Kala on Michael’s Domain

Vain kala muiden joukossa

Wed, 12 Nov 2025 00:00:00 +0000

Haaveilen edelleen suomen kielen taitoni parantamisesta, ja sen seurauksena teen välillä harkitsemattomia asioita. Nyt olen kahden hämmästyttävän kärsivällisen toimittajan suurella avulla yrittänyt kirjoittaa suomeksi populaaritieteellisen artikkelin tieteellisestä retkestämme kalabiologian alueelle. Artikkeli ilmestyi juuri Nuorten Tiedeakatemian mene & tiedä -verkkolehdessä.

Onko kaloilla hengitysvaikeuksia?

Fri, 28 Jun 2024 00:00:00 +0000

Kalat hengittävät kiduksillaan, mutta monille niistä tämä on kirjaimellisesti vain puoli totuutta. Vaikeus saada happea vedestä on se yksittäinen tekijä, joka eniten on muokannut kalojen evoluutiota. Maaeläimet altistuvat pääosin samalle happipitoisuudelle, mutta kalojen on toimittava vesissä, joiden happipitoisuus vaihtelee huomattavasti ja muuttuu nopeasti. Lisäksi vesi sisältää paljon vähemmän happea kuin ilma, ja hapen diffuusio vedessä on suuruusluokkia hitaampaa kuin hapen diffuusio ilmassa. Siksi kalojen evoluutio joutui keksimään luovia tapoja

Onko kaloilla imusuonistoa?

Sat, 27 Jan 2024 00:00:00 +0000

Lue koko taustatarina ennakkopainoksestamme: https://doi.org/10.20944/preprints202312.2119.v1 . On vaikea uskoa, että tiedeyhteisö ei pääse yksimielisyyteen siitä, onko seeprakalalla imusuonistoa. Seeprakala on yksi biologian menestyneimmistä malliorganismeista, ja voisi olettaa, että tunnemme sen verisuoniston rakenteen kokonaisuudessaan. Kuitenkin jo W. Vogelin vuonna 1981 julkaisemasta artikkelista lähtien ( https://doi.org/10.1515/znc-1981-5-627 ) lähtien monet kalafysiologit ovat kannattaneet käsitystä, ettei kaloilla ole imusuonia, ja useimmat nykyiset kalafysiologian oppikirjat ovat omaksuneet tämän näkemyksen. Samaan aikaan useiden laboratorioiden luotettavat julkaisut osoittavat, että kaloilla on imusuonia ( https://doi.org/10.1038/nm1427 , https://doi.org/10.1016/j.cub.2006.05.026 ). Mistä on kyse? Kun Yanivin laboratorio julkaisi vuonna 2022 tutkimuksen, jonka mukaan zebrakalan alkion imusuonet voivat erilaistua verisuoniksi ( https://doi.org/10.1038/s41586-022-04766-2 ), näytti yhtäkkiä mahdolliselta yhdistää nämä kaksi ristiriitaista näkemystä. Lyhyesti sanottuna: Useimmilla kaloilla alkion imusuonisto transdifferentioituu kehityksen aikana verisuoniksi, jotka muodostavat sydän- ja verisuonijärjestelmän erikoistuneen osajärjestelmän (ns. toissijainen verisuonisto). Transdifferentiaation aste näyttää vaihtelevan melko paljon kalalajien välillä, ja jotkut verisuonet – erityisesti rintakanava – saattavat säilyttää hybridifenotyypin. Kuten huippulehdissä niin usein tapahtuu, Dasin ym. alkuperäisessä artikkelissa ei käsitelty 100 vuotta kestänyttä kiistaa eikä sen käänteentekevien havaintojen seurauksia. Vaikka Kari Alitalo ja minä teimme niin lyhyessä kommentissa ( https://rdcu.be/cOjJ0 ), aiheen käsittelyyn tarvitaan enemmän tilaa. Vaikka kiista kalojen imusuonistosta on kaukana ratkaisusta, vaikuttaa tärkeältä kirjata keskustelun nykytilanne tieteelliseen kirjallisuuteen. Lisäksi halusimme kuvata erittäin todennäköisen konsensusmallin, jonka pohjalta tulevia kokeita voidaan suunnitella. Tuloksena on laajennettu katsaus; toivomme, että nautitte sen lukemisesta. Jos löydätte jotain, josta ette pidä, kertokaa siitä meille ehdottomasti! Erityisesti, jos voitte perustella kritiikkinne tiedoilla tai järkevillä argumenteilla. Olemme lähettäneet käsikirjoituksen arvioitavaksi ja parannamme sitä mielellämme palautteenne perusteella.

Vau: T. rexillä ei ollut VEGF-B:tä!

Wed, 05 Apr 2023 00:00:00 +0000

Tutkimuksemme PDGF- ja VEGF-kasvutekijöiden evoluutiollisesta alkuperästä on juuri julkaistu Angiogenesis-lehdessä: https://doi.org/10.1007/s10456-023-09874-9 . Analysoimme sekä PDGF- että VEGF-tekijöitä, mutta keskityimme luonnollisesti VEGF-puoleen. On pelkkä sattuma, että PDGF:t osoittautuivat VEGF:ien alaryhmäksi eikä päinvastoin, mutta se on tietysti vain meidän puolueellinen näkökulmamme :-) Koska teemme imusuonitutkimusta, voimme ylpeänä ilmoittaa, että fylogeneettisesti vanhin VEGF muistutti todennäköisesti VEGF-C:tä ja sisälsi salaperäisen silk-homologian domeenin. Se on intuitiivisesti järkeenkäypää (ja Jörg Wilting oli ehdottanut sitä jo aiemmin), sillä yksinkertaisimmat tuntemamme verisuonijärjestelmät ovat niin sanotut hemolymfajärjestelmät (esim. hyönteisillä), joilla on monia yhteisiä piirteitä imukudosjärjestelmän kanssa. Tällä julkaisulla emme tehneet mitään poikkeuksellista, mihin vain harvat pystyvät. Teimme jotain, minkä kuka tahansa voisi tehdä, mutta mitä kukaan ei ollut tähän mennessä tehnyt: tarkastelimme järjestelmällisesti, millä eläimillä on mitäkin PDGF- ja VEGF-proteiineja. Itse asiassa teimme jotain uutta: kehitimme joukkoistamismenetelmän PDGF- ja VEGF-proteiinien luokittelemiseksi. Sen sijaan, että olisimme kysyneet ihmisiltä, kysyimme tietokannoilta. Tietokannoissa on monia PDGF:n ja VEGF:n kaltaisia sekvenssejä, jotka tunnistetaan sellaisiksi vain niiden aminohapposekvenssin homologian perusteella. Selvittääksemme, onko kyseessä esimerkiksi VEGF-C vai VEGF-D, suoritamme useita (PSI)BLAST-hakuja ja laskemme sitten yhteen enemmistön mielipiteen (määritettynä parhaiden osumien perusteella).Meitä odotti monia yllätyksiä, kun bioinformatiikkaskripti oli saanut työnsä päätökseen kahden viikon PDGF- ja VEGF-kaltaisten sekvenssien etsimisen ja vertailun jälkeen: