ELabFTW on Michael’s Domain

eLabFTW-sähköinen laboratoriopäiväkirja: valmis päärooliin?

Fri, 03 Jun 2022 00:00:00 +0000

Toiset rakastavat sitä, toiset vihaavat: sähköinen laboratoriopäiväkirja (ELN). Jo vuosikymmen sitten ennustettiin, että 10 vuoden kuluttua paperinen laboratoriopäiväkirja olisi mennyttä. Todellisuudessa suurin osa akateemisista laboratorioista käyttää paperia edelleen vuonna 2022. Siirtymää ei ole helpottanut se, että markkinoilla on kirjaimellisesti satoja kaupallisia tuotteita, jotka eivät ole keskenään yhteensopivia. Aloimme kokeilla ELN-ratkaisuja vuonna 2013 testaamalla muutamia kaupallisia ja avoimen lähdekoodin ratkaisuja. Huonoimmat niistä eivät edes antaneet mahdollisuutta kokeilla niitä ennen ostamista (esim. LabVantage näyttää olettavan, että et osta sitä, kun olet kerran kokeillut sitä – ja he ovat täysin oikeassa!). Päädyimme [eLabFTW]:hen ( https://www.elabftw.net ), avoimen lähdekoodin projektiin, jonka pääkehitys tapahtuu Curie-instituutissa Pariisissa, Ranskassa. Se on PHP:llä ja MySQL:llä rakennettu verkkosovellus. Siitä on myös vertaisarvioitu julkaisu: https://doi.org/10.21105/joss.00146 sekä yleinen Nature Protocols -katsausartikkeli, jossa käsitellään ELN:n käyttöönottoa: https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8 .Käyttöönotto opetuksessa Helsingin yliopistossa Äskettäisen versioon 4.3 tehdyn päivityksen myötä viimeinen este laajamittaiselle käyttöönotolle on ylitetty. Kaikki, joilla on helsinki.fi-tili, voivat nyt kirjautua järjestelmään yliopistotunnuksillaan. Tämä helpottaa huomattavasti uusien käyttäjien käyttöönottoa. Aion käyttää järjestelmää uudella kurssillamme ”Rekombinantti-DNA-tekniikka ja geenitekniikka”. Tällä hetkellä palvelimeen pääsee vain yliopiston sisäverkosta. Jos haluat käyttää sitä kotoa käsin, sinun on käytettävä VPN:ää. Vuosien varrella käyttäjämäärä on kasvanut noin 25 käyttäjään, ja on mielenkiintoista nähdä, miten järjestelmä toimii, kun käyttäjämäärä kaksinkertaistuu tai nelinkertaistuu. Järjestelmä toimii Docker-kontissa Ubuntu 20.04 LTS -virtuaalipalvelimella, jota emme valitettavasti voi päivittää tai laajentaa ilman lisärahoitusta. Joten jos olet kiinnostunut käyttämään ELN:ää, varmista paikkasi jo tänään kirjautumalla osoitteeseen https://elab.ltdk.helsinki.fi ja valitsemalla alareunassa olevan vaihtoehdon ”Login through your institution”. Sinulla on mahdollisuus valita tiimi. Tiimin ylläpitäjän on hyväksyttävä sinut, ennen kuin voit käyttää järjestelmää. Jos et löydä laboratoriotasi tiimien joukosta, se tarkoittaa, että olet laboratoriostasi ensimmäinen käyttäjä, joka käyttää tätä järjestelmää. Siinä tapauksessa sinun tulee valita tiimi ”Helsingin yliopisto” ja ottaa minuun yhteyttä sähköpostitse ( michael@jeltsch.org ), sillä minun on rekisteröitävä uusi tiimi laboratoriollesi, ja sinusta tulee tämän uuden tiimin ylläpitäjä.Vierailijoiden käyttöoikeudetJos sinulla ei ole Helsingin yliopiston tiliä, voit silti käyttää järjestelmää, jos olet Helsingin yliopiston Eduroam-verkossa, mutta sinun on käytettävä ”Rekisteröidy nyt” -linkkiä, ja järjestelmän ylläpitäjän on hyväksyttävä tilisi.Käyttö omalla koneellaeLabFTW:n järjestelmävaatimukset ovat melko vaatimattomat, ja kannettavallasi ei todennäköisesti ole ongelmia Docker-kontin paikallisen kopion ajamisessa. Vaikka eLabFTW:n asentaminen uudelle Windows- tai macOS-tietokoneelle on mahdollista, se on jossain määrin haitallista, koska se ei tarjoa verkkoyhteyttä eikä tiimitoimintoja. Vaikka et tarvitsisikaan näitä ominaisuuksia, suosittelisin, että otat vanhan pöytätietokoneen käyttöön tätä tehtävää varten ja käytät sitä tavallisella Linux-palvelinasennuksella. Vastaan mielelläni kaikkiin mahdollisiin kysymyksiisi (sekä järjestelmänvalvojan että loppukäyttäjän näkökulmasta).

Sähköisen laboratoriopäiväkirjan käyttöönoton esteet

Thu, 08 Jun 2017 00:00:00 +0000

Laboratoriossamme on jo jonkin aikaa kiinnostuttu sähköisistä laboratoriomuistikirjoista (ELN). Äskettäin julkaistu artikkeli [Journal of Cheminformatics] -lehdessä ( https://jcheminf.springeropen.com ) on keskittynyt ELN:ien käyttöönoton esteisiin. Erityisesti akateemisessa maailmassa yli 90 % tutkijoista käyttää edelleen perinteistä paperista laboratoriomuistikirjaa. Suurin käyttöönoton este oli kustannukset sekä rahallisesti että uusien tottumusten oppimisen kannalta. Tiiviisti perässä sijoilla 3 ja 4 olivat käyttöönoton vaivalloisuus ja tietoturvaan liittyvät huolenaiheet. Vaikka kirjoittajat ovat selvästi puolueellisia (he kehittävät avoimen lähdekoodin ELN-järjestelmää ELN SciNote ), käyttöönoton esteet ovat samat kuin ne, joita koen omassa laboratoriossani ja Helsingin yliopistossa.Olin ällistynyt, kun noin kaksi kuukautta sitten sain sähköpostiviestin, jossa kerrottiin, että Helsingin yliopisto oli neuvotellut puitesopimuksen LabVantage -LIMS/ELN-toimittajan Software Pointin kanssa. Vaikka pidän yliopistokohtaista ELN-ratkaisua tarpeellisena, tämä sopimus vaikuttaa kaikkea muuta kuin optimaaliselta useimmille Helsingin yliopiston tutkimuslähtöisille laboratorioille. Useat yliopiston laboratoriot ovat käyttäneet ELN-järjestelmiä jo jonkin aikaa, eikä yksikään niistä ole ollut tietoinen pyrkimyksistä solmia yliopistokohtainen sopimus LIMS/ELN-ratkaisusta. Eikä yksikään niistä, jotka jo käyttävät LIMS/ELN-järjestelmää, ole valinnut LabVantagea, vaan muita ratkaisuja ( Labguru , SciNote , eLabFTW ). Olisi ollut hyödyllistä, jos arviointiryhmässä olisi ollut joku, jolla on todellista kokemusta LIMS/ELN-järjestelmien käytöstä (tai joku, joka on osallistunut LIMS/ELN-kehitykseen), varsinkin kun tällaista asiantuntemusta on saatavilla Helsingin yliopistossa.Neuvotteluihin on osallistunut vain muutama henkilö, kun taas suurimmalta osin sidosryhmiltä ei edes pyydetty mielipidettä. Kun kysyin nimenomaisesti tästä suljetusta toiminnasta, vastaus oli: Hankintaan oli tuolloin mukana hyvin harvoja yksiköitä (lähinnä kronologian yksikkö ja yksi henkilö kemian laitokselta), vaikka tieto oli levitetty ympäri yliopistoa ja kuka tahansa oli tervetullut osallistumaan ja esittämään tarpeitaan. Vaikka yritänkin seurata aktiivisesti IT-infrastruktuurin kehitystä, en nähnyt missään mitään ilmoituksia, enkä löytänyt jälkikäteen etsiessäni mitään, mikä olisi herättänyt huomioni ja antanut minulle mahdollisuuden osallistua. Helsingin yliopiston kansainväliseen menestykseen eniten vaikuttavat laboratoriot ovat tärkeimpiä sidosryhmiä, mutta ne jätettiin huomiotta. Ehkä hieman aktiivisempi sidosryhmien etsiminen olisi ollut paikallaan. LabVantagen kanssa neuvoteltu peruspaketti näyttää olevan suunnattu rutiini- ja kliiniseen laboratoriotyöhön, mutta ei innovatiiviseen tutkimukseen. Kaksi moduulia, jotka ovat elintieteiden tutkimustyössä kaikkein välttämättömimpiä, ovat ELN ja tallennustilan hallinta. Valitettavasti monet biotieteille ominaiset rutiinit (DNA- ja proteiinisekvenssien haku BLAST-tyyppisillä hakualgoritmeilla) puuttuvat tarjouksesta kokonaan, vaikka niitä tarvitaan biotieteissä kipeästi. Ilmaisen sovellusrajapinnan (API) puuttuminen (kuten eLAbFTW -ominaisuudet tai SciNote ) estää käyttäjiä integroimasta omaa olemassa olevaa koodiaan tai omia tietokantajärjestelmiään. Jokainen pieni muutos vaatisi LabVantage-kehittäjien osallistumista, ja se olisi erittäin hidas ja kallis prosessi. Käytännössä tämä tarkoittaa, että järjestelmän puutteita ei koskaan korjata. Peruspaketin voi ottaa käyttöön mikä tahansa yliopiston laboratorio maksamalla kertaluonteisen 200 euron maksun jokaisesta käyttäjästä (ei jaettavia lisenssejä, vain nimelliskäyttäjiä). Meidän laboratoriomme osalta summa olisi 2 000 €, mutta alhainen hinta ei sinänsä ole myyntivaltti. Puitesopimuksen puitteissa mikä tahansa laboratorio voi maksaa lisämoduulit itse, mutta 17 500 €:n korkea hinta tekee siitä epätodennäköistä, että kukaan niin tekisi. En halua ajaa yhteishankintaa, koska ei ole mitään keinoa tietää, sopisivatko nämä moduulit laboratoriotyön arkeen. Toisin kuin useimmat muut toimittajat, LabVantage ei tarjoa järjestelmän ilmaista kokeiluversiota. Minusta on epäilyttävää, jos toimittaja ei tarjoa kokeiluversiota. Jos tuote on hyvä, kokeiluversio vakuuttaa potentiaaliset asiakkaat ostamaan sen. Jos tuote on hyvä, mitä haittaa kokeiluversiosta voisi olla toimittajalle? Olemme itse testanneet useita ELN-ratkaisuja kahden viime vuoden aikana, ja jotkut järjestelmät saivat erittäin huonoa palautetta niiltä, jotka käyttävät niitä päivittäin (esim. hankala tietojen tuonti, epäintuitiivinen käyttöliittymä, hidas palvelimen vasteaika). Itse asiassa oligonukleotidien hallintaan ja proteiinien/entsyymien varastointiin käytämme edelleen täysin vanhentunutta avoimen lähdekoodin LIMS-järjestelmää, jonka olin mukana kehittämässä noin 15 vuotta sitten tohtoriopiskelijana ( http://phplabdb.sourceforge.net , nykyisin osoitteessa https://github.com/mbekaert/phplabdb) . Laboratoriossani käytämme eLabFTW:tä . Meillä on paikallinen asennus Helsingin yliopiston intranetissä (johon pääsee VPN:n kautta mistä tahansa), ja kuka tahansa Helsingin yliopiston jäsen voi saada sieltä käyttäjätunnuksen. Jos olet kiinnostunut kokeilemaan sitä, ota yhteyttä minuun! Keskeinen kysymys jää edelleen vaille vastausta: miksi suurinta osaa sidosryhmistä ei otettu mukaan päätöksentekoprosessiin?

Siirtyminen paperisista laboratoriomuistiinpanoista sähköisiin laboratoriomuistiinpanoihin

Tue, 26 Jul 2016 00:00:00 +0000

Sähköiset laboratoriopäiväkirjat (ELN) ovat tulevaisuus. Vaikka tämä väite vaikuttaa itsestään selvältä, ei ole vielä selvää, mitkä ohjelmistot vakiinnuttavat asemansa ja mitkä katoavat markkinoilta. Kun tutustuin ELN-markkinoihin ensimmäisen kerran noin kolme vuotta sitten, ratkaisuja oli tarjolla vain kourallinen. Nyt alalla on jo ehkä noin sata erilaista ohjelmistoyritystä, jotka yrittävät hyötyä tästä trendistä. Ja vielä huolestuttavampaa on se, että toimittajaluettelossa on jo noin 20 hylättyä tuotetta… Siksi ohjelmiston valinta on vakava päätös laboratoriolle ja vieläkin vakavampi koko laitokselle. Huomioon on otettava monia seikkoja. Mainittakoon vain muutamia niistä: – Kuinka varmaa on, että ohjelmisto on saatavilla ja tuettu vielä 10 vuoden kuluttua? Jos yritys katoaa, samoin voi käydä myös tiedoillesi. Kaikki toimittajat väittävät, että tietosi ovat turvassa. Sinun tulisi olla realistinen, kun otetaan huomioon, kuinka laajalle levinnyttä on yritysten harhauttaminen asiakkaita ja viranomaisia kohtaan. Ajattele vaikka VW:tä… – Mikä on alkuinvestointi ja mitkä ovat käyttökustannukset? Jos tallennustilasta veloitetaan, hinta saattaa aluksi olla alhainen, mutta älä aliarvioi, kuinka paljon dataa kertyy kaikkien uusien korkean resoluution kuvantamis- ja sekvensointiteknologioiden myötä. Kun ryhdyt tekemään superresoluutiotutkimusta, dataa kertyy helposti useita gigatavuja viikossa. Esimerkiksi SciNote sisältää 100 GB tallennustilaa kahdelle tiimille, joka voi täyttyä muutamassa viikossa riippuen siitä, millaista tutkimusta teet. Yritin selvittää, miten voisin ostaa yli 100 GB:n tallennustilaa, mutta en keksinyt miten. Toivon, ettei heidän ELN-järjestelmänsä käytettävyys ole samalla tasolla… – Kuinka vapaasti voit käyttää tietojasi? Voitko helposti (ja automaattisesti säännöllisin väliajoin) siirtää tietosi pois, jos tarvitset? Missä muodossa saat tietosi? Jos ne ovat vain PDF- tai Word-tiedostoja, unohda koko juttu. Sinun pitäisi saada aito tietokantadump, jota voidaan käyttää muiden järjestelmien täyttämiseen. En luottaisi mihinkään yritykseen, joka kertoisi minulle etukäteen, että se menee pian konkurssiin ja että minun pitäisi pelastaa tietoni… – Missä tiedot fyysisesti säilytetään? Tämä määrää esimerkiksi sen, minkä lainsäädännön alaisina tiedot ovat ja kenellä on niihin pääsy. Kuinka paljon voit luottaa siihen, että pieni ulkomainen yritys pitää tietosi yksityisinä ja turvassa? Muistutetaanpa kaikkia niistä tietomurroista, jotka kohdistuivat Sonyyn, LinkedIniin, IRS:ään, T-Mobileen, UPS:ään ja JP Morgan Chaseen… Jotkut toimittajat tarjoavat sisäistä isännöintiä, mutta hinnoittelu vaikuttaa liian korkealta monille akateemisille laboratorioille, jotta tämä olisi toteuttamiskelpoinen vaihtoehto.- Avoin lähdekoodi näyttää olevan ratkaisu moniin näistä ongelmista. Koska yliopistojen tuki tietotekniselle infrastruktuurille kuitenkin vähenee, tällaisen järjestelmän ylläpitovaatimusten on oltava hyvin vähäiset, jotta ratkaisu olisi toteuttamiskelpoinen. - Jos palvelua markkinoidaan ”ilmaisena”, mitä sillä tarkoitetaan? Usein ”ilmainen” tarjous ei riitä mihinkään vakavaan työhön ja on siten harhaanjohtava. ”Ilmainen” siinä merkityksessä kuin ”ilmainen olut” ei myöskään riitä… Monet laboratoriot tarvitsevat myös vapauden mukauttaa ohjelmistoa omiin erityistarpeisiinsa, mikä sulkee pois suljetut ratkaisut, joilla ei ole julkisia sovellusrajapintoja (API). Laboratoriossamme olemme testanneet muutamia saatavilla olevia ratkaisuja. Painopisteemme oli avoimen lähdekoodin ratkaisuissa, sillä vain ne mahdollistavat ohjelmiston kattavan testaamisen. Tähän mennessä olemme kokeilleet: