Ohjelmisto on Michael’s Domain

Barrier (ohjelmistopohjainen KVM-kytkin)

Tue, 21 Jan 2025 00:00:00 +0000

Barrier on loistava ohjelmisto, jonka avulla voit käyttää samaa näppäimistöä ja hiirtä eri tietokoneilla ilman erillisiä laitteita. Minulla on työpöydälläni kaksi tietokonetta, ja aiemmin käytin laitteistopohjaista KVM-kytkintä (näppäimistö, video ja hiiri), joka kävi tarpeettomaksi, kun tietokoneeni alkoivat lähettää videokuvaa HDMI-liitännän kautta. Siksi minulla on työpöydälläni kaksi näppäimistöä, mikä ei ole kovin ergonomista. Tiesin, että tähän ongelmaan on olemassa ohjelmistoratkaisuja, mutta en ole koskaan ehtinyt ottaa niitä käyttöön, enkä myöskään halunnut maksaa tilausmaksua tästä ylellisyydestä. Olen nyt alkanut käyttää Barrieria: https://github.com/debauchee/barrier . Se on toiminut tähän mennessä erinomaisesti (asennusta ja ohjeistusta lukuun ottamatta), mutta minun on vielä saatava se toimimaan ennen kirjautumista, jotta voin luopua toisesta näppäimistöstäni. Tässä ovat vaiheet, joita ei ollut dokumentoitu hyvin: Kun Barrier asennetaan Ubuntuun, se ei luo varmenteita automaattisesti. Joten tämä on tehtävä itse: Suorita sekä asiakaskoneella että palvelimella: /home/käyttäjätunnus/.local/share/barrier/SSL:openssl req -x509 -nodes -days 365 -subj /CN=Barrier -newkey rsa:4096 -keyout Barrier.pem -out Barrier.pemJos käytät palomuuria, sinun on myös avattava portti 24800. Kun olet saanut Barrierin toimimaan, tarkista oikea komento (ps aux) komentoriviltä. Se on todennäköisesti jotain tällaista:/usr/bin/barrierc -f --no-tray --debug INFO --name tietokoneen-nimi [87.167.231.88]:24800startKäytä Ubuntun Käynnistyssovellukset-toimintoa ja liitä yllä oleva komento siihen. Tämä tarkoittaa, että et voi käyttää Barrieria kirjautumiseen, koska se ladataan vasta kirjautumisen jälkeen. Mutta en ole toistaiseksi keksinyt enempää. Luultavasti on olemassa tapa saada tämä toimimaan ennen kirjautumista systemd:n avulla, mutta en ole ehtinyt selvittää, miten se tehdään.

Ouriginal ei useimmiten onnistu havaitsemaan plagiointia

Thu, 23 May 2024 00:00:00 +0000

Ouriginal , aiemmin Urkund-nimellä tunnettu plagioinnin havaitsemispalvelu, on ollut käytössä Helsingin yliopistossa jo hyvin pitkään. Koska Ouriginal ei kyennyt käsittelemään joitakin opiskelijoidemme pro gradu -tutkielmia, käytin hieman aikaa Ouriginalin ja sen ongelmien tutkimiseen. Tässä ovat havaintoni. Ruotsalaisesta eurooppalaiseksi ja edelleen yhdysvaltalaiseksiMinulle ei ole selvää, mitä ohjelmistoa oikeastaan käytämme, sillä Ouriginal on syntynyt ruotsalaisen Urkundin ja saksalaisen PlagScanin fuusiosta, ja vuonna 2021 amerikkalainen Turnitin osti Ouriginalin. En tarvitse mitään tällaista ohjelmistoa, mutta yliopistomme vaatii, että opinnäytetyöt on skannattava kyseisellä ohjelmistolla. Koska luen ja arvioin vuosittain yhä enemmän opinnäytetöitä, käytän myös yhä enemmän Ouriginalia. Ouriginal tukee monia tiedostomuotoja, mutta tuki on buginen Tarkastellessani lähetysten historiaa huomasin, että noin toukokuun puoliväliin 2024 asti kaikki lähetetyt PDF-tiedostot oli analysoitu asianmukaisesti. Mutta viime viikolla jotain muuttui, sillä noin puolet lähetetyistä asiakirjoista jäi käsittelemättä. Tavanomaiset kikat (lähettäminen toisessa muodossa, kuten .docx, .odt, .ps, .rtf) toimivat joidenkin, mutta eivät kaikkien opinnäytetöiden kohdalla. Yksi opinnäytetyö oli erityisen hankala, eikä meidän ”asiantuntijoillamme” eikä Originalin tukipalvelun henkilökunnalla ollut aavistustakaan, miksi heidän ohjelmistonsa ei pystynyt käsittelemään sitä (mikä saa minut jälleen miettimään, mitä ohjelmistoa heidän taustajärjestelmänsä oikeastaan käyttää). Ouriginal on tutkinut asiaa jo kuukauden ajan ilman, että minulle olisi annettu vastauksia… Yliopistomme saa opetusministeriöltä rahoitusta valmistuvien opiskelijoiden määrän perusteella, ja menetämme tuhansia euroja jokaisesta opiskelijasta, joka ei valmistu ajoissa. Maksuvelvollisilla opiskelijoilla on myös vahva kannustin valmistua ajoissa lisäkustannusten välttämiseksi. Siksi jokainen viivästys valmistumisaikataulussa on mahdoton hyväksyä. Ouriginalin suorituskyky tuottaa pettymyksen järkyttävällä tunnistusasteella Koska Word-asiakirjan muuntamiseen PDF-tiedostoksi on kymmeniä tapoja, yritin rajata ongelman lähettämällä testiasiakirjoja Ouriginal-palveluun. Käytin käsikirjoituksia, jotka olemme julkaisseet viime vuosina. Olin järkyttynyt huomatessani, että Ouriginal ei onnistunut havaitsemaan plagiointia yli puolessa tapauksista. Syynä eivät ole maksumuurit, sillä lähes kaikki julkaisumme ovat vapaasti saatavilla. Julkaisun uutuus tai lehden laatu eivät myöskään vaikuttaneet tuloksiin havaittavalla tavalla. Näyttää kuitenkin selvältä, että Ouriginalilla on enemmän ongelmia muiden kuin englanninkielisten asiakirjojen kanssa. On erittäin vaikea selittää, miksi niin monia vapaasti saatavilla olevia tieteellisiä tekstejä arvostetuista lehdistä ( Scientific Reports , Angiogenesis , Annals of Anatomy ) eivät ole Ouriginalin indeksoimia. Plagioinnin tunnistamatta jääminen Helsingin yliopiston omasta väitöskirjarekisteristä Ouriginal ei indeksoi edes oman yliopistomme vapaasti saatavilla olevia väitöskirjoja ( https://ethesis.helsinki.fi ). Yhtäkään omassa laboratoriossani kirjoitettua väitöskirjaa ei tunnistettu. Tarkistin myös oman väitöskirjani , ja se oli ainoa, joka tunnistettiin (Ouriginal löysi sen [docslib.org]-sivustolta ( https://docslib.org/doc/7864611/vegfr-3-ligands-and-lymphangiogenesis ), ei oman yliopistomme virallisesta väitöskirjarekisteristä). Onko järkevää maksaa tällaisesta puutteellisesta palvelusta? En usko. Tärkeiden lehtien vapaasti saatavilla olevien tekstien puuttuminen vaikuttaa anteeksiantamattomalta, sillä yksinkertainen Google-haku toimii paremmin. Tein Google-hakuja tunnistamattomista teksteistä löytyneillä lauseilla, ja useimmissa tapauksissa Google tunnisti alkuperäisen lähteen ongelmitta. Mikä tahansa ohjelmoija voi kirjoittaa Python-skriptin, joka jakaa tekstit lauseiksi yksittäisiä Google-hakuja varten ja kokoaa tulokset yhteen, yhden iltapäivän aikana. Miksi ylläpitäisit omaa tietokantaasi, jos Google hoitaa asian paremmin kuin sinä? Seuraavista julkaistuista käsikirjoituksista/opinnäytetöistä/konferenssijulkaisuista ei havaittu plagiointia:*

