Arvostelu on Michael’s Domain

Onko kaloilla imusuonistoa?

Sat, 27 Jan 2024 00:00:00 +0000

Lue koko taustatarina ennakkopainoksestamme: https://doi.org/10.20944/preprints202312.2119.v1 . On vaikea uskoa, että tiedeyhteisö ei pääse yksimielisyyteen siitä, onko seeprakalalla imusuonistoa. Seeprakala on yksi biologian menestyneimmistä malliorganismeista, ja voisi olettaa, että tunnemme sen verisuoniston rakenteen kokonaisuudessaan. Kuitenkin jo W. Vogelin vuonna 1981 julkaisemasta artikkelista lähtien ( https://doi.org/10.1515/znc-1981-5-627 ) lähtien monet kalafysiologit ovat kannattaneet käsitystä, ettei kaloilla ole imusuonia, ja useimmat nykyiset kalafysiologian oppikirjat ovat omaksuneet tämän näkemyksen. Samaan aikaan useiden laboratorioiden luotettavat julkaisut osoittavat, että kaloilla on imusuonia ( https://doi.org/10.1038/nm1427 , https://doi.org/10.1016/j.cub.2006.05.026 ). Mistä on kyse? Kun Yanivin laboratorio julkaisi vuonna 2022 tutkimuksen, jonka mukaan zebrakalan alkion imusuonet voivat erilaistua verisuoniksi ( https://doi.org/10.1038/s41586-022-04766-2 ), näytti yhtäkkiä mahdolliselta yhdistää nämä kaksi ristiriitaista näkemystä. Lyhyesti sanottuna: Useimmilla kaloilla alkion imusuonisto transdifferentioituu kehityksen aikana verisuoniksi, jotka muodostavat sydän- ja verisuonijärjestelmän erikoistuneen osajärjestelmän (ns. toissijainen verisuonisto). Transdifferentiaation aste näyttää vaihtelevan melko paljon kalalajien välillä, ja jotkut verisuonet – erityisesti rintakanava – saattavat säilyttää hybridifenotyypin. Kuten huippulehdissä niin usein tapahtuu, Dasin ym. alkuperäisessä artikkelissa ei käsitelty 100 vuotta kestänyttä kiistaa eikä sen käänteentekevien havaintojen seurauksia. Vaikka Kari Alitalo ja minä teimme niin lyhyessä kommentissa ( https://rdcu.be/cOjJ0 ), aiheen käsittelyyn tarvitaan enemmän tilaa. Vaikka kiista kalojen imusuonistosta on kaukana ratkaisusta, vaikuttaa tärkeältä kirjata keskustelun nykytilanne tieteelliseen kirjallisuuteen. Lisäksi halusimme kuvata erittäin todennäköisen konsensusmallin, jonka pohjalta tulevia kokeita voidaan suunnitella. Tuloksena on laajennettu katsaus; toivomme, että nautitte sen lukemisesta. Jos löydätte jotain, josta ette pidä, kertokaa siitä meille ehdottomasti! Erityisesti, jos voitte perustella kritiikkinne tiedoilla tai järkevillä argumenteilla. Olemme lähettäneet käsikirjoituksen arvioitavaksi ja parannamme sitä mielellämme palautteenne perusteella.

