<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="yes"?><rss version="2.0" xmlns:atom="http://www.w3.org/2005/Atom"><channel><title>Cubbli on Michael’s Domain</title><link>https://jeltsch.org/fi/tags/cubbli/</link><description>Recent content in Cubbli on Michael’s Domain</description><generator>Hugo</generator><language>fi</language><copyright>Copyright © 2002 - 2026 Michael Jeltsch.</copyright><lastBuildDate>Fri, 24 Jul 2026 00:18:18 +0300</lastBuildDate><atom:link href="https://jeltsch.org/fi/tags/cubbli/index.xml" rel="self" type="application/rss+xml"/><item><title>Ylikuormitettu IT-tuki</title><link>https://jeltsch.org/fi/ubuntu/</link><pubDate>Fri, 23 Feb 2024 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://jeltsch.org/fi/ubuntu/</guid><description>&lt;p&gt;&lt;em&gt;&lt;strong&gt;Ongelma: Järjestelmän kaatuminen käynnistyksen aikana&lt;/strong&gt;&lt;/em&gt;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;Yli vuosi sitten, muutama viikko sen jälkeen, kun olin saanut uuden työtietokoneeni, se ei käynnistynyt uudelleen järjestelmäpäivityksen jälkeen, vaan jumittui käynnistysprosessin alkuvaiheessa. Huomasin pian, että pystyin silti käynnistämään tietokoneen ”turvatilassa”. Outoa kyllä, mikään ei näytä olevan vialla, sillä kun poistun turvatilasta manuaalisesti käynnistysprosessin lopussa, tietokone toimii normaalisti. IT-osastomme on yrittänyt korjata ongelmaa monta kertaa tuloksetta. Jouduin jopa työskentelemään ilman tietokonetta noin kolme viikkoa, kun se oli ”korjauksessa”. Tiedät varmaan, kuinka paljon töitä voi saada tehtyä ilman tietokonetta: lähes nolla.Tietokoneellani on 
 &lt;a href="https://wiki.helsinki.fi/xwiki/bin/view/Cubbli/User%20documentation/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Cubbli&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 20.04.06LTS, epävirallinen Ubuntu-versio, jota Helsingin yliopisto ylläpitää sisäiseen käyttöön. Vaikka bioinformatiikkaa voi harrastaa myös Windows- tai macOS-tietokoneella, Linux on ylivoimaisesti paras valinta. Monet bioinformatiikan kehittäjät eivät edes vaivaudu julkaisemaan ohjelmistojaan Windowsille. MacOS toimii pääosin hyvin (koska sekin on UNIX-yhteensopiva käyttöjärjestelmä), mutta joutuisin maksamaan kaksinkertaisen hinnan samasta laskentatehosta.Tietokone on 
 &lt;a href="https://www.zdnet.com/article/lenovo-debuts-thinkstation-p350-family-of-desktop-workstations-starting-under-1000/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Lenovo P350&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
, jossa on 
 &lt;a href="https://www.nvidia.com/content/dam/en-zz/Solutions/design-visualization/productspage/quadro/quadro-desktop/nvidia-t1000-datasheet-1987414-r4.pdf" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;NVIDIA T1000&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 -näytönohjaimella, jota käytän kahden näytön ohjaamiseen. Tarvitsen näytönohjainta pääasiassa 3D-mallinnukseen, fylogeneettiseen analyysiin ja vastaaviin tehtäviin. Tämä näytönohjain on saattanut aiheuttaa ongelman. En alun perin halunnut ostaa tätä mallia, mutta koska grafiikkakorteista oli tuolloin pulaa, IT-osasto sai minut vaihtamaan alkuperäisen valintani T1000-malliin.&lt;/p&gt;</description></item><item><title>OpenVPN:n hallinta Network Managerin avulla</title><link>https://jeltsch.org/fi/managing_openvpn_with_network_manger/</link><pubDate>Thu, 05 Nov 2015 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://jeltsch.org/fi/managing_openvpn_with_network_manger/</guid><description>&lt;p&gt;Olen juuri siirtynyt takaisin MacOSX:stä Ubuntuun työasioiden vuoksi. Pääasiassa taloudellisista syistä. Työpaikalla tarvitaan lisää tietokoneita, ja todella hyvä PC-kannettava maksaa vain puolet siitä, mitä MacBook Pro tai iMac maksaa. Tänään halusin muodostaa yhteyden kotoa yliopiston VPN-verkkoon ja katsoin yliopiston antamia ohjeita. Kuten tavallista, ohjeita ei käytännössä ollut lainkaan, ja ne, jotka olivat saatavilla, olivat virheellisiä. Ja ne olivat yksinomaan suomeksi (
 &lt;a href="http://www.helsinki.fi/helpdesk/ohjeet/tietoliikenne_ja_etakaytto/yhteydet_yliopiston_ulkopuolelta/vpn_ubuntu-asennus.html%29" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;http://www.helsinki.fi/helpdesk/ohjeet/tietoliikenne_ja_etakaytto/yhteydet_yliopiston_ulkopuolelta/vpn_ubuntu-asennus.html)&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
. Kuvasta (Hardy Heron) käy selvästi ilmi, että tätä sivua ei ole päivitetty vähintään kuuteen vuoteen (Hardy Heron julkaistiin vuoden 2008 alussa).Mitä siis teet, jos olet ladannut ja purkanut hy-vpn-config.tar.gz-tiedoston osoitteesta 
 &lt;a href="https://ohjelmistojakelu.helsinki.fi?Ensin" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://ohjelmistojakelu.helsinki.fi?Ensin&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 sinun on asennettava laajennus Network Managerille: &lt;code&gt;sudo apt-get install network-manager-openvpn network-manager-openvpn-gnome&lt;/code&gt;. Sen jälkeen avaat Network Managerin työpöydän oikeassa yläkulmassa olevan valikkopalkin kuvakkeen kautta. Kaikkien käytettävissä olevien langattomien verkkojen alapuolella on kohta ”VPN-yhteydet”. Seuraa polkua ”VPN-yhteydet” -&amp;gt; ”Määritä VPN” -&amp;gt; ”Lisää” -&amp;gt; ”Tuo tallennettu VPN-määritys” -&amp;gt; ”Luo”. Valitse sitten ladatuista ja puretuista tiedostoista tiedosto ”openvpn.conf”. Täytä sen jälkeen muut kentät valintaikkunassa: käyttäjätunnus ja salasana. CA-varmenteeksi valitse ladatuista tiedostoista tiedosto ”HY-vpn-CA.pem” (sinun olisi pitänyt tallentaa se ensin johonkin turvalliseen paikkaan, esim. kansioon ”/etc/openvpn”).Yksi ongelma, josta käyttäjät valittavat, on se, että tuonti ei noudata ”redirect-gateway def1” -ohjetta, minkä seurauksena et pysty muodostamaan yhteyttä mihinkään (luulen, että tämä johtuu siitä, että Network Manager käyttää dnsmasq:ta, eikä dnsmasq ilmeisesti ole tarpeeksi älykäs ymmärtämään, että sen pitäisi nyt lähettää kyselyt jonnekin muualle). Siksi käyttäjät valittavat, että Network Manager ei reititä kaikkea liikennettä VPN-verkon kautta. Valintaruutu, jonka valinta on poistettava, jotta tämä toimisi, on hyvin piilotettu: se löytyy yhteyden muokkausikkunasta IPv4-asetukset-välilehdeltä -&amp;gt; Reitit (oikeassa alakulmassa) -&amp;gt; ”Käytä tätä yhteyttä vain sen verkossa oleviin resursseihin”. Miksi ihmeessä sitä on nimetty tavalla, jota kukaan ei ymmärrä? Miksi sitä ei voitu nimetä ”Älä reititä kaikkea liikennettä tämän VPN-yhteyden kautta”? Minun piti myös valita valintaruutu ”Ohita automaattisesti saadut reitit”, vaikka en tiedä miksi…Kuten tavallista, OpenVPN:n asennus on hankalaa, ja tärkeä VPN-liikenteen tunnelointi piti lisätä manuaalisesti OpenVPN-palvelimelle:&lt;code&gt;iptables -t nat -A POSTROUTING -s 10.8.0.0/24 -o eth0 -j MASQUERADE&lt;/code&gt;Tein tämän luomalla /etc/network/if-up.d/ -hakemistoon uuden tiedoston nimeltä openvpn2, jonka sisältö oli seuraava:&lt;code&gt;#!/bin/shiptables -t nat -A POSTROUTING -s 10.8.0.0/24 -o eth0 -j MASQUERADE&lt;/code&gt;Tietenkin voit edelleen käynnistää ja pysäyttää VPN:n komentoriviltä. Systemd:n käyttöönoton jälkeen salasanan syöttö ei kuitenkaan ole enää yhtä suoraviivaista. Kun suoritat komennon &lt;code&gt;sudo systemctl start openvpn.service&lt;/code&gt;, sinun on suoritettava (esimerkiksi toisessa terminaalissa) komento &lt;code&gt;sudo systemd-tty-ask-password-agent&lt;/code&gt; ja syötettävä salasanasi siellä. Tämä on selvästi väliaikainen ratkaisu, kunnes järjestelmään saadaan kunnollinen salasana-agentti…&lt;/p&gt;</description></item></channel></rss>