Opetus on Michael’s Domain

Opetukseni

Fri, 26 Jan 2024 00:00:00 +0000

IN RED - as (one of the) responsible teacher(s); * - as course developer

Current wet lab teaching
*DPDR-305 (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC Introduction Methods Protein tags PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase Practical: PCR Work PROV-410* (4 ECTS)** Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current wet lab teaching

DPDR-305* (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase
- Practical: PCR Work
PROV-410* (4 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current courses
FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification Lecture #2: Protein Purification Methods Lecture #3: Protein Purification Tags Lecture #4: PCR lecture *PROV-409 (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning Session #4: Vectors and systems for protein expression Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology VEGFs and VEGF receptors PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics Introductory lecture Protein drugs group work kick-off Vaccines, vaccine development & biological warfare: The smallpox vaccine Challenges in formulation, production and quality control Evidence-based medicine, science-based medicine, and complementary and alternative medicine PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics Session #6: Biological barriers: The blood brain barrier Session #8: Recombinant DNA Technology (aka “cloning”) is the starting point for nearly every biological drug …and much more Session #9: Transgenic animals: For drug production, generating human antibodies and making animal models of human diseases Session #10: Protein Drugs: Engineering and Case Studies GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences Clinical Trials MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory Plans for the future… Protein production and purification Stable cell line generation FARM-314 (5 ECTS)** Medicinal preparations I Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Current courses

FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course
- Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs
- Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF
- Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification
- Lecture #2: Protein Purification Methods
- Lecture #3: Protein Purification Tags
- Lecture #4: PCR lecture
PROV-409* (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course
- Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation
- Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems
- Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning
- Session #4: Vectors and systems for protein expression
- Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses
PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology
- VEGFs and VEGF receptors
PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II
- Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs
TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics
PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics
GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences
- Clinical Trials
MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation
- Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs
MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines
- Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control
MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory
FARM-314 (5 ECTS) Medicinal preparations I
- Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Teaching Videos
2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube) Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki Esimerkkejä biologisista lääkkeistä Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Teaching Videos

2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube)
1. Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki
2. Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki
Esimerkkejä biologisista lääkkeistä
1. Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki
2. Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki
4. Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki
5. Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki
1. Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Previous wetlab teaching
2014 - 2019 DPBM-135 Purification and Characterization of Recombinant Proteins (organized yearly until Covid-19) 2015 2017 2015 - 2017 DPBM Cloning Club (wetlab part) 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (wetlab part) 2010 HBGS Tags in protein expression, detection and purification

Previous courses
2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2017 DBPM CancerBio Summer School A short histrory of antiangiogenic tumor treatment 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part) 2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures) Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Previous courses

2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry
- 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
- 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
2017 DBPM CancerBio Summer School
- A short histrory of antiangiogenic tumor treatment
2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part)
2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures)
- Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Workshops
2015 - 2017 DPBM Cloning Club (workshop part)

Zotero 15 gigatavun ilmaisella tallennustilalla?

Thu, 12 Mar 2026 00:00:00 +0000

Olen käyttänyt Zoteroa viitteidenhallintaohjelmanani vuodesta 2013 lähtien (siirryttyäni EndNotesta) ja olen ollut siihen yleisesti ottaen tyytyväinen (ja kirjoitin siitä aiemminkin. Vaikka yliopistomme tarjoaa käyttöoikeuden EndNoteen, useimmat opiskelijat menettävät tämän “ilmaisen” edun valmistuttuaan. EndNoten vuositilaus maksoi aiemmin (Suomessa jälleenmyyjän kautta) noin 100 euroa, mikä on tarpeeton menoerä opiskelijan budjetissa. EndNoten “kertaostos”-malli on mielestäni harhaanjohtavaa markkinointia, sillä se ei oikeuta suuriin päivityksiin, joita julkaistaan suunnilleen vuosittain. “Päivitysmaksu” on yleensä suurin piirtein saman verran kuin entinen vuositilaus.

Kuinka asentaa värisokeille turvallinen Nature Color Palette Inkscapeen

Wed, 28 Jan 2026 00:00:00 +0000

Tämä on helppoa ja nopeaa Linuxissa. Ohjeet tämän väripaletin asentamiseen Windowsissa tai macOS:ssa löydät osoitteesta https://github.com/atsuyaw/NatureColorPalette .

Mietitkö vielä, mitä opiskella?

Sat, 20 Dec 2025 00:00:00 +0000

Tätä minä tekisin, jos olisin tänään 20-vuotias: hakeutuisin monitieteiseen koulutusohjelmaan. Suosikkini Suomessa tarjottavista ohjelmista on farmasian kansainvälinen maisteriohjelma (virallisesti “Master’s Programme in Pharmaceutical Research, Development and Safety”, lyhennettynä MPHARM) Helsingin yliopistossa. Annan sinulle 5 hyvää syytä:

Suomalainen unelma: Pelkkä kangastus?

Mon, 15 Dec 2025 00:00:00 +0000

Realiteettitarkistus kansainvälisille opiskelijoille

Suomea on juhlittu maailman onnellisimpana maana jo kahdeksan vuotta peräkkäin . Suomi ei kuitenkaan ole vain onnellisin maa, vaan myös maa, jossa on yksi maailman alhaisimmista syntyvyyksistä . Eläkejärjestelmän vakauttamiseksi Suomi päätti, että se tarvitsee maahanmuuttoa. Ajatus oli hyvin radikaali maalle, joka oli 30 vuotta sitten lähes yhtä eristetty muusta Euroopasta kuin Pohjois-Korea on nykyään muusta Aasiasta. Tuolloin Suomen kansainvälinen autotunnus oli vielä SF, mikä tarkoitti Soviet Finland (vitsi vitsi, S-kirjain tarkoittaa tietenkin Sweden). Suomi haluaa lisätä maahanmuuttoa houkuttelemalla ulkomaisia opiskelijoita suorittamaan tutkintoja Suomessa, toivoen että osa heistä jäisi maahan valmistumisen jälkeen. Tästä syystä Suomesta on tullut yhä suositumpi kohde kansainvälisille opiskelijoille, erityisesti Aasiasta. Korkealaatuisen elämän, erinomaisen koulutuksen ja runsaiden mahdollisuuksien lupausten houkuttelemina monet investoivat suuria summia suorittaakseen tutkinnon jossakin suomalaisessa yliopistossa . Kymmenen vuotta sitten yliopistokoulutus oli ilmaista kaikille (myös kaikille ulkomaalaisille), mutta vuodesta 2017 lähtien EU/ETA-maiden ulkopuolelta tulevat opiskelijat ovat joutuneet maksamaan lukukausimaksuja . Tämä ei ollut yliopistojen oma päätös, vaan hallituksen määräys.

Tietokilpailun tulokset

Thu, 06 Nov 2025 00:00:00 +0000

Akateeminen ura

Sun, 03 Aug 2025 00:00:00 +0000

Pienet työmarkkinat mutta paras Euroopan maa asua (ilmaston lämpeneminen huomioon ottaen)

Tässä kuussa siiryin apulaisprofessorista (Associate Professor) varsinaiseksi professoriksi (Full Professor) yliopistossani. Luottaen väitöskirjaohjaajani Kari Alitalon , nykyisen esihenkilöni ja lähes kaikkien muiden mielipiteeseen en valmistellut suunnitelma B:tä siltä varalta, että minulta evättäisiin vakinaistaminen (tenure). Mitä realistisia suunnitelma B:itä X-sukupolven edustajalla voisi olla Suomen työmarkkinoilla? Kansainvälisten työmarkkinoiden tarkastelu helpottaisi ongelman ratkaisemista lisäämällä mahdollisuuksia satakertaisesti, silloinkin kun otetaan huomioon vain englannin- ja saksankieliset maat. Suomen väkiluku on vain noin 5,6 miljoonaa, ja sen työmarkkinat ovat piskuiset. Ulkomaille muutto ei kuitenkaan ole niin helppoa, jos muu perhe vastustaa maisemanvaihdosta. Ja miksi jättäisin Euroopan ainoan maan, jonka kesälämpötilat eivät ole terveydelle vaarallisia? Toki ilmastonmuutos koettelee myös Pohjoismaita: meillä oli juuri Suomen pisin yhtäjaksoinen helleaalto mittaushistorian aikana (22 päivää >30 °C). Mutta 30 °C voittaa 40 °C mennen tullen. Amerikkalaisille ystävilleni ja perheelleni: 30 °C = 86 °F, 40 °C = 104 °F.

Biologisia lääkkeitä käsittelevät oppimis- ja opetusmateriaalit

Sun, 08 Jun 2025 00:00:00 +0000

Lecture slides “Biologiset lääkkeet” (Finnish)

Suomenkieliset oppimismaterialit

Perustiedot biologisista lääkkeistä

Otsikko: Biologiset lääkkeet (2016, Fimea = Lääkealan turvallisuus- ja kehittämiskeskus)
https://fimea.fi/laaketurvallisuus_ja_tieto/biologiset-laakkeet

Englanti vai suomi?

Wed, 26 Mar 2025 00:00:00 +0000

Opetan kandidaatti-, maisteri- ja väitöskirjatutkijoita Helsingin yliopistossa . Vaikka lähes kaikki biotieteiden maisteri- ja väitöskirjatyöt kirjoitetaan englanniksi, keskustelen famaseutti- ja LuK-vaiheen opiskelijoiden kanssa usein siitä, pitäisikö opinnäytetyö kirjoittaa suomeksi vai englanniksi. Tulen toimeen sekä suomen että englannin kielellä, mutta päätöstä tehdessä kannattaa ottaa huomioon muutama seikka:

”Biologiset lääkkeet” luennot suomeksi

Fri, 01 Nov 2024 00:00:00 +0000

Farmasian tutkimuksen, kehittämisen ja turvallisuuden kansainvälisen maisteriohjelman (MPHARM) ohjausryhmä sai vuonna 2022 ryhmänä Innoopeli-palkinnon opetuksen kehittämisestä Farmasian tiedekunnassa . Ohjausryhmän jäsenenä olin hieman yllättynyt, sillä silloin yksikään opiskelijamme ei ollut vielä valmistunut. Ennenaikainen kehuminen sai kuitenkin hyväksynnän aiemmin tänä vuonna, kun ensimmäinen erä opiskelijoita valmistui . Tänä vuonna Innoopeli 2024 -palkinnon sai Patrick Laurén , Farmaseutin koulutusohjelman johtaja. Minä sain ”kunniamaininnan” opetustoiminnastani . Yllätyin eniten siitä, että suomenkielisiä opetusyrityksiäni arvostettiin. Olen käynyt suomen kielen kursseja nimenomaan koska halusin opettaa suomen kielellä. Nyt olen jopa kokeillut taitojani muutamaan otteeseen. Hyvät FARM-310 (Biologiset lääkevalmisteet, peruskurssi) -opiskelijat, antakaa anteeksi, koska en tiennyt, mitä olin tekemässä! Suomenkielinen opettaminen on ollut haastavaa, mutta kyllä se onnistuu. Se vaatii kuitenkin minulta reilusti enemmän valmistautumisaikaa kuin englanninkielinen luento. Haluan myös kiittää opettajiani Emmi, Yrjö ja Taija! Ehkä tärkeintä oli kannustuksenne huonosta suorituksestani huolimatta. Minulla on videotodiste heikosta ensimmäisestä yrityksestäni, mutta olen hiljalleen parantamassa. Tässä ovat linkit suomenkielisiin ja englanninkielisiin luentokalvoihin (niiden pitäisi olla ihan kunnossa kolmen vuoden parannusten jälkeen, mutta ottakaa rohkeasti yhteyttä, jos löydätte kieli- tai asiavirheitä):

Opiskelijavalinnan hakukeskustelu

Thu, 09 May 2024 00:00:00 +0000

Yhä useammat yliopistomme maisteriohjelmat ovat ottaneet haastattelun osaksi valintamenettelyä. TRANSMED-ohjelman Tiina Immonen oli Helsingin yliopiston edelläkävijä, joka ensimmäisenä uskaltautui tälle alueelle. Jos sinut kutsutaan haastatteluun Helsingin yliopistoon, olet jo ylittänyt suurimman esteen, eli hakemuksesi arvioinnin. Päästäksesi sisään sinun on varmistettava, ettet mokaa haastattelua. Sinun ei tarvitse loistaa, mutta sinun on vastattava odotuksiin. Syynä on se, että haastatteluja on tunnetusti vaikea arvioida, ja siksi monet ohjelmat käyttävät niitä ensisijaisesti varoitusmerkkien seulomiseen.

Mia Sivén, maailman ensimmäinen kestävän farmasian professori

Fri, 05 Apr 2024 00:00:00 +0000

Kun kysyimme ulkomaalaisilta opiskelijoiltamme, miksi he olivat päättäneet opiskella Helsingin yliopistossa, useat heistä mainitsivat kestävän kehityksen näkökohdat. Monet farmasian tiedekunnan tutkimusryhmät tutkivat aiheita, joilla on suuri merkitys kestävän tulevaisuuden kannalta. Esimerkiksi antibioottiresistenssin kasvavan uhan torjuminen on tiedekunnallemme erittäin tärkeä prioriteetti. Ja oma ryhmäni kehittää planeetan ympäristöystävällisintä proteiinintuotantojärjestelmää. Lääkkeen elinkaaren jokainen vaihe voidaan tarkastella kestävän kehityksen näkökulmasta. Siksi oli jo korkea aika, että tämä kattava teema tunnustettiin vihdoin perustamalla sille oma professuurin virka. Tietääksemme ensi kuussa Mia Sivén aloittaa työnsä maailman ensimmäisenä kestävän farmasian professorina . Ette varmaankaan ole yllättyneitä siitä, että olen erittäin iloinen tästä nimityksestä.

Opiskelijoiden tehtävien arviointi on vaikeaa

Sat, 16 Dec 2023 00:00:00 +0000

Olen lukenut tänä syksynä satoja opiskelijoiden tehtäviä. Monissa näistä tehtävistä opiskelijoiden odotetaan vastaavan kysymyksiin. Tehtävien arviointi tarkoittaa sitä, että päätetään, onko vastaus ”oikea” vai ”väärä”. Tämä on toisinaan vaikeaa. Useimmat vastaukset sijoittuvat jonnekin ”oikean” ja ”väärän” välille. Siksi arvioinnin tarve paljastaa syvemmän ongelman: ennen kuin voin päättää, mihin kohtaan ”oikean” ja ”väärän” välisellä asteikolla opiskelijoiden vastaukset sijoittuvat, on oltava olemassa objektiivinen ”oikea” ja ”väärä”. Muuten objektiiviset arvosanat ovat jo lähtökohtaisesti illuusio (puhumattakaan siitä ongelmasta, miten ne voitaisiin määrittää luotettavasti). Kaikki tieteellinen tietomme on kuitenkin alustavaa. Se voi muuttua tai jopa kumoutua, kun uutta, parempaa tietoa tulee saataville. Miten siis kukaan voi arvioida mitään tehtävää varmuudella? Onneksi kaikki tietomme ei ole samanarvoista. Yksi tieteellisen väittämän tärkeä tunnusmerkki on falsifioitavuus , käsite, jonka ehkä ensimmäisenä popularisoi tiedefilosofi Karl Popper kirjassaan Tieteellisen löytämisen logiikka . Mitä ovat esimerkkejä tieteellisesti falsifioitavista teorioista?

Bio-Rad korjaa NGC-laitteemme

Wed, 20 Sep 2023 00:00:00 +0000

PÄIVITYS (tilanne 21.12.2024)

Selvisimme juuri proteiinien puhdistuskurssista (ks. myös mun muut blogpostit opetuksesta ). Suoritettuamme noin 25 ajoa ”korjatulla” Bio-Rad NGC:llä joudun valitettavasti toteamaan, että suurin ongelma on edelleen olemassa: FPLC ei reagoi manuaalisesti annettuihin komentoihin. Myös näiden yhteyskatkosten satunnaisuus jatkui. Vain yhdellä opiskelijaryhmällä oli ongelmia, mutta meillä sattui useita tapauksia tuona yhtenä päivänä. Tämä päättää valitettavasti lyhyen vierailumme Bio-Radin maailmassa proteiinien puhdistuksen osalta. Kaikki tämä viittaa siihen, että lisäinvestoinnit tähän laitteeseen ovat ajanhukkaa ja rahan tuhlausta. Meillä ei ole liikaa aikaa eikä liikaa rahaa. Jos Bio-Rad haluaa tehdä jotain omasta aloitteestaan, annan mielelläni heidän tehdä mitä tahansa, jotta laite saadaan käyttökelpoiseen kuntoon, mutta emme aio aktiivisesti ryhtyä mihinkään lisätoimiin. Paras tapa pitää FPLC-laite hyvässä kunnossa on solmia huoltosopimus. Vaikka olemme viimeisten 30 vuoden aikana kahdesti saaneet yliopistoltamme rahoitusta huippuluokan FPLC-laitteen hankintaan, rahoituksen saaminen huoltosopimukseen on paljon vaikeampaa. Yksi monista syistä on se, että useimmat apurahakausit ovat lyhyempiä kuin huoltosopimukset, jotka ovat järkeviä vain, jos ne tehdään useaksi vuodeksi.

Turingin testi ja tenttivastaukset: Pystynkö paljastamaan tekoälyn?

Thu, 29 Dec 2022 00:00:00 +0000

Suomalaisessa päivälehdessä Helsingin Sanomat GPT-3 ja Jyväskylän yliopiston Laura Ketonen pohtivat, miten tekoäly vaikuttaa opiskelijoiden arviointiin ( Tekoäly ravistelee opiskelijoiden arviointia , englanniksi: Artificial intelligence shakes up student assessment). Yksi tekoälyn ilmeisistä ”sovelluksista” olisi tenttivilppi. Lauran mielipidekirjoitus herätti melko paljon reaktioita. Jotkut vastasivat, että tekoäly tuottaa sisältötöntä tekstiä . Toiset mainitsivat, ettei tekoälyllä ole rohkeutta ja aloitteellisuutta . Tuntuu siltä, että me ihmislajina joudumme pian kamppailemaan yleisen alemmuuskompleksin kanssa.Luonnontieteiden tenttitilanteessa kandidaatin tai maisterin tasolla aloite on opettajalla, ja opiskelijat ovat määritelmän mukaan reaktiivisia. Miten määritellään tyhjä teksti, kun pyydetään selittämään glykoinsinööritiedettä? Elämäntieteissä rohkeus ja aloitteellisuus ovat olennaisia piirteitä jokaiselle tulevaisuuden tiedemiehelle. Mutta ilman vankkaa tietopohjaa rohkeus ja aloitteellisuus johtavat harvoin vaikuttaviin uusiin kehityssuuntiin. Tällä hetkellä emme voi vielä ulkoistaa tätä perustaa tekoälylle. Siksi vaadimme opiskelijoilta vankkaa tietopohjaa, josta rohkeus ja aloitteellisuus voivat ammentaa kukoistakseen. Ehkä helpoimmat tulokset voidaan saavuttaa pelkästään rohkeudella ja aloitteellisuudella. Mutta nykypäivän ongelmien ratkaiseminen vaatii lisäksi vankkaa tietopohjaa (”seisominen jättiläisten hartioilla”). Arvioidessamme tekoälyä teemme todennäköisesti samat virheet kuin ihmiset tekevät kaikkien uusien teknologioiden kohdalla: yliarvioimme sen vaikutuksen lyhyellä aikavälillä, mutta aliarvioimme sen vaikutuksen pitkällä aikavälillä. (Kapea) tekoäly on kerta toisensa jälkeen onnistunut tunkeutumaan aloille, jotka aiemmin olivat varattuja ihmisille. Ei ole mitään syytä olettaa, ettei tämä kehitys jatkuisi. Voi hyvinkin olla, että tällä hetkellä hallitsevat tekoälyn lähestymistavat (syväoppiminen, koneoppiminen, neuroverkot, tilastolliset menetelmät) eivät johda tulevaisuudessa merkittäviin läpimurtoihin kohti ihmisen kaltaista yleistä tekoälyä, ehkä jopa itsetietoista tekoälyä. Emme edes tiedä, miten ihmisen tietoisuus syntyy. Toisaalta olen samaa mieltä Daniel Dennettin ajatuksesta, että tietoisuudessa ei ehkä olekaan vaikeaa ongelmaa: tietoisuus on se, mitä saat, kun olet ratkaissut kaikki helpot ongelmat. Joka tapauksessa, jos itsetietoisuudesta vailla oleva tekoäly muuttuu erottamattomaksi itsetietoisesta tekoälystä, mikä ero niillä on ja miten voisimme sen tietää? Olen varma, että jossain vaiheessa pystymme myös ulkoistamaan tietomme kokonaan. Googlen avulla olemme jo alkaneet ottaa pieniä askelia tähän suuntaan, mutta tarvitsemme paremman tietokone-aivo-rajapinnan, jotta voimme täysin omaksua tiedon ulkoistamisen konseptin. Deep Blue voitti kansainvälisen suurmestarin Garry Kasparovin vuonna 1997. En halunnut hyväksyä tätä ihmisen kärsimää tappiota ja julistin pelin epäreiluksi: Deep Blue kaatui ja sitä jouduttiin käynnistämään uudelleen kerran kuuden pelin turnauksen aikana, mikä oli mielestäni sama asia kuin jos ihminen olisi kuollut pelin aikana (tai ainakin herätetty henkiin elvytyksellä). Vuonna 2016 tietokoneet ohittivat ihmiset Go-pelissä, ja nykyään ne voittavat ihmisiä jopa pokerin kaltaisissa peleissä, joissa vaaditaan hienostuneita psykologisia temppuja, kuten bluffaamista. Testatakseen, miten tekoäly pärjää opiskelijoille tenttitilanteessa, Patrick lisäsi yhden tekoälyn tuottaman vastauksen opiskelijoiden vastauksiin äskettäin pidetyssä tentissä. Tämä idea toi arviointiin jännittävän käänteen! Luulen, että tiesin, mikä tekoälyn vastaus oli. Olin kuitenkin kokeillut GPT-3:a aiemmin ja tiesin, että – ilman hienosäätöä – tekoäly on liian tarkka ja järjestelmällinen kysymyksiin vastaamisessa. Esimerkiksi kolmiosaisessa kysymyksessä tekoäly vastaa yleensä järjestelmällisesti kaikkiin kolmeen osaan. Lisäksi tekoäly ei tuntenut luentojeni tarkkaa sisältöä, minkä vuoksi tekoälyn vastauksen tunnistaminen oli suhteellisen helppoa. Patrickin on vielä paljastettava, tunnistinko tekoälyn vastauksen oikein… Tekoäly (tai se, minkä tunnistin tekoälyksi) suoriutui huonommin kuin paras opiskelija, mutta kaiken kaikkiaan se pärjäsi todella hyvin. On selvää, että tulevissa tenttikysymyksissämme on keskityttävä entistä enemmän kriittiseen ajatteluun ja kuvitteellisiin esimerkkeihin, joita tekoäly ei voi tietää valtavasta koulutusaineistostaan. Mutta kun otetaan huomioon tekoälyn tulevaisuudessa käytettävissä olevan tiedon kasvava määrä, tekoäly voi tukeutua muiden ihmisten kriittiseen ajatteluun. Seuraavan sukupolven tekoäly (ChatGPT-4 ja Googlen LaMDA) odottaa jo julkista julkaisua… Pienillä hienosäätöillä Patrick olisi voinut helposti huijata minua. Ehkä hän on jo huijannutkin… Jos hän käski tekoälyä rikkomaan vastausmallia tahallaan ja jos hän koulutti GPT-3:a käyttäen luentokalvojani viitemateriaalina, en voi enää olla varma mistään. Kerron teille, onnistuinko tunnistamaan tekoälyn oikein, kun Patrick paljastaa, mitkä vastaukset olivat tekoälyn tuottamia. PÄIVITYS: Minä (samoin kuin muutkin opettajat) tunnistin tekoälyn vastaukset oikein. Yleinen mielipiteemme oli, että jos meitä ei olisi varoitettu siitä, että yksi vastauksista oli tekoälyn tuottama, emme olisi huomanneet sitä. Tekoälyn vastausten laatu riippui kysymyksen tyypistä. Näytti siltä, että (tällä hetkellä) suhteellisen helppo tapa hämätä tekoälyä on antaa kysymykseen vastaamiseen tarvittavat tiedot graafisessa muodossa. Mutta olen varma, että tekoäly oppii yhdistämään kuvia ja tekstiä hyvin pian.

Tutustu opettajaan!

Fri, 31 Dec 2021 00:00:00 +0000

Lähes 30 vuotta akateemisen urani alkamisen jälkeen aloin opettaa farmasian tiedekunnassa (ilman juurikaan pedagogista kokemusta tai koulutusta). Opetan pääasiassa aiheita, joista minulla on käytännön tutkimuskokemusta ja asiantuntemusta: rekombinantti-DNA-tekniikka, geenitekniikka, proteiinien tuotanto ja puhdistus sekä – ennen kaikkea – proteiinilääkkeet. Helsingin yliopiston mottona on Tutkijat opettavat, opettajat tutkivat . Kokemuksen puutteesta huolimatta osallistuin Helsingin yliopiston ”Meet the teacher!” -kampanjaan, joka on suunnattu tuleville kansainvälisille maisteriopiskelijoille: https://www.facebook.com/HelsinkiUniversity/posts/10160122296028083

Kuinka houkutteleva Suomi on kansainvälisille opiskelijoille?

