’ g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I.. -I/usr/lib/qt3/include -I/usr/X11R6/include -D_REENTRANT -O2 -fno-exceptions -fno-check-new -c kaptain.cpp kaptain.cpp: Konstruktorissa Kaptain::Kaptain(Intermediate*, Kaptain*, QWidget*, QBoxLayout*, QDialog*, bool, const char*)': kaptain.cpp:99: virhe: assert’ ei ole määritelty (ensimmäinen käyttö tässä funktiossa) kaptain.cpp:99: virhe: (Jokainen määrittelemätön tunniste raportoidaan vain kerran jokaisessa funktiossa, jossa se esiintyy.) kaptain.cpp: Jäsenfunktiossa void Kaptain::button_pressed()': kaptain.cpp:1576: virhe: ostream_iterator’ ei ole määritelty (ensimmäinen käyttö tässä funktiossa) kaptain.cpp:1576: virhe: jäsentämisvirhe ennen >'-merkkiä kaptain.cpp:1598: virhe: jäsentämisvirhe ennen >’-merkkiä make[2]: *** [kaptain.o] Virhe 1 make[2]: Poistutaan hakemistosta /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain' make[1]: *** [all-recursive] Virhe 1 make[1]: Poistutaan hakemistosta /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71’ make: *** [all-recursive-am] Virhe 2Sain apua ohjelmiston tekijältä Zsolt Terekiltä. Minun piti lisätä kaptain.cpp-tiedoston alkuun: include include `.

PATH-muuttuja Suse Linux 9:ssä (/etc/profile.local)

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Useat ohjelmistoasennukset muuttavat PATH-ympäristömuuttujaa. Käynnistyksen aikana luetaan monia erilaisia tiedostoja, jotka vaikuttavat lopulliseen PATH-muuttujaan. Useat ohjelmistoasennukset kuitenkin rikkovat olemassa olevat PATH-merkinnät. Yksi niistä on Staden-paketti. Stadenin asennusohjeissa suositellaan lisäämään seuraavat rivit tiedostoon ~/.bashrc: export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-rel-1-4 . $STADENROOT/staden.profilePATH-ongelmien pikakorjaamiseksi voit määrittää tarvitsemasi täydellisen polun tiedostoon /etc/profile.local:PATH=/home/jeltsch/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/bin:/usr/sbin/:/sbin:/opt/gnome/bin:/opt/kde3/bin:/usr/lib/java/bin:/usr/local/bio/bin/Jos jätät merkinnän ~/.bashrc-tiedostoon, Staden-polku lisätään ennen kaikkia /etc/profile.local-tiedoston merkintöjä, jolloin se on etusijalla muihin merkintöihin nähden. Tämä aiheuttaa ongelmia tietyissä ohjelmissa, koska jotkut Stadenin käyttämistä kirjastoista ovat vanhempia kuin Suse Linux 9:ssä olevat (katso joitakin vanhempia viestejä).

Sekvenssien käsittelyn automatisointi (Stadenin pregap4 ja gap4)

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Kirjoitin jo jonkin aikaa sitten skriptin, joka pyrkii automatisoimaan suurimman osan työstä, joka liittyy sekvenssien siirtämiseen ABI-sekvensseristämme gap4-tietokantaan. Skripti on kaukana täydellisestä ja näyttää tältä:!/bin/sh rm *.seq *.log Log\ file.txt for i in ls .ab1; do echo "Nimeän uudelleen $i" mv $i echo $i | sed “s/ $.\{27\}$ ./\1.ab1/" done ls *.ab1 *.txt > tracefile.list pregap4 -nowin -config /home/jeltsch/bin/pregap4_gap4.conf -fofn tracefile.list gap4 test.0.auxLaitoin skriptin kansioon ~/bin; ja tämä skripti on tarkoitettu suoritettavaksi siitä hakemistosta, jossa sekvenssit sijaitsevat. Yleensä koneellamme tehdyn yhden sekvensointikierroksen ab1-jäljitystiedostot tallennetaan yhteen hakemistoon yhdessä joidenkin (minulle) merkityksettömien lokitiedostojen jne. kanssa. Ensin skripti poistaa tarpeettomat tiedostot hakemistosta; sitten se lyhentää tiedostonimet 27 merkkiin plus .ab1-päätteeseen. Huvittavaa kyllä, pregap4 käsittelee pidempiä tiedostonimiä hyvin, mutta gap4:llä on ongelmia. Sen jälkeen kaikki jäljellä olevat tiedostot lisätään luetteloon (tracefile.list), jonka pregap4 lukee. pregap4:ää käytetään ei-interaktiivisesti. Se saa ohjeensa (moduulien asetukset) konfiguraatiotiedostosta (joka minun tapauksessani on myös tallennettu hakemistoon ~/bin). pregap4 kutsuu gap4-shotgun-assembleria ja tallentaa lukemat gap4-tietokantaan. Valitettavasti en ole keksinyt, miten tälle tietokannalle voitaisiin automaattisesti antaa kuvaava nimi. Tällä hetkellä niillä on kaikilla sama nimi, ja ne voidaan tunnistaa vain niiden sijainnin perusteella eri hakemistoissa. Olisi hyvä antaa niille automaattisesti yksilöllinen nimi, esimerkiksi kokoonpanon suorituspäivämäärä tai jotain vastaavaa. Kun kaikki tämä on tehty, gap4 kutsutaan ja se lataa juuri luodun tietokannan manuaalista tarkastelua ja muokkausta varten.Suurin osa sekvensoinnistamme tehdään uusien vektoreiden tarkistamiseksi. Siksi tiedämme yleensä tarkalleen, mitä sekvenssiä odotamme. Jos (mikä valitettavasti ei ole tilanne) ihmiset käyttäisivät rakenteidensa dokumentointiin ohjelmaa, joka sisältää täydelliset sekvenssitiedot (kuten Gene Construction Kit), trace-tiedostot tulisi verrata automaattisesti tällaiseen ”odotettuun” sekvenssiin.Tällä hetkellä saan tämän aikaan viemällä DNA-sekvenssin Gene Construction Kit -ohjelmasta (GCK) tekstimuotoisena tiedostona (ilmeisesti voisin käyttää myös EMBL-muotoa) ja sijoittamalla tämän tiedoston yhdessä ab1-trace-tiedoston kanssa samaan hakemistoon ennen skriptin käynnistämistä. Näin se käsitellään aivan kuten mikä tahansa muu sekvenssi, ja sekvenssilukemat kohdistetaan sen mukaan. On kuitenkin useita asioita, jotka haluaisin asetettavan automaattisesti gap4:ää käynnistettäessä, koska suoritan aina saman klikkausjärjestyksen tarkastellessani kohdistusta manuaalisesti gap4:ssä: Kaikkien eteenpäin suuntautuvien lukukehysten näyttäminen: Oletan, että koska ”odotettu sekvenssi” on pisin, se esiintyy kokoonpanossa aina eteenpäin suunnattuna ja lukukehykset ovat aina eteenpäin suunnattuja. Tämä johtuu siitä, että pidän (luettavuuden helpottamiseksi) vektorisekvenssin GCK:ssa aina sellaisessa suunnassa, että GOI:n CDS on eteenpäin suunnatussa kehyksessä.Erojen korostaminen taustavärillä tulisi ottaa käyttöön. Suur- ja pienkirjaineroja ei tulisi käsitellä eroina. Koska sekvensointimme laatu on vaatimaton, oletusarvot ovat useimmiten liian tiukkoja, jotta gap4 voisi syöttää lukemat samaan kontigiin. Siksi päädyn yleensä etsimään sisäisiä toistoja ja syöttämään ne manuaalisesti. Tämän pitäisi olla mahdollista asettaa automaattisesti gap4-kokoonpanossa, mutta en ole vielä ehtinyt selvittää, miten se tehdään.

Staden-paketin integrointi työpöytäympäristöön KDE:ssä Suse Linux 9:ssä

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Olen asentanut Staden-paketin kannettavalleni. Jotta voisin saada muut laboratoriossani työskentelevät ihmiset käyttämään sitä, sen on oltava erittäin helppokäyttöinen. Ihannetapauksessa heidän pitäisi vain valita muutama sekvenssi, napsauttaa, ja esikäsittely sekä sekvenssien kokoaminen hoituisivat automaattisesti. Tämän saavuttamiseksi tein seuraavaa:

Acrobatin oletustyökansion (polku) määrittäminen acroread.desktop-tiedoston avulla

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Acrobat avautuu aina ~-hakemistosta työkansiona. Koska säilytän kaikki PDF-tiedostoni erillisessä kansiossa, joudun selaamaan melko paljon, ennen kuin voin tallentaa ne. Tämä on erityisen hankalaa, koska Acrobatin ”Tallenna nimellä” -ikkuna näyttää kaikki tiedostot, myös piilotetut tiedostot.

BackupPC:n luomien varmuuskopiotiedostojen purkaminen manuaalisesti (Zzzz)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Perl-skripti /usr/local/backuppc/bin/BackupPC_zcat hoitaa tämän, mutta tätä varten sinun on asennettava BackupPC. Pakkauskirjastoille on saatavilla erillinen käyttöliittymä nimeltä Zzzz… , jonka on kehittänyt sama henkilö, joka on myös mplayerin takana.

DCOPserver-virhe KDE:n kirjautumisen aikana

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Eilen kannettavan tietokoneeni akku loppui, ja hätäkatkaisun yhteydessä järjestelmä ilmeisesti sekoitti asiat. Kun yritin kirjautua KDE:hen tänä aamuna, sain seuraavan virheilmoituksen: KDE:n prosessien välisen viestinnän määrittämisessä tapahtui virhe. /home/jeltsch/.DCOPserver_michael-laptop__0 ei pystynyt lukemaan verkkoyhteysluetteloa. Tarkista, että "dcopserver" on käynnissä Tämä on jälleen kerran hyvin epäselvä virheilmoitus. Tämän korjaaminen tapahtui seuraavasti: rm ~/.kde/socket-michael-laptop rm ~/.kde/tmp-michael-laptop rm -rf /tmp/kdesocket-jeltsch rm -rf /tmp/kde-jeltsch /tmp-kansiossa olevien hakemistojen poistamisessa ilmeni virheitä. En pystynyt poistamaan hakemistoja edes pääkäyttäjänä; virheilmoituksen mukaan ne eivät olleet tyhjiä. ls -al -komennolla luetellessa niissä ei kuitenkaan ollut tiedostoja. Kiertotapana nimesin hakemistot uudelleen: mv /tmp/kdesocket-jeltsch /tmp/kdesocket-jeltsch.old mv /tmp/kde-jeltsch /tmp/kde-jeltsch.old Tämän jälkeen pystyin jälleen kirjautumaan sisään, mutta paneelini kohteet olivat kadonneet.

EMBOSS ja GCK konstruktisekvenssien kokoamiseen ja dokumentointiin

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Yritän käyttää EMBOSS-ohjelmaa vektorisekvenssien kokoamiseen. Aikoinaan käytin tähän tarkoitukseen CGC:n seqed-ohjelmaa, ja tällä hetkellä käytän Gene Construction Kit -ohjelmaa. EMBOSS:ssa ei ole suoraa vastinetta seqed-ohjelmalle, joten sen toiminnallisuuden korvaamiseksi on käytettävä useita muita työkaluja. Katso tämä CGC:n ja EMBOSS:n vertailu .