Arvostelu: Wenger Synergy -reppu viiden vuoden päivittäisen käytön jälkeen

Sat, 21 Jan 2023 00:00:00 +0000

Pidän reppuista, joissa on paljon taskuja. Ei ihme, että pidän Wenger Synergy -reppusta, joka on ollut markkinoilla jo yli 10 vuotta vain pienin muutoksin. Tämän mallin kanssa minulla oli kuitenkin runsaasti laatuongelmia. Toisin kuin yli 40 vuotta vanha sveitsiläinen linkkuveitseni, tämä reppu rikkoutui jatkuvasti takuuaikana tai pian sen jälkeen. Sen vaihtaminen ei ollut koskaan ongelma, kun se rikkoutui takuuaikana, mutta kyllästyin vaihtoon liittyvään vaivaan, kun olin tehnyt sen kahdesti. Reppun vikaantunut osa oli aina sama: olkahihnojen saumat alkoivat aueta. Ilmoitin asiasta suoraan valmistajalle toivoen, että he tekisivät jotain olkahihnojen parantamiseksi. Kun kuitenkin myös kolmannessa repussa ilmeni sama ongelma, päätin, etten vaihda sitä, vaan korjaan sen. Korjaukseni ei ole ulkonäöltään kovin kaunis, mutta se on kestänyt tarpeeksi kauan, jotta voin raportoida toisesta vikaantuneesta kohdasta: pohjalevystä. Se repesi kohdasta, jossa pohjalevy koskettaa reppun takalevyä. Korjasin myös sen, koska minua kiinnosti, mikä osa vikaantuisi seuraavaksi. Hyvä puoli: nämä korjaukset olivat nopeita ja helppoja, ja ne ovat kestäneet jo neljä kuukautta ilman minkäänlaisia vian merkkejä korkealaatuisen materiaalin ansiosta. Vetoketjut rajoittavat ehkä kaikkien reppujen lopullista käyttöikääNyt tiedän: vetoketjuissa on alkanut ilmetä ongelmia. Olen yllättynyt, että vetoketjut toimivat vielä jotenkin. Vetoketjut ovat olleet lähes kaikkien muiden reppujeni akilleenkantapää. Ja toisin kuin olkahihna, pahasti rikkoutuneen vetoketjun korjaaminen (= vaihtaminen) vaatii melko paljon vaivaa. Tämä reppu on nyt viisi vuotta vanha. Olen käyttänyt sitä kirjaimellisesti joka ikinen päivä. Pyöräilen tai juoksen sen kanssa töihin ja käyn sillä ostoksilla. Matkustan sen kanssa ja vien sen kesämökille. Odotanko liikaa noin 100 euron reppulta? Onko viiden vuoden käyttöikä nykyään enimmäismäärä, jonka voin saada irti repusta? Kestävä kehitys on useimmiten pelkkää sanahelinää, alasta riippumatta. Olen päättänyt pitää tämän reppun vielä viisi vuotta, mutta vetoketjujen vaihtaminen vie minulta ainakin 2–3 tuntia työtä. Pikakorjauksena kiristin pihdeillä metallisen liukukappaleen ylä- ja alareunan siipiä (kuten tässä YouTube-videossa ). Se on toistaiseksi toiminut, mutta kokemukseni mukaan kiristystä on toistettava yhä lyhyemmin väliajoin, ja lopulta metalli murtuu. Jotta koko vetoketjun vaihtamista ei tarvitsisi tehdä, voit lisätä napit uuden kiinnityksen luomiseksi , mikä on ehkä vähemmän työlästä, jos et ole kovin taitava ompelemaan.

KLK3: aiheuttaako se kasvaimia vai ei?

Wed, 22 Dec 2021 00:00:00 +0000

Olemme juuri julkaisseet uusimman katsauksemme aiheesta KLK3:n rooli VEGF-C:n ja VEGF-D:n aktivaattorina eturauhassyövässä . Eturauhassyöpä on yksi miesten yleisimmistä syövistä. Kyse ei ole siitä, sairastutko siihen, vaan ainoastaan siitä, milloin. Kun saavutat 80-vuotiaiden ikäryhmän, todennäköisyys sairastua eturauhassyöpään on suurempi kuin se, ettet sairastu siihen. Vuonna 2013 tehdyssä japanilaisten miesten ruumiinavaus tutkimuksessa , jotka olivat kuolleet muihin syihin, 59 prosentilla yli 80-vuotiaista oli eturauhassyöpä. On todennäköistä, että monet näistä tapauksista olivat hitaasti eteneviä eivätkä olisi koskaan aiheuttaneet ongelmia. Vain harvoista niistä olisi saattanut tulla oireilevia, jos nämä miehet olisivat eläneet pidempään. Siksi on erittäin tärkeää pystyä erottamaan ne syövät, jotka tulevat aiheuttamaan ongelmia. Juuri tätä varten on ehdotettu monia ennustemarkkereita: niiden avulla pyritään ennustamaan, mitkä syövät muuttuvat ongelmallisiksi. Verisuonibiologian näkökulmasta angiogeneesi ja lymfangiogeneesi ovat kaksi syövän tunnusmerkkiä, joilla on aiemmin ehdotettu olevan ennustearvoa. Kun huomasimme sattumalta, että eturauhaskohtainen antigeeni (PSA, tunnetaan myös nimellä KLK3) kykenee aktivoimaan VEGF-C:tä ja VEGF-D:tä , ajattelimme, että tällä saattaisi olla merkitystä eturauhassyövän kannalta. Sittemmin jatkotutkimukset ovat selventäneet joitakin kysymyksiä, ja näyttää todellakin siltä, että sekä VEGF-C että VEGF-D ovat mukana syövän etenemisessä. Ei ole vielä selvää, mitkä proteaasit ovat vastuussa VEGF-C:n ja VEGF-D:n aktivoitumisesta todellisissa ihmisen syövissä. KLK3:n tai katepsiini D:n (CTSD) aktivoima VEGF-D saattaa olla yksi mahdollinen syy kasvaimien resistenssille bevasitsumabihoidolle (Avastin). VEGF-C:n aktivoitumisen seurauksia on sen sijaan vaikeampi ennustaa, sillä aktivoitunut VEGF-C aiheuttaa samanaikaisesti sekä hyviä että huonoja vaikutuksia: Yhtäältä se edistää etäpesäkkeiden muodostumista. Toisaalta se mahdollistaa tehokkaamman immuunivasteen kasvainta vastaan. Mielenkiintoisia tutkimuksia on vielä edessä. Lue lisää katsauksestamme: https://doi.org/10.3390/ijms222413545

Lyhyt katsaus imukudoksen kehitykseen, toimintaan ja tunnistamiseen liittyviin avainmolekyyleihin

Fri, 08 Jun 2018 00:00:00 +0000

Erich Brenner kysyi meiltä yli vuosi sitten, voisimmeko kirjoittaa artikkelin ihmisen imusuonia käsittelevään erikoisnumeroon , jota hän toimitti Annals of Anatomy -lehdelle. Sovimme, että voisimme ehkä kirjoittaa minikatsauksen. Aluksi epäröin itsekin, koska Annals of Anatomy ei sinänsä ole avoimen julkaisemisen lehti. Yliopistomme on kuitenkin sittemmin alkanut kattaa artikkelinkäsittelymaksut (APC:t) useille kustantajille (mukaan lukien maailman suurin tieteellinen kustantaja – Elsevier ), jotta artikkelit olisivat avoimesti saatavilla . Näin ollen kuka tahansa voi jo nyt paitsi lukea artikkelin, myös jakaa, kopioida ja levittää sitä edelleen, muokata, muuttaa ja käyttää sitä pohjana mihin tahansa tarkoitukseen, jopa kaupallisiin tarkoituksiin, kunhan me – alkuperäiset kirjoittajat – mainitaan lähteenä.Kohderyhmänä ei ole imusuoniston tutkimusyhteisö, vaan alan ulkopuoliset, jotka tarvitsevat ensimmäisen, hyvin lyhyen johdannon imusuoniston molekyylibiologian kannalta keskeisimpiin molekyyleihin. Valinta on selvästi värittynyt omasta tutkimushistoriastamme. Lähettäkää meille vihainen sähköposti, jos emme ole sisällyttäneet lempiproteiinianne! Jos saatte meidät vakuuttuneiksi siitä, että lempiproteiininne on keskeinen imukudoksen kehitykselle tai toiminnalle, sisällytämme sen seuraavaan katsaukseemme!

VEGF-C:tä käsittelevä katsaus julkaisussa Frontiers in Bioengineering and Biotechnology

Mon, 12 Feb 2018 00:00:00 +0000

Frontiers in Bioengineering and Biotechnology -lehden ”Tissue Engineering and Regenerative Medicine” -osion toimittajat (Andrea Banfi, Wolfgang Holnthoner, Mikaël M. Martino ja Seppo Ylä-Herttuala) pyysivät meitä kirjoittamaan artikkelin tutkimusaiheeseen ”Vascularization for Regenerative Medicine”. Kirjoitimme lyhyen katsauksen VEGF-C:stä, jossa käsitellään erityisesti VEGF-C:n molekyylibiologiaa suhteessa regeneratiiviseen lääketieteeseen, eli imusuonten (uudelleen)kasvattamiseen in vitro tai in vivo.Artikkelin voi hankkia suoraan kustantajalta osoitteesta https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbioe.2018.00007/full tai täältä . PÄIVITYS (1. huhtikuuta 2023): Kysymys siitä, onko Frontiers Media saalistava kustantaja, ei edes tullut mieleemme, kun meitä pyydettiin kirjoittamaan katsausartikkeli. Tunnen tämän tutkimusaiheen vierailevat toimittajat ja voin taata heidän tieteellisen rehellisyytensä. Lehti on kuitenkin äskettäin päätynyt saalistavien lehtien luetteloon ( https://predatoryreports.org/news/f/list-of-all-frontiers-media-predatory-journals ), ja asiaa käsitellään täällä yksityiskohtaisesti. Arvostelumme on tällä välin kerännyt:

Ei kiinnostusta (takautuvaan tarkasteluun ja itsetutkiskeluun)?

Fri, 17 Feb 2017 00:00:00 +0000

Yliopistossa puhuttiin paljon viime vuoden ”muutoksista” . Yllättäen kukaan ei näytä enää olevan kiinnostunut aiheesta. Ainakin tämä oli ensivaikutelmani, kun menin Meilahden kampuksella järjestettyyn kuulemistilaisuuteen. Haartmanin instituutin luentosali 1, jossa kuulemistilaisuus oli tarkoitus järjestää, oli täysin tyhjä saapuessani. Koska vain kourallinen ihmisiä oli vaivautunut paikalle, kuulemistilaisuus oli siirretty läheisen kahvilan pöydän ääreen. Kukaan ei juuri huomannut, että arviointiryhmä on aloittanut työnsä analysoidakseen Helsingin yliopistossa viimeisen puolentoista vuoden aikana tapahtuneita ”muutoksia”. Oletan, että tarkoituksena oli selvittää, mitä vältettävissä olleita virheitä on tehty. Tämän yliopistolähteen mukaan Jukka Kola, joka on toiminut monien tämän ajanjakson kiistanalaisten päätösten julkisena kasvoina, sai itse päättää arviointiryhmän jäsenistä. Tämän vuoksi arviointiryhmän on oltava erittäin varovainen, jotta sen raportti ei vaikuta puolueelliselta.

Arvostelu GE Healthcaren Äkta Avant 25 -laitteesta

Wed, 02 Mar 2016 00:00:00 +0000

Noin vuosi sitten saimme rahoitusta tiedekunnan sisäisessä hakukierroksessa vanhan Pharmacia Äkta Explorer 100 FPLC -laitteen Proteiinituotannon ja -puhdistuksen yhteislaitoksessa . Äkta Explorer oli hankittu vuonna 1996(?), kun ruotsalainen tuotemerkki Pharmacia oli vielä olemassa. Vuonna 2014 pahin mahdollinen skenaario toteutui, ja sekä monokromaattori että ksenon-salamalamput rikkoutuivat lähes samanaikaisesti, mikä aiheutti meille lähes 10 000 euron laskun. Siksi halusimme korvata laitteen nykyaikaisemmalla mallilla. Tällä alalla on vain kaksi yritystä, jotka tarjoavat luotettavia laitteita: GE Healthcare ( Äkta-tuotelinja ) ja BioRad ( NGC-tuotelinja ). GE Healthcare peri Äkta-tuotemerkin Pharmacialta useiden fuusioiden kautta, kun taas BioRad on suhteellisen uusi kilpailija NGC-malleillaan, jotka se toi markkinoille vasta muutama vuosi sitten.Päätimme valita Äkta Avant 25 . Halusimme ehdottomasti koteloidun, jäähdytetyn fraktiokerääjän. Halusimme myös tutun käyttökokemuksen. Suoritamme usein automatisoituja puhdistuksia, emmekä halua proteiinejamme olevan pitkiä aikoja huoneenlämmössä avoimissa putkissa, joihin bakteerit ja ilmasta tuleva pöly voivat päästä. Tähän mennessä olemme käyttäneet Äkta Avantia noin puoli vuotta, ja meillä on jo hyvä käsitys siitä, miten se vertautuu Äkta Exploreriin. Vaikka Avant on modernimpi kuin Explorer, kaikki ydinlaitoksemme käyttäjät käyttävät edelleen Exploreria. He ovat tottuneet Unicorn 5.11:n käyttöliittymään eivätkä näytä olevan kiinnostuneita oppimaan Avantin – myönnettäköön – monimutkaisempaa käyttöliittymää. Toinen syy siihen, että laitetta on toistaiseksi käytetty vain sisäisesti, oli kuitenkin se, että olemme kohdanneet melkoisen määrän ongelmia. Vanhan Äkta Explorer -laitteemme kanssa emme ole koskaan kohdanneet niin monia ongelmia niin lyhyessä ajassa peräkkäin. En tiedä, onko tilanteemme tyypillinen (GE Healthcaren edustajien mukaan se ei ole). Siitä huolimatta tässä ovat ongelmat, joita olemme kohdanneet: