eLabFTW-sähköinen laboratoriopäiväkirja: valmis päärooliin?

Fri, 03 Jun 2022 00:00:00 +0000

Toiset rakastavat sitä, toiset vihaavat: sähköinen laboratoriopäiväkirja (ELN). Jo vuosikymmen sitten ennustettiin, että 10 vuoden kuluttua paperinen laboratoriopäiväkirja olisi mennyttä. Todellisuudessa suurin osa akateemisista laboratorioista käyttää paperia edelleen vuonna 2022. Siirtymää ei ole helpottanut se, että markkinoilla on kirjaimellisesti satoja kaupallisia tuotteita, jotka eivät ole keskenään yhteensopivia. Aloimme kokeilla ELN-ratkaisuja vuonna 2013 testaamalla muutamia kaupallisia ja avoimen lähdekoodin ratkaisuja. Huonoimmat niistä eivät edes antaneet mahdollisuutta kokeilla niitä ennen ostamista (esim. LabVantage näyttää olettavan, että et osta sitä, kun olet kerran kokeillut sitä – ja he ovat täysin oikeassa!). Päädyimme [eLabFTW]:hen ( https://www.elabftw.net ), avoimen lähdekoodin projektiin, jonka pääkehitys tapahtuu Curie-instituutissa Pariisissa, Ranskassa. Se on PHP:llä ja MySQL:llä rakennettu verkkosovellus. Siitä on myös vertaisarvioitu julkaisu: https://doi.org/10.21105/joss.00146 sekä yleinen Nature Protocols -katsausartikkeli, jossa käsitellään ELN:n käyttöönottoa: https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8 .Käyttöönotto opetuksessa Helsingin yliopistossa Äskettäisen versioon 4.3 tehdyn päivityksen myötä viimeinen este laajamittaiselle käyttöönotolle on ylitetty. Kaikki, joilla on helsinki.fi-tili, voivat nyt kirjautua järjestelmään yliopistotunnuksillaan. Tämä helpottaa huomattavasti uusien käyttäjien käyttöönottoa. Aion käyttää järjestelmää uudella kurssillamme ”Rekombinantti-DNA-tekniikka ja geenitekniikka”. Tällä hetkellä palvelimeen pääsee vain yliopiston sisäverkosta. Jos haluat käyttää sitä kotoa käsin, sinun on käytettävä VPN:ää. Vuosien varrella käyttäjämäärä on kasvanut noin 25 käyttäjään, ja on mielenkiintoista nähdä, miten järjestelmä toimii, kun käyttäjämäärä kaksinkertaistuu tai nelinkertaistuu. Järjestelmä toimii Docker-kontissa Ubuntu 20.04 LTS -virtuaalipalvelimella, jota emme valitettavasti voi päivittää tai laajentaa ilman lisärahoitusta. Joten jos olet kiinnostunut käyttämään ELN:ää, varmista paikkasi jo tänään kirjautumalla osoitteeseen https://elab.ltdk.helsinki.fi ja valitsemalla alareunassa olevan vaihtoehdon ”Login through your institution”. Sinulla on mahdollisuus valita tiimi. Tiimin ylläpitäjän on hyväksyttävä sinut, ennen kuin voit käyttää järjestelmää. Jos et löydä laboratoriotasi tiimien joukosta, se tarkoittaa, että olet laboratoriostasi ensimmäinen käyttäjä, joka käyttää tätä järjestelmää. Siinä tapauksessa sinun tulee valita tiimi ”Helsingin yliopisto” ja ottaa minuun yhteyttä sähköpostitse ( michael@jeltsch.org ), sillä minun on rekisteröitävä uusi tiimi laboratoriollesi, ja sinusta tulee tämän uuden tiimin ylläpitäjä.Vierailijoiden käyttöoikeudetJos sinulla ei ole Helsingin yliopiston tiliä, voit silti käyttää järjestelmää, jos olet Helsingin yliopiston Eduroam-verkossa, mutta sinun on käytettävä ”Rekisteröidy nyt” -linkkiä, ja järjestelmän ylläpitäjän on hyväksyttävä tilisi.Käyttö omalla koneellaeLabFTW:n järjestelmävaatimukset ovat melko vaatimattomat, ja kannettavallasi ei todennäköisesti ole ongelmia Docker-kontin paikallisen kopion ajamisessa. Vaikka eLabFTW:n asentaminen uudelle Windows- tai macOS-tietokoneelle on mahdollista, se on jossain määrin haitallista, koska se ei tarjoa verkkoyhteyttä eikä tiimitoimintoja. Vaikka et tarvitsisikaan näitä ominaisuuksia, suosittelisin, että otat vanhan pöytätietokoneen käyttöön tätä tehtävää varten ja käytät sitä tavallisella Linux-palvelinasennuksella. Vastaan mielelläni kaikkiin mahdollisiin kysymyksiisi (sekä järjestelmänvalvojan että loppukäyttäjän näkökulmasta).

ELN on Michael’s Domain

eLabFTW-sähköinen laboratoriopäiväkirja: valmis päärooliin?