Avoin Lähdekoodi on Michael’s Domain

Mihin siirtyä RefWorksista?

Thu, 10 Jun 2021 00:00:00 +0000

“Sanoinhan, että älkää käyttäkö kaupallista ohjelmistoa, vaikka yliopistomme maksaisi siitäkin!” En ole koskaan ymmärtänyt, miksi yliopistomme maksaa kaupallisesta viitteidenhallintaohjelmistosta. Ehkä jotkut hallinnon vanhat konkarit elävät yhä viime vuosituhannen 90-luvulla, jolloin EndNote oli käytännössä ainoa kunnollinen viitteidenhallintaohjelmisto WYSIWYG-tekstinkäsittelyohjelmille. Mutta ne ajat ovat jo kauan menneet. Viimeinkin yliopistomme on ainakin luopumassa yhdestä suljetun lähdekoodin viitteidenhallintaohjelmistostaan:

PC:n ja Macin varmuuskopiointi

Wed, 13 Apr 2016 00:00:00 +0000

Olen itse käyttänyt BackupPC -varmuuskopio-ohjelmistoa jo lähes kymmenen vuotta, ja aloin varmuuskopioida laboratoriomme tietokoneita keskitetylle varmuuskopiointipalvelimelle noin kaksi vuotta sitten. BackupPC tukee deduplikaatiota, minkä ansiosta muutamalle 2 TB:n kiintolevylle mahtuu tallennettavaksi paljon dataa. BackupPC tukee monia protokollia (smb, ftp, tar/rsync ssh:n kautta), mutta käytämme pääasiassa rsync:iä ssh:n kautta. Dataa ei salata ennen varmuuskopiointia. Kummallista kyllä, edes tuleva versio 4 ei tue lähetystä edeltävää salausta. Tallennamme varmuuskopion kuitenkin salatulle levylle. Näin se on ainakin suojattu, jos varmuuskopiopalvelin varastetaan. Siirron aikana dataa suojaa SSH. Järjestelmä ei kuitenkaan noudata TNO -periaatetta (“älä luota keneenkään”), koska minä (varmuuskopiointijärjestelmän ylläpitäjänä) pääsen käsiksi tiedostoihin. Linuxia käytettäessä yksi toteuttamiskelpoinen menetelmä olisi salata käyttäjän kotihakemisto eCryptFS:llä -ohjelmistolla (joka on sisäänrakennettu vaihtoehto käyttäjiä luotaessa Ubuntussa ) ja varmuuskopioida sitten /home/.ecryptfs-hakemisto käyttäjän kotihakemiston sijaan. Palauttaminen olisi kuitenkin paljon ongelmallisempaa. Voisit selata varmuuskopion hakemistorakennetta ja tiedostoja, mutta tiedostonimet eivät kertoisi mitään, koska nekin salataan prosessin aikana.Mac OS X -koneiden varmuuskopioinnissa on yksi erityispiirre: BackupPC muodostaa yleensä yhteyden asiakaskoneeseen root-käyttäjänä SSH:n kautta ja suorittaa rsync-varmuuskopiointikomennon. Jotta tämä olisi mahdollista yliopiston hallinnoimilla Mac OS X -tietokoneilla, meidän piti luoda asiakaskoneille erillinen käyttäjä (“backuppc”) ja sallia tälle käyttäjälle rsync-komennon suorittaminen root-oikeuksilla, mikä tehdään lisäämällä seuraava rivi tiedostoon /etc/sudoers: backuppc ALL=NOPASSWD: /usr/bin/rsync. Sitten meidän on muutettava Mac-asiakaskoneen ssh/rsync-komentoa backuppc-palvelimella korvaamalla ”root” sanalla ”backuppc”.

Suosikkipodcastini

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Suosikkipodcastini. Lähes jokainen jakso on loistava:

Tietokoneet: Uutisia ja tietoa tietoturvasta sekä siitä, miten internet ja tietokoneet toimivat: Security Now!
Kaikkea Linuxista: The Linux Action Show!
Joka viikko FLOSS Weekly esittelee uuden avoimen lähdekoodin projektin.

Tiede ja skeptisyys

Suosikkipodcastini

Thu, 05 Jan 2012 00:00:00 +0000

Suosikkipodcastini. Nautin melkein jokaisesta jaksosta:

Tietokoneisiin liittyvät aiheet Turvallisuusuutisia ja tietoa tietoturvasta sekä siitä, miten tietokoneet ja internet toimivat: Security Now!
Kaikki Linuxista: The Linux Action Show!
Joka viikko aiheena on yksi avoimen lähdekoodin projekti: FLOSS Weekly

Tiede ja skeptisyys

Molekyylibiologian ohjelmistokehityshankkeet

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5:ään liittyvät asiat

GCK2.5:n vianetsintä Wine-ympäristössä** Wine-ympäristössä on edelleen joitakin virheitä, jotka tekevät GCK2.5:n käytöstä toisinaan hankalaa. Erityisesti alueiden merkitseminen, sekvenssien haku ja uuden tiedoston avaaminen eivät onnistu.
GCK2.5:n vienti** GCK2.5 ei pysty viemään tiedostoja EMBL-muotoon siten, että alueet muunnettaisiin piirteiksi. Se pystyy kuitenkin viemään kommentit tekstitiedostoon ja pelkän sekvenssin tekstitiedostoon. Olisi helppoa kirjoittaa Perl-skripti, joka ottaa nämä kaksi tiedostoa ja muuntaa ne yhdeksi EMBL-tiedostoksi, EMBOSS cirdna/lindna-tiedostoksi tai pDRAW32-tiedostoksi.
GCK2.5:n integrointi Wine-työpöydälle** Kun napsautetaan tiedostoja, jotka on liitetty Windows-ohjelmiin (Wine-ympäristössä), Linuxin tiedostonhallintaohjelma (esim. Konqueror) välittää tiedoston argumenttina liitetylle Windows-sovellukselle, ja tiedosto avautuu Wine-ympäristössä. GCK2.5 kieltäytyy kuitenkin hyväksymästä tiedostoa argumenttina. Kun napsautan .gcc-tiedostoa, GCK2.5 käynnistyy, mutta avaa tyhjän ikkunan, ja minun on avattava .gcc-tiedosto GCK2.5:n sisällä. Tarpeetonta napsauttelua, varsinkin kun joudun selaamaan useita kansiohierarkioita. Kun GCK2.5 toimii natiivisti Windowsissa, onko mahdollista käynnistää GCK2.5:n komentoriviparametrina rakennetiedosto? Minun pitäisi tarkistaa se.

pDRAW32-aiheiset