Hyvää Huomenta on Michael’s Domain

Vanhojen plasmidi-karttatiedostojen avaaminen

Sat, 01 Jan 2022 00:00:00 +0000

Uutta kloonausprojektia varten tarvitsimme pääsyn erään vanhan rakenteeni (pSecTagN2, joka oli [pMosaic]( https://doi.org/10.1074/jbc:n edeltäjä)M511593200), eli pSecTagI), jonka olin koonnut useista eri lähteistä vuonna 1999. Vuonna 1999 työskentelin Kari Alitalon laboratoriossa tohtoriopiskelijana. Olimme teknologian ”kärjessä”, sillä käytimme Gene Construction Kit (GCK) -nimistä ohjelmistoa kloonausprosessiemme seurantaan. Viime keskiviikkona käytin neljä tuntia työajastani yhden tiedoston avaamiseen, joka oli luotu GCK-versiolla 2.5 vuonna 1999.

Asiakirjojen ilmainen digitaalinen allekirjoittaminen Linuxissa – mahdotonta?

Sun, 01 Dec 2019 00:00:00 +0000

Koko juttu alkoi, kun yritin allekirjoittaa LibreOffice-asiakirjan. Jos internetin tietoja on uskominen, asiakirjojen allekirjoittaminen on sisäänrakennettu LibreOfficeen. En ole vieläkään löytänyt ketään, joka olisi onnistunut allekirjoittamaan LibreOffice-asiakirjan digitaalisesti. Tämä kokemus osoittaa, että Edward Snowdenista huolimatta useimmat ihmiset eivät välitä aktiivisesti turvallisuudesta ja yksityisyydestä. Debian poisti scdaemonin gnupg2-paketista, ja kuten tavallista, tämän korjaaminen vaatii komentorivin ninjan taitoja. Scdaemon tarjoaa älykorttituen (jota minulla ei ole, mutta ilman scdaemonia Kleopatra-avainhallinta kieltäytyy toimimasta). Käytän Ubuntu 18.04:n oletusasennusta, ja asiakirjan allekirjoittaminen oli melkoinen seikkailu. Itse asiassa minulla ei vieläkään ole tyydyttävää tapaa tehdä tätä. Miten sen sitten tekeekin, jokin ei ole kohdallaan. Ubuntu 19.10 on korjannut ainakin avainhallinnan käynnistämisen LibreOfficesta, ja voin käynnistää SeaHorsen asiakirjan allekirjoitusvalintaikkunasta, mutta minulla ei vieläkään ole aavistustakaan, miten saisin GPG-avaimeni näkyviin LibreOfficessa. Onko kukaan selvittänyt tätä? Kunnes joku näyttää minulle, miten allekirjoitetaan LibreOfficella, käytän erittäin hyvää, mutta omaa ohjelmistoa PDFStudio GPG-avainten tuomiseen ja PDF-tiedostojen allekirjoittamiseen.Allekirjoituspalvelut (DocuSign, HelloSign) Mitä siis teet, jos sinun täytyy allekirjoittaa esimerkiksi PDF-tiedosto, mutta sinulla ei ole keinoja tai et halua tilata jotakin asiakirjojen allekirjoitukseen tarkoitettua varmennepalvelua, kuten DocuSign ? Jopa DocuSignin edullisimmalla paketilla yksi digitaalinen allekirjoitus maksaa 2 dollaria. DocuSign tarjoaa 30 päivän ilmaisen kokeilujakson, mutta en tiedä, pysyvätkö kokeilujakson aikana luomasi varmenteet voimassa kokeilujakson päättymisen jälkeen. HelloSignilla ( https://www.hellosign.com , nykyisin DropBoxin omistama ) on myös ilmainen taso (jolla voi allekirjoittaa 3 asiakirjaa kuukaudessa), ja allekirjoituksen yhteydessä se upottaa näkymättömän allekirjoituksen (joka oli jostain oudosta syystä pätemätön, kun testasin sitä, vaikka HelloSign onkin Adoben hyväksyttyjen luotettavien palveluntarjoajien listalla).Itse allekirjoitetut, CAcert ja StartSSL Teknisesti voit luoda omia allekirjoituksia (itse allekirjoitettuja varmenteita), mutta jos tällaisia PDF-tiedostoja katsellaan Acrobat Readerilla, allekirjoitus merkitään virheelliseksi ja itse allekirjoittaminen ilmoitetaan. Aikaisemmin oli olemasshttp://www.cacert.org/ -sertifikaatteja, mutta tietääkseni kaikki selaimet ovat poistaneet CAcert-sertifikaatit, ja sama pätee todennäköisesti myös Acrobatiin. StartSSL jakoi aiemmin ilmaisia sertifikaatteja, mutta niitä ei enää ole (niiden oma turvallisuus oli vakavasti kyseenalainen).PDF-katseluohjelmien tukiMielenkiintoista on, että monet PDF-katseluohjelmat jättävät allekirjoituksen joka tapauksessa huomiotta (esim. Firefoxin sisäänrakennettu PDF-katseluohjelma ei näytä mitään). Toiset PDF-katseluohjelmat näyttävät allekirjoituksen, mutta EIVÄT ilmoita, että sitä ei pidetä luotettavana (esim. Chrome-selaimen PDF-katseluohjelma ja Ubuntun