SnapGene – Yksinkertaisesti paras DNA:n käsittelyohjelmisto

Laboratoriossamme on käytetty erilaisia ohjelmistopaketteja DNA-rakenteiden suunnitteluun, dokumentointiin ja visualisointiin. Niistä, joista olemme jo pitkään pitäneet erityisen paljon, ovat Textcon GeneConstructionKit  (GCK) ja Clone Manager (Professional)  . Jälkimmäinen toimii valitettavasti vain Windowsissa. Koska useat tietokoneistamme käyttävät kuitenkin Ubuntu Linuxia  , käytimme GCK:n versioita 2.5 ja 3 WINE:n  -ohjelmalla (yhteensopivuuskerros, jonka avulla voimme käyttää alkuperäisiä Windows-ohjelmia Linuxissa). Päivityksen myötä versioon 4 GCK muuttui kuitenkin WINE:n alla käyttökelvottomaksi hitaudeksi, joten aloimme etsiä sille korvaajaa. Otimme yhteyttä GCK:n kehittäjiin, mutta he eivät ilmeisesti olleet halukkaita tai kykeneviä auttamaan meitä. Oletan, että GCK:n koodipohja on luultavasti yli 20 vuotta vanha, ja siksi kukaan ei uskalla koskea siihen. Juuri tuolloin SnapGene  julkaistiin, ja se täytti lähes kaikki vaatimuksemme:

• Todellinen monialustainen: se toimii sekä Windowsissa että Macissa, ja nyt jopa natiivisti Linuxissa!
• Se pystyy avaamaan lähes kaikki muut sekvenssimuodot. Tämä oli meille tärkeää, sillä meillä oli satoja GeneConstructionKitillä tehtyjä plasmidi-karttoja. SnapGene lukee muun muassa seuraavia tiedostomuotoja: ApE, Clone Manager, DNASTAR Lasergene®, DNA Strider, EMBL (ENA), EnzymeX, GenBank/DDBJ, Gene Construction Kit®, MacVector, pDRAW32, Serial Cloner ja Vector NTI®.
• Se ei ole yhtä kallis kuin GeneConstructionKit tai Clone Manager.
• Siitä on saatavilla ilmainen versio, SnapGene Viewer  , jonka kuka tahansa voi ladata ja käyttää plasmidi-karttojen katseluun ja tulostamiseen
• Ohjelmaa kehitetään aktiivisesti: uusia ominaisuuksia lisätään jatkuvasti. Olemme myös esittäneet yhden ominaisuuspyynnön: virtuaaliset agaroosigeelikuvat osittaisille restriktioentsyymipilkkouksille.

Kun ostimme ensimmäiset lisenssimme, ohjelmaa ei ollut vielä saatavilla natiivisti Linuxille, joten ajoimme sitä WINE-ympäristössä, jossa se toimi erittäin hyvin. Meillä oli joitakin ongelmia tiedostojen avaamisessa etäisillä Samba-jakamisilla, mutta näytti siltä, että tämä oli Gnomen virtuaalisen tiedostojärjestelmän ongelma, kun liitimme jakamiset Nautilus-käyttöliittymän kautta (vika on edelleen olemassa Ubuntu 15.10:ssä; kun liität Samba-jakon käyttöliittymän kautta, sen liitäntäpistettä ei näy kansiossa /run/user/XXXX/gvfs, ja sinun on pakotettava liitäntä irti ja käynnistettävä Gnomen virtuaalinen tiedostojärjestelmä uudelleen manuaalisesti, minkä jälkeen liitäntäpisteet ilmestyvät kuin taikaiskusta: Liitä ensin Samba-resurssi käyttöliittymän kautta, sitten (komentoriviltä): sudo umount -f /run/user/1000/gvfsz, sitten (tavallisena käyttäjänä) /usr/lib/gvfs/gvfsd-fuse /run/user/1000/gvfs, ja liitä Samba-resurssi sitten uudelleen graafisen käyttöliittymän kautta. Vaikka kehittäjät eivät virallisesti tukeneet SnapGeneä WINE-ympäristössä, he ovat auttaneet meitä paljon WINE-ongelmissamme. Kun järjestimme viime vuonna kloonauskurssin jatko-opiskelijoille , SnapGene-tiimi järjesti kaikille opiskelijoille ilmaiset lisenssit kurssin ajaksi.Kaiken kruunuksi SnapGene on äskettäin julkaissut version 3.0:n yhteydessä SnapGenelle natiivin Linux-portin  . Ostimme välittömästi lisenssejä ja olemme asentaneet ohjelmiston Ubuntu-koneillemme (yksi 14.04- ja kolme 15.10-koneita). Tiedämme myös, että monet muut laboratoriot käyttävät ja pitävät tästä ohjelmistosta, mukaan lukien Addgene  (jos joku tarvitsee hyvää plasmidi-kartoitusohjelmistoa, niin juuri he). Minulle SnapGene on paras valinta, jos tarvitset kloonausohjelmistoa. Mikä olisi toiseksi paras vaihtoehto, jos et voi maksaa siitä? Luultavasti SerialCloner  . Jos olet avoimen lähdekoodin puristi, sinulla ei ole onnea: ilmaisia ratkaisuja on useita, mutta yksikään niistä ei ole avoimen lähdekoodin ohjelmisto…