Käsikirjoitus on Michael’s Domain

PDGF/VEGF-kasvutekijöiden kehitys

Thu, 22 Sep 2022 00:00:00 +0000

Olemme ladanneet bioRxiv-palveluun ennakkopainoksen uusimmasta artikkelistamme, joka käsittelee PDGF/VEGF-kasvutekijöiden evoluutiota . Olemme analysoineet kattavasti proteomin PDGF/VEGF-osan kaikissa eläinlajeissa, joista tietoja on saatavilla. Osa näistä tiedoista on ollut käytössämme jo jonkin aikaa, mutta nyt olemme täydentäneet niitä tarkastelemalla kaloja yksityiskohtaisesti. Kalojen verisuonibiologia on tullut entistäkin kiehtovammaksi Dasin ym. aiemmin tänä vuonna julkaiseman artikkelin jälkeen ( lue lisää tästä poikkeuksellisesta tutkimuksesta ).Kalojen verisuonijärjestelmien huomattava heterogeenisyys näyttää saavan tukea vastaavasta laajasta heterogeenisyydestä molekyylitasolla. Usein, mutta ei aina, tämä geneettinen heterogeenisyys voidaan jäljittää koko genomin duplikaatioihin. Kalat sietävät koko genomin duplikaatioita paremmin kuin nisäkkäät. Ainakin kalojen fylogeneettisen puun eri haaroissa on tapahtunut melko paljon tällaisia duplikaatioita, mikä on johtanut polyploidisiin tai jopa tetraploidisiin lajeihin. Tämän seurauksena joillakin kalalajeilla on neljä kertaa niin monta PDGF/VEGF-geeniä kuin ihmisillä, ja paljon enemmän mahdollisuuksia näiden molekyylien toimintojen monipuolistumiseen.Ensimmäinen PDGF/VEGF-tyyppinen molekyyli ilmestyi todennäköisesti yli 800 miljoonaa vuotta sitten prekambrium-kaudella, kun meren eliöissä alkoi näkyä kudosten organisoitumisen merkkejä. Jos ryhtyisimme rekonstruoimaan tätä molekyyliä, se näyttäisi hämmästyttävän samankaltaiselta kuin nykyaikainen VEGF-C. Erityisesti C-terminaalinen ”silkkihomologialohko” näyttää kehittyneen jo evoluution varhaisessa vaiheessa. Itse asiassa suurella joukolla nykyisin eläviä, morfologisesti yksinkertaisia organismeja on tällaisia VEGF-C:n kaltaisia molekyylejä vielä tänäkin päivänä (esim. sukkulamato C. elegans). Näiden PDGF- ja VEGF-proteiinien evoluutiota koskevien oivallusten lisäksi verisuonibiologeille on tarjolla joitakin hyödyllisiä johtopäätöksiä: Esimerkiksi linnuista ei löytynyt yhtään toiminnallista VEGF-B-geeniä. Vastaavasti sammakkoeläimissä ei näytä olevan PlGF-proteiineja. Toisaalta käärmeiden myrkystä tunnistetut VEGF-F-proteiinit näyttävät esiintyvän laajemmin myös myrkyttömissä liskoissa. Tämä asettaa joitakin rajoituksia tietyille eläinmalleille (Xenopus, CAM-määritys), mutta olisi mukava tietää, mitä VEGF-F tekee gekkoissa…Tutustu käsikirjoitukseen ja kommentoi tai kritisoi, jos sinulla on ajatuksia! Ajatuksena on hioa tätä käsikirjoitusta vielä hieman parempaan kuntoon ennen kuin se lähetetään lehteen perinteistä vertaisarviointia varten.

Preprint ja avoin arviointi

Mon, 18 Jan 2021 00:00:00 +0000

Helmikuussa 2020 Henry Kwok Macaon yliopistosta kysyi minulta, haluaisinko kirjoittaa artikkelin Biology-lehden tulevaan erikoisnumeroon. Hän toimi tämän erikoisnumeron vierailevana toimittajana, ja sen aiheena oli Proteaasit – perusrakenteesta toimintaan ja lääkekehitykseen kohdennetussa hoidossa. Aihe on juuri se, mitä tutkimme parhaillaan: voimmeko vaikuttaa lymfangiogeeniseen kasvutekijään VEGF-C:hen sen aktivoivien proteaasien kautta. Suostuin siis alustavasti kirjoittamaan katsausartikkelin VEGF-tekijöiden aktivoitumisesta. Päätimme ensimmäistä kertaa julkaista käsikirjoituksen samanaikaisesti preprinttinä JA pyytää avointa arviointia. Avoin arviointi tarkoittaa, että arvioijien kommentit ja vastauksemme julkaistaan yhdessä artikkelin kanssa, jos artikkeli hyväksytään.

OpenVPN-palvelin pfSense-laitteella ja asiakasohjelma Ubuntu 16.04:llä

Fri, 02 Nov 2018 00:00:00 +0000

Olen asentanut OpenVPN -palvelimen Netgate SG-3100 -reitittimeeni . Toivon, että tämän ansiosta varmuuskopioiden synkronointi fyysisesti erilliseen sijaintiin helpottuu. pfsense-reitittimeen on olemassa monia ohjeita OpenVPN-palvelimen asennuksesta, ja se toimii hyvin. Käytän kuitenkin töissä Ubuntua 16.04:ää, ja asiakassovelluksen määrittäminen vaatii hieman enemmän työtä kuin MacOS:ssa tai Windowsissa. Ubuntussa on pakko päivittää DNS-tiedot manuaalisesti VPN-tunnelin muodostamisen jälkeen, jos olet valinnut asetuksen, jonka mukaan kaikki asiakaskoneelta lähtevä internetliikenne reititetään VPN-palvelimen kautta. Jos et päivitä DNS-resolverin tietoja Ubuntu-asiakaskoneella, pääset kyllä VPN:n sisäiseen verkkoon (minun tapauksessani 10.0.0.0/24), mutta et voi käyttää isäntänimiä. Esimerkiksi komento ping www.google.com epäonnistuu, mutta komento ping 172.217.21.164 onnistuu. Vastaavasti selaimesi ei löydä URL-osoitteita. IP-osoitteilla selaaminen (”http://172.217.21.164”) ei ole kovin käytännöllistä. Ubuntun oletusasetukset eivät turvallisuussyistä salli tämän DNS-resolverin päivityksen tapahtuvan automaattisesti. Ubuntun OpenVPN-pakettiin sisältyy skripti, joka päivittää nämä tiedot (/etc/openvpn/update-resolv-conf). Jotta tämä toimisi, on kuitenkin

Hennekamin oireyhtymän molekyylitason perusteet

Thu, 20 Feb 2014 00:00:00 +0000

Viimeinkin CCBE1-artikkelimme on julkaistu! Voit lukea sen Circulationin kotisivulta . Jos kirjastollasi ei ole tilausta, lähetä minulle sähköpostia . Se täydentää hienosti Ben Hoganin ryhmän Le Guen et al. -artikkelia Development-lehdessä. Kun Le Guen ja kollegat analysoivat CCBE1:n vuorovaikutusta VEGF-C/VEGFR-3-signaalireitin kanssa pääasiassa geneettisellä tasolla seeprakalassa, me yritimme kuvata vuorovaikutuksen molekyylitason yksityiskohtia in vitro -määrityksillä, joita täydennämme in vivo -hiiritutkimustuloksilla. Osoitamme, että ensisijainen lymfangiogeeninen tekijä VEGF-C tuotetaan inaktiivisena esiasteena (pro-VEGF-C). Pro-VEGF-C (eli 29/31 kDa:n muoto) sitoutuu kyllä endoteelisolujen VEGFR-3:een, mutta ei kykene aktivoimaan sitä. Tähän asti yleisen käsityksen mukaan pro-VEGF-C oli vain VEGFR-3:n vähemmän voimakas aktivaattori kuin kypsä VEGF-C. Itse asiassa se toimii kypsän VEGF-C:n kilpailukykyisenä estäjänä. CCBE1:n tehtävänä on auttaa ADAMTS3-proteaasia pilkkomaan solupintaan sitoutunutta pro-VEGF-C:tä ja siten paikallistaa aktiivisen VEGF-C:n pitoisuus. Perinnöllisissä sairauksissa, jotka johtuvat CCBE1-geenin mutaatioista ( Hennekamin oireyhtymä ), tämä VEGF-C:n aktivaatio on häiriintynyt ja aiheuttaa lymfedeemaa. Koska imusuonilla on tärkeä merkitys monissa sairauksissa, CCBE1 ja ADAMTS3 ovat kiinnostavia lääkekohteita. Esimerkiksi syövän hoidossa olisi valtava etu, jos VEGF-C:n aktivoitumista voitaisiin estää ja siten ehkäistä VEGF-C:n välittämää etäpesäkkeiden muodostumista.