oletuskatseluohjelma Evince). Koska et voi tietää, mitä katseluohjelmaa vastaanottaja käyttää allekirjoitetun PDF-tiedostosi näyttämiseen, olet joka tapauksessa hankalassa tilanteessa (vaikka tilaisitkin asiakirjojen allekirjoituspalvelun). Letsencrypt Allekirjoituksen luotettavuuden lisäämiseksi voi käyttää Letsencrypt -varmennetta allekirjoittamiseen. Tämä allekirjoitus todistaa, että asiakirjan laatija hallinnoi tiettyä verkkosivustoa (minun tapauksessani jeltsch.org). Se on enemmän kuin itse allekirjoitettu varmenne (ja jos verkkosivusto on luotettava, tämä on kiistatta myös enemmän kuin DocuSign-tilauksen ostaminen), mutta Adobe ei luota uudelleen käytettyyn Letsencrypt-varmenteeseen, koska Letsencrypt-hanke ei tietenkään ole koskaan ollut tarkoitettu asiakirjojen allekirjoittamiseen (“Allekirjoittajan identiteettiä ei tunneta, koska sitä ei ole lisätty luotettujen varmenteiden luetteloon eikä mikään sen vanhemmista varmenteista ole luotettu varmenne”). Tällaisen varmenteen enimmäisvoimassaoloaika on kuitenkin 3 kuukautta, minkä jälkeen se menettää voimassaolonsa. Sitä voidaan edelleen käyttää, mutta se näkyy voimattomana, koska se on vanhentunut (tai ei ole vielä voimassa).Kuinka käyttää Let’s Encrypt -varmennetta väärinEnsinnäkin tarvitset verkkopalvelimen, joka käyttää Let’s Encrypt -varmenteita verkkosivuston identiteetin todentamiseen. Tämä ei kuulu tämän blogikirjoituksen aihepiiriin, mutta aiheesta löytyy useita hyviä oppaita (esim. Let’s Encryptin omilta sivuilta tai Digital Oceanilta ). Kun olet hankkinut Let’s Encrypt -varmenteesi, voit ”käyttää niitä väärin” asiakirjojen allekirjoittamiseen seuraavasti: Koska Let’s Encrypt vaatii varmenteen uusimista kolmen kuukauden välein, samaan hakemistoon kertyy paljon fullchain.pem- ja privkey.pem-tiedostoja, jotka on numeroitu. Haluat tietysti käyttää uusinta (ainoa voimassa oleva) varmennetta ja ehkä haluat uusia Let’s Encrypt -varmenteen välittömästi ennen sen viemistä asiakirjojen allekirjoittamista varten: certbot --apache --force-renewal -n -d jeltsch.org tai jos haluat uusia kaikki varmenteet: certbot --apache --force-renewal Jos päätät uusia kaikki varmenteet, certbot yrittää myöntää yhden varmenteen kaikille palvelimellasi oleville verkkotunnuksille (tätä mahdollisuutta ei ollut Let’s Encrypt -ekosysteemin alkuvaiheessa, mutta se otettiin käyttöön myöhemmin). Jos palvelimesi palvelee useampaa kuin yhtä verkkotunnusta, sinun on määritettävä manuaalisesti se verkkotunnus, jolle haluat varmenteen. Lisätietoja certbot-skriptin käytöstä löytyy osoitteesta https://certbot.eff.org/docs/using.html#certbot-komennotT ämä komento muuntaa varmenteet PKCS#12-tiedostoksi:openssl pkcs12 -export -out signing_certificat.p12 -in /etc/letsencrypt/archive/website-name/fullchain1.pem -inkey /etc/letsencrypt/archive/website-name/privkey1.pemPKCS#12-tiedosto tallentaa varmenteen ja yksityisen avaimen yhteen salattuun tiedostoon (tiedostotunniste .p12). Siksi komento pyytää sinulta salasanalauseen, joka sinun on ehdottomasti muistettava, jotta voit käyttää varmennetta. Sen jälkeen voit siirtää p12-tiedoston pöytätietokoneellesi ja käyttää sitä PDF-tiedostojen allekirjoittamiseen.AikaleimauspalvelimetJos PDF-sovelluksesi pyytää aikaleimauspalvelinta, voit käyttää jotakin ilmaispalveluista, kuten ca.signFiles.com/TSAServer.aspx tai http://zeitstempel.dfn.de . Adobe Acrobat ei kuitenkaan luota myöskään näihin aikaleimauspalveluihin.Tässä ovat komennot itseallekirjoitetun varmenteen luomiseen (ohjelma pyytää (väliaikaista) salasanaa; keksi vain jotain ja muista se, tarvitset sitä toisessa vaiheessa):openssl req -x509 -newkey rsa:4096 -keyout key.pem -out cert.pem -days 3650Muuntaminen allekirjoitussertifikaatiksi (ohjelma pyytää ensin edellä mainittua väliaikaista salasanaa ja sitten lopullista salasanaa, jonka sinun on muistettava sertifikaatin käyttämiseksi:openssl pkcs12 -export -out signing_certificat.p12 -in cert.pem -inkey key.pem