Sun, 29 Aug 2021 00:00:00 +0000

Kun kirjoitin tämän blogikirjauksen, huomasin, että kaikki linkit johtavat suomenkielisille sivustoille. Siinä on ensimmäinen niistä ongelmista, joita ulkomaalaiset opiskelijat kohtaavat Suomessa: kieli, joka ei muistuta mitään muuta eurooppalaista kieltä (lukuun ottamatta viroa ja unkaria, jotka myös kuuluvat suomalais-ugrilaiseen kieliperheeseen).Ulkomaalaiset opiskelijat viihtyvät Suomessa yleensä hyvin. Vaikka kaikki ei olekaan täydellistä, Helsingin yliopistoa (ja Suomea yleensä) kannattaa harkita, kun halua opiskella ulkomailla. Tämä on yli 800 kansainvälisen opiskelijan vuonna 2020 ja 2021 tehdyn palautekyselyn lopputulos. Erityisesti opetuksen korkeaa laatua arvostettiin. Muita kohtia, joissa Helsingin yliopisto loistaa, olivat turvallinen ympäristö ja Covid-19-pandemian käsittely.Jälkimmäisessä on kuitenkin myös kääntöpuolensa, sillä opiskelijoiden toivelistalla oli enemmän kohtaamisia ja keskusteluja akateemisen henkilökunnan kanssa sekä enemmän sosiaalista tukea. Tämä on tuskin yllättävää, koska kansainväliset opiskelijat eivät voi maahan saapuessaan turvautua samoihin verkostoihin kuin paikalliset opiskelijat. Pahin yksittäinen ongelma näytti olevan opiskelijoiden vastaanotto. Tuntemattoman ja käsittämättömän byrokratian kohtaaminen on usein liikaa uusille tulokkaille. Syrjintää koki vain 4 prosenttia vastaajista, ja heistä kielellinen syrjintä ja yksinäisyys olivat yleisimpiä.Varoitan aina opiskelijoita, jotka kertovat aikovansa hakea Helsingin yliopistoon. Jos haluat rehellisen mielipiteen siitä, kannattaako aloittaa opinnot Suomessa, ole hyvää: Suomessa on kylmä ja talvella tulee TODELLA pimeää. Helsinki on kuitenkin edelleen yksi viihtyisimmistä paikoista mitä Suomessa löytyy, jos puhutaan kylmyydestä ja pimeydestä. Lämpötila laskee harvoin alle -17,8 °C:n (0°F). Koska Helsinki sijaitsee Suomen etelärannikolla, se on yksi vähiten pimeistä paikoista. Ja ilmaston lämpeneminen tekee parhaansa lämpötilojen nostamiseksi. Suomi on jo nyt pitkän aikavälin kiinteistösijoittajien sisäpiirin suosikki: se on vielä riittävän halpa, mutta sillä on äärimmäinen kasvupotentiaali, kunhan ilmastonmuutos muuttaa Etelä-Euroopan sulatusuuniksi. Nämä skenaariot toteutuvat kuitenkin täysin vasta, kun nykyiset poliittiset päättäjät ovat jo potkaisseet ämpäriin. Mutta jos olet mukana pitkällä tähtäimellä, Suomi saattaa olla se paikka, jossa kannattaa olla. Mutta jälleen kerran, jos Golfvirta romahtaa, joudut takaisin lähtöruutuun. Kiittäkää vanhempianne siitä sotkusta, jonka he ovat jättäneet teille ( https://www.theguardian.com/environment/2021/aug/05/climate-crisis-scientists-spot-warning-signs-of-gulf-stream-collapse ).Valitettavasti, niin hyvä kuin Suomi voikin olla opiskeluun, Suomeen pysyvästi jääminen on eri juttu. Vaikka Suomen on lisättävä maahanmuuttoa korvatakseen vähenevän ja ikääntyvän väestömääränsä, on valitettavasti vielä liian monta estettä voitettava, ennen kuin asettumisesta tulee realistinen vaihtoehto useimmille ulkomaalaisille. Kieli on vain yksi niistä esteistä. Muita, jotka mainitaan juuri ilmestyneessä Helsingin Sanoman artikkelissa, ovat vaikeus integroitua suomalaiseen yhteiskuntaan, ulkomaalaisten kannalta käsittämätön byrokratia ja alhainen palkkataso.Mutta myös suomalaisväestön sisällä vihamielisyys ulkomaalaisia kohtaan kasvaa. Se ilmestyy esimerkiksi perussuomalaisten menestyksenä. Myös useimmat muut Euroopan maat taistelevat oikeistolaisten poliittisten virtausten kanssa. Kotimaassani Saksassa AfD:tä (joka on Saksassa suunnilleen sama kuin PS Suomessa) ei yksikään demokraattinen puolue pidä mahdollisena koalitiokumppanina (toiveajattelua minun osaltani?). Mutta täällä Suomessa PS on ollut jo koalitiohallituksessa, ja vain sosialidemokraateilla ja vasemmistoliitolla on selkeä ei-kanta tässä asiassa.Juuri äskettäin Helsingin vastavalittu kaupunginjohtaja Juhana Vartiainen kommentoi Suomen työmarkkinoiden houkuttelevuutta ulkomaalaisille:“Surkea epäonnistuminen Suomelta. Hyvin hitaasti on poliittiseen tajuntaan mennyt edes se, että me ylipäätään tarvitsemme työperäistä maahanmuuttoa.” Helsingin Sanomat, 28.08.2021).Joka tapauksessa, akateeminen opetus on Suomessa vielä erittäin korkealla tasolla. Ja sen lisäksi, se on ilmaista EU/EFTA-maissa asuville (ja kyseisistä maista kelpoisuuden antavan tutkinnon suorittaneille). Maksaville opiskelijoille lukukausimaksut ovat tosi edullisia verrattuna moniin muihin samassa sarjassa pelaaviin yliopistoihin (13000-18000 euroa vuodessa koulutusohjelmasta riippuen). Yliopiston henkilökunta joutuu kuitenkin maksamaan kovan hinnan tämän laadun ylläpitämisestä. Kuluvalla vuosikymmenellä (2020-2030) opetusministeriön tavoitteena on lisätä suoritettujen yliopistotutkintojen määrää 100000:lla ( https://www.acatiimi.fi/4_2021/15.php ). Samaan aikaan yliopistojen määrärahoja on leikattu. Hallitus luultavasti kompensoi leikkaukset mediavetovoimaa keräävällä “pelasta yliopisto” -liikkeellä harhauttaakseen huomiota siitä, että tarvitsemme sen lisäksi kymmeniä miljoonia, jotta voimme tulevina vuosina tarjota saman korkeatasoisen opetuksen noille 100000 lisätutkinnolle. Tutkimuksen puolella akateeminen henkilöstö on käynyt raskasta taistelua vuodesta 2005 lähtien, jolloin inflaatiokorjattu T&K-budjetti pieneni ensimmäistä kertaa. Samaan aikaan opiskelijat alkavat kuitenkin tuntea riittävän rahoituksen puutteen esimerkiksi silloin, kun heidän opettajillaan ei ole enää yhtä paljon aikaa heille kuin ennen.Minulla ei ole muuta vaihtoehtoa kuin neuvoa opiskelijoita luopumaan akateemisesta urasta yleensä. Useimmissa muissa Euroopan maissa on samanlaisia ongelmia, mutta ei ehkä samalla tasolla kuin Suomessa. Ja opiskelijat tietävät, että akateeminen rahoitus on erityisen huono Suomessa.

TuKoKe-menestystä TET-harjoittelijoille

Wed, 09 Jun 2021 00:00:00 +0000

Suomessa 8- tai 9-luokkalaiset tekevät yhden tai kahden viikon mittaisen työelämään tutustumisjakson (TET) valitsemassaan työpaikassa. Covid-19-pandemia on sekoittanut tämänkin perusteellisesti, mutta laboratoriomme onnistui kuitenkin isännöimään muutamia harjoittelijoita syksyllä, kun Covid-19-luvut olivat melko alhaiset.Yksi ryhmä, joka koostui Pessi Baskista, Rasmus Poutasta ja Okko Siljanderista Käpylän ala-asteelta, tekivät TET-projektin nimeltä Voiko 3d-tulostuksessa kytetyist muovimateriaaleista valmistettuja astioita käyttää solujen viljelyssä? Niklas Koppatzin ohjaukissa he osallistuivat tällä projektilla valtakunnallisille TuKoKe (Tutki-Kokeile-Kehitä)–tiede- ja teknologiakilpailussa ja voittivat paitsi kolmannen palkinnon myös Aalto-yliopiston Design Factory n tuotepalkinnon ja Keksintösäätiön stipendin keksinnöllistä piirteitä sisältävälle töille. Onnittelut!

Ensimmäinen OER-aineistomme (avoin oppimateriaali)

Wed, 03 Feb 2021 00:00:00 +0000

Kun aloitin uudessa tehtävässäni farmasian tiedekunnassa, oli selvää, että tulisin pitämään enemmän virallista opetusta kuin aiemmin. Vaikka olen pitänyt luentoja aiemminkin, olen yleensä vain muokannut konferenssiesitystä, jossa esittelin laboratoriomme tutkimustyötä. Se ei kuitenkaan riitä perustutkinto-opiskelijoille, joten laadin luentoja nyt alusta asti. Vaikka avoimesta tieteestä puhutaan paljon, minun opettamilleni aiheille – geenitekniikka ja proteiinitekniikka, proteiinilääkkeet, biologiset lääkkeet – on tarjolla vain vähän tai ei lainkaan avoimia opetusresursseja. Koska mielestäni avoimesti saatavilla olevia opetusmateriaaleja pitäisi olla enemmän, päätin julkaista omat luentoni avoimesti. Huomasin kuitenkin pian, että tekijänoikeudella suojattua materiaalia on erittäin vaikea korvata ilmaisilla vaihtoehdoilla, kuten public domain -materiaalilla tai Creative Commons -lisensoidulla materiaalilla. 80 % kuvista ja piirroksista on helppo korvata, seuraavien 15 %:n korvaaminen vie yhtä paljon aikaa kuin ensimmäisten 80 %:n, ja viimeisten muutaman kuvan osalta tekijänoikeuksista vapaiden vaihtoehtojen löytäminen vaikuttaa mahdottomalta. Lopulta tuotin suurimman osan materiaalista itse. Tätä nimenomaista luentoa varten en ole löytänyt yhtään käyttökelpoista kuvaa Judah Folkmanista . Tarpeetonta sanoa, että jos raha ei olisi ongelma, voisin ostaa kuvan muutamalla sadalla dollarilla, mutta silti muiden ei olisi mahdollista käyttää sitä uudelleen. Väliaikaisena ratkaisuna piirsin kuvan itse. En ole hyvä piirtämään, joten auttakaa minua, jos pystytte! Tänään olen vihdoin ladannut ensimmäisen luentoni Avoimen oppimateriaalin kirjastoon : https://aoe.fi/#/materiaali/1212 . Se oli Protein Drug Discovery & Development -kurssin johdantoluento farmasian kandidaattiopiskelijoille (kurssi PROV-105), joka pidettiin 9. syyskuuta 2020. Avoimen oppimateriaalin kirjastoa ylläpitää Suomen opetusministeriö. Lisäsin luennon myös Merlot-kokoelmaan (joka on ehkä suurin avoimen oppimateriaalin luettelo): https://www.merlot.org/merlot/viewMaterial.htm?id=773405613.En kuitenkaan ole täysin tyytyväinen tilanteeseen, sillä valmistelin luennon Google Slidesin avulla. Miksi Google Slides? Valitettavasti se on ainoa toimiva reaaliaikainen yhteistyöesitysohjelmisto. Tästä syystä luentodian alkuperäistä versiota ei ole saatavilla osoitteesta aoe.fi. Siellä on kuitenkin linkki Google Slides -esitykseen. Olen tietenkin lisännyt saman esityksen PDF- ja ODF-muodossa muunnettuani sen sekä kaikki muokattavat lähdetiedostot (pääosin SVG-muodossa). Ja jos LibreOfficen yhteistyömuokkaus verkossa vihdoin muuttuu käyttökelpoiseksi, siirrymme todennäköisesti käyttämään sitä Google Slidesin sijaan. Reaaliaikainen verkkoversio on hyödyllisempi resurssi. Sen lisäksi, että kyseessä on diaesityksen alkuperäinen versio, sitä päivitetään säännöllisesti (koska pidän tämän luennon toistuvasti), kun taas ladattu PDF-/ODF-tiedosto vanhentuu ajan myötä yhä enemmän.PÄIVITYSOlen sillä välin onnistunut lataamaan toisen luennon osoitteeseen https://aoe.fi . Kaikki tulevat julkaisuni ovat saatavilla kokoelmasivultani .* *

Opetussessioiden Zoom-tallenteiden muokkaaminen FFmpegillä

Wed, 25 Nov 2020 00:00:00 +0000

Opiskelijapalautteen perusteella olemme järjestäneet uuden kurssin TRANSMED MSc -ohjelmaan biologisten lääkeaineiden kehityksestä. Se on kurssi, jonka saksaksi kutsutaan nimellä “Schnupperkurs”. En ole koskaan löytänyt tyydyttävää käännöstä tälle sanalle (tutustumiskurssi?). Se tarkoittaa, että haluamme vain herättää opiskelijoiden kiinnostuksen tätä aihetta kohtaan. Jos he pitävät siitä, he voivat osallistua johonkin monista syventävistä kursseista, joita tarjotaan esimerkiksi farmasian tiedekunnassa , jossa englanninkielinen opetus lisääntyy tulevina vuosina huomattavasti suunnitellun kansainvälisen farmasian MSc-ohjelman myötä.

Tieteen takia Suomeen?

Mon, 26 Oct 2020 00:00:00 +0000

Kun miettii ulkomaille lähtemistä opiskelemaan tai tekemään tiedettä, mieleen tulevat yleensä angloamerikkalaiset maat. Vaikka Yhdysvallat ja Englanti ovat edelleen erittäin houkuttelevia kohteita, niiden vetovoima on hieman heikentynyt. Euroopassa pysyminen ei ole enää umpikuja tieteelliselle uralle. Suomi ei todellakaan ole listan kärjessä, kun tarkastellaan mahdollisia eurooppalaisia kohteita. Erityisesti opiskelijoiden keskuudessa Suomi on kuitenkin saanut maineen sisäpiirin vinkkinä ulkomaanvaihtokohteeksi. Näistä saksalaiset opiskelijat muodostavat suurimman ryhmän, jota seuraavat ranskalaiset, espanjalaiset, hollantilaiset ja italialaiset opiskelijat. Suurin osa heistä saapuu Euroopan unionin tukeman Erasmus-vaihto-ohjelman kautta. Kirjoitin äskettäin vierasblogin Claudia’s Helsinki -sivustolle tieteentekijänä Suomeen tulemisesta. Blogikirjoitus on saksankielinen, mutta sen ydin voidaan tiivistää yhteen lauseeseen: on useita tieteenaloja, joilla Suomessa tehdään maailmanluokan tutkimusta. Suomalaiset yliopistot tarjoavat yhä enemmän kansainvälisiä koulutusohjelmia (pääasiassa maisteri- ja tohtoriohjelmia). Näissä koulutusohjelmissa peritään lukukausimaksu, mutta jos olet kotoisin EU-maasta (tai hakemuksesi perustana oleva tutkinto on suoritettu EU-maassa), olet vapautettu lukukausimaksusta. Katso, mitä maisteri- ja tohtoriohjelmia Helsingin yliopistossa tarjotaan: https://www.helsinki.fi/en/admissions/explore-our-international-masters-programmeshttps://www.helsinki.fi/en/research/doctoral-education/doctoral-schools-and-programmes

Proteiinipohjaisten lääkkeiden tutkimus ja kehitys

Wed, 09 Sep 2020 00:00:00 +0000

Eilen pidin ensimmäisen Zoom-luennon proteiinilääkkeiden tutkimuksesta ja kehittämisestä. Toivon, että opiskelijat saivat siitä ainakin jotain irti. Tavoitteenani on julkaista koko esitys CC-lisenssillä, mutta muutama kuva on vielä vaihdettava. Ensimmäinen yritys on harvoin täydellinen, ja meilläkin oli osansa teknisistä ongelmista. Kuulokkeeni pettivät ensimmäistä kertaa sen jälkeen, kun ostin ne Covid-19-pandemian alussa. Lisäksi Zoom-äänestystoiminto katosi ennen kuin opiskelijat ehtivät käyttää sitä, emmekä saaneet sitä enää toimimaan. Tässä on linkki reaaliaikaiseen Google Slides -esitykseen: https://mjlab.fi/pddd . Nämä muuttuvat jatkuvasti (= parantuvat). Alla on PDF-kuvakaappaus esityksestä varsinaiselta luentopäivältä. Koko esitys on CC-lisensoitu. Voit siis vapaasti käyttää sitä uudelleen. Kaikki lähdetiedostot (pääosin Inkscape SVG -muodossa) ovat saatavilla myös täältä: https://mjlab.fi/pddd-files . Olen tehnyt kaikki SVG-tiedostot Inkscapessa , mutta voit avata ne myös millä tahansa selaimella tai muokata niitä Adobe Illustratorissa. Jos haluat muokata tai poimia kuvia, helpoin tapa on ehkä ladata esitys Microsoft PowerPoint-, LibreOffice Impress- tai PDF-muodossa. En ole vielä keksinyt, miten voisin jakaa Google Slides -esityksen ilman, että alkuperäinen tiedosto muuttuu kaikkien muokattavaksi (haluanhan säilyttää jonkin verran hallintaa luentojeni sisällöstä).Huomaa, että tällä hetkellä esitys sisältää edelleen kahdeksan kuvaa, jotka perustuvat Fair Use -periaatteeseen tai joiden lisenssiehdot ovat tuntemattomat (vaikka oikeudellista fair use -käsitettä ei oikeastaan ole olemassa Yhdysvaltojen ulkopuolella). Kaikki kuvien lähteet (omia kuviani lukuun ottamatta) on lueteltu README.txt-tiedostossa niiden lisenssien ja lähde-URL-osoitteiden kera. Jotkut kuvat ovat niin vanhoja, etten enää löytänyt niiden alkuperäisiä URL-osoitteita. Siksi en ole varma niiden lisenssiehdoista. Aion korvata nämä kuvat seuraavien viikkojen aikana, kunhan onnistun hankkimaan CC-lisensoituja tai julkisen omaisuuden kuvia niiden tilalle.

Ylhäältä tuleva kiusaaminen

Fri, 22 Nov 2019 00:00:00 +0000

Jotkut luvut Nature-lehden vuoden 2019 jatko-opiskelijatutkimuksesta ( https://www.nature.com/articles/d41586-019-03535-y ) ovat huolestuttavia. Vastaajista vain hyvin harvat olivat Suomesta, joten Suomen tuloksia on syytä tulkita varauksella. Mutta jokainen yksittäinen tapaus on yksi tapaus liikaa. Minua huolestuttaa eniten a) se, että kiusatut tohtoriopiskelijat Suomessa kokevat, etteivät he voi puhua kokemuksistaan ilman seurauksia, ja b) se, että ylhäältä tuleva kiusaaminen saattaa olla Suomessa yleisempää kuin vertaisryhmän kiusaaminen (jos muihin akateemisiin työntekijöihin lasketaan mukaan myös ”ylhäältä tulevat”). Yhden opiskelijan kerrotaan kokeneen kiusaamista ohjelman johtajalta (mikä kuuluu luokkaan ”muut”, jota Nature ei ole erikseen eritellyt kaaviossa). Luvut eivät yhteensä tee 100 %:a pyöristysten ja useiden mainintojen vuoksi.

Proteiinien puhdistuskurssi 2019

Wed, 31 Jul 2019 00:00:00 +0000

Järjestämme jälleen joulukuussa laboratoriossamme DPBM-proteiinien puhdistuskurssin. Varmista paikkasi, sillä tämä käytännönläheinen kurssi on suosittu ja paikkoja on vain 16. Voit tuoda mukanasi oman proteiinin, ja räätälöimme kurssiohjelman juuri sinun tarpeidesi mukaan!Lisätietoja: http://research.med.helsinki.fi/corefacilities/b3p/teaching.htmlRegistration : https://courses.helsinki.fi/en/dpbm-135/131042336

Hae menestyksekkäästi Helsingin yliopistoon

Sun, 28 Apr 2019 00:00:00 +0000

Mitkä ovat mahdollisuuteni päästä Helsingin yliopiston maisteriohjelmaan?

Tämä vaihtelee suuresti vuosittain ja eri ohjelmien välillä. Useimpien yksittäisten koulutusohjelmien hyväksymisprosentit ovat vaihdelleet 5–40 prosentin välillä, ja suosittujen koulutusohjelmien, kuten Ympäristömuutokset ja globaali kestävyys tai Taloustiede alimmillaan ja esim. Metsätieteet ja Teoreettiset ja laskennalliset menetelmät yläpäässä.

Näin opimme oppituntejamme – ei elämän varalle, vaan luentosalin tarpeisiin

Tue, 27 Nov 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus (“Näin opimme oppituntejamme, emme elämän, vaan luentosalin vuoksi”). 2000 vuotta sitten Seneca kirjoitti tämän yhdelle oppilaistaan. Poikani on samaa mieltä: suuri osa hänen opetussuunnitelmansa sisällöstä on merkityksetöntä todellisessa elämässä. Valitettavasti minun on pakko olla samaa mieltä (ja monet asiantuntijatkin ovat samaa mieltä). Muutaman vuoden kuluessa koulun aloittamisen alkuperäinen ylpeys ja ilo vaihtuvat tylsyyteen ja kiinnostuksen puutteeseen. Vasta muutaman viikon kuluttua syyslukukauden alusta lapset odottavat jo vain joululomaa. Oppimisen pitäisi olla hauskaa, ja mietin, mikä menee vikaan? Miten koulu onnistuu tukahduttamaan luonnollisen uteliaisuuden ja motivaation niin nopeasti? Alussa väittelin poikani kanssa siitä, että ei ole kovin tärkeää, MITÄ oppii, vaan että oppii oppimaan, minkä pitäisi olla mahdollista melkein minkä tahansa aiheen kohdalla. Vaikka tämä ajatus onkin ehkä totta, se on samalla tunnustus epäonnistumisesta niiden ihmisten taholta, jotka laativat ja toteuttavat oppimissuunnitelmia kouluissamme. Miksi tuntuu niin vaikealta valita aiheita, jotka ovat mielenkiintoisia ja merkityksellisiä? 100 vuotta sitten lukeminen, kirjoittaminen ja peruslaskutaito saattoivat riittää. Tietomäärä kasvaa nykyään räjähdysmäisesti, mutta opetussuunnitelmien laatijoiden ainoa vastaus on ahtaa suunnitelmiin yhä enemmän sisältöä ilman, että vanhentuneesta faktatiedosta luovutaan. Tämä jättää vain vähän vapautta opettaa metodologisia taitoja, joita nyky-yhteiskunnassa kipeästi tarvitaan. Ymmärrän, että kouluilla on rajalliset taloudelliset ja henkilöstöresurssit. On kuitenkin opettajia, jotka – kaikista aineellisista rajoituksista huolimatta (yhdessä maailman rikkaimmista maista!) – onnistuvat tarjoamaan modernin ja miellyttävän asiakaskokemuksen (sic!). Vastauksena yhteiskuntamme tulevaisuuden tarpeisiin jotkut yrittävät edistää STEM-aineita (luonnontieteet, teknologia, insinööritieteet ja matematiikka). Juuri näissä aineissa tiedon ja informaation kasvu on kuitenkin niin nopeaa, että opetussuunnitelmat (jotka ovat määritelmänsä mukaan melko joustamattomia) ja myös useimmat opettajat eivät pysty pysymään kehityksen vauhdissa. Vaikka tieto saattaakin olla merkityksellistä, tärkeimmät opetettavat asiat eivät ole faktatietoa vaan metodologista tietoa. Ja metodologista tietoa voidaan opettaa erittäin mielenkiintoisten ja merkityksellisten aiheiden avulla:

Solupohjaiset määritykset (Protein Interaction Biochemistry 2018)

Mon, 14 May 2018 00:00:00 +0000

Luento solupohjaisista määrityksistä proteiinien vuorovaikutusten määrittämiseksi ja kvantifioimiseksi (osa vuoden 2018 kurssia Protein Interaction Biochemistry). Sisältää myös lyhyen johdannon ITC:hen (isoterminen kalorimetria). CC-lisensoitu.

Lakko Helsingin yliopistossa

Tue, 27 Feb 2018 00:00:00 +0000

Helsingin yliopistolle on annettu lakkovaroitus huomiseksi (28.2.). Syynä on se, että työnantajien ja työntekijöiden väliset neuvottelut palkoista ja työehdoista ovat jumiutuneet, ja lakkoa käytetään keinona nopeuttaa työnantajan neuvottelukannan siirtymistä kohti hyväksyttävää kompromissia. Liiketoiminta jatkuu entisellään? Loppujen lopuksi yliopistossa ei ole ollut lakkoa aikoihin… Vaikka lähes kaikki ovat yhtä mieltä siitä, että Suomen tulevaisuus rakentuu tiedolle ja innovaatioille, juuri tiedon ja innovaatioiden tuottajien arvostus näyttää olevan kaikkien aikojen alimmillaan, jos arvostusta mitataan työolojen ja palkkatason perusteella.Luulen, että taustalla ei ole niinkään työnantajan konkreettiset tarjoukset (tai niiden puute), vaan akateemisen koulutuksen, tutkimuksen ja kehityksen halveksunta ja kunnioituksen puute, joka on kasvanut vuosien mittaan ja jota on kiihdyttänyt vuonna 2015 valittu hallitus, joka kieltäytyy investoimasta tulevaisuuteen. Yliopistojen ei pitäisi käyttäytyä kuin yritykset, jotka pyrkivät maksimoimaan voittonsa työntekijöidensä kustannuksella ja tuotteidensa laadun kustannuksella. Muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta kaikki, joilla on vähänkin itsetuntoa, osallistuvat mielenosoitukseen. Kaikki suuret ammattiliitot, mukaan lukien opiskelijoiden ja professoreiden liitot, tukevat tätä toimintaa. Ilmeisesti professorit ryhtyvät lakkoon ensimmäistä kertaa tämän maan historiassa ( https://yle.fi/uutiset/osasto/news/finnish_professors_walk_out_in_first-ever_strike/10095355 ).

Laboratoriokurssi: Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi (DPBM-135)

Sun, 10 Dec 2017 00:00:00 +0000

DPBM-kurssin ”Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi” ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ) opetusmateriaali, tulokset jne.:

FPLC (Fast Protein Liquid Chrmatography)

UKunnes lisään uudet tiedot, tutustu tähän dokumentaatioon: /fi/FPLC-course .

Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi

Mon, 20 Mar 2017 00:00:00 +0000

Järjestämme (jälleen) käytännönläheisen proteiinien puhdistuskurssin 4.–20. joulukuuta. Kurssille mahtuu enintään 16 osallistujaa, jotka jaetaan 2–4 hengen ryhmiin. Jokainen ryhmä tarvitsee kolme kokopäivää käytännön harjoitusten suorittamiseen, mutta kurssin kolmas päivä osuu päällekkäin seuraavan ryhmän ensimmäisen päivän kanssa. Kurssi pidetään Biomedicum Helsingissä, huoneissa A516a1 (jossa laitteet sijaitsevat) ja B318a/b (laboratoriossamme). Puhdistamme proteiinin (VEGF-reseptori 3) kaksivaiheisella menetelmällä (affiniteettikromatografia + geelisuodatus) Äkta Avant FPLC -laitteella. Kurssin kolmantena päivänä mittaamme proteiinin vuorovaikutusta sen ligandin (VEGF-C) kanssa ITC-laitteella (isoterminen kalorimetria). Olemme järjestäneet vastaavan kurssin vuonna 2015 ( http://www.helisci.fi/hbgs/FPLC2015/) . Tämä uusi kurssi ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ) on rakenteeltaan samanlainen, mutta olemme pidentäneet sitä yhdellä päivällä, jotta voimme analysoida proteiinien vuorovaikutuksia hyödyntämällä B3P-yksikkömme uutta isotermisen kalorimetrian laitetta. Kurssimateriaali ja tulokset ovat saatavilla myös täältä .Koska voimme käsitellä kerrallaan enintään kaksi näytettä (meillä on ”vain” kaksi FPLC-laitetta), joudumme jakamaan osallistujat ryhmiin (2–4 opiskelijaa ryhmässä) ja toistamaan kolmen päivän kurssin useita kertoja osallistujamäärän mukaan.

Kloonauskerho – työpajamateriaali

Tue, 30 Aug 2016 00:00:00 +0000

DPBM -järjestön järjestämän Cloning Club -kurssille. Jokaisesta luennosta on tiedostoja (ainakin) kahdessa eri muodossa: PDF ja ODP (Open Document Presentation). ODP-tiedostoa voi muokata LibreOffice -ohjelmistolla. Jos haluat avata sen Microsoft Officella, sinun on ensin muunnettava tiedosto joko LibreOfficen avulla tai jollain verkkopohjaisella muuntotyökalulla (kuten cloudconvert ). Kurssin järjestäjän tuottama materiaali (Open Document- ja PDF-muodossa) on saatavilla Creative Commons -lisenssin alaisena (lukuun ottamatta muokattua materiaalia, joka on nimenomaisesti merkitty). Kurssin osallistujien materiaalit (PowerPoint-muodossa) toimitetaan niiden tekijöiden ehdoilla. Saatatan lisätä myöhemmin parannettuja versioita kokous- tai luentodiasarjoista osallistujien palautteen perusteella.

