Molekyylibiologia on Michael’s Domain

Restriktioentsyymilaskuri

Tue, 29 Apr 2025 00:00:00 +0000

Käytä interaktiivista työkalua laskeaksesi kuinka paljon entsyymiä tarvitset restriktiopilkkomiseen.

Restriction Digest Calculator

Joskus on tarpeen tietää, kuinka paljon restriktioentsyymiä tarvitaan tietyn plasmidimäärän pilkkomiseen tietyssä ajassa. Tässä on etsimäsi laskentatyökalu! Kaikki tämän algoritmin koodaamiseen käytetyt tiedot on saatu New England Biolabsilta (NEB). Entsyymin säilyminen reaktiossa ekstrapoloitiin NEB:n raportoimista kokeista. Syötä vain luvut lomakkeeseen ja paina Submit-painiketta!

Suojaus UV-valolta

Thu, 12 Dec 2019 00:00:00 +0000

** UV valot luokittellan seuravasti UV-C (100 / 200-280 / 290 nm, lyhytaalto, kova UV)UV-B (290-315 nm, keskiaalto, keskimääräinen UV)UV-A (315-400 nm, pitkäaallon UV, pehmeä UV, “musta valo”)Erityisesti UVC:n suhteen käytetään usein erilaisia aallonpituusrajoja eri UV-tyyppien välisten rajojen määrittelemiseen. Alle 200 nm:n UVC:n aallonpituudet kutsutaan myös “vakuumi-UV (VUV)”. Toiset erottavat UVC-spektrin ja viittaavat aallonpituuksiin välillä 10 - 200 nm “UVC-VUV”. “Extreeminen (äärimmäinen) UV (EUV)” tarkoittaa aallonpituuksia välillä 10-121 nm, ja tämän alueen lyhyessä päässä säteilyä pidetään ionisoivana (niin kuin röntgensäteilyä). En kuitenkaan tiedä mitään selkeää aallonpituusrajaa, jota käytetään ionisoivan ja ei-ionisoivan säteilyn erottelun määrittämiseen. Molekyylibiologia Useimpia molekyylibiologian UV-pöytiå käytetään etidiumbromidilla värjätyn DNA:n kuvantamiseen agaroosigeeleissä. Nämä UV-pöydät käyttävät noin 300-nm aallonpituutta (enimmäkseen 302 nm), mutta joillakin on myös pidempi aallonpituusvaihtoehto. Esim. Alpha Innotech/UVP, Inc/Ultra-Violet Products Ltd./Analytik Jena LM-26E UV-pöytää voidaan käyttää aallonpituudella 302 tai 365 nm). Nyrkkisääntö on, että mitä pidempi aallonpituus, sitä vähemmän se vaurioittaa DNA:ta (samalla myös DNA-interkaloidun etidiumbromidin signaali heikkenee). On myös 254-nm UV-lamppuja, mutta ne eivät sovellu DNA-töihin, koska ne aiheuttavat DNA:ssa mutaatiot jo muutamassa sekunnissa. Tämä ei ole yllättävää, koska DNA:n oma absorptiomaksimi on 260 nm ja se tarkoittaa, että DNA absorboi suurimman säteilymäärän. Siis 302 nm on kompromissi herkkyyden ja DNA-vaurioiden välillä.Työskenteleminen UV-pöydän kanssa ei ole vaaratonta, ja olettaisin, että UV-vaara on suurempi kuin etidiumbromiidivärjäyksen vaara. Jotkut tutkijat irrationaalisesta syystä pelkäävät etidiumbromiidia liikaa (https: //bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/, http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide) . Olen nähnyt “auringonpolttaman” yhdessä kollegassani liian pitkältä