t_coffee ei edelleenkään pelaa vakio-Ubuntu 24.04 LTS -asennuksen kanssa

t_coffeen bugi, josta on ilmoitettu osoitteessa https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/27#issuecomment-1355339411,  on edelleen olemassa monen vuoden jälkeen. Tuskin uskallan suositella t_coffeeta opiskelijoille, vaikka haluaisinkin, koska se on muuten erinomainen ja erittäin tehokas ohjelma. Useimmat eivät onnistu asentamaan sitä yliopistomme Ubuntu-distroon (“Cubbliin”), joka on tällä hetkellä Ubuntu 24.04. Kokeilin sitä itse aivan äskettäin (Ubuntu 24.04 LTS, sekä pakettienhallinnan kautta Ubuntu-paketinhallintalähteestä saatavalla versiolla että stable ja beta-versiolla osoitteesta https://tcoffee.org/Projects/tcoffee/index.html  (vakaa COFFEE_installer_Version_13.46.0.919e8c6b_linux_x64.tar.gz ja beta T-COFFEE_installer_Version_13.46.1.b8b01e06_linux_x64.tar.gz). Kaikissa tapauksissa edelleen sama virhe estää ohjelman käyttöä: –ERROR: MAX_N_PID exceeded. Ohjelma jumittuu ja kestää noin minuutin ennen kuin se antaa virheilmoituksen, jopa yksinkertaisessa tehtävässä, joka normaalisti vie vain muutaman sekunnin. Monimutkaisemman alignmentin kohdalla voi kestää minuutteja tai tunteja ennen kuin virhe ilmenee. Kiertotapana on asettaa ympäristömuuttuja ennen jokaista ajokertaa, eli t_coffee korvataan skriptilla, joka kutsuu uudelleennimettyä t_coffeeta sen jälkeen, kun ympäristöparametri MAX_N_PID_4_TCOFFEE on asetettu johonkin suureen arvoon (kuten /proc/sys/kernel/pid_max), ja tämä on selitetty yllä olevassa Github linkissä. Katso myös https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/47  . Toinen kiertotapa on compilata ohjelma uudelleen eri MAX_N_PID-arvolla, mikä on melko suoraviivaista; katso myös täältä https://github.com/cbcrg/tcoffee  :

sudo apt install gcc, g++, make, gfortran, perl, python3-sphinx
wget https://github.com/cbcrg/tcoffee/archive/refs/heads/master.zip
unzip master.zip
cd tcoffee-master/t_coffee/src
make CPPFLAGS="-DMAX_N_PID=4194304"
sudo mv t_coffee /usr/bin