Käsikirjoitusten arviointi PDF-tiedostoihin tehtyjen merkintöjen avulla

Fri, 28 Jun 2019 00:00:00 +0000

Tieteelliseen vertaisarviointiin tarkoitetut käsikirjoitukset toimitetaan PDF-tiedostoina. Siksi tuntuu luonnollisimmalta tehdä huomautuksia suoraan PDF-tiedostoon sen sijaan, että kommentit lähetettäisiin erillisenä tekstitiedostona. Monet julkaisujärjestelmät eivät kuitenkaan salli kommenttien lähettämistä merkittyjen PDF-tiedostojen muodossa.Lisäksi Linuxille (jota käytän) ei ole helppokäyttöistä ilmaista tai avoimen lähdekoodin PDF-editoria. Kyllä, on olemassa PDFEdit ( http://pdfedit.cz/en/index.html) , mutta sen käyttö vaatii paljon opettelua, ja sen viimeisin versio on vuodelta 2012. Verkossa on ilmaisia PDF-muokkausohjelmia (esim. https://www.pdfescape.com/) , mutta joskus tarvitsen paikallista työkalua. Vaikka se ei ole avoimen lähdekoodin ohjelmisto eikä ilmainen, valitsemani työkalu on ollut PDF Studio Pro . Siinä on kaikki tarvitsemani ominaisuudet (itse asiassa paljon enemmän kuin tarvitsen), se on aidosti monialustainen (Windows, Mac, Linux), helppokäyttöinen ja erittäin edullinen siihen nähden, mitä se tarjoaa (129 dollaria kertaluonteisesta pysyvästä lisenssistä). Valitettavasti Quoppa Software – PDF Studion kehittäjä – ei tarjoa akateemisia alennuksia.PDF Studio ViewerJokin aika sitten PDF Studion kehittäjät alkoivat tarjota ilmaista versiota nimeltä PDF Studio Viewer . Tämä ilmainen versio on tullut ajan myötä yhä hyödyllisemmäksi. Viime vuodesta lähtien se tukee myös PDF-merkintöjä, mikä on erittäin tärkeää työssäni, etenkin kun arvioin tieteellisiä käsikirjoituksia vertaisarviointina. Monille akateemisille käyttäjille PDF Studio Viewer saattaa olla täysin riittävä.LibreOffice ja InkscapeTietenkin LibreOffice Draw ja Inkscape pystyvät muokkaamaan PDF-tiedostoja, mutta ne eivät ole erikoistuneet merkintöjen tekemiseen. Jos joudut tekemään laajoja merkintöjä, prosessista tulee pian hyvin työläs. Lisäksi Inkscapen muokkaus voi olla tuhoisaa (esim. kun muokkaat tekstiä), mutta olen käyttänyt sitä esimerkiksi lomakkeiden täyttämiseen.Sen lisäksi, että erillisiä merkintä- ja tarkistustyökaluja (kuten ”korvaa teksti”, ”yliviivaa teksti”, ”poista teksti”, ”lisää teksti” tai selitystekstejä) puuttuu, LibreOffice Draw on itse asiassa varsin pätevä PDF-editori, mutta se ei silti aina onnistu avaamaan hyvin monimutkaisia PDF-tiedostoja oikein (minulla on ollut ongelmia taustakuvien/kuvioiden kanssa). Outoa kyllä, ainoaa tarkistustyökalua (kommentteja) ei viedä oletuksena. Sinun on valittava ”Vie kommentit” -valintaruutu, kun viet muokatun PDF-tiedoston PDF-muodossa (”Tallenna”-toiminto luo ODG-tiedoston, jota et todennäköisesti halua).PDFsamJos sinulla ei ole tarvetta lisätä merkintöjä, saatat pärjätä avoimen lähdekoodin työkalulla PDFsam . Toisin kuin PDFEdit, PDFsam on saatavilla Ubuntun pakettivarastoista. PDFsamista