Evoluutio on Michael’s Domain

Onko kaloilla hengitysvaikeuksia?

Fri, 28 Jun 2024 00:00:00 +0000

Kalat hengittävät kiduksillaan, mutta monille niistä tämä on kirjaimellisesti vain puoli totuutta. Vaikeus saada happea vedestä on se yksittäinen tekijä, joka eniten on muokannut kalojen evoluutiota. Maaeläimet altistuvat pääosin samalle happipitoisuudelle, mutta kalojen on toimittava vesissä, joiden happipitoisuus vaihtelee huomattavasti ja muuttuu nopeasti. Lisäksi vesi sisältää paljon vähemmän happea kuin ilma, ja hapen diffuusio vedessä on suuruusluokkia hitaampaa kuin hapen diffuusio ilmassa. Siksi kalojen evoluutio joutui keksimään luovia tapoja

Opiskelijoiden tehtävien arviointi on vaikeaa

Sat, 16 Dec 2023 00:00:00 +0000

Olen lukenut tänä syksynä satoja opiskelijoiden tehtäviä. Monissa näistä tehtävistä opiskelijoiden odotetaan vastaavan kysymyksiin. Tehtävien arviointi tarkoittaa sitä, että päätetään, onko vastaus ”oikea” vai ”väärä”. Tämä on toisinaan vaikeaa. Useimmat vastaukset sijoittuvat jonnekin ”oikean” ja ”väärän” välille. Siksi arvioinnin tarve paljastaa syvemmän ongelman: ennen kuin voin päättää, mihin kohtaan ”oikean” ja ”väärän” välisellä asteikolla opiskelijoiden vastaukset sijoittuvat, on oltava olemassa objektiivinen ”oikea” ja ”väärä”. Muuten objektiiviset arvosanat ovat jo lähtökohtaisesti illuusio (puhumattakaan siitä ongelmasta, miten ne voitaisiin määrittää luotettavasti). Kaikki tieteellinen tietomme on kuitenkin alustavaa. Se voi muuttua tai jopa kumoutua, kun uutta, parempaa tietoa tulee saataville. Miten siis kukaan voi arvioida mitään tehtävää varmuudella? Onneksi kaikki tietomme ei ole samanarvoista. Yksi tieteellisen väittämän tärkeä tunnusmerkki on falsifioitavuus , käsite, jonka ehkä ensimmäisenä popularisoi tiedefilosofi Karl Popper kirjassaan Tieteellisen löytämisen logiikka . Mitä ovat esimerkkejä tieteellisesti falsifioitavista teorioista?

Vau: T. rexillä ei ollut VEGF-B:tä!

Wed, 05 Apr 2023 00:00:00 +0000

Tutkimuksemme PDGF- ja VEGF-kasvutekijöiden evoluutiollisesta alkuperästä on juuri julkaistu Angiogenesis-lehdessä: https://doi.org/10.1007/s10456-023-09874-9 . Analysoimme sekä PDGF- että VEGF-tekijöitä, mutta keskityimme luonnollisesti VEGF-puoleen. On pelkkä sattuma, että PDGF:t osoittautuivat VEGF:ien alaryhmäksi eikä päinvastoin, mutta se on tietysti vain meidän puolueellinen näkökulmamme :-) Koska teemme imusuonitutkimusta, voimme ylpeänä ilmoittaa, että fylogeneettisesti vanhin VEGF muistutti todennäköisesti VEGF-C:tä ja sisälsi salaperäisen silk-homologian domeenin. Se on intuitiivisesti järkeenkäypää (ja Jörg Wilting oli ehdottanut sitä jo aiemmin), sillä yksinkertaisimmat tuntemamme verisuonijärjestelmät ovat niin sanotut hemolymfajärjestelmät (esim. hyönteisillä), joilla on monia yhteisiä piirteitä imukudosjärjestelmän kanssa. Tällä julkaisulla emme tehneet mitään poikkeuksellista, mihin vain harvat pystyvät. Teimme jotain, minkä kuka tahansa voisi tehdä, mutta mitä kukaan ei ollut tähän mennessä tehnyt: tarkastelimme järjestelmällisesti, millä eläimillä on mitäkin PDGF- ja VEGF-proteiineja. Itse asiassa teimme jotain uutta: kehitimme joukkoistamismenetelmän PDGF- ja VEGF-proteiinien luokittelemiseksi. Sen sijaan, että olisimme kysyneet ihmisiltä, kysyimme tietokannoilta. Tietokannoissa on monia PDGF:n ja VEGF:n kaltaisia sekvenssejä, jotka tunnistetaan sellaisiksi vain niiden aminohapposekvenssin homologian perusteella. Selvittääksemme, onko kyseessä esimerkiksi VEGF-C vai VEGF-D, suoritamme useita (PSI)BLAST-hakuja ja laskemme sitten yhteen enemmistön mielipiteen (määritettynä parhaiden osumien perusteella).Meitä odotti monia yllätyksiä, kun bioinformatiikkaskripti oli saanut työnsä päätökseen kahden viikon PDGF- ja VEGF-kaltaisten sekvenssien etsimisen ja vertailun jälkeen:

PDGF/VEGF-kasvutekijöiden kehitys

Thu, 22 Sep 2022 00:00:00 +0000

Olemme ladanneet bioRxiv-palveluun ennakkopainoksen uusimmasta artikkelistamme, joka käsittelee PDGF/VEGF-kasvutekijöiden evoluutiota . Olemme analysoineet kattavasti proteomin PDGF/VEGF-osan kaikissa eläinlajeissa, joista tietoja on saatavilla. Osa näistä tiedoista on ollut käytössämme jo jonkin aikaa, mutta nyt olemme täydentäneet niitä tarkastelemalla kaloja yksityiskohtaisesti. Kalojen verisuonibiologia on tullut entistäkin kiehtovammaksi Dasin ym. aiemmin tänä vuonna julkaiseman artikkelin jälkeen ( lue lisää tästä poikkeuksellisesta tutkimuksesta ).Kalojen verisuonijärjestelmien huomattava heterogeenisyys näyttää saavan tukea vastaavasta laajasta heterogeenisyydestä molekyylitasolla. Usein, mutta ei aina, tämä geneettinen heterogeenisyys voidaan jäljittää koko genomin duplikaatioihin. Kalat sietävät koko genomin duplikaatioita paremmin kuin nisäkkäät. Ainakin kalojen fylogeneettisen puun eri haaroissa on tapahtunut melko paljon tällaisia duplikaatioita, mikä on johtanut polyploidisiin tai jopa tetraploidisiin lajeihin. Tämän seurauksena joillakin kalalajeilla on neljä kertaa niin monta PDGF/VEGF-geeniä kuin ihmisillä, ja paljon enemmän mahdollisuuksia näiden molekyylien toimintojen monipuolistumiseen.Ensimmäinen PDGF/VEGF-tyyppinen molekyyli ilmestyi todennäköisesti yli 800 miljoonaa vuotta sitten prekambrium-kaudella, kun meren eliöissä alkoi näkyä kudosten organisoitumisen merkkejä. Jos ryhtyisimme rekonstruoimaan tätä molekyyliä, se näyttäisi hämmästyttävän samankaltaiselta kuin nykyaikainen VEGF-C. Erityisesti C-terminaalinen ”silkkihomologialohko” näyttää kehittyneen jo evoluution varhaisessa vaiheessa. Itse asiassa suurella joukolla nykyisin eläviä, morfologisesti yksinkertaisia organismeja on tällaisia VEGF-C:n kaltaisia molekyylejä vielä tänäkin päivänä (esim. sukkulamato C. elegans). Näiden PDGF- ja VEGF-proteiinien evoluutiota koskevien oivallusten lisäksi verisuonibiologeille on tarjolla joitakin hyödyllisiä johtopäätöksiä: Esimerkiksi linnuista ei löytynyt yhtään toiminnallista VEGF-B-geeniä. Vastaavasti sammakkoeläimissä ei näytä olevan PlGF-proteiineja. Toisaalta käärmeiden myrkystä tunnistetut VEGF-F-proteiinit näyttävät esiintyvän laajemmin myös myrkyttömissä liskoissa. Tämä asettaa joitakin rajoituksia tietyille eläinmalleille (Xenopus, CAM-määritys), mutta olisi mukava tietää, mitä VEGF-F tekee gekkoissa…Tutustu käsikirjoitukseen ja kommentoi tai kritisoi, jos sinulla on ajatuksia! Ajatuksena on hioa tätä käsikirjoitusta vielä hieman parempaan kuntoon ennen kuin se lähetetään lehteen perinteistä vertaisarviointia varten.

Sähköposti: siirtyminen Kmailista Evolutioniin

Tue, 17 Jul 2007 00:00:00 +0000

Vaihdoin äskettäin KDE:stä Gnomeen ja samalla KMailista Evolutioniin. Sähköpostiviestien siirtäminen ei ole helppoa, jos olet järjestänyt ne KMailissa useisiin postilaatikoihin. Sinun on valittava kaikki viestit kansiosta, napsautettava hiiren oikealla painikkeella ja tallennettava ne mbox-muodossa. Tämä vaihe on toistettava jokaisen kansion kohdalla. Sen jälkeen voit käyttää Evolutionin tuontitoimintoa (tuonti yhdestä tiedostosta). Jos sinulle sopii, että kaikki tiedostot päätyvät samaan kansioon, voit yhdistää .mbox-tiedostosi, jolloin vältät useiden tiedostojen tuomisen vaivan: cat *.mbox > allmail.mbox