Farfalle-pastaa gorgonzola-kermakastikkeella

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

4 annosta 3 kupillista farfale-pastaa (”motylki”) 180 g gorgonzola-juustoa, kuori poistettu, kuutioituna 2/3 kupillista kermaa ripaus kidesokeria 2 teelusikallista hienonnettua tuoretta salviaa sekä tuoreita salvialehtiä koristeeksi suolaa ja jauhettua mustapippuria Keitä pasta al dente: 8–10 minuuttia tai pakkauksen ohjeiden mukaan. Laita sillä välin gorgonzola ja kerma keskikokoiseen kattilaan. Lisää sokeri ja runsaasti jauhettua mustapippuria ja lämmitä miedolla lämmöllä sekoittaen usein, kunnes juusto on sulanut. Ota kattila pois liedeltä. Valuta keitetyt pastat hyvin ja palauta ne keittokattilaan. Kaada kastike pastan päälle. Lisää hienonnettu salvia pastaan ja sekoita keskilämmöllä, kunnes pasta on tasaisesti kastunut kastikkeeseen. Maista ja lisää suolaa tarvittaessa, ja jaa sitten neljään lämmitettyyn kulhoon. Koristele jokainen annos salvialla ja tarjoile heti.

Kaupunki on MacOS X (ebiotools)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Asensin tänään Staden-paketin Tanjan Macintosh G4 -tietokoneelle (MacOS 10.3). Suosittelen käyttämään Anders Nisterin laatimaa ebiotools-pakettia . Se sisältää muita hyödyllisiä ohjelmistoja, kuten EMBOSS, Blast jne. Asennusohjeet löytyvät embnet-uutislehdistä 9/1, 9/2, 9/3 ja 10/1 tai koottuina yhdeksi PDF-tiedostoksi täältä .

Kernelin version (ver) selvittäminen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Voit selvittää, mitä ytintä käytät, kirjoittamalla komennon ver. Tietenkin voit myös tarkistaa /boot-kansiossa, mihin ytimeen oletuslinkit viittaavat.

KMail, useita SMTP-palvelimia ja vaihtoehtoinen sendmail

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

KMaililla on aina ollut ongelmia useiden SMTP-palvelimien kanssa. Ratkaisuksi asensin sendmailin. Sen jälkeen luin vain uuden lähtevän postin palvelimen ja valitsin sendmail-vaihtoehdon. Muita asetuksia ei tarvittu, ja se näyttää toimivan.

Kuinka lisätä kommentteja HTML-koodiin

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Käynnistä netatalk järjestelmäpalveluna käynnistyksen yhteydessä Suse Linux 9:ssä

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Suse Linux 9:stä puuttuu mielestäni kätevä graafinen käyttöliittymä, joka kokoaa yhteen KAIKKI järjestelmäpalvelut ja tarjoaa vaihtoehdot ”käynnistä”, ”pysäytä” ja ”käynnistä jokaisen järjestelmän käynnistyksen yhteydessä”. RedHat 9:ssä on jotain vastaavaa. Yast2 on kyllä olemassa, mutta palveluiden luettelossa netatalkia ei edes mainita. Käynnistääkseni netatalkin järjestelmän käynnistyksen yhteydessä luon vain manuaalisesti linkin: cd /etc/init.d/rc5.d sudo ln -s ../atalk S22atalk Uudelleenkäynnistyksen jälkeen (ja yllätyksekseni) tietokoneeni jumiutui. Ctrl-Alt-F2 ei toiminut, en päässyt sisään SSH:n kautta; ainoa pelastus oli fyysinen uudelleenkäynnistyspainike (johon olen tottunut vain Macintosh-ajoiltani). Kun käynnistin tietokoneen uudelleen vikasietotilassa ja poistin linkin, kaikki toimi jälleen normaalisti. Kun käynnistän atalkin manuaalisesti, järjestelmä jumiutuu samalla tavalla muutaman sekunnin kuluttua…

Meksikolainen chili-maissipiirakka

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

4 annosta 1 rkl maissiöljyä 2 valkosipulinkynsiä, murskattuina 1 punainen paprika ja 1 vihreä paprika, siemenet poistettuina ja kuutioituina 1 selleri, kuutioituna 1 tl tulista chilijauhetta 400 g:n tölkki hienonnettuja tomaatteja, 325 g:n tölkki maissia, valutettuna 215 g:n tölkki munuaispapuja, valutettuna ja huuhdeltuna 2 rkl hienonnettua tuoretta korianteria suolaa ja pippuria tomaatti- ja avokadosalaattia tarjoiluun Päällyste: 125 g maissijauhoa 1 rkl vehnäjauhoa 1/2 tl suolaa 2 tl leivinjauhetta 1 muna, vatkattu 100 ml maitoa 1 rkl maissiöljyä 125 g raastettua kypsää Cheddar-juustoa Kuumenna öljy suuressa paistinpannussa ja paista valkosipulia, paprikoita ja selleriä miedolla lämmöllä 5–6 minuuttia tai kunnes ne ovat juuri pehmenneet. Sekoita joukkoon chilijauhe, tomaatit, maissi, pavut ja mausteet. Kiehauta ja anna hautua 10 minuuttia. Sekoita joukkoon korianteri ja kaada seos uuninkestävään vuokaan. Valmista päällyste sekoittamalla maissijauho, jauhot, suola ja leivinjauhe. Tee keskelle kuoppa, lisää muna, maito ja öljy ja vatkaa, kunnes muodostuu tasainen taikina. Kaada taikina paprikan ja maissin seoksen päälle ja ripottele päälle juustoa. Paista esilämmitetyssä uunissa 220 °C:ssa 25–30 minuuttia, kunnes pinta on kullanruskea ja kiinteä. Tarjoile heti tomaatti-avokadosalaatin kera.

Mitkä NFS- ja SMB-jakot ovat käytettävissä palvelimella (showmount, smbclient)?

