Deoksiribonukleiinihappo on Michael’s Domain

Ihmisen genomin kartoitus on juuri saatu päätökseen (jälleen kerran)

Mon, 15 May 2023 00:00:00 +0000

Yli 20 vuotta sitten Genome Reference Consortium (GRC) sai

valmiiksi

ihmisen genomin kartoituksen (Lander et al., 2001). Tämä sekvenssi tunnetaan nimellä GRCh38-vertailusekvenssi. Vaikka se perustuu nimettömän luovuttajaryhmän DNA:han, ⅔ sen sekvenssistä on peräisin yhdeltä ainoalta afrikkalais-eurooppalaista syntyperää olevalta miesluovuttajalta (Genome Reference Consortium, 2023).*

Suojaus UV-valolta

Thu, 12 Dec 2019 00:00:00 +0000

** UV valot luokittellan seuravasti UV-C (100 / 200-280 / 290 nm, lyhytaalto, kova UV)UV-B (290-315 nm, keskiaalto, keskimääräinen UV)UV-A (315-400 nm, pitkäaallon UV, pehmeä UV, “musta valo”)Erityisesti UVC:n suhteen käytetään usein erilaisia aallonpituusrajoja eri UV-tyyppien välisten rajojen määrittelemiseen. Alle 200 nm:n UVC:n aallonpituudet kutsutaan myös “vakuumi-UV (VUV)”. Toiset erottavat UVC-spektrin ja viittaavat aallonpituuksiin välillä 10 - 200 nm “UVC-VUV”. “Extreeminen (äärimmäinen) UV (EUV)” tarkoittaa aallonpituuksia välillä 10-121 nm, ja tämän alueen lyhyessä päässä säteilyä pidetään ionisoivana (niin kuin röntgensäteilyä). En kuitenkaan tiedä mitään selkeää aallonpituusrajaa, jota käytetään ionisoivan ja ei-ionisoivan säteilyn erottelun määrittämiseen. Molekyylibiologia Useimpia molekyylibiologian UV-pöytiå käytetään etidiumbromidilla värjätyn DNA:n kuvantamiseen agaroosigeeleissä. Nämä UV-pöydät käyttävät noin 300-nm aallonpituutta (enimmäkseen 302 nm), mutta joillakin on myös pidempi aallonpituusvaihtoehto. Esim. Alpha Innotech/UVP, Inc/Ultra-Violet Products Ltd./Analytik Jena LM-26E UV-pöytää voidaan käyttää aallonpituudella 302 tai 365 nm). Nyrkkisääntö on, että mitä pidempi aallonpituus, sitä vähemmän se vaurioittaa DNA:ta (samalla myös DNA-interkaloidun etidiumbromidin signaali heikkenee). On myös 254-nm UV-lamppuja, mutta ne eivät sovellu DNA-töihin, koska ne aiheuttavat DNA:ssa mutaatiot jo muutamassa sekunnissa. Tämä ei ole yllättävää, koska DNA:n oma absorptiomaksimi on 260 nm ja se tarkoittaa, että DNA absorboi suurimman säteilymäärän. Siis 302 nm on kompromissi herkkyyden ja DNA-vaurioiden välillä.Työskenteleminen UV-pöydän kanssa ei ole vaaratonta, ja olettaisin, että UV-vaara on suurempi kuin etidiumbromiidivärjäyksen vaara. Jotkut tutkijat irrationaalisesta syystä pelkäävät etidiumbromiidia liikaa (https: //bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/, http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide) . Olen nähnyt “auringonpolttaman” yhdessä kollegassani liian pitkältä altistumiselta UV-pöytien UV-valolle. Kasvonaamari suojaa kasvojasi, mutta voit silti polttaa käsiäsi tai dekolteeasi. UV-läpäisevät ja UV-läpinäkymättömät materiaalit Materiaalin (näkyvästä) valon läpinäkyvyydestä ei voida tietää, kuinka tehokkaasti materiaali absorboi UV-valoa. Tavallinen akryylilasi (“Plexiglas”) on läpinäkyvä suuremman aallonpituuden UV-säteilylle (kutsutaan myös UV-A, 315-400 nm) eikä siksi sovellu silmien suojaamiseen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves / ). Akryylilasi voidaan tehdä UV-läpinäkymättömäksi lisäämällä UV-säteilyä absorboivia lisäaineita. UV-suodattavalla akryylilasilla (“museolaadullinen akryyli”) on erilaisia ominaisuuksia. Jos UV-aallonpituus on alle ~ 375 nm, mikä tahansa UV-suodattavaa akryylia käytetään. UF-4-akryylilasi suojaa vähiten: 80% 400 nm: n UV-säteestä johdetaan 2 mm: n levyn läpi. UF-3 suojaa paremmin ja UF-5 absorboi melkein kaiken hyvin näkyvän ultraviolettivalon (> 390 nm). Polykarbonaatti (PC) on ystäväsi Kun tarvitset suojaa UV-säteiltä, polykarbonaatti on kuitenkin ystäväsi. 3 mm paksu polykarbonaatti on käytännöllisesti katsoen täysin läpinäkymätön UV: lle useimmista UV-lähteistä, joita käytetään molekyylibiologiassa 400 nm asti. Siksi UV-suojaavat kasvonaamarit ja aurinkolasit valmistetaan pääasiassa polykarbonaatista.2 mm, joka on hiukan paksumpi kuin polykarbonaattisten aurinkolasien tyypillinen paksuus, on enimmäkseen riittävä, mutta vähemmän tehokas absorptio paksumpiin polykarbonaattiaineisiin verrattuna vain UV: n ollessa yli ~ 385 nm (siis hyvät aurinkolasit suojaavat silmiäsi molekyylibiologian UV-lampuilta , mutta kasvosi iho altistuu silti). Itse asiassa 2 mm paksuissa polykarbonaattisissa aurinkolaseissa on vähemmän kuin 2 mm polykarbonaattia, koska polykarbonaatin molemmilla puolilla on naarmuuntumaton, UV-säteilyä vaimentava pinnoite, koska polykarbonaatti on erittäin pehmeää ja naarmuuntuu helposti. Valitettavasti polykarbonaattimuoveja on vaikea tunnistaa, koska niiden lukumäärä on “7” hartsin tunnistuskoodien (RIC) luettelossa, joka on “Muu” -sekoitettu pussi. Tuottajien tietojen tulkinta **Kun tarkistat lomakkeilla läpinäkyvien materiaalien optiset ominaisuudet, huomaat pian, että niitä on vaikea tulkita. Huomaat pian, että tuottajien verkkosivustojen lähestymistapa on vähemmän tieteellinen, mutta enemmän mainontaa. He puhuvat UV-säteilystä prosenteissa, mutta eivät missään nimessä mainitse materiaalin paksuutta, mikä on yksi tärkeimmistä imeytymisen / läpäisyn näkökohdista ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Epäilen voimakkaasti, että he käyttävät 2 mm valotieä (paksuus), toinen mahdollisuus on 1 cm (mikä on toinen “vakio” pituus). Jos sinulla on sisäpiiritietoa, ota meihin yhteyttä!

Suojaa UV-valolta

Fri, 15 Nov 2019 00:00:00 +0000

Ensin muutamia määritelmiäUV-C (100/200–280/290 nm, lyhytaaltoinen, kova UV)UV-B (290–315 nm, keskiaaltoinen, välimuotoinen UV)UV-A (315–400 nm, pitkäaaltoinen UV, pehmeä UV, ”musta valo”) Erityisesti UV-C:n osalta käytetään toisinaan erilaisia aallonpituusrajoja eri UV-tyyppien välisten rajojen määrittelemiseksi. Jotkut sulkevat alle 200 nm:n aallonpituudet UV-C:n ulkopuolelle ja viittaavat niihin termillä ”tyhjiö-UV (VUV)”. Toiset jakavat UV-C-spektrin edelleen ja viittaavat 10–200 nm:n välisiin aallonpituuksiin termillä ”UV-C-VUV”. ”Äärimmäinen UV (EUV)” viittaa aallonpituuksiin välillä 10–121 nm, ja tämän alueen lyhyemmässä päässä säteilyä pidetään ionisoivana (samanlaisena kuin röntgensäteet). En kuitenkaan tiedä mitään selkeää aallonpituusrajaa, jota käytettäisiin ionisoivan ja ei-ionisoivan säteilyn erottamiseen toisistaan. Molekyylibiologia Useimpia molekyylibiologiassa käytettäviä UV-laitteita käytetään etidiumbromidilla värjätyn DNA:n havaitsemiseen agaroosigeeleissä. Niissä käytetään aallonpituutta noin 300 nm (yleensä 302 nm), mutta joissakin laitteissa on myös pidempi aallonpituusvaihtoehto (esim. Alpha Innotech LM-26E -laitetta voidaan käyttää 302 tai 365 nm:n aallonpituudella). Nyrkkisääntönä voidaan pitää, että mitä pidempi aallonpituus on, sitä vähemmän DNA:lle aiheutuu vaurioita (mutta myös DNA:n väliin tunkeutuneen etidiumbromidin signaali heikkenee). On olemassa 254 nm:n UV-lamppuja, mutta ne eivät sovellu DNA:n tutkimiseen, koska ne aiheuttavat DNA:ssa mutaatioita muutamassa sekunnissa. Tämä ei ole yllättävää, sillä DNA:n absorptiomaksimi on 260 nm:ssä, mikä tarkoittaa, että DNA imee suurimman osan säteilystä. Siksi 302 nm on kompromissi herkkyyden ja DNA-vaurioiden välillä. UV-pöydän käyttö ei ole vaaratonta, ja oletan, että UV-säteily on vaarallisempaa kuin etidiumbromidivärjäys, jota jotkut ihmiset (tutkijat!) jostakin irrationaalisesta syystä pelkäävät liikaa ( https://bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/ , http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide ). Olen nähnyt yhden kollegani saaneen ”auringonpolttaman” liian pitkästä altistumisesta UV-pöytien UV-valolle. Kasvomaski suojaa kasvojasi, mutta käsivarret tai dekoltee voivat silti palaa. UV-läpäisevät ja UV-läpäisemättömät materiaalit Materiaalin (näkyvän) valon läpäisevyydestä ei voi päätellä, kuinka tehokkaasti materiaali absorboi UV-valoa. Tavallinen akryylilasi (”Plexiglas”) on läpäisevä pidemmän aallonpituuden UV-säteilylle (jota kutsutaan myös UV-A-säteilyksi, 315–400 nm) eikä siksi sovellu silmien suojaamiseen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves/ ). Akryylilasi voidaan tehdä UV-läpäisemättömäksi lisäämällä siihen UV-valoa absorboivia lisäaineita. UV-suodattavaa akryylilasia (”museolaatuista akryyliä”) on saatavilla eri laatuluokissa. Jos UV-aallonpituus on alle ~375 nm, mikä tahansa UV-suodattava akryylilaatu sopii. UF-4-akryylilasi suojaa vähiten: 2 mm:n paksuinen levy päästää läpi 80 % 400 nm:n UV-säteilystä. UF-3 suojaa paremmin ja UF-5 absorboi lähes kaiken näkyvän valon läheisen UV-säteilyn (>390 nm).Polykarbonaatti (PC) on paras valintaKun tarvitset suojaa UV-säteilyltä, polykarbonaatti on paras valinta. 3 mm:n paksuinen polykarbonaatti on käytännössä täysin läpäisemätön useimpien molekyylibiologiassa käytettävien UV-lähteiden 400 nm:iin asti ulottuvalle UV-säteilylle. Siksi UV-suojaavat kasvomaskit ja aurinkolasit valmistetaan pääasiassa polykarbonaatista. 2 mm:n paksuus, joka on hieman tyypillistä polykarbonaattiaurinkolasien paksuutta paksumpi, riittää useimmiten, mutta paksumpaan polykarbonaattiin verrattuna heikompi absorptiokyky on merkityksellistä vain ~385 nm:n yläpuolella olevan UV-säteilyn osalta (siksi hyvät aurinkolasit suojaavat silmiäsi molekyylibiologiassa käytettäviltä UV-lampuilta, mutta kasvojen iho jää silti altistumaan). Itse asiassa 2 mm paksuisissa polykarbonaattisissa aurinkolaseissa on alle 2 mm polykarbonaattia, koska niiden polykarbonaatin molemmilla puolilla on naarmuuntumaton, UV-säteilyä imemätön pinnoite, sillä polykarbonaatti on erittäin pehmeää ja naarmuuntuu hyvin helposti. Valitettavasti polykarbonaattimuovit ovat vaikeasti tunnistettavissa, sillä niiden numero on ”7” muovimerkintäkoodiluettelossa (RIC), joka on ”Muut”-kategoriaan kuuluva sekalaista sisältöä.Valmistajien tietojen tulkintaKun tarkastelee läpinäkyvien materiaalien optisia ominaisuuksia koskevia tietolehtisiä, huomaa pian, että niitä on vaikea tulkita. Huomaa pian, että valmistajien verkkosivustojen lähestymistapa on vähemmän tieteellinen ja enemmän mainosluonteinen. He puhuvat UV-läpäisyasteesta prosentteina, mutta eivät mainitse missään vaiheessa materiaalin paksuutta, joka on yksi tärkeimmistä absorptio- ja läpäisyominaisuuksiin vaikuttavista tekijöistä ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Epäilen vahvasti, että he käyttävät 2 mm:n valopolkua (paksuutta), toinen mahdollisuus on 1 cm (joka on toinen ”vakiopituus”). Jos sinulla on sisäpiiritietoa asiasta, kerrothan minulle!

SnapGene ja osittaiset restriktioentsyymihajotukset uudelleen tarkasteltuna

Thu, 23 Aug 2018 00:00:00 +0000

SnapGene on ohjelmisto laboratoriossa työskenteleville molekyylibiologeille, jotka tekevät paljon kloonaustyötä (konstruktien suunnittelu ja annotointi). Siitä lähtien, kun viimeksi kirjoitin SnapGene-ohjelmistosta ( https://www.snapgene.com/ ), on tapahtunut monia hyviä asioita:

Epävarmuus CRISPR:n tulevaisuudesta

Sun, 18 Jun 2017 00:00:00 +0000

Jotkut pelkäsivät, että tämän kevään CRISPR-tekniikkaa koskevat patenttipäätökset saattaisivat johtaa tekniikan monopolisointiin . Kuitenkin Nature Methods -lehdessä viime kuussa julkaistun artikkelin mukaan ei ole tällä hetkellä lainkaan selvää, tuleeko CRISPR:stä menestys ihmisen genomin muokkaamisessa. Jos yksittäiseen muokkauskertaan liittyy satoja ei-toivottuja ja arvaamattomia genomin muutoksia, sen puolesta olisi vaikea puhua sivuvaikutusten arvaamattomuuden vuoksi. Kyseessä on vain yksi hiirillä tehty tutkimus , mutta varovaisuus on paikallaan. Nature Methods -lehdessä julkaistu artikkeli on erityisen mielenkiintoinen, sillä tekniikkaa oli juuri käytetty ihmisillä ensimmäistä kertaa .Vaikka immateriaalioikeudet olisivatkin yhden yrityksen hallussa, on epäselvää, miten patenttia voitaisiin valvoa. CRISPR eroaa monista muista teknologioista siinä, että sen käyttöönoton kynnys on kustannusten ja osaamisen kannalta erittäin matala. Lähes kuka tahansa biotieteiden tutkija voisi tehdä sitä kotonaan autotallissaan…

Staden-paketti Ubuntussa bioinformatiikan veteraaneille

Wed, 27 Jul 2016 00:00:00 +0000

Käytämme pääasiassa SnapGene -ohjelmistoa, kun tarkistamme DNA-rakenteidemme sekvenssejä. Joskus SnapGenin sekvenssien kohdistusnäkymä ei kuitenkaan ole tarpeeksi joustava, jolloin turvaudun vanhaan Staden-pakettiin . Olin juuri päivittänyt Ubuntun versiosta 14.04 versioon 16.04, joten Stadenia ei ollut asennettuna. Olin iloisesti yllättynyt, kun Stadenin asennus kesti vain noin 15 sekuntia, sillä vihdoin – kiitos Debian Med -tiimin – Staden on saatavilla universe-pakettivarastosta (itse asiassa jo lokakuusta 2014 lähtien).sudo apt install stadenStaden ei selvästikään ole niin intuitiivinen kuin se voisi olla, mutta se on erittäin tehokas ja sopii hyvin tietojen automatisoituun käsittelyyn. Jos sinulla on mahdollisuus oppia käyttämään sitä, kannustan sinua tekemään niin. Suomen CSC tallensi vuonna 2004 järjestetyn Staden-kurssin, johon osallistuin, ja tallenteet ovat saatavilla Funet TV:stä . Olin juuri harkinnut hetken siirtymistä Ubuntusta SuSE:hen johtuen jatkuvasta langattoman yhteyden ongelmasta, jota Canonical ei näytä saavan korjattua, mutta kun ottaa huomioon, kuinka työläs Stadenin manuaalinen asennus on, tämä on suuri etu Ubuntulle. Bioinformatiikan käyttöön on tietenkin olemassa erikoistuneita Linux-jakeluja, mutta ne kaikki jäävät yleensä jälkeen suurimpien jakelujen uusimmista ja parhaista kehityksistä.