on saatavilla myös kaksi maksullista versiota ( PDFsam Enhanced ja PDFsam Visual ). PDFsam Basic (avoimen lähdekoodin versio) on vain yksinkertainen graafinen käyttöliittymä, joka toimii joidenkin komentoriviohjelmien päällä, kun taas PDF Studio Viewer tarjoaa aidon visuaalisen muokkauskokemuksen. En voi puhua PDFsamin maksullisista versioista, koska niitä ei ole saatavilla ilmaisina kokeiluversioina. Itse asiassa kaikki PDFsamin toiminnot voidaan suorittaa komentoriviltä (katso täältä blogikirjoitukseni siitä, miten yleisiä PDF-muokkaustehtäviä suoritetaan pääasiassa komentorivityökalulla pdftk ).Tiedostokoon pienentäminenPDFsam Basic ja PDF Studio Viewer eivät tarjoa mitään toimintoja tiedostokoon pienentämiseen. LibreOffice Drawin PDF-vienti-valintaikkunassa voit pienentää kuvan resoluutiota ja JPEG-pakkausta, minkä avulla voit pienentää tiedostokokoa. Avoimen lähdekoodin alalla ainoat työkalut, joilla PDF-tiedoston kokoa voi pienentää, näyttävät kuitenkin olevan komentorivityökalut. Käytän tähän tehtävään ghostscript -ohjelmaa, mutta komentoa ei ole helppo muistaa:gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/screen -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdfPDF Studio Pron avulla sinun ei tietenkään tarvitse muistaa eri avainsanoja eri tulostuslaatuasetuksille (näyttö, e-kirja, tulostin, painovalmistelu), sillä voit valita käytettävissä olevista vaihtoehdoista suoraan pudotusvalikosta. Jos etsit avoimen lähdekoodin graafista kääreohjelmaa Ghostscriptille, kokeile esimerkiksi workerPdf . Asiakirjojen allekirjoittaminen ja allekirjoitusten lisääminen PDF Studio Viewerilla voit allekirjoittaa asiakirjoja, jos sinulla on DocuSign-tilaus . Minua kiinnostaa kuitenkin lähinnä se, että voin itse todistaa luoneeni tietyn asiakirjan (“itse allekirjoitettu allekirjoitus”), enkä niinkään sitä, että muut voivat vahvistaa tekijyyteni. Tässä tilanteessa PDF Studio Viewer ei valitettavasti auta. Eikä ilmeisesti PDFSam tarjoa mitään mahdollisuutta allekirjoittamiseen (ei itseallekirjoitusta eikä kolmannen osapuolen allekirjoitusta). Libre Office Draw sen sijaan mahdollistaa asiakirjojen allekirjoittamisen! Olen etsinyt edullista ratkaisua (ei itse allekirjoitettua, mutta muiden PDF-lukijoiden luottamaa) PDF-asiakirjojen allekirjoittamiseen, mutta sopivaa ratkaisua ei näytä löytyvän, jos allekirjoittamista tarvitaan vain harvoin. DocuSignin peruspaketti (10 dollaria/kk) tuntuu liian kalliilta, kun allekirjoitetaan vain yksi asiakirja kuukaudessa.YhteenvetoJos haluat pysyä ilmaisten tai avoimen lähdekoodin ratkaisujen parissa, joudut todennäköisesti yhdistämään useita työkaluja, jotta kaikki tyypilliset PDF-muokkaustehtävät sujuvat vaivattomasti: PDFsam Basic, LibreOffice Draw, PDF Studio Viewer ja ghostscript. Mutta jos muokkaat PDF-tiedostoja usein (kuten minä), PDF Studio Pron ostaminen on selvästi paras vaihtoehto.

