Päästöt on Michael’s Domain

Käyttöjärjestelmä on Suse Linux 9

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Kokeilen parhaillaan useita graafisia käyttöliittymiä EMBOSS-molekyyliohjelmistopaketille, ja olen lukenut hyviä arvosteluja kaptainista . Koska kaptainista ei kuitenkaan ole saatavilla rpm-paketteja Suse Linux 9:lle, yritin kääntää sen itse. Ensimmäinen ongelma oli, että configure-skripti ei löytänyt qt3:n kirjastoja ja otsikkotiedostoja:> checking for Qt… configure: error: Qt (>= Qt 2.2.2) (headers and libraries) not found. Tarkista asennuksesi!Siksi suoritin ./configure-komennon seuraavalla vaihtoehdolla:> ./configure --with-qt-dir=/usr/lib/qt3 Nyt konfigurointiskripti etenee loppuun asti. Make kuitenkin epäonnistuu edelleen, ja tulosteen viimeiset rivit ovat seuraavat:Making all in kaptain make[2]: Entering directory /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain’ g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I.. -I/usr/lib/qt3/include -I/usr/X11R6/include -D_REENTRANT -O2 -fno-exceptions -fno-check-new -c kaptain.cpp kaptain.cpp: Konstruktorissa Kaptain::Kaptain(Intermediate*, Kaptain*, QWidget*, QBoxLayout*, QDialog*, bool, const char*)': kaptain.cpp:99: virhe: assert’ ei ole määritelty (ensimmäinen käyttö tässä funktiossa) kaptain.cpp:99: virhe: (Jokainen määrittelemätön tunniste raportoidaan vain kerran jokaisessa funktiossa, jossa se esiintyy.) kaptain.cpp: Jäsenfunktiossa void Kaptain::button_pressed()': kaptain.cpp:1576: virhe: ostream_iterator’ ei ole määritelty (ensimmäinen käyttö tässä funktiossa) kaptain.cpp:1576: virhe: jäsentämisvirhe ennen >'-merkkiä kaptain.cpp:1598: virhe: jäsentämisvirhe ennen >’-merkkiä make[2]: *** [kaptain.o] Virhe 1 make[2]: Poistutaan hakemistosta /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain' make[1]: *** [all-recursive] Virhe 1 make[1]: Poistutaan hakemistosta /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71’ make: *** [all-recursive-am] Virhe 2Sain apua ohjelmiston tekijältä Zsolt Terekiltä. Minun piti lisätä kaptain.cpp-tiedoston alkuun: include include `.

EMBOSS ja GCK konstruktisekvenssien kokoamiseen ja dokumentointiin

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Yritän käyttää EMBOSS-ohjelmaa vektorisekvenssien kokoamiseen. Aikoinaan käytin tähän tarkoitukseen CGC:n seqed-ohjelmaa, ja tällä hetkellä käytän Gene Construction Kit -ohjelmaa. EMBOSS:ssa ei ole suoraa vastinetta seqed-ohjelmalle, joten sen toiminnallisuuden korvaamiseksi on käytettävä useita muita työkaluja. Katso tämä CGC:n ja EMBOSS:n vertailu .

Molekyylibiologian ohjelmistokehityshankkeet

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5:ään liittyvät asiat

GCK2.5:n vianetsintä Wine-ympäristössä** Wine-ympäristössä on edelleen joitakin virheitä, jotka tekevät GCK2.5:n käytöstä toisinaan hankalaa. Erityisesti alueiden merkitseminen, sekvenssien haku ja uuden tiedoston avaaminen eivät onnistu.
GCK2.5:n vienti** GCK2.5 ei pysty viemään tiedostoja EMBL-muotoon siten, että alueet muunnettaisiin piirteiksi. Se pystyy kuitenkin viemään kommentit tekstitiedostoon ja pelkän sekvenssin tekstitiedostoon. Olisi helppoa kirjoittaa Perl-skripti, joka ottaa nämä kaksi tiedostoa ja muuntaa ne yhdeksi EMBL-tiedostoksi, EMBOSS cirdna/lindna-tiedostoksi tai pDRAW32-tiedostoksi.
GCK2.5:n integrointi Wine-työpöydälle** Kun napsautetaan tiedostoja, jotka on liitetty Windows-ohjelmiin (Wine-ympäristössä), Linuxin tiedostonhallintaohjelma (esim. Konqueror) välittää tiedoston argumenttina liitetylle Windows-sovellukselle, ja tiedosto avautuu Wine-ympäristössä. GCK2.5 kieltäytyy kuitenkin hyväksymästä tiedostoa argumenttina. Kun napsautan .gcc-tiedostoa, GCK2.5 käynnistyy, mutta avaa tyhjän ikkunan, ja minun on avattava .gcc-tiedosto GCK2.5:n sisällä. Tarpeetonta napsauttelua, varsinkin kun joudun selaamaan useita kansiohierarkioita. Kun GCK2.5 toimii natiivisti Windowsissa, onko mahdollista käynnistää GCK2.5:n komentoriviparametrina rakennetiedosto? Minun pitäisi tarkistaa se.

pDRAW32-aiheiset

Kuinka siirtää oligo-tietokanta MacVec Torista verkkopohjaiseen BLAST-tietokantaan

Tue, 06 Mar 2007 00:00:00 +0000

Tallenna kaikki sekvenssit yhtenä tekstitiedostona (EI MacVector-muodossa), esim. GenBank-muodossa. 2. Kopioi kaikki sekvenssit Linux-/UNIX-tietokoneelle ja muunna ne Mac-muodosta UNIX-muotoon: mac2unix *.gb 3. Kirjoita kaikki sekvenssitiedostojen nimet yhteen tiedostoon: ls *.gb > oligo.lst 4. Muunna kaikki sekvenssit yhdeksi tiedostoksi, joka sisältää peräkkäin liitettyjä fasta-merkintöjä, käyttämällä EMBOSS-ohjelmaa: seqret -sequence @oligo.lst -osformat fasta. Nimeä tulostustiedosto ”mcbl_oligo_db”. 5. Siirrä tämä fasta-tiedosto BLAST-verkkopalvelimen tietokantahakemistoon (…/blast/db). 6. Alusta tietokanta: formatdb -i mcbl_oligo_db -p F -o T. 7. Muokkaa tiedostoa …/blast/blast.html lisäämällä siihen uuden tietokannan nimen. 8. Muokkaa tiedostoa …/blast/blast.rc lisäämällä siihen uuden tietokannan nimen.