altistumiselta UV-pöytien UV-valolle. Kasvonaamari suojaa kasvojasi, mutta voit silti polttaa käsiäsi tai dekolteeasi. UV-läpäisevät ja UV-läpinäkymättömät materiaalit Materiaalin (näkyvästä) valon läpinäkyvyydestä ei voida tietää, kuinka tehokkaasti materiaali absorboi UV-valoa. Tavallinen akryylilasi (“Plexiglas”) on läpinäkyvä suuremman aallonpituuden UV-säteilylle (kutsutaan myös UV-A, 315-400 nm) eikä siksi sovellu silmien suojaamiseen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves / ). Akryylilasi voidaan tehdä UV-läpinäkymättömäksi lisäämällä UV-säteilyä absorboivia lisäaineita. UV-suodattavalla akryylilasilla (“museolaadullinen akryyli”) on erilaisia ominaisuuksia. Jos UV-aallonpituus on alle ~ 375 nm, mikä tahansa UV-suodattavaa akryylia käytetään. UF-4-akryylilasi suojaa vähiten: 80% 400 nm: n UV-säteestä johdetaan 2 mm: n levyn läpi. UF-3 suojaa paremmin ja UF-5 absorboi melkein kaiken hyvin näkyvän ultraviolettivalon (> 390 nm). Polykarbonaatti (PC) on ystäväsi Kun tarvitset suojaa UV-säteiltä, polykarbonaatti on kuitenkin ystäväsi. 3 mm paksu polykarbonaatti on käytännöllisesti katsoen täysin läpinäkymätön UV: lle useimmista UV-lähteistä, joita käytetään molekyylibiologiassa 400 nm asti. Siksi UV-suojaavat kasvonaamarit ja aurinkolasit valmistetaan pääasiassa polykarbonaatista.2 mm, joka on hiukan paksumpi kuin polykarbonaattisten aurinkolasien tyypillinen paksuus, on enimmäkseen riittävä, mutta vähemmän tehokas absorptio paksumpiin polykarbonaattiaineisiin verrattuna vain UV: n ollessa yli ~ 385 nm (siis hyvät aurinkolasit suojaavat silmiäsi molekyylibiologian UV-lampuilta , mutta kasvosi iho altistuu silti). Itse asiassa 2 mm paksuissa polykarbonaattisissa aurinkolaseissa on vähemmän kuin 2 mm polykarbonaattia, koska polykarbonaatin molemmilla puolilla on naarmuuntumaton, UV-säteilyä vaimentava pinnoite, koska polykarbonaatti on erittäin pehmeää ja naarmuuntuu helposti. Valitettavasti polykarbonaattimuoveja on vaikea tunnistaa, koska niiden lukumäärä on “7” hartsin tunnistuskoodien (RIC) luettelossa, joka on “Muu” -sekoitettu pussi. Tuottajien tietojen tulkinta **Kun tarkistat lomakkeilla läpinäkyvien materiaalien optiset ominaisuudet, huomaat pian, että niitä on vaikea tulkita. Huomaat pian, että tuottajien verkkosivustojen lähestymistapa on vähemmän tieteellinen, mutta enemmän mainontaa. He puhuvat UV-säteilystä prosenteissa, mutta eivät missään nimessä mainitse materiaalin paksuutta, mikä on yksi tärkeimmistä imeytymisen / läpäisyn näkökohdista ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Epäilen voimakkaasti, että he käyttävät 2 mm valotieä (paksuus), toinen mahdollisuus on 1 cm (mikä on toinen “vakio” pituus). Jos sinulla on sisäpiiritietoa, ota meihin yhteyttä!

Suojaa UV-valolta

Fri, 15 Nov 2019 00:00:00 +0000

Ensin muutamia määritelmiäUV-C (100/200–280/290 nm, lyhytaaltoinen, kova UV)UV-B (290–315 nm, keskiaaltoinen, välimuotoinen UV)UV-A (315–400 nm, pitkäaaltoinen UV, pehmeä UV, ”musta valo”) Erityisesti UV-C:n osalta käytetään toisinaan erilaisia aallonpituusrajoja eri UV-tyyppien välisten rajojen määrittelemiseksi. Jotkut sulkevat alle 200 nm:n aallonpituudet UV-C:n ulkopuolelle ja viittaavat niihin termillä ”tyhjiö-UV (VUV)”. Toiset jakavat UV-C-spektrin edelleen ja viittaavat 10–200 nm:n välisiin aallonpituuksiin termillä ”UV-C-VUV”. ”Äärimmäinen UV (EUV)” viittaa aallonpituuksiin välillä 10–121 nm, ja tämän alueen lyhyemmässä päässä säteilyä pidetään ionisoivana (samanlaisena kuin röntgensäteet). En kuitenkaan tiedä mitään selkeää aallonpituusrajaa, jota käytettäisiin ionisoivan ja ei-ionisoivan säteilyn erottamiseen toisistaan. Molekyylibiologia Useimpia molekyylibiologiassa käytettäviä UV-laitteita käytetään etidiumbromidilla värjätyn DNA:n havaitsemiseen agaroosigeeleissä. Niissä käytetään aallonpituutta noin 300 nm (yleensä 302 nm), mutta joissakin laitteissa on myös pidempi aallonpituusvaihtoehto (esim. Alpha Innotech LM-26E -laitetta voidaan käyttää 302 tai 365 nm:n aallonpituudella). Nyrkkisääntönä voidaan pitää, että mitä pidempi aallonpituus on, sitä vähemmän DNA:lle aiheutuu vaurioita (mutta myös DNA:n väliin tunkeutuneen etidiumbromidin signaali heikkenee). On olemassa 254 nm:n UV-lamppuja, mutta ne eivät sovellu DNA:n tutkimiseen, koska ne aiheuttavat DNA:ssa mutaatioita muutamassa sekunnissa. Tämä ei ole yllättävää, sillä DNA:n absorptiomaksimi on 260 nm:ssä, mikä tarkoittaa, että DNA imee suurimman osan säteilystä. Siksi 302 nm on kompromissi herkkyyden ja DNA-vaurioiden välillä. UV-pöydän käyttö ei ole vaaratonta, ja oletan, että UV-säteily on vaarallisempaa kuin etidiumbromidivärjäys, jota jotkut ihmiset (tutkijat!) jostakin irrationaalisesta syystä pelkäävät liikaa ( https://bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/ , http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide ). Olen nähnyt yhden kollegani saaneen ”auringonpolttaman” liian pitkästä altistumisesta UV-pöytien UV-valolle. Kasvomaski suojaa kasvojasi, mutta käsivarret tai dekoltee voivat silti palaa. UV-läpäisevät ja UV-läpäisemättömät materiaalit Materiaalin (näkyvän) valon läpäisevyydestä ei voi päätellä, kuinka tehokkaasti materiaali absorboi UV-valoa. Tavallinen akryylilasi (”Plexiglas”) on läpäisevä pidemmän aallonpituuden UV-säteilylle (jota kutsutaan myös UV-A-säteilyksi, 315–400 nm) eikä siksi sovellu silmien suojaamiseen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves/ ). Akryylilasi voidaan tehdä UV-läpäisemättömäksi lisäämällä siihen UV-valoa absorboivia lisäaineita. UV-suodattavaa akryylilasia (”museolaatuista akryyliä”) on saatavilla eri laatuluokissa. Jos UV-aallonpituus on alle ~375 nm, mikä tahansa UV-suodattava akryylilaatu sopii. UF-4-akryylilasi suojaa vähiten: 2 mm:n paksuinen levy päästää läpi 80 % 400 nm:n UV-säteilystä. UF-3 suojaa paremmin ja UF-5 absorboi lähes kaiken näkyvän valon läheisen UV-säteilyn (>390 nm).Polykarbonaatti (PC) on paras valintaKun tarvitset suojaa UV-säteilyltä, polykarbonaatti on paras valinta. 3 mm:n paksuinen polykarbonaatti on käytännössä täysin läpäisemätön useimpien molekyylibiologiassa käytettävien UV-lähteiden 400 nm:iin asti ulottuvalle UV-säteilylle. Siksi UV-suojaavat kasvomaskit ja aurinkolasit valmistetaan pääasiassa polykarbonaatista. 2 mm:n paksuus, joka on hieman tyypillistä polykarbonaattiaurinkolasien paksuutta paksumpi, riittää useimmiten, mutta paksumpaan polykarbonaattiin verrattuna heikompi absorptiokyky on merkityksellistä vain ~385 nm:n yläpuolella olevan UV-säteilyn osalta (siksi hyvät aurinkolasit suojaavat silmiäsi molekyylibiologiassa käytettäviltä UV-lampuilta, mutta kasvojen iho jää silti altistumaan). Itse asiassa 2 mm paksuisissa polykarbonaattisissa aurinkolaseissa on alle 2 mm polykarbonaattia, koska niiden polykarbonaatin molemmilla puolilla on naarmuuntumaton, UV-säteilyä imemätön pinnoite, sillä polykarbonaatti on erittäin pehmeää ja naarmuuntuu hyvin helposti. Valitettavasti polykarbonaattimuovit ovat vaikeasti tunnistettavissa, sillä niiden numero on ”7” muovimerkintäkoodiluettelossa (RIC), joka on ”Muut”-kategoriaan kuuluva sekalaista sisältöä.Valmistajien tietojen tulkintaKun tarkastelee läpinäkyvien materiaalien optisia ominaisuuksia koskevia tietolehtisiä, huomaa pian, että niitä on vaikea tulkita. Huomaa pian, että valmistajien verkkosivustojen lähestymistapa on vähemmän tieteellinen ja enemmän mainosluonteinen. He puhuvat UV-läpäisyasteesta prosentteina, mutta eivät mainitse missään vaiheessa materiaalin paksuutta, joka on yksi tärkeimmistä absorptio- ja läpäisyominaisuuksiin vaikuttavista tekijöistä ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Epäilen vahvasti, että he käyttävät 2 mm:n valopolkua (paksuutta), toinen mahdollisuus on 1 cm (joka on toinen ”vakiopituus”). Jos sinulla on sisäpiiritietoa asiasta, kerrothan minulle!

SnapGene – Yksinkertaisesti paras DNA:n käsittelyohjelmisto

Fri, 01 Jan 2016 00:00:00 +0000

Laboratoriossamme on käytetty erilaisia ohjelmistopaketteja DNA-rakenteiden suunnitteluun, dokumentointiin ja visualisointiin. Niistä, joista olemme jo pitkään pitäneet erityisen paljon, ovat Textcon GeneConstructionKit (GCK) ja Clone Manager (Professional) . Jälkimmäinen toimii valitettavasti vain Windowsissa. Koska useat tietokoneistamme käyttävät kuitenkin Ubuntu Linuxia , käytimme GCK:n versioita 2.5 ja 3 WINE:n -ohjelmalla (yhteensopivuuskerros, jonka avulla voimme käyttää alkuperäisiä Windows-ohjelmia Linuxissa). Päivityksen myötä versioon 4 GCK muuttui kuitenkin WINE:n alla käyttökelvottomaksi hitaudeksi, joten aloimme etsiä sille korvaajaa. Otimme yhteyttä GCK:n kehittäjiin, mutta he eivät ilmeisesti olleet halukkaita tai kykeneviä auttamaan meitä. Oletan, että GCK:n koodipohja on luultavasti yli 20 vuotta vanha, ja siksi kukaan ei uskalla koskea siihen. Juuri tuolloin SnapGene julkaistiin, ja se täytti lähes kaikki vaatimuksemme:

2 viikon laboratoriokurssi

Tue, 30 Dec 2014 00:00:00 +0000

En ollut lainkaan tietoinen siitä, kuinka paljon työtä käytännön laboratoriokurssin järjestäminen vaatii. Jos olisin tiennyt, Pirjo olisi joutunut paljon vaikeampaan tilanteeseen yrittäessään suostutella minua pitämään tämän kurssin DPBM-tohtorikoululle . Kari oli varoittanut minua… Kurssiin liittyvä luentokurssi oli ollut käynnissä syyskuusta marraskuuhun. Käytännön kurssille oli tarjolla 16 vapaata paikkaa, mutta se oli täysin epärealistista, kun otetaan huomioon, että meidän tilamme rajoittuivat minun 23,7 neliömetrin laboratorioon. Opetuskäyttöön tarkoitettua laboratoriotilaa on saatavilla, mutta ilman laitteita ja kaikkea muuta tällaiseen hankkeeseen tarvittavaa infrastruktuuria. Käytännön kurssille ilmoittautui kahdeksan henkilöä, ja – onneksi – puolet heistä perui osallistumisensa viime hetkellä, koska heillä ei ollut riittävää mahdollisuutta sitoutua kurssin vaatimaan raskaaseen työmäärään. Näin ollen meillä oli lopulta neljä opiskelijaa ja kolme projektia. Emme olisi missään nimessä selvinneet enempää.Ajatuksena oli tarjota jokaiselle osallistujalle mahdollisuus toteuttaa oma DNA-kloonaus- ja proteiini-ilmentymisprojekti, joka olisi merkityksellinen hänen omille tohtoriopintoilleen. Tätä varten tapasin kolme ryhmää kuukautta etukäteen kloonauksen suunnittelemiseksi ja tarvittavien materiaalien tilaamiseksi. Työskentelimme rinnakkain seuraavien kolmen projektin parissa:

Käytännön molekyylibiologia ja geenitekniikka

Mon, 08 Sep 2014 00:00:00 +0000

Kokoelma DPBM -kurssin Käytännön molekyylibiologia ja geenitekniikka esitysdioja. Jokaisesta luennosta on tiedostoja (ainakin) kahdessa eri muodossa: PDF ja ODP (Open Document Presentation). ODP-tiedostoa voi muokata LibreOffice -ohjelmistolla. Jos haluat avata sen Microsoft Officella, sinun on ensin muunnettava tiedosto joko LibreOfficella tai jollain verkkopohjaisella muuntotyökalulla (kuten cloudconvert ). Kaikki materiaali on saatavilla Creative Commons -lisenssin alaisena. Saatan lisätä myöhemmin parannettuja versioita luentodioista osallistujien palautteen perusteella. Dia, joka käsittelee restriktioentsyymejä (RE) ja sitä, miten lasketaan tarvittavat RE-määrät tietyn määrän DNA:n pilkkomiseksi, löytyy luennon 1 tiedostosta.