WINE-regressiotestaus

Sun, 30 Nov 2008 00:00:00 +0000

Käytän Textco :n Gene Construction Kit -ohjelmaa (versio 2.5) DNA-vektori-karttojen piirtämiseen. Valitettavasti tämä yritys ei välitä Linux-käyttäjistä. Siksi joudun käyttämään WINE:tä Windows-version ajamiseen. Voisin tietenkin käyttää VMware:tä, VirtualBoxia tai Parallelsia, mutta onko se tarpeen vain pienen ohjelman ajamiseksi? Valitettavasti joko Gene Construction Kit (GCK) ei ole koodattu standardien mukaisesti tai WINE ei vieläkään pysty tarjoamaan täyttä yhteensopivuutta, mutta silloin tällöin WINE-päivitys aiheuttaa sen, että ohjelma ei enää toimi. Siksi jouduin turvautumaan regressiotestaukseen löytääkseni version, joka vielä toimii GCK:n kanssa. Tässä on komentoluettelo ja mitä tein:cdmkdir winecvs -z 3 -d :pserver:cvs@cvs.winehq.org:/home/wine checkout wine (salasana 'cvs')cvs update -PAd -D"2007-06-01 CDT"./configuremake dependmakesudo make installEdellä mainitun päivämäärän lähdekoodi on uusin, joka näyttää toimivan.

Miten Gene Construction Kit -ohjelmaa käytetään Linuxissa?

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

On vain muutamia Mac- tai Windows-ohjelmia, joille ei ole hyvää vastinetta Linuxissa. Yksi näistä harvoista on Textcon Gene Construction Kit (GCK). GCK on saatavilla sekä Windowsille että Macille. Sen pitäisi siis olla mahdollista ajaa i86-Linux-koneella Wine-ohjelmiston (eräänlainen emulaattori) avulla. Yritin sitä, mutta epäonnistuin (en tosin yrittänyt kovin kovasti). Luultavasti mikä tahansa Windows-ohjelma voidaan kuitenkin ajaa Linuxissa VMware -ohjelmiston avulla. Valitettavasti VMware on kaupallinen ja kallis (mutta siitä on saatavilla täysin toimiva, ajallisesti rajoitettu demoversio). GCK toimii ongelmitta VMware 4.0:n, W2K:n ja RedHat 9:n alla. Ainoa pettymys VMware:ssä on ”Shared Folders” -vaihtoehto. On paljon parempi jakaa Linuxin kotihakemisto Samban kautta ja saada se automaattisesti kiinnitettynä, kun kirjaudut emuloituun Windows-käyttöjärjestelmään. Onnistuin jopa piilottamaan kotihakemistostani Linux-spesifiset tiedostot, joiden nimi alkaa pisteellä (kuten .mozilla), lisäämällä rivin ”hide dot files = yes” Samba-määritystiedostoon /etc/samba/smb.conf. Vaikka käytän tällä hetkellä VMwarea, aion siirtyä Wineen välttääkseni kaikenlaista Microsoftin koodia.

Viini- ja monialatoimisto

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Koska olin kyllästynyt VMwareen (koska se on niin hidas ja vie puolet muististani), käännyin Winen puoleen. Mutta Wine näyttää olevan erittäin vaikea asentaa. Tyypillistä Linuxia. Se toimii kyllä, mutta ellei siihen käytä kokonaista viikkoa, sitä ei saa toimimaan. Siinä vaiheessa apuun tulee Crossover Office -sovellus. Se on vain joukko apusovelluksia, jotka helpottavat Wine-asennusta. Tämä koskee tiettyjä Windows-sovelluksia, eikä suurinta osaa Windows-sovelluksista tueta. Hankin siis Crossover Officen demoversion ja aloitin asennuksen (root-oikeuksilla). Sovellus asennettiin ilman ongelmia. Asennuksen jälkeen käynnistin Crossover Office Setup -sovelluksen. Siitä käsin asennetaan Windows-sovellukset. Halusin kokeilla Microsoft Office XP:tä (koska se on lisensoitu koko yliopistolle). Tein virheen valitsemalla ”Asenna kaikki”. Asennusohjelma pakotti minut asentamaan myös Microsoftin Internet Explorerin ja joukon muuta roskaa. Sitten Office XP:n asennusohjelma lakkasi vastaamasta kesken prosessin. Odotin kaksi tuntia, mutta edistymispalkki ei liikkunut eikä levyllä ollut mitään toimintaa. Joten jouduin keskeyttämään asennuksen ja jättämään jälkeeni sotkun. Toinenkin asennusyritys epäonnistui. Niinpä ajattelin käyttää Windowsin asennuksenpoisto-ohjelmaa. Sekin epäonnistui. Asennuksen poistaminen Crossover Officen sisällä epäonnistui myös. Joten ajattelin poistaa koko Crossover Officen (Crossover Officen bin-kansiossa on asennuksenpoistoskripti, jota ei mainita juuri missään dokumentaatiossa). Se toimi, mutta ilmeisesti ei poistanut kaikkea. Minun piti silti poistaa manuaalisesti useita kansioita, mutta pahinta oli, että Gnome-valikkokohteet eivät poistuneet. Gnome-valikkokohdat ovat melko hankala juttu, koska ne eivät sijaitse yhdessä paikassa. Gnome käyttää jonkinlaista ”virtuaalikansio” (vfolder) -järjestelmää valikoiden luomiseen. Toisin sanoen valikot kootaan lennossa useiden eri paikoissa sijaitsevien XML-tiedostojen perusteella. Mutta luulen, että löysin ne kaikki ja poistin kohdat manuaalisesti. Olin ilmeisesti tehnyt koodausvirheen, sillä tämän jälkeen koko valikko katosi. Virhe oli ilmeisesti ~/.gnome2/vfolders/applications.vfolder-info-tiedostossani. Tietysti minulla ei ollut varmuuskopiota, joten kopioin saman tiedoston hakemistosta /root/.gnome2/vfolders kotihakemistooni. Sen jälkeen asensin Crossover Officen uudelleen ja asensin vain Microsoft Word XP:n, ja se toimi! Valikossa ”Windows Applications/Programs/” näkyi hieno merkintä. Sitten asensin Adobe Photoshop 6.01:n. Asennus sujui ongelmitta, mutta sen jälkeen Microsoft Word -kohta oli kadonnut valikosta. Myöskään kohdassa ”Windows Applications/Programs/Adobe” ei ollut Photoshop-kohtaa. Siellä oli vain ImageReady-kohta. Näyttää siltä, että jokainen uusi asennettu sovellus poistaa aiemmin asennetun sovelluksen valikkokohdat. Hierarkkinen kansiorakenne säilyy kuitenkin ennallaan; vain viimeinen merkintä on kadonnut ja korvautunut pisteellä valikon viimeisessä kansiossa. Muuten Photoshop toimi, sillä sen voi käynnistää ImageReady-ohjelman sisältä. Sekä Office XP että Adobe Photoshop ovat sovelluksia, joita Crossover Office ”tukee”. Nyt yritin asentaa sovelluksen, jota ei tueta, eli Gene Construction Kit 2.5:n (GCK2.5). Ensimmäiseksi Crossover Office ilmoitti, että asennus-CD:llä on piilotiedostoja ja että minun on tehtävä muutoksia fstab-merkintöihin pääkäyttäjänä, jotta nämä tiedostot voidaan lukea. Tein niin ja jatkoin asennusta. Asennus saatiin päätökseen, ja valikossa kohdassa ”Windows Applications/Programs/Gene Construction Kit 2.5” oli valikkokohta nimeltä ”Uninstaller”. Päätin, että Uninstaller-ohjelma oli asennettu GCK2.5-sovelluksen jälkeen, ja poistin sen vuoksi jälkimmäisen valikkokohdan. Vielä kummallisempaa oli, että kirjautuessani ulos ja takaisin sisään jopa Uninstaller-kohta oli kadonnut valikosta. Myös kaikki muut ohjelmakohdat olivat kadonneet. Tajusin, että kaikki valikkokohdat ovat yksittäisiä tiedostoja hakemistossa /home/jeltsch/.gnome2/applications. Niillä on tiedostotunniste .desktop, ja ne ovat XML-tiedostoja, joiden rakenne on suhteellisen yksinkertainen. Yksi esimerkki:> more Internet\ Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE” X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm [jeltsch@mcblpc2 applications]$ more CXTree-Windows_Applications-Programs-Internet_Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE” X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm Categories=Application;X-cxoffice;X-CXTree-Windows_Applications-Programs;Näyttää siltä, että kaikki Crossover Office -asennusohjelman luomat merkinnät ovat edelleen tässä hakemistossa. Nyt minun täytyy vain selvittää, miksi ne eivät näy. Tietenkin voin käynnistää sovellukset kirjoittamalla Exec-kentän merkinnän komentoriville, mutta se on jotenkin hankalaa. Testatakseni GCK2.5:tä käynnistin sen komentoriviltä, ja se todellakin avautui. Ensin se pyysi asennus-CD:tä (jonkinlainen kopiosuojausmekanismi). Se oli asemassa, mutta jostain syystä minun piti poistaa se ja laittaa se takaisin, jotta se näkyisi. Se toimi hyvin, ja ruutu avautui, johon syötin nimeni ja organisaationi. Mutta sitten se valitti ihmeellisellä tavalla: ”Sovellusta ei voitu käynnistää, koska muistia ei ole tarpeeksi”. Nyt minun on ratkaistava tämä ongelma, koska GCK2.5 on minulle luultavasti tärkein sovellus, jolle ei ole Linux-vastaavaa.

GCK2.5:n virheenkorjaus Wine-ympäristössä

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

GCK 2.5.9 toimii Wine-ympäristössä (Crossover Office 2.01 -versio). 2.5.9-päivityksen jälkeen virheilmoitusta ”Sovellusta ei voitu käynnistää, koska muistia ei ole tarpeeksi” ei enää näy. GCK käynnistyy ongelmitta ja on osittain käyttökelpoinen. Itse asiassa se näyttää toimivan täysin (mukaan lukien Deluxe-tuonti) yhdellä suurella poikkeuksella: uusia tiedostoja ei voi luoda (ohjelma sulkeutuu, kun valitaan ”File – New”). Tyhjä ikkuna, jossa voi valita luotavan GCK-tiedoston tyypin (sekvenssi, kuvitus jne.), avautuu otsikolla ”New Window”, mutta se ei täyty sisällöllä ja sovellus sulkeutuu.

GCK2.5:n virheenkorjaus Wine-ympäristössä

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Uusi ikkuna, jota ei saada näkyviin, sisältää (kun ohjelmaa ajetaan suoraan W2K:ssa) seuraavan tekstin (sekä valintapainikkeet neljälle eri tiedostotyypille):Valitse tiedostotyyppi Rakenne (Ctrl-C)Kuva (Ctrl-I)Luettelo (Ctrl-L)Geeli (Ctrl-G)Uusi tiedostonimiOKPeruutaEri valintapainikkeisiin liittyvät tekstit näkyvät ensin virheenkorjaustiedostossa seuraavilla riveillä (kuten komennolla ”grep -n ”List” all_output > List_output” jne. määritetään): 3890577 Gel3885836 Illustration3881107 List3876329 ConstructTämä on juuri sillä alueella, jolle ennustimme virheen sijoittuvan. Katsotaanpa nyt, mitä tapahtui vähän ennen ja jälkeen näiden komentojen antamista. Käytettyäni GCK2.5:tä Wine-ympäristössä vielä hetken, huomasin, että on olemassa toinenkin toiminto, joka aiheuttaa ohjelman kaatumisen ilman virheilmoitusta, nimittäin ”find sequence” -toiminto. Myös tässä tapauksessa näyttöön avautuu valintaikkuna, johon käyttäjän on tarkoitus kirjoittaa nukleotidisekvenssi. Ehkä näillä kahdella kaatumisella on jotain yhteistä, mikä voisi auttaa tunnistamaan sen ratkaisevan järjestelmäkutsun, joka saa ohjelman kaatumaan.

Lisätietoja GCK2.5:stä Wine-ympäristössä

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Käytettyäni GCK 2.5:tä Wine-ympäristössä olen havainnut lisää virheitä, jotka aiheuttavat ohjelman odottamattoman sulkeutumisen. En ole kuitenkaan käyttänyt CrossOver Officea viime aikoina (koska sen kokeilujakso on päättynyt, eikä pomoni tietenkään suostu käyttämään senttiäkään Linux-ohjelmiin). Käytän siis Suse 9:n mukana tulevaa Wine-oletusasennusta. Kopioin entisestä .cxoffice-hakemistosta väärennetyn Windows-hakemiston. Seuraavat virheet ovat olemassa (ne ilmenevät aina, kun avautuu ikkuna, jossa vaaditaan aakkosnumeeristen arvojen syöttämistä näppäimistöllä): 1. Uuden tiedoston luominen (tiesin tästä jo aiemmin). Mielenkiintoista on, että ohjelman käynnistyessä avautuva (tyhjä) uusi tiedosto voidaan tallentaa ilman ongelmia… 2. Etsi merkkijono (hetken ajan näkyy ”Etsi esiintymä” -ikkuna, minkä jälkeen ohjelma sulkeutuu) 3. Joskus (ei aina), kun valitun sekvenssin väriä muutetaan, ohjelma kaatuu. 4. Ominaisuudet -> Tee alue 5. Kun valitaan sekvenssi ja haetaan tietoja

Kuinka tuoda sekvenssejä SRS:stä GCK2.5:een

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Sekvenssit voi tietenkin tuoda GCK2.5:een suoraan Genbankista. Yleensä kuitenkin käytetään SRS:n kaltaista verkkotyökalua, jolloin sekvenssit näkyvät selaimessa. SRS-versiosta 7 alkaen tuonti tapahtuu seuraavasti: Napsauta hienossa näkymässäsi TALLENNA. Valitse avattavasta valikosta ”Käytä näkymää” vaihtoehto * Täydelliset merkinnät *. Valitse sitten ”Tallenna kohteeseen” Tiedosto (TEKSTI). Valitse kohdasta ”Tallenna nimellä” SAVE TABEL AS ASCII TABLE/TEXT WITH. Napsauta TALLENNA ja tallenna tiedosto jonnekin tiedostotunnisteella .ebl. Valitse sitten GCK2.5:ssä TUO ja valitse tiedosto. Valmis.

EMBOSS ja GCK konstruktisekvenssien kokoamiseen ja dokumentointiin

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Yritän käyttää EMBOSS-ohjelmaa vektorisekvenssien kokoamiseen. Aikoinaan käytin tähän tarkoitukseen CGC:n seqed-ohjelmaa, ja tällä hetkellä käytän Gene Construction Kit -ohjelmaa. EMBOSS:ssa ei ole suoraa vastinetta seqed-ohjelmalle, joten sen toiminnallisuuden korvaamiseksi on käytettävä useita muita työkaluja. Katso tämä CGC:n ja EMBOSS:n vertailu .

Molekyylibiologian ohjelmistokehityshankkeet

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5:ään liittyvät asiat

GCK2.5:n vianetsintä Wine-ympäristössä** Wine-ympäristössä on edelleen joitakin virheitä, jotka tekevät GCK2.5:n käytöstä toisinaan hankalaa. Erityisesti alueiden merkitseminen, sekvenssien haku ja uuden tiedoston avaaminen eivät onnistu.
GCK2.5:n vienti** GCK2.5 ei pysty viemään tiedostoja EMBL-muotoon siten, että alueet muunnettaisiin piirteiksi. Se pystyy kuitenkin viemään kommentit tekstitiedostoon ja pelkän sekvenssin tekstitiedostoon. Olisi helppoa kirjoittaa Perl-skripti, joka ottaa nämä kaksi tiedostoa ja muuntaa ne yhdeksi EMBL-tiedostoksi, EMBOSS cirdna/lindna-tiedostoksi tai pDRAW32-tiedostoksi.
GCK2.5:n integrointi Wine-työpöydälle** Kun napsautetaan tiedostoja, jotka on liitetty Windows-ohjelmiin (Wine-ympäristössä), Linuxin tiedostonhallintaohjelma (esim. Konqueror) välittää tiedoston argumenttina liitetylle Windows-sovellukselle, ja tiedosto avautuu Wine-ympäristössä. GCK2.5 kieltäytyy kuitenkin hyväksymästä tiedostoa argumenttina. Kun napsautan .gcc-tiedostoa, GCK2.5 käynnistyy, mutta avaa tyhjän ikkunan, ja minun on avattava .gcc-tiedosto GCK2.5:n sisällä. Tarpeetonta napsauttelua, varsinkin kun joudun selaamaan useita kansiohierarkioita. Kun GCK2.5 toimii natiivisti Windowsissa, onko mahdollista käynnistää GCK2.5:n komentoriviparametrina rakennetiedosto? Minun pitäisi tarkistaa se.

pDRAW32-aiheiset