Kaupunkipaketti on Michael’s Domain

Staden 1.4 ja Suse 9

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Asensin tänään uuden Staden-paketin (versio 1.4) Suse 9 -järjestelmääni. Lisäsin rivit: export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-rel-1-4 . $STADENROOT/staden.profile ~/.bashrc-tiedostooni.Tämän jälkeen kprinter lakkasi toimimasta ja antoi seuraavan virheilmoituksen: kprinter: /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries/libstdc++.so.5: versiotietoja ei saatavilla (vaaditaan tiedostossa /opt/kde3/lib/kprinter.so)Ilmeisesti tavanomaista tiedostoa (/usr/lib/libstdc++.so.5) ei enää käytetä, koska staden linux-binary -hakemisto on listattu PATH-muuttujassa aivan alussa ja siten ohittaa kaikki muut merkinnät. Siksi korvasin tiedostot /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries/libstdc++.so.5 ja libstdc++.so.5.0.1 symbolisilla linkeillä tiedostoon /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5:cd /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binariessudo ln -s /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 libstdc++.so.5.0.1sudo ln -s /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 libstdc++.so.5Toistaiseksi ainakin tulostus toimii ilman virheilmoituksia, mutta en ole vielä kokeillut Stadenia…

PATH-muuttuja Suse Linux 9:ssä (/etc/profile.local)

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Useat ohjelmistoasennukset muuttavat PATH-ympäristömuuttujaa. Käynnistyksen aikana luetaan monia erilaisia tiedostoja, jotka vaikuttavat lopulliseen PATH-muuttujaan. Useat ohjelmistoasennukset kuitenkin rikkovat olemassa olevat PATH-merkinnät. Yksi niistä on Staden-paketti. Stadenin asennusohjeissa suositellaan lisäämään seuraavat rivit tiedostoon ~/.bashrc: export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-rel-1-4 . $STADENROOT/staden.profilePATH-ongelmien pikakorjaamiseksi voit määrittää tarvitsemasi täydellisen polun tiedostoon /etc/profile.local:PATH=/home/jeltsch/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/bin:/usr/sbin/:/sbin:/opt/gnome/bin:/opt/kde3/bin:/usr/lib/java/bin:/usr/local/bio/bin/Jos jätät merkinnän ~/.bashrc-tiedostoon, Staden-polku lisätään ennen kaikkia /etc/profile.local-tiedoston merkintöjä, jolloin se on etusijalla muihin merkintöihin nähden. Tämä aiheuttaa ongelmia tietyissä ohjelmissa, koska jotkut Stadenin käyttämistä kirjastoista ovat vanhempia kuin Suse Linux 9:ssä olevat (katso joitakin vanhempia viestejä).

Sekvenssien käsittelyn automatisointi (Stadenin pregap4 ja gap4)

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Kirjoitin jo jonkin aikaa sitten skriptin, joka pyrkii automatisoimaan suurimman osan työstä, joka liittyy sekvenssien siirtämiseen ABI-sekvensseristämme gap4-tietokantaan. Skripti on kaukana täydellisestä ja näyttää tältä:!/bin/sh rm *.seq *.log Log\ file.txt for i in ls .ab1; do echo "Nimeän uudelleen $i" mv $i echo $i | sed “s/ $.\{27\}$ ./\1.ab1/" done ls *.ab1 *.txt > tracefile.list pregap4 -nowin -config /home/jeltsch/bin/pregap4_gap4.conf -fofn tracefile.list gap4 test.0.auxLaitoin skriptin kansioon ~/bin; ja tämä skripti on tarkoitettu suoritettavaksi siitä hakemistosta, jossa sekvenssit sijaitsevat. Yleensä koneellamme tehdyn yhden sekvensointikierroksen ab1-jäljitystiedostot tallennetaan yhteen hakemistoon yhdessä joidenkin (minulle) merkityksettömien lokitiedostojen jne. kanssa. Ensin skripti poistaa tarpeettomat tiedostot hakemistosta; sitten se lyhentää tiedostonimet 27 merkkiin plus .ab1-päätteeseen. Huvittavaa kyllä, pregap4 käsittelee pidempiä tiedostonimiä hyvin, mutta gap4:llä on ongelmia. Sen jälkeen kaikki jäljellä olevat tiedostot lisätään luetteloon (tracefile.list), jonka pregap4 lukee. pregap4:ää käytetään ei-interaktiivisesti. Se saa ohjeensa (moduulien asetukset) konfiguraatiotiedostosta (joka minun tapauksessani on myös tallennettu hakemistoon ~/bin). pregap4 kutsuu gap4-shotgun-assembleria ja tallentaa lukemat gap4-tietokantaan. Valitettavasti en ole keksinyt, miten tälle tietokannalle voitaisiin automaattisesti antaa kuvaava nimi. Tällä hetkellä niillä on kaikilla sama nimi, ja ne voidaan tunnistaa vain niiden sijainnin perusteella eri hakemistoissa. Olisi hyvä antaa niille automaattisesti yksilöllinen nimi, esimerkiksi kokoonpanon suorituspäivämäärä tai jotain vastaavaa. Kun kaikki tämä on tehty, gap4 kutsutaan ja se lataa juuri luodun tietokannan manuaalista tarkastelua ja muokkausta varten.Suurin osa sekvensoinnistamme tehdään uusien vektoreiden tarkistamiseksi. Siksi tiedämme yleensä tarkalleen, mitä sekvenssiä odotamme. Jos (mikä valitettavasti ei ole tilanne) ihmiset käyttäisivät rakenteidensa dokumentointiin ohjelmaa, joka sisältää täydelliset sekvenssitiedot (kuten Gene Construction Kit), trace-tiedostot tulisi verrata automaattisesti tällaiseen ”odotettuun” sekvenssiin.Tällä hetkellä saan tämän aikaan viemällä DNA-sekvenssin Gene Construction Kit -ohjelmasta (GCK) tekstimuotoisena tiedostona (ilmeisesti voisin käyttää myös EMBL-muotoa) ja sijoittamalla tämän tiedoston yhdessä ab1-trace-tiedoston kanssa samaan hakemistoon ennen skriptin käynnistämistä. Näin se käsitellään aivan kuten mikä tahansa muu sekvenssi, ja sekvenssilukemat kohdistetaan sen mukaan. On kuitenkin useita asioita, jotka haluaisin asetettavan automaattisesti gap4:ää käynnistettäessä, koska suoritan aina saman klikkausjärjestyksen tarkastellessani kohdistusta manuaalisesti gap4:ssä: Kaikkien eteenpäin suuntautuvien lukukehysten näyttäminen: Oletan, että koska ”odotettu sekvenssi” on pisin, se esiintyy kokoonpanossa aina eteenpäin suunnattuna ja lukukehykset ovat aina eteenpäin suunnattuja. Tämä johtuu siitä, että pidän (luettavuuden helpottamiseksi) vektorisekvenssin GCK:ssa aina sellaisessa suunnassa, että GOI:n CDS on eteenpäin suunnatussa kehyksessä.Erojen korostaminen taustavärillä tulisi ottaa käyttöön. Suur- ja pienkirjaineroja ei tulisi käsitellä eroina. Koska sekvensointimme laatu on vaatimaton, oletusarvot ovat useimmiten liian tiukkoja, jotta gap4 voisi syöttää lukemat samaan kontigiin. Siksi päädyn yleensä etsimään sisäisiä toistoja ja syöttämään ne manuaalisesti. Tämän pitäisi olla mahdollista asettaa automaattisesti gap4-kokoonpanossa, mutta en ole vielä ehtinyt selvittää, miten se tehdään.

Sekvenssijäljitystiedostot tar-arkistoissa (Staden)