SnapGene ja osittaiset restriktioentsyymihajotukset uudelleen tarkasteltuna

Thu, 23 Aug 2018 00:00:00 +0000

SnapGene on ohjelmisto laboratoriossa työskenteleville molekyylibiologeille, jotka tekevät paljon kloonaustyötä (konstruktien suunnittelu ja annotointi). Siitä lähtien, kun viimeksi kirjoitin SnapGene-ohjelmistosta ( https://www.snapgene.com/ ), on tapahtunut monia hyviä asioita:

Kloonauskerho

Wed, 22 Jun 2016 00:00:00 +0000

Järjestämme yhdessä biolääketieteen tohtoriohjelman (DPBM) kanssa syksyllä 2016 työpajan ja käytännön kurssin kloonauksesta (kurssikoodi 921244).Päivämäärät ja paikka (työpaja): Viikoittainen keskustelutyöpaja (8 kertaa, kukin 1–1,5 tuntia) alkaa tiistaina 30.8.2016; paikka: kokoushuone 7 (Biomedicum Helsinki, 5. kerros, paitsi 27.9. ja viimeinen työpaja 25.10., jotka pidetään huoneessa BM B136A); 1 opintopistePäivämäärät ja paikka (käytännön kurssi): Hajautettu laboratoriokurssi (osallistujien aikataulun ja paikan mukaan tai – niille osallistujille, joilla ei ole pääsyä tarvittaviin tiloihin – marraskuun kahden ensimmäisen viikon aikana laboratoriossamme); 1 opintopisteKurssin tietosivu: http://www.helisci.fi/hbgs/cloning-club2016 Ilmoittautumissivu: https://elomake.helsinki.fi/lomakkeet/71701/lomake.html Yksityiskohtaiset kurssitiedot: PDF Mainosjuliste: PDF Kurssimateriaali: Materiaalia lisätään tänne jokaisen tapaamisen jälkeen Kloonaus on houkuttelevaa juuri siksi, että se on tylsää. Kaikki alkaa kuitenkin DNA:sta. Geenitekniikka ei ole tullut jäädäkseen, vaan sen merkitys kasvaa entisestään: olemme vasta raapaisseet sen potentiaalin pintaa. Lähes kaikessa biolääketieteellisessä tutkimuksessa käytetään DNA-rakenteita: ilmentymisvektoreita solujen transfektioon, shuttle-plasmideja virusten valmistukseen sekä rakenteita transgeenisten eläinten tuottamiseen. Taitoa DNA-rakenteen luomiseen tarvitaan vielä siihen asti, kunnes markkinoille saapuu se luvattu laite, joka tuottaa minkä tahansa plasmidiin muutaman tunnin kuluttua siitä, kun sille on syötetty plasmidiin sekvenssi.Käytettävissä on monia uusia tekniikoita, minkä vuoksi valinta on vaikeampaa kuin vanhoina aikoina, jolloin restriktioentsyymikloonaus oli ainoa vaihtoehto. Nykyään vaatimukset ja vaihtoehdot ovat rajattomat, ja menestyksen ja nopeuden maksimoimiseksi on valittava oikea strategia.

EMBOSS ja GCK konstruktisekvenssien kokoamiseen ja dokumentointiin

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Yritän käyttää EMBOSS-ohjelmaa vektorisekvenssien kokoamiseen. Aikoinaan käytin tähän tarkoitukseen CGC:n seqed-ohjelmaa, ja tällä hetkellä käytän Gene Construction Kit -ohjelmaa. EMBOSS:ssa ei ole suoraa vastinetta seqed-ohjelmalle, joten sen toiminnallisuuden korvaamiseksi on käytettävä useita muita työkaluja. Katso tämä CGC:n ja EMBOSS:n vertailu .

DNA-Rakenteet on Michael’s Domain

SnapGene ja osittaiset restriktioentsyymihajotukset uudelleen tarkasteltuna

Kloonauskerho

EMBOSS ja GCK konstruktisekvenssien kokoamiseen ja dokumentointiin