Esipainos on Michael’s Domain

PDGF/VEGF-kasvutekijöiden kehitys

Thu, 22 Sep 2022 00:00:00 +0000

Olemme ladanneet bioRxiv-palveluun ennakkopainoksen uusimmasta artikkelistamme, joka käsittelee PDGF/VEGF-kasvutekijöiden evoluutiota . Olemme analysoineet kattavasti proteomin PDGF/VEGF-osan kaikissa eläinlajeissa, joista tietoja on saatavilla. Osa näistä tiedoista on ollut käytössämme jo jonkin aikaa, mutta nyt olemme täydentäneet niitä tarkastelemalla kaloja yksityiskohtaisesti. Kalojen verisuonibiologia on tullut entistäkin kiehtovammaksi Dasin ym. aiemmin tänä vuonna julkaiseman artikkelin jälkeen ( lue lisää tästä poikkeuksellisesta tutkimuksesta ).Kalojen verisuonijärjestelmien huomattava heterogeenisyys näyttää saavan tukea vastaavasta laajasta heterogeenisyydestä molekyylitasolla. Usein, mutta ei aina, tämä geneettinen heterogeenisyys voidaan jäljittää koko genomin duplikaatioihin. Kalat sietävät koko genomin duplikaatioita paremmin kuin nisäkkäät. Ainakin kalojen fylogeneettisen puun eri haaroissa on tapahtunut melko paljon tällaisia duplikaatioita, mikä on johtanut polyploidisiin tai jopa tetraploidisiin lajeihin. Tämän seurauksena joillakin kalalajeilla on neljä kertaa niin monta PDGF/VEGF-geeniä kuin ihmisillä, ja paljon enemmän mahdollisuuksia näiden molekyylien toimintojen monipuolistumiseen.Ensimmäinen PDGF/VEGF-tyyppinen molekyyli ilmestyi todennäköisesti yli 800 miljoonaa vuotta sitten prekambrium-kaudella, kun meren eliöissä alkoi näkyä kudosten organisoitumisen merkkejä. Jos ryhtyisimme rekonstruoimaan tätä molekyyliä, se näyttäisi hämmästyttävän samankaltaiselta kuin nykyaikainen VEGF-C. Erityisesti C-terminaalinen ”silkkihomologialohko” näyttää kehittyneen jo evoluution varhaisessa vaiheessa. Itse asiassa suurella joukolla nykyisin eläviä, morfologisesti yksinkertaisia organismeja on tällaisia VEGF-C:n kaltaisia molekyylejä vielä tänäkin päivänä (esim. sukkulamato C. elegans). Näiden PDGF- ja VEGF-proteiinien evoluutiota koskevien oivallusten lisäksi verisuonibiologeille on tarjolla joitakin hyödyllisiä johtopäätöksiä: Esimerkiksi linnuista ei löytynyt yhtään toiminnallista VEGF-B-geeniä. Vastaavasti sammakkoeläimissä ei näytä olevan PlGF-proteiineja. Toisaalta käärmeiden myrkystä tunnistetut VEGF-F-proteiinit näyttävät esiintyvän laajemmin myös myrkyttömissä liskoissa. Tämä asettaa joitakin rajoituksia tietyille eläinmalleille (Xenopus, CAM-määritys), mutta olisi mukava tietää, mitä VEGF-F tekee gekkoissa…Tutustu käsikirjoitukseen ja kommentoi tai kritisoi, jos sinulla on ajatuksia! Ajatuksena on hioa tätä käsikirjoitusta vielä hieman parempaan kuntoon ennen kuin se lähetetään lehteen perinteistä vertaisarviointia varten.

”E. colin sytoplasmasta peräisin oleva bioaktiivinen VEGF-C” – ennakkopainos verkossa

Fri, 01 Jul 2022 00:00:00 +0000

Manuskriptimme ennakkopainos on julkaistu verkossa. Esitämme, kuinka bioaktiivista kypsää VEGF-C:tä voidaan tuottaa E. coli -bakteerin sytoplasmassa ilman, että tarvitaan proteiinin taitumisvaihetta. Kesti melko kauan, ennen kuin pääsimme tähän tulokseen, ja kokeilimme monia menetelmiä, jotka eivät toimineet, ennen kuin löysimme toimivan tavan. Kuvaamme myös ne menetelmät, jotka epäonnistuivat. Näyttää siltä, että VEGF-C:ssä on yksinkertaisesti liian monta kysteiinijäännöstä, joiden kaikkien on muodostettava pareja oikeassa konfiguraatiossa. Samassa käsikirjoituksessa esittelemme myös toimivan uudelleenlaskostusmenetelmän. Katsokaa sitä ja antakaa meille palautetta: https://www.researchsquare.com/article/rs-1776636/v1 .

Preprint ja avoin arviointi

Mon, 18 Jan 2021 00:00:00 +0000

Helmikuussa 2020 Henry Kwok Macaon yliopistosta kysyi minulta, haluaisinko kirjoittaa artikkelin Biology-lehden tulevaan erikoisnumeroon. Hän toimi tämän erikoisnumeron vierailevana toimittajana, ja sen aiheena oli Proteaasit – perusrakenteesta toimintaan ja lääkekehitykseen kohdennetussa hoidossa. Aihe on juuri se, mitä tutkimme parhaillaan: voimmeko vaikuttaa lymfangiogeeniseen kasvutekijään VEGF-C:hen sen aktivoivien proteaasien kautta. Suostuin siis alustavasti kirjoittamaan katsausartikkelin VEGF-tekijöiden aktivoitumisesta. Päätimme ensimmäistä kertaa julkaista käsikirjoituksen samanaikaisesti preprinttinä JA pyytää avointa arviointia. Avoin arviointi tarkoittaa, että arvioijien kommentit ja vastauksemme julkaistaan yhdessä artikkelin kanssa, jos artikkeli hyväksytään.