Todellinen biohakkerointi

Mon, 23 May 2016 00:00:00 +0000

Olen lukenut mielenkiintoisen Steven Novellan blogikirjoituksen biohakkeroinnista . Olen täysin samaa mieltä siitä, että suurin osa biohakkerointia edistävistä ihmisistä ei tee mitään sellaista, mikä oikeuttaisi termin käytön. Uutta termiä tulisi käyttää, jos tekee jotain käsitteellisesti uutta. Biohakkeroinnin termin käyttö ja sen suhde DIY-biologiaan sekä erilaisiin kehonmuokkausliikkeisiin ei kuitenkaan ole vielä vakiintunut. Biohakkeroinnin määritelmä ”vapaudeksi tutkia biologiaa syvällisesti” tekee termistä melko merkityksettömän. Termi ”hacking” on aina sisältänyt (oikein tai väärin) ajatuksen laittomasta tai ainakin laillisuuden rajamailla olevasta toiminnasta. Tätä analogiaa seuraten urheiludopingia voitaisiin pitää biohakkerointina (mutta ei kahvin juomista – huolimatta siitä, että kahvi täyttää joidenkin ihmisten mielestä dopingin kriteerit). Muita esimerkkejä, joita kutsuisin ”todelliseksi” biohakkeroinniksi, olisivat Crispr/Cas-tekniikan käyttö oman DNA:n muokkaamiseen tai lääkkeiden kehittäminen sairauksien hoitamiseksi omassa autotallissa. Kysymys kuuluu: tekeekö kukaan tällaisia asioita? Tällaisten tekniikoiden kehittäminen on tiukasti säänneltyä sekä akateemisessa tutkimuksessa että kaupallisissa yrityksissä, ja todellinen geenitekniikka sisältää todellisia riskejä. Ei ole yllättävää, että lainvalvontaviranomaiset eivät ole kovin iloisia siitä, että on jälleen yksi alakulttuuri, josta on etsittävä merkkejä bioterrorismista . Työkalujen käyttö on kuitenkin yhä helpompaa, ja autotallibiotekniikka on todellinen ilmiö (ainakin Nature-lehti piti sitä uutisartikkelin arvoisena). Jo jonkin aikaa sitten kuuntelin Thomas Landrainin puheenvuoron. Hän on yksi La Paillasse -laboratorion (Thomas: lupasit, että La Paillassen verkkosivut käännetään englanniksi!), joka on biotekniikkalaboratorio, joka perustettiin ilman rahoitusta autotallissa Pariisin esikaupungissa. He tekevät varsin mielenkiintoista tutkimusta (katso esim. tämä artikkeli , jossa käsitellään hänen näkemyksiään DIY-biologiasta). DIY-biologiasta järjestetään myös konferensseja: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Mutta milloin DIY-biologia muuttuu biohakkeroinniksi? E. coli-bakteerin muokkaaminen tuottamaan erytropoietiiniä ja sen puhdistaminen sekä ruiskuttaminen itseensä urheilusuorituskyvyn parantamiseksi olisi varmasti biohakkerointia. Mielestäni tuo esimerkki olisi itse asiassa toteutettavissa, kun otetaan huomioon DIY-biologian teknologian nykytaso…

Kuinka paljon PCR-tuotetta voi saada?

Thu, 10 Mar 2016 00:00:00 +0000

Kuinka paljon PCR-tuotetta tyypillisestä PCR-reaktiosta saadaan? 50–120 ng/µl näyttää olevan tyypillinen tulos, mutta se riippuu suuresti käytetyistä PCR-olosuhteista. Jos alukepitoisuutta on vähennettävä spesifisyyden maksimoimiseksi, saanto voi olla huomattavasti pienempi. Toisaalta, jos spesifisyys ei ole ongelma (esim. joissakin PCR-kloonauksissa), saanto voi olla moninkertainen.Tarkastellaan tyypillistä yhden PCR-reaktion enimmäismäärää, joka on 100 µl. Oletetaan, että spesifisyys ei ole ongelma ja voimme siksi käyttää suuria määriä alukkeita (kumpikin 1 µM) ja dNTP:itä (0,2 µM). Koska jokaisen kaksisäikeisen PCR-tuotteen molekyylin synteesi kuluttaa yhden alukkeen, kaksisäikeisen (ds) DNA-tuotteen teoreettinen suurin moolikonsentraatio on sama kuin alukkeen pitoisuus: 1 µM. 1 µM dsDNA:ta vastaisi 100 pmolia 100 µl:n PCR-reaktiossa. Kuinka paljon se on mikrogrammoina? Se riippuu tietysti PCR-tuotteen pituudesta: esimerkiksi 100 pmol 1000 bp:n dsDNA:ta vastaa 66 µg. Voiko todella saada niin paljon? Ei tässä 1000 bp:n tuotteen esimerkissä. Syynä on se, että DNA:n rakennuspalikat, dNTP:t, loppuvat kauan ennen alukkeita. 1000 bp:n tuotteen tapauksessa vain 40 % alukkeista on käytetty loppuun, kun dNTP:t loppuvat (olettaen, että amplikonin GC:n ja AT:n suhde on 50:50). Yhden 1000 bp:n dsPCR-tuotteen molekyylin valmistamiseen tarvitaan noin 2000 dNTP-molekyyliä. Esimerkissämme 400 bp:n PCR-tuote olisi siis optimaalinen, koska sekä alukkeet että dNTP:t loppuvat samaan tahtiin.Vaikuttaa siltä, että jos haluat saada suurempia määriä pidempiä PCR-tuotteita, sinun pitäisi lisätä dNTP-pitoisuutta. Kuitenkin esimerkissämme, jossa tuotteen pituus on 1000 bp, PCR-tuotteen teoreettinen enimmäismäärä on noin 26 µg, mikä on valtava määrä ja riittää useimpiin sovelluksiin. Verkossa on laskin, jonka avulla voi kokeilla eri alukkeiden ja dNTP-pitoisuuksien sekä tuotteen pituuksien yhdistelmiä: http://www.bioline.com/us/media/calculator/01_14.html

SnapGene – Yksinkertaisesti paras DNA:n käsittelyohjelmisto

Fri, 01 Jan 2016 00:00:00 +0000

Laboratoriossamme on käytetty erilaisia ohjelmistopaketteja DNA-rakenteiden suunnitteluun, dokumentointiin ja visualisointiin. Niistä, joista olemme jo pitkään pitäneet erityisen paljon, ovat Textcon GeneConstructionKit (GCK) ja Clone Manager (Professional) . Jälkimmäinen toimii valitettavasti vain Windowsissa. Koska useat tietokoneistamme käyttävät kuitenkin Ubuntu Linuxia , käytimme GCK:n versioita 2.5 ja 3 WINE:n -ohjelmalla (yhteensopivuuskerros, jonka avulla voimme käyttää alkuperäisiä Windows-ohjelmia Linuxissa). Päivityksen myötä versioon 4 GCK muuttui kuitenkin WINE:n alla käyttökelvottomaksi hitaudeksi, joten aloimme etsiä sille korvaajaa. Otimme yhteyttä GCK:n kehittäjiin, mutta he eivät ilmeisesti olleet halukkaita tai kykeneviä auttamaan meitä. Oletan, että GCK:n koodipohja on luultavasti yli 20 vuotta vanha, ja siksi kukaan ei uskalla koskea siihen. Juuri tuolloin SnapGene julkaistiin, ja se täytti lähes kaikki vaatimuksemme:

DNA:n emästen epäselvyyskoodit

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Code	Meaning	Bases
A	Adenine	A
C	Cytosine	C
G	Guanine	G
T	Thymine	T
R	puRine	A, G
Y	pYrimidine	C, T
S	Strong (3 H-bonds)	G, C
W	Weak (2 H-bonds)	A, T
K	Keto	G, T
M	aMino	A, C
B	not A	C, G, T
D	not C	A, G, T
H	not G	A, C, T
V	not T	A, C, G
N	Any base	A, C, G, T

Oligonukleotidien molekyylipaino ja ekstinktiokerroin

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

DNA-oligonukleotidien molekyylipainon laskentakaava on:

MW (g/mol) = (nA × 249,08619) + (nG × 265,0811) + (nC × 225,07496) + (nT × 240,07462)

Oligonukleotidin ε:n (epsilon, ekstinktiokerroin) laskemiseksi kaava on: