Siirtyminen paperisista laboratoriomuistiinpanoista sähköisiin laboratoriomuistiinpanoihin

Tue, 26 Jul 2016 00:00:00 +0000

Sähköiset laboratoriopäiväkirjat (ELN) ovat tulevaisuus. Vaikka tämä väite vaikuttaa itsestään selvältä, ei ole vielä selvää, mitkä ohjelmistot vakiinnuttavat asemansa ja mitkä katoavat markkinoilta. Kun tutustuin ELN-markkinoihin ensimmäisen kerran noin kolme vuotta sitten, ratkaisuja oli tarjolla vain kourallinen. Nyt alalla on jo ehkä noin sata erilaista ohjelmistoyritystä, jotka yrittävät hyötyä tästä trendistä. Ja vielä huolestuttavampaa on se, että toimittajaluettelossa on jo noin 20 hylättyä tuotetta… Siksi ohjelmiston valinta on vakava päätös laboratoriolle ja vieläkin vakavampi koko laitokselle. Huomioon on otettava monia seikkoja. Mainittakoon vain muutamia niistä: – Kuinka varmaa on, että ohjelmisto on saatavilla ja tuettu vielä 10 vuoden kuluttua? Jos yritys katoaa, samoin voi käydä myös tiedoillesi. Kaikki toimittajat väittävät, että tietosi ovat turvassa. Sinun tulisi olla realistinen, kun otetaan huomioon, kuinka laajalle levinnyttä on yritysten harhauttaminen asiakkaita ja viranomaisia kohtaan. Ajattele vaikka VW:tä… – Mikä on alkuinvestointi ja mitkä ovat käyttökustannukset? Jos tallennustilasta veloitetaan, hinta saattaa aluksi olla alhainen, mutta älä aliarvioi, kuinka paljon dataa kertyy kaikkien uusien korkean resoluution kuvantamis- ja sekvensointiteknologioiden myötä. Kun ryhdyt tekemään superresoluutiotutkimusta, dataa kertyy helposti useita gigatavuja viikossa. Esimerkiksi SciNote sisältää 100 GB tallennustilaa kahdelle tiimille, joka voi täyttyä muutamassa viikossa riippuen siitä, millaista tutkimusta teet. Yritin selvittää, miten voisin ostaa yli 100 GB:n tallennustilaa, mutta en keksinyt miten. Toivon, ettei heidän ELN-järjestelmänsä käytettävyys ole samalla tasolla… – Kuinka vapaasti voit käyttää tietojasi? Voitko helposti (ja automaattisesti säännöllisin väliajoin) siirtää tietosi pois, jos tarvitset? Missä muodossa saat tietosi? Jos ne ovat vain PDF- tai Word-tiedostoja, unohda koko juttu. Sinun pitäisi saada aito tietokantadump, jota voidaan käyttää muiden järjestelmien täyttämiseen. En luottaisi mihinkään yritykseen, joka kertoisi minulle etukäteen, että se menee pian konkurssiin ja että minun pitäisi pelastaa tietoni… – Missä tiedot fyysisesti säilytetään? Tämä määrää esimerkiksi sen, minkä lainsäädännön alaisina tiedot ovat ja kenellä on niihin pääsy. Kuinka paljon voit luottaa siihen, että pieni ulkomainen yritys pitää tietosi yksityisinä ja turvassa? Muistutetaanpa kaikkia niistä tietomurroista, jotka kohdistuivat Sonyyn, LinkedIniin, IRS:ään, T-Mobileen, UPS:ään ja JP Morgan Chaseen… Jotkut toimittajat tarjoavat sisäistä isännöintiä, mutta hinnoittelu vaikuttaa liian korkealta monille akateemisille laboratorioille, jotta tämä olisi toteuttamiskelpoinen vaihtoehto.- Avoin lähdekoodi näyttää olevan ratkaisu moniin näistä ongelmista. Koska yliopistojen tuki tietotekniselle infrastruktuurille kuitenkin vähenee, tällaisen järjestelmän ylläpitovaatimusten on oltava hyvin vähäiset, jotta ratkaisu olisi toteuttamiskelpoinen. - Jos palvelua markkinoidaan ”ilmaisena”, mitä sillä tarkoitetaan? Usein ”ilmainen” tarjous ei riitä mihinkään vakavaan työhön ja on siten harhaanjohtava. ”Ilmainen” siinä merkityksessä kuin ”ilmainen olut” ei myöskään riitä… Monet laboratoriot tarvitsevat myös vapauden mukauttaa ohjelmistoa omiin erityistarpeisiinsa, mikä sulkee pois suljetut ratkaisut, joilla ei ole julkisia sovellusrajapintoja (API). Laboratoriossamme olemme testanneet muutamia saatavilla olevia ratkaisuja. Painopisteemme oli avoimen lähdekoodin ratkaisuissa, sillä vain ne mahdollistavat ohjelmiston kattavan testaamisen. Tähän mennessä olemme kokeilleet:

Dokumentaatio on Michael’s Domain

Siirtyminen paperisista laboratoriomuistiinpanoista sähköisiin laboratoriomuistiinpanoihin