https://jeltsch.org/fi/tags/lamp/Recent content in LAMP on Michael’s DomainHugofiCopyright © 2002 - 2026 Michael Jeltsch.Fri, 24 Jul 2026 00:18:18 +0300https://jeltsch.org/fi/how_to_transfer_the_oligo_database_from_macvec_tor_to_a_web_based_blast_database/Tue, 06 Mar 2007 00:00:00 +0000https://jeltsch.org/fi/how_to_transfer_the_oligo_database_from_macvec_tor_to_a_web_based_blast_database/<ol> <li>Tallenna kaikki sekvenssit yhtenä tekstitiedostona (EI MacVector-muodossa), esim. GenBank-muodossa. 2. Kopioi kaikki sekvenssit Linux-/UNIX-tietokoneelle ja muunna ne Mac-muodosta UNIX-muotoon: mac2unix *.gb 3. Kirjoita kaikki sekvenssitiedostojen nimet yhteen tiedostoon: ls *.gb &gt; oligo.lst 4. Muunna kaikki sekvenssit yhdeksi tiedostoksi, joka sisältää peräkkäin liitettyjä fasta-merkintöjä, käyttämällä EMBOSS-ohjelmaa: seqret -sequence @oligo.lst -osformat fasta. Nimeä tulostustiedosto ”mcbl_oligo_db”. 5. Siirrä tämä fasta-tiedosto BLAST-verkkopalvelimen tietokantahakemistoon (…/blast/db). 6. Alusta tietokanta: formatdb -i mcbl_oligo_db -p F -o T. 7. Muokkaa tiedostoa …/blast/blast.html lisäämällä siihen uuden tietokannan nimen. 8. Muokkaa tiedostoa …/blast/blast.rc lisäämällä siihen uuden tietokannan nimen.</li> </ol>