Hiljaisen mutageneesin työkalujen (EMBOSS, GCK) puutteet: WatCut ratkaisuna
Last modified on 24. heinäkuuta 2026 • 1 min read • 94 words
Päivitys: Toukokuussa 2026 (Pittsburghin yliopiston ylläpitämän) WatCut-verkkopalvelun viimeinen toimiva instanssi lopetettiin. Snapgene ( https://snapgene.com ) ja muut vastaavat työkalut tarjoavat kuitenkin saman toiminnallisuuden (eli ne pystyvät tunnistamaan paikat mihin voi rakentaa uuden restriktiokohdan kahden nukleotidin hiljaisen mutageneesin avulla).
Monet ohjelmat, jotka yrittävät tunnistaa mahdollisia restriktiokohtia nukleotidisekvensseissä säilyttäen samalla proteiinisekvenssin, epäonnistuvat täysin. Koska geneettinen koodi on degeneratiivinen, nukleotidisekvenssiä voidaan muuttaa hiljaisella mutaatiolla säilyttäen samalla proteiinisekvenssin.Useimmat ohjelmat, joiden tarkoituksena on tunnistaa nämä mahdolliset hiljaiset muutokset, etsivät kuitenkin vain yksittäisiä nukleotidisubstituutioita (esim. EMBOSS, GCK2.5 jne.). Ainoa ohjelma, joka näyttää tunnistavan myös monimutkaisempia muutoksia, on verkkotyökalu: WatCut .