Staden-paketti Ubuntussa bioinformatiikan veteraaneille

Wed, 27 Jul 2016 00:00:00 +0000

Käytämme pääasiassa SnapGene -ohjelmistoa, kun tarkistamme DNA-rakenteidemme sekvenssejä. Joskus SnapGenin sekvenssien kohdistusnäkymä ei kuitenkaan ole tarpeeksi joustava, jolloin turvaudun vanhaan Staden-pakettiin . Olin juuri päivittänyt Ubuntun versiosta 14.04 versioon 16.04, joten Stadenia ei ollut asennettuna. Olin iloisesti yllättynyt, kun Stadenin asennus kesti vain noin 15 sekuntia, sillä vihdoin – kiitos Debian Med -tiimin – Staden on saatavilla universe-pakettivarastosta (itse asiassa jo lokakuusta 2014 lähtien).sudo apt install stadenStaden ei selvästikään ole niin intuitiivinen kuin se voisi olla, mutta se on erittäin tehokas ja sopii hyvin tietojen automatisoituun käsittelyyn. Jos sinulla on mahdollisuus oppia käyttämään sitä, kannustan sinua tekemään niin. Suomen CSC tallensi vuonna 2004 järjestetyn Staden-kurssin, johon osallistuin, ja tallenteet ovat saatavilla Funet TV:stä . Olin juuri harkinnut hetken siirtymistä Ubuntusta SuSE:hen johtuen jatkuvasta langattoman yhteyden ongelmasta, jota Canonical ei näytä saavan korjattua, mutta kun ottaa huomioon, kuinka työläs Stadenin manuaalinen asennus on, tämä on suuri etu Ubuntulle. Bioinformatiikan käyttöön on tietenkin olemassa erikoistuneita Linux-jakeluja, mutta ne kaikki jäävät yleensä jälkeen suurimpien jakelujen uusimmista ja parhaista kehityksistä.

Kloonauskerho

Wed, 22 Jun 2016 00:00:00 +0000

Järjestämme yhdessä biolääketieteen tohtoriohjelman (DPBM) kanssa syksyllä 2016 työpajan ja käytännön kurssin kloonauksesta (kurssikoodi 921244).Päivämäärät ja paikka (työpaja): Viikoittainen keskustelutyöpaja (8 kertaa, kukin 1–1,5 tuntia) alkaa tiistaina 30.8.2016; paikka: kokoushuone 7 (Biomedicum Helsinki, 5. kerros, paitsi 27.9. ja viimeinen työpaja 25.10., jotka pidetään huoneessa BM B136A); 1 opintopistePäivämäärät ja paikka (käytännön kurssi): Hajautettu laboratoriokurssi (osallistujien aikataulun ja paikan mukaan tai – niille osallistujille, joilla ei ole pääsyä tarvittaviin tiloihin – marraskuun kahden ensimmäisen viikon aikana laboratoriossamme); 1 opintopisteKurssin tietosivu: http://www.helisci.fi/hbgs/cloning-club2016 Ilmoittautumissivu: https://elomake.helsinki.fi/lomakkeet/71701/lomake.html Yksityiskohtaiset kurssitiedot: PDF Mainosjuliste: PDF Kurssimateriaali: Materiaalia lisätään tänne jokaisen tapaamisen jälkeen Kloonaus on houkuttelevaa juuri siksi, että se on tylsää. Kaikki alkaa kuitenkin DNA:sta. Geenitekniikka ei ole tullut jäädäkseen, vaan sen merkitys kasvaa entisestään: olemme vasta raapaisseet sen potentiaalin pintaa. Lähes kaikessa biolääketieteellisessä tutkimuksessa käytetään DNA-rakenteita: ilmentymisvektoreita solujen transfektioon, shuttle-plasmideja virusten valmistukseen sekä rakenteita transgeenisten eläinten tuottamiseen. Taitoa DNA-rakenteen luomiseen tarvitaan vielä siihen asti, kunnes markkinoille saapuu se luvattu laite, joka tuottaa minkä tahansa plasmidiin muutaman tunnin kuluttua siitä, kun sille on syötetty plasmidiin sekvenssi.Käytettävissä on monia uusia tekniikoita, minkä vuoksi valinta on vaikeampaa kuin vanhoina aikoina, jolloin restriktioentsyymikloonaus oli ainoa vaihtoehto. Nykyään vaatimukset ja vaihtoehdot ovat rajattomat, ja menestyksen ja nopeuden maksimoimiseksi on valittava oikea strategia.

FPLC-proteiinien puhdistuskurssi

Mon, 04 Jan 2016 00:00:00 +0000

Kahdeksan jatko-opiskelijaa ilmoittautui joulukuussa järjestettyyn FPLC-proteiinipuhdistuskurssille . Jos jotain opin, niin sen, että kurssin aikana tehtävä proteiinien puhdistus tulisi AINA suorittaa käyttämällä proteiinia ja menetelmää, joita on aiemmin käytetty menestyksekkäästi LUKUISIA kertoja. Opiskelijoiden tuomat proteiinit ovat erinomainen oppimisen lähde, mutta kurssimuodon aikarajoitukset eivät antaneet meille mahdollisuutta saada näiden proteiinien puhdistusta valmiiksi kurssin aikana.Uuden Äkta Avant 25:n tekniset ongelmatLisäksi Äkta Avant 25 , jonka ostimme GE Healthcarelta tänä kesänä, rikkoutui KAKSI KERTAA kurssin aikana. Ensin ohjaus tietokone rikkoutui (RAID-vika). HP toimitti korvaavan kiintolevyn 24 tunnin kuluessa, ja kun RAID oli palautunut, pystyimme jatkamaan kurssia. Kuitenkin ensimmäisen tämän vian jälkeisen ajon aikana Äkta-laitteessa ilmeni ylipaineongelma. Tunnistimme syyksi viallisen virtauksenrajoittimen , mutta emme halunneet jatkaa, koska aiemmissa ajoissa oli ollut vakavia ongelmia ilmakuplien kanssa. Siksi suoritimme ajot vanhalla Äkta Explorer 100 -laitteella. GE Healthcare lähetti nopeasti huoltoteknikon tarkastamaan järjestelmän, mutta koska hänellä ei ollut varaosaa mukanaan, jouduimme odottamaan maanantaihin 14.12. asti, kunnes Äkta Avant oli jälleen täysin toimintakunnossa.Mitä puhdistimme: liukoinen VEGFR-3 (VEGFR-3/Fc) ja HepsinPuhdistimme liukoista ihmisen VEGF-reseptoria 3 (sen solunulkoisen domeenin kolme ensimmäistä domeenia, jotka on liitetty ihmisen IgG:n vakio-Fc-osaan). Tämä on puhdistus, jonka olemme tehneet monta kertaa. Se vastaa vasta-aineiden puhdistusta proteiini A-sefarosella.Olimme valmistaneet etukäteen konditionoidun soluviljelyväliaineen. Tuotamme suurimman osan proteiineistamme hyönteissoluissa (pääasiassa Drosophila S2), ja S2-solut olivat erittäneet VEGFR-3/Fc:n väliaineeseen sen jälkeen, kun metallotioneiinin promoottoria oli indusoitu 1 mM:n Cu2+-pitoisuudella noin 4,5 päivän ajan. Puhdistukseen tarkoitetun väliaineen valmistelu koostuu ainoastaan 1) solujen poistamisesta sentrifugoimalla ja 2) suodattamisesta saostumien ja muiden pienten hiukkasten poistamiseksi, jotka saattaisivat tukkia kolonnin. pH:ta ei tarvitse säätää.Nopea neutralointi matalan pH:n eluution jälkeen ON TÄRKEÄÄJuoksutimme väliaineen kertakäyttöisen 5 ml:n HiTrap-rekombinanttiproteiini A -kolonnin läpi yön noin 1 ml/min nopeudella ja eluoimme matalan pH:n puskurilla. Eluoidut 2 ml:n fraktiot neutraloitiin välittömästi 400 µl:lla 1 M Tris-liuosta (pH 8,5). Tässä vaiheessa teimme pienen virheen toisen puhdistuksen aikana. GE Healthcare ei ollut vielä tuonut markkinoille kasetteja 5 ml:n keräysputkille (eivätkä ole vieläkään tehneet niin, vaikka lupasivat ne jo syyskuuksi 2015), joten käytimme 15 ml:n Falcon-putkia 2 ml:n fraktioiden keräämiseen; niihin olimme etukäteen annostelleet 400 µl neutralointiliuosta. Sekoittuminen näissä putkissa ei kuitenkaan ollut tehokasta, ja pitkäaikainen altistuminen matalalle pH-arvolle johti proteiinimme osittaiseen vaurioitumiseen. Tämä näkyy, kun verrataan ryhmän 2 ja ryhmän 4 kokojakokromatogrammeja: Ryhmässä 4 ensimmäinen piikki (aggregaatti) on paljon suurempi ja heterogeenisempi verrattuna ryhmän 2 vastaavaan piikkiin. Itse asiassa, kun VEGFR-3/Fc eluoidaan matalalla pH:lla proteiini A -kolonneista, se saostuu aina suuremmilla pitoisuuksilla pian eluution jälkeen, mutta liukenee jälleen neutraloinnin yhteydessä. Tätä ei tapahtunut fraktioissa 5.A.3 ja 5.A.4 (ryhmä 4), koska eluaatin ja neutralointipuskurin sekoittuminen 15 ml:n Falcon-putkessa oli tehotonta (myös 2 ml:n fraktiokoko oli todennäköisesti syynä; 1 ml olisi ollut parempi). Ryhmän 2 ajon aikana poistimme putket heti ajon päätyttyä ja sekoitimme siten puskurit, kun taas ryhmän 4 osalta ajo päättyi yöllä ja eluaatti pysyi suurelta osin sekoittumattomana aamuun asti.Vaihtoehtoisesti olisimme voineet eluoida erittäin väkevällä kaootrooppisella suolalla lähes neutraalissa pH:ssa (mitä teemme seuraavalla kerralla, jos meillä on automatisoitu ajo, jossa eluointi tapahtuu keskellä yötä). Pierce tarjoaa (patentoidun) ”hellävaraisen” eluointipuskurin , jonka pH on 6,6. En tiedä Piercen puskurin koostumusta, mutta se on erittäin tiheä liuos jostakin kaootrooppisesta suolasta. 3 M kalium-/natriumtiosyanaattia tai 4 M magnesiumkloridia puskuroiduissa liuoksissa, joiden pH on noin 7, käytetään usein kaootrooppisina suoloina tähän tarkoitukseen. Hepsin Opiskelijoiden toimittamat proteiinit olivat haastavia. Ensinnäkin niiden pitoisuudet lähtöaineessa olivat hyvin alhaiset. Vaikka proteiini näkyy selvästi, kun VEGFR-3/Fc-konditionoitu elatusaine ajetaan PAGE-geelillä ja värjätään Coomassie-värillä, Hepsinille ei näy tällaista kaistaa. Lisäksi näytti siltä, että merkittävä osa proteiinista ei (enää) sisällä histagiinia, minkä vuoksi sitä ei saata talteen ensimmäisessä puhdistusvaiheessa. Se osa Hepsin-H6:sta, joka sitoutuu Ni2+-sefarosiin, eluoituu jo 20 mM:n imidatsolipitoisuudella, mikä vaikeuttaa kolonnin pesua. Hepsin, jossa on pidempi histagiini (H10), selviää 20 mM:n imidatsolipesusta, mutta sen ilmentymistasot ovat myös alhaiset. Alla on yksittäisten ajojen kromatogrammit ja merkityt kuvat Coomassie-värjätyistä PAGE-geeleistä. Äkta Avant 25:n käytön yksityiskohtainen ohje on vielä valmistumassa…

Vaikea alku

Wed, 26 Aug 2015 00:00:00 +0000

PÄIVITYS: Kysyin Akatemialta Akatemian professuurien rahoitusosuuksia, mutta näitä virkoja on niin vähän, ettei kyseisistä tiedoista saa mitään käyttökelpoisia tilastotietoja. Sain Akatemialta hyvin avoimen vastauksen (joka sisälsi myös pyytämäni luvut). Päätös leikata rahoitusta ensisijaisesti postdoc-tutkijoilta oli akatemian tietoinen valinta, jolla pyrittiin säilyttämään kilpailukykyisen tutkimuksen edellytykset projekteille ja akatemian tutkimusapulaisille. Suuntaus siirtää rahoitusta nuoremmilta tutkijoilta vanhemmille näyttää kuitenkin olevan yleinen, ja se on jatkunut Yhdysvalloissa jo puoli vuosisataa (ks. esim. täältä: http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/ tai täältä: http://nexus.od.nih.gov/all/2012/02/13/age-distribution-of-nih-principal-investigators-and-medical-school-faculty/) . Tulevaisuutemme riippuu uusista ideoista ja innovaatioista. En ole varma, onko totta, että nuoremmat tutkijat tuottavat enemmän uusia ideoita ja innovaatioita, kuten edellä mainitussa blogikirjoituksessa väitetään ( http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/) , mutta jos asia on näin, rahoituksen siirtäminen pois heiltä olisi pitkällä tähtäimellä huono idea. Suomen Akatemian rahoittaman tutkimuspaikan saaminen on yhä vaikeampaa. Eniten minua huolestuttaa se, että säästöt kohdistuvat akateemisen uraportaikon ”alempaan” päähän: postdoc-tutkijapaikkojen hakujen hyväksymisaste on heikentynyt eniten, kun taas Terveystutkimusneuvostossa Akatemian hankkeiden rahoitus on pysynyt suurelta osin ennallaan. Tänä tiistaina Suomen Akatemia esitteli nämä luvut lääketieteellisen tiedekunnan Ask & Apply -tapahtumassa, joka koski syyskuun rahoitushakukierrosta. Myös Akatemian tutkijatoimien rahoitusta leikattiin, mutta huomattavasti vähemmän kuin postdoc-tutkijoiden rahoitusta. Kummallista kyllä, esityksestä puuttuu Akatemian professuurien hakujen hyväksymisaste. Viittaako tämä sukupolvien väliseen konfliktiin, jossa vakiintuneet tutkijat yrittävät menestyksekkäästi varmistaa itselleen hupenevat resurssit? Jotta voisin tehdä johtopäätöksiä, minun pitäisi tietää Akatemian professuurien hakujen hyväksymisaste ja myönnetyt summat.

2 viikon laboratoriokurssi

Tue, 30 Dec 2014 00:00:00 +0000

En ollut lainkaan tietoinen siitä, kuinka paljon työtä käytännön laboratoriokurssin järjestäminen vaatii. Jos olisin tiennyt, Pirjo olisi joutunut paljon vaikeampaan tilanteeseen yrittäessään suostutella minua pitämään tämän kurssin DPBM-tohtorikoululle . Kari oli varoittanut minua… Kurssiin liittyvä luentokurssi oli ollut käynnissä syyskuusta marraskuuhun. Käytännön kurssille oli tarjolla 16 vapaata paikkaa, mutta se oli täysin epärealistista, kun otetaan huomioon, että meidän tilamme rajoittuivat minun 23,7 neliömetrin laboratorioon. Opetuskäyttöön tarkoitettua laboratoriotilaa on saatavilla, mutta ilman laitteita ja kaikkea muuta tällaiseen hankkeeseen tarvittavaa infrastruktuuria. Käytännön kurssille ilmoittautui kahdeksan henkilöä, ja – onneksi – puolet heistä perui osallistumisensa viime hetkellä, koska heillä ei ollut riittävää mahdollisuutta sitoutua kurssin vaatimaan raskaaseen työmäärään. Näin ollen meillä oli lopulta neljä opiskelijaa ja kolme projektia. Emme olisi missään nimessä selvinneet enempää.Ajatuksena oli tarjota jokaiselle osallistujalle mahdollisuus toteuttaa oma DNA-kloonaus- ja proteiini-ilmentymisprojekti, joka olisi merkityksellinen hänen omille tohtoriopintoilleen. Tätä varten tapasin kolme ryhmää kuukautta etukäteen kloonauksen suunnittelemiseksi ja tarvittavien materiaalien tilaamiseksi. Työskentelimme rinnakkain seuraavien kolmen projektin parissa:

Käytännön molekyylibiologia ja geenitekniikka

Mon, 08 Sep 2014 00:00:00 +0000

Kokoelma DPBM -kurssin Käytännön molekyylibiologia ja geenitekniikka esitysdioja. Jokaisesta luennosta on tiedostoja (ainakin) kahdessa eri muodossa: PDF ja ODP (Open Document Presentation). ODP-tiedostoa voi muokata LibreOffice -ohjelmistolla. Jos haluat avata sen Microsoft Officella, sinun on ensin muunnettava tiedosto joko LibreOfficella tai jollain verkkopohjaisella muuntotyökalulla (kuten cloudconvert ). Kaikki materiaali on saatavilla Creative Commons -lisenssin alaisena. Saatan lisätä myöhemmin parannettuja versioita luentodioista osallistujien palautteen perusteella. Dia, joka käsittelee restriktioentsyymejä (RE) ja sitä, miten lasketaan tarvittavat RE-määrät tietyn määrän DNA:n pilkkomiseksi, löytyy luennon 1 tiedostosta.

Dosentti

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Olen toiminut 13. joulukuuta 2011 lähtien dosenttina (suom. dosentti ) Helsingin yliopistossa. Kyseessä ei ole vakituinen virka, vaan arvonimi, joka edellyttää tiettyä tieteellistä menestystä tohtorintutkinnon suorittamisen jälkeen sekä opetuskokemusta ( lisätietoja tästä suomeksi ).

Kuinka minusta tuli dosentti ("adjunct professor") Helsingin yliopistossa

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Verrattuna tohtorin tutkinnon suorittamiseen tuo ”dosentti”-juttu oli helppoa. Aloitin vuoden 2011 alussa ja sain arvonimen saman vuoden joulukuussa.En tiedä, eroavatko menettelytavat eri suomalaisissa yliopistoissa toisistaan, ja jotkut muodollisuudet saattavat olla ominaisia juuri Helsingin yliopistolle , mutta luettelen kuitenkin alla vaiheet, jotka kävin läpi arvonimen saamiseksi. Ohjeita löytyy myös täältä .

Johdanto imusuonistotutkimukseen

Thu, 20 Oct 2011 00:00:00 +0000

Luento 1: Verenkierto ja imusuonisto: anatomia ja fysiologia
Luento 2: Imusuoniston molekyylit
Luento 3: Imusuonisto sairauksissa
Luento 4: Malliorganismit imusuoniston tutkimuksessa , [.tex file](/downloads/
Luento 5: Imusuonistotutkimuksen perustekniikat
Luento 6: Imusuonistotutkimuksen ajankohtaisia kysymyksiä

HBGS-kurssi

Mon, 10 May 2010 00:00:00 +0000

Kaikki HBGS -kurssiin Proteiinien ilmentymisen, havaitsemisen ja puhdistamisen merkit liittyvät asiakirjat. Suurin osa asiakirjoista on saatavilla sekä PDF- että OpenOffice-muodossa. Voit vapaasti käyttää asiakirjoja muihin tarkoituksiin. Niiden lisenssi on Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 1.0 -lisenssi .

Proteiinien varastointi ja käsittely

Wed, 22 Oct 2008 00:00:00 +0000

Tyrosiinikinaasireseptorit

Sun, 07 Apr 2002 00:00:00 +0000