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Komento, jolla selvitetään, mitkä jaetut resurssit ovat käytettävissä esimerkiksi tietokoneessa 192.168.0.2, on seuraava: NFS:n tapauksessa: /usr/sbin/showmount -e 192.168.0.2 Samba:n tapauksessa: smbclient -L 192.168.0.2

Molekyylibiologian ohjelmistokehityshankkeet

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5:ään liittyvät asiat

GCK2.5:n vianetsintä Wine-ympäristössä** Wine-ympäristössä on edelleen joitakin virheitä, jotka tekevät GCK2.5:n käytöstä toisinaan hankalaa. Erityisesti alueiden merkitseminen, sekvenssien haku ja uuden tiedoston avaaminen eivät onnistu.
GCK2.5:n vienti** GCK2.5 ei pysty viemään tiedostoja EMBL-muotoon siten, että alueet muunnettaisiin piirteiksi. Se pystyy kuitenkin viemään kommentit tekstitiedostoon ja pelkän sekvenssin tekstitiedostoon. Olisi helppoa kirjoittaa Perl-skripti, joka ottaa nämä kaksi tiedostoa ja muuntaa ne yhdeksi EMBL-tiedostoksi, EMBOSS cirdna/lindna-tiedostoksi tai pDRAW32-tiedostoksi.
GCK2.5:n integrointi Wine-työpöydälle** Kun napsautetaan tiedostoja, jotka on liitetty Windows-ohjelmiin (Wine-ympäristössä), Linuxin tiedostonhallintaohjelma (esim. Konqueror) välittää tiedoston argumenttina liitetylle Windows-sovellukselle, ja tiedosto avautuu Wine-ympäristössä. GCK2.5 kieltäytyy kuitenkin hyväksymästä tiedostoa argumenttina. Kun napsautan .gcc-tiedostoa, GCK2.5 käynnistyy, mutta avaa tyhjän ikkunan, ja minun on avattava .gcc-tiedosto GCK2.5:n sisällä. Tarpeetonta napsauttelua, varsinkin kun joudun selaamaan useita kansiohierarkioita. Kun GCK2.5 toimii natiivisti Windowsissa, onko mahdollista käynnistää GCK2.5:n komentoriviparametrina rakennetiedosto? Minun pitäisi tarkistaa se.

pDRAW32-aiheiset

MySQL:n pääkäyttäjän salasanan nollaaminen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Jos olet unohtanut MySQL:n pääkäyttäjän salasanan, voit nollata sen, jos sinulla on fyysinen pääsy koneeseen, jolla mysql-palvelu on käynnissä: Etsi mysql-prosessin .pid-tiedosto. Sen nimi on joko mysql.pid tai koneen_nimi.pid. Lopeta mysql-prosessi. MacOS X -palvelimellani esimerkiksi kill cat /usr/local/mysql-standard-4.0.16-apple-darwin6.6-powerpc/data/localhost.pid`` Käynnistä mysql-palvelin uudelleen /usr/local/mysql-standard-4.0.16-apple-darwin6.6-powerpc/bin/mysqld_safe --skip-grant-tables & Aseta uusi pääkäyttäjän salasana (korvaa newpassword uudella salasanalla!) /usr/local/mysql-standard-4.0.16-apple-darwin6.6-powerpc/bin/mysqladmin -u root flush-privileges password "newpassword" Valmis!

Paglia e Fieno, pähkinöillä ja gorgonzolalla

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

4 annosta 300 g paglia e fieno -pastaa (”litistettyjä spagetteja”) 2 rkl voita 1 tl hienonnettua tuoretta salviaa tai 1/2 tl kuivattua salviaa, sekä tuoreita salvialehtiä koristeeksi (valinnainen) 120 g gorgonzolaa 3 rkl mascarpone-juustoa 5 rkl maitoa 1/2 kuppia jauhettuja pähkinänpuolikkaita 2 rkl tuoretta raastettua parmesaanijuustoa tuoretta jauhettua mustapippuria Keitä pasta suuressa kattilassa suolattua kiehuvaa vettä käyttäen pakkauksen ohjeiden mukaisesti. Sillä välin sulata voi suuressa paistinpannussa tai kattilassa matalalla lämmöllä, lisää salvia ja sekoita. Ripottele kuutioitu gorgonzola seokseen ja lisää sitten mascarpone. Sekoita aineksia puulusikalla, kunnes juustot alkavat sulaa. Kaada maito seokseen ja jatka sekoittamista. Ripottele joukkoon pähkinät ja raastettu parmesan sekä runsaasti mustapippuria. Jatka sekoittamista matalalla lämmöllä, kunnes seoksesta muodostuu kermainen kastike. Älä anna sen kiehua, muuten pähkinät maistuvat katkerilta, äläkä keitä kastiketta pidempään kuin muutaman minuutin, muuten pähkinät värjäävät sen. Valuta pasta, kaada se lämmitettyyn kulhoon, lisää sitten kastike ja sekoita hyvin. Tarjoile heti, ripottele päälle lisää jauhettua mustapippuria. Koristele salvia-lehdillä, jos haluat.

PDF-tiedoston salasanasuojauksen poistaminen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ostin äskettäin PDF-kirjan. Se oli salasanasuojattu (40-bittinen suojaus). Valitettavasti jotkut Linuxin PDF-katseluohjelmat eivät pysty avaamaan salasanasuojattuja PDF-tiedostoja. Päätin siis poistaa salasanasuojauksen omaan käyttööni. Nopea haku verkosta paljasti kaksi erittäin helppoa tapaa salasanan poistamiseen:

Pinnacle PCTV Deluxe ja Linux-tuki

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ostin USB-televisiokortin, Pinnacle PCTV Deluxen. Linuxille on saatavilla vain yksi ohjelma: dunerec . Näin sain sen toimimaan: Lataa ja pura (tar -xvzf) dune2-linux.tar.gz Pakkauksen purkamisen jälkeen sinulla on kaksi hakemistoa: dunetools ja dunelib, kaksi shell-skriptiä (joiden toimintaa en muista) ja yksi README.txt-tiedosto, jossa on asennusohjeita. Mitään ei tarvitse kääntää, vaan riittää, että kopioit suoritustiedostot (ja muutamat muut tiedostot) oikeisiin hakemistoihin: dunetools/dunerec/dunerec siirretään hakemistoon /usr/local/bin dunetools/duneinit/duneinit siirretään kansioon /usr/local/bin Sinun on luotava kansio /usr/local/lib/dune Nyt tarvitset joitakin tiedostoja Windows-ohjelmasta, joka tuli TV-kortin mukana. Sinulla on tietysti oltava Windows-järjestelmä, ja ohjelma on asennettava sinne ensin. Löydät tarvitsemasi tiedostot kansiosta “C:\Program Files\Pinnacle\Pinnacle PCTV Deluxe\Driver". Sinun on kopioitava tiedostot, joiden pääte on .v (k2.v jne.), sekä tiedostot DuneNTSC.sys ja DunePal.sys juuri luotuun hakemistoon /usr/local/lib/dune Koska asun Euroopassa, minun on käytettävä tiedostoa Pal.sys; joten nimeän sen uudelleen dune.sys:ksi chown root /usr/local/bin/dunerec chmod u+s /usr/local/bin/dunerec chown root /usr/local/bin/duneinit chmod u+s /usr/local/bin/duneinit Kanavien haku suoritetaan komennolla /usr/local/bin dunerec -i 0 -S 1 -d 1 Dune kohdassa 001/002 VID 2304 PID 061E Ladataan ezusb2-laiteohjelmistoa… dune.sys: FWOff: 77736 FWLen: 10296 Ohjelma on käynnistettävä uudelleen! Vaihtoehto “-d 1” on tarkoitettu vain vianmääritystietojen tulostamiseen. Komento on suoritettava uudelleen, mikä on normaalia: dunerec -i 0 -S 1 >> /usr/local/lib/dune/channels.txt Tämä komento tallentaa kanavahakutulokset tiedostoon /usr/local/lib/dune/channels.txt; sinun on vielä poistettava tästä tiedostosta rivit, jotka alkavat merkillä . Virheilmoitus ”Cannot find dune!” ilmestyy, kun TV-korttia ei ole kytketty tietokoneeseen. Minulle se ilmeni myös silloin, kun TV-kortti oli paikallaan, ja minun piti irrottaa kortti, käynnistää tietokone uudelleen ja kytkeä se uudelleen toimimaan. Tarkista, toimiiko kortti: dunerec -R test.mpg -i 0 -a 479250. Tämä tallentaa taajuudella 479,250 MHz olevan TV-signaalin tiedostoon test.mpg. Voit lopettaa tallennuksen painamalla Ctrl-C ja katsella tätä mpg-tiedostoa valitsemallasi videosoittimella. Jotta voisit kuitenkin katsella suoratoistettua televisiota, sinun on ohjattava data soittimeen. Ainoa soitin, joka onnistui hyväksymään dataa, on mplayer . Packman tarjoaa erinomaisen rpm-paketin Suse Linux 9.1:lle. Älä unohda ladata rpm-pakettia, joka sisältää kaikki koodekit! Tässä on muutamia komentoja, joita olen käyttänyt datan ohjaamiseen: dunerec -R - -i 0 -a 479250 | mplayer -cache 8192 - Voit säätää välimuistin kokoa lyhentääksesi toiston aloittamiseen kuluvaa odotusaikaa. dunerec -R - -i 0 -a 479250 | mplayer -framedrop -vo x11 - Ilman välimuistia sinun on sallittava soittimen pudottaa kehyksiä. dunerec -i 0 -a 479250 -t dvd -R - | mplayer -ao arts -vo xv -double -cache 4096 -framedrop - Tämä on täydellinen komento, jota käytän tällä hetkellä. Kopioin sen gtk2-käyttöliittymästä. GTK2-käyttöliittymä TV-kortille “Pinnacle PCTV Deluxe” http://pctvgtk.sourceforge.net” . Asennus sujui ohjeiden mukaisesti, ja järjestelmä toimii todella hyvin. Minulla oli hieman ongelmia kanavien etsinnässä; se ei löytänyt kaikkia kanavia. Minun piti suorittaa kanavahaku Windowsissa (Pinnacle-ohjelmalla) ja sitten kirjoittaa taajuudet muistiin ja lisätä ne manuaalisesti channels.txt-tiedostoihin. Mutta sekin sujui ilman ongelmia.

Psion3a-osoitetietokannan synkronointi KDE:n osoitekirjan kanssa

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Minulla on vanha Psion 3a, jota käytän pääasiassa herätyskellona lomalla, kun minun on ehdittävä junaan tai lentokoneeseen. Jotta laitteesta olisi enemmän hyötyä, päätin tallentaa kaikki osoitteeni sen tietokantaan. Tietokannan tiedostomuoto on jokin outo muoto (.dbf). Psion 3a:n tietokantasovellus ei voi tuoda mitään muuta muotoa, ja ainoa muoto, johon se voi viedä tietoja, on tekstitiedosto, jossa kentät on erotettu toisistaan erottimella (oletuksena rivinvaihto) ja tietueet on erotettu toisistaan tyhjällä rivillä (tai tyhjällä rivillä, jos erottimena on rivinvaihto). PC:llä toimiva PsiWin-sovellus pystyy avaamaan dbf-muotoa ja viemään tietoja useisiin eri muotoihin (toivottavasti). Joten tapa siirtää kaikki osoitteeni Psioniin (ne ovat tällä hetkellä Mac OS X:n osoitekirjamuodossa) olisi siirtää ne ensin KDE:n osoitekirjaan ja viedä sieltä sitten muodossa, jota PsiWin pystyy lukemaan, ja käyttää PsiWiniä tallentamaan tiedot dbf-muotoon, jota Psion pystyy lukemaan.

Quanta kaatuu käynnistyksen aikana (siirrän tilini uudelle käyttäjälle)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Kun käynnistän Quantan tavallisena käyttäjänä, se kaatuu. Terminaalin tuloste on: jeltsch@michael-laptop:~> quanta QGDict::hashKeyString: Virheellinen nolla-avain Virheellinen merkintä (puuttuu '=') tiedostossa /opt/kde3/share/apps/quanta/doc/javascript.docrc:241 TagAction::property( "accel" ) epäonnistui: ominaisuus virheellinen tai ei ole olemassa TagAction::property( "accel" ) epäonnistui: ominaisuus virheellinen tai ei ole olemassa TagAction::property( "accel" ) epäonnistui: ominaisuus virheellinen tai ei ole olemassa jeltsch@michael-laptop:~> Kun ohjelma kuitenkin käynnistetään pääkäyttäjänä, se toimii kunnolla, vaikka virheilmoitukset ovat samat. Toistaiseksi muutin aloitusvalikossa olevan työpöytämerkinnän niin, että Quanta käynnistyy root-käyttäjänä. Tietenkin minun on sallittava pääsy X-ikkunoihini, esimerkiksi suorittamalla komento xhost +. Loin uuden tavallisen käyttäjän (mjeltsch9) ja suoritin Quantan mjeltsch-käyttäjänä, jolloin Quanta toimi myös moitteettomasti. Ilmeisesti joissakin käyttäjäkohtaisissa asetuksissa on jotain outoa. Yritin selvittää, mikä, mutta turhaan. Siksi päätin aloittaa puhtaalta pöydältä. Root-käyttäjänä muutin kaikkien kotihakemistossani olevien tiedostojen omistajan (chown) rekursiivisesti mjeltschiksi ja siirrin ne (piilotiedostoja lukuun ottamatta) hakemistoon /home/mjeltsch. Kaikki piilotiedostot siirrin uuteen hakemistoon, jonka nimesin old_dot_filesiksi. Saatan tarvita joitakin näistä. Sitten poistin /home/jeltsch-hakemistoni. Yast2:n avulla poistin käyttäjätilin ”jeltsch” ja muutin /home/mjeltsch-hakemiston nimeksi /home/jeltsch. Sitten, myös Yast2:n avulla, nimesin käyttäjän mjeltsch uudelleen nimellä jeltsch ja muutin hänen kotihakemistonsa /home/mjeltsch:stä /home/jeltsch:ksi. Minun piti myös suorittaa komento chown -R /tmp/mcop-jeltsch. Ilmeisesti kaikki toimii jälleen, mutta kaikki työpöydän asetukseni ovat tietysti kadonneet.

Rekursiivinen hakutoiminto

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

grep (kirjainkokoa huomioimatta, rekursiivinen) grep-komennolla ei ole mahdollista tutkia hakemistopuuta rekursiivisesti. Seuraava komento etsii esimerkiksi vain nykyisen hakemiston tiedostoista: grep bacteria * Jos haluat, että haku ei erota isoja ja pieniä kirjaimia, voit käyttää i-lippua: grep -i bacteria *Mutta jos haluat tehdä rekursiivisen haun, sinun on käytettävä melko monimutkaista UNIX-komentojen yhdistelmää tämän tavoitteen saavuttamiseksi:find ~/Mail -type f -exec grep 'bacteria' {} \; -printTämä komento etsii rekursiivisesti nykyisen käyttäjän Mail-hakemistosta ja tulostaa kaikki rivit, jotka sisältävät sanan bacteria.

scp (secure copy)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Tiedoston index.html kopioimiseksi paikalliselta koneelta osoitteeseen vesuri.helsinki.fi tarvitaan seuraava komento: scp -p /Volumes/Documents/michael/Sites/index.html jeltsch@vesuri.helsinki.fi:./public_html/index.htmlp-lippu säilyttää alkuperäisen tiedoston muokkaus- ja käyttöajat sekä käyttöoikeudet. Alkuperäisen tiedoston koko polkua (/Volumes/Documents/michael/Sites/index.html) ei tietenkään tarvita, jos tiedosto sijaitsee nykyisessä hakemistossa.Jos haluat kopioida hakemiston “/Multimedia/TV Shows/Kids & Family” etäpalvelimelta, jonka IP-osoite on 192.168.0.16, paikallisen koneen nykyiseen hakemistoon, käytä seuraavaa komentoa:scp -r root@192.168.0.16:"/Multimedia/TV\\ Shows/Kids\\ \&\\ Family" .Huomaa kaksoisviivat, joilla välilyönnit tiedostopolussa korvataan! r-lippua tarvitaan, koska haluat hakemiston koko sisällön (rekursiivisesti). Jos sinun on määritettävä portin numero, tarvitset ison P-lipun: scp -P 22222 -v TVSeriesXY_S01E* mnmplus@192.168.0.16:/Volumes/MultimediaJoskus scp on tehoton (esim. siirrettäessä valtavia määriä pieniä, pakkaamattomia tiedostoja). Tällöin yksi ratkaisu on käyttää tar-komentoa (tiedostojen yhdistämiseen ja pakkaamiseen) ja ohjata tulos sitten putkella ssh:n kautta toiselle koneelle, jossa se puretaan ja tar-paketti avataan:tar cpf - server.helsinki.fi | ssh jeltsch@othermachine.helsinki.fi "tar xpf - -C /home/jeltsch/"

Sekvenssijäljitystiedostot tar-arkistoissa (Staden)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Haluan tallentaa kaikki sekvensointiprojektin sekvenssijäljet (Staden-ohjelmalla) yhteen tiedostoon. Tämä onnistuu pakkaamalla kaikki *.ztr-tiedostot tar-tiedostoksi: tar -cvf ./test.tar *.ztr. Sen jälkeen sinun on määritettävä gap4:ssä Options -> Configure -valikoissa -> Expert ja määrittää Options -> Trace file location -> TAR=./test.tar

Staden-sovellusten muuttaminen klikattaviksi macOS X:ssä

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Olen asentanut Stadenin Mac OS X:ään ja kokeillut sitä vähän. Käytin asennuksessa Anders Nistersin luomaa ebiotools-pakettia, joka on kuvattu embnet.news -lehden numerossa 10/1. Se toimii, vaikkakaan ei Macin filosofian mukaisesti:

Stadenin integrointi KDE 3.2:een

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Kaksi asiaa on hoidettava: 1. Valikossa tulisi olla asianmukaiset kohdat. 2. Tiedostoja tulisi voida klikata, ja niillä tulisi olla asianmukaiset ”Avaa-valinnat”. Kohta 1 on helppo toteuttaa. Valikon (koko järjestelmän kattavat) kohdat sijaitsevat kansiossa /opt/kde3/share/applnk. Lisäsin juuri tämän kansion alle uuden hakemistorakenteen: Science – Staden |– Gap4.desktop |– Pregap4.desktop |– Spin.desktop |– Stadenlaunch.desktop -- Trev.desktop Jos muokkaat valikkoa tavallisena käyttäjänä, valintakohdat ovat voimassa vain sinulle itsellesi. Lisäksi Suse sekoittaa kaksi sijaintia käyttäjän määrittämille valintakohdille: ~/.kde/share/applnk ja ~/.local/share/applications. Kun merkinnät on lisätty järjestelmänlaajuiseen /opt/kde3/share/applnk-hakemistoon, yksittäisten käyttäjien tekemät lisämuutokset kopioidaan käyttäjän kotihakemistoon. Koska käyttäjän kotihakemistossa olevat merkinnät ovat etusijalla järjestelmänlaajuisiin merkintöihin nähden, ne ovat tällöin voimassa.

Stadenin ohjetoiminto (ilman Netscapea ei ole ohjetta)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Koska tietokoneellani ei ole Netscapea asennettuna, Stadenin ohjetoiminto ei toimi automaattisesti. Staden-kurssin aikana James neuvoi minua tarkastamaan tiedoston /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/tk_utils/help_netscape.tcl. Saatan tehdä niin, mutta pikaratkaisuna loin symbolisen linkin Mozillaan: sudo ln -s /usr/bin/mozilla /usr/bin/netscape Ja tämä todella toimii. Kokeilin sitä menestyksekkäästi myös Konquerorin kanssa: sudo ln -sf /opt/kde3/bin/konqueror /usr/bin/netscape

Suse Linux 9.1

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ostin Suse Linux 9.1:n pakettiversion. Päivitys sujui varsin sujuvasti. Vaikka järjestelmä ilmoitti noin 1500 pakettiristiriidasta, ne johtuivat kaikki pelkästään Kopete 0.81:stä (ICQ-asiakasohjelmani) ja VLC 0.71:stä (videosoittimeni). Ratkaisin ristiriidat poistamalla ensin suojauksen asennetuilta muilta kuin Suse-paketeilta ja ottamalla sitten riskin järjestelmän epäjohdonmukaisuuksista. Päivityksen jälkeen sekä Kopete että VLC kuitenkin toimivat edelleen. Sen sijaan VMware 4.0.5 lakkasi toimimasta, mutta päivitys versioon 4.5.1 auttoi.

SUSE Linux 9.1/9.2 ja VMware

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Latasin uudelleen VMware-version testaamista varten (4.5.2). Mutta sitä ei edes voinut konfiguroida. Ilmeisesti SUSE on sekoittanut asennuksen lähdekansioiden hakemistorakenteen. Löysin seuraavan korjausohjeen: cd /usr/src/linux su make cloneconfig make prepare. Tämän jälkeen vmware-config.pl-skripti pitäisi toimia kunnolla. Ennen vmware-config.pl-komennon suorittamista asensin myös vmware-any-any-update78-korjauspäivityksen . Muuten: Tämä menettely on toistettava joka kerta, kun päivität ytimen! Päivitettyäni versioon 9.2 minulla oli lisää ongelmia. Jokaisen uudelleenkäynnistyksen jälkeen jouduin suorittamaan vmware-config.pl-komennon uudelleen. Tämä korjattiin lisäämällä rivi for a in seq 0 9; do mknod /dev/vmnet$a c 119 $a; done tiedoston /etc/init.d/vmware alkuun. Ytimen päivitysten jälkeen vmware-config.pl:n käynnistämistä edeltävä menettely on cd /usr/src/linux make cloneconfig make modules_prepare

Suse RPM-paketin luominen Staden-paketille

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Koska binäärit toimivat kaikissa SUSE-jakeluissa, ajattelin ohittaa kääntämisprosessin ja antaa rpm:n purkaa binäärit suoraan, minkä jälkeen lisään SUSE-kohtaiset tiedostot oikeille paikoilleen. Nämä lisätiedostot ovat pääasiassa kde.desktop-tiedostoja, kuvakkeita sekä komento export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-1-4-1 ja komento /usr/local/staden-linux-1-4-1/staden.profile-tiedoston lataaminen ~/.bashrc-tiedostoon.Näin ollen purkaminen tapahtuisi yksinkertaisesti komennolla tar --extract --verbose --gzip --absolute-names --file=staden-linux-1-4-1.tar.gz ja chown -R root:root /usr/local/staden-linux-1-4-1.

Tiedostojen purkaminen rpm-arkistoista (rpm2cpio)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Komento rpm2cpio finger-0.17-9.i386.rpm | cpio -imVd purkaa kaikki tiedostot rpm-arkistosta finger-0.17-9.i386.rpm. Se luo hakemistorakenteen nykyisen hakemiston suhteen.

TrueType-fontit Linuxissa

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

TrueType-fontit Linuxissa Fonttien käsittely Linuxissa on melkoista sekasotkua. Tässä on ohjeet siitä, miten lisäsin TrueType-fontit Suse Linux 9 -järjestelmääni. Valitse Ohjauskeskus -> Järjestelmän hallinta -> Fonttien asennusohjelma ja siirry hallintatilaan -> Lisäasetukset (sisäänrakennetulla fontinvalitsimella). Sitten valitsin vain haluamani fontit Windows XP -osion fonttikansiosta ja napsautin Lisää. Napsauttamalla Käytä fontit tulevat X Windows -palvelimen käyttöön. Voit tehdä saman kopioimalla fontit manuaalisesti kansioon /usr/X11R6/lib/X11/fonts/truetype ja suorittamalla sitten komennon xset fp rehash.

Useiden hiirien/kosketuslevyjen samanaikainen käyttö (SUSE Linux 9, YaST2/SaX)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Minulla on kannettava tietokone, ja määritin ulkoisen USB-hiiren Yast2:n avulla. Sen seurauksena kosketuslevy lakkasi toimimasta. Kun nyt käynnistän tietokoneen uudelleen ilman USB-hiirtä, joudun pulaan. Käytin määrittämiseen seuraavaa reittiä: Ohjauskeskus -> Yast2-moduulit -> Laitteisto -> Valitse hiirimalli Jos haluat käyttää sekä ulkoista hiirtä että kosketuslevyä, sinun on syvennettävä asetuksia: Ohjauskeskus -> Yast2-moduulit -> Laitteisto -> Näytönohjain ja näyttö -> Graafinen työpöytäympäristö -> Muuta -> Komponentti: Syöttölaitteet Täällä voit lisätä rajattoman määrän hiiriä. Kannattaa todennäköisesti testata (testipainikkeella), toimivatko uudet asetukset, ennen kuin käynnistät tietokoneen uudelleen. Asetukset tulevat voimaan vasta uudelleenkäynnistyksen jälkeen. Eli jos haluat poistaa kosketuslevyn käytöstä (koska se häiritsee sinua), sinun on käynnistettävä tietokone uudelleen…

Vertailusekvenssit (Staden)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Jos haluat määrittää jonkin sekvenssin vertailusekvenssiksi, valitse sen nimi gap4:n Edit Contig -ikkunasta, napsauta hiiren oikealla painikkeella ja valitse ”As reference sequence”. Jos tiedosto on embl-muodossa, piirteet näkyvät kohdistuksessa Staden-tunnisteina.

VMware Tools -työkalujen asennuksessa ilmenneet ongelmat (manuaalinen asennus)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Jostain syystä VMware 4.5.2 ei onnistunut päivittämään VMware-työkaluja käyttämällä tavallista vaihtoehtoa kohdassa ”VM -> Asenna VMware-työkalut…”. Joten jouduin asentamaan ne manuaalisesti: sudo /sbin/losetup /dev/loop1 /home/käyttäjätunnuksesi/vmware-distrib/lib/isoimages/windows.iso mkdir /home/käyttäjätunnuksesi/temp sudo mount -r -t iso9660 /dev/loop1 /home/käyttäjätunnuksesi/temp/ Koska kotikansioni näkyy VMware-ympäristössä, käynnistin setup.exe-tiedoston manuaalisesti. Kaikki sujui hyvin, vaikka VMware valittaa edelleen uudelleenkäynnistyksen jälkeen, että VMware-työkaluni ovat vanhentuneita…

Windows 95:n asentaminen VMware-ympäristöön

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Tarvitset: Windows 95 -asennus-CD:n ja Windows 95 -version B käynnistyslevykkeen . Koska minulla ei ole levykkeasemaa, minun on luotava käynnistyslevykkeen kuvatiedosto. Käynnistä Windows 95:n käynnistyslevykkeeltä VMware-ympäristössä. Luo ensisijainen osio, joka täyttää virtuaalilevyn kokonaan (valitse vaihtoehto 1, sitten uudelleen 1 ja lopuksi kyllä). Käynnistä Windows 95 uudelleen. Alusta virtuaalilevy ja asenna Windows 95: format C: /S R:\WIN95\SETUP /IS En saanut asennus-CD:täni toimimaan. Joten tein siitä kuvan dd if=/dev/cdrom of=w95oem.iso. Sen jälkeen loput pitäisi sujua tavallisena asennuksena…

Windows NT, verkkoasemien selaaminen, verkkoasemien liittäminen ja irrottaminen (netuse-komento)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Verkon selaaminen Windowsissa on mysteeri. Joskus jotkut tietokoneet eivät yksinkertaisesti näy verkkoa selattaessa. Tämä näyttää pätevän erityisesti Linux-palvelimiin. Uudemmissa Windows-käyttöjärjestelmäversioissa (2000, XP) voit muodostaa yhteyden palvelimeen (jos tiedät sen IP-osoitteen) verkkoaseman liittämiskomennolla, vaikka verkkoselain ei näe kyseistä palvelinta. Windows NT:ssä ei ole tätä vaihtoehtoa. Ainoa mahdollisuus on käyttää komentoriviltä annettavaa “net use” -komentoa. Tämä on hankalaa, vaikka usein käytettyjä yhteyksiä varten voi luoda .bat-tiedostoja. Komento on: net use * \\ip-osoite\käyttäjätunnus Tähdellä (*) jaetaan jaettu resurssi seuraavalle vapaalle asemakirjaimelle (tietenkin voit määrittää sen manuaalisesti esimerkiksi H:ksi). Voit poistaa tämän tietyn verkkoaseman kirjoittamalla: net use H: /delete Itse asiassa, vaikka voisit selata ja muodostaa yhteyksiä ilman komentoriviä, tarvitset komentoriviä aina, kun haluat katkaista yhteyden NT-palvelimen jaettuun resurssiin. Huvittavaa kyllä, Windows NT:ssä ei ole muuta keinoa kuin kirjoittaa net use * /delete. Joissakin keskusteluketjuissa mainittiin, että Linux-palvelimen smb.conf-tiedostossa tulisi ottaa WINS-tuki käyttöön wins support = Yes. Jos muodostat yhteyden Linuxiin, varmista, että Samba on käynnissä ja että käyttäjällä, jonka kotikansioon haluat muodostaa yhteyden, on merkintä ja salasana smb-tietokannassa (tätä EI ole esiasetettu edes Suse 9.2:ssa): root-käyttäjänä: smbpasswd -a käyttäjätunnus Se ei kuitenkaan auttanut minua. MacOS X -tietokoneet (10.3) näkyvät nyt ilman ongelmia (vanhemmissa MacOS X -versioissa oli myös ongelmia). Ehkä minun pitäisi verrata smb.conf-tiedostoja tai kopioida se suoraan Suse 9.1:een.

Windows XP -vieraskone VMWare 4:n alla olevasta raaka-osiosta, coLinux pelastustilana

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Toistaiseksi en ole onnistunut ajamaan Windows XP -vieraskäyttöjärjestelmää raakalevyosiosta Linuxin VMWare-ohjelmistolla. Tässä on keskusteluketju .

Ajan synkronointi manuaalisesti (xntp, ntpdate)