SnapGene ja osittaiset restriktioentsyymihajotukset uudelleen tarkasteltuna

Thu, 23 Aug 2018 00:00:00 +0000

SnapGene on ohjelmisto laboratoriossa työskenteleville molekyylibiologeille, jotka tekevät paljon kloonaustyötä (konstruktien suunnittelu ja annotointi). Siitä lähtien, kun viimeksi kirjoitin SnapGene-ohjelmistosta ( https://www.snapgene.com/ ), on tapahtunut monia hyviä asioita:

SnapGene – Yksinkertaisesti paras DNA:n käsittelyohjelmisto

Fri, 01 Jan 2016 00:00:00 +0000

Laboratoriossamme on käytetty erilaisia ohjelmistopaketteja DNA-rakenteiden suunnitteluun, dokumentointiin ja visualisointiin. Niistä, joista olemme jo pitkään pitäneet erityisen paljon, ovat Textcon GeneConstructionKit (GCK) ja Clone Manager (Professional) . Jälkimmäinen toimii valitettavasti vain Windowsissa. Koska useat tietokoneistamme käyttävät kuitenkin Ubuntu Linuxia , käytimme GCK:n versioita 2.5 ja 3 WINE:n -ohjelmalla (yhteensopivuuskerros, jonka avulla voimme käyttää alkuperäisiä Windows-ohjelmia Linuxissa). Päivityksen myötä versioon 4 GCK muuttui kuitenkin WINE:n alla käyttökelvottomaksi hitaudeksi, joten aloimme etsiä sille korvaajaa. Otimme yhteyttä GCK:n kehittäjiin, mutta he eivät ilmeisesti olleet halukkaita tai kykeneviä auttamaan meitä. Oletan, että GCK:n koodipohja on luultavasti yli 20 vuotta vanha, ja siksi kukaan ei uskalla koskea siihen. Juuri tuolloin SnapGene julkaistiin, ja se täytti lähes kaikki vaatimuksemme:

Molekyylibiologian ohjelmistokehityshankkeet

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5:ään liittyvät asiat

GCK2.5:n vianetsintä Wine-ympäristössä** Wine-ympäristössä on edelleen joitakin virheitä, jotka tekevät GCK2.5:n käytöstä toisinaan hankalaa. Erityisesti alueiden merkitseminen, sekvenssien haku ja uuden tiedoston avaaminen eivät onnistu.
GCK2.5:n vienti** GCK2.5 ei pysty viemään tiedostoja EMBL-muotoon siten, että alueet muunnettaisiin piirteiksi. Se pystyy kuitenkin viemään kommentit tekstitiedostoon ja pelkän sekvenssin tekstitiedostoon. Olisi helppoa kirjoittaa Perl-skripti, joka ottaa nämä kaksi tiedostoa ja muuntaa ne yhdeksi EMBL-tiedostoksi, EMBOSS cirdna/lindna-tiedostoksi tai pDRAW32-tiedostoksi.
GCK2.5:n integrointi Wine-työpöydälle** Kun napsautetaan tiedostoja, jotka on liitetty Windows-ohjelmiin (Wine-ympäristössä), Linuxin tiedostonhallintaohjelma (esim. Konqueror) välittää tiedoston argumenttina liitetylle Windows-sovellukselle, ja tiedosto avautuu Wine-ympäristössä. GCK2.5 kieltäytyy kuitenkin hyväksymästä tiedostoa argumenttina. Kun napsautan .gcc-tiedostoa, GCK2.5 käynnistyy, mutta avaa tyhjän ikkunan, ja minun on avattava .gcc-tiedosto GCK2.5:n sisällä. Tarpeetonta napsauttelua, varsinkin kun joudun selaamaan useita kansiohierarkioita. Kun GCK2.5 toimii natiivisti Windowsissa, onko mahdollista käynnistää GCK2.5:n komentoriviparametrina rakennetiedosto? Minun pitäisi tarkistaa se.

pDRAW32-aiheiset