Molekyylibiologian ohjelmistokehityshankkeet

GCK2.5:ään liittyvät asiat

1. GCK2.5:n vianetsintä Wine-ympäristössä** Wine-ympäristössä on edelleen joitakin virheitä, jotka tekevät GCK2.5:n käytöstä toisinaan hankalaa. Erityisesti alueiden merkitseminen, sekvenssien haku ja uuden tiedoston avaaminen eivät onnistu.
2. GCK2.5:n vienti** GCK2.5 ei pysty viemään tiedostoja EMBL-muotoon siten, että alueet muunnettaisiin piirteiksi. Se pystyy kuitenkin viemään kommentit tekstitiedostoon ja pelkän sekvenssin tekstitiedostoon. Olisi helppoa kirjoittaa Perl-skripti, joka ottaa nämä kaksi tiedostoa ja muuntaa ne yhdeksi EMBL-tiedostoksi, EMBOSS cirdna/lindna-tiedostoksi tai pDRAW32-tiedostoksi.
3. GCK2.5:n integrointi Wine-työpöydälle** Kun napsautetaan tiedostoja, jotka on liitetty Windows-ohjelmiin (Wine-ympäristössä), Linuxin tiedostonhallintaohjelma (esim. Konqueror) välittää tiedoston argumenttina liitetylle Windows-sovellukselle, ja tiedosto avautuu Wine-ympäristössä. GCK2.5 kieltäytyy kuitenkin hyväksymästä tiedostoa argumenttina. Kun napsautan .gcc-tiedostoa, GCK2.5 käynnistyy, mutta avaa tyhjän ikkunan, ja minun on avattava .gcc-tiedosto GCK2.5:n sisällä. Tarpeetonta napsauttelua, varsinkin kun joudun selaamaan useita kansiohierarkioita. Kun GCK2.5 toimii natiivisti Windowsissa, onko mahdollista käynnistää GCK2.5:n komentoriviparametrina rakennetiedosto? Minun pitäisi tarkistaa se.

pDRAW32-aiheiset

1. pDRAW32:n virheenkorjaus Wine-ympäristössä
2. Kirjoita tiedostomuoto-laajennus EMBOSS:lle. EMBOSS:n pitäisi pystyä käyttämään pDRAW32-tiedostoja (jotka ovat pelkkää tekstiä) syöttö- ja tulostustiedostoina.
3. Kirjoita Perl-skripti-muunnin embl/GCK2.5/pDRAW32:lle

Staden-aiheiset

1. Tee Suse Linux 9:n RPM-paketti Stadenille. RPM-pakettien tekemisen lähtökohtana voi käyttää joko lähdekoodia tai binääritiedostoja. Ennen kaikkea haluaisin integroida Stadenin paremmin KDE-tiedostonhallintaan (joten minun on luotava MIME-tyyppejä ja tiedostoyhdistelmiä, kuvakkeita sekä lukuisia .desktop-tiedostoja).
2. Pohjimmiltaan sama kuin kohdassa 1, mutta Mac OS X:lle. Anders Nister on tehnyt paketin, joka toisinaan asennuu oikein. Siinä ei kuitenkaan ole työpöytäintegraatiota. Olisi kiva saada muutamia klikattavia kuvakkeita ja tiedostoyhdistelmiä. Valitettavasti shell-skriptejä ei voi klikata eikä niihin voi vetää tiedostoja. Kokeilin Platypus-ohjelmaa kirjoittamieni shell-skriptien kääreeksi, mutta tiedostojen pudottaminen ei toiminut Platypuksen kanssa. Minulle on myös epäselvää, miten saan MacOSX:n tunnistamaan, että esimerkiksi pregap4:llä voidaan avata muutakin kuin vain .ab1-tiedostoja. On helppo saada MacOSX yhdistämään uusi tiedostotunniste (kokeilin .ab1) sovellukseen (käytin Cocoa-käärittyä shell-skriptiä) muokkaamalla sen info.plist-tiedoston (ctrl-klikkaus -> näytä paketin sisältö jne.; kyseessä on XML-tiedosto, joka avautuu melko helppokäyttöisessä XML-editorissa, jossa voi muokata tällaisia asioita; voit käyttää toista info.plist-tiedostoa mallina nähdäksesi, mitä vaihtoehtoja sinulla on).

Liitin Cocoa-kääreeni kaikkiin tiedostoihin, joiden pääte on .ab1, ja annoin niille tietyn kuvakkeen ja nimen. Tämä toimii. Mutta kun lisäsin toisen pääte (kokeilin .txt:tä, koska pregap4:n pitäisi pystyä lukemaan tavallisia sekvenssitiedostoja), se ei enää toiminut. Odotin, että Mac OS X näyttäisi nyt ”Avaa-valikossa” erilaisia vaihtoehtoja (kuten: TextEdit, pregap jne.), mutta sen sijaan siellä ei ollut mitään… Ilmeisesti Mac OS X eroaa melko paljon esimerkiksi KDE:stä siinä, miten tiedostotyypit ja sovellukset liitetään toisiinsa.

EMBOSS-aiheiset

1. EMBOSS-sekvenssinkäsittelytyökalujen parantaminen (annotaatioiden säilyttäminen)
2. Perl-skriptimuuntimen kirjoittaminen embl/GCK2.5/pDRAW32:lle

OpenOffice-aiheiset

1. Viitteidenhallintajärjestelmä. Tärkein syy, miksi biotieteiden tutkijat käyttävät Microsoft Officea, on suhteellisen hyvien viitteidenhallintajärjestelmien saatavuus. Useimmat tuntemani ihmiset käyttävät EndNotea (mutta on olemassa myös muita erittäin hyviä työkaluja). Vaikka avoimen lähdekoodin kirjallisuusviitteiden hallintajärjestelmiä onkin useita, mikään niistä ei yllä lähellekään kaupallisten järjestelmien tasoa, etenkin kun kyse on integroinnista OpenOfficeen. Jotkut kehittävät viitteidenhallintajärjestelmää OpenOfficea varten  , mutta ilmeisesti tämän moduulin parissa työskentelee vain muutama henkilö, joten sen valmistuminen vie aikaa… Tietenkin jos käytät LaTeXia, sinulla on erittäin hyvä työkalu, mutta on turhaa yrittää saada 300 000 luonnontieteiden tutkijaa oppimaan LaTeXia. Linuxille on myös viitteidenhallintajärjestelmä nimeltä SixPack, mutta en ole kokeillut sitä, ja luulen, ettei sitä enää kehitetä.