Helsingin Yliopisto on Michael’s Domain

Opetukseni

Fri, 26 Jan 2024 00:00:00 +0000

IN RED - as (one of the) responsible teacher(s); * - as course developer

Current wet lab teaching
*DPDR-305 (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC Introduction Methods Protein tags PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase Practical: PCR Work PROV-410* (4 ECTS)** Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current wet lab teaching

DPDR-305* (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase
- Practical: PCR Work
PROV-410* (4 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current courses
FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification Lecture #2: Protein Purification Methods Lecture #3: Protein Purification Tags Lecture #4: PCR lecture *PROV-409 (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning Session #4: Vectors and systems for protein expression Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology VEGFs and VEGF receptors PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics Introductory lecture Protein drugs group work kick-off Vaccines, vaccine development & biological warfare: The smallpox vaccine Challenges in formulation, production and quality control Evidence-based medicine, science-based medicine, and complementary and alternative medicine PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics Session #6: Biological barriers: The blood brain barrier Session #8: Recombinant DNA Technology (aka “cloning”) is the starting point for nearly every biological drug …and much more Session #9: Transgenic animals: For drug production, generating human antibodies and making animal models of human diseases Session #10: Protein Drugs: Engineering and Case Studies GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences Clinical Trials MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory Plans for the future… Protein production and purification Stable cell line generation FARM-314 (5 ECTS)** Medicinal preparations I Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Current courses

FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course
- Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs
- Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF
- Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification
- Lecture #2: Protein Purification Methods
- Lecture #3: Protein Purification Tags
- Lecture #4: PCR lecture
PROV-409* (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course
- Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation
- Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems
- Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning
- Session #4: Vectors and systems for protein expression
- Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses
PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology
- VEGFs and VEGF receptors
PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II
- Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs
TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics
PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics
GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences
- Clinical Trials
MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation
- Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs
MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines
- Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control
MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory
FARM-314 (5 ECTS) Medicinal preparations I
- Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Teaching Videos
2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube) Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki Esimerkkejä biologisista lääkkeistä Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Teaching Videos

2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube)
1. Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki
2. Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki
Esimerkkejä biologisista lääkkeistä
1. Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki
2. Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki
4. Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki
5. Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki
1. Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Previous wetlab teaching
2014 - 2019 DPBM-135 Purification and Characterization of Recombinant Proteins (organized yearly until Covid-19) 2015 2017 2015 - 2017 DPBM Cloning Club (wetlab part) 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (wetlab part) 2010 HBGS Tags in protein expression, detection and purification

Previous courses
2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2017 DBPM CancerBio Summer School A short histrory of antiangiogenic tumor treatment 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part) 2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures) Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Previous courses

2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry
- 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
- 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
2017 DBPM CancerBio Summer School
- A short histrory of antiangiogenic tumor treatment
2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part)
2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures)
- Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Workshops
2015 - 2017 DPBM Cloning Club (workshop part)

Uusien professorien juhlaluennot

Thu, 28 May 2026 00:00:00 +0000

Me – Helsingin yliopiston farmasian tiedekunnan uudet professorit – pidimme eilen “virkaanastujais"luennot!

Lääkemetaboloomikan professori Tiina Sikanen: https://www.helsinki.fi/fi/farmasian-tiedekunta/ajankohtaista/miten-laakeaineet-muuntuvat-ihmiskehossa-ja-luonnossa

Keskityn vääriin asioihin

Wed, 22 Apr 2026 00:00:00 +0000

Nyt on pakko avautua, mutta kuunnelkaa loppuun asti. Sen sijaan, että työskentelisin sen parissa, miten hyödyntää tekoälyä omalla alallani, minä:

Opintoseteli

Sat, 04 Apr 2026 00:00:00 +0000

Koska työskentelen Helsingin yliopistossa (HY), minun pitäisi luultavasti tietää hieman enemmän tulossa olevasta opintosetelikokeilusta, sillä HY tulee tarjoamaan runsaasti kursseja tämän ohjelman puitteissa, mukaan lukien muutamia omiani, kuten Rekombinantti-DNA-teknologia (eli “Kloonaus”) -kurssin. Perehdyin asiaan hieman, ja tässä on sen pääsisältö pähkinänkuoressa:

Samsung-työpuhelimessani oli esiasennettuna vakoiluohjelma

Thu, 25 Dec 2025 00:00:00 +0000

Työskennellessäsi Helsingin yliopistossa saatat saada vaikutelman, että meidän IT-osasto suhtautuu vakavasti digitaalisen turvallisuutesi suojelemiseen. Esimerkiksi tietohallinto pakottaa kaikki HY:n työntekijät suorittamaan vuosittaisen “kokeen” todistaakseen, että muistamme yhä tietoturvan ja yksityisyyden perusteet. He myös jatkavat – kaikkien asiantuntijoiden neuvojen vastaisesti – käyttäjien pakottamista päivittämään salasanansa vuosittain. Tutkimukset ovat osoittaneet, että molemmat edellä mainitut käytännöt heikentävät turvallisuustasoa sen parantamisen sijaan [1,2]. Yksityisyys on enemmän teatteria kuin todellisuutta nykypäivän digitaalisessa maailmassa [3]. Olisiko minun pitänyt yllättyä siitä, että oman IT-osaston virallisesti suosittelema Android-puhelinmalli sisälsi esiasennetun vakoiluohjelman?

Mietitkö vielä, mitä opiskella?

Sat, 20 Dec 2025 00:00:00 +0000

Tätä minä tekisin, jos olisin tänään 20-vuotias: hakeutuisin monitieteiseen koulutusohjelmaan. Suosikkini Suomessa tarjottavista ohjelmista on farmasian kansainvälinen maisteriohjelma (virallisesti “Master’s Programme in Pharmaceutical Research, Development and Safety”, lyhennettynä MPHARM) Helsingin yliopistossa. Annan sinulle 5 hyvää syytä:

Suomalainen unelma: Pelkkä kangastus?

Mon, 15 Dec 2025 00:00:00 +0000

Realiteettitarkistus kansainvälisille opiskelijoille

Suomea on juhlittu maailman onnellisimpana maana jo kahdeksan vuotta peräkkäin . Suomi ei kuitenkaan ole vain onnellisin maa, vaan myös maa, jossa on yksi maailman alhaisimmista syntyvyyksistä . Eläkejärjestelmän vakauttamiseksi Suomi päätti, että se tarvitsee maahanmuuttoa. Ajatus oli hyvin radikaali maalle, joka oli 30 vuotta sitten lähes yhtä eristetty muusta Euroopasta kuin Pohjois-Korea on nykyään muusta Aasiasta. Tuolloin Suomen kansainvälinen autotunnus oli vielä SF, mikä tarkoitti Soviet Finland (vitsi vitsi, S-kirjain tarkoittaa tietenkin Sweden). Suomi haluaa lisätä maahanmuuttoa houkuttelemalla ulkomaisia opiskelijoita suorittamaan tutkintoja Suomessa, toivoen että osa heistä jäisi maahan valmistumisen jälkeen. Tästä syystä Suomesta on tullut yhä suositumpi kohde kansainvälisille opiskelijoille, erityisesti Aasiasta. Korkealaatuisen elämän, erinomaisen koulutuksen ja runsaiden mahdollisuuksien lupausten houkuttelemina monet investoivat suuria summia suorittaakseen tutkinnon jossakin suomalaisessa yliopistossa . Kymmenen vuotta sitten yliopistokoulutus oli ilmaista kaikille (myös kaikille ulkomaalaisille), mutta vuodesta 2017 lähtien EU/ETA-maiden ulkopuolelta tulevat opiskelijat ovat joutuneet maksamaan lukukausimaksuja . Tämä ei ollut yliopistojen oma päätös, vaan hallituksen määräys.

Tietokilpailun tulokset

Thu, 06 Nov 2025 00:00:00 +0000

Vienti Avidemuxista MP4-muotoon

Sat, 20 Sep 2025 00:00:00 +0000

Jostain syystä Helsingin yliopiston Unitube kaatuu yritettäessä ladata MKV-tiedostoa. Sama toimi vielä viime vuonna… Vain suljetut tiedostomuodot näyttävät olevan ok (kuten MP4). Tämä aiheuttaa minulle paljon lisätyötä, sillä käytän avoimen lähdekoodin työkaluja luentotallenteideni editointiin (lähinnä turhien osien pois leikkaamiseen). MP4-tiedoston luominen edellyttää kuitenkin transkoodausta, mikä on aikaa vievä prosessi ja vaatii monien oletusasetusten muuttamista. Käytän siihen avoimen lähdekoodin ohjelma nimeltä Avidemux:

Akateeminen ura

Sun, 03 Aug 2025 00:00:00 +0000

Pienet työmarkkinat mutta paras Euroopan maa asua (ilmaston lämpeneminen huomioon ottaen)

Tässä kuussa siiryin apulaisprofessorista (Associate Professor) varsinaiseksi professoriksi (Full Professor) yliopistossani. Luottaen väitöskirjaohjaajani Kari Alitalon , nykyisen esihenkilöni ja lähes kaikkien muiden mielipiteeseen en valmistellut suunnitelma B:tä siltä varalta, että minulta evättäisiin vakinaistaminen (tenure). Mitä realistisia suunnitelma B:itä X-sukupolven edustajalla voisi olla Suomen työmarkkinoilla? Kansainvälisten työmarkkinoiden tarkastelu helpottaisi ongelman ratkaisemista lisäämällä mahdollisuuksia satakertaisesti, silloinkin kun otetaan huomioon vain englannin- ja saksankieliset maat. Suomen väkiluku on vain noin 5,6 miljoonaa, ja sen työmarkkinat ovat piskuiset. Ulkomaille muutto ei kuitenkaan ole niin helppoa, jos muu perhe vastustaa maisemanvaihdosta. Ja miksi jättäisin Euroopan ainoan maan, jonka kesälämpötilat eivät ole terveydelle vaarallisia? Toki ilmastonmuutos koettelee myös Pohjoismaita: meillä oli juuri Suomen pisin yhtäjaksoinen helleaalto mittaushistorian aikana (22 päivää >30 °C). Mutta 30 °C voittaa 40 °C mennen tullen. Amerikkalaisille ystävilleni ja perheelleni: 30 °C = 86 °F, 40 °C = 104 °F.

Biologisia lääkkeitä käsittelevät oppimis- ja opetusmateriaalit

Sun, 08 Jun 2025 00:00:00 +0000

Lecture slides “Biologiset lääkkeet” (Finnish)

Suomenkieliset oppimismaterialit

Perustiedot biologisista lääkkeistä

Otsikko: Biologiset lääkkeet (2016, Fimea = Lääkealan turvallisuus- ja kehittämiskeskus)
https://fimea.fi/laaketurvallisuus_ja_tieto/biologiset-laakkeet

ProxyJump

Thu, 01 May 2025 00:00:00 +0000

OpenSSH 7.3:sta lähtien ulkopuolelta on ollut huomattavasti helpompaa muodostaa yhteys UH-verkon sisällä oleviin Linux-tietokoneisiin. Vanhemmissa SSH-versioissa piti käyttää monimutkaista “ProxyCommand”-komentoa, mutta nyt se on yksinkertaista:

Miljardiluokan peli

Fri, 28 Feb 2025 00:00:00 +0000

Viime joulukuussa Forbes julkaisi artikkelin Megan Baldwinin työstä silmäsairauksien antiangiogeenisen hoidon parantamiseksi. Toivon, että hän voittaa miljardiluokan pelinsä, eikä vain siksi, että kyseinen lääke keksittiin täällä Helsingin yliopistossa. Lääkkeen nimi on OPT-302, tai INN-nimeltään sotsinibersepti (sozinibercept). Patentissa on merkitty vain kaksi keksijää: Kari Alitalo ja minä. Lääke suunniteltiin alun perin syövän hoitoon (nimellä VGX-300), mutta – kenties onneksi – sitä ei ole koskaan otettu käyttöön siinä tarkoituksessa, koska se estää VEGF-D:n lisäksi myös VEGF-C:tä, jota elimistö tarvitsee immuunivasteessaan syöpää vastaan. Toistaiseksi kukaan ei ole pystynyt erottamaan VEGF-C:n metastaaseja edistäviä ja immunogeenisiä ominaisuuksia toisistaan.

DTE-proteiini asporiini ja suoliston uudistuminen

Thu, 13 Feb 2025 00:00:00 +0000

Ikääntyminen ja uudistuminen ovat kaksi elintieteiden kiehtovinta alaa. Aiemmin esimerkiksi ruston TGF-beeta-aktiivisuuden säätelijänä tunnetun, hieman tuntemattoman proteiinin (tai pikemminkin proteoglykaanin) Asporinin on nyt osoitettu olevan avainasemassa suoliston uudistumisessa. Hieno osoitus tieteellisestä sinnikkyydestä, Sharif ja Pekka! Tämän artikkelin valmistelu on kestänyt useita vuosia, ja matkan varrella oli useita teknisiä haasteita, jotka piti voittaa. Sawan K. Jha aloitti tämän yhteistyön vuonna 2017 luomalla useita solulinjoja, ennen kuin hän onnistui Asporinin rekombinanttituotannossa. Termille ”vaikeasti ilmentyvä (DTE) proteiini” ei ole yleisesti hyväksyttyä määritelmää, mutta Asporin sopii kuvaukseen hyvin. Sen saanto on surkea, ja sen aktiivisuus menetetään helposti puhdistuksen aikana. Sawan tuotti ja puhdisti myös ensimmäiset erät, ja sen jälkeen kun Sawan oli siirtynyt Stanfordin yliopiston Red-Horse-laboratorioon , Sharif (tuotantoketjun alkupää) ja minä (tuotantoketjun loppupää) jaoimme tuotanto- ja puhdistustyön keskenämme. Tässä on suora linkki julkaisuun, jonka pitäisi toimia 26. huhtikuuta asti, vaikka sinulla ei olisikaan tilausta. Sen jälkeen käytä linkkiä https://doi.org/10.1016/j.stem.2025.02.009 . Jos sinulla ei ole tilausta, lähetän sinulle mielelläni PDF-tiedoston sähköpostitse…

”Biologiset lääkkeet” luennot suomeksi

Fri, 01 Nov 2024 00:00:00 +0000

Farmasian tutkimuksen, kehittämisen ja turvallisuuden kansainvälisen maisteriohjelman (MPHARM) ohjausryhmä sai vuonna 2022 ryhmänä Innoopeli-palkinnon opetuksen kehittämisestä Farmasian tiedekunnassa . Ohjausryhmän jäsenenä olin hieman yllättynyt, sillä silloin yksikään opiskelijamme ei ollut vielä valmistunut. Ennenaikainen kehuminen sai kuitenkin hyväksynnän aiemmin tänä vuonna, kun ensimmäinen erä opiskelijoita valmistui . Tänä vuonna Innoopeli 2024 -palkinnon sai Patrick Laurén , Farmaseutin koulutusohjelman johtaja. Minä sain ”kunniamaininnan” opetustoiminnastani . Yllätyin eniten siitä, että suomenkielisiä opetusyrityksiäni arvostettiin. Olen käynyt suomen kielen kursseja nimenomaan koska halusin opettaa suomen kielellä. Nyt olen jopa kokeillut taitojani muutamaan otteeseen. Hyvät FARM-310 (Biologiset lääkevalmisteet, peruskurssi) -opiskelijat, antakaa anteeksi, koska en tiennyt, mitä olin tekemässä! Suomenkielinen opettaminen on ollut haastavaa, mutta kyllä se onnistuu. Se vaatii kuitenkin minulta reilusti enemmän valmistautumisaikaa kuin englanninkielinen luento. Haluan myös kiittää opettajiani Emmi, Yrjö ja Taija! Ehkä tärkeintä oli kannustuksenne huonosta suorituksestani huolimatta. Minulla on videotodiste heikosta ensimmäisestä yrityksestäni, mutta olen hiljalleen parantamassa. Tässä ovat linkit suomenkielisiin ja englanninkielisiin luentokalvoihin (niiden pitäisi olla ihan kunnossa kolmen vuoden parannusten jälkeen, mutta ottakaa rohkeasti yhteyttä, jos löydätte kieli- tai asiavirheitä):

Proteiinien tuotanto ammattilaisia paremmin

Thu, 31 Oct 2024 00:00:00 +0000

Onnittelut, Laura ja Akseli! Artikkelinne Scientific Reports -lehdessä ( https://doi.org/10.1038/s41598-024-77104-3 ) on vankka tutkimus, jolla on merkitystä paitsi sydän- ja verisuonitautien kannalta myös työmme kannalta, jota teemme lipedeemaan/lipoedeemaan (ja siten mahdollisesti jopa lymfedeemaan, joka on ollut tutkimuksemme pääkohde aiemmin). Sepelvaltimotaudin ja lipedeeman välillä on hämmästyttäviä yhtäläisyyksiä, sillä molempia voidaan pitää rasvan varastointihäiriöinä.Kiitos myös Khushbulle ja Betülille siitä, että he auttoivat Lauraa tuottamaan ja puhdistamaan niin korkealaatuista LCAT-proteiinia, joka toimi paremmin kuin kaupallisesti saatavilla olevat proteiinivalmisteet! Ehkä suuri osa salaisuudesta piili siinä, että pystyimme saavuttamaan korkeat ilmentymistasot verrattuna muihin järjestelmiin. Kokeilimme ensimmäistä kertaa HEK293T-soluja räätälöidyllä CHO-vektorilla ( pCHOKE-B-LCAT-H6 ), ja se toimi yllättävän hyvin. pCHOKE-B koottiin alusta alkaen, ja siihen sisällytettiin useita vuosien varrella kehitettyjä parannuksia verrattuna tavallisiin CHO-ilmentymisvektoreihin. Vektori sisältää

Ouriginal ei useimmiten onnistu havaitsemaan plagiointia

Thu, 23 May 2024 00:00:00 +0000

Ouriginal , aiemmin Urkund-nimellä tunnettu plagioinnin havaitsemispalvelu, on ollut käytössä Helsingin yliopistossa jo hyvin pitkään. Koska Ouriginal ei kyennyt käsittelemään joitakin opiskelijoidemme pro gradu -tutkielmia, käytin hieman aikaa Ouriginalin ja sen ongelmien tutkimiseen. Tässä ovat havaintoni. Ruotsalaisesta eurooppalaiseksi ja edelleen yhdysvaltalaiseksiMinulle ei ole selvää, mitä ohjelmistoa oikeastaan käytämme, sillä Ouriginal on syntynyt ruotsalaisen Urkundin ja saksalaisen PlagScanin fuusiosta, ja vuonna 2021 amerikkalainen Turnitin osti Ouriginalin. En tarvitse mitään tällaista ohjelmistoa, mutta yliopistomme vaatii, että opinnäytetyöt on skannattava kyseisellä ohjelmistolla. Koska luen ja arvioin vuosittain yhä enemmän opinnäytetöitä, käytän myös yhä enemmän Ouriginalia. Ouriginal tukee monia tiedostomuotoja, mutta tuki on buginen Tarkastellessani lähetysten historiaa huomasin, että noin toukokuun puoliväliin 2024 asti kaikki lähetetyt PDF-tiedostot oli analysoitu asianmukaisesti. Mutta viime viikolla jotain muuttui, sillä noin puolet lähetetyistä asiakirjoista jäi käsittelemättä. Tavanomaiset kikat (lähettäminen toisessa muodossa, kuten .docx, .odt, .ps, .rtf) toimivat joidenkin, mutta eivät kaikkien opinnäytetöiden kohdalla. Yksi opinnäytetyö oli erityisen hankala, eikä meidän ”asiantuntijoillamme” eikä Originalin tukipalvelun henkilökunnalla ollut aavistustakaan, miksi heidän ohjelmistonsa ei pystynyt käsittelemään sitä (mikä saa minut jälleen miettimään, mitä ohjelmistoa heidän taustajärjestelmänsä oikeastaan käyttää). Ouriginal on tutkinut asiaa jo kuukauden ajan ilman, että minulle olisi annettu vastauksia… Yliopistomme saa opetusministeriöltä rahoitusta valmistuvien opiskelijoiden määrän perusteella, ja menetämme tuhansia euroja jokaisesta opiskelijasta, joka ei valmistu ajoissa. Maksuvelvollisilla opiskelijoilla on myös vahva kannustin valmistua ajoissa lisäkustannusten välttämiseksi. Siksi jokainen viivästys valmistumisaikataulussa on mahdoton hyväksyä. Ouriginalin suorituskyky tuottaa pettymyksen järkyttävällä tunnistusasteella Koska Word-asiakirjan muuntamiseen PDF-tiedostoksi on kymmeniä tapoja, yritin rajata ongelman lähettämällä testiasiakirjoja Ouriginal-palveluun. Käytin käsikirjoituksia, jotka olemme julkaisseet viime vuosina. Olin järkyttynyt huomatessani, että Ouriginal ei onnistunut havaitsemaan plagiointia yli puolessa tapauksista. Syynä eivät ole maksumuurit, sillä lähes kaikki julkaisumme ovat vapaasti saatavilla. Julkaisun uutuus tai lehden laatu eivät myöskään vaikuttaneet tuloksiin havaittavalla tavalla. Näyttää kuitenkin selvältä, että Ouriginalilla on enemmän ongelmia muiden kuin englanninkielisten asiakirjojen kanssa. On erittäin vaikea selittää, miksi niin monia vapaasti saatavilla olevia tieteellisiä tekstejä arvostetuista lehdistä ( Scientific Reports , Angiogenesis , Annals of Anatomy ) eivät ole Ouriginalin indeksoimia. Plagioinnin tunnistamatta jääminen Helsingin yliopiston omasta väitöskirjarekisteristä Ouriginal ei indeksoi edes oman yliopistomme vapaasti saatavilla olevia väitöskirjoja ( https://ethesis.helsinki.fi ). Yhtäkään omassa laboratoriossani kirjoitettua väitöskirjaa ei tunnistettu. Tarkistin myös oman väitöskirjani , ja se oli ainoa, joka tunnistettiin (Ouriginal löysi sen [docslib.org]-sivustolta ( https://docslib.org/doc/7864611/vegfr-3-ligands-and-lymphangiogenesis ), ei oman yliopistomme virallisesta väitöskirjarekisteristä). Onko järkevää maksaa tällaisesta puutteellisesta palvelusta? En usko. Tärkeiden lehtien vapaasti saatavilla olevien tekstien puuttuminen vaikuttaa anteeksiantamattomalta, sillä yksinkertainen Google-haku toimii paremmin. Tein Google-hakuja tunnistamattomista teksteistä löytyneillä lauseilla, ja useimmissa tapauksissa Google tunnisti alkuperäisen lähteen ongelmitta. Mikä tahansa ohjelmoija voi kirjoittaa Python-skriptin, joka jakaa tekstit lauseiksi yksittäisiä Google-hakuja varten ja kokoaa tulokset yhteen, yhden iltapäivän aikana. Miksi ylläpitäisit omaa tietokantaasi, jos Google hoitaa asian paremmin kuin sinä? Seuraavista julkaistuista käsikirjoituksista/opinnäytetöistä/konferenssijulkaisuista ei havaittu plagiointia:*

Opiskelijavalinnan hakukeskustelu

Thu, 09 May 2024 00:00:00 +0000

Yhä useammat yliopistomme maisteriohjelmat ovat ottaneet haastattelun osaksi valintamenettelyä. TRANSMED-ohjelman Tiina Immonen oli Helsingin yliopiston edelläkävijä, joka ensimmäisenä uskaltautui tälle alueelle. Jos sinut kutsutaan haastatteluun Helsingin yliopistoon, olet jo ylittänyt suurimman esteen, eli hakemuksesi arvioinnin. Päästäksesi sisään sinun on varmistettava, ettet mokaa haastattelua. Sinun ei tarvitse loistaa, mutta sinun on vastattava odotuksiin. Syynä on se, että haastatteluja on tunnetusti vaikea arvioida, ja siksi monet ohjelmat käyttävät niitä ensisijaisesti varoitusmerkkien seulomiseen.

MPHARM-virstanpylväs

Fri, 26 Apr 2024 00:00:00 +0000

Helsingin yliopiston lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden kansainvälinen maisteriohjelma (MPHARM) on saavuttamassa uuden merkkipaalun: ensimmäiset valmistujamme jättävät pian opinnäytetyönsä. Torstaina juhlimme maisterintutkielmaseminaarin jälkeen, jossa ensimmäinen opiskelijaryhmä esitteli tutkielmatyönsä tulokset. Kuvan keskellä on Leena , ystävällinen johtajamme. Kuvasta puuttuu Tomi , jolle kuuluu suuri osa kunniasta siitä, että lääkekehitys- ja farmakologian opintopolku on ollut niin suuri menestys!

Mia Sivén, maailman ensimmäinen kestävän farmasian professori

Fri, 05 Apr 2024 00:00:00 +0000

Kun kysyimme ulkomaalaisilta opiskelijoiltamme, miksi he olivat päättäneet opiskella Helsingin yliopistossa, useat heistä mainitsivat kestävän kehityksen näkökohdat. Monet farmasian tiedekunnan tutkimusryhmät tutkivat aiheita, joilla on suuri merkitys kestävän tulevaisuuden kannalta. Esimerkiksi antibioottiresistenssin kasvavan uhan torjuminen on tiedekunnallemme erittäin tärkeä prioriteetti. Ja oma ryhmäni kehittää planeetan ympäristöystävällisintä proteiinintuotantojärjestelmää. Lääkkeen elinkaaren jokainen vaihe voidaan tarkastella kestävän kehityksen näkökulmasta. Siksi oli jo korkea aika, että tämä kattava teema tunnustettiin vihdoin perustamalla sille oma professuurin virka. Tietääksemme ensi kuussa Mia Sivén aloittaa työnsä maailman ensimmäisenä kestävän farmasian professorina . Ette varmaankaan ole yllättyneitä siitä, että olen erittäin iloinen tästä nimityksestä.

Kuoleeko suomen kieli?

Sat, 30 Mar 2024 00:00:00 +0000

Annikka Mutanen tarttui mielipidekirjoituksessaan Helsingin Sanomissa suomalaisten määrän ennustettuun vähenemiseen : Tämän vuosisadan lopussa suomalaistaustaisten määrä Suomessa on laskenut alle kahden miljoonan. Minä en ole enää elossa kokemassa tätä, mutta lapsillani on siihen hyvät mahdollisuudet.

Ylikuormitettu IT-tuki

Fri, 23 Feb 2024 00:00:00 +0000

Ongelma: Järjestelmän kaatuminen käynnistyksen aikana

Yli vuosi sitten, muutama viikko sen jälkeen, kun olin saanut uuden työtietokoneeni, se ei käynnistynyt uudelleen järjestelmäpäivityksen jälkeen, vaan jumittui käynnistysprosessin alkuvaiheessa. Huomasin pian, että pystyin silti käynnistämään tietokoneen ”turvatilassa”. Outoa kyllä, mikään ei näytä olevan vialla, sillä kun poistun turvatilasta manuaalisesti käynnistysprosessin lopussa, tietokone toimii normaalisti. IT-osastomme on yrittänyt korjata ongelmaa monta kertaa tuloksetta. Jouduin jopa työskentelemään ilman tietokonetta noin kolme viikkoa, kun se oli ”korjauksessa”. Tiedät varmaan, kuinka paljon töitä voi saada tehtyä ilman tietokonetta: lähes nolla.Tietokoneellani on Cubbli 20.04.06LTS, epävirallinen Ubuntu-versio, jota Helsingin yliopisto ylläpitää sisäiseen käyttöön. Vaikka bioinformatiikkaa voi harrastaa myös Windows- tai macOS-tietokoneella, Linux on ylivoimaisesti paras valinta. Monet bioinformatiikan kehittäjät eivät edes vaivaudu julkaisemaan ohjelmistojaan Windowsille. MacOS toimii pääosin hyvin (koska sekin on UNIX-yhteensopiva käyttöjärjestelmä), mutta joutuisin maksamaan kaksinkertaisen hinnan samasta laskentatehosta.Tietokone on Lenovo P350 , jossa on NVIDIA T1000 -näytönohjaimella, jota käytän kahden näytön ohjaamiseen. Tarvitsen näytönohjainta pääasiassa 3D-mallinnukseen, fylogeneettiseen analyysiin ja vastaaviin tehtäviin. Tämä näytönohjain on saattanut aiheuttaa ongelman. En alun perin halunnut ostaa tätä mallia, mutta koska grafiikkakorteista oli tuolloin pulaa, IT-osasto sai minut vaihtamaan alkuperäisen valintani T1000-malliin.

Takaisin monografiaan?

Thu, 01 Feb 2024 00:00:00 +0000

Suomi oli tullut kansainvälisesti tunnetuksi korkeasti koulutettujen tohtoreiden tuottajana STEM-aloilla. Tämä johtui vaatimuksesta julkaista 4–5 tieteellistä artikkelia arvostetuissa tieteellisissä lehdissä. Ei ole yllättävää, että tämän saavuttaminen kesti keskimäärin noin seitsemän vuotta. Nykyään suomalaiset tohtorit ovat kansainvälisesti kenties paremmin tunnettuja siitä, että he ovat valmistuessaan suhteellisen iäkkäitä. Itse olin 34-vuotias kun sain tohtorihattuni . Minulta kesti hieman alle kuusi vuotta.Toisaalta ohjaajani oli niin viisas, että antoi minun tehdä mitä halusin, ja vietin melko paljon aikaa sivuprojekteissa, jotka eivät oikeastaan edistäneet etenemistäni kohti tutkintotodistusta. Se tarkoitti kuitenkin myös sitä, että hankin taitoja, tietoa ja verkostoja, joita en muuten olisi saanut. Jos 10 000 tunnin sääntöä tulkitaan kirjaimellisesti, 10 000 tuntia vastaa melko tarkalleen kuuden vuoden tohtoriopintoja.Tällä hetkellä Suomen opetusministeriö haluaa lyhentää tohtorintutkinnon suorittamiseen vaadittavan ajan kolmeen vuoteen. Tämä artikkeli World University News -lehdessä on tähän mennessä laajin englanninkielinen artikkeli, joka on julkaistu tästä hankkeesta. Kysymykseni ovat: Miksi? ja Miten? Miksi on melko ilmeistä: Suomi on jäänyt jälkeen OECD:n tilastoissa korkeasti koulutettujen ammattilaisten määrässä. Näiden lukujen parantamiseksi Suomi tarvitsee lisää tohtoreita. Ja koska keskittymiskyvyltään heikentyneiltä poliitikoilta ei voi odottaa kuuden vuoden odottelua, on loogista, että he suostuvat käyttämään rahaa tutkintomäärien kasvattamiseen, edellyttäen että se tapahtuu nopeasti.Mutta entä miten? Miten tohtoriopiskelijat voivat oppia kolmessa vuodessa sen, mitä he aiemmin oppivat kuudessa vuodessa? Jos se olisi mahdollista, se tarkoittaisi, että nykyinen tohtorikoulutuksemme on valtavan tehotonta. Voimmeko tiivistää sen kolmeen vuoteen laadusta tinkimättä? Optimointimahdollisuuksia on selvästi olemassa. Erityisesti opintojen rahoituksen osalta. Yliopistojen palkkaamia tohtoriopiskelijapaikkoja on jatkuvasti puuttunut. Tämän seurauksena monet tohtoriopiskelijat käyttävät merkittävän osan ajastaan apurahojen hakemiseen tai – mikä vielä pahempaa – osa-aikatyöhön saadakseen toimeentulonsa kasaan. Vaikka palkkaaminen on ehdottomasti askel oikeaan suuntaan, se ei lyhennä vaadittavaa aikaa 50 prosentilla. Tieteessä on jotain ärsyttävää, jota poliitikot eivät ehkä täysin ymmärrä: Tieteellisten kokeiden tuloksia on mahdotonta ennustaa. Juuri tämä tosiasia on ainoa syy, miksi niitä ylipäätään tehdään! Jos kokeiden tuloksia ei kuitenkaan voi ennustaa, ei voida ennustaa myöskään sitä, kuinka kauan työn valmistuminen ja tulosten julkaiseminen kestää. Jotta tohtorintutkinnon suorittamisprosessi voitaisiin pakottaa kolmivuotiseksi, ennustettavaksi matkaksi, meidän on kaivettava syvälle akateemisten temppujen kirstusta ja herätettävä ”monografia” henkiin. Monografia on vaihtoehtoinen tapa saavuttaa tohtorintutkinto. Vaikka se on paperilla yhä olemassa, se oli käytännössä kuollut STEM-aloilla jo vuosikymmeniä sitten, sillä yli 99 % kaikista STEM-alan tohtorintutkinnoista perustuu julkaisuihin. Joillakin aloilla ja tiedekunnissa monografia on säilyttänyt suuremman osuuden, mutta sen suosio on vähentynyt kaikkialla erittäin hyvistä syistä. Mutta nyt se on palannut! Monografian avulla et avaa tieteellistä tuotantoasi tiedeyhteisölle vertaisarviointia, parantamista ja arvostusta (viittausten muodossa) varten. Sen sijaan kirjoitat tutkimustuloksesi satojen sivujen paksuiseksi käsikirjoitukseksi, jota tarkastelevat vain ohjaajasi ja kaksi tiedekuntaneuvoston nimittämää ulkopuolista asiantuntijaa. Mikä siinä voisi mennä pieleen? Toivon olevani väärässä, mutta kolmivuotinen tohtorikoulutus ei todennäköisesti pysty tarjoamaan samaa kuin kuusivuotinen tohtorikoulutus. Lisäksi on muita tekijöitä, jotka hidastavat tarpeettomasti tohtorikoulutusta, mutta joita nykyisessä pilottihankkeessa ei käsitellä. Merkittävin huomiotta jätetty tekijä on ohjaajien ja opiskelijoiden välinen suhde. Yliopistojen perustoimintojen rahoituksen jatkuvan suhteellisen vähenemisen vuoksi suomalaisten yliopistojen opettajat ja ohjaajat ovat jo nyt erittäin kuormitettuja, ja nykyinen ”epäoptimaalinen” ohjaaja-opiskelija-suhde heikkenee entisestään, kun suomalaisten yliopistoihin tulee ensi vuoden aikana 1 000 uutta tohtoriopiskelijaa. Ymmärrän täysin halun yhdenmukaistaa tohtorintutkintoa Euroopan tasolla (asia, jonka olemme toteuttaneet enemmän tai vähemmän menestyksekkäästi kandidaatti- ja maisterintutkintojen osalta vuodesta 1999 lähtien Bolognan prosessin myötä). Emme vielä tunne monia tämän pilottihankkeen toteutuksen yksityiskohtia. On kuitenkin täysin selvää, että useimpia todellisia sidosryhmiä ei ole koskaan kuultu, kun tätä pilottihanketta kehitettiin.PÄIVITYSSuomalaisessa päivälehdessä ”Helsingin Sanomat” on julkaistu kaksi artikkelia tästä pilottihankkeesta, joissa käsitellään kahta tärkeintä kritiikin kohdetta, jotka on kohdistettu 1000tohtoriopiskelijahanketta kohtaan, nimittäin tohtorikoulutuksen laadun heikkeneminen, joka näyttää väistämättömältä, sekä rahoituksen erittäin epätasainen jakautuminen eri tieteenalojen välillä: https://www.hs.fi/politiikka/art-2000010217525.html https://www.hs.fi/kaupunki/art-2000010242698.html PÄIVITYSHelsingin yliopisto on vihdoin julkaissut tietoja tulevasta hakukierroksesta. Sivua ei löydy uutisvirrasta, vaan sen löytämiseksi on tiedettävä tarkalleen, mitä etsii. Tämä on haitallista, kun otetaan huomioon, että hakuaika on vain kaksi viikkoa: https://www.helsinki.fi/en/research/doctoral-school/doctoral-education-pilot

Miksi BioRenderiä ei kannata käyttää

Wed, 17 Jan 2024 00:00:00 +0000

Noin kaksi vuotta sitten yliopistomme otti käyttöön BioRenderin organisaatiotilauksen. BioRender on selainpohjainen tieteellinen kuvitusohjelmisto, jossa on laaja kirjasto valmiita elementtejä, mukaan lukien monimutkaisia kuvituksia. Sen avulla voi kuvittaa tieteellisiä käsitteitä nopeasti tai luoda vuokaavioita kokeellisille järjestelyille. Ja kun otetaan huomioon, kuinka helppoa sen käyttö on, tulokset näyttävät varsin tyylikkäiltä. Se on kuin tieteellisen kuvituksen McDonald’s. Se on nopea ja hoitaa homman. Totta, ruoka kolmen Michelin-tähden ravintolassa maistuu paljon paremmalta, mutta useimmilla meistä on harvoin varaa sellaiseen ylellisyyteen. Miksi et sitten pitäisi käyttää sitä kaikista edellä mainituista eduista huolimatta?

Bio-Rad korjaa NGC-laitteemme

Wed, 20 Sep 2023 00:00:00 +0000

PÄIVITYS (tilanne 21.12.2024)

Selvisimme juuri proteiinien puhdistuskurssista (ks. myös mun muut blogpostit opetuksesta ). Suoritettuamme noin 25 ajoa ”korjatulla” Bio-Rad NGC:llä joudun valitettavasti toteamaan, että suurin ongelma on edelleen olemassa: FPLC ei reagoi manuaalisesti annettuihin komentoihin. Myös näiden yhteyskatkosten satunnaisuus jatkui. Vain yhdellä opiskelijaryhmällä oli ongelmia, mutta meillä sattui useita tapauksia tuona yhtenä päivänä. Tämä päättää valitettavasti lyhyen vierailumme Bio-Radin maailmassa proteiinien puhdistuksen osalta. Kaikki tämä viittaa siihen, että lisäinvestoinnit tähän laitteeseen ovat ajanhukkaa ja rahan tuhlausta. Meillä ei ole liikaa aikaa eikä liikaa rahaa. Jos Bio-Rad haluaa tehdä jotain omasta aloitteestaan, annan mielelläni heidän tehdä mitä tahansa, jotta laite saadaan käyttökelpoiseen kuntoon, mutta emme aio aktiivisesti ryhtyä mihinkään lisätoimiin. Paras tapa pitää FPLC-laite hyvässä kunnossa on solmia huoltosopimus. Vaikka olemme viimeisten 30 vuoden aikana kahdesti saaneet yliopistoltamme rahoitusta huippuluokan FPLC-laitteen hankintaan, rahoituksen saaminen huoltosopimukseen on paljon vaikeampaa. Yksi monista syistä on se, että useimmat apurahakausit ovat lyhyempiä kuin huoltosopimukset, jotka ovat järkeviä vain, jos ne tehdään useaksi vuodeksi.

Helsingin yliopisto putosi 100 parhaan joukosta

Sun, 27 Aug 2023 00:00:00 +0000

Skandinavian suurin päivälehti, Helsingin Sanomat, kertoi viime viikolla, että Helsingin yliopisto oli pudonnut Shanghain yliopistorankingin 100 parhaan joukosta . Nyt useat suomalaiset akateemikot ovat ottaneet kantaa asiaan . Vastausten ydinviesti voidaan tiivistää seuraavasti: Älkää ottako näitä ranking-listoja vakavasti! Ovatko nämä ranking-listat todella merkityksettömiä yliopistojen laadun mittareita, vain osa ”huomion taloutta”? Tämä pätee varmasti niihin ranking-listoihin, joiden menettelytavat eivät ole täysin läpinäkyviä. Ja niissäkin, jotka julkistavat menetelmänsä täysin, pätee edelleen Goodhartin laki: Kun mittari muuttuu tavoitteeksi, se lakkaa olemasta hyvä mittari. Silloin kaikki on siis hyvin, huolimatta siitä, että Helsingin yliopisto on pudonnut akateemisen tutkimuksen huipulta, eikö niin? Ehkä ei. Lukuisat yliopistorankingit ( Shanghai , THE ja QS , jotka ovat ehkä vaikutusvaltaisimpia) ovat vain yksi monista tavoitteista, joihin suomalaiset yliopistot pyrkivät. Toinen – ja ehkä käytännössä paljon tärkeämpi – on järjestelmä, jonka mukaisesti Suomen opetusministeriö jakaa varoja suomalaisille yliopistoille. Tämä järjestelmä saattaa olla Helsingin yliopiston taantumisen salainen syy. Sipilän hallituksen aikana (2015–2019) jakoperusteita muutettiin siten, että myönnettyjen tutkintojen määrä sai suuremman painoarvon, kun taas tieteellisen tutkimuksen (julkaisutuotannon perusteella mitattuna) merkitys väheni. Helsingin yliopisto on erittäin tutkimuslähtöinen. Itse asiassa rahoituksen jakojärjestelmän muutosten jälkeen Helsingin yliopiston tutkimustuotanto saavuttaa yleensä kesän lopussa vuosittain myönnettävien pisteiden enimmäismäärän. Kaikki sen jälkeen vuoden loppuun mennessä julkaistut artikkelit eivät paranna Helsingin yliopiston sijoitusta suhteessa muihin kotimaisiin yliopistoihin. Suomessa ministeriön myöntämä rahoitus on erittäin tärkeää, sillä yliopistot eivät toimi miljardien dollarien lahjoitusvarojen varassa, kuten useimmat suuret yhdysvaltalaiset yliopistot. HS:n artikkelissa mainitaan nimenomaan, että nämä rankingit eivät ole hyvä tapa mitata opetuksen laatua, eikä niiden siksi pitäisi vaikuttaa opiskelijoiden päätöksiin siitä, missä opiskella. Joissakin rankingissa on kuitenkin merkityksellisiä mittareita. Esimerkiksi THE-rankingissa verrataan opiskelijoiden ja opettajien välistä suhdetta. On selvää, että jos yliopistolla ei ole tarpeeksi opettajia, se ei pysty tarjoamaan hyvää opetusta. Huono opetus ei ole hyväksi opiskelijoille eikä NYT:n rankingille. Olen samaa mieltä siitä, että joissakin ranking-listoissa käytetään kyseenalaisia käytäntöjä, kuten kysytään enemmän tai vähemmän satunnaisesti valituilta tutkijoilta, mitkä yliopistot heidän mielestään ovat alansa parhaita. Itsekin olen osallistunut tällaisen rankingin laatimiseen vuonna 2021. Yritin kallistaa tuloksia Suomen ja Saksan eduksi niin paljon kuin pystyin eettisesti perustelemaan itselleni. Vaikka rankingit ovat puutteellisia, en hylkäisi niitä kokonaan. HS:n artikkeli päättyy samankaltaiseen ajatukseen: Helsingin yliopiston putoaminen 100 parhaan joukosta pitäisi olla varoitusmerkki nykyiselle hallitukselle, jotta se vihdoin asettaisi suomalaiset yliopistot tasavertaiseen asemaan muiden skandinaavisten (ruotsalaisten, tanskalaisten ja norjalaisten) yliopistojen kanssa, jotka eivät ole kärsineet lähes kahden vuosikymmenen ajan jatkuvasta rahoituksen vähenemisestä. Tämä varoitusmerkki tulee kuitenkin hyvin myöhään, vaikka lasku on ollut selvä jo jonkin aikaa niille, jotka seuraavat yliopistouutisia. Rahoitustilanne on jo johtanut peruuttamattomiin inhimillisen pääoman menetyksiin. Kun Helsingin yliopiston ostovoimalla korjattu rahoitus laski ensimmäisen kerran, kaikki tiesivät, että kestäisi monta vuotta, ennen kuin rahoituksen leikkausten vaikutukset tulisivat räikeästi esiin. Niin lopulta tapahtui, yli kymmenen vuoden viiveellä. Kiitos kaikille poliitikoille, jotka ovat vuodesta 2005 lähtien edistäneet asiaa tekemällä mitään, tekemällä liian vähän tai jopa tukemalla aktiivisesti suomalaisen akateemisen tutkimuksen purkamista. Vuosi 2005 oli se vuosi, jolloin tajusin, että yliopistojen rahoitus oli laskenut ensimmäistä kertaa reaalisesti.

Polkupyöräpaikat Viikin kampuksella

Mon, 31 Jul 2023 00:00:00 +0000

Viikissä on uusia polkupyörän pysäköintipaikkoja, noin 400 kappaletta. Vaikka tämä kuulostaa aluksi hyvältä, tarkastellaanpa yksityiskohtia: Pääsyrajoitetut pysäköintipaikat ovat maksullisia. Oletan, että polkupyörän pysäköinti näiden kulunvalvottujen paikkojen ulkopuolella on edelleen ”sallittua”. Flamma-tekstistä näyttää kuitenkin käyvän ilmi, että kaikki pysäköinti kampusalueilla edellyttää lupaa: ”Pysäköinti on maksullista kaikilla Helsingin kampuksilla.” ( https://flamma.helsinki.fi/en/group/tilat/pyoraily-pysakointi-ja-julkinen-liikenne ). Tämä olisi voitu kirjoittaa hieman selkeämmin, mutta luulen, että kirjoittaja ajatteli (vain?) autoja.Flamma-artikkelissa väitetään, että 36 ilmaista polkupyörätelineitä asennettiin myös lämmittämättömään ulkotilaan Biocenter 2:n takana olevaan alikulkutunneliin (joka aiemmin toimi sähkö- ja elektroniikkajätteen keräyspaikkana). Kyllä, mutta tämä mahdollisuus oli olemassa jo aiemminkin ja sitä on käytetty aiemminkin. Se sijaitsee aivan pienimmän (48 paikkaa) pääsynvalvotun pysäköintialueen vieressä, ainoan, jossa lopulta huomasin polkupyörän. Pääsynvalvotun pysäköintialueen käyttö on järkevää, jos sinulla on kallis polkupyörä. Jos sinulla on, et todennäköisesti välitä myöskään vuosittaisesta 30 euron maksusta: kallista polkupyöräpysäköintiä rikkaille. Pysäköintimaksun maksaa sovelluksen kautta. Asensin sovelluksen puhelimeeni, mutta en maksanut 30 euron vuosimaksua. Miksi en? Minulla on kaksi ongelmaa tämän maksun suhteen:

Onnittelut, tohtori Khushbu Rauniyar!

Sat, 10 Jun 2023 00:00:00 +0000

Tohtorinväitöksen puolustaminen on Suomessa ISO juttu, ja sinä olet juuri tehnyt sen. Toisin kuin muualla maailmassa (ehkä Ruotsia lukuun ottamatta), missään muussa maassa ei vaadita tohtoriopiskelijoilta yhtä paljon sitkeyttä kuin Suomessa. Keskimäärin se vaatii neljä julkaisua ja kestää 7 vuotta. Pitkä kesto ja selkeiden vaatimusten puute ovat kaksi ongelmaa, joihin Suomen opetusministeriö haluaa puuttua lähivuosina tasoittaakseen suomalaisten tohtorien asemaa kansainvälisillä työmarkkinoilla. Tohtorin tutkinnon suorittaminen Suomessa vaatii paljon sisua. Sisu on suomalainen sana, jota ei voi kääntää mihinkään muuhun kieleen, mutta äskettäin ilmestynyt samanniminen elokuva voi antaa siitä käsityksen. Wikipedia määrittelee sisu:n poikkeukselliseksi päättäväisyydeksi äärimmäisten vastoinkäymisten edessä . ”Vanhoina aikoina” lääkkeitä löydettiin niiden vaikutusten perusteella, ilman että niiden vaikutusmekanismia tunnettiin. Tämä ajattelutapa on yhä enemmän kääntymässä päälaelleen. Tutkijat pyrkivät ymmärtämään sairauteen johtavan mekanismin ennen kuin ryhtyvät kehittämään tai etsimään lääkettä. Suuri osa Khushbun väitöskirjasta käsittelee ensisijaisen lymfangiogeenisen kasvutekijän VEGF-C: Evoluutiollinen alkuperä, aktivaatio ja potentiaali lääkekohteena . Prof. Eckhard Lammert hoiti vastaväittäjän roolin erinomaisesti, ja prof. Kari Keinänen teki samoin kustoksena. Rakas Khushbu , toivotamme sinulle kaikkea hyvää seuraavaan suureen projektiisi!

Uuden raitiovaunun huonot tärinät

Mon, 03 Apr 2023 00:00:00 +0000

Työpaikkani suihkut olvat käyttökiellossa Helsingin yliopiston Viikin kampuksen edessä kulkevan uuden raitiovaunulinjan vuoksi. Raitiovaunun koeajojen aikana huomasin halkeamia pukuhuoneen seinässä ja suihkuissa. Ilmoitin näistä halkeamista joskus helmikuussa. Ymmärtääkseni yliopiston rakennusten kunto oli dokumentoitu ennen raitiovaunulinjan rakentamisen aloittamista. Nyt tutkitaan, johtuivatko lisävahingot ratikkalinjan rakentamisesta tai koeajoista.Pyöräilen tai juoksen töihin, ja käyn siksi suihkussa joka aamu. Aamurutiineistani on tullut vaikeampia, koska korvaavissa suihkuissa ei ole teilineitä eikä kuivauskappia, johon voisin ripustaa märät vaatteeni ja pyyhkeeni kuivumaan. Vaikka tästä aiheutuu jonkin verran haittaa, vakavimmat seuraukset eivät vaikuta minuun jos raitiovaunun liikennöinnissä on syy-yhteys seinävahinkoon: Yliopistolla on kalliita tutkimuslaitteita, jotka ovat herkkiä tärinälle.On käsittämätöntä, miten yliopiston ylin hallinto on voinut sopia Helsingin kaupungin kanssa raitiovaunulinjan ajamisesta suoraan yliopiston rakennuksen eteen. Itse asiassa raitiovaunu tekee nyt kiertotien Viikinkaarta pitkin. Luonnollisempi ja lyhyempi reitti olisi ollut noin 200 metriä nykyisestä radasta etelään (Viikintietä pitkin). Se olisi estänyt kaikki ongelmat. Jotta raiteet voitiin rakentaa suoraan Biokeskus 1:n ja 2:n eteen, miljoonia euroja tuhlattiin tärinänvaimennuselementteihin, joilla suojellaan huippulaitteitamme tärinältä. Ja ehkäpä kaikki nämä rahat menivät hukkaan, jos osoittautuu, että tärinänvaimennus on riittämätön.

Innoopeli-palkinto 2022

Wed, 21 Dec 2022 00:00:00 +0000

Me – Kansainvälisen lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden maisteriohjelman ohjausryhmä – saimme Innoopeli-palkinnon 2022 ! Innoopeli-palkinto myönnetään merkittävästä panoksesta tiedekuntamme opetustyöhön. Vaikka olenkin puolueellinen, mielestäni palkinto on täysin perusteltu, sillä tarjoamme monia uusia kursseja, päivitämme olemassa olevia kursseja ja käännämme kursseja suomesta englanniksi. Työ on ollut raskasta, mutta voimme jo nähdä tuloksia: olemme onnistuneet rekrytoimaan todella älykkäitä ja sitoutuneita opiskelijoita!Ohjelmajohtajamme Leena Hanski kertoo: ”Tammikuussa 2021 aloitimme työmme ohjausryhmänä ilman oppimistavoitteita, opetussuunnitelmaa, valintaperusteita tai edes verkkosivustoa, puhumattakaan yhdestäkään päätöksestä ohjelman toteuttamisen käytännön järjestelyistä. Meillä on vielä paljon työtä edessämme, mutta olen vakuuttunut siitä, että pystymme pitämään vauhtia yllä ja tekemään tästä ohjelmasta loistavan paikan, jossa tulevat lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden tähdet saavat hioa taitojaan. Ensimmäiset opiskelijamme ovat olleet monille meistä suuri inspiraation ja motivaation lähde, ja haluan myös kiittää heitä erityisesti heidän avoimuudestaan ja halukkuudestaan jakaa tarinoitaan, ajatuksiaan ja odotuksiaan.”

E. colista peräisin oleva bioaktiivinen VEGF-C ilman in vitro -taitumista!

Fri, 28 Oct 2022 00:00:00 +0000

Artikkelimme ”Bioaktiivinen VEGF-C E. colista” on julkaistu Scientific Reports -lehdessä. Lue täältä: https://doi.org/10.1038/s41598-022-22960-0.As Itse asiassa tein ensimmäiset kokeet, joissa ilmentin VEGF-C:tä E. colissa vuonna 1999, mutta en koskaan saanut aktiivista proteiinia. Seuraavien yli 15 vuoden ajan käytimme VEGF-C:n tuottamiseen yksinomaan eukaryoottisoluja (hiivaa, S2/Sf9/Hi5-hyönteissoluja, CHO-soluja). Elvytimme ”VEGF-C E. coli:ssa” -projektin muutama vuosi sitten ja saavutimme lopulta tavoitteemme viime vuonna. Työmäärä oli kuitenkin paljon suurempi kuin alun perin olimme arvioineet. Alussa kaikki yritykset epäonnistuivat, ja pelastaaksemme projektin kehitimme in vitro -taitto-ohjeiston. Oli ehkä enemmän onnea kuin osaamista, että törmäsimme liukoisuustunnisteen ja redox-modifioidun E. coli-kannan yhdistelmään, jolla onnistui tuottaa suoraan bioaktiivista VEGF-C:tä ilman in vitro -taitto-vaihetta. Päätimme sisällyttää tulososioon myös epäonnistuneet yrityksemme (CyDisCo ja periplasmainen ilmentyminen) välttääksemme ”file drawer effect” -ilmiön.

eLabFTW-sähköinen laboratoriopäiväkirja: valmis päärooliin?

Fri, 03 Jun 2022 00:00:00 +0000

Toiset rakastavat sitä, toiset vihaavat: sähköinen laboratoriopäiväkirja (ELN). Jo vuosikymmen sitten ennustettiin, että 10 vuoden kuluttua paperinen laboratoriopäiväkirja olisi mennyttä. Todellisuudessa suurin osa akateemisista laboratorioista käyttää paperia edelleen vuonna 2022. Siirtymää ei ole helpottanut se, että markkinoilla on kirjaimellisesti satoja kaupallisia tuotteita, jotka eivät ole keskenään yhteensopivia. Aloimme kokeilla ELN-ratkaisuja vuonna 2013 testaamalla muutamia kaupallisia ja avoimen lähdekoodin ratkaisuja. Huonoimmat niistä eivät edes antaneet mahdollisuutta kokeilla niitä ennen ostamista (esim. LabVantage näyttää olettavan, että et osta sitä, kun olet kerran kokeillut sitä – ja he ovat täysin oikeassa!). Päädyimme [eLabFTW]:hen ( https://www.elabftw.net ), avoimen lähdekoodin projektiin, jonka pääkehitys tapahtuu Curie-instituutissa Pariisissa, Ranskassa. Se on PHP:llä ja MySQL:llä rakennettu verkkosovellus. Siitä on myös vertaisarvioitu julkaisu: https://doi.org/10.21105/joss.00146 sekä yleinen Nature Protocols -katsausartikkeli, jossa käsitellään ELN:n käyttöönottoa: https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8 .Käyttöönotto opetuksessa Helsingin yliopistossa Äskettäisen versioon 4.3 tehdyn päivityksen myötä viimeinen este laajamittaiselle käyttöönotolle on ylitetty. Kaikki, joilla on helsinki.fi-tili, voivat nyt kirjautua järjestelmään yliopistotunnuksillaan. Tämä helpottaa huomattavasti uusien käyttäjien käyttöönottoa. Aion käyttää järjestelmää uudella kurssillamme ”Rekombinantti-DNA-tekniikka ja geenitekniikka”. Tällä hetkellä palvelimeen pääsee vain yliopiston sisäverkosta. Jos haluat käyttää sitä kotoa käsin, sinun on käytettävä VPN:ää. Vuosien varrella käyttäjämäärä on kasvanut noin 25 käyttäjään, ja on mielenkiintoista nähdä, miten järjestelmä toimii, kun käyttäjämäärä kaksinkertaistuu tai nelinkertaistuu. Järjestelmä toimii Docker-kontissa Ubuntu 20.04 LTS -virtuaalipalvelimella, jota emme valitettavasti voi päivittää tai laajentaa ilman lisärahoitusta. Joten jos olet kiinnostunut käyttämään ELN:ää, varmista paikkasi jo tänään kirjautumalla osoitteeseen https://elab.ltdk.helsinki.fi ja valitsemalla alareunassa olevan vaihtoehdon ”Login through your institution”. Sinulla on mahdollisuus valita tiimi. Tiimin ylläpitäjän on hyväksyttävä sinut, ennen kuin voit käyttää järjestelmää. Jos et löydä laboratoriotasi tiimien joukosta, se tarkoittaa, että olet laboratoriostasi ensimmäinen käyttäjä, joka käyttää tätä järjestelmää. Siinä tapauksessa sinun tulee valita tiimi ”Helsingin yliopisto” ja ottaa minuun yhteyttä sähköpostitse ( michael@jeltsch.org ), sillä minun on rekisteröitävä uusi tiimi laboratoriollesi, ja sinusta tulee tämän uuden tiimin ylläpitäjä.Vierailijoiden käyttöoikeudetJos sinulla ei ole Helsingin yliopiston tiliä, voit silti käyttää järjestelmää, jos olet Helsingin yliopiston Eduroam-verkossa, mutta sinun on käytettävä ”Rekisteröidy nyt” -linkkiä, ja järjestelmän ylläpitäjän on hyväksyttävä tilisi.Käyttö omalla koneellaeLabFTW:n järjestelmävaatimukset ovat melko vaatimattomat, ja kannettavallasi ei todennäköisesti ole ongelmia Docker-kontin paikallisen kopion ajamisessa. Vaikka eLabFTW:n asentaminen uudelle Windows- tai macOS-tietokoneelle on mahdollista, se on jossain määrin haitallista, koska se ei tarjoa verkkoyhteyttä eikä tiimitoimintoja. Vaikka et tarvitsisikaan näitä ominaisuuksia, suosittelisin, että otat vanhan pöytätietokoneen käyttöön tätä tehtävää varten ja käytät sitä tavallisella Linux-palvelinasennuksella. Vastaan mielelläni kaikkiin mahdollisiin kysymyksiisi (sekä järjestelmänvalvojan että loppukäyttäjän näkökulmasta).

Tohtorinväitöskirja hepsiinin roolista rintasyövässä

Sun, 24 Apr 2022 00:00:00 +0000

Viime lauantaina Denis Belitškin puolusti väitöskirjaansa. Aiheena oli Tyypin II seriiniproteaasi hepsinin rooli rintasyövän signalointiprosesseissa . Nautin suuresti keskustelusta vastaväittäjän Karin Listin kanssa, joka käytiin Zoomissa vain pienen paikan päällä olleen yleisön läsnä ollessa. Proteaasit ovat vähitellen nousseet yhdeksi suosikkiproteiiniluokistani. Aiemmin niitä arvostettiin lähinnä niiden hajottavaa toimintaa varten, mutta nykyään on selvää, että ne ovat paljon monimutkaisempia. Minua kiinnostaa erityisesti niiden rooli signaalimolekyylien aktivoinnissa. Tässä yhteydessä proteaasit ovat signaalimolekyylejä, jotka toimivat samalla tasolla kuin hormonit, sytokiinit ja kasvutekijät. Kiitos, Denis, vakuuttavasta esityksestä ja karonkasta!

Yliopiston tukipalvelu suosittelee Zoteroa, mutta ei tarjoa merkittävää tukea

Sun, 20 Mar 2022 00:00:00 +0000

Viime vuoden lopussa (31.12.2021) Helsingin yliopisto lopetti oletusarvoisen viitteidenhallintaohjelmistonsa RefWorks lisensoinnin. Outoa kyllä, RefWorksia ei voi hankkia yksityishenkilönä. Tämä tarkoittaa, että kun akateeminen työsuhteesi päättyy, et voi mitenkään jatkaa ohjelmiston käyttöä. Ehkä RefWorksin nykyinen omistaja (Clarivate) lopettaa sen kokonaan, koska RefWorks on suora kilpailija Endnotelle , joka on viitteidenhallintaratkaisu, johon Clarivate keskittyy, ottaen huomioon Endnoten integroinnin Publonsin ja Web of Science (WoS) -tietokannan kanssa, joka tunnetaan parhaiten impact factorista . Ei ole sattumaa, että Clarivate on Thomson Reutersin omistuksessa, sillä juuri tämä yritys nosti kanteen Zoteroa vastaan, koska se tarjosi käyttäjilleen mahdollisuuden muuntaa EndNoten omistamat viittaustyylitiedostot yhteentoimivaksi ja standardoiduksi CSL-muodoksi . Suositeltu korvaaja RefWorksille on Zotero . Minulla ei ole mitään ongelmaa tämän kanssa, sillä pidän Zoterosta ja olen käyttänyt sitä oletusarvoisena lähdeluettelonhallintatyökaluna jo yli 10 vuotta. Sen lisäksi, että se on ilmainen, se yhdistää kaksi tärkeää ominaisuutta, jotka tekevät siitä ainutlaatuisen ja kaupallisia ratkaisuja paremman:

Tutustu opettajaan!

Fri, 31 Dec 2021 00:00:00 +0000

Lähes 30 vuotta akateemisen urani alkamisen jälkeen aloin opettaa farmasian tiedekunnassa (ilman juurikaan pedagogista kokemusta tai koulutusta). Opetan pääasiassa aiheita, joista minulla on käytännön tutkimuskokemusta ja asiantuntemusta: rekombinantti-DNA-tekniikka, geenitekniikka, proteiinien tuotanto ja puhdistus sekä – ennen kaikkea – proteiinilääkkeet. Helsingin yliopiston mottona on Tutkijat opettavat, opettajat tutkivat . Kokemuksen puutteesta huolimatta osallistuin Helsingin yliopiston ”Meet the teacher!” -kampanjaan, joka on suunnattu tuleville kansainvälisille maisteriopiskelijoille: https://www.facebook.com/HelsinkiUniversity/posts/10160122296028083

Kielibuusti

Fri, 17 Dec 2021 00:00:00 +0000

Uusi yritys oppia suomea! Tähän asti suurimman osan urastani olen tehnyt Helsingin Yliopiston lääketietellisessä tiedekunnassa Meilahdessa. Suomen Akatemian Research Fellow-jakson jälkeen, uramahdollisuuteni Meilahdessa olivat surkeat, koska kaikki mahdolliset avoimet työpaikat edellyttivät hyvää suomen tai ruotsin kielen taitoa. Lääkärikoulutuksessa - toisin kuin monissa muissa opinto-ohjelmissa - opetusta täytyy osata antaa Suomeksi tai Ruotsiksi. Muissa EU:n maissa on monta yliopistoa, missä voi opiskellä lääketiedettä vaikka ei osaa sanaakaan paikallisesta kielestä, mutta Suomessa ei (vielä) rekrytoidaan ulkomaalaiset opiskelijat lääkikseen. Ennen opiskeluvuosiani olin jo kerran samassa hankalassa kieliasemassa Unkarissa. Kun 1989 poliittiset muutokset Itä-Euroopassa tekivät vapan matkustamisen mahdolliseksi, päätin käydä Unkarissa. Kiinnostukseni Unkariin johtui useista unkarilaisista ystävistä, jotka asuivat entisessä Länsisaksassa maanpaossa. Kun tulin kevällä 1990 Unkariin, en osanut unkaria ollenkaan. Kuitenkin, yksikään unkarilaisista kavereistani ei ikinä puhunut minulle mitään muuta kuin unkariaa. Minulla on erityisen hienoja muistoja Tomista ja Timeasta perheineen ja kaikista heidän ystävistään, jotka kärsivällisesti kuuntelivat höpötystäni ja korjasivat kielioppilliset virheet.Tällä Suomessa tilanne on erilainen. Miksi ei kukaan halua kestää mun huonosti puhuttua suomea? Olen törmännyt ajatuksen että se johtuu sitä että suomalaiset eivät ole tottuneet vieraisiin aksentteihin. En alekirjoitan tätä selitystä. Myös entiset itäeurooppalaiset maat olivat silloin - vähän samalla tavalla kuin Suomi - eristäytyneet ja kielellisesti homogeenisia. Johtuuko se ehkä sitä että nykyään ei kenelläkään tuntuu olevan aikaa mihinkään? Kuunteleminen vaatii aikaa ja kärsivällisyyttä.Osallistuin syyslukukaudella kielibuustin kuuluvan Yliopiston tarjoamaan Suomen kielen kurssiin. Kielten opiskelu vaati paljon töitä. Ihmettelemme aina, miten pienet lapset ovat niin hyviä oppimaan kieliä, mutta unohdamme, että he oppivat kokopäivätoimisesti. Suomen kielen kurssin ansiosta muut työtehtäväni ovat varmasti kärsineet, ja tästä syystä ymmärrän täysin niitä ulkomaalaisia tutkijoita, jotka eivät tuhlaa sekuntiakaan suomen kielen oppimiseen.Minusta suomen kielen oppimisessa ongelma ei ole niin paljon kurssitarjonnassa, vaikka sekin voisi olla parempi. Ongelma on pikemminkin se että suomen kieltä ei pääse kokeilemaan elävässä elämässä, koska keskusteluryhmässä on nykyään aina joku joka - hyvästä syystä - ei osaa suomea tai ei halua oppia sitä. Omassa labrassani kaikki jäsenteen äidinkielit - Suomi mukaan lukien - ovat vähemmistökielet. Ja poikkeusetta kaikki keskustelukaverit puhuvat erinomaista englantia. Vaatii todellista vaivannäköä käyttää jotain muuta kuin englantia. Kielibuustin kursissa yksi tavoite oli että hankimme itsellemme kielikaverin, siis henkilön, jonka kanssa kommunikoimme säännöllisesti suomeksi. Itse olen puolen vuoden jälkeen vielä vailla kielikaveria. Vaikka kurssin opettajat olivat erinomaisia, kaksi tuntia suomea viikossa valitettavasti ei riittää.Tunnen useita ulkomailta Suomeen tulleita tutkijoita, jotka puhuvat erinomaista suomea. Kuitenkin suurimmalla osalla heistä on perhesiteitä Suomeen. Sen vuoksi ovat olleet tekemisessä suomalaisten kanssa, jotka eivät osaa englantia. Heidän oli pakko oppia puhumaan suomea. Samalla minulle on käynyt Unkarissa 30 vuotta sitten: silloin suurin osa ihmisistä ei opiskellut englantia koulussa. Ainoa kommunikointikieli oli unkari, ja käytin sitä koko päivän kaikissa tilanteissa.Tämä postaus on saanut inspiraationsa Reetta Vairimaan artikkelista “Claudia ja Celia” Yliopistolainen-nimisessä lehdessä (1/2018), mitä valitettavasti ei ole saatavissa netistä.

Kilometrikisa

Fri, 08 Oct 2021 00:00:00 +0000

Kilometrikisa on työpaikoille tarkoitettu pyöräilykilpailu, jonka tavoitteena on kannustaa pyöräilemään työmatkoilla ja yleisesti ottaen. Joukkueen jäsenet kirjaavat päivittäin pyöräilemänsä matkan verkkosivustolle https://www.kilometrikisa.fi , ja eniten kilometrejä kerännyt joukkue voittaa. Lisäpalkintoja arvotaan kaikkien osallistujien kesken (minä itse asiassa sain tänä vuonna ensimmäistä kertaa onnea ja voitin ilmaisen hieronnan UniSportissa ).Kesäkilpailu järjestetään toukokuusta syyskuuhun ja talvikilpailu (“talvikilometrikisa”) pääasiassa tammikuun ja helmikuun aikana. Älkää kysykö minulta, miksi kevät- ja syksytapahtumia ei järjestetä. Olen pyöräillyt ympäri vuoden viimeisen vuosikymmenen ajan, lukuun ottamatta talvea 2012/2013, jolloin mursin jalkani pyöräillessäni töistä kotiin. Minulle lokakuu, marraskuu ja joulukuu ovat yhtä hyviä pyöräilykuukausia kuin tammikuu ja helmikuu. Itse asiassa ne ovat jopa parempia, koska ilmaston lämpenemisen vuoksi ne ovat viime vuosina yleensä olleet lumettomia. Jos pyöräilet töihin aikaisin aamulla, ennen kuin lumiaura on poistanut 30 cm tuoretta lunta, tiedät, että juutut kiinni monta kertaa, jopa 57-622 Schwalbe Ice Spiker Pro -renkailla.Suoritukseni tässä kilpailussa on romahtanut sen jälkeen, kun laboratoriomme muutti Meilahdin Biomedicumista Viikin Biocenter 2:een Viikissä, sillä työmatkani on lyhentynyt 14 km:stä päivässä vain 4,5 km:iin päivässä. Olen edelleen listan kärjessä pyöräilypäivien määrän suhteen (109 viime kaudella), mutta pyöräillyn matkan perusteella olen vain hieman keskiarvon yläpuolella (58. sija, 1031 km). Joukkueemme (“Helsingin Yliopisto”, Helsingin yliopisto) sijoittui tänä vuonna 143. sijalle suurten työpaikkojen kilpailussa. Mietin aina, kasvavatko pyöräiltyjen kilometrien kokonaismäärä ja osallistujamäärä vuosien mittaan, minkä pitäisi olla tilanne, jos haluamme tosissamme torjua ilmastonmuutosta. Ensimmäinen kilometrikisa järjestettiin vuonna 2014, joten trendejä on mahdollista seurata riittävän pitkän ajanjakson perusteella. Valitettavasti verkkosivusto ei tarjoa tätä tietoa. Tiedot olisi mahdollista kerätä ja laskea yksittäisten tulosten perusteella, mutta minulla on tällä hetkellä tarpeeksi muuta tekemistä. Ehkä joskus tulevaisuudessa.

Kuinka houkutteleva Suomi on kansainvälisille opiskelijoille?

Sun, 29 Aug 2021 00:00:00 +0000

Kun kirjoitin tämän blogikirjauksen, huomasin, että kaikki linkit johtavat suomenkielisille sivustoille. Siinä on ensimmäinen niistä ongelmista, joita ulkomaalaiset opiskelijat kohtaavat Suomessa: kieli, joka ei muistuta mitään muuta eurooppalaista kieltä (lukuun ottamatta viroa ja unkaria, jotka myös kuuluvat suomalais-ugrilaiseen kieliperheeseen).Ulkomaalaiset opiskelijat viihtyvät Suomessa yleensä hyvin. Vaikka kaikki ei olekaan täydellistä, Helsingin yliopistoa (ja Suomea yleensä) kannattaa harkita, kun halua opiskella ulkomailla. Tämä on yli 800 kansainvälisen opiskelijan vuonna 2020 ja 2021 tehdyn palautekyselyn lopputulos. Erityisesti opetuksen korkeaa laatua arvostettiin. Muita kohtia, joissa Helsingin yliopisto loistaa, olivat turvallinen ympäristö ja Covid-19-pandemian käsittely.Jälkimmäisessä on kuitenkin myös kääntöpuolensa, sillä opiskelijoiden toivelistalla oli enemmän kohtaamisia ja keskusteluja akateemisen henkilökunnan kanssa sekä enemmän sosiaalista tukea. Tämä on tuskin yllättävää, koska kansainväliset opiskelijat eivät voi maahan saapuessaan turvautua samoihin verkostoihin kuin paikalliset opiskelijat. Pahin yksittäinen ongelma näytti olevan opiskelijoiden vastaanotto. Tuntemattoman ja käsittämättömän byrokratian kohtaaminen on usein liikaa uusille tulokkaille. Syrjintää koki vain 4 prosenttia vastaajista, ja heistä kielellinen syrjintä ja yksinäisyys olivat yleisimpiä.Varoitan aina opiskelijoita, jotka kertovat aikovansa hakea Helsingin yliopistoon. Jos haluat rehellisen mielipiteen siitä, kannattaako aloittaa opinnot Suomessa, ole hyvää: Suomessa on kylmä ja talvella tulee TODELLA pimeää. Helsinki on kuitenkin edelleen yksi viihtyisimmistä paikoista mitä Suomessa löytyy, jos puhutaan kylmyydestä ja pimeydestä. Lämpötila laskee harvoin alle -17,8 °C:n (0°F). Koska Helsinki sijaitsee Suomen etelärannikolla, se on yksi vähiten pimeistä paikoista. Ja ilmaston lämpeneminen tekee parhaansa lämpötilojen nostamiseksi. Suomi on jo nyt pitkän aikavälin kiinteistösijoittajien sisäpiirin suosikki: se on vielä riittävän halpa, mutta sillä on äärimmäinen kasvupotentiaali, kunhan ilmastonmuutos muuttaa Etelä-Euroopan sulatusuuniksi. Nämä skenaariot toteutuvat kuitenkin täysin vasta, kun nykyiset poliittiset päättäjät ovat jo potkaisseet ämpäriin. Mutta jos olet mukana pitkällä tähtäimellä, Suomi saattaa olla se paikka, jossa kannattaa olla. Mutta jälleen kerran, jos Golfvirta romahtaa, joudut takaisin lähtöruutuun. Kiittäkää vanhempianne siitä sotkusta, jonka he ovat jättäneet teille ( https://www.theguardian.com/environment/2021/aug/05/climate-crisis-scientists-spot-warning-signs-of-gulf-stream-collapse ).Valitettavasti, niin hyvä kuin Suomi voikin olla opiskeluun, Suomeen pysyvästi jääminen on eri juttu. Vaikka Suomen on lisättävä maahanmuuttoa korvatakseen vähenevän ja ikääntyvän väestömääränsä, on valitettavasti vielä liian monta estettä voitettava, ennen kuin asettumisesta tulee realistinen vaihtoehto useimmille ulkomaalaisille. Kieli on vain yksi niistä esteistä. Muita, jotka mainitaan juuri ilmestyneessä Helsingin Sanoman artikkelissa, ovat vaikeus integroitua suomalaiseen yhteiskuntaan, ulkomaalaisten kannalta käsittämätön byrokratia ja alhainen palkkataso.Mutta myös suomalaisväestön sisällä vihamielisyys ulkomaalaisia kohtaan kasvaa. Se ilmestyy esimerkiksi perussuomalaisten menestyksenä. Myös useimmat muut Euroopan maat taistelevat oikeistolaisten poliittisten virtausten kanssa. Kotimaassani Saksassa AfD:tä (joka on Saksassa suunnilleen sama kuin PS Suomessa) ei yksikään demokraattinen puolue pidä mahdollisena koalitiokumppanina (toiveajattelua minun osaltani?). Mutta täällä Suomessa PS on ollut jo koalitiohallituksessa, ja vain sosialidemokraateilla ja vasemmistoliitolla on selkeä ei-kanta tässä asiassa.Juuri äskettäin Helsingin vastavalittu kaupunginjohtaja Juhana Vartiainen kommentoi Suomen työmarkkinoiden houkuttelevuutta ulkomaalaisille:“Surkea epäonnistuminen Suomelta. Hyvin hitaasti on poliittiseen tajuntaan mennyt edes se, että me ylipäätään tarvitsemme työperäistä maahanmuuttoa.” Helsingin Sanomat, 28.08.2021).Joka tapauksessa, akateeminen opetus on Suomessa vielä erittäin korkealla tasolla. Ja sen lisäksi, se on ilmaista EU/EFTA-maissa asuville (ja kyseisistä maista kelpoisuuden antavan tutkinnon suorittaneille). Maksaville opiskelijoille lukukausimaksut ovat tosi edullisia verrattuna moniin muihin samassa sarjassa pelaaviin yliopistoihin (13000-18000 euroa vuodessa koulutusohjelmasta riippuen). Yliopiston henkilökunta joutuu kuitenkin maksamaan kovan hinnan tämän laadun ylläpitämisestä. Kuluvalla vuosikymmenellä (2020-2030) opetusministeriön tavoitteena on lisätä suoritettujen yliopistotutkintojen määrää 100000:lla ( https://www.acatiimi.fi/4_2021/15.php ). Samaan aikaan yliopistojen määrärahoja on leikattu. Hallitus luultavasti kompensoi leikkaukset mediavetovoimaa keräävällä “pelasta yliopisto” -liikkeellä harhauttaakseen huomiota siitä, että tarvitsemme sen lisäksi kymmeniä miljoonia, jotta voimme tulevina vuosina tarjota saman korkeatasoisen opetuksen noille 100000 lisätutkinnolle. Tutkimuksen puolella akateeminen henkilöstö on käynyt raskasta taistelua vuodesta 2005 lähtien, jolloin inflaatiokorjattu T&K-budjetti pieneni ensimmäistä kertaa. Samaan aikaan opiskelijat alkavat kuitenkin tuntea riittävän rahoituksen puutteen esimerkiksi silloin, kun heidän opettajillaan ei ole enää yhtä paljon aikaa heille kuin ennen.Minulla ei ole muuta vaihtoehtoa kuin neuvoa opiskelijoita luopumaan akateemisesta urasta yleensä. Useimmissa muissa Euroopan maissa on samanlaisia ongelmia, mutta ei ehkä samalla tasolla kuin Suomessa. Ja opiskelijat tietävät, että akateeminen rahoitus on erityisen huono Suomessa.

Mihin siirtyä RefWorksista?

Thu, 10 Jun 2021 00:00:00 +0000

“Sanoinhan, että älkää käyttäkö kaupallista ohjelmistoa, vaikka yliopistomme maksaisi siitäkin!” En ole koskaan ymmärtänyt, miksi yliopistomme maksaa kaupallisesta viitteidenhallintaohjelmistosta. Ehkä jotkut hallinnon vanhat konkarit elävät yhä viime vuosituhannen 90-luvulla, jolloin EndNote oli käytännössä ainoa kunnollinen viitteidenhallintaohjelmisto WYSIWYG-tekstinkäsittelyohjelmille. Mutta ne ajat ovat jo kauan menneet. Viimeinkin yliopistomme on ainakin luopumassa yhdestä suljetun lähdekoodin viitteidenhallintaohjelmistostaan:

TuKoKe-menestystä TET-harjoittelijoille

Wed, 09 Jun 2021 00:00:00 +0000

Suomessa 8- tai 9-luokkalaiset tekevät yhden tai kahden viikon mittaisen työelämään tutustumisjakson (TET) valitsemassaan työpaikassa. Covid-19-pandemia on sekoittanut tämänkin perusteellisesti, mutta laboratoriomme onnistui kuitenkin isännöimään muutamia harjoittelijoita syksyllä, kun Covid-19-luvut olivat melko alhaiset.Yksi ryhmä, joka koostui Pessi Baskista, Rasmus Poutasta ja Okko Siljanderista Käpylän ala-asteelta, tekivät TET-projektin nimeltä Voiko 3d-tulostuksessa kytetyist muovimateriaaleista valmistettuja astioita käyttää solujen viljelyssä? Niklas Koppatzin ohjaukissa he osallistuivat tällä projektilla valtakunnallisille TuKoKe (Tutki-Kokeile-Kehitä)–tiede- ja teknologiakilpailussa ja voittivat paitsi kolmannen palkinnon myös Aalto-yliopiston Design Factory n tuotepalkinnon ja Keksintösäätiön stipendin keksinnöllistä piirteitä sisältävälle töille. Onnittelut!

Lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden maisteriohjelma

Mon, 12 Apr 2021 00:00:00 +0000

Helsingin yliopisto laajentaa tarjontaansa tarjoamalla uuden kansainvälisen farmaseuttisen tutkimuksen, kehityksen ja turvallisuuden maisteriohjelman . Vuosi 2020 on osoittanut, kuinka valtavan tärkeää lääketiede on ihmisyhteisöille. Ja tämän merkityksen merkitys vain kasvaa tulevaisuudessa! Uusien virusten lisäksi edessämme on monia haasteita. Alla oleva luettelo on vasta alkua…* *

Eduroamin asennus Linuxissa

Tue, 23 Feb 2021 00:00:00 +0000

Tänä aamuna kesti tunnin, ennen kuin sain Eduroam toimimaan. Eduroam on kansainvälinen WLAN-roaming-palvelu yliopisto-opiskelijoille ja henkilökunnalle. Toin työpaikalle oman (yliopiston hallinnoimattoman) kannettavan tietokoneeni ja yritin muodostaa yhteyden. Löysin lopulta ohjeet IT-tukipalvelun sivustolta osoitteesta 19 (21 tuloksen joukosta, jotka näkyivät ensimmäisellä sivulla, kun hain hakusanalla ”Eduroam Linux”): https://helpdesk.it.helsinki.fi/en/ohjeet/kirjautuminen-ja-yhteydet/verkot/eduroam-verkon-asennus-ubuntussa Kuten tavallista, ohjeet ovat useita vuosia vanhoja eivätkä enää toimi ”uudemmilla” järjestelmillä, kuten Ubuntu 20.04 LTS:llä. Tämän lisäksi minulla oli jäljellä vanhoja, toimimattomia Eduroam-asetuksia edellisestä epäonnistuneesta yrityksestä. Alla olevia ohjeita varten tarvitset Eduroam-määritystyökalun, jonka voit ladata osoitteesta https://cat.eduroam.org . Jotta se toimisi, minun piti tehdä seuraavat asiat:

Ensimmäinen OER-aineistomme (avoin oppimateriaali)

Wed, 03 Feb 2021 00:00:00 +0000

Kun aloitin uudessa tehtävässäni farmasian tiedekunnassa, oli selvää, että tulisin pitämään enemmän virallista opetusta kuin aiemmin. Vaikka olen pitänyt luentoja aiemminkin, olen yleensä vain muokannut konferenssiesitystä, jossa esittelin laboratoriomme tutkimustyötä. Se ei kuitenkaan riitä perustutkinto-opiskelijoille, joten laadin luentoja nyt alusta asti. Vaikka avoimesta tieteestä puhutaan paljon, minun opettamilleni aiheille – geenitekniikka ja proteiinitekniikka, proteiinilääkkeet, biologiset lääkkeet – on tarjolla vain vähän tai ei lainkaan avoimia opetusresursseja. Koska mielestäni avoimesti saatavilla olevia opetusmateriaaleja pitäisi olla enemmän, päätin julkaista omat luentoni avoimesti. Huomasin kuitenkin pian, että tekijänoikeudella suojattua materiaalia on erittäin vaikea korvata ilmaisilla vaihtoehdoilla, kuten public domain -materiaalilla tai Creative Commons -lisensoidulla materiaalilla. 80 % kuvista ja piirroksista on helppo korvata, seuraavien 15 %:n korvaaminen vie yhtä paljon aikaa kuin ensimmäisten 80 %:n, ja viimeisten muutaman kuvan osalta tekijänoikeuksista vapaiden vaihtoehtojen löytäminen vaikuttaa mahdottomalta. Lopulta tuotin suurimman osan materiaalista itse. Tätä nimenomaista luentoa varten en ole löytänyt yhtään käyttökelpoista kuvaa Judah Folkmanista . Tarpeetonta sanoa, että jos raha ei olisi ongelma, voisin ostaa kuvan muutamalla sadalla dollarilla, mutta silti muiden ei olisi mahdollista käyttää sitä uudelleen. Väliaikaisena ratkaisuna piirsin kuvan itse. En ole hyvä piirtämään, joten auttakaa minua, jos pystytte! Tänään olen vihdoin ladannut ensimmäisen luentoni Avoimen oppimateriaalin kirjastoon : https://aoe.fi/#/materiaali/1212 . Se oli Protein Drug Discovery & Development -kurssin johdantoluento farmasian kandidaattiopiskelijoille (kurssi PROV-105), joka pidettiin 9. syyskuuta 2020. Avoimen oppimateriaalin kirjastoa ylläpitää Suomen opetusministeriö. Lisäsin luennon myös Merlot-kokoelmaan (joka on ehkä suurin avoimen oppimateriaalin luettelo): https://www.merlot.org/merlot/viewMaterial.htm?id=773405613.En kuitenkaan ole täysin tyytyväinen tilanteeseen, sillä valmistelin luennon Google Slidesin avulla. Miksi Google Slides? Valitettavasti se on ainoa toimiva reaaliaikainen yhteistyöesitysohjelmisto. Tästä syystä luentodian alkuperäistä versiota ei ole saatavilla osoitteesta aoe.fi. Siellä on kuitenkin linkki Google Slides -esitykseen. Olen tietenkin lisännyt saman esityksen PDF- ja ODF-muodossa muunnettuani sen sekä kaikki muokattavat lähdetiedostot (pääosin SVG-muodossa). Ja jos LibreOfficen yhteistyömuokkaus verkossa vihdoin muuttuu käyttökelpoiseksi, siirrymme todennäköisesti käyttämään sitä Google Slidesin sijaan. Reaaliaikainen verkkoversio on hyödyllisempi resurssi. Sen lisäksi, että kyseessä on diaesityksen alkuperäinen versio, sitä päivitetään säännöllisesti (koska pidän tämän luennon toistuvasti), kun taas ladattu PDF-/ODF-tiedosto vanhentuu ajan myötä yhä enemmän.PÄIVITYSOlen sillä välin onnistunut lataamaan toisen luennon osoitteeseen https://aoe.fi . Kaikki tulevat julkaisuni ovat saatavilla kokoelmasivultani .* *

GeneCellNano Flagship

Wed, 18 Nov 2020 00:00:00 +0000

GeneCellNano-ohjelma valittiin Suomen Akatemian lippulaivahankkeeksi. Lippulaivahankkeen tavoitteena on edistää tärkeiden sairauksien hoitoa kehittyneen bioteknologian avulla. Kohdesairauksiin kuuluvat iskeeminen sydänsairaus, tietyt syövät ja retinopatia. Hakemuksen vetäjinä toimivat Seppo Ylä-Herttuala Itä-Suomen yliopistosta ja Seppo Vainio Oulun yliopistosta. Näiden kahden yliopiston ryhmien lisäksi konsortioon kuuluu myös ryhmiä Aalto-yliopistosta (Olli Ikkala) ja Helsingin yliopistosta (Marjo Yliperttulan, Timo Laaksonen, Hélder A. Santosin, Tatu Lajusen ja oma ryhmäni).Linkki Suomen Akatemian lehdistötiedotteeseen: https://www.aka.fi/en/about-us/whats-new/press-releases/20202/academy-of-finland-selects-four-new-finnish-flagships/

Lääketieteellinen tutkimus Suomessa

Sun, 11 Oct 2020 00:00:00 +0000

Tutkijaksi Suomeen? Miksi ei? Helsingin yliopistossa on runsaasti saksankielisistä maista kotoisin olevia professoreita. Ulkomaalaisten tutkijoiden osuuden kasvattaminen on kaikkien suomalaisten yliopistojen nimenomainen tavoite.Akateemisen tutkimuksen laadun osalta Suomi sijoittuu hyvälle keskitasolle Euroopassa. Vain yksi Suomen kymmenestä yliopistosta on päässyt maailman 100 parhaan yliopiston joukkoon: Helsingin yliopisto (74. sija Shanghai-rankingissa 2020 ). Sen sijaan neljä saksalaista yliopistoa on päässyt muutoin angloamerikkalaisten hallitsemalle listalle (Münchenin Ludwig-Maximilians-yliopisto, Münchenin teknillinen yliopisto, Heidelbergin yliopisto ja Bonnin yliopisto sijoilla 51, 54, 57 ja 87). On kuitenkin syytä huomata, että nämä rankingit muodostavat keskiarvon yliopiston kaikista tutkimusaloista.

Yliopistopedagogiikka (UP2.2, 2019): Oppimisen arviointi ja palautteen antaminen

Fri, 02 Oct 2020 00:00:00 +0000

Opettajaksi valmistuminen SuomessaYliopistopedagogiikan (UP) 60 op:n moduulin tutkintovaatimukset koostuvat 25 op:n perusopintoista ja 35 op:n syventävistä opinnoista. Vaikka UP keskittyy yliopisto-opetukseen, suoritettu moduuli antaa pätevyyden myös kouluopetukseen. Helsingin yliopiston pedagogiikkakeskus järjestää perusopintomoduulin (25 ECTS-opintopistettä) kurssit englanniksi. Jos kuitenkin haluat suorittaa koko moduulin, joudut suorittamaan kursseja, joita tarjotaan vain suomeksi tai ruotsiksi. Tämä tarkoittaa, että et voi tulla päteväksi opettajaksi ilman suomen tai ruotsin kielen taitoa. En tiedä, onko suomenkieleni tällä hetkellä riittävän hyvää siihen. Toistaiseksi pysyn englanninkielisissä kursseissa.**Yliopistopedagogiikka 2.2 (2019)**Syksyllä 2019 suoritin kurssin UP2.2 (ilman että olisin suorittanut ensin kurssia UP2.1). Meillä oli erittäin mukava opettaja (Jokke Häsä), mutta en vieläkään ymmärrä, miksi hän siirtyi matematiikan parista pedagogiikan opettamiseen. Se on varmasti pedagogiikan kannalta voitto, sillä hän ymmärtää tilastotiedettä, ja meillä oli mielenkiintoista keskustelua lukemamme Johnstonin ja Milesin artikkelin tilastoista. Artikkeli on liitetty myös tähän viestiin, ja siinä esitetty kuvaus heidän tilastollisista menetelmistään jättää paljon tulkinnanvaraa. Lähetin itse asiassa sähköpostia artikkelin ensimmäiselle kirjoittajalle, mutta hän oli juuri jäänyt eläkkeelle muutama kuukausi sitten. Vaikka en saanut toimitusvirheilmoitusta, hän ei ehkä enää kokenut tarpeelliseksi vastata.SokkolentoMinulle yksi suurimmista ongelmista oli se, että minulla ei ollut mitään vertailukohtaa, kun valmistelin tehtäviäni. Kun kirjoitan artikkeleita lehtiin, minulla on tuhansia esimerkkejä, joita voin tutkia ja joihin voin verrata omaa työtäni. Joten päätin kurssin aikana, että julkaisisin kaikki tehtäväni. Noloja hetkiä myöten. Mutta ehkä joillakin tulevilla UP2.2-kurssin osallistujilla on jotain, mihin verrata. Eräänlainen esimerkki. Ei täydellinen, mutta kelvollinen. Julkaisen vain omia tehtäviäni.**Kaikki tehtäväni ovat saatavilla CC0-lisenssillä (= ilman ehtoja)**Kaikki tämä materiaali on jaettu CC0 -lisenssillä: Käytä sitä miten haluat, minua ei tarvitse mainita. Ainoa puuttuva asia täällä on ryhmätehtävä, koska siihen tarvitsisin kaikkien suostumuksen, mitä ei tule tapahtumaan. Minun olisi pitänyt tehdä tämä 9 kuukautta sitten, mutta unohdin sen yksinkertaisesti. Muita asioita oli vain liikaa meneillään.Pärjäsin kurssilla ihan hyvin, mutta en vieläkään tiedä mitäänMinkä arvosanan sain? Ryhmätyömme sai arvosanan 5 (asteikolla 1–5, jossa 5 on paras arvosana) ja omat työni arvosanan 4. Kiitos kaikille Carbonara-tiimin mahtaville jäsenille! Kurssin kokonaisarvosanaksi tuli keskiarvona 5. Jostain oudosta syystä Moodle-kurssisivulla näkyy edelleen, että olen suorittanut vain 66 % kurssitehtävistä, mutta WebOodissa näkyy, että sain opintopisteet. Siinäpä se IT-järjestelmien ihmeellisyys…

Tohtori Sawan K. Jha: VEGF-C:n aktivoitumisen mekanismi […]

Mon, 01 Jun 2020 00:00:00 +0000

Ensimmäinen tohtoriopiskelijani puolusti menestyksekkäästi väitöskirjaansa aiheesta VEGF-C:n aktivoitumismekanismi ja vaikutus imusuonten kasvuun ja uudistumiseen . COVID-19-tilanteen vuoksi järjestimme tilaisuuden etäyhteydellä ja käytimme Zoom-videoneuvotteluohjelmistoa. Vastaväittäjänä toimi professori Jonathan Sleeman Heidelbergin yliopistosta. Sekä vastaaja että vastapuoli suoriutuivat tehtävästään loistavasti, ja keskustelu toi esiin useita uusia suuntia tulevalle tutkimukselle, joita en ollut aiemmin tullut ajatelleeksi. VEGF-C on monimutkainen proteiini, ja olen varma, että se tarjoaa vielä yllätyksiä ahkeralle tutkijalle. Valitettavasti tilaisuudessa ei järjestetty vastaanottoa, illallista eikä karonkkaa (illallisen jälkeistä valmistujaisjuhlaa), mutta aiomme järjestää juhlat myöhemmin tänä vuonna, kun COVID-19-tilanne sen sallii!

Helsingin yliopisto hävisi oikeudenkäynnin, jossa käsiteltiin vuoden 2015 joukkovähentämismenettelyjen laillisuutta

Wed, 16 Oct 2019 00:00:00 +0000

Vuonna 2015 Helsingin yliopisto irtisanoi noin 370 työntekijäänsä (eikä jatkanut ehkä yhtä monen määräaikaisia työsopimuksia). Monet selvisivät vain siksi, että heidän työsopimuksensa eivät päättyneet juuri silloin, kun yliopiston hallinnon ”keskuskomitea” reagoi liioitellusti tajutessaan, kuinka huonoksi yliopiston taloudellinen tilanne oli todellisuudessa muuttunut. Noin 10 vuotta kestänyt konservatiivinen talouskurinpito huipentui keväällä 2015 valittuun hallitukseen, jota johti suomalainen liikemies Juha Sipilä, joka oli osasyyllinen niihin massiivisiin rahoituksen leikkauksiin, jotka johtivat vuoden 2015 lopun laajamittaisiin irtisanomisiin. Viime kuussa suomalainen käräjäoikeus totesi, että irtisanomiset eivät olleet laillisia siinä mielessä, että Helsingin yliopisto ei noudattanut Suomen lakia useilta osin (” Yhteistoimintamenettelylaki ”, englanniksi suunnilleen ”Act on Collaboration in Businesses”). Erityisesti tuomioistuin moitti yliopistoa sen tiedotuspolitiikasta ja siitä, ettei se ollut yrittänyt neuvotella irtisanomisten vaihtoehtoja. Tämä oli juuri se tunne, joka useimmilla työntekijöillä oli tuolloin: keskushallinto oli kyhännyt ”ratkaisun” joissakin suljettujen ovien takana pidetyissä kokouksissa kuulematta yhtään sidosryhmää, ja sitten se ajoi tätä ratkaisua huolettomasti seurauksista piittaamatta. Kantajille myönnetyt korvaukset olivat 5 000 tai 6 000 euroa työsuhteen kestosta riippuen. Voidaan keskustella Yhdysvaltain oikeuskäytännön korvausnäkökulman eduista ja haitoista (joiden tavoitteena on pikemminkin ennaltaehkäisy kuin korvaus), mutta jopa taloudellisissa vaikeuksissa olevalle yliopistolle 64 000 euroa (mukaan lukien 35 000 euroa oikeudenkäyntikuluja ja 29 000 euroa korvauksia viidelle kantajalle) ei juurikaan auta kantajia eikä estä yhtään yliopistoa toistamasta tällaisia toimia. Ja vastauksesta päätellen yliopiston keskushallinto ei ole samaa mieltä käräjäoikeuden näkemyksestä, jonka mukaan menettely ei ollut lainmukainen. Skandinavian suurin päivälehti Helsingin Sanomat raportoi tästä tapauksesta: https://www.hs.fi/politiikka/art-2000006245821.html sekä monissa muissa lehdissä, kuten http://www.acatiimi.fi/6_2019/12.php .

Proteiinien puhdistuskurssi 2019

Wed, 31 Jul 2019 00:00:00 +0000

Järjestämme jälleen joulukuussa laboratoriossamme DPBM-proteiinien puhdistuskurssin. Varmista paikkasi, sillä tämä käytännönläheinen kurssi on suosittu ja paikkoja on vain 16. Voit tuoda mukanasi oman proteiinin, ja räätälöimme kurssiohjelman juuri sinun tarpeidesi mukaan!Lisätietoja: http://research.med.helsinki.fi/corefacilities/b3p/teaching.htmlRegistration : https://courses.helsinki.fi/en/dpbm-135/131042336

Hae menestyksekkäästi Helsingin yliopistoon

Sun, 28 Apr 2019 00:00:00 +0000

Mitkä ovat mahdollisuuteni päästä Helsingin yliopiston maisteriohjelmaan?

Tämä vaihtelee suuresti vuosittain ja eri ohjelmien välillä. Useimpien yksittäisten koulutusohjelmien hyväksymisprosentit ovat vaihdelleet 5–40 prosentin välillä, ja suosittujen koulutusohjelmien, kuten Ympäristömuutokset ja globaali kestävyys tai Taloustiede alimmillaan ja esim. Metsätieteet ja Teoreettiset ja laskennalliset menetelmät yläpäässä.

Ryhmäkansioiden liittäminen fstab-tiedoston kautta

Mon, 11 Feb 2019 00:00:00 +0000

Helsingin yliopistossa voi hakea ryhmäkansioita, jotka ovat yksinkertaisesti NAS-laitteella olevaa levytilaa. Nämä on helppo liittää, kun käytät yliopiston hallinnoimaa tietokonetta yliopiston valikon kautta, mutta entä jos käytät omaa konettasi? Ainakin Ubuntu Linuxissa näiden hakemistojen liittämistapa on muuttunut useita kertoja vuosien varrella, ja se lakkasi toimimasta jälleen äskettäin. Nykyinen merkintä /etc/fstab-tiedostossa omassa (tavallisessa, yliopiston hallinnoimattomassa) Ubuntu 16.04 -järjestelmässäni on seuraava:# HY-ryhmäkansiot//group2.ad.helsinki.fi/h204 /home/local_username/GROUP-drive cifs noauto,user,user=hy_username,nobrl,uid=1000,gid=1000,file_mode=0666,dir_mode=0777 0 0Sen jälkeen voit yksinkertaisesti suorittaa komennon “mount /home/local_username/GROUP-drive”, jolloin sinulta kysytään HY-salasanaasi. Luku 2 ja merkkijono ”h204” palvelimen osoitteessa (group2.ad.helsinki.fi/h204) viittaavat kustannuspaikkaan, joka tässä tapauksessa on H2042 (otetaan kustannuspaikan merkkijonon ensimmäinen numero ja neljä ensimmäistä merkkiä). Tässä on ohjeita siitä, miten se tehdään manuaalisesti Macintosh-tietokoneella:https://helpdesk.it.helsinki.fi/en/instructions/saving-and-sharing/group-storage-space/remote-access-home-and-group-directory-mac

Kansainvälistyminen Meilahdin kampuksen päivittäisessä toiminnassa

Mon, 22 Oct 2018 00:00:00 +0000

Tapaa rehtorit Meilahdessa Viime torstaina (18.10.2018) Helsingin yliopiston uusi rehtori Jari Niemelä sekä neljä vararehtoria (Sari Lindblom, Paula Eerola, Hanna Snellman, Tom Böhling) vierailivat Meilahdin kampuksella avoimessa kysymys- ja vastaustilaisuudessa. Tilaisuudessa ei ollut juuri lainkaan ulkomaalaisia läsnä. Näin ollen viestintäkielenä oli suomi. On selvää, että ulkomaalaiset eivät osallistu, jos he eivät ymmärrä tai puhu tilaisuuden kieltä. Ja koska ulkomaalaiset eivät osallistu, ei ole syytä muuttaa tilaisuuden kieltä, ja niin kierre jatkuu… Perinteisesti vain suomea ja ruotsiaMeilahden kampuksella on erityinen asema kielenkäytön suhteen, sillä vielä aivan äskettäin oli mahdotonta saada tutkintoa Meilahdesta ilman suomen tai ruotsin kielen taitoa, koska ainoat tutkinto-ohjelmat eivät olleet englanninkielisiä. Tilanne on kuitenkin muuttumassa (esim. psykologian laitoksen muuton myötä Meilahdille ja uusien tutkinto-ohjelmien perustamisen myötä, kuten TRANSMED ), mutta vanhat tavat ovat sitkeässä. Edelläkävijät RPU ja HiLIFEMeilahden kampuksen kansainvälistymisen edelläkävijöitä ovat Tutkimusohjelmayksikkö ja HiLIFE. Tutkimusohjelmien yksikön (RPU) sekä HiLIFE -rekrytoinnit ovat Meilahdin kampuksen kaksi kansainvälisintä osaa, ja siksi Hannu Sariola (entinen Meilahdin tutkimuksesta vastaava varadekaani) ja Tomi Mäkelä (HiLIFE-ohjelman johtaja) ottivat esille kansainvälistymisen aiheen ja huomauttivat, että yliopiston säännöt sallivat suuremman kielellisen joustavuuden kuin mitä käytännössä toteutetaan. Tähän mennessä Helsingin yliopiston ainoat viralliset kielet ovat suomi ja ruotsi, vaikka englanninkielisiä opiskelijoita on kirjoilla enemmän kuin ruotsinkielisiä. Englanti on myös käytännössä lähes kaiken tieteellisen toiminnan kieli. Kotimaisten kielten ja englannin välisen tasapainon löytämiseen ei todennäköisesti ole täydellistä ratkaisua. Jos yliopisto haluaa optimoida kansainvälisen vaikutuksensa ja menestyksensä, suomen ja ruotsin roolin on väistämättä vähennettävä, ellei resursseja saada käytettäväksi huomattavasti enemmän.**Erilliset tilaisuudet?**Jotta myös ulkomaalainen henkilökunta saataisiin mukaan, tiedekunnan dekaani järjesti äskettäin tiedekunnan henkilökunnan kokouksen kahdesti: kerran englanniksi ja kerran suomeksi. En ole varma, onko tällainen erottelu pitkällä aikavälillä hyvä idea, mutta se ratkaisee ongelman käytännöllisesti ja hoitaa asian. Jos joku ehdottaisi tiedekunnan joulujuhlan jakamista kieliryhmittäin, sitä pidettäisiin syrjivänä, mutta työkokouksen osalta kukaan ei näytä vastustavan sitä…**PS:**En ole ainoa, joka on tietoinen siitä, että kansainvälistymisessä on vielä pitkä matka edessä. Helsingin yliopiston intranetissä on hyvä artikkeli, jossa esitellään uusi vararehtori Hanna Snellman ja hänen näkemyksensä asiasta: https://flamma.helsinki.fi/en/HY377022 . Yliopisto kuitenkin pitää suurimman osan mielenkiintoisesta verkkosisällöstään lukkojen takana (omassa Flamma -palvelussaan), jonne ei pääse yleisö, joka kuitenkin maksaa yliopiston laskut… Mitä yliopisto pelkää? Lisää läpinäkyvyyttä?

Lakko Helsingin yliopistossa

Tue, 27 Feb 2018 00:00:00 +0000

Helsingin yliopistolle on annettu lakkovaroitus huomiseksi (28.2.). Syynä on se, että työnantajien ja työntekijöiden väliset neuvottelut palkoista ja työehdoista ovat jumiutuneet, ja lakkoa käytetään keinona nopeuttaa työnantajan neuvottelukannan siirtymistä kohti hyväksyttävää kompromissia. Liiketoiminta jatkuu entisellään? Loppujen lopuksi yliopistossa ei ole ollut lakkoa aikoihin… Vaikka lähes kaikki ovat yhtä mieltä siitä, että Suomen tulevaisuus rakentuu tiedolle ja innovaatioille, juuri tiedon ja innovaatioiden tuottajien arvostus näyttää olevan kaikkien aikojen alimmillaan, jos arvostusta mitataan työolojen ja palkkatason perusteella.Luulen, että taustalla ei ole niinkään työnantajan konkreettiset tarjoukset (tai niiden puute), vaan akateemisen koulutuksen, tutkimuksen ja kehityksen halveksunta ja kunnioituksen puute, joka on kasvanut vuosien mittaan ja jota on kiihdyttänyt vuonna 2015 valittu hallitus, joka kieltäytyy investoimasta tulevaisuuteen. Yliopistojen ei pitäisi käyttäytyä kuin yritykset, jotka pyrkivät maksimoimaan voittonsa työntekijöidensä kustannuksella ja tuotteidensa laadun kustannuksella. Muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta kaikki, joilla on vähänkin itsetuntoa, osallistuvat mielenosoitukseen. Kaikki suuret ammattiliitot, mukaan lukien opiskelijoiden ja professoreiden liitot, tukevat tätä toimintaa. Ilmeisesti professorit ryhtyvät lakkoon ensimmäistä kertaa tämän maan historiassa ( https://yle.fi/uutiset/osasto/news/finnish_professors_walk_out_in_first-ever_strike/10095355 ).

Etätyöpöytäyhteydet Helsingin yliopiston työtietokoneeseen

Mon, 15 Jan 2018 00:00:00 +0000

Jos sinulla on työkanula, voit viedä sen kotiin töiden tekemistä varten. Mutta entä jos sinulla on pöytätietokone ja haluat käyttää sitä kotoa käsin? Teknologia, joka mahdollistaa tämän, on ollut olemassa jo yli 20 vuotta, mutta jos luulet, että yliopiston IT-osasto olisi tehnyt tästä sinulle helppoa, olet väärässä. Itse asiassa en tunne ketään, joka osaisi tehdä tämän (puhumattakaan siitä, miten prosessi saataisiin sujumaan helposti). Jopa alla selitetyn asetuksen avulla jotkin asiat eivät toimi kunnolla (esim. en ole koskaan keksinyt, miten tiedostojen jakaminen saadaan toimimaan Mac-Mac-yhteydellä, joten käytän edelleen Fugua erillisen tunneloidun sftp-yhteyden kautta tiedostojen siirtämiseen). Sinulla on useita vaihtoehtoja:

Laboratoriokurssi: Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi (DPBM-135)

Sun, 10 Dec 2017 00:00:00 +0000

DPBM-kurssin ”Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi” ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ) opetusmateriaali, tulokset jne.:

FPLC (Fast Protein Liquid Chrmatography)

UKunnes lisään uudet tiedot, tutustu tähän dokumentaatioon: /fi/FPLC-course .

Acatiimin artikkeli laboratoriostamme

Mon, 27 Nov 2017 00:00:00 +0000

Juttu perustuu suurelta osin tähän aiempaan juttuun . Tällä kertaa mukana on kuitenkin ryhmäkuva, josta näkyy, kuka tekee todellista työtä!

TRANSMED – eniten lääketieteellistä tutkimuskoulutusta rahoillesi

Sat, 25 Nov 2017 00:00:00 +0000

Tämän syksyn lukukaudesta lähtien jopa suomalaiset yliopistot, jotka ovat tähän asti olleet ilmaisen koulutuksen linnakkeita, ovat alkaneet periä lukukausimaksuja opiskelijoilta, jotka eivät ole Euroopan unionin (EU) tai Euroopan talousalueen (ETA) kansalaisia. Opintomaksut ovat 13 000–18 000 euroa vuodessa, mikä on edelleen kohtuullista verrattuna joihinkin muihin yliopistoihin. Tällä hetkellä saat todennäköisesti parhaan vastineen rahoillesi Helsingin yliopistossa . TRANSMED -maisteriohjelma on ehkä paras esimerkki tästä. Kun otetaan huomioon tutkimuslähtöisen lääketieteen maisterikoulutuksen todelliset kustannukset maailmanluokan ympäristössä, 15 000 euron vuosimaksu on edullinen verrattuna muiden yliopistojen vastaaviin ohjelmiin. Ja mikä parasta: mahdollisuudet tulla hyväksytyksi ovat yllättävän hyvät. Jotkut ovat ehdottaneet lukukausimaksujen korottamista, mutta konkreettisia suunnitelmia ei tällä hetkellä ole. Mikä siis estää ulkomaalaisia opiskelijoita virtaamasta Suomeen? Kylmiä talvia ei voi enää syyttää. Ilmaston lämpenemisen ansiosta viime vuosien joulut ovat olleet täällä Helsingissä pääosin lumettomia. Itse asiassa ilmaston lämpeneminen näyttää vaikuttavan Suomeen voimakkaammin kuin useimpiin muihin maihin. Tarvitsetko lisää syitä tulla? Katso täältä: http://www.visitfinland.com/article/greatest-things-about-finland/

Suurten organisaatioiden ketteryydestä

Thu, 15 Jun 2017 00:00:00 +0000

Kymmenen vuotta muutokseen En muista tarkalleen, mutta ajatus ottaa käyttöön kunnollinen sisällönhallintajärjestelmä Helsingin yliopiston koko verkkosivustolle on luultavasti jo 10 vuotta vanha. Olin varannut verkkotunnuksen jeltsch.org toukokuussa 2003 (suoritettuani tohtorintutkintoni) yksityisen verkkosivustoni ylläpitoa varten. Internet-arkistossa oleva vanhin tilannekuva verkkosivustostani on peräisin saman vuoden joulukuulta. Aivan kuten Helsingin yliopiston IT-henkilökunta, huomasin, että verkkosivuston päivittäminen yksittäisiä HTML-sivuja muokkaamalla on erittäin aikaa vievää. Vuonna 2006 etsin – aivan kuten Helsingin yliopiston IT-palvelutkin – sisällönhallintajärjestelmää (CMS). Yliopistossa HTML-sivuja luotiin Dreamweaverilla; minä käytin mitä tahansa käytettävissäni ollutta tekstieditoria. Vertailtuamme eri vaihtoehtoja sekä Helsingin yliopiston IT-henkilökunta että minä päädyimme samaan johtopäätökseen ja valitsimme Drupalin verkkosivujemme sisällönhallintajärjestelmäksi.Siirtyminen DrupaliinSiirtyminen Drupaliin (versio 4.6) kesti minulta muutaman viikon, mutta vuoden 2006 lopussa ensimmäinen Drupal-sivustoni julkaistiin verkossa. Siitä lähtien sisällön lisääminen verkkosivustolleni tuli erittäin helpoksi. Välttelin Drupalin päivittämistä ja ohitin version 6. Kuten olin ennakoinut, päivitys versioon 7 aiheutti minulle suuria päänsärkyjä (päivityksen pitäisi nykyään olla paljon helpompaa). Siirtyminen Drupaliin kesti Helsingin yliopistolta monta vuotta, mutta lopulta vuosina 2016–2017 siirtyminen tapahtui/tapahtuu. Barack Obama oli paljon nopeampi: syksyllä 2009, tuskin puoli vuotta sen jälkeen, kun hänestä oli tullut presidentti, whitehouse.gov:n siirtyminen suljetusta ratkaisusta Drupaliin oli valmis.*Onko Drupal 7 vanha?*Täällä yliopistollamme määräaikoja on jouduttu siirtämään useita kertoja, ja aivan kuten Länsimetron laajennushankkeessa Espooseen , siirtyminen tuli todennäköisesti paljon kalliimmaksi kuin oli suunniteltu. Yliopisto käyttää tällä hetkellä Drupalin versiota 7, joka julkaistiin yli kuusi vuotta sitten tammikuussa 2011. Vaikka Drupal 8 on ollut saatavilla jo marraskuusta 2015 lähtien, hyvä uutinen on, että Drupal 7 on edelleen virallisesti pitkäaikaisen tuen (LTS) versio ja saa siten tietoturvapäivityksiä vielä monien vuosien ajan (arvaisin ainakin viiden vuoden verran). Noin 85 % kaikista Drupal-sivustoista käyttää edelleen Drupal 7:ää, eikä tämän luvun suuruudessa ole vielä näkynyt merkkejä laskusta .Siirtyminen ei ole vielä valmisSiirsin laboratorioni verkkosivut tämän vuoden alussa, kun mahdollisuus siihen avautui. Kuitenkin B3P-ydinlaitteistomme toimii edelleen ”käsin kirjoitetulla” HTML-koodilla, sillä emme ole saaneet lupaa siirtää näitä sivustoja Drupaliin (IT-osasto odottaa HiLIFE-tutkimusinfrastruktuurin rahoituspäätöksiä).Samaan aikaan 2,3 % kaikista maailman verkkosivustoista käyttää Drupalia.*Ongelmia?*Järjestelmä ei kuitenkaan ole virheetön. Turvallisuussyistä (PHP:n turvallisuutta pidetään huokoisena kuin sieni) suurin osa Drupalin tarjoamasta joustavuudesta ei ole sisällöntuottajien käytettävissä: esimerkiksi täysimittainen HTML- tai PHP-koodi solmujen sisällössä on poistettu käytöstä, mikä vaikeuttaa dynaamisen sisällön toteuttamista. Onneksi järjestelmällä on akilleenkantapää, ja se on RSS-syötteiden käyttö.RSS-syötteet apuunKäyttäjän antamilla URL-osoitteilla varustetut RSS-syötteet voidaan integroida useimpiin sivuille, ja yllättäen ne sallivat HTML-sisällön suodattamattoman näyttämisen (mukaan lukien kuvat ja CSS-tyylit). Tällä tavalla toteutin dynaamisesti päivittyvän entsyymiluettelomme ( https://www.helsinki.fi/en/researchgroups/lymphangiogenesis-research-and-antibody-development/services-and-resources ) sekä julkaisuluettelomme (joka näyttää erillisiä syötteitä zotero.org -sivustolta, esim. esiteltyjen julkaisujen luettelon tai katsausartikkeliluettelo . Valitettavasti syöttömoduuli ei tue tavallisia Atom-syötteitä, vaan ainoastaan ”vanhanaikaisia” RSS-syötteitä, minkä vuoksi jouduin ohjaamaan Zoteron Atom-syötteen Python-skriptin kautta, ennen kuin sivuston kävijän selain pystyi hakemaan sen.Varnish CacheToinen ongelma on, että sivusto latautuu melko hitaasti. Jos kävijät etsivät sisältöä, sivuston on ladattava 3 sekunnin kuluessa, muuten kävijä menetetään. Toivottavasti sivusto skaalautuu hyvin, sillä monet tutkimusryhmät eivät ole vielä siirtyneet uuteen järjestelmään. Ja se latautuu hitaasti huolimatta siitä, että se käyttää Varnish Cachea . Valitettavasti Varnish Cache viivästää päivitysten julkaisemista joskus jopa useilla tunneilla (joskus jopa yön yli). 21. vuosisadalla tämä ei ole hyväksyttävää. Olen asettanut yksityisen Drupal-sivustoni välimuistin enimmäiskestoajaksi yhden tunnin. Kolmen sekunnin latausaika on todennäköisesti paras kompromissi, jonka he ovat pystyneet löytämään…

Sähköisen laboratoriopäiväkirjan käyttöönoton esteet

Thu, 08 Jun 2017 00:00:00 +0000

Laboratoriossamme on jo jonkin aikaa kiinnostuttu sähköisistä laboratoriomuistikirjoista (ELN). Äskettäin julkaistu artikkeli [Journal of Cheminformatics] -lehdessä ( https://jcheminf.springeropen.com ) on keskittynyt ELN:ien käyttöönoton esteisiin. Erityisesti akateemisessa maailmassa yli 90 % tutkijoista käyttää edelleen perinteistä paperista laboratoriomuistikirjaa. Suurin käyttöönoton este oli kustannukset sekä rahallisesti että uusien tottumusten oppimisen kannalta. Tiiviisti perässä sijoilla 3 ja 4 olivat käyttöönoton vaivalloisuus ja tietoturvaan liittyvät huolenaiheet. Vaikka kirjoittajat ovat selvästi puolueellisia (he kehittävät avoimen lähdekoodin ELN-järjestelmää ELN SciNote ), käyttöönoton esteet ovat samat kuin ne, joita koen omassa laboratoriossani ja Helsingin yliopistossa.Olin ällistynyt, kun noin kaksi kuukautta sitten sain sähköpostiviestin, jossa kerrottiin, että Helsingin yliopisto oli neuvotellut puitesopimuksen LabVantage -LIMS/ELN-toimittajan Software Pointin kanssa. Vaikka pidän yliopistokohtaista ELN-ratkaisua tarpeellisena, tämä sopimus vaikuttaa kaikkea muuta kuin optimaaliselta useimmille Helsingin yliopiston tutkimuslähtöisille laboratorioille. Useat yliopiston laboratoriot ovat käyttäneet ELN-järjestelmiä jo jonkin aikaa, eikä yksikään niistä ole ollut tietoinen pyrkimyksistä solmia yliopistokohtainen sopimus LIMS/ELN-ratkaisusta. Eikä yksikään niistä, jotka jo käyttävät LIMS/ELN-järjestelmää, ole valinnut LabVantagea, vaan muita ratkaisuja ( Labguru , SciNote , eLabFTW ). Olisi ollut hyödyllistä, jos arviointiryhmässä olisi ollut joku, jolla on todellista kokemusta LIMS/ELN-järjestelmien käytöstä (tai joku, joka on osallistunut LIMS/ELN-kehitykseen), varsinkin kun tällaista asiantuntemusta on saatavilla Helsingin yliopistossa.Neuvotteluihin on osallistunut vain muutama henkilö, kun taas suurimmalta osin sidosryhmiltä ei edes pyydetty mielipidettä. Kun kysyin nimenomaisesti tästä suljetusta toiminnasta, vastaus oli: Hankintaan oli tuolloin mukana hyvin harvoja yksiköitä (lähinnä kronologian yksikkö ja yksi henkilö kemian laitokselta), vaikka tieto oli levitetty ympäri yliopistoa ja kuka tahansa oli tervetullut osallistumaan ja esittämään tarpeitaan. Vaikka yritänkin seurata aktiivisesti IT-infrastruktuurin kehitystä, en nähnyt missään mitään ilmoituksia, enkä löytänyt jälkikäteen etsiessäni mitään, mikä olisi herättänyt huomioni ja antanut minulle mahdollisuuden osallistua. Helsingin yliopiston kansainväliseen menestykseen eniten vaikuttavat laboratoriot ovat tärkeimpiä sidosryhmiä, mutta ne jätettiin huomiotta. Ehkä hieman aktiivisempi sidosryhmien etsiminen olisi ollut paikallaan. LabVantagen kanssa neuvoteltu peruspaketti näyttää olevan suunnattu rutiini- ja kliiniseen laboratoriotyöhön, mutta ei innovatiiviseen tutkimukseen. Kaksi moduulia, jotka ovat elintieteiden tutkimustyössä kaikkein välttämättömimpiä, ovat ELN ja tallennustilan hallinta. Valitettavasti monet biotieteille ominaiset rutiinit (DNA- ja proteiinisekvenssien haku BLAST-tyyppisillä hakualgoritmeilla) puuttuvat tarjouksesta kokonaan, vaikka niitä tarvitaan biotieteissä kipeästi. Ilmaisen sovellusrajapinnan (API) puuttuminen (kuten eLAbFTW -ominaisuudet tai SciNote ) estää käyttäjiä integroimasta omaa olemassa olevaa koodiaan tai omia tietokantajärjestelmiään. Jokainen pieni muutos vaatisi LabVantage-kehittäjien osallistumista, ja se olisi erittäin hidas ja kallis prosessi. Käytännössä tämä tarkoittaa, että järjestelmän puutteita ei koskaan korjata. Peruspaketin voi ottaa käyttöön mikä tahansa yliopiston laboratorio maksamalla kertaluonteisen 200 euron maksun jokaisesta käyttäjästä (ei jaettavia lisenssejä, vain nimelliskäyttäjiä). Meidän laboratoriomme osalta summa olisi 2 000 €, mutta alhainen hinta ei sinänsä ole myyntivaltti. Puitesopimuksen puitteissa mikä tahansa laboratorio voi maksaa lisämoduulit itse, mutta 17 500 €:n korkea hinta tekee siitä epätodennäköistä, että kukaan niin tekisi. En halua ajaa yhteishankintaa, koska ei ole mitään keinoa tietää, sopisivatko nämä moduulit laboratoriotyön arkeen. Toisin kuin useimmat muut toimittajat, LabVantage ei tarjoa järjestelmän ilmaista kokeiluversiota. Minusta on epäilyttävää, jos toimittaja ei tarjoa kokeiluversiota. Jos tuote on hyvä, kokeiluversio vakuuttaa potentiaaliset asiakkaat ostamaan sen. Jos tuote on hyvä, mitä haittaa kokeiluversiosta voisi olla toimittajalle? Olemme itse testanneet useita ELN-ratkaisuja kahden viime vuoden aikana, ja jotkut järjestelmät saivat erittäin huonoa palautetta niiltä, jotka käyttävät niitä päivittäin (esim. hankala tietojen tuonti, epäintuitiivinen käyttöliittymä, hidas palvelimen vasteaika). Itse asiassa oligonukleotidien hallintaan ja proteiinien/entsyymien varastointiin käytämme edelleen täysin vanhentunutta avoimen lähdekoodin LIMS-järjestelmää, jonka olin mukana kehittämässä noin 15 vuotta sitten tohtoriopiskelijana ( http://phplabdb.sourceforge.net , nykyisin osoitteessa https://github.com/mbekaert/phplabdb) . Laboratoriossani käytämme eLabFTW:tä . Meillä on paikallinen asennus Helsingin yliopiston intranetissä (johon pääsee VPN:n kautta mistä tahansa), ja kuka tahansa Helsingin yliopiston jäsen voi saada sieltä käyttäjätunnuksen. Jos olet kiinnostunut kokeilemaan sitä, ota yhteyttä minuun! Keskeinen kysymys jää edelleen vaille vastausta: miksi suurinta osaa sidosryhmistä ei otettu mukaan päätöksentekoprosessiin?

Ikuisesti nuori

Sun, 30 Apr 2017 00:00:00 +0000

Novo Nordisk -säätiö (tarkemmin sanottuna tohtori John Peter Wittschieben) pyysi minua kertomaan muutaman sanan hyväksyttyjen hakijoiden näkökulmasta “ Kuinka saada rahoitusta kansainvälisiltä säätiöiltä ” -infotilaisuudessa, joka pidettiin 26. huhtikuuta Biomedicum Helsingissä.Hyödyllistä tietoaSelvyyden vuoksi: Tapahtuma oli erittäin hyödyllinen. Se oli hyödyllinen erityisesti Novo Nordisk -säätiön ja JDRF:n esittämien yksityiskohtaisten tietojen ansiosta, jotka esiteltiin tapahtuman aikana. Alussa olin yllättynyt kuullessani dekaanimme puhuvan johdannossaan ”onnekkaista, jotka saivat rahoitusta”. Naiivisuudessani olin aina olettanut, että rahoitusta jaetaan ansioiden ja kykyjen perusteella, ei onnen mukaan. Vaikka kokeneemmat tutkijat, kuten Mikael Knipp, pystyivät antamaan hyviä neuvoja, minä en siihen kyennyt. En tietenkään voi ylpeillä omilla rahoituksen saamisen todennäköisyyksilläni (jotka ovat noin 5 %; yksi 20 hakemuksesta hyväksytään).Ei aikaa tieteelle, liikaa aikaa apurahahakemusten kirjoittamiseen? Jotkut osallistujat ilmaisivat hämmästyksensä tutkijoiden nykyisistä laajalle levinneistä valituksista alhaisista myöntämisasteista ja väittivät, että hylätty hakemus johtaa parannettuun uuteen hakemukseen seuraavalla kierroksella. Olen samaa mieltä siitä, että parannus voi olla huomattava muutaman ensimmäisen kierroksen ajan, mutta sen jälkeen siitä tulee vähenevän tuoton peli. Kirjoitan keskimäärin 20 apurahahakemusta saadakseni yhden hyväksytyksi, ja 15 näistä tapauksista olen melko samaa mieltä E.P. Diamandisin kanssa, joka Clinical Chemistry -lehdessä valitti yli 20 miljardin dollarin tappiosta , joka johtui epäonnistuneesta hakemusten laatimisesta.**Kuka on ”nuori tutkija”?*Toinen kysymys, josta – mielenkiintoista kyllä – keskusteltiin (ja jota olin pohtinut jo vuosia), oli termi ”nuori tutkija”. Päätelmänä oli, että nuori tutkija on kuka tahansa, jolla ei ole täysipäiväistä professuuria. Tämä saattaa olla ainoa järkevä määritelmä, sillä pää tutkijoiden keski-ikä on noussut tasaisesti viime vuosikymmenien aikana (ks. esim. täältä ). Monet tutkijat pysyvät siis ikuisesti nuorina (tai ainakin eläkkeelle jäämiseen asti).On vaikea olla luova, jos kamppailee rahoituksen kanssaVaikka en pystynytkään vakuuttamaan monia (ehkä ketään), vastustin ajatusta, että akateemisessa tutkimuksessa olisi toivottavaa yhdistää luovuuden ja sovellettavuuden tavoitteet. Todellinen luovuus syntyy pääasiassa ensisijaisesta motivaatiosta, ja utilitaristiset näkökohdat itse asiassa haittaavat luovuutta. Tämä ei tarkoita, etteikö luova tutkimus voisi olla erittäin hyödyllistä. Niiden asettaminen tärkeiksi kriteereiksi rahoituksen jakamisessa on vain liikaa vaadittu rahoittajalta, nimittäin kykyä ennustaa tulevaisuutta. Luovuus ja pyrkimys tutkimuksen ”soveltuvuuteen/vaikutukseen” eivät ole vain keskenään kohtisuorassa, vaan ne vetävät vastakkaisiin suuntiin. Jos tutkimuksella on vaikeuksia rahoituksen saamisessa, on vaikea olla luova. Perustarpeet on tyydytettävä, ennen kuin ihmiset voivat toteuttaa mahdollisuuksiaan. Lisäksi kun säätiöt vaativat lyhyen aikavälin sovellettavuutta, ne vaikuttavat minusta poliitikoilta, jotka ajattelevat 4–5 vuoden vaalikierron puitteissa. Suuressa osassa akateemista tutkimusta emme voi ennustaa sen tulevia käyttötarkoituksia. Lisäksi potentiaaliset sovellukset ovat useimmiten PALJON kauempana kuin viiden vuoden päässä tulevaisuudessa. Jos soveltuvuuteen tähtäävä painotus johtaa painopisteen siirtymiseen perustutkimuksesta soveltavaan tieteeseen, tutkimusketju (perustutkimus > soveltava tutkimus > insinööritiede) kuivuu jo lähteestään. Ehkä tämä soveltuvuuteen tähtäävä painotus myös nopeuttaa perinteisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen välisten rajojen hämärtymistä. *Tällä kertaa minun on oltava Marxin puolella: Nicht das Bewußtsein bestimmt das Leben, sondern das Leben bestimmt das Bewußtsein.

Jäikö Big Wheelin jalkoihin?

Fri, 24 Mar 2017 00:00:00 +0000

Kansainvälistymiseen panostamisesta huolimatta englanninkieliset tiedot koulutusuudistuksesta ovat puutteellisia ja myöhässä”Big Wheel” -uudistus vyöryy päälleni, enkä edes huomaa sitä. Yliopiston intranetissä on ollut jonkin verran englanninkielistä tietoa prosessista. Suunnitteluvaiheessa suurin osa asiakirjoista oli kuitenkin aluksi saatavilla vain suomeksi, ja käännöksistä aiheutuneen viivästyksen vuoksi ulkomaalaiset työntekijät, joilla ei ollut englannin kielen taitoa, jäivät suurelta osin prosessin ulkopuolelle. Tämän panoksen menettäminen ei todellakaan ollut hyödyllistä, sillä useat Big Wheel -uudistuksen tavoitteet liittyvät kansainvälistymiseen, kuten tutkinto-rakenteiden yhdenmukaistamiseen Euroopassa (”3+2+3-järjestelmä”) sekä tutkinto-ohjelmien kansainvälisen houkuttelevuuden ja kilpailukyvyn parantamiseen.Erinomaiset opiskelijat saattavat jäädä ilman opiskelupaikkaa yliopistossammeSyyskuussa 2017 alkavien maisteriohjelmien hakijamäärien perusteella voidaan todeta, että ohjelmien tekemiseksi ”kansainvälisesti houkutteleviksi ja kilpailukykyisiksi” on vielä paljon työtä tehtävänä. Lähes kaikilla koulutusohjelmilla hakijamäärät EU:n ja ETA:n ulkopuolelta ovat laskeneet, mikä todennäköisesti johtaa siihen, että lukukausimaksuista saatavat tulot jäävät selvästi alle yliopiston toivoman tason (Helsingin yliopiston maisterintutkinnon lukukausimaksut ovat ohjelmasta riippuen 13 000–18 000 euroa vuodessa). Menetämme todennäköisesti potentiaalisesti erinomaisia opiskelijoita, ja ilmassa on epämääräinen epäilys siitä, että koulutuksen yleinen taso saattaa kärsiä. EU:n ja ETA:n ulkopuolelta tuleville opiskelijoille on tarjolla 30 erisuuruisia apurahaa. Kuitenkin vain noin 10 stipendin saajista pystyy kattamaan lukukausimaksun kokonaan stipendillään (katso täältä: https://www.helsinki.fi/en/studying/how-to-apply/scholarship-programme) . Mielestäni myös koulutusohjelmien mainontaa voitaisiin ehdottomasti parantaa.Tiedot saatavilla olevista apurahoista: riittävän selkeitä vai sekavia? Pelkään myös, että monet potentiaaliset hakijat olivat hämmentyneitä apurahaohjelmasta (niin olin minäkin, ja olen edelleen). Oman maisteriohjelmamme verkkosivuilla ( https://www.helsinki.fi/en/programmes/master/translational-medicine-transmed ) stipendejä ei mainita näkyvästi (vai oliko se tarkoituksellista?). Vielä pahempaa on, että Helsingin yliopiston sivuilla oleva linkki, jonka avulla voi tarkistaa, joutuuko opiskelija maksamaan lukukausimaksua, on ollut jo jonkin aikaa puoliksi rikki (“Voit tarkistaa tämän Studyinfon verkkosivuston UKK:sta , onko sinun maksettava lukukausimaksuja vai ei” (alkuperäinen tällä sivulla ). Toivottavasti se kuoli vasta hakuaikojen päätyttyä…Tohtorintutkinnon koulutusuudistusBig Wheel -uudistus koskee kaikkia kolmea tutkintoa: kandidaatin, maisterin ja tohtorin (PhD) tutkintoja. Kansainvälistyminen koskee erityisesti tohtorintutkintoa ja niitä maisteriohjelmia, jotka ovat kokonaan englanninkielisiä (esim. translaatiolääketiede tai biotieteiden informaatiotekniikka). Vaikka noin puolet yksikköni (tutkimusohjelmien yksikkö) tohtoriopiskelijoista on ulkomaalaisia, tuskin kukaan heistä tietää, mistä ”Big Wheel” -uudistuksessa on kyse. Big Wheel -keskustelutilaisuus Meilahdin kampuksellaKun lähes kaikki oli jo sovittu ja päätetty, Meilahdin kampukselle ilmoitettiin Big Wheel -tiedotustilaisuudesta (31.3.2017). Sähköpostiviesti oli yksinomaan suomeksi. Olen usein antanut palautetta, kun tärkeitä tapahtumia ei ole ilmoitettu englanniksi (useimmiten ilman vastausta). Siksi kirjoitin viestin suoraan yliopiston rehtorille ja vararehtorille. Sähköpostikeskustelu on liitteenä alla. Riittää sanoa, että yliopisto on edelleen sitoutunut kansainvälistymisen edistämiseen, vaikka se ei olekaan ongelmatonta…Mistä kuulemistilaisuudessa keskusteltiinEnglanniksi käyty keskustelu keskittyi tohtorikoulutukseen. Erittäin perusteltu pyyntö oli, ettei korjattaisi sitä, mikä ei ole rikki. Kansainvälisessä vertailussa tohtorikoulutus on Suomessa suurimmaksi osaksi erinomaista, ja ainoana ongelmana pidetään sen kestoa. Tällä hetkellä suomalainen tohtorintutkinto biotieteissä edellyttää, että jatko-opiskelija julkaisee tieteellisissä lehdissä. Tämän seurauksena suurin osa tutkimuksesta Suomessa tehdään tohtoriopiskelijoiden toimesta. Vaadittavien julkaisujen tarkka lukumäärä ja laatu vaihtelevat tiedekunnittain, sillä asiasta ei ole virallista yksimielisyyttä. Tyypillisesti vaaditaan 3–5 artikkelia, ja tekijyys jaetaan tietyssä määrin. Kaikkien julkaisujen ei tarvitse olla ensimmäisen tekijän artikkeleita.Suomalaiset tohtorit ovat kilpailukykyisiäVaikka suomalaisesta yliopistosta saatu tohtorintutkinto on kansainvälisesti erittäin kilpailukykyinen, tohtorit ovat tyypillisesti paljon vanhempia kuin useimmissa muissa maissa. Tämä herättää kysymyksen: mitä sitten? Tohtoriopintojen tyypillisen keston Suomessa on yleisesti oletettu olevan noin 7 vuotta. Kukaan ei kuitenkaan tiedä tarkalleen (ei edes yliopisto itse, koska tiukkoja sääntöjä tohtoriopintojen rekisteröinnistä ei ole ollut olemassa vasta viime aikoihin asti), mutta suuntaus kohti lyhyempää kestoa (ja vähemmän vaatimuksia) näyttää olevan hyvin hidas. Voimakkaat voimat vastustavat tohtoriopintojen lyhentämistäSe, että tohtoriopinnot kestävät Suomessa niin kauan, on luonnonvalinnan tulos. Sääntelyllä painostaminen nopeampaan tohtoriopetukseen aiheuttaa monia tahattomia seurauksia. Tohtoriopintojen lyhentämistä vastaan vaikuttavat voimakkaat tekijät, erityisesti akateemista uraa tavoittelevien erittäin lahjakkaiden opiskelijoiden osalta: esimerkiksi suhteellinen helppous saada apurahaa tohtoriopintojen aikana sekä vastavalmistuneiden tohtorien korkea työttömyysaste Suomessa.Tohtorintutkintojen ikärajat rahoituksen saamiseksiKuten Kalle Saksela on tuonut esiin, yksi suurimmista esteistä tohtoriopintojen lyhentämiselle on akateemisen tutkimuksen yleinen rahoitustilanne. Jokaisella rahoituskierroksella myönnettävien apurahojen määrät laskevat uusille kaikkien aikojen alimmille tasoille. Menestyneillä hakijoilla on erittäin vakuuttava valikoima korkealaatuisia julkaisuja, joiden hankkiminen vie aikaa. Suurissa kilpailullisissa tutkimusrahoitusohjelmissa (Suomen Akatemia, ERC) asetetaan kuitenkin hakijoille rajoituksia (esim. ”enintään 7 vuotta tohtorintutkinnon suorittamisen jälkeen”), joilla ei ole mitään yhteyttä hakemuksen laatuun.Neljä vuottaVararehtori Hämäläisen erittäin selkeä viesti (Jukka Kola oli jo poistunut keskustelusta, kun kieleksi vaihdettiin englanti) oli, että tohtoriopintoja on lyhennettävä, jotta ne olisivat vertailukelpoisia muiden maiden kanssa. Tavoitteena on 3+2+4 (3 vuotta kandidaatin opintoja, 2 vuotta lisää maisterin opintoja ja sitten 4 vuotta tohtoriopintoja). Vararehtorin esittämä ajatus oli yksinkertaisesti siirtää osa opinnoista, jotka tällä hetkellä suoritetaan tohtoriopintojen puitteissa, varhaiseen postdoc-vaiheeseen. Suuri kysymys on tietysti se, kuka tämän siirron maksaa? Tutkimusrahoitusta on lisättävä huomattavasti, jotta postdoc-tutkijoiden palkat voidaan maksaa, ellei haluta heikentää kotimaisen tutkimustuotannon kokonaistasoa. Jo nyt postdoc-tutkijan palkkaaminen Akatemian tutkijabudjetilla on lähes taloudellista itsemurhaa.

Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi

Mon, 20 Mar 2017 00:00:00 +0000

Järjestämme (jälleen) käytännönläheisen proteiinien puhdistuskurssin 4.–20. joulukuuta. Kurssille mahtuu enintään 16 osallistujaa, jotka jaetaan 2–4 hengen ryhmiin. Jokainen ryhmä tarvitsee kolme kokopäivää käytännön harjoitusten suorittamiseen, mutta kurssin kolmas päivä osuu päällekkäin seuraavan ryhmän ensimmäisen päivän kanssa. Kurssi pidetään Biomedicum Helsingissä, huoneissa A516a1 (jossa laitteet sijaitsevat) ja B318a/b (laboratoriossamme). Puhdistamme proteiinin (VEGF-reseptori 3) kaksivaiheisella menetelmällä (affiniteettikromatografia + geelisuodatus) Äkta Avant FPLC -laitteella. Kurssin kolmantena päivänä mittaamme proteiinin vuorovaikutusta sen ligandin (VEGF-C) kanssa ITC-laitteella (isoterminen kalorimetria). Olemme järjestäneet vastaavan kurssin vuonna 2015 ( http://www.helisci.fi/hbgs/FPLC2015/) . Tämä uusi kurssi ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ) on rakenteeltaan samanlainen, mutta olemme pidentäneet sitä yhdellä päivällä, jotta voimme analysoida proteiinien vuorovaikutuksia hyödyntämällä B3P-yksikkömme uutta isotermisen kalorimetrian laitetta. Kurssimateriaali ja tulokset ovat saatavilla myös täältä .Koska voimme käsitellä kerrallaan enintään kaksi näytettä (meillä on ”vain” kaksi FPLC-laitetta), joudumme jakamaan osallistujat ryhmiin (2–4 opiskelijaa ryhmässä) ja toistamaan kolmen päivän kurssin useita kertoja osallistujamäärän mukaan.

Ei kiinnostusta (takautuvaan tarkasteluun ja itsetutkiskeluun)?

Fri, 17 Feb 2017 00:00:00 +0000

Yliopistossa puhuttiin paljon viime vuoden ”muutoksista” . Yllättäen kukaan ei näytä enää olevan kiinnostunut aiheesta. Ainakin tämä oli ensivaikutelmani, kun menin Meilahden kampuksella järjestettyyn kuulemistilaisuuteen. Haartmanin instituutin luentosali 1, jossa kuulemistilaisuus oli tarkoitus järjestää, oli täysin tyhjä saapuessani. Koska vain kourallinen ihmisiä oli vaivautunut paikalle, kuulemistilaisuus oli siirretty läheisen kahvilan pöydän ääreen. Kukaan ei juuri huomannut, että arviointiryhmä on aloittanut työnsä analysoidakseen Helsingin yliopistossa viimeisen puolentoista vuoden aikana tapahtuneita ”muutoksia”. Oletan, että tarkoituksena oli selvittää, mitä vältettävissä olleita virheitä on tehty. Tämän yliopistolähteen mukaan Jukka Kola, joka on toiminut monien tämän ajanjakson kiistanalaisten päätösten julkisena kasvoina, sai itse päättää arviointiryhmän jäsenistä. Tämän vuoksi arviointiryhmän on oltava erittäin varovainen, jotta sen raportti ei vaikuta puolueelliselta.

1000 kertaa liian hidas

Thu, 01 Dec 2016 00:00:00 +0000

Helsingin yliopisto on ulkoistanut osan IT-infrastruktuuristaan Microsoftille. Vaikka ulkoistaminen olisi lyhyellä aikavälillä halvempaa kuin vastaavien palvelujen tuottaminen paikallisesti, nettovaikutus on todennäköisesti negatiivinen menetettyjen työpaikkojen, osaamisen ja itsenäisyyden vuoksi. Tämän itsetuhoisen käyttäytymisen selittämiseen ei tarvita salaliittoteorioita, vaan syynä ovat vain huonot päätöksentekokriteerit, joissa ei oteta huomioon pitkän aikavälin ja ulkoistettuja kustannuksia. Pyrkiessään saamaan käyttäjät päivittämään uudemmat Windows-versiot Microsoft lopetti Windows XP:n laajennetun tuen 8. huhtikuuta 2014, ja yliopisto noudatti tätä kieltämällä XP-koneilta pääsyn verkkoon. Perusteluna oli, että XP:stä oli tulossa turvallisuusriski. Samaan aikaan Windows XP:n osuus oli edelleen noin 20 % kaikista Windows-asennuksista maailmassa ( https://www.statista.com/statistics/218089/global-market-share-of-windows-7/ ). Vielä lokakuussa 2015 yli 100 miljoonaa tietokonetta käytti Windows XP:tä ( https://en.wikipedia.org/wiki/Usage_share_of_operating_systems ja https://www.statista.com/statistics/218089/global-market-share-of-windows-7/ ), ilman että siitä olisi aiheutunut katastrofaalisia seurauksia. Windows XP:n käytön lopettaminen oli ongelma, sillä neljässä tutkimustyöhön tarvitsemassamme laitteessa on edelleen Windows XP. Käyttöjärjestelmää ei ole mahdollista päivittää ilman laitteiston uusimista (mikä maksaisi tuhansia tai kymmeniä tuhansia euroja ja on siksi lähes mahdotonta yliopiston nykyisessä tiukassa taloudellisessa tilanteessa). Eikä laitteiden käyttämiseen tarvittava ohjelmisto tietenkään ole yhteensopiva Windows 7:n kanssa. Tämän seurauksena emme voi hallita laitteita etäyhteydellä emmekä tehdä automaattisia varmuuskopioita. Jopa tietojen siirtäminen analysoitavaksi toiselle tietokoneelle edellyttää Adidas-verkkoa . Olin ottanut yhteyttä IT-tukeen hyvissä ajoin ennen Windows XP:n laajennetun tuen päättymistä ja pyytänyt heitä etsimään ratkaisua. Ilmeisesti mahdollisia ratkaisuja oli useita, ja IT-tuki alkoikin toteuttaa niitä, mutta henkilöstön vaihtuvuuden vuoksi projekti jouduttiin ”käynnistämään uudelleen” useita kertoja, ja eri tukihenkilöillä oli erilaisia näkemyksiä ongelman ratkaisemisesta. Yliopistossa toteutetun laajan ”fire and hire” -toimenpiteen myötä koko projekti hajosi jälleen. Tänä syksynä keskustelin jälleen tarpeistamme IT-henkilökunnan kanssa, mutta en ole toistaiseksi saanut mitään konkreettista apua. Tänä tiistaina halusin vihdoin selvittää, kuinka vaikeaa on todellisuudessa liittää Windows XP -kone verkkoon tavalla, joka ei vaaranna tietoturvaa, mutta mahdollistaa tiedostojen jakamisen, varmuuskopioinnin ja etäohjauksen. Kävin instituutin romupaikalla, jonne kerätään rikkoutuneita elektroniikkalaitteita, ja otin sieltä kolme vanhaa 10/100-verkkokorttia sekä muutaman ethernet-kaapelin. Yksi kortti ja yksi kaapeli olivat vielä toimintakunnossa, joten asensin verkkokortin Ubuntu 16.04 -tietokoneeseen ja liitin sen ethernet-kaapelilla yhteen XP-koneista. Määritettyäni verkkokortille IP-osoitteen manuaalisesti ja asennettuani Samban Ubuntu-koneelle pystyin liittämään Samba-jakon asemaksi Windows XP -koneeseen. Sitten tein Samba-jakon saatavaksi verkkosivun kautta. Koko homma kesti noin tunnin. Koska en ole IT-ammattilainen, käytin ehkä vielä kolme tuntia selvittämään, miten se tehdään (Samban asennus, Apache-palvelimen asennus, toisen verkkokortin konfigurointi, mikä ei tapahdu automaattisesti Ubuntussa). Tämä ratkaisu täyttää kaikki vaatimuksemme, ei maksanut mitään ja saatiin toteutettua yhden päivän kuluessa. Kirjoitan teknisistä yksityiskohdista myöhemmin, kunhan ehdin dokumentoida tekemäni toimenpiteet. Joustavuus on ehkä se, mitä eniten puuttuu, kun tarkastelen monia yliopistomme IT-projekteja. Mieleeni tulee erityisesti siirtyminen Drupaliin yliopiston verkkosivujen sisällönhallintajärjestelmänä. Valitettavasti tiedekuntamme käyttää edelleen Dreamweaveria verkkosivujensa luomiseen, minkä seurauksena monia verkkosivuja ei päivitetä lainkaan.

Hankkeen keskeinen rahoitus

Fri, 07 Oct 2016 00:00:00 +0000

Tämä kirjoitus on saanut inspiraationsa äskettäisestä menestyksestämme Suomen Akatemian Key Project -rahoituskilpailussa . Yksi tutkijoiden suurimmista ajanhukista on rahoituksen hakeminen tutkimuksensa rahoittamiseksi. Tutkijat käyttävät yhä enemmän aikaa apurahahakemusten laatimiseen, koska kilpailu kutistuvista resursseista kiristyy. Kun opetukseen ja hallintoon käytetty aika on vähennetty, heillä jää ehkä muutama tunti viikossa tutkimustyöhön. Viime viikolla lounastauolla eräs ystäväni kysyi minulta, mitkä rahoituksen saamisen onnistumisprosenttimme olivat. En tiennyt, koska olen vältellyt tätä epämiellyttävää totuutta. Laskin asian tänään, ja masentava tulos on, että hyväksymisprosenttimme ovat alhaisella yksinumeroisella tasolla, ja tämä näyttää olevan melko keskimääräinen luku (meille vuosi 2015 oli poikkeuksellisen menestyksekäs, ja vuoden 2016 luku saattaa vielä parantua, koska useita päätöksiä ei ole vielä tehty).Akateemisen tuottavuuden parantaminen lisäämällä paperilla 1600 tuntia vuotuista työaikaa on merkityksetöntä, jos 400 tuntia tästä ajasta kuluu turhaan, eli epäonnistuneisiin apurahahakemuksiin. Järjestelmälle aiheutuvat taloudelliset menetykset ja vaihtoehtokustannukset ovat valtavat, ja eräs kollegani viittasi minulle äskettäin tähän vuoden 2015 artikkeliin Clinical Chemistry , jossa apurahahakemusten kirjoittamiseen tuhlatun rahan arvo arvioitiin Yhdysvaltojen osalta varovaisesti vähintään 20 miljardiksi dollariksi vuodessa. Budjettiimme sisältyy uusia tutkijapaikkoja, mutta emme vielä tiedä, missä ja milloin nämä henkilöt pääsevät aloittamaan työnsä. Teoriassa isäntäorganisaatio (eli Helsingin yliopiston tutkimusohjelma) takaa infrastruktuurin. Tutkimusohjelma ei kuitenkaan voi luoda laboratoriotilaa tyhjästä. Yliopisto yrittää vain säästää rahaa minimoimalla vuokraamansa lattiapinta-alan. Vaikka jotkut juhlistavat onnistuneita apurahahakemuksia, oma näkemykseni on realistisempi: Rahoituspäätöksen jälkeen on ennen rahoituspäätöstä*.*Lainaus on muokattu viittaamalla Sepp Herbergeriin , vuoden 1954 jalkapallon maailmanmestaruuden voittaneen Saksan valmentajaan, joka totesi kuuluisasti: ”Ottelun jälkeen on ennen ottelua.”

Kloonauskerho – työpajamateriaali

Tue, 30 Aug 2016 00:00:00 +0000

DPBM -järjestön järjestämän Cloning Club -kurssille. Jokaisesta luennosta on tiedostoja (ainakin) kahdessa eri muodossa: PDF ja ODP (Open Document Presentation). ODP-tiedostoa voi muokata LibreOffice -ohjelmistolla. Jos haluat avata sen Microsoft Officella, sinun on ensin muunnettava tiedosto joko LibreOfficen avulla tai jollain verkkopohjaisella muuntotyökalulla (kuten cloudconvert ). Kurssin järjestäjän tuottama materiaali (Open Document- ja PDF-muodossa) on saatavilla Creative Commons -lisenssin alaisena (lukuun ottamatta muokattua materiaalia, joka on nimenomaisesti merkitty). Kurssin osallistujien materiaalit (PowerPoint-muodossa) toimitetaan niiden tekijöiden ehdoilla. Saatatan lisätä myöhemmin parannettuja versioita kokous- tai luentodiasarjoista osallistujien palautteen perusteella.

Voittakaamme syöpä yhdessä!

Sun, 07 Aug 2016 00:00:00 +0000

Sawan ja minä ilmoittauduimme ”The Jeltsch Laboratory” -joukkueena Helsingin Twilight Run -tapahtumaan, joka on Suomen Syöpäsäätiö tukeva hyväntekeväisyystapahtuma. Sawan sai kuitenkin kesäflunssan ja joutui jättämään koko tapahtuman väliin. Tavoitteenani oli pysyä alle tunnin ajassa, ja se onnistui. Paikalla oli itse asiassa useampia osallistujia RPU:sta (Research Programs Unit) ; törmäsin Tiiaan ja Juliaan. Ehkä meidän pitäisi ensi vuonna osallistua yhteisenä RPU-joukkueena (tai miksi ikinä RPU:ta sitten kutsutaankaan, jos todella onnistumme muuttamaan nimemme)?

RPU-seminaari 2016

Fri, 24 Jun 2016 00:00:00 +0000

Ladattavat tiedostot

Lataa diat PDF-muodossa.

Lataa PDF

Kloonauskerho

Wed, 22 Jun 2016 00:00:00 +0000

Järjestämme yhdessä biolääketieteen tohtoriohjelman (DPBM) kanssa syksyllä 2016 työpajan ja käytännön kurssin kloonauksesta (kurssikoodi 921244).Päivämäärät ja paikka (työpaja): Viikoittainen keskustelutyöpaja (8 kertaa, kukin 1–1,5 tuntia) alkaa tiistaina 30.8.2016; paikka: kokoushuone 7 (Biomedicum Helsinki, 5. kerros, paitsi 27.9. ja viimeinen työpaja 25.10., jotka pidetään huoneessa BM B136A); 1 opintopistePäivämäärät ja paikka (käytännön kurssi): Hajautettu laboratoriokurssi (osallistujien aikataulun ja paikan mukaan tai – niille osallistujille, joilla ei ole pääsyä tarvittaviin tiloihin – marraskuun kahden ensimmäisen viikon aikana laboratoriossamme); 1 opintopisteKurssin tietosivu: http://www.helisci.fi/hbgs/cloning-club2016 Ilmoittautumissivu: https://elomake.helsinki.fi/lomakkeet/71701/lomake.html Yksityiskohtaiset kurssitiedot: PDF Mainosjuliste: PDF Kurssimateriaali: Materiaalia lisätään tänne jokaisen tapaamisen jälkeen Kloonaus on houkuttelevaa juuri siksi, että se on tylsää. Kaikki alkaa kuitenkin DNA:sta. Geenitekniikka ei ole tullut jäädäkseen, vaan sen merkitys kasvaa entisestään: olemme vasta raapaisseet sen potentiaalin pintaa. Lähes kaikessa biolääketieteellisessä tutkimuksessa käytetään DNA-rakenteita: ilmentymisvektoreita solujen transfektioon, shuttle-plasmideja virusten valmistukseen sekä rakenteita transgeenisten eläinten tuottamiseen. Taitoa DNA-rakenteen luomiseen tarvitaan vielä siihen asti, kunnes markkinoille saapuu se luvattu laite, joka tuottaa minkä tahansa plasmidiin muutaman tunnin kuluttua siitä, kun sille on syötetty plasmidiin sekvenssi.Käytettävissä on monia uusia tekniikoita, minkä vuoksi valinta on vaikeampaa kuin vanhoina aikoina, jolloin restriktioentsyymikloonaus oli ainoa vaihtoehto. Nykyään vaatimukset ja vaihtoehdot ovat rajattomat, ja menestyksen ja nopeuden maksimoimiseksi on valittava oikea strategia.

Hyvää johtajuutta?

Mon, 02 May 2016 00:00:00 +0000

Kun aloitin pää tutkijana Helsingin yliopistossa , minua kehotettiin osallistumaan Henkilöstökoulutuksen järjestämään ”Hyvä johtajuus” -kurssille. Yhdessä 14 muun tutkimusryhmän johtajan kanssa opiskelin marraskuun 2013 ja maaliskuun 2014 välisenä aikana Sanna-Marja Heiminon ja muiden asiantuntijoiden johdolla muun muassa ”taitoja, joilla voi tehokkaasti kehittää, valmentaa, voimaannuttaa ja johtaa muita parhaiden tulosten saavuttamiseksi”.Kurssin päätteeksi meillä oli illallinen Jukka Kolan kanssa, jota pidetään nykyään vastuussa laajamittaisten (ja monien tarkkailijoiden mielestä liioiteltujen) kustannussäästöjen toteuttamisesta , jotka pakotettiin yliopistolle vallitsevien poliittisten voimien määräämien budjettileikkausten seurauksena.En halua tässä keskustella siitä, olivatko tällaiset radikaalit toimenpiteet välttämättömiä vai olisiko vähemmän laaja säästöstrategia riittänyt. Jopa päätös siitä, säästetäänkö vai harjoitetaanko alijäämäistä taloudenpitoa talouden laskusuhdanteessa, ei useimmiten perustu tosiasioihin vaan ideologiaan. Taloustieteessä kovat tiedot lisäksi vaikuttavat muodit ja ajan henki. Siksi ei ole yllättävää, että tunnetut taloustieteilijät ovat eri mieltä alijäämäisen taloudenpidon vaikutuksista. Mutta nyt eksyn aiheesta… Halusin vain ilmaista täydellisen pettymykseni. En säästötoimiin sinänsä, vaan siihen, MITEN säästöt toteutettiin suhteessa niihin ”hyvän johtajuuden” käytäntöihin, joita meitä on kehotettu noudattamaan. Päätöksistä ei keskusteltu riittävän avoimesti. Vieläkin monien irtisanomisten perusteet ovat käsittämättömiä ja kiistanalaisia (ks. esim. tämä artikkeli Suomen suurimmassa sanomalehdessä Helsingin Sanomissa). Koska avoimuus puuttui selvästi, yliopiston ylimmän johdon puheet hyvästä johtajuudesta näyttivät olevan lähinnä pelkkää sanahelinää. En epäile, etteivätkö he ajattelisi yliopiston yleisen edun parasta. Mutta kuka määrittelee yliopiston edun? Useimmat oligarkit määrittelevät sen itse, eikö niin? Siksi ei ole yllättävää, että äskettäisessä työhyvinvointikyselyssä tyytyväisyys yliopistotason strategiseen johtamiseen (rehtorit ja vararehtorit) oli kaikkien aikojen alimmillaan. Jos kysely toistettaisiin nyt, tulokset olisivat todennäköisesti paljon huonompia, varsinkin jos irtisanotuilla olisi vielä sananvaltaa. Huomionarvoista on, että johtoa ei enää luota pelkästään Helsingin yliopiston tavallinen työntekijä. Minusta tuntuu, että epäluottamus leviää nyt tutkijoiden keskuudessa kaikissa uran vaiheissa. Millainen tulevaisuus on mahdollinen tällaisessa tilanteessa? Google nimetään jatkuvasti yhdeksi parhaista amerikkalaisista työpaikoista, ja siellä päätettiin käyttää miljoonia dollareita ja useita vuosia tutkimaan, miten luodaan parhaat työryhmät. Yksittäinen ratkaisevin tekijä tiimin innovaatiotulosten, luovuuden ja tuottavuuden määrittämisessä oli psykologinen turvallisuus ( katso tämä NYT Magazine -artikkeli ). Arvaa, kuinka turvalliseksi yliopiston työntekijät tuntevat olonsa tällä hetkellä. Kun keskustelimme Jukka Kolan kanssa, olin erittäin vaikuttunut hänen selkeästä sitoutumisestaan Helsingin yliopiston kansainvälistämisen edistämiseen. Mietin kuitenkin jo silloin, kuinka realistinen tavoite ”rekrytoida aktiivisesti kansainvälistä huippuhenkilöstöä” on. Nyt näyttää entistäkin epätodennäköisemmältä, että tämä tavoite voitaisiin saavuttaa merkittävällä tavalla, sillä yliopistot ovat alkaneet kokea uuden aivovuodon aallon. Jopa opiskelijatasolla, jossa kansainvälistyminen on edistynyt huikeasti viimeisten 20 vuoden aikana, saatamme nähdä laskua EU:n ja ETA:n ulkopuolisten opiskelijoiden lukukausimaksujen käyttöönoton .

OpenVPN:n hallinta Network Managerin avulla

Thu, 05 Nov 2015 00:00:00 +0000

Olen juuri siirtynyt takaisin MacOSX:stä Ubuntuun työasioiden vuoksi. Pääasiassa taloudellisista syistä. Työpaikalla tarvitaan lisää tietokoneita, ja todella hyvä PC-kannettava maksaa vain puolet siitä, mitä MacBook Pro tai iMac maksaa. Tänään halusin muodostaa yhteyden kotoa yliopiston VPN-verkkoon ja katsoin yliopiston antamia ohjeita. Kuten tavallista, ohjeita ei käytännössä ollut lainkaan, ja ne, jotka olivat saatavilla, olivat virheellisiä. Ja ne olivat yksinomaan suomeksi ( http://www.helsinki.fi/helpdesk/ohjeet/tietoliikenne_ja_etakaytto/yhteydet_yliopiston_ulkopuolelta/vpn_ubuntu-asennus.html) . Kuvasta (Hardy Heron) käy selvästi ilmi, että tätä sivua ei ole päivitetty vähintään kuuteen vuoteen (Hardy Heron julkaistiin vuoden 2008 alussa).Mitä siis teet, jos olet ladannut ja purkanut hy-vpn-config.tar.gz-tiedoston osoitteesta https://ohjelmistojakelu.helsinki.fi?Ensin sinun on asennettava laajennus Network Managerille: sudo apt-get install network-manager-openvpn network-manager-openvpn-gnome. Sen jälkeen avaat Network Managerin työpöydän oikeassa yläkulmassa olevan valikkopalkin kuvakkeen kautta. Kaikkien käytettävissä olevien langattomien verkkojen alapuolella on kohta ”VPN-yhteydet”. Seuraa polkua ”VPN-yhteydet” -> ”Määritä VPN” -> ”Lisää” -> ”Tuo tallennettu VPN-määritys” -> ”Luo”. Valitse sitten ladatuista ja puretuista tiedostoista tiedosto ”openvpn.conf”. Täytä sen jälkeen muut kentät valintaikkunassa: käyttäjätunnus ja salasana. CA-varmenteeksi valitse ladatuista tiedostoista tiedosto ”HY-vpn-CA.pem” (sinun olisi pitänyt tallentaa se ensin johonkin turvalliseen paikkaan, esim. kansioon ”/etc/openvpn”).Yksi ongelma, josta käyttäjät valittavat, on se, että tuonti ei noudata ”redirect-gateway def1” -ohjetta, minkä seurauksena et pysty muodostamaan yhteyttä mihinkään (luulen, että tämä johtuu siitä, että Network Manager käyttää dnsmasq:ta, eikä dnsmasq ilmeisesti ole tarpeeksi älykäs ymmärtämään, että sen pitäisi nyt lähettää kyselyt jonnekin muualle). Siksi käyttäjät valittavat, että Network Manager ei reititä kaikkea liikennettä VPN-verkon kautta. Valintaruutu, jonka valinta on poistettava, jotta tämä toimisi, on hyvin piilotettu: se löytyy yhteyden muokkausikkunasta IPv4-asetukset-välilehdeltä -> Reitit (oikeassa alakulmassa) -> ”Käytä tätä yhteyttä vain sen verkossa oleviin resursseihin”. Miksi ihmeessä sitä on nimetty tavalla, jota kukaan ei ymmärrä? Miksi sitä ei voitu nimetä ”Älä reititä kaikkea liikennettä tämän VPN-yhteyden kautta”? Minun piti myös valita valintaruutu ”Ohita automaattisesti saadut reitit”, vaikka en tiedä miksi…Kuten tavallista, OpenVPN:n asennus on hankalaa, ja tärkeä VPN-liikenteen tunnelointi piti lisätä manuaalisesti OpenVPN-palvelimelle:iptables -t nat -A POSTROUTING -s 10.8.0.0/24 -o eth0 -j MASQUERADETein tämän luomalla /etc/network/if-up.d/ -hakemistoon uuden tiedoston nimeltä openvpn2, jonka sisältö oli seuraava:#!/bin/shiptables -t nat -A POSTROUTING -s 10.8.0.0/24 -o eth0 -j MASQUERADETietenkin voit edelleen käynnistää ja pysäyttää VPN:n komentoriviltä. Systemd:n käyttöönoton jälkeen salasanan syöttö ei kuitenkaan ole enää yhtä suoraviivaista. Kun suoritat komennon sudo systemctl start openvpn.service, sinun on suoritettava (esimerkiksi toisessa terminaalissa) komento sudo systemd-tty-ask-password-agent ja syötettävä salasanasi siellä. Tämä on selvästi väliaikainen ratkaisu, kunnes järjestelmään saadaan kunnollinen salasana-agentti…

Suomen uusi hallitus leikkaa yliopistojen rahoitusta noin 500 miljoonalla eurolla (vai eikö?)

Thu, 11 Jun 2015 00:00:00 +0000

PÄIVITYS: Näyttää kuitenkin siltä, että jotkut tämän artikkelin tietolähteinä toimineet puolueiden edustajat eivät ole edustaneet omien puolueidensa virallisia kantoja. Toisin sanoen: he puhuivat hölynpölyä ilman minkäänlaista valtuutusta. Todellisuudessa tulevat leikkaukset ja niiden suuruus määritetään vasta tulevana syksynä.

2 viikon laboratoriokurssi

Tue, 30 Dec 2014 00:00:00 +0000

En ollut lainkaan tietoinen siitä, kuinka paljon työtä käytännön laboratoriokurssin järjestäminen vaatii. Jos olisin tiennyt, Pirjo olisi joutunut paljon vaikeampaan tilanteeseen yrittäessään suostutella minua pitämään tämän kurssin DPBM-tohtorikoululle . Kari oli varoittanut minua… Kurssiin liittyvä luentokurssi oli ollut käynnissä syyskuusta marraskuuhun. Käytännön kurssille oli tarjolla 16 vapaata paikkaa, mutta se oli täysin epärealistista, kun otetaan huomioon, että meidän tilamme rajoittuivat minun 23,7 neliömetrin laboratorioon. Opetuskäyttöön tarkoitettua laboratoriotilaa on saatavilla, mutta ilman laitteita ja kaikkea muuta tällaiseen hankkeeseen tarvittavaa infrastruktuuria. Käytännön kurssille ilmoittautui kahdeksan henkilöä, ja – onneksi – puolet heistä perui osallistumisensa viime hetkellä, koska heillä ei ollut riittävää mahdollisuutta sitoutua kurssin vaatimaan raskaaseen työmäärään. Näin ollen meillä oli lopulta neljä opiskelijaa ja kolme projektia. Emme olisi missään nimessä selvinneet enempää.Ajatuksena oli tarjota jokaiselle osallistujalle mahdollisuus toteuttaa oma DNA-kloonaus- ja proteiini-ilmentymisprojekti, joka olisi merkityksellinen hänen omille tohtoriopintoilleen. Tätä varten tapasin kolme ryhmää kuukautta etukäteen kloonauksen suunnittelemiseksi ja tarvittavien materiaalien tilaamiseksi. Työskentelimme rinnakkain seuraavien kolmen projektin parissa:

Käytännön molekyylibiologia ja geenitekniikka

Mon, 08 Sep 2014 00:00:00 +0000

Kokoelma DPBM -kurssin Käytännön molekyylibiologia ja geenitekniikka esitysdioja. Jokaisesta luennosta on tiedostoja (ainakin) kahdessa eri muodossa: PDF ja ODP (Open Document Presentation). ODP-tiedostoa voi muokata LibreOffice -ohjelmistolla. Jos haluat avata sen Microsoft Officella, sinun on ensin muunnettava tiedosto joko LibreOfficella tai jollain verkkopohjaisella muuntotyökalulla (kuten cloudconvert ). Kaikki materiaali on saatavilla Creative Commons -lisenssin alaisena. Saatan lisätä myöhemmin parannettuja versioita luentodioista osallistujien palautteen perusteella. Dia, joka käsittelee restriktioentsyymejä (RE) ja sitä, miten lasketaan tarvittavat RE-määrät tietyn määrän DNA:n pilkkomiseksi, löytyy luennon 1 tiedostosta.

Yksi palomuuri, joka estää ne kaikki

Tue, 06 Nov 2012 00:00:00 +0000

Helsingin yliopiston palomuuri estää työntekijöitä tekemästä töitäKun makasin sairaalassa murtuneen sääriluun takia, en pystynyt tekemään mitään töitä Helsingin yliopiston palomuurin takia. Vaikka Android OpenVPN -asiakasohjelma olisi päästänyt minut verkkoon, en olisi silti pystynyt työskentelemään. VPN:n tarkoituksena on antaa etäasiakkaille sama pääsy LAN-resursseihin kuin koneille, jotka sijaitsevat fyysisesti LAN-verkossa. Ilmeisesti Helsingin yliopisto ei ole samaa mieltä eikä anna VPN-asiakkaille yhtäläisiä oikeuksia. Minun tapauksessani se tarkoitti, etten voi muodostaa SSH-yhteyttä työtietokoneeseeni. Tämä tekee etätyöskentelystä kallista, koska pomoni joutui ostamaan minulle kannettavan tietokoneen vain siksi, että HY-VPN-asiakkaiden ja paikallisten koneiden välinen palomuuri estää SSH-yhteydet. Ilman tätä rajoitusta voisin hoitaa kaiken työni 400 euron tabletillani käyttämällä esimerkiksi nomachine Playeria).Myös kiertotavat epäonnistuivatJos olisin onnistunut kirjautumaan johonkin yliopiston UNIX-palvelimista (myntti, kruuna, klaava tai ruuvi), olisin voinut kirjautua sieltä työtietokoneelleni. Android-SSH-asiakasohjelmani ConnectBot ei kuitenkaan pystynyt muodostamaan SSH-yhteyttä niihin. Oletan tämän johtuvan matkapuhelinoperaattoristani Tele Finlandista , koska en päässyt kirjautumaan myöskään omiin SSH-palvelimiini (mihin yleensä pääsen, kun Android-laitteeni on yhteydessä WLAN-verkkoon). Heti kun saan SSH-yhteyden työtietokoneeseeni, voin luoda käänteisen SSH-tunnelin ja käyttää X Windowsia tai NoMachine Playeria ja tehdä kaikki ne työt, jotka yleensä teen istuessani laboratoriossa työtietokoneeni ääressäPlex ja loputtomat videotoisto-ongelmatEn kuitenkaan saanut OpenVPN-asetuksia toimimaan Androidilla, eikä tukipalvelukaan ole tähän mennessä onnistunut siinä. Joten minulla oli sairaalassa todella tylsää, ja koska käytämme kotona Plexiä mediakeskuksena, päätin katsoa muutaman elokuvan. Plex on kuitenkin neljän vuoden kehitystyön jälkeen edelleen beetavaiheessa, ja meillä oli runsaasti ongelmia median toistossa. Myös tällä kertaa: en pystynyt toistamaan yhtään elokuvaa tai yhtään kappaletta [Android-asiakasohjelman]( https://play.google.com/store/apps/details?id=com avulla.plexapp.android&feature=search_result#?t=W251bGwsMSwyLDEsImNvbS5wbGV4YXBwLmFuZHJvaWQiXQ..). Se muodosti yhteyden (Ubuntu 10.04) -plexmediaserveriimme ilman ongelmia, mutta ainoa toimiva osa oli ”Valokuvat”-osio. Kokeilemalla huomasin, että osa ongelmasta johtui siitä, että videot olivat Applen QuickTime-muodossa (ne oli koodattu Macilla). Joten etsin tapaa muuntaa satoja tiedostoja kerralla .mov-muodosta .avi-muotoon. Tämä olisi varmasti nopeampaa kuin bugiraportin tekeminen ja odottaminen, että Plexin porukka korjaisi ongelman. QuickTime onhan muutenkin jo kuollut, eikö niin? ffmpeg oli varmasti oikea ratkaisu, mutta Google tulvi hakutuloksia, jotka koskivat joukkokonversiota, ja ongelmana oli löytää se, joka toimii. Valitettavasti verkossa on paljon roskaa ja häiriötekijöitä. Seuraava yhden rivin komento toimi: find . -name '*.mov' -exec sh -c 'ffmpeg -i "$0" -sameq "${0%%.mov}.avi"' {} \;

½ vuotta ja yli 1000 € Windows 7:lle ja Office 2010:lle

Mon, 02 Apr 2012 00:00:00 +0000

Vuoden 2011 alussa ostin netbookin ( Lenovo IdeaPad S10-3t ). Ostin sen omilla rahoillani. Siinä oli valmiiksi asennettuna Windows 7 Starter Edition. Koska käytän mieluummin Ubuntua , pienensin Windows 7:n osiota ja asensin Ubuntun pääkäyttöjärjestelmäkseni. Asensin yliopiston lisensoiman Microsoft Office XP:n, jonka asennuslevyjä oli vielä jäljellä tutkimusohjelmassamme. Käynnistän Windowsin vain kahdessa tilanteessa: kun minun on pitänyt työstää kotona yhteistyöjulkaisuja tai apurahahakemuksia yhdessä muiden kirjoittajien kanssa Microsoft Wordia käyttäen tai kun on olemassa ohjelma, jolla ei ole vastaavaa Linuxissa (mikä on tapahtunut harvoin viime vuosina).Viime lokakuussa vanhentuneen Office XP:n ja uusien Office-versioiden, jotka käyttävät uutta XML-muotoa (.docx), välillä ilmeni kuitenkin yhä enemmän yhteensopivuusongelmia. Eräänä kerrana, kun pomoni oli avannut (Office XP:llä luodun) Word-tiedoston, muokannut sitä ja lähettänyt sen takaisin minulle (yhteensopivuustilassa), tiedostoa ei enää voinut muokata Office XP:ssä. Word kaatui aina, kun yritin muokata kahta kolmesta upotetusta kuvasta. Itse asiassa vietin tunteja luomalla muokattavan version kyseisestä asiakirjasta alusta alkaen. Silloin päätin päivittää yksityiskäyttöön tarkoitetun tietokoneeni Windows- ja Office-versiot. Helsingin yliopiston lisenssisopimus Microsoftin kanssa sallii henkilökunnan ja opiskelijoiden käyttää Windowsia ja Officea kotitietokoneillaan. Yliopistotutkijoille on tavallista, että heidän on tehtävä töitä kotoa käsin. Itse asiassa kirjoitin lähes kokonaisen tutkimusartikkelin ( Jeltsch et al, JBC 2006 ) kotona. Siksi Windows 7 Starterista Windows 7 Ultimateen ja Office XP:stä Office 2010:een päivittäminen ei pitäisi olla vaikeaa eikä kallista, eikö niin? Helsingin yliopisto haluaa nousta yhä korkeammalle [Alman intranetsivuilla]( http://www.topuniversities.com/university-rankings/world-university-rankings/2011?page=1>kansainv älisissä vertailuissa. Siksi voisi luulla, että yliopisto olisi varmistanut, että sen tutkijoilla on helppo pääsy oikeisiin työkaluihin työnsä tekemistä varten. VÄÄRIN! Helsingin yliopisto on julkaissut ohjeet yliopiston Ohjelmistojakelu-sivulla. <a href=) (Home Use Program) -linkin alla piilee kohta ”Microsoft Home Use Program ja ohjelmistojen jakelu henkilökunnan jäsenille”. Ladasin tiedoston (”koodi.txt”), joka on tekstitiedosto, jossa on koodi (jotain tyyliin ”XXX0000”). Tämän koodin avulla menin Microsoftin kotikäyttöohjelman sivustolle. Minun piti kirjoittaa työpostiosoitteeni ja koodi, ja sain seuraavan virheilmoituksen: ”Valitettavasti emme voi käsitellä pyyntöäsi. Seuraavia ongelmia on ilmennyt: - Ota yhteyttä etuuksien hallinnoijaan selvittääksesi, oletko oikeutettu ohjelmaan, ja saadaksesi ohjelmakoodisi.” Soitin yliopiston tukipalveluun kysyäkseni, mikä on vialla. Vastaus oli: ”Yliopisto ja Microsoft neuvottelevat parhaillaan uudesta lisenssisopimuksesta, eikä vanha koodi enää toimi, eikä uutta koodia ole vielä saatavilla.” Kuinka kauan kestää suunnilleen, ennen kuin uudet toimivat koodit tulevat saataville? ”Muutama viikko.” Odotin muutaman viikon. Tarkemmin sanottuna: odotin kuusi viikkoa. Tein saman menettelyn kuin aiemminkin. Mutta koodi ei vieläkään toiminut. Jälkikäteen ajatellen oletan, että tukipalvelun ensimmäinen vastaus oli väärä: Koodit olivat todennäköisesti edelleen kunnossa, mutta yliopiston sivuilla olevat ohjeet olivat virheelliset (minut ohjattiin väärälle sivulle koodin syöttämistä varten, ja tätä kirjoitettaessa – viisi kuukautta myöhemmin – yliopiston sivut ovat edelleen virheelliset).Uuden vuoden alussa lähetin virallisen tukipyynnön tukipalveluun. Sain seuraavan vastauksen: Hei Michael, Helsingin yliopisto on solminut uuden sopimuksen Microsoftin kanssa (siirtynyt MSCA:sta EES:ään), joka astuu voimaan tästä kuusta lähtien, ja nyt kun sopimuksemme muuttuu, koodit eivät enää toimi. Oletan, että saamme Microsoftilta uudet koodit uuden sopimuksen puitteissa, kun kaikki paperityöt on hoidettu, ja tämä vie noin pari viikkoa. Ainoa mitä voimme nyt tehdä, on odottaa. Voit tarkistaa helmikuussa, toimiiko Home Use Program -vaihtoehto. Pahoittelut haitasta. Ystävällisin terveisin, Tommi lähetti minulle myös Alma-linkin, jossa on ohjeet . Kokeilin useita asiakirjassa olevia linkkejä (jotka olivat linkkejä sivustoille, joilta voi tilata Windowsin ja Officen asennuslevyjä tai -latauksia), mutta jo ensimmäinen linkki oli rikki: Microsoft Windows -käyttöjärjestelmät: e-Academy (ei CD/DVD-vaihtoehtoa, vain ladattavia versioita). Se on edelleen rikki tämän kirjoituksen hetkellä.Toinen vaihtoehto (“Microsoft Home Use Program HUP (Digital River, myös asennuslevyt)”) johti vain ohjeisiin, jotka tiesin jo ennestään (ja jotka eivät toimi). Koska ilmeisesti kukaan ei ollut aiemmin yrittänyt hankkia Windowsia ja Officea laillisesti kotikäyttöön tämän ohjelman kautta, menin maaliskuussa tietokoneeni kanssa Meilahden kampuksen fyysiseen tukipisteeseen. Iivari oli erittäin ystävällinen, mutta ainoa asia, jonka hän onnistui tekemään, oli toistaa ongelma ja saada joku vakuuttuneeksi siitä, että kyseessä on ongelma, johon tulisi puuttua. Muutama päivä myöhemmin hän lähetti minulle linkin sivulle, josta voisin tilata Windowsin ja Officen hintaan 20 €/DVD: https://hup.atea.fi/ .En ole koskaan löytänyt tätä linkkiä mistään yliopiston verkko-ohjeista (kuten myöhemmin selvisi, se on jossain siellä, mutta lähes mahdoton löytää). En ole yllättynyt siitä, että tämän maan muuten lakia noudattavat kansalaiset käyttävät kotona laittomia Windows- ja Office-versioita, jos laillisen hankkimisen on näin vaikeaa. Sain DVD-levyt postitse viikon kuluttua (minun piti mennä postitoimistoon ja maksaa siellä 20 €/DVD).Ennen kuin asensin mitään, tein levyn kopion dd if=/dev/sda of=/dev/sdb koko kiintolevystäni (250 GB:n kiintolevy, kesti 20 tuntia USB:n kautta). Koska tietokoneellani oli asennettuna Windows 7 Starter, yritin ensin käyttää anytime upgrade -toimintoa. Tätä varten olisin itse asiassa tarvinnut vain lisenssiavaimen, en fyysisiä asennuslevyjä. Kun syötin avaimen, päivitys käynnistyi, mutta epäonnistui ilman tarkempia selityksiä. Päätin siis käyttää päivitysneuvojaa (Microsoftin ohjelma, joka selvittää, onko tietokoneesi riittävän ”hyvä” päivitykseen). Ainoa ongelma, jonka se löysi, oli kiintolevytilan puute. Vapautin siis vielä 5 GB tilaa poistamalla ohjelmistoja (lähinnä Lenovon asettamaa bloatwarea). Myös toinen yritys epäonnistui ilman tarkempaa virheilmoitusta. Minulla ei ollut mitään keinoa tietää, mikä syy oli. Joten yritin puhdasta mukautettua asennusta. Ensin minun piti siirtää Windows 7:n asennus-DVD USB-muistitikulle (tietokoneessani ei ole CD/DVD-asemaa, eikä minulla tai laboratoriollani ole ulkoista CD/DVD-asemaa). Onneksi tämä on Windows 7:ssä helpompaa kuin Windows XP:ssä. Kaikki USB-muistitikut eivät kuitenkaan näytä olevan samanlaisia, ja ensimmäinen kokeilemani USB-muistitikku (Verbatim) hylättiin käyttämälläni työkalulla. Seurasin näitä ohjeita . Sitten käynnistin tietokoneen 4 GB:n muistitikulta ja aloitin päivityksen. Kaikki sujui hyvin aivan loppuun asti, jolloin minun piti käynnistää tietokone uudelleen ja minua tervehti viesti: ”Windows 7 -asennuksesi on vioittunut. Haluatko, että Windows korjaa sen?” Sitten tein huonon päätöksen: vastasin myöntävästi. Korjauksen jälkeen mikään ei enää toiminut. Uudelleenkäynnistyksen jälkeen näkyvissä oli vain vilkkuva musta kohdistin. No, jos en voi päivittää, voin tehdä puhtaan asennuksen. Tyhjensin kiintolevyni kokonaan ja aloitin asennuksen. Kaikki sujui hyvin, kunnes minun piti syöttää tuotetunnus. Ohjelma valitti, ettei tuotetunnus ole kelvollinen. En tietenkään ollut lukenut ja ymmärtänyt perusteellisesti sivuja osoitteessa www.atea.fi . Luultavasti siksi, että ne ovat vain suomeksi. Ilmeisesti yliopiston sopimus Microsoftin kanssa ei tarjoa henkilökunnalle täysversioita asennusohjelmista, vaan ainoastaan päivitysasennusohjelmia. Tämän vuoksi minun piti säilyttää vanha Windows-versioni asennusta varten. Onneksi minulla oli diskdump-varmuuskopio. Kopioin sen takaisin kiintolevylle. Tämä kesti vain noin 6 tuntia. Tänä maanantaina menin (kannettavan tietokoneeni kanssa) paikalliseen tietotekniikkatukeen. Perttu valaisi minulle mahdollisia päivitysreittejä Windows 7:ään ja yritti tehdä mukautetun asennuksen ulkoisen DVD-aseman avulla. Ja se toimi! Halleluja! Se vaati useita uudelleenkäynnistyksiä, mutta lopulta minulla oli toimiva Windows 7 Ultimate. Ajurien asentaminen kesti myös noin kolme tuntia. Ajurien lataaminen Lenovon sivustolta kesti ikuisuuden, vaikka ne olivatkin Akama-palvelun kautta. Ehkä he eivät olleet maksaneet laskujaan. Nyt minun piti vain luoda ISO-kuva Office 2010 -DVD:ltä, siirtää se tietokoneelle ja aloittaa asennus, joka sujui tällä kertaa moitteettomasti.Oletan, että kun yritin mukautettua asennusta ensimmäisen kerran, järjestelmä oli jotenkin vaurioitunut epäonnistuneen Anytime Upgrade -päivityksen vuoksi. Kuka tietää. 500 miljoonaa riviä koodia, jota kukaan ei enää oikeasti ymmärrä. On melkein ihme, että Microsoft onnistuu pitämään Windowsin pystyssä.Tietenkin Windowsin asennusohjelma oli sekoittanut GRUB-käynnistyslataimeni, ja minun piti käynnistää kone USB-tikulla olevasta System Rescue CD:stä ja kirjoittaa MBR takaisin levyn varmuuskopiosta:dd if=/dev/sda of=/dev/sdc bs=512 count=1En vieläkään tiedä tarkalleen, täyttääkö Windows 7 Starter Edition yliopiston lisenssipohjaisen päivitysohjelman vaatimukset vai ei. Oletin tyhmästi, että jos 10 vuotta vanha Windows XP Home täyttää vaatimukset, niin Windows 7 Starter Editionkin täyttäisi. Koko prosessi kesti noin puoli vuotta, ja kaiken kaikkiaan käytin siihen ehkä seitsemästä kymmeneen työpäivää (noin puolet tästä ajasta työaikana, toinen puoli viikonloppuisin). Arvioidaanpa todelliset kustannukset, mukaan lukien tunnit, jotka jouduin käyttämään tähän Windows 7:n ja Office 2010:n asennukseen: varovaisesti arvioiden vähintään 1000 €. Järjestelmä on rikki, ja pahinta on, ettei ole ketään, jota syyttää, eikä ketään, joka voisi korjata sitä. Ehkä Helsingin yliopiston pitäisi panostaa energiaa ja aikaa avoimen lähdekoodin käyttöjärjestelmien kehittämiseen ja käyttöönottoon. Loppujen lopuksi suosituimman (Linuxin) kehitti joku Helsingin yliopistosta .

Dosentti

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Olen toiminut 13. joulukuuta 2011 lähtien dosenttina (suom. dosentti ) Helsingin yliopistossa. Kyseessä ei ole vakituinen virka, vaan arvonimi, joka edellyttää tiettyä tieteellistä menestystä tohtorintutkinnon suorittamisen jälkeen sekä opetuskokemusta ( lisätietoja tästä suomeksi ).

Kuinka minusta tuli dosentti ("adjunct professor") Helsingin yliopistossa

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Verrattuna tohtorin tutkinnon suorittamiseen tuo ”dosentti”-juttu oli helppoa. Aloitin vuoden 2011 alussa ja sain arvonimen saman vuoden joulukuussa.En tiedä, eroavatko menettelytavat eri suomalaisissa yliopistoissa toisistaan, ja jotkut muodollisuudet saattavat olla ominaisia juuri Helsingin yliopistolle , mutta luettelen kuitenkin alla vaiheet, jotka kävin läpi arvonimen saamiseksi. Ohjeita löytyy myös täältä .

Akateeminen portfolio 2011

Tue, 08 Mar 2011 00:00:00 +0000

Tämä on akateeminen portfolioni PDF-muodossa. Koska se on julkinen, jouduin peittämään luottamukselliset tiedot, jotka koskevat käynnissä olevia yhteistyöhankkeita, tutkimussuunnitelmiani sekä Vegenics Ltd./Circadian Technologies -yhtiölle tekemääni sopimusperusteista tutkimusta. Minun piti koota tämä dosentti -tittelin hakemusta varten.

Äkta Explorer FPLC -keskuksen ydinlaitos

Wed, 26 Jan 2011 00:00:00 +0000

Nykyään käytän suuren osan työajastani angiogeneesiä ja lymfangiogeneesiä säätelevien proteiinien puhdistamiseen. Siksi huolehdin Molekyylisen syöpäbiologian tutkimusohjelman omistamasta välttämättömästä laitteistosta: nopeasta proteiinien nestekromatografialaitteesta (FPLC). Prof. Jorma Keski-Oja hankki noin 15 vuotta sitten yhden ensimmäisistä (ja vuonna 2010 tuotannosta poistettuja) Äkta Explorer -laitteita ruotsalaiselta valmistajalta Pharmacia (joka fuusioitui vuonna 1997 Amershamin kanssa muodostaen Amersham Pharmacia Biotech -yhtiön, jonka puolestaan GE Healthcare osti vuonna 2004). Vuonna 2000 laitteet siirrettiin Haartman-instituutista Biomedicum Helsinkiin . Vaikka olen ylläpitänyt tämän tutkimusinfrastruktuurin verkkosivuja viimeiset viisi vuotta (mukaan lukien online-varaukset ja tietojen varmuuskopiointi), ne olivat saatavilla vain Helsingin yliopiston verkon sisältä.Nyt olen onnistunut saamaan Äkta Explorer FPLC -keskuksen verkkosivut lisättyä Lääketieteellisen tiedekunnan . Tällä hetkellä olemme lisäämässä WAVE-soluviljelyjärjestelmää laitokseemme, jotta voimme tuottaa suuria määriä soluja ja soluviljelyn supernatanttia (jopa 25 litraa bakteeri-, hyönteis- tai nisäkässoluviljelyä) proteiinituotantoa varten.

HBGS-kurssi

Mon, 10 May 2010 00:00:00 +0000

Kaikki HBGS -kurssiin Proteiinien ilmentymisen, havaitsemisen ja puhdistamisen merkit liittyvät asiakirjat. Suurin osa asiakirjoista on saatavilla sekä PDF- että OpenOffice-muodossa. Voit vapaasti käyttää asiakirjoja muihin tarkoituksiin. Niiden lisenssi on Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 1.0 -lisenssi .

Rekombinanttiproteiinit

Fri, 25 Sep 2009 00:00:00 +0000

Tällä sivulla oli aiemmin dynaamisesti päivittyvä luettelo proteiineista, mutta poistin yhteyden laboratorion tietokantapalvelimeen tietoturvasyistä.

Alla on luettelo rekombinanttiproteiineista, joita olemme tuottaneet. Jos tarvitset jotakin niistä, ota rohkeasti yhteyttä! Teemme mielellämme yhteistyötä.

Molekyyli- ja syöpäbiologian laboratorio 2008

Sat, 11 Jul 2009 00:00:00 +0000

Molekyyli- ja syöpäbiologian laboratorio 2008

Mon, 11 May 2009 00:00:00 +0000

Molekyyli- ja syöpäbiologian laboratorio 10 vuotta sitten

Tue, 05 May 2009 00:00:00 +0000

Siivosin tietokoneeni tiedostoja ja löysin tämän vanhan valokuvakollaasin…

Ja tässä on toinen historiallinen asiakirja. Se on artikkeli Alitalon laboratoriosta ”Yliopisto”-lehdessä syyskuulta 2002:

Väitöstilaisuus (29. marraskuuta 2002): Lectio praecursoria

Mon, 07 Apr 2003 00:00:00 +0000

Michael Jeltschin väitöskirja

Mon, 25 Nov 2002 00:00:00 +0000

Väitöskirjani on julkaistu: Michael Jeltsch VEGFR-3-ligandit ja lymfangiogeneesi, Helsinki 2002. Julkinen väitöstilaisuus pidetään 29. marraskuuta 2002 Biomedicumissa Helsingissä.

Labraseminaari: Kystiinisolmuproteiinit

Thu, 22 Aug 2002 00:00:00 +0000

Tyrosiinikinaasireseptorit

Sun, 07 Apr 2002 00:00:00 +0000

Labraseminaari: Chicken kick ass

Wed, 13 Jun 2001 00:00:00 +0000

10 minuutin esitys projekteistani

Tue, 07 Nov 2000 00:00:00 +0000

Ladattavat tiedostot

Lataa esitys PDF-muodossa.

Lataa PDF

Molekyyli- ja syöpäbiologian laboratorion projektit

Fri, 31 Dec 1999 00:00:00 +0000

Ladattavat tiedostot

Lataa juliste PDF-muodossa.

Lataa PDF

Angiogeneesin aakkoset

Thu, 31 Dec 1998 00:00:00 +0000

Ladattavat tiedostot

Lataa posteri PDF-muodossa.

Lataa PDF