Molekyylibiologian ohjelmistokehityshankkeet

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5:ään liittyvät asiat

GCK2.5:n vianetsintä Wine-ympäristössä** Wine-ympäristössä on edelleen joitakin virheitä, jotka tekevät GCK2.5:n käytöstä toisinaan hankalaa. Erityisesti alueiden merkitseminen, sekvenssien haku ja uuden tiedoston avaaminen eivät onnistu.
GCK2.5:n vienti** GCK2.5 ei pysty viemään tiedostoja EMBL-muotoon siten, että alueet muunnettaisiin piirteiksi. Se pystyy kuitenkin viemään kommentit tekstitiedostoon ja pelkän sekvenssin tekstitiedostoon. Olisi helppoa kirjoittaa Perl-skripti, joka ottaa nämä kaksi tiedostoa ja muuntaa ne yhdeksi EMBL-tiedostoksi, EMBOSS cirdna/lindna-tiedostoksi tai pDRAW32-tiedostoksi.
GCK2.5:n integrointi Wine-työpöydälle** Kun napsautetaan tiedostoja, jotka on liitetty Windows-ohjelmiin (Wine-ympäristössä), Linuxin tiedostonhallintaohjelma (esim. Konqueror) välittää tiedoston argumenttina liitetylle Windows-sovellukselle, ja tiedosto avautuu Wine-ympäristössä. GCK2.5 kieltäytyy kuitenkin hyväksymästä tiedostoa argumenttina. Kun napsautan .gcc-tiedostoa, GCK2.5 käynnistyy, mutta avaa tyhjän ikkunan, ja minun on avattava .gcc-tiedosto GCK2.5:n sisällä. Tarpeetonta napsauttelua, varsinkin kun joudun selaamaan useita kansiohierarkioita. Kun GCK2.5 toimii natiivisti Windowsissa, onko mahdollista käynnistää GCK2.5:n komentoriviparametrina rakennetiedosto? Minun pitäisi tarkistaa se.

pDRAW32-aiheiset

Geneettinen koodi

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Second position of codon

First
position
of
codon

ttt	Phe	F
ttc	Phe	F
tta	Leu	L
ttg	Leu	L

tct	Ser	S
tcc	Ser	S
tca	Ser	S
tcg	Ser	S

tat	Tyr	Y
tac	Tyr	Y
taa	Ochre	Stop
tag	Amber	Stop

tgt	Cys	C
tgc	Cys	C
tga	Opal	Stop
tgg	Trp	W

Third
position
of
codon

ctt	Leu	L
ctc	Leu	L
cta	Leu	L
ctg	Leu	L

cct	Pro	P
ccc	Pro	P
cca	Pro	P
ccg	Pro	P

cat	His	H
cac	His	H
caa	Gln	Q
cag	Gln	Q

cgt	Arg	R
cgc	Arg	R
cga	Arg	R
cgg	Arg	R

att	Ile	I
atc	Ile	I
ata	Ile	I
atg	Met	M

act	Thr	T
acc	Thr	T
aca	Thr	T
acg	Thr	T

aat	Asn	N
aac	Asn	N
aaa	Lys	K
aag	Lys	K

agt	Ser	S
agc	Ser	S
aga	Arg	R
agg	Arg	R

gtt	Val	V
gtc	Val	V
gta	Val	V
gtg	Val	V

gct	Ala	A
gcc	Ala	A
gca	Ala	A
gcg	Ala	A

gat	Asp	D
gac	Asp	D
gaa	Glu	E
gag	Glu	E

ggt	Gly	G
ggc	Gly	G
gga	Gly	G
ggg	Gly	G

Oligonukleotidien molekyylipaino ja ekstinktiokerroin

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

DNA-oligonukleotidien molekyylipainon laskentakaava on:

MW (g/mol) = (nA × 249,08619) + (nG × 265,0811) + (nC × 225,07496) + (nT × 240,07462)

Oligonukleotidin ε:n (epsilon, ekstinktiokerroin) laskemiseksi kaava on:

Pikaoppaat

Sun, 06 Aug 2006 